Teses / dissertações: "Caractérisation du cycle circadien"

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Burckard, Odile. "Analyse mathématique de la dynamique du cycle et de la synchronisation des horloges circadiennes périphériques des mammifères". Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2024. http://www.theses.fr/2024COAZ4046.

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Resumo:

Les horloges circadiennes, présentes dans les cellules de pratiquement tous les êtres vivants, sont essentielles dans la régulation rythmique de nombreux processus biologiques. Le bon fonctionnement des organismes dépend de la cohérence de phase de ces oscillateurs génétiques. Pourtant, chez les mammifères, les mécanismes sous-jacents à la synchronisation des horloges périphériques demeurent méconnus. Cette thèse se concentre sur l'étude de la synchronisation des horloges circadiennes périphériques des mammifères et sur l'analyse de la dynamique du cycle circadien. Dans un premier temps, nous supposons que les horloges périphériques sont capables d'assurer leur synchronisation grâce à des mécanismes de couplage, comparables à ceux observés entre les cellules de l'horloge centrale. Nous étudions cette hypothèse numériquement, à l'aide d'un modèle d'un réseau d'horloges périphériques couplées, construit avec des équations différentielles ordinaires. Nos simulations nous permettent d'identifier des facteurs favorisant la synchronisation des oscillateurs circadiens. Dans un second temps, nous nous focalisons sur la dynamique d'un unique cycle circadien, que nous caractérisons théoriquement via la construction d'un modèle affine par morceaux approximant un modèle continu construit avec des termes d'action de masse. Notre approche repose sur l'identification d'une séquence de transitions périodique entre les régions de l'espace de phases discrétisé du modèle continu et sur le développement d'un algorithme calculant des valeurs réelles de seuils qui garantissent une trajectoire périodique aux oscillateurs du modèle affine par morceaux et la reproduction des principales propriétés qualitatives des cycles circadiens. Nous proposons ensuite une méthode générale et automatisée pour caractériser la dynamique de n'importe quel cycle circadien dont les séries temporelles des (complexes de) protéines CLOCK:BMAL1, REV-ERB et PER:CRY sont connues. Notre méthode sert d'outil pour tester et comparer les dynamiques de différents cycles circadiens, tout en mettant en évidence des propriétés qu'ils partagent. Ces méthodes nous permettent finalement de mieux comprendre l'influence du couplage sur la dynamique des cycles d'un réseau d'horloges périphériques
Circadian clocks, present in the cells of virtually all living beings, are essential for the rhythmic regulation of many biological processes. The healthy functioning of organisms depends on the phase coherence of these genetic oscillators. However, in mammals, the mechanisms underlying the synchronization of peripheral clocks remain poorly understood. This thesis focuses on the study of the synchronization of mammalian peripheral circadian clocks and on the analysis of circadian cycle dynamics.First, we hypothesize that peripheral clocks can achieve synchronization through coupling mechanisms, comparable to those observed between central clock cells. We investigate this hypothesis numerically, using a model of a network of coupled peripheral clocks, constructed with ordinary differential equations. Our simulations lead to the identification of factors promoting the synchronization of circadian oscillators. Secondly, we focus on the dynamics of a single circadian cycle, which we characterize theoretically through the construction of a piecewise affine model approximating a continuous model including mass action terms. Our approach is based on the identification of a sequence of periodic transitions between regions of the discretized phase space of the continuous model, and on the development of an algorithm generating real threshold values that guarantee a periodic trajectory for the oscillators of the piecewise affine model and the reproduction of the main qualitative properties of circadian cycles. We then propose a general and automated method for characterizing the behaviour of any circadian cycle whose time series of CLOCK:BMAL1, REV-ERB and PER:CRY protein (complexes) are known. Our method provides a benchmark for testing and comparing the dynamics of different circadian cycles, while highlighting properties they share. Finally, these methods allow us to better understand the influence of coupling on the cycle dynamics of a network of peripheral clocks

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Barbot, Willy. "Variation circadienne et induction avec l'âge de l'expression d'un rétrotransposon IAP de souris : caractérisation du site d'insertion proviral et "effet de position"". Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066022.

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Amdaoud, Malika. "Stabilité du rythme circadien des cyanobactéries : investigation d’un couplage entre oscillateurs". Phd thesis, Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10051.

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Resumo:

Chez la majorité des organismes vivants, depuis certaines bactéries, jusqu’aux mammifères, de nombreux processus biologiques sont rythmés, comme par exemple l’alternance veille sommeil, ou encore le cycle d’hibernation. Le contrôle de ces rythmes biologiques est effectué grâce à des horloges biologiques, qui sont dans certains cas des oscillateurs auto-entretenus programmés génétiquement. Les oscillateurs biologiques dont la période est de proche de 24h sont dits circadiens. La cyanobactérie Synechoccocus elongatus sp. PCC7942 est l’un des plus simples organismes possédant cette horloge circadienne. Malgré la division cellulaire (jusqu’à 3 divisions par cycle), l’oscillation circadienne persiste au sein d’une population. De plus, des mesures faites sur cellules individuelles montrent la persistance de l’oscillateur circadien avec un temps de corrélation de plusieurs mois. Nous nous intéressons ainsi à l’origine de la robustesse de l’oscillateur : comment conserver une oscillation aussi stable malgré les sources de bruits (fluctuations internes et environnementales) auxquelles est soumis le réseau génétique ? Une telle stabilité pourrait être intrinsèque à l’oscillateur, ou alors être due à une interaction entre oscillateurs. Notre étude s’intéresse à la 2ème hypothèse ; ainsi, nous avons cherché l’existence potentielle d’un couplage entre 2 populations d’oscillateurs circadiens. Pour accéder à l’oscillation de l’horloge circadienne, nous avons utilisé une souche sauvage dans laquelle a été introduit le gène rapporteur de la luciférase. La souche mutée ainsi obtenue va présenter une luminescence oscillante, traduisant l’expression de la luciférase sous le contrôle du promoteur correspondant. Les souches mutées et non mutées ont une activité génétique régulée par l’horloge circadienne. L’interaction est étudiée en réalisant des mélanges de deux populations -souche mutante +souche sauvage- de cyanobactéries ayant initialement des phases d’oscillation différentes, avec un rapport de concentration 1:20. L’évolution temporelle de la bioluminescence donne ainsi accès à l’oscillation circadienne de la population minoritaire. Les éventuels effets du couplage sont analysés en étudiant la phase d’oscillation de la population minoritaire. Notre étude a montré qu’après une quarantaine de jours d’interaction potentielle, la phase d’oscillation des minoritaires n’est pas affectée de façon significative par la présence d’oscillateurs ayant une autre phase initiale. Au vu de ces résultats, nous avons établi un modèle théorique de couplage afin de majorer l’éventuel couplage entre oscillateurs cyanobactériens. Notre modèle est principalement décrit par le modèle de Kuramoto, qui donne une description pertinente de nombreux oscillateurs biologiques. Des simulations numériques ont montré qu’il était possible de faire des hypothèses simplificatrices concernant la forme des distributions de phase au sein de chacune des populations en interaction. Ainsi, nous avons établi une relation simple entre le changement de phase, et la constante de couplage. En tenant compte des incertitudes sur la phase calculée expérimentalement, nous estimons une borne supérieure de la constante de couplage entre oscillateurs cyanobactériens
The circadian clock is a self-sustained biological clock that can be found in many organisms such as mammals, insects, plants, and even cyanobacteria. This rhythm allows living organisms to coordinate their metabolic and behavioural activities with the Earth’s daily rotation. The free-running period of this clock is close to 24h h. The cyanobacteria Synechococcus elongatus sp. PCC7942 is the simplest organism that has this circadian clock. And in spite of cellular division (up to 3 divisions per 24 h), the oscillations persist among a population of bacteria. Moreover, single-cell experiments showed that the oscillations were persisting with a correlation time of several months. We thus raised the question of the origin of such a robust oscillator. Indeed, the cyanobacteria are submitted to various sources of noise, and in spite of these fluctuations, the oscillations remain robust. We therefore investigate the potential coupling between oscillators, which could reinforce the stability of oscillations. By using strains carrying a luciferase reporter, we access to the circadian clock of cyanobacteria. We also used a theoretical model of week interaction between oscillators, this model taking into account the phase diffusion of oscillations. By confronting experimental measures with numerical simulations, we managed to estimate an upper limit to the potential coupling strength between oscillators. By comparing the phase diffusion constant with the coupling strength, we showed that the robustness of the circadian clock of cyanobacteria is a built-in property

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Sénécal, Pierre. "Caractérisation du cycle régénération – réjuvénation de catalyseurs d’hydrotraitement additivés". Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10098.

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La régénération (calcination douce) des catalyseurs d’hydrodésulfuration usagés est un procédé économiquement et écologiquement intéressant car il permet d’utiliser à nouveau ces catalyseurs dans les unités industrielles plutôt que de les recycler. Mais les catalyseurs régénérés sont généralement moins actifs que les solides de départ. Pour remédier à ce problème, ces catalyseurs régénérés sont additivés par divers agents organiques (étape dite de « réjuvénation »). Pour améliorer ce procédé de réjuvénation, il est d’abord nécessaire de comprendre pourquoi les catalyseurs régénérés sont moins actifs et quel est alors le rôle de ces agents organiques. C’est dans cette optique que ce travail a été réalisé pour des catalyseurs d’HDS de gazoles CoMoP/Al2O3.Il apparaît que l’étape de régénération induit la formation d’espèces réfractaires à la sulfuration telles que CoMoO4 et CoAl2O4 ce qui peut expliquer la diminution des performances de ces solides. L’étude de catalyseurs modèles et de catalyseurs régénérés en laboratoire ou industriellement montre que certains composés organiques permettent de redisperser tout ou partie de ces espèces indésirables selon le solvant utilisé pour leur imprégnation. La complexation des métaux par ces composés semble être à l’origine de cette redispersion. Le rôle de ces molécules organiques sur la sulfuration du Co et du Mo dans ces catalyseurs est également discuté. La réjuvénation permet donc, via son rôle sur la dispersion des métaux et sur leur sulfuration, d’augmenter la quantité de sites actifs et par conséquent les performances catalytiques en HDS de gazole straight run (évaluées sur unité pilote)
The regeneration (mild calcination) of used hydrodesulfurization catalysts is an economically and ecologically interesting procedure as it permits the re-use of these catalysts in the industrial plant instead of recycling them. But these regenerated catalysts are usually less active than the original materials. To overcome this problem, these regenerated catalysts can be treated with various organic agents, this process being called “rejuvenation”. To improve this rejuvenation procedure it is necessary to understand firstly, why the regenerated catalysts are less active and secondly, what is the role of the organic agents. With these aims, this work was performed on CoMoP/Al2O3 hydrodesulfurization catalysts. The regeneration step is responsible for the formation of weakly sulfidable species such as CoMoO4 and CoAl2O4 which can explain the decrease in performance of these catalysts. The study of model catalysts and catalysts which were regenerated in the laboratory or industrially show that some organic compounds permit the redispersion of all or part of these undesirable species depending on the solvent used for their impregnation. This redispersion seems to be due to metal complexation with the organic agents. The role of these agents on the Co and Mo sulfidation is also discussed. Due to the metals redispersion and the effect on the Co and Mo sulfidation, the rejuvenation step leads to an increase in the number of active sites and thus to an enhancement of the straight run gas oil HDS catalytic performance (which has been evaluated using a pilot unit)

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Touron-Riflart, Nathalie. "Rythme circadien de temperature corporelle au cours du cycle veille-sommeil chez l'homme : influence de l'heure et des stades de sommeil". Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066571.

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L'etude de la temperature rectale ou orale nocturne et diurne montre l'importance de la stabilite du rythme circadien de temperature corporelle lors de diverses situations experimentales chez l'homme: decalage horaire du sommeil, reveils nocturnes et privation de sommeil. Les resultats montrent qu'il existe une difference dans les reponses aux situations imposant les decalages horaires les plus perturbants entre les gens dits du matin et les gens du soir

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Touron-Riflart, Nathalie. "Rythme circadien de température corporelle au cours du cycle veille-sommeil chez l'homme influence de l'heure et des stades de sommeil /". Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376189360.

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Beloin-Saint-Pierre, Didier. "Vers une caractérisation spatiotemporelle pour l'analyse du cycle de vie". Phd thesis, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00857936.

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Cette thèse présente différents développements à la méthode analyse de cycle de vie (ACV) afin d'améliorer le niveau de considération des spécificités spatiotemporelles lors de la modélisation de systèmes. Ces développements abordent la question de la caractérisation des flux décrivant les systèmes. La discussion débute par une analyse des développements récents de la méthode ACV en ce qui concerne la considération des spécificités spatiotemporelles dans les différentes phases de cette méthode. Cette analyse identifie des lacunes quant à la pertinence des modes de caractérisation spatiale et temporelle existants. Un nouveau mode de caractérisation spatiotemporelle est alors pro-posé. La représentativité du système modélisé, le potentiel de précision de la caractérisation et le temps de travail nécessaire à la modélisation de différents systèmes sont trois critères importants qui ont été considérés pour la création de ce nouveau mode de caractérisation spatiotemporelle. Le nouveau mode proposé permet en particulier d'améliorer la généricité des processus définissant des systèmes dans différentes bases de données. Celui-ci permet ainsi de diminuer l'augmentation inévitable du travail lié à la caractérisation temporelle des systèmes. Le nouveau mode de caractérisation temporelle requiert toutefois une modification importante de la méthode de calcul des inventaires cycle de vie en raison de l'utilisation de distributions temporelles. La faisabilité de l'utilisation de ce nouveau mode et de la nouvelle méthode de calcul d'inventaire est ensuite démontrée par leurs mises en œuvre pour différents cas d'études de production d'énergie à partir de sources renouvelables. Les deux cas d'études retenus permettent de souligner l'intérêt d'une telle caractérisation spatiotemporelle accédant ainsi à une modélisation plus représentative des systèmes en fonction du niveau de précision retenu. Avec cette nouvelle approche nommée ESPA+, l'accès à ce niveau de représentativité s'accompagne cependant d'une diminution du potentiel de complétude de l'analyse. En effet, la méthode de calcul permet difficilement de dynamiser la totalité des systèmes modélisés.

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Sadani, Zouaoui. "Conception de microsystemes pour la manipulation et la caractérisation d'un ovocyte". Besançon, 2004. http://www.theses.fr/2004BESA2016.

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Faussillon, Marine. "Caractérisation du rôle du chromosome 12 dans l'étiologie du néphroblastome". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112068.

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"Bien que le néphroblastome soit l'une des tumeurs solides de l'enfant les plus fréquentes, les mécanismes moléculaires impliqués sont encore très mal caractérisés. Des analyses d'expression différentielle entre tumeurs et reins sains m'ont permis de montrer que l'altération du contrôle de la transition G1/S du cycle cellulaire, via la surexpression spécifique de deux gènes formant un complexe majeur de régulation de ce point de contrôle, CCND2 et CDK4, est impliquée de façon significative dans le développement de cette tumeur. Ces deux gènes sont localisés sur le chromosome 12 (12p13 et 12q13), chromosome peu étudié jusqu'à présent bien que dupliqué dans 20 % des néphroblastomes. La recherche des mécanismes de surexpression de CCND2 et CDK4 m'a permis d'identifier une augmentation du nombre de copies de l'un ou des deux gènes dans 61 % des tumeurs, soit par duplication de l'un des chromosomes 12, soit par amplification conjointe et clonale de régions du 12p et du 12q. Il s'agit de la première description d'un tel mécanisme dans le néphroblastome. Ces anomalies génomiques ne sont pas associées à la surexpression de CCND2 et CDK4, indiquant qu'ils ne sont pas les "cibles" des amplicons. En revanche, j'ai montré une corrélation significative entre l'amplification des régions 12p13 et 12q13 et le décès des patients (p=0,02). Les anomalies du chromosome 12 semblent donc constituer une étape critique dans la progression tumorale et se révèlent beaucoup plus fréquentes que précédemment rapportées. L'identification des gènes conférant un risque de décès et l'établissement de profils moléculaires à valeur pronostique permettra, à terme, un traitement personnalisé des patients. "
Nephroblastoma, or Wilms' tumor (WT), is one of the most frequent pediatric solid tumors, but little is known about the genetic events involved. By differential gene expression analyses between tumors and normal kidneys, I demonstrated that alteration at the G1/S cell cycle control point, via a specific overexpression of the CCND2 and CDK4 genes, is of biological significance in WTs. These genes map on chromosome 12, at 12p13 and 12q13 respectively. Although trisomy 12 is one of the most frequent alterations in WTs (20% of cases), the underlying mechanisms remained unstudied in this tumor. To investigate the molecular mechanisms responsible for CCND2 and CDK4 overexpression, I quantified CCND2 and CDK4 copy numbers. Overrepresentation of these sequences was shown in 61% of the tumors, either by chromosome 12 duplication, or by clonal amplification of both 12p and 12q regions. This is the first evidence of such a mechanism in WT. CCND2 and CDK4 overexpression and genomic abnormalities were not associated, indicating that these genes are not the targets of the amplification process. Interestingly, statistical analyses highlighted a significant correlation between amplification of both the 12p13 and 12q13 regions and fatal outcome (p=0. 02). These results strongly suggest that chromosome 12 is a relevant actor in nephroblastoma. Identification of the genes associated with an increased risk of death and establishment of molecular profiles with a prognostic value will allow, at end, a customized treatment

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Débarges, Béatrice. "L'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien dans la fibromyalgie". Mémoire, Université de Sherbrooke, 2014. http://hdl.handle.net/11143/6665.

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Bien que l'étiologie de la fibromyalgie (FM) soit inconnue, de l'allodynie, de l'hyperalgésie et un déficit des contrôles inhibiteurs diffus nociceptifs (CIDN) sont rapportés. Une dysfonction de l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien (HHS) est soupçonnée expliquant la douleur, la fatigue et les troubles du sommeil. La réponse au stress des patients semble inadéquate due à une perte du cycle nycthéméral du cortisol (CORT) et une corrélation CORT/douleur au réveil a déjà été observée. Pourtant, aucune étude n'a investigué le lien entre l'axe HHS et les CIDN. Objectifs: Étudier les CIDN en relation avec les niveaux d'adrénocorticotropine (ACTH) et de CORT, dans la perception et la modulation de la douleur chez des sujets en santé (SS) ou souffrant de FM. Objectifs spécifiques: 1) Étudier et comparer la perception de la douleur des deux groupes (seuils, intensité et aspect désagréable de la douleur, CIDN); 2) Comparer leur cycle circadien du CORT; 3) Comparer la réactivité de l'axe HHS (ACTH plasmatique, CORT salivaire et sérique) des deux groupes en douleur expérimentale; 4) Vérifier la relation entre l'axe HHS, la perception de la douleur et les CIDN. Méthodologie: Devis descriptif corrélationnel entre un groupe de femmes en santé (n=17) et des patientes souffrant de FM (n=19). Leurs cycles circadiens du CORT respectifs ont été comparés par prélèvements salivaires (3 jours consécutifs, 5 fois par jour). Lors de la séance expérimentale, nous avons utilisé le protocole de Tousignant-Laflamme, Y et al. , 2008, pouvant ainsi évaluer les seuils de douleur (SD), seuils de tolérance (ST), intensité (ID) et aspect désagréable (ADD) de la douleur et efficacité des CIDN des deux groupes. Pendant cette même visite, les taux plasmatiques d'ACTH, les niveaux sériques et salivaires du CORT ont été analysés, avant, 5 minutes et 30 minutes après le stimulus douloureux pour étudier la réactivité de l'axe HHS. Des questionnaires ont été administrés pour bien décrire les deux groupes. Résultats: Les résultats sur la perception de la douleur confirment ceux de la littérature : les patientes atteintes de FM ont des SD et des ST plus bas que les SS (allodynie) et leurs CIDN sont inefficaces avec présence d'hyperalgésie, suggérant une anomalie de la composante nociceptive de la douleur. L'ID du stimulus douloureux est identique dans les deux groupes. Pourtant, l'ADD de ce stimulus est supérieur chez les patientes et celles-ci supportent moins longtemps ce stimulus, suggérant l'importance de la composante motivo-affective dans cette pathologie. Les niveaux de base et les cycles circadiens du CORT sont normaux dans les deux groupes. Face à un stimulus douloureux, l'axe HHS des SS est fonctionnel contrairement aux patientes atteintes de FM. Conclusion: il semble que l'axe HHS soit hyporéactif chez les patientes FM, malgré un état basal normal. Il semble y avoir un lien entre l'activité de cet axe, l'efficacité des CIDN et la perception de la douleur.

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Manzanedo, Lopez Ana. "Élaboration et caractérisation de peptides inhibiteurs de l'interaction cycline B-cdc25C". Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20196.

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Behaegel, Jonathan. "Modèles hybrides de réseaux de régulation : étude du couplage des cycles cellulaire et circadien". Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4071/document.

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La modélisation de systèmes biologiques est devenue indispensable pour comprendre les phénomènes complexes et émergents issus d'influences partiellement connues, et pour envisager de contrôler un système altéré dans le but de restaurer un comportement physiologique. Tout modèle, quel que soit son paradigme sous-jacent, fait intervenir des paramètres gouvernant sa dynamique mais les mesures expérimentales ne permettent généralement pas de les identifier et cela reste l'un des problèmes majeurs de la modélisation. Cette thèse propose une méthode automatique d'identification des paramètres dynamiques de systèmes biologiques dans un cadre de modélisation hybride. Le cadre hybride choisi découpe l'espace des phases selon l'activité des entités biologiques, et associe à chacun de ces sous-espaces une vitesse d'évolution de chacun des composants. Nous proposons une logique de Hoare en temps continu ainsi qu'un calcul de plus faible précondition qui, à partir d'observations expérimentales qualitatives et chronométriques, construit les contraintes minimales sur les paramètres du modèle pour qu’il soit compatible avec les observations. Ce calcul mène à un problème de satisfaction de contraintes sur les réels et nous montrons que celui-ci peut être résolu par le solveur AbSolute.Le prototype Holmes BioNet développé au cours de cette thèse peut non seulement automatiser le processus d'identification des valeurs des paramètres à partir des observations expérimentales, mais aussi simuler l'évolution du modèle obtenu afin de le comparer avec les traces expérimentales. Nous utilisons ce prototype pour modéliser le couplage des cycles cellulaire et circadien
Modelling biological systems has become instrumental to understand complex and emerging phenomena resulting from partially known influences, and to consider controlling an altered system in order to restore a physiological behaviour. Any model, independent of the underlying paradigm, involves parameters governing its dynamics. However, experimental measurements generally do not allow their identification and this remains one of the major problems of modelling. This PhD proposes an automatic method for identifying the dynamic parameters of biological systems in a hybrid modelling framework. The chosen hybrid framework splits the phase space according to the activity of the biological entities, and associates to each of these subspaces a celerity for each of the components. We introduce a continuous time Hoare logic as well as its weakest precondition calculus which, from qualitative and chronometrical experimental observations, constructs the minimum constraints on the model parameters making it compatible with the observations. This calculus leads to a Constraint Satisfaction Problem on real numbers and we show that it can be solved by the AbSolute solver.The Holmes BioNet prototype developed during this PhD can not only automate the parameter identification process from experimental data, but also simulate the evolution of the obtained model in order to compare it with experimental traces. We use this prototype to model the coupling of the cellular and circadian cycles

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Veiga, Fernandez Henrique. "Caractérisation des propriétés des cellules T CD8 mémoires". Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05N127.

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Nous avons démontré que les cellulles T CD8 mémoires sont plus efficaces que les cellules nai͏̈ves après stimulation antigénique in vivo. Cette caractéristique unique des cellules mémoires est due à leurs propriétés de division et de différenciation en fonctions effectrices. Après stimulation antigénique, les cellules mémoires, comparées aux cellules naives se divisent plus tôt, ont un taux de division supérieur et un taux de perte réduit. Ces propriétés expliquent l'expansion trés importante des cellules mémoires après stimulation antigénique in vivo. Pour déterminer les mécanismes responsables de ces capacités uniques nous avons étudié l'arrêt et la progression dans le cycle cellulaire des cellules nai͏̈ves. .
We showed that on a per cell basis memory T cells are more efficient in dealing with the antigenin vivo than their counter partners, the naive T cells. This different capacity is due to qualitative differences of memory T cells related to division and differentiation into effector functions. Compared to na^ive T cells, memory cells divide after a shorter lag time, have an increased division rate and a lower loss rate. Altogether, these parameters justify the efficient expansion of memory T cells upon in vivo stimulation. To assess the mechanisms underlying these unusual proliferative capacities, we studied the cell cycle arrest and progression of nai͏̈ve and memory T cells ex vivo. Despite the high levels of D cyclins and CDKs, memory T cells

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Millan, Laurine. "Caractérisation d’inhibiteurs de complexes CDK‐cycline chez Arabidopsis thaliana". Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA112149.

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Resumo:

Comme pour tous les organismes pluricellulaires, la croissance et le développement des plantes nécessitent une coordination de la production de cellules via la mitose et la différenciation cellulaire. La progression du cycle cellulaire est contrôlée par les complexes CDK-cycline. Les inhibiteurs de ces complexes, les CKIs, représentent d’excellents candidats pour réguler cet équilibre entre les processus de prolifération et différentiation cellulaires qui ont lieu au cours du développement. Afin de mettre en évidence le rôle d’intégrateurs potentiel des CKIs, le développement floral a été utilisé en tant que modèle.Grâce à l’utilisation de la qRT-PCR, nous avons montré que durant le développement floral d’Arabidopsis thaliana, un groupe restreint de CKIs était exprimé. Nous avons choisi de travailler sur les deux CKIs les plus exprimés, KRP6 et KRP7. Une caractérisation fine de leur profil d’expression durant le développement a été réalisée en utilisant des approches complémentaires telles que l’analyse de l’activité de leur promoteur, de la dynamique de leur transcrit, de leur expression protéique et de leur régulation post-traductionnelle.Jusqu’à présent, seules des approches ‘gain de fonction’ ont été utilisées pour étudier le rôle des CKIs chez les plantes. C’est pour cela que nous avons choisi des approches ‘perte de fonction’ pour analyser le rôle de KRP6 et de KRP7 au cours du développement floral. Ainsi, nous avons généré des doubles mutants d’insertion krp6-krp7, krp3-krp6, krp3-krp7, des triples mutants d’insertion krp3-krp6-krp7 et diverses lignées ARN interférence avec des promoteurs spécifiques. Malgré l’étude de ces nombreuses lignées, nous n’avons pas réussi à mettre en évidence des effets phénotypiques associés à l’absence de la fonction CKI au cours du développement floral. Ces résultats mettent en évidence la redondance fonctionnelle qui semble exister entre les KRPs, ainsi un quadruple mutant pourrait être nécessaire pour entrainer des modifications développementales. Afin de mieux comprendre cette fonction d’intégrateurs des KRPs au cours du développement floral, les partenaires de KRP6 et de KRP7 ont été recherchés. Des criblages double-hybride ont été réalisés afin d’identifier des ADNc, spécifiques du développement floral, codant des protéines capables d’interagir avec KRP6 et KRP7. De façon intéressante, mis à part les cyclines de type D, un nouveau type d’interaction a pu être mis en évidence. Un sous-groupe de la famille des rémorines est capable d’interagir avec KRP6 ou KRP7 en système double-hybride. Les rémorines sont des protéines spécifiques du règne végétal, associées à la membrane plasmique mais dont la fonction reste à clarifier. Une approche BiFC en protoplastes BY-2 a permis de confirmer l’existence de ce type d’interaction. De plus, l’influence des rémorines sur la localisation intracellulaire des KRPs a été étudiée. En présence de ces nouveaux partenaires, KRP7 est capable d’adopter une localisation nucléo-cytoplasmique.Enfin, des résultats récents ont montré que l’AMPK était capable de phosphoryler p27KIP1, l’homologue fonctionnel des KRPs chez les mammifères. Ces évènements de phosphorylation entrainent des modifications de sa localisation intracellulaire et de son activité inhibitrice vis-à-vis des complexes CDK-cycline. Après la réalisation d’analyses in silico ayant permis de prédire des sites putatifs de phosphorylation par SnRK1, l’homologue de l’AMPK chez A. thaliana, pour certains KRPs, la protéine KRP6 sous forme recombinante a été utilisée pour réaliser des essais kinase in vitro. Une phosphorylation de KRP6 est détectée en présence de la sous unité catalytique activée de SnRK1. Contrairement aux mammifères, cet évènement de phosphorylation entraine une altération de l’activité inhibitrice de KRP6 sans modification de sa localisation intracellulaire. Cette abolition de l’activité de KRP6 a été confirmée in planta. En effet, les phénotypes associés à la surexpression de KRP6 peuvent être atténués par la surexpression simultanée de la sous-unité catalytique de SnRK1. L’existence de ce lien entre KRP6 et SnRK1 met en évidence une relation directe entre l’homéostasie énergétique et la prolifération cellulaire
As in all multicellular organisms, growth and development in plants require the coordination of cell production by division and cell differentiation. Progression through cell cycle is controlled by the kinase activity of CDK/cyclin complexes. Inhibitors of these complexes, CKIs, represent excellent candidates to regulate the balance between proliferation and differentiation processes during development. To get insight in the potential integrator role of CKIs, floral development was chosen as a developmental model. Using a real time quantitative PCR approach, we bring to light that during floral development of Arabidopsis thaliana, a restricted subset of CKIs was preferentially expressed. It was decided to focus our work on the two major expressed CKIs, KRP6 and KRP7. A better characterization of their expression patterns of during development was undertaken using complementary approaches such as promoter activity analysis, mRNA dynamics, protein expression and post-translational regulation analysis. Because until now ‘gain of function’ approaches have been largely applied to unravel the role of plant CKIs, our challenge was to detect a floral phenotype for KRP6 and KRP7 loss of function mutants, either using knock-out mutants or RNAi lines. We generated krp6-krp7, krp3-krp6, krp3-krp7 double mutants and krp3-krp6-krp7 triple mutant and also several RNAi lines with specifics promoters. Despite the study of these numerous lines, we were not able to highlight phenotypic effects associated with the absence of CKI function during floral development. All these results emphasis functional redundancy which appears to exist between all KRPs, thus quadruple mutant might be needed to provoke some developmental modification.In order to better understand the integrative function of KRPs during floral development, partners of KRP6 and KRP7 were assessed. Two-hybrid screens were performed to identify cDNAs from a “floral-buds-development” library encoding proteins that are able to interact with KRP6 and KRP7. Interestingly, apart from D-type cyclins, we brought to light a new type of interaction. Indeed, a sub-class of the remorin protein family was able to interact with KRP6 or KRP7 in yeast two-hybrid. Remorins are plant specific plasma membrane associated proteins with unknown function. A BiFC approach in BY-2 protoplasts allowed us to confirm remorins/KRP6-7 interactions. Furthermore, the influence of the presence of remorin proteins on KRP6/7 localisation was assessed. KRP7 is able to adopt a nucleo-cytoplasmic localisation in presence of its new partners.Finally, recent results have shown that AMPK is phosphorylating p27KIP1, KRPs functional counterpart in mammals. These phosphorylation events lead to changes in its cellular localisation and its inhibitory activity toward CDK-cyclin complexes. After in silico analysis aiming to predict potential AMPK Arabidopsis homologue SnRK1 phosphorylation sites within some KRPs protein sequences, recombinant KRP6 was used in order to perform in vitro kinase assays. Phosphorylation occurs efficiently on KRP6 when activated SnRK1 catalytic subunit is present. Furthermore, unlike in mammals, this phosphorylation event leads to an alteration of KRP6 inhibitory activity without modification of its cellular localisation. This abolition of KRP6 activity was confirmed by in planta analysis. Indeed, KRP6 overexpression phenotype can be attenuated by simultaneous SnRK1 catalytic subunit overexpression. The existence of this link between KRP6 and SnRK1 underscores a direct relationship between energy homeostasis and cell proliferation

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Leniau, Baptiste. "Caractérisation des sources radioactives du cycle du combustible. Applications au cycle du thorium : synthèse de l'232U en combustibles solides". Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00907058.

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Si le cycle du thorium possède plusieurs avantages par rapport au cycle U/Pu, notamment une meilleure régénération de la matière fissile en spectre thermique et une production moindre d'actinides mineurs, il présente plusieurs limites. L'une d'elles est la présence, dans le combustible thorié irradié, d'232U. Cet isotope est le précurseur d'un rayonnement γ de 2.6 MeV. Cette thèse a, en partie, pour objectif d'étudier les différents paramètres influençant la synthèse de ce noyau dans divers types de combustibles et de réacteurs.L'autre partie de ce travail consiste à estimer l'impact de cet indésirable sur la radioprotection de l'aval du cycle. Dans ce but, un ensemble d'outils, permettant le calcul des spectres énergétiques des différents rayonnements émis par la matière radioactive, a été spécialement développé. Ces outils, dont la véracité a été éprouvée par l'intermédiaire de plusieurs benchmarks, fait partie intégrante de ce travail de thèse.

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Cougot, Nicolas. "Identification et caractérisation des facteurs impliqués dans la dégradation des ARNm eucaryotes". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112230.

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Chez les eucaryotes, l’expression du programme génétique des cellules s’opère selon trois évènements majeurs. Dans un premier temps, l’ADN est transcrit en ARN. Il est ensuite maturé et exporté vers le cytoplasme où il est finalement traduit en protéine. La dégradation de l’ARN messager apparaît comme une étape importante dans le contrôle de l’expression génétique. Notre étude a porté sur l’étape de clivage de la coiffe impliqué dans deux voies de dégradation des ARNm. Au cours d’études menées sur cellules humaines, nous avons montré que les protéines hDcp1a et hDcp2, qui constituent le complexe de clivage de la coiffe des ARNm, co-localisent dans de nouvelles structures cytoplasmiques. D'autres analyses ont révélées que plusieurs autres facteurs impliqués dans la dégradation des ARNm étaient présents dans ces structures. Finalement, en utilisant la technique d’interférence ARN, nous avons montré que ces structures sont des centres actifs de dégradation des ARNm. L’ensemble des facteurs impliqués dans l’étape de clivage de la coiffe forme un réseau d’interactions assurant la transition entre traduction et dégradation. Ainsi, parallèlement aux études menées chez l’homme, nous avons cherché à cartographier les différents domaines d’interaction entre ces différents facteurs Par double hybride, nous avons ainsi initié l’identification des domaines impliqués dans les interactions entre les différents facteurs intervenant dans l’étape de clivage de la coiffe. Ces travaux devraient permettre comprendre la cinétique de formation des structures de dégradation identifiées chez l’homme, les résultats obtenus permettant de servir de base à l’étude de ces interactions chez l’homme
In eukaryotic cells, gene expression involve three main steps. First DNA is transcribed in RNA. This RNA, after maturation is exported to the cytoplasm where it will be translated into protein. MRNA decay has been shown to be a key step in gene expression regulation. Our study was on mRNA decapping, a step involved in two decay pathways. We show that in human cells, hDcp1 and hDcp2, form the decapping complex, and co-localize in cytoplasmic foci. Other studies show that other factors, involved in mRNA decay are also located in these cytoplasmic foci. We show that these foci are not related to already described stress granules. By using RNA interference, we show that these structures are active mRNA decay centers. All the factors involved in mRNA decapping form a network of interactions ensuring the transition between translation and degradation. Our second project was to map the domains of interaction between these different factors. Using the two-hybrid method, we initiate the mapping of the different domains involved in these interactions. These studies would allow better comprehension of the formation of the decay center in human cells by using the results obtained with S. Cerevisiae as a starting point

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Kisseleva-Romanova, Elena. "Identification et caractérisation du complexe PCC chez la levure S. Cerevisiae". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112229.

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Pour identifier de nouveaux facteurs d'épissage chez la levure S. Cerevisiae, nous avons cherché des suppresseurs multicopies du phénotype cryosensible associé à la mutation U5A dans la particule U1 snRNA (U1-5A). Nous avons isolé des plasmides contenant une région intergénique portant une petite ORF cryptique (appelée PCC1 ) qui contient un intron avec un site d'épissage 5' non canonique. Nous avons montré que PCC1 n'est pas impliqué dans l'épissage, mais que l'épissage de son intron est le principal facteur limitant pour la croissance en présence de la mutation U1-5A. Puisque PCC1 est un gène quasi essentiel, nous avons généré et étudié le mutant thermosensible pcc1-4. Notre analyse a révélé des défauts dans le cycle cellulaire et dans la réponse à la phéromone. Nos données suggèrent que PCC1 est directement impliqué dans la transcription et affecte l'expression de certains gènes, ce qui détermine les phénotypes mutants de pcc1. Le complexe PCC contient trois protéines additionnelles: Kae1p, une métalloprotéase putative, Bud32p, une kinase et Pcc2p. De multiples interactions génétiques et physiques entre ces protéines et les phénotypes des mutants suggèrent que le complexe PCC agit comme une unité dans la cellule et que sa fonction est conservée chez les métazoaires. Nous suggérons que l'activité d'endopeptidase de Kae1p et que l'activité kinase de Bud32p sont les fonctions moléculaires qui déterminent le rôle du complexe PCC dans la transcription. Nous montrons des interactions génétiques entre PCC1 et des facteurs de modification de la chromatine, ce qui suggère que le complexe PCC pourrait influencer la transcription via une fonction de modification de la chromatine
To identify new splicing factors in yeast S. Cerevisiae, we searched for high-copy number suppressors of the cryosensitive phenotype associated to the U5A mutation in the U1 snRNA (U1-5A). We isolated plasmids containing an intergenic region bearing a cryptic, small ORF(that we named PCC1) containing an intron with a non-canonical 5' splice site. We showed that Pcc1p is not a new splicing factor, but that impaired splicing of its intron is the main limiting factor for growth in the presence of the U1-5A mutation. As PCC1 is a quasi-essential gene, we generated and studied the thermosensitive pcc1-4 mutant. Our analysis of this mutant revealed cell cycle progression defects and a defect in the response to pheromone. Our data suggest that Pcc1p is directly involved in transcription and affects the expression of several genes, which underlies the pcc1 mutant phenotypes. The PCC complex contains three additional proteins: Kaelp, a putative metalloprotease, Bud32p, a kinase and Pcc2p. Multiple genetic, additional physical interactions among these proteins and the phenotype of the mutants suggest that the PCC complex function as a unit in the cell. We show that the function of the complex is conserved in metazoans. The presence of a putative endopeptidase and a kinase are the most intriguing features of the PCC complex. We suggest that the endopeptidase activity of Kaelp and the kinase activity of Bud32p are the molecular functions that underlie the role of the PCC complex in transcription. We report genetic interactions between PCC1 and chromatin modifying factors, which suggest that the PCC complex might impact transcription through a chromatin modifying function

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Siméoni, Fédérica. "Caractérisation structurale et fonctionnelle d'une nouvelle protéine Dim2". Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20181.

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Fois-Andreoletti, Nathalie. "Caractérisation de protéines identifiées comme interagissant avec l'inhibiteur du cycle cellulaire p21 [Waf1/Cip1]". Université Joseph Fourier (Grenoble), 2000. http://www.theses.fr/2000GRE10238.

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Le cycle cellulaire est un mecanisme par lequel les cellules se multiplient. Ce processus fait l'objet de controles. La progression des cellules a travers le cycle est regulee par les cdks qui sont activees par liaison aux cyclines et des reactions de phosphorylation/dephosphorylation. De plus, la regulation de ces complexes tout au long du cycle cellulaire est assuree par diverses proteines dont p21 w a f 1 / c i p 1 qui inhibe leur activite kinase et permet l'arret du cycle cellulaire. Pour comprendre les mecanismes de regulation de cet inhibiteur, nous avons isole et caracterise 4 proteines interagissant avec p21 : rch1 (proteine de transport dans le noyau), tcp1 (proteine chaperone), ki (proteine homologue des sous-unites de l'activateur du proteasome pa28) et 4/140 (proteine inconnue). Nous avons confirme in vitro les interactions de p21 avec ces 4 proteines et in vivo avec la proteine ki. Les resultats preliminaires obtenus nous ont pousse a nous interesser plus particulierement a ki. Cette proteine, localisee au niveau du noyau des cellules, possede une demi-vie superieure a 5h, un niveau constant au cours du cycle et 2 sites de liaison a p21 qu'elle stabilise. L'expression de la proteine ki dans les cellules nih3t3 synchronisees en phases g1 ou s ralentit la reprise du cycle cellulaire. L'effet inverse est observe lorsque les cellules sont bloquees en phase m. D'autre part, ki en stabilisant p21 empeche un arret des cellules nih3t3 dans les phases g1 et g2/m lorsque celles-ci sont irradiees aux rayons. Les resultats obtenus ont mis en evidence de nouvelles fonctions de ki. Cette proteine stabilise p21 en interagissant avec elle et augmente sa duree de vie en la protegeant, en partie, contre la destruction par le proteasome. La liaison des 2 proteines entre elles se fait notamment au niveau d'un domaine qui ne permet pas a p21 d'assurer son role d'inhibiteur du cycle cellulaire. Dans certaines conditions, cette liaison pourrait etre rompue par d'autres facteurs.

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Bernis, Cyril. "Caractérisation de nouveaux mécanismes de régulation de la kinase mitotique Cdk1-cycline B". Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20246.

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Le but de ce travail a été de caractériser de nouvelles voies de régulation de la kinase mitotique Cdk1 associée à la protéine régulatrice, Cycline B. La cycline B se lie à Cdk1 et l'active, ceci est nécessaire au bon déroulement de la mitose. Malgré cela, la kinase est maintenue inactive avant la mitose suite à la phosphorylation par les kinases Myt1 et Wee1 sur la thréonine 14 et la tyrosine 15 de Cdk1. Ce sont les phosphatases de la famille de Cdc25 qui permettent de déphosphoryler ces sites et d'activer Cdk1-cycline B lors de la transition G2/M. Ce complexe Cdk1-cycline B est inactivé lors de la sortie de mitose quand la cycline B est ubiquitiné (par le complexe E3-ubiquitine ligase APC (Anaphase Promoting Complex)) et dégradée par le protéasome. Nos travaux ont montré que Pin1 (une peptidyl-prolyl isomérase) empêche la protéolyse de l'inhibiteur mitotique Emi1 (Early Mitotic Inhibitor) en phase G2. En effet le rôle d'Emi1est de permettre l'accumulation de la cycline B, en bloquant l'APC avant l'entée en mitose. Par la suite nous avons montré qu'Emi1 était également stabilisé par Pin1 au cours de la méiose dans les ovocytes de xénope. D'autre part, une autre étude a permis de montrer que la protéine kinase MPS1 (requise au départ lors du point de contrôle du fuseau mitotique) était impliquée dans la transition G2/M, probablement en régulant négativement l'activité de Cdc25. Enfin, nous avons montré que l'isoforme Cdc25C, outre ses fonctions lors de la transition G2/M, est requise pour le maintient de l'activité de Cdk1-cycline B lors de la métaphase de deuxième division de méiose dans les ovocytes de xénope. De façon surprenante, lors de ce travail nous avons mis en évidence que la kinase Wee1, qui est montrée comme inactive en phase M, possède malgré tout une activité de phosphorylation non négligeable à ce niveau, sur Cdk1

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Babar, Sandly. "Cross-talk between cell-cycle control and the environment". Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00998938.

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Even though the understanding of cell-cycle regulators in plants has tremendously increased over the last years, still little is known about cell-cycle regulation in response to environmental signals like DNA damage. A ubiquitous stress for any organism is DNA stress that can either be caused by exogenous sources or internal processes like chromatid separation or DNA strands separation during replication. The posttranslational regulation of Cdk1-type kinases through inhibitory phosphorylation through Wee1-type kinases in the so-called P-loop at the residue Tyr15 or the analogous positions has been found to be of pivotal importance for the arrest of the cell cycle after DNA damage in yeast and animals. But this mechanism is apparently not conserved in plants, as suggested by the hypersensitivity analysis of CDKA;1 dephospho-mutants. The first half of this study focus on possible regulation of CDKA;1 through T-loop phosphorylation upon replication stress in Arabidopsis. The positively acting phosphorylation on T161 and analogous residues in the so-called T-loop of the kinase that is required for full CDK activity and serves in substrate recognition. Remarkably, a T-loop phospho-mimicry mutant of CDKA;1, was almost 100% resistant to hydroxyurea (HU) and can partially rescue the hypersensitivity of wee1 to HU. T-loop phosphorylation is catalyzed by CDK activating kinases (CAKs) that are themselves CDKs with typical P- and T-loop regions. Evidence is obtained that WEE1 might inhibit CDKDs (Cdk-activating kinases) that would subsequently result in reduced CDKA;1 activity, and thus, cell-cycle arrest upon DNA damage. It is revealed that dephospho-mimicry mutants of CDKD;2 and 3, which can not be inhibited through WEE1 showed hypersensitivity to HU and not to bleomycin, suggesting their involvement in cell-cycle arrest specifically upon replication stress. Hypersensitivity of cdkd;2cdkd;3 to replication stress suggested possible activation of CDKA;1 through CDKD;1 independent of WEE1. An essential role of CDKDs in stabilizing CDKA;1 kinase activity during gamete development has been suggested. Defects observed in cdka;1VFcdkd mutants during meiosis but not in cdka;1VF mutants emphasize on importance of CDKA;1 T-loop phosphorylation for appropriate meiotic division.In second part of this study interaction between cell-cycle and circadian has been studied. A feedback loop in which the cell cycle could potentially regulate the circadian clock was suggested as a number of circadian genes were found to be deregulated in a microarray experiment with holomorphic CDKA;1 mutants. Thus the circadian gating of cell division of wildtype and cdka;1 mutants was studied under diurnal growth conditions. The altered time of division observed in cell-cycle mutants supported the idea of cell-cycle regulation in a time dependent manner. Expression profile of clock genes were analyzed in cdka;1 mutants through luciferase assay system. An altered period and intensity of expression observed in these mutants compared to wild type plants suggested a direct or indirect effect of CDKA;1 activity on clock gene expression.

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Mteyrek, Ali. "Rôle de l’horloge circadienne dans la cancérisation hépatique expérimentale et sa prévention". Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA114801/document.

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L’agence internationale de recherche sur le cancer (IARC) a indiqué que le travail posté qui provoquait une disruption circadienne était probablement cancérogène chez l’Homme. Ainsi, une perturbation expérimentale sévère du système circadien accélère-t elle la progression tumorale et pourrait favoriser la cancérogénèse. Durant ma thèse, j’ai démontré que la disruption circadienne résultant d’une mutation ou d’une mise au silence des gènes de l’horloge Per ou Cry accélérait la cancérogénèse hépatique induite par la diéthylnitrosamine, en favorisant l’instabilité génomique, la prolifération cellulaire, et l’inflammation. J’ai montré que l’alimentation programmée ou la dexaméthasone modifiaient la régulation circadienne de ces trois caractéristiques du cancer, suggérant ainsi qu’une intervention thérapeutique ciblant le système circadien pourrait prévenir la cancérogénèse. J’ai ainsi mis en évidence le contrôle circadien de trois mécanismes moléculaires de la cancérogenèse précoce et proposé deux interventions ciblant l’horloge circadienne dans un but de prévention de la cancérogenèse
The International Agency for Research on Cancer (IARC) concluded that “shift-work that involves circadian disruption is probably carcinogenic to humans”. Severe disruption alteration accelerated tumor progression and enhanced carcinogenesis. During my PhD, I demonstrated that circadian disruption resulting from mutation of Per and Cry clock genes accelerated liver carcinogenesis induced by diethylnitrosamine through promoting genomic instability, cellular proliferation, and inflammation. I showed that meal timing or dexamethasone altered circadian regulation of these three characteristics of cancer, suggesting a therapeutic intervention targeting the circadian system could prevent carcinogenesis. I have thus demonstrated the circadian control of three molecular mechanisms of early carcinogenesis and proposed two interventions targeting the circadian clock for liver carcinogenesis prevention

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Jung-Romeo, Sabrina. "Caractérisation de MSI2 et MSI3 : deux sous-unités du CRL4 et potentiels régulateurs chromatiniens chez Arabidopsis thaliana". Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ020/document.

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La dégradation sélective des protéines par un mécanisme ubiquitine et protéasome 26S dépendant est conservée chez tous les eucaryotes. Les E3 ubiquitine ligases sont les derniers acteurs de la cascade d’ubiquitinylation et sont responsables de la sélection spécifique des protéines cibles pour leur dégradation. Les enzymes E3 de type CRL4 forment des complexes multiprotéiques dont les récepteurs de substrats sont appelés DCAF pour DDB1-CUL4 Associated Factor. Les études réalisées chez les mammifères et les levures ont permis d’identifier une signature spécifique des DCAF : le motif WDxR à la fin d’un domaine WD40. L’analyse bioinformatique a montré l’existence de plus de 85 DCAF potentielles chez Arabidopsis thaliana. Parmi ces récepteurs, nous nous sommes intéressés à une famille multigénique appelée MSI (Multicopy Suppressor of IRA1). Des études précédentes ont permis de montrer que MSI1 et MSI4 participaient chacune à un complexe CRL4 différent capable d’interagir fonctionnellement avec un complexe PRC2 (Polycomb Repressive Complex 2) pour moduler une régulation épigénétique.Les résultats obtenus et décrits dans ce manuscrit mettent en évidence une interaction physique entre les protéines MSI (2 ou 3) et DDB1a suggérant l’existence d’un complexe multimérique incluant CUL4. L’interrogation des données publiques confrontées à nos données expérimentales, nous a permis d’établir que l’expression des deux gènes était régulée de manière cycle cellulaire dépendante. De plus, un mutant perte de fonction msi3 présente un phénotype de retard de croissance suggérant une fonction de contrôle du cycle cellulaire. D’autre part, leur capacité d’interagir avec des régulateurs chromatiniens permet d’envisager une régulation par voie épigénétique. Toutefois, le rôle exact de ces protéines reste à déterminer
Selective protein degradation by the UPS (Ubiquitin Proteasome System) is highly conserved in all eukaryotes. The E3 ubiquitin ligases are the last actors in the ubiquitylation pathway and target specifically the proteins for degradation. CRL4 E3 ligases form multiprotein complexes where the substrate receptors are called DCAFs for DDB1-CUL4 Associated Factor. Studies made in mammals and yeast allowed to highlight a characteristic signature for the DCAFs: the WDxR motif at the end of a WD40 domain. Bioinformatic studies could identify around 85 potential DCAFs in Arabidopsis thaliana. Among those receptors, we were interested in a small multigenic family called MSIs (Multicopy Suppressor of IRA1). Previous studies showed that MSI1 and MSI4 belong to different CRL4 complexes functionally connected to a PRC2 complex (Polycomb Repressive Complex 2). The results obtained and described in this manuscript highlight a physical interaction between MSI (2 or 3) and DDB1a suggesting the existence of a multimeric complex including CUL4. Furthermore, bioinformatic as well as experimental data, allowed us to establish that MSI2 and MSI3 gene expression are cell cycle regulated. Moreover, phenotypic analysis of an msi3 loss of function mutant showed a delayed growth implying a function as cell cycle regulator. On the other hand, the ability of MSI3 to interact with chromatin regulators points to an epigenetic regulatory pathway. However, the exact function of these proteins remains to be determined

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Deslandes, Willy. "Structure et dispersion de l'aérodynamique interne des moteurs diesel : caractérisation par diagnostic optique". Toulouse, INPT, 2004. http://www.theses.fr/2004INPT060H.

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Afin de se conformer à la législation européenne concernant les émissions polluantes des véhicules, les constructeurs automobiles intègrent différents systèmes de dépollution. Ces nouvelles techniques sont coûteuses et peuvent être allégées par l'amélioration de la phase de combustion, ce qui nécessite au préalable un contrôle précis de différents paramètres et en particulier la maîtrise de l'aérodynamique interne. Ce travail s'inscrit dans ce cadre et propose, par une approche expérimentale, de caractériser l'aérodynamique interne Diesel. Son originalité réside dans le développement et l'utilisation d'un moteur transparent ayant les caractéristiques réelles d'une chambre de combustion Diesel ainsi que l'adaptation de la Vélocimétrie par Images de Particules (PIV) aux fortes conditions thermodynamiques spécifiques aux motorisations Diesel. Les techniques novatrices mises en oeuvre ont permis la réalisation de nombreuses mesures, quel que soit l'angle vilebrequin et quel que soit le plan de coupe (horizontal / vertical médian ou hors axe) [. . . ]
In order to comply with the environmental european laws, cars manufacturer have to reduce polluant emissions by introducing exhaust fumes traitement system. Due to their cost, it is necessary to reduce to a minimum the pollutant emissions during the combustion by improving the combustion quality. One of the best way is to control internal aerodynamic motion. This work comes within this scope, and puts forward by an experimental approach, to investigate Diesel internal aerodynamic flow. The originality lies in the development of optical accesses engines, which have the sames characteristics of real engine, and in the adjustment of the Particle Image Velocimetry (PIV) to strong thermodynamic conditions. The innovative solutions allow to realize numerous measurements, whatever the crank angle degree and plane location are. [. . . ]

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Azizi, Samir Lalla Amina. "Identification et caractérisation de nouveaux gènes de réponse au stress induit par la pancréatite aiguë". Université Joseph Fourier (Grenoble), 2003. http://www.theses.fr/2003GRE18002.

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L'approche systématique et la technique des micropuces à ADN, nous a permis de montrer que parmi 8000 gènes analysés, 239 présentent une expression différente entre le pancréas sain et le pancréas au cours de la pancréatite : 107 gènes étaient sur-exprimés et 132 gènes étaient sous-exprimés. Parmi ces gènes, 96 correspondaient à des gènes non répertoriés auparavant. Dans le but d'identifier de nouveaux mécanismes de défense cellulaire, nous avons caractérisé deux nouveaux gènes. Le premier gène code une protéine de 49 kDa, appelé PIP 49 (Pancreatitis Induced Protein). Il s'agit d'une protéine transmembranaire jouant probablement le rôle d'un récepteur. Le deuxième gène code un transcrit d'environ 5Kb. Il répond à différents stimuli. Nous l'avons appelé SIP (Stress Induced Protein). SIP subit un épissage altérnatif qui génère deux transcrits qui codent deux protéines de 18 et 27 kDa de localisation nucléaire. L'expression de SIP est dépendante du gène suppresseur de tumeur TP53. SIP est renommée en TP53INP1 (TP53 Induced Nuclear Protein 1). TP53INP1 est capable à son tour de réguler l'activité transactivatrice de p53 et la sur-expression de ses deux isoformes induit l'arrêt du cycle cellulaire et l'apoptose. Des études sur les mécanismes d'action de TP53INP1 ont montré que la protéine interagit physiquement avec p53 ainsi qu'avec la kinase HIPK2, et que ces 3 protéines sont localisées dans les mêmes structures intranucléaires appelées CN-PML.

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Matkovic, Roy. "Caractérisation de l'implication de l'hélicase DHX9 (RHA) dans le cycle de multiplication du virus Chikungunya". Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT007.

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Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires recrutant des cofacteurs cellulaires afin de détourner les différents processus biologiques leur permettant notamment de répliquer leur génome et de former d'autres particules virales. Si des cofacteurs cellulaires de la réplication du virus Semliki Forest ont été récemment identifiés, très peu d'études ont permis de révéler des partenaires de la réplication du proche Alphavirus Chikungunya (CHIKV). Nous avons découvert, au cours de cette étude, un recrutement d'Hélicases à domaine DExD/H au niveau de sites de réplication du CHIKV. Parmi elles, DHX9 ou RNA Helicase A (RHA), grâce à ses propriétés de liaison et de modulation de structures des ARNs ou de complexes de Ribonucléoprotéines, est impliquée dans diverses fonctions depuis la transcription, la traduction, la réplication de génomes et jusqu'à la production de particules infectieuses de nombreux virus. Dans le cas du virus Chikungunya, nous avons caractérisé une fonction provirale dans la traduction de protéines non-structurales et une fonction antivirale dans la réplication du génome. Cette double fonction opposée est manipulée par le CHIKV afin d'assurer une production de protéines non-structurales composant le complexe de réplication tout en maintenant sa réplication. Ces travaux révèlent un nouveau mécanisme de régulation de la traduction d'ARN génomique de CHIKV et apportent des éléments de compréhension dans la dynamique de passage du phénomène de traduction à l'étape de réplication du génome CHIKV
Viruses are obligate intracellular parasites recruiting cellular cofactors to divert different biological processes enabling them to replicate their genome and to form other viral particles. If cellular cofactors of Semliki Forest virus replication have recently been identified, very few studies have revealed the replication partners of the very close Alphavirus Chikungunya (CHIKV). During this study, We have discovered recruitments of several DExD/H Box Helicases at the CHIKV replication sites. Among them, DHX9 or RNA Helicase A (RHA) through its RNA binding properties and in modulating RNA secondary structures or Ribonucleoproteins complexes, is involved in various functions from transcription, translation, replication of genomes and up to production of infectious particles of many viruses. In the case of Chikungunya virus, we have characterized a proviral function in the translation of non-structural proteins and an antiviral function in the genome replication. These opposite functions are manipulated by CHIKV to ensure production nonstructural proteins, components of the CHIKV replication complex while maintaining its replication. These works reveal a new translation regulation mechanism of CHIKV genomic RNA and bring some knowledge on the passage from the translation stage to the replication step of CHIKV genome

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Sadou, Yaye Hassane. "Etude du cycle de vie du Ticagrelor par une approche combinée prédictive et caractérisation structurale". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS024/document.

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Les scandales sanitaires ayant émaillé le médicament ont mis la sécurité d’utilisation au cœur des préoccupations des acteurs de santé. Tout au long de son cycle de vie, le médicament est susceptible d’exposition à des conditions de stress pouvant conduire à sa dégradation et potentiellement, à la modification du rapport bénéfice/risque. Ce problème est d’autant plus marqué en milieu hospitalier où les médicaments en post – AMM sont manipulés pour des besoins spécifiques des patients. Quid de la maîtrise des modifications de leurs microenvironnements ? Etendre son espace de connaissances est admis comme étant le meilleur moyen pour circonscrire ces phénomènes. Dans le cadre de ce projet doctoral, une stratégie d’étude du cycle de vie des médicaments en post – AMM a été mise en place afin de renforcer leur sécurité d’utilisation. Compte tenu de la place prépondérante des formes solides dans l’arsenal thérapeutique, le ticagrelor, un récent antiagrégant plaquettaire (AAP) présenté sous forme de comprimés, a été choisi pour cette étude. La première étape a consisté à l’utilisation des conditions de stress pour évaluer sa stabilité intrinsèque et l’élucidation structurale des produits de dégradations grâce au couplage LC-HR-MSn donnant accès aux compositions élémentaires. Les voies de dégradation ont été proposées et la sécurité des produits a été évaluée grâce à l’approche in silico. Par ailleurs, compte tenu de l’utilisation des AAP en association, dans la seconde partie de ce travail, l’extension de l’espace de connaissances du ticagrelor a permis d’envisager une stratégie de préformulation avec l’aspirine à l’état solide en utilisant des techniques complémentaires comme la LC-HR-MSn, la DSC, la DRX ou l’ATG. La formation d’un simple eutectique a été observée avec le mélange des deux principes actifs. Nous avons démontré que la dégradation du ticagrelor est liée à la décomposition de l’aspirine, modulée par les conditions environnementales. Le modèle d’étude du ticagrelor ouvre clairement des perspectives sur la maîtrise de la sécurité en l’élargissant à d’autres médicaments et pourra contribuer à leur recyclage approprié
Tragedies caused by the misuse of pharmaceuticals have put the drug safety at the core of the concerns of healthcare providers. Throughout its life cycle, a drug may be subjected to environmental stresses, which can lead to its degradation. Thorough understanding about the susceptibility of a drug to degrade is an essential step to avoid it. This problem is in particular relevant in a hospital setting, where commercial drugs are usually applied to specific cases without a clear understanding of its limitations. As part of this PhD project, a life cycle study strategy for a commercial drug has been implemented in order to increase its safety in use. Given the prominence of solid forms in the therapeutic arsenal, ticagrelor, a recent antiplatelet agent (APA) in tablet form, was chosen for this study. The first step was devoted to the evaluation of the intrinsic stability and the structural elucidation of the degradation products making use of LC-HR-MSn, providing access to the elemental composition. Degradation pathways have been proposed and the safety of the products has been evaluated via an in silico toxicological approach. Furthermore because antiplatelet agents are often used in combination therapy, in the second part, a preformulation strategy with aspirin in the solid state has been studied using the complementary techniques LC-HR-MSn, DSC, PXRD, and TGA. The mixture of the two active pharmaceutical ingredients gave rise to a simple eutectic. We have demonstrated that the degradation of ticagrelor in these mixtures is closely related to the stability of aspirin, which is modulated by environmental conditions. The ticagrelor study provides a model for the safety management of other drugs and can contribute to their appropriate recycling

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Braun, Nils. "Caractérisation fonctionnelle de la protéine de liaison d'auxine ABP1 au cours du développement chez Arabidopsis thaliana". Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112333.

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Dans le but d’étudier le rôle de la protéine ABP1, impliquée dans la perception de l’auxine, nous avons décidé de générer des mutants conditionnels pour cette protéine. Nous avons utilisé une approche d’immunisation cellulaire, consistant à exprimer un scFv capable d’interagir de manière antagoniste avec la protéine. Cette approche avait été auparavant validée chez les cellules de tabac BY2. L’expression du scFv et d’un ARN antisens d’ABP1 ont été placées sous le contrôle d’un promoteur inductible à l’éthanol chez Arabidopsis thaliana. Nous avons montré que l’inactivation d’ABP1, générait des phénotypes sévères. Il a été mis en évidence un rôle de la protéine dans le contrôle du gravitropisme, du phototropisme, de la croissance des parties aériennes, des racines primaires et latérales ainsi que de la fertilité. L’étude comparée des phénotypes avec de nombreux mutants, ainsi que des expériences de suivi de l’expression de gènes de réponses à l’auxine, ont permis d’identifier des modifications de l’expression de certains gènes clefs. Il a ainsi pu être montré un lien fort entre l’activité de la protéine ABP1 et l’accumulation de certains transcrits de gènes de réponses à l’auxine. Il a été mis en évidence une modification du déroulement du cycle cellulaire. Celles-ci ont été confirmées par le dosage des transcrits de nombreux gènes impliqués dans le contrôle du cycle cellulaire. Ces observations confirment qu’ABP1 joue un rôle clef à tous les stades de développement de la plante. Les lignées de mutants conditionnels ainsi générés, représentent une ressource unique pour mieux comprendre la fonction de la protéine dans les voies de signalisation par l’auxine
In order to study the part played by ABP1 protein during plant development, conditional mutants have been generated. A cellular immunization approach was chosen. It consists in expressing a scFv (a kind of mini antibody) directed against the protein with an antagonist action. Some results had already been achived in the lab through this method, showing that BY2 cells expressing this scFv are not able to perform cell cycle anymore. The scFv expression and an antisens RNA for ABP1 have been placed under the control of an ethanol inducible promoter in Arabidopsis thaliana. Several independant lines have been generated for each construction and show the same phenotype. Whenever the scFv or antisens are expressed it causes severe growth defect in the plant and leads to alteration of gravitropism, phototropism, primary root growth, lateral root formation, aerial organs growth and sterility. Comparison of those phenotypes with already known auxin mutants and apparition kinetics of auxin induced genes expression in those plants have led to the identification of modifications in key auxin-related genes expression. A strong link has also been demonstrated between ABP1 and cell cycle in root tip, lateral root primordia and aerial organs. This link has been confirmed by cell cycle-related transcript quantification. Those results highlight the strong link between ABP1, cell cycle control and plant development. The conditional mutant lines for ABP1 thus generated are a unique material for a better understanding of ABP1’s role in auxin signaling in plant

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Mansour, Mariam. "Caractérisation fonctionnelle de l'oncoprotéine E7 de papillomavirus humains de types cutanés et muqueux". Lyon 1, 2006. http://www.theses.fr/2006LYO10290.

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Le cancer du col utérin est associé à la présence de papillomavirus humains (HPV). Les cellules infectées par certains HPV sont capables de proliférer aussi bien in vivo que in vitro. Les pouvoirs oncogéniques des HPV sont en relation avec la capacité des protéines virales E6 et E7 d’inactiver les protéines des gènes suppresseurs de tumeurs, p53 et pRb respectivement. Ce travail de thèse a permis de caractériser les propriétés moléculaires oncogènes de la protéine E7 codée par le HPV cutané de type 77, mais également les HPV muqueux de type 26, 53 et 66. Ainsi, pour la première fois, nous avons montré que la protéine E7 codée par HPV type 77 capable de se lier à pRb, dispose d’un pouvoir oncogène limité et affecte peu le contrôle du cycle cellulaire. En revanche, l’oncoprotéine E7 codée par HPV 26, 53 et 66 classifiée potentiellement à haut risque est capable également d’interagir avec pRb, d’induire l’expression de protéines régulatrices du cycle cellulaire telles que la cycline A et la cycline E. De façon moins efficace que HPV16 E7 à haut risque, ces oncoprotéines E7 sont aussi capables de promouvoir la prolifération des kératinocytes primaires, et de contourner l’arrêt du cycle cellulaire imposé par la fonction inhibitrice de p16INK4a
Cervical cancer is associated with human papillomavirus (HPV) infection. The oncogenic activities of HPV are related by their ability to inhibit two cellular tumor suppressor genes p53 and pRB, using their oncoproteins E6 and E7, respectively. As a consequence, certain HPV types are able to induce cell proliferation in vivo and in vitro. In this study, we characterized the functionality of the oncoprotein E7 from a cutaneous HPV type 77, and from three mucosal HPV types 26, 53 and 66 classified as ‘probable high-risk’. Our data showed that HPV77 E7 is able to associate with pRB, and does not efficiently deregulate the cell cycle control. In contrast, HPV26, 53 and 66 E7 bound to pRb and induced the expression of cell cycle regulators such as cyclin A and cyclin E. They are able to promote proliferation of primary human keratinocytes and circumvent G1 arrest imposed by over expression of p16INK4a , although to a lesser extent than the high risk type HPV16 E7

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Sondaz, Delphine. "Caractérisation de Boi2 au cours du cycle cellulaire : une protéine impliquée dans la morphogenèse chez Saccharomyces cerevisiae". Aix-Marseille 2, 2003. http://www.theses.fr/2003AIX22065.

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Soundasse, Munir. "Caractérisation et rôle de l'ADN non intégré du VIH-1 dans le cycle de réplication virale". Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077252.

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Le génome ADN du VIH-1 se présente sous différentes formes, intégrées au sein du génome cellulaire, ou non intégrées : linéaire (ADNL) ou circulaire (cercle à 1-LTR ou à 2-LTR). Ce travail de thèse vise à caractériser et identifier le rôle des différentes molécules non intégrées dans le cycle de réplication du VIH-1. Ce travail a permis, notamment par la mise en place de méthodologies concernant la quantification des cercles 1-LTR et de l'ADN', (processé ou non processé), la description exhaustive de la dynamique de l'ensemble des formes d'ADN virales au cours de l'infection virale dans différentes conditions. Nous avons ainsi mis en évidence l'efficacité de la réaction de 3'-processing de l'ADNL, qui a lieu très précocement lors du cycle viral, et la modulation de cette réaction par différents composés inhibant l'intégration. De plus, nous avons montré que la formation des cercles à 1-LTR implique, de façon non exclusive, la voie de recombinaison homologue et la transcription inverse. Nous avons dans un second temps, mis en évidence le caractère réversible des molécules anti-intégrase tel que le RAL. La réversibilité du RAL nous a permis de montré, in vitro et ex vivo, que les cercles à 2-LTR, décrits comme des molécules n'ayant pas de rôle significatif dans le cycle de réplication, sont un substrat de la réaction d'intégration médiée par l'intégrase virale. Les cercles à 2-LTR constituent ainsi une molécule de sauvegarde de l'information du virus
The HIV-1 DNA is present in different forms, integrated into the cellular genome, or unintegrated: linear (DNAL) or circular (I-LTR or 2-LTR circle). The aim of this work is to characterize and identify the role of the different unintegrated molecules in HIV-1 replication cycle and more particularly 2-LTR circles. By establishing new technologies to quantify DNAL (unprocessed and processed forms) and 1-LTR circles, we described, in an exhaustive manner, the dynamics of all viral DNA forms during viral infection in different conditions. Firstly, we have demonstrated the strong efficiency of DNAL 3'-processing reaction, which takes place very early in the viral cycle, and the modulation of this reaction by various compounds that inhibit integration. In addition, we have shown that the 1-LTR circles formation implies, non-exclusively, the homologous recombination pathway and the viral reverse transcription. Secondly, we highlighted the reversibility of anti-integrase molecules such as Raltegravir (RAL), The RAL reversibility ailowed us to show, in vitro and ex vivo, that 2-LTR circies, described yet as moiecuies having no significant role in the replication cycle, are an efficient substrate involved in the integration reaction mediated by the integrase. Therefore, our results demonstrate that 2-LTR circles are not a "dead-end" molecule but cari be considered like a backup molecule for the viral information

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Jomaa, Fatima. "Précipitations sur le sud de la France : caractérisation, source et impacts sur le cycle hydrologique régional". Electronic Thesis or Diss., Université Grenoble Alpes, 2024. http://www.theses.fr/2024GRALU025.

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La région méditerranéenne se distingue comme un « point chaud » potentiel en matière de science du climat, ce qui signifie une région où les impacts du changement climatique devraient être particulièrement importants. Dans la région méditerranéenne, il existe une interaction complexe entre l’atmosphère océanique et la terre ferme, associée à des caractéristiques morphologiques distinctes. Ce couplage fort fait référence aux interactions entre la mer Méditerranée, l’atmosphère et les terres environnantes, influençant des dynamiques climatiques locales spécifiques. Dans cette thèse, nous nous sommes concentrés sur la partie sud de la France située dans la région nord-ouest de la Méditerranée. En raison de ces caractéristiques géographiques particulières et des interactions complexes entre les processus océaniques et atmosphériques à différentes échelles spatiales et temporelles, le climat et en particulier l'hydroclimat du sud de la France présente des caractéristiques spatiales et temporelles complexes ainsi que leur variabilité. Il existe un manque de compréhension des processus hydrologiques locaux, ce qui nécessite une analyse complète à haute résolution de toutes les composantes du cycle hydrologique dans cette région. Dans nos travaux, nous nous concentrerons sur la branche atmosphérique du cycle hydrologique dans le Golfe du Lion et nous considérerons les précipitations, le transport d'humidité et les processus hydrologiques de surface tels que le ruissellement et l'humidité du sol.L’objectif de cette recherche doctorale peut être résumé en trois questions principales abordant la complexité du cycle hydrologique sur le sud de la France :1. Quelles sont les forces et les faiblesses des différents types de jeux de données pour capturer la variabilité des précipitations et leurs extrêmes sur le sud de la France ?Pour répondre à cette question, nous avons étudié l'exactitude et la fiabilité de toutes les sources de données disponibles pour cette région dans la représentation des conditions climatiques réelles, fournissant ainsi un aperçu de leur applicabilité aux études hydrologiques dans la région méditerranéenne. Les résultats de cette analyse sont présentés au chapitre 2.2. Quelles sont les sources de transport d'humidité qui contribuent aux précipitations et aux événements météorologiques extrêmes dans le sud de la France ?Pour répondre à cette question, nous avons analysé le transport d'humidité dans cette région. De plus, nous avons étudié le transport de l’humidité dans les conditions d’événements de précipitations extrêmes. Pour explorer les mécanismes à l’origine du transport d’humidité, nous avons effectué une analyse groupée des modèles météorologiques correspondants. Les résultats sont présentés au chapitre 3.3. Quel est l'impact de la variabilité et de l'évolution des précipitations sur l'humidité des sols et le ruissellement continental dans le sud de la France ?Pour répondre à cette question, nous avons analysé les interactions entre les régimes de précipitations et les composantes terrestres du cycle hydrologique, telles que l'humidité du sol et le ruissellement. Reasulate est présenté au chapitre 4
The Mediterranean region stands out as a potential ’hotspot’ in climate science which signifies a region where the impacts of climate change are expected to be particularly significant. In Mediterranean region there is intricate interplay between the ocean atmosphere and land, coupled with distinct morphological features. This strong coupling refers to the interactions among the Mediterranean Sea, the atmosphere, and the surrounding land, influencing specific local climate dynamics. In our study, we focused on the Southern part of France located in the northwestern Mediterranean region. Due to these special geographical features and the complex interactions between ocean and atmospheric processes at different spatial and temporal scales, the climate and especially the hydroclimate of the Southern part of France exhibits intricate spatial and temporal characteristics and their variability. There is a lack of understanding of local hydrological processes, which requires a high-resolution comprehensive analysis of all hydrological cycle components in this region. In our work, we will focus on the atmospheric branch of the hydrological cycle in the Gulf of Lion and we will consider precipitation, moisture transport, and surface hydrological processes such as runoff and soil moisture.The aim of this PhD research can be summarized in three main questions addressing the complexities of the hydrological cycle over southern France:1. What are the strengths and weaknesses of various type of datasets in capturing the precipitation variability and its extremes over southern France ?To answer this question, we investigated the accuracy and reliability of all available data sources for this region in representing the actual climatic conditions, providing insights into their applicability for hydrological studies in the Mediterranean region. Results of this analysis are presenting in Chapter 2.2. What are the sources of moisture transport contributing to precipitation and extreme weather events in southern France ?To answer this question, we analyzed the moisture transport in this region. Additionally, we investigated the moisture transport for the conditions of extreme precipitation events. To explores the mechanisms driving of moisture transport we performed clustering analysis of corresponding weather patterns. Results are presenting in Chapter 3.3. How do variability and trends in precipitation impact soil moisture and continental runoff in southern France ?To answer this question, we analyzed the interactions between precipitation patterns and terrestrial components of the hydrological cycle, such as soil moisture and runoff. Reasulate are presenting in Chapter 4.The structure of this thesis is organized as follows: Chapter 1 introduces the data sources utilized in this study, discussing their respective limitations. It also details the methodologies employed to evaluate these datasets and to investigate the sources of moisture affecting this region. Chapter 2 focuses on the examination of precipitation characteristics within the region. It assesses various precipitation datasets to understand their reliability and accuracy in capturing the area’s precipitation dynamics. Chapter 3 is dedicated to analyzing long-term moisture transport patterns. This chapter aims to elucidate the mechanisms behind moisture movement into the region. Chapter 4 delves into the analysis of runoff and soil moisture, exploring their relationship with precipitation. It examines how precipitation influences soil moisture and runoff, contributing to the broader understanding of the regional hydrological cycle

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Gérus, Marie. "Caractérisation de facteurs requis pour la synthèse des ribosomes et étude des connexions entre synthèse des ribosomes et cycle cellulaire chez les Eucaryotes". Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1180/.

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La synthèse des ribosomes dans les cellules eucaryotes débute par la transcription des unités répétées d'ADN ribosomique par l'ARN polymérase I qui génère un transcrit ribosomique primaire précurseur des ARNr 18S, 5. 8S et 25S qui s'associe de manière co-transcriptionnelle avec certaines protéines ribosomiques, avec le précurseur du quatrième ARNr (5S) et avec un grand nombre de facteurs d’assemblage et de petites particules ribonucleoprotéiques (snoRNPs) pour générer une particule pré-ribosomique précoce de 90S aussi appelée SSU processome. Cette particule subit un processus de maturation complexe, qui abouti à la formation des deux sous-unités ribosomiques matures assurant la synthèse protéique. Des données de la littérature suggèrent que chez les Eucaryotes la synthèse des ribosomes est coordonnée à la progression du cycle cellulaire. Les facteurs impliqués dans cette coordination potentielle et les mécanismes impliqués restent cependant très mal caractérisés. Mes travaux de thèse se sont orientés suivant trois axes. La caractérisation de Rrp36p, un nouveau facteur essentiel à la synthèse des ribosomes chez la levure et l'humain. L'étude de la protéine HCA66 humaine, requise pour la duplication des centrosomes et la ségrégation des chromosomes en mitose. Nos résultats montrent qu’elle est également requise pour la synthèse de la petite sous-unité ribosomique dans les cellules HeLa. L'étude de la protéine Rpf2p de levure, nécessaire à la synthèse de la grande sous-unité ribosomique. Nos résultats montrent que Rpf2p pourrait intervenir dans des mécanismes de modification de la chromatine en relation avec la régulation de la transcription
Ribosome biogenesis in eukaryotic cells begins with transcription of repeated units of ribosomal DNA by the RNA polymerase I generating the primary transcript precursor of matures rRNA 18S, 5. 8S and 25S. This transcript associates co-transcriptionally with some ribosomal proteins, the precursor of the fourth rRNA (5S) and a large number of assembly factors and small ribonucleoprotein particles to generate an early pre-ribosomal particle of 90S also called SSU processome. This particle undergoes a complex maturation process leading to production of the two matures ribosomal subunits to provide protein synthesis. Literature data suggest that in Eukaryotes ribosome biogenesis is coordinated with other essentials cellular processes, especially with cell cycle progression. During my thesis I have worked on three projects. The characterization of Rrp36p, a new essential factor for ribosome biogenesis in yeast and human cells. Study of the human protein HCA66, involved in centrosome duplication and in chromosome segregation during mitosis. Our results show that HCA66 is also required for biogenesis of the small ribosomal subunit in HeLa cells. The study of yeast Rpf2p protein, required for the synthesis of the large ribosomal subunit. Our results show that Rpf2p could be involved in mechanisms of chromatin modification in relation to the regulation of transcription

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Versteege, Isabella. "Caractérisation d'un nouveau gène suppresseur de tumeur hSNF5/INI1 impliqué dans les tumeurs rhabdoi͏̈des malignes". Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077192.

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Esnault, Catherine. "Pharmacologie cellulaire du ditercalinium, un agent antitumoral bis-intercalant de l'ADN : mécanisme d'action dans les cellules eucaryotes et caractérisation d'une lignée tumorale resistante". Paris 6, 1990. http://www.theses.fr/1990PA066128.

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Le ditercalinium est un dimère cationique de 7H-pyridocarbazole relié par une chaîne rigide. Il possède une activité antitumorale et entraîne une toxicité retardée. En relation avec le potentiel de membrane, il se concentre dans les mitochondries et y induit un gonflement. Après un contact de 24 h avec le ditercalinium, les cellules ne peuvent se diviser que 5 a 6 fois et se figent aléatoirement dans toutes les phases du cycle cellulaire. Le ditercalinium induit la dégradation de l'ADN mitochondrial et l'inhibition indirecte de la respiration mitochondriale et l'inactivation de la dihydro-orotate-dehydrogenase. Les cellules peuvent tirer leur énergie de la glycolyse anaérobie et ne sont pas tuées par une atteinte de la respiration aérobie mitochondriale mais par une carence en pyrimidine-ribosephosphate. La toxicité du ditercalinium est diminuée spécifiquement en ajoutant de l'uridine au milieu de culture. Une lignée résistante au ditercalinium (L1210/dit) a été obtenue par une sélection in vivo de cellules traitées in vitro. Elle possède un facteur de résistance de 32 stable en absence de sélection. La lignée L1210/dit ne possède pas de mécanisme de résistance en relation avec le mécanisme de cytotoxicité du ditercalinium induisant la carence en uridine. Les cellules L1210/dit possèdent le phénotype de résistance pleiotropique (multi drug resistance) et accumulent deux fois moins de ditercalinium que les cellules parentales. La toxicité du ditercalinium et son accumulation intracellulaire sont augmentées par le verapamil spécifiquement dans les cellules résistantes. L'efflux de la rhodamine 123, beaucoup plus actif dans les cellules L1210/dit, est inhibe par le verapamil. Des lignées MDR témoins sont résistantes au ditercalinium. Les cellules L1210/dit surexpriment faiblement le gène MDR de façon constitutive sans amplification gnomique en absence de sélection

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Horn, Virginie. "Mise en évidence et caractérisation d'une interaction fonctionnelle entre la kinase Aurora-A et la phosphatase PP2A". Université Joseph Fourier (Grenoble), 2005. http://www.theses.fr/2005GRE10046.

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Le déroulement de la mitose est très étroitement contrôlé par une succession de réactions enzymatiques en particulier, celles catalysées par de nombreuses protéines kinases et phosphatases. Plus précisément, la sérine/thréonine kinase mitotique Aurora-A est essentielle à ces processus car elle participe à la régulation de la transition G2/M, du cycle des centrosomes, du fuseau mitotique et de la ségrégation des centrosomes. Aurora-A est activée grâce à son interaction avec d'autres protéines telles que TPX2 et AJUBA et son activité kinase est modulée par la phosphorylation de sites spécifiques. Par ailleurs, il a été récemment montré in vitro que la dégradation de Aurora-A par la voie du protéasome est induite par la déphosphorylation d'un résidu très conservé : la sérine 51. Ceci suggère qu'une phosphatase induit la protéolyse de Aurora-A par déphosphorylation du résidu S51. Dans cette étude, nous avons montré que la phosphatase PP2A et la kinase Aurora-A sont co-localisées dans les centrosomes des cellules mammifères et interagissent au sein d'un même complexe. De plus, l'inhibition pharmacologique de l'activité de PP2A ou l'inhibition de son expression conduisent à stabiliser Aurora-A in vivo. Ces résultats indiquent que PP2A contrôle la dégradation de Aurora-A in vivo. Enfin, Nous avons confirmé in vivo dans des cellules mammifères que la phosphorylation du résidu S51 protège Aurora-A de la dégradation
Mitosis progression is tightly controlled by a succession of enzymatic reactions, including those catalyzed by numerous protein kinases and phosphatases. More specifically, the mitotic serine/threonine kinase Aurora-A is required in these processes as it is involved in the regulation of the G2/M transition, centrosome cycle, mitotic spindle and chromosomes segregation. Aurora-A is activated by interacting with other proteins such as TPX2 or AJUBA and its kinase activity is modulated by the phosphorylation at specific sites. Besides, it has been recently shown in vitro that Aurora-A degradation by the proteasome pathway is induced by the dephosphorylation of a highly conserved residue: serine 51. In this study, we have shown that the phosphatase PP2A and the kinase Aurora-A are co-localized in centrosomes and are interacting within the same complex. Moreover, the pharmacological inhibition of PP2A activity or the inhibition of its expression both led to Aurora-A stabilization in vivo. These results indicate that PP2A controls Aurora-A degradation in vivo. Finally, we confirmed in vivo in mammalian cells that phosphorylation of the S51 residue prevents the degradation of Aurora-A

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Courtois-Cox, Stéphanie. "DeltaNp53, une isoforme du suppresseur de tumeur p53 : découverte, caractérisation et fonctions biologiques". Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077207.

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Raynaud, Cécile. "Relations entre cycle cellulaire et division des plastes : caractérisation des gènes AtSulA, AtCDT1a/b et ATXR5/6". Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112087.

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Les plastes sont des organites indispensables à la survie des cellules végétales. Ils dérivent d'un évènement d'endosymbiose entre une cellule hôte et une bactérie, sans doute proche des cyanobactéries actuelles. De ce fait, les cellules ne les synthétisent pas de novo : ils se multiplient par fission binaire, grâce à un échaffaudage protéique complexe appelé anneau de division des plastes. A chaque mitose, le nombre de plastes est divisé par deux. De plus, il existe dans les cellules de parenchyme, une corrélation nette entre la taille et la ploidie de la cellule, et le nombre de plastes qu'elle contient. Il paraît donc vraisemblable qu'il existe un couplage entre la division des plastes et prolifération cellulaire d'une part, et division des plastes et endoréplication d'autre part. Au cours de ma thèse, j'ai cherché à vérifier cette hypothèse par une approche gène candidat chez Arabidopsis. Nous avons combiné deux approches : la recherche d'homologues de régulateurs de la division bactérienne dans le génome d'Arabidopsis, et l'étude de gènes déjà connus pour réguler le cycle cellulaire et présentant des signaux d'adressage aux plastes. La première approche nous a permis d'identifier une nouvelle protéine participant à la division des plastes. La seconde nous a permis d'aboutir à la conclusion qu'il existe bien un couplage entre division des plastes et cycle cellulaire, et qu'il se situe au moment de l'initiation de la réplication de l'ADN nucléaire, ce qui permet d'expliquer à la fois le maintien du nombre de plastes dans des cellules en prolifération, et l'augmentation du nombre de plastes au cours de l'endoréplication
Plastids are indispensable to plant cell survival because a large number of metabolic pathways take place in them. These organelles originated from an endosymbiosis between a host cell and a cyanobacteria. Therefore, plants do not synthetise plastids de novo : they proliferate by binary fission. The mechanism of plastid division is closely related to that of bacterial cell division but its regulation is poorly understood. Mitosis results in a two-fold decrease in plastid number. Moreover, plastid number in mesophyll cells correlates with cell size and cell ploidy. Plastid division and cell cycle are thus likely to be coordinated. To investigate this, and to analyse the underlying molecular mechanism, we caracterised the function of three Arabidopsis genes. The first was chosen on the basis of its sequence similarity with a bacterial cell division inhibitor. The others were analysed because they are known to play a role in cell cycle regulation, and harbour plastid targeting sequences. The first approach allowed us to identify a new plastid division protein. The second led us to the conclusion that cell cycle and plastid division are indeed coordinated, and that the link between the two processes could occur at the G1/S transition. This hypothesis accounts both for the maintain of plastid number in proliferating cells, and for the increase in plastid number in endoreduplicating cells

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Fougani, Malika. "Analyse du cycle de vie des boues de forage pétrolier : caractérisation des émissions toxiques en milieu aride". Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6122.

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Lebreton, Morgane. "Caractérisation des effets d'un anxiolytique (oxazépam) sur le cycle de vie d'un gastéropode d'eau douce, Radix balthica". Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30291.

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La contamination environnementale par les médicaments est une préoccupation majeure de ces dernières décennies. Les antibiotiques et les hormones ont été au cœur de l'attention mais certaines familles de médicaments ne font encore l'objet que de très peu d'études. C'est notamment le cas des psychotropes, et particulièrement des anxiolytiques. L'oxazépam, médicament fréquemment utilisé dans le traitement de l'anxiété et métabolite de nombreuses benzodiazépines, est l'un des psychotropes les plus fréquemment détectés dans les eaux de surface. Cette molécule a fait l'objet depuis quelques années, de plusieurs études écotoxicologiques qui se sont essentiellement focalisées sur les perturbations du comportement chez le poisson. Cependant, très peu d'études se sont encore intéressées à ses effets sur les invertébrés aquatiques. Ainsi, cette thèse à pour objectif d'évaluer l'impact de concentrations environnementales d'oxazépam sur le cycle de vie d'un gastéropode d'eau douce ubiquitaire en Europe, Radix balthica. Nous nous sommes demandé si, et comment l'oxazépam affectait trois étapes clés de la vie de l'organisme : la reproduction, le développement embryonnaire et la croissance, en couplant des approches physiologiques, comportementales et moléculaires. Ce travail se présente donc en trois volets, correspondant aux trois étapes du cycle de vie (reproduction, développement embryonnaire et croissance). Pour chacun des trois volets, des expérimentations ont été menées en exposants les organismes à des concentrations d'oxazépam maximales mesurées en sortie d'effluents (10 µg/L) et en rivière (0,8 µg/L). Plusieurs paramètres physiologiques (e.g. état de l'appareil reproducteur, fertilité, taux d'éclosion, croissance, prise alimentaire) et comportementaux (e.g. interactions sociales, locomotion) ont été analysés pour répondre aux questions posées. Les parties axées sur l'embryogénèse et la croissance ont fait l'objet d'une analyse transcriptomique afin d'obtenir des informations sur les potentiels mécanismes de toxicité impliqués au niveau moléculaire. Au stade adulte, l'oxazépam affecte la reproduction en augmentant la densité de spermatozoïdes à forte concentration (10 µg/L) et diminue la quantité d'œufs par ponte à faible concentration (0,8 µg/L). Une diminution de l'activité locomotrice a également été observée pour les deux concentrations d'oxazépam testées. Les études menées sur le stade embryonnaire ont montré une variabilité inter-population importante qui ne permet pas de conclure sur de potentiels effets de l'oxazépam. Enfin, en ce qui concerne le stade juvénile, les résultats ont montré un effet important de l'oxazépam sur la prise alimentaire, avec un effet stimulant à faible concentration et inhibiteur à forte concentration. Il a également été montré une réduction de la mortalité après exposition à la plus faible concentration d'oxazépam. L'analyse transcriptomique ciblée a permis de mettre en évidence une sous-expression globale de gènes impliqués dans la transmission nerveuse et liés à différentes fonctions comme le comportement alimentaire, la croissance, la locomotion ou encore la chémoréception. L'ensemble de ces résultats nous permet d'enrichir les connaissances toxicologiques quant aux effet de l'oxazépam sur un invertébré aquatique
Freshwater contamination by pharmaceuticals is becoming a major concern over the last decades. Antibiotics and hormonal treatments have been the focus of attention but some pharmaceutical families are not subject to many studies yet. This is especially true for psychoactive drugs, and particularly anxiolytics. Among anxiolytics, oxazepam is one of the most frequently detected psychotropic in surface waters in connection with its high consumption but also to its status of metabolite of many benzodiazepines. This molecule has been subject to some ecotoxicological studies mainly focused on behavioural disturbance in fish. However, very few studies are interested in its effects on aquatic invertebrates. Thus, this thesis aims to assess the impact of environmental relevant oxazepam concentrations on the life cycle of a freshwater gastropod widespread in Europe, Radix balthica. We asked if and how oxazepam affected three important steps of the life of this organism: reproduction, embryonic development and growth, coupling physiological, behavioural and molecular approaches. This work consists into three parts, corresponding to the three steps previously described (reproduction, embryonic development and growth). For each of these stages, organisms have been exposed to relevant oxazepam concentrations: 10 µg/L corresponding to the maximal concentration found in STEP effluents and 0.8 µg/L corresponding to the maximal concentration found in river. Numerous physiological (e.g. reproductive apparatus state, fertility, hatching rate, growth, feeding rate) and behavioral parameters (e.g. social interactions, locomotion) have been tested to answer the question raised. Studies on embryogenesis and growth have been completed by a transcriptomic analysis to bring information on potential toxicity mechanisms at molecular level. Results showed that, at the adult stage (reproduction), oxazepam increased spermatozoa density at high concentration (10 µg/L) and decreased the number of eggs per eggmass at low concentration (0.8 µg/L). A decrease of the locomotor activity has also been observed for both oxazepam concentrations. Studies led on the embryonic stage showed a high inter-population variability which did not allow conclusions on potential effects of oxazepam. Finally, concerning the juvenile stage, results showed a significant effect of oxazepam on feeding rate with an activator effect at low concentration and an inhibitory effect at high dose. A reduction of mortality after exposure has also been demonstrated at the lowest concentration. Transcriptomic analysis revealed a global under-expression of genes involved in neural transmission linked to many functions, such as feeding behavior, growth, locomotion or chemoreception. Taken together, these results enhance the ecotoxicological knowledge of oxazepam impact on an aquatic invertebrate

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Froehlich, Jeanne. "Caractérisation de Fam65b, un nouvel effecteur de FoxO1 dans la régulation de la quiescence". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCB075/document.

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Le comportement et le devenir des lymphocytes T (LT) est conditionné par l’intégration de nombreux signaux solubles et cellulaires. Lorsque les LT ne sont pas stimulés, les facteurs de transcription FoxO orchestrent un réseau moléculaire important participant au maintien de la quiescence et à la capacité migratoire des LT. Longtemps considéré comme un état par défaut, le maintien des LT dans cet état quiescent est hautement régulé par un ensemble de signaux parmi lesquels la signalisation via le récepteur à l’interleukine 7 (IL7) et le récepteur à l’antigène (TCR) activé par des molécules du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) chargées avec des peptides du soi. Etonnamment, ces mêmes signaux sont nécessaires pour induire l’entrée des cellules dans le cycle cellulaire. L’inhibition de la prolifération des LT est donc un mécanisme actif qui peut être levé par des signaux externes. Le mécanisme moléculaire permettant le maintien de cet état quiescent reste très peu décrit. Mon projet de thèse a consisté à étudier les conséquences fonctionnelles de l’expression de Fam65b, une nouvelle cible transcriptionnelle de FoxO, sur la prolifération. Au cours de mon travail, j’ai montré que dans des cellules transformées, ayant donc perdu la capacité de réguler leur prolifération, l’expression forcée de Fam65b perturbe la mise en place du fuseau mitotique, induisant un arrêt en phase G 2 /M et la mort des cellules. Au cours de ce processus, Fam65b agit avec deux partenaires connus pour leur implication dans le cycle cellulaire, l’histone déacétylase 6 (HDAC6) et la protéine d’échafaudage 14-3-3. J’ai également pu établir que, dans les LT primaires humains, Fam65b est un facteur de quiescence. En effet, l’engagement du TCR induit une diminution d’expression de Fam65b et le maintien de son expression bloque la prolifération des LT, suggérant que l’inhibition de son expression est un pré-requis à la prolifération. Inversement, l’inhibition de l’expression de Fam65b dans des LT naïfs diminue leur seuil d’activation. L’ensemble de ces résultats désigne donc Fam65b comme une nouvelle cible pour le contrôle de la prolifération des cellules primaires et transformées. Nous avons également développé au laboratoire un modèle murin invalidé pour Fam65b dans le lignage T afin d’étudier son rôle dans un modèle plus intégré. J’ai pu initier l’analyse du phénotype de ces souris en l’absence de toute stimulation. L’ensemble de ces travaux, en complément de ceux précédemment obtenus au laboratoire, laissent apparaître Fam65b comme un nouvel effecteur de FoxO capable d’interagir avec divers partenaires afin de contrôler conjointement des fonctions cellulaires majeures
T cell fate is conditioned by the integration of many soluble and cellular signals. When T cells are not stimulated, FoxO transcription factors orchestrate an important molecular network involved in maintaining the quiescent state and migratory ability of the cells. Considered as a "default" state, it is now known that maintenance of T cell quiescence is a process highly regulated by a set of signals including IL7 signaling and sustained contact with MHC molecules presenting self-peptides. Surprisingly, these same signals are required to induce entry of cells into the cell cycle. Inhibition of T cell proliferation is an active mechanism that can be lifted by external signals. The molecular mechanism maintaining this quiescent state is poorly described. My thesis project was studying the functional consequences of Fam65b expression, a new transcriptional target of FoxO, on proliferation. I showed that, in transformed cells, that have lost the ability to regulate their proliferation, forced expression of Fam65b disrupts the establishment of the mitotic spindle, inducing an arrest in G 2 /M phase and cell death. During this process, Fam65b acts with two partners, known to be involved in the cell cycle process, the histone deacetylase HDAC6 and the 14-3-3 protein scaffold. I have also been able to establish that in human primary T cell, Fam65b is a quiescence factor. Indeed, the TCR stimulation induces a reduction of Fam65b expression and maintaining its expression blocks the proliferation of T cells, suggesting that inhibition of Fam65b expression is a prerequisite for proliferation. Conversely, inhibition of Fam65b expression in naive T cells reduces their activation threshold. Altogether these results show that Fam65b is a new target for the control of the proliferation of primary and transformed cells. We have also developed, in the laboratory, a mouse model invalidated for Fam65b in T cell lineage. I initiated the phenotype analysis of these mice in the absence of any stimulation. This work, in addition to the previous results obtained in the laboratory, reveal that Fam65b is a new effector of FoxO factors, able to interact with various partners to jointly control major cellular functions

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Nafati, Mehdi. "Caractérisation fonctionnelle des inhibiteurs de Cyclin-Dependent Kinase (CDK) dans le fruit de tomate (Solanum lycopersicum)". Thesis, Bordeaux 2, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR21712/document.

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Au sein de l’unité mixte de recherche 619 de l’Institut National de Recherche Agronomique, le groupe « Organogénèse du Fruit et Endoréduplication » étudie les acteurs moléculaires prenant part au contrôle du cycle cellulaire dans le fruit de tomate. L’objet de la présente thèse est l’étude de l’inhibiteur du cycle cellulaire Kip-Related Protein, et son rôle durant le développement du fruit. Identification de motifs protéiques fonctionnels chez l’Inhibiteur de Kinase Cycline-Dependent SlKRP1 chez Solanum lycopersicum : Leur rôle dans les interactions avec des partenaires du cycle cellulaire Les Kip-related proteins (KRPs) jouent un rôle majeur dans la régulation du cycle cellulaire. Il a été montré qu’ils inhibent les complexes CDK/Cyclin et ainsi bloquent la progression du cycle cellulaire. Malgré leur manque d’homologie avec leurs homologues animaux au delà de leur motif de liaison CDK/Cyclin, localisé à l’extrémité C-terminal de la protéine dans les séquences de plante, des études antérieurs ont montré la présence de motifs conservés spécifiques aux plantes chez certaines KRPs. Nous n’avons cependant que peu d’information concernant leur fonction. Nous montrons ici que les KRPs sont distribués en deux sous groupes phylogénétiques, et que chaque sous-groupe dispose de courts motifs spécifiques conservés. Les KRPs du sous-groupe 1 disposent ainsi de six motifs conservés entre eux. Utilisant SlKRP1, qui appartient au sous-groupe 1, nous avons identifié des motifs responsables de la localisation de la protéine et de ses interactions protéine-protéine. Nous montrons que le motif 2 est responsable de l’interaction avec CSN5, une sous-unité du complexe signalosome, et que le motif 5 a un effet redondant avec le motif 3 pour ce qui est de la localisation sub-cellulaire de la protéine. Nous montrons de plus que SlKRP1 est capable de guider SlCDKA1 et SlCycD3;1 vers le noyau, et ce même en l’absence du motif de liaison CDK/Cycline précédemment référencé. Ce nouveau site d’interaction est probablement localisé dans la partie centrale de la séquence de SlKRP1. Ces résultats apportent de nouveaux indices quant au rôle de la partie encore méconnue de cette protéine. La surexpression de SlKRP1 dans le mésocarpe de tomate détruit la proportionnalité entre endoréduplication et taille cellulaire Le fruit est un organe spécialisé résultant du développement de l’ovaire après pollinisation et fertilisation, et qui offre un environnement adéquat pour la maturation des graines et leur dispersion. De part leur importance en nutrition humaine et leur importance économique, les espèces à fruit charnu ont été le sujet d’étude développementales principalement orientée vers la formation de l’ovaire, la mise à fruit et la maturation du fruit. La phase de croissance du fruit a été beaucoup moins étudiée, bien que la division cellulaire et la croissance cellulaire prenant place durant cette période soient cruciales à la détermination de la taille finale du fruit, ainsi que de sa masse et sa forme. Le développement du mésocarpe du fruit de tomate se déroule par la succession d’une phase de division cellulaire suivie d’une phase d’expansion cellulaire associée à l’endoréduplication, menant à la formation de cellules géantes (jusqu’à 0,5mm) avec des niveaux de ploïdie pouvant atteindre 256C. Bien qu’une relation évidente entre endoréduplication et croissance cellulaire ait été montrée par de nombreux exemples chez les plantes, le rôle exact de l’endoréduplication n’a toujours pas été élucidé, étant donné que la plupart des expériences induisant une modification du niveau d’endoréduplication dans la plante affectaient aussi la division cellulaire. Nous avons étudié la cinétique du dévelopement du mésocarpe de tomate au niveau morphologique et cytologique et avons étudié l’effet de la diminution du niveau d’endoréduplication sur le dévelopement du fruit en sur-exprimant l’inhibiteur du cycle cellulaire Kip-Related Protein 1 (SlKRP1) spécifiquement dans les cellules en croissance du mésocarpe de tomate. Nous montrons une proportionnalité directe entre endoréduplication et taille cellulaire durant le développement normal du fruit, ce qui nous a permis de construire un modèle de développement du mésocarpe définissant l’épaisseur du péricarpe en ne prenant en compte que le nombre de divisions cellulaires et le nombre de tours d’endoréduplication. De façon surprenante, les mésocarpes de tomate affectés dans leur niveau d’endoréduplication par la sur-expression de SlKRP1 ne sont pas affectés au niveau de la taille des cellules ou du fruit, ni dans leur contenu métabolique. Nos résultats démontrent pour la première fois qu’alors que le niveau de ploïdie est étroitement lié avec la taille des cellules et du fruit, l’endoréduplication n’est pas responsable de la croissance cellulaire du mésocarpe de tomate
Within the Joint Research Unit 619 of the National Institute of Agronomic Research (INRA), the group "Organogenesis of the Fruit and endoreduplication" examines the molecular players involved in cell cycle control in tomato fruit. The purpose of this thesis is the study of the cell cycle inhibitor Kip-Related Protein and its role during fruit development. Identification of protein motifs in the functional inhibitor of Cyclin-Dependent Kinase in Solanum lycopersicum SlKRP1: Their role in interactions with partners in the cell cycle The Kip-related proteins (KRPs) play a major role in the regulation of cell cycle. It has been shown to inhibit the CDK / Cyclin and thus block cell cycle progression. Despite their lack of homology with their counterparts in animals beyond their binding motif CDK / Cyclin, located at the C-terminal protein sequences in the plant, previous studies have shown the presence of conserved motifs plant specific in some KRPs, but there is little information about their function. We show here that the KRPs are distributed into two phylogenetic groups, and that each subgroup has specific short conserved motifs. The KRPs from subgroup 1 have six conserved motifs. Using SlKRP1, which belongs to subgroup 1, we have identified the motifs responsible for the localization of the protein and protein-protein interactions. We demonstrate that the pattern 2 is responsible for the interaction with CSN5, a subunit of the signalosome complex, and that the motif 5 is redundant with motif 3 with respect to the sub-cellular localization of the protein. We also show that SlKRP1 is capable of guiding SlCDKA1 and SlCycD3; 1 to the nucleus, even in the absence of CDK / cyclin binding motif previously referenced. This new site of interaction is probably located in the central part of the sequence of SlKRP1. These results provide new clues about the role of the little-known part of this protein. Overexpression of SlKRP1 in tomato mesocarp disrupts the proportionality between endoreduplication and cell size The fruit is a specialized organ which results from the ovary after pollination and fertilization, and provides a suitable environment for seed maturation and dispersal. Because of their importance in human nutrition and economic importance, fleshy fruit species have been the subject of study mainly focused on the developmental formation of the ovary, fruit set and fruit ripening. The stage of fruit growth has been much less studied, although cell division and cell growth taking place during this period are crucial to determining the final size of the fruit, as well as its mass and shape. The development of tomato fruit mesocarp occurs by the estate of a phase of cell division followed by a phase of cell expansion associated with endoreduplication, leading to the formation of giant cells (up to 0.5 mm) with ploidy levels of up to 256C. Although a clear relationship between endoreduplication and cell growth has been shown by many examples in plants, the exact role of endoreduplication has still not been elucidated, since most of the experiments leading to a change in the level of endoreduplication in plants also affected cell division. We studied the kinetics of the development of tomato mesocarp morphologically and cytologically and studied the effect of the reduced level of endoreduplication in the development of the fruit over-expressing the cell cycle inhibitor Kip-Related Protein 1 (SlKRP1) specifically in the growing cells of the tomato mesocarp. We show a direct proportionality between endoreduplication and cell size during normal development of the fruit, which allowed us to build a model for development of mesocarp defining the thickness of the pericarp by taking into account the number of cell divisions and the number of rounds of endoreduplication. Surprisingly, the tomato mesocarps affected in their level of endoreduplication by over-expression of SlKRP1 are not affected in terms of cell size and fruit, or on their metabolic content. Our results demonstrate for the first time that while the level of ploidy is closely linked with cell size and fruit, endoreduplication is not responsible for the cell growth of tomato mesocarp

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Perreau-Morillon, Pauline. "Identification et caractérisation d'une protéine comme inhibiteur général de la transcription réalisée par l’ARN Polymérase III humaine". Thesis, Bordeaux 2, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR21664.

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Doucet, Sandrine. "Etude fonctionnelle de RhoG, une petite GTPase apparentée a Rac et Cdc42. Localisation sub-cellulaire et caractérisation de partenaires et effecteurs". Montpellier 1, 1996. http://www.theses.fr/1996MON1T030.

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Forand, Anne. "Caractérisation de la réponse des cellules germinales mâles néonatales à un stress génotoxique". Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077123.

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La fertilité d'un individu et l'intégrité du génome de sa descendance dépendent, en partie, du nombre et de la qualité des cellules germinales qui se mettent en place durant la vie fœtale et néonatale Nous nous sommes particulièrement intéressés aux gonocytes néonataux murins qui sont les précurseurs des spermatogonies souches. Nous avons étudié in vivo leur réponse à un stress génotoxique (irradiation y), à court et à moyen terme, en la comparant à celle des spermatogonies néonatales. Nous avons montré que les gonocytes sont plus sensibles à l'induction de cassures double brin de l'ADN (CDBs) que les spermatogonies. Après irradiation en phase S de leur cycle cellulaire, les gonocytes s'accumulent en phase G1 alors que les spermatogonies se bloquen préférentiellement en G2/M. Par ailleurs, la réparation des CDBs est plus rapide dans les gonocytes. Même si une dose de 2 Gy n'altère pas la fertilité des animaux irradiés, elle induit une diminution significative de la production spermatique. Ceci suggère une atteinte du pool de cellules souches due à l'apoptose massive des gonocytes après activation de la voie intrinsèque. Nous avons montré que PUMA est un régulateur essentiel de cette voie dans les gonocytes. L'irradiatior à la même dose de spermatogonies induit de la mort cellulaire, cependant des phénomène? compensatoires, probablement liés à la présence de cellules souches plus radio-résistantes, se mettent en place. Ainsi, à l'âge adulte, ni l'histologie testiculaire, ni la production spermatique ne sont altérées chez les animaux irradiés. L'ensemble de ces données suggère qu'il existe, dans le! cellules germinales, des mécanismes particulièrement sensibles permettant de diriger ces cellules vers la mort en réponse à un stress génotoxique, plutôt que de risquer la transmission d< mutations issues d'une mauvaise réparation des lésions de leur ADN
The fertility of an individual and the integrity of the genome of its progeny depend partly on the number and the quality of the germ cells, which are set up during foetal and neonatal life. We were particularly interested in the neonatal gonocytes, which are the precursors of the spermatogonia stem cells. We studied their short and long-term in vivo response to genotoxic stress (y-rays) by comparing it with that of neonatal spermatogonia. We showed that gonocytes are more sensitive to the induction of DMA double strand breaks (DSBs) than spermatogonia. After irradiation in phase S of their cell cycle, gonocytes are blocked in the following G1 phase whereas spermatogonia are blocked preferentially in G2/M. In addition, the repair of DSBs is faster in gonocytes than ir spermatogonia. Even if a dose of 2 Gy does not alter the fertility of the irradiated animals, it induces a significant reduction in sperm counts. This suggests an impairment of the spermatogonial stem pool due to a strong apoptosis of gonocytes after activation of the intrinsic pathway. We showed that PUMA is an essential regulator of this pathway in gonocytes. Irradiatior of spermatogonia with the same dose induces cellular death, however compensatory mechanisms probably related to the presence of more radio-resistant stem cells, are activated. Thus, in the adult, neither the testicular histology, nor the sperm counts were affected. Altogether, these date suggest the existence of particularly sensitive mechanisms in germ cells, permitting to direct these cells towards death in response to genotoxic stress, rather than to risk the transmission o-mutations resulting from DMA lesion misrepair

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Tissot, Catherine. "Clonage et caractérisation de nouveaux gènes modulables par les interférons Alpha et Bêta". Montpellier 2, 1996. http://www.theses.fr/1996MON20041.

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Les interferons (ifns) constituent une famille de proteines secretees responsables de nombreux effets biologiques. Ils possedent une activite antivirale et antitumorale, et affectent le fonctionnement du systeme immunitaire ainsi que la differenciation et la proliferation cellulaire. Il est bien etabli que les ifns exercent cette multiplicite d'activites par la modulation de l'expression de nombreux genes. Par le criblage differentiel d'une banque d'adn complementaires de cellules daudi nous avons isole et caracterise de nouveaux genes dont l'expression est modulee par les ifns alpha et beta. Parmi ces genes, certains codent pour des proteines connues telles que la molecule d'adhesion cd48 mais non identifiees comme modulables par les ifns. D'autres adnc que nous avons appeles staf-50 (pour stimulated trans acting factor of 50 kda) et isg-20 (pour interferon stimulated gene of 20 kda) sont de sequences non repertoriees dans les banques de donnees et codent pour des proteines de fonction inconnue. Nous avons demontre que staf-50 est un nouveau membre de la famille des proteines de type ring-finger qui inhibe l'expression initiee a partir du ltr du virus hiv et dont l'expression est reprimee lors de l'activation lymphocytaire. L'adnc d'isg-20 est de 684 paires de bases avec une phase de lecture codant pour une proteine qui possede de fortes homologies avec la proteine de xenope xpmc-2 impliquee dans la regulation negative du cycle cellulaire. Nous avons demontre que l'expression d'isg-20 dans des cellules eucaryotes ccl39 alterait leur repartition dans le cycle cellulaire et entraine l'apparition de cellules polynuclees. Le travail presente ici concerne le clonage et la caracterisation de ces adnc, de meme que l'etude de leur regulation et de leur fonction

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Ranc, Pierre. "Contribution au développement d'un Moteur à Apport de Chaleur Externe à soufflets métalliques. Étude théorique, conception, réalisation et caractérisation expérimentale". Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2019. http://www.theses.fr/2019UBFCD045.

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Ces travaux concernent l'étude d'un Moteur à Apport de Chaleur Externe (M.A.C.E.) de type Ericsson. Un état de l'art des études théoriques et expérimentales antérieures est présenté. Nous avons développé un modèle numérique basé sur le couplage des équations de la thermodynamique et de la mécanique. La modélisation des écoulements au travers des soupapes et des clapets repose sur l'équation de Barré-de-Saint-Venant. Ce modèle permet de simuler le comportement dynamique du moteur pour une large gamme de fonctionnement. La variation des paramètres de simulation comme le taux de compression, la charge mécanique, la température ou le coefficient polytropique permet d'analyser leur influence sur les performances du moteur. Nous avons construit un banc d'essais de M.A.C.E. à enceintes déformables constitué par des soufflets métalliques. Le compresseur, relié au détendeur par l'intermédiaire d'un bras de levier permet de diminuer l'effort de compression lors de la phase de détente. Ce système autorise également la variation de cylindrée entre les enceintes. Le prototype est instrumenté avec des capteurs de pression, de force, de débit, de déplacement et des microthermocouples afin de mesurer les variations temporelles des signaux au cours des essais. Le moteur a été testé avec une admission d'air comprimé à température ambiante afin de caractériser son fonctionnement. Des réchauffeurs électriques permettent de tester l'influence de la température à l'admission avec une valeur maximale en entrée de 450°C. La quantité de chaleur transmise à la culasse réduit alors la température effective dans l'enceinte à seulement 160°C au mieux. La comparaison des résultats théoriques et expérimentaux présente un très bon accord en termes de dynamique de fonctionnement du moteur (pression, déplacement, volume). Un système de refroidissement de la compression par injection d'eau est ajouté au banc d'essais afin de diminuer l'énergie de compression. La température de compression est alors toujours inférieure au cas sans injection. Enfin, le couplage fluidique des enceintes donne une estimation des pertes de charge de l'ensemble du banc d'essais et des niveaux de température. La technologie étudiée est prometteuse en particulier grâce à la capacité des soufflets à échanger de la chaleur avec le fluide de travail et par l'absence de fuite et de frottement liés à la segmentation
This thesis covers the theoretical and experimental study of the Ericsson Externally Heated Valve Engine (E.H.V.E.).Specifically, it focuses on the development of a dedicated dynamic model in order to predict a wide range of the engine's capabilities.This mathematical model is made up of thermodynamical and mechanical equations. The flow which passes through the compressor valves and expander valves is modelled on the Barré-de-Saint-Venant equation. A parametric analysis of the compressor ratio, mechanical load, temperature or polytropic coefficient is done in order to assess their effects on the engine's kinematics. Furthermore, the conception and the build of a test bench is made. It consists of metal bellows that aim to replace the traditional cylinder and piston. The compressor is linked to the expander from a lever which allows the reduction of the pressure force during the expansion stroke. It also gives the possibility to alter the working volume. Pressure, force, flow and temperature sensors are placed on the engine at strategic points in order to study it. A microthermocouple is used to monitor the temperature signal in the compression and expansion phase. Initially, the engine is tested at ambient temperature to give a point of reference. Electrical heaters are used to increase the expansion temperature starting point above 450°C. It appears that a heat flow in the cylinder head, cools down the warm airflow coming from the heater to 160°C in the best case scenario. The experimental results show a really good agreement with the model, particularly if we consider the engine dynamic in terms of pressure, displacement or volume. A compression cooling system is also added to the test bench in order to reduce energy needs. In all cases, the temperature during the compression is always lower with the injection of water mist. And finally, intake expander pipes and discharge compressor pipes are connected to measure the pressure loose and temperature fluctuations of the airflow between the bellows. The studied technology is promising particularly thanks to the use of bellows that allow a superior exchange of heat, as well as avoiding leaks and friction

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Lachaud, Cédric. "Etude du cycle sismique sur une expérience analogique de zone de faille : caractérisation de la déformation par suivi micro-sismique". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019GREAU002/document.

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Le cycle sismique résulte de la compétition entre des mécanismes de renforcement et d'endommagement. Le temps de récurrence entre les grands séismes fait qu'il est difficile d'observer des cycles complets. L'étude expérimentale des mécanismes de déformation et de nucléation des fractures a permis de mieux contraindre les processus à l'origine des séismes. Le rôle de la cicatrisation sur l'évolution de la résistance d'une faille soumise à une déformation stationnaire à été étudié expérimentalement par Weiss et al (2016). Dans cette expérience, une faille est créée dans une plaque de glace par cisaillement. Les mécanismes de cicatrisation sont obtenus par le regel de l'eau présente dans la zone de déformation. Dans le cadre de cette thèse, ce dispositif expérimental a été étendu pour permettre le suivi micro-sismique de la déformation imposée. Les mécanismes de déformation fragile émettent des ondes élastiques détectables qui se propagent dans le milieu, nous permettant de les caractériser. En raison de la géométrie en plaque du milieu, on observe la propagation d'ondes guidées similaire aux modes de Lamb symétrique et antisymétrique.Les fractures de grandes tailles se distribuent selon une loi de puissance en $10^{-bm}$ similaire à ce qui est observé en sismologie. Cependant, lors des expériences de déformation stationnaires, la valeur de $b$ est large ($b=3$), et bien supérieure à ce qui est observée dans la croûte terrestre ($b=1$). Une valeur de $b$ aussi élevée traduit le fait que la déformation est principalement accommodée de façon asismique ou part des fractures trop petites pour être détectées par notre méthode. Lorsque le rôle de la cicatrisation est renforcée par rapport à l'endommagement, on observe une diminution de la valeur de $b$. Ce changement de distribution est probablement dû à la diminution des hétérogénéités de structure dans la faille et à une augmentation de sa capacité à accumuler une contrainte plus élevée avant la rupture, permettant aux fractures de se propager sur de plus longues distances. Une partie importante de la sismicité correspond à des multiplets qui semblent être des produits passifs de la déformation. Ce comportement est similaire à ce qui est observé pour les essaims de séismes déclenchés par des transitoires de déformation : valeur de $b$ grande, absence de choc principal et peu de déclenchement de répliques. Pour des taux de déformation faibles, on observe une augmentation des chutes de couple avec la magnitude de la forme $Delta Gamma sim M_0 sim 10^{1.2m}$, similaire à ce qui est observé dans la croûte terrestre, $M_0 sim 10^{1.5m}$. Il est donc possible que la relation observée en sismologie s'étende aux petites magnitudes observées ici. Une diminution du couplage sismique est observé avec l'augmentation du taux de glissement $Omega$. Pour finir, pour une fracture de magnitude donnée, on observe une diminution de la chute de couple avec l'augmentation de $Omega$. Ce comportement peut être expliqué par la diminution du couplage sismique et/ou une dépendance du taux de cicatrisation
The deformation observed along a seismic fault can be described as the succession of phases for which the fault accumulate stress imposed by the steady deformation of the surrounding regions, and phases of sudden sliding during which the stress is relaxed: the earthquakes. After the rupture, strengthening mechanisms are required to make possible the new accumulation of elastic stress. Therefore, the seismic cycle results in the steady competition between strengthening and damage. The aim of this study is to explore the role of cohesion-healing on the fault deformation dynamic, as well as to characterize the effect of slip rate on the seismicity. The experimental set-up designed by Weiss et al (2016) has been extended in this study to carry out a micro-seismic monitoring of the deformation. This experiment consists in the shear deformation of a fault created in a thin ice plate overlying a water column. Cohesion-healing mechanisms are achieved through freezing of the water along the fault. The damage mechanisms and the spatial and temporal distribution of the deformation can be characterized thanks to the detectable elastic waves emitted by the fracturing. Because of the plate geometry and underlying water column, we observed guided waves similar to the Lambs symmetric and antisymmetric modes.The largest fractures distribute according to a power law of the form $10^{-bm}$ that is similar to the one observed in seismology. At a constant sliding rate, we observe a large $b$ value, $simeq 3$, which is much larger than the value observed in the Earth's crust ($b=1$). This large $b$ value indicates that the deformation is mainly accommodated aseismically or by small, undetected, fractures. During Slide-Hold-Slide experiment that corresponds to a case for which the cohesion-healing is enhanced compared to the damage, we observe a decrease in the $b$-value likely due to a decrease in fault heterogeneity and an increase of the fault ability to store more elastic stress before the rupture, allowing the fractures to grow larger. An important part of the fractures are multiplets, swarms of fractures, which seem to be passive by-products of the imposed deformation. This behaviour is similar to the one observed for swarm seismicity triggered by slip transient: high $b$-value, no identified mainshock, and very little triggering. For small driving rate $Omega$, we observe an increase in torque drop amplitude with magnitude, $Delta Gamma sim M_0 sim 10^{1.2m}$, similar to the relation observed in seismology, $M_0 sim 10^{1.5m}$. Thus, the latter could be extended to small magnitudes observed in this study. A decrease of the seismic coupling is observed through the decrease in the number of fractures per unit of slip, and because in average a fracture behaves similarly at the different $Omega$ tested. Finally, for a given magnitude interval, we observe a decrease in torque drop amplitude with the increase in $Omega$. This could be explained by the observed decrease in seismic coupling or by a decrease in strengthening rate with $Omega$ that is not observed

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Varela, Chavez Carolina. "Caractérisation fonctionnelle d’une cyclomoduline pro-apoptotique nommée Cif (Cycle Inhibiting Factor) chez les bactéries entomopathogènes du genre Photorhabdus". Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20183.

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Pontier, Garance. "Caractérisation fonctionnelle de TCTP et CSN4 dans la régulation de la progression du cycle cellulaire et de la croissance mitotique chez Arabidopsis thaliana". Thesis, Lyon, 2020. http://www.theses.fr/2020LYSEN065.

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Resumo:

Chez les plantes comme chez les animaux, la taille des organes est une caractéristique cruciale dépendant de différents processus que sont la prolifération, la croissance, la différentiation et la mort cellulaires. Ces processus sont très précisément contrôlés et beaucoup de leurs régulateurs clefs sont fortement conservés chez les eucaryotes. Parmi eux, TRANSLATIONNALLY CONTROLLED TUMOR PROTEIN (TCTP), une protéine régulée lors de sa traduction, est connue pour jouer un rôle essentiel dans le développement des organes. Ma thèse vise à préciser la voie d'action de TCTP sur la progression du cycle cellulaire chez Arabidopsis thaliana. CSN4, une sous-unité du complexe CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENESIS 9 SIGNALOSOME (CSN), a été identifiée comme interacteur de TCTP. Le complexe CSN régule l'activité, l'assemblage et la stabilité des complexes CULLIN-RING UBIQUITIN LIGASES (CRL), une classe majeure d'E3-ubiquitine ligases. Les CRL sont donc impliqués dans la dégradation par la voie Ubiquitine/protéasome de nombreux substrats dont des régulateurs clefs du cycle cellulaire. J'ai tout d'abord caractérisé l'interaction physique entre AtTCTP et AtCSN4 et montré que celle-ci se fait en dehors du complexe CSN. J'ai ensuite caractérisé l'existence, chez les mutants csn4, d'un délai embryonnaire semblable, bien que nettement moins important, à celui observé chez les mutants tctp. Enfin, j'ai mis en évidence que des défauts d'expression de régulateurs clefs du cycle cellulaire : uniquement chez des régulateurs de la transition G1/S (CYCD7;1 et KRP6) pour les mutants tctp et beaucoup plus variés chez les mutants csn4. J'ai également mené une étude protéomique globale montrant un enrichissement de protéines impliquées notamment dans la traduction à la fois parmi celles surexprimées chez tctp et celles sous-exprimées chez csn4. Les travaux durant ma thèse apportent de nouvelles connaissances sur les mécanismes par lesquels TCTP régule la transition G1/S du cycle cellulaire en association avec CSN4 et ouvrent sur de nouvelles questions et perspectives notamment sur l'implication de régulateurs clefs du cycle comme CYCD7;1 et KRP6 ou le lien avec la régulation de la traduction des protéines
In plants as in animals, organ size is a crucial characteristic achieved by cell proliferation, growth, differentiation and death Those processes are precisely monitored and many of their key regulators are conserved in all eukaryotes. Among them, TRANSLATIONNALY CONSERVED TUMOR PROTEIN (TCTP) is known to play an essential role in organ development. My thesis aims at specifying the pathway leading TCTP to control cell cycle progression in Arabidopsis thaliana. CSN4, a sub-unit of the CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENESIS 9 SIGNALOSOME (CSN) , was identified as a TCTP interactor. CSN regulates the activity, the assembling and the stability of CULLIN-RING UBIQUITIN LIGASES (CRLs), a major class of E3-ubiquitine ligases. Hence, CRLs are implicated in protein degradation through the ubiquitin/proteasome system and more notably in the degradation of key cell cycle regulators. Firstly, I characterized the physical interaction between TCTP and CSN4. I demonstrated that this interaction takes place outside of the CSN holocomplex. Then, I showed that csn4 mutants are delayed during embryogenesis in similar way to tctp mutants, even if the delay remains less important. Finally, I highlighted defaults in the expression levels of several key cell cycle regulators in those mutants. The defects are limited to regulators of the G1/S transition in tctp mutants whereas they are much more diverse in csn4 mutants. I also led a global proteomic study showing an enrichment in proteins linked to translation in both proteins upregulated in tctp mutants and down-regulated in csn4 mutants. My PhD work enriches the current level of knowledge on how TCTP regulates the cell cycle's G1/S transition in association with CSN4 . It opens new questions and perspectives on the implication of key cell cycle regulators such as CYCD6;1, CYCD7;1 and KRP6 and on the link between this pathway and the regulation of protein translation

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Teses / dissertações sobre o tema "Caractérisation du cycle circadien"

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