Tesi: "Virus SARS-CoV-2"

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Condé, Lionel. "Contrôle traductionnel du SARS-CoV-2". Electronic Thesis or Diss., Lyon, École normale supérieure, 2024. http://www.theses.fr/2024ENSL0010.

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Abstract (sommario):

Endant l’infection virale, la régulation de l’expression des gènes est au cœur des interactions complexes entre l'hôte et le pathogène. Les virus exploitent la machinerie cellulaire de l'hôte pour assurer la synthèse de leurs protéines nécessaires pour la réplication et la propagation de l'infection. C'est notamment le cas lors de l'infection par le SARS-CoV-2, qui induit rapidement une inhibition globale de la traduction cellulaire grâce à l'action de facteurs viraux tels que la protéine Nsp1. Pour produire efficacement ses protéines, le virus doit alors mettre en place des stratégies pour contourner cette inhibition. Le génome du SARS-CoV-2 s'exprime à partir de 10 ARN, l'ARN génomique (ARNg) et 9 ARN sous-génomiques qui possèdent une région leader commune mais des régions 5'UTR uniques pour chacun des transcrits. Mon travail s'est concentré sur les éléments structuraux qui régulent la traduction des différents ARN du SARS-CoV-2.À travers un ensemble d’expériences in vitro (lysat de réticulocytes) et en cellules, nous avons découvert que l’efficacité de traduction variait significativement entre les différents ARN viraux. En particulier, l'ARN génomique, malgré sa structure complexe, se distingue par une efficacité de traduction particulièrement élevée. Nous avons aussi déterminé que la structure tige-boucle SL1, présente dans l’ensemble des transcrits viraux, était un déterminant majeur pour l'expression des ARN et qu'elle jouait également un rôle crucial pour contrer l'inhibition induite par la protéine virale Nsp1. Nous avons établi que l'initiation de la traduction se déroulait par un mécanisme dépendant de la coiffe et nécessitait le complexe eIF4F. Enfin notre étude a également permis de caractériser le rôle de deux courtes phases de lecture ouvertes (uORF) retrouvées dans certaines régions 5'UTR des ARN du SARS-CoV-2; ces uORFs ont des impacts variables selon leur position
During viral infection, the regulation of gene expression is central to the complex interactions between the host and the pathogen. Viruses exploit the host's cellular machinery to ensure the synthesis of their proteins, which are necessary for replication and the spread of the infection. This is particularly the case with SARS-CoV-2 infection, which rapidly induces a global inhibition of cellular translation through the action of viral factors such as the Nsp1 protein. To efficiently produce its proteins, the virus must implement strategies to bypass this inhibition. The SARS-CoV-2 genome is expressed from 10 RNAs, the genomic RNA (gRNA) and 9 subgenomic RNAs that possess a common leader region but unique 5'UTR regions for each of the transcripts. My work focused on the structural elements that regulate the translation of the different SARS-CoV-2 RNAs.Through a series of in vitro (reticulocyte lysate) and in-cell experiments, we discovered that the translation efficiency varied significantly among the different viral RNAs. In particular, the genomic RNA, despite its complex structure, distinguishes itself by its remarkably high translation efficiency. We also determined that the SL1 stem-loop structure, present in all viral transcripts, was a major determinant for RNA expression and also played a crucial role in countering the inhibition induced by the Nsp1 viral protein. We established that translation initiation occurred through a cap-dependent mechanism and required the eIF4F complex. Finally, our study also characterized the role of two short upstream open reading frames (uORFs) found in certain 5'UTR regions of SARS-CoV-2 RNAs; these uORFs have variable impacts depending on their position

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Pisil, Yalcin. "The Study on Neutralization of Human Immunodeficiency Virus and SARS CoV-2 - Neutralization Resistance of SHIV and Neutralization Assay for SARS CoV-2 -". Doctoral thesis, Kyoto University, 2021. http://hdl.handle.net/2433/264673.

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Abstract (sommario):

京都大学
新制・課程博士
博士(人間・環境学)
甲第23392号
人博第1005号
新制||人||237(附属図書館)
京都大学大学院人間・環境学研究科相関環境学専攻
(主査)准教授三浦智行, 教授川本卓男, 准教授西川完途
学位規則第4条第1項該当
Doctor of Human and Environmental Studies
Kyoto University
DFAM

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Courjon, Johan. "Activation de l’inflammasome NLRP3 au cours des bactériémies à E. coli ou S. aureus et durant l’infection à SARS-CoV-2". Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2021. http://www.theses.fr/2021COAZ6009.

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Abstract (sommario):

A la phase précoce d’une infection bactérienne ou virale l’immunité innée est capable de détecter certains motifs microbiens conservés (PAMP) reconnus par des récepteurs dédiés à ces motifs (PRR) permettant ainsi d’amorcer la réaction pro-inflammatoire via différentes voies de signalisation. Les inflammasomes représentent une catégorie de PRR capable de transformer la pro-IL-1β et la pro-IL-18 en cytokines pro-inflammatoires actives ainsi que d’induire une mort cellulaire pro-inflammatoire nommée pyroptose. NLRP3 est l’inflammasome le plus étudié. De nombreuses bactéries et de nombreux virus ont été décrits comme pouvant soit activer soit inhiber l’inflammasome NLRP3 mais l’implication clinique de cette activation ou inhibition, reste pour le moment indéterminée. L’objectif de ma thèse était d’étudier l’implication de l’inflammasome NLRP3 au cours de la bactériémie chez l’homme. L’apparition de l’épidémie de COVID-19 nous a permis d’élargir cette étude à l’infection par le SARS-CoV-2. Le protocole NLRP3-BACT nous a permis de mettre en œuvre un test cellulaire à partir du sang total afin d’évaluer le niveau d’activation de la Caspase-1 dans les monocytes et polynucléaires neutrophiles (PNN) ainsi que le potentiel d’activation de l’inflammasome NLRP3 dans ces cellules chez des patients présentant une bactériémie à S. aureus ou E. coli via une analyse par cytométrie en flux (signal FAM-FLICA).Le protocole CoVinnate avait pour objectif l’utilisation du test cellulaire précédemment mentionné afin de décrire l’activation d’une partie du système immunitaire inné dans les différentes cellules myéloïdes circulantes des patients COVID-19 ainsi que l’évaluation de ce test en tant qu’outil pronostique.Pour NLRP3-BACT 22 patients ont été inclus depuis le début de de l’étude, 16 ont bénéficié d’une analyse cytométrique. Dans cette première série de patients inclus nous avons mis en évidence que les monocytes présentent un potentiel d’activation de la Caspase-1 par Nigéricine+LPS plus important que les donneurs sains. Par ailleurs, l’activation basale de cette caspase dans les monocytes est plus importante chez les patients de réanimation et ceux infectés par E. coli. Enfin la multiplication de la MFI du signal FAM-FLICA induite par Nigéricine+LPS est plus important pour les patients de médecine comparativement aux patients de réanimation.Pour CoVinnate, 66 patients COVID-19 et 24 donneurs sains ont été inclus durant la période de l’étude. Dans les cellules CD66b+ CD16dim nous avons observé une diminution significative du signal de la sonde FAM-FLICA chez les patients les plus sévères comparativement aux témoins. Au sein des granulocytes, l’activation de la Caspase-1 induite par la Nigéricine était altérée dans les granulocytes CD66b+ CD16dim selon le degré de sévérité des patients. Nous avons enregistré une augmentation de l’activation de NLRP3 induite par la Nigéricine dans les monocytes non-classiques isolés chez les patients les plus graves, cet effet était inversement corrélé au nombre total de monocytes non-classiques. Chez les patients les plus sévères on notait une augmentation du nombre de cellules CD66b+CD16dimCD15+CD10- correspondant à des neutrophiles immatures. Nous avons utilisé la diminution des monocytes non-classiques et le défaut d’activation de NLRP3 par la Nigéricine des granulocytes CD66b+ CD16dim pour construire un score pronostique. Nous avons mis en évidence une corrélation entre ce score et le rapport SpO2 / FiO2 le jour de l’inclusion ainsi que 48 heures plus tard. Nous avons également constaté une association significative de ces deux marqueurs avec l’évolution finale des patients. Mon travail a permis de mieux comprendre l’implication de l’inflammasome NLRP3 chez l’homme au cours de la bactériémie et durant l’infection à SARS-CoV-2. Nous envisageons d’utiliser ces travaux pour caractériser la réponse des patients aux traitements immunomodulateurs utilisés dans la COVID-19 notamment les corticoïdes
At the early phase of bacterial or viral infections, innate immunity is able to detect some conserved microbial motifs (PAMP) recognized by receptors dedicated to these motifs (PRR), thus making it possible to initiate the pro-inflammatory reaction via different signaling pathways. Inflammasomes represent a family of PRR able to transform pro-IL-1β and pro-IL-18 into active pro-inflammatory cytokines as well as inducing a pro-inflammatory cell death called pyroptosis. NLRP3 is the most studied inflammasome. Many bacteria and viruses have been described as being able to either activate or inhibit the NLRP3 inflammasome, but the clinical implication of this activation or inhibition, under the control of a particular microorganism, remains undetermined at this time.The objective of my thesis was to study the involvement of the NLRP3 inflammasome during bacteremia in humans. The onset of the COVID-19 epidemic allowed us to expand this study to SARS-CoV-2 infection.The NLRP3-BACT protocol allowed us to implement a cellular test performed on whole blood to assess the level of Caspase-1 activation in monocytes and polymorphonuclear neutrophils (PMN) as well as the activation potential of the NLRP3 inflammasome in these cells in patients with S. aureus or E. coli bacteremia via flow cytometry (fluorescent inhibitor probe, FAM-FLICA).The objective of the CoVinnate protocol was to use the aforementioned cellular test to describe the activation of a part of the innate immune system in the various circulating myeloid cells of COVID-19 patients as well as the evaluation of this test as a prognostic tool.For NLRP3-BACT 22 patients have been included since the start of the study, 16 have undergone cytometric analysis. In this first series of patients included, we demonstrated that monocytes have a greater potential for Caspase-1 activation by Nigericin+LPS than healthy donors. In addition, basal activation of this caspase in monocytes is greater in intensive care patients and in those infected with E. coli compared to the ID ward and S. aureus respectively. Finally, the multiplication of the MFI of the FAM-FLICA signal induced by Nigericin + LPS is more important for medical patients compared to intensive care patients.For CoVinnate, 66 COVID-19 patients and 24 healthy donors were included during the study period. In CD66b+ CD16dim cells, we observed a significant decrease of the FAM-FLICA probe signal in the most severe patients compared to the controls. Within granulocytes, the activation of Caspase-1 induced by Nigericin was decreased in CD66b+ CD16dim cells according to the severity of the patients. We recorded an increase in Nigericin-induced activation of NLRP3 in non-classical monocytes isolated from the most severe patients, this effect was inversely correlated with the total number of non-classical monocytes. In the most severe patients there was an increase in the number of CD66b+CD16dimCD15+CD10- cells corresponding to immature neutrophils.We used the decreased number in non-classical monocytes and the failure of NLRP3 activation upon nigericin activation in CD66b + CD16dim granulocytes to build a prognostic score. We found a correlation between this score and the SpO2 / FiO2 ratio on the day of inclusion as well as 48 hours later. We also found a significant association of these two markers with the final outcome of the patients.My work has led to a better understanding of the involvement of the NLRP3 inflammasome in humans during bacteremia and during SARS-CoV-2 infection. We plan to use this work to characterize the response of patients to immunomodulatory treatments used in COVID-19, including corticosteroids

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Venkatesan, Lavanya. "Identifying and Tracking the Evolution of Mutations in the SARS-CoV-2 Virus". Thesis, Virginia Tech, 2021. http://hdl.handle.net/10919/103939.

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Abstract (sommario):

SARS-CoV-2 is caused by a pathogenic and highly transmissible beta coronavirus leading to severe infections in immuno-compromised individuals. This study first evaluates the primers used in the Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) to detect SARS-CoV-2 by understanding how mutations might affect the primer efficiency with the SARS-CoV-2 sequences. Mutations on the Spike protein of SARS-CoV-2 are the most important as the spike protein mediates the viral entry into host cells. This study tracks the course of mutations on the spike protein by focusing on the haplogroups of the sequences across the world. A comprehensive database linking three important, currently available databases is curated as part of this study to fill the gaps caused by sequencing errors. Further, this study exploits the data generated by the Illumina and Oxford Nanopore next generation sequencing methods to study the evolution of mutations in a single Septuagenarian patient over an infection period of 102 days using the gene analysis software Geneious Prime.
Master of Science
A novel corona virus named Severe Acute Respiratory Syndrome Corona Virus 2 (SARS-CoV-2) has taken down the entire world by causing Covid-19 pandemic. Initially detected in Wuhan, China, the virus has now made its way to more than 200 countries with a heavy death toll. Understanding the virus through mutation tracking and improving diagnostics and vaccine design have now become the top priority of researchers. Most of these researchers depend on quality viral sequence datasets to identify and track mutations. One aim of this study is to provide a comprehensive dataset linking the GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), NCBI (National Center for Biological Information) and the SRA (Sequence Read Archive) sequences. The dataset can be used for genome analysis and mutation tracking which can provide important insights for vaccine design and in improving diagnostic assays. In addition, this study provides an analysis of viral mutations in in the genomic regions targeted by commonly used primers in the RT-PCR tests for SARS-CoV-2 that may affect the efficiency of detection. This study also uses the haplogroup information of people across the world to track the D614G mutation on the S gene of SARS-CoV-2 as it may be associated with increased transmissibility. To track the course of mutations in SARS-CoV-2, it is important to analyze the sequencing data provided by the Illumina and Oxford Nanopore next generation sequencing methods. We present a case study to investigate the course of SARS-CoV-2 mutations in a single septuagenarian patient over a period of 102days using the Sequence Read Archive (SRA) data generated by two Next Generation Sequencing methods and compare the advantages that one has over the other.

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Gouin, Carla. "Tropisme cellulaire initial du SARS-CoV-2 dans le poumon humain : du poumon entier aux sous-populations de macrophages". Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASL147.

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Abstract (sommario):

Les mécanismes pathogéniques impliqués dans les phases initiales de l'infection par le SARS-CoV-2 restent mal compris au niveau pulmonaire, en dépit d'une abondante activité de recherche depuis l'émergence de la pandémie COVID-19. Des travaux conduits sur des modèles de culture de cellules humaines isolées, d'explants, d'organoïdes ou de lung-on-a-chip ont donné des résultats discordants quant aux cibles initiales pulmonaires principales du virus et à la réponse innée induite. Dans ce travail de thèse, j'ai évalué un modèle original d'étude des premières étapes de l'infection virale qui consiste à infecter un poumon humain entier maintenu vivant ex vivo selon une technique utilisée couramment en transplantation pulmonaire, permettant ainsi d'étudier l'infection dans des conditions respectant les interactions spatiales. Cette technique (perfusion pulmonaire ex vivo, PPEV) consiste à ventiler et perfuser des poumons pendant quelques heures et conduit à évaluer et réhabiliter des poumons dits marginaux. Par la technique de RNA-seq sur cellule unique, nous avons découvert que le poumon entier maintenu sous PPEV sans virus présente un programme d'activation génique particulier que nous avons exploré dans un premier volet de la thèse. Ainsi nous avons mis en évidence, que la PPEV en elle-même induit une réponse inflammatoire qui varie en fonction du temps et des types cellulaires. Cette réponse s'accompagne d'une signature génique indiquant une réduction de la signalisation du cytosquelette dans les cellules épithéliales alvéolaires de type 2 et les cellules endothéliales, ainsi qu'une réduction de la migration et de l'activation des lymphocytes et cellules dendritiques. Ce travail révèle pour la première fois la réponse biologique à la PPEV en fonction des types cellulaires, potentiellement associée à des effets sur les suites cliniques. Dans un second temps, nous avons infecté sous PPEV des poumons avec différents isolats viraux et réalisé des analyses de RNA-seq sur cellule unique qui ont révélé que les macrophages alvéolaires (AMs) et ceux dérivés des monocytes (MoMacs) sont les cibles principales du virus. Par contre, les cellules épithéliales et les sous-populations de monocytes pulmonaires ne sont pas significativement associées au virus. Nous avons étudié la réponse de différents types de monocytes/macrophages in vitro après dissociation de tissus pulmonaire humain, tri en cytométrie puis culture avec le virus. Nous avons révélé des réponses spécifiques inflammatoires en fonction des populations cellulaires, des souches virales et des doses, les cellules MoMacs étant les plus inflammatoires en réponse au virus. Ces résultats originaux mettent en évidence le rôle des macrophages à l'étape initiale de l'infection et suggèrent que leur réponse pourrait conditionner l'apparition des lésions ultérieures associées à la gravité en fonction de la composition initiale alvéolaire en sous populations de monocytes/macrophages, de la souche virale et de la dose. Dans un projet parallèle, j'ai étudié une méthode visant à réduire cette inflammation, sur poumon de porc, en procédant à une dialyse du perfusat pour éliminer les déchets métaboliques accumulés. Nous avons montré que la dialyse ne réduit pas l'inflammation, mais l'augmente plutôt, après 6 ou 12 heures.Au total, ce projet de thèse a montré les atouts et les limites d'un modèle d'infection virale de poumon entier maintenu ex vivo. Il a mis en lumière l'implication des sous-populations de monocytes/macrophages dans les premières étapes de l'infection par le SARS-CoV-2. Il a également conduit à mieux comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans la technique de maintien ex vivo du poumon, ce qui sera utile pour améliorer la conduite de la transplantation
The pathogenic mechanisms of the initial phase of the SARS-CoV-2 infection remain poorly understood at the pulmonary level, despite strong research efforts since the emergence of the COVID-19 pandemics. Studies conducted with various models, including isolated human cell cultures, explants, organoids or lung-on-a-chip systems have generated conflicting results concerning the primary pulmonary targets of the virus and the induced innate immune responses.In my thesis, I evaluated an original model for studying the early stages of viral infection. This model involves the infection of a whole lung that is maintained ex vivo with a technique used in lung transplantation, allowing the study of infection under conditions that preserve spatial interactions. This technique (ex-vivo lung perfusion, EVLP) involves ventilating and perfusing lungs for several hours and has the potential to evaluate and rehabilitate marginal lungs. We conducted single-cell RNA-seq analyses and we discovered that the whole lung maintained under EVLP without the virus displayed a specific gene activation program, which we analyzed in the first part of my thesis. We found that EVLP in itself induced an inflammatory response that varied over time and across cell types. This response was accompanied by gene signatures indicating reduced signaling of cytoskeleton in alveolar type 2 epithelial cells and endothelial cells, as well as reduced cell migration and activation of lymphocytes and dendritic cells. This work reveals, for the first time, the biological responses to EVLP based on cell types that may be related to the clinical outcomes. In the second part of my thesis, we infected lungs under EVLP with different viral isolates and conducted single-cell RNA-seq analyses. These analyses revealed that alveolar macrophages (AMs) and monocyte-derived macrophages (MoMacs) are the primary targets of the virus. Epithelial cells and pulmonary monocyte subpopulations were not significantly associated with the virus. We studied the response of the monocyte/macrophage populations in vitro after dissociation of human lung tissue, flow cytometry sorting and culture with the virus. We observed specific inflammatory responses depending on cell subsets, viral strain and doses, with MoMacs being the most inflammatory. Our original work reveals the role of monocyte/macrophage subsets in the initial phases of the SARS-CoV-2 infection and suggests that the initial response of alveolar monocyte/macrophages will drive the subsequent development of lung injuries, depending on the composition in AMs and MoMacs, the viral strain and doses. In a parallel project, we investigated the effects of a method aimed at reducing the inflammation during EVLP, on porcine lung, by performing a dialysis of the perfusate to remove accumulated metabolic wastes. However, our findings showed that dialysis did not reduce inflammation; rather, it increased inflammation after 6 or 12 hours.Overall, this thesis project has demonstrated the strengths and limitations of a whole lung viral infection model maintained ex-vivo. It has highlighted the involvement of monocyte/macrophage subpopulations in the initial step of SARS-CoV-2 infection and has also contributed to a better understanding of the cellular and molecular mechanisms involved in the ex vivo lung maintenance technique, which will be useful for improving lung transplantation procedures

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Mazzini, Livia. "VIRUS PANDEMICI EMERGENTI: VALUTAZIONE IMMUNOLOGICA DEL VIRUS INFLUENZALE A/VIETNAM/1194/2004 (H5N1) E DEL NUOVO SARS-COV-2". Doctoral thesis, Università di Siena, 2021. http://hdl.handle.net/11365/1126879.

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Abstract (sommario):

The historical moment we are experiencing has raised global awareness about the importance of identifying the main characteristics of emerging pandemic viruses in order to limit the damage caused by infection-associated diseases and safeguard global health. This work included two main studies focused on pandemic A/Vietnam/1194/2004 (H5N1) and the novel SARS-CoV-2, respectively. H5N1 is a type of influenza virus that causes a highly infectious, severe respiratory disease in birds called avian influenza (or "bird flu"). Influenza A viruses circulating among poultry have the potential to recombine with human influenza A viruses and become transmissible among humans. The aim of the first study was to determine the efficacy of pandemic influenza vaccine against influenza strain A/Vietnam/1194/2004 (H5N1). Immunogenicity for the homologous strain A/Vietnam/1194/2004 (H5N1) was investigated using Haemagglutination Inhibition assay (HAI), Micro-Neutralization (MN) and Single Radial Hemolysis (SRH). In order to evaluate cross-protective immunity, serum samples have been assessed to determine the antibody response versus heterologous flu strains (A/Turkey/Turkey/1/2005 (H5N1) and A/Anhui/1/2005 (H5N1)), applying the same tests (HAI, MN, SRH) plus Enzyme Linked Lectin Assay (ELLA) for the antibody response against the Neuraminidase (NA) protein. A first analysis has been carried out considering the seroconversions for two distinguished cohorts: vaccine dose 15µg and 30µg, and age dependent groups 18-40 and 41-60 years old. In the second analysis, all the study methods previously shown were assessed, by evaluating the seroprotection. The results obtained showed the dominance of homologous response anti-A/Vietnam/1194/2004 compared to the heterologous A/H5 strains. In the dose-related evaluation, the same MN seroconversion rate is provided for A/Vietnam/1194/2004, but the 30µg dosage seemed to provide advantage for heterologous strain. ELLA assay revealed that, the administration of A/H5N1/Vietnam vaccine evoke a high response also for the N1 A/California. Regarding the age-effect, the group of younger people achieved a greater effect from each of the two doses received, compared to the group of older subjects. The newly identified coronavirus, named Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) emerged in Wuhan, Hubei province, China, in December 2019 and quickly spread throughout the world and was declared a pandemic on March 11th 2020. The diagnosis of Coronavirus associated disease (COVID-19) is currently based on the detection of viral RNA in nasopharyngeal swabs by means of molecular-based assays, such as real-time RT-PCR. Serological assays aimed at detecting different classes of antibodies could be the best surveillance strategy and can be useful in evaluating of immunogenicity of novel future vaccines for the prevention of COVID-19 disease. The aim of this second study was to determine SARS-CoV-2-specific antibodies in human serum samples by means of different commercial and in-house ELISA kits, in order to evaluate and compare their results first with one another and then with those yielded by functional assays using wild-type virus. Before starting, a set-up and validation of in-house ELISA was developed; several purified recombinant S-proteins (S1 and RBD domain) were tested for their ability to detect specific human antibodies and ELISA test was standardized to be as sensitive and specific as possible. For this second study 181 human serum samples were tested by means of in-house ELISA S1 and RBD-specific IgG, IgM and IgA and by means of the Euroimmun S1 Commercial ELISA kit, along with the functional MN assay. Our results showed, the highest agreement between the in-house ELISA IgG and IgA RBD and MN and confirm that the antibodies targeting the RBD domain have the highest probability of being neutralizing. We also noticed that the IgA response was closely linked with a positive MN response and in those subjects in whom we registered a high neutralization titer, we always observed a positive IgA signal. We also evaluated the ELISA IgG subtyping response and our results, showed a strong reactivity for IgG1 and IgG3 against RBD in almost all samples. This second study had two major goals: to standardize ELISAs able to detect different classes of immunoglobulins, and to broaden the data-set of information on comparisons between the results of different serological tests, which could be precious for future evaluations of serological diagnoses and vaccine assessments. The present study constitutes preliminary research into the development of an ELISA that can semi-quantify anti-SARS-CoV-2 human antibodies in a specific and repeatable way.

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Gruvnäs, Amanda. "Avloppsvattenbaserad epidemiologi med fokus på SARS-CoV-2 : Analys inom Västerås kommun". Thesis, Uppsala universitet, Institutionen för biologisk grundutbildning, 2021. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-451696.

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Abstract (sommario):

Globalt har hela världens befolkning påverkats både ekonomiskt och psykiskt av coronaviruset SARS-CoV-2, som har drabbat så många människor med covid-19 att det klassas som en pandemi. Strax efter pandemins utbrott upptäcktes det att viruset utsöndras från avföring och ut i spillvattennätet som leder till reningsverken. Då virusmängden ökar i avloppsvattnet ökar även covid-19 fallen i samhället. Ökning av virusmängd i avloppsvatten kan nämligen signalera om att det förekommer smittspridning i samhället. Avloppsvattenbaserad övervakning kan dock användas som komplement till andra teststrategier vilket EU-kommissionen har nämnt i en rekommendation. Trender kan analyseras för att i ett tidigt skede informera sjukvård och regioner om ökad smittspridning. På Kungsängens reningsverk i Västerås kommun har Mälarenergi analyserat avloppsvattnet för att ta reda på om ökning av virus i avloppsvatten kan indikera på ökad smittspridning i Västerås kommun. De har samlat in proverna och skickat det till SGS Analytics AB Sweden som har analyserat proverna med RT-qPCR. CT-värdena har normaliserats med vattenflöden. Korrelationstest har gjorts mellan virusmängd i avloppsvattnet och covid-19 fall, dödsfall samt IVA-fall. Det fanns ett signifikant svagt negativt samband mellan virusmängd i avloppsvatten och covid-19 fall per vecka. Mellan virusmängd och IVA-fall eller dödsfall fanns inget samband. Det finns en del felkällor som kan ha påverkat virusmängden. Vid höga vattenflöden kan PCR inhibitorer från tillskottsvatten och lakvatten ha påverkat CT-värdena. Värdena är höga på sommaren trots att covid-19 fall, dödsfall och IVA-fall var som lägst. Inhibitorer skapar direkt eller indirekt högre CT-värden vilket tolkas som lägre virusmängder.

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Marot, Stéphane. "Étude de la réponse humorale lors de l'infection par le SARS-CoV-2". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS722.

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Abstract (sommario):

Au début de la pandémie de COVID-19, nous ne disposions que de peu de données portant sur la réponse humorale spécifique anti-SARS-CoV-2 et elles étaient principalement issues des connaissances des coronavirus humains proches. L’objectif de ce travail était de décrire la cinétique de la réponse humorale et son activité neutralisante à la suite d’une infection par le SARS-CoV-2 ou au décours d’une vaccination contre le COVID-19. Dans notre première étude, nous avons pu décrire, chez des professionnels de santé ayant présenté un COVID-19 modéré, la cinétique d’apparition de différents isotypes d’anticorps dirigés contre différents antigènes viraux. Nous avons montré une disparition précoce de l’activité neutralisante sérique après l’infection, principalement liée à la disparition des IgA sériques et malgré une augmentation de la capacité de neutralisation des IgG au cours du temps. Dans notre seconde étude, nous avons décrit un échappement des variants du SARS-CoV-2 à cette réponse neutralisante, avec des profils d’échappement variables en fonction du variant et du type d’anticorps générés (post-infectieux ou post-vaccinaux). Dans notre dernière étude, nous avons évalué des tests de substitutions pour la détermination des anticorps neutralisants (NAbs) en fonction de différents variants du SARS-CoV-2 et de différents profils d’histoire immunologique. Nous avons montré une bonne performance de ces tests en adaptant les seuils en fonction du variant du SARS-CoV-2 considéré, un échappement important du variant Omicron aux NAbs et que le titre de NAbs était le plus élevé chez les personnes avec un antécédent de COVID-19 ayant reçu une dose de vaccin. Plusieurs études ont confirmé que les NAbs étaient fortement prédictifs de la protection immunitaire contre l'infection par le SARS-CoV-2. Toutefois, le déclin rapide de ces anticorps dans l’histoire naturelle de l’infection ou de la vaccination contre le SARS-CoV-2, associé à la circulation de variants échappant à la réponse neutralisante ainsi qu’à la variabilité individuelle de la réponse immunitaire et les différents profils d’histoire immunologique que l’on peut présenter, démontrent l’importance de l’étude des NAbs afin de pouvoir réévaluer en permanence les corrélats de protection en contexte d’évolution de la situation épidémiologique
At the beginning of the COVID-19 pandemic, we had limited data on the specific humoral response against SARS-CoV-2, only derived from knowledge of closely related human coronaviruses. The aim of this work was to describe the kinetics of the humoral response and its neutralizing activity following SARS-CoV-2 infection or COVID-19 vaccination. In our first study, we described the kinetics of different isotypes of antibodies directed against different viral antigens in healthcare workers who had experienced mild COVID-19. We observed an early decline in serum neutralizing antibodies (NAbs) after infection, primarily associated with the decrease in serum IgA levels, despite an increase in the neutralization capacity of IgG over time. In our second study, we described the escape of SARS-CoV-2 variants from NAbs, with escape profiles depending on the variant and the type of antibodies elicited (post-infection or post-vaccination). In our latest study, we evaluated surrogate tests for the assessment of NAbs, against different variants of SARS-CoV-2 and various immunological history patterns. We showed a good test performance by adjusting the thresholds based on the specific SARS-CoV-2 variant considered. We also found a significant escape of the Omicron variant from NAbs and showed that NAb titers were highest in individuals with a history of COVID-19 who had received a vaccine dose. Several studies have confirmed that NAbs are good correlates of immune protection against SARS-CoV-2 infection. However, the rapid decline of these antibodies in the natural course of infection or vaccination, coupled with the circulation of variants, as well as individual variability in the immune response, highlight the importance of studying NAbs to continuously reassess correlates of protection in the context of evolving epidemiological situations

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Decarreaux, Dorine. "Séroprévalence des IgG dirigées contre le SARS-CoV-2 dans une population universitaire et parmi des professionnels de santé en soins primaires et leurs contacts au sein des ménages". Electronic Thesis or Diss., Corte, 2024. http://www.theses.fr/2024CORT0007.

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Abstract (sommario):

Cette thèse émerge dans le contexte de la pandémie de la COVID-19, mettant en lumière les défis rencontrés en raison de la nouveauté et de la complexité du virus, et révélant des lacunes majeures dans nos connaissances. Elle s’est concentrée sur la communauté universitaire en Corse et les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine, considérés comme potentiellement à risque. L’hypothèse est que ces différentes populations, en raison de leur environnement ou de leur profession, présentent un risque important d’exposition au virus SARS-CoV-2 par rapport à la population générale. Ainsi, cette thèse visait à documenter la propagation du virus et les réponses immunitaires de ces populations.Les principaux objectifs de cette thèse étaient, d’une part, de recueillir des données spécifiques à la région Corse, en se concentrant sur l’estimation de la séroprévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 et l’analyse de la persistance des réponses immunitaires chez les étudiants et le personnel de l’Université de Corse, tout en identifiant les facteurs associés à la détection de ces anticorps. D’autre part, elle visait à évaluer la séroprévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 et la prévalence de l’infection parmi les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine, ainsi qu’à déterminer les facteurs associés à la détection d’anticorps neutralisants et à l’antécédent d’infection. Pour atteindre ces objectifs, quatre études principales ont été menées portant sur (i) la séroprévalence et les facteurs d’exposition au SARS-CoV-2 au cours de la deuxième vague parmi la population universitaire corse, (ii) un suivi sérologique sur huit mois des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 parmi la population universitaire, (iii) la séroprévalence et les facteurs associés aux anticorps neutralisants parmi les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine après la troisième vague et (iv) la prévalence de l’infection par le SARS-CoV-2 et les facteurs associés à l’antécédent d’infection parmi ces professionnels de la santé.Pour la population universitaire corse, les études menées ont révélé une séroprévalence de 11,7%, significativement supérieure à celle de la population générale corse. Plus de 30% des participants testés positifs au test ELISA-S étaient asymptomatiques, soulignant le risque de transmission silencieuse. Les facteurs de risque identifiés ont inclus le lieu de résidence, l’utilisation des transports en commun ou le covoiturage et le contact avec des cas confirmés de la COVID-19. Nos résultats ont également mis en évidence l’importance de la vaccination pour renforcer l’immunité individuelle et collective, notamment en observant une perte des anticorps au fil du temps chez certains participants non vacciné. Pour les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine, les études menées ont démontré des séroprévalences élevées d’anticorps IgG anti-S (94,7%) et d’anticorps neutralisants (81,3%), principalement attribuable à la vaccination. Bien qu’ils n’étaient pas plus à risque d’infection que la population générale, environ un quart d’entre eux étaient infectés au moment de l’étude, comme en témoigne la séroprévalence de 28,3% des anticorps IgG anti-N, soulignant leur vulnérabilité. Des variations importantes ont été observées en fonction du schéma de vaccination et de l’antécédent d’infection, démontrant l’importance de la vaccination pour stimuler la réponse immunitaire et réduire le risque d’infection. Les facteurs associés à l’infection incluaient la région géographique du lieu de travail, une catégorie professionnelle et les contacts non protégés avec des cas confirmés de la COVID-19
This thesis emerged in the context of the COVID-19 pandemic, shedding light on the challenges faced due to the novelty and complexity of the virus, and revealing major gaps in our knowledge. It focused on the academic community in Corsica and primary healthcare professionals in mainland France, considered potentially at risk. The underlying hypothesis is that these populations, due to their social interactions or high-risk professional environments, are likely to be more exposed to the virus compared to the general population. Thus, this thesis aimed to document the virus spread and immune responses within these populations.The main objectives of this thesis were, on one hand, to gather specific data for the Corsican region, focusing on estimating the seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies and analyzing the persistence of immune responses among students and staff at the University of Corsica, while identifying factors associated with the detection of these antibodies. On the other hand, it aimed to assess the seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies and infection prevalence among primary healthcare professionals in mainland France, as well as to determine factors associated with the detection of neutralizing antibodies and prior infection. To achieve these objectives, four main studies were conducted focusing on (i) seroprevalence and exposure factors to SARS-CoV-2 during the second wave among the Corsican university population, (ii) an eight-month serological follow-up of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies among the university population, (iii) seroprevalence and factors associated with neutralizing antibodies among primary healthcare professionals in mainland France after the third wave, and (iv) SARS-CoV-2 infection prevalence and factors associated with prior infection among these healthcare professionals.For the Corsican university population, the studies revealed a seroprevalence of 11.7%, significantly higher than that of the general Corsican population. Over 30% of participants who tested positive for the ELISA-S test were asymptomatic, highlighting the risk of silent transmission. Identified risk factors included place of residence, use of public transportation or carpooling, and contact with confirmed cases of COVID-19. Our results also underscored the importance of vaccination to bolster individual and collective immunity, notably observing antibody waning over time among some unvaccinated participants. For primary healthcare professionals in mainland France, the studies showed high seroprevalence of anti-S IgG antibodies (94.7%) and neutralizing antibodies (81.3%), mainly attributable to vaccination. Although they were not at higher risk of infection than the general population, about a quarter of them were infected at the time of the study, as evidenced by the 28.3% seroprevalence of anti-N IgG antibodies, highlighting their vulnerability. Significant variations were observed based on vaccination status and prior infection, demonstrating the importance of vaccination in boosting immune response and reducing infection risk. Factors associated with infection included geographical region of workplace, professional category, and unprotected contact with confirmed COVID-19 cases

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Checa, Ruano Luis. "Structure-based design of antiviral drugs against respiratory viruses using in silico approaches". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2024. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2024SORUS0743.pdf.

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Abstract (sommario):

Les interactions protéine-protéine (IPP) jouent un rôle crucial dans de nombreuses voies biologiques et sont de plus en plus explorées en tant que cibles thérapeutiques potentielles, notamment pour le traitement des maladies infectieuses. Cependant, la conception de petites molécules modulatrices pour les IPP reste un défi, car les interfaces des IPP n'ont pas évolué pour lier des petites molécules comme les cibles thérapeutiques conventionnelles telles que les enzymes ou les récepteurs membranaires. Par conséquent, la preuve de leur drugabilité doit être apportée au cas par cas. Dans ce contexte, les approches computationnelles peuvent être utiles pour aider à la conception de modulateurs IPP. Ce travail vise à développer de nouveaux protocoles de conception de médicaments in silico spécifiquement adaptés aux cibles IPP, dans le but de concevoir de nouveaux médicaments antiviraux contre deux cibles IPP : le virus respiratoire syncytial (VRS) et le SARS-CoV-2
Protein-Protein interactions (PPI) play crucial roles in many biological pathways and are being increasingly explored as potential therapeutic targets, including for treating infectious diseases. However, designing small molecule modulators for PPI remains challenging as PPI interfaces have not evolved to bind small molecules like conventional drug targets such as enzymes or membrane receptors. Therefore, proof of their druggability must be made on a case-by-case basis. In this context, computational approaches can be useful in assisting the design of PPI modulators.This work aims to develop new in silico drug design protocols specifically tailored to PPI targets, with the goal of designing new antiviral drugs against two PPI targets: the respiratory syncytial virus (RSV) and the SARS-CoV-2

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Carbonnel, Marie. "Enjeux immunologiques liés à la grossesse, à propos de deux modèles : la transplantation utérine et l’infection à SARS-CoV-2". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2023SORUS521.pdf.

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Abstract (sommario):

La transplantation utérine est un nouveau traitement permettant aux femmes avec une infertilité utérine d’être enceintes. Cette greffe d’organe est tout à fait unique car son but est l’obtention d’un enfant en bonne santé et le greffon est transitoire. Néanmoins, elle nécessite un traitement immunosuppresseur comme les autres greffes d’organes. Le but de mon travail de thèse était de mieux comprendre les mécanismes en jeu dans le rejet de greffe utérine et l’impact des altérations immunologiques sur l’interface materno-foetale. Sur une série rétrospective de biopsies de col analysées par RNA seq et imagerie de spectrométrie de masse, j’ai pu identifier certains mécanismes dont 2 inédits : la présence de structures lymphoïdes tertiaires en lien avec le rejet chronique et humoral et des macrophages sécrétant du granzyme B en lien avec un rejet sévère et une altération définitive de l’utérus le rendant impropre à porter une grossesse à terme. J’ai initié une cohorte prospective (MARNI) afin de regarder de manière longitudinale et plus précise ces mécanismes. Sur l’analyse de la première patiente, j’ai conforté certains résultats retrospectifs et mis en évidence deux potentiels biomarqueurs de rejet sanguin (granzyme B et IL1β). J’ai constaté une immunomodulation particulière liée aux immunosuppresseurs et à la grossesse. Je retrouve dans mes travaux un lien entre altérations du microbiote, infection, modulation de l’immunité innée et rejet. Afin de mieux appréhender l’interface materno-fœtale, j’ai mené en parallèle une étude sur le SARS-CoV-2 et la grossesse (MATERCOV). J’ai constaté que dans la majorité des cas, le rôle de barrière était rempli par une modulation des cellules immunitaires innées NK et macrophages ainsi que le rôle protecteur des oestrogènes. Des anomalies des cellules NK ont été responsables de pathologies impliquant le placenta comme celui de la mort fœtale dans MATERCOV et celui de la préeclampsie dans la greffe utérine. J’ai montré une empreinte immunitaire du nouveau-né dans MATERCOV. Dans la greffe utérine, elle reste à évaluer, bien que nous puissions déjà mentionner une altération du microbiote. La poursuite de mes travaux sur une plus grande série, ainsi que le suivi des enfants à moyen et long terme seront nécessaires pour étayer mes hypothèses
Uterine transplantation is a new treatment enabling women with uterine infertility to become pregnant. This organ transplant is unique in that its aim is to have a healthy child, and the graft is transient. Nevertheless, it requires immunosuppressive treatment like other organ transplants. The aim of my phd was to gain a better understanding of the mechanisms involved in uterine graft rejection and the impact of immunological alterations on the maternal-fetal interface. Based on a retrospective series of cervical biopsies analyzed by RNA seq and imaging mass cytometry, I was able to identify some mechanisms, including 2 novel ones: the presence of tertiary lymphoid structures associated with chronic, humoral rejection, and granzyme B secreting macrophages associated with severe rejection and definitive alteration of the uterus, making it unfit to carry a pregnancy to term. I set up a prospective cohort (MARNI) to take a longitudinal and more precise look at these mechanisms. Based on the analysis of the first patient, I confirmed some retrospective results and highlighted two potential biomarkers of blood rejection (granzyme B and IL1β). I observed a particular immunomodulation linked to immunosuppressive therapy and pregnancy. My work showed a link between alterations in the microbiota, infection, modulation of innate immunity and rejection. In parallel, to better understand the materno-foetal interface I conducted a study on SARS-CoV-2 and pregnancy (MATERCOV). I found that in the majority of cases, the placenta barrier role was fulfilled by modulation of the innate immune cells NK and macrophages, as well as the protective role of estrogens. Abnormalities in NK cells were responsible for pathologies involving the placenta, such as fetal death in MATERCOV and preeclampsia in uterine transplantation. I have shown an immune imprinting of the newborn in MATERCOV. In uterine transplantation, this remains to be assessed, although we can already mention an alteration in the microbiota. Further work on a larger series, as well as medium- and long-term follow-up of the children, will be necessary to substantiate my hypotheses

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Galmiche, Simon. "Identifying the settings at risk of transmission of SARS-CoV-2, the role of children in household transmission, and the incubation period of the main variants in an online case-control study in France". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2024. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2024SORUS144.pdf.

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Abstract (sommario):

Notre objectif était d’identifier, pour l’infection à SARS-CoV-2, les lieux de transmission, le rôle des enfants dans la transmission intra-domiciliaire et la période d’incubation. Dans une étude cas-témoins en France métropolitaine incluant des adultes avec infection récente et des témoins non infectés appariés sur l’âge, le sexe, la région, la taille de population, et la semaine, nous avons estimé les odds ratios d’infection par le SARS-CoV-2 pour certains lieux d’intérêt, comportements, activités et la présence d’enfants au domicile. Nous avons analysé les circonstances de transmission décrites par les cas. Nous avons étudié l’effet de l’isolement entre un enfant infecté et les parents au sein des foyers, et la période d’incubation pour différents variants. D’octobre 2020 à octobre 2022, nous avons inclus 691454 cas et 57065 témoins. Après appariement de 175688 cas avec 43922 témoins (4 :1) durant l’étude divisée en neuf périodes, nous avons identifié un risque augmenté d’infection associé aux bureaux partagés, transports en commun et lieux de loisirs. Parmi les cas ayant identifié la source de transmission, celles-ci avaient lieu principalement dans les foyers, auprès de la famille élargie ou d’amis, ou sur le lieu de travail. Les personnes vivant avec des enfants avaient un risque augmenté d’infection, mais l’isolement d’un enfant infecté (notamment l’aération des espaces clos) était associé à une diminution de la transmission. La période d’incubation du variant omicron était environ 1 jour plus courte que pour le variant historique. Cette étude apporte des éléments de preuve sur la transmission du SARS-CoV-2 qui contribueront à la préparation aux prochaines pandémies
We aimed to identify the community settings associated with the risk of SARS-CoV-2 infection, the role of children in household transmission, and the incubation period of the SARS-CoV-2 infection. In a case-control study conducted in mainland France among adults with recent infection and uninfected controls matched on age, sex, region, population size, and calendar week, we estimated the odds ratios of SARS-CoV-2 infection for community settings, behaviours, activities, and children presence in the household. We leveraged the case series to describe the circumstances of transmission. We studied the effect of intra-household isolation from a child with ongoing infection. We determined the incubation period across variants of SARS-CoV-2. Between October 2020 and October 2022, we included 691,454 cases and 57,065 controls. After matching 175,688 cases with 43,922 controls (4:1) across the study divided into nine periods, we identified the risk associated with shared offices, shared transport, and leisure activities. Among the cases who could identify the source of transmission, the most reported transmissions took place in the household, with extended family or friends, or in the workplace. People living with children were at increased risk of infection, but isolation from an infected child (particularly ventilation of indoor areas) was associated with decreased transmission. The incubation period of the omicron variant was shorter by approximately 1 day compared with the historical strain. The evidence provided by this study on the transmission of SARS-CoV-2 will help design mitigation strategies in the context of pandemic preparedness

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Aquino, Yann. "Bases génétiques et évolutives de la variabilité interpopulationnelle de la réponse immunitaire au SARS-CoV-2". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS488.

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Abstract (sommario):

Tous les humains ne sont pas égaux face au SARS-CoV-2. Les bases génétiques et immunologiques de ces différences inter-individuelles commencent à être déchiffrées, mais les prédicteurs de différences immunitaires face au SARS-CoV-2 entre populations restent méconnus. Dans ce contexte, nous rapportons des données de séquençage d'ARN en résolution cellule unique sur des cellules mononucléaires du sang périphérique provenant de 222 donneurs sains de diverses origines, qui ont été stimulées par le SARS-CoV-2 ou le virus de la grippe. Nous montrons que le SARS-CoV-2 induit une activité moins forte, mais plus hétérogène, des gènes stimulés par l'interféron par rapport au virus de la grippe, ainsi qu'une signature pro-inflammatoire unique dans les cellules myéloïdes. Les réponses transcriptionnelles aux virus présentent des différences marquées entre populations, principalement dues à des changements dans la composition cellulaire, y compris une différenciation lymphoïde accrue associée à une infection latente par le cytomégalovirus. Les loci associés à des traits quantitatifs d’expression (eQTLs), ainsi que les analyses de médiation, révèlent un large effet de la composition cellulaire sur les disparités de réponses immunitaires entre populations, avec des variants génétiques exerçant un fort effet sur des loci spécifiques. De plus, nous montrons que la sélection naturelle a accru les différences de réponse immunitaire entre populations, en particulier pour les variants associés à la réponse au SARSCoV-2 chez les populations d’Asie de l’Est, et nous montrons les mécanismes cellulaires et moléculaires par lesquels l'introgression néandertalienne a modifié les fonctions immunitaires, telles que la réponse des cellules myéloïdes aux virus. Enfin, les analyses de colocalisation et d'association transcriptomique à l'échelle du génome révèlent un chevauchement entre la base génétique des réponses immunitaires au SARS-CoV-2 et la gravité de la COVID-19, fournissant des informations sur les facteurs contribuant aux disparités actuelles dans le risque de COVID-19
Humans display substantial interindividual clinical variability after SARS-CoV-2 infection, the genetic and immunological basis of which has begun to be deciphered. However, the extent and drivers of population differences in immune responses to SARS-CoV-2 remain unclear. Here we report single-cell RNA-sequencing data for peripheral blood mononuclear cells—from 222 healthy donors of diverse ancestries—that were stimulated with SARS-CoV-2 or influenza A virus. We show that SARS-CoV-2 induces weaker, but more heterogeneous, interferon-stimulated gene activity compared with influenza A virus, and a unique pro-inflammatory signature in myeloid cells. Transcriptional responses to viruses display marked population differences, primarily driven by changes in cell abundance including increased lymphoid differentiation associated with latent cytomegalovirus infection. Expression quantitative trait loci and mediation analyses reveal a broad effect of cell composition on population disparities in immune responses, with genetic variants exerting a strong effect on specific loci. Furthermore, we show that natural selection has increased population differences in immune responses, particularly for variants associated with SARS-CoV-2 response in East Asians, and document the cellular and molecular mechanisms by which Neanderthal introgression has altered immune functions, such as the response of myeloid cells to viruses. Finally, colocalization and transcriptome-wide association analyses reveal an overlap between the genetic basis of immune responses to SARS-CoV-2 and COVID-19 severity, providing insights into the factors contributing to current disparities in COVID-19 risk

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Maguiña, Jorge L., Percy Soto-Becerra, Yamilee Hurtado-Roca e Roger V. Araujo-Castillo. "Laboratory tests for identification of sars-cov-2 during pandemic times in Peru: Some clarification regarding «diagnostic performance»". Instituto Nacional de Salud, 2020. http://hdl.handle.net/10757/655698.

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Lyrio, Ana Paula Batisti. "Desenvolvimento e implementação de equipamento para descontaminação de superfícies". Master's thesis, Universidade de Évora, 2021. http://hdl.handle.net/10174/30555.

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Abstract (sommario):

O SARS-CoV-2 foi identificado, pela primeira vez na cidade de Wuhan, China, em dezembro de 2019, que veio, mais tarde a causar milhares de mortes, dando origem a uma crise na saúde pública em todo o mundo. O SARS-CoV-2 é uma infeção respiratória altamente transmissível através de contato próximo a doentes infetados. Em Portugal, o Serviço Nacional da Saúde recomendou nomeadamente a necessidade do aumento da higiene pessoal; a constante desinfeção das mãos; o uso obrigatório de máscaras ou viseiras; o distanciamento físico; a desinfeção das superfícies em contato com infetados. O SARS-CoV-2, assim como diversos outros vírus e bactérias, podem permanecer horas ou até mesmo dias em superfícies, desta forma foi recomendado a necessidade de constante desinfeção, i.e., esterilização destes meios, utilizando produtos químicos, nomeadamente o peróxido de hidrogénio e o álcool. Neste trabalho é abordado o projeto de desenvolvimento de um equipamento de descontaminação de superfícies (com significativa passagem de público, hospitais, “spacelabs”) eficaz que, utilizando peróxido de hidrogénio, traz a certeza de que a eliminação de agentes patogénicos ou vírus é total, garantindo a redução na transmissão dos vírus. O desenvolvimento de um equipamento destes pode contribuir para minimizar os efeitos de novas pandemias de saúde pública que poderão surgir no futuro, salvando assim, milhares de vidas. Este trabalho é uma contribuição para a redução da transmissão do SARS-CoV-2; Abstract: Title: “Development and Implementation of Equipment for Surface Decontamination” SARS-CoV-2 was first identified in the city of Wuhan, China, in December 2019, which later caused thousands of deaths, giving rise to a public health crisis around the world. SARS-CoV-2 is a highly transmissible respiratory infection through close contact with infected patients. In Portugal, the National Health Service recommended, namely, the need to increase personal hygiene; the constant disinfection of hands; mandatory use of masks or visors; the physical distance; the disinfection of surfaces in contact with the infected. SARS-CoV-2, as well as several other viruses and bacteria, can remain on surfaces for hours or even days, so the need for constant disinfection was recommended, i.e., sterilization of these media, using chemical products, namely hydrogen peroxide and alcohol. In this work, the project for the development of an effective surface decontamination equipment (with significant passage of the public, hospitals, spacelabs) is addressed, using hydrogen peroxide brings the certainty that the elimination of pathogens was total, ensuring the reduction in virus transmission. The development of such equipment can prevent new pandemics that could arise, thus saving thousands of lives. This work is a contribution to the reduction of SARS-CoV-2 transmission.

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Arotoma, De La Cruz Nahomy Lucía. "Medidas de protección según el antecedente de infección por SARS-CoV-2 en obstetras del Hospital Nacional Sergio E. Bernales, 2021". Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2021. https://hdl.handle.net/20.500.12672/17113.

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Abstract (sommario):

Compara las medidas de protección según el antecedente de infección por SARS-CoV-2 en obstetras del Hospital Nacional Sergio E. Bernales. Realiza un estudio no experimental, analítico, transversal y prospectivo, realizado en 45 obstetras con y sin antecedente de Covid-19.Se recolectó información con la técnica de encuesta con un instrumento válido (en constructo y contenido). Se desarrollaron estadísticos descriptivos para variables cualitativas, y para establecer la relación de las variables se utilizó, asociación lineal por lineal y el test exacto de Fisher. Encuentra que la edad promedio fue 44,3 años y 100% de sexo femenino. Además, el 81% con previa infección, señaló que siempre realiza la higiene de manos antes del contacto con el paciente, mientras que, el 37,5% sin previa infección, la mayoría de veces. También, el 71,4% de obstetras con previa infección por SARS-CoV-2 mantienen la distancia de 1.5m con el personal de salud la mayoría de veces. El 47,6% de obstetras con la infección, señalaron que tienen capacitaciones para atención de pacientes COVID-19 la mayoría de veces, mientras que, el 20,9% del otro grupo, no. El 91,6% de aquellas sin previa infección, señalaron que no tienen turnos mayores de 12 horas, mientras que, el 19% de aquellas que sí tuvieron esta infección, indicaron que lo realizaban siempre. Concluye que no existieron diferencias significativas de las medidas de protección adoptados por los profesionales Obstetras con y sin antecedente de infección por SARS-CoV-2

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Barrios, Cárdenas Pascual. "Resultados maternos y neonatales en puérperas reactivas y no reactivas SARS-COV-2 en el Hospital San Juan de Lurigancho, 2020". Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2021. https://hdl.handle.net/20.500.12672/17216.

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Abstract (sommario):

Compara los resultados maternos y neonatales entre las puérperas reactivas y no reactivas a SARS-CoV-2 en el Hospital San Juan de Lurigancho, abril - setiembre 2020. Realiza un estudio de enfoque cuantitativo tipo observacional descriptivo comparativo, retrospectivo y transversal con una muestra de 377 puérperas tamizadas para Sars-CoV-2, elegidas mediante muestreo probabilístico aleatorio simple, en el Hospital San Juan de Lurigancho durante abril - setiembre del año 2020. La técnica fue análisis documental de la historia clínica, se empleó estadística descriptiva a través del programa estadístico SPSS versión 25.0. Encuentra que el 26.5 % de las puérperas fueron reactivas a SARS-CoV-2 de estas el 60% fue IgG (+). Entre las características generales, las puérperas reactivas a SARS-CoV-2 en su mayoría no presentaron atenciones prenatales (69,0%) y fueron multíparas (68,0%). En las principales complicaciones durante el embarazo son la anemia (69,0% frente a 61,1%), las infecciones del tracto urinario (19,0% frente a 14,5%) y los trastornos hipertensivos del embarazo (8,0% frente a 3,6%); los resultados maternos durante el parto fueron el parto vaginal (59,0% frente a 60,6%) y las principales complicaciones son la ruptura prematura de membranas (16,0% frente a 12%) y el sufrimiento fetal agudo (12,0% frente a 7,2%). Dentro de los resultados neonatales, la aspiración de líquido meconial fue más frecuente en neonatos de madres reactivas a SARS-CoV-2 (9,0% frente a 7,6%). Concluye que los resultados en puérperas reactivas y no reactivas SARS-CoV-2 no se observó diferencia. Así mismo, en los resultados neonatales no se encontró diferencia significativa.

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Lahmar, Imran. "Impact de la polarité et de la spécificité des lymphocytes T dans la protection contre l'infection par le SARS-CoV-2". Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASL067.

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Abstract (sommario):

La pandémie de COVID-19 causée par le virus SARS-CoV-2 a nécessité une compréhension approfondie de la réponse immunitaire afin de développer des stratégies de prévention et de traitement efficaces. Rapidement, la communauté scientifique a démontré que l'immunité humorale induite par l'infection ou la vaccination était capable de générer des anticorps protecteurs neutralisants contre l'infection et la sévérité de la maladie chez l'homme. Cependant, il a été observé que la protection conférée par ces anticorps diminue rapidement dans le temps, en raison de l'échappement des variants du SARS-CoV-2 aux capacités neutralisantes des anticorps, ainsi qu' à la diminution de leur concentration au fil du temps. Il a également été démontré que la vaccination et l'infection peuvent induire une immunité cellulaire médiée par les lymphocytes T. Cette immunité semble persistée plus longtemps que l'immunité humorale et serait capable de reconnaître plus efficacement les différents variants du SARS-CoV-2. Des résultats expérimentaux chez l'homme et dans des modèles animaux ont suggéré que ce type d'immunité pourrait également jouer un rôle protecteur complémentaire à l'immunité humorale. Cependant, les caractéristiques moléculaires de cette immunité cellulaire protectrice ne sont pas encore bien définies. Cette thèse s'est donc concentrée sur l'impact de la polarité et de la spécificité des lymphocytes T sur la protection contre l'infection par le SARS-CoV-2. Premièrement, nous avons caractérisé de manière extensive la polarité et la spécificité des réponses immunitaires cellulaires spontanées ou induites par l'infection naturelle. Nos résultats ont révélé que la polarité Th1 était associée à une protection contre l'infection. De plus, nous avons identifié les réactivités dirigées contre la zone RBD (Receptor Binding Domain) comme étant les plus importantes dans ces réponses protectrices. Ces résultats ont posé les bases pour le développement d'un test cellulaire permettant de suivre à grande échelle ces réponses immunitaires protectrices. Deuxièmement, nous avons examiné l'effet de la vaccination sur la réponse immunitaire cellulaire. Nous avons confirmé que le nombre de vaccinations était en effet capable de renforcer l'immunité cellulaire dirigée contre la zone RBD. Nous avons identifié les patients atteints de maladies hématologiques malignes comme une population vulnérable chez laquelle la réponse immunitaire cellulaire était altérée malgré la vaccination. Dans cette population, les réponses immunitaires dirigées contre la zone RBD étaient très importantes pour la protection contre l'infection. Nous avons égalexploré l'évolution de la réponse immunitaire au fil du temps et en fonction du nombre de doses de vaccin administrées. Nos analyses ont révélé une diminution des concentrations de l'interféron gamma (IFN-y) avec le temps, jusqu'à atteindre une stabilisation durable, confirmant la longévité des réponses cellulaires. Nous avons également mis en évidence l'échappement du variant Omicron à la protection conférée par la sécrétion d'IFN-y anti-RBD. Cette constatation a souligné le besoin urgent de nouveaux biomarqueurs pour évaluer l'efficacité de la vaccination contre le variant Omicron. Dans ce contexte, nous avons identifié la chimiokine CXCL10 comme un potentiel marqueur d'efficacité vaccinale. En conclusion, cette thèse a contribué à une meilleure compréhension de la réponse immunitaire induite par le SARS-CoV-2 et les vaccins. Les résultats obtenus offrent des outils pour orienter les politiques vaccinales et le développement de nouveaux vaccins. De plus, l'identification de nouveaux biomarqueurs et l'exploration de la polarité et de la spécificité des lymphocytes T ouvrent des perspectives prometteuses pour le développement de vaccins personnalisés. Ces avancées sont cruciales dans la lutte contre la pandémie de COVID-19 et pour se préparer aux futures épidémies virales
The COVID-19 pandemic caused by the SARS-CoV-2 virus has required a deep understanding of the immune response in order to develop effective prevention and treatment strategies. Early on, the scientific community demonstrated that humoral immunity induced by infection or vaccination could generate protective neutralizing antibodies against infection and disease severity in humans. However, it has been shown that the protection mediated by these antibodies diminishes rapidly over time, partly due to the escape of SARS-CoV-2 variants from their acquired neutralizing properties as well as the decrease in their concentration over time. It has also been demonstrated that vaccination and infection can induce cellular immunity mediated by T lymphocytes. This immunity seems to persists longer than humoral immunity and is believed to recognize different variants of SARS-CoV-2 more effectively. Experimental results in humans and animal models have suggested that this type of immunity could also play a complementary protective role to humoral immunity. However, the molecular characteristics of this protective cellular immunity have not yet been fully defined. Therefore, this thesis focused on the impact of the polarity and specificity of T lymphocytes on protection against SARS-CoV-2 infection. Firstly, we extensively characterized the polarity and the specificity of spontaneous or infection-induced cellular immune responses. Our results revealed that Th1 polarity was associated with protection against infection. Furthermore, we identified reactivities directed against the Receptor Binding Domain (RBD) as being most important in these protective responses. These findings laid the foundation for the development of a cellular test to monitor these protective immune responses on a large scale. Secondly, we examined the effect of vaccination on cellular immune response. We confirmed that the number of vaccinations was indeed capable of enhancing cellular immunity directed against RBD. We identified patients with malignant hematologic diseases as a vulnerable population in which cellular immune response was impaired despite vaccination. In this population, immune responses directed against the RBD region were highly significant for protection against infection. We also explored the evolution of the immune response over time and in relation to the number of vaccine doses administered. Our analyses revealed a decrease in interferon-gamma (IFN-y) concentrations over time, reaching a sustained stabilization, confirming the longevity of cellular responses. We also highlighted the evasion of the Omicron variant from the protection conferred by IFN-y secretion against RBD. This finding emphasized the urgent need for new biomarkers to evaluate the effectiveness of vaccination against the Omicron variant. In this context, we identified the chemokine CXCL10 as a potential marker of vaccine efficacy. In conclusion, this thesis has contributed to a better understanding of the immune response induced by SARS-CoV-2 and vaccines. The obtained results provide tools to guide vaccination policies and the development of new vaccines. Moreover, the identification of new biomarkers and the exploration of the polarity and specificity of T lymphocytes offer promising prospects for the development of personalized vaccines. These advancements are crucial in the fight against the COVID-19 pandemic and in preparing for future viral epidemics

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Velasco, Kathleen Anne. "Ruolo potenziale del particolato atmosferico nella diffusione del SARS-COV-2 in Emilia-Romagna durante la seconda ondata: un'analisi dei dati". Bachelor's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2021. http://amslaurea.unibo.it/23006/.

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Abstract (sommario):

La presente tesi è incentrata a verificare l'impatto dell'inquinamento atmosferico sulla diffusione del virus virale SARS-CoV-2. È stato adottato il metodo statistico di Pearson per analizzare l'intensità di una potenziale correlazione tra i due fenomeni elaborando le informazioni che hanno contraddistinto la seconda ondata della pandemia in Emilia Romagna. Al termine di questo studio, sono stati calcolati i coefficienti ed i p-value relativamente significativi che confermano l'esistenza di una potenziale relazione di reciprocità tra il volume di concentrazione di uno specifico particolato atmosferico PM10 e la quantità dei casi positivi al virus covid-19 intorno ai periodi di osservazione caratterizzati da $5-8$ giorni di ritardo per il fattore temporale della variabile dei contagiati. Questi notevoli risultati raggiunti evidenziano il ruolo booster di PM10 durante il periodo di incubazione. La forte correlazione identificata spiega come le particelle inquinanti possono influire all'indebolimento del sistema immunitario, favorendo di conseguenza la manifestazione dei sintomi dell'agente patogeno infettivo. La significatività dell'esito conseguito potrebbe essere d'aiuto per comprendere meglio il legame complesso presente tra l'inquinamento atmosferico e la propagazione del virus Cov-19. Data quest'importanza, dunque, l'argomento principale di questa tesi e le conclusioni acquisite saranno presentate in un convegno scientifico internazionale che si terrà in Francia 2021.

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Meunier, Thomas. "Étude des mécanismes d’action de nouveaux inhibiteurs de coronavirus humains". Thesis, Université de Lille (2018-2021), 2021. http://www.theses.fr/2021LILUS057.

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Abstract (sommario):

Les coronavirus sont des virus ARN enveloppés qui infectent les mammifères et les oiseaux. Chez l’homme, quatre coronavirus causent des maladies bénignes comme des rhumes et rhinites, HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63 et HCoV-HKU1. Au cours des deux dernières décennies, trois nouveaux coronavirus hautement pathogènes ont été identifiés, le SARS-CoV (« Severe Acute Respiratory Syndrome ») en 2003, le MERS-CoV (« Midle East Respiratory Syndrome ») en 2012 et récemment le SARS-CoV-2 en décembre 2019. La pandémie mondiale du COVID-19 a mis en évidence le manque d’antiviraux ciblant les coronavirus. Bien que de nombreux vaccins efficaces soient développés pour contrer la pandémie de COVID-19 due au SARS-CoV-2, il n’y a toujours aucun antiviral spécifique commercialisé contre ce virus et les traitements actuels consistent à traiter uniquement les symptômes.L’équipe du Dr Karin SERON du laboratoire de Virologie Moléculaire et Cellulaire du Centre d’Infection et d’Immunité de Lille s’est spécialisée dans l’identification d’antiviraux d’origine naturelle. En effet les plantes sont une source importante de molécules thérapeutiques et de nombreuses plantes sont encore utilisées aujourd’hui en médecine traditionnelle. L’objectif de ma thèse a été d’utiliser les connaissances et techniques développées par le laboratoire pour identifier des antiviraux naturels contre les coronavirus humains hautement pathogènes et de comprendre leurs mécanismes d’action. Mon premier projet a été réalisé en collaboration avec le groupe de Dr Simon Bordage du laboratoire de Pharmacognosie de la Faculté de Pharmacie de Lille dirigé par le Pr Sevser Sahpaz. Suite au criblage d’extraits de plantes, utilisées en médecine traditionnelle ivoirienne, contre le coronavirus HCoV-229E, nous avons sélectionné l’extrait de Mallotus oppositifollius qui était le plus actif. Après un fractionnement bioguidé, le principe actif a été isolé et identifié. Il s’agit du phéophorbide a (Pba). Le Pba inhibe HCoV-229E mais aussi les coronavirus hautement pathogènes MERS-CoV et SARS-CoV-2 (IC50 = 0,18 μM) ainsi que d’autres virus enveloppés par un mécanisme de photo-inactivation dynamique. Nous avons montré que le Pba cible la membrane virale et inhibe l’étape de fusion. Le Pba est le premier antiviral naturel possédant une activité virucide photo-dépendante décrite contre le SARS-CoV-2. Cette molécule pourrait potentiellement être utilisée en thérapie clinique ou comme désinfectant de surface. Mon deuxième projet porte sur une anthocyanidine, la delphinidine, déjà décrite par notre laboratoire comme antiviral contre le virus de l’hépatite C. Nous avons montré que la delphinidine inhibe de façon dose-dépendante l’entrée des coronavirus HCoV-229E, MERS-CoV et SARS-CoV-2 dans les cellules (IC50 = 16-20 μM). Nos résultats montrent que la delphinidine cible les sites de glycosylation de la protéine de surface S. Grâce à une collaboration avec le laboratoire de Chimie Bio-organique et Médicinale de Strasbourg, dirigé le Dr Mourad Elhabiri, nous avons criblé des dérivés de la delphinidine afin d’identifier des molécules plus actives. Nous avons ainsi identifié un composé actif contre le HCoV-229E à une concentration très faible (IC50 = 0,06 μM) mais qui semble avoir un mécanisme d’action différent de la delphinidine. En effet, il est actif à l’étape de réplication.En conclusion, au cours de ma thèse j’ai pu identifier de nouveaux antiviraux naturels contre les coronavirus humains et notamment le SARS-CoV-2 ayant des mécanismes d’action inédits. Ces travaux pourront servir de base à l’obtention de molécules pouvant être utilisées, dans l’avenir, pour le traitement des maladies à coronavirus
Coronaviruses are enveloped RNA viruses infecting mammals and birds. Four coronaviruses causing mild diseases, like common cold, have been described in human, HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63 and HCoV-HKU1. During the last two decades, three new, highly pathogenic coronaviruses have been identified the SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrom) in 2003, the MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome) in 2012 and recently the SARS-CoV-2 in December 2019. The COVID-19 global outbreak caused by SARS-CoV-2, highlighted the lack of specific antiviral available against this family of virus. The team of Dr Karin SERON from the Cellular and Molecular Virology laboratory of the Center for Infection and Immunity of Lille, is specialized in the identification of antiviral compounds from natural origin. Indeed, plants are a source of natural therapeutic compounds and many plants are still being used in traditional medicine. The aim of my thesis was to identify natural antiviral agents against highly pathogenic human coronaviruses with the help of the knowledge and tools developed by the laboratory. My first project was carried out in collaboration with the group of Dr Simon Bordage from the Pharmacognosy laboratory of the Faculty of Pharmacy of Lille directed by Pr Sevser Sahpaz. Plant extracts from Ivorian plants used it traditional medicine were tested against the coronavirus HCoV-229E and we selected the most active, the Mallotus oppositifollius extract. After bio-guided fractionation, the active compound was isolated and characterized, the pheophorbide a (Pba). Pba is able to inhibit the infection of HCoV-229E and highly pathogenic coronaviruses MERS-CoV and SARS-CoV-2 (IC50 = 0.18 μM) as well as other enveloped viruses using a photo-dynamic inactivation mechanism. Pba targets the viral envelop and inhibits the fusion step. Pba is the first described natural antiviral against SARS-CoV-2 with direct photosensitive virucidal activity. This molecule could potentially be used in therapy or as disinfectant. My second project was about an anthocyanidin, the delphinidin, identified in the laboratory for its antiviral activity against hepatitis C virus. We showed that delphinidin is an entry inhibitor of coronaviruses in a dose-dependent manner for HCoV-229E, MERS-CoV and SARS-CoV-2 (IC50 = 16-20 μM). Our results show that delphinidin targets the glycosylation sites on the surface protein S. Thanks to a collaboration with the laboratory of Medicinal and Bioorganic Chemistry of Strasbourg, led by Dr Mourad Elhabiri, delphinidin synthetic derivates were screened in order to identify compounds with higher antiviral capacities. We thereby identify an active compound against HCoV-229E with a lower IC50 than delphinidin (IC50 = 0.06 μM). Surprisingly, its mechanism of action seems to be different than delphinidin with an activity at the replication step.In conclusion, during my thesis I was able to identify new natural antivirals against human coronaviruses, and in particular SARS-CoV-2, with novel mechanisms of action. This work may serve as a basis for obtaining molecules that can be used in the future for the treatment of coronavirus diseases

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Leducq, Valentin. "Apport des outils de biologie moléculaire dans l'étude et la surveillance du SARS-CoV-2 au cours de la pandémie de COVID-19". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS203.

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Abstract (sommario):

Dès le début de la pandémie de COVID-19, des outils de biologie moléculaire permettant la détection et l’analyse du génome du SARS-CoV-2 ont été développés et déployés à une échelle sans précédent. Les techniques de PCR ont été utilisées pour diagnostiquer quotidiennement des millions de personnes, tandis que la démocratisation du séquençage de nouvelle génération (NGS) a permis de générer rapidement des centaines de milliers de génomes viraux. Ces outils ont été une source d’information majeure dans l’étude et la compréhension de la physiopathologie du SARS-CoV-2, mais également dans le suivi en temps réel de la dynamique de la pandémie et de l’évolution de ce virus. Nous avons entrepris cette thèse afin d’évaluer comment ces outils de biologie moléculaire peuvent contribuer à l’étude et la surveillance du SARS-CoV-2, dans le cadre de trois études répondants à différents objectifs. Avec l’étude PhyloCoV, nous avons tout d’abord apporté une description précise de l’évolution de la diversité virale observée au cours de l’année 2020 en région Ile-de-France, grâce au séquençage de 736 génomes du SARS-CoV-2 provenant de patients et de personnels soignant des CHU Pitié-Salpêtrière et Bichat Claude-Bernard. Cette étude nous a également permis de développer une méthode de clustering phylogénétique permettant la détection des transmissions intra-hospitalières de la COVID-19. Ensuite, dans le cadre d’une étude observationnelle au sein du GH Sorbonne Université, nous avons estimé la fréquence et la mortalité associées aux transmissions nosocomiales du SARS-CoV-2. Entre septembre et novembre 2020, 209 cas de COVID-19 nosocomial ont été identifiés, représentant 13,9% des patients hospitalisés infectés par le SARS-CoV-2 et associés à une mortalité de 31%. Le séquençage des génomes viraux a permis de réfuter près d’un tiers des transmissions nosocomiales et de révéler de précieuses informations sur les voies de transmission au sein des services hospitaliers. Finalement, avec l’étude COCOPREV, nous avons étudié l’évolution du génome du SARS-CoV-2 au cours de l’infection chez des patients traités par des anticorps monoclonaux, majoritairement immunodéprimés. Plusieurs mutations de résistance émergent dans la protéine SPIKE sous les trois traitements étudiés. Les patients traités avec du Tixagevimab/Cilgavimab présentent un risque 5 fois plus élevé de développer des mutations au niveau des résidus R346 et K444. A la différence des autres mutations retrouvées, les substitutions R346 et K444 ont plusieurs fois émergé dans différents variants grâce à leur impact sur le fitness du SARS-CoV-2. Elles ont finalement été sélectionnées par les variants BQ.1 et XBB, variants actuellement majoritaires. En conclusion, nous avons démontré l’utilité des outils de biologie moléculaire dans la surveillance de la transmission du SARS-CoV-2 dans les hôpitaux et dans la population en général, ainsi que dans l'identification de mutations de résistance émergentes chez des patients traités par des anticorps monoclonaux. Ces outils continueront très probablement d'être utilisés dans le cadre de la pandémie de COVID-19 mais également dans la surveillance de l’émergence et de la propagation d’autres virus
From the onset of the COVID-19 pandemic, molecular biology tools for detection and analysis of the SARS-CoV-2 genome were developed and deployed on an unprecedented scale. PCR techniques have been used to diagnose millions of people on a daily basis, while the democratization of next-generation sequencing (NGS) has enabled the rapid generation of hundreds of thousands of viral genomes. These tools have been a major source of information in the study and understanding of the pathophysiology of SARS-CoV-2, but also in the real-time monitoring of the dynamics of the pandemic and the evolution of this virus. We undertook this thesis to evaluate how these molecular biology tools can contribute to the study and surveillance of SARS-CoV-2, in three studies with different objectives. With the PhyloCoV study, we first provided a precise description of the evolution of viral diversity observed during the year 2020 in the Ile-de-France area, thanks to the sequencing of 736 SARS-CoV-2 genomes from patients and healthcare workers of the Pitié-Salpêtrière and Bichat Claude-Bernard University Hospital. This study also allowed us to develop a phylogenetic clustering method allowing the detection of intra-hospital transmission of COVID-19. Then, in the framework of an observational study within the GH Sorbonne Université, we estimated the frequency and mortality associated with nosocomial transmissions of SARS-CoV-2. Between September and November 2020, 209 cases of nosocomial COVID-19 were identified, representing 13.9% of hospitalized patients infected with SARS-CoV-2 and associated with a mortality of 31%. Sequencing of the viral genomes disproved nearly one third of nosocomial transmissions and revealed valuable information about transmission routes within hospital wards. Finally, with the COCOPREV study, we studied the evolution of the SARS-CoV-2 genome during infection in patients treated with monoclonal antibodies, mostly immunocompromised. Several resistance mutations emerge in the SPIKE protein under the three treatments studied. Patients treated with Tixagevimab/Cilgavimab had a 5-fold increased risk of developing mutations at residues R346 and K444. Unlike other mutations found, R346 and K444 substitutions have repeatedly emerged in different variants due to their impact on SARS-CoV-2 fitness. They were finally selected by the currently dominant BQ.1 and XBB variants. In conclusion, we have demonstrated the utility of molecular biology tools in monitoring SARS-CoV-2 transmission in hospitals and the general population, as well as in identifying emerging resistance mutations in patients treated with monoclonal antibodies. These tools will most likely continue to be used in the context of the COVID-19 pandemic but also in monitoring the emergence and spread of other viruses

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Cucho, Gamboa Grover Omar. "Verificación del desempeño analítico de la prueba Elecsys AntiSARS-CoV-2 para la detección cualitativa de anticuerpos en el analizador inmunológico automatizado Cobas e 411, Lima 2020". Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2021. https://hdl.handle.net/20.500.12672/16408.

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Abstract (sommario):

El brote de la nueva infección por SARS CoV2 se ha extendido rápidamente por China y por muchos países siendo considerado un problema en la salud pública de interés internacional, el diagnóstico es realizado por la técnica moléculas de RT-PCR, sin embargo existe la necesidad urgente de contar con otros métodos que sean rápidos y precisos para poder identificar rápidamente a la gran cantidad de pacientes infectados, portadores asintomáticos, previniendo la transmisión del virus y asegurando un oportuno tratamiento. Aunque las distintas pruebas son validadas por el fabricante es necesario que los laboratorios confirmen su desempeño antes de su uso rutinario y esto se realiza verificando las características de su desempeño y demostrar que el laboratorio puede cumplir los requerimientos propuestos por el fabricante para su uso. La presente investigación verifica el desempeño analítico de la prueba Elecsys Anti SARS CoV 2 para la detección cualitativa de anticuerpos contra el COVID 19 en el analizador inmunológico automatizado Cobas e 411. El estudio es descriptivo, observacional, prospectivo, transversal. Se realizó la verificación del desempeño analítico del inmunoensayo Elecsys Anti SARS CoV 2 evaluando la precisión por repetibilidad, precisión intermedia, sensibilidad y especificidad según los lineamientos descritos en la “Directriz para la validación y verificación de los procedimientos de análisis cualitativos en los laboratorios clínicos” elaborado por el Instituto Nacional de la Calidad (INACAL). En el estudio de precisión por repetibilidad se obtuvo un CV% de 2.62% y 1.36 % a partir de controles internos nivel 1 y 2 respectivamente y un CV% de 3.04% y 2.26% en condiciones de precisión intermedia. La sensibilidad obtenida fue del 80% (IC 58.41 - 91.93%) en pacientes con 7 a 13 días tras confirmación por RT-PCR y 100% (IC 88.65% - 100%) en pacientes con más de 14 días. La especificidad obtenida fue del 100% con un IC de 91.24% - 100%. Se demuestra que el ensayo inmunológico es una prueba altamente sensible y especifica que cumple con las especificaciones del fabricante verificando su uso en el laboratorio.

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Alejos, Tapia Renzo Carlos. "Utilidad de la tomografía con reconstrucción SAFIRE para la caracterización de lesiones pulmonares en pacientes infectados por SARS-COV2". Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2022. https://hdl.handle.net/20.500.12672/17806.

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Abstract (sommario):

Determina la utilidad de la tomografía con reconstrucción SAFIRE para la caracterización de lesiones pulmonares en pacientes infectados por SARS-COV2 en el Servicio de Tomografía de la Clínica Montefiori entre Marzo y Abril del año 2021. Realiza un estudio observacional, retrospectivo, corte transversal, diseño correlacional. Se trabajó con una población de 100 estudios de tomografía torácicas en ventana pulmonar de pacientes infectados por SARS-COV2 atendidos en una clínica en el año 2021; se reconstruyó 2 volúmenes por paciente: retroproyección filtrada y reconstrucción SAFIRE. Se utilizó análisis descriptivo (porcentajes, promedios) e inferencial (chi cuadrado, prueba de Wilcoxon, T de Student). Se encontró que los pacientes tiene edades entre 39 a 58 años (37.5%), predominando el sexo masculino (56.3%). Las lesiones pulmonares se presentaron en el lóbulo inferior derecho (95%), afectando principalmente el segmento S9 (87.3%); en lóbulo inferior izquierdo (96.3%) el segmento afectado es S10 (83.8%). Existen diferencias significativas para la SNR, CNR y el ruido (p=0.000) entre SAFIRE y retroproyección filtrada. La calidad general de las imágenes con SAFIRE y retroproyección filtrada fue excelente (SAFIRE: 96.3%, retroproyección filtrada: 91.3%), y la interpretabilidad diagnóstica de hallazgos patológicos por SARS-COV2 en imágenes con SAFIRE y retroproyección filtrada fueron similares al encontrar hallazgos claramente visibles con buena demarcación en los signos opacidad en vidrio esmerilado y engrosamiento CONCLUSIÓN: La tomografía con reconstrucción SAFIRE tiene utilidad similar a la retroproyección filtrada en la caracterización de lesiones pulmonares en pacientes infectados por SARS-COV2 en el Servicio de Tomografía de la Clínica Montefiori entre Marzo y Abril del año 2021.

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Brier, Lucile. "Conception d'une stratégie de découverte de composés antiviraux contre les coronavirus : du criblage à l'optimisation d'inhibiteurs de la protéase 3CL du SARS-CoV-2". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2022. http://www.theses.fr/2022ULILS031.

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Abstract (sommario):

Les coronavirus sont des virus à ARN provoquant des maladies respiratoires, entériques, hépatiques et neurologiques de gravité variable chez différentes espèces, dont l'Homme. Parmi eux, sept peuvent infecter l'Homme. Les souches HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-229E et HCoV-HKU1 entraînent des infections légères des voies respiratoires. Le SARS-CoV, le MERS-CoV et le SARS-CoV-2, potentiellement mortels, ont quant à eux été à l'origine de pandémies. Aujourd'hui, le SARS-CoV-2 circule toujours mais la stratégie vaccinale a permis de réduire significativement les risques d'hospitalisation et de décès. Également, le premier médicament antiviral spécifique a été autorisé sur le marché (Paxlovid™). Néanmoins, les coronavirus sont des virus présentant un taux de mutation et de recombinaison élevé, la probabilité de faire face à de nouvelles épidémies est donc très forte. Il est ainsi nécessaire de découvrir de nouvelles thérapies pour traiter la COVID-19 mais aussi anticiper et prévenir les prochaines épidémies. Grâce à son rôle essentiel dans le cycle de réplication virale des coronavirus et son absence d'homologue chez l'Homme, la protéase virale 3CL est une cible prometteuse dans le développement de composés à visée anticoronavirale. De plus, cette protéase est remarquablement conservée entre les espèces de coronavirus. La 3CLpro est donc une cible intéressante pour la conception d'antiviraux à large spectre capables de lutter contre le SARS-CoV-2 mais également contre les potentiels coronavirus émergents. Ainsi, l'objectif de ce travail de thèse était de mettre en place une stratégie permettant de découvrir de nouveaux inhibiteurs non peptidomimétiques de la 3CLpro du SARS-CoV-2 à la fois puissants, sélectifs et capables d'exercer une pan-inhibition sur les autres espèces de coronavirus. La première partie de ce projet de thèse a consisté à mettre au point et réaliser un criblage à haut débit sur la protéase 3CL du SARS-CoV-2, ce qui a permis d'identifier plusieurs séries chimiques d'intérêt. La suite de ce travail a porté sur l'optimisation de deux séries chimiques, des inhibiteurs covalents réversibles pour la première et non covalents pour la deuxième, dont les chémotypes n'ont pas été décrits sur la protéase 3CL. Dans ces deux séries chimiques, plus de 90 analogues ont été synthétisés dans le but d'améliorer la puissance sur la cible et d'établir des relations structure-activité. Les propriétés physico-chimiques et ADME in vitro, le mode de liaison à la cible, la sélectivité vis-à-vis de protéases humaines, l'inhibition des 3CLpro d'autres coronavirus et l'activité antivirale in cellulo ont été étudiés
Coronaviruses are RNA viruses causing respiratory, enteric, hepatic and neurological diseases of varying severity in different species, including humans. Among them, seven can infect humans. HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-229E, and HCoV-HKU1 strains cause mild respiratory tract infections. SARS-CoV, MERS-CoV, and SARS-CoV-2 are potentially fatal and have caused major outbreaks. Today, SARS-CoV-2 is still circulating but the vaccine strategy has significantly reduced the risks of hospitalization and death. Also, the first specific antiviral drug has been authorized on the market (Paxlovid™). Nevertheless, coronaviruses are viruses with a high mutation and recombination rate, therefore the probability of facing new epidemics is very high. Thus, there is a need to discover new therapies to treat COVID-19 but also to anticipate and prevent future epidemics. Thanks to its essential role in the viral replication cycle of coronaviruses and the lack of human homolog, the viral protease 3CL is a promising target for the development of anti-coronaviral compounds. Moreover, this protease is remarkably conserved among coronavirus species. The 3CLpro is then an interesting target for the design of broad-spectrum antivirals able to fight against SARS-CoV-2 but also against potential emerging coronaviruses. Thus, the objective of this thesis work was to develop a strategy to discover new non-peptidomimetic inhibitors of the 3CLpro of SARS-CoV-2 that are potent, selective and capable of exerting pan-inhibition on other coronavirus species. The first part of this thesis project consisted of developing and performing a high-throughput screening on the SARS-CoV-2 3CL protease, allowing the identification of several chemical series of interest. Further work focused on the optimization of two chemical series, reversible covalent inhibitors for the first one and non-covalent for the second one, whose chemotypes have not been described on the 3CL protease. In these two chemical series, more than 90 analogues have been synthesized with the aim of improving the potency on the target and establishing structure-activity relationships. Physicochemical and ADME properties in vitro, binding mode, selectivity towards human proteases, inhibition of 3CLpro from other coronaviruses and in cellulo antiviral activity were studied

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Fahey, Nisha. "Epidemiology and Characteristics of Pediatric COVID-19 Cases Among UMass Memorial Health Care Patients". eScholarship@UMMS, 2021. https://escholarship.umassmed.edu/gsbs_diss/1140.

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Abstract (sommario):

Background: The epidemiology of SARS-CoV-2 infection in the pediatric population, with a focus on racial and ethnic disparities and impact of societal public health measures, remains poorly understood. Methods: This large observational study used electronically abstracted data from pediatric (≤ 19 years of age) patients who received a molecular test for SARS-CoV-2 at a UMass Memorial Health Care (UMMHC) site between March 8, 2020 and April 3, 2021 which was further supplemented by manual chart review of a subset of pediatric SARS-CoV-2 cases. Multivariable logistic regression models with interaction terms were used to identify risk factors for SARS-CoV-2 infection. Segmented regression analysis using Poisson models was used to estimate the effect of public health measures on the weekly incidence of SARS-CoV-2 infection. Results: A total of 25,426 unique pediatric patients were tested for SARS-CoV-2 among whom 2,920 (11.5%) tested positive. The average age of those who tested positive was 10.8 years (SD: 5.8) and 48.1% were female. In the subset analysis, nearly three-quarters (75.9%) of SARS-CoV-2 diagnoses occurred through a telephone encounter, meaning that the child was not physically examined by a provider prior diagnosis and only 2.0% were admitted for inpatient care at diagnosis. Results of multivariable regression revealed that children or parents who self-reported Black race, Hispanic ethnicity, and non-English primary language were associated with approximately twice the odds of testing positive in comparison with White or English-speaking patients. Furthermore, increasing age was associated with increased odds of testing positive for SARS-CoV-2 (aOR: 1.1 (1-4 years), 1.2 (5-9 years), 1.4 (10-14 years), 1.6 (15-17 years), 1.7 (18-19 years)). However, this association between age and positivity rate, varies by race/ethnicity and primary language such that Non-Hispanic Black, Hispanic, and non-English speaking children had markedly greater odds of testing positive during adolescence in comparison to Non-Hispanic White and English-speaking counterparts. Results from segmented regression analysis demonstrated a decline in weekly incidence of cases 9.9% (95% CI: 7.8 – 11.9) after the Massachusetts state mask mandate was implemented. During the winter holidays, the rate of increase in the weekly incidence of cases was 12.1% (95% CI: 11.9 – 12.3) in this pediatric population. Conclusions: Many SARS-CoV-2 cases have been diagnosed at UMMHC sites and notable racial/ethnic disparities exist that vary based on patient age. Public health measures are effective at preventing transmission of SARS-CoV-2 among children.

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Matteo, Broketa. "Identification des répertoires d'affinité des cellules sécrétrices d'anticorps". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS616.

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Abstract (sommario):

Cette recherche à explorer les complexités des affinités d’anticorps des cellules sécrétant des anticorps (CSA). Le premier objectif était de caractériser la réponse de l’CSA à la vaccination par ARNm contre le SRAS-CoV-2. Les nouveaux vaccins à ARNm pour lutter contre la pandémie de COVID-19 a présenté une opportunité unique d’étudier une nouvelle réponse humorale des cellules B après l’immunisation. Nous avons utilisé un test microfluidique, DropMap, capable de mesurer la sécrétion d'anticorps et l'affinité envers l'antigène pour caractériser les caractéristiques des CSA dans les semaines et les mois suivant l'administration du vaccin à ARNm, avec une distinction faite entre les individus en fonction des antécédents du SRAS-CoV-2 infection. Notre caractérisation de la réponse des CSA à la vaccination par ARNm contre le SRAS-CoV-2 a fourni des informations précieuses sur la façon dont les cellules B répondent aux nouveaux vaccins et aux répertoires d'affinité lors de la vaccination humaine. Le deuxième objectif était de mesurer les répertoires d’affinité d’une population de cellules B non sécrétant de manière native, les cellules B mémoire (Bmem), après vaccination par ARNm contre le SRAS-CoV-2. Ceci impliquait de caractériser les répertoires d'affinité des anticorps dérivés de Bmem envers de nombreuses variantes du domaine de liaison au récepteur (RBD) du SRAS-CoV-2 en mettant en œuvre un système de criblage à haut débit basé sur des mesures d'interférométrie de biocouche. Le troisième objectif était de développer une nouvelle technique (appelée DropPick) pour récupérer des cellules d'intérêt à partir de DropMap. DropMap est une technique puissante pour l’identification directe des CSA et la caractérisation par affinité. Cependant, il reste beaucoup plus à discerner en analysant ces cellules d’intérêt à l’aide de méthodes supplémentaires, telles que la cytométrie en flux pour le phénotypage ou le séquençage des récepteurs des cellules B pour les analyses clonales et la réexpression. Mes travaux de thèse ont montré qu'après avoir reçu le vaccin BNT162b2, des CSA de haute affinité ont été initialement induits ciblant à la fois les variantes Hu-1 et Omicron RBD, mais ont présenté un déclin rapide. Les CSA de faible affinité représentaient systématiquement plus de 65% de la réponse spécifique des CSA à tous les moments observés. Nos mesures d’affinité sur les anticorps Bmem provenant d’individus vaccinés ont révélé des clones à haute affinité contre plusieurs variantes de RBD présentant de maturation d’affinité ; la comparaison des résultats entre les variantes a permis de déterminer les épitopes clés de liaison aux anticorps. Suite à cette cohorte d’anticorps Bmem, nous avons également découvert que l’évolution virale vers la variante Omicron RBD entraînait une évasion des Bmems mutés vers Hu-1 RBD avec une affinité élevée, avec une impacte élevée sur des anticorps neutralisants puissants Hu-1 et Beta. J'ai développé un système pour marquer les cellules d'intérêt avec des marqueurs photoactivables au sein de DropMap et de la plateforme pour réaliser une photoactivation cellulaire par illumination UV ciblée. Cela impliquait la création de programmes automatisés pour les analyses en temps réel du test DropMap ainsi que le contrôle macro des utilitaires du microscope pour fournir un éclairage discret aux gouttelettes. J'ai également montré la capacité de cette technique à produire une population par cytométrie avec une efficacité jusqu'à 70% avec un potentiel de tri et de futures analyses en aval. Ces résultats contribueront aux efforts en cours pour comprendre le rôle de l’affinité dans les réponses CSA. Nos larges répertoires d’affinité fournissent des informations fonctionnelles précieuses sur les réponses des cellules B à la vaccination contre le SRAS-CoV-2. La plateforme DropPick a montré le potentiel d’exploiter ces études pour collecter des données moléculaires provenant de sous-ensembles fonctionnels spécifiques
This research aimed to explore the complexities of antibody affinities of antibody-secreting cells (ASCs) in the context of both vaccination and autoimmune responses. The first aim was to characterize the ASC response to mRNA vaccination against SARS-CoV-2. The advent of novel mRNA vaccines to tackle the COVID-19 pandemic presented a unique opportunity to study a novel humoral B cell response post-immunization. We used a droplet microfluidic assay, DropMap, able to measure single cell antibody secretion and affinity towards antigen to characterize at high throughput the functional characteristics of ASCs in the weeks and months following mRNA vaccine administration, with a distinction made between individuals based on prior SARS-CoV-2 infection. Our characterization of the ASC response to mRNA vaccination against SARS-CoV-2 has provided valuable insights into how B cells respond to novel vaccines and affinity repertoires during human vaccination. The second aim was to measure the affinity repertoires of a non-natively secreting B cell population, memory B cells (Bmem), following mRNA vaccination against SARS-CoV-2. This involved characterizing the affinity repertoires of Bmem-derived antibodies towards numerous SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) variants by implementing a high throughput screening system based on biolayer interferometry (BLI) measurements. The third aim was to develop a novel technique (termed DropPick) for recovering cells of interest from DropMap. DropMap is a potent technique for direct identification of ASCs and affinity characterization. However, there is much more to be discerned from analyzing these cells of interest using additional methods, such as flow cytometry for phenotyping or B cell receptor sequencing for clonal analyses and re-expression. My thesis work has shown that after receiving the BNT162b2 vaccine targeting the Hu-1 SARS-CoV-2 Spike protein, high-affinity plasmablasts were initially induced targeting both the Hu-1 and Omicron Spike RBD variants but exhibited a rapid decline. Surprisingly, plasmablasts with low affinity consistently constituted more than 65% of the specific plasmablast response at all observed time points. Our high throughput BLI affinity measurements on Bmem antibodies from similarly vaccinated individuals found high affinity clones against several RBD variants with signs of affinity maturation; comparing results between variants allowed for key antibody binding epitopes to be determined. Following this cohort of Bmem antibodies also found that viral evolution to the Omicron RBD variant resulted in a large evasion of Bmems mutated towards Hu-1 RBD with high affinity, with especially high evasion of potently Hu-1 and Beta neutralizing antibodies. In parallel, I have developed a system to label cells of interest using photoactivatable markers within DropMap and the technical platform to achieve targeted cell photoactivation by targeted UV illumination. This involved the creation of automated programs for DropMap assay real-time analyses as well as macro control of microscope utilities to deliver discrete illumination to droplets. I have also shown the ability for this workflow to yield a clear population by flow cytometry with up to 70% efficiency, with the potential for sorting and future downstream analyses. These results will aid ongoing efforts to understand the role of affinity in ASC responses and their immune contexts. Our data provide broad affinity repertoires that provide valuable functional insights into B cell responses to SARS-CoV-2 and mRNA vaccination. The development of the DropPick platform has shown the potential to further leverage these studies to collect molecular data from specific functional subsets

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Colosi, Elisabetta. "Modélisation de la propagation de COVID-19 dans les établissements scolaires afin de maintenir l'apprentissage en personne en toute sécurité". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2023SORUS416.pdf.

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Abstract (sommario):

Lorsque le COVID-19 est apparu comme une pandémie mondiale en mars 2020, les établissements scolaires ont été parmi les premiers lieux à être fermés pour freiner la transmission du SRAS-CoV-2. Cependant, le choix de fermer les écoles pendant une période relativement longue a été très controversé et largement débattu, notamment en raison des effets néfastes sur le bien-être des élèves et le développement de l'apprentissage. C'est pourquoi les gouvernements du monde entier ont progressivement réintroduit les activités en personne dans les écoles, en mettant en œuvre diverses mesures de contrôle pour gérer les cas positifs. Les approches adoptées par les différents pays ont varié, certains adoptant des stratégies réactives en réponse aux cas confirmés, tandis que d'autres ont mis en œuvre des mesures plus proactives au fur et à mesure que la pandémie progressait. Les établissements scolaires sont restées des environnements vulnérables, en particulier en l'absence de vaccination des jeunes élèves et en raison de l'émergence des variants plus contagieux tels que Delta et Omicron. Dans cette thèse, j'ai estimé la transmissibilité du SRAS-CoV-2 dans les établissements scolaires pour différents variants et j'ai évalué une série de stratégies de test et de dépistage afin de fournir des options sûres pour maintenir les écoles ouvertes tout en minimisant les suspensions de l'enseignement. Pour atteindre cet objectif, j'ai développé un modèle basé sur des agents afin de simuler la propagation du SRAS-CoV-2 par le biais d'interactions en face à face entre les élèves et les enseignants d'une école primaire et secondaire en France dans différents contextes épidémiques. J'ai adapté le modèle aux données de prévalence des élèves recueillies lors de campagnes de dépistage pilotes et expérimentales menées lors de phases pandémiques spécifiques, depuis l'émergence de variant Alpha en 2021 jusqu'à le variant Omicron au début de 2022 en France. J'ai ainsi estimé le nombre de reproducteurs effectifs dans les deux établissements scolaires et la contribution de la transmission en milieu scolaire à la propagation chez les enfants. J'ai ensuite évalué l'efficacité de différents protocoles d'intervention pour limiter l'importation et la transmission ultérieure, réduire l'absentéisme scolaire et optimiser les ressources de dépistage par le biais d'une analyse coût-bénéfice. Les résultats de cette thèse mettent en lumière le rôle des contacts scolaires en tant que source potentielle de renouvellement de la transmission pendant la pandémie de COVID-19, en montrant que la transmission dans les établissements scolaires a représenté une contribution considérable. D'après nos résultats, un dépistage régulier avec une adhésion suffisante peut réduire le nombre de cas et d'absences même dans des conditions d'incidence élevée, comme cela a été le cas lors de la vague Omicron au début de 2022. L'efficacité supérieure du dépistage hebdomadaire par rapport aux stratégies réactives est également confirmée par notre analyse rétrospective d'une expérience en conditions réelles dans un certain nombre d'écoles primaires françaises pendant les vagues Delta et Omicron entre la fin de 2021 et le début de 2022. Bien que le COVID-19 ne représente plus une urgence mondiale, il continuera à circuler avec d'autres virus respiratoires saisonniers (grippe, virus respiratoire syncytial, etc.) chez les enfants pendant l'hiver. Le cadre de modélisation développé dans cette thèse est adapté à l'étude de la transmission des virus respiratoires dans des environnements densément peuplés tels que les écoles, à la quantification de leur portée et à l'évaluation de l'impact d'éventuelles mesures de mitigation
When COVID-19 emerged as a global pandemic in March 2020, schools were among the first settings to be closed to curb the transmission of SARS-CoV-2. However, the choice of closing school for a relatively long time was quite controversial and largely debated, especially for the harmful effects on students’ well-being and learning development. Therefore, governments worldwide gradually reintroduced in-person activities in schools, implementing various control measures to manage positive cases. The approaches taken by different countries varied, with some adopting reactive strategies in response to confirmed cases, while others implemented more proactive measures as the pandemic progressed. Schools remained vulnerable environments, especially in the absence of vaccination for younger students and the emergence of more contagious variants such as Delta and Omicron. In this thesis, I estimated the transmissibility of SARS-CoV-2 within schools for different variants and evaluated a range of testing and screening strategies to provide safe options for keeping schools open while minimizing educational disruption. To achieve this aim, I developed an agent-based model to simulate SARS-CoV-2 spread through face-to-face interactions among students and teachers in a primary and secondary school in France under different epidemic contexts. I fitted the model to the student prevalence data gathered from pilot and experimental screening campaigns conducted in specific pandemic phases, from the emergence of the Alpha variant in 2021 to the Omicron variant in early 2022 in France. I thus estimated the effective reproductive number in both schools and the contribution of school-based transmission to the overall spread in children. I then assessed the effectiveness of different intervention protocols in limiting importation and onward transmission, reducing school absence, and optimizing testing resources through a cost-benefit analysis. The results contained in this dissertation shed light on the role of school contacts as a potential source of renewed transmission during the COVID-19 pandemic, showing that transmission in schools represented a considerable contribution. According to our results, regular screening with large enough adherence can reduce cases and absences even under high-incidence conditions, as experienced during the Omicron wave of early 2022. The higher effectiveness achieved by weekly screening compared to reactive strategies is also confirmed by our retrospective analysis of a real-world experiment in a selected number of French primary schools during the Delta and Omicron waves between the end of 2021 and the beginning of 2022. Although COVID-19 no longer represents a global emergency, it will continue to circulate with other seasonal respiratory viruses (i.e., influenza, Respiratory Syncytial Virus, etc.) in children during the winter. The modelling framework developed in this thesis is well-suited for studying the transmission of respiratory viruses in densely populated settings, such as schools, quantifying the extent, and evaluating the impact of potential mitigation measures in the future

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Custodio, Cuzcano Dante Miguel. "Factores sociodemográficos relacionados a la clasificación CORADS en pacientes con diagnóstico de SARS-CoV-2 que acuden al servicio de Tomografía Computada de una clínica privada, Lima. Marzo – julio 2020". Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2021. https://hdl.handle.net/20.500.12672/17096.

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Abstract (sommario):

Determina los factores sociodemográficos relacionados a la clasificación CO-RADS en pacientes con diagnóstico de SARS-CoV-2 que acuden al servicio de tomografía computada de una Clínica Privada de Lima entre marzo – julio del 2020. El presente estudio es de enfoque cuantitativo, no experimental y de tipo de diseño correlacional, que tuvo como muestra a 348 pacientes con diagnóstico de SARS-CoV-2 que acudieron al servicio de tomografía computada y cumplieron los criterios de selección. Para analizar la relación se utilizó la prueba chi cuadrado de Pearson, considerando un valor significativo si el p valor es menor a 0.05. Encuentra que las características sociodemográficas de los pacientes con diagnóstico de SARS-COV-2 de una Clínica Privada de Lima son educación secundaria (45.1%), lengua española (93.1%), edad de 30 a 59 años (60.9%), sexo masculino (54.6%), procedentes del distrito de Breña (15.2%) y cuenta con seguro privado (59.5%). La clasificación CO-RADS de los pacientes con diagnóstico de SARS-COV-2 fue CO-RADS 4 (28.7%), CO-RADS 2 (19.3%) y CO-RADS 5 (17.5%). El nivel educativo, la edad, la lengua hablada, el tipo de seguro de salud y la distribución socioeconómica no se relacionaron con la clasificación CO-RADS (p>0.05), mientras que el sexo se relacionó de manera significativa con la clasificación CO-RADS (p=0.008). Concluye que el factor sociodemográfico relacionado a la clasificación CO-RADS en pacientes con diagnóstico de SARS-CoV-2 que acuden al servicio de tomografía computada de una Clínica Privada de Lima entre marzo – julio del 2020 fue el sexo (p=0.008).

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Barthelemy, Johanna. "Infections virales respiratoires et tissus adipeux blancs : Exemple de la grippe et de la COVID-19". Thesis, Université de Lille (2022-....), 2022. http://www.theses.fr/2022ULILS009.

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Abstract (sommario):

Les infections virales respiratoires demeurent un enjeu majeur de santé publique dans le monde entier. C’est notamment le cas de la grippe, causée par les virus influenza, et de la COVID-19, une maladie infectieuse émergente due au virus SARS-CoV-2. De manière notable, les populations les plus à risque de développer des formes sévères de grippe ou de COVID-19, sont les individus obèses et les personnes âgées. Bien que l’obésité et le vieillissement soient associées à des altérations fonctionnelles majeures du tissu adipeux blanc, la participation de ce dernier dans la physiopathologie de la grippe ou de la COVID-19 reste très peu étudiée. Le projet de thèse s’inscrit dans cette thématique générale.Les travaux récents de notre équipe ont montré, chez la souris, que l’infection par le virus influenza entraine une reprogrammation métabolique des dépôts sous-cutanés de tissu adipeux blanc, notamment caractérisée par le brunissement du tissu : un phénomène qui correspond à l’émergence d’adipocytes beiges présentant une activité thermogénique accrue. Lors de ma thèse, par des approches expérimentales in vivo, in vitro, ex vivo et in silico complémentaires, nous avons montré que la réponse au stress du réticulum endoplasmique induit par l’infection par le virus de la grippe, et plus spécifiquement la voie signalétique PERK, est impliquée dans le brunissement du tissu adipeux blanc. Outre identifier un nouveau mécanisme moléculaire de régulation de la thermogenèse, nos travaux précisent un peu plus la place du tissu adipeux blanc dans l’infection grippale.En parallèle, nous avons étudié l’impact de l’infection par le virus SARS-CoV-2 sur les tissus adipeux blancs de hamsters jeunes adultes ou âgés - un modèle préclinique de COVID-19 récemment mis en place dans notre équipe. Nos résultats montrent que l’infection est plus sévère, en termes de morbi-mortalité, chez les animaux âgés que chez les jeunes adultes. L’analyse histomorphométrique des tissus adipeux blancs sous-cutanés et viscéraux a permis de montrer que l’infection par SARS-CoV-2 est associée à une diminution de la taille des adipocytes dans ces deux dépôts ; effet qui persiste uniquement chez les animaux âgés. De manière très intéressante, l’analyse histologique des tissus révèle la présence de nombreuses et larges zones de nécrose adipocytaire (ressemblant aux crown-like structures décrites dans les tissus adipeux blancs en contexte d’obésité) uniquement dans les dépôts sous-cutanés de tissu adipeux des animaux âgés, y compris à distance de l’infection. En cela, notre étude confirme et renforce les plus récentes données de la littérature qui décrivent un rôle majeur du tissu adipeux blanc dans la physiopathologie de la COVID-19
Respiratory viral infections remain a major public health issue, worldwide. This is particularly the case with flu, caused by influenza viruses, and COVID-19, an emerging infectious disease caused by the SARS-CoV-2 virus. Importantly, the populations most at risk of developing severe forms of flu or COVID-19 are obese individuals and the elderly. Although obesity and aging are both associated with major functional alterations of the white adipose tissue, the latter's involvement in the pathophysiology of influenza or COVID-19 remains poorly studied. The thesis project falls within this general theme.Recent work by our team has shown, in mice, that infection with the influenza virus causes metabolic reprogramming of the subcutaneous fat depots, mainly characterized by the browning of the tissue: a phenomenon which corresponds to the emergence of beige adipocytes with increased thermogenic activity. During my PhD, using complementary experimental in vivo, in vitro, ex vivo and in silico approaches, we showed that the response to influenza-infection-induced endoplasmic reticulum stress, and more specifically the PERK signaling pathway, is involved in white adipose tissue browning. Besides identifying a novel molecular mechanism that regulates thermogenesis, our work further specifies the role of the white adipose tissue in influenza infection.In parallel, we studied the impact of infection with the SARS-CoV-2 virus on the white adipose tissues of young adult and old hamsters - a preclinical model of COVID-19 recently implemented in our team. Our results showed that the infection is more severe - in terms of morbidity and mortality - in older animals than in young adults. Histomorphometric analysis of subcutaneous and visceral white adipose tissues showed that infection with SARS-CoV-2 is associated with a decrease in the size of adipocytes in these two depots; an effect that persists only in the older animals. Remarkably, the histological analysis of the tissues reveals the presence of numerous and large areas of adipocyte necrosis (resembling the “crown-like structures” that can be observed in white adipose tissues in the context of obesity) only in the subcutaneous fat depots of the older animals, even at distance from infection. As such, our study confirms and strengthens the most recent data in the literature, which describes a major role of the white adipose tissue in the pathophysiology of COVID-19

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Al, Ibrahim Malak. "Anti-coronavirus potential of halophytes and invasive plants from Northern France : discovery of active terpenoids from Hippophae rhamnoides and Senecio inaequidens". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024ULILS003.

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Abstract (sommario):

Les coronavirus sont responsables de maladies des voies respiratoires bénignes à graves chez l’Homme. Malgré des progrès significatifs dans la compréhension de la pathologie et de la gestion clinique des coronavirus, ces maladies virales restent un problème de santé publique en raison d’épidémies récurrentes provoquées par l’émergence de variants, d’un accès inégal aux traitements contre la COVID-19, de taux de vaccination inadéquats et de populations à haut risque non vaccinées. Il est donc impératif de développer des solutions antivirales spécifiques et abordables pour contrôler et prévenir de futures pandémies. Les plantes exposées à des facteurs de stress abiotiques et à de nouveaux environnements représentent une vaste source de composés bioactifs. Dans ce projet, nous avons étudié le potentiel antiviral in vitro contre différents coronavirus de plantes halophytes et invasives récoltées dans le nord de la France.Dans la première partie du projet, des halophytes strictes et d’autres relativement tolérantes au sel poussant sur le littoral du nord de la France ont été sélectionnées et testées pour leur activité antivirale in vitro contre différents coronavirus. L'espèce végétale la plus active, Hippophae rhamnoides L. (Eléagnacées), a subi un fractionnement bioguidé pour identifier les composés actifs. Six composés ont été isolés des trois fractions les plus actives par HPLC préparative et ont été identifiés par HRMS et RMN mono- et bidimensionnelle comme étant des triterpènes substitués par des dérivés d’acide cinnamique. Les tests d'infection ont démontré une inhibition dose-dépendante de ces triterpènes contre le HCoV-229E et le SARS-CoV-2, mettant notamment en évidence leur activité contre les deux virus.Dans la deuxième partie du projet, le potentiel antiviral contre les coronavirus de Senecio inaequidens (Asteraceae), une espèce végétale envahissante, a été exploré. Six composés purifiés par CPC et CLHP préparative ont été identifiés comme étant des dérivés de sesquiterpènes. Ils ont présenté un effet inhibiteur dose-dépendant sur le HCoV-229E, et quatre d'entre eux se sont montrés également actifs contre le SARS-CoV-2.Nos résultats suggèrent que Hippophae rhamnoides et Senecio inaequidens pourraient représenter des sources potentielles d’agents antiviraux contre les coronavirus humains
Coronaviruses are responsible for mild to severe respiratory tract illnesses in humans. Despite significant advancements in understanding coronavirus pathology and clinical management, these viral diseases remain a public health concern due to recurrent outbreaks driven by the emergence of variants, unequal access to COVID-19 treatments, inadequate vaccination rates and untreated high-risk populations. Thus, it is imperative to proactively develop specific and affordable antiviral solutions to control and prevent future pandemics. Plants exposed to abiotic stress factors and new environments represent a vast source of bioactive compounds. In this project, we investigated the antiviral potential in vitro of different halophytes, less salt-tolerant plants and invasive plants collected in the North of France against different coronaviruses.In the first part of the project, a variety of strictly halophytes and relatively salt-tolerant plants growing on the coastline in northern France were screened for their in vitro antiviral activity against different coronaviruses. The most active plant species, Hippophae rhamnoides L. (Eleagnaceae), underwent bioguided fractionation to identify active natural products. Six compounds were isolated from the three most active fractions using preparative HPLC and were identified as cinnamoyl triterpenoids through HRMS and mono- and bi-dimensional NMR. Infection tests demonstrated a dose-dependent inhibition of these triterpenes against HCoV-229E and SARS-CoV-2, notably highlighting their activity against both viruses.In the second part of the project, the antiviral potential against coronaviruses of Senecio inaequidens (Asteraceae), an invasive plant species, was explored. Six compounds purified by CPC and preparative HPLC were identified as sesquiterpenoid derivatives. They displayed a dose-dependent inhibitory effect on HCoV-229E and four of them also exhibited inhibition against SARS-CoV-2.Our findings suggest that Hippophae rhamnoides and Senecio inaequidens could represent potential sources of antiviral agents against human coronaviruses

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Silverstein, Noah J. "Disease Tolerance, Epigenetic Inheritance, and Surviving Pathogenic Viral Infections". eScholarship@UMMS, 2021. https://escholarship.umassmed.edu/gsbs_diss/1149.

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Abstract (sommario):

Health is often defined in terms of absence of disease or pathological processes, but this is a definition of exclusion and incomplete. For example, SARS-CoV-2 viral load does not reliably predict disease severity, and so individuals must vary in their ability to control inflammation and maintain normal tissue homeostasis. This host defense strategy is called disease tolerance, and better understanding of disease tolerance mechanisms could change the way that we treat disease and work to maintain health. The first project presented in this dissertation found that after accounting for effects of age and sex, innate lymphoid cells (ILCs), but not T cells, were lower in adults and children sick with COVID-19 or MIS-C, independent of lymphopenia. Furthermore, abundance of ILCs, but not of T cells, correlated inversely with disease severity. These blood ILCs were shown to produce amphiregulin, a protein implicated in disease tolerance and tissue homeostasis, and the percentage of amphiregulin-producing ILCs was lower in males. These results suggest that, by promoting disease tolerance, homeostatic ILCs decrease morbidity and mortality associated with SARS-CoV-2 infection, and that lower ILC abundance accounts for increased COVID-19 severity with age and in males. The second project describes a novel mouse model of epigenetic inheritance wherein paternal influenza A virus (IAV) infection results in less severe influenza disease in IAV infected offspring. This offspring phenotype was not attributable to differences in viral load, indicating a possible difference in disease tolerance. Paternal caloric deprivation decreased, and influenza B virus infection increased, offspring influenza disease severity, and in vitro fertilization demonstrated sperm are sufficient to transfer IAV-associated epigenetic inheritance phenotypes. These findings represent a foundation for further work that, by continuing to elucidate the mechanisms of disease tolerance and epigenetic inheritance, could provide novel therapeutic interventions to help promote and maintain health.

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Hognon, Cecilia. "Modélisation et simulation moléculaire pour la compréhension des processus biologiques fondamentaux et le développement de nouveaux agents thérapeutiques contre le cancer et la Covid-19". Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2021. http://www.theses.fr/2021LORR0233.

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Abstract (sommario):

Au cours de cette thèse, j'ai utilisé la modélisation moléculaire et des techniques de simulation pour répondre à des questions biologiques clés, dans le cadre de la compréhension des bases fondamentales du développement cancéreux et des mécanismes de réplication/diffusion virales, y compris ceux du SARS-CoV-2. En plus de rationaliser les bases moléculaires derrière les résultats biologiques critiques, y compris l'évaluation des propriétés thermodynamiques des agrégats biologiques clés, j'ai également étudié la conception moléculaire rationnelle possible de nouveaux agents thérapeutiques agissant comme antiviraux et anticancéreux. À cette fin, j'ai étudié l'induction et la réparation des lésions de l'ADN, ainsi que les bases de l'organisation du génome et de la compaction de l'ADN. Cela m'a également amené à prendre en compte la régulation épigénétique, la conception possible d'agents externes perturbant l'expression des gènes, et la régulation de voies de signalisation telles que l'homéostasie du fer. En outre, j'ai étudié les composants viraux clés du SARS-Cov-2, notamment la protéine Spike, certaines protéines non structurelles telles que le SARS Unique Domain, et l'organisation de son génome. Par ailleurs, je me suis également intéressée à la compréhension de la réponse du système immunitaire, et en particulier aux effets des variants de la protéine humaine STING, qui est capable de détecter la présence de matériel génétique endogène et de déclencher la réponse immunitaire appropriée. D'un point de vue méthodologique, l'utilisation d'une approche multi-échelle, combinant dans certains cas les méthodes classiques et QM/MM, a montré sa capacité à rationaliser les effets non seulement chimiques mais aussi biologiques et a ouvert la voie à des stratégies de conception rationnelle plus fortes
During this Ph.D. thesis I have used state-of-the-art molecular modeling and simulation techniques to answer to key biological questions related to the fundamental bases of cancer development and to the mechanisms of viral replication and diffusion, including those of SARS-CoV-2. In addition to rationalize the molecular bases behind critical biological outcomes, including also the assessment of the thermodynamic properties of key biological aggregates, I have also studied the possible rational molecular design of novel therapeutic agents acting as antiviral and anticancer. To this end I have studied the induction and reparation of DNA lesions, as well as the basis of genome organization and DNA compaction. This has also brought me to take into accounts epigenetic regulation, the possible design of external agents perturbing gene expression, and the regulation of signaling pathways such as iron homeostasis. Furthermore, I have studied key viral components of SARS-Cov-2 including the spike protein, some non structural proteins such as the SARS Unique Domain, and the organization of its genome, for the formation of guanine quadruplexe sequences. Furthermore, I have also been interested in the understanding of immune system response, and in particular on the effects of variants on the human STING protein, which is able to sense the presence of endogenous genetic material and triggers the appropriate immune response. From a methodological point of view the use of multiscale approach, combining in some instance classical and QM/MM methods have shown its power in rationalizing not only chemical but biological effects and has paved the way to stronger rational design strategies

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Bost, Pierre. "Decoding cellular communications and interactions between immune cells by using single-cell approaches". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2020SORUS020.pdf.

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Abstract (sommario):

Les communications cellulaires sont indispensables au bon fonctionnement des organismes multicellulaires, notamment pour s’adapter à un environnement changeant en permanence. Les cellules du système immunitaire n’échappent pas à cette règle mais les interactions entre cellules immunitaires restent peu connues et compliquée à étudier. La récente apparition des technologies de séquençage dites ‘cellules uniques’ représente une opportunité unique pour étudier ces communications. Dans cette thèse, différentes approches expérimentales et analytiques ont été développées pour étudier ces communications à une échelle de cellules uniques. Ces stratégies ont ensuite été appliquées à différents contextes pathologiques, incluant le COVID-19, la maladie d’Alzheimer ou une immunisation par des pathogènes inactivés, et ont permis d’identifier des voies de communications cellulaires jusqu’ici inconnues ou mal comprises. Néanmoins, l’efficacité de ces approches est limitée par l’absence d’informations sur la localisation des cellules et des travaux supplémentaires intégrant ce genre de données est essentiel pour aller plus loin dans la dissection des communications entre cellules immunitaires
Cellular communications are essential to the proper functioning of multi-cellular organisms, particularly in order to adapt to a constantly changing environment. The cells of the immune system are no exception to this rule, but the interactions between immune cells remain little known and complicated to study. The recent emergence of 'single cell' sequencing technologies represents a unique opportunity to study these communications. In this thesis, different experimental and analytical approaches have been developed to study these communications on a single cell scale. These strategies were then applied to different disease contexts, including COVID-19, Alzheimer's disease or immunisation with inactivated pathogens, and identified previously unknown or poorly understood cellular communication pathways. However, the effectiveness of these approaches is limited by the lack of information on cell location and further work integrating such data will be essential to go further in the dissection of immune cell communications

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Labbé, Vincent. "Risques thrombotiques et hémodynamiques chez les patients hospitalisés en réanimation présentant une fibrillation atriale de novo au cours d’un sepsis : caractérisation, stratification et stratégies thérapeutiques". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2023SORUS556.pdf.

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Abstract (sommario):

Objectifs Les patients hospitalisés en réanimation pour un sepsis sont à haut risque d’accidents thrombotiques (AT) intéressant l’ensemble des circulations (grande, coronaire, petite). Nous souhaitons étudier ce risque thrombotique lors du sepsis (i) au sein de la grande circulation chez les patients présentant une fibrillation atriale de novo (FAN), (ii) au sein de la circulation coronaire chez les patients présentant un infarctus du myocarde (IDM) et (iii) au sein de la petite circulation chez les patients COVID-19 sévère. Par ailleurs, si le risque d’AT pose la question de l’intérêt de la thromboprophylaxie à dose croissante, l’évaluation du risque hémorragique en regard devra être systématique afin d’établir la balance bénéfice/risque d’un tel traitement. Méthodes Nous avons investigué le risque d’événements cardio-vasculaires majeurs (caractérisation et stratification) incluant les ATs, les hémorragies sévères, et le décès au sein de trois populations de patients septiques présentant une FAN, un IDM, ou une COVID-19 sévère par l’étude (i) de marqueurs tels que la dysfonction de l’auricule gauche à l’échocardiographie trans-oesophagienne (ETO) et la troponine cardiaque, et (ii) des scores de risque thrombotique et hémorragique utilisés chez les patients de cardiologie. Nous avons mené une enquête de pratique sur la gestion du risque thrombotique chez les patients ayant une FA lors d’un sepsis. Enfin nous avons effectué deux essais thérapeutiques : l’essai CAFS (Control Atrial Fibrillation Sepsis) de supériorité multicentrique randomisé, contrôlé comparant trois stratégies usuelles de prévention du risque hémodynamique chez les patients en choc septique présentant une FAN (en cours d’inclusion), et l’essai ANTICOVID (ANTIcoagulation in patients with hypoxemic COVID-19 pneumonia) comparant trois stratégies de traitement anticoagulant avec escalade de dose chez des patients présentant une pneumonie hypoxémiante COVID-19. Résultats Le risque d’évènements cardio-vasculaires majeures est élevé au cours d’un sepsis. Chez les patients en FAN, les approches cardiologiques de stratification des risques thrombotiques (anomalies ETO, score CHA2DS2-VASc) et hémorragiques (score HAS-BLED) semblent limitées. Une approche individualisée basée sur l’ETO et le score CHA2DS2-VASc pourrait néanmoins être intéressante. Ce travail a également mieux caractérisé le risque de formation d’un thrombus intra-cardiaque (absence de thrombus dans les 48 h suivant le début de la FA, prévalence rare de la sidération post cardioversion de l’auricule gauche). Enfin, nous avons confirmé l’hétérogénéité de prise en charge des risques hémodynamiques et thrombotiques justifiant la réalisation d’essais thérapeutiques. Chez les patients ayant un IDM au cours d’un sepsis, les approches cardiologiques usuelles de stratification des risques thrombotiques (scores GRACE et TIMI) semblent également limitées. En pratique usuelle, une stratégie invasive avec revascularisation coronaire précoce est très rarement effectuée. Chez les patients explorés par angiographie coronaire, l’incidence d’une coronaropathie obstructive est importante. Chez les patients présentant une pneumonie hypoxémiante COVID-19, le traitement anticoagulant préventif à dose forte, comparé au traitement anticoagulant préventif à dose standard, a été associé à un meilleur bénéfice clinique net, en raison d’une diminution du risque de thrombose et d'un faible risque hémorragique. Le traitement anticoagulant curatif n'a pas apporté de bénéfice supplémentaire. Conclusions Sur une base physiopathologique pro-thrombotique inhérente au sepsis, ce travail a permis (i) de mieux caractériser certaines situations à haut risque thrombotique (FAN, IDM, COVID sévère), (ii) élaborer des stratégies individuelles thérapeutiques de prévention du risque thrombotique (COVID-19), et (iii) poser les bases de futurs essais au sein de populations spécifiques à très haut risque thrombotique
Objectives Patients admitted to intensive care units with sepsis are at high risk of thrombotic events (TEs) throughout the circulatory systems (systemic, coronary, and pulmonary). We aimed to investigate the thrombotic risk during sepsis (i) within the systemic circulation in patients with new-onset atrial fibrillation (NOAF), (ii) within the coronary circulation in patients with acute myocardial infarction (MI), and (iii) within the pulmonary circulation in patients with severe COVID-19. Furthermore, while the risk of TE raises the question of whether thromboprophylaxis doses should be escalated, assessment of associated bleeding risk should be systematic in order to establish the benefit/risk balance of such treatment. Methods We investigated the risk of major cardiovascular events (risk characterization and stratification), including AT, major bleeding and death in three populations of septic patients with NOAF, MI or severe COVID-19 by studying (i) markers such as left atrial dysfunction on transesophageal echocardiography (TEE) and cardiac troponin, and (ii) thrombotic and hemorrhagic risk scores used in cardiology patients. We conducted a practice survey on thrombotic risk management in patients with de NOAF during sepsis. Finally, we carried out two therapeutic trials: the CAFS (Control Atrial Fibrillation Sepsis) multicenter, randomized, controlled superiority trial comparing three usual strategies to prevent hemodynamic risk with NOAF during septic shock (currently being included), and the ANTICOVID (ANTIcoagulation in patients with hypoxemic COVID-19 pneumonia) multicenter, randomized, controlled superiority trial comparing three anticoagulation strategies with dose escalation in patients with hypoxemic COVID-19 pneumonia Results Our work confirmed the high risk of major cardiovascular events during sepsis. In patients with NOAF, cardiological approaches to thrombotic (TEE abnormalities, CHA2DS2-VASc score) and hemorrhagic (HAS-BLED score) risk stratification seem limited. An individualized approach with TEE based on the CHA2DS2-VASc score could nevertheless be of interest. This work also better characterized the risk of intra-cardiac thrombus formation (absence of thrombus within 48 h of AF onset, low prevalence of post-cardioversion left atrial stunning). Finally, we confirmed the heterogeneity of hemodynamic and thrombotic risks management, calling for randomized trials. In patients with MI during sepsis, cardiological approaches to thrombotic risk stratification (GRACE and TIMI scores) also appear limited. In usual practice, an invasive strategy involving early coronary revascularization is very uncommon. In patients investigated using coronary angiography, the incidence of obstructive coronary artery disease is high. In patients with hypoxemic COVID-19 pneumonia, high-dose prophylactic anticoagulation, provided a better net clinical benefit driven by a 4-fold reduction in de novo thrombosis rate with no increase in major bleeding compared with standard-dose prophylactic anticoagulation. Also, therapeutic anticoagulation did not provide additional benefit in comparison with high-dose prophylactic anticoagulation. Conclusions On the basis of the common pro-thrombotic pathophysiology described in septic conditions, our work has made it possible to (i) better characterize clinical situations at particularly high thrombotic risk (NOAF, MI, severe COVID-19 infection), (ii) develop individual therapeutic strategies for thrombotic risk prevention (COVID-19), and (iii) establish the basis for subsequent trials in specific intensive care populations at very high thrombotic risk

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Esteves, Souza Jerónimo, e Ríos Joaquín Javier Vela. "Efectos de una pandemia en los mercados de valores de renta variable: comparativa entre la Influenza de tipo A(H1N1) durante el periodo 2009- 2010 y el COVID-19 en el año 2019- 2020". Bachelor's thesis, Pontificia Universidad Católica del Perú, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.12404/18466.

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Abstract (sommario):

Después de la pandemia más conocida como la gripe española del año 1918, no hubo otra capaz de poner en serios problemas la economía mundial, en especial los mercados de valores de todos los países hasta la llegada del nuevo coronavirus SARS-COV2, denominado también COVID19. Por ello, el presente trabajo busca analizar y comparar los efectos de dos pandemias ocurridas en el periodo 2008-2020 en los mercados de renta de variable. Estas pandemias son la gripe A(H1N1) ocurrida en el periodo 2009- 2011 y el nuevo coronavirus SARS-COV2 que inició a finales del 2019 en Wuhan, China. El periodo de análisis para el SARS-COV2 será 2009-2020. Se plantea que para las Bolsas de Valores de los países desarrollados (EE.UU, China y España) existirá un impacto negativo sobre el rendimiento asociado a dichas bolsas ante la presencia del COVID-19 en el corto y mediano plazo; esto a su vez desencadenará un efecto en cadena similar o incluso mayor sobre las Bolsas de Valores de los países que conforman el MILA (Mercado Integrado Latinoamericano) Perú, Chile y Colombia. Este impacto sería de mayor escala que el impacto ocasionado por la gripe A (H1N1) pdm09, debido a que se considera que la crisis financiera internacional del año 2008 fue el determinante de la caída de las bolsas de valores de Estados Unidos, España y de los países en desarrollo en ese periodo. En esta investigación se va a utilizar un modelo Panel Least Squares para poder estimar los efectos de las pandemias en los índices de rendimiento de los países mencionados
After the pandemic better known as the Spanish flu of 1918, there was no other capable of putting the world economy, especially the stock markets of all countries, in serious trouble until the arrival of the new SARS-COV2 coronavirus, also called COVID19. For this reason, the present research seeks to analyze and compare the effects of two pandemics that occurred in the 2008-2020 period in the equity markets. These pandemics are influenza A (H1N1) that occurred in the 2009-2011 period and the new SARS-COV2 coronavirus that started in late 2019 in Wuhan, China. The analysis period for SARS-COV2 will be 2009-2020. It is proposed that for the Stock Exchanges of developed countries (USA, China and Spain) there will be a negative impact on the performance associated with these exchanges in the presence of COVID-19 in the short and medium term; this in turn will unleash a similar or even greater chain effect on the Stock Exchanges of the countries that make up the MILA (Latin American Integrated Market) Peru, Chile and Colombia. This impact would be of a larger scale than the impact caused by influenza A (H1N1) pdm09, because it is considered that the international financial crisis of 2008 was the determinant of the fall of the stock markets of the United States, Spain and developing countries in that period. In this research, a Panel Least Squares model will be used to estimate the effects of pandemics on the performance indexes of the mentioned countries.

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Malladi, Sameer Kumar. "HIV-1 and SARS-CoV-2 immunogen design". Thesis, 2020. https://etd.iisc.ac.in/handle/2005/5595.

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Abstract (sommario):

Human Immunodeficiency Virus (HIV-1) is the aetiologic agent of AIDS. Presently there are ~38 million HIV-1 infected individuals worldwide and ~1 million deaths in 2019. Since its discovery, the quest for vaccine candidate for HIV-1 is alive, yet no effective vaccine exists till date. HIV-1 viral displayed Envelope (Env) protein is the primary viral target of the humoral immune system and is thus an obvious vaccine candidate. The historic RV144 HIV-1 clinical trial resulted in a modest efficacy of the gp120 clade B/E vaccine candidate and renewed hope in finding a HIV-1 vaccine. However, monomeric gp120 does not induce protective antibodies and native-like trimeric Env was hypothesized to be a better candidate to induce broadly neutralizing antibodies. The recent structure of the BG505SOSIP.664 gp140 ectodomain reinvigorated interest in rational immunogen design. Chapter 1 outlines the HIV-1 virus, organisation, and structures of the Env ectodomain gp140, gp120, gp41 and various strategies to elicit neutralizing antibodies. Chapter 2 provides proof of principle of a method involving a computational sequence and structure guided Rosetta mutational scanning approach PROSS, to generate high yielding variants of the Env derivative gp140 without altering the trimeric structure and antigenicity. Chapter 3 utilizes the approach of cyclic permutation to rationally design trimeric gp120 derivatives that display a native V1V2 apex and retain binding to quaternary epitope directed bNAbs such as PGT145 and PGDM1400. Further, a nanoparticle display of the cyclic permutant was carried out to improve the immunogenicity of these potentially attractive vaccine candidates. Chapter 4 utilizes a structure guided approach to derive stable Env ectodomain variants by a cyclic permutation design strategy and describes an approach to engineer disulfides at the trimer Apex to covalently link the trimers for obtaining dynamically stable Env variants. HIV-1 Env displays conserved epitopes that are targeted by broadly neutralizing antibodies. CD4 binding site (CD4bs) antibodies are amongst the most potent. These CD4bs in humans are observed to be produced from a highly restricted set of germline sequences of the antibody repertoire. Chapter 5 attempts to utilize a structure guided approach to computationally design antibodies derived from novel germlines that are predicted to be energetically stable. Functional and biochemical characterization of these antibodies is reported Chapter 5. With the ongoing COVID-19 pandemic we attempted to develop a vaccine candidate utilizing a structure guided approach in Chapter 6. The Receptor binding domain (RBD) of the Spike protein of SARS-CoV-2 has been observed to be the primary target of the most potent neutralizing antibodies. Hence in Chapter 6 we designed an RBD subunit vaccine candidate to combat COVID-19. The designed RBD derivative is highly thermotolerant and also immunogenic and produces neutralizing antibodies comparable to several candidates currently being tested in the clinic.

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Piçarra, Patricia Alexandra Jacinto. "Internship Reports and Monograph entitled "Virus-like particles based vaccines and their role in the COVID-19 pandemic”". Master's thesis, 2021. http://hdl.handle.net/10316/99021.

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Abstract (sommario):

Relatório de Estágio do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas apresentado à Faculdade de Farmácia
Este trabalho de Final de Mestrado engloba os Relatórios de Estágio e Monografia Intitulada "Virus-like particles based vaccines and their role in the COVID-19 pandemic". No final de 2019, na China, um novo coronavírus foi identificado com o surgimento de uma pneumonia atípica. O mundo rapidamente ficou em alerta devido à alta velocidade com que este vírus se transmitia em todo o mundo. Este novo surto foi rapidamente declarado como uma pandemia.Desde o início surgiu a necessidade de criar uma vacina capaz de acabar com o pesadelo da pandemia.Diversas plataformas foram testadas para o desenvolvimento de vacinas contra a Síndrome Respiratória Aguda Grave Coronavirus 2 (SARS-COV-2), entre as quais vacinas que se baseiam em partículas semelhantes a vírus (VLP). As VLPs, que contam com alguns exemplos já existentes no mercado, como as vacinas para hepatite B e para o vírus do papiloma humano, são nanopartículas com base em proteínas que mimetizam a conformação do vírus, apresentando epítopos à superfície. As vacinas baseadas em VLPs já demonstraram ter inúmeras vantagens, incluindo o facto de serem seguras, não conterem o material genético do vírus e serem muito eficientes em termos de ativação do sistema imunológico. Apesar disso, na formulação destas vacinas muitas vezes aparecem associados adjuvantes.O conhecimento da estrutura do vírus SARS-COV-2 possibilitou o desenvolvimento de partículas que mimetizam este coronavírus.Pelo menos cinco vacinas de VLPs contra o SARS-COV-2 já estão em ensaios clínicos e apresentam potencial para serem bem-sucedidas.Neste texto de revisão, iremos reconhecer o potencial destas partículas que mimetizam os vírus, como elas ativam o nosso sistema imunológico, e desvendar os avanços que as vacinas baseadas em VLPs estão a ter nesta luta que o mundo está a enfrentar contra o COVID-19.Naturalmente, para isso temos que descobrir como funciona este vírus mortal.
This Master's Degree document comprises the Internship Reports and Monograph Entitled "Virus-like particles based vaccines and their role in the COVID-19 pandemic".In late 2019, in China, a new coronavirus was identified with the emergence of an atypical pneumonia. The world quickly became in alert due to the high speed with which this virus was being transmitted throughout the world. This new outbreak was quickly declared as a pandemic.From the outset the need arose to create a vaccine capable of putting an end to the pandemic nightmare.Several platforms were tested for the development of vaccines against the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-COV-2), among which virus like particle (VLP) based vaccines. VLPs, with some examples already on the market such us the vaccines for the hepatitis B and for human papilloma virus, are protein-based nanoparticles that mimic the conformation of the virus, presenting epitopes on their surface. VLP based vaccines have already been shown to have numerous advantages, including the fact that they are safe, do not contain virus genetic material, and very efficient in terms of activating immune system. Despite that, in the formulation of these vaccines they often appear associated with adjuvants. The knowledge of the structure of the SARS-COV-2 has made it possible for the development of particles that mimic these coronavirus.At least, five SARS-COV-2 VLP vaccines are already in clinical trials, and show potential to be successful.In this review text we will recognize the potential of these particles that mimic viruses, and how they activate our immune system, and unravel the advances that VLP based vaccines are having in this fight that the world is facing with the COVID-19. Naturally, for that we have to find out how this deadly virus works.

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Costa, Maria Gabriela Meneses. "Relatório de Estágio e Monografia intitulada" Organoides Cerebrais na Modelação de Doenças Degenerativas e Infeciosas". Master's thesis, 2021. http://hdl.handle.net/10316/99162.

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Abstract (sommario):

Relatório de Estágio do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas apresentado à Faculdade de Farmácia
O presente documento redigido no âmbito da Unidade Curricular “Estágio Curricular” do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas da Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra inclui dois relatórios de estágio e uma monografia. Os relatórios de estágio, que seguem uma estrutura de análise SWOT (Strengths, Weaknesses, Opportunities and Threats), incidem sobre os estágios realizados na Indústria Farmacêutica Bluepharma Indústria Farmacêutica, S.A e em Farmácia Comunitária, na Farmácia Santiago, em Góis. A monografia, intitulada “Organoides Cerebrais na Modelação de Doenças Degenerativas e Infeciosas”, sintetiza os principais avanços científicos e direções futuras dos mais recentes modelos de estudo da fisiologia cerebral, os organoides cerebrais, expondo o conhecimento atual, descoberta, metodologias de obtenção, aplicação e principais desafios inerentes à técnica. De modo particular, destaca a modelação de doenças neurológicas como a Doença de Alzheimer, para exemplo de uma doença degenerativa, e infeção pelo vírus Zika e pelo vírus SARS-CoV2. Os organoides cerebrais são culturas tridimensionais in vitro que representam uma ferramenta de última geração para diagnósticos preditivos, compreensão fisiopatológica e desenvolvimento de terapias individualizadas, principalmente quando otimizados com o conhecimento de outras áreas científicas. Este documento conclui o ciclo de estudos com o trabalho realizado durante o último semestre do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas.
This document written within the "Curricular Internship" of the Integrated Master’s Degree in Pharmaceutical Science of the Faculty of Pharmacy, University of Coimbra includes of two internship reports and a monograph.The internship reports, which follow a SWOT analysis structure (Strengths, Weaknesses, Opportunities and Threats), focus on the internships carried out at the Pharmaceutical Industry Bluepharma Indústria Farmacêutica, S.A. and at Community Pharmacy,at the Farmácia Santiago, in Góis. The monograph, entitled "Brain Organoids in Modeling Degenerative and Infectious Diseases", summarizes the main scientific advances and future directions of the most recent models for the study of brain physiology, the brain organoids, exposing current knowledge, discovery, methodologies for obtaining, application, and main challenges inherent to the technique. In particular, the monograph highlights the modeling of neurological diseases such as Alzheimer's Disease, as an example of a degenerative disease, and infection by the Zika virus and by the SARS-CoV2 virus. Brain organoids are three-dimensional in vitro cultures that represent a state-of-the-art tool for predictive diagnoses, pathophysiological understanding and development of individualized therapies, especially when optimized with knowledge from other scientific areas. This document summarizes the end of this these studies with the work carried out during the last semester of the Integrated Master in Pharmaceutical Sciences.

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Costa, Maria Gabriela Meneses. "Relatório de Estágio e Monografia intitulada" Organoides Cerebrais na Modelação de Doenças Degenerativas e Infeciosas". Master's thesis, 2021. http://hdl.handle.net/10316/99172.

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Abstract (sommario):

Relatório de Estágio do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas apresentado à Faculdade de Farmácia
O presente documento redigido no âmbito da Unidade Curricular “Estágio Curricular” do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas da Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra inclui dois relatórios de estágio e uma monografia. Os relatórios de estágio, que seguem uma estrutura de análise SWOT (Strengths, Weaknesses, Opportunities and Threats), incidem sobre os estágios realizados na Indústria Farmacêutica Bluepharma Indústria Farmacêutica, S.A e em Farmácia Comunitária, na Farmácia Santiago, em Góis. A monografia, intitulada “Organoides Cerebrais na Modelação de Doenças Degenerativas e Infeciosas”, sintetiza os principais avanços científicos e direções futuras dos mais recentes modelos de estudo da fisiologia cerebral, os organoides cerebrais, expondo o conhecimento atual, descoberta, metodologias de obtenção, aplicação e principais desafios inerentes à técnica. De modo particular, destaca a modelação de doenças neurológicas como a Doença de Alzheimer, para exemplo de uma doença degenerativa, e infeção pelo vírus Zika e pelo vírus SARS-CoV2. Os organoides cerebrais são culturas tridimensionais in vitro que representam uma ferramenta de última geração para diagnósticos preditivos, compreensão fisiopatológica e desenvolvimento de terapias individualizadas, principalmente quando otimizados com o conhecimento de outras áreas científicas. Este documento conclui o ciclo de estudos com o trabalho realizado durante o último semestre do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas.
This document written within the "Curricular Internship" of the Integrated Master’s Degree in Pharmaceutical Science of the Faculty of Pharmacy, University of Coimbra includes of two internship reports and a monograph.The internship reports, which follow a SWOT analysis structure (Strengths, Weaknesses, Opportunities and Threats), focus on the internships carried out at the Pharmaceutical Industry Bluepharma Indústria Farmacêutica, S.A. and at Community Pharmacy,at the Farmácia Santiago, in Góis. The monograph, entitled "Brain Organoids in Modeling Degenerative and Infectious Diseases", summarizes the main scientific advances and future directions of the most recent models for the study of brain physiology, the brain organoids, exposing current knowledge, discovery, methodologies for obtaining, application, and main challenges inherent to the technique. In particular, the monograph highlights the modeling of neurological diseases such as Alzheimer's Disease, as an example of a degenerative disease, and infection by the Zika virus and by the SARS-CoV2 virus. Brain organoids are three-dimensional in vitro cultures that represent a state-of-the-art tool for predictive diagnoses, pathophysiological understanding and development of individualized therapies, especially when optimized with knowledge from other scientific areas. This document summarizes the end of this these studies with the work carried out during the last semester of the Integrated Master in Pharmaceutical Sciences.

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Gutiérrez, Laura. "Evaluación del desempeño analítico de dos ensayos inmunológicos de diferente configuración para la detección de anticuerpos anti SARS-CoV-2". Doctoral thesis, 2021. http://hdl.handle.net/11086/21904.

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Abstract (sommario):

Trabajo Integrador Final (Especialista en Virología) - - Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas, 2021
Calcular la sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo y valor predictivo negativo de dos ensayos inmunológicos de diferente configuración (CMIA y ELISA) para la detección de anticuerpos anti SARS CoV 2 Evaluar la concordancia analítica entre los diferentes ensayos.
2023-11-30
Fil: Gutiérrez, Laura. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas; Argentina.
Fil: Barbás, María G. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central; Argentina.

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Raheja, Harsha. "Deciphering the role of host protein HuR in RNA virus life cycle and pathogenesis: Hepatitis C Virus and SARS-CoV-2 as exemplars". Thesis, 2023. https://etd.iisc.ac.in/handle/2005/6167.

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Abstract (sommario):

Viruses pose a major threat to human health and the ongoing SARS-CoV-2 pandemic proves as the best evidence for that. Historically, RNA viruses have a major potential to cause such pandemics. They utilise RNA binding proteins at several stages of their life cycle. We have worked on one such RBP, ELAVL1 (also known as HuR) to study its role in life cycle and pathogenesis of two kind of RNA viruses, one which causes chronic infection, Hepatitis C Virus and the other that causes lytic infection, SARS-CoV-2. HuR is an RNA-binding protein which binds to AU-rich elements in the RNA and regulates the transport, stability and translation of associated RNAs. The function of HuR is regulated by its cellular localisation, post-translational modifications and binding partners. We have outlined the following objectives to understand the role and regulation of HuR in HCV and SARS-CoV-2 life cycle and pathogenesis. Objective 1: To study the mechanism and implications of HuR relocalisation from Nucleus to cytoplasm upon HCV infection. Hepatitis C virus is a positive sense, single-stranded RNA virus which completes its life cycle in the cytoplasm of the host cells, primarily, in hepatocytes. Host protein HuR translocation from nucleus to cytoplasm following infection is crucial for the life cycle of several RNA viruses including hepatitis C virus (HCV), a major causative agent of hepatocellular carcinoma. HuR assists the assembly of replication-complex on the viral-3′UTR, and its depletion hampers viral replication. Although cytoplasmic HuR is crucial for HCV replication, little is known about how the virus orchestrates the mobilization of HuR into the cytoplasm from the nucleus. We show that two viral proteins, NS3 and NS5A, act coordinately to alter the equilibrium of the nucleo-cytoplasmic movement of HuR. NS3 activates protein kinase C (PKC)-δ, which in turn phosphorylates HuR on S318 residue, triggering its export to the cytoplasm. NS5A inactivates AMP-activated kinase (AMPK) resulting in diminished nuclear import of HuR through blockade of AMPK-mediated phosphorylation and acetylation of importin-α1. Cytoplasmic retention or entry of HuR can be reversed by an AMPK activator or a PKC-δ inhibitor. Our findings suggest that efforts should be made to develop inhibitors of PKC-δ and AMPK, either separately or in combination, to inhibit HCV infection. Objective 2: HuR protein interaction with SARS-CoV-2 RNA and its consequences in viral RNA translation. SARS-CoV-2, the causative agent of the ongoing COVID-19 pandemic is a positive strand RNA virus belonging to Coronaviridae family and causes mild to severe respiratory illness. The viral genome is 30 Kb long and accumulates various mutations as it spreads. RNA-binding proteins (RBPs) play important roles in the life cycle of RNA viruses. Viral 5’UTR and 3’UTR are more than 99% conserved in the emerging mutants, suggesting the importance of sequence conservation in viral processes. We searched for sequence dependent potential RBP binding sites in the viral 5’UTR. Of the proteins obtained, we focused on HuR which is also known to influence translation and replication of other RNA viruses and has been found to be SARS-CoV-2 interacting RBP in genome-wide screens. Strong binding of HuR with viral 5’UTR was observed in in vitro, and ex vivo assays. The binding sites of HuR in the 5’UTR was mapped, and it was found that the mutations in 5’UTRs of SARS-CoV-2 Variants of Concern (VoC) altered the HuR binding affinity. While deciphering the mechanism of HuR effect on CoV-2 lifecycle, we found that it promotes the binding of another host factor PTB to the 5’UTR, promoting viral RNA translation. Interestingly, the role of HuR was found to be completely opposite on the sub-genomic (sg) RNAs of SARS-CoV-2, which code for the structural proteins. While knockout of HuR inhibited translation from genomic 5’UTR, it enhances sg5’UTR translation resulting higher ratio of structural to non-structural proteins. In conclusion, we show the role of an RNA binding protein in differential translation regulation of SARS-CoV-2 genomic and sub-genomic RNAs which opens up new avenues for the design of antivirals against the virus. Objective 3: Role of HuR in SARS-CoV-2 virus replication and pathogenesis. We have shown that HuR binds to SARS-CoV-2 5’UTR. Therefore, we checked its effect on virus life cycle. The knock-down and knock-out of HuR reduced viral RNA levels and viral titres. The alpha variant exhibited lesser and delayed dependence on HuR as compared to the original Wuhan and Delta variant, which could be one of the mechanisms behind the longer generation time and hence lesser transmission of the alpha variant. Interestingly, Anti-sense oligo (ASO) targeting the HuR binding site was found to reduce the viral titre in WT, but not in HuR KO cell line. We further show that the knockout of HuR increased the sensitivity of the cells for Remdesivir treatment by decreasing its IC50 10 folds. Since HuR KO reduced viral RNA levels in the cells, to uncouple it from pathogenesis, we looked for a system harbouring viral proteins, but was replication deficient. For this, a non-infectious Virus like particle (VLP) system was designed. The VLPs from Baculovirus expression system were purified and characterised and its similarity studied with the kinetics of infectious virus infection. VLPs were used as a platform to study the impact of mutations in the variants and the corresponding changes in virus entry, virus pathogenesis and also explored as vaccine candidates. It appears, the knock-down of HuR did not alter the VLP entry in the cells but altered the pathogenesis. IL-8 was used as a marker for pro-inflammatory cytokines, and we found that the VLP-induced IL-8 secretion was hampered in the HuR KO cell line. Results suggest that in addition to virus life cycle, HuR regulates SARS-CoV-2 pathogenesis and could be an attractive target for possible therapeutics, possibly using ASO alone or in combination with remdesivir. Taken together, we demonstrate important roles of an RNA binding protein HuR, in two RNA viruses, HCV and SARS-CoV-2, and explored different ways to target it for tackling virus infections. The chronic virus, HCV manipulates HuR by post-translational modifications and alteration of subcellular localisation; and the lytic virus, SARS-CoV-2, utilises it to maintain a balanced ratio of structural and non-structural proteins for productive virus infection, while maintaining its subcellular localisation and exploiting it to induce inflammation.
CSIR-SPM

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Jesus, Ana Rita Moreira Gaspar de. "O Processo de Desenvolvimento e Aprovação de Medicamentos: O Caso Particular das Vacinas COVID-19". Master's thesis, 2021. http://hdl.handle.net/10316/99135.

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Abstract (sommario):

Dissertação de Mestrado em Biotecnologia Farmacêutica apresentada à Faculdade de Farmácia
Um novo medicamento está sujeito a um rigoroso processo de investigação, desenvolvimento, avaliação e aprovação, por forma a garantir a sua qualidade, segurança e eficácia e o cumprimento dos requisitos exigidos pelas entidades regulamentares competente. No final do ano de 2019, foi identificado um novo coronavírus, o SARS-CoV-2. Este agente etiológico, causador da doença COVID-19, rapidamente se disseminou por todo o mundo, levando a Organização Mundial de Saúde (OMS) a decretar o estado de pandemia COVID-19, a 11 de março de 2020. A situação de emergência gerada, desafiou os sistemas de saúde e as autoridades competentes a nível mundial, exigindo a afetação excecional de recursos técnicos, financeiros e humanos, por forma a combater a crise de saúde pública instalada. O desenvolvimento de uma vacina eficaz contra a COVID-19, foi identificada como a melhor estratégia para suster a pandemia, levando à adoção de estratégias diferenciadas e da convergência de esforços por forma a acelerar o processo de desenvolvimento e introdução no mercado de vacinas contra a COVID-19. Neste estudo pretende-se analisar como decorreu o processo de introdução no mercado das vacinas COVID-19. Serão abordadas as especificidades regulamentares que foram adotadas de modo a permitir a célere aprovação e comercialização destas vacinas.
A new drug is subject to a rigorous research, development, evaluation, and approval process to ensure the quality, safety and efficacy of the drug and compliance with the requirements of the relevant regulatory authorities. Late in 2019, a new coronavirus, SARS-CoV-2, was identified. This etiological agent, causing the disease COVID-19, quickly spread throughout the world, leading the World Health Organization (WHO) to decree the state of pandemic COVID-19, on March 11, 2020.This emergency has challenged health systems and competent authorities worldwide, requiring the exceptional allocation of technical, financial, and human resources to combat the public health crisis. The development of an effective vaccine against COVID-19 was identified as the best strategy to halt the pandemic, leading to the adoption of differentiated strategies and the convergence of efforts to accelerate the process of development and market introduction of vaccines against COVID-19. This study aims to analyze how the market introduction process of the COVID-19 vaccines took place. The regulatory specificities that were adopted to allow the rapid approval and marketing of these vaccines will be addressed.

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