Rozprawy doktorskie na temat „État de la chromatine”
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Josserand, Manon. "Exploring chromatin states in the Drosophila intestinal lineage". Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2022. http://www.theses.fr/2022UPSLS056.
Pełny tekst źródłaStreszczenie:
Les cellules souches adultes s'auto-renouvellent et se différencient en un ou plusieurs types cellulaires, assurant ainsi l'homéostasie d’un tissu. Comprendre leur régulation est crucial pour mieux appréhender les mécanismes de prolifération incontrôlée et de défauts de différenciation observés lors de la tumorigenèse et du déclin fonctionnel des tissus pendant le vieillissement. Ma thèse avait pour but de mieux comprendre les états chromatiniens associés à l'activité des cellules souches adultes in vivo, dans un tissu homéostatique en utilisant l'intestin adulte de la drosophile comme modèle. Nous avons montré le rôle de facteurs de remodelage de la chromatine conservés dans le contrôle de la prolifération des cellules souches intestinales (CSI) (Gervais et al, 2019), soulignant leur importance dans la régulation du lignage intestinal. Ma thèse a prolongé ces travaux en étudiant les changements d'état de la chromatine associés à la différenciation des cellules souches à l'échelle du génome entier.J’ai généré pour chaque type cellulaire des cartes de sites de fixation au génome de 5 protéines de chromatine (ARN Pol II, Brahma, Polycomb, Heterochromatin Protein 1 et Histone linker H1) en utilisant la technique de Targeted DamID. En effectuant un modèle de Markov caché pour définir les états chromatiniens, nous avons découvert que 7 états majeurs de la chromatine existent dans le lignage intestinal. Il s'agit de 2 états actifs ("Yellow" et "Red"), 3 états répressifs ("BlueR" enrichi en Polycomb, "Green" enrichi en HP1, "Black" enrichi en H1) et 2 états intermédiaires ("Yellow Weak" et "Blue Mixed"). L’étude de ces états au niveau des gènes a révélé que de nombreux gènes, dont les régulateurs clés de l'activité des CSI, subissent des transitions d'état chromatinien distinctes pour chaque lignage lors de la différenciation en entérocytes (EC) ou en cellules entéro-endocrines (EE), les deux types de cellules intestinales différenciées. Ces résultats indiquent que les différences d'organisation de la chromatine entre ECs et EEs pourraient être particulièrement importantes pour la détermination du destin cellulaire.Nous avons aussi constaté que les gènes de différenciation suivent des changements chromatiniens spécifiques pendant la différenciation. Premièrement, les principaux régulateurs transcriptionnels de la spécification du lignage, incluant prospero et nubbin, passent de l'état "BlueR" vers des états chromatiniens actifs lors de la différenciation. Ces données suggèrent une fonction régulatrice de la chromatine marquée par Polycomb pour le contrôle de la hiérarchie transcriptionnelle au sein du lignage intestinal. D’autre part, les gènes liés à la physiologie et à l'activité métabolique des cellules différenciées suivent une transition de l'état "Black" dans les CSI vers des états chromatiniens actifs dans les ECs et EEs lors de leur activation, ce qui suggère un mode de régulation des gènes liés à la physiologie qui n'était pas encore caractérisé.Nous avons ensuite étudié les effets de la perturbation génétique de HP1 et H1 sur l'accessibilité de la chromatine, la transcription et l'homéostasie du tissu intestinal. Bien que HP1 soit nécessaire pour maintenir l'hétérochromatine, nos résultats suggèrent que cette protéine régule aussi l'expression de gènes ayant des fonctions métaboliques cellulaires indépendamment de l'accessibilité de la chromatine. De plus, HP1 est nécessaire pour maintenir la prolifération des CSI. Enfin, nous avons observé que dans les CSI, H1 régule le programme transcriptionnel spécifique des EEs, suggérant que H1 pourrait jouer un rôle dans l’amorçage du destin cellulaire «EE» dans les CSI.Globalement, notre caractérisation approfondie des changements d'état de la chromatine au cours de la différenciation fournit une ressource utile pour mieux comprendre les programmes de régulation qui contrôlent le destin et l'identité cellulaire ainsi que les fonctions physiologiques dans ce tissu homéostatiqueAdult stem cells self-renew and differentiate into one or several cell types, thus ensuring tissue homeostasis. Understanding their regulation is crucial to have a better comprehension of uncontrolled proliferation and altered differentiation mechanisms occurring during tumorigenesis and age-dependent functional decline of tissues. My thesis aimed to better understand what chromatin states are associated with adult stem cell activity in vivo in a homeostatic tissue using the Drosophila adult intestine as a model. We have previously provided evidence of roles of conserved chromatin remodeling factors in controlling intestinal stem cell (ISC) proliferation (Gervais et al, 2019), highlighting their importance in the regulation of the intestinal lineage. During my PhD, I expanded on these studies to investigate chromatin state changes associated with stem cell differentiation at the genome-wide scale.By generating cell-type specific whole-genome binding maps of 5 chromatin proteins (RNA Pol II, Brahma, Polycomb, Heterochromatin Protein 1 and Histone linker H1) using Targeted DamID and performing subsequent Hidden Markov modelling to define chromatin states, we found that 7 major chromatin states exist in the intestinal lineage. These are 2 actives states (“Yellow” and “Red”), 3 repressive states (Polycomb-enriched “BlueR”, HP1-enriched “Green”, Histone H1-enriched “Black”) and 2 intermediate states (“Yellow Weak” and “Blue Mixed”). Examining these states at genes revealed that many genes, including key regulators of ISC activity, undergo lineage-specific chromatin state transitions upon differentiation to enterocytes (ECs) or enteroendocrine cells (EEs), the two differentiated intestinal cell types. These results indicate that differences of chromatin organization between the EC and EE lineages might be critical for cell fate decisions.We also found that differentiation genes follow specific chromatin state changes during differentiation. First, the key transcriptional regulators of lineage specification including prospero and nubbin undergo a transition from the BlueR state (Polycomb-enriched) to active states upon differentiation. These data suggest a potential regulatory function of Polycomb-marked chromatin for control of the transcriptional hierarchy within the ISC lineage. In contrast, we found that physiology and metabolic activity-related genes follow a transition from the Histone H1-enriched Black state in ISCs to active states in ECs and EEs upon their activation, suggesting a previously uncharacterized mode of regulation of physiology-related genes. Following this, we investigated the effect of genetic perturbation of HP1 and H1 on chromatin accessibility, transcription and tissue homeostasis. While HP1 is required to maintain heterochromatin, our results suggest that it also regulates the expression of genes with cellular metabolic functions independently of chromatin accessibility. Furthermore, HP1 is necessary to maintain ISC proliferation. Finally, we found a role for Histone H1 in regulating the EE transcriptional program in ISCs, suggesting that it could prime the ISCs towards the EE fate.Overall, our extensive characterization of chromatin state changes during differentiation provides a valuable resource to better understand the regulatory programs that control cell fate and identity, as well as physiological functions in this homeostatic tissue
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Déjardin, Jérôme. "Séquences et facteurs nécéssaires à la mémoire épigénétique des états chromatiniens". Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20039.
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Sultana, Tania. "L'influence du contexte génomique sur la sélection du site d'intégration par les rétrotransposons humains L1". Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016AZUR4133.
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Les rétrotransposons L1 (Long INterspersed Element-1) sont des éléments génétiques mobiles dont l'activité contribue à la dynamique du génome humain par mutagenèse insertionnelle. Les conséquences génétiques et épigénétiques d'une nouvelle insertion, et la capacité d'un L1 à être remobilisé, sont directement liées au site d’intégration dans le génome. Aussi, l’analyse des sites d’intégration des L1s est capitale pour comprendre leur impact fonctionnel - voire pathogène -, en particulier lors de la tumorigenèse ou au cours du vieillissement, et l’évolution de notre génome. Dans ce but, nous avons induit de façon expérimentale la rétrotransposition d'un élément L1 actif plasmidique dans des cellules en culture. Puis, nous avons cartographié les insertions obtenues de novo dans le génome humain grâce à une méthode de séquençage à haut-débit, appelée ATLAS-seq. Finalement, les sites pré-intégratifs identifiés par cette approche ont été analysés en relation avec un grand jeu de données publiques regroupant les caractéristiques structurales, génétiques ou épigénétiques de ces loci. Ces expériences ont révélé que les éléments L1 s’intègrent préférentiellement dans des régions de la chromatine faiblement exprimées et renfermant des activateurs faibles. Nous avons aussi trouvé plusieurs positions chromosomiques qui constituent des points chauds d'intégrations récurrentes. Nos résultats indiquent que la distribution des insertions de L1 de novo n’est pas aléatoire, que ce soit à l’échelle chromosomique ou à plus petite échelle, et ouvrent la porte à l'identification des déterminants moléculaires qui contrôlent la distribution chromosomique des L1s dans notre génomeRetrotransposons are mobile genetic elements that employ an RNA intermediate and a reverse transcription step for their replication. Long INterspersed Elements-1 (LINE-1 or L1) form the only autonomously active retrotransposon family in humans. Although most copies are defective due to the accumulation of mutations, each individual genome contains an average of 100 retrotransposition-competent L1 copies, which contribute to the dynamics of contemporary human genomes. L1 integration sites in the host genome directly determine the genetic consequences of the integration and the fate of the integrated copy. Thus, where L1 integrates in the genome, and whether this process is random, is critical to our understanding of human genome evolution, somatic genome plasticity in cancer and aging, and host-parasite interactions. To characterize L1 insertion sites, rather than studying endogenous L1 which have been subjected to evolutionary selective pressure, we induced de novo L1 retrotransposition by transfecting a plasmid-borne active L1 element into HeLa S3 cells. Then, we mapped de novo insertions in the human genome at nucleotide resolution by a dedicated deep-sequencing approach, named ATLAS-seq. Finally, de novo insertions were examined for their proximity towards a large number of genomic features. We found that L1 preferentially integrates in the lowly-expressed and weak enhancer chromatin segments. We also detected several hotspots of recurrent L1 integration. Our results indicate that the distribution of de novo L1 insertions is non-random both at local and regional scales, and pave the way to identify potential cellular factors involved in the targeting of L1 insertions
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Mauvieux, Laurent. "Accessibilité à l'ADN de la recombinase V(D)J : le locus TCR alpha/delta comme modèle". Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05N108.
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Les chaines des récepteurs à l'antigène, qui portent la diversité du répertoire immunitaire, sont formés par le réarrangement des segments V, D, et J. Les mécanismes qui gouvernent ces réarrangements sont encore mal connus et reposent sur l'accessibilité aux séquences qui réarrangent. Parmi les différents éléments qui gouvernent cet accès, nous avons étudié le rôle de l'élément génique TEA, situé en amont immédiat du locus TCR J alpha. La délétion de cet élément entraîne l'absence d'utilisation par les lymphocytes des premiers segments JalphaThe diversity of antigen receptors is composed from the recombination of their V, D and J segments. The mecanisms underlying the regulation of the recombination are poorly understood, but rely on the accessibility of the DNA to the V(D)J recombinase. We showed in this work that the two T cell receptors TCR J alpha are not randomly, but rather coincidentally rearranged in a given T cell. This coincidence relies, in part, on the presence of <> (TEA), a cis regulatorygenetic element located upstream of the TCRJA cluster
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Germier, Thomas. "Dynamique de la chromatine et transcription". Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30376.
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La dynamique de la chromatine est affectée par les processus biologiques. Pour comprendre comment la physique de la chromatine et la biologie se repondent, nous avons besoin d'outils pour analyser la dynamique de la chromatine in vivo. Plusieurs systèmes existent pour marquer les loci d'ADN et déterminer efficacement leur position dans le noyau, mais ils présentent des inconvénients dans les cellules de mammifères lorsqu'il s'agit d'étudier le mouvement de la chromatine dans le contexte de processus biologiques. Cela est particulièrement vrai lorsqu'il s'agit de mécanismes où l'ADN doit être lu à proximité du marquage. Pour étudier la dynamique de la chromatine in cellulo, l'équipe Bystricky a développé ANCHOR. ANCHOR repose sur l'insertion d'une séquence courte et non répétitive (ANCH) dans le génome de l'hôte. Cette séquence contient des sites de liaison pour une protéine (OR) qui, une fois liée, s'oligomérise et permet la visualisation du locus marqué. ANCHOR est dérivé des systèmes de partitionnement des chromosomes bactériens. L'outil a été implémenté avec succès dans la levure bourgeonnante (Saad et al. 2014) et plus récemment dans la drosophile (H. Chen, Fujioka, et Gregor 2017 ; Gomez-Lamarca et al. 2018). L'un de mes projets de thèse consistait à appliquer le système ANCHOR dans des cellules humaines. La séquence ANCH3 a été insérée de manière aléatoire et en une seule copie dans le génome de la lignée cellulaire de cancer du sein MCF7 par Hafida Sellou (étudiante en M2) et Fatima Moutahir (technicienne). Pour insérer la séquence ANCH3, les cellules MCF7 ont d'abord été modifiées pour insérer un site FRT dans le génome. Ensuite, un plasmide contenant l'ANCH3 couplé au transgène Cyclin D1 et un site FRT a été transfecté. La recombinaison entre les deux sites FRT a été favorisée par la Flipase. La protéine OR3 étiquetée par fluorescence a été exprimée de manière stable ou transitoire pour permettre l'imagerie du gène CCND1 (voir (Germier et al. 2017, 2018) pour plus de détails). Nous avons voulu établir une preuve de principe pour l'utilisation d'ANCHOR dans des cellules de mammifères. Des cellules MCF7 contenant un transgène CCND1, appelé G7-CCND1 (Germier et al. 2017) ont été transfectées de manière stable avec OR3-Santaka et le locus CCND1 a été suivi sur 24 heures à travers une division cellulaire. Nous avons pu suivre efficacement le locus du transgène sans photoblanchiment. La présence de la protéine OR3-Santaka sur le locus chromatinien n'a pas perturbé la réplication et deux loci ont été effectivement observés dans les deux cellules filles (Germier et al. 2018). En utilisant le système ANCHOR3, nous avons donc développé un outil puissant pour étudier à la fois des événements rapides et courts comme la transcription et des événements à long terme se déroulant sur plusieurs jours, comme la division ou la différenciation cellulaireChromatin dynamics are affected by biological processes. To understand how physical behaviour of chromatin and biology work together, we need tools to analyse chromatin motion in living cells. Several systems exist to fluorescently label DNA loci and to effectively determine their position within the nucleus, but they have drawbacks in mammalian cells when it comes to studying chromatin motion in the context of biological processes. This is especially true when it comes to mechanisms where DNA needs to be processed in the vicinity of the labeling. To study chromatin dynamics in cellulo, the Bystricky group developed the ANCHOR DNA labelling system. ANCHOR relies on the insertion of a short, non-repetitive sequence (ANCH) in the host genome. This sequence contains binding sites for a protein (OR) which once bound, oligomerize and allow visualization of the tagged locus. ANCHOR is derived from the bacterial chromosome partitioning systems. The tool was successfully implemented in budding yeast (Saad et al. 2014) and more recently in Drosophila (H. Chen, Fujioka, and Gregor 2017; Gomez-Lamarca et al. 2018). One of my thesis projects was to apply the ANCHOR system in human cells. The ANCH3 sequence was inserted randomly and in one copy in the genome of breast cancer cell line MCF7 by Hafida Sellou (M2 student) and Fatima Moutahir (technician). To insert the ANCH3 sequence, MCF7 cells were first modified to insert a FRT site in the genome. Then, a plasmid containing ANCH3 coupled to Cyclin D1 transgene and a FRT site was transfected. Recombination between the two FRT site was promoted by Flipase. The fluorescently-tagged OR3 protein was either stably or transiently expressed to allow imaging of the CCND1 gene (see (Germier et al. 2017, 2018) for details). We wanted to establish a proof of principle for the use of ANCHOR in mammalian cells. MCF7 cells containing a CCND1 transgene, called G7-CCND1 (Germier et al. 2017) were stably transfected with OR3-Santaka and the CCND1 locus was followed using fast- time lapse microscopy over 24 h through one cell division in a single cell. We could effectively follow the transgene locus without much photobleaching. The presence of OR3-Santaka protein on the chromatin locus did not disturb replication and two loci were effectively observed in the two daughter cells (Germier et al. 2018). Using the ANCHOR3 system, we hence developed a powerful tool to study both rapid, short events such as transcription and long-term events taking place over days, such as cell division or differentiation
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Mauger, Oriane. "Interconnexions entre épissage alternatif et chromatine". Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066093/document.
Pełny tekst źródłaStreszczenie:
Chez l'homme, l'épissage alternatif (EA) affecte presque tous les gènes permettant de générer de vastes répertoires d'ARN et de protéines. L'épissage est un processus hautement régulé qui s'effectue principalement lorsque l'ARN est en cours de synthèse sur la chromatine. Beaucoup d'études suggèrent que la chromatine et ses marques épigénétiques influencent les décisions d'épissage au locus correspondant. A l'inverse, d'autres données laissent penser que l'épissage peut moduler les marques épigénétiques. Au cours de ma thèse, j'ai étudié différentes voies de couplage entre l'épissage et la chromatine. D'une part, j'ai exploré l'impact de la méthylation de l'ADN sur la régulation de l'épissage. J'ai montré que les enzymes qui méthylent l'ADN ont un effet global sur l'épissage d'exons enrichis en méthylation. Mes données suggèrent que les protéines qui lient la méthylation de l'ADN sont impliquées dans cette régulation. D'autre part, j'ai exploré les conséquences de l'EA sur la régulation de la chromatine en étudiant son impact de deux histones-methyltransferases (HMTase) : G9A et SUV39H2 dont les gènes génèrent des transcrits alternatifs. Tous les transcrits variants codent pour des protéines. La conservation des variants d'épissage de G9A dans des espèces et l'absence de différences dans leur activité HMTase, nous amènent à proposer que l'EA est associé à une fonction non liée aux histones. A l'inverse, les isoformes de SUV39H2 exhibent des activités HMTases différentes et régulent l'expression de gènes cibles différents. Ensemble, nos résultats apportent de nouvelles connexions dans le couplage épissage-chromatine et supporte un modèle où ces derniers s'auto-influencentIn humans, alternative splicing affects almost all genes in the genome and generates extensive repertoires of RNAs and proteins. Splicing is a highly regulated process which occurs primarily when the RNA is being synthesized on chromatin. Many studies suggest that chromatin and epigenetic marks influence splicing choices to the corresponding locus. Conversely, other data suggest that splicing can modulate epigenetic marks. During my thesis, I studied different ways of crosstalk between splicing and chromatin. First, I investigated the effect of DNA methylation on splicing regulation. I have shown that the enzymes that methylate DNA have an overall effect on the splicing of exons with enriched methylation. My data suggest that proteins which bind to methylated DNA are involved in this regulation. On the other hand, I explored the impact of alternative splicing on chromatin regulation studying its impact on the expression and activity of both histone methyltransferases (HMTase): SUV39H2 and G9A. G9A and SUV39H2 generate variants transcripts whose expression is regulated according to tissues. All variants transcripts encode proteins. Conservation of G9A splice variants in species and no differences in their HMTase activity, lead us to propose that G9A alternative splicing is associated with a non-histone function. Conversely, SUV39H2 isoforms exhibit different HMTases activities, and regulate the expression of different target genes. All our results provide new connections in chromatin - splicing coupling and support a model in which they harbor self-influence
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Ben, Mlih Abdellah. "Structures politiques du Maroc colonial : d'un "état" sultanien à un "état" sédimental". Paris 2, 1988. http://www.theses.fr/1988PA020042.
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Les structures politiques du maroc colonial resultent de la rencontre de deux formations "etatiques" qui appartiennent a des aires culturelles et a des eres historiques differentes. L'entrelacement des strates sultanienne et coloniale donne lieu a un type d'"etat" singulier que nous avons nomme "etat" sedimental. Une etude diachronique reconstitue la trajectoire historique du centre sultanien et permet de degager le diagramme du pouvoir sultanien, d'en saisir la singularite. La rencontre des deux strates constitue un moment de sedimentation au sens de consolidation institutionnelle et d'agglutination. Dans la formation sedimentale, le pouvoir sultanien se voit assigner une fonction de legitimation et une fonction documentaire. Le protectorat comme categorie juridicoideologique se presente comme la base sur laquelle se construit l'"etat" sedimental. Il fournit les themes de legitimation et institue la cohabitation entre les deux composantes du systeme sedimental. Etant partiellement issu de l'"etat savant", l'"etat" sedimental assigne au savoir une fonction centrale. Il constitue un instrument de decodage et d'information. Ainsi le soldat enqueteur est le personnage central de l'administration coloniale. (. . . )The political structures of colonial morocco are the result of the encounter between two "state-like" formations belonging to different cultural zones and historical eras. The interweaving of the sultan-rules stratum with the col lonial stratum gives rise to a particular type of "state" which i have called the "sedimentary state". The meeting of the two strata (sultan-rules and colonial) constitutes a moment of sedimentation understood as institutional consolidation and agglutination. In this sedimentary formation, the tasks of legitimation and documentation arre assigned to the power of the "sultanate". The protectorate, as a juridical-ideological category, is presented as the foundation upon which the "sedimentary state" is constructed. It supplies the themes of legitimation and initiates the cohabitation between the two coponents parts of the sedimentary system. The "sedimentary state" ascribes a central role to knowledge which constitutes an instrument for decoding and information gathering. Thus the soldier-investigator is the main character of the colonial administration. The joint need to partition the territory and control the population places him at the heart of the administrative apparatus. (. . . )
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Revaud, Déborah. "Etude des cassures de l'ADN et des mécanismes de réparation dans les séquences télomériques interstitielles : Influence de la structure chromatinienne". Paris 11, 2009. http://www.theses.fr/2009PA11T033.
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Iriqat, Dalal. "Construire un État palestinien". Paris 1, 2011. http://www.theses.fr/2011PA010261.
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La Palestine n'a jamais été organisée comme un État et a été soumise à des régimes étrangers pendant des siècles. Au cours de la décennie passée, pour la première fois dans son histoire, cette société a commencé à construire ses propres institutions étatiques, qui reflètent son identité, incarnent son existence, répondent à ses besoins politiques, économiques et sociaux. Cette recherche a pour objet d'étudier les institutions du système politique et administratif de la Palestine, ses succès et ses échecs, l'influence du passé sur le fonctionnement du régime, la place d'élites dans l'organisation politique. Après avoir voulu libérer par la résistance tous les territoires qui ont été confisqués après 1948, les Palestiniens représentés par l’OLP ont voulu établir un Etat. Suite à l’Intifada de 1987, les Palestiniens ont changé leur approche et au lieu de la lutte armée, ils ont préféré adopter les négociations comme étant la meilleure approche vers l’établissement d’un Etat palestinien à côté de l’Etat israélien sur les frontières de 1967. Le système institué à la suite des accords d’Oslo a été confronté à beaucoup d’obstacles et de pressions : sur ce point, il est donc utile d’en analyser les causes et les effets. Si politiquement, nous savons qu’Israël porte la responsabilité première dans la non réussite d’un accord final et dans celle de l’établissement d’un Etat palestinien, d’autres facteurs sont en cause. Ainsi, notre recherche montre comment Arafat et à sa manière de gouverner ont joué un rôle essentiel contribuant à l’échec du système et quelle est l’évolution récente du processus de construction de l’Etat palestinien.
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Conde, e. Silva Natalia. "Le nucléosome centromérique et la fibre de chromatine". Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066131.
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Ce mémoire présente les résultats que j’ai obtenus pendant ces années passées au laboratoire de Biochimie de la Chromatine, le plus souvent en collaboration avec d’autres laboratoires en France, en Ukraine et aux Etats-Unis. Deux questions m’ont particulièrement intéressée : Structure et dynamique du nucléosome centromérique. Le centromère, qui permet la ségrégation des chromatides sœurs pendant la mitose, est un des plus gros complexes nucléaires. Alors qu’on connaît maintenant beaucoup des protéines qui le constituent, on ne savait pratiquement rien sur la structure et la dynamique du nucléosome centromérique, qui a la particularité de contenir un variant de H3 : CENP-A. La technique originale des minicercles, développée au laboratoire depuis de nombreuses années, a été ici irremplaçable. Les résultats, inattendus, nous ont permis de donner un élément de réponse à la question centrale du mécanisme de l’adressage de ce variant d’histone au centromère (article I). Réponse en rotation d’une fibre de chromatine. La réponse en traction d’une fibre de chromatine est relativement bien connue. Mais nous sommes les premiers à avoir étudié sa réponse en rotation, grâce à un système de pinces magnétiques. Les résultats ont permis de généraliser à la fibre de chromatine les notions d’états conformationnels du nucléosome (article II) et de transition chirale du tétrasome (un constituant du nucléosome), initialement mises au jour grâce au système des minicercles. On a ainsi montré que la transition chirale pouvait concerner le nucléosome entier, et pas seulement le tétrasome (article III).
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Bancaud, Aurélien. "Dynamique et structure de fibres de chromatine individuelles". Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066432.
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Greil, Frauke Almut. "Heterochromatin composition and function in Drosophila". [S.l. : Amsterdam : s.n.] ; Universiteit van Amsterdam [Host], 2006. http://dare.uva.nl/document/36504.
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Gaubert, Albane. "Blocage des assemblages supramoléculaires par le design de peptides vectorisés". Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066744.
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Essalouh, Laïla. "Etude structurale et fonctionnelle de l'histone H1 : rôle de la multiplicité moléculaire dans la réplication et la réparation de la chromatine". Montpellier 1, 1995. http://www.theses.fr/1995MON13505.
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Xiaoquan, Gao. "Application de la distribution de Gibbs à l'analyse de la texture de la chromatine nucléaire". Paris 5, 1989. http://www.theses.fr/1989PA05S010.
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Les activités de transcription et de prolifération cellulaire se manifestent par des modifications stériques des filaments chromatiniens qui peuvent être décelées à l'échelle de la microscopie optique. L'étude de ces modifications présente un intérêt évident dans la détection précoce des lésions cancéreuses. Nous avons développé une méthode de détection des modifications de l'organisation chromatinienne par analyse d'image. Cette méthode repose sur une modélisation thermodynamique de la texture et à sa description paramétrique. Nous présentons une méthode de génération de régions d'intétêts permettant de localiser les noyaux sur coupe histologique. L'état de surface de ces régions est décrit par des paramètres associés aux différents éléments primitifs de la texture: l'énergie potentielle de forme et l'énergie potentielle relative de voisinage. Le degré d'organisation de la texture est défini par l'entropie du système. La transposition informatique de ce modèle nous a permis d'appliquer cette méthode à l'analyse du faciès chromatinien des cellules tumorales de la vessie. Les cellules cancéreuses sont caractérisées par une modification de l'aspect de la chromatine. Cette modification se traduit par un accroissement de l'entropie. Cette description quantitative des textures doit permettre un diagnostic précoce d'autres tumeurs solides.
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Bertrand, Claire. "Rôle des histone-acétyltransférases dans le développement d'Arabidopsis thaliana". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112293.
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Les histone-acétyltransférases sont des enzymes capables d’acétyler les histones ainsi que certaines protéines non-histones. Elles fonctionnent au sein de complexes multiprotéiques liés à la régulation de la transcription des gènes. L’acétylation des histones participe également au remodelage de la chromatine, mécanisme largement impliqué dans le contrôle du développement des plantes. L’objectif de ce travail était d’étudier le rôle des histone-acétyltransférases dans différents aspects du développement d’Arabidopsis thaliana. Dans cette optique, les phénotypes de deux mutants d’histone-acétyltransférases ont été analysés. Tout d’abord, la mutation du gène AtGCN5 induit un phénotype pléiotrope et notamment une anomalie du développement floral avec des transformations homéotiques. Ces caractéristiques s’accompagnent d’une expansion du domaine d’expression dans le méristème floral de deux gènes clés, WUSCHEL et AGAMOUS. Ces résultats nous ont permis d’impliquer AtGCN5 dans le contrôle de l’activité du méristème floral. Parallèlement, la mutation d’AtGCN5 affecte la réponse de la plante à la lumière. Un phénotype similaire est obtenu lors de la mutation du gène HAF2 qui code pour le facteur de transcription TAF1. AtGCN5 et TAF1 interviennent tous les deux dans la photomorphogenèse et l’activation de la transcription des gènes photo-inductibles. Cette régulation impliquerait leur fonction d’acétylation des nucléosomes au niveau des promoteurs de ces gènes, mais aussi leur rôle de médiateur au sein de complexes transcriptionnels. Ces résultats révèlent les histone-acétyltransférases comme de nouveaux régulateurs de mécanismes spécifiques du développement de la planteHistone acetyltransferase are enzymes able to acetylate histone and non-histone proteins. They usually function as part of multiprotein complexes involved in gene transcriptional regulation. Histone acetylation also plays a role in chromatin remodelling, a mechanism that is greatly involved in the control of plant development. The aim of this work was to study the role of histone acetyltransferase in different aspects of Arabidopsis thaliana development. Therefore, the phenotypes of two histone acetyltransferase mutants were analysed. First of all, the mutation of AtGCN5 gene induces a pleiotropic phenotype and, particularly, a defect in floral development with homeotic transformations. These effects are accompanied by an expansion of the expression domain in the floral meristem of two key genes of this developmental aspect, WUSCHEL and AGAMOUS. These results showed that AtGCN5 is involved in the floral meristem activity. On the other hand, AtGCN5 mutation also affects the light response pathways. A similar phenotype was obtained with the mutation of HAF2 gene encoding TAF1, a transcription cofactor showing a histone acetyltransferase activity. Both AtGCN5 and TAF1 promote photomorphogenesis and transcription activation of light-induced genes. This regulation seems to involve their nucleosome acetylation function on the promoters and also a mediation function within transcriptional complexes. These results reveal that histone acetyltransferases are new regulators of plant specific developmental mechanisms
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Terranova, Rémi. "Analyse fonctionnelle du domaine SET du gène Mll au cours du développement embryonnaire et hématopoi͏̈étique chez la souris". Aix-Marseille 2, 2002. http://www.theses.fr/2002AIX22021.
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Shukla, Manu Shubhdarshan. "Études sur le mécanisme de remodelage des nucléosomes par RSC et SWI/SNF". Grenoble 1, 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10057.
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Dans les cellules eucaryotes, l'ADN nucléaire est organisé sous la forme de chromatine, dont l'unité de répétition est le nucleosome. En règle générale, la chromatine est considérée comme répressive pour les processus nécessitant un accès à l'ADN tels que la transcription, la réplication ou la réparation. Le nucléosome représente une forte barrière pour des protéines nécessitant l'accès à l'ADN. Pour surmonter cette barrière, la cellule a développé des méthodes variées, dont la plus importante semble être le remodelage des nucléosomes dépendant de l'ATP. Une propriété commune à tous ces facteurs de remodelage est leur capacité de repositionner les nucléosomes le long de l'ADN. Dans ce travail, nous avons étudié le mécanisme de déplacement des nucléosomes par RSC et SWI/SNF, deux facteurs de remodelage de levure bien caractérisés. Nous avons combiné des approches basées sur la visualisation à haute résolution, notamment la microscopie à force atomique (AFM) et la cryo-microscopie électronique, avec des approches nouvelles à pointe de la biochimie et de la biologie moléculaire. Nous avons montré que la mobilisation des nucléosomes par RSC ou SWI/SNF implique des espèces réactionnelles intermédiaires métastables dont l'existence et la structure étaient jusqu'alors inconnues. Ces particules nucléosomales, que nous avons nommé ‘remosomes', possèdent certaines propriétés structurales distinctes des nucléosomes canoniques. En particulier, les ‘remosomes' contiennent ~180 pb d'ADN associées à l'octamère d'histones au lieu de 147 pb pour les nucléosomes canoniques. En utilisant, l'empreinte à la DNase I nous avons montré que le ‘remosome' représente un ensemble de structures multiples caractérisées par un enroulement fortement perturbé de l'ADN sur l'octamère d'histones. Pour caractériser ces ‘remosomes' avec une grande précision, nous avons mis au point une nouvelle technique « one pot in gel assay » qui consiste à cartographier toutes les 10 pb l'accessibilité d'une enzyme de restriction au ‘remosome' fractionné. L'application de cette technique a révélé que le profil de l'accessibilité du ‘remosome' est très différent de celui du nucléosome. Alors que celui du nucléosome peut être extrapolé par une fonction de type hyperbolique, le profil du ‘remosome' est ajusté par une fonction parabolique. Nous avons voulu répondre à la question du mécanisme de l'inhibition de la mobilisation du nucléosome variant H2A. Bbd par SWI/SNF. En utilisant les techniques décrites plus haut sur des nucléosomes variants ou chimériques (contenant des délétions ou translocations de domaines d'histones) nous avons montré que le domaine d'accrochage (‘docking domain') de l'histone H2A est essentiel pour la mobilisation des nucléosomes. Nous avons aussi montré que l'incapacité du nucléosome à glisser est due à la génération d'états intermédiaires ‘remosomes erronés', distincts de ceux apparaissant dans le cas du nucléosome conventionnelIn eukaryotic cell the DNA is organized in the nucleus in the form of chromatin, the fundamental unit of which is called as the nucleosome. Organization of DNA into the nucleosomes presents a strong barrier for various processes which require access to the DNA like transcription, replication and repair. To overcome this problem cells utilize a variety of methods, ATP dependent chromatin remodeling being one of the most important of them. A common feature of all the remodelers is that they are able to reposition the nucleosomes along the DNA at the expense of ATP. In the present work, we have studied the mechanism of nucleosome mobilization by RSC and SWI/SNF, two well characterized remodelers from yeast. A combinatorial approach was employed using high resolution microscopy namely Electron cryo-Microscopy (EC-M) and Atomic Force Microscopy (AFM) together with novel biochemical approaches. We have shown that the nucleosome mobilization by RSC and SWI/SNF involves hitherto unknown intermediate structures. These remodeled nucleosome particles ‘The Remosomes' possess characteristic structural features. Our AFM studies show that ~180 bp of DNA is associated with the histone octamer as compared to ~147 bp in the canonical nucleosomes. Using DNaseI footprinting and EC-M we have shown that the path of DNA around the histone octamer is highly perturbed. Moreover, these particles represent an ensemble many different structures rather than one defined specie. The novel ‘in gel one pot assay' showed that accessibility profile of these particles is completely different from that of canonical nucleosomes and they are accessible all along the path of DNA. We have also addressed the question of inhibition of nucleosome mobilization due to incorporation of histone variant H2A. Bbd in the nucleosomes. We show that the docking domain of histone H2A is essential for SWI/SNF and RSC induced nucleosome sliding. Furthermore, we demonstrate that the reason for inability of these nucleosomes to slide is due to a faulty generation of ‘Remosome' intermediates
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Boivin, Jérôme. "« État protecteur - État promoteur » La campagne antivénérienne dans le Québec de l'entre-deux-guerres". Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25240/25240.pdf.
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Claudet, Cyrille. "Elasticité de la chromatine : étude avec une pince optique". Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00109955.
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Cette thèse s'inscrit dans la recherche des propriétés mécaniques de la fibre de chromatine et de leur rôle. Après un rappel de connaissances sur la chromatine, nous introduisons les techniques de manipulations de molécules uniques en biophysique. Nous esposons ensuite le dispositif de pince optique que nous avons mis en œuvre ainsi que les développements plus récents de manipulations à l'aide d'un champ magnétique rotatif.Nous discutons alors des résultats obtenus sur la transition B-S de l'ADN et tentons de les interpréter en invoquant une différence de comportement sous étirement selon que la séquence est riche en A-T ou en G-C.
Les résultats des étirements sur trois principaux types de chromatine sont ensuite présentés : force nécessaire à la rupture d'un nucléosome et longueur d'ADN libérée. En faisant varier les conditions d'étirements (essentiellement concentrations salines et concentrations en chromatine exogène), en modifiant la composition de la fibre de chromatine, nous montrons que le nucléosome n'est pas une entité stable dans les conditions diluées classique des expériences sur molécules uniques. Nous confirmons par ailleurs ce résultats avec des expériences de dilution suivit d'analyse sur gel d'électrophorèse. Les résultats établis après stabilisation nous invitent à poursuivre la discussion du déroulement du nucléosome sous tension à partir d'un modèle existant. Sur la base de ces résultats, nous tentons alors de donner une interprétation du déroulement du nucléosome que nous recadrons dans le contexte de la régulation génétique à l'échelle du nucléofilament.
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Contrepois, Kévin. "Modifications de la chromatine associées à la sénescence cellulaire". Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA112102.
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La sénescence cellulaire est une réponse à un stress des cellules de mammifère caractérisée par un arrêt durable du cycle cellulaire. Celle-ci peut être déclenchée par un dysfonctionnement des télomères, des stress génotoxiques et l’activation d’oncogènes. La sénescence constitue une puissante ligne de défense contre le développement de cancers et intervient aussi dans le vieillissement. Les cellules en sénescence réorganisent leur génome par l’assemblage en hétérochromatine sous forme de SAHFs (senescence-associated heterochromatin foci). Nous avons mis en évidence que la désacétylation globale de H4-K16Ac par la désacétylase SIRT2 est impliquée dans l’assemblage de l’hétérochromatine en sénescence. De plus, nous avons identifié une accumulation de variants d’histones H2A et H2B spécifiquement dans des cellules en sénescence présentant des dommages persistants à l’ADN. Ces variants d’histone pourraient avoir des fonctions spécifiques dans ces cellules et pourraient représenter un biomarqueur du vieillissement in vivo.Mes travaux apportent des éléments pour la compréhension des rôles de l’information épigénétique dans la sénescence cellulaireCellular senescence is a stress response of mammalian cells characterized by a stable cell proliferation arrest. It can be triggered by telomere dysfunction, genotoxic stress and oncogene activation. Cellular senescence acts as a natural barrier against cancer development and is involved in ageing. Senescent cells reorganize their genome by the assembly of chromatin into senescence-associated heterochromatin foci (SAHF). We showed that SIRT2-mediated global deacetylation of H4-K16Ac is involved in heterochromatin assembly in senescence. Moreover, we identified the accumulation with time of specific H2A and H2B variants in senescence triggered by persistent DNA damage signaling. These histone variants could have specific functions in senescent cells and could be a useful ageing biomarker in vivo.This work provides novel insights into chromatin modification and epigenetic regulation in cellular senescence
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Montellier, Emilie. "Réorganisation de la chromatine au cours de la spermatogenèse". Thesis, Grenoble, 2013. http://www.theses.fr/2013GRENV071.
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La spermatogenèse, processus de production des gamètes mâles, représente un modèle physiologique pertinent pour l'étude de la dynamique de la chromatine. En effet, la chromatine de type somatique subit un remodelage drastique en fin de spermatogenèse, lors des étapes post-méiotiques. La chromatine, organisée en nucléosomes, est restructurée par enlèvement massif des histones qui sont remplacées par des petites protéines basiques spécifiques des spermatozoïdes, les protamines. Les mécanismes moléculaires responsables de cette transition structurale de la chromatine sont encore mal connus et constituent le champ d'investigation de notre laboratoire. D'autre part, la programmation de l'expression des gènes doit être finement régulée au cours de la spermatogenèse, afin de permettre l'expression des facteurs qui guideront les transitions structurales de la chromatine en post-méiose. Les marques épigénétiques mises en œuvre pour déterminer le statut d'expression des gènes sont encore mal documentées. Enfin, après fécondation de l'ovocyte par le spermatozoïde, le génome mâle subit à nouveau une restructuration visant à inverser le processus et à rendre la chromatine de type somatique, tout en prenant en compte les informations épigénétiques amenées par le spermatozoïde. Les évènements chromatiniens visant à reprogrammer le génome mâle après fécondation sont eux aussi peu connus. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à décrypter l'action de nouveaux acteurs épigénétiques, tels que des variants d'histones et des modifications post-traductionelles des histones, dans le cadre de la spermatogenèse chez la souris. Je démontre leurs implications lors du remplacement massif des histones en post-méiose, mais également vis-à-vis de la régulation de l'expression des gènes, ainsi que lors du développement embryonnaire précoce après fécondationThe process of male gametogenesis, called spermatogenesis, represents a relevant physiological model to study chromatin dynamics. Indeed, a drastic chromatin remodeling occurs during the postmeiotic steps of spermatogenesis. The nucleosomal-based chromatin is restructured by massive eviction of histone and subsequent replacement by sperm small basic proteins, the protamines. Molecular mechanisms involved during this structural transition of chromatin are obscure, and constitute the area of investigation of our lab. On the other hand, gene expression program has to be tightly regulated during spermatogenesis, to allow expression of factors that will guide postmeiotic chromatin structural transitions. Implemented epigenetic marks which determined this gene expression program are poorly documented. Finally, the male genome undergoes a new chromatin restructuration after fertilization by an inverted process that lead to a somatic chromatin, while taking into account epigenetic information carried by the spermatozoa. Chromatin events involved in male genome reprogramming after fertilization are also poorly documented. During my PhD thesis, I have been interested in deciphering the role of new epigenetic actors in the context of murine spermatogenesis, as histone variants and histones post-translational modifications. I reveal their involvement in the massive postmeiotic histone replacement, for the regulation of gene expression, and in the early embryonic development
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Elouaai, Fatiha. "Autoimmunité anti-chromatine et physiopathologie des maladies lupiques expérimentales". Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30123.
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Les maladies lupiques humaines et murines sont des affections autoimmunes caracterisees par la presence d'autoanticorps diriges contre l'adn natif et dont les mecanismes physiopathologiques restent mal connus. Le role pathogene des anticorps anti-adn dans le developpement des lesions renales au cours de ces maladies est bien etabli. Le but de notre travail etait de determiner le role de l'immunite dirigee contre les constituants proteiques de la chromatine dans l'induction des anticorps anti-adn et dans le developpement des glomerulonephrites lupiques. Les recherches ont ete realisees d'une part au cours des maladies spontanees des souris lupiques nzbnzw femelles, mrl-lpr/lpr, et bxsb males, et d'autre part chez des souris lupiques (nzbnzw), pre-lupiques (nzb, mrl-mp-+/+ et bxsb femelles) et normales (of1, c57bi/6, cba et balb/c) immunisees par des histones, de l'ubiquitine ou des nucleosomes. Les etudes ont porte sur les differents autoanticorps presents dans le plasma et deposes dans les glomerules renaux ainsi que sur le developpement des lesions glomerulaires. Les resultats obtenus apportent les elements nouveaux suivants: 1: comme le lupus humain, le lupus murin est caracterise par la presence d'autoanticorps anti-ubiquitine et anti-histone/ubiquitine. 2: a l'instar des anticorps anti-adn, les anticorps anti-histone et anti-nucleosome jouent au cours des maladies lupiques un role pathogene dans le developpement des lesions glomerulaires. 3: sur un terrain genetiquement predispose, l'induction des anticorps anti-adn peut etre declenchee par le developpement d'une immunite anti-histone ou anti-ubiquitine, suggerant que des lymphocytes t autoreactifs vis a vis de certaines proteines associees aux constituants chromatiniens jouent un role determinant dans l'induction des autoanticorps caracteristiques des maladies lupiques. D'une maniere generale, ils designent la chromatine comme le systeme antigenique majeur a prendre en consideration dans la physiopathologie des maladies lupiques
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Roux, Christophe. "Contribution à l'étude de la chromatine du spermatozoïde humain". Paris 5, 1987. http://www.theses.fr/1987PA05S029.
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GAILLARD, PIERRE-HENRI. "Dynamique de la chromatine et reparation de l'adn lese". Paris 6, 1997. http://www.theses.fr/1997PA066340.
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L'objet de ce travail a ete l'analyse des mecanismes mis en oeuvre par la cellule eucaryote pour retablir une structure chromatinienne destabilisee lors de la reparation de l'adn lese. Dans un premier temps nous avons developpe un systeme acellulaire derive d'extraits d'oeufs de xenope ou de cellules humaines, permettant de suivre simultanement la reparation et l'assemblage de la chromatine sur une matrice d'adn irradiee aux ultraviolets. Nous avons ainsi mis en evidence l'existence d'un lien etroit entre la reparation de l'adn et son assemblage en chromatine. De plus, nous avons demontre l'implication du facteur caf-1 (chromatin assembly factor 1), deja connu pour son role dans le couplage entre replication et assemblage en chromatine. Nous avons ensuite etendu notre observation du couplage entre reparation de l'adn et l'assemblage en chromatine a un troisieme systeme experimental : l'extrait d'embryon de drosophile. Ce systeme s'est avere extremement efficace pour la reparation de l'adn et nous a permis d'analyser la mise en place des nucleosomes au site de reparation. Pour cela nous avons suivi la formation de la chromatine sur un plasmide comportant un adduit unique de cisplatine. Nos resultats montrent que la formation de nucleosomes est initiee au site de reparation et se propage de maniere bidirectionnelle a partir de ce site. De plus nous montrons que le processus d'assemblage peut etre initie avant la phase de synthese reparatrice. Les resultats de cette etude aident a mieux comprendre les aspects touchant au maintien de l'integrite fonctionnelle du genome dans le noyau d'une cellule eucaryote.
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Quintin, Justine. "Organisation de la chromatine et signalisation par les oestrogènes". Thesis, Rennes 1, 2013. http://www.theses.fr/2013REN1S074/document.
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En réponse à son environnement composé de signaux endogènes et exogènes, une cellule doit pouvoir adapter son transcriptome, et cela à travers une modulation fine de l'expression de ses gènes. Les mécanismes permettant une telle adaptation reposent sur de multiples paramètres, entre autre l'organisation du génome, que ce soit au niveau de sa séquence primaire ou de son organisation au sein de la chromatine qui est un support pour l'intégration de nombreuses informations (structurelles et épigénétiques). De plus, l'organisation tridimensionnelle du noyau cellulaire apporte des contraintes physiques et fonctionnelles qui contribuent également à ces régulations. Afin de comprendre comment toutes ces informations peuvent être intégrées lorsqu'un signal régule la transcription d'un ensemble de gènes colinéaires («cluster» de gènes), nos études se sont focalisées sur la description et dissection des mécanismes impliqués dans la régulation coordonnées de gènes œstrogéno-dépendant par le récepteur aux œstrogènes (ER) et ses facteurs pionniers (FOXA1, FOXA2 et GATAs) dans des cellules cancéreuses d'origine mammaire. Dans ce cadre, nous nous sommes plus particulièrement intéressés au cluster TFF, situé sur le bras long du chromosome 21, incluant le gène modèle TFF1, en utilisant des techniques d'analyse à grande échelle (ChIP-chip, ChIP-seq, 4C et analyses transcriptomiques)A given cell has to be able to adapt its fate and homeostasis in response to endogenous and exogenous signals. This adaptation occurs through finely tuned regulations of genes' expressions leading to the variation of their transcriptomes. Multiple parameters have to be integrated in order to provide such mechanisms of regulation. First, the primary sequence of the genome and its organization into chromatin are major regulatory components that harbor genetic, structural and epigenetic information. Second, the three-dimensional organization of the genome into the nucleus brings both physical and functional constraints that also contribute towards these regulatory processes. Here, we engaged a work aiming to understand and dissect how these several levels of information are integrated during the transcriptional regulation of colinear genes (cluster of genes) by the same signal. We took as a model the coordinated regulation of the estrogen-sensitive TFF cluster driven by the estrogen receptor (ER) and its pioneering factors (FOXA1, FOXA2 and GATAs) in mammary cancer cells. This cluster is located within the long arm of the chromosome 21, and contains the gene model termed TFF1. We used large-scale methods (ChIP-chip, ChIP-seq, 4C and microarray transcriptomic analyses) to decipher these dynamic mechanisms
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Mateescu, Bogdan. "Ciblage et régulation du facteur HP1 sur la chromatine". Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066203.
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Chez les mammifères, le facteur HP1 (heterochromatin protein 1) est un acteur majeur dans les processus de formation et de régulation de la chromatine condensée. Le ciblage de HP1 sur la chromatine nécessite sa fixation sur la lysine 9 méthylée de l’histone H3 mais également la reconnaissance d’un ARN dont la nature reste à ce jour inconnue. Dans un premier temps, nous avons démontré que les modifications post-traductionnelles adjacentes à la lysine 9 de l’histone H3 (phosphorylation et acétylation) module la fixation de HP1 sur la chromatine. Par la suite nous avons montré que HP1 est impliqué dans le contrôle de la latence transcriptionnelle du virus VIH-1. Enfin, nous présentons des données suggérant que la machinerie d’ARN interférence et en particulier l’ARN viral TAR, sont impliqués dans le contrôle de la transcription du VIH-1. L’interaction potentielle entre HP1, machinerie d’ARN interférence et ARN TAR dans le control de la transcription du virus VIH-1 est discutée.
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Brisson, Darveau Guillaume. "UN ÉTAT HORS DU TEMPS". Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28153/28153.pdf.
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Longuet, Stéphane. "Individu et état chez Hayek". Paris 1, 1991. http://www.theses.fr/1991PA010046.
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Notre objectif est d'etudier les rapports entre anti-etatisme et individualisme chez Hayek. La première partie analyse les carctéristiques du rationalisme de Hayek et ses conséquences sur un objet central : le comportement individuel. Nous qualifions ce rationalisme d'éthique car il se reconnait fondé sur des valeurs et vise à la preservation des valeurs libérales. Il débouche cependant - en contradiction avec la méthodologie affichée sur une représentation du comportement individuel qui met l'accent sur la primauté des institutions sociales. La seconde partie étudie l'anti interventionnisme développé par Hayek dans les années 30. Fondé sur la théorie autrichienne du capital, il s'appuie apparemment sur une démarche individualiste. En réalité, le raisonnement demeure globaliste. Nous montrons que le rétablissement d'une logique individualiste permet au contraire de justifier certaines interventions gouvernementales. La troisième partie envisage les institutions nécessaires à un ordre libéral. Celles-ci semblent permettre la représentation d'une société individualiste caractérisée par un rôle coercitif de l'état réduit. Nous montrons que cet ordre exige une réévaluation du rôle de l'état et un contrôle social sur l'individu. Dans ce cadre les droits politiques individuels sont soumis aux contraintes du marchéIn this dissertation, I shall discuss the interaction between individualism and anti government interventionism, as perceivedby Hayek. It first appears that individualism is one of the main characteristics in Hayek's conception of rationalims. After a careful analysis, however, one finds that this is not really the case. Iin defending the free market economy, Hayek acknowledges the necessity of certain institutions. Thus, although he purports to advocate methodological individualism, he does not with all of its principles. Hence, Hayek's criticism of governmental intervention is flawed. Hayek's economic theories, developed in the 1930's, are not founded on pure methodological individualism. When hayekian methodology is fully applied it requires at least some degree of government intervention. The theory of spontaneous order does not resolve the inherent contradiction of hayed's view. The state remains a central institution of the market economy. Moreover in order for a free market economy to function properly, individuals must abide by its rules. A social control is implicitly required
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Brisson-Darveau, Guillaume. "Un état hors du temps". Master's thesis, Université Laval, 2011. http://hdl.handle.net/20.500.11794/22477.
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Dans le cadre de ce travail de recherche, j'expérimente la construction d'un personnage fictif et d'un espace sur le Web où il existe, www.TempsMort.Org. Je fais appel à la mise en scène de soi pour développer ce personnage et j'utilise des stratégies empruntées aux identités de marque pour l'intégrer dans l'espace social. Je prends le pari du jeu, de la gratuité et du déguisement pour donner forme à mon projet. Sur le site, je présente différentes expérimentations qui participent à définir mon personnage, sa manière d'être et de réagir au monde qui l'entoure. Je m'inspire de la figure du loser car il représente pour moi une forme de résistance passive et invisible aux différentes formes d'injustices sociales. Cette référence au loser participe à la création d'une satire sociale, de l'homme par rapport à la société capitaliste. De plus, l'étude de concepts théoriques exposés dans le texte suivant contribue, par les enjeux qu'ils soulèvent, à la mise en forme du drame symbolique du personnage derrière le site. Cette démarche me permet d'exprimer mon sentiment d'impuissance relativement à un système social que je trouve parfois, voire souvent, injuste et d'extérioriser cette lassitude et ce rapport au temps que m'impose l'expérience personnelle de la maladie.
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Mouriapregassin-Payet, Caroline. "État civil et volonté individuelle". La Réunion, 2008. http://www.theses.fr/2008LARE0001.
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Traditionnellement, état civil et volonté individuelle sont deux notions antinomiques. Les éléments de l'état civil ne pouvaient faire l'objet de modifications. Pourtant, la matière de l'état civil n'a pu échapper à l'emprise croissante de la volonté individuelle qui s'immisce progressivement, influençant ses diverses composantes. L'état civil semblant inadapté à l'intervention de cette nouvelle donnée se métamorphose. Il se renouvelle tant par sa nature d’ordre public que par sa fonction d'identification sociale et intègre désormais la volonté individuelle. La définition de l'état civil suppose donc une actualisation par l'intégration de la notion d'identité plus appropriée puisqu'elle prend en compte l'aspect objectif d'identification sociale impliquant une certaine stabilité et l'aspect subjectif autorisant les modifications permettant la réalisation d'un équilibre entre intérêts individuels et intérêts sociauxTraditionally, civil state and individual will are two antinomies concepts. The component of civil state could not be subject to amendment. Yet, the content of civil state could not break away the increasing thrall of the individual will, which involve itself progressively in, impacting its various components. Civil state, seeming unprepared to the arriving of this new piece of data, has to transform itself. It renews itself indeed by its nature of law and order as well as by its social designation function and from now on integrates the individual will. Therefore, the definition of civil state assumes a realization by integrating the concept of identity which is more fitted since it takes in consideration the objective aspect of the social identification implying a definite constancy and the subjective aspect allowing the amendment which will enable the achievement of a balance between self-interests and social interests
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Lacombe, Jean. "Myxomes atriaux et état inflammatoire". Montpellier 1, 1988. http://www.theses.fr/1988MON11341.
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Hennion, Magali. "Mécanismes de régulation de la transcription par les insulateurs impliquant leur rôle dans l'organisation de la chromatine". Toulouse 3, 2010. http://thesesups.ups-tlse.fr/1052/.
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L'organisation des chromosomes est essentielle à la régulation de nombreux processus incluant l'activité des gènes, leur transmission fidèle au cours de la division cellulaire et la prolifération des cellules. Les insulateurs sont des séquences d'ADN particulières qui marquent des zones frontières dans la chromatine, subdivisant ainsi le génome en sous-domaines fonctionnellement indépendants. Bien que des insulateurs aient été identifiés chez la plupart des eucaryotes, les mécanismes qui leur permettent de définir des frontières et/ou de réguler les gènes voisins restent à préciser. Mon travail de thèse a porté sur l'étude des insulateurs dont la fonction est assurée par la protéine BEAF chez Drosophila melanogaster. Par une approche de déplétion de BEAF par interférence à l'ARN dans des cellules en culture, j'ai étudié l'influence de cette protéine sur l'organisation d'une frontière putative entre euchromatine et hétérochromatine, ainsi que sur l'expression des gènes environnants. Je me suis ensuite intéressée aux mécanismes de régulation transcriptionnelle impliquant BEAF. Proches de nombreux promoteurs, les insulateurs BEAF régulent la transcription de gènes dont l'expression est essentielle pour la cellule. En combinant plusieurs approches à l'échelle du génome, nous avons montré que BEAF est impliqué dans le positionnement précis des nucléosomes au niveau du site de démarrage de la transcription. Ce positionnement permet la régulation d'une étape précoce de la transcription par la polymérase II, à savoir l'étape de pause à proximité du promoteur qui apparaît comme primordiale pour l'expression normale d'un grand nombre de gènesChromosomes organization is essential for many processes including genes activity, faithful genetic transmission during cell division and cell proliferation. Insulators are specific DNA sequences that specify chromatin borders, dividing the genome into functionally independent sub-domains. Insulators have been identified in most eukaryotes but the mechanisms that enable them to define borders and/or regulate nearby genes are still unclear. During my PhD studies, I focused on specific insulators whose function is carried out by the BEAF protein in Drosophila melanogaster. By depleting BEAF by RNA interference in cultured cells, I've studied the effect of this protein on chromatin organization at a putative border between euchromatin and heterochromatin, as well as on the expression of surrounding genes. I then extended these studies to the mechanisms of transcriptional regulation that involve BEAF. Localized near many promoters, BEAF insulators regulate the transcription of genes whose expression is essential for cells. Combining several genome-wide approaches, we have shown that BEAF is involved in the precise positioning of nucleosomes at transcription start sites. This positioning enables the regulation of an early step of polymerase II transcription, namely the pause near promoters which appears to be essential for the normal expression of many genes
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Besnard, Emilie. "Modifications de l'organisation de la chromatine liées à l’entrée en sénescence et son impact sur la réplication du génome". Thesis, Montpellier 1, 2010. http://www.theses.fr/2010MON1T008.
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L'entrée en sénescence, considérée comme un arrêt irréversible du cycle, se caractérise par une modification de l'organisation de la chromatine formant de véritables foyers d' hétérochromatine spécifiques (SAHF) coordonnée à une modification d'expression génique et à un déclin progressif de la compétence à répliquer le génome. Ainsi, au cours de ma thèse, j'ai voulu comprendre en quoi ces changements d'organisation du génome pouvaient influer sur la distribution et l'activation des origines d e réplication lors de l'entrée en sénescence réplicative ou déclenchée de façon prématurée par l'inhibition d'un modulateur de chromatine, la protéine à activité Histone AcétylTransférase p300. Pour étudier ces régulations, j'ai utilisé le peignage moléculaire d'ADN réplicatif qui permet de suivre les fourches de réplication et d'évaluer la distribution moyenne des origines. De plus, à l'aide de la purification de brins naissants aux origines de réplication couplée à un séquençage haut débit, nous avons cartographié la position de ces origines sur l'ensemble du génome humain et étudier un ensemble de facteurs pouvant intervenir dans ce déterminisme. Grâce à cette étude, nous avons pu suivre finement les modifications d'activité des origines associées à l'entrée en sénescence. De plus, afin de mieux comprendre les mécanismes d'activation des origines de réplication, nous avons étudié en collaboration avec l'équipe du Dr Fisher, le rôle de Cdk1 et de Cdk2 dans l'activation des origines dans le modèle XénopeSenescence entry, considered as an irreversible cell cycle arrest, is characterized by modifications of chromatin organization forming specific heterochromatin foci (SAHF) coordinated to modification of gene expression and the progressive loss of capacity to replicate the genome. During my PhD, we investigated whether these changes in genome organization might induce modifications in the distribution and the activity of replication origins during replicative senescence entry and in prematurely induced senescence by inhibition of a chromatin modulator, the Histone AcetylTransferase p300. To study these regulations, we used the replicating DNA combing allowing to follow the progression of replication forks and to evaluate the mean distribution of origins. By using the nascent strand purification assay coupled to deep sequencing, we mapped the position of replication origins in the whole human genome and studied some factors which could be involve d with this determinism. Thanks to this study, we followed finely the modifications of activity of replication origins associated to senescence entry. Moreover, in order to better understand the mechanisms of activation of origins, we studied in collaboration with Dr Fisher's team, the role of Cdk1 and Cdk2, in the activity of replication origins in the Xenopus model
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Aymard, François. "Rôle de la chromatine dans le choix de la voie de réparation des cassures double-brins à l'ADN". Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/3749/.
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Parmi tous les dommages à l'ADN, les cassures double-brins (DSBs) sont les plus dangereuses puisqu'elles peuvent conduire à de nombreuses mutations et réarrangements du génome, associés à la cancérogénèse. Les DSBs peuvent être réparés par deux mécanismes principaux : la NHEJ (Non Homologous End Joining) et la HR (Homologous Recombination). Le mécanisme, par lequel l'une ou l'autre de ces voies est privilégiée pour réparer une DSB n'est pas entièrement compris. Dans le noyau, l'ADN est associé à des histones autour desquelles il est enroulé pour former la chromatine, une structure dynamique qui est connue pour réguler tous les processus biologique impliquant l'ADN. Nous avons, d'une part, montré que le contexte chromatinien participe au choix de la voie de réparation. La chromatine transcriptionnellement active est préférentiellement réparée par HR qui est recrutée sur les loci transcrits via la marque d'histone H3K36me3, associée à l'élongation de la transcription. Cette étude démontre un rôle essentiel de la chromatine dans le choix de la voie de réparation, dans des cellules humaines. D'autre part, nous avons cartographié par ChIP-Seq de nombreuses modifications post-traductionnelles d'histones suspectées d'être impliquées dans la réparation de l'ADN, avant et après induction de cassures. Ceci nous a permis d'étudier l'induction, la distribution et l'association avec les différents mécanismes de réparation de neuf modifications d'histone. Ainsi, ces études ont conduit à une meilleure compréhension des influences réciproques qui existent entre la chromatine et la réparation, et notamment le rôle de la chromatine dans le choix du mécanisme de réparationAmongst all DNA damages, Double-Strand Breaks (DSBs) are the most harmful lesions, since they can lead to mutations or genome rearrangements associated with cancerogenesis. DSBs can be repaired by two main mechanisms: NHEJ (Non Homologous End Joining) and HR (Homologous Recombination). The mechanism by which one or the other pathway is favored to repair DSB is not entirely understood. In the nucleus, DNA is wrapped around histones and forms the Chromatin, a dynamique structure that is known to influence all processes involving DNA including DSB repair. Firstly, we showed that the chromatin landscape participate in the repair pathway choice. The transcriptionnally active chromatin is preferentially repaired by HR which is recruted on transcribed loci via the H3K36me3 histone mark. This study demonstrates an essential rôle of the chromatin in the DSB repair pathway choice, in human cells. Secondly, we mapped by ChIP-Seq numerous histone post-translationnal modifications suspected to be involved in DNA repair, before and after DSB induction. This study allowed us to study the induction, the distribution and the association with the different repair pathways of nine histone modifications These studies led to a better understanding of reciprocical influences between chromatin and repair, and especially the rôle of transcritpion and the repair pathway choice
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Reynoird, Nicolas. "Dérégulation épigénétique induites par la protéine fusion BRD4-NUT, et caractérisation de la protéine NUT au cours de la spermatogenèse et dans les cancers". Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENV058.
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Il apparait de nos jours évident que les cancers ne peuvent se réduire à des aberrations génétiques, et qu'un nouveau paramètre est à prendre en considération, l'épigénétique. Au cours de ma thèse je me suis efforcé de caractériser la protéine fusion BRD4-NUT. Cette protéine résulte d'une translocation t(15; 19) observée dans les carcinomes de la ligne médiane (NMC), extrêmement agressifs et létaux. La protéine BRD4 possède un double bromodomaine capable de s'associer à la chromatine acétylée, et recrute divers facteurs sur la chromatine. NUT est une protéine de fonction inconnue exprimée exclusivement au cours de la spermatogenèse. J'ai pu démontrer que la protéine fusion BRD4-NUT était suffisante à induire la tumorigenèse, par un mécanisme de séquestration de la protéine histone acétyltransférase (HAT) CBP/p300. NUT interagi avec CBP/p300 et suractive son activité d'acétylation, créant des foci hyper-acétylés de chromatine. BRD4-NUT empêche ainsi CBP/p300 d'aller co-activer la transcription de nombreux gènes, et bloque notamment la réponse apoptotique p53-dépendante. Une inhibition de BRD4-NUT- par siRNA, mutation des bromodomaines ou dérégulation de l'acétylation des foci par des inhibiteurs des histones déacetylases (HDAC) - réenclenche la voie d'apoptose et la mort de ces cellules tumorales. Cette étude est un exemple précis de l'impact qu'une dérégulation épigénétique peut avoir sur l'homéostasie cellulaire et induire la tumorigenèse. Je me suis également intéressé à caractériser la protéine NUT lors de son contexte physiologique (la spermatogenèse) ou lors de son expression illégitime dans des lignées tumorales sans translocation avec BRD4Nowadays, it is clear that cancer cannot be reduced only to genetic abberations, and that a new parameter has to be considered, epigenetic. During my thesis, I have characterized the fusion protein BRD4-NUT, which results of a t(15; 19) translocation observed in NUT midline carcinoma (NMC), highly aggressive and lethal. BRD4 contains a double romodomain to interact with acetylated chromatin, thus recruting different complexes on chromatin. NUT is a protein of unknown function, specifically expressed during spermatogenesis. I have obeserved that BRD4-NUT is sufficient to promote tumorigenesis, via a sequestrating mecanism of the histone acetyltransferase (HAT) CBP/p300. NUT interacts with and stimulates CBP/p300 activity, creating highly acetylated foci in chromatin. BRD4-NUT inhibits CBP/p300 transcriptionnal co-activation, and among others, blocks p53-dependant apotposis pathway. BRD4-NUT inhibition - by siRNA, bromodomain mutation or acetylation deregulation by histone deacetylase (HDAC) inhibitors - reactivates apoptosis of translocated cancer cells. This study is a precise exemple of epigenetic deregulation impacts on cell homeostatis and how it can promotes tumorigenesis. I have also characterized NUT protein on its physiological context (spermatogenesis), or during its illegitimate expression in cell lines without being translocated with BRD4
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Liénard-Lambour, Barbara. "Caractérisation biochimique de macroH2A1.1 dans les cellules cancéreuses mammaires". Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30273.
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Les propriétés biochimiques de la chromatine peuvent être modulées par l'incorporation de variants d'histones dans la chromatine. Le variant macroH2A contient un domaine amino-terminal typique de l'histone H2A, fusionné à un domaine appelé "domaine macro". A ce jour, trois protéines macroH2A ont été identifiées: macroH2A1.1 et macroH2A1.2 résultant d'un épissage alternatif et macroH2A2. Elles ont été majoritairement associées à la formation de l'hétérochromatine et à la répression transcriptionnelle. L'état de l'art montre ainsi une implication de macroH2A1 dans de nombreux mécanismes cellulaires tels que l'inactivation du chromosome X, la sénescence, le développement cellulaire, la régulation transcriptionnelle et les cassures double brin de l'ADN. Nombres de ces processus sont impliqués dans la formation de cancers, faisant de macroH2A1 un élément important à considérer. Son expression a d'ailleurs été corrélée au développement de nombreux cancers tel que ceux du poumon, du colon, de la peau ou du sein. De par les différences structurales, de liaisons à des ligands et les nombreuses controverses observées dans la littérature entre macroH2A1.1 et macroH2A1.2, il paraît essentiel d'étudier séparément chacun de ces deux variants sans pour autant négliger l'importance de leur interconnexion. Récemment, nous avons déterminé que le niveau d'expression de macroH2A1.1 corrélait spécifiquement avec les cancers du sein triple négatif (TNBC). Au niveau moléculaire, cette association se traduit par une corrélation positive entre le niveau d'expression de macroH2A1.1 et les caractéristiques moléculaires de la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT). Dans ce contexte, le but de ma thèse a été d'identifier les propriétés biochimiques de macroH2A1.1 dans plusieurs modèles cellulaires du cancer du sein à l'aide d'un anticorps spécifiquement dirigé contre macroH2A1.1 produit au sein du laboratoire. L'ensemble de ce travail a permis l'identification d'une forme mono-ubiquitinylée de macroH2A1.1 sur sa lysine 123. Les outils techniques mis en œuvre ont également permis d'identifier cette forme modifiée en association avec les duplexes ARN : ADN. Les résultats présentés dans cette thèse permettront de mieux comprendre l'importance des modifications post-traductionnelles des variants d'histone et d'ouvrir un nouveau champ d'exploitation dans la définition des rôles de ce variantBiochemical properties of chromatin can be modulated by incorporation of histone variants in chromatin. MacroH2A has a amino-terminal domain typical of a full-length H2A, fused to a "macro domain". To date, three macroH2A have been identified: macroH2A1.1 and macroH2A1.2 which are alternative spliced variants and macroH2A2. They have been principally associated to heterochromatin formation and transcriptional repression. State of art shows that macroH2A1 is associated to various cellular mechanisms such as chromosome X inactivation, senescence, cellular development, transcriptional regulation and DNA double strand breaks. Many of these processes are implicated in cancer formation, making macroH2A1 an important element to consider. Its expression has also been correlated to numerous cancer developments such as lung, colon, skin or breast. Due to the structural differences, links to ligands and controversy observed in the literature between macroH2A1.1 and macroH2A1.2, it seems essential to study separately these two variants without omit their interconnection significance. Recently, we have determined that macroH2A1.1 expression level correlated specifically with Triple Negative Breast Cancer (TNBC). At the molecular level, this combination results in a positive correlation between macroH2A1.1 expression level and molecular characteristics of Epithelio-Mesenchymal Transition (EMT). In this context, the aim of my thesis was to identify biochemical properties of macroH2A1.1 in many breast cancer cellular models using a specific antibody for macroH2A1.1 generated in the lab. All this work has allowed the identification of a mono-ubiquitinated form of macroH2A1.1 on its lysine 123. Technical tools implemented have also allowed to identify the modified form in association with RNA:DNA duplexes. The results presented in this thesis will allow to better understand the importance of post-translational modification of histone variant and to open a new operating field in the role definition for this variant
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Bourgeon, Dominique. "RDM1, entre remodelage de la chromatine et réparation de l'ADN en réponse au cisplatine". Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10214.
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RDM1 est un gène découvert récemment et impliqué dans la réponse cellulaire au cisplatine chez les vertébrés. Le gène RDM1 (pour RAD52 Motif 1) a été identifié, dans des bases de données, en cherchant des similarités avec RAD52. Nous avons par la suite identifié une protéine partenaire de RDM1, HP1α, un composant majeur de l'hétérochromatine et largement impliquée dans les mécanismes épigénétiques. Nous avons mis en évidence cette interaction en double-hybride chez la levure avec de nombreux mutants de RDM1 dans une région identifiée comme la "HP1 interaction box" ou "HPbox". Auparavant, nous avons réalisé la disruption de RDM1 dans des cellules de poulet ce qui conduit à une hypersensibilité des cellules au cisplatine quand les cellules sont traitées avec. De plus, nous avons démontré la liaison spécifique de RDM1 aux adduits cisplatine-ADN. Grâce à ces résultats, nous plaidons pour un rôle de RDM1 dans la résistance au cisplatine dans le traitement des cancers chez l'homme. Les lignées humaines de cancer du poumon représentent un bon modèle pour notre étude pour deux raisons : tout d'abord parce qu'un traitement à base de cisplatine constitue la chimiothérapie la plus efficace contre les cancers non à petites cellules (NSCLC) et ensuite parce que la résistance à ce même traitement augmente et que nous manquons de marqueurs moléculaires pour l'expliquer. Notre travail a montré 1) de fortes variations dans les niveaux d'expression de l'ARNm de RDM1 après une exposition au cisplatine et 2) une accumulation des adduits cisplatine-ADN alors que les cellules ont été traitées avec un shRNA dirigé contre RDM1. Pour conclure, nous avons ouvert un nouveau pan de recherche sur une protéïne qui reste mystérieuse, RDM1, mais qui pourrait être un nouveau facteur pronostic dans les cancers du poumon, même si la fonction exacte de RDM1 dans les cas de réparation de l'ADN suite à une exposition au cisplatine reste inconnueRDM1 is a novel gene involved in the celle response to cisplatin in vertebrates. The RDM1 gene (for RAD52 Motif 1) was identified while searching databases for sequences showing similarities to RAD52. We have identified a protein partner of RDM1, HP1α, a major component of the heterochromatin and largely involved in epigenetic mechanisms. We have shown this interaction in 2-hybrid assays with several mutants of RDM1 in a region we identified as the "HP1 interaction box" also named "HPbox". We have also shown that RDM1 can act a transcriptional repressor but needs, for a large part, the presence of the "HPbox". Previously we have shown that the knock-out of RDM1 in a chicken cell lines leads to a hypersensitivity to cisplatin when cells are treated with. In addition, we have demonstrated the specific binding of RDM1 on adducts formed by cisplatin and DNA. Based on theses evidences, we plead for a role of RDM1 in the resistance to cisplatin treatment in human cancers. Lung cancers cell lines represent a good model for this study for two main reasons : first, cisplatin-based combination treatment is the most effective chmotherapy for Non Small Cell Lung Cancer (NCLC), second, resistance to the treatment is increasing and we lack of molecular marker to explain it. Our worf has shown 1) strong variations in the expression level of the mRNA of RDM1 following a cisplatin treatment and 2) an accumulation of DNA-cisplatin adducts while the cells were treated with shRNA towards RDM1. In conclusion, we opened a new field of research on a protein which keeps a huge part of mystery, RDM1, but it might be a new prognostic factor in lung cancer, even if the exact function of RDM1 in the cases of DNA repair following cisplatin treatment remains unknown
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Garcia-Aguilar, Marcelina. "Analyse fonctionnelle du rôle de la chromatine dans le contrôle de l’apomixie et de la sexualité". Perpignan, 2010. http://www.theses.fr/2010PERP0929.
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Chez les Angiospermes, l’apomixie est un mode de reproduction asexuée par graines conduisant à la production de descendances génétiquement identiques à la plante mère, les embryons apomictiques étant produits sans méiose ni fécondation. L'objectif de cette étude était de déterminer le rôle de la structure de la chromatine au cours de la reproduction des plantes et de tester l’hypothèse d’un lien fonctionnel entre l’établissement de ces structures chromatidiennes et la différentiation entre sexualité chez le maïs et apomixie chez son apparenté sauvage, Tripsacum. Dans un crible portant sur 319 enzymes modificatrices la chromatine (CME), nous avons pu identifier six loci dont l’expression dans les ovules diffère entre plantes sexuées et plantes apomictiques. L’analyse fonctionnelle de DMT102, l’homologue de CHROMOMETHYLASE 3, et de DMT103, l’homologue de DOMAIN REARRANGED METHYLTRANSFERASE 2, a montré qu’une perte de fonction induit les phénotypes observés au cours du développement apomictique. Des expériences d'immunolocalisation dans des ovules de maïs indiquent que DMT102 est impliquée dans la définition d’un état de quiescence transcriptionelle affectant un nombre limité de cellules, y compris le gamète femelle. Ces observations suggèrent que le mutant dmt102 reproduit l’état chromatidien prévalent dans les ovules apomictiques. Nos résultats montrent qu’une voie de type RdDM spécifique des gamétophytes est impliquée chez le maïs dans la définition des cellules reproductrices et que son altération participe à la différenciation entre reproduction sexuée et reproduction apomictiqueIn asexual reproduction by seed, or apomixis, female gametes avoid meiosis and double fertilization, developing by parthenogenesis offspring that are genetically identical to the mother plant. It has been hypothesized that apomixis could be a temporal or spatial deregulation of the sexual reproductive pathway. Our purpose in this study was to determine the role of chromatin dynamics during plant reproduction, and in the molecular switch between sexual reproduction in maize, and apomictic development in maize-Tripsacum hybrids. In a transcriptional screening of 319 chromatin-modifying enzymes (CME), we identified six loci that are specifically downregulated in ovules of apomictic plants. Four of them share strong homology with members of the RNA directed DNA methylation (RdDM) pathway, which in Arabidopsis is involved in genes silencing via DNA methylation. The functional analysis of DMT102 (homologous to Arabidopsis CHROMOMETHYLASE 3) and DMT103 (homologous to DOMAIN REARRANGED METHYLTRANSFERASE 2) mutant plants, we found the production of unreduced gametes, and formation of multiple embryo sacs in the mutant ovules, both key features of apomictic development. Immunolocalization experiments indicate that loss of DNA methylation in a DMT102 mutant line results in the localized release of a repressive chromatin state, which also mimics features of apomictic ovules. Our results suggest that reproductive development in maize requires an gametophyte-specific RdDM-like pathway, whose regulatory role is critical to the differentiation between apomictic and sexual reproduction
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Szenker, Emmanuelle. "Etude des variants de l'histoire H3 : H3. 2 et H3. 3, au cours du développement embryonnaire d'un vertébré, Xenopus laevis". Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066469.
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L’organisation en chromatine permet de compacter l’ADN génomique et de réguler finement l’expression du génome. La particule cœur du nucléosome, composée d’un octamère de protéines histones autour desquelles s’enroule l’ADN, peut être modulée par l’incorporation de variants d’histones. Pour l’histone H3, les variants réplicatifs H3. 1 et H3. 2 permettent une incorporation lors de la réplication de l’ADN, tandis que le variant H3. 3 est incorporé tout au long du cycle cellulaire. Les données dans la littérature établissent un lien entre H3. 3 et la transcription. L’incorporation d’H3. 3 dépend d’une voie d’assemblage faisant intervenir le chaperon HIRA. Mon projet de recherche visait à déterminer si H3. 3 et son incorporation via HIRA possédaient un rôle spécifique. Le développement embryonnaire via une régulation fine de l'expression des gènes représentait une situation idéale pour aborder ces questions. L’utilisation du vertébré Xenopus laevis qui ne possède qu’un variant H3 réplicatif : H3. 2, m’a permis d’évaluer la fonction de ces variants au cours du développement. J’ai pu montrer que, malgré leur similarité, les variants H3. 2 et H3. 3 ne sont pas interchangeables. Une altération d’expression d’H3. 3 ou l’interférence dans sa voie d’assemblage via son chaperon HIRA conduisent à des défauts majeurs à la gastrulation. Ce phénotype s’accompagne d’un défaut d’expression de gènes mésodermiques, dont le marqueur Xbra. Une désorganisation globale de la chromatine est également observée chez ces embryons. Ces données mettent en lumière l’importance de l’incorporation du variant d’histone H3. 3 dans la chromatine au cours d’une étape clé du développement embryonnaire, la gastrulationProper packaging of eukaryotic genomic DNA into chromatin is important for proper DNA compaction and gene expression regulation. The nucleosome core particle comprises a histone octamer wrapped DNA, and can be modulated by the incoporation of distinct histone variants. Concerning H3, the replicative histone variants H3. 1 and H3. 2 contribute to the histone supply needed during DNA replication, while the histone variant H3. 3 is incorporated throughout the cell cycle. Interestingly, the literature highlights a link between H3. 3 and transcription. Moreover, the incorporation of H3. 3 depends on a specific assembly pathway that involves the histone chaperone HIRA. The aim of my research project was to determine whether H3. 3 and its incorporation via HIRA had specific roles. The context of embryonic development was an ideal situation giving that it requires the fine control of genes expression. The use of the vertebrate Xenopus laevis, which unlike mammals has only one replicative H3 variant: H3. 2, allowed me to assess the specific function of H3. 2 and H3. 3 during development. I showed that despite their similarity these two histone variants are not interchangeable. Remarkably, downregulation of H3. 3 expression in embryos or interference with its assembly pathway via HIRA leads to major developmental defects at gastrulation. This phenotype is accompanied by expression defects of mesodermal genes, including the marker Xbra. Moreover, these embryos show overall defects in their chromatin organization. Taken together, these data highlight the importance of H3. 3 incorporation into chromatin during a key developmental transition, gastrulation
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Sanulli, Serena. "Polycomb repressive complex 2 and jarid2 in the establishment of repressive chromatin state". Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066429.
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RC2 contribue au maintien de la répression transcriptionnelle au cours du développement par la di- et tri- méthylation de H3K27. PRC2 est nécessaire à de nombreux processus biologiques tels que le renouvellement et différenciation des cellules souches et le maintien de l’identité cellulaire. Malgré de nombreuses recherches, les mécanismes qui régulent la dynamique du recrutement de PRC2 à la chromatine sont peu compris. Des études récentes ont montré que Jarid2 est un cofacteur de PRC2 qui régulerait son ciblage à la chromatine. Pendant ma thèse, je me suis concentrée sur l’étude des mécanismes moléculaires de régulation du recrutement de PRC2 dépendents de Jarid2. J’ai montré que Jarid2 est méthylé par PRC2 et que cette méthylation stimule l’activité enzymatique de PRC2. Des expériences in vitro et in vivo ont permis de montrer que la méthylation de Jarid2 est impliquée dans la relocalisation de PRC2 à de nouvelles régions du génome, initialisant l’activité enzymatique de PRC2. J’ai également contribué à la caractérisation d’une nouvelle protéine contenant un domaine SET codée par la bactérie L. Pneumophila. Cette protéine, qui est secrétée par la bactérie lors de l’infection, modifie la chromatine des cellules hôtes en méthylant H3K14, une modification normalement absente de la chromatine des cellules hôtes. En empêchant l’acétylation de H3K14, cette modification induirait une répression transcriptionnelle globale afin de limiter les défenses de la cellule hôte. Ces découvertes ouvrent de nouvelles perspectives sur les mécanismes de régulation et la fonction des enzymes méthyltransférases lors du développement et aussi en réponse aux infections cellulairesPolycomb Repressive complex 2 (PRC2) contributes to the maintenance of epigenetic silencing established during development through the di- and trimethylation of H3K27. PRC2 complex is crucial for several biological processes, including stem cell self-renewal and differentiation, and maintenance of cell identity. Despite intensive research, the mechanisms that dynamically regulate PRC2 recruitment to the chromatin are still poorly understood. Recent studies identified Jarid2 as a cofactor of PRC2 and proposed this protein as a regulator of PRC2 targeting. During my PhD, I focused on the molecular mechanisms responsible for PRC2 chromatin targeting mediated by Jarid2 cofactor. I demonstrated that Jarid2 is methylated by PRC2 and that its methylation stimulates PRC2 enzymatic activity. Biochemical and in vivo approaches revealed that Jarid2 methylation acts during the de novo targeting of PRC2 complex to prime PRC2 activity and ensure the establishment of H3K27me3 at new genomic sites. I also contributed to the characterization of a novel SET-domain containing protein encoded by the bacteria L. Pneumophila. This protein, secreted by the bacteria after cellular infection, is targeted to the host chromatin to induce a unique modification, H3K14me. This mark, normally not present in mammalian host cells, prevents H3K14 acetylation and causes global transcriptional repression to circumvent cellular defense. These findings provided new perspectives about the regulation and function of histone-methyltransferase proteins during development and cell fate decision, as well as during cellular infections
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Morales, Violette. "Contribution des queues amino-terminales des histones à la dynamique du nucléosome". Toulouse 3, 2000. http://www.theses.fr/2000TOU30221.
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Dehé, Pierre-Marie. "Régulation et implications fonctionnelles de la méthylation de la lysine 4 de l'histone H3 par le complexe Set1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae". Aix-Marseille 2, 2006. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2006AIX22072.pdf.
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Les génomes eucaryotes sont compactés en une entité dynamique appelée chromatine. La dynamique des états de compaction est cruciale pour permettre ou restreindre l’accès à l’ADN de facteurs impliqués dans la transcription, la réplication ou la réparation de l’ADN. La chromatine est constituée d’une succession de nucléosomes. Le nucléosome est formé d’un octamère d’histones (H2A, H2B, H3, H4) autour duquel s’enroule l’ADN. Les histones peuvent être modifiées post-traductionnellement par ajout de groupement méthyl, acétyl, ubiquitine sur des lysines ou phosphate sur des sérines. Ces résidus modifiés sont par la suite reconnus par des régulateurs possédant des domaines capables d’intéragir avec les résidus modifiés. La méthylation des lysines est majoritairement catalysée par des protéines possédant un domaine conservé appelé domaine SET. Les lysines peuvent être mono-, di- ou triméthylées et chaque état de méthylation correspond à un message biologique spécifique. La protéine Set1 de Saccharomyces cerevisiae possède un domaine SET et catalyse la mono-, di- et triméthylation de la lysine 4 de l’histone H3. De plus, la di- et triméthylation de H3K4 sont dépendantes du complexe Paf1 et de la modification préalable de H2B par le complexe Rad6. Enfin, les gènes transcrits par l’ARN polymérase II sont marqués par un gradient 5’ vers 3’ de tri- puis di-puis monométhylation. Nous avons montré que Set1 voyage avec l’ARN polymérase II confirmant que l’établissement de la méthylation est corélée au processus de transcription. De plus, nous avons montré que l’absence de Paf1 et de la modification de H2B n’affecte que légèrement la monométhylation, suggérant une régulation différentielle de cet état de méthylation. Nous avons caractérisé les interactions existant entre les différents partenaires du complexe associé à Set1, ainsi que leurs rôles respectifs tant dans la stabilité du complexe que dans son activité catalytique. Nos investigations ont permis l’identification d’un nouveau domaine RRM( RNA Recognition Motif) jouxtant le RRM préalablement caractérisé de Set1. Nous avons montré que la fixation de l’ARN recquiert le double domaine RRM de Set1. Nous avons de plus montré que cette interaction avec l’ARN est indépendante de l’activité méthyltransférase, suggérant un nouveau rôle pour Set1Eukaryotic genomes are packaged into highly dynamic entity termed chromatin. Compaction states of chromatin are crucial to allow or restrict DNA access to regulatory factors, playing a key role in cellular processes such as DNA transcription, replication and repair. The chromatin is made of a succession of nucleosomes. The nucleosome is made of an octamer of histone proteins (H2A, H2B, H3, H4) around which DNA is wrapped. Post-translational modifications occur on specific residues within the un-structured amino-termini of histone. These modifyed residues can be recognized by regulators bearing domains able to interact with specific modifications. Histone tails can be acetylated, methylated or ubiquitylated on lysines and phosphorylated on serines. It as been shown that lysine methylation is mainly catalysed by enzymes bearing a particular domain, called the SET domain. Lysines can be either mono-, di- or trimethylated and each state of modification corresponds to a specific biological message. The Saccharomyces cerevisiae Set1 protein pocesses a C-terminal SET domain and catalyses mono-, di- and trimethylation of Histone H3 lysine 4 (H3K4). Moreover H3K4 di- and trimethylation depend on the Paf1 complex, as well as on the prior modification of H2B by Rad6. Finally, genes transcribed by RNA Polymerase II are marked by a 5' to 3' tri- to di- to mono-methyl gradient. We have shown that Set1 is able to travel with PolII on the whole gene, consistent with a transcription driven establishment of H3K4 methylation. Our results indicate that the loss of Paf1 or ubiquitylation of H2B have a modest effect on H3K4 monomethylation. We have thus revealed that regulation of monomethylation is distinct from regulation of di- and trimethylation. We have characterized the interactions that are established between the Set1 complex partners and the contribution of each subunit in both complex stability and activity. Our investigations led to the discovery of a new RRM (RNA Recognition Motif) domain downstream of the previously characterized one. We have shown that an efficient RNA binding requires both RRMs. Moreover we have shown that RNA binding of Set1 is independent of its methyltransferase activity. These observations predict a new role for Set1 in RNA processing
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Pontvianne, Frédéric. "Caractérisation moléculaire et fonctionnelle d'AtNUC-L1 et AtNUC-L2 : deux protéines de type nucléoline chez Arabidopsis thaliana". Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20012.
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La nucléoline est une protéine nucléolaire multifonctionnelle notamment impliquée dans différentes étapes de la biogenèse des ribosomes. Contrairement aux génomes des mammifères et des levures, le génome d’Arabidopsis thaliana contient deux gènes codant des protéines de type nucléoline nommées AtNUC-L1 et AtNUC-L2. Cependant, seule AtNUC-L1 est exprimée ubiquitairement dans des conditions standards de croissance. Des techniques biochimiques et cytologiques révèlent qu’AtNUC-L1 est essentiellement localisée dans les nucléoles, et interagit avec les gènes codant les ARNr. Trois lignées mutantes d’insertion d’ADN-T dans le gène AtNUC-L1 entraînant l’arrêt de l’expression de ce gène ont été isolées. Cette mutation affecte le développement et la croissance de la plante, et provoque une désorganisation structurelle du nucléole, ainsi qu’une décondensation des Nucleolar Organizer Region (NOR), régions chromosomiques contenant les ADNr. La transcription et/ou la maturation des ARNr est/sont également affectée(s). Curieusement, dans les lignées mutantes Atnuc-L1, AtNUC-L2 est exprimée et présente dans les nucléoles, ce qui suggère qu’AtNUC-L2 est potentiellement capable de complémenter partiellement l’absence d’AtNUC-L1. L’obtention du double mutant Atnuc-L1/Atnuc-L2, apparemment létal, semble confirmer cette hypothèse. Des études du transcriptome et du protéome d’Atnuc-L1 ont également été réalisées afin de rechercher les autres voies métaboliques affectées par l’absence d’AtNUC-L1. Ce travail constitue la première description chez les eucaryotes supérieurs d’un mutant « knock-out » stable d’un gène codant une protéine de type nucléoline. De plus, ces données montrent un rôle d’AtNUC-L1 dans l’organisation nucléolaire et la condensation des gènes codant les ARNrNucleolin has been implicated in different steps of ribosome biogenesis, and, in fact, it is a multifunctional nucleolar protein involved in a number of additional processes, including maintenance of chromatin structure, transcription regulation and translation. In contrast to mammals and yeast, the genome of the model plant A. Thaliana encodes two nucleolin-like proteins, AtNUC-L1 and AtNUC-L2. However, only the AtNUC-L1 gene is ubiquitously expressed in normal growth conditions. Biochemical and cytological analyses reveal a nucleolar localisation of AtNUC-L1 and its interaction with rRNA genes. Disruption of the AtNUC-L1 gene leads to severe plant growth and development defects in three independent T-DNA lines. Absence of this protein in Atnuc-L1 plants induces nucleolar disorganization and decondensation of Nucleolar Organizer Regions (NOR), which contain rRNA genes. The rates of rRNA gene transcription and/or processing of pre-rRNA are also affected. Interestingly, in Atnuc-L1 plants, the AtNUC-L2 protein is expressed and localised in the nucleolus, suggesting that AtNUC-L2 might rescue, at least partially, the loss of AtNUC-L1. Indeed, the double mutant Atnuc-L1/Atnuc-L2 seems to be lethal. Transcriptomic and proteomic analyses of Atnuc-L1 have been carried out to explore metabolic pathways affected by the absence of AtNUC-L1. This work is the first description of a higher eukaryotic organism with a nucleolin-like gene disrupted and defines a new role of nucleolin in nucleolus structure and rDNA chromatin organization
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Mathieu, Noëlle. "Etude in vivo de la fonction de l'élément enhancer du gène TCRβ : Rôle sur la structure de la chromatine, l'expression et les recombinaisons V(D)J au locus TCRβ". Aix-Marseille 2, 2000. http://www.theses.fr/2000AIX22067.
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Mangenot, Stéphanie. "Conformation, interactions et organisation des particules coeur de nucléosome". Paris 11, 2001. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00002115.
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Dans les cellules des organismes eucaryotes, l'ADN est associé à diverses protéines pour former la chromatine qui est condensée dans le volume du noyau cellulaire. L'association ADN-histones forme alors une structure périodique dont l'unité répétitive est le nucléosome, mais dont les niveaux d'organisation supérieurs sont toujours en discussion. Afin de comprendre cette organisation, nous avons étudié in vitro le comportement des particules cœur de nucléosome. Dans des conditions de concentrations (en particules et en sel monovalent), recouvrant celles du milieu cellulaire, les particules forment différentes phases ordonnées dont la nature dépend de la concentration ionique de la solution. Nous avons montré, par diffraction des rayons X, qu'à faible concentration saline les particules s'organisent en une phase lamellaire de bicouches et qu'à fort sel, elles forment une phase hexagonale ou quasi-hexagonale organisée à deux ou trois dimensions. Afin de comprendre l'origine du polymorphisme observé en phase dense, nous avons réalisé des études de diffusion des rayons X et des expériences d'osmométrie en solution diluée. Nous avons mis en évidence de très faibles changements de la conformation des particules cœur de nucléosome, et plus précisément une extension des queues des histones lorsque la concentration saline de la solution augmente de 10 à 200 mM. Cette augmentation de la concentration ionique modifie également les interactions entre particules. Nous avons montré que ces deux phénomènes (extension des queues et changement des interactions) sont couplés. Ces changements conformationnels et les variations des interactions pourraient expliquer le polymorphisme structural observé en milieu dense. Cependant, cette comparaison nécessite de prendre en compte l'évolution des concentrations ioniques en fonction de la concentration en particules, et les phénomènes d'encombrement stériqueIn all eucaryotic cells, DNA is associated with different proteins to form the chromatin which is condensed in cell nucleus. Its organisation is still under discussion. To adress this question, we studied in vitro the behaviour of solutions of nucleosome core particles, the structural units of chromatin. In conditions similar to those found in the cell nucleus (concentration of particles and concentration of monovalent salt), nucleosome core particles form different ordered phases which nature highly depends on the ionic conditions. Using X-ray diffraction, we showed that at low salt concentration, particles form a lamellar phase of bilayers. At high salt concentration, hexagonal or quasi-hexagonal phases, organised at two or three dimensions are observed. In order to understand the origin of the polymorphism of the dense phases, we performed small angle X-ray scattering and osmometry measurements in dilute solution. We pointed out small conformational changes in the nucleosome core particle, and more precisely an histone tails extension when the salt concentration increases from 10 to 200 mM. This increase of the salt concentration also modifes the interactions between particles. We showed that these two phenomena (tails extension and variation of interactions) are coupled. These salt-induced conformational changes and variations of interactions could explain the polymorphism of organisation in concentrated solutions. Such comparisons require to carefully analyse how the salt concentration varies when the particles concentrations is increased
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Escoffier, Emmanuelle. "La réorganisation de la chromatine au cours de la spermatogenèse". Grenoble 1, 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10172.
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Au cours de la spermiogenèse, une réorganisation très importante de la chromatine se produit : la quasi-totalité des histones sont progressivement enlevées et remplacées par des protéines de transition puis par des protamines. Mon travail de thèse a alors consister à caractériser l'organisation finale de cette chromatine dans les spermatozoïdes ainsi que les mécanismes mis en jeu. Nos résultats montrent pour la première fois l'existence, dans les spermatides condensées de souris, de structures nucléoprotéiques contenant l'histone testiculaire TH2B ainsi que de nouveaux variants d'histones identifiés au laboratoire. De plus, ces structures organisent de manière préférentielle l'hétérochromatine péricentromérique de ces cellules. Cette réorganisation impliquerait la protéine chaperonne NAP1L4, qui pourrait être ciblée sur la chromatine en interagissant avec les queues N-terminales des histones H3. D'autres régions particulières du génome pourraient être la cible de la réorganisation différentielle de la chromatine par ces structures, permettant de les différencier du reste du génome et constituant ainsi le support d'une information épigénétique mâle transmise lors de la fécondation. L'analyse des protéines présentes dans les cellules germinales nous a également permis d'identifier deux autres protéines, HMGB4 et FYTTD1, qui ne semblent pas impliqués dans le processus de réorganisation de la chromatine dans les stades tardifs de la spermiogénèse. Néanmoins, le rôle potentiel de FYTTD1 dans le phénomène de maturation des ARN, ces derniers pouvant être un autre support de l'information épigénétique, pourrait s'avérer être un nouveau champ d'investigations très intéressantDuring spermiogenesis, a dramatic chromatin remodelling occurs: most of the histones are replaced by small basic proteins, called transition proteins which in turn are replaced by protamines. The focus of my thesis is the charaterisation of the final chromatin organization in condensed spermatids and the mechanisms driving it. Our results show for the first time the presence of new DNA packaging structures in condensed spermatids, containing the testis specific histone variant TH2B and new histone variants identified in our laboratory. Furthermore, these new structures are specifically present in the region of pericentric heterochromatin in these cells. This reorganization seems to imply the NAP1L4 chaperone, which could be targeted to chromatin by interacting with H3 histone tails. Proteomic analysis of germinal cells allowed us to identify two others proteins, FYTTD1 and HMGB4, which don't seem to be implicated in chromatin remodelling during the late steps of spermiogenesis. Nevertheless, FYTTD1 seems to be involved in RNA processing. Since RNA could be another support for epigenetic information, the characterization of the exact role of this protein will be an exciting challenge for the future
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Sommermeyer, Vérane. "Rôle de la tri-méthylation de la lysine 4 de l’histone H3 dans la formation des cassures double brins méiotiques chez S. Cerevisiae". Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066175.
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La recombinaison homologue initiée par l’introduction programmée de cassures double brins de l’ADN (CDB) permet la ségrégation des chromosomes homologues en méiose. La chromatine joue un rôle important à différentes échelles dans la position des cassures. Les CDB chez S. Cerevisiae sont notamment associées à une modification post-traductionnelle d’histone, H3K4me3, et aux boucles d’ADN ancrées sur un axe (structure spécifique à la méiose). Le mécanisme liant les CDB à H3K4me3 ainsi que le dépôt de cette marque aux CDB étaient inconnus. J’ai pu montrer qu’aux sites de CDB, H3K4me3 est déposée dès la phase de croissance végétative et est associée à l’ARN pol II transcriptionnellement active, bien que la présence de transcrits ne soit pas toujours observée. Outre son implication connue au sein du complexe Set1 dans le dépôt d’H3K4me3, j’ai identifié un nouveau rôle de Spp1 dans la formation des CDB en méiose. La capacité de lecture d’H3K4me3 par Spp1 (via son PHD finger) est importante pour la formation des CDB. En outre, Spp1 en méiose est localisée à l’axe par une interaction avec Mer2, une des protéines essentielles pour la formation des CDB situées sur l’axe. Nous proposons un modèle où Spp1, en lisant H3K4me3, définit les sites de CDB et les amène à l’axe pour leur coupure. Cependant, en l’absence de ce mécanisme, il reste des CDB, qui conservent les mêmes caractéristiques de catalyse mais un autre mécanisme de définition et d’interaction avec l’axe est mis en jeu, impliquant potentiellement une proximité à l’axe et la transcription. Ces résultats établissent pour la première fois un lien mécanistique entre une marque épigénétique et la formation des CDB en méioseHomologous recombination is initiated by the introduction of programmed DNA double strand breaks (DSB) and is important for the segregation of homologous chromosomes in meiosis. Chromatin plays an important role in defining the location of DSB, which is correlated in particular to a histone post-translational modification, H3K4me3, and to chromatin loops anchored on the axis, a meiosis-specific structure. H3K4me3 deposition at DSBs and the link between them had so far remained elusive. I showed that H3K4me3 at DSB sites is deposited in vegetative growth and is associated with RNA pol II transcriptionnally active, although transcripts have not been observed in all cases. Besides its known role within the Set1 complex in depositing H3K4me3, I have identified, in meiosis, a new function of Spp1 in DSB formation. Spp1’s ability to read H3K4me3 (through its PHD finger) is important for DSB formation. Spp1 is localized in meiosis at the axis through an interaction with Mer2, one of the axis-localized proteins essential for DSB formation. We propose a model in which Spp1, while reading H3K4me3, defines the position of DSB and is able to tether them to the axis for their formation. However, in the absence of this mechanism, some DSBs that keep the same catalysing characteristics but another way of defining their location and their tethering to the axis must exist, potentially implicating their proximity to the axis and transcription. Those results show for the first time a mechanistic link between an epigenetic mark and meiotic DSBs formation
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Contrepois, K��vin. "Modifications de la chromatine associ��es �� la s��nescence cellulaire". Phd thesis, Universit�� Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00720224.
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La s��nescence cellulaire est une r��ponse �� un stress des cellules de mammif��re caract��ris��e par un arr��t durable du cycle cellulaire. Celle-ci peut ��tre d��clench��e par un dysfonctionnement des t��lom��res, des stress g��notoxiques et l'activation d'oncog��nes. La s��nescence constitue une puissante ligne de d��fense contre le d��veloppement de cancers et intervient aussi dans le vieillissement. Les cellules en s��nescence r��organisent leur g��nome par l'assemblage en h��t��rochromatine sous forme de SAHFs (senescence-associated heterochromatin foci). Nous avons mis en ��vidence que la d��sac��tylation globale de H4-K16Ac par la d��sac��tylase SIRT2 est impliqu��e dans l'assemblage de l'h��t��rochromatine en s��nescence. De plus, nous avons identifi�� une accumulation de variants d'histones H2A et H2B sp��cifiquement dans des cellules en s��nescence pr��sentant des dommages persistants �� l'ADN. Ces variants d'histone pourraient avoir des fonctions sp��cifiques dans ces cellules et pourraient repr��senter un biomarqueur du vieillissement in vivo.Mes travaux apportent des ��l��ments pour la compr��hension des r��les de l'information ��pig��n��tique dans la s��nescence cellulaire.
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Doyen, Cécile M. "Role des histone variants dans la dynamique de la chromatine". Phd thesis, Université de Grenoble, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00727677.
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Dans le noyau des cellules eucaryotes, l'ADN est compacté sous forme de chromosome, ultime forme de compaction. La chromatine est le second niveau d'organisation de l'ADN. C'est une structure variable et dynamique elle-même issue de la compaction de chapelets de nucléosomes. Le nucléosome est donc l'unité de base de la chromatine. Cette structure nucléoprotéique sert de barrière empêchant l'accès de complexes protéiques à l'ADN. Différents facteurs protéiques remodèlent la chromatine, modifient les histones de manière covalente, remplacent les histones canoniques par des variants d'histones ou participent à l'assemblage des nucléosomes. Lors de ce travail de thèse, nous avons travaillé sur deux variants : macroH2A et H2A.Bbd. Ces variants s'incorporent dans une particule nucléosomale et remplacent l'histone canonique H2A. Leur présence crée un nucléosome possédant une structure, une organisation et des caractéristiques particulières. Ainsi la présence de l'un ou l'autre de ces deux variants au sein d'une particule nucléosomale inhibent l'action des facteurs de remodelage SWI/SNF et ACF. Par contre, le variant H2A.Bbd permet de dissocier les différents mécanismes d'action du complexe SWI/SNF. Des expériences de transcription in vitro nous permettent de montrer que le variant macroH2A inhibe la transcription grâce à son domaine macro tandis que le variant H2A.Bbd active la transcription. De la même façon nous montrons que la présence de macroH2A inhibe l'acétylation des histones alors que H2A.Bbd stimule ce phénomène. Le variant H2A.Bbd est associé à des zones actives en transcription, le variant macroH2A à des zones inactives en transcription.