Rozprawy doktorskie: „Interféron Typer I”

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Tang, Chongfa. "The inflammatory response of primary epithelial cells of the female genital tract to Chlamydia trachomatis infection, and its exacerbation by type-I interferon". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2022. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2022SORUS121.pdf.

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Streszczenie:

Chlamydia trachomatis est une bactérie intracellulaire obligatoire, qui se développe principalement dans cellules épithéliales des muqueuses du tractus génital. Asymptomatiques dans la plupart des cas, les infections par ce pathogène peuvent entrainer des inflammations pelviennes. L’inflammation peut elle-même engendrer des fibroses et mener à une infertilité tubaire chez les femmes. Il est important d’étudier la réponse des cellules épithéliales, qui constituent la première ligne de défense contre l’infection par C. trachomatis, pour mieux comprendre ses manifestations pathologiques dans le tractus génital féminin (FGT). À cette fin, nous avons mis au point un protocole simplifié pour isoler une fraction très pure de cellules épithéliales primaires, à partir du FGT de patientes subissant une hystérectomie. Nous avons observé que ces cellules épithéliales primaires étaient moins permissives à l'infection par C. trachomatis que la lignée cellulaire classiquement utilisée en laboratoire, i.e. la lignée HeLa. Nous avons montré que la différence de milieu de culture et l'ajout de sérum dans les cultures de cellules HeLa, expliquent une grande partie de ces différences. Cependant, testées dans des milieux identiques, les cellules épithéliales primaires issues de l’ectocol se sont révélées moins permissives que les cellules HeLa vis-à-vis du développement de C. trachomatis. Enfin, les cellules épithéliales primaires exprimaient globalement davantage de cytokines pro-inflammatoires, au niveau basal et après infection à C. trachomatis, que les cellules HeLa, suggérant une forte capacité des cellules épithéliales primaires à monter une réponse inflammatoire. Nous nous sommes ensuite attachés à comprendre pourquoi l'interféron de type I (IFN-I) agissait-t-il en synergie avec l’infection par C. trachomatis vis-à-vis de la réponse pro-inflammatoire des cellules. Nous avons démontré que l'IFN-I, mais pas C. trachomatis, augmentait l'expression de plusieurs récepteurs de reconnaissance de motifs bactériens. L’extinction de l’expression du récepteur TLR3, ou la délétion de ce gène, empêche la synergie entre l’IFN-I et C. trachomatis. Nous avons identifié la voie de signalisation intermédiaire entre l’activation du récepteur de l’IFN-I et l’expression du TLR3, ainsi que la signalisation en aval de l’activation de TLR3, qui aboutit à l’expression des cytokines pro-inflammatoires interleukines-6 et 8. Ainsi, l'IFN-I exacerbe la réponse inflammatoire de l'hôte déclenchée par l'infection à C. trachomatis via une augmentation de l’expression du TLR3. La synergie entre l’IFN-I et les bactéries à stimuler la signalisation pro-inflammatoire des cellules épithéliales pourrait jouer un rôle dans les lésions tissulaires qui résultent de l’infection chez certaines patientes
Chlamydia trachomatis is an obligate intracellular bacterium, which grows mainly in epithelial cells of the mucous membranes of the genital tract. Asymptomatic in most cases, infections with this pathogen can lead to pelvic inflammations. The inflammation itself can lead to fibrosis and tubal infertility in women. To better understand the pathological manifestations in the female genital tract (FGT), it is important to study the response of epithelial cells, which constitute the first line of host defense against C. trachomatis infection. To this end, we developed a simplified protocol to isolate a very pure fraction of primary epithelial cells from the FGT of patients undergoing hysterectomy. We observed that these primary epithelial cells were less permissive to C. trachomatis infection than the cell line classically used in laboratories, i.e. HeLa cells. We have shown that the difference in culture medium and the addition of serum in HeLa cell cultures explain a large part of these differences. However, when tested in an identical culture medium, primary ectocervical epithelial cells were found to be less permissive than HeLa cells towards C. trachomatis infection. Finally, primary epithelial cells expressed overall more pro-inflammatory cytokines, both basally and after C. trachomatis infection, than HeLa cells, suggesting a strong capacity of primary epithelial cells to mount an inflammatory response. We then focused on understanding why type I interferon (IFN-I) acts synergistically with C. trachomatis infection towards the pro-inflammatory response of epithelial cells. We demonstrated that IFN-I, but not C. trachomatis, increased the expression of several bacterial pattern recognition receptors (PRRs). Expression silencing of TLR3 receptor, or deletion of this gene, prevented synergetic effect between IFN-I and C. trachomatis. We also identified the intermediate signaling pathway between IFN-I receptor activation and TLR3 expression, as well as the signaling downstream of TLR3 activation, which results in the expression of the pro-inflammatory cytokines interleukin-6 and 8. Based on these data, we conclude that IFN-I exacerbates the host inflammatory response triggered by C. trachomatis infection via increased TLR3 expression, and that this synergetic effect between IFN-I and bacteria on pro-inflammatory signaling in epithelial cells may play a role in the tissue damage that results from infection in some of the patients

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Claudinon, Julie. "Identification de mécanismes de régulation des fonctions des interférons: Rôle de la palmitoylation du récepteur de l'interféron de type I". Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00354695.

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Streszczenie:

Les interférons (IFNs) de type I sont des cytokines qui jouent un rôle capital dans les défenses immunes, antivirales et antiprolifératives de l'organisme. En se liant à leur récepteur de surface, composé des deux sous-unités IFNAR1 et IFNAR2, ils induisent la cascade de signalisation JAK/STAT qui aboutit à leur effets biologiques. L'objectif de ma thèse était d'identifier des mécanismes de régulation de la signalisation des IFNs. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à la palmitoylation du récepteur de l'IFN de type I, une modification lipidique souvent impliquée dans le trafic et la signalisation des protéines. Par marquage métabolique au palmitate tritié, nous avons montré qu'IFNAR1 et IFNAR2 sont palmitoylées. Le domaine cytoplasmique d'IFNAR1 contient deux cystéines, Cys463 et Cys502, qui sont des sites potentiels de palmitoylation. A l'aide de mutants sur chacune de ces cystéines, nous avons montré qu'IFNAR1 est palmitoylée uniquement sur sa cystéine la plus proche de la membrane plasmique, la Cys463. Un mutant non palmitoylé dans lequel cette cystéine a été remplacée par une alanine nous a permis de constater que la palmitoylation d'IFNAR1 n'est pas impliquée dans son trafic intracellulaire, dans son endocytose ni dans sa stabilité, mais qu'en revanche elle joue un rôle crucial dans l'activation de la voie de signalisation JAK/STAT. De façon concordante, la palmitoylation d'IFNAR1 est requise pour l'activation transcriptionnelle des gènes induits spécifiquement par l'IFN-a. Par contre, un défaut de palmitoylation n'influence nullement l'activité antiproliférative de l'IFN-a, en dépit du rôle de cette modification dans la signalisation.

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Chehadeh, Wassim. "Infection à virus Coxsackie B, interféron alpha et diabète insulino-dépendant". Lille 2, 2000. http://www.theses.fr/2000LIL2MT18.

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Metidji, Amina. "Type I interferons and T regulatory cells : effects on development, homeostasis and function". Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066058/document.

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Streszczenie:

L'interféron de type I (IFN) est une famille de cytokine avec des propriétés antivirales et immunomodulatrices. Alors que les effets antiviraux de l'IFN sont bien caractérisés, leurs propriétés immunomodulatrices le sont moins. Nous avons examiné en profondeur les effets de l'IFN de type I sur le développement, l'homéostasie, et la fonction des cellules Treg. Nous avons utilisé des souris chimériques reconstituées avec une mixture de moelle osseuse de souris normale (WT) et de souris sans le récepteur de l'IFN(IFNAR)KO, et des souris femelles hétérozygotes exprimant une délétion d'IFNAR spécifiquement sur les Treg. Dans ces deux modèles, la signalisation d'IFNAR favorise le développement de la lignée Treg dans le thymus et leur survie dans la périphérie. Nous avons également généré des souris chimériques en utilisant le foie f¿tal de souris scurfy, les Treg dérivés de IFNAR KO ont été incapables de contrôler l'activation des cellules T effectrices et l'inflammation des tissus. Nous avons aussi examiné les effets pendant l'infection avec le virus chorioméningite lymphocytaire chronique (LCMV). Nous avons démontré que le pourcentage de V?5+ Treg était significativement réduit chez les souris IFNAR KO. Nous avons également examiné l'effet pendant Encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE). Suite à l'induction de l'EAE, les souris chimériques WT/IFNAR KO développent une maladie plus sévère que les souris WT/WT. Nous montrons aussi que les souris avec une délétion conditionnelle de IFNAR dans les Tregs développent une forme très grave de l'EAE. Ces résultats démontrent que la signalisation via IFNAR est nécessaire pour la fonction de suppressive des Treg dans l'EAE
Type I Interferons (IFNs) are a family of cytokines with antiviral and immunomodulatory properties. While the antiviral effects of IFNs are well characterized, their immunomodulatory properties are less clear. We examined the effects of type I IFN on development, homeostasis, and function of Treg cells. We used mixed bone marrow (BM) chimeras between WT and IFNαβ receptor (IFNAR) KO mice, and heterozygous female mice expressing a Treg-specific deletion of the IFNAR. IFNAR signaling promoted the development of the Treg lineage in the thymus and their survival in the periphery. IFNAR KO Treg from chimeric mice displayed a more naïve phenotype. In mixed chimeras with Scurfy fetal liver, Treg derived from IFNAR KO BM were unable to control T effector cell activation and tissue inflammation. We also examined the potential effects during Chronic Lymphocytic Choriomeningitis Virus infection. We demonstrated that the percentage of Vβ5+ Treg was significantly reduced in IFNAR KO mice, and that the IFNAR functions in a Treg cell intrinsic manner. We also studied the effect during Experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE). Following induction of EAE, WT / IFNAR KO chimeras develop more severe disease than the WT/WT chimeras. Mice with a conditional deletion of the IFNAR in Treg rapidly developed a very severe form of EAE. These results demonstrate that signaling via the IFNAR is required for Treg suppressor function in EAE. Collectively, these studies demonstrate that under certain condition including stress, chronic infection, and autoimmune disease, IFNAR signaling is essential to maintain Treg development, homeostasis, and function

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Mbika-Binzangi, Jean-Pierre. "Etude du rôle de la sarcolectine dans le développement tissulaire et le système immunitaire". Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05S008.

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La sarcolectine (SCL) a été isolée pour la première fois en 1968. C’est une protéine de 55 kDa composée de 469 acides aminés. Elle fut d’abord appelée TAI (Tissue Antagonist of Interferon) parce qu’elle lève l’activité antivirale établie de l’interféron. La sarcolectine se trouve en quantité anormalement élevée dans beaucoup des tumeurs et outre l’inhibition de l’activité antivirale établie de l’interféron, elle se fixe sur de nombreux sucres et maintient en culture des lignées cellulaires dans un milieu exempt de sérum de veau fœtal. La sarcolectine est donc un facteur de croissance qui active l’ADN cellulaire et induit la prolifération cellulaire. Dans ce travail, nous avons exploré le rôle qu’elle peut jouer dans le système immunitaire humain. Le traitement de 30 échantillons de cellules mononucléaires de sang périphérique avec la SCL montre que certains répondent faiblement et d’ autres fortement. Le pic d’activation qui survient entre 6 et 7 jours de culture de ces cellules nécessite la présence des monocytes/macrophages car en leur absence les lymphocytes T ne prolifèrent pas. La SCL augmente aussi l’expression membranaire du récepteur de l’IL-2 (CD25), du récepteur CD28 de co-stimulation des lymphocytes T4, et active les lymphocytes T4 mémoires de phénotype CD3+CD4+CD45RO+. Cette activation du récepteur CD25 de l’IL-2 ne s’accompagne pas de la sécrétion de l’IL-2 dans le milieu de culture. Le traitement des cellules mononucléaires du sang périphérique avec la SCL et les anticorps anti-CD3 et anti-CD28 montre une inhibition totale ou partielle de prolifération des lymphocytes T. Nous avons aussi constaté que la SCL est un bon inducteur des cytokines pro et anti-inflammatoires. Elle induit aussi l’augmentation des ARNm qui codent pour l’IFN- et l’IFN-, ainsi que la sécrétion de ces cytokines dans le milieu de culture des cellules mononucléaires de sang périphérique. Cette production des IFN dans le milieu de culture est précoce quand les cellules sont activées en présence de l’IL-2 exogène. ’autre part, nous avons aussi établi que la SCL active les récepteurs de la réponse immunitaire innée présents à la surface membranaire des cellules du système immunitaire, plus spécialement les récepteurs de type Toll ou TLRs et en l’occurrence TLR-3 et TLR-9. TLR-3 reconnaît les dsRNA viraux, tandis que TLR-9 reconnaît les motifs CpG non méthylés des ADN bactériens et viraux. Le traitement prolongé des cellules mononucléaires de sang périphérique montre également la sécrétion de novo de la SCL qui agit en feed-back contre l’interféron produit dans le milieu de culture, formant une boucle d’activation/inhibition du système immunitaire. En résumé, la SCL peut être considérée comme un immunomodulateur qui stimule les cellules immunitaires, active les TLRs 3 et 9 et produit des cytokines pro et anti-inflammatoires
Sarcolectin (SOL) is a 55 kDa protein with 469 aminoacids, isolated in the first time in 1968. Abnormally elevated in most tumors, SCL is a cell growth factor which activates cell DNA, induces cell proliferation, and antagonises antiviral effect of interferon. In this issue, we explored the SCL effects on the human immune system. The SCL treatment cf 30 peripheral blood mononuclear samples (PBMC) showed two types of celI stimulation: a low and a hight one. This cell stimulation picked up after 6 or 7 days of culture in the presence of monocytes/macrophages, because in the absence of these cells, no effect was observed. The SCL-stimulated PBMC exhibited CD3+CD4+CD45RO+ memory T4 lymphocytes proliferation with CD25 and CD28 celI surface receptor over-expression, and with pro and anti-inflammatory cytokines including IFN-α/β and TLR-3 and TLR-9 mRNA over-expression. TLR-3 recognises viral double-stranded RNA and TLR-9 senses un-methylated CpG DNA

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Hubert, Margaux. "Caractérisation des cellules dendritiques cDC1 et de leur synthèse d'Interféron de type III dans l’immunité antitumorale". Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1350/document.

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Les cellules dendritiques (DC) tiennent une place centrale dans l'initiation des réponses immunitaires et dans le contrôle du développement des tumeurs. La sous-population cDC1 suscite aujourd'hui en grand intérêt de par ses fonctions d'activation de réponses cytotoxiques par présentation croisée d'Ag aux lymphocytes T (LT) CD8+ ainsi que son implication dans l'immunité antitumorale et la réponse aux immunothérapies chez la souris. Le rôle des cDC1 chez l'Homme est cependant peu décrit. Les cDC1 murines et humaines sont aussi connues pour produire de larges quantités d'interféron (IFN) de type III (IFN-III), aussi appelés IFN-λ. Tout comme les IFN-I avec lesquels ils partagent la même voie de signalisation, les IFN-III ont un rôle antiviral bien décrit. Des modèles murins ont également suggéré un rôle antitumoral, mais ces IFN n'ont jamais été étudiés dans un contexte de cancer chez l'Homme. Il est donc crucial de comprendre les mécanismes expliquant l'impact pronostique positif des cDC1 ainsi que le rôle des IFN-III dans l'immunité antitumorale, en particulier pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques. Nous avons démontré pour la première fois l'infiltration des tumeurs humaines de sein et d'ovaire par diverses sous-populations de DC. Les cDC1 sont particulièrement enrichies par rapport au sang des patientes et forment de nombreuses interactions avec les LT CD8+ dans les tumeurs. Une approche de bio-informatique a permis de révéler que les cDC1 représentent l'unique population de DC associée à une meilleure survie des patients dans la majorité des cancers du TCGA. De façon intéressante, la signature de réponses aux IFN-I et III est enrichie dans les tumeurs de sein fortement infiltrées par les cDC1 mais pas par les autres sous-populations. L'expression des gènes codant pour l'IFN-λ1 ou le récepteur aux IFN-III est également associée à une meilleure survie sans rechute dans le cancer du sein. De plus, nous avons démontré la capacité des cDC1 à produire de l'IFN-III sans aucune réactivation ex vivo. Ce résultat indique clairement que dans un contexte de réponse immunitaire antitumorale chez l'Homme, la synthèse d'IFN-III est une spécificité des cDC1 comparées aux autres sous-populations. La présence d'IFN-III dans les surnageants tumoraux a été confirmée au niveau protéique et démontrée comme étant fortement corrélée avec l'IL-12p40, les CXCR3-L, le CX3CL1 et le TNF-α. Ces données soulèvent alors l'hypothèse de l'association entre l'IFN-III, produit dans le microenvironnement tumoral par les cDC1, et la présence de cytokines et chimiokines impliquées dans le recrutement et l'activation de lymphocytes cytotoxiques tels que les LT CD8+ ou cellules NK. Notre étude apporte des informations détaillées quant à la nature des différentes sous-populations de DC infiltrant les tumeurs humaines de sein et d'ovaire et démontrent pour la première fois la production d'IFN-III par les cDC1. L'association de ces cellules et des IFN qu'elles produisent avec une meilleure survie des patientes confirme l'intérêt de développer de nouvelles immunothérapies ciblant les cDC1, en particulier dans le cancer du sein
Dendritic cells (DCs) represent a promising target for the development of new immunotherapies because of their central role in the initiation and the control of immunity. The rare cDC1 population is under considerable scrutiny because their murine counterparts called CD8α+ DCs are essential for cross-presentation to CD8+ T cells, antitumor immunity and response to immunotherapies. In contrast, the role of human cDC1 in cancer has not been investigated as extensively as in mice. They were identified in several tumors and transcriptomic analyses revealed their association with a favorable patient outcome. They also represent a major source of type III interferon (IFN-III), also called IFN-λ, playing a crucial role in viral infections, similarly to IFN-I that share the same signaling pathway. Its antitumor activity was also reported in mouse models, therefore raising questions regarding the use of IFN-IIl in clinical oncology. We believe that understanding the underlying mechanisms of cDC1 favorable prognostic impact and the role of IFN-III in antitumor immunity will be central to design new therapeutic approaches. Here, we demonstrated the infiltration of human primary breast and ovarian tumors by several DC populations and the enrichment of cDC1 compared with patient blood. We also showed for the first time close contacts between cDC1 and T cells in breast tumors. An in silico approach using MCPcouter on the TCGA data sets revealed that cDC1 represented the only DC subset associated with a prolonged overall survival in the majority of solid tumors. Interestingly, type I/III signature was strongly enriched in tumors highly infiltrated only with cDC1. Furthermore, we observed by feature intracytoplasmic flow cytometry analysis a spontaneous production of IFN-λ1 that is restricted to cDC1 in the absence of any ex vivo stimulation in one third of tumors. This result clearly indicates that IFN-λ1 production is a distinct of cDC1 compared with other DC subsets, even in a human tumor context. Notably, a high expression level of genes coding for IFN-III or its receptor was correlated with an increased relapse-free survival in breast cancer. We confirmed the presence of the IFN-λ1 protein in more than 50% of tumors and observed its abundancy compared with other IFN subtypes. IFN-λ1 was strongly correlated with IL-12p40, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CX3CL1 and TNF-α. These results raised the hypothesis that IFN-λ1, produced by cDC1 in the TME, could be associated with the production of cytokines and chemokines involved in the recruitment and activation of cytotoxic lymphocytes (NK cells and CD8+ T cells). Our study provides detailed information about the DC compartment infiltrating human breast and ovarian tumors, revealing their potential implication in the antitumor immunity. By focusing on the pathways associated with each DC subset, our findings shed new light on the link between DC population called cDC1 and IFN-I/III signature in tumors. Our clear demonstration of IFN-III production by cDC1 and of its positive impact on the prognosis of cancer patients provides valuable evidences to support the development of new therapeutic strategies targeting cDC1 to amplify the response to immunotherapies, especially in breast cancer

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Alexandre, Yannick. "Etude des fonctions des cellules dendritiques dans l'activation des lymphocytes cytotoxiques au cours d'infections in vivo". Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4038.

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En réponse à une infection, un signal de danger, ou de cytokines inflammatoires, les cellules dendritiques subissent un programme de maturation augmentant leur capacité à activer les lymphocytes T CD4+ et CD8+. Au cours de ce travail nous avons cherché à caractériser la reprogrammation transcriptomique des DC lors de l'infection par le cytomégalovirus murin (MCMV). Nous avons identifié un programme commun de maturation entre les différentes sous-populations de DC spléniques. Nous avons mis en évidence qu'il existe un programme transcriptomique de maturation commun à toutes les sous-populations de DC, induit par tous les stimuli examinés et évolutivement conservé au sein des mammifères. Nous avons également identifié les interférons (IFN) de type I comme des cytokines majeures promouvant la maturation des DC in vivo. La perte spécifique par les DC de la capacité à répondre aux IFN de type I entraine une diminution de la survie des souris lors de l'infection par le MCMV, révélant pour la première fois l'importance des effets intrinsèques cellulaires des IFN de type I sur les DC pour la résistance à une infection virale.Le développement puis l'utilisation d'un nouveau modèle de souris mutante ciblant la sous-population de DC XCR1+ nous a permis de mettre mis en évidence pour la première fois un rôle de ces cellules pour l'activation des lymphocytes T CD8 mémoires (Tm CD8+) dans l'infection par Listeria monocytogenes, et d'identifier les mécanismes sous-jacents. Les DC XCR1+ interagissent in situ avec les Tm CD8+. La synthèse de la chimiokine CXCL9 et la production d'interleukine-12 par les DC XCR1+ attirent et activent de façon optimale les Tm CD8+ qui produisent de l'IFN-γ
Dendritic cells (DC) sense danger, microbial and cytokine signals that drive DC maturation which in turn allows proper activation of T lymphocytes. We characterized the gene expression program of splenic DC in vivo during murine cytomegalovirus (MCMV) infection. We identified a core set of genes commonly regulated in all subsets of mouse spleen DC. This set of genes was regulated upon DC maturation irrespective of the stimuli used and of the responding DC subsets and it was conserved between mouse and human. We identified type I interferon (IFN) as a major cytokine driving the expression of this core gene set in DC subsets. The loss of type I IFN responsiveness selectively in DC resulted in an increased mortality of mice after MCMV infection, unraveling a crucial role of cell-intrinsic responses to type I IFN in DC during a viral infection in vivo.We also developed and studied a new mouse model to target the XCR1+ DC subset in vivo. We found for the first time that XCR1+ DC promote recall of memory CD8 T cells upon secondary Listeria monocytogenes infection in vivo, and we identified the underlying mechanism. XCR1+ DC attract memory CD8 T cells through the secretion of the chemokine CXCL9. This attraction leads to an increase in the IFN-γ production by memory CD8 T cells. XCR1+ DC also induce the proliferation of memory CD8 T cells. This work significantly advanced our understanding of the in vivo functions of DC during infections

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Druelle, Johan. "Le virus de la rougeole, un système complexe : adaptation, atténuation et modélisation". Phd thesis, Ecole normale supérieure de lyon - ENS LYON, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00294057.

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La vaccination anti-rougeoleuse a permis de freiner le développement de cette infection responsable de près d'un demi-million de décès par an. Afin de mieux appréhender la biologie du virus de la rougeole (VR), nous avons étudié l'adaptation de ce virus au contexte cellulaire et établi une modélisation mathématique du cycle viral.
L'analyse génétique d'une souche sauvage, G954-PBL, et d'une souche adaptée par 13 passages en cellules Vero, G954-V13, a mis en évidence uniquement 5 substitutions d'acides aminés. Ces mutations ont affecté la athogénicité de la souche qui est devenue atténuée dans un modèle de souris transgéniques pour l'un des récepteurs du VR. L'adaptation à un contexte cellulaire au cours de la propagation limite la croissance d'une souche dans un autre environnement, sauf dans le cas des souches vaccinales, robustes. Contrairement au dogme établi, les IFN de type I ne semblent pas jouer un rôle majeur dans cette atténuation.
En parallèle, nous avons développé deux approches mathématiques du cycle viral permettant de mieux interpréter les interrelations virus/cellule. A l'échelle moléculaire, nous proposons plusieurs hypothèses du fonctionnement de la polymérase virale, permettant d'établir le gradient d'ARNm critique pour le développement du virus. Dans une optique multi-échelle, nous avons également modélisé l'ensemble du cycle infectieux du VR. Ces travaux constituent les bases d'une approche inédite de la pathogénie de ce virus.
A travers plusieurs approches expérimentales, ces travaux mettent en avant l'aspect complexe du virus de la rougeole et permettent d'envisager de nouvelles pistes thérapeutiques.

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Vanwalscappel, Bénédicte. "Caractérisation de la résistance du VIH-1 à l'effet antiviral des interférons de type I". Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC155.

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Les IFN de type I induisent l'expression de centaines d'ISGs dont certains ont une activité antivirale directe. Ces effecteurs induits par l'IFN inhibent plusieurs étapes du cycle réplicatif du VIH-1, résultant en une puissante inhibition de la réplication du VIH-1 in vitro et une réduction transitoire de la virémie chez les patients traités avec de l'IFN. L'objectif de ce travail a été d'étudier les possibles voies d'échappement du VIH-1, quand il est confronté à cette pression de sélection qui agit sur différentes cibles. Nous avons donc analysé l'évolution du VIH-1 en présence d'IFN dans deux contextes : 1) dans une lignée cellulaire de lymphocytes T traitées avec de l'IFN ; et 2) chez des patients co-infectés VIH-VHC traités avec de l'IFN-Ribavirine et en l'absence de traitement antirétroviral. Au cours de l'étude in vivo, nous avons analysé l'évolution de la population virale chez différents patients par « deep sequencing ». L'objectif ici, était d'identifier les gènes viraux qui ont évolué sous la pression de sélection induite par l'IFN. Le gène pour lequel nous avons vu le plus fréquemment un remplacement de la population virale dominante au cours du temps, fut vpu. Nous avons donc exploré la possibilité que Vpu présent au cours du traitement avec IFN, confère un avantage réplicatif au virus en présence d'IFN en les comparant pour les propriétés connues de Vpu. Nous avons décrit pour 3 des 5 patients que les allèles vpu sélectionnés au cours du traitement avec l'IFN confèrent au virus une meilleure capacité réplicative. Ce phénotype est associé pour deux d'entre eux à une meilleure efficacité à contrecarrer la rétention des virions par le facteur de restriction BST2, induit par l'IFN. En ce qui concerne l'étude in vitro, en forçant le VIH-1 à se répliquer en culture en présence d'IFN, nous avons sélectionné des variants présentant une sensibilité moindre à l'IFN et nous les avons caractérisé génotypiquement et phénotypiquement afin de déterminer les possibles causes d'échappement viral. Nous avons décrit que l'émergence de mutations dans le gène env qui confère une meilleure entrée viral associée à une augmentation d'infectivité, représente une stratégie évolutive efficace qui permet au virus de surmonter les activités antivirales induites par l'IFN, incluant celles qui agissent post-entrée. Les expériences d'optimisation réalisées au cours de cette étude ont permis l'élaboration d'un modèle mathématique de la réplication du VIH et de l'inhibition par l'IFN. Nous avons observé que le principal effet de l'IFN est d'empêcher l'infection par le VIH-1 plutôt que d'inhiber la production de virions dans les cultures cellulaires
Type-I interferon (IFN) induces the expression of hundreds of cellular genes, some of which have direct antiviral activity IFN-induced effectors can restrict numerous steps in the HIV replicative cycle, resulting in potent inhibition of HIV replication in tissue culture and transient reduction of viremia in IFN-treated patients. Overall our project aimed at analyzing the evolution of HIV in the presence of IFN in two situations: i) in tissue culture of T lymphocytes treated by IFN, where the virus is passages to select for resistant variants; and ii)HIV-infected patients, treated by IFN because of a concurrent HCV infection. Concerning the study in vitro, by forcing the HIV to replicate in culture in the presence of IFN, we aimed to select variants with decrease susceptibility to IFN and characterize them genotypically, in order to determine possible escape strategies. For this purpose, initially, culture conditions were optimized to force HIV to replicate in a T-cell line (MT4R5) in the presence of IFNa2. The data collected from these experiments were fitted in a mathematical model of virus replication. This approach allowed to determine several viral and cellular parameters of HIV replication and inhibition by IFN. Genotypic and phenotypic characterization showed the emergence of mutations in env gene, which improves the efficiency viral entry associated with an increased infectivity. This represents an evolutionary strategy that allows the virus to overcome antiviral aetivities induced by IFN, including those act post-entry. Concerning the study in patients, we analyzed the evolution of HIV populations under treatment by IFN, in 7 HIV-HCV co-infected patients who were not treated for HIV. The aim was to identify HIV genomic regions that could be under selective pressure by IFN in vivo. The gene in which we saw more frequently a replacement of the dominant population over time was vpu, for which in 5 of 7 patients the population present during IFN-treatment carried changes in the N-terminal half of the protein. Changes were seen also for vpr and vif, but concerned fewer patients. We thus explore whether Vpu present during IFN-treatment conferred a replication advantage to the virus in IFN-treated cultures. For 2 of the 5 patients, we described that Vpu present during IFN-treatment confer to the virus a better fitness in presence of IFN associated with a better virions release efficiency, allowing the virus to overcome the antiviral activities induced by IFN

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Cordeil, Stéphanie. "Etude de la différence de susceptibilité des lentivirus de primates aux interférons de type I". Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2012. http://www.theses.fr/2012ENSL0781.

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Les IFN-I (interférons de type I), principalement IFN et , constituent un mécanisme de défense primordial de l’hôte contre les pathogènes. Pourtant, dans le cas du VIH-1 (virus de l’immunodéficience humaine), la relation entre les IFN-I et la réplication virale apparaît plus complexe. En effet, si les IFN-I inhibent la réplication du VIH-1 ex vivo, un état d’hyperactivation permanent de la réponse IFN-I a été récemment associé à la progression vers le SIDA ainsi qu’à une forte virémie chez les patients infectés par le VIH-1. De même, la dérégulation de la réponse IFN-I est un critère déterminant dans l’issue pathogénique de certains modèles d’infection virale chez le singe. Si l’hypothèse du rôle pathogénique des IFN-I s’avère correcte, le VIH-1 pourrait avoir évolué afin de se répliquer même en présence d’une telle réponse, qui semble être au final, plus délétère pour l’hôte que pour le virus. L’objectif de ce travail a été d’évaluer la résistance du VIH-1 aux IFN. Dans ce contexte, le VIH-1 a été comparé au VIH-2 et au SIVmac (virus de l’immunodéficience simienne), virus phylogénétiquement proches mais peu ou pas pathogènes pour l’homme, lors de l’infection de plusieurs types cellulaires tels que des lymphocytes, des macrophages et des cellules dendritiques. En accord avec l’hypothèse initiale de travail, les expériences réalisées ont montré que le VIH-1 est capable de se répliquer dans les cellules primaires prétraitées avec des doses d’IFN comparables à celles mesurées in vivo, alors que la réplication des virus VIH-2/SIVmac est complètement bloquée, même à des concentrations très faibles d’IFN. Ce travail a permis de démontrer que le blocage induit par l’IFN s’exerce au niveau des phases précoces de l’infection et plus précisément à l’étape de la transcription inverse. En effet, les données obtenues suggèrent que l’IFN induit l’expression d’un effecteur cellulaire qui affecte différentiellement la stabilité des complexes viraux, ce qui se traduit par un défaut d’accumulation de l’ADN viral plus important pour le VIH-2 et le SIVmac, que pour le VIH-1. La différence de susceptibilité des lentivirus de primates aux IFN-I pourrait ainsi expliquer en partie, les différents niveaux de réplication de ces virus, associés à leurs degrés de pathogénicité in vivo
Type I Interferons (IFN-α/β, herein IFNs) provide an important mechanism of defense against pathogens and regulate in a paracrine and autocrine manner both intrinsic and adaptive immune responses. In the case of HIV-1 however, the relationship between IFNs and viral replication appears more complex. Indeed, if IFNs have been described to interfere with HIV-1 at basically all phases of its life cycle ex vivo, an IFN-induced state is linked to AIDS progression and to high viral loads in HIV-1 infected individuals. Similarly, a deregulated and prolonged IFN production/state seems one of the main distinguishing features between pathogenic and non-pathogenic SIV infection in primate animal models, suggesting that a deregulated IFN-state may be more detrimental to the host than to the virus itself in vivo.If this hypothesis is correct and if HIV-1 plays an active role in the perpetration of this antiviral state, it is possible that HIV-1 may have overall evolved to cope with this environment, remaining able to replicate despite it.To determine whether HIV-1 was better armed to replicate in the presence of an IFN-state environment than other primate lentiviruses, we compared HIV-1 to SIVmac and more importantly to HIV-2 that albeit capable of inducing AIDS in humans does so in a much less aggressive manner. In agreement with the initial hypothesis, our results indicate that HIV-1 is better fit to replicate in primary cells in the presence of amounts of IFN comparable to the ones measured in vivo, while the replication of HIV-2/SIVmac viruses is completely blocked even in the presence of low levels of IFN. By decorticating the effects of IFNs on the early and late phases of the viral life cycle in primary macrophages, we show here that the main target of the differential action of IFNs are the early phases of infection. More specifically, with time kinetics that we determine herein, IFNs induce cellular factor/s that differentially affect the stability of pre-reverse transcription complexes of HIV-2, but not of HIV-1. Our results could underlie a different evolutionary adaptation of primate lentiviruses to interferons that might be responsible for their different pathogenicity in vivo

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Obeid, Dalia. "Expression et régulation de l'angiotensin converting enzyme (ACE) et la TNF alpha converting enzyme (TACE) des cellules monocytaires humaines". Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077228.

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L'enzyme de conversion de l'angiotensine (ACE/CD143) et la TNF-a converting enzyme (TACE/ADAM-17) sont des protéases membranaires, présentes dans divers types cellulaires dont les monocytes du sang circulant. Les monocytes, en infiltrant les tissus lésés, jouent un rôle crucial dans l'inflammation, le cancer et les maladies cardiovasculaires. ACE et TACE sont anormalement surexprimées dans certaines pathologies inflammatoires et tumorales. De par leur capacité à hydrolyser des peptides bioactifs, des composants matriciels et des protéines membranaires (procytokines, récepteurs de cytokines, molécules d'adhérence), ACE et TACE apparaissent impliquées dans l'homéostase, l'inflammation et l'angiogenèse. Peu d'études ont abordé la régulation de ACE et TACE. L'identification des mécanismes de régulation de ces protéases monocytaires pourrait conduire au développement de composés anti inflammatoires susceptibles d'être utilisables en médecine. Je me suis donc attachée à rechercher des facteurs capables d'influencer l'expression de ACE et TACE. Parmi les hémorégulateurs testés (TNF-a, TGF-13, acide rétinoïque, IL-6, IFNs), j'ai montré que les IFNs recombinants (IFN-a/43 type I et IFN-y/II) régulent de façon divergente l'expression de ACE et TACE à la surface des monocytes humains et des lignées leucémiques représentatives du lignage myéloïde. L'IFN-y augmente l'expression de ACE via une régulation transcriptionnelle impliquant le facteur de transcription IRF1. Les 2 types d'IFNs inhibent l'expression de TACE à la surface des cellules via probablement un mécanisme d' internalisation. J'ai voulu valider ces observations dans un système in vivo et j'ai choisi d'étudier l'impact de l'IFN-y murin dans la souris Rag et plus particulièrement sur l'expression de ACE et TACE monocytaires et plasmatiques. Mes premiers résultats sur un nombre limité d'animaux sont en faveur d'un effet stimulateur transitoire (3 jours) de l'IFN-y sur ACE et TACE monocytaires suivie par une inhibition tardive de TACE (7 jours après l'injection de l'IFN-y). En conclusion, nous avons identifié les IFNs comme agents régulateurs de l'expression de deux protéases pouvant, selon la littérature, être directement impliquées dans les processus inflammatoires et tumoraux. Nos données concernant l'inhibition de TACE par les IFNs suggèrent la possibilité d'utilisation de ces derniers dans le traitement de maladies où TACE exerce un effet délètère. Dans la sarcoïdose où l'accumulation d'IFN-y endogène participe audéveloppement des lésions, les monocytes circulants et les macrophages tissulaires surexpriment ACE. Nos observations sur la stimulation de ACE par l'IFN-y permettent d'établir un lien entre IFN-y et ACE dans cette maladie, et ainsi contribuer à une meilleure compréhension de cette maladie.

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Morel, Victoria. "Rôle chromatinien de SUMO dans l’immunité innée et ses implications dans l’immunothérapie des cancers". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2021. http://www.theses.fr/2021SORUS434.

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L'immunothérapie est récemment apparue comme une approche anti-cancéreuse prometteuse, mais ne profitant qu'à un nombre limité de patients. Étant donné que la perte de la SUMOylation dans les cellules immunitaires induit une réponse massive d'interféron de type I (IFN-I) et que l’IFN-I agit en synergie avec la thérapie par blocage des points de contrôle, nous avons étudié l'effet de la manipulation de la voie SUMO sur les réponses immunitaires anti-tumorales. Mes résultats ont révélé que des souris hypoSUMOylées présentent un délai significatif de croissance tumorale sous anti-PD-1 par rapport aux WT et que cette réponse dépend en partie de la signalisation IFN-I et implique à la fois les populations myéloïdes et lymphocytaires. De plus, nous avons défini le répertoire des substrats endogènes de SUMO dans des macrophages stimulés ou non avec des pathogènes. Au total, 1232 substrats ont été identifiés, dont 30 différentiellement SUMOylés. La validation et la caractérisation fonctionnelle de ces substrats donnent un aperçu du mécanisme par lequel SUMO régule l'immunité. De plus, il est connu que SUMO agit au niveau de la chromatine et fonctionne comme un régulateur de l'identité cellulaire. Une autre partie de mon projet vise donc à évaluer le rôle de la SUMOylation dans un processus physiopathologique associé aux changements de destin cellulaire. Plus précisément, nous avons étudié le rôle de SUMO dans le système musculaire squelettique et montré qu’une hypoSUMOylation améliore la régénération musculaire. Nous espérons que ces études éclaireront les fonctions de SUMO dans la régénération tissulaire et permettront l'identification de nouveaux traitements contre le cancer
Immunotherapy has recently emerged as a promising approach for cancer treatment but it only benefits to a limited number of patients. Since loss of SUMOylation in immune cells induces a massive type I interferon (IFN-I) response and IFN-I-based innate responses were found to synergize with checkpoint blockade for the rejection of tumors, we investigated the effect of manipulating the SUMO pathway on anti-tumor immune responses. My results revealed that hypoSUMOylated mice show a significant delay in tumor growth upon PD-1 blockade as compared to the WT and that this anti-tumor response partly depends on IFN-I signaling and involved both myeloid and lymphocytic populations. We then identify the repertoire of endogenous SUMO substrates in macrophages either unstimulated or upon pathogenic stimuli. In total, 1232 substrates of SUMO were identified, 30 of which were differentially SUMOylated upon immune stimuli. Validation and functional characterization of these substrates give some insight into the mechanism by which SUMO regulates immunity. Moreover, it is known that SUMO acts at the chromatin and functions as a general safeguard of cell identity. In this context, another part of my project seeks to assess the function of SUMOylation in a patho-physiological process associated with cell fate changes. More precisely, we studied the role of SUMO in the skeletal muscle system and have shown that hypoSUMOylation improve muscle regeneration. We anticipate these studies to provide new insight into SUMO functions involved in the tissue regeneration as well as to allow the identification of new potential strategies to manipulate inflammation for cancer therapeutic purposes

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François-Newton, Véronique. "Etude de la réponse cellulaire aux interférons de type I : rôle de la cystéine protéase USP18". Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00829540.

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Les interférons (IFN) de type I et type III sont des cytokines induites par des pathogènes. L'IFN de type I (IFN α/β)se fixe à un récepteur constitué des chaînes IFNAR1 et IFNAR2. L'IFN de type III (3 λs) se fixe à un récepteur constitué des chaines IFNLR1 et IL-10R2. La liaison de ces IFNs à leur récepteur active la voie Jak/Stat, induit les mêmes gènes et des réponses cellulaires communes essentielles à la protection antivirale. L'IFN de type I joue un rôle pléiotropique et de ce fait la réponse cellulaire aux IFNs doit être contrôlée dans le temps et dans l'espace. Certains régulateurs négatifs tels que les SOCS ou les ubiquitine ligases ciblant la sous-unité IFNAR1 vont agir rapidement après la stimulation, alors que d'autres agissent à des temps plus tardifs, tels qu'USP18. USP18 est une cystéine protéase induite par l'IFN, elle clive ISG15, une molécule semblable à l'ubiquitine, à partir de protéines ISGylées. J'ai étudié comment une stimulation prolongée avec de l'IFN de type I ou III interfère avec la capacité de ces cellules à répondre à une re-stimulation par les IFN α, tout en maintenant leur sensibilité à l'IFN β et λ . Ce phénomène de désensibilisation différentielle n'est pas dû à une diminution des récepteurs à la surface des cellules mais à l'induction de la forme catalytiquement active d'USP18. Lors de traitements prolongés à l'IFN, l'accumulation d'USP18, dont l'expression est régulée par ISG15, inhibe progressivement la signalisation induite par l'IFN α. En conclusion, ces études montrent qu'USP18 fait partie intégrante des signaux transmis lors d'une stimulation par les IFN de type I et III et définit le seuil d'activité des différents sous-types α/β.

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Dabo, Stéphanie. "Régulation de l’induction des interférons de type I et de type III au cours de l’infection par le VHC : rôle des proteines kinases IKKε/TBK1". Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066665.

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Près de 3% de la population mondiale est infecté par le Virus de l’Hépatite C (VHC). Chez la plupart des patients, le virus s’établit en infection chronique conduisant à une dégradation progressive du foie, depuis la fibrose jusqu’à l’hépatocarcinome. La capacité du virus à interférer avec le système immunitaire de l’hôte et, en particulier, les mécanismes d’induction et d’action de l’IFN font partie des paramètres impliqués dans l’établissement de l’infection chronique. L’infection par le VHC peut conduire à l’induction d’IL29, un IFN de type III, dans les hépatocytes mais le mécanisme n’est pas encore connu. Nous avons montré qu’IL29 était produit et sécrété au cours de l’infection et qu’il était capable d’activer l’induction d’ISG via la voie JAK/STAT alors que l’IFNß était soit absent ou produit à un niveau très faible. L’induction d’IL29 a lieu alors que la protéine MAVS a été clivée par la protéase virale NS3/4A et donc que la voie RIG-I/MAVS est profondément inhibée. Cependant, IRF3 et IRF7 sont activés au cours de l’infection et IRF7, IKKε et IL8 sont induits. Nous avons utilisé le MRT67307, un inhibiteur spécifique de IKKε/TBK1, préalablement utilisé pour démontrer la capacité de ces kinases à diminuer l’activation de NF-κB par les kinases IKKα/ß. De façon frappante, il déclenche une forte inhibition de l’induction d’IL29 alors qu’il augmente celle de l’IFNß. L’ensemble de ces résultats suggère que l’équilibre entre l’induction d’interféron de type I et de type III au cours de l’infection par le VHC pourrait être modulé en fonction de l’état d’inflammation des cellules et met en évidence le rôle crucial joué par les kinases IKKε/TKB1 dans ce processus
An estimated 3% of the world population is infected with Hepatatis C Virus (HCV). In most patients, the virus establishes a chronic infection leading to a progressive deterioration of the liver from fibrosis to hepatocarcinoma. The establishment of chronic infection is due ability of the virus to interfere with the host immune system, more specifically with the induction and function of the interferons (IFNs). Acute HCV infection can induce the type III IFN IL-29 in hepatocytes by a yet uncharacterized mechanism. Here, we show that IL-29 is produced and secreted during infection and is able to activate the JAK/STAT-mediated induction of ISGs, while IFNß is either absent or produced at low levels. The involvement of the RIG-I/MAVS signalling in IL-29 induction is strongly inhibited since MAVS is cleaved by HCV NS3/4A. Nonetheless, IRF3 and IRF7 are activated during infection. We also found that JFH1 infection triggers the induction of IRF7, the IKK-related kinase IKKε and IL8. A specific inhibitor of the IKKε/TBK1 kinases, the MRT67307 compound, was previously used to demonstrate the ability of these kinases to impair NF-κB activation by the canonical IKKα/ß. The use of MRT67307 in the context of JFH1 infection was found to inhibit strongly the induction of IL-29 while that of IFNß is increased. Taken together, these results may suggest that NF-κB activation and consequent inflammation are able to modulate the balance between type I and type III IFN induction during HCV infection, and pinpoint a role for the IKK-related kinases, such as IKKε, in this process

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Payet, Cloé. "Study of Interferon type I in Myasthenia Gravis". Thesis, Sorbonne université, 2021. http://www.theses.fr/2021SORUS517.

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La Myasthénie Grave (MG) est une maladie due à des auto-anticorps contre le récepteur à l’acétylcholine (RACh). Le thymus est l’organe effecteur et est caractérisé par la surexpression d’interféron-β (IFN-β). Le but de ma thèse a été de comprendre l’implication des interférons de type I (IFN-I) dans la Myasthénie. Tout d’abord, j’ai démontré qu’aucune signature IFN-I n’est détectée dans le sérum ou les PBMC des patients. La signature IFN-I est donc bien spécifique du thymus et mon objectif a été de comprendre les causes de cette surexpression. L’induction des IFN-I est liée aux infections pathogènes mais dans certaines pathologies à des acides nucléiques endogènes (ANe). J’ai démontré que des molécules mimant des ANe induisent l’expression d’IFN-β et du RACh par les cellules épithéliales thymiques (CET) et dans le thymus de souris. J’ai émis l’hypothèse que ces ANe pouvaient provenir de thymocytes nécrotiques. J’ai donc induit la nécrose des thymocytes in vivo et in vitro et montré que cela induit la surexpression de l’IFN-β et du RACh dans les CET et dans le thymus de souris traitées à la dexaméthasone. Dans les thymus MG, j’ai aussi observé une diminution des macrophages, cellules nécessaires pour l’élimination des cellules apoptotiques. Chez la souris, une déplétion en macrophages augmente la nécrose des thymocytes et induit l’expression d’IFN-I et de RACh. Par conséquent, dans le thymus MG un défaut en macrophage pourrait empêcher l’élimination des thymocytes apoptotiques. Ces derniers passant en nécrose libéreraient alors des acides nucléiques activant les voies de la signalisation de l’immunité innée responsable de la signature IFN-β dans le thymus des patients MG
Myasthenia gravis (MG) is an autoimmune disease mediated by autoantibodies against the acetylcholine receptor (AChR). The thymus of patients is the effector organ and is characterized by chronic overexpression of interferon (IFN)-β. My PhD aimed to understand the implication of IFN-I in MG. First, I demonstrated that no IFN-I signature is detected in serum and PBMC of patients. IFN-I signature is specific to the thymus and I investigated the cause of this overexpression. IFN-I is produced in response to pathogen infection but also in response to endogenous nucleic acids (eNA) in diseases, such as interferonopathies. I demonstrated that molecules mimicking eNA, such as double-stranded DNA or RNA induced the overexpression of IFN-β and of AChR in human thymic epithelial cells (TEC) or in the thymus of mice. As I was suspecting eNA to be released by necrotic cells, I induced thymocyte necrosis in in vitro or in vivo models. I then showed an increased IFN-I signature and the expression of AChR in TEC and in the thymus of mice treated with dexamethasone. In addition, I observed in the MG thymus a decrease in thymic macrophages, cells responsible for the clearance of apoptotic cells. In mice, depletion of thymic macrophages led to an increase in necrotic thymocytes associated with IFN-I and AChR expression. Consequently, I hypothesize that in the MG thymus, a decrease in the number of macrophages may alter the processing of apoptotic cells leading to the release of eNA from necrotic thymocytes. These eNA would activate innate immunity signaling pathways leading to the IFN-β signature which would induce thymic changes self-sensitization against AChR

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Pelinski, Yanís. "Chromatin Disorganization as a Regulator of Irradiation-Induced L1Md Expression and Hematopoietic Stem Cell Function Thrombopoietin Protects Hematopoietic Stem Cells from Retrotransposon-Mediated Damage by Promoting an Antiviral Response". Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS122.

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L'exposition à l’irradiation, comme lors des radiothérapies, affecte l'intégrité et la fonction des cellules souches hématopoïétiques (CSH). L’IR est donc associée au développement de maladies myéloïdes liées à la thérapie, telles que les syndromes myélodysplasiques (SMD) et les leucémies myéloïdes aiguës secondaires. Par conséquent, l'étude des mécanismes moléculaires qui contribuent à la perte de fonction des CSH induite par le stress, pourrait aider à identifier les patients à risque et à trouver éventuellement de nouvelles stratégies pour prévenir ces maladies.Notre équipe a récemment découvert un nouveau mécanisme responsable de la perte de fonction des CSH murines suite à l’IR qui implique les L1Md, les sous-familles jeunes et actives des éléments LINE-1. Nous avons montré que l'expression des L1Md est augmentée suite à l'IR et que cela entraîne une accumulation de dommages à l'ADN et de défauts des CSH. Nous avons également montré que la thrombopoïétine (TPO), une cytokine de niche des CSH , prévient la perte de fonction des CSH induite par l'IR, l'accumulation de dommages à l'ADN et la dérépression des L1Md.L'analyse de microarray a montré que la TPO induit un enrichissement des gènes de signalisation de l'IFN-I dans les CSH, dont beaucoup sont des facteurs de restriction virale. Au début de ma thèse, j'ai participé à une étude qui a montré que la TPO contrôlait l'expression des L1Md par cette voie de signalisation.Les L1Md sont reconnues comme des contributeurs majeurs des réseaux de régulation des gènes. Leur expression est étroitement régulée par des mécanismes épigénétiques, tels que la marque répressive de l'histone H3K9me3.Les principaux objectifs de mon projet de thèse sont donc de :1. Comprendre les mécanismes par lesquels l’IR affecte l'épigénétique des CSH, et en particulier l'hétérochromatine.2. Déterminer si la TPO, via sa signalisation de type IFN, peut réguler la répression des L1Md par des mécanismes épigénétiques.3. Déterminer si, et comment, l'expression des L1md peut affecter l'expression génique des CSH.Des expériences de ChIP-qPCR sur des CSH un mois après IR, montrent que la dérépression des L1Md est liée à une perte de H3K9me3 au niveau de leurs promoteurs, qui est empêché par la TPO. Ces résultats ont été confirmés par des expériences de ChIPseq montrant qu'une grande majorité des loci L1Md présentaient une perte de H3K9me3 suite à l’IR par rapport à la condition non irradiée, et que cela était empêché par la TPO. Ce n'était pas le cas pour les sous-familles de rétroéléments plus anciens, comme le Lx5, ou pour les rétrovirus endogènes. Les données RNAseq ont montré que l'IR dérégule fortement le transcriptome des CSH. Une injection de TPO 1h avant l’IR empêche cela. Nous montrons également que les gènes réprimés lors de l’IR, et pas dans la condition IR+TPO, sont significativement plus susceptibles de contenir un L1Md dans leurs introns que par hasard (p<0,05). Ceci est spécifique aux L1Md et aux gènes qui sont réprimés par l’IR. Certains de ces gènes sont impliqués dans l'oncogenèse ou la fonction des CSH. L’IR induit une perte de la signature CSH. Il est intéressant de noter que 55% des gènes appartenant à la signature CSH et qui sont réprimés lors de l’IR contiennent un L1Md dans leurs introns. L'orthologue humain de 75% des gènes réprimés lors de l’IR et hébergeant une L1Md, contient également un L1 jeune chez l’homme, suggérant une fonctionne conservée dans la régulation de l'expression des gènes hématopoïétiques.Nous avons analysé plusieurs cibles et validé une diminution de l'expression en IR accompagné d'une perte de H3K9me3 au niveau de leur L1Md intronique respective.Ces résultats montrent un lien entre l'IR et l'épigénétique des CSH, et suggèrent un rôle pour les L1Md dans la régulation de l'expression des gènes hématopoïétiques
Exposure to ionizing radiations (IR), like in radiotherapy, affects hematopoietic stem cell (HSC) integrity and function. As a consequence, IR is associated with the development of therapy-related myeloid malignancies such as myelodysplastic syndromes (MDS) and secondary acute myeloid leukemias. Therefore, studying the molecular mechanisms that contribute towards stress-induced HSC loss of function, could help identify patients at risk and eventually find new strategies to prevent these diseases.Our team has recently uncovered a new mechanism responsible for murine HSC loss of function upon IR that involves L1Md, the young and active subfamilies of Long Interspersed Elements LINE-1. We showed that L1Md expression is increased following IR and that this leads to an accumulation of DNA damage and HSC defects. We have also shown that thrombopoietin (TPO), a niche HSC cytokine involved in self-renewal, prevents IR-induced HSC loss of function, accumulation of DNA damage and L1Md derepression.Microarray analysis had shown that TPO induced an enrichment of IFN-I signaling genes in HSCs, many of which are viral restriction factors. At the beginning of my PhD I was involved in a study that showed that TPO controlled L1Md expression via this signaling pathway. These results were published in J Exp Med in 2018, in an article in which I am co-first author.L1Md are recognized as major contributors of gene regulatory networks. Their expression is tightly regulated by epigenetic mechanisms, such as the repressive histone mark H3K9me3.The main objectives of my PhD project are thus to:1. Understand the mechanisms by which IR affects HSC epigenetics, and in particular heterochromatin.2. Determine if TPO, via its IFN-like signaling, may regulate L1Md repression through epigenetic mechanisms.3. Determine if, and how, L1md expression may impact HSC gene expression.We perfomed ChIP-qPCR experiments on HSCs one month post IR, and found that L1Md derepression is linked to a decreased H3K9me3 enrichment at their promoters, which is prevented by TPO. These results where further confirmed by ChIPseq experiments that showed that a vast majority of L1Md loci showed a reduced H3K9me3 enrichment upon IR compared to the non-irradiated condition, and that this was prevented by TPO. This was not the case for older retroelement subfamilies, such as the Lx5, or for endogenous retroviruses (ERV). RNA-seq data showed that IR strongly deregulates the HSC transcriptome. These effects are prevented by TPO injection 1h prior to IR. We also show that genes repressed upon IR, and not in the IR+TPO condition, are significantly more prone to contain an L1Md in their introns than by chance (p<0.05). This is specific for the L1Md family and for genes that are downregulated upon IR. Some of these genes are involved in oncogenesis or HSC function. IR induces a loss of the HSC signature. Interestingly, 55% of the genes belonging to the HSC signature and that are repressed upon IR contain an L1Md in their introns. The human orthologous of 75% of the genes repressed upon IR and hosting an L1Md, also host young human and primate L1, suggesting a conserved functional role of young L1 in regulating hematopoietic gene expression.We have analyzed in more details several target genes, and validated a decreased expression upon IR that is accompanied by a loss of H3K9me3 at their respective intronic L1Md.These results show for the first time a link between IR and HSC epigenetics, and suggest a role for L1Md in regulating hematopoietic gene expression

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Delale, Thomas. "Implication des récepteurs de type Toll dans la production d'interférons et l'initiation des réponses immunitaires antivirales". Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10054.

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Les interférons (IFN)-a sont des cytokines clés des défenses antivirales, mais les mécanismes conduisant à leur production restent méconnus. Etant données les fonctions critiques des récepteurs de type Toll (TLR) dans la détection de pathogènes et dans l'induction des IFN-a, nous avons étudié leur rôle dans l'initiation des réponses immunitaires antivirales in vivo et in vitro et démontré le rôle critique de TLR9 dans l'induction de la production d'IL-12 lors de l'infection par MCMV, contrastant avec une sécrétion d'IFN-a plus flexible, successivement dépendante puis indépendante des cellules dendritiques (DC) plasmacytoïdes et des TLR. TLR9 contrôle la production d'IFN-γ par les cellules NK, tandis que leur potentiel cytotoxique est maintenu. Globalement, la détection des virus par les TLR est critique pour assurer des réponses antivirales rapides, mais se coordonne à des mécanismes indépendants des TLR suffisant à établir une immunité adaptative et une relative résistance à l'infection

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Delaunay, Tiphaine. "Etude de différents virus oncolytique pour l'immunothérapie du cancer : mécanisme de la sensibilité tumorale et effets sur la réponse immunitaire". Thesis, Nantes, 2018. http://www.theses.fr/2018NANT1020/document.

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L’immunothérapie oncolytique exploite les propriétés lytiques et immunogènes des virus oncolytiques (OV). Ces virus répliquent et lysent sélectivement les cellules tumorales sans nuire aux tissus sains. Au cours de ma thèse, j’ai identifié la délétion bi-allélique des gènes codant les interférons de type I (IFN I, IFN-α et -β) comme étant le défaut le plus fréquent de la réponse antivirale IFN I dans le mésothéliome pleural malin (MPM). Ces altérations rendent les cellules tumorales permissives au virus atténué oncolytique de la rougeole. J’ai aussi montré que cette perte des gènes des IFN I est fréquente dans les cancers où la délétion du gène suppresseur de tumeur CDKN2A est impliquée (glioblastome, cancer de l’oesophage). Nous sommes donc les premiers à établir le lien entre les délétions des gènes des IFN I et la sensibilité des cellules tumorales à un OV. Ce lien pourrait probablement servir de marqueur prédictif de l’efficacité de l’immunothérapie oncolytique. J’ai ensuite évalué la forte activité oncolytique in vitro et in vivo contre le MPM du virus de la vaccine modifié VVTK-RR- délété des gènes codant la thymidine kinase et la ribonucléotide réductase afin d’assurer sa spécificité. Enfin, j’ai démontré un nouveau mécanisme de stimulation de la réponse immunitaire anti-tumorale humaine par différents OV. En effet, en lysant les cellules tumorales, les OV provoquent le transfert intercellulaire d’antigènes tumoraux tels que NYESO- 1 qui induit ou renforce la présentation de ces antigènes à des lymphocytes T CD4+ cytotoxiques spécifiques. Dans l’ensemble, mes travaux de thèse permettent une meilleure compréhension de l’activité oncolytique de différents virus et de leurs effets sur la réponse immunitaire anti-tumorale
Oncolytic immunotherapy exploits the lytic and immunogenic properties of oncolytic viruses (OV). These viruses selectively replicate in and lyze tumor cells without harming healthy tissues. During my thesis, I first identified the bi-allelic deletion of genes encoding type I interferons (IFN I, IFN-α et -β) as the most frequent defect in the IFN I antiviral response in malignant pleural mesothelioma (MPM). These alterations make the tumor cells permissive to attenuated oncolytic measles virus that subsequently provokes their lysis. I also showed that this loss of IFN I genes is common to cancers for which the deletion of the tumor suppressor gene CDKN2A is critical (glioblastoma, esophageal cancer). This is the first report showing a link between the deletion of IFN I genes and the sensitivity of tumor cells to OV. This link could be used as a predictive marker of the efficacy of oncolytic immunotherapy. I then demonstrated in vitro and in vivo a strong oncolytic activity against MPM of the VVTK-RR- modified vaccinia virus deleted from the genes encoding the thymidine kinase and the ribonucleotide reductase. This OV is thus of particular interest for oncolytic immunotherapy of MPM. Finally, I demonstrated a new mechanism by which different OV favor the human anti-tumor immune response. By lyzing tumor cells, OV allow the intercellular transfer of tumorassociated antigens such as NY-ESO-1 and induce or reinforce the presentation of these antigens to specific cytotoxic CD4+ T cells. Overall, my PhD work provides a better understanding of both the oncolytic activity of different viruses and their effects on the antitumor immune response

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Pradezynski, Fabrine. "Modulation du système interféron de type I par les virus : en particulier par le virus de l'hépatite C et le virus influenza". Thesis, Lyon 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LYO10252.

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Afin de se répliquer et de se propager efficacement, les virus ont développé de multiples stratégies leur permettant d’échapper au système de défense innée : le système IFN de type I. Ce travail de thèse a alors consisté à étudier les interactions entre protéines virales et protéines de ce système de défense afin de mieux comprendre les mécanismes de subversion virale et d’identifier d’éventuelles cibles cellulaires thérapeutiques. La reconstruction d’un réseau d’interactions entre ces protéines nous a permis d’identifier des stratégies différentielles de subversion pour 4 familles virales et de montrer un ciblage massif et significatif des protéines du système IFN de type I par les virus. Les protéines en interaction directe avec ces protéines sont également fortement touchées par les virus et sont de potentiels modulateurs du système IFN de type I. Parmi ces modulateurs, le processus biologique sur-représenté est le transport nucléocytoplasmique et la protéine KPNA1 impliquée dans ce processus a retenu notre attention. L’étude fonctionnelle de l’interaction entre la protéine KPNA1 et la protéine NS3 du VHC a montré que la protéine NS3 associée à son cofacteur NS4A inhibe partiellement la réponse IFN de type I en empêchant l’import nucléaire de STAT1. Ce phénotype pourrait résulter de la dégradation de KPNA1 par NS3/4A. Par ailleurs, l’identification de nouveaux inter-acteurs de la protéine NS1 du virus influenza par criblage double-hybride levure a révélé la protéine induite par les IFN de type I, ADAR1, comme partenaire de la protéine NS1 de multiples souches virales et nous avons montré qu'ADAR1 est un facteur pro-viral dont la fonction editing est activée par NS1
To replicate and propagate efficiently, viruses have developed multiple strategies allowing them to escape the innatedefense system: the type I IFN system, This work of thesis then consisted in studying the interactions between viralproteins and proteins of this defence system in order to understand better the mechanisms of viral subversion andidentifY possible therapeutic cellular tatgets. The reconstruction of a network of interacting proteins involved in the typeI IFN system allowed us to identifY differentiai subversion strategies for 4 viral families and to show a massive andsignificant targeting of proteins of the type I IFN system by viruses. Proteins directly interacting with the type Iinterferon system network are also strongly targeted by viruses and are potential modulators of the type I IFN system.Among these modulators, the most tatgeted function conesponds to the transport of NLS-bearing substrates to thenucleus and the KPNAI protein involved in this process held our attention. The functional study of the interactionbetween KPNA1 and NS3 protein of the HCV showed that NS3 protein associated with its cofactor NS4A inhibitsprutially the type I IFN response by preventing the nuclear translocation of ST A Tl. This phenotype could result fromthe degradation of KPNAI by NS3/4A. Besides, the identification of new cellular prutners ofNS 1 prote in of influenzavirus by yeast two-hybrid screens revealed ADARI, an interferon-stimulated prote in, as partner of NS 1 of ali testedvirus strains and we showed that ADARI is an essential host factor for viral replication and its editing function isactivated by NS 1 protein

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Martinet, Valérie. "Rôle des Interférons de type I dans la régulation de l'expression d'Eomes et l'acquisition d'un phénotype mémoire par les lymphocytes T CD8+". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2018. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/277112.

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Les lymphocytes T (LT) CD8+ sont les médiateurs clés de la réponse immunitaire adaptative dirigée contre les pathogènes intracellulaires et les cellules tumorales. Lors d’une infection ou d’une immunisation, ils sont activés en réponse à leur antigène spécifique, prolifèrent et se différencient en cellules effectrices. Les LT CD8+ effecteurs participent à l’élimination du pathogène grâce à leurs fonctions cytotoxiques et à la production de cytokines. Les cellules activées subissent ensuite une phase de contraction à l’issue de laquelle ne subsistera qu’une petite population hétérogène de cellules mémoires qui contribuera à la protection à long terme de l’organisme lors d’infections ultérieures par le même pathogène. Les LT CD8+ peuvent également acquérir un phénotype de cellule mémoire dans des conditions physiologiques en l’absence de reconnaissance antigénique. Ces LT CD8+ mémoires non conventionnels peuvent apparaître dans le thymus (“LT CD8+ mémoires innés thymiques” (TIM) ou en périphérie (“LT CD8+ mémoires virtuels” (VM)). Ces sous-populations de LT CD8+ mémoires conventionnels et non conventionnels peuvent être activés sans reconnaissance antigénique par des cytokines inflammatoires, acquérir des fonctions cytotoxiques et produire des quantités importantes d’IFNγ. Elles contribuent ainsi à la première ligne de défense de l’organisme au même titre que d’autres cellules de l’immunité innée comme les cellules NK, NKT et γδ. Le programme transcriptionnel impliqué dans ces processus de différenciation alternative est mal connu. Eomesodermin (Eomes), un facteur de transcription apparenté à T-bet, joue un rôle central dans l’acquisition du phénotype mémoire et dans la fonction de ces cellules. Cependant, malgré le rôle crucial d’Eomes dans ce contexte, les signaux responsables de son induction et du maintien de son expression ne sont pas clairement établis. Dans ce travail, nous avons montré que les voies de signalisation induites par les interférons (IFN) de type I induisent directement l’expression d’Eomes tant dans les LT CD8+ naïfs que mémoires. Ce processus ne semble pas impacter la différenciation en cellules mémoires conventionnelles. Par contre, nous avons observé que l’absence de cette voie de signalisation affecte de façon importante le phénotype, la fonction et l’expansion au cours du vieillissement des cellules mémoires « virtuelles » (VM). De plus, les IFNs de type I induisent l’expansion de cette population in vivo et de façon dépendante de l’expression d’Eomes. Enfin, nous avons montré que le développement des LT CD8+ mémoires innés thymiques est régulé par les mêmes voies de signalisation induites par les IFNs de type I. Ainsi, ce travail révèle qu’en induisant Eomes, les IFNs de type I sont importants pour le développement, le maintien et la fonction des lymphocytes T CD8+ mémoires non conventionnels. De nombreuses questions subsistent concernant les conditions dans lesquelles se développent ces cellules, leurs fonctions dans la réponse immunitaire et leur présence possible chez l’humain.
Doctorat en Sciences médicales (Médecine)
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Gautier, Grégory. "Activation des cellules dendritiques par les récepteurs de la famille Toll : implication d'une boucle autocrine/paracrine d'interféron de type I dans la production d'interleukine-12". Lyon 1, 2004. http://www.theses.fr/2004LYO10204.

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La cellule dendritique (DC) est une cellule présentatrice d'antigène à l'interface entre immunité innée et adaptative. Selon son origine, elle exprime différents récepteurs de la famille Toll (TLR) reconnaissant des structures moléculaires conservées des pathogènes. Nous montrons que 1/ l'activation des DC myéloi͏̈des in vitro par les TLR-7/-8 entre en synergie avec le TLR-3 et le TLR-4 pour induire deux cytokines clés : l'interleukine-12 (IL-12) reliant immunité innée et adaptative et les interférons (IFN) de type I initiateurs de la réponse anti-virale, 2/ la sécrétion d'IL-12p70 biologiquement active est dépendante d'une boucle autocrine d'IFN-α/β régulant l'accumulation de l'ARN messager d'IL-12p35, 3/ La sécrétion endogène d'IFN-[lambda] induite par les TLR-3,-4 et -8 pourrait aussi participer à l'induction d'IL-12p70 mais contrairement aux TLR-3 et -4, le TLR-8 active une voie de signalisation indépendante du facteur de transcription IRF 3 pour induire les IFN dans les DC humaines

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Boisvert, Marc. "Régulation de l'expression et de la production de l'interféron-γ par les intégrines liant le collagène chez les lymphocytes T". Master's thesis, Université Laval, 2007. http://hdl.handle.net/20.500.11794/19260.

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Alculumbre, Solana. "Division of Labor Between Distinct Human Plasmacytoid Dendritic Cell Subsets Following Viral Activation". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLS014.

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L’existence d’un partage des tâches a été démontrée au sein de nombreux systèmes biologiques et ce notamment en immunologie où il a été décrit dans le contexte de différentes sous-populations d’un même type cellulaire. Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) jouent un rôle clé lors des infections virales. Les pDCs ont la capacité de sécréter de grandes quantités d’interférons de type I et de se différencier en cellules dendritiques matures capables d’activer une réponse immunitaire adaptative. Il a été proposé que ces fonctions innées et adaptatives soient séquentiellement induites après activation virale. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à ces deux fonctions principales des pDC et je suis arrivée à la description de différentes sous-populations de pDC activées : PD-L1+CD80- (P1), PD-L1+CD80+ (P2) and PD-L1-CD80+ (P3), démontrant qu’il existe un partage des tâches entre ces sous-types. P1 produit spécifiquement de l’IFN-α, indiquant une spécialisation en immunité innée, et promeut une réponse tolérogénique des cellules T CD4. Inversement, P3 induit une forte activation des cellules T CD4 naïves et une polarisation de type Th2, démontrant une spécialisation fonctionnelle dans l’immunité adaptative. P2 possède un profil fonctionnel intermédiaire. Plutôt qu’un lien séquentiel, nos résultats indiquent une exclusion réciproque des fonctions innées et adaptatives entre ces différents sous-types de pDC
Under microbial stimulation plasmacytoid pre-dendritic cells (pDC) secrete large amounts of type I interferon (IFN) and differentiate into mature dendritic cells capable of activating T cells. These innate and adaptive functions are thought to be induced sequentially in pDC through triggering of the IRF-7 and NFkB pathways, respectively. We found that viral activation of pDC induced their differentiation into three phenotypically distinct subsets: PD-L1+CD80- (P1), PD-L1+CD80+ (P2) and PD-L1-CD80+ (P3). P1 specifically produced IFN-α, indicating a specialization in innate immunity, while promoting weak activation and high IL-10 expression in CD4 T cells. Conversely, P3 showed increased expression of surface costimulatory molecules, improved migratory capacity, strong naïve CD4 T cell activation, and induction of Th2 differentiation. P2 had an intermediate functional profile. No conversion could be induced between subsets. We identified P1 in psoriatic skin, and blood from active lupus patients. Our results indicate reciprocal exclusion, rather than sequential link, of innate and adaptive pDC functions, with important implications in immune regulation and immunopathology

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Pampin, Mathieu Pierre Raoûl. "Implication de PML et des corps nucléaires PML dans la réponse antivirale des IFN de type I contre les picornavirus". Versailles-St Quentin en Yvelines, 2006. http://www.theses.fr/2006VERS0018.

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PML nuclear bodies (NBs) are dynamic intranuclear structures harbouring numerous transiently localised proteins. PML is directly induced by interferons. Another protein induced by interferon implied in this effect is p53. We demonstrate the molecular events following poliovirus infection that lead to PML-dependent p53 activation and protection against virus infection. Poliovirus infection induces PML phosphorylation through ERK pathway, increases PML SUMOylation, and induces its transfert from the nucleoplasm to the nuclear matrix. These events result in the recruitment of p53 to NBs, p53 phosphorylation and activation of p53 target genes leading to the induction of apoptosis and inhibition of viral replication. This effects requires the presence of PML, is transient as poliovirus targets p53 by inducing its degradation in proteasome dependent manner. Our results provides evidence of how poliovirus counteracts p53 antiviral activity by regulating PML thus leading to p53 degradation
PML (Promyelocytic Leukemia), protéine induite par l'interféron, est impliquée dans la régulation de nombreux processus cellulaires tels que l'inhibition de la croissance, l'apoptose et la défense antivirale. PML est localisée dans le nucléoplasme et sur une structure appelée corps nucléaires (CN) dont PML est l’organisatrice. Le poliovirus réorganise les CN et induit le recrutement de PML sur ces structures. Ce transfert fait intervenir la phosphorylation par ERK de PML et ensuite sa SUMOylation. Ces événements ont comme conséquence le recrutement de p53 sur les CN et à l’activation de p53 menant à l'induction de l'apoptose et à l'inhibition de la réplication virale. Le poliovirus contrecarre cette réponse cellulaire en induisant la dégradation de p53 via le proteasome sur les CN

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Lepelley, Alice. "Mécanismes de reconnaissance des cellules infectées par le VIH-1par l'immunité innée". Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077197.

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L'activation inadaptée des réponses immunitaires de l'hôte aux pathogènes détermine souvent la sévérité d'une infection. La détection des pathogènes par des récepteurs de l'immunité innée conduit à la production de cytokines antivirales, parmi lesquelles les interférons (IFN) de type I. Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs) sont les principales cellules productrices d'IFN de type I. Chez les personnes infectées par le Virus de Plmmunodéfîcience Humaine (VIH-1), le nombre de pDCs circulantes diminue fortement. In vitro l'incubation de pDCs avec des virions VIH-1 induit leur maturation. Les pDCs et d'autres types cellulaires sont capables de produire des IFN lorsqu'elles entrent en contact avec le VIH-1, en partie par la détection des ARNs viraux par des récepteurs Toll-like (TLRs) dans les endosomes. Le rôle d'autres voies de reconnaissance du VIH-1 par l'immunité innée reste encore peu connu. Nous avons étudié la détection de cellules infectées par le VIH-1 par les pDCs et d'autres types cellulaires. Nous montrons que les lymphocytes infectés stimulent les pDCs bien plus efficacement que les particules virales seules. Nous avons recherché quelles protéines et activités virales étaient importantes pour stimuler l'immunité innée. Nous avons aussi caractérisé les récepteurs cellulaires impliqués dans la détection des cellules infectées. Dans les pDCs primaires et une lignée de pDCs, la reconnaissance passe surtout par TLR7. Des cellules produisant des virus non réplicatifs, portant des mutations dans la transcriptase inverse, l'intégrase ou la nucléocapside induisent autant d'IFN que le virus sauvage. À l'inverse, des mutants sans enveloppe ou avec une enveloppe non fusogène stimulent moins les cellules cibles. Ceci suggère qu'en plus de TLR7 des protéines cellulaires cytosoliques pourraient participer à la détection. Nous montrons également que les mécanismes de reconnaissance des cellules infectées varient en fonction de la cellule cible utilisée. Des cellules n'exprimant pas TLR7 sont aussi capables de détecter des cellules infectées. Ce processus nécessite l'accès des éléments viraux au cytoplasme des cellules cibles. Il met enjeu la voie de reconnaissance cytosolique des virus, par l'activation d'IRF3. Nous souhaitons poursuivre l'étude des mécanismes de reconnaissance du VIH-1 par des cellules n'exprimant pas TLR7 en caractérisant plus précisément les récepteurs cellulaires et les éléments viraux impliqués. L'identification des mécanismes de reconnaissance du VIH-1 devrait permettre de mieux comprendre les événements immunitaires associés aux phases précoces et chroniques de l'infection
Inappropriate activation of host immune responses to pathogens often defines the severity of an infection. Detection of pathogens by innate immunity receptors leads to antiviral cytokines production, including type I interferons (IFN). Plasmacytoid dendritic cells (pDCs) are the main type I IFN producer cells. In Human Immunodeficiency Virus 1 (HlV-l)-infected patients, circulating pDC numbers are strongly decreased. In vitro, incubation of pDCs with HIV-1 virions triggers their maturation. PDCs and other cell types are able to produce type I IFN when exposed to HIV-1, in part through the detection of viral RNA by Toll-like receptors (TLRs) in endosomes. The role of other récognition pathways in HIV-1 sensing by the innate immunity is still poorly known. We studied the recognition of HIV-1-infected cells by pDCs and other cell types. We show that infected lymphocytes are much more potent in pDCs stimulation than cell-free viral particles. We looked for viral proteins and activities required for innate immunity triggering. We also characterized cellular receptors involved in the detection of infected cells. In primary pDCs and a pDC cell line, TLR7 is mainly responsible for the recognition. Cells producing non-replicative HIV-1, mutated in the reverse transcriptase, the integrase or the nucleocapsid, induce as much IFN as wild type virus. On the contrary, mutants with no envelope or a non-fusogenic envelope activate less target cells. This suggests that, in addition to TLR7, cellular cytosolic proteins could take part in the detection. We also show that mechanisms of infected cells recognition vary depending on the target cell. TLR7 negative cells are able to sense infected cells. This process requires access of viral material to the cytoplasm of target cells. It involves the cytosolic recognition pathway of viruses through IRF3 activation. We want to pursue the study of HIV-1 recognition mechanisms by TLR7 negative cells by the precise characterization of cellular receptors and viral components involved. The identification of HIV-1 detection mechanisms will allow a better understanding of the immunologic events associated with the early and chronic phases of the infection

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Baychelier, Florence. "Mise en évidence de l'implication de protéine adaptatrice Gab2 dans les voies de signalisation induites par les interférons de type 1". Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA11T083.

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Dutrieux, Jacques. "Modification de l'homéostasie lymphocytaire T lors de l'infection aiguë par SIVmac251 chez le macaque rhésus : implication des interférons de type 1". Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077188.

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Les profondes modifications de l'homéostasie lymphocytaire T observées durant la phase aiguë d'infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et la réponse interféron (IFN) de type I sont des éléments clés de l'évolution de la physiopathologie. Pourtant, ces phénomènes sont encore mal compris du fait de la difficulté d'étudier cette phase chez l'Homme. Ce travail de thèse contribue à mieux définir ces modifications chez le macaque rhésus chinois infecté par le virus de l'immunodéficience simienne (SIV), modèle animal d'infection pathogène similaire à l'humain. J'ai tout d'abord mis en évidence que, chez l'Homme, les émigrants thymiques récents participent de manière non négligeable au réservoir viral Dans notre modèle animal, les thymocytes sont infectés de manière précoce. Cette infection induit, dès 3 jours post-infection, une accélération importante de la thymopoïèse aboutissant à une émigration massive de nouvelles cellules vers la circulation sanguine. De plus, ce phénomène est dépendant de la diversification de la sécrétion d'IFN-ot dans le thymus. L'étude des actions antivirales et antiprolifératives des différents sous-types d'IFN-a simiens a permis de montrer que ces cytokines présentent 4 profils différents d'activités antivirales vis-à-vis du SIVmac₂₅₁. Sur les 12 sous-types d'IFN-α, 3 ont une activité antivirale importante, 3 permettent un échappement tardif de la réplication virale et les 6 autres ont une activité moindre voire nulle. J'ai ensuite montré que cette diversification de sécrétion d'IFN-a était également observée au niveau des ganglions lymphatiques et de différents segments de l'intestin dès 3 jours post-infection. Cette sécrétion d'IFN-α coïncide avec la production de chimiokines dans ces organes pouvant être à l'origine de la modification des migrations cellulaires vers ce: organes. Ainsi, on observe un recrutement des cellules naïves et mémoires centrales vers les ganglions lymphatiques et un recrutement préférentiel des cellules effectrices et mémoires effectrices vers les intestins
Major modifications of T-cell homoeostasis and type I interferon (IFN) response occurring during the acute phase of human immunodeficiency virus (HIV) infection are key elements of the evolution of physiopathology. Indeed, these phenomena are poorly understood due to the difficulty to study this phase in humans. This thesis work contributes to a better definition of these modifications in simian immunodeficiency virus (SIV) infected rhesus macaques, an animal model of infection presenting a similar physiopathology as HIV infection in humans. First, in Humans, I showed that recent thymic emigrants significantly participate to HIV reservoir. In our animal model, early infection of thymocytes is observed. This infection induces, by 3 days post-infection, an acceleration of thymopoiesis that leads to a massive cell release in blood. Furthermore, this phenomenon is dependent on diversification of local IFN-α secrétion. The study of antiviral and anti-proliferative effects of the different simian IFN-α subtypes demonstrates that these cytokines have 4 different profiles of antiviral activity against SIVmac₂₅₁. Within the 12 simian IFN-a subtypes, 3 strongly inhibit viral replication in the cultures, 7 allow late viral escape after an initial inhibition of viral replication and the last 2 show no activity. Finally, I demonstrated that the observed diversification of IFN-α subtypes secretion is also found in lymph nodes and in various parts of the intestine by day 3 post-infection. This IFN-α secretion coincides with chemokines production in these organs probably leading to a modification of cellular migration within these organs. Thus, naive and central memory T-cells are recruited into lymph nodes while effector memory and effector T-cells are preferentially recruited in the gut

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Baronti, Cécile. "Etude de Flavivirus : epidémiologie moléculaire en Bolivie et Analyse de leur interaction sur la réponse interféron dépendante du TLR3". Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20664/document.

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Le genre Flavivirus regroupe plus de 70 espèces dont plusieurs sont des pathogènes humains de première importance responsables dans les formes les plus graves de manifestations hémorragiques ou d’encéphalites parfois mortelles. L’absence de traitements antiviraux spécifiques et l’augmentation croissante des flaviviroses, surtout dans les régions tropicales, justifient un effort de recherche et développement pour lutter contre ces maladies.Ce travail a abordé deux aspects de l’infection à flavivirus : un aspect épidémiologique et un aspect plus fondamental sur l’immunité innée et les contremesures flavivirales. L’étude épidémiologique a été menée en collaboration avec le CENETROP (Centro national de enfermedades tropicales) de Bolivie grâce à la contribution de l’IRD. De par l’analyse des différentes souches circulantes dans ce pays, elle a permis une meilleure compréhension de l’épidémiologie de la dengue et de la fièvre jaune et nous a fait prendre conscience de la variabilité génétique de ces virus. Devant le peu de données répertoriées en Bolivie, nos travaux serviront de référence pour comprendre les épidémies futures, peut-être améliorer les techniques de diagnostic et permettre le développement de stratégies de prévention adaptées et l’amélioration des politiques de lutte contre la fièvre jaune en Amérique du Sud. La cohabitation entre le virus et l’hôte immunocompétent est le résultat d’un équilibre subtil entre le taux de réplication virale et la clairance du système immunitaire pour garantir la survie des deux espèces. Chacun a évolué en développant des mécanismes de défenses contre l’autre. Notre second travail visait à analyser l’influence de la protéine flavivirale non structurale NS1 sur la réponse interféron de l’hôte. L’identification de stratégies virales d’évasion face à l’immunité de l’hôte et l’analyse de leurs fonctions dans l’infection virale permettrait de mieux comprendre le système immunitaire ainsi que l’interaction virus–hôte. Ceci aiderait au développement de nouvelles stratégies antivirales afin de traiter les pathologies associées à ces arbovirus
The Flavivirus genus consists of sevevral human pathogens responsible for hemorragic syndrome or encephalitis. The absence of specific antiviral treatment and an increase in Flavivirus incidence has led to a greater research effort in fighting these diseases. The study takes an epidemiological and a fundamental approach in its analysis of the innate immune response to flavivirus infection as well as flaviviral adaptation to evade this response. The analysis of circulating strains in Bolivia has led to a better understanding of dengue and yellow fever and also an awareness of their genetic variability. Given the limited information available in Bolivia, our studies could be used as a reference to understand future epidemics, improve diagnostic methods and allow the development of prevention strategies to fight against yellow fever in south Africa. The relationship between virus and host results from a subtle balance between viral replication and immunity clearance allowing the survival of both species. Each one as developed defence mechanisms against the other. We also examined the role of the non structural protein NS1 in the interferon respons to Flaviviral infection. Knowledge on viral escape strategies from host immunity could help to develop antiviral treatment for these arbovirus diseases

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Carthagena, Laetitia. "Rôle des protéines de la famille TRIM dans l'immunité innée : étude de leur implication dans l'activité anti-rétrovirale des interférons". Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077192.

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Récemment, un membre de la famille TRIM (TRipartite Motif) a été décrit comme induit par les IFN, TRIMSα. Les facteurs TRIMSa issus des espèces homme, macaque et singe vert inhibent ia réplication des souches N-MLV, mais pas des souches B-MLV. De plus, les protéines TRIMSa de macaque et singe vert confèrent une résistance à l'infection par le VIH-1, De même, la protéine chimérique TRIMS-cyclophiline A (TRIMCyp), du singe hibou, inhibe la réplication du VIH-1. Nous avons tenté de déterminer si TRIM5 ne constitue pas un médiateur de l'effet anti-rétroviral des IFN, Nous montrons que les facteurs TRIMSα humain et simiens sont induits par les IFN, et que cette induction entraîne une augmentation de la restriction des cellules humaines et de singe vert envers N-MLV. Nous montrons que le traitement des cellules de singe hibou par les IFN entraîne une augmentation de la restriction face au VIH-1 associée à l'augmentation de l'expression de TRIMCyp, mais également l'apparition d'une restriction indépendante de TRIMCyp face aux souches MLV. Ces résultats, et la détermination de l'étape du cycle viral bloquée, suggèrent qu'il existe chez le singe hibou des facteurs anti-MLV induits par les IFN qui restent à identifier. Nous avons alors considéré tous les membres TRIM comme potentiellement médiateurs de l'immunité innée. Nous avons analysé l'expression des TRIM dans les cellules primaires de l'immunité (macrophages, lymphocytes), après traitement aux IFN. Nous montrons que les IFN régulent l'expression de 27 TRIM sur les 72. Ces résultats ont permis l'identification de nouveaux TRIM induit par les IFN et suggère leur implication dans la régulation de l'activité antivirale cellulaire
TRIMSa is a restriction factor that interferes with retroviral infections in a species specific manner in primate cells. A particular case exists in owl monkey cells, which express a fusion protein between TRIM5 and cyclophilin A, TRIMCyp, interfering with HIV-1 infection. TRIMSα expression has been shown to be induced by IFN. We evaluated the implication of TRIMSα or TRIMCyp in IFN-induced anti-retroviral activities. We show that IFN enhances TRIMSa expression in human, African green monkey and macaque cells, as well as TRIMCyp expression in owl monkey cells. We show that IFN potentates restriction activity against N-MLV in human and African green monkey cells, and that TRIMSa is the mediator of this IFN-induced activity. IFN treatment of owl monkey cells induces a TRIMCyp-dependent enhancement of HIV-1 restriction, as well as a strain-tropism independent restriction of MLV independent of TRIMCyp expression. Our results indicate that TRIMSα and TRIMCyp are implicated in IFN-induced anti-retroviral responses in primate cells, and suggest the existence of an IFN-induced anti-MLV activity in owl monkey cells, which involves a factor that remains to be identified, We next examined whether the entire TRIM protein family was involved in innate immunity. We performed a systematic analysis of TRIM gene expression in human primary cells (lymphocytes, macrophages) in response to IFN. We found that 27 of the 72 human TRIM genes are either up or down-regulated after IFN treatment, and identified novel TRIM proteins that are up-regulated by ÎFN. Our results suggest the involvement of additional TRIM proteins in regulating host antiviral activities

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Detilleux, Dylane. "Functional characterization of the TRRAP pseudokinase and its chaperone TTT during transcriptional regulation in colorectal cancer". Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTT092/document.

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La régulation de l’expression des gènes est critique pour l’adaptation des cellules à leur environnement et pour leur homéostasie. La transcription, qui représente une étape essentielle de l’expression des gènes, est contrôlée par plusieurs facteurs et cofacteurs. L’un de ces cofacteurs, TRRAP, correspond à la plus grosse sous-unité de deux complexes de remodelage de la chromatine, SAGA et TIP60. TRRAP interagit avec divers facteurs de transcription, tels que c-MYC et E2Fs et permet ainsi le recrutement de SAGA et TIP60 aux promoteurs des gènes. TRRAP est un membre d’une famille de kinases atypiques, les PIKKs. Des études antérieures ont défini la co-chaperonne TTT comme régulateur essentiel de la stabilité et l’activité des PIKKs. Contrairement aux autres PIKKs, TRRAP ne possède pas les résidus requis à son activité catalytique et représente donc la seule pseudo-kinase parmi les PIKKs. Bien que TTT interagit et stabilise TRRAP, son rôle sur l’activité de ce dernier reste inconnu. En utilisant un système de dégron inductible qui permet la dégradation rapide de protéines endogènes, nous avons démontré que TTT est requis pour l’assemblage de TRRAP dans ses complexes fonctionnels précédent son import nucléaire. De plus, à travers des analyses transcriptomiques, nous avons pu déterminer que TTT régule la transcription de plusieurs gènes TRRAP-dépendants dans des cellules de cancer colorectal. L’analyse du profile de fixation de TRRAP à l’échelle du génome grâce à la technique du CUT&RUN suivie d’un séquençage à haut débit (CUT&RUN-seq), a permis d’identifier les cibles directes de TRRAP, parmi lesquelles seule une fraction restreinte correspond à des cibles directes de MYC. Nous avons également découvert que TRRAP possède un rôle de répresseur direct sur la transcription d’une partie des gènes stimulés par l’interféron (ISGs) qui interviennent dans la réponse à l’interféron du système immunitaire innée. En outre, nos résultats suggèrent que TRRAP et sa co-chaperonne TTT participent à la tumorigenèse notamment en maintenant et régulant un programme transcriptionnel spécifique
Gene expression regulation is critical for cells to adapt to external changes and maintain their homeostasis. Transcription is an essential step in gene expression and is controlled by numerous factors and cofactors. One such cofactor is TRRAP, the largest subunit of two distinct chromatin-modifying complexes, SAGA and TIP60. TRRAP interacts with a diverse range of transcription factors including c-MYC and E2Fs, and mediates the recruitment of SAGA and TIP60 to gene promoters. TRRAP is a member of the PIKK family of atypical kinases. Prior studies defined the TTT co-chaperone as an essential regulator of PIKK stability and activity. In contrast to its cognate kinases, TRRAP lacks catalytic residues and is the sole pseudokinase among PIKKs. Although TTT has been shown to stabilize and interact with TRRAP, the role of TTT on TRRAP function remains unknown. Using an inducible degron system that allows the rapid and acute depletion of endogenous proteins, we demonstrated that TTT is required to assemble TRRAP within its functional complexes prior its nuclear import. Additionally, through transcriptomic analyses we determined that TTT regulates a large number of TRRAP-dependent genes in colorectal cancer cells. Profiling of the genome-wide binding of TRRAP via CUT&RUN-seq identified the direct targets of TRRAP, of which only a small fraction overlaps with MYC targets. We also uncovered a direct inhibitory role of TRRAP on a subset of the interferon-stimulated genes, which mediate the interferon response in the innate immune system. Altogether, our data suggest that TRRAP and its chaperone TTT are involved in tumorigenesis through the maintenance of a specific transcriptional program

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Martin, Amaury. "Développement de nouvelles approches antivirales du virus de l'hépatite C basées sur l'utilisation d'interférons alpha variants et d'antisens de type Peptide Nucleic Acids". Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00136018.

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L'infection par le virus de l'hépatite C (VHC) demeure une cause majeure de cirrhose et de carcinome hépatocellulaire. Compte tenu d'une efficacité encore insuffisante des thérapies actuelles (55% de succès en moyenne), le développement de nouvelles stratégies antivirales reste une priorité. Dans ce contexte, nos travaux ont porté sur l'évaluation de nouveaux variants de l'interféron alpha dans un modèle de réplicon VHC. Nous avons pu identifier un variant, GEA007.1 qui présente une activité anti-VHC supérieure à celle de l'IFN alpha-2b utilisé en clinique associé à une plus grande efficacité de transduction du signal. Nous avons également évalué une approche antisens avec des molécules de type Peptide Nucleic Acids (PNA) et montré qu'elle permettait d'inhiber la traduction in vitro du VHC par blocage de la région interne d'entrée du ribosome (IRES), de manière plus efficace et spécifique qu'une approche antisens avec des molécules de premières générations. Une telle stratégie se justifie par la conservation de la cible qui pourrait se révéler utile avec l'utilisation prochaine des anti-protéases et anti-polymérases du VHC et le risque inhérent d'apparition de résistances au traitement. L'ensemble de ces résultats montre que l'amélioration de la bithérapie actuelle est possible et que de nouvelles approches thérapeutiques fonctionnent.

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Khoryati, Liliane. "Propriétés immuno-modulatrices des IgE dans le lupus érythémateux systémique : impact sur la sécrétion d’interféron de type I par les cellules dendritiques plasmacytoïdes". Thesis, Bordeaux, 2014. http://www.theses.fr/2014BORD0159/document.

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Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs) sont caractérisées par leur capacité unique de sécrétion massive d’interféron de type I (IFN-I) suite à la stimulation des Tolllike récepteurs (TLR) 7 et 9. Un rôle fondamental des pDCs a été démontré dans le lupus érythémateux systémique via la production d’IFN-I. Les pDC expriment le récepteur de forte affinité aux immunoglobulines de type E (IgE), FcεRI, impliqué dans la régulation négative de la sécrétion d’IFN-I. L’objectif de notre étude est d’explorer, dans le contexte lupique, les effets du traitement par les IgE sur les fonctions des pDC, particulièrement sur la production d’IFN-I. In vitro, le traitement des pDC par des IgE monoclonales permet la surexpression du FcεRI à leur surface et diminue le taux de transcrits des TLR7/9 et de l’IRF7. De plus, les pDC traitées par des IgE diminuent leur production d’IFN-I et l’expression de marqueurs de maturation, induites par leur stimulation par des ligands des TLR7/9 et des complexes immuns lupiques. En outre, ces pDC pré-traitées par des IgE induisent la différenciation de LT4 naïfs allogéniques en LT4 produisant de l’IL-10. In vivo, les patients lupiques en phase quiescente de la maladie présentent des taux plus élevés d’IgE totales comparés aux patients en phase active (indépendamment d’allergies et d’infestations parasitaires). Chez les patientslupiques, le taux d’IgE totales est inversement corrélé au taux d’anti-ADN et à l’activité de la maladie (SLEDAI). L’ensemble de nos résultats suggère un rôle protecteur des IgE dans le lupus à travers la modulation de la réponse inflammatoire des pDC
Plasmacytoid dendritic cells (pDCs) are characterized by their unique ability to produce large amounts of type I interferon (IFN-I) upon Toll-like receptors (TLR) 7 and 9 triggering. A fundamental role for pDCs has been shown in systemic lupus erythematosus (SLE) through IFN-I production. pDCs express the high affinity Fc receptor for immunoglobulin E (IgE), FcεRI, involved in the negative regulation of IFN-I secretion. The objective of our study is to investigate, in the context of SLE, the effects of IgE treatment on pDCs functions, especially on IFN-I production. In vitro, monoclonal IgE treatment of pDCs upregulate their surface expression of FcεRI and decrease transcripts levels of TLR7/9 and IRF7. IgE-treated pDCs decrease IFN-α secretion and downregulate maturation markers expression induced by TLR7/9 and immune complexes triggering. Moreover, the coculture of IgE pretreated pDCs with allogeneic naive LT4 promotes their differentiation into IL-10-secreting cells. In vivo, patients with quiescent SLE have higher IgE levels than patients with active disease (independently of allergy or parasitic infection). In SLE patients, IgE levels are inversely correlated to anti-DNA antibodies and disease activity (SLEDAI). All together, our data suggest a protective role for IgE in SLE through the modulation of the inflammatory response by pDC

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Frémond, Marie-Louise. "Clinical and molecular characterisation of the type I interferonopathies and approaches to therapy Efficacy of the Janus kinase 1/2 inhibitor ruxolitinib in the treatment of vasculopathy associated with TMEM173-activating mutations in three children Blockade of TANK-binding kinase 1/IKKε mutant stimulator of interferon genes (STING)-mediated inflammatory responses in human peripheral blood mononuclear cells". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCB098.

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Le concept d'interféronopathie de type I émerge en 2011 et fait référence à un ensemble de pathologies Mendéliennes caractérisées par une hyperactivation des interférons (IFN) de type I. Tous les gènes associés au syndrome d'Aicardi-Goutières (SAG), la première interféronopathie de type I décrite, sont impliqués dans la détection ou le métabolisme des acides nucléiques. Les autres protéines mutées associées aux interféronopathies de type I modifient toutes la voie de signalisation des acides nucléiques, de manière directe, indirecte ou encore non définie. Les IFN de type I se fixent à un récepteur unique et activent la Janus kinase 1 (JAK1) et la tyrosine kinase 2 conduisant à l'expression de gènes stimulés par les IFN (IFN-stimulated genes, ISGs) via la phosphorylation des facteurs de transcription STAT1 et STAT2. Notre équipe a développé des outils diagnostiques des interféronopathies de type I, comprenant la signature IFN, analyse combinée de l'expression de 6 ISGs, et, plus récemment, une méthode de détection de l'IFN alpha à l'aide de la technologie «single molecule array». Les mutations monogéniques associées jusqu'à présent aux interféronopathies de type I causent des phénotypes variables. Leurs points communs sont une morbidité et une mortalité importantes, notamment en raison de leur réponse faible aux immunomodulateurs classiques. Les mutations activatrices de TMEM173 codant pour STING (Stimulator of IFN genes) sont responsables d'une inflammation sévère, connue sous le nom de STING-associated vasculopathy with onset in infancy (SAVI), et caractérisée par une vascularite cutanée et une atteinte interstitielle pulmonaire conduisant à une insuffisance respiratoire terminale. STING, une protéine du réticulum endoplasmique (RE), agit comme un adaptateur cytosolique de la détection de l'ADN, permettant la synthèse d'IFN de type I via la phosphorylation d'IRF3. Une cohorte internationale de 20 patients SAVI est décrite dans cette thèse soulignant l'hétérogénéité clinique de cette maladie. Nous avons également étudié le lien entre des mutations hétérozygotes de COPA et une activation de la voie des IFN de type I. COPA code pour la sous-unité alpha du complexe du coatomère I, impliqué dans le transport rétrograde entre le RE et le Golgi. Les mutations hétérozygotes de COPA sont à l'origine d'un phénotype proche du SAVI et entraînent une hausse du stress du RE et une réponse immunitaire de type Th17. Cependant, la physiopathologie de cette maladie reste peu connue. Nous avons étudié un groupe de 8 patients qui illustre l'hétérogénéité phénotypique de cette affection nouvellement décrite. Nous avons observé des similitudes entre l'histologie pulmonaire du syndrome COPA et du SAVI, ainsi qu'une signature IFN, des taux élevés d'IFN alpha dans le sérum et une phosphorylation de STAT1 dans les lymphocytes des patients. Dans un modèle cellulaire, la coexpression de COPA muté et de STING sauvage entraîne la phosphorylation d'IRF3 et à une induction d'ISGs, suggérant que les mutations de COPA conduisent à une activation dépendante de STING de la voie des IFN de type I. Nous avons mené avec succès le premier essai clinique d'un inhibiteur de JAK1, le ruxolitinib, dans le contexte du SAVI. L'amélioration clinique remarquable a été confirmée in vitro et ex vivo. La gravité de la maladie nous a également poussé à chercher des alternatives thérapeutiques pour contrôler la voie des IFN de type I. Nous avons montré que l'inhibition d'IKK bloquait efficacement la production et la signalisation des IFN de type I dans les cellules de patients STING in vitro. Devant les résultats prometteurs de l'inhibition de JAK1 dans le SAVI, nous avons ensuite testé le ruxolitinib dans le cadre d'autres interféronopathies de type I monogéniques (COPA, TREX1) mais aussi chez une enfant ayant une dermatomyosite sévère, une maladie pour laquelle le rôle pathogénique de l'IFN de type I a été suggéré
The term 'type I interferonopathies', first coined in 2011, refers to a set of Mendelian disorders associated with constitutive up-regulation of type I interferon (IFN) signalling. All of the genes associated with Aicardi-Goutières syndrome (AGS), the first Mendelian type I interferonopathy described, have been implicated in either the processing or sensing of nucleic acids. Beyond AGS, the other mutated proteins associated with type I interferonopathies have a direct, indirect, or currently undefined action on nucleic acid signalling. Type I IFNs drive the expression of IFN-stimulated genes (ISGs) through the engagement of a common receptor and the subsequent activation of Janus kinase 1 (JAK1) and tyrosine kinase 2, and phosphorylation of STAT1 and STAT2. Our team has developed diagnostic tools to identify type I interferonopathies, comprising a so-called IFN signature, involving the assessment of mRNA expression of 6 ISGs and, more recently, a high sensitivity assay of IFN alpha protein using single molecule array technology. Monogenic mutations so far recognised as type I interferonopathies are associated with a wide spectrum of phenotype. The hallmark of these diseases is their significant morbidity and mortality, associated with an apparent absence of response to conventional immunosuppressive therapies. Activating mutations in TMEM173, encoding stimulator of IFN genes (STING), cause a severe inflammatory condition referred to as STING-associated vasculopathy with onset in infancy (SAVI), characterised by skin vasculopathy and interstitial lung disease leading to end-stage respiratory failure. The endoplasmic reticulum (ER) protein STING is a central component of DNA sensing that induces type I IFNs through phosphorylation of IRF3. An international cohort of 20 STING patients is reported in this thesis, emphasising the clinical heterogeneity of this condition. We also investigated the link between heterozygous mutations in COPA and type I IFN signalling. COPA encodes the alpha subunit of the 7 member coatomer complex I, involved in retrograde transport from the golgi to the ER. Heterozygous mutations in COPA cause a phenotype showing some overlap with SAVI, and are associated with increased ER stress and priming of a Th17 response. However, the precise pathophysiology of this disease is so far undefined. We have studied a group of 8 patients illustrating the phenotypic variability of this emerging disease. We observed commonalities in the lung pathology in COPA and SAVI, as well as an IFN signature, raised levels of IFN alpha in the serum and phosphorylation of STAT1 in patient T cells. In a cellular model, phosphorylation of IRF3 and increased ISG expression were observed in cells co-transfected with wild type STING and mutant COPA plasmids, suggesting that mutations in COPA lead to constitutive activation of type IFN signalling through STING. We reported, for the first time, the successful use of a JAK1 inhibitor, ruxolitinib, in the context of SAVI. We observed a marked clinical effect, which was mirrored by the results of in vitro and ex vivo experiments. Because of the severity of SAVI, we also aimed to evaluate alternative therapeutic approaches to block type I IFN signalling and showed that IKK inhibition efficiently abrogated in vitro constitutive activation of type I IFN production and signalling in cells from STING patients. Considering the promising results of JAK1 blockade in SAVI, we then trialled ruxolitinib in other monogenic type I interferonopathies (TREX1, COPA) and in a child with severe dermatomyositis, a disease where type I IFN has been suggested to play a key pathogenic role

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Rialland, Pascale. "Mécanismes moléculaires de régulation de la durée de vie des cellules dentritiques spléniques murines". Paris 5, 2008. http://www.theses.fr/2008PA05T010.

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La durée de vie des cellules dendritiques (CDs) contrôle l'amplitude des réponses immunitaires et la tolérance mais les mécanismes moléculaires précis régulant leur survie in vivo sont méconnus. Les cellules Bid-/- résistent à l'apoptose induite par différentes voies cytotoxiques. J'ai montré que la cross-présentation des antigènes aux lymphocytes T est accrue dans des souris Bid-/- en absence de signaux de maturation. Nous n'avons pas pu confirmer l'hypothèse selon laquelle cette augmentation de cross-présentation serait due à un défaut d'élimination des CDs immatures par les LTs. J'ai montré que l'injection de poly(I:C) induit in vivo l'apoptose des CDs conventionnelles spléniques murines, apoptose reposant en partie sur le récepteur cytosolique MDA-5. En réponse au poly(I:C), les CDs CD8α+ produisent des interférons de type I qui contrôlent leur durée de vie. J'ai ainsi mis en évidence une nouvelle voie d'apoptose des CDs par les ARNdb et un nouveau rôle immunorégulateur des IFN-I
Regulation of dendritic cell (DC) lifespan contributes to the maintenance of tolerance and to the regulation of immune responses amplitude. However, the molecular mechanisms involved in this control are not fully elucidated. Bid-/- cells are resistant to apoptosis induced by different cytotoxic pathways. I show that antigen cross-presentation to T lymphocytes is improved in Bid-/- mice in absence of inflammatory signals. We postulated that this increased cross- presentation could be due to a defect of immature DC elimination by T lymphocytes, hypothesis we couldn't confirm. We also show that poly(LC) injection induces splenic conventional DC apoptosis in vivo. Apoptosis relies partially on recognition of poly(I:C) by the cytosolic receptor MDA-5. CD8α+ DCs respond to poly(I:C) by producing type I interferons, that control their lifespan. Our results highlight a new pro-apoptotic pathway in DCs induced by poly(I:C) and identify a new feedback regulatory role for the type I IFN response

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Futsch, Nicolas. "Caractérisation de l’activation des cellules dendritiques plasmacytoïdes par les virus HTLV-1 et HTLV-2 et de son importance dans la symptomatologie viro-induite". Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSEN067/document.

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Le virus T-lymphotrope humain de type 1 (HTLV-1) est l’agent étiologique de deux principales pathologies : la leucémie/lymphome à cellules T de l’adulte (ATLL) et la paraparésie spastique tropicale/myélopathie associée à HTLV-1 (HAM/TSP). Ces deux maladies sont caractérisées par des phénotypes immunitaires opposés, puisque l’ATLL est associée à une immunosuppression et l’HAM/TSP à une réponse pro-inflammatoire. Les mécanismes qui déterminent l’évolution de l’infection chronique vers l’une ou l’autre de ces maladies sont peu connus. L’interféron de type 1 (IFN-I) a une fonction ambiguë dans l’organisme. Si cette cytokine contribue à la réponse immunitaire précoce, elle est également associée au développement de pathogenèses pour des infections virales persistantes. Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs) ont la particularité de produire de grandes quantités d’IFN-I après la reconnaissance de cellules infectées par des virus. Nous avons montré que ceci était également vrai pour HTLV-1, puisque le contact entre une cellule infectée par HTLV-1 et la pDC est nécessaire à la production d’IFN-I. Cette production est induite par la particularité de HTLV-1 à s’accumuler en surface des cellules infectées, au sein d’une structure préalablement définie sous le terme de biofilm viral. La nature de la matrice extracellulaire dans laquelle est accumulée le virus régule la réponse IFN-I par les pDCs, la présence de l’antigène Galβ(1-3)GalNAc désialylé à la surface des cellules infectées contribuant à réduire cette réponse IFN-I. Nous avons également observé que des cellules infectées par le virus HTLV-2, virus phylogénétique proche de HTLV-1 mais peu pathogène, tendent à induire une plus faible production d’IFN-I, mais une meilleure maturation des pDCs. Nous avons enfin montré que la fréquence des pDCs dans le sang et leur capacité à répondre à un stimulus est similaire chez des patients HAM/TSP, des porteurs asymptomatiques et des individus sains. Ces résultats contrastent avec des études antérieures qui montrent une diminution de la fréquence des pDCs chez les patients ATLL et une diminution de leur activité chez les individus infectés. Le nombre et la fonction des pDCs pourraient ainsi contribuer à l’orientation de la pathogenèse vers l’ATLL ou l’HAM/TSP
HTLV-1 (Human T-lymphotropic virus type 1) is the etiological agent of two main diseases: the adult T-cell leukemia/lymphoma (ATLL) and the HTLV-1 associated myelopathy/tropical spastic paraparesis, which are characterized by different immune phenotypes. While the ATLL is linked to an immunosuppressive state, the HAM/TSP is linked to a pro-inflammatory state in patients. The mechanisms contributing to the development of these two diseases in the HTLV-1 infected individuals are poorly understood. Type I interferon (IFN-I) has ambivalent functions in the organism. While this cytokine is an effector of early immune responses, several studies have reported a negative impact of this cytokine during chronic infections. The plasmacytoid dendritic cells (pDCs) are the main producers of IFN-I in vivo, and can produce high amounts of this cytokine after the recognition of virally infected cells. We have shown that pDCs are able to recognize HTLV-1-infected cells, thus leading to the production of IFN-I. pDCs’ triggering is mediated by the accumulated viral particles at the surface of the infected cells, within a carbohydrate-rich structure, previously described as the viral biofilm. The nature of the extracellular matrix itself seems to regulate IFN-I production by pDCs, since the exposition of an asialylated Galβ(1-3)GalNAc glycan at the surface of the HTLV-infected cells reduces the IFN-I production. We also observed that HTLV-2 (a close relative of HTLV-1)-infected cells, in contrast to HTLV-1-infected cells, tend to induce a lower production of IFN-I after being recognized by the pDCs but a greater maturation of the latter. Finally, we have shown that pDCs’ frequency in the blood and their ability to produce IFN-α after an ex vivo stimulation is equivalent in healthy donors, asymptomatic HTLV-1 carriers and HAM/TSP patients. This result contrasts with previous studies which demonstrated that blood circulating pDCs’ frequency is reduced in ATLL patients and that pDCs from HTLV-1 infected individuals have a reduced ability to produce IFN-α after stimulation. Thus, dysregulation of the frequency and functionality of pDCs could contribute to the development of one disease or the other

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Cloutier, Nathalie. "Rôle des protéines de latence du virus humain herpès-8 sur la synthèse d'interféron de type 1". Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27219/27219.pdf.

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Mattiuz, Raphaël. "Rôle des cellules dendritiques conventionnelles de type 1 dans l'immunosurveillance des cancers". Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://www.theses.fr/2019AIXM0437.

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Nous avons généré les souris Xcr1-DTA, Karma et Xcr1-hDTR pour éliminer les cellules dendritiques conventionnelles de type 1 (cDC1) de manière constitutive ou conditionnelle, et les souris Xcr1Cre et KarmaCre pour inactiver de manière sélective des gènes candidats dans ces cellules (Mattiuz et al., Front Immunol 2018). Nous avons utilisé ces modèles pour comprendre le rôle des cDC1 dans l'immunité naturelle contre le cancer. Nous avons utilisé un modèle d'adénocarcinome du sein (NOP23) spontanément rejeté après implantation orthotopique chez des souris femelles C57BL/6.Nous avons montré que les cDC1, les interférons, les lymphocytes T CD4+ conventionnels et CD8+, et plus tard les lymphocytes NK/NKT, sont cruciaux pour l'immunosurveillance du cancer du sein. Cependant, ni la réponse intrinsèque des cDC1 aux interférons de type I ni les molécules CXCL9, IL-12, IL-15 et XCR1 n'étaient nécessaires au rejet des tumeurs. Les voies de signalisation IFN-γ et STAT1 intrinsèques aux cDC1 jouent néanmoins un rôle déterminant dans l'immunosurveillance du cancer du sein. Nous avons établi que les cDC1 interagissent dans le stroma tumoral de manière simultanée avec les lymphocytes T CD8+ et CD4+ spécifiques de la tumeur. Ainsi, les cDC1 et les interférons façonnent la composition immunitaire tumorale et favorisent l’acquisition des phénotypes effecteurs des lymphocytes T CD4+ et CD8+, leur différentiation terminale et leurs fonctions. Conformément à nos résultats chez la souris, une forte expression intratumorale des gènes des cDC1, des CTLs, des T auxiliaires et de réponses aux interférons est associée à un bon pronostic chez les patientes atteintes d'un cancer du sein
We have generated and validated unique and specific mouse models to study the type 1 conventional dendritic cells (cDC1), including the Xcr1-DTA, Karma and Xcr1-hDTR mice to eliminate cDC1 constitutively or conditionally, and the Xcr1Cre and KarmaCre mice to selectively inactivate candidate genes in these cells (Mattiuz et al., Frontiers in Immunology 2018). We took advantage of these different models to better understand the role of cDC1 in natural immunity to cancer. To do this, we used a model of breast adenocarcinoma (NOP23), which is spontaneously rejected after orthotopic implantation in syngeneic C57BL/6 female mice.We have shown that cDC1, interferons, conventional CD4+ and CD8+ T cells and later NK/NKT cells are instrumental in breast cancer immunosurveillance. However, surprisingly, neither cDC1 cell-intrinsic response to type I interferons nor CXCL9, IL-12, IL-15 and XCR1 were necessary for tumor rejection. cDC1-intrinsic IFN-γ and STAT1 signaling pathways were nevertheless instrumental in breast cancer immunosurveillance. We have established that cDC1 interact with tumor-specific CD8+ T cells and CD4+ T cells together in the tumor stroma. Accordingly, cDC1 and interferons shape the tumor immune landscape and notably promote CD4+ and CD8+ T cell effector phenotypes, terminal differentiation and functions. In accordance with our experimental results in mice, high expression in the tumor microenvironment of genes specific to cDC1, cytotoxic T lymphocytes (CTL), helper T cells or interferon responses (ISGs) are associated with a better prognosis in human breast cancer patients

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Bruel, Timothée. "Étude des mécanismes de la réponse interféron de type I précoce et du contrôle à long terme de la virémie dans le modèle d’infection du macaque cynomolgus par le SIV : implications dans la physiopathologie du VIH". Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA114819.

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L’infection par le VIH induit une activation immunitaire chronique qui est suspectée d’être un des moteurs de la pathogénèse du SIDA. L’identification des mécanismes de contrôle de cette activation immunitaire, ainsi qu’une meilleure compréhension du contrôle spontané de l’infection chez certains patients, sont des étapes essentielles vers la conception de thérapies innovantes. Nous avons utilisé le modèle d’infection du macaque cynomolgus (Macaca fascicularis) par le virus de l’immunodéficience simienne (SIV) pour étudier ces deux points fondamentaux de la physiopathologie de l’infection.Il est proposé que l’induction précoce de l’activation immunitaire chronique soit une conséquence de la surexpression des gènes induits par les interférons (ISG) en réponse aux interférons de type I (IFN-I). Ces IFN-I ( et ) sont notamment produits par les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) en réponse aux virus. Notre premier objectif a été d’étudier la dynamique de production des IFN-I et celle des pDC durant l’infection, en parallèle de celle de l’activation immunitaire chronique et de la virémie. Nos résultats montrent que les pDC sont activées dans les tissus et qu’elles sont responsables de la production d’IFN-I observée transitoirement au cours de la primo-infection. La dynamique des pDC (apoptose, activation, renouvellement) entraîne un épuisement de la capacité des pDC à produire de l’IFN-I, qui pourrait rendre compte à la fois de l’altération fonctionnelle des pDC et de l’arrêt de la production d’IFN-I. De manière surprenante, ce contrôle de la production d’IFN-I n’est pas suivi d’un contrôle de la surexpression des ISG, ce qui suggère l’existence d’autres mécanismes inducteurs des ISG et souligne l’origine multifactorielle de l’activation immunitaire chronique.Dans une seconde étude, nous avons analysé l’impact d’une déplétion in vivo des lymphocytes exprimant le CD8 chez des animaux contrôlant spontanément la réplication virale sur le long terme. Quatre des cinq animaux de l’étude n’expriment pas de complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) précédemment associé au contrôle, et aucun d’entre eux ne présente de forte réponse LT CD8. La déplétion transitoire des cellules CD8 entraîne chez quatre des contrôleurs une augmentation transitoire de la virémie qui se stabilise ensuite à des valeurs similaires aux niveaux pré-déplétion lors du retour des cellules CD8+. Un de ces animaux contrôle sa virémie avant la restauration des LT CD8. Chez le cinquième animal, la déplétion des CD8 n’a pas été accompagnée d’une élévation de virémie. Globalement, le contrôle de la virémie après l’élévation transitoire n’a pas été accompagné d’une augmentation de leur fonction antivirale. En revanche, une expansion et une activation des LT CD4 consécutive à la déplétion des CD8 ont été remarquées et corrélées positivement avec la virémie plasmatique. Ces résultats suggèrent que les réponses LT CD8 ne sont pas les principales responsables du contrôle à long terme de la virémie chez ces animaux. Dans notre modèle, d’autres mécanismes, tels qu’un réservoir de virus limité ou un meilleur contrôle de l’activation immunitaire, semblent participer à ce phénotype de contrôle.En conclusion, ces résultats éclairent la contribution des pDC, des IFN-I et des LT CD8 dans la physiopathologie du VIH, et permettent de proposer un nouveau modèle d’étude des mécanismes immunologiques précoces mis en place chez les patients contrôleurs de la virémie à long terme
HIV infection induces a chronic immune activation, which is suspected to be a driving force in the pathogenesis of AIDS. Identifying control mechanisms of this immune activation, and a better understanding of the spontaneous control observed in some patients, are essential steps towards the development of innovative therapies. We used the model of cynomolgus macaques (Macaca fascicularis) infected by the simian immunodeficiency virus (SIV) to study these two fundamental fields of HIV pathogenesis.It is proposed that early induction of chronic immune activation is a consequence of an interferon-induced genes (ISG) overexpression in response to type I interferons (IFN-I). These I IFN (α and β) are preferentially produced by plasmacytoid dendritic cells (pDC) in response to the virus. Our first objective was to study the dynamics of pDC and IFN-I production during infection, together with chronic immune activation and viremia analysis. Our results indicate that pDCs are activated in tissues and are responsible for the transient IFN-I production observed during primary infection. The dynamics of pDCs (apoptosis, activation, renewal) induces an impaired IFN-I production by pDC, which could account both the functional defect of pDCs and the arrest of IFN-I production. Surprisingly, control of IFN-I production is not followed by down-regulation of ISG, which suggests the existence of other mechanisms that induce ISG and emphasizes the multifactorial origin of chronic immune activation.In a second study, we analyzed the impact of a in vivo CD8 T cells depletion in animals which spontaneously control viral replication in the long term. Importantly, four of the five animals in the study do not express major histocompatibility complex (MHC) previously associated with control, and none of them display strong CD8 response. The transient depletion of CD8 cells results in four controllers in a transient increase in viremia, which then stabilizes at values similar to pre-depletion levels when CD8+ cells come back. One of these animals controls their viremia before the restoration of CD8. In the fifth animal, CD8 depletion was not followed by a rise in viremia. Overall, the control of viremia after the transient increase was not associated to an increase of the antiviral function of CD8 T cells. In contrast, CD4 T cells expansion and activation were noticed and positively correlated to plasma viremia. These results suggest that CD8 responses are not the main cause of long-term control of viremia in these animals. In our model, other mechanisms, such as smaller reservoir or better control of immune activation, seem to be involved in this controller phenotype.In conclusion, these results shed light on the contribution of pDCs, IFN-I and CD8 T cells in the pathogenesis of HIV, and allow us to propose a new model for studying early immunological mechanisms in HIV controllers

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Garcia-Cattaneo, Alejandra. "Régulation du transport, de la maturation et de la signalisation du TLR3". Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2011PA077075.

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TLR3 est un récepteur Toll-like (TLR) endosomal qui active les réponses immunes contre diverses infections virales en se liant à des ARN double brin, produits lors du cycle de réplication de la plupart des virus. TLR3 est abondamment exprimé et peut à la fois activer l' immunité innée et adaptative. Or, le trafic intracellulaire et la maturation du TLR3 sont peu connus. Cette thèse montre que le TLR3 endogène existe sous deux formes à l'état basal: la forme longue (130 kDa) et la courte (70 kDa). L'expression du TLR3 est induite par son ligand: les molécules néosynthétisées transitent par l'appareil de Colgi vers les endosomes où elles sont vite clivées par des cathepsines. Un criblage des cathepsines humaines par ARN d'interférence a montré que les Cathepsines B et H sont responsables de la maturation du TLR3. Le clivage se produit entre les acides aminés 252 et 346. La suppression de 345 acides aminés du N-Terminal produit la forme courte du TLR3 qui est fonctionnel pour la signalisation. Ces données indiquent que la maturation protéolytique du TLR3 est essentielle pour sa fonction, et suggèrent un nouveau mécanisme de régulation de la signalisation des TLR
TLR3 is an endosomal Toll-like receptor (TLR) that mediates immune responses against viral infections upon activation by its ligand double stranded RNA, a replication intermediate of most viruses. TLR3 is expressed widely in the body and activates both the innate and adaptive immune Systems. However, little is known about how TLR3 intracellular trafficking and maturation are regulated. Here we show that newly synthesized endogenous TLR3 is transported through the ER and Colgi apparatus to endosomes, where it is rapidly cleaved. TLR3 protein expression is up-regulated by its own ligand leading to the accumulation of its cleaved form. Furthermore, TLR3 signaling and cleavage are sensitive to a cathepsin inhibitor. Screening of the human cathepsin family by RNA interference identified cathepsins B and H as key mediators of TLR3 processing. Cleavage occurs between aa 252 and 346, and results in a functional receptor that signals upon activation. A truncated form of TLR3 lacking the N-terminal 345 amino acids does also signal from acidic compartments in response to ligand activation. Taken together our data indicate that TLR3 proteolytic processing is essential for its function and suggests a mechanism of tight control of TLR3 signaling and thus inflammation

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Touzot, Maxime. "Interactions cytokiniques dans le microenvironnement inflammatoire : Analyse à large échelle de la réponse aux Interférons de Type I lors la de polarisation des Lymphocytes T auxiliaires". Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00869744.

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Les interférons de Type I (IFN) sont des cytokines produites par les cellules en réponse à une infection virale. Les IFNs ont des effets pleïotropiques et parfois paradoxaux, protecteur ou néfaste pour l'immunité Innée ou adaptative. Certains facteurs intrinsèques (type cellulaire) peuvent expliquer une partie ces discordances. Mon travail de thèse s'est intéressé à l'effet du microenvironnement cytokinique sur la réponse IFN. En utilisant des analyses à large échelle, nous avons étudié la réponse IFN dans 4 contextes de polarisation des lymphocytes T auxiliaires (Th). Nous avons identifié 1/ un programme de transcription conservé et 2/ une réponse IFN flexible, modulant spécifiquement les principales fonctions des Th (cytokines, chemokines) en fonction du contexte polarisant. La réponse antivirale apparait aussi flexible avec une moins bonne protection des Th2 et Th17 contre l'infection par HIV-1et HIV-2. Nos résultats suggèrent que l'environnement cytokinique contrôle en partie la réponse IFN et peut ainsi moduler cette dernière dans différents contextes physiopathologiques.

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Smith, Nikaïa. "Étude moléculaire du TNF-Related Apoptosis Induced Ligand (TRAIL) et de l’activation du Toll-Like Receptor 7 (TLR7) dans les cellules dendritiques plasmacytoïdes lors de la réponse antivirale". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCB145/document.

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Les pDC représentent la première ligne de défense de l’organisme contre les pathogènes et établissent le lien essentiel entre l’immunité innée et adaptative. Les pDC endocytent et détruisent les particules virales et ainsi détectent leur matériel génétique grâce à des senseurs antiviraux de la famille des Toll-Like Receptors (TLR). L’activation des TLR7/9 induit la production massive d’interféron de type I (IFN-I), un antiviral puissant indispensable au contrôle de la propagation virale lors des phases aigues de l’infection. Cependant, l’IFN-I peut s’avérer avoir des effets délétères dans un grand nombre d’infections chroniques et de maladies auto-immunes. Ainsi, il semble indispensable de découvrir les mécanismes régulateurs des pDC ainsi que des modulateurs de l’activation des pDC. Nous avons ainsi montré que les monoamines (histamine, dopamine, sérotonine) et les polyamines (spermine et spermidine) inhibent l’activation complète des pDC stimulées par divers virus. Par la suite, nous avons identifié CXCR4 comme étant le récepteur des amines sur les pDC. Ainsi nous avons pu montrer que les amines pouvaient réguler les pDC en passant par CXCR4 et que ce récepteur était un interrupteur d’activation potentiel des pDC lors des infections virales. Afin de comprendre le mécanisme des amines, nous avons développé une nouvelle technologie : la transfection de siRNA dans les pDC primaires humaines. D’autre part, nous avons détecté des cellules géantes multinucléées en forme de roue de bicyclette lorsque les pDC sont cultivées in vitro avec de grandes quantités de virus VIH. Ainsi, comme les monocytes et les macrophages, les pDC peuvent former in vitro des cellules géantes multinucléées exprimant de hauts niveaux de protéines virales p24 de VIH-1. Cependant, les pDC ne sont que très peu infectées (moins de 5%). Nous nous sommes alors demandé si le corécepteur CXCR4 du virus VIH était aussi important que le récepteur CD4 pour la reconnaissance de ce dernier lors de l’activation des pDC
PDC are the first line of defense of our organism against pathogens and establish the essential link between the innate and adaptive immunity. pDC endocyte and destroy the viral particles and thus, detect the genetic material with their antiviral sensors from the Toll-Like Family (TLR). The activation of TLR7/9 induces massive production of type I interferon (IFN-I), a powerful antiviral molecule, essential to control viral propagation during the acute phases of the infection. However, type I IFN can have deleterious effects in a large number of chronic infections and autoimmune diseases. Thus, it seems essential to discover the regulatory mechanism of pDC as well as pDC activation modulators. We showed that monoamines (histamine, dopamine and serotonin) and polyamines (spermine and spermidine) inhibit completely the activation of virus-stimulated pDC. Thus, we showed that amines regulated pDC activation through CXCR4 engagement and that this receptor was a potential switch "on-off" for pDC during viral infections. To better understand the mechanism of action by which amines inhibit pDC activation, we developed a new technology: siRNA transfection in human primary pDC. Furthermore, we detected multinuclear giant cells bearing the shape of a bicycle wheel when pDC are cultured in vitro with high quantities of HIV virus. Thus, on top of monocytes and macrophages, pDC can form in vitro multinuclear giant cells with high levels of p24 viral protein of HIV-1. However, pDC barely get infected (less than 5%). We then wondered if the receptors and co-receptors of the virus were important for the viral recognition during HIV-activation of pDC

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Zucchini, Nicolas. "Etude in vivo des cellules dendritiques plasmacytoïdes murines à l'infection par le cytomégalovirus murin". Aix-Marseille 2, 2009. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2009AIX22090.pdf.

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Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) sont caractérisés par leur habilité à produire rapidement de forts taux d'interféron de type I (IFN-I) en réponse à de nombreux virus, notamment lors de l'infection in vivo par le cytomégalovirus murin (MCMV). Les pDC contribuent aussi à la production d'autres cytokines. Cependant, leur relative contribution pour ces fonctions comparées à d'autres celliles n'est pas clairement établie. En outre, le rôle global des pDC dnas la réistance de l'hôte à l'infection virale est difficile à étudier avec rigueur, en partie en raison de l'absence d'une méthode permettant la déplétion efficace et spécifique de ces cellules in vivo. Les expressions de l'IFN-I, de l'IL-2 et du TNF-a ont été examinées par cytométrie en flux multiparamétrique permettant d'identifier les sources cellulaires et les mécanismes molléculaires impliqués pour la production de ce cytokines innées dans divers tissus précocement après l'infection par le MCMV. Les pDC spléniques sont la principale source de cytokines innées précocement après l'infection par le MCMV, avec production simultanée de trois cytokines dans des cellules individuelles. De plus, un rôle redondant de TLR-7 et -9 a été identifié pour la régulation de ces fonctions. Dans le but d'obtenir différents modèles murins conçus pour permettre l'étude rigoureuse des fonctions des pDC, nous sommes sur le point de générer des souris qui exprimeront spécifiquement la recombinase CRE dans les pDC
Plasmacytoid dentritic cells (pDC) are characterized by their ability to rapidly produce high levels of type I interferon (IFN-I) in response to many viruses, especially during in vivo infection by murine cytomegalovirus (MCMV). PDC also contribute to the production of other cytokines. However, their relativecontribution to these functions compared to other cells in unclear. In addtition, the overall role of pDC in the host resistance to viral infection is difficult to study rigorously, partly beacause of the lack beacause of a method for the effective and specific depletion of these cells in vivo. The expressions of IFN-I, IL-2 and TNF-a were examined by multiparameter flow cytometry identify the cellular souces and molecular mechanisms involved in the production if innate cytokines in various tissues early after infection by MCMV. Splenic pDC are the main source of innate cytokines early after infection been identified to regulate these functions. In order to obtain different mouse models designed for the rigorous study of pDC functions, we are about to generate mice that express CRE recombinase specifically in pDC

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Vourc'h, Mickaël. "Immunosubversion du Lymphocyte Natural Killer par Pseudomonas aeruginosa". Thesis, Nantes, 2017. http://www.theses.fr/2017NANT1042/document.

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Pseudomonas aeruginosa (PA) est un pathogène opportuniste responsable d’infections pulmonaires chez le patient immunodéprimé. Parmi ses facteurs de virulence, PA exprime le système de sécrétion de type III (SSTIII) et ses effecteurs (Exoenzymes S, T et Y). Les cellules Natural Killer (NK) jouent un rôle clef dans la défense antibactérienne et particulièrement anti-PA. Leur activation est dépendante du microenvironnement myéloïde. Les NKs présentent 2 fonctions principales : La sécrétion de cytokine et la libération de granules cytotoxiques capables de lyser les cellules anormales. Nous avons étudié l’effet de PA sur ces 2 aspects. Les manipulations in-vitro ont été réalisées sur cellules de volontaires sains (PBMC), NK triées à partir de PBMC et 2 lignées NK humaines (NK92 et NK3.3). Un modèle de pneumonie murine à PA nous a permis de confirmer nos hypothèses in vivo. L’activité cytotoxique a été évaluée par exposition des NKs à des cibles déficientes en HLA de type I (lignée 721.221). Au cours de l’infection, la NK nécessite une stimulation IL-12 pour synthétiser de l’IFN-g. PA augmente la réponse IFN-g comparée à la stimulation IL-12 en condition non infectée. Cette modulation nécessite un contact direct entre PA et la cellule. Parmi les effecteurs du SSTIII, l’ExoT régule la réponse IFN-g via un mécanisme dépendant de ERK. Concernant la fonction cytotoxique, l’activité de la NK diminuait de façon importante après infection à PA. Cette altération de fonction est multifactorielle avec notamment une modification du répertoire activateur (NKG2D) de la cellule NK et une influence du microenvironnement en particulier des lymphocytes T
Pseudomonas aeruginosa (PA) is an opportunistic pathogen that causes lung infections in immunosuppressed patients. Among its virulence factor PA expresses the type III secretion system (T3SS) and effector Exoenzymes (ExoS, T and Y). Natural killer (NK) cell plays a key role in anti-bacterial immunity especially after PA infection. Their activation is highly dependent on their microenvironment especially on myeloid cells. NK cell exhibits two main functions: Cytokines production and cytotoxicity toward stressed or abnormal cells. We studied PA influence on these two main functions. We used peripheral blood mononuclear cells (PBMC), sorted human NK cells and two human NK cell lines (NK92, NK3.3) for in vitro experiments and a PA-pneumonia mouse model to validate our hypothesis in vivo. Degranulation was assessed by cytotoxicity assay, exposing NK cells to 721.221 targets lacking HLA-A, B and C class I antigens. NK cells required IL-12 priming to produce IFN-g in response to the infection and PA increased IFN-g activity as compared to IL-12 stimulation in noninfected conditions. The modulation of IFN-g production after PA infection required bacteria-to-cell contact. Among T3SS and its effector, ExoT is the key regulator of IFN-g activity through a ERK dependant signalisation. Our hypotheses were confirmed in vivo. Alongside with cytokine function, CD107a activity, a surrogate marker of degranulation (Cytotoxic function), dramatically decreased after NK cells infection with PA. Cytotoxicity impairment could be explained by the modification of NK cells receptor expression after infection (notably NKG2D) or accessory cells, especially T cells

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Troegeler, Anthony. "Analyse de la fonction de deux nouvelles lectines de type C, DCIR et CL-LK, dans l'immunité anti-tuberculeuse". Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30116/document.

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La tuberculose (TB) est une maladie très répandue qui provoque la mort de plus d'un million de personnes dans le monde chaque année. Cela représente un véritable problème de santé publique qui nécessite le développement de nouveaux médicaments et traitements afin de mieux lutter contre cette maladie destructrice. Dans ce contexte, il est important de comprendre la relation entre l'agent étiologique, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) et le système immunitaire. Les mycobactéries sont recouvertes de structure glycolipidiques qui pourraient être reconnus par des récepteur spécifiques appelés lectine de type C. Ici, nous avons étudié le rôle de deux lectines récemment identifiées qui n'ont pas été étudié dans un contexte de TB, CL-LK et DCIR. Au cours des dernières années, de nouvelles lectines solubles ont été identifiées et parmi elles ; CL-K1 a été définie par un criblage de divers ligands glycosylés, comme étant un potentiel récepteur de motifs présents sur la paroi de Mtb. Dans le sang, CL-K1 est associé avec une autre lectine soluble du nom de CL-L1, formant un complexe du nom de CL-LK. Par des expériences in vitro, notamment via des approches biochimique et d'analyses cytométriques, nous avons pu confirmer que CL-LK peut se lier à Mtb et encore plus particulièrement à la coiffe mannose présent sur le lipoarabinomannane, un constituant majeur de la mycomembrane. Les souris déficientes en CL-K1, une sous unités de CL-LK, ne présentent pas d'altération particulière de susceptibilité à Mtb. Cependant, nous avons pu mettre en évidence que la quantité de CL-LK dans le sérum de patient atteint d'une TB active est réduite comparé aux patients contrôles, et que cela corrèle de manière inverse à la réponse immune induite par le pathogène. Ces résultats indiquent que CL-LK pourrait présenter un intérêt comme élément de futur diagnostics ou suivi de traitement. Dans une seconde partie de la thèse, nous nous sommes concentré sur la lectine DCIR dans la réponse immune envers l'agent étiologique de la TB. DCIR est exprimé dans les lésions pulmonaires de macaques infectés par Mtb à la fois durant les infections asymptomatiques et dans les infections conduisant à une TB active. In vitro, une analyse globale de l'expression génique couplée à des validations par RT-qPCR ont pu révéler que suite à une infection par Mtb, l'expression d'un grand nombre de gènes répondant à l'interféron (IFN) de type I est inhibée dans les cellules dendritiques issues de moelle osseuses de souris déficientes en DCIR comparées à celles issues de souris sauvages. Cette inhibition corrèle avec une phosphorylation excessive de SHP2 dans les cellules dépourvues de DCIR, suivies d'une déphosphorylation de STAT1, laquelle est impliquée dans la régulation de la réponse à l'IFN de type I. L' IFN de type I est connu comme pouvant inhiber la production d' IL-12 dans les cellules dendritiques, et en effet, nous avons pu démontrer que l'inhibition de la signalisation relative à l'IFN de type I dans les cellules dendritiques déficientes en DCIR est associée avec une augmentation de la production d'IL12p70 ainsi qu'à une plus grande capacité de ces cellules à stimuler la prolifération de lymphocytes Th1 producteur d'IFN?. Les souris déficientes en DCIR contrôlent mieux l'infection que les souris sauvages, ce qui corrèle également avec une plus grande production d'IL12p70, une plus forte réponse des lymphocytes Th1, ainsi qu'à une augmentation de l'inflammation et de l'infiltration cellulaire dans les poumons des souris déficientes. Cette inflammation excessive est caractérisée par une augmentation de production du TNF-a et de iNOS dans les poumons. En conclusion, nos résultats révèlent une nouvelle voie moléculaire par laquelle les lectines peuvent moduler l'équilibre entre l'inflammation induite par l'infection et le contrôle du pathogène par l'intermédiaire de la modulation de la signalisation relative à l'IFN de type I dans les cellules dendritiques
Tuberculosis (TB) is a wide-spread disease which causes the death of more than one million of people around the world each year. This represents a really harmfull healthcare and new drugs and treatments are always in development to better fight this destructive illness. In this context, it is crucial to understand the relation between the etiological agent, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) and the immune system. Mycobacteria are recovered by some glycolipid structure which could be recognized by specific receptor called C-Type Lectin. Here we investigated the role of two recently highlights C-type lectins which haven't been studied in a tuberculosis context, CL-LK (Collectin Liver Kidney) and DCIR (Dendritic Cell (DC) ImmunoReceptor). In the recent years, novel soluble lectins were identified and belong these; CL-K1 (Collectin Kidney 1) was identified by a glycan array as a potential receptor in the sugar complex recognition of M.tb. In blood, CL-K1 is linked with another soluble lectin called CL-L1 (Collectin Liver 1) and form a complex CL-LK molecule. With some in vitro experiment, notably with biochemistry approach and cytometer analysis, we were able to confirm that CL-LK can bind Mtb and more particularly the mannose residue presents on the Lipoarabinomannan, a major constituent of the mycomembrane. Mice deficient in CL-K1, one of the CL-LK subunits, do not display altered susceptibility to Mtb. However, we found that the amount of CL-LK in the serum of patients with active TB is reduced, compared to that in controls, and correlates inversely to the magnitude of the immune response to the pathogen. These findings indicate that CL-LK might be of interest for future diagnostic and treatment monitoring purposes. In a second part of this thesis, we have focused our interest on the C-Type lectin DCIR in immunity to the tuberculosis agent, Mtb. DCIR is expressed in pulmonary lesions in Mtb-infected non-human primates during both symptomless infection and active TB disease. In vitro, global gene expression profiling coupled to RT-qPCR validation revealed that upon Mtb infection, the expression of a number of interferon (IFN)-responsive genes was impaired in DCIR-deficient murine bone marrow-derived DCs, compared to in wild-type cells. This inhibition correlated with an excessive phosphorylation of Src homology 2 domain tyrosine phosphatase (SHP)2 in DCIR-KO cells, followed by a subsequent dephosphorylation of Signal transducer and activator of transcription1(STAT1) which is crucially involved in the regulation of the type I IFN.Type I IFNs are known to inhibit interleukin (IL)-12 production in DCs, and indeed, we found that impaired IFN signaling in DCIR-deficient DCs was associated with an increased production of IL-12p70 and an increased ability of Mtb-infected cells to stimulate IFN?-producing Th1 lymphocyte proliferation. DCIR-deficient mice controlled Mtb infection better than wild-type animals, which correlated with an increased production of IL-12p70, an increased proliferation of Th1 lymphocytes, and an increased inflammation and cell infiltration in the lungs of DCIR-KO animals. This excessive inflammation is characterized by an increased production of tumor necrosis factor alpha (TNFa) and inducible nitric oxide synthase (iNOS) in the lungs. Taken together, our results reveal a novel pathway by which a C-Type lectin modulates the equilibrium between infection-driven inflammation and pathogen's control through sustaining type I IFN signaling in DCs

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Vendrame, Daniela. "La transmission du VIH-1de cellule à cellule, une stratégie d'échappement viral". Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077002.

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VIH-1, comme de nombreux autres virus, peut être transmis par virus libre et par transmission de cellule à cellule. Cette dernière est la voie de propagation principale dans les cultures cellulaires et pourrait participer à la dissémination du virus in vivo. Nous décrivons ici deux situations où ce mode de transmission favorise la propagation du VIH-1. Nous avons mesuré l'impact de l'interféron (IFN) sur la réplication du VIH. Nous confirmons l'effet important de l'IFN sur la production de Gag p24 dans le surnageant. De manière intéressante, l'IFN a un impact plus limité sur la propagation du VIH (apparition des cellules Gag+). La transmission de cellule cellule est moins sensible à l'IFN que l'infection par virus libre. Ces résultats suggèrent que l'IFN est moins actif dans les cultures que ce que l'on pensait initialement. Ils peuvent aider à expliquer la faible efficacité des IFN naturellement sécrétés et des traitements avec IFN chez les patients VIH-1+. D'autre part, nous reportons l'émergence d'un variant du VIH-1 primaire portant une délétion de 20 acides aminés dans le domaine cytoplasmique (DC) de l'Env in vivo, une mutation délétère pour la. Réplication virale en culture. Puis, nous avons identifié une substitution compensatoire au sein de la matrice qui inversait les effets négatifs de la délétion du DC. La perte et la récupération du pouvoir infectieux dépendaient du niveau d'incorporation d'Env dans les virions. Cependant, ce variant raccourci était capable de se propager de cellule à cellule. Cela pourrait avoir participé à la dissémination du virus muté in vivo, pour le temps nécessaire à sélectionner la mutation compensatoire dans la matrice
HIV-1, as many other enveloped viruses, can be transmitted both via cell-free virus particles and by direct cell-to-cell transfer. Cell-to-cell transfer is the principal means of virus propagation in tissue culture and may participate to virus spread in vivo. We describe here two situations in which this mode o transmission favoured HIV spread. We measured the impact of IFN on HIV replication. We confirm the potent effect of IFN on Gag p24 production in supernatants. Interestingly, IFN had a more limited effect on HIV spread, (appearance of Gag+ cells). Cell-to-cell HIV transfer was less sensitive to IFN than infection by cell-free virions. These result: suggest that IFN are less active in cell cultures than initially thought. They may help explain the incomplete protection by naturally secreted IFN and the unsatisfactory outcome of IFN-treatment in HIV-infected patients. Later, we report the emergence of a primary HIV-1 variant carrying a 20-amino acid truncation of the Env gp 41 cytoplasmic tail (CT) in vivo. We demonstrated that this truncation was deleterious for viral replication in cell culture. We then identified a compensatory substitutions in the matrix protein that reversed the negative effects of CT truncation. The loss and rescue of infectivity depended on the level of Env incorporation into virus particles. Interestingly, this deleted virus was able to spread by cell-to-cell transfer Direct spread from cell-to cell may have participated to the replication of the mutant virus in vivo, for the time required to select compensatory mutations in the matrix protein

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Ogor, Thomas. "Ciblage cellulaire spécifique de l'interféron α pour le contrôle des défenses immunitaires antitumorales". Thesis, Université de Montpellier (2022-….), 2022. http://www.theses.fr/2022UMONT001.

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Il est largement admis qu'un cancer se développe lorsque les cellules cancéreuses échappent au contrôle du système immunitaire et que l'exploitation des défenses immunitaires afin de réactiver les cellules T endogènes anti-tumorales pourrait être une option thérapeutique pour obtenir des réponses complètes et durables.L'interféron de type I est connu pour sa puissante activité antitumorale dans les tumeurs expérimentales de la souris. En outre, il s'est avéré être une cytokine clé nécessaire à l'efficacité de nombreux agents anticancéreux ciblant non seulement les cellules cancéreuses (radiations ionisantes, produits chimiques cytostatiques, AcM...) mais aussi le système immunitaire (vaccination, cellules CAR-T...). Cependant, son utilisation n'est plus envisagée par le clinicien en raison des effets secondaires subis par les patients. Pour répondre à cette préoccupation, une technologie très prometteuse permettant la conception de molécules d'interféron ciblées et spécifiques aux cellules a été développée et l'objectif de notre travail actuel est de générer et d'évaluer pré-cliniquement des composés principaux. Pour cela, il faut s'attaquer à un certain nombre de frontières de la recherche, notamment répondre aux questions fondamentales "où" et "quand" l'interféron doit agir pour exercer son activité antitumorale, seul ou en combinaison avec les stratégies thérapeutiques susmentionnées.La question "quand" est importante car on soupçonne fortement que le moment relatif de l'action de l'interféron et de la stimulation du TCR détermine si l'effet de l'interféron est immunostimulant ou immunosuppresseur. La question "où" est évidente car elle détermine le choix de la partie ciblée des interférons modifiés. Nous savons que l'action de l'interféron sur les cellules dendritiques est nécessaire à son activité antitumorale, mais est-elle suffisante ? Une action sur les cellules T est-elle également obligatoire ? L'action de l'interféron sur les cellules tumorales ou les cellules du stroma est-elle nécessaire pour attirer les cellules immunitaires effectrices ?
It is widely accepted that a cancer develops when cancer cells escape from the control of the immune system and that harnessing the immune defences in order to reactivate endogenous anti-tumor T cells could be a therapeutic option for full and durable responses.Type I interferon is known for its potent antitumor activity in experimental mouse tumors. Furthermore, it has been shown to be a key cytokine necessary for the efficacy of many anticancer agents targeting not only cancer cells (ionising radiations, cytostatic chemicals, mAbs…) but also the immune system (vaccination, CAR-T cells…). However, its use is no longer considered by the clinician owing to the side effects experienced by the patients. To address this concern, a highly promising technology allowing the design of cell-specific targeted interferon molecules has been developed and the objective of our present work is to generate and pre-clinically evaluate lead compounds. For this, a number of research frontiers must be tackled, these include to answer to the fundamental questions 'where' and 'when' interferon must act in order to exert its antitumor activity either alone or in combination with the above-mentioned therapeutic strategies.The question 'when' is important because it is highly suspected that the relative timing of interferon action and TCR stimulation determines whether the effect of interferon is immunostimulant or immunosuppressive. The question 'where' is evident since it determines the choice of the targeting moiety of the engineered interferons. We know that the action of interferon on dendritic cells is necessary for its antitumor activity but is it sufficient? Is an action on T cells also mandatory? Is an interferon action on tumor cells or stroma cells necessary for attracting effector immune cells?

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Glenet, Marie. "Impact des ARN génomiques des Entérovirus-B tronqués en région 5'non-codante sur l'activation de la réponse interféron de type I dans les cardiomyocytes humains Major 5′terminally deleted enterovirus populations modulate type I IFN response in acute myocarditis patients and in human cultured cardiomyocytes Structures and functions of viral 5′ non-coding genomic RNA domain-I in group-B enterovirus infections Impact of 5 terminally deleted Enterovirus-B genome on type I IFN response in human cardiomyocytes | [Impact des Entérovirus-B tronqués en région 5 NC sur la réponse IFN de type I dans les cardiomyocytes humains]". Thesis, Reims, 2020. http://www.theses.fr/2020REIMM204.

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Des ARN génomiques d’Entérovirus du groupe-B (EV-B)) tronquées en région 5’ non-codante ont été associés au développement de cardiomyopathies humaines. L’impact de ces ARN génomiques viraux sur l’activation de la réponse interféron (IFN) de type I dans les cellules cibles reste inconnu. Dans des cas de myocardite humaine ou expérimentale à EV-B, nous avons identifié par RACE-PCR différentes formes d’ARN tronquées dont les proportions étaient corrélées positivement ou négativement aux niveaux IFN-β dans les tissus cardiaques. Par transfection d'ARN synthétique complet (FL) ou tronquée en région 5’ (5’TD) CVB-3/28 seules ou dans des proportions similaires à celles observées dans le sang, nous avons démontré que la structure "d" du domaine I de l'ARN EV-B possède un motif immunomodulateur de cinq nucléotides responsable de l'induction de la voie IFN-β. En utilisant des cellules STING-37 knockdown pour chaque RLR (RIG-I ou MDA5), nous avons montré que la détection des formes d'ARN 5'TD caractérisées par la perte de ce motif nucléotidique était dépendante de RIG-I et associée à un rétrocontrôle négatif de LGP2, ce qui entraîne une diminution de la réponse IFN-β dans les cellules infectées. En revanche, la détection immunitaire innée des formes FL ou 5'TD avec une tige-boucle "d" conservée était dépendante de MDA5 et associée à des niveaux plus élevés d'IFN-β. Les délétions naturelles de nucléotides affectant le domaine I de la région 5'NC du génome EV-B modulent la détection immunitaire de l'ARN viral par les RLRs. Ces données ouvrent de nouvelles perspectives d’immunothérapie ciblées visant à induire une clairance des tissus cardiaques humains infectées par les EV-B
Group-B Enterovirus (EV-B) genomic RNA forms with deletions in 5' non-coding region (5'NC) have been associated with the development of acute or chronic human cardiomyopathies. The impact of 5’terminally deleted (5’TD) viral genomic RNA populations on type I interferon response activation in target cells remains unknown. In human and murine cardiac biopsies collected during EV-B myocarditis, we identified by a RACE-PCR approach different natural 5’NC deleted RNA forms whose proportions were correlated positively or negatively to IFN-β levels in cardiac tissues. Through transfection of synthetic full-length (FL) or 5’TD CVB-3/28 RNA forms alone or in similar proportions to those observed in blood, we demonstrated that stem-loop "d" structure of EV-B RNA domain I possesses an immunomodulatory five nucleotide motif responsible for IFN-β pathway induction. Using STING-37 knockdown cells for each RLRs (RIG-I or MDA5), we evidenced that the sensing of 5’TD RNA forms characterized by the loss of this nucleotide motif was RIG-I-dependent and associated with an LGP2 negative feedback, resulting in IFN-β response decrease in infected cells. By contrast, the innate immune sensing of FL or 5’TD forms with conserved stem-loop “d” structure was MDA5-dependent sensing and associated with higher IFN-β levels. Natural nucleotide deletions affecting domain I of 5'NC region of EV-B genome modulate the immune sensing of viral RNA by RLRs. These data should stimulate the development of target immunotherapies to restore an efficient antiviral innate immune response and potentially to achieve a viral clearance of human EV-B infected heart tissues

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Farez, Tarik. "Impact de l'interféron gamma sur la production de la kératine 15 dans les kératinocytes isolés de la peau de patients atteints d'épidermolyse bulleuse simplex". Thèse, Université Laval, 2013. http://constellation.uqac.ca/2646/1/030585499.pdf.

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L'épidermolyse bulleuse simplex (EBS) est caractérisée par un décollement intra-épidermique au niveau de la couche basale de Pépiderme aboutissant à la formation de bulles et de cloques cutanées. L'EBS est causée par des mutations au niveau des gènes qui codent pour la kératine 5 (K5) ou la kératine (K14), qui sont transmises majoritairement selon un mode autosomique dominant. L'EBS affecte environ 1/50 000 à 1/30 000 personnes dans le monde et elle est considérée comme une maladie orpheline. Dans cette étude, les kératinocytes ont été isolés de biopsies de la peau de patients atteints d'EBS ayant des mutations dans le gène KRT14 et de témoins non atteints. Des essais thérapeutiques utilisant l'interféron gamma (IFN-y) ont été réalisés afin de stimuler la production de la Kl5. Les résultats ont révélé que l'IFN-y réduit l'expression et la production de la Kl5 contrairement à ce que suggérait la littérature. Cette discordance pourrait s'expliquer par un effet « régulateur » de l'IFNy sur la Kl 5 lorsque les cellules seraient activées. Cette hypothèse a été validée par l'augmentation de l'expression de la KRT16 qui est considérée comme un marqueur de préactivation des kératinocytes. Ainsi, l'IFN-y ne semble pas être une cible thérapeutique potentielle pour l'EBS causée par une mutation de KTR14 (R125S).

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Hamie, Maguy. "Pistes pour une meilleure compréhension et de nouvelles modalités de traitement de la toxoplasmose". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT032/document.

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Toxoplasma gondii est un parasite répandu, ayant un impact médical et vétérinaire. Chez les hôtes intermédiaires, les tachyzoïtes et les bradyzoïtes sont responsables de la toxoplasmose aiguë (TA) et chronique (TC), respectivement. Sous la réponse immunitaire, la TA évolue en TC, se manifestant par des kystes latents dans le cerveau et les muscles squelettiques. De plus, une forte corrélation existe entre la TC et plusieurs neuropathologies et cancers. Chez les patients immunodéprimés, la TC peut être réactivée et conduire à une maladie potentiellement fatale. Les traitements actuels ciblent principalement les TA, et présentent plusieurs effets secondaires. Nous nous sommes concentrés sur la TC et la compréhension de ses mécanismes moléculaires. Nous avons d’abord étudié l’efficacité de l’imiquimod contre la TA et la TC. Au cours de la TA, l'imiquimod a entraîné le recrutement de cellules T dans le péritoine et la rate de souris traitées et a considérablement diminué le nombre de kystes cérébraux lors de l'établissement de la TC. Remarquablement, le gavage de souris avec les kystes cérébraux restants chez des souris traitées à l'imiquimod n'a pas pu induire de TC. Après l'établissement de la TC, nous avons démontré que l'imiquimod réduisait considérablement le nombre de kystes cérébraux chez les souris chroniquement infectées et augmentait les récepteurs Toll-Like 11 et 12, qui se lient à une protéine du tachyzoïte, la profiline. Parallèlement, l’expression de TLR-7 augmentait, probablement par son agoniste, l'imiquimod. L'imiquimod induit une interconversion, comme l'indiquent la diminution du taux de protéine P21 et l'augmentation du taux de protéine P30, exprimées exclusivement et respectivement chez les bradyzoïtes et les tachyzoïtes. Les voies en aval de TLR-11/12 ont été activées via la voie MyD88 de signalisation, entraînant une induction ultérieure de la réponse immunitaire. In vitro, l'imiquimod n’affecte pas la souche Toxoplasma dépourvue de profiline, suggérant un rôle via le complexe Profilin/TLR-11/12. Enfin, le traitement par l'imiquimod a régulé positivement les transcrits des ligands 9 (CXCL9) et 10 (CXCL10), connus pour induire le recrutement de lymphocytes T dans des foyers réactivés du Toxoplasme afin d'éliminer l'infection.Ensuite, nous nous sommes concentrés sur les mécanismes moléculaires impliqués dans la TA et particulièrement dans la TC. Nous avons caractérisé P18, un membre de la superfamille SRS. Lorsque nous avons supprimé P18, la virulence était atténuée au cours de la TA, dû à un échappement plus rapide des tachyzoïtes du péritoine de souris, parallèle à un recrutement significatif de cellules dendritiques. De manière concomitante, moins de tachyzoïtes étaient détectés dans la rate, tandis que plus de parasites ont atteint le cerveau de souris infectées. L’élimination de P18 a augmenté le nombre de kystes de bradyzoïtes in vitro et dans le cerveau de souris infectées. Une expression induite de cytokines, notamment CXCL9 et 10, a également été observée. L’immunosuppression de souris KO P18 infectées a retardé la réactivation. L’infection orale de souris immunodéficientes ayant des macrophages fonctionnels a montré un prolongement de survie, contrairement aux souris n’ayant pas de macrophage, soulignant un rôle de l'IFN-g dans l’interconversion. Collectivement, ces données confirment le rôle de P18 dans la modulation de la réponse immunitaire, facilitant le passage des tachyzoïtes dans le cerveau et favorisant la formation de kystes. P18 joue également un rôle central dans la réactivation et la dissémination de parasites de manière dépendante de l'IFN-g. Dans l'ensemble, nous avons montré le potentiel thérapeutique prometteur de l'imiquimod contre la toxoplasmose et caractérisé le rôle de P18 dans l'immunomodulation afin de contrôler la dissémination et l'interconversion. Notre étude ouvre la voie à de nouvelles approches thérapeutiques contre la toxoplasmose, sa persistance et sa réactivation
Toxoplasma gondii is a prevalent parasite of medical and veterinary impact. In intermediate hosts, tachyzoïtes and bradyzoïtes are responsible for acute and chronic toxoplasmosis (AT and CT), respectively. In immunocompetent patients, AT evolves, due to the host immunity, into a persistent CT, which manifests as latent tissue cysts in the brain and skeletal muscles. CT correlates with several neuro-pathologies and cancers. In immunocompromised patients, CT may reactivate and poses a life threatening condition. Current treatments primarily target AT, are limited to general anti-parasitic/anti-bacterial drugs, and associate with several limitations. Here, we focused on targeting CT and understanding its molecular mechanisms. First, we explored the efficacy of Imiquimod against AT and CT. During AT, Imiquimod led to recruitment of T cells to peritoneum and spleen of treated mice and significantly decreased the number of brain cysts upon establishment of CT. Remarkably, gavage of mice with the remaining brain cysts from Imiquimod treated mice, failed to induce CT. Post-establishment of CT, we demonstrated that Imiquimod sharply reduced the number of brain cysts in chronically infected mice, and significantly increased Toll-Like Receptors 11 and 12. These TLRs are usually expressed by dendritic cells and monocytes, and bind a tachyzoïte actin-binding protein, profilin. Concomitantly, TLR-7 was upregulated, likely by its agonist Imiquimod. Imiquimod induced interconversion as documented by the decreased protein levels of P21, and increased protein levels of P30, exclusively expressed in bradyzoïtes and tachyzoïtes respectively. Pathways downstream from TLR-11/12 were activated, through MyD88 dependent TLR signaling, which resulted in subsequent immune response induction. In vitro, Toxoplasma strain lacking profilin, does not respond to Imiquimod, suggesting a role through Profilin/TLR-11/12. Finally, Imiquimod treatment upregulated the transcript expression levels of Chemokine (C-X-C motif) ligand 9 (CXCL9) and 10 (CXCL10), known to induce T cell recruitment to reactivated Toxoplasma foci to clear the infection.Then, we focused on molecular mechanisms involved in AT and notably CT. We characterized P18, a Surface-Antigen 1 (SAG-1) Related Sequence (SRS) superfamily member. When we deleted P18, the virulence was attenuated during AT. Indeed, P18 depletion led to a faster clearance of the parasites from the peritoneum of mice, paralleled by a substantial recruitment of dendritic cells, presumably a vehicle for tachyzoïte dissemination. Concomitantly, a lower number of tachyzoïtes was detected in the spleens while a higher number of parasites reached the brains of infected mice. P18 depletion increased the number of bradyzoïte cysts, in vitro and in the brains of infected mice. An induced expression of cytokines/chemokines, including CXCL9 and 10 was also observed. Immunosuppression of infected mice with KO P18, delayed reactivation. Oral infection of Severe Combined Immunodeficiency (SCID) (with IFN-g secreting macrophages), and NOD/Shi-scid/IL-2Rgnull (NSG) mice (lacking IFN-g), showed a significant prolonged survival in infected SCID but not NSG mice. This underlines a role for IFN-g in the conversion from bradyzoïtes to tachyzoïtes. Collectively, these data support a role of P18 in orchestrating the immune response, which ultimately facilitates tachyzoïte trafficking to the brain and favors cyst formation. P18 plays also a central role in parasite reactivation and dissemination in an IFN-g dependent fashion.Altogether, we showed the promising therapeutic potential of Imiquimod against toxoplasmosis and characterized P18 role in immunomodulation to control dissemination and interconversion. Our study paves the path towards new therapeutic approaches against toxoplasmosis. It tackled key questions pertaining to establishment, maintenance and reactivation of CT and should result in a comprehensive solution to this endemic disease

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Govender, Umeshree. "Study of transcription factors involved in the upregulation of IL-10 expression in human CD4 T cells costimulated by T cell receptor and type I interferon". Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066076.

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L'objectif de cette thèse a été d'étudier le mécanisme de la coopération entre les voies de signalisation du TCR et de l'interféron de type I qui est responsable de l'augmentation d'expression de la cytokine anti-inflammatoire IL-10 dans les lymphocytes T CD45RA+CD4+ humains. En utilisant une approche transcriptomique et d'interférence d'ARNm, j'ai observé que les voies IFN et TCR contrôlent différemment l'expression des STATs et que les BATFs sont induits par l'IFN et augmentés par la costimulation TCR/IFN. STAT3 a été identifié comme régulateur majeur de l'IL-10 et il est recruté à proximité d'un site de liaison pour BATF au locus IL-10. Sur la base d'essais de co-silencing des trois BATFs, nous avons proposé que les BATFs contrôlent l'amplitude de la réponse IFN en agissant comme facteurs de transcription " pionniers ". D'autres résultats obtenus par une étude transcriptomique d'environ 200 gènes, montrent des contributions uniques et combinées des voies TCR et de l'IFN dans le programme d'expression de gènes des lymphocytes CD45RA+CD4+ activés et indiquent que d'autres facteurs de transcription pourraient réguler l'IL-10. Cette étude est susceptible d'apporter une connaissance plus large de mécanismes impliqués dans la régulation croisée entre les voies TCR et IFN
In CD4 T cells several transcription factors (TFs) regulate expression of the anti-inflammatory cytokine IL-10. I investigated how type I interferon (IFN) cytokines and T cell receptor (TCR) pathways cooperate toward early upregulation of IL-10 in human CD45RA+ CD4+ T cells. I interrogated the role of the STAT and BATF family by transciptomics and RNAi-mediated gene-silencing. IFN and TCR induced STAT2 and STAT3 expression, respectively, while the BATFs were induced early by IFN and further enhanced by TCR/IFN together. STAT3 was the major regulator of TCR- and TCR/IFN-mediated IL-10 while STAT2 contributed to the latter. STAT3 was recruited adjacent to a BATF-binding site at the IL-10 locus early in response to TCR/IFN. Co-silencing of the three BATFs led to a marked decrease in TCR- and TCR/IFN-mediated IL-10. We propose that the BATFs control the magnitude of the IFN response as pioneer factors. Additional results of transcriptional profiling of ± 200 genes, including TFs downstream of TCR and IFN and TFs involved in IL-10 regulation, revealed that TCR and IFN provide unique and combined contributions to the early CD45RA+CD4+ T cell gene activation program and identified other potential TFs involved in TCR/IFN-mediated IL-10 transcription. This study may provide broad mechanistic bases for crosstalk between the TCR- and IFN-pathways

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Rozprawy doktorskie na temat „Interféron Typer I”

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