Gotowa bibliografia na temat „Transfert de connaissances trans-lingue”

La composition en Acides Gras (AG) du lait et de la viande est une composante importante de leur qualité nutritionnelle pour l’Homme, qui est fortement modulable à court terme par l’alimentation des animaux d’élevage. Cet article résume les grands axes de recherche et les principaux résultats obtenus à l’INRA sur ce sujet au cours des 10 dernières années. Chez le porc, le poulet et le lapin, les recherches ont principalement porté sur le transfert des AG polyinsaturés, en particulier le 18:3 n-3 du lin, de l’aliment à la viande (muscle et tissu adipeux) et ses conséquences sur la qualité des carcasses. Chez les ruminants, on a étudié les effets des principaux types de fourrages (herbe pâturée, foins, ensilages d’herbe ou de maïs) et de concentrés (céréales, oléagineux), et leurs interactions, sur les AG du lait et de la viande bovine, notamment les AG saturés et insaturés (oléique, trans, conjugués et 18:3 n-3). Des différences marquées existent entre les réponses des AG du lait de la vache et de la chèvre laitière. Des études en cours évaluent les éventuels effets secondaires des pratiques alimentaires sur la qualité sensorielle des produits et la santé des animaux, et sur une possible utilisation du profil en AG pour tracer l’origine des produits. Les études futures devront aussi intégrer l’avancée attendue des connaissances en nutrition humaine sur les effets potentiels des différents AG majeurs et mineurs des produits animaux standards ou enrichis.

Dossier "PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait Avant-propos Le lait est un produit animal complexe à l’origine de multiples valorisations en alimentation humaine : laits de consommation incluant les laits infantiles, fromages, beurres, crèmes, yaourts, desserts et boissons lactées, ingrédient dans une grande diversité de pâtisseries et de plats cuisinés, etc. Il s’agit donc d’un pilier de l’alimentation humaine y compris à l’âge adulte et ce depuis des milliers d’années. Toutefois, les demandes des consommateurs et de la société ont évolué rapidement ces dernières années et les exigences en matière de qualité des produits se sont complexifiées (Le Bihan-Duval et al 2014). Tout d’abord du point de vue du consommateur, en particulier occidental, l’alimentation doit désormais répondre à une diversité d’attentes. A la demande en « quantité » d’après-guerre, se sont en particulier ajoutées des exigences sanitaires, des exigences organoleptiques, de traçabilité du produit, des exigences nutritionnelles, et après une période « nutrition - santé » (Cniel 2011), une exigence croissante de « naturalité ». De plus, du point de vue du citoyen, la qualité intègre l’environnement, le bien-être animal, les conditions de production. Une partie des consommateurs a d’ailleurs évolué vers une stratégie d’achat « responsable » (Cniel 2011). Simultanément, le lait, bien que bénéficiant d’une image traditionnellement et majoritairement favorable à plusieurs titres, est confronté ces dernières années à des remises en causes parfois virulentes (allergies, intolérances, rejet des matières grasses saturées et trans…) qui s’installent probablement durablement dans les rapports des consommateurs avec le lait (Cniel 2011). Malgré ce contexte exigeant et changeant, jusqu’à aujourd’hui, au-delà des quantités totales en matières grasses et protéiques, peu de dispositifs sont disponibles et mis en œuvre pour suivre, qualifier, voire piloter la composition fine du lait « en sortie de ferme ». Le lait a suivi, avec le développement du secteur laitier, un processus de standardisation conformément au principe du « lait apte à toute transformation », devenant une matière première à laquelle l’application de procédés de fabrication variés donne de la valeur. Ce constat est à moduler pour les filières AOP fromagères. La composition fine du lait, en particulier la variabilité des profils en acides gras et en protéines, n’est pas ou peu valorisée, ni au niveau de la production, ni au niveau de la transformation. Dans le contexte actuel, traiter le lait de manière indifférenciée peut être contre-productif, en particulier si l’on reconsidère la richesse intrinsèque de la matière première « lait » et le fait que la composition du produit final reflète largement la composition du lait d’origine (Lucas et al 2006). Le lait « en sortie de ferme » se situe à la charnière entre l’amont et l’aval des filières laitières et, à ce titre, est idéalement placé pour être une source importante de compétitivité et d’adaptabilité des filières laitières dans leur globalité. Le sujet de la composition fine du lait a bien entendu fait l’objet de travaux bien avant que le programme PhénoFinlait ne soit imaginé et mis en œuvre. Ainsi, les liens entre alimentation et profil en acides gras (Chilliard et al 2007, Couvreur et al 2007, Hurtaud et al 2007) ou encore les variants génétiques des lactoprotéines majeures (Grosclaude et al 1987, Grosclaude 1988) ont été étudiés généralement à partir de dispositifs expérimentaux. Ces connaissances ont servi de point de départ et d’assurance sur la faisabilité et l’intérêt d’engager un programme à grande échelle. L’ambition de PhénoFinlait était alors de transposer ces connaissances et hypothèses en élevages privés avec une grande diversité de systèmes d’alimentation et de coupler cela à une analyse conjointe du déterminisme génétique afin d’apporter aux éleveurs et à leurs filières des outils et des réponses globales. De nombreuses nouvelles références étaient bien évidemment à établir, mais l’un des enjeux majeurs portait et porte toujours sur les possibilités de transfert aux filières. Les développements à la fois de la spectrométrie dans l’infra-rouge et de la sélection génomique ont ouvert de nouvelles portes en matière d’accès à la composition fine du lait à coûts réduits et d’analyses de ses déterminants génétiques.Les travaux pionniers de la Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Soyeurt et al 2006) ont ainsi ouvert la voie à l’estimation de nombreux composants fins du lait à partir d’une exploitation plus fine des données d’absorbance de la lumière dans le Moyen Infra-Rouge (MIR) principalement. Le principe est simple : la spectrométrie MIR, utilisée pour estimer les taux de matière grasse et protéique en routine dans les laboratoires d’analyse du lait, peut aussi être utilisée pour quantifier individuellement certains composants fins. Des modèles de prédiction sont développés à partir d’un jeu d’échantillons caractérisés à la fois à l’aide d’une méthode d’ancrage et par un spectre MIR. Ces modèles sont ensuite appliqués aux données spectrales telles que celles produites dans le cadre des analyses laitières habituelles de paiement du lait à la qualité et de contrôle laitier. Plusieurs dizaines d’acides gras et protéines peuvent ainsi être estimés avec une précision satisfaisante et à un coût additionnel modeste par rapport aux analyses déjà réalisées en routine. Parallèlement, les avancées dans le domaine de la génomique permettent d’analyser et d’exploiter plus rapidement et plus finement le déterminisme génétique des caractères. Là encore, le principe est relativement simple : deséquations d’estimation du potentiel génétique des animaux pour les différents caractères sont établies à partir d’une population de référence (animaux génotypés et caractérisés d’un point de vue phénotypique). Cette population peut être de taille beaucoup plus restreinte que celle nécessaire pour mettre en œuvre une évaluation génétique « classique ». Par ailleurs, les équations produites permettent de déterminer le potentiel génétique d’un animal sans pour autant qu’il dispose lui-même (ou ses descendants) de phénotype mesuré (Robert-Granié et al 2011). L’un des enjeux en sélection est alors de concevoir et de mettre en œuvre des programmes de caractérisation phénotypique de populations de référence, ce que l’on a appelé des programmes de « phénotypage » à plus ou moins grande échelle. Le programme PhénoFinlait est l’un des premiers grands programmes de phénotypage à haut débit (Hocquette et al 2011) avec ses caractéristiques : phénotypage fin sur la composition du lait, dans des systèmes d’élevage caractérisés, en particulier, par l’alimentation, préalable à un génotypage à haut débit des animaux suivis. Face à ces enjeux pour la filière laitière et ces nouvelles potentialités techniques et scientifiques, les filières laitières bovine, caprine et ovine, les acteurs de l’élevage (conseil en élevage et laboratoires d’analyse du lait) et de la génétique (entreprises de sélection et de mise en place d’insémination), les instituts de recherche et de développement (Inra, Institut de l’Elevage, Actalia) et APIS-GENE ont décidé de se constituer en consortium afin d’unifier leurs efforts et de partager leurs compétences et réseaux. Le consortium, avec le soutien financier d’APIS-GENE, de l’ANR, du Cniel, du Ministère de l’Agriculture (fond dédié CASDAR et Action Innovante), de France AgriMer, de France Génétique Elevage, du fond IBiSA et de l’Union Européenne, a initié début 2008 un programme pour :- analyser la composition fine du lait en acides gras et en protéines par des méthodes de routine et des méthodes d’ancrage ultra-résolutives (protéines) ;- appliquer ces méthodes à grande échelle sur une diversité de systèmes et de races représentatives de la diversité de la ferme France afin d’identifier des facteurs influençant la composition fine du lait ;- optimiser la valorisation des ressources alimentaires et génétiques par le conseil en élevage ;- initier une sélection génomique. Au-delà de ces objectifs, le programme PhénoFinlait a été envisagé comme un investissement majeur et collectif pour les filières laitières françaises afin de leur permettre de conserver ou de développer des avantages compétitifs par la possibilité de mieux valoriser la composition fine et demain ultrafine (grâce à des méthodes plus fines encore que la spectrométrie MIR) du lait. Les bases de données et d’échantillons ont ainsi vocation à être exploitées et ré-exploitées pendant plusieurs années au fur et à mesure des demandes des filières et de l’avancée des connaissances et des technologies d’analyse du lait. D’autres pays se mobilisent également sur cette problématique : Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Danemark et Suède, Italie, Belgique, etc. Ce dossier de la revue Inra Productions Animales fait état des principales productions issues à ce jour du programme PhénoFinlait. Il n’a pas vocation à couvrir exhaustivement les résultats produits. En particulier, nous ne présenterons pas systématiquement l’ensemble des résultats pour l’ensemble des espèces, races et composants. Néanmoins, nous nous sommes attachés à présenter à travers trois articles de synthèse et un article conclusif les principales avancées permises par ce programme à partir d’exemples pris dans les différentes filières. Gelé et al, débutent ce dossier par une présentation du programme dans ses différents volets, depuis la détermination des élevages et animaux à suivre jusqu’à la collecte et la conservation d’échantillons (de lait et de sang), en passant par l’enregistrement en routine des spectres MIR, des conditions d’alimentation, le prélèvement d’échantillons de sang puis, plus tard, le génotypage sur des puces pangénomiques. Cet article développe plus particulièrement la méthodologie mise en place pour déterminer la composition du lait en acides gras etprotéines à partir de spectres MIR. Enfin, il dresse un bilan des données collectées, permettant d’actualiser les références sur la caractérisation des troupeaux, des femelles laitières, des régimes alimentaires, et du profil des laits produits dans les trois filières laitières françaises. Legarto et al, présentent ensuite les résultats relatifs à l’influence des facteurs physiologiques (stade de lactation...), alimentaires (à travers des typologies de systèmes d’alimentation), raciaux et saisonniers, sur les profilsen acides gras. Ces résultats mettent en évidence de nombreuses sources de variation de la composition du lait qui pourront être exploitées à différentes échelles : animal, troupeau et bassin de collecte. Enfin, Boichard et al, présentent une synthèse de l’analyse du déterminisme génétique des acides gras d’une part et des protéines d’autre part. Cette synthèse aborde les estimations de paramètres génétiques tels que l’héritabilité et les corrélations génétiques entre caractères de composition fine entre eux, et avec les caractères de production. Ces résultats permettent en particulier de définir les potentialités de sélection ainsi que les liaisons génétiques à considérer. Ces analyses ont aussi permis de mesurer l’importance du choix de l’unité d’expression des teneurs (en pourcentage de la matière grasse ou protéique, ou en pourcentage dans le lait). Dans une dernière partie, cet article présente les analyses de détection de QTL avec une analyse des co-localisations entre races, entre composants et avec des gènes majeurs connus. RéférencesBoichard D., Govignon-Gion A., Larroque H., Maroteau C., Palhière I., Tosser-Klopp G., Rupp R., Sanchez M.P., Brochard M., 2014. Déterminisme génétique de la composition en acides gras et protéines du lait des ruminants. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 283-298. Chilliard Y., Glasser F., Ferlay A., Bernard L., Rouel J., Doreau M., 2007. Diet, rumen biohydrogenation, cow and goat milk fat nutritional quality: a review. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 109, 828-855. Cniel, 2011. Lait, produits laitiers et société : France 2025 – Prospective collective. Note de synthèse sur les évolutions probables, juillet 2011. Couvreur S., Hurtaud C., Marnet P.G., Faverdin P., Peyraud J.L., 2007. Composition of milk fat from cows selected for milk fat globule size and offered either fresh pasture or a corn silage-based diet. J. Dairy Sci., 90, 392-403. Gelé M., Minery S., Astruc J.M., Brunschwig P., Ferrand M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarto J., Martin P., Miranda G., Palhière I., Trossat P., Brochard M., 2014. Phénotypage et génotypage à grande échelle de la composition fine des laits dans les filières bovine, ovine et caprine. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 255-268. Grosclaude F., Mahé M.F., Brignon G., Di Stasio L., Jeunet R., 1987. A Mendelian polymorphism underlying quantitative variations of goat αS1-casein. Génét. Sel. Evol., 19, 399-412. Grosclaude F., 1988. Le polymorphisme génétique des principales lactoprotéines bovines. Relations avec la quantité, la composition et les aptitudes fromagères du lait. INRA Prod. Anim., 1, 5-17. Hocquette J.F., Capel C., David V., Guemene D., Bidanel J., Barbezant M., Gastinel P.L., Le Bail P.Y., Monget P., Mormede P., Peyraud J.L., Ponsart C., Guillou F., 2011. Les objectifs et les applications d’un réseau organisé de phénotypage pour les animaux d’élevage. Renc. Rech. Rum., 18, 327-334. Hurtaud C., Peyraud J.L., 2007. Effects of feeding camelina (seeds or meal) on milk fatty acid composition and butter spreadability. J. Dairy Sci., 90, 5134-5145. Le Bihan-Duval E., Talon R., Brochard M., Gautron J., Lefevre F., Larzul C., Baeza E., Hocquette J.F., 2014. Le phénotypage de la qualité des produits : enjeux de société, scientifiques et techniques. In : Phénotypage des animaux d’élevage. Phocas F. (Ed). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 223-234. Legarto L., Gelé M., Ferlay A., Hurtaud C., Lagriffoul G., Palhière I., Peyraud J.L., Rouillé B., Brunschwig P., 2014. Effets des conduites d’élevage sur la composition en acides gras du lait de vache, chèvre et brebis évaluéepar spectrométrie au moyen infrarouge. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds).Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 269-282. Lucas A., Rock E., Chamba J.F., Verdier-Metz I., Brachet P., Coulon J.B., 2006. Respective effects of milk composition and the cheese-making process on cheese compositional variability in components of nutritionalinterest. Lait, 86, 21-41. Robert-Granié C., Legarra A., Ducrocq V., 2011. Principes de base de la sélection génomique. In : Numéro spécial, Amélioration génétique. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M. (Eds). INRA Prod. Anim., 24, 331-340. Soyeurt H., Dardenne P., Dehareng F., Lognay G., Veselko G., Marlier M., Bertozzi C., Mayeres P., Gengler N., 2006. Estimating fatty acid content in cow milk using mid-infrared spectrometry. J. Dairy Sci., 89, 3690-3695.

Quoiqu’entré dans le langage courant, le terme de “biotechnologies” a gardé une signification quelque peu imprécise. Au sens large, les biotechnologies peuvent être définies comme un ensemble de techniques et de connaissances permettant d’exploiter les propriétés du vivant à des fins d’application. Sous cette acception, les biotechnologies sont aussi vieilles que nos civilisations puisque l’homme s’est servi très tôt - bien sûr sans le savoir - de micro-organismes pour fabriquer des aliments tels le pain, le fromage et des boissons fermentées. Mais ce sont les avancées spectaculaires de la biologie moderne, notamment celles de la biologie moléculaire, qui élargissent presque à l’infini le champ d’application potentiel des biotechnologies. C’est le cas, entre autres, des applications possibles à l’élevage des progrès de la biologie animale. Le présent ouvrage regroupe, sur les biotechnologies animales, huit contributions qui représentent un spectre très large d’applications : produits issus de procédés biotechnologiques (vaccins, hormone), techniques de reproduction, aide à l’ amélioration génétique, transgenèse et nouveaux outils d’analyse de mécanismes biologiques. Prenant le contre-pied d’une certaine partie de la littérature antérieure sur le sujet, qui se présente comme une sorte d’hymne un peu naïf à la modernité, ces textes sont inspirés par le souci de replacer les biotechnologies dans leur contexte d’application réel, qu’il soit actuel ou potentiel, en essayant de dégager les perspectives et les limites de leur utilisation, tant du point de vue économique que de celui de l’acceptabilité par le citoyen. Dans cette optique, il est intéressant de rapprocher certaines des contributions présentées. Le premier rapprochement suggéré est celui des contributions traitant de l’utilisation de produits issus des biotechnologies, les vaccins et l’hormone de croissance recombinante. Dans le cas de la fabrication des vaccins, les progrès de la biologie moléculaire, associés à ceux des connaissances sur les agents pathogènes et le déterminisme de leur virulence, ont ouvert une série de voies nouvelles (vaccins recombinants, vecteurs inertes ou subunitaires). Toutefois, comme le remarque M. Eloit, ces produits ne sont pas encore entrés en force sur le marché pour des raisons d’ordre pratique et économique. En effet, les vaccins “de nouvelle génération” ne sont pas forcément à ce stade plus intéressants que les vaccins conventionnels existants, et ne sont pas nécessairement plus faciles à produire quand ces derniers n’ont pas pu l’être. On a donc ici le cas d’applications très attendues, ne posant pas de problème majeur d’acceptabilité par le public, mais qui n’ont pas encore débouché autant qu’on pouvait l’espérer. Bien entendu, il reste encore une marge de progrès considérable, et la vaccinologie moderne ne peut qu’aboutir, à l’avenir, à des obtentions significatives. A l’opposé, la production industrielle d’hormone de croissance recombinante est bien maîtrisée. Par ailleurs, une somme importante de connaissances, synthétisées par Y. Chilliard et coll., a été accumulée sur les effets zootechniques de cette hormone -positifs- ainsi que sur son mode d’action et sur les conséquences prévisibles de son utilisation au niveau des élevages et de la filière. Mais on sait que l’utilisation de cette hormone recombinante est interdite en Europe pour des raisons socio-économiques : il s’agit du refus de voir encore accélérer le processus de concentration des élevages avec ses conséquences sur la déprise de certaines zones agricoles, ainsi que de la crainte d’une dégradation de l’image des produits laitiers. On a donc ici le cas, inverse du précédent, d’un outil techniquement au point mais dont l’utilisation, pourtant fortement voulue par les lobbies industriels intéressés, se heurte à des oppositions inspirées par le souci de l’intérêt général. Le second groupe d’articles qu’il est intéressant de rapprocher est celui des biotechnologies de la reproduction : insémination artificielle, cryoconservation des gamètes, transplantation embryonnaire, sexage des embryons, fécondation in vitro et clonage embryonnaire. Il s’agit des contributions de J. Mallard et J.-C. Mocquot, J.-J. Colleau et coll., et G. Maisse et coll. L’insémination artificielle, et notamment son application aux bovins laitiers, est l’exemple par excellence d’une technologie de la reproduction ayant connu un plein succès. Comme le notent J. Mallard et J.-C. Mocquot, on dispose dans ce cas du recul nécessaire pour analyser tous les effets de l’utilisation de cette technologie, bien au point chez les bovins, qui sont considérables. Associée à la congélation du sperme, l’insémination artificielle a surtout permis le testage des mâles puis l’utilisation préférentielle des sujets améliorateurs ainsi repérés. Or, même si le terme de “testage” n’existait pas encore, l’idée d’une pratique consistant à observer la descendance des taureaux pour pouvoir ensuite en utiliser les meilleurs préexistait, avant sa réalisation effective, chez les plus clairvoyants des éleveurs et des cadres de l’élevage. On a, sur ce point, des témoignages datant de plus de 75 ans. Il est donc fondamental de prendre conscience du fait que la technologie de l’insémination artificielle associée à la congélation du sperme est venue répondre à un besoin latent très fort, ce en quoi elle représente un cas de figure très particulier. La situation n’est pas tout à fait comparable pour les autres biotechnologies de la reproduction - transplantation embryonnaire, sexage des embryons, clonage embryonnaire - qui répondent certes à des besoins, mais à des besoins beaucoup moins caractérisés et plus réduits que le précédent. L’article de J.-J. Colleau et coll. permet de préciser les limites techniques et économiques de l’utilisation de ces nouveaux outils de la reproduction, ainsi que leurs perpectives d’application dans les programmes d’amélioration génétique, c’est-à-dire dans le cadre d’une démarche d’intérêt collectif. Curieusement, la cryoconservation des gamètes, routinière dans certaines espèces, est loin d’être au point dans d’autres, alors qu’elle pourrait rendre de grands services dans le cadre de la sélection et dans celui de la préservation des ressources génétiques. La contribution de G. Maisse et coll. fait le point des travaux qui se poursuivent chez les poissons, où de nombreuses difficultés restent à résoudre. Au début des années 80, période pendant laquelle, selon la formule de J. Mallard et J.-C. Mocquot, le terme de biotechnologies était “majoritairement décliné au futur”, la transgenèse a été volontiers présentée comme le substitut moderne aux méthodes de la génétique quantitative utilisées pour l’amélio ration génétique des espèces d’élevage. La lecture des contributions de D. Boichard et coll. sur l’utilisation des marqueurs moléculaires en génétique animale et de L.M. Houdebine sur la transgenèse animale confirme à quel point ces prévisions étaient naïves. A l’heure actuelle, deux constats principaux doivent être faits. Tout d’abord, la transgenèse appliquée à la création de souches des grandes espèces animales est encore balbutiante, surtout par manque de techniques vérita blement opérationnelles. En second lieu, les travaux d’analyse des génomes animaux qui, eux, progressent très vite, doivent permettre, dans un avenir proche, de détecter les principales régions chromosomiques impliquées dans le déterminisme des caractères économiques et d’intégrer cette masse d’informations nouvelles dans le processus de sélection. Il s’agira du début d’une nouvelle phase décisive de l’histoire de la génétique appliquée aux espèces d’élevage. Les progrès auront donc été beaucoup plus significatifs que pour la trans genèse. A l’avenir, celle-ci devrait bénéficier des résultats de ces travaux d’analyse du génome, ne serait-ce que pour identifier des gènes dont le transfert ou la mutation pourrait s’avérer judicieux. Il restera quand même à prendre en compte, dans le contexte futur encore incertain, les limites de l’acceptabilité par le public des obtentions transgéniques. Last but not least, il ne faut pas oublier que les nouvelles biotechnologies sont à leur tour des outils très puissants d’analyse des mécanismes du vivant. La contribution de T. Pineau donne l’exemple des avancées en cours dans les domaines de la pharmacologie et de la toxicologie. En définitive le bilan qui peut être fait aujourd’hui des avancées des biotechnologies animales peut paraître contra sté, surtout si on se réfère aux prévisions faites il y a une quinzaine d’années par les bateleurs de la Science. De nos jours, l’affichage des perspectives d’application des biotechnologies reste parfois contaminé par la nécessité devant laquelle se trouvent les équipes, engagées dans la chasse aux crédits, de justifier leurs travaux par la promesse de retombées concrètes. Toutefois, la lecture du présent document montre que, dans certains domaines, les choses ont déjà beaucoup avancé. Par ailleurs, les perspectives de progrès de la biologie animale sont encore considérables, tout comme les perspectives d’application des biotechnologies qui en décou leront. Mais beaucoup d’inattendu étant devant nous, on se gardera ici d’être plus précis dans les prédictions !

Les travaux décrits dans cette thèse portent sur la détection et l'extraction trans- et multilingue des effets indésirables des médicaments dans des textes biomédicaux rédigés par des non-spécialistes. Dans un premier temps, je décris la création d'un nouveau corpus trilingue (allemand, français, japonais), centré sur l'allemand et le français, ainsi que le développement de directives, applicables à toutes les langues, pour l'annotation de contenus textuels produits par des utilisateurs de médias sociaux. Enfin, je décris le processus d'annotation et fournis un aperçu du jeu de données obtenu. Dans un second temps, j'aborde la question de la confidentialité en matière d'utilisation de données de santé à caractère personnel. Enfin, je présente un prototype d'étude sur la façon dont les utilisateurs réagissent lorsqu'ils sont directement interrogés sur leurs expériences en matière d'effets indésirables liés à la prise de médicaments. L'étude révèle que la plupart des utilisateurs ne voient pas d'inconvénient à décrire leurs expériences quand demandé, mais que la collecte de données pourrait souffrir de la présence d'un trop grand nombre de questions. Dans un troisième temps, j'analyse les résultats d'une potentielle seconde méthode de collecte de données sur les médias sociaux, à savoir la génération automatique de pseudo-tweets basés sur des messages Twitter réels. Dans cette analyse, je me concentre sur les défis que cette approche induit. Je conclus que de nombreuses erreurs de traduction subsistent, à la fois au niveau du sens du texte et des annotations. Je résume les leçons apprises et je présente des mesures potentielles pour améliorer les résultats. Dans un quatrième temps, je présente des résultats expérimentaux de classification translingue de documents, en anglais et en allemand, en ce qui concerne les effets indésirables des médicaments. Pour ce faire, j'ajuste les modèles de classification sur différentes configurations de jeux de données, d'abord sur des documents anglais, puis sur des documents allemands. Je constate que l'incorporation de données d'entraînement anglaises aide à la classification de documents pertinents en allemand, mais qu'elle n'est pas suffisante pour atténuer efficacement le déséquilibre naturel des classes des documents. Néanmoins, les modèles développés semblent prometteurs et pourraient être particulièrement utiles pour collecter davantage de textes, afin d'étendre le corpus actuel et d'améliorer la détection de documents pertinents pour d'autres langues. Dans un cinquième temps, je décris ma participation à la campagne d'évaluation n2c2 2022 de détection des médicaments qui est ensuite étendue de l'anglais à l'allemand, au français et à l'espagnol, utilisant des ensembles de données de différents sous-domaines. Je montre que le transfert trans- et multilingue fonctionne bien, mais qu'il dépend aussi fortement des types d'annotation et des définitions. Ensuite, je réutilise les modèles mentionnés précédemment pour mettre en évidence quelques résultats préliminaires sur le corpus présenté. J'observe que la détection des médicaments donne des résultats prometteurs, surtout si l'on considère que les modèles ont été ajustés sur des données d'un autre sous-domaine et appliqués sans réentraînement aux nouvelles données. En ce qui concerne la détection d'autres expressions médicales, je constate que la performance des modèles dépend fortement du type d'entité et je propose des moyens de gérer ce problème. Enfin, les travaux présentés sont résumés, et des perspectives sont discutées
The work described in this thesis deals with the cross- and multi-lingual detection and extraction of adverse drug reactions in biomedical texts written by laypeople. This includes the design and creation of a multi-lingual corpus, exploring ways to collect data without harming users' privacy and investigating whether cross-lingual data can mitigate class imbalance in document classification. It further addresses the question of whether zero- and cross-lingual learning can be successful in medical entity detection across languages. I describe the creation of a new tri-lingual corpus (German, French, Japanese) focusing on German and French, including the development of annotation guidelines applicable to any language and oriented towards user-generated texts. I further describe the annotation process and give an overview of the resulting dataset. The data is provided with annotations on four levels: document-level, for describing if a text contains ADRs or not; entity level for capturing relevant expressions; attribute level to further specify these expressions; The last level annotates relations to extract information on how the aforementioned entities interact. I then discuss the topic of user privacy in data about health-related issues and the question of how to collect such data for research purposes without harming the person's privacy. I provide a prototype study of how users react when they are directly asked about their experiences with ADRs. The study reveals that most people do not mind describing their experiences if asked, but that data collection might suffer from too many questions in the questionnaire. Next, I analyze the results of a potential second way of collecting social media data: the synthetic generation of pseudo-tweets based on real Twitter messages. In the analysis, I focus on the challenges this approach entails and find, despite some preliminary cleaning, that there are still problems to be found in the translations, both with respect to the meaning of the text and the annotated labels. I, therefore, give anecdotal examples of what can go wrong during automatic translation, summarize the lessons learned, and present potential steps for improvements. Subsequently, I present experimental results for cross-lingual document classification with respect to ADRs in English and German. For this, I fine-tuned classification models on different dataset configurations first on English and then on German documents, complicated by the strong label imbalance of either language's dataset. I find that incorporating English training data helps in the classification of relevant documents in German, but that it is not enough to mitigate the natural imbalance of document labels efficiently. Nevertheless, the developed models seem promising and might be particularly useful for collecting more texts describing experiences about side effects to extend the current corpus and improve the detection of relevant documents for other languages. Next, I describe my participation in the n2c2 2022 shared task of medication detection which is then extended from English to German, French and Spanish using datasets from different sub-domains based on different annotation guidelines. I show that the multi- and cross-lingual transfer works well but also strongly depends on the annotation types and definitions. After that, I re-use the discussed models to show some preliminary results on the presented corpus, first only on medication detection and then across all the annotated entity types. I find that medication detection shows promising results, especially considering that the models were fine-tuned on data from another sub-domain and applied in a zero-shot fashion to the new data. Regarding the detection of other medical expressions, I find that the performance of the models strongly depends on the entity type and propose ways to handle this. Lastly, the presented work is summarized and future steps are discussed
Die in dieser Dissertation beschriebene Arbeit befasst sich mit der mehrsprachigen Erkennung und Extraktion von unerwünschten Arzneimittelwirkungen in biomedizinischen Texten, die von Laien verfasst wurden. Ich beschreibe die Erstellung eines neuen dreisprachigen Korpus (Deutsch, Französisch, Japanisch) mit Schwerpunkt auf Deutsch und Französisch, einschließlich der Entwicklung von Annotationsrichtlinien, die für alle Sprachen gelten und sich an nutzergenerierten Texten orientieren. Weiterhin dokumentiere ich den Annotationsprozess und gebe einen Überblick über den resultierenden Datensatz. Anschließend gehe ich auf den Schutz der Privatsphäre der Nutzer in Bezug auf Daten über Gesundheitsprobleme ein. Ich präsentiere einen Prototyp zu einer Studie darüber, wie Nutzer reagieren, wenn sie direkt nach ihren Erfahrungen mit Nebenwirkungen befragt werden. Die Studie zeigt, dass die meisten Menschen nichts dagegen haben, ihre Erfahrungen zu schildern, wenn sie um Erlaubnis gefragt werden. Allerdings kann die Datenerhebung darunter leiden, dass der Fragebogen zu viele Fragen enthält. Als nächstes analysiere ich die Ergebnisse einer zweiten potenziellen Methode zur Datenerhebung in sozialen Medien, der synthetischen Generierung von Pseudo-Tweets, die auf echten Twitter-Nachrichten basieren. In der Analyse konzentriere ich mich auf die Herausforderungen, die dieser Ansatz mit sich bringt, und zeige, dass trotz einer vorläufigen Bereinigung noch Probleme in den Übersetzungen zu finden sind, sowohl was die Bedeutung des Textes als auch die annotierten Tags betrifft. Ich gebe daher anekdotische Beispiele dafür, was bei einer maschinellen Übersetzung schiefgehen kann, fasse die gewonnenen Erkenntnisse zusammen und stelle potenzielle Verbesserungsmaßnahmen vor. Weiterhin präsentiere ich experimentelle Ergebnisse für die Klassifizierung mehrsprachiger Dokumente bezüglich medizinischer Nebenwirkungen im Englischen und Deutschen. Dazu wurden Klassifikationsmodelle an verschiedenen Datensatzkonfigurationen verfeinert (fine-tuning), zunächst an englischen und dann an deutschen Dokumenten. Dieser Ansatz wurde durch das starke Ungleichgewicht der Labels in den beiden Datensätzen verkompliziert. Die Ergebnisse zeigen, dass die Einarbeitung englischer Trainingsdaten bei der Klassifizierung relevanter deutscher Dokumente hilft, aber nicht ausreicht, um das natürliche Ungleichgewicht der Dokumentenklassen wirksam abzuschwächen. Dennoch scheinen die entwickelten Modelle vielversprechend zu sein und könnten besonders nützlich sein, um weitere Texte zu sammeln. Dieser wiederum können das aktuelle Korpus erweitern und damit die Erkennung relevanter Dokumente für andere Sprachen verbessern. Nachfolgend beschreibe ich die Teilnahme am n2c2 2022 Shared Task zur Erkennung von Medikamenten. Die Ansätze des Shared Task werden anschließend vom Englischen auf deutsche, französische und spanische Korpora ausgeweitet, indem Datensätze aus verschiedenen Teilbereichen verwendet werden, die auf unterschiedlichen Annotationsrichtlinien basieren. Ich zeige, dass die mehrsprachige Übertragung gut funktioniert, aber auch stark von den Annotationstypen und Definitionen abhängt. Im Anschluss verwende ich die besprochenen Modelle erneut, um einige vorläufige Ergebnisse für das vorgestellte Korpus zu zeigen, zunächst nur für die Erkennung von Medikamenten und dann für alle Arten von annotierten Entitäten. Die experimentellen Ergebnisse zeigen, dass die Medikamentenerkennung vielversprechende ist, insbesondere wenn man bedenkt, dass die Modelle an Daten aus einem anderen Teilbereich verfeinert und mit einem zeroshot Ansatz auf die neuen Daten angewendet wurden. In Bezug auf die Erkennung anderer medizinischer Ausdrücke stellt sich heraus,dass die Leistung der Modelle stark von der Art der Entität abhängt. Ich schlage deshalb Möglichkeiten vor, wie man dieses Problem in Zukunft angehen könnte

Le récent essor des algorithmes d'apprentissage automatique a rendu les méthodes de Traitement Automatique des Langues d'autant plus sensibles à leur facteur le plus limitant : la qualité des systèmes repose entièrement sur la disponibilité de grandes quantités de données, ce qui n'est pourtant le cas que d'une minorité parmi les 7.000 langues existant au monde. La stratégie dite du transfert cross-lingue permet de contourner cette limitation : une langue peu dotée en ressources (la cible) peut être traitée en exploitant les ressources disponibles dans une autre langue (la source). Les progrès accomplis sur ce plan se limitent néanmoins à des scénarios idéalisés, avec des ressources cross-lingues prédéfinies et de bonne qualité, de sorte que le transfert reste inapplicable aux cas réels de langues peu dotées, qui n'ont pas ces garanties. Cette thèse vise donc à tirer parti d'une multitude de sources et ressources cross-lingues, en opérant une combinaison sélective : il s'agit d'évaluer, pour chaque aspect du traitement cible, la pertinence de chaque ressource. L'étude est menée en utilisant l'analyse en dépendance par transition comme cadre applicatif. Le cœur de ce travail est l'élaboration d'un nouveau méta-algorithme de transfert, dont l'architecture en cascade permet la combinaison fine des diverses ressources, en ciblant leur exploitation à l'échelle du mot. L'approche cross-lingue pure n'étant en l'état pas compétitive avec la simple annotation de quelques phrases cibles, c'est avant tout la complémentarité de ces méthodes que souligne l'analyse empirique. Une série de nouvelles métriques permet une caractérisation fine des similarités cross-lingues et des spécificités syntaxiques de chaque langue, de même que de la valeur ajoutée de l'information cross-lingue par rapport au cadre monolingue. L'exploitation d'informations typologiques s'avère également particulièrement fructueuse. Ces contributions reposent largement sur des innovations techniques en analyse syntaxique, concrétisées par la publication en open source du logiciel PanParser, qui exploite et généralise la méthode dite des oracles dynamiques. Cette thèse contribue sur le plan monolingue à plusieurs autres égards, comme le concept de cascades monolingues, pouvant traiter par exemple d'abord toutes les dépendances faciles, puis seulement les difficiles
As a result of the recent blossoming of Machine Learning techniques, the Natural Language Processing field faces an increasingly thorny bottleneck: the most efficient algorithms entirely rely on the availability of large training data. These technological advances remain consequently unavailable for the 7,000 languages in the world, out of which most are low-resourced. One way to bypass this limitation is the approach of cross-lingual transfer, whereby resources available in another (source) language are leveraged to help building accurate systems in the desired (target) language. However, despite promising results in research settings, the standard transfer techniques lack the flexibility regarding cross-lingual resources needed to be fully usable in real-world scenarios: exploiting very sparse resources, or assorted arrays of resources. This limitation strongly diminishes the applicability of that approach. This thesis consequently proposes to combine multiple sources and resources for transfer, with an emphasis on selectivity: can we estimate which resource of which language is useful for which input? This strategy is put into practice in the frame of transition-based dependency parsing. To this end, a new transfer framework is designed, with a cascading architecture: it enables the desired combination, while ensuring better targeted exploitation of each resource, down to the level of the word. Empirical evaluation dampens indeed the enthusiasm for the purely cross-lingual approach -- it remains in general preferable to annotate just a few target sentences -- but also highlights its complementarity with other approaches. Several metrics are developed to characterize precisely cross-lingual similarities, syntactic idiosyncrasies, and the added value of cross-lingual information compared to monolingual training. The substantial benefits of typological knowledge are also explored. The whole study relies on a series of technical improvements regarding the parsing framework: this work includes the release of a new open source software, PanParser, which revisits the so-called dynamic oracles to extend their use cases. Several purely monolingual contributions complete this work, including an exploration of monolingual cascading, which offers promising perspectives with easy-then-hard strategies