Rozprawy doktorskie: „Découverte de motifs ADN”

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Larsabal, Etienne. "Découverte des motifs souples de classe A : une nouvelle classe de sites d' interaction ADN-protéines chez les procaryotes et eucaryotes inférieurs". Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066216.

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Floc'hlay, Swann. "Computational analysis and modelling of regulatory networks controlling embryonic development". Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2020. http://www.theses.fr/2020UPSLE036.

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Streszczenie:

La formation d’un embryon est dictée par la séquence ADN propre à cet organisme. La variabilité génétique donne naissance à une grande diversité morphologique, tout en maintenant une organisation générale robuste. Les mutations présentes dans les régions cis-régulatrices impactent la transcription via des mécanismes épigénomiques. La variabilité d’expression génique qui en découle peut être compensée par des mécanismes trans de rétrocontrôle au sein du réseau de régulation. L’organisation précise de ces interactions cis et trans restent encore difficile à déchiffrer. Afin de mieux saisir l’effet des mutations sur la transcription, j’ai analysé des données génétiques, épigénomiques et transcriptomiques en collaboration avec le laboratoire Furlong (EMBL, Heidelberg). L’utilisation de données allèle-spécifiques de lignées F1 de Drosophile a permis d’inférer les interactions directes en cis entre les niveaux de régulation, suggérant une différence d’action des marques épigénétiques H3K27ac et H3K4me3 sur l’expression des gènes. Pour mieux comprendre l’impact en trans de la structure des réseaux de régulation sur l’expression génique, j’ai ensuite construit un modèle logique de la spécification de l’axe dorso-ventral chez l’embryon d’oursin, en collaboration avec le laboratoire Lepage (iBV, Nice). Les analyses multicellulaires et stochastiques ont permis de détecter les composants clés du réseau, notamment la dynamique de répression mutuelle entre Nodal et BMP. En conclusion, l’analyse de données allèle-spécifique et la modélisation logique m’ont permis de d’étudier les mécanismes de la régulation transcriptionnelle sous deux perspectives complémentaires
The development of an embryo derives from the DNA sequence of this organism. Genetic variability gives rise to great morphological diversity, while maintaining a robust general organisation. Mutations present within cis-regulatory regions impact transcription via epigenomic mechanisms. The resulting variability in gene expression can be buffered by tran feedback mechanisms within the regulatory network. The precise organisation of these cis and trans interactions remains difficult to decipher. In order to better grasp the effect of mutations on transcription, I analysed genetic, epigenomic and transcriptomic data in collaboration with the Furlong laboratory (EMBL, Heidelberg). The use of allele-specific data from Drosophila F1 lines enabled to infer direct cis-interactions between the regulatory layers, suggesting a difference in the action of the epigenomic markers H3K27ac and H3K4me3 on gene expression. To better understand the trans impact of the structure of regulatory networks on gene expression, I have built a logical model of the dorsal-ventral axis specification in sea urchin embryo, in collaboration with the Lepage laboratory (iBV, Nice). Multicellular and stochastic analyses permitted to detect key components of the network, including the cross-repression dynamic between Nodal and BMP. To conclude, allele-specific data analysis and logical modelling allowed me to study the mechanisms of transcription regulation from two complementary perspectives

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Litim-Mecheri, Isma. "Spécificité des protéines Hox : Rôle des motifs connus et découverte de nouveaux motifs". Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22096.

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Streszczenie:

Les gènes Hox sont responsables de l’identité des segments le long de l’axe antéro-postérieur. Ils sont évolutivement conservés et codent des facteurs de transcription. In vitro, toutes les protéines Hox se lient à des séquences nucléotidiques très similaires via un domaine de liaison à l’ADN très conservé, l’homéodomaine (HD). Cette faible spécificité de liaison à l’ADN in vitro contraste avec leur spécificité d’action in vivo. Une manière d’expliquer ce paradoxe est que les protéines Hox agissent en interaction avec des protéines cofacteurs, dont le mieux caractérisé est Extradenticle (Exd) chez la drosophile, Pbx chez les mammifères (collectivement appelés PBC). L’interaction Hox-PBC s’appui sur un motif conservé chez la presque totalité des protéines Hox, situé en amont de l’HD, le motif Hexapeptide (HX). Des travaux récents au sein de notre équipe ont montré l’existence d’un nouveau mode d’interaction Hox-PBC, non-générique, médié par un motif spécifique à certains groupes de paralogies seulement, et situé en en C-terminal de l’HD. Ceci souligne que les interactions Hox-PBC, qui spécifient la fonction des protéines Hox, reposent sur de modes multiples d’interaction.Mes travaux de thèse ont porté sur le mode d’action des protéines Hox, en étudiant la fonction de trois motifs ayant un rôle démontré ou potentiel dans le recrutement du cofacteur Exd par la protéine Hox de drosophile AbdominalA (AbdA). L’approche empruntée visait à analyser de manière globale la manière dont chacun de ces motifs pris isolément, ou en interaction, définit la fonction d’AbdA. Les conclusions de ce travail soulignent l’absence de pléiotropie fonctionnelle et un haut degré d’interactivité entre ces motifs. Le second volet de ma thèse a été d’initier la découverte de nouveaux motifs fonctionnels au sein des protéines Hox. J’ai abordé cette question en sélectionnant des modules phylogénétiquement conservés. Afin d’évaluer leur fonction, ces motifs ont été mutés et l’impact de leur mutation a été analysé in vitro et in vivo. Les résultats obtenus ont permis l’identification d’au moins un domaine protéique qui contribue de manière prédominante à la fonction de la protéine Dfd
Hox genes are responsible for the identity of segments along the antero-posterior axis. They are evolutionarily conserved and encode transcription factors. In vitro, all Hox proteins bind to a similar nucleotide sequence via a highly conserved DNA binding domain, the homeodomain (HD). This low specificity of DNA binding in vitro contrasts with their specificity in vivo. One way to explain this paradaox is that Hox protein function with protein cofactors, best represented by Extradenticle (Exd) in Drosophila, Pbx in mammals (collectivaly refered as PBC). Hox-PBC interaction relies on a motif located upstream of the HD, conserved in most Hox proteins, the Hexapeptide (HX). Recent work in our group identified a novel mode of Hox-PBC interaction, non-generic, specific to a subset only of Hox paralog groups, and relying on a motif located C-terminal to the HD. This highlight plasticity in Hox-PBC interaction.My PhD work aimed at investigating the mode of action of Hox protein, by studying the function of three protein motifs, with known or putative role in Exd recruitment by the Drosophila Hox protein AbdominalA (AbdA). The approach taken aimed at analyzing, using a large functional window, how these motifs, taken in isolation or collectively, define AbdA protein activity. Conclusions highlight the absence of pleitropy and a high degree of functional interaction for these protein motifs. The second part of my PhD work has been to initiate the search for novel functionally important protein motifs within Hox proteins. This was approached by selecting phylogenetically conserved motifs, and addressing their function in vitro and in vivo following motif mutations. At least one functional domain was isolated, that contributes predominantly to Dfd protein function

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Vigneron, Vincent. "Programmation par contraintes et découverte de motifs sur données séquentielles". Thesis, Angers, 2017. http://www.theses.fr/2017ANGE0028/document.

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Streszczenie:

Des travaux récents ont montré l’intérêt de la programmation par contraintes pour la fouille de données. Dans cette thèse, nous nous intéressons à la recherche de motifs sur séquences, et en particulier à la caractérisation, à l’aide de motifs, de classes de séquences pré-établies. Nous proposons à cet effet un langage de modélisation à base de contraintes qui suppose une représentation matricielle du jeu de séquences. Un motif s’y définit comme un ensemble de caractères (ou de patrons) et pour chacun une localisation dans différentes séquences. Diverses contraintes peuvent alors s’appliquer : validité des localisations, couverture d’une classe de séquences, ordre sur les localisations des caractères commun aux séquences, etc. Nous formulons deux problèmes de caractérisation NP-complets : la caractérisation par motif totalement ordonné (e.g. sous-séquence exclusive à une classe) ou partiellement ordonné. Nous en donnons deux modélisations CSP qui intègrent des contraintes globales pour la preuve d’exclusivité. Nous introduisons ensuite un algorithme mémétique pour l’extraction de motifs partiellement ordonnés qui s’appuie sur la résolution CSP lors des phases d’initialisation et d’intensification. Cette approche hybride se révèle plus performante que l’approche CSP pure sur des séquences biologiques. La mise en forme matricielle de jeux de séquences basée sur une localisation des caractères peut être de taille rédhibitoire. Nous proposons donc de localiser des patrons plutôt que des caractères. Nous présentons deux méthodes ad-hoc, l’une basée sur un parcours de treillis et l’autre sur la programmation dynamique
Recent works have shown the relevance of constraint programming to tackle data mining tasks. This thesis follows this approach and addresses motif discovery in sequential data. We focus in particular, in the case of classified sequences, on the search for motifs that best fit each individual class. We propose a language of constraints over matrix domains to model such problems. The language assumes a preprocessing of the data set (e.g., by pre-computing the locations of each character in each sequence) and views a motif as the choice of a sub-matrix (i.e., characters, sequences, and locations). We introduce different matrix constraints (compatibility of locations with the database, class covering, location-based character ordering common to sequences, etc.) and address two NP-complete problems: the search for class-specific totally ordered motifs (e.g., exclusive subsequences) or partially ordered motifs. We provide two CSP models that rely on global constraints to prove exclusivity. We then present a memetic algorithm that uses this CSP model during initialisation and intensification. This hybrid approach proves competitive compared to the pure CSP approach as shown by experiments carried out on protein sequences. Lastly, we investigate data set preprocessing based on patterns rather than characters, in order to reduce the size of the resulting matrix domain. To this end, we present and compare two alternative methods, one based on lattice search, the other on dynamic programming

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Khiari, Medhi. "Découverte de motifs n-aires utilisant la programmation par contraintes". Phd thesis, Université de Caen, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01023102.

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La fouille de données et la Programmation Par Contraintes (PPC) sont deux domaines de l'informatique qui ont eu, jusqu'à très récemment, des destins séparés. Cette thèse est l'une des toutes premières à s'intéresser aux liens entre la fouille de données et la PPC, et notamment aux apports de cette dernière à l'extraction de motifs sous contraintes. Différentes méthodes génériques pour la découverte de motifs locaux ont été proposées. Mais, ces méthodes ne prennent pas en considération le fait que l'intérêt d'un motif dépend souvent d'autres motifs. Un tel motif est appelé motif n-aire. Très peu de travaux concernant l'extraction de motifs n-aires ont été menés et les méthodes développées sont toutes ad hoc. Cette thèse propose un cadre unifié pour modéliser et résoudre les contraintes n-aires en fouille de données. Tout d'abord, l'extraction de motifs n-aires est modélisée sous forme de problème de satisfaction de contraintes (CSP). Puis, un langage de requêtes à base de contraintes de haut niveau est proposé. Ce langage permet d'exprimer une large panoplie de contraintes n-aires. Plusieurs méthodes de résolution sont développées et comparées. Les apports principaux de ce cadre sont sa déclarativité et sa généricité. Il s'agit du premier cadre générique et flexible permettant la modélisation et la résolution de contraintes n-aires en fouille de données.

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Khiari, Mehdi. "Découverte de motifs n-aires utilisant la programmation par contraintes". Caen, 2012. http://www.theses.fr/2012CAEN2015.

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La fouille de données et la Programmation Par Contraintes (PPC) sont deux domaines de l'informatique qui ont eu, jusqu’à très récemment, des destins séparés. Cette thèse est l'une des toutes premières à s'intéresser aux liens entre la fouille de données et la PPC, et notamment aux apports de cette dernière à l'extraction de motifs sous contraintes. Différentes méthodes génériques pour la découverte de motifs locaux ont été proposées. Mais, ces méthodes ne prennent pas en onsidération le fait que l'intérêt d'un motif dépend souvent d'autres motifs. Un tel motif est appelé motif n-aire. Très peu de travaux concernant l'extraction de motifs n-aires ont été menés et les méthodes développées sont toutes ad hoc. Cette thèse propose un cadre unifié pour modéliser et résoudre les contraintes n-aires en fouille de données. Tout d'abord, l'extraction de motifs n-aires est modélisée sous forme de problème de satisfaction de contraintes (CSP). Puis, un langage de requêtes à base de contraintes de haut niveau est proposé. Ce langage permet d'exprimer une large panoplie de contraintes n-aires. Plusieurs méthodes de résolution sont développées et comparées. Les apports principaux de ce cadre sont sa déclarativité et sa généricité. Il s'agit du premier cadre générique et flexible permettant la modélisation et la résolution de contraintes n-aires en fouille de données
Until recently, data mining and Constraint Programming have been developed separately one from the other. This thesis is one of the first to address the relationships between these two areas of computer science, in particular using constraint programming techniques for constraint-based mining. The data mining community has proposed generic approaches to discover local patterns under constraints, and this issue is rather well-mastered. However, these approaches do not take into consideration that the interest of a pattern often depends on the other patterns. Such a pattern is called n-ary pattern or pattern set. Few works on mining n-ary patterns were conducted and the proposed approaches are ad hoc. This thesis proposes an unified framework for modeling and solving n-ary constraints in data mining. First, the n-ary pattern extraction problem is modeled as a Constraint Satisfaction Problem (CSP). Then, a high-level declarative language for mining n-ary patterns is proposed. This language allows to express a wide range of n-ary constraints. Several solving methods are developed and compared. The main advantages of this framework are its declarative and generic sides. To the best of our knowledge, it is the first generic and flexible framework for modeling and mining n-ary patterns

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Muscariello, Armando. "Découverte de motifs variables dans les grandes volumes de données audio". Phd thesis, Université Rennes 1, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00642956.

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Découverte de motifs variables dans les grandes volumes de données audio. Les données audio, comme les documents oraux ou télévisés ou les données radio, sont composées par de nombreux sequences variables qui se répètent. La découverte de l'emplacement de ces répétitions, ci-après dénommé motifs, aide à déduire les propriétés structurelles de données acoustiques, ce qui facilite l'accès à la partie pertinente des données, et qui permets de résumér des grands documents par un ensemble de quelques éléments particuliers. Cette thèse détails nos efforts dans la conception et la mise en oeuvre d'une architecture non supervisée de découverte de motifs, et montres son applicabilité dans une tâche de decouverte des mots et des segments peu variables comme des chansons. En ce qui concerne la méthodologie, la découverte est réalisée d'une manière totalement non supervisée, ce qui signifie que aucune connaissance acoustiques ou linguistiques sur les données est fournie. Notre solution est basée sur l'intégration d'une technique de traitement de données séquentielle qui exploits la répétitivité local du motifs réel, et une variante segmentale de l'alignement temporel dynamique. En s'appuyant sur cette architecture, une technique pour la comparaison de sequences basée sur leurs matrices d autosimilarité de est introduite, pour améliorer la robustesse à la variabilité du signal de parole. En outre, l'applicabilité du système est démontrée sur une tâche de découverte de chansons sur plusieurs jours de flux audio. Pour adapter le système à cette tâche, des techniques pour accélérer le temps de calcul sont mises en oeuvre, basées sur le sous-échantillonnage des séquences.

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Jnoub, Sonia. "La découverte de "soi" dans l'oeuvre romanesque de Michel Butor". Dijon, 2006. http://www.theses.fr/2006DIJOL003.

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Streszczenie:

Le but de cette étude est de suivre la modification du personnage et sa quête inéluctable de son existence. Dans cette perspective, notre thèse sur " la découverte de soi dans les romans butoriens " est composée de trois parties : La première " le voyage initiatique ", montre le rôle du voyage dans l'initiation du héros et sa quête de la vérité. La seconde " la dynamique de la personne butorienne et son inclination vers l'autre monde " traite la descente aux Enfers du personnage à travers le rêve et l'oubli, ainsi que le rôle de l'écriture dans sa prise de conscience. La dernière partie " progression narrative et progression thématique dans l'œuvre butorienne " montre comment le personnage butorien se découvre dans l'espace et dans le temps, et sa réaction face à la mort. L'auteur pose les questions existentielles sur l'existence. Les citations de nombreux auteurs anciens et contemporains permettent d'éclairer notre étude et apporter une réponse à ce thème de la découverte de soi
The aim of this study is to keep track of the modification of the personage and the ineluctable's quest of its existence. On this perspective, our thesis regarding " the discovery of self in the butor's novels " consiste of three parts : The first part " the initiative's voyage ", presente the role of the voyage in the initiation of the hero and its quest of the truth. The second part " the dynamics of the butor's person and its penchant towards the other world " treats the descent of the personage to the Hades across the dream and the oblivion, and the role of the writing in taking conscience. The last part " narrative progression and thematic progression in Butor's work ", shows how the butor's personage discover it self in the space and in the time, and its reaction to the death. The author pose essential questions concerning the existence. The quotations of numerous old and contemporary writers permit to illuminate our study and to carry a response to the discovery of the self

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Jacquemin, Ingrid. "Découverte de motifs relationnels en bioinformatique : application à la prédiction de ponts disulfures". Phd thesis, Université Rennes 1, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185499.

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Streszczenie:

Déterminer la structure 3D des protéines expérimentalement est une tâche très lourde et coûteuse, qui peut s'avérer parfois impossible à réaliser. L'arrivée massive de données provenant des programmes de séquençage à grande échelle impose de passer d'une approche biochimique à une approche bioinformatique, et nécessite en particulier de développer des méthodes de prédiction sur des séquences.
Cette thèse propose l'exploration de deux nouvelles pistes pour progresser dans la résolution de prédiction de ponts disulfures dans les protéines. Cette liaison covalente stabilise et contraint fortement la conformation spatiale de la protéine et la connaissance des positions où elle intervient peut réduire considérablement la complexité du problème de la prédiction de la structure 3D. Pour cela, nous utilisons dans un premier temps, l'inférence grammaticale et plus particulièrement les langages de contrôle introduit par Y. Takada, puis dans un deuxième temps, la programmation logique inductive.
Diverses expériences visent à confronter un cadre théorique d'apprentissage et des algorithmes généraux d'inférence grammaticale régulière à une application pratique de prédiction d'appariements spécifiques au sein d'une séquence protéique. D'autres expérimentations montrent que la programmation logique inductive donne de bons résultats sur la prédiction de l'état oxydé des cystéines en inférant des règles interprétables par les biologistes. Nous proposons un algorithme d'induction heuristique dont l'idée est d'effectuer plusieurs phases d'apprentissage en tenant compte des résultats obtenus aux phases précédentes permettant ainsi de diminuer considérablement la combinatoire dans les espaces d'hypothèses logiques en construisant des règles de plus en plus discriminantes.

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Soulet, Arnaud. "Un cadre générique de découverte de motifs sous contraintes fondées sur des primitives". Phd thesis, Université de Caen, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00123185.

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Streszczenie:

La découverte de motifs est une tâche centrale pour
l'extraction de connaissances dans les bases de données. Cette thèse
traite de l'extraction de motifs locaux sous contraintes. Nous
apportons un éclairage nouveau avec un cadre combinant des primitives
monotones pour définir des contraintes quelconques. La variété de ces
contraintes exprime avec précision l'archétype des motifs recherchés
par l'utilisateur au sein d'une base de données. Nous proposons alors
deux types d'approche d'extraction automatique et générique malgré les
difficultés algorithmiques inhérentes à cette tâche. Leurs efficacités
reposent principalement sur l'usage de conditions nécessaires pour
approximer les variations de la contrainte. D'une part, des méthodes
de relaxations permettent de ré-utiliser les nombreux algorithmes
usuels du domaines. D'autre part, nous réalisons des méthodes
d'extraction directes dédiées aux motifs ensemblistes pour les données
larges ou corrélées en exploitant des classes d'équivalences. Enfin,
l'utilisation de nos méthodes ont permi la découverte de phénomènes
locaux lors d'applications industrielles et médicales.

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Cavadenti, Olivier. "Contribution de la découverte de motifs à l’analyse de collections de traces unitaires". Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEI084/document.

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Streszczenie:

Dans le contexte manufacturier, un ensemble de produits sont acheminés entre différents sites avant d’être vendus à des clients finaux. Chaque site possède différentes fonctions : création, stockage, mise en vente, etc. Les données de traçabilités décrivent de manière riche (temps, position, type d’action,…) les événements de création, acheminement, décoration, etc. des produits. Cependant, de nombreuses anomalies peuvent survenir, comme le détournement de produits ou la contrefaçon d’articles par exemple. La découverte des contextes dans lesquels surviennent ces anomalies est un objectif central pour les filières industrielles concernées. Dans cette thèse, nous proposons un cadre méthodologique de valorisation des traces unitaires par l’utilisation de méthodes d’extraction de connaissances. Nous montrons comment la fouille de données appliquée à des traces transformées en des structures de données adéquates permet d’extraire des motifs intéressants caractéristiques de comportements fréquents. Nous démontrons que la connaissance a priori, celle des flux de produits prévus par les experts et structurée sous la forme d’un modèle de filière, est utile et efficace pour pouvoir classifier les traces unitaires comme déviantes ou non, et permettre d’extraire les contextes (fenêtre de temps, type de produits, sites suspects,…) dans lesquels surviennent ces comportements anormaux. Nous proposons de plus une méthode originale pour détecter les acteurs de la chaîne logistique (distributeurs par exemple) qui auraient usurpé une identité (faux nom). Pour cela, nous utilisons la matrice de confusion de l’étape de classification des traces de comportement pour analyser les erreurs du classifieur. L’analyse formelle de concepts (AFC) permet ensuite de déterminer si des ensembles de traces appartiennent en réalité au même acteur
In a manufacturing context, a product is moved through different placements or sites before it reaches the final customer. Each of these sites have different functions, e.g. creation, storage, retailing, etc. In this scenario, traceability data describes in a rich way the events a product undergoes in the whole supply chain (from factory to consumer) by recording temporal and spatial information as well as other important elements of description. Thus, traceability is an important mechanism that allows discovering anomalies in a supply chain, like diversion of computer equipment or counterfeits of luxury items. In this thesis, we propose a methodological framework for mining unitary traces using knowledge discovery methods. We show how the process of data mining applied to unitary traces encoded in specific data structures allows extracting interesting patterns that characterize frequent behaviors. We demonstrate that domain knowledge, that is the flow of products provided by experts and compiled in the industry model, is useful and efficient for classifying unitary traces as deviant or not. Moreover, we show how data mining techniques can be used to provide a characterization for abnormal behaviours (When and how did they occur?). We also propose an original method for detecting identity usurpations in the supply chain based on behavioral data, e.g. distributors using fake identities or concealing them. We highlight how the knowledge discovery in databases, applied to unitary traces encoded in specific data structures (with the help of expert knowledge), allows extracting interesting patterns that characterize frequent behaviors. Finally, we detail the achievements made within this thesis with the development of a platform of traces analysis in the form of a prototype

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Vérin, Renaud. "Algorithmes de recherche de motifs dans les séquences d'ADN". Université de Marne-la-Vallée, 1998. http://www.theses.fr/1998MARN0029.

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Cette these, situee dans le cadre de la bio-informatique, presente des methodes permettant de detecter des regions dans les sequences d'adn ayant une faible entropie. On appelle ces regions des zones de dosdna. On definit ici l'entropie comme le nombre de facteurs distincts presents dans une region. Elle est mesuree en temps lineaire. Pour cela, les sequences d'adn sont vues comme des textes sur l'alphabet des nucleotides [somme de l'ensemble] = a,c,g,t et on cree un index de tous les facteurs presents dans le texte. D'un point de vue informatique, les arbres et les automates de suffixes sont les structures de donnees les mieux adaptees pour generer ces index. Ils ont une taille lineaire par rapport a la taille du texte et le temps d'acces a un facteur w du texte est de o (longueur (w)). On s'interesse ici aux automates compacts de suffixes (acs). Le gain d'espace memoire du a la compression permet de construire, en moyenne, des index de sequences deux fois plus grandes qu'avec des automates de suffixes, tout en les gardant en memoire vive. Nous avons developpe le premier algorithme lineaire de construction directe des acs. D'un point de vue biologique, grace a ces structures de donnees, nous avons adapte des methodes existantes, la creation de paysages de sequences et l'analyse statistique des valeurs de x#2 de portions de sequences, afin qu'ils puissent traiter efficacement les longues sequences. Nous avons developpe une nouvelle methode, base sur la mesure d'entropie de portions de sequences. Cette methode permet de detecter des zones contenant de longues repetitions ou un grand nombre de petites repetitions. Nous avons compare les regions remarquables en utilisant un indice de proximite, base sur l'indice de jaccard. Cette methode met en evidence des regions ayant des similarites qui n'auraient pas ete trouvees avec des methodes standards d'alignement. On applique cette methode sur des chromosomes de la levure saccharomyces cerevisiae

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Salle, Paola. "Les motifs séquentiels pour les données issues des puces ADN". Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20239/document.

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L'émergence des biotechnologies, telles que les puces ADN, a permis l'acquisition d'énormes quantités de données d'une cellule à un instant donné et sous certaines conditions. Elles sont devenues incontournables lorsqu'il s'agit de comprendre une maladie qui proviendrait d'une anomalie génomique perturbant le développement naturel entre la croissance, la division et la mort des cellules. En utilisant cette biotechnologie, l'objectif est d'identifier les gènes impliqués dans la maladie étudiée. Mais chaque puce donne l'information de plus de 19 000 gènes rendant difficile toute exploitation et analyse des résultats. La fouille de données a longtemps été étudiée pour mettre en évidence des corrélations non triviales à partir de grande base de données. Initialement proposées pour répondre aux interrogations des décideurs lorsqu'il s'agissait de mieux connaître le comportement des clients d'un supermarché, ces méthodes connaissent aujourd'hui un tel succès qu'elles ont été utilisées et adaptées dans divers domaines d'applications allant du marketing jusqu'à la santé. L'étude que nous proposons de mener est de proposer de nouvelles méthodes de fouille de données pour aider les biologistes à déduire de nouvelles connaissances à partir des données obtenues par l'analyse des puces ADN. Plus précisément, nous proposons de mettre en évidence des gènes fréquemment ordonnés selon leurs expressions et nous étudions l'apport de ce type d'information comme nouveau matériel d'étude pour les biologistes
The emergence of biotechnology, such as DNA chips, has acquired huge amounts of data in a cell at a given moment and under certain conditions. They are used in order to understand a disease whose origin is a genomic abnormality disrupting the natural development between growth, division and cell death. Using this biotechnology, the aim is to identify the genes involved in disease studied. But each chip gives information on more than 19,000 genes then it is difficult to use and to analyse the results. Methods of Data mining are used in order to find interesting correlations from large database. Initially proposed to address questions about the behavior of customers of a supermarket, these methods are now used and adapted in various fields of applications ranging marketing to health. In this study, we propose new methods in order to help biologists to deduce new knowledge from data obtained by DNA microarray analysis. Specifically, we propose to identify genes frequently ordered by their expressions and we study the contribution of such information as the new study material for biologists

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Leroux, Aurélien. "Inférence grammaticale sur des alphabets ordonnés : application à la découverte de motifs dans des familles de protéines". Phd thesis, Université Rennes 1, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185489.

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Durant cette thèse, nous avons travaillé sur l'adaptation des algorithmes d'inférence grammaticale pour la recherche des propriétés communes à un ensemble de protéines. L'inférence grammaticale positive cherche à générer, à partir d'un ensemble de mots appartenant à un langage cible particulier inconnu, une représentation grammaticale qui est "optimale" par rapport à ce langage, c'est-à-dire qui rassemble et organise les particularités des mots du langage. Nous avons utilisé le diagramme de Taylor, qui classe les acides aminés suivant leurs propriétés physico-chimiques, pour construire, sous forme de treillis, un ordre sur les groupes d'acides aminés. Nous avons aussi développé une méthode d'inférence (SDTM) qui calcule les meilleurs alignements locaux entre les paires de protéines suivant un score fondé à la fois sur cet ordre et sur les propriétés statistiques de l'ensemble de protéines donné. Le résultat est une machine séquentielle proche de celle de Mealy avec des sorties réduites à "accepte" et "rejette". L'algorithme commence par construire le plus grand automate reconnaissant exactement les mots du langage et le généralise par fusions successives des paires de transitions correspondant aux acides aminés appariés dans les alignements sélectionnés. Les expérimentations ont montré l'intérêt de cette combinaison de méthodes importées de la découverte de motifs et de l'inférence grammaticale.

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Sobczyk, Agata. "La découverte de l'érotisme par les adolescents dans la littérature médiévale française". Paris 4, 2000. http://www.theses.fr/2000PA040155.

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La découverte de l'érotisme par les adolescents se place dans le contexte d'une recherche de sa propre identité par une relation avec l'autre, en vue d'aboutir à l'intégration dans la société. Le parcours qui mène à ce but est sinueux, et les textes que j'ai analysés en racontent des cas de figure différents, insistant plutôt sur les failles et les échecs, parce que cela est plus intéressant. Les romans idylliques posent l'idéal d'une unité parfaite, une unité « homosexuelle » au-delà de la différence sexuelle, possible pourtant uniquement entre les enfants asexués, et entamée au moment de la maturation sexuelle : c'est un chemin de l'unité impossible à la désunion ; la sexualité mûre n'est qu'une tentative de retrouver cette première unité, tentative dont la réussite peut être mise en cause. Les textes qui racontent le désir incestueux du père pour sa fille ont pour point de départ la désintégration ; le parcours difficile de la jeune fille mène à son intégration finale dans la société, mais cette intégration semble n'être jamais définitive, jamais entièrement acquise. Elle est pourtant plus possible que dans le cas des textes qui parlent de l'inceste entre mère et fils, où la désintégration initiale mène à un effacement total du jeune homme. Les textes qui mettent en scène la relation entre un adolescent et une femme mûre apportent une touche d'optimisme : ils sont une sorte de contrepoids pour les histoires de l'inceste mère/fils, où le chemin mène du désordre initial, par une structuration de la personne du jeune héros grâce à la force de l'amour, à l'intégration totale à la société.

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Mancheron, Alban. "Extraction de motifs communs dans un ensemble de séquences : application à l'identification de sites de liaison aux protéines dans les séquences primaires d'ADN". Nantes, 2006. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=ec42cb78-8fc6-4c4d-a3a3-42735a44dafb.

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L’extraction de motifs ayant une signification biologique, et notamment l’identification de sites de régulation de la synthèse protéique dans les séquences primaires d’ADN, est un des enjeux de la recherche en bioinformatique. Une anomalie dans cette régulation peut avoir de graves conséquences sur la santé d’un organisme. Aussi, l’extraction de ces sites permet de mieux comprendre le fonctionnement cellulaire et de soigner certaines pathologies. Les difficultés posées par ce problème sont le manque d’informations sur les motifs à extraire, ainsi que le volume important des données à traiter. Deux algorithmes polynomiaux – l’un déterministe et l’autre probabiliste – permettant de le traiter ont été conçus. Dans ce contexte, nous avons introduit une nouvelle famille de fonctions de score et étudié leurs propriétés statistiques. Nous avons également caractérisé le langage reconnu par la structure d’index appelée Oracle, et proposé une amélioration la rendant plus efficace
The extraction of significant biological patterns, and in particular the identification of regulation sites of proteinic synthesis in DNA primary sequences, is one of the major issues today in bioinformatics. Indeed any anomaly in proteinic synthesis regulation has detrimental damages on the well-being of certain organisms. Extracting these sites enables to better understand cellular operation or even to remove or cure pathology. What is promblematic is the lack of information on patterns to be extracted, as well as the large volume of data to mine. In ths dissertation, we introduce two polynomial algorithms – the first one is deterministic and the other one is probabilist – to address the issue of pattern extraction. We introduce a new family of score functions and we study theirs statistical properties. We characterize the language which is recognized by the index structure named “Oracle”, and we modifiy this structure in order to make it more efficient

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Collin, Delphine. "Etudes par methodes spectroscopiques de complexes d'oligonucleotides (motifs-i et interaction boucle-boucle) (doctorat : pharmacochimie)". Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA114835.

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Pandi, Joseph. "La découverte de l'art negro-africain : contribution d'un homme de lettres, Blaise Cendrars". Aix-Marseille 1, 1992. http://www.theses.fr/1993AIX10023.

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Vieux de plusieurs siecles, l'art negro-africain ne fut decouvert que tardivement en occident. Ses produits etaient tout bonnement consideres comme des objets de simple curiosite, sans valeur esthetique. Son accession au rang d'art est due bien sur aux artistes europeens, mais aussi, entre autres, a la litterature francaise qui a de facon non negligeable apporte sa pierre a l'edifice. Dans ce domaine, la contribution du poete blaise cendrars est considerable. Avec ses poemes negres, il a fait entrer les "fetiches" dans la poesie francaise. Avec l'anthologie negre, ouvrage de compilation contenant exclusivement des legendes et des contes africains, il a donne l'occasion de mieux connaitre le noir. C'est en sculpture, notamment la sculpture sur bois, que la notoriete de l'art negre s'est faite. C'est un art essentiellement classique parce qu'il utilise une thematique, une syntaxe et un vocabulaire traditionnels. La sculpture des musees, du fait qsu'elle a perdu ses pouvoirs rituels, n'est plus qu'une sculpture. Aujourd'hui, l'art negro-africain n'inspire plus les memes sentiments qu'a la decouverte. Demain, on ne sait pas trop ce qu'il deviendra.

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Marsan, Laurent. "Inférence de motifs structurés : algorithmes et outils appliqués à la détection de sites de fixation dans le séquences génomiques". Marne-la-Vallée, 2002. http://www.theses.fr/2002MARN0128.

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Au cours de ce travail, nous nous sommes particulièrement intéressés à un problème de biologie moléculaire: la détection de sites de fixation dans des séquences d'ADN. Ce problème, perçu sous un certain angle, trouve des solutions variées grâce aux travaux réalisés en algorithmique du texte. Après une présentation des spécificités de ces sites, nous passons en revue les représentations informatiques existantes utilisées pour les modéliser. Puis, nous faisons état des différents travaux algorithmiques effectués dans le domaine de leur détection. La pertinence des principales approches est discutée. Nous essayons en particulier de présenter les différents aspects du compromis qui paraît inévitable entre sensibilité et complexité quand on traite un tel problème. Notre apport consiste ensuite à développer une nouvelle représentation pour les sites de fixation. Celle-ci prend en compte une caractéristique de certains d'entre eux: leur capacité à s'associer sous certaines contraintes. Nous introduisons la notion de modèle structuré, et développons plusieurs algorithmes combinatoires exacts de détection de tels modèles. Nous présentons ensuite l'outil que nous avons conçu à partir de ces algorithmes, dénommé SMILE. Nous ramenant au problème biologique qui a motivé ces travaux algorithmiques, nous appliquons cet outil à l'inférence de sites de fixation connus et inconnus dans des jeux de séquences nucléiques expérimentaux ou directement issus de génomes complets. Les résultats de ces expériences sont comparés avec ceux qu'obtiennent certains outils couramment utilisés sur les mêmes jeux de données, et leur pertinence biologique est discutée. Pour finir, nous jugeons l'apport des modèles structurés et esquissons plusieurs directions à explorer pour améliorer la détection de sites de fixation. Les représentations, algorithmes et outils développés dans cette thèse sont généraux, et peuvent donc être appliqués à l'extraction de tous types de signaux structurés et approchés, communs à plusieurs séquences. En particulier, ils peuvent d'ores et déjà être utilisés pour inférer des motifs dans des séquences protéiques
In this work, we concentrated our interest on a problem in molecular biology: the detection of binding sites in DNA sequences. This problem, from a certain point of view, finds diverse solutions in text algorithmics. We first present the specificity of such sites, and look at the existing representations used to modelize them. We then review the existing algorithms aimed at detecting these sites, and try to evaluate the pertinence of the main approaches employed. In particular, we try to discuss the trade off that exists between sensibility and complexity when dealing with such a problem. Our work consists in developing a new representation for binding sites, which incorporates one of the main characteristics of some of them: their ability to appear associated in a more or less constrained manner. We introduce the notion of a structured model, develop several exact combinatorial algorithms to infer such models, and present the software, called SMILE, we made using these algorithms. Going back to the biological problem which motivated this work, we apply our tool to infer known and unknown binding sites in a few sets of DNA sequences. The results of these experiments are compared to those obtained by some of the most used software on the same sets of sequences. We then discuss of the biological pertinence of all these results. Finally, we try to place our work in the current context, and define several directions to explore to improve the inference of binding sites. The algorithms and tools we made are all generic, they can be applied to extract any kind of structured signals that are common to a set of sequences. In particular, they can already treat protein sequences

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Castrec, Benoît. "Les ADN polymérases B et D de l'archaea hyperthermophile Pyroccocus abyssi : contribution à l'étude des relations structure-fontion". Brest, 2009. http://www.theses.fr/2009BRES2018.

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La réplication de l’ADN est un mécanisme fonctionnellement conservé à travers les trois domaines du vivant. Le processus est effectué par des ADN polymérases, accompagnées de deux facteurs accessoires, le PCNA et le RF-C, respectivement le facteur de processivité et le facteur de chargement. Notre modèle d’étude, l'Euryarchaeota Pyrococcus abyssi, possède une ADN polymérase appartenant à la famille B, et une ADN polymérase appartenant à la famille D. En grande majorité, les protéines interagissent avec le PCNA au niveau dune poche hydrophobe, formée par IDCL et la partie C-terminale. Ces interactions sont médiées au travers de motifs communs, dont le motif PIP box. Nous avons démontré que la Pol B ajuste un motif PIP box à l’extrémité C-terminale, alors que la Pol D contient deux motifs d’interaction au PCNA, situés au niveau des extrémités N- et C-terminales. En outre, le travail a permis de mettre en évidence que la Pol D interagit précisément au niveau de l’extrémité C-terminale du PCNA. De plus, le RF-C, via son motif PIP box, maintient le PCNA sur l’ADN et peut bloquer le complexe Pol D-PCNA. Par ailleurs, un motif riche en glycines a été caractérisé chez la Pol D. Ce motif, renommé PYF box, est impliqué dans la thermostabilité de cette enzyme et pourrait participer aux interactions entre les deux sous-unités DP1 et DP2. Enfin, des travaux préliminaires en spectroscopie de fluorescence ont été menés quant à l’étude des complexes nucléoprotéiques. La recherche des motifs, impliqués dans les relations structure-fonction, nous permet de compléter nos connaissances sur les mécanismes du système réplicatif des archées et sur la Pol D, qui reste encore méconnue
DNA replication is a functionally conserved mechanism among the three domains of lite. This processus is performed by DNA polymerases with two accessories factors, PCNA and RF-C, sliding clamp and clamp loader, respectively. Our model of study, the Euryarchaeota Pyrococcus abyssi, possesses one DNA polymerase, belonging to the Family B, and one DNA polymerase, belonging to the Family D. Tisually, proteins interact with PCNA at a hydrophobic pocket which s formed by the IDCL and the C-terminus, These interactions are mediated through common motifs like the PIP box. We have demonstrated that Pol B has just one PIP box motif at the C terminus, while Pol D has two PIP-type motifs, at the N- and C terminus. Respectively, that interact with PCNA. Besides, this work has permitted to give prominence to that Pol D precisely interacts at the C terminus of PCNA. Besides, RF-C, via its PIP box motif, can maintain PCNA on DNA and can block the Pol D/PCNA complex. In addition, a glycine-rich motif has been characterised in Pol D. This motif, renamed PYF box, is implicated in thermostability of this enzyme and could participate to the interactions between subunits DP1 and DP2. Finally, preliminary work on fluorescence spectroscopy about the study of nucleo-proteic complexes. The investigation of motifs implied in structure-function relationship, let us to complete our knowledge about mechanisms of replicative systems in Archaea and mor precisely on Pol D, which is still unknown

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Mazurie, Aurélien. "Des gènes aux réseaux génétiques : exploitation des données transcriptomiques, inférence et caractérisation de structures de régulation". Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066030.

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Laurent, Marc. "Rôle des G-quadruplexes dans la spécification des origines de la réplication chez les vertébrés". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC162/document.

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Les origines de réplication sont les sites à travers le génome où est initiée la synthèse de l’ADN. Les multiples cartographies des origines de réplication dans des cellules de vertébrés ont identifié une association entre origines de réplication et motifs G4. Les motifs G4 sont des séquences ayant le potentiel de se replier en G-quadruplexe. Des travaux menés précédemment au laboratoire ont montré que la capacité d’un motif G4 à se replier en G-quadruplexe est essentielle pour l’activité de deux origines de réplication modèles dans la lignée cellulaire de poulet DT40. Cependant, le motif G4 n’est pas suffisant pour spécifier une origine de réplication. Dans l’origine modèle βA, un élément cis de 227 pben 3’ du motif G4 est également nécessaire pour l’initiation de la réplication. L’analyse de la séquence de cet élément indique qu’il comporte plusieurs motifs connus pour être des sites de fixation de facteurs de transcription. Nous avons testé le rôle potentiel de ces motifs en évaluant l’effet de leurs délétions individuelles sur l’activité de l’origine βA. Ces travaux ont identifié les boites TATA et CCAAT, pouvant être liées par le facteur TBP (TATA Binding Protein) et NFY (Nuclear Factor Y) respectivement, comme étant les éléments cruciaux avec le motif G4 pour l’initiation de la réplication. Nous avons cherché à éclaircir de quelle manière ces éléments permettent la spécification d’une origine de réplication. A cet effet, nous avons émis l’hypothèse selon laquelle les motifs G4 qui se trouvent au niveau des origines de réplication sont ceux qui in vivo sont capables de former un G-quadruplexe. La formation du G-quadruplex dans l’origine βA dépendrait alors de la présence des boites TATA et CCAAT qui peuvent recruter des facteurs de transcription favorisant l’ouverture de la double hélice de l’ADN et le repliement du G-quadruplex. Cette hypothèse prévoit que la stabilisation d’un G-quadruplexe in vivo est nécessaire et suffisante pour former une nouvelle origine de réplication. Nous avons donc testé cette hypothèse de deux manières. D’abord, nous avons entrepris de stabiliser un G-quadruplex à une position donnée du génome en induisant la transcription d’un motif G4. Ensuite, nous avons déterminé les effets d’une stabilisation globale des G-quadruplexes à travers le génome sur la position des origines de réplication. Pour cela, nous avons cartographié les origines de réplication dans des lignées de cellules DT40 dans lesquelles des facteurs impliqués dans la linéarisation des G-quadruplexes ont été inactivés. Selon notre hypothèse, en l’absence de tels facteurs, comme l’hélicase FancJ ou l’ADN polymérase translésionnelle Rev1, davantage de motifs G4 pourraient se replier et former une origine de réplication. Les résultats obtenus avec chacune des deux approches indiquent que la stabilisation de G-quadruplexes ne permet pas de produire de nouvelles origines de réplication. L’ensemble de nos données indique que l’activité de l’origine βA dépend d’un motif G4 et des boites TATA et CCAAT. La manière par laquelle l’ensemble de ces éléments permettent l’initiation de la réplication reste à éclaircir
Replication origins are the position where DNA synthesis is initiated. Mapping of replication origins across the genome showed a link between origins and G4 motifs. G4 motifs are sequences the potential for forming G-quadruplexes. Works carried out previously in the laboratory showed that the ability to fold into G-quadruplex is critical for the activity of two model origin in the DT40 cell line. However, the G4 motif is not enough to specify a replication origin. In the βA model origin, a 227 bp cis element is required for the initiation of replication. The analysis of this sequence indicates the presence of several motifs known to be binding sites for transcription factors. We tested the potential roles of these motifs by evaluating the effect of their individual deletion on the activity of the βA origin. This work identified the TATA and CCAAT boxes who bind TBP (TATA Binding Protein) and NFY (Nuclear Factor Y) respectively as the crucial elements, with the G4 motifs, pour the initiation of replication.We endeavored to shed light on the manner by which these elements enable the specification of a replication origin. We hypothesized that the G4 motifs associated with replication origins are those able to form a G-quadruplex in vivo. The formation of the G-quadruplex of the βA origin would require the presence of the TATA and CCAAT boxes who could recruit transcription factors facilitating the opening of the double helix and G-quadruplex folding. We tested this hypothesis by two different manners. First, we undertook to stabilize a G-quadruplex at a given position in the genome by inducing the transcription of a G4 motif. Then, we observed the effects of a genome wide stabilization of G-quadruplexes on the position of replication origins. For that, we mapped replication origins in DT40 cell lines in which factors implicated in G-quadruplex linearization are inactivated. According to our hypothesis, without such factors, like the FancJ helicase of the translesional DNA polymerase Rev1, more G4 motifs could fold into G-quaduplexes and specify replication origins

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Briffotaux, Julien. "Maintenance génomique chez l'Archaea hyperthermophile Pyrococcus abyssi : découverte de nouvelles interactions physiques et caractérisation fonctionnelle". Phd thesis, Université de Bretagne occidentale - Brest, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00273692.

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Les Archaea sont des micro-organismes rencontrés dans tous les écosystèmes, mais qui apparaissent comme majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Les archaea hyperthermophiles, comme Pyrococcus abyssi sont en permanence exposées à des températures qui peuvent augmenter le taux de dommages de l'ADN, pourtant, le taux de mutations spontanés chez ces micro-organismes est similaire à celui des espèces modèles mésophiles. Il est ainsi probable que les hyperthermophiles possèdent des systèmes particulièrement efficaces pour dupliquer, maintenir et stabiliser leur génome. L'objectif de ce projet était d'explorer le réseau d'interaction impliqué dans les processus de réplication et de réparation de l'ADN. L'approche méthodologique mise en oeuvre a consisté à coupler la capture de partenaires d'interaction par pull-down avec leur identification par spectrométrie de masse. J'ai pu ainsi mettre en évidence, au sein l'extrait cellulaire de P. abyssi, un réseau préliminaire reliant des protéines de la maintenance génomique. Nous avons non seulement mis en évidence de nouvelles protéines impliquées probablement dans des mécanismes de réparation, mais également des nouvelles interactions non suspectées entre des composants déjà caractérisés. Les principaux résultats sont les suivants : (1) La nucléase Pab2263, partenaire du PCNA, est un nouvel acteur du métabolisme de l'ADN. (2) Le PCNA forme un macrocomplexe avec les protéines ubiquitaires Mre11 et Rad50 suggérant un rôle de ce complexe dans la réparation des cassures double brin de l'ADN lors de la réplication. (3) Les protéines Fen1 et l'ADN primase interagissent physiquement et peuvent collaborer in vitro pour résoudre une étape intermédiaire de la voie de réparation par excision de base. Ces résultats enrichissent notre compréhension des processus de réparation de l'ADN chez les archées.

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Laget, Marie-Pierre. "Caractérisation d'un membre de la famille ETS, le facteur de transcription ERM : propriétés de liaison à l'ADN et pouvoir transactivateur". Lille 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LIL10121.

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L'objectif de ce travail a été la caractérisation de la structure et de la fonction du facteur de transcription ERM, plus particulièrement de son domaine de liaison à l'ADN et de ses domaines responsables de la transactivation. ERM constitue avec PEA3 et ER81 le groupe PEA3 appartenant à la famille ETS. Une région d'environ 85 acides aminés, baptisée domaine ETS, constitue le signe de reconnaissance de cette famille. Le domaine ETS porte l'activité de liaison à l'ADN et toutes les protéines. ETS se lient à un motif riche en purine GGA. Une relative spécificité de reconnaissance est assignée à chaque membre de la famille par la nature des nucléotides flanquant ce noyau. Le domaine ETS ne présente aucune identité de séquence avec les domaines de liaison à l'ADN déjà caracterisés. Grâce à la méthode de « Hydrophobic Cluster Analysis », nous avons prédit que le domaine ETS était organisé en cinq hélices comprenant peut-être un motif hélice-coude-hélice. Nous nous sommes ensuite attachés à l'étude de l'effet de mutations ponctuelles dans le domaine ETS de ERM. Puis nous avons délimité deux domaines diminuant l'activité de liaison à l'ADN de ERM ; une zone située dans la région carboxy-terminale de ERM (Ct) et l'autre localisée dans la partie centrale (domaine nomme ADID) inhibent de manière indépendante la fixation à l'ADN de ERM. L'activation transcriptionnelle par ERM requiert la présence d'un peptide correspondant aux 72 premiers acides aminés de ERM (Alpha) qui recouvre le domaine riche en résidus acides conservé entre les trois membres actuellement connus du groupe PEA3. La transactivation par [Alpha] est réprimée par l'expression du domaine transactivateur de VP16, ce qui indique que [Alpha] et VP16 possèdent probablement des cofacteurs communs présents en quantité limitante. [Alpha] présente une activité intrinsèque d'augmentation de la transcription au même titre que le second domaine transactivateur de ERM, Ct. Ct possède donc un rôle double puisqu'il exhibe une activité d'inhibition de la liaison à l'ADN. Contrairement à celle de [Alpha] , l'activité de Ct n'est pas réprimée par l'expression de VP16. [Alpha] et Ct fonctionnent en synergie pour augmenter la transcription, ce qui confirme qu'ils n'agissent pas par les mêmes mécanismes. La séquence correspondant à [Alpha] et à Ct ne semble pas conservée au sein de la famille ETS, indiquant que la spécificité de ERM repose sur des modes de fonctionnement distincts et sur des interactions avec des cofacteurs spécifiques.

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Oku, Kaori. "La découverte dans le théâtre de Marivaux : dramaturgie, idées et fonctionnement de la représentation". Thesis, Paris 4, 2013. http://www.theses.fr/2013PA040231.

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La présente étude vise à éclaircir l’efficacité et la théâtralité du théâtre marivaudien, notamment celles de ses comédies. Elle s’appuie sur une recherche dramaturgique et une étude idéologique de son théâtre, du point de vue du fonctionnement de la représentation : que découvre le public à travers la représentation ? Partant de l’analyse de La Dispute qui nous paraît une pièce emblématique, fondée sur la découverte, nos recherches se sont nourries de l’étude des textes aussi bien que de celles de quelques mises en scène contemporaines de ses comédies. Du point de vue de la découverte, son théâtre fonctionne, en rapport avec le public, comme un dispositif lui faisant découvrir tour à tour l’incertitude liée aux sens, le problème de l’identité, celui des désirs des hommes ainsi que le mécanisme de la société et celui de la comédie. En outre, son théâtre met en question la notion même de la vérité et du naturel en même temps que la notion de personnage au théâtre. Les comédies de Marivaux apportent au public, dans l’esprit des Lumières, un éclairage sur les hommes, sur la société, et même sur le mécanisme propre à la comédie. Les recherches autour de la découverte chez Marivaux mettent enfin en lumière l’importance de ses comédies en tant qu’art vivant
This study aims to clarify the effectiveness and the theatricality of Marivaux’s theatre, especially of his comedies, using a dramaturgical and ideological approach, and posing the essential question: what does the public discover through performance? Starting with the analysis of La Dispute, an emblematic play undergirded by the theme of discovery, my study includes close readings of Marivaux’s plays at the time as well as an examination of contemporary productions of the famous dramatist’s comedies. By using the idea of ‘‘discovery’’ as a critical framework, we can see how his theatre functions in relation to the audience and as a device which reveals the uncertainty of meaning, the problems inherent to identity, issues of desire and the mechanisms that govern society and the comic genre. Marivaux’s theatre, I argue, calls into question the notion of truth and the natural as well as the notion of dramatic character. Marivaux’s comic repertoire brings to the public, in the spirit of the Enlightenment, a dynamic series of events that call into question important themes about humankind, society and the mechanisms of comedy. This research thus illustrates the importance of Marivaux’s comedies as unique examples of living art

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Kaboub, Ahmed. "De la révolte à la découverte de la sagesse populaire". Phd thesis, Université du Maine, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00734342.

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Les relations d'intertextualité dans Les Amours jaunes témoignent d'un jeu de correspondances et d'allusions littéraires que l'on peut nommer la poétique de l'habit d'Arlequin. Notre recherche porte sur les différentes expressions de la révolte dans le recueil. L'art de la dérision et la parodie contribuent au dialogue intertextuel avec d'une part des auteurs du passé tels que Shakespeare, La Fontaine, Villon et du Bellay. D'autre part, le poète se réfère à l'œuvre de Hugo, aux romans de son père, Edouard Corbière, et fait allusion à la poésie de Baudelaire, de Gautier et de Vigny. Dans le sillage de ses prédécesseurs il dénonce la peinture factice de l'Italie et de l'Espagne littéraires dans la poésie de Lamartine et de Musset. Par ailleurs, Les Amours jaunes illustrent la recherche d'une poétique nouvelle. En effet, Corbière s'interroge à propos de l'échec auquel il attribue une dimension positive qui contribue à la négativité de sa poésie. L'impossible dialogue amoureux le conduit à entrevoir dans l'amour maternel un dédommagement. En outre, le poète recourt à la théâtralité et projette sur la scène du spectacle imaginaire du recueil des figures de la marginalité, emblèmes de la sagesse populaire qui illustrent le renversement des valeurs sociales. Corbière transpose les paysages de la Bretagne dans son univers poétique et rend hommage au monde des marins dont il révèle la vision de la mort.

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Hammal, Mohamed Ali. "Contribution à la découverte de sous-groupes corrélés : Application à l’analyse des systèmes territoriaux et des réseaux alimentaires". Thesis, Lyon, 2020. http://www.theses.fr/2020LYSEI024.

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Mieux nourrir les villes en quantité et en qualité, notamment les grandes agglomérations, constitue un défi majeur dont la résolution passe par une meilleure compréhension des relations entre les populations urbaines et leur alimentation. A l’échelle des systèmes alimentaires urbains, on a besoin de diagnostics ciblant la disponibilité des ressources alimentaires croisée avec les profils socio-économiques des territoires et l’on manque d’outils et de méthodes pour appréhender de façon systématique les relations entre les bassins de consommation, l’offre et les comportements alimentaires. L’objectif de cette thèse est de contribuer à l’élaboration de nouveaux outils informatiques pour traiter des données temporelles, hétérogènes et multi-sources afin d’identifier et de caractériser des comportements propres à une zone géographique. Pour cela, nous nous appuyons sur l’exploration conjointe de motifs graduels, identifiant des corrélations de rang, et de sous-groupes afin de découvrir des contextes pour lesquels les corrélations décrites par les motifs graduels sont exceptionnellement fortes par rapport au reste des données. Nous proposons un algorithme d’énumération s’appuyant sur des propriétés d’élagage avec des bornes supérieures, ainsi qu’un autre algorithme qui échantillonne les motifs selon la mesure de qualité. Ces approches sont validées non seulement sur des jeux de données de référence, mais aussi à travers une étude empirique de laformation des déserts alimentaires sur l’agglomération lyonnaise
Better feeding cities in quantity and quality, especially large cities, is a major challenge, whose resolution requires a better understanding of the relationships between urban populations and their food. On the scale of urban food systems, we need to understand the availability of food resources crossed with the socio-economic profiles of the territories. But we lack tools and methods to systematically understand the relationships between consumption basins, supply and eating habits. The objective of this thesis is to contribute to the development of new IT tools to process temporal, heterogeneous and multi-sources data in order to identify and characterize behaviors specific to a geographic area. For this, we rely on the joint exploration of gradual patterns, to discover rank correlations, and subgroups in order to find contexts for which the correlations described by the gradual patterns are exceptionally strong compared to the remaining of the data. We propose an enumeration algorithm based on pruning properties with upper bounds, as well as another algorithm which samples the patterns according to the quality measure. These approaches are validated not only on benchmark datasets, but also through an empirical study of the formation of food deserts in the Lyon urban area

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Bertin, Samuel. "Thérapie génique des métastases hépatiques de cancer colique : rôle des motifs CpG bactériens dans l'induction de la réponse antitumorale". Nice, 2008. http://www.theses.fr/2008NICE4023.

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Suicide gene therapy consists in transfer into tumor cells a viral or bacterial gene, called "suicide gene", whose product is able to convert a non-toxic prodrug into a lethal drug. Thus, the cytosine deaminase (CD) gene enables the conversion of the non-toxic prodrug 5-fluorocytosine (5-FC), into 5-fluorouracil (5-FU), a cytotoxic drug commonly used in cancer chemotherapy. Our team has previously demonstrated in a rat liver metastasis model from colon carcinoma, that intratumoral injection of a CD-expressing plasmid followed by 5-FC treatment results in the regression of the treated tumor as well as of distant uninjected tumors, indicating the establishment of a systemic immune response. In the first part of this work, we have determined the cellular and molecular events induced by this suicide treatment in vivo. We have demonstrated that the treatment induces tumor cell apoptosis, T lymphocytes and NK cells recruitment within the tumor, as well as an increase in the expression of several cytokines and chemokines. These results indicate that the cytotoxic effects of 5-FU are then relayed by the activation of the different components of the systemic antitumor immune response. As our gene therapy approach is based on intratumoral injection of a bacterial plasmid, the second part of this work focused on the role of unmethylated-CpG sequences present in this plasmid in the initiation of the immune response. Our results demonstrate the importance of these bacterial motifs which are able to act as a danger signal by modifying the tumor microenvironment, thereby enhancing the development of an antitumor immune response. Finally, the last part of this work consisted in the analysis of bacterial CpG sequences in tumour cells themselves. Our results demonstrate for the first time that bacterial CpG motifs trigger an autophagy process in vitro and in vivo in tumor cells expressing the "Tolllike receptor-9" specific of these motifs. The recent discovery by other teams of a link between "Toll-like receptors" and autophagy in immune cells is therefore extended to cancer cells and this observation opens the way to new therapeutic approaches in the treatment of cancer
La thérapie génique suicide consiste à transférer dans les cellules tumorales, un gène viral ou bactérien, appelé gène "suicide", dont le produit est capable de convertir une prodrogue non toxique en drogue létale. Ainsi, le gène cytosine désaminase (CD) permet de convertir la 5-fluorocytosine (5-FC), prodrogue non toxique, en 5-fluorouracile (5-FU), drogue cytotoxique couramment utilisée en chimiothérapie anticancéreuse. Les travaux de notre équipe ont précédemment permis de montrer, chez des animaux porteurs de tumeurs hépatiques sur deux lobes du foie, que l’injection d’un plasmide exprimant le gène CD dans l’une des deux tumeurs conduit à une régression de l’ensemble des lésions après traitement par 5-FC, indiquant la mise en place d’une réponse immune systémique. La première partie de ce travail de thèse a consisté à caractériser les évènements cellulaires et moléculaires induits par ce traitement de façon à mieux comprendre les effets antitumoraux observés. Nous avons démontré que le traitement induit l’apoptose des cellules tumorales, le recrutement dans les tumeurs de lymphocytes T et de cellules NK ainsi que l’augmentation d’expression de plusieurs de cytokines et chimiokines. Ces résultats indiquent que les effets cytotoxiques du 5-FU sont ensuite relayés par l’activation du système immunitaire ceci conduisant à la mise en place d’une réponse immune antitumorale systémique. Notre approche de thérapie génique étant basée sur l’injection intratumorale d’un plasmide bactérien, la deuxième partie de mon travail de thèse a consisté à analyser le rôle des séquences CpG non méthylées présentes dans ce plasmide lors de l’initiation de la réponse immune. Nos résultats démontrent l’importance de ces motifs bactériens qui sont capables d’agir comme un signal de danger en modifiant le microenvironnement tumoral, favorisant ainsi le développement d’une réponse immune antitumorale. Enfin, dans une dernière partie de ce travail, nous avons voulu déterminer si les séquences CpG bactériennes avaient un effet sur les cellules tumorales elles-mêmes. Nos résultats démontrent pour la première fois que les motifs CpG bactériens déclenchent un processus d’autophagie in vitro et in vivo dans les cellules tumorales exprimant le “Toll-like récepteur-9” spécifique de ces motifs. La mise en évidence récente d’un lien entre les “Tolllike récepteurs” et l’autophagie par d’autres équipes dans des cellules immunitaires est donc étendue aux cellules cancéreuses elles-mêmes, ce qui ouvre la voie à de nouvelles approches thérapeutiques dans le traitement du cancer

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Lelièvre, Mélanie. "Étude de la biosynthèse des motifs di-, oligo- et polysialylés chez les mammifères : identification et caractérisation d'une nouvelle sialyltransférase humaine (hST8Sia VI)responsable de la biosynthèse de motifs diSia sur des O-glycosylprotéines". Lille 1, 2006. http://www.theses.fr/2006LIL10068.

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Chez les mammifères, les acides sialiques se trouvent aux extrémités terminales des glycoconjugués (glycoprotéines et glycolipides) ou des oligosaccharides libres. De part cette position terminale sur les glycannes des glycoconjugués et de leur charge négative, les acides sialiques conditionnent les propriétés physico-chimiques des sialoglycoconjugués et sont souvent impliqués dans des mécanismes d'interaction cellulaire. L'association de résidus d'acides sialiques par des liaisons en α2,8 forme des chaînes linéaires de longueur variable classées selon le degré de polymérisation en structures disialylées (diSia), oligosialylées (oligoSia) ou polysialylées (polySia, ou PSA pour Poly Sialic Acid). Les PSA portés par la N-CAM (Neural Cell Adhesion Molecule) ont été les premiers mis en évidence chez les mammifères. Ils sont impliqués dans de nombreux processus physiologiques tels que la migration des cellules neuronales, la croissance axonale ou la synaptogenèse. Depuis, d'autres structures di-, oligo- et polysialylées ont été décrites chez les mammifères et chez l'homme en particulier, mais très peu d'études concernant leurs implications biologiques et leur biosynthèse ont été menées. Grâce à une analyse in silico, nous avons reconstitué un gène putatif d'α2,8-sialyltransférase sur le chromosome 10 humain, que nous avons nommé hST8Sia VI. Les analyses de l' expression de ce gène dans différents tissus et cellules humains ont mis en évidence une expression faible et ubiquiste de ce gène. Nous avons cloné la totalité du cadre ouvert de lecture de ce gène à partir des cellules cancéreuses mammaires MCF-7 et avons produit une forme recombinante soluble de hST8Sia VI dans des cellules COS-7 et Sf-9 pour caractériser son activité enzymatique. Nos tests d'activité in vitro ont démontré que hST8Sia VI catalyse le transfert d'un seul résidu d'acide sialique sur les motifs glucidiques sialylés en α2-3 trouvés sur les O-glycannes des glycoprotéines pour former des motifs disialylés du type Neu5Acα2-8Neu5Acα23Galβ 1-3GalNAc-. Afin de déterminer son activité enzymatique in vivo, nous avons créé un modèle de cellules cancéreuses mammaires (MDA) sur-exprimant stablement hST8Sia VI. Nos premiers résultats indiquent que hST8Sia VI utilise préférentiellement les motifs α2,3-sialylés, ce qui confirme les analyses réalisées in vitro.

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Mariani, Catherine. "Un conquistador à la découverte de l'autre. Les Naufragios d'Alvar Nuñez Cabeza de Vaca". Thesis, Paris 3, 2012. http://www.theses.fr/2012PA030081/document.

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Alvar Nuñez Cabeza de Vaca (1490-1557), hidalgo de la meilleure noblesse espagnole, est l’auteur d’une relation de voyage très significativement intitulée Naufragios (1542) qui constitue le coeur de cette thèse intitulée : "Un conquistador à la découverte de l’autre : Les Naufragios d’Alvar Nuñez Cabeza de Vaca". Elle vise à démontrer que le caractère exceptionnel de ce texte réside tout autant dans son contenu que dans la personne de son auteur, brutalement et bien malgré lui confronté au choc de l’altérité, du fait d’une immersion involontaire, prolongée et totale parmi différentes ethnies de l’actuel continent nord-américain. À son retour en Europe, il retranscrit dans un mémoire les différentes étapes de cette découverte et de sa prise de conscience de l’humanité pleine et entière des Indiens, cet "autre" qu’il évoque longuement après l’avoir attentivement observé. Pour Alvar Nuñez Cabeza de Vaca, les Indiens sont en tous points ses semblables, des hommes qu’il convient de traiter comme tels et dont il devient, contre toute attente, l’ardent défenseur devant la plus haute autorité temporelle et spirituelle d’Espagne, le Roi. Son texte, à la qualité littéraire inclassable, ne relate pourtant pas une aventure unique. C’est à lui cependant qu’il doit sa postérité. Considéré tour à tour comme le premier écrivain américain, un ethnologue avant l’heure ou comme le premier défenseur authentique des Indiens, Alvar Nuñez Cabeza de Vaca, à l’issue d’un périple de près de 10 ans au cours duquel il a parcouru le continent américain d’Est en Ouest connaît la déchéance sociale et n’a pas vu ses idées triompher de son vivant
Alvar Nunez Cabeza de Vaca (1490-1557), gentleman of the highest Spanish nobility, is the author of a travel very significantly entitled Naufragios (1542) which is the heart of this thesis entitled "A conquistador exploring the other: the Naufragios of Alvar Nuñez Cabeza de Vaca". It aims to demonstrate that the exceptional nature of this text lies as much in its content and in the person of its author, in spite of himself and suddenly confronted with the shock of otherness, as a result of accidental flooding, and prolonged total among different ethnic groups of the current north American continent. Upon his return to Europe, he transcribed in a memory the different stages of this discovery and its awareness of the full humanity of the Indians, that "other" that evokes long after having carefully observed. For Alvar Nuñez Cabeza de Vaca, the Indians are in all respects his fellow men should be treated as such and which he became, against all odds, the advocate before the highest temporal and spiritual authority of Spain, the King. His text, the literary quality unclassifiable, yet not only tells a unique adventure. To him, however he has his posterity. Considered in turn as the first American writer, an ethnologist or before the time as the first true defender of the Indians, Alvar Nunez Cabeza de Vaca, after a journey of almost 10 years during which he traveled the American continent from East to West knows the social decline and has not seen his ideas triumph during his lifetime

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Gondard, Mathilde. "A la découverte des agents pathogènes et microorganismes des tiques par séquençage de nouvelle génération et QPCR microfluidique à haut débit". Thesis, Paris Est, 2017. http://www.theses.fr/2017PESC1017.

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Les maladies à transmission vectorielle sont dues à des agents pathogènes transmis par des arthropodes hématophages. Ces vecteurs assurent une transmission active (mécanique ou biologique) d’un agent infectieux d’un vertébré vers un autre vertébré. A l’échelle mondiale, les tiques sont responsables de la transmission de la plus grande variété d’agents pathogènes, elles transmettent des microorganismes responsables de maladies bactériennes (borréliose de Lyme, rickettsioses) ou parasitaires (babésioses, theilérioses), ou même virales (encéphalite à tiques).Les Antilles se situent au cœur de la zone Néotropicale des Caraïbes, et constituent une zone à risque pour l’émergence de maladies vectorielles en raison des conditions climatiques favorables aux vecteurs et des échanges intercontinentaux importants (flux illégal d’animaux, oiseaux migrateurs,…). La situation épidémiologique de la zone Caraïbe vis-à-vis des maladies transmises par les tiques est très peu documentée. Les études menées sur le terrain portent essentiellement sur des agents pathogènes affectant les animaux comme Ehrlichia ruminantium, Babesia (bovis et bigemina) et Anaplasma marginale et sont donc loin de pouvoir répondre aux questions concernant le risque d’émergence ou de réémergence de maladies à tique. Ainsi, il est nécessaire et urgent de développer des outils efficaces de surveillance épidémiologique qui permettraient la détection des agents pathogènes, nouveaux, connus ou non suspectés présents dans les tiques. C’est dans ce contexte d’amélioration des performances de veille sanitaire des maladies à tiques dans les Caraïbes que prend place le projet de thèse. La visée de la thèse était de faire un état des lieux des agents pathogènes d’intérêt médical et vétérinaire présents dans les tiques caribéennes à l’aide de techniques de détection à haut débit. Pour cela nous avons d’abord réalisé un séquençage à haut débit d’ARN extraits de tiques collectées en Guadeloupe et en Martinique afin de réaliser un inventaire sans a priori des agents pathogènes (bactéries, parasites, et virus) présents. Cette analyse a permis de mettre en évidence une grande diversité en microorganismes pathogènes au sein de nos échantillons, révélant également la présence de quatre virus appartenant à de nouveaux genres viraux récemment décrits et associés aux arthropodes. Les informations obtenues via le séquençage, additionnées aux données disponibles dans la littérature ont permis de constituer ainsi une liste des agents pathogènes transmis par les tiques nécessitant une surveillance sanitaire dans les caraïbes. A partir de ce répertoire nous avons développé un système de dépistage à haut-débit d’agents infectieux applicable à toute la zone des caraïbes. L’outil de détection est un support microfluidique de type puce à ADN, basé sur la technologie BioMarkTM dynamic arrays (Fluidigm Corporation) qui permet de réaliser de la PCR en temps réel à haut débit afin de détecter simultanément 48 à 96 cibles au sein de 48 à 96 échantillons. Deux puces ont été développées, une première pour le suivi des bactéries et parasites, et une deuxième pour le suivi des virus. Leur performance a été testée sur des échantillons de tiques collectées en Guadeloupe et en Martinique. Ce dépistage à grande échelle a donné un aperçu complet de la situation épidémiologique de 45 bactéries, 17 parasites and 31 virus potentiellement transmis par les tiques dans les Antilles Françaises. La méthode de surveillance développée durant cette thèse représente une amélioration majeure des techniques de veille épidémiologique, permettant la détection rapide et concomitante d’un large panel d’agent pathogène. Elle sera prochainement appliquée au criblage à haut débit des agents infectieux présent dans des tiques collectées à travers la Caraïbe, provenant notamment de Trinité-et-Tobago, Saint-Kitts, la Barbade, et Sainte-Lucie, grâce à la collaboration du réseau CaribVet, et de vétérinaires locaux
Vector-borne diseases are illnesses caused by pathogens transmitted by haematophagous arthropods which provide active transmission (mechanical or biological) of infectious agents from one vertebrate to another. Among these vectors, ticks are known to carry and transmit the greatest variety of pathogens of public health and veterinary importance. They transmit microorganisms responsible for bacterial (Lyme borreliosis, rickettsioses), parasitic (babesiosis, theileriosis), or viral diseases (tick-borne encephalitis).The Antilles are located in the heart of the Caribbean Neotropical Zone. This area can be considered at risk for the emergence of vector-borne diseases mainly due to favorable environmental conditions and intercontinental exchanges (e.g. legal and illegal animal trade, migratory birds). However, the epidemiological situation of the Caribbean area, with regard to tick-borne diseases, is still poorly documented. Indeed, most of field studies only focused on animal pathogens such as Ehrlichia ruminantium, Babesia (bovis and bigemina) and Anaplasma marginale and questions about the risk of emergence or re-emergence of tick-borne diseases remain unanswered. Thus, it is crucial to develop efficient epidemiological surveillance tools that would enable the detection of new, known or unexpected pathogens present in ticks. In this context, the main objective of my thesis was to obtain an overview of pathogens of medical and veterinary interest present in Caribbean ticks using new high-throughput technologies. We first used a high-throughput sequencing approach to determine pathogens present in ticks (bacteria, parasites, and viruses) collected in Guadeloupe and Martinique. This analysis revealed a great diversity of pathogenic agents in our samples and highlighted the presence of four viruses belonging to new viral families recently described and associated with arthropods. Results of sequencing combined with data available in the literature allowed us to make the most exhaustive list of pathogens potentially transmitted by ticks and requiring health surveillance in the Caribbean area. From this pathogen inventory, we developed a system of high-throughput screening of infectious agents applicable to the whole Caribbean area. This molecular tool is a microfluidic system based on the BiomarkTM dynamic arrays technology (Fluidigm Corporation), which enables high-throughput real-time PCR to simultaneously detect 48-96 targets within 48 to 96 samples. Two different chips have been developed, one for bacteria and parasites monitoring, and one for viruses. Their efficiency was tested on tick samples collected in both Guadeloupe and Martinique. This large-scale screening provided a comprehensive overview of the epidemiological situation of 45 bacteria, 17 parasites and 31 viruses potentially transmitted by ticks in the French West Indies. The high-throughput detection tool developed during my thesis represents a major improvement in epidemiological surveillance technology, enabling the rapid and concomitant monitoring of a wide range of pathogens. It will soon be applied to high-throughput screening of infectious agents found in ticks collected throughout the Caribbean, including Trinidad and Tobago, St. Kitts, Barbados, and St. Lucia, thanks to the collaboration with the CaribVet network, and local veterinarians

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Armant, Olivier. "A genomic approach to study the molecular pathways of differentiation regulated by the proneural genes Mash 1 and Ngn 2 during development of the mouse telencephalon". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/ARMANT_Olivier_2005.pdf.

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Les principales phases cellulaires de la neurogenèse chez les mammifères sont aujourd'hui bien décrites. Toutefois les mécanismes moléculaires à l'origine de la diversité des neurones produis à partir d'une population restreinte de cellules souches neurales ne sont toujours pas correctement compris. L'activité proneurale de certains facteurs de transcriptions à domaine bHLH (" basic Helix Loop Helix ") a été conservée au cours de l'évolution de la Drosophile aux mammifères, et démontré comme essentielle pour la différentiation des cellules souches neurales en neurones. Ma thèse porte sur l'étude au niveau transcriptionnel des voies moléculaires régulées par les facteurs proneuraux Neurogénines et Mash1 lors de la différenciation du télencéphale de la souris. Je démontre tout d'abord que les gènes proneuraux sont capables d'instruire un programme de différenciation spécifique de sous-types neuronaux. En effet, lors des phases précoces du développement du cortex cérébral, les gènes Ngn1 et Ngn2 régulent de manière positive un phénotype neuronal de type glutamatergique tout en inhibant le phénotype subcortical GABAergique spécifiquement induit par Mash1. Ce travail m'a également permis d'identifier des gènes cibles directs des facteurs proneuraux. En particulier de nombreux gènes impliqués dans la voie de signalisation Notch, notamment les gènes de la famille Delta, sont vraisemblablement directement régulés par Mash1 dans le télencéphale. Enfin, l'analyse génomique du programme de différentiation régulé par les gènes proneuraux fourni un outil remarquable pour la découverte de nouveaux gènes potentiellement impliqués dans la différentiation de population neuronales ayant des fonctions importantes et affectés dans certaines maladies neurologiques. Je décris ici une analyse fonctionnelle préliminaire de deux gènes, Delta like homologue 1 et Nemo like kinase, régulés dans le télencéphale par les facteurs proneuraux
The main cellular steps of neurogenesis start to be well established in mammals. But the molecular mechanisms leading to the neuronal diversity produced from a reduced population of neural stem cells are still not understood. The proneural activity of several transcription factors of the bHLH (basic Helix Loop Helix) family is conserved through evolution from Drosophila to mammals and play crucial roles to instruct the differentiation of neurons from neural stem cells. I have studied, at the transcriptional level, the molecular pathways regulated by proneural factors Neurogenins and Mash1 during development of the mouse telencephalon. First, I show that in parallel to the activation of a generic neuronal differentiation programme, proneural genes specify different neuronal subtype identities. Indeed, during the early phase of cortical development Ngn1 and Ngn2 induce a glutamatergic fate, while in the same time inhibit the subcortical GABAergic phenotype regulated by Mash1. I show also the characterisation of target genes directly regulated by proneural genes. In particular numerous genes from the Delta family, involved in the Notch signalling pathway, are presumably directly regulated by Mash1 in the telencephalon. Finally the genome wide analysis of the neuronal differentiation pathways regulated by proneural genes provide a very efficient tool for the discovery of new genes putatively involved in the differentiation of neuronal populations, and potentially affected in neurological diseases. I describe in this work preliminary results for the functional analysis of two genes, Delta like 1 and Nemo like kinase, regulated in the telencephalon by proneural genes

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Mollot, Grégory. "Régulations biologiques de Cosmopolites sordidus dans le réseau trophique des bananeraies". Phd thesis, Université d'Avignon, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00932464.

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Dans les agroécosystèmes, les réseaux trophiques sont souvent structurés à partir de la plante d'intérêt agronomique, qui permet aux herbivores qui lui sont associés de se développer, notamment les bioagresseurs. La monoculture de bananiers a permis au charançon du bananier (Cosmopolites sordidus) de prospérer. Les larves de C. sordidus se nourrissent exclusivement de bananiers et provoquent leur chute, réduisant fortement le rendement dans la plupart des régions de production. Cette thèse a cherché à élucider la structure et le fonctionnement du réseau trophique de la bananeraie et particulièrement les interactions trophiques qui lient le C. sordidus aux autres espèces. L'objectif appliqué en ligne de mire était de favoriser les prédateurs généralistes pour augmenter la régulation naturelle de C. sordidus.1. Quel est l'effet de l'ajout d'une plante de couverture sur la prédation de C. sordidus ? En utilisant une variété de méthodes - isotopes stables, piégeage, infestation artificielle de bananiers, nous avons testé avec succès l'hypothèse selon laquelle l'enherbement induit, via le développement de proies alternatives, un changement de régime alimentaire des prédateurs généralistes, une augmentation de leurs abondances et une plus forte prédation des oeufs de C. sordidus.2. Quel est la structure du réseau trophique ? Nous avons combiné le séquençage haut-débit (technologie 454) avec le concept de codes-barres à ADN pour identifier les proies présentes dans le contenu stomacal des consommateurs. Nous avons utilisé un marqueur chloroplastique (boucle P6 trnL) pour identifier le bol alimentaire des herbivores, et un marqueur mitochondrial (mini-CO1) pour les prédateurs. Cette approche a permis de détecter des espèces qui n'avaient pas été échantillonnées, d'identifier les prédateurs naturels de C. sordidus au champ, et de quantifier les interactions à l'échelle des populations.3. Comment la structure du réseau trophique peut-elle influencer la régulation de C. sordidus ? Nous avons cherché les différents éléments structuraux (motifs) présents dans le réseau trophique de deux agroécosystèmes bananiers (sur sol nu et sur sol enherbé), et analysé leurs fonctions. Nous avons notamment décelé un motif composé de 4 espèces (2 ressources et 2 consommateurs) qui est représenté en grand nombre par rapport à un modèle neutre de réseau trophique. Ce motif s'est révélé systématiquement déséquilibré en faveur d'une proie, ce qui démontre qu'une distribution asymétrique des forces d'interactions permet de structurer le réseau. L'analyse de la position de C. sordidus dans les motifs décelés a permis de révéler ses interactions préférentielles avec les autres espèces de la communauté.Cette thèse montre comment le couplage de méthodes innovantes et complémentaires permet d'avoir une approche globale du fonctionnement trophique de l'agroécosystème. Les résultats montrent l'importance des ressources primaires (autres que la plante cultivée) sur la structuration du réseau trophique des arthropodes et sur le potentiel de régulation des bioagresseurs. Ce travail illustre également le lien entre la structure globale d'une communauté et l'évaluation des fonctions qui y sont associées

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Santos, Ilda Mendes dos. "La litterature portugaise des voyages : le bresil, 16e-17e siecles. formes, fonctions et representations". Paris 3, 1995. http://www.theses.fr/1995PA03A095.

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La litterature portugaise des voyages au bresil est un laboratoire qui permet d'etudier le voyage, son ecriture et l'ecr pace privilegie (le bresil). Une coupure plus semiologique que chronologique delimite le corpus : du texte fondateur a d du debut du 17e siecle. Ces oeuvres (routiers, journaux de navigation, lettres, relations de voyages, recit de naufrage criptifs), issues de l'experience de voyageurs presentent des discours, topiques et problematiques qui informent la litt voyages au bresil qinsi que l'histoire culturelle et litteraire portugaise et bresilienne. La demarche est comparatiste toire litteraire, histoire culturelle; voyageurs portugais et autres; textes et iconographie. La premiere partie porte s construction et la perception de l'espace trasmises par deux types d'ecriture carcteristiques du voyage portugais le rou nautique et le recit de naufrage. Ils presentent des procedures de description et de narration ainsi que des representat monde autre et offrent des discours et interrogations sur la notion de voyage telle qu'elle est formulee dans le context portugais de la renaissance : curiosite et convoitise (cobica). La deuxieme partie est l'etude specifique de recits de b la premiere moitie du 16e siecle : la syntaxe narrative de la lettre de decouverte du bresil est lue a la lumiere de la comme decouverte des interstices (jeux spatial, temporel, rhetorique) ou comme decouverte des decouvertes; d'autres ouvr interrogent la notion de modele bresilien dans l'espace des decouvertes. Le dernier point est une analyse des principaes de la deuxieme moitie du 16e siecle et du debut du 17e siecle : notion de "rhizomes luso-bresiliens"; grandeza bresilien rhetorique de la conversion du portugais au bresil; strategies discursives (tension entre exotisme et endotisme); concep bresil comme vivification de l'etre, l'image et destin du portugal. L'ensemble conduit a une conception du voyageur comm couvreur et colon, revele des elements pertinents et actuels sur le voyage (elan et immobilite, tension et intensite), voyage (fragmentaire et encyclopedique) et permet d'interroger l'histoire culturelle portugaise et bresilienne relation pace et au temps (mer et sertao), litterature et identite
Protuguese travel litterature to in brazil is a laboratory which offers the possibity, by textual and cultural analysis, to study the conception of travel, travel writing and of a particular space (brazil). A cut more semiological than chronological defines the corpus : from the first travel's texts to those written before luso-hollandese conflict. Texts (rutters, diaries, letters, travel narratives, descriptions etc) come from the direct experience of travelers who are sailors, explorators, functionnaries, colons missionaries. They present discurses, narrative strategies, topics and problematics relatives to travel writing and to cultural and literary history of brazil and of portugal. This approach confronts textual, historical and cultural areas : portuguese narratives; protuguese travelers and others; text and iconography. This work reveals the conception of traveler as a discover and a colon, expresses fundamental elements about travel's notion (mobility and immobity, exteriority and interiority, tension and intensity), about travel writing (fragmentation and encyclopedy; structural schifts between narrative and description). It is also an interrogation of links and boundaries in portuguese and brazilians cultural relations : relation to space and time (sea and sertao), literature and identity

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Hobaika, Zeina. "Intégrase de VIH-1 : l'hélice α4 site d'interaction de l'ADN viral et des inhibiteurs". Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077025.

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Dans ce mémoire nous rapportons un travail consacré aux interactions de l'intégrase de VIH-1 avec l'ADN viral et de deux inhibiteurs de la famille des DKA avec l'intégrase et l'ADN, en nous concentrant sur l'impact de l'ion magnésium sur ces interactions. L'intégrase de VIH-1 catalyse l'intégration de l'ADN viral dans l'ADN cellulaire via un mécanisme en 2 étapes : la maturation de l'ADN viral et le transfert de brin. Pour cette étude nous avons utilisé un modèle simplifié mis au point dans notre laboratoire consistant en (1) une hélice (α4) de l'intégrase reconnue pour son implication dans la reconnaissance spécifique de l'ADN viral et d'oligonucléotides reproduisant les extrémités de l'ADN viral processé e non processé et (2) plusieurs méthodes spectroscopiques (absorption dans l'ultra violet, dichroïsme circulaire, fluorescence et résonance magnétique nucléaire). L'analyse des résultats montre qu'ils sont extrapolables à l'enzyme entière. Les résidus importants pour l'activité de l'intégrase et le caractère infectieux du virus participent à l'interaction avec l'ADN. Le rôle du magnésium est déterminant pour la discrimination des sites spécifiques et non spécifiques. Sur l'ADN non processé il renforce l'énergie de la liaison spécifique avec l'hélice ot4 alors qu'il diminue l'énergie de la liaison non spécifique. Avec l'ADN processé seule subsiste l'interaction de faible énergie non spécifique démontrant que le dinucléotide GT à l'extrémité de l'ADN viral partage des liaisons stabilisatrices avec l'hélice α4 de l'intégrase. Les inhibiteurs DKA utilisés interagissent à la fois avec l'hélice α4 et l'ADN viral. Cette dernière interaction avait été suggérée mais jamais démontrée jusqu'à maintenant. Les énergies d'interaction de l'inhibiteur avec l'hélice α4 sont cependant trop faibles pour rivaliser avec l'interaction spécifique de l'hélice α4 avec l'ADN non processé. Par contre elles sont suffisamment fortes pour concurrencer l'interaction de faible énergie non spécifique entre l'hélice α4 et l'ADN une fois processé, expliquant de ce fait pourquoi les inhibiteurs sont plus efficaces sur l'étape de transfert que sur l'étape de maturation. Ainsi, le modèle simplifié peut être utile dans la recherche de nouveaux inhibiteurs de l'intégrase agissant sur l'étape soit de maturation soit de transfert de brins
We studied interactions of HIV 1 integrase (IN) with viral DNA and two inhibitors of the DKA (diketoacids) family focusing our attention on the impact of magnesium ions (Mg²⁺c) on thèse interactions. IN catalyzes the integration of viral DNA into cell DNA through a two steps mechanism: the 3'processing of viral DNA and the strand transfer. For this aim, we used a simple model conceived in our laboratory, consisting in: (1) an analogue of the α4 helix of IN, shown to be implicated in the specific recognition of viral DNA and (2) of two 17 base pair oligonucleotides corresponding to the processed and the unprocessed end of LTR DNA. The study was performed using several spectroscopic methods (UV absorption, circular dichroism, fluorescence and nuclear magnetic resonance). Results obtained from the model can be extrapolated to the entire enzyme. Several residues known to be important for IN activity and virus infectivity participate to the interaction with DNA. Magnesium is crucial for the specific and non specific binding sites discrimination. It reinforces the specific binding affinity of α4 helix for unprocessed DNA while it weakens the non specific binding affinity, suggesting that the first binding resorts to hydrogen bonds and hydrophobic interactions and the second to ionic interactions. After processing, only remains the weak and non specific affinity proving that the GT3 dinucleotide at the LTR end is needed for the specific binding of the IN ot4 helix to viral DNA. The couple of DKA inhibitors studied here interact with both the oc4 helix and the viral DNA. The latter interaction although suggested had never been shown until now. However, the affinity of DKAs for the oc4 helix is weak so that DKAs cannot compete with the specific interaction of α4 helix with unprocessed DNA. On the other hand, DKA interactions are strong enough to compete with the non specific binding of α4 helix with the processed DNA. This explains why the DKA inhibitors are more efficient on the strand transfer reaction than on the 3'processing reaction. Thus, the use of simple model can. Be helpful in the research of new inhibitors of IN disturbing the integration process

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Kaytoue, Mehdi. "Traitement de données numériques par analyse formelle de concepts et structures de patrons". Phd thesis, Université Henri Poincaré - Nancy I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00599168.

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Le sujet principal de cette thèse porte sur la fouille de données numériques et plus particulièrement de données d'expression de gènes. Ces données caractérisent le comportement de gènes dans diverses situations biologiques (temps, cellule, etc.). Un problème important consiste à établir des groupes de gènes partageant un même comportement biologique. Cela permet d'identifier les gènes actifs lors d'un processus biologique, comme par exemple les gènes actifs lors de la défense d'un organisme face à une attaque. Le cadre de la thèse s'inscrit donc dans celui de l'extraction de connaissances à partir de données biologiques. Nous nous proposons d'étudier comment la méthode de classification conceptuelle qu'est l'analyse formelle de concepts (AFC) peut répondre au problème d'extraction de familles de gènes. Pour cela, nous avons développé et expérimenté diverses méthodes originales en nous appuyant sur une extension peu explorée de l'AFC : les structures de patrons. Plus précisément, nous montrons comment construire un treillis de concepts synthétisant des familles de gènes à comportement similaire. L'originalité de ce travail est (i) de construire un treillis de concepts sans discrétisation préalable des données de manière efficace, (ii) d'introduire une relation de similarité entres les gènes et (iii) de proposer des ensembles minimaux de conditions nécessaires et suffisantes expliquant les regroupements formés. Les résultats de ces travaux nous amènent également à montrer comment les structures de patrons peuvent améliorer la prise de d écision quant à la dangerosité de pratiques agricoles dans le vaste domaine de la fusion d'information.

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Girardot, Charles. "Deciphering enhancer activity in Drosophila based on transcription factor occupancy and chromatin state chromatin state characterization". Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00829472.

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La caractérisation des modules cis-régulateurs (CRM) ainsi que de leur activité sont essentiels pour comprendre la régulation des gènes au cours du développement des métazoaires. La technique de l'immunoprécipitation de la chromatine suivie du séquenage à haut débit de l'ADN (ChIP-seq) constitue une approche puissante pour localiser les CRM. Afin de localiser des facteurs génériques au sein de tissus spécifiques, nous avons développé une approche ChIP-seq sur des noyaux triés par cytométrie de flux et localisons des modifications post-traductionelles de l'histone H3, ainsi que l'ARN polymérase II (PolII) dans le mésoderme de la Drosophile. Nous montrons que les CRM actifs sont caractérisés par la présence d'H3 modifiés (K27Ac et K79me3) et de PolII. De plus, la présence et la forme des signaux correspondants à ces marques corrèlent dynamiquement avec l'activité des CRM. Enfin, nous prédisons la présence de CRM actifs et confirmons leur activité in vivo à 89%. Paralllement, nous étudions comment cinq facteurs essentiels au développement cardiaque se coordonnent en cis au sein du mésoderme dorsal, précurseur des mésodermes cardiaque (MC) et viscéral (MV). Nous démontrons que ces facteurs sont recrutés en tant que collectif au niveau des CRM cardiaques via un nombre limité de sites de fixation et en l'absence de contraintes architecturales. En outre, nous découvrons que ces facteurs cardiaques sont recrutés au niveau de CRM actifs dans le MV voisin et activement réprimés dans le MC, reflétant ainsi l'origine tissulaire commune de ces deux populations cellulaires. Nous concluons que les CRM impliqués dans le développement peuvent présenter une empreinte développementale.

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Ben, Hassen Nadia. "Vers une poétique du sacré dans la littérature tunisienne : de l'intertexte du Coran et du Hadith à la découverte de la dimension littéraire du "sacré" dans un corpus d'oeuvres d'expression arabe et française". Thesis, Lyon 2, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO20139.

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Cette thèse s’inscrit dans une optique comparatiste et interdisciplinaire qui étudie les traits spécifiques du « sacré » tel qu’il se manifeste dans un corpus bilingue, en ayant recours conjointement à des théories littéraires et exégétiques. À travers cette étude de l’intertexte du Coran et du hadith dans la littérature tunisienne d’expression française et arabe, nous avons pu souligner l’importance de trois dimensions intertextuelles majeures qui contribuent pleinement à l’élaboration d’une poétique du « sacré » à savoir : la mystique, la rythmique et le mythe. Notre thèse déconstruit les idées reçues qui font perdurer la séparation entre la littérature et le sacré en démontrant la pertinence de la relecture des textes « sacrés » par les auteurs. Ceux-ci semblent en effet, avoir intuitivement accédé à la déconstruction de plusieurs mythes inscrits dans l’ « impensable » islamique. Leur apport est plus que pertinent en ce moment, où l’Islam se propage plus par ces mythes que par l’essence de ses textes
In this thesis we aim to study what defines the sacredness in a comparative and interdisciplinary perspective as it manifests itself by a bilingual corpus. We had resorted to both literary and exegetical theories. Through this study of intertext of Qur’ân and Hadith in the tunisian literature which uses french and arabic-language we had emphasized the importance of three major dimensions in interextuality that contribute fully to devise the poetry in the « sacredness » : mystic, rhythmics and myth. Our thesis deconstructs preconceived ideas that keep the separation between the literature and sacredness by showing the importance of reviewing the sacred texts beyond doubt. The Authors seem to have intuitively deconstruct many myths of the « unthinkable » islamic thought. What they brought has considerable merit while Islam is becoming known more by its myths than by the essence of its texts

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Daguisé, Floriane. "L’indiscrétion du rococo : épier, découvrir, surprendre dans la première moitié du XVIIIe siècle français". Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUL195.

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Cette étude a pour objet la présence, récurrente et diversifiée, d’un témoin voyant sans être vu ou écoutant sans être écouté dans les fictions littéraires et visuelles de la première moitié du XVIIIe siècle. Situation conditionnée par la non-visibilité et la marginalité, l’indiscrétion modèle une relation asymétrique entre un personnage caché, dans l’ombre, et l’objet de sa perception, mis en lumière. La reprise de motifs topiques (mari cocu, belle endormie ou au bain) n’épuise pas la richesse du phénomène ; son importance numérique, dramatique et symbolique invite à en mesurer l’intérêt, la valeur, la portée. De Fontenelle à Rousseau, de Watteau à Hubert Robert, l’indiscrétion dessine un réseau de préoccupations contemporaines. Le décentrement, la transgression et le dévoilement induits par la présence indiscrète témoignent de perspectives complémentaires qui entrent en résonance avec l’esthétique « rococo », faisceau de tendances dont le détour est l’une des modalités prépondérantes. L’indiscrétion relève d’un infléchissement déterminant des traditions poétiques et esthétiques ; elle interroge des frontières en configuration, celles des sphères privée et publique, celles isolant et densifiant l’intimité ; elle manifeste enfin une conception épistémologique de la découverte, fonction d’une curiosité ambivalente. Par cette mise en scène de l’accès aux événements et aux discours, c’est en définitive une réflexion sur le point de vue spectatorial, fictif et réel, qui est proposée au récepteur ultime, moins dédoublé par l’indiscret qu’invité à un redoublement et un renouvellement d’attention
The focus of this study is the recurring and diversified presence, within literary and visual fictions of the first half of the 18th century, of an onlooker who sees without being seen or listens without being listened to. A situation conditioned by non-visibility and marginality, indiscretion models an asymmetrical relationship between a hidden character, in the shadows, and the object of their perception, brought to light. The reuse of topical motifs –cuckold husband, sleeping or bathing beauty – does not exhaust the richness of the phenomenon; its numerical, dramatic and symbolic importance is an invitation to measure its interest, value and scope. From Fontenelle to Rousseau, from Watteau to Hubert Robert, the indiscretion outlines a network of contemporary concerns. The decentering, transgression and unveiling induced by the indiscreet presence are testament to complementary perspectives that resonate with “Rococo” aesthetics, a cluster of trends within which detours constitute one of the most important modalities. Indiscretion falls within a decisive shift in poetic and aesthetic traditions; it questions boundaries being configured, those of the private and public spheres, those isolating and densifying privacy; it finally manifests an epistemological conception of discovery, a function of an ambivalent curiosity. Through this staging of access to events and speeches, it is ultimately a reflection on the spectatorial point of view – fictional and real – which is proposed to the ultimate receiver, less duplicated by the indiscreet than invited to a repetition and a renewal of attention

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Bai, Zhi Min. "L'image de l'empire de Chine sous la plume des voyageurs français des XVIIe et XVIIIe siècles". Clermont-Ferrand 2, 2006. http://www.theses.fr/2006CLF20011.

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Le présent travail consiste en un regard rétrospectif et comparatif sur les premiers contacts qu'eurent les voyageurs français avec le monde chinois, à travers les récits de voyage qu'ils en firent lors d'une période qui s'étend de la fin du 17e siècle à la fin du 18e siècle. Qu'ils soient allés en Chine par attrait pour l'exotisme ou par goût de l'aventure commerciale, qu'ils aient été envoyés dans un but scientifique ou dans l'espoir de convertir la Chine à la foi chrétienne, ces voyageurs ont tous contribué par leurs écrits à donner une image de la Chine à la fois nouvelle et étrange aux yeux de lecteurs européens. L'image de la Chine présentée par ces voyageurs revêt un intérêt singulier, car ces témoignages d'une vision européenne sont révélateurs de deux conceptions différentes, leur formation européenne agit à tout instant sur la perception de la civilisation chinoise et la nature de leurs étonnement en témoigne. C'est donc à travers ces étonnements, portant sur divers domaines que nous percevons la grande différence entre les deux cultures. Ce sont donc les premiers regards français sur l'Empire de Chine, c'est à travers le filtre du Siècle des Lumières que sont rédigées les descriptions de la Chine des Quing, que ce soit dans le domaine de la politique et de la religion, des moeurs et des coutumes, du style de vie, de l'éducation et des sciences, tous ces aspects constituent autant de centres d'intérêt. Grâce à ces voyageurs français, nous redécouvrons les caractéristiques de la Chine et de la France du Grand Siècle, et c'est par l'examen de leurs écrits, retraçant leur perception de la Chine que nous pouvons comparer les deux cultures.

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Liefooghe, Aude. "Matrices score-position, algorithmes et propriétés". Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00832725.

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Les travaux présentés dans cette thèse s'inscrivent dans le cadre de l"algorithmique et de la combinatoire du texte et s'appliquent à la bio-informatique. Plus particulièrement, ils concernent la localisation de motifs pondérés modélisés par des matrices score-position dans un texte non pondéré. Ces travaux sont appliqués au problème biologique de la recherche de sites de fixation de facteurs de transcription dans un génome. Cette application contribue à la compréhension de la régulation des gènes. Nous nous sommes attaqués à deux problèmes complémentaires, la recherche d'une seule matrice dans un texte puis la recherche simultanée d'un ensemble de matrices. Pour accélérer les algorithmes existant, nous nous sommes inspiré des algorithmes de recherche de motifs exacts connus pour leur efficacité. La différence est que les matrices score-position sont des motifs probabilistes, utilisant des fonctions de score. Nous devons donc intégrer la distribution de ces fonctions dans les algorithmes de recherche. Concernant le premier problème nous proposons une extension de l'algorithme de Knuth, Morris et Pratt qui repose sur un pré-traitement du motif pour optimiser le parcours le long du texte. Concernant le second problème nous avons utilisé une structure d'indexation afin de factoriser l'ensemble des matrices. Cette structure tire partie des distributions de scores associées à chaque matrice. Dans les deux cas, nous traitons en amont une partie des données de départ. Nous avons choisi de pré-traiter les matrices par rapport à l'application bio-informatique car les sites de fixation de facteurs de transcription sont des données relativement stables dans le temps. Ces algorithmes ont été mis en oeuvre dans un logiciel disponible en ligne appelé TFMscan. Ils ont fait l'objet d'une validation à grande échelle sur les bases de données de facteurs de transcription Jaspar et Transfac.

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Zambrano, Ramirez Adrian. "Synthesis of reaction-diffusion patterns with DNA : towards Turing patterns". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS214/document.

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Cette thèse porte sur la mise en place et le développement d’une approche expérimentale pour l’étude de la dynamique spatio-temporelle de réseaux de réactions à base d’ADN. Nos résultats démontrent la capacité des réseaux d’ADN à se spatialiser sous la forme d’ondes progressives. Nous avons également pu obtenir des motifs stationnaires à base d’ADN et d’assemblages de billes. Ce travail contribue donc à la conception de motifs spatio-temporels de réactions chimiques et de matériaux par le biais de réseaux réactionnels biochimiques programmables. Nous apportons également de nouvelles données sur l’émergence d’ordre spatio-temporel à partir de processus de réaction-diffusion. De ce fait, cette étude contribue à une meilleure compréhension des principes fondamentaux qui régissent l’apparition d’une auto-organisation moléculaire dans un système chimique hors-équilibre. De plus, la combinaison de réseaux synthétiques d’ADN, du contrôle du coefficient de diffusion de plusieurs espèces d’ADN et de la micro-fluidique peut donner lieu à des motifs spatiaux stables, comme par exemple, les fameuses structures de Turing, ce qui tend à confirmer le rôle de celles-ci dans la morphogénèse
This PhD work is devoted to developing an experimental framework to investigate chemical spatiotemporal organization through mechanisms that could be at play during pattern formation in development. We introduce new tools to increase the versatility of DNA-based networks as pattern-forming systems. The emergence of organization in living systems is a longstanding fundamental question in biology. The two most influential ideas in developmental biology used to explain chemical pattern formation are Wolpert's positional information and Turing's reaction-diffusion self-organization. In the case of positional information, the pattern emerges from a pre-existing morphogen gradient across space that provides positional values as in a coordinate system. Whereas, the Turing mechanism relies on self-organization by driving a system of an initially homogeneous distribution of chemicals into an inhomogeneous pattern of concentration by a process that involves solely reaction and diffusion. Although numerical simulations and mathematical analysis corroborate the incredible potential of reaction-diffusion mechanisms to generate patterns, their experimental implementation is not trivial. And despite of the exceptional achievements in pattern formation with Belousov–Zhabotinsky systems, these are difficult to engineer, thus limiting their experimental implementation to few available mechanisms. In order to engineer reaction-diffusion systems that display spatiotemporal dynamics the following three key elements must be controlled: (i) the topology of the network (how reactions are linked to each other, i.e. in a positive or negative feedback manner), (ii) the reaction rates and (iii) the diffusion coefficients. Recently, using nucleic acids as a substrate to make programmable dynamic chemical systems together with the lessons from synthetic biology and DNA nanotechnology has appeared as an attractive approach due to the simplicity to control reaction rates and network topology by the sequence. Our experimental framework is based on the PEN-DNA toolbox, which involves DNA hybridization and enzymatic reactions that can be maintained out of equilibrium in a closed system for long periods of time. The programmability and biocompatibility of the PEN-DNA toolbox open new perspectives for the engineering of the reaction-diffusion chemical synthesis, in particular in two directions. Firstly, to study biologically-inspired pattern-forming mechanisms in simplified, yet relevant, experimental conditions. Secondly to build new materials that would self-build by a process inspired from embryo morphogenesis. We worked towards the goal of meeting the two requirements of Turing patterning, transferring chemical spatiotemporal behavior into material patterns, and imposing boundary conditions to spatiotemporal patterns. Therefore, the structure of this document is divided into four specific objectives resulting in four chapters. In chapter 1 we worked on testing a DNA-based reaction network with an inhibitor-activator topology. In chapter 2 we focused on developing a strategy to tune the diffusion coefficient of activator DNA strands. In chapter 3 we explored how chemical patterns determine the shape of a material. Finally, in chapter 4 we addressed the issue of controlling the geometry over a DNA-based reaction-diffusion system. Overall, we have expanded the number of available tools to study chemical and material pattern formation and advance towards Turing patterns with DNA

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Sessa, Gaetana. "Role of the Interaction of BRCA2 and DDX5 in the DNA Damage Response BRCA2 promotes DNA-RNA hybrid resolution by DDX5 at DNA double strand breaks to facilitate homologous recombination Proper chromosome alignment depends on BRCA2 phosphorylation by PLK1". Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS116.

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Un nombre croissant d’études soutiennent le fait que les protéines majeures du métabolisme des ARN, telles que les hélicases ARN, sont impliquées dans la réponse aux dommages à l’ADN. Cette activité est généralement accomplie par leur interaction avec des facteurs de réparation de l’ADN. BRCA2, une protéine suppressive de tumeurs, joue un rôle crucial dans la réparation des cassures double-brin (CDB) de l'ADN par recombinaison homologue (RH) et donc, est un facteur essentiel pour l’intégrité du génome. Les cellules déficientes pour BRCA2 accumulent des hybrides ADN-ARN ou R-loops, une source de dommage à l'ADN, suggérant ainsi l’importance de cette protéine dans la prévention ou la suppression de ces structures. Toutefois, le rôle spécifique de BRCA2 dans la résolution des hybrides ADN-ARN reste inconnu.Afin de connaître des potentiels partenaires de BRCA2, une analyse par spectrométrie de masse réalisée dans notre laboratoire a révélé un enrichissement en protéines impliquées dans le métabolisme de l'ARN, comme les hélicases ARN. Ces résultats nous ont menés à examiner la coopération entre BRCA2 et les hélicases ARN dans la séparation des structures ADN-ARN. Nous avons d’abord confirmé l'interaction entre l'hélicase ARN DDX5 et BRCA2, qui est améliorée dans les cellules exposées à γ-irradiation. Ensuite, nous avons réduit l’interaction aux premiers 250 aa de BRCA2 (BRCA2T1) et avons constaté que celle-ci est directe en utilisant des protéines purifiées. En collaboration avec le laboratoire du docteur A. Aguilera (Cabimer, SP), nous avons montré que la déplétion de DDX5 conduit à une accumulation des hybrides ADN-ARN dans l’entièreté du génome, particulièrement aux sites de dommages à l’ADN. De plus, nos résultats indiquent que DDX5 localise aussi aux hybrides ARN-ADN qui se forment à proximité de CDB.De manière intéressante, nous avons constaté que BRCA2 est important pour la rétention de DDX5 aux sites de dommage à l’ADN induit par l’irradiation laser. Notamment, des tests de déroulement de brins in vitro en utilisant les protéines purifiées DDX5 et BRCA2 ont révélé que BRCA2 stimule l’activité de déroulement des R-loops de DDX5.Un variant de signification inconnue (VSI) trouvé dans de patients atteints de cancer du sein situé dans la région BRCA2T1 (T207A) réduit l’interaction de BRCA2 avec DDX5 et conduit à l’accumulation des hybrides ADN-ARN. Les cellules exprimant stablement BRCA2-T207A montrent également une diminution de l’association de DDX5 avec les hybrides ARN-ADN, en particulier lors d’une exposition de cellules à l’irradiation. L’analyse de l’efficacité de la réparation des CDB par RH dans les cellules déficientes en DDX5 ou exprimant BRCA2-T207A, montre une cinétique retardée de l’apparition des foyers de réparation RAD51 lors de l’irradiation, ce qui suggère un rôle actif de l’interaction BRCA2-DDX5 pour assurer la réparation par RH efficacement. En accord avec cette hypothèse, la ribonucléase RNAseH1, qui dégrade spécifiquement la fraction d’ARN dans les structures d’ADN-ARN, restaure partiellement le phénotype de cinétique des foyers RAD51 dans les cellules BRCA2 T207A. De plus, les cellules portant le variant BRCA2-T207A ont également montré un nombre réduit de foyers RPA par rapport aux cellules qui expriment BRCA2 sauvage, témoins d’un défaut dans l’étape qui précède le chargement de RAD51 aux CDB.Ensemble, nos résultats suggèrent que les hybrides ADN-ARN représentent un obstacle à la réparation des CDB par RH et révèlent BRCA2 et DDX5 en tant que facteurs actifs dans leur suppression
Increasing evidence support the idea that proteins involved in RNA metabolism such as RNA binding proteins (RBPs) and RNA helicases are directly implicated in the DNA damage response (DDR). This activity is generally achieved through their interaction with DNA repair factors.BRCA2 is a tumor suppressor protein that plays an important role in the repair of DNA double-strand breaks (DSBs) by homologous recombination (HR) as well as protecting stalled replication forks from unscheduled degradation; therefore, it is essential to maintain genome integrity. Interestingly, BRCA2 deficient cells accumulate DNA-RNA hybrids or R-loops, a known source of DNA damage and genome instability, providing evidence for its role in either R-loop prevention or processing. However, the specific role of BRCA2 on these structures remains poorly understood.A mass spectrometry screen to identify partners of BRCA2 performed in our laboratory revealed an enrichment of proteins involved in RNA metabolism such as RNA helicases. These findings led us to investigate whether BRCA2 could cooperate with these candidate interacting RNA helicases in processing DNA-RNA structures. First, we confirmed the interaction of BRCA2 and the DEAD-box RNA helicase DDX5, which we found is enhanced in cells exposed to -irradiation. Then, we narrowed down the interaction to the first 250 aa of BRCA2 (BRCA2T1) and found that it is direct using purified proteins. In collaboration with A. Aguilera lab (Cabimer, SP), we could show that depletion of DDX5 leads to a genome-wide accumulation of DNA-RNA hybrids that is particularly enriched at DNA damage sites. DDX5 associates with DNA-RNA hybrids that form in the vicinity of DSBs. Interestingly, we found that BRCA2 is important for the retention of DDX5 at laser irradiation-induced DNA damage. Notably, in vitro R-loop unwinding assays using purified DDX5 and BRCA2 proteins revealed that BRCA2 stimulates the R-loop helicase activity of DDX5.A breast cancer variant of unknown clinical significance (VUS) located in BRCA2T1 (T207A) reduced the interaction between BRCA2 and DDX5 and led to the accumulation of DNA-RNA hybrids. Cells stably expressing BRCA2-T207A also showed a decreased association of DDX5 with DNA-RNA hybrids, especially upon irradiation. Notably, monitoring RAD51 foci to evaluate HR-mediated DSBs repair efficiency in either DDX5-depleted cells or in BRCA2-T207A cells resulted in a delayed kinetics of appearance of RAD51 foci upon irradiation suggesting an active role of BRCA2-DDX5 interaction in ensuring timely HR repair. In agreement with this, overexpression of the RNAseH1 ribonuclease, that specifically degrades the RNA moiety in DNA-RNA structures, partially restored RAD51 kinetics phenotype of BRCA2-T207A cells. Moreover, cells bearing BRCA2-T207A variant also showed a reduced number of RPA foci compared to BRCA2 WT expressing cells, a step that precedes RAD51 loading at DSBs.Taken together, our results are consistent with DNA-RNA hybrids being an impediment for the repair of DSBs by HR and reveal BRCA2 and DDX5 as active players in their removal

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Bigot, Diane. "Biodiversité et évolution des virus présents dans les métagénomes animaux". Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR4019.

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Les virus font partie des entités les plus abondantes sur Terre, mais la diversité des virus est très peu connue puisque biaisée en faveur d’hôtes animaux d’intérêts sociétal, agronomique et économique. L’apport des nouvelles techniques de séquençage permet actuellement d’obtenir des informations qui étaient tout simplement inaccessibles. Le but de mon travail de thèse a été l’étude de la diversité virale présente au sein d’un grand nombre d’animaux non-modèles. Pour répondre à cette problématique il m’a fallu mettre en place une méthodologie analytique innovante de découverte de nouveaux virus par une approche de méta-transcriptomique. Ce travail i) montre que la méthodologie bioinformatique mise en place est pertinente, ii) permet de découvrir de nouveaux virus ayant des caractéristiques génomiques particulières relevant de nouveaux genres ou familles de virus, iii) révèle de nouveaux hôtes pour des virus appartenant à des familles virales très étudiées et iv) montre que la gamme d’hôte de virus connus peut être plus étendue qu’attendu grâce à un focus sur la diversité des virus d’hyménoptères. D’une manière plus globale, mon travail permet de combler quelques lacunes existantes dans les connaissances liées à l’étude de la diversité virale et met en évidence l’importance de l’étude des animaux non-modèles
Viruses are among the most abundant entities on Earth, but the viral diversity remains mostly unknown as currently biased in favour of animals of social, agronomic and economic interest. Next Generation Sequencing technologies provide access to so far inaccessible information. The aim of my PhD thesis was the study of the viral diversity within a large range of non-model animals. To address this question I set up an innovative analytical framework to discover new viruses based on a meta-transcriptomic approach. This work i) shows that this bioinformatics method is efficient and powerful, ii) allows the discovery of new viruses with particular genomic organisations suggesting they belong to new virus genera of families, iii) uncovered new viruses from new hosts in well-known viral families and iv) shows wider viral host range than previously expected based on a particular focus on hymenopteran viral diversity. Overall, my work allows to fill some gaps in the knowledge of viral diversity and shows the importance of studying non-model animal species in virology

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Gagnon, Eric. "Découverte et application de nouveaux motifs d'association propres à l'hexaphénylbenzène et à ses dérivés". Thèse, 2009. http://hdl.handle.net/1866/3786.

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Les propriétés des matériaux moléculaires proviennent à la fois de la structure des composantes individuelles et de la façon dont elles s’associent. Ce dernier aspect reste difficile à contrôler, malgré de grandes avancées en science des matériaux. Pour mieux comprendre la relation structure-propriétés, nous avons entrepris une étude systématique de l'hexaphénylbenzène et de ses dérivés, qui offrent une charpente symétrique et rigide. En premier lieu, nous avons attaché six groupements diaminotriazinyles sur l’hexaphénylbenzène afin de produire des réseaux tridimensionnels hautement poreux maintenus par des ponts hydrogène. En modifiant systématiquement le coeur moléculaire, nous avons excisé près du tiers de la molécule-mère, générant des réseaux supramoléculaires dont la porosité s’est élevée graduellement jusqu’à 75%, équivalant ainsi le record pour ce type de matériaux. Ensuite, nous avons étudié le comportement de l’hexakis(4-nitrophényl)benzène. Dans les structures cristallines obtenues, des interactions non-covalentes entre groupements nitro démontrent leur potentiel en chimie supramoléculaire. Le coeur moléculaire ne joue qu’un rôle secondaire dans l’empilement des molécules : seules quelques interactions C-H•••π impliquant le cycle aromatique central de l’hexaphénylbenzène sont évidentes. Cette dernière observation nous a poussés à étudier le comportement à l’état cristallin de l’hexaphénylbenzène et ses dérivés. En scrutant attentivement neuf structures cristallines de ces composés, nous avons décerné la présence récurrente d’interactions C-H•••π impliquant le cycle aromatique central. Cette association caractéristique a été exploitée pour créer des réseaux supramoléculaires maintenus par des interactions C-H•••π sélectives entre un groupement éthynyle et le cycle aromatique central de l’hexaphénylbenzène. Finalement, nous avons joint le côté sombre de l’ingénierie cristalline en utilisant nos connaissances dans le but d’empêcher la formation d’interactions directionnelles. En protégeant le cycle aromatique central de l’hexaphénylbenzène à l’aide de groupements alkyles, les interactions C-H•••π ont été pratiquement éliminées. Ces résultats offrent la possibilité de créer de nouveaux matériaux amorphes. Dans ces études, focalisées sur le système hexaphénylbenzène, nous avons mis en relief des phénomènes qui sont obscurcis dans d'autres familles de molécules. De plus, ce système a grandement facilité l’utilisation d’une approche méthodique pour explorer la relation structure-propriétés. Nos travaux nous ont amenés à des conclusions de valeur universelle en science des matériaux moléculaires.
The properties of molecular materials depend on the identity of individual components and on their organization. Unfortunately, it remains difficult to control molecular organization, despite advances in materials science. To better understand the relationship between molecular structure and collective properties, we undertook a systematic study of hexaphenylbenzene and its derivatives, which possess a rigid symmetric framework. Our first study focused on using hydrogen bonds to control self-assembly in the solid state. By installing six diaminotriazinyl groups on a hexaphenylbenzene core, we predictably obtained highly porous three-dimensional hydrogen-bonded networks. Through systematic structural modifications of the molecular core, we excised nearly a third of the parent molecule, and the porosity of the networks gradually increased, matching the record of 75% previously obtained for this type of material. We then turned to weaker interactions to control organization, as revealed by the packing of hexakis(4-nitrophenyl)benzene. In the crystal structures analyzed, non-covalent interactions between nitro groups were observed, demonstrating their potential in supramolecular chemistry. Careful examination of the structures showed that the hexaphenylbenzene moieties play only a secondary role in determining the overall packing; however, C-H•••π interactions involving the central aromatic ring of hexaphenylbenzene were also observed. To further document this unexpected behavior, we analyzed nine crystal structures of hexaphenylbenzene and derivatives, which showed that a C-H•••π recognition pattern involving the central aromatic ring occurs consistently throughout the series. This motif was used to prepare supramolecular networks based exclusively on selective and directional C-H•••π interactions involving ethynyl groups and the central aromatic ring of hexaphenylbenzene. Finally, we joined the dark side of crystal engineering by using our knowledge of supramolecular chemistry to prevent the formation of directional interactions. By installing alkyl groups near the central aromatic ring of hexaphenylbenzene, C-H•••π interactions were practically eliminated. These results were then used to devise new amorphous materials. The hexaphenylbenzene system permitted a methodical analysis of structure-property relationships in molecular materials. This particular system exposed phenomena normally obscured in other families of molecules, and our analysis of its behavior has yielded conclusions of universal value in materials science.

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Aid, Malika. "Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage". Thèse, 2012. http://hdl.handle.net/1866/12729.

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Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.
Transcription factors (TF) play important roles in various biological processes such as differentiation, cell cycle progression and tumorigenesis. They regulate gene expression by binding to specific DNA sequences (TFBS). Identifying these cis-regulatory elements is a crucial step to understand gene regulatory networks. Technological developments have enhanced DNA sequencing at genomic scale. On the basis of the resulting sequences, computational biologists now attempt to localize the most important functional regions, starting with genes, but also importantly the whole genome characterization of transcription factor binding sites and allow the development of several computational DNA motif discovery tools. Although these various tools are widely used and have been successful at discovering novel motifs, they are not adapted to ChIP-chip and ChIP-sequencing data. The main drawback of these approaches is that most of the predicted motifs represent artifacts due to an inefficient assessment of their enrichment. This thesis is about transcription factor proteins and statistical analysis of their binding sites in ChIP-chip and ChIP-sequencing data. The first objective was to develop a new do novo DNA motif discovery tool adapted to ChIP-chip and ChIP-sequencing data. SAMD-ChIP combines enumerative and stochastic strategies to predict enriched motifs in the vicinity of the ChIP peak summits. Our approach is an automated pipeline that includes motif discovery, motif clustering, motif optimization and finally motif identification using transcription factor (TF) databases. SAMD-ChIP outperforms state-of-the-art motif discovery tools in term of the number of predicted motifs and the prediction of rare and degenerate motifs. In particular, SAMD-ChIP efficiently identifies gapped motifs such as inverted or direct repeats bound by nuclear receptors and composite motifs resulting from the association of different single TF binding sites. The underlying assumption of the second objective is that in regulatory regions, binding sites of interacting transcription factors co-occur more often than expected by chance in the vicinity of the ChIP-peak summits. We proposed an approach to predict transcription factor binding sites co-localization based on the prediction of single motifs by do novo motif discovery tools or by using TFBS models from TF data bases.

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Rozprawy doktorskie na temat „Découverte de motifs ADN”

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