Teses / dissertações: "Facteur de transcription ATF-6"

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Goetz, Jean. "Etude structurale et fonctionnelle d'un facteur de transcription de la famille atf/creb". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1996. http://www.theses.fr/1996STR13177.

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Un adnc codant pour trois isoformes (atfa1, a2 et a3) d'un facteur de transcription de la famille atf/creb a ete isole dans notre laboratoire. Nous avons montre que les proteines atfa relaient la transactivation par l'oncoproteine e1a 289r de l'adenovirus et que le domaine a zinc d'atfa est essentiel a cette activite. Une interaction directe avec e1a, impliquant des regions situees respectivement du cote amino et carboxy-terminal de la proteine atfa, a ete revelee par des experiences in vitro. Les proteines atfa se lient a l'adn sous forme d'homodimeres par l'intermediaire de leur region basique-glissiere a leucines (blz). Elles peuvent egalement former des heteodimeres avec des membres de la famille jun/fos, ce qui modifie leur specificite de liaison a l'adn et stimule leur activite transcriptionnelle. Les proteines atfa sont localisees dans le noyau de la cellule et un signal de localisation nucleaire bi-partite englobant la region basique du domaine blz a ete cartographie. Une activite proteine kinase, fortement associee a la region amino-terminale (1-82) de atfa, a ete detectee et identifiee a jnk2 par ses proprietes immunologiques et son profil d'induction. Le gene humain codant pour atfa, localise sur le chromosome 12 (q12-q14): il possede une structure multi-exonique, caracterisee par des sites donneurs alternatifs d'epissage responsables de la synthese des differentes isoformes. Une sequence de 200 pb en amont des sites d'initiation de la transcription, riche en nucleotides g et c et depourvue de boites tata ou caat, constitue un promoteur minimal et comporte plusieurs sites potentiels de liaison pour des facteurs de transcription situes dans des regions protegees contre l'action de la dnase i. Nous avons demontre par hybridation in situ, que l'expression du gene atfa est ubiquitaire mais faible au cours de l'embryogenese et chez la souris adulte. Certains tissus, comme les epithelia, le myocarde et certaines cellules du systeme nerveux central, presentent cependant une expression significativement accrue

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BAHR, ANNE. "Caracterisation et etudes fonctionnelles de plusieurs proteines associees au facteur de transcription atf-a". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1998. http://www.theses.fr/1998STR13110.

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Le gene humain atf-a code au moins pour cinq isoformes d'une famille de facteurs de transcription (nommes atf-a0 a atf-a4). Dans le but de caracteriser la fonction de ces proteines, nous avons entrepris une serie d'experiences visant a identifier les partenaires de ces facteurs. Nous avons montre, en utilisant des techniques d'immunoprecipitation, que la proteine atf-a etait un partenaire privilegie des proteines c-jun et c-fos (les composants du facteur de transcription ap-1). Nous avons egalement demontre que jnk2 (une proteine kinase activant la proteine c-jun en la phosphorylant) interagissait avec atf-a in vivo. Ces resultats suggerent qu'une des fonctions des facteurs atf-a serait d'apporter la kinase jnk2 a proximite de ses cibles (telles que c-jun) en formant des heterodimeres avec ces dernieres. D'autre part, lors du criblage d'une banque d'adnc par la technique du double-hybride, nous avons identifie plusieurs autres partenaires d'atf-a parmi lesquels nous avons caracterise une nouvelle proteine kinase (mpky), une nouvelle proteine dont la fonction est completement inconnue (maif) et une proteine (mblm) dont l'homologue humain est implique dans une maladie genetique rare, le syndrome de bloom. Cette derniere est un membre de la famille des proteines recq, une famille conservee des bacteries a l'homme et impliquee dans la recombinaison de l'adn. Nous avons demontre d'une part que la proteine mblm possede les activites helicase et atpase. Nous avons demontre ensuite que les mutations ponctuelles presentes chez des patients atteints par ce syndrome ont pour consequence d'affecter simultanement les deux activites enzymatiques des proteines mutantes, mais aussi de perturber l'entree de ces proteines dans le noyau. Ces resultats suggerent que la structure tri-dimentionnelle des proteines mutantes testees est fortement perturbee.

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Tardif, Derek. "Implication du facteur de transcription GATA-6 dans la régénération musculaire". Thesis, McGill University, 2007. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=112311.

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Efficient muscle regeneration is essential in mammals in order to overcome daily stress such as wounds, exercise and pathologic processes. This regeneration relies on muscle stem cells, the satellite cells. After a lesion, satellite cells are activated, proliferate and differentiate in fonctionnal muscle fibers. Our laboratory has previously shown that the transcription factor GATA-6 is expressed in the satellite cells. The present thesis confirms the expression of this factor in this cell type. Also, it seems that GATA-6 could be implicated in the maintaining of quiescence of these cells. The GATA-6 heterozygous mouse muscle is characterized by an increase level of Myf5 and Pax7+ cells. Moreover, suppression of one copy of the GATA-6 gene in a muscular dystrophy model mouse, the mdx mice, alleviates its phenotype. Further experiments on a muscle-specific GATA-6 null mouse will allow a better understanding of the role of GATA-6 in muscle regeneration.
Keywords. GATA-6, muscle regeneration, mdx, satellite cells

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Journiac, Nathalie. "Etude du rôle du facteur de transcription RORα dans la réaction gliale". Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066031.

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Notre objectif était de déterminer le rôle de RORalpha dans l’activation des astrocytes associée à une neurodégénérescence. Nous avons utilisé la souris staggerer exprimant une mutation perte de fonction dans le gène Rora à l’origine de la dégénérescence des neurones cérébelleux et réalisé des transfections stables de lignées astrocytaires. Nous avons montré que RORalpha, jusqu’alors considéré comme exclusivement neuronal, est exprimé dans les astrocytes et démontré qu’il module : -l’expression de la GFAP, un marqueur spécifique de l’activation astrocytaire. -la prolifération, avec un effet différent des isoformes RORalpha1 et 4. -la synthèse d’IL-6, un facteur clef de la réaction gliale, de façon ambivalente et en compétition avec Rev-erb, un autre facteur de transcription. L’étude de souris mutantes RORAsg/sg-p5’GFAP-LacZ confirme une anomalie de la fonction astroctaire. RORalpha est donc impliqué dans la modulation des mécanismes cellulaires et moléculaires de la réaction gliale.

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GAIRE, MIREILLE. "Etude d'un facteur de transcription implique dans l'expression des genes precoces de l'adenovirus : le facteur atf-a. purification, clonage et expression des sequences codantes". Strasbourg 1, 1990. http://www.theses.fr/1990STR13214.

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Le gene eiiae d'adenovirus, exprime pendant la phase precoce de l'infection sous le controle des proteines eia virales, est un excellent systeme-modele pour l'etude des mecanismes impliques dans la regulation de l'initiation de la transcription des genes transcrits par l'arn polymerase b. Durant ces dernieres annees la structure detaillee de ce promoteur a ete etablie. Il existe en amont de la tata box atypique plusieurs elements promoteurs, deux sites e2f et un site atf, qui sont essentiels a la fois pour la transcription basale et la transactivation du gene par eia. Nous avons cible notre etude sur l'element promoteur atf qui est egalement retrouve dans d'autres promoteurs precoces de l'adenovirus, eia, eiii, eiv, et dans les promoteurs de certains genes cellulaires. Nous avons purifie jusqu'a homogeneite le facteur de transcription qui se fixe sur cet element atf, a partir de cellules hela. Ce facteur correspond a une phosphoproteine de 40 kd et est capable de stimuler la transcription a partir du promoteur eiiae dans un systeme reconstitue in vitro. Nous avons ensuite clone la sequence codante du facteur atf en criblant une banque d'expression lambda gt11 d'adnc, a l'aide d'une sonde oligonucleotidique correspondant au site de liaison de ce facteur a l'adn. Trois especes d'adnc ont ete isolees codant pour les proteines atf-a+, atf-a, atf-a, qui ne different successivement que par l'absence d'un peptide de 11 et 21 acides amines dans la region nh#2-terminale. Les deux proteines atf-a et -a, les plus etudiees, reconnaissent le site atf/cre sous forme de dimere. Elles sont capables de former des heterodimeres avec la proteine c-jun. Dans des experiences de transfection, les trois proteines atf-a induisent la transcription d'un gene reporter a partir des sites atf de differents genes. Cependant, elles sont incapables de stimuler la transcription du promoteur eiiae en l'absence de la pro

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Pradeau, Karine. "Réactivation de l'herpèsvirus humain de type 6 (HHV-6) : outils de détection et mécanismes moléculaires". Limoges, 2005. http://www.theses.fr/2005LIMO0027.

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L'herpèsvirus humain de type 6 (HHV-6) est un virus très répandu qui reste dans l'organisme sous une forme latente après la primo-infection. Cette latence virale est entrecoupée d'épisodes de réactivation, s'accompagnant d'une production de nombreuses particules infectieuses. La réactivation semble anodine chez le sujet sain, mais peut être très grave dans différents contextes d'immunodépression, notamment après transplantation, A l'heure actuelle, les mécanismes permettant le maintien de la latence ou à l'inverse ceux entraînant la réactivation sont inconnus. L'objectif de ce travail de thèse était double. Dans un premier temps, des outils moléculaires permettant la détection de la multiplication d'HHV-6 ont été développés. Pour cela une technique de quantification par PCR en temps réel a été mise au point. De même la détection des ARNm du virus associés à sa réplication par une RT-PCR a été réalisée. Afin de tester ces outils de détection dans un contexte de réactivation, elles ont été appliquées à des prélèvements sanguins de patients transplantés. Les deux méthodes se sont alors révélées efficace pour mettre en évidence la réactivation d'HHV-6. Puis dans un deuxième temps, l'effet de l'expression du facteur de transcription NF-κB sur la transcription des gènes très précoces du virus a été recherché. Pour cela, un super-répresseur de NF-κB (IκBαMut) a été transfecté dans des cellules favorables à la croissance virale. En inhibant la voie canique de signalisation de NF-κB, une diminution de la réplication du virus, mise en évidence par une baisse de la transcription des ARNm viraux à l'aide d'une technique de RT-PCR quantitative et par une réduction du nombre de cellules en immunofluorescence, a été observée. Un rôle important du facteur de transcription NF-κB dans la multiplication du virus HHV-6 a ainsi été démontré
Human herpesvirus 6 (HHV-6) is a widespread virus that remains for life in a latent state after primary infection. But HHV-6 may reactivate, producing many infectious particles. This reactivation seems harmless in healthy subject, but can be very serious in various contexts of immunosuppression, such as organ transplant recipients. Actually, the mechanisms allowing the maintenance of latency or contrary those involving the reactivation are unknown. The objective of this work was double. In the fist time, molecular methods to detect HHV-6 multiplication were developed: a real time quantitative PCR method and a RT-PCR assay allowing the detection of viral mRNAs associated with HHV-6 replication were carried out. In order to test these detection techniques in a context of reactivation, they were applied to blood samples from transplanted patients. The two methods were proved to be effective to highlight the reactivation of HHV-6. Then in the second time, the effect of NF-κB transcription factor on immediate early genes transcription of HHV-6 was investigated. For this purpose, a NF-κB super-repressor (IκBαMut) was transfected in cells permissive to HHV-6 growth. By inhibiting the canonical pathway of NF-κB induction, a reduction in the replication of the virus, demonstrated by a decrease in viral mRNA transcription using a quantitative RT-PCR method and by a reduction in the number of infected cells using an immunofluorescence assay, was observed. Thus an important role for NF-κB transcription factor in the multiplication of virus HHV-6 was shown

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Porée, Benoît. "Effets de l'interleukine-6 (IL-6), de son récepteur soluble (sIL-6R) et du facteur de transcription Erg sur l'expression du collagène de type II dans des chondrocytes articulaires". Caen, 2007. http://www.theses.fr/2007CAEN2060.

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Le collagène de type II est un homotrimère de chaînes α1(II) codées par le gène COL2A1. La synthèse de ce marqueur phénotypique du cartilage est fortement altérée lors de l'arthrose. L'IL-6 est une cytokine proinflammatoire nécessitant la coopération du récepteur soluble sIL-6R pour exercer ses effets. Ce mécanisme pallie l'absence totale ou partielle du récepteur membranaire IL-6R dans certains types cellulaires, dont les chondrocytes. Notre étude démontre que l'IL-6 et/ou sIL-6R inhibent la transcription du gène COL2A1 via une région promotrice comprise entre -63 et -35 pb. Cette inhibition met en jeu les facteurs de transcription Sp1 et Sp3 dont l'activité de liaison au niveau du site -41/-33 pb est réduite sous l'action du duo cytokinique. Par ailleurs, la cytokine et/ou son récepteur soluble diminuent le ratio Sp1/Sp3. L'inhibition fonctionnelle de Sp1 et/ou Sp3, par des leurres oligonucléotidiques ou siRNA, abolit les effets délétères de l'IL-6 et/ou sIL-6R sur la transcription du gène COL2A1, suggérant l'implication d'un complexe hétérotypique Sp1/Sp3 dans le mécanisme réactionnel régi par le complexe IL-6/sIL-6R. De plus, il apparaît que les histones désacétylases puissent intervenir dans ce processus, comme l'atteste les expériences utilisant la trichostatine A, ainsi que les co-immunoprécipitations démontrant une interaction physique entre Sp1 et HDAC1. Dans une seconde partie, nous nous sommes intéressés au facteur de transcription Erg. Ce dernier appartient à la famille des protéines ETS et apparaît indispensable à la mise en place du cartilage articulaire lors de l'embryogenèse. Nous montrons ainsi que des surexpressions de ce facteur dans des chondrocytes articulaires de lapin, augmentent la production du collagène de type II via un contrôle transcriptionnel. Cette stimulation s'exerce au niveau d'une région de l'amplificateur intronique comprise entre +2 127 et +2 384 pb. Au contraire, des surexpressions d'une protéine Erg tronquée, restreinte au domaine de liaison ETS, n'exercent aucun effet sur l'activité transcriptionnelle de COL2A1. En revanche, elle entre en compétition avec la protéine complète et annule ses effets stimulateurs. Le facteur Erg stimule également les expressions de Sp1, Sp3 et Sox9, suggérant que ces facteurs puissent intervenir dans la stimulation exercée par Erg
Type II collagen is composed of α1(II) chains encoded by the COL2A1 gene. Alteration of this cartilage marker is a common feature of osteoarthritis. IL-6, a pro-inflammatory cytokine, needs to exert its effects in some cases, a soluble form of receptor, sIL-6R, which exerts agonistic action. This mechanism can make up for the partial or total absence of membrane anchored IL-6 receptors in some cell types, such as chondrocytes. Our study shows that IL-6 and/or sIL-6R inhibit COL2A1 gene transcription by a -63/-35 sequence. This inhibition implies Sp1 and Sp3 transcription factors whose DNA-binding activity is decreased to the -41/-33 bp site by both IL-6 and sIL-6R. Knock-down of Sp1/Sp3 by siRNA and decoy strategies were found to prevent the IL-6 and/or sIL-6R induced inhibition of COL2A1 transcription, indicating that a heterotypic Sp1/Sp3 complex is required for down-regulation of the target gene. Additionally, experiments using trichostatin A demonstrate that HDAC activity is involved in this inhibitory process, and Sp1 was shown to interact with HDAC1. In a second part, we investigated the effects of Erg that belongs to the ETS family of transcription factors and that plays a key role in cartilage formation. Indeed, we show that overexpression of Erg in rabbit articular chondrocytes, increase type II collagen production through a transcriptional control. This factor up-regulates COL2A1 gene transcription by a first intron sequence localised between + 2 127 and + 2 384 bp. On the contrary, overexpression of a dominant-negative protein restricted to the ETS domain dn-Erg, shows no effect on the COL2A1 transcriptional activity. On the other hand, dn-Erg enters in competition with the native protein and abrogates its stimulating effects. Erg also stimulates Sp1, Sp3 and Sox9 expressions, suggesting that these factors can be involved in Erg induced stimulation of COL2A1

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Debuisson, Delphine. "Rétrocontrôle des réponses Th2 par l'interleukine-6 et identification d'un nouveau facteur de transcription exprimé par les lymphocytes T helper folliculaires". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209158.

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L’objectif de notre travail a été de caractériser le rôle de l’IL-6 dans la différenciation des lymphocytes Tfh et des lymphocytes Th2. Les lymphocytes Tfh ont pour fonction d’aider les lymphocytes B à produire des anticorps indispensables pour nous protéger contre divers pathogènes. Les lymphocytes Th2, quant à eux, sont spécialisés dans l’élimination de parasites extracellulaires tels que les helminthes.

Dans un premier temps, nous avons voulu identifier les gènes dont l’expression est induite par l’IL-6, avec comme objectif une meilleure compréhension des mécanismes permettant aux lymphocytes T de se différencier en cellules Tfh.

Au cours de notre travail, nous avons identifié le facteur de transcription, MyoR (Myogenic Repressor) comme étant exprimé au sein des lymphocytes T helper et dont l’expression est induite par l’IL-6. Nos observations expérimentales ont démontré que le facteur MyoR n’est pas indispensable pour la différenciation des lymphocytes Tfh, ni pour leur fonction. Cependant, l’expression de l’ARNm codant pour MyoR pourrait être utilisée comme un biomarqueur des cellules Tfh in vitro ou in vivo.

Nous avons ensuite caractérisé la réponse immune induite in vivo par des cellules présentatrices d’antigènes issues de souris déficientes pour l’IL-6. Cette approche nous a permis de mettre en évidence le rôle immunosuppresseur de l’IL-6 sur le développement des réponses de type Th2. En effet, nous avons montré que l’injection de BMDCs (Bone Marrow derived dendritic cells) IL-6-/- dans des souris receveuses de type sauvage induisent une réponse Th2 augmentée in vivo.

Nos résultats suggèrent que l’inhibition de la réponse Th2 par l’IL-6 in vivo et in vitro pourrait impliquer la présence d’un ou de plusieurs miRNAs.

Cette inhibition pourrait être un mécanisme de rétrocontrôle afin d’éviter une exacerbation de la réponse immune Th2.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Masson, Christel. "Caractérisation de l'expression du gène KIN17 humain lors de la réponse cellulaire aux agents génotoxiques et dans certains tissus tumoraux". Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA11T029.

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Maintenir l'intégrité du matériel génétique de toute cellule vivante face à des altérations d'origine endogène ou exogène, est un problème crucial auquel tout organisme est confronté. Les lésions induites dans l'ADN peuvent interférer avec des processus tels que la réplication et la transcription et entraîner une désorganisation de l'activité cellulaire pouvant conduire à la mort de la cellule. J'ai caractérisé l'expression du gène humain KIN17 après traitement par différents agents génotoxiques. La protéine KIN17 possède une région centrale homologue à un domaine de fixation à l'ADN dans la partie C-terminale de la protéine RecA d'E. Coli. RecA est essentielle à la recombinaison génétique, à la réponse cellulaire aux rayonnements et à la mutagenèse. Mes résultats indiquent une participation active de la protéine KIN17 dans la réponse aux dommages de l'ADN produit par les ultraviolets C (UVC) et les rayonnements gamma (γ). Les cinétiques d'expression du gène KIN17 sont différentes selon la nature de l'agent génotoxique. Compte tenude mes résultats, j'ai cherché à identifier les mécanismes responsables de cette réponse au stress génotoxique en utilisant des lignées cellulaires mutées pour le gène p53 et des cellules exprimant un mutant dominant négatif du facteur de transcription ATF2 : J'ai constaté que l'augmentation de l'expression du gène KIN17 était indépendante de p53 après irradiation γ et UVC. En revanche, ATF2 semble contrôler l’expression du gène KIN17 après γ. L'analyse de l'expression du gène KIN17 dans des cellules déficientes dans la réparation par excision de l'ADN, indique qu'une réparation efficace est indispensable à l'augmentation transitoire de l'expression du gène KIN17 après irradiation aux UVC. Toutes ces observations montrent que le gène KIN17 intervient dans une voie de signalisation qui pourrait aider à contrebalancer les effets délétères des agents génotoxiques. Des résultats préliminaires sur des hépatocarcinomes humains montrent une augmentation de l'expression du gène KIN17 lors de la progression tumorale
All organisms are confronted by the crucial problem of protecting the integrity of the genetic material in their cells against alterations provoked by endogenous or exogenous agents. DNA damage may interfere with essential processes such as replication and transcription, thus leading to metabolic disruption or to cell death. Ihave characterized the expression profile of KIN17 gene after treatment with different genotoxic agents. KIN17 protein possesses a core region homologous to the DNA-binding domain located in the C-terminal part of the E. Coli RecA protein. RecA plays an essential role in the cellular response to radiation, in recombination and in mutagenesis. My results indicate that the human kin17 protein actively participates in the cellular response to the DNA damage produced by UVC- and γ-irradiation. The kinetics of KIN17 gene expression differs according to the nature of the genotoxic agent. Considering these results, I tried to identify the mechanisms responsible for this response to genotoxic stress by using cells mutated in the p53 gene or cells expressing a dominant negative mutant for ATF2. I noticed that the increase in KIN17 gene expression was independent of p53. The transcription factor ATF2, on the other hand, appeared to be involved in the control of KIN17 gene expression after γ-irradiation. Using cells deficient for nucleotide excision repair (NER), I have demonstrated that an active NER is necessary for the transient increase in KIN17 gene expression after UVC-irradiation. Taken together, these data indicate the Participation of KIN17 gene in a signalling pathway that may help to counterbalance the deleterious effects of genotoxic agents. Prelirninary results on human hepatocarcinoma show increased expression levels of KIN17 gene during tumoral progression

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Hermitte, Stephanie. "Caractérisation de la différenciation de l'endoderme primitif : Coopération entre la voie de signalisation RTK-FGF et le facteur de transcription Gata 6". Thesis, Université Clermont Auvergne‎ (2017-2020), 2017. http://www.theses.fr/2017CLFAS014.

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A E3.5 jours de développement (E3.5), l’embryon murin se compose d’une monocouche de cellules externes correspondant au Trophectoderme (TE) et d’une masse cellulaire interne (MCI), hétérogène, constituée de deux sous-populations de cellules précurseurs : les cellules épiblastiques (Epi) et les cellules d’endoderme primitif (EPr). NANOG, marqueur épiblastique et GATA6, marqueur de l’EPr, sont co-exprimés à E3.5 dans la MCI puis adoptent une expression exclusive au sein de leur lignage respectif. La différenciation du lignage EPr nécessite l’expression de GATA6 et l’activation de la voie Récepteur Tyrosine Kinase (RTK) activée par le FGF (RTK-FGF) pour l’induction de gènes cibles de GATA6 tels que Sox17 et Gata4.Au cours de ma thèse, j’ai, dans un premier temps, étudié la relation GATA6/voie RTK-FGF lors de l’induction de l’expression des gènes de différenciation de l’EPr. J’ai utilisé des cellules souches embryonnaires murines ES sauvages ou mutantes pour Gata6 (ES Gata6-/-), dans lesquelles j’ai surexprimé différentes formes mutantes de Gata6 inactivées sur les différents résidus identifiés comme potentiellement phosphorylables par la voie RTK-FGF. Ainsi, j’ai analysé l’expression protéique des gènes Sox17 et Gata4 ainsi que des expressions ARN de ces cibles et d’autres gènes caractéristiques exprimés dans l’EPr dans les différentes conditions de surexpression des formes de Gata6 en absence ou présence d’inhibiteurs de la voie RTK-FGF. Ainsi, j’ai pu mettre en évidence que la transmission du signal s’effectue au travers de récepteur au FGF et qu’il existe une compensation entre les branches RTK-MEK-ERK et RTK-PI3K ciblant le résidu Sérine 37 de GATA6. Enfin, les résidus S34 et T509 sont nécessaires et les résidus S34, S37 et T509 semblent coopérer, au travers d’un mécanisme pour le moment non détaillé, pour l’induction des gènes cibles exprimés au sein de l’EPr.Dans un second temps, j’ai débuté la caractérisation phénotypique du rôle des facteurs Dickkopf1 (DKK1), un inhibiteur de la voie WNT/β-caténine, et NOGGIN, un inhibiteur de la voie des Bone Morphogenic Protein (BMP) lors de la différentiation de l’EPr en endoderme pariétal (EP) et viscéral (EV). A l’aide de modèles de souris KO pour DKK1 et NOGGIN, croisées en fond C57Bl6 pur, j’ai pu observer que l’expression d’OCT4 était maintenue au sein des embryons homozygotes mutants pour Dkk1 et double homozygotes mutants pour Dkk1 et Noggin. Cependant, le mécanisme potentiel de compensation ou de coopération de ces deux marqueurs n’est pour le moment pas détaillé précisément et mérite l’analyse d’un plus grand nombre d’embryons mutants
At E3.5 days of development (E3.5), mouse embryo consists of a monolayer of external cells corresponding to Trophectoderme (TE) and of an intern cell mass (ICM), heterogeneous, constituted by two subpopulations of precursory cells: epiblastic cells (Epi) and primitive endoderm cells (EPr). NANOG, an Epi marker and GATA6, a PrE marker, are co-expressed at E3,5 in the MCI and then adopt an exclusive expression within their respective lineage. EPr differentiation requires both expression of GATA6 and RTK pathway, activated by FGF ligand, in order to induce late markers Sox17 and Gata4 expression.First, I studied the relation GATA6/RTK during this process to understand the mechanism of induction of these target genes during final EPr differentiation. I used embryonic stem cells ES WT or Gata6 mutants (ES Gata6-/-), in which I transfected various Gata6 mutant constructions on different residues characterized as potentially phosphorylable by the RTK pathway. So, I analyzed protein expression of Sox17 and Gata4 target genes as well as RNA expression of characteristic genes expressed in the EPr in different inhibition conditions of RTK pathway. So, I was able to highlight that the transmission of the signal is made through the FGF receptor (FGFR1) and that there is compensation between RTK-MEK-ERK and RTK-PI3K pathways highlighted by later Gata6 overexpression of certain mutant forms. Finally, residue S34, S37 and T509 seems to cooperate, through a mechanism not detailed for the moment, for the induction of the EPr target genes.Then, I was interested to phenotypically characterize the role of Dickkopf1 (DKK1), an inhibitor of the WNT/β-catenin pathway, and NOGGIN, an inhibitor of the Bone Morphogenic Protein (BMP) pathway during the EPr differentiation in parietal endoderm (EP) and visceral (EV). Using models of mouse KO for Dkk1 and Noggin, met in pure background C57Bl6, I was able to observe that OCT4 expression was maintained within the Dkk1-/-, and Dkk1-/- Noggin-/- embryos. However, the potential compensation or cooperation mechanism of these two markers is not understanding well for the moment and deserves the analysis of a largest mutant embryos number

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Isnard, Amandine. "Les gènes IL13, STAT6 et IL5 sont impliqués dans la susceptibilité génétique humaine à l'infection par Schistosoma haematobium". Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20729.

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La bilharziose urinaire est endémique dans 53 pays d'Afrique et du Moyen-Orient, où 436 millions de gens sont considérés à risque d'infection. 112 millions sont effectivement infectés par le trématode Schistosoma haematobium, et 150000 en meurent chaque année. Les vers adultes de S. Haematobium se logent dans l'appareil uro-génital et les oeufs restés piégés vont y causer de graves désordres pathologiques tels qu’une hématurie, une dysurie et des uropathies obstructives. Un locus majeur SM1, situé en région chromosomique 5q31-q33, et contrôlant les niveaux d'infection causée par S. Mansoni a été mis en évidence par notre laboratoire. Une étude d'association, dans une nouvelle population d'étude malienne infectée par S. Haematobium, s'est focalisée sur les régions promotrices des gènes IL4, IL5, et IL13, trois gènes codant pour des cytokines Th2 majeures et situés en 5q31-q33. Une association a été trouvée pour un polymorphisme de l'IL13 (rs1800925). Nous avons alors voulu déterminer si des variants de gènes de la voie Th2, en plus de l'IL13, étaient impliqués dans le contrôle de l'infection. Sur l'ensemble des gènes analysés (IL4, IL4RA, IL13RA1 et IL13RA2, STAT6, ainsi que GATA3), un seul polymorphisme à risque, rs324013, situé dans le promoteur du gène STAT6 a été associé. Le génotype C/T est associé à la susceptibilité à l'infection par S. Haematobium. Rs324013 a un effet indépendant et additif avec rs1800925. Les individus de génotype rs1800925C/C et rs324013C/T sont plus fortement infectés que les autres. Aucun de ces deux variants n'est corrélé avec d’autres polymorphismes dans leur région chromosomique respective, et tous deux affectent la fixation de facteurs de transcription, nous confortant ainsi dans l'idée qu'il s’agit bien de polymorphismes causaux directement impliqués dans le contrôle de l'infection causée par S. Haematobium. Nous avons ensuite considéré les déséquilibres de liaison (D') dans la région 5q31-q33, en plus des corrélations (r²) entre les polymorphismes, afin de déterminer si d'autres variants que rs1800925 pouvaient être impliqués dans le contrôle des niveaux d'infection due à S. Haematobium. Une association a été identifiée pour le variant rs7719175, localisé en 5' de l'IL13, avec l'allèle T associé à la susceptibilité. Il permet une fixation de facteurs de transcription différentielle selon l'allèle en présence. Ces deux polymorphismes ont un effet synergique sur l'infection et les utiliser sous forme d'haplotype permet une meilleure discrimination entre les individus infectés (haplotype de susceptibilité rs7719175T-rs1800925C). Enfin, une troisième étude a consisté en une analyse génétique préliminaire de 4 polymorphismes, déjà identifiés comme associés à la susceptibilité à l'infection symptomatique causée par S. Japonicum, dans une population chinoise. Nous avons voulu déterminer si ces polymorphismes intervenaient également dans le contrôle de l'infection causée par S. Haematobium dans notre population d'étude malienne. Ainsi, sur les 4 SNPs de l'IL5 étudiés, seul l'un d’entre eux, rs1769122, a montré une tendance d'association dans notre population d'étude.

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Giroud, Joëlle. "Impact of the UPR pathway on the establishment of the senescent phenotype induced by UVB". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024ULILS036.

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Contexte : En France, la prévalence des modifications corporelles apparentes augmente, y compris chez les médecins généralistes. Il n’existe actuellement pas d’étude sur le vécu des médecins porteurs de modifications corporelles apparentes dans leur relation avec le patient.Méthode : Etude qualitative par IPA par entretiens semi-directifs entre janvier et juin 2024. Le recrutement a eu lieu au cours du CNGE de 2022, par « effet boule de neige » et via la diffusion d’annonces sur les réseaux sociaux. 6 médecins ont été interrogés sur la base d’un guide d’entretien révisé après chaque entretien.Résultats : Dans l’imaginaire collectif le look du médecin généraliste reste stéréotypé et est un moyen de se présenter à l’autre. Le médecin a tendance à s’auto-censurer dans son look pour se conformer à la norme sociale tout en ayant le désir d’être authentique. Les patients accueillent de façon bienveillante le plus souvent les modifications corporelles apparentes. Certains sont plus réticents mais les compétences professionnelles semblent primer sur la première impression. Les médecins s’amusent parfois des réactions des patients, d’autant plus s’ils assument pleinement leurs modifications corporelles. Pour d’autres, le bilan est plus mitigé, notamment lorsqu’un manque de légitimité se fait ressentir.Conclusion : En l’absence d’autre facteur de discrimination, les modifications corporelles apparentes du médecin généraliste sont plus ou moins acceptables selon leur visibilité et la sensibilité, la « norme » du patient. Il serait d’intérêt de réaliser d’autres études quant à l’impact des différents facteurs de discrimination du médecin sur la relation médecin-patient.Le vieillissement cutané, influencé par une combinaison de facteurs intrinsèques et extrinsèques, entraine des dommages capables d'altérer les fonctions cutanées. Parmi les facteurs extrinsèques, les rayonnements ultraviolets (UV) sont responsables du photo-vieillissement de la peau. Ces éléments conduisent notamment à une accumulation de cellules sénescentes capables de contribuer au développement de pathologies liées à l’âge, telles que les cancers cutanés. En effet, la sénescence s’accompagne de profonds changements morphologiques et moléculaires au sein de la cellule. Cela inclut notamment une modification de son sécrétome, qui s'enrichit en cytokines pro-inflammatoires, en facteurs de croissance et en enzymes remodelant la matrice extracellulaire, altérants les caractéristiques des tissus lors du vieillissement. Néanmoins, les mécanismes précis qui aboutissent au phénotype sénescent induit par les UVB restent largement inconnus. Dans ce contexte, l’objectif principal de ce travail a été d'identifier des mécanismes moléculaires sous-jacents à l’établissement de la sénescence induite par les UVB dans des fibroblastes de derme humains normaux (NHDFs), mécanismes qui pourraient contribuer au vieillissement cutané. In vitro, nous avons confirmé que des expositions répétées aux UVB induisent la sénescence prématurée des NHDFs et que cet état est associé à l’activation des trois branches de la voie UPR (Unfolded Protein Response) responsables du maintien de l’homéostasie du réticulum endoplasmique (RE), le premier compartiment de sécrétion. Ces observations ont été supportées par une analyse transcriptomique, révélant des éléments de régulation liés aux grandes voies de sénescence et aux fonctions du RE dans les NHDFs exposés aux UVB. Par la suite, nous avons montré que la branche ATF6α joue un rôle central dans la survenue des biomarqueurs du phénotype sénescent induit par les UVB. En effet, l’invalidation d’ATF6α protège non seulement des changements morphologiques induits par les UVB, mais réduit le pourcentage de cellules positives pour la SA-βgalactosidase (SA-βgal), prévient la persistance des dommages à l'ADN, et modifie l'expression de facteurs majeurs du phénotype sécrétoire associé à la sénescence (SASP) [...]
Skin ageing, influenced by a combination of intrinsic and extrinsic factors, can result in damage that has the potential to alter skin functions. Among extrinsic factors, ultraviolet (UV) radiation is responsible for skin photoageing. These factors notably contribute to the accumulation of senescent cells which in turn can contribute to the development of age-related pathologies, including skin cancers. Indeed, senescence is characterized by profound morphological and molecular changes within the cell. This includes a modification of its secretome, which becomes enriched in pro-inflammatory cytokines, growth factors, and matrix-remodelling enzymes, altering tissue characteristics during ageing. However, the exact mechanisms driving the senescent phenotype induced by UVB remain largely unknown. In this context, the main objective of this work was to identify the underlying molecular mechanisms responsible for the establishment of UVB-induced senescence in normal human dermal fibroblasts (NHDFs), mechanisms that may play a role in skin ageing. In vitro, we confirmed that repeated exposures to UVB induce premature senescence of NHDFs and that this state is associated with the activation of the three branches of the Unfolded Protein Response (UPR), which are responsible for maintaining endoplasmic reticulum (ER) homeostasis, the primary cellular secretion compartment. These observations were supported by transcriptomic analysis, revealing regulatory elements related to major senescence pathways and ER functions in UVB-exposed NHDFs. Subsequently, we demonstrated that the ATF6α branch plays a central role in the development of the UVB-induced senescent phenotype. Indeed, the silencing of ATF6α not only protects against morphological changes induced by UVB, but also reduces the percentage of senescence-associated β-galactosidase (SA-βgal) positive cells, prevents the persistence of DNA damage, and alters the expression of major factors associated with the senescence-associated secretory phenotype (SASP). The SASP, exerting a pro-tumoral action, led us to assess whether the conditioned medium (CM) from UVB-exposed fibroblasts invalidated for ATF6α could impact the migration and invasion potential of melanoma cells. However, we did not observe any ATF6α-dependent pro-migratory or pro-invasive effects. To highlight a potential role of ATF6α in another biological process, we further analyzed our transcriptomic and secretomic analyses and identified a possible effect of ATF6α on the paracrine control of the skin environment. To explore this, we focused on SASP factors (cytokines and metalloproteinases) regulated by ATF6α and whose impact on tissue environment was known. Subsequently, we treated a reconstructed human epidermis (RHE) model with CM from NHDFs exposed or not to UVB and invalidated or not for ATF6α.Surprisingly, we observed that the CM from UVB-exposed NHDFs increased the thickness of the RHE as well as the proliferation of basal keratinocytes, via an ATF6α-dependent mechanism. Finally, we identified IL-8 as a major paracrine factor involved in this process, as blocking IL-8 with neutralizing antibodies prevented excessive proliferation of keratinocytes. In conclusion, we report the role of ATF6α in UVB-induced senescence and its impact on the preservation of skin homeostasis under stress conditions, particularly through the regulation of the expression of SASP components. This suggests that ATF6α and its effectors could be promising targets for controlling the effects of skin ageing

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Grandjean-Laquerriere, Alexia. "Mécanismes de régulation de la production de cytokines pro-inflammatoires (TNF-α,IL-6,IL-)8 et IL-18 et anti-inflammatoire (IL-10) : modèle du kératinocyte humain irradié par des UVB/Alexia Grandjean". Reims, 2001. http://www.theses.fr/2001REIMP202.

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Les kératinocytes participent à la défense immunitaire de l'organisme en synthétisant de nombreuses cytokines. Nous avons étudié au cours de ce travail les mécanismes de régulation de la synthèse de cytokines pro-inflammatoires (TNF-a, IL-6, IL-8 et IL-18) et anti-inflammatoire (IL-10) dans des cultures de kératinocytes irradiés par un rayonnement UVB. Nous avons observé une augmentation dose-dépendante de l'expression des cytokines en fonction de la dose d'UVB appliquée. Nous avons ensuite cherché à définir l'implication des facteurs de transcription NF-kB et AP-1 dans la régulation de la synthèse de cytokines en utilisant la curcumine et le PDTC. En présence de curcumine, nous observons une inhibition de l'activation du facteur NF-kB et de la synthèse des cytokines inflammatoires. A l'opposé, l'expression de l'IL-10 est augmentée. En revanche, l'activation du facteur AP-1 n'est pas affectée par la curcumine. En présence de PDTC, nous observons une inhibition de l'activation du facteur NF-kB ainsi qu'une augmentation de l'activation du facteur AP-1 ; ainsi qu'une inhibition de l'expression du TNF-a et de l'IL-6 et une activation de l'IL-8 et de l'IL-10. Ces résultats suggèrent une régulation du TNF-a et de l'IL-6 NF-kB dépendante, et de l'IL-8 NF-kB et AP-1 dépendante. Puis nous avons étudié la voie de la PKA. Pour cela nous avons traité des kératinocytes irradiés avec: 1) dbAMPc, PGE2 et toxine cholérique (agents qui augmentent l'AMPc intracellulaire) et, 2) H89 et PKAi (inhibiteurs spécifiques). Nous observons, en présence des analogues de l'AMPc, une inhibition de l'expression du TNF-a et de l'IL-18 ainsi qu'une augmentation de l'IL-6 et de l'IL-10. Le traitement par les inhibiteurs de la PKA a pour conséquence une inhibition de la synthèse des quatre cytokines étudiées. Ces résultats montrent que la régulation des cytokines produites lors de l'irradiation des kératinocytes fait intervenir des voies de signalisation différentes selon la cytokine étudiée.

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Meisse, Delphine. "Glutamine, gonflement cellulaire et régulation de l'expression du gène de l'alpha 2-macroglobuline dans le foie de rat". Rouen, 1999. http://www.theses.fr/1999ROUES076.

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La glutamine est l'acide aminé dont la concentration sanguine est la plus élevée. Bien que la glutamine ne soit pas classée parmi les acides aminés essentiels, cet acide aminé exerce des effets régulateurs sur l'expression de certains gènes hépatiques. Ces effets régulateurs de la glutamine sont liés, au moins en partie, au gonflement cellulaire induit par l'entrée de cet acide aminé dans la cellule hépatique. Nos travaux montrent que la glutamine peut exercer des effets régulateurs dans des situations physiopathologiques ; en effet, la glutamine induit l'expression du gène codant l'α2M, une protéine sécrétée par le foie lors d'un processus inflammatoire. De plus, la glutamine renforce l'effet de l'IL-6 qui est l'inducteur majeur de l'expression de ce gène. Ces effets de la glutamine sur l'expression du gène de l'α2M pourraient impliquer, au moins en partie, le gonflement cellulaire induit par cet acide aminé. La consommation de glutamine ainsi que le volume hépatiques étant augmentés au cours d'un processus inflammatoire, nos résultats mettent en évidence l'implication de deux nouveaux facteurs, la glutamine et le gonflement cellulaire, dans la réponse inflammatoire. Concernant le mécanisme moléculaire impliqué dans l'influence du gonflement cellulaire sur l'expression du gène de l'α2M, nos résultats montrent que cet effet est lié à une activation des facteurs de transcription STAT1 et STAT3, facteurs majeurs impliqués dans l'effet inducteur de l'IL-6 sur l'expression de ce gène. Cette activation est due à une phosphorylation de ces facteurs sur les mêmes résidus tyrosyle que ceux phosphorylés sous l'influence de l'IL-6. De plus, l'effet du gonflement cellulaire sur la phosphorylation de ces résidus tyrosyle est additif à celui de l'IL-6. Le gonflement cellulaire n'ayant aucun effet sur l'activité des protéines JAKs, protéine tyrosine kinases impliquées dans l'effet de l'IL-6 sur l'activation des protéines STAT1 et STAT3, nos résultats permettent de proposer les mécanismes d'action suivants pour expliquer l'effet du gonflement cellulaire : le gonflement cellulaire pourrait activer soit une autre protéine tyrosine kinase de type Src par exemple, soit inhiber une protéine tyrosine phosphatase. En conclusion, cette étude démontre l'implication d'un nutriment, la glutamine, dans la réponse hépatique au cours d'un processus inflammatoire. De plus, ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives quant à l'implication de protéine tyrosine kinase et phosphatase dans la signalisation du gonflement cellulaire.

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Gautheron, Jérémie Francis Alexis. "Les processus d’ubiquitination dans la voie de signalisation NF-kB et leurs dérèglements en pathologie". Paris 5, 2011. http://www.theses.fr/2011PA05T052.

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La voie de signalisation NF-kB joue un rôle essentiel dans l’inflammation, la réponse immunitaire et la protection contre l’apoptose. Son activation est contrôlée par la kinase IKK, composée de deux sous-unités catalytiques (IKK1/IKK2) et d’une sous-unité régulatrice, NEMO. Il a été montré que des processus d’ubiquitination complexes encore mal compris régulent l’activité d’IKK et impliquent notamment NEMO. Dans ce travail nous avons essayé de mieux définir le rôle de l’ubiquitination de NEMO dans le processus d’activation d’IKK et comment il est contrôlé par l’E3 ligase TRAF6. Une analyse moléculaire de mutations de NEMO causant la maladie génétique Incontinentia Pigmenti (IP) a été entreprise. Elle a permis de définir les domaines d’interaction entre NEMO et TRAF6, de progresser dans la compréhension des défauts caractérisant IP et, en exploitant les données concernant l’interface NEMO/TRAF6, de proposer une nouvelle stratégie pour agir sur le processus d’activation de NF-kB
The NF-kB signaling pathway plays a key role in inflammation, immune response and protection against apoptosis. Its activity is controled by IKK, a kinase complex which is composed of two catalytic subunits (IKK1/IKK2) and one regulatory subunit (NEMO). It has been reported that intricate ubiquitination processes, still poorly defined, regulate the activity of IKK and involve NEMO. During this work, we have tried to define in more details the role of NEMO ubiquitination in the activation process of IKK and how it is controled by the E3 ubiquitin ligase TRAF6. A molecular analysis of NEMO mutations causing the genetic disease Incontinentia Pigmenti (IP) has been carried out. This has allowed us to identify the interaction domains between NEMO and TRAF6, to get insights into the defects causing IP and, exploiting the data concerning the NEMO/TRAF6 interface, to propose a new strategy to modulate the NF-kB activation process

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Harroch, Sheila. "Les facteurs de transcription impliqués dans l'action de l'interleukine-6". Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30211.

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L'interleukine-6 (il-6) est une cytokine produisant une impressionnante variete d'effets biologiques. Le but de cette these est d'identifier des voies intracellulaires menant du recepteur de l'il-6 aux changements d'expression genique dans le noyau et de comprendre a quelle etape dans la transmission du signal les effets d'il-6 divergent d'une cellule a une autre. La transcription du gene irf-1 est induite tres rapidement et directement par l'il-6 dans toutes les lignees cellulaires testees. Nous avons caracterise sur ce gene une sequence d'adn palindromique, pire, impliquee dans la reponse a l'il-6, mais aussi dans la reponse aux interferons (ifns). L'etude des facteurs de transcription se liant a des elements d'adn homologue, en reponse a l'il-6 et aux ifns nous a permis de caracteriser un nouveau facteur de transcription, pirf-a, specifiquement active dans les premieres minutes du traitement par l'il-6. Ce facteur heteromerique contient une proteine de 46 kda et au moins deux proteines de 91-98kda, une de ces dernieres reagissant avec des anticorps anti aprf/stat3. Trois autres facteurs sont aussi actives par l'il-6 et contiennent differentes combinaisons de facteurs stat3/aprf avec ou sans stat1, une proteine appartenant aussi a la voie de signalisation des ifns. Etudiant en parallele l'activation par l'il-6 du gene myd88 dans les cellules myeloides, nous montrons que ce gene est regule par une sequence pire chevauchant une sequence cible de irf-1. Une des fonctions d'irf-1 est d'inhiber la multiplication cellulaire, irf-2 ayant un effet antagoniste. Nous montrons que l'il6 stimule aussi l'expression de la proteine irf1, mais que la liaison d'irf-1 a son site cible n'est observee que dans les cellules ou il-6 inhibe la croissance. Nous avons mis en evidence et etudie l'activite de differentes formes d'irf-2 et en particulier une forme de clivage apparaissant au cours de l'infection par le chlamydia, dont l'activite repressive semble plus importante

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Hamard, Pierre Jacques. "Contribution à l'étude du facteur de transcription ATF7". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2005/HAMARD_Pierre_Jacques_2005.pdf.

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Les protéines ATF7 sont des protéines à leucine-zipper caractérisées par leur capacité à se fixer sur les séquences ATF/CRE (TGACGTCA) de différents promoteurs précoces d'adénovirus et de certains gènes cellulaires. Elles sont capables d'interagir avec certains membres de la famille des oncoprotéines Jun/Fos et de moduler leurs activités. Pour préciser le rôle d'ATF7 dans les mécanismes d'activation transcriptionnelle, nous avons analysé ses relations avec les hsTAFs, des protéines qui font partie de plusieurs complexes multiprotéiques comme le complexe TFIID. Nos résultats indiquent que l'activité transcriptionnelle d'ATF7 est spécifiquement relayée par hsTAF12, principalement par l'isoforme de 20 kDa. De plus ATF7 et hsTAF12 interagissent in vivo et l'intégrité du domaine activateur amino-terminal d'ATF7 et du motif "histone-fold" de hsTAF12 sont indispensables à cette interaction. Nous montrons enfin que la transactivation relayée par hsTAF12 est spécifiquement inhibée par hsTAF4 (son partenaire d'hétérodimérisation au sein de TFIID) mais pas par hsTAF4b, un homologue tissu-spécifique de hsTAF4. Parmi les protéines interagissant et modulant l'activité d'ATF7, notre équipe a détecté la protéine Ubc9, une enzyme clé de la voie de SUMOylation. Par ailleurs, nous avons identifié dans la partie amino-terminale d'ATF7 un motif consensus d'un site de SUMOylation et montré que la protéine est SUMOylée, à la fois par des expériences in vitro et in vivo. Nous avons observé que la localisation intracellulaire d'ATF7 était dépendante de sa SUMOylation : nos résultats suggèrent qu'ATF7 ne serait présent dans le noyau qu'à l'état dé-SUMOylé ; la SUMOylation cytoplasmique d'ATF7 induirait sa séquestration au niveau des complexes des pores nucléaires (NPC). Nous avons notamment mis en évidence, par des expériences d'immunomarquage, une colocalisation d'ATF7 avec une protéine des NPC, RanBP2. Cette dernière est également une enzyme E3 de la voie de SUMOylation qui augmente spécifiquement la SUMOylation d'ATF7 in vitro. De plus, une protéine ATF7 non SUMOylable (mutée au niveau de son site unique de SUMOylation) présente une activité transcriptionnelle nettement supérieure à celle de la protéine SUMOylée. Des expériences d'immunoprécipitation de chromatine (ChIP) ont également révélé que la SUMOylation d'ATF7 diminue sa présence au niveau de ses promoteurs cibles
ATF7 proteins, which are members of the b-Zip family of transcription factors, are able to bind ATF/CRE sequences (TGACGTCA) within different early adenoviral or cellular promoters. ATF7 can interact with the family of Jun/Fos oncoproteins and modulate their activities. To get an insight into the transactivation mechanism mediated by ATF7, we analyzed its relations with hsTAFs proteins, which are components of several multiproteic complexes like TFIID. Our results show that transactivation by ATF7 is specifically mediated by hsTAF12, mainly by its 20-kDa isoform. Moreover, ATF7 and hsTAF12 interact in vivo : the integrity of the ATF7 amino-terminal activation domain and of the hsTAF12 "histone-fold" domain is required for this interaction. We show that hsTAF12 mediated transactivation is specifically inhibited by hsTAF4 (its heterodimerization partner within TFIID), and not by hsTAF4b, a tissue-specific hsTAF4 homolog. Ubc9, a protein involved in the SUMOylation pathway, was found among the proteins interacting with ATF7 and modulating its activity. We have identified a consensus SUMOylation site within the N-terminal part of ATF7 and demonstrate that ATF7 is SUMOylated both by in vitro and in vivo experiments. Moreover, our results reveal that the intracellular localization of ATF7 is affected by its SUMOylation : ATF7 is found in the nucleus only in a de-SUMOylated form ; the cytoplasmic SUMOylation of ATF7 likely induces its sequestration at the level of the nuclear pore complexes (NPC). Using immunohistochemistry assays, we observe a colocalization between ATF7 and RanBP2, a protein of the NPC, which is an E3 ligase of the SUMOylation pathway. Accordingly, RanBP2 is able to stimulate ATF7 SUMOylation in vitro. This NPC targeting seems to influence ATF7 transactivation activity as an ATF7 mutant, whose SUMOylation is impaired, is more active than its SUMOylated counterpart. These results correlate with our chromatin-immunoprecipitation (ChIP) experiments, which show that the occupancy of a target promoter by ATF7 is highest in the presence of the unSUMOylated protein

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Corvaisier, Matthieu. "Implication des co-activateurs transcriptionnels YAP/TAZ dans la régulation entre la croissance et la dormance tumorale des cellules du cancer colorectal : mécanismes moléculaires et perspectives thérapeutiques". Thesis, Lille 2, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL2S028/document.

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Le cancer colorectal est la première pathologie cancéreuse de la sphère digestive, tant en terme de fréquence que de mortalité par an. Chaque année, 41 000 nouveaux cas sont diagnostiqués et 17 000 décès sont dus à ce cancer en France. Deux paramètres cliniques expliquent la mortalité de ce cancer; d'une part le fait qu'un patient sur deux est diagnostiqué au stade métastatique ou va présenter des lésions métastatiques durant l'histoire de sa pathologie, d'autre part le fait que les patients après traitement vont fréquemment présenter une récidive de leur pathologie. L'utilisation de régimes de chimiothérapies avant et après résection métastatique améliore la survie sans récidive à court terme, mais à 2 ans post chirurgie l'avantage apporté est perdu. Ainsi, la compréhension des mécanismes d'échappement à la chimiothérapie et régissant la croissance tumorale est d'intérêt pour tenter de limiter la récidive tumorale. L'objectif de ce travail de thèse a consisté en l'analyse de sous-populations obtenues sous pression de chimiothérapie au 5-Fluorouracile (5FU) dérivées de la lignée cancéreuse colique HT29, ainsi que les mécanismes moléculaires associés. Notre clone le plus chimiorésistant isolé, le modèle cellulaire 5F31, quitte le compartiment prolifératif sous traitement à fortes doses de 5FU, ceci étant associé à une perturbation de la voie de signalisation de la Src kinase c-Yes et de son partenaire, le co-activateur transcriptionnel YAP. Sous traitement, les cellules chimiorésistantes entrent en quiescence, le complexe protéique entre c-Yes et YAP est perdu et la quantité totale et nucléaire de YAP diminue de manière significative (Igoudjil, Touil, Corvaisier et al. 2014 Clinical Cancer Research). Dès lors, la suite des travaux a consisté en l'étude du rôle potentiel de YAP sur la balance quiescence/prolifération sous 5FU. L'inhibition pharmacologique ou l'inhibition transitoire de l'expression de YAP et de son paralogue, la protéine TAZ, dans plusieurs lignées cancéreuses coliques induit l'augmentation de la fraction de cellules quiescentes, associée au ralentissement significatif de la croissance tumorale. A l'inverse, la surexpression d'une forme constitutivement active de YAP demeurant nucléaire sous 5FU maintient les cellules 5F31 en prolifération et sensibilise les cellules à la chimiothérapie. Au niveau des effecteurs protéiques, l'induction de quiescence (par traitement à la chimiothérapie ou inhibition de YAP/TAZ) est associée à la perte d'expression de la Cycline E1 et du facteur de transcription c-Myc. A l'inverse, la surexpression du dominant constitutivement actif de YAP dans les cellules 5F31 conduit à l'expression soutenue de la Cycline E1 sous 5FU, expression nécessitant l'activation du facteur de transcription CREB. L'inhibition de la Cycline E1 permet d'induire la quiescence cellulaire, proposant cette protéine comme l'un des effecteurs des protéines YAP/TAZ dans la régulation entre la quiescence et la prolifération cellulaire (Corvaisier et al, Oncotarget, 2016). En conclusion, nos données montrent l'importance du rôle des protéines YAP/TAZ dans le maintien des cellules en prolifération via l'expression notamment de la Cycline E1. Nos résultats sur cohorte de patients atteints de métastases hépatiques de cancers colorectaux montrent que l'expression des co-activateurs YAP/TAZ est liée à un index prolifératif plus important, confortant nos données sur le rôle de ces protéines dans la croissance tumorale. De plus, l'expression élevée de YAP et TAZ est associée en analyses multivariées à une récidive plus précoce et à une survie globale plus faible. Ainsi, l'étude de l'expression et du niveau d'activation de ces acteurs serait un marqueur pronostic intéressant dans l'anticipation de la récidive métastatique ; ainsi que des cibles thérapeutiques intéressantes pour tenter de limiter la rechute tumorale
Colorectal cancer is the most frequent and lethal cancerous pathology from the digestive system. Each year in France, 41 000 new cases are diagnosed and 17 000 patients die due to this pathology. This high mortality is mainly due to the rate of patients with liver metastatic lesions and the early relapse of those metastases after treatment. The use of chemotherapy prior to surgery induces a decrease of early relapse, however 2 years after resection this advantage is lost. Thus, understanding the mechanisms underlying escape to treatment is required to try to delay or prevent tumor recurrence.The aim of this doctoral work was to analyze clonal chemoresistant subpopulations derived from the colorectal cancer cell line HT29 after chronic exposure to 5-Fluorouracil (5FU) and molecular mechanisms associated with chemoresistance. The most chemoresistant clonal subpopulation, 5F31, stops its proliferation after treatment with high dose of 5FU, this behavior being associated with the modulation of the c-Yes/YAP axis. After treatment, 5F31 cells enter quiescence, interaction between c-Yes and YAP is lost and total and nuclear YAP protein expression reduces significantly (Igoudjil, Touil, Corvaisier et al. 2014, Clinical Cancer Research). The next step was to study functions of YAP protein in this chemotherapy- induced quiescence.Pharmacological or transient inhibition of YAP and its homolog TAZ, induces quiescence and reduces cellular growth in several colorectal cancer cell lines. On the other hand, overexpression of a constitutively active form of YAP in 5F31 cells forces cells to remain proliferative under 5FU treatment, enhancing 5F31 cell chemosensitivity to 5FU.Regarding proteic effectors, quiescence (either induced by 5FU or YAP/TAZ inhibition) is associated with loss of expression of the transcription factor c-Myc and Cyclin E1. In 5F31 cells expressing the active mutant form of YAP, Cyclin E1 expression is sustained after 5FU treatment through the activation of the transcription factor CREB. Cyclin E1 inhibition is sufficient to induce quiescence, therefore introducing this protein as one of the final effectors of YAP/TAZ co-activators in the regulation of the proliferation/quiescence switch in colorectal cancer cells (Corvaisier et al. 2016, Oncotarget).To conclude, our work reveals the importance of YAP/TAZ proteins for the maintenance of colorectal cancer cells proliferation through Cyclin E1 expression. Our work on liver metastases from patients with colorectal cancer shows that high expression of YAP/TAZ is connected to a higher proliferative index in metastatic lesions. Moreover, high YAP/TAZ expression is associated with shorter patient progression-free survival and shorter overall survival. Studying the expression and level of YAP/TAZ activation could be an interesting prognosis marker to anticipate metastatic relapse and potent druggable target to delay tumoral recurrence

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DE, GRAEVE FABIENNE. "Etude de differents partenaires du facteur de transcription atfa". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1999. http://www.theses.fr/1999STR13089.

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Yu, Vionnie Wing Chi. "Factor inhibiting ATF4-mediated transcription is a novel leucine zipper transcriptional repressor that regulates bone mass". Thesis, McGill University, 2007. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=103311.

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Skeletal development is a complex event that requires a delicate balance between bone formation and bone resorption. Multiple transcription factors expressed in the bone-forming cells, osteoblasts, play crucial roles during the process of bone formation. Among them, ATF4 (Activating Transcription Factor 4) is a basic domain-leucine zipper transcriptional activator that is responsible for osteoblast differentiation, osteoblast-specific genes expression, synthesis of type I collagen, and osteoclast differentiation. Mice deficient for ATF4 are runted and exhibit severe skeletal dysplasia. Our laboratory has discovered Factor Inhibiting ATF4-mediated Transcription (FIAT), whose name was coined for its interaction with ATF4 and subsequent repression of ATF4-mediated osteocalcin gene transcription. FIAT is a leucine zipper nuclear molecule lacking a basic domain for DNA binding. We hypothesize that FIAT suppresses the bone-forming activities of osteoblasts by interacting with ATF4 and thereby blocking ATF4 attachment to the DNA to mediate downstream signalling pathways. To prove this hypothesis, we monitored the expression profiles of FIAT in parallel with ATF4 during osteoblastogenesis. Mechanism of FIAT repression of ATF4 was investigated through structure-function and mutation analysis. The physiological significance of FIAT expression in osteoblasts was studied through silencing FIAT in osteoblasts by RNA interference, as well as through characterization of two genetic mouse models: FIAT transgenic mice which overexpress FIAT in osteoblasts, and osteoblast-specific FIAT knockout mice. These studies showed that FIAT and ATF4 are co-expressed in osteoblasts, and that FIAT inhibition of matrix mineralization requires dimerization with ATF4 through the second leucine zipper. Furthermore, transgenic mice overexpressing FIAT exhibited osteopenia whereas FIAT knockout mice showed enhanced bone formation. These results support our hypothesis and demonstrate that FIAT is a key transcriptional repressor that modulates osteoblast function.

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Su, Ling-I. "The effects of disease mutations on the transcription factor Interferon Regulatory Factor 6". Thesis, University of Manchester, 2011. https://www.research.manchester.ac.uk/portal/en/theses/the-effects-of-disease-mutations-on-the-transcription-factor-interferon-regulatory-factor-6(62a14772-f8c5-45f8-84ca-c9d9320fa93b).html.

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Van der Woude syndrome (VWS) and popliteal pterygium syndrome (PPS) are autosomal dominant disorders characterized by combinations of cleft lip and cleft palate (CLP), lip pits, skin-folds, syndactyly and oral adhesions. VWS and PPS are caused by mutations in the transcription factor Interferon regulatory factor 6 (IRF6). IRF6 belongs to a family of transcription factors that share a highly conserved DNA-binding domain (DBD) and a less conserved protein-binding domain. Mutation analysis reveals a general genotype-phenotype correlation between the distribution of mutations and the manifestation of either VWS or PPS. However, the molecular mechanisms by which these mutations affect IRF6 function are still unknown. Therefore the aim of this project was to characterize the molecular function and regulation of IRF6 and subsequently determine the effects of VWS and PPS mutations on IRF6 function. DNA binding site-selection showed that the IRF6-DBD exhibited optimal binding site selectivity for the consensus sequence AACCGAAACC/T. This sequence was used to investigate the effects of VWS and PPS mutations in the DBD. Almost all mutations abrogated DNA-binding. It was subsequently demonstrated that a VP16AD-IRF6-DBD fusion protein was able to activate transcription from a promoter containing the derived binding site. However, wildtype IRF6 was shown to be autoinhibited and compartmentalized in the cytoplasm. To determine what signals are involved in the nuclear translocation of IRF6, internal signals that facilitate nucleocytoplasmic trafficking were mapped. The cytoplasmic localization of IRF6 suggested that the identified nuclear export signal (NES) 159IQDTFPFLNI168 is constitutively active and dominant over the nuclear localization signal 5PRRVRLK11. Disruption of the NES leads to nuclear retention; however nuclear localization alone is insufficient for functional activation of IRF6. Therefore, the role of phosphorylation in the regulation of IRF6 was assessed. Five novel phosphorylation sites were identified in IRF6 at residues S47, S131, S153, S424 and T425. Phosphorylation at S424/S425 was necessary for combinatorial phosphorylation at the serine/threonine rich region to induce nuclear retention, whereas, phosphorylation in the DBD at S47 abrogates DNA-binding. The understanding of IRF6 molecular function and mechanisms of regulation provides further insight into the pathways involved in the pathogenesis of VWS and PPS.

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Bronchain, Odile. "Molecular cloning and characterization of the rat GATA-6 transcription factor". Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1997. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape11/PQDD_0023/MQ50729.pdf.

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Bronchain, Odile. "Molecular cloning and characterization of the rat GATA-6 transcription factor". Thesis, McGill University, 1998. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=20298.

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The morphological and cellular changes observed during embryonic development are mainly caused by a reorganisation of gene expression programmes at the cellular level. These reorganisations are a consequence of extracellular and intracellular signals that converge in the nucleus to alter gene expression and thus give rise to cells with entirely novel properties. The mechanisms governing the regulation of gene expression in a given cell type during embryonic development are still ill-defined. In order to understand more how the cardiac genetic programme is governed, we undertook to clone the rat cDNA of theGATA-6 transcription factor. The GATA family of transcription factors encodes zinc-finger DNA binding proteins that recognise the consensus WGATAR sequence that constitutesa regulatory region for numerous genes. In the haematopoiesis system, GATA-1, -2 and -3 have an expression restricted to subsets of heamotopoietic cells and they all have unique, essential non-redundant roles in the differentiation and survival of these lineages. Interestingly, our laboratory and others have characterised a fourth member of the vertebrate GATA family, GATA-4, whose expression is highly enriched in the developing myocardium. Furthermore, GATA-4 expression is essential for cardiogenesis as tested in an in vitro system of cardiac differentiation or by gene-targeted mutation in the mouse. Here we describe the cloning of the rat GATA-6 cDNA and describe that GATA-6 is also highly enriched in the myocardium both at the RNA and the protein levels implying that a cardiac GATA subfamily may, during cardiogenesis, play analogous roles to the haematopoietic GATA subfamily. The characterisation of the GATA-6 protein revealed that it binds to consensus GATA sites with high affinity and that the GATA-6 gene encodes for a transcriptional activator with properties very similar to those of GATA-4. Finally we provide some evidence that GATA-6 expression might be under the control of GATA-4 and

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Davies, Andrew James. "The structure and function of the human transcription factor GATA-6". Thesis, King's College London (University of London), 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.326236.

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Diring, Jessica. "Mécanismes moléculaires de la régulation fonctionnelle du facteur de transcription ATF7". Strasbourg, 2010. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2010/DIRING_Jessica_2010.pdf.

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La protéine ATF7 est un facteur de transcription à « leucine zipper » capable d’hétérodimériser avec les oncoprotéines Jun/Fos et de contrôler l’expression de divers gènes cellulaires et viraux en se fixant aux éléments de réponse CRE ou TRE des promoteurs. Le travail présenté dans cette thèse vise à préciser au niveau moléculaire les mécanismes qui régulent son activité transcriptionnelle. La phosphorylation et la sumoylation participent à ce contrôle en ciblant le domaine activateur de la protéine. Nous avons montré qu’en réponse à une stimulation cellulaire par le facteur de croissance EGF, la protéine ATF7 est phosphorylée par la MAP kinase p38-bêta2, cette modification posttraductionnelle promouvant l’interaction d’ATF7 avec le complexe de préinitiation de la transcription et par là même l’activation de l’expression des gènes. En parallèle, nous avons isolé et caractérisé un nouveau variant d’épissage d’ATF7 codant une petite protéine cytoplasmique, ATF7-4. Celle-ci est très conservée chez les mammifères et contrôle l’activité d’ATF7 et de son paralogue ATF2 en absence d’activation cellulaire en retenant dans le cytoplasme une kinase essentielle à leur activité. La dégradation de ce variant est requise pour le relargage de la kinase et l’activation d’ATF7/2 en réponse à un stress. Afin de mieux comprendre la fonction cellulaire de la protéine ATF7, nous avons également entrepris l’identification de ses gènes cibles sur l’ensemble du génome par une approche de ChIP-seq. Nos résultats indiquent qu’ATF7 contrôle de nombreux processus cellulaires clés, en particulier la division cellulaire, la signalisation, le métabolisme et le maintien de l’homéostasie cellulaire
ATF7 transcription factor is a member of the b-Zip family that heterodimerizes with Jun/Fos oncoproteins, binds to CRE (cAMP response element) or TRE (TPA response element) promoter elements and regulates the expression of specific cellular and viral genes. This study leads to a better insight into the molecular mechanisms involved in the regulation of ATF7 transcriptional activity. Phosphorylation and sumoylation are post-translational modifications that are implicated in this control by targeting the activation domain of the protein. Our results indicate that upon EGF stimulation, ATF7 gets phosphorylated by p38-bêta2 MAP kinase, which promotes its interaction with the transcription preinitiation complex, leading to the activation of gene expression. We also identified and characterized a new short alternatively spliced variant of ATF7 encoding a cytoplasmic protein, ATF7-4. The latter is highly conserved amongst mammalian species and regulates the activity of ATF7 and its paralog ATF2 under non-stressed conditions by retaining in the cytoplasm a kinase that is essential for their activity. ATF7-4 degradation is a prerequisite for the release of this kinase and the subsequent activation of ATF7/2 under stressed conditions. To decipher the cellular function of ATF7, we finally initiated a genome wide mapping of its target genes by a ChIP-seq technology. Our results indicate that ATF7 could regulate multiple key cellular pathways, especially cell division, signaling and metabolism, and may play a crucial role in cell homeostasis

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Batnini, Kalil. "Rôles de la protéine E4F1 dans le contrôle de la réponse aux dommages de l’ADN dans le cancer du sein triple négatif". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT003.

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La protéine E4F1 découverte comme cible cellulaire de l'oncoprotéine adénovirale E1A est une protéine ubiquitaire agissant comme facteur de transcription et comme E3-ligase atypique. La protéine E4F1 interagit également directement avec plusieurs gènes suppresseurs de tumeurs et des oncoprotéines, suggérant son implication dans la tumorigénèse. Des travaux antérieurs du laboratoire, sur les fonctions cellulaires d’E4F1 dans les cellules cancéreuses ont montré que sa déplétion entraîne une mort cellulaire massive dans les Mefs transformés déficients en p53. De plus, E4F1 contrôle directement l'expression de 38 gènes, notamment impliqués dans le métabolisme cellulaire et les checkpoints du cycle cellulaire/Réponse aux dommages de l'ADN (DDR), tel que Chek1 qui code un composant majeur du checkpoint ATR/ATM. Conformément à ce rôle d’E4F1 dans la survie des cellules cancéreuses chez la souris, des patientes atteintes d'un cancer du sein triple négatif (TNBC) exprimant fortement E4F1 présentent une survie sans rechute (RFS) plus faible.Nous avons donc décidé d’étudier pour la première fois le programme transcriptionnel d’E4F1 dans les cellules humaines et d’explorer son rôle dans la survie des cellules de TNBC, avec une attention particulière pour son rôle dans la réponse aux agents de chimiothérapie.Les transcriptomes (RNAseq) de cellules SUM159 de TNBC montrent, lors de la déplétion d’E4F1, une diminution de l’expression de 147 des 276 gènes associés à la DDR. La combinaison de RNAseq et de ChIPseq révèle qu’E4F1 régule directement 57 gènes dans les cellules de TNBC humaines. Parmi ces gènes, E4F1 lui-même, CHEK1, mais aussi TTI2 et PPP5C codant pour des régulateurs post-transcriptionnels de l'axe ATM/ATR-CHK1, et définissant ainsi un "régulon" ATM/ATR-CHK1, encore inconnu et dépendant d’E4F1. TTI2 forme avec TELO2 et TTI1, le complexe TTT nécessaire au repliement correct et à la stabilité des protéines de la famille PIKK, telles qu’ATR et ATM. La phosphatase PPP5C est impliquée dans l'activation de la signalisation ATR-CHK1. Fait important, nous montrons qu’E4F1 se fixe sur et régule probablement ces trois gènes in vivo dans des tumeurs TNBC dérivées de patientes (PDTX). Dans la lignée SUM159 et les PDTX, le recrutement d’E4F1 sur ces gènes est augmenté lors du traitement avec la Gemcitabine, un agent de chimiothérapie bloquant la réplication de l’ADN. Étonnamment, nous avons révélé qu’E4F1 contrôle aussi indirectement l'expression de TELO2, un second membre du complexe TTT. Par conséquent, dans les cellules TNBC déplétées en E4F1, les taux de protéines des CHK1, TTI2, TELO2 mais aussi des kinases ATM/ATR, sont fortement diminués, entraînant une déficience de la DDR. Ainsi, les cellules SUM159 déplétées en E4F1 ne parviennent pas à s'arrêter en phase S lors du traitement à la Gemcitabine et sont hautement sensibilisées à cet agent de chimiothérapie, ainsi qu'à d'autres agents endommageant l'ADN comme le Cisplatine. Dans leur ensemble, mes travaux de thèse révèlent que la voie de signalisation ATM/ATR-CHK1, et la réponse au stress / dommages de l'ADN sont étroitement contrôlées aux niveaux transcriptionnel et post-transcriptionnel par E4F1. E4F1 apparait donc comme un acteur central dans la survie cellulaire des cellules TNBC, en particulier lorsqu'elles sont exposées à des agents endommageant l'ADN ou à des agents de chimiothérapie. Ainsi E4F1 pourrait représenter un marqueur pronostique de réponse à la chimiothérapie et une cible thérapeutique potentielle
The E4F1 protein discovered as the cellular target of the adenoviral oncoprotein E1A is a ubiquitous protein acting both as a transcription factor and as an atypical E3-ligase. E4F1 protein also interacts directly with several cellular tumor suppressors and oncoproteins, suggesting its involvement in tumorigenesis. Previous laboratory work on the cellular functions of E4F1 in cancer cells has shown that its depletion leads to massive cell death in transformed Mefs deficient in p53. In addition, E4F1 directly controls the expression of 38 genes, including genes involved in cell metabolism and cell cycle checkpoints/DNA Damage Response (DDR), such as Chek1 that encodes a major component of the ATR/ATM checkpoint. Consistent with this role of E4F1 in cancer cell survival in mice, patients with triple-negative breast cancer (TNBC) with high E4F1 expression exhibit a poorer relapse free survival (RFS).We therefore aimed to study for the first time the transcriptional program of E4F1 in human cells and explore its role in the survival of TNBC cells, with particular focus on its role in the response to chemotherapy agents.Transcriptomes (RNAseq) of SUM159 TNBC cells show, when E4F1 is depleted, a decrease in expression of 147 out of 276 DDR-associated genes. The combination of RNAseq and ChIPseq shows that E4F1 directly regulates 57 genes in human TNBC cells. Among these genes, E4F1 itself, CHEK1, but also TTI2 and PPP5C coding for post-transcriptional regulators of the ATM/ATR-CHK1 axis, and thus defining an ATM/ATR-CHK1 "regulon", undescribed and E4F1-dependent. TTI2 composes with TELO2 and TTI1, the TTT complex required for the correct folding and stability of PIKK family proteins, such as ATR and ATM. PPP5C phosphatase is involved in the activation of ATR-CHK1 signaling. Importantly, we show that E4F1 binds to and probably regulates these three genes in vivo in Patient Derived TNBC Xenografts (PDTX). In both SUM159 cells and PDTX, the recruitment of E4F1 on these genes is increased upon Gemcitabine treatment, a chemotherapy agent that impairs DNA replication. Surprisingly, we found that E4F1 also indirectly controls the expression of TELO2, a second member of the TTT complex. Consequently, in TNBC cells depleted of E4F1, the protein levels of CHK1, TTI2, TELO2 but also ATM/ATR kinases, are significantly decreased, leading to DDR deficiency. Thus, SUM159 cells depleted of E4F1 fail to stop in phase S during Gemcitabine treatment and are highly sensitized to this chemotherapy agent, as well as other DNA damaging agents such as Cisplatin. Altogether, my thesis results demonstrate that the ATM/ATR-CHK1 signaling pathway, and the response to stress / DNA damage are tightly controlled at the transcription and post-transcription levels by E4F1. E4F1 therefore appears to be a central actor in the cellular survival of TNBC cells, particularly when exposed to DNA-damaging agents or chemotherapy agents. Thus, E4F1 could represent a prognostic marker for chemotherapy response and a potential therapeutic target

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LIU, CONG. "REGULATION OF LUNG EPITHELIAL DIFFERENTIATION ALVEOLARIZATION AND GENE EXPRESSION BY GATA-6 IN VITRO AND IN VIVO". University of Cincinnati / OhioLINK, 2002. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ucin1026498687.

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Jadhav, Kavita Jadhav. "Hepatic Activating Transcription Factor 3 (ATF3) in Lipid Metabolism". Kent State University / OhioLINK, 2017. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=kent1511806289848847.

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Zazzi, Henric. "Human insulin-like growth factor binding protein -4 and -6 : gene structure and transcription regulation /". Stockholm, 2000. http://diss.kib.ki.se/2000/91-628-3873-3/.

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Sansó, Martínez Miriam. "Role of the stress-dependent MAP kinase Sty1 and the transcription factor Atf1 in transcription regulation in fission yeast". Doctoral thesis, Universitat Pompeu Fabra, 2010. http://hdl.handle.net/10803/22698.

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In Schizosaccharomyces pombe, the MAPK pathway Sty1 is activated upon several stress situations, like osmotic and oxidative stress, stationary phase, UV radiation or heat shock. Since the modulation of gene expression is one of the main outputs of this response, we focused this Thesis work on the charactherization of the transcription regulation by the activation of the Sty1 pathway and through the transcription factors Atf1 and Pcr1. Moreover, we extend our field of interest investigating how stress–related chromatin remodelers are affecting the stress defence transcription of the cells.
En Schizosaccharomyces pombe, la vía de la MAPK Sty1 es activada ante diferentes situaciones de estrés, como son el estrés oxidativo u osmótico, fase estacionaria, radiación UV o choque de calor. Al ser la modulación de la expresión génica uno de los más importantes objetivos de esta respuesta, hemos focalizado el trabajo de esta Tesis doctoral en la caracterización de la regulación transcripcional mediada por la activación de la ruta de Sty1 y los factores de transcripción Atf1 y Pcr1. Además, hemos ampliado nuestra área de interés investigando el papel de remodeladores de cromatina relacionados con la respuesta a estrés y cómo a participan en la transcripción estrés-dependiente.

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Apra, Caroline. "Etude du développement des méninges & modélisation de tumeurs fibreuses solitaires chez la souris par introduction du gène de fusion NAB2-STAT6 dans les cellules PGDS-positives". Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL052.

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Les tumeurs fibreuses solitaires (TFS) méningées, comme les TFS somatiques, sont caractérisées par la présence d’un gène de fusion NAB2-STAT6. Cette fusion induirait la relocalisation nucléaire du facteur de transcription STAT6 et l’activation de la transcription des EGR, augmentant la prolifération. Les cellules des TFS méningées sont, comme celles des méningiomes, positives pour la prostaglandine-D2-Synthase (PGDS), présentes dans les méninges, en particulier l’arachnoïde. Dans la 1ère partie, nous avons montré que les TFS bénignes peuvent se transformer en TFS malignes - anciennement hémangiopéricytomes - et nous avons rapporté l’efficacité thérapeutique du pazopanib, inhibiteur de facteur de croissance de l’endothélium vasculaire. La 2ème partie est consacrée à l’étude moléculaire des TFS : la comparaison de l’exome de paires de TFS, avec un primitif de grade I et la récidive de grade III, a permis d’identifier le variant pathogène de TP53 c.743G>T. L’étude du transcriptome des TFS méningées a mis en évidence l’agrégation des TFS de toutes localisations entre elles, bien distinctes des méningiomes. La 3ème partie présente la modélisation des TFS méningées chez des souris génétiquement modifiées par introduction de deux gènes de fusion NAB2-STAT6 (exons 2-16 et 6-17). Les rétrovirus RCAS-NAB2-STAT6, injectés à la naissance dans l’espace sous-dural de souriceaux PGDS-tva infectent spécifiquement les cellules arachnoïdiennes. Après plus d’un an de suivi, les animaux n’ont développé aucune TFS. Il est probable que, comme dans plusieurs autres modèles tumoraux, la fusion ne suffise pas à induire le développement des tumeurs. Dans la 4ème partie nous avons adapté la méthode iDisco, qui permet l’immunomarquage et la visualisation en trois dimensions d’échantillons cérébraux, aux embryons de souris et aux crânes entiers, et décrit in situ l’expression de PGDS chez la souris, entre le 11ème jour post-conception et le 7ème jour post-natal. Elle concerne la méninge de la base du crâne aux stades précoces et la convexité en post-natal, mais également des cellules de la glie radiaire
Meningeal solitary fibrous tumors (SFT), like somatic SFT, are characterized by the NAB2-STAT6 fusion gene. This fusion induces the nuclear relocation of the STAT6 transcription factor and the activation of EGR transcription, increasing proliferation. Meningeal SFT cells, like meningioma cells, are positive for prostaglandin-D2-Synthase (PGDS), a specific marker of meningeal, especially arachnoid, cells. In Part 1, we showed that benign SFT can transform into malignant TFS - formerly hemangiopericytomas - and we reported the therapeutic efficacy of pazopanib, an inhibitor of vascular endothelial growth factor. Part 2 is devoted to the molecular study of SFT: the comparison of the exome of pairs of SFT, a grade I primary and grade III recurrence, brought out the pathogenic variant of TP53 c.743G> T. The transcriptome of meningeal SFT showed the aggregation of SFT from all localizations, distinct from meningiomas. Part 3 presents the modeling of meningeal SFT in genetically modified mice by the introduction of two NAB2-STAT6 fusion genes (exons 2-16 and 6-17). The RCAS-NAB2-STAT6 retroviruses, injected at birth into the subdural space of PGDS-tva mice, specifically infect arachnoid cells. After more than a year of follow-up, the animals did not develop any SFT. It is likely that, as in many other tumor models, fusion is not sufficient to induce tumor development. In Part 4, we adapted the iDisco method, which usually allows three-dimensional visualization of brain samples, for mouse embryos and whole skulls, and described the expression of PGDS in mice in situ, between the 11th post-conception day and the 7th post-natal day. It is located in the meninges at the skull base in the early stages and at the convexity after birth, and also in the radial glia

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Crutchfield, Gerald L. "Kruppel-Like Transcription Factor 6 & 7 mRNAs (KLF6 & KLF7) Expression in the Developing Zebrafish". University of Akron / OhioLINK, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=akron1572200378181869.

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PASINI, SILVIA. "Role of activated transcription factor 4 (ATF4) in learning and memory". Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano-Bicocca, 2011. http://hdl.handle.net/10281/27132.

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The aim of this study is to understand the role of Activated Transcription Factor 4 (ATF4) in the processes of learning and memory. The topic of learning and memory has always aroused great interest from time immemorial and although a lot of researches have been focused on this subject for a long time, many mechanisms have not yet been fully understood. Identifying the players and the mechanisms involved in learning and memory is of utmost importance because deficits in these cognitive functions are symptoms of common neurological diseases like stoke, depression, dementia and Alzheimer’s disease, one of the most wide spread neurodegenerative disease. It has already been established that new gene expression and protein synthesis are required for long term memory, providing the basis to think that transcription factors may play a key role in these processes. Several studies have demonstrated the involvement of different transcription factors in memory formation such as cAMP response element binding protein (CREB), CCAAT enhancer binding protein (C/EBP), activated protein 1 (AP1), early growth response factor (Egr) and Rel/nuclear factor kB (Rel/NFkB). Very little is known about the involvement of another transcription factor, Activated Transcription Factor 4. ATF4 is a member of the activated transcription factor (ATF)/cyclic AMP response element binding protein (CREB) family. It was originally described as a repressor of CRE-dependent gene transcription but recent studies have shown it to be a transcriptional activator. It is also a stress responsive gene, regulating the adaptation of cells to stress stimuli such as anoxia, endoplasmic reticulum stress and oxidative stress. ATF4 plays an essential role in development, and is particularly required for proper skeletal and eye development and is also involved in tumor progression and metastasis. ATF4 has always been reported as a memory repressor that blocks new gene expression required for memory formation but no study has ever investigated it in a specific and direct way. The aim of this thesis is to study, in a specific and direct manner, the role of ATF4 in the processes of learning and memory. To reach this goal, ATF4 expression was modified in mouse hippocampi, the brain region mainly involved in learning and memory, with the injection of lentivirus carrying ATF4 gene, for the gain-of-function analysis, and lentivirus carrying shATF4, for the loss-of-function studies. Before starting the experiments of ATF4 overexpression and downregulation, preliminary experiments were conducted to set up the injection coordinates to target the mouse hippocampi, to verify the lentiviral tropism and most importantly to evaluate the lentiviral spread, within the hippocampus, after the injection. The consequence of ATF4 gain- and loss-of-function was then studied in the performance of standard behavioral tests such as Water Maze tests and Fear Conditioning, widely used to assess spatial and associative memory respectively. The behavioral test results showed that ATF4 protein overexpression enhances spatial memory, under the weak training paradigm in the Morris Water Maze test, and associative memory while ATF4 downregulation impairs spatial memory under the standard training condition. After completing the behavioral tests, ATF4 overexpressed and downregulated mice were subjected to electrophysiological and neuronal spine analysis to verify if the alteration in cognitive functions, as a result of ATF4 modification, is supported by changes in synaptic potentiation and spine density and morphology. Long Term Potentiation (LTP) is a long lasting enhancement in neuronal transmission and is widely considered as a cellular model of learning and memory in the central nervous system. The long-term memory impairment of ATF4 downregulated mice is supported by electrophysiological analysis, in which ATF4 downregulated slices showed an impairment in LTP. Unexpectedly, LTP impairment was also found in ATF4 overexpressed slices, maybe due to the difference in the time between the injection and the behavioral tests or the electrophysiological recordings. Most of the intracellular pathways responsible for LTP require new gene expression and protein synthesis. This, in turn, leads to morphological changes required to sustain the enhancement of signal transmission. One of these morphological changes is the modification of the density and the morphology of dendritic spines. ATF4 up- and downregulation in hippocampal neurons does not affect spine density but ATF4 overexpression causes a significant increase in the percentage of mushroom spines as compared to that found after ATF4 downregulation. Mushroom spines with a large head are the most stable neuronal spines and contribute to strong synaptic connections, hence it has been hypothesized that they represent the “memory spines”. Collectively, these results support the hypothesis that the transcription factor ATF4 plays a positive role in synaptic plasticity and memory formation. Further studies need to be done to understand the molecular mechanisms through which ATF4 acts. This thesis represents only a step on the road towards understanding the complicate mechanisms of learning and memory, not forgetting that the most important discoveries were the result of small knowledge acquired step by step.

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Langlois, Marie-Claire. "Contribution à l'étude de la fonction et de l'évolution de deux facteurs de transcription PAX-6 et COUP-TF". Lille 1, 1998. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1998/50376-1998-443.pdf.

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La premiere partie de ce travail, a porte sur la regulation du gene pax-6 qui code des proteines pourvues de deux domaines de fixation a l'adn, le domaine paired et le domaine homeo. Les effets des genes pax sont dependant de leur dose dans l'organisme ce qui suggere qu'il est important de mieux comprendre la regulation de leur expression. Cette regulation de l'expression peut s'effectuer a differents niveaux. Nous avons caracterise un element regulateur cis, capable d'activer la transcription de l'un des promoteurs du gene pax-6, po, dont l'activite est specifique des cellules de neuroretine et du stade du developpement. Nous avons verifie que cette fonction enhancer etait conservee chez la souris. Par ailleurs, nous avons mis en evidence que les produits du gene engrailed inhibaient la transcription de pax-6. Nous avons montre enfin, que la regulation de la quantite des isoformes de pax-6 s'exercait a un niveau transcriptionnel, mais aussi post-transcriptionnel, avec l'exemple de l'arnm b1. Cet arnm produit en effet uniquement des proteines a domaine paired. Ces petites proteines ne sont pas capables de fixer des cibles de type homeo et n'ont pas encore de fonction connue chez les vertebres. Dans une deuxieme approche nous avons tente de mieux comprendre l'evolution d'un gene codant un facteur de transcription lui aussi important dans le developpement du systeme nerveux : coup-tf, un membre de la famille des recepteurs nucleaires d'hormones. Il nous a semble interessant d'isoler son homologue chez un cephalocorde, l'amphioxus, un procorde proche des vertebres, possedant un cerveau simplifie.

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St, Germain Carly. "The Role of Activating Transcription Factor 3 (ATF3) in Chemotherapeutic Induced Cytotoxicity". Thèse, Université d'Ottawa / University of Ottawa, 2011. http://hdl.handle.net/10393/20000.

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Understanding the specific mechanisms regulating chemotherapeutic drug anti-cancer activities will uncover novel strategies to enhance the efficacy of these drugs in clinical settings. Activating Transcription Factor 3 (ATF3) is a stress inducible gene whose expression has been associated with survival outcomes in cancer models. This study characterizes the chemotherapeutic drugs, cisplatin and Histone Deacetylase Inhibitor (HDACi), M344 as novel inducers of ATF3 expression. Cisplatin is a DNA damaging agent widely used in various tumour types including lung, head and neck, and ovarian carcinomas. The HDAC inhibitor, SAHA, has recently been approved as a single agent in the treatment of subcutaneous T-cell lymphoma and HDACis themselves show potential for synergistic anti-cancer effects when used in combination with established chemotherapeutic drugs, including cisplatin. This study evaluates the mechanisms by which cisplatin and HDACi induce ATF3, as well as the role ATF3 plays as a mediator of cisplatin-induced cytotoxicity and the enhanced cytotoxicity between HDACi and cisplatin in combination. In this study, we demonstrate that cytotoxic doses of cisplatin and carboplatin consistently induced ATF3 expression in a panel of human tumour derived cell lines. Characterization of this induction revealed a p53, BRCA1, and integrated stress response (ISR) independent mechanism, all previously implicated in stress mediated ATF3 induction. Analysis of MAPKinase pathway involvement in ATF3 induction by cisplatin revealed a MAPKinase dependent mechanism. Cisplatin treatment, in combination with specific inhibitors to each MAPKinase pathway (JNK, ERK and p38) resulted in decreased ATF3 induction at the protein level. MAPKinase pathway inhibition led to decreased ATF3 mRNA expression and a reduction in the cytotoxic effects of cisplatin as measured by MTT cell viability assay. In A549 lung carcinoma cells, targeting ATF3 with specific shRNAs also attenuated the cytotoxic effects of cisplatin. Similarly, ATF3 -/- MEFs were shown to be less sensitive to cisplatin induced cytotoxicity as compared with ATF3+/+ MEFs. Taken together, we identified cisplatin as a MAPKinase pathway dependent inducer of ATF3 whose expression regulates in part cisplatin’s cytotoxic effects. Furthermore, we demonstrated that the HDAC inhibitor M344 was also an inducer of ATF3 expression at the protein and mRNA level in the same human derived cancer cell lines. Combination treatment with M344 and cisplatin lead to increased induction of ATF3 compared with cisplatin alone. Utilizing the MTT cell viability assay, M344 treatment was also shown to enhance the cytotoxic effects of cisplatin in these cancer cell lines. Unlike cisplatin, the mechanism of ATF3 induction by M344 was found to be independent of MAPKinase pathways. Utilizing ATF4 heterozygote (+/-) and knock out (-/-) mouse embryonic fibroblast (MEF) M334 induction of ATF3 was shown to depend on the presence of ATF4, a known regulator of ATF3 expression as part of the ISR pathway. HDACi treatment did not affect the level of histone acetylation associated with the ATF3 promoter as determined through Chromatin immunoprecipitation (ChIP) analysis, suggesting that ATF3 induction was not a direct effect of HDACi mediated histone acetylation. We also demonstrated that ATF3 regulates the enhanced cytotoxicity of M344 in combination with cisplatin as evidenced by attenuation of cytotoxicity in shRNAs targeting ATF3 expressing cells. This study identifies the pro-apoptotic factor, ATF3 as a novel target of M344, as well as a mediator of the co-operative effects of cisplatin and M344 induced tumour cell cytotoxicity.

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Brown, Andrew Dickson. "Identification and analysis of alternative aberrant forms of the transcription factor ATF1". Thesis, University College London (University of London), 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.244185.

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Malabanan, Kristine Paz Centre for Vascular Research Faculty of Medicine UNSW. "Roles of activation transcription factor 4 (ATF4) and YrdC in the response of vascular smooth muscle cells to injury". Publisher:University of New South Wales. Centre for Vascular Research, 2008. http://handle.unsw.edu.au/1959.4/41338.

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Neointimal proliferation is a key process underlying many cardiovascular diseases such as atherosclerosis and angioplasty-induced restenosis. Vascular smooth muscle cells (SMC) are significant contributors to the development and stability of the neointimal lesion. This is due, in part, to their capacity to be phenotypically modulated, facilitating SMC proliferation in response to mechanical injury, their subsequent migration, and deposition of extracellular matrix. The aim of this thesis was to characterize the function of two genes identified in our laboratory to be upregulated shortly after mechanical injury of vascular SMC and their exposure to fibroblast growth factor (FGF)-2, an injury-induced cytokine. The first is activation transcription factor (ATF) 4, which is upregulated by FGF-2 and mechanical injury in vascular SMC in vitro, and by balloon-injury in the artery wall. The induction of ATF4 by FGF-2 was shown to be mediated through the PI3K pathway, and preceded by phoshorylation of eIF2alpha, a known upstream effector of ATF4 activation. Knock-down of ATF4 expression inhibited balloon-injury induced neointimal hyperplasia, suggesting that ATF4 is a key player in the SMC response to injury. Furthermore, microarray analysis identified several genes whose transcription in response to FGF-2 may be regulated by ATF4. In particular, this work demonstrates that ATF4 is necessary for VEGF-A upregulation in SMC in response to FGF-2 and mechanical injury in vitro and in the artery wall following balloon-injury. The second is a translation factor, YrdC203. Using confocal fluorescence microscopy, YrdC203 was found to localize partially to the ER, and with RPL12, a component of the 60S ribosomal subunit. Immunoprecipitation studies demonstrate that YrdC203 also interacts with an initiation factor, eIF5B. Mutation of an initiation factors signature on the exterior of YrdC203 perturbed its interaction with RPL12 and eIF5B, and inhibited the increase in protein synthesis observed with overexpression of YrdC203. This implicates YrdC203 as a translation factor responsible for ensuring protein synthesis in vascular SMC in response to injury. The present work provides evidence for new molecular mechanisms, transcriptional and translational, regulating the response of vascular SMC to injury. This would provide leads for future therapeutic targets.

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Paulo, Mirasol Esther 1984. "Regulation of gene expression program by the MAPK Sty1 and the transcription factor Atf1". Doctoral thesis, Universitat Pompeu Fabra, 2014. http://hdl.handle.net/10803/382838.

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Reactive oxygen species (ROS) are a variety of molecules derived from molecular oxygen during different metabolic processes. ROS can react with different cellular components resulting in lipid peroxidation, protein oxidation and DNA damage. Single-cell organisms have to cope with a wide range of environmental changes and exposition to toxic compounds. In response to hydrogen peroxide (H2O2), S. pombe activates different signalling pathways depending on the severity of the stress exerted, mediate at least by two transcriptional factors (TFs), the AP-1 like Pap1 and the bZIP Atf1 controlled by the mitogen-activated protein kinase. In fission yeast, the Pap1 and Sty1 pathways constitute the key protective responses to oxidative stress. The MAPK Sty1 is activated upon several stress situations, like osmotic and oxidative stress. Since the modulation of gene expression is one of the main outputs of this response, we focused this work on the characterization of Sty1 pathway as a sensor of oxidative stress and the different molecular events leading to its transcriptional program activation. We have also, studied the role of translation by Elongator in the induction of the stress response
Els radicals lliures d’oxigen (ROS) són unes molècules derivades de l’oxigen provinents de diferents processos metabòlics. ROS poden reaccionar amb diferent components cel•lulars, resultant en peroxidació d’àcids grassos, oxidació de proteïnes i danys al DNA. Els organismes unicel•lulars estan sotmesos a una àmplia varietat de canvis ambientals i a l’exposició de compostos tòxics. En resposta a l’estrés oxidatiu provocat pel peròxid d’hidrogen, S. pombe activa diferent vies de senyalització segons la severitat de l’estrés sofert, dut a terme per dos factors de transcripció, Pap1 i el bZIP Atf1 sota el control aquest últim de la MAPK. En el llevat S. pombe, Pap1 i Sty1 constitueixen un paper clau per lat resposta a l’estrés oxidatiu. La MAPK Sty1 s’activa sota l’efecte de diferent estressos, aixi com l’estrés oxidatiu o l’osmòtic. La modulació de la resposta gènica és un dels principals punts en aquesta resposta, hem centrat el treball d’aquesta tesis en la caracterització de la ruta de Sty1 com a sensor de l’estrés oxidatiu així com els diferents events moleculars que activen el programa transcripcional. També hem estudiat el paper de la traducció per l’Elongato en la inducció de la resposta a estrés.

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Hasim, Mohamed Shaad. "The Role of Activating Transcription Factor 3 as a Regulator of DNA-Damaging Chemotherapy Cytotoxicity". Thesis, Université d'Ottawa / University of Ottawa, 2019. http://hdl.handle.net/10393/39897.

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DNA-damaging chemotherapeutics are a consistently employed for the treatment of cancer, and are regularly part of first-line combination therapeutic regimens. However, these regimens often display limited activity in cancers including of the lung and breast. Novel therapeutic strategies are urgently required. Understanding the molecular mechanisms regulating DNA-damaging chemotherapeutics activity will lead to such novel strategies. Activating transcription factor 3 (ATF3) is a stress inducible gene that plays a significant role in regulating cellular stress including DNA damage. This thesis investigates the role of ATF3 in mediating the cytotoxic effects of two commonly employed DNA-damaging chemotherapeutics, cisplatin and doxorubicin. This study also identifies other independent ATF3 inducing agents in potential novel combination therapeutic strategies. In this study, cell line models of cisplatin-resistance were generated independently from two non-small cell lung cancer (NSCLC) cell lines, Calu6 and H23. Full transcriptome RNA-sequencing analysis identified ATF3 as the most highly dysregulated apoptosis regulatory gene in the cisplatin-resistant compared to their respective parental cell lines following treatment with cisplatin. Further characterization identified cisplatin induced activation of JNK as the key regulator of ATF3 induction in these cell lines. Restoring JNK activity resulted in induced ATF3 expression and re-sensitization of the resistant cell lines to cisplatin treatment. FDA-approved 1200 compound library screens were employed to identify agents that can enhance cisplatin cytotoxicity as well as whose cytotoxicity was dependent on ATF3 expression. Vorinostat, an HDAC inhibitor, was identified in both screens and importantly displayed synergistic cytotoxicity in combination with cisplatin. In addition, ATF3 was also induced with treatments of the DNA damaging agent doxorubicin in these NSCLC cell lines including in the cisplatin resistant models. This work suggested a different mechanism of ATF3 induction by doxorubicin and the potential role of ATF3 in mediating doxorubicin cytotoxicity was further investigated in breast cancer cells. Doxorubicin robustly increased ATF3 expression in human breast cancer cell lines and tumor tissue ex-vivo. Loss of ATF3 in MEFs resulted in reduced sensitivity to doxorubicin treatment compared to wild-type MEFs. Employing the same library screen as above, compounds with ATF3 dependent mechanisms that could enhance doxorubicin cytotoxicity were identified. Vorinostat, as well as, the nucleoside analogues trifluridine and 6-mercaptopurine induced ATF3 expression and enhanced doxorubicin cytotoxicity. This study demonstrated that ATF3 plays an important role in mediating the cytotoxic effect of the DNA-damaging chemotherapeutics cisplatin and doxorubicin. It also provides rationale for ATF3 as a potential therapeutic target, and for the incorporation of ATF3 inducing agents in novel combination therapeutic strategies.

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Pietro, Luciana 1981. "Expressão dos fatores LIF (Fator Inibitório de Leucemia), IL-6 (Interleucina-6), STAT-3 (Ativador de Transcrição-3) e telomerase em coriocarcinomas". [s.n.], 2013. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/310449.

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Orientadores: Liliana Aparecida Lucci de Angelo Andrade, Fatima Aparecida Böttcher-Luiz
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Made available in DSpace on 2018-08-24T02:59:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pietro_Luciana_D.pdf: 3492137 bytes, checksum: 723d823e8ddb16925da7aa8f48f22ea1 (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: A invasão do endométrio pelo trofoblasto extraviloso é fundamental no desenvolvimento do feto e da placenta, processo este controlado por fatores ligados à atividade imunológica e hormonal que, quando alterada, pode resultar em interrupção da gestação e/ou geração das chamadas doenças trofoblásticas gestacionais. Em algumas situações, pode haver evolução para o coriocarcinoma, neoplasia maligna do trofoblasto, em que há evidências da atuação das moléculas ligadas ao processo de fusão celular e inflamação. Porém, os estudos neste tema são incipientes e inconclusivos. Considerando essas informações, o objetivo deste trabalho é estudar de forma comparativa a expressão das citocinas LIF, IL-6 e do ativador de transcrição STAT-3, além da telomerase, em material de aborto, de placenta normal a termo e de coriocarcinoma. Métodos: a expressão destas moléculas foi avaliada pelos métodos: imunoistoquímica (IHQ), imunofluorescência (IF), Western Blotting (WB) e Real-Time PCR (RT-PCR), em amostras de material de aborto, placenta normal a termo e coriocarcinoma (N=12 cada um). Os ensaios de WB e Real-Time PCR empregaram material a fresco de placenta normal a termo e seu cultivo celular e cultura da linhagem BeWo. Resultados: no material de aborto, as reações de IHQs evidenciaram expressão moderada de IL-6 em 58,4% dos casos e intensa de STAT-3 em 33,3%. Na placenta normal, observou-se intensa marcação de IL-6 em 50% e de STAT- 3 em 16,7% dos casos, enquanto que, no coriocarcinoma, houve expressão intensa de IL-6 em 50% e de STAT-3 em 75% dos casos. Por outro lado, as reações para LIF tiveram expressão nula em todos os três grupos. Pelo WB houve expressão proteica de IL-6 apenas no material fresco de placenta normal e ausência de expressão na sua cultura primária e na linhagem BeWo; LIF não foi expresso em todos os grupos estudados. STAT-3 foi detectado no citoplasma em todos os grupos, entretanto, a expressão nuclear da STAT-3 fosforilada (pSTAT-3) não foi observada na IF e nem pelo WB. Na análise gênica pelo RTPCR houve forte expressão de IL-6 e STAT-3 no material fresco de placenta normal e expressão muito fraca na cultura primária de placenta normal e na linhagem BeWo; a expressão de LIF foi muito fraca em todos os grupos. Apenas a linhagem BeWo demonstrou forte expressão gênica da telomerase, contrastando com a completa falta de expressão no material fresco de placenta normal e em sua cultura primária. Conclusão: A intensa expressão IHQ de IL-6 e STAT-3 no coriocarcinoma indica a atuação de ambas na carcinogênese. A expressão proteica de IL-6 no material fresco de placenta normal e sua ausência no material de cultura primária e na linhagem BeWo pode ser ocasionado pelo contato célula-a-célula nas culturas aderentes, inibindo o crescimento celular e, consequentemente, as vias de sinalização. A falta de expressão da pSTAT-3 tanto na IF como por WB demonstra que a via JAK-STAT está sendo desativada. A ausência de expressão de LIF, em todos os métodos estudados, sugere que esta citocina poderia estar sendo inibida por meio de proteínas SOCS3 ou, atuando, de modo indireto, na proliferação celular do coriocarcinoma. O aumento da atividade da telomerase nas células BeWo reforça sua relação com o fenótipo maligno e a aponta como um bom marcador para progressão da doença
Abstract: The invasion of the endometrium by extravillous trophoblast is a fundamental process in the growth of the fetus and placenta. The process is controlled by factors related to the immune and hormonal activity that, when changed, may result in termination of pregnancy and development of so-called gestational trophoblastic diseases. In some cases, changes can result in malignancy, in which some molecules play a role in cell fusion process and inflammation, although studies in this area are inconclusive. Considering this information, the study had the aim of investigating the expression of cytokines LIF, IL-6, STAT- 3 and the function of telomerase to understand their participation in abortion, in normal at term placenta and choriocarcinoma. Methods: The expression of the molecules was assessed by immunohistochemical assay (IHC), immunofluorescence (IF), Western Blotting (WB) and Real-Time PCR (RT - PCR) using fixed material from biopsies of abortions, normal at term placentas and choriocarcinoma along with fresh tissue of normal at term placenta and their primary culture and BeWo cell line. Paraffin embedded material used in IHC and IF assays were obtained from the Department of Pathology files. Tests of WB and Real-Time PCR employed fresh material, obtained from cell cultures of normal at term placenta and the BeWo line. Results: IHC reactions to abortion biopsies showed moderate staining for IL-6 in 58.4% of cases and intense for STAT-3 in 33.3 % of cases. In biopsies of normal placenta, there was intense reaction for IL-6 in 50% of cases, intense for STAT-3 in 16.7%; choriocarcinoma showed intense staining for IL- 6 in 50% of cases and also for STAT-3 in 75% of cases. On the other hand, LIF expression was missing in all three groups. WB analyses showed IL-6 protein in fresh material from normal placentas, but no expression in placenta primary cultures and BeWo line. LIF was absent in all groups. Cytoplasmic STAT-3 was observed in all groups, while the nuclear expression of phosphorylated STAT-3 was absent. On gene analyses a strong expression of IL-6 and STAT- 3 was observed from fresh normal placenta, but very weak expression in primary cultures of normal placenta and BeWo cell line. LIF expression was very weak in all groups. In regard to the gene expression of telomerase, it was strong in the BeWo line which contrasted with its complete lack of expression in fresh normal placenta and its primary culture. Conclusion: The high expression of IL-6 and STAT-3 in biopsies of choriocarcinoma indicates the role of both in tumor progression. Regarding protein expression, the presence of IL-6 in the material from fresh normal placenta, and its absence in primary culture and BeWo line may be caused by the cell-to-cell contact cultures by inhibiting cell growth and thus signaling pathways. However, the lack of expression of phosphorylated STAT-3 whether through IF or WB shows that its JAK-STAT pathway is inhibited. Lack of expression of the LIF suggests that it might be involved indirectly in choriocarcinoma cell proliferation or be inhibited by SOCS3 protein. Moreover, the increased telomerase activity of BeWo cells enhances their relation to the malignant phenotype and indicates a good marker for disease progression
Doutorado
Ciencias Biomedicas
Doutora em Ciências Médicas

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Li, Wenzhao. "A homeobox protein, NKX6.1, up-regulates interleukin-6 expression for cell growth in basal-like breast cancer cells". Kyoto University, 2016. http://hdl.handle.net/2433/216184.

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Vincent, Sylvie. "Intérêts des gènes à homéodomaines PAX-6 et Engrailed-2 dans le diagnostic et le pronostic des tumeurs neuroectodermiques primitives humaines". Lille 1, 2003. https://ori-nuxeo.univ-lille1.fr/nuxeo/site/esupversions/cdf25b11-a440-48c3-866f-6005820f1805.

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Un groupe particulier de tumeurs cérébrales a été individualisé sous le nom de "Tumeur Neuro-Ectodemique Primitive (PNET)". Ce groupe représente la première cause de tumeurs solides en pédiatrie. Malgré une progression de la survie à 5 ans durant ces 30 dernières années, les PNETs sont les tumeurs dont le pronostic reste le plus souvent très sombre, à cause de la tumeur et ensuite à cause des effets introgènes des thérapeutiques proposées. Morphologiquement, les PNETs se présentent comme des tumeurs de blastème. C'est pour cette raison qu'ellles sont considérées comme provenant de cellules souches du système nerveux central. Afin d'améliorer notre compréhension de ces tumeurs, nous avons recherché au sein de 80 PNETs humaines, la présence ou non des protéines issues des gènes Pax-6 et Engrailed-2 qui sont deux facteurs de transcription exprimés précocement dans différents territoires du système nerveux central. Cette étude a montré une expression différente de ces deux gènes. PAX-6 est exprimé uniquement dans les plages tumorales totalement indifférenciées et de façon intéressante dans les plages indifférenciées présentant un index de prolifération élevé. Il a été montré que la suurexpression de Pax-6 peut transformer les cellules in vitro. Par contre, ENGRAILED-2 est observé dans les cellules différenciées ou dans des cellules présentant un aspect réactionnel. L'expression de ces deux facteurs de transcription au sein des PNETs ne peut que renforcer l'intérêt pour la biologie moléculaire dans l'étude des mécanismes pouvant expliquer la genèse et/ou l'évolution des tumeurs cérébrales.

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Klotz, Rémi. "Rôle de la protéine Damaged DNA Binding 2 dans la réponse des cellules tumorales mammaires aux agents thérapeutiques". Thesis, Université de Lorraine, 2014. http://www.theses.fr/2014LORR0134/document.

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Le laboratoire a récemment identifié la protéine Damaged-DNA-Binding 2 (DDB2), connue à l’origine pour son rôle dans la réparation de l’ADN comme une protéine impliquée dans la tumorigenèse mammaire. En effet, nous avons montré son rôle dans la croissance et la progression des tumeurs mammaires via la régulation transcriptionnelle de gènes cibles. Dans ce travail, nous avons montré que la surexpression de DDB2 augmente la sensibilité des cellules tumorales MDA-MB231 et SKBr3 traitées à la doxorubicine et au 5-fluorouracile (5-FU). Inversement, l’inhibition de l’expression de DDB2 dans les cellules T47D qui l’expriment naturellement s’accompagne d’une baisse de la sensibilité à ces agents anticancéreux. Nos résultats montrent que la sensibilité des cellules au 5-FU mais pas à la doxorubicine, lorsque DDB2 est surexprimée, dépend en partie du contrôle négatif qu’exerce cette dernière sur l’activité de NF-κB, en régulant positivement l’expression d’IκBα. Enfin, la recherche d’autres gènes cibles de DDB2, impliqués dans l’apoptose, nous a conduits à celui codant le facteur anti-apoptotique Bcl-2. DDB2 agit négativement sur l’expression de Bcl-2 en interagissant avec une région de l’ADN localisée dans le promoteur P2 du gène correspondant. De part, son rôle anti-apoptotique, la régulation de son expression pourrait bien être à l’origine de la sensibilité aux agents anticancéreux induite par DDB2. L’ensemble de ces résultats met donc en évidence l’intérêt clinique de DDB2 comme marqueur prédictif de la réponse aux agents anticancéreux, et devrait contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans l’échappement des cellules tumorales aux thérapies
The laboratory has recently identified the Damaged-DNA Binding 2 protein (DDB2), a protein involved in DNA repair, as an important actor in breast tumorigenesis. Our laboratory has shown that DDB2 is involved in breast tumor growth and progression through the transcriptional regulation of target genes. Thus, the first aim of this work was to study the role of DDB2 and its target genes in the response of breast cancer cells to anticancer drugs. We showed that DDB2 overexpressed in breast cancer cell lines, such as MDA-MB231 and SKBr3, increased the cells sensitivity to apoptosis induced by doxorubicin and 5-Fluorouracil (5-FU). Conversely, the inhibition of DDB2 expression in T47D cells, which express endogenously this protein, decreased cell sensitivity to anticancer agents. Our results showed that cell sensitivity induced by DDB2 expression to 5-FU but not doxorubicin depended on its ability to repress NF-κB activity via the regulation of IκBα expression. At last, the search of potential DDB2 target genes implicated in apoptosis has led us to identify the anti-apoptotic factor Bcl-2. We showed the ability of DDB2 to downregulate Bcl-2 expression via its interaction with DNA region located in P2 promoter of the corresponding gene. Results suggest that Bcl-2 dowregulation by DDB2 could be a major event that explains the enhanced sensitivity of cancer cells to therapeutic agents. Altogether, these data highlight the clinical interest of DDB2, as a predictive marker of the response to anticancer agents. A better understanding of its mode of action will contribute to improve therapeutic treatments and avoid their failure in resistant patients

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Enikanolaiye, Adebola. "The Role of the Claudin 6 Cytoplasmic Tail In Epidermal Differentiation and the Role of Cdx In Endodermal Development". Thesis, Université d'Ottawa / University of Ottawa, 2015. http://hdl.handle.net/10393/32354.

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The mammalian skin provides a necessary barrier between the organism and the environment, defending against loss of water and solutes, preventing the invasion of pathogens as well as protecting against chemical and physical assault. Claudin (Cldn)-based Tight Junctions (TJs) are the main functional part of the skin barrier. In particular, Cldn6 through its cytoplasmic tail has been shown to be important for barrier function. In other to further investigate the role of the Cldn6 tail in TJ-function, we developed Cldn6 mouse mutants carrying varying truncations of the Cldn6 tail. Both of these mice present with epidermal differentiation perturbations and delayed barrier function that is repaired later in life. These studies support the importance of the tail portion of the Cldn molecules in epidermal differentiation and barrier function. In addition, both of these mouse models are useful for the study of barrier function in preterm infants and in aging, with the hope of developing novel therapeutics for the alleviation of barrier dysfunction. Cdx is a family of homeodomain (HD) transcription factors (TFs) essential for many key developmental processes. In particular, Cdx2 is important for the establishment and maintenance of posterior identity in the developing endoderm. In spite of this, only a few Cdx targets in the developing endoderm have been discovered. In addition, the interplay between Cdx and its targets within the endoderm is poorly understood. In this study, we show that the forkhead box transcription factor, Foxa2 is a Cdx2 target. We also show that Foxa2 and Cdx2 physically and genetically interact to regulate a subset of genes that are implicated in endodermal development. These studies help to further our understanding of endoderm biology with the goal of developing new strategies to diagnose and treat diseases associated with defective endoderm development.

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Wolford, Christopher C. "The roles of ATF3, an adaptive-response gene, in cancer development and metastasis". The Ohio State University, 2010. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1267123304.

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GRIGOLATO, Jessica. "ACTIVATING TRANSCRIPTION FACTOR 4 (ATF4) IS UPREGULATED BY HUMAN HERPESVIRUS 8 INFECTION, INCREASES VIRUS REPLICATION AND PROMOTES VIRUS PROANGIOGENIC PROPERTIES". Doctoral thesis, Università degli studi di Ferrara, 2013. http://hdl.handle.net/11392/2388888.

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Previous results from our group demonstrate that human herpesvirus 8 (HHV-8) triggers proangiogenic behavior in endothelial cells by promoting transcriptional activation and secretion of monocyte chemoattractant protein 1 (MCP-1), through activation of Nuclear Factor κB (NF-κB). However, inhibition of NF-κB still results in partial MCP-1 induction and consequent capillary-like structure formation, suggesting the involvement of another transcriptional pathway. Here we describe that HHV-8 infection upregulates cellular activating transcription factor 4 (ATF4), a member of the CREB family involved in the cell response to ER stress. Upregulation of ATF4 promotes HHV-8 infection, whereas its silencing decreases virus replication, transcription and antigen expression. Furthermore, ATF4 silencing decreases virus-induced MCP-1 production, as well as viral induction of tube-like structures in endothelial cells. We also show that ATF4 per se activates the MCP-1 promoter and induces proangiogenic properties in transfected endothelial cells. The elucidation of molecular mechanism involved in this process will result in a better understanding of the angiogenic process, its involvement in cancer and will help in designing novel therapies to reduce growth and vascularisation of Kaposi’s sarcoma.

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Persson, Emma. "The Neuropeptide VIP and the IL-6 family of cytokines in bone : effects on bone resorption, cytokine expression and receptor signalling in osteoblasts and bone marrow stromal cells /". Doctoral thesis, Umeå : Umeå University, 2005. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-606.

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Chan, Shing Fai. "ATM phosphorylates and activates the transcription factor MEF2D for neuronal survival in response to DNA damage". Diss., [La Jolla] : University of California, San Diego, 2009. http://wwwlib.umi.com/cr/ucsd/fullcit?p3359980.

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Thesis (Ph. D.)--University of California, San Diego, 2009.
Title from first page of PDF file (viewed July 22, 2009). Available via ProQuest Digital Dissertations. Vita. Includes bibliographical references (p. 73-92).

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Brenner, Carmen. "Le rôle des méthyltransférases de l'ADN dans la régulation transcriptionnelle". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2005. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211114.

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La méthylation de l’ADN est un phénomène épigénétique qui joue un rôle important dans le développement des mammifères et qui est associé à une répression transcriptionnelle. La méthylation de loci CpG de l’ADN est médiée par les méthyltransférases de l’ADN – les Dnmts. La méthylation joue également un rôle clef dès les stades précoces de la cancérogenèse dans une grande partie des tumeurs où on observe une méthylation, notamment la répression des gènes suppresseurs de tumeurs et une déméthylation, notamment l’expression de séquences d’ADN parasites.

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Doctorat en sciences biomédicales
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Luo, Songjiang. "Regulation of isoform-specific sodium channel expression at nodes of Ranvier /". Connect to full text via ProQuest. Limited to UCD Anschutz Medical Campus, 2007.

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Thesis (Ph.D. in Physiology & Biophysics) -- University of Colorado Denver, 2007.
Typescript. Includes bibliographical references (leaves 125-138). Free to UCD affiliates. Online version available via ProQuest Digital Dissertations;

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Teses / dissertações sobre o tema "Facteur de transcription ATF-6"

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