Tesi: "Identification de cibles thérapeutiques"

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Colleville, Bérénice. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans le rétrécissement aortique". Thesis, Normandie, 2019. http://www.theses.fr/2019NORMR084/document.

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Abstract (sommario):

Le rétrécissement aortique calcifie (RAC) est la valvulopathie la plus fréquente dans les pays occidentaux et touche environ 2% des sujets de plus de 65 ans. Initialement considérée comme une dégénérescence passive de la valve aortique liée à l’âge, le RAC est actuellement considéré comme une pathologie complexe et hautement régulée et qui aboutit à un épaississement et à une calcification des feuillets valvulaires aortiques. A ce jour les mécanismes initiateurs et favorisant la progression du RAC ne sont pas complètement élucidés, et d’autre part, aucun traitement ne s’est avéré efficace pour ralentir ou stopper son évolution. Le remplacement valvulaire aortique (chirurgical ou percutané) reste le seul traitement en cas de rétrécissement aortique serré. D’autre part, il n’existe aucun modèle animal fiable et reproductible du RAC permettant de mieux comprendre la physiopathologie de cette valvulopathie et de tester de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans le laboratoire, nous avons fait l’hypothèse que la dysfonction de l’endothélium valvulaire jouait un rôle important dans l’initiation et la progression du RAC, et nous souhaitons utiliser un modèle animal permettant d’évaluer l’effet de nouvelles thérapeutiques. Ce travail porte donc sur l’évaluation du rôle du système endothélinergique dans la sténose aortique calcifiée et le développement d’un nouveau modèle animal murin de RAC. Dans notre première étude, nous nous sommes intéressés au modèle de souris EgfrWa2/Wa2. Ce modèle est induit par la substitution du résidu amine glycine par une valine. Les souris EgfrWa2/Wa2 homozygotes pour la mutation voient leur activité tyrosine kinase diminuée de 90%. Ce modèle induit un épaississement fibreux des feuillets valvulaires avec peu de calcifications. Cependant, l’augmentation du flux transaortique n’est pas liée a un RAC mais a une insuffisance aortique (IA). Nous avons évalué dans ce modèle l’effet d’un régime enrichi en graisse et d’une supplémentation en vitamine D3. Malgré une augmentation des taux sériquesdu cholestérol, de la vitamine D3 et de la calcémie, nous n’avons pas observé d’augmentation de la calcification. Le modèle EgfrWa2/Wa2 reste essentiellement un modèle d’IA avec le développement d’un RAC qui reste rare ou absent. Dans notre seconde étude, nous avons évalué le rôle du système endothélinergique dans des cultures primaires de cellules valvulaires interstitielles (hVICs) et endothéliales (hVECs) humaines, prélevées lors d’un remplacement valvulaire aortique chirurgical chez des patients ayant un RAC serré. Les valves de patients traités par une intervention de Bentall ont été utilisées comme groupe contrôle. Nous avons tout d’abord observé, par RT-PCR quantitative, que les hVECs issues de valves sténosées présentaient une augmentation non significative de l’ARNm codant pour l’endothéline et une augmentation significative de l’ARNm codant pour le récepteur ET-B, ainsi qu’une diminution significative de l’enzyme de conversion de l’endothéline dans les hVECs par rapport aux hVECs issues de valves contrôles. Le récepteur ET-B était également surexprimé dans les hVICs par rapport aux valves contrôles. En revanche, nous n’avons pas retrouvé de variation d’expression du récepteur ET-A dans les hVICs. Nous avons ensuite évalué l’effet de l’endotheline-1 (ET-1) dans les hVICs. Nous avons retrouvé que les hVICs calcifient lorsqu’elles sont en présence d’ET-1. Ces données suggèrent une implication du système endothélinergique dans la calcification valvulaire aortique. Des études complémentaires sont nécessaires pour mieux comprendre son implication, notamment en évaluant l’effet d’antagoniste des récepteurs de l’endothéline dans des cultures de hVICs puis dans un modèle animal fiable mimant cette pathologie
Aortic stenosis (AS) is the most common valvulopathy in Western countries and affects approximately 2% of subjects over 65 years of age. Originally considered a passive age-related degeneration of the aortic valve, AS is currently considered a complex and highly regulated pathology that results in thickening and calcification of aortic valve leaflets. To date the mechanisms initiating and promoting the progression of AS are not completely understood and secondly, no treatment has been effective to slow or stop its evolution. Aortic valve replacement (surgical or percutaneous) remains the only treatment for severe aortic stenosis. On the other hand, there is no reliable and reproducible animal model of AS to better understand the pathophysiology of this valvulopathy and to test new therapeutic targets. In the laboratory, we hypothesized that valvular endothelial dysfunction plays an important role in the initiation and progression of AS and we wish to use an animal model to evaluate the effect of new therapeutics. This work focuses on assessing the role of the endothelinergic system in AS and the development of a novel mouse animal model of AS. First, we used the EgfrWa2/Wa2 mouse model. This model is induced by the substitution of the amino glycine residue by a valine. The EgfrWa2/Wa2 mice homozygous for the mutation have their tyrosine kinase activity decreased by 90%. This model induces fibrous thickening of the leaflets with little calcification, but the increase in transaortic flow is not related to AS but to aortic regurgitation (AR). In this model we evaluated the effect of a fat-enriched diet and vitamin D3 supplementation. Despite increased serum levels of cholesterol, vitamin D3 and serum calcium, we did not observe an increase in calcification. The EgfrWa2/Wa2 model remains essentially a model of AR whereas AS remains rare or absent. Second, we evaluated the role of the endothelinergic system in primary cultures of human interstitial valvular (hVICs) and endothelial (hVECs) cells, obtained from AS patients treated by surgical aortic valve replacement. The valves of patients treated by a Bentall procedure were used as a control group. We first observed, by quantitative RT-PCR, that stenotic valves showed an increase in mRNA encoding endothelin and for its ET-B receptor and a decrease in the endothelin converting enzyme in the hVECs compared to the control valves. The ET-B receptor was also overexpressed in the hVICs compared to the control valves. We did not find any variation in expression of its ET-A receptor in hVICs. We then assessed the effect of endothelin-1 (ET-1) in the hVICs. We found that hVICs calcify when they are in the presence of ET-1. These data suggest involvement of the endothelinergic system in aortic valve calcification. Further studies are needed to better understand its involvement, notably by evaluating the effect of endothelin receptor antagonist in hVICs cultures and then in a reliable animal model mimicking this pathology

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Colleville, Bérénice. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans le rétrécissement aortique". Electronic Thesis or Diss., Normandie, 2019. http://www.theses.fr/2019NORMR084.

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Abstract (sommario):

Le rétrécissement aortique calcifie (RAC) est la valvulopathie la plus fréquente dans les pays occidentaux et touche environ 2% des sujets de plus de 65 ans. Initialement considérée comme une dégénérescence passive de la valve aortique liée à l’âge, le RAC est actuellement considéré comme une pathologie complexe et hautement régulée et qui aboutit à un épaississement et à une calcification des feuillets valvulaires aortiques. A ce jour les mécanismes initiateurs et favorisant la progression du RAC ne sont pas complètement élucidés, et d’autre part, aucun traitement ne s’est avéré efficace pour ralentir ou stopper son évolution. Le remplacement valvulaire aortique (chirurgical ou percutané) reste le seul traitement en cas de rétrécissement aortique serré. D’autre part, il n’existe aucun modèle animal fiable et reproductible du RAC permettant de mieux comprendre la physiopathologie de cette valvulopathie et de tester de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans le laboratoire, nous avons fait l’hypothèse que la dysfonction de l’endothélium valvulaire jouait un rôle important dans l’initiation et la progression du RAC, et nous souhaitons utiliser un modèle animal permettant d’évaluer l’effet de nouvelles thérapeutiques. Ce travail porte donc sur l’évaluation du rôle du système endothélinergique dans la sténose aortique calcifiée et le développement d’un nouveau modèle animal murin de RAC. Dans notre première étude, nous nous sommes intéressés au modèle de souris EgfrWa2/Wa2. Ce modèle est induit par la substitution du résidu amine glycine par une valine. Les souris EgfrWa2/Wa2 homozygotes pour la mutation voient leur activité tyrosine kinase diminuée de 90%. Ce modèle induit un épaississement fibreux des feuillets valvulaires avec peu de calcifications. Cependant, l’augmentation du flux transaortique n’est pas liée a un RAC mais a une insuffisance aortique (IA). Nous avons évalué dans ce modèle l’effet d’un régime enrichi en graisse et d’une supplémentation en vitamine D3. Malgré une augmentation des taux sériquesdu cholestérol, de la vitamine D3 et de la calcémie, nous n’avons pas observé d’augmentation de la calcification. Le modèle EgfrWa2/Wa2 reste essentiellement un modèle d’IA avec le développement d’un RAC qui reste rare ou absent. Dans notre seconde étude, nous avons évalué le rôle du système endothélinergique dans des cultures primaires de cellules valvulaires interstitielles (hVICs) et endothéliales (hVECs) humaines, prélevées lors d’un remplacement valvulaire aortique chirurgical chez des patients ayant un RAC serré. Les valves de patients traités par une intervention de Bentall ont été utilisées comme groupe contrôle. Nous avons tout d’abord observé, par RT-PCR quantitative, que les hVECs issues de valves sténosées présentaient une augmentation non significative de l’ARNm codant pour l’endothéline et une augmentation significative de l’ARNm codant pour le récepteur ET-B, ainsi qu’une diminution significative de l’enzyme de conversion de l’endothéline dans les hVECs par rapport aux hVECs issues de valves contrôles. Le récepteur ET-B était également surexprimé dans les hVICs par rapport aux valves contrôles. En revanche, nous n’avons pas retrouvé de variation d’expression du récepteur ET-A dans les hVICs. Nous avons ensuite évalué l’effet de l’endotheline-1 (ET-1) dans les hVICs. Nous avons retrouvé que les hVICs calcifient lorsqu’elles sont en présence d’ET-1. Ces données suggèrent une implication du système endothélinergique dans la calcification valvulaire aortique. Des études complémentaires sont nécessaires pour mieux comprendre son implication, notamment en évaluant l’effet d’antagoniste des récepteurs de l’endothéline dans des cultures de hVICs puis dans un modèle animal fiable mimant cette pathologie
Aortic stenosis (AS) is the most common valvulopathy in Western countries and affects approximately 2% of subjects over 65 years of age. Originally considered a passive age-related degeneration of the aortic valve, AS is currently considered a complex and highly regulated pathology that results in thickening and calcification of aortic valve leaflets. To date the mechanisms initiating and promoting the progression of AS are not completely understood and secondly, no treatment has been effective to slow or stop its evolution. Aortic valve replacement (surgical or percutaneous) remains the only treatment for severe aortic stenosis. On the other hand, there is no reliable and reproducible animal model of AS to better understand the pathophysiology of this valvulopathy and to test new therapeutic targets. In the laboratory, we hypothesized that valvular endothelial dysfunction plays an important role in the initiation and progression of AS and we wish to use an animal model to evaluate the effect of new therapeutics. This work focuses on assessing the role of the endothelinergic system in AS and the development of a novel mouse animal model of AS. First, we used the EgfrWa2/Wa2 mouse model. This model is induced by the substitution of the amino glycine residue by a valine. The EgfrWa2/Wa2 mice homozygous for the mutation have their tyrosine kinase activity decreased by 90%. This model induces fibrous thickening of the leaflets with little calcification, but the increase in transaortic flow is not related to AS but to aortic regurgitation (AR). In this model we evaluated the effect of a fat-enriched diet and vitamin D3 supplementation. Despite increased serum levels of cholesterol, vitamin D3 and serum calcium, we did not observe an increase in calcification. The EgfrWa2/Wa2 model remains essentially a model of AR whereas AS remains rare or absent. Second, we evaluated the role of the endothelinergic system in primary cultures of human interstitial valvular (hVICs) and endothelial (hVECs) cells, obtained from AS patients treated by surgical aortic valve replacement. The valves of patients treated by a Bentall procedure were used as a control group. We first observed, by quantitative RT-PCR, that stenotic valves showed an increase in mRNA encoding endothelin and for its ET-B receptor and a decrease in the endothelin converting enzyme in the hVECs compared to the control valves. The ET-B receptor was also overexpressed in the hVICs compared to the control valves. We did not find any variation in expression of its ET-A receptor in hVICs. We then assessed the effect of endothelin-1 (ET-1) in the hVICs. We found that hVICs calcify when they are in the presence of ET-1. These data suggest involvement of the endothelinergic system in aortic valve calcification. Further studies are needed to better understand its involvement, notably by evaluating the effect of endothelin receptor antagonist in hVICs cultures and then in a reliable animal model mimicking this pathology

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Rakotondrahaso, Valomanda. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans le cancer de la prostate". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT023/document.

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Abstract (sommario):

En France, le cancer de la prostate est le premier cancer par son incidence ainsi que la troisième cause de mortalité pour cette pathologie. La progression de la maladie est dépendante des androgènes. Ainsi l’un des traitements majeurs du cancer de la prostate est la déprivation androgénique : le blocage de la production ou de l’action des androgènes conduit à inhiber la croissance tumorale. La plupart des patients répondent à cette thérapie, cependant l’évolution de la pathologie vers un stade d’insensibilité à la castration est inévitable, ce qui est associé à un mauvais pronostic. Au cours de la progression du cancer de la prostate, la voie de signalisation des androgènes demeure active grâce au récepteur des androgènes. Ce récepteur est une cible idéale afin de traiter et de bloquer la progression tumorale. Une telle inhibition du récepteur des androgènes peut être faite par l’utilisation d’un anti-androgènes de seconde génération : l’Enzalutamide. Cette molécule perturbe l’interaction entre le récepteur des androgènes et son ligand, elle peut bloquer la translocation nucléaire du récepteur activé mais elle empêche aussi son interaction avec l’ADN. Bien que l’utilisation de l’Enzalutamide ait contribué à améliorer la survie des patients, son utilisation conduit à l’émergence d’une résistance à l’Enzalutamide, ce qui constitue un défi thérapeutique considérable.L’objectif principal de mes travaux de thèse est d’identifier de nouvelles protéines afin d’améliorer les effets thérapeutiques de l’Enzalutamide ou de surmonter la résistance à ce médicament. Ainsi dans notre étude, nous avons supposé que le traitement à l’Enzalutamide induit l’activation de voies de signalisation spécifiques, pouvant être impliquées soit dans le mécanisme d’action du médicament ou dans la résistance à ce dernier. Cette hypothèse nous a conduit à l’identification des protéines MAPKs p38, qui sont activées lors d’un traitement avec l’Enzalutamide. Nos résultats démontrent que la combinaison d’Enzalutamide et d’inhibiteur de la MAPK p38 a un effet antitumoral significatif aussi bien in vitro que in vivo. Le mécanisme d’action de cet effet cytotoxique et synergique reste à l’étude. Ces données permettraient d’approfondir la compréhension des mécanismes de résistance lors d’un traitement à l’Enzalutamide et contribuer à la potentialisation de l’effet thérapeutique de cet antiandrogènes
In France, prostate cancer is the most frequently diagnosed male cancer and its progression is tightly associated with the androgen signals. One of the major treatments for prostate cancer is androgen deprivation therapy which is based on blocking the production or action of the androgens to induce a tumor growth inhibition. Most patients respond to this therapy, however they still reach a castration-resistant stage which is associated with a poor prognosis. Since the progression till this late cancer stage is still driven by the androgen signaling pathway, the second-line therapy is focused on targeting the active androgen receptor by using a second-generation anti-androgens: the Enzalutamide. This molecule disrupts the interaction between the androgen receptor and its ligand, it can block the nuclear translocation of the receptor and it also prevents the receptor interaction with DNA. Although Enzalutamide treatment has enhance the patient survival, some drug resistance still arises which is a considerable therapeutic challenge.The main objective of my thesis is to identify new proteins in order to improve the therapeutic effects of Enzalutamide or to overcome resistance to this drug. Thus, in our study, we assumed that Enzalutamide treatment induces the activation of specific signaling pathways which may be involved in the cancer cell response to the treatment. This hypothesis led us to identify the MAPKs p38 proteins, which are activated during treatment with Enzalutamide. Our results show that the combination of Enzalutamide and p38 inhibitor has a significant antitumor effect both in vitro and in vivo. The mechanism of action of this cytotoxic and synergistic effect remains under study. These data would allow a better understanding of the Enzalutamide resistance mechanisms and contribute to the enhancement of the therapeutic effect of this anti-androgen

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Prat, Valentine. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques pour l'insuffisance cardiaque à fraction d'éjection préservée". Thesis, Nantes, 2017. http://www.theses.fr/2017NANT1011/document.

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Abstract (sommario):

L'insuffisance cardiaque (IC) à fraction d'éjection préservée (FEP) est la forme majoritaire d'IC. Cette pathologie liée au vieillissement est un problème de santé public majeur pour laquelle il n'existe aucun traitement efficace. L'accès à des biopsies humaines est très difficile, et hélas, les modèles animaux actuellement décrits dans la littérature ne reproduisent que partiellement le phénotype des patients, et ne permettent pas d'en comprendre la physiopathologie complexe. L'équipe dans laquelle a été réalisé ce travail possède un modèle de rat transgénique surexprimant le récepteur ß3-adrénergique (ß3-AR) humain à la membrane des cellules endothéliales. L'objectif du projet de thèse a été de (1) caractériser le phénotype cardiaque de ce modèle, et d'en fixer les modalités d'études (âge des animaux, sexe, statut hormonal), (2) déterminer l'adéquation du modèle au profil des patients, notamment en situation de stress cardiovasculaire, (3) d'identifier de nouvelles pistes de recherche afin d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Nous avons pu mettre en avant chez les rats mâles un profil proche du patient ICFEP, c’est-à- dire la mise en place d'une dysfonction diastolique au cours du vieillissement, sans altération de la fraction d'éjection, associée à une fibrose myocardique et à une inadaptation à des conditions de stress. Parallèlement aux anomalies fonctionnelles, ce rat présente une altération de l'expression des protéines du cycle du calcium, et une abolition de la réponse inotrope négative du ß3-AR endothélial. Notre modèle semble être particulièrement prometteur pour l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques pertinentes pour les patients
Heart failure with preserved ejection fraction is a major health burden, concerning the elderly, yet without any accurate treatment for the patients. This situation is partly due to the lack of patient biopsies and unfortunately, to the lack of used animal models which reproduce even partly the human condition. These limitations do not allow the determination of accurate therapeutic targets for the patients. ln this context, this work focused on a new transgenic animal model developed by the research team: a rat overexpressing the ß3-adrenoceptor (ß3-AR) at the endothelial level. The aim of my thesis was to (1) characterize the phenotype of the model, and determine its study conditions (age, sex and hormonal status of the rats), (2) verify the relevance of the model regarding patient's phenotype in stress condition, (3) identify some innovative research axis in order to discover potential new therapeutic targets. Our results showed that male rats expressed with ageing a phenotype close to the patients' condition: a diastolic dysfunction without any impairment of systolic function, associated with myocardial fibrosis and an impaired response to a cardiovascular stress. Conversely to functional alterations, these rats presented an impaired expression of calcium cycling protein and an abolished negative inotropic response of the endothelial ß3-AR. Our model may be of particular interest to determine nëw and accurate therapeutic targets for the patients

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Poiraudeau, Loïc. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans le cancer neuroendocrine de la prostate". Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASL143.

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Abstract (sommario):

Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquent chez l'homme et il constitue la deuxième cause de mortalité par cancer chez l'homme dans les pays industrialisés. Le traitement systémique de ces cancers repose sur une déprivation androgénique par castration chirurgicale ou pharmacologique. Le cancer de la prostate métastatique résistant à la castration (mCRPC) est traité par des inhibiteurs de la voie des androgènes (ARPI). Cependant, environ un tiers des patients ne sont pas sensibles à ces médicaments et les autres, sensibles initialement, développent malheureusement une résistance secondaire, acquise dans un délai d'environ 1 à 2 ans. Les mécanismes qui expliquent la résistance primaire et secondaire ne sont pas bien connus. Une différenciation neuroendocrine (NE) des constitue l'un de ces mécanismes. En effet, entre 15 et 20% des tumeurs évoluent vers un phénotype neuroendocrine de la prostate (NEPC). Le pronostic de ces patients est très mauvais car les mécanismes moléculaires précis impliqués dans la différenciation neuroendocrine ne sont pas clairement élucidés et il n'existe pas de solution thérapeutique adaptée à ces tumeurs. L'objectif de cette thèse était d'étudier la différenciation neuroendocrine afin d'identifier des nouvelles cibles thérapeutiques. Nous nous sommes appuyés sur l'étude MATCH-R visant à étudier les mécanismes de résistance aux thérapies ciblées (enzalutamide, abiraterone) dans le cancer de la prostate métastatique. Les biopsies de patients ont été caractérisées par des méthodes de séquençage à haut débit et d'immunohistochimie. Dans le cadre de cette étude le laboratoire a aussi développé et caractérisé des modèles précliniques de xénogreffes dérivées de patients (PDX). Nous montrons à partir du WES et RNAseq de biopsies de patients que la différenciation neuroendocrine résulte probablement d'altérations transcriptomiques et épigénétiques. Par ailleurs, nos PDX NEPC maintiennent les caractéristiques génétiques, moléculaires et pharmacologiques par rapport à leurs biopsies d'origine. L'analyse du RNAseq a permis d'identifier une protéine membranaire spécifiquement exprimée par les NEPC. L'expression de cette protéine est corrélée à l'expression de marqueurs NE tels que synaptophysine (SYP) et chromogranine A (CHGA) ainsi qu'à un plus mauvais pronostic. Le traitement de nos PDX NEPC exprimant cette protéine avec une unique injection intraveineuse d' un anticorps conjugué ciblant la protéine résulte en une diminution significative du volume tumoral dans le groupe de souris traitées par rapport au groupe de souris non traitées. Enfin, nous avons identifié un récepteur nucléaire orphelin NR0B2 surexprimé dans les NEPC qui pourrait être impliqué dans la résistance aux inhibiteurs de la voie du RA. Au final, la thèse a permis de confirmer la différenciation neuroendocrine comme mécanisme important de résistance aux thérapies ciblant la voie du récepteur aux androgènes, de développer de nouveaux modèles pertinents (PDX et organoïdes), d'identifier et valider une nouvelle cible thérapeutique et enfin de suggérer le rôle d'un facteur nucléaire orphelin comme acteur moléculaire dans la résistance des cancers neuroendocrines
Prostate cancer is the most common cancer in men and the second leading cause of cancer death in men in industrialized countries. The systemic treatment of these cancers is androgen deprivation therapy (ADT), which can be achieved through surgical or pharmacological castration. Metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC) is treated with androgen receptor inhibitors (ARi). However, approximately one-third of patients are not responsive to these drugs and the others, who are initially responsive, unfortunately develop secondary resistance, which is acquired within approximately 1-2 years. The mechanisms that explain primary and secondary resistance are not well understood. Neuroendocrine differentiation (NE) of mCRPC is one of these mechanisms. In fact, between 15 and 20% of resistant tumors evolve into neuroendocrine prostate cancer (NEPC). The prognosis of these patients is very poor because the precise molecular mechanisms involved in neuroendocrine differentiation are not clearly elucidated and there is no therapeutic solution adapted to these tumors.The objective of this thesis was to study neuroendocrine differentiation in order to identify new therapeutic targets. We relied on the MATCH-R study, which aimed to study the mechanisms of resistance to targeted therapies (enzalutamide, abiraterone). Patient biopsies were characterized using high-throughput sequencing and immunohistochemistry methods. As part of this study, the laboratory also developed and characterized preclinical patient-derived xenograft (PDX) models. We show from WES and RNAseq performed on patient biopsies that neuroendocrine differentiation is likely the result of transcriptomic and epigenetic alterations. Moreover, our PDXs retain the genetic, molecular, and pharmacological characteristics of their original biopsies. RNAseq analysis identified a membrane protein, which is specifically expressed by NEPC. The expression of this protein is correlated with the expression of NE markers such as synaptophysin (SYP) and chromogranin A (CHGA), as well as a worse diagnosis. Treatment of our NEPC PDXs with a single intravenous injection of an antibody-drug conjugate targeting this protein, resulted in a significant decrease in tumor volume in the treated group compared to the untreated group. Finally, we identified an orphan nuclear receptor, NR0B2 that is overexpressed in NEPC and could be involved in resistance to ARi. NEPC are aggressive tumors with few therapeutic options. These tumors result from transcriptomic alterations and require the development of relevant models that recapitulate the complexity of the disease to identify potential targets for new targeted therapies. ADCs are promising therapies, especially in NEPC, and have shown anti-tumor efficacy in preclinical evaluation

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Moine-Franel, Alexandra. "Cartographie des poches aux interfaces protéine-protéine et identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2023SORUS634.pdf.

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Abstract (sommario):

Les interactions protéine-protéine (IPP) représentent une source importante de potentielle cibles thérapeutiques car elles jouent un rôle crucial dans de nombreux et divers processus biologiques, notamment dans le développement de pathologies. Bien que les IPP apparaissent comme des cibles thérapeutiques prometteuses, elles demeurent plus difficiles à étudier que les cibles thérapeutiques conventionnelles. En effet, les IPP connues sont caractérisées par des motifs structuraux particuliers qui limitent leur potentiel « druggable » c’est-à-dire leur capacité à lier et être modulées par une petite molécule médicamenteuse. Cependant, le nombre croissant d’identification de petites molécules modulant diverses IPP démontre qu’avec une méthodologie adaptée, elles peuvent représenter une classe de nouvelles cibles thérapeutiques originales et innovantes. L’objectif est donc de développer un protocole in silico aidant à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques impliquant des IPP en rationalisant les éléments clés qui conditionnent la « druggabilité » de leur interaction
Protein-protein interactions (PPIs) constitute a significant source of potential therapeutic targets because they play a crucial role in numerous and diverse biological processes, including the development of pathologies. While PPIs appear as promising therapeutic targets, they are more challenging to study than conventional therapeutic targets. Indeed, known PPIs are characterized by specific structural motifs that limit their ‘druggability’, meaning their ability to bind to and be modulated by a small drug molecule. However, the growing identification of small molecules modulating various PPIs demonstrates that, with an appropriate methodology, they can represent a class of novel and innovative therapeutic targets. The objective is, therefore, to develop an in silico protocol to aid in identifying new therapeutic targets involving PPIs by rationalizing the key elements that determine the ‘druggability’ of the interaction

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Bruyère, Emilie. "Etude de la carcinogenèse oesophagienne dans un modèle in vivo : identification de nouvelles cibles thérapeutiques". Thesis, Lille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011LIL2S015.

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Abstract (sommario):

Le pronostic de l’adénocarcinome œsophagien (ADC) est très sombre, avec un taux de survie à 5 ans inférieur à 10 %, du à sa détection tardive. L’incidence de ce cancer est en constante augmentation depuis une trentaine d’année dans les pays occidentaux. L’ADC se développe sur un œsophage de Barrett, metaplasia induite par une exposition chronique de l’ œsophage au reflux duodéno-gastro-œsophagien. Notre équipe a précédemment montré que certains acides biliaires presents dans ce reflux régulent l’expression des deux mucines membranaires MUC1 et MUC4, ainsi que la PI3K et NFB dans une lignée cellulaire d’adénocarcinome œsophagien humain. But du travail : Déterminer si le reflux duodéno-gastro-œsophagien induit une carcinogenèse œsophagienne dans un modèle in vivo, ainsi qu’identifier de nouvelles proteins associées à cette carcinogenèse. Matériel et méthodes : Un modèle de reflux chronique induit par chirurgie à été réalisé. L’expression des ARN ainsi que des protéines a été étudiée grâce aux techniques de RT-PCR, qRT-PCR, puces à ARN et immunohistochimie. Les propriétés biologiques de cellules issues d’un adénocarcinome œsophagien humain (OE33) ont été étudiées in vitro. Résultats : Tous les rats subissant un reflux montrent une inflammation ainsi qu’une néo-expression de gènes connus pour participer à la progression tumorale, plus particulièrement dans la différenciation, la prolifération, l’adhésion et la formation de métastases. Parmi ces gènes activés on retrouve les deux voies de signalisation PI3K et KFB. De manière intéressante on observe une néoexpression des deux mucines membranaires Muc1 et Muc4 ainsi qu’une surexpression de deux protéines associées à la progression tumorale, S100a4 et Mcm6. Ces différents gènes participent à la régulation des propriétés biologiques des cellules d’adénocarcinome œsophagien. Conclusion : L’ensemble de ces résultats montre qu’une exposition chronique au reflux duodéno-gastro-œsophagien induit la progression vers un adénocarcinome œsophagien dans un modèle in vivo chez le rat. Nous avons mis en évidence des voies de signalisation ainsi que des proteins associées à la carcinogenèse œsophagienne, ces dernières pouvant être considérées comme de potentiels marqueurs ou cibles thérapeutiques dirigées contre l’adénocarcinome œsophagien. Mots clés : Adénocarcinome œsophagien, Œsophage de Barrett, reflux, biomarqueurs, mucines
Œsophageal adenocarcinoma (ADK) has a very poor prognosis with a survival rate at 5 years at 10%, due to its late detection. Its incidence has been increasing for the last 30 years. ADK develops on Barrett œsophagus, a metaplastic lesion induced by chronic exposure of œsophagus to the duodeno-gastro-œsophageal reflux. Moreover we showed previously that bile acids activate MUC1 and MUC4 mucins, PI3K and NFκB signalling pathways in human adenocarcinomatous cells. Aim: To determine whether the reflux induces œsophageal carcinogenesis in an in vivo model, and to identify new tumor-associated proteins. Material and methods: A rat model of chronic reflux induced by surgery was established. Expression of RNA and proteins was studied using RT-PCR, qRT-PCR, micro-arrays and immunohistochemistry. Effects on cell biological properties were carried out in vitro in OE33 œsophageal adenocarcinomatous cells. Results: All rats with reflux showed inflammation and neoexpression of genes involved in tumor progression with alterations of markers involved in differentiation, proliferation, adhesion and metastasis in which key pathways such as PI3K and NFκB were found activated. More importantly, Muc1 and Muc4 mucins were neoexpressed, and two new tumor-associate proteins, S100a4 and Mcm6, were overexpressed in tumors and showed in vitro effects on œsophageal cancer cell biological properties. Conclusion: Altogether, these data indicate that progression toward adenocarcinoma was effective following induction of a chronic reflux in rat œsophagus and that signalling pathways and new tumor-associated proteins were identified that may be new biomarkers and new therapeutic targets in œsophageal adenocarcinoma. Key words: Œsophageal adenocarcinoma, Barrett œsophagus, reflux, biomarkers, mucins

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Moore-Morris, Thomas. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles parmi les récepteurs couplés aux protéines G des muscles striés". Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20162.

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Abstract (sommario):

Les Récepteurs Couplés aux Protéines G (RCPGs) sont la plus grande et la plus diversifiée des familles de récepteurs membranaires. Environ un tiers des molécules thérapeutiques actuellement disponibles sur le marché ciblent un nombre très limité des membres de cette famille. Une meilleure connaissance de l'expression des RCPGs dans divers tissus et contextes physiopathologiques devrait permettre d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Les pathologies cardiaques sont la première cause de mortalité dans le monde occidental et sont souvent associées à une dysfonction des muscles squelettiques. L'objectif du travail rapporté dans cette thèse était d'analyser l'expression des endoRCPGs (RCPGs ayant des ligands endogènes) dans le cœur et le muscle squelettique afin d'identifier de « nouveaux » récepteurs, dont la fonction dans ces tissus est inconnue, et évaluer leur potentiel en tant que cibles thérapeutiques. Nous avons tout d'abord établi le répertoire de l'ensemble des endoRCPGs dans les quatre chambres cardiaques de souris adultes et mis en évidence un récepteur atypique, le récepteur métabotropique du glutamate, mGluR1. Des expériences préliminaires suggèrent une implication de mGluR1 dans la cardioprotection lors de l'ischémie/reperfusion. Nous avons aussi établi le répertoire des endoRCPGs du muscle squelettique issu d'un modèle murin d'atrophie réversible. L'analyse de ce répertoire nous a permis d'identifier des nouveaux récepteurs impliqués dans l'atrophie musculaire. Parmi ces récepteurs, nous nous focalisons sur le récepteurs béta2-adrénergique et le récepteur Frizzled 9. Ce dernier a particulièrement attiré notre attention car il est peu exprimée dans le cœur et pourrait ainsi être ciblé sans avoir d'incidence cardiaque
G protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest and most diverse family of membrane receptors. Approximately one third of currently available pharmaceutical drugs target a small number of these receptors. New information on the expression of GPCRs in various tissues and physiopathological contexts should enable the identification of new therapeutic targets. Cardiac pathologies are the leading cause of morbidity in the Western world and are often associated to skeletal muscle dysfunction. The aim of the work described in this thesis was to analyse the expression of all endoGPCRs (GPCRs with endogenous ligands) in heart and skeletal muscle in order to identify “new” receptors, with no known function in these tissues, and evaluate there potential as therapeutic targets. We first established the endoGPCR repertoire of the four cardiac chambers and identified an atypical cardiac receptor, mGluR1. Preliminary results suggest that mGluR1 is involved in cardioprotection in the context of ischemia/reperfusion. We also established the repertoire of endoGPCRs in skeletal muscle using a reversible mouse atrophy model. The analysis of this repertoire enabled us to identify new receptors involved in the development of atrophy. Among these, we focused on the beta2-adrenergic and Frizzled 9 receptors. The latter particularly interests us as it is very lowly expressed in the heart, suggesting that targeting this receptor would have little incidence on cardiac function

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Souleyreau, Wilfried. "Identification de nouveaux facteurs pronostiques et de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles dans le cancer du rein". Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0422/document.

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Abstract (sommario):

Le cancer du rein compte parmi les 10 types de cancers les plus fréquents chez l’Homme. Il n’existe aujourd’hui aucun marqueur biomoléculaire dans ce type de cancer, et dans le cas d’un cancer métastatique, l’arsenal thérapeutique aujourd’hui disponible manque d’efficacité. Les différents processus mis en jeu lors de la progression tumorale sont encore mal connus. La connaissance de ces processus pourrait permettre de mettre en évidence de nouvelles cibles thérapeutiques, ainsi que des marqueurs biomoléculaires pronostiques ou diagnostiques de la maladie. Dans un premier projet, et afin de mieux comprendre les mécanismes de la progression tumorale et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles et de nouveaux marqueurs biomoléculaires dans le cancer du rein, un nouveau modèle innovant a été généré à partir d’une lignée tumorale de RCC murine. Ce modèle de réimplantations successives de cellules tumorales issues de tumeur primaire ou de métastases a permis de générer différentes lignées cellulaires montrant une agressivité accrue au cours des passages. En utilisant une stratégie de biologie des systèmes, ce modèle pourra permettre de mettre en évidence des cibles d’études prometteuses qui pourraient être de nouvelles cibles thérapeutiques ou de nouveaux marqueurs biomoléculaires dans le RCC. L’interleukine-34 est l’exemple d’une cible d’étude d’ores et déjà été sélectionnée, mettant en évidence la puissance du modèle généré. Dans un second projet, les rôles de certains membres de la matrice extracellulaire tumorale ont été évalués en utilisant cette même lignée de RCC murine (collagène de type I, fibronectine, matrigel). Cette étude a permis de mettre en évidence le potentiel pro-invasif et pro-métastatique du dépôt de collagène de type I dans les tumeurs. Des récepteurs activés par le collagène sont proposés comme potentiellement impliqués dans les effets induits par le collagène de type I dans le modèle. Ces deux projets permettent et permettront de mieux comprendre certains mécanismes de la progression tumorale, ainsi que de mettre en évidence des marqueurs biomoléculaires et de nouvelles cibles thérapeutiques
Kidney cancer is one of the 10 commonest human cancers. To date, no biomolecular markers are available in this type of cancer, and in the case of metastatic cancer, the therapeutic arsenal is still inefficient. The different processes involved in cancer progression are still poorly understood. Understanding those processes could highlight new therapeutic targets, and new prognostic or diagnostic biomolecular markers of this disease. For a first project, a new innovative model has been generated from a murine RCC cell line as a tool to understand cancer progression mechanisms and to identify new therapeutic target and new biomolecular markers in kidney cancer. This model of sequential reimplantation of cancer cells isolated from primary tumours or metastases allowed us to generate different cell lines showing increased aggressiveness after passages. Using a systems biology strategy, this model will allow us to identify new potential therapeutic targets and new biomolecular markers in RCC. Interleukin-34 is an example of an already selected target, showing the power of the model generated. For a second project, the role of some members of extracellular matrix (collagen type I, fibronectin, matrigel).was studied using this same murine RCC cell line. This study demonstrated the potential pro-invasive and pro-metastatic roles of collagen type I deposition in tumors. Collagen-activated receptors are proposed as mediators of the effect induced by collagen type I in this model. Those two projects have and will continue to contribute to a better understanding of cancer progression mechanisms, and will bring out new biomolecular markers and new therapeutic targets

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Bouillez, Audrey. "Implication de la mucine membranaire MUC1 dans la progression tumorale rénale et identification de nouvelles cibles thérapeutiques". Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01062692.

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Abstract (sommario):

Le carcinome rénal représente 5% des tumeurs de l'adulte et se développe au niveau des tubules rénaux. Le sous-type histologique majeur des cancers du rein est le carcinome rénal à cellules claires (cRCC). 90% des cRCC présentent une inactivation biallélique du gène suppresseur de tumeur de Von Hippel Lindau (VHL) induisant une activation constitutive de la voie de l'hypoxie via le facteur de transcription HIF1-α (Hypoxia Inducible Factor) qui contribue à la physiologie des tumeurs. Les cRCC sont des tumeurs à la fois radio- et chimiorésistantes, rendant la prise en charge thérapeutique des patients très difficile.Nos recherches consistaient en l'étude des rôles de la mucine membranaire MUC1, dont la queue cytoplasmique (MUC1 CT) peut interagir avec différentes voies de signalisation et agir en tant que co-activateur transcriptionnel de nombreux gènes impliqués dans la progression tumorale et la diffusion métastatique. Des travaux antérieurs réalisés au laboratoire montraient que la surexpression de MUC1 observée dans les cRCC était associée au statut métastatique des patients et marquait un mauvais pronostic. Cette surexpression de MUC1 est également impliquée dans la voie de l'hypoxie, voie majeure de la carcinogenèse rénale. Le premier objectif de l'étude était donc de déterminer les effets de la surexpression de MUC1 sur les propriétés des cellules de cRCC. Nous montrons ainsi que le domaine extracellulaire de MUC1 ainsi que sa partie cytoplasmique sont impliqués dans l'augmentation des capacités migratoires et de la viabilité des cellules cancéreuses rénales et qu'elle leur confère une résistance à l'anoïkis, programme de mort cellulaire déclenché lorsque la cellule perd ses contacts avec les cellules voisines ou avec la matrice extra-cellulaire et diminuent les propriétés d'agrégation des cellules tumorales. Nous montrons également que MUC1 est impliquée dans la chimiorésistance des cRCC en induisant l'expression de genes de chimiorésistance comme ABCG2 et GSTO2. Nous montrons par ailleurs que les propriétés invasives des cellules de cRCC sont exclusivement liées à MUC1 CT. Le deuxième objectif de l'étude était d'identifier les mécanismes moléculaires à l'origine du clivage de MUC1 CT. En utilisant différentes stratégies (siARN, inhibiteurs pharmacologiques et peptides), nous montrons pour la première fois que deux sheddases, ADAM10 et ADAM17 et la gamma secrétase sont nécessaires au clivage de MUC1 C, permettant ainsi sa délocalisation nucléaire et l'augmentation des propriétés invasives des cellules de cRCC. Enfin, nous montrons que la surexpression de MUC1 augmente l'expression protéique d'ADAM10/17, suggérant une boucle de régulation positive existant en conditions pathologiques.En conclusion, notre étude souligne le rôle de MUC1 dans la progression tumorale rénale et montre que la localisation nucléaire de MUC1-C est à l'origine de l'acquisition d'un phénotype invasif et chimiorésistant via l'action des sheddases ADAM10/17 et de la gamma secrétase. MUC1 apparait alors comme une cible thérapeutique potentielle intéressante dans la prise en charge des cRCC.

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Masliantsev, Konstantin. "Rôle des signalisations STAT3 et Hippo dans les gliomes : Identification de nouveaux biomarqueurs pronostiques et cibles thérapeutiques". Thesis, Poitiers, 2018. http://www.theses.fr/2018POIT1407/document.

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Abstract (sommario):

Les gliomes malins sont les tumeurs les plus fréquentes du système nerveux central. Les glioblastomes représentant plus de 50% des gliomes, constituent la forme la plus agressive et sont particulièrement résistants à la radiochimiothérapie. Au sein de ces tumeurs réside une sous-population de cellules souches tumorales (CSG) qui pourrait être responsable de leurs initiation, progression et résistance aux traitements. Ces processus sont gouvernés par des voies de signalisation, pour la plupart activées de manière constitutive et dont l’étude est nécessaire afin de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans la gliomagenèse. L’objectif de ces travaux de thèse consistait en l’exploration des voies de signalisation STAT3 et Hippo dans les gliomes dans le but d’identifier de nouveaux marqueurs pronostiques et de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles. La première partie de ces travaux a montré que la phosphorylation S727 de STAT3 jouait un rôle important dans la radioresistance des CSG et que son inhibition pharmacologique induisait leur radiosensibilisation. Dans un second temps, ces travaux ont montré que deux effecteurs de la signalisation Hippo, YAP1 et TEAD3, sont associés à un mauvais pronostic et qu’ils seraient impliqués dans la prolifération cellulaire et le phénotype des CSG notamment par inhibition de la signature proneurale. Ainsi, ces travaux visent à proposer de nouvelles pistes thérapeutiques, d’une part l’inhibition de la pS727-STAT3 afin de potentialiser les effets de la radiothérapie et d’autre part, les effecteurs de la signalisation Hippo comme biomarqueurs pronostiques et potentielles cibles thérapeutiques
Malignant gliomas are the most common tumors of central nervous system. Glioblastomas represent more than 50% of all glioma and constitute the most aggressive form of the tumor which is particularly resistant to radiotherapy. The presence of the subpopulation of glioblastoma stem cells (GSC) could be involved in tumor initiation, progression and therapeutic resistance. Hence, these processes are governed by signaling pathways which are mostly constitutively activated and their study is necessary for a better understanding of gliomagenesis. The aim of this PhD thesis was to assess STAT3 and Hippo signaling pathways in glioma to identify new prognostic markers and potential therapeutic targets. The first part on this work showed that pS727 phosphorylation of STAT3 could be involved in radioresistance and its inhibition induced GCS radiosensitization. Additionally, this work showed that YAP1 and TEAD3, two effectors of Hippo signaling, are associated with poor patient survival and could be involved in GSC proliferation and phenotype maintenance by inhibiting proneural gene signature. Thereby, this work aims to offer new therapeutic avenues, on the one hand the inhibition of pS727-STAT3 for radiotherapy potentiation and on the other hand the effectors of Hippo signaling as prognostic biomarkers and potential therapeutic targets

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Toulmonde, Maud. "Analyse Intégrée génomique, protéomique et radiomique des Sarcomes Pléomorphes Indifférenciés : Identification et Validation de nouvelles cibles thérapeutiques". Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0429.

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Abstract (sommario):

Les Sarcomes indifférenciés pléomorphes (UPS pour Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma) forment un groupehétérogène « par défaut ». Nous avons émis l’hypothèse qu’il existe un lien entre le niveau de dédifférenciation des UPS et l’infiltrat immun intra-tumoral, et que cette relation repose sur des altérations génomiques ainsi que sur l’activation de voies de signalisation spécifiques associées à un impact thérapeutique potentiel. Les objectifs de ce travail étaient de générer une classification des UPS intégrant une approche génomique, immunophénotypique, protéomique et radiomique, et d’identifier et tester de potentielles cibles thérapeutiques sur des lignées cellulaires et des xénogreffes dérivées de tumeurs de patients (PDX) caractérisées génomiquement. Nous avons réuni 135 tumeurs de patients de type UPS dans notre institution, parmi lesquels 25 ont été sélectionnées pour séquençage de l’ARN et de l’exome entier. L’analyse hiérarchisée non supervisée des données de séquençage ARN identifia trois groupes : A, B et C. Le groupe A était principalement enrichi en gènes jouant un rôle dans le développement et le phénotype « cellule souche », notamment LHX8, LRRN1, LGR5, BMP5 et FGFR2. Le group B était fortement enrichi en gènes impliqués dans l’immunité, incluant MARCO, TIMD4, TIGIT, CD27, IFNG, CD8B, PDCD1, CD3D et IDO1, ainsi que DKK1. Le groupe C était trop petit pour être caractérisable de façon fiable. Nous avons pu confirmer cette classification sur une cohorte indépendante de 41 UPS du consortium TCGA. Nous avons trouvé une forte corrélation entre l’expression génique et la densité protéique en IHC sur les échantillons tumoraux correspondants pour CD8, PD-1 et IDO1, amenant à appeler le groupe B « immune-high » et le groupe A « immune-low ». Dans une cohorte indépendante de validation de 110 UPS, la densité de CD8 était significativement associée à une meilleure survie sans métastase (p = 0.04). Nous avons retrouvé une fréquence significativement plus importante de variation du nombre de copies de gènes dans le groupe « immune-low », principalement des délétions, touchant notamment PTEN, RB1, FANCA, FAS, CDKN2A, TP53, AXIN1, NF2 et BRCA2. Les analyses protéomiques permirent de détecter deux principaux groupes - PA and PB – fortement corrélés avec les deux principaux groupes identifiés en transcriptomique – A « immune low » et B « immune-high ». Le groupe PB était significativement enrichi en protéines appartenant aux voies de la réponse immunitaire, et le groupe PA en protéines appartenant aux cibles de MYC et à la transition épithélio-mésenchymateuse. Nous avons ensuite développé des lignées cellulaires et des PDX issues de tumeurs provenant de l’étude de profilage moléculaire et obtenu des modèles représentant chaque groupe A, B et C. L’inhibiteur de FGFR JNJ-42756493 avait une activité anti-tumorale in vitro et in vivo dans les lignées et les modèles de PDX du groupe A, de façon sélective. Nous avons également montré in vitro une sensibilité sélective des lignées cellulaires du groupe A aux trois inhibiteurs de protéines à bromodomaines BET CBP/P300 : CPI637, NEO1132 and NEO2734. Enfin, nous avons identifié un set de neuf variables de texture issues de séquences d’IRM conventionnelles hautement corrélées à notre classification transcriptomique des UPS, permettant de poser la base d’une signature radiomique pour sélectionner les UPS « immune-high » sur leur imagerie pré-thérapeutique.Cette étude est la première à réaliser un portrait intégré d’UPS primaires non pré-traités. Nous avons pu identifier deux groupes principaux, avec des implications thérapeutiques potentielles : le groupe « immunehigh », fortement inflammé et probablement le meilleur candidat à l’immunothérapie, et le groupe « immunelow », avec un rationnel pour l’utilisation d’inhibiteurs de FGFR et de BET dans ce dernier
Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma (UPS) are an heterogeneous group of poorly differentiated tumors made up ‘by default’. We hypothesized that there is a link between dedifferentiation state of UPS and immune infiltrate and that this relation relies on specific pathways activation and related genomics alterations with potential therapeutic impact. Objectives of this work were to generate a comprehensive Omics landscape of UPS, integrating genomic, immuno-phenotypic, proteomic and radiomic approach, and to identify and test potential targets for therapeutic approach on cell lines and patients tumor mouse xenografts (PDX). We analyzed a cohort of 135 UPS samples from patients in our institution, of whom 25 were selected for full exome and RNA-sequencing. Unsupervised consensus and hierarchical clustering of RNA-sequencing identified 3 groups, A, B and C. Group A was mainly enriched in genes that play a crucial role in both normal development and stemcellness, notably LHX8, LRRN1, LGR5, BMP5 and FGFR2. Group B was strongly enriched in genes involved in immunity, including MARCO, TIMD4, TIGIT, CD27, IFNG, CD8B, PDCD1, CD3D and IDO1, but also DKK1. Group C was too small to be analyzed with sufficient robustness. This classification was confirmed on an independent cohort of 41 UPS from TCGA consortium. We found a high correlation between gene expression and protein density by IHC on related tumor sample slides for CD8, PD-1 and IDO1, leading to call group B ‘immune-high’ and group A ‘immune-low’. In an independent validation cohort of 110 UPS patients, CD8 expression was significantly associated with metastase-free survival (p = 0.04). Copy numbers variations were significantly more frequent in the immune-low group. Main recurrent events were deletions, notably in PTEN, RB1, FANCA, FAS, CDKN2A, TP53, AXIN1, NF2 and BRCA2. Proteomic analysis allowed us to detect two main proteomic groups - PA and PB – that highly correlated with the two main transcriptomic groups - A and B. Group PB was significantly enriched in immune response pathways, whereas group PA was enriched in MYC targets and epithelial-mesenchymal transition pathways. We then further developed cell lines and PDX models from patient tumor samples included in the molecular profiling study for each class, A, B, C. We showed robust in vitro and in vivo anti-tumor activity of FGFR inhibitor JNJ-42756493 in cell lines and PDX models from group A, selectively. We also showed in vitro activity of three potent dual inhibitors of BET-proteins CBP/P300, CPI637, NEO1132 and NEO2734, in cell lines from group A, selectively. Finally, we showed that a set of 9 radiomic features from basic MRI conventional sequences correlated well with our UPS molecular classification and provided the basis for a radiomics signature that could select immune-high UPS on their pretherapeutic imaging. This study is the first to give a comprehensive genomic, immuno-phenotypic, proteomic and radiomic landscape of non-pretreated primary UPS. We identified two main groups of UPS with therapeutics potential: the immunehigh group, strongly inflamed and probably the best candidate for immunotherapy, and the immune-low group, with a rational for FGFR and BET inhibitors activity in this one

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Ramuz, Olivier. "Identification de marqueurs pronostiques et de cibles thérapeutiques potentielles dans le domaine des lymphomes malins non hodgkiniens". Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX20659.

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Abstract (sommario):

Alors que certaines entités de lymphomes non hodgkiniens (LNH) restent mal définies, d'autres, a priori mieux définies, manquent de marqueurs pronostiques capables de dépister les patients de mauvais pronostic. Des techniques dites " à grande échelle " appliquées à la recherche de marqueurs biologiques et pronostiques se sont récemment développées. Nous avons appliqué ces techniques " à grande échelle " aux LNH, et identifié des signatures moléculaires pronostiques pour le lymphome B diffus à grandes cellules (LBDGC) et le lymphome folliculaire (LF). Pour le LBDGC, nous avons validé l'impact pronostique de TCL1A par immunohistochimie sur tissue microarray et tenté d'évaluer l'intérêt de l'IL-18 dans un modèle murin de LBDGC. Nos résultats montraient l'impact pronostique des réactions immunitaires sur le LF. Enfin, nous avons démembré les lymphomes T périphériques-sans autre indication en trois classes moléculaires. Ces travaux illustrent comment ces techniques " à grande échelle " ont modifié l'appréhension de la biologie des LNH, même si nos résultats restent à valider.

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Charvin, Delphine. "Dopamine et dégénérescence des neurones striataux dans la maladie de Huntington : vers l' identification de nouvelles cibles thérapeutiques". Paris 6, 2005. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00069699v2.

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Dumartin, Laurent. "Identification de cibles diagnostiques et thérapeutiques potentielles pour l’adénocarcinome canalaire pancréatique dans un nouveau modèle chez l’embryon de poulet". Thesis, Bordeaux 1, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR13739.

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Abstract (sommario):

L’Adénocarcinome Canalaire Pancréatique (ACP), la forme majeure de cancer du pancréas, est un des cancers les plus mortels du fait de son agressivité d’invasion locale et de dissémination vasculaire et de l’absence de méthode de détection précoce de la maladie. Nous avons développé un nouveau modèle d’invasion in vivo, sur la membrane chorio-allantoïdienne de l’embryon de poulet, permettant d’analyser les mécanismes d’interactions entre les cellules tumorales pancréatiques et leur microenvironnement. Nous avons montré que dans ce modèle les gènes codant pour les protéines sécrétées nétrine-1 et CXCL4L1/PF4v1 sont surexprimés dans les cellules tumorales au cours du processus d’invasion et que cette surexpression est également retrouvée dans les échantillons de patients humains. Nos études fonctionnelles ont indiqué que la nétrine-1 et CXCL4L1 pourrait jouer le rôle de régulateurs de la progression tumorale selon le modèle suivant : a) la chimiokine CXCL4L1 exercerait de façon paracrine une activité angiostatique sur les cellules endothéliales de l’ACP alors que b) la nétrine-1 aurait une activité pro-tumorale en agissant à la fois sur les cellules tumorales et sur les cellules endothéliales. Ces résultats ont permis d’une part de valider notre modèle en confirmant que les gènes surexprimés sélectionnés peuvent être impliqués dans la progression tumorale chez les patients. D’autre part, notre étude a permis de démontrer que les protéines CXCL4L1 et nétrine-1 constituent de nouvelles cibles thérapeutiques et/ou diagnostiques potentielles pour le cancer du pancréas
Pancreatic Ductal Adenocarcinoma (PDAC), the major form of pancreatic cancer, is one of the deadliest cancers because of its propensity for local invasion and vascular dissemination and the lack of early diagnostic strategy. We have developed a new in vivo invasion model, on the chick embryo chorioallantoic membrane, allowing the analyze of mechanisms governing interactions between pancreatic tumor cells and their host microenvironment. We showed in its model that the genes encoding netrin-1 and CXCL4L1/PF4v1 secreted proteins are up-regulated in tumor cells in the course of the invasion process and we confirmed these up-regulation was also observed in human patients. Our functional studies indicated that netrin-1 and CXCL4L1 may play regulator roles in tumor progression according to the following model: a) CXCL4L1 chimiokine may have an angiostatic activity on endothelial cells by a paracrine mechanism of action whereas b) netrin-1 may have a pro-tumoral activity by acting on both endothelial and tumor cells. These results allowed in one hand to validate our model by showing that selected up-regulated genes may be involved in PDAC progression in human patients. On the other hand, our work provided evidence that CXCL4L1 and netrin-1 constitute new potential therapeutic and/or diagnostic targets for pancreatic cancer

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Voisin, Maud. "Etude du métabolisme du cholestérol dans la progression et la résistance des cancers mammaires et identification de nouvelles cibles thérapeutiques". Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30274/document.

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Abstract (sommario):

Le cancer du sein (CS) est le cancer le plus fréquent et la principale cause de décès par cancer chez les femmes. Par conséquent, il ya un besoin urgent de caractériser les acteurs moléculaires impliqués dans l'étiologie du cancer du sein, de la progression et de la résistance afin de développer de nouvelles solutions thérapeutiques pour améliorer le pronostique des patients. Le but de ce travail a été d'étudier un onco-métabolite produit à partir du cholestérol, identifié au laboratoire, et de caractériser son rôle et les enzymes régulant sa formation. Cet onco-métabolite est un promoteur de tumeur in vivo, qui stimule la croissance et l'invasion de différents sous-types de CS, y compris les plus agressifs. L'identification de cette nouvelle voie métabolique pourrait fournir de nouveaux marqueurs des CS et de l'efficacité des composés anti-cancéreux, ainsi que des thérapies innovantes permettant de bloquer la production de cet onco-métabolite
Breast cancer (BC) is the most frequent cancer and the leading cause of cancer death in women. Therefore, there is an urgent need to characterize the molecular players involved in the etiology of breast cancers, progression and resistance in order to develop new therapeutic alternatives to improve the prognosis of patients. The present work focuses on the study of an onco-metabolite produced from cholesterol that has been identified in the laboratory and to characterize its role and the enzymes producing and regulating this onco-metabolite. This onco-metabolite is a tumor promoter that stimulates in vivo the progression and invasiveness of different subtypes of human BC, including the most aggressive ones. The identification of this new metabolic pathway will produce news markers for BC and of the efficacy of anti-cancer compounds, as well as innovative therapeutics to counter the production of this onco-metabolite

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Tolza, Claire. "Fra-1 et Fra-2 dans les cancers du sein triple négatifs : mécanismes transcriptionnels et identification de cibles thérapeutiques potentielles". Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT094/document.

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Abstract (sommario):

Les cancers du sein triple négatifs (TNBC) ne bénéficient d’aucune thérapie ciblée et restent incurables. L’identification de nouvelles cibles moléculaires diagnostiques et surtout, thérapeutiques constitue donc un enjeu majeur pour le traitement de ces cancers. Fra-1 et Fra-2, deux constituants du complexe transcriptionnel AP-1, sont surexprimés dans les TNBC où ils participent à l’agressivité tumorale et/ou la métastatisation. Les gènes cibles de Fra-1 et Fra-2, ainsi que les mécanismes moléculaires via lesquels ils gouvernent la transcription de leurs gènes cibles sont très peu caractérisés. Dans ce contexte, l’objectif général de ma thèse à été d’identifier les gènes codants sous contrôle de Fra-1 et/ou Fra-2 et de caractériser les sites de fixation de Fra-1 et Fra-2 sur la chromatine pour identifier des cibles directes, en combinant des approches transcriptomiques et génomiques combinées à l’interférence à l’ARN dans la lignée modèle MDA-MB231. Les résultats obtenus, associés à l’analyse de banques de données humaines, ont permis la sélection de gènes cibles pour les études mécanistiques et fonctionnelles. Le gène HMGA1, choisi en raison de son rôle maintenant bien établi dans l’agressivité des tumeurs épithéliales, a fait l’objet d’une étude portant sur les mécanismes transcriptionnels gouvernés par Fra-1 et/ou Fra-2 pour sa régulation. L’étude fonctionnelle a été focalisée sur CD68 dont l’expression est fortement induite par Fra-1 et Fra-2. CD68 code pour une protéine transmembranaire dont la fonction n’est pas clairement établie et dont l’implication dans le phénotype tumoral n’a jamais été étudiée
Triple negative breast cancers (TNBC) are characterized by a poor prognosis and no targeted therapy is currently available. The identification of new diagnostic and therapeutic targets is crucial for the treatment of these cancers. Fra-1 and Fra-2, two members of the AP-1 transcriptional complex, are frequently overexpressed in TNBC, where they contribute to the tumorigenic phenotype. The panel of genes under the control of Fra-1 and/or Fra-2 in TNBC, as well as the molecular mechanisms by which they control their target gene expression are mostly unknown. The aim of my thesis was to identify the panel of genes controlled by Fra-1 and/or Fra-2 in TNBC and to characterize the binding sites of Fra-1 and Fra-2 on chromatin to select direct targets for further studies, by using transcriptomic and ChIP-seq approaches combined to RNAi in the model cell line MDA-MB231. The results allowed us to select target genes for transcriptional and functional studies. The study of the transcriptional mechanisms governed by Fra-1 and/or Fra-2 was carried out on the HMGA1 gene, already known for its crucial role in the aggressiveness of epithelial tumours. The fonctional study was focused on CD68, as its expression in highly induced by Fra-1 and Fra-2. CD68 encodes a transmembrane protein which cellular fonction is still not known and its potential role in tumorigenesis has not been studied yet

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Benajiba, Lina. "Identification and Characterization of New Therapeutic Targets in Acute Myeloid Leukemia". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS173.

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Abstract (sommario):

La leucémie aiguë myéloïde (LAM) est une pathologie hématologique dont le pronostic reste très défavorable, malgré les progrès réalisés dans la compréhension des mécanismes physiopathologiques sous-tendant son développement. Identifier de nouvelles stratégies anti-leucémiques représente donc une étape clé dans la concrétisation des avancées thérapeutiques. Grâce à la combinaison de plusieurs approches de criblage génétiques et pharmacologiques, l’objectif de ma thèse a été de définir et valider de nouvelles cibles thérapeutiques dans les LAM. La première partie de ma thèse a eu pour but de transposer en clinique l’inhibition de la Glycogen Synthase Kinase 3 (GSK3). La stabilisation de la β-caténine secondaire à l'inhibition concomitante des deux paralogues de GSK3, représente un obstacle à l’utilisation clinique de cette classe thérapeutique. Mettant à profit la présence d'un «switch» Asp133 à Glu196 dans les domaines de liaison ATP de GSK3, nous avons identifié un inhibiteur sélectif du paralogue GSK3α et mené des études précliniques validant le BRD0705 comme nouveau traitement pro-différenciant dans les LAM. De plus, une combinaison de profilage métabolomique et d'approches de criblage haut débit à l’aide d’une banque de shRNA a permis d'identifier un nouveau lien entre EVI-1, la voie de la créatine kinase et la voie de signalisation GSK3. La deuxième partie de ma thèse a porté sur l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques en utilisant une approche de criblage par banque de shRNA dans le modèle murin de LAM porteur de la translocation MLL-AF9. VCP, une AAA-ATPase, a ainsi été identifiée puis validée comme cible thérapeutique. Nous avons montré que VCP orchestre la génération d'une plateforme à ADN simple brin recouverte de RPA, ce qui entraîne l'activation de la kinase ATM et la HR. Dans leur ensemble, nos découvertes permettent une meilleure compréhension de la biologie des LAM et participeront ainsi à l’amélioration des traitements futurs de cette pathologie
Despite the significant progress made in understanding Acute Myeloid Leukemia oncogenesis over the last decades, this disease remains devastating and the overall five-year survival does not exceed 17%. Developing new translational research strategies focused on the identification of druggable oncogenic targets is critical to continued progress in AML treatment. The goal of this work was to define and validate novel leukemia-specific dependencies using small-molecule inhibitors and RNA-interference-based high-throughput screening methods.The first part of my thesis work aimed at translating Glycogen synthase kinase 3 (GSK3) inhibition into the clinic. Mechanism-based toxicities, driven in part by the inhibition of both GSK3 paralogs and subsequent β-catenin stabilization, were a concern in the clinical translation of this target candidate. Specific knock-down of GSK3α or GSK3β alone does not increase β-catenin, thereby offering a conceptual resolution to GSK3 targeting. The design of selective ATP-competitive inhibitors posed a drug discovery challenge due to the high homology in the GSK3α and GSK3β ATP binding domains. Taking advantage of an Asp133 ® Glu196 “switch” in the GSK3 paralog hinge binding domains, we identified a first-in-class GSK3α selective inhibitor and conducted preclinical studies validating BRD0705 as a promising new differentiation therapy in AML. In addition, a combination of a metabolomic profiling and a pooled shRNA screening method identified a new interplay between the oncogene EVI-1, the creatine kinase pathway and GSK3 signaling. The second part of my studies focused on identification of new therapeutic targets using an in vivo pooled shRNA screening approach in the MLL-AF9-driven AML mouse model. VCP, an AAA-ATPase, was thus identified and validated as a top target. We demonstrated that VCP orchestrates RPA-coated-single-stranded-DNA platform generation, resulting in ATM kinase activation and subsequent HR. Taken together, our discoveries increased our understanding of AML biology and may therefore contribute to novel and more efficacious treatments for this highly aggressive and lethal disease

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Quoyer, Julie. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques pour préserver la masse fonctionnelle des cellules bêta pancréatiques au cours du diabète de type 2". Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20141.

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Abstract (sommario):

Les cellules β pancréatiques synthétisent et sécrètent l'insuline, unique hormone hypoglycémiante de l'organisme. Ces cellules jouent donc un rôle central dans l'apparition du diabète. Aussi, préserver leur masse fonctionnelle est essentiel. Les Récepteurs Couplés aux Protéines G (RCPG) du Glucagon Like Peptide-1 (GLP-1) ou du Pituitary Adenylate Cyclase Activating Polypeptide (PACAP) sont considérés comme des cibles thérapeutiques potentielles car ils régulent la fonction et la survie des cellules β. La dissection des mécanismes moléculaires liant ces récepteurs à leurs effets biologiques est de grande importance. Nous avons montré que le PACAP et le GLP-1 activaient les ERK1/2 (Extracellular signal-Regulated protein Kinases 1/2), cruciales pour la fonction et la survie, de manière dépendante de l'AMPc/PKA et de la β-arrestine 1 (β-arr 1), une protéine d'échafaudage moléculaire. Le PACAP seul induit l'activation rapide et transitoire des kinases via la voie AMPc/PKA et la protéine c-Src. En revanche, il potentialise l'activation des ERK1/2 induite par le glucose à long terme de manière dépendante de la β-arr 1, augmentant alors l'expression de la protéine IRS-2 (Insulin Receptor Substrate-2), connue pour réguler la masse cellulaire. Le GLP-1 active les ERK1/2 de manière bimodale. Leur activation à long terme, strictement dépendante de la β-arr 1, induit la phosphorylation et l'inactivation de la protéine pro-apoptotique Bad, médiant alors les effets anti-apoptotiques de l'hormone. Ces voies de signalisation, dépendantes de la β-arr 1, constituent une cible thérapeutique potentielle susceptible de réguler la masse fonctionnelle des cellules β

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Snollaerts, Thibaut. "Identification of new regulators for PML nuclear bodies". Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066386/document.

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Abstract (sommario):

La protéine Promyelocytic Leukemia (PML) est impliquée dans de nombreux processus cellulaires, et identifiée comme un suppresseur de tumeur. Cette protéine est le composant structural des Corps Nucléaires PML (CNs-PML) dont l'intégrité, compromise dans certaines leucémies, dépend strictement de sa SUMOylation. Ce projet de thèse visait à identifier de nouveaux régulateurs des CNs-PML, et par extension de la voie SUMO, en utilisant comme 'read-out' l'anatomie des CNs-PML, laquelle est extrêmement sensible au niveau de SUMOylation cellulaire globale. Ces travaux sont basés sur un criblage siARNs à grande échelle qui a conduit à l'identification de deux candidats SKP1et RBX1, tous deux faisant partie intégrante d'un complexe d'ubiquitine E3 ligase appelé " SKP1-CUL1-F-Box containing complex " (SCF). Nous avons pu démontrer l'implication de SKP1 et RBX1 dans la stabilité de la protéine PML avec des expériences de gain et perte de fonction. Nous avons également identifié FBXO9 comme la protéine F-Box capable de reconnaitre spécifiquement PML, causant son ubiquitination par le complexe SCFFBXO9, suivie de sa dégradation par le protéasome. En revanche, le site d'interaction de FBXO9 sur PML -tout comme la kinase impliquée dans ce processus de reconnaissance- restent encore à identifier. PML étant dégradé dans de nombreux cancers, il apparait essentiel d'avoir une meilleure compréhension des mécanismes post-traductionnels menant à sa dégradation. Ces travaux devraient à long terme permettre de révéler de nouveaux régulateurs des CNs-PML, et potentiellement permettre le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques, visant à moduler les CNs-PML dans la cellule tumorale
ProMyelocytic Leukemia (PML) protein is implicated in a number of key cellular processes, and was identified as a tumor suppressor. This protein is one of the main structural components forming the PML Nuclear Bodies (PML-NBs) whose integrity -compromised in some leukemias- is strictly dependent on PML SUMOylation. The goal of this thesis project was to identify new regulators of PML Nuclear Bodies, and by extension of the SUMO pathway, using PML-NBs, which are extremely sensitive to global cellular SUMOylation level, as a read out. This work is based on a high throughput siRNA screen, which led to the identification of two proteins, SKP1a and RBX1, which are both part of an Ubiquitin E3 ligase complex called SKP-Cullin-F-Box containing complex (SCF). We were able to show the involvement of SKP1 and RBX1 in PML protein stability through gain and loss of function experiments. We also identified FBXO9 as the F-Box capable of specifically recognizing PML, causing its ubiquitination by SCFFBXO9 complex and subsequent degradation by the proteasome. However, FBXO9 site of interaction on PML and the identity of the kinase implicated in this recognition processes are yet to be discovered. PML being degraded in numerous cancers, it is essential to acquire a better understanding of post-translational mechanism leading to the degradation of this tumour suppressor. In the long term, this work should, allow the discovery of new PML Nuclear Body regulators and potentially allow the development of new strategies aiming to modulate PML Nuclear Bodies in tumoral cells

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Fernandez, Solène. "Microenvironnement médullaire et résistance à la Midostaurine dans les leucémies aiguës myéloïdes FLT3-ITD Identification de cibles thérapeutiques par criblage génomique fonctionnel". Thesis, Bordeaux, 2020. http://www.theses.fr/2020BORD0281.

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Abstract (sommario):

Les leucémies aiguës myéloïdes (LAM) sont des hémopathies malignes agressives. Environ 30% des patients présentent des mutations ITD (Internal tandem reapeat) affectant le récepteur tyrosine kinase FLT3. Ces mutations sont associées à des résistances et à un taux de rechute important au cours des chimiothérapies (Aracytine + Anthracyclines). Des thérapies ciblées utilisant des inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK) tels que la Midostaurine ont permis d’améliorer la survie des patients. Malgré cela, le traitement des LAM, reste un véritable défi en raison des rechutes persistantes. Caractériser les mécanismes moléculaires intervenant dans la résistance à ces traitements ciblés est devenu un enjeu majeur. Afin d’identifier dans les LAM FLT3-ITD les gènes impliqués dans la résistance à la Midostaurine, nous avons effectué un criblage génomique fonctionnel par CRISPR-Cas9. Ce criblage a été réalisé dans la lignée MV4 ;11 (positive pour FLT3-ITD) dans des conditions de culture mimant le microenvironnement médullaire. Ce dernier est impliqué dans les mécanismes de résistances. Parmi les cibles identifiées, deux gènes candidats ont été évalué individuellement : SLC4A2 et ADAM22. Leur invalidation génomique dans la lignée MV4 ;11 a conduit à une augmentation de la sensibilité à la Midostaurine. Leur rôle fonctionnel sera confirmé ex vivo et in vivo. Ces travaux ont pour objectif d’identifier des cibles thérapeutiques potentielles afin de développer de nouvelles thérapies ciblées ou de mettre en évidence des repositionnements de médicaments. L’utilisation synergique de ces diverses thérapies permettra de surmonter les résistances et d’améliorer la prise en charge des patients atteints de LAM FLT3-ITD
Acute myeloid leukemia (AML) is an aggressive hematological malignancy. Approximately 30% of patients have ITD (Internal tandem reapeat) mutations affecting the FLT3 tyrosine kinase receptor. These mutations are associated with resistance and a high relapse rate during chemotherapy (Aracytine + Anthracyclines). Targeted therapies using tyrosine kinase inhibitors (TKIs) such as Midostaurine have improved patient survival. Despite this, the treatment of AML remains a real challenge due to persistent relapses. Characterizing the molecular mechanisms involved in resistance to these targeted therapies has become a major challenge. In order to identify in FLT3-ITD AMLs the genes involved in Midostaurin resistance, we performed a functional genomic screening by CRISPR-Cas9. This screening was performed in the MV4;11 line (positive for FLT3-ITD) under culture conditions mimicking the medullary microenvironment. The latter is involved in resistance mechanisms. Among the identified targets, two candidate genes were evaluated individually: SLC4A2 and ADAM22. Their genomic invalidation in the MV4;11 lineage led to an increase in sensitivity to midostaurin. Their functional role will be confirmed ex vivo and in vivo. The objective of this work is to identify potential therapeutic targets in order to develop new targeted therapies or to highlight drug repositioning. The synergistic use of these various therapies will make it possible to overcome resistance and improve the management of patients with FLT3-ITD AML

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Snollaerts, Thibaut. "Identification of new regulators for PML nuclear bodies". Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2016. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2016PA066386.pdf.

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Abstract (sommario):

La protéine Promyelocytic Leukemia (PML) est impliquée dans de nombreux processus cellulaires, et identifiée comme un suppresseur de tumeur. Cette protéine est le composant structural des Corps Nucléaires PML (CNs-PML) dont l'intégrité, compromise dans certaines leucémies, dépend strictement de sa SUMOylation. Ce projet de thèse visait à identifier de nouveaux régulateurs des CNs-PML, et par extension de la voie SUMO, en utilisant comme 'read-out' l'anatomie des CNs-PML, laquelle est extrêmement sensible au niveau de SUMOylation cellulaire globale. Ces travaux sont basés sur un criblage siARNs à grande échelle qui a conduit à l'identification de deux candidats SKP1et RBX1, tous deux faisant partie intégrante d'un complexe d'ubiquitine E3 ligase appelé " SKP1-CUL1-F-Box containing complex " (SCF). Nous avons pu démontrer l'implication de SKP1 et RBX1 dans la stabilité de la protéine PML avec des expériences de gain et perte de fonction. Nous avons également identifié FBXO9 comme la protéine F-Box capable de reconnaitre spécifiquement PML, causant son ubiquitination par le complexe SCFFBXO9, suivie de sa dégradation par le protéasome. En revanche, le site d'interaction de FBXO9 sur PML -tout comme la kinase impliquée dans ce processus de reconnaissance- restent encore à identifier. PML étant dégradé dans de nombreux cancers, il apparait essentiel d'avoir une meilleure compréhension des mécanismes post-traductionnels menant à sa dégradation. Ces travaux devraient à long terme permettre de révéler de nouveaux régulateurs des CNs-PML, et potentiellement permettre le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques, visant à moduler les CNs-PML dans la cellule tumorale
ProMyelocytic Leukemia (PML) protein is implicated in a number of key cellular processes, and was identified as a tumor suppressor. This protein is one of the main structural components forming the PML Nuclear Bodies (PML-NBs) whose integrity -compromised in some leukemias- is strictly dependent on PML SUMOylation. The goal of this thesis project was to identify new regulators of PML Nuclear Bodies, and by extension of the SUMO pathway, using PML-NBs, which are extremely sensitive to global cellular SUMOylation level, as a read out. This work is based on a high throughput siRNA screen, which led to the identification of two proteins, SKP1a and RBX1, which are both part of an Ubiquitin E3 ligase complex called SKP-Cullin-F-Box containing complex (SCF). We were able to show the involvement of SKP1 and RBX1 in PML protein stability through gain and loss of function experiments. We also identified FBXO9 as the F-Box capable of specifically recognizing PML, causing its ubiquitination by SCFFBXO9 complex and subsequent degradation by the proteasome. However, FBXO9 site of interaction on PML and the identity of the kinase implicated in this recognition processes are yet to be discovered. PML being degraded in numerous cancers, it is essential to acquire a better understanding of post-translational mechanism leading to the degradation of this tumour suppressor. In the long term, this work should, allow the discovery of new PML Nuclear Body regulators and potentially allow the development of new strategies aiming to modulate PML Nuclear Bodies in tumoral cells

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Payre, Bruno. "Identification de nouvelles cibles du Tamoxifène impliquées dans son activité pharmacologique". Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/422/.

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Abstract (sommario):

Le tamoxifène (Tam) est le principal médicament utilisé dans le monde en hormonothérapie des cancers du sein qui expriment les récepteurs des oestrogènes. Dans une première partie de ma thèse j'ai participé à l'identification d'une nouvelle cible du Tam qui est l'acétyl-CoA cholestérol acyl transférase (ACAT). Nous avons montré in vitro, sur des microsomes de foie de rat, que le Tam est un inhibiteur de l'ACAT à des concentrations thérapeutiques et qu'il inhibe la transformation des macrophages en cellules spumeuses. Ce mécanisme peut donc expliquer les effets athéroprotecteurs du Tam. Le Tam se fixe avec haute affinité sur le site de liaison microsomal des antioestrogènes (AEBS). Nous avons dans une seconde partie étudié l'implication des AEBS dans le contrôle de la prolifération de cellules tumorales mammaires. Nous avons montré que les ligands d'AEBS dont le Tam et un ligand sélectif le PBPE induisent un blocage du cycle cellulaire et des caractéristiques de différenciation sur les cellules tumorales mammaires humaines. De plus, nous avons établi que cet effet est conditionné par la production de produits d'oxydation. En effet, l'addition d'antioxydants tels que la vitamine E inhibe les caractéristiques de différenciation observées avec les drogues. Enfin, nous avons mis en évidence que l'utilisation de concentrations plus élevées et de temps d'incubation plus longs de ligands d'AEBS induisent une mort cellulaire active. Lors de ces travaux nous avons donc pu mettre en évidence deux cibles importantes du tamoxifène qui participent à son activité thérapeutique. Le site AEBS constitue une cible pour le développement d'agents anticancéreux et chémopréventifs
Tamoxifen is the principal drug used for the hormonoterapy of estrogen receptor positive breast cancer. In the first part of my thesis, I described the identification of acetyl-CoA cholesterol acyl transferase (ACAT) as a new target for Tam. We showed that Tam is a potent inhibitor of ACAT at therapeutic concentrations. We then showed than Tam inhibits the formation of foam cell in mouse macrophage through the inhibition of ACAT. This mechanism may explain the atheroprotective effects of Tam. Tam binds with high affinity to the microsomal anti-estrogen binding site (AEBS). In the second part we have studied the implication of AEBS to the growth control of breast cancer cells by its cognate ligands. We have demonstrated than AEBS ligands, such as Tam and the selectve AEBS ligand PBPE, induced a blockage of the cell cycle in human mammary cancer cells and induce differentiation characteristics. Moreover, we established than this effect was dependent upon the production of oxidation products and inhibited in the presence of antioxidant such as vitamin E. Finally, we showed that longer time of exposure of cells to AEBS ligands induced an active cell death. This work leads to the identification two new targets for Tam that may be involved in its therapeutic activity. Moreover, our study shows than the AEBS represent a potential target for the development of anticancer and chemopreventive agents

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Loppion, Géraldine. "Identification de marqueurs protéiques du contrôle de la spermatogenèse chez la roussette (Scyliorhinus canicula L. ) et application à la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques". Caen, 2009. http://www.theses.fr/2009CAEN2015.

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Pommerolle, Lenny. "Identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans la fibrose pulmonaire idiopathique : Etude du récepteur CD206 et des protéines de choc thermique HSP27 et αB-crystallin". Electronic Thesis or Diss., Bourgogne Franche-Comté, 2021. https://nuxeo.u-bourgogne.fr/nuxeo/site/esupversions/951bd793-5b06-4843-81c4-0d887829fdba.

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Abstract (sommario):

La fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) est une maladie rare, qui constitue la forme la plus fréquence de pneumopathie interstitielle diffuse de l’adulte. Elle se caractérise par une accumulation massive de matrice extracellulaire, principalement de collagène, dans le parenchyme pulmonaire, ce qui entraine une altération dramatique et irréversible de la fonction respiratoire. La FPI est une pathologie mortelle qui survient principalement après 60 ans, et sa médiane de survie est d’environ 5 ans après diagnostic. Il n’existe aucun traitement curatif. A ce jour seuls 2 médicaments, la pirfénidone et le nintédanib ont été validés dans cette indication, mais ils ne permettent que de ralentir très modérément son évolution. La recherche visant à mieux caractériser les mécanismes physiopathologiques de la FPI ainsi que le développement de nouveaux traitements est donc crucial pour les patients.La maladie se caractérise par la production massive de cellules myofibroblastiques issus de la transformation des autres cellules pulmonaires. Le TGF-b1; est une cytokine clée stimulant cette transformation. On sait que ce processus est régulé, notamment par les cellules de l’immunité dont les macrophages. Les protéines de choc thermique (HSP) et en particulier HSP27 et aB-crystallin sont d’autres modulateurs connus des mécanismes de fibrogenèse.Mon travail de thèse a consisté 1) à étudier l’intérêt de l’utilisation du récepteur macrophagique CD206 comme marqueur diagnostique et comme cible à inhiber pour limiter le développement de la fibrose, 2) à étudier le rôle d’HSP27 présente spécifiquement dans le compartiment extracellulaire dans le développement de la fibrose pulmonaire, 3) à tester les effets d’un oligonucléotide antisens dirigé contre aB-crystallin pour s’opposer au développement de la maladie.Nos travaux ont permis de montrer l’augmentation de l’expression du récepteur macrophagique CD206 en cas de fibrose dans les macrophages pulmonaires humains et murins. Le traitement des macrophages par un radiotraceur dirigé sur le CD206, le tilmanocept permet de quantifier son expression, et celle-ci est diminuée par le nintédanib, et par un inhibiteur des macrophages M2, le tofacitinib. Le traitement par tofacitinib permet aussi de limiter le développement de la fibrose chez la souris, tout en limitant le recrutement des macrophages. Ce travail suggère l’utilité du CD206 pour le diagnostic de la FPI et l’intérêt de développer des inhibiteurs pour le traitement de la fibrose. Dans la 2è partie, mes travaux montrent qu’HSP27 est sécrétée par les cellules pulmonaires en conditions pro-fibrosantes, qu’elle est capable alors d’interagir avec les récepteurs TLR2 et TLR4. La conséquence est une potentialisation de la transformation myofibroblastique des cellules pulmonaires induite par le TGF-b1;. HSP27 sécrétée par les cellules pulmonaires induit aussi une activation des cellules macrophagiques et l’expression de cytokines pro-fibrosantes. Nous avons montré qu’HSP27 se comporterait comme un médiateur intercellulaire pro-fibrosant, et que son inhibition constituait un intérêt pour limiter le développement de la maladie. Dans la 3ème partie de ce travail, nous avons testé un oligonucléotide antisens dirigé contre aB-crystallin et modifié par conjugaison lipidique. Ce travail n’a pas montré l’intérêt de ce composé vis-à-vis de l’oligonucléotide de première génération pour limiter les processus profibrosants.En conclusion, mon travail a permis d’ouvrir de nouvelles pistes de diagnostic et de traitement en relation avec un récepteur macrophagique le CD206 et une protéine de choc thermique HSP27
Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a rare, chronic and progressive parenchymal lung disease of unknown origin, the most abundant form of adult interstitial lung diseases (ILD). It is characterized by myofibroblast proliferation and an increase in extracellular matrix production, mainly collagen into pulmonary parenchyma that dramatically and irreversibly impaired respiratory function. IPF is a fatal disease, with a median survival time around 5 years after diagnosis, and which occurs mainly after 60 years. Except pirfenidone and nintedanib that may slightly delay clinical worsening, no pharmacologic treatment is currently available. It becomes crucial that laboratories continue their work exploring new pathways of interest in IPF and propose new and efficient therapeutic targets/drugs for fibrosis.TGF-b1 is a key cytokine to orchestrate fibrosis by favoring myofibroblast proliferation and differentiation. This phenomenon is regulated partially by immune cells including macrophages. Heat shock proteins (HSP), notably HSP27 and aB-crystallin, are other mediators known to be involved in fibrogenesis. My thesis work consisted in 1) studying the interest of macrophagic receptor CD206 as diagnosis marker and target to limit fibrosis progression, 2) investigating the role of extracellular HSP27 in the development of lung fibrosis, 3) testing the effect of an antisens oligonucleotide against aB-crystallin to limit efficiently disease progression.Our work shows the increase of CD206 expression in fibrotic conditions in human and mouse macrophages. The use of radiotracer detecting specifically CD206, 99mTc-Tilmanocept, is able to quantify it. Interestingly, radioactive signal is decreased by nintedanib treatment as well as by M2 macrophages inhibitor, tofacitinib, in mice treated by bleomycin. In addition, tofacitinib treatment is also able to limit the development of lung fibrosis by limiting macrophage infiltration and CD206 expression. This work suggests to use CD206 to IPF diagnosis and the interest to develop CD206 inhibitors to treat lung fibrosis. In the second part, my work highlights HSP27 secretion by pulmonary cells in pro-fibrotic conditions and the colocalisation of this protein with TLR2 and 4. In consequence of the increase in extracellular HSP27 concentration, we observe that myofibroblastic transition of pulmonary cells, induced by TGF-b1 treatment, is potentiated. Furthermore, HSP27 secretion by lung cells also induces macrophage activation and their expression of pro-fibrotic cytokines. In addition, we show that its depletion limits myofibroblast transition induced by TGF-b1. Ours results assed that extracellular HSP27 is a pro-fibrotic intercellular mediator, which inhibition may be useful to reduce pulmonary fibrosis progression. In the last part, we compare a lipid modified antisens oligonucleotide against aB-crystallin with the first generation one. Unfortunately, our results do not show a real interest of this compound compared to the first generation one for limiting pulmonary fibrotic processes.To conclude, my thesis works suggest new diagnosis and treatment options for pulmonary fibrosis by inhibiting macrophagic CD206 receptor and extracellular form of HSP27

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Lachaud, Sophie. "Régulation de l'expression de PD-L1 dans le mélanome : identification de cibles thérapeutiques au moyen d’un crible génétique pour traiter le mélanome cutané TIE1 Regulates PD-L1 Expression in Melanoma". Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL065.

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Abstract (sommario):

Le mélanome cutané est une tumeur qui se développe à partir de cellules épidermiques appelées mélanocytes. Bien qu’il ne représente qu’environ 1% des cancers cutanés, le mélanome est responsable de 75% des décès dus aux cancers de la peau. L’agressivité du mélanome est liée à son très fort potentiel métastatique et une fois qu’il est disséminé les chances de survie diminuent dramatiquement. Le traitement par chirurgie est efficace lorsque le diagnostic est précoce. Mais, dans les cas de mélanomes non résécables ou métastatiques, les traitements offerts aux patients étaient jusqu’à récemment très limités.L’arrivée des immunothérapies pour le traitement des stades avancés du mélanome a suscité beaucoup d’espoirs. Ces anticorps monoclonaux agissent en stimulant le système immunitaire afin d’éliminer des cellules cancéreuses. Les plus récents et les plus efficaces sont ceux qui ciblent l’axe “programmed cell death protein 1” (PD-1/PD-L1). Le rôle principal de du point de contrôle immunitaire PD-1 est de limiter l’activité des cellules T périphériques lors d’une réponse immunitaire. En effet, l’activation des cellules T par l’interaction des TCR avec des complexes CMH/peptides spécifiques conduit à la sécrétion d’IFNγ. Ces cytokines vont stimuler l’expression de PD-L1 et PD-L2 à la membrane plasmique des cellules environnantes. Lorsque PD-1 est engagé par PD-L1, son ligand prédominant, il s’ensuit un signal qui inhibe des lymphocytes T CD8+. Cette boucle d’autorégulation atténue ainsi la réponse des cellules T et limite l'ampleur des lésions tissulaires pouvant être entraînées par une réponse immunitaire excessive. Certaines cellules cancéreuses, dont le mélanome qui est très immunogène, sont capables de mettre à profit ce système en surexprimant PD-L1 pour inhiber les fonctions effectrices et la prolifération des lymphocytes T CD8+ et ainsi échapper au système immunitaire. En empêchant l’interaction de PD-1 avec PD-L1, les anticorps monoclonaux dirigés contre l’un ou l’autre des partenaires conduisent à une restauration, au moins partielle, de l’activité des cellules T contre les cellules cancéreuses et conduit ainsi à une régression tumorale. La plupart des mélanomes expriment un niveau basal de PD-L1 faible, qui est fortement augmentée par l’IFNγ;, produit notamment par les lymphocytes T CD8+. Par conséquent, on peut supposer qu’en prévenant l’expression de PD-L1 induite par IFNγ, il est possible de prolonger la réponse des lymphocytes T effecteurs et de limiter ainsi la progression tumorale à la manière des anti-PD-1/PD-L1.Mon projet de thèse a eu pour but d’identifier les régulateurs positifs de l’expression de PD-L1 à la membrane plasmique des mélanomes par une méthode de crible génétique, en restreignant notre étude aux gènes pertinents d’un point de vue thérapeutique. Ce crible qui repose sur une librairie de shARN ciblant les gènes codant pour des protéines dont l’inhibiteur est déjà connu ou ayant une structure ou une activité qui permet le développement d’un inhibiteur pharmacologique. L’analyse des cribles par bioinformatique a permis d’identifier de nouveaux régulateurs positifs de l’expression de PD-L1 à la membrane plasmique qui pourront servir de cibles pharmacologiques pour de nouvelles thérapies visant à prévenir l’expression de PD-L1 dans les mélanomes
Cutaneous melanoma arises from melanocytes, the pigment-producing cells of the skin. is responsible for approximately 75% of deaths due to skin cancers. This tumor account for approximately 1% of cutaneous melanoma, but is responsible for 75% of deaths due to skin cancer. Its aggressiveness is coming from its highly metastatic potential and once it is disseminated, chances of survival decrease drastically. Treatment by surgery is efficient when it is diagnosed early. Though, until recently, for metastatic or unresectable melanoma, treatments were quite limited.The arrival of immunotherapies to treat advanced melanoma arouse a lot of hope. These monoclonal antibodies boost the immune system in order to kill cancer cells. The most recent and efficient are the ones targeting the programmed cell death protein 1 or its ligand (PD-1/PD-L1). The main role of PD-1 immune checkpoint is to limit the activation of engaged peripheral T cells. Indeed, the activation of T cells by the interaction of its TCR with MHC/peptide complexes leads to IFNγ; secretion. This cytokine will induce the expression of PD-L1 and PD-L2 at the plasma membrane of surrounding cells. The engagement of PD-1 with its main ligand PD-L1 leads to the inhibition of CD8+ T lymphocytes. This feedback loop attenuates T-cell responses and limits the extent of immune-mediated tissue damage that can happen with an excessive immune response. Some cancer, including melanoma which is highly immunogenic, escape the immune system by taking advantage of this mechanism to overexpress PD-L1 and inhibit effector functions and proliferation of CD8+ T lymphocytes. Immunotherapies targeting PD-1 or PD-L1 with monoclonal antibodies were then deployed to disrupt the interaction between the two partners and restore, at least partially, T-cell activity against cancer cells and drive to tumor regression. Most of the time, basal PD-L1 expression in melanoma is low and is strongly increased by IFNγ, produced by immune cells like CD8+ T lymphocytes. Thus, preventing IFNγ-induced PD-L1 expression would restore the effector functions of LT CD8+ and avoid tumor progression as anti-PD-1/PD-L1.This aim of my thesis project was to make use of a genetic screen to identify positive regulators of the expression of PD-L1 at the plasma membrane of melanoma with a genetic screen by focusing on druggable genes. This screen was based on a shRNA library targeting genes coding for a protein for which an inhibitor already exists or harboring a structure or an activity that could lead to drug development. The bioinformatic analysis led to the identification of new regulators that positively regulate PD-L1 at the plasma membrane of melanoma that could serve as therapeutic targets for melanoma treatment

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Ferron, Marine. "Identification de nouvelles cibles thérapeutique dans l'insuffisance cardiaque à fraction d'éjection préservée et le choc septique". Thesis, Nantes, 2017. http://www.theses.fr/2017NANT1046.

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Abstract (sommario):

L'insuffisance cardiaque (IC) touche 1-2% des adultes dans les pays développés. On distingue classiquement 2 formes d’IC : l’IC chronique, dont la mise en place est lente, et l’IC aigue dont l’apparition est rapide ou due à l'aggravation des symptômes et/ou des signes de l’IC. Quelles soient chroniques ou aigues, certaines formes d'IC n'ont pas de traitement efficace. L'insuffisance cardiaque à fraction d'éjection préservée (ICFEp) devient la forme prédominante d'IC chronique mais la compréhension de sa physiopathologie reste encore incomplète. Un modèle de rat transgénique sur-exprimant le récepteur β3- adrénergique humain au niveau endothélial a été développé dans l'équipe. Comme les patients, ce modèle développe une ICFEp avec l’âge qui se manifeste notamment par une dysfonction diastolique et une intolérance au stress. Dans le cadre de ma thèse et sur la base d'une étude transcriptomique, j'ai évalué les altérations du cycle du calcium, du métabolisme ainsi que l'apparition de fibrose et d'inflammation. Le choc septique est considéré comme une IC aigue particulièrement violente. Le deuxième axe de ma thèse a été de développer des modèles pertinents de choc septique et d’évaluer le potentiel thérapeutique d’une modification post-traductionnelle : la O-GlcNAcylation, déjà connue pour ses effets bénéfiques dans des formes d’IC aigues. Ainsi, une augmentation des niveaux de l'O-GlcNAc, grâce à un agent pharmacologique, le NButGT, améliore la fonction cardiovasculaire et la survie des animaux en choc septique
Heart failure (HF) affects 1-2% of adults in developed countries. There are two distinct forms of HF: chronic HF, with a slow development, and acute HF that appears rapidly or is due to an aggravation of the symptoms and/or signs of HF. For some forms of HF, acute or chronic, no effective treatment exists. Heart failure with preserved ejection fraction (HFpEF) is becoming the predominant form of chronic HF but the understanding of its pathophysiology remains incomplete. A transgenic rat model over-expressing the human endothelial β3-adrenergic receptor has been developed in the team. As in patients, this model develops HFpEF with age, and is characterized by diastolic dysfunction and stress intolerance. During my thesis and based on transcriptome data, I evaluated alterations of the calcium cycle, metabolism as well as the appearance of fibrosis and inflammation. Septic shock is considered to be a form of severe acute HF. The second axis of my thesis was to develop relevant models of septic shock and to evaluate the therapeutic potential of a post-translational modification: O-GlcNAcylation, already known for its beneficial effects in acute HF forms. Indeed, an increase in levels of O-GlcNAc, through a pharmacological agent, NButGT, improved cardiovascular function and survival of animals in septic shock

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Piedfer, Marion. "Identification de nouvelles cibles pro-apoptotiques dans les leucémies aiguës myéloblastiques". Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00781221.

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Abstract (sommario):

Les leucémies aiguës myéloblastiques (LAM) sont des maladies hématopoïétiques caractérisées par une prolifération incontrôlée de précurseurs myéloïdes bloqués à divers stades de différenciation. Le pronostic des LAM reste sombre à cause de la résistance aux traitements et des rechutes après rémission. En conséquence, des thérapies moins intensives et mieux tolérées doivent être développées ; ceci nécessite le développement de stratégies combinatoires associant des molécules avec des modes d'action différents pour augmenter l'efficacité des traitements. Plusieurs approches sont en cours d'étude préclinique et clinique [inhibiteurs des voies de signalisation PI3K/Akt/mTOR, anticorps monoclonaux couplés à une drogue (Mylotarg®), inhibiteurs du protéasome (bortezomib)...] Des travaux récents ont relancé l'intérêt de l'étude des molécules d'origine naturelle pour le traitement des cancers. Ainsi, l'acide flavone-8-acétique (FAA) a suscité de nombreux espoirs au vu de son action sur les tumeurs greffées chez la souris ; il s'est néanmoins révélé inactif chez l'homme du fait d'une métabolisation différente de celle de la souris. L'objectif de ma thèse a été d'étudier les effets d'anticorps monoclonaux dirigés contre l'antigène tumoral CD13 (aminopeptidase-N) et de deux dérivés de FAA, la 2',3-Dinitroflavone-8-acétique (DNFAA ; inhibiteur de l'activité enzymatique de CD13) et la 3,3'-Diamino-4'-méthoxyflavone (DD1) dans les LAM. Mon étude a montré que DNFAA n'affecte ni la prolifération ni la survie des cellules de LAM (lignées et cellules primaires). Cependant, le traitement de ces cellules par les anticorps anti-CD13, (MY7, SJ1D1, WM15 ; reconnaissant ou non le site enzymatique) induit l'apoptose en activant les voies extrinsèque et intrinsèque. Dans la voie intrinsèque, les anti-CD13 régulent négativement l'expression des protéines anti-apoptotiques Bcl-2 et Mcl-1 et positivement l'expression de la protéine pro-apoptotique Bax. De plus, l'activation de la voie PI3K/Akt apparaît associée au processus apoptotique. Mon étude sur les effets du 3,3'-Diamino-4'-méthoxyflavone dans les cellules de LAM montre une induction d'apoptose résultant de la convergence de l'inhibition du protéasome et de l'activation des voies extrinsèque et intrinsèque. Les cibles de DD1 sont le protéasome, la kinase p70S6K (kinase en aval de mTOR), et les protéines pro-apoptotiques Bad et Bax. De plus, j'ai mis en évidence la dégradation de p70S6K sous l'action de la caspase 3, par le traitement avec DD1, nouvelle propriété partagée par DD1 et le bortezomib. En conclusion, mon travail a permis de mettre en évidence les capacités à induire in vitro des voies d'apoptose déficientes dans les cellules de LAM, d'anticorps monoclonaux anti-CD13 et de la flavone originale, 3,3'-Diamino-4'-methoxyflavone, en tant que nouvel inhibiteur du protéasome. Les propriétés de ces agents pro-apoptotiques méritent d'être analysées de façon plus approfondie.

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Knockaert, Marie. "Mécanismes d'action des inhibiteurs de kinases cyclines-dépendantes : identification de leurs cibles intracellulaires par chromatographie d'affinité". Brest, 2002. http://hal.upmc.fr/tel-01116136.

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Abstract (sommario):

Parmi les 850 protéines kinases estimées du génome humain, la famille des kinases cyclines dépendantes (CDK) a fait l’objet de nombreuses études en raison de ses fonctions cellulaires essentielles. Les CDKs interviennent dans le contrôle du cycle cellulaire, mais aussi dans la transcription, la différenciation, l’apoptose ou le développement et le fonctionnement du système nerveux central. Très fréquemment, des dérégulations des CDKs sont observées dans les cancers, et ces observations ont encouragé la recherche d’inhibiteurs chimiques de leur activité catalytique en vue d’applications thérapeutiques. A l’heure actuelle, plus de cinquante inhibiteurs chimiques de CDKs ont été identifiés sur la base de leur capacité à, inhiber in vitro l’activité de CDKs purifiées. Ces inhibiteurs ont des propriétés antiprolifératives, anti-neurodégénératives, anti-virales et anti- parasitaires. Le potentiel anticancéreux des composés les plus prometteurs est actuellement évalué dans des études pré-cliniques et cliniques. Ce travail de thèse porte sur la compréhension du mécanisme d’action intracellulaire des inhibiteurs de CDKs. Nous avons choisi d’aborder cette question en nous intéressant à l’identification des cibles intracellulaires de ces composés. En effet, même si ces inhibiteurs ont été mis au point sur la base de leur capacité à inhiber efficacement les CDKs in vitro, leurs cibles réelles dans la cellule ne sont pas connues. Pour répondre à cette question, nous avons développé une approche de chromatographie d’affinité permettant de repêcher, dans des extraits cellulaires, les cibles intracellulaires des inhibiteurs. Nous avons ainsi étudié la sélectivité de trois inhibiteurs de CDKs différents, le purvalanol, les paullones et l’indirubine. Pour chacun des composés, les cibles connues ont été retrouvées sur la matrice. Mais celle approche nous a permis de mettre en évidence des interactions inattendues entre les inhibiteurs de CDKs et d’autres enzymes, kinases (p42/p44 MAPKs avec le purvalanol) ou autres (malate déshydrogénase mitochondriale avec les paullones et glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase avec l’indirubine) Dans chacun des bas, nous avons étudié la base moléculaire des interactions entre l’inhibiteur de CDKs et sa nouvelle cible en vérifiant que l’activité de l’enzyme était sensible à l’inhibiteur. A partir de ces résultats, nous avons examiné plus en détail comment l’interaction entre le purvalanol et les MAPKs participait aux effets cellulaires antiprolifératifs du composé. Enfin, la technique de chromatographie d’affinité sur inhibiteur immobilisé pour identifier les cibles des composés a été mise à profit pour mieux comprendre deux effets cellulaires du purvalanol l’inhibition de la réplication du virus de l’herpes simplex (HSV-1) et l’apparition de cellules ciliées surnuméraires dans l’organe de Corti d’embryons de rats. En conclusion, la technique de chromatographie d’affinité sur inhibiteur immobilisé a permis de confirmer les fortes interactions qui existent entre les inhibiteurs de CDKs et les cibles sur lesquelles ils ont été optimisés. Mais surtout, elle a permis de découvrir des cibles inattendues, dont l’existence n’aurait pu être déduite des résultats des tests in vitro et dont l’inhibition participe certainement aux effets pharmacologiques des composés
Among the estimated 850 human protein kinases, the family of cyclin-dependent kinases (CDK) has been extensively studied because of its essential cellular functions. CDKs play a key role in ceil cycle control, transcription, differentiation, apoptosis and in neuronal cell functions. The observation that CDKs are frequently deregulated in cancers has stimulated an active search for chemical inhibitors of this class of kinases. 60 far, more than 50 compounds have been identified, on the basis of their ability to inhibit in vitro purified CDK activity. These compounds display antiproliferative, anti-neurodegenerative, anti-viral and anti-parasitic properties. The anticancer potential of the most promising compounds is currently evaluated in pre-clinical and clinical trials. The aim of this study is to understand the intracellular mechanism of action of CDK inhibitors. We chose to approach this question by investigating their in vivo selectivity, i. E. The scope of their real intracellular targets. Lndeed, CDK inhibitors have been identified on their ability to inhibit purified CDKs in vitro but their actual intracellular targets remain unverified. To address this question, we developed an affinity chromatography approach allowing to purify, from cellular extracts, the intracellular targets of the inhibitor. This technique was used to study the selectivity of three CDK inhibitors belonging to different chemical classes: the purine purvalanol, paullones and indirubin-3’-monoxime. For each compound, the expected targets were recovered from the matrix. However this approach has also allowed the identification of several unexpected interactions between CDK inhibitors and other enzymes, kinases (p42/p44 MAPKs with purvalanol) or other (malate dehydrogenase with paullones and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase with indirubin). In each case, the molecular basis of the interaction between the inhibitor and its new target was investigated by testing the in vitro sensitivity 0f the target enzyme to the compound. Based on these results, we next investigated more in detail how the interaction between MAPKs and purvalanol participated to the cellular effects of the drug. Lastly, this affinity chromatography approach was used to understand two particular cellular effects of purvalanol: its antiviral activity against herpes simplex virus (HSV-1) and the induction of supernumerary hair cells in Organs of Corti of rat embryos. In conclusion, this affinity approach has confirmed the strong interactions between CDK inhibitors and the enzymatic targets they have been optimised on. In addition, this technique has allowed the identification of several unexpected targets for CDK inhibitors, the identity of which could not be deduced from in vitro classical selectivity studies, and the inhibition of which may participate to the observed cellular effects of the compounds

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Coste, Florence. "Nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques dans l'hypertension pulmonaire : apport de la tomodensitométrie et identification du facteur de croissance des nerfs NGF comme nouvelle cible thérapeutique". Thesis, Bordeaux, 2016. http://www.theses.fr/2016BORD0120/document.

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Abstract (sommario):

L’hypertension pulmonaire (HTP) est définie par une valeur de pression artérielle pulmonaire moyenne (PAPm) supérieure à 25 mmHg au repos. Il existe des formes sévères d’HTP (HTPs) avec des valeurs de PAPm encore plus élevées associées à des symptômes plus marqués et à l’apparition de lésions anatomo pathologiques spécifiques. Le diagnostic et le développement de nouvelles thérapies sont des enjeux majeurs pour une meilleure prise encharge de ces patients À l’aide de la tomodensitométrie, nos travaux observationnels chez l’homme atteint debroncho-pneumopathie chronique obstructive (BPCO) ont montré une corrélation de l’HTP avec le remodelage bronchique et non pas avec l’emphysème. L’HTPs peut être une complication rare mais grave de la BPCO. L’évaluation in vivo des modifications du lit vasculaire pulmonaire a permis de confirmer l’existence d’un phénotype particulier chez les patients atteints de BPCO compliquée d’HTPs. De plus, la définition d’un score combiné comprenant des paramètres non invasifs tomodensitométriques devrait permettre de sélectionner plus finement les patients devant subir un cathétérisme cardiaque droit.En parallèle, dans nos travaux expérimentaux, nous avons complété la caractérisation d’un modèle d’hypertension artérielle pulmonaire chez le rat développant un phénotype sévère(HTAPs) et présentant des lésions artérielles pulmonaires caractéristiques de la maladie humaine. Ce modèle, ainsi que des modèles animaux plus classiques d’HTP, nous ont permis d’identifier un rôle du facteur de croissance des nerfs NGF dans cette pathologie, dont le ciblage pourrait ouvrir de nouvelles perspectives thérapeutiques
Pulmonary hypertension (PH) is defined by a mean pulmonary arterial pressure (mPAP) at or above 25 mmHg at rest. Severe forms of PH (sPH) are characterized by a stronger elevation of mPAP, more marked symptoms and specific pulmonary vascular lesions. Real challenges come from a better diagnosis for these patients and identification of new therapeutic targets to improve their therapeutic care. Our results show by computed tomography that PH associated to chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is correlated to airway remodeling and not to emphysema. Severe PH is a rare and serious complication of COPD. We confirmed existence of a phenotype in COPD patients with sPH, by evaluating in vivo modifications of the pulmonary vascular bed in these patients. Moreover, we defined a combined score, which may be a non-invasive tool to select patients for right heart catheterization In parallel, we completed the characterization of a rat model of severe pulmonary arterial hypertension (sPAH) that developed a severe phenotype with pulmonary arterial specific and human-like lesions. In this model, as well as in more classical PH models, our results demonstrated an increased expression of the nerve growth factor NGF and its role in PH and sPAH pathophysiology. These results therefore suggest that NGF may be an interesting target to develop new therapeutic perspectives in this disease

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Tsofack, Serges Prosper. "Identification des partenaires de la protéines YB-1 impliqués au niveau de la chimiorésistance des composés à base de platine et mise au point des nouvelles cibles thérapeutiques". Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25837.

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Abstract (sommario):

YB-1 (Y-Box-binding Protein 1) est une protéine multifonctionnelle qui affecte plusieurs processus biologiques incluant la transcription, la traduction, la réparation de l’ADN et le développement embryonnaire. YB-1 appartient à une large famille de protéines liant l’ADN / l’ARN avec un motif très conservé à travers l’évolution appelé CSD (Cold Shock Domain). YB-1 est une protéine surexprimée dans plusieurs tumeurs et affecte les différentes voies de développement des cancers. Une surexpression de la protéine YB-1 rend les cellules des cancers du sein, ovariens et colorectaux résistants aux composés à base de platine. La protéine YB-1 présente beaucoup d’intérêts thérapeutiques pour lutter contre les cancers. Bien que plusieurs approches visant à cibler la protéine YB-1 aient été développées pour prévenir et traiter des patients, un effort substantiel reste nécessaire puisque la fonction multiple de la protéine YB-1 doit être prise en considération. Les buts de ce projet sont d’identifier les partenaires de la protéine YB-1 impliqués au niveau de la chimiorésistance dans différents types de cancers aux composés à base de platine et de développer de nouvelles approches thérapeutiques potentielles. Pendant cette étude, nous avons identifié les protéines NONO et RALY comme nouveaux partenaires de la protéine YB-1 dans les cellules des cancers colorectaux. Nous avons démontré que les protéines NONO et RALY sont impliquées au niveau de la chimiorésistance des cellules des cancers colorectaux aux composés à base de platine. Cette étude a aussi permis d’identifier RPS4X comme nouveau partenaire de la protéine YB-1 impliqué au niveau de la chimiorésistance des cellules du cancer du sein et ovarien au cisplatine. La protéine RPS4X est un nouveau biomarqueur prédictif et pronostic pour les patientes atteintes du cancer de l’ovaire et traitées au cisplatine. Le biomarqueur RPS4X représente ainsi, une nouvelle cible thérapeutique potentielle pour contrecarrer la chimiorésistance des cancers aux composés à base de platine incluant les tumeurs avec une surexpression de la protéine YB-1. Le niveau d’expression de la protéine RPS4X pourrait être utilisé en première ligne pour la sélection des thérapies pour des patientes atteintes des cancers ovariens et du sein.
YB-1 (Y-Box-binding Protein 1) is a multifunctional protein involved in several cellular processes including transcription, translation and DNA repair. YB-1 is important for late-stage embryonic development and belongs to the family of DNA/RNA-binding proteins with an evolutionarily ancient conserved Cold Shock Domain (CSD). YB-1 is overexpressed in many malignant tissues and plays an important role in the development of cancer. Many studies reported that high expression of YB-1 protein is associated with a worse prognosis in cancer patients. Moreover, an overexpression of YB-1 protein in breast, colorectal and ovarian cancer cell lines induced chemoresistance to platinum agents. YB-1 protein is a good therapeutic target to counteract platinum resistance in cancer. Different strategies for novel therapeutic approaches targeting YB-1 protein were used to prevent and treat people with cancer. The use of YB-1 as a therapeutic targets is still a big challenge in research and its multifunctional properties should be taken into consideration when developing a new therapy against YB-1. The goals of this project are to identify YB-1-interacting proteins required for platinum agents resistance in cancer cell lines and to develop a potential therapeutic target to treat cancers. During this study, NONO and RALY proteins were identified as new partners of YB-1 protein in colorectal cancer cell lines. We proved that NONO and RALY are significant potential target to counteract oxaliplatin resistance in colorectal cancers including tumors overexpressing the YB-1 protein. In addition, we found RPS4X protein as new a partner of YB-1 involved in cisplatin resistance in beast and ovarian cancers. These results suggest that the RPS4X protein is a significant potential target to counteract cisplatin resistance in breast and ovarian cancers. Also, we have established that RPS4X is a new promising prognostic marker for patients with high-grade serous ovarian cancer. More importantly, RPS4X is shown to be predictive of cisplatin response. RPS4X could thus be useful when selecting the first line therapies for patients with breast and ovarian cancer.

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Saviano, Antonio. "Physiopathologie du foie à l'échelle de la cellule unique : caractérisation de l'hétérogénéité cellulaire et identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans les maladies hépatiques chroniques et le cancer hépatocellulaire". Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ093.

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Abstract (sommario):

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est parmi les principales causes de mortalité dans le monde et les traitements disponibles sont insuffisants. Ceci est dû à la connaissance limitée de la complexité biologique et du microenvironnement hépatiques en situation normale et pathologique. Pour répondre à ces besoins, nous avons développé un protocole de séquençage d’ARN sur cellule unique (scRNA-seq) à partir de tissus primaires de foie humain. Nous avons assemblé un atlas de cellules du foie humain et comparé le profil scRNA-seq du foie normal au profil du CHC. L’atlas a révélé l’hétérogénéité au sein des principales populations de cellules hépatiques, la zonation transcriptomique des cellules endothéliales et l'existence de progéniteurs épithéliaux dans le foie adulte capable de se différencier à la fois en cholangiocytes et en hépatocytes. L'analyse par scRNA-seq du CHC a dévoilé l'hétérogénéité marquée de cette tumeur, les modifications de son microenvironnement cellule par cellule et les interactions entre les cellules tumorales et le virus de l’hépatite B en découvrant des voies et des facteurs moteurs de la cancérogenèse hépatique jusque-là inconnus
Hepatocellular carcinoma (HCC) is a leading cause of death worldwide and the current treatments are unsatisfactory. One reason is the limited knowledge on the complexity and microenvironment of healthy and diseased liver. To address this gap, we have developed a single cell RNA sequencing (scRNA-seq) pipeline for primary human liver tissues. We have assembled an atlas of human liver cells and compared the scRNA-seq profile of normal liver and HCC. The atlas revealed an unknown heterogeneity within the main populations of liver cells, the transcriptomic zonation of endothelial cells and the existence of an epithelial progenitor in the adult liver capable of differentiating into both cholangiocytes and hepatocytes. ScRNA-seq analysis uncovered the marked cell heterogeneity of HCC, its microenvironment changes at single-cell level and the interactions between tumor cells and hepatitis B virus discovering previously unknown pathways and drivers of hepatocarcinogenesis

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Swayden, Mirna. "Rôle des modifications post-traductionnelles par les protéines de la famille de l'ubiquitine dans les mécanismes de résistance des cellules cancéreuses pancréatiques : identification et validation de nouvelles cibles thérapeutiques". Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://www.theses.fr/2019AIXM0384.

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Abstract (sommario):

Le pronostic sombre de l'adénocarcinome pancréatique est principalement dû à la résistance rapidement acquise à tous les traitements conventionnels. Malgré les mécanismes de résistance spécifiques aux médicaments, aucun n’explique comment ces cellules résistent à tous types de stress induit par tous types de traitements anticancéreux. L'activation des voies de réponse au stress repose sur les modifications post-traductionnelles (PTM) des protéines impliquées. Parmi toutes les PTMs, celles médiées par la famille de protéines ubiquitine jouent un rôle central dans le processus. Notre objectif était d'identifier les altérations de l'ubiquitination, de la neddylation et de la sumoylation associées au phénotype multi-résistant et de démontrer leur implication dans la survie des cellules cancéreuse pancréatique en cours de traitement. Cette approche a mis en évidence une modification de la sumoylation de la protéine PML (Promyelocytic leukemia) associée à la résistance à la gemcitabine et à l'oxaliplatine. Nous avons montré que cette altération de la sumoylation de PML fait partie d'un mécanisme général de résistance aux traitements, qui implique en outre l'activation anormale des voies NFkB et CREB. De manière importante, en utilisant des tumeurs et lignées cellulaires dérivées de patients, nous avons identifié une corrélation entre les niveaux d’expression et de sumoylation de PML avec la sensibilité des tumeurs aux traitements anticancéreux et la survie des patients
The dismal prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is mainly due to the rapidly acquired resistance to all conventional treatments. Despite drug specific mechanisms of resistance, none explains how these cells resist to any kind of stress induced by any kind of anticancer treatment. Activation of stress response pathways rely on the post-translational modifications (PTMs) of involved proteins. Among all PTMs, these mediated by the ubiquitin family of proteins play a central role in process. Our aim was to identify alterations of ubiquitination, neddylation, and sumoylation associated with multi-resistant phenotype and demonstrate their implication in survival of PDAC cells undergoing treatment. This approach pointed out an alteration of PML (Promyelocytic Leukemia protein) sumoylation associated with both Gemcitabine and Oxaliplatin resistance. We could show that this alteration of PML sumoylation is part of a general mechanism of drug resistance, which, in addition, involves the abnormal activation of NFkB and CREB pathways. Importantly, using patients derived tumors and cell lines; we identified a correlation between the levels of PML expression and sumoylation with the sensitivity of tumors to anticancer treatments and patient’s survival

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Coussy, Florence. "Identification de nouvelles thérapeutiques ciblées dans le cancer du sein à l’aide d’un large panel de tumeurs humaines xénogreffées". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS560.

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Abstract (sommario):

Le cancer du sein triple négatif (CSTN) représente 10-15% des cancers du sein. Son pronostic est sombre en particulier face à la rareté des thérapies ciblées adaptées à ce sous type. Sa complexité de prise en charge est directement liée à sa grande hétérogénéité tant au niveau moléculaire que morphologique.Dans ce contexte, nous avons développés des modèles de Patient Derived Xenograft (PDX) issus de CSTN. Ce modèle, robuste, a la particularité de retenir les caractéristiques (histologiques, génotypiques mais aussi phénotypiques) des tumeurs observées chez les patients.Dans notre cohorte de 61 PDX de CSTN, nous avons confirmé l’hétérogénéité anatomopathologique et génomique de ce sous type. Les différentes anomalies moléculaires mises en évidence sont de faible fréquence (<10%) mais 88% de nos modèles ont une altération potentiellement ciblables et plus de la moitié ont au moins 2 altérations ciblables. Nous nous sommes particulièrement intéressés à 2 sous types de CSTN : (i) le sous -type LAR (Luminal Androgen Receptor) dont nous avons décrit les premiers modèles de PDX : ces modèles présentent des altérations fréquentes de la voie PI3K ainsi que des réponses majeures aux inhibiteurs de cette voie ; (ii) le sous type métaplasique, dont 4 de nos 9 modèles présentent une double altération genomique dans les voies PI3K et RTK-MAPK ainsi que des réponses complètes et durables à la combinaison d’inhibiteurs de PI3K et de MAPK.Dans les autres sous-types de CSTN, nous avons également mis en évidence des taux de réponse importants aux inhibiteurs de la voie PI3K et MAPK. Les biomarqueurs de réponse à ces différentes thérapies ciblées testées sont en cours d’étude en particulier par intégration des données génomique et protéique de nos modèles
Triple negative breast cancer (TNBC) accounts for 10-15% of breast cancers. Its prognosis is worse, particularly due to the rarity of targeted therapies adapted to this subtype. Its complexity of management is directly related to its high heterogeneity, both at the morphological and genomical levels.In this context, we developed Patient Derived Xenograft (PDX) models from TNBC. This robust model has the specificity of retaining the characteristics (histological, genotypic but also phenotypic) of the tumors observed in patients.In our cohort of 61 PDXs of TNBC, we confirmed the anatomopathological and genomical heterogeneity of this subtype. Majority of targeted alterations are of low frequency (<10%) but 88% of our models harbour a potential targetable alteration and more than half have at least 2 targetable alterations. We were particularly interested in 2 subtypes of TNBC: (i) the LAR subtype for which we have described the first PDX models: these models present frequent alterations of the PI3K pathway as well as major responses to PI3K inhibitors; (ii) the metaplastic subtype, of which 4 of our 9 models show double alterations in the PI3K and RTK-MAPK pathways and complete and durable responses to the combination of PI3K-MAPK inhibitors.In the other CSTN subtypes, we have also demonstrated significant response rates to PI3K and MAPK inhibitors. Biomarkers of response to these various targeted therapies tested are being studied, in particular by integrating the genomic and protein data from a higher number of PDX models

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Cordonnier, Julien. "Toxoplasma gondii : identification par docking inverse sur des cibles moléculaires de composés actifs issus de ressources naturelles". Electronic Thesis or Diss., Reims, 2024. http://www.theses.fr/2024REIMS001.

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Abstract (sommario):

Les écorces d’arbres, co-produit de la sylviculture, constituent une source abondante et durable de substances naturelles. Toxoplasma gondii est le parasite responsable de la toxoplasmose, présentant une menace chez les fœtus, les nouveau-nés et les personnes immunodéprimées. Les thérapies actuelles, limitées et mal tolérées, font désormais face à des phénomènes de chimiorésistance. Ce travail de thèse a pour but d’explorer l’espace chimique associé aux écorces d’essences champardennaises, et les cibles protéiques essentielles à T. gondii. Une première évaluation in silico par docking inverse (AMIDEv2.0) a été réalisée afin d’identifier la cible biologique de triterpènes dérivés de la bétulone, isolés de l’Aulne glutineux ayant montré une activité anti-toxoplasmose in vitro. La CDPK3 a été identifiée comme étant la cible la plus probable parmi 87 protéines de T. gondii. Puis, une protéothèque de 25 structures protéiques 3D essentielles à la survie du parasite, 19 ayant été modélisées par homologie, a été constituée. Les composés de la Chimiothèque Nationale Essentielle ont été évalués ensuite sur cette protéothèque en utilisant AMIDEv2.0. Deux protéines ont été identifiées comme de potentielles cibles, dont ATG3, une structure reconstruite à partir d'homologues avec un pourcentage d'identité inférieur à 50%. Deuxièmement, les écorces du Mélèze d'Europe, dont l’extrait n-heptane avait démontré une activité significative (58 % d’inhibition de croissance parasitaire à 100 µg/ml), ont été soumises à un profilage chimique impliquant un fractionnement par Chromatographie de Partage Centrifuge et de déréplication combinant les données issues de la résonance magnétique nucléaire et de la spectrométrie de masse. Les outils VersaDB et CATHEDRAL ont été développés pour faciliter la création de bases de données modulables et l’évaluation du niveau de confiance des annotations. 52 molécules ont ainsi pu être annotées et associées à un score de confiance. En parallèle, des tests in vitro ont démontré que 2 des 12 fractions CPC, majoritairement composées de terpènes, inhibaient à plus de 40% la survie du parasite à 25 µg/ml. Les composés annotés chez L. decidua ont été soumis à AMIDEv2.0. Le croisement des résultats in vitro et in silico, reposant sur le calcul d'un score d'activité biologique, a mis en évidence l'acide 7-oxo-déhydroabiétique et l'acide daniellique, fortement corrélés à l'activité inhibitrice in vitro des écorces. La CDPK1 et la protéine SET containing Protein ont été identifiées comme leurs cibles protéiques probables, fournissant ainsi de premières informations sur leurs mécanismes d'action. Ces deux hits font actuellement l’objet d’une évaluation in vitro afin d’attester l’efficacité de la démarche développée au cours de ces travaux de thèse
Tree barks, by-product of forestry industry, constitute an abundant and sustainable source of natural compounds. Toxoplasma gondii is the parasite responsible for toxoplasmosis, posing a threat to fetuses, newborns, and immunocompromised individuals. The current therapeutics, limited and poorly tolerated, are now confronted to chemoresistant phenomena. This doctoral project aims to explore the chemical space associated with tree barks from the Champagne-Ardenne region, as relevant protein targets to fight T. gondii. An initial in silico evaluation using reverse docking (AMIDEv2.0) was carried out to identify biological target for triterpenes derived from betulone, isolated from the European alder, which had exhibited in vitro anti-toxoplasmosis activity. Among 87 proteins of T. gondii, CDPK3 was identified as the most probable target. Subsequently, a bank of 25 essential 3D protein structures for parasite survival, including 19 homology-modeled structures, was compiled. Thereafter, compounds from the Essential National Chemical Library were screened against this protein bank, using AMIDEv2.0. Two proteins were identified as potential targets; one of them was ATG3, a protein structure modeled from homologs with less than 50% identity. Subsequently, the barks of European Larch, whose n-heptane extract had shown significant activity (58% inhibition of parasitic growth at 100 µg/ml), were subjected to a chemical profiling. First, through a fractionation process using Centrifugal Partition Chromatography, and then a dereplication approach combining data from nuclear magnetic resonance and mass spectrometry. Tools like VersaDB and CATHEDRAL were developed to facilitate the creation of custom-databases and assess the confidence level of annotations. 52 molecules were annotated and associated with a confidence score. Simultaneously, in vitro tests demonstrated that 2 out of the 12 CPC fractions, primarily composed of terpenic derivatives, inhibited the parasite's survival by more than 40% at 25 µg/ml. Ultimately, the annotated compounds from L. decidua were subjected to AMIDEv2.0. The overlap between in vitro and in silico results highlighted 7-oxo-dehydroabietic acid and daniellic acid, strongly correlated with the in vitro inhibitory activity of the barks. CDPK1 and the SET-containing Protein are likely protein targets for these two ligands, thereby providing initial insights into their mechanism of action. These two hits are currently undergoing in vitro evaluation to verify the efficiency of developed approach during this doctoral project

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Bordignon, Benoît. "Cibles thérapeutiques d'analogues de l'acide ascorbique". Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5042.

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Abstract (sommario):

L'acide ascorbique (AA) a longtemps été décrit comme un agent antiprolifératif, mais la molécule doit être utilisée à très fortes doses, nécessitant des injections intraveineuses. La régulation stricte et complexe des concentrations sanguines et cellulaires rendent impossible le maintien des concentrations élevées sur une longue période.Avec la société KaïronKem, nous avons créé une chimiothèque de dérivés de l'AA. Le but de ce travail thèse était d'identifier des molécules dérivées dont l'action antiproliférative est supérieure à celle de l'AA. Parmi elles, nous avons sélectionné la plus prometteuse, K873, qui a montré des effets cytotoxiques et antiprolifératifs sur différentes cellules tumorales humaines à une dizaine de micromolaires, tout en étant non-toxique pour les cellules saines. Nous avons ensuite testé son efficacité in vivo grâce à des injections quotidiennes chez des souris immunodéficientes xénogreffées avec des cellules cancéreuses humaines. K873 a montré une action antiproliférative sur la progression tumorale équivalente à l'AA à des doses 100 à 200 fois inférieures.Nous avons étudié le mécanisme d'action de K873. Tout comme l'AA, il diminue l'expression de deux familles de gènes impliqués dans la progression du cycle cellulaire : facteurs d'initiation de la traduction et ARNt synthétases. Nos résultats montrent que le transporteur intracellulaire de l'AA (SVCT2) n'est pas utilisé pour l'entrée de K873 dans la cellule, bypassant ainsi sa saturation. De la même façon que l'AA, K873 diminue le niveau intracellulaire d'AMPc mais en n'ayant aucune activité antioxydante. Les dérivés de l'AA pourraient être une nouvelle classe de médicaments anticancéreux
Ascorbic acid (AA) was long described as an antiproliferative agent. However, the molecule has to be used at very high concentrations, which necessitates intravenous injections. In addition, the tight regulation of in-blood and in-cell AA concentrations makes it impossible to hold very high concentrations for any substantial length of time.In collaboration with KaironKem, we undertook the creation of a focused chemical library of AA derivatives. The aim of this work was therefore to identify derivatives molecules with antiproliferative action higher than AA. Among these new molecules, we selected K873 that has cytotoxic and antiproliferative effects on different human tumor cells at tenth micromolar concentration, without being toxic for normal cells. We then tested in vivo the effect of treatment with K873's daily injections in xenografted immunodeficient mice with human cancer cells. K873 showed an antiproliferative effect on tumor growth similar to AA but at doses 100 to 200 times lower.Finally we studied the mechanism of action of K873. As AA, it decreases the expression of two genes families involved in cell cycle progression, i.e. initiation factor of translation and tRNA synthetases. Our results also showed that the specific intracellular transporter of AA (SVCT2) is not used for K873 entry in cells, thus bypassing saturation. Finally, as AA, K873 reduced cAMP intracellular level but without antioxidant activity. Our findings suggest that AA derivatives could be a promising new class of anti-cancer drugs

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Sow, Fatimata. "Métacaspases : cibles thérapeutiques contre le paludisme". Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1275/document.

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Abstract (sommario):

Le paludisme reste une des principales causes de mortalité infantile dans le monde tropical. L'émergence continue des résistances du parasite aux anti-paludiques constitue un sérieux problème de santé publique. La recherche de nouvelles cibles thérapeutiques, basée sur une connaissance plus approfondie des mécanismes moléculaires de la vie du parasite, est une nécessité permanente dans un paradigme de « reine rouge » qui s'applique parfaitement à la capacité d'adaptation du parasite. La découverte récente d'une métacaspase de Plasmodium falciparum (PfMCA1) et la mise en évidence de son rôle potentiel dans l'apoptose du parasite, fait qu'elle est une cible thérapeutique contre le paludisme. Dans le but de mieux approfondir les connaissances sur cette protéine cible, nous avons voulu, dans un premier temps, déterminer la structure tridimensionnelle de PfMCA1, afin de confirmer les différentes structures prédites in silico, et chercher de nouvelles molécules candidates par le docking moléculaire. Cependant cet objectif n'a pas pu être atteint, à cause d'un phénomène d'autoclivage de la protéine suite à son expression, ce qui fait que nous n'avons pas réussi à récupérer la protéine. Dans un second temps, nous avons étudié la métacaspase de Plasmodium vivax (PvMCA1) en comparaison avec PfMCA1, et nous avons montré que les résidus histidine et cystéine dans la dyade catalytique sont bien conservés. Nous avons identifié un deuxième site potentiel dans le domaine catalytique de PvMCA1. A partir d'échantillons collectés en Mauritanie, au Soudan et à Oman, nous avons montré que les résidus histidine et cystéine, ainsi, que les résidus du second site du domaine catalytique de PvMCA1 sont très variables. Les mutations de ces résidus doivent faire l'objet d'étude approfondie de leurs effets sur la fonction de la protéine PvMCA1. Ce polymorphisme trouvé dans les résidus catalytiques de PvMCA1, doit-être évalué comme marqueurs moléculaires de résistance
Malaria remains one of the main causes of infant mortality in the tropical world.The continuous emergence of parasite resistant to drug treatment is a serious threat to public health. Exploring new therapeutics targets based on depth knowledge on molecular mechanism of the parasite’s life is utmost needed in a paradigm of « red queen», which applies perfectly on the ability of the parasitic adaptation. The recent discovery of metacaspase of Plasmodium falciparum (PfMCA1) and the demonstration of its potential role in apoptosis, make it a therapeutic target against malaria. In order to increase knowledge about this protein, we planned, to determine the three-dimensional structure of PfMCA1, to confirm the different structures predicted in silico, and to look for new drug using molecular docking. However, this goal was not reached, since autoprocessing occurred during expression, and we failed to obtain the full-length protein. Then we studied the metacaspase of Plasmodium vivax (PvMCA1) in comparison with PfMCA1 and, we shown that histidine and cysteine residues in the dyad catalytic are well conserved. We have identified a second potential site in the catalytic domain of PvMCA1. We shown that residues in both putative sites are highly polymorphic in samples from Mauritania, Sudan and Oman. Mutations on these residues need to be deeply studied for their effects on the PvMCA1 function. This polymorphism found in catalytic residues of PvMCA1should be evaluated as new molecular marker of resistance

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Zassadowski, Fabien. "Identification de nouvelles cibles pour l'induction de la différenciation des cellules de Leucémies Aigües Promyélocytaires : interconnexions entre la signalisation du G-CSF et de l'acide rétinoïque dans un modèle de résistance à l'acide rétinoïque". Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077028.

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Abstract (sommario):

Certains patients atteints de leucémies aiguës promyélocytaires (LAP) développent une résistance à l'ATRA rendant le traitement classique inefficace en cas de rechute. L'établissement de marqueurs prédictifs moléculaires ou cytologiques ainsi qu'une connaissance plus approfondie des mécanismes de régulation transcriptionnelle des gènes cibles de l'acide rétinoïque s'avère donc nécessaire afin d'adapter les stratégies thérapeutiques alternatives. L'étude sur le suivi de la maladie résiduelle de 223 patients atteints de LAP nous a permis de déterminer des seuils, définis sur les valeurs de nombre de copies normalisé du transcrit PML-RARa, ayant une valeur prédictive du risque de rechute. De plus, en regroupant des test de différenciation in vitro de cellules de patients LAP au diagnostic et une analyse statistique du taux de rechutes nous avons établi un lien entre la présence de ÇA, une baisse de sensibilité à l'ATRA, le sous-type BCRl et le risque de rechute, alors qu'aucune corrélation de ce type n'avait été décrite jusqu'à présent. Enfin, nous avons utilisé un modèle cellulaire de résistance à l'ATRA afin de mettre en évidence le rôle de la voie de signalisation MEK-ERK1/2 dans la restauration de la fonctionnalité du complexe transcriptionnel des récepteurs de l'acide rétinoïque impliqués dans la différenciation granulocytaire. L'activation de la voie MEK-ERK1/2 par la combinaison ATRA/G-CSF permet le recrutement des facteurs de transcription RARα et CBP/P300 ainsi que Facétylation des histones H3/H4 au niveau des gènes cibles de l'ATRA. Ce mécanisme représente une nouvelle cible potentielle pour améliorer la thérapie différenciatrice des LAP
Resistance to all-trans retinoic acid (ATRA) rarely occurs in primary acute promyelocytic leukemias, but some patients can develop ATRA résistance that prevent the use of classical treatment in case of relapse. In order to adapt therapeutical alternatives, it is important to define the risk of relapse for these patients. Thus, it appears necessary to establish molecular and cytological predictive markers of relapse and to increase our understanding of retinoic acid target genes at the transcriptionnal level. Our study on the follow up of APL patient residual disease in 223 APL patients, allowed us to determine thresholds, defined by normalized copies number (NCN) for the BCRl APL subtype, which provide a predictive value for the risk of relapse. When we analysed in vitro differenciation tests. Furthermore, our study identified a pronostic value of a cytology marker of the APL blasts at diagnosis. Indeed, on patients samples, we found a correlation between the presence of Auer Rods in the cytoplasma of the APL blasts with the in vitro differentiation of the blasts with ATRA, the BCRl PML-RAR subtype and the number of relapses. Finally, using an APL cell line with low sensitivity to ATRA we demonstrate a role of the MEK-ERK1/2 signalling pathway at the transcriptional level of the RAR nuclear complex in granulocytic differentiation. The combination of ATRA and G-CSF enhances the recrutement of the RARa receptor, its coactivator CBP/P3QO and the acetylation of histones H3 and H4 at the promoter of RA target genes. This novel mechanism represent a new target to improve differentiation efficacy in APL

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Aubin, Henri-Jean. "Troubles liés aux substances : les cibles thérapeutiques". Paris 12, 2006. https://athena.u-pec.fr/primo-explore/search?query=any,exact,990003939320204611&vid=upec.

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Abstract (sommario):

Nous avons travaillé sur 6 cibles thérapeutiques. (1) Maturation motivationnelle : nous avons développé une échelle mesurant la motivation à arrêter de fumer. (2) Arrêt de la consommation : nous avons montré que l'arrêt du tabac est favorisé par un traitement par bupropion et que la récupération du sommeil est améliorée par les patchs nicotiniques au cours du sevrage tabagique et par les carbamates au cours du sevrage alcoolique. (3) Troubles cognitifs : ils s'amendent dans les 6 mois suivant l'arrêt de l'alcool. (4) Comorbidité psychiatrique : les troubles maniques/hypomaniques induits par l'alcool ne se distinguaient pas cliniquement de ceux indépendants de l'alcool. (5) Troubles sociaux : nous avons développé une échelle de précarité sociale chez les alcooliques. (6) Prévention de la rechute : l'amilsupride est inéfficace chez les alcooliques ; le bupropion et le lazabémide sont efficaces chez les fumeurs
Our work concerned 6 therapeutic targets. (1) Motivational enhancement : we developed a smoking cessation motivation scale. (2) Detoxification : we showed that bupropion is effective in smoking cessation. Sleep is improved by carbamates during alcohol detoxification and by nicotine patches during nicotine withdrawal. (3) Cognitive disorders : alcoholics recover after 6 months of sobriety. (4) Psychiatric comorbidity : alcohol induced and independent maniac/hypomaniac disorders are clinically similar. (5) Social distress : we developed a social distress scale in alcoholics. (6) Relapse prevention : amilsupride showed a lack of efficacy in alcoholics. Bupropion and lazabémide are effective in smoking relapse prevention

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Lemaire, Julie. "MicroARN : biomarqueurs et cibles thérapeutiques en oncogenèse". Thesis, Lille 2, 2021. http://www.theses.fr/2021LIL2S006.

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Abstract (sommario):

Les microARN (miARN) représentent une classe de petits ARN non codants régulateurs de l’expression génique. Ils sont impliqués dans de nombreuses fonctions cellulaires et moléculaires essentielles. De plus, leur dérégulation joue un rôle important dans le processus de tumorigenèse. En effet, certains miARN ont été décrits comme des oncogènes ou des gènes suppresseurs de tumeur. Ces travaux de thèse s’inscrivent dans ce contexte. Ainsi, une première étude a consisté à identifier les miARN exprimés de manière différentielle dans les cellules tubulaires rénales proximales en réponse à une exposition au cadmium, un composé environnemental présentant des propriétés carcinogènes. Cette étude permet de suggérer que certains de ces miARN pourraient présenter un intérêt en tant que biomarqueurs d’exposition au cadmium.Dans une seconde étude, nous avons évalué les propriétés pro-tumorales de miR-92a-3p dans les cancers pulmonaires non à petites cellules. Nos données obtenues in vitro suggèrent que le ciblage de miR-92a-3p par des oligonucléotides antisens pourrait représenter une stratégie thérapeutique pertinente. Un modèle murin d’adénocarcinome pulmonaire (modèle CCSPCre-LSL-KrasG12D) a été mis en place et permettra de tester l’effet pharmacologique de ce type d’inhibiteurs.Au total, ces travaux soulignent l’importance des miARN en tant que biomarqueurs et cibles thérapeutiques dans le domaine du cancer
MicroRNAs (miRNAs) represent a class of small non-coding RNAs that regulate geneexpression. They are involved in many essential cellular and molecular processes such as celldeath or differentiation. In addition, their deregulation plays an important role in thetumorigenesis. Indeed, many miRNAs have been described as oncogenes or tumor suppressorgenes. In this context, this thesis work focused on the potential role played by miRNAs inkidney and lung cancers. Indeed, a first part consisted in identifying miRNAs differentially expressed in proximal renal tubular cells in response to cadmium exposure, an environmental compound with carcinogenic properties. This data suggests that some of these miRNAs could be of interest as biomarkers of cadmium exposure.In the second part of this thesis, we evaluated the tumorigenic properties of miR-92a-3p innon-small cell lung cancers. Our in vitro data suggests that targeting miR-92a-3p by antisense oligonucleotides could represent a relevant anticancer therapeutic strategy. Furthermore, amouse model of pulmonary adenocarcinoma (CCSP-Cre-LSL-KrasG12D model) has been developed to test the pharmacological effect of this therapeutic strategy.Overall, this work highlights the importance of miRNAs as biomarkers and therapeutic targets in the field of cancer

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Lancelot, Julien. "Caractérisation des sirtuines de Schistosoma mansoni : cibles thérapeutiques potentielles". Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01053816.

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Abstract (sommario):

La schistosomiase représente actuellement la seconde endémie parasitaire mondiale après le paludisme. Annuellement, cette pathologie est responsable de 280 000 décès et 700 millions d'individus y sont exposés dans 74 pays à travers le monde. Actuellement, le traitement de la schistosomiase repose sur l'utilisation d'un seul médicament, le Praziquantel®. Ainsi, le développement de nouveaux médicaments est devenu une priorité absolue pour l'OMS. Dans cette étude, notre objectif a été d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques afin de développer de nouveaux précurseurs de médicaments. Au cours de ce projet, nous avons focalisé nos recherches sur les enzymes impliquées dans la modification des histones et plus particulièrement sur les sirtuines, qui sont des lysines désacétylases NAD+ dépendantes.Dans une première partie, nous avons caractérisé 5 orthologues de sirtuines de mammifères chez Schistosoma mansoni (SmSirt1, 2, 5, 6 et 7). De plus, nous avons étudié le potentiel des sirtuines comme cibles thérapeutiques pour le traitement de la schistosomiase en évaluant la toxicité d'inhibiteurs génériques de sirtuines humaines sur des parasites maintenus en culture. Ainsi, nous avons montré que les inhibiteurs de sirtuines humaines affectent in vitro la viabilité des schistosomules ainsi que la stabilité de l'accouplement et la production d'oeufs des vers adultes. De plus, ces inhibiteurs induisent des changements morphologiques de l'appareil génital du ver femelle.Dans une seconde partie, nous avons entrepris d'étudier plus spécifiquement le rôle de SmSirt2 en tant que cible thérapeutique. Ainsi, l'expression de la protéine recombinante en bactérie E. coli (collaboration: C. Romier, IGBMC, Illkirch) ainsi que l'optimisation d'un dosage fluorimétrique nous ont permis de montrer que SmSirt2 présente une activité lysine désacétylase in vitro (collaboration: M. Jung, Université Albert-Ludwigs, Freibourg). De plus, l'utilisation de ce dosage nous a permis de mettre en place le criblage à haut débit d'une chimiothèque de plus de 80 000 composés afin d'identifier de nouvelles molécules inhibitrices de l'enzyme SmSirt2 (collaboration: J. Schultz, Kancera AB, Stockholm). Les composés les plus prometteurs, ont été testés in vitro sur des parasites en culture. Les résultats obtenus démontrent que les inhibiteurs de SmSirt2 affectent également la viabilité des schistosomules ainsi que la stabilité de l'accouplement et la production d'oeufs des vers adultes.Dans une dernière partie, nous avons mis en place un criblage d'une banque d'ADNc de vers adultes par la technique du double hybride en levure dans le but d'identifier les partenaires protéiques de Sirt1 chez S. mansoni. L'analyse partielle des résultats nous a permis de mettre en évidence que SmSirt1 interagit avec plusieurs protéines impliquées dans la régulation des gènes chez le schistosome. Au cours de ce projet, nous avons également développé et optimisé un protocole permettant d'étudier l'activité enzymatique de SmSirt1 par injection d'ARNm dans des ovocytes de Xénope. Ainsi, nous avons pu montrer que le sirtinol et la salermide, deux inhibiteurs de Sirt1 humaine, présentent également une activité inhibitrice sur l'enzyme du parasite (collaboration: K. Cailliau, Université des Sciences et Technologies, Lille).L'ensemble des résultats obtenus au cours de ce projet de thèse suggère que les sirtuines sont des cibles thérapeutiques potentielles dans le traitement de la schistosomiase. Parmi les 5 orthologues identifiés chez S. mansoni, SmSirt2 semble une cible prometteuse. De plus, le criblage à haut débit que nous avons réalisé sur l'enzyme recombinante a permis d'identifier des molécules qui, après bio-optimisation, pourront être des candidats médicaments. Pour finir, ces résultats participent à une meilleure compréhension du rôle biologique des sirtuines chez S. mansoni et plus particulièrement sur leur implication dans la survie et la reproduction du parasite.

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Ligat, Gaëtan. "Cytomégalovirus humain, mutations de résistance et nouvelles cibles thérapeutiques". Thesis, Limoges, 2017. http://www.theses.fr/2017LIMO0046/document.

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Abstract (sommario):

Le cytomégalovirus humain (CMVH) est un pathogène opportuniste majeur en cas d’immunodépression et représente la principale cause d’infection congénitale d’origine virale. Bien qu’efficaces, l’utilisation des molécules conventionnelles est limitée par l’émergence de résistance et leur toxicité. Il devient alors nécessaire de développer de nouveaux traitements.L’étude des nouvelles mutations émergeant sous traitement antiviral demeure donc essentielle. L’introduction de ces nouvelles mutations, par mutagénèse « en passant », dans un chromosome bactérien artificiel contenant le génome viral nous permet, après transfection en cellules humaines, de tester la sensibilité de la souche recombinantes aux antiviraux.Différentes mutations de résistances ont ainsi été caractérisées. Afin de mettre en évidence de nouvelles cibles antivirales, des analyses bio-informatiques et la production de virus recombinants ont permis d’identifier de potentiels motifs fonctionnels essentiels à la réplication au sein du complexe terminase et hélicase-primase. Ainsi, nous avons montré quela sous-unité pUL56 du complexe terminase appartient à la famille des LAGLIDADG Homing Endonuclease. En effet, pUL56 contient un motif LATLNDIERFL et un motif de liaison à l’ADN. La technologie Alpha utilisant des protéines purifiées a permis de valider le caractère essentiel du fragment WMVVKYMGFF de pUL56 pour l’interaction avec pUL89. Enfin, nous avons mis en évidence les résidus impliqués dans la fixation de l’ATP au sein de l’hélicase et dans la stabilisation du zinc de la primase. Ainsi, la compréhension de la structure de ces protéines pourrait permettent de mieux appréhender leur fonctionnement au sein du processus de réplication du CMVH et le développement de nouvelles thérapies ciblant ces domaines
Human cytomegalovirus (HCMV) is an important opportunistic pathogen for immunecompromised patients and is the leading cause of congenital viral infection. Although they are effective, using of conventional molecules is limited by the emergence of resistance and their toxicity. Then it becomes necessary to develop new treatments. Study of new mutationsemerging under antiviral treatment is therefore essential. Introduction of these new mutations, by « en passant » mutagenesis, into an artificial bacterial chromosome containing the viral genome allows us, after transfection into human cells, testing antivirals sensitivity of the recombinant. Different mutations of resistances have been characterized. In order tohighlight new antiviral targets, bioinformatics and recombinant viruses production allowed to identify potential functional patterns essential for viral replication within terminase and helicase-primase complex. Thus, we have shown that pUL56 subunit of the terminase complex belongs to the LAGLIDADG Homing Endonuclease family. Indeed, pUL56 contains aLATLNDIERFL motif and a DNA binding motif. Alpha technology using purified proteins allowed to validate the essential character of the WMVVKYMGFF fragment of pUL56 for the interaction with pUL89. Finally, we highlighted the residues involved in ATP binding within the helicase and in the stabilization of zinc within the primase. Thus, understanding of these proteins structure could allow us to better understand their role within the viral replication process and the development of new therapies targeting these domains

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Bergeron, Christophe. "Les polyamines : agents diagnostiques et cibles thérapeutiques en oncologie pédiatrique". Rennes 1, 1993. http://www.theses.fr/1993REN1B006.

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Barret, Agnès. "Maladies à Prions : Recherche de nouvelles molécules et cibles thérapeutiques". Limoges, 2004. http://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/af6145d5-a69f-4351-bbbb-71d633a51d8e/blobholder:0/2004LIMO0030.pdf.

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Abstract (sommario):

La recherche de molécules thérapeutiques dans le traitement des maladies à prions a conduit à la mise en évidence d’un faible potentiel de la quinacrine, actuellement administrée aux patients, et d’une nouvelle métalloporphyrine, dans un modèle animal d’accumulation de PrPres périphérique, pour lequel il semble nécessaire de préciser les fonctions des cibles cellulaires. Les héparanes mimétiques (HM) semblent les composés les plus prometteurs, en raison de leur très bonne efficacité à la fois in vitro et in vivo. L’effet des HM ne se limite pas à ce seul rôle, puisqu’ils permettent de réverser la sous-expression transcriptionnelle du gène Chst8, codant la GalNAc-4-O-sulfotransférase 1, mis en évidence dans l’étude de l’impact de l’accumulation de PrPres sur l’expression des gènes impliqués dans la glycosylation. Cette étude pour laquelle le gène ChGn1, codant l’enzyme initiant la synthèse de chondroïtine, a, quant à lui été trouvé sur-exprimé, nous a conduit à l’hypothèse d’un rôle de la GalNac-4-O-sulfotransférase 1 et potentiellement, d’une hyposulfatation des résidus GalNAc terminaux, dans la synthèse des chondroïtines et dans le contrôle de l’accumulation de PrPres
The screening of diverse classes of molecules for the treatment of prion diseases lead to the conclusion of a limited effect for the quinacrine, a compound to date used for the treatment of patients, and for a new metalloporphyrin, in an animal model of peripheric PrPres accumulation, for which we need to precise the cellular targets function. Because of their efficiency to inhibit PrPres accumulation in vitro and in vivo, heparan mimetics seem to be the more promising drugs. Moreover, their effect is not limited to this function, as they can also reverse the transcriptional under-expression of Chst8 gene, encoding the GalNAc-4-O-sulfotransferase 1, found in the impact study of PrPres accumulation on the expression of several glycosylation related genes. In this study, an over-expression of the ChGn1 gene, encoding the enzyme initiating chondroitin sulfate synthesis, was also found. According to these findings, we have hypothesized a role for the GalNAc-4-O-sulfotransferase 1 and potentially of a terminal GalNAc hyposulfation, in chondroitin synthesis and in PrPres accumulation

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Tran, Quang Thuy. "Les récepteurs β3-adrénergiques vasculaires : implications physiopathologiques et cibles thérapeutiques". Nantes, 2009. http://www.theses.fr/2009NANT30VS.

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Abstract (sommario):

La régulation β-adrénergique (β-AR) de la fonction cardiovasculaire est assurée par trois sous-types de récepteurs β-AR, β1, β2 et β3-AR, ayant des rôles différents en physiopathologie. Mon travail de thèse a consisté à étudier le rôle des β-AR, en particulier β3-AR, dans l'aorte thoracique de rat, dans des conditions physiologiques et dans des modèles pathologiques (insuffisance cardiaque et choc endotoxémique). Tout d'abord, j'ai mis en évidence des propriétés agoniste β3-AR et antagoniste α1-AR du racémique du nébivolol, un β-bloquant vasodilatateur de 3ème génération, dans l'aorte de rats. J'ai également évalué les cibles adrénergiques différentielles des énantiomères du nébivolol. Ensuite, du fait de l'importance des β-bloquants dans le traitement de l'insuffisance cardiaque (IC), j'ai comparé les effets du nébivolol et d'un β-bloquant de 2ème génération, le bisoprolol dans le traitement de l'IC ischémique aiguë. Le choc septique est une cause fréquente de décès principalement en raison d'une défaillance cardiovasculaire. De manière surprenante, malgré des données limitées et contradictoires sur le système β-AR dans cette pathologie, les traitements actuels sont ciblés sur ces récepteurs. Dans ce contexte, j'ai caractérisé dans la dernière partie de ma thèse, le remodelage des β1, β2 et β3-AR dans l'aorte thoracique de rat ayant subi un choc endotoxémique
The β-adrenergic regulation of the cardiovascular function is performed by 3 β-adrenoceptor subtypes (β-AR), β1, β2 and β3-AR. Each β-AR has specific roles in physiopathology. During my thesis, I studied the role of β-AR receptors, in particular the β3-AR, in rat thoracic aorta in several physiopathological conditions (heart failure and endotoxemic shock). First, I demonstrated that racemic nebivolol, a 3rd generation β-blocker with vasodilatatory effects has β3-AR agonistic and α1-AR antagonistic properties. I also studied the differential adrenergic targets of the nebivolol enantiomeres. Furthermore, as β-blockade is a key treatment in heart failure, I also compared the effects of nebivolol and a β-blocker of 2nd generation, bisoprolol in the treatment of acute ischemic heart failure. The septic shock is a frequent cause of death mainly because of a cardiovascular failure. Surprisingly, whereas limited and contradictory data on the β-AR system in this pathology exist, actual treatments are targeting on these receptors. In this context, I characterize in the last part of my thesis, the remodelling of β1, β2 and β3-AR in rat thoracic aorta after endotoxemic shock

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Pardo, Jérémie. "Méthodes d'inférence de cibles thérapeutiques et de séquences de traitement". Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2022. http://www.theses.fr/2022UPASG011.

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Abstract (sommario):

Un enjeu majeur de la médecine des réseaux est l’identification des perturbations moléculaires induites par les maladies complexes et les thérapies afin de réaliser une reprogrammation cellulaire. L’action de la reprogrammation est le résultat de l’application d’un contrôle. Dans cette thèse, nous étendons le contrôle unique des réseaux biologiques en étudiant le contrôle séquentiel des réseaux booléens. Nous présentons un nouveau cadre théorique pour l’étude formelle des séquences de contrôle. Nous considérons le contrôle par gel de noeuds. Ainsi, une variable du réseau booléen peut être fixée à la valeur 0, 1 ou décontrôlée. Nous définissons un modèle de dynamique contrôlée pour le mode de mise à jour synchrone où la modification de contrôle ne se produit que sur un état stable. Nous appelons CoFaSe le problème d’inférence consistant à trouver une séquence de contrôle modifiant la dynamique pour évoluer vers une propriété ou un état souhaité. Les réseaux auxquels sera appliqué CoFaSe auront toujours un ensemble de variables incontrôlables. Nous montrons que ce problème est PSPACE-dur. L’étude des caractéristiques dynamiques du problème CoFaSe nous a permis de constater que les propriétés dynamiques qui impliquent la nécessité d’une séquence de contrôle émergent des fonctions de mise à jour des variables incontrôlables. Nous trouvons que la longueur d’une séquence de contrôle minimale ne peut pas être supérieure à deux fois le nombre de profils des variables incontrôlables. À partir de ce résultat, nous avons construit deux algorithmes inférant des séquences de contrôle minimales sous la dynamique synchrone. Enfin, l’étude des interdépendances entre le contrôle séquentiel et la topologie du graphe d’interaction du réseau booléen nous a permis de découvrir des relations existantes entre structure et contrôle. Celles-ci mettent en évidence une borne maximale plus resserrée pour certaines topologies que celles obtenues par l’étude de la dynamique. L’étude sur la topologie met en lumière l’importance de la présence de cycles non-négatifs dans le graphe d’interaction pour l’émergence de séquences minimales de contrôle de taille supérieure ou égale à deux
Network controllability is a major challenge in network medicine. It consists in finding a way to rewire molecular networks to reprogram the cell fate. The reprogramming action is typically represented as the action of a control. In this thesis, we extended the single control action method by investigating the sequential control of Boolean networks. We present a theoretical framework for the formal study of control sequences.We consider freeze controls, under which the variables can only be frozen to 0, 1 or unfrozen. We define a model of controlled dynamics where the modification of the control only occurs at a stable state in the synchronous update mode. We refer to the inference problem of finding a control sequence modifying the dynamics to evolve towards a desired state or property as CoFaSe. Under this problem, a set of variables are uncontrollable. We prove that this problem is PSPACE-hard. We know from the complexity of CoFaSe that finding a minimal sequence of control by exhaustively exploring all possible control sequences is not practically tractable. By studying the dynamical properties of the CoFaSe problem, we found that the dynamical properties that imply the necessity of a sequence of control emerge from the update functions of uncontrollable variables. We found that the length of a minimal control sequence cannot be larger than twice the number of profiles of uncontrollable variables. From this result, we built two algorithms inferring minimal control sequences under synchronous dynamics. Finally, the study of the interdependencies between sequential control and the topology of the interaction graph of the Boolean network allowed us to investigate the causal relationships that exist between structure and control. Furthermore, accounting for the topological properties of the network gives additional tools for tightening the upper bounds on sequence length. This work sheds light on the key importance of non-negative cycles in the interaction graph for the emergence of minimal sequences of control of size greater than or equal to two

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Bretones, Santamarina Jorge. "Integrated multiomic analysis, synthetic lethality inference and network pharmacology to identify SWI/SNF subunit-specific pathway alterations and targetable vulnerabilities". Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL049.

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Abstract (sommario):

De nos jours, la communauté scientifique s'accorde sur la nécessité de diagnostics et de thérapies personnalisés pour les patients atteints de cancer, conçus par des études translationnelles combinant approches expérimentales et statistiques. Les défis actuels incluent la validation de modèles expérimentaux précliniques et leur profilage multi-omiques, ainsi que la conception de méthodes bioinformatiques et mathématiques dédiées pour identifier les combinaisons de médicaments optimales pour chaque patient.Cette thèse a visé à concevoir de telles approches statistiques pour analyser différents types de données à grande échelle et les intégrer afin d'identifier les vulnérabilités ciblables des lignées cancéreuses. Nous nous sommes focalisés sur les altérations du complexe de remodelage de la chromatine SWI/SNF, muté dans ~20 % des cancers, pour lesquels aucune thérapie efficace n'est disponible. Nous avons utilisé un panel de lignées cellulaires isogéniques HAP1 mutées pour les sous-unités du complexe SWI/SNF ou d'autres enzymes épigénétiques, pour lesquelles des données de transcriptomique, protéomique et de criblage de médicaments étaient disponibles.Nous avons travaillé sur quatre axes méthodologiques. Premièrement, nous avons conçu une méthodologie optimisée d'enrichissement pour détecter les voies de régulation différentiellement activées entre mutants et type sauvage. Ensuite, nous avons croisé les résultats des criblages de médicaments et les bases d'interaction gène-médicament, pour inférer des voies de régulation ciblables spécifiquement chez les lignées mutantes. Ensuite, la validation de ces cibles potentielles a été réalisée à l'aide d'une nouvelle méthode détectant la létalité synthétique à partir de données transcriptomiques et CRISPR de lignées cancéreuses indépendantes du projet DepMap. Enfin, en vue de l'optimisation de thérapies multi-agents, nous avons conçu une première représentation digitale des voies de régulation ciblables pour les tumeurs mutées SMARCA4, en construisant un réseau dirigé d'interaction protéine-protéine reliant les cibles inférées des analyses multi-omiques HAP1 et CRISPR DepMap. Nous avons utilisé la base de données OmniPath pour récupérer les interactions protéiques directes et ajouté les protéines liant celles présentes dans le réseau avec l'algorithme Neko.Ces développements méthodologiques ont été appliqués aux ensembles de données disponibles pour le panel HAP1. En utilisant notre méthodologie d'enrichissement optimisée, nous avons identifié le Métabolisme des protéines comme la catégorie de voies de régulation la plus fréquemment dérégulée dans les lignées SWI/SNF-KO. Ensuite, l'analyse de criblage de médicaments a révélé des médicaments cytotoxiques et épigénétiques ciblant sélectivement les mutants SWI/SNF, notamment les inhibiteurs de CBP/EP300 ou de la respiration mitochondriale, également identifiés comme létaux synthétiques par notre analyse CRISPR DepMap. Ces résultats ont été validés dans deux modèles expérimentaux isogéniques indépendants. L'analyse CRISPR DepMap a également été utilisée pour identifier des interactions létales synthétiques dans le glioblastome, qui se sont révélées pertinentes pour des lignées cellulaires dérivées de patients et sont en cours de validation.En résumé, nous avons développé des méthodes computationnelles pour intégrer des données d'expression multi-omiques avec des criblages de médicaments et des tests CRISPR, et identifié de nouvelles vulnérabilités chez les mutants SWI/SNF, qui ont été validées expérimentalement. Cette étude était limitée à l'identification de monothérapies efficaces. Pour l'avenir, nous proposons de concevoir des modèles mathématiques représentant les réseaux de protéines ciblables à l'aide d'équations différentielles et de les utiliser dans des procédures d'optimisation numérique et d'apprentissage automatique pour étudier les cibles médicamenteuses concomitantes et personnaliser les combinaisons de médicaments
Nowadays the cancer community agrees on the need for patient-tailored diagnostics and therapies, which calls for the design of translational studies combining experimental and statistical approaches. Current challenges include the validation of preclinical experimental models and their multi-omics profiling, along with the design of dedicated bioinformatics and mathematical pipelines (i.e. dimension reduction, multi-omics integration, mechanism-based digital twins) for identifying patient-specific optimal drug combinations.To address these challenges, we designed bioinformatics and statistical approaches to analyze various large-scale data types and integrate them to identify targetable vulnerabilities in cancer cell lines. We developed our pipeline in the context of alterations of the SWItch Sucrose Non-Fermentable (SWI/SNF) chromatin remodeling complex. SWI/SNF mutations occur in ~20% of all cancers, but such malignancies still lack efficient therapies. We leveraged a panel of HAP1 isogenic cell lines mutated for SWI/SNF subunits or other epigenetic enzymes for which transcriptomics, proteomics and drug screening data were available.We worked on four methodological axes, the first one being the design of an optimized pathway enrichment pipeline to detect pathways differentially activated in the mutants against the wild-type. We developed a pruning algorithm to reduce gene and pathway redundancy in the Reactome database and improve the interpretability of the results. We evidenced the bad performance of first-generation enrichment methods and proposed to combine the topology-based method ROntoTools with pre-ranked GSEA to increase enrichment performance .Secondly, we analyzed drug screens, processed drug-gene interaction databases to obtain genes and pathways targeted by effective drugs and integrated them with proteomics enrichment results to infer targetable vulnerabilities selectively harming mutant cell lines. The validation of potential targets was achieved using a novel method detecting synthetic lethality from transcriptomics and CRISPR data of independent cancer cell lines in DepMap, run for each studied epigenetic enzyme. Finally, to further inform multi-agent therapy optimization, we designed a first digital representation of targetable pathways for SMARCA4-mutated tumors by building a directed protein-protein interaction network connecting targets inferred from multi-omics HAP1 and DepMap CRISPR analyses. We used the OmniPath database to retrieve direct protein interactions and added the connecting neighboring genes with the Neko algorithm.These methodological developments were applied to the HAP1 panel datasets. Using our optimized enrichment pipeline, we identified Metabolism of proteins as the most frequently dysregulated pathway category in SWI/SNF-KO lines. Next, the drug screening analysis revealed cytotoxic and epigenetic drugs selectively targeting SWI/SNF mutants, including CBP/EP300 or mitochondrial respiration inhibitors, also identified as synthetic lethal by our Depmap CRISPR analysis. Importantly, we validated these findings in two independent isogenic cancer-relevant experimental models. The Depmap CRISPR analysis was also used in a separate project to identify synthetic lethal interactions in glioblastoma, which proved relevant for patient-derived cell lines and are being validated in dedicated drug screens.To sum up, we developed computational methods to integrate multi-omics expression data with drug screening and CRISPR assays and identified new vulnerabilities in SWI/SNF mutants which were experimentally revalidated. This study was limited to the identification of effective single agents. As a future direction, we propose to design mathematical models representing targetable protein networks using differential equations and their use in numerical optimization and machine learning procedures as a key tool to investigate concomitant druggable targets and personalize drug combinations

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Le, Behot Audrey. "Nouvelles cibles thérapeutiques de l'accident vasculaire cérébral : GpIbα et ADAMTS-4". Caen, 2013. http://www.theses.fr/2013CAEN3164.

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Abstract (sommario):

Le seul traitement aigu de l’AVC ischémique est la thrombolyse par l’activateur tissulaire du plasminogène recombinant (rtPA). Néanmoins, l’efficacité de la thrombolyse est influencée par la composition du thrombus : lorsqu’il est riche en plaquettes, il est résistant au rtPA. En modélisant in vivo 2 étiologies (embolique et thrombose in situ) de l’AVC ischémique, l’objectif de ce travail a été d’étudier l’efficacité de la thrombolyse et les mécanismes de la thrombose. Dans les conditions ischémiques, la limitation des dommages cérébraux dépend du rétablissement rapide de la perfusion sanguine cérébrale mais également de l’intégrité de la barrière hémato-encéphalique (BHE). La métalloprotéinase ADAMTS-4 étant impliquée dans la dégradation des composants de la matrice extracellulaire, nous avons étudié son rôle dans la perméabilisation de la BHE. Nos résultats démontrent que la thrombose est un processus en 2 étapes : les récepteurs aux glycoprotéines (Gp) IIb/IIIa sont impliqués dans la phase initiale de l’agrégation plaquettaire alors que la fermeture vasculaire dépend de l’interaction du facteur von Willebrand (VWF) avec les récepteurs GpIbα. Inhiber l’interaction VWF-GpIbα permet de lyser le caillot sanguin, de rétablir la perfusion sanguine cérébrale et par conséquent de réduire les dommages cérébraux. Nos résultats suggèrent également qu’ADAMTS-4 contribuerait dans les conditions ischémiques au maintien de l’intégrité de la BHE. L’interaction VWF-GPIbα et ADAMTS-4 sont donc de potentielles cibles d’intervention thérapeutiques de l’AVC ischémique
Recombinant tissue-type plasminogen (rtPA) is the only treatment approved so far for acute ischemic stroke. However, clinical investigations have evidenced that number of clots are resistant to rtPA-induced thrombolysis. To improve the efficacy of rtPA-mediated thrombolysis, the aims of the present work were (i) to compare rtPA-induced recanalization in animal stroke models mimicking two etiologies such as thromboembolic and in situ thrombosis (ii) to understand the molecular mechanisms involved in formation of rtPA-resistant thrombi (iii) to improve clot lysis by targeting platelet receptors and (iv) to study the impact of molecules involved in the degradation of the extracellular matrix on the integrity of the blood brain barrier (BBB) following stroke. Our results confirm that the sensitivity to rtPA-mediated thrombolysis is influenced by thrombus composition and etiology. We demonstrated for the first time that occlusive thrombus formation is a two-steps mechanism: partial occlusion of the blood vessel depends on platelet aggregation through their glycoproteins (Gp) IIb/IIIa receptors and vessel lumen closure involves the GpIbα receptors. Thus, inhibitors of the GpIbα-vWF axis induce specific dissolution of the last-formed platelet aggregates and restore vessel patency. In ischemic conditions, early disruption of the clot is needed for minimizing cerebral damages but maintaining the BBB integrity is also crucial. Our results suggest that the metalloproteinase ADAMTS-4 that degrades the extracellular matrix is involved in maintaining the integrity of the BBB. Thus, ADAMTS-4 and GpIbα-VWF are promising candidates to minimize cerebral damages following ischemic stroke

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Marret, Séverin. "Identification de cibles sur critères cinématiques". Bordeaux 1, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR13613.

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Abstract (sommario):

Le travail présenté dans cette thèse traite du problème de l'identification de cibles manoeuvrantes, non coopératives, c'est-à-dire sans IFF, dans le cas mono-senseur, et sans guerre électronique. Dans un premier temps, les données considérées sont des mesures issues d'un radar à partir desquelles sont estimées les caractéristiques cinématiques de la cible. Ces mesures sont traitées par un filtre hybride, avec une approximation de type "pruning" : le GSFr. Cet algorithme de filtrage est basé sur le traitement des chaînes de Markov cachées. Dans un second temps, afin d'améliorer les estimations, nous intégrons une mesure directe sur le mode de déplacement de la cible via un capteur imageur. De plus, pour simuler la perte ponctuelle de signal, nous appliquons la technique des processus ponctuels marqués. Une fois les caractéristiques cinématiques de la cible évaluées, nous mettons en oeuvre des techniques d'apprentissage supervisé afin d'effectuer une discrimination automatique de la cible. Deux sources d'informations sont alors prises en compte : les variables cinématiques issues du filtrage et les variables imagerie issues de la simulation du capteur imageur. Le résultat final du processus de discrimination est obtenu en fusionnant ces résultats. Deux méthodes sont alors exposées, l'une basée sur un algorithme d'apprentissage de type SVM, l'autre sur une méthode de fusion de données prenant en compte un critère de fiabilité des capteurs.

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Gries, Alexandre. "Etude des Histones Désacétylases (HDACs) comme cibles thérapeutiques dans le cancer gastrique". Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ045.

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Abstract (sommario):

En raison de l’efficience des traitements, le taux de survie globale à 5 ans des patients avec un cancer gastrique (CG) est d’environ 15%. A l’heure actuelle, il n’existe pas de stratifications des patients permettant de prescrire un protocole de traitements efficace. Durant ma thèse, j’ai établi le rôle de HDAC4 dans la sensibilité des cellules de CG au Cisplatine. J’ai montré que cette réponse semble dépendre du type de CG (intestinal ou diffus) et du statut p53 des cellules cancéreuses. J’ai souligné l’intérêt de combiner un inhibiteur des HDACs (SAHA) avec les chimiothérapies à base de dérivés de platine (PDC : Cisplatine, Oxaliplatine) afin de promouvoir leurs effets cytotoxiques. De manière intéressante, j’ai observé que la réponse aux traitements combinés est différente suivant le statut p53 des cellules cancéreuses. Ces résultats permettent d’ouvrir de nouvelles perspectives dans l’utilisation des traitements combinés PDC + SAHA dans la thérapie du CG. En particulier, le facteur p53 qui est souvent muté dans les CG, pourrait être un marqueur thérapeutique pour un tel protocole de traitement
Due to the efficiency of treatments, the 5-year overall survival rate for patients with gastric cancer (GC) is approximately 15%. Currently, there is no stratification of patients to prescribe an effective treatment protocol.During my thesis, I established the role of HDAC4 in the sensitivity of GC cells to Cisplatin. I have shown that this response seems to depend on the type of GC (intestinal or diffuse) and the p53 status of cancer cells. I emphasized the interest of combining an HDAC inhibitor (SAHA) with platinum derivative chemotherapies (PDC: Cisplatin, Oxaliplatin) to promote their cytotoxic effects. Interestingly, I observed that the response to combination treatments is different depending on the p53 status of the cancer cells.These results open new perspectives in the use of PDC + SAHA combination therapies in GC. The p53 factor that is often mutated in GC could be a therapeutic marker for a such treatment protocol

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Tesi sul tema "Identification de cibles thérapeutiques"

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