Artigos de revistas sobre o tema "Détection de CO₂"

Cette étude évalue le potentiel des modèles de texture SIRV sur ondelettes pour la détection de parcelles viticoles dans les images à très haute résolution de type PLEIADES et compare les performances de ces modèles avec des méthodes de référence telles que les matrices de co-occurrence de niveaux de gris et une approche de segmentation par filtre de Gabor. Les résultats obtenus montrent que les modèles SIRV permettent à la fois une bonne détection des parcelles tout en limitant le taux de faux positifs par rapport aux autres approches. Ces modèles font également preuve d'une plus grande robustesse à des effets d'atténuation de texture liés au faible rapport entre distance inter-rang et résolution spatiale propre aux appellations viticoles étudiées.

Depuis quelques années, de nouvelles méthodes très performantes de détection des virus et bactéries ont permis d’identifier de nouveaux agents pathogènes potentiellement impliqués dans les bronchopneumonies infectieuses des jeunes bovins. Elles ont aussi confirmé l’importance des co-infections et la complexité des situations sur le terrain, suscitant de nombreuses questions sur les moyens de gestion, notamment la prévention vaccinale. Cet article fait le point sur les connaissances actuelles des agents pathogènes respiratoires mineurs, leurs associations et les conséquences sur la vaccination.

Background: The most commonly used approaches for detection and characterization of bacterial pathogens of meningitis in developing countries include culture, Gram stain, and latex agglutination. The positivity rate of culture is relatively low due to suboptimal storage and transportation conditions, culture practice, and/or antibiotic treatment administered before specimens are collected. Specimens that yield no growth in culture can still be analyzed using molecular methods, and metagenomic DNA (mDNA) extracted directly from clinical samples (CSF) can be used. We aimed to detect and characterize three major bacterial causes of cerebrospinal meningitis (CSM); Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae using mDNA extracted directly from CSF samples. Methodology: Metagenomic DNA templates were prepared directly from CSF specimens collected from 210 patients with suspected CSM. A multiplex Real Time PCR (mRT-PCR) using the ABI StepOne Plus Machine and Taqman Probe chemistry was used in the molecular detection, while serogroup/serotype-specific singleplex RT-PCR was used to characterize all positives samples. Results: Eighty-eight (41.9%) of the 210 samples were positive with the mRT-PCR assay for one or a combination of two of the three bacteria. Of these, 59 (67.1%) were N. meningitidis, 2 (2.3%) were H. influenzae, 3 (3.4%) were S. pneumoniae, 15 (17 %) had co-infections of N. meningitidis with H. influenzae, and 9 (10.2%) had co-infections of H. influenzae and S. pneumoniae. The serogroups of N. meningitidis encountered were A (13.5%), B (23%), C (8.1%), W135 (8.1%), X (5.4%), Y (32.4%), and non-groupable (9.5%). The serotypes of H. influenzae were Hia (3.8%), Hib (57.7%), Hic (3.85%), Hie (11.5%) and Hif (23.1%). The serotypes of S. pneumoniae were Wxy1 (8.3%), Wxy4 (33.3%), Wxy5 (50.0%), and Wxy9 (8.3%). Conclusion: Multiplex RT-PCR is a fast and accurate method for detecting and characterizing serogroups/serotypes of major bacteria implicated in CSM. Isolating DNA directly from CSF improves turnaround time, which will speed up patient care and management. Keywords: Cerebrospinal meningitis, metagenomic DNA, multiplex Real Time PCR, Northern Nigeria French title: Détection moléculaire et caractérisation de bactéries à partir d'échantillons de LCR de patients suspectés de méningite cérébrospinale dans certaines parties du nord du Nigéria à l'aide d'extraits d'ADN métagénomique Contexte: Les approches les plus couramment utilisées pour la détection et la caractérisation des agents pathogènes bactériens de la méningite dans les pays en développement comprennent la culture, la coloration de Gram et l'agglutination au latex. Le taux de positivité de la culture est relativement faible en raison des conditions de stockage et de transport sous-optimales, des pratiques de culture et/ou du traitement antibiotique administré avant le prélèvement des échantillons. Les échantillons qui ne donnent pas de croissance en culture peuvent toujours être analysés à l'aide de méthodes moléculaires, et l'ADN métagénomique (ADNm) extrait directement d'échantillons cliniques (LCR) peut être utilisé. Nous visions à détecter et à caractériser trois causes bactériennes majeures de la méningite cérébrospinale (CSM); Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae et Streptococcus pneumoniae à l'aide d'ADNm extrait directement d'échantillons de LCR. Méthodologie: Des matrices d'ADN métagénomique ont été préparées directement à partir d'échantillons de LCR prélevés sur 210 patients suspects de CSM. Une PCR multiplex en temps réel (mRT-PCR) utilisant la chimie de la machine ABI StepOne Plus et de la sonde Taqman a été utilisée pour la détection moléculaire, tandis que la RT-PCR monoplex spécifique au sérogroupe/sérotype a été utilisée pour caractériser tous les échantillons positifs. Résultats: Quatre-vingt-huit (41,9%) des 210 échantillons étaient positifs avec le test mRT-PCR pour une ou une combinaison de deux des trois bactéries. Parmi ceux-ci, 59 (67,1%) étaient N. meningitidis, 2 (2,3%) étaient H. influenzae, 3 (3,4%) étaient S. pneumoniae, 15 (17%) avaient des co-infections de N. meningitidis avec H. influenzae et 9 (10,2%) avaient des co-infections à H. influenzae et S. pneumoniae. Les sérogroupes de N. meningitidis rencontrés étaient A (13,5%), B (23%), C (8,1%), W135 (8,1%), X (5,4%), Y (32,4%) et non groupables (9,5%). Les sérotypes de H. influenzae étaient Hia (3,8%), Hib (57,7%), Hic (3,85%), Hie (11,5%) et Hif (23,1%). Les sérotypes de S. pneumoniae étaient Wxy1 (8,3%), Wxy4 (33,3%), Wxy5 (50,0%) et Wxy9 (8,3%). Conclusion: La RT-PCR multiplex est une méthode rapide et précise de détection et de caractérisation des sérogroupes/sérotypes des principales bactéries impliquées dans le CSM. Isoler l'ADN directement du LCR améliore le temps de traitement, ce qui accélérera les soins et la gestion des patients. Mots clés: méningite cérébro-spinale, ADN métagénomique, PCR multiplex en temps réel, nord du Nigéria

La mesure du module de déformabilité, plus classiquement appelée portance, sur les plates-formes d’infrastructures est un élément clé de l’assurance qualité. La co-existence de matériels de mesures différents est une réalité fréquente sur chantier et la tentation de faire des essais croisés pour tester ou valider les performances réciproques des matériels est forte. Les résultats présentés ici ont montré que la dispersion en un point donné est liée au corps d’épreuve et l’emporte sur l’exactitude des appareils de mesure que les auteurs ont testés (Plaque et Dynaplaques). Il est donc inutile de réaliser des essais croisés sur chantier avec ces deux type d’appareils car ils donnent sur un grand nombre de mesures les mêmes résultats. Les appareils de mesure doivent être utilisés en priorité, et en toute connaissance de leurs limites, comme des outils de détection d’anomalies sur une plate-forme. La multiplication des points de mesure améliore la connaissance des hétérogénéités de la plate-forme.

Malgré les progrès des traitements chirurgicaux et oncologiques, les taux d’incidence et de survie à 5 ans (~50 %) liés aux cancers oraux (CO) ne se sont pas améliorés au cours des dernières décennies et demeurent un problème majeur de santé publique. 70 % sont encore diagnostiqués à un stade tardif (T3 ou T4), avec un délai de diagnostic moyen de 2 à 5 mois. La guérison et la survie des patients étant directement liées au stade de développement de la tumeur au moment du diagnostic, l’objectif de ce travail est d’analyser l’ensemble des déterminants liés au cancer oral et de proposer de nouvelles approches cliniques de diagnostic et de dépistage. De nouveaux modèles de dépistage, de formations et d’actions concrètes sont proposés pour mieux sensibiliser la population à la problématique mondiale majeure que constitue le CO. Les forces et faiblesses des études de dépistage du CO nécessitent d’être objectivement appréhendées, pour orienter efficacement les essais dans les établissements de soins primaires et les dynamiser, avec la perspective d’utiliser de nouvelles technologies émergentes qui peuvent aider à améliorer la précision discriminatoire de la détection des cas. La plupart des organisations nationales n’ont, jusqu’à présent, pas recommandé le dépistage massif de la population, en raison d’un manque de preuves scientifiques suffisantes quant à la réduction de la mortalité qui lui serait associée. Lorsque les ressources en soins de santé sont élevées, un dépistage individuel opportuniste est recommandé, bien que la faiblesse de la capacité diagnostique des cliniciens en première ligne soit alarmante.

Les pneumonies acquises à l’hôpital (PAH) sont fréquentes. À l’ère des techniques diagnostiques de biologie moléculaire (multiplex polymerase chain reaction), les rares données disponibles estiment que les virus respiratoires sont impliqués dans 22 à 32 % des épisodes. Les patients immunodéprimés constituent probablement la population la plus à risque. La présentation clinique et radiologique ne diffère pas entre pneumonies bactériennes, virales et mixtes (virus–bactérie). L’excrétion prolongée de virus respiratoires dans les voies aériennes a été rapportée chez les patients immunodéprimés. Elle pourrait promouvoir la co-infection bactérienne, associée à des durées d’hospitalisation prolongées. L’acquisition intrahospitalière a été démontrée chez tous les virus respiratoires. Elle encourage la mise en œuvre et le respect des mesures d’hygiène et de confinement, dans l’objectif de protéger soignants, visiteurs et patients. De nombreux points restent largement méconnus, relatifs aux interactions entre virus respiratoires et pathogènes non viraux, aux périodes d’incubation, ou encore aux durées d’excrétion virale. L’amélioration des techniques diagnostiques et l’accumulation de données épidémiologiques et cliniques devraient permettre de mieux appréhender le rôle des virus respiratoires dans les PAH. Cette meilleure connaissance aidera à rationaliser l’utilisation des tests de détection et facilitera l’interprétation de leurs résultats. Elle guidera aussi le clinicien dans l’utilisation future des nombreuses molécules antivirales actuellement en développement clinique chez l’homme.

Introduction : Les infections par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), le virus de l’hépatite B (VHB) et par Toxoplasma gondii (T. gondii), constituent un problème de santé publique important dans le monde et notamment en Afrique Sub-saharienne. L’objectif de ce travail était de déterminer la séroprévalence de la triple infection Toxoplasmose/VIH /VHB chez les patients reçus à l’Hôpital de l’Amitié Sino-guinéenne (HASIGUI) de Kipé/Conakry. Matériel et méthodes : Il s’agit d’une étude prospective réalisée du18 Juin au 18 Octobre 2017 à HASIGUI. La détection du VIH, du VHB et de T. gondii a été faite par immuno-chromatographie et par ELISA. Résultats : Au total, 291 patients ont été inclus dans l’étude. L’âge moyen était de 38,37±10,45 ans avec des extrêmes de 1 et 72 ans. Le sexe masculin était prédominant (73,2%; n=213) avec un sexe-ratio (H/F) égale 2,7. Environ 72,9% des patients étaient fonctionnaires et 95,5% provenaient de la ville de Conakry. Par ailleurs, 6,2% (n=18) des patients étaient infectés par le VIH+ (type 1), 14,8% (n=43) étaient infectés par le VHB et 43,0% (n=125) étaient infectés par T. gondii. La séroprévalence Toxoplasmose/VIH/VHB était de 3,1 (n=9); celle de la co-infection VIH/VHB était de 10,0% (n=29). Environ 83,3% des patients VIH+ étaient T. gondii positifs (p=0,00). D’autre part, 67,4% des patients AgHBs+ étaient aussi positifs pour la toxoplasmose (p=0,00). Enfin, 100% des patients VIH/VHB co-infectés étaient porteurs de T. gondii. Conclusion : La séroprévalence de la triple infection toxoplasmose/VIH/VHB était élevée (3,1%) dans notre étude et constitue ainsi un problème important de santé publique en Guinée.

Cette étude présente les principaux résultats d’estimation de paramètres génétiques et de détection de QTL obtenus dans le cadre du programme PhénoFinlait sur les caractères de composition en Acides Gras (AG) et protéines du lait dans trois races bovines (Holstein, Montbéliarde et Normande), deux races ovines (Lacaune et Manech Tête Rousse) et deux races caprines (Alpine et Saanen). La composition du lait est estimée à partir de la spectrométrie dans le moyen infrarouge. Les paramètres génétiques sont estimés à partir des données de 102 000 contrôles laitiers de 22 000 vaches en première lactation, 67 000 contrôles de 20 000 brebis, et 45 000 contrôles de 13 700 chèvres. Ils sont très homogènes entre espèces et entre races. En revanche, ils dépendent beaucoup du mode d’expression des caractères, exprimés en proportion du lait ou de la matière. Exprimés en teneur dans le lait, les AG saturés présentent une héritabilité plus élevée que les insaturés chez les bovins et les ovins, mais l’écart est plus faible quand ils sont exprimés en teneur dans le gras. Chez les caprins, les estimations d’héritabilité sont plus élevées pour les caractères exprimés en teneur dans la matière grasse. Les mesures d’AG sont fortement corrélées entre stades de lactation, à l’exception du premier mois qui apparaît comme un caractère assez différent. Les corrélations génétiques sont positives entre AG saturés et entre AG insaturés. Entre AG saturés et insaturés, les corrélations sont positives pour les AG exprimés en teneur dans le lait mais négatives quand les AG sont exprimés en pourcentage de la matière grasse. Les AG saturés sont très fortement corrélés au taux butyreux du lait. Concernant les protéines, les estimations d’héritabilité sont très élevées pour la bêta-lactoglobuline, assez élevées pour les caséines, plus modérées pour l’alpha-lactalbumine. Concernant les corrélations, il existe une forte analogie entre AG et protéines. Ainsi, les caséines sont fortement corrélées entre elles et fortement liées au taux protéique. Leur corrélation avec les protéines sériques est positive quand les protéines sont exprimées en teneur dans le lait, mais très négatives quand elles sont exprimées en teneur dans les protéines. Les analyses de détection de QTL reposent sur les données de 7 800 vaches, 1 800 brebis et 2 300 chèvres génotypées avec des puces SNP pangénomiques. En moyenne, 9 QTL d’AG ont été détectés par caractère et par race bovine. Les QTL les plus importants ont été trouvés sur les chromosomes 14 (gène DGAT1), 5, 19, 27, 17, 11 et 13. On observe une forte co-localisation de QTL entre AG du même type, reflétant leur origine métabolique commune. Une fraction notable de ces QTL semble partagée entre races. 22 à 29 QTL sont détectés en moyenne pour chaque taux de protéine. Les plus significatifs se situent sur les chromosomes 6 (2 régions QTL, régions des gènes ABCG2 et des caséines), 11 (gène de la bêta-lactoglobuline) et 20 (gène GHR vers 32 Mb, mais aussi vers 58Mb). Le gène DGAT1 affecte également de nombreuses protéines exprimées en teneur dans le lait. Ces résultats indiquent que la composition fine du lait pourrait être modifiée par sélection, même si les grands équilibres entre composants peuvent difficilement être bouleversés. Il est ainsi possible d’augmenter la fraction de caséines dans les protéines. Il est aussi possible d’augmenter la fraction d’AG insaturés dans le lait, mais sans doute au prix d’une diminution du taux butyreux.

Background: HIV co-infection with hepatitis B (HBV) and/or hepatitis C virus (HCV) is common, largely due to shared routes of transmission, but paucity of data exists for long term treatment outcomes of HIV infected patients, and those co-infected with HBV and HCV despite the high burden in Nigeria. The aim of study was to describe the longterm treatment outcomes in HIV infected Nigerians and to assess the effect of HBV and HCV co-infections on longterm response to antiretroviral therapy (ART).Methodology: This was a retrospective study of HIV infected adults (> 18 years old) consecutively initiating ART between July 2004 and December 2007, who were followed up for 7 years (2011 and 2014). HBV and HCV infections were diagnosed by detection of serum hepatitis B surface antigen (HBsAg) and HCV antibody (HCVAb) respectively. HIV viral load and CD4 count were monitored 3-monthly after initiating ART, and treatment outcomes based on these were compared between patients with HIV mono-infection, HIV/HBV, HIV/HCV and HIV/HBV/HCV co-infections. Clinical and laboratory data of the patients were abstracted from the medical databases, FileMaker Pro, v 10, entered into Microsoft Excel, and analyzed using SPSS version 20.0.Results: A total of 2,800 adults were evaluated (median age of 35.5 years; 64.2% female), of whom 197 (7.0%) were co-infected with HBV, 53 (1.9%) with HCV, and 15 (0.5%) with HBV and HCV. During the 7-year period, 369 (13.2%) patients were lost to follow up. Immune reconstitution, measured by CD4 recovery, was lower in both HBV and HCV co-infections compared to HIV mono-infection, but this was not statistically significant (p>0.05). Median baseline HIV viral load was 4.63 log copies/ml for all groups, which decreased to undetectable level at a median time of 6 months and remained so for the study duration.Conclusion: This study revealed a higher virologic failure among HIV/HCV co-infected group compared to other groups. No immunological difference in ART treatment outcomes between HIV mono-infected and those co-infected with HBV and HCV after 7-year follow-up. Gradual rise in CD4 was found to be an immunological evidence of the body’s recovery from HIV, buttressed by the drop in viral load over the 7-year period. Keywords: ART, HIV, HBV, HCV co-infection, long term outcomes English title: Résultats à long terme du traitement antirétroviral hautement actif chez les Nigérians infectés par le VIH et ceux co-infectés par les virus des hépatites B et C Contexte: La co-infection par le VIH avec l'hépatite B (VHB) et/ou le virus de l'hépatite C (VHC) est courante, engrande partie en raison des voies de transmission partagées, mais il existe peu de données sur les résultats dutraitement à long terme des patients infectés par le VIH, et ceux co -infectés par le VHB et le VHC malgré le fardeau élevé au Nigéria. Le but de l'étude était de décrire les résultats du traitement à long terme chez les Nigérians infectés par le VIH et d'évaluer l'effet des co-infections par le VHB et le VHC sur la réponse à long terme au traitement antirétroviral (TAR).Méthodologie: Il s'agissait d'une étude rétrospective sur des adultes infectés par le VIH (>18 ans) ayant commencé un traitement antirétroviral consécutivement entre juillet 2004 et décembre 2007, suivis pendant 7 ans (2011 et 2014). Les infections par le VHB et le VHC ont été diagnostiquées par détection de l'antigène de surface sérique de l'hépatite B (AgHBs) et des anticorps anti-VHC (HCVAb) respectivement. La charge virale du VIH et la numération des CD4 ont été surveillées tous les trois mois après le début du TAR, et les résultats du traitement basés sur ceuxci ont été comparés entre les patients atteints de mono-infection VIH, VIH/VHB, VIH/VHC et VIH/VHB/VHC. Les données cliniques et de laboratoire des patients ont été extraites des bases de données médicales, FileMaker Pro, v 10, saisies dans Microsoft Excel et analysées à l'aide de SPSS version 20.0.Résultats: Un total de 2800 adultes ont été évalués (âge médian de 35,5 ans; 64,2% de femmes), dont 197 (7,0%) étaient co-infectés par le VHB, 53 (1,9%) par le VHC et 15 (0,5%) par le VHB et VHC. Au cours de la période de 7 ans, 369 (13,2%) patients ont été perdus de vue. La reconstitution immunitaire, mesurée par la récupération des CD4, était plus faible dans les co-infections par le VHB et le VHC que dans la mono-infection par le VIH, mais cela n'était pas statistiquement significatif (p>0,05). La charge virale VIH de base médiane était de 4,63 log copies / ml pour tous les groupes, ce qui a diminué à un niveau indétectable à une période médiane de 6 mois et le reste pendant toute la durée de l'étude.Conclusion: Cette étude a révélé un échec virologique plus élevé parmi le groupe co-infecté par le VIH / VHC par rapport aux autres groupes. Aucune différence immunologique dans les résultats du traitement TAR entre le VIH mono-infecté et ceux co-infectés par le VHB et le VHC après un suivi de 7 ans. L’augmentation progressive des CD4 s’est avérée être une preuve immunologique de la guérison du corps du VIH, étayée par la baisse de la charge virale au cours de la période de 7 ans. Mots clés: TAR, VIH, VHB, co-infection par le VHC, résultats à long terme

Heavy metals are partitioned into two different groups of essential (non-toxic) and nonessential (toxic) elements. The non-toxic heavy metals are of essential health and nutritional benefits to animals and humans. The clinical consequences of non-essential heavy metals if ingested even in low doses are grave. This study was the concluding part of our previous works on the detection of drug residues and bacterial contaminations of locally processed yoghurt sold for human consumption in Jigawa State of Northern Nigeria. In this present study, we attempted to evaluate the presence of Lead (Pb) and Cobalt (Co) heavy metal residue in samples of locally processed yoghurt hawked for human consumption in selected parts of Jigawa State, Nigeria. About 10 mL each of four samples of locally processed yoghurt samples were randomly collected from each of five collection centers/points in the morning from large containers into sterilized collection tubes and cooled and transported in iced pack box for laboratory analyses. The evaluation of heavy metal residues was performed using high performance liquid chromatography (HPLC)-based assay. We presented from our results that sample of locally processed yoghurt collected from Kiri had the highest Cobalt (Co) residue (75.18 mg/kg) followed by Majiyawa (65.84 mg/kg) both of which were from Ringim dairy collection center while Dakayyawa, Andaza and Balbadu dairy collection centers had Co residue-free yoghurt. Majority of the locally processed yoghurt samples collected from the study area had elevated Pb contamination levels which were far higher than those collected from Rumbawa (0.00 mg/kg), Dakayyawa (0.00 mg/kg), Kyambo (0.02 mg/kg), Dangyati (0.02 mg/kg) and Andaza (0.02 mg/kg) dairy collection centers/points. Our results suggested that Pb contamination levels detected in the study area is clinically unsafe and unhygienic for human consumption and it is of grave consequences to public health. Therefore, urgent action is needed to be taken by appropriate agency of government to address this health threat to the consumers' safety of dairy products in the study area. Les métaux lourds sont répartis en deux groupes différents d'éléments essentiels (non toxiques) et non essentiels (toxiques). Les métaux lourds non toxiques présentent des avantages essentiels pour la santé et la nutrition des animaux et des humains. Les conséquences cliniques des métaux lourds non essentiels en cas d'ingestion même à dosesfaibles sont graves. Cette étude était la conclusion de nos travaux antérieurs sur la détection des résidus de médicaments et des contaminations bactériennes de yaourts transformés localement vendus pour la consommation humaine dans l'État de Jigawa au nord du Nigéria. Dans l'étude actuelle, nous avons tenté d'évaluer la présence de résidus de métaux lourds de plomb (Pb) et de cobalt (Co) dans des échantillons de yaourt transformé localement destiné à la consommation humaine dans certaines régions de l'État de Jigawa, au Nigéria. Environ 10 ml de chacun des quatre échantillons d'échantillons de yaourt transfor és localement ont été prélevés au hasard dans chacun des cinq centres / points de collecte le matin à partir de grands conteneurs dans des tubes de collecte stérilisés et refroidis et transportés dans une boîte d'emballage glacée pour les analyses de laboratoire. L'évaluation des résidus de métaux lourds a été réalisée en utilisant un test basé sur la chromatographie liquide à haute performance (HPLC). Nous avons présenté à partir de nos résultats que l'échantillon de yaourt transformé localement recueilli à Kiri contenait le résidu de cobalt (Co) le plus élevé (75.18 mg / kg) suivi de Majiyawa (65.84 mg / kg), tous deux provenant du centre de collecte laitière de Ringim tandis que Dakayyawa, Andaza et les centr s de collecte des produits laitiers de Balbadu disposaient de yaourt sans résidu de Co. La ma orité des échantillons de yaourt transformés localement prélevés dans la zone d'étude présentaient des niveaux de contamination élevés au plomb qui étaient bien supérieurs à ceux recueillis à Rumbawa (0.00 mg / kg), Dakayyawa (0.00 mg / kg), Kyambo (0.02 mg / kg), Dangyati Centres / points de collecte laitière (0.02 mg / kg) et Andaza (0.02 mg / kg). Nos résultats suggèrent que les niveaux de contamination au plomb détectés dans la zone d'étude sont cliniquement dangereux et insalubres pour la consommation humaine et ont de graves conséquences pour la santé publique. Par conséquent, des mesures urgentes doivent être prises par l'agence gouvernementale appropriée pour faire face à cette menace pour la santé vis-à-vis la sécurité des consommateurs des produits laitiers dans la zone d'étude.

Background: Nigeria has the second highest case of multi-drug resistant tuberculosis (MDR TB) in Africa, estimated at 29,000 in 2015. The laboratory diagnosis of MDR TB in Nigeria is currently done using GeneXpert assay that generates results in less than two hours but can detect resistance to only rifampicin and has high-technology requirements. The objective of this study is to detect MDR TB using Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS) assay in Lagos State, Nigeria. Methodology: A total of 80 patients who were positive for TB by GeneXpert in three Directly Observed Treatment Short-course (DOTS) centres in Lagos were studied. Spot sputum samples were collected from each patient andtransported on ice-packs to Lagos University Teaching Hospital (LUTH) DOTS laboratory for decontamination. Culture and drug sensitivity test (DST) were performed on the pellets obtained by MODS assay in 24-well plates and examined with an inverted light microscope within 6 to 21 days of incubation at 35oC. Results: Of the 80 patients, males were 43 (53.8%) while females were 37 (46.2%), with mean age of 36.2±11.6years. Seventy-six (95.0%) of the patients had cough at presentation, 60 (75.0%) had not commenced anti-TB treatment, 15 (18.8%) were previously treated (PT) TB cases, and 14 (17.5%) were HIV positive. MODS assay detected Mycobacterium tuberculosis (MTB) in 52 (65.0%) patients across all the age groups but association between age groups and MTB detection by MODS assay was not significant (p=0.447). MODS assay detected MTB in 50 (83.3%) of 60 patients who had not commenced anti-TB drugs compared to 2 (10.0%) of 20 who had commenced anti-TB drugs at the time of sample collection (p<0.0001). Nine (60.0%) of 15 PT TB cases had MTB detected compared to 43 (66.2%) of 65 new cases of TB (p=0.7657). Nine of the 14 (64.3%) HIV positive patients were co-infected with MTB detected by MODS assay compared to 43 (65.2%) of 66 HIV negative patients (p=1.000). MDR TB was detected by MODS assay in 2 (2.5%) of the 80 patients (aged 30 and 38 years) who were previously identified as rifampicin resistant by GeneXpert assay (p=0.0003). The 2 MDR-TB cases were seen in the 15 PT (13.3%) cases, and in 1 of the 14 HIV (7.1%) positive patients. Conclusion: MODS assay detected MDR-TB among PT TB patients in Lagos, Nigeria at the rate of 2.5%. Hence, MODS assay is an effective, low-tech, liquid culture technique to accurately detect TB and MDR-TB simultaneously. French title: Détection de la tuberculose multirésistante (TB-MDR) à l'aide d'un test d'observation microscopique de sensibilité aux médicaments (MODS) dans l'État de Lagos, au sud-ouest du Nigeria Contexte: Le Nigéria compte le deuxième cas le plus élevé de tuberculose multirésistante (TB-MDR) en Afrique, estimé à 29 000 en 2015. Le diagnostic en laboratoire de la TB-MDR au Nigeria est actuellement effectué à l'aide du test GeneXpert qui génère des résultats en moins de deux heures, mais peut détecter la résistance à la seule rifampicine et a des exigences de haute technologie. L'objectif de cette étude est de détecter la tuberculose multirésistante à l'aide du test d'observation microscopique de la sensibilité aux médicaments (MODS) dans l'État de Lagos, au Nigeria. Méthodologie: Un total de 80 patients positifs pour la tuberculose par GeneXpert dans trois centres de traitement de courte durée sous surveillance directe (DOTS) à Lagos ont été étudiés. Des échantillons ponctuels d'expectorations ont été prélevés sur chaque patient et transportés sur des sacs de glace au laboratoire DOTS de l'hôpital universitaire de Lagos (LUTH) pour décontamination. La culture et le test de sensibilité aux médicaments (DST) ont été effectués sur les culots obtenus par dosage MODS dans des plaques à 24 puits et examinés au microscope optique inversé dans les 6 à 21 jours d'incubation à 35oC. Résultats: Sur les 80 patients, les hommes étaient au nombre de 43 (53,8%) tandis que les femmes étaient au nombre de 37 (46,2 %), avec un âge moyen de 36,2±11,6 ans. Soixante-seize (95,0%) des patients avaient toussé au moment de la présentation, 60 (75,0%) n'avaient pas commencé de traitement antituberculeux, 15 (18,8%) étaient des cas de tuberculose précédemment traités (PT) et 14 (17,5%) étaient infectés par le VIH. positif. Le test MODS a détecté Mycobacterium tuberculosis (MTB) chez 52 (65,0%) patients dans tous les groupes d'âge, mais l'association entre les groupes d'âge et la détection de MTB par le test MODS n'était pas significative (p=0,447). Le test MODS a détecté MTB chez 50 (83,3%) des 60 patients qui n'avaient pas commencé les médicaments antituberculeux par rapport à 2 (10,0%) des 20 qui avaient commencé les médicaments antituberculeux au moment du prélèvement de l'échantillon (p<0,0001). Neuf (60,0%) des 15 cas de TB PT avaient une MTB détectée contre 43 (66,2%) des 65 nouveaux cas de TB (p=0,7657). Neuf des 14 (64,3%) patients séropositifs pour le VIH étaient co-infectés par le MTB détecté par le test MODS, contre 43 (65,2%) des 66 patients séronégatifs pour le VIH (p=1 000). La tuberculose multirésistante a été détectée par le test MODS chez 2 (2,5%) des 80 patients (âgés de 30 et 38 ans) précédemment identifiés comme résistants à la rifampicine par le test GeneXpert (p=0,0003). Les 2 cas de TB-MR ont été observés chez les 15 cas PT (13,3%) et chez 1 des 14 patients séropositifs (7,1%). Conclusion: Le test MODS a détecté la TB-MR chez les patients PT TB à Lagos, au Nigeria, à un taux de 2,5 %. Par conséquent, le test MODS est une technique de culture liquide efficace et de faible technologie pour détecter simultanément avec précision la tuberculose et la tuberculose multirésistante.

The aim of this study was to assess the microbiological and chemical air quality in a municipal solid waste landfill and its inhabited surroundings, in a particular context in which Romania struggles with the incapacity to comply with its environmental commitments. The research was conducted on a landfill near the capital Bucharest between November 2018 and September 2019. To evaluate the chemical (oxygen, carbon dioxide, methane, hydrogen sulfide, ammonia and carbon monoxide–MX6 iBrid™ Détector multigas) and microbiological (airborne bacteria and fungi–aspiration method) parameters, eight sampling points were established, located both on the perimeter of the landfill and within its surroundings. CO and CH4 were not detected in any of the sampling points, during the study period; O2 was in normal values 20.09–21.05%; CO2 had a maximum average concentration of 620 ± 215; H2S had values between 0.1 and 5.0 ppm only in the sampling points inside the landfill; NH3 was present only once in a single sampling point with values between 1.0 and 3.0 ppm. The microbiological results provide an overview of the total plate count and total fungal count, with no significant differences between the level of contamination inside the landfill and within its surroundings (p > 0.05). Ten bacterial species and fungi from six genera have been identified. It was also found that the number of microorganisms in the air was significantly lower during the winter, spring and early summer months compared with the late summer and autumn months (p < 0.05).

Dossier "PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait Avant-propos Le lait est un produit animal complexe à l’origine de multiples valorisations en alimentation humaine : laits de consommation incluant les laits infantiles, fromages, beurres, crèmes, yaourts, desserts et boissons lactées, ingrédient dans une grande diversité de pâtisseries et de plats cuisinés, etc. Il s’agit donc d’un pilier de l’alimentation humaine y compris à l’âge adulte et ce depuis des milliers d’années. Toutefois, les demandes des consommateurs et de la société ont évolué rapidement ces dernières années et les exigences en matière de qualité des produits se sont complexifiées (Le Bihan-Duval et al 2014). Tout d’abord du point de vue du consommateur, en particulier occidental, l’alimentation doit désormais répondre à une diversité d’attentes. A la demande en « quantité » d’après-guerre, se sont en particulier ajoutées des exigences sanitaires, des exigences organoleptiques, de traçabilité du produit, des exigences nutritionnelles, et après une période « nutrition - santé » (Cniel 2011), une exigence croissante de « naturalité ». De plus, du point de vue du citoyen, la qualité intègre l’environnement, le bien-être animal, les conditions de production. Une partie des consommateurs a d’ailleurs évolué vers une stratégie d’achat « responsable » (Cniel 2011). Simultanément, le lait, bien que bénéficiant d’une image traditionnellement et majoritairement favorable à plusieurs titres, est confronté ces dernières années à des remises en causes parfois virulentes (allergies, intolérances, rejet des matières grasses saturées et trans…) qui s’installent probablement durablement dans les rapports des consommateurs avec le lait (Cniel 2011). Malgré ce contexte exigeant et changeant, jusqu’à aujourd’hui, au-delà des quantités totales en matières grasses et protéiques, peu de dispositifs sont disponibles et mis en œuvre pour suivre, qualifier, voire piloter la composition fine du lait « en sortie de ferme ». Le lait a suivi, avec le développement du secteur laitier, un processus de standardisation conformément au principe du « lait apte à toute transformation », devenant une matière première à laquelle l’application de procédés de fabrication variés donne de la valeur. Ce constat est à moduler pour les filières AOP fromagères. La composition fine du lait, en particulier la variabilité des profils en acides gras et en protéines, n’est pas ou peu valorisée, ni au niveau de la production, ni au niveau de la transformation. Dans le contexte actuel, traiter le lait de manière indifférenciée peut être contre-productif, en particulier si l’on reconsidère la richesse intrinsèque de la matière première « lait » et le fait que la composition du produit final reflète largement la composition du lait d’origine (Lucas et al 2006). Le lait « en sortie de ferme » se situe à la charnière entre l’amont et l’aval des filières laitières et, à ce titre, est idéalement placé pour être une source importante de compétitivité et d’adaptabilité des filières laitières dans leur globalité. Le sujet de la composition fine du lait a bien entendu fait l’objet de travaux bien avant que le programme PhénoFinlait ne soit imaginé et mis en œuvre. Ainsi, les liens entre alimentation et profil en acides gras (Chilliard et al 2007, Couvreur et al 2007, Hurtaud et al 2007) ou encore les variants génétiques des lactoprotéines majeures (Grosclaude et al 1987, Grosclaude 1988) ont été étudiés généralement à partir de dispositifs expérimentaux. Ces connaissances ont servi de point de départ et d’assurance sur la faisabilité et l’intérêt d’engager un programme à grande échelle. L’ambition de PhénoFinlait était alors de transposer ces connaissances et hypothèses en élevages privés avec une grande diversité de systèmes d’alimentation et de coupler cela à une analyse conjointe du déterminisme génétique afin d’apporter aux éleveurs et à leurs filières des outils et des réponses globales. De nombreuses nouvelles références étaient bien évidemment à établir, mais l’un des enjeux majeurs portait et porte toujours sur les possibilités de transfert aux filières. Les développements à la fois de la spectrométrie dans l’infra-rouge et de la sélection génomique ont ouvert de nouvelles portes en matière d’accès à la composition fine du lait à coûts réduits et d’analyses de ses déterminants génétiques.Les travaux pionniers de la Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Soyeurt et al 2006) ont ainsi ouvert la voie à l’estimation de nombreux composants fins du lait à partir d’une exploitation plus fine des données d’absorbance de la lumière dans le Moyen Infra-Rouge (MIR) principalement. Le principe est simple : la spectrométrie MIR, utilisée pour estimer les taux de matière grasse et protéique en routine dans les laboratoires d’analyse du lait, peut aussi être utilisée pour quantifier individuellement certains composants fins. Des modèles de prédiction sont développés à partir d’un jeu d’échantillons caractérisés à la fois à l’aide d’une méthode d’ancrage et par un spectre MIR. Ces modèles sont ensuite appliqués aux données spectrales telles que celles produites dans le cadre des analyses laitières habituelles de paiement du lait à la qualité et de contrôle laitier. Plusieurs dizaines d’acides gras et protéines peuvent ainsi être estimés avec une précision satisfaisante et à un coût additionnel modeste par rapport aux analyses déjà réalisées en routine. Parallèlement, les avancées dans le domaine de la génomique permettent d’analyser et d’exploiter plus rapidement et plus finement le déterminisme génétique des caractères. Là encore, le principe est relativement simple : deséquations d’estimation du potentiel génétique des animaux pour les différents caractères sont établies à partir d’une population de référence (animaux génotypés et caractérisés d’un point de vue phénotypique). Cette population peut être de taille beaucoup plus restreinte que celle nécessaire pour mettre en œuvre une évaluation génétique « classique ». Par ailleurs, les équations produites permettent de déterminer le potentiel génétique d’un animal sans pour autant qu’il dispose lui-même (ou ses descendants) de phénotype mesuré (Robert-Granié et al 2011). L’un des enjeux en sélection est alors de concevoir et de mettre en œuvre des programmes de caractérisation phénotypique de populations de référence, ce que l’on a appelé des programmes de « phénotypage » à plus ou moins grande échelle. Le programme PhénoFinlait est l’un des premiers grands programmes de phénotypage à haut débit (Hocquette et al 2011) avec ses caractéristiques : phénotypage fin sur la composition du lait, dans des systèmes d’élevage caractérisés, en particulier, par l’alimentation, préalable à un génotypage à haut débit des animaux suivis. Face à ces enjeux pour la filière laitière et ces nouvelles potentialités techniques et scientifiques, les filières laitières bovine, caprine et ovine, les acteurs de l’élevage (conseil en élevage et laboratoires d’analyse du lait) et de la génétique (entreprises de sélection et de mise en place d’insémination), les instituts de recherche et de développement (Inra, Institut de l’Elevage, Actalia) et APIS-GENE ont décidé de se constituer en consortium afin d’unifier leurs efforts et de partager leurs compétences et réseaux. Le consortium, avec le soutien financier d’APIS-GENE, de l’ANR, du Cniel, du Ministère de l’Agriculture (fond dédié CASDAR et Action Innovante), de France AgriMer, de France Génétique Elevage, du fond IBiSA et de l’Union Européenne, a initié début 2008 un programme pour :- analyser la composition fine du lait en acides gras et en protéines par des méthodes de routine et des méthodes d’ancrage ultra-résolutives (protéines) ;- appliquer ces méthodes à grande échelle sur une diversité de systèmes et de races représentatives de la diversité de la ferme France afin d’identifier des facteurs influençant la composition fine du lait ;- optimiser la valorisation des ressources alimentaires et génétiques par le conseil en élevage ;- initier une sélection génomique. Au-delà de ces objectifs, le programme PhénoFinlait a été envisagé comme un investissement majeur et collectif pour les filières laitières françaises afin de leur permettre de conserver ou de développer des avantages compétitifs par la possibilité de mieux valoriser la composition fine et demain ultrafine (grâce à des méthodes plus fines encore que la spectrométrie MIR) du lait. Les bases de données et d’échantillons ont ainsi vocation à être exploitées et ré-exploitées pendant plusieurs années au fur et à mesure des demandes des filières et de l’avancée des connaissances et des technologies d’analyse du lait. D’autres pays se mobilisent également sur cette problématique : Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Danemark et Suède, Italie, Belgique, etc. Ce dossier de la revue Inra Productions Animales fait état des principales productions issues à ce jour du programme PhénoFinlait. Il n’a pas vocation à couvrir exhaustivement les résultats produits. En particulier, nous ne présenterons pas systématiquement l’ensemble des résultats pour l’ensemble des espèces, races et composants. Néanmoins, nous nous sommes attachés à présenter à travers trois articles de synthèse et un article conclusif les principales avancées permises par ce programme à partir d’exemples pris dans les différentes filières. Gelé et al, débutent ce dossier par une présentation du programme dans ses différents volets, depuis la détermination des élevages et animaux à suivre jusqu’à la collecte et la conservation d’échantillons (de lait et de sang), en passant par l’enregistrement en routine des spectres MIR, des conditions d’alimentation, le prélèvement d’échantillons de sang puis, plus tard, le génotypage sur des puces pangénomiques. Cet article développe plus particulièrement la méthodologie mise en place pour déterminer la composition du lait en acides gras etprotéines à partir de spectres MIR. Enfin, il dresse un bilan des données collectées, permettant d’actualiser les références sur la caractérisation des troupeaux, des femelles laitières, des régimes alimentaires, et du profil des laits produits dans les trois filières laitières françaises. Legarto et al, présentent ensuite les résultats relatifs à l’influence des facteurs physiologiques (stade de lactation...), alimentaires (à travers des typologies de systèmes d’alimentation), raciaux et saisonniers, sur les profilsen acides gras. Ces résultats mettent en évidence de nombreuses sources de variation de la composition du lait qui pourront être exploitées à différentes échelles : animal, troupeau et bassin de collecte. Enfin, Boichard et al, présentent une synthèse de l’analyse du déterminisme génétique des acides gras d’une part et des protéines d’autre part. Cette synthèse aborde les estimations de paramètres génétiques tels que l’héritabilité et les corrélations génétiques entre caractères de composition fine entre eux, et avec les caractères de production. Ces résultats permettent en particulier de définir les potentialités de sélection ainsi que les liaisons génétiques à considérer. Ces analyses ont aussi permis de mesurer l’importance du choix de l’unité d’expression des teneurs (en pourcentage de la matière grasse ou protéique, ou en pourcentage dans le lait). Dans une dernière partie, cet article présente les analyses de détection de QTL avec une analyse des co-localisations entre races, entre composants et avec des gènes majeurs connus. RéférencesBoichard D., Govignon-Gion A., Larroque H., Maroteau C., Palhière I., Tosser-Klopp G., Rupp R., Sanchez M.P., Brochard M., 2014. Déterminisme génétique de la composition en acides gras et protéines du lait des ruminants. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 283-298. Chilliard Y., Glasser F., Ferlay A., Bernard L., Rouel J., Doreau M., 2007. Diet, rumen biohydrogenation, cow and goat milk fat nutritional quality: a review. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 109, 828-855. Cniel, 2011. Lait, produits laitiers et société : France 2025 – Prospective collective. Note de synthèse sur les évolutions probables, juillet 2011. Couvreur S., Hurtaud C., Marnet P.G., Faverdin P., Peyraud J.L., 2007. Composition of milk fat from cows selected for milk fat globule size and offered either fresh pasture or a corn silage-based diet. J. Dairy Sci., 90, 392-403. Gelé M., Minery S., Astruc J.M., Brunschwig P., Ferrand M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarto J., Martin P., Miranda G., Palhière I., Trossat P., Brochard M., 2014. Phénotypage et génotypage à grande échelle de la composition fine des laits dans les filières bovine, ovine et caprine. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 255-268. Grosclaude F., Mahé M.F., Brignon G., Di Stasio L., Jeunet R., 1987. A Mendelian polymorphism underlying quantitative variations of goat αS1-casein. Génét. Sel. Evol., 19, 399-412. Grosclaude F., 1988. Le polymorphisme génétique des principales lactoprotéines bovines. Relations avec la quantité, la composition et les aptitudes fromagères du lait. INRA Prod. Anim., 1, 5-17. Hocquette J.F., Capel C., David V., Guemene D., Bidanel J., Barbezant M., Gastinel P.L., Le Bail P.Y., Monget P., Mormede P., Peyraud J.L., Ponsart C., Guillou F., 2011. Les objectifs et les applications d’un réseau organisé de phénotypage pour les animaux d’élevage. Renc. Rech. Rum., 18, 327-334. Hurtaud C., Peyraud J.L., 2007. Effects of feeding camelina (seeds or meal) on milk fatty acid composition and butter spreadability. J. Dairy Sci., 90, 5134-5145. Le Bihan-Duval E., Talon R., Brochard M., Gautron J., Lefevre F., Larzul C., Baeza E., Hocquette J.F., 2014. Le phénotypage de la qualité des produits : enjeux de société, scientifiques et techniques. In : Phénotypage des animaux d’élevage. Phocas F. (Ed). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 223-234. Legarto L., Gelé M., Ferlay A., Hurtaud C., Lagriffoul G., Palhière I., Peyraud J.L., Rouillé B., Brunschwig P., 2014. Effets des conduites d’élevage sur la composition en acides gras du lait de vache, chèvre et brebis évaluéepar spectrométrie au moyen infrarouge. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds).Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 269-282. Lucas A., Rock E., Chamba J.F., Verdier-Metz I., Brachet P., Coulon J.B., 2006. Respective effects of milk composition and the cheese-making process on cheese compositional variability in components of nutritionalinterest. Lait, 86, 21-41. Robert-Granié C., Legarra A., Ducrocq V., 2011. Principes de base de la sélection génomique. In : Numéro spécial, Amélioration génétique. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M. (Eds). INRA Prod. Anim., 24, 331-340. Soyeurt H., Dardenne P., Dehareng F., Lognay G., Veselko G., Marlier M., Bertozzi C., Mayeres P., Gengler N., 2006. Estimating fatty acid content in cow milk using mid-infrared spectrometry. J. Dairy Sci., 89, 3690-3695.

Les virus respiratoires sont un ensemble hétérogène d’espèces virales partageant un tropisme pour l’ensemble de l’arbre aérien et une symptomatologie commune. L’avènement en routine clinique des tests génomiques multi-cibles (PCR multiplex) a démontré leur place importante dans l’épidémiologie des pneumonies aigues communautaires sévères de l’adulte, et a mis en lumière l’impact pronostique péjoratif de la co-infection virus-bactérie. Cependant, l’interprétation clinique des tests virologiques peut poser problème au clinicien car les résultats sont parfois équivoques. Un résultat négatif n’exclut pas nécessairement un épisode d’excrétion virale active, tandis qu’un résultat positif ne signifie pas forcément que le tableau observé est attribuable au virus respiratoire détecté. Le clinicien peut si besoin répéter le test ou s’aider, selon disponibilité, d’outils moléculaires de confirmation. L’impact thérapeutique de la détection virale (hors SARS-CoV-2) est à ce jour limitée, et concerne principalement la mise en œuvre de mesures de maitrise du risque viral, l’initiation d’une traitement anti-viral en cas de détection de virus Influenza, et la mise en garde vis-à-vis de l’utilisation de la corticothérapie systémique.