Tesi sul tema "Résistance aux antibiotiques – Lutte contre"
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Sevaille, Laurent. "Inhibition de métallo-B-lactamases (MBLs) pour lutter contre la résistance bactérienne aux antibiotiques". Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTS136.
Abstract (sommario):
La propagation de bactéries à Gram négatif multirésistantes aux antibiotiques représente un problème de santé publique majeur urgent à résoudre car le risque d’un retour à l’ère pré-antibiotique est réel. Parmi les modes de résistance existant, la production de métallo-B-lactamases (MBLs) responsables de l’inactivation des B-lactamines, la famille d’antibiotiques la plus utilisée, représente un challenge thérapeutique.Les travaux décrits dans ce manuscrit concernent la synthèse, la caractérisation et l’évaluation biologique de composés construits autour d’un cœur 2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazole-3-thione substitués en deux positions. En se basant sur des études de criblage in silico et des études cristallographiques ayant permis d’identifier ce noyau comme un bon candidat dans le développement d’inhibiteurs de MBLs, la synthèse de différentes séries d’analogues a été entreprise afin d’identifier de nouveaux inhibiteurs pouvant potentiellement atteindre les tests cliniques.Dans un premier temps, une série de composés 4-amino-1,2,4-triazole-3-thione substitués en position 5 a été préparée en suivant des voies de synthèse classiques. Différentes séries ont ensuite été développées en introduisant une diversité structurale et fonctionnelle en position 4. Ces composés ont ensuite été testés sur des enzymes représentatives des 3 sous-classes de MBLs et les plus intéressants ont été évalués sur bactéries résistantes recombinantes.Afin de réaliser une évaluation rapide des produits synthétisés au sein du laboratoire, une méthode de criblage à moyen débit en plaque 96 puits sur cinq MBLs représentatives a été mise au point et validée grâce à l’appui de nos collaborateurs spécialistes des MBLsThe spread of multiresistant Gram negative bacteria is a growing threat to public health and the risk of return to the pre-antibiotic era is real. Among existing resistance modes, the production of metallo-B-lactamases (MBLs) responsible of the inactivation of B-lactams, the most used family of antibiotics, represents a therapeutical challenge.This manuscript describes the synthesis, characterization and biological evaluation of compounds built on a 2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazole-3-thione scaffold substituted on two positions. Based on previous in silico screening and crystallographic studies, which identified this structure as a good candidate for MBLs inhibition, several series have been developed to found new inhibitors that could potentially be amenable to clinical development.First, 1,2,4-triazole-3-thione compounds substituted at position 5 have been prepared following classical pathways. Then, several series have been developed where the structural and functional diversity was introduced at position 4. Compounds have been tested on representative MBLs of the three sub-classes and the most interesting ones on recombinant resistant bacteria.To perform a rapid screening of compounds in the laboratory, a method of medium throughput screening inhibition tests on five MBLs performed in 96-wells plate has also been developed and validated during this study with the help of our collaborators specialists of MBLs
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Chevrot, Romain. "Recherche de composés inhibiteurs de la croissance et du quorum sensing de Pseudomonas aeruginosa". La Rochelle, 2007. http://www.theses.fr/2007LAROS215.
Abstract (sommario):
Pseudomonas aeruginosa (Pa) est une bactérie ubiquitaire, pathogène opportuniste de plus en plus résistante aux antibiotiques. Nous avons recherché des nouvelles molécules issues de synthèses chimiques ou naturelles d’origine bactérienne, inhibant la croissance ou le quorum sensing (QS) de Pa. Les molécules de synthèse testées n’ont pas eu d’activités anti-Pa mais ont permis le développement de techniques utilisées pour l’étude des activités inhibitrices d’origine bactérienne. Les bactéries anti-Pa ont été recherchées dans des niches colonisées par Pa : intestins de volaille, sanitaires et poumons de malades atteints de mucoviscidose. L’étude d’une bactérie anaérobie intestinale à activité anti-Pa déjà isolée a été approfondie. Elle appartient à une nouvelle espèce et a été nommée Megamonas rupella. Son activité est due principalement à la production de propionate et d’acétate avec la possible contribution d’un composé peptidique. Deux germes apparentés aux Paenibacillus alvei, inhibant la croissance de Pa et d’autres pathogènes, ont été isolés des niches « sanitaires » et pulmonaire. C’est la première fois qu’une telle activité est décrite chez cette espèce et qu’une souche anti-Pa autre qu’un Pa producteur de pyocines est isolée de la niche pulmonaire. Les P. Alvei présentent des spectres d’activités antimicrobiennes distincts. Un des P. Alvei produit en milieu minimum de la polymyxine B1 et d’autres peptides antimicrobiens. L’autre souche produirait principalement un composé proche des fusaricidines. Les souches isolées lors de ce travail pourront être utilisées en lutte biologique ou pour la production industrielle de nouveaux composés anti-PaPseudomonas aeruginosa (Pa) is an ubiquitary, opportunist and pathogenic bacteria, which is more and more resistant to antibiotics. We have researched new molecules from chemical syntheses or bacterial origin, inhibiting the growth or the quorum sensing (QS) of Pa. The synthesized molecules tested have not presented any anti-Pa activity but have allowed the development of protocols used to study the inhibitory activities from bacterial origin. The anti-Pa bacteria have been researched in niches colonized by Pa : poultry intestines, “sanitary” and sputum from cystic fibrosis patients. The study of an anaerobic strain already isolated from duck intestine and presenting an anti-Pa activity has been performed. It belongs to a new species and has been named Megamonas rupella. Its activity is mainly due to the production of propionate and acetate with the possible contribution of a peptidic compound. Two strains related to Paenibacillus alvei inhibiting the growth of Pa and other pathogenic bacteria have been isolated from “sanitary” and pulmonary niches. It is the first time that such an activity is described for this species and that an anti-Pa strain other than a pyocinogenic Pa is isolated from the pulmonary niche. The P. Alvei strains present distinct antimicrobial spectra. In minimum media, one of the P. Alvei produces polymyxin B1 and other antimicrobial peptides. The other strain could produce mainly a fusaricidin like compound. The strains isolated during this work could be used for biocontrol or industrial production of new anti-Pa compounds
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Compagne, Nina. "Développement d'inhibiteurs des pompes d'efflux des bactéries Gram négatives pour lutter contre la résistance aux antibiotiques". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILS032.
Abstract (sommario):
La découverte de molécules antibiotiques au XXe siècle a permis de traiter plusieurs maladies infectieuses bactériennes, auparavant mortelles. Cependant, cette avancée thérapeutique s'est suivie d'une utilisation massive, répétée et inadéquate des antibiotiques, conduisant à la montée de l'antibiorésistance. Ce phénomène est alarmant puisqu'on estime à 4,95 millions le nombre de décès associés à la résistance aux antibiotiques en 2019. L'un des mécanismes de résistance mis en place par les Enterobacterales et les bactéries à Gram négatif en général est la (sur)expression des pompes d'efflux. Ces pompes sont capables de prendre en charge plusieurs classes d'antibiotiques différentes, diminuant ainsi leur concentration intrabactérienne et les rendant inefficaces. Une des stratégies envisagées pour contourner ce phénomène de résistance est le développement d'inhibiteurs de pompes d'efflux qui, en combinaison avec un antibiotique, pourront offrir une nouvelle alternative thérapeutique pour traiter les infections bactériennes résistantes.AcrAB-TolC est une pompe d'efflux de la superfamille RND exprimée chez les Enterobacterales telles qu'Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Afin d'identifier des inhibiteurs de cette pompe, une chimiothèque de 1280 fragments a été criblée sur E. coli en combinaison avec un antibiotique modèle substrat de cette pompe, permettant la sélection d'un composé hit appartenant à la famille des pyridylpipérazines. Ce hit n'a pas d'activité antibactérienne intrinsèque, mais il est capable de potentialiser l'activité d'un panel d'antibiotiques par inhibition directe de la protéine AcrB. Des premières études de relations structure-activité ont permis d'identifier deux séries chimiques, la série quinoléine/quinoxaline et la série pyridine. Des modifications structurales autour de ces trois noyaux ont été réalisées grâce à un design rationnel basé sur les structures co-cristallographiques obtenues avec AcrB. 80 composés ont ainsi été synthétisés afin d'identifier des analogues plus puissants et d'établir de nouvelles relations structure-activité. L'introduction de différents substituants possédant une fonction amine a notamment permis de créer de nouvelles interactions avec des résidus acides de la poche d'AcrB. Les paramètres physicochimiques et pharmacocinétiques in vitro des composés les plus prometteurs ont ensuite été mesurés, ce qui a permis la sélection d'un composé pour une étude de pharmacocinétique chez la souris. Afin de sonder plus largement la diversité chimique des substituants introduits sur les noyaux quinoléine et pyridine, une chimiothèque de 672 triazoles a été synthétisée via une réaction de cycloaddition catalysée au cuivre. Le but était d'augmenter la puissance des composés en créant de nouvelles interactions avec la poche d'AcrB tout en diminuant la cytotoxicité et l'activité antibactérienne intrinsèque des composés. Ceci a permis d'identifier de nouveaux composés ayant des activités prometteuses et qui seront prochainement resynthétisés afin de caractériser leur effet biologique et de mesurer leurs propriétés ADMEThe discovery of antibiotics in the 20th century allowed to treat a number of previously fatal bacterial infectious diseases. However, this therapeutic progress was followed by a massive, repeated and inappropriate use of antibiotics, leading to the rise of antimicrobial resistance. This phenomenon is alarming, with an estimated 4.95 million deaths associated with antibiotic resistance in 2019. One of the resistance mechanisms developed by Enterobacterales and overall Gram-negative bacteria is the (over)expression of efflux pumps. These bacterial pumps are able to extrude several classes of antibiotics, thereby reducing their intrabacterial concentration and rendering them ineffective. One strategy being considered to circumvent this phenomenon is the development of efflux pump inhibitors which, in combination with an antibiotic, could offer a new therapeutic alternative to treat resistant bacterial infections.AcrAB-TolC is an efflux pump of the RND superfamily found in Enterobacterales such as Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. In order to identify inhibitors of this pump, a chemical library of 1280 fragments was screened on E. coli in combination with a model antibiotic substrate of this pump, leading to the selection of a hit compound belonging to the pyridylpiperazine family. This hit has no intrinsic antibacterial activity, but is able to potentiate the activity of a range of antibiotics by direct inhibition of the AcrB protein. Initial studies of structure-activity relationships have allowed the identification of two chemical series, the quinoline/quinoxaline series and the pyridine series. Structural modifications around these three cores were carried out using a rational design based on the co-crystallographic structures obtained with AcrB. 80 compounds were therefore synthesised in order to identify more potent analogues and establish new structure-activity relationships. In particular, the introduction of different substituents with an amine function allowed to create new interactions with acidic residues in the AcrB binding pocket. The physicochemical and in vitro pharmacokinetic parameters of the most promising compounds were then measured, leading to the selection of one compound for a pharmacokinetic study in mice. In order to enrich the chemical diversity of substituents introduced on the quinoline and pyridine rings, a chemical library of 672 triazoles was synthesised via a copper-catalysed cycloaddition reaction. The aim was to increase the potency of the compounds by creating new interactions with AcrB while reducing the cytotoxicity and intrinsic antibacterial activity of the compounds. This led to the identification of new compounds with promising activities, which will soon be resynthesised in order to characterise their biological effect and measure their ADME properties
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Lôme, Vincent. "Des agents chimiosensibilisants pour lutter contre la résistance aux antibiotiques chez les bactéries Gram-négatif : criblage et caractérisation". Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0063.
Abstract (sommario):
Les bactéries Gram-négatif possèdent une structure d'enveloppe, ainsi que des pompes d'efflux (i.e., systèmes de transport actif permettant de détoxifier la cellule bactérienne) qui les rendent naturellement résistantes aux antibiotiques. Ces deux caractéristiques constituent de véritables barrières qui s'opposent à l'accumulation d'une grande variété d'antibiotiques près de leur cible, à l'intérieur de la bactérie. La perturbation des mécanismes s’opposant à l’accumulation d’antibiotiques par des agents chimiosensibilisants représente une stratégie prometteuse.L’objectif de cette thèse était de mieux comprendre les mécanismes d'inhibition de la résistance qui s’oppose à l’accumulation d’antibiotiques chez les bactéries Gram- négatif.Dans un premier temps l'activité de divers agents chimiosensibilisants synthétiques a été caractérisée. Trois dérivés ont été identifiés pour augmenter significativement l'activité synergique avec les antibiotiques, préalablement observée avec le géraniol. Ces dérivés ont montré une activité inhibitrice des pompes d'efflux ou perméabilisatrice de la membrane externe, pouvant être à l'origine des synergies observées.Dans un second temps, une méthode de criblage a été mise au point, en permettant la détection spécifique des agents chimiosensibilisants tout en décrivant leur mécanisme d'action.Ces travaux de thèse ont participé à proposer une solution thérapeutique brevetée au stade pré-clinique. Ils ont en outre permis de mettre en place des outils originaux pour identifier de nouveaux chimiosensibilisants, mais aussi pour mieux comprendre comment perturber les barrières s'opposant à l'accumulation d'antibiotiquesGram-negative bacteria are naturally resistant to many classes of antibiotics thanks to their ability to control the accumulation of drugs. Decreasing membrane barrier permeability and producing efflux pumps that expel drugs outside bacteria, represent the prevalent mechanisms of this resistance. One of the most promising solutions consists in restoring antibiotic activity by targeting such barriers to accumulation, with chemosensitizers.The purpose of my PhD was to better understand the inhibition of resistance that opposes the accumulation of antibiotics in Gram-negative bacteria.In the first stage of the study, the activity of various synthetic chemosensitizers has been characterized. Three compounds were identified to significantly increase the synergistic activity with antibiotics, that was previously observed with geraniol. These derivatives showed an efflux pump inhibition or an outer membrane permeabilization effect, that could be related to the observed synergy.In the second stage of the study, a screening method has been developed for the specific detection of chemosensitizers, while describing their mechanism of action.This work participated in proposing a patented therapeutic solution in the preclinical stage. This study has led to new tools to identify novel chemosensitizers, but also to better understand how to impair the barriers opposing the accumulation of antibiotics
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Bailleul, Geoffrey. "Les défensines aviaires : nouveau moyen de lutte contre les entérobactéries pathogènes". Thesis, Tours, 2016. http://www.theses.fr/2016TOUR3813.
Abstract (sommario):
L’utilisation intensive des antibiotiques a conduit à l’émergence inquiétante de souches bactériennes multi-résistantes, notamment chez les salmonelles et les colibacilles responsables de maladies infectieuses préoccupantes en santé publique et vétérinaire. Les peptides de défense de l’hôte (HDP) constituent les effecteurs antimicrobiens essentiels de l’immunité innée des animaux. La principale famille d’HDPs chez les oiseaux sont les défensines aviaires, dont deux membres (AvBD2 et AvBD7) isolés de la moelle osseuse du poulet présentent un large spectre antibactérien et constituent ainsi des molécules candidates alternatives aux antibiotiques. Pour démontrer l’intérêt thérapeutique de l’AvBD2 et de l’AvBD7, nous avons (1) prouvé leur efficacité antibactérienne in vitro contre des souches cliniques multirésistantes, (2) montré leur stabilité structurale et fonctionnelle face aux protéases digestives majeures, (3) mis en évidence un nouvel effet antimicrobien dans les macrophages infectés, et finalement (4) prouvé le concept thérapeutique en réduisant la mortalité et la charge bactérienne après injection d’AvBD7 dans un modèle de salmonellose systémique létale chez la sourisLarge-scale use of antibiotics has leaded to the emergence of multi drug resistant bacterial strains, particularly in the genus Salmonella and Escherichia coli responsible for infectious diseases outbreaks. This constitutes a major veterinary and public health concern. Host defense peptides (HDPs) represent major effector molecules of the animal’s innate immune system. In birds, the main family of HDPs is composed of avian defensins whose two members (AvBD2 and AvBD7) isolated from chicken bone marrow exhibit large spectrum antibacterial activity. Thus, they both constitute potential candidate molecules as alternative to antibiotics. To demonstrate the therapeutic interest of AvBD2 and AvBD7, we have (1) proved their antibacterial efficiency in vitro towards clinical and multi drug resistant bacterial strains, (2) shown their functional and structural stability when facing major digestive proteases, (3) identified a novel antibacterial effect in infected macrophages, and finally (4) proved the therapeutic concept by reducing mortality and bacterial load after AvBD7 injection in a murine model of lethal salmonellosis
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Majdi, Chaimae. "Lutte contre l'antibiorésistance : synthèse de dérivés de tryptamine et de juglone. Evaluation de leurs activités antibactériennes et d’adjuvants d’antibiotiques. Etudes de leur biodégradabilité". Electronic Thesis or Diss., Nîmes, 2024. http://www.theses.fr/2024NIME0003.
Abstract (sommario):
La résistance aux antibiotiques constitue aujourd'hui l'une des plus graves menaces pesant sur la santé mondiale. L’organisation mondiale de la santé (OMS) a fait de la résistance bactérienne une de ses priorités au point qu’elle la qualifie aujourd'hui de « pandémie silencieuse ». Un plan mondial de lutte contre la résistance aux antibiotiques a été annoncé par l’OMS en 2015 avertissant que si aucune action n’est mise en place, en 2050 les maladies infectieuses seront la première cause de mortalité dans le monde. Douze familles de bactéries résistantes aux antibiotiques, représentent la plus grande menace pour la santé humaine, ont été classées comme organismes de priorité critique, élevée et moyenne, en fonction de leur résistance à des antimicrobiens donnés. Pour tenter de répondre à cette problématique, quatre études ont été réalisées au cours de ce projet de thèse. La première vise à explorer l’activité antibactérienne et adjuvante de cinq inhibiteurs de régulateurs de réponse bactériens (RR, protéine impliquée dans le mécanisme de résistance bactérien) contre des bactéries classées d’une priorité critique selon l’OMS. Parmi ces cinq composés, deux ont présenté une excellente activité adjuvante en combinaison avec le céfotaxime avec une diminution de la concentration minimale inhibitrice du céfotaxime d’un ratio de 256 000 et un effet synergique remarquable contre la souche d’Escherichia coli clinique résistante au céfotaxime. La deuxième étude repose sur la conception et la synthèse de 64 dérivés de la tryptamine et le naphtol et leur investigation en tant qu’adjuvant d’antibiotique contre des souches bactériennes qui sont également d’une priorité critique. La meilleure activité observée est celle d’un dérivé de tryptamine de la famille des carboxamides, avec un effet adjuvant du céfotaxime (ratio de 267) et synergique contre la souche d’Escherichia coli clinique résistante au céfotaxime. La troisième étude vise à optimiser l’usage clinique de la colistine qui est l’unique traitement de dernier recours pour des infections potentiellement mortelles causées par des entérobactéries. Dans ce contexte, dix-neuf dérivés de tryptamine de la famille des urées ont été synthétisés et évalués en tant qu’agents antibactériens et adjuvants de la colistine contre des souches bactériennes cliniques résistantes à la colistine. Parmi ces différents dérivés, un composé a montré un fort potentiel en tant qu’agent adjuvant en présence de la colistine avec un ratio de 64 contre la souche clinique de Klebsiella pneumoniae résistante à la colistine. Enfin, la quatrième étude repose sur la synthèse régiosélective de seize dérivés d’aminojuglone dans des conditions écologiques en utilisant l’addition de Michael en présence de CeCl3·7H2O et l’évaluation de leur activité biologique contre des souches bactériennes à Gram-positive d’une priorité élevée. Douze composés ont montré un potentiel adjuvant de la cloxacilline avec un ratio variable de 4 à 66 sur une souche clinique de S. aureus résistant à la méticilline (SARM). Parmi ces douze dérivés, un seul composé respecte le concept « adjuvant d’antibiotique », dépourvue d’activité antibactérienne tout en restaurant synergétiquement l’activité de la cloxacilline (ratio de 66) contre le SARM. Les composés synthétisés dans ce travail possédant la meilleure activité adjuvante d’antibiotique sont dépourvus d’activité antibactérienne tout en restaurant synergétiquement l’activité des antibiotiques contre des souches bactériennes résistantes, ce qui est en adéquation avec le concept d’adjuvant d’antibiotiqueGlobal health is threatened by antibiotic resistance at an unprecedented level today. As a result, the World Health Organization (WHO) now identified bacterial resistance as a "silent pandemic". As part of a global plan to combat antibiotic resistance, the WHO warned that infectious diseases will be the leading cause of death worldwide by 2050 unless action is taken now. A total of twelve families of antibiotic-resistant bacteria have been classified as critical, high, and medium priority organisms based on their resistance to antibiotics.This thesis project involved four studies to respond to this urgency. As part of the first one, five inhibitors of bacterial response regulators (RR, a protein involved in the bacterial resistance mechanism) were evaluated for their antibacterial and antibiotic adjuvant activity against bacteria classified as a critical priority by the WHO. It was observed that two of these five compounds demonstrated an excellent cefotaxime adjuvant activity by reducing its minimum inhibitory concentration by 256,000-fold and showing a remarkable synergistic effect against a clinical strain of Escherichia coli resistant to cefotaxime. The second study aims to design and synthesis of 64 tryptamine and naphthol derivatives and investigated them as antibiotic adjuvant agents against bacterial strains, which are also of critical priority. One tryptamine derivative from the carboxamide family showed the best activity, potentiating cefotaxime (267-fold) synergistically against Escherichia coli strain resistant to cefotaxime. The third study aimed to optimize the clinical use of colistin, the only last-resort treatment for life-threatening infections caused by enterobacteria. In this context, nineteen tryptamine derivatives from the urea family were synthesized and investigated as colistin adjuvants against clinical colistin-resistant strains. Among these derivatives, one compound showed particular potential as an adjuvant agent in the presence of colistin, with a 64-fold against the clinical colistin-resistant strain of Klebsiella pneumoniae. Finally, a fourth study involved the regioselective synthesis of sixteen aminojuglone derivatives under eco-friendly conditions using Michael addition in the presence of CeCl3·7H2O, and the evaluation of their biological activity against high-priority Gram-positive bacterial strains. Twelve compounds showed cloxacillin adjuvant effect with 4 to 66-fold on a clinical strain of methicillin-resistant S. aureus (MRSA). Only one of these twelve compounds complied with the "antibiotic adjuvant" concept, devoid from antibacterial activity while synergistically restoring the activity of cloxacillin (66-fold) against MRSA.All synthesized compounds possessing the best biological activity in this research work, are devoid of antibacterial activity while synergistically restoring antibiotic activity against resistant bacterial strains which is in line with the antibiotic adjuvant concept
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Ntsogo, Enguene Véronique Yvette. "Nouvelle approche dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques des bactéries colonisant les poumons des patients atteints de mucoviscidose : reconstitution d'une pompe d'efflux de Pseudomonas aeruginosa". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCB146/document.
Abstract (sommario):
Les pompes d'efflux sont des complexes macromoléculaires qui permettent l'efflux des antibiotiques à travers les deux membranes (interne et externe). Ces pompes, spécifiques des bactéries Gram négatif, constituent l'un des acteurs majeurs du phénomène de résistance aux antibiotiques, en contribuant ainsi à la résistance intrinsèque et acquise de ces bactéries à de nombreuses molécules utilisées en antibiothérapie. Chez P. aeruginosa, ces pompes appartiennent pour la plupart à la famille des transporteurs RND. Ce sont des complexes tripartites constitués d'un transporteur de la membrane interne (RND), d'un adaptateur périplasmique (MFP) et d'un canal de la membrane externe (OMF). Ces composants ont été caractérisés individuellement chez de nombreuses bactéries. Cependant, les mécanismes qui régissent l'assemblage et la dissociation de la pompe, essentiels pour son fonctionnement, demeurent mal compris. Nous nous sommes donc intéressés au cours de ce travail aux pompes à efflux de Pseudomonas aeruginosa. Nous avons notamment procédé à la caractérisation structurale du canal OprN de la pompe MexEF-OprN impliquée dans la résistance aux fluoroquinolones et à la caractérisation biophysique du transporteur RND MexY de la pompe MexXY-OprM, spécifique des aminoglycosides. Nous avons étudié en parallèle le mécanisme d'ouverture du canal OprM seul in vitro (aspects structuraux) et in vivo (aspects fonctionnels) au sein de la pompe assemblée. Nos résultats montrent que les OMFs de P. aeruginosa présentent des similitudes avec les OMFs d'autres bactéries Gram négatif, mais également des différences, notamment pour OprN et OprM au niveau de l'interaction avec leurs partenaires ou encore pour OprM concernant l'ouverture du canal. Nous avons par ailleurs participé à l'étude in vitro de l'assemblage et du transport à travers la pompe MexAB-OprM, reconstituée au sein de protéoliposomes, confirmant l'importance de l'acylation de la MFP dans la formation du complexe et montrant l'importance de la force proto-motrice dans l'assemblage de la pompe mais pas dans sa dissociation. En parallèle de l'étude des pompes à efflux, nous nous sommes intéressés à un autre système de résistance, impliqué dans la dégradation des antibiotiques. Nous avons donc réalisé, en collaboration avec le Pr Patrick Plésiat (laboratoire de Bactériologie de Besançon), la modélisation de mutants de la beta-lactamase AmpC de P. aeruginosa, permettant de lier les effets fonctionnels observés à des hypothèses de modifications conformationnellesMultidrug efflux systems are membrane transport proteins that are used to translocate a wide variety of drugs across the inner and the outer membranes of Gram-negative bacteria, leading to natural and acquired antimicrobial resistances.Most of the multidrug transporters of P. aeruginosa belong to the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily.They function as three-component assemblies made of an inner membrane transporter (RND), a periplasmic membrane fusion protein (MFP) and an outer membrane factor channel (OMF). Along with functional studies, many crystal structures of the individual components of the pump have been solved but the interactions underlying the complex assembly and the opening mechanism of the outer channel remain unclear. In this study, we investigated structural and functional insights of P. aeruginosa efflux pumps. We solved the crystal structure of the MexEF-OprN efflux pump outer membrane channel OprN mainly involved in fluoroquinolones resistance. Our new structure highlights the differences between P. aeruginosa and other Gram-negative bacteria OMFs that could explain their specific interaction with the cognate MFP partners. We also purified and characterized the inner membrane transporter MexY from the MexXY-OprM efflux pump, which is the major determinant of aminoglycosides resistance in P. aeruginosa. Besides, we solved the crystal structure of a mutatedform of the outer membrane channel OprM in order to understand its opening mechanism. We also investigated in vivo effect of the OprM mutants in antibiotics resistance by MIC measurements and tried to correlate with the observed structural modifications leading to the open state. Moreover, we set up a new in vitro test allowing the investigation of the assembly of the MexAB-OprM efflux pump. Our results showed the importance of MexA and its lipid anchor in promoting and stabilizing the complex assembly. In addition, as a side project with the group of Pr Plésiat (laboratoire de Bactériologie de Besançon), we built different structural models of AmpC mutants from overproducing clinical isolates,showing the possible conformational changes that lead to the resistance increase
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Opatowski, Lulla. "Modélisation mathématique de la dynamique de diffusion de bactéries résistantes aux antibiotiques : application au pneumocoque". Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00814070.
Abstract (sommario):
L'objectif de cette thèse est de développer des outils de modélisation mathématique afin d'étudier la dynamique de transmission des souches de pneumocoque dans la communauté. La dynamique d'émergence et de diffusion de bactéries résistantes dans la population est difficile à anticiper : les phénomènes se produisent à différentes échelles (bactérie, hôte et population) et les bactéries circulent dans des environnements humains complexes (nombreux antibiotiques et vaccins). Dans ce cadre, la formalisation mathématique et la simulation peuvent contribuer à mieux comprendre et anticiper les phénomènes en jeu. Trois questions principales sont posées dans ce travail. Elles portent sur : l'effet d'une modification de l'exposition antibiotique sur la distribution des résistances du pneumocoque ; les conséquences de l'usage de vaccins conjugués sur les distributions de souches ; et l'étude de la dynamique d'incidence des méningites à pneumocoque. Pour y répondre, 4 modèles mathématiques compartimentaux spécifiques sont construits. Les résultats des simulations renforcent l'idée que l'exposition antibiotique est un facteur environnemental majeur pour la sélection des pneumocoques résistants aux antibiotiques. En particulier, ils mettent en évidence l'importance du choix des molécules antibiotiques utilisées et des doses prescrites sur la distribution des résistances dans la population. Ils suggèrent de plus que les virus hivernaux, la consommation antibiotique et l'épidémicité différenciée en fonction de la résistance pourraient expliquer en partie la dynamique des méningites à pneumocoque dans la population.
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Madi, Moussa Désiré. "Caractérisation de l’activité contre les bactéries à Gram-négatif, expression hétérologue et étude de la relation structure activité des bactériocines produites par Lacticaseibacillus paracasei CNCM I-5369". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2018-2021), 2021. http://www.theses.fr/2021LILUR060.
Abstract (sommario):
L’usage abusif et excessif des antibiotiques a exacerbé le phénomène d’antibiorésistance, à travers la planète. Aujourd’hui, la lutte contre l’antibiorésistance est devenue une priorité mondiale en matière de santé publique. En effet, chaque année, elle est responsable de plus de 700,000 décès dans le monde et d'ici 2050, elle causera plus de 10 millions de décès par an, si des actions concrètes ne sont pas mises en place afin de freiner le développement de ce phénomène. En plus des pertes humaines, le coût financier des soins afférents à l’antibiorésistance pourra atteindre 100,000 milliards de dollars dans le monde. Pour faire face à cette crise annoncée, plusieurs stratégies innovantes, parmi lesquelles l’usage des peptides antimicrobiens (PAMs), ont été proposées. Dans cette perspective, les bactériocines, qui sont des PAMs synthétisés par voie ribosomique pourraient contribuer à la solution thérapeutique. Récemment, la souche Lacticaseibacillus paracasei CNCM I-5369 s’est particulièrement distinguée pour son activité contre des germes pathogènes à Gram-négatif. Cette activité est due à 5 nouvelles bactériocines codées par des gènes chromosomiques orf010, orf012, orf023, orf030 et orf038. Toutefois, l’activité est pH-dépendante, c’est-à-dire qu’elle est exercée, uniquement à une valeur de pH ≤ 5. Dans le cadre de cette thèse, nous avons dans un premier temps, vérifiée l’expression de ces gènes lors de la croissance de la bactérie, en utilisant la technique de qPCR. Ainsi, nous avons observé que ces 5 gènes sont exprimés après 24 h de croissance, de façon concomitante à l’apparition de l’activité antimicrobienne indiquant ainsi un lien entre l’expression génique et la production des cinq bactériocines. Ces 5 bactériocines ont été exprimées en système hétérologue chez Escherichia coli Rosetta. Seule la bactériocine codée par orf030, appelée lacticaséicine 30, a pu être produite en grande quantité, contrairement aux autres bactériocines qui ont été produites mais demeurent piégées dans la fraction insoluble. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la relation entre la structure de la lacticaséicine 30 et son activité contre les bactéries à Gram-négatif. Les prédictions de structure ont suggéré une organisation en 5 hélices de la lacticaséicine 30. La proportion d’hélice-α était plus importante à pH 5 qu’à pH 7. Pour identifier les régions impliquées dans l’activité contre les bactéries à Gram-négatif, nous avons produit des peptides dérivés de la lacticaséicine 30 par une approche de biologie moléculaire. Ces peptides dérivés sont obtenus en réduisant leurs tailles, ou en insérant des mutations ciblées dans différentes régions. Ainsi, nous avons généré des formes plus courtes de la lacticaséicine 30, contenant soit sa région N-terminale (acides aminés 1 à 39), soit les régions centrale et C-terminale (acides aminés 40 à 111). De la même manière, un peptide dérivé contenant uniquement la première hélice de la région N-terminale a été également produite. Les mutations introduisant des substitutions des acides aminés ont été introduites au sein des hélices-α. Au regard de leurs activités, ces peptides dérivés ont permis de localiser l’activité antibactérienne essentiellement dans la région N-terminale, et nécessite à minima deux hélices-α. Par ailleurs, l’activité de ces variants peptidiques E32G, T33P, T52P et D57G reste sensiblement identique, contrairement à celles des variants E6G, T7P, D57G T52P, A74P, Y78S, Y93S et A97P qui ont été significativement altérées. Dans la dernière partie, nous avons testé l’activité de la lacticaséicine 30 contre un panel de souches cliniques à Gram-négatif et portant des résistances à la colistine. Les résultats obtenus ont mis en lumière une synergie entre la lacticaséicine 30 et la colistine et la réduction significative de l’expression des gènes mcr-1 et mcr-9, responsables de la résistance à la colistineThe excessive use of antibiotics has exacerbated the phenomenon of antibiotic resistance throughout the world. Today, the fight against antibiotic resistance has become a global public health priority. Indeed, every year, it is responsible for more than 700,000 deaths in the world and by 2050, it will cause more than 10 million deaths per year, if concrete actions are not implemented to curb the development of this phenomenon. In addition to the human losses, the financial cost of antibiotic resistance-related care could reach 100,000 billion dollars worldwide. To face this crisis, several innovative strategies, including the use of antimicrobial peptides (AMPs), have been proposed. In this perspective, bacteriocins, which are ribosomally APMs, could contribute to the therapeutic solution. Recently, the Lacticaseibacillus paracasei CNCM I-5369 strain has been particularly distinguished for its activity against Gram-negative pathogens. This activity is due to 5 new bacteriocins encoded by chromosomal genes orf010, orf012, orf023, orf030 and orf038. However, the activity is pH-dependent, i.e., it is exerted, only at a pH value ≤ 5. In the framework of this thesis, we first verified the expression of these genes during the growth of the bacteria, using the qPCR technique. Thus, we observed that these 5 genes were expressed after 24 h of growth, concomitantly with the appearance of antimicrobial activity indicating a possible link between gene expression and the production of the five bacteriocins. These 5 bacteriocins were expressed in a heterologous system in Escherichia coli Rosetta. It should be noted that only the bacteriocin encoded by orf030, called lacticaseicin 30, could be produced in large quantities, in contrast to the other bacteriocins which were produced but remain trapped in the insoluble fraction. In a second step, we investigated the relationship between the structure of lacticaseicin 30 and its activity against Gram-negative bacteria. Structural predictions suggested a 5-helix organization of lacticaseicin 30. The proportion of helix-α was greater at pH 5 than at pH 7. To identify the regions involved in the activity against Gram-negative bacteria, we produced lacticaseicin 30-derived peptides by a molecular biology approach. These derived peptides are obtained by reducing their sizes, or by inserting targeted mutations in different regions. Thus, we generated shorter forms of lacticaseicin 30, containing either its N-terminal region (amino acids 1 to 39), or the central and C-terminal regions (amino acids 40 to 111). Similarly, a derivative peptide containing only the first helix of the N-terminal region was also produced. Mutations introducing amino acid substitutions were introduced within the α-helices. With regard to their activities, these derived peptides localized antibacterial activity mainly in the N-terminal region, and requires at least two helix-αs. Furthermore, the activity of these peptide variants E32G, T33P, T52P, and D57G remained essentially the same, unlike to those of the variants E6G, T7P, D57G T52P, A74P, Y78S, Y93S, and A97P, which were significantly impaired. In the last part, we tested the activity of lacticaseicin 30 against a panel of Gram-negative clinical strains with colistin resistance. The results obtained highlighted a synergy between lacticase 30 and colistin and a significant reduction of the expression of the mcr-1 and mcr-9 genes, responsible for colistin resistance
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Nicol, Marion. "Recherche d'outils thérapeutique innovants pour lutter contre la bactérie Acinetobacter baumannii". Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMR132/document.
Abstract (sommario):
Acinetobacter baumanii fait aujourd’hui partie des bactéries les plus problématiques dans le monde. Responsable de nombreux pics épidémiques d’infections nosocomiales auxquelles sont associés de forts taux de mortalité, cette bactérie puise sa pathogénie dans de multiples caractéristiques qui lui permettent ainsi d’échapper au système immunitaire de l’hôte et à la plupart des traitements actuels. Capable d’adhérer à de multiples surfaces, A. baumanii persiste dans l’environnement hospitalier à travers un mode de vie communautaire au sein duquel ses capacités de survie sont exacerbées. Chez les espèces du genre Acinetobacter, le mode de vie communautaire peut prendre deux formes distinctes : le biofilm et la pellicule. Dans la première partie de cette thèse, nous avons cherché à discriminer ces deux modes de vie, chez la souche ATCC 17978, par une analyse protéomique à large échelle. Nous avons confirmé la présence de nombreux marqueurs communs aux deux communautés (transporteurs, systèmes de sécrétion, d’acquisition d’ions, adhésines et pili) et mis en exergue des systèmes spécifiquement reliés à la formation du biofilm (pilus Fim, T2SS, T1SS/pompe A1S_0535-38, LPS/LOS, motif capsulaire) et à celle de la pellicule (Gac). Grâce à l’étude de la souche A. baumannii SDF en mode biofilm, qui présente un génome plus compact, nous montrons que très peu de mécanismes moléculaires sont partagés par les deux souches étudiées. Ce résultat témoigne de la difficulté quant au développement d’un traitement dirigé contre les biofilms A. baumannii. Dans une deuxième partie, nous avons testé deux approches pour prévenir et éradiquer les biofilms à A. baumannii. La première a ciblé le Quorum Sensing (QS), système de communication essentielle à la coordination des cellules. Nous avons pu montrer que les acides gras mono-insaturés (acide palmitoléique et acide myristoléique), au même titre que la virstatine, limitait la formation de communautés à A. baumannii en inhibant l’expression du régulateur abaR nécessaire au QS. Dans une seconde stratégie, nous avons finalement évalué l’action antibactérienne et antibiofilm d’un nouveau composé d’origine naturelle : la squalamine. Dans cette étude, nous montrons pour la première fois qu’A. baumannii est capable d’entrer dans un état de dormance (persistant/VBNC) pour survivre à de fortes doses de ciprofloxacine, mais que la squalamine est capable d’éradiquer ces cellules persistantes grâce à des concentrations inférieures à la concentration hémolytiqueToday, Acinetobacter baumannii is one of the most problematic pathogens in the world. This bacterium is responsible for worldwide epidemic outbreaks associated with dramatic mortality rates. It possesses high capacities to evade the immune host system and to resist to numerous available antibacterial agents. A. baumannii is also able to persist into hospital environment due to high adhesion abilities which induce community development. This process is also associated to an enhanced survival rate. In Acinetobacter genus, community modes of lif can take two forms : biofilm and pellicle. In this study on the strain ATCC 17978, we tried to discriminate these two lifestyles by a large scale proteomic analysis. We have confirmed the presence of many common community markers (transporters, ion acquisition secretion systems, adhesins and pili) and highlighted systems specifically related to biofilm (pilus Fim, T2SS, T1SS / pump A1S_0535-38, LPS / LOS, capsular pattern) and pellicle communities. Furthermore the proteomic analysis of an avirulent A. baumannii strain, SDF, in biofilm allowed to highlight peculiar metabolic pathways, specific adhesion determinants but very few markers shared by ATCC 17978. This demonstrated the difficulty in developing a treatment directed against A. baumannii biofilm. Then, we tested different approaches to prevent and eradicate biofilms. The first one targeted the Quorum Sensing system (QS), an essential communication system for cell coordination. We have showed that monounsaturated fatty acids (palmitoleic acid and myristoleic acid), like virstatin prevent the community formation of A. baumannii by inhibiting the expression of the abaR regulator required for QS. In a second strategy, we have evaluated the antibacterial and antibiofilm activity of a new natural compound : the squalamine. We showed for the first time that if ciprofloxacin treatment was able to induce a dormancy population (persistent/VBNCs) in A. baumannii, squalamine was able to eradicate this population of dormant cells
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Moulenat, Rufingier Catherine. "Résistance aux insecticides et structure génétique des populations de "Nasonovia ribisnigri"(Mosley)(Homoptera : aphididae)". Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20049.
Abstract (sommario):
Le controle du puceron nasonovia ribisnigri (homoptera : aphididae) par les insecticides est devenu difficile dans les pyrenees-orientales. Lors de ce travail, nous avons mis en evidence que des populations naturelles sont devenues resistantes a differents insecticides notamment a l'endosulfan, au pyrimicarbe et a la deltamethrine. Une etude en plein champ et au laboratoire a permis de comparer l'efficacite des insecticides et les taux de resistance, montrant que l'inefficacite de l'endosulfan est en relation avec un fort taux de resistance. La resistance aux carbamates a pu etre mise en relation avec un changement d'affinite de la cible d'action (acetylcholinesterase) qui est a l'origine de la resistance a ces insecticides. Quant a la resistance a l'endosulfan (cyclodiene) elle semblerait etre due a une detoxication des glutathion s transferases. Pour mieux gerer les problemes de resistance que nous avons evoques precedemment, une etude sur la structure des populations naturelles de la region de perpignan en particulier a ete realisee a l'aide d'allozymes. Ce puceron est caracterise par un fort polymorphisme (64%), de nombreux exces en heterozygotes et par une tres forte structuration. Ces resultats sont dus principalement au mode de reproduction des pucerons, mais egalement a une pression de la plante hote et du nombre de pucerons et d'especes presents sur la plante hote.
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Lopes, Julie. "Développement de nouvelles stratégies de lutte contre les biofilms de Providencia stuartii, un pathogène humain multi-résistant". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019GREAV025/document.
Abstract (sommario):
Les biofilms bactériens, communautés multicellulaires adhérentes à une surface et enrobées d’une matrice extracellulaire, sont cruciaux pour le maintien de la plupart des écosystèmes de notre planète mais représentent également une menace pour la santé humaine. Leur éradication est un véritable défi pour la microbiologie moderne du fait de leur résistance élevée aux antibiotiques. Providencia stuartii est une bactérie Gram-négative connue pour sa forte capacité à former des biofilms dans le tractus urinaire humain, qui est responsable pour environ 10% des infections nosocomiales urinaires chroniques. Nous avons montré que cette souche bactérienne exploite un moyen de socialisation supplémentaire préalable à l’adhésion des cellules aux surfaces et la sécrétion d’une matrice extracellulaire, les communautés flottantes. Les deux porines de P. stuartii, Omp-Pst1 et Omp-Pst2, soutiennent la formation des communautés flottantes en s’auto-associant à travers leurs boucles extracellulaires pour former des dimères de trimères (DOTs) intercellulaires. La formation des DOTs, rivetant les cellules adjacentes entre elles, est médiée par des forces électrostatiques et des interactions de type steric zipper.Les deux grands objectifs de la thèse ont été i) de caractériser les impacts environnementaux sur l’établissement et la survie des deux types de communautés formés par P. stuartii, et ii) d’empêcher la socialisation bactérienne par inhibition des DOTs de porines. Nos résultats ont montrés que des peptides mimant les résidus impliqués dans les interactions de type stérique zipper des DOTs de porines, et couplés à de la coumarine, sont prometteurs pour diagnostiquer les infections à P. stuartii. De plus, nous avons mis en avant qu’une combinaison d’antibiotiques avec certains de ces peptides est une nouvelle approche thérapeutique envisageable pour lutter contre les infections de P. stuartii. Nos résultats montrent aussi que les futurs traitements devraient être évalués sur les communautés flottantes et les biofilms adhérents, dans des conditions imitant les voies urinaires, afin d’être efficaces et potentiellement éradiquer P. stuartiiBacterial biofilms are multicellular communities adherent to surfaces and surrounded by an extracellular matrix. They are crucial for maintaining most of our planet’s ecosystems, but also a threat to human health. Biofilm eradication is one of the greatest challenges of modern microbiology due to their high resistance to antibiotics. In this PhD, we focused on Providencia stuartii, a Gram-negative pathogen that forms biofilms in the human urinary tract and is responsible for about 10% of hospital-acquired urinary tract infections. P. stuartii exploits an additional means of socialization, forming floating communities of cells (FCCs), that later sediment and adhere onto surfaces yielding surface-attached biofilms (SABs). The two porins of P. stuartii, Omp-Pst1 and Omp-Pst2, are involved in FCC formation by self-association into intercellular dimers of trimers (DOTs). The main driving force behind DOT formation is electrostatic attraction, yet the DOT structure is locked-in by steric zipper interactions between facing extracellular loops.The two main objectives of this PhD were (i) to characterize the environmental impacts on the establishment and survival of the two type of socialized communities formed by P. stuartii, and (ii) to inhibit bacterial socialization by targeting porin DOTs. Our results reveal that peptides featuring residues involved in the steric zipper interaction of DOTs, and coupled with coumarin, are promising lead compound to diagnose P. stuartii infections. In addition, we tested combinations of antibiotics with some of these peptides and results suggest that is was a new therapeutic approach that can be envisaged to fight against P. stuartii infections. Future treatments should be evaluated on FCCs and SABs in conditions mimicking urinary tract, to be efficient and potentially eradicate P. stuartii
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Berrada, Sai͏̈d. "Etude de la sensibilité de Psylla pyri L. (Homoptera : Psyllidae) aux produits phytosanitaires et mécanismes biochimiques de résistance aux organophosphorés". Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30021.
Abstract (sommario):
L'utilisation des insecticides dans la protection des vergers de poiriers, a ete conduite depuis des annees afin d'eradiquer le ravageur cle de ces cultures. Pourtant, le potentiel reproducteur du psylle reste un facteur important de son succes. Avec l'emploi abusif d'insecticides de plus en plus puissants, le ravageur s'est alors arme d'un moyen de lutte lui assurant une defense efficace contre les agressions xenobiotiques. Contrairement a la situation preoccupante de la resistance generalisee des psylles aux insecticides en amerique du nord, ce phenomene n'est pas encore en france un probleme d'actualite. La prise de mesures permettant de preserver l'efficacite des insecticides dans ce pays s'avere par consequent de toute urgence. La lutte chimique restant aujourd'hui le seul gage d'une production de qualite dans le verger commercial. Le present travail realise au laboratoire dans le cadre d'une lutte chimique raisonnee, montre, dans une premiere partie, que le rendement de l'amitraze, le dnoc et le monocrotophos dans la nature peut etre revalorise en tenant compte de la composition des populations de psylles presentes au moment des interventions phytosanitaires, et d'un facteur ecologique important, la temperature. Dans une deuxieme partie, le maintien d'une pression de selection d'un organophosphore, le monocrotophos, montre que le psylle possede un potentiel pour developper une resistance a cette famille d'insecticides. Une investigation basee a la fois sur l'etude de la resistance croisee au monocrotophos, le synergisme de sa toxicite par des inhibiteurs enzymatiques, et l'analyse d'activite de quatre enzymes, a permis de comprendre les mecanismes de resistance developpes dans la souche de psylles selectionnee a l'insecticide. La presence d'une acetylcholinesterase modifiee, moins sensible a l'inhibition du monocrotophos (70 fois) combinee avec une legere augmentation du metabolisme des monooxygenases a cytochrome p-450 (5 fois) etaient responsables du haut niveau de resistance developpe par les insectes resistants (150 fois)
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Malembic, Sylvie. "Evaluation de la stratégie planticorps comme méthode de lutte contre les mollicutes phytopathogènes : Action in vitro d'anticorps recombinants sur Spiroplasma citri : Résistance de tabacs exprimant des anticorps recombinants à l'infection par le phytoplasme du stolbur". Bordeaux 2, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR28900.
Abstract (sommario):
Les phytoplasmes, bactéries phytopathogènes sans paroi de la classe des mollicutes, sont localisés exclusivement dans le phloème et ont résisté à la mise en culture. Responsables de nombreuses maladies de plantes, aucun moyen de lutte curative n'existe à ce jour. Une strátégie de lutte par transgénèse a été entreprise au laboratoire. Elle consiste à exprimer une immunoglobuline Ig) recombinante de type scFv spécifique du phytoplasme du stolbur, dans le tabac, hôte du phytoplasme. Afin d'évaluer l'efficacité de cette stratégie, nous avons étudié l'action des Ig sur le mollicute phytopathogène cultivé Spiroplasma citri. Nous avons montré que, tant les Ig natives que les scFv, dirigés contre la protéine majeure de sa surface, inhibent la multiplication de ce microorganisme. Nous avons ensuite réalisé l'ingénierie de scFv anti-stolbur pour leur expression dans le tabac suivant les voies d'adressage apoplastique (tabacs 35-pel-scFv et RSS-scFv-KD), afin d'évaluer la production des anticorps dans la sève élaborée où sont localisés les phytoplasmes. Nous avons mis en évidence que les tabacs 35-pel-scFv produisent les scFv en quantité importante mais ne montrent qu'une résistance transitoire à la maladie, les anticorps n'étant probablement pas ou peu adressés vers la sève élaborée. En effet, il a été récemment montré que les protéines de la sève sont produites dans le cytoplasme des cellules compagnes pour transiter via les plasmodesmes vers le tube criblé. Les tabacs pour lesquels l'expression du scFv est ciblée vers le cytoplasme de façon constitutive (35-scFv) ou spécifiquement dans les tissus du phloème (RSS-scFv-KD), malgré un bon niveau de transcription des ARNm du scFv, ne produisent pas d'anticorps détectables et résistent peu à la maladie. Les anticorps sont donc efficaces in vitro pour inhiber la croissance des mollicutes phytopathogènes, mais leur ciblage vers la sève élaborée s'avère difficile. Différentes stratégies envisagées pour optimiser ce ciblage sont discutéesPhytoplasmas are phloem-restricted wall-less bacteria of the class mollicutes which have resisted in vitro cultivation so far. They are responsible for numerous plant diseases and there is no curative method for disease control. An antibody-based resistance method is evaluated in our laboratory for the stolbur phytoplasma. It consists in expressing scFv recombinant immunoglobulins (Ig) specific for this phytoplasma in tobacco plants, natural hosts for this pathogen. First we demonstrated that both native Ig and recombinant scFv, specific for the major surface protein of the culturable phytopathogenic mollicute Spiroplasma citri, inhibit its growth in vitro. Secondly, we engineered various anti-stolbur scFv constructions for their expression in tobacco plants via the apoplastic (35-pel-scFv plants) or symplasmic (35-scFv and RSS-scFv-KD) pathway, to evaluate their production into the phloem sap were phytoplasmas are located. Our results indicate that scFv, although produced in large amounts in 35-pel-scFv tobaccos, were probably not, or only slightly, present in the phloem sap. Only a transient disease resistance was observed in these plants. Indeed, it has been recently demonstrated that many phloem sap proteins are produced in the cytoplasm of companion cells and that they move towards sieve tubes via plasmodesmatas. Transgenic tobaccos plants in which scFv expression was targeted to the cytoplasm either constitutively (35-scFv) or specifically to phloem tissues (RSS-scFv-KD), in spite of a good transcription of scFv mRNAs, did not produce detectable amounts of scFv. These tobaccos, as previously, showed little resistance to the disease. As scFv inhibit in vitro growth of phytopathogenic mollicutes, the plantibody strategy appears to be well adapted to control phytoplasma diseases. However, targeting scFv in the phloem sap has to be optimized and various alternatives for sap targeting are discussed
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Marcombe, Sébastien. "Résistance de Aedes aegypti aux insecticides à la Martinique et implications dans la lutte contre la dengue". Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20001/document.
Abstract (sommario):
Cette thèse a été initiée de part le contexte de résurgence et d'expansion de la dengue à travers le monde et notamment en France. Les stratégies actuelles de lutte contre le virus et contre son vecteur Ae. aegypti se heurtent à de nombreuses limitations. Elles sont d'ordres économiques, sociologiques, législatifs, environnementaux et biologiques. Cette étude a visé à répondre scientifiquement à un certain nombre de ces limitations en s'appuyant sur le contexte Martiniquais, qui à une échelle micro-géographique présente tous les paramètres requis pour étudier les causes et les conséquences de l'extension des résistances aux insecticides sur l'efficacité de la lutte antivectorielle. Dans un premier temps ce travail a visé à mieux comprendre les mécanismes métaboliques et moléculaires impliqués dans la résistance. Nous avons ensuite étudié la répartition et les mécanismes de résistance intervenant dans les différentes populations de moustiques à un niveau macro-géographique. Ceci a permis et d'étudier les facteurs environnementaux contribuant à leur sélection sur le terrain. Enfin une étude de génétique des populations nous a permis d'étudier les niveaux de variabilité génétique et de structuration de ces populations de vecteurs. La seconde partie de l'étude a visé à comprendre l'impact de cette résistance sur les actions de lutte antivectorielle. L'expression phénotypique de ces résistances a été étudiée au laboratoire et sur le terrain en mesurant notamment les taux de survie de moustiques exposés à différents types de traitement insecticides (larvicide/adulticide). Enfin, la dernière partie a été consacrée à la recherche de stratégies alternatives ou innovantes de lutte antivectorielle dans l'objectif de contribuer à une meilleure gestion des résistances au sein des populations de vecteurs. L'évolution et le futur de la recherche concernant la lutte contre Ae. aegypti et la dengue sont discutés dans cette étudeThis thesis was conducted in the context of the resurgence and expansion of dengue fever throughout the world, particularly concerning France. Current strategies of control of the virus and its vector Ae. aegypti encounter many limitations. These involve economic, sociological, legal, environmental and biological dimensions. This study aimed to take into account some of these limitations in the setting of Martinique, which on a micro-geographical level presents all the necessary parameters to study the causes and consequences of the expansion of insecticide resistance on the effectiveness of vector control. Initial work aimed to increase our knowledge of the metabolic and molecular mechanisms implied in resistance. We then evaluated the distribution and mechanisms of resistance occurring in various populations of mosquitoes on a macro-geographical level. This allowed us to study the environmental factors contributing to selection of resistance mechanisms in the field. Finally a population genetic study enabled us to measure genetic variability and the structure of these vector populations. The second part of the study aimed at understanding the impact of resistance on vector control operations. The phenotypic expression of resistance was investigated in the laboratory and field by measuring the survival rates of mosquitoes exposed to various types of insecticide treatment (larvicide/adulticide). In the last part of this thesis we investigated alternative or innovative strategies of vector control with the objective of contributing towards improved management of resistance within vector populations. The evolution and future of research concerning the fight against Ae. aegypti and dengue is discussed in this study
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Demay, Fanny. "Mécanismes moléculaires impliqués dans la protection du ribosome contre les antibiotiques". Electronic Thesis or Diss., Université de Rennes (2023-....), 2023. https://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/c2dfb8a5-d6bc-41e6-858f-912fcbc4864b.
Abstract (sommario):
Le travail effectué se concentre sur la caractérisation d’un mécanisme de résistance décrit chez E. faecium. La mutation d'un seul nucléotide sur le gène eat(A) conduit à la substitution d'un acide aminé (T450I) codant pour la forme variante de la protéine Eat(A)v. Cette mutation entraîne une résistance croisée pour différents antibiotiques (Lincosamides, Streptogramines A et Pleuromutilines) qui ciblent tous le centre de transfert peptidique du ribosome. Eat(A) fait partie des protéines ABC-F dont certaines sont des Protéines de Protection du Ribosome, alors que le rôle de la forme sauvage reste inconnu. L’objectif de cette thèse est de caractériser l’activité biologique des deux formes de la protéine Eat(A). La mutation à l'origine du phénotype de résistance est située 3 résidus en amont de l'un des deux sites d'hydrolyse de l'ATP. Une différence dans l'activité ATPase entre la forme native et la forme variante de la protéine peut être à l'origine du mécanisme de résistance. Pour répondre à ces questions, nous avons mis au point une méthode de purification pour obtenir suffisemment de protéine soluble pour effectuer des essais in vitro. Nous avons étudié l'impact de la mutation T450I sur l'activité ATPase des protéines, révélant l’importance de l’isoleucine dans l’activité biologique. Nous avons également développé un système de traduction in vitro à partir d’extraits S30 d’E. faecium pour étudier l'impact des deux protéines Eat(A) sur la traduction en suivant la synthèse de la GFP, avec ou sans antibiotiques. Enfin, nous avons entrepris la caractérisation des interactions entre les deux formes d'Eat(A) et le ribosome d'E. faecium en utilisant la technologie cryo-EMThe work carried out focuses on the characterisation of a resistance mechanism described in E. faecium. A single nucleotide mutation in the eat(A) gene leads to the substitution of an amino acid (T450I) coding for the variant form of the Eat(A)v protein. This mutation leads to cross-resistance to different antibiotics (Lincosamides, Streptogramins A and Pleuromutilins) which all target the peptide transfer centre of the ribosome. Eat(A) is one of the ABC-F proteins, some of which are Ribosome Protection Proteins, while the role of the wild type remains unknown. The aim of this thesis is to characterise the biological activity of the two forms of the Eat(A) protein. The mutation causing the resistance phenotype is located 3 residues upstream of one of the two ATP hydrolysissites. A difference in ATPase activity between the native and the variant form of the protein may be at the origin of the resistance mechanism. To address these questions, we developed a purification method to obtain sufficient soluble protein for in vitro assays. We studied the impact of the T450I mutation on the ATPase activity of the proteins, revealing the importance of isoleucine in the biological activity. We also developed an in vitro translation system using E. faecium S30 extracts to study the impact of the two Eat(A) proteins on translation by monitoring GFP synthesis, with or without antibiotics. Finally, we undertook the characterisation of the interactions between the two forms of Eat(A) and the E. faecium ribosome using cryo-EM technology
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Vorac, Jaroslav. "Le fonctionnement du transporteur ABC de Streptococcus pneumoniae impliqué dans la résistance contre les peptides antimicrobiens". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV009/document.
Abstract (sommario):
Streptococcus pneumoniae, le pneumocoque, est un pathogène majeur causant plus d'un million de morts par an dans le monde. De plus en plus de souches de pneumocoques sont résistants aux antibiotiques, en faisant un problème majeur de santé publique dans le monde. Une partie des ces antibiotiques sont les peptides anti-microbiens (AMP), qui sont produit aussi bien par l'hôte que des bactéries pathogènes en tant que premier système de défense. On trouve dans le pneumocoque un transporteur ABC (ATP-Binding Cassette) lié à un système de deux composants (TCS) – la kinase d'histidine (HK) et le régulateur de réponse (RR), qui cible les AMP. Récemment, il a été démontré, que l'absence du transporteur ABC augmente la sensibilité à la bacitracine. Dans ce projet, nous avons essayé à comprendre le mécanisme fonctionnel entre le transporteur ABC et TCS en utilisant des outils in vivo et in vitroStreptococcus pneumoniae, the pneumococcus, is a major human pathogen causing over a million deaths each year. Many pneumococcal strains display resistance towards antibiotics causing world-wide health concern. Some of these antibiotics are antimicrobial peptides (AMP), which are produced as a primary defense by hosts as well as pathogens. The pneumococcus harbors a system comprised of an ATP-binding cassette (ABC) transporter and a two-component system (TCS) composed of a histidine kinase (HK) and a response regulator (RR), which targets these molecules. It has been shown recently that the removal of this ABC transporter increases the sensitivity of the bacteria towards bacitracin. In this project, we tried to understand the functioning mechanism of the ABC transporter and the co-operation with the TCS using both in vivo and in vitro techniques
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Samain, Erika. "Étude des interactions PGPRs/génotypes de blé tendre dans la lutte contre la septoriose". Thesis, Amiens, 2019. http://www.theses.fr/2019AMIE0027.
Abstract (sommario):
Septoria tritici leaf blotch (STB), causée par Mycosphaerella graminicola est considérée comme la maladie la plus dommageable du blé. Ce travail a pour objectif l'étude de la durabilité et de l'efficacité de la résistance induite (RI) des rhizobactéries promotrices de la croissance des plantes (PGPR), contre STB. À travers l'étude de plusieurs PGPRs pour leur capacité à stimuler la croissance (SCP) et d'IR chez différents génotypes de blé. Deux mélanges ont été déterminés, Mix2, composé de Paenibacillus sp. strain B2 (PB2) et de la souche AA, et Mix3, de PB2, Microbacterium SSM001 et Arthrobacter SSM004, en proportions égales. Les PGPR des Mix2 et Mix3 ont montré une colonisation racinaire ecto- et endophyte, jusqu’au stade dernière feuille (DF), avec un effet "helper" sur la colonisation racinaire par PB2. La SCP a été observée uniquement avec Mix2 et Mix3. En stress hydrique, l'RI de Mix2 et Mix3 était plus efficace que PB2. Toutefois, PB2, Mix2 et Mix3 ont montré une RI stable et durable contre STB jusqu'à DF, suggérant sa corrélation avec PB2 et dépend de la souche de M. graminicola, du génotype et du stade du blé. L'importante RI des PGPR contre STB a été confirmée au champ. En sol non-stérile, aucun impact significatif sur les communautés microbiennes du sol (CMS), par séquençage de l'ADNr 16S et ITS, n'a été montré. Mais une diminution significative de l'efficacité des PGPR a été observée, uniquement pour PB2 et Mix3, pour certaines variétés testées. L'analyse de l'expression des gènes de la RI de PB2, Mix2 et Mix3 a montré l'induction de gènes marqueurs des voies de défenses, AJ, phénylpropanoïdes et phytoalexines, FAO, avec des inductions stables de Pr1, glucanase et flavonoïde, les suggérant en tant que gènes marqueurs de la protection. Nous avons identifié un mélange de PGPR, avec une RI stable et durable contre STB et le stress hydrique, stimule la croissance du blé, et sans impact sur les CMS. Ce travail peut contribuer à la réduction de l'écart des résultats obtenus en laboratoire et au champSeptoria tritici leaf blotch (STB) caused by Mycosphaerella graminicola is regarding as the most important disease in wheat. The present work aims to study the durability and efficiency of the plant-growth-promoting rhizobacteria (PGPR)-induced resistance (IR) against STB. Many of PGPR were screened, in single and co-inoculations, for their root colonization, plant growth promotion (PGP) and IR, using different wheat genotypes. However, two effective PGPR-mixtures were identified, Mix2; Paenibacillus sp. strain B2 (PB2) with an effective approval strain AA and Mix3; PB2 with Microbacterium SSM001 and Arthrobacter SSM004, in equal portions. PGPR in Mix2 and Mix3 showed ecto- and endophytic root colonization until the flag-leaf growth stage (FL), with a helper impact on root colonization by PB2. Only, with Mix2 and 3, PGP was observed. Under drought stress, the IR by Mix2 and 3 was more efficient compared to PB2. However, all of them showed high and durable IR against STB until FL, which seems to be more correlated to PB2 and depends on plant-genotype, growth-stage and M. graminicola strain. Interestingly, the high PGPR-IR against STB was confirmed under field conditions. Using the non-sterile field soil, they didn’t show significant impact on the soil microbial communities (SMC), using the 16S rDNA and ITS MEGA sequencing. But, a significant reduction in the PGPR’ efficiency was recorded, only, for PB2 and Mix3, and in some tested cultivars. Gene expression analysis of the PB2-, Mix2- and Mix3-IR showed upregulations of gene markers involved in the basal defenses, JA, phenylpropanoids & phytoalexins and ROS pathways, with stable priming inductions of Pr1, glucanase, and flavonoide, suggesting them as protection markers. We identified an effective PGPR-mixture induces high and durable and stable resistance against STB and drought stresses, promotes plant growth, and without disturbance on the SMC. The global results may help to reduce gap between laboratory and field results
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Amensag, Kamar. "Les bactéries lactiques isolées d'aliments traditionnels marocains : production de bactériocines et applications potentielles contre des pathogènes multirésistants aux antibiotiques". Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAF024.
Abstract (sommario):
L’antibiothérapie a permis de lutter efficacement contre nombre de maladies infectieuses, mais elle commence à atteindre ses limites avec l’émergence des microorganismes multi-résistants. La recherche de molécules alternatives est devenue une nécessité. Ce travail de thèse explore la possibilité d’utiliser des peptides antibactériens (bactériocines) produits par des bactéries comme moyen de lutter contre des bactéries résistantes. Des souches de bactéries lactiques productrices de bactériocines ont été isolées essentiellement à partir de divers produits alimentaires fermentés marocains. Les bactériocines produites ont été purifiées par des techniques chromatographiques, puis leurs structures ont été élucidées par spectrométrie de masse, par séquençage peptidique et/ou par séquençage nucléotidique. Ceci a permis l’identification d’une ou plusieurs bactériocines par bactérie productrice comme par exemple les entérocines L50A et L50B produites sous des formes modifiées par Enterococcus durans LC2 isolée du lait de chamelle. Parallèlement, une recherche de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques dans des liquides biologiques humains a permis l’isolement de nombreuses bactéries pathogènes Gram+ et Gram- résistantes à une variété d’antibiotiques communément utilisés. Parmi celles-ci, des souches sélectionnées ont ensuite été soumises à l’action des bactériocines purifiées (entérocines L50A et L50B, nisine Z et pédiocine PA-1) seules et en association avec des antibiotiques. Ceci a permis de démontrer l’efficacité des bactériocines contre des pathogènes multi-résistants et par conséquent d’établir leur potentiel comme recours possible en cas d’inefficacité des antibiotiquesAntibiotic therapy has been effective in controlling many infectious diseases, but is slowly reaching its limits with the emergence of multidrug-resistant microorganisms. The search for alternative molecules has become a necessity. This thesis explores the possibility of using antibacterial peptides (bacteriocins) produced by bacteria as a means to fight resistant bacteria. Strains of lactic bacteria producing bacteriocins have been isolated essentially from various fermented Moroccan foods. The bacteriocins produced were purified by chromatographic techniques, and their structures were elucidated by mass spectrometry, peptide sequencing and / or nucleotide sequencing. This allowed the identification of one or more bacteriocins per producing bacterium, e.g. enterocins L50A and L50B produced as modified forms by Enterococcus durans LC2 isolated from camel milk. At the same time, the search for multidrug-resistant bacteria in human body fluids has resulted in the isolation of pathogenic bacteria of both Gram types resistant to a variety of commonly used antibiotics. Among these, selected strains were subjected to the action of purified bacteriocins (enterocins L50A and L50B, nisin Z and pediocin PA-1) alone and in combination with antibiotics. This allowed us to show the efficacy of bacteriocins against multi-resistant pathogens, thereby demonstrating their potential as a possible alternative in case of antibiotic inefficiency
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Hugot, Karine. "Mécanismes de défense des plantes et acquisition de résistance aux champignons pathogènes : caractérisation d'effecteurs apoplastiques et étude du mode d'action de la RNase NE". Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5480.
Abstract (sommario):
Chez le tabac, la résistance systémique acquise (SAR) peut être induite par une application exogène d'élicitines, une famille d'éliciteurs protéiques sécrétés par les champignons du genre Phytophthora. Dans ces conditions, le tabac est résistant à l'agent du chancre du collet, Phytophthora parasitica. Par ailleurs, durant le développement du tabac, une transition de la sensibilité vers la résistance à l'infection est observée. Les feuilles acquièrent une résistance à Phytophthora parasitica lorsque la plante passe de l'état végétatif à l'état floral. L'apparition de cette résistance n'implique pas une étape d'induction préalable par un stimulus exogène comme dans le cas de la SAR. Nous avons montré que la résistance acquise au cours du développement est corrélée à l'activation de mécanismes de défense. Nous recherchons les effecteurs des mécanismes de défense des plantes en utilisant ces deux modèles, la SAR et la résistance ontogénique. La résistance ontogénique compterait différentes composantes qui contrôlent à la fois l'initiation de l'infection et la colonisation par P. Parasitica. Nous avons mis en évidence une activité cytotoxique contre les zoospores du champignon, présente dans le compartiment extracellulaire. (. . . ) Des résultats antérieurs (. . . ) suggéraient l'implication d'activités RNases dans l'état de résistance associé à la SAR. À l'origine de ces activités, (. . . ) la RNase NE extracellulaire dont le gène est induit en réponse à l'inoculation par P. Parasitica. (. . . )
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Corbel, Vincent. "Interactions entre insecticides sur "Anopheles gambiae" giles et "Culex quinquefasciatus" say et impact sur l'évolution de la résistance". Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20076.
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Guillet, Pierre. "La lutte contre les vecteurs de l'onchocercose en Afrique de l'Ouest : étude de la résistance et recherche de nouveaux larvicides". Paris 11, 1985. http://www.theses.fr/1985PA112383.
Abstract (sommario):
Des méthodes ont été mises au point pour évaluer l’efficacité de différentes classes d’insecticides utilisables contre les larves des vecteurs de l’onchocercose dans le cadre d’un vaste programme de lutte en Afrique de l’Ouest. Une résistance au téméphos a été mise en évidence, suivi d’une résistance aux autres composés organophosphorés. Compte-tenu des perspectives limitées offertes par les insecticides convetionnels, on a évalué l’efficacité de nouvelles classes d’insecticides, en particulier les régulateurs de croissance et les agents de lutte biologique. Les résultats limités obtenus avec les premiers n’ont pas encore permis d’envisager leur utilisation. Les facteurs qui conditionnent l’efficacité du Bacillus thuringiensis H14 nt été étudiés ; un type de formulation adapté à l’utilisation sur le terrain a été sélectionné. Cet entomopathogène peut être produit industriellement en très grandes quantités ; son utilisation a rapidement atteint le stade opérationnel pour le traitement des larves résistances aux insecticides. Les risques de développement d’une résistance à la toxine bactérienne sont très faibles mais ont toutefois été pris en compte. L’amélioration des formulations va permettre d’étendre sensiblement leurs possibilités d’utilisation.
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Delannoy, Etienne. "Caractérisation de péroxydases associées à la défense du cotonnier ("Gossypium hirsutum") contre "Xanthomonas campestris" pathovar "Malvacearum"". Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20175.
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Rouane, Sébastien, e Sébastien Rouane. "Doses minimales biologiquement efficaces pour le désherbage dans la rotation de maïs-soya tolérants au glyphosate et au glufosinate". Master's thesis, Université Laval, 2009. http://hdl.handle.net/20.500.11794/21326.
Abstract (sommario):
Une étude ayant pour objectif d'évaluer différentes séquences d'herbicides en condition de doses réduites, a été mise en place à la station agronomique de l'Université Laval pendant trois ans. Huit séquences culturales de maïs (Zea mays) et de soya (Glycine max) tolérant au glyphosate et au glufosinate ont été testées avec quatre doses d'herbicides. Les résultats montrent que l'emploi du glufosinate trois ou deux années de suite en remplacement d'une utilisation continue du glyphosate paraît difficilement envisageable. Des problèmes de répression et des baisses de rendement sont visibles en présence d'une flore mixte (présence de graminées annuelles en particulier). L'utilisation de doses réduites de glufosinate n'est pas conseillée pour les mêmes raisons. Concernant le glyphosate, une réduction d'un quart de la dose homologuée semble réalisable du point de vue des rendements des cultures, mais présente toutefois un risque d'augmentation de la banque de graines au bout de deux années d'utilisation répétée.Une étude ayant pour objectif d'évaluer différentes séquences d'herbicides en condition de doses réduites, a été mise en place à la station agronomique de l'Université Laval pendant trois ans. Huit séquences culturales de maïs (Zea mays) et de soya (Glycine max) tolérant au glyphosate et au glufosinate ont été testées avec quatre doses d'herbicides. Les résultats montrent que l'emploi du glufosinate trois ou deux années de suite en remplacement d'une utilisation continue du glyphosate paraît difficilement envisageable. Des problèmes de répression et des baisses de rendement sont visibles en présence d'une flore mixte (présence de graminées annuelles en particulier). L'utilisation de doses réduites de glufosinate n'est pas conseillée pour les mêmes raisons. Concernant le glyphosate, une réduction d'un quart de la dose homologuée semble réalisable du point de vue des rendements des cultures, mais présente toutefois un risque d'augmentation de la banque de graines au bout de deux années d'utilisation répétée.
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Fonteyne, Pierre-Alain A. "Définition de marqueurs génétiques pour la lutte contre les infections mycobactériennes :identification rapide de l'espèce et détection de la résistance aux fluoroquinolones". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1997. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212240.
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Guérin, Fabien. "Mise en évidence d'une population génétiquement différenciée de Venturia inaequalis, agent de la tavelure du Pommier, associée au contournement du gène majeur de résistance Vf". Angers, 2004. http://www.theses.fr/2004ANGE0021.
Abstract (sommario):
Les stratégies de lutte génétique contre le champignon phytopathogène Venturia inaequalis reposent principalement sur l'utilisation de gènes majeurs de résistance conférant une résistance totale contre la maladie. A la fin des années 80, des souches du pathogène se sont avérées virulentes en Europe vis-à-vis du dernier gène de résistance introgressé, le gène Vf, mettant en cause sa durabilité. Les travaux de cette thèse visent à comprendre la dynamique évolutive des populations de pathogènes face aux pressions de sélections exercées par un gène majeur de résistance. A l'aide de marqueurs moléculaires de type microsatellites et AFLP, nous avons réalisé un suivi multi sites et pluriannuel de la structure génétique de populations de V. Inaequalis. Les résultats obtenus mettent en évidence une très forte diminution de la diversité génétique des souches virulentes (virVf) sur les hôtes Vf révélant une structure génétique de type effet fondateur. Nous montrons que les populations virVf, fortement différenciées des populations avrVf, seraient issues d'une même source de virulence et se disperseraient de manière aléatoire en Europe. Enfin, nous mettons en évidence un maintien de la différenciation génétique dans l'espace et dans le temps entre les deux populations. L'absence de flux de gènes entre compartiments virVf et avrVf, révèle un isolement reproducteur des souches virVf, en partie expliqué par le spectre d'avirulence de ces souches envers certains hôtes non-Vf des vergers étudiés. Les résultats obtenus au cours de ce travail, nous permettent de discuter sur l'origine et la dispersion de la virulence Vf puis de proposer des pistes de réflexion visant à préserver l'efficacité du gène de résistance VfStrategies of genetic control against the phytopathogenic fungus Venturia inaequalis are mainly based on the use of major resistance genes which confer a complete resistance towards the disease. By the end of the Eighties, strains virulent against Vf, the most used resistance gene were evidenced. This thesis was aimed at understanding the evolutionary dynamics of pathogenic populations confronted to selection pressures exerted by a major gene of resistance. Thanks to the use of molecular markers, such as microsatellites and AFLP, we followed up the genetic structure of V. Inaequalis populations in several locations over several years. Our results showed that the genetic diversity of virVf populations drastically decreased as compared to the avrVf populations, revealing the typical structure of a founder effect. In addition, we showed that virVf populations were strongly differentiated from the avrVf populations and that they were stochastically dispersed over Europe from a common source of virulence. Finally, we revealed the maintenance of the genetic differentiation in space and time between virVf and avrVf populations. The lack of gene flow between virVf and avrVf compartments indicated a reproductive isolation of virVf strains, which could be partly explained by the avirulence spectrum of these strains towards some of the non-Vf hosts in the studied orchards. Results obtained from this work allowed us to discuss on the origin and the dispersion of the Vf virulence and then to propose topics to investigate in order to preserve the efficiency of the Vf resistance gene
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Expert, Jean-Michel. "Lutte biologique contre les attaques précoces de Sclerotinia sclerotiorum du tournesol à l'aide de Pseudomonas spp. Fluorescents et de Bacillus spp". Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10221.
Abstract (sommario):
Une recrudescence des attaques precoces du sclerotinia sclerotiorum sur racines et au collet a ete observee ces dernieres annees en france sur le tournesol, surtout dans les terres lourdes de charentes-poitou et de champagne. Contre ces formes d'attaques, il n'existe pas actuellement de varietes resistantes ni de substances chimiques reellement efficaces. Cependant, depuis la fin des annees 1970, de nombreux travaux ont montre que des rhizobacteries, surtout des pseudomonas fluorescents, pouvaient etre efficaces dans la lutte contre des pathogenes telluriques. Une collection de souches bacteriennes, comprenant des pseudomonas fluorescents et des bacillus spp. Isoles du rhizoplan de diverses plantes et de sclerotes de s. Sclerotiorum lysees, a ete constituee. Ces souches ont ete caracterisees et une etude taxonomique a ete entreprise sur les pseudomonas fluorescents. Cette etude a montre que l'adn de la souche type de p. Fluorescens ne s'hybride pas a plus de 70% avec l'adn des souches de p. Fluorescens de la collection. Ces resultats remettent donc en cause le statut de l'espece p. Fluorescens et souligne la biodiversite de ce groupe bacterien. Des tests d'antagonisme in vitro et des tests d'antagonisme in situ (en conditions controlees et au champ) ont ete effectues en vue de reperer les souches de pseudomonas fluorescents ou de bacillus spp. Efficaces contre les attaques precoces du s. Sclerotiorum. Aucune correlation entre les tests in vitro et in situ n'a pu etre etablie mais une bonne correlation existe entre les tests in situ en conditions controlees et les essais au champ. Dans les tests in situ en conditions controlees, une protection satisfaisante est acquise avec la souche de p. Putida t1-5, en utilisant au moins 1/0#6 bacteries par semence. Les essais au champ ont montre que l'on obtient une protection significative du tournesol par la bacterisation des semences avec des pseudomonas fluorescents
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Stiévenard, Catherine. "Reproduction sexuée d'Uncinula necator (schw. ) Burr. , agent de l'oïd͏ium de la vigne : maîtrise in vitro et rôle dans la résistance aux fongicides inhibiteurs de la biosynthèse des stérols". Bordeaux 2, 1998. http://www.theses.fr/1998BOR20569.
Abstract (sommario):
Notre étude vise à déterminer le rôle de la reproduction sexuée d’Uncinula Necator dans l’évolution de la résistance de ce parasite aux fongicides inhibiteurs de la biosynthèse des stérols. Le cycle sexué de ce champignon biotrophe a éte réalisé en conditions contrôlées. Les conditions favorables à cette réalisation nécessitent d’assurer un juste équilibre entre le développement du champignon et la survie prolongée de l’hôte. Pour cela, un support végétal de réceptivité moyenne et des conditions environnementales adaptées sont nécessaires. Des ascospores infectieuses ont été obtenues moins de trois mois après le croisement de deux souches d’oïdium connues. La filiation a été vérifiée par la technique de RAPD et deux marqueurs du type sexuel ont été mis en évidence. L’hétérothallisme bipolaire du champignon a été confirmé. D’autres facteurs que le type sexuel semblent néanmoins influencer la production de cléistothèces matures. Un croisement a été réalisé entre une souche sensible à quatre DMIs et une souche résistante à trois d’entre eux. L’étude de la sensibilité de la descendance permet : - d’affirmer que la résistance d’U. Necator à ces fongicides est de nature polygénique, probablement additive ; - de corroborer que la résistance croisée entre DMIs n’est pas systématique ; - de confirmer que la présence de la mutation ponctuelle Mut-1 sur le gène de la C14-déméthylase confère une résistance au triadiménol ; - d’observer l’apparition ou l’expression d’une nouvelle résistance. L’étude de l’effet d’un DMI, sur la biosynthèse des stérols parentale et filiale a par ailleurs confirmé la présence d’un mécanisme de résistance induisant une surproduction des stérols. Ces résultats et l’observation de l’augmentation de résistance d’une population d'oïdium après deux cycles sexués successifs en laboratoire permettent d’affirmer que la reproduction sexuée joue un rôle important dans l’évolution et la persistance de la résistance au vignoble. L’absence de liaison entre le type sexuel et la résistance aux fongicides étudiés suggère la création à l’infini de nouveaux phénotypes de résistance
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Muvunyi, Robert. "Induction de la résistance des carottes aux maladies post-récoltes par un traitement préentreposage au moyen des rayons ultraviolets (UV-C) : orientation des carottes au cours du traitement et nature de la résistance induite". Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28934/28934.pdf.
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Ali-Haimoud, Djamel-Eddine. "Contribution à l'étude de la lutte biologique contre Drechslera teres (Sacc. ) Shoem. , parasite de l'orge". Toulouse, INPT, 1994. http://www.theses.fr/1994INPT007A.
Abstract (sommario):
Les principaux resultats de cette etude preliminaire montrent qu'a partir du phylloplan et des residus de recoltes de l'orge, des antagonistes tres actifs in vitro contre les principales sequences biologiques du pathogene peuvent etre isoles. Ce sont principalement differentes especes de trichoderma qui inhibent totalement la morphogenese des organes sclerotioides sur pailles, leur myceliogenese et egalement l'agressivite du mycelium qui en est issu. Ces antagonistes de meme qu'une espece de cephalosporium et une espece d'acremonium sont egalement tres actifs sur la sporulation du resting mycelium sur paille. Parmi les differentes especes de trichoderma utilisees, t. Koningii et t. Pseudokoningii sont capables egalement de reduire en conditions controlees l'expression de la maladie a partir de l'inoculum seminicole. La germination conidienne de d. Teres semble etre une sequence biologique hautement sensible aux antagonistes, a l'exception de fusarium graminearum, cephalosporium sp et ascochyta sp. Cette etude montre egalement que si certains de ces microorganismes conservent in vivo leur pouvoir de s'opposer au bon deroulement de certaines sequences biologiques et epidemiologiques de d. Teres (tels les trichoderma spp), d'autres au contraire se revelent etre de pietres candidats pour la lutte contre le developpement de la maladie in vivo et en conditions controlees. Ainsi, il semble donc qu'il n'existe pas de methode de screening preponderante par rapport a telle ou telle autre methode et que la multiplication de ces derniers soit une condition sine qua non a un choix exhaustif reel de tous les antagonistes potentiels existant dans un environnement donne. L'etude comparee des deux formes du pathogene montre que ces dernieres reagissent differemment aux traitements a l'aide des antagonistes. Ce comportement a deja ete observe par differents auteurs, notamment concernant l'environnement chimique et pourraient expliquer la soudaine explosion de cette maladie en france, particulierement celle due a la forme maculata, liee a l'inadequation de la lutte chimique actuellement pratiquee. Nos resultats montrent par ailleurs que certains antagonistes agissent en fait par effet synergique car ils inhibent in vitro certaines sequences biologiques du pathogene et induisent l'elicitation de proteines de defenses chez l'hote. Ainsi, l'actinomycete micromonospora 6 induit la production d'une chitinase chez l'orge qui est egalement produite lors de l'attaque par d. Teres. Les pr proteines pourraient constituer un outil efficace de l'amelioration genetique de l'orge si l'on etablit une relation (qualitative ou quantitative) entre leur production et la resistance a l'helminthosporiose
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Martin, Thibaud. "La résistance aux insecticides de Heliccoverpa armigera (Hübner) en Afrique de l'Ouest : du mécanisme à la gestions". Toulouse 3, 2003. http://www.theses.fr/2003TOU30087.
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Pennetier, Cédric. "Interactions entre insecticides non-pyréthrinoïdes et répulsifs pour la lutte contre Anopheles gambiae : mécanismes, efficacité et impact sur la sélection de la résistance". Montpellier 1, 2008. http://www.theses.fr/2008MON1T004.
Abstract (sommario):
Les moustiques anophèles sont les vecteurs du parasite Plasmodium falciparum, principal agent du paludisme humain en Afrique sub-saharienne. L'utilisation massive de moustiquaires imprégnées de pyréthrinoïdes est la stratégie anti-vectorielle recommandée par l'OMS pour limiter la transmission du paludisme. La résistance aux pyréthrinoïdes se développe parmi les vecteurs majeurs du paludisme, notamment par l'intermédiaire de la mutation Kdr qui confère une résistance croisée à tous les pyréthrinoïdes, et risqque de compromettre l'efficacité des moustiquaires imprégnées. La recherche d'alternatives aux pyréthrinoïdes est donc une priorité. Dans ce travail, nous avons initié l'étude d'un nouveau concept : combiner un insecticide non-pyréthrinoïde et un répulsif sur une moustiquaire afin de maintenir son efficacité contre des moustiques résistants aux pyréthrinoïdes. Les études menées au laboratoire ont permis de mettre en évidence des interactions de type synergie entre des insecticides carbamates ou organophosphorés (OPs) et des répulsifs sur des moustiques vecteurs. Ces interactions poisitves ont conféré aux mélanges des caractéristiques comparables à celle d'un pyréthrinoïde standard en termes d'effet insecticide, d'effet knock down et d'irritabilité et ont augmenté le temps d'efficacité des molécules sur la moustiquaire. Ces caractéristiques se sont maintenues contre des moustiques résistants aux pyréthrinoïdes (gène Kdr). Deux mélanges ont été évalués contre des populations naturelles d'An. Gambiae. Pour la première fois, une synergie observée en laboratoire a été retrouvée sur le terrain. Les moustiquaires imprégnées de ces mélanges ont conféré une protection et une efficacité comparable à un pyréthrinoïde standard sur une population d'An. Gambiae sensible aux insecticides. Leur efficacité s'est maintenue contre des An. Gambiae fortement résistants aux pyréthrinoïdes (gène Kdr) et aux OPs et carbamates (gène Ace. 1R). De plus, l'utilisation de ces mélanges sur moustiquaire n'a induit aucune pression de sélection sur ces gènes de résistance (Kdr et Ace. 1R). Les mécanismes physiologiques à l'origine de la synergie ont été étudiés afin d'optimiser l'utilisation des mélanges en santé publique. Dans la mesure où le mode d'action des répulsifs était mal connu, nous avons, par des approches toxicologique, électrophysiologique et biochimique, identifié l'acétylcholinestérase comme cible du dyéthyl-m-toluamide (DEET) dans le système nerveux central (SNC) des insectes. Nos résultats actuels sur le mode d'action du DEET ont permis de proposer une cascade d'événements menant à une augmentation importante de la concentration en calcium intracellulaire laquelle entraîne la mort des neurones de l'insecte. Ces deux effets au niveau du SNC de l'insecte peuvent expliquer la neurotoxicité du DEET et la synergie détectée avec les Ops ou les carbamates. Ces études sur les interactions insecticide non-pyréthrinoïde / répulsif offrent des perspectives opérationnelles alternatives aux pyréthrinoïdes. D'une manière générale, ce travail souligne l'intérêt d'utiliser les répulsifs pour la lutte anti-vectorielle et la nécessité de mieux comprendre leurs modes d'action au niveau du système nerveux des insectes vecteurs. En effet, l'élargissement de la gamme de molécules disponibles pour la lutte anti-vectorielle peut permettre la mise en place de nouvelles stratégies et contribuer à une meilleure gestion de la résistance chez les insectes vecteurs de maladies humaines.
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Zogo, Mahugnon Barnabas. "Impact entomologique de stratégies complémentaires de lutte intégrée contre le paludisme dans un contexte de résistance des vecteurs aux insecticides au nord de la Côte d’Ivoire". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT056.
Abstract (sommario):
L’expansion de la résistance des vecteurs aux pyréthrinoïdes et le ralentissement des progrès obtenus récemment dans la lutte contre le paludisme en Afrique mettent en exergue le besoin urgent de déployer des stratégies complémentaires aux moustiquaires imprégnées d’insecticide à longue durée d’action (MILDA) pour accélérer la réduction du poids de la maladie. Les stratégies telles que le renforcement de l’Information, l’Education et la Communication (IEC), les pulvérisations intradomiciliaires (PID) et la lutte anti-larvaire (LAL) à base du Bacillus thuringiensis isralensis (Bti) sont disponibles mais le réel bénéfice de leur utilisation en combinaison aux MILDA reste à démontrer. L’objectif principal du présent travail a été de mesurer l’impact additionnel de ces trois stratégies sur la transmission des Plasmodium spp. à travers un essai contrôlé randomisé mené dans 28 villages du district sanitaire de Korhogo, au Nord de la Côte d’Ivoire, une zone de résistance des vecteurs aux pyréthrinoïdes. En amont du déploiement de ces interventions, mon travail de thèse a d’abord permis 1) l’étude de l’efficacité d’une nouvelle formulation de larvicide en conditions semi-contrôlées ; 2) l’étude de la bionomique des anophèles vecteurs, des mécanismes de résistance aux insecticides et de la transmission des Plasmodium spp et 3) l’identification et la caractérisation des gîtes larvaires d’anophèles dans la zone d’étude. Le suivi post-intervention a permis de montrer 1) une réduction de la densité agressive des vecteurs (69%) cinq mois après le démarrage de la stratégie IEC, de l’indice sporozoïtique (84%) et du TIE (86%) dans le bras MILDA + IEC par rapport au bras MILDA seules ; 2) une réduction de la densité agressive des vecteurs deux mois (72%) et quatre mois (69%) après la mise en place de la PID puis du TIE (62%) dans le bras MILDA + PID par rapport au bras MILDA seules ; 3) une réduction de la densité agressive des vecteurs (95%) trois mois après le démarrage de la LAL et du TIE (88%) dans le bras MILDA + LAL par rapport au bras MILDA seules. Ces résultats montrent que les stratégies IEC, PID et LAL sont des stratégies complémentaires efficaces pour réduire l’intensité de la transmission à Korhogo. L’analyse des données épidémiologiques de l’essai permettra de mieux apprécier le bénéfice additionnel de ces stratégies sur le poids du paludismeThe spread of pyrethroid resistance in malaria vectors and the stalling of recent progress in malaria control in Africa highlight the urgent need to deploy complementary strategies to long-lasting insecticidal nets (LLINs) to accelerate the reduction in the disease burden. Strategies such as strengthened Information, Education and Communication (IEC), Indoor Residual Spraying (IRS) and larviciding with Bacillus thuringiensis isralensis (Bti) are available but the actual benefit of their use in combination with LLINs remains to be demonstrated. The main objective of this work was to measure the additional impact of these three strategies on malaria transmission through a randomized controlled trial run in 28 villages in the health district of Korhogo, northern Côte d’Ivoire, an area of vector resistance to pyrethroids. Prior to the deployment of these strategies, my work allowed us to 1) assess the efficacy of a new larvicide formulation under semi-field conditions; 2) study vector bionomics, insecticide resistance mechanisms and malaria transmission; 3) identify and characterize Anopheles spp. breeding habitats in the study area. Data from post-intervention surveys showed 1) a reduction of vector density (69%) five months after the beginning of the IEC strategy, of sporozoïte rate (84%) and of IER (86%) in the LLIN+IEC arm relative to the LLIN alone arm; 2) a reduction of vector density at months two (72%) and four post-IRS (69%) and of EIR (62%) in the LLIN+IRS arm relative to the LLIN alone arm; 3) a reduction of vector density (95%) three months after the beginning of larviciding intervention and of IER (88%) in the LLIN + larviciding arm relative to the LLIN alone arm. These results provide evidence that IEC, IRS and larviciding are effective complementary strategies to reduce transmission intensity in Korhogo. Analysis of epidemiological data collected during the trial will allow a better understanding of the additional benefit of these strategies on the malaria burden
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Jouy, Nicolas. "Etude de la résistance naturelle de deux Lycopersicon à des ravageurs de cultures maraîchères : identification des substances responsables, les (2,3,4-tri-O-acyl)-}a-D-glucopyranosyl)-(3-O-acyl)-b-D-fructofuranoside". Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20278.
Abstract (sommario):
L'etude de l'origine de la resistance de deux lycopersicon a des ravageurs a ete realisee grace a l'execution en parallele de deux protocoles experimentaux complementaires. Le premier rassemble des techniques physico-chimiques comprenant l'extraction par solvants, le fractionnement des extraits (chromatographie sur colonne ou sur couche mince) puis l'analyse et l'identification (c. P. G. , h. P. L. C. , r. M. N. Et spectrometrie de masse) des substances actives isolees. Le second consiste en la mise au point de tests standardises permettant de quantifier l'activite des differents extraits obtenus, sur plusieurs ravageurs de cultures maraicheres. Nous avons ainsi mis en evidence l'origine purement mecanique de la resistance de lycopersicon hirsutum humb. Et bonpl. A un puceron, aphis gossypii (glober). Par contre, l'etude de l'antibiose chez l. Cheesmanii riley a conduit a isoler et a identifier une famille de substances chimiques - les esters de saccharose- responsables de la resistance de cette plante a lyriomiza trifolii (burgess). Ce point merite d'etre souligne car ces composes n'avaient jamais ete signales dans cette plante auparavant. Les determinations chimiques permettent d'identifier ces esters de saccharose comme etant les (2, 3, 4-tri-o-acyl)-alpha-d-glucopyranosyl)-(3-o-acyl-beta-d-fructofuranoside. Le mode d'action de ces substances est du type anti-appetant. Des tests sur plutella xylostella (l. ) (la teigne des cruciferes) et henosepilachna reticulata (olivier) (coccinelle defoliatrice des cucurbitacees) ont demontre l'efficacite, en pulverisations foliaires, de ces esters de saccharose extraits de l. Cheesmanii
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Legnani, Robert. "Analyse, comparaison et exploitation des résistances au virus Y de la pomme de terre (PVY) et au tobacco etch virus (TEV) chez la tomate". Montpellier 2, 1995. http://www.theses.fr/1995MON20240.
Abstract (sommario):
Chez lycopersicon hirsutum pi 247087, la resistance au virus y de la pomme de terre (pvy) et au tobacco etch virus (tev), s'exprime par une forte inhibition de l'accumulation virale dans les feuilles inoculees. Ce mecanisme de resistance n'est pas influence par les differents facteurs biotiques et abiotiques. Il s'exprime vis-a-vis de toutes les souches testees sauf celles appartenant au dernier des sept pathotypes de pvy definis. Chez pi 247087, il y a egalement une inhibition partielle de l'accumulation et de la migration des souches de pvy appartenant a ce dernier. Le nombre de genes reveles controlant la resistance et l'expression de cette derniere se sont reveles variables selon la souche de pvy utilisee. Un des genes controlant la resistance au pvy pourrait egalement controler la resistance au tev
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Garnault, Maxime. "Étude de l’évolution des résistances aux fongicides chez Zymoseptoria tritici, agent de la septoriose du blé, et quantification multi-échelle de ses déterminants". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLA030.
Abstract (sommario):
La septoriose causée par le champignon Zymoseptoria tritici est une maladie majeure du blé et provoque des pertes de rendement pouvant atteindre 50 %. Le contrôle de ce pathogène repose en partie sur la lutte variétale et agronomique, mais aussi et principalement sur la lutte chimique. La durabilité des fongicides est cependant menacée par l’émergence de mutants résistants, i.e. présentant une moindre sensibilité à une ou plusieurs substances actives. Lorsque le niveau de résistance et/ou la fréquence de ces individus sont élevés dans la population, la protection chimique peut être mise en échec. Alors, les doses et/ou le nombre d’applications peuvent être amenés à augmenter pour maintenir un même seuil de protection. La gestion des résistances apparaît ainsi nécessaire à la réduction de l’utilisation des pesticides, s’inscrivant dans la vision d’une agriculture plus durable et moins dépendante des intrants chimiques.Le réseau Performance (Arvalis-INRA), créé en 2004, a pour rôle de faire des recommandations régionales et annuelles sur l’utilisation des fongicides anti-septoriose. En 2017, il recueillait des informations de 1007 essais blé répartis dans les différents bassins céréaliers français. Ces essais portaient sur l’efficacité de traitements fongicides et leur capacité à gérer les résistances. Dans cette thèse, nous avons décidé d’analyser ces données dans leur globalité, en abordant la question des déterminants de l’évolution des résistances à l’échelle de la région et de la parcelle. Pour y parvenir, nous avons développé des modèles statistiques permettant de quantifier l’effet de différents facteurs sur les fréquences de résistance observées dans les parcelles traitées et non traitées du réseau.Dans un premier temps, nous avons mis en évidence et quantifié l’hétérogénéité de la sélection des résistances à 3 modes d’action fongicides, à l’échelle régionale. L’estimation de taux de croissance a montré que les différentes résistances évoluaient à des vitesses significativement différentes, avec des vitesses bien supérieures pour la résistance aux strobilurines. Nous avons montré que la résistance pouvait évoluer de manière inégale au sein d’un territoire et segmenter l’espace selon la nature et la fréquence des résistances, opposant généralement le Nord et du Sud de la France. Ensuite, nous avons expliqué ces hétérogénéités par (i) l’utilisation régionale des fongicides (i.e. pression de sélection), (ii) la proportion en surfaces non traitées (i.e. refuges) et (iii) les pertes de rendement liées à la septoriose (i.e. taille de population du pathogène). Nous avons montré que l’utilisation des fongicides avait un poids prépondérant dans la variabilité observée (jusqu’à 87 %). Enfin, nous avons étudié, à l’échelle de la parcelle, l’effet du mélange et de la réduction de la dose de fongicide sur la sélection, qui sont des stratégies de lutte anti-résistance couramment utilisées par les agriculteurs. Nous avons montré que la sélection est ralentie par la diversité des fongicides utilisés (diversité intra- et inter- mode d’action). De plus, comme précédemment à l’échelle régionale, nous avons estimé la manière dont la quantité de fongicide appliquée sur une parcelle module la sélection des différentes résistances.En conclusion, ces travaux ont permis de décrire, quantifier et produire un cadre de référence pour étudier l’évolution des résistances à grande échelle, mais également de comparer la durabilité de deux stratégies majeures d’utilisation des fongicides à l’échelle de la parcelle. Ces analyses ont été réalisées sur des échelles spatiales et temporelles inédites dans la littérature scientifique grâce à la richesse des jeux de données étudiés. Les méthodes développées ne sont pas spécifiques à l’étude de Z. tritici et les résultats obtenus pourront servir d’appui à l’amélioration de la prédiction de l’évolution des résistances, indispensable pour contribuer au changement des pratiques de lutte chimique en agricultureSeptoria leaf blotch is a major wheat disease caused by the pathogenic fungus Zymoseptoria tritici. It can induce yield losses up to 50%. The control of this pathogen relies on cultivar resistance, cultural control but mostly on the use of fungicides. However, the sustainability of chemical control is threatened by the emergence of resistant mutants, i.e. individuals with decreased sensitivity to one or several active ingredients. When resistance factors and/or resistance frequencies are high in populations, chemical control efficacy can be jeopardized. Therefore, the dose and/or the number of sprays may have to be increased in order to ensure the same level of crop protection. Resistance management thus appears crucial to reduce pesticide use, in line with the vision of a more sustainable agriculture that is less dependent on chemical inputs.The Performance network (Arvalis-INRA) has been created in 2004 to provide regional and annual recommendations for the use of anti-septoria fungicides. In 2017, it gathered information from 1007 wheat trials, distributed in the various French cereal basins. These trials were designed to determine the efficacy of different spray programs and their ability to manage resistance. In this thesis, we decided to analyze the Performance dataset as a whole, to understand the determinants of resistance evolution at the regional and field scales. To achieve this, we developed statistical models to quantify the effect of several factors on the observed resistance frequencies from both treated and untreated plots.First, we highlighted and quantified the heterogeneity of resistance selection towards 3 modes of action at the regional scale. Growth rates estimates showed that the different resistances evolved at significantly different rates, with much higher rates for the resistance to strobilurins. We detected contrasted resistance evolutions within the French regions, with a clear disparity between the North and the South of France. Then, we explained these heterogeneities using (i) the regional use of fungicides (i.e. selection pressure), (ii) the proportion of untreated surfaces (i.e. refuges), (iii) yield losses related to septoria leaf blotch (i.e. population size of the pathogen). We showed that fungicide use was a major factor in the observed variability (up to 87 %). Finally, we studied at the field scale the effect of fungicide mixture and dose reduction on selection, which are common anti-resistance strategies used by farmers. We showed that selection is slowed down by the diversity of fungicides used (intra- and inter-mode of action diversity). In addition, as previously at the regional scale, we estimated how the amount of fungicide applied to a plot modulates the selection of different resistances.To conclude, we described, quantified and produced a reference framework to study of large-scale resistance evolution. In addition, we also compared the sustainability of two major anti-resistance strategies at the field scale. These analyses were carried out on spatial and temporal scales unprecedented in the scientific literature. The methods developed are not specific to Z. tritici and our results can be used to improve the prediction of resistance, which is essential to change chemical control practices in agriculture
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Manga, Bella. "Etude de la diversité de "Colletotrichum kahawae" responsable de l'anthracnose des baies et caractérisation de la résistance du caféier Arabica à cet agent pathogène". Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20088.
Abstract (sommario):
Colletotrichum kahawae, agent pathogene responsable de l'anthracnose des baies du cafeier arabica (coffea arabica l. ) est un fleau economiquement important pour les pays producteurs. Actuellement limitee au seul continent africain, cette maladie constitue une grave menace pour les grandes zones de production d'amerique latine. La diversite genetique des populations pathogenes des pays d'afrique de l'est et du cameroun a ete evaluee par determination des groupes de compatibilite vegetative (gcv) et a l'aide des marqueurs rapd (random amplified polymorphic dna). La caracterisation des relations hote/parasite a ete realisee a l'aide d'inoculations artificielles sur hypocotyles de semenceaux deracines et sur baies vertes detachees de cafeiers arabica. A une exception pres, tous les isolats de c. Kahawae etudies appartiennent au meme gcv. Les caracteristiques des heterocaryons sub-divisent ce groupe en deux sous groupes geographiques : les isolats provenant d'afrique de l'est d'une part et les isolats provenant du cameroun d'autre part. L'analyse de la distribution des marqueurs rapd confirme l'existence d'une differenciation genetique entre ces deux populations geographiques. Une faible diversite genetique a ete detectee dans chacune d'elles. Des tests de pathogenie realises avec les differents isolats etudies n'ont pas mis en evidence de reactions specifiques de resistance. Toutefois, differents niveaux d'agressivite entre les isolats et differents niveaux de resistance entre les genotypes ont ete observes. La resistance du cafeier arabica semble de nature non specifique et quantitative. Les resultats obtenus avec les tests sur baies vertes detachees et sur hypocotyles de semenceaux deracines classent la majorite des genotypes sensibles. Les resultats obtenus avec le test sur hypocotyles lors des evaluations des genotypes du cameroun vis-a-vis des isolats du cameroun se sont montres reproductibles. Toutefois, il n'a pas ete possible d'etablir des correlations entre les resultats obtenus par inoculations artificielles et les resultats disponibles du comportement des arbres au champ. Cependant, des genotypes presentant des caracteres de resistance vis a vis des trois methodes d'evaluations ont ete identifies et peuvent etre retenus comme des geniteurs resistants a l'anthracnose des baies.
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Steva, Hervé. "Résistance de l'oi͏̈dium de la vigne (uncinula necator (Schw. ) Burr. ) aux fongicides inhibiteurs de la biosynthèse des stérols". Bordeaux 2, 1992. http://www.theses.fr/1992BOR28177.
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Bastien, Maxime. "Étude de la résistance à la sclérotiniose chez le soya". Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/30341/30341.pdf.
Abstract (sommario):
La sclérotiniose, causée par le champignon Sclerotinia sclerotiorum, est une des maladies les plus importantes de la culture du soya dans l’est du Canada. L’utilisation de cultivars résistants est la manière la plus efficace et économique pour lutter contre l’agent pathogène. Or, la pression de maladie au champ varie considérablement d’une année à l’autre selon les conditions climatiques, ce qui complique l’identification de matériel résistant. Nous avons donc développé une méthode d’inoculation artificielle fiable et reproductible pour évaluer la résistance à la sclérotiniose du soya en serre et au champ. Appelée méthode «du coton», elle consiste à appliquer des morceaux de tampon à démaquiller, trempés dans une suspension de mycélium broyé, sur un bourgeon floral, et à mesurer la longueur de la lésion qui se développe sur la tige après une semaine. Cette méthode simple et rapide donne des résultats comparables à la méthode de référence utilisée au Québec tout en départageant la résistance vraie des mécanismes d’évitement. Nous avons ensuite utilisé la méthode du coton pour caractériser le degré de résistance au sein d’une collection de 130 lignées de soya représentative de l’étendue de la diversité génétique présente chez cette espèce au Québec. En parallèle, nous avons mis au point une méthode de génotypage par séquençage à haut débit pour le soya et l’avons utilisée pour génotyper la collection. Le séquençage a produit 266,7 millions de séquences distinctes qui, après différents filtres, ont révélé 7 864 marqueurs SNP répartis sur les 20 chromosomes du soya. Des analyses d’association entre le degré de résistance et le génotype des lignées de la collection ont révélé la présence de quatre locus de caractère quantitatif (QTL) conférant une résistance accrue à l’agent pathogène. L’association la plus forte a été validée chez une population issue d’un croisement entre deux parents contrastés à ce locus. De plus, aucun des génotypes les plus résistants ne porte tous les allèles de résistance, ce qui indique qu’on peut développer du matériel présentant une résistance accrue à la sclérotiniose. Ces résultats ouvrent des perspectives prometteuses pour la sélection assistée de marqueurs ou la sélection génomique.Sclerotinia stem rot (SSR), caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum, is one of the most important soybean diseases in Eastern Canada. Using resistant varieties is the most efficient and economic way to repress this disease. However disease pressure in the field fluctuates considerably from year to year according to climatic conditions, thus impeding the identification of resistant material. We developed a reliable and reproducible artificial inoculation method to assess resistance in the greenhouse and in the field. Named the «cotton pad method», it relies upon applying a piece of cotton pad soaked in a mycelial suspension on a floral bud and to measure the ensuing lesion length one week after inoculation. This quick and easy method provides disease ratings similar to the reference method used in Québec and is able to distinguish true resistance from disease avoidance mechanisms. We then used the cotton pad method to evaluate the degree of resistance in a panel of 130 soybean lines representing the genetic diversity present in this species in Quebec. In parallel, we developed a high-throughput genotyping by sequencing method for soybean and used it to genotype the collection. Sequencing provided 266.7 million distinct sequences, which yielded 7,864 SNPs on the 20 soybean chromosomes after several filtering steps. Association mapping performed between the genotype of the lines and their resistance level revealed the presence of four quantitative trait loci (QTLs) associated with SSR resistance. The strongest association was validated in a biparental population generated from a cross between two parents contrasted at this locus. Furthermore, none of the most resistant lines developed so far carries all of the resistance alleles, which suggests that it is possible to develop lines presenting increased SSR resistance. These results are promising for marker assisted or genomic selection.
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Germanos, Gaby. "Caractérisation d’un gène de résistance contre la tordeuse des bourgeons de l’épinette (Choristoneura fumiferana) chez l’épinette blanche (Picea glauca (Voss) Moench)". Master's thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25304.
Abstract (sommario):
Lors d’une épidémie localisée de tordeuse des bourgeons de l’épinette (Choristoneura fumiferana), certaines épinettes blanches (Picea glauca (Voss.) Moench) furent épargnés. L’expression d’un gène, Pgβglu-1, codant pour une enzyme de type bêta-glucosidase est liée à la production d’acétophénones s’accumulant dans les aiguilles des arbres peu défoliés. La variation de l’expression de Pgβglu-1 semble relèver d’une régulation inhérente et unique aux arbres résistants. Nos résultats permettent d’établir une corrélation entre l’expression du gène, l’accumulation des acétophénones actives et le stade le plus destructif de l’insecte. Ils montrent aussi que le niveau d’expression de Pgβglu-1 est transmis entre les générations d’arbres et peut être induit. Les séquences d’ADN codants du gène ont été obtenues, mais aucune différence n’a été observée permettant de différencier les résistants des non-résistants. Une connaissance plus approfondie du phénomène pourrait aider au développement d’une lutte intégrée visant à mitiger les dégâts causés par la tordeuse en période d’épidémie.A localized spruce budworm (Choristoneura fumiferana) outbreak that took place in a white spruce plantation (Picea glauca (Voss.) Moench) left some trees almost untouched while many others had severe defoliation. Expression of agene coding for a beta-glucosidase enzyme was identified (Pgβglu-1) and was linked to the accumulation of two acetophenones in the foliage of resistant trees. We propose that the expression variation of Pgβglu-1 involve regulation that is unique to resistant trees. Our results establish a correlation between gene expression, the accumulation of biologically active acetophenones and the most destructive larval instar of the insect. Our results also show that Pgβglu-1expression is genetically transmitted and can be induced. Coding DNA sequences of the gene were obtained but no differences were observed that could differentiate between resistant and non-resistant trees. A deeper understanding of the phenomenon could help in the development of an integrated management aiming to mitigate damage caused during outbreaks.
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Abd, Elfatah Hamida Ahmed. "Une approche fonctionnelle de la compétition entre espèces adventices et espèces cultivées : application au cas de Solanum nigrum L. et de la tomate Lycopersicon esculentum Mill". Montpellier 2, 1987. http://www.theses.fr/1987MON20257.
Abstract (sommario):
A partir de deux concepts ecologiques, ceux de competition et d'adventice, tres fortement impliques dans les activites agronomiques, et dont la signification est passee en revue, une comparaison est presentee en milieu naturel, mais selon un dispositif controle, en termes de pouvoir competitif de 3 adventices: amaranthus rotroflexus, solanum nigrum et echinochloa crusgalli vis-a-vis d'une espece cultivee lycopersicon esculentum. Les resultats obtenus permettent de classer, selon un ordre decroissant de leur pouvoir competitif: a. Retroflexus e. Crus-galli solanum nigrum. L'etude s'est poursuivie ensuite essentiellemnt sur le couple solanum nigrum (morelle) et l. Esculentum (tomate) des le stade de la floraison
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Diabaté, Abdoulaye. "Le paludisme au Burkina Faso : étude de la transmission et répartition géographique de la résistance d'"Anopheles gambiae" SL aux pyréthrinoi͏̈des". Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20026.
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Lavigne, Jean-Philippe. "Lutte contre les infections bactériennes : de l'optimisation de l'administration d'antibiotiques à l'étude d'un modèle de virulence (Brucella suis)". Montpellier 1, 2004. http://www.theses.fr/2004MON1T015.
Abstract (sommario):
POUR LUTTER CONTRE LA PROGRESSION DE LA RESISTANCE BACTERIENNE, DIFFERENTES ACTIONS ONT ETE MENEES AU NIVEAU DE CHAQUE CENTRE HOSPITALIER : DES ETUDES SUR L'ECOLOGIE BACTERIENNE LOCALE OU SUR LA TRANSMISSION DES BACTERIES MULTI-RESISTANTES, DES FORMATIONS RENFORCEES DE PERSONNELS INFIRMIERS. . . PAR AILLEURS, LE MINISTERE ENCOURAGE LES PROGRAMMES DE RECHERCHE BASES SUR LA DECOUVERTE DE NOUVEAUX TRAITEMENTS ANTI-BACTERIENS. CETTE THESE S'INSCRIT DANS CES OBJECTIFS. DANS LE BUT D'UNE MEILLEURE UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES, CE TRAVAIL A PERMIS D'OPTIMISER L'ADMINISTRATION DE 2 ANTIBIOTIQUES (CEFTAZIDIME ET SULBACTAM) SUR DES SOUCHES D'ENTEROBACTERIES SECRETRICES DE ß-LACTAMASES A SPECTRE ETENDU. PAR AILLEURS, TROUVER DE NOUVELLES CIBLES NECESSITENT UNE MEILLEURE COMPREHENSION DES STRATEGIES UTILISEES PAR LES BACTERIES POUR PROVOQUER LA MALADIE. L'OBJECTIF N'EST PLUS FORCEMENT DE TUER LA BACTERIE, MAIS PLUTOT DE LA DESARMER. L'ETUDE DES SYSTEMES DE SECRETIONS ET DES PROTEINES EFFECTRICES CONSTITUE UN DES ENJEUX MAJEURS DANS LA COMPREHENSION DE LA VIRULENCE BACTERIENNE. NOUS AVONS UTILISE DANS CE BUT LE MODELE DE VIRULENCE, BRUCELLA SUIS, UN BACILLE A GRAM NEGATIF, QUI SURVIT ET SE MULTIPLIE AU SEIN DES CELLULES INFLAMMATOIRES TELLES QUE LES MACROPHAGES. AU COURS DE NOTRE TRAVAIL, NOUS AVONS MIS AU POINT UNE NOUVELLE STRATEGIE POUR IDENTIFIER LES PROTEINES SECRETEES PAR BRUCELLA DANS LE CYTOPLASME DES CELLULES PHAGOCYTAIRES, BASEE SUR LA SECRETION D'HYBRIDES OBTENUS PAR FUSION DE PROTEINES DE B. SUIS AVEC LA TOXINE YopP DE YERSINIA ENTEROCOLITICA. NOUS AVONS IDENTIFIE UNE NOUVELLE PROTEINE, BvfA (BRUCELLA VIRULENCE FACTOR A), QUI PRESENTE LES PROPRIETES ATTENDUES POUR UN FACTEUR DE VIRULENCE MAJEUR EN RELATION AVEC LE SEUL SYSTEME DE SECRETION CONNU CHEZ BRUCELLA, VirB : I) COMPORTEMENT DE MUTANT KNOCKOUT DE bvfA SIMILAIRE A CELUI DU MUTANT virB DURANT L'INFECTION INTRACELLULAIRE IN VITRO ET IN VIVO, II) CO-REGULATION DE L'EXPRESSION DE bvfA AVEC CELLE DE L'OPERON virB DURANT LA PERIODE D'ACIDIFICATION DU PHAGOSOME. DE PLUS, NOUS AVONS IDENTIFIE UNE NOUVELLE VOIE DE SORTIE DES PROTEINES RECEMMENT DECRITE CHEZ PSEUDOMONAS AERUGINOSA, LE SYSTEME TWIN-ARGININE TRANSLOCATION. DANS L'AVENIR, NOUS POUVONS IMAGINER QUE LE DEVELOPPEMENT DE NOUVELLES MOLECULES ANTIBACTERIENNES AURA POUR BUT DE CIBLER DES SYSTEMES DE SECRETIONS OU DES MOLECULES EFFECTRICES OU D'OPTIMISER L'ADMINISTRATION DES ANTIBIOTIQUES. CES DECOUVERTES AURONT DES RETOMBEES SUR LE TRAITEMENT DE PLUSIEURS BACTERIES PATHOGENES D'IMPORTANCE MAJEURE.
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Nance, Eric. "Localisation chromosomique et expression tissulaire des gènes amplifiés codant les estérases impliquées dans la résistance aux insecticides organophosphorés chez "Culex pipiens"". Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20145.
Abstract (sommario):
Chez le moustique culex pipiens, la resistance aux insecticides orgosphosphores peut etre due a une augmentation de la detoxication par des esterases qui sont surproduites grace a l'amplification des genes qui les codent. Nous montrons, en utilisant des techniques d'hybridation in situ et d'immunohistochimie, que les genes amplifies sont sur un meme chromosome et nous identifions les tissus dans lesquels ils s'expriment. Les esterases de detoxication n'existent que dans certains tissus de l'animal et la nature de ces tissus varie selon les souches. Il semble que la distribution tissulaire des esterases surproduites soit un facteur capital dans l'acquisition d'un taux de resistance eleve
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Pocquet, Nicolas. "Résistances aux insecticides chez les Culicidae vecteurs en territoires insulaires". Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20006/document.
Abstract (sommario):
La résistance aux insecticides est un phénomène naturel d'adaptation des insectes. Lorsqu'elle apparaît dans une population de vecteur, elle compromet les interventions de lutte anti-vectorielle, et limite les possibilités de contrôle des agents pathogènes qu'ils transmettent. La résistance aux insecticides chez les Culicidae vecteurs est largement répandue de par le monde, et on la retrouve notamment dans les territoires insulaires. Cependant, l'isolement géographique des îles influe sur la présence et la distribution des allèles de résistance. En travaillant sur quatre espèces de moustiques dans plusieurs contextes insulaires, nous nous sommes attachés à (i) évaluer les niveaux de résistance et à caractériser les mécanismes impliqués, (ii) identifier les facteurs, contextuels et/ou évolutifs, expliquant la présence et la distribution des gènes de résistance chez certaines de ces espèces, et (iii) évaluer de nouveaux outils de lutte pouvant être mis en place dans le contexte insulaire particulier que représente Mayotte. Nos résultats montrent une forte résistance de Culex p. quinquefasciatus à toutes les familles d'insecticides utilisées jusqu'à présent dans l'Océan Indien. Cependant, la distribution de ces mécanismes de résistance a présenté une forte hétérogénéité régionale, les allèles de résistance n'étant pas présents dans toutes les îles et/ou pas aux mêmes fréquences. De plus, à une échelle plus locale sur l'île de Mayotte, il existe de fortes disparités entre les espèces étudiées en terme de résistance. Ces différences inter-espèces, intra-île et inter-îles sont discutées en fonction de l'influence des pressions de sélections locales et de leurs sources, et du coût génétique des différents allèles présents. Des propositions d'évolution des pratiques de lutte à Mayotte sont énoncées, intégrant les nouveaux outils que nous avons évalués sur le terrainInsecticide resistance is a natural adaptation phenomenon of insects. When it occurs in a vector population, it compromises vector control interventions, and therefore limits the ability to control the diseases they transmit. Insecticide resistance in Culicidae is widespread throughout the world, and is also found in islands. However, their geographic isolation influences the presence and distribution of resistance alleles. We have worked on four mosquito species in several islands, and we tried to (i) assess the resistance levels and characterize the mechanisms involved, (ii) identify contextual and/or evolutionary factors explaining the presence and distribution of resistance genes in some of these species, and (iii) evaluate new control tools that can be implemented in the specific context of Mayotte island. Our results showed a strong resistance of Culex p. quinquefasciatus to all insecticide families used so far in the Indian Ocean. However, the distribution of resistance mechanisms showed a strong spatial heterogeneity. Indeed, some resistance alleles were not present on all islands and/or not at the same frequencies. In addition, at a more local scale in Mayotte, there were strong differences of resistance status between species. These differences between species and islands are discussed in relation to the influence of local selection pressures and their origins, and to the fitness cost of different alleles. Proposals for modification in vector control practices are set to Mayotte, integrating new tools we have evaluated on the field
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Goulois, Joffrey. "Diversité des modes de résistance de cible aux antivitamines K chez les rongeurs". Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1048/document.
Abstract (sommario):
Les populations de rongeurs sont responsables de nombreux problèmes économiques et sanitaires. Pour ces raisons certains rongeurs sont qualifiés de nuisibles, tels que le rat brun, le rat noir et la souris domestique. En conséquence, leurs populations doivent être gérées. Cette gestion implique des mesures sanitaires et écologiques strictement indispensables mais passe aussi par l'utilisation de produits chimiques toxiques. Dans le cadre de la lutte chimique, les AVKs sont actuellement les molécules les plus utilisées. Ces AVKs inhibent la coagulation sanguine et sont à l'origine d'hémorragies mortelles. La cible pharmacologique des AVK est l'enzyme VKOR, codée par le gène vkorc1. Cependant, l'utilisation intensive des AVKs depuis les années 1950 a eu pour conséquence, chez les rongeurs, la sélection de résistance à ces molécules. La résistance de cible a été bien étudiée chez le rat brun mais est très peu connue chez la souris domestique et le rat noirRodent populations are responsible for many economic and health problems. For these reasons different rodents species are called pests and particularly brown rats, house mice and black rats. Their populations need to be managed. This management involves health and environmental measures strictly necessary but is also based on the use of toxic chemicals. As part of chemical control, the AVKs are currently the most commonly used molecules. These AVKs inhibit blood coagulation and are the cause of fatal bleeding. The pharmacological target of AVK is the VKOR enzymatic activity, encoded by the vkorc1 gene. However, the intensive use of AVKs since the 1950s has led to the development of resistance to these molecules. The target resistance has been well studied in the brown rat, but little is known in the house mouse and the black rat
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Lakkis, Sara. "Résistance systémique induite par Pseudomonas fluorescens et Bacillus subtilis chez des génotypes de vigne de différentes sensibilités au mildiou et à la pourriture grise Strengthening Grapevine Resistance by Pseudomonas fluorescens PTA-CT2 Relies on Distinct Defense Pathways in Susceptible and Partially Resistant Genotypes to Downy Mildew and Gray Mold Diseases". Thesis, Reims, 2019. http://www.theses.fr/2019REIMS025.
Abstract (sommario):
Le mildiou causé par l'oomycète Plasmopara viticola et la pourriture grise causée par le champignon Botrytis cinerea font partie des maladies les plus menaçantes dans les vignobles. La stratégie actuelle de lutte contre ces maladies repose entièrement sur l'utilisation de fongicides chimiques. L'utilisation de bactéries bénéfiques apparaît comme une stratégie durable permettant de contrôler diverses maladies. Cette méthode est principalement basée sur l'activation de l’immunitaire innée des plantes, se traduisant par une résistance systémique induite (ISR). Une telle stratégie est rendue possible pour lutter contre la pourriture grise grise, mais son efficacité contre le mildiou est encore inconnue et les mécanismes impliqués dans l’état de résistance restent à explorer. Dans cette étude, nous nous sommes focalisés sur la capacité de Pseudomonas fluorescens PTA-CT2 à induire une ISR chez la vigne contre P. viticola et B. cinerea, en utilisant deux cultivars greffés avec des sensibilités différentes au mildiou ; le Pinot noir comme sensible et le Solaris comme partiellement résistant. Nous avons ensuite examiné les différences et les similitudes entre l'ISR et la potentialisation induite par Bacillus subtilis et P. fluorescens après infection par P. viticola. Sur la base de la différence de sensibilité phénotypique des cultivars, nous avons exploré les mécanismes associés à l’ISR avant et après infection par l’agent pathogène. Nos résultats ont montré que P. fluorescens induit une ISR contre P. viticola et B. cinerea en potentialisant des voies de défense communes et distinctes en fonction de l'immunité basale du génotype. Bien que P. fluorescens élicite une synthèse hormonale et une stimulation de la photosynthèse avant l'infection chez les deux génotypes, nos résultats soulignent le rôle important des voies de défense dépendantes de l'acide salicylique (SA) et de la synthèse de phytoalexines, mais pas celles dépendantes de JA et ET dans l’ISR contre P. viticola chez les deux cultivars. L'état de potentialisation repose en outre sur la forte expression du gène HSR impliqué dans la mort cellulaire de type HR chez Solaris, alors que chez le cultivar sensible, il implique une accumulation d'ABA, plutôt qu'une mort cellulaire. L’induction de l’ISR contre B. cinerea est plutôt liée à l’activation des voies de signalisation JA et ET, mais aussi à l’accumulation de stilbènes et la réduction de la mort cellulaire chez les deux cultivars.L’approche comparative entre l’ISR induite par Bacillus subtilis et P. fluorescens a permis de révéler des différences significatives en terme de potentialisation de défenses contre P. viticola. Bien que les deux bactéries induisent une ISR de niveau comparable en potentialisant principalement la voie de SA et l’accumulation de stilbènes chez les deux cépages, les fortes réponses sont procurées par B. subtilis qui induit aussi une expression élevée du gène HSR et l’accumulation de SA surtout chez le cépage hybride résistant. P. fluorescens quant à elle, elle potentialise dans une moindre mesure l’expression d’autres gènes liés au SA et l'accumulation d'ABA dans les deux variétés. Ces résultats suggèrent que l’ISR induite par B. subtilis et P. fluorescens contre P. viticola pourrait opérer selon des mécanismes communs et distincts en fonction de la résistance basale du génotype de la vigne.Des analyses transcriptomiques supplémentaires ont été effectuées sur du Pinot noir traité avec P. fluorescens après inoculation de B. cinerea et P. viticola, afin de caractériser l'expression de gènes associés à l’ISR contre des agents pathogènes de modes de vie différents. Un grand nombre de gènes exprimés de manière différentielle (DEG) identifiés à partir des données d'ARN-seq suggère que l’ISR induite par P. fluorescens pourrait être associé à la potentialisation de plusieurs mécanismes en fonction du mode de vie de l'agent pathogèneDowny mildew caused by the oomycete Plasmopara viticola and grey mold caused by the fungus Botrytis cinerea are among the highly threatening diseases in vineyards. The current strategy to control these diseases relies totally on the use of chemical fungicides. The use of beneficial bacteria is arising as a sustainable strategy in controlling various diseases. This can be achieved through the activation of the plants own innate immune system, known as induced systemic resistance (ISR). Such a strategy is effective in controlling grey mold disease, but the efficiency against downy mildew is still in unknown, and the mechanisms underpinning the resistance state remain to be explored. In this study we focused on the capacity of Pseudomonas fluorescens PTA-CT2 to induce ISR in grapevine against P. viticola and B. cinerea by using two grafted cultivars differing in their susceptibility to downy mildew, Pinot noir as susceptible and Solaris as partially resistant. We then examined the differences and similarities of Bacillus subtilis- and P. fluorescens-mediated ISR and priming state after P. viticola challenge. On the basis of the contrasting phenotypic susceptibility of cultivars, we explored mechanisms underlying ISR before and upon pathogen infection. We provide evidence that P. fluorescens induces ISR against P. viticola and B. cinerea by priming common and distinct defensive pathways depending on the basal immunity of genotype. Although P. fluorescens elcits hormonal synthesis and photosynthetis efficiency before infection in both genotypes, our results highlight an important role for salicylic acid (SA)-dependent defense and phytoalexin synthesis, but not JA and ET signaling in ISR against P. viticola in both cultivars. The priming state relies further on the strong expression of HSR gene involved in HR-like cell death in Solaris, whereas in the susceptible cultivar it involves accumulation of ABA, rather than HR-like cell death. The induced ISR against B. cinerea is rather related to the activation of JA/ET signaling, but also to stilbene accumulation and reduction of cell death in both cultivars.The comparative approach between Bacillus subtilis- and P. fluorescens-ISR revealed significant differences in terms of primed defenses against P. viticola. Although both bacteria induce comparable level of ISR by mainly priming SA pathway and stilbene accumulation in both grape varieties, the strong responses are provided by B. subtilis which also induces high expression of the HR-related gene and the accumulation of SA, especially in the resistant hybrid variety. P. fluorescens potentiates to a lesser extent the expression of other SA-related genes and accumulation of ABA in both varieties. These results suggest that B. subtilis- and P. fluorescens-induced ISR against P. viticola could operate through common and distinct mechanisms depending on the basal resistance of grapevine genotype.Further transcriptomic analyses were performed on mock and P. fluorescens-treated Pinot noir after inoculation with B. cinerea and P. viticola, in order to characterize the expression of genes associated to ISR against pathogen with different lifestyle. A large number of differentially expressed genes (DEGs) identified from the RNA-seq data suggests that P. fluorescens-ISR could be associated with priming of several mechanisms depending on the pathogen lifestyle
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Hiriart, Jean-Baptiste. "Etude des mécanismes moléculaires mis en jeu dans la résistance à l'infection de plantes transgéniques exprimant la protéine capsidique du virus de la mosai͏̈que chromée de la vigne". Bordeaux 2, 1995. http://www.theses.fr/1995BOR28351.
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Denise, Hubert. "Caractérisation chez les trypanosomes africains de protéines ayant une affinité pour les trypanocides existants". Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR28500.
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Marsan-Pelletier, Félix. "Enquête sur la petite herbe à poux (Ambrosia artemisiifolia L) résistante à l'imazéthapyr au Québec". Master's thesis, Université Laval, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11794/35073.
Abstract (sommario):
Le nombre d’espèces et de populations de mauvaises herbes résistantes aux herbicides est en augmentation depuis les vingt dernières années. Malgré les cas de résistance recensés au Québec, il n’y a pas eu d’études rigoureuses sur une mauvaise herbe ou sur un groupe d’herbicides précis. Le premier objectif du projet était de faire une enquête sur la petite herbe à poux (Ambrosia artemisiifolia L.) résistante à l’imazéthapyr dans les champs de soya (Glycine max) de variété conventionnelle en Montérégie, au Québec. Des champs de soya ont été visités durant les étés 2014 et 2015 et des semences de petite herbe à poux ont été récoltées juste avant la récoltedu soya. Des applications d’herbicide sont été effectuées en serres pour déterminer si les populations échantillonnées étaient résistantes. Deux traitements ont été appliqués sur des plantules d’herbe à poux : une pulvérisation de bouillie sans herbicide et une bouillie avec l’herbicide imazéthapyr à la dose standard (100,8 g e.a ha-1). Vingt populations testées une première fois, et pour lesquelles différents niveaux de résistance avaient été diagnostiqués, ont aussi été testées avec quatre traitements (aucun herbicide, 1, 2 et 4 fois la dose standard), afin de déterminer le facteur de résistance de la petite herbe à poux à l’herbicide. Le deuxième objectif visait à identifier quelles pratiques pouvaient être associées à l’apparition de la résistance à l’aide de questionnaires distribués aux producteurs participants. De la résistance a été détectée dans 81% des échantillons; elle était en développement dans 21,1% des cas et bien établie dans 59,4% des cas. Le facteur de résistance était supérieur à 5 chez ces dernières et de 1,04 chez les populations avec de la résistance en développement. Le concept de rotation de groupes d’herbicides est peu compris et mal appliqué par l’ensemble des producteurs de l’étude.