Tesi sul tema "Recherche de ligands"
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Dagher, Rania Haiech Jacques Pigault Claire. "Recherche de petites molécules bioactives sur la calmoduline outils de recherche pour analyser son rôle dans le signal calcique /". Strasbourg : Université de Strasbourg, 2009. http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr:8080/1108/01/DAGHER_Rania_2008.pdf.
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Le, Manach Claire. "Recherche de ligands du système tubuline/microtubules par chimie combinatoire dynamique". Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA112340.
Abstract (sommario):
Le système tubuline/microtubules joue un rôle essentiel au cours de la mitose et il est possible de bloquer la division cellulaire en perturbant son équilibre dynamique. Il existe deux classes d’agents antitubuline : l’une regroupe les agents se liant aux microtubules empêchant leur dépolymérisation ; l’autre. Cible le dimère de la tubuline et empêche la formation des microtubules. Ces composés possèdent une structure relativement complexe et restent difficiles à synthétiser. Nous avons utilisé la chimie combinatoire dynamique combinée à la formation réversible d’imines dans l’eau, afin d’identifier de nouveaux ligands du système tubuline/microtubules. La chimie combinatoire dynamique est basée sur l’assemblage réversible de briques élémentaires pour former des bibliothèques en équilibre thermodynamique. L’ajout d’une cible biologique entraîne le déplacement de l’équilibre vers la formation des composés les plus affins pour la cible. L’analyse des échantillons par une méthode adéquate permet d’identifier les amplifications. Nous avons montré que la chimie combinatoire dynamique pouvait être utilisée avec le système tubuline/microtubules, et qu’il était possible de cibler soit la tubuline sous forme dimérique soit les microtubules en adaptant les conditions. Parmi nos bibliothèques, plusieurs composés ont été amplifiés. Des analogues d’imines amplifiées ont été synthétisés et testés sur la tubuline. Nous avons ainsi pu identifier une nouvelle classe d’agents de type Taxol et mettre en évidence une corrélation entre l’orientation spatiale de deux résidus aromatiques et le type d’activité sur la tubulineThe system tubulin/microtubules plays a key-role during mitosis and disturbing its dynamic equilibrium can prevent cell division and induce apoptosis. Antitubulin agents are divided into two classes: those that bind to microtubules, stabilizing them and preventing their depolymerization, and those that bind to tubulin dimer, preventing the formation of microtubules. Most of the known antitubulin agents are characterized by a very complex structure, and therefore are relatively hard to synthesize. We planned to use dynamic combinatorial chemistry combined with the reversible formation of imines in water to identify new potential antitubulin agents. This approach is based on the reversible connection between different building blocks to form a chemical library under thermodynamic equilibrium. In the presence of a target, the distribution of the library may be altered, with an amplification for the best binders, which can be detected by an adequate analytical method after fixation of the library’s distribution. We have demonstrated that dynamic combinatorial chemistry is applicable to the dynamic macromolecular system tubulin/microtubules. Using adequate conditions, we have shown that it is possible to target either the tubulin dimer or microtubules. Then we have designed and synthesized two types of scaffolds in order to use them in dynamic libraries. Among the numerous dynamic libraries we prepared some amplifications were identified. Analogues of amplified imines were synthesized and tested on tubulin. Therefore we were able to identify a new class of microtubules ligands and to show that the orientation of two aromatic moieties plays a key role for the type of activity
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Mossand, Guillaume. "Recherche de nouveaux ligands pour l'extraction sélective de l'uranium et des terres rares". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV053.
Abstract (sommario):
L’offre en combustible nucléaire à base d’uranium est un enjeu clé de la stratégie française de production d’électricité, d’autant plus que la demande en uranium naturel continuera à augmenter dans un futur proche. Les terres rares sont aussi considérées comme des métaux stratégiques de par leurs propriétés remarquables qui les rendent indispensables dans de nombreuses applications liées aux nouvelles technologies.Il y a donc un intérêt à proposer de nouveaux procédés d’extraction de l’uranium et des terres rares plus efficaces que ceux utilisés actuellement. Le but est de répondre à un accroissement permanent de la demande en matières-premières, avec en toile de fond, le développement de procédés de recyclage, plus particulièrement pour les terres rares.Par le biais d’une étude multi-échelle, ce travail de thèse vise à développer de nouveaux ligands organiques ayant un fort pouvoir extractant pour l’uranyle (UO22+) ou pour les terres rares (TR3+), ainsi qu’une forte sélectivité vis-à-vis de diverses impuretés, notamment le fer (Fe3+). Ainsi, de nombreux ligands ont été imaginés, synthétisés et testés par extraction liquide-liquide dans plusieurs milieux synthétiques acides. Des molécules bifonctionnelles bi-, tri- et pentadentates ont été développés et leurs propriétés complexantes et leur spéciation en milieu organique évaluées avec l’UO22+ et le Fe3+ par différentes approches (DFT, UV-visible, IR, ESI-MS, EXAFS). Plusieurs nouveaux ligands ont été évalués dans le cadre de l’extraction sélective des terres rares et les résultats obtenus sont remarquables. Ces études ont permis, dans certains cas, d’aboutir au développement de nouveaux designs moléculaires ayant d’excellentes propriétés extractantes. Leur optimisation, couplée à différentes techniques analytiques, a permis d’atteindre les objectifs de cette thèse et servira dans le futur au développement de nouveaux extractants efficaces et sélectifsThe supply of uranium-based nuclear fuel is a key issue of the electricity production strategy in France, especially as demand for natural uranium will continue to increase in the near future. Rare earths are also considered as strategic metals due to their remarkable properties which make them essential in many applications related to new technologies.There is therefore an interest in developing new, more efficient processes for the extraction of uranium and rare earths than those currently used. The aim is to respond to a permanent increase in demand for raw materials, against the backdrop of the development of new recycling processes, especially for rare earths.Through a multi-scale approach, this PhD thesis sets to develop novel organic ligands with a strong extractant ability for uranyl (UO22+) or for rare earths (TR3+), as well as a high selectivity with respect to various impurities, in particular iron (Fe3+). Thus, many ligands have been designed, synthesized and tested by liquid-liquid extraction in several acidic synthetic media. Bifunctional bi , tri- and pentadentate molecules have been developed and their complexing properties and their speciation in organic medium have been evaluated in the presence of UO22+ and Fe3+ by different approaches (DFT, UV-visible, IR, ESI-MS, EXAFS). Furthermore, several new ligands have been evaluated for the selective extraction of rare earths and the results obtained are remarkable. Overall, these studies have led in some cases to the development of novel molecular designs with excellent extractant properties. Their optimization, coupled with different analytical techniques, fulfilled the objectives of this thesis and will serve in the future to the development of new efficient and selective extractants
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Dagher, Rania. "Recherche de petites molécules bioactives sur la calmoduline : Outils de recherche pour analyser son rôle dans le signal calcique". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2008/DAGHER_Rania_2008.pdf.
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Rogue, Alexandra. "Recherche de gènes cibles de ligands de PPARs et étude de leurs mécanismes d'action". Rennes 1, 2011. http://www.theses.fr/2011REN1B082.
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DARDE-IMANI, VALERIE. "Recherche de nouveaux ligands selectifs serotoninergiques : synthese et activite d'analogues fluores de 2-amino-tetralines". Paris 6, 1995. http://www.theses.fr/1995PA066576.
Abstract (sommario):
La serotonine est un neurotransmetteur intervenant dans le controle de nombreuses fonctions physiologiques. Le recepteur 5-ht#1#a de la serotonine a recu une attention considerable puisqu'il intervient dans de nombreux processus cerebraux. Le developpement de ligands antagonistes de ce recepteur souleve encore aujourd'hui un grand interet. Nous nous sommes donc proposes, au cours de cette etude, de preparer des 2-amino-tetralines trifluoromethylees et gem-difluorees, en tant que ligands potentiels du recepteur 5-ht#1#a. Par cette demarche, nous esperions apporter une contribution a l'etude de la topographie du site 5-ht#1#a, ainsi qu'a la recherche d'antagonistes de ce recepteur. Nous nous sommes egalement interesses a la preparation de 2-amino-tetralines en tant qu'analogues rigides de la fenfluramine qui est un agent serotoninergique, anorexigene, dont le mecanisme est encore mal connu. En effet, l'utilisation d'analogues de conformation bloquee peut apporter des donnees sur la stereochimie que doit adopter une molecule pour provoquer une reponse biologique. Nous avons donc prepare des 2-amino-tetralines trifluoromethylees, ainsi que leurs analogues hydrogenes, pour certains. Ces composes ont fait l'objet de tests de binding. Deux d'entre eux presentent des proprietes remarquables. Le derive 1-trifluoromethyl-2-(di-n-propylamino)-tetraline qui possede une affinite interessante pour les sites 5-ht#1#a de 14 nm. Son activite intrinseque (agoniste ou antagoniste) reste a determiner. De plus, afin de connaitre sa selectivite vis-a-vis des recepteurs dopaminergiques, son affinite pour ces derniers devra etre mesuree. La 7-bromo-2-(di-n-propylamino)-tetraline qui presente une affinite remarquable vis-a-vis des recepteurs d#3 de la dopamine (k#i = 9 nm). C'est un ligand selectif de ces recepteurs, puisque son affinite n'est que de 220 nm pour les recepteurs dopaminergiques d#2 et de 113 nm pour les recepteurs 5-ht#1#a. La encore, son activite intrinseque reste a determiner
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Lawson, Marie. "Recherche de nouveaux ligands du site de la colchicine : Modélisation moléculaire, synthèse et évaluation biologique". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLS069.
Abstract (sommario):
Dans le cadre de cette thèse nous nous intéressons à la découverte de nouveaux ligands originaux de la tubuline ayant une activité inhibitrice de sa polymérisation. Pour ce faire, une étude rationnelle in silico est effectuée afin d’obtenir des molécules actives in vitro sur cette protéine. Lors de cette première année de thèse nous avons mis en place en collaboration avec l’équipe de modélisation de BioCIS – CNRS (Dr. G. Bernadat et Pr. T. Ha-Duong) un criblage virtuel sur une chimiothèque de plus de 3 millions de structures chimiques présentes dans la base de données ZINC en fonction de descripteurs structuraux. Ce criblage nous a permis de faire ressortir une trentaine de molécules potentiellement actives. Nous avons déjà synthétisé un quart de ces molécules qui sont actuellement en cours d’évaluation biologique en collaboration avec l’équipe de Biochimie et Chimie structurale des substances naturelles (Dr. J. Bignon et Dr. J. Dubois) de L’Institut de Chimie et des Substances Naturelles. Pour cette année, nous allons continuer la synthèse des molécules issues de ce criblage afin de pouvoir évaluer leurs activités sur la tubuline. En fonction des résultats biologiques, nous pourrons également effectuer des pharmacomodulations afin d’améliorer l’activité d’éventuelles touchesAs part of this work we are interested in discovering new ligands original tubulin inhibitory activity having its polymerization. To do this, rational in silico study is performed to obtain the active molecules in vitro that protein. During this first year of thesis we have developed in collaboration with the modeling team BioCIS - CNRS (Dr. G. Bernadat and Prof. T. Duong Ha.) A virtual screening a chemical library of more than 3 million chemical structures in the ZINC database according to structural descriptors. This screening allowed us to bring out thirty of potentially active molecules. We have already synthesized a quarter of these molecules that are currently being biological evaluation in collaboration with the team of Biochemistry and Structural chemistry of natural substances (Dr. J. Bignon and Dr. J. Dubois) of The Institute Chemistry and Natural Products. For this year, we will continue the synthesis of molecules from this screening in order to assess their activities on tubulin. Depending on the laboratory results, we can also perform pharmacomodulations to improve any potential ligands
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Marger, Fabrice. "Implication des canaux calciques de type T dans la douleur viscérale et recherche de ligands". Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON1T006.
Abstract (sommario):
La prise en charge thérapeutique du syndrome de l'intestin irritable (SII), caractérisé par des douleurs abdominales est empirique et manque d'efficacité. Dans ce travail de thèse, nous avons mis en évidence, à l'aide d'un modèle préclinique du SII chez le rat, le rôle des canaux calciques de type T, codés par une sous-unité Cav3. 2, dans la douleur viscérale. Nous avons montré dans ce type d'hypersensibilité colique, non inflammatoire, induit par des instillations colique de butyrate, que les corps cellulaires des neurones viscéraux nociceptifs (marqage rétrograde au DiI) présentent une augmentation de l'amplitude des courants calciques générés par la sous-unité Cav3. 2 lors de l'enregistrement électrophysiologique in vitre. Cette hypersensibilité colique peut être réprimée par injection intrathécale d'oligonucléotides antisens ciblant la sous-cavité Cav3. 2. Nous montrons in vitro que l'action du butyrate semble augmenter le trafic du canal à la membrane, l'application du bréfeldine A bloque l'effet de celui-ci alors qu'une action au niveau de la syntèse protéique par l'anisomycine n'a aucun effet. Ce canal joue donc un rôle actif dans la physiopathologie de la douleur confortant son statut de cible d'intérêt pour la découverte d'analgésiques innovants. C'est dans cette optique que nous avons aussi entrepris la recherche d'un ligand sélectif de la sous-unité Cav3. 2, par le criblage d'une banque de venin de mygales. L'association de différentes techniques de purification (HPLC), de spectrométrie et de séquençage nous a permis de mettre en évidence un peptide prometteur bloquant l'activité de Cav3. 2. La séquence de ce peptide a fait l'objet d'un dépot de brevet
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Poncet-Montange, Guillaume. "Études structurales et fonctionnelles de la NAD Kinase 1 de Listeria monocytogènes : vers une conception rationnelle de ligands utilisant une approche par fragment". Montpellier 1, 2007. http://www.theses.fr/2007MON13505.
Abstract (sommario):
Dans le contexte du séquençage rapide des génomes et de la recherche d’antibiotiques, la caractérisation de nouvelles cibles thérapeutiques doit être rationalisée et accélérée. Le travail présenté a consisté à mettre en place des outils pour la détermination rapide de structures des ligands optimaux pour une cible. Nous avons allié la cristallographie des complexes avec de la chimie combinatoire focalisée. Une application a été faite sur les NAD kinases dont le clonage est récent. Les différentes structures d’une NAD kinase Gram(+), L. Monocytogenes, ont été déterminée en présence de son substrat (NAD+), de son produit (NADP+), d’ATP seul et de dérivés de l’adénosine. Ces complexes ont permis de mieux décrire le site actif de la protéine, d’apporter des précisions sur le mécanisme enzymatique, de révéler la formation d’un nouveau composé biologique de fonction inconnue (2’p-ATP) et de caractériser le premier complexe d’une NAD kinase avec un inhibiteur le di-(5’-thioadénosine)The emergence of antibiotic resistance on the one hand, and the immense bulk of data produced by genome sequencing projects on the other, urge to rationalize and accelerate the search for new therapeutic targets. Thus, new methodologies need to be developed to speed up both the biochemical characterization and the determination of potential ligands. Here we used X-ray cristallography with focused combinatorial chemistry as an approach to efficiently determine inhibitors for the NAD kinases 1 from Listeria monocytogenes (NADK1Lm). We determined the high resolution crystallographic complex of NADK1Lm in its free state, and bound to several biological or artificial ligands. Our analysis allowed us 1) to characterize in detail the NAD binding site, 2) to improve the knowledge of the enzymatic mechanism 4) to discover a new nucleotide, the 2’phospho-ATP, with an unknow biological function and 4) to identify the first inhibitor for NADK1Lm, the di-(5’-thio-adenosine)
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Podevin, Christelle. "Recherche de nouveaux ligands des récepteurs du système nerveux central : synthèse d'Aza B-norbenzomorphanes et dibenzodiacines à partir de quinoléines". Bordeaux 1, 1998. http://www.theses.fr/1998BOR10626.
Abstract (sommario):
Les aza B-norbenzomorphanes et dibenzodiazécines renferment des motifs structuraux capables de reconnaître les récepteurs du système nerveux central. Ils sont donc des cibles intéressantes et pourraient constituer, à terme, de nouveaux outils pour l'imagerie médicale. Une méthode de synthèse par voie organozincique a été mise au point. Elle a permis de synthétiser les diamines pentacycliques en une seule étape à partir de quinoléines diversement substituées. Cette méthode régio- et parfois stéréosélective a permis d'isoler, avec de bons rendements, 54 composés originaux. Dans les mêmes conditions, le méthiodure de la 4-picoline a conduit à un dérivé tétracyclique original complexé à une molécule de ZnI₂. L'évaluation pharmacologique de ces composés a montré une affinité non négligeable des aza B-norbenzomorphanes pour les récepteurs soit opiacés soit α-adrénergiques en fonction du substituant porté par les atomes d'azote (N-acétyle ou N-allyle)Aza B-norbenzomorphans and dibenzodiazecines contain structural features for CNS receptor recognition. They are interesting targets, which could in the future lead to new ligands for opioid receptors imaging. A zinc-acetic acid promoted one pot reaction was proposed, and led to the pentacyclic diamines starting from substituted quinolines. This regio- and sometimes stereoselective reaction allowed us to access to 54 original compounds with good yields. In the same experimental conditions, the 4-picoline methiodide led to an original tetracyclic compound complexed with one molecule of ZnI₂. The whole series was submitted to a pharmacological screening. The results showed that N-acetyl aza B-norbenzomorphans produce a dose-dependent activity on opioid receptors while the N-allyl ones exhibit affinity for α-2 receptors
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Savarin, Aline. "Ciblage de l'endothélium tumoral et inflammatoire : Recherche de ligands de la sélectine E et de l'endogline". Phd thesis, AgroParisTech, 2005. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00005017.
Abstract (sommario):
Mon travail de thèse a porté sur le ciblage de la vascularisation tumorale : des molécules ciblant l'endothélium tumoral ont été recherchées dans le but d'amener des molécules thérapeutiques spécifiquement vers l'endothélium tumoral afin de le détruire et d'atteindre la tumeur qui en dépendait. D'après les données de la littérature, deux cibles ont été choisies pour notre étude : la sélectine E et l'endogline. La sélectine E est une glycoprotéine surexprimée à la surface de l'endothélium activé des zones inflammatoires et tumorales. Classiquement, des antagonistes de son ligand naturel, le SleX, sont recherchés. En nous appuyant sur les groupements clés de l'interaction entre la sélectine E et le SleX, plusieurs familles de mimes du SleX ont été élaborées. La capacité de ces mimes à déplacer l'interaction du SleX exprimé à la surface des cellules HL-60 avec la sélectine E a été évaluée dans un test d'adhésion. Cependant, aucun des mimes testés n'a présenté une affinité suffisante pour envisager son utilisation comme tête de ciblage. Une deuxième stratégie a consisté à rechercher des ligands peptidiques de la sélectine E en criblant des HUVECs activées avec une banque de peptides sur phages. Plusieurs phages-peptides testés en ELISA ont montré une meilleure affinité pour la sélectine E et / ou avec la sélectine P par rapport au phage sans insert. Des tests de compétition avec des peptides synthétiques correspondants permettront d'évaluer leur spécificité pour la cible. En ce qui concerne l'endogline, des ligands peptidiques ont été recherchés avec une banque de peptides sur phages. Dans un premier temps, le gène codant l'endogline humaine a été cloné dans un vecteur d'expression eucaryote afin de réaliser la sélection sur la protéine cellulaire. Une sélection sur la protéine recombinante a été réalisée par la suite pour diminuer le bruit de fond lié aux cellules. Parmi les peptides obtenus, certains ont montré des homologies de séquence avec des ligands de l'endogline et le test de ces phages-peptides en ELISA sur la protéine recombinante a donné un fort signal par rapport au phage sans insert. Ces peptides seront caractérisés prochainement. En conclusion, des ligands peptidiques des sélectines E et P et de l'endogline ont peut-être été identifiés. Ce travail a par ailleurs permis de mettre en place les outils nécessaires à l'utilisation de la technologie de sélection avec des banques de peptides sur phages dans les meilleures conditions possibles.
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Dodi, Alain. "Influence des complexants organiques sur le relâchement des métaux. Intérêt des techniques chromatographiques et électrophorétiques pour leur recherche". Aix-Marseille 3, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX30075.
Abstract (sommario):
Les complexants organiques constituent une famille particulière de molécules organiques caractérisées par la propriété de former des complexes plus ou moins stables avec des cations métalliques. La première partie de la thèse montre comment ces complexants favorisent la mobilisation des espèces métalliques, par exemple à partir d'un stockage de déchets radioactifs ou encore comment ils permettent la remédiation des sols pollués. Dans la seconde partie du document, nous montrerons comment certains complexants peuvent se former au sein d'un colis de déchets nucléaires par radiolyse des matériaux organiques présents dans le colis. Ainsi, nous montrons par exemple que 22 % en masse de la cellulose constituant les blouses en coton est radiolysé sous forme de carbone organique lixiviable après une irradiation sous 4,2 MGy. La troisième partie décrit les méthodologies mises au point afin de permettre le dosage à basse teneur de ces complexants organiques en phase aqueuse. Les techniques mises en œuvre sont : - la chromatographie d'échange ionique, qui est appliquée au dosage des mono, bi et tri carboxylates ainsi qu'aux produits de dégradation du tributylphosphate (TBP) à savoir le dibutyl et le monobutyl phosphate (DBP et MBP), mais aussi aux amines issues de la dégradation radiolytique des résines échangeuses d'ions ainsi qu'à la morpholine. - la chromatographie d'exclusion ionique, appliquée essentiellement aux ions carboxylate. - la chromatographie de recul d'ionisation et d'appariement d'ions, mises en œuvre pour le dosage des molécules chélatantes aminopolycarboxyliques telles que l'EDTA, le NTA, le DTPA et le CDTA. - la chromatographie liquide en phase inverse, couplée à la spectrométrie de masse via les interfaces d'ionisation à pression atmosphérique (électrospray et APCI) qui a été appliquée au dosage du TBP, de l'EDTA ainsi qu'aux dérivés du TBP (DBP et MBP). - l'électrophorèse capillaire, que nous avons appliquée au dosage des complexants carboxyliques et des amines. La dernière partie de la thèse porte sur la mise au point d'un test qui permet une estimation du pouvoir complexant global d'une solution aqueuse. Ce test consiste en l'ajout d'un excès d'un cation métallique faiblement hydrolysable (Co2+) qui va se complexer avec les éventuelles molécules complexantes présentes. Les complexes métalliques ainsi formés sont anioniques ou neutres en solution et sont retenus sur une résine échangeuse d'anions alors que le Co (II) non complexé est élué. Le dosage de ce Co (II) élué permet alors de connaître le Co (II) complexé et par conséquent d'accéder au pouvoir complexant global de la solution exprimé par exemple en mmole de Co complexé par litre de solution aqueuseOrganic complexants constitute a particular family of organic molecules, characterised by the property to form more or less stable complexes with metal cations. The first part of the thesis shows how these complexants support the mobilisation of the metal species, for example those which are present in a disposal of radioactive waste, or how they allow the remediation of polluted soils. In the second part of the document, we will show how certain complexants can be formed by radiolysis of organic materials present in nuclear waste packages. Thus, we show for example that 22 % in mass of cellulose constituting the cotton blouses is radiolysed in the form of leachable organic carbon, after an irradiation under 4,2 MGy. The third part describes the methodologies developed in order to allow the measurement of these organic complexants at low level. The implemented techniques are : - ionic chromatography which is applied to the measurement of mono and poly carboxylates and also to the breakdown products of tributylphosphate (TBP) : mono and dibutyl phosphate (MBP, DBP). Ion chromatography is also applied to the measurement of the amines resulting from the radiolytic degradation of ion exchange resins. - ion exclusion chromatography was primarily applied to carboxylate ions. - ion suppression chromatography and ion pairing chromatography were implemented in order to measure aminopolycarboxylic chelating molecules such as EDTA, NTA, DTPA and CDTA. - reverse phase liquid chromatography coupled with mass spectrometry through electrospray (ESI) and atmospheric pressure chemical ionisation (APCI) interfaces, was applied to the measurement of TBP, EDTA and to the degradation products of TBP (DBP and MBP). - capillary electrophoresis was applied to the measurement of carboxylic complexants and amines. The last part of the thesis relates to the development of a test which allows an assessment of the global complexing capacity of an aqueous solution. This test consists in the addition of a metallic cation weakly hydrolysable (Co2+) which will be complexed with the possible chelating molecules present in the solution. The metal complexes thus formed are anionic or neutral species in solution, and are thus retained over an anion exchanging resin, whereas uncomplexed Co (II) is eluated from the resin. The measurement of this eluated Co (II) then makes it possible to know the quantity of complexed Co (II) and consequently to determine the global complexing power (or capacity) of the solution. This complexing power being expressed for example in mmole (or mg) of Co complexed per litre of aqueous solution
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Yous, Saïd. "Recherche de ligands des recepteurs de la melatonine : analogues naphtaleniques et produits de transformation des acyl-6 benzothiazolinones". Lille 2, 1991. http://www.theses.fr/1991LIL2T005.
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Shen, Shuren. "La mélatonine : étude du récepteur et de l' enzyme de biosynthèse sérotonine-N-acétyltransférase por la recherche de nouvelles molécules à potentialité thérapeutique". Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P631.
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Olivieri, Lilian. "Recherche et caractérisation par dynamique moléculaire d'états intermédiaires pour la complexation entre la protéine FKBP12 et des ligands de haute affinité". Thesis, La Réunion, 2012. http://www.theses.fr/2012LARE0011/document.
Abstract (sommario):
FKBP12 est une protéine ubiquitaire, principalement cytosolique, qui est au carrefour de plusieurs voies signalétiques. Son abondance naturelle dans les tissus nerveux peut être reliée à son implication dans les maladies neurodégénératives telles que les maladies d'Alzheimer et de Parkinson ainsi que dans les neuropathies périphériques et diabétiques ou dans des blessures des cordons spinaux. De nombreuses études ont montré que des molécules exogènes (ligands) venant se fixer sur cette protéine permettent la régénération d'un grand nombre de connexions neuronales endommagées. Une difficulté provient cependant du fait que, pour un ligand donné, il n'existe aucune relation claire entre sa structure et sa capacité de liaison à FKBP12. Notre étude vise ainsi à rationaliser la relation entre la structure d'un ligand et son affinité pour cette protéine. Deux complexes modèles, formés entre FKBP12 et chacun des deux ligands 8 et 308, ont été utilisés. Ces deux ligands de haute affinité ont des structures différentes. Notre travail s'est appuyé sur des simulations de dynamique moléculaire pour caractériser l'état intermédiaire qui est formé transitoirement lors du processus de complexation entre la protéine et son ligand. Dans cet état particulier, l'identification des interactions naissantes entre les partenaires a permis (i) de comprendre l'implication des différentes parties du ligand dans le mécanisme de reconnaissance avec FKBP12 et (ii) de rationaliser les affinités de certains ligands apparentésFKBP12 is an ubiquitous, mostly cytosolic, protein found at the crossroads of several signaling pathways. Its natural abundance in the nervous tissues can be related to its implication in neurodegenerative diseases like Alzheimer's and Parkinson's as well as in peripheral neuropathies and diabetes or in injuries of the spinal cords. Several studies have demonstrated that exogenous molecules (ligands) that can bind to FKBP12 allow the regeneration of many damaged neuron connections. However, there is no clear relationship between the structure of a ligand and its ability to bind to FKBP12. Our study aims at rationalizing the relationship between the structure of a ligand and its affinity to FKBP12. Two model complexes, formed between FKBP12 and each of the two high-affinity ligands 8 and 308, were studied. These two ligands are structurally different. We used molecular dynamics simulations to characterize the intermediate state that is transiently formed during the binding process between the protein and its ligand. In this state, the analysis of the nascent interactions allowed (i) to unravel the role played by the various ligand moieties in the recognition process with FKBP12 and (ii) to rationalize the affinities of related ligands
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Fournier, Catherine. "Etude fonctionnelle du domaine sh3 des spectrines erythroides et non erythroides ; recherche de ligands par le systeme du double-hybride". Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077057.
Abstract (sommario):
Les spectrines/fodrines sont l'un des composants majeurs des squelettes membranaires. Elles sont constituees de deux longues chaines et qui s'associent en tetrameres ()#2 pour former l'unite fonctionnelle de la molecule. Chacune des chaines est composee par la repetition de segments homologues, presentant une structure trihelicoidale, a l'exception du segment 10 qui correspond a un motif sh3 (src homology 3). Les sh3 sont des petits domaines proteiques impliques dans les interactions proteine/proteine. La fonction du domaine sh3 des spectrines et fodrines n'est pas encore caracterisee. La spectrine joue un role important dans les proprietes mecaniques du globule rouge, comme le montre l'etude des anemies hemolytiques associees a une mutation de cette proteine. Nous avons identifie une nouvelle mutation de la chaine spectrine associee, a l'etat homozygote, a un cas de poikilocytose severe. Cette mutation entraine la deletion d'une helice situee immediatement en amont du motif sh3, et pourrait perturber une fonction importante de ce domaine. Afin de caracteriser l'interaction des domaines sh3 spectrine et fodrine avec leurs ligands, nous avons crible une banque de peptides aleatoires exprimes a la surface d'un phage. Nous avons pu definir un nouveau motif consensus d'interaction, h/r x w h/r h/r, different du motif pxxp jusqu'alors defini pour la plupart des domaines sh3. Par ailleurs, le criblage a l'aide du systeme double-hybride, d'une banque d'expression lymphocytaire par le sh3 fodrine, a mis en evidence une interaction entre ce domaine et trois classes de proteines. La premiere classe (e3b1) correspond a des ligands riches en prolines. La deuxieme classe (p70-ku, la sous-unite p27 du proteasome et la hsp86) comprend des proteines tres riches en residus k et e. Dans la troisieme categorie, l'isoforme a de la tyrosine-phosphatase de faible poids moleculaire (lmptp-a) semble particulierement interessante. Cette enzyme cytosolique, initialement isolee a partir de globules rouges, peut egalement interagir avec le sh3 spectrine. Dans le globule rouge, la bande 3 constitue la principale proteine phosphorylee sur residus tyrosine. L'interaction du sh3 spectrine avec la phosphatase lmptp-a pourrait permettre l'adressage de l'enzyme vers son substrat membranaire, la bande 3.
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Lesourd-Moulin, Valérie. "Les acides humiques et leurs interactions avec les éléments métalliques Cull, EuIII, ThIV, UVI : apport d'une méthode de chromatographie par exclusion sérique et recherche de modèles de complexation". Lyon 1, 1985. http://www.theses.fr/1985LYO10506.
Abstract (sommario):
Etude par une technique chromatographique de filtration sur gel, basee sur la separation du complexe forme entre la macromolecule humique et l'ion metallique libre. On etudie le mode de fonctionnement du support chromatographique et on explique le role precis de chaque parametre
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Tafani, Jean André Mathieu. "Ligands radioiodés pour l'étude in vivo des récepteurs aux opioi͏̈des par tomographie d'émission monophotonique". Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU30233.
Abstract (sommario):
Le candidat a mis au point et optimise la radioiodation d'une serie de derives opioides pour des etudes d'imagerie in vivo chez l'homme et l'animal (haut rendement de marquage, forte activite specifique, rapidite et reproductibilite de la technique, mise en forme compatible a l'utilisation in vivo). Les differentes proprietes de ces radioligands ont ete etudiees afin de selectionner ceux presentant les meilleurs criteres (affinite, selectivite, passage de la barriere hemato-encephalique, resistance a la degradation). Des images de la fixation cerebrale specifique aux recepteurs opioides par autoradiographie quantitative ont ensuite ete realisees chez la souris, apres injection systemique ou intra-cerebroventriculaire (icv) du radioligand. L'imagerie par tomographie d'emission monophotonique (tem) a ete realisee chez le singe (rhesus). Apres injection intraveineuse de ligands marques a l'iode 123, des images gamma-tomographiques de leur fixation cerebrale ont ete faites et standardisees anatomiquement par rapport a l'imagerie par resonance magnetique precedemment effectuee chez le meme animal. Enfin, chez l'homme, quelques etudes par imagerie tem des recepteurs opioides centraux ont ete realisees apres injection icv de radiotraceurs chez des patients traites par morphinotherapie icv
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Daval, Sandrine. "Contribution à l'étude de la modulation allostérique du récepteur muscarinique M1 : recherche de modulateurs positifs originaux. Caractérisation de l'interaction de divers ligands fluorescents". Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6210.
Abstract (sommario):
Les récepteurs muscariniques appartiennent à la vaste famille des RCPGs, des protéines membranaires assurant la communication entre les cellules de l'organisme. Le récepteur muscarinique M1 est principalement exprimé au niveau central, où il constitue une cible thérapeutique privilégiés pour des pathologies telles que la maladie d'Alzheimer et la schizophrénie. Dans un premier temps, j'ai recherché de nouveaux modulateurs allostériques positifs du récepteur muscarinique M1 par criblage fonctionnel au sein de la chimiothèque Prestwick Chemical. Dans un deuxième temps, j'ai étudié le mode d'interaction des ligands fluorescents Bodipy-pirenzépine avec le récepteur M1, mettant ainsi en évidence la nature bitopique orthostérique/allostérique de tous ces dérivés quelques soit la longueur de leur espaceur. La troisième partie de mon travail est consacré au développement et à la caractérisation d'un dérivé fluorescent d'AC-42 comme traceur allostérique fluorescent du récepteur M1Muscarinic receptors belong to the large GPCRs family. They are involved in a number of physio-pathological processes and are potential therapeutic targets. During my PhD thesis, I have much interest in the muscarinic M1 sub-type which is essentially expressed in the CNS and is of particular interest for the treatment of Alzheimer Disease or schizophrenia. First, the prestwick chemical library was screened in order to find novels positives allosteric modulators. Calcium mobilization was used as a functional read out, but only leads to identification of signaling pathway modulators. In a second time, the orthosteric/allosteric nature of Bodipy-pirenzepine derivatives/muscarinic M1 receptor interaction was studied. All bodipy-pirenzepine derivatives are bitopic ligands whatever the nature and the length of their linker. Finally, AC-42 fluorescent derivatives were developed and characterized as fluorescent allosteric tracer of the muscarinic M1 receptor
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Perrot, Thomas. "Diversité fonctionnelle des systèmes de détoxication chez les champignons lignolytiques". Thesis, Université de Lorraine, 2018. http://www.theses.fr/2018LORR0140/document.
Abstract (sommario):
Les champignons décomposeurs du bois jouent un rôle important dans le cycle du carbone en participant notamment au recyclage de la matière organique. Outre leur aptitude à minéraliser la biomasse lignocellulosique, ces organismes ont la capacité de dégrader des molécules potentiellement toxiques libérées lors de ce processus. Leur système de détoxication comprend différentes familles multigéniques dont les glutathion transférases. Ces enzymes ubiquitaires, sont regroupées en différentes classes dans le règne fongique, certaines d’entre elles étant étendues chez ces champignons. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse consistait à appréhender les fonctions des glutathion transférases de la classe Omega (GSTOs) étendue chez Trametes versicolor, un champignon de pourriture blanche. Une approche biochimique et structurale a été menée sur neuf protéines produites de façon recombinante. Dans un premier temps, une caractérisation enzymatique de ces isoformes a été réalisée à l’aide de substrats synthétiques montrant une similarité des propriétés catalytiques. Puis, à partir d’une banque de molécules pures et de mélanges complexes issus de différentes essences forestières, une méthode de screening à haut débit a permis d’identifier des ligands potentiels de ces enzymes. La résolution de la structure tridimensionnelle de trois isoformes a démontré l’état homodimérique de ces protéines et l’implication de deux sites de fixation dans la reconnaissance de ces ligands : le site H (présent dans chaque monomère) et le site L (à l’interface du dimère). Par exemple, l’isoforme TvGSTO3S est capable de fixer dans son site H plusieurs hydroxybenzophénones, mais également un flavonoïde, la dihydrowogonine. Dans ce dernier cas, cette interaction avec un ligand naturel issu d’extraits de bois de merisier a été démontré par une approche de cristallographie d’affinité. D’autre part, des expériences de co-cristallisation ont permis de détecter deux molécules d’un autre flavonoïde, la naringénine, dans le site L de l’isoforme TvGSTO6S. Enfin, une interaction spécifique impliquant les sites H et L de l’isoforme TvGSTO2S a été démontrée avec l’oxyresvératrol. L’analyse structurale a révélé que les deux configurations du stilbène étaient liées à la protéine : la configuration trans dans le site H et la configuration cis dans le site L. Ainsi, malgré une redondance fonctionnelle partielle, ces recherches ont démontré l’existence d’un spectre d’interactions spécifiques pour chaque isoforme testée. Le caractère étendu de la classe Omega indiquerait que ces enzymes seraient impliquées dans l’adaptation du champignon à son environnement. En effet, les ligands identifiés au cours de ces travaux suggèrent que les propriétés « ligandines » des TvGSTOs joueraient un rôle dans la détoxication des produits issus de dégradation du boisWood decaying fungi play an important role in the carbon cycle by participating in the recycling of organic matter. In addition to their ability to mineralize lignocellulosic biomass, these organisms have the ability to degrade potentially toxic molecules released during this process. Their detoxification system involves several multigenic families including glutathione transferases. These ubiquitous enzymes are grouped into several classes in the fungal kingdom, some of them are widespread in these fungi. In this context, the main objective of this thesis was to understand the functions of glutathione transferases of the Omega class (GSTOs) extended in Trametes versicolor, a white rot fungus. A biochemical and structural approach was led using nine recombinant proteins. Firstly, enzymatic characterization of these isoforms was performed using synthetic substrates, the obtained results demonstrating a similarity of catalytic properties. Then, using a library of pure molecules and another one of complex mixtures from different forest species, a high throughput screening method was applied to identify potential ligands for these enzymes. The resolution of the three-dimensional structure of three isoforms demonstrated the homodimeric state of these proteins and the involvement of two binding sites in the recognition of these ligands: the H site (present in each monomer) and the L site (at the dimer interface). For example, the isoform TvGSTO3S is able to bind several hydroxybenzophenones in its H site, but also a flavonoid, dihydrowogonin. In this case, this interaction with a natural ligand derived from wild-cherry tree extract was demonstrated by an affinity crystallography approach. On the other hand, co-crystallization experiments detected two molecules of another flavonoid, naringenin, in the L site of the isoform TvGSTO6S. Finally, a specific interaction involving the H and L sites of the isoform TvGSTO2S was demonstrated with oxyresveratrol. Structural analysis revealed that the presence of both configurations of the stilbene in the protein: the trans configuration in the H site and the cis configuration in the L site. Thus, despite partial functional redundancy, this research demonstrated the existence of a specific pattern of interactions for each tested isoform. The expansion of the Omega class could indicate that these enzymes are involved in the adaptation of the fungus in its environment. Indeed, the ligands identified during this work suggest that the "ligandin" properties of TvGSTOs play a role in detoxifying wood degradation products
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Sutra, Elsa. "Ionophores phosphorés neutres et déprotonables : synthèse, étude physico-chimique et recherche d'activité antibactérienne". Toulouse 3, 2002. http://www.theses.fr/2002TOU30219.
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Debernardi, Justine. "Le récepteur Gb3/CD77 : analyse de l’apoptose induite par la vérotoxine-1 dans les cellules de lymphome de Burkitt et recherche de ligands endogènes". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLS254.
Abstract (sommario):
Le glycolipide Gb3/CD77 qui est fortement exprimé en surface des cellules de lymphome de Burkitt (LB) est le récepteur d’une toxine bactérienne la Vérotoxine-1 (VT-1). Notre équipe a montré précédemment que, dans les cellules de LB, la VT-1 induit une cascade apoptotique mettant en jeu les caspases et la mitochondrie. Mon travail a consisté à poursuivre l’analyse des bases moléculaires de ce processus, notamment en m’intéressant au rôle de la protéine pro-apoptotique Bid. Bid est un membre de la famille Bcl-2 qui est clivé par la caspase-8 au cours de l’apoptose et dont la forme tronquée (t-Bid) se relocalise à la mitochondrie. Grâce à l’utilisation de clones cellulaires de LB où Bid a été inhibée puis réexprimée sous forme non clivable et d’un inhibiteur de la caspase-8, nous avons montré que lors de l’apoptose induite par la VT1 : 1) la protéine entière Bid (full-length Bid ou FL-Bid) contrôle l’activation de protéines pro-apoptotiques Bax et de Bak ; 2) t-Bid et FL-Bid sont, toutes les deux, impliquées dans la libération des protéines pro-apoptotiques (cytochrome c et Smac/DIABLO) de l’espace intermembranaire de la mitochondrie vers le cytosol ; 3) FL-Bid contrôle l’homodimérisation de Bax et de Bak qui contribuerait à la libération initiale du cytochrome c et de Smac/DIABLO alors que t-Bid est nécessaire à l’hétérodimérisation de Bax et Bak qui permettrait l’amplification de cette libération. L’ensemble de ces résultats montre donc une coopération fonctionnelle entre Bax et Bak au cours de l’apoptose induite par la VT-1 et surtout met en évidence que l’activation de la voie caspase-8/t-Bid n’est absolument pas requise pour initier la mort cellulaire.Gb3/CD77 est aussi exprimé à la surface de certains lymphocytes B normaux, où il constitue un marqueur de différenciation mais sa fonction endogène reste encore indéterminée. Une deuxième partie de mon travail a consisté à essayer d’identifier le ligand physiologique de Gb3/CD77 pour comprendre son rôle biologique. Grâce à une analyse en spectrométrie de masse, nous avons identifié deux protéines potentiellement partenaires de Gb3/CD77 : la galectine-7 et la protéine S100A11The Gb3/CD77 glycolipid, which is strongly expressed in Burkitt's lymphoma (BL) cells, is a receptor for the bacterial toxin Verotoxin-1 (VT-1). Previously, our group has shown that VT-1 induces an apoptotic pathway in BL cells which is dependent on caspases and mitochondria. Here, we provide new insights into this pathway. A pro-apoptotic member in the Bcl-2 family, Bid is cleaved by caspase-8 and its truncated form t-Bid is translocated to mitochondria. Using LB cell clones where Bid was inhibited prior to being reexpressed as a non-cleavable mutated form (BID D59A) and a caspase-8 inhibitor to explore VT-1-induced apoptosis, we showed that 1) the full length Bid (FL-Bid) controls the activation of pro-apoptotic proteins Bax and Bak; 2) Both t-Bid and FL-Bid are involved in the release of pro-apoptotic proteins (cytochrome c and Smac/DIABLO) from the mitochondrial intermembrane space to the cytosol; 3) FL-Bid controls the homo-oligomerization of both Bax and Bak, likely contributing to the initial release of cytochrome c and Smac/DIABLO while t-Bid is needed for their hetero-oligomerization followed by amplification of the release. Together, these results reveal a functional cooperation between Bax and Bak during VT-1-induced apoptosis and, most importantly, that activation of caspase-8 and t-Bid is not required to induce the onset of cell death. Gb3/CD77 is also expressed in a proportion of normal B-lymphocytes where it constitutes a differentiation marker but whose function remains uncharacterized. In an effort to look for physiological ligands, we have used a biochemical approach followed by mass spectrometry analysis. Two proteins have been identified as potentially Gb3/CD77 partners, namely galectin-7 and protein S100A11
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Abouwarda, Ahmed. "Recherche et étude des gènes de glycosyl-transférases impliqués dans la biosynthèse de constituants de l'enveloppe mycobactérienne". Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30064.
Abstract (sommario):
La prédominance de l'infection par Mycobacterium tuberculosis est partiellement causée par la capacité du bacille à persister pendant des années dans sa cible cellulaire, le macrophage humain. La première étape de l'infection cellulaire implique la phagocytose de la bactérie par le macrophage alvéolaire. Une des voies de l'entrée du bacille est mannose-dépendante qui est pensé pour être sous le contrôle du récepteur humain au mannose (HMR). Dans cette étude nous avons montrés que M. Megmatis mc2155 a une déficience dans la phagocytose mannose-dépendante par le macrophage humain. Nous avons examiné également les effets de la surproduction des gènes de glycosyl- ou mannosyl- transférases de M. Tuberculosis sur la phagocytose mannose-dépendante par le macrophage. Nous avons constaté que certains d'entre eux pouvaient complémenter la déficience de mc2155. Ce résultat suggère que ces gènes de glycosyltransférases pourraient participer à la biosynthèse des ligands de HMR dans les mycobactériesThe prevalence of infection by Mycobacterium tuberculosis is partly due to the ability of the bacillus to persist for years within its cellular target, the human macrophage. The first step of the cellular infection involves the phagocytosis of the bacterium by an alveolar macrophage. One of the routes of entry is mannose-dependent and is believed to be under the control of the Human Mannose Receptor. In this study we have shown that M. Smegmatis mc2155 has a defect in the mannose-dependent phagocytosis by human macrophage. We also investigated the effects of overproduction of some glycosyl- or mannosyl-transferase genes of M. Tuberculosis on mannose-dependent phagocytosis by macrophage and found that some of them were able to complement the defect of mc2155. This result suggests that these glycosyl- transferase genes could participate in the biosynthesis of the Human Mannose Receptor ligands in mycobacteria
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Perrot, Thomas. "Diversité fonctionnelle des systèmes de détoxication chez les champignons lignolytiques". Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2018. http://www.theses.fr/2018LORR0140.
Abstract (sommario):
Les champignons décomposeurs du bois jouent un rôle important dans le cycle du carbone en participant notamment au recyclage de la matière organique. Outre leur aptitude à minéraliser la biomasse lignocellulosique, ces organismes ont la capacité de dégrader des molécules potentiellement toxiques libérées lors de ce processus. Leur système de détoxication comprend différentes familles multigéniques dont les glutathion transférases. Ces enzymes ubiquitaires, sont regroupées en différentes classes dans le règne fongique, certaines d’entre elles étant étendues chez ces champignons. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse consistait à appréhender les fonctions des glutathion transférases de la classe Omega (GSTOs) étendue chez Trametes versicolor, un champignon de pourriture blanche. Une approche biochimique et structurale a été menée sur neuf protéines produites de façon recombinante. Dans un premier temps, une caractérisation enzymatique de ces isoformes a été réalisée à l’aide de substrats synthétiques montrant une similarité des propriétés catalytiques. Puis, à partir d’une banque de molécules pures et de mélanges complexes issus de différentes essences forestières, une méthode de screening à haut débit a permis d’identifier des ligands potentiels de ces enzymes. La résolution de la structure tridimensionnelle de trois isoformes a démontré l’état homodimérique de ces protéines et l’implication de deux sites de fixation dans la reconnaissance de ces ligands : le site H (présent dans chaque monomère) et le site L (à l’interface du dimère). Par exemple, l’isoforme TvGSTO3S est capable de fixer dans son site H plusieurs hydroxybenzophénones, mais également un flavonoïde, la dihydrowogonine. Dans ce dernier cas, cette interaction avec un ligand naturel issu d’extraits de bois de merisier a été démontré par une approche de cristallographie d’affinité. D’autre part, des expériences de co-cristallisation ont permis de détecter deux molécules d’un autre flavonoïde, la naringénine, dans le site L de l’isoforme TvGSTO6S. Enfin, une interaction spécifique impliquant les sites H et L de l’isoforme TvGSTO2S a été démontrée avec l’oxyresvératrol. L’analyse structurale a révélé que les deux configurations du stilbène étaient liées à la protéine : la configuration trans dans le site H et la configuration cis dans le site L. Ainsi, malgré une redondance fonctionnelle partielle, ces recherches ont démontré l’existence d’un spectre d’interactions spécifiques pour chaque isoforme testée. Le caractère étendu de la classe Omega indiquerait que ces enzymes seraient impliquées dans l’adaptation du champignon à son environnement. En effet, les ligands identifiés au cours de ces travaux suggèrent que les propriétés « ligandines » des TvGSTOs joueraient un rôle dans la détoxication des produits issus de dégradation du boisWood decaying fungi play an important role in the carbon cycle by participating in the recycling of organic matter. In addition to their ability to mineralize lignocellulosic biomass, these organisms have the ability to degrade potentially toxic molecules released during this process. Their detoxification system involves several multigenic families including glutathione transferases. These ubiquitous enzymes are grouped into several classes in the fungal kingdom, some of them are widespread in these fungi. In this context, the main objective of this thesis was to understand the functions of glutathione transferases of the Omega class (GSTOs) extended in Trametes versicolor, a white rot fungus. A biochemical and structural approach was led using nine recombinant proteins. Firstly, enzymatic characterization of these isoforms was performed using synthetic substrates, the obtained results demonstrating a similarity of catalytic properties. Then, using a library of pure molecules and another one of complex mixtures from different forest species, a high throughput screening method was applied to identify potential ligands for these enzymes. The resolution of the three-dimensional structure of three isoforms demonstrated the homodimeric state of these proteins and the involvement of two binding sites in the recognition of these ligands: the H site (present in each monomer) and the L site (at the dimer interface). For example, the isoform TvGSTO3S is able to bind several hydroxybenzophenones in its H site, but also a flavonoid, dihydrowogonin. In this case, this interaction with a natural ligand derived from wild-cherry tree extract was demonstrated by an affinity crystallography approach. On the other hand, co-crystallization experiments detected two molecules of another flavonoid, naringenin, in the L site of the isoform TvGSTO6S. Finally, a specific interaction involving the H and L sites of the isoform TvGSTO2S was demonstrated with oxyresveratrol. Structural analysis revealed that the presence of both configurations of the stilbene in the protein: the trans configuration in the H site and the cis configuration in the L site. Thus, despite partial functional redundancy, this research demonstrated the existence of a specific pattern of interactions for each tested isoform. The expansion of the Omega class could indicate that these enzymes are involved in the adaptation of the fungus in its environment. Indeed, the ligands identified during this work suggest that the "ligandin" properties of TvGSTOs play a role in detoxifying wood degradation products
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Malicorne, Sébastien. "Recherche d’interactants du domaine immunosuppresseur des protéines d’enveloppe rétrovirales". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS579.
Abstract (sommario):
La plupart des virus ont développé des mécanismes de résistance ou de suppression du système immunitaire pour parvenir à infecter durablement leur hôte. Ces mécanismes demeurent encore imparfaitement connus. Un domaine immunosuppresseur (IS) a été identifié au niveau de la région transmembranaire des protéines d’enveloppe des rétrovirus endogènes ou infectieux. Ce domaine hautement conservé a été décrit par exemple comme inhibant l’activation lymphocytaire. Dans le laboratoire, il a été caractérisé en particulier via des expériences de rejet de cellules tumorales in vivo, ce qui a permis de définir des mutations inactivatrices. Afin de mieux comprendre les mécanismes de résistance des rétrovirus au système immunitaire, mes travaux de thèse ont porté sur l’identification de la ou des protéines capables d’interagir avec le domaine IS. Plusieurs approches cellulaires et moléculaires ont été développées, basées pour la plupart sur l’utilisation de sondes fluorescentes obtenues par synthèse chimique, constituées des domaines IS provenant de différents rétrovirus. Dans un premier temps, les cellules du système immunitaire qui lient les protéines virales ont été identifiées : les lymphocytes B et les cellules myéloïdes (monocytes, cellules dendritiques et macrophages). Dans un second temps, des expériences de co-immunoprécipitation et de chromatographie d’affinité couplées à la spectrométrie de masse ont été réalisées dans le but d’identifier sur ces cellules les protéines membranaires responsables de ces liaisons. Plusieurs agents de couplages chimiques ont été utilisés afin de maintenir les liaisons domaine IS - protéine de faibles affinités. En raison de résultats non-reproductibles obtenus au cours de ces expériences, des tests de liaison du domaine IS sur des cellules transfectées avec des banques d’ADNc, ou lors d’expériences de double hybride ont été réalisées. Ces deux approches ont permis d’identifier des protéines membranaires potentiellement impliquées dans la liaison du domaine IS : les protéines X1 et X2. Les co-transfections de vecteurs d’expression du domaine IS et de X2 ont mis en évidence des interactions protéiques au cours d’expériences de co-immunoprécipitation et de microscopie confocale, en particulier avec le domaine IS du rétrovirus HIV-1. Concernant X1, sa transfection induit la liaison cellulaire des domaines IS de HERV-W et MLV. En revanche, aucune interaction directe entre X1 et le domaine IS n’a pu être démontrée, notamment dans des expériences de co-immunoprécipitation et de microscopie confocale.La découverte des protéines membranaires qui interagissent avec le domaine IS demeure un enjeu critique pour la compréhension des voies de signalisation et de transcription qui permettent aux rétrovirus d’exercer leur effet sur le système immunitaire, l’objectif de ces travaux étant d’identifier à terme des nouvelles cibles thérapeutiques.En conclusion, même si des travaux complémentaires demeurent nécessaires, les protéines X1 et X2 pourraient contribuer à l’immunosuppression rétroviraleMost viruses have developed mechanisms of resistance or suppression of the immune system to achieve lasting infection of their host. These mechanisms are still imperfectly known. An immunosuppressive (IS) domain has been identified in the transmembrane region of envelope proteins of endogenous or infectious retroviruses. This highly conserved domain has been described, for example, as inhibiting lymphocyte activation. In the laboratory, it has been characterized by tumor cell rejection experiments in vivo, which has made it possible to define inactivating mutations. In order to better understand the mechanisms of resistance of retroviruses to the immune system, my thesis focused on the identification of the protein(s) interacting with the IS domain. Several cellular and molecular approaches have been developed, based for the most part on the use of fluorescent probes obtained by chemical synthesis, consisting of IS domains from different retroviruses. At first, immune system cells that bind viral proteins have been identified: B cells and myeloid cells (monocytes, dendritic cells and macrophages). In a second step, co-immunoprecipitation and affinity chromatography coupled to mass spectrometry were performed to identify on these cells the membrane proteins responsible for these bonds. Several chemical coupling agents have been used to prevent detachment of low affinity binding between proteins and the IS domain. Due to non-reproducible results obtained during these experiments, IS domain binding assays on cells transfected with cDNA libraries, or in double hybrid experiments were performed. These two approaches made it possible to identify membrane proteins potentially involved in the binding of the IS domain: the X1 and X2 proteins. Co-transfections of IS domain and X2 expression vectors demonstrated protein interactions in co-immunoprecipitation and confocal microscopy experiments, particularly with the IS domain of the HIV-1 retrovirus. Concerning X1, its transfection induces binding of the IS domains of HERV-W and MLV on cells membrane. On the other hand, no direct interaction between X1 and the IS domain could be demonstrated, especially in co-immunoprecipitation and confocal microscopy experiments.The discovery of membrane proteins that interact with the IS domain remains a critical issue for understanding the signaling and transcription pathways that allow retroviruses to exert their effect on the immune system, the aim of this work being to identify new therapeutic targets.In conclusion, although further work is still needed, the X1 and X2 proteins may contribute to retroviral immunosuppression
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Poulard, Cyril. "Ligands cyclopentadiényles fonctionnalisés : utilisation en série du tantalocène et accès à des structures hétérobimétalliquesComplexes (arène)chrome tricarbonyle optiquement actifs : recherche et mise en œuvre de différentes stratégies de synthèse". Dijon, 2001. http://www.theses.fr/2001DIJOS035.
Abstract (sommario):
Ce mémoire est constitué de deux parties. La première traite de l'utilisation de ligands cyclopentadiényles phosphino- ou amino- fonctionnalisés dans la série du tantalocène. Le premier chapitre est consacré aux anneaux cyclopentadiényles porteur d'un groupement phosphoré greffé directement ou par l'intermédiaire d'une chaîne carbonée sur le cycle. La synthèse de plusieurs familles de métalloligands mono ou bi- dendates est présentée ainsi que leur utilisation pour l'élaboration de complexes hétérobimétalliques avec un métal du groupe 6 (Cr, W). Le second chapitre s'intéresse aux dérivés du cyclopentadiène qui possèdent une chaîne azotée. Des composés aminés mais aussi pyridiniques ont été synthétisés puis utilisés pour accéder à de nouveaux complexes trihydruro du tantale (V). L'oxydation de ces trihydrures de tantale par l'hexafluorophosphate de ferricinium conduit à des complexes de type chélate dans lesquels l'atome d'azote coordine de façon intramoléculaire le centre métallique. La deuxième partie concerne les complexes (arène)chrome tricarbonyle et plus particulièrement la recherche et le mise en œuvre de différentes stratégies de synthèse afin d'accéder à des complexes du naphtalène énantiomériquement enrichis. Le premier chapitre présente les différentes stratégies élaborées pour atteindre cet objectif : une réaction de désymétrisation par le palladium de complexes (arène)chrome tricarbonyle 5,8-difonctionnalisés, la complexation diastéréosélective du fragment chrome tricarbonyle et enfin l'ouverture stéréosélective du 5,8-époxy-5,8-dihydronaphtalène)chrome tricarbonyle. Le second chapitre présente deux nouveaux complexes originaux : la (napthoquinone)chrome tricarbonyle et la (6,7-dihydronaphtoquinone)chrome tricarbonyle. Les méthodes de synthèse de ces deux complexes sont présentées ainsi que les premiers résultats obtenus lors de réactions de désymétrisation de ces complexes notamment par réduction.
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Sylvestre-Gonon, Elodie. "Caractérisation biochimique et structurale de quelques glutathion transférases de la classe Tau d'arabette (Arabidopsis thaliana) et de peuplier (Populus trichocarpa)". Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2020. http://www.theses.fr/2020LORR0253.
Abstract (sommario):
Les glutathion transférases (GSTs) constituent une famille multigénique d’enzymes ubiquitaires impliquées notamment dans la détoxication des xénobiotiques et le métabolisme secondaire. Les GSTs canoniques sont constituées d’un domaine N-terminal de type thiorédoxine et d’un domaine C-terminal formé d’hélices α. Chez les plantes terrestres, les GSTs peuvent être regroupées en 14 classes et selon le résidu conservé au sein de leur motif catalytique en GSTs à cystéine (Cys-GSTs) ou à sérine (Ser-GSTs). Les Ser-GSTs présentent des activités de réduction des peroxydes et/ou de conjugaison de glutathion (GSH) alors que les Cys-GSTs portent des activités de déglutathionylation et déshydroascorbate réductase. Certaines d’entre elles présentent également des propriétés non-catalytiques de type ligandine à des fins de transport ou de stockage de molécules diverses. Les GSTs Tau (GSTUs) correspondent à la classe regroupant le plus d’isoformes chez les plantes et leur sont spécifiques. Les GSTUs sont souvent surexprimées lors de stress biotiques et abiotiques et participent notamment à la détoxication des herbicides. Toutefois, le rôle physiologique des GSTUs reste encore lacunaire in planta. En combinant des approches phylogénétiques, biochimiques et structurales, ces travaux ont conduit à la caractérisation de neuf GSTUs d’Arabidopsis thaliana (AtGSTUs) et de six GSTUs de Populus trichocarpa (PtGSTUs). L’analyse phylogénétique des Ser-GSTs d’organismes photosynthétiques a révélé que l’expansion des GSTUs est apparue de façon concomitante à l’apparition du réseau vasculaire chez les plantes bien que quelques mousses et bryophytes possèdent des GSTUs. Au sein d’un organisme, les GSTUs peuvent être classées en groupes distincts en fonction de leur motif catalytique. Les essais enzymatiques réalisés ont montré que quasiment toutes les GSTUs d’intérêt portent des activités de conjugaison du GSH et de réduction des peroxydes envers différents substrats modèles (CDNB, dérivés d’isothiocyanates, hydroperoxydes). Les structures tridimensionnelles de deux GSTUs ont été résolues et ces dernières présentent le repliement classique des GSTs canoniques avec des différences notables entre elles. Les analyses biochimiques et structurales réalisées sur les protéines AtGSTUs et PtGSTUs d’intérêt ont montré que certaines d’entre elles lient des porphyrines bactériennes et d’autres des composés polyphénoliques. Parmi les complexes enzyme-ligand identifiés, la structure d’un complexe baicaléine-GSTU a été résolue. L’utilisation d’échantillons enrichis en métabolites extraits de plantes représente la prochaine étape sur le chemin de l’analyse fonctionnelle des GSTUsGlutathione transferases (GSTs) constitute a ubiquitous multigene superfamily of enzymes involved in xenobiotic detoxification and secondary metabolism. Canonical GSTs consist of an N-terminal thioredoxin domain and a α-helical C-terminal domain. In terrestrial plants, GSTs can be grouped in 14 classes but also according to the conserved residue found in their catalytic site either cysteine (Cys-GSTs) or serine (Ser-GSTs) GSTs. Ser-GSTs exhibit reduction of peroxides and/or glutathione (GSH) conjugation activities while Cys-GSTs rather exhibit deglutathionylation and dehydroascorbate reductase activities. Some of them also appear to have non-catalytic ligandin properties for the transport or storage of various molecules. The plant-specific Tau GST (GSTU) class is usually the most expanded one. The GSTUs are often over-expressed during biotic and abiotic stresses contributing notably to herbicide detoxification. However, the physiological role of most GSTUs is still poorly documented in planta. By combining phylogenetic, biochemical and structural approaches, this work led to the characterisation of nine GSTUs from Arabidopsis thaliana (AtGSTUs) and six GSTUs from Populus trichocarpa (PtGSTUs). Phylogenetic analysis of the Ser-GSTs present in photosynthetic organisms revealed that the expansion of GSTUs occurred concomitantly with the appearance of vasculature in plants, although some mosses and bryophytes possess GSTUs. Within an organism, GSTUs can be classified into distinct groups according to their catalytic motif. Enzymatic tests using recombinant proteins showed that almost all studied GSTUs exhibit GSH conjugation and peroxide reduction activities against different model substrates (CDNB, isothiocyanate derivatives, hydroperoxides). The three-dimensional structures of two GSTUs have been resolved and these adopt the classical canonical GST fold with some notable difference between them. The biochemical and structural analyses of these AtGSTUs and PtGSTUs further showed that some of them bind bacterial porphyrins while others bind polyphenolic compounds. Among the enzyme-ligand complexes identified, the structure of a bacalein-GSTU has been solved. The use of metabolites enriched samples extracted from A. thaliana and P. trichocarpa is the next step to decipher the role of GSTUs in planta
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Lecerf, Schmidt Florine. "Conception et développement de nouveaux ligands des transporteurs ABCG2 et MRP1 dans le cadre de la résistance à de multiples drogues anticancéreuses". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAV012/document.
Abstract (sommario):
La résistance à de multiples drogues anticancéreuses (Multidrug Resistance ou MDR) est actuellement un problème majeur dans le cas de nombreuses chimiothérapies. Parmi les mécanismes à l'origine de la MDR, la surexpression de protéines membranaires de type ABC est le plus étudié. Les deux protéines ABCG2 et MRP1 sont parmi les protéines membranaires impliquées. Ces transporteurs sont capables d'induire un efflux massif des agents anticancéreux hors des cellules cancéreuses, réduisant ainsi leur concentration intracellulaire et donc leur efficacité thérapeutique. Afin de contrecarrer cette chimiorésistance, notre objectif s'est concentré sur le développement de nouveaux modulateurs d'ABCG2 et de MRP1. Dans ce cadre, de nouveaux inhibiteurs d'ABCG2, dérivés de chromones, ont été conçus afin de restaurer la sensibilité des cellules cancéreuses aux agents anticancéreux. De plus, la modélisation de modèles pharmacophores nous a permis d'obtenir de nouvelles informations quant aux interactions ABCG2-ligands. Les nouveaux modulateurs de MRP1, dérivés de flavonoïdes, sont capables quant à eux d'induire un efflux massif de glutathion cellulaire via MRP1, sans être transportés eux même, entraînant l'apoptose sélective des cellules cancéreuses surexprimant le transporteurResistance to chemotherapeutic agents (Multidrug Resistance or MDR) is a major hurdle for anticancer chemotherapy. Among different mechanisms involved in MDR, the overexpression of membrane proteins belonging to ABC family is the most relevant one. Among such proteins, ABCG2 and MRP1 are considered to play an important role. These transporters are able to induce a massive efflux of anticancer agents out of the cancer cells, reducing their intracellular concentration and their therapeutic potency. In order to overcome this resistance, novel modulators of ABCG2 and MRP1 were designed, synthetized and tested biologically. In this context, new derivatives of chromones as inhibitors of ABCG2 were developed in order to restore sensitivity of cancer cells to chemotherapeutic agents. In addition, molecular modelling of new pharmacophores allowed us to gather new data exploring ABCG2-ligand interactions. New modulators of MRP1, derivatives of flavonoids, are able to induce a massive efflux of intracellular glutathione that is mediated by the protein, without being transported and causing selective apoptosis of cancer cells overexpressing MRP1
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Wang, Rong Fu. "Mise au point et évaluation d'un nouveau radioligand iodé spécifique pour l'imagerie tomoscintigraphique des neurorécepteurs aux opioi͏̈des". Toulouse 3, 1995. http://www.theses.fr/1995TOU30094.
Abstract (sommario):
L'objectif de ce travail consiste a developper un analogue iode de la diprenorphine la (125i)-7a-o-iodoallyl diprenorphine ((125i)-7a-o-ia-dpn), pour l'etude in vivo des recepteurs aux opioides par tomographie d'emission monophotonique (tem). La (125i)-7a-o-ia-dpn a ete obtenue par iododestannylation en trois etapes. Les methodes utilisees conduisent a des rendements superieurs a 95%. L'iodation par destannylation permet d'obtenir une forte radioactivite specifique (80 tbq/mmole-2200 ci/mmole) et une bonne purete radiochimique (>95%). L'affinite de ce radioligand pour les recepteurs aux opioides, mesuree in vitro, est excellente (ki = 0,4 0,03 nm) et comparable a celle de la diprenorphine (ki = 0,2 0,1 nm). En conclusion, la (125i)-7a-o-ia-dpn mise au point dans notre etude, devrait pouvoir etre utilisee pour etudier les neuro-recepteurs aux opioides par les techniques de tem chez l'homme
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Benoît, Vincent. "Recherche de descripteurs spécifiques d'interactions protéine-protéine et protéine-ligand". Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066235.
Abstract (sommario):
La compréhension des déterminants de l’interaction spécifique protéine-protéine et protéine-ligand est d’un grand intérêt à la fois pour la recherche fondamentale et appliquée. La majeure partie de ce travail concerne donc la caractérisation des interfaces protéine-protéine. Il est important de noter que les fichiers de structure PDB ne contiennent pas les informations qui pourraient permettre de constituer des jeux de données de complexes protéine-protéine fiables. De plus les interfaces impliquant des symétries cristallographiques ne sont pas directement accessibles. C’est pourquoi nous avons jugé intéressant de mettre en place une base de données donnant accès à la fois aux interfaces protéine-protéine fonctionnelles et cristallographiques. Un outil flexible et rapide a donc été crée à l’aide de références à de multiples bases de données et en calculant l’ensemble des interfaces à l’intérieur d’un cristal. Par ailleurs les methodes de docking nous ont permis d’étudier les intéractions protéine-ligand. L’institut Curie à Orsay nous a ainsi, à travers une collaboration, fourni les structures d’inhibiteurs validés de l’interaction de la protéine Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) avec la polymérase delta. Outre le fait de générer des structures potentielles de complexes PCNA-inhibiteur nous avons aussi étudié les sites de fixation des inhibiteurs validés relativement à des structures validées comme non inhibitricesUnderstanding the determinants of specific protein-protein and protein-ligand interactions is of great interest for both fundamental as well as applied research. The major part of this work concerned protein-protein interfaces characterization. Noteworthy is that information for generating reliable protein-protein complex datasets is not directly accessible from PDB structures. Also, interfaces involving crystallographic symmetric chains are not directly reachable. Thus creating a database giving access to multiple protein-protein and crystallographic interfaces was found to be worthwhile. Cross referencing multiple databases as well as computing all possible interfaces inside a crystal allowed us to create a fast and flexible tool. Moreover we used docking tools to investigate protein-ligand interactions. Structures of validated inhibitors of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) polymerase delta interaction were given to us through collaboration with the Curie Institute at Orsay. Apart from generating putative structures of PCNA-inhibitors complexes we investigated docking sites locations of validated inhibitors versus putative locations of non inhibitor ones
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Cheve, Gwénaël. "Recherches en serie indolique : derives antioxydants et ligands des recepteurs melatoninergiques (doctorat : pharmacochimie)". Lille 2, 2000. http://www.theses.fr/2000LIL2P264.
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Thorin, Savarit Chantal. "Estimation des paramètres pharmacologiques dans les modèles d'interactions ligand-récepteur". Nantes, 2010. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=dcd2d038-5c6a-40bf-a641-d363db9727cb.
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Amrane, Samir. "Analyse des répétitions de trinucléotides impliquées dans des pathologies neurodégénératives et recherches de ligands spécifiques". Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066333.
Abstract (sommario):
Les répétitions de trinucléotides sont impliquées dans une quinzaine de pathologies neurodégénératives dont la dystrophie myotonique et la maladie de Huntington. Dans une première partie de notre travail, nous avons effectué une étude thermodynamique et conformationnelle de ces séquences répétées de type (CXG)n, X = A,T,G,C. Nous avons précisé la structure de ses séquences en utilisant des méthodes biophysique : dénaturation thermique en spectroscopie d'absorbance, microcalorimétrie, dichroïsme circulaire et spectres de différences thermiques en absorbance. Nous avons également utilisé des approches biochimiques comme l'électrophorèse en conditions dénaturantes et non-dénaturantes et les empreintes enzymatiques. Dans cette étude, nous avons pu émettre l’hypothèse d’une structure originale en « Épingle brisée» que pourraient adopter ces répétitions de trinucléotides. Dans une seconde partie, nous avons effectué un criblage aléatoire de chimiothèque afin de sélectionner des molécules fixant de manière spécifique ces structures. Dans ce but, nous avons utilisé les techniques de dénaturation thermique en spectroscopie de fluorescence, la dialyse à l'équilibre ainsi que la spectrométrie de masse. Nous avons effectué un premier « pré-criblage », sur un panel restreint de composés (une centaine) que nous avions déjà identifié comme étant des ligands de quadruplexes, et les résultats sont encourageants. En effet, la famille des dérivés d’acridines synthétisés au Collège de France présente des propriétés intéressantesTrinucleotide repeats are involved in a number of debilitating diseases such as myotonic dystrophy, Huntington disease and fragile X syndrome. 12 to 75 base-long (CXG)n N=A,T,C,G oligodeoxynucleotides were analysed using a combination of biophysical (UV-absorbance, CD, differential scanning calorimetry) and biochemical methods (non denaturing gel electrophoresis, enzymatic footprinting). All oligomers formed intramolecular structures with a melting temperature which was only weakly dependent on oligomer length. All sequences form stable structures at 37°C under near physiological conditions. Thermodynamic analysis of the denaturation process by UV-melting and calorimetric experiments revealed a surprising length-dependent discrepancy between the enthalpy values deduced from model-dependent (UV-melting) and model-independent experiments (calorimetry). Such behavior is analyzed in the framework of a brocken-hairpin model, in which long CXG oligomers do not fold into a simple long hairpin-stem intramolecular structure, but allow the formation of several independent folding units of unequal stability. We have also shown that small ligands derived from acridine binds to these structures with a good affinity and specificity
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Hermann, Patrice. "Recherche du ligand du CD40 : étude du rôle de son interaction avec le CD40 dans la réponse lymphocytaire B". Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO1T120.
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Wang, Shiwei. "La recherche expérimentale de la neurorrhaphie chirurgicale et des thérapies moléculaires pour les lésions du nerf périphérique". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS575.
Abstract (sommario):
Les lésions nerveuses périphériques (LNP) ont des origines variées. Elles peuvent être causées par un traumatisme, une inflammation, une ischémie mais également par la compression de nerfs par une tumeur. Ces lésions traumatiques entrainent une perte sensorielle mais aussi une atteinte motrice pouvant avoir une incidence importante sur la vie des patients et leurs familles. De nombreux progrès ont été réalisés dans le traitement des LNP ces dernières années, cependant, la récupération des patients reste incomplète. Ainsi, l’amélioration du pronostic clinique demeure un défi pour les chercheurs et les cliniciens avec l’utilisation de nouvelles techniques et produits thérapeutiques. Ceci m’a conduit pour ma thèse à utiliser une nouvelle approche avec deux types de greffons combinés avec plusieurs stades de lésion du nerf donneur, mais également à tester le potentiel thérapeutique de petites molécules de types neurostéroïdes, ligands TSPO et activateurs de canaux potassiques afin d’étudier les effets sur la neurorégénération et la neuroprotection lors d’une lésion traumatique. Ainsi, ma thèse se compose de deux parties, faisant appel à deux modèles expérimentaux de rats. 1) Afin de déterminer les meilleures conditions de lésion du nerf donneur lors de la greffe, une neurorrhaphie entre le nerf donneur et la greffe a été réalisée avec deux types de greffons (frais ou pré-dégénérés). Un marquage des neurones par un traceur rétrograde, l’analyse des axones myélinisés et l’évaluation des potentiels d’actions ont été réalisés pour étudier la neuroprotection et la neurorégénération. Cette approche a permis de montrer une régénération axonale efficace à condition que la partie axonale fournie par le nerf donneur atteigne 50 % du nombre total d’axones. De plus, l’utilisation du greffon pré-dégénéré a montré un effet bénéfique en potentialisant le processus de neurorégénération. 2) Dans le but d’étudier l’effet de l’administration de petites molécules telles que la progestérone, la Nestorone, l’étifoxine et les activateurs des canaux potassiques Kv7.2/7.3 sur la neuroprotection, la régénération axonale et les fonctions de récupération, on a utilisé un modèle de lésion par compression du nerf spinal cervical. Les analyses histologiques mentionnées ci dessus, la mesure des potentiels évoqués et des tests de comportements sensori-moteurs ont été effectués pour étudier la neuroprotection, la neurorégénération et les fonctions de récupération. La progestérone et la Nestorone ont montré des effets bénéfiques sur la neuroprotection à court terme, mais également sur la neurorégénération et la récupération fonctionnelle à long terme après une lésion nerveuse. D’une manière intéressante, l’action seule de l’étifoxine améliore la récupération fonctionnelle motrice tandis que le GRT12 seul a plutôt une action bénéfique sur la récupération sensitive. Les composés de synthèse associant les propriétés de ligands TSPO d'activateurs des canaux Kv7.2/7.3 ont montré des effets sur la récupération fonctionnelle à la fois motrice et sensitive. Notre étude met en évidence qu’une neurorrhaphy réalisée avec une lésion de 50% du nerf donneur est la meilleure condition pour la neurorégénération. Elle a également permis de vérifier l’avantage de l’utilisation d'un greffon nerf pré-dégénéré pour améliorer le processus de neurorégénération. Nous avons démontré l’action thérapeutique de la progestérone et de la Nestorone sur la neuroprotection et neurorégénération, mais également celle des nouveaux composés synthétiques (ligand TSPO combiné à l’activateur Kv7.2/7.3) sur la récupération sensori-motricePeripheral nerve injury (PNI) results from multiple causes, including trauma, inflammation, ischemia and tumor compression. Dysfunction of affected muscles and sensory deprivation caused by PNI result in huge obstacles for suffering patients and their families. Even though many achievements for PNI treatment have been realized during the last decades, poor clinical prognosis remains a challenge for researchers and clinicians. This prompted me to explore new approaches for nerve repair by using two different types of nerve grafts associated with several nerve injuries of donor nerve, but also investigate the therapeutic potential of several small molecules including neurosteroids, TSPO agonist ligands and potassium channel activators for promoting neuroprotection and neuroregeneration. My thesis is divided into two parts and makes use of two experimental rat models. The major aims were : 1) To determine the optimal injury condition of a donor nerve for end-to-side neurorrhaphy by using a sciatic end-to-side neurorrhaphy model with different types of autologous nerve grafts (fresh or predegenerated). Neuronal retrograde labeling, analysis of myelinated axons and the evaluation of action potentials were performed to evaluate neuroprotection and neuroregeneration. This approach showed that effective axonal regeneration into a nerve graft occurred only when axonal resources supplied by the donor nerve reached 50% of its total number of axons. In addition, the use of a predegenerated nerve graft was beneficial for neuroregeneration by improving the environment of the nerve pathway. 2) To investigate the efficacy of the administration of small molecules including progesterone, Nestorone, etifoxine and Kv7.2/7.3 channel activators for neuroprotection, axonal regeneration and functional recovery. For these studies, we developed a cervical spinal nerve crush injury model. The same histological analysis mentioned above, measures of evoked potentials and motor or sensory behavioral tests were performed to evaluate neuroprotection, neuroregeneration and functional recovery. Progesterone and Nestorone showed benefits on neuroprotection at early stages and on neuroregeneration and functional recovery at later stages after nerve injury. Interestingly, the mono-therapy of etifoxine promoted motor functional recovery while the mono-therapy of GRT12 was beneficial for sensory functional recovery. The synthetic compounds combining TSPO ligand and Kv7.2/7.3 channel activator properties promoted both motor and sensory functional recovery. In conclusion, our study revealed that 50% axotomy of a donor nerve in the end-to-side neurorrhaphy paradigm is the optimal condition for neuroregeneration. We also verified the advantage of using predegenerated instead of a fresh nerve graft to improve the regenerative environment. We also demonstrated the effectiveness of progesterone and Nestorone in neuroprotection and neuroregeneration, and that new synthetic compounds with TSPO ligand and Kv7.2/7.3 channel activator properties promoted motor and sensory recovery
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Seghrouchni, Samira. "Recherches dans la série des tétraazaporphyrinogènes : modifications structurales et étude dynamique : RMN des complexes de ruthénium (II)". Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20011.
Abstract (sommario):
L'ensemble de ce travail concerne les effets de modifications apportees aux ligands sur le comportement des complexes macrocycliques tetrapyrazoliques du ruthenium (ii); une partie synthetique importante concerne diverses variations au sein des macrocycles. Une etude rmn dynamique a montre que non seulement le macrocycle a une influence sur le comportement des complexes, mais aussi, et quelquefois de facon primordiale, la nature des ligands axiaux
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Genevois, Anne-Laure. "Implication du récepteur à dépendance TRKC et de son ligand NT-3 en cancérogénèse : de la recherche fondamentale à la thérapeutique". Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01067136.
Abstract (sommario):
Le récepteur à neurotrophine TrkC a été identifié comme étant un récepteur à dépendance : en l'absence de son ligand NT-3, il déclenche l'apoptose. En effet, la survie des cellules qui expriment ces récepteurs dépend de la disponibilité en ligand, un mécanisme qui inhibe la prolifération incontrôlée et la migration des cellules tumorales. TrkC, en tant que récepteur à tyrosine kinase, est généralement considéré comme un proto-oncogène. Or nous montrons que l'expression TrkC est diminuée dans une grande fraction des cancers colorectaux humains, principalement par méthylation du promoteur de TrkC. En outre, ce mécanisme confère un avantage sélectif aux lignées cellulaires colorectales pour inhiber la mort des cellules tumorales. De plus, la réexpression de TrkC dans les lignées tumorales colorectales est associée à la mort des cellules tumorales et à l'inhibition in vitro des caractéristiques de transformation cellulaire, et in vivo de la croissance tumorale. Ensemble, ces données permettent de conclure que TrkC est un gène suppresseur de tumeur dans le cancer colorectal. Le mécanisme moléculaire par lequel TrkC déclenche l'apoptose implique le clivage de son domaine intracellulaire, ce qui libère un fragment pro-apoptotique (TrkC KF). Nous montrons que TrkC KF interagit avec Cobra1, un cofacteur de BRCA1, et que Cobra1 est nécessaire à l'apoptose induite par TrkC. Cobra1 conduit TrkC KF à la mitochondrie, où il favorise l'apoptose apoptosome-dépendante. Ainsi, nous proposons qu'en l'absence de NT-3, le clivage protéolytique de TrkC conduit à la libération d'un fragment tueur qui déclenche l'apoptose mitochondriale, via le recrutement de Cobra1
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Pons, Julien. "Caractérisation structurale du mode de liaison à la protéine β-TrCP, première étape vers la recherche d'inhibiteurs de NF-kappaB". Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066355.
Abstract (sommario):
β-TrCP, identifiée La par l’équipe de Richard Benarous, est une protéine à boite F qui fonctionne comme une sous-unité réceptrice de l'ubiquitine ligase SCF - β-TrCP. Cette protéine s'associe spécifiquement à plusieurs protéines phosphorylées, telles Vpu (protéine virale du VIH-1), β-Catenine (protéine oncogénique), IkappaB-α (protéine inhibitrice de NF-kappaB) et ATF4 (facteur de transcription). Ces protéines présentent dans leur séquence un motif consensus très conservé, DpSGXnpS, les deux sérines étant phosphorylées pour permettre l’interaction avec la β-TrCP puis la dégradation du substrat par le protéasome. La dégradation de la protéine IkappaB-α entraine la libération du facteur de transcription NF-kappaB qui est impliqué dans de nombreux cancers humains. Comprendre le mode de liaison de IkappaB-α avec la β-TrCP apparaît comme un pré-requis nécessaire pour le développement de molécules bloquant l’activation de NF-kappaB. L’étude par RMN et modélisation moléculaire a été effectuée pour déterminer les zones de liaison de IkappaB-α avec la β-TrCP. Par la suite, l’étude d’un fragment dérivé de la protéine ATF4, possédant un résidu supplémentaire dans le motif consensus, a été réalisée en interaction avec le récepteur. Ces études ont montré que le motif DpSGXnpS est fortement impliqué dans la liaison et ont mis en évidence trois zones : la première sérine phosphorylée du ligand avec le domaine W1 de la β-TrCP, la deuxième sérine phosphorylée avec les domaines W4-5 et un résidu hydrophobe dans le canal central. Ces résultats ont ainsi servi de base de départ solide pour la mise en œuvre d’un criblage virtuel afin de rechercher un inhibiteur spécifique de la protéine IkappaB-α.
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Paul, Nicodème. "Développement de nouvelles applications en criblage virtuel". Strasbourg 1, 2003. http://www.theses.fr/2003STR13193.
Abstract (sommario):
Basé sur le docking moléculaire, le criblage virtuel devient de plus en plus utilisé dans la recherche pharmaceutique. En vue d'améliorer les résultats de docking, nous avons développé Consdock, outil d'analyse des interactions Ligand - Récepteur. Appliqué à trois outils de docking, Gold, FlexX et Gold pour un ensemble de 100 complexes, ConsDock a pu générer des résultats meilleurs que ceux obtenus par chacun des outils utilisés, avec une précision avoisinant 1 Å. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés à une application moins connue du criblage virtuel, le criblage inverse. Celui-ci consiste à chercher des cibles pour une petite molécule donnée. Pour cela, nous avons construit sc-PDB (screening PDB) une base de données de cibles à partir de la Protein Data Bank. Pour utiliser la base, nous avons développé une stratégie de criblage inverse basée sur Gold. Dans les tests que nous avons réalisés, les cibles recherchées de molécules connues ont pu toujours être trouvées parmi les meilleures solutions générées. Enfin, nous avons entrepris la simulation du repliement des Récepteurs couplés aux protéines G ou RCPG en présence de ligand par algorithmes génétiques. Nous avons choisi et construit des méthodes de sélection susceptibles de donner de bons résultats, lorsqu'elles sont employées en concordance avec des opérateurs génétiques adéquats sur un nombre suffisant de générationsBased on molecular docking, virtual screening or in silico screening becomes of increasing interest in the pharmaceutical industry. In this study, we propose ConsDock a consensus docking program that takes advantage of three widely used docking tools Dock, Gold and FlexX. ConsDock significantly outperforms single docking with respect to the docking accuracy of the top-ranked pose. Then, for inverse screening purpose, we develop a protein database based on the Protein data Bank (sc-PDB). This database has been used to recover target of known ligands by using an in-house inverse screening process based on Gold. At last, as we were interested in developing activated models of G Protein-Coupled Receptors or GPCRs, we present a simulation process of ligand-based GPCR folding. The simulation is performed by genetic algorithms. By using a GPCR and a ligand, the algorithm tries to find stable conformations of GPCR by rotating and translating helices. Movement is performed according experimental observations. We tested the method on the X-ray structure of rhodopsin complexed with the cis-retinal. We got some good results when used specific genetic operators for a sufficient number of generations
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Malbert-Colas, Laurence. "Recherche et identification de partenaires du canal épithélial à sodium ENaC : étude du rôle potentiel de ces partenaires dans la régulation de l'activité de ENaC". Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077168.
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Boisson, Jean-Charles. "Modélisation et résolution par métaheuristiques coopératives : de l'atome à la séquence protéique". Electronic Thesis or Diss., Lille 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LIL10154.
Abstract (sommario):
Dans cette thèse, nous montrons l'importance de la modélisation et de la coopération de métaheuristiques pour la résolution de problèmes réels en bioinformatique. Deux problèmes ont été étudiés: l'identification de protéines à partir de données spectrales en protéomique et le problème du docking moléculaire flexible en analyse structurale des molécules. Pour le premier problème, un nouveau modèle basé sur une comparaison directe des bases de données protéiques avec les données expérimentales brutes a été mise en place. L'approche associée a été intégrée au sein d'un moteur d'identification par empreinte de masse peptide appelé ASCQ_ME. Ce modèle d'identification a permis ensuite de proposer et de valider une modélisation pour le problème de de novo protein sequencing qui consiste à retrouver la séquence d'une protéine à partir des données expérimentales seules. Il s'agit d'un modèle en trois étapes appelé SSO pour Sequence, Shape et Order. SSO a été implémenté et testé à travers trois métaheuristiques collaborant de manière séquentielle. Pour le second problème, une étude des nouvelles modélisations multi-objectif a été menée et a conduit à la définition de huit modèles différents testés à l'aide d'algorithmes génétiques multi-objectif parallèles. Les tests réalisés ont mis en évidence l'efficacité de l'hybridation des algorithmes génétiques avec des recherches locales. Nos développement furent réalisé sur la plateforme ParadisEO et notamment sur la partie ParadisEO-MO pour laquelle nous avons grandement contribués. L'ensemble de ces travaux a été soutenu par le PPF Bio-Informatique de l'Université des Sciences et Technologies de Lille et le projet ANR DockLn this thesis, we show the importance of the modeling and the cooperation of metaheuristics for solving real problems in Bioinformatics. Two problems are studied: the first in the Proteomics domain for the protein identification from spectral data analysis and the second in the domain of the structural analysis of molecules for the flexible molecular docking problem. So, for the first problem, a new model has been designed based on a direct comparison of a raw experimental spectrum with protein from databases. This model has been included in an identification engine by peptide mass fingerprinting called ASCQ_ME. From this model, an approach for the de novo protein sequencing problem has been proposed and validated. ln this problem, a protein sequence has to be found with only spectral information. Our model is a three step approach called SSO for Sequence, Shape and Order. After a study of each step, SSO has been implemented and tested with three metaheuristics collaborating sequentially. For the second problem, a study of new multi-objective models has been made and has allowed to design eight different models tested with parallel multi-objective genetic algorithms. Twelve configurations of genetic operators has been tested in order to prove the efficiency of the hybridizing of genetic algorithms with local searches. For each part of this work, the ParadisEO platform has been used and more particularly the ParadisEO-MO part dedicated to single solution based metaheuristics for which we have substantially contributed. All this work has been funded by the "PPF Bio-Informatique" of the "Université des Sciences et Technologies de Lille" and by the ANR Dock project
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Boisson, Jean-Charles. "Modélisation et résolution par métaheuristiques coopératives : de l'atome à la séquence protéique". Phd thesis, Lille 1, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00842054.
Abstract (sommario):
A travers cette thèse, nous montrons l'importance de la modélisation et de la coopération de métaheuristiques pour la résolution de problèmes réels en bioinformatique. Pour ce faire, deux problèmes ont été étudiés : le premier dans le domaine de la protéomique pour l'identification de protéines à partir de données spectrales et le second dans le domaine de l'analyse structurale de molécules pour le problème du docking moléculaire flexible. Ainsi, pour le premier problème, un nouveau modèle basé sur une comparaison directe des bases de données protéiques avec les données expérimentales brutes a été mise en place. L'approche associée a été intégrée au sein d'un moteur d'identification par empreinte de masse peptide appelé ASCQ_ME. Ce modèle d'identification a permis ensuite de proposer et de valider une modélisation pour le problème de " de novo protein sequencing " qui consiste à retrouver la séquence d'une protéine à partir seulement des données expérimentales. Il s'agit d'un modèle en trois étapes appelé SSO pour " Sequence ", " Shape " et " Order ". Après une étude de chacune de ces étapes, SSO a été implémenté et testé à travers trois métaheuristiques collaborant de manière séquentielle. Pour le second problème, une étude des nouvelles modélisations multi-objectives a été menée et a conduit à la définition d'un ensemble de huit modèles différents testés à l'aide d'algorithmes génétiques multi-objectifs parallèles. Une douzaine de configuration d'opérateurs génétiques ont été testé afin de mettre en évidence l'efficacité de l'hybridation des algorithmes génétiques avec des recherches locales. Pour chacune des parties, l'implémentation et la mise en place des collaborations fut possible grâce à la plateforme ParadisEO et notamment grâce à mes contributions à la partie ParadisEO-MO dédiée aux métaheuristiques à base de solution unique. L'ensemble de ces travaux a été soutenu par le PPF BioInformatique de l'Université des Sciences et Technologies de Lille et le projet ANR Dock.