Tesi: "Résistance aux antibiotiques – Environnement"

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Sadikalay, Syndia. "Influence des rejets humains et animaux sur la diffusion de l'antibiorésistance à l'homme, aux animaux et à l'environnement en Guadeloupe". Electronic Thesis or Diss., Antilles, 2018. http://www.theses.fr/2018ANTI0251.

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Abstract (sommario):

La résistance aux antibiotiques représente un problème de santé publique majeur. La pression de sélection liée à la surutilisation des antibiotiques en médecines humaine et vétérinaire est responsable de cette augmentation, mais l’environnement joue également son rôle dans la diffusion de ces résistances.En Guadeloupe, très peu d’études ont été réalisées sur l’état de la résistance aux antibiotiques, mais l’utilisation vétérinaire et humaine des antibiotiques est intensive. Les amendements issus de déchets humains et animaux sont également largement utilisés en production végétale.Cependant, les analyses moléculaires ont pu mettre évidence la persistance des gènes de résistance aux antibiotiques et des gènes de mobilité dans les composts et les sols amendés. L’abondance et la persistance des gènes de résistance de mobilité aux antibiotiques dans les cultures maraichères (concombres et patates douces) sont liées à leur concentration dans les amendements. Un épandage réalisé jusqu’à trois fois consécutivement ne modifie pas la structure génétique des communautés bactériennes dans les sols quel que soit l’amendement utilisé. Les phylums bactériens majoritairement retrouvés dans les composts et les sols sont les Proteobacteria, les Firmicutes et les Bacteroidetes qui sont susceptibles de porter les gènes de résistance aux antibiotiques. L’apport d’amendements organiques dans les sols ne semble pas constituer un risque majeur d’acquisition de résistances par l’homme via les légumes consommés. En revanche, dans les élevages de grande taille où les animaux confinés sont pourvoyeurs de BRAs et de GRAs, les éleveurs pourraient être exposés via les aérosols en cas d’exposition prolongée. En Guadeloupe, la valorisation des déchets organiques, quelle que soit leur origine, pour leur utilisation en production végétale ne semble pas favoriser la diffusion d’E. coli résistants de l’environnement à l’homme. Cependant, la qualité du compostage, les caractéristiques physico-chimiques des sols et les conditions climatiques sont à prendre en compte pour la planification des apports d’amendements afin de réduire le risque d’exposition, de diffusion et de persistance de isolats d’E. coli résistants.Quinze souches d’E. coli productrices de Bêtalactamase à spectre étendu (BLSE) ont été isolées des fèces des chevaux durant leur traitement antibiotique, trois pour le premier cheval et 12 pour le second. Les profils de résistance aux antibiotiques étaient congruents avec l'analyse des plasmides, les gènes de résistance détectés au moyen de WGS, et avec l'analyse phylogénétique basée sur le génome du noyau. On peut distinguer trois clones et quatre singletons indiquant qu'une grande diversité génétique existe parmi les souches d’E. coli producteurs de BLSE.Cette étude a permis de mettre en évidence la persistance des E. coli productrices de BLSE (E. coli BLSE) dans le microbiote des chevaux traités par des antibiotiques. Cette étude a pu démontrer qu’il y a résurgence d’E. coli BLSE dès les premiers jours de traitement avec une persistance de ces souches plus d’un mois après le traitement. En effet, deux mois après la fin du traitement, les E. coli BLSE n’étaient plus détectables. Cette surprenante diversité clonales et l’apparition d’E. coli BLSE avant tout traitement antibiotique laisse supposer que le portage d’E. coli BLSE est fréquent chez les chevaux de cet élevage et probablement à plus grande échelle
The pressure of selection related to the overuse of antibiotics in human and veterinary medicines is responsible for this increase, but the environment also plays a role in the diffusion of these resistances.In Guadeloupe, very few things are known on the state of resistance to antibiotics, but both veterinary and human uses are intense and amendments resulting from human and animal wastes are widely used.In Guadeloupe, the use of waste from animal, plant and human activities in crop production does not appear to favor E. coli resistant strains spreading from the environment to humans. However, composting quality, soil physicochemical characteristics and climatic conditions should be taken into account when planning amendments to reduce the exposure risk, spread and persistence of E. coli resistant strains.Fifteen strains of E. coli were isolated from horses feces were isolated during their antibiotic treatment, three in the first horse and 12 in the second. Profiles of antibiotic resistance were congruent with the plasmid analysis, genotypes for resistance genes detected using WGS, and with the phylogenetic analysis based on the core genome. Three clones and four singletons could be distinguished indicating that a high genetic diversity exists among E. coli producing ESBL. This study evidenced the persistence of E. coli producing ESBL in the microbiota of horses treated with antibiotics. This study was able to demonstrate the resurgence of resistant phenotypes even before the first day of treatment with persistence of these strains more than one month after treatment. The absence of detection of E. coli producing ESBL was evedenced a few months after treatment. Thus, the diversity of antibiotic-resistant pathogenic microorganisms has probably higher than that described in previous studies

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Gbaguidi, Bénédicte. "Caractérisation structurale de LmrP, protéine membranaire associée à la résistance bactérienne aux antibiotiques, dans son environnement lipidique". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2007. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210714.

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Ngaiganam, Edgarthe. "Etude de la résistance aux antibiotiques chez les animaux et dans l'environnement en France". Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://www.theses.fr/2019AIXM0241.

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Abstract (sommario):

L'émergence et la propagation de bactéries multirésistantes (MDR) constituent un problème majeur de santé publique à l'échelle mondiale. De nos jours, certains antibiotiques sont de plus en plus utilisés aussi bien en médecine vétérinaire qu’en médecine humaine et également dans l’agriculture, en particulier dans les aliments pour animaux et en aquaculture. Par conséquent, la résistance aux β-lactamines, aux carbapénèmes et à la colistine n'est pas seulement observée chez les bactéries pathogènes mais également chez les organismes environnementaux qui servent de réservoirs et vecteurs pour la dissémination de la résistance. Il existe encore des réservoirs inconnus de bactéries multirésistantes et des gènes de résistance aux antibiotiques. Ainsi, la compréhension des réservoirs et la transmission des gènes de résistance aux antibiotiques sont indispensables pour contrôler leur émergence ainsi que leur diffusion dans la communauté. En France, l'utilisation des antibiotiques en tant que facteur de croissance ou prophylaxie est réduite dans la production des animaux d’élevage destinés à la consommation. C’est dans ce constat que notre projet de thèse s’inscrit avec comme objectifs : (i) L’isolement et la caractérisation de bactéries productrices de BLSE et de carbapenemases dans les prélèvements environnementaux à Marseille ; (ii) L’étude de la résistance à la colistine de bactéries isolées partir de prélèvements d’eaux et des animaux . Nos résultats ont montré ainsi la possibilité du transfert horizontal de gènes de résistance aux antibiotiques des animaux et l’environnement vers les humains et suggèrent une transmission zoonotique potentielle entre l'homme et l'animal
Emergence and spread of multidrug-resistant bacteria (MDR) are a major public health problem worldwide. Nowadays, some antibiotics are increasingly used in veterinary medicine as well as in human medicine and also in agriculture, particularly in animal feed and aquaculture. Therefore, resistance to β-lactams, carbapenems and colistin is not only observed in pathogenic bacteria, but also in environmental organisms that serve as reservoirs and vectors for the spread of resistance. There are still unknown reservoirs of multi-resistant bacteria and antibiotic resistance genes. Thus, the understanding of reservoirs and the transmission of antibiotic resistance genes are essential to control their emergence and their spread in the community. In France, the use of antibiotics as a growth factor or prophylaxis is limited in the production of animals for consumption. It is in this respect that our thesis project is aimed at: (i) Isolation and characterization of extended-spectrum β-lactamase producing bacteria (ESBL) and carbapenemase-producing bacteria from environmental samples in Marseille; (ii) Investigation of colistin resistance in Gram-negative bacteria isolated from water samples and animals. A review of the literature on the role of birds as reservoirs of multidrug-resistant bacteria was conducted as an introduction to this thesis project. Our results thus showed the possibility of horizontal transfer of antibiotic resistance genes from animals and the environment to humans and suggest a potential zoonotic transmission between humans and animals. It would be important to monitor antibiotic resistance in non-hospital settings and primarily in the environment

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Guyomard, Rabenirina Stephanie. "Résistance aux antibiotiques des entérobactéries en Guadeloupe : importance en mileu communautaire et diffusion environnementale". Thesis, Antilles, 2016. http://www.theses.fr/2016ANTI0074/document.

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Abstract (sommario):

La résistance aux antibiotiques est devenue un problème majeur de santé publique à travers le monde pouvant conduire à l’impasse thérapeutique. L’utilisation abusive et inappropriée des antibiotiques en médecine humaine mais également en médecine vétérinaire est en grande partie responsable de la multiplication et de la propagation des bactéries multirésistantes (BMR). Les entérobactéries, hôtes naturels du tube digestif de l’homme et des animaux, ont particulièrement subi ces pressions de sélection antibiotiques et ont pu, grâce à leur capacité à échanger du matériel génétique, acquérir de plus en plus de mécanismes de résistance aux antibiotiques. L’environnement joue un rôle de diffuseur par l’intermédiaire des déchets humains et animaux qu’il reçoit mais est également un pourvoyeur de gènes de résistance grâce aux bactéries naturellement résistantes qu’il héberge. En Guadeloupe, à l’exception des données de surveillance hospitalière des BMR, aucune étude portant sur la résistance aux antibiotiques n’avait été réalisée. Les objectifs de ce travail de thèse étaient donc (i) d’évaluer l’importance de la résistance en milieu communautaire en étudiant la résistance aux antibiotiques des entérobactéries isolées des infections urinaires communautaires et (ii) d’étudier la diffusion environnementale des entérobactéries résistantes aux antibiotiques (ERAs) dans les rivières et les eaux de mer recevant des effluents de stations d’épuration (STEPs) mais également au sein de la faune sauvage terrestre de Guadeloupe.Nous avons donc pu grâce à ce travail mettre en évidence une diffusion environnementale de souches d’ERAs en lien avec les activités humaines. Les rejets de STEPs ont été identifiés comme une des sources d’ERAs et en particulier d’EBLSEs dans l’environnement. Néanmoins, nos résultats montrent que d’autres activités humaines, qui feront l’objet de futures investigations, peuvent être des sources potentielles d’ERAs. La prévention passe donc par une amélioration globale de la gestion des déchets avec notamment une remise à niveau des STEPs et le rejet au large des eaux usées
Antibiotic resistance has become a major public health concern worldwide that could lead to therapeutic impasse. The overuse and misuse of antibiotics in human medicine but also in veterinary medicine is largely responsible for the proliferation and spread of multi-drug resistant (MDR) bacteria. Enterobacteriaceae are subject to this selective pressure, as the digestive tract is their main reservoir. Moreover, thanks to their ability to exchange genetic material, they can acquire new antibiotic resistance determinants. Through human and animal waste, antimicrobial resistant bacteria can spread in the environment. However, the environment is also a supplier for antibiotic resistance since environmental bacteria naturally harbor antibiotic resistance determinants.In Guadeloupe, except for data from MDR bacteria surveillance in the hospital, no studies concerning antibiotic resistance had been carried out. The objectives of this thesis were (i) to evaluate the antimicrobial resistance in the community by studying antimicrobial susceptibility of Enterobacteriaceae strains isolated from community-acquired urinary tract infection and (ii) to study the environmental spread of antimicrobial resistant Enterobacteriaceae (AREs) in river and sea waters receiving effluents from wastewater treatment plants but also in terrestrial wildlife.Our work highlighted the environmental spread of AREs linked to human activities. WWTPs discharge has been identified as a source of AREs, especially ESBLEs, in the environment. Nevertheless, other human activities may release ARB in the environment, and some will be explored in further studies. Thus, prevention requires an overall improvement in waste management, and wastewater discharge should occur in open sea as often as possible

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Almakki, Ayad Qasim Mahdi. "Résistance aux antibiotiques dans des eaux urbaines péri-hospitalières considérées dans un continuum hydrologique". Electronic Thesis or Diss., Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTS002.

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Abstract (sommario):

Les écosystèmes aquatiques soumis à des pressions anthropiques sont des lieux d'évolution rapide des communautés microbiennes. Cet environnement participe certainement à l'émergence d'agents infectieux résistants aux antibiotiques. La ville de Montpellier est située dans un petit bassin versant qui subit d’une part des épisodes de pluies brutales et d’autre part de fortes pressions démographiques. Le principal hôpital est situé dans une zone de ruissellement comprenant deux petites rivières urbaines provenant d'eaux souterraines karstiques à quelques kilomètres en amont. L’objectif de cette étude est d'explorer les communautés bactériennes dans les rivières urbaines qui coulent près du centre hospitalier afin d'évaluer l'influence des ruissellements sur la résistance aux antibiotiques dans les communautés bactériennes. Les communautés bactériennes sont également décrites dans les aquifères karstiques en amont. Une section introductive présente les méthodes disponibles pour l'étude de la résistance aux antimicrobiens dans l'environnement et une revue de la littérature expose les données actuelles sur la résistance aux antibiotiques dans l’eau de ruissellement urbain. Cette partie justifie les stratégies expérimentales. La méthode développée ici, appelée détermination de la concentration inhibitrice à l’échelle de la communauté bactérienne (c-IC, pour community inhibitory concentration), est combinée à une description de la richesse taxonomique pour donner une description instantanée des communautés bactériennes résistantes dans les environnements aquatiques. Une stratégie dérivée de l'approche c-IC permet d'explorer la résistance bactérienne dans le système hydrologique urbain près de l'hôpital et dans les aquifères karstiques. Les données microbiologiques recueillies sont complétées par des données hydrologiques, hydrogéologiques, climatiques et physico-chimiques.L'impact de très faibles concentrations d'antibiotiques sur la structure de la communauté bactérienne dans divers environnements hydriques a été démontré et apparaît comme un indicateur de la vulnérabilité des écosystèmes face aux pressions antimicrobiennes. Le répertoire taxonomique des communautés fluviales urbaines a été décrit et sa dynamique a été confrontée aux conditions environnementales. Le voisinage des hôpitaux augmente significativement la prévalence des bactéries résistantes par rapport à une zone urbaine similaire éloignée de l'hôpital. Des bactéries d’intérêt médical résistantes aux céphalosporines et aux carbapénèmes ont été isolées. De façon surprenante, un Escherichia coli producteur de NDM-5, pathogène émergeant hautement résistant, a été signalé pour la première fois dans une rivière française. Le clone a été détecté dans deux échantillons indépendants montrant sa persistance. Le gène blaNDM-5 et son environnement génétique ont été décrits sur un plasmide IncX3 transférable, indiquant un transfert génétique horizontal possible. La résistance aux antimicrobiens dans l'eau souterraine karstique a varié dans le temps et dans l'espace et est difficilement comparable à celle décrite dans les rivières associées. En milieu urbain, la qualité de l'eau et le risque infectieux sont généralement évalués sur les eaux usées et les effluents des stations d'épuration. Cette étude montre que les eaux de ruissellement dans des zones urbanisées contribuent à l'émergence et à la dissémination de la résistance aux antimicrobiens. Compte tenu de l'épidémiologie inquiétante des maladies infectieuses, cette étude invite à explorer les potentiels réservoirs environnementaux de bactéries résistantes afin de compléter les connaissances sur le cycle épidémiologique de la résistance aux antimicrobiens et essayer de l’interrompre ou de le ralentir
Aquatic ecosystems subjected to anthropic pressures are places of rapid evolution of microbial communities. They are likely hotspots for emergence of infectious disease agents resistant to antibiotics. The city of Montpellier is located in a small watershed that undergoes brutal rainfall episodes and strong demographic pressures. A hospital is located in a runoff area including two small urban rivers originating from karstic groundwater few kilometers upstream. The aim of the study is to explore bacterial communities in urban rivers flowing near hospital settings in order to evaluate the influence of runoffs on antibiotics resistance in the bacterial communities. Bacterial communities are also described in upstream karstic aquifers.An introductive section presents the methods available for studying antimicrobial resistance in environment and then reviews comprehensively bibliography on antibiotics resistance in urban runoffs. This part supports the experimental strategies. The method developed herein, called community Inhibitory Concentration (c-IC) determination is combined to taxonomic richness description to provide a tool that gives a rapid snapshot of resistant bacterial communities in aquatic environments. A strategy derived from c-IC approach allows the exploration of bacterial resistance in the urban hydrologic system near the hospital and in karstic aquifers. The collected microbiological data has been completed by hydrological, hydrogeological, climatic and physico-chemical data.The impact of very low concentration of antibiotics on the bacterial community structure in various water bodies was demonstrated and appeared as an indicator of the vulnerability of ecosystems to antimicrobial pressures. The taxonomic repertory of the urban river communities was described and its dynamics was compared to environmental conditions. Hospital vicinity significantly increase the prevalence of resistant bacteria compared to a similar urban area remote from hospital. Diverse clinically relevant cephalosporins and carbapenems resistant bacteria have been isolated. Surprisingly, a NDM-producing Escherichia coli, which is a highly resistant and emerging pathogen was reported for the first time in a French River. The clone was detected in two independent sampling showing its persistence. The blaNDM-5 gene and its surrounding sequences were described on a transferable IncX3 plasmid, indicating possible genetic transfer to other bacteria. The antimicrobial resistance in karst groundwater varied in time and space and was hardly compared with that described in related rivers.In urban settings, water quality and infectious risk is generally assessed on sewers and wastewater treatment plants effluents. This study shows that runoff waters in urbanized area contribute to the emergence and dissemination of antimicrobial resistance. Considering the worrisome epidemiology of infectious diseases, it urges to decipher all environmental reservoirs for resistant bacteria in order to complete knowledges about the epidemiological cycle of antimicrobial resistance and try to break or slow down it

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Touzri-Tekari, Souad. "Difficultés de mobilisation de raisonnements écosystémiques chez des élèves et des futurs enseignants dans des problèmes d'environnement et de santé : le cas de l'adaptation des micro-organismes à l'usage des antibiotiques". Nantes, 2006. http://www.theses.fr/2006NANT3001.

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Abstract (sommario):

Cette recherche en didactique des sciences consiste en une double analyse épistémologique et didactique des concepts de l'adaptation des micro-organismes à l'usage des antibiotiques. Elle va de la réflexion sur la spécificité des phénomènes biologiques, jusqu'à l'identification des problèmes et des obstacles qui peuvent entraver l'enseignement-apprentissage des concepts en question. La nature spécifique de ces phénomènes biologiques nous conduit à proposer la question suivante : à quelles conditions peut-on amener les apprenants à un mode de raisonnement écosystémique évolutif face au concept à enseigner ? Nos analyses empiriques nous ont permis d'identifier les conceptions et les modes de raisonnement des élèves (1S et 2S) et des étudiants SVT4. Nous avons constaté que les conceptions et les attitudes des étudiants sont façonnées par des représentations sociales d'une part et par des difficultés inhérentes au savoir lui-même d'autre part. Les unes et les autres constituent des obstacles à la compréhension des notions relatives à l'adaptation des micro-organismes à l'usage des antibiotiques, et plus particulièrement en alimentation animale et à l'appropriation d'une culture scientifique pouvant impliquer des apprenant-citoyens dans les méthodes de production durables, les plus à même de préserver l'environnement.

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Almakki, Ayad Qasim Mahdi. "Résistance aux antibiotiques dans des eaux urbaines péri-hospitalières considérées dans un continuum hydrologique". Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTS002/document.

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Abstract (sommario):

Les écosystèmes aquatiques soumis à des pressions anthropiques sont des lieux d'évolution rapide des communautés microbiennes. Cet environnement participe certainement à l'émergence d'agents infectieux résistants aux antibiotiques. La ville de Montpellier est située dans un petit bassin versant qui subit d’une part des épisodes de pluies brutales et d’autre part de fortes pressions démographiques. Le principal hôpital est situé dans une zone de ruissellement comprenant deux petites rivières urbaines provenant d'eaux souterraines karstiques à quelques kilomètres en amont. L’objectif de cette étude est d'explorer les communautés bactériennes dans les rivières urbaines qui coulent près du centre hospitalier afin d'évaluer l'influence des ruissellements sur la résistance aux antibiotiques dans les communautés bactériennes. Les communautés bactériennes sont également décrites dans les aquifères karstiques en amont. Une section introductive présente les méthodes disponibles pour l'étude de la résistance aux antimicrobiens dans l'environnement et une revue de la littérature expose les données actuelles sur la résistance aux antibiotiques dans l’eau de ruissellement urbain. Cette partie justifie les stratégies expérimentales. La méthode développée ici, appelée détermination de la concentration inhibitrice à l’échelle de la communauté bactérienne (c-IC, pour community inhibitory concentration), est combinée à une description de la richesse taxonomique pour donner une description instantanée des communautés bactériennes résistantes dans les environnements aquatiques. Une stratégie dérivée de l'approche c-IC permet d'explorer la résistance bactérienne dans le système hydrologique urbain près de l'hôpital et dans les aquifères karstiques. Les données microbiologiques recueillies sont complétées par des données hydrologiques, hydrogéologiques, climatiques et physico-chimiques.L'impact de très faibles concentrations d'antibiotiques sur la structure de la communauté bactérienne dans divers environnements hydriques a été démontré et apparaît comme un indicateur de la vulnérabilité des écosystèmes face aux pressions antimicrobiennes. Le répertoire taxonomique des communautés fluviales urbaines a été décrit et sa dynamique a été confrontée aux conditions environnementales. Le voisinage des hôpitaux augmente significativement la prévalence des bactéries résistantes par rapport à une zone urbaine similaire éloignée de l'hôpital. Des bactéries d’intérêt médical résistantes aux céphalosporines et aux carbapénèmes ont été isolées. De façon surprenante, un Escherichia coli producteur de NDM-5, pathogène émergeant hautement résistant, a été signalé pour la première fois dans une rivière française. Le clone a été détecté dans deux échantillons indépendants montrant sa persistance. Le gène blaNDM-5 et son environnement génétique ont été décrits sur un plasmide IncX3 transférable, indiquant un transfert génétique horizontal possible. La résistance aux antimicrobiens dans l'eau souterraine karstique a varié dans le temps et dans l'espace et est difficilement comparable à celle décrite dans les rivières associées. En milieu urbain, la qualité de l'eau et le risque infectieux sont généralement évalués sur les eaux usées et les effluents des stations d'épuration. Cette étude montre que les eaux de ruissellement dans des zones urbanisées contribuent à l'émergence et à la dissémination de la résistance aux antimicrobiens. Compte tenu de l'épidémiologie inquiétante des maladies infectieuses, cette étude invite à explorer les potentiels réservoirs environnementaux de bactéries résistantes afin de compléter les connaissances sur le cycle épidémiologique de la résistance aux antimicrobiens et essayer de l’interrompre ou de le ralentir
Aquatic ecosystems subjected to anthropic pressures are places of rapid evolution of microbial communities. They are likely hotspots for emergence of infectious disease agents resistant to antibiotics. The city of Montpellier is located in a small watershed that undergoes brutal rainfall episodes and strong demographic pressures. A hospital is located in a runoff area including two small urban rivers originating from karstic groundwater few kilometers upstream. The aim of the study is to explore bacterial communities in urban rivers flowing near hospital settings in order to evaluate the influence of runoffs on antibiotics resistance in the bacterial communities. Bacterial communities are also described in upstream karstic aquifers.An introductive section presents the methods available for studying antimicrobial resistance in environment and then reviews comprehensively bibliography on antibiotics resistance in urban runoffs. This part supports the experimental strategies. The method developed herein, called community Inhibitory Concentration (c-IC) determination is combined to taxonomic richness description to provide a tool that gives a rapid snapshot of resistant bacterial communities in aquatic environments. A strategy derived from c-IC approach allows the exploration of bacterial resistance in the urban hydrologic system near the hospital and in karstic aquifers. The collected microbiological data has been completed by hydrological, hydrogeological, climatic and physico-chemical data.The impact of very low concentration of antibiotics on the bacterial community structure in various water bodies was demonstrated and appeared as an indicator of the vulnerability of ecosystems to antimicrobial pressures. The taxonomic repertory of the urban river communities was described and its dynamics was compared to environmental conditions. Hospital vicinity significantly increase the prevalence of resistant bacteria compared to a similar urban area remote from hospital. Diverse clinically relevant cephalosporins and carbapenems resistant bacteria have been isolated. Surprisingly, a NDM-producing Escherichia coli, which is a highly resistant and emerging pathogen was reported for the first time in a French River. The clone was detected in two independent sampling showing its persistence. The blaNDM-5 gene and its surrounding sequences were described on a transferable IncX3 plasmid, indicating possible genetic transfer to other bacteria. The antimicrobial resistance in karst groundwater varied in time and space and was hardly compared with that described in related rivers.In urban settings, water quality and infectious risk is generally assessed on sewers and wastewater treatment plants effluents. This study shows that runoff waters in urbanized area contribute to the emergence and dissemination of antimicrobial resistance. Considering the worrisome epidemiology of infectious diseases, it urges to decipher all environmental reservoirs for resistant bacteria in order to complete knowledges about the epidemiological cycle of antimicrobial resistance and try to break or slow down it

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Deredjian, Amélie. "Les métaux lourds dans les écosystèmes anthropisés : une pression favorisant la sélection de pathogènes opportunistes résistants à des antibiotiques ?" Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00834182.

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Abstract (sommario):

Pseudomonas aeruginosa et Stenotrophomonas maltophilia, pathogènes opportunistes majeurs, pourraient acquérir leur résistance aux antibiotiques dans l'environnement, sous la pression exercée par les métaux lourds par co-sélection de résistance. Nous avons tout d'abord évalué la distribution et l'abondance de ces espèces dans un large panel de sols d'origine géographique différente (France et Afrique) et évalué l'influence d'activités anthropiques susceptibles d'exposer les sols en éléments métalliques sur cette distribution. Alors que la présence de P. aeruginosa est sporadique et plutôt liée à un apport exogène, S. maltophilia est présente dans tous les sols étudiés, suggérant son endémicité. L'évaluation des résistances des souches isolées de ces sols a également montré des différences entre les deux espèces. Les souches environnementales de P. aeruginosa sont pour la plupart caractérisées par un phénotype sauvage alors que celles de S. maltophilia présentent une grande diversité de phénotypes en fonction des sites, parfois similaires à ceux de souches cliniques. Cette diversité peut être attribuée à l'adaptation aux conditions environnementales très différentes rencontrées mais il est difficile d'attribuer précisément aux métaux un rôle dans la co-sélection de ces résistances. L'étude menée sur la communauté bactérienne d'un sol contaminé a également permis de mettre en évidence une forte proportion de bactéries résistantes à différents antibiotiques représentée par des espèces qualifiées de pathogènes opportunistes ainsi que la présence du gène blaIMP, permettant la résistance à l'imipénème, utilisé en milieu clinique pour le traitement de clones multi-résistants.

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Sadikalay, Syndia. "Influence des rejets humains et animaux sur la diffusion de l'antibiorésistance à l'homme, aux animaux et à l'environnement en Guadeloupe". Thesis, Antilles, 2018. http://www.theses.fr/2018ANTI0251/document.

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Abstract (sommario):

La résistance aux antibiotiques représente un problème de santé publique majeur. La pression de sélection liée à la surutilisation des antibiotiques en médecines humaine et vétérinaire est responsable de cette augmentation, mais l’environnement joue également son rôle dans la diffusion de ces résistances.En Guadeloupe, très peu d’études ont été réalisées sur l’état de la résistance aux antibiotiques, mais l’utilisation vétérinaire et humaine des antibiotiques est intensive. Les amendements issus de déchets humains et animaux sont également largement utilisés en production végétale.Cependant, les analyses moléculaires ont pu mettre évidence la persistance des gènes de résistance aux antibiotiques et des gènes de mobilité dans les composts et les sols amendés. L’abondance et la persistance des gènes de résistance de mobilité aux antibiotiques dans les cultures maraichères (concombres et patates douces) sont liées à leur concentration dans les amendements. Un épandage réalisé jusqu’à trois fois consécutivement ne modifie pas la structure génétique des communautés bactériennes dans les sols quel que soit l’amendement utilisé. Les phylums bactériens majoritairement retrouvés dans les composts et les sols sont les Proteobacteria, les Firmicutes et les Bacteroidetes qui sont susceptibles de porter les gènes de résistance aux antibiotiques. L’apport d’amendements organiques dans les sols ne semble pas constituer un risque majeur d’acquisition de résistances par l’homme via les légumes consommés. En revanche, dans les élevages de grande taille où les animaux confinés sont pourvoyeurs de BRAs et de GRAs, les éleveurs pourraient être exposés via les aérosols en cas d’exposition prolongée. En Guadeloupe, la valorisation des déchets organiques, quelle que soit leur origine, pour leur utilisation en production végétale ne semble pas favoriser la diffusion d’E. coli résistants de l’environnement à l’homme. Cependant, la qualité du compostage, les caractéristiques physico-chimiques des sols et les conditions climatiques sont à prendre en compte pour la planification des apports d’amendements afin de réduire le risque d’exposition, de diffusion et de persistance de isolats d’E. coli résistants.Quinze souches d’E. coli productrices de Bêtalactamase à spectre étendu (BLSE) ont été isolées des fèces des chevaux durant leur traitement antibiotique, trois pour le premier cheval et 12 pour le second. Les profils de résistance aux antibiotiques étaient congruents avec l'analyse des plasmides, les gènes de résistance détectés au moyen de WGS, et avec l'analyse phylogénétique basée sur le génome du noyau. On peut distinguer trois clones et quatre singletons indiquant qu'une grande diversité génétique existe parmi les souches d’E. coli producteurs de BLSE.Cette étude a permis de mettre en évidence la persistance des E. coli productrices de BLSE (E. coli BLSE) dans le microbiote des chevaux traités par des antibiotiques. Cette étude a pu démontrer qu’il y a résurgence d’E. coli BLSE dès les premiers jours de traitement avec une persistance de ces souches plus d’un mois après le traitement. En effet, deux mois après la fin du traitement, les E. coli BLSE n’étaient plus détectables. Cette surprenante diversité clonales et l’apparition d’E. coli BLSE avant tout traitement antibiotique laisse supposer que le portage d’E. coli BLSE est fréquent chez les chevaux de cet élevage et probablement à plus grande échelle
The pressure of selection related to the overuse of antibiotics in human and veterinary medicines is responsible for this increase, but the environment also plays a role in the diffusion of these resistances.In Guadeloupe, very few things are known on the state of resistance to antibiotics, but both veterinary and human uses are intense and amendments resulting from human and animal wastes are widely used.In Guadeloupe, the use of waste from animal, plant and human activities in crop production does not appear to favor E. coli resistant strains spreading from the environment to humans. However, composting quality, soil physicochemical characteristics and climatic conditions should be taken into account when planning amendments to reduce the exposure risk, spread and persistence of E. coli resistant strains.Fifteen strains of E. coli were isolated from horses feces were isolated during their antibiotic treatment, three in the first horse and 12 in the second. Profiles of antibiotic resistance were congruent with the plasmid analysis, genotypes for resistance genes detected using WGS, and with the phylogenetic analysis based on the core genome. Three clones and four singletons could be distinguished indicating that a high genetic diversity exists among E. coli producing ESBL. This study evidenced the persistence of E. coli producing ESBL in the microbiota of horses treated with antibiotics. This study was able to demonstrate the resurgence of resistant phenotypes even before the first day of treatment with persistence of these strains more than one month after treatment. The absence of detection of E. coli producing ESBL was evedenced a few months after treatment. Thus, the diversity of antibiotic-resistant pathogenic microorganisms has probably higher than that described in previous studies

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Oberle, Kenny. "Devenir des antibiotiques et des populations d'Escherichia coli et d'Enterococcus spp. dans les hydrosytèmes de surface". Phd thesis, Université de Rouen, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00828033.

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Abstract (sommario):

La contamination des environnements aquatiques par les antibiotiques et les bactéries antibio-résistantes est une préoccupation majeure à l'échelle mondiale. Les rejets de stations d'épurations (STEPs) et les ruissellements ou lessivages de sols sont les principales voies d'entrées de ces contaminants dans les eaux de surface. Afin de mieux comprendre le devenir des antibiotiques et des populations bactériennes indicatrices de contamination fécale (Escherichia coli, Enterococcus), ces contaminants ont été étudiés le long de deux continuums : (i) centre de soins - STEP - rivière et (ii) exploitation bovine - zone urbaine. Le développement d'une méthode analytique multi résidu (LC/MS/MS) a permis de détecter les concentrations de 34 molécules d'antibiotiques dans les eaux des deux continuums pour des valeurs seuils de l'ordre du nanogramme par litre. En parallèle à ces analyses chimiques, la structure des populations de bactéries fécales isolées des eaux ont été caractérisées sur la base de l'antibio-résistance, la distribution des groupes phylogénétiques A, B1, B2 et D, l'occurrence d'intégrons, des facteurs de virulence pour E. coli ; et de la diversité d'espèces, des profils de résistance aux antibiotiques et des gènes codant la résistance pour Enterococcus. L'étude des deux continuums indique que les antibiotiques retrouvés ne sont pas les antibiotiques majoritairement prescrits (pénicillines), mais les molécules les plus stables dans les eaux (quinolones, sulfamides, macrolides). Toutefois les concentrations (1ng.L-1 à 100ng.L-1) sont insuffisantes pour exercer une pression de sélection sur les bactéries antibio-résistantes. L'usage des sols, la proximité des sources et les pratiques d'élevage ont un impact sur (i) les niveaux de contamination en antibiotiques et bactéries fécales, et (ii) la structure des populations d'E. coli et d'Enterococcus circulantes dans les eaux. Des souches d'E. coli et d'Enterococcus d'origine hospitalière disparaissent le long du continuum au profit d'autres souches mieux adaptées à l'environnement. Des premiers essais de modélisation à l'aide du modèle conceptuel GR montre également l'importance des flux d'E. coli antibio-résistantes lors des périodes de ruissellements fréquents (hiver) à l'échelle d'un bassin versant dont l'occupation des sols est soumis à une pression humaine majoritaire.

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Stalder, Thibault. "Implication des effluents d'activités hospitalières et de la filière carnée sur la dissémination de l’antibiorésistance : Dynamique des intégrons de l’émission au rejet". Limoges, 2012. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/38891773-0b9d-4f34-a342-a2da4509ecac/blobholder:0/2012LIMO4031.pdf.

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Abstract (sommario):

Ce travail a permis d’évaluer la contribution et l’influence des activités hospitalières et d’élevage sur la dissémination de l’antibiorésistance dans l’environnement, au travers du suivi de la dynamique d’éléments génétiques utilisés comme biomarqueurs de l’antibiorésistance : les intégrons de résistance (IR). Ainsi, de nombreux résidus biologiques solides et liquides d’origines anthropiques et géographiques diverses peuvent participer à la dissémination de l’antibiorésistance. Les effluents hospitaliers présentent des proportions plus élevées d’IR, et contribuent à l’apport de 14% des IR arrivant dans les stations d’épuration municipales, néanmoins les effluents urbains représentent la fraction majoritaire. La caractérisation des cassettes de gènes de résistance hébergées par ces IR, a mis à jour des gènes de résistance bien spécifiques dans les effluents hospitaliers, alors que les effluents urbains participent à l’apport d’une plus grande diversité de gènes dont des gènes codant pour des résistances multiples (BLSE). Les procédés de traitement actuels éliminent une fraction des IR mais n’empêchent pas des IR d’origine anthropique de rejoindre l’environnement. De plus, une étude pilote a révélé que le traitement des effluents hospitaliers par ces procédés à boues activées induit une augmentation des IR et de bactéries potentiellement pathogènes au sein des boues d’épuration, soulevant la problématique de la dissémination de l’antibiorésistance au sein de ces matrices. Finalement la mise en exergue de ce biomarqueur pour évaluer des procédés de traitement avancés des effluents hospitaliers (bioréacteur membranaires, ozonation, charbon actif), a montré l’efficacité des bioréacteurs membranaires par ultrafiltration pour réduire à la fois les bactéries et les IR d’origine anthropique
This work aims to assess the global contribution and influence of hospital activities and livestock industries on the dissemination of antibiotic resistance in the environment. For this purpose, the dynamics of a genetic element used as a biomarker of antibiotic resistance, the resistance integrons (RI), was monitored. Indeed, a wide range of solids and liquids biological wastes from different geographical and anthropogenic origins are involved in the antibiotic resistance dissemination. However, we showed that hospital effluents contained a high proportion of RIs in bacterial communities, and the gene cassette (GC) content of class 1 RI mainly showed antibiotic resistance GCs. Hospital effluent contributed to 14% of the Ris introduced in the waste water treatment plant (WWTP). While urban effluents diluted the risk associated with hospital effluent, RIs harboring GCs of clinical interest, such as ESBLencoding GCs, were found in these effluents unaffected by medical and industrial activities. The WWTP did not reduce the proportion of RIs in treated effluents but eliminated a fraction of the bulk of GCs from the influent. Large quantities of RIs harboring antibiotic-resistance GCs, and also GCs with unknown functions were released daily into the environment. In addition, a pilot study showed that the treatment of hospital wastewater by the activated sludge process promoted the increase of IR and potentially pathogenic bacteria in the sewage sludge, and consequently increased the issue of antibiotic- resistance spread in these matrices. Finally the use of RI as biomarker to assess the efficiency of advanced treatment processes for hospital effluents (membrane bioreactor ozonation, activated carbon) highlighted the effectiveness of membrane bioreactors using ultrafiltration to reduce both bacteria and IR of anthropogenic origins

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Youenou, Benjamin. "Les sols anthropisés, incubateurs d'agents bactériens pathogènes de l'homme : typage génétique, métabolique et antibio-résistance d'agents opportunistes". Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10150.

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Abstract (sommario):

Les bactéries pathogènes opportunistes de l'Homme (bpo) sont retrouvées dans le milieu hospitalier où elles sont responsables d'infections nosocomiales ainsi que dans les milieux naturels terrestres et aquatiques. Elles présentent souvent des résistances intrinsèques aux antibiotiques élevées. En milieu clinique, l'usage intensif d'antibiotiques peut conduire à l'émergence de souches dites « Multi Drug Resistant ». L'anthropisation des milieux naturels peut également influencer la prévalence et les propriétés de résistance des bpo. Mes travaux ont porté sur l'impact de l'épandage d'amendements organiques sur la prévalence de bpo dans les sols, leur diversité génétique et leurs propriétés de résistance aux antibiotiques. Une étude des espèces Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa et Burkholderia du « cepacia complexe » (Bcc) réalisée sur des sites du Burkina-Faso amendés ou non en déchets urbains bruts a mis en évidence des différences dans les propriétés de résistance des 3 modèles. S. maltophila présente fréquemment des phénotypes MDR contrairement à P. aeruginosa et aux Bcc. Une approche de génomique comparative entre souches de S. maltophilia d'origine environnementale ou clinique et de phénotypes sensibles à MDR a été réalisée afin d'élucider l'origine génétique de l'hétérogénéité des phénotypes de résistance. Une variation dans le contenu en pompes à efflux et la présence de pompes souche spécifique chez des souches environnementales ont été observées. L'étude de l'expression d'une de ces pompes confirme son implication dans la résistance aux antibiotiques et dans l'adaptation à des paramètres environnementaux tels que la température
Opportunistic bacterial pathogens (obp) of Man are found in hospital setting where they are responsible for nosocomial infections as well as in terrestrial and aquatic natural environments. Obp often show high intrinsic antibiotic resistance level. Moreover, the intensive use of antibiotics in clinical settings can lead to the emergence of "Multi Drug Resistant" strains. The anthropisation of the natural environment leads to modifications in bacterial diversity of these environments and can affect the prevalence and the antibiotic resistance properties of obp. My research focused on the impact of organic amendments on the prevalence, genetic diversity and antibiotic resistance properties of obp. A study on the species Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa and the “Burkholderia cepacia complex" (Bcc) was conducted on sites in Burkina Faso amended or not with raw urban wastes. This study showed differences in antibiotic resistance properties between the 3 models. S. maltophila frequently showed MDR phenotypes unlike P. aeruginosa and Bcc. A comparative genomics study between S. maltophilia strains from environmental or clinical origin showing sensitive or MDR phenotypes was performed to elucidate the genetic origins of heterogeneity in the resistance phenotypes. A variation in the efflux pumps content was observed between strains. The expression of an efflux pump specific to an environmental MDR strain was then evaluated and confirmed its likely involvement in antibiotic resistance and adaptation to environmental parameters such as temperature

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Legrand, Baptiste. "Analyse d'interactions moléculaires par RMN : Étude de la DHFR en présence d'osmolytes et structures de pseudopeptides antimicrobiens en environnement". Phd thesis, Rennes 1, 2009. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00453405.

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Abstract (sommario):

Les osmolytes sont des solutés accumulés dans les cellules de nombreux organismes lors d'une contrainte hyperosmotique pour maintenir le volume cellulaire. Ils peuvent néanmoins induire une inhibition des enzymes dont les bases moléculaires sont au centre de nombreuses études. Nous avons étudié la DHFR, en présence de divers solutés. Les osmolytes ne modifient pas la structure globale de la DHFR et inhibent son activité tout en stabilisant sa structure. Cette inhibition est liée à la diminution du k[indice :]off du produit en présence d'osmolytes. L'étude de la dynamique interne de la DHFR apporte des réponses sur l'origine de l'inhibition de la DHFR en présence d'osmolytes. Une seconde partie présente nos travaux sur la relation structure-activité de peptides antimicrobiens. Ce projet s'inscrit dans la course au développement de nouvelles molécules actives pour substituer les antibiotiques conventionnels. Nous avons déterminé les structures de peptides en environnement membranaire modèle
The osmolytes are small molecules accumulated by cells of a wide variety of organisms in response to hyperosmotic stress to maintain the cellular volume. Nervetheless, enzyme activity is inhibited by these cosolutes and the molecular basis of their effects on the proteins properties is of great interest. We studied the DHFR in presence of the osmolytes. We demonstrate that its overall structure is maintained. While the osmolytes stabilize the DHFR structure, they inhibit its activity at the same time. The k[index :]off, of substrate analogues decreases with increasing the osmolyte concentrations and reflects the variation of DHFR catalytic rate. The study of the DHFR dynamic on several timescales gives answer of the origins of the DHFR inhibition in presence of osmolytes. The second chapter concerns the study of the structure-activity relationship of antimicrobial peptides. The main objective of this project is to develop new drugs. We solved NMR solution structure of in various model membranes

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Gay, Noellie. "Homme, animal, environnement : quel est le principal réservoir d’Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu dans le Sud-Ouest de l’océan Indien ?" Thesis, La Réunion, 2019. http://www.theses.fr/2019LARE0024.

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Abstract (sommario):

La résistance bactérienne aux antibiotiques impacte la santé humaine, animale et l’agriculture au niveau international. Les Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE), des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques, sont une priorité sanitaire pour le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI), à savoir Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion. L’objectif général de cette thèse était d’identifier, parmi les trois compartiments de l’approche One Health (homme, animal, environnement), le principal réservoir d’EBLSE dans le SOOI. La prévalence d’EBLSE a été estimée pour chaque compartiment pris indépendamment (approche sectorielle) et par une approche holistique les connectant spatialement et temporellement. Ces deux approches ont permis d’identifier les animaux d’élevage comme le probable réservoir principal d’EBLSE dans le SOOI. L’approche holistique suggère une perméabilité des trois compartiments à Madagascar. Si l’hypothèse d’un réservoir majeur d’EBLSE chez les animaux d’élevage est plausible, sa contribution à la colonisation humaine pourrait varier entre les territoires du SOOI. En effet, l’exposition de l’homme à ce réservoir pourrait être limitée pour les territoires à revenu élevé (Seychelles, La Réunion) mais substantielle pour les territoires à revenu faible (Madagascar, Union des Comores), particulièrement en l’absence de sécurité des aliments, de système d’assainissement et d’accès à l’eau potable. Quantifier la contribution relative du compartiment animal d’élevage dans la colonisation par les EBLSE de l’homme en population générale dans les pays à faible revenu constitue un axe de recherche essentiel. De ces connaissances découlera une meilleure adaptation des stratégies de contrôle de l’antibiorésistance dans le SOOI et plus généralement dans les territoires à faible revenu qui pourraient être des amplificateurs de ce phénomène sanitaire
Bacterial antibiotic drug resistance is a worldwide health issue affecting human, animal, and agriculture. Extended-spectrum bêta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-E), mutidrug-resistant bacteria, are a main health priority for the South-western Indian Ocean (SWIO) composed of islands (i.e. Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion). The main objective of this PhD thesis was estimating the ESBL-E prevalence in the three « One Heath approach » compartments (human, animal, environment) in order to identify the main ESBL-E reservoir in IO. This prevalence was independently estimated for each compartment by a sectorial approach and by a holistic approach connecting all compartments spatially and temporally.Both approaches suggest that livestock could be the main ESBL-E reservoir in IO and point out permeability between these three compartments in Madagascar. If the idea of a main reservoir of ESBL-E in livestock seems plausible, its contribution to human colonisation could differ between SWIO territories. Indeed, human direct and/or undirect exposure to this reservoir could be reduced in high-income countries (i.e. Seychelles, La Réunion) but significant for low-income countries (i.e. Madagascar, Union des Comores). In the absence, or reduced application, of food safety, sanitation, and drinking water access, the exposure to ESBL-E from livestock could be substantial in SWIO low-income countries. Consequently, the relative contribution of livestock in human ESBL-E subsequent colonisation could be significant in low-income countries but currently understudied. Research on that topic should strengthen antibiotic drug resistance control measures in low sanitation contexts

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Laval, Lucie. "Les intégrons comme marqueurs de pollution anthropique dans l'environnement". Electronic Thesis or Diss., Limoges, 2022. http://www.theses.fr/2022LIMO0083.

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Abstract (sommario):

La résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique. Il est aujourd’hui nécessaire d’y lutter de façon globale, aussi bien chez l’Homme, que chez l’animal ou dans l’environnement (concept « One Health »). Parmi les éléments impliqués dans la résistance, les intégrons jouent un rôle clé. Ce sont des éléments génétiques bactériens capables de capturer et d’exprimer des gènes de résistance sous forme de cassettes et on les distingue selon plusieurs classes. Dans l’environnement, les intégrons de classe 1 sont considérés comme un bon marqueur de la pollution anthropique et ils sont souvents utilisés pour étudier les disséminations des résistances ; néanmoins, leur contenu en cassettes (ou « cassettome ») est peu connu. Dans la première partie de ce travail de thèse, nous avons étudié les « cassettomes » des intégrons dans des effluents de centres de soins de la région Nouvelle-Aquitaine et montré qu’ils étaient stables dans le temps et semblables entres eux malgré de grosses différences d’activité de soins entre les établissements. Les « cassettomes » étaient constitués majoritairement de gènes de résistance aux aminosides et aux β-lactamines, ces derniers étant les principaux antibiotiques délivrés dans le milieu hospitalier. Nous avons également caractérisé les « cassettomes » d’effluents d’abattoirs et montré que les « cassettomes » des intégrons de classe 1 étaient différents de ceux des effluents de centres de soins. La deuxième partie de ce travail de thèse a montré des prévalences différentes d’intégrons dans des souches d’Aeromonas infectant/colonisant des poissons soumis à différentes pressions de sélection antibiotique. Nous avons montré que les intégrons sont plus prévalents dans des populations de poissons soumises à une pression de sélection antibiotique plus forte et que leur contenu en cassettes était peu variable. Il ressort de nos travaux que les intégrons et plus spécifiquement les « cassettomes » sont de bons marqueurs dans l’environnement pour premièrement différencier les différents types d’effluents entre eux (centres de soins versus abattoirs) et deuxièmement pour refléter une pression de sélection exercée sur les animaux que sont les poissons
Antimicrobial resistance (AMR) is a major public health issue. It is now necessary to tackle AMR globally, in humans, animals and in the environment (« One Health » approach). Among genetic elements involved in AMR, integrons play a key role. Integrons are bacterial genetic elements able to capture and express antibiotic resistance genes in the form of gene cassettes and are distinguished according to several classes. In the environment, class 1 integrons are considered as a good marker of anthropogenic pollution and are used to study AMR dissemination; however, little is known about their genes cassettes content (or « cassettome »). In the first part of this thesis, we studied the « cassettomes » of integrons in the effluents of healthcare facilities of the Nouvelle-Aquitaine Region and showed that they were stable over times and similar to each other despite large differences in healthcare activities between the facilities. The « cassettomes » were mainly composed of aminoglycosides and β-lactams resistance gene cassettes, the last one being the main antibiotics delivered in hospitals. We also characterized the « cassettomes » of slaughterhouse effluents and showed that the « cassettomes » of class 1 integrons were different from those of healthcare facilities effluents. The second part of this thesis work showed different prevalences of integrons in Aeromonas strains infecting/colonizing fish subjected to different antibiotic selective pressures. We showed that integrons were more prevalent in fish populations subjected to stronger antibiotic selective pressure contrary to Aeromonas from wild fish where they were not detected. Our work shows that integrons and more specifically « cassettomes » are good markers in the environment to differentiate different types of effluents (healthcare facilities versus slaughterhouses) and secondly to reflect an antibiotic selective pressure exerted on fish

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Nguyen, Trong Hiep. "Hypermutabilité et résistance aux antibiotiques chez Staphylococcus aureus". Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN2018.

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Abstract (sommario):

Au cours de la mucoviscidose, les variants hypermutables de Staphylococcus aureus sont fréquents. Nous avons caractérisé de nouvelles mutations de la protéine ribosomale L4 responsables de résistance aux macrolides. La télithromycine, apparentée aux macrolides, a une faible capacité à sélectionner les mutants résistants chez les pneumocoques. Nous avons entrepris une étude de sélection de mutants chez 6 souches cliniques et de laboratoire hypermutables et non hypermutables de S. Aureus en présence d’érythromycine ou de télithromycine. La télithromycine s’est avérée légèrement moins sélectionnante que l’érythromycine. Des mutations des protéines L22 et L4 sont les plus souvent retrouvées chez les souches sélectionnées par la télithromycine et l’érythromycine, respectivement. Les mutants sont sélectionnés un peu plus rapidement chez les souches hypermutables. Puis, nous avons étudié les fluoroquinolones du fait du mécanisme habituel de résistance par mutation. La résistance aux fluoroquinolones est apparue significativement plus fréquente chez les souches cliniques hypermutables de S. Aureus (hors mucoviscidose) que les souches non hypermutables. Une des souches hypermutables avait une délétion de l’opéron de gènes mutateurs mutSL. Plusieurs souches hypermutables de S. Aureus n’ayant pas de mutation mutSL, nous avons recherché in silico des homologues de gènes mutateurs de E. Coli et Bacillus subtilis chez S. Aureus MW2. Six gènes candidats (miaA, nth, ung, recA, recG, et mutS2) ont été retenus. Après inactivation par insertion d’un plasmide thermosensible puis complémentation par le gène sauvage, seul le gène nth a montré un rôle dans l’hypermutabilité de S. Aureus
In cystic fibrosis, hypermutable variants of Staphylococcus aureus are frequently isolated. We have characterized new mutations of ribosomal protein L4 responsible for macrolide resistance. Telithromycin related to macrolides displays a low ability to select for resistant mutants in pneumococci. We have carried out a study of selection in 6 hypermutable and non hypermutable clinical and laboratory isolates of S. Aureus in the presence of erythromycin or telithromycin. Telithromycin was weakly less selective than erythromycin. Mutations of ribosomal proteins L22 and L4 are most often detected in strains selected by telithromycin and erythromycin, respectively. Mutants are selected more rapidly in hypermutable strains. Then, we have studied the fluoroquinolones because of the usual mechanism of resistance to these antibiotics by mutation. Resistance to fluoroquinolones appeared significantly more frequent in clinical hypermutable isolates of S. Aureus (non cystic fibrosis) than in non hypermutable isolates. One of the hypermutable isolate had a deletion of the mutator operon mutSL. Hypermutable isolates combined several mutations in the target of quinolones. Since several hypermutable S. Aureus did not have mutSL mutations, we have searched for homologues of mutator genes of E. Coli and Bacillus subtilis in S. Aureus MW2. Six candidate genes (miaA, nth, ung, recA, recG, et mutS2) have been selected. After inactivation by insertion of a thermosensitive plasmid and complementation by the wild-type gene, only the nth gene has shown a role in hypermutability in S. Aureus

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Mammeri, Hedi. "Mécanismes émergents de résistance aux antibiotiques : céphalosporinases à spectre étendu et résistance plasmidique aux quinolones". Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05D035.

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Abstract (sommario):

Les ß-lactamines et les fluoroquinolones sont les principaux antibiotiques prescrits en thérapeutique. Récemment, deux nouveaux mécanismes de résistance ont été décrits : le gène plasmidique qnrA, qui code pour une protéine réduisant la fixation des fluoroquinolones sur leurs cibles et les céphalosporinases à spectre étendu qui hydrolysent davantage les oxyiminocéphalosporines. Au cours de ce travail, nous avons caractérisé plusieurs nouvelles céphalosporinases à spectre étendu, ce qui nous a permis d'identifier de nouvelles modifications structurales responsables de l'élargissement du spectre d'hydrolyse et de mettre en évidence la diversité génétique des gènes ampC dans l'espèce E. Coli. Nous avons également décrit l'émergence du gène qnrA en Europe, le rôle de son environnement génétique dans son expression, l'absence d'effet de QnrA sur l'activité bactéricide des fluoroquinolones, et l'origine de ce gène plasmidique présent naturellement dans le chromosome de Shewanella algae
ß-Lactams and fluoroquinolones constitute the most prescribed antibiotics used in therapeutics. Recently, two novel acquired mechanisms of resistance were described : the plasmid-borne qnrA gene, encoding a pentapeptide that prevents binding of fluoroquinolones on their targets, and the extended-spectrum AmpC ß-lactamases, which display an increased hydrolysis activity toward oxyiminocephalosporins. During this work, we have characterized several novel extended-spectrum cephalosporinases, mainly produced by Escherichia coli isolates, identified new structural modifications responsable for the extension of the hydrolysis spectrum and revealed the genetic diversity of the ampC genes in E. Coli. We have also described the emergence of the qnrA gene in Europe, the involvement of its genetic environment in its expression, the absence of effect of QnrA on the bactericidal activity of fluoroquinolones, and the origin of qnrA naturally present on the chromosome of Shewanella algae

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Bador, Julien. "Résistance aux antibiotiques par mécanisme d'efflux chez Achromobacter xylosoxidans". Phd thesis, Université de Bourgogne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00990010.

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Abstract (sommario):

Achromobacter xylosoxidans est un bacille à Gram négatif non fermentaire pathogène opportuniste. Il est de plus en plus fréquemment isolé chez les patients atteints de mucoviscidose, colonisant leur arbre bronchique et pouvant être responsable d'une dégradation de la fonction respiratoire. Il s'agit d'une espèce bactérienne naturellement résistante à de nombreux antibiotiques : aux céphalosporines (hors ceftazidime), à l'aztréonam et aux aminosides. Les résistances acquises sont fréquentes, en particulier dans les souches isolées d'expectorations de patients atteints de mucoviscidose. Ces résistances acquises concernent des molécules antibiotiques très utilisées pour le traitement des exacerbations respiratoires de la maladie, ce qui conduit parfois à de véritables impasses thérapeutiques. Au début de notre travail, seuls quelques mécanismes de résistance acquise aux β-lactamines avaient été décrits, mais aucun mécanisme impliqué dans la multi-résistance naturelle d'A. xylosoxidans.La résistance aux antibiotiques par efflux actif de type Resistance-Nodulation-cell Division (RND) est très répandue chez les bacilles à Gram négatif non fermentaires. Nous avons identifié dans le génome d'A. xylosoxidans trois opérons pouvant coder pour des systèmes d'efflux RND. Par une technique d'inactivation génique nous avons montré que les trois systèmes d'efflux (AxyABM, AxyXY-OprZ et AxyCDJ) pouvaient exporter des antibiotiques. Deux d'entre eux participent à l'antibio-résistance naturelle d'A. xylosoxidans : AxyABM (résistance à l'aztréonam et à plusieurs céphalosporines) et AxyXY-OprZ (résistance aux aminosides)

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Hocquet, Didier. "Résistance aux antibiotiques par efflux actif chez Pseudomonas aeruginosa". Besançon, 2003. http://www.theses.fr/2003BESAA003.

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Charpentier, Emmanuelle. "Étude de la résistance aux antibiotiques chez Listeria spp". Paris 6, 1995. http://www.theses.fr/1995PA066562.

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Abstract (sommario):

Listeria monocytogenes est un bacille à Gram positif pathogène pour l'homme. Jusqu'à récemment, le genre listeria était considéré comme toujours sensible aux antibiotiques. La première souche de L. Monocytogenes multi-résistante aux antibiotiques, BM4210, isolée en France, héberge le plasmide PIP811 autotransférable de 37 kilobases (kb) qui porte l'ensemble des caractères de résistance. Le déterminant de résistance à la tétracycline-minocycline de PIP811 constitue le prototype d'une nouvelle classe de gènes de résistance qui a été caractérisée et nommée TET(s). La protéine correspondante, TET(s), pourrait agir en protégeant la cible ribosomale de l'action de la tétracycline. Le déterminant TET(s) a par la suite été retrouvé chez deux autres isolats cliniques multi-résistants de L. Monocytogenes, trois souches de L. Innocua, une souche de L. Welshimeri et 22 isolats cliniques de Enterococcus Faecalis. Chez les espèces L. Innocua, L. Welshimeri et E. Faecalis, TET(s) serait localisé sur le chromosome. Le transfert par conjugaison de ce gène a été obtenu de E. Faecalis à L. Monocytogenes et/ou E. Faecalis. Nous proposons que la résistance à la tétracycline, résistance la plus répandue chez le genre listeria, résulterait de l'acquisition de gènes de résistance portés par des plasmides autotransférables ou des transposons de type conjugatifs provenant des genres enterococcus-streptococcus. La souche de L. Monocytogenes BM4293, résistante au triméthoprime, un caractère non encore rapporté chez Listeria, a été isolée de l'environnement en France. Cette résistance est particulièrement importante, le triméthoprime représentant l'alternative thérapeutique à l'ampicilline dans le traitement des listérioses humaines. Cette souche héberge un plasmide de 3,7 kb que nous avons caractérisé et nomme PIP823. Ce plasmide appartient à la famille PC194/PUB110 des plasmides à réplication de type cercle-roulant des bactéries à gram positif. Il porte le gène DFRD, nouveau déterminant, qui code pour une dihydrofolate réductase additionnelle résistante au triméthoprime.

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Amoureux-Boyer, Lucie. "Achromobacter xylosoxidans : épidémiologie au centre de ressources et de compétences de la mucoviscidose de Dijon et réservoir environnemental". Thesis, Dijon, 2013. http://www.theses.fr/2013DIJOS070/document.

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Abstract (sommario):

Achromobacter xylosoxidans est un bacille à Gram négatif non fermentaire émergent dans la mucoviscidose. A Dijon, la prévalence de patients colonisés est élevée au Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose par rapport à la moyenne nationale, et augmente également chez des patients hospitalisés atteints d’autres pathologies. Les réservoirs et le mode de contamination des patients sont inconnus.Les objectifs de ce travail étaient de décrire la situation épidémiologique dans notre CRCM et de mettre en évidence d’éventuelles sources de contamination pour les malades en Bourgogne.Dans une première étude rétrospective, toutes les souches d’A. xylosoxidans isolées chez les patients du CRCM depuis le début de leur suivi jusqu’en 2010 ont été analysées. Sur 120 patients, 21 ont présenté au moins une culture positive. Le génotypage par électrophorèse en champ pulsé n’a montré que de rares cas de transmissions croisées. Les résistances acquises aux antibiotiques sont fréquentes : ciprofloxacine (dès primocolonisation), ceftazidime et carbapénèmes (colonisations chroniques). Notre protocole de détection d’A. xylosoxidans dans l’environnement a permis d’isoler 50 souches (lavabos, douches, rivières, lacs) : 33 à l’hôpital, 9 à domicile et 8 dans la nature. Ces isolats partagent des caractéristiques avec les souches cliniques : 6 génotypes communs et résistance constante à la ciprofloxacine. Le risque de contamination des patients à domicile ou à l’hôpital est donc réel.D’autres études sont en cours afin de mieux comprendre l’émergence de cette bactérie, ses mécanismes de résistance acquise aux antibiotiques et les facteurs favorisant sa sélection dans l’environnement
Achromobacter xylosoxidans is an aerobic nonfermentative Gram-Negative rod considered as an important emerging pathogen among cystic fibrosis (CF) patients worldwide. In Dijon (Burgundy), the prevalence of colonised patients is high among CF patients and increasing among non-CF hospitalised patients. The natural habitat of this organism as well as the possible sources of patient contamination remain unknown.The aims of this study were to report the first epidemiological data about A. xylosoxidans in a French CF centre and to identify potential reservoirs of this organism in Burgundy. In a retrospective study, all the isolates recovered from the patients affiliated with our centre in 2010 since their first visit were analysed. Out of 120 patients, 21 (17.5%) had at least one positive culture with A. xylosoxidans. Genotyping analysis by Pulsed Field Gel Electrophoresis revealed that cross-Contamination was very rare. Acquired resistance was frequent to ciprofloxacin (since primocolonisation), to ceftazidime and to carbapenems (in persistent colonisations). Thanks to our protocol designed to detect A. xylosoxidans in environment, a total of 50 strains were isolated in hospital (33 isolates), domestic (9 isolates) and outdoor (8 isolates) samples, mainly in handwashing sinks, showers, and water. These environmental isolates shared characteristics with clinical ones: 6 genotypes in common and a constant resistance to ciprofloxacin. These results reveal potential sources of contamination for the patients at home or in hospital. Further studies are needed to help understanding the emergence of this bacterium and the mechanisms involved in acquired antibiotic resistance

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Boumghar-Bourtchai, Leyla. "Mécanismes émergents de résistance bactérienne aux inhibiteurs de synthèse protéique". Caen, 2008. http://www.theses.fr/2008CAEN3011.

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Abstract (sommario):

Ce travail rapporte l'émergence de résistances nouvelles aux macrolides chez Shigella sonnei et Turicella Otitidis. Ces résistances sont des exemples de stratégies différentes utilisés par les bactéries pour résister à des antibiotiques inhibiteurs de la synthèse proteique. S. Sonnei a developpé un mécanisme de phosphorylation de l'azithromycine grâce à l'acquisition du gène mph(A) pour résister à cet antibiotique. Cette résistance plasmidique et transférable met en péril l'utilisation de l'azithromycine dans le traitement des shigelloses chez les enfants. La résistance aux macrolides chez T. Otitidis qui posséde trois copies du gène rrl codant pour l'ARNr 23S est corrélée avec la présence de mutations dans le domaine V de cet ARN en position 2058 et/ou 2059 (numérotation de E. Coli). Pour mettre en évidence le rôle que la recombinaison homologue joue dans la propagation de la mutation du gène rrl d'une copie aux autres copies, nous avons pris comme modèle, le linézolide, inhibiteur des synthèses protéiques et Enterococcus faecalis JH2-2 (4copies rrl). L'étude de la dynamique de sélection de mutants au linézolide chez E. Faecalis JH2-2 et son dérivé déficient en recombinaison E. Faecalis JH2-2 recA, montre que la recombinaison homologue influe sur la dissémination des mutations entre les copies du gène rrl. Une seule copie mutée suffit pour conférer un niveau significatif de résistance. Le niveau de résistance corrèle aves le nombre de copies mutées.

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Mhaya, Amel. "Analyse de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries et étude d’une potentielle voie alternative aux traitements antibiotiques". Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0420.

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Abstract (sommario):

L’augmentation des bactéries multirésistantes (BMR) aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique. Le premier objectif de la thèse a été de rechercher la présence, peu documentée, de BMR dans la communauté en Tunisie. Pour la première fois, nous isolons une Klebsiella pneumoniae de séquence type ST147 productrice de la carbapénèmase NDM-1 dans ce milieu, à Sfax. Nos données indiquent aussi une proportion inhabituellement élevée (47%) d’Escherichia coli produisant deux ß-lactamases à spectre élargi. Quatre d’entre eux, avec CTX-M-15 et CTX-M-27, se divisent en 2 souches clonales de type A-ST617 (2 isolats) et B2-ST131 subclade C2 (2 isolats). Toutes contiennent un plasmide avec la même combinaison allélique, F31:A4:B1 ; suggérant une possible dissémination de ce réplicon. Lors d’une autre étude (milieu communautaire, Djerba), une souche clonale Eh22 d’Enterobacter hormaechei multirésistante, contenant un plasmide conjugatif IncHI2 de 300 kpb, a été isolée chez 2 patients sans lien épidémiologique apparent. Le plasmide a été séquencé et montre la présence de différents gènes de résistance incluant 4 gènes codant pour des ß-lactamases (blaTEM-1, blaDHA-1, blaCTX-M-3 et blaSHV-12). Dans une seconde partie, nous avons étudié chez Eh22 la résistance à la colistine (CS), antibiotique de dernier recours. Après avoir sélectionné un mutant in vitro, nous avons montré pour la première fois, chez Enterobacter spp, que cette résistance pouvait être due à une mutation dans le gène codant pour MgrB, un régulateur négatif du système à 2 composants PhoQP qui permet la synthèse de groupements cationiques sur le lipopolysaccharide, cible de la CS. Dans une dernière partie, des molécules de type bactériocines actives sur les BMR ont été recherchées à partir d’une collection de Bacillus thurengiensis. L’une d’elle, BUPM103, inhibe la croissance de BMR. Une analyse in silico a permis d’identifier le gène d’une potentielle bacthuricine F103 (11 kDa) qui a été produite dans E. coli. Le surnageant de sécrétion filtré a montré une activité d’inhibition de la croissance de K. pneumoniae multirésistante, contrairement au contrôle (sans sécrétion). Cette bacthuricine recombinante pourrait constituer une alternative thérapeutique pour le traitement des BMR
The increase of multidrug-resistant bacteria (BMR) to antibiotics is a major public health problem. The first objective of the thesis was to search for the presence of BMR, poorly documented in the community in Tunisia. For the first time, we isolate a Klebsiella pneumoniae belonging to the sequence type ST147 producing carbapenemase NDM-1 in this setting, at Sfax. Our data also indicate an unusually high proportion (47%) of Escherichia coli producing committally two extended-spectrum ß-lactamases. Four of them, with CTX-M-15 and CTX-M-27, are divided into 2 clonal strains of type A-ST617 (2 isolates) and B2-ST131 subclade C2 (2 isolates). All contain a plasmid with the same allelic combination, F31: A4: B1; suggesting a possible dissemination of this replicon. In another study (community-based, Djerba), a multiresistant clonal strain Eh22 of Enterobacter hormaechei, containing a 300 kbp conjugative plasmid of IncHI2, was isolated from 2 patients without apparent epidemiological relationship. The plasmid was sequenced and shows the presence of different resistance genes including 4 genes encoding β-lactamases (blaTEM-1, blaDHA-1, blaCTX-M-3 and blaSHV-12). In a second part, we studied in Eh22, the resistance to colistin (CS), antibiotic of last resort. After selection of an in vitro mutant, we showed for the first time, in Enterobacter spp, that this resistance can be due to a mutation in the gene encoding MgrB, a negative regulator of the 2-component PhoQP system that allows the synthesis of cationic residues on lipopolysaccharide, target of CS. In the last part, bacteriocins-like molecules active on BMR were searched in a collection of Bacillus thurengiensis. One of them, BUPM103, inhibits the growth of BMR. The gene for a potential bacthuricin F103 (11 kDa) was identified by an in silico analysis and it was produced in E. coli. The filtered supernatant secretion showed a growth inhibitory activity against a multiresistant K. pneumoniae, in contrast to control (without secretion). This recombinant bacthuricine could constitute a therapeutic alternative for the BMR treatment

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Brega, Sara. "Mécanismes de résistance de Plasmodium vivax aux antipaludiques". Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10181.

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Abstract (sommario):

Plasmodium vivax est responsable d'environ 100 millions d'accès palustres par an dans le monde. Compte tenu de l'augmentation constante de la température moyenne du globe et de la fréquence toujours plus importante de voyageurs et des populations déplacées, l'endémie du paludisme est en progression. L'utilisation dans le passé des antipaludiques a probablement permis la sélection de souches de P. Vivax chimio-résistantes, principalement chloroquino-résistantes. La chloroquine seule ou associé à la primaquine reste le médicament de référence dans les pays d'endémie palustre à P. Vivax. Un autre médicament, l'association sulfadoxine-pyriméthamine (S-P), est utilisé pour traiter les isolats chloroquino-résistants mais la résistance à la pyriméthamine est apparue aussi dans plusieurs régions endémiques. Les mécanismes moléculaires à la base de la chimiorésistance de P. Vivax sont encore mal connus. Seule la résistance à la pyriméthamine est aujourd'hui bien caractérisée. Des études antérieures ont mis en évidence, comme pour P. Falciparum, une corrélation entre des mutations ponctuelles dans le domaine de la DHFR et la résistance in vivo et in vitro à la pyriméthamine chez P. Vivax. Nous avons développé une méthode permettant de déterminer le génotype d'un isolat de P. Vivax au niveau des différents codons impliqués, donc son phénotype sensible ou résistant aux antifoliniques. Cette technique a été validée sur un grand nombre d'isolats, originaires de plusieurs régions du globe et soumis à des conditions de transmission palustre et à des pressions médicamenteuses différentes. Pour P. Falciparum au moins deux gènes sont impliqués dans la résistance à la chloroquine : le gène pfcrt et le gène pfmdr1. L'absence des mutations sur le gène pvcrt des souches de P. Vivax chloroquino-sensibles et chloroquino-résistantes a incité à penser que d'autres mécanismes modulent la survenue de la résistance chez ce parasite. Nous avons recherché chez P. Vivax le gène orthologue de pfmdr1. Après avoir déterminé la séquence codante pour la MDR1 de P. Vivax, nous avons étudié son profil génétique chez des isolats de P. Vivax en provenance principalement d'Asie Centrale et du Sud-est et d'Amérique du Sud. Trois allèles du gène pvmdr1 ont été retrouvés dans les zones d'endémie étudiées : l'allèle sauvage et les allèles simples F1076L et double muté Y976F - F1076L. Ces deux mutations apparaissent de façon successive (mutation en position 1076 puis en 976) comme cela a déjà été décrit pour le gène pvdhfr

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Tremblay, Simon. "Étude moléculaire du recrutement des gènes de résistance aux antibiotiques". Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24374/24374.pdf.

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Zeitouni, Salman. "Le coût biologique de la résistance aux antibiotiques chez Campylobacter". Rennes 1, 2011. http://www.theses.fr/2011REN1S113.

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Abstract (sommario):

La résistance de Campylobacter aux fluoroquinolones (FQ) ou aux macrolides (MAC) pose problème lors de campylobactérioses humaines. L’objectif de nos travaux était de déterminer les conséquences résultant de la résistance aux FQ ou aux MAC chez C. Coli ou chez C. Jejuni en absence d’antibiotique. La résistance aux FQ via l’acquisition de la mutation C257T dans le gène gyrA est stable et induit un coût biologique lors de compétition entre la souche sensible et le mutant résistant. Cela se traduit par un retard de croissance in vitro, une moindre compétitivité pour la survie sur matrice alimentaire ou la colonisation du poulet in vivo, pour C. Coli et pour C. Jejuni. La résistance aux macrolides induit un coût biologique in vitro chez C. Coli et C. Jejuni. Cependant, chez l’animal ou sur matrice alimentaire, le coût biologique n’est observé que chez C. Jejuni. Toutefois, des clones de C. Jejuni résistants porteurs d’une mutation supplémentaire dans le domaine V de l’ARNr 23S peuvent apparaitre chez les poulets colonisés et ces doubles mutants retrouvent une forte capacité de colonisation de l’animal. L’acquisition des mutations conférant la résistance aux FQ ou aux MAC augmente la capacité d’invasion des cellules humaines Caco-2, mais a rarement un effet sur la cytotoxicité. Toutefois, si les mutations engendrent une diminution de la mobilité des bactéries, les taux d’invasions des cellules restent constants. Ce travail a permis de documenter l’impact de la résistance sur différentes propriétés importantes de Campylobacter (survie sur matrices alimentaires, colonisation in vivo, virulence) afin de mieux comprendre l’impact des politiques d’usage des antibiotiques
Resistance to fluoroquinolones (FQ) or macrolides (MAC) in Campylobacter is a main concern for human campylobacteriosis. This study aimed to determine the consequences resulting from FQ or MAC resistance in C. Coli or C. Jejuni in the absence of antibiotic selection pressure. Resistance to FQ via C257T mutation in the gyrA gene is stable and induces a fitness cost during pairwise competition between the susceptible strain and the resistant mutant. This disadvantage appeared as reduced in vitro growth or survival in food matrices as well as by a less competitiveness during in vivo colonization (in chicken digestive tract) for C. Coli and C. Jejuni. MAC resistance induces an in vitro fitness cost in C. Coli and C. Jejuni. However, in food matrices and in animals, fitness cost was observed only for C. Jejuni. Nevertheless, resistant clones of C. Jejuni harboring double mutations in domain V of 23Sr RNA can appear in colonized chickens and theses evolved mutants showed similar capacity in animal colonization. Acquisition of mutations conferring FQ or MAC resistance enhances invasion capacity of human Caco-2 cells, but has rarely an impact on cytotoxicity. However, if these mutations reduce bacterial motility, resistant mutants can not show any significant enhancement in cells invasiveness comapred to susceptible strains. This work documents the impact of antibiotic resistance on different important characteristics of Campylobacter (survival in food matrices, in vivo colonization, virulence) in order to better understand the strategy of antibiotic restricting prescribing

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Dialahy, Isaora Zefania. "Trois essais en analyse bioéconomique de la résistance aux antibiotiques". Doctoral thesis, Université Laval, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11794/28268.

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Abstract (sommario):

Cette thèse, organisée en trois essais, porte sur l’économie de la santé des populations et traite l’analyse bioéconomique de la résistance aux antibiotiques. Elle aborde les enjeux sociaux économiques de l’utilisation inter-temporelle des antibiotiques en considérant l’efficacité de traitement comme une ressource renouvelable ou non renouvelable. Nos résultats d’analyse visent une contribution scientifique à la gestion parcimonieuse, efficace et durable des antibiotiques disponibles. Un tel objectif apparait aujourd’hui comme une alternative viable à la capacité limitée du marché à offrir de nouveaux antibiotiques contre les bactéries résistantes. Nous combinons ici (1) une approche épidémiologique, qui permet de modéliser la transmission des maladies infectieuses et l’efficacité de traitement des antibiotiques, et (2) une approche économique qui consiste à modéliser la demande d’antibiotiques et le taux de traitement de la population. Le premier essai (chapitre I) porte sur l’analyse dynamique de l’usage médical d’antibiotiques dans un contexte de la résistance bactérienne. Nous comparons ici le taux de traitement médical avec le taux de traitement socialement optimal. Nous postulons un modèle avec un médecin représentatif qui traite la population avec un seul antibiotique. La demande d’antibiotique dépend de la fraction d’individus prêts à payer pour obtenir le traitement. L’utilité instantanée du médecin dépend du revenu de son travail et du niveau d’altruisme par lequel il intègre le bien-être de la population dans son objectif. Sous ces hypothèses, les résultats de simulation montrent une forte incitation à prescrire l’antibiotique lorsque le médecin est altruiste et lorsqu’il bénéficie d’une rémunération fixe lui garantissant une ressource financière stable en tout temps. Dans cette situation, le médecin accorde une priorité à la guérison des patients et surutilise l’antibiotique, accélérant ainsi l’effet de la résistance bactérienne. Ce qui n’est pas le cas lorsque le médecin est rémunéré à l’acte qui sous-utilise l’antibiotique à court et à moyen termes. En prescrivant moins l’antibiotique, il anticipe qu’une hausse de l’infection augmente son revenu dans le futur. Le second essai (chapitre II) analyse la demande d’antibiotiques en accès libre lorsque deux antibiotiques sont disponibles. Le modèle épidémiologique développé à cet effet montre une interaction entre les réservoirs d’efficacité de traitement. Les fonctions d’interaction spécifiées ici peuvent avoir un effet positif (mutualisme) ou défavorable (prédation) à l’évolution des efficacités de traitement des antibiotiques. Les résultats de simulation montrent que les patients utilisent d’abord l’antibiotique doté d’un rapport qualité cout élevé (qualité relative) et ayant la plus forte guérison additionnelle. Cet avantage de traitement tend vite à diminuer sous l’effet de la résistance alors que l’efficacité de traitement de l’antibiotique substitut s’apprécie. Les patients vont ensuite utiliser les deux antibiotiques en même temps. Cet effet de substitution est en particulier favorisé par l’interaction positive entre les efficacités de traitement. A l’état stationnaire, cet effet mutualisme disparait et l’un des antibiotiques ne sera plus utilisé. Le troisième essai (chapitre III) examine l’ordre optimal de l’utilisation des antibiotiques dans un cadre social. L’objectif du planificateur social consiste à maximiser le bien-être agrégé de la population, y compris celui des individus en bonne santé. Le cout social d’utilisation d’un antibiotique inclut à la fois le cout de production pharmaceutique et les couts externes de traitement liés à la résistance aux antibiotiques et au risque de contagion des infections. Les résultats d’analyse montrent qu’on doit utiliser les antibiotiques par ordre séquentiel lorsqu’un antibiotique domine sur l’autre à la fois en termes de qualité relative (rapport qualité-coût social) et de qualité nette (différence qualité-coût social). En revanche, il convient d’utiliser les deux antibiotiques simultanément lorsqu’ils ont chacun un avantage de traitement sur l’autre, l’un en termes de qualité relative et l’autre en termes de qualité nette.
This thesis adds to the literature of population health by taking an economic perspective. Specifically, it focuses on the bioeconomic analysis of antibiotic resistance. It addresses the socioeconomic issues of the inter-temporal use of antibiotics by considering treatment efficacy of an antibiotic as a renewable or non-renewable resource. Our analysis informs the scientific debate on the parsimonious, effective and sustainable management of available antibiotics. This type of management now appears as a viable alternative to the limited ability of the market to offer new antibiotics capable of dealing with resistant bacteria. We combine (1) an epidemiological approach, which allows the modelling of the transmission of infectious diseases and antibiotic efficacy treatment, and (2) an economic approach, which consists in modelling the demand for antibiotics as well as the private and socially optimal treatment rate of antibiotics. This thesis is organized in three essays. The first essay (Chapter I) focuses on the dynamic analysis of a physician’s prescription rate/ use of antibiotics in a context of bacterial resistance. We compare the physician’s treatment of medical treatment with the socially optimal treatment rate. We postulate a model with a representative physician who treats the population with a single antibiotic. The demand for antibiotics depends on the fraction of individuals willing to pay for the treatment given a prevailing level of antibiotic resistance. The physician's instant utility depends on the income from his work and the level of his/her altruism towards the population welfare. Under these hypotheses, the results show a strong incentive to prescribe the antibiotic when the physician is altruistic and receives a fixed remuneration at all times. In this case, the physician gives priority to healing patients and overuses the antibiotic, accelerating therefore the effect of bacterial resistance. This is not the case when the physician is paid via a fee for services, he/she underutilizes the antibiotic in the short and medium term. By prescribing the antibiotic less, he/she anticipates that an increase in infection will increase his/her remuneration in the future. The second essay (Chapter II) analyzes the demand of the antibiotics available under open access (generic industry) when two antibiotics are available. The epidemiological model developed for this purpose shows an interaction between the reservoirs of treatment efficiency. The interaction functions specified here may have a positive (mutualism) or unfavourable (predation) effect on the evolution of antibiotic treatment efficiencies. Simulation results show that patients first use the antibiotics with the high quality-cost ratio (relative quality) and the greatest additional recovery rate. This advantage tends to decrease under the effect of rising bacterial resistance while the treatment efficiency of the substitute antibiotic increases. Patients will then use both antibiotics simultaneously. This substitution effect is in particular favoured by the positive interaction between the treatment efficiencies. At steady state, this mutualism effect disappears and only one of the antibiotics (depending on the bio-economic parameters) will be used. The third essay (Chapter III) examines the optimal order of the use of antibiotics from social point of view. The goal of the social planner is to maximize the aggregate welfare of the population, including that of healthy individuals. The social cost of using an antibiotic includes pharmaceutical production costs, the external costs of treatment related to antibiotic resistance and the risk of contagion. The results of the analysis show that the antibiotics should be used in sequential order when one antibiotic dominates the other in terms of relative quality (social quality-cost ratio) and net quality (social quality-cost difference). On the other hand, both antibiotics should be used simultaneously when one dominates in terms of relative quality and the other in terms of net quality.

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Corpet, Denis. "Résistance aux antibiotiques des bactéries intestinales de l'homme : origine non-iatrogène". Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA114829.

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Chollet, Renaud. "Régulation génétique de la multirésistance aux antibiotiques chez Enterobacter aerogenes". Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX20659.

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Abstract (sommario):

Enterobacter aerogenes est devenu, ces dernières années, un pathogène incontournable du milieu hospitalier. Le caractère clonal des isolats et leur phénotype de résistance élevé aux antibiotiques représentent les deux caractéristiques principales de son épidémiologie. A côté des mécanismes d'inactivation enzymatique efficaces, sont maintenant décrits des processus générant une imperméabilité membranaire et un efflux actif. De telles souches sont considérées comme présentant un phénotype de " Multidrug-Resistance " (MDR). Face à cette situation, il est indispensable de caractériser les systèmes génétiques contrôlant l'apparition de la MDR. Notre travail a montré que E. Aerogenes regroupe sur son génome deux systèmes de régulation de la MDR : l'opéron marRAB et le gène ramA. Les deux régulateurs RamA et MarA permettent à E. Aerogenes de contrôler finement les systèmes d'échange avec le milieu extérieur et de répondre efficacement contre les agressions. Ces régulateurs peuvent fonctionner aussi bien indépendamment que simultanément et l'expression de l'un régule celle de l'autre. MarA et RamA entraînent, chez E. Aerogenes, une régulation négative des porines, voie d'entrée des antibiotiques hydrophiles, créant une imperméabilité membranaire, et l'expression de la pompe d'efflux AcrAB-TolC permettant d'éjecter hors de la cellule les composés intracellulaires toxiques. L'imperméabilité membranaire est également responsable de la résistance à l'imipénème et nous avons montré, in vitro, qu'un traitement par cet antibiotique active l'opéron marRAB. Les isolats MDR présentent ainsi des modulations de perméabilité de l'enveloppe bactérienne jouant un rôle important dans la résistance aux antibiotiques ; ces modifications relèvent d'un schéma général de régulation
Enterobacter aerogenes is a nosocomial pathogen associated with high mortality rate in intensive care units. Besides the presence of an extended b-lactamase (ESBL) and a chromosomal derepressed cephalosporinase, 5% of clinical isolats show a MultiDrug Resistant (MDR) phenotype. Our work showed that E aerogenes gathers on its genome two systems of MDR regulation: the marRAB and the ramA gene. The two regulators RamA and MarA allow E aerogenes to control exchanges with the external medium and to answer effectively against aggressions. MarA and RamA are able to negatively down-regulate porin expression and to activate the expression of the AcrAB-TolC efflux pump

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Siebert, Claire. "Caractérisation moléculaire de la résistance de F.tularensis aux fluoroquinolones". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018GREAV025/document.

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Abstract (sommario):

Dans des expériences récemment réalisées au laboratoire, des clones de F. tularensis ont été exposés à des concentrations croissantes d’antibiotiques. Au cours de cette expérience d’évolution expérimentale, les bactéries ont acquis un haut niveau de résistance aux FQ. Cette résistance s’est accompagnée de mutations sur la cible des FQ soient les topoisomérases de type II. Le séquençage du génome de ces souches, a montré que l’exposition aux FQ induisait également des mutations du gène fupA. Mon objectif est d’investiguer le rôle potentiel de FupA dans la résistance aux FQ à partir de deux axes : 1- Analyse phénotypique des mutants FupA : Cette analyse se fera via la complémentation des mutants des lignées d’évolution, l’évaluation des CMI et l’étude in vitro de la multiplication intracellulaire. Préalablement, les vecteurs de complémentation nécessaires seront clonés et séquencés. 2- Etude biochimique de la protéine : Cette étude consistera en la purification de la protéine recombinante suivie de la recherche des ligands potentiels. Outre des expériences de pull-down, la protéine sera utilisée pour générer des anticorps. L’étude cristallographique de cette protéine est également envisagée
In recent experiments performed in the lab, F. tularensis strains were exposed to increasing concentrations of antibiotics. During this evolution procedure, bacteria acquired a high-level fluoroquinolone (FQ) resistance. This resistance has been associated with mutations in the FQ target genes encoding DNA gyrase and topoisomerase IV. Interestingly, the sequencing of the genomes of these strains showed that exposure to FQ also induced mutations in the gene encoding the FupA protein. My goal is to investigate the putative role of FupA in FQ resistance, an effect never previously reported. Two main approaches will be carried out. 1- phenotypic analysis of fupA mutants: This analysis will consist in complementation of mutants, evaluation of MIC and in vitro study of intracellular multiplication. Previously, the complementation vectors required will be cloned and sequenced. FQ resistance will also be evaluated on a FupA KO Francisella strain to be constructed. 2- biochemical study of the protein: We will perform cloning and purification of the full-length recombinant protein or truncated forms. Recombinant target will be useful for further identification of potential ligands by pull-down experiments. It will also be used to generate antibodies to check expression of FupA in highly resistant clones as well as for IF or EM localisation of the protein. Crystallographic study of this protein is also envisaged

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Hernould, Mathieu. "Recherche d'un système d'efflux multidrogue chez Aeromonas hydrophila : impact sur la résistance aux antibiotiques". Bordeaux 2, 2007. http://www.theses.fr/2007BOR21498.

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Abstract (sommario):

Au cours de la dernière décennie, Aeromonas hydrophila s'est révélée être un pathogène opportuniste chez l'homme. Chez les bactéries à Gram négatif, les systèmes d'efflux contribuent de manière importante aux résistances multidrogues. Ce travail rapporte pour la première fois une analyse fonctionnelle d'un système d'efflux multidrug resistant (MDR) de type resistance-nodulation-cell division (RND) chez le genre Aeromonas. L'implication du système d'efflux AheABC dans la résistance intrinsèque MDR à 13 substrats antibiotiques et autres a été montrée par des expériences d'inactivation/complémentation chez la souche ATCC 7966T d'Aeromonas hydrophila. Possédant un spectre plus étroit que son homologue AcrAB d'E. Coli, ce système n'efflue pas les quinolones et fluoroquinolones. La protéine AheR interagit avec la séquence promotrice d'aheABC et serait impliquée dans la régulation spécifique. De plus, un motif "marbox" présent dans cette région promotrice et un homologue de l'activateur global Rob d'E. Coli ont été identifiés suggérant aussi un niveau de régulation global. Par ailleurs, la présence d'autre(s) pompe(s) d'efflux chez cette espèce a été confirmée par l'utilisation du PAβN (Phe-Arg-β-naphtilamide), inhibiteur de pompes RND. L'analyse de l'activité du PAβN sur 10 souches d'Aeromonas provenant de l'environnement ou d'origine clinique montre un rôle du système AheABC et d'autres pompes d'efflux dans la résistance de ces souches. La résistance aux quinolones et fluoroquinolones pour certaines de ces souches associe l'efflux actif à d'autres mécanismes de résistances comme des mutations dans la Quinolone Resistance Determining Region des gènes gyrA et parC
During the last decade, Aeromonas hydrophila has been shown to be an opportunistic pathogen. In Gram-negative bacteria, the efflux pumps play a major role in the development of the multi-drug resistance phenotype (MDR). This work demonstrated for the first time the funtional analysis of an efflux system of the resistance-nodulation-cell division (RND) type in the genus Aeromonas Inactivation and complementation experiments have shown that AheABC efflux mechanism is responsible for the intrinsic resistance to 13 antimicrobials in the 7966T reference strain. It is noteworthy that the system has nevertheless a narrower spectrum than its homologous in E. Coli as it doesn't include the quinolones antibiotics. The AheR protein interacts with the promoter sequence of the AheABC operon and would be involved in the specific regulation. Furthermore, the finding of a "marbox" motif in this region and an E. Coli Rb-like global activator together implies a global regulation. In addition, the presence of other various pumps in this species has been confirmed by the use of PAβN (Phe-Arg-βnaphthilamide) which is an inhibitor of efflux pumps. Analysis of the activity of PABN on 10 Aeromonas strains from environmental and clinical sources has shown that the AheABC syqtem and other pumps play an important role in the resistance phenotype exhibited by these strains. Regarding the genetic basis of the mechanisms of resistance to quinolones in these strains we have shown that in addition to efflux pumps activity, mutations in the quinolone resistance determining region (QRDR) are also involved in the overall resistant phenotype

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Coumes, Florens Stéphanie. "Les modules de " détéction/résistance " aux antibiotiques peptidiques chez les Firmicutes". Phd thesis, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00626194.

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Abstract (sommario):

Les systèmes de transduction du signal et les transporteurs ABC contribuent de façon conjointe à la réponse adaptative des bactéries aux changements d'environnement. Trois modules, associant un phosphorelais et un transporteur ABC, ont été répertoriés chez B. subtilis et sont impliqués dans la réponse à différents antibiotiques: BceRSAB, PsdRSAB et YxdJKLM. Ils sont caractérisés par une histidine kinase possédant une boucle extracytoplasmique courte et appartenant à la famille des Intramembrane Sensing - Histidine Kinase (IM-HK) et par un transporteur ABC possédant une Membrane Spanning Domain (MSD) à boucle extracytoplasmique exceptionnellement longue. En utilisant une approche phylogénomique, il a été établi que ce type de modules était restreint aux Firmicutes, où ils sont apparus et se sont largement répandus. De plus, cette analyse met en lumière une histoire évolutive très dynamique impliquant de nombreux transferts horizontaux, duplications et pertes de gènes, conduisant à un répertoire de modules Bce-like très varié chez ce phylum. Grâce à une analyse phylogénétique fine, il a été proposé une classification de ces modules en six sous-familles bien définies. Des études fonctionnelles ont été réalisées sur des membres de la sous-famille IV comprenant le module de résistance à la bacitracine BceRSAB de B. subtilis, dont l'expression des gènes codant pour le transporteur requiert, en présence de l'antibiotique, le système de transduction du signal aussi bien que le transporteur lui-même. Les résultats de ces études montrent que d'autres membres de la sous-famille IV, YtsCD de B. licheniformis et BceAB de B. halodurans, sont également impliqués dans la résistance à la bacitracine. Ils suggèrent aussi que dans ces modules le transporteur ABC est le premier senseur de la présence de l'antibiotique et qu'il active le système de transduction une interaction entre une sous unité du transporteur et la kinase du module. De plus, en présence de bacitracine, l'expression des gènes codant pour le transporteur BceAB ainsi que la résistance à cet antibiotique requièrent la présence de la boucle de la MSD BceB ce qui démontre l'importance de cette boucle aussi bien au niveau fonctionnel que structural. Par ailleurs, l'étude que nous avons réalisée suggère que le mécanisme original de régulation des gènes du transporteur BceAB de B. subtilis pourrait être généralisé à tous les modules équivalents présents chez les Firmicutes. Ces modules constitueraient ainsi un mécanisme important de résistance aux antibiotiques peptidiques chez les bactéries de ce phylum qui comprend de nombreux pathogènes.

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Bornet, Charléric. "Perméabilité membranaire et mécanismes de résistance aux antibiotiques chez Enterobacter aerogenes". Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX20654.

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Biswas, Silpak. "Support moléculaire de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries intracellulaires". Aix-Marseille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX20658.

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Coumes, Stéphanie. "Les modules de "détection / résistance " aux antibiotiques peptidiques chez les firmicutes". Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22062/document.

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Abstract (sommario):

Les systèmes de transduction du signal et les transporteurs ABC contribuent de façon conjointe à la réponse adaptative des bactéries aux changements d’environnement. Trois modules, associant un phosphorelais et un transporteur ABC, ont été répertoriés chez B. subtilis et sont impliqués dans la réponse à différents antibiotiques: BceRSAB, PsdRSAB et YxdJKLM. Ils sont caractérisés par une histidine kinase possédant une boucle extracytoplasmique courte et appartenant à la famille des Intramembrane Sensing - Histidine Kinase (IM-HK) et par un transporteur ABC possédant une Membrane Spanning Domain (MSD) à boucle extracytoplasmique exceptionnellement longue. En utilisant une approche phylogénomique, il a été établi que ce type de modules était restreint aux Firmicutes, où ils sont apparus et se sont largement répandus. De plus, cette analyse met en lumière une histoire évolutive très dynamique impliquant de nombreux transferts horizontaux, duplications et pertes de gènes, conduisant à un répertoire de modules Bce-like très varié chez ce phylum. Grâce à une analyse phylogénétique fine, il a été proposé une classification de ces modules en six sous-familles bien définies.Des études fonctionnelles ont été réalisées sur des membres de la sous-famille IV comprenant le module de résistance à la bacitracine BceRSAB de B. subtilis, dont l’expression des gènes codant pour le transporteur requiert, en présence de l’antibiotique, le système de transduction du signal aussi bien que le transporteur lui-même. Les résultats de ces études montrent que d’autres membres de la sous-famille IV, YtsCD de B. licheniformis et BceAB de B. halodurans, sont également impliqués dans la résistance à la bacitracine. Ils suggèrent aussi que dans ces modules le transporteur ABC est le premier senseur de la présence de l’antibiotique et qu'il active le système de transduction une interaction entre une sous unité du transporteur et la kinase du module. De plus, en présence de bacitracine, l’expression des gènes codant pour le transporteur BceAB ainsi que la résistance à cet antibiotique requièrent la présence de la boucle de la MSD BceB ce qui démontre l'importance de cette boucle aussi bien au niveau fonctionnel que structural.Par ailleurs, l’étude que nous avons réalisée suggère que le mécanisme original de régulation des gènes du transporteur BceAB de B. subtilis pourrait être généralisé à tous les modules équivalents présents chez les Firmicutes. Ces modules constitueraient ainsi un mécanisme important de résistance aux antibiotiques peptidiques chez les bactéries de ce phylum qui comprend de nombreux pathogènes
Signal transduction systems and ABC transporters often contribute jointly to adaptive bacterial responses to environmental changes. In Bacillus subtilis, three such pairs, thereafter called modules, are involved in responses to antibiotics: BceRSAB, PsdRSAB and YxdJKLM. They are characterized by a histidine kinase belonging to the Intramembrane Sensing – Histine Kinase family (IM-HK) and by a Membrane Spanning Domain (MSD) possessing an unusually large extracytoplasmic loop. Using a phylogenomic approach we were able to demonstrate that such modules, associating a phosphorelay and an ABC transporter, are specific but widespread in Firmicutes where they originated. This analyse highlight a highly dynamic evolutionary history involving numerous horizontal gene transfers, duplications and lost events, leading to a great variety of Bce-like module repertories in members of this bacterial phylum. Based on fine phylogenetic analyses, the Bce-like modules were divided into six well-defined subfamilies. Functional studies were performed on some members of subfamily IV comprising the bacitracin resistance module BceRSAB of B. subtilis, the expression of which being found to require, in the presence of bacitracin, the signal transduction system as well as the ABC transporter itself. The present results indicate that two other members of subfamily IV, YtsCD of B. licheniformis and BceAB of B. halodurans, were also found to participate in bacitracin resistance processes. The results also suggest that in these modules the ABC transporter works as the first sensor of the antibiotic and that it then activates the signal transduction system through an interaction between one of the two ABC transporter domains and the module kinase.Bacitracin dependent expression of bceAB and bacitracin resistance processes were shown to require the presence of the BceB translocator loop suggesting a crucial role for this loop as well at a functional level, as at a structural level.This study suggests that the original BceRSAB module regulatory mechanism might be generalised to other modules and would constitute an important common antibiotic resistance mechanism in Firmicutes which comprise many human pathogens

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Nawfal, Dagher Tania. "Etude épidémiologique de la résistance aux antibiotiques d'isolats cliniques au Liban". Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0661/document.

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Abstract (sommario):

Les infections dues aux bactéries gram-négatif multi résistantes en particulier la résistance aux carbapénèmes, représentent un problème majeur de santé publique. La hausse des taux de résistance à ces antibiotiques a conduit à la réutilisation de la colistine, comme alternative thérapeutique de dernier recours. Notre travail de thèse s'est concentré sur l'étude épidémiologique de la résistance aux antibiotiques d’isolats cliniques au Liban. Nos travaux se sont scindés en 4 chapitres, avec trois objectifs principaux; (i) l'étude des bactéries résistantes aux carbapénèmes, (ii) l'élucidation des mécanismes moléculaires de la résistance à la colistine (iii) l'émergence de bactéries à Gram-positif résistantes à la vancomycine. Initialement, une revue de la littérature sur l'épidémiologie et les facteurs de risque associés à l'infection bactérienne au cours de conflits armés et catastrophes naturelles en Asie et au Moyen Orient a été rédigée. Dans le deuxième chapitre nous avons cherché à voir l'effet du changement de traitement de la combinaison colistine-carbapénème à la colistine en monothérapie sur la résistance d’A. baumannii, en plus de la détection du blaVIM-2 codé par plasmide. Dans le troisième chapitre, nous avons détecté la propagation de bactéries gram-négatif résistantes à la colistine en raison de la mutation des (pmrA /pmrB, phoP/phoQ), ou mgrB. Enfin, nous détectons l'émergence du gène vanA d'E. faecium. Il serait nécessaire de mettre en place des enquêtes de surveillance de l’usage des antibiotiques pour éviter la propagation de souches résistantes à ces antibiotiques au Liban
Infections due to multidrug-resistant gram-negative bacteria especially the resistance to carbapenems, have become a major public health problem. This increase in resistance to antibiotics has led to the resuscitation of colistin, as a last-resort treatment option. Our PhD work focused on the epidemiological study of the antibiotic resistance of clinical isolates in Lebanon. This thesis is divided into 5 chapters with three main objectives; (1) the investigation of carbapenem-resistant bacteria in Lebanese hospitals. (2) the Elucidation of the molecular mechanisms of colistin-resistant bacteria in Lebanese patients, and (3) the emergence of vancomycin-resistant gram-positive bacteria in Lebanon. At the start of this thesis, we have prepared a literature review on the epidemiology and the risk factors associated with bacterial infection in conflict wounded and natural disaster in Asia and the Middle East. The second chapter aimed to see the effect of the shift of treatment from colistin-carbapenem combination to colistin monotherapy on the prevalence and resistance of A. baumannii, in addition to the detection of the plasmid-encoded blaVIM-2 gene. In the third chapter, we have detected the spread of colistin-resistant gram-negative bacteria due to mutation of the two-component systems (pmrA /pmrB, phoP/phoQ), or mgrB. We detect the emergence of vanA of Enterococcus faecium resistant to vancomycin. This observation confirms that colistin resistance in Gram-negative bacteria is indeed increasing. In conclusion, it appears necessary and urgent to set up surveys to monitor the use of antibiotics to prevent the spread of resistant strains in Lebanon

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Fassi, Fehri Lina. "Activité antimicrobienne de peptides membranotropes et mécanisme de résistance chez mycoplasma pulmonis". Rennes 1, 2005. http://www.theses.fr/2005REN1S061.

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La résistance bactérienne aux antibiotiques est un problème de santé publique. Notre objectif est de mieux connaître les facteurs qui affectent l'efficacité antibactérienne des peptides antimicrobiens qui constituent des antibiotiques prometteurs. Nous avons étudié les interactions entre le mollicute Mycoplasma pulmonis et dix peptides différents. L'activité de ces peptides, à l'exception de la globomycine, est indépendante de la densité bactérienne mais est sensible à la concentration sérique du milieu de culture. Les combinaisons de peptides et d'antibiotiques ont montré des effets antibactériens additifs. Chez des clones sélectionnés pour leur résistance à la gramicidine D et à la mellitine, une surexpression de protéines de stress a été attribuée à des mutations dans le gène hrcA. La complémentation avec le gène hrcA sauvage restaure la sensibilité aux deux peptides démontrant que la résistance résulte d'une réponse au stress impliquant les gènes régulés par la protéine HrcA.

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Cagnon, Christine. "Etude des résistances aux antibiotiques glycopeptidiques par mutagenèse dirigée". Toulouse, INSA, 1991. http://www.theses.fr/1991ISAT0012.

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Abstract (sommario):

L'étude structurale et fonctionnelle des résistances aux antibiotiques glycopeptidiques a été envisagée en étroite collaboration avec le Laboratoire de cristallographie biologique de l'IBMC de Strasbourg. Un outil génétique performant pour l'ingénierie des protéines a été mis en place. Il est composé d'une famille de vecteurs permettant le clonage de gènes étrangers dans Escherichia coli, le séquençage et la mutagenèse dirigée. Leur expression est soumise au contrôle d'un promoteur fort inductible à l'arabinose. La protéine produite peut être recueillie dans le cytoplasme ou le periplasme. De plus, une cassette de fusion avec le gène LACZ permet d'obtenir éventuellement une protéine fusionnée à la beta-galactosidase active. Après purification, un clivage spécifique permet de séparer les deux proteines. L’expression des gènes de résistance aux antibiotiques glycopeptidiques a ete envisagée après la mise en place de tests permettant de detecter l'activité de résistance in vivo et in vitro. Un test quantitatif a été mis au point. La protéine SH BLE a été produite dans Escherichia coli et a été purifiée et cristallisée. La détermination de sa structure tridimensionnelle par la méthode de diffraction des rayons X est freinée par des problèmes d'anisomorphisme des derivés lourds du cristal. Une première mutagénèse pour introduire une seconde cystéine sur la protéine n'a pas permis de contourner cette difficulté. Les protéines SA BLE et Tn5 ble sont également produites dans Escherichia coli. Il a été montré que le codon d'initiation de la traduction de SA BLE est un GIG. Les purifications de ces deux protéines se sont avérées plus délicates que pour la protéine SH BLE. Enfin, des expériences de mutagenèse dirigée sur le gène de la protéine SH BLE ont été réalisées.

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El, Garch Farid. "Résistance non enzymatique aux aminosides chez Pseudomonas aeruginosa". Besançon, 2006. http://www.theses.fr/2006BESAA001.

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Abstract (sommario):

Bactérie opportuniste bien connue, Pseudomonas aeruginosa est responsable d'infection bronchopulmonaire chronique chez les patients atteints de mucoviscidose. Afin de mieux appréhender les mécanismes mis en jeu par la bactérie pour résister aux nombreuses cures d'antibiothérapie par les aminosides (AGs), nous avons construit une banque d'insertion chez la souche sauvage de référence PAO1. Différents mécanismes de résistance ont ainsi été caractérisés, correspondant à : (I) l'augmentation de l'efflux actif des AGs; (II) la diminution de la perméabilité de la membrane externe aux AGs ; (III) la baisse du transport actif des AGs à travers la membrane cytoplasmique et (IV) l'altération de protéines ribosomales. Chacun des mécanismes identifiés confère à la bactérie une résistance de bas niveau aux AGs. Les hauts niveaux de résistance observés chez certaines souches cliniques pourraient résulter de l'addition de plusieurs mécanismes, ce qui a été démontré chez des doubles, triples et quadruples mutants construits in vitro
Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen responsible for chronic lung infection in patients with cystic fibrosis. Ln order to identify aminoglycoside resistance mechanisms, an insertional library was built in reference strain PAO 1 of P. Aeruginosa with a transposon. Screening of 12,000 clones on agar medium containing gentamicin led to the isolation of four groups of aminoglycoside resistant mutants showing either an alteration of the LPS, a defective electron transport chain, a lack in ribosomal protein L25, or overproduction of the efflux system MexXY. Each of these mechanisms promoted a 2-fold increase in the MICs of various aminoglycosides compared to PAO1. When combined, these alterations had addictive or multiplicative effects on resistance to aminoglycosides, resulting in MICs up to 16 fold higher than in PAO1 for clinical relevant drugs such as tobramycin. Altogether, these results show that high level resistance to aminoglycosides in P. Aeruginosa may result from the interplays of several low-level resistance mechanisms

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Horgen, Lionel. "Etude des mycobactéries dans la région Antilles-Guyane : épidémiologie moléculaire, résistance aux antibiotiques et interactions bactéries-macrophages". Université de Marne-la-Vallée, 1998. http://www.theses.fr/1998MARN0036.

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Abstract (sommario):

Les mycobacteries jouent un role important en pathologie humaine notamment liee a l'epidemie de sida. Dans notre travail, nous nous sommes attaches a aborder l'etude de la mycobacteriologie sous plusieurs de ces aspects methodologiques. Dans la premiere partie, nous nous sommes interesse aux rapports hote-agent pathogene, par l'etude de la secretion de cytokines lors de l'interaction macrophages-mycobacteries. Il est devenu indispensable de comprendre la pathogenese des infections mycobacteriennes notamment d'identifier ces facteurs de pathogenicite dont un tres important : certains constituants de la paroi. Nous avons etudie le role de certains lipides de paroi (lipides totaux de la couche externe et glycopeptidolipides) ayant la capacite de s'accumuler dans le phagosomes en modifiant l'equilibre de secretion des cytokines necessaires au controle de l'infection. Ces composants de paroi modifient la reponse immune entrainant une dissemination de m. Avium particulierement frequente chez les patients vih. Dans une seconde partie, etant donne l'emergence de souches de mycobacteries resistantes, nous avons demontre l'efficacite de nouveaux composes (krm 1648), (acide trans-cinnamique et cerulenine) contre m. Tuberculosis et m. Avium. Nous avons egalement etudie un effet encore mal connu l'effet postantibiotique (pae). La valeur du pae a ete determinee pour certains antibiotiques utilises seul ou en combinaisons contre m. Avium par la methode radiometrique bactec. La connaissance de l'effet postantibiotique pourrait beneficier au confort des patients par une meilleur observance et une diminution des effets indesirables aux traitements. Dans une troisieme partie, nous avons etudie les filieres de transmission de la tuberculose en guadeloupe par l'utilisation de techniques moleculaires (is6110-rflp, drr-rflp, dre-pcr, spoligotypage). Ces etudes ont montre l'existence de grappes suggerant des cas de transmission active de tuberculose qui represente au moins 37% des cas de tuberculose en guadeloupe. Par ailleurs nous mettons en evidence des cas de transmission entre la guadeloupe, la martinique et la guyane dont la signification phylogenique et epidemiologique est discutee. Nous avons egalement mis au point une strategie alternative de typage au rflp-is6110 par l'utilisation du spoligotypage associe a la dre-pcr. Par l'utilisation combinee de plusieurs marqueurs genetiques sur un ensemble de souches de guadeloupe, nous a egalement permis d'initier un travail de phylogenie moleculaire

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Serra, Fiona. "Antibiothérapie et glycochimie : une nouvelle voie d’accès aux structures de type lincosamide". Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20006.

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Pellet, Térence. "Etude pharmacocinétique/pharmacodynamique de l'antibiorésistance dans la flore fécale : impact d'un traitement à la marbofloxacine par voie parentérale continue et pulsée sur l'émergence d'Escherichia coli fécaux résistants aux fluoroquinolones chez le porcelet sevré". Rennes 1, 2006. http://www.theses.fr/2006REN1B069.

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Abstract (sommario):

La flore intestinale représente un réservoir important de gènes de résistance constituant une menace pour la santé publique. Ce travail a consisté à appliquer une démarche pharmacocinétique/pharmacodynamique pour minimiser la sélection et le développement de la résistance aux fluoroquinolones (FQ) chez Escherichia coli (E. Coli) et Salmonella intestinaux suite au traitement à la marbofloxacine chez le porcelet. La détermination in vitro de l'activité anti-bactérienne de la marbofloxacine en condition optimale de croissance, a montré une action bactéricide concentration dépendante contre E. Coli et Salmonella. La diminution de la sensibilité des bactéries aux FQ a augmenté les concentrations minimales inhibitrices et bactéricides mais n'a pas modifié le profil des cinétiques de bactéricidie. En condition fécale, les concentrations actives sont augmentées d'un facteur 8 à 16, probablement dues à la fixation de l'antibiotique aux constituants des fèces. Après un traitement par voie intramusculaire ou par voie veineuse continue chez le porcelet, de très fortes concentrations fécales de marbofloxacine sont détectés durant plusieurs jours. Ni la voie, ni le mode d'administration n'ont contrôlé le profil des concentrations fécales de marbofloxacine. L'usage des critères de substitution plasmatique est difficilement transposable à la situation fécale. Mais en tenant compte de la fraction active de l'antibiotique dans les fèces et de la composition de la population d'E. Coli en terme de sensibilité à l'antibiotique, l'évolution de la flore peut être prédite. Néanmoins, la relation entre l'évolution de la résistance et les critères de substitution reste à être démontrée.

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Arcangioli, Marie-Anne. "Evolution de la résistance aux phénicolés chez Salmonella typhimurium d'origine bovine". Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10188.

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Abstract (sommario):

L'emergence et la dissemination de salmonella typhimurium dt104, multiresistantes aux antibiotiques, constitue un probleme majeur en sante humaine et animale. Devant l'isolement, en 1995, de souches de s. Typhimurium d'origine bovine resistantes au florfenicol, un nouvel antibiotique de la famille des phenicoles, nous avons entrepris un bilan, sur 10 annees, de la resistance aux phenicoles. Quatre-vingt-six souches de s. Typhimurium ont ete etudiees. Elles etaient resistantes au chloramphenicol (cmi 128 g/ml), a l'ampicilline, la streptomycine, les sulfamides et les tetracyclines. Elles etaient reparties en deux populations selon leur resistance au florfenicol : (i) 46 souches sensibles au florfenicol (cmi 4g/ml) formaient un groupe heterogene, reparti en 11 ribotypes et 23 profils plasmidiques. La resistance au chloramphenicol etait conferee par une chloramphenicol acetyltransferase de type i, tranferable par conjugaison ; (ii) 40 souches resistantes au chloramphenicol au florfenicol (cmi > 4g/ml) formaient un groupe homogene, reparti en un seul ribotype et 7 profils plasmidiques. Parmi ces dernieres, cinq souches ont ete lysotypees et appartenaient au lysotype 104. La resistance au chloramphenicol et au florfenicol etait conferee par un nouveau gene de resistance flor, traduit en une proteine de la famille des pompes d'efflux a 12 domaines transmembranaires. Le gene a ete localise sur le chromosome, au centre d'un locus de multiresistance d'environ 12,5 kb. En amont, se trouvait un integron associe au gene aada2 et delete dans le gene sull. En aval, etait situe le determinant de resistance aux tetracyclines, tetg, et un second integron associe au gene bla p s e. Une structure similaire a ete identifiee par pcr multiplex chez toutes les souches resistantes au florfenicol que nous avons etudiees. Ces resultats, combines avec ceux de l'etude epidemiologique, confirment la clonalite de ces souches de s. Typhimurium dt104 isolees en elevage bovin, resistantes a cinq familles d'antibiotiques dont les phenicoles.

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Gordon, Laurence. "Résistance aux antibiotiques utilisés en pisciculture chez des indicateurs bactériens isolés de l'environnement dulçaquicole : caractérisation de la résistance au florfénicol chez Aeromonas spp". Nantes, 2007. http://www.theses.fr/2007NANT2035.

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Abstract (sommario):

Pratiquée dans toutes les filières d’élevage de rente, l’antibiothérapie suscite une attention particulière en pisciculture. En effet, il est légitime de s’interroger sur la contamination de l’environnement récepteur des effluents piscicoles par les antibiotiques utilisés et les bactéries résistantes. L’objectif de nos travaux était d’étudier l’influence d’élevages piscicoles présents le long d’un cours d’eau, sur les proportions de résistance d’Aeromonadaceae aux antibiotiques utilisés en pisciculture. Encore rare chez les bactéries pathogènes des poissons, la résistance acquise au florfénicol, un antibiotique d’utilisation récente en pisciculture, a été recherchée afin d’être caractérisée génétiquement. De manière générale, les proportions d’Aeromonas résistants à l’acide oxolinique, l’oxytétracycline et l’association sulfaméthoxazole-triméthoprime, étaient souvent accrues dans les sédiments prélevés en aval direct des effluents de quatre piscicultures et d’une station d’épuration. Cette contamination n’était pas systématiquement en relation avec la présence des antibiotiques, également constatée en aval de certaines des piscicultures étudiées. La résistance au florfénicol est apparue rare chez les Aeromonas, puisque seuls deux clones résistants ont pu être isolés. Leur diffusion et leur persistance ont été montrées. Chez un clone d’A. Bestiarum, la résistance au florfénicol était due à un plasmide conjugatif porteur à la fois du gène floR et de gènes de résistance à la tétracycline, aux sulfamides et à la streptomycine, situés à proximité d’un élément ISCR2 qui pourrait être impliqué dans leur mobilité. Les résultats indiquent tout d’abord la complémentarité des méthodes chimiques et microbiologiques pour évaluer l’impact de l’utilisation d’antibiotiques en milieu aquatique, et ensuite que les conditions sont réunies pour une diffusion de la résistance acquise au florfénicol, qui devrait donc être surveillée
Used in all stock farming sectors, antibiotic treatments are paid particular attention in fish farms. Indeed, it is legitimate to question about the contamination by antibiotics and resistant bacteria of the environment which receives effluents of fish farms. The aim of our research was to study the influences of fish farming along a river on the resistance rates, among Aeromonadaceae, against antibiotics used in fish farms. Still rare in fish pathogens, the acquired resistance against florfenicol, an antibiotic of recent use in fish farming, was searched for genetic characterisation. In a general way, the rates of Aeromonas resistant to oxolinic acid, oxytetracycline and the association sulfamethoxazole-trimethoprime, were often increased in the sediments collected immediately down-stream the fish farms and the wastewater treatment plant effluents. This contamination was not always associated with an antibiotic contamination, which was also noticed down-stream some studied fish farms. Florfenicol resistance was rare in the Aeromonas group, as only two resistant clones were isolated, which were shown to diffuse and to be persistent. In an A. Bestiarum clone, florfenicol resistance was due to a conjugative plasmid, which carried a floR gene and other genes coding for resistance to tetracycline, sulfamids and streptomycine, close to an ISCR2 element which may be implicated in their mobility. Results showed first the complementarity of chemical and microbiological methods to evaluate the impact of antibiotics use in aquatic environment, and secondly that conditions are fulfilled for the spread of acquired florfenicol resistance, which should therefore be surveyed

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Barraud, Olivier. "Intégrons de résistance et pression de sélection antibiotique". Limoges, 2011. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/c59be1d0-5b50-4d70-94ea-c8c11bd04c23/blobholder:0/2011LIMO310N.pdf.

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Abstract (sommario):

Les intégrons sont des éléments génétiques bactériens de capture et d’expression de gènes sous forme de cassettes. Ils sont très répandus, majoritairement au sein des bactéries à Gram négatif (BGN). Les intégrons de résistance (IR) jouent un rôle majeur en bactériologie médicale en raison de leur capacité de recrutement et d’expression de gènes de résistance aux antibiotiques. L’objectif de ce travail de thèse était d’analyser les effets de la pression de sélection antibiotique sur les IR, d’un point de vue mécanistique sur les réarrangements de cassettes et d’un point de vue plus appliqué sur le portage digestif d’IR. Une première partie du travail à consister à réaliser des expériences de pression de sélection maîtrisée sur une souche d’Escherichia coli portant un IR synthétique avec 4 cassettes de résistance ; une seconde partie s’est attachée, grâce à la mise au point d’une technique de qPCR, à détecter les IR dans des environnements complexes soumis à des pressions de sélection antibiotique (tube digestif de patients hospitalisés, bactéries isolées d’effluent hospitalier ou de prélèvements cliniques) en se focalisant sur le lien entre IR et résistance aux antibiotiques afin d’évaluer la valeur prédictive des IR en tant que biomarqueurs. Pour la partie fondamentale, nos travaux ont montré, dans notre modèle, que l’intégrase était capable, sans être surexprimée, d’assurer des réarrangements de cassettes au sein d’un IR de façon à conférer à la bactérie une plus grande résistance à l’antibiotique qui exerçait la pression. Nos travaux appliqués ont permis de décrire de nouveaux IR au sein de bactéries et ont montré un effet de la pression de sélection antibiotique sur le portage digestif en IR. Le lien IR - résistance aux antibiotiques a été confirmé. Les IR semblent être un marqueur prometteur de la résistance aux antibiotiques chez les BGN, notamment en termes de valeur prédictive négative
Integrons are bacterial genetic elements able to capture and express genes embedded within cassettes. Integrons are widely distributed notably among Gramnegative bacteria (GNB). Resistant integrons (RI) are involved in medical bacteriology due to their ability in recruiting and expressing genes encoding resistance to antibiotics. Aim of this work was to better understand the effect of antibiotic selective pressure on RI working both on a mechanistic level concerning gene cassette rearrangements and on an epidemiological level concerning the link between antibiotic selective pressure and digestive carriage of RI. First part of the work concerned experimental assays of antibiotic selective pressure on an Escherichia coli strain harboring a RI with 4 gene cassettes; second part first consisted in the development of a qPCR method to detect RI, and secondly detected RI in complex environments submitted to antibiotic selective pressures (stools of inpatients, bacteria isolated from hospital effluent or from clinical origin) with focus on the link between RI and antibiotic resistance so as to evaluate the predictive value of RI as biomarkers. Concerning fundamental work, we demonstrated, in our model, that integrase was able, without overexpression, to catalyze gene cassettes rearrangements so as to confer to the host bacteria a higher resistance against the antibiotic selective pressure. Epidemiological work leads to describe new RI among bacteria and showed an effect of antibiotic selective pressure on RI carriage. The link between RI and resistance to antibiotics was confirmed. RI could constitute a hopeful marker of antibiotic resistance in GNB, particularly if considering its negative predictive value

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Basmaci, Romain. "Analyse génétique de l'espèce Kingella Kingae : phylogénie, physiopathologie et résistance aux antibiotiques". Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077155.

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Abstract (sommario):

Kingella kingae est une bactérie commensale de l'oropharynx des nourrissons et a récemment été reconnue comme le principal germe responsable d'infections ostéo-articulaires (IOA) chez l'enfant de moins de 4 ans. Cependant, le diagnostic est encore sous-estimé en raison des difficultés de culture et de la méconnaissance de ce germe. Les objectifs de notre travail étaient de caractériser l'organisation génétique de l'espèce K. Kingae et de contribuer à la compréhension de la physiopathologie des infections invasives et à l'épidémiologie de la résistance de ce pathogène. Après un recueil d'une collection unique de 324 souches de K kingae d'origine mondiale, la mise au point d'une méthode de génotypage par multilocus sequence typing nous a permis de mettre en évidence une grande diversité génétique de l'espèce avec cependant une prédominance de 5 « sequence type complexes » (STcs), distribués de façon intercontinentale. En se basant sur l'organisation génétique de l'espèce et l'origine clinique des souches, nous avons démontré que certains STcs étaient associés à un type particulier de pathologie, telles que les IOA ou les endocardites. Par ailleurs, le développement d'un modèle animal a mis en évidence que les souches présentaient des profils de virulence différents selon leur STc. Après la mise au point de la culture de K. Kingae à partir de la gorge, nous avons pu montrer d'une part que l'oropharynx était la porte d'entrée des infections invasives, et d'autre part que la co-infection virale, notamment par le rhinovirus humain, était significativement associée à la survenue de ces infections
Kingella kingae is a normal agent of the oropharyngeal microbiota and the first pathogen of osteoarticular infections (OAI) in young children. We aimed to characterize the genetic organization of the species and to better understand the pathophysiology of K. Kingae infections and the epidemiology of the antibiotic resistance. We collected 324 isolates from intercontinental origin and developed a multilocus sequence typing schema revealing a large genetic diversity of the species. Five sequence type complexes were predominant and intercontinentally distributed, of which certain were associated with a clinical syndrome, such as OAI or endocarditis. Moreover, development of an animal model highlighted that some strains had different profiles of virulence. Throat samples during K. Kingae OAI confirmed that the oropharynx is the portal of entry for this pathogen and showed that viral infection, especially with human rhinovirus, was significantly associated with them. The rare beta-lactamase producing strains had a clonai distribution and the same clone was present in the USA and Iceland. We isolated the first beta-lactamase producer in continental Europe with the first chromosomal location of the biarEm_i gene. We described the phylogeny of the species and attempted to correlate the genotype with the clinical origin and the experimental virulence of the strains. The tools that we developed combined with the future sequencing of targeted strains would allow identifying new virulence factors to better understand the pathophysiology of K. Kingae. The epidemiology of the antibiotic resistance within this species suggests the risk of emergence of beta-lactamase producing strains

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Richard, Matthias. "Mécanismes de régulation impliqués dans la résistance aux antibiotiques chez Mycobacterium abscessus". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT066.

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Abstract (sommario):

Mycobacterium abscessus est une bactérie environnementale non-tuberculeuse causant des infections pulmonaires sévères chez les patients atteints de mucoviscidose. Sa résistance intrinsèque aux antibiotiques rend les infections à M. abscessus extrêmement difficiles à traiter. Ses mécanismes de résistance sont variés et incluent des pompes à efflux expulsant les antibiotiques ainsi que des enzymes modifiant leurs cibles. La trithérapie standarde contre M. abscessus implique un aminoglycoside (amikacine (AMK)), une -lactamine (imipénème (IPM)) et un macrolide (clarithromycine (CLR) ou azithromycine (AZM). Ma thèse a porté sur la régulation de nouveaux mécanismes d’antibiorésistance via des pompes à efflux de la famille MmpL ainsi que sur une enzyme modifiant la cible des macrolides. La sélection de mutants résistants aux dérivés du thiacétazone (TACd) et à la clofazimine (CFZ) a permis d’identifier des mutations dans les régulateurs TetR MAB_4384 et MAB_2299c, respectivement. Les mutants CFZ, également co-résistants à la bédaquiline (BDQ), surexpriment deux MmpS/MmpL distincts, MAB_1135c/1134c et MAB_2300/2301 tandis que les mutants TACd surproduisent le système MmpS/MmpL MAB_4383c/4382c. Des approches biochimiques, génétiques et structurales ont confirmé le rôle de ces protéines dans la résistance à ces composés et ont permis de disséquer le mode de régulation. Ainsi, MAB_2299c représenterait un marqueur de résistance à exploiter chez des patients traités par CFZ ou BDQ. La méthyltransférase Erm(41) modifie l’adénosine 2058 de l’ARNr 23S du ribosome, bloquant l’action des macrolides. WhiB7 serait l’activateur de cette résistance inductible observée chez 40% des isolats cliniques, conduisant souvent à l’échec thérapeutique. Nous avons confirmé le rôle de WhiB7 dans ce mécanisme et montré que la résistance inductible opérait in vivo chez le modèle zebrafish. Nos résultats indiquent que l’AZM induit une résistance plus rapide et forte que la CLR in vitro et qu’elles exercent un effet antagoniste sur l’AMK, réduisant l’efficacité du traitement. Ces travaux décrivent l’export d’antibiotique via des MmpL et la résistance adaptative aux macrolides chez M. abscessus. Enfin, ils apportent des nouveaux outils génétiques performants pour étudier la fonction de protéines d’intérêt via une nouvelle technique de délétion génique et pour tester rapidement de nouveaux antibiotiques contournant la résistance induite aux macrolides
Mycobacterium abscessus is an environmental non-tuberculous mycobacteria causing severe lung infections in cystic fibrosis patients. Its intrinsic resistance to antibiotics renders treatments extremely challenging. This pathogen has developed a wide panel of strategies to resist to antibiotics, including efflux pumps and target-modifying enzymes. Standard antibiotherapy combines an aminoglycoside (amikacin (AMK)), -lactams (imipenem (IPM)) and macrolides (clarithromycin (CLR) or azithromycin (AZM)). My thesis was focusing on the regulation of antibiotic resistance mechanisms involving efflux pumps from the MmpL family as well as an enzyme modifying the macrolide target. Selection of resistant mutants against thiacetazone derivatives (TACd) and clofazimine (CFZ) unraveled mutations in the TetR regulators MAB_4384 and MAB_2299c, respectively. The CFZ-mutants, also co-resistant to bedaquiline (BDQ), overexpress two distinct MmpS/MmpL, MAB_135c/1134c and MAB_2300/2301 while the TACd mutants overproduce the MAB_4383c/4382c efflux pump. Biochemical, genetic and structural approaches confirmed their involvement in drug resistance mechanisms. MAB_2299c could therefore represent a potential resistance marker to monitor in strains isolated from patients under CFZ/BDQ therapy. The methyltransferase Erm(41) modifies the adenosine 2058 of the ribosomal 23S rRNA, protecting the ribosome from the macrolides. WhiB7 may represent a major actor in inducible resistance, observed in 40% of clinical cases, often leading to treatment failure. We confirmed the role of WhiB7 in this process and showed that inducible resistance occurred also in vivo in the zebrafish model. Our data suggest that AZM is a stronger and faster resistance inducer than CLR in vitro and that both drugs show antagonism with AMK, thus reducing drugs’ efficacy. This work enriched our knowledge regarding both MmpL-mediated and macrolides inducible resistance mechanism against M. abscessus. It also provides new efficient tools to investigate the function of proteins through a novel unmarked gene deletion approach and to rapidly assay new antibiotics to counteract inducible macrolide resistance

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Lupien, Andréanne. "Caractérisation génomique et phénotypique de la résistance aux antibiotiques chez Streptococcus pneumoniae". Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25726.

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Abstract (sommario):

Streptococcus pneumoniae est le pathogène bactérien le plus important des voies respiratoires chez les adultes et les enfants causant la pneumonie, la bronchite et l’otite de l’oreille moyenne. Cette bactérie est responsable d’une morbidité et d’une mortalité importante, entre autres, chez les jeunes enfants. La prévalence générale des souches de pneumocoques résistants et multirésistants est en hausse dans le monde compliquant la thérapie antimicrobienne vis-à-vis cette bactérie. Face à cette problématique, nous avons voulu caractériser les mécanismes de résistance à la ciprofloxacine (CIP), la tétracycline (TC) et la tigécycline (TGC) chez des mutants sélectionnés en laboratoire et des souches cliniques afin de potentiellement découvrir de nouvelles cibles diagnostiques de la résistance vis-à-vis ces molécules. L’approche génomique utilisée dans cette thèse (séquençage de génome et transformation) a permis de faire la caractérisation génotypique et phénotypique des mutants résistants aux trois antibiotiques utilisés dans l’étude. Cette approche, en plus de préciser le rôle des mutations dans les gènes parC et gyrA dans la résistance à la CIP, a permis de déterminer que le pneumocoque peut mettre en place des mécanismes de résistance secondaires le rendant résistant à la CIP et à la TC. En effet, l’acquisition d’une mutation dans le gène spr1902 protège la bactérie contre les dérivés réactifs à l’oxygène (ROS) induit par la CIP. De plus, la surexpression de PatA/PatB ainsi que la présence de mutations dans l’opéron du transporteur PatA/PatB induit de faibles niveaux de résistance à la CIP et à la TC, en absence de tetM et tetO. Un lien a également été établi entre la résistance à la TC et la surexpression de gènes de la voie de biosynthèse de la thiamine chez des souches de S. pneumoniae non-sensibles à la TC. Finalement, les mécanismes de résistance à la TGC ont été décrit, pour la première fois, chez le pneumocoque (mutations dans la protéine ribosomale S3 (rpsC ; spr0195), S10 (rpsJ; spr0187), l’ARNr 16S et une méthyltransférase de l’ARNr 16S hypothétique (spr1784). Ceuxi-ci causent une résistance croisée aux TCs de première et deuxième génération. Dans cette thèse, nous avons mis en lumière de nouveaux marqueurs de la résistance aux antibiotiques chez S. pneumoniae.
Streptococcus pneumoniae is a Gram-positive pathogen responsible for pneumonia, bronchitis and otitis media leading to considerable morbidity and mortality among children and adults. The prevalence of resistant and multi-resistant strains increases worldwide impairing antimicrobial treatments toward this bacterium. We characterised resistance to ciprofloxacin (CIP), tetracycline (TC) and tigecycline (TGC) in laboratory-derived resistant mutants and unsusceptible clinical isolates to further our comprehension of resistance mechanisms and potentially uncover new therapeutic and diagnostic targets toward these drugs. The genomic approaches used in this thesis (genome sequencing and DNA transformation) allowed the phenotypic and genotypic characterisation of mutants resistant to three antibiotics. By this approach, the role of parC and gyrA mutations in CIP resistance was confirmed and even extended and it was also possible to determine that S. pneumoniae may select secondary mechanisms of resistance to CIP and TC besides target-site mutations. Acquisition of a mutation in spr1902 is shown to protect the bacteria against oxygen-reactive species induced by CIP. Furthermore, overexpression of the ABC transporter PatA/PatB and mutations in the coding region of this transporter confer low-level resistance to CIP and TC. A link was also established between TC resistance and overexpression of genes involved in the thiamine biosynthesis and salvage pathway in S. pneumoniae TC non-susceptible isolates. Finally, for the first time, the mechanisms of resistance to TGC in S. pneumoniae were described (mutations in ribosomal protein S3 (rpsC; spr0195), S10 (rpsJ: spr0187), 16S ribosomal RNA (rRNA) and a putative 16S rRNA methyltransferase). These confer cross-resistance to first and second generation TCs. This work highlights new markers of antibiotic resistance in S. pneumoniae.

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Madec, Stéphanie. "Résistance des bactéries aux antibiotiques à noyau β-lactame : mécanismes et incidences". Brest, 2001. http://www.theses.fr/2001BRES3105.

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Michalet, Serge. "Mirabilis jalapa L. (Nyctaginaceae) et modulation de la résistance bactérienne aux antibiotiques". Université Joseph Fourier (Grenoble), 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10015.

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Abstract (sommario):

Le contrôle des infections par des bactéries pathogènes multi-résistantes, représente à l'heure actuelle, un enjeu primordial pour la santé publique, mondialement parlant. La rapidité de l'émergence de ces souches, due entre autres à l'utilisation massive et parfois mal contrôlée des antibiotiques, contraint les compagnies pharmaceutiques à adopter de nouvelles stratégies anti-infectieuses. Parmi ces dernières, l'utilisation d'inhibiteurs des pompes à efflux bactériennes, en association avec des antibiotiques efflués par ces pompes, est une perspective intéressante dans la mesure où cette thérapie combinatoire (association inhibiteur de la résistance + antibiotique) permettrait de prolonger et/ou d'améliorer l'utilisation en thérapeutique d'agents déjà existants. Dans ce contexte, l'étude phytochimique de Mirabilis jalapa Linn. (Nyctaginaceae) a conduit à l'isolement d'un composé actif, la N-trans-féruloyl 4'-O-méthyldopamine. La synthèse de dérivés de cette amide aromatique a permis de mettre en évidence des composés présentant des activités inhibitrices de la pompe NorA de Staphylococcus aureus, comparables à celle de l'alcaloïde de référence, la réserpine
The control of infectious diseases due to multiresistant pathogenic bacteria, is of primary concern for public health worldwide. The emergence rapidity of restistant strains, due to antibiotics mis use among others, prompts pharmaceutical companies to adopt new anti-infective strategies. Among them, the use of efflux pump inhibitors, in association with extruded antibiotics, is a promising approach as this combinatory therapy (antibitioc + resistance inhibitor association) would be a way to extend and/or improve the efficacy of existing agents. Ln this context, the phytochemical study of Mirabilis jalapa Linn. (Nyctaginaceae) led to the isolation of an active compound, namely N-trans-feruloyI4'-O-methyldopamine. Synthesis of derivatives ofthis aromatic amide let us access potent inhibitors, that showed inhibitory activities of the NorA efflux pump of Staphylococcus aureus, comparable to that of the standard alcaloïd reserpine

Tesi sul tema "Résistance aux antibiotiques – Environnement"

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