Gotowa bibliografia na temat „Séquence consensus”

Le lithium reste le « gold standard » du traitement prophylactique dans les troubles bipolaires. En moyenne, chez 80 % des patients bipolaires traités par lithium, celui-ci a un effet préventif à long terme permettant une réduction du nombre d’épisodes thymiques, avec une réponse complète dans 30 à 60 % des cas. Toutefois, 20 % des patients sont non répondeurs et chez 30 à 50 % des patients la réponse n’est que partielle [1]. Dans les études antérieures, certaines variables ont été identifiées comme de possibles facteurs prédictifs d’une bonne réponse prophylactique au lithium : une bonne réponse initiale au traitement en aigu, une séquence manie-dépression intervalle libre, des antécédents familiaux de troubles bipolaires répondeurs au lithium, une apparition tardive de la maladie. À l’inverse, une comorbidité psychiatrique comme les troubles addictifs ou de la personnalité, une séquence dépression-manie-intervalle libre et la présence de cycles rapides représenteraient de potentiels facteurs de risque d’une mauvaise réponse 2,3. Cependant, en raison de l’absence de consensus sur la définition de la réponse prophylactique au lithium, les données de la littérature sont parfois contradictoires. Ainsi, malgré les nombreuses études antérieures, il n’existe toujours aucun marqueur prédictif unanime de la réponse au lithium. L’objectif de cette étude est d’identifier les facteurs cliniques associés à la réponse prophylactique au lithium, évaluée par le questionnaire d’ALDA [4], dans une population de 227 patients traités par lithium pendant plusieurs années. Nos résultats montrent que le sous-type bipolaire de type I, une histoire d’épisodes mixtes ou saisonnier, la rémission incomplète après un épisode, les antécédents de traumatisme dans l’enfance et la comorbidité avec un trouble addictif sont associés à mauvaise réponse au lithium dans les troubles bipolaires. les patients présentant ces caractéristiques pourraient bénéficier d’un autre traitement prophylactique en monothérapie ; une association avec le lithium pourrait être discutée dans certains cas.

La transition à la parentalité peut susciter plusieurs défis. La famille fonctionnant selon un modèle écosystémique, l’anxiété d’un parent a le potentiel d’influencer le vécu de l’autre. Toutefois, l’expérience de la parentalité avec un coparent anxieux et les conséquences de l’anxiété sur soi, le couple et la famille demeurent méconnues. Ce projet pilote vise à comprendre le vécu des pères et des mères vivant avec un coparent anxieux lors de la transition à la parentalité. Vingt-sept parents (12 pères et 15 mères) vivant une grossesse ou ayant un enfant de moins de deux ans ont répondu à un questionnaire en ligne sondant leur expérience par des questions ouvertes. Les répondant.es identifient diverses sources d’anxiété pour des pères et des mères. Cependant, un consensus émerge quant aux conséquences généralement négatives de l’anxiété du coparent pour eux, leur couple et leur famille. Leurs propos suggèrent une séquence temporelle type plutôt que des profils distincts. Après avoir initialement adopté un rôle de soutien, ils développent des émotions, cognitions et comportements négatifs. Des recherches futures devraient investiguer les conséquences individuelles, conjugales et familiales de l’anxiété d’un coparent, autant chez des mères que des pères, et examiner si la fatigue de compassion explique leur expérience.

Volcanogenic massive sulphide (VMS) deposits and seafloor massive sulphide (SMS) deposits have a spatial and genetic connection with contemporaneous volcanism. The control exerted by the volcanic succession (e.g. rock type, architecture and facies) on the nature and style of the ore and alteration (e.g. subsea-floor replacement vs. exhalative, or discordant vs. conformable) is significant, making it imperative to understand the local volcanology in developing better genetic and exploration models. Three VMS deposit groupings collectively represent a high proportion of cases: (1) deposits associated with complexes of submarine felsic domes, cryptodomes, lobe-hyaloclastite flows and/or blocky lavas, and their reworked equivalents; (2) deposits associated with thick piles of pumiceous felsic pyroclastic rocks, suggesting a caldera context; and (3) deposits associated with mafic volcanic footwalls and/or with sedimentary hosts, including significant deposits such as Windy Craggy (~300 Mt) in British Columbia. With regard to number (2) above, demonstrating the presence of a caldera in ancient successions can be difficult because silicic calderas tend to be large and exceed the limits of deposit-scale investigations. Furthermore, there is no consensus regarding what a large submarine caldera should look like, i.e., no accepted facies model exists showing the distribution of rock types. But without thick piles of pumiceous felsic pyroclastic deposits, arguing for a large submarine caldera is a challenge.SOMMAIRELes gisements de sulfures massifs volcanogènes (SMV) et leurs équivalents actuels au fonds des mers ont une connexion spatiale et génétique avec le volcanisme. La succession volcanique – composition, architecture, faciès – exerce un contrôle important sur la nature et le style de minéralisation et d’altération hydrothermale (p. ex. minéralisation mise en place par remplacement sous le fond marin vs. exhalative; altération discordante ou plus concordante). Il est donc impératif de connaître la volcanologie des roches encaissantes pour développer de meilleurs modèles génétiques et d’exploration. Trois groupes de gisements couvrant collectivement une grande proportion des cas sont discutés ici. Premièrement, plusieurs gisements sont associés à des complexes de dômes felsiques sous-marins, des cryptodômes, des coulées de type lobes-hyaloclastite et/ou des laves en blocs, ou leur équivalents resédimentés. Deuxièmement, certains gisements sont associés à d’épaisses séquences de roches pyroclastiques felsiques ponceuses, suggérant un contexte de caldeira. Troisièmement, plusieurs gisements sont associés avec des roches volcaniques mafiques et/ou avec des roches sédimentaires, par exemple l’important dépôt de Windy Craggy (~300 Mt) en Colombie-Britannique. Concernant les contextes de type 2, la démonstration d’une caldeira peut être difficile dans les successions anciennes, car les caldeiras felsiques sont de grandes dimensions, excédant les limites des études à l’échelle du gîte. De plus, il n’existe pas de consensus sur un modèle de faciès pour une grande caldeira sous-marine. Mais sans la présence d’épais empilements de roches pyroclastiques felsiques ponceuses, il est difficile d’argumenter en faveur d’une caldeira sous-marine.

Résumé La première mention d’une sorte de capote (en vessie de chèvre) apparaît dans une collection mythographique grecque d’époque romaine (Les Métamorphoses d’Antoninus Liberalis). L’ustensile en question apparaît en fait comme un remède et un piège à reptiles, dans une séquence apparemment isolée à l’intérieur d’un récit à tiroirs traitant, comme souvent, de couples, de ruses et de sexualité. Cet article tente de cerner la maladie sexuelle dont souffre Minos, un des héros de l’histoire, et le fonctionnement de la capuche qui lui est procurée comme un remède à son mal. Ce « préservatif », qui participe d’une tactique érotique subtile, est inventé par un personnage (Procris) dont la fonction thérapeutique semble improvisée, mais qui a des relations conjugales mouvementées. L’histoire racontée par Antoninus est à la fois partiellement concordante avec ce qu’on appelle « la tradition » (limitée en l’occurrence à quelques textes) et profondément originale. Plutôt que de viser à travers les textes une version consensuelle ou archétypique de l’épisode, on tâche de saisir quel est le scénario particulier suivi par Antoninus et le sens à donner, dans sa version personnelle, à la capote du roi Minos. Abstract Title: King Minos's hood and venereal disease in Antoninus Liberalis The first mention of a kind of condom (made of goat's bladder) appears in a Greek mythographic collection from the Roman period (Antoninus Liberalis’ Metamorphoses). The tool in question appears in fact as a remedy and a trap for reptiles, in a seemingly isolated sequence, within a complex story dealing, as often, with couples, tricks and sexuality. This article attempts to identify the sexual disease from which Minos, one of the heroes of the story, suffers and the functioning of the “hood” that is provided to him as a remedy for his ailment. This "condom", which is part of a subtle erotic tactic, is invented by a character (Procris) whose therapeutic function seems to be improvised, but who has a troubled marital relationship. The story told by Antoninus is both partially consistent with the so-called "tradition" (limited in this case to a few texts) and deeply original. Rather than aiming at a consensual or archetypal version of the episode through parallel texts, we try to grasp the particular scenario followed by Antoninus and the meaning to be given, in his personal version, to the famous “hood” of king Minos.

Objectives: Describe the MRI semiology that should suggest the diagnosis of MSA in case of atypical Parkinsonian syndrome. Materials and methods: on MRI we explored four patients, belonging to a large consanguineous family of which 21 members presented an atypical parkinsonian syndrome meeting the consensual diagnostic criteria of AMS. The examinations were carried out with an MRI of 1.5 tesla in sequences weighted in T1, T2, FLAIR, diffusion, 3D TOF and 3D T1 after injection of gadolinium Results: Diffuse cerebellar atrophy associated with involvement to the middle cerebellar peduncles and brainstem with « hot cross bun sign » was noted in all 4 patients. On the supratentorial level, bi-parietal atrophy was found in 2 patients and bilateral hippocampal atrophy in one patient. No involvement of the basal ganglia, white matter, cranial nerves along their cisternal path or pathological contrast enhancement was noted. Conclusion: Good knowledge of the MRI semiology of MSA associated with clinical findings makes possible to diagnose this neurodegenerative condition and differentiate it from other causes of atypical Parkinsonian syndrome. RESUME Objectifs : décrire la sémiologie IRM devant faire évoquer le diagnostic d’AMS devant un syndrome parkinsonien atypique. Matériels et méthodes : nous avons explorés à l’IRM quatre patients, appartenant à une grande famille consanguine dont 21 membres présentaient un syndrome parkinsonien atypique répondant aux critères diagnostiques consensuels de l’AMS. Les examens étaient réalisés avec une IRM de 1,5 tesla en séquences axiales T1, T2, FLAIR, diffusion, 3D TOF et 3D T1 après injection de gadolinium. Résultats : une atrophie cérébelleuse diffuse associée à une atteinte des pédoncules cérébelleux moyens et du tronc cérébral avec signe de la croix pontique était notée chez les 4 patients. A l’étage sus-tentoriel une atrophie bipariétale été retrouvée chez 2 patients et une atrophie hippocampique bilatérale chez un patient. Il n’était pas noté d’atteinte des noyaux gris centraux, de la substance blanche, des nerfs crâniens sur leur trajet cisternal ni de prise de contraste pathologique. Conclusion : la bonne connaissance de la sémiologie IRM de l’AMS associée aux constations cliniques permet de poser le diagnostic de cette affection neurodégénérative et de la différencier des autres causes de syndrome parkinsonien atypique.

Dans ce mémoire, nous étudions la complexité algorithmique de plusieurs problèmes combinatoires
concernant la comparaison de séquences biologiques. Nous nous pla¸cons successivement du point de vue de
chacune des trois principales théories de la complexité algorithmique : la NP-complétude, l'approximabilité
et la complexité paramétrique.
Dans un premier temps, nous considérons plusieurs formes du problème de l'extraction des motifs communs
à un ensemble de séquences donné. Les motifs communs permettent, en pratique, de classifier les protéines
grâce à leur structure primaire, par exemple en fabriquant des séquences consensus.
En particulier, le problème de la médiane (resp. du centre) pour la distance d'édition consiste à rechercher
une séquence consensus minimisant la somme (resp. le maximum) des distances d'édition la séparant de
chacune des séquences prises en entrée. Nous affinons les résultats connus sur la difficulté de chacun de ces
deux problèmes : nous montrons, par exemple, qu'ils sont tous les deux W[1]-difficiles lorsqu'on les
paramétrise par le nombre des séquences étudiées et ce, même dans le cas d'un alphabet binaire. Nous
considérons également le problème de la plus longue sous-séquence commune. Ce problème a été
exhaustivement étudié dans sa forme usuelle. Or, on trouve dans la nature des séquences d'ADN et d'ARN
circulaires qu'il est utile de comparer. Dans ce mémoire, nous menons à bien la première étude du problème
de la plus longue sous-séquence commune à plusieurs séquences circulaires et/ou non orientées.
Dans un second temps, nous considérons plusieurs problèmes liés à la recherche de similarités approchées
entre séquences biologiques. C'est dans ce domaine que l'application de l'informatique à la biologie
moléculaire a été la plus fructueuse. En pratique les similarités permettent de déterminer les propriétés des
molécules nouvellement séquencées à l'aide de celles des séquences déjà annotées. En effet, une similarité en
séquence entraîne généralement une similarité en structure ou en fonction.
La plupart des nombreux logiciels dédiés à la détection de similarités locales, mettent en oeuvre des filtres
heuristiques : deux portions de séquences ne possédant pas certains motifs spécifiques en commun sont
considérées d'emblée comme dissimilaires. Le choix des motifs conditionne la sensibilité et la sélectivité du
filtre associé. Dans ce mémoire nous considérons un certain type de motifs appelé graine. Il s'agit en fait de
sous-chaînes à trous.
Nous étudions plusieurs problèmes algorithmiques liés à la conception de bonnes graines. En particulier,
nous montrons que le problème suivant est NP-difficile : étant donnés deux entiers naturels k, m et une
graine, décider si le filtre associé est sans perte lorsque l'on restreint la notion de similarité aux paires de
mots de même longueur m, séparés par une distance de Hamming au plus k. Notons que plusieurs
algorithmes exponentiels ont été proposés pour des généralisations de ce problème.

Les cartes génétiques dérivées de l’étude d’une seule population de cartographie souffrent typiquement de plusieurs lacunes dont une couverture incomplète du génome et une résolution limitée. Une carte génétique consensus est une carte issue de la fusion de multiples cartes génétiques individuelles et permet de remédier à ces lacunes. Cette étude avait pour objectif de construire une carte génétique consensus à haute densité pour le soja (Glycine max (L.) Merr.) canadien au moyen de marqueurs obtenus par génotypage par séquençage (GBS). Six populations biparentales, dont l’effectif variait entre 278 et 365 lignées, ont été génotypées par GBS. Dans un premier temps, nous avons généré une carte génétique pour chaque population. Les tailles de ces cartes variaient entre 1869,3 cM et 2286,7 cM. Au total, quatre-vingt-trois (83) intervalles non-couverts ayant une taille > 10 cM (le maximum étant de 34,8 cM) ont été recensés. Ensuite, les six (6) cartes génétiques individuelles ont été fusionnées pour produire une carte consensus couvrant 99,5 % du génome, totalisant 16 311 SNP, s’étendant sur 2075,2 cM et comptant seulement deux intervalles dépourvus de marqueurs dont la taille excédait 10 cM. Cette carte consensus a ainsi pu remédier aux carences des cartes individuelles. Elle est considérée de meilleure qualité comparée aux cartes consensus précédentes, y compris la plus récente issue de 40 populations NAM (Nested Association Mapping ). En effet, cette dernière recèle encore 36 intervalles non couverts de > 10 cM et couvre une moins grande portion du génome. Finalement, la carte consensus GBS présente une meilleure cohérence entre la position physique et la position génétique des marqueurs. Grâce à cette carte consensus, nous avons pour chaque marqueur SNP dérivé du GBS une position à la fois sur la carte physique et sur la carte génétique, une information utile pour de nombreuses analyses génétiques et génomiques.
Genetic linkage maps using only one mapping population are described as maps with low resolution. These maps typically retain gaps, i.e. regions that are not covered by any markers. Consensus genetic maps were developed to overcome such limitations. They are generated by merging individual maps and using the common markers as reference points. The aim of this study was to generate a high-density consensus map for Canadian soybean using markers generated by genotyping by sequencing (GBS). Six mapping populations of varying size (n = 278 to 365) were genotyped using GBS. In a first step, we generated individual genetic maps. The size of the resulting maps varied between 1869.3 cM and 2286.7 cM and a total of 83 gaps with a size > 10 cM (the largest gap size was 34.8 cM) were observed across the six maps. In a second stage, we merged the six individual genetic maps to generate a single consensus map. On this map, 16,311 SNPs were assigned a position and these markers covered 99.5% of the genome. The map extends over 2075.2 cM and the number of gaps > 10 cM was reduced to only two. This map therefore overcame the limitations of the individual genetic maps and is superior to the previous consensus genetic maps such as the consensus genetic map generated from 40 nested association mapping (NAM) populations. The NAM map contains 36 gaps with a size > 10 cM and covers a smaller portion of the genome. In addition, the order of markers was much more concordant in the GBS map, when comparing the genetic and the physical positions. Thanks to this consensus map, we were able to assign both a physical and a genetic position for every SNP generated using GBS. These two types of information are important for many genetic and genomic studies.

PQLC2, qui signifie protéine conte- nant des répétitions de boucle proline-gluta- mine 2, appartient à une famille de protéines de transport membranaires caractérisées par une topologie membranaire à sept hélices et deux motifs proline-glutamine. PQLC2 est localisé dans la membrane lysosomale des cellules mammifères, et des études utilisant du PQLC2 recombinant exprimé dans des ovocytes de Xe- nopus ont démontré que PQLC2 est un unipor- teur qui transporte spécifiquement des acides aminés cationiques. Cependant, sa structure atomique en 3D n’a pas encore été déterminée. En plus de son rôle de transporteur, PQLC2 est également un récepteur membranaire. Lorsque la cellule est privée d’acides aminés cationiques, PQLC2 recrute à la surface du lysosome un com- plexe de trois protéines (appelé CSW) : les pro- téines GTPas-activatrices C9ORF72 et SMCR8, et WDR41, l'ancrage entre CSW et PQLC2. Le com- plexe CSW est important pour le bon fonction- nement des lysosomes. De plus, des mutations congénitales dans le gène codant pour C9ORF72 sont directement associées à deux maladies neurodégénératives. Des essais de pull-down dans des extraits cellu- laires indiquent que l’interaction d’un court mo- tif peptidique de 10 acides aminés provenant d’une boucle saillante de WDR41 (boucle WDR41-7CD) avec PQLC2 est suffisante pour le recrutement lysosomique de CSW. Afin de ca- ractériser cette interaction ainsi que le rôle fonc- tionnel de PQLC2, nous avons exprimé PQLC2 de mammifère dans la levure Saccharomyces cerevisiae et établi un protocole de purification de PQLC2 basé sur la reconnaissance entre des nanocorps anti-GFP et GFP fusionné à PQLC2. Pour améliorer la stabilité de PQLC2 purifié par détergent, nous avons introduit des mutations spécifiques le long de la séquence de la pro- téine en utilisant une approche de mutagenèse basée sur un consensus. La microscopie électro- nique à contraste négatif de PQLC2 purifié par détergent suggère que ce transporteur s’as- semble sous forme d’homotrimère, comme les autres membres de la même famille de trans- porteurs à boucle PQ. Enfin, par spectroscopie de résonance paramagnétique électronique (RPE), nous avons évalué l’interaction directe entre PQLC2 et un peptide codant la boucle WDR41. Ces expériences ont révélé le rôle de certains résidus de la boucle WDR41 dans l’in- teraction PQLC2/boucle WDR41-7CD, ainsi que l’effet d’un substrat de PQLC2
PQLC2, which stands for proline-glu- tamine loop repeat-containing protein 2, be- longs to a family of membrane transport pro- teins characterized by a seven-helix membrane topology and two proline-glutamine motifs. PQLC2 is localized in the lysosomal membrane of mammalian cells, and studies using recombi- nant PQLC2 expressed in Xenopus oocytes have demonstrated that PQLC2 is an uniporter that specifically transports cationic amino acids. However, its 3D atomic structure has not yet been determined. In addition to being a trans- porter, PQLC2 is also a membrane receptor. When the cell is deprived of cationic amino acids, PQLC2 recruits at the lysosome surface a complex of three proteins (called CSW): the GTPase-activating proteins C9ORF72 and SMCR8, and WDR41, the anchor between CSW and PQLC2. The CSW complex is important for normal lysosome function. In addition, congeni- tal mutations in the gene encoding C9ORF72 are directly associated with two neurodegene- rative diseases. Pull-down assays in cell extracts indicate that the interaction of a short 10 amino acid peptide motif from a protruding loop of WDR41 (WDR41-7CD loop) with PQLC2 is sufficient for lysosomal recruitment of CSW. To characterize this interaction as well as the functional role of PQLC2, we expressed mammalian PQLC2 in the yeast Saccharomyces cerevisiae, and established a purification protocol of PQLC2 based on the recognition between anti-GFP nanobodies and GFP fused to PQLC2. To improve the stability of detergent-purified PQLC2, we introduced speci- fic mutations along the protein sequence using a consensus-based mutagenesis approach. Ne- gative-staining electron microscopy of deter- gent-purified PQLC2 suggests that this trans- porter assembles as a homotrimer, like other members of the same PQ-loop family of trans- porters. Finally, by electron paramagnetic re- sonance (EPR) spectroscopy, we assessed the direct interaction between PQLC2 and a peptide encoding the WDR41 loop. These experiments revealed the role of certain WDR41 loop resi- dues in the PQLC2/WDR41-7CD loop interac- tion, as well as the effect of a PQLC2 substrate

Cette thèse étudie d'un point de vue algorithmique diverses méthodes de consensus portant sur des collections d'objets étiquetés. Les problèmes étudiés impliquent des objets étiquetés sans répétition d'étiquettes ; ces objets peuvent être des arbres enracinés ou des séquences, avec des applications à la bioinformatique. Ainsi, les problèmes sur les arbres considérés dans cette thèse peuvent trouver des applications pour l'estimation de congruence entre phylogénies, pour la construction de superarbres, et pour l'identification de transferts horizontaux de gènes. Pour leur part, les problèmes sur les séquences considérés dans cette thèse ont des applications potentielles pour le calcul de distance génomique basé sur les ordres de gènes. De manière générale, ce travail met à profit les théories de la complexité paramétrique et de l'approximabilité pour obtenir des algorithmes et des résultats de difficulté pour les problèmes étudiés.

Cette thèse étudie d'un point de vue algorithmique diverses méthodes de consensus portant sur des collections d'objets étiquetés. Les problèmes étudiés impliquent des objets étiquetés sans répétition d'étiquettes ; ces objets peuvent être des arbres enracinés ou des séquences, avec des applications à la bioinformatique. Ainsi, les problèmes sur les arbres considérés dans cette thèse peuvent trouver des applications pour l'estimation de congruence entre phylogénies, pour la construction de superarbres, et pour l'identification de transferts horizontaux de gènes. Pour leur part, les problèmes sur les séquences considérés dans cette thèse ont des applications potentielles pour le calcul de distance génomique basé sur les ordres de gènes. De manière générale, ce travail met à profit les théories de la complexité paramétrique et de l'approximabilité pour obtenir des algorithmes et des résultats de difficulté pour les problèmes étudiés.

Le début des années 2000 a été marqué par la généralisation de la coopération intercommunale en France. Les nouvelles institutions créées, comme les plus anciennes qui ont vu leurs compétences renforcées à cette occasion, sont presque toujours gouvernées par des exécutifs collégiaux, associant des représentants municipaux de l'ensemble des formations partisanes. Ce mode de gestion est alors justifié par les élus locaux au nom de la technicité présumée des enjeux intercommunaux et de l'affirmation des politiques agglomération qu'il rendrait possible. Notre travail envisage le processus d'institutionnalisation de la communauté urbaine de Lille sur le temps long et à la loupe, de sa genèse par les groupes réformateurs dans les années 1960, jusqu'à la consolidation d'un régime de « consensus », terme utilisé par les conseillers communautaires eux-mêmes pour qualifier leurs arrangements interpartisans dans cette enceinte. Le choix méthodologique d'une focale resserrée et centrée sur l'organisation donne à voir les conditions pratiques de domestication par les maires des réformes intercommunales successives. Le « consensus » politique communautaire, loin d'aboutir au renforcement de l'autonomie de la CUDL en matière d'action publique locale, apparaît dès lors comme le vecteur principal de son maintien sous dépendance municipale et de son déficit démocratique persistant.

Les institutions intercommunales en France sont presque toujours dirigées par des exécutifs collégiaux, associant des représentants municipaux de l'ensemble des formations partisanes. Ce mode de gestion atypique est justifié au nom de la technicité présumée des enjeux intercommunaux et de l'affirmation des politiques d'agglomération qu'il rendrait possible. Notre travail envisage le processus d'institutionnalisation de la CUDL, de sa genèse par les groupes réformateurs dans les annèes 1960, jusqu'à la consolidation d'un régime de " consensus ", terme utilisé par les élus eux-mêmes pour qualifier leurs accords interpartisans. La perspective socio-historique et ethnographique adoptée donne à voir les conditions pratiques de domestication par les maires des réformes successives. Le " consensus ", loin d'aboutir au renforcement de la capacité normative de la CUDL apparaît alors comme le vecteur principal de son maintien sous dépendance municipale et de l'entretien de son déficit démocratique
Most of the metropolitan institutions in France are run by collegial executives, gathering municipal representatives from the whole political spectrum. To justify this type of broad coalition, local politicians put forward an alleged " technicity " of urban policy issues – which are claimed to be " apolitical " - and the strengthening of the metropolitan policies it would enable. This work scrutinizes the institutionalization process of the Communauté urbaine of Lille, from its origins in the 1960 ies to the formalization of a cross-party agreement. The chosen methodology, a historical and micro-sociological perspective, sheds light on the " domestication " of successive governmental reforms by the mayors. The political " consensus " far from resulting in the autonomy of metropolitan policies, this appears to be the main cause of their ongoing dependency on member municipalities and of their democratic deficit

Ce chapitre présente l'assemblage de génomes, entre la présentation des différentes données de séquençage, la description des différentes stratégies de construction des scaffolds (glouton, overlap-layout-consensus, graphes de De Bruijn, contraintes), leur ordonnancement et jusqu'à la validation des assemblages.