Tesi: "Ségrégation de l'ADN mitochondrial"

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Steffann, Julie. "Etude de la ségrégation de l'ADN mitochondrial au cours du développement embryofoetal humain". Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05N17S.

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Abstract (sommario):

Les maladies héréditaires résultant de mutations de l’ADN mitochondrial (ADNmt) sont des affections graves à taux de récidive élevé en raison de leur mode d’hérédité maternel. La gravité variable et le caractère pluritissulaire des atteintes cliniques tient en partie à la coexistence de molécules d’ADNmt sain et mutant en proportion variable dans les différents tissus (hétéroplasmie). La crainte d’une possible variation des taux d’hétéroplasmie au cours du développement embryofoetal humain a freiné le développement des procédures de diagnostic prénatal et préimplantatoire de ces affections. De plus, le passage éventuel des molécules d’ADNmt au travers d’un goulot d’étranglement lors de l’ovocytogenèse (théorie du bottleneck)
Inherited disorders resulting from mutations of mitochondrial DNA (mtDNA) are serious diseases with a high recurrence risk due to their maternal mode of inheritance. Variability in clinical severity and various multi-tissual involvement result in a large extent from the coexistence of wild-type and mutant mtDNA molecules in various proportions in different tissues (heteroplasmy). Uncertainties regarding the potential variation of heteroplasmy load during human embryofetal development had hampered the development of prenatal (PND) and preimplantation (PGD) diagnostic procedures. Moreover, the restriction of the mtDNA molecule number, through a putative bottleneck at the time of

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Wallet, Clementine. "L'hélicase RECG1, un facteur-clé dans le maintien et la ségrégation de l'ADN mitochondrial d'Arabidopsis thaliana". Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ016/document.

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Abstract (sommario):

L'ADN mitochondrial (mtDNA) des plantes est caractérisé par les activités de recombinaison qui modulent sa structure. Ces activités sont nécessaires à son maintien et contribuent à son évolution rapide. Des facteurs contrôlant la recombinaison sont donc indispensables à la stabilité du mtDNA des plantes. Au cours de ma thèse j'ai identifié et caractérisé deux ADN hélicases présentes dans les organelles d'Arabidopsis thaliana. L'une d'entre elles est homologue à une hélicase bactérienne impliquée dans la réparation couplée à la transcription. Son rôle précis dans les organelles des plantes reste à déterminer. La deuxième hélicase, l'hélicase RECG1, a des rôles dans la réparation par recombinaison, la surveillance de la recombinaison ectopique impliquant des courtes séquences répétées, mais aussi dans la ségrégation du mtDNA. En effet, nous avons observé qu'en absence de RECG1 il y a une perte du contrôle de la recombinaison qui a pour conséquence la création de versions alternatives du mtDNA par recombinaison. L'analyse de leur ségrégation, induite par RECG1, nous a permis de modéliser comment de nouvelles configurations stables du mtDNA sont générées par le changement de stoechiométrie entre sous-génomes. Ce travail a permis de mieux comprendre les mécanismes de recombinaison et de ségrégation du mtDNA d'Arabidopsis
The mitochondrial DNA (mtDNA) of flowering plants is characterized by the recombination activities that modulate its structure. These activities are required for the mtDNA maintenance, and drive its rapid structural evolution. The factors that control recombination are therefore essential for plant mtDNA stability. During my PhD, I identified and characterized two DNA helicases that are present in the organelles of Arabidopsisthaliana. One is the homologue of a bacterial helicase involved in transcription-coupled repair. Its role in the plant organelles is still not determined. The other one, the RECG1 helicase, has roles in recombination dependent repair, the surveillance of ectopic recombination involving short repeated sequences, and also the segregation of the mtDNA. We have found that in the absence of RECG1 there is loss of recombination control resulting in the occurrence of alternative versions of the mtDNA generated by recombination. The analysis oftheir segregation, induced by RECG1, allowed us to build a model to how new stable mtDNA configurations are generated by the stoichiometric shift of mtDNA sub-genomes. This work allowed us to better understand the recombination and segregation mechanisms that modulate the Arabidopsis mtDNA

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Kubilinskas, Rokas. "MitoTALENs to explore mitochondrial DNA repair and segregation". Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2024. http://www.theses.fr/2024STRAJ014.

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Abstract (sommario):

Pendant longtemps, il n'était pas possible de manipuler le génome mitochondrial des plantes (mtDNA), jusqu'aux récentes avancées en édition des génomes utilisant des "Transcription Activator-Like Effector Nucleases" (TALEN). Dans ce travail, j'ai utilisé des TALENs spécifiquement ciblés sur les mitochondries (mitoTALENs) pour étudier la réparation et la ségrégation du mtDNA des plantes. Les constructions de mitoTALEN ont été introduites dans 10 lignées mutantes différentes d'Arabidopsis thaliana, déficientes en divers facteurs impliqués dans la réparation mitochondriale des plantes par recombinaison homologue. Les lignées résultantes ont eté analysées par séquençage Illumina et par des approches de qPCR. Chez les plantes de type sauvage, les cassures double brin (DSB) de l'ADN mitochondrial induites par les mitoTALENs ont été réparées par recombinaison homologue, entraînant le remplacement de la région contenant la DSB par une séquence distale, non-affectée, du mtDNA, flanquée par les mêmes séquences répétées. Chez les mutants déficients en facteurs de réparation, la réparation pourrait se dé placer vers des voies alternatives, telles que le "Single-Strand Annealing" (SSA) et "Microhomology-mediated recombination" (MHMR). De plus, chez certains mutants, les données n'ont révélé aucune trace de réparation des DSB, mais ont plutôt suggéré que les plantes déficientes en facteurs de réparation essentiels pourraient survivre en reconstituant un génome mitochondrial alternatif viable, à partir de sous- génomes pré existants se répliquant de manière autonome
For long, the plant mitochondrial genome (mtDNA) was not amenable to manipulation, until recent advancements in genome engineering using Transcription Activator-Like Effector Nucleases (TALEN). In this work I used TALENs specifically targeted to mitochondria (mitoTALENs) to study plant mtDNA repair and segregation. MitoTALEN constructs were transformed into the background of 10 different Arabidopsis thaliana mutant lines, deficient in various factors involved in plant mitochondrial repair by homologous recombination. The resulting lines were analysed by Illumina sequencing and qPCR approaches. In wild type plants, the mtDNA double-strand-break (DSB) induced by MitoTALENs was repaired by homologous recombination, resulting in the replacement of the region containing the DSB by a distal unaffected sequence of the mtDNA, flanked by the same set of repeated sequences. In mutants deficient in repair factors, repair could shift to alternative pathways, such as Single-Strand Annealing (SSA) and Microhomology-mediated recombination (MHMR). Furthermore, in some mutants, the data revealed no evidence of DSB repair, but rather suggested that plants deficient in key repair factors could survive by reconstituting an alternative viable mitochondrial genome, from pre-existing autonomously replicating sub-genomes

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Bourdon, Alice. "Ribonucléotide réductase et synthèse de l'ADN mitochondrial". Paris 5, 2009. http://www.theses.fr/2009PA05T006.

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Abstract (sommario):

Les déplétions de l'ADN mitochondrial (ADNmt) sont caractérisées par une diminution de la quantité de molécules d'ADNmt et sont une cause importante des déficits de la chaîne respiratoire. Les travaux présentés dans cette thèse ont permis d'identifier un nouveau gène nucléaire de déplétion de l'ADNmt associée à une encéphalomyopathie sévère conduisant au décès dans les premiers mois de vie. Ce gène code pour une petite sous-unité de la ribonucléotide réductase p53R2 induite par le facteur suppresseur de tumeurs p53. La ribonucléotide réductase catalyse la réduction des nucléotides en leurs désoxynucléotides correspondants, ce qui constitue l'étape limitante dans la synthèse de l'ADN. La deuxième partie de ce travail a porté plus précisément sur le rôle de p53R2 dans la réplication de l'ADNmt en abordant les questions de sa localisation subcellulaire ainsi que de la régulation des sous-unités de la ribonucléotide réductase au cours du développement, chez la souris, dans différents tissus
Mitochondrial DNA (mtDNA) depletions are characterized by a decreased number of mtDNA molecules and constitute a major cause of respiratory chain deficiency. This work allowed us to identify a new nuclear gene of mtDNA depletion associated with a severe encephalomyopathy leading to death in the first months of age. This gene encodes a small ribonucleotide reductase (RNR) subunit p53R2 which is a target of the transcription factor p53. RNR catalyses the reduction of the nucleotides into their corresponding desoxyribonucleotides, which is the rate limiting step for DNA synthesis. The second part of this work focuses on the role of p53R2 in mtDNA replication studying its subcellular localization and the expression of the subunits of RNR in several mouse tissues during development

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Biju, Duval Christophe. "Diversité de l'ADN mitochondrial chez les lagomorphes". Paris 6, 1992. http://www.theses.fr/1992PA066046.

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Abstract (sommario):

Chez les léporidés, l'ADN mitochondrial manifeste une diversité importante, observée à deux niveaux: 1) des variations de longueur, dues principalement à des changements du nombre de deux motifs répétés en tandem dans la région non-codante de la molécule; 2) un polymorphisme des sites de restriction, dont l'analyse permet de retracer les lignées maternelles. L'étude d'un grand nombre d'individus appartenant à plusieurs espèces montre que les variations de longueur sont suffisamment fréquentés pour entretenir une hétéroplasmie généralisée, et variable d'un individu à l'autre, chez tous les léporidés. D'après les phylogènies mitochondriales, établies par comparaison des cartes de restriction, les trois genres lepus, oryctolagus et sylvilagus semblent s'être individualisés il y a près de 8 millions d'années. Chez les lapins de garenne (oryctolagus cuniculus), a été mise en évidence l'existence de deux lignées mitochondriales bien distinctes (vraisemblablement depuis 2,5 millions d'années), la première limitée au sud de la péninsule ibérique, la seconde occupant le reste de l'aire de répartition actuelle de l'espèce. Cette situation pose quelques questions concernant la biologie et l'histoire de l'espèce

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Nguyen, Minh Huong. "Infertilité masculine : fragmentation de l'ADN spermatique, ségrégation méiotique et facteurs génétiques". Thesis, Brest, 2015. http://www.theses.fr/2015BRES0034/document.

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Abstract (sommario):

L'infertilité affecte environ 15% des couples et l'étiologie est masculine dans la moitié des cas.Cette thèse étudie trois facteurs de l'infertilité masculine et se divise en deux parties décrites ci-dessous. Dans la première partie,l'équipement chromosomique et la fragmentation de I'ADN spermatique dans les gamètes d'hommes infertiles ont été étudiés par la technique FISH et TUNEL. Chez 4 patients présentant une mosaïque gonosomique, un taux élevé de gamètes aneuploïdes et de fragmentation de I'ADN spermatique a été observé. Concernant les l3 patients ayant une anomalie chromosomique de structure, l'équipement chromosomique et l'état de I'ADN spermatique ont été analysés dans chaque gamète. Les résultats montrent que les gamètes chromosomiquement déséquilibrés ont un ADN plus fragmenté que ceux dont l'équipement chromosomique est normal ou équilibré. Dans la deuxième partie, la mise au point d'une technique d'étude du transcriptome dans les spermatozoïdes a été faite sur des échantillons de sperme frais et congelé. La combinaison d'un gradient de densités discontinues et d'une lyse des cellules somatiques permet d'éliminer complètement des cellules somatiques en récupérant le maximum possible de spermatozoïdes dans le sperme. Le kit NucleoSpin RNA XS (Macherey Nagel) est plus adapté pour I'extraction d'ARN spermatiques que le kit d'extraction d'ARN de chez Qiagen. La pureté des ARN spermatiques est vérifiée par RT-PCR et le Bioanalyzer 2700. Ces deux méthodes donnent des résultats similaires et concordants. L'analyse de microarray montre que les spermatozoïdes frais ne partagent pas le même profil d'expression génétique que les spermatozoïdes congelés
Infertility affects about 15% of couples with male factor found in half of the cases. This Ph.D thesisinvestigates three causes of male infertility including chromosomal abnormality, genetic disorderand factors related to alterations in sperm DNA quality. The thesis is organized into two parts.In the first part, the chromosomal equipment and sperm DNA fragmentation in gametes of infertilemen were assessed by FISH and TUNEL. On the one hand, a high rate of aneuploid gametes andsperm DNA fragmentation were observed in four patients with gonosomal mosaicism. On the otherhand, analysis of chromosomal equipment and sperm nuclear DNA in each gamete from 13 patientswith structural chromosome abnormalities showed that unbalanced gametes have more fragmentedDNA than normal or balanced ones.In the second part, a technique for analysing the transcriptome in spermatozoa was developed onfresh and frozen semen. In fact, the combination of a discontinuous density gradient and a somaticcell lysis solution makes it possible to completely eliminate somatic cells and to recover as manysperms in the semen as possible. The XS NucleoSpin RNA kit (Macherey Nagel) was found to bemore suitable for RNA extraction than the RNA extraction kit from Qiagen. The purity of sperm RNA was verified by both RT-PCR and the Bíoanalyzer 2100. These two methods have yieldedsimilar and consistent results. The microarray analysis showed that fresh sperms do not share thesame gene expression profile than frozen ones

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DEGOUL, FRANCOISE. "Mutations de l'adn mitochondrial dans differentes myopathies humaines". Clermont-Ferrand 2, 1991. http://www.theses.fr/1991CLF21276.

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Abstract (sommario):

L'adn mitochondrial (adn mt) code pour des proteines de la chaine respiratoire et de l'atp synthetase. Nous avons retrouve des deletions heteroplasmiques de l'adn mt dans les tissus de patients atteints de myopathies oculaires et des mutations ponctuelles de l'adn mt dans les tissus de patients atteints de syndrome de merrf et de melas. Les deletions sont differentes d'un individu a l'autre (3 a 8,5 kb) et sont identiques dans les tissus d'un meme individu mais la quantite de molecules anormales est variable d'un tissu a l'autre. Elles amputent plusieurs genes codant pour les sous-unites des complexes i, iii, iv, et v et plusieurs genes d'arnt. Plus la quantite de genome mute est importante plus le deficit biochimique est detectable. Le mecanisme implique dans la formation des deletions demeure inconnu pourtant la presence de sequences repetees dans les 3/4 des cas suggere des mecanismes de recombinaison apres appariements de sequences homologues. Les mutations ponctuelles a la position 8344 et 3243 sont specifiques respectivement du syndrome de merrf et du syndrome de melas. Elles se situent dans les genes d'arn de transfert de la lysine au niveau de la boucle t pseudouridine c (8344) et de la leucine au niveau de la boucle dihydouracile (3243). Elles sont heteroplasmiques et se retrouvent a des taux variables suivants les tissus. Les mutations ponctuelles sont transmises selon les lois de l'heredite maternelle. Pour les deletions ce schema n'est pas retrouve: certains cas sont sporadiques, d'autres sont familiaux montrant une heredite autosomale dominante ce qui suggere l'intervention d'une proteine nucleaire dans le processus de formation des deletions

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Rocher, Christophe. "Anomalies de l'ADN mitochondrial et métabolisme mitochondrial : Mécanismes des déplétions et des délétions". Bordeaux 2, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR28910.

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Abstract (sommario):

Un des problèmes fondamentaux qui se pose lors de l'étude de l'intégration du métabolisme mitochondrial dans le métabolisme cellulaire est de comprendre comment est contrôlé le métabolisme mitochondrial. Le sujet de cette thèse s'inscrit dans cette problèmatique en essayant de répondre aux deux questions suivanres : 1- Quelles sont les répercussions au niveau du métabolisme énergétique d'une variation de la quantité d'ADN mitochondrial dans la cellule ? Pour cela, j'ai utilisé deux modèles d'étude (i) une lignée lymphoblastoide (DES) provenant d'un patient pour lequel une cytopathie d'origine mitochondriale a été diagnostiquée et dont une diminution de la quantité d'ADNmt dans le muscle (déplétion) de 99 % a été mise en évidence, mais également (ii) des lignées cellulaires stables déplétées en ADN mitochondrial par traitement avec des analogues de nucléotides (AZT et ddC) d'une lignée contrôle. Les résultats obtenus nous indiquent clairement que la quantité d'ADNmt dans la cellule semble être un des paramètres importants dans la régulation des oxydations phosphorylantes. En effet, malgrè le nombre élevé de copies d'ADNmt dans les cellules, une faible diminution entraîne de sévères répercussions sur le métabolisme énergétique mitochondrial. Par conséquent, la quantité d'ADNmt présente dans la cellule semble être un nouveau paramètre à prendre en compte dans l'étude des pathologies mitochondriales au même titre que la nature ou le taux de mutation de cet ADN. 2- Quels sont les mécanismes moléculaires impliqués dans les remaniements de l'ADN mitochondrial et plus particulièrement dans le cas des délétions de l'ADNmt ? En effet, un certain nombre de pathologies ont été décrites mettant en cause des réarrangements de l'ADNmt humain. De nombreux modèles ont été proposés pour expliquer ces remaniements de l'ADNmt. Le modèle le plus probable est le mécanisme de "slipped mispairing". Cependant, si ce modèle est maintenant bien admis, aucune base moléculaire n'a encore été décrite. Les résultats que nous avons obtenus montrent que la formation d'une triple hélice peut être impliquée dans les mécanismes de formation des remaniements de l'ADNmt. Nous pensons aussi qu'un mécanisme comparable serait à l'origine des duplications-triplications partielles
One of the fundamental problems of the study of mitochondrial metabolism integration in cellular metabolism is to understand how mitochondrial metabolism is controlled (regulated) ? The subject of this thesis concerns this topic and tries to answer the two following questions : 1- What are the repercussions of a mitochondrial DNA (mtDNA) amount variation at the level of the energy metabolism ? We used two models which are : (i) a lymphoblastoid cell line coming from a patient for whom a 99 % decrease of the muscle mtDNA amount was observed (depletion), but also (ii) a series of stable mtDNA depleted cell lines obtained by treatment of a control one with nucleotides analogues (AZT and ddC). The results clearly indicate that cellular mtDNA amount is one important parameter in the regulation of oxidative phosphorylations. Indeed, despite the high copy number of mtDNA, a small decrease in its content has severe implications on mitochondrial bioenergetics. Consequently, the quantity of mtDNA in the cell is a parameter to take into account for the study of mitochondrial pathologies as well as the nature or the heteroplasmlic level of a mtDNA mutation. 2- What are the molecular mechanisms involved in the generation of human mitochondrial DNA rearrangements, such as large-scale deletions ? Some mitochondrial pathologies areare due to such reorganizations of mtDNA and different mechanisms have been proposed to explain these rearrangements. The mechanism of slipped mispairing has been proposed but no molecular bases are described. The results we obtained show that the formation of a triple helix could be involved in the generation of mtDNA deletions as well as partial duplications or triplications

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Quebre, Valentin. "Etude des complexes ADN-protéines impliqués dans la ségrégation de l'ADN bactérien". Thesis, Toulouse 3, 2022. http://www.theses.fr/2022TOU30072.

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Abstract (sommario):

La ségrégation des chromosomes et des plasmides à bas nombre de copies chez les bactéries est basée sur un mécanisme actif de positionnement. Il repose sur des systèmes de partition qui assurent la répartition intracellulaire des réplicons afin qu'ils soient transmis de façon fidèle à la descendance. Ils font intervenir trois partenaires encodés par la molécule à ségréger. Une protéine de liaison à l'ADN (ParB) s'assemble en un complexe de partition autour d'une séquence centromérique (parS). Une protéine NTPase, interagissant avec le complexe de partition, est responsable de l'activité de ségrégation et du positionnement du complexe de partition et ainsi du plasmide. Mon projet de thèse vise d'abord à approfondir le mécanisme d'assemblage du complexe de partition du système majoritaire de type I des plasmides F et pESBL et ensuite, à déchiffrer le mécanisme global de partition du système atypique de R388 récemment découvert, n'utilisant pas de NTPase codée par le plasmide pour assurer son positionnement. Ainsi, mon projet s'articule en trois parties. (i) Comprendre par une approche mutationnelle le mécanisme d'initiation de l'auto assemblage de l'ensemble des ParB du plasmide F en un complexe de haut poids moléculaire dynamique, autour de parS. (ii) Identifier les partenaires du système de partition du plasmide pESBL, caractériser in vitro l'interaction de ParB avec parS et déterminer par une étude in silico, le groupe auquel il appartient. (iii) Identifier le rôle des différents domaines de la protéine de liaison à l'ADN StbA du plasmide R388 dans ses activités et caractériser les modalités d'interaction de StbA avec son site spécifique sur le plasmide, par des approches de séquençage à haut débit et de biochimie, pour comprendre l'architecture du complexe de partition. Cette étude a permis d'approfondir nos connaissances sur la biologie des plasmides portant un système de partition de type I et a mis en lumière les spécificités d'interactions ADN/protéines d'un système atypique, ouvrant la voie à la compréhension de son mécanisme de stabilisation
Bacterial chromosomes and low copy number plasmids segregation is based on an active positioning mechanism. It consists in the partition systems that ensures the proper intracellular positioning of replicons to be faithfully transmitted to the daughter cells. The partition systems involves three cis-encoded partners. A DNA binding protein (ParB), is assembled in partition complexes at centromeric sequences (parS). An NTPase, which interacts with the partition complex, drives the segregation process and allows the complexes, and thus the plasmids, to be properly positioned inside the cell. My Ph.D project focused first on the better understanding of the partition complex assembly of the widespread type I system of the F plasmid and pESBL. Then, to decipher the global mechanism of the partition process of the recently discovered atypical system on R388, which does not involve any plasmid encoded NTPase to ensure its intracellular positioning. Thus, my project is divided in three parts, aiming to (i) understand by an mutational approach, the initiation mechanism for the self-assembly of the majority of F plasmid ParB in a dynamic high molecular weight complex around parS, (ii) identify the pESBL partition system partners, in vitro characterize the ParB/parS interaction profile and in silico determine the group to which it belongs, (iii) identify the roles of the different domains of the R388 DNA binding protein StbA in its activities and characterize the StbA interaction modalities on its centromere by high throughput sequencing and biochemical approaches, to understand the partition complex architecture. This study allows us to improve our knowledge on the Type I partition system and to shed light on the DNA/protein interaction specificities of an atypical system, carried by broad-host-range plasmids, opening the way to a better understanding of DNA segregation mechanism

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Legros, Frédéric. "Étude de la dynamique du compartiment mitochondrial et des mutations hétéroplasmiques de l'ADN mitochondrial". Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077109.

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Garnery, Lionel. "Variabilité de l'ADN mitochondrial de l'abeille domestique : Implications phylogénétiques". Paris 6, 1992. http://www.theses.fr/1992PA066487.

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Abstract (sommario):

La variabilité de l'ADN mitochondrial de l'abeille domestique, apis mellifera, a été étudiée par analyses de restrictions sur 87 colonies appartenant à 13 races différentes. Les 23 types mitochondriaux détectés correspondent à trois groupes de populations possédant une aire de répartition distincte. Ces résultats confirment partiellement les hypothèses antérieures fondées sur les études de morphométrie et des systèmes allozymes. La différence majeure concerne les populations nord africaines et siciliennes, qui appartiennent à la branche A plutôt qu'a la branche M. Les deux variations de longueur de fragment détectées sont en accord avec les phylogénies obtenues et la répartition géographique des colonies. Une de ces variations située dans la région codant pour les gènes coi et coii est liée à une duplication ancestrale du gène codant pour l'ARNT leucine et l'évolution de cette région le long de la lignée apis a été imaginée sous forme de scenarios. La distribution spatiale des échantillons suggère le proche orient comme centre de dispersion le plus probable de l'espèce en accord avec la distribution géographique et la plus grande variabilité des autres espèces du genre. La séparation des trois branches a été estimée a un million d'années, en fonction de la valeur conservée (diptère:vertébrés) de 2%/ma

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Sarzi, Emmanuelle. "Caractérisation génétique et phénotypique des déplétions de l'ADN mitochondrial". Paris 5, 2008. http://www.theses.fr/2008PA05T048.

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Abstract (sommario):

Les maladies mitochondriales forment le groupe le plus courant d'anomalies congénitales du métabolisme. Ces maladies représentent actuellement plus de 17% des consultations régulières de notre service de génétique médicale. Les déficits multiples de la chaîne respiratoire mitochondriale sont à l'origine d'un grand nombre de maladies mitochondriales. Ils se caractérisent par des atteintes multi-viscérales responsables la plupart du temps d'un décès précoce dans les premières années de vie des patients atteints par ce type de pathologie. Depuis une quinzaine d'années, notre laboratoire a recruté un très grand nombre de patients présentant un déficit multiple de la chaîne respiratoire (CR). En 2001, il a été mis en évidence qu'un tout nouveau type d'anomalie touchant l'ADN mitochondrial (ADNmt) pouvait être à l'origine de ces déficits multiples. Ces anomalies sont des modifications quantitatives de l'ADNmt connues sous le nom de déplétions de l'ADNmt. Le recrutement important de cas de déficits multiples et le faible rendement de diagnostic moléculaire établi nous a incité à considérer les déplétions de l'ADNmt comme origine potentielle de déficits multiples de la chaîne respiratoire. Le travail de recherche présenté dans ce manuscrit a eu pour objectif tout d'abord d'estimer l'incidence des déplétions de l'ADNmt dans notre cohorte de patients atteints de déficit multiple de la CR. Nous nous sommes ensuite attachés à définir les atteintes cliniques associées à ces déplétions de l'ADNmt. Enfin, l'étude des gènes connus de déplétion de l'ADNmt DGUOK, POLG1 et TK2 nous a permis de mieux caractériser ces patients. Par la suite, l'étude par cartographie génétique de nos familles consanguines avec déplétions de l'ADNmt et de mutation actuellement inconnue, nous a conduit à la première identification de mutations récessives dans le gène PEO1 responsables d'un syndrome hépatocérébral de déplétion de l'ADNmt. La dernière partie de ce manuscrit rapporte l'étude en cours de cartographie génétique et de séquençage de gènes candidats pour une famille consanguine présentant un autre type de syndrome hépatocérébral associé à un déficit multiple de la chaîne respiratoire. L'ensemble de ce travail a permis à notre laboratoire d'acquérir de meilleures connaissances de l'origine génétique des déficits multiples de la chaîne respiratoire associés à une déplétion de l'ADNmt et d'améliorer ainsi le conseil génétique d'une partie des maladies mitochondriales
Mitochondrial diseases are a common group of metabolism pathologies. Nowadays, they represent more than 17% of our clinical consultations. Multiple respiratory chain deficiency account for an important number of mitochondrial disease and are characterised by a multi-systemic organ involvement leading to early death. Since these last 15 years, we have recruited a large number of patients with multiple respiratory chain deficiency. In 2001, it has been shown that a mtDNA quantitative anomaly was at the origin of this defect also named mtDNA depletions. The large number of patients with multiple respiratory chain deficiency and the weak yield of molecular diagnosis prompt us to consider mtDNA depletion as a cause of multiple respiratory chain deficiency. The aim of this work was firstly to estimate the incidence of mtDNA depletion in our series of multiple respiratory chain cases. Then, we characterised the genetic and phenotypic features of mtDNA depletions. Finaly, the study of one family among our consanguineous and/or multiplex patients allowed us to identify a new gene responsible for mtDNA depletions associated with a hepatocerebral failure. This gene also named PEO1 encodes for the mitochondrial Twinkle helicase which has been ever known to cause adult onset PEO in a dominant transmission. Finally, we have studied another consanguineous family with multiple respiratory chain deficiency and hepatic failure. This work allowed us to improve the genetic counselling in our laboratory especially for all patients with multiple respiratory chain deficiency associated with a mtDNA depletion

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Al, Amir Dache Zahra. "Étude de la structure de l'ADN circulant d'origine mitochondriale". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT059.

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Abstract (sommario):

Le plasma transporte des cellules sanguines avec un mélange de composés, y compris les nutriments, déchets, anticorps, et messagers chimiques... dans tout l'organisme. Des facteurs non solubles tels que l’ADN circulant et les vésicules extracellulaires ont récemment été ajoutés à la liste de ces composants et ont fait l'objet d'études approfondies en raison de leur rôle dans la communication intercellulaire. Or, l’ADN circulant (ADNcir) est composé de fragments d’ADN libres ou associés à d’autres particules, libérés par tous les types cellulaires. Cet ADN est non seulement de l'ADN génomique mais aussi de l'ADN mitochondrial extra-chromosomique. De nombreux travaux réalisés au cours des dernières années indiquent que l’analyse quantitative et qualitative de l’ADNcir représente une avancée dans les applications cliniques en tant que biomarqueur non invasif de diagnostic, de pronostic et de suivi thérapeutique. Cependant, malgré l'avenir prometteur de cet ADNcir dans les applications cliniques, notamment en oncologie, les connaissances sur ses origines, sa composition et ses fonctions qui pourraient pourtant permettre d’optimiser considérablement sa valeur diagnostique, font encore défaut. Le principal objectif de ma thèse a été d’identifier et de caractériser les propriétés structurales de l’ADN extracellulaire d’origine mitochondrial. En examinant l'intégrité de cet ADN, ainsi que la taille et la densité des structures associées, ce travail a révélé la présence de particules denses d’une taille supérieure à 0,2 µm contenant des génomes mitochondriaux complets et non fragmentés. Nous avons caractérisé ces structures notamment par microscopie électronique et cytométrie en flux et nous avons identifié des mitochondries intactes dans le milieu extracellulaire in vitro et ex-vivo (dans des échantillons de plasma d’individus sains). Une consommation d'oxygène par ces mitochondries a été détectée par la technique du Seahorse, suggérant qu'au moins une partie de ces mitochondries extracellulaires intactes pourraient être fonctionnelles. Par ailleurs, j’ai participé à d’autres travaux réalisées dans l’équipe, dont (1) une étude visant à évaluer l’influence des paramètres pré-analytiques et démographiques sur la quantification d’ADNcir d’origine nucléaire et mitochondrial sur une cohorte composée de 104 individus sains et 118 patients atteints de cancer colorectal métastatique, (2) une étude dont l’objectif était d’évaluer l’influence de l’hypoxie sur le relargage de l’ADN circulant in vitro et in vivo, et (3) une étude visant à évaluer le potentiel de l’analyse de l’ADN circulant dans le dépistage et la détection précoce du cancer. Ce manuscrit présente une synthèse récente de la littérature sur l’ADNcir, ses différents mécanismes de relargage, qui vont de pair avec la caractérisation structurelle de cet ADN, ses aspects fonctionnels et ses différentes applications en cliniques. De plus, cette thèse apporte des connaissances nouvelles sur la structure de l’ADN mitochondrial extracellulaire tout en ouvrant de nouvelles pistes de réflexion notamment sur l’impact que pourrait avoir la présence de ces structures circulantes sur la communication cellulaire, l’inflammation et des applications en clinique
Plasma transports blood cells with a mixture of compounds, including nutrients, waste, antibodies, and chemical messengers...throughout the body. Non-soluble factors such as circulating DNA and extracellular vesicles have recently been added to the list of these components and have been the subject of extensive research due to their role in intercellular communication. Circulating DNA (cirDNA) is composed of cell-free and particle-associated DNA fragments, which can be released by all cell types. cirDNA is derived not only from genomic DNA but also from extrachromosomal mitochondrial DNA. Numerous studies carried out lately indicate that the quantitative and qualitative analysis of cirDNA represents a breakthrough in clinical applications as a non-invasive biomarker for diagnosis, prognosis and therapeutic follow-up. However, despite the promising future of cirDNA in clinical applications, particularly in oncology, knowledge regarding its origins, composition and functions, that could considerably optimize its diagnostic value, is still lacking.The main goal of my thesis was to identify and characterize the structural properties of extracellular DNA of mitochondrial origin. By examining the integrity of this DNA, as well as the size and density of associated structures, this work revealed the presence of dense particles larger than 0.2 µm containing whole mitochondrial genomes. We characterized these structures by electron microscopy and flow cytometry and identified intact mitochondria in the extracellular medium in vitro and ex vivo (in plasma samples from healthy individuals). Oxygen consumption by these mitochondria was detected by the Seahorse technology, suggesting that at least some of these intact extracellular mitochondria may be functional.In addition, I contributed to other studies carried out in the team, such as studies aiming at evaluating (1) the influence of pre-analytical and demographic parameters on the quantification of nuclear and mitochondrial cirDNA on a cohort of 104 healthy individuals and 118 patients with metastatic colorectal cancer, (2) the influence of hypoxia on the release of cirDNA in vitro and in vivo, and (3) the potential of cirDNA analysis in the early detection and screening of cancer.This manuscript present a recent review on cirDNA and its different mechanisms of release, which go hand in hand with the structural characterization of this DNA, its functional aspects and its clinical applications. In addition, this thesis provides new knowledge on the structure of extracellular mitochondrial DNA and opens up new avenues for reflection, particularly on the potential impact that could have those circulating mitochondria on cell-cell communication, inflammation and clinical applications

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Bigot, Sarah. "Trafic de l'ADN dans la bactérie : rôles de l'ADN translocase FtsK d'Escherichia coli". Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30105.

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Abstract (sommario):

Chez Escherichia coli, l’ADN translocase FtsK transporte l’ADN de part et d’autre du site de division de la bactérie et active la recombinaison effectuée par les recombinases XerCD au niveau d’un site spécifique sur le chromosome, appelé dif. Ceci assure une distribution equitable du materiel génétique et une intégrité topologique entre les deux cellules filles au cours des étapes tardives de ségregation. Nous avons montré que les fonctions de transport de l’ADN et d’activation de la recombinaison sont génétiquement séparables. Nous avons également montrés que le transport de l’AND par FtsK est orienté par de courtes sequences asymétriques de 8 pb (KOPS) don’t l’orientation et la distribution sont biases sur le chromosome d’E. Coli. Ces KOPS permettent également le chragement de FtsK sur l’ADN et la translocation est orientée à cette étape
In Escherichia coli, the ATP-dependent DNA translocase FtsK transports DNA across the site of cell division and activates recombination by the XerCD recombinases at a specific site on the E. Coli chromosome, dif, to ensure the equal distribution of the genetic material and the topological integrity of daughter chromosomes during the last stages of chromosome segregation. We showed that DNA mobilization and Xer recombination activation, two functions required to resolve dimers, are genetically separable. We have also shown that DNA transport by FtsK is oriented by 8 bp asymmetric sequences (“KOPS”) displaying a biased orientation and distribution on the E. Coli chromosome and that KOPS promote FtsK loading on DNA and that translocation is oriented at this step

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NELSON, ISABELLE. "Etude de l'organisation de l'adn mitochondrial dans les pathologies neuromusculaires". Rennes 1, 1991. http://www.theses.fr/1991REN10073.

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Abstract (sommario):

L'apport energetique cellulaire est essentiellement assure par la phosphorylation oxydative, dans les mitochondries. Il a ete demontre recemment que le genome mitochondrial humain, present en plusieurs centaines de copies par cellule, pouvait etre altere par des mutations, notamment des deletions dans le syndrome de kearns-sayre. Nous avons pu montrer chez les patients presentant un syndrome de kearns-sayre que la taille et la position des deletions sur le genome mitochondrial varient d'un individu a l'autre mais qu'elles sont identiques au sein d'un meme patient. Le sequencage des jonctions des molecules deletees suggere l'existence de plusieurs mecanismes pouvant entrainer la formation de la deletion. Nous avons aussi recherche la mutation decrite en position 11778 de l'adnmt chez des patients atteints de la maladie de leber. La mutation a ete retrouvee chez 23 individus sur 32 analysees, de maniere heteroplasmique. La mutation est transmise de maniere maternelle, toutefois elle est presente chez des cas asymptomatiques, indiquant que la mutation est une conditions necessaire mais non suffisante a l'apparition du phenotype. L'ensemble de ces travaux montrent le role critique du genome mitochondrial dans le metabolisme energetique cellulaire, en particulier dans ces pathologies ou il y a coexistence de populations differentes d'adnmt. L'intervention de facteurs nucleaires dans l'etablissement du genotype et du phenotype reste a demontrer

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Barome, Pierre-Olivier. "Phylogeographie du genre acomys (rodentia, muridae) fondee sur l'adn mitochondrial". Paris 11, 1998. http://www.theses.fr/1998PA112350.

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Abstract (sommario):

Les relations phylogenetiques a l'interieur du genre acomys (rodentia, muridae) ont ete inferees a partir des sequences de deux marqueurs mitochondriaux, le gene du cytochrome b et la zone non-codante. Les deux analyses fournissent la meme phylogenie, dont la topologie est soutenue de facon robuste par differents algorithmes de reconstruction. Cette phylogenie apporte des elements de reponse a plusieurs problemes taxinomiques, la systematique au sein du genre etant particulierement controversee. La proximite phylogenetique des specimens d'acomys presents en crete et a chypre avec l'espece type a. Cahirinus d'egypte suggere leur appartenance a cette derniere. L'ancien complexe cahirinus-dimidiatus, regroupant par defaut des formes morphologiquement tres proches, est redefini de facon positive comme etant le clade forme par les especes nees de la radiation evolutive datee de la fin du pliocene. Le scenario biogeographique propose pour la dispersion d'acomys dans sa vaste aire de repartition actuelle comprend six phases chronologiques, du miocene moyen a l'antiquite. Les cinq premieres vagues de migration partent du centre d'origine du genre situe en afrique orientale. La premiere part vers le sud du continent au miocene moyen et donne naissance a a. Subspinosus et a. Spinosissimus. S'individualisent ensuite au miocene superieur les lignees a. Russatus vers le proche-orient et a. Wilsoni en afrique de l'est, suivies de celle d'a. Ignitus a la limite miocene-pliocene, qui reste egalement en afrique de l'est. La radiation du groupe cahirinus-dimidiatus sensu cyt b debute vers la fin du pliocene avec le depart d'a. Dimidiatus vers la peninsule arabique et d'une autre lignee vers l'afrique de l'ouest, ancetre des especes actuelles de cette region (a. Johannis, a. Gautuni). Peu apres, une seconde vague de migration se produit dans les memes directions, a. Airensis se dirigeant vers l'ouest et a. Cahirinus vers le nord, l'ouverture de la mer rouge lui interdisant cependant l'acces a la peninsule arabique. La sixieme et derniere phase du scenario est beaucoup plus recente, c'est la dispersion d'acomys par l'homme en mediterranee. L'ensemble de ce scenario montre que le traditionnel regroupement des especes en fonction de leur aire geographique actuelle est souvent errone.

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Reynier, Pascal. "Etude des délétions de l'ADN mitochondrial dans diverses maladies musculaires". Aix-Marseille 2, 1995. http://www.theses.fr/1995AIX22061.

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Abstract (sommario):

La coexistence de differents variants de l'adnmt dans le tissu musculaire est un phenomene frequent, du en partie, a l'accumulation de mutations tout au long de la vie. Les deletions multiples de l'adnmt sont bien mises en evidence grace aux techniques de longue pcr (8,7 a 16,5 kb), qui permettent en outre de visualiser et de quantifier les genomes mitochondriaux non affectes par des deletions. Le dosage de la deletion commune de 4 977 pb est probablement insuffisant pour apprecier l'instabilite du genome mitochondrial. Nous montrons qu'une quantification plus exhaustive des differents variants pourrait permettre de mieux expliquer le dysfonctionnement mitochondrial que l'on observe dans les maladies degeneratives ou lors du vieillissement. Notre etude a principalement portee sur le muscle squelettique de sujets ages et de sujets presentant une myopathie associee a une forme particuliere de rhumatisme du sujet age, ainsi que sur le myocarde de patients presentant une myocardiopathie dilatee. Nous rapportons en outre, la coexistence de deux types de mutations deleteres de l'adnmt dans le muscle d'une patiente porteuse d'une cytopathie mitochondriale a expression oculaire. Nous discutons enfin, de l'interet d'explorer le genome mitochondrial dans son ensemble en montrant que son apparente simplicite (genome de faible taille, bien caracterise et redondant) masque en realite une tres large heterogeneite moleculaire

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Barthélémy, Cyrille. "Variations spontanées et induites du nombre de copies de l'ADN mitochondrial". Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077125.

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PEREIRA, DE SOUZA ANETTE. "Structure et expression du gene nad5 dans l'adn mitochondrial des plantes superieures". Paris 11, 1992. http://www.theses.fr/1992PA112070.

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Abstract (sommario):

Les genes identifies dans le genome mitochondrial des plantes superieures ne correspondent que a 5 ou 10% de sa capacite codante. Nous avons analyse un fragment de l'adn mt de ble ne contenant pas de genes connus mais qui portait une sequence transcrite et conservee entre differentes especes. Dans une premiere partie du travail, nous avons pu mettre en evidence la presence dans ce fragment de deux exons du gene codant pour la sous-unite 5 du complexe nadh-deshydrogenase (nad5) de la membrane interne mitochondriale. Dans une deuxieme partie, nous avons etudie la structure du gene chez le ble, le mais, l'endive, le chou-fleur, la pomme de terre et le haricot, et son expression chez les quatre premieres especes. Les resultats obtenus ont indique que: i) le gene nad5 est present en copie unique et constitue de 5 exons (i a v) organises dans trois groupes (i-ii, iii, iv-v) disperses dans l'adn mt des 7 especes analysees. Il existe quatre introns, tous du groupe ii, dont deux (introns 2 et 3) sont interrompus dans leur domaine iv par des longues sequences d'adn. La conservation de cette structure chez les monocotyledones et les dicotyledones suggere qu'elle etait deja presente avant la divergence entre ces deux grands groupes; ii) les trois groupes d'exons sont transcrits independamment dans le genome et rassembles dans l'arnm par des reactions d'epissage en cis (exons i-ii et iv-v) et en trans (exons ii-iii et iii-iv). Un modele preliminaire d'assemblage des 5 exons chez le ble et le mais est propose. Les profils de transcription observes sont complexes et suggerent que certaines etapes du mecanisme de maturation post-transcriptionnel actif sont similaires chez les quatre especes analysees

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Spadoni, Jean-Louis. "Etude de l'ADN ancien des Bovidae du site de Lattara". Aix-Marseille 2, 2002. http://www.theses.fr/2002AIX20677.

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Echeverria, Manuel. "Etude des systèmes enzymatiques qui catalysent la replication de l'ADN mitochondrial de blé". Bordeaux 2, 1988. http://www.theses.fr/1988BOR22007.

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Abstract (sommario):

Etude de la replication de l'adn mitochondrial (adnmt) vegetal, a partir de mitochondries purifiees d'embryons de ble. Identification de plusieurs activites enzymatiques associees a la replication de l'adnmt : adn polymerase, arn polymerase specifiques a la mitochondrie, un adn topoisomerase de type i eucaryote et une activite adn primase capable d'initier la synthese de l'adn sur une matrice simplebrin

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Dunon-Bluteau, Dominique. "Etude de la region origine de replication de l'adn mitochondrial de xenopus laevis". Paris 7, 1987. http://www.theses.fr/1987PA077049.

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Abstract (sommario):

Chez les vertebres, l'adn mitochondrial est dna bicatenaire (15 kb). Un intermediaire de replication possedant dune boucle de deplacement (boucle d) contient un brin h neosynthetise de taille fixe et est trouve en proportion variable dans les mitochondries. Le quart du genome mitochondrial de xenopus laevis a ete sequence: la region boucle d, 4 genes d'arn de transfert, le gene de l'apocytochrome b et celui de l'arn 125. La sequence nucleotique indique que l'organisation genetique de cette region est identique a celles des mammiferes. La cartographie au nucleotide pres du brin h de la boucle d a mis en evidence 2 familles de brin h ayant une extremite 3' commune, des structures secondaires sont potentiellement inapliquees dans la terminaison des brins h de la boucle d. Une proteine de 21,5 k da a ete isolee, se fixe a l'adn dans la region origine de replication et semble jouer un role regulateur dans la replication ou l'expression de l'adn mitochondrial. La replication du brin h peut etre observee dans un systeme de synthese d'adn "in vitro" (adn polymerase indispensable)

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Cordonnier, Agnès. "Etude des mecanismes moleculaires de la replication de l'adn mitochondrial de xenopus laevis". Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066156.

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AUBERT, JOSIANE. "Analyse experimentale de l'introgression de l'adn mitochondrial de drosophila simulans chez d. Mauritiana". Paris 7, 1990. http://www.theses.fr/1990PA077112.

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Abstract (sommario):

L'etude de l'adn mitochondrial des drosophiles du sous-groupe melanogaster a montre que chez deux especes de ce sous-groupe, d. Simulans et d. Mauritiana, considerees comme les plus apparentees, respectivement 3 et 2 types mitochondriaux ont ete observes. Curieusement, l'un des types mt de d. Simulans, qui n'existe que dans les populations malgaches et reunionnaises de cette espece, a ete retrouve chez d. Mauritiana. Parmi plusieurs hypotheses susceptibles de rendre compte de cette situation, celle d'une introgression recente du genome mitochondrial simulans dans l'espece mauritiana a ete retenue comme la plus plausible. La premiere partie de la presente etude a ete consacree a l'analyse de 351 lignees isofemelles provenant de l'ile maurice afin de determiner leur type mitochondrial et de connaitre la repartition des types mauritiana sur cette ile. Dans un deuxieme temps, l'analyse experimentale du processus d'introgression a ete realise en introduisant dans des bouteilles de culture, contenant chacune 33 males et 32 femelles d. Mauritiana, une femelle simulans vierge. Au cours des generations suivantes, les types d'adnmt marquant les 2 especes ont pu etre distingues et leurs proportions relatives determinees sur des profils de restriction. Dans 39 cas sur 40, la femelle simulans a ete fecondee et, en 3 generations, la frequence du genome mt simulans est passee de 3 a 88%. La valeur adaptative des hybrides femelles calculee a partir de ces donnees etait alors jusqu'a 10 fois plus importante que celle des femelles mauritiana. Une analyse complementaire a montre que les hybrides presentent une duree de developpement plus breve et une fecondite plus grande que les individus mauritiana. En revanche, la sterilite des males hybrides qui persiste jusqu'en f4 ralentit fortement l'introgression des genes nucleaires simulans. Si les individus obtenus sont cytoplasmiquement simulans, leur genome nu

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Stevanovitch, Alain. "Polymorphisme de l'ADN mitochondrial dans quelques populations anciennes et actuelles du pourtour méditerranéen". Aix-Marseille 2, 2001. http://www.theses.fr/2001AIX22091.

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Cordonnier, Agnès. "Etude des mécanismes moléculaires de la réplication de l'ADN mitochondrial de Xenopus laevis". Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37604068z.

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Dunon-Bluteau, Dominique. "Etude de la région origine de réplication de l'ADN mitochondrial de Xenopus laevis". Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37604714z.

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Marcadé, Isabelle. "Dynamique des populations et diversités génétique de l'ADN mitochondrial chez porcellionides pruinosus (isopode terrestre)". Tours, 1998. http://www.theses.fr/1998TOUR4011.

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Abstract (sommario):

Comme la plupart des oniscidea, porcellionides pruinosus possède des capacités expansives qui lui ont permis de coloniser différents milieux sur une vaste échelle géographique. Nous avons effectué un suivi mensuel sur trois ans pour la population naturelle de Saint-Martin-du-Fouilloux. Cette espèce possède une activité reproductrice principalement influencée par la température ; ainsi, selon les conditions géographiques et climatiques et le milieu de vie plus ou moins homogène de la population, la reproduction pourra être continue ou non. La dynamique de la population de Saint-Martin-du-Fouilloux s'est avérée complexe avec un enchevêtrement de générations, l'existence de flux migratoires et d'une démographie instable comprenant un rétrécissement important de la taille de la population. Cet événement n'est pas sans conséquence sur la diversité génétique. Nous avons choisi pour l'aborder l'étude de l'ADN mitochondrial (ADNmt) qui, chez cette espèce, présente un atypisme de taille remarquable et particulier aux oniscidea. De plus, l'analyse de la variabilité de l'ADNmt a permis d'observer l'influence exercée par des bactéries du genre Wolbachia. Ces endocytobiotes sont très répandus chez les oniscidea ou ils sont responsables de l'inversion de mâles génétiques en femelles fonctionnelles. L'analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction de l'ADNmt, dans quatre populations de France ainsi que dans trois populations issues respectivement de l'île de la Réunion, de Tunisie et de Grèce, a révélé le bas niveau de ce polymorphisme. Le polymorphisme de l'ADNmt est même inexistant à l'intérieur des populations de France. Nous avons pu montrer que l'importance de la réduction de la variabilité génétique observé dans les populations de porcellionides pruinosus est accentuée par un phénomène de hitch-hiking génétique ne s'exerçant pas sur l'ADNmt lui même mais sur l'autre facteur intracytoplasmique à hérédité maternelle que constituent les Wolbachia. Le polymorphisme de l'ADNmt est aussi faible entre les populations si l'on tient compte des expériences d'accouplements indiquant que les populations de France d'une part et de l'île de la Réunion, de Tunisie et de Grèce d'autre part n'appartiennent pas au même groupe systématique. En effet, ces deux groupes de populations ne se croisent pas, définissant ainsi deux espèces jumelles. La classification de l'espèce porcellionides pruinosus doit donc être réévaluée.

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Castaing, Jean-Philippe. "La ségrégation du plasmide F d'Escherichia coli : étude du rôle de la fixation de l'ATPase Sopa à l'ADN". Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/597/.

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Abstract (sommario):

La ségrégation de l'ADN, appelée partition chez les procaryotes, permet à tout organisme de transmettre son patrimoine génétique au cours des générations. Il existe des systèmes actifs de partition présents sur la majorité des plasmides et des chromosomes bactériens. Ces systèmes sont essentiels pour la ségrégation active des plasmides à bas nombre de copies tel que le plasmide F d'Escherichia coli, étudié au sein de notre équipe. Son système de partition, appelé sop, est composé de deux gènes, sopA et sopB et d'une séquence centromérique sopC. SopB se fixe à sopC pour former le complexe de partition, reconnu par l'ATPase SopA. SopA polymérise en présence d'ATP. Ce comportement pourrait être le " moteur " de la ségrégation des réplicons. Les travaux de notre équipe ont démontré que SopA se fixe de manière ATP-dépendante à l'ADN non spécifique. Cette fixation inhibe la polymérisation de SopA. SopB, de par sa capacité à se fixer à l'ADN non spécifique, contrebalance ainsi cette inhibition. Nous proposons un modèle dans lequel la polymérisation de SopA serait régulée dans la cellule par l'ADN du nucléoïde. En présence du plasmide, SopB, présent à forte concentration autour du complexe de partition, masquerait l'ADN, créant un environnement dans lequel SopA initierait sa polymérisation. Cette régulation de la dynamique de SopA serait nécessaire au processus de partition. Afin d'étayer notre modèle, nous avons recherché un domaine d'interaction à l'ADN dans SopA. Nous avons identifié un mutant ayant perdu sa fixation ATP-dépendante à l'ADN. Seules les activités de SopA dépendante de cette reconnaissance de l'ADN ont été affectées : l'inhibition de la polymérisation, la stimulation de l'activité ATPase basale et la localisation intracellulaire. Cette mutation entraîne aussi une perte majeure de stabilité du plasmide F correspondant. Ceci confirme l'implication de l'ADN du nucléoïde dans la régulation du comportement dynamique de SopA nécessaire à la partition du plasmide F
The segregation of the DNA, also called partition for procaryotes, is the process allowing any organisms to transmit its genetic heritage to next generation. In bacteria, mitotic stability of plasmids and many chromosomes depends on replicon-specific systems which comprise a centromere, a centromere-binding protein and an ATPase. We have taken as a model, the low-copy number plasmid F of Escherichia coli. Centromere-binding protein SopB binds to sopC centromere and forms the partition complex. This nucleoproteic complex is recognized by the SopA "Walker-box" ATPase. SopA shares with other partition ATPase the capacity of self assembly in presence of ATP. This dynamic self-assembly would allow active partition during bacterial division. Previous work in our team showed SopA is also able to bind to non specific DNA in an ATP-dependant manner whereby polymerization is inhibited. Indeed, DNA inhibited this polymerization and cause breakdown of pre-formed polymers. SopB counteracted this DNA effect by binding itself to and masking DNA. We had proposed a model in which the polymerization is spacially regulated. Nucleoid DNA prevent inappropriate SopA polymerization but when SopB is present in high concentration, it create a DNA-depleted zone within SopA can initiate polymerization. The regulation of the dynamic behaviour of the "driving" protein of the system would be necessary for the process of partition. To support our model, we looked for a DNA binding domain in SopA. We have found a SopA mutant, defective for ATP dependent DNA binding. Only the activities of SopA dependent on this binding were affected: the inhibition of the polymerisation is abolished, as the stimulation of the ATPase activity and the intracellular localization. Moreover, this mutant is defective for plasmid stabilization. This last result confirms the implication of the nucleoïd DNA in regulation of the dynamic behavior of SopA, which is necessary for the partition of the plasmide F

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Thèves, Catherine. "Recherche de mutations ponctuelles de l'ADN mitochondrial dans l'os pour une détermination de l'âge". Phd thesis, Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales (EHESS), 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00308590.

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Abstract (sommario):

Ces dernières années, de nombreux travaux ont démontré la présence de mutations mitochondriales en relation avec l'âge dans divers types tissulaires. Le sujet de notre travail consiste à démontrer de manière fiable et spécifique la détection de telles mutations, d'établir leurs relations avec l'âge, et de déterminer si elles peuvent présenter un intérêt en Médecine Légale ou en Anthropologie afin d'augmenter les indices de détermination de l'âge. Dans un premier temps, sur le tissu musculaire et les cellules buccales, nous avons mis au point une technique combinant la technologie PNA (Peptid Nucleic Acid) et la PCR en Temps Réel (qPCR), démontrant une détection sensible et une quantification des taux de mutation de l'hétéroplasmie A189G, et la relation avec l'âge dans le tissu musculaire. Ces résultats ont démontré la meilleure sensibilité de la technique PNA/qPCR par rapport à la technique de séquençage automatique pour la détection d'hétéroplasmie et ont pu être confirmés par la technique de Southern blot. Dans un deuxième temps, nous avons travaillé à partir de tissu osseux provenant d'une part d'individus d'âge connu dans le cadre d'identification en Médecine Légale et d'autre part de squelettes de Sibérie Orientale identifiés par l'analyse de marqueurs ostéologiques du vieillissement. Nous avons démontré l'accumulation de l'hétéroplasmie A189G dans les individus âgés de plus de 70 ans pour ceux dont l'âge est connu, et dans les individus âgés identifiés comme tel par les indicateurs ostéologiques. Le séquençage automatique nous a permis d'identifier deux autres hétéroplasmies (T72C et A73G) présentes dans des individus âgés de plus de 50 ans dans le tissu musculaire et osseux, hétéroplasmies déjà décrites dans la littérature. L'ensemble de ces résultats peut présenter un intérêt dans la détection et l'interprétation de l'hétéroplasmie de l'ADN mitochondrial dans les études médico-légale et anthropologique.

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Theves, Catherine. "Recherche de mutations ponctuelles de l'ADN mitochondrial dans l'os pour une détermination de l'âge". Paris, EHESS, 2006. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00308590.

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Abstract (sommario):

Nous démontrons la détection de mutations de l’AND mitochondrial, leurs relations avec l’âge, et nous déterminons si elles peuvent présenter un intérêt en médecine l&gale ou en anthropologie afin d’augmenter les indices de détermination de l’âge. Dans un premier temps, sur le tissu musculaire et les cellules buccales, nous avons mis au point une technique combinant la technologie PNA (Peptid Nucleic Acid) et la PCR en temps réel (qPCR), démontrant une détection sensible et une quantification des taux de mutation de l’hétéroplasmie A189G, et la relation avec l’âge dans le tissu musculaire. Dans un deuxième temps, nous avons travaillé à partir de tissu osseux provenant d’une part d’individus d’âge connu dans le cadre d’identification en Médecine Légale et d’autre part de squelettes de Sibérie Orientale identifiés par l’analyse de marqueurs ostéologiques du vieillissement. Nous avons démontré l’accumulation de l’hétéroplasmie A189G dans les individus âgés de plus de 70 ans pour ceux dont l’âge est connu, et dans les individus âgés identifiés comme tel par les indicateurs ostéologiques. L’ensemble de ces résultats peut présenter un intérêt dans la détection et l’interprétation de l’hétéroplasmie de l’ADN mitochondrial dans les études médico-légale et anthropologique
In the present study, we searched to evaluate the most efficient method for detecting low levels of heteroplasmy, determine whether these mutations were really age-related and assess the possible implications of heteroplasmies in anthropological and forensic studies. In first time, in two tissue types, muscle samples and buccal cells, we carried out the sensitive detection and quantification of point mutation A189G with peptid nucleic acid (PNA) and Real Time PCR (qPCR) together. In second time, we worked on bone tissues, on the one hand, from individuals where age was known in forensic identification, on the other hand, from ancient skeletons of the eastern Siberia, where age determination was done using bone indicators. We showed the A189G heteroplasmy accumulation on individuals of 70 years old or more, when age is known, and on identified old individuals by bone indicators. These investigations could be of interest in the detection and interpretation of mtDNA heteroplasmy in anthropological and forensic studies

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CHERIF-SAHAR, BAYA. "Les sequences ori dans la replication de l'adn mitochondrial de la levure saccharomyces cerevisiae". Paris 7, 1991. http://www.theses.fr/1991PA077021.

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Abstract (sommario):

L'etude des origines de replication de l'adn mitochondrial de s. Cerevisiae a ete abordee par des approches differentes en utilisant les proprites des mutants petite cytoplasmiques. Nous avons montre que facon directe que l'initation de la replication est localisee dans les sequences ori, qu'elle necessite la synthese d'arn amorces et que l'elongation est bidirectionnelle. Les sequences flanquantes des sequences ori modulent l'efficacite de la replication, ceci est montre par l'analyse des genomes mitochondriaux des mutants petite diploides issus de croisements entre mutants rh-. Ces sequences ori sont egalement presentes dans la souche s. Uvarum mais en plus petit nombre. La comparaison des deux genomes mitochondriaux de s. Uvarum et s. Cerevisiae met en evidence une correlation entre l'augmentation des sequences intergeniques et le nombre de sequences ori

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Bouex, Patrick. "Etudes de protéines impliquées dans le métabolisme de l'ADN mitochondrial du champignon Podospora anserina". Bordeaux 2, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR28839.

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Abstract (sommario):

Podospora anserina est un champignon filamenreux dont la longévité est systématiquement limitée par un processus de sénescence. De nombreux compartiments cellulaires sont impliqués dans ce rocessus. Parmi eux, la mitochondrie, usine énergétique de la cellule, possède son propre génome qui, pendant la sénescence, subit de profonds remaniements (amplification de petites molécules d'ADN circulaires appelées ADNsen, délétions de fragments d'ADN). Les mitochondries sont alors incapables de fonctionner et la cellule, faute d'énergie, meurt. De nombreuses protéines codées dans la mitochondrie et le noyau sont impliquées dans ce phénomène. Le premier intron du gène COX1 impliqué dans ces phénomènes (sous forme d'ADNsen α) contient un cadre ouvert de lecture codant pour une transcriptase inverse. Cette enzyme pourrait intervenir dans la genèse des remaniements du génome mitochondrial occurent lors de la sénescence. Après la purification et la caractérisation partielle des ADN polymérases mitochondriales, nous avons tenté de purifier et de caractériser cette transcriptase inverse, afin d'étudier ultérieurement son rôle dans la genèse des remaniements associés à la sénescence. Certaines mutations entraînent une imortalisation ou une létalité précoce de cet organisme. Le contrôle du noyau sur la stabilité du chromosome mitochondrial et la longévité du champignon se manifeste de manière spectaculaire dans un cas de mort cellulaire appelée mort prématurée. Ce syndrome apparaît suite à l'accumulation de chromosomes mitochondriaux délétés d'environ un tiers de leur taille. Les mécanismes responsables de ces délétions sont encore obscurs. Nous avons mis en évidence une activité nucléase qui pourrait jouer un rôle dans la genèse de ces remaniements. La purification et la caractérisation de cette nuclé́ase suggèrent qu'elle pourrait intervenir dans la réplication, par son activité RNAseH, et/ou dans la réparation ou la recombinaison par ses activités endo ou exonucléases
Senescence,, a progressive degenerative process leading to age-related increase in mortality,is found in most eukaryotes. However, the molecular events underlying aging remain largely unknown. Understanding, how longevoty is regulated is a fundamental problem. In the filamentous fungus Podospora anserina, senescence is systematically associated with mitochondrial DNA instabilities and accumulation of several senescence-specific mitochondrial small circular DNA molecules called senDNA. One of them, the senDNAα, always present in wild type strains, is the first intron of the mitochondrial gene cox1 (intron alpha), a class II intron that presents significant amino acid similarity with retroviral reverse transcriptases. Thus, for Podospora anserina, mt genome stability appears to be an important factor in degenerative processes such as senescence and premature death. Characterization of activities implicated in mt DNA maintenance is therefore essential for a better understanding of these degenerative processes. First of all, we have purified two mitochondrial DNA polymerase activity from P. Anserina. In spite of some differences in DNA polymerase biochemical properties the DNA pol activities found in S. Cerevisiae or T. Brucei mitochondria. Then we begin RT purification in order to study its implication in the mitochondrial genome modifications occuring during senescence or premature death. We also report for the first time in P. Anserina mitochondria the purification of a 90 kDa exo-endonuclease, exhibiting a 49 kDa catalytic polypeptide. The enzyme shares many catalytical properties with the same molecular weight structure-specific endonucleases such as mammalian FEN1, yeast RTH1 and the lower molecular weight 38 kDa NUC1 yeast enzyme. Sequencing of peptides obtained from endolysine C digestion of the purified P. Anserina protein suggests that this enzyme could belong to the flap structure-specific 5' nuclease family

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Moretton, Amandine. "Mécanismes de maintenance de l'intégrité de l'ADN mitochondrial humain suite à des cassures double-brin". Thesis, Université Clermont Auvergne‎ (2017-2020), 2017. http://www.theses.fr/2017CLFAC047/document.

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Abstract (sommario):

Les mitochondries sont des organites qui possèdent leur propre ADN (ADNmt), codant pour des gènes de la chaine respiratoire. La réparation des dommages dus aux ROS, une réplication défectueuse ou d’autres sources exogènes tels des agents chimiothérapeutiques ou des irradiations ionisantes peuvent générer des cassures double-brin (CDB) de l’ADNmt. L’ADNmt code pour des protéines essentielles à la production d’énergie, et des systèmes de maintenance de l’intégrité de ce génome efficaces sont donc nécessaires pour la viabilité des cellules. En effet des mutations de l’ADNmt sont présentes dans de nombreuses pathologies comme les myopathies mitochondriales, les cancers et les maladies neurodégénératives. Cependant les processus responsables de la maintenance de l’ADNmt suite à des CDB restent controversés.Pour élucider les mécanismes impliqués, nous avons généré des CDB mitochondriales en utilisant une lignée cellulaire humaine exprimant de manière inductible l’enzyme de restriction PstI liée à une séquence d’adressage mitochondrial. Nos résultats montrent, dans notre système, une première phase de dégradation de l’ADNmt lésé avec une cinétique rapide, n’impliquant pas l’autophagie ou l’apoptose, suivie de la ré-amplification d’ADNmt intact dans un deuxième temps. Contrairement à d’autres études nous n’avons pas pu détecter d’évènements de réparation des CDB mitochondriales générées. Nous avons ensuite cherché à identifier les protéines impliquées dans la dégradation de l’ADNmt lésé que nous observons, mais aucune nucléase testée ne semble responsable de ce processus. Des approches plus globales sont mises au point pour identifier de nouveaux acteurs, notamment un crible RNAi à grande échelle. Parallèlement nous nous intéressons aussi à une famille de phosphohydrolases, les Nudix, et à leur rôle protecteur en assainissant le réservoir de nucléotides libres
Mitochondria are organelles that possess their own genome, the mitochondrial DNA (mtDNA). Repair of oxidative damages, defective replication, or various exogenous sources, such as chemotherapeutic agents or ionizing radiations, can generate double-strand breaks (DSBs) in mtDNA. MtDNA encodes for essential proteins involved in ATP production and maintenance of integrity of this genome is thus of crucial importance. Mutations in mtDNA are indeed found in numerous pathologies such as mitochondrial myopathies, neurodegenerative disorders or cancers. However, the mechanisms involved in mtDNA maintenance after DSBs remain unknown.To elucidate this question, we have generated mtDNA DSBs using a human inducible cell system expressing the restriction enzyme PstI targeted to mitochondria. Using this system, we could not find any support for DSBs repair of mtDNA. Instead we observed a loss of the damaged mtDNA molecules and a severe decrease in mtDNA content, followed by reamplification of intact mtDNA molecules. We have demonstrated that none of the known mitochondrial nucleases are involved in mtDNA degradation and that DNA loss is not due to autophagy, mitophagy or apoptosis but to a selective mechanism. Our study suggests that a still uncharacterized pathway for the targeted degradation of damaged mtDNA in a mitophagy/autophagy-independent manner is present in mitochondria, and might provide the main mechanism used by the cells to deal with DSBs. Global approaches are ongoing to identify proteins involved in degradation of damaged mtDNA following DSBs, mainly an RNAi screen targeting 80 nucleases. In parallel we are interested in a family of phosphohydrolases named Nudix and their putative protective role in sanitizing the nucleotides pool in mitochondria

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Rouzier, Cécile. "Déficits de la chaîne respiratoire mitochondriale avec instabilité de l'ADN mitochondrial : identification de nouveaux gènes et mécanismes". Nice, 2012. http://www.theses.fr/2012NICE4066.

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Abstract (sommario):

Les mitochondriopathies liées à un défaut de stabilité de l’ADN mitochondrial (ADNmt) représentent un nouveau volet dans les affections liées à un déficit de la chaîne respiratoire. Cette instabilité se traduit par des délétions multiples et/ou une déplétion (diminution du nombre de copies) de l’ADNmt. Ces pathologies sont caractérisées par une importante hétérogénéité clinique et génétique et sont secondaires à des mutations dans des gènes nucléaires codant pour des protéines impliquées dans le maintien du génome mitochondrial. Le gène POLG1, qui code pour la sous-unité catalytique de la polymérase gamma, est le gène le plus fréquemment impliqué. A ce jour, la recherche de mutations dans ce gène ou d’autres gènes connus, responsables de délétions multiples et/ou déplétion de l’ADNmt, s’avère négative dans plus de 70% des cas, d’où un grand intérêt pour améliorer les techniques d’identification des mutations et la recherche de nouveaux gènes impliqués dans ces pathologies. Mon travail de thèse a consisté d’une part, à identifier de nouveaux gènes responsables d’une instabilité de l’ADNmt et à caractériser certains mécanismes à l’origine de cette instabilité et d’autre part, à mettre en place une nouvelle technique d’analyse du gène POLG1 afin d’identifier des mutations à type de grands réarrangements, délétion et/ou duplication. Dans une première partie, nous avons analysé deux patients non apparentés porteurs de déplétion de l’ANmt associée à un déficit généralisé de la chaîne respiratoire mitochondrial présentant un tableau clinique et biologique évocateur d’un déficit en succinate CoA ligase. Chez ces patients, nous avons pu identifier des mutations du gène SUCLG1 confirmant l’implication de ce gène dans les encéphalomyopathies avec déplétion de l’ADNmt. Nous avons également mis en évidence une corrélation entre la sévérité du phénotype et la quantité résiduelle de protéine SUCLG1. Nous avons également analysé une famille dont plusieurs membres étaient atteints d’atrophie optique associée à une myopathie mitochondriale, avec délétions multiples de l’ADNmt, dont la ségrégation était évocatrice d’une transmission autosomique dominante. Nous avons identifié une nouvelle mutation du gène MFN2, impliqué dans la fusion mitochondriale, et responsable de la majorité des maladies de Charcot-marie-Tooth de type 2A. Nous avons ainsi décrit MFN2 comme nouveau gène d’instabilité de l’ADNmt et confirmé l’implication de la fusion mitochondriale dans la stabilité de l’ADNmt. De plus, nous avons montré qu’un défaut de réparation de l’ADNmt participe aux instabilités de l’ADNmt par défaut de fusion mitochondriale. Enfin, nous avons mis au point une nouvelle technique d’analyse du gène POLG1 par QMPSF (Quantitative Multiplex PCR of Short fluorescent Fragments), permettant de mettre en évidence des anomalies quantitatives. Cette technique nous a permis d’identifier une délétion à l’état hétérozygote chez une enfant présentant une encéphalopathie épileptique chez qui nous avions identifié au préalable, par séquençage, une seule mutation pathogène à l’état hétérozygote du gène POLG1. Nous avons ainsi montré l’intérêt de compléter l’analyse du gène POLG1 par la recherche de grands remaniements chez les patients porteurs d’une seule mutation à l’état hétérozygote avec une clinique très évocatrice.

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Velours, Christophe. "Réplication de l'ADN mitochondrial : identification d’une seconde activité ADN polymérase dans la mitochondrie de S.cerevisiae et Contribution à l’étude du réplisome mitochondrial". Thesis, Bordeaux 2, 2009. http://www.theses.fr/2009BOR21689/document.

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Abstract (sommario):

Au cours de la croissance des levures, la cellule doit dupliquer sont génome nucléaire et mitochondrial, le processus de réplication est bien moins étudié dans les mitochondries. Néanmoins, si de multiples ADN polymérases sont impliquées dans les processus de réplication et de réparation dans le noyau, il est considéré jusqu’à aujourd’hui qu’une seule ADN polymérase est impliquée dans ces processus dans la mitochondrie. Des résultats récents mettent en exergue le fait que la situation est bien plus compliquée qu’il n’y apparait au départ. Pour élucider le processus de réplication dans la mitochondrie de levure, j’ai focalisé mon intérêt à tenter de purifier et de caractériser le complexe de réplication. Ce travail était important à développer étant donné la découverte au laboratoire d’une seconde ADN polymérase supplémentaire à la polymérase gamma, dans les mitochondries de levure. Une première partie de ma thèse a été de m’investir afin d’obtenir suffisamment de protéines dans le but d’une identification par spectrométrie de masse, compte tenu de la faible proportion des ADN polymérases dans la cellule et en particulier dans la mitochondrie. Nous avons démontré que cette polymérase est codée par le gène unique POL1. Par des techniques d’ultracentrifugation et d’analyse biochimiques, j’ai réussi à isoler et caractériser un complexe de réplication mitochondrial. Des techniques d’exclusion chromatographiques ont permis d’attribuer une masse native à ce complexe. Sa composition a été étudiée grâce à des colonnes ioniques et hydrophobes, une autre méthode d’analyse repose sur l’utilisation de colonnes d’affinité afin de reconstituer in-vitro les interactions existant entre plusieurs protéines présumées impliquées. Ainsi, un réseau d’interactions impliquant les deux ADN polymérases mitochondriales avec cinq autres protéines a été reconstitué. La masse native de différentes formes stables de ce complexe se situent à 500 kDa ou au-delà de 1 MDa
During yeast growth, cells must duplicate their nuclear and mitochondrial DNA. The replication process involved is less studied in mitochondria. Nevertheless, if multiple DNA polymerases are implicated in the nuclear replication and repair mechanisms, until now it is believed that only one DNA polymerase is involved in these processes in mitochondria. Recent results pointed out that the situation is more complicated than preliminary believed. To elucidate the replication process in yeast mitochondria I focused my interest in attempts to purify and characterize the replication complexes. This work was important to develop in accord with the discovery in the laboratory of a second DNA polymerase in addition to the polymerase gamma in yeast mitochondria. One first part of my thesis was to hardly purify enough of this enzyme to be allowed to identify it by mass spectrometry as the DNA polymerase alpha, encoded by the unique POL1 gene. By ultracentrifugation and biochemical techniques, I succeeded to purify the complex. Exclusion chromatographies were managed to elucidate the native mass of this complex. In addition ionic and hydrophobic chromatographic columns were carried out to determine its composition. Another way to study the complex was the reconstitution in vitro of the interactions happening with some usual suspect proteins with the help of chromatographic affinity columns. I reconstituted partly an interactions model network, including the two mitochondrial DNA polymerases and 5 others proteins implicated in replication. I determined the mass of different stable forms of the isolated complexes, around 500 kDa and over 1 MDa

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Sternberg, Damien. "Contribution à trois aspects de la génétique mitochondriale humaine : étude de transmission de l'ADN mitochondrial lors de fécondations in vitro - caractérisation de mutations de l'ADN mitochondrial dans les maladies mitochondriales et le vieillissement musculaire". Paris 12, 2002. http://www.theses.fr/2002PA120010.

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Abstract (sommario):

L'ensemble de notre travail concerne trois aspects de la recherche en génétique mitochondriale humaine. Notre premier axe d'étude a été la transmission de l'ADN mitochondrial des parents aux enfants conçus par injection intracytoplasmique de spermatozoi͏̈de (ICSI). Si les risques de transmission de défauts de l'ADN nucléaire paternel sont reconnus depuis les débuts de cette technique de procréation médicalement assistée, aucune étude n'avait recherché à l'aide de techniques hautement sensibles chez les enfants conçus par ICSI la présence de molécules d'ADN mitochondrial d'origine paternelle. Nous avons montré qu'il n'existait pas, dans le sang circulant des enfants étudiés, d'ADN mitochondrial paternel détectable par les techniques utilisées. Notre deuxième axe d'étude avisé à préciser la responsabilité d'une classe de gènes de l'ADN mitochondrial, les gènes d'ARN de transfert, dans certaines maladies mitochondriales. Nous avons mis au point un outil d'analyse de l'ADN mitochondrial permettant d'analyser rapidement la séquence des 22 gènes d'ARN de transfert à la recherche de mutations de ces gènes. Appliqué à l'investigation d'une vaste cohorte de patients, cet outil a permis de détecter de très nombreuses variations de séquence, certaines déjà connues pour être pathogènes ou au contraire anodines, d'autres nouvelles et suspectes d'être pathogènes. Un travail complémentaire d'analyse des données et de validation des mutations a été nécessaire à l'interprétation des résultats. Il a également permis de mieux définir les indications d'une telle recherche. En troisième lieu, nous nous sommes intéressés à la part que pouvaient avoir les lésions de l'ADN mitochondrial dans la physiopathologie du vieillissement musculaire, et plus particulièrement dans la genèse des fibres négatives pour l'activité cytochrome oxidase. Nous avons recherché des mutations de l'ADN mitochondrial dans ces fibres, et avons pu montrer que, dans un certains nombre d'entre elles, une expansion clonale de molécules d'ADN mitochondrial porteuses de mutations ponctuelles des gènes d'ARN de transfert était responsable du déficit enzymatique
Mitochondrial genetics is important to consider when dealing with infertility, mitochondrial diseases or ageing. Our work contributes to the clarification of the role and behaviour of mitochondrial DNA (mtDNA) in those three circumstances. First, we studied mtDNA inheritance in children born after a particular in vitro fertilisation technique, i. E. Intracytoplasmic injection of spermatozoon (ICSI). Although the risk of transmission of a paternal infertility-linked nuclear defect by this technique is well known, the possible transmission of the patemal mtDNA had never been addressed by means of highly sensitive detection assays. By using different sensitive techniques, we showed that there was no detectable paternally inherited mtDNA in the peripheral blood of the 27 children who were studied. Second, we aimed at determining the contribution of mtDNA tranfer RNA (tRNA) gene defects to the pathogenesis ofmitochondrial disorders. We set up an exhaustive scanning method to screen ah tRNA genes for mutations, and applied it to a large number of selected patients with mitochondrial disorders. We found numerous sequence variations of those genes, some of them already known to be pathogenic or polymorphie, others being questionable from a functional point of view. We performed an evaluation of each questionable sequence variation by all possible means, and were able to assign a precise significance to most of them. In retrospect, we tried to delineate the best indications for the screening ofmtDNA tRNA genes. Third, we wanted to determine the contribution of mtDNA mutations to the ageing process of human muscle, at a single fibre level. We looked for large-scale rearrangements and tRNA gene point mutations in a large number of fibres defective in cytochrome c oxidase (COX- fibres) activity and an equal number of normal fibres (COX+ fibres) from normal biopsy samples taken from ageing subjects. We detected large scale rearrangements in several fibres. Most interestingly, we detected, characterised and quantified tRNA gene point mutations in several COX- fibres, such mutations being absent from COX+ fibres. We showed that clonally expanded point mutations contribute toageing process in muscle, by a segmental alteration of the respiratory chain activity

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IVANOVA, DERIN RAYNA. "Etude du polymorphisme genetique du hla-drb1 et de l'adn mitochondrial dans la longevite humaine". Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077225.

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Abstract (sommario):

Nous avons etudie le role du polymorphisme genetique du hla-drb1 et des genes mitochondriaux dans la longevite humaine. Pour cela, nous avons compare les frequences alleliques de ces genes dans la cohorte chronos de sujets longevifs par rapport a une population controle. La cohorte chronos, creee au ceph, est unique au monde car elle comporte plus de 800 centenaires et 200 fratries longevives. Nous avons mis en evidence une augmentation significative des frequences alleliques pour dr7, dr11 et dr13. L'effet dr7 ne s'observe que chez les hommes, et celui de dr11 chez les femmes. Les raisons de ces associations longevite-hla sont probablement liees au role du systeme immunitaire. L'etude de l'adn mt faite sur 54 marqueurs genetiques de type rflp avec les endonucleases hpa i, bamh i, hae ii, msp i, ava ii et hinc ii n'a montre aucune difference significative de morphs et de types mitochondriaux entre 100 centenaires et 100 individus controles. Elle a cependant permis de reveler de nouveaux morphs et types non identifies a ce jour, ainsi qu'une tendance pour le hae ii morph-2 (nucleotide 9052). L'etude plus elargie de ce morph, realisee sur 248 centenaires et 285 controles confirme l'augmentation significative de ce marqueur chez les centenaires par rapport aux temoins. Ce marqueur se situe dans une enzyme de la chaine respiratoire, l'atpase 6. En outre aucune alteration de grande taille (deletion ou duplication) du genome mitochondrial n'a ete identifiee chez 100 centenaires et 100 controles. Ce travail confirme le role cle du hla, pierre angulaire du systeme immunitaire, ainsi que celui du metabolisme oxydatif correspondant aux fonctions de la mitochondrie, dans le phenomene de la longevite.

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Kefi, Rym. "Diversité de l'ADN mitochondrial de quelques populations humaines préhistoriques et actuelles de l'Afrique du Nord". Aix-Marseille 2, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX20652.

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Abstract (sommario):

Nous avons étudié la diversité mitochondriale de la population tunisienne de Maktar que nous avons comparé par des méthodes statistiques et phylogénétiques à celle des populations nord africaines, européennes et du Proche Orient. La population de Maktar a acquit des apports génétiques depuis l'Europe, le Proche Orient et l'Afrique subsaharienne et apparaît proche de la population mauritanienne et des populations égyptiennes. Nous avons étudié également la diversité mitochondriale de la population marocaine de Taforalt (12. 000 ans BP), de quelques spécimens de la population algérienne d'Afalou (15. 000 ans-11. 000 ans BP) et de quelques spécimens de la population égyptienne de Wadi Gabgaba (6. 000 ans BP). La composition génétique de ces populations montre l'absence d'une composante subsaharienne. L'hypothèse d'une origine sub-soudanaise des populations ibéromaurusiennes (Taforalt et Afalou) est rejetée. Nos résultats montrent que l'haplogroupe U6 n'est pas le seul haplogroupe ancestral en Afrique du Nord et que les migrations en provenance de l'Afrique subsaharienne sont postérieures à 12. 000 ans
The anthropological and genetic studies revealed the complexity of the settlement of North Africa. We proposed to study the mitochondrial DNA diversity of a Tunisian population from Maktar. Phylogenetic analysis showed that Maktar has received genetic flows coming from Europe, Near-East and sub-Saharan region. Maktar population appears close to Egyptians and Mauritanians. We also studied the mitochondrial DNA polymorphism in ancient population from archaeological site of Taforalt (Morroco-12. 000 years BP), from archaeological site of Afalou (Algeria, 11. 000 years-15. 000 years) and from archaeological site of Wadi-Gabgaba (Egypt-6000 years BP). The genetic composition of these prehistoric populations showed the absence of sub-Saharan haplogroups suggesting that iberomaurusian individuals (Afalou and Taforalt) were not originated from sub-Sudan region. The gene flow across the Sahara desert in the northern Africa would be after 12. 000 years BP

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Le, Guillou Dounia. "Altérations de l'homéostasie de l'ADN mitochondrial par les médicaments et modulation par la stéatose hépatique". Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B039/document.

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Abstract (sommario):

Il est estimé aujourd’hui que plus de 350 médicaments peuvent induire des lésions hépatiques entraînant différentes manifestations cliniques telles qu’une hépatite cytolytique, une stéatose voire une cirrhose. Bon nombre de médicaments hépatotoxiques induisent un dysfonctionnement mitochondrial. Cependant, les mécanismes induisant de tels effets délétères ne sont pas tous élucidés, en particulier ceux concernant l’ADN mitochondrial (ADNmt) et son homéostasie, qui ne sont pas souvent explorés. De plus, il existe peu d’informations concernant l’hépatotoxicité médicamenteuse dans un contexte de stéatose induite par l’obésité. Ainsi, l’objectif de ce travail a été tout d’abord de mettre au point un modèle de stéatose dans les cellules de la lignée hépatocytaire humaine HepaRG afin d’étudier ensuite, les effets de neuf médicaments hépatotoxiques et vraisemblablement mitochondriotoxiques – l’amiodarone, l’atorvastatine, la carbamazépine, l’imipramine, la lovastatine, la perhexiline, le ritonavir, la terbinafine et la troglitazone – sur l’homéostasie de l’ADNmt dans un contexte ou non de stéatose. En utilisant des concentrations peu ou non cytotoxiques, nous avons trouvé que parmi les neuf médicaments étudiés, le ritonavir et l’imipramine ont induit des effets mitochondriaux suggérant une altération de la traduction mitochondriale. De façon notable, la toxicité du ritonavir était plus importante dans les cellules non-stéatosées. De plus, aucun des neuf médicaments n’a induit de diminution des quantités d’ADNmt. Cependant, les quantités accrues d’ADNmt ont été retrouvées avec six des neuf médicaments, et notamment dans les cellules non-stéatosées. Cela était par ailleurs accompagné d’une modulation de l’expression des différents facteurs impliqués dans la biogenèse mitochondriale (PGC-1α, PGC-1β, AMPK, etc.). Ainsi, ces données laissent supposer qu’une altération de la traduction mitochondriale peut ne pas être une événement rare et que l’augmentation des quantités d’ADNmt et la modulation de la biogenèse mitochondriale pourraient être une réponse adaptative fréquente à des altérations mitochondriales pouvant être amoindrie par la stéatose
It is currently estimated that more than 350 drugs can induce liver injury with different clinical presentations such as hepatic cytolysis, steatosis, even cirrhosis. Many hepatotoxic drugs can induce mitochondrial damage and dysfunction. However, not all mechanisms that lead to such deleterious effects are clarified, especially those concerning mitochondrial DNA (mtDNA) and its homeostasis, which are not often investigated. Moreover, there is little information regarding the impact of non alcoholic fatty liver disease (NAFLD) on drug-induced liver injury. Thus, the aim of this work was, first of all, to develop a model of NAFLD in the hepatic cell line HepaRG in order to study further effects of nine hepatotoxic and presumably mitochondriotoxic drugs – amiodarone, atorvastatin, carbamazepine, imipramine, lovastatin, perhexiline, ritonavir, terbinafine and troglitazone –, on mtDNA homeostasis in the context of NAFLD or not. By using drug concentrations that did not induce major cytotoxicity, we found that, among the nine drugs, studied, ritonavir and imipramine induced mitochondrial effects suggesting alteration of mtDNA translation. Notably, ritonavir toxicity was stronger in non-steatotic cells. Furthermore, none of the nine drugs decreased mtDNA levels. However, increased mtDNA was observed with six drugs, especially in non-steatotic cells. This result was also accompanied by a modulation of the expression of various factors involved in mitochondrial biogenesis (e.g. PGC-1α, PGC-1β, AMPK).Therefore, this data suggests that drug-induced impairment of mtDNA translation may not be a rare event and increased mtDNA levels and modulation of mitochondrial biogenesis could be a frequent adaptive response to mitochondrial impairments, which could be dampened by steatosis

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Raffour-Millet, Armêl. "Identification du mécanisme impliqué dans la formation de délétions de l'ADN mitochondrial : cas de la "Common Deletion"". Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2017. http://www.theses.fr/2017MNHN0017/document.

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Abstract (sommario):

La mitochondrie est une organelle essentielle possédant son propre ADN circulaire. Cet ADN peut présenter des mutations et/ou des délétions, consécutives à l’exposition à différents types de dommages ou en raison de protéines mutées. Ces mutations ou délétions sont impliquées dans de nombreuses pathologies, dont les cancers, et le vieillissement. Leur apparition peut survenir notamment lors de la réplication ou de la réparation. A ce jour, la réplication et la réparation mitochondriales ne sont pas encore bien élucidées. L’objectif de ce projet est donc de mieux en appréhender les mécanismes et de mieux comprendre l’émergence d’anomalies en nous intéressant plus particulièrement à une délétion appelée « Common Deletion ». Ce travail reposait sur l’hypothèse que cette délétion put résulter d’une mauvaise réparation de cassure(s) double-brin et/ou d’une erreur durant la réplication de l’ADN mitochondrial. L’analyse de ces résultats révèle que la formation de la « Common Deletion » ne nécessite qu’une seule cassure double-brin proche des séquences répétées entourant cette dernière et implique les protéines de la réplication de l’ADN mitochondrial. Ainsi, ce travail permet de mieux saisir les mécanismes de réplication et de réparation assurant la stabilité de l’ADN mitochondrial. Un second projet a été de proposer un modèle d’étude in vitro des topoisomérases en utilisant des minicercles d’ADN permettant la visualisation du complexe covalent, étape clef de la réaction de relaxation de ces enzymes
Mitochondria is an essential organelle with its own circular DNA. This DNA may exhibit mutations and/or deletions, as a result of exposure to different types of damage or due to mutated proteins. These mutations or deletions are involved in many pathologies, including cancers, and aging. They may occur during replication or repair. For now, mitochondrial replication and repair have not yet been fully elucidated. The objective of this project is therefore to better understand the mechanisms and the emergence of anomalies by focusing on a deletion called "Common Deletion". This work was based on the assumption that this deletion could result from poor repair of double-strand break(s) and/or error during mitochondrial DNA replication. Analysis of these results reveals that the formation of the "Common Deletion" requires only a single double-strand break close to the repeated sequences surrounding the latter and involves the proteins of mitochondrial DNA replication. Thus, this work makes it possible to better understand the mechanisms of replication and repair ensuring the stability of mitochondrial DNA. A second project was to propose an in vitro model for topoisomerases using DNA minicircles allowing visualization of the covalent complex, a key step in the relaxation reaction of these enzymes

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D'HONT, ANGELIQUE. "Analyse des genomes nucleaire, chloroplastique et mitochondrial de plantes issues de fusion de protoplastes de medicago; etude de la recombinaison de l'adn mitochondrial". Paris 11, 1990. http://www.theses.fr/1990PA112001.

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L'identification des genomes nucleaires, chloroplastiques et mitochondriaux de plantes issues de fusion de protoplastes entre differentes especes de medicago a ete realisee par analyse du polymorphisme des fragments de restriction (rflp). Les trois plantes h1, h2 et h3, issues d'une experience de fusion entre medicago falcata (p1) et medicato sativa (p2) possedent un genome nucleaire hybride constitue de l'addition des deux genomes parentaux; leur genome chloroplastique est identique a celui du parent p1 et leur genome mitochondrial presente des rearrangements par rapport aux genomes parentaux. Dans une deuxieme partie, nous avons etudie ces remaniements de adn mitochondrial (mt). Nous avons donc construit une banque de l'adnmt de p2 et de h3 dans le site sall du cosmide phc79. Par hybridation moleculaire et cartographie, nous avons mis en evidence, une recombinaison intergenomique entre les deux adnmt parentaux. Cette recombinaison a eu lieu au niveau d'une sequence homologue, localisee chez les deux parents en amont d'une copie du gene alpha-atpase. Chacun des genomes mitochondrial parental contient 2 copies de ce gene, l'hybride h3 en contient trois. Des hybridations northern ont montre que la sequence homologue, ayant donne lieu a la recombinaison, est transcrite et vraisemblablement co-transcrite avec le gene alpha-atpase chez p1, p2 et h3. La transcription du gene alpha-atpase ne semble pas modifiee par la recombinaison. Par contre le profil de transcription de la sequence homologue est modifie chez l'hybride h3

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Knockaert, Laetitia. "Le CYP2E1 : impact de sa localisation mitochondriale et rôle dans les altérations précoces de l'ADN mitochondrial". Rennes 1, 2011. http://www.theses.fr/2011REN1B080.

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Abstract (sommario):

Le cytochrome P450 (CYP) 2E1 intervient dans la biotransformation de nombreux composés exogènes dont l’alcool, le paracétamol et le CCl4. Au cours du métabolisme, le CYP2E1 produit des espèces réactives de l’oxygène et des métabolites réactifs pouvant entraîner des dommages cellulaires et mitochondriaux. Il est majoritairement exprimé dans le réticulum endoplasmique mais il a également été purifié dans des mitochondries hépatiques de rat. La présence de CYPs métabolisant les xénobiotiques au sein des mitochondries pose de nombreuses questions sur leur rôle, leur capacité de métabolisation et sur d’éventuels effets délétères. Dans la première partie de mon travail, nous avons étudié in vitro l’impact de la localisation du CYP2E1 sur la toxicité induite par l’alcool et le paracétamol. Les résultats indiquent que la présence de CYP2E1 uniquement dans la mitochondrie est suffisante pour induire une cytotoxicité et un stress oxydant après traitement par ces deux composés. La seconde partie de mon travail réalisée in vivo avait pour but d’étudier le rôle de la peroxydation lipidique induite par le CCl4 dans les altérations précoces de l’ADN mitochondrial. L’utilisation d’un inhibiteur du CYP2E1 et d’antioxydants a permis de démontrer le rôle majeur de cette protéine et de la peroxydation lipidique dans ces phénomènes. Par la suite, il serait intéressant de déterminer le rôle du CYP2E1 mitochondrial en utilisant le modèle développé dans notre première étude. Si l’implication du CYP2E1 mitochondrial dans le développement de pathologies hépatiques se précise, une voie de recherche intéressante serait d’adresser spécifiquement des antioxydants ou des inhibiteurs à la mitochondrie
Cytochrome P450 (CYP) 2E1 is implicated in the metabolism of many exogenous compounds such as ethanol, acetaminophen or CCl4. CYP2E1 is one of the CYP able to produce reactive oxygen species during its catalytic cycle. Furthermore, in some cases, CYP2E1 produces reactive metabolites, which could have deleterious cellular and mitochondrial effects. The main localization of this enzyme is the endoplasmic reticulum but it has also been purified from hepatic liver mitochondria. The presence of CYP2E1 in these organelles raises questions regarding its physiological role, its metabolic capacities but also its possible deleterious effects. In the first part of my thesis, we studied in vitro the role of mitochondrial CYP2E1 localization in the toxicity of ethanol or acetaminophen. Our results indicated that the exclusive localization of CYP2E1 within mitochondria was sufficient to induce cytotoxicity and oxidative stress after ethanol or acetaminophen exposure. The second part of my work was devoted to the in vivo study of the implication of CCl4-dependent lipid peroxidation on early mitochondrial DNA alterations. Utilization of a CYP2E1 inhibitor and antioxydants demonstrated the major role of the protein and lipid peroxidation in the qualitative and quantitative alterations of mitochondrial DNA. Next, it would be interesting to determinate the role of mitochondrial CYP2E1 in these DNA lesions using the cellular model developed in our first work. If further studies confirm the implication of mitochondrial CYP2E1 in the development of hepatic injury, it would be interesting to specifically address antioxidants or inhibitors to mitochondria

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Nabholz, Benoît. "Dynamique évolutive de l'ADN mitochondrial des oiseaux et des mammifères : Mutation, Sélection et Taille des populations". Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20115.

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Abstract (sommario):

L'origine et l'évolution du génome mitochondrial sont fascinantes par de nombreux aspects. Aujourd'hui, ce génome représente moins de 1% de l'ensemble de l'ADN de la majorité des animaux mais il héberge quelques uns des gènes les plus essentiels aux fonctions métaboliques. L'hypermutabilité mitochondriale est, chez les animaux, l'une de ses caractéristiques les plus singulières. L'étude du déterminisme du taux de mutation mitochondrial est le premier objectif de cette thèse. Par une approche phylogénétique précise, nous avons obtenu le taux de mutation de plus d'un millier d'esp`eces d'oiseaux et de mammifères. Nous avons révélé une gamme de variation très importante entre espèces, cette variation allant jusqu'à couvrir deux ordres de grandeur chez les mammifères. Grâce à une étude intra-classe et par la comparaison entre les oiseaux et les mammifères, nous avons montré que cette variation pouvait ˆetre en lien avec la longévité des organismes à travers une sélection pour une réduction du taux de mutation mitochondrial chez les espèces longévives. La deuxième partie de cette thèse concerne l'action de la sélection naturelle et de la dérive génétique sur l'évolution de l'ADN mitochondrial (ADNmt). Prenant comme point de départ les récentes preuves de sélection positive dans l'évolution de l'ADNmt (notamment chez les invertébrés), nous détectons, a contrario, essentiellement les traces de la sélection purificatrice chez les oiseaux et les mammifères. De manière plus surprenante, nous avons montré que la taille des populations n'est apparemment pas liée au niveau de polymorphisme mitochondrial des espèces, mais influencé, en revanche, l'efficacité de la sélection, mesurée au travers de la quantité de mutations faiblement délétères qui se fixent au cours de la divergence. Nous proposons qu'une forte stochasticité temporelle de la taille des populations pourrait expliquer ce résultat. L'ensemble de ces résultats participent à la compréhension de l'évolution d'un génome singulier, et a également des implications sur les utilisateurs, particulièrement nombreux, de l'ADN mitochondrial en temps que marqueur moléculaire
The origin and evolution of mitochondrial genome is fascinating. Currently, it makes up less than 1% of the whole organism genome, but contains some of the most important genes. A particularly intriguing feature of the animal mitochondrial genome is its hypermutability. The first goal of this work is to progress in our understanding of the determinism of mitochondrial DNA (mtDNA) substitution rate variations by distinguishing between two classical hypotheses of evolutionary biology –the generation time hypothesis and the metabolic rate hypothesis– and an other hypothesis that comes from biomedecine, namely the longevity hypothesis. Using a phylogenetic approach, we obtained lineage-specific mitochondrial mutation rates across more than one thousand bird and mammalian species. This analysis reveals an unexpectedly high level of mitochondrial mutation rate variation between lineages. The bird/mammal comparison and a within-class analysis suggest that this variation could be linked to species longevity through a (direct or indirect) selective pressure reducing the mitochondrial mutation rate in long-lived species. In the second part of this work, we address the impact of natural selection and genetic drift on mtDNA. Recent evidence of positive selection acting on mtDNA (mostly in invertebrates) was used as a starting point. We showed that, contrary to invertebrates species, bird and mammal mtDNA evolution is mainly under purifying selection. Surprisingly, even in the absence of positive selection, population size variations have no effect on mtDNA genetic diversity, but influence the rate of non-synonymous substitutions. This result could be explained by strong stochasticity of population sizes. All these results contribute to increase our understanding of an unusually evolving genome, and also have implications for the numerous users of mtDNA as a tool to reconstruct population and species history

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Borgo, Raphaëlle. "Contribution a l'etude de l'adn mitochondrial de mollusques gasteropodes pulmones terrestres polymorphisme de restriction et sequencage". Besançon, 1997. http://www.theses.fr/1997BESA2031.

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Abstract (sommario):

Nos travaux concernent l'etude de l'adn mitochondrial (= adnmt) de mollusques gasteropodes pulmones terrestres du genre helix. Apres avoir mis au point des techniques performantes d'extraction de l'adnmt chez les escargots (genre helix), nous avons realise des experiences de digestion enzymatique des adn mitochondriaux obtenus. Cela nous a permis de reveler un polymorphisme inter et intraspecifique important pour les especes helix aspersa maxima (animaux d'elevage), helix pomatia (animaux sauvages) et helix lucorum (animaux sauvages). Afin de pouvoir detecter d'eventuelles fraudes dans les conserves ou les plats prepares d'escargots, nous avons concu une methode fiable et moderne basee d'une part sur l'amplification d'une portion des genes mitochondriaux ribosomaux 12s et 16s par pcr et d'autre part sur le polymorphisme de restriction des produits obtenus en pcr. Ainsi, en employant deux enzymes de restriction, il est possible de distinguer achatina fulica d'helix pomatia et helix lucorum d'helix pomatia, ces especes etant celles qui occasionnent le plus de fraudes. Nous avons egalement realise des essais d'hybridation entre les deux sous-especes helix aspersa aspersa (petit gris) et helix aspersa maxima (gros gris). Nous avons suivi la croissance des hybrides obtenus : nos resultats revelent que les hybrides presentent tous un taux de croissance inferieur a celui de leur geniteur, qu'ils montrent souvent une heterogeneite de taille qui s'accentue au moment de la maturation sexuelle et qu'ils sont fertiles. Notre etude des portions de genes 12s et 16s des 2 sous-especes et de leurs hybrides respectifs semble confirmer la theorie de l'heredite maternelle de l'adnmt et elle nous a permis, grace a la technique de pcr-rflp, de distinguer helix aspersa aspersa d'helix aspersa maxima ainsi que leurs hybrides respectifs entre eux. L'analyse des sequences d'une partie des genes mitochondriaux ribosomaux 12s et 16s nous a conduit a elaborer des arbres phylogenetiques qui sont globalement en accord avec ceux obtenus par comparaison des caracteres morphologiques ou physiologiques. Ainsi helix lucorum apparait tres proche d'helix pomatia et on observe que les populations d'afrique du nord d'helix aspersa presentent des taux de divergence eleves avec celles de france.

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Fernet, Caroline. "Altérations de l'ADN mitochondrial chez la levure "petite négative" Debaryomyces (Schwanniomyces) occidentalis : implications fondamentales et appliquées". Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066117.

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Maarouf, Dafali Lalla Fatima. "Influence de la substitution de l'ADN mitochondrial sur la latéralité comportementale et sur la taille du corps calleux : étude de deux lignées de souris de laboratoire NZB et CBA/H et de leurs congéniques pour l'ADN mitochondrial". Paris 5, 1997. http://www.theses.fr/1997PA05S006.

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Abstract (sommario):

L'implication de l'information cytoplasmique dans des aspects comportementaux ou structurels de la latéralité a déjà été montrée. Le corps calleux serait impliqué dans la spécialisation cérébrale et la latéralité comportementale. L'influence de l'environnement maternel cytoplasmique sur cette structure à également été montre par plusieurs études. Cependant, l'impact génétique de cette influence cytoplasmique n'a jamais été évoqué. Dans le présent travail, nous avons étudié l'effet génétique cytoplasmique de l'adn mitochondrial (ADNMT) sur certaines formes de la latéralité comportementale ainsi que sur la taille du corps calleux. Deux lignées de souris de laboratoire nzb (n) et cba/h (h) et leurs congeniques respectives pour L'ADNMT (n#a#d#n#m#t#. #h et h#a#d#n#m#t#. #n) ont été utilisées. Les mesures de latéralité ont été effectuées dans quatre situations permettant toutes de mettre en évidence une asymétrie comportementale. La taille du corps calleux ainsi que la taille et le poids du cerveau ont été mesures. Les résultats des tests comportementaux montrent une influence de la substitution de L'ADNMT pour certains traits asymétriques comme la direction de latéralité des pattes arrière et la direction et le degré de l'orientation du corps. Ainsi, la substitution de L'ADNMT influence la direction de latéralité et serait probablement impliquée dans le degré de latéralité. Notre travail apporte une preuve supplémentaire de l'implication de l'information génétique dans la direction de latéralité mais elle est ici d'origine cytoplasmique. Comme chez l'humain, la corrélation entre le degré et la direction de chaque situation montre que les individus droitiers sont davantage latéralisés. Sur le plan cérébral, la présence de L'ADNMT d'origine n augmente la taille du cerveau ainsi que son poids alors que la présence de L'ADNMT d'origine h les diminue. La substitution de L'ADNMT ne semble avoir aucun effet sur la taille du corps calleux.

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Perrin, Aurore. "Analyse de l'équipement chromosomique et de la fragmentation de l'ADN dans les spermatozoïdes d'hommes infertiles". Phd thesis, Université de Bretagne occidentale - Brest, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00819172.

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Parmi les 10 à 15% de couples confrontés à des problèmes d'infertilité, l'étiologie est masculine dans la moitié des cas. La présence d'une anomalie chromosomique constitutionnelle, ou d'une anomalie génique (microdélétions du chromosome Y, mutations dans Aurora Kinase c -AURKc-) ou encore un ADN spermatique fragmenté peuvent être une des causes d'infertilité masculine. Ce travail a consisté à étudier, par FISH (Fluorescent in situ Hybridization), l'équipement chromosomique des gamètes d'hommes infertiles que le caryotype lymphocytaire soit normal ou non et le taux de fragmentation de l'ADN spermatique chez ces patients, par la méthode TUNEL (Terminal Uridine Nick-end Labeling). Par ailleurs, nous avons mis en place des techniques permettant de rechercher laprésence de microdélétions sur le chromosome Y et de mutations sur AURKc. Chez des patients présentant une tératozoospermie, le taux de gamètes chromosomiquement déséquilibrés s'échelonne de 0,47% à 100%. De plus, leur taux de fragmentation est 12 fois supérieur à celui des témoins (14,6% versus 1,2%). Chez les patients porteurs d'une anomalie de structure constitutionnelle, l'analyse de la ségrégation méiotique révèle des taux de gamètes chromosomiquement déséquilibrés de 0% à 65,60% selon l'anomalie de structure (translocation réciproque équilibrée, translocation robertsonienne ou inversion péricentrique). Leur taux de fragmentation de l'ADN spermatique est compris entre 1% et 27%. Les gamètes chromosomiquement déséquilibrés ont un ADN plus fragmenté que les normaux/équilibrés. L'étude de la ségrégation méiotique et de la fragmentation sont complémentaires dans l'exploration de l'infertilité masculine.

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Maguin, Emmanuelle. "Étude des inhibitions de division associées à l'arrêt de réplication de l'ADN et de la ségrégation des nucléoïdes chez Escherichia coli". Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112292.

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La faible production de cellules anucléées à chaque génération dans une culture d'Escherichia coli reflète l'existence d'une coordination entre les trois événements suivants du cycle cellulaire: la réplication de l'ADN, sa répartition entre les cellules filles et la division cellulaire. L'arrêt de réplication conduit à une inhibition des divisions qui résulte de l'action des mécanismes SfiA et SfiC, associés à la réponse SOS, et d'un mécanisme indépendant de SOS. SfiA et SfiC sont exprimés après les mêmes traitements (lésions de l'ADN) et bloquent les divisions en agissant sur la même cible. Nous avons montré que l'action de SfiA, peu létale, est réversible, contrairement à celle de SfiC, létale et irréversible. SfiC n'est pas présent dans toutes les souches d'E. Coli et n'est pas soumis à la régulation du répresseur des fonctions SOS, LexA. Nous établissons que sfiC fait partie d'un élément excisable e14, similaire à un prophage défectif, ce qui explique les caractéristiques précédentes. En utilisant des souches sfiA sfiC, nous avons recherché des mutants du mécanisme indépendant de SOS soit par carences successives en thymine soit par l'intermédiaire d'un mécanisme plasmidique (Ccd) subordonnant la division des bactéries hôtes à la réplication du plasmide. Un rôle de la ségrégation du chromosome dans la division est suggéré par l'observation du mutant thermosensible parA qui, incapable de répartir ses chromosomes, forme des filaments et des cellules anucléées en conditions non permissives. Des données biochimiques suggèrent qu'une protéine membranaire de 12kDa reconnaissant spécifiquement l'origine de réplication, est anormale dans ce mutant. Nous avons repris la caractérisation phénotypique de parA et cloné le gène pour déterminer si le poids moléculaire de son produit est de 12kDa.

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Landmann, Cedric. "Rôles et régulations de Polo et BubR1 sur les cassures double-‐brin de l'ADN en mitose". Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0852/document.

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Abstract (sommario):

La présence de cassures double-brin de l'ADN en mitose est problématique pour les cellules, car cette situation produit des fragments de chromosome ne possédant pas de centromères. En l'absence d'un mécanisme permettant leur prise en charge, ces fragments acentriques n'étant pas attachés au fuseau mitotique, pourraient être ségrégés aléatoirement dans les cellules filles, causant de l'instabilité génomique. Nous avons découvert un mécanisme permettant la transmission correcte des fragments acentriques dans les cellules filles via une structure faisant le lien entre les deux fragments cassés. Plusieurs protéines sont recrutées sur les cassures, comme les kinases mitotiques BubR1 et Polo, et favorisent la ségrégation correcte de ces chromosomes cassés. Cependant, les mécanismes permettant le recrutement de BubR1 et Polo sur les cassures d'ADN en mitose sont inconnus. De plus, les mécanismes moléculaires par lesquels BubR1 et Polo favorisent la ségrégation correcte des fragments acentriques restent à être identifiés. La première partie de mon projet a été d'étudier le rôle et la régulation de BubR1 sur les cassures d'ADN pendant la mitose. Nous avons montré que BubR1 requiert Bub3 pour se localiser sur les chromosomes cassés afin de favoriser leur ségrégation correcte. Nous avons également détecté l'accumulation de FizzyCDC20, un cofacteur de l'E3 ubiquitine ligase APC/C (Anaphase-Promoting- Complex/Cyclosome), sur les cassures d'ADN, et son recrutement dépend de son interaction avec la KEN Box de BubR1. De plus, l'utilisation d'un substrat synthétique de l'APC/C nous a permis de démontrer que la dégradation par l'APC/C est inhibée localement autour du chromosome cassé, de manière dépendante de BubR1. Ces résultats suggèrent fortement que le complexe BubR1/Bub3 recrut é sur les cassures d'ADN inhibe localement l'APC/C en séquestrant FizzyCDC20 et empêche ainsi la dégradation de substrats clefs impliqués dans la ségrégation correcte des chromosomes cassés. La seconde partie de mon projet a été d'étudier les relations d'interdépendance entre Polo et BubR1/Bub3/Fizzy sur les cassures d'ADN en mitose. Nous avons utilisé un laser UV pulsé pour induire des cassures dans un chromosome à un instant précis pendant la mitose, puis nous avons suivi le recrutement de protéines tagguées GFP sur les cassures de chromosome. Cette étude révèle que Polo est rapidement recrutée sur les cassures d'ADN et précède BubR1, Bub3 et Fizzy. De plus, la disparition de BubR1, Bub3 et Fizzy des cassures d'ADN coïncide avec la télophase alors que Polo disparait des cassures pendant l'interphase. Nous avons également montré que le recrutement de BubR1, Bub3 et Fizzy sur les cassures d'ADN est retardé dans les mutants polo, indiquant que Polo est requis pour un recrutement efficace de BubR1, Bub3 et Fizzy sur les cassures d'ADN. Pour finir, nous avons montré que l'accumulation de Polo et BubR1/Bub3/Fizzy sur les cassures d'ADN dépend de deux composants de la réponse aux dommages à l'ADN, le complexe MRN (Mre11-Rad50-Nbs1) et ATM (ataxia-telangiectasia mutated). Ce travail a permis d'avoir une meilleure compréhension sur la dynamique de recrutement de Polo et BubR1/Bub3/Fizzy sur les cassures d'ADN en mitose. De plus, le mécanisme moléculaire par lequel le complexe BubR1/Bub3 agit pour faciliter la ségrégation des chromosomes cassés a pu être en partie élucidé
The presence of DNA double strand breaks (DSB) during mitosis is challenging for the cell, as it produces fragments of chromosome lacking a centromere. If not processed, this situation can cause genomic instability resulting in improper segregation of the broken fragments into daughter cells. We uncovered a mechanism by which broken chromosomes are faithfully transmitted to daughter cells via the tethering of the two broken chromosome ends. Several proteins including the mitotic kinase BubR1 and Polo are recruited to the breaks and mediate the proper segregation of the broken fragments. However, the mechanism underlying Polo and BubR1 recruitment to DNA breaks is unknown. Moreover, the molecular mechanisms by which Polo and BubR1 mediate the proper segregation of the broken fragments remain to be elucidated. We first investigated the role and regulation of BubR1 on DNA breaks during mitosis. We show that BubR1 requires Bub3 to localize on the broken chromosome fragment and to mediate its proper segregation. We also find that FizzyCdc20, a co--‐factor of the E3 ubiquitin ligase Anaphase--‐Promoting--‐Complex/Cyclosome (APC/C), accumulates on DNA breaks in a BubR1 KEN box--‐dependent manner. A biosensor for APC/C activity demonstrates a BubR1--‐dependent local inhibition of APC/C around the segregating broken chromosome. These results are consistent with a model where Bub3/BubR1 complex on DNA breaks functions to inhibit the APC/C locally via the sequestration of FizzyCdc20, thus preserving key substrates from degradation, which promotes proper transmission of broken chromosomes. In a second study, we investigated the dependency relationship between Polo and BubR1/Bub3/Fizzy on DNA breaks in mitosis. We used a pulsed UV laser to break one chromosome at a define time during mitosis. We immediately follow the recruitment of GFP--‐tagged proteins to laser--‐induced DNA breaks. My study reveals that Polo is promptly recruited to DNA breaks and precedes BubR1, Bub3 and Fizzy. In addition, while BubR1, Bub3 and Fizzy dissociation from the breaks coincide with telophase and the nuclear envelope reformation, Polo remains on the breaks well into interphase. We further show that the appearance of BubR1, Bub3 and Fizzy on DNA breaks is delayed in polo mutant, indicating that Polo is required for the robust and efficient recruitment of BubR1, Bub3 and Fizzy to DNA breaks. Finally, the timely accumulation of Polo, BubR1 and Bub3 to DNA breaks depends on two components of the DNA Damage Response, the MRN complex (Mre11--‐Rad50--‐Nbs1) and ATM (ataxia--‐telangiectasia mutated). This work gives us a better understanding on how Polo and BubR1, Bub3 and FizzyCdc20 are recruited to DNA breaks in mitosis and how they promote broken chromosomes segregation

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Tesi sul tema "Ségrégation de l'ADN mitochondrial"

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