Gotowa bibliografia na temat „Cristallographie RMN”

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Artykuły w czasopismach na temat "Cristallographie RMN":

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Cadars, Sylvian, Mathieu Allix, Franck Fayon, Emmanuel Véron i Dominique Massiot. "Complémentarité de la RMN, la modélisation et la diffraction pour une cristallographie des systèmes désordonnés". Reflets de la physique, nr 44-45 (lipiec 2015): 50–55. http://dx.doi.org/10.1051/refdp/20154445050.

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Rozprawy doktorskie na temat "Cristallographie RMN":

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Bouchevreau, Boris. "Détermination structurale de matériaux inorganiques par cristallographie RMN". Versailles-St Quentin en Yvelines, 2013. http://www.theses.fr/2013VERS0073.

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Streszczenie:
La détermination structurale de solides hybrides à partir des seules données de diffraction sur poudre demeure encore un réel challenge et représente une barrière à la meilleure compréhension de leurs propriétés. Pour les matériaux nanoporeux aux architectures de plus en plus complexes, une difficulté additionnelle vient de l’explosion combinatoire des temps de calculs avec l’augmentation du nombre d’atomes. Cette thèse a donc en outre eu pour but de développer une stratégie reposant sur des données de spectroscopie RMN pour guider la détermination structurale par diffraction sur poudre. Les outils nécessaires à l’application de cette stratégie (outils de cristallographie, de topologie, expériences RMN…) ont été adaptés ou développés dans le contexte de l’étude structurale d’aluminophosphates. L’efficacité de la méthode, notamment la diminution importante des temps de calcul qu’elle apporte, a été illustrée sur deux aluminophosphates lamellaires. La diffraction seule ignore souvent les parties non-périodiques des cristaux. La RMN, plus sensible à l’ordre locale, constitue donc une source d’informations complémentaires à celles issues de la diffraction. Dans cette optique, une ré-investigation de la structure de plusieurs aluminophosphates, fluorés ou non, a été menée par Cristallographie RMN. La très haute résolution obtenue en utilisant des techniques RMN de pointe a permis une localisation précise des ions fluorures, des groupes hydroxyles, des molécules d’eau et des ‘templates’ organiques dans ces solides. De l’ensemble des résultats ont émergé des règles simples permettant la description de la distribution de ces espèces et de leur potentiel rôle de ‘template’
Structure determination of hybrid solids by powder diffraction only is still a great challenge preventing a better understanding of their properties. For nanoporous materials with more and more complex architectures, an additional difficulty arises from the combinatorial explosion of computation time with the increased number of atoms. Therefore, the present Thesis had for objective the development of a strategy based on nuclear magnetic resonance (NMR) data to drive the structure determination from powder diffraction. The tools necessary to apply this strategy (tools for space group selection, for NMR line assignment, for the analysis of the structure topology, new NMR experiments for better resolution…) have been adapted or developed in the context of the structural study of aluminophosphates. The efficiency of the method, in particular the strong decrease in computation time it provides, has been illustrated with the examples of two layered aluminophosphates. Diffraction techniques usually ignore the non-periodic parts of crystals. Solid-state NMR, more sensitive to local order, provides structural information complementary to those extracted from diffraction data. With this in mind, the structure of several aluminophosphates, fluorinated or not, has been re-investigated by NMR Crystallography. The very high-resolution obtained using state-of-the-art NMR experiments has allowed the accurate location of the fluoride ions, hydroxyl groups, water molecules (including dehydration/rehydration processes) and template molecules in these solids. From this ensemble of data, simple rules describing distribution of these species and their potential templating roles have emerged
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Dekhil, Myriam. "RMN cristallographique : mesure de distances internucléaires sur des échantillons de poudre par RMN du solide". Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM4734.

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Streszczenie:
La mesure de couplage dipolaire permet d’accéder à la structure tridimensionnelle d’un composé solide. Cependant, en présence d’une forte densité de spins couplés, le phénomène de troncature dipolaire rend difficile l’obtention de ces informations par RMN du solide. Ce problème peut être affranchi par l’étude de spins rares en abondance naturelle. En effet, avec une abondance naturelle de 1.1 %, la probabilité que trois 13C soient couplés, et avec elle la troncature dipolaire, devient négligeable. Une méthodologie basée sur la séquence de recouplage dipolaire POST-C7 permet d’accéder à des informations structurales d’échantillons en abondance naturelle sensibles à la fois à la conformation moléculaire et à l’empilement cristallin par mesure de couplages dipolaires 13C-13C. La sensibilité de détection des signaux RMN 13C est augmentée à l’aide la polarisation dynamique nucléaire ce qui permet de réduire considérablement les temps d’expériences. De plus, la séquence de recouplage R20_9_2 aidée de supercycles s’est montrée être plus robustes que POST-C7 face à de fortes anisotropies de déplacement chimique ou de forts couplages hétéronucléaires 1H-13C. La seconde problématique abordée concerne l’attribution de signaux 13C. En effet, il existe seulement quelques exemples de détermination de connectivités 13C -13C en abondance naturelle. Nous montrons ici que des spectres de corrélations dipolaires 13C-13C peuvent être obtenus en quelques jours à l’aide de la séquence de recouplage R20_9_2. Contrairement aux méthodologies basées sur le couplage J, notre séquence requiert un temps d’excitation DQ plus court ce qui la rend adaptée à l’étude de solides désordonnés
Measurment of dipolar coupling provides 3D structural information of powder samples. However, in practice, the high density of spins in organic compounds prevents the measurements of long-range dipolar couplings in solid-state NMR by the so-called dipolar truncation effect. The study of rare spins on natural abundance allows to overcome this problem. In fact, with a natural abundance of 1.1 %, the probability for three 13C to be coupled is negligible. We developed a methodology based either on the dipolar recoupling NMR pulse sequence POST-C7 or on the dramatic increase in sensitivity provided by dynamic nuclear polarization. We demonstrated that its methodology provides a measure of 13C-13C dipolar couplings in natural abundance powder samples and that the so-obtained distance information is sensitive to both molecular conformation and crystal packing of powder samples. Moreover, we show that the recoupling pulse sequence R20_9_2 is more robust to strong chemical shift anisotropy and also to strong 1H-13C heteronuclear dipolar couplings than POST-C7. The second challenge involves 13C signal assignment for natural abundance. In fact, there are only a few examples of 13C-13C correlation spectra obtained for natural abundance samples. Here, we show that 13C-13C correlation spectra sequence based on the reintroduction of 13C−13C dipolar couplings can be obtained with standard MAS probe and within few days using R20_9_2 pulse sequence. Contrary to pulse sequences based on 13C-13C J coupling, our pulse sequence requires shorter DQ excitation time and hence, is more suitable for samples having short T2 relaxation times such as amorphous solids
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Dekhil, Myriam. "RMN cristallographique : mesure de distances internucléaires sur des échantillons de poudre par RMN du solide". Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM4734.

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Streszczenie:
La mesure de couplage dipolaire permet d’accéder à la structure tridimensionnelle d’un composé solide. Cependant, en présence d’une forte densité de spins couplés, le phénomène de troncature dipolaire rend difficile l’obtention de ces informations par RMN du solide. Ce problème peut être affranchi par l’étude de spins rares en abondance naturelle. En effet, avec une abondance naturelle de 1.1 %, la probabilité que trois 13C soient couplés, et avec elle la troncature dipolaire, devient négligeable. Une méthodologie basée sur la séquence de recouplage dipolaire POST-C7 permet d’accéder à des informations structurales d’échantillons en abondance naturelle sensibles à la fois à la conformation moléculaire et à l’empilement cristallin par mesure de couplages dipolaires 13C-13C. La sensibilité de détection des signaux RMN 13C est augmentée à l’aide la polarisation dynamique nucléaire ce qui permet de réduire considérablement les temps d’expériences. De plus, la séquence de recouplage R20_9_2 aidée de supercycles s’est montrée être plus robustes que POST-C7 face à de fortes anisotropies de déplacement chimique ou de forts couplages hétéronucléaires 1H-13C. La seconde problématique abordée concerne l’attribution de signaux 13C. En effet, il existe seulement quelques exemples de détermination de connectivités 13C -13C en abondance naturelle. Nous montrons ici que des spectres de corrélations dipolaires 13C-13C peuvent être obtenus en quelques jours à l’aide de la séquence de recouplage R20_9_2. Contrairement aux méthodologies basées sur le couplage J, notre séquence requiert un temps d’excitation DQ plus court ce qui la rend adaptée à l’étude de solides désordonnés
Measurment of dipolar coupling provides 3D structural information of powder samples. However, in practice, the high density of spins in organic compounds prevents the measurements of long-range dipolar couplings in solid-state NMR by the so-called dipolar truncation effect. The study of rare spins on natural abundance allows to overcome this problem. In fact, with a natural abundance of 1.1 %, the probability for three 13C to be coupled is negligible. We developed a methodology based either on the dipolar recoupling NMR pulse sequence POST-C7 or on the dramatic increase in sensitivity provided by dynamic nuclear polarization. We demonstrated that its methodology provides a measure of 13C-13C dipolar couplings in natural abundance powder samples and that the so-obtained distance information is sensitive to both molecular conformation and crystal packing of powder samples. Moreover, we show that the recoupling pulse sequence R20_9_2 is more robust to strong chemical shift anisotropy and also to strong 1H-13C heteronuclear dipolar couplings than POST-C7. The second challenge involves 13C signal assignment for natural abundance. In fact, there are only a few examples of 13C-13C correlation spectra obtained for natural abundance samples. Here, we show that 13C-13C correlation spectra sequence based on the reintroduction of 13C−13C dipolar couplings can be obtained with standard MAS probe and within few days using R20_9_2 pulse sequence. Contrary to pulse sequences based on 13C-13C J coupling, our pulse sequence requires shorter DQ excitation time and hence, is more suitable for samples having short T2 relaxation times such as amorphous solids
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Salager, Elodie. "High-resolution solid-state NMR for powder crystallography". Lyon, Ecole normale supérieure, 2010. http://www.theses.fr/2010ENSL0592.

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La connaissance de la structure tridimensionnelle d’un composé solide est essentielle pour la compréhension de ses propriétés et le développement de nouveaux matériaux. La diffraction des rayons X est communément utilisée pour déterminer la structure des composés monocristallins. La caractérisation structurale de composés sous forme de poudre présente plus de difficulté. En particulier, beaucoup de composés ne peuvent pas être obtenus sous forme de monocristaux ; et les composés hautement polymorphiques (tels que la plupart des médicaments) doivent être caractérisés « tels quels » afin de limiter les risques de modification structurale. Cette thèse présente de nouvelles méthodes de cristallographie de poudre par résonance magnétique nucléaire (RMN) du solide à haute résolution, i. E. La détermination de la structure, en abondance isotopique naturelle, de composés en poudre par RMN. Dans une première partie, le cas complexe de la résolution des spectres proton est abordé. Les possibilités offertes par la dernière génération de sondes RMN sont explorées et de nouvelles méthodes de découplage sont proposées. Dans la deuxième partie, des protocoles de détermination structurale sont développés. Ces derniers s’appuient sur la forte dépendance des paramètres RMN avec les détails de la structure cristalline, et profitent de la haute résolution accessible en RMN du solide pour les protons et les carbones. Ces techniques sont appliquées à un composé test, le thymol, et démontrent le potentiel de la RMN du solide pour la résolution de la structure cristalline de composés en poudre
Knowledge of the three-dimensional structure is an invaluable element for the understanding of the properties of solid materials and towards the development of new materials. While single-crystal X-ray diffraction is established as the best tool to characterise monocrystalline samples, the experimental determination of the structure of polycrystalline powders remains a challenging domain. Many crystalline solids cannot be prepared as single crystals and must be characterized in the powder form. Other compounds are highly subject to polymorphism, and there is a need for structural determination techniques that minimize the risk of structural change during the characterisation. The problem is particularly relevant in the case of drug powders, which need to be accurately characterized in their active pharmaceutical form. This thesis presents new developments relating to powder nuclear magnetic resonance (NMR) crystallography, i. E. Structure determination of powdered samples using high-resolution solid-state NMR at natural isotopic abundance. The first part of the thesis concentrates on the challenging case of protons and illustrates the opportunities offered by the latest generation of commercial NMR probes and new decoupling methods. Protocols are proposed in the second part, which benefit of the high-resolution solid-state NMR spectra accessible for protons and carbons and which make use of the strong dependence of the NMR parameters on crystalline structure details. These techniques are successfully applied to a model compound, thymol, and demonstrate the potential of solid-state NMR for structural determination of powdered compounds
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Mifsud, Nicolas. "Détermination Structurale de Solides Ordonnés et Désordonnés par Spectroscopie RMN Haute Résolution". Phd thesis, Ecole normale supérieure de lyon - ENS LYON, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00175539.

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La résonance magnétique nucléaire du solide est un outil potentiellement puissant pour déterminer la structure et la dynamique d'une large variété de composés. Dans cette thèse, nous montrons tout d'abord comment assigner un échantillon en poudre et en abondance isotopique naturelle à une structure cristalline en utilisant la RMN du solide haute résolution proton et carbone associée à des calculs théoriques. De même, la détermination de la structure tridimensionnelle d'un composé organique en poudre et en abondance isotopique naturelle est présentée. Elle est obtenue par une méthode qui combine modélisation moléculaire et données expérimentales de diffusion de spin proton. Enfin, une étude de la dynamique et du désordre structural a été réalisée sur des matériaux composés de silice par l'intermédiaire de la RMN du silicium. Ainsi, on montre que le temps de déphasage transverse T2' du silicium peut être utilisé comme une sonde de la dynamique indépendamment du désordre statique.
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Maurice, Frédérique. "Plasticité structurale et émergence d'antibiorésistance à large spectre : étude d'une aminoglycoside acétyltransférase et recherche d'inhibiteurs". Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00336237.

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La résistance aux antibiotiques apparaît aujourd'hui comme un problème majeur de santé publique, en particulier à cause de l'apparition de souches de bactéries multirésistantes par production d'enzymes de modification de ces antibiotiques. Nous avons étudié une de ces enzymes de résistance, l'AAC(6')-Ib conférant la résistance aux aminoglycosides, antibiotiques à large spectre utilisés principalement en milieu hospitalier pour lutter contre des infections sévères. Deux variants de cette enzyme se sont répandus dans les souches cliniques résistantes : le premier confère une résistance élargie à tous les aminoglycosides, le second confère une résistance élargie à une autre classe d'antibiotiques, les fluoroquinolones. Nous avons résolu la structure de l'enzyme sauvage et du premier variant par cristallographie aux rayons X. Nous avons également modélisé la structure du deuxième variant. Ces structures nous ont permis d'apporter une explication possible sur l'adaptation de cette enzyme aux différents antibiotiques. En parallèle, nous avons réalisé un criblage de ligands de cette enzyme par RMN à flux continu robotisé. Nous avons pu isoler plusieurs motifs se fixant dans le site actif de l'enzyme constituant des pistes intéressantes dans la conception d'inhibiteurs de l'activité enzymatique.
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Baudin, Antoine. "Études structurales de ligands peptidomimétiques de TRAIL complexés au récepteur de mort DR5". Thesis, Bordeaux, 2018. http://www.theses.fr/2018BORD0424/document.

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Streszczenie:
L'apoptose joue un rôle de protection contre la formation de cellules tumorales. Ce phénomène peut être régulé par la voie extrinsèque qui consiste en partie en l'activation du récepteur de mort DR5 (Death Receptor 5) par le ligand TRAIL (Tumor necrosis factor-Related Apoptosis Induction Ligand), dont l'intérêt majeur est d'induire l’apoptose des cellules tumorales uniquement. Nous nous sommes intéressés à des ligands peptidomimétiques de TRAIL : ces peptides de 16 acides aminés existent sous formes monomériques ou multimériques, et présentent des affinités pour la protéine DR5 jusqu’à 5 fois supérieures à celle de TRAIL. Des études fonctionnelles ont montré que ces ligands induisent l’apoptose des cellules tumorales in vitro, et ce de manière spécifique. Ils agissent également in vivo par réduction du volume de tumeurs de souris. Le but de ce projet est de caractériser les mécanismes d’interaction de ces peptides avec le récepteur DR5, par Résonance Magnétique Nucléaire et Cristallographie aux Rayons X. Nous avons produit le domaine extracellulaire de DR5 par voie recombinante en fusion avec la protéine NusA pour un meilleur repliement des protéines cibles, et un protocole de 4 étapes de purification a permis d’isoler la protéine DR5. Nous avons attribué 89 % des résonances du squelette peptidique de DR5 par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN), et le calcul de structure secondaire a montré que la protéine adoptait en solution le même repliement secondaire en brins β que celui des structures de DR5 déposées dans la PDB (Protein Data Bank). Les titrations par RMN de DR5 avec les ligands monomériques et multimériques ont permis non seulement d’identifier la région d’interaction peptide-protéine dans le premier domaine riche en cystéines (CRD1) du récepteur, mais aussi de montrer que la liaison avec les oligomères entraînait des contacts protéine-protéine au niveau du CRD2, suggérant une dimérisation du récepteur. Cette hypothèse a été confirmée par des études de chromatographie d’exclusion de taille, qui ont montré une oligomérisation du récepteur en présence des dimères et trimères. Des études par cristallographie sont en cours afin de déterminer la structure atomique des complexes oligomériques avec DR5. Nos résultats montrent que ces ligands adoptent un mécanisme différent de celui de TRAIL dans l’activation de l’apoptose
Apoptosis plays a protective role against the formation of tumor cells. This phenomenon can be regulated by the death receptor pathway, among which the Death Receptor 5 that can be activated by the TRAIL ligand (Tumor necrosis factor-Related Apoptosis Induction Ligand), whose major interest is to induce tumor cell apoptosis, specifically. Our work focuses on peptidomimetic ligands of TRAIL: those 16 amino acid peptides exist as monomers or multimers and show affinity for DR5 protein as up to 5-fold the affinity of TRAIL. Functional assays have shown that not only those ligands induce in vitro apoptosis of tumor cells, but also show selectivity for cancer cells, and can reduce mice tumor volume in vivo. The purpose of this project is to characterize the mechanisms by which those ligands interact with DR5, by using Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and X-Ray Crystallography. We have produced the recombinant extracellular domain of DR5 in fusion with the NusA protein, in order to increase the folding of the protein, and we have purified the receptor through a 4-step protocol. We assigned the backbone resonances of 89 % of the protein residues with NMR, and secondary structure calculations showed that DR5 adopts the same β strand folding in solution as from the DR5 crystal structures from the PDB (Protein Data Bank). NMR titrations of DR5 with monomeric and multimeric ligands have allowed us to identify the peptide-protein binding area within the first Cystein Rich Domain (CRD1) of the receptor, but also that the binding with oligomeric peptides lead to protein-protein interactions at the level of the CRD2, suggesting the dimerization of the receptor. This was confirmed par Size Exclusion Chromatography assays that showed an oligomerization of the receptor in the presence of dimeric and trimeric peptides. Ongoing crystallography assays are conducted in order to determine the 3D structure at the atomic level of oligomeric complexes with DR5. Our results show that peptidomimetic ligands of TRAIL display a different mechanism from TRAIL in the activation of apoptosis
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Martinez, Denis. "Rôles des phosphoinositides dans l'intéraction membranaire de la protéine Rgd1 et la croissance polarisée des levures : étude structurale et interaction par RMN et cristallographie". Thesis, Bordeaux, 2014. http://www.theses.fr/2014BORD0369/document.

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Streszczenie:
Les phosphoinositides sont des molécules régulatrices présentes à l'interface membrane-cytosol, impliquées dans la transduction du signal, le trafic membranaire ainsi que l'organisation du cytosquelette. Ces lipides recrutent non seulement diverses protéines vers des compartiments spécifiques, mais régulent aussi leur activité enzymatique. Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, ils interagissent directement avec le domaine RhoGAP de la protéine Rgd1, identifiée comme un activateur commun aux GTPases Rho3 et Rho4. Ces 2 protéines, respectivement impliquées dans la croissance polarisée et la cytocinèse, voient leur activité GTPasique exacerbée en présence de Rgd1pet des PIPs. L'objectif de cette thèse était comprendre à l'échelle moléculaire le processus unique d'activation de RhoGAP par les PIPs. Pour ce faire, nous avons réalisé l'étude structurale de RhoGAP par cristallographie couplée à la RMN en solution. Nos résultats montrent que le domaine possède les éléments essentiels à l'activation des protéines Rho. L'interaction avec les PIPs a été suivie par RMN en présence de PI(4)P et de PI(4,5)P2, respectivement localisés dans les vésicules de sécrétion et à la membrane plasmique. Nos résultats révèlent un site de liaison commun aux PIPs dans une région non conservée chez les domaines RhoGAP. L'affinité des complexes, de l'ordre de la centaine de micromolaires suggèrent qu'in vivo l'interaction soit transitoire et réversible avec les PIPs. La sélectivité de l'interaction se ferait donc de façon spatio-temporelle, au niveau des vésicules de sécrétion pour la croissance polarisée et de la membrane plasmique pour la cytocinèse
Phosphoinositides act as regulatory and signalling molecules at the membrane-cytosol interface in signal transduction, membrane traffic and cytoskeleton organization. These lipids recruit several proteins to specific compartments, but also regulate their activity. In the yeast Saccharomycescerevisiae, they directly bind the Rgd1-RhoGAP domain, that stimulates the GTPase activity of bothRho3p and Rho4p. The GTPase activity of these two Rho proteins, respectively involved in the polarized growth and cytokinesis of the yeast, is enhanced with the presence of Rgd1p and PIPs. The main objective of this thesis is to understand the PIP-RhoGAP interaction at the molecular level. In order to do that, we coupled X-ray structure determination to solution NMR spectroscopy on the isolated RhoGAP domain. Our results show that the domain contains the conserved elements that would usually confer the catalytic GTPase activation. We us e liquid-state NMR spectroscopy to follow the interaction with PI(4)P and PI(4,5)P2, respectively found in secretion vesicles and the plasma membrane. Our study reveals a common binding site for both PIPs in a non-conserved region in the RhoGAP domain family. We measured sub-millimolar binding affinity for PIPs. Such moderate binding affinities are consistent with the biological requirement for reversible complex formation. The selectivity of the interaction could be made in a spatio temporal way, on the secretion vesicles during polarized growth and at the plasma membrane during cytokinesis
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Mifsud, Nicolas. "Structure determination in ordered and disordered solids by high-resolution NMR spectroscopy". Lyon, École normale supérieure (sciences), 2007. http://www.theses.fr/2007ENSL0418.

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Streszczenie:
Nuclear Magnetic Resonance is a potential powerful probe of structure and dynamics for a large range of materials in the solid-state. In this thesis, we show how powder samples at natural isotopic abundance can be assigned to crystal structures by using high-resolution proton and carbon-13 solid-state NMR spectra in combination with first principles calculations. Similarly, the determination of the three-dimensional structure of an organic compound in powder form and at natural isotopic abundance is presented. It is obtained by an approach that combines molecular modeling with experimental spin diffusion data of protons. Finally, temperature dependent 29Si NMR studies of the order and disorder in silicate framework materials are presented. Notably, we introduce and demonstrate the idea that Silicon-29 NMR transverse dephasing times can be used to probe dynamic processes independently of static disorder
La résonance magnétique nucléaire du solide est un outil potentiellement puissant pour déterminer la structure et la dynamique d’une large variété de composés. Dans cette thèse, nous montrons tout d’abord comment assigner un échantillon en poudre et en abondance isotopique naturelle à une structure cristalline en utilisant la RMN du solide haute résolution proton et carbone associée à des calculs théoriques. De même, la détermination de la structure tridimensionnelle d’un composé organique en poudre et en abondance isotopique naturelle est présentée. Elle est obtenue par une méthode qui combine modélisation moléculaire et données expérimentales de diffusion de spin proton. Enfin, une étude de la dynamique et du désordre structural a été réalisée sur des matériaux composés de silice par l’intermédiaire de la RMN du silicium. Ainsi, on montre que le temps de déphasage transverse T2’ du silicium peut être utilisé comme une sonde de la dynamique indépendamment du désordre statique
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Richet-Tuillière, Nicolas. "Etude biochimique et structurale de deux complexes macromoléculaires à AAA+ ATPases : le protéasome 26S et le réplisome. Mode d’assemblage de la sous-unité Rpt1 du protéasome 26S et rôle secondaire de la sous-unité Mcm2 du réplisome dans le transfert intergénérationnel des histones". Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066099/document.

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Streszczenie:
Les protéines de la famille des AAA+ ATPases sont présentes dans de nombreux complexes moléculaires. Ces protéines sont capables de s’assembler en anneaux héxamériques (homomères ou hétéromères) pour former des moteurs moléculaires. Au cours de ma thèse, je me suis particulièrement intéressé à deux complexes macromoléculaires à AAA+ ATPases présentant un grand intérêt thérapeutique contre différents cancers : la particule régulatrice du protéasome 26S et l’hélicase du réplisome, Mcm2-7. Le protéasome 26S est la principale machinerie moléculaire impliquée dans la dégradation régulée des protéines poly-ubiquitinées tandis que l’hélicase mcm 2-7 est responsable du désappariement des brins de l’ADN chromosomique lors de la réplication de l’ADN. Ces deux complexes comprennent un anneau hétérohéxamérique de sous-unités AAA+ ATPases appelé Rpt1 à Rpt6 dans le cas du protéasome 26S et Mcm2 à Mcm7 dans le cas de l’hélicase mcm2-7. J’ai focalisé mes travaux sur l’étude du rôle du chaperon Hsm3/S5b dans l’assemblage du protéasome 26S d’une part, et le rôle spécifique de la sous-unité Mcm2 dans le transfert intergénérationnel des histones d’autre part. Le chaperon Hsm3/S5b se lie avec la sous-unité Rpt1. L’étude des complexes de levure Hsm3-Rpt1 et humain S5b-Rpt1 par cristallographie aux rayons X m’a permis de proposer que le chaperon d’Hsm3/S5b pourrait jouer un rôle de médiateur entre les sous-unités Rpt1, Rpt2 et Rpn1 lors de l’assemblage de la particule régulatrice. De plus, ce chaperon pourrait jouer également un rôle d’inhibiteur pour l’assemblage entre la particule régulatrice 19S et la particule cœur 20S du protéasome 26S. Certaines sous-unités AAA+ ATPase, telles que celles du réplisome, possèdent des domaines additionnels, leur conférant un rôle secondaire spécifique et indépendant de leur rôle principal de moteur moléculaire. C’est le cas de Mcm2, qui lie les histones H3-H4 par son domaine N-terminal. J’ai mis en évidence et caractériser cette interaction par différentes techniques biophysiques, en particulier la cristallographie aux rayons X, la RMN et le SEC-MALS. Ces résultats m’ont permis de proposer un modèle pour le transfert intergénérationnel des histones dans lequel Mcm2 joue un rôle crucial de chaperon moléculaire des histones directement intégré dans la machinerie de réplication
AAA+ ATPases are involved in numerous molecular complexes. These proteins form homomeric or heteromeric hexamers and constitute molecular motors. During my Ph. D., I focused my work on two macromolecular complexes composed of AAA+ ATPases: the 26S proteasome regulatory particle and the Mcm2-7 helicase of the replisome. These complexes are implicated in the development of cancers and constitute interesting therapeutic targets. The 26S proteasome is the main machinery responsible for the regulated degradation of poly-ubiquitinated proteins and the helicase Mcm2-7 is responsible for the unwinding of the DNA during replication. These two complexes are composed of a heterohexameric ring of six AAA+ ATPases called Rpt1 to 6 for the 26S proteasome regulatory particle and Mcm2 to 7 for the replisome. I have studied the role of Hsm3/S5b in the assembly mechanism of the proteasome and the specific role of the subunit Mcm2 in the intergenerational transfer of the epigenetic information. X-ray structures of the complexes Hsm3-Rpt1 and S5b-Rpt1 allowed us to elucidate the dual functions of the assembly chaperone Hsm3/S5b which mediates the assembly of the subcomplex Rpt1-Rpt2-Rpn1 during the assembly of the regulatory particle. In addition, hsm3/S5b inhibits the association of a premature regulatory particle onto the core particle and protects the HbYX motif of Rpt1. Other AAA+ ATPases, like the replisome subunits, possess additional domains which confer specific roles. I also studied the interaction between the N-terminal domain of Mcm2 and the tetrameric form of histones H3-H4 by several methods like X-ray crystallography, NMR and SEC-MALS. I propose a model of the intergenerational transfer of histones H3-H4 in which Mcm2 plays a crucial role of molecular histones chaperone directly integrated in the replication machinery

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