Tesi sul tema "Genus Canis"

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Riegert, Stefanie. "Anatomische und biomechanische Untersuchungen am Kniegelenk (Articulatio genus) des Hundes (Canis familiaris)". Diss., lmu, 2004. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:19-26378.

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Berggren, Bremdal Karin. "Evolution of MHC Genes and MHC Gene Expression". Doctoral thesis, Uppsala universitet, Evolutionsbiologi, 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-122011.

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Abstract (sommario):
Polymorphism in coding regions and regions controlling gene expression is the major determinant of adaptive differences in natural populations. Genes of the major histocompatibility complex (MHC) possess a high level of genetic variation, which is maintained by selection over long coalescence times. MHC genes encode antigen-presenting molecules in the adaptive immune system, which protects the host from infectious diseases. However, MHC molecules may also present self-peptides and for most autoimmune diseases there is a genetic factor associated with the MHC. MHC genes have been used to learn about the interplay of selection and historical population events. In domestic dogs and their progenitor, the wolf, I explored factors associated with domestication and breed formation and their influence not only on MHC coding regions but also on the haplotypic structure of the class II region. Polymorphism and strong selection was demonstrated in the proximal promoters of MHC genes in dogs and wolves. Hence, genetic variation associated with MHC gene expression may have at least equal importance for a well functioning immune system. Associations between promoter sequences and particular coding alleles suggested allele-specific expression patterns. SNP haplotypes of the MHC class II region revealed ancestral as well as convergent haplotypes, in which combinations of alleles are kept by selection. Interestingly, weaker allelic associations were found between different genes and between coding regions and promoters in dogs compared to wolves. Potentially, this could cause insufficient defense against infections and predispose dogs to autoimmune diseases. For example, I identified a site in the promoter region that showed a consistent difference between haplotypes conferring susceptibility and protection to diabetes in dogs, which should be investigated further. Furthermore, I investigated how selection and demographic changes associated with glacial and inter-glacial periods have affected MHC variation in European hedgehogs and extended the prevailing knowledge concerning their population history.
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Frolovienė, Jurga. "Šunų babeziozės sukėlėjo Babesia canis 18S rRNR geno sekų palyginamoji analizė". Master's thesis, Lithuanian Academic Libraries Network (LABT), 2014. http://vddb.library.lt/obj/LT-eLABa-0001:E.02~2014~D_20140611_143551-28885.

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Abstract (sommario):
Šunų babeziozė – tai liga, greitai plintanti visame pasaulyje, kurią sukelia pirmuonys, priklausantys Babesia genčiai. Ligos sukėlėjus platina Dermocentor, Rhipicephalus, Haemaphysalis genties erkės. Lietuvoje paplitę Dermacentor reticulatus erkės - pagrindiniai Babesia canis vektoriai. B. canis patenka į raudonąsias kraujo ląsteles (eritrocitus) ir jas suardo. Kasmet sergamumas šunų babezioze visoje Europoje bei Lietuvoje stipriai auga. Darbo tikslas buvo įvertinti šunų užsikrėtimą Babesia canis patogenais ir identifikuoti Babesia canis porūšius ir padermes, panaudojant molekulinius tyrimo metodus ir filogenetinę sekų analizę. Šiame darbe buvo tiriami 20 šunų, sergančių babezioze,( pagal babeziozei būdingą klinikinę išraišką) kraujo mėginiai, kurie buvo surinkti iš Kauno apskrities Veterinarijos klinikų. Taikant molekulinį PGR (polimerazės grandininės reakcijos) metodą, 17 iš šių mėginių buvo identifikuota Babesia canis canis. Atlikus palyginamąją Babesia canis canis 18S rRNR geno sekų analizę, pasitelkus Gen Bank duomenis, buvo nustatyta, kad Lietuvoje sekvenuotos sekos nuo užsikrėtusių šunų buvo identiškos tarpusavyje ir turėjo 91-100% panašumą su sekomis, identifikuotomis sergančiuose šunyse ir D. reticulatus erkėse kitose Europos šalyse. Identifikuotos sekos priklausė vienam iš genotipų, paplitusių Europoje, kuris pasižymi didesniu virulentiškumu. Europos šalyse nustatyta 10 B. canis canis sekų variantų, identifikuotų pagal 18S rRNR geno sekų analizę.
Canine babesiosis is a disease, quickly spreading worldwide, which is caused by the protozoa belonging to the genus Babesia. The disease agents are transmitted by ticks of the genera Dermocentor, Rhipicephalus, and Haemaphysalis. Dermacentor reticulatus ticks, which are widely spread in Lithuania, are the main vectors of Babesia canis. B. canis infects red blood cells (erythrocytes) and destroys them. Every year the morbidity of Babesia canis is intensely growing in the whole of Europe and Lithuania. The aim of thesis was to evaluate the canine infection with Babesia canis pathogens and identify species and subspecies of Babesia canis, using molecular methods of analysis and phylogenetic sequence. The research focused on 20 dogs infected with Babesia canis (in accordance with the clinical expression characteristic of babesiosis); the blood samples were collected in the veterinary clinics in the Kaunas region. Applying the molecular PCR (Polymerase chain reaction) method, 17 of the samples were identified as cases of Babesia canis canis. On the basis of the contrastive gene sequencing analysis of Babesia canis canis 18S rRNR and the data of Gen Bank it was determined that in Lithuania the sequential sequences of infected dogs were identical and by 91-100 percent resembled the sequences identified in infected dogs and D. reticulatus ticks in other European countries. The identified sequences belonged to one of the genotypes which is widely spread in Europe and is... [to full text]
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Niskanen, A. (Alina). "Selection and genetic diversity in the major histocompatibility complex genes of wolves and dogs". Doctoral thesis, Oulun yliopisto, 2014. http://urn.fi/urn:isbn:9789526205960.

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Abstract (sommario):
Abstract Hosts and pathogens are involved in a continuous evolutionary arms race, where pathogens attack and hosts defend themselves. The main tools for winning the race are natural selection and the genetic diversity that selection acts on. However, in small populations natural selection may be ineffective. Therefore, the genes taking part in immune defense may lack adaptability to new or changing pathogens. Major histocompatibility complex (MHC) is an important genomic region that includes highly polymorphic immune defense genes. In this doctoral thesis, I studied the natural selection and genetic diversity of MHC class II genes in dogs and Finnish wolves. I also used dog MHC diversity to estimate the number of founding wolves in dog domestication. The Finnish wolf population declined rapidly in size due to excessive hunting from the late 19th century until the early 20th century. After decades of a very small population size, the population started recovering in the mid-1990s. This study shows that, despite the fluctuations in population size, the diversity of the MHC loci in the Finnish wolf has remained high and comparable to the larger neighboring Russian Karelian wolf population. Unlike the neutral genetic markers, the MHC loci of the Finnish and Russian Karelian populations have not differentiated. These results indicate similar balancing selection acting on the MHC loci of the two wolf populations. In dogs, the strength of natural selection is likely weakened by artificial selection and veterinary care. The potential phases of natural selection would be during embryogenesis and fetal development. However, no strong signs of prenatal selection were found in this study. MHC diversity was estimated to be higher in Asian dogs than in dogs from Europe. A simulation study indicated a minimum of 500 founding wolves for the modern dog population. Dog MHC diversity implies an Asian origin for domestication from a large and diverse wolf population. Both natural selection and demography have an influence on the genetic diversity of a species. In small populations, random genetic drift is enforced. However, in loci with important fitness impacts, selection may be particularly strong and outweigh drift, as demonstrated in the MHC loci of a small wolf population in this study
Tiivistelmä Isäntä ja taudinaiheuttajat käyvät jatkuvaa kaksinkamppailua, jossa taudinaiheuttajat hyökkäävät ja isäntä puolustautuu. Kamppailussa menestymiseen tarvitaan geneettistä monimuotoisuutta sekä sen pohjalta toimivaa luonnonvalintaa. Pienissä populaatioissa luonnonvalinnan teho voi kuitenkin heikentyä, jolloin immuunipuolustukseen osallistuvat geenit eivät kykene sopeutumaan uusiin tai muuttuneisiin taudinaiheuttajiin. MHC-alueella (major histocompatibility complex) sijaitsee suuri joukko monimuotoisia immuunipuolustukseen osallistuvia geenejä. Väitöskirjassani tutkin luokan II MHC-geeneihin kohdistuvaa luonnonvalintaa ja niiden geneettistä monimuotoisuutta koirilla ja Suomen susilla. Arvioin myös koiran kesyttämisprosessiin osallistuneiden susien määrää nykykoiran MHC-monimuotoisuuden pohjalta. Suomen susipopulaation koko pieneni nopeasti voimakkaan metsästyksen vuoksi 1800-luvun lopulta 1900-luvun alkuun. Populaatio pysyi hyvin pienenä useita vuosikymmeniä, kunnes se alkoi elpyä 1990-luvun puolivälissä. Tutkimus osoitti, että populaatiokoon vaihteluista huolimatta Suomen susien MHC-geenien monimuotoisuus on säilynyt korkeana ja on vastaavalla tasolla kuin Venäjän Karjalan susipopulaatiossa. Suomen ja Venäjän Karjalan susipopulaatioiden MHC-geenit eivät ole erilaistuneet, vaikka populaatiot poikkeavat toisistaan neutraalien geenimerkkien suhteen. Samanlainen tasapainottava valinta näyttäisi kohdistuvan näiden susipopulaatioiden MHC-geeneihin. Keinotekoinen valinta ja eläinlääketieteellinen hoito todennäköisesti heikentävät koirien MHC-geeneihin kohdistuvaa luonnonvalintaa. Luonnonvalinta voisi yhä vaikuttaa alkion- ja sikiönkehityksen aikana, mutta tästä ei tutkimuksessa löytynyt todisteita. MHC-muuntelun määrän arvioitiin olevan suurempaa aasialaisissa kuin eurooppalaisissa koirissa. Simulaatiotutkimuksen mukaan nykyisen koirapopulaation perustamiseen olisi tarvittu vähintään 500 sutta. Tulokset viittaavat koiran kesyttämisen tapahtuneen Aasiassa suuresta ja monimuotoisesta susipopulaatiosta. Sekä luonnonvalinta että demografia vaikuttavat lajien geneettiseen monimuotoisuuteen. Pienissä populaatioissa satunnaisajautuminen voimistuu. Valinta voi kuitenkin olla erityisen voimakasta ja voittaa satunnaisajautumisen geeneissä, joilla on erityisen tärkeä vaikutus yksilön kelpoisuuteen, kuten tutkimuksessa osoitettiin pienen susipopulaation MHC-geenien kohdalla
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Osorio-Morales, Lina Fernanda [UNESP]. "Identificação e análise de polimorfismos no gene que codifica a Lectina ligante de Manose (MBL) na espécie Canis lúpus familiaris". Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2013. http://hdl.handle.net/11449/87933.

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Abstract (sommario):
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As leishmanioses são um grupo de doenças parasitárias estendidas a nível mundial e representam uma grande variedade de manifestações clínicas que vão desde leishmaniose visceral que é a forma mais grave da doença e com letalidade próxima aos 100% sem tratamento, e a leishmaniose cutânea que é de evolução usualmente benigna. As diferentes formas clínicas dependem da espécie de Leishmania que produz a doença e da resposta imune que estabelece cada hospedeiro. A lectina ligante de manose (MBL), é uma proteína que potencialmente desempenha um papel na infecção podendo levar a doença, já que ela é capaz de facilitar a infecção, promovendo a fagocitose desses parasitos intracelulares. Mutações no exon 1 e no promotor do gene da MBL humana resultam em níveis séricos baixos da proteína, o que pode proteger contra o desenvolvimento da doença. O presente estudo avaliou o papel da MBL em cães infectados com leishmaniose visceral (LVC), no Brasil, na população de Teresina – PI. (cidade endêmica para leishmaniose visceral). A procura de polimorfismos foi realizada na região promotora do gene que codifica a mbl canina, (mbl A). O DNA usado foi extraído de amostras de medula óssea de cães infectados provenientes da região. Foram encontradas apenas duas mutações do tipo SNPs na região promotora do gene da MBL. Os nossos resultados sugerem que a sequência do promotor de cães com a doença são bastante estáveis podendo ser usados como base numa possível comparação com cães sadios. Essas informações, juntamente com dados dos níveis séricos no plasma sanguíneo podem revelar a correlação entre a Leishmaniose visceral e a MBL
Leishmaniasis is a group of parasitic diseases extended worldwide and represent a wide variety of clinical manifestations ranging from visceral leishmaniasis - the most severe form of the disease with mortality close to 100 % without treatment , and cutaneous leishmaniasis which evolution is usually benign . The different clinical forms depend on the kind of Leishmania which produces the disease and the immune response that establishes each host. The mannose binding lectin (MBL) is a protein that plays a potential role on how the infection may lead to disease, because it is capable of facilitating infection by promoting phagocytosis of these intracellular parasites . Mutations in exon 1 and the promoter of the gene for human MBL result in low serum levels of the protein, which can protect against the development of disease. The present study evaluated the role of MBL in dogs infected with visceral leishmaniasis ( VL), in Brazil, in the population of Teresina - PI . (city with visceral leishmaniasis endemic) . It was looked for polymorphisms in the promoter region of the MBL gene encoding the canine (MBL A). The DNA used was extracted from bone marrow samples from dogs infected from that region. We found only two mutations for SNPs in the promoter region of the MBL gene . Our results suggest that the promoter sequence of dogs with the disease are very stable and can be used as the basis of comparison with healthy dogs . This information, together with data of serum blood plasma can reveal the correlation between the Leishmaniasis visceral and MBL
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Osorio-Morales, Lina Fernanda. "Identificação e análise de polimorfismos no gene que codifica a Lectina ligante de Manose (MBL) na espécie Canis lúpus familiaris /". Botucatu, 2013. http://hdl.handle.net/11449/87933.

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Abstract (sommario):
Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla
Banca: Hiro Goto
Banca: Carlos Magno F.
Resumo: As leishmanioses são um grupo de doenças parasitárias estendidas a nível mundial e representam uma grande variedade de manifestações clínicas que vão desde leishmaniose visceral que é a forma mais grave da doença e com letalidade próxima aos 100% sem tratamento, e a leishmaniose cutânea que é de evolução usualmente benigna. As diferentes formas clínicas dependem da espécie de Leishmania que produz a doença e da resposta imune que estabelece cada hospedeiro. A lectina ligante de manose (MBL), é uma proteína que potencialmente desempenha um papel na infecção podendo levar a doença, já que ela é capaz de facilitar a infecção, promovendo a fagocitose desses parasitos intracelulares. Mutações no exon 1 e no promotor do gene da MBL humana resultam em níveis séricos baixos da proteína, o que pode proteger contra o desenvolvimento da doença. O presente estudo avaliou o papel da MBL em cães infectados com leishmaniose visceral (LVC), no Brasil, na população de Teresina - PI. (cidade endêmica para leishmaniose visceral). A procura de polimorfismos foi realizada na região promotora do gene que codifica a mbl canina, (mbl A). O DNA usado foi extraído de amostras de medula óssea de cães infectados provenientes da região. Foram encontradas apenas duas mutações do tipo SNPs na região promotora do gene da MBL. Os nossos resultados sugerem que a sequência do promotor de cães com a doença são bastante estáveis podendo ser usados como base numa possível comparação com cães sadios. Essas informações, juntamente com dados dos níveis séricos no plasma sanguíneo podem revelar a correlação entre a Leishmaniose visceral e a MBL
Abstract: Leishmaniasis is a group of parasitic diseases extended worldwide and represent a wide variety of clinical manifestations ranging from visceral leishmaniasis - the most severe form of the disease with mortality close to 100 % without treatment , and cutaneous leishmaniasis which evolution is usually benign . The different clinical forms depend on the kind of Leishmania which produces the disease and the immune response that establishes each host. The mannose binding lectin (MBL) is a protein that plays a potential role on how the infection may lead to disease, because it is capable of facilitating infection by promoting phagocytosis of these intracellular parasites . Mutations in exon 1 and the promoter of the gene for human MBL result in low serum levels of the protein, which can protect against the development of disease. The present study evaluated the role of MBL in dogs infected with visceral leishmaniasis ( VL), in Brazil, in the population of Teresina - PI . (city with visceral leishmaniasis endemic) . It was looked for polymorphisms in the promoter region of the MBL gene encoding the canine (MBL A). The DNA used was extracted from bone marrow samples from dogs infected from that region. We found only two mutations for SNPs in the promoter region of the MBL gene . Our results suggest that the promoter sequence of dogs with the disease are very stable and can be used as the basis of comparison with healthy dogs . This information, together with data of serum blood plasma can reveal the correlation between the Leishmaniasis visceral and MBL
Mestre
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Moraes, Ludmila Coutinho. "Presença de genes de resistência a agentes antimicrobianos em saliva, biofilme supragengival e canais radiculares infectados". reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2013. http://hdl.handle.net/10183/87614.

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Abstract (sommario):
Embora diferentes estudos indiquem que há um aumento da resistência dos microrganismos aos agentes antimicrobianos prescritos, pouco se sabe a respeito da sua distribuição na cavidade oral. A presente dissertação está dividida em dois capítulos, representados por dois diferentes manuscritos. No manuscrito I, uma revisão sistemática foi realizada e teve como objetivo determinar quais genes de resistência a antimicrobianos foram pesquisados em saliva (S), no biofilme supragengival (SB) e canal radicular (RC). Os termos foram usados em várias combinações nas seguintes bases de dados eletrônicas (MEDLINE, EMBASE, ISI, SCOPUS e OPENGREY). Após seleção dos títulos e análise dos resumos, o texto integral de cada estudo foi obtido. Foram estabelecidos critérios de inclusão e exclusão. Dados epidemiológicos, características metodológicas e os resultados foram obtidos a partir dos estudos. Devido à falta de padronização da metodologia entre os trabalhos, não foi possível realizar uma meta-análise. Realizou-se análise descritiva dos dados. Um total de 151 títulos foram identificados para análise preliminar. Quarenta e nove resumos foram selecionados e 22 textos completos foram obtidos. Sete artigos contemplavam aos critérios de inclusão (S = 2; SB = 0 , e RC = 5). Vinte e seis diferentes genes-alvo foram avaliados. Os genes de resistência mais frequentemente descritos foram os relacionados às tetraciclinas e lactâmicos (5/7). Observa-se que poucos artigos foram selecionados pela estratégia de busca adotada para esta revisão sistemática. Este fato demonstra a falta de padronização nas metodologias dos estudos que utilizam técnicas moleculares para a detecção de genes de resistência bacteriana, tanto em condições de saúde ou doença. No manuscrito II, um estudo de observação clínica e laboratorial foi desenvolvido para detectar a presença de espécies-alvo de Prevotella e o gene cfxA/cfxA2 em amostras de saliva (S), biofilme supragengival (SB) e canais radiculares infectados (RC). Amostras pareadas de S, SB e RC foram coletadas de 42 indivíduos. Os pacientes foram divididos em três grupos: Grupo I - sem infecção aguda/crônica primária do canal radicular (n = 15), Grupo II - presença de infecção aguda primária no canal radicular (n = 12 ) e Grupo III - presença de infecção crônica no canal radicular (n = 15). Foram coletadas amostras de RC apenas para os Grupos II e III. Após o isolamento do DNA, a presença de Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae e do gene cfxA/cfxA2 foi detectada através de PCR. Comparou-se a frequência das espécies e do gene de resistência, considerando diferentes ambientes e condições clínicas. A análise estatística foi realizada. Todas as amostras de S, SB e RC foram positivos para a detecção de DNA bacteriano. As taxas de detecção para espécies de Prevotella foram: S= 53,97%; SB=47,62%, e RC=34,56%. O gene cfxA não foi detectado simultaneamente em três ambientes do mesmo paciente. A presença ou ausência de sintomas espontâneos não influenciou as taxas de detecção para as espécies-alvo e para o gene cfxA/A2 em amostras de RC (teste exato de Fisher , P> 0,05). Espécies de Prevotella e o gene cfxA/cfxA2 foram frequentemente detectados na saliva, placa dental e amostras de canais radiculares.
Although different studies indicate that there is an increased resistance of microorganisms to antimicrobial agents prescribed in Endodontics, little is known about their distribution in the oral cavity. The present dissertation was divided into two chapters, represented by two different manuscripts. In manuscript I, a systematic review was conducted and aimed to determine which antimicrobial resistance genes were investigated in saliva (S), the supragingival biofilm (SB) and root canal (RC). The terms were used in various combinations in the following electronic databases (MEDLINE, EMBASE, ISI, SCOPUS and OPENGREY). After title screening and abstract analysis, the full text of each study was obtained. The relevance of each study to the question of interest was determined through inclusion and exclusion criteria. Epidemiologic data, methodological characteristics and results were collected from the studies. Due to lack of methodology standardization among the papers, it was not possible to perform a meta-analysis. Descriptive data analysis was performed. A total of 151 titles were identified for preliminary analysis. Forty-nine abstracts were selected, and full texts of 22 studies were obtained. Seven articles matched the inclusion criteria (S=2; SB= 0; and, RC=5). Twenty-six different targeted genes have been evaluated. The most frequently investigated groups of resistance genes were related to tetracycline and lactamics (5/7). Few articles in the literature fit in the search strategy adopted by this systematic review, demonstrating the lack of standardization in the methodologies of studies using molecular techniques for the detection of bacterial resistance genes to antibiotics in oral cavity, either in health or disease conditions. In the manuscript II, an observational clinical and laboratorial study was developed to identify the presence of targeted Prevotella species and the cfxA/cfxA2 gene in samples from saliva (S), supragingival biofilm (SB) and infected root canals (RC). Paired samples of S, SB and RC were collected from 42 subjects. Patients were divided into three groups: Group I - no acute or chronic root canal infection (n = 15); Group II - presence of acute root canal infection (n = 12), and Group III - presence of chronic root canal infection (n=15). RC samples were collected for Groups II and III. After DNA isolation, the presence of Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Prevotella tannerae and the cfxA/cfxA2 gene was detected through gene-specific PCR. The frequency of the species and of the resistance was compared, considering different environments and clinical conditions. Statistical analysis was carried out. All samples from S, SB and RC were positive for the presence of bacteria. The overall detection rates for Prevotella species were: S = 53.97%; SB = 47.62%; and, RC = 34.56%. The cfxA gene was not detected simultaneously in the three environments from the same patient. The presence of absence of spontaneous symptoms had not influenced the detection rates for the targeted species and for the cfxA/A2 gene in RC samples (Fisher Exact Test, P>.05). Prevotella species and the gene cfxA/cfxA2 were frequently detected in saliva, dental plaque and root canal samples.
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Greco, Claudia <1976&gt. "Genomic characterization of the italian wolf (Canis lupus): the genes involved in black coat colour determination and application of microarray technique for snps detection". Doctoral thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2009. http://amsdottorato.unibo.it/1729/1/GRECO__CLAUDIA_TESI.pdf.

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Abstract (sommario):
This study provides a comprehensive genetic overview on the endangered Italian wolf population. In particular, it focuses on two research lines. On one hand, we focalised on melanism in wolf in order to isolate a mutation related with black coat colour in canids. With several reported black individuals (an exception at European level), the Italian wolf population constituted a challenging research field posing many unanswered questions. As found in North American wolf, we reported that melanism in the Italian population is caused by a different melanocortin pathway component, the K locus, in which a beta-defensin protein acts as an alternative ligand for the Mc1r. This research project was conducted in collaboration with Prof. Gregory Barsh, Department of Genetics and Paediatrics, Stanford University. On the other hand, we performed analysis on a high number of SNPs thanks to a customized Canine microarray useful to integrate or substitute the STR markers for genotyping individuals and detecting wolf-dog hybrids. Thanks to DNA microchip technology, we obtained an impressive amount of genetic data which provides a solid base for future functional genomic studies. This study was undertaken in collaboration with Prof. Robert K. Wayne, Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Los Angeles (UCLA).
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Greco, Claudia <1976&gt. "Genomic characterization of the italian wolf (Canis lupus): the genes involved in black coat colour determination and application of microarray technique for snps detection". Doctoral thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2009. http://amsdottorato.unibo.it/1729/.

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Abstract (sommario):
This study provides a comprehensive genetic overview on the endangered Italian wolf population. In particular, it focuses on two research lines. On one hand, we focalised on melanism in wolf in order to isolate a mutation related with black coat colour in canids. With several reported black individuals (an exception at European level), the Italian wolf population constituted a challenging research field posing many unanswered questions. As found in North American wolf, we reported that melanism in the Italian population is caused by a different melanocortin pathway component, the K locus, in which a beta-defensin protein acts as an alternative ligand for the Mc1r. This research project was conducted in collaboration with Prof. Gregory Barsh, Department of Genetics and Paediatrics, Stanford University. On the other hand, we performed analysis on a high number of SNPs thanks to a customized Canine microarray useful to integrate or substitute the STR markers for genotyping individuals and detecting wolf-dog hybrids. Thanks to DNA microchip technology, we obtained an impressive amount of genetic data which provides a solid base for future functional genomic studies. This study was undertaken in collaboration with Prof. Robert K. Wayne, Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Los Angeles (UCLA).
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Costa, Marcos Rodrigo Jeronimo da. "Efeito do estresse térmico no relógio biológico de Danio rerio: um elo entre temperatura , luz, canais termoTRPs e genes de relógio". Universidade de São Paulo, 2016. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41135/tde-07122016-093720/.

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Abstract (sommario):
A adaptação temporal é fundamental para a sobrevivência de espécies que precisam coordenar sua fisiologia e comportamentos ajustando-se a sinais externos. Ritmos biológicos não são simplesmente uma resposta às mudanças de 24 horas no ambiente físico impostas pela rotação da Terra sobre o seu próprio eixo, ao contrário, surgem a partir de um sistema de cronometragem endógeno. No teleósteo Danio rerio, ainda não foi identificada a presença de uma região que atue como relógio central; alguns estudos têm evidenciado a existência de células e tecidos que contêm relógios circadianos autônomos, fotossensíveis, comprovando um outro tipo de regulação dos ritmos circadianos onde a percepção do ambiente e o ajuste do período circadiano são efetivados diretamente em nível celular. As consequências deletérias do aumento da temperatura são impedidas, em certa medida, por uma resposta adaptativa que assegura a sobrevivência celular na presença de calor. Esta via de sobrevivência ativada por calor, conhecida como resposta ao choque térmico, é composta por uma cascata de eventos que conduzem à indução de proteínas de choque térmico (HSPs) que minimizam a lesão celular aguda. Acredita-se que os sistemas de percepção dos ciclos diários de temperatura e luminosidade sofreram as mesmas pressões seletivas em sua co-evolução, resultando em sua associação. As bases da sensação térmica estão em um grupo de canais altamente conservados, presente em todos os metazoários estudados até o momento e envolvidos em uma série de modalidades sensoriais, os canais de potencial receptor transiente (TRP); os que respondem a estímulos térmicos foram agrupados em uma subfamília e denominados termoTRPs. O objetivo deste trabalho foi investigar a influência do pulso de temperatura (33 ºC) na expressão de genes de relógio e de proteínas de choque térmico, bem como o papel do canal TRPV1, em células embrionárias de blástula de Danio rerio, denominadas ZEM-2S, submetidas a escuro constante (DD) ou ciclos claro-escuro (LD 12:12). Através de PCR em tempo real (quantitativo) demonstrou-se que as células ZEM-2S expressam os genes dos seguintes canais TRP: trpA1a, trpA1b, trpV1/2, trpV4, trpC6, trpM2, trpM4a, trpM4b/c e trpM5. Após um pulso de temperatura, observou-se um aumento no transcrito de hsp90 aa1 em células mantidas tanto em DD como em LD, sendo a expressão de hsp90 aa1 em LD, no ponto uma hora, duas vezes menor quando comparada a sua expressão no mesmo ponto temporal em DD. O pulso de temperatura não promoveu efeito em nenhum dos genes do relógio estudados (bmal1a, bmal1, bmal2, cry1a, cry1b, per1, per2) quando as células foram mantidas em DD. Porém, o transcrito de per2 aumentou em resposta ao pulso de temperatura quando as células foram sincronizadas pelos ciclos claro-escuro. A inibição do canal TRPV1 não alterou o efeito induzido pelo pulso de temperatura na expressão do gene hsp90 aa1 em células ZEM-2S mantidas em DD. Por outro lado, nossos dados permitem afirmar que o mesmo participa parcialmente na indução do aumento da expressão do gene per2 pelo estímulo térmico em células mantidas em LD, tendo em vista um decaimento significativo na resposta deste gene. Os dados obtidos neste trabalho abrem uma nova perspectiva sobre a investigação da relação temperatura e genes de relógio, colocando um novo “ator” na regulação deste fenômeno: o canal TRPV1
Temporal adaptation is essential for the survival of species which need to coordinately adjust their physiology and behavior to external signals. Biological rhythms are not just a response to the 24 hour changes in the physical environment imposed by the rotation of the Earth around its own axis, but they arise from an endogenous timing system. In the teleost Danio rerio, there has not been identified so far a region in the nervous system that could act as a central clock; some studies have reported the existence of cells and tissues which contain photosensitive, autonomous circadian clocks, demonstrating the existence of another type of circadian rhythm regulation in which environment perception and entrainment of the circadian period are directly effected at cell level. The deleterious consequences of temperature increase are prevented by an adaptive response which assures cell survival in the presence of heat. This survival pathway activated by heat, known as response to temperature shock, is signaled by a cascade of events leading to the induction of thermal shock proteins (HSPs) which attenuate the acute cell lesion. It is believed that the systems perceiving temperature and light daily cycles were subject to the same selective pressures during their co-evolution, resulting in their association. The base of thermal sensation is a family of highly conserved channels, present in all metazoans studied to date, and involved in a variety of sensorial modalities, the transient receptor potential channels (TRP); those responding to thermal stimuli were grouped in a sub-family named thermo-TRPs. The aim of this work was to investigate the influence of a temperature pulse (33 ºC) on the expression of clock and heat shock protein genes, as well as the role of TRPV1 channel, in blastula embryonic cells of Danio rerio, named ZEM-2S, subject to constant dark (DD) or light-dark cycles (LD). Using quantitative PCR, we demonstrated that ZEM-2S cells express genes for the following TRP channels: trpA1a, trpA1b, trpV1/2, trpV4, trpC6, trpM2, trpM4a, trpM4b/c and trpM5. After the pulse of temperature, we observed an increase of hsp90 aa1 transcripts in DD as well as in LD; hsp90 aa1 expression 1 hour after the stimulus was two-fold lower in LD than in DD. Temperature pulse did not affect the expression of any of the studied clock genes (bmal1a, bmal1, bmal2, cry1a, cry1b, per1, per2), when the cells were kept in DD. However, per2 transcript increased in response to the temperature pulse when the cells were synchronized by light-dark cycles. Inhibition of TRPV1 channel did not change the effect induced by the temperature pulse on hsp90 aa1 in ZEM-2S cells kept in DD. On the other hand, our data suggest that this channel participates, at least partially, in the temperature-induced increase of per2 in cells maintained in LD, as indicated by the significant decay observed in the gene response in the presence of the inhibitor. Our results open new investigative perspective about the relationship between temperature and clock genes, placing a new “actor” in the regulation of the phenomenon: the TRPV1 channel
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Carvalho, Vanessa Juliana Gomes. "Expressão dos genes codificadores de canais de sódio Nav 1.7, Nav 1.8 e Nav 1.9 em portadores da Síndrome de Ardência Bucal". Universidade de São Paulo, 2016. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/23/23139/tde-24052016-121129/.

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Abstract (sommario):
A síndrome de ardência bucal (SAB) é uma condição caracterizada pelo sintoma de ardência na mucosa oral, na ausência de qualquer sinal clínico. Sua etiologia é desconhecida e, até o momento, não dispõe de tratamento efetivo. Há entretanto características de doença neuropática que justificam investigações nesse sentido. O objetivo desse estudo foi mensurar a expressão gênica dos receptores de canais de sódio, Nav 1.7, Nav 1.8 e Nav 1.9, nos pacientes portadores de SAB. A casuística foi composta por dois grupos sendo o grupo de estudo composto por 12 pacientes portadores de SAB, selecionados através do critério estabelecido pela International Headache Society, em 2013 e o grupo controle composto por 4 pacientes não portadores de SAB. As amostras analisadas foram coletadas do dorso lingual, por meio de biópsia realizada com punch de 3 mm e profundidade de 3 mm, estas foram submetidas ao método de análise RT-PCR em tempo real. A expressividade dos genes de canais de sódio foi avaliada nos indivíduos portadores de SAB em relação aos do grupo controle, sendo esta calculada a partir da normalização dos dados da quantificação destes com os da expressão do gene constitutivo (GAPDH), pelo método de Cicle Threshold comparativo e analisados estatisticamente por meio do teste estatístico Mann-Whitnney. Observou-se o aumento da expressão gênica do Nav 1.7 (fold-change = 38.70) e diminuição da expressão gênica do Nav 1.9 (fold-change = 0.89), porém sem diferenças estatisticamente significativas entre os grupos analisados. O gene Nav 1.8 não foi expresso em nenhuma das amostras analisadas. O Nav 1.7 expressa-se tanto em neurônios nociceptivos quanto no sistema nervoso autônomo e mutações no Nav 1.9 tem sido associada a perda de percepção dolorosa. Os resultados obtidos embora não estatisticamente significativos são compatíveis com as características da doença, justificando a extensão dos estudos na linha expressão de genes codificadores dos canais de sódio em pacientes com SAB.
Burning mouth syndrome (BMS) is a condition characterized by symptoms of burning in the oral mucosa, in the absence of any clinical signs. Its etiology is unknown and so far, it has no effective treatment. It is important to mention that BMS exhibits some traits of a neuropathic disease, what justifies a thorough investigation of this subject.The objective of this study was to measure the gene expression of the sodium channel receptors, Nav 1.7, Nav 1.8 and Nav 1.9, in patients with BMS.The sample was composed of two groups, being the study group formed by 12 patients with SAB, selected according to the criteria established by the International Headache Society in 2013, while the compound control group had 4 patients without SAB. The analyzed samples were collected from the tongue, by the biopsy technique with a 3 mm punch and 3mm depth. These samples were processed in real time, following the guidelines set forth by the RT-PCR method. The expressiveness of the sodium channels was evaluated in the individuals with BMS in relation to control group, which was calculated from the normalization of these data with the quantification of the expression of a constitutive gene (GAPDH) by the Cycle Threshold comparative methods and statistically compared by Man-Whitnney test. We observed an increased gene expression of Nav 1.7 (fold-change = 38.70) and a decreased gene expression of Nav 1.9 (fold-change = 0.89), but no statistically significant differences between the groups. Nav 1.8 gene was not expressed in any of the samples. Nav 1.7 is expressed in both nociceptive neurons as the autonomic nervous system and changes in Nav 1.9 has been associated with loss of pain perception. The results although not statistically significant are consistent with the disease characteristics, justifying the extension line of the studies on the expression of genes encoding the sodium channel in patients with SAB.
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Moraes, Ludmila Coutinho. "Abordagem metagenômica de procariotos e presença de genes de resistência a agente antimicrobianos em saliva, biofilme supragengival e canais radiculares com infecções agudas". reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2016. http://hdl.handle.net/10183/151455.

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Abstract (sommario):
O objetivo do presente estudo clínico foi compreender o efeito do uso prévio de agentes antimicrobianos na diversidade e a estrutura do microbioma procariótico de saliva, biofilme supragengival e canal radicular de dentes com infecção endodôntica aguda. Realizaram-se coletas microbiológicas de saliva (S), biofilme supragengival (BS) e canal radicular (CR) de pacientes que não utilizaram antibióticos (G1: n=6) e de pacientes que utilizaram antibióticos (G2: n=6). Para a caracterização das comunidades de procariotos por meio de sequenciamento de alto rendimento, foram produzidos pools de seis amostras para cada um dos sítios. A região hipervariável V3-V4 do gene 16S rRNA foi amplificada e a plataforma Illumina MiSeq foi empregada para análise das sequências geradas. Foram determinadas a presença e abundância relativa das unidades taxonômicas operacionais (OTUs) em cada amostra. Procedeu-se a análise de alfa-diversidade para cada amostra, considerando-se as métricas de Simpson, dominância, estimativa de riqueza de Chao-I e o Índice de Shannon. Os valores obtidos foram comparados por meio de testes estatísticos. Para a análise dos índices de beta-diversidade, empregou-se o método de agrupamento UPGMA, com jackknifing e método de comparação UniFrac com peso. A representação gráfica tridimensional da beta-diversidade foi realizada por meio de análise de coordenadas principais. A técnica de PCR gene específico foi empregada para determinar a presença de genes relacionados à resistência bacteriana para agentes beta-lactâmicos (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolídeos (ermB, ermC, mefA), tetraciclinas (tetM, tetQ, tetW), lincosamidas (lnuB, lsaB) e vancomicina (vanA, vanD, vanE). A similaridade para a presença/ausência de genes de resistência nas amostras de S, BS e CR em G1 e G2 foi determinada por meio de coeficiente de agrupamento, utilizando-se o método UPGMA com distância Euclidiana. Todos os pacientes apresentavam infecção endodôntica aguda, caracterizada pela presença de dor espontânea, necrose pulpar e dor à percussão vertical. Aumento de volume foi observado em 8/12 pacientes. Os pacientes do Grupo 2 utilizaram beta-lactâmicos previamente à consulta (amoxicilina = 5; cefalexina = 1). Há predomínio de integrantes do domínio Bactéria em todas S, BS e CR. Archaea pertencentes ao gênero Methanobrevibacter foram encontradas apenas em amostras de CR, constituindo menos de 1% do total de OTUs (G1-CR = 0,319%; G2-CR = 0,014%). Há predomínio de bactérias dos filos Firmicutes e Bacteroidetes em amostras de S, BS e CR. Há redução intensa no percentual de OTUs pertencentes ao Filo Firmicutes em amostras de saliva, quando antibiótico foi utilizado (G1-S = 75,371; G2-S = 35,242). Comportamento oposto ocorreu neste ecossistema para integrantes do Filo Bacteroidetes (G1-S = 12,657; G2-S = 33,947). Tanto em G1 quanto em G2, bactérias do gênero Streptococcus predominam em amostras de S e BS. Em canais radiculares, maiores percentuais de OTUs foram observados para os gêneros Porphyromonas e Prevotella. As métricas de alfadiversidade indicam que o uso prévio de antimicrobiano parece oportunizar o estabelecimento de espécies antes menos abundantes, especialmente em saliva (dominância: G1-S>G2-S; índice de Shanon: G1-SThe present clinical study aimed to assess the effect of antibiotics over the diversity and structure in prokaryotic communities of saliva, supragengival biofilm and root canal of teeth with acute primary infections. Samples of saliva (S), supragengival biofilm (BS) and root canal of teeth with acute primary infections (CR) were collected from patients, and were grouped according with the previous use of antibiotic (G1 = no antibiotics; G2 = antibiotics). Pooled samples for each community were evaluated. DNA sequencing was performed with MiSeq (Illumina). The V3-V4 hypervariable region from the 16S rRNA gene was amplified. The presence and relative abundance of the operational taxonomic units (OTUs) was determined for each sample. Alpha-diversity analysis was performed with the Simpson’s index, dominance, Chao-1 richness index and Shannon’s index. Statistical analysis was carried out to compare their values for each community.Beta-diversity was computed through UPGMA clustering and jackknifing. The principal coordinate analysis employed weighted UniFrac. Gene-specific PCR was employed to detect resistance genes to lactamics (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolides (ermB, ermC, mefA), tetracyclines (tetM, tetQ, tetW), lincosamides (lnuB, lsaB) e vancomycin (vanA, vanD, vanE). The UPGA clustering analysis with Euclidean distance was applied to investigate the existence of similar groups of samples. A dendrogram was constructed to show the arrangement of the sample groups produced by clustering. All the patients had primary acute endodontic infections, with spontaneous pain, pulp necrosis and tenderness on percussion. Swelling was observed for 8 out of 12 patients. Patients from G2 had lactamics before the urgency appointment (amoxicillin = 5; cephalexin = 1). Bacteria were predominant in S, BS and CR samples. Archaea belonging to the genus Methanobrevibacter were only detected in RC samples and comprised less than 1% of all the OTUs G1-CR = 0.319%; G2-CR = 0.014%). The great majority of the detected OTUs in S, BS, and CR belonged to the phyla Firmicutes and Bacteroidetes. Reduction in the percentage of Firmicutes was observed in G2-S (G1-S = 75.371%; G2-S = 35.242%). A distinct behavior was demonstrated by the Bacteroidetes (G1- S = 12.657%; G2-S = 33.947%). Components belonging to the genus Streptococcus were predominant in S and BS, for both G1 and G2. CR harbored high percentage of species belonging to the genus Porphyromonas and Prevotella. The alpha-diversity indexes demonstrated that the G2-S had an increase in low abundant species (dominance: G1- S>G2-S; Shanon index: G1-S
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Mezzalira, Nathana Fernandes. "Efeito da Luz e Temperatura Sobre a Expressão de Genes do Relógio em Mamífero: Tecidos Periféricos como Modelo de Estudo". Universidade de São Paulo, 2015. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41135/tde-15032016-105421/.

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Abstract (sommario):
O surgimento e a evolução da vida na terra foram possíveis graças ao desenvolvimento de mecanismos temporais precisos capazes de ajustar os processos fisiológicos que ocorriam no interior do organismo com os ciclos ambientais, promovendo assim, ganhos na capacidade adaptativa e reprodutiva dos indivíduos. Neste contexto, luz e temperatura são as duas pistas temporais mais relevantes para resetar o relógio endógeno e, aparentemente, esses dois zeitgebers trabalham juntos para manter os ritmos circadianos. Uma ampla gama de fotorreceptores e fotopigmentos evoluiu no sentido de perceber com alta sensibilidade a informação fótica fornecida pelo ambiente e, recentemente, foi demonstrado que a detecção de temperatura também pode ser exercida pelos fotopigmentos rodopsina e melanopsina, sendo mediada por canais TRP (Shen et al., 2011). Consideramos as células B16-F10 Per1::Luc como um modelo promissor para o estudo de luz e temperatura em relógios periféricos, uma vez que essa linhagem expressa os dois fotopigmentos apontados com função de termorreceptores em Drosophila. Nossos estudos nos permitiram verificar que a luz não atua como um agente sincronizador nessas células, que se mantiveram em livre curso mesmo após um pulso de 10 min de luz azul (650 lux). Por outro lado, um pulso de temperatura de 2,5º C acima da temperatura de manutenção por 1h atuou ajustando a expressão do gene Per1, imprimindo um ritmo circadiano, diferentemente do observado no controle. Com base nessas informações, hipotetizamos que a informação de luz, percebida via melanopsina na retina de mamíferos, levaria a regulação da temperatura circadiana pelo NSQ, e a temperatura corporal, por sua vez, poderia atuar como uma pista interna para a sincronização dos tecidos periféricos, tendo os canais TRP como mediadores. Para responder esta questão, utilizamos camundongos WT e TrpV1 KO submetidos a diferentes protocolos de luz e avaliamos a expressão de genes do relógio Per1, Per2, Clock e Bmal1 e dos canais TrpV1 e TrpA1 em tecidos periféricos. Identificamos que a glândula suprarrenal, fígado e tecido adiposo marrom possuem uma maquinaria do relógio tipicamente ativa e acreditamos que a oscilação dos genes de relógio observada nesses tecidos é expressiva. Interessantemente, vimos também que o TrpV1, além de ser expresso nos tecidos analisados em animais WT, apresenta uma transcrição rítmica no fígado e tecido adiposo marrom de animais em LD, corroborando nossa hipótese de que canais TRP atuam como mediadores da informação de luz aos tecidos periféricos. Dadas as diferenças encontradas entre os animais WT e TrpV1 KO, sugerimos que a presença do canal TRPV1 pode ser essencial, embora seu grau de envolvimento varie de acordo com o tecido. No que diz respeito ao canal TRPA1, encontramos dois resultados que merecem ser destacados. Primeiramente, identificamos no fígado de camundongos TrpV1 KO mantidos em LD uma provável compensação da expressão de TrpA1 na ausência de TrpV1 e, curiosamente, que o tecido adiposo marrom não expressa o canal TrpA1. Considerando os resultados deste trabalho sobre o envolvimento dos canais TRP em resposta à luz e temperatura, acreditamos ter fortalecido nossa hipótese inicial, principalmente após demonstrarmos o papel do canal TRPV1 e que tecidos periféricos são sincronizados por alterações de temperatura.
The life emergence and evolution on Earth were made possible by the development of precise temporal mechanisms able to adjust the physiological processes within an organism with environmental cycles, thus promoting gains in the adaptive and reproductive capacity of the individuals. In this context, light and temperature are the two most relevant time cues to reset the endogenous clock; apparently these two zeitgebers work together to keep the circadian rhythms. A wide variety of photoreceptors and photopigments evolved in order to precisely perceive the photic information provided by the environment, and recently it has been shown that the temperature detection can also be exerted by the photopigments rhodopsin and melanopsin, being mediated by TRP channels (Shen et al., 2011). We have identified B16-F10 Per1::Luc cells as a promising model for the study of light and temperature effects on peripheral clocks, since this cell line expresses both photopigments pointed as thermoreceptors in Drosophila. Our studies allowed us to demonstrate that light does not act as a synchronizing agent on those cells, which remained in free running after a 10 min pulse of blue light (650 lux). On the other hand, a temperature pulse of 2.5º C above the maintenance temperature, for 1h, adjusted Per1 gene expression, imprinting a circadian rhythm, which was not observed in the control. Based on this information, we hypothesized that the light perceived via melanopsin by the mammalian retina would lead to the regulation of the circadian temperature by the SCN, and the body temperature, in turn, could act as an inner cue for the synchronization of the peripheral tissues, having the TRP channels as mediators. To answer this question, we have used WT and TrpV1 KO mice under different light protocols and evaluated the expression of clock genes Per1, Per2, Clock and Bmal1 and TrpV1 and TrpA1 channels in peripheral tissues. We found that the adrenal gland, liver and brown adipose tissue have a typically active clock machinery, and the oscillation of clock genes observed in these tissues is significant. Interestingly, we observed that TrpV1 is expressed in those tissues, and presents a rhythmic transcription in the liver and brown adipose tissue of LD maintained animals, confirming our hypothesis that TRP channels act as mediators of light information to peripheral tissues. In face of the differences between WT and trpV1 KO animals, we suggest that the presence of the TRPV1 channel may be essential, although its degree of involvement may vary according to the tissue. In terms of TRPA1 channel, we found two results that deserve to be highlighted. Firstly, we identified in the liver of TrpV1 KO mice maintained in LD a presumable compensation of TrpA1 expression in the absence of TrpV1 and, interestingly, the brown adipose tissue does not express TrpA1 channel. Considering the findings of this study on the participation of TRP channels in responses to light and temperature, we believe we have strengthened our initial hypothesis, especially after we have demonstrated the role of TRPV1 channel, and that peripheral tissues may be synchronized by temperature changes.
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Shinzato, Amanda. "Investigação molecular dos genes PTEN e DREAM em pacientes portadores de bócio multinodular". Universidade de São Paulo, 2015. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-05102015-102433/.

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Abstract (sommario):
INTRODUÇÃO: O bócio é um termo genérico usado para descrever o aumento no volume da glândula tireoide que pode estar associado à formação de múltiplos nódulos, o chamado bócio multinodular. Camundongos transgênicos tireoide específicos com depleção do Pten ou aumento de expressão do Dream, dois importantes genes que têm sido implicados nas vias de sinalização das células foliculares, apresentam desenvolvimento de bócio. Em humanos, uma larga porcentagem de pacientes com doença de Cowden apresentam bócio ou outras anormalidades tireoidianas associadas a mutações germinativas no PTEN. OBJETIVO: O objetivo desse estudo foi investigar a expressão dos genes PTEN e DREAM em tecido hiperplásico tireoidiano, bem como mutações germinativas e somáticas no PTEN e mutações somáticas no DREAM, em pacientes portadores de bócio multinodular, com a finalidade de avaliar o papel destes genes na etiologia do bócio. MÉTODOS: Foram investigados 60 pacientes com bócio multinodular (54 mulheres). A extração do DNA genômico foi realizada a partir de tecido hiperplásico da tireoide e do sangue periférico dos pacientes enquanto o RNA foi obtido apenas do tecido glandular. A quantificação relativa do RNA mensageiro do PTEN e do DREAM foi avaliada pelo método de 2-??Ct utilizando o GAPDH como normalizador em dados produzidos pela PCR em tempo real. A alta e a baixa expressão de PTEN e DREAM foram definidas, respectivamente, por valores de quantificação superiores a 2.0 e inferiores a 0.5 em comparação a um pool comercial de RNA de tireoide normal de humanos. Análise de mutação foi realizada por amplificação da região codificante dos genes PTEN e DREAM pela PCR convencional seguida por sequenciamento automático (RQ = quantificação relativa; x? = média e DP = desvio padrão). RESULTADOS: Foi observada alta expressão do PTEN em 58,3% dos pacientes portadores de bócio (x RQ = 3,81; DP = 2,26) enquanto apenas dois casos apresentaram baixa expressão (x? RQ = 0,34; DP= 0,09). Nos 38,3% casos restantes foi observada expressão normal de PTEN (x? RQ = 1,35; DP = 0,35). Em relação ao gene DREAM, alta e baixa expressão foram observadas em 33,3% (x RQ = 6,07; DP = 5,02) e 15,0% (x RQ = 0,30; DP = 0,10) dos pacientes com bócio respectivamente, enquanto pouco mais da metade dos casos (51,6%) teve expressão normal RQ = 1,12 ; DP = 0,40). A Análise de mutações do PTEN e do DREAM revelaram apenas polimorfismos intrônicos, previamente descritos no banco de dados do NCBI, tanto nos DNA de sangue e/ou de tecido hiperplásico. CONCLUSÕES: Nossos resultados demonstraram uma expressão aumentada de PTEN em bócio multinodular, sugerindo que este pode estar hiperexpresso, ou pelo menos tem sua expressão mantida, nesta hiperplasia benigna da tireoide. Alterações na sequência gênica codificante do PTEN não foram observadas. Na análise mutacional e de expressão do DREAM não foram encontradas alterações que pudessem ser relacionadas à patogênese de bócio em humanos
BACKGROUND: Multinodular goiter is a clinicopathological entity characterized by an increased volume of the thyroid gland with formation of nodules. A high proliferative status of thyroid follicular cells and goiter were observed in mutants mice with specifically deleted Pten or Dream overexpression in thyrocytes. In humans, a large percentage of patients with Cowden disease have goiters or other thyroid abnormalities associated with germ-line PTEN mutations. OBJECTIVE: The aim of this study was to investigate the tissue expression of PTEN and DREAM, as well as germ-line and somatic PTEN mutations and somatic DREAM mutations, in patients with multinodular goiter to evaluated the role of these genes in goitrogenesis. METHODS: We investigated 60 multinodular goiter patients (54 females). Genomic DNA was extracted from both patients\' hyperplastic thyroid tissue and peripheral blood whereas RNA was obtained only from glandular tissue. Relative quantification of PTEN and DREAM messenger RNA was evaluated using 2-Ct method normalized to GAPDH expression on data produced by real-time PCR. PTEN and DREAM over and lower expression were respectively defined by value > 2.0-fold and < 0.5-fold relative to a commercial pool of normal human thyroid RNA. Mutations analyses were performed by amplification of PTEN and DREAM coding region by PCR followed by automatic sequencing. RQ = relative quantification; x = average; SD = standard deviation. RESULTS: We observed a high expression of PTEN in 58.3% of multinodular goiter patients (RQ x = 3.81; SD = 2.26) and only two cases with lower expression (RQ x = 0.34; SD = 0.09). In the remaining 38.3% of patients expression of PTEN was normal (RQ x = 1.35; SD = 0.35). For the DREAM, over and lower expression were observed in 33.3% (RQ x = 6.07; SD = 5.02) and 15.0% (RQ x = 0.30; SD = 0.10) of patients respectively, whereas 51.6% had normal expression (RQ x = 1.12; SD = 0.40). Regarding PTEN and DREAM mutations analysis, only previously described intronic polymorphisms were observed in DNA from blood and/or thyroid hyperplastic tissue. CONCLUSIONS: Our results demonstrated that PTEN expression is higher in multinodular goiter suggesting that this gene is overregulated (or at least has its expression maintained) in this benign hyperplastic thyroid lesions. No evidence for the involvement of DREAM in goitrogenesis was observed in our cohort of multinodular goiter patients
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Carreras, Badosa Gemma. "Creixement recuperador postnatal secundari a restricció de pes prenatal en rates Wistar: canvis moleculars en l'expressió dels gens STK11, DLK1 i SIRT1 en els teixits adipós, hepàtic muscular i placentari". Doctoral thesis, Universitat de Girona, 2015. http://hdl.handle.net/10803/369049.

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Abstract (sommario):
Both the prenatal and postnatal environment have a profound impact on the risk for adult diseases. A model of catch-up growth following fetal growth restriction was set in Wistar rats to study changes in the gene expression of energetic metabolism–related genes. Excessive adipose tissue accumulation and hypertrophy, decreased circulating adiponectin and triglycerides levels, higher HOMA-IR values and reduced expression of STK11, DLK1 and SIRT1 genes in retroperitoneal adipose, hepatic and muscular tissues were observed in pups with catch-up growth at postnatal day 42, that is related to visceral fat accumulation and insulin resistance. In conclusion, catch-up growth following prenatal growth restriction leads to changes in STK11, DLK1 and SIRT1 gene expression. These genes could be new therapeutic targets for early prevention on fetal programming of metabolic disorders in adulthood.
Els ambients pre i postnatal poden augmentar el risc de desenvolupar malalties en l’edat adulta. S’ha dissenyat un model animal de creixement recuperador postnatal secundari a restricció de pes prenatal en rates Wistar per estudiar canvis en l’expressió de gens de regulació metabòlica. Les cries amb creixement recuperador postnatal presenten acumulació excessiva i hipertròfia del teixit adipós visceral, disminució dels nivells l’adiponectina i triglicèrids circulants, augment del valor de HOMA-IR i baixa expressió dels gens STK11, DLK1 i SIRT1 en els teixits adipós, hepàtic i muscular en el dia postnatal 42 que es relaciona amb acumulació de greix visceral i resistència a la insulina. En conclusió, el creixement recuperador postnatal secundari a restricció de pes prenatal provoca canvis en l’expressió dels gens STK11, DLK1 i SIRT1, els quals podrien ser noves dianes terapèutiques per a la prevenció precoç de la programació fetal dels desordres metabòlics en l’edat adulta.
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Lord, Kathryn A. "A heterochronic explanation for the behaviorally polymorphic genus Canis: A study of the development of behavioral differences in dogs (Canis lupus familiaris) and wolves (Canis lupus lupus)". 2010. https://scholarworks.umass.edu/dissertations/AAI3409623.

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Abstract (sommario):
Dogs (Canis lupus familiaris) and wolves (Canis lupus lupus) share genotypes, which are nearly identical, but their behavioral phenotypes are very different. It has been repeatedly hypothesized that these adult behavioral differences are the result of heterochronic changes, or differences during the course of development. This dissertation investigates three major behavioral differences between these two morphs: (1) Interspecies socialization: both dogs and wolves are capable of forming interspecies attachments, most commonly with humans, but wolves require more intense exposure to reach a less intense attachment. (2) Expression of species-typical motor patterns: while dogs and wolves have the same species-typical motor patterns, they express them at different rates and in different frequencies. (3) Frequency of barking: while both dogs and wolves bark, dogs bark at a much higher frequency than wolves. The primary objective of this dissertation is to determine if behavioral differences between polymorphs of the genus Canis are the result of heterochrony. Fifty-two Canis pups including, both mother- and hand-reared dogs (Canis lupus familiaris) represented by two breeds (Border collies and German shepherds) and hand-reared wolves were observed. Frequency of motor pattern display was recorded from two to eight weeks of age in all groups. Responses of pups to olfactory, auditory, and visual stimuli were also tested weekly from two to seven weeks of age. Groups were then compared on the timing of the onset and frequency of expression of foraging motor patterns (orient, eye, stalk, chase, and grab-bite) and the onset of their ability to orient towards olfactory, auditory, and visual stimuli. My results demonstrate that small changes in the timing of the critical period of socialization in relationship to the development of the sensory systems do account for differences in the ability to form interspecies social attachments between dogs and wolves. The data also demonstrate that there are heterochronic differences in the development of species typical foraging motor patterns between dogs and wolves. However, these changes alone do not explain the fragmenting of breed-typical sequences in relation to functional wolf sequences. Investigation of barking frequency was accomplished by searching previous literature to define acoustic measurements, which distinguish the bark from other vocalizations. This definition was then used to determine in what situations the bark occurred in dogs, wild Canis species, other mammals, and birds. Barking occurs in a large variety of mammals and birds, and is motivated by conflicting internal states associated with mobbing. This is supported by the acoustic structure of the bark itself and the contexts in which mammals, including dogs and other members of the genus Canis, and birds use the bark vocalization.
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Riegert, Stefanie [Verfasser]. "Anatomische und biomechanische Untersuchungen am Kniegelenk (Articulatio genus) des Hundes (Canis familiaris) / vorgelegt von Stefanie Riegert". 2004. http://d-nb.info/972703888/34.

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Morinha, Francisco José Guedes. "Estudo de Genes Candidatos na Doença Periodontal em Canis Familiaris: Análise Molecular dos Genes IL6 e LTF". Master's thesis, 2010. http://hdl.handle.net/10348/2125.

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Abstract (sommario):
Dissertação de Mestrado em Genética Molecular Comparativa e Tecnológica
A Doença Periodontal (PD) inclui as doenças inflamatórias induzidas pela placa bacteriana no periodonto. Inicialmente manifesta-se na forma de gengivite, podendo evoluir para uma forma inflamatória crónica designada periodontite. A origem e modulação da PD está associada principalmente a factores microbianos e ambientais, apresentando, contudo, uma etiologia multifactorial onde factores comportamentais, sistémicos e genéticos são descritos. A importância da PD na medicina humana é inequívoca estimando-se que 30% da população adulta seja afectada. Na medicina veterinária, a PD é igualmente muito relevante, sendo a doença mais prevalente e frequente da cavidade oral nos carnívoros domésticos. Adicionalmente, a PD tem sido associada a outras doenças de ordem sistémica, factor que tem contribuído para o crescente interesse na investigação dos factores associados ao seu desenvolvimento. Muitos agentes e/ou mediadores envolvidos na PD ainda são pouco claros, sendo necessário desenvolver novos estudos que interrelacionem esses factores/indicadores de risco. A sua identificação precoce poderá auxiliar a traçar perfis de susceptibilidade, permitindo caracterizar os indivíduos com maior predisposição para a doença e desenvolver terapias personalizadas e estratégias preventivas mais eficientes. A investigação molecular e genética tem contribuído para o melhor conhecimento da PD tendo sido evidenciado que muitos genes desempenham um papel fundamental na predisposição e progressão da doença, principalmente através da regulação dos mediadores inflamatórios. O cão é um modelo muito utilizado nas várias áreas da investigação periodontológica, pois a PD neste animal apresenta muitas semelhanças com a doença no homem a nível da etiologia e da fisiopatologia, no entanto a sua valência para o estudo dos factores genéticos nunca foi analisada. Com este estudo pretende-se contribuir para a caracterização da base genética da PD no cão e adicionalmente para a sua implementação como modelo no estudo da doença humana. Com esse objectivo foram seleccionados dois genes (IL6 e LTF) potencialmente associados à susceptibilidade para a PD no homem. Variações no gene IL6 parecem influenciar a resposta inflamatória desta citocina contra agentes infecciosos e influenciar a reabsorção óssea associada à PD. Alterações no gene LTF são associadas a alterações das funções anti-microbianas desta molécula, influenciado a susceptibilidade para a doença. Neste trabalho efectuou-se uma análise molecular dos genes LTF e IL6 do cão, com o objectivo principal de identificar variações genéticas e analisar a sua associação à PD através de um estudo caso-controlo. Com essa finalidade e tendo em vista a continuidade desta investigação, começou-se por criar uma base de dados onde foi incluída toda informação clínica e material biológico (sangue e tecido gengival) dos animais analisados neste estudo. Neste trabalho foram analisadas três regiões do gene LTF e duas do gene IL6, seleccionando-se primers específicos para a sua amplificação por PCR utilizando o DNA extraído com sucesso a partir dos elementos figurados do sangue. Todos os fragmentos amplificados foram sequenciados, permitindo a identificadas de oito variações genéticas no gene LTF e três no gene IL6. As frequências de todas estas variações foram analisadas num estudo do tipo caso-controlo englobando uma população de 70 animais, divididos num grupo controlo (45) e num grupo de casos com PD (25), de forma a avaliar a sua influência na susceptibilidade para a doença. Foi ainda realizada a optimização de uma metodologia para a extracção de RNA a partir de tecido gengival. Estas amostras foram utilizadas posteriormente na optimização das condições de amplificação por RT-PCR do cDNA do gene IL6, tendo em vista a realização de futuros estudos de expressão envolvendo este gene. Os resultados mostraram que para todas as variações genéticas identificadas não existiram diferenças estatisticamente significativas entre o grupo controlo e o grupo de casos com PD, não permitindo relacionar qualquer variação com a susceptibilidade para a PD no cão. No entanto, todas estas variações foram descritas pela primeira vez, tendo sido observadas diferenças interessantes quando as sequências foram comparadas com os dados disponíveis nas bases de dados genómicas do NCBI e Ensembl. É importante desenvolver novos estudos para esclarecer o papel das variações genéticas identificadas neste trabalho, envolvendo populações de maior dimensão. Este é o primeiro estudo direccionado para a caracterização genética da PD do cão, sendo importante prosseguir a investigação no sentido de analisar outros genes candidatos, variações genéticas e a forma como podem influenciar a susceptibilidade para a doença, de forma a contrapor resultados e avaliar a aplicabilidade deste modelo para o estudo da PD humana.
Periodontal Disease (PD) includes inflammatory diseases induced by bacterial plaque in the periodontium. Initially it is manifested in the form of gingivitis and can progress to a chronic inflammatory form called periodontitis. The origin and modulation of PD is mainly associated to microbial and environmental factors; however it presents a multifactorial etiology, in which behavioral factors, systemic and genetic factors are described. The importance of PD in human medicine is clear and it is estimated that 30% of the adult population is affected. In veterinary medicine, DP is also very important, being the most common disease of the oral cavity in domestic carnivores. Furthermore, the PD has been associated with other systemic diseases, a factor that has contributed to the increasing interest in the investigation of factors related to its development. Many agents and/or mediators involved in PD remain unclear, being necessary to develop new strategies to analyse them. Its early identification may help to establish profiles of susceptibility, allowing the characterization of individuals with a higher predisposition to the disease and develop personalized therapies and more efficient preventive strategies. The molecular and genetic research has contributed to a better understanding of PD and has shown that many genes play a role in the predisposition and progression of disease, primarily through the regulation of inflammatory mediators. The dog is a model classically used in many areas of periodontology, because in this model the PD has many similarities to the disease in man in terms of pathophysiology and etiology, however its valence for the study of genetic factors has never been analyzed. This study aims to contribute to the characterization of the genetic basis of PD in the dog and its implementation as a model in the study of human disease. With this objective we selected two genes (IL6 and LTF) potentially associated with susceptibility to PD in humans. Changes in IL6 gene appear to influence this inflammatory cytokine responses against infectious agents and influence bone resorption related to PD. Variations in the LTF gene are associated with changes in anti-microbial functions of this molecule, influencing the susceptibility to the disease. This work carried out a molecular analysis of LTF and IL6 genes in dog, to identify genetic variations and verify its association with PD in a case-control study. To this end and in order to continue this investigation, we first organized a database that included clinical information and biological materials (blood and gingival tissue) of the animals analyzed in this study. We analysed three regions of the LTF gene and two regions of the IL6 gene and selected specific primers for their amplification by PCR using DNA extracted successfully from figurative elements of the blood. All amplified fragments were sequenced, allowing the identification of eight genetic variations in the LTF gene and three in IL6 gene. The frequencies of all variations were analyzed in a case-control study comprising a population of 70 animals, divided into a control group (45) and a group of cases with PD (25), to assess their influence on susceptibility to disease. In addition we optimized a method for extracting RNA from gingival tissue. These samples were used in the optimization of the amplification by RT-PCR of cDNA of IL6 gene in order to carry out future studies involving gene expression. For all the genetic variations identified, the results showed that there were no statistically significant differences between the control group and the group of cases with PD, unable to correlate any variation with susceptibility to PD in dogs. However, all these changes were first described in this work and interesting differences were observed, when our sequences were compared with the sequence data available in genomic databases of NCBI and Ensembl. It is important to develop future studies to clarify the role of the genetic variations identified in this work, involving larger populations. This is the first study focussed to the genetic characterization of the DP in dog. It is essential to continue this research to determine others candidate genes, genetic variations and how they can influence susceptibility to disease, in order to compare the results and analyse the applicability of this model in the human PD research.
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Staroveská, Marieta. "Detekce polymorfismu v genu MDR1 u ovčáckých a honáckých psů". Master's thesis, 2016. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-362299.

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Abstract (sommario):
This thesis is focused on polymorphism of MDR1 gene and related drug resistance. Resistance is caused by deletion of four nucleotids, that resulting in a frame shift and synthesis of nonfunctional transport of P-glycoprotein. The text describes a polymorphism of MDR1 (ABCB1) gene, which results in reduced resistance to drugs belonging to the group of macrocyclic lactones. It also describes inheritance of this phenomenon and it deals with the detection of mutation using PCR (polymerase chain reaction) and by fragmentation analyses. A review of literature study is a form of research solely from scientific publications. 128 dogs were included into the own analysis. The results confirmed that Collies had the highest presence of deletions (29,73 %) with a high number of carriers in the study population of dogs (54,05 %). The percentage of affected individuals in the breed of Australian Shepherd and Sheltie was significantly lower (7,32 % and 6 %), but the percentage of carriers were also high in both Australian Shepherds (34,14 %) and the breed Sheltie (48 %).
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Duarte, Cláudia Lima. "Profiling of carboxylate transporter genes during systemic infections and virulence of Candida glabrata null mutants". Master's thesis, 2020. http://hdl.handle.net/1822/74318.

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Abstract (sommario):
Dissertação de mestrado em Applied Biochemistry Branch of Biomedicine
In the last decades, fungi have emerged as one of the major causes of human infection diseases. Candida species are one of the most common fungal pathogens that can cause both superficial and invasive infections. Under normal conditions, Candida species are commensal microorganisms of the human microflora, however, they can also be successful opportunistic pathogens, especially in individuals with a compromised immune system. Candida species can adapt very easily to several host niches, including colonizing and proliferating in very different environmental conditions. Glucose is generally the preferred carbon source of most microorganisms, however, some of the most common colonization sites by Candida are not rich in this monosaccharide, for example, the vaginal tract. In these cases, the use of alternative carbon sources becomes essential for the survival of these pathogens. The ATO (Acetate Transporter Ortholog) plasma membrane carboxylate transporters are present in different yeast species. These proteins seem to be very important for Candida adaptation to different host environments, especially in those where carboxylic acids are the main carbon source available. The species Candida glabrata, often considered the second or third most common cause of candidiasis in humans, is recognized by its ability to adapt to environmental or host-imposed stresses, like nutrient limitation. This pathogen encodes two homologues of ScATO1 (CgATO1, CgATO2) and one of ScATO3 (CgATO3), that are upregulated in the presence of acetic acid, suggesting that Ato proteins are important for the uptake of this substrate. In addition, C. glabrata encodes two homologues of S. cerevisiae FPS1, CgFPS1 and CgFPS2, that are also expressed in the presence of acetic acid. The main goal of this thesis was to characterize these transporters and channels in terms of the substrates that they transport, their subcellular localization and their importance in the survival of C. glabrata cells after phagocytosis. This study validated the function of these proteins in C. glabrata as acetate transporters and unveiled their role in the adaptation and persistence of this fungus to the intracellular environment of macrophages.
Nas últimas décadas, os fungos têm surgido como uma das principais causas de doenças infeciosas humanas. As espécies de Candida são um dos agentes patogénicos fúngicos mais comuns, podendo causar tanto infeções superficiais como invasivas. Em condições normais, estas espécies são microrganismos comensais da microflora humana. No entanto, em indivíduos com um sistema imunitário comprometido, podem tornar-se patógenos oportunistas. Estes microrganismos adaptam-se facilmente aos vários nichos do hospedeiro e conseguem proliferar em condições ambientais muito diferentes. A glucose, fonte de carbono preferida da maioria dos microrganismos, nem sempre se encontra disponível nos diferentes locais colonizados pelas espécies de Candida, como por exemplo, o trato vaginal. Assim, o uso de fontes alternativas de carbono torna-se essencial para a sobrevivência destes patógenos. Os transportadores de carboxilatos ATO (Acetate Transporter Ortholog) estão presentes na membrana plasmática das células e podem ser encontrados em diferentes espécies de leveduras. Estas proteínas parecem desempenhar um papel importante na adaptação das espécies de Candida aos diferentes nichos do hospedeiro, principalmente naqueles onde os ácidos carboxílicos são a principal fonte de carbono disponível. A espécie Candida glabrata é frequentemente considerada a segunda ou terceira causa mais comum de candidíase em humanos, e esta espécie é reconhecida pela sua capacidade de se adaptar a stresses impostos pelo hospedeiro ou pelo próprio ambiente, como por exemplo a limitação de nutrientes. Em C. glabrata existem dois homólogos do gene ATO1 de Saccharomyces cerevisiae (CgATO1, CgATO2) e um homólogo do gene ScATO3 (CgATO3), cuja expressão é aumentada na presença de ácido acético, sugerindo que as proteínas Ato são importantes para a captação deste substrato. Além disso, C. glabrata codifica dois homólogos do canal FPS1 de S. cerevisiae, CgFPS1 e CgFPS2, que também são expressos na presença de ácido acético. O principal objetivo desta tese foi caracterizar estas proteínas relativamente aos substratos que transportam, à sua localização subcelular e à sua importância na sobrevivência das células de C. glabrata após a fagocitose. Este estudo permitiu validar a função destas proteínas em C. glabrata como transportadores de ácido acético, assim como desvendar o seu papel na adaptação e persistência deste fungo ao ambiente intracelular dos macrófagos.
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