Tesi sul tema "TD2 prediction"
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Dursoniah, Danilo. "Modélisation computationnelle de l’absorption intestinale du glucose pour la prédiction du diabète de Type 2". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024ULILB023.
Testo completoResearch on type 2 diabetes (T2D) has so far predominantly focused on the role of pancreatic beta function and insulin sensitivity. Numerous indices, of varying precision and relevance, have been proposed to measure these factors. These indices are calculated using more or less complex models based on static fasting glucose data or dynamic oral glucose test data.Bariatric surgery has highlighted the existence of a third parameter that could potentially be a cause of T2D: intestinal glucose absorption (IGA). Unlike pancreatic beta function and insulin sensitivity, no index has yet been proposed to measure the effect of this parameter on T2D. Experimentally measuring intestinal glucose absorption requires access to the portal vein, which is practically impossible in humans. An experimental multi-tracer technique using labeled glucose has been proposed as an alternative, but it remains very difficult to implement and requires expertise that prevents its routine clinical use. It should also be noted that the modeling approaches proposed so far to predict the postprandial glucose response require this gold standard. The few existing models are only partially mechanistic and relatively complex. This thesis proposes to overcome these problems.Thus, as a first contribution, we initially reproduce the postprandial model of Dalla Man and the simulations from the reference article (Dalla Man et al., 2007). Since this model is exclusively described using ODEs, we have partially transcribed it into a system of chemical reactions to put the relevant physiological mechanisms into perspective. This implementation first allowed us to carry out reproducibility work - despite the absence of the original data from the reference article - and then to compare the model with our OBEDIAB clinical data, thus showing its limitations in terms of estimations and identifiability.As a second major contribution, to circumvent the use of the multi-tracer gold standard, we used D-xylose, a glucose analog, as a biomarker to directly observe IGA, available in our pre-clinical dataset from experiments conducted on minipigs. To our knowledge, we developed the first D-xylose model. This model was selected through parameter estimation on our datasets, followed by a practical identifiability analysis and a global sensitivity analysis. These analyses also allowed us to study the relative contributions of gastric emptying and intestinal absorption on the D-xylose dynamic profile. Finally, we will explore the links between blood glucose modeling and postprandial D-xylose response modeling while considering the clinical applications and limitations of the D-xylose model.Keywords: Systems biology, modeling, chemical reaction networks, ordinary differential equations, parameter estimation, identifiability analysis, type 2 diabetes, D-xylose
Bostock, Adam K. "Prediction and reduction of traffic pollution in urban areas". Thesis, University of Nottingham, 1994. http://eprints.nottingham.ac.uk/14352/.
Testo completoReynolds, Shirley Anne. "Monitoring and prediction of air pollution from traffic in the urban environment". Thesis, University of Nottingham, 1996. http://eprints.nottingham.ac.uk/11740/.
Testo completoZerbeto, Ana Paula. "Melhor preditor empírico aplicado aos modelos beta mistos". Universidade de São Paulo, 2014. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-09042014-132109/.
Testo completoThe mixed beta regression models are extensively used to analyse data with hierarquical structure and that take values in a restricted and known interval. In order to propose a prediction method for their random components, the results previously obtained in the literature for the empirical Bayes predictor were extended to beta regression models with random intercept normally distributed. The proposed predictor, called empirical best predictor (EBP), can be applied in two situations: when the interest is predict individuals effects for new elements of groups that were already analysed by the fitted model and, also, for elements of new groups. Simulation studies were designed and their results indicated that the performance of EBP was efficient and satisfatory in most of scenarios. Using the propose to analyse two health databases, the same results of simulations were observed in both two cases of application, and good performances were observed. So, the proposed method is promissing for the use in predictions for mixed beta regression models.
Porto, Faimison Rodrigues. "Cross-project defect prediction with meta-Learning". Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-21032018-163840/.
Testo completoModelos de predição de defeitos auxiliam profissionais de teste na priorização de partes do software mais propensas a conter defeitos. A abordagem de predição de defeitos cruzada entre projetos (CPDP) refere-se à utilização de projetos externos já conhecidos para compor o conjunto de treinamento. Essa abordagem é útil quando a quantidade de dados históricos de defeitos é inapropriada ou insuficiente para compor o conjunto de treinamento. Embora o princípio seja atrativo, o desempenho de predição é um fator limitante nessa abordagem. Nos últimos anos, vários métodos foram propostos com o intuito de melhorar o desempenho de predição de modelos CPDP. Contudo, na literatura, existe uma carência de estudos comparativos que apontam quais métodos CPDP apresentam melhores desempenhos. Além disso, não há evidências sobre quais métodos CPDP apresentam melhor desempenho para um domínio de aplicação específico. De fato, não existe um algoritmo de aprendizado de máquina que seja apropriado para todos os domínios de aplicação. A tarefa de decisão sobre qual algoritmo é mais adequado a um determinado domínio de aplicação é investigado na literatura de meta-aprendizado. Um modelo de meta-aprendizado é caracterizado pela sua capacidade de aprender a partir de experiências anteriores e adaptar seu viés de indução dinamicamente de acordo com o domínio alvo. Neste trabalho, nós investigamos a viabilidade de usar meta-aprendizado para a recomendação de métodos CPDP. Nesta tese são almejados três principais objetivos. Primeiro, é conduzida uma análise experimental para investigar a viabilidade de usar métodos de seleção de atributos como procedimento interno de dois métodos CPDP, com o intuito de melhorar o desempenho de predição. Segundo, são investigados quais métodos CPDP apresentam um melhor desempenho em um contexto geral. Nesse contexto, também é investigado se os métodos com melhor desempenho geral apresentam melhor desempenho para os mesmos conjuntos de dados (ou projetos de software). Os resultados revelam que os métodos CPDP mais adequados para um projeto podem variar de acordo com as características do projeto sendo predito. Essa constatação conduz à terceira investigação realizada neste trabalho. Foram investigadas as várias particularidades inerentes ao contexto CPDP a fim de propor uma solução de meta-aprendizado capaz de aprender com experiências anteriores e recomendar métodos CPDP adequados, de acordo com as características do software. Foram avaliados a capacidade de meta-aprendizado da solução proposta e a sua performance em relação aos métodos base que apresentaram melhor desempenho geral.
Kattekola, Sravanthi. "Weather Radar image Based Forecasting using Joint Series Prediction". ScholarWorks@UNO, 2010. http://scholarworks.uno.edu/td/1238.
Testo completoConroy, Sean F. "Nonproliferation Regime Compliance: Prediction and Measure Using UNSCR 1540". ScholarWorks@UNO, 2017. http://scholarworks.uno.edu/td/2308.
Testo completoMishra, Avdesh. "Effective Statistical Energy Function Based Protein Un/Structure Prediction". ScholarWorks@UNO, 2019. https://scholarworks.uno.edu/td/2674.
Testo completoSatiro, Lucas Santos. "Crop prediction and soil response to sugarcane straw removal". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11140/tde-03052018-171843/.
Testo completoPreocupações acerca do aquecimento global e mudanças climáticas tem provocado uma crescente demanda por energias renováveis. Nesse cenário, tem aumentado o interesse em utilizar a palha de cana-de-açúcar como matéria prima para produção de energia. Contudo, a palha desempenha importante papel na manutenção da qualidade do solo. Aliado a isso, incertezas quanto a quantidade de palha produzida e o impacto da remoção da palha na produção de colmos tem levantado duvidas quanto ao uso dessa matéria prima. Nesse sentido, o objetivo desse estudo foi avaliar a curto prazo (2 anos) os impactos da remoção da palha de cana-de-açucar no solo, e modelar a produção de palha e colmo de cana-de-açucar utilizando atributos do solo de diferentes camadas. Para tanto, foram conduzidos dois experimentos nos municípios de Capivari (solo de textura média) e Valparaíso (solo de textura arenosa), estado de São Paulo, Brasil. Foram testados cinco taxas de remoção de palha (i.e., equivalentes a 0, 25, 50, 75 e 100 %). Amostras de solo foram coletadas nas camadas 0-2,5, 2,5-5, 5-10, 10-20 e 20-30 cm de profundidade para determinação de C, N, pH, P, K, Ca, Mg, densidade do solo e resistência do solo a penetração. Amostras de planta foram coletadas para determinar a produção de colmo e palha. Os impactos causados pela remoção da palha diferiu entre as áreas, no entato, se concentraram na camada mais superficial do solo. No solo de textura média a remoção da palha levou a depleção do carbono orgânico e a compactação do solo, enquanto que, no solo de textura arenosa os atributos químicos (i.e teores de Ca e Mg) foram os mais impactados. Os resultados indicam a possibilidade de remover cerca de metade da quantidade de palha depositada sobre o solo (8.7 Mg ha-1 palha remanecente) sem causar graves implicações na qualidade deste solo. Em contraste, no solo de textura arenosa, qualquer quantidade de palha foi suficiente para causar alterações na qualidade do solo, contudo, essas alterações foram menos intensas e não aumentaram com as taxas de remoção da palha. Foi possível modelar a produção de colmo e palha de cana-de-açucar utilizando atributos do solo. A camada 0-20 cm foi a mais importante na definição da produção de colmos, ao passo que a camada 0-5 cm, camada em que se concentra os impactos causados pela remoção da palha, foi menos importante. Assim, notamos que os impactos causados ao solo pela remoção da palha tem pouca influencia na produtividade da cultura. A predição da palha se mostrou mais complexa e possivelmente requer informações adicionas (e.g informações da cultivar e de clima) para que bons resultados sejam obtidos. No geral, os resultados sugerem que a remoção planejada da palha para fins energéticos pode ocorre de maneira susutentável, porém deve levar em conta condições locais, e.g propriedades do solo. Contudo, pesquisas de longo prazo com diferentes abordagens ainda são necessárias, tanto para acompanhar e confirmar nossos resultados, como para desenvolver soluções que atenuem os danos causados por esta atividade.
Segura, Gustavo Alonso Nuñez. "Energy consumption prediction in software-defined wirelwss sensor networks". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-04052018-113551/.
Testo completoA conservação da energia é uma das principais preocupações nas Redes de Sensores Sem Fio (WSN, do inglês Wireless Sensor Networks). Para reduzir o consumo de energia, é importante saber como a energia é gasta e quanta energia há disponível durante o funcionamento da rede. Diversos trabalhos anteriores propuseram modelos de consumo de energia focados no módulo de comunicação, ignorando o consumo por tarefas de processamento e sensoriamento. Outros trabalhos apresentam modelos mais completos e complexos, mas carecem de experimentos que demonstrem a exatidão em dispositivos reais. O objetivo principal deste trabalho é projetar e avaliar um modelo de consumo de energia para WSN que considere o consumo por sensoriamento, processamento e comunicação. Este modelo foi utilizado para implementar dois mecanismos de previsão de consumo de energia, um deles baseado em cadeias de Markov e o outro baseado em séries temporais. As métricas para avaliar o desempenho do modelo e dos mecanismos de previsão de consumo de energia foram: exatidão da estimativa de consumo de energia, exatidão da previsão de consumo de energia e uso dos recursos de comunicação e processamento do nó. O desempenho dos mecanismos de previsão de consumo de energia foram comparados utilizando dois esquemas de implementação: rodando o algoritmo de previsão no nó sensor e rodando o algoritmo de previsão em um controlador de rede definida por software. A implementação foi conduzida utilizando IT-SDN, um arcabouço de desenvolvimento de redes de sensores sem fio definidas por software. A avaliação foi feita com simulações e emulações utilizando o simulador COOJA e ensaios com dispositivos reais utilizando o TelosB. Os resultados mostraram que considerando o consumo de energia por sensoriamento, processamento e communicação, é possivel fazer uma estimativa de consumo de energia em redes de sensores sem fio com uma boa exatidão. Ainda, o uso de um controlador de rede definida por software para processamento de algoritmos de previsão complexos pode aumentar a exatidão da previsão.
Ajibulu, Ayodeji Opeoluwa. "Robust adaptive model predictive control for intelligent drinking water distribution systems". Thesis, University of Birmingham, 2018. http://etheses.bham.ac.uk//id/eprint/8193/.
Testo completoLiu, Gang. "A Study on Remaining Useful Life Prediction for Prognostic Applications". ScholarWorks@UNO, 2011. http://scholarworks.uno.edu/td/456.
Testo completoHamide, Mahmoud. "Schedule and Cost Performance Analysis and Prediction in Louisiana DOTD". ScholarWorks@UNO, 2017. http://scholarworks.uno.edu/td/2311.
Testo completoDanker-McDermot, Holly. "A Fuzzy/Neural Approach to Cost Prediction with Small Data Sets". ScholarWorks@UNO, 2004. http://scholarworks.uno.edu/td/86.
Testo completoPanta, Manisha. "Prediction of Hierarchical Classification of Transposable Elements Using Machine Learning Techniques". ScholarWorks@UNO, 2019. https://scholarworks.uno.edu/td/2677.
Testo completoSadaike, Marcelo Tetsuhiro. "Melhoria do tempo de resposta para execução de jogos em um sistema em Cloud Gaming com implementação de camadas e predição de movimento". Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-27092017-084328/.
Testo completoWith the growing video games industry, new markets and technologies are emerging. Electronic games of the new generation are increasingly requiring more processing and powerful video cards. The solution that is gaining more prominence is Cloud Gaming, which the player performs a command, the information is sent and processed remotely on a cloud, then the images return as a video stream back to the player using the Internet. To improve the Quality of Experience (QoE), it is proposed a model that reduces the response time between the player command and the stream of the resulting game scenes through a framework called Cloud Manager that use layer caching techniques, in the background, and future state prediction using a prediction matrix, in the character layer. To validate the results, a action game with god-view as point of view is used in a Cloud Gaming system called Uniquitous.
Bessa, Iuri Sidney. "Laboratory and field study of fatigue cracking prediction in asphalt pavements". Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3138/tde-15012018-160715/.
Testo completoA previsão do desempenho de pavimentos asfálticos em relação aos seus principais defeitos tem sido proposta por diferentes pesquisadores, por meio da caracterização em laboratório e da avaliação de dados de campo. No que diz respeito ao trincamento por fadiga, não há um consenso universal sobre o tipo de ensaio a ser realizado, o critério de dano a ser considerado, e as condições de ensaio a serem adotadas (nível e frequência de carregamento, e temperatura), além da geometria das amostras testadas. Ensaios realizados em ligantes asfálticos e em misturas asfálticas são usados para estudar o comportamento em relação à fadiga e para prever a vida útil. A caracterização dos ligantes asfálticos é relevante, uma vez que o trincamento por fadiga é altamente dependente das características reológicas desses materiais. Nesta pesquisa, a obtenção dos parâmetros viscoelásticos lineares e a caracterização por meio de ensaios de varredura de tempo e de varredura de deformação foram realizados. Em relação à caracterização laboratorial das misturas asfálticos, ensaios baseados em compressão diametral, vigota de quatro pontos e em tração-compressão axial foram realizados. Dados de evolução do dano de campo obtidos em duas seções de pavimentos asfálticos foram coletados de um trecho experimental construído em uma rodovia de alto volume de tráfego. Três ligantes asfálticos (um ligante não modificado, um ligante modificado por polímero do tipo SBS e um ligante altamente modificado, HiMA), e uma mistura asfáltica do tipo concreto asfáltico constituída pelo ligante não modificado foram testados em laboratório. O trecho experimental era composto por dois segmentos, constituídos por diferentes tipos de camadas de base (brita graduada simples e brita graduada tratada com cimento) que forneciam diferentes respostas mecânicas à camada de revestimento asfáltico. Os dados de campo foram comparados com modelos de previsão de vida de fadiga que utilizam resultados empíricos obtidos em laboratórios e simulações computacionais. Correlações entre as diferentes escalas são discutidas nesta tese, com o objetivo de prever o desempenho de pavimentos asfálticos ao trincamento por fadiga.
Matsumoto, Élia Yathie. "A methodology for improving computed individual regressions predictions". Universidade de São Paulo, 2015. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3142/tde-12052016-140407/.
Testo completoEsta pesquisa propõe uma metodologia para melhorar previsões calculadas por um modelo de regressão, sem a necessidade de modificar seus parâmetros ou sua arquitetura. Em outras palavras, o objetivo é obter melhores resultados por meio de ajustes nos valores computados pela regressão, sem alterar ou reconstruir o modelo de previsão original. A proposta é ajustar os valores previstos pela regressão por meio do uso de estimadores de confiabilidade individuais capazes de indicar se um determinado valor estimado é propenso a produzir um erro considerado crítico pelo usuário da regressão. O método proposto foi testado em três conjuntos de experimentos utilizando três tipos de dados diferentes. O primeiro conjunto de experimentos trabalhou com dados produzidos artificialmente, o segundo, com dados transversais extraídos no repositório público de dados UCI Machine Learning Repository, e o terceiro, com dados do tipo séries de tempos extraídos do ISO-NE (Independent System Operator in New England). Os experimentos com dados artificiais foram executados para verificar o comportamento do método em situações controladas. Nesse caso, os experimentos alcançaram melhores resultados para dados limpos artificialmente produzidos e evidenciaram progressiva piora com a adição de elementos aleatórios. Os experimentos com dados reais extraído das bases de dados UCI e ISO-NE foram realizados para investigar a aplicabilidade da metodologia no mundo real. O método proposto foi capaz de melhorar os valores previstos por regressões em cerca de 95% dos experimentos realizados com dados reais.
Islam, Md Nasrul. "A Balanced Secondary Structure Predictor". ScholarWorks@UNO, 2015. http://scholarworks.uno.edu/td/1995.
Testo completoIqbal, Sumaiya. "Machine Learning based Protein Sequence to (un)Structure Mapping and Interaction Prediction". ScholarWorks@UNO, 2017. http://scholarworks.uno.edu/td/2379.
Testo completoGattani, Suraj. "StackCBpred: A Stacking based Prediction of Protein-Carbohydrate Binding Sites from Sequence". ScholarWorks@UNO, 2019. https://scholarworks.uno.edu/td/2605.
Testo completoBautista, de los Santos Quyen Melina. "Towards a predictive framework for microbial management in drinking water systems". Thesis, University of Glasgow, 2017. http://theses.gla.ac.uk/8261/.
Testo completoLima, Marcos Pereira. "Equações preditivas para determinar a temperatura interna do ar: envolventes em painel alveolar com cobertura verde". Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18139/tde-03122009-160414/.
Testo completoIntroduction: Using a statistics tool called multiple linear regression, we created equations for predicting the indoor temperature in a building with walls and ceiling build from panels of alveolar concrete, with a green roof system. Explanation: Predictive equations enable simulations of indoor temperatures of buildings using a small number of data and with a satisfactory precision. They also allow corrections on project errors before they are put into effect. Objectives: Generate predictive equations for the building for the dry season (autumn and winter) and for the rainy season (spring and summer). Method: We selected two series of data, one for the dry and one for the rainy season. Using linear regression analysis we ran predictive equations for maximum, intermediate and minimum indoor temperatures of the air for both seasons. Results: We created seven predictive equations for the dry season and five for the wet season. The largest differences (in module) between the temperatures estimated using equations and monitored experimentally was approximately 2°C. Conclusion: The predictive equations generated for both periods described satisfactorily the thermal behavior of the building.
L'Altrella, Claudio. "Stormwater Runoff from Elevated Highways: Prediction of COD from Field Measurements and TSS". ScholarWorks@UNO, 2007. http://scholarworks.uno.edu/td/532.
Testo completoBaribault, Carl. "Meta State Generalized Hidden Markov Model for Eukaryotic Gene Structure Identification". ScholarWorks@UNO, 2009. http://scholarworks.uno.edu/td/1098.
Testo completoSimpson, Tiffany P. "Factors Predicting Therapeutic Alliance in Antisocial Adolescents". ScholarWorks@UNO, 2008. http://scholarworks.uno.edu/td/858.
Testo completoBeeravolu, Nagendrakumar. "Predicting Voltage Abnormality Using Power System Dynamics". ScholarWorks@UNO, 2013. http://scholarworks.uno.edu/td/1722.
Testo completoRamirez, Miguel Arjona. "Codificador preditivo de voz por análise mediante síntese". Universidade de São Paulo, 1992. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3142/tde-11052017-144144/.
Testo completoAnalysis-by-synthesis linear predictive speech coders are widely applied in mobile and secure telecommunications. Linear prediction of speech signals and analysis-by-synthesis techniques are presented so that some perceptual features of human hearing may be related to signal processing techniques and parameters. The basic operation of this class of coders is described in the framework of the code-excited predictive coder. Special coder structures such as adaptive, sparse and vector-basis codebooks are introduced as well as processing enhancements such as orthogonal searches. A recently introduced representation of voice excitation is complemented by adaptive codebook searches to give rise to the new proposed coder, the singular-vector-decomposed excitation linear predictive coder. The sults of a study of some important coders in this class is present. The coders are compared on the basis of waveform and spectral objective distortion measures. A further study of spectral selection of excitation features, and quantization of the whole set of parameters is performed on the proposed coder. Some interesting results are described concerning the adaptive spectral representation and the sensitivity to quantization of the excitation features.
Silva, Karla Cristina Rodrigues. "Assessing the transferability of crash prediction models for two lane highways in Brazil". Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18144/tde-10112017-215500/.
Testo completoO foco desta pesquisa foi avaliar a aplicação de alguns modelos de previsão de acidentes em rodovias de pista simples de três estados brasileiros. Ainda, a transferabilidade destes modelos foi abordada, especificamente por meio de uma comparação entre características do Brasil, Florida e aquelas recomendadas pelo Highway Safety Manual. O uso dos distintos modelos se mostrou promissor para situações nas quais as características da via se mantiveram semelhantes às condições para as quais os modelos foram desenvolvidos. A avaliação foi empreendida para todos os segmentos homogêneos, separados posteriormente segundo a existência de curvas horizontais. Adicionalmente, dois novos modelos foram equacionados para a amostra brasileira. O modelo de previsão de acidentes desenvolvido apresentou melhores medidas de desempenho para segmentos sem curvas horizontais, sendo recomendável para previsão de acidentes em análises preliminares. Por fim, foi constatado que outros fatores não contemplados pelos modelos podem ter impactado as condições de segurança dos locais estudados. Ainda assim, essa pesquisa representa no contexto do Brasil um ponto de partida em análises relacionadas à segurança de rodovias de pista simples.
Cabrera, Carlos Andres Cuenca. "Ductile failure prediction using phenomenological fracture model for steels: calibration, validation and application". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3135/tde-27082018-075853/.
Testo completoA presente dissertação apresenta o processo de análise, calibração e aplicação das propriedades mecânicas, incluindo o comportamento elastoplástico e de dano, para o aço A285, utilizando o critério \"Stress modified criticai strain\" (SMCS). Para obter o comportamento mecânico do material, testes experimentais foram realizados com a implementação de 5 tipos diferentes de geometrias: barra cilíndrica sem entalhe, barra cilíndrica com entalhe (R = 1, 2, 3 mm) e corpos de prova SE(B) com trinca inicial profunda e rasa. Para o processo de calibração das propriedades mecânicas foram gerados modelos de elementos finitos, utilizando elementos sólidos 30 com 8 nós (C3D8), que representam de forma adequada a geometria e as propriedades dos corpos de prova testados. Para calibrar o comportamento elastoplástico e iniciação do dano, utilizou-se a resposta experimental e numérica obtida para as amostras de barra cilíndrica com e sem entalhe; e, para a calibração da evolução do dano, foram utilizadas as respostas obtidas para os espécimes SEB de trincas profundas e rasa. Este modelo calibrado foi capaz de recuperar as respostas experimentais dos corpos de prova SE(B), o que valida o uso do material caracterizado em uma estrutura complexa. Uma vez calibradas as propriedades mecânicas, foram obtidos os fatores do critério SMSC representados pela equação ....... , e, a condição de dano que é representada pelo deslocamento na falha .... e o fator de amolecimento exponencial .... . Depois, o material totalmente caracterizado foi aplicado em dois dutos que possuem trinca elíptica circunferencial inicial externa; sendo o primeiro tubo com trinca superficial e o segundo com trinca profunda. Finalmente, ambos os tubos foram submetidos a cargas de tensão para prever o comportamento do dano dúctil, obtendo a carga necessária para o início do crescimento da trinca e a evolução da falha.
Xie, Mingyu. "Model predictive control of water quality in drinking water distribution systems considering disinfection by-products". Thesis, University of Birmingham, 2017. http://etheses.bham.ac.uk//id/eprint/7207/.
Testo completoSilva, Vinícius Ferreira da. "Otimização multinível em predição de links". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-18102018-170343/.
Testo completoLink prediction in networks is a task with applications in several scenarios. With the automation of processes, social networks, technological networks, and others have grown considerably in the number of vertices and edges. Therefore, the creation of systems for link prediction in networks of high structural complexity is not a trivial process, even considering low-complexity algorithms. The large number of operations required for predicting which edges are promising makes the considering of the whole network impracticable in many cases. The existing approaches face this characteristic in several ways, and the most popular are those that limit the set of vertex pairs that will be considered for the existence of promising edges. This project addresses a strategy that uses multilevel optimization to coarse networks, execute prediction algorithms on coarsened networks and project the results back to the original network, in order to reduce the number of operations for link prediction. The experiments show that the approach can reduce the time despite some expected losses of accuracy.
Ferreira, Raoni Simões. "A wikification prediction model based on the combination of latent, dyadic and monadic features". Universidade de São Paulo, 2016. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-29112016-164654/.
Testo completoAtualmente, informações de referência são disponibilizadas através de repositórios de documentos semanticamente ligados, criados de forma colaborativa e com acesso livre na Web. Entre os muitos problemas enfrentados pelos provedores de conteúdo desses repositórios, destaca-se a Wikification, isto é, a inclusão de links nos artigos desses repositórios. Esses links possibilitam a navegação pelos artigos e permitem ao usuário um aprofundamento semântico do conteúdo. A Wikification é uma tarefa complexa, uma vez que o crescimento contínuo de tais repositórios resulta em um esforço cada vez maior dos editores. Como consequência, eles têm seu foco desviado da criação de conteúdo, que deveria ser o seu principal objetivo. Isso tem motivado o desenvolvimento de ferramentas de Wikification automática que, tradicionalmente, abordam dois problemas distintos: (a) como identificar que palavras (ou frases) em um artigo deveriam ser selecionados como texto de âncora e (b) como determinar para que artigos o link, associado ao texto de âncora, deveria apontar. A maioria dos métodos na literatura que abordam esses problemas usam aprendizado de máquina. Eles tentam capturar, através de atributos estatísticos, características dos conceitos e seus links. Embora essas estratégias tratam o repositório como um grafo de conceitos, normalmente elas pouco exploram a estrutura topológica do grafo, uma vez que se limitam a descrevê-lo por meio de atributos estatísticos dos links, projetados por especialistas humanos. Embora tais métodos sejam eficazes, novos modelos poderiam tirar mais proveito da topologia se a descrevessem por meio de abordagens orientados a dados, tais como a fatoração matricial. De fato, essa abordagem tem sido aplicada com sucesso em outros domínios como recomendação de filmes. Neste trabalho, propomos um modelo de previsão para Wikification que combina a força dos previsores tradicionais baseados em atributos estatísticos, projetados por seres humanos, com um componente de previsão latente, que modela a topologia do grafo de conceitos usando fatoração matricial. Ao comparar nosso modelo com o estado-da-arte em Wikification, usando uma amostra de artigos Wikipédia, observamos um ganho de até 13% em F1. Além disso, fornecemos uma análise detalhada do desempenho do modelo enfatizando a importância do componente de previsão latente e dos atributos derivados dos links entre os conceitos. Também analisamos o impacto de conceitos ambíguos, o que permite concluir que nosso modelo se porta bem mesmo diante de ambiguidade, apesar de não tratar explicitamente este problema. Ainda realizamos um estudo sobre o impacto da seleção das amostras de treino conforme a qualidade dos seus conteúdos, uma informação disponível em alguns repositórios, tais como a Wikipédia. Nós observamos que o treino com documentos de alta qualidade melhora a precisão do método, minimizando o uso de links desnecessários.
Srivastava, Shivank. "A Numerical Study in Prediction of Pressure on High-Speed Planing Craft during Slamming Events". ScholarWorks@UNO, 2018. https://scholarworks.uno.edu/td/2494.
Testo completoCastro, Emiliano Gonçalves de. "Proposta para previsão de evasão baseada em padrões de acesso de usuários em jogos online". Universidade de São Paulo, 2011. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3152/tde-11082011-125123/.
Testo completoThe online gaming market has rapidly grown in recent years, particularly since the rise of the service-based business model. As a result, the publishers of these games have started to share usual problems from the services business, like the profit erosion caused by customer churn. Predictive models have been used to address the churn problem in the mobile phones and credit cards markets, where companies have a huge volume of demographic and economic data about their customers. While game publishers often have only their users email addresses. The goal of this study is to propose a model for churn prediction based solely on the online games users access patterns, where these time entries are fed into a set of operators that are able to analyze the data in the time-frequency plane domain, using the Discrete Wavelet Transform. Its main contribution is the input data parameterization proposed for the probabilistic classifiers based on the k-Nearest Neighbors algorithm. Tested with real data from an online game users access over a few months, the classifiers were evaluated using ROC (Receiver Operating Characteristic) and lift curves. The approach proposed in this thesis, based on the analysis of the time-frequency plane domain, has shown satisfactory results. Not only higher when compared with approaches based on both time or frequency domains, but also comparable to performances found on models with hundreds of predictive variables used in other markets.
Suguisawa, Liliane. "Ultra-sonografia para predição das características e composição da carcaça de bovinos". Universidade de São Paulo, 2002. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-05072002-101058/.
Testo completoIn the present study real time ultrasonography was used to predict the ribeye area (AOL) and the subcutaneous fat thickness (ECG) in live animals. A total of 115 yearling steers from four genetic groups (30 ½ Angus x Nelore; 30 ½ Canchim x Nelore; 30 ½ Simental x Nelore e 25 Nelores), with 329 kg initial average weight, and two different finishing frame sizes (small and large) were used. Animals were kept in a feedlot during the whole study. Four ultrasonographic measurements were taken every 28 days until slaughter. AOL and ECG were measured in the carcasses and compared to the measurements made in the live animals. Predictive accuracy of the ultrasonographic measurements increased as the animals approached slaughter date, reaching the maximum value at the last one (R 2 = 0.68 and 0.82 for AOL and ECG, respectively). Genetic group influenced (P<0.05) AOL and ECG measurements in the carcass but only the ECG was significant with the ultrasound (P<0.05). AOL ultrasonographic measurements showed a significant difference (P<0.05) among the genetic groups when body weight (per 100 Kg of carcass) was taken into account (AOL4PKG). AOL per 100 kg of carcass (AOLPCAR) for all genetic groups showed higher values than those suggested by the literature. Frame size did not influence AOL or ECG probably due to the small, but distinctive differences between the two groups. The Simental crossed animals had higher (P<0.05) carcass muscle percentage, and the Nelore steers had the lowest. The Nelore, Canchim and Angus crossed animals showed higher carcass fattissue percentage (P<0.05) as compared to the Simental crosses. The ultrasound AOL showed a positive correlation (0.49) with muscle weight, carcass cutability (0.42) and muscle carcass percentage (0.30). The ultrasound ECG was positively correlated with fattissue percentage (0.49) and carcass total fat tissue amount (0.52) and negatively correlated with the hind cut yield (-0.49). Carcass meat yield was correlated only with AOLPCAR (0,26), live weight (-0.45) and hot carcass weight (0.44). The ultrasound AOL had a low prediction accuracy for the carcass AOL. Overall, the accuracy of the carcass compositions predictive equations by ultrasound were similar or greater than the one obtained by direct carcass measurements. This suggests that the difference in AOL measurements by ultrasonography and in the carcass does not necessarily mean a faulty ultrasonographic measurement for differences can be expected when measurements are made in the carcass or in the live animal.
Sezer, Ozcelik Ganime Asli. "Prediction Techniques Of Acid Mine Drainage: A Case Study Of A New Poly- Metallic Mine Development In Erzincan-ilic, Turkey". Phd thesis, METU, 2007. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/3/12608263/index.pdf.
Testo completoÇ
ö
pler Gold Prospect case. The mineralization in Ç
ö
pler is in sulfide and oxide types. The oxide is a supergene alteration and porphyry-copper type gold mineralization is classified as an intermediate sulfidation. The major lithologies observed in the study area are the regionally un-correlated meta-sedimentary lithologies, Munzur Limestone, and the Ç
ö
pler Granitoid.Thirty-eight representative samples were tested for AMD prediction purposes. Sixteen more were included to the sampling scheme for site characterization. Both acid producing and neutralizing lithologies are present in the mine site. Similarly it was revealed that the sulphate sulfur content of the samples were insignificant that any determined total sulfur amount can be directly considered as the factor for AMD production. Geochemical data revealed arsenic enrichments up to 10000 ppm in the study area. Therefore, during the operational stage, in addition to the planning to avoid or minimize AMD, it is necessary to take precautions against arsenic mobilization during the design of the AMD neutralization scheme. Both Kinetic studies and the heavy metal mobilization related to AMD are kept out of the scope of this investigation. Similarly, management and abatement stages of AMD are excluded.
Semmelroth, Carrie Lisa. "Response to intervention at the secondary level : identifying students at risk for high school dropout /". [Boise, Idaho] : Boise State University, 2009. http://scholarworks.boisestate.edu/td/30/.
Testo completoBrugnolli, Mateus Mussi. "Predictive adaptive cruise control in an embedded environment". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3139/tde-24092018-151311/.
Testo completoA inclusão de sistemas avançados para assistência de direção (ADAS) tem beneficiado o conforto e segurança através da aplicação de diversas teorias de controle. Um destes sistemas é o Sistema de Controle de Cruzeiro Adaptativo. Neste trabalho, é usado uma distribuição de duas malhas de controle para uma implementação embarcada em um carro de um Controle de Cruzeiro Adaptativo. O modelo do veículo foi estimado usando a teoria de identificação de sistemas. O controle da malha externa utiliza dados de um radar para calcular uma velocidade de cruzeiro apropriada, enquanto o controle da malha interna busca o acionamento do veículo para atingir a velocidade de cruzeiro com um desempenho desejado. Para a malha interna, é utilizado duas abordagens do controle preditivo baseado em modelo: um controle com horizonte de predição finito, e um controle com horizonte de predição infinito, conhecido como IHMPC. Ambos controladores foram embarcados em um microcontrolador capaz de comunicar diretamente com a unidade eletrônica do veículo. Este trabalho valida estes controladores através de simulações com sistemas variantes e experimentos práticos com o auxílio de um dinamômetro. Ambos controladores preditivos apresentaram desempenho satisfatório, fornecendo segurança para os passageiros.
Anbar, Sultan. "Development Of A Predictive Model For Carbon Dioxide Sequestration In Deep Saline Carbonate Aquifers". Master's thesis, METU, 2009. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/12610692/index.pdf.
Testo completoRomero, Danilo Jefferson. "Procedimento para uniformização de espectros de solos (VIS-NIR-SWIR)". Universidade de São Paulo, 2015. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11140/tde-07012016-165309/.
Testo completoRemote sensing techniques have evolved within the soil science aiming to overcome time and cost limitations of chemical analysis traditionally used for quantification of soil properties. Spectral analysis have long proven to be alternatives to supplement traditional analysis, currently being considered a mature technique and widely applied. Studies on spectral pedology have used the wavelength between 350 to 25000 nm, however, have held more often in the region of 350 to 2500 nm, which is divided into visible (VIS - 350 to 700 nm), near infrared ( NIR - 700 to 1000 nm) and short wave infrared (SWIR - 1000 to 2500 nm). As traditional laboratory techniques used in soil analysis, it is necessary to establish standards aimed at worldwide scientific communication in soils spectroscopy. Going forward soil spectroscopy, this study was developed in order to evaluate the effect of using standard samples in the acquisition of spectral data of tropical soil in three different geometries acquisition in three spectroradiometers (350-2500 nm). 97 soil samples documented in Brazilian Soils Spectral Library (BESB) from Mato Grosso do Sul State, provided by the AGSPEC project were used in the study and two white master samples used as reference standards, which are from the beaches dunes of Wylie Bay (WB - 99% quartz) and Lucky Bay (LB - 90% quartz and 10% aragonite) in southwestern Australia. To judge the standardization, the morphologies of the spectral curves were observed for curvature, absorption features, albedo; complementing the descriptive observations, the reflectance differences between the configurations (Sensor x Geometry x Correction) were studied by analysis of variance and Tukey test at 5% significance in three average spectral bands (VIS-NIR-SWIR); and modelling for quantification of clay through regression by partial least squares (PLSR) with cross-validation for each configuration and another simulating a mixed spectral library, consisting of combinations of situations. The method proposed standardization reduces differences between spectra obtained from different sensors and geometries. The prediction of clay by a spectral library using data with different settings is favoured to standardize, from R² of 0.83 to 0.85 after correction, indicating the validity of the unification of the spectra by the proposed technique.
González, Marcos Tulio Amarís. "Performance prediction of application executed on GPUs using a simple analytical model and machine learning techniques". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-06092018-213258/.
Testo completoAs plataformas paralelas e distribuídas de computação de alto desempenho disponíveis hoje se tornaram mais e mais heterogêneas (CPUs, GPUs, FPGAs, etc). As Unidades de processamento gráfico são co-processadores especializados para acelerar operações vetoriais em paralelo. As GPUs têm um alto grau de paralelismo e conseguem executar milhares ou milhões de threads concorrentemente e ocultar a latência do escalonador. Elas têm uma profunda hierarquia de memória de diferentes tipos e também uma profunda configuração da memória hierárquica. A predição de desempenho de aplicações executadas nesses dispositivos é um grande desafio e é essencial para o uso eficiente dos recursos computacionais de máquinas com esses co-processadores. Existem diferentes abordagens para fazer essa predição, como técnicas de modelagem analítica e aprendizado de máquina. Nesta tese, nós apresentamos uma análise e caracterização do desempenho de aplicações executadas em Unidades de Processamento Gráfico de propósito geral. Nós propomos um modelo simples e intuitivo fundamentado no modelo BSP para predizer a execução de funções kernels de CUDA sobre diferentes GPUs. O modelo está baseado no número de computações e acessos à memória da GPU, com informação adicional do uso das memórias cachês obtidas do processo de profiling. Nós também comparamos três diferentes enfoques de aprendizado de máquina (ML): Regressão Linear, Máquinas de Vetores de Suporte e Florestas Aleatórias com o nosso modelo analítico proposto. Esta comparação é feita em dois diferentes contextos, primeiro, dados de entrada ou features para as técnicas de aprendizado de máquinas eram as mesmas que no modelo analítico, e, segundo, usando um processo de extração de features, usando análise de correlação e clustering hierarquizado. Nós mostramos que aplicações executadas em GPUs que escalam regularmente podem ser preditas com modelos analíticos simples e um parâmetro de ajuste. Esse parâmetro pode ser usado para predizer essas aplicações em outras GPUs. Nós também demonstramos que abordagens de ML proveem predições aceitáveis para diferentes casos e essas abordagens não exigem um conhecimento detalhado do código da aplicação, características de hardware ou modelagens explícita. Consequentemente, sempre e quando um banco de dados com informação de \\textit esteja disponível ou possa ser gerado, técnicas de ML podem ser úteis para aplicar uma predição automatizada de desempenho para escalonadores de aplicações em arquiteturas heterogêneas contendo GPUs.
Barreto, Guilherme de Alencar. "Redes neurais não-supervisionadas temporais para identificação e controle de sistemas dinâmicos". Universidade de São Paulo, 2003. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18133/tde-25112015-115752/.
Testo completoNeural network research is currently witnessing a significant shift of emphasis towards temporal coding, which uses time as an extra degree of freedom in neural representations. Temporal coding is passionately debated in neuroscience and related fields, but in the last few years a large volume of physiological and behavioral data has emerged that supports a key role for temporal coding in the brain [BALLARD et al. (1998)]. In neural networks, a great deal of research is undertaken under the topics of nonlinear dynamics, oscillatory and chaotic networks, spiking neurons, and pulse-coupled networks. Various information processing tasks are investigated using temporal coding, including pattern classification, learning, associative memory, inference, motor control, dynamical systems identification and control, and robotics. Progress has been made that substantially advances the state-of-the-art of neural computing. In many instances, however, it is unclear whether, and to what extent, the temporal aspects of the models contribute to information processing capabilities. This thesis seeks to present, in a clear and collective way, the main issues and results regarding the proposal of two unsupervised neural models, emphasizing how these networks make use of temporal coding to perform better in the task they are engaged in. The first model, called Competitive Temporal Hebbian (CTH) network, is applied specifically to learning and reproduction of trajectories of a PUMA 560 robot. The CTH model is a competitive neural network whose main characteristic is the fast learning, in just one training epoch, of multiple trajectories containing repeated elements. The temporal relationships within the task, represented by the temporal order of the elements of a given trajectory, are coded in lateral synaptic trained with hebbian learning. The computational properties of the CTH network are assessed through simulations, as well ) as through the practical implementation of a distributed control system for the real PUMA 560 robot. The CTH performs better than conventional look-up table methods for robot trajectory learning, and better than other neural-based techniques, such as supervised recurrent networks and bidirectional associative memory models. The second model, called Self-Organizing NARX (SONARX) network, is based on the well-known SOM algorithm by KOHONEN (1997). From the computational view-point, the properties of the SONARX model are evaluated in different application domains, such as prediction of chaotic time series, identification of an hydraulic actuator and predictive control of a non-linear plant. From the theoretic viewpoint, it is shown that the SONARX model can be seen as an asymptotic approximator for nonlinear dynamical mappings, thanks to a new neural modelling technique, called Vector-Quantized Temporal Associative Memory (VQTAM). This VQTAM, just like the hebbian learning rule of the CTH network, is a temporal associative memory techniques. The SONARX network is compared with supervised NARX models which based on the MLP and RBF networks. For all simulations, in each one of the forementioned application domains, the SONARX network had a similar and sometimes better performance than those observed for standard supervised models, with the additional advantage of a lower computational cost. The SONARX model is also compared with the CTH network in trajectory reproduction tasks, in order to contrast the main differences between these two types of temporal associative learning models. In this thesis, it is also proposed a mathematical taxonomy, based on the state-space representation of dynamical systems, for classification of unsupervised temporal neural networks with emphasis in their computational properties. The main goal of this taxonomy is to unify the description of dynamic neural models, ) facilitating the analysis and comparison of different architectures by constrasting their representational and operational characteristics. Is is shown how the CTH and SONARX models can be described using the proposed taxonomy.
Júnior, José Genario de Oliveira. "Model predictive control applied to A 2-DOF helicopter". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3139/tde-11042018-082532/.
Testo completoEste trabalho apresenta uma aplicação de controle preditivo embarcado em um helicóptero de bancada com dois graus de liberdade. A modelagem matemática é apresentada, junto com uma análise do modelo linear obtido. São obtidas duas representações de modelos de espaço de estados considerando a entrada incremental, que serão usadas posteriormente para a formulação do controlador. Então, é definida a técnica de controle utilizada, juntamente com a inclusão das restrições físicas da planta na formulação do problema. Após isto, é feita uma discussão sobre qual solver para a programação quadrática utilizar, junto com algumas alternativas ao solver escolhido, bem como algumas considerações sobre a aplicação embarcada. Finalmente, são apresentados os resultados da identificação de sistemas aplicadas ao protótipo, bem como os resultados experimentais obtidos.
Maruyama, William Takahiro. "Predição de coautorias em redes sociais acadêmicas". Universidade de São Paulo, 2016. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-07052016-232625/.
Testo completoNowadays, social networks are gaining prominence in the day-to-day lives. In these networks, different relationships are established between entities that share some characteristic or common goal. A huge amount of information about the Brazilian national scientific production can be found in the Lattes Platform, which is a system used to record the curricula of researchers in Brazil. From this information, it is possible to build an academic social network, where relations between researchers represent a partnership in the production of a publication - a link. In social network analysis there is a research area known as link prediction, which aims to identify future relationships. This task may facilitate communication among researchers and optimize the scientific production process identifying possible collaborators. This project analyzed the influence of different attributes found in the literature and data filters to predict co-authorship relationships in academic social networks. Was approached two types of problems in predicting relationships, the general problem that analyzes all possible co-authoring relationships and the problem of new co-authoring that relates to novel co-authorships relationships in the network. The experimental results were promising to the prediction general problem, combining attributes and using filters. However, for the new co-authorships problem the results were not as good. The experiments evaluated different strategies and analyzed the costs and benefits of each. We concluded that to deal with the co-authorships prediction problem in academic social networking it is necessary to analyze the advantages and disadvantages among the strategies, finding a balance between the recall of the positive class and the overall accuracy
Gusson, Eduardo. "Avaliação de métodos para a quantificação de biomassa e carbono em florestas nativas e restauradas da Mata Atlântica". Universidade de São Paulo, 2013. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11150/tde-13022014-084600/.
Testo completoThe biomass and carbon quantification requires the application of appropriate methods to obtain reliable estimates of their stocks in natural and planted forests. The aim of this study was to evaluate different applicable methods to estimate biomass in both, natural and restored Atlantic Forests. The first chapter discusses the use of the vegetation index (NDVI) as an auxiliary tool in the inventory of biomass stocks in forest restoration areas. Different sampling methods were compared in terms of its accuracy and conservativeness. The results shown an adequate correlation between the vegetation index and the measured biomass, making the NDVI applicable either as supporting decision tool to define strata in the stratified sampling or as a predictor in the double sampling procedure. The last method allowed to the minimization of the uncertainties related to the biomass estimation combined to the reduction of sampling efforts. It makes the approach very interesting, especially in the context of large-scale surveys. The second chapter discusses the methodological approach used to evaluate the quality of predictive models applied to biomass studies in natural forests. For this, six models were fitted from 80 sample trees, using different combinations of predictor variables, such as, total height and information of wood density. The predictive equations generated by the models were evaluated according to their quality of fit and prediction performance. In order to evaluate its prediction performance, the equations were applied to the dataset of another 146 sample trees measured in nine destructive sample plots. The plots were located in different forest successional stages allowing the evaluation of model predictive bias among the stages. A third step of the analysis was the application of literature equations to a dataset of a forest inventory conducted in the study area, in order to verify the discrepancies in the estimates due to the use of these different models. The study confirms the empirical nature of the biomass equations and the need of previous evaluation in terms of prediction performance. This conclusion is even more relevant when we consider the equations that were obtained from other forests types, exposing some of the key factors associated to the causes of uncertainty in the biomass estimation applied to natural forests.
Granato, Italo Stefanine Correia. "snpReady and BGGE: R packages to prepare datasets and perform genome-enabled predictions". Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-21062018-134207/.
Testo completoO uso de marcadores moleculares permite um aumento na eficiência da seleção, bem como uma melhor compreensão dos recursos genéticos em programas de melhoramento. No entanto, com o aumento do número de marcadores, é necessário o processamento deste antes de deixa-lo disponível para uso. Além disso, para explorar a interação genótipo x ambiente (GA) no contexto da predição genômica, algumas matrizes de covariância precisam ser obtidas antes da etapa de predição. Assim, com o objetivo de facilitar a introdução de práticas genômicas nos programa de melhoramento, dois pacotes em R foram desenvolvidos. O primeiro, snpReady, foi criado para preparar conjuntos de dados para realizar estudos genômicos. Este pacote oferece três funções para atingir esse objetivo, organizando e aplicando o controle de qualidade, construindo a matriz de parentesco genômico e com estimativas de parâmetros genéticos populacionais. Além disso, apresentamos um novo método de imputação para marcas perdidas. O segundo pacote é o BGGE, criado para gerar kernels para alguns modelos genômicos de interação GA e realizar predições genômicas. Consiste em duas funções (getK e BGGE). A primeira é utilizada para criar kernels para os modelos GA, e a última realiza predições genômicas, com alguns recursos especifico para os kernels GA que diminuem o tempo computacional. Os recursos abordados nos dois pacotes apresentam uma opção rápida e direta para ajudar a introdução e uso de análises genômicas nas diversas etapas do programa de melhoramento.
Néto, Karla Ferraz. "Análise gênica de comorbidades a partir da integração de dados epidemiológicos". Universidade de São Paulo, 2014. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29012015-150351/.
Testo completoThe identification of genes responsible for human diseases can provide knowledge about pathological and physiological mechanisms that are essential for the development of new diagnostics and therapeutics. It is known that a disease is rarely a consequence of an abnormality in a single gene, but reflects complex intra and intercellular network disorders. Many methodologies known in Bioinformatics are able to prioritize genes related to a particular disease. Some approaches can also validate how appropriate or not these genes are relative to a disease. An approach for prioritizing genes is the research from diseases afecting patients at the same time, i.e. comorbidities. There are many sources of biomedical data that can be used to collect comorbidities and analyse genes of each disease. We can also expand the list of candidate genes for each singular disease and justify the genetic relationship of these comorbidities. The main objective of this project is the integration of epidemiologic and genetic data to perform the prediction of causing genes through the study of comorbidity of these illnesses.
Tamura, Karin Ayumi. "Métodos de predição para modelo logístico misto com k efeitos aleatórios". Universidade de São Paulo, 2012. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-10032013-125846/.
Testo completoThe prediction of a future observation in a mixed regression is a problem that has been extensively studied. This work treat the problem of assigning the random effects and/or the outcome of new groups for the mixed logistic regression, in which the aim is to predict future outcomes based on the parameters previously estimated. In the literature, there are some prediction methods for this model that considers only the random intercept. For the mixed logistic regression with k random effects, there is currently no method for predicting the random effects of new groups. Therefore, we proposed new approaches based on average zero method, empirical best predictor (EBP), linear regression and nonparametric regression models. All prediction methods were evaluated by using the estimation methods: Laplace approximation, adaptive Gauss-Hermite quadrature and penalized quasi-likelihood. The estimation and prediction methods were analyzed by simulation studies, based on seven simulation scenarios, which considered comparisons of different values for: the group size, the standard deviations of the random effects, the correlation between the random effects, and the fixed effect. The prediction methods were applied in two real data sets. In both problems the data set presented hierarchical structure, and the objective was to predict the outcome for new groups. The results indicated that EBP presented the best performance in prediction terms, however it has been presented high computational cost for big data sets. The other methodologies presented similar level of prediction in relation to EBP, and drastically reduced the computational effort.
Sousa, Massáine Bandeira e. "Improving accuracy of genomic prediction in maize single-crosses through different kernels and reducing the marker dataset". Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-07032018-163203/.
Testo completoNo melhoramento de plantas, a predição genômica (PG) é uma eficiente ferramenta para aumentar a eficiência seletiva de genótipos, principalmente, considerando múltiplos ambientes. Esta técnica tem como vantagem incrementar o ganho genético para características complexas e reduzir os custos. Entretanto, ainda são necessárias estratégias que aumentem a acurácia e reduzam o viés dos valores genéticos genotípicos. Nesse contexto, os objetivos foram: i) comparar duas estratégias para obtenção de subconjuntos de marcadores baseado em seus efeitos em relação ao seu impacto na acurácia da seleção genômica; ii) comparar a acurácia seletiva de quatro modelos de PG incluindo o efeito de interação genótipo × ambiente (G×A) e dois kernels (GBLUP e Gaussiano). Para isso, foram usados dados de um painel de diversidade de arroz (RICE) e dois conjuntos de dados de milho (HEL e USP). Estes foram avaliados para produtividade de grãos e altura de plantas. Em geral, houve incremento da acurácia de predição e na eficiência da seleção genômica usando subconjuntos de marcadores. Estes poderiam ser utilizados para construção de arrays e, consequentemente, reduzir os custos com genotipagem. Além disso, utilizando o kernel Gaussiano e incluindo o efeito de interação G×A há aumento na acurácia dos modelos de predição genômica.