Letteratura scientifica selezionata sul tema "Rareté des données"

Mon exposé portera sur l'usage des corpus oraux dans la recherche sur l'acquisition du langage. Je parlerai d'abord des corpus utilisés dans ce domaine et en particulier du problème de la rareté des données. Ensuite je présenterai trois solutions à ce problème : la base de données CHILDES2, la technologie LENA™ 3 et finalement Deb ROY. Enfin, j'aimerais revenir à la question de la rareté des données et proposer quelques pistes pour l'aborder.

RÉSUMÉ La rareté des données est un problème endémique dans les recherches économiques appliquées à l’échelle régionale, a fortiori à l’échelle inframétropolitaine. Cet article discute trois méthodes pragmatiques d’estimation de l’emploi à partir de la distribution des établissements par taille : la méthode du point milieu de l’intervalle (méthode PM), le lissage lognormal et le lissage log-logistique. On compare les méthodes au moyen de deux ensembles de données : celles du Recensement des établissements et de l’emploi de Montréal de 1996 (Banque de Données et d’Information urbaine, INRS-Urbanisation et Ville de Montréal) et celles de Statistique Canada sur les industries manufacturières à deux chiffres de la Classification Type des Industries (CTI) au Québec en 1995. Les résultats montrent que les modèles lognormal et logistique sont nettement supérieurs à la méthode PM, notamment à cause du biais à la hausse inhérent à cette méthode.

Résumé La mesure du vocabulaire des jeunes néo-brunswickois se heurte à la rareté des tests disposant de normes adaptées et de données psychométriques actuelles. Trois tests de vocabulaire se prêtant bien à une utilisation individuelle ou de groupe sont analysés dans la présente étude : le test de vocabulaire Binois-Pichot (1959), le sous-test vocabulaire du Test collectif d’intelligence générale (Lavoie et Laurendeau, 1960) et le test de vocabulaire Mill Hill (Deltour, 1993). Trois échantillons d’élèves de la quatrième à la huitième année d’écoles françaises du Nouveau-Brunswick ont été examinés à l’aide de l’un de ces trois tests de vocabulaire. Les qualités métrologiques ainsi que des données normatives préliminaires sont rapportées pour chacun des trois instruments.

Résumé Étant donné la rareté des données sur les tendances passées de l’engagement dans les associations volontaires au Québec et au Canada anglais, nous proposons une méthode d’estimation de ces tendances. C’est une méthode qui repose sur la comparaison de données fournies par des répondants au sujet de leurs expériences à une étape particulière de leur vie, c’est-à-dire pendant leurs années d’études. Nous disposons de données provenant de telles questions posées à un important échantillon d’adultes de tous les âges lors d’une enquête de la fin des années 1990. En les comparant aux expériences de jeunesse de différentes cohortes d’âge, nous sommes en mesure de « remonter » le temps pour obtenir des renseignements couvrant plusieurs décennies passées. Les résultats obtenus pour le Québec et pour le Canada anglais démentent la thèse voulant que l’engagement dans les associations volontaires soit en baisse en Amérique du Nord depuis les années 1960. Il n’y a qu’une seule exception, la participation à des groupes religieux.

Résumé Ce texte examine, à l’aide de micro-données sur les dépenses des ménages canadiens en 1978 et 1982, comment leur revenu, leur taille et composition, leur participation au marché du travail, leur lieu de résidence et divers autres caractéristiques socio-démographiques (âge, scolarité, langue, …) expliquent leurs dépenses pour quatorze agrégats (aliments à la maison, logement, vêtements, …). Les résultats indiquent que des facteurs économiques tels le cycle de vie et la rareté du temps permettent d’expliquer ces dépenses.

Résumé Cet article traite de la situation du français et de son enseignement au Burundi et en Guinée, deux pays de l'Afrique noire francophone ayant un passé colonial et une politique linguistique différents. L'éducation en langue française s'y adresse à une petite minorité de la population, celle que peut recevoir le système scolaire de ces Etats économiquement pauvres. L'analyse des données officielles concernant l'enseignement du français, langue étrangère et langue d'enseignement, montre qu'en Afrique noire francophone l'enseignement du français est confronté aux difficultés liées au « bilinguisme scolaire », à la rareté des ressources matérielles, au manque de formation des enseignants, à des situations pédagogiques variées et aux réalités sociolinguistiques de ces pays.

La présente étude s’enquiert de l’opposition structurelle, dans le français oral informel de nos jours, entre les formes du déterminant démonstratif CE suivies de la particule -ci, celles suivies de la particule -là et celles dépourvues de particule. L’étude se base sur des données de conversations du Corpus d’Etude pour le Français Contemporain ainsi que sur les résultats d’un questionnaire soumis à dix locuteurs natifs. Si elle valide les deux constats généralement connus que sont une relative rareté des formes pourvues d’une particule par comparaison avec les formes sans particule et l’éviction des formes en -ci au profit de celles en -là, cette étude propose aussi une réanalyse d’une majorité des occurrences en -là. En effet, la présence de -là au sein de ces occurrences n’est plus explicable en termes d’opposition de distance, mais en termes d’insistance sur la sémantique déictique du démonstratif. Une attention toute particulière est consacrée aux substantifs porteurs d’une sémantique temporelle. S’agissant de cette catégorie, l’analyse des données a abouti à une série de constats intéressants, dont notamment une affinité entre le substantif endophorique moment et la particule -là et celle entre le substantif endophorique fois et la particule -ci.

RésuméLe présent article examine la formation des subjectivités environnementales au Kumaon, dans l’État d’Uttar Pradesh, en Inde. Il s’attarde sur l’exemple d’une gestion communautaire de la forêt qui a débuté il y a 70 ans et montre comment des stratégies de réglementation associées à une prise de décisions collective transforment également les convictions et les positions des sujets qui prennent part à ces activités de régulation. L’expérience de la rareté, les responsabilités associées au gouvernement des forêts et la participation à l’élaboration de règles ont une influence déterminante sur les personnes qui en viennent, à la longue, à se considérer comme des sujets de l’environnement. L’étude se fonde sur des données d’archives et sur les résultats d’une recherche ethnographique effectuée à deux périodes distinctes.

Les amulettes graphiques (texte et images) sur papyrus de l’époque ramesside et immédiatement post-ramesside (c. 1300-1000 av. n. è.) sont des objets rituels épigraphes dont l’étude nécessite la prise en compte, à côté de l’analyse philologique du texte et iconologique des images, de leur dimension matérielle. Elles constituent les vestiges de pratiques rituelles mobilisant l’écrit et le dessin, et portent des traces permettant de restituer une partie de la chaîne opératoire du rite. Les parallèles ethnographiques permettent par ailleurs de susciter des questionnements sur des points difficilement appréhendables en raison de la rareté des données textuelles et archéologiques : celui du désinvestissement des amulettes une fois que leur port n’était plus considéré comme utile ou nécessaire. Ces objets invitent donc à combiner les regards du philologue, de l’archéologue et l’approche anthropologique.

L’auteure relate l’histoire de sa passion pour les incunables italiens enluminés à la main, et sa contribution à l’enseignement et à la recherche sur le sujet. Elle relève la rareté des études jusqu’à la fin des années 1960 et salue particulièrement celles menées par Giordana Mariani Canova et Jonathan Alexander depuis 1969. Elle présente ses travaux sur les incunables italiens et nord-européens, réalisés dans les années 1980, puis fait le tableau de l’état de la recherche. Elle décrit le rôle des bases de données électroniques, et notamment celui de l’ISTC (Incunabula Short-Title Catalogue). Depuis les années 1990, les expositions de manuscrits enluminés accordent une place croissante aux incunables enluminés à la main. Illustré par des exemples d’incunables vénitiens enluminés à la main récemment recensés, l’article contient les références bibliographiques de tous les travaux de recherche, dont les actes des colloques des années 1990 et 2000.

Les invertébrés sont sous-représentés en biologie de la conservation. Pour améliorer leur prise en compte, nous avons cherché à proposer des principes et outils pour leur conservation. Nous avons analysé des bases de données biodiversité — définies comme compilant les occurrences des espèces dans l’espace et dans le temps — qui sont les seules sources de données existantes pour la plupart des taxa invertébrés. Nous avons appliqué les principes d’amélioration de la qualité des données et avons exploité une méthode permettant de quantifier la complétude des bases de données. Nous avons tout d’abord développé un nouvel outil à l’échelle des assemblages d’espèces, en utilisant des bases de données araignées et invertébrés marins : l’Indice de Rareté Relative. Cet indice intègre un paramètre flexible (le seuil de rareté) permettant un ajustement de l’indice quels que soient les taxons, les zones géographiques ou les échelles spatiales considérés. Nous l’avons ensuite amélioré en proposant d’intégrer plusieurs échelles spatiales ou plusieurs phylums pour évaluer la rareté des assemblages. Nous avons ensuite développé des outils à l’échelle spécifique, les modèles de prédiction de répartition. Sur l’exemple des araignées, nous avons proposé une application adaptée à la conservation, en permettant de définir (1) quelles priorités de conservation pour les espèces et (2) où mettre en place les mesures de protection les plus susceptibles de réussir. Les principes et méthodes que nous avons développés permettent une utilisation appropriée des bases de données biodiversité disponibles, peuvent s’appliquer à d’autres taxons d’invertébrés et constituent des outils novateurs pour les programmes de conservation à différentes échelles
Invertebrate taxa are underrepresented in conservation biology. To improve their inclusion, we aimed at providing principles and tools for their conservation. We analysed biodiversity database —defined as databases compiling species occurrences in space and time— which are the only sources of data for most invertebrate taxa. We applied important principles of data quality, and used a metric to quantify the completeness of biodiversity databases. We first developed a new tool at the assemblage level on the basis of databases of spiders and marine invertebrates: the Index of Relative Rarity. This index integrates a flexible parameter (the rarity cutoff) which allows fitting the index with respect to the considered taxon, geographic area and spatial scale. We then improved this index by including multiple scales or multiple phyla to assess the rarity of assemblages. We then developed tools at the species level: species distribution models. Using spiders as an example, we proposed an appropriate application for conservation purposes, to (1) define conservation priorities for species and (2) identify where conservation actions are most likely to succeed. The principles and methods that we developed allow an appropriate use of available biodiversity databases for conservation, are transferable to other invertebrate taxa and are innovative tools for conservation programs across multiple spatial scales

En République Démocratique du Congo (RDC), les provinces densément peuplées du Nord et du Sud-Kivu sont exposées à plusieurs types d’aléas d’origine géologique, tels que les glissements de terrain et les éruptions volcaniques des volcans Nyiragongo et Nyamulagira. En outre, la région souffre d'un faible niveau économique et de conflits récurrents qui contribuent à affaiblir encore davantage la population menacée.Cette recherche doctorale a été réalisée dans le cadre du projet GeoRisCA (Belspo, programme SSD, SD/RI/02A ;http://georisca.africamuseum.be), dont l'objectif global répond à la nécessité d'étudier les risques d’origine géologique dans la région du lac Kivu, afin de contribuer à la prévention des risques, à l’échelle régionale et locale. Cette recherche tente spécifiquement de répondre à la question de l’évaluation de la vulnérabilité d'une population confrontée à des aléas d’origine géologique, dans un contexte de rareté de données.L'étude a été menée dans deux sites urbains :Bukavu, chef-lieu de la province du Sud-Kivu qui compte environ 870.000 habitants, une ville affectée par des mouvements de terrain fréquents, et Goma, chef-lieu de la province du Nord-Kivu où vivent environ 775.000 personnes sous la menace des coulées de lave du volcan Nyiragongo dont la dernière éruption date de 2002. Pour combler le manque de données socio-démographiques fiables, une méthodologie adaptée à ce contexte particulier et s'appuyant sur la télédétection combinée à des enquêtes quantitatives, des entretiens approfondis et une connaissance détaillée de la zone étudiée a été développée. Deux bases de données démographiques comprenant des variables individuelles et de ménages ont été construites - une pour chaque ville étudiée. Ces données ont constitué la base de la réalisation de cartes détaillées de densité de population et ont permis l’analyse spatiale des caractéristiques socio-économiques des deux zones urbaines. Un indice de vulnérabilité sociale a ensuite été élaboré à partir de l’analyse en composantes principales (ACP) d’un large éventail de ces données socio-économiques. Un indice de vulnérabilité dit « opérationnel » a ensuite été déduit de l’indice de vulnérabilité sociale, afin de refléter davantage le contexte local et faciliter la reproductibilité du travail de terrain. La dernière étape de notre étude consistait à combiner spatialement l’évaluation de la vulnérabilité et la densité de la population aux analyses de susceptibilité aux glissements de terrain et de probabilité d’invasion des coulées de lave développées par des experts dans le cadre du projet GeoRisCA. Les cartes de risques obtenues constituent de nouveaux outils d'aide à la décision ;elles ont été transmises aux autorités locales et permettent d’une part le renforcement des politiques de réduction des risques de catastrophes et des programmes de prévention des catastrophes, et d’autre part une nouvelle approche de l’aménagement du territoire. Enfin, il est important de souligner que cette recherche n’aurait pu être réalisée sans un étroit partenariat avec les institutions scientifiques et les autorités locales, et a significativement contribué à améliorer les interactions entre ces différentes parties prenantes.
Doctorat en Sciences
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Un document est plus qu'une combinaison aléatoire de phrases. Il s'agit plutôt d'une entité cohésive où les phrases interagissent les unes avec les autres pour créer une structure cohérente et transmettre des objectifs de communication spécifiques. Le domaine du discours examine l'organisation des phrases au sein d'un document, dans le but de révéler les informations structurelles sous-jacentes. L'analyse du discours joue un rôle crucial dans le Traitement Automatique des Langues (TAL) et a démontré son utilité dans diverses applications telles que le résumé et la question-réponse. Les efforts de recherche existants se sont concentrés sur l'extraction automatique des structures du discours à travers des tâches telles que l'identification des relations du discours et l'analyse du discours (discourse parsing). Cependant, ces méthodes axées sur les données ont été principalement appliquées à des scénarios de monologues, ce qui a conduit à une disponibilité et une généralisation limitées des analyseurs de discours pour les dialogues. Dans cette thèse, nous abordons ce problème difficile en raison de la rareté des données annotées : l'analyse du discours dans les dialogues. Nous abordons l'analyse du discours selon deux axes de recherche : la "découverte des traits du discours" et la "prédiction de la structure du discours". Dans la première ligne de recherche, nous menons des expériences pour étudier les marqueurs linguistiques, à la fois lexicaux et non lexicaux, dans les tâches de classification de texte. Nous nous intéressons particulièrement au contexte de l'identification des troubles mentaux car il reflète un scénario réaliste. Pour résoudre le problème de la rareté des données, nous proposons des techniques pour améliorer la représentation des données et l'ingénierie des traits. Nos résultats démontrent que les traits non lexicaux et au niveau du discours (même s'ils sont surfaciques) sont des indicateurs fiables pour développer des classificateurs plus généraux et plus robustes. Dans le deuxième axe de recherche, notre objectif est de prédire directement la structure du discours d'un document. Nous adoptons le cadre de la théorie Segmented Discourse Representation Theory (SDRT), qui représente un document sous la forme d'un graphe. L'extraction de cette structure graphique à l'aide de techniques d'apprentissage automatique est communément appelée "discourse parsing". En s'inspirant des études récentes portant sur le fonctionnement interne des modèles basés sur Transformer ("BERTology"), nous exploitons les informations discursives encodées dans les modèles de langage pré-entraînés (PLMs) tels que les Bidirectional Encoder Representations from Transformers (modèle BERT) et proposons des méthodes d'extraction innovantes qui nécessitent un minimum de supervision. Notre approche de l'analyse du discours comporte deux étapes : tout d'abord, nous prédisons la structure du discours, puis nous identifions les relations au sein de la structure. Ce processus en deux étapes permet une analyse complète des performances de l'analyseur à chaque étape. En utilisant des stratégies d'apprentissage auto-supervisé, notre analyseur obtient des résultats encourageants dans l'analyse complète du discours. Nous effectuons des analyses approfondies pour évaluer les performances de l'analyseur dans différentes structures de discours et proposons des pistes d'amélioration pour l'avenir
A document is more than a random combination of sentences. It is, instead, a cohesive entity where sentences interact with each other to create a coherent structure and convey specific communicative goals. The field of discourse examines the sentence organization within a document, aiming to reveal its underlying structural information. Discourse analysis plays a crucial role in Natural Language Processing (NLP) and has demonstrated its usefulness in various downstream applications like summarization and question answering. Existing research efforts have focused on automatically extracting discourse structures through tasks such as discourse relation identification and discourse parsing. However, these data-driven methods have predominantly been applied to monologue scenarios, leading to limited availability and generalizability of discourse parsers for dialogues. In this thesis, we address this challenging problem: discourse analysis in dialogues, which presents unique difficulties due to the scarcity of suitable annotated data.We approach discourse analysis along two research lines: “Discourse Feature Discovery” and “Discourse Structure Prediction”. In the first research line, we conduct experiments to investigate linguistic markers, both lexical and non-lexical, in text classification tasks. We are particularly interested in the context of mental disorder identification since it reflects a realistic scenario. To address the issue of data sparsity, we propose techniques for enhancing data representation and feature engineering. Our results demonstrate that non-lexical and discourse-level (even though shallow) features are reliable indicators in developing more general and robust classifiers. In the second research line, our objective is to directly predict the discourse structure of a given document. We adopt the Segmented Discourse Representation Theory (SDRT) framework, which represents a document as a graph. The task of extracting this graph-like structure using machine learning techniques is commonly known as discourse parsing. Taking inspiration from recent studies that investigate the inner workings of Transformer-based models (“BERTology”'), we leverage discourse information encoded in Pre-trained Language Models (PLMs) such as Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) and propose innovative extraction methods that require minimal supervision. Our discourse parsing approach involves two steps: first, we predict the discourse structure, and then we identify the relations within the structure. This two-stage process allows for a comprehensive analysis of the parser's performance at each stage. Using self-supervised learning strategies, our parser achieves encouraging results for the full parsing. We conduct extensive analyses to evaluate the parser's performance across different discourse structures and propose directions for future improvements

L'exploitation, a posteriori, des données médicales accumulées par les praticiens représente un enjeu majeur pour la recherche clinique comme pour le suivi personnalisé du patient. Toutefois les professionnels de santé manquent d'outils adaptés leur permettant d'explorer, comprendre et manipuler aisément leur données. Dans ce but, nous proposons un algorithme de structuration d'éléments par similarité et représentativité. Cette méthode permet de regrouper les individus d'un jeu de données autour de membres représentatifs et génériques aptes à subsumer les éléments et résumer les données. Cette méthode, procédant dimension par dimension avant d'agréger les résultats, est adaptée aux données en haute dimension et propose de plus des résultats transparents, interprétables et explicables. Les résultats obtenus favorisent l'analyse exploratoire et le raisonnement par analogie via une navigation de proche en proche : la structure obtenue est en effet similaire à l'organisation des connaissances utilisée par les experts lors du processus décisionnel qu'ils emploient. Nous proposons ensuite un algorithme de détection d'anomalies qui permet de détecter des anomalies complexes et en haute dimensionnalité en analysant des projections sur deux dimensions. Cette approche propose elle aussi des résultats interprétables. Nous évaluons ensuite ces deux algorithmes sur des données réelles et simulées dont les éléments sont décrits par de nombreuses variables : de quelques dizaines à plusieurs milliers. Nous analysant particulièrement les propriétés du graphe résultant de la structuration des éléments. Nous décrivons par la suite un outil de prétraitement de données médicales ainsi qu'une plateforme web destinée aux médecins. Via cet outil à l'utilisation intuitif nous proposons de structurer de manière visuelle les éléments pour faciliter leur exploration. Ce prototype fournit une aide à la décision et au diagnostique médical en permettant au médecin de naviguer au sein des données et d'explorer des patients similaires. Cela peut aussi permettre de vérifier des hypothèses cliniques sur une cohorte de patients
A posteriori use of medical data accumulated by practitioners represents a major challenge for clinical research as well as for personalized patient follow-up. However, health professionals lack the appropriate tools to easily explore, understand and manipulate their data. To solve this, we propose an algorithm to structure elements by similarity and representativeness. This method allows individuals in a dataset to be grouped around representative and generic members who are able to subsume the elements and summarize the data. This approach processes each dimension individually before aggregating the results and is adapted to high-dimensional data and also offers transparent, interpretable and explainable results. The results we obtain are suitable for exploratory analysis and reasoning by analogy: the structure is similar to the organization of knowledge and decision-making process used by experts. We then propose an anomaly detection algorithm that allows complex and high-dimensional anomalies to be detected by analyzing two-dimensional projections. This approach also provides interpretable results. We evaluate these two algorithms on real and simulated high-dimensional data with up to thousands of dimensions. We analyze the properties of graphs resulting from the structuring of elements. We then describe a medical data pre-processing tool and a web application for physicians. Through this intuitive tool, we propose a visual structure of the elements to ease the exploration. This decision support prototype assists medical diagnosis by allowing the physician to navigate through the data and explore similar patients. It can also be used to test clinical hypotheses on a cohort of patients

La santé se digitalise et de multiples projets d’e-santé se développent. Dans le contexte des maladies rares (MR), un champ qui est devenu parmi les priorités de la stratégie de santé publique en France, l’e-santé pourrait constituer une solution pour améliorer les connaissances sur l’épidémiologie des MR. La Banque Nationale de Données Maladies Rares (BNDMR) propose de centraliser la conduite de ces études épidémiologiques pour toutes les MR et tous les patients, atteints de ces maladies, suivis dans le système de soin français. La BNDMR doit se développer au sein d’un paysage numérique dense et hétérogène. Développer l’interopérabilité de la BNDMR constitue l’objectif des travaux de cette thèse. Comment identifier les patients, incluant les fœtus ? Comment fédérer les identités des patients? Comment chainer des données pour permettre la conduite des études ? En réponse à ces questions, nous proposons une méthode universelle d’identification des patients qui respecte les contraintes de protection des données de santé. Quelles données recueillir dans la BNDMR ? Comment améliorer l’interopérabilité entre ces données et celles issues du large éventail des systèmes existants ? En réponse à ces questions, nous proposons de standardiser le recueil d’un set minimal de données pour toutes les MR. L’implémentation de standards internationaux assure un premier pas vers l’interopérabilité. Nous proposons aussi d’aller à la découverte de correspondances. Minimiser l’intervention humaine en adoptant des techniques d’alignement automatisé et rendre fiables et exploitables les résultats de ces alignements ont constitué les principales motivations de notre proposition
The digitalization of healthcare is on and multiple e-health projects are unceasingly coming up. In the rare diseases context, a field that has become a public health policy priority in France, e-health could be a solution to improve rare diseases epidemiology and to propose a better care for patients. The national data bank for rare diseases (BNDMR) offers the centralization of these epidemiological studies conduction for all rare diseases and all affected patients followed in the French healthcare system. The BNDMR must grow in a dense and heterogeneous digital landscape. Developing the BNDMR interoperability is the objective of this thesis’ work. How to identify patients, including fetuses? How to federate patients’ identities to avoid duplicates creation? How to link patients’ data to allow studies’ conduction? In response to these questions, we propose a universal method for patients’ identification that meets the requirements of health data protection. Which data should be collected in the national data bank? How to improve and facilitate the development of interoperability between these data and those from the wide range of the existing systems? In response to these questions, we first propose the collection of a standardized minimum data set for all rare diseases. The implementation of international standards provides a first step toward interoperability. We then propose to move towards the discovery of mappings between heterogeneous data sources. Minimizing human intervention by adopting automated alignment techniques and making these alignments’ results reliable and exploitable were the main motivations of our proposal

Le recueil des données issues des technologies de haut débit, et en particulier le séquençage de nouvelle génération (NGS) a largement contribué à la compréhension de la biologie des tumeurs et leurs classifications moléculaires, par notamment la caractérisation d’anomalies génétiques diagnostiques, pronostiques, ou ciblant les patients éligibles à certaines thérapeutiques (théranostique). Ces marqueurs du cancer ont intégré les panels d’analyses médicales existantes et promeuvent une médecine davantage personnalisée en oncologie.La compréhension de la contribution du microenvironnement tumoral (MET) dans la progression tumorale, et l’identification de mécanismes de résistance aux traitements, a révolutionné la biologie du cancer et la prise en charge des patients en oncologie. A l’ère des immunothérapies, la classification des tumeurs sur la base de la composition de leur MET a identifié des groupes de patients qui corrèlent avec la survie et la réponse à certains traitements. Ainsi, pour une majorité des cancers, une classification immunologique des tumeurs a été établie, complétant les classifications histologiques et moléculaires précédemment érigées. Malgré de considérables efforts, ces classifications immunologiques et moléculaires demeurent incomplètes. En particulier, certaines entités tumorales rares et agressives nécessitent une caractérisation approfondie. En outre, la majorité des études portant sur le MET se sont davantage concentrées sur l’étude de la composition cellulaire et semblent avoir négligé la cartographie des réseaux d’interactions intercellulaires des cancers. L’avènement des technologies basées sur la cellule unique répond à cet impair, mais se focalise essentiellement sur les cancers fréquents.Dans ma thèse, j’ai intégré différentes méthodes d’analyse de données et j’ai développé une nouvelle approche inférant des réseaux d’interactions ligand – récepteur, s’appuyant sur une base de données (LRdb), développée par l’équipe du Pr Colinge, pour caractériser le MET de deux tumeurs rares, les carcinomes canalaires de la glande salivaire et les lymphomes B diffus à grandes cellules B primitifs du SNC.La combinaison de méthodes bioinformatiques et d’analyses statistiques multivariées classiques et avancées, m’a permis d’intégrer des données de transcriptomique totale et de protéomique provenant d’échantillons frais et de données TCGA. Les techniques informatiques utilisées ont été complétées par des technologies d’immunomarquage couplées à de l’analyse d’images digitales afin de recueillir des validations expérimentales.D’importants efforts ont été déployés pour placer nos résultats dans une perspective clinique. En particulier, cette approche a permis d’identifier des groupes de MET d’intérêt clinique, des mécanismes d’évasion immune et de résistance à certains traitements, de nouveaux axes thérapeutiques, et des biomarqueurs
The development of high-throughput technologies, especially Next Generation Sequencing, has triggered considerable advances in tumor understanding and molecular classification. Patient subgroups for a same tumor have been defined and characterized. Those subgroups are typically associated with a particular prognosis or eligible to a specific targeted therapy. These progresses paved the way towards personalized medicine.The understanding of the contribution of the tumor microenvironment (TME) to disease aggressiveness, progression, and therapy resistance is another revolution in cancer biology and patient care. The contribution of the aforementioned high-throughput technologies was essential. At the era of immunotherapy, the sub-classification of tumors based on their TME composition identified patient subgroups correlated to survival and to their response to this particular class of drugs. Despite a formidable community effort, the molecular and immunological classification of tumors has not been completed for every cancer, some rare and aggressive entities still require thorough characterization. Moreover, most TME studies have focused on the cellular composition and they neglected the mapping of the intercellular communications networks occurring in neoplasms. The advent of single-cell technologies is filling this gap, but with a strong focus on the most frequent cancers.In my thesis, I have both deployed advanced data integration methods and a novel approach to infer ligand-receptor networks relied on a database (LRdb), which is developed by the Colinge Lab, to characterize the TME of two rare tumors, Salivary Duct Carcinoma (SDC) and Primary Central Nervous System Diffuse Large B-Cell Lymphoma (PCNSL). I have combined classical – yet advanced – bioinformatic and multivariate statistics methods integrating bulk transcriptomics and proteomics data, including fresh and TCGA data. Those computational techniques were supplemented with immunofluorescence and immunohistochemistry coupled with digital imaging to obtain experimental validations. To accommodate limited patient cohorts, I have searched for highly coherent messages at all the levels of my analyses. I also devoted important efforts relating our findings with the literature to put them in a clinical perspective. In particular, our approach revealed TME groups of tumors with particular prognosis, immune evasion and therapy resistance mechanisms, several clinical biomarkers, and new therapeutic perspectives

La réutilisation des données de soins pour la recherche s’est largement répandue avec le développement d’entrepôts de données cliniques. Ces entrepôts de données sont modélisés pour intégrer et explorer des données structurées liées à des thesaurus. Ces données proviennent principalement d’automates (biologie, génétique, cardiologie, etc) mais aussi de formulaires de données structurées saisies manuellement. La production de soins est aussi largement pourvoyeuse de données textuelles provenant des comptes rendus hospitaliers (hospitalisation, opératoire, imagerie, anatomopathologie etc.), des zones de texte libre dans les formulaires électroniques. Cette masse de données, peu ou pas utilisée par les entrepôts classiques, est une source d’information indispensable dans le contexte des maladies rares. En effet, le texte libre permet de décrire le tableau clinique d’un patient avec davantage de précisions et en exprimant l’absence de signes et l’incertitude. Particulièrement pour les patients encore non diagnostiqués, le médecin décrit l’histoire médicale du patient en dehors de tout cadre nosologique. Cette richesse d’information fait du texte clinique une source précieuse pour la recherche translationnelle. Cela nécessite toutefois des algorithmes et des outils adaptés pour en permettre une réutilisation optimisée par les médecins et les chercheurs. Nous présentons dans cette thèse l'entrepôt de données centré sur le document clinique, que nous avons modélisé, implémenté et évalué. À travers trois cas d’usage pour la recherche translationnelle dans le contexte des maladies rares, nous avons tenté d’adresser les problématiques inhérentes aux données textuelles: (i) le recrutement de patients à travers un moteur de recherche adapté aux données textuelles (traitement de la négation et des antécédents familiaux), (ii) le phénotypage automatisé à partir des données textuelles et (iii) l’aide au diagnostic par similarité entre patients basés sur le phénotypage. Nous avons pu évaluer ces méthodes sur l’entrepôt de données de Necker-Enfants Malades créé et alimenté pendant cette thèse, intégrant environ 490 000 patients et 4 millions de comptes rendus. Ces méthodes et algorithmes ont été intégrés dans le logiciel Dr Warehouse développé pendant la thèse et diffusé en Open source depuis septembre 2017
The repurposing of clinical data for research has become widespread with the development of clinical data warehouses. These data warehouses are modeled to integrate and explore structured data related to thesauri. These data come mainly from machine (biology, genetics, cardiology, etc.) but also from manual data input forms. The production of care is also largely providing textual data from hospital reports (hospitalization, surgery, imaging, anatomopathologic etc.), free text areas in electronic forms. This mass of data, little used by conventional warehouses, is an indispensable source of information in the context of rare diseases. Indeed, the free text makes it possible to describe the clinical picture of a patient with more precision and expressing the absence of signs and uncertainty. Particularly for patients still undiagnosed, the doctor describes the patient's medical history outside any nosological framework. This wealth of information makes clinical text a valuable source for translational research. However, this requires appropriate algorithms and tools to enable optimized re-use by doctors and researchers. We present in this thesis the data warehouse centered on the clinical document, which we have modeled, implemented and evaluated. In three cases of use for translational research in the context of rare diseases, we attempted to address the problems inherent in textual data: (i) recruitment of patients through a search engine adapted to textual (data negation and family history detection), (ii) automated phenotyping from textual data, and (iii) diagnosis by similarity between patients based on phenotyping. We were able to evaluate these methods on the data warehouse of Necker-Enfants Malades created and fed during this thesis, integrating about 490,000 patients and 4 million reports. These methods and algorithms were integrated into the software Dr Warehouse developed during the thesis and distributed in Open source since September 2017

L’avènement du séquençage haut débit d’exome (SHD-E) en diagnostic et en recherche ces dernières années a conduit à l’identification des bases génétiques de nombreuses pathologies mendéliennes, permettant de résoudre de nombreuses situations d’errance diagnostique. Néanmoins, l’analyse des données de SHD-E permet uniquement d’identifier des variations pathogènes ou probablement pathogènes dans 30 à 45 % des situations sans diagnostic. En effet, certaines limites existent, tant au niveau clinique, moléculaire et bioinformatique. L’évolution constante des connaissances cliniques, du nombre de nouveaux gènes impliqués en pathologie humaine, et des corrélations clinico-biologique a un impact important sur l’analyse des données, entraînant une amélioration progressive de la recherche diagnostique. Des limites techniques inhérentes à la technologie, avec en particulier des régions non couvertes, existent, mais se sont également significativement réduites ces dernières années. Enfin, au-delà de l’analyse de SNV et de CNV, d’autres anomalies génétiques peuvent être responsables de maladies rares, nécessitant un développement bioinformatique pour optimiser les résultats. Bien que le séquençage à haut débit du génome permette de résoudre des observations, en particulier en cas de variations dans les régions non codantes ou les variants de structure, il existe encore de nombreuses informations à extraire et à exploiter à partir des données de SHD-E.L’objectif de cette thèse a donc été de participer à l’amélioration des approches bioinformatiques d’analyse de données de SHD-E pour l’identification de nouveaux gènes ou mécanismes moléculaires impliqués dans des maladies génétiques rares afin de réduire l’errance diagnostique des patients.Plusieurs stratégies ont ainsi été mises en place. La première stratégie a consisté en une réanalyse recherche de données de 80 patients ayant bénéficié d’un SHD-E au laboratoire CERBA (thèse CIFRE) dont la lecture diagnostique était négative. Elle a conduit à la mise en évidence deux nouveaux gènes candidats dans la déficience intellectuelle syndromique, dont le gène OTUD7A (article 1). La deuxième stratégie a consisté en la mise au point d’un pipeline bioinformatique pour extraire les données du génome mitochondrial à partir des données de SHD-E. L’ADN mitochondrial n’est pas ciblé par les kits de capture d’exome mais peut être extrait des données capturées indirectement rendant son analyse possible à partir de données de SHD-E préexistantes. A partir de la collection GAD d’exomes de patients sans diagnostic, deux variations causales ont été identifiées chez deux individus atteints de troubles neuro-développementaux sur 928 personnes étudiées, et ainsi résoudre une errance diagnostique dans 0,2 % des patients sans diagnostic (article 2). La troisième stratégie a consisté en la mise en place d’un pipeline bioinformatique d’identification des éléments mobiles au sein des données d’exome, étant attendu qu’environ 0,3 % des variations pathogènes du génome humain ont pour origine l’insertion de novo d’un élément mobile. A partir de la collection GAD d’exomes de 3322 patients sans diagnostic, cette étape a permis d’identifier deux cas en lien avec l’insertion d’un élément Alu au sein d’un exon du gène FERMT1 et du gène GRIN2B (article 3 en cours d’écriture).Cette thèse a permis de repousser certaines limites de la technologie d’exome. D’autres perspectives existent, et sont explorées par l’équipe, en lien avec le projet Européen Solve-RD
In the last years, the advent of exome sequencing (ES) in diagnosis and in research led to the identification of the genetic bases of many Mendelian disorders, allowing many diagnostic wavering cases to be solved. Nevertheless, ES data analysis only leads to the identification of pathogenic or likely pathogenic variants in 30 to 45 % of the undiagnosed cases. Indeed, some limits exist, both at clinical, molecular and bioinformatic levels. The constant evolution of the clinical knowledge, of the number of genes involved in human diseases, and of the clinical-biological correlations, has a significant impact on data analysis, leading to a progressive improvement in diagnostic research. Limits of the current technologies, especially not covered regions, exist, but have been significantly reduced in the recent years. Although genome sequencing will solve some undiagnosed cases, especially in case of non-coding or structural variants, there is still a lot of information to be extracted and analyzed from ES data. Finally, beyond SNV and CNV analyzes, other genetic events can be involved in rare disorders, requiring a bioinformatic development to optimize results.The aim of the project was therefore to improve bioinformatic approaches of ES data analysis in order to identify new molecular mechanisms involved in rare genetic disorders and reduce diagnostic wavering.Several strategies were established. The first one consisted in reanalysing ES data from 80 undiagnosed patients, who were sequenced by the Laboratoire CERBA (CIFRE thesis). It led to the identification of 2 new candidate genes involved in ID, especially OTUD7A gene (article 1). The second strategy was the development of a bioinformatic pipeline in order to extract mitochondrial DNA data from ES data. The mitochondrial genome is not targeted by exome capture kits but can be extracted from off-target data, giving the opportunity to analyze it from preexisting ES data. From the GAD exomes cohort of undiagnosed patients, 2 causal variations were identified in 2 individuals out of 928, affected with neuro-developmental disorder. It thus solved the diagnostic wavering in 0.2 % of patients without diagnosis (article 2). The third strategy consisted in the development of a bioinformatic pipeline to identify mobile elements insertion within ES data, with the expectation that about 0.03 % of the pathogenic variants originate from de novo mobile element insertion. From the GAD exomes cohort of 3322 undiagnosed patients, this step led to the identification of two Alu element insertions in FERMT1 and GRIN2B gene exons (article 3, in process).This PhD permitted to push out some ES limits. Other perspectives exist, and are explored by the GAD team, in connection with the European Solve-RD project

Ce travail est consacre a l'etude du transport des ions et a la determination des donnees de bases des ions necessaires a la modelisation des decharges electriques. Un rappel bibliographique est d'abord effectue sur les methodes de determination theoriques et experimentales des parametres de transport et des sections efficaces des ions afin de montrer les lacunes et les limitations concernant la precision et les intervalles d'energie ou de champ electrique reduit e/n. Puis, les equations cinetiques, permettant la simulation des experiences de mesure des parametres de transport des ions, sont decrites en insistant sur la difficulte specifique a l'operateur de collision ion-atome. Ensuite, un algorithme monte carlo s'affranchissant de cette difficulte et considerant correctement la cinematique de la collision a ete developpe pour etudier le transport des ions dans leurs gaz parents, non parents et dans les melanges de gaz. Une etude bibliographique sur les donnees de base des ions a montre la necessite de completer ou de determiner, a l'aide d'une methode de deconvolution des parametres de transport, les sections efficaces de collision ion-atome des ions dans les gaz rares surtout aux faibles valeurs de l'energie relative ou les mesures sont quasi inexistantes. Apres avoir analyse et montre la non-validite des lois macroscopiques habituelles (loi de blanc ou relation de viehland et mason,. . . ), l'ensemble des sections efficaces ainsi obtenues a permis de determiner, a l'aide de la methode de monte carlo, les parametres de transport pour un large intervalle de champs e/n (jusqu'a 10 000 td) des ions (h#+, he#+, ne#+, ar#+, xe#+) dans les gaz rares et leurs melanges (he-xe, ar-ne)

Au cours de la dernière décennie, la recherche biomédicale et la pratique médicale ont été révolutionné par l'ère post-génomique et l'émergence des « Big Data » en biologie. Il existe toutefois, le cas particulier des maladies rares caractérisées par la rareté, allant de l’effectif des patients jusqu'aux connaissances sur le domaine. Néanmoins, les maladies rares représentent un réel intérêt, car les connaissances fondamentales accumulées en temps que modèle d'études et les solutions thérapeutique qui en découlent peuvent également bénéficier à des maladies plus communes. Cette thèse porte sur le développement de nouvelles solutions bioinformatiques, intégrant des données Big Data et des approches guidées par la connaissance pour améliorer l'étude des maladies rares. En particulier, mon travail a permis (i) la création de PubAthena, un outil de criblage de la littérature pour la recommandation de nouvelles publications pertinentes, (ii) le développement d'un outil pour l'analyse de données exomique, VarScrut, qui combine des connaissance multiniveaux pour améliorer le taux de résolution
Over the last decade, biomedical research and medical practice have been revolutionized by the post-genomic era and the emergence of Big Data in biology. The field of rare diseases, are characterized by scarcity from the patient to the domain knowledge. Nevertheless, rare diseases represent a real interest as the fundamental knowledge accumulated as well as the developed therapeutic solutions can also benefit to common underlying disorders. This thesis focuses on the development of new bioinformatics solutions, integrating Big Data and Big Data associated approaches to improve the study of rare diseases. In particular, my work resulted in (i) the creation of PubAthena, a tool for the recommendation of relevant literature updates, (ii) the development of a tool for the analysis of exome datasets, VarScrut, which combines multi-level knowledge to improve the resolution rate

Manuscript Matters illuminates responses to some of John Donne’s most elusive texts by his contemporary audiences. Since examples of seventeenth-century literary criticism prove somewhat rare and frequently ambiguous, this book emphasizes a critical framework rarely used for exhibiting early readers’ exegeses of literary texts: the complete manuscripts containing them. Many literary manuscripts that include poems by Donne and his contemporaries were compiled during their lifetimes, often by members of their circles. For this reason, and because various early modern poems and prose works satirize topical events and prominent figures in highly coded language, attempting to understand early literary interpretations proves challenging but highly valuable. Compilers, scribes, owners, and other readers—men and women who shared in Donne’s political, religious, and social contexts—offer clues to their literary responses within a range of features related to the construction and subsequent use of the manuscripts. This study’s findings call us to investigate more extensively and systematically how certain early manuscripts were constructed through analysis of such features as scripts, titles, sequence of contents, ascriptions, and variant diction. While such studies can throw light on many early modern texts, exploring artifacts containing Donne’s works proves particularly useful because more of his poetry circulated in manuscript than did that of any other early modern poet. Manuscript Matters engages Donne’s satiric, lyric, and religious poetry, as well as his prose paradoxes and problems—refocusing modern interpretation through an early modern lens.

Ce volume donne la parole à toutes les voix qui représentent les patois de Suisse romande aujourd’hui. Elles proviennent de trois groupes, qui, habituellement, évoluent sans se croiser. Tout d’abord, les associations de locutrices et de locuteurs incarnent la parole vivante, qui devient de plus en plus rare et menace de disparaitre faute de transmission. Les responsables politiques, fédéraux et cantonaux, relaient ensuite la parole officielle : celle des institutions qui encadrent et protègent les langues minoritaires en Suisse, pays officiellement plurilingue. La parole scientifique, finalement, est portée par des linguistes, des sociolinguistes et des dialectologues, qui présentent leurs projets de recherche autour de ces langues. Rassemblées dans un même ouvrage, ces voix, complémentaires, offrent un panorama de la situation actuelle des langues francoprovençale et oïlique de la Suisse romande. L’avenir de ces langues historiques repose, en grande partie, sur les actrices et les acteurs qui s’expriment ici. Leur témoignage décrit les rencontres, les spectacles, les projets culturels, scientifiques et pédagogiques qui se déploient, en Suisse et dans les régions voisines de France et d’Italie. Les patois investissent aussi la sphère numérique, impératif de notre siècle. Conscientes de la richesse et de la diversité des patois romands, ces voix, à l’unisson, cherchent à donner une juste place à tout un pan, encore sous-estimé, du patrimoine linguistique et culturel de la Suisse.

Abstract ‘The whole frame of the poem’, said Donne, ‘is a beating out of a piece of gold, but the last clause is as the impression of the stamp, and that is it that makes it current.’ Larkin ‘s endings are finely judged, and so he proved a just judge of a poet— Emily Dickinson—who, like Donne, inaugurated poems magnificently: ‘Only rarely, however, did she bring a poem to a successful conclusion: the amazing riches of originality offered by the index of her first lines is belied on the page ... Too often the poem expires in a teased—out and breathless obscurity. ‘I Larkin’s poems do not expire. ‘An Arundel Tomb’ ends its volume, The Whitsun Weddings, and ends consummately.

Abstract In his Introductory Lectures of 1915–1917, Sigmund Freud explored the operation of the “censoring apparatus” encountered in dreams. Taking Freud’s experience of censorship in Vienna during the first world war as the starting point, this chapter looks at both the theory and practice of early modern censorship, which includes Reformation iconoclasm. Using examples taken from the writings of John Donne, Sir Francis Hubert, William Cartwright, and Andrew Marvell, the chapter shows how blank spaces associated with censorship rarely achieved their goal. Finally, the chapter explores the substitution of dashes or hyphens as a means of concealment in text by (e.g.) Rochester and Dryden. But these are shown to be not so much erasures as forms of invitation, as is so common with the blank more generally, in which the reader is encouraged to fill in what has been apparently withheld.

Abstract In Northern European literature before 1700, representations of sodomy and expressions of male–male desire are extremely rare. English sermon-writers and moralists, castigating all manner of sins, seldom refer to it. A few satirical poets (Marston, Donne) allude to it briefly, imitating classical writers. The modern view that boy actors in the London theatres were commonly used for sex is highly questionable, as is the claim that the parts they played typically rendered them objects of homoerotic desire. Such desire was directly expressed by a very few English Renaissance poets (Marlowe, Barnfield). Later, English writers in a libertine tradition, which originated in France, produced a small amount of explicitly sodomitical verse (above all, Rochester). Some modern literary historians have confused matters by expanding the term ‘homoeroticism’ to include all kinds of male–male affectivity; by misunderstanding the early modern use of metaphor; or by reading arbitrary sexual meanings into non-sexual texts.

Abstract Attitudes to suicide changed profoundly in the century and a half following the English Revolution. Judicial and ecclesiastical severity gave way to official leniency and public sympathy for most people who killed themselves. This transformation was a complex phenomenon. The views of particular classes and groups altered at different times and for different reasons; the actions of officials and institutions did not simply reflect public opinion. The signs of change were apparent even before the Restoration. Freed temporarily from crown supervision during the civil war, juries began to return higher numbers of non compos mentis and ambiguous verdicts, and although the governments of the 1650s reestablished the effectiveness of King’s Bench, its challenges did not halt the upward trend in acquittals. John Donne’s Biathanatos was belatedly published in 1647, after censorship had collapsed. The trend toward more lenient responses and more liberal attitudes to suicide accelerated after 1660. By the last three decades of the eighteenth century,/e/o de se verdicts had become as rare as non compos mentis ones had been two centuries earlier. And although there were persistent calls to retain the old punishments and protests against tolerance, the weight of lay opinion swung back against severity. Classical philosophy and medical science, which had been the basis for dissenting opinions in the sixteenth and seventeenth centuries, dominated Georgian thinking about suicide. Radical defenses of self-killing were published and widely read; admiration for classical suicides became more general and more unapologetic than ever before; upper-class laymen came to regard suicide as a rational choice or a medical calamity.

Abstract If a flat Map be but pasted upon a Globe, the farthest East, and the farthest West meet, and are all one. John Donne, letter to Sir Robert Ker (1623)Like other years 1592 had its ups and downs. On Bankside a new play, Rarey the vi, in which the up-and-corning Shakespeare is thought .to have had a major hand, was enjoying a good run till bubonic plague closed the London theatres in June. Before the year was out the epidemic had spread into Kent, and in Jenkins’s birthplace, Maidstone, the authorities had to try to combat ‘diverse infectious and dangerous savours and noisome airs’ around the town. English troops, sent to aid the Huguenot king Henri IV against the forces of the Catholic league, were constantly corning and going through Kentish ports during the year, while for the music-loving Sir Henry Unton (whose famous memorial picture of four years later (Plate 1) shows him playing the bass in a domestic consort of five viols) recall from his embassy to France meant relief from a particularly trying diplomatic posting. In September Queen Elizabeth was received at Ditchley in Oxfordshire by her retired champion Sir Henry Lee with a gallant. entertainment in which music contributed to the atmosphere of flattering enchantment, before going on to the University of Oxford to be regaled with Latin disputations and Christ Church choir singing the Te Deum. Thomas Morley was sworn in as a Gentleman of the Chapel Royal, and in October the orphaned Alfonso Ferrabosco the younger was taken on to the books of the English court at a yearly pension of £26. 13s. 4d.

La granulomatoses oro-faciale (GOF) est une entité rare regroupant toutes les pathologies caractérisées par une inflammation granulomateuse non caséeuse de la région oro-faciale. Le diagnostic est histologique. L’étiologie n’est pas connue. L’oedème labial d’abord intermittent, pouvant s’installer de manière permanente, est un symptôme classique de la GOF. D’autres signes cliniques, extra-oraux, peuvent être associées lorsque la GOF s’inscrit dans le cadre d’une pathologie systémique : maladie de Crohn, Sarcoïdose, maladie de Wegener. Nous présentons le cas d’un patient pour qui l’exploration de sa GOF a conduit au diagnostic de maladie de Crohn (MC). Un patient de 29 ans consultait pour une tuméfaction labiale évoluant depuis an après échec de traitement locaux (dermocorticoïdes). On notait des diarrhées chroniques étiquetées maladie coeliaque et un épisode d’hyperplasie gingivale à l’âge de 14 ans (gingivectomie réalisée par un parodontiste mais sans analyse anatomopathologique). L’examen clinique montrait un oedème labial supérieur et inférieur associé à un érythème, une hyperplasie gingivale, une ulcération vestibulaire et une langue géographique associée à une langue plicaturée. On ne notait pas de paralysie faciale. Des biopsies étaient réalisées. La biopsie labiale montrait une muqueuse normokératosique, avec des remaniements spongiotiques, sans micro-abcès. Le chorion sous-jacent était oedémateux avec des vaisseaux dilatés. On observait plus en profondeur un vaisseau altéré avec un granulome lympho-épithéioïde sans cellule géante et sans nécrose. La biopsie gingivale montrait une muqueuse oedémateuse sans granulome. L’examen biologique (NFS, VS, CRP, bilan martial, dosage enzyme conversion angiotensine, sérologie VIH, VHC, VHB) et la radiologie thoracique était sans particularité. Compte tenu de la présente d’une pathologie intestinale et à la vue de ces nouvelles données, un avis gastro-entérologique était demandé. L’examen proctologique montrait des marisques anales. L’entero-IRM confirmait le diagnostic de MC. La macrochéilie a été traité par injection de triamcinolone retard 40ml. Un traitement par anti- TNF était instauré. La MC est une maladie inflammatoire chronique de l’intestin pouvant atteindre le tube digestif de la bouche à l’anus. Les manifestations oro-faciales (macrochéilie, ulcérations buccales, hyperplasie gingivale, pseudo-polypes, erythèmes muqueux, fissures gingivales ou pyostomatite végétante) de la maladie de Crohn peuvent précéder l’atteinte intestinale. Des atteintes extra-intestinales peuvent exister : érythème noueux, uvéite, arthralgie, arthrite entéropathique. Le diagnostic de GOF doit faire rechercher des signes extra-oraux afin de déterminer si elle est isolée ou associée à une MC, à une sarcoidose ou un Wegener. En cas de GOF isolé, la question du suivi de dépistage d’une MC reste non élucidée.

La rhétorique du point de vue du monde de la vie La rhétorique de l’image dont parlait Barthes, reprise d’une manière beaucoup plus systématique dans les travaux du Groupe µ, n’est qu’une partie de la rhétorique classique, l’elocutio, mais c’est aussi celle qui a dominé dans l’Occident pendant ces derniers 500 ans. À l’extérieur de la sémiotique, cependant, le renouveau de la rhétorique à l’époque contemporaine tend à concevoir cette dernière comme la science qu’étudie la communication. Or, nous savons que la sémiotique a souvent été identifiée comme étant la science de la communication, et un autre candidat à ce titre est sans doute l’herméneutique. Alors que ces trois disciplines ont toutes trait au processus entier, elles le conçoivent dans une perspective chaque fois différente. La rhétorique prend le point de vue du créateur du message : il demande comment il faut s’exprimer pour obtenir l’adhérence de l’autre. L’herméneutique prend le point de vue du récepteur : sa question porte sur les moyens pour comprendre le message de l'autre. La sémiotique prend une position intermédiaire aux deux autres, c’est-à-dire au sein de la phase allant de l’artefact à sa concrétisation : elle demande quelles sont les ressources disponibles pour faire se produire le processus. À une telle rhétorique informée par la sémiotique la contribution du Groupe µ a été de toute première importance. Cependant, l’investigation des ressources disponibles, qui sont différentes dans le cas de l’image que dans celui de la langue, peut recevoir une base plus certaine en partant du monde de la vie, dans le sens de la phénoménologie, qui est aussi celui de l’écologie dans le sens de Gibson et le monde naturel tel que le comprend Greimas. Si l’on veut comprendre la manière dont la divergence est produite dans les images, il faut commencer par considérer ce qui est donné pour acquis, dans le sens à la fois de ce qui est normal, et de ce qui est normatif. Dans le monde de la vie, il y a certaines choses qui ont tendance à se présenter ensemble, en contiguïté ou comme des parties d’un tout (désormais, la factorialité). C’est la dimension indicielle. Mais le sens commun s'attend également à ce que les choses qui apparaissent ensemble soient suffisamment différentes pour pouvoir être distinguées, sans aller à l'extrême opposé de s’exclure mutuellement (une observation qui peut être entendue comme une généralisation de ce que le Groupe µ dit sur la norme de l’image, la homomatérialité et la hétéroformalité). En ce sens, il y a une rhétorique de trop de ressemblance ainsi que de trop de différence. Nous appellerons ceci la dimension iconique. Une troisième rhétorique prend son point de départ dans le caractère de signe de l'image. Nos attentes sont déçues tant en trouvant une trop grande partie de la réalité dans l'image qu’en rencontrant des niveaux supplémentaires de fiction au sein du contenu pictural. On peut appeler ceci la dimension symbolique. Enfin, les images remplissent des fonctions différentes dans une société donnée et sont, en raison de ce fait, imputables à diverses catégories, donnant ainsi lieu à une quatrième rhétorique dans laquelle nos attentes, en ce qui concerne les catégories sociales auxquelles les images sont assignées, ne sont pas remplies. On peut parler ici d’une dimension de catégorisation socioculturelle. Avant d’aborder les figures rhétoriques, ou ce qui en tient lieu, il est cependant nécessaire de discuter dans quelle mesure les ressources des images comprennent une part de dispositio, dans d’autres termes, une structure argumentative. Si nous définissons une affirmation comme étant une construction verbale, alors il est trivialement vrai que les images ne peuvent rien affirmer. Toutefois, si nous définissons une affirmation plus simplement comme une opération, au moyen de laquelle une propriété particulière est assignée à une entité particulière, alors il est possible pour l'image de faire des affirmations à la façon des images. Or, même ceci peut sembler impossible, s’il est vrai que les images, comme on l’a souvent dit, ne font que reproduire le monde de notre expérience. Au contraire, il faut admettre que les images peuvent se servir des arguments qui, dans le sens de Perelman, s’appuient sur la structure de la réalité ou servent à changer cette structure-là. Il s’ensuit que les transformations homogènes, contrairement à ce que suggère le Groupe µ, font aussi partie de la rhétorique, mais de la rhétorique de la dispositio. Considérée comme l’une des transformations possibles à partir du monde de la vie, la première dimension de la rhétorique correspond plus directement à la rhétorique telle qu’elle a été conçue par le Groupe µ, mais en retournant aux fondements jetés par la sémiotique phénoménologique proposée dans Pictorial concepts (1989). Contrairement au Groupe µ, nous proposons de distinguer les transformations portant sur la factorialité (la relation des parties au tout) et celles concernant la contiguïté. C’est « l’objet indépendant », dans le sens de James Gibson, qui fait la différence entre la contiguïté et la factorialité : il s’agit d’un degré d’intégration plus ou moins poussée. En fait, il y a sans doute des cas intermédiaires entre l’objet indépendant avec ses parties et la constellation arbitraire, mais ces cas-là sont aussi qualitativement vécus : le jeu, la série, l’ensemble. La rhétorique, de ce point de vue, relève de la méréologie, la science des parties et du tout, formalisée par Lesniewski en tirant son inspiration de Husserl et de Twardowski. Notre deuxième observation concerne la nature de l’opération nous faisant passer du monde de la vie à l’image. Dans la majorité de cas, l’opération rhétorique, pour fonctionner, à besoin non pas d’une absence de ce qui est attendu ou de la présence de quelque chose qui n’est pas attendu, mais des deux à la fois. Rares sont les cas (surtout s’agissant de la contiguïté) où une simple absence peut créer un effet de rhétorique. Dans les termes de la rhétorique générale d’abord conçue par le Groupe µ, la substitution est une opération rhétorique plus sûre que l’addition ou la suppression. D’autre part, dans le cas de la factorialité, l’effet est tellement différent selon les relations entre le tout et les parties qu’il faut spécifier la nature du rapport de la partie au tout. Il faut surtout distinguer le cas où quelque chose est ajouté à un tout qui est déjà en soi un objet indépendant, et le cas où les parties font partie d’un autre objet indépendant que le tout qui est perçu. Nos attentes peuvent être déçues par d’autres opérations que l’absence ou la présence d’un élément. Il peut y avoir une contradiction entre l’élément attendu et l’élément réellement présent. C’est la dimension iconique de la rhétorique. Les images, il est vrai, ne peuvent pas présenter des contradictions proprement dites, mais elles peuvent comporter toute sorte de manifestations d’une ressemblance ou d’une différence plus grande que ce que l’on a anticipé. Cet effet est présent dans plusieurs exemples considérés par le Groupe µ, sans que la spécificité de l’opération soit prise en compte. S’agissant d’un signe, en l’occurrence d’une image, il y a toujours un risque de confusion entre le signe et ce qui est signifié, et il est possible d’en tirer une rhétorique. À un extrême, le signe peut incorporer des objets réels ; à l’autre extrême, il peut contenir d’autres signes, notamment d’autres images, comme c’est le cas avec les images représentant d’autres images. Il s’agit donc de la dimension symbolique de la rhétorique. Finalement, la catégorisation des signes, dans ce cas les images, peut donner lieu à une rhétorique plus clairement socioculturelle. Les images peuvent être catégorisées en tenant compte de leur manière de construction, de la fonction qu’elles sont censées remplir dans la société, ou de leur manière de circuler à l’intérieur de la société. Les attentes qui peuvent être déçues dans ces cas ne concernent pas seulement l’appartenance de certaines images à des catégories particulières, mais surtout la combinaison de certaines catégories de construction avec certaines catégories de fonction et certaines catégories de circulation. Toute l’aventure du modernisme dans l’art plastique peut être conçue comme un vaste geste rhétorique à partir de la notion d’art à la fin du 18e siècle : une peinture à l’huile (construction) circulant dans des salons, des galeries et des musées (circulation) ayant pour but de produire un effet de plaisir esthétique (fonction). Dans le présent texte, j'ai suggéré que, contrairement aux signes verbaux, les images sont immédiatement rhétoriques, parce qu'elles nous offrent en même temps leur similitude et leur différence par rapport au monde de la perception. Par conséquent, j'ai fait observer que la rhétorique des images doit être fondée sur les structures de perception telles qu’elles apparaissent au sens commun, surdéterminées par le monde de la vie socioculturel spécifique. La dimension primaire de la rhétorique de l’image, l’indexicalité, dérive sa signification d'un écart par rapport à l'intégration relative des voisinages, des objets indépendants et des totalités de niveaux supérieurs. Elle peut concerner la contiguïté ou la factorialité, mais elle suppose d'habitude à la fois la présence de quelque chose d’inattendu et l'absence de quelque chose de prévu. L’iconicité, qui détermine la deuxième dimension, est fondée sur l'expectative d'une différenciation relative des objets du monde, qui ne suppose pas trop de similitude, ni trop de dissimilitude. La troisième dimension dépend du caractère fictif de l’image comme signe, dont les niveaux peuvent être confondus soit par une expérience trop directe, soit par des degrés de fiction trop nombreux. Finalement, la quatrième dimension concerne l'image en tant qu’objet social, faisant partie de certaines catégories de construction, de circulation, et de fonction. L'avantage de cette conception, par rapport au modèle de Groupe µ auquel il est endetté, consiste en son attention plus proche aux structures de la perception du sens commun.