Rozprawy doktorskie: „Commensalism”

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Storelli, Gilles. "Caractérisation de l’interaction mutualiste liant Drosophila melanogaster à son symbionte Lactobacillus plantarum". Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2015. http://www.theses.fr/2015ENSL1041.

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Le microbiote a un impact majeur sur la physiologie de son hôte, cependant notre compréhension des mécanismes régulant la relation hôte/microbiote reste limitée. Nous utilisons un hôte modèle simple, la Drosophile, afin de répondre à ces questions. Durant mon doctorat, je me suis attaché à une étape particulière du cycle de vie de la Drosophile, sa phase larvaire. Celle-ci constitue sa phase de croissance et est influencée par le contexte nutritionnel. Le microbiote influence également cette étape: l’association avec la bactérie Lactobacillus plantarum tempère les effets de la carence alimentaire en soutenant un taux de croissance élevé et une maturation rapide, en modulant chez l’hôte l’activité de l’hormone Ecdysone et de l’insuline. En retour, L.plantarum bénéficie de l’association, les larvesassurant sa persistance dans la niche (la niche étant le substrat nutritif, les larves et les bactéries associées). Pour caractériser les mécanismes mis en jeu dans ce mutualisme nous avons décrit les réponses transcriptomiques et métaboliques de la larve et avons également étudié les perturbations métaboliques de la niche. Nos résultats mettent en avant l’optimisation de l’extraction des acides aminés du substrat comme facteur clef du mutualisme. L.plantarum active l’expression des protéases intestinales de l’hôte via la voie IMD/NF-κB, et bénéficierait en retour d’une quantité d’acides aminés plus importante assurant sa persistance. Ainsi, nos travaux contribuent à l’effort de compréhension desmécanismes régulant l’interaction hôte/microbiote et pourraient conduire à de nombreuses applications thérapeutiques, notamment dans le cadre de déséquilibres nutritionnels
Symbiotic bacterial populations (also called the “microbiota”) have a dramatic impact on their host’s physiology. However, our understanding of the mechanisms shaping host/microbes mutualism remains limited. We took advantage of Drosophila tractability to characterize the host’s and the microbial factors engaged in mutualism. During my PhD, I focused on the impact of the microbiota during the Drosophila larval phase, which constitutes its juvenile growth period. Drosophila larval phase is influenced by nutrition, but also by symbiotic microbes: specific association with the bacterium Lactobacillus plantarum buffers the deleterious effects of nutrient scarcity on the host’s juvenile growth, by sustaining greater growth rates and hastening maturation. L.plantarum mediate these effects by modulating the activity of the steroid hormone Ecdysone and the Insulin/Insulin-like Signaling pathway in its host. In return, L.plantarum benefits from Drosophila presence, as larvae ensure its long-term persistence in the niche (the niche being the nutritive substrate, the larvae and the bacteria dwelling on it). To characterize the mechanisms engaged in this mutualistic relationship, we described the host’s transcriptomic and metabolic responses to L.plantarum presence and characterized the metabolic perturbations occurring in the niche. Our results put forward the optimization of amino-acids extraction from the nutritive substrate as a cornerstone of mutualism. L.plantarum activates the expression of the host’s digestive proteases via IMD/NF-κB signaling and would benefit in return from an enhanced AA availability, which would help sustaining its long-term persistence. Altogether, our studies contribute to the understanding of the mechanisms regulating host/microbiota interaction and could lead to numerous therapeutic applications, notably aiming at counteracting the deleterious effects of nutritional imbalances

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Sood, Prashant. "Tools to study the transition from fungal commensalism to systemic infection". Thesis, University of Aberdeen, 2019. http://digitool.abdn.ac.uk:80/webclient/DeliveryManager?pid=240695.

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Candida albicans colonizes the gastrointestinal tract of up to 75 % healthy individuals. It usually cohabits the gut as an innocuous commensal. But in critically ill patients whose gut barrier, immune system and normal gut microbiota are compromised, C. albicans often transmigrates the gut barrier, transforms into an invasive pathogen and causes fatal systemic infections. The genetic transitions that drive this transformation in C. albicans have been a major focus of research and have led to the identification of key transcription factors that regulate this commensal-to-pathogen transition. However, the current challenge lies in identifying the downstream pathways and effectors that bring this transition into effect. This thesis addressed this challenge by developing 11 new bioinformatics tools, including 6 comprehensive databases, 4 novel software packages and 1 analysis framework. These databases included a comprehensive topological map of the mammalian gut biogeography, a C. albicans microarray database comprising of 3,091 publically available microarray transcript profiles, C. albicans RNA-seq gene expression and small variant databases extracted from 1,177 publically available RNA-seq samples, a C. albicans gene alias database comprising of 113,297 gene aliases representing the 6,735 open reading frames of C. albicans, and a C. albicans gene ontology slim comprising of 1,194 C. albicans-specific gene ontology terms. These databases were accompanied by a robust analysis framework which brought together these resources for quality control, batch correction and weighted gene co-expression network analysis. All these tools were finally employed in a pilot exploration of the C. albicans gut commensal-to-pathogen transition, which demonstrated the effectiveness of these bioinformatics resources. The analysis unveiled known regulators, uncharacterized gene networks, pathways and effectors potentially crucial for the C. albicans gut commensal-topathogen transition. These resources are a step towards a better understanding of this transition and can also be utilized for examining various other aspects of C. albicans biology.

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Rice, Kevin Barry Eubanks Micky. "Mutualisms, commensalisms, and predation the direct and indirect effects of fire ants on arthropods and plants /". Auburn, Ala., 2007. http://hdl.handle.net/10415/1392.

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Defaye, Arnaud. "Etude des intéractions hôte-microbes chez la drosophile". Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4047/document.

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Parce qu'ils sont constamment en contact avec toutes sortes de microorganismes présents dans leur environnement, les organismes pluricellulaires ont développé un système immunitaire qui leur permet de détecter leur présence et contrôler leur croissance. Les contacts se produisent naturellement au niveau des surfaces de l'animal qui sont exposés à l'environnement extérieur, comme la peau ou les muqueuses. Il existe au minimum deux types d'interactions : dans le premier cas, la présence de l'autre ne cause aucun problème pour chacun, et peut même éventuellement apporter un bénéfice. Dans le second, l'un des partenaires est aggressif envers l'autre, qui doit répondre à cette situation de stress en essayant de préserver son intégrité pour assurer sa survie. Du côté de l'hôte, cette réponse implique le système immunitaire et a généralement pour but de détruire le microorganisme. En utilisant l'insecte drosophila melanogaster comme organisme hôte modèle, j'ai étudié les interactions hôtes - microbes. Dans le cadre d'un premier projet, je me suis interessé aux cellules circulantes de la drosophiles, les plasmatocytes. Nous savions qu'elles sont capables de manifester certaines activités biologiques (sécrétion de cytokine et de facteurs coagulant, phagocytose), mais leur importance dans la résistance aux infections n'a jamais été évaluée. En générant des drosophiles dépourvues de plasmatocytes, j'ai pu montrer que ces cellules sont requises pour assurer la résistance à certaines infections bactériennes systémiques chez l'adulte, dont Staphylococcus aureus et Salmonella typhimurium, mais pas toutes
Because they are constantly exposed to contact with the various type of microorganisms present in their environment, multicellular organisms have evolved an immune system that allow them to sense their presence and control their growth. Close contact with these microbes naturally occurs in body parts that are exposed to the environment, like external body surfaces and internal mucosa, and at least two diffrerent kind of relations can be described. In the first case both the two parts do not harm the other, eventually allowing the relationship to go for a mutual benefit. In the second case, one part is agressive towards the other and lead it to induce a response to this stressful situation in order to preserve it's integrity and ultimately it's survival. From the host point of view, this response involves the immune system and most frequently aims at the eradication of the microbes. Using the fruitfly drosophila melanogaster as a model for the host side, i was interested in studying host-microbe interactions. A first project i worked on focused on drosophila circulating cells, the plasmatocytes, about which we knew some activities (secretion of cytokines, cloting factors, phagocytosis) but whose functional relevance to resist infection has never been tested. By generating plasmatocytes-depleted flies, I show that these cells are required for the survival of the adult upon some type of systemic bacterial infections, including Staphylococcus aureus and Salmonella typhimurium, but not all

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Barrett, Lauren Michelle. "Commensalism in yeast bacteria interactions: a study of the relationship between Metschnikowia pulcherrima and Oenococcus oeni". Master's thesis, ISA/UL, 2018. http://hdl.handle.net/10400.5/17933.

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Mestrado Vinifera Euromaster - Viticulture and Enology - Instituto Superior de Agronomia
This research work addresses the under explored interaction between malolactic bacteria and non-Saccharomyces yeast, specifically commercial strains of Metschnikowia Pulcherrima and Oenococcus oeni. Chemically defined media and two chardonnay juices were used to evaluate sequential and co-inoculated malolactic fermentation strategies, investigating the effect of M. Pulcherrima on O. oeni viability and malolactic fermentation kinetics. L-malic acid consumption, and bacteria viability were tracked during fermentation, along with sampling for organic acid analysis. Our findings showed the addition of M. pulcherrima significantly influenced malolactic fermentation kinetics and increased O. oeni bacteria viability in chemically defined media, and select Chardonnay treatments. Further work is investigating the source of commensalism between M. pulcherrima and O. oeni. Exploring alternative strain pairs and understanding non- Saccharomyces and bacteria interactions will help increase winemakers control when implementing co-inoculation strategies for malolactic fermentation. This has a promising application in the industrial production of sparkling base wine, increasing malolactic fermentation efficiency and closing the gap for potential spoilage associated with conducting malolactic after alcoholic fermentation
N/A

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Hulme-Beaman, Ardern. "Exploring the human-mediated dispersal of commensal small mammals using dental morphology : Rattus exulans and Rattus rattus". Thesis, University of Aberdeen, 2014. http://digitool.abdn.ac.uk:80/webclient/DeliveryManager?pid=215116.

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A handful of rat species are among the most pervasive mammal species across the globe, primarily because of their close relationship with humans. The processes involved in this relationship, commensalism, are described in detail. Two rat species, Rattus rattus and Rattus exulans, are the focus of this thesis and their biology and taxonomy are described and discussed. Their modern distributions are the direct result of some of the earliest and most extensive human migration events in human history. The archaeology of the Pacific and Indian Oceans is described and migration vectors and spheres of interaction are identified. These possible patterns of human migration and exchange networks provide testable hypotheses that can be investigated using the subject rat species as proxies for long distance human movement. Modern and archaeological tooth samples of R. exulans and modern samples of R. rattus are analysed using geometric morphometrics. The results reveal important aspects of human migration and differences between these species' biology. R. exulans was likely to have been transported out of Island Southeast Asia at a very early date. Human colonisation of the Pacific occurred in a series of complex pulses and pauses that are clearly reflected in the R. exulans data. For the first time it is possible to demonstrate, within one dataset, the multiple origins and directions of colonisation across the Pacific. The R. rattus data provides a striking comparison, showing very different results that allude to a different level of modern gene-‐ flow and therefore a difference in behaviour and biology. The results provide a framework for comparison with future archaeological material. The results presented and hypotheses raised have immediate application to existing archaeological material and areas of interest. Further commensal species should be examined following similar lines of questioning as applied here.

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Hulme-Beaman, Ardern. "Exploring the human-mediated dispersal of commensal small mammals using dental morphology : rattus exulans and rattus rattus". Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2014. http://www.theses.fr/2014MNHN0031.

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La distribution actuelle des Le rat noir (Rattus rattus) et le rat du Pacifique (Rattus exulans) est la conséquence des migrations humaines en Océanie et l’océan Indien. Nous utilisons ces rats commensaux comme bio-indicateurs pour tester les hypothèses des routes de diffusion et des réseaux d’échanges. Les premières molaires inférieures issues d’échantillons de populations modernes et archéologiques sont les marqueurs phénotypiques analysés en morphométrie géométrique. Les résultats montrent que R. Exulans a très vraisemblablement été diffusé depuis l’Insulinde en une succession de "pulsations et de pauses". Ce processus se reflète dans la variabilité dentaire de R. Exulans et démontre la multiplicité des origines et des directions du peuplement de l’Océanie. Les résultats obtenus pour R. Rattus offre une image moins claire, discutée comme étant la conséquence de phénomènes récents d’introgressions favorisés par un comportement de Rattus rattus qui diffère de celui de R. Exulans
The distribution of the black rat (Rattus rattus) and the Pacific rat (Rattus exulans) are the direct result of human migration. Their wide distributions across can give us key insights into human movements across the Indian and Pacific Oceans. Using geometric morphometric approaches to trace the distributions of different phenotypes we were able to analyse both modern and archaeological specimens. The results from R. Exulans were very clear, demonstrating the complexity of movement into the Pacific and reflecting the pulse pause nature of this colonisation, as observed from other lines of evidence. The results of R. Rattus are less clear, and is likely the result of extensive and continuous introgression. The results are interpreted in light of the different behavioural traits of each species, and thereby highlighting the role of behaviour in gene-flow across a species distribution

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Hockenberry, Alyson Marie, i Alyson Marie Hockenberry. "Dissection of the Type IV Pilus Retraction Motor in Neisseria Gonorrhoeae". Diss., The University of Arizona, 2016. http://hdl.handle.net/10150/622992.

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Bacteria of the Neisseria are predominately commensal, though N. gonorrhoeae and N. meningitidis are capable of causing disease. Both of these species often asymptomatically colonize humans, a trait reminiscent of their commensal cousins. The factors that shift the balance between asymptomatic carriage and disease are unknown. Pathogenic Neisseria use retractile surface structures called Type IV pili to coordinate community behavior and to initiate and sustain infection. Previously, the contributions of pilus retraction have been studied by deleting the pilus retraction motor, PilT. Recent findings suggest the speed and force exerted by pilus retraction is responsive to environmental cues. By examining several PilT mutants that maintain the ability to retract pili, I show retraction, per se, is not required for N. gonorrhoeae social interactions with bacteria or with human cells. Furthermore, Type IV pilus retraction by the commensal N. elongata affects the host cell differently than retraction by N. gonorrhoeae. These observations collectively suggest pilus retraction properties shape the host cell response to Neisseria colonization and could tip the balance of asymptomatic colonization to symptomatic disease.

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Mosher, Celeste V. "Commensalism and Reproductive Biology of the Brittle Star Ophiocreas oedipus Associated with the Octoral Metallogorgia melanotrichos on the New England Corner Rise Seamounts". Fogler Library, University of Maine, 2008. http://www.library.umaine.edu/theses/pdf/MosherCV2008.pdf.

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Poreau, Brice. "Biologie et complexité : histoire et modèles du commensalisme". Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01063917.

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Le commensalisme est une association biologique au sein de laquelle le commensal obtient un avantage, alors que son hôte n'obtient ni avantage, ni désavantage. Ce type d'association est théorisé durant la seconde moitié du dix-neuvième siècle, notamment par Pierre-Joseph Van Beneden (1809-1894). Zoologiste belge, professeur à l'université de Louvain, il propose dans son ouvrage de 1875 intitulé Les commensaux et les parasites dans le règne animal, 264 exemples d'associations qu'il classe parmi le commensalisme. Ses travaux ont un retentissement majeur dans l'univers des zoologistes de son époque. Le concept de commensalisme perdure alors jusqu'au vingt-et-unième siècle et interroge sur les notions d'individualité, d'individuation et d'association. Notre étude porte non seulement sur le développement de ce concept au cours du dix-neuvième siècle, que nous démontrons par de nombreux documents inédits issus des archives de Pierre-Joseph Van Beneden, mais aussi sur la pérennité du concept jusqu'à nos jours. Le commensalisme est interprété comme un " marqueur " de l'émergence de nouvelles sciences du vivant : la microbiologie et l'écologie. Plus qu'un concept scientifique, le commensalisme apparaît alors comme un concept illustrant la complexité du vivant

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Clark, Leisa Anne. "Butterbeer, Cauldron Cakes, and Fizzing Whizzbees: Food in J.K. Rowling's Harry Potter series". Scholar Commons, 2012. http://scholarcommons.usf.edu/etd/4012.

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ABSTRACTThis thesis situates the Harry Potter books into the greater body of food studies and into the extant children's literary tradition through an examination of how food can be used to understand cultural identity. Food is a biological need, but because we have created social rules and rituals around food consumption and sharing, there is more to eating than simple nutritional value. The Harry Potter series is as much about overcoming childhood adversity, and good versus evil, as it is about magic, and food in the Harry Potter series is both abundant and relevant to the narrative, context, and themes of the books. Sweets such as candy, puddings, and cakes, help construct both wizard and Muggle identity in addition to serving as a bridge between readers and characters. How the characters use sweets to create and reinforce friendships or exclude those who do not belong is important, especially since children usually lack other cultural capital and, in their worlds, food is reward, treat, and punishment. Examples of this are shown in the scene where Harry first travels on the Hogwarts Express, in the ways the Dursleys deny Harry birthday celebrations, and in how holidays are celebrated by the witches and wizards in the series.The sharing of food in the novels builds tensions, creates bonds, and codes different characters as "acceptable" or "unacceptable" based on their willingness, or refusal, to share food. Teatime and feasting are examples of how food is shared by analogous and disparate groups of people in the series. Tea is served most often by those in subordinate positions of power, but is one way in which the characters can socialize and create community. Feasts at the beginning and end of the school term bookmark the year by immersing students and faculty into a shared world at first, and then by sending them back to their families, aware of their own triumphs and accomplishments. When feasts are used to unite outside groups, such as before the Triwizard Tournament, the ways that different foods are embraced or rejected serve to reinforce identity and inclusion.Using cultural studies methods in conjunction with food studies and Reader-Response critical theory, this thesis argues that food in the Harry Potter series represents the socially constructed identities of the characters within the texts, and also serves to bridge the gap between the readers and the characters.

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Brucker, Kaitlyn M. "An Endemic Commensal Leucothoid Discovered in the Tunicate Cnemidocarpa bicornuta, from New Zealand (Crustacea, Amphipoda)". NSUWorks, 2016. http://nsuworks.nova.edu/occ_stuetd/407.

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Precise descriptions and comprehensive taxonomies of species and their ecology are essential in monitoring changes in marine biodiversity at multiple spatial scales. A currently undescribed species of commensal amphipod in the genus Leucothoe is reported from New Zealand, collected from the endemic tunicate Cnemidocarpa bicornuta. This species differs from others in the genus in having a one-articulate first maxilla palp and an apically produced tuberculate lobe on the inner margin of the outer plate of the maxilliped. Previous taxonomic surveys in New Zealand waters did not document this species, indicating that it may be a recent arrival. This research highlights the importance of biodiversity monitoring and taxonomic surveys to record occurrences of undescribed or recently-arrived taxa.

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Merfield, Charles Norman. "Predator interactions within a trophic level : Phalangium opilio L. (Arachnida: Opiliones) and mites (Arachnida: Acari)". Master's thesis, Lincoln University. Bio-Protection and Ecology Division, 2000. http://theses.lincoln.ac.nz/public/adt-NZLIU20060908.204153.

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This study investigated commensal feeding interactions between the European harvestman (P. opilio L.) and the predatory mites Balaustium spp. and Anystis baccarum L. It also investigated the feeding behaviour of P. opilio. Experiments were conducted in the laboratory using standardised temperature, humidity, photoperiod and experimental arenas, with eggs of the brown blowfly (Calliphora stygia F.) as prey facsimiles. Due to initial difficulties in obtaining enough predatory mites, mite feeding was manually simulated piercing blowfly eggs with a minuten pin. P. opilio consumed significantly more freeze-killed than live blowfly eggs, indicating that freezing induced chemical and/or physical changes to blowfly eggs that are detected by P. opilio. Significantly more manually pierced eggs were consumed by P. opilio compared with unpierced ones, demonstrating that piercing caused a chemical and/or physical to the egg and increased the feeding rates of P. opilio. Different densities of eggs had no effect on the numbers eaten by P. opilio and placing single pierced eggs next to groups of unpierced eggs also had no effect on the numbers of unpierced eggs eaten. These results suggest that P. opilio does not exhibit klinokinesis or orthokinesis to intensify its search for prey around the area where previous prey were located. P. opilio ate significantly more brown blowfly eggs that had previously been fed on by mites, demonstrating that a short term commensal interaction existed. However, further work is required to demonstrate if the relationship is commensal in the longer term. A comparison between hand-pierced and mite-pierced eggs showed that P. opilio ate significantly more of the former indicating that mite and hand piercing were quantitatively different. The potential for, and importance of, other commensal or mutual relationships between predators in agroecosystems is discussed. The lack of klinokinesis and orthokinesis in P. opilio is compared with other predators and parasitoids that do exhibit these behaviours. The means by which prey are detected by P. opilio are discussed in relation to interpreting behaviours such as prey inspection. Concerns about the effect of pre-treatment and handling of sentinel prey and the problems of using prey facsimiles are raised.

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O'Connell, Heather Adele. "The Role of Ecological Interactions in Polymicrobial Biofilms and their Contribution to Multiple Antibiotic Resistance". Digital Archive @ GSU, 2006. http://digitalarchive.gsu.edu/biology_diss/13.

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The primary objectives of this research were to demonstrate that: 1.) antibiotic resistant bacteria can promote the survival of antibiotic sensitive organisms when grown simultaneously as biofilms in antibiotics, 2.) community-level multiple antibiotic resistance of polymicrobial consortia can lead to biofilm formation despite the presence of multiple antibiotics, and 3.) biofilms may benefit plasmid retention and heterologous protein production in the absence of selective pressure. Quantitative analyses of confocal data showed that ampicillin resistant organisms supported populations of ampicillin sensitive organisms in steady state ampicillin concentrations 13 times greater than that which would inhibit sensitive cells inoculated alone. The rate of reaction of the resistance mechanism influenced the degree of protection. Spectinomycin resistant organisms did not support their sensitive counterparts, although flow cytometry indicated that GFP production by the sensitive strain was improved. When both organisms were grown in both antibiotics, larger numbers of substratum-attached pairs at 2 hours resulted in greater biofilm formation at 48 hours. For biofilms grown in both antibiotics, a benefit to spectinomycin resistant organism’s population size was detectable, but the only benefit to ampicillin resistant organisms was in terms of GFP production. Additionally, an initial attachment ratio of 5 spectinomycin resistant organisms to 1 ampicillin resistant organism resulted in optimal biofilm formation at 48 hours. Biofilms also enhanced the stability of high-copy number plasmids and heterologous protein production. In the absence of antibiotic selective pressure, plasmid DNA was not detected after 48 hours in chemostats, where the faster growth rate of plasmid-free cells contributed to the washout of plasmid retaining cells. The plasmid copy number per cell in biofilms grown without antibiotic selective pressure steadily increased over a six day period. Flow cytometric monitoring of bacteria grown in biofilms indicated that 95 percent of the population was producing GFP at 48 hours. This research supports the idea that ecological interactions between bacteria contribute to biofilm development in the presence of antibiotics, and demonstrates that community-level multiple antibiotic resistance is a factor in biofilm recalcitrance against antibiotics. Additionally, biofilms may provide an additional tool for stabilizing high copy number plasmids used for heterologous protein production.

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Grine, Ghiles. "Méthanogènes : entre commensalisme et opportunisme". Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://www.theses.fr/2019AIXM0623.

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Dans la première partie de notre Thèse, nous avons revu la littérature de l’ensemble des espèces méthanogènes retrouvées dans les différents microbiotes de l’homme. Nous avons également fait un point sur les diverses méthodes utilisées en microbiologie clinique pour rechercher et identifier ces microorganismes. Dans une seconde partie de notre thèse, nous avons montré que le tractus digestif humain est colonisé par M. smithii dès le premier jour de la vie posant ainsi la question des sources potentielles d’acquisition de ce méthanogènes. Nous avons détecté et isolé M. smithii et M. oralis dans le colostrum et dans le lait maternel suggérant ainsi une contamination mère-enfant par allaitement. Concernant les prélèvements vaginaux, M. smithii est détecté dans 97 % des prélèvements collectés chez des patientes ayant une vaginose bactérienne. Par la suite, nous avons rapporté la détection de méthanogènes, M. oralis et M. smithii dans le fluide salivaire d'individus ne souffrant d'aucune maladie bucco-dentaire. Dans la troisième partie de notre thèse, nous avons montré pour la première fois que les méthanogènes font partie du microbiote urinaire dans lequel nous avons trouvé M. smithii avec une prévalence de 9 %. Enfin, nous avons optimisé les méthodes de recherche et d’isolement des méthanogènes. Nous avons développé une méthode chimique de production d’H2. L’expertise acquise et les résultats obtenus au cours de cette Thèse, nous invitent à poursuivre des travaux de recherche en microbiologie clinique des méthanogènes, en questionnant plus particulièrement leurs rôles en physiologie et en pathologie buccodentaire
In the first part of our thesis, we reviewed the literature of all the methanogenic species found in the different microbiota of humans. We also reviewed the various methods used in clinical microbiology to research and identify these microorganisms. In a second part of our thesis, we have shown that the human digestive tract is colonized by M. smithii from the first day of life thus posing the question of potential sources of acquisition of this methanogen. We detected and isolated M. smithii and M. oralis in colostrum and breast milk suggesting mother-to-child contamination by breastfeeding. For vaginal specimens, M. smithii is detected in 97% of the samples collected from patients with bacterial vaginosis. Subsequently, we reported the detection of methanogens, M. oralis and M. smithii in the salivary fluid of individuals with no oral disease. In the third part of our thesis, we have shown for the first time that methanogens are part of the urinary microbiota in which we found M. smithii with a prevalence of 9%. Finally, we have optimized the methods of research and isolation of methanogens. We have developed a chemical method for producing H2. The expertise acquired and the results obtained during this thesis, invite us to continue research work in clinical microbiology of methanogens, questioning more particularly their roles in physiology and oral pathology

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Cucchi, T. "Le commensalisme de la souris et les sociétés néolithiques méditerranéennes". Phd thesis, Museum national d'histoire naturelle - MNHN PARIS, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00363186.

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Nous voulions déterminer les facteurs de l'anthropisation impliqués dans le commensalisme de la souris, selon une approche phylogéographique et historique.
La quantification de la variabilité actuelle des morphologies dentaires (analyses de Fourier) du genre Mus en Méditerranée a montré qu'il est possible de discriminer les espèces et sous-espèces du genre à partir du matériel fossile et qu'elle pouvait être un marqueur des flux géniques.
L'application archéozoologique nous a permis d'identifier l'émergence des pratiques de l'économie agricole néolithique (stockage des grains, champs cultivés...) au Proche-Orient comme le facteur déterminant dans l'adaptation de la souris à la niche commensale.
Enfin, nous avons montré que la souris domestique colonisa la Méditerranée occidentale lors de l'intensification conjointe des échanges et de l'urbanisation du premier millénaire av. J.-C., lui permettant de surmonter les barrières écologiques et génétiques qui, auparavant, empêchaient son invasion.

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Cucchi, Thomas. "Le commensalisme de la souris et les sociétés néolithiques méditerranéennes". Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00363186.

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Nous voulions déterminer les facteurs de l'anthropisation impliqués dans le commensalisme de la souris, selon une approche phylogéographique et historique. La quantification de la variabilité actuelle des morphologies dentaires (analyses de Fourier) du genre Mus en Méditerranée a montré qu'il est possible de discriminer les espèces et sous-espèces du genre à partir du matériel fossile et qu'elle pouvait être un marqueur des flux géniques. L'application archéozoologique nous a permis d'identifier l'émergence des pratiques de l'économie agricole néolithique (stockage des grains, champs cultivés. . . ) au Proche-Orient comme le facteur déterminant dans l'adaptation de la souris à la niche commensale. Enfin, nous avons montré que la souris domestique colonisa la Méditerranée occidentale lors de l'intensification conjointe des échanges et de l'urbanisation du premier millénaire av. J. -C. , lui permettant de surmonter les barrières écologiques et génétiques qui, auparavant, empêchaient son invasion
We aimed to determine the factors of the anthropisation involved in the mouse commensalism, using both phylogeographical and historical approaches. The quantification of the variability in the molar shape (Fourier analyses) of Mediterranean mice species showed that it is possible to separate species and sub-species of the genus using dental morphology and that this variability might be a marker of genes flow. Zooarchaeological analyses allowed us to identify the emergence of Neolithic farming practices (seeds storage, cultivated fields. . . ) in the Near East as the determining factor for the adaptation of the mouse to the commensal niche. Finally, we showed that the house mouse colonized the western Mediterranean during the intensification of both exchanges and urbanization in the first millennium BC, allowing it to overcome the ecological and genetic barriers which, previously, prevented its invasion

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Ganem, Guila. "Commensalisme, fonction corticosurrénalienne et évolution chromosomique chez la souris domestique". Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20053.

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Ce travail s'integre dans une problematique generale cherchant a determiner quels aspects de l'environnement de la souris domestique peuvent participer a l'etablissement d'une divergence chromosomique (par suite de fixation de fusions robertsoniennes) dans certaines de ses populations. La souris domestique occupe deux types d'habitat exterieur et commensal. Le phenomene robertsonien est correle avec l'habitat commensal. Ici le commensalisme est considere dans ses aspects sociaux resultant des fortes densites et de la reproduction continue dans ce type d'habitat. La sensibilite des individus de differentes populations a un stress psychogenique est mesuree a l'aide d'un indice physiologique: le taux de corticosterone plasmatique. Differents stress sont experimentes: la capture, l'exposition a un environnement nouveau et la rencontre d'un congenere inconnu. La corticosteronemie basale en periode diurne permet d'evaluer la reactivite quotidienne des individus. Ces differents indices permettent de differencier au sein de chaque population etudiee les femelles plus emotives que les males, et parmi les differentes populations de distinguer celles qui proviennent d'un habitat commensal de celles provenant de l'habitat exterieur. En habitat commensal les individus montrent une faible sensibilite vis-a-vis d'un stress psychogenique et une forte reactivite quotidienne, le contraire est observe chez les souris exterieures. Les resultats sont interpretes en terme d'adaptation. Les souris robertsoniennes semblent montrer une strategie mixte qui pourrait etre a l'origine d'un avantage adaptatif. Un nouveau modele sur la mise en place du phenomene est propose

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Komaromi, Haque Judit. "Synchronized Dining Tangible mediated communication for remote commensality". Thesis, Malmö högskola, Fakulteten för kultur och samhälle (KS), 2016. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:mau:diva-21898.

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Streszczenie:

This thesis discusses commensality as a significant social activity, that helps to maintain and strengthen social bonds. It also examines the sense of touch as a communication channel, and provides an insight to how it can be used to communicate affect. Touch as contextualized medium and its relevance to interaction design is investigated. Based on studies made in psychology, physiology, sociology and communication it aims to find an answer to the question: ”How may we create togetherness -with the help of an interactive device- between loved ones separated by distance during dining, through remote communication?” In order to meet the objectives of the above question this research followed the Research Through Design methodology, with series of workshops and prototyping sessions.

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Abedania, Jaren. "Spatializing Commensality: The City as Public Dining Room". University of Cincinnati / OhioLINK, 2014. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ucin1397476882.

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Lackman-Ancrenaz, Isabelle. "Le commensalisme du babouin hamadryas (papio hamadryas hamadryas) en Arabie Saoudite". Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1998. http://www.theses.fr/1998MNHN0003.

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L'habitat naturel du babouin hamadryas (papio hamadryas hamadryas) en Arabie saoudite a été profondément altère par le récent développement socio-économique du pays, et certaines populations de babouins sont devenues dépendantes de sources de nourriture d'origine humaine. Un recensement des populations commensales et des conflits hommes/babouins à travers le royaume a permis de mesurer l'ampleur de ce phénomène et d'identifier les causes de son développement singulièrement rapide. Différentes méthodes de lutte contre le commensalisme du babouin hamadryas ont par ailleurs été évaluées, et des solutions pratiques sont proposées pour la gestion des populations commensales et pour la conservation de l'espèce en Arabie saoudite. Afin de mieux comprendre les mécanismes de l'adaptation du babouin hamadryas au mode de vie commensal, l'étude socio-écologique d'une troupe de plus de 1,500 individus vivant sur le site de la décharge municipale de la ville de Taif été effectuée. Les résultats obtenus ont montré de fortes ressemblances entre la structure et l'organisation sociale de cette troupe et celles de troupes sauvages (société organisée en plusieurs niveaux dont l'unité de base est l'unité familiale, système de fission-fusion de la troupe lors des marches quotidiennes, utilisation d'un dortoir central). Mais d'importantes différences ont également été observées (existence de groupes de males célibataires, altération de l'exclusivité sexuelle au sein des unités familiales, etc. ). Ces disparités semblent pouvoir s'expliquer par une modification des stratégies socio-sexuelles individuelles, aussi bien des males que des femelles, sous l'effet de facteurs environnementaux liés au commensalisme (apport artificiel d'une nourriture riche et abondante et densité de population considérablement accrue). Le babouin hamadryas, considère au sein du genre papio comme le spécialiste des milieux semi-arides, semble donc capable d'une certaine flexibilité comportementale en réponse à des variations à court terme de son environnement écologique et social. Ceci suggère que son système social n'est pas aussi rigidement et irréversiblement spécialise qu'on a pu le croire jusqu'à présent.

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Skurnik, David. "Adaptation aux variations d'environnement des souches commensales d'escherichia coli". Paris 5, 2007. http://www.theses.fr/2007PA05D024.

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E. Coli est l'entérobactérie principale de la flore commensale intestinale. Elle est également une des principales causes d'inffection bactérienne chez l'homme. Au cours de notre travail de thèse nous avons étudié l'adaptation de cette espèce à la pression de sélection antibiotique, vers la résistance, actuellement un problème majeur de santé publique. Pour cela, nous avons analysé les variations de diverses caractéristiques (phénotype de résistance aux antibiotiques et au meercure, intégrons, diversité, répartition phylogénétiques, association à la virulence) liées à la résistance chez des échantillons de souches intestinales humaines et animales, recueillies dans des environnements spécifiques et contrastés
We studied variations of characteristics of human and animal commensal E. Coli to variations of their hosts environment. Prevalence of antibiotic resisance, of integron, of mercury resistance, phylogenetic repartition and intra-host diversity were selected; More animals were ling near humans, more their commensal E. Coli were resistant and more the prevalence of integron was high, while the intra-host diversity decreased. In human commensal E. Coli, characteristics of isolates from expatriates living in French Guyana, were found intermediate between those found in isolates from residents in metropolitan france and those found in natives living permanently in french guyana, probably the result from their living in an environment close to that of the native Guyaneses but with a way of life close to that of residents living in metropolitan france. In conclusion our results suggest that the environment strongly influence the composition of the commensal intestinal flora of humans and animals

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Benarfa, Olfa. "Minorité dominante et construction identitaire : L’interaction des modes de consommation locaux, étrangers et globaux. Le cas de la commensalité au Qatar". Thesis, CY Cergy Paris Université, 2020. http://www.theses.fr/2020CYUN1054.

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En s’appuyant sur les théories du multiculturalisme et des intentions identitaires, et en tenant compte des limites des études sur les minorités ethniques qui ont été menées exclusivement dans des contextes occidentaux et qui ne permettent donc pas une généralisation théorique, cette thèse est une première tentative d’étudier les projets identitaires dans un contexte non-occidental, qui est l’état du Qatar. La présente recherche offre une perspective originale et unique sur l’étude des minorités en se focalisant sur le groupe d’accueil qui constitue ici le groupe minoritaire dominant culturellement. Les recherches passées se sont surtout penchées sur des situations opposées où les minorités sont principalement des immigrants qui sont culturellement dominés par une majorité d’accueil. Vu la nature collectiviste de la culture qatari et l’importance symbolique de l’expression identitaire dans la consommation alimentaire, le choix se porte sur l’étude de la commensalité en tant que prisme d’expression symbolique des projets identitaires des consommateurs. Ce champ d’étude constitue une autre des originalités et des apports de ce travail.Cette recherche mobilise plusieurs méthodes qualitatives et ethnographiques (les entretiens en profondeur, les focus groupes, la netnographie, la technique de photo élicitation, l’observation, les techniques projectives, etc.), ainsi qu’une nouvelle méthode qualitative empruntée à la discipline de la psychanalyse. Cette nouvelle technique est une réponse aux appels des spécialistes postcoloniaux à repenser l’utilisation des méthodes ethnographiques occidentales pour les communautés non occidentales. Le processus de mise en œuvre ainsi que les avantages et les limites de cette nouvelle technique sont également discutés.Les analyses suivent la logique de la phénoménologie et des approches herméneutiques, et les résultats montrent que la commensalité en tant que pratique culturelle et symbolique conduit au développement et à l’expression de différents projets identitaires que la littérature n’avait pas encore identifié. Les résultats ont également révélé que les consommateurs négocient continuellement entre des trajectoires identitaires concurrentes et parfois conflictuelles. Le but pour eux est de réussir à exprimer et à réduire une dissonance interne. Cette recherche s’inscrit dans la continuité des travaux de Oswald et de sa métaphore de l’oscillation identitaire, ainsi que de ceux d’Askegaard et ses collègues et leur métaphore du pendule oscillant. En effet, ce travail montre que les informants, non seulement oscillent entre différents projets identitaires où ils expérimentent une diversité d’intentions identitaires personnelles, mais se retrouvent très régulièrement autour d’une identité groupale commune et partagée dans le temps et dans l’espace où les projets identitaires personnels sont mis au second plan. L’auteur appelle cette dynamique identitaire le mouvement de l’accordéon pour rendre compte du mouvement élastique de dilatation vers des intentions identitaires multiples, puis de contracture vers une identité partagée traditionnelle et non négociée. Le mouvement de l’accordéon pourrait expliquer comment la société Qatarie réussi à rester unie malgré sa caractéristique minoritaire et comment les Qataris absorbent les codes culturels nouveaux en ayant le sentiment de ne pas mettre en danger leur cohésion culturelle
Drawing on multicultural and identity theories and based on a critique of studies on ethnic minorities that are exclusively conducted in Western contexts and do not allow for a theoretical consensus, this thesis is an initial attempt to investigate identity projects in a non-Western context, which is the state of Qatar. The current research offers an original and unique perspective on studying minorities by focusing on the local dominant minority group rather than the opposite classic situation where minorities are mainly immigrants who are dominated by a local majority group. Given the collectivistic nature of this context and the centrality of identity in food consumption, this research uses a very unique and an under-researched area of consumption, which is commensality, as a framework to study the symbolic meaning of this dimension and its impact on consumers’ identity negotiation and intentions.The current study uses several qualitative and ethnographic methods (e.g. semi-structured in-depth interviews, focus groups, netnography, photo elicitation, observation, projective techniques, etc.), as well as a new qualitative method borrowed from the psychoanalysis discipline. This technique comes as a response to postcolonial scholars’ calls for rethinking the use of Western ethnographic methods for non-Western communities. The implementation process and the advantages and limitations of this new technique are also discussed.Analyses follow the logic of phenomenology and hermeneutic approaches, and findings show that commensality as a cultural and symbolic practice led to the development and expression of different new identity projects that were not found in previous studies on minorities, and which depend on the contextual, historical and cultural forces. Results also reveal that consumers are continuously negotiating conflicting and competing trajectories of identities with the aim of reducing internal dissonance. Another interesting result emerges and expends Oswald’s idea of identity oscillation and Asckegaard et al.’s metaphor of the oscillating pendulum: it is a dynamic that the author named “the accordion movement”, where individuals not only oscillate between different identity projects, but they scatter and spread out in different directions where each has his/her own personal identity intentions, however they all meet at a common ground in favour of the group identity while putting on hold their personal identities. This elastic movement is akin to the accordion instrument expanding and contracting, and could explain how the Qatari society still manage to remain united despite their minority status, and how Qataris embrace and adopt new cultural codes without harming their cultural cohesion

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Brault, Dominique. "Recherche d'un algicide sélectif approprié à la culture de Chondrus crispus (L. ) Stackh". Brest, 1985. http://www.theses.fr/1985BRES0013.

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Recherche de l'effet algicide sur les especes commensales de chondrus. Etude de la reaction de chondrus crispus aux algicides retenus, de l'action de ces algicides sur certains aspects du metabolisme de c. C.

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Kaci, Ghalia. "Caractérisation des propriétés anti-inflammatoires de souches commensales de Streptococcus salivarius". Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01069898.

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Les bactéries commensales digestives jouent un rôle primordial dans l'homéostasie épithéliale et la santé de l'hôte, avec notamment un rôle modulateur du système immunitaire. Des effets bénéfiques dans le traitement des pathologies inflammatoires intestinales ont été caractérisés chez certaines souches de bactéries commensales. La compréhension de ces effets dans le maintien de l'homéostasie intestinale repose sur la connaissance des interactions entre les bactéries, l'épithélium intestinal et le système immunitaire muqueux. Streptococcus salivarius est l'un des premiers colonisateurs de la cavité buccale et du tractus digestif de l'homme. Cette bactérie a été utilisée comme modèle pour rechercher des mécanismes impliquée dans l'homéostasie.La recherche d'interactions entre des souches de l'espèce S. salivarius et les cellules humaines a été réalisée pour caractériser leurs éventuelles propriétés immunomodulatrices. Nous avons montré que les bactéries vivantes et les surnageants de cultures des souches de cette espèce modulent la réponse inflammatoire in vitro via un effet inhibiteur sur l'activation de la voie NF-B dans les cellules épithéliales intestinales (HT-29 et Caco-2) et les monocytes (THP-1). Cette modulation de l'inflammation a été confirmée par la capacité des surnageants bactériens à inhiber la sécrétion d'IL-8 par les cellules épithéliales. Ces surnageants agissent via une étape impliquant IB-, un inhibiteur du facteur NF-B. Ils inhibent la dégradation de la protéine IB- phosphorylée et diminuent ainsi la translocation nucléaire des composants NF-B. Nous avons également identifié et caractérisé un métabolite bactérien présent dans ces surnageants exerçant cette activité anti-inflammatoire. L'utilisation de ce métabolite et son isomère miment in vitro l'effet inhibiteur des surnageants sur l'activation de la voie NF-B dans les cellules épithéliales et les monocytes. Nous avons ainsi caractérisé un métabolite secrété par la bactérie commensale S. salivarius qui est capable d'inhiber une des voies centrales de signalisation impliquée dans la réponse inflammatoire intestinale. Enfin, une capacité anti-inflammatoire de S. salivarius a également été montrée dans un modèle murin d'inflammation digestive dans lequel les bactéries métaboliquement actives ont protégé les animaux de colites induites avec du TNBS. Ces travaux ouvrent la voie pour le développement d'applications thérapeutiques dans le traitement de pathologies inflammatoires de l'intestin basées sur ce composé actif ou l'utilisation de S. salivarius comme probiotique.

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au, M. Marshall@murdoch edu, i Mary Jeanette Marshall. "Jesus and the banquets : an investigation of the early Christian tradition concerning Jesus' presence at banquets with toll collectors and sinners". Murdoch University, 2002. http://wwwlib.murdoch.edu.au/adt/browse/view/adt-MU20051110.163641.

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Streszczenie:

The topic is approached from the perspective of table fellowship, the primary focus being Jesus' commensality with toll collectors and sinners. The fundamental hypothesis is that Jesus typically arrived akletos at meals as an itinerant stranger, and that this explains the epithet "glutton and drunkard." Part One sets the parameters, and delineates the materials, methods, and approach adopted in the study. In Part Two, ancient traditions of hospitality and feasting are examined, providing the background material for exegesis of relevant NT texts in Part Three. It is found that toll collectors represent hosts to Jesus, while "sinners" gain entry to meals as his umbrae. Both groups are eligible for the kingdom, as are paidia (young slaves/servants), who exemplify humility. Some possible reasons are advanced for Jesus' criticism of Pharisees, but it is emphasised that they are not implicated in his death. The importance of hospitality is indicated by the fact that reception of Jesus and/or his disciples necessarily entails an invitation to a shared meal. In contrast, merely giving alms to strangers/wayfarers who seek hospitality signifies rejection. Any such breach of hospitality mores will incur harsh punishment at the final judgment. The supposition that Jesus was a guest at the Last Supper allows for an innovative interpretation of his words and actions, particularly since it is proposed that as well as the Twelve, akletoi were present, viz. women, slaves/servants, and possibly Gentiles. It is suggested that the depiction of Jesus in the Synoptics may have been influenced by a pre-existing literary archetype that facilitated the combination of some fictional characteristics with historical elements. The proposed reconstruction of the historical Jesus demonstrates the centrality of hospitality, commensality, and humility in his teaching and practice, a finding that is consistent with the ideals and table fellowship of early Christian communities. The apparent dichotomy between hospitality and hostility indicates a need to follow Jesus' injunction to love one's enemies, i.e. to practise philoxenia.

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Auffray, Jean-Christophe. "Le commensalisme chez la souris domestique : origine, écologie et rôle dans l'évolution chromosomique de l'espèce". Montpellier 2, 1988. http://www.theses.fr/1988MON20027.

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Auffray, Jean-Christophe. "Le Commensalisme chez la souris domestique origine, écologie et rôle dans l'évolution chromosomique de l'espèce /". Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376113537.

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Rosenblum, Jordan D. ""They sit apart at meals" : early rabbinic commensality regulations and identity construction". View abstract/electronic edition; access limited to Brown University users, 2008. http://gateway.proquest.com/openurl?url_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:dissertation&res_dat=xri:pqdiss&rft_dat=xri:pqdiss:3318358.

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Akatshi, Ohamamboya Annie. "Dialogue entre les bactéries commensales et les cellules gingivales : une vision globale". Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29715/29715.pdf.

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Les cellules de l’épithélium gingival expriment des récepteurs pour reconnaître des motifs moléculaires présents sur les microorganismes. Le but de cette étude est de comparer la réponse des cellules de l’épithélium gingival au contact d’un biofilm commensal ou pathogène. Des macrophages, des kératinocytes gingivaux et une coculture de macrophages/kératinocytes ont été stimulés avec des biofilms commensaux et pathogènes. L’expression de gènes et la production des récepteurs TLRs (Toll-like receptors) et NLRS (NOD-like receptors) ont été évaluées respectivement par amplification (qRT-PCR) et par immunofluorescence. Les sécrétions de cytokines et de défensines ont également été évaluées par ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay). Les résultats obtenus n’ont pas révélés de profils d’expression de récepteurs spécifiques aux pathogènes ou commensaux. La sécrétion de cytokines et de défensines est plus fortement induite par les pathogènes que par les commensaux. L’investigation d’autres récepteurs ou des membres de l’inflammasome pourrait aider à mieux comprendre les mécanismes de tolérance ou de défenses de l’hôte.

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Denou, Emmanuel. "Caractérisation préliminaire du commensalisme de Lactobacillus johnsonii dans l’intestin de la souris : du phénotype au génotype". Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN2088.

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Le tractus digestif des mammifères est composé d’une microflore dont la complexité limite l'analyse interactive. Les modèles animaux mono-associés permettent l'étude de l’interaction entre une bactérie et son hôte et non celle entre bactéries. Celle-ci est essentielle pour comprendre les processus de persistance et de coopération/compétition dans l’intestin. Le travail présenté dans ce mémoire correspond à l'identification de facteurs régissant la colonisation et les interactions de trois bactéries commensales : Escherichia coli, Lactobacillus johnsonii et Bifidobacterium longum. Après la détermination de la distribution anatomique de ces micro-organismes dans le tube digestif, ce microcosme a été volontairement perturbé par l’introduction de trois autres souches d’ Escherichia, Lactobacillus ou Bifidobacterium. Les transcriptomes de Bifidobacterium longum et de Lactobacillus johnsonii isolés de différents segments intestinaux ont été comparés et les résultats de cette analyse confirment la théorie des niches nutritionnelles. Pour persister dans le tractus gastro-intestinal, une bactérie doit développer un taux de réplication et des activités métaboliques en conséquence. Cependant, l’importance environnementale de certains gènes ne peut être observée qu' in vivo. La combinaison de l'analyse génomique comparative et de la mutagenèse spécifique associée à un système expérimental animal a été nécessaire pour mieux définir les performances écologiques des souches étudiées. Ainsi, une approche génomique et transcriptomique a été appliquée à deux isolats de Lactobacillus johnsonii caractérisés par des temps de persistance différents dans le tube digestif de la souris. Cette approche mixte a permis d’identifier trois groupes de gènes impliqués dans la persistance. Ces résultats ont été confirmés en comparant, par compétition in vivo, la persistance de la souche sauvage et celle de mutants isogéniques présentant une délétion des gènes impliqués. Nous avons observé que la délétion de gènes, codant pour le transport d’un sucre et pour une protéase d’IgA, diminue le temps de résidence dans l'intestin, à l'inverse, un mutant obtenu par délétion des gènes impliqués dans la synthèse des exopolysaccharides s’est avéré capable de résider plus longtemps
The microbiota complexity in mammal gut seriously hampers the analysis of microbe-microbe and microbe-host interactions in situ. Microbes compete for colonization sites on the gut surface and for the use of food resources. At the same time, they cooperate in the digestion of complex food substrates, where the waste of one bacterium becomes the food of another bacterium. Currently, the relative contribution of competition and cooperation at the microbe/microbe interface is not well understood. The aim of this work was to explore the interaction of three common gut commensals, namely Escherichia coli, Lactobacillus and Bifidobacterium, which were jointly introduced into axenic mice. After determination of their anatomical distribution, the system was disturbed by the introduction of three other strains of Escherichia, Lactobacillus and Bifidobacterium. To obtain an idea about their physiological activity, we performed expression profiling analysis of B. Longum and Lb. Johnsonii along the different gut segments, and the results of this analys supported the nutrient niche theory. Moreover, an important task is to associate the in vivo phenotype, displayed by a bacterium in its ecological niche, with its genotype. Thus, genes affecting the intestinal residence time between two Lb. Johnsonii strains were targeted for analysis. We hypothesized that the underlying genes are specific for the long-persisting strain and are expressed during gut passage of the bacterium. Fusion of datasets from comparative genomic and in vivo expression profiling analysis identified three gene loci that were expressed in vivo and specific to the gut ecotype. Knock-out mutants were constructed for all three loci to investigate their involvement in the gut residence phenotype. The experiments revealed that the deletion of genes annotated as a sugar transporter and an IgA protease decreased the residence time, while a mutant with a deleted exopolysaccharide cluster showed an increased persistence time

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Ong, Kevin. "Cooking and Eating: An Exploration of Auditory Cues of Food Preparation During Commensality". Thesis, Malmö högskola, Fakulteten för kultur och samhälle (KS), 2017. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:mau:diva-21361.

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This thesis project covers a ten week exploration in Human Food Interaction. Employing a Research through Interaction Design methodology with a focus on Celebratory Technologies, this paper focuses on the research question, “How can celebratory technologies enhance social engagement between diners in commensality and raise awareness of the otherwise hidden process of cooking using auditory cues of food preparation?” A physical computing prototype using a Makey Makey Board with Processing is integrated into three user test sessions during dinner time to assess the effects of auditory cues of food preparation on the diners. The prototype is then evaluated using the qualities of Celebratory Technologies in addition to considerations of technological limitations and potential for future growth.

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Dorey, Lucy Diane. "Resistance of pig pathogens and commensals to antimicrobial drugs : mechanisms and avoidance". Thesis, Royal Veterinary College (University of London), 2016. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.701671.

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Desai, Prerak T. "Molecular Interactions of Salmonella with the Host Epithelium in Presence of Commensals". DigitalCommons@USU, 2011. https://digitalcommons.usu.edu/etd/1059.

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Food-borne infections are a major source of mortality and morbidity. Salmonella causes the highest number of Food-borne bacterial infections in the US. This work contributes towards developing strategies to control Salmonella by (a) defining receptors used by Salmonella to adhere to and invade the host epithelium; (b) developing a host receptor based rapid detection method for the pathogen in food matrix; (C) and defining mechanisms of how probiotics can help alleviate Salmonella-induced cell death in the host epithelium. We developed a cell-cell crosslinking method to discover host-microbe receptors, and discovered three new receptor-ligand interactions. Interaction of Salmonella Ef-Tu with Hsp90 from epithelial cells mediated adhesion, while interaction of Salmonella Ef-Tu with two host proteins that negatively regulate membrane ruffling (myosin phosphatase and alpha catenin) mediated adhesion and invasion. We also showed the role of host ganglioside GM1 in mediating invasion of epithelial cells by Salmonella. Further we exploited pathogen affinity for immobilized gangliosides to concentrate them out of solution and from complex food matrices for detection by qPCR. A sensitivity of 4 CFU/ml (3 hours) in samples without competing microflora was achieved. Samples with competing microflora had a sensitivity of 40,000 CFU/ml. Next we screened several probiotic strains for pathogen exclusion potential and found that Bifidobacterium longum subspp. infantis showed the highest potential for Salmonella enterica subspp. enterica ser. Typhimurium exclusion in a caco-2 cell culture model. B. infantis shared its binding specificity to ganglioside GM1 with S. ser. Typhimurium. Further, B. infantis completely inhibited Salmonella-induced caspase 8 and caspase 9 activity in intestinal epithelial cells. B. infantis also reduced the basal caspase 9 and caspase 3/7 activity in epithelial cells in absence of the pathogen. Western blots and gene expression profiling of epithelial cells revealed that the decreased caspase activation was concomitant with increased phosphorylation of pro-survival protein kinase Akt, increased expression of caspase inhibiting protein cIAP, and decreased expression of genes involved in mitochondrion organization, biogenesis and reactive oxygen species metabolic processes. Hence, B. infantis exerted its protective effects by repression of mitochondrial cell death pathway which was induced in the presence of S. ser. Typhimurium.

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Escribano, Vazquez Unai. "Impact de souches commensales et probiotiques d'Escherichia coli sur la physiopathologie de l'hôte". Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS348.

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Streszczenie:

Escherichia coli a pour habitat principal le tube digestif des mammifères, et constitue l’une des espèces sous-dominantes du microbiote intestinal adulte. E. coli présente un large spectre d'interactions avec l'hôte, pathogène, commensale ou probiotique. Dans des conditions de déséquilibre comme les maladies inflammatoires de l'intestin ou un régime hyperlipidique, les populations commensales d'E. coli augmentent et peuvent être considérés comme pathobiontes (micro-organismes commensaux ayant un potentiel pathogène). Cependant, le rôle de souches commensales d’E. coli vis-à-vis de la santé de l’hôte reste ambigu. Dans une première partie de ce projet, pour déchiffrer le rôle d'E. coli commensales ou probiotiques dans la muqueuse intestinale, nous avons travaillé en modèle de souris gnotobiotiques mono-associées avec chacune des souches étudiées: CEC15, une souche d’E. coli commensale isolée au laboratoire, Nissle 1917, une souche d’E. coli probiotique dont les effets sont parmi les plus documentés, et 6 génotypes d’E. coli, présents dans le mélange probiotique Symbioflor2®. Ensuite, l’effet de deux souches CEC15 et Nissle 1917 a été testé dans une situation où l’hôte présente une prédisposition à l'inflammation en travaillant chez des souris gnotobiotiques invalidées pour l'IL10 (Il10-/-). Enfin, nous avons testé l’effet de ces 2 souches, en contexte conventionnel, dans un modèle murin d’inflammation chronique, invalidé pour l'IL10 et traité à un agent chimique, le DNBS. Les données obtenues sur modèles mono-associés montrent qu’il existe une réponse transcriptionnnelle dynamique de l’iléon et du côlon à chacune des souche d’E. coli étudiées. Il existe un ensemble de gènes qui répond de manière commune aux souches d’E. coli étudiées dans ce travail. Ainsi, l'expression de gènes qui jouent un rôle clé dans l'homéostasie intestinale est plus élevée dans les souris mono-associées que dans les souris axéniques. Ces gènes sont impliqués dans le renouvellement des espèces réactives d'oxygène, dans la production de peptides antimicrobiens et de molécules associées à la réponse immunitaire. En présence de CEC15 et Nissle 1917, ces mécanismes de défense de l’hôte ont été d’avantage mobilisés et renforcés dans l'iléon et le côlon de souris IL10-/- mono-associées. Dans le modèle de colite chronique, CEC15 a reversé certains effets délétères du DNBS et restauré un profil d'expression génique proche de celui du groupe non malade. Dans une deuxième partie, nous avons déterminé l’impact d’un régime hyperlipidique sur les interactions entre E. coli et l’hôte. Les souris mono-colonisées par la souche CEC15 ou la souche Nissle 1917 ont été nourries avec un régime standard ou un régime riche en graisse et les métabolomes caecal, plasmatique et urinaire ont été analysés par Résonnance Magnétique Nucléaire. Sur régime standard, le profil métabolomique de l’hôte est modifié au niveau du contenu caecal et urinaire en présence des souches CEC15 et Nissle 1917 [...]
Escherichia coli's main habitat is the digestive tract of mammals, and is one of the subdominant species of the adult intestinal microbiota. E. coli has a wide spectrum of interactions with the host, whether pathogenic, commensal or probiotic. Under unbalanced conditions such as inflammatory bowel diseases or high fat diet, commensal populations of E. coli increase and can be considered pathobionts (commensal microorganisms with a pathogenic potential). However, the role of commensal strains of E. coli in host’s health remains ambiguous. In the first part of this project, to decipher the role of commensal or probiotic E. coli strains in the intestinal mucosa, we worked in a model of gnotobiotic mice mono-associated with each of these strains: CEC15, a commensal E. coli strain isolated in the laboratory; Nissle 1917, an E. coli probiotic strain whose effects are among the most documented and 6 genotypes of E. coli present in the probiotic mixture Symbioflor2®. Then, the effect of CEC15 and Nissle 1917 strains was tested in a situation where the host presents a predisposition to inflammation by working in gnotobiotic mice invalidated for IL10 (Il10-/-). Finally, we tested the effect of these two strains, in a conventional context, in a mouse model of chronic inflammation invalidated for IL10 and treated with a chemical agent, DNBS. Data from mono-associated models show that there is a dynamic transcriptional response of the ileum and colon to each studied E. coli strain. There is a common set of genes that respond to E. coli strains studied in this work. Thus, the expression of genes with a key role in intestinal homeostasis is higher in mono-associated mice than in germfree mice. These genes are involved in the renewal of reactive oxygen species, in the production of antimicrobial peptides and molecules associated with the immune response. In the presence of CEC and Nissle, these host defence mechanisms were further mobilized and strengthened in the ileum and colon of mono-associated IL10-/- mice. In the chronic colitis model, CEC reversed some of the deleterious effects of DNBS and restored a gene expression profile similar to that of the healthy control group. In a second part, we determined the impact of a high fat diet on the interactions between E. coli and the host. Mono-colonized mice by CEC or Nissle strains were fed a standard or high-fat diet and caecal, plasma and urinary metabolomes were analysed by nuclear magnetic resonance. On a standard diet, the host's metabolomic profile is modified at the caecal content and urine in the presence of CEC and Nissle strains. On a high fat diet, the host's metabolomic profile is also modified at the caecal content and urine in the presence of CEC and Nissle strains, and additionally the plasma metabolome is modified. This data suggests that the plasma metabolome is more sensitive to the bacterial status of animals when consuming a high fat diet. In this study, we identified that with a high fat diet, the Nissle strain but not the CEC strain increases circulating and urinary branched-chain amino acids (isoleucine, leucine and valine). This increase in branched-chain amino acids is also accompanied by a higher glucose concentration in animals mono-associated with the Nissle strain. In conclusion, our work shows beneficial effects of E. coli commensal and probiotic strains in intestinal mucosal defence mechanisms and in a chronic colitis inflammation model. We also show that these strains differentially modulate the metabolic trajectory of the host, which can have consequences on the impact of a high-fat diet

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Merda, Déborah. "Histoire évolutive de Xanthomonas arboricola, espèce bactérienne composée de souches pathogènes et commensales". Thesis, Angers, 2016. http://www.theses.fr/2016ANGE0028/document.

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Comprendre l’émergence des maladies dans les agroécosystèmes nécessite d’étudier l’histoire évolutive des populations bactériennes associées aux plantes. L’objectif de ce travail était de déterminer les évènements évolutifsconduisant à l’émergence des lignées pathogènes ou pathovars dans l’espèce Xanthomonas arboricola. Une analyse de génétique des populations a été menée sur un panel de souches phytopathogènes et commensales et complétée par l’inférence des gains et pertes de facteurs de virulence. Cette espèce possède une structure de population épidémique ; les clones épidémiques ont émergé suite à l’acquisition de facteurs de virulence à partir d’un fond recombinant de souches commensales. Une analyse de génomique des populations et la reconstruction de scénarios de divergence entre ces clones et le réseau de souches recombinantes, a montré la persistance d’un flux de gènes asymétrique entre ces deux groupes, dans le sens souches pathogènes vers souches commensales. Enfin, l’histoire évolutive du principal facteur de virulence des Xanthomonas, le système de sécrétion de type 3, a été retracée au sein du genre, et a montré que celui-ci avait été acquis ancestralement puis perdu dans certaines souches commensales. En conclusion, l’ancêtre commun de X. arboricola possédait des facteurs de virulence et au sein des souches commensales, certaines ont perdu ces facteurs, tandis que d’autres ont conservé le répertoire ancestral. Ces dernières diffèrent peu de certains agents pathogènes, et pourraient représenter un risque pour de nouvelles émergences. Des travaux de génomique fonctionnelle permettraient de valider ces hypothèses
Deciphering the evolutionary history of bacterial populations associated to plants is necessary to understand diseaseemergence in agroecosystems. The aim of this study is to unveil the evolutionary events responsible for pathogeniclineages or pathovar emergences in Xanthomonas arboricola. This species is composed of both plant pathogenic andcommensal strains Population genetics analyses and gain and loss inferences of virulence factors showed that X. arboricola exhibits an epidemic population structure, within which epidemic clones emerged from a recombinogenic background population following virulence factor acquisition. Population genomics and inference of divergence scenarii between epidemic clones and the network of recombinant strains showed persistence of homologous recombination along divergence of these two groups, with an asymmetric gene flux from pathogenic strains to commensal ones. Finally, evolutionary history of the type three secretion system (T3SS), the main virulence factor in Xanthomonas genus, was studied at genus scale and showed that T3SS was ancestrally acquired and lost in commensal strains. Altogether these analyses allowed us to show that the common ancestor of X.arboricola had virulence factors, and that within commensal strains, some lost these virulence factors whereas others kept the ancestral repertoire. These latter strains have a similar repertoire to that of some pathogenic strains, and could represent a risk for new disease emergence. Functional genomics could allow us to validate these hypotheses

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Olschewski, Luisa Elvira Belaunde. "Gender, commensality and community among the Airo-Pai of west Amazonia (Secoya western-Tukanoan speaking)". Thesis, London School of Economics and Political Science (University of London), 1992. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.390445.

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Kennedy, Jason R. "Terminal Ubaid ceramics at Yenice Yani implications for terminal Ubaid organization of labor and commensality /". Diss., Online access via UMI:, 2008.

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Belaunde, Olschewski Luisa Elvira. "Gender, commensality and community among the Airo-Pai of West Amazonia (Secoya, Western-Tukanoan speaking)". Online version, 1992. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?did=1&uin=uk.bl.ethos.390445.

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Peyret-Lacombe, Alexis. "Etude de l'immuno-réactivité épithéliale gingivale en réponse à deux bactéries commensales : implication du TLR2". Toulouse 3, 2007. http://thesesups.ups-tlse.fr/112/.

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L'épithélium gingival, exposé à la microflore buccale, protège les tissus sous-jacents en maintenant une homéostasie parodontale. Pour ceci, les kératinocytes possèdent des Pattern Recognition-Receptors (PRRs) capables de reconnaître spécifiquement différents motifs bactériens. Les informations cellulaires transmises induisent la réponse immune innée et notamment la production de peptides antimicrobiens (PAMs) et de médiateurs de l'inflammation. Nos résultats montrent que les kératinocytes gingivaux sont capables de reconnaître et de discriminer des bactéries commensales vraies (S. Sanguinis) ou opportunistes (F. Nucleatum) par l'intermédiaire d'un PRR, le Toll-like Receptor 2 en modulant l'expression de PAMs, les ß-défensines humaines 2 et 3 et de médiateurs de l'inflammation. Cette activation différentielle des kératinocytes leur permet de fournir une réponse adaptée et de maintenir l'homéostasie parodontale
Gingival epithelium, exposed to oral microflora, protects underlying tissues in maintaining periodontal homeostasis. To do this, keratinocytes possess Pattern Recognition-Receptors (PRRs) that are able to recognize specifically various bacterial patterns. Communicated cellular informations induce innate immune response, in particular antimicrobial peptides (AMPs) production and inflammation mediators. Our results show that gingival keratinocytes are able to recognize and discriminate true commensal bacteria (S. Sanguinis) or opportunistic bacteria (F. Nucleatum) through a PRR, the Toll-like Receptor 2 in modulating AMP expression, the human ß-defensins 2 and 3 and this of inflammation mediators. This keratinocyte differential activation allow them to provide an adapted response and to maintain periodontal homeostasis

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Eager, Heidi M. "Using commensals as proxies for historical inference in the Indian Ocean : genetic and zooarchaeological perspectives". Thesis, University of Oxford, 2014. http://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:e6be79c9-3fb8-4a7f-b117-0c607b64c95a.

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The human-abetted introduction of commensal species (i.e. those that opportunistically exploit the anthropogenic environment for food and shelter, e.g. rats, cockroaches etc.) to new areas has occurred throughout history. This has resulted in detrimental ecological changes worldwide but, from a viewpoint of human knowledge, a beneficial corollary of these translocations is that the species in question can be used as proxies to study the movement of the humans who transported them. I reconstruct colonisation histories of three widespread commensal mammalian species in the Western Indian Ocean, the black rat Rattus rattus, house mouse Mus musculus and Asian house shrew Suncus murinus, through phylogeographic studies (the geographic distribution of genetic lineages) of maternally-inherited mitochondrial markers, and zooarchaeological data. The DNA analyses are conducted on samples largely derived from museum specimens collected up to 110 years ago, and from archaeological bones (in the case of rats). I show considerable cryptic diversity in all three species, particularly in mice for which we find a potential major new lineage. Certain lineages within each species predominantly reveal long-distance translocations within the Indian Ocean, but high resolution geographic and genetic clustering is also evident, particularly in Asian house shrews. Phylogeographic structuring of the three species in East Africa and the southern Indian Ocean region (e.g. Madagascar, Reunion, etc.) indicate connections with Arabia, the Middle East, and India in the Islamic period from the first millennium AD, and later European connections during the Age of Exploration. Closer to the origins of the three species (the Indian subcontinent in all cases), range expansions in Eurasia and nearby islands relate to early to mid Holocene human populations, but also with signals of later secondary colonisations. Through ancient DNA studies I found genetic continuity between temporally separated populations of black rats suggesting population persistence, and high levels of diversity in Songo Mnara, a Swahili stonetown in Tanzania. Knowledge of the colonisation history and genetic diversity of an introduced species is essential to understand their resilience in novel landscapes, and to identify pathways of invasion and, by proxy, human trade and exchange networks that facilitated their dispersal. My research contributes significantly to that end for three socially, economically and ecologically important species that are well-established in the Indian Ocean region and beyond.

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Manara, Serena. "Strain-level (meta)genomic profiling of bacteria from hospital pathogens to non-human primate commensals". Doctoral thesis, Università degli studi di Trento, 2019. http://hdl.handle.net/11572/243715.

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Studying microbial organisms at the level of single genetic variants (strains) is key not only for human pathogens but also for commensal members of the human microbiome. However, several limitations make isolation-based methods only partially effective in surveying the complexity of host-associated microbial communities. Novel biotechnological advances are revolutionizing the study of host-associated microbes, enabling the transition from low-resolution cultivation-based typing to cultivation-free metagenomic characterizations. In my doctoral work, I tested the hypothesis that appropriate analytical tools applied to genomic and metagenomic data can provide information about microbes at a resolution comparable to that of cultivation-based methods. To this end, I employed a set of integrated methods to reconstruct the genome and analyse the functional and transmission patterns of pathogenic and commensal microbes across human and non-human hosts in different contexts. We initially focused on the whole-genome sequencing of a cohort of 184 Staphylococcus aureus infections from patients with a set of diverse diseases at multiple departments of Meyer’s Children Hospital in Florence, Italy. By applying a combination of isolation-based techniques and computational analysis, we surveyed the epidemiology, transmission patterns, and genomic features associated with both highly-studied and under-investigated S. aureus clones. We identified new infective clones and two novel variants of the beta-lactam resistance cassette. We moreover profiled the virulence and resistance factors typically associated with this opportunistic pathogen, observed the dispensability of genes previously considered as putative targets for vaccine development, and tracked the transmission of a newly-emerging epidemic clone. We then focused on the challenging task of extracting strain-level genomic information from cultivation-free metagenomic sequencing of stool samples obtained from mothers and their infants during the first year of life. By applying genetic and pangenomic profiling tools, we showed that the spread of microbiome members can be inferred from metagenomes directly, and we tracked the vertical transmission of microbial strains from mother to her infant and their corresponding transcriptional profiles. This pilot study laid the foundations for larger cohort studies investigating microbiome transmission via metagenomic sequencing. The next step was the application of cultivation-free approaches to identify and survey currently neglected host-associated microbes. In order to explore those species lacking relatively close already sequenced genomes, we performed a large-scale assembly-based analysis to reconstruct high-quality microbial genomes for species and strains in the under-investigated microbiome of non-human primates (NHPs). Overall, less than one-quarter of the recovered genomes were assigned to known species or species previously observed in the human microbiome. The remaining genomes were assigned to over 1,000 new species, which improved the mappable fraction of NHP metagenomes by over 600%. The analysis of this newly-established catalog of NHP-associated species in the context of available human-associated microbial genomes further exposed the loss of biodiversity from wild and captive NHPs to non-Westernized and Westernized human populations, showing that microbiome members shared between NHPs and humans mostly belong to uncharacterized species that are heavily lifestyle-dependent. Through characterization of a cohort of Staphylococcus aureus isolates, tracking of transmission of commensals from mother to infant, and recovering of microbial dark matter associated with non-human primates, we showed that cultivation-free profiling of known and unknown host-associated species can achieve a resolution for comparative genomics that is close to that available for isolate sequencing.

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Manara, Serena. "Strain-level (meta)genomic profiling of bacteria from hospital pathogens to non-human primate commensals". Doctoral thesis, Università degli studi di Trento, 2019. http://hdl.handle.net/11572/243715.

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Studying microbial organisms at the level of single genetic variants (strains) is key not only for human pathogens but also for commensal members of the human microbiome. However, several limitations make isolation-based methods only partially effective in surveying the complexity of host-associated microbial communities. Novel biotechnological advances are revolutionizing the study of host-associated microbes, enabling the transition from low-resolution cultivation-based typing to cultivation-free metagenomic characterizations. In my doctoral work, I tested the hypothesis that appropriate analytical tools applied to genomic and metagenomic data can provide information about microbes at a resolution comparable to that of cultivation-based methods. To this end, I employed a set of integrated methods to reconstruct the genome and analyse the functional and transmission patterns of pathogenic and commensal microbes across human and non-human hosts in different contexts. We initially focused on the whole-genome sequencing of a cohort of 184 Staphylococcus aureus infections from patients with a set of diverse diseases at multiple departments of Meyer’s Children Hospital in Florence, Italy. By applying a combination of isolation-based techniques and computational analysis, we surveyed the epidemiology, transmission patterns, and genomic features associated with both highly-studied and under-investigated S. aureus clones. We identified new infective clones and two novel variants of the beta-lactam resistance cassette. We moreover profiled the virulence and resistance factors typically associated with this opportunistic pathogen, observed the dispensability of genes previously considered as putative targets for vaccine development, and tracked the transmission of a newly-emerging epidemic clone. We then focused on the challenging task of extracting strain-level genomic information from cultivation-free metagenomic sequencing of stool samples obtained from mothers and their infants during the first year of life. By applying genetic and pangenomic profiling tools, we showed that the spread of microbiome members can be inferred from metagenomes directly, and we tracked the vertical transmission of microbial strains from mother to her infant and their corresponding transcriptional profiles. This pilot study laid the foundations for larger cohort studies investigating microbiome transmission via metagenomic sequencing. The next step was the application of cultivation-free approaches to identify and survey currently neglected host-associated microbes. In order to explore those species lacking relatively close already sequenced genomes, we performed a large-scale assembly-based analysis to reconstruct high-quality microbial genomes for species and strains in the under-investigated microbiome of non-human primates (NHPs). Overall, less than one-quarter of the recovered genomes were assigned to known species or species previously observed in the human microbiome. The remaining genomes were assigned to over 1,000 new species, which improved the mappable fraction of NHP metagenomes by over 600%. The analysis of this newly-established catalog of NHP-associated species in the context of available human-associated microbial genomes further exposed the loss of biodiversity from wild and captive NHPs to non-Westernized and Westernized human populations, showing that microbiome members shared between NHPs and humans mostly belong to uncharacterized species that are heavily lifestyle-dependent. Through characterization of a cohort of Staphylococcus aureus isolates, tracking of transmission of commensals from mother to infant, and recovering of microbial dark matter associated with non-human primates, we showed that cultivation-free profiling of known and unknown host-associated species can achieve a resolution for comparative genomics that is close to that available for isolate sequencing.

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Carlotti, Arnaud. "Interaction "Candida kefir LY496 - levures autochtones" au cours de la production de biomasse de levure à partir de lactosérums bruts : sélection et optimisation d'une culture mixte". Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10175.

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Pour epurer et valoriser le lactoserum doux brut (non deproteine, non pasteurise), un procede de production de proteines de levure par culture de candida kefir ly496 avait ete mis au point. L'application de ce procede aux trois principales categories de lactoserums (lactoserum doux, lactoserum acide et permeat) bruts, a ete etudiee. Les interactions eventuelles (effet killer, nutritionnelles) entre la souche utilisee (c. Kefir ly496) et les levures autochtones presentes dans ces substrats et prealablement identifiees, ont ete recherchees. Seules les souches de l'espece candida valida ont ete retrouvees associees a candida kefir ly496. Une interaction de type commensal entre les deux especes, ayant pour mediateur l'ethanol a ete envisage et optimise. Cette culture mixte a permis, en batch (fermenteur 6 litres), un gain de productivite de 20%. En culture continue, a un taux de dilution de 0,20 h-l a 35#oc et ph 3,5 les performances se sont revelees stables, le lactose est alors totalement consomme et il ne substite pas d'ethanol dosable dans le milieu. La productivite est comprise entre 3,8+/ 0,4 kg. M-3 selon les substrats. Les rapports de population entre les deux especes c. Kefir et c. Valida sont stables; ils se situent respectivement a 60-40% sur lactoserum doux et permeat et a 40-60% sur lactoserum acide. La recuperation de la biomasse (ultrafiltration tangentille), sa composition (elementaire, teneurs en proteines et acides nucleiques, aninogramme) ainsi que son innocuite ont ete etudiees. Cette culture mixte du fait de ses caracteristiques biologiques et biochimiques, presente un interet majeur pour la production de proteines levures a partir des lactoserums bruts et des permeats laitiers

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Andersson, Jill, i Emma Karlsson. "Värdet av den pedagogiska måltiden : En narrativ studie av pedagogers berättelser". Thesis, Malmö universitet, Fakulteten för lärande och samhälle (LS), 2021. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:mau:diva-40047.

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Abstract I denna studie är syftet att ökaförståelsen för förskolemåltidens sociala värde och lärandemöjligheter, detta genom en kvalitativ ansats som bygger på en narrativ metod där vi utgår från pedagogers berättelser och erfarenheter. I studien användes tekniken intevjuer och åtta olika verksamma pedagoger från två olika förskolor har intervjuats. Den ena förskolan erbjuder pedagogiska måltider kostnadsfritt medan den andra förskolan inte erbjuder kostnadsfria måltider. Resultatet påvisar att pedagogerna ser den pedagogiska måltiden som en gemensam och social stund, en commensality som präglas av lugn och trivsam måltidsmiljö. Vidare betonar pedagogerna vikten av att vara en förebild under den pedagogiska måltiden. I resultatet framgår det även att pedagogerna var överens om att som pedagog är det en självklarhet att äta tillsammans med barnen. Pedagogernas narrativ är samstämmig och kan därmed förstås som en del av förskolans kunskapskultur, och en praktikgemenskap som ses meningsfull och viktig att bevara.

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Smati, Mounira. "Place de la structure génétique de l'espèce Escherichia coli dans l'état de son commensalisme intestinal et dans l'expression de sa virulence". Thesis, Paris 13, 2014. http://www.theses.fr/2014PA132041/document.

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Escherichia coli est le commensal aérobie le plus fréquent du tube digestif de l’homme et des animaux à sang chaud et le bacille à Gram négatif pathogène opportuniste le plus souvent impliqué dans les infections intestinales et extra intestinales de l’homme. C’est une espèce clonale chez laquelle 4 groupes phylogénétiques principaux, A, B1, B2 et D ont été décrits. L’objectif de cette thèse est d’étudier l’adaptation de E. coli et les rapports de cette adaptation avec la structure génétique de l’espèce caractérisée par les 4 groupes phylogénétiques dans deux circonstances : le commensalisme intestinal de l’homme et de plusieurs espèces animales sauvages et domestiques, herbivores et omnivores d’une part et la virulence extra-intestinale mesurée par l’expression des gènes codants pour un sidérophore, la yersiniabactine, dont les gènes sont situés au sein de l’ilot de pathogénicité HPI (PAI IV). La répartition dans les 4 groupes phylogénétiques des souches commensales du tube digestif de 100 hommes et de 137 animaux a été étudiée par une technique de PCR en temps réel originale. Trois principaux entérocolitypes, correspondant à des associations préférentielles de phylogroupes ont été ainsi décrits comme plus fréquents en fonction de la nature des hôtes.Chez l’homme, les souches du groupe B2 ont été retrouvés exclusives chez 15 % des individus et ont été clairement distinctes des souches B2 des animaux sauvages par la plus grande fréquence de leurs facteurs de virulences (sfa/foc et pks). L’effet du fond génétique des sous groupes II, III et IX du groupe B2 sur l’expression de la virulence liée au HPI a été étudié dans un modèle murin de virulence extra-intestinale et dans un modèle d’amibe sociale Dictyostelium discoideum, pouvant être assimilé à un macrophage. Le HPI chez E. coli interagît avec la clonalité de l’espèce qui s’exprime par l’existence des sous-groupes de B2. Dans les modèles de virulence que nous avons développés, les mêmes gènes ont, en fonction du fond génétique des différents isolats naturels, des effets différents
Escherichia coli is the most abundant aerobic bacteria of the human microbiota, and a major opportunistic pathogen in humans. It is the clonal species for wich main phylogenetic groups have been described. The aim of this thesis is to study E. coli adaptation through the genetic structure of the specis in two circumstances : the intestinal comensalism, and the extra-intestinal virulence estimated via expression of genes encoding for yersiniabactin, a major siderophore, located on a high patogenicity island (HPI). The repartition of the 4 phylogroups has been studied in faecal microbiota of 100 humans and 137 animals thanks to an original quantitative PCR assay. Three main enterocolitypes, corresponding to associations of phylogroups, have been described. In humans, B2 phylogroup strains were exclusive in 15% of individuals and were shown to be clearly distinct from animal B2 strains on the base of the presence of two virulence factors (sfa/foc and pks). The impact of the genetic background of the B2 sub-groups II, III an IX on the virulence based on HPI was studied in a mice model and in an amoeba model Dictyostelium discoideum. The HPI interacts with the clonality of the species represented by the existence of the B2 subgroups

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Elkabir, Mohamed Abdulla. "Oral commensals in health and disease with special reference to candida infection in HIV-infected patients". Thesis, University of Bristol, 1993. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.333952.

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De, Filippi Sara <1977&gt. "Importanza dell'interazione tra la dieta, i microrganismi commensali e la microflora patogena, nel suino in svezzamento". Doctoral thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2008. http://amsdottorato.unibo.it/1089/1/Tesi_De_Filippi_Sara.pdf.

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De, Filippi Sara <1977&gt. "Importanza dell'interazione tra la dieta, i microrganismi commensali e la microflora patogena, nel suino in svezzamento". Doctoral thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2008. http://amsdottorato.unibo.it/1089/.

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Nepelska, Małgorzata. "Deciphering the molecular language of our intestine : Commensals bacteria and their crosstalk with chosen transcription factors". Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066620.

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Nous avons cherché à déchiffrer les mécanismes moléculaires du dialogue entre le microbiote intestinal et son hôte. Cette interaction est maintenant bien connue pour avoir un impact bénéfique sur l'hôte et son état de santé. Ainsi, nous avons cherché à appréhender l’importance de facteurs de transcription, clés pour l'épithélium intestinal, impliqués dans la modulation des voies immunitaire (NFkB et AP-1) et métaboliques (AhR, PPARy) par le microbiote en utilisant la technologie des gènes rapporteurs dans des essais cellulaires. L'étude est divisée en deux parties, l'une où nous avons étudié des bactéries commensales cultivables de l'intestin humain, et la seconde où nous avons ciblé l’ensemble du microbiote incluant la fraction non-cultivable à l’aide de banques métagénomiques issues de fèces humains. Nous avons testé des milieux conditionnés (CM) de bactéries commensales pour leurs effets sur les voies de transcription AP-1 et PPARγ. Grâce à cette approche, nous avons identifié 2 mécanismes d'actions de métabolites bactériens, l'un pour les bactéries productrices de ces AGCC, et l'autre, via un (des) métabolite encore inconnu. Par ailleurs, nous avons identifié une interaction particulière entre le récepteur nucléaire AhR et une bactérie obtenue d’isolat clinique de patients atteints de maladie coeliaque. Dans la dernière partie, nous décrivons l'identification d'un clone métagénomique bioactif provenant de banques métagénomiques, dérivée d'une bactérie Gram +, présente un intérêt thérapeutique potentiel. Ces travaux contribuent à élucider le rôle du dialogue microbiote intestinal-hôte dans le développement et le maintien d'une bonne santé intestinale
We aimed at deciphering the molecular mechanisms of the dialogue between the intestinal microbiota and host. This interaction has been shown to have beneficial impact on the host and his health. Thus, we studied the modulation of major immune (NFkB and AP-1) and metabolic (AhR, PPARγ) regulators in the intestinal epithelium by the microbiota using cell-based reporter assays. The study is composed of two parts, one where we studied the cultivable commensal bacteria and the latter where we targeted the total, yet, uncultivable fraction derived from metagenomic libraries. We tested the commensal bacterial conditioned media (CMs) for their effect on AP-1 and PPARγ pathway. Using our approach, we identified 2 putative mechanisms of actions of bacterial metabolites, one linked to SCFA producing bacteria, and the other, as yet unknown metabolite. Moreover the crosstalk between the AhR receptor and clinical isolate derived from patients was studied. In the last part, we present the identification of a bioactive clone originating from the metagenomic libraries, derived from a Gram+ bacteria and presents potential therapeutic interest. This research help us to elucidate the role of the host-gut microbiota cross-talk in the development and maintenance of a healthy gut and identify further mechanisms underlying the dialogue between the intestinal microbiota and their host

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Rozprawy doktorskie na temat „Commensalism”

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