Tesi: "Protéines de surface cellulaire"

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Martel, Laurence. "Méthodes d'analyse de surface appliquées à l'étude de protéines". Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2002. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00006293.

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Abstract (sommario):

L'immobilisation de protéines ancrées à des lipides à l'interface air-eau ou solide-eau permet aux protéines d'interagir avec des molécules en solution. Dans le cas des cadhérines, protéines d'adhérence cellulaire, ce système mime la surface d'une cellule. Les interactions entre domaines extracellulaires de cadhérines nécessitent la présence d'ions calcium. Des monocouches de C-cadhérine et de VE-cadhérine formées à la surface de l'eau ont été étudiées en variant la concentration en calcium de la solution. La densité massique surfacique apparente de protéines a été évaluée par ellipsométrie. Le profil de densité électronique des monocouches a été déterminé par réflectivité des rayons X en ncidence rasante. Les résultats obtenus suggèrent que les cadhérines forment des complexes antiparallèles pouvant en partie être dissociés par l'appauvrissement de la solution en calcium. La résonance des plasmons de surface a permis d'évaluer la densité de molécules déposées sur un substrat solide.

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Jung, Heung-Chae. "Protéine de nucléation de la glace : son expression et son utilisation pour l'ancrage de protéines étrangères à la surface cellulaire bactérienne". Compiègne, 1998. http://www.theses.fr/1998COMP1147.

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Abstract (sommario):

L'expression de la protéine de nucléation de la glace (INP) chez unesouche sauvage, Pseudomonas syringae et chez différentes bactéries Gram-négatives,ainsi que son application en tant que système d'ancrage de protéines étrangères à la surface cellulaire, ont fait l'objet de cette étude. Une basse température et un faible taux de croissance sont des conditions environnementales nécessaires pour une expression élevée de l'activité de nucléation de classe A, active à une température supérieure à - 5°C. Le gène inaK codant l'INP a été cloné à partir de S. Syringae KCTC1832 et est fortement exprimé chez Eschtrichia coli et différentes bactéries Gram-négatives. Afin de prouver l'intérêt de 1'INP comme ancre de présentation, la carboxyméthylcellulase (CMCase) de Bacillus subtilis et la lévanesucrase de Zymomonas mobilis ont été fusionnées avec l'extrémité C-terminale de l'INF. La localisation de ces enzymes chez E. Coli a été confirmée par la mesure de l'activité de nucléation de la glace et par la mise en évidence de l'activité de ces enzymes au niveau des cellules entières par des méthodes colorimétriques (Rouge Congo), immunochimiques (cytométrie de flux) et microscopiques (microscopie électronique à balayage). La croissance et la viabilité des cellules ne sont pas affectées, et l'intégrité de la membrane externe a été maintenue stable lorsque les protéines fusionnées à l'INP étaient présentées à la surface cellulaire. Une protéine mutante (INPNC) qui n'a que les régions N- et C-terminales spécifiques peut aussi diriger la CMCase à la surface d'E. Coli. Les résultats de ce travail indiquent que l'INP peut être utilisée comme ancre de présentation de protéines étrangères à la surface cellulaire de bactéries Gram-négatives.

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Parzy, Daniel. "Protéine-kinases et ligands de surface : contribution à l'étude de la communication intra- et extra-cellulaire chez Plasmodium falciparum". Aix-Marseille 2, 2000. http://www.theses.fr/2000AIX22097.

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Romero, Saavedra Luis Félipe. "Systematic analysis of surface proteins in Enterococci : discovery of potential targets for vaccine development". Caen, 2015. http://www.theses.fr/2015CAEN2013.

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Abstract (sommario):

Les entérocoques, couramment considérés comme membres de la flore microbienne du tractus gastro-intestinal, ont émergé comme agents pathogènes humains préoccupants au cours des dernières décennies. Leur virulence, principalement due à leur résistance innée et/ou acquise aux antibiotiques, nécessite la recherche de nouvelles thérapies alternatives pour y faire face. Du fait de leur rôle important dans les interactions de la cellule avec son environnement, les protéines de surface constituent une cible de choix pour les médicaments et le développement de vaccins, notamment à cause de leur capacité à interagir avec le system immunitaire de l’hôte. Dans la présente étude, nous avons identifié et caractérisé quelques protéines immunogènes de surface d’un isolat clinique d'Enterococcus faecium résistant à la vancomycine. Celles-ci sont évaluées comme des cibles potentielles pour le développement de vaccins. Les protéines candidates ont été identifiées aussi bien par trois méthodes différentes d’extraction de protéines de surface que par l’analyse de données transcriptomiques d’un modèle murin de péritonite. Huit protéines de surface ont été sélectionnées pour cette étude, dont six provenant des extractions protéiques (BML, DdcP, LysM, PBP5, PpiC and SCP) et deux (AdcAfm and PsaAfm) de l’analyse transcriptomique. Nous avons pu démontrer que les anticorps polyclonaux de lapin dirigés contre les protéines recombinantes purifiées induisent des anticorps opsoniques spécifiques qui conduisent à la mort de cinq isolats cliniques d’entérocoques. De plus, nous avons pu montrer que l’immunisation passive avec sept des sérums anti-protéines réduisait significativement la charge bactérienne d’E. Faecium E155 chez la souris. L’ensemble de nos résultats démontre que les antigènes protéiques analysés sont effectivement des candidats de vaccins prometteurs contre les infections à entérocoques. Ces résultats montrent également que les approches protéomique et transcriptomique peuvent être un moyen pour identifier de nouveaux antigènes protéiques
Enterococci, most commonly regarded as members of the microbial flora of the gastro intestinal tract, have emerged as human pathogens of significant concern in the last decades. Principally due to their innate and acquired resistance to antibiotics, the research for new therapeutic alternatives is needed. Surface proteins play important roles in bacterial interactions between the cell and its environment, making them ideal targets for drugs and vaccine development, mainly because of their ability to interact with the host immune system. In this study, we identified and characterized some of the immunogenic surface-related proteins present in a vancomycin-resistant Enterococcus faecium clinical isolate. The identified proteins were evaluated as potential targets for vaccine development. The protein candidates were identified either by three different surface protein extraction methods or by analysis of transcriptomic data from a mouse peritonitis model. We selected for this study eight surface related-proteins, six from the proteomic approaches (BML, DdcP, LysM, PBP5, PpiC and SCP) and two (AdcAfm and PsaAfm) from the transcriptomic analysis. We were able to demonstrate that rabbit polyclonal antibodies raised against the purified recombinant proteins induced specific opsonic antibodies that mediated killing of five enterococcal clinical strains. Furthermore, we showed that passive immunization with seven of the anti-protein sera significantly reduced the bacterial load of E. Faecium E155 in mice. Altogether, our results demonstrate the effectiveness of these protein antigens as promising vaccine candidates against enterococcal infections as well as the feasibility of these proteomic and transcriptomic approaches to identify novel protein antigens

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Gross, Julien. "Caractérisation de surfaces biofonctionnalisées pour l’étude de protéines de la chaîne respiratoire par spectroscopie infrarouge couplée à l’électrochimie". Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6140.

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Abstract (sommario):

Ce travail de thèse s’articule autour de la fonctionnalisation de surfaces pour l’étude de protéines membranaires issues de la chaîne respiratoire en utilisant la spectroscopie différentielle. Dans un premier temps, l’étude de la cytochrome c oxydase de type ba3 de l’organisme Thermus thermophilus a été faite. Il a été décrit que lors le pH augmente, des interactions électrostatiques homotropes perturbent les potentiels de demi-vague de la protéine. Cette étude a mis en évidence le rôle crucial des propionates des hèmes dans le mécanisme de la protéine. Ensuite, l’interaction protéine-protéine entre deux hémoprotéines solubles de la chaine respiratoire du même organisme a été étudiée. Une caractérisation complète des deux protéines isolées est effectuée puis le complexe formé est analysé. Cette étude nous montre l’importance des propionates des hèmes, qui jouent un rôle crucial dans cette interaction, et nous a permis de caractériser l’interaction au niveau moléculaire. Enfin, une application plus concrète de la fonctionnalisation de surface avec l’étude de la partie cathodique d’une biopile à biocatalyseurs optimisés a été réalisée. Ce projet nous a permis de mettre en place une nouvelle technique d’immobilisation de protéines, utilisant un réseau de nanoparticules d’or fonctionnalisées. Elle nous donne accès, grâce à la voltampérométrie cyclique, au potentiel de demi-vague de la protéine étudiée et à la cinétique du transfert électronique. Cette méthode est d’abord mise au point sur la laccase de Bacillus subtilis, puis appliquée aux protéines déjà étudiées. Les potentiels de demi-vague obtenus pour le système immobilisé et ceux obtenus en solution sont comparés
This work is about the functionalization of surfaces for the study of membranes proteins from the respiratory chain with the help of the differential spectroscopy. In the first time, the study of the cytochrome c oxidase named ba3 from Thermus thermophilus was done. It is described, that when the pH increases, homotropic electrostatic interactions disrupt the midpoint potentials of the protein. This study has highlighted the crucial role of the heme propionates in the mechanism of the protein. Then, the protein-protein interaction between two soluble hemoproteins from the respiratory chain of the same organism was studied. A complete characterization of the two isolated proteins is carried out and the formed complex is analysed. This study shows the importance of the heme propionates, which play a crucial role in this interaction and allowed us to characterize the interaction in the molecular level. Finally, a more practical application of the surface functionalization was conducted with the study of a cathode of a biopile. This project allowed us to develop a new technique for the immobilization of proteins, using 3D gold nanoparticles. We have access, through the cyclic voltammetry, to the midpoint potentials of the proteins and we can study the electron transfer. This method was first developed on the laccase from Bacillus subtilis, and then applied to the proteins already studied. The midpoint potentials obtained from the immobilized system and those obtained in solution are compared

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Malandrin, Laurence. "Les protéines de surface de pseudomonas syringae (sensu lato) : description, variabilité et application taxonomique". Angers, 1995. http://www.theses.fr/1995ANGE0015.

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Abstract (sommario):

Pseudomonas syringae est une bactérie phytopathogène qui provoque des dégâts de gravité variable sur une large gamme d'hôtes. Les 57 pathovars qui la subdivisent viennent d'être redistribués en cinq espèces génomiques qu'aucun critère phénotypique ne permet de caractériser. Nous avons étudié les protéines de surface présentes chez ces bactéries et tente d'évaluer leur potentiel taxonomique. Deux sérotypes flagellaires, h1 et h2, identifiables en immunofluorescence et en immunotransfert, sont distingués pour les souches de p. Syringae. H1 et h2 montrent une distribution remarquablement homogène dans les cinq espèces génomiques. Certaines souches de p. Viridiflava et p. Cichorii, appartiennent également à ces deux sérotypes. L'analyse des poids moléculaires des flagellines souligne l'homogénéité des pseudomonas (30 à 35 kda), sauf pour le groupe des p. Fluorescens/putida. L'analyse en sds-page des profils des protéines de l'enveloppe, extraites dans une solution de lic1 a 48c, a permis de mettre en évidence deux protéines, de 60 à 65 kda, chez les souches du pathovar pisi (bactérie pathogène du pois). Elles ne sont pas détectées chez les souches du pathovar syringae (bactérie saprophyte présente sur le pois). Des anticorps polyclonaux et monoclonaux sont produits contre ces deux protéines. Elles ne semblent pas situées au niveau de la membrane externe mais leur localisation exacte reste incertaine. Un protocole d'identification rapide des pseudomonas du pois utilisant ces deux protéines est proposé. L'analyse en sds-page des profils électrophorétiques des protéines de la membrane externe extraites par solubilisation de la membrane interne à l'aide de sarcosyl, révèle l'intérêt de cette méthode pour la taxonomie : similitude des profils de certaines espèces génomiques et discrimination de certains pathovars. En fonction de la présence de certaines protéines dans des conditions particulières de culture, et par comparaison avec les protéines de la membrane externe de p. Aeruginosa, quelques hypothèses sur leur rôle possible sont proposées.

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Jegou, Antoine. "Etude de l'adhésion gamétique par mesure de force : modulation des propriétés d'adhésion par organisation des protéines membranaires". Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077111.

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Abstract (sommario):

La fécondation chez les mammifères se conclut par la succession d'une étape d'adhésion entre les membranes du spermatozoïde et de l'ovocyte et d'une étape de fusion membranaire. Nous proposons une technique expérimentale originale permettant d'étudier les premiers instants de l'adhésion entre un spermatozoïde et un ovocyte de souris dans des conditions proches de la physiologie. A l'aide d'un Biomembrane Force Probe que nous avons adapté aux besoins de la mesure de l'interaction entre deux cellules, nous mesurons l'évolution de la force de traction subie par les deux gamètes au cours de la séparation après leur mise en contact. L'analyse des données obtenues révèle l'existence de deux types de microdomaines à la surface de l'ovocyte, que nous appelons domaine E et V, offrant des propriétés d'adhésion différentes. La tétraspanine CD9 est une protéine transmembranaire de l'ovocyte nécessaire pour la fusion des gamètes et à l'origine de la formation de complexes de protéines. Pour des ovocytes n'exprimant pas CD9, les expériences de mesure de forces d'adhésion indiquent la disparition des domaines E à la surface de l'ovocyte. L'implication de la tétraspanine CD9 est ainsi montrée dès l'étape d'adhésion entre les gamètes. L'ensemble de ces expériences décrit la modulation de l'adhésion gamétique par organisation des récepteurs membranaires de l'ovocyte. Par ailleurs, l'analyse des courbes force-distance met en évidence la possibilité d'étirer des filaments à partir de la membrane de l'ovocyte. Pour une durée d'interaction inférieure à la seconde, la proportion d'événements comportant un unique point d'attachement permet de caractériser la réponse mécanique de l'ovocyte ainsi que d'évaluer l'énergie d'adhésion entre la membrane et le cytosquelette de l'ovocyte. Ce travail montre que l'approche utilisée ici est prometteuse pour décrire les événements moléculaires conduisant à la fécondation
In mammals, fertilization consists in a sequence of biological events that ends with the adhesion and the fusion of two gamete membranes. In this thesis, we develop an experimental technique to study the early stage of the adhesion between a single mouse spermatozoon and an oocyte under physiological conditions. We adapt the Biomembrane Force Probe to the study of gamete interactions and measure the evolution of the traction force between the two cells during the separation phase following a short contact. We show the existence of two types (called "E" and "V") of microdomains at the oocyte surface, which differ in their adhesion properties. The transmembrane protein CD9 tetraspanin, which is expressed by the oocyte, is necessary for the fusion process. It controls the formation of protein complexes. Measurements of the interaction forces show that CD9-null oocytes have no "E" domains. This result shows that CD9 participates in the adhesion from the very onset. Our experiments describe the modulation of gamete adhesion by the organisation of receptors at the oocyte surface. Moreover, for short contact times, single point attachment events allow us to probe the elastic response of the oocyte, to measure its effective membrane viscosity by pulling tethers, and to estimate the adhesion energy between its membrane and its cytoskeleton. The biophysical approach we developed in this thesis is complementary to biological strategies. It appears as a promising tool for the study of adhesion at the molecular level

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Presle, Adrien. "Le facteur de restriction viral BST2/Tetherin ancre les Midbody post-cytokinétiques à la surface cellulaire". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. http://www.theses.fr/2020SORUS476.

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Abstract (sommario):

Le Midbody (MB) post-cytokinétique est une structure créée suite à la séparation physique des cellules filles après la dernière étape de la division cellulaire, la cytokinèse. Le MB interagit ensuite avec la surface cellulaire afin de jouer des rôles variés dans le développement, la polarisation ou la prolifération cellulaire. J’ai d’abord caractérisé une nouvelle méthode de purification de MB post-cytokinétiques. Cette étude a révélé que BST2, une protéine connue pour ancrer les virus enveloppés à la surface cellulaire, est enrichie au MB. Je me suis donc concentré sur BST2 et son rôle au MB, notamment dans l’interaction avec la membrane plasmique de la cellule réceptrice. J’ai d’abord confirmé par microscopie l’enrichissement de BST2 au MB. De manière similaire aux virus, l’absence de BST2 augmente le détachement des MB de la surface cellulaire. Ils sont ainsi relâchés dans le milieu extracellulaire, augmentant leur transfert aux cellules avoisinantes. Mécaniquement, le domaine de dimérisation et l’ancre GPI de BST2 sont requis pour la localisation et la fonction au MB. En utilisant des MB purifiés, j’ai montré que BST2 à la membrane du MB -mais pas à la membrane plasmique- est important pour la rétention de ceux-ci à la surface cellulaire. En conclusion, ces résultats montrent une nouvelle fonction cellulaire de BST2. En effet, 1/ BST2 localise au MB et 2/BST2 permet de mieux retenir le MB à la surface cellulaire. Je propose donc que BST2 ancre les MB et participe à promouvoir leur étroite interaction avec la surface cellulaire, de manière analogue à son activité de restriction virale dans les cellules infectées
The Midbody Remnant (MBR) is a structure that arises once cytokinetic abscission, the last step in cell division, is completed. Then, the MBR interacts with the cell surface and can play various roles in development, polarisation or cell proliferation. I first characterized a new MBR purification method. This study revealed that BST2, a protein known to anchor enveloped viruses to the cell surface, is enriched at the MBR. I thus focused on BST2 and its role at the MBR, especially in the interaction with the recipient cell plasma membrane. I fist confirmed by microscopy the enrichment of BST2 t the MBR. Similarly to viruses, the absence of BST2 increases the detachment of MBRs from the cell surface. They are thus released in the extracellular medium, increasing their transfer to neighbouring cells. Mechanistically, in parallel with virion restriction, BST2 dimerization and GPI anchor are both required for proper localization and functions of BST2 at the MBR. Using purified MBRs, we showed that BST2 at the midbody membrane -but not at the plasma membrane of the cell- is important for MBR retention to the cell surface. Altogether, these results show that BST2 localizes at the midbody remnant to promote its retention at the cell surface of non-infected cells. I propose that, in a way analogous to enveloped virions, BST2 tethers midbody remnants and participates in promoting their proper interaction with recipient cells

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Baz, Ahsene. "Modulation des protéines prosomales (proteasomales) au cours de la différenciation des cellules leucémiques lymphoblastiques humaines (CCRF-CEM) induite par le phorbol-myristate-acétate (PMA) et leurs relations avec les protéines de surface et le complexe majeur d'histocompatibilité (MHC)". Montpellier 1, 1997. http://www.theses.fr/1997MON1T029.

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Baujard-Lamotte, Lucie. "Interactions surfaces-protéines-cellules : Adsorption de la fibronectine sur supports modèles et influence sur le comportement cellulaire". Cergy-Pontoise, 2007. http://biblioweb.u-cergy.fr/theses/07CERG0390.pdf.

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Abstract (sommario):

In vivo, le comportement cellulaire dépend des interactions entre les cellules et leur environnement, la matrice extracellulaire (MEC). Classiquement, in vitro, une stratégie visant à améliorer la culture des cellules est de recouvrir le support de culture par une protéine de la MEC capable de favoriser l’adhérence cellulaire, comme la fibronectine. L’objectif de cette thèse est d’analyser la relation surfaces-protéinescellules, et en particulier les propriétés de la fibronectine adsorbée sur des surfaces modèles et leur influence sur le comportement cellulaire. Différents supports modèles (verre, OTS, polystyrène) sont générés et caractérisés. Puis, à partir de concentrations protéiques variées, les cinétiques d’adsorption sont suivies, et la quantité et les changements conformationnels de la fibronectine adsorbée sont déterminés de manière concomitante. Enfin, l’adhérence et la morphologie de deux types cellulaires sont étudiées, dans différentes conditions d’ensemencement
In living tissues, cell behaviors depend on close connections between cells and their environment, the extracellular matrix (ECM). For in vitro cell culture experiments, a classic strategy to improve cell culture is to coat cell culture supports by an ECM protein which is able to promote cell adhesion, like fibronectin. The aim of this thesis is to analyze the surfaces-proteins-cells relationship, and especially the properties of fibronectin adsorbed onto model surfaces and their influence on cell behavior. Different model supports (glass, OTS, polystyrene) are generated and characterized. Then, adsorption kinetics using various protein concentrations are followed, and the amount and the conformational changes of adsorbed fibronectin are concomitantly determined. Finally, cell adhesion and morphology are studied in different cell seeding conditions, and for two cell types

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Saulière, Aude. "Etapes membranaires de la transduction du signal par les récepteurs couplés aux protéines G : organisation dynamique du récepteur mu aux opioïdes humain à la surface de neuroblastomes". Toulouse 3, 2007. http://www.theses.fr/2007TOU30121.

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Abstract (sommario):

La question se pose de l'existence de domaines membranaires permettant de regrouper les différentes protéines nécessaires à la transmission du signal par les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG). Nous avons donc analysé l'organisation dynamique du récepteur mu opioïde humain (hMOR) en relation avec ses paramètres pharmacologiques et les contraintes de son environnement. Après avoir vérifié la fonctionnalité de T7-EGFP-hMOR dans les SH-SY5Y, sa dynamique latérale a été étudiée par retour de fluorescence après photoblanchiment à rayon variable (FRAPrv) et par suivi de particule unique (SPT). A 22°C ces analyses ont révélé une double compartimentation des récepteurs : dans des domaines perméables de près de 1 µm de rayon et dans des domaines de rayon inférieur à 200 nm. De plus, près d'un tiers des récepteurs présente une diffusion dirigée. Les effets de la variation de température, de la déstabilisation du cytosquelette d'actine et du blocage de l'interaction protéine G/récepteur ont été observés afin de mieux comprendre l'origine de ces domaines. Bien que tous les paramètres qui y participent ne soient pas encore déterminés, les résultats indiquent que les protéines G ainsi que le cytosquelette influencent l'organisation membranaire de hMOR. La fixation d'antagonistes ne modifie pas la diffusion du récepteur. Au contraire celle des agonistes entraînent une diminution de la taille des domaines et un ralentissement des récepteurs en lien avec la transmission du signal et l'internalisation. Nos résultats soulignent l'importance de plusieurs paramètres sur l'organisation dynamique de hMOR et confortent l'intérêt de l'utilisation conjointe du FRAP et du SPT
We address the question of the existence of a specific membrane organization which could favor the interactions between the G protein coupled receptor (GPCR), the G protein and the effector. Here we examine the lateral diffusion of the human mu opioid receptor (hMOR) in regard to its activation by ligands and to membrane environment modifications. The T7-EGFP-hMOR stably expressed in SH-SY5Y is found to be fully functional. Its mobility analysis was achieved using two complementary biophysical approaches which are vrFRAP (variable radii fluorescence recovery after photobleaching) and SPT (single particle tracking). At 22°C these analyses reveal a double compartimentation of the receptors in permeable domains (about 1 µm radius) and in smaller domains (200 nm radius). Moreover receptors exhibiting a directed diffusion are observed. The temperature was modulated, the actin cytoskeleton was partially destroyed, and the G protein/receptor interaction was impeded to determine the sources of the receptor organisation. It appears that many parameters are playing a part in the complex receptor organisation. Our results show that the interactions of hMOR with G proteins or with the cortical cytoskeleton influence its membrane organisation. Antagonists binding don't modify the receptor organisation in permeable sub-micrometer size domains. On the contrary agonists binding induce a decrease of both the domain size and the diffusion coefficient. Our results highlight the influence of numerous parameters on the hMOR dynamic organisation. They demonstrate the interest of a conjoint use of vrFRAP and SPT approaches to obtain a global vision of a protein plasma membrane organisation

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Nehmé, Rony. "Expression et purification du récepteur humain de la voie Hedgehog, Smoothened, dans une conformation native et stable". Nice, 2009. http://www.theses.fr/2009NICE4031.

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Abstract (sommario):

La voie de signalisation Hedgehog constitue l’une des plus importantes voies dans le développement embryonnaire et la prolifération des cellules souches chez l’adulte. Cette voie implique deux protéines membranaires, Patched et Smoothened, dont les dysfonctionnements sont associés à de très nombreux cancers. Durant ma thèse, j’ai mis au point l’expression hétérologue du récepteur humain Smoothened (hSmo) et sa purification pour une caractérisation structurale et fonctionnelle. L’expression de hSmo a été réalisée dans la levure Saccharomyces cerevisiae. Utilisant la technique SPR, j’ai démontré que hSmo exprimé à la membrane plasmique de la levure est dans sa conformation native capable de fixer son antagoniste. J’ai ensuite mis au point la purification de hSmo et testé de nouvelles classes de surfactants. J’ai ainsi trouvé les meilleures conditions qui stabilisent le récepteur hSmo en solution après purification. La caractérisation d’une mutation ponctuelle au niveau de la 3ème boucle intracellulaire combinée à l’utilisation des nouveaux surfactants ont permis d’améliorer la stabilité de hSmo en solution. Les conditions que j’ai mises au point permettront l’étude structurale de hSmo et les essais de cristallisation. D’autre part, les stratégies développées en SPR permettront la recherche des partenaires protéiques cytoplasmiques de ce récepteur, encore inconnus à ce jour, afin de mieux comprendre la signalisation en aval de Smoothened. Les données structurales ainsi que la découverte des partenaires protéiques cytoplasmiques de hSmo permettront l’élaboration de nouvelles thérapies anticancéreuses
The Hedgehog pathway is one of the most important pathways in embryogenesis and in proliferation of adult stem cells. This pathway involves two transmembrane receptors, Patched and Smoothened whose dysfunctions have been linked to many human diseases including cancers. This study reports expression and purification of the human GPCR Smoothened, for structure-function relationship characterization. Therefore I developed the heterologous expression of Human Smoothened (hSmo) in the yeast S. Cerevisiae. Using SPR technology, I showed that hSmo, expressed at the plasma membrane of yeast, is in its native conformation able to bind its antagonist, cyclopamine (CPN). Then, I developed the purification of hSmo by affinity chromatography and tested new surfactants. Results show that the new surfactants stabilize hSmo in solution after purification and are preserve antagonist-binding ability of Smo suggesting that purified hSmo maintains its native conformation in solution. In addition, characterization of a single mutation of Smoothened (hSmoG435R) combined to one of the surfactants, revealed an enhanced stability of the receptor. These established conditions will be useful for crystallization assays. SPR strategies developed in this study will also be used for the research of hSmo’s cytoplasmic partners. Together, structural and functional data will contribute to the better understanding of Smo signaling and to the development of new cancer therapies

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Allouche, Rania. "Effet anti-inflammatoire d’hydrolysats de protéines de surface ou intracellulaires de Streptococcus thermophilus obtenus après action de protéases digestives". Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2022. http://www.theses.fr/2022LORR0344.

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Abstract (sommario):

L'inflammation offre une protection contre les blessures, traumatismes ou infections causées par des cellules endommagées, des irritants ou des agents pathogènes. Ce processus élimine les agents nuisibles et les composants des tissus endommagés. Néanmoins, une inflammation chronique de bas grade est associée à diverses pathologies. L'alimentation pourrait être un levier d'action. En effet, des peptides bioactifs issus de protéines alimentaires pourraient moduler des facteurs clés de l'inflammation et retarder l'apparition de ces maladies chroniques. En outre, les bactéries lactiques, composantes des produits laitiers fermentés, présentent des propriétés anti inflammatoires in vitro et in vivo. Parmi elles, Streptococcus thermophilus (ST) est régulièrement consommée par une part importante de la population. Certaines souches de ST présentent une activité anti inflammatoire in vitro dont le mécanisme est inconnu. Dans ce travail, l'hypothèse a été émise que des peptides libérés après hydrolyse par des protéases digestives des protéines de surface ou intracellulaires de ST pourraient être impliqués dans cette activité. Des hydrolysats ont été obtenus après rasage des protéines de surface par la trypsine ou la pepsine suivi ou non d'une trypsinolyse. La caractérisation des peptides par spectrométrie de masse en tandem a montré que la majorité appartenait aux protéines de surface. L'activité anti-inflammatoire des hydrolysats a été évaluée dans deux modèles cellulaires enflammés. L'hydrolysat obtenu après rasage trypsique et trypsinolyse des protéines de surface de ST LMD 9 a significativement diminué la sécrétion de la cytokine pro inflammatoire IL 8 dans les cellules HT 29 stimulées par le lipopolysaccharide (LPS) et réduit la production d'IL 8 et de la cytokine pro-inflammatoire IL 1β ainsi que les niveaux d'expression protéique de Pro IL 1β et COX 2 dans les macrophages THP 1 stimulés par le LPS. Les peptides actifs pourraient être issus de la digestion de la protéase de surface PrtS. Pour vérifier cette hypothèse, des hydrolysats ont été préparés par rasage par la pepsine suivi ou non d'une trypsinolyse des protéines de surface de deux souches phénotypiquement distinctes de ST : LMD 9 (PrtS+) et CNRZ 21N (PrtS-). La modulation de IL 8, IL 1β, Pro IL 1β et COX 2 a été évaluée dans les macrophages THP 1 et celle de IL 8 dans les cellules HT 29, stimulés par le LPS. Les hydrolysats issus des deux souches ont montré une action anti inflammatoire mais avec des différences selon la souche, l'hydrolysat et la concentration. Néanmoins, même la souche dépourvue de la protéase PrtS montre une activité anti inflammatoire. Les peptides libérés à partir des protéines de surface de ST par des protéases du tractus gastro intestinal lors de la digestion d'un produit contenant cette bactérie pourraient exercer des effets anti-inflammatoires et réduire le risque de maladies chroniques liées à l'inflammation. Enfin, les protéines intracellulaires des souches LMD 9 et CNRZ 21N ont été récupérées par sonication et hydrolysées par la Corolase PP, un mélange de protéases pancréatiques. Les hydrolysats générés à partir d'une fraction de ces protéines issues des deux souches ont démontré une action anti-inflammatoire par modulation des médiateurs pro inflammatoires dans les macrophages THP 1 stimulés par le LPS. A notre connaissance, il s'agit de la première étude mettant en évidence l'activité anti-inflammatoire de peptides issus de protéines de surface et d'une fraction des protéines intracellulaires de ST. Ces paraprobiotiques ou postbiotiques, pouvant être libérés dans le tractus digestif du consommateur, pourraient participer à l'effet anti-inflammatoire global mis en évidence avec certaines souches et avoir des effets bénéfiques sur la santé humaine et ainsi constituer un ingrédient bioactif prometteur pour le développement d'aliments fonctionnels pour la prévention de l'inflammation de bas grade
Inflammation is a mechanism that provides protection against injury, trauma, or infection caused by damaged cells, irritants, or pathogens. This process removes harmful agents and damaged tissue components. Nevertheless, chronic low-grade inflammation is often associated with various pathologies. Diet could be a promising way of action. Indeed, bioactive peptides derived from the hydrolysis of dietary proteins could modulate key inflammatory factors and consequently delay the onset of these chronic diseases. Furthermore, lactic acid bacteria, components of fermented milk products, exhibit anti-inflammatory properties both in vitro and in vivo studies. Among them, Streptococcus thermophilus (ST) is regularly consumed by a significant part of the population. Studies have shown that some strains of ST display anti inflammatory activity in vitro with an unknown mechanism of action. In this work, it was hypothesized that peptides released after hydrolysis by digestive proteases of the surface or intracellular proteins of this bacterium could be involved at least partially in this activity. Firstly, hydrolysates were obtained by shaving surface proteins with trypsin or pepsin followed or not by trypsinolysis. The tandem mass spectrometry analysis indicated that the majority of the identified peptides belonged to the surface proteins of this bacterium. Secondly, the anti inflammatory activity of the hydrolysates was evaluated in two inflamed cell models. The hydrolysate obtained after tryptic shaving and trypsinolysis of surface proteins of ST LMD 9 significantly decreased the secretion of the pro-inflammatory cytokine IL 8 in lipopolysaccharide (LPS) stimulated HT 29 cells. The same hydrolysate also reduced production of IL 8 and of the pro-inflammatory cytokine IL 1β as well as protein expression levels of Pro IL 1β and COX 2 in LPS-stimulated THP 1 macrophages. It was proposed that the surface protease PrtS could be a source of active peptides during gastrointestinal digestion. To verify this hypothesis, hydrolysates were prepared by shaving with pepsin followed or not by trypsinolysis of the surface proteins of two phenotypically distinct strains of ST: LMD 9 (PrtS+) and CNRZ 21N (PrtS-). Modulation of pro-inflammatory mediators IL 8, IL 1β, Pro IL 1β and COX 2 was assessed in LPS-stimulated THP 1 macrophages and IL 8 in LPS stimulated HT 29 cells. The hydrolysates from the two strains showed an anti inflammatory action but modulation of all these inflammatory mediators was strain, hydrolysate, and concentration dependent. Interestingly, the strain lacking PrtS also showed anti-inflammatory activity. Therefore, peptides released from surface proteins of ST strains by proteases of the gastrointestinal tract during digestion of a product containing this bacterium could exert anti-inflammatory effects and thus could reduce the risk of inflammation related chronic diseases. Finally, the intracellular proteins of the LMD 9 and CNRZ 21N strains were recovered by sonication and hydrolysed with Corolase PP, a mixture of pancreatic proteases. Hydrolysates generated from a fraction of these proteins of both strains demonstrated anti inflammatory action by modulating some of the pro-inflammatory mediators in LPS stimulated THP 1 macrophages. To our knowledge, this is the first study demonstrating the anti inflammatory activity of peptides derived from surface proteins and a fraction of the intracellular proteins of ST strains. These paraprobiotics or postbiotics, likely to be released in the digestive tract of the consumer, could participate in the overall anti inflammatory effect of S. thermophilus which had been demonstrated with certain strains. They could display beneficial effects on human health and therefore could be a promising bioactive ingredient for the development of novel functional foods for the prevention of low grade inflammation

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Jonquières, Renaud. "Association de la protéine InlB à la surface de Listeria monocytogènes : conséquences sur l'invasion de cellules eucaryotes non-phagocytaires". Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077090.

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Hur, Sunyoung. "Molecular mechanism of barnacle adhesion : a structural approach and underlying biochemistry". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2022. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2022SORUS572.pdf.

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Abstract (sommario):

Les balanes adhèrent de manière robuste et permanente à divers substrats sous-marins grâce à de fortes interactions d’une couche complexe multiprotéique appelée « ciment ». Cependant, les interactions intermoléculaires responsables des fortes propriétés adhésives du ciment de bernacle restent mal comprises. Une hypothèse centrale de cette thèse est que les propriétés sous-marines du complexe cimentier sont intimement liées aux caractéristiques moléculaires des protéines de ciment (CP) formant le complexe de ciment. Des études antérieures ont montré que le ciment est fait de nanofibrilles de type amyloïde qui peuvent contribuer à l’adhérence. Cependant, la protéine responsable de la formation de ces nanofibrilles reste inconnue. Dans cette étude, les caractéristiques morphologiques à l’échelle nanométrique des protéines de ciment recombinantes (CP) de la balane Megabalanus rosa (MrCP19 et MrCP20, avec les chiffres indiquant un poids moléculaire de 19 kDa et 20 kDa respectivement) ont été caractérisées par la mesure du dichroïsme circulaire (CD), le test Thioflavin T (ThT), la microscopie à force atomique (AFM) et la microscopie électronique à transmission (TEM), suggérant le potentiel de former des structures nano-fibrillaires dans certaines conditions. Sur la base de la structure primaire et de la morphologie de surface des protéines, des études mécaniques, biochimiques et antimicrobiennes ont été menées pour comprendre les rôles uniques de ces protéines interfaciales sur la croissance des balanes et le processus d’attachement à la surface, par exemple la biominéralisation et le contrôle de la biodégradation. Les mesures effectuées à l’aide de l’appareil de force de surface (SFA) et de la microbalance à cristaux de quartz avec surveillance de la dissipation (QCM-D) ont montré que les interactions électrostatiques jouent un rôle clé dans l’adsorption et l’adhésion de surface de MrCP19 et MrCP20. En outre, l’influence mutuelle de la croissance de la plaque de base de bernacle (minéralisation de carbonate de calcium) et de la fibrillation de la protéine de ciment MrCP20 adjacente a été étudiée à l’aide de surfaces d’or fonctionnalisées monocouches (SAM) auto-assemblées, de spectroscopie Raman, de QCM-D, de spectromètre photoélectronique à rayons X (XPS) et de spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier à réflectance totale atténuée (ATR-FTIR). Parallèlement, l’influence du substrat externe adjacent à la protéine de ciment MrCP19 sur les cellules bactériennes présentes dans le biofilm sur les surfaces sous-marines en milieu marin a été démontrée à l’aide de différents tests microbiologiques, notamment le test de zone d’inhibition, le test de concentration minimale inhibitrice (CMI), la MET, l’étude de fluorescence, etc. Plus intéressant encore, une hypothèse intrigante concernant le processus de fibrillation amyloïde et l’activité antimicrobienne a été suggérée. Sur la base de ces examens préliminaires, les deux PC interfaciaux ont montré des responsabilités potentielles distinctes sur le tassement des bernacles, non seulement avec son adhérence, mais aussi avec d’autres rôles fonctionnels aux interfaces. Ces travaux amélioreront nos connaissances sur les contributions individuelles de MrCP19 et MrCP20 dans le complexe cimentier et donc dans la capacité globale d’adhésion sous-marine des balanes. À cet égard, la thèse vise à fournir des lignes directrices moléculaires pour le développement de mimiques polymères inspirés des PC (à base de peptides ou de protéines) à partir de ce système moléculaire bio-adhésif
Barnacles adhere themselves robustly and permanently to diverse underwater substrates through strong interactions of a multi-protein complex layer called the “cement”. However, the intermolecular interactions responsible for the strong adhesive properties of the barnacle cement remains poorly understood. A central hypothesis of this thesis is that underwater properties of the cement complex are intimately linked to the molecular characteristics of cement proteins (CPs) forming the cement complex. Previous studies have shown that the cement is made of amyloid-like nanofibrils that may contribute to adhesion. However, the protein responsible for the formation of these nanofibrils remain unknown. In this study, the nanoscale morphological features of recombinant cement proteins (CPs) from the barnacle Megabalanus rosa (MrCP19 and MrCP20, with the numbers indicating molecular weight of 19 kDa and 20 kDa respectively) were characterized by Circular Dichroism (CD) measurement, Thioflavin T (ThT) assay, Atomic Force Microscopy (AFM), and Transmission Electron Microscopy (TEM), suggesting the potential to form nano-fibrillar structures under certain conditions. Based on the proteins’ primary structure and surface morphology, mechanical, biochemical, and antimicrobial studies were conducted to understand the unique roles of these interfacial proteins on barnacle growth and surface attachment process, for instance biomineralization and biodegradation control. Measurements using Surface Force Apparatus (SFA) and Quartz Crystal Microbalance with Dissipation monitoring (QCM-D) illustrated that electrostatic interactions play a key role in surface adsorption and adhesion of MrCP19 and MrCP20. In addition, the mutual influence of barnacle base plate growth (calcium carbonate mineralization) and the adjacent cement protein MrCP20 fibrillation was investigated using self-assembled monolayer (SAM) functionalized gold surfaces, Raman spectroscopy, QCM-D, X-ray photoelectron spectrometer (XPS), and Attenuated total reflectance Fourier transform infrared spectroscopy (ATR-FTIR). Concurrently, the influence of the external substrate adjacent cement protein MrCP19 on bacteria cells which are present in biofilm on underwater surfaces in marine environment was demonstrated using different microbiology tests including zone of inhibition test, Minimum inhibitory concentration (MIC) assay, TEM, fluorescence study, and so on. More interestingly, an intriguing hypothesis regarding amyloid fibrillation process and antimicrobial activity was suggested. Based on these preliminary examinations, the two interfacial CPs showed distinctive potential responsibilities on barnacle settlement not only with its adhesion but also with other functional roles at the interfaces. This work will improve our knowledge about individual contributions of MrCP19 and MrCP20 in cement complex and hence in overall underwater adhesion capacity of barnacles. In this regard, the thesis aims at providing molecular guidelines towards the development of CPs inspired polymeric (peptide or protein based) mimics from this bio-adhesive molecular system

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Daumas, Frédéric. "Diffusion latérale du récepteur ư aux opioi͏̈des analysée par suivi de particule unique à la surface de cellules vivantes : relation organisation dynamique-fonction". Toulouse 3, 2002. http://www.theses.fr/2002TOU30180.

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Abstract (sommario):

Les étapes membranaires de la transduction du signal médiée par les récepteurs couplés aux protéines G ne sont pas complètement compris. Grâce à une approche de suivi de particule unique nous avons étudié la diffusion latérale du récepteur æ au opioi͏̈des à la surface de fibroblastes transfectés de façon stable par un récepteur " taggé ". Nos travaux ont permis de distinguer deux types de comportements diffusionnels : 10 % des récepteurs présentent une diffusion dirigée ou lente et 90 % une diffusion " confinée avec marche " combinant une diffusion confinée aux temps courts et une marche aléatoire aux temps longs. Une analyse statistique montre que le confinement observé est dû à des interactions attractives inter-protéines à longue distance en l'absence de barrières extra ou intra-membranaires. Nous proposons un modèle théorique simple qui explique les comportements diffusionnels aux temps courts et aux temps longs ainsi que les variations des coefficients de diffusion avec la taille des domaines. .
G protein coupled receptors are involved with other partners in a signal transduction pathway whose mechanism is still not completely understood. We used single particle tracking to study the real time lateral movements of the æ opioid receptor on the surface of fibroblast cells stably transfected by a T7-tagged æ opioid receptor. Two populations could be distinguished : 10% of the receptors exhibit a directed diffusion mode and 90% have a "walking confined diffusion" mode combining a short term confined diffusion with a long term random walk. .

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Vincent, Patrick. "Trafic intracellulaire des phospholipides du système endomembranaire chez un végétal supérieur Allium porrum L. : étude de la relation synthèse-transport de la phosphatidylsérine à la surface cellulaire. Caractérisation chez ce végétal d'ADNc codant pour des protéines membres potentiels de la famille des SNAREs Ykt6p, impliquée dans le transport RE-Golgi". Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28816.

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Abstract (sommario):

Les travaux présentés dans ce mémoire concernent l'étude de la biogenèse de la membrane plasmique des végétaux supérieurs, sur le modèle des plantules étiolées d'Allium porrum. La membrane plasmique des eucaryotes est nrichie en phosphatidylsérine, où elle joue un rôle fondamental dans diverses activités biologiques, notamment dans le trafic membranaire mettant en relation la cellule avec le milieu extracellulaire. Les études menées sur la relation entre la synthèse et le transport de la phosphatidylsérine à la surface cellulaire ont permis d'envisager le fait que ce phospholipide peut y avoir une double origine : vésiculaire, en provenance de la voie réticulum endoplasmique-Golgi-membrane plasmique, par une activité de synthèse à la surface cellulaire. Les espèces à acides gras à très longues chaînes sont triées et acheminées prioritairement vers la voie de sécrétion. Elles sont synthétisées en amont dans le réticulum endoplasmique par une activité d'échange de base, mais également dans la membrane plasmique avec la même activité enzymatique. Afin de caractériser des vésicules riches en phosphatidylsérine, formées et isolées dans un système acellulaire à partir du réticulum endoplasmique, des travaux ont été initiés sur la recherche d'ADNc codant pour des protéines membres potentiels de la famille des SNAREs Ykt6p. Chez l'animal et la levure, cette famille est impliquée dans le ciblage spécifique des vésicules issues du RE et destinées à l'appareil de Golgi
The work presented in this thesis concerns the study of the biogenesis of the plasma membrane in higher plants, on the model of Allium porrum. The plasma membrane of the eukaryotes is enriched in phosphatidylserine, where it plays a fundamental role in various biological activities, notably in the membrane traffic, allowing for exchanges in the extracellular environment. The studies carried out on the relationship between the synthesis and the transport of this phospholipid to the cellular surface, have demonstrated that there may be two different origins : vesicular, through the endoplasmic reticulum-Golgi apparatus pathway, and locally, by synthesis activity on the plasma membrane. Very long chain fatty acid species are sorted and directed in priority towards the secretion pathway. They are synthetized in the endoplasmic reticulum by a Base exchange activity, but also at the cellular surface with the same enzyme activity. In order to characterise vesicles which are rich in phosphatidylserine, formed and isolated from the endoplasmic reticulum in an cell-free system, studies have been carried out on the research of cDNA coding for proteins which are potentially members of Ykt6p SNAREs. In animals and yeast cells, this family is involved in the specific targeting of vesicles which come from the endoplasmic reticulum and which are to be used in the Golgi apparatus

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Rouhana, Jad. "Etude et modulation des interactions protéine-protéine : l’activation de la petite protéine G Arf1 par son facteur d’échange Arno". Thesis, Montpellier 1, 2013. http://www.theses.fr/2013MON13507/document.

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Abstract (sommario):

Arf1 est une petite protéine G (pG), essentiellement impliquée dans le trafic vésiculaire. Arf1 oscille entre deux conformations, l'une active liée au GTP et l'autre inactive associée au GDP. Arno est un des facteurs d'échange (GEF) capable d'activer Arf1 en stimulant l'échange GDP/GTP. Suractivée dans les cellules invasives du cancer du sein, Arf1 joue un rôle important dans la migration et la prolifération des cellules cancéreuses.Le but de ma thèse s'inscrit dans l'étude et la modulation de l'interaction pG-GEF, et plus spécifiquement, le couple Arf1-Arno. Mon travail a été planifié autour de deux axes: (1) L'étude fine de l'interaction entre Arf1 et Arno, et sa modulation avec un inhibiteur connu la Bréféldine A (BFA). (2) La mise en place d'une stratégie de conception d'inhibiteurs de l'interaction protéine-protéine du couple Arf1-Arno.Dans un premier temps, nous avons mis en place une méthode basée sur la résonance plasmonique de surface (SPR) permettant la détermination des paramètres cinétiques de l'interaction entre Arf1 et Arno. Nous avons précisé aussi les conséquences des partenaires allostériques (GDP, GTP, et Mg2+) et de la BFA sur les paramètres cinétiques de l'interaction. Ceci a permis une analyse fine de la régulation allostérique et du mode d'action de la BFA. Appliquée à d'autres inhibiteurs, cette méthode permettra d'examiner leur mécanisme d'inhibition.Dans la deuxième partie j'expose, la stratégie que nous avons utilisé pour la conception rationnelle d'inhibiteur de l'interaction entre Arf1 et Arno. Elle est basée sur le criblage virtuel de fragments au niveau des résidus clé « hotspots » de l'interaction, la validation des molécules-touches par des techniques biophysiques, et l'élimination de molécules artefacts. Les structures des complexes fragments-Arno ont été résolues, ce qui confirme la validité de cette stratégie ouvrant la voie vers l'optimisation moléculaire pour obtenir des inhibiteurs plus efficaces
Arf1 is a small GTPases, essentially involved in the vesicular traffic. Arf1 switch between two conformations, an active form bound to GTP and an inactive form bound to GDP. Arno is one of the exchange factors (GEF) that can activate Arf1, through its catalytic Sec7 domain, promoting the exchange of GDP by GTP. Activated in breast cancer cells, Arf1 plays an important role in the migration and proliferation of cancer cells.The aim of my thesis was the study and the modulation of the interaction between small G proteins and their GEFs, more precisely the Arf1-Arno interaction. My work has been planned around two axes: (1) the study of the interaction between Arf1 and Arno, and its modulation with a known inhibitor Brefeldin A (BFA). (2) The development of a rational strategy for designing inhibitors of protein-protein interaction for the Arf1-Arno complex.In the first part of my PhD work, we set up a Surface Plasmon Resonance (SPR) method allowing to determine the kinetic parameters of the interaction between Arf1 and Arno. We also studied the effects of allosteric partners such as GDP, GTP and Mg2+ as well as the known uncompetitive inhibitor (Brefeldin A). This SPR approach allowed a very informative analysis at qualitative and quantitative levels of the various complexes taking place during the exchange reaction that should help to solve the inhibitory mechanism for the known inhibitors reported in the literature. In the second part of my thesis, we propose a strategy for targeting the interaction between Arf1and Arno. This approach is based on virtual screening of fragments at hotspot regions. Using biophysical techniques such fluorescence techniques, SPR, NMR and X-Ray crystallography, we identified and validated Hits, showing by crystallographic structural data their modes of interaction with the target protein Arno. A fluorescence polarization test was also developed to identify false positive fragments to eliminate promiscuous aggregators. Taken together, our work proposes a method based on SPR allowing the study of known inhibitors of GEFs, understanding at molecular level their mode of action. We also propose a general strategy for finding Hit fragments that designing competitive inhibitor of the interaction small G protein with its GEFs, that can be the scaffold for designing more powerful inhibitors

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Thakar, Dhruv. "Surfaces biomimétiques pour caractériser les interactions induites par les glycosaminoglycanes aux niveaux moléculaire, supramoléculaire et cellulaire". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAV005/document.

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Abstract (sommario):

L'adhésion contrôlée et la migration orientée des cellules est fondamentale pour plusieurs processus physiologiques et pathologiques. Une famille de polysaccharides linéaires, connus sous le nom de glycosaminoglycanes (GAG) est impliquée dans l'organisation et la présentation des protéines de signalisation, les chimiokines, à la surface des cellules et dans la matrice extracellulaire (ECM). Les travaux concernent le développement de surfaces biomimétiques bien définies aux niveaux moléculaires et supramoléculaires pour l‘étude des mécanismes d'intéractions protéines-GAG et l'analyse de la réponse cellulaire à des signaux biochimiques et biophysiques spécifiques. L'objectif de cette étude est de mieux comprendre les communications cellule-cellule et cellule-matrice induites par les GAGs.En utilisant la ligation oxime, les GAGs peuvent être fonctionnalisés de manière stable par la biotine à leur extrémité réductrice, ce mode de couplage s'est avéré déterminant pour préparer des surfaces fonctionnalisées par les GAGs de manière stable. Une monocouche de streptavidine est utilisée comme plateforme modulable pour assembler séquentiellement les molécules biotinylées, avec une orientation et des densités de surface contrôlées. Des GAGs (les héparane sulfate (HS), en particulier), des chimiokines et d'autres composants de l'ECM (par exemple un ligand d'adhésion cellulaire, RGD) ont été assemblés reconstituant certains aspects des surfaces in vivo (cellules ou de l'ECM). La microbalance à quartz (QCM-D) et l'ellipsométrie spectroscopique nous ont permis de caractériser et de contrôler la présentation supramoléculaire du HS et du RGD. Ces surfaces modèles ont été utilisées pour étudier les interactions supramoléculaires entre le HS et la chimiokine SDF-1α/CXCL12α facteur d'origine stromale et pour analyser les réponses cellulaires aux signaux extracellulaires. Nos données apportent la preuve que la chimiokine, CXCL12α rigidifie les assemblages de HS, et que cet effet est dû à la réticulation des chaînes de HS induite par la protéine. La cinétique des interactions HS-chimiokine a été quantifiée en utilisant la résonance plasmonique de surface (SPR). Nous avons également démontré que le mode de présentation de la chimiokine sur la surface, en particulier la présence des HS, influence le comportement des myoblastes. Nos données montrent que les récepteurs cellulaires CXCR4 (récepteur de la CXCL12α) et l'intégrine (récepteur du RGD) peuvent agir en synergie pour contrôler l'adhésion et la migration cellulaire. Ces surfaces modèles fournissent des indications précieuses qui pourront être appliquées au domaine de la glycobiologie, par exemple, pour étudier le rôle des GAGs dans la migration cellulaire induite par les chimiokines
The oriented migration and controlled adhesion of cells is fundamental to many physiological and pathological processes. A family of linear polysaccharides, known as glycosaminoglycans (GAGs), help organizing and presenting signaling proteins, so-called chemokines, on the cell surface and in the extracellular matrix thus regulating cellular behavior. The objective of this PhD thesis was to develop biomimetic surfaces that are highly defined and tunable, for mechanistic studies of GAG-protein interactions on the molecular and supramolecular levels, and to probe cellular responses to defined biochemical and biophysical cues to better understand GAG-mediated cell-cell and cell-matrix communications.Applying oxime ligation, GAGs could be stably functionalized with biotin at the reducing end, and these features proved crucial for the reliable preparation of GAG-functionalized surfaces. A streptavidin monolayer served as a ‘molecular breadboard' to sequentially assemble biotinylated molecules with controlled orientation and surface densities. GAGs (heparan sulfate (HS) in particular), chemokines and other ECM components (e.g. integrin ligands promoting cell adhesion, RGD) were assembled into multifunctional surfaces that recapitulate selected aspects of the in vivo situation. Quartz crystal microbalance (QCM-D) and spectroscopic ellipsometry permitted us to characterize and control the supramolecular presentation of HS and RGD. These model surfaces were used to study the supramolecular interactions between HS and the selected chemokine stromal derived factor SDF-1α/CXCL12α and to analyze cellular responses to extracellular cues. Our data provide evidence that CXCL12α binding rigidifies HS assemblies, and that this effect is due to protein-mediated cross-linking of HS chains. The kinetics of chemokine binding to HS was quantified using surface plasmon resonance (SPR). We also demonstrate that the way in which the chemokine is presented, and in particular the presence of HS, is important for regulating myoblast behavior. Our data shows that the cell surface receptors CXCR4 (the CXCL12α receptor) and integrins (the RGD receptor) can act synergistically in controlling cellular adhesion and migration. These surfaces can generate novel insights in the field of glycobiology, e.g. in dissecting the function of GAGs in chemokine-mediated cellular migration

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Rascol, Estelle. "Etude des propriétés de surface de nanoparticules à l’interface avec les fluides biologiques et les membranes cellulaires". Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONT3516/document.

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Abstract (sommario):

L’objectif principal de ces travaux de thèse était de comprendre l’impact de la chimie de surface de NPs lors de leur interaction avec des interfaces biologiques. Deux sortes de NPs cœurs-coquilles ont été étudiées : des NPs sphériques de silice mésoporeuse Fe3O4@MSN de 100 nm de diamètre, contenant un cœur magnétique et des NPs composées d’analogues de bleu de Prusse (ABP) de formes cubiques (BP), cuboïdes (FeNi), ou polyédriques Au@BP contenant un cœur d’or, de tailles comprises entre 47 et 67 nm. Ces NPs différent par leur taille, leur composition chimique et leur forme. Les NPs de silice mésoporeuse, particulièrement étudiées ces dernières années pour leurs potentielles applications médicales, ont été choisies pour estimer la pertinence du recours à des modèles membranaires supportés pour l’évaluation de la sécurité biologique de nanomatériaux pour la santé. Les NPs Fe3O4@MSN ont été synthétisées de façon homogène et reproductible. Ces NPs ont ensuite été fonctionnalisées, par greffage de groupements PEG sur la silice, ou recouvertes avec une bicouche lipidique. L’influence des propriétés de surface sur la stabilité en suspension de ces NPs a été caractérisée dans différents milieux. Les effets de ces NPs sur la viabilité cellulaire et la cinétique d’internalisation ont été suivis sur une lignée cellulaire d’hépato-carcinome humain HepG2. Afin d’appréhender la relation entre les propriétés de surface des NPs et leurs effets sur les cellules, l’interaction des NPs avec des modèles membranaires a été étudiée. Les interactions des NPs avec des modèles membranaires ont été suivies par microbalance à quartz (QCM-D) et résonance plasmonique de surface (RPS). Les NPs fonctionnalisées sont plus rapidement internalisées que les NPs natives, en particulier les NPs recouvertes de bicouches lipidiques, mais sont moins toxiques pour les cellules HepG2. La présence de protéines de sérum de veau fœtal induit la formation d’une couronne de protéines qui influence l’interaction des NPs natives avec les membranes. Par contre, les groupements PEG ou le recouvrement lipidique forment un encombrement stérique limitant l’adhésion des protéines à la surface, qui n’influencent donc pas l’interaction des NPs avec les membranes. D’autre part, les NPs d’ABP ont été recouvertes avec des bicouches lipidiques. Les NPs polyédrique Au@BP contiennent un cœur d’or pour leur conférer des propriétés plasmoniques. La forme des NPs, sphériques, cubiques, cuboïdes ou polyédriques, n’influence pas le recouvrement lipidique. Ces différentes NPs, agrégées à 150 mM de NaCl, sont stabilisées en suspension par la formation d’une bicouche lipidique supportée en surface. L’influence de la forme sur la sécurité biologique des NPs peut ainsi être étudiée, celles-ci ayant des propriétés de surface communes mais différentes formes
This work is a part of a multidisciplinary project focused on the safety of nanoparticles (NPs) developed for theranostic applications. The goal of this thesis is to investigate the role of surface chemistry of NPs at the biological interface. Two types of core-shell NPs have been studied: spherical mesoporous silica Fe3O4@MSN, with a diameter of 100 nm and a magnetic core, and cubic, cuboid and polyhedral NPs composed of Prussian blue analogous, presenting sizes comprised between 47 and 67 nm. The polyhedral Prussian blue NPs Au@BP contain a gold core. The NPs present different sizes, shapes and chemical compositions. Mesoporous silica NPs (MSN), particularly studied for their potential medical applications, have been used to evidence the relevance of model membranes to investigate NPs safety. First, Fe3O4@MSN were homogeneously synthesized, in reproducible 100 mg batches. These NPs have been functionalized by PEG grafting and lipid coating. The influence of the surface properties on the NPs stability have been characterized in various media. A human hepatocarcinoma cell line HepG2 have been used to measure the cell viability and observe the uptake kinetics when the cells are incubated with Fe3O4@MSN. To rely the surface properties of the NPs to their cell effects, the interaction of NPs with membrane models have been studied. Quartz crystal microbalance with dissipation monitoring (QCM-D) and surface plasmon resonance (RPS) were used to follow NPs-model membrane interactions. Functionalized NPs were uptaken faster than the bare ones, in particular lipid coated NPs, but were less cytotoxic for HepG2 cells. The presence of fetal calf serum proteins reduces the interaction of bare Fe3O4@MSN with model membranes, due to the protein corona that formed around the NPs. However, the presence of proteins doesn’t change NPs-model membranes interactions when NPs are functionalized by PEG grafting or coated with a lipid bilayer. The PEG groups and the lipid bilayers constitute a steric barrier which reduces the protein adhesion at the NPs surfaces. On the other hand, Prussian blue analogous NPs were also coated with lipid bilayers. The golden core of the polyhedral one’s confers localized plasmon properties. The lipid bilayer coating is equally performed on spherical, cubic, cuboid or polyhedral shapes of the various NPs. These different NPs are aggregated in high ionic strength conditions, with 150 mM NaCl, but dispersed when coated by lipid bilayer. The influence of the shape on the safety of the NPs may be compared, using these NPs with common surface coating but various shapes

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Bacart, Johan. "Oligomérisation des récepteurs à la leptine". Lille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL2S013.

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Abstract (sommario):

La leptine, une hormone sécrétée par le tissu adipeux, est responsable du phénomène de satiété grâce à l’activation de son récepteur (OB-R). Chez l’Homme, Il existe 4 isoformes du récepteur à la leptine obtenues par épissage alternatif du même gène (OB-Ra, b, c, et d). Elles ont toutes en commun leur domaine extracellulaire et membranaire mais divergent au niveau de la taille de leur domaine cytoplasmique. OB-Rb, la forme longue du récepteur, joue un rôle majeur dans l’obésité en activant les voies de signalisation responsable de l’homéostasie lipidique. OB-Ra, c, et d, les formes courtes ont un rôle encore mal connu. La Co-expression des formes courtes avec OB-Rb dans des tissus clé de l’obésité ainsi que leur grande homologie de séquence laissent penser à une interaction entre les isoformes. Il est bien établi que les récepteurs à la leptine homodimerisent de façon constitutive grâce à leur partie extracellulaire. Cependant, l’existence d’interactions entre la forme longue et les formes courtes d’OB-R n’a jamais pu être clairement démontrée malgré l’identité de séquence qui existe entre leurs domaines extracellulaires capables de dimériser même sous forme soluble. Nous avons donc entrepris de mettre en évidence cette interaction dans des cellules vivantes par l’utilisation du BRET (Bioluminescence Resonance Energy Transfer). Cette technique repose sur la détection d’une interaction entre deux partenaires par un transfert d’énergie de type Förster entre un donneur et un accepteur d’énergie associés aux protéines d’intérêt. Comme attendu, les récepteurs à la leptine homodimerisent, mais hétérodimèrisent aussi. Nos résultats montrent que les isoformes courtes interagissent avec OB-Rb de manière constitutive dans des cellules vivantes. Ces interactions sont très instables et disparaissent lorsque les protéines sont solubilisées dans les mêmes conditions que lors des expériences de coimmunoprécipitation de récepteurs membranaires suggérant que l’absence de preuves antérieures de leur existence résulte probablement des techniques employées. De plus contrairement aux homodimères, alors qu’environ 90% des récepteurs sont à l’intérieur de la cellule, les interactions entre la forme longue et les formes courtes d’OB-R ne sont détectées qu’à la surface cellulaire où ils répondent à la leptine. Ceci suggère donc que ces complexes ne se forment qu’à la membrane plasmique et pourraient avoir un rôle fonctionnel dans les voies de signalisation. Ainsi nos résultats suggèrent que lors de la synthèse, les différentes isoformes d’OB-R s’associent en homodimères, atteignent la membrane et se regroupent en complexes formés de plusieurs homodimères. La leptine provoquerait non seulement un changement de conformation des homodimères comme déjà montré, mais également un rapprochement des homodimères entre eux au sein de ces complexes. En conclusion, cette existence d’oligomères entres les isoformes du récepteur à la leptine conduit à une réinterprétation des données de la littérature, et rend nécessaire un changement de la vision des fonctions des formes courtes et longues des OB-R et de leur impact dans l’obésité
Leptin also called the satiety hormone is mainly produced by adipose tissue and regulate energy balance via the activation of its receptor (OB-R). In human, four isoforms of OB-R are produced by alternative splicing of a unique gene (OB-Ra, b, c, and d). These receptors share the same extracellular and transmembrane domain but have distinct cytoplasmic tails. While the long isoform OB-Rb, plays an essential role in obesity by regulating key signaling pathways implicated in lipid homeostasis, short isoforms (OB-Ra, c, d) functions are still unclear. Co expression of OB-Ra with OB-Rb in key tissue for regulation of obesity, and the shared extracellular and transmembrane domain between the different isoforms, allow us to investigate physical interaction between OB-R isoforms. It is well established that the shared extracellular domain of OB-R isoforms constitutively forms homodimers even in their soluble form. However, interactions between shorts and longs isoforms have not been clearly demonstrated and remain controversial. We have tried to demonstrate these interactions using the BRET (Bioluminescence Resonance Energy Transfer) technology. This method based on a Förster resonance energy transfer between an energy donor and an energy acceptor allows the monitoring of protein-protein interaction in living cells. Our results clearly demonstrate that the different OB-R isoforms homodimerize but also that shorts forms constitutively interact with OB-Rb in living cells. These are weak interactions, indeed disrupted when proteins are solubilized using similar experimental conditions used in co-immunoprécipitation of membrane receptor. The lack of evidence of these interactions in previous reports may then results from chosen methods and most particularly by the involved solubilization step. Unlike homodimers that are present in intracellular membrane and at the cell surface, shorts and longs isoforms are monitored only at the cell surface where they respond to leptin stimulation. This suggests that these complexes are only able to form at the plasma membrane and should have a functional role in signaling. Hence, our results suggest that OB-R isoforms form homodimers during biosynthesis, reach the cell surface where OB-R homodimers cluster in complexes. Leptin stimulation could lead to a conformational change in constitutive homodimers as previously shown, but also to a recruitment of preformed dimers in tetrameric complexes including some short and long isoforms dimers. To conclude, these OB-R heterodimers imply a critic discussion of published datas and may open new perspectives on the real impact of short and long OB-T isoforms on obesity

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Cordier, Baptiste. "Compréhension des processus cellulaires associés à l' enveloppe de Bacillus subtilis : GluP, une protéase intramembranaire impliquée dans la dégradation des protéines membranaires & CmmB, un cofacteur de la synthèse de la paroi bactérienne". Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4006.

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Abstract (sommario):

L'enveloppe cellulaire bactérienne joue plus qu'un rôle de barrière d'échange. Elle est au coeur des processus cellulaires essentiels comme la morphogenèse et la division. Cette structure abrite environ un quart des protéines codées par le génome. Le but de mon travail a été de mieux comprendre le rôle de deux protéines membranaires dans la construction et la dynamique de l'enveloppe chez Bacillus subtilis. GluP est une protéase intramembranaire rhomboïde. Ces protéases clivent des segments transmembranaires dans la membrane afin de moduler l'activité de diverses protéines. Elles participent à de nombreux processus cellulaires chez les eucaryotes. Cependant, les fonctions biologiques des rhomboïdes procaryotes sont pour l'heure presque totalement inconnues. Nos résultats suggèrent que GluP participe au contrôle qualité des protéines membranaires à la manière des pseudo-rhomboïdes associées au système ERAD eucaryote. Elle forme un complexe avec FtsH, une protéase majeure du contrôle qualité des protéines. Ce complexe est impliqué dans la dégradation d'un substrat de rhomboïde. Le rôle de GluP serait de permettre la dislocation du segment transmembranaire et faciliter la prise en charge du substrat par FtsH. Le second projet auquel j'ai participé a consisté à comprendre le rôle de la protéine CmmB dans la morphogenèse. Son absence conduit à une morphologie cellulaire élargie. CmmB semble faire partie de la machinerie de synthèse du peptidoglycane au cours de l'élongation de la paroi. Elle serait nécessaire au bon fonctionnement d'une ou de plusieurs penicillin-binding proteins (PBPs). En particulier, nous proposons que CmmB est un cofacteur de la transpeptidase PBP2a
The bacterial cell envelope is an obligatory barrier. It is a fundamental component in essential cellular processes such as morphogenesis and cell division. It hosts about a quarter of the proteins encoded in the genome. My work was aimed at understanding the function of two membrane proteins in the building and the dynamics of the cell envelope in the model bacterium Bacillus subtilis.GluP is a rhomboid intramembrane protease. Usually, rhomboids cleave transmembrane segments within the membrane to modulate protein functions. In eukaryotes, they participate in many cellular processes and their dysfunction lead to several pathologies. However, prokaryotic rhomboid functions remain almost totally unknown. Our results suggest that GluP is involved in bacterial membrane protein quality control, in a process akin to pseudo-rhomboid dependent endoplasmic reticulum associated protein degradation in eukaryotes. GluP forms a complex with FtsH, a major protease in protein quality control. That complex is not involved in the cleavage of a membrane substrate but in its degradation. We propose that GluP is required for the dislocation of the transmembrane segment, thus facilitating full-length substrate degradation by FtsH in the cytoplasm. My thesis second objective was to understand the role of the CmmB protein in morphogenesis. The absence of CmmB leads to slightly enlarged cells. CmmB seems to belong to the peptidoglycan synthesis machinery for cell-wall elongation. Our data support the idea that it is required for the proper activity of one or several penicillin-binding proteins (PBPs). In particular, we propose that CmmB is a cofactor of the PBP2a transpeptidase

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Zoccola, Didier. "Étude des molécules de surface du lymphocte T impliquées dans les phénomènes d'adhésion cellulaire : étude des relations structure-fonction de la molécule E2". Nice, 1993. http://www.theses.fr/1993NICE4698.

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Abstract (sommario):

Les interactions cellulaires entre le lymphocyte T et les autres molécules de l'organisme sont d'une importance cruciale pour le bon fonctionnement du système immunitaire. Nous nous sommes plus particulièrement intéressés à une molécule de surface de 32 kda, nommée e2, précédemment caractérisée au laboratoire grâce à des anticorps monoclonaux diriges contre elle. Cette molécule est le produit du gène mic2, premier gène pseudoautosomal décrit. La molécule e2 n'est pas restreinte à la surface des lymphocytes T ; elle est aussi détectée sur les monocytes, les érythrocytes et sur des cellules de lignées non hématopoïétiques. Le travail présente dans cette thèse a permis la caractérisation d'un nouvel épitope pour la molécule de surface e2. Cet épitope d44, permet de différencier plusieurs sous-populations lymphocytaires T et notamment la population cd8 cytotoxique. Nous avons pu, d'autre part, démontrer l'importance de cette molécule dans les phénomènes d'adhésion en induisant grâce à des anticorps spécifiques, o662 et l129, une agrégation homotypique des cellules exprimant e2. Nous avons caractérisé les épitopes impliqués dans les phénomènes d'adhésion et définis par ces anticorps. Ces épitopes, très proches l'un de l'autre, définissent une région de la molécule capable d'entrer en interaction directe avec un ligand comme le démontrent des expériences de fixations de peptides sur des cellules. Ces dernières expériences ainsi que des expériences utilisant la molécule e2 purifiée ont permis la mise en évidence d'un ligand d'environ 150 kda pour la molécule e2. Enfin l'effet des anticorps o662 et l129 sur la répartition des phospholipides membranaires à l'intérieur de la bicouche lipidique fournit un premier indice pour la caractérisation des mécanismes mis en jeu dans les phenomenes d'adhésion médiés par la molécule e2. En parallèle avec ces études sur la molécule e2, nous avons démontré l'importance de la molécule cd45 dans les phenomenes d'adhésion en induisant une agrégation homotypique dépendant de la voie lfa-1/icam-3 grâce à des anticorps dirigés contre cd45r0

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Demanga, Galamo Corine Josiane. "Analyse méthodique d'une nouvelle famille de protéines de Plasmodium falciparum en vue de la définition de constructions vaccinales polyantigéniques anti-paludiques". Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066157.

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Cantaloube, Jean-François. "Etudes immunologiques et génétiques du récepteur du C3d et du virus d'Epstein-Barr, l'antigène CD21". Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20066.

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Abstract (sommario):

Le cr2 est une glycoproteine membranaire de 140 kda reconnue par les anticorps monoclonaux (acm) appartenant a la classe de differenciation 21 (cd21). Cette molecule sert aussi de recepteur pour le virus d'epstein-barr (ebv), un virus humain causant la mononucleose infectieuse, des lymphomes polyclonaux b et est associe au lymphome de burkitt et au cancer du nasopharynx. Des fibroblastes de souris exprimant un antigene cd21 ayant garde la capacite de fixer le c3d et l'ebv ont ete isoles apres transfection avec de l'adn de cellules raji. La presence du gene humain et du produit de sa transcription a ete verifiee et une glycoproteine de 140 kda similaire a celle trouvee dans les cellules raji a ete immunoprecipitee avec des acm du cd21 et est restee fonctionnelle puisque le c3d et l'ebv se fixent efficacement sur ces cellules. Cet antigene ne suffit pas pour permettre l'infection de ces cellules par l'ebv puisque nous n'avons pu detecter la presence des antigenes du virus apres infection; une proteine probablement membranaire est donc critique pour l'internalisation du virus. D'autre part, nous avons obtenu des acm cd21 qui ont permis l'etude de l'expression de cet antigene sur differentes lignees cellulaires t et b, de decrire sept domaines epitopiques distincts presents sur cette molecule et de constater une augmentation de l'affinite du domaine responsable de la fixation du virus d'epstein-barr apres l'incubation de l'antigene cd21 avec des acm reconnaissant d'autres epitopes de cet antigene

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Terrasse, Rémi. "La glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase, une protéine de la glycolyse présente à la surface cellulaire, est impliquée dans la reconnaissance par le système du complément chez Streptococcus pneumoniae". Thesis, Grenoble, 2013. http://www.theses.fr/2013GRENV061/document.

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Abstract (sommario):

Streptococcus pneumoniae est un pathogène humain majeur causant des pneumonies, méningites et septicémies. Pour assurer sa survie et sa dissémination le pneumocoque déploie un ensemble de facteurs de virulence favorisant l'invasion des tissus et l'évasion du système immunitaire. Une classe particulière de protéines dites « moonlighting », ne sont associées à aucun système d'export connu et pourtant se trouvent localisées en surface du pneumocoque. Les protéines « moonlighting » sont des protéines cytoplasmiques conservées, localisées dans divers compartiments cellulaires et présentant des fonctions additionnelles. La glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase (GAPDH) est retrouvée en surface de nombreuses cellules et exerce divers rôles dans les processus de virulence d'organismes pathogènes. La GAPDH de surface du pneumocoque agit comme un facteur de virulence en recrutant le plasminogène / la plasmine de l'hôte, ce qui facilite l'invasion bactérienne à travers la matrice extracellulaire et les barrières endothéliales et épithéliales. Cependant, les mécanismes permettant l'export et la fixation de la GAPDH à la surface de la bactérie n'avaient pas encore été découverts. Ce travail démontre que la GAPDH est relarguée par lyse cellulaire et s'associe au peptidoglycane. C1q, un composant clé de la voie classique du complément, est un acteur majeur dans la réponse aux infections microbiennes et peut également détecter des éléments nocifs du soi-altéré comme les cellules apoptotiques. L'usage d'approches expérimentales complémentaires a permis d'identifier la GAPDH comme un partenaire de C1q quand elle est exposée en surface de S. pneumoniae et de cellules apoptotiques humaines. Néanmoins et de manière plutôt inattendue, seule la GAPDH du pneumocoque active la cascade du complément à la différence de la protéine homologue humaine. Ces résultats encouragent la poursuite d'études afin de comprendre comment la reconnaissance par C1q de deux protéines très proches peut conduire à de telles différences sur ses propriétés d'activation du complément
Streptococcus pneumoniae is a major human pathogen, which causes pneumonia, meningitis and septicemia. To insure its survival and dissemination, the pneumococcus deploys an array of virulence factors promoting invasion of tissues and evasion from the immune system. A particular class of proteins not associated with any known export system, the moonlighting proteins, is found at the pneumococcal surface. Moonlighting proteins are conserved cytoplasmic metabolic enzymes or molecular chaperones localized in various cellular compartments and exhibiting additional functions. The glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) is found at the surface of numerous eukaryotic and prokaryotic cells, and display diverse roles in the virulence processes of pathogenic organisms. The pneumococcal surface GAPDH acts as a virulence factor by binding to host plasminogen/plasmin, which facilitates the bacterial invasion through the extracellular matrix and the endothelial and epithelial cell barriers. However, the mechanisms leading to the GAPDH export and binding to the bacterial surface had not been deciphered yet. This work demonstrates that the GAPDH is released upon cell lysis and associates with the peptidoglycan. C1q, a key component of the classical complement pathway, is a major player in the response to microbial infection and has been shown to detect noxious altered-self substances such as apoptotic cells. The use of complementary experimental approaches allowed the identification of the GAPDH as a C1q partner when exposed at the surface of S. pneumoniae and human apoptotic cells. However, and rather unexpectedly, the pneumococcal GAPDH activates the complement cascade unlike the human one. Those results encourage further studies in order to understand how C1q recognition of two closely related proteins can lead to such striking differences on its complement activation properties

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Six, Anne. "Caractérisation moléculaire et fonctionnelle de la protéine Srr2 et rôle dans l’hypervirulence du clone ST-17 de Streptococcus agalactiae". Thesis, Paris 5, 2013. http://www.theses.fr/2013PA05T038.

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Abstract (sommario):

Streptococcus agalactiae est la première cause d’infections invasives chez le nouveau né et, malgré la mise en place de stratégies de prévention, cette bactérie reste le principal agent étiologique des infections néonatales. Les souches de séquence type 17, dites hyper-virulentes, sont particulièrement associées avec les méningites, type d’infection ayant des conséquences lourdes en terme de mortalité et morbidité. Ce clone possède des caractéristiques uniques, telle que la fixation au fibrinogène, ainsi qu’un répertoire de protéines de surface qui lui sont spécifiques. Parmi ces protéines, Srr2 appartient à une famille de larges glycoprotéines streptococcales et staphylococcales impliquées dans la pathogénicité. Un domaine central de Srr2, le domaine BR, est responsable de la fixation spécifique du fibrinogène par le clone ST-17, ainsi qu’au plasminogène et à divers composants de la matrice extracellulaire. Cette protéine promeut ainsi l’adhésion et le franchissement des barrières cellulaires. L’interaction de Srr2 avec les systèmes fibrinolytique et de coagulation de l’hôte favorise la dissémination bactérienne par l’activation de la fibrinolyse, et la persistance de la bactérie dans l’organisme par la formation d’agrégats bactériens. La liaison de Srr2 avec le fibrinogène semble également promouvoir la persistance bactérienne en favorisant l’internalisation et la survie dans les macrophages. Ainsi, la protéine Srr2 confère un avantage pour le processus infectieux du clone ST-17 dans l’hôte, et constitue une cible vaccinale intéressante pour la prévention des infections à S. agalactiae
Streptococcus agalactiae is the leading cause of invasive infections in neonates. Despite the implementation of prevention strategies, this bacterium remains the main etiological agent of neonatal infections. Hyper-virulent sequence-type 17 strains are particularly associated with meningitis, a type of infection with serious consequences in terms of mortality and morbidity. This clone has unique characteristics, such as fibrinogen binding, and a panel of specific surface proteins. Among these proteins, Srr2 belongs to a family of large streptococcal and staphylococcal glycoproteins involved in pathogenicity. A central domain of Srr2, BR domain, is responsible for the specific binding of fibrinogen by the ST -17 clone and also binds plasminogen and various components of the extracellular matrix. Thereby, it promotes adhesion and crossing of cellular barriers. The interaction of Srr2 with fibrinolytic and coagulation systems of the host could promote bacterial spread through the activation of fibrinolysis and the persistence of the bacteria in the host by the formation of bacterial aggregates. The interaction of Srr2 with fibrinogen also seems to promote bacterial persistence in promoting the internalization and survival of the bacteria in macrophages. Thus, Srr2 confers an advantage to the infectious process of the ST- 17 clone in the host and is an attractive vaccine candidate for the prevention of S. agalactiae infections

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Trabelsi, Noureddine. "Évaluation de la lignée myélomonocytaire U-937 comme modèle d'étude de la réponse du macrophage alvéolaire aux particules minérales : application à l'étude de l'effet des particules minérales sur les récepteurs de surface et la glycosylation des protéines". Paris 12, 1997. http://www.theses.fr/1997PA120090.

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Abstract (sommario):

L'exposition chronique a certaines poussieres minerales declenche un processus inflammatoire dans le poumon, qui peut conduire a des pneumopathies souvent fatales. Il est couramment admis que l'interaction entre les macrophages alveolaires humains (ma) et les particules inhalees, constitue une etape clef dans l'initiation de la cascade d'evenements qui conduit a ces maladies. De ce fait, ma constitue le modele cellulaire ideal pour l'etude des mecanismes impliques dans certaines pathogenies induites par l'inhalation des contaminants inorganiques. Cependant, pour des raisons d'ethique son utilisation est de plus en plus limitee. Le present travail a donc consiste a definir la validite de la lignee myelomonocytaire u-937 differenciee, a constituer un modele pertinent pour etudier la reponse du ma aux particules minerales. Nous avons d'abord montre que ce modele cellulaire differencie en macrophage par le phorbol-myristate acetate, acquiert la capacite a phagocyter les particules minerales. Par ailleurs, sur la base de deux parametres classiquement utilises en toxicologie des particules, la viabilite cellulaire et la liberation d'enzymes lysosomales, la reponse des u-937 differenciees etait tres semblable a celle des macrophages alveolaires humains. Nous avons ensuite etendu ces etudes a des parametres de la reponse cellulaire aux particules qui n'avaient pas ete etudiees au prealable. Nous avons ainsi pu determiner que l'exposition a certaines particules minerales pouvait affecter le taux d'expression de certains recepteurs de surface et la encore, la reponse des u-937 etait tres semblable a celle des ma humains. Enfin, nous avons pu montrer sur les u-937, que les particules minerales pouvaient modifier la glycosylation des glycoproteines, avec un profil d'alteration specifique a chaque type particulaire. Il est evident que d'autres aspects de l'activation cellulaire par les particules inorganiques, tels que la synthese des differents mediateurs impliques dans la pathogenie de ces contaminants, restent a elucider. Cependant, a la lumiere des donnees obtenues dans cette etude, il est permis de considerer la lignee myelomonocytaire u-937 comme une alternative valable au ma.

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Soumbo, Marvine. "Adsorption des protéines sur les surfaces de couches minces de silice seules ou additivées de nanoparticules d'argent : impact sur les forces d'adhésion de Candida albicans". Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30258.

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Abstract (sommario):

Dans de nombreux secteurs, l'adhésion microbienne sur les surfaces est la source de multiples impacts négatifs. Cette étape est considérée comme préliminaire au développement de biofilm et peut être influencée par la présence d'un film conditionnant engendré par l'adsorption des protéines sur la surface. Ainsi, les stratégies visant une intervention au moment de la phase initiale d'adhésion représentent une approche appropriée pour prévenir la bio-contamination des surfaces et nécessitent une compréhension à l'échelle moléculaire. Dans ce contexte, les matériaux nanocomposites à base de nanoparticules d'argents (AgNPs) et de silice (SiO2) apparaissent comme des outils pertinents. Ce travail de thèse porte sur l'utilisation de substrats nanocomposites possédant une monocouche d'AgNPs exposées à leurs surfaces ou enterrées dans une matrice de SiO2plasma à une distance contrôlée de quelques nanomètres de la surface afin d'explorer, d'une part l'adhésion de protéines modèles (Sérum Albumine Bovine, DsRed et Fibronectine) et leurs changements conformationnels et d'autre part, la cinétique de détachement de la levure Candida albicans dans les différentes conditions. Les AgNPs sont bien connues pour leurs activités antimicrobiennes et présentent de plus, des propriétés optiques permettant de détecter des signatures moléculaires à leurs proximités. Suite à l'application de la spectroscopie Raman exaltée de surface en utilisant les couches nanocomposites à base d'AgNPs, la détection de trois conformations de la DsRed (protéine fluorescente rouge) adsorbée et déshydratée sur les substrats plasmoniques a été possible. Les résultats obtenus montrent que les changements conformationnels des protéines avec une forte cohérence interne sont réversibles. En parallèle, nous avons évalué la dynamique d'organisation et le comportement de la SAB, de la Fn et de la DsRed en contact avec des couches minces de silice ou additivées d'AgNPs. Les mesures des angles de contact des gouttelettes de différentes concentrations protéiques ont montré une interaction hydrophile croissante avec la SiO2th thermique. L'hydrophobicité de surface est modifiée pour les substrats nanocomposites. L'épaisseur et les propriétés optiques des couches protéiques adsorbées ont été évaluées par ellipsométrie spectroscopique. En fonction de la concentration de protéines dans solution les résultats montrent l'évolution d'une monocouche protéique non continue et non dense vers une monocouche plus compacte et plus complexe pour des concentrations élevées.[...]
Microbial adhesion on solid surfaces is the source of multiple negative impacts in many areas. This step is considered prior to biofilm formation. It might be influenced by the presence of a conditioning layer generated after protein adsorption on the surface. Thus, strategies to act during the initial phase of microbial adhesion represent an appropriate approach to prevent bio-contamination of solid surfaces. However, they require understanding of the underlying mechanisms at the molecular level. In this context, nanocomposite materials based on silver nanoparticles (AgNPs) and silica (SiO2) appear as relevant tools. This thesis focuses on the use of nanocomposite thin layers containing a plan of AgNPs exposed on their surfaces or buried in a SiO2plasma matrix at a controlled distance of a few nanometers from the surface in order to explore, on the one hand, the adhesion of model proteins (Bovine Serum Albumin, DsRed and Fibronectin) and their conformational changes and secondly, the kinetics of detachment of the yeast Candida albicans under the different conditions. AgNPs are well known for their antimicrobial activities but also for their optical properties allowing detection of molecular signatures at their proximities. Following the application of surface-enhanced Raman spectroscopy using AgNP-based nanocomposite layers, the detection of three conformations of DsRed (red fluorescent protein) adsorbed and dehydrated on plasmonic substrates was achieved. The obtained results show that the conformational changes of proteins with a strong internal coherence are reversible. In parallel, we have evaluated the dynamics of the organization and behavior of BSA, Fn and DsRed in contact with thin silica layers or silica layers containing AgNPs. Contact angle measurements of droplets of different protein concentrations showed increasing hydrophilic interaction with thermal SiO2th. For the nanocomposite layers, the surface hydrophobicity is modified. The thickness and optical properties of the adsorbed protein layers were evaluated by spectroscopic ellipsometry. Depending on the protein concentration in solution the results show the evolution of a non-continuous and non-dense protein monolayer to a more compact and complex monolayer at high concentrations. [...]

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Longo, Johan. "Design of biomechanocatalytic surfaces : modulations of enzymatic activity through macromolecular conformational changes". Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAE022/document.

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Abstract (sommario):

Depuis plusieurs années, une nouvelle génération de matériaux appelés “matériaux intelligents” et définis par leur capacité d’adaptation à leur environnement, est intensément développée. Des systèmes sensibles à différents stimuli tels que le pH, la lumière, ou encore une force mécanique, impliquée dans un grand nombre de processus naturels, comme l’adhésion et la prolifération cellulaire, ont été rapportés. Ce travail de thèse a ainsi été dédié au développement de matériaux mécano-sensibles. Plus précisément de matériaux transformant une contrainte mécanique en un signal chimique, en mimant le processus physique utilisé par la nature, à savoir des changements conformationnels de protéines. Nous avons donc cherché à atteindre ce but en greffant covalemment des protéines ou des enzymes sur un substrat élastomère. Etirer le substrat devant induire des modifications de structure des protéines, conduisant ainsi à des modulations de leurs propriétés
Since many years, a new generation of materials called « smart materials » and defined by their capacity to adapt to their environment is intensively developed. Systems sensitive to different stimuli such as pH, light or ionic strength have been reported. One of these stimuli can also be a mechanical force which is involved in many reactions in nature such as, cells adhesion and proliferation, tissues growing or even plants developments. The aim of my thesis was dedicated to the elaboration of mechano-responsive materials. More precisely, materials that transform a stretching constraint into a chemical signal by mimicking the physical processes used by nature, namely protein conformational changes. We planned to achieve this goal by covalently grafting proteins or enzymes onto a stretchable substrate or incorporating them into cross-linked polymer networks. Stretching these materials should induce protein conformational changes leading to modifications of their properties

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Hattar, Susan. "Concept de surfaces biomimétiques pour stimuler in vitro l'ostéogenèse". Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA07A001.

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Abstract (sommario):

En chirurgie dentaire, le praticien est souvent confronte à des pertes osseuses suite a des extractions dentaires ou des parodontites. Depuis longtemps, des tentatives ont été réalisées pour trouver le substitut idéal de Vos qui ~OUIT3 remplacer non seulement la structure mats aussi la fonction du tissu osseux. Grâce aux progrès de l'ingénierie tissulaire de l'utilisation des surfaces biomimétiques, de nouvelles perspectives thérapeutiques émergent. Parmi ces matériaux. Les matériaux qualifiés de bioactifs ont été proposés pour stimuler l'ostéogenèse. Malgré le fait que ces matériaux soient largement utilisés dans les applications cliniques, le mécanisme exact d'action de ces matériaux reste mal connu. L'objectif de notre travail, a été dans un premier temps, d'essayer d'approfondir nos connaissances sur les effets de tels matériaux sur le comportement des cellules ostéoblastiques in vitro. Plus précisément, nous nous sommes proposés à étudier l'influence des verres bioactifs 45S5 sur l'expression de gènes clés du phénotype ostéoblastique afin de voir l'influence sur la différenciation cellulaire, au niveau génétique Dans un deuxième temps, nous avons voulu tester l'effet de la modification des surfaces de biomatériaux afin de voir si nous pouvions améliorer la bioactivité de ces verres. Une première étude a consisté à étudia l'influence des verres bioactifs seuls ou incubés dans un tampon de tris (pour préfabriquer la couche bioactive) sur les cellules de la lignée humaine MG63. Nos résultats morphologiques elles analyses par RT-PCR montrent un maintien du phénotype ostéoblastique et une expression quasi équivalente dans les cultures bioactives comparés au témoin bioinerte. Dans un deuxième temps nous avons cultivé des cellules murines de la lignée MC3T3. E1 en présence de verres bioactifs seuls ou recouverts de protéines amélaires (Emdogain® ) Nos résultats morphologiques montrent une différenciation cellulaire ainsi qu'une minéralisation plus importante dans les cultures bioactives. D'autre part, le taux de protéines s'est avéré plus important, au 20ème jour, lorsque les granules de verres bioactifs étaient associés à l'Emdogain®. Les résultats par Northern Blot montrent une expression plus importante des gènes clés tels que Runx2, BSP et l'ostéocalcine dans les deux cultures bioactives par rapport au témoin. La dernière partie de ce travail a consisté à évaluer l'effet d'une nouvelle génération de verres bioactifs issues de la technique de solgel sur l'ostéogenèse, à partir de cultures ostéoblastiques primaires murines. Ces verres possèdent une bioactivité plus importante à cause de leur composition et leur structure hautement poreuse. Les résultats démontrent une stimulation des paramètres de différenciation ostéoblastique. Cela a été confirmé par une formation plus précoce et plus importante des nodules osseux dans les cultures solgel par rapport aux verres bioinertes. De plus, l'expression des marqueurs phénotypique principaux, tels que la phosphatase alcaline, la bone sialoprotéine et surtout l'ostéocalcine a été stimulée dans les cultures solgel. L ‘ensemble de ces résultats montre que les verres bioactifs sont capables de stimuler l'ostéogenèse in vitro Cet effet a été démontré plutôt au niveau de l'expression des gènes clés du phénotype ostéoblastiques. Par ailleurs, il semblerait que la combinaison des verres bioactifs à l'Emdogain® stimule davantage les paramètres de différenciation.

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Rey, Isabelle. "Contrôle de l'activité cellulaire des protéines p21 ras par des protéines régulatrices". Paris 6, 1990. http://www.theses.fr/1990PA066667.

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Abstract (sommario):

La connaissance du mode de regulation de l'activite des proteines ras (p21 ras) est necessaire a la comprehension de leurs fonctions biologiques et des mecanismes par lesquels elles peuvent induire la transformation neoplasique des cellules. Dans ce but, les interactions des p21 ras avec des proteines regulatrices d'organismes homologues ou heterologues capables de les activer, comme le facteur d'echange scd25 qui favorise la formation du complexe actif ras-gtp, ou au contraire de les desactiver, comme la proteine gap en provoquant l'hydrolyse du gtp, ont ete etudiees in vitro et in vivo. L'interference possible des proteines rap, qui sont apparentees aux proteines ras mais dotees d'une activite biologique opposee, avec les voies biochimiques stimulees par les p21 ras a egalement ete examinee

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Mehlen, Patrick. "Les petites protéines de stress : des protéines qui contrôlent la mort cellulaire". Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10275.

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Abstract (sommario):

Ce travail de thèse a permis de mettre en évidence une fonction moléculaire des petites protéines de stress (shsp). Ces protéines, qui sont principalement connues pour protéger les cellules de la toxicité de stress environnementaux sont aussi impliquées dans d'autres phénomènes cellulaires. Ainsi, dans un premier temps, une étude biochimique, m'a conduit à mettre en évidence, en dehors de tout stress extérieur, de profondes modifications post-traductionnelles (phosphorylation, oligomérisation, changement de localisation) de ces protéines à la fois au cours du cycle cellulaire, de la différenciation cellulaire ou lors d'un traitement par la cytokine anti-tumorale tnf (tumor necrosis factor), événements cellulaires a priori pourtant bien différents. Cherchant alors le rôle de ces protéines dans de tels processus, j'ai démontré que la simple expression constitutive des shsp suffit pour conférer aux cellules une protection contre la mort cellulaire induite par le tnf dans les cellules tumorales en bloquant tant le processus apoptotique que nécrotique. De plus, j'ai clairement établi qu'une absence de ces shsp au cours de la différenciation cellulaire suffit pour faire avorter ce processus en provoquant un processus apoptotique. Ainsi les shsp, que ce soit face à un stress environnemental, face à l'action cytotoxique du tnf, ou lors de la différenciation, semblent jouer le rôle de protéines anti-mort cellulaire. Cherchant les bases moléculaires de cette fonction anti-mort, j'ai montré dans un premier temps, l'importance des modifications post-traductionnelles de ces protéines et en particulier de l'oligomérisation, dans cette fonction. Puis, j'ai observé que l'expression des shsp s'accompagne d'une réduction du niveau de radicaux libres oxygènes (rlo), molécule réactive et toxique pour la cellule, et parallèlement d'une forte augmentation de la quantité de glutathion réduit (gsh), molécule impliquée dans la régulation du taux de rlo. Or, j'ai montre que la relation gsh/shsp est essentielle pour la fonction protectrice des shsp et qu'elle pourrait passer par une liaison directe du gsh sur les shsp. Ainsi, les shsp pourraient représenter une nouvelle famille de protéines protégeant de la mort cellulaire en détoxifiant les radicaux libres via l'utilisation du glutathion.

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Velzenberger, Elodie. "Validations biologiques et physico-chimiques d'un revêtement cellulosique de boîtes pour cultures cellulaires bioactives". Compiègne, 2008. http://www.theses.fr/2008COMP1784.

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Abstract (sommario):

Les propriétés de surface des biomatériaux conditionnent l'adsorption des protéines présentes dans l'environnement physiologique. La nature de la couche protéique adsorbée influence la morphologie et les orientations fonctionnelles des cellules adhérentes. Cette thèse a pour objet de combiner une approche biologique et physico-chimique pour caractériser un support cellulosique (CEL) original pour culture cellulaire et mieux comprendre les interactions protéine-surface et cellule-surface. L'objectif de ce projet pluridisciplinaire est de corréler les propriétés de surface avec les activations biologiques. Trois lignées cellulaires adhérentes murines ont été utilisées (les fibroblastes Swiss 3T3, les pré-ostéoblastes MC-3T3 et des cellules de mélanome B16F10). L'utilisation des mesures d'angles de contact en milieu liquide et de l'AFM a permis la caractérisation physico-chimique du substrat avant et après adsorption de fibronectine. Les principaux résultats obtenus pour CEL sont : L'agrégation cellulaire; L'inhibition de la prolifération cellulaire accompagnée d'un arrêt en phase G1 du cycle cellulaire; L'induction de l'apoptose; Le revêtement est très hydrophile et la fibronectine s'adsorbe peu et dans une conformation inadaptée pour l'adhésion cellulaire(mauvaise accessibilité RGD); L'affinité instantanée négligeable de la Fn pour le revêtement cellulosique. Cette étude montre que CEL est un biomatériau anti-adhésif donnant des résultats démonstratifs et reproductibles. En outre, cette étude souligne la nécessité d'associer plusieurs approches (ELISA, angles de contact en milieu liquide, spectroscopie de force) pour caractériser les interactions protéine-surface en conditions physiologiques, sur les biomatériaux
Surface properties of biomaterials may influence protein adsorption and the composition of the protein layer may affect the morphology and the functional orientations of adherent cells. In this work, both biological and physico-chemical approaches were combined to characterize an original cellulosic coating (CEL) for cell culture and to better understand the interactions involved between a surface, proteins and finally cells. The aim of this multi-disciplinary project is to correlate surface properties (at the micrometric and at the nanometric scale) with biological activations. Three adherent murine cell lines were chosen (fibroblasts Swiss 3T3, pre-osteoblasts MC-3T3 and melanoma cells B16F10). Liquid-liquid contact angle measurements and AFM enabled to characterize the physico-chemical properties of the cellulosic substratum before and after fibronectin adsorption. The principal results obtained with the cellulosic substratum are summerized below : Cell aggregation; A cellular proliferation inhibition with a blocking in G1-phase; An induction of apoptosis; CEL is hydrophilic and a little amount of fibronectin is adsorbed on the substratum in a conformation which is not appropriate for cell adhesion (bad accessibility to RGD site); Instantaneous affinity negligible of fibronectin for the cellulosic material. This study evidences that CEL is an anti-adhesive biomaterial which gives reproducible and demonstrative results. Moreover, this work underlines the necessity to combine several approaches (ELISA assays, liquid-liquid contact angle measurements, force spectroscopy) to characterize the interaction between a protein and a biomaterial surface under physiological conditions

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Charpentier, Nathalie. "Les protéines Go de transduction, étude cellulaire et moléculaire". Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20196.

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Abstract (sommario):

Les proteines g heterotrimeriques (sous-unites: alpha, beta, et gamma) participent aux mecanismes de transduction inities par l'activation de recepteurs membranaires. C'est la sous-unite alpha qui semble porter l'essentiel de la fonction des proteines g dans la mesure ou elle contient le site de liaison aux nucleotides guanyliques, l'activite gtpasique, et les sites de reconnaissance specifiques des recepteurs et effecteurs. Notre travail a porte sur les deux isoformes d'epissage alternatif de la proteine go, majoritairement exprimees dans les tissus nerveux et les cellules neuroendocrines. Nous avons montre que chacune des deux isoformes de go-alpha, go1-alpha et go2-alpha, avait une fonction cellulaire et moleculaire distincte. En utilisant des anticorps anti-peptidiques specifiques de chaque isoforme, nous avons suivi l'ontogenese de go1-alpha et go2-alpha dans le systeme nerveux central in vivo et dans les cellules nie-115: l'expression de go1-alpha suit la differenciation neuronale alors que go2-alpha n'est exprimee que dans les cellules nerveuses non differenciees. Pour etudier le couplage respectif de chacune des isoformes de go-alpha nous avons transfecte la lignee gliale c6 par chacun de leurs adn complementaires: dans la lignee gliale c6 transfectee par l'adn complementaire de go1-alpha, go1-alpha apparait majoritairement cytoplasmique et associee a des vesicules. La stimulation par un agoniste beta-adrenergique entraine sa relocalisation a la membrane. Go1-alpha surexprimee dans les cellules c6 inhibe un influx calcique dependant de l'amp cyclique. Par contre, la localisation de go2-alpha surexprimee dans les cellules c6 est diffuse dans la cellule et sa surexpression n'a pas d'effet sur l'influx calcique dependant de l'amp cyclique

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Dalkara, Deniz. "Transfert intracellulaire de protéines". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. http://www.theses.fr/2006STR13021.

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Abstract (sommario):

Les travaux réalisés au cours de cette thèse ont consisté à mettre au point des méthodes efficaces de transfert de protéines dans le cytoplasme des cellules mammifères. Pour cela, nous avons utilisé des formulations lipides cationiques – protéines, puis étudié l’inter-nalisation de ces complexes dans des cellules. La plupart des approches permettant l'expression spécifique d’une protéine sont fondées sur la vectorisation du gène codant pour cette protéine dans le noyau des cellules. En considérant que le but du transfert de gène est la production de protéines et que les vecteurs synthétiques sont capables d’effectuer efficacement un transfert de macromolécules dans le cytoplasme, nous avons étudié le transfert de protéines par ces mêmes vecteurs. Nous avons donc dans un premier temps étudié le transfert intracellulaire de protéines avec un lipide cationique, le dioctadécylamidoglycyl-spermine ou DOGS. Nous avons étudié l’interaction du DOGS avec l’albumine sérique, et ensuite déterminé les différents paramètres impliqués dans l’obtention de complexes internalisables dans les cellules. Nous avons appliqué cette stratégie pour transférer d’autres protéines avec des propriétés physico-chimiques différentes, et ainsi mieux analyser la contribution de chaque paramètre au processus de complexation et de vectorisation par le DOGS. Nous avons réussi à transférer avec grande efficacité une large variété de protéines anioniques comme des anticorps monoclonaux, une enzyme et une phycobiliprotéine. Au cours de cette thèse, nous avons donc développé une stratégie originale de transfert intracellulaire de protéines, qui devrait nous permettre de transférer in vitro, dans des cellules animales, une large variété de protéines à but thérapeutique ou fonctionnel
During this thesis we have developped an efficient method for intracytoplasmic protein delivery into mammalian cells. This method employs cationic lipids, previously used in gene delivery, to complex proteins and to transport them into the cytoplasm of cells in culture. In the last decade, the most commonly used approach for protein expression has been the transfection of its gene. Considering that the aim of transfection is to produce proteins and that synthetic vectors are capable of efficient gene delivery to mammalian cells ; we studied direct intracellular protein delivery using these carriers. The direct delivery of functionally active proteins can be helpful in overcoming some bottlenecks of transfection mediated protein production. We thus initiated studying intracellular protein delivery using the cationic lipid DOGS. We studied the interaction of the cationic lipid with bovine serum albumin and determined the different parameters involved in creating complexes that are well internalised by cells. We applied the notions acquired during the intracellular delivery of this model protein to a variety of other proteins with different physico-chemical properties in order to apprehend the contribution of these properties to the processus of complexation and vectorisation by DOGS. We successfully delivered a variety of proteins such as monoclonal antibodies, an enzyme, and a phycobilliprotein into different mammalian cell lines. Furthermore, we demonstrated that the antibodies delivered using this method retain their ability to bind their antigens once they reach the cytoplasm. From this point of view, intracellular protein delivery with cationic lipids can be considered another way to interfere with cellular activities. During this thesis, we have thus developped an original strategy for the intracellular delivery of proteins which will allow us to deliver, in vivo, a large variety of proteins for therapeutic purposes or functional studies

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Gavard, Olivia. "Modélisation et analyse de l'interactome de la kinase humaine Aurora A". Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26685.

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Abstract (sommario):

La kinase Aurora A est une protéine essentielle au cycle cellulaire et plus particulièrement lors de la mitose. En effet, Aurora A est nécessaire dès l’entrée en mitose et régule sa progression. Elle joue un rôle dans la maturation et la séparation des centrosomes. Elle participe à l’assemblage du fuseau mitotique et du fuseau central pour le rassemblement et l’orientation des chromosomes. Enfin elle est nécessaire à la réussite de la cytodiérèse. Elle est également nécessaire à l’égale répartition des mitochondries dans les cellules filles et joue un rôle dans l’épissage alternatif des ARNm de facteurs apoptotiques. Au delà de ses fonctions mitotiques, plusieurs études récentes indiquent qu’Aurora A présente des fonctions supplémentaires dans les cellules en interphase. Elle est notamment essentielle au désassemblage du cil primaire et joue un rôle dans la dynamique des microtubules et la migration cellulaire. Enfin, une dérégulation de son expression, de sa stabilité et/ou de son activité perturbe le déroulement du cycle cellulaire ce qui conduit à la transformation des cellules et favorise l’apparition de cancers. Ses fonctions normales ainsi que ses fonctions lors de la carcinogenèse sont conduites à travers les nombreux partenaires protéiques qui entrent en interaction avec elle. Ils modulent son activité, sa localisation et sa stabilité. En retour Aurora A phosphoryle un bon nombre d’entre eux régulant ainsi leur activité, localisation et stabilité. Cependant, l’analyse des interactions déjà connues d’Aurora A ne permet pas d’expliquer tous les phénotypes observés lors de sa dérégulation. Afin de mieux comprendre les fonctions d’Aurora A, les mécanismes qui la régulent et mettre en évidence ses multiples rôles au sein de la cellule, j’ai construit puis analysé un interactome d’Aurora A généré à partir d’une méthode de purification d’affinité couplée à la spectrométrie de masse en tandem. J’ai identifié 477 partenaires potentiels dont 180 présentant une forte probabilité d’être des partenaires directs de la kinase. L’analyse bioinformatique approfondie de cet interactome a permis de révéler les partenaires associés à des mécanismes liés à la mitochondrie et l’épissage des ARN messagers mettant en évidence une implication potentielle d’Aurora A dans ces mécanismes. Pour valider cet interactome, j’ai choisi d’étudier plus précisément deux partenaires identifiés dans cette étude : les protéines WDR62 et CEP97. J’ai montré que ces deux partenaires co-localisent avec Aurora A et sont phosphorylés par la kinase. WDR62 est impliquée dans la microcéphalie et est dérégulée dans certains cancers. J’ai montré qu’Aurora A phosphoryle WDR62 en mitose et que cette phosphorylation est nécessaire à sa localisation aux centrosomes. CEP97 est une protéine du cil primaire encore peu caractérisée et des anomalies du cil primaire sont associées aux ciliopathies. Or l’activité d’Aurora A est nécessaire au désassemblage du cil primaire. J’ai montré qu’Aurora A phosphoryle in vitro CEP97 et que l’inhibition de l’activité d’Aurora A dans les cellules perturbe la localisation de CEP97 au niveau des cils et des centrosomes. Ainsi, ce travail de thèse a permis de mettre en évidence un nombre important de nouveaux partenaires d’Aurora A associés à de nouvelles fonctions. L’étude de ces nouvelles fonctions liées aux mitochondries et à l’épissage des ARN, constitue deux nouveaux projets actuellement menés par des collaborateurs au sein de notre institut.
The serine-threonine kinase Aurora A is an essential mitotic cell cycle protein. Aurora A is necessary for mitotic entry and for the maturation and separation of centrosomes. It participates in mitotic spindle assembly and chromosome biorientation, and it is essential for the completion of cytokinesis. Furthermore, Aurora A activity is necessary for the equal distribution of mitochondria to daughter cells and, through its role in the alternative splicing of mRNA of apoptotic factors, it provides a link between cell cycle control and apoptosis. Beyond its mitotic functions, several recent studies suggest that Aurora A is also important during interphase. Notably, it influences microtubule dynamics, promotes cell migration and polarity control and is essential for primary cilia disassembly. Reflecting the fact that Aurora A is found to be up-regulated in many cancers, deregulation of Aurora A activity can result in an aberrant cell cycle, ultimately leading to malignant transformation of cells. The crucial regulation of Aurora A’s numerous functions is achieved through its interaction with several protein partners, which modulate its activity, localisation and stability. Aurora A in turn phosporylates a number of them, thus regulating their activity, localisation and stability. However, the known interactions of Aurora A cannot explain all the phenotypes that have been described of its deregulation. To better understand the functions of Aurora A, the regulation mechanisms governing it, and to expose its multiple roles in the cell, I have built and analysed an Aurora A interactome using tandem affinity purification coupled with mass spectrometry. This resulted in the identification of 477 potential interacting partners, of which, 180 were determined to have a high probability of interacting directly with the kinase. In-depth bioinformatic analysis of this interactome has revealed the associated partners to be related to mitochondria and mRNA splicing, highlighting the potential involvement of Aurora A in these mechanisms. To validate the interactome, two of the proteins identified in this study, WDR62 and CEP97, were examined in detail. Here I show that these two proteins colocalise with Aurora A, and are phosphorylated by the kinase. WDR62 is implicated in microcephaly and is deregulated in certain cancers. I have shown that Aurora A phosphorylates WDR62 during mitosis, and that this phosphorylation is necessary for its localisation to the centrosomes. CEP97 is a poorly charactarised protein of the primary cilium, abnormalities of which are associated with ciliopathies. I have shown that Aurora A phosphorylates CEP97 in vitro, and that the inhibition of Aurora A activity in vivo perturbs the localisation of CEP97 to cilia and centrosomes. This study has identified a number of new Aurora A-interacting proteins, implicating the kinase with novel functions. These functions, related to mitochondria and mRNA splicing have opened up a new area for further investigation.

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Sergeeva, Yulia. "Complexes ADN/polycation en solution et aux interfaces en tant que vecteurs de transfection non viraux de pointe". Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01064224.

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Abstract (sommario):

Ma thèse a porté sur des complexes de polyélectrolytes en solution et en films LbL pour la transfection de cellules et le contrôle des interactions cellule-surface. Il est possible de doser un agent de transfection et de l'ADN plasmidique dans des films LbL en ajustant le nombre de couches. Les efficacités de transfection avec différentes lignées cellulaires ont été au moins aussi bonnes que celles rapportées dans la littérature, mais sont restées globalement faibles. Différents nanobags ont également été systématiquement testés menant à un protocole de transfection très efficace avec une faible cytotoxicité pour des fibroblastes humains qui sont difficiles à transfecter. Nous avons pu identifier les architectures LbL qui permettent de contrôler l'adhésion cellulaire même en présence de sérum. Cela nous a permis d'introduire une nouvelle technique pour le suivi in situ de la transfection par QCM-D en suivant la mobilité du cytosquelette qui sera poursuivie dans un futur projet.

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Boucher, Julie. "Glycation des protéines intracellulaires : impact sur la fonction contractile cellulaire". Thèse, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/6847.

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Abstract (sommario):

Le diabète est associé à divers types de complications au niveau vasculaire affectant la micro et la macro-vasculature, ce qui contribue à l'augmentation de l'incidence d'infarctus du myocarde, d'ACV, de néphropathie et de rétinopathie. Parmi les mécanismes expliquant l'apparition de ces complications, la glycation des protéines joue un rôle important. En effet, il est connu que la glycation des protéines de la matrice extracellulaire (élastine, collagène) affecte les propriétés mécaniques des tissus constitués de celles-ci. Nous pensons que la glycation des protéines du cytosquelette peut également affecter les propriétés mécaniques de cellules présentes au niveau de la vasculature, telles que la cellule du muscle lisse vasculaire ou la cellule endothéliale, et ainsi affecter les fonctions cellulaires dépendantes d'une réorganisation du cytosquelette, telles que la contraction cellulaire. Le glyoxal (GO) est un composé hautement réactif de la famille des oxoaldéhydes, considéré comme un puissant agent de glycation au niveau cellulaire, puisqu'il réagit rapidement avec les groupements amines des protéines de façon à former des produits de glycation avancés (PGA). L'étude présentée dans cette thèse démontre d'une part que l'exposition à cet agent de glycation entraîne une augmentation de la rigidité cellulaire ainsi qu'une augmentation de la réponse contractile cellulaire générée par la machinerie actomyosine, en réponse à l'AngII. À la lumière de ces résultats, nous proposons qu'une exposition au GO peut induire des modifications post-traductionnelles de type non-enzymatique des protéines impliquées dans la machinerie contractile et ainsi altérer la fonction contractile cellulaire. C'est pourquoi nous avons en second lieu évalué la glycation de trois protéines impliquées dans la machinerie contractile (actine, ROCK, gelsoline) par un essai basé sur la réaction d'une sonde fluorescente et perméable à la membrane cellulaire, soit le carboxyfluorescéine diacetate succinimidyl ester (CFDA-SE), avec les amines primaires des protéines. Par cet essai, nous avons observé une augmentation de la glycation de l'actine et de ROCK, de même qu'une augmentation de l'interaction entre l'actine et la GSN. Cette thèse montre également l'implication de l'activité kinase de ROCK dans l'amplification de la réponse contractile, suggérant que la glycation de ROCK pourrait moduler son activité. En conclusion, la modification des protéines cellulaires par le GO pourrait affecter leurs fonctions et propriétés mécaniques, notamment par la modulation d'importantes interactions protéine-protéine impliquées dans la contraction cellulaire et dans l'organisation du cytosquelette.

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Igel, Angélique. "Mécanismes d'inactivation des protéines amyloïdes". Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077101.

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Abstract (sommario):

Les fibres amyloïdes correspondent à des assemblages protéiques insolubles associés aux maladies neurodégénératives. En tenant compte des propriétés biophysiques de ces fibres qui leur confèrent une très grande résistance, et du spectre de leur transmissibilité, tout laisse suggérer que des actes médico-chirurgicaux pourraient potentiellement induire ou transmettre des amyloïdoses par l'inoculation de noyaux de nucléation. L'objectif de ce travail est d'évaluer les mécanismes d'inactivation des assemblages d'Ap et de prion, afin de comprendre les mécanismes d'inactivation des protéines amyloïdes. Dans un premier temps, nous avons évalué l'évolution de la structure quaternaire des assemblages de prion issus de 3 souches (263K, vCJD et 139A) après des traitements de décontamination. L'ensemble des résultats obtenus montrent que l'inactivation du prion sont souche-dépendants. Cette propriété intrinsèque des souches serait due à une structuration différente des protomères de PrP au sein des assemblages. Enfin, des approches similaires à celles employées dans le champ des prions ont été utilisées afin d'évaluer la résistance des assemblages amyloïdes issus de la maladie d'Alzheimer (peptide Aß). Nos résultats préliminaires d'inactivation du peptide synthétique Ap, montrent que ce peptide, dans son état fïbrillaire, possède des propriétés lui conférant une haute résistance. Afin d'approfondir nos résultats dans un modèle de peptide ayant subit une maturation de repliement in-vivo, nous avons mis au point un nouveau modèle cellulaire exprimant le peptide Aß40. Ce nouvel outil d'étude est opérationnel depuis peu et semble prometteur pour l'étude des propriétés du peptide Aß
Amyloides fibers correspond to insoluble protein assemblies associated to the neurodegenerative diseases. By taking into account properties biophysics of these fibers which confer them a very high resistance, and the spectre of their transmissibility, everything lets suggest that medical surgical acts could potentially lead or transmit amyloidoses by the inoculation of nucleation seed. The objective of this work is to estimate mechanisms of inactivation of A ß and prion assemblies, to understand the mechanisms of inactivation of amyloides proteins. At first, we estimated the evolution of the quaternary structure of the assemblies of prion stemming from 3 strains (263K, vCJD and 139A) after decontamination treatments. Ail results demonstrate that the inactivation of prion are strain dependent. This intrinsic property of strain would be due to different structuring of PrP protomers within the assemblies. Finally, similar approaches to those used on the field of prions were used to estimate the résistance of amyloide assemblies stemming from the Alzheimer's disease (peptide A ß). Our preliminary results of synthetic peptide A ß inactivation, show that this peptide, in its fibrillar state, possesses properties conferring it a high strength. To deepenour results in a model of peptide having sudden a maturation of in-vivo withdrawal, we have designed a new cellular model expressing the peptide A640. This new tool is operational recently and seems promising for the study of the properties of the peptide Aß

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Navarro, Christel. "HScrib : protéine clé de la polarité cellulaire". Aix-Marseille 2, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX20655.

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Abstract (sommario):

La protéine LAP (LRR And PDZ) Scribble est un suppresseur de tumeur chez la drosophile. Nous avons montré que les LRR de human Scribble (hScrib) sont indispensables à sa localisation subcellulaire, de manière dépendante de l'engagement de la protéine suppresseur de tumeur E-Cadhérine. Contrairement au modèle drosophile, nous n'avons pas mis en évidence de rôle de hScrib dans la polarité apico-basale. Afin d'appréhender sa fonction, nous avons cherché ses complexes protéiques associés et ainsi identifié ZO-2, bPIX/GIT1 et TSHR, interagissant tous avec les domaines PDZ de hScrib. La fonction du complexe ZO-2/hScrib n'est pas encore élucidée. Nos études montrent que le complexe GIT1/bPIX/hScrib joue un rôle important dans l'exocytose régulée et la transmission neuronale. HScrib est en outre impliquée dans le recyclage vésiculaire de TSHR. Ses nouvelles fonctions associées à son rôle manifeste dans la polarité planaire fait de hScrib une protéine majeure de la polarité cellulaire
Scribble is a LAP protein, characterized as tumor suppressor in Drosophila. We have shown that the LRRs of human Scribble (hScrib) are essential for its subcellular localization. Moreover, this membrane recruitment is depending on E-cadherin engagement. We provide evidences that in vertebrates, hScrib is probably not involved in apico-basal polarity. In order to identify its functions, we have isolated some protein partners of hScrib, which are ZO-2, bPIX/GIT1 and TSHR. All of them interact with the PDZ domains of hScrib. The ZO-2/hScrib's functions are still unitentified. The hScrib/bPIX complex is involved in regulated exocytosis and in neuronal transmission. Moreover, this complexe mediates vesicular recycling of TSHR. These new functions associated with the role of hScrib in planar cell polarity led us to consider hScrib as a key protein of cell polarity

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Berthier, Alexandre. "Développement d'outils « biocapteurs/modèle cellulaire » pour l'identification de ligands et l'étude des interactions ADN/protéine et protéines/protéines". Phd thesis, Université de Franche-Comté, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00404562.

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Abstract (sommario):

Les estrogènes contribuent au contrôle de l'expression de nombreux gènes cibles en interagissant avec les Récepteurs aux Estrogènes (RE). Ces récepteurs sont des facteurs de transcription qui interagissent avec une séquence cis-régulatrice, appelée Elément de Réponse aux Estrogènes (ERE). Un criblage de molécules capables de lier les RE et de moduler l'expression génique apporte un intérêt thérapeutique (ménopause, cancers hormonodépendant) et des intérêts dans les domaines de la santé publique et de l'écologie (perturbateurs endocriniens). Nous avons développé deux modèles de biocapteurs reposant sur le principe de Résonance Plasmonique de Surface. Une telle démarche permet de réduire le coût et le temps expérimental nécessaire au criblage d'une chimiothèque. Par ailleurs, la validation de l'utilisation de tels outils nécessite la corrélation des résultats à ceux obtenus à l'aide d'un modèle biologique plus complexe. Ainsi, nous avons développé, un modèle de cellules humaines de cancer du sein (MCF-7) transfectées par un vecteur rapporteur. La mise en place en parallèle de ces deux modèles a permit d'identifier un nouveau phytoestrogène agoniste de REa : la 7-O-ß-Dglucopyranolychrysine. L'un de nos biocapteurs est compatible avec l'étude des interactions protéines/protéines. Nous avons donc appliqué ce modèle à la recherche de partenaires de la protéine GEC1 codé par un gène régulé par les estrogènes. En conclusion, nous avons développé en parallèle des biocapteurs ADN/protéine et un modèle cellulaire permettant l'identification de xénoestrogènes (7-O-ß-D-glucopyranolychrysine), ainsi qu'un biocapteur protéines/protéines permettant le criblage de partenaires protéiques.

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Berthier, Alexandre. "Développement d’outils « biocapteurs/modèle cellulaire » pour l’identification de ligands et l’étude des interactions ADN/protéine et protéines/protéines". Besançon, 2008. http://www.theses.fr/2008BESA2054.

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Abstract (sommario):

Les estrogènes contribuent au contrôle de l’expression de nombreux gènes cibles en interagissant avec les Récepteurs aux Estrogènes (RE). Ces récepteurs sont des facteurs de transcription qui interagissent avec une séquence cis-régulatrice, appelée Elément de Réponse aux Estrogènes (ERE). Un criblage de molécules capables de lier les RE et de moduler l’expression génique apporte un intérêt thérapeutique (ménopause, cancers hormonodépendant) et des intérêts dans les domaines de la santé publique et de l’écologie (perturbateurs endocriniens). Nous avons développé deux modèles de biocapteurs reposant sur le principe de Résonance Plasmonique de Surface. Une telle démarche permet de réduire le coût et le temps expérimental nécessaire au criblage d’une chimiothèque. Par ailleurs, la validation de l’utilisation de tels outils nécessite la corrélation des résultats à ceux obtenus à l’aide d’un modèle biologique plus complexe. Ainsi, nous avons développé, un modèle de cellules humaines de cancer du sein (MCF-7) transfectées par un vecteur rapporteur. La mise en place en parallèle de ces deux modèles a permit d’identifier un nouveau phytoestrogène agoniste de REα : la 7-O-β-Dglucopyranolychrysine. L’un de nos biocapteurs est compatible avec l’étude des interactions protéines/protéines. Nous avons donc appliqué ce modèle à la recherche de partenaires de la protéine GEC1 codé par un gène régulé par les estrogènes. En conclusion, nous avons développé en parallèle des biocapteurs ADN/protéine et un modèle cellulaire permettant l’identification de xénoestrogènes (7-O-β-D-glucopyranolychrysine), ainsi qu’un biocapteur protéines/protéines permettant le criblage de partenaires protéiques
Estrogens could modulate gene expression by interacting with Estrogens Receptors (ER). These receptors were described as transcription factor and are able to interact with a specific DNA sequence called Estrogens Response Element (ERE). The screening of molecules able to link to ER and to modulate gene expression could be applied to new therapeutic developments (menopauses, hormonodependant cancers) or could have an impact on healthcare and environment protection (endocrine disturbers). We have designed two Surface Plasmons Resonance (SPR) biosensors to develop a fast and low cost molecular screening strategy. In order to validate the routine application of these tools, SPR results must be correlated with more classical data obtained with a cellular model. That was why we have transfected a human breast cancer cell line (MCF-7) with a reporter vector. We have identified a new ERα agonist phytoestrogene (7-O-β-D-glucopyranolychrysin) using this double approach. Furthermore, one of ours biosensors was also applicable to the proteins/proteins interactions detection. We have decided to use this sensor to identify new partners of GEC1 protein. In conclusion, we have designed in parallel DNA/protein biosensors and cellular model in order to identify xenoestrogen (7-O-β-D-glucopyranolychrysin). We have also developed a proteins/proteins biosensor which was consistent with protein partner identification

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Berthet, Cyril. "Études des relations des protéines BTG-APRO avec leurs partenaires CAF1 et PRMT1". Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO1T231.

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Dubois, Marie-Line. "Implication des protéines MCM dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN". Mémoire, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/9568.

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Abstract (sommario):

Les protéines MCM (minichromosome maintenance) forment un complexe hétérohexamérique composé des protéines MCM2 à MCM7 qui possède une activité hélicase nécessaire lors de la réplication de l’ADN. Ce complexe est la cible des protéines ATM et ATR, kinases responsables de l’initiation de la réponse cellulaires aux dommages à l’ADN, pour permettre l’arrêt de la réplication lors de la détection de cassure double brin. De plus, les MCM permettent le remodelage de la chromatine par leur activité hélicase mais aussi par leur association avec une chaperone d’histone la protéine ASF1. Toutefois, la majorité des complexes MCM ne co-localisent pas avec les origines de réplication. De plus, la quantité des protéines MCM dans la cellule est nettement supérieure à la quantité requise lors de la réplication. Ces deux faits laissent présager que ce complexe hélicase pourrait jouer un second rôle. Des études effectuées au laboratoire ont démontré une augmentation de la fixation à la chromatine des protéines MCM suite au traitement avec l’étoposide, un inhibiteur de la topoisomérase II qui cause des cassures double brin. L’étude des interactions de la protéine MCM2 par spectrométrie de masse ainsi que par immunobuvardage ont démontré une augmentation de l’interaction entre la protéine MCM2 et ASF1 suite aux dommages. Ceci suggère que les protéines MCM pourraient être impliquées dans les mécanismes de réparation de l’ADN. La nature de l’interaction entre la protéine MCM2 et ASF1 a été déterminée in vitro par des immunobuvardages de type Far western et des Dot blot avec des mutants de la protéine MCM2. Des cellules U2OS-Flp-in ont été utilisées pour générer des lignées stables exprimants les protéines MCM2 à MCM7 avec une étiquette GFP ou fusionnées avec une biotine-ligase (BirA). Les cellules ont été cultivées dans du milieu SILAC et des immunoprécipitations ont été effectuées sur des cellules contrôles (R0K0), des cellules qui expriment MCM-GFP ou BirA (R6K4) non-traitées et des cellules qui expriment MCM-GFP ou BirA traitées à l’étoposide (R10K8). Les immunoprécipitations ont été analysés au spectromètre de masse pour déterminer la modulation des interactions avant et après dommages à l’ADN. Les études d’interactions in vitro ont permis d’identifier que l’interaction entre la protéine MCM2 et ASF1 se situe entre les acides aminés 81-162 sur la protéine MCM2. L’approche de spectrométrie de masse a permis d’identifier plusieurs protéines liant le complexe MCM qui sont impliquées non seulement dans la réplication de l’ADN mais aussi dans le remodelage de la chromatine. De plus, certains de ces nouveaux partenaires augmentent leur interaction avec le complexe suite à l’induction de dommages. Ces résultats suggèrent que les protéines MCM jouent un rôle dans la réorganisation de la chromatine dans les mécanismes de réparation de l’ADN.

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Baudot, Anaïs. "Analyse bioinformatique des interactomes : une approche de la fonction cellulaire des protéines". Aix-Marseille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX22021.

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Abstract (sommario):

La plupart des fonctions biologiques sont assurées par des interactions entre macromolécules, plus particulièrement entre protéines, et forment au sein des cellules un réseau complexe composé de plusieurs centaines d'interactions. Mon travail de thèse a consisté dans une première étape à automatiser la méthode PRODISTIN, développée au laboratoire dans le but d'extraire de l'information biologique des réseaux d’interactions, et à la faire évoluer vers la prise en compte de la pondération des arêtes du réseau. Dans une deuxième étape, la méthode a été appliquée à l'étude bioinformatique des gènes paralogues issus de la duplication ancestrale du génome de la levure. Cette étude a mené à la proposition d'une échelle de divergence fonctionnelle sur la base des interactions entre protéines. Nous nous sommes ensuite intéressés à l'analyse globale de 9 voies de signalisation intégrées à l'interactome de drosophile. Ceci nous a permis d'identifier un réseau modulaire de signalisation central à l'interactome et de prédire une fonction dans la signalisation pour certaines protéines. Nous travaillons actuellement à une analyse locale de la voie de signalisation Pi3K intégrée à l'interactome humain
Organism cell functioning mainly depends on physical interactions, more particularly between proteins. These protein-protein interactions form complex intricate networks in the cell. The aim of my PhD work was first to automatize the PRODISTIN method, developped in the lab in order to extract biological information from interaction networks, and to expand it to weighted networks. Second, the method has been applied to study paralogous genes, remnant of yeast whole genome duplication. It permitted to propose a functional scale of divergence for duplicated genes based on the analysis of protein-protein interactions. Third, we made a global analysis of 9 signaling pathways integrated in the drosophila interactome. We identified a modular signaling network lying centrally in the interactome and predicted a signaling function for certain proteins of yet unknown function. We are currently working on a local analysis of Pi3K signaling pathway integrated in human interactome

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Bérubé, Julie. "Influence de l'environnement cellulaire sur l'activité des protéines antirétrovirales TRIM5α et TRIMCyp". Thèse, Université du Québec à Trois-Rivières, 2011. http://depot-e.uqtr.ca/2264/1/030276729.pdf.

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Delpech, Floriane. "Dynamique cellulaire des protéines de la réplication chez l'archée halophile Haloferax volcanii". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLX087/document.

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Abstract (sommario):

Ce travail de thèse porte sur l’étude de la réplication chez les archées, qui constituent le troisième domaine du vivant avec les bactéries et les eucaryotes. L’organisme modèle que nous avons utilisé est l'archée halophile Haloferax volcanii car les outils génétiques disponibles permettent d’exprimer des protéines fusionnées à la Protéine Fluorescente Verte (GFP) dans cet organisme mésophile et aérobe et ainsi de localiser les protéines d’intérêt dans des cellules vivantes. Nous nous sommes ainsi intéressés à la localisation cellulaire de quatre protéines de la réplication qui ont été fusionnées à la GFP et exprimées sous contrôle de leur propre promoteur : (i) la protéine ‘Flap Endonuclease 1’ (FEN1), qui intervient dans la maturation des fragments d’Okazaki, (ii) la protéine ‘Origin Recognition Complex’ (ORC1) impliquée dans la reconnaissance des origines de réplication, (iii) la protéine ‘Proliferating Cellular Nuclear Antigen’ (PCNA), anneau de processivité des ADN polymérases réplicatives, et (iv) la protéine de fixation à l’ADN simple-brin ‘Replication Protein A’ (RPA2) essentielle à la réplication chez H. volcanii. Seule la protéine PCNA n’a pu être exprimée en fusion avec la GFP, suggérant que la protéine fusion n’est pas fonctionnelle. GFP::Orc1 et GFP::Fen1 ont été exprimées dans la cellule mais ne présentent pas de localisation spécifique reflétant un rôle de ces protéines dans la réplication de l’ADN. En revanche des foyers de fluorescence de la protéine fusion GFP::Rpa2 ont été observés, dont le nombre augmente significativement dans des cellules exposées à l’aphidicoline, drogue inhibant la synthèse de l’ADN et induisant ainsi un stress réplicatif. Cependant une localisation différente de la protéine GFP::Rpa2 a été observée lorsque les cellules sont exposés à la phléomycine, qui induit notamment des cassures double-brin de l‘ADN. Dans ces cellules, GFP::Rpa2 forme un foyer de fluorescence massif qui colocalise avec l’ADN compacté dans la grande majorité des cellules observées. Nos résultats suggèrent donc que la localisation spécifique observée pour GFP::Rpa2 reflète son rôle dans la réparation de l’ADN et/ou le redémarrage des fourche de réplication arrêtées
The aim of this thesis project was to improve our understanding of DNA replication in archaea, the third domain of life with bacteria and eukarya. The model organism chosen for these studies is the halophilic archaea Haloferax volcanii, a mesophilic aerobe for which genetics tools allow studying in living cells the localization of proteins fused to the Green Fluorescent protein (GFP). Four proteins involved in DNA replication were fused to the GFP and expressed under the control of their own promoter: (i) the ‘Flap Endonuclease 1’ (FEN1), involved in Okazaki fragments maturation, (ii) the ‘Origin Recognition Complex’ (ORC1), involved in DNA replication origin recognition, (iii) the ‘Proliferating Cellular Nuclear Antigen’ (PCNA), processivity factor of replicative DNA polymerases, and (iv) the ‘Replication Protein A’ (RPA2), single-stranded DNA binding protein essential for DNA replication in H. volcanii. Only the PCNA fusion to the GFP was not successful, suggesting that the GFP hinders essential roles of PCNA in DNA replication. Fen1 and Orc1 were successfully fused to the GFP and expressed in living cells, but specific localization in cells related to growth phase, reflecting different replication dynamics, were not observed. In contrast, we could observed fluorescent foci formed by the fully functional GFP::Rpa2 protein that actively responded to DNA damage in H. volcanii cells. The number of these fluorescent foci per cell was constant during cell growth but it significantly increased in cells exposed to aphidicoline, which inhibits DNA synthesis during replication. When cells were treated with phleomycine, a DNA damaging agent mainly causing double-strand breaks, formation of a massive fluorescent focus coinciding with DNA compaction was observed. Our results suggest that the specific cellular localization of GFP::Rpa2 observed reflects Rpa2 roles in DNA repair and/or DNA replication fork restart

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Rannou, Yoann. "Contrôle de la division cellulaire par les protéines kinases Mnk1 et Aurora". Rennes 1, 2008. http://www.theses.fr/2008REN1S123.

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Abstract (sommario):

La mitose est une étape fondamentale du cycle cellulaire qui permet la formation de 2 cellules filles génétiquement identiques. Afin de prévenir des erreurs pouvant conduire à des altérations chromosomiques, le déroulement de la mitose est étroitement contrôlé par différentes protéines comme les kinases. L’objectif de ma thèse était de caractériser de nouvelles kinases impliquées dans la régulation de la mitose. J’ai ainsi montré que la kinase Mnk1 participe au contrôle de la cytocinèse en permettant le recrutement de la centrioline au midbody. J’ai également montré que le domaine N-terminal de la kinase Aurora-A participe à sa localisation aux centrosomes, tandis que celui de Aurora-B favorise sa localisation nucléaire. Enfin, j’ai montré que Aurora-A phosphoryle la protéine Numb. Cette dernière est indispensable à la spécification des cellules lors de la division asymétrique. Cette phosphorylation pourrait réguler la localisation de Numb et/ou son activité endocytique
During mitosis two genetically identical daughter cells are generating. Mitosis is tightly controlled by various proteins like kinases in order to avoid errors which can lead to chromosomal instability. The aim of my PhD was to identify new kinases involved in mitosis control. I have identified the Mnk1 kinase which allows cell abscission by recruiting the centriolin at the midbody. I have also showed that the N-terminal domain of Aurora-A kinase regulates its localization at centrosomes, whereas Aurora-B N-terminal domain facilitates its nuclear localization. Finally I have described a new Aurora-A function. This kinase phosphorylates the Numb protein, a cell fate determinant involved asymmetric division. Numb phosphorylation by Aurora-A could control its localization and/or its endocytic activity

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Chinchilla, Delphine. "Le rôle des ankyrine protéines kinases dans le développement végétal". Paris 11, 2003. http://www.theses.fr/2003PA112067.

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Abstract (sommario):

Les protéines kinases constituent des régulateurs essentiels des voies de signalisation. Chez Medicago spp. , le gène Msapk1 " Medicago saliva ankyrin protéine kinase " a été identifié comme exprimé dans les nodosités spontanées de luzerne. Il code pour un nouveau type de kinase, composée d'un domaine aminoterminal à motif ankyrine fusionné à un domaine catalytique. Cette structure est retrouvée au sein de protéines "Integrin-Linked Kinases" animales, impliquées dans l'adhésion cellulaire. Mon travail de thèse a porté sur la caractérisation des gènes APK chez Medicago spp. , et de leurs homologues chez Arabidopsis thaliana, afin de comprendre leur fonction dans le développement végétal. Chez Medicago spp. , l'expression du gène Msapkl est induite dans les racines en réponse au choc osmotique. Par ailleurs, une protéine de fusion MsAPK1-GFP localiserait sur le cytosquelette des cellules d'oignon, en réponse à ce choc. Nous avons également montré que la protéine MsAPK1 purifiée chez E. Coli phosphoryle la tubuline in vitro. Ces résultats suggèrent que MsAPK1 pourrait être un régulateur des modifications du cytosquelette observées en réponse au choc osmotique. Chez Arabidopsis, les gènes AtAPK, homologues à Msapkl, s'expriment différentiellement dans plusieurs organes. Malgré la forte conservation observée entre les gènes d'Arabidopsis et de Medicago truncatula, les AtAPK ne seraient pas impliqués dans la réponse osmotique. Plusieurs approches de génétique inverse, de type " perte de fonction " et " gain de fonction ", réalisées sur les APK suggèrent leur redondance fonctionnelle chez Arabidopsis. Parallèlement à cette étude, nous avons caractérisé l'induction de l'expression du gène MsCPK3, codant pour une CDPK, au cours du développement de la nodosité de la luzerne. Cette activation a lieu simultanément à une augmentation d'activité CDPK, durant les étapes précoces de la nodulation. Cette CDPK constitue une cible potentielle de l'action du calcium chez les Fabacées. Ces résultats contribuent à la caractérisation de nouvelles protéines kinases dans la réponse de Medicago spp. Au choc osmotique et au cours du développement de la nodosité. En particulier, la caractérisation des APK ouvre de nouvelles perspectives sur la participation de ces kinases dans les modifications de l'adhésion cellulaire végétale
Protein kinases are key components of signalling pathways. The Msapk1 gene (for Medicago saliva ankyrin protein kinase), coding for a novel protein kinase, was isolated as expressed in spontaneous nodules in alfalfa. This kinase has an unique aminoterminal domain containing three ankyrin repeats. This structure resembles that from animal Integrin Linked Kinases which are involved in cell adhesion in mammalian cells. The major objective of this work was to characterize the APK gene in Medicago spp. And their homologues in Arabidopsis thaliana, in order to understand their function in plant development. Msapkl expression was round to be induced upon hyperosmotic stress in Medicago roots. Moreover, a MsAPK1-GFP fusion protein localized to a cytoskeletal network after an osmotic shock in onion cells. By heterologous expression in E. Coli, we also showed that MsAPK1 phosphorylates tubulin in vitro. These results suggest that MsAPK1 may regulate cytoskeleton modifications occurring during cellular responses to osmotic stress in plants. In Arabidopsis, the AtAPK genes, homologues of Msapk1, were round to be differentially expressed in several organs. Despite the high conservation between Arabidopsis and Medicago truncatula genes, the AtAPKs seem not to be involved in osmotic responses in this species. Reverse genetics approaches on APK, developed to create "loss of function" and "gain of function" effects, suggest that APK genes are functionally redundant in Arabidopsis. In parallel, we characterized the induction of a CDPK gene expression, called MsCPK3, during nodule development in alfalfa. This activation takes place concomitantly with the induction of CDPK activity in alfalfa roots, during the early steps of nodulation. This CDPK is a potential target for calcium action in Fabaceae. These results add to the characterization of new protein kinases in Medicago spp. Involved in osmotic stress responses and nodule organogenesis. Moreover, the studies on APK may open new perspectives on their participation in plant cell adhesion processes

Tesi sul tema "Protéines de surface cellulaire"

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