Tesi: "Gènes fonctionnels"

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Le, Bon Bertrand. "Nouveaux vecteurs synthétiques fonctionnels pour le transfert de gènes". Phd thesis, Université de Nice Sophia-Antipolis, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00007070.

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Abstract (sommario):

Le sujet de cette thèse concerne l'élaboration de vecteurs fonctionnels de transfert de gènes destinés à la thérapie génique de tumeurs.
Deux familles de vecteurs synthétiques fonctionnels ont été synthétisées afin d'améliorer d'une part la biodisponibilité des vecteurs dans les applications in vivo et d'autre part leur spécificité de ciblage des tissus tumoraux.
La première famille de composés est constituée de télomères et de cotélomères « furtifs » issus des réactions de (co)télomérisation. Le design des télomères est basé sur un squelette « diblock » composé d'une partie polyaminée de degré de télomérisation aléatoire et d'une partie hydrophile (polyéthylène glycol). Le design des cotélomères est basé sur un squelette aléatoire de motifs aminés et de structures hydrophiles (tétraéthylène glycol et trishydroxyméthyl). La deuxième famille de vecteurs synthétiques est issue de la synthèse de lipides et polymères cationiques conjugués à un ligand dérivé de l'antagoniste des récepteurs à chimiokines CXCR-4, l'AMD3100 ou bicyclame.
Le potentiel des (co)télomères « furtifs » en tant qu'agents de condensation et de transfert de gènes a été évalué in vitro sur des cellules de carcinome pulmonaire humain A549.
Le potentiel des conjugués ciblés lipidiques et polymériques à compacter l'ADN et à transfecter de manière spécifique des cellules par la voie récepteur médiée a été évalué à la fois sur des cellules n'exprimant pas le récepteur CXCR-4 (A549, T98G) et sur des cellules l'exprimant (Jurkat).
Certains des (co)télomères « furtifs » testés (PEG2000-[NH2]n) ont démontré des efficacités de transfection comparables à des formulations lipidiques de référence (pcTG90/DOPE) tout en étant moins toxiques. Parmi les conjugués ciblés, le cotélomère iBu-[NH]80-[AMD]4 s'est révélé être un agent de transfert de gènes spécifique sur les cellules Jurkat sous certaines conditions de formulations, par rapport aux lipides et polymères conventionnels.
Mots clés : thérapie génique, transfert de gènes, lipoplexes, polyplexes, polyéthylène glycol, biodisponibilité, AMD-3100, ciblage, transfection.
Discipline : Chimie.

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Le, Bon Bertrand. "Nouveaux vecteurs synthétiques fonctionnels pour le transfert des gènes". Nice, 2003. http://www.theses.fr/2003NICE4060.

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Abstract (sommario):

Le sujet de cette thèse concerne l'élaboration de vecteurs fonctionnels de transfert de gènes destinés à la thérapie génique de tumeurs. Deux familles de vecteurs synthétiques fonctionnels ont été synthétisées afin d'améliorer d'une part la biodisponibilité des vecteurs dans les applications in vivo et d'autre part leur spécificité de ciblage des tissus tumoraux. La première famille de composés est constituée de télomères et de cotélomères " furtifs " issus des réactions de (co)télomérisation. Le design des télomères est basé sur un squelette " diblock " composé d'une partie polyaminée de degré de télomérisation aléatoire et d'une partie hydrophile (polyéthylène glycol). Le design des cotélomères est basé sur un squelette aléatoire de motifs aminés et de structures hydrophiles (tétraéthylène glycol et trishydroxyméthyl). La deuxième famille de vecteurs synthétiques est issue de la synthèse de lipides et polymères cationiques conjugués à un ligand dérivé de l'antagoniste des récepteurs à chimiokines CXCR-4, l'AMD3100 ou bicyclame. Le potentiel des (co)télomères " furtifs " en tant qu'agents de condensation et de transfert de gènes a été évalué in vitro sur des cellules de carcinome pulmonaire humain A549. Le potentiel des conjugués ciblés lipidiques et polymériques à compacter l'ADN et à transfecter de manière spécifique des cellules par la voie récepteur médiée a été évalué à la fois sur des cellules n'exprimant pas le récepteur CXCR-4 (A549, T98G) et sur des cellules l'exprimant (Jurkat). Certains des (co)télomères " furtifs " testés (PEG2000-[NH2]n) ont démontré des efficacités de transfection comparables à des formulations lipidiques de référence (pcTG90/DOPE) tout en étant moins toxiques. Parmi les conjugués ciblés, le cotélomère iBu-[NH]80-[AMD]4 s'est révélé être un agent de transfert de gènes spécifique sur les cellules Jurkat sous certaines conditions de formulations, par rapport aux lipides et polymères conventionnels
The aim of this thesis was the synthesis and the assessment of new functionals non viral gene delivery systems. Two groups of synthetic vectors were synthesised in order to improve the biodisponibility of non viral vectors and increase specific gene delivery into targeted cells. One group of vectors was based on diblock and random cotelomers combining hydrophilic neutral groups (polyethylene glycol, polyhydroxylated groups) with cationic ones. The other group consisted into polycationic lipids or polymers conjugated to AMD3100 which is a specific ligand of the CXCR4 receptor. These vectors were evaluated as non-specific and specific gene transfer agents on human CXCR4(-) cell lines and CXCR4(+) Jurkat cells. Among these new gene delivery systems, compounds PEG2000-[NH2]n which contains a mean number n of amine functions of 190 exhibited a significant transfection efficiency on A549 cell lines as compared with reference systems. With regard to targeted complexes, compound iBu-[NH2]80-[AMD]4 proved to be, under certain conditions, a specific gene delivery system on Jurkat cells

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Garcia, Pierre. "Prédiction de liens fonctionnels par détection de coévolution entre familles de gènes : application aux gènes du cycle cellulaire chez les Firmicutes". Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1316/document.

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Abstract (sommario):

Le cycle cellulaire chez les bactéries est un processus très étudié mais il apparait que les modèles actuels ne rendent pas compte de la complexité et surtout de la diversité des machineries et des mécanismes de régulation impliqués. En fait, notre connaissance du cycle cellulaire repose sur l'étude de quelques organismes modèles. Or les analyses comparatives ont montré que certains systèmes et mécanismes décrits sont peu conservés et donc difficilement transposables d'un taxon à l'autre. Des approches évolutives telles que la phylogénomique peuvent être utilisées pour l'étude fonctionnelle de tels systèmes biologiques à l'échelle des bactéries. Ces approches permettent notamment de déterminer les évènements évolutifs clés qui ont conduit à une telle diversité mais également d'identifier des liens fonctionnels potentiels entre protéines. De plus, le développement des méthodes de séquençage à très haut débit a conduit à une accumulation de données génomiques sans précèdent, notamment chez les procaryotes. Dans ce contexte, j'ai réalisé une analyse phylogénomique à très large échelle des protéines impliquées dans le cycle cellulaire et sa régulation chez les Firmicutes. Mon objectif était de rechercher des patrons de coévolution entre familles protéiques pouvant refléter des liens fonctionnels. L'application des méthodes développées dans le cadre cette thèse aux protéines impliquées dans le cycle cellulaire chez les Firmicutes a permis de reconstruire l'histoire évolutive de ce processus cellulaire fondamental à l'échelle de ce phylum bactérien majeur. En particulier, j'ai pu mettre en évidence l'existence de quelques points chauds correspondant par exemple à l émergence des Bacilli ou des Streptococcaceae. L'émergence de ces taxa s'est accompagnée de nombreuses acquisitions et/ou de pertes de gènes ainsi que de nombreux réarrangements dans l'organisation des clusters de gènes codant pour ces protéines, suggérant que des changements majeurs se sont produits au niveau du cycle cellulaire et de sa régulation. J'ai également pu mettre en évidence de possibles liens fonctionnels qui n'ont jamais été décrits jusqu'à présent entre des gènes impliqués dans différentes machineries du cycle cellulaire. L'application de ces approches à l'ensemble des protéomes de Firmicutes a également permis d'identifier des protéines présentant des patrons de coévolution communs avec les protéines impliquées dans la division cellulaire et sa régulation, suggérant de possibles liens fonctionnels qu'il serait nécessaire de tester expérimentalement
The bacterial cell cycle is a very well studied process but current models don't reflect the complexity and diversity of involved molecular machineries and associated regulation mechanisms. In fact, our knowledge of cell cycle is based on study of a few model organisms. Yet, comparative analyses showed that some described systems and mechanisms are not conserved and not transposable from a taxon to another. Evolutionary approach such as phylogenomic can be used for functional studies of such systems at the bacterial scale. Those approaches allow to determine the key evolutionary events that lead to a such diversity but also to identify potential functional links between proteins. Furthermore, the development of high throughput sequencing methods leads to a big amount of genomic data, particularly for prokaryotes. In this context, I realized a very large scale phylogenomic analysis of proteins involved in cell cycle and its regulation in Firmicutes. My goal was to search some coevolution patterns between protein families reflecting potentially functional links. The application of methods that I developed during my PhD to cell cycle proteins allowed to reconstruct the evolutionary history of this cell process in Firmicutes. Notably, I highlighted some hot-spots corresponding for example to the emergence of Bacilli or Streptococcaceae. The emergence of such taxa has been accompanied by many acquisitions/losses of cell cycle genes but also many genomic rearrangements in gene clusters suggesting that major changes have occurred at the level of the cell cycle and its regulation. I also highlighted some potential functional links between genes involved in different machineries of cell cycle that have never been described. The application of these approaches to the entire proteomes of Firmicutes allowed to identify proteins presenting same evolution patterns than cell cycle proteins suggesting potential functional links that have to be experimentally tested

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Graudens, Esther. "Réseaux fonctionnels associés à la résistance innée du cancer colorectal à la chimiothérapie : analyse du transcriptome, annotation fonctionnelle, modélisation systémique". Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112039.

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Abstract (sommario):

Le cancer colorectal est une cause majeure de deces dans les pays occidentaux. En outre, la resistance aux traitements est importante des la premiere exposition. L'objectif de ma these etait d'identifier des reseaux fonctionnels contribuant a la resistance innee des tumeurs. Les profils d'expression d'echantillons de tumeurs et metastases de 13 patients atteints de cancer colorectal avance ont ete collectes a l'aide de microreseaux d'adnc avant leur exposition a une chimiotherapie combinee. Des procedures experimentales et analytiques ont ete mises en place pour obtenir des donnees precises et documentees. Un schema experimental soigne a permis de limiter les resultats faussement positifs et negatifs. 679 genes differentiellement exprimes en relation avec les reponses a la chimiotherapie ont ete selectionnes. Les resultats ont ete verifies et valides par rt-pcr quantitative sur les echantillons de l'etude et deux nouveaux echantillons. L'annotation fonctionnelle des genes selectionnes a permis de determiner les processus biologiques et composants cellulaires associes. Une carte des reseaux fonctionnels a ete construite a l'aide d'un langage de modelisation systemique, permettant de formuler des hypotheses sur les mecanismes sous-jacents. Une cellule resistante se diviserait peu, reparerait rapidement les dommages causes a son adn, presenterait une augmentation de l'efflux des drogues et une matrice extracellulaire figee. Deux groupes de genes predicteurs de la reponse a la chimiotherapie ont ete selectionnes. Ces resultats pourront servir de base pour faciliter le contournement de la resistance par le diagnostic et la mise en Œuvre de nouvelles strategies therapeutiques
Colorectal cancer is a major cause of death in western countries. In spite of the use of new molecules, resistance to the treatments is important upon first exposure to chemotherapy. The objective of my thesis was to identify functional networks contributing to innate resistance of the tumours. Expression profiles of tumor and metastasis samples from 13 patients with advanced colorectal cancer were collected using cdna microarrays before exposure of the patients to a combined chemotherapy. Experimental and analytical procedures were established to obtain precise and highly documented data. A careful experimental design allowed limiting falsely positive or negative differential hybridization results. A list of 679 genes differentially expressed in relation with responses to chemotherapy was established. The results have been verified and validated by quantitative rt-pcr on the samples investigated and two novel samples whose phenotype was correctly characterized. Functional annotation of the selected genes made it possible to determine the biological processes and cellular components associated with them. A map of functional networks was constructed using a systems biology language. It allowed formulation of hypotheses on underlying mechanisms. A resistant cell would divide poorly, would rapidly repair damages caused to its dna, and would present an increased drug efflux and a frozen extracellular matrix. Two groups of genes predictors of response to chemotherapy were selected, which will have to be validated on new samples. These results could be used as a basis to facilitate resistance bypass through diagnostics and implementation of novel therapeutic strategies

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Mikaelian, Ivan. "Identification des domaines fonctionnels de la protéine EB1, activateur des gènes précoces du virus d'Epstein-Barr". Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1T178.

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Ayari, Besma. "Contribution à l'étude des rôles fonctionnels des gènes impliqués dans le syndrome de Kallmann de Morsier". Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066243.

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Abstract (sommario):

Le syndrome de Kallmann de Morsier est une maladie de développement embryonnaire qui associe un hypogonadisme et une anosmie. Chez les patients atteints de ce syndrome, des anomalies génétiques ont été décrites, touchant plusieurs gènes parmi lesquels : KAL1, KAL-2, ProkR2 et Prok2. Les travaux effectués au cours de cette thèse sont une contribution à l’étude des rôles fonctionnels de ces gènes. La première partie de ce mémoire est consacrée à l’étude de l’interaction de l’anosmine-1 et le FGFR1 dans les bulbes olfactifs du rat ainsi qu’à l’étude des rôles fonctionnels des récepteurs aux prokinéticines durant le développement et à l’âge adulte chez le poisson zèbre. Ces travaux ont tout d’abord montré que l’anosmine-1 et le FGFR1 sont co-exprimés dans les bulbes olfactifs du rat au cours de développement et qu’ils appartiennent au même complexe protéique. De plus nous avons démontré in vivo que l’anosmine-1 module l’expression du FGFR1. Ensuite, nous avons cloné les récepteurs de prokinéticines prokr1 et prokr2. Par hybridation in situ nous avons étudié les profils d’expression de ces deux gènes durant le développement et l’âge adulte et nous avons montré qu’ils sont superposables dans toutes les régions ou ils sont localisés. Enfin, nous avons étudié le rôle fonctionnel de prokr2 par injection de morpholinos oligonucléotides antisens au stade une cellule de poisson zèbre et nous avons démontré qu’il y a altération de fasciculation des axones olfactifs, une désorganisation et une diminution du nombre des neurones dopaminergiques dans les bulbes olfactifs et dans tout le cerveau ainsi qu’un blocage de migration de primordium de la ligne latérale. Ces phénotypes sont semblables à ceux trouvés chez les morphants kal. 1a ce qui nous a permis de proposer prokr2 comme co-facteur de l’anosmine-1. La deuxième partie de ce mémoire est consacrée à l’étude du rôle de prokinéticine type 2 dans la neurogenèse et la régénération chez le poisson zèbre adulte. Pour cela nous avons cloné les prokinéticines type 1 et 2 chez le poisson zèbre et nous avons analysé le profil d’expression neuro-anatomique qui comporte toutes les zones de neurogenèse décrites chez le poisson zèbre. Ensuite, nous avons réalisé pour la première fois un nouveau modèle lésionnel au niveau du télencéphale, nous l’avons caractérisé et nous avons montré qu’il y a cicatrisation par régénération neuronale 5 semaines post lésion. Enfin, nous avons montré, par hybridation in situ et PCR quantitative, qu’il y a une expression éctopique de prok2 autour de la lésion qui accompagne le processus de régénération neuronale et qui disparaît quand la cicatrisation est achevée. Nous avons alors suggéré que prok2 pourrait être un des facteurs impliqués dans la neurogenèse et la grande capacité régénératrice du poisson zèbre et pourrait avoir un grand intérêt thérapeutique dans les maladies neurodégénératives
The first part of this manuscript is devoted to studying the interaction of anosmine-1 and FGFR1 in the rat olfactory bulb and the study of functional roles of the prokineticins receptors during development and adult zebrafish. First we have shown that anosmine-1 and FGFR1 are co-expressed in the olfactory bulbs during development and that are in the same protein complex. In addition we have demonstrated in vivo that anosmine-1 modulated the expression of FGFR1in CHO cells. We then cloned the prokr1 and prokr2. By in situ hybridization we have studied their patterns of expression during development and adulthood. Finally, we investigated the functional role of ProkR2 by injecting morpholino antisense oligonucleotides in a 1 cell stage zebrafish and have demonstrated that morphants shown an altered fasciculation of olfactory axons, disruption and decreased numbers of neurons in the olfactory bulb and whole brain and a blocked migrating of PLL. These phenotypes are similar to those found in kal. 1a morphants which allowed us to propose ProkR2 as an interactant of anosmine-1. The second part of this manuscript we characterized the zebrafish prok2 gene and showed that its transcription takes place in almost all proliferating areas previously identified in adult zebrafish brain. Moreover, in TC, prok2 transcription was mainly, likely specifically, restricted to neurons. Next, using a new model of TC injury in adult zebrafish, we observed that telencephalon lesion induced a drastic increase in cell proliferation within the injured hemisphere in regions located both adjacent and distal to injury site. Moreover, our data strongly suggest that cell proliferation was followed by the migration of newly generated neurons towards injury site. In addition, we observed a transient over-expression of prok2 transcripts in cells surrounding the lesion during the very first days post-injury, and, a few days later, in broad cell rows extending from TC cortical regions to injury site. However, prok2 over-expression was no longer detected when the regeneration was completed, showing that ectopic prok2 transcription paralleled neuronal regeneration. Taken together, our results suggest that in adult zebrafish brain, Prok2 may be involved in both adult neurogenesis and injury-induced neuronal regeneration and could have a great therapeutic value in neurodegenerative diseases

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Janbain, Ali. "Utilisation d'algorithmes génétiques pour l'identification systématique de réseaux de gènes co-régulés". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT019/document.

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Abstract (sommario):

L’objectif de ce travail est de mettre au point une nouvelle approche automatique pour identifier les réseaux de gènes concourant à une même fonction biologique. Ceci permet une meilleure compréhension des phénomènes biologiques et notamment des processus impliqués dans les maladies telles que les cancers. Différentes stratégies ont été développées pour essayer de regrouper les gènes d’un organisme selon leurs relations fonctionnelles : génétique classique et génétique moléculaire. Ici, nous utilisons une propriété connue des réseaux de gènes fonctionnellement liés à savoir que ces gènes sont généralement co-régulés et donc co-exprimés. Cette co-régulation peut être mise en évidence par des méta-analyses de données de puces à ADN (micro-arrays) telles que Gemma ou COXPRESdb. Dans un travail précédent [Al Adhami et al., 2015], la topologie d’un réseau de co-expression de gènes a été caractérisé en utilisant deux paramètres de description des réseaux qui discriminent des groupes de gènes sélectionnés aléatoirement (modules aléatoires, RM) de groupes de gènes avec des liens fonctionnels connus (modules fonctionnels, FM), c’est-à-dire des gènes appartenant au même processus biologique GO. Dans le présent travail, nous avons cherché à généraliser cette approche et à proposer une méthode, appelée TopoFunc, pour améliorer l’annotation existante de la fonction génique. Nous avons d’abord testé différents descripteurs topologiques du réseau de co-expression pour sélectionner ceux qui identifient le mieux des modules fonctionnels. Puis, nous avons constitué une base de données rassemblant des modules fonctionnels et aléatoires, pour lesquels, sur la base des descripteurs sélectionnés, nous avons construit un modèle de discrimination LDA [Friedman et al., 2001] permettant, pour un sous-ensemble de gènes donné, de prédire son type (fonctionnel ou non). Basée sur la méthode de similarité de gènes travaillée par Wang et ses collègues [Wang et al., 2007], nous avons calculé un score de similarité fonctionnelle entre les gènes d’un module. Nous avons combiné ce score avec celui du modèle LDA dans une fonction de fitness implémenté dans un algorithme génétique (GA). À partir du processus biologique d’ontologie de gènes donné (GO-BP), AG visait à éliminer les gènes faiblement co-exprimés avec la plus grande clique de GO-BP et à ajouter des gènes «améliorant» la topologie et la fonctionnalité du module. Nous avons testé TopoFunc sur 193 GO-BP murins comprenant 50-100 gènes et avons montré que TopoFunc avait agrégé un certain nombre de nouveaux gènes avec le GO-BP initial tout en améliorant la topologie des modules et la similarité fonctionnelle. Ces études peuvent être menées sur plusieurs espèces (homme, souris, rat, et possiblement poulet et poisson zèbre) afin d’identifier des modules fonctionnels conservés au cours de l’évolution
The aim of this work is to develop a new automatic approach to identify networks of genes involved in the same biological function. This allows a better understanding of the biological phenomena and in particular of the processes involved in diseases such as cancers. Various strategies have been developed to try to cluster genes of an organism according to their functional relationships : classical genetics and molecular genetics. Here we use a well-known property of functionally related genes mainly that these genes are generally co-regulated and therefore co-expressed. This co-regulation can be detected by microarray meta-analyzes databases such as Gemma or COXPRESdb. In a previous work [Al Adhami et al., 2015], the topology of a gene coexpression network was characterized using two description parameters of networks that discriminate randomly selected groups of genes (random modules, RM) from groups of genes with known functional relationship (functional modules, FM), e.g. genes that belong to the same GO Biological Process. We first tested different topological descriptors of the co-expression network to select those that best identify functional modules. Then, we built a database of functional and random modules for which, based on the selected descriptors, we constructed a discrimination model (LDA)[Friedman et al., 2001] allowing, for a given subset of genes, predict its type (functional or not). Based on the similarity method of genes worked by Wang and co-workers [Wang et al., 2007], we calculated a functional similarity score between the genes of a module. We combined this score with that of the LDA model in a fitness function implemented in a genetic algorithm (GA). Starting from a given Gene Ontology Biological Process (GO-BP), AG aimed to eliminate genes that were weakly coexpressed with the largest clique of the GO-BP and to add genes that "improved" the topology and functionality of the module. We tested TopoFunc on the 193 murine GO-BPs comprising 50-100 genes and showed that TopoFunc aggregated a number of novel genes to the initial GO-BP while improving module topology and functional similarity. These studies can be conducted on several species (humans, mice, rats, and possibly chicken and zebrafish) to identify functional modules preserved during evolution

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Hasson, Alice. "Rôles fonctionnels des gènes CUC et MIR164A au cours du développement foliaire chez Arabidopsis thaliana et sa proche relative Cardamine hirsuta". Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA112063.

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Abstract (sommario):

Une grande diversité de formes foliaires caractérise le monde végétal. Cette diversité s'étend des feuilles simples avec des marges lisses aux feuilles composées, avec des marges disséquées. Cependant, les dentelures des marges de ces feuilles simples ou composées se développent en suivant un mécanisme similaire. Ce mécanisme repose sur l'action des gènes NO APICAUX MERISTEM/ CUP-SHAPED COTYLEDONS (NAM/CUC) ainsi que sur la voie auxinique. Chez Arabidopsis, qui possède des feuilles simples, un équilibre entre les expressions de CUC2 et de son répresseur, miR164, est nécessaire au bon développement des dents. Nous avons montré qu'un autre membre de la famille CUC, CUC3, contribue également au développement de ces dents chez Arabidopsis. Bien que son action soit principalement dépendante de CUC2, il agit également plus tard au cours du développement foliaire. En outre, nous avons démontré qu'une boucle de rétro-contrôle entre CUC2 et la voie auxinique permet le développement de dents avec plus ou moins marquées. Nous avons également montré qu'un modèle d'expression temporelle existe entre l'auxine et le module CUC2-miR164. En outre, la production de plantes transgéniques de Cardamine hirsuta, un proche parent d' Arabidopsis, qui possède des feuilles composées, a mis en évidence l'importance des éléments cis-régulateurs dans le promoteur de CUC1 de Cardamine hirsuta. En effet, la divergence de ces éléments cis-régulateurs entre les promoteurs de CUC1 de Cardamine hirsuta et d' Arabidopsis pourrait expliquer que CUC1 soit fortement exprimé dans les feuilles de Cardamine hirsuta alors qu'il est faiblement exprimé dans celles d' Arabidopsis
A wide diversity of leaf shapes characterises the plant world. This diversity ranges from simple leaves with smooth margins to compound leaves with dissected margins. However, all serrations of simple or compound leaf margins are developed using a similar mechanism. This mechanism includes the action of the NO APICAL MERISTEM/CUP-SHAPED COTYLEDON (NAM/CUC) genes as well as the auxin pathway. In Arabidopsis simple leaves, a balanced expression of CUC2 and its repressor miR164 is controlling the serrations development. We have shown that another member of the CUC family, CUC3, also contributes to the serration development in Arabidopsis simple leaves. While its action is mainly dependent of the one of CUC2, it also acts later during leaf development. Additionally, we have demonstrated that a feed-back loop was regulating the CUC2 and auxin pathways, in order to form leaves with more or less incisions. We also shown that a temporal expression pattern was established between the auxin and the CUC2-miR164 module. Moreover, generation of transgenic Cardamine hirsuta plants, a close relative of Arabidopsis, that possesses compound leaves, has enlighten the importance of cis-regulatory elements in the promoter of CUC1 from Cardamine hirsuta. Indeed, the divergence of cis-regulatory elements between promoters of CUC1 from Cardamine hirsuta and Arabidopsis could explain that CUC1 is expressed strongly in Cardamine hirsuta leaves whereas it is weakly expressed in Arabidopsis leaves

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Cacheux, Marine. "Effets fonctionnels de mutations de gènes codant des protéines du complexe de relâchement du calcium impliqués dans les pathologies du muscle strié". Thesis, Grenoble, 2012. http://www.theses.fr/2012GRENV075.

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Abstract (sommario):

La contraction des muscles striés est sous la dépendance du Complexe de Relâchement du Calcium (CRC). Ce complexe protéique est constitué principalement de deux canaux calciques, le récepteur des dihydropyridines, un canal sensible au voltage localisé dans la membrane des tubules-T et le récepteur de la ryanodine (RyR) situé dans la membrane du RS. Le CRC comprend également de nombreuses protéines régulatrices comme la triadine, la calséquestrine, la junctine et FKBP. Des mutations dans les gènes codant les protéines du CRC conduisent à des pathologies rares et souvent sévères. Cette thèse porte sur l'étude des mécanismes physiopathologiques induits par quelques unes de ces mutations pour décrypter les mécanismes pathologiques mis en œuvre mais également pour comprendre le fonctionnement global du CRC dans les muscles squelettique et cardiaque. La première partie de cette étude concerne RYR1, le gène codant l'isoforme squelettique du RyR qui est une cible importante de mutations chez des patients atteints de myopathies congénitales à cores. L'effet fonctionnel de ces mutations, réparties sur toute la séquence de RYR1, est peu connu. Ces mutations pourraient modifier la fonction canal de RyR1 mais également son adressage à la triade ou sa régulation par d'autres protéines du CRC. Parmi ces hypothèses, la modification de la localisation de RyR1 et sa régulation par une protéine régulatrice (la cavéoline-3) ont été révélées par l'étude de deux mutations de RyR1. La deuxième partie de cette étude concerne la tachycardie ventriculaire polymorphe catécholaminergique (TVPC), une pathologie liée à des défauts du CRC cardiaque, pour laquelle des recherches de mutations sont effectuées sur l'isoforme cardiaque du RyR, RYR2, puis dans les autres protéines du complexe. Nous avons identifié au laboratoire les premières mutations dans le gène de la triadine chez un de ces patients. L'impact d'une de ces mutations sur le fonctionnement du complexe a été étudié et nous avons pu caractériser le mécanisme physiopathologique mis en œuvre et conduisant à la TVPC chez ces patients
The calcium release complex (CRC) plays a central role in both skeletal and cardiac muscle contraction. The composition of the complex is quite similar in both tissues, and differs only by tissue specific isoforms. The core of the complex is composed of the dihydropyridines receptor, a voltage sensor channel of the T-tubule and the ryanodine receptor, the sarcoplasmic reticulum calcium channel. A number of proteins are associated to this calcium channel like calsequestrin, triadin, junction and FKBP. Mutations in the skeletal CRC are responsible for rare and often severe diseases. This thesis work focuses on the study of physiopathological mechanisms induced by some of these mutations to decipher pathological mecanisms but also to understand the overall CRC functioning in skeletal and cardiac muscles. The first part of this study concerns RYR1, the skeletal RyR isoform coding gene. This gene is mostly the target of mutations resulting in core myopathies. The functional effect of these mutations spred on the entire RYR1 sequence is little known. These mutations could directly alter the calcium channel function but also its targeting to the triad or its regulation by other CRC proteins. Among these hypotheses, the modification of RyR1 localisation and regulation by a protein, Caveolin-3, have been highlighted with the study of two RyR1 mutations. The second part of this study concerns the catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT), a rare fatal arrhythmia caused in part by mutations in RYR2 and CASQ2, both belonging to the cardiac CRC,. Recently, we have identified the first mutations in the human triadin gene, TRDN, in a CPVT patient. The goal of this project was to study the molecular and physiological consequences of one of these TRDN mutations allowing the analysis of the pathological mechanisms of this disease, but also a better understanding of the normal function of the cardiac CRC

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Prudence, Marie. "Caractérisation des marqueurs génétiques fonctionnels de la nutrition et/ou de l’adaptation (les amylases) chez l’huître creuse Crassostrea gigas : intérêts pour la sélection". Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN2011.

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Abstract (sommario):

Deux gènes amylase A et B ont été caractérisés chez l’huître Crassostrea gigas. Par PCR-RFLP, 6 et 4 allèles ont été décrits respectivement pour les gènes A et B. Les rôles des gènes A et B ont été étudiés expérimentalement. Ils s’expriment de la larve à l’adulte, et le niveau des transcrits de A est plus fort que celui de B. Le niveau des transcrits de A augmente significativement avec la température, en condition trophique élevée. Les niveaux des transcrits de A et de B ne changent pas quand la quantité trophique augmente alors que l’activité amylase croit. Le niveau des transcrits de B est corrélé avec la quantité d’amidon dans le régime, alors que celui de A apparaît constant ; en même temps, l’activité amylase diminue et le KM augmente. Ces résultats suggèrent que l’expression de B est régulée par la qualité trophique contrairement au gène A, et que l’amylase B aurait un KM plus élevé. Afin d’étudier les relations entre le polymorphisme et la fonction de l’amylase, 5 familles bi-parentales à polymorphisme contrôlé ont été produites puis testées sur deux sites géographiques durant un an. Des différences significatives de croissance entre génotypes d’une même famille ont été principalement observées sur un site, indiquant un effet site. Certains génotypes présentant des différences significatives de croissance démontrent des variations d’activité amylase spécifique, alors que leur KM ne change pas. La survie n’est pas affectée par ce polymorphisme. Cette corrélation entre le polymorphisme amylase et la croissance indique que la croissance des huîtres C. Gigas peut être améliorée en utilisant les marqueurs amylase dans un programme de sélection
Two amylase genes, A and B, from the oyster Crassostrea gigas were characterized. Using PCR-RFLP, 6 and 4 alleles, respectively, were described for the amylase genes A and B. The roles of A and B amylase genes were investigated experimentally. They are expressed during larval and adult stages, and A transcripts are more abundant than B. The A transcript increases significantly with temperature, in high trophic conditions. However, A and B transcript levels do not change when food quantity increases although amylase activity augments. The level of B is correlated with dietary starch quantities, whereas the amount of A appears to remain constant ; simultaneously amylase activity decreases and the KM increases. These results suggest that expression of B is regulated by diet quality in contrast to A expression. And that the B amylase probably has a higher KM. In order to study the relationships between polymorphism and amylase function, 5 bi-parental families with checked polymorphisms were bred and reared in two geographic areas over one year. Significant growth differences between genotypes of a same family were mainly observed in one location, indicative for a site effect. Some genotypes, displaying significant differences in growth, demonstrated variations in amylase activity although their KM remained constant. Survival performance was not influenced by these amylase polymorphisms. This correlation between amylase polymorphism and growth indicates that growth of C. Gigas oysters can be improved using the amylase markers for selective breeding programs

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Keller, Jean. "La symbiose fixatrice d'azote au sein du genre Lupinus : histoire évolutive, aspects fonctionnels et gènes symbiotiques dans un contexte de spécificité hôte-symbiote". Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B036.

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Abstract (sommario):

La symbiose entre les légumineuses et les Rhizobiacées est la source d’azote fixé la plus importante pour le bon fonctionnement des écosystèmes naturels et agricoles. Très étudiée chez des légumineuses modèles, certains aspects de cette interaction restent peu connus ; c’est le cas des mécanismes génétiques et fonctionnels qui contrôlent la spécificité hôte-symbiote. Il n’y a que peu d’études globales consacrées à ce phénomène, et les gènes symbiotiques sont très peu connus chez les espèces non-modèles. Dans ce contexte, nous avons étudié un cas de changement de spécificité symbiotique remarquable chez des espèces phylogénétiquement proches du genre Lupinus (Fabacées). Tout d’abord, la reconstruction et l’analyse de génomes chloroplastiques complets a permis de camper le cadre évolutif de la symbiose en générant de nouveaux marqueurs d’intérêt pour clarifier la phylogénie et l’évolution des lupins. A partir d’une expérimentation d’inoculation croisée impliquant trois espèces de lupins méditerranéens et deux souches compatibles et incompatibles de Bradyrhizobium, une approche RNA-Seq a permis de produire les premiers nodulomes de lupin et d’identifier les gènes symbiotiques. L’analyse des gènes différentiellement exprimés a montré que la spécificité symbiotique affecte non seulement la voie de signalisation et de régulation de la symbiose, mais également une diversité de voies métaboliques associées. Enfin, l’étude de la dynamique évolutive et fonctionnelle de quelques gènes a mis en évidence l’impact et l’importance des phénomènes de duplication aux différents niveaux de la cascade génétique symbiotique
Legumes-Rhizobia symbiosis is the most important fixing nitrogen source for the good functioning of both natural and agricultural ecosystems. Although, it is extensively studied in model legumes, some aspects of this interaction remain unclear, such as the genetic and functional mechanisms controlling the host-symbiont specificity. Large scale studies of this process are scarce and symbiotic genes are not well described in non-model species. In this context, the effect of symbiotic specificity was investigated in phylogenetically close relative species belonging to the Lupinus genus (Fabaceae). First, the reconstruction and analysis of complete chloroplast genomes allowed us to generate new and useful markers for clarifying the Lupinus phylogeny in order to lighten the evolutionary context of the symbiosis. Following a cross-inoculation experiment of three Mediterranean lupine species with two compatible or incompatible Bradyrhizobium strains, a RNA-Seq approach allowed the reconstruction of the first lupine nodulomes and the identification of lupine symbiotic genes. The analysis of differentially expressed genes revealed that the symbiotic specificity affects not only the signalling and regulatory symbiotic pathways, but also diverse associated metabolic pathways. Finally, evaluating the evolutionary and functional dynamics of genes highlighted the importance of gene and genome duplication events at different steps of the symbiotic genetic pathway

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Zinzindohoue, Franck. "Influence de deux polymorphismes nucléotidiques fonctionnels des régions promotrices des gènes de MMP-1 (-1607ins/delG) et de MMP-3 (-1612ins/delA) au cours des cancers ORL et des cancers colorectaux". Paris 5, 2005. http://www.theses.fr/2005PA05S021.

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Abstract (sommario):

Nous avons étudié l'influence des polymorphismes nucléotidiques fonctionnels des régions promotrices de MMP-1 (-1607ins/delG) et de MMP-3 (-1612ins/delA). Nous avons montré dans une étude cas-témoin de cancers ORL, que les homozygotes MMP-1 -1607delG avaient un risque significativement plus élevé de cancer ORL. Dans une seconde étude, nous avons montré la valeur prédictive du polymorphisme de MMP-3 sur la réponse à la chimiothérapie néoadjuvante associant 5 FU - cisPt. Dans une troisième étude sur des malades atteints de cancers colorectaux, les homozygotes pour l'allèle MMP-1 1607insG stades 2 et 3 selon la classification TNM avaient une survie significativement plus courte. Au total, nos résultats confirment que des polymorphismes des régions promotrices des gènes MMP1 et MMP3 pourraient jouer un rôle dans le risque de survenue du cancer et dans son pronostic et qu'ils pourraient avoir une valeur prédictive de la réponse à la chimiothérapie
We studied the influence of functional nucleotide polymorphisms in MMP-1 (-1607ins/delG) and MMP-3 (-1612ins/delA) gene promoters in cancer. In a case-control study on head and neck squamous cell carcinoma, we demonstrate that MMP-1 -1607delG homozygous patients had a greater risk of cancer. In a second study, we demonstrated the predictive value of MMP-3 polymorphysm on response to 5FU-CisPt neoadjuvante chemotherapy. In a third study on a colorectal cancer patient series, MMP-1 1607insG stages 2 and 3 homozygous patients (TNM classification) had a shorter survival. In conclusion, our results confirm that nucleotide polymorphisms in MMP-1 and MMP-3 gene promoters could play a role in the occurrence of cancer, in its prognosis, and could be a factor of predictive value of response to neoadjuvante chemotherapy

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Fossat, Nicolas. "Dynamique du gène Otx2 de souris : Analyse d'expression et étude fonctionnelle par une nouvelle approche d'invalidation conditionnelle". Lyon, École normale supérieure (sciences), 2005. http://www.theses.fr/2005ENSL0349.

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Brand, Eva. "Rôle des gènes candidats dans l'hypertension artérielle". Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066410.

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Abstract (sommario):

L’implication de la génétique dans l’hypertension essentielle a été démontrée par des études épidémiologiques portant sur des familles et des jumeaux. A l’INSERM-U525, nous avons étudié plusieurs gènes candidats de l’hypertension essentielle. Au cours de la thèse, des résultats sur 3 différents candidats - l’angiotensinogen (AGT), l'aldostérone synthase (CYP11B2) et le récepteur couplé aux protéine kinase (GRK4) - complétés par des études fonctionnelles qui consistaient en des analyses de promoteurs par des gènes reporters, des cotransfections, des electrophoretic mobility shift assays, et des supershift assays, sont présentés. L’application des nouvelles technologies pour identifier de nouveaux gènes candidats par des études d’association pan-génomiques (genome-wide association studies), des analyses d’expressions de gènes, des approches transcriptomiques et protéomiques en liaison avec des analyses fonctionnelles moléculaires représentent de très importants outils pour la recherche approfondie des maladies génétiques complexes. Family and twin studies have suggested a significant contribution of genetics to developing essential hypertension. At INSERM U525, we have studied several candidate genes for hypertension. In the present thesis, I propose results on 3 different genes including angiotensinogen (AGT), aldosterone synthase (CYP11B2) and G-protein coupled receptor kinase (GRK4) accompanied by functional studies such as promoter reporter gene assays, cotransfection assays, electrophoretic mobility shift assays and supershift assays. Applying new technologies for non-hypothesis driven candidate gene identification using genome-wide association studies, gene expression analyses, transcriptome approaches and proteomics and linking them with reliable and sophisticated molecular genetic/biological techniques will be one most important future challenges to come closer to the deciphering of complex genetic diseases.

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Sircoulomb, Fabrice. "Génomique fonctionnelle des cancers du sein". Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20726.

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Abstract (sommario):

Les technologies à « haut débit » dressent un portrait détaillé et permettent de cerner les différents aspects du cancer. L’analyse du transcriptome a permis d’établir une taxonomie des cancers du sein en 5 sous-types. Le travail réalisé durant cette thèse a analysé deux sous-types moléculaires associés au mauvais pronostic : ERBB2 et Luminal B. Nous avons observé une hétérogénéité génomique des tumeurs ERBB2 réflétant les variations d’expression des récepteurs hormonaux. L’analyse intégrée « génome-transcriptome » a identifié les gènes cibles PVT1 et TRSP1 dans les tumeurs exprimant le récepteur aux oestrogènes (RE). Au contraire, les tumeurs n’exprimant pas RE expriment des gènes associés à la voie Wnt/ß-Caténine, une autre piste thérapeutique intéressante. L’analyse génomique des tumeurs de sous-type luminal B a indentifié l’amplification de la région 8p12 comme un événement caractérisant ce soustype. Cette amplification cible plusieurs oncogènes potentiels (RCP, ZNF703, PPAPDC1B…). La surexpression de ZNF703 induit une augmentation des cellules souches cancéreuses dans la lignée MCF7. ZNF703 est localisé au noyau avec les protéines SMRT et PHB-2. Enfin, la surexpression de ZNF703 provoque une diminution de l’activité transcriptionnelle de RE. Ceci rejoint d’autres études ayant montré que ZNF703 est un répresseur transcriptionnel dépendant des HDAC. Ainsi, Les inhibiteurs des HDAC pourraient être une thérapie pour le traitement des tumeurs luminales B. Ces résultats montrent l’intérêt d’associer plusieurs angles de vue (transcriptomique et génomique), permettant ainsi de développer des stratégies thérapeutiques adaptées aux sous-types moléculaires
High Troughput technologies dissect several aspects of cancer. Transcriptomic analyses have defined five breast cancer molecular subtypes. During my phD I analysed two molecular subtypes associated with agressive phénotype and bad prognosis : ERBB2 and Luminal B subtypes. Firstly, I caracterized genomic heterogenity of ERBB2 amplified tumors which is related to estrogen receptor (ER) expression. Integrated genomictranscriptomic analyses identified PVT1 and TRSP1 as candidate oncogenes in ER positive ERBB2 amplified tumors. On the contrary, RE négative tumors express Wnt/ß-catenin related genes, an other interesting therapeutic strategy. Secondly, genomic analyses of Luminal B tumors point 8p12 amplification as the major genomic évents. This amplification target several known putative oncogenes (RCP, ZNF703, PPAPDC1B…). ZNF703 overexpression induced cancer stem cells increase in MCF7 cell line. ZNF703 co-localise with SMRT and PHB-2 in the nucleus. Finally, ZNF703 overexpression reduce RE transcriptionnal activity. These results are concordant with others showing that ZNF703 as un HDAC dependant transcriptionnal répression activity. Thus, HDAC inhibitors could be a interesting therapeutic strategy for luminal B tumors. Together, these studies show importance of combination of several aspect to define potential therapeutic strategy associated with breast cancer molecular subtypes

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Campana, Aline. "Du gène à la fonction dans le système olivo-cérébelleux : conséquences anatomiques et fonctionnelles de l'invalidation des gènes p53 et/ou junD". Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066033.

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Pribat, Anne. "Les gènes PTEN chez Arabidopsis thaliana : caractérisation biochimique et fonctionnelle". Bordeaux 2, 2007. http://www.theses.fr/2007BOR21436.

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Abstract (sommario):

La voie de signalisation P13K/TOR joue en rôle crucial dans le contrôle de la croissance et de la différentiation cellulaire chez les animaux. Des acteurs majeurs de cette voie tel que le complexe TOR/Raptor lui-même régulé par la voie P13K sont fonctionnels chez les plantes. Nous avons entrepris la caractérisation fonctionnelle chez Arabidopsis de AtPTEN2 et AtPEN3 qui codent pour des homologues de la phosphatase animale PTEN, régulateur négatif de la voie P13K convertissant le phosphatidyl-inositol PI (3,4,5)P2. Les protéines recombinantes AtPTEN2 et AtPTEN3 montrent toutes deux une activité protéine phosphatase tandis que seule AtPTEN2 possède une activité phosphatidyl-inositol (PI) phosphatase préférentielle pour le PI (3)P, le PI majeur trouvé chez les plantes. La reconstitution du site catalytique de HsPTEN humaine par mutagénèse dirigée de M267A268 en K267G268 dans AtPTEN2 (AtPTEN2 M267 A268G) entraîne l'utilisation préférentielle de PI (3,4,5)P3 comme substrat, suggérant l'acquisition de nouveaux rôles fonctionnels chez AtPTEN2 et les protéines de plante homologues. Afin d'analyser le rôle fonctionnel in planta de AtPTEN2 et AtPTEN3, nous avons suivi plusieurs stratégies comprenant l'analyse de leur expression (ADN, protéine), l'étude de leur localisation tissulaire et cellulaire (fusions promoteur-GUS et -GFP) et la génération de mutants simple et double et de lignées sur-exprimant AtPTEN2 et AtPTEN2 M2557A258G. Bien que ces conclusions ne soient pas défibnitives, le développement du double mutant pten2pten3 semble altéré de façon conditionnelle tandis que les lignées surexprimant AtPTEN2 et AtPTEN2 M267K268G sont stériles.

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Youssef, Abir. "Caractérisation fonctionnelle des gènes de type "fibrilline" chez Arabidopsis thaliana". Université Joseph Fourier (Grenoble), 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10217.

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Abstract (sommario):

La fibrilline est une protéine plastidiale décrite initialement comme une protéine structurale impliquée dans le stockage des caroténoïdes (dans les structures lipoprotéiques fibrillaires typiques de certains plastes, les chromoplastes, d'où le nom de fibrilline). Des protéines de type fibrilline ont été ensuite détectées dans les thylacoïdes et les plastoglobules (PG), les gouttelettes lipidiques de stockage de lipides souvent observées dans les plastes et notamment les chloroplastes soumis à un stress. Les protéines de la famille fibrilline sont donc des protéines associées aux lipides des plastes, synthétisées en réponse de la plante à des stress et qui permettraient le maintien de structures telles que les PG et/ou les membranes de thylacoïdes, notamment dans les conditions où elles sont déstabilisées (par exemple des stress photooxydatifs). Arabidopsis thaliana possède 13 gènes apparentés. Min de mieux comprendre le rôle des fibrillines de la sous-famille 1-2, nous avons entrepris l'étude de plantes affectées dans l'expression de celles-ci (stratégie ARNi). Dans cette étude, nous avons montré que, en conditions de lumière intense et température basse, les lignées ARNi déficientes dans les fibrillines FIB 1-2 présentent deux phénotypes visibles: un retard de croissance et un déficit dans l'accumulation anthocyanique. Nous avons aussi montré que les stress appliqués conduisent, chez les plantes ARNi, à un nombre réduit de PG, à des anomalies dans l'arrangement de grana et les membranes thylacoïdiennes, ainsi qu'à la forte photoinhibition du photosystème ll. Nos résultats indiquent, pour la première fois, que les phénotypes observés en cas de déficience en fibrilline et sous conditions de stress sont liés à une déficience en jasmonate, et que, en conditions de stress, cette hormone végétale est impliquée dans la résistance de l'appareil photo synthétique. Le lien de causalité entre fibrillines et biosynthèse des jasmonates étant l'implication des fibrillines dans la formation des PG, lieu de synthèse des jasmonates en réponse aux stress qui touchent l'appareil photosynthétique. De ce travail, nous pouvons conclure que les fibrillines ne sont pas des protéines vitales pour les plantes en absence de stress. En revanche, nos résultats indiquent que lors d'un stress photooxydatif, ces protéines sont indispensables pour la mise en place d'un certain nombre de mécanismes de défense des chloroplastes, qui impliquent les PG, et par voie de conséquence pour un développement correct de plantes
Fibrillin is a plastid protein originally described as a structural protein involved in the storage of carotenoids (in the lipoprotein fibrillar structures typical of sorne plastids, the chromoplasts, hence the name of fibrillin). Proteins of the fibrillin type have subsequently been detected in thylakoids and plastoglobules (pG), the lipid storage droplets often found in plastids including chloroplasts under stress. The proteins of the fibrillin family are associated with plastid lipids, synthesized in plants as a response to stress and which allow the maintenance of structures such as PG and / or thylakoid membranes, especially in conditions where they are destabilized (e. G. During stress photooxidation). Arabidopsis thaliana has 13 related genes. To better understand the role of fibrillins of the sub-family 1-2, e undertook the study of plants affected in the expression of these proteins by an RNAi strategy. Ln this study, we show that under conditions of hight light and low temperature, the RNAi lines deficient in FIB 1-2 show two visible phenotypes: retarded shoot growth and a deficit in anthocyanin accumulation. We have also shown that the stress applied leads, in RNAi plants, to a reduced number of PG, to abnormalities in the arrangement of grana and thylakoid membranes, and to strong photo inhibition of photosystem TI. Our results indicate for the first time that the phenotypes observed in the case of deficiency in fibrillin and under stress conditions are related to a deficiency in jasmonates and this plant hormone is involved in resistance of the photosynthetic apparatus to stress conditions. The causallink between fibrillin and jasmonate biosynthesis is the involvement of fibrillin in the formation of PG, the location of jasmonate synthesis in response to stress) that affect the photosynthetic apparatus. From this work, we can conc1ude that fibrillin are not vital proteins in plants in the absence of stress. Howeve during photooxidative stress, these proteins are essential for the establishment of a number of defence mechanisms in chloroplasts, which involve PG, and consequently for the proper development of plants

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Mandrou, Eric. "Variabilité fonctionnelle de gènes candidats de la lignification chez l’eucalyptus". Thesis, Bordeaux 1, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR14212/document.

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Abstract (sommario):

La lignine représente 25% de la biomasse des végétaux terrestre. Sa quantité et sa qualité sont variables au sein des populations naturelles et sont devenues des cibles de l’amélioration génétique des eucalyptus. L’identification des polymorphismes génétiques impliqués dans la variation de ces caractères permettrait de disposer d’outils de diagnostic moléculaire pour une sélection précoce des meilleurs géniteurs et ainsi contribuer à l’augmentation des gains génétiques par unité de temps. Dans ce travail de thèse nous avons décrit la variabilité nucléotidique de gènes impliqués dans la biosynthèse des lignines, ainsi que la part de la variation génétique de ces deux caractères chez trois espèces d’Eucalyptus. En intégrant ces deux niveaux de variabilité au sein de plans de croisement factoriels, nous avons identifié des polymorphismes associés à la variation des caractères. Ces travaux posent les bases de la sélection assistée par marqueurs chez l’eucalyptus
Lignins represent 25% of plant biomass on earth. Lignins quantity and quality vary within natural populations and have become major targets for genetic improvement of eucalyptus. Identifying genetic polymorphisms involved in the variation of these traits could provide molecular tools for early selection of plus trees and contribute to increase genetic gains expected by time units. In this thesis work, we described the nucleotide diversity of genes involved in lignin biosynthesis and the genetic part of the variation of lignins quantity and quality in three eucalyptus species. Integrating these two levels of variation in a factorial matting design, we identified Single Nucleotide Polymorphisms statistically associated to the variation of lignin quality. This work paves the way to marker assisted selection in eucalyptus

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Aubry, Marc. "Annotation fonctionnelle de groupes de gènes issus de l'analyse transcriptomique". Rennes 1, 2007. http://www.theses.fr/2007REN1B103.

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Abstract (sommario):

Nous présentons ici une méthode d'annotation fonctionnelle basée sur le niveau de preuve (GOA) et sur l'exploitation des données issues de la littérature (Pubgene). Nous comparons et discutons ces deux aspects de notre méthodologie. En particulier, nous expliquons en quoi cette méthode hybride permet d'élaborer un meilleur profil fonctionnel pour un groupe de (produits de ) gènes. Nous évaluons également notre méthode à l'aune d'un outil académique disponible sur Internet (GO Tre Machine). Enfin, nous considérons les apports et les limites des relations d'association entre les terme des ontologies de GO dans la perspective d'enrichir le profil fonctionnel d'un groupe de (produits de ) gènes.

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Sauka-Spengler, Tatjana. "Évolution structurale et fonctionnelle des homéogènes de la classe orthodenticle chez les gnathostomes". Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077173.

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Pilorge, Marion. "Caractérisation des CNV dans les troubles du spectre autistique : identification de nouveaux gènes et analyses fonctionnelles". Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066777.

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Schartner, Vanessa. "Identification et validation fonctionnelle de nouveaux gènes impliqués dans les myopathies". Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ026/document.

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Abstract (sommario):

Les myopathies congénitales sont des maladies neuromusculaires dont le diagnostic est établi grâce aux données cliniques, histologiques et génétique. Cependant, le diagnostic génétique est manquant pour la moitié des patients, ce qui suggère de nouveaux gènes impliqués. Le but de mon projet était d'identifier de nouveaux gènes de myopathies congénitales et de valider l'impact des mutations trouvées. En utilisant une stratégie d'analyse de séquençage d'exomes de patients déjà exclus pour les gènes connus, nous avons mis en évidence deux nouveaux gènes impliqués dans les myopathies congénitales. Des mutations récessives dans le gène PYROXD1, codant pour une oxydoréductase, causent une myopathie apparaissant à l'enfance avec des défauts spécifiques en histologie. Grâce à un modèle animal, nous avons montré que les mutations impactaient l'activité enzymatique de la protéine. Des mutations dominantes ou récessives dans le gène CACNA1S causent une myopathie avec un phénotype similaire pour toutes les mutations. Les études fonctionnelles ont montré que les mutations causaient un défaut dans le couplage excitation-contraction
Congenital myopathies are neuromuscular diseases diagnosed by clinical, histological and genetic data. However, the genetic diagnosis is missing for half of the patients, suggesting new genes involved. The goal of my project was to identify new genes of congenital myopathies and validate the impact of the mutations. Using a strategy of analyzing DNA sequencing of patients already excluded for known genes, we have identified two new genes involved in congenital myopathies. Recessive mutations in the PYROXD1 gene, encoding an oxidoreductase, cause a myopathy with childhood-onset and a histology specific spectra. Functionnal studies showed that the mutations have an effect on the enzymatic activity of the protein. We showed that dominant or recessive mutations in the CACNA1S gene cause a neonatal onset myopathy with a similar phenotype for all found mutations

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Mangé, Alain. "Etude structurale et fonctionnelle des gènes d'actine cytoplasmique de Bombyx mori". Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10080.

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Abstract (sommario):

Dans la glande sericigene de bombyx mori, la majorite du pool cellulaire d'actine cytoplasmique est incluse dans des microfilaments apicaux impliques dans l'exocytose des proteines de la soie. Ces filaments sont desorganises de maniere cyclique au cours des mues larvaires, concomitamment avec l'arret de la synthese de la soie. Dans le cadre de ma these, j'ai entrepris l'analyse fonctionnelle du gene d'actine cytoplasmique a3 par des approches complementaires in vivo et in vitro. Deux sites aux fonctions antagonistes, ra3 et sre, modulent l'expression du gene de maniere negative pour l'element ra#3 et positive pour l'element sre. De facon interessante, ce dernier element est structurellement et fonctionnellement homologue a celui present en amont des genes d'actine cytoplasmique de vertebres. Les observations realisees in vitro et dans la chromatine, par footprinting in vivo, suggerent que l'element sre fixe un facteur proteique, dont les caracteristiques sont tres proches du facteur srf humain. Parallelement a cette etude, j'ai isole et caracterise le quatrieme gene d'actine de bombyx mori (a4). Ce dernier code une actine cytoplasmique tres homologue a celle codee par le gene a3. La comparaison de sa sequence codante a celles d'autres genes d'actine cytoplasmique d'insectes suggere que ces genes ont evolue a partir d'au moins un gene d'actine ancestral commun. Le gene a4 possede une organisation moleculaire complexe avec deux promoteurs distincts. L'ensemble de ces resultats souleve la question de l'importance biologique de chacune des isoformes d'actine cytoplasmique. L'etude fonctionnelle de leurs genes dans la glande sericigene devrait permettre d'aborder les fonctions multiples de la proteine dans la physiologie cellulaire

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Karsenty-Mathonnet, Florence. "Identification et conséquences fonctionnelles des mutations sur les gènes du fibrinogène". Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA114807.

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Denis, Erwan. "Analyse fonctionnelle des gènes WOX les plus conservés chez Arabidopsis thaliana". Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA112068.

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Abstract (sommario):

Chez les plantes supérieures, l’organogénèse est principalement post-embryonnaire et assurée par les méristèmes. Les familles de gènes CLE (CLAVATA3/ENDOSPERMSURROUNDING REGION related) et WOX (WUSCHEL-LIKE HOMEOBOX) sont des régulateurs majeurs de l’activité des méristèmes. Des analyses phylogénétiques des gènes WOX de différentes espèces ont identifié trois groupes d’orthologie, dont le groupe WOX13OG. Ce dernier contient le seul gène WOX d’Ostreococcus tauri, les trois gènes WOX de Physcomitrella patens, ainsi que trois des gènes WOX parmi les quinze que compte Arabidopsis thaliana. L’objectif de ma thèse a été de caractériser la fonction des gènes du groupe WOX13 OG chez A. thaliana.Parmi les mutants nuls identifiés pour ces gènes, seul le mutant wox14 présente des phénotypes forts, à savoir un retard de transition florale et des défauts de développement vasculaire. Ces résultats sont en accord avec l’induction de l’expression de WOX14 à la jonction des faisceaux vasculaires lors de la transition florale. Les résultats indiquent que WOX14 est impliqué dans le contrôle du nombre de faisceaux vasculaires initiés lors de cette dernière. La restauration conjointe de la transition florale et du nombre de faisceaux vasculaires, par complémentation du mutant wox14 ou application de gibbérellines (GA),suggère un lien direct entre ces deux processus. Cette étude nous a permis d’identifier le gène CLE46 comme étant dérégulé dans le mutant wox14. Son expression dans les cellules du xylème, associée à l’augmentation du nombre de faisceaux vasculaires chez wox14, suggèrent que CLE46 est un élément d’une voie de signalisation de contrôle du nombre de faisceaux vasculaires. L’importance des interactions WOX-CLE dans le développement vasculaire est soulignée par l’induction de WOX4 et WOX14 par le peptide CLE41. Les analyses du transcriptome du mutant wox14 révèlent que la signalisation des GA est déficiente. Ce qui confirme les résultats de la complémentation du phénotype wox14 par les GA. De plus, le gène GA3ox1 a été identifié comme une cible potentielle de régulation de la biosynthèse de GA par le gène WOX14
Whilst primary meristems are initiated during embryogenesis, in higher plants additionalsecondary meristems initiate post-embryonically and contribute to the plant architecture andthe vascular strand development. Differentiation of the plant vascular cambium into xylemand phloem was shown to be regulated by cell to cell communication. The large CLE(CLAVATA3/ENDOSPERM SURROUNDING REGION related) signaling peptide familyand the WOX (WUSCHEL-LIKE HOMEOBOX) transcription factor family are thought to beconserved regulators of stem cell fate. In this thesis we report the presence of supernumeraryvascular bundles in the young inflorescence stem of the wox14 mutant. Our data indicate thatWOX14 prevents additional cambium cell to differentiate into vascular bundles during floraltransition. Moreover, the data suggest that vascular differentiation and floral transition arelinked. Consistently, WOX14 expression is induced within the connecting vascular strandduring floral transition. Furthermore, the application of gibberellins (GA) fully rescued boththe floral transition and the vascular bundle phenotype of the wox14 mutants. A detail analysisof GA biosynthesis and target genes showed that WOX14 controls the amount of bioactiveGA within the vasculature. However, WOX14 is also specifically expressed in the phloem ofthe inflorescence stem indicating a function in late vascular bundle development. We alsoshowed that not only WOX4 but also WOX14 are the target of the CLE41 peptide duringvascular development. Furthermore, the data indicate that another CLE gene, namely CLE46,is misregulated in the wox14 mutant. These results suggest that CLE46 might be the firstidentified CLE signal from the xylem that impacts vascular differentiation

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Hermand, Victor. "Analyse fonctionnelle de deux gènes Heavy Metal ATPase de Nicotiana tabacum". Thesis, Montpellier, SupAgro, 2012. http://www.theses.fr/2012NSAM0010/document.

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Abstract (sommario):

Le cadmium est un métal lourd non-essentiel naturellement présent dans le sol. Il a été classé par le centre international de recherche sur le cancer (CIRC) comme un élément cancérigène de type I. Contrairement à la majorité des autres plantes, le tabac (Nicotiana tabacum) accumule le cadmium à des niveaux relativement élevés dans ses parties aériennes. Ce cadmium est ensuite retrouvé dans la fumée de cigarette. La concentration en cadmium dans les vaisseaux sanguins des fumeurs est deux à trois fois supérieure à celle que l'on rencontre chez les non-fumeurs. Pour diminuer la toxicité des cigarettes, il est souhaitable de diminuer la quantité de cadmium accumulé par le tabac dans ses feuilles. Pour parvenir à cet objectif, il est nécessaire de comprendre les mécanismes impliqués dans l'accumulation du cadmium chez le tabac.Les acteurs moléculaires impliqués dans le transport et l'accumulation du cadmium in-planta ont été principalement décrits chez l'espèce modèle Arabidopsis thaliana. Chez cette plante, le cadmium est chargé dans le xylème par AtHMA2 et AtHMA4, deux transporteurs de zinc qui partagent une redondance fonctionnelle partielle et qui sont responsables de la translocation du cadmium des parties racinaires vers les parties aériennes. Deux orthologues à AtHMA2 et AtHMA4 ont été identifiés chez N. tabacum et nommés NtHMAα et NtHMAβ. Ces deux transporteurs sont principalement exprimés dans les racines mais on en trouve également dans les feuilles. NtHMAα a été localisé plus précisément au niveau des cellules du péricycle dans les racines et dans les nervures tertiaires des feuilles. L'étude de lignées mutantes a confirmé le rôle de NtHMAα et NtHMAβ dans la translocation du cadmium des parties racinaires vers les parties aériennes. Les lignées qui expriment une version tronquée de NtHMAα ont une réduction de leur teneur en cadmium foliaire de 45%. Les lignées dans lesquelles l'expression des gènes NtHMAα et NtHMAβ est réduite sont sévèrement impactées dans leur développement. Un des phénotypes observé est une diminution drastique de la quantité de graines en raison de l'incapacité du pollen à germer à cause d'un déficit en zinc. Nous avons montré que chez ces lignées, la tolérance au cadmium était accrue. Dans l'ensemble, nos résultats montrent une grande redondance entre NtHMAα et NtHMAβ
Cadmium is a heavy metal naturally present in the soil. It is classified as a Group 1 carcinogen by the International Agency for Research on Cancer (IARC). Unlike most other plants, tobacco (Nicotiana tabacum) translocates most of the cadmium taken up from the soil out of the roots and into the shoots. As a result, cadmium content in cigarettes is a problem for smokers who have four to five times higher blood cadmium concentrations than nonsmokers. In order to reduce cigarette toxicity it is desired to reduce cadmium accumulated in tobacco leaves. For this purpose, it is important to understand the mechanisms controlling cadmium accumulation in shoots.Molecular actors involved in cadmium repartition in plants have been well described in the model plant Arabidopsis thaliana. In Arabidopsis, cadmium is loaded into the xylem vessels by HMA2 and HMA4, two zinc transporters with partial functional redundancy. Two orthologous proteins of AtHMA2 and AtHMA4 were identified in N. tabacum and named NtHMAα and NtHMAβ. These two transporters are mainly expressed in roots but their expression was also found in shoots. NtHMAα expression was more precisely found in root pericycle cells and in shoot tertiary nerves. The analysis of mutant lines confirmed that NtHMAα and NtHMAβ are involved in cadmium translocation from roots to shoots. Lines which expressed a truncated version of NtHMAα had a 45% reduction in shoot cadmium content. Lines where both NtHMAα and NtHMAβ were silenced were severely impacted in their development. One of the phenotypes that was identified was a drastic reduction in the number of seeds due to the lack of pollen germination. We also found an enhanced tolerance to cadmium in the silenced lines. Altogether, our results show a great redundancy between NtHMAα and NtHMAβ

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Laugier, Edith. "Etude fonctionnelle du gène tiptop, un paralogue de teashirt chez Drosophila melanogaster". Aix-Marseille 2, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX22008.

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Abstract (sommario):

Le gène teashirt (tsh), codant une protéine à motifs doigt à zinc, joue un rôle crucial pour l'identité du tronc de l'embryon de drosophile. Pendant ma thèse, j'ai caractérisé le gène tiptop (tio), un paralogue de teashirt. Initialement, teashirt et tiptop sont exprimés dans des domaines distincts. Dans les embryons mutants tiptop, teashirt est exprimé de manière ectopique, et inversement, suggérant que ces gènes répriment mutuellement leur expression. Une délétion de tiptop est viable sans phénotype. Les embryons mutant tiptop teashirt ont des phénotypes cuticulaires plus sévères que ceux des embryons mutant teashirt, indiquant que Tiptop contribue partiellement à la régionalisation du tronc en absence de Teashirt. L'expression ectopique de Teashirt ou Tiptop induit des effets globalement identiques, suggérant qu'elles ont des activités similaires. Ces résultats sont discutés dans le contexte des connaissances sur les duplications de gènes en tandem et sur les fonctions de Teashirt
The teashirt (tsh) gene encodes a zinc finger protein that is crucial for specifying trunk identity in Drosophila embryos. During my PhD, I have characterized the tiptop (tio) gene, a paralog of teashirt in Drosophila. Initially, teashirt and tiptop are expressed in distinct domains. In tiptop and teashirt mutants, teashirt and tiptop are, respectively, ectopically expressed, indicating that these genes repress each other's expression. Unlike teashirt, a deletion of tiptop is homozygous-viable and fertile. However, embryos lacking both gene activities display a more severe trunk phenotype than teashirt mutant embryos alone, showing that tiptop contributes partially to trunk patterning in absence of teashirt activity. Ectopic expression of either gene produces an almost identical phenotype, indicating that Teashirt and Tiptop have similar activities. These results are discussed in the context of the knowledge concerning tandem gene duplication in Drosophila and Tsh functions

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Fauconnier, Alain. "L'invasine, produit du gène inv de Yersinia enterocolitica :analyse fonctionnelle de la protéine et des déterminants codés par les gènes flagellaires liés à inv". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1995. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212545.

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Hertveldt, Valérie. "Etude structurale et fonctionnelle du gène SP6". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2007. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210741.

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Abstract (sommario):

Au cours d'une étude sur le contrôle transcriptionnel du gène de l'alpha-foetoprotéine, le laboratoire s'était intéressé aux facteurs de transcription de la famille SP/KLF et S. Scohy avait découvert une séquence définissant un nouveau membre: SP6.

Afin de déterminer la structure du gène chez la souris, nous avons isolé un fragment génomique contenant la totalité du gène et nous l'avons séquencé. Une analyse informatique de cette séquence, l'isolement d'ESTs ainsi qu'une expérience d'extension d'amorce, nous ont permis d'affirmer que le gène Sp6 murin possède deux exons, générant une protéine de 376 acides aminés à partir d'un ATG repéré au début de l'exon 2.

En même temps, des travaux réalisés sur un gène nommé epiprofin ont été publiés (Nakamura et al. 2004). Ce gène s'est avéré correspondre au gène Sp6 car il code pour la même protéine. Les exons 2 sont en effet identiques, seuls les exons 1 diffèrent.

Nos études sur l'expression du gène Sp6 ont indiqué qu'elle est ubiquiste mais que c'est durant le développement embryonnaire, et surtout pendant les stades les plus tardifs de celui-ci, qu'il est le plus exprimé. Cette expression se localise surtout au niveau des dents, de l'épithélium olfactif, du cerveau, des bourgeons de membres et des follicules pileux de l'embryon. A l'état adulte, l'expression de Sp6 se réduit fortement dans tous les tissus; seuls les poumons présentent un taux d'expression relativement important.

Ce travail a également permis de mettre en évidence l'existence d'un transcrit non-codant issu d'une transcription antisens du locus Sp6 et dont le premier exon inclu la totalité de l'exon 2 du gène Sp6. Nous l'avons appelé Sp6os et avons montré que son expression est absente dans de nombreux tissus et est très faible dans les tissus où on détecte le transcrit. Une comparaison de l'expression des transcrits Sp6 et Sp6os nous a permis d'imaginer un rôle pour Sp6 dans le développement et une possible modulation de son activité, par Sp6os, dans certains tissus.

Afin de préciser la fonction du locus Sp6, nous l'avons invalidé chez la souris. Les mutants Sp6-/- se sont avérés viables mais présentent des anomalies dans tous les tissus où Sp6 est le plus fortement exprimé. En effet, ils n'ont ni pelage, ni vibrisse et montrent des anomalies des dents, des membres et des poumons. Nous avons également noté une dérégulation importante de l'apoptose (et parfois aussi de la prolifération cellulaire) chez ces souris Sp6-/-.
Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Failli, Vieri. "Gènes LIM à homéodomaine et développement du système nerveux central : analyse anatomique et fonctionnelle d'un nouveau gène, Lhx9, et corrélation avec la mutation Dreher (Lmx1a)". Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066130.

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Jerber, Julie. "Caractérisation fonctionnelle de deux nouveaux gènes ciliaires pendant le développement des vertébrés". Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00995319.

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Abstract (sommario):

Les cils et les flagelles sont des organites cellulaires très conservés qui assurent des fonctions essentielles. Chez l'Homme, les défauts d'assemblage des cils et des flagelles conduisent à de multiples pathologies, les ciliopathies. Afin de comprendre comment se forment et fonctionnent les cils, j'ai analysé la fonction de deux nouveaux gènes identifiés comme cible des facteurs de transcription de ciliogenèse RFX. Tout d'abord je me suis focalisée sur le gène CCDC151, évolutivement conservé dans les espèces possédant des cils motiles. J'ai pu montrer que CCDC151 est impliquée dans le transport dépendant de l'IFT des bras de dynéine chez les animaux et qu'elle est nécessaire à la perception sensorielle chez la drosophile. Par ailleurs, j'ai également montré que cette protéine possède des fonctions cellulaires additionnelles puisqu'elle est requise pour l'orientation correcte des plans de division cellulaire et qu'elle est impliquée dans la régulation de la taille du cil primaire chez les mammifères. Je me suis ensuite intéressée au gène LRRC48 également conservée dans les espèces possédant des cils motiles. Cette protéine est nécessaire à la motilité des flagelles de spermatozoïdes et des cils des neurones sensoriels en 9+0 et dans la réponse auditive chez la drosophile. De plus LRRC48 est indispensable au développement des vertébrés puisque son absence chez le poisson zèbre conduit à l'hydrocéphalie, des kystes rénaux et des défauts de motilité des cils. Elle est également essentielle à la biogenèse de l'oreille dans cet organisme.En conclusion, il s'agit de deux nouveaux acteurs de la ciliogenèse potentiellement impliqués dans les pathologies ciliaires chez l'Homme

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Ammam, Fariza. "Etude transcriptionnelle et fonctionnelle du groupe de gènes vanGCd de C. difficile". Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA114817.

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Abstract (sommario):

C. difficile est une bactérie anaérobie du tube digestif reconnue comme l’agent responsable de 25% des diarrhées nosocomiales post antibiotiques et de la plupart des colites pseudomembraneuses. Le métronidazole et la vancomycine sont les traitements de référence pour les infections liées à ce pathogène. A ce jour, aucune souche de C. difficile résistante à la vancomycine n’a été rapportée. Paradoxalement, 85 % des souches de cette espèce hébergent dans leur génome un groupe de gènes cryptiques vanGCd homologue à l’opéron de résistance à la vancomycine vanG de E. faecalis. Dans ce travail, nous avons étudié la capacité des gènes vanGCd à conférer la résistance à la vancomycine. L’étude transcriptionnelle a révélé que le groupe de gènes vanGCd est transcrit en deux opérons (i) l’un de régulation exprimé de façon constitutive et (ii) l’autre de résistance, inductible par la vancomycine. L’analyse enzymatique de VanGCd, VanXYCd et VanTCd in vitro a montré que ces protéines possèdent respectivement des activités ligase, D,D-peptidase et racémase nécessaires au pontage D-Ala-D-Ser et à l’hydrolyse des dipeptides naturels D-Ala-D-Ala. L’analyse des précurseurs du peptidoglycane par spectrométrie de masse en présence de vancomycine a permis l’identification de l’UDP-MurNAc-pentapeptide [Ser] témoin de l’activité in vivo de ces protéines. L’opéron de résistance vanGcd cloné chez E. coli NR698 sensible à la vancomycine exerce un très faible effet sur la CMI de cet antibiotique. En revanche, le clonage chez E. faecalis n’a pas été obtenu en raison de mutations spontanées. Pour ces raisons, nous avons introduit l’opéron vanC de E. gallinarum chez C. difficile et observé une faible augmentation de la CMI de la vancomycine. Ce résultat indique que l’expression de la résistance à cet antibiotique chez C. difficile implique des facteurs intrinsèques liés à la bactérie. Nous avons observé que la ligase MurF possède une meilleure affinité vis-à-vis du dipeptide D-Ala-D-Ala que pour le dipeptide D-Ala-D-Ser ce qui pourrait impacter la synthèse de l’UDP-MurNAc-pentapeptide[Ser]. Par ailleurs, nous avons observé qu’en présence de vancomycine, les précurseurs du peptidoglycane sont amidés. Cette modification affecte également le peptidoglycane mature. Toutefois, le rôle physiologique de l’amidation chez C. difficile reste à élucider. En conclusion, (i) l’absence d’expression de la résistance à la vancomycine de C. difficile est multifactorielle, (ii) le groupe de gènes vanGCd a peu de potentiel pour contribuer à l’émergence de la résistance à la vancomycine
Clostridium difficile is a major enteric pathogen responsible for 25% of post antibiotics diarrhea and most cases of pseudomembranous colitis. Metronidazole and vancomycin are the standard treatments for infected patients. vanGCd, a cryptic gene cluster highly homologous to the vanG gene cluster of Enterococcus faecalis is largely spread in Clostridium difficile. Since emergence of vancomycin resistance would have dramatic clinical consequences, we have evaluated the capacity of the vanGCd cluster to confer vancomycine resistance. We showed that expression of vanGCd is inducible by vancomycin and that VanGCd, VanXYCd and VanTCd are functional, exhibiting D-Ala:D-Ser ligase, D,D-dipeptidase and D-Ser racemase activities, respectively. In other bacteria, these enzymes are sufficient to promote vancomycin resistance. Trans-complementation of C. difficile with the vanC resistance operon of Enterococcus gallinarum faintly impacted the MIC of vancomycin, but did not promote vancomycin resistance in C. difficile. Sub-lethal concentration of vancomycin led to production of UDP-MurNAc-pentapeptide [D-Ser], suggesting that the vanGCd gene cluster is able to modify the peptidoglycan precursors. Our results indicated amidation of UDP-MurNAc-tetrapeptide, UDP-MurNAc-pentapeptide[D-Ala] and UDP-MurNAc-pentapeptide[D-Ser]. This modification is passed on the mature peptidoglycan where a muropeptide Tetra-Tetra is amidated on the meso-diaminopimelic acid. We also demostrated that the ligase MurF has a better affinity for the D-Ala-D-Ala dipeptide than for the D-Ala-D-Ser, which could impact on the synthesis of UDP-MurNAc-pentapeptide [Ser].In conclusion, the lack of vancomycin resistance expression may be due to several factors that, in combinination with a gene cluster conferring a low level vancomycin resistancemay prevent the emergence of vancomycin resistance based on D-Ala- D-Ser modification of peptidoglycane precursors in C. difficile

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Fernandes, Joiselle Blanche. "Identification et caractérisation fonctionnelle de gènes contrôlant la fréquence de crossovers méiotiques". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS303/document.

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Abstract (sommario):

Les crossing-overs (CO) sont issus d’échange réciproque de matériel génétique entre les chromosomes homologues. Les COs produisent de la diversité génétique et sont essentiels chez la plupart des eucaryotes, pour la distribution équilibrée des chromosomes lors de la méiose. Malgré leur importance, et un large excès de précurseurs moléculaires, le nombre de CO est très limité dans la grande majorité des espèces (Typiquement 1 à 4 par paire de chromosomes). Cela suggère que les COs sont étroitement régulés, mais les mécanismes sous-jacents sont mal connus. Pour identifier les gènes qui limitent la formation des CO, l’équipe a mené un crible génétique chez Arabidopsis thaliana. Ces travaux ont mené à l’identification de plusieurs facteurs anti-CO, définissant trois voies : (i) L’hélicase FANCM et ses co-facteurs ; (ii) L’AAA-ATPase FIDGETIN-LIKE-1 (FIGL1) ; (iii) Le complexe RECQ4-Topoisomerase 3α-RMI1.Le premier objectif de ma thèse est d’explorer les relations entre ces trois voies en s’attachant aux questions suivantes ; (1) Jusqu’où peut-on augmenter la recombinaison en combinant les mutations dans FANCM, FIGL1 et RECQ4 ? Nous avons montré que la plus forte augmentation de recombinaison était obtenue dans recq4 figl1, atteignant 7,5 fois la fréquence du sauvage en moyenne sur le génome. (2) Quel est la distribution de ces extra-COs ? L’augmentation de recombinaison n’est pas homogène le long du génome : Les fréquences de CO augmente fortement des centromères vers les télomères, avec les plus hautes fréquences observées dans les régions distales. (3) La modification des fréquences de recombinaison est-elle identique lors des méioses mâles et femelle ? Chez le sauvage, la fréquence de recombinaison est plus élevée lors de la méiose mâle que femelle. Au contraire, la recombinaison femelle devient plus élevée que la recombinaison mâle chez les mutants recq4 et recq4 figl1. Ceci suggère que des contraintes qui s’appliquent sur la formation des CO lors de la méiose femelle sont relâchées chez ces mutants. En poursuivant le crible génétique, un nouveau mutant hyper-recombinant a été identifié. Le second objectif de ma thèse fut d’identifier et de caractériser fonctionnellement le gène correspondant. Une cartographie génétique et des études d’interactions protéine-protéine, ont mené à l’identification d’un facteur qui interagit directement avec FIGL1 et semble former un complexe conservé depuis les plantes jusqu’au mammifères. Nous avons baptisé cette protéine FLIP (Fidgetin-like-1 interacting protein). Les fréquences de recombinaisons sont augmentées dans flip-1, confirmant que FLIP1 limite la formation des COs. Des études d’épistasie ont montré que FLIP et FIGL1 agissent dans la même voie. De plus les protéines FIGL1/FLIP d’Arabidopsis ou humaine, interagissent avec RAD51 et DMC1, les deux protéines qui catalyse une étape clef de la recombinaison, l’invasion d’un ADN homologue. Finalement, dans flip comme dans figl1, la dynamique de DMC1 est modifiée. Nous proposons donc un modèle dans lequel le complexe FLIP-FIGL1 régule négativement l’activité de RAD51/DMC1 pour limiter la formation des COs. L’étude du complexe conservé FLIP-FIGL1 a mis en évidence un nouveau mode de régulation de la recombinaison, qui agit vraisemblablement à l’étape clé de l’échange de brin homologue. De plus, l’augmentation des CO sans précédent obtenues chez recq4 figl1 peut être d’un grand intérêt pour l’amélioration des plantes en permettant de diversité de nouvelles combinaisons alléliques
Meiotic crossovers (CO) are formed by reciprocal exchange of genetic material between the homologous chromosomes. CO generate genetic diversity and are essential for the proper segregation of chromosomes during meiosis in most eukaryotes. Despite their significance and a large excess of CO precursors, CO number is very low in vast majority of species (typically one to three per chromosome pair). This indicates that COs are tightly regulated but the underlying mechanisms of this limit remain elusive. In order to identify genes that limit COs, a genetic screen was performed in Arabidopsis thaliana. This led to the identification and characterization of several anti-CO factors belonging to three different pathways: (i) The FANCM helicase and its cofactors (ii) The AAA-ATPase FIDGETIN-LIKE-1 (FIGL1) (iii) The RECQ4 -Topoisomerase 3α-RMI1 complex. The first objective was to understand the functional relationship between these three pathways and to address following questions: (1) how far can we increase recombination when combining mutations in FANCM, FIGL1 and RECQ4? We show that the highest increase in recombination was obtained in figl1 recq4, reaching to 7.5 fold the wild type level, on average genome wide. (2) How is the distribution of recombination events genome wide in mutants? The increased CO frequency in the mutants was not uniform throughout the genome. CO frequency rises from the centromere to telomeres, with distal intervals having highest COs (3) is the recombination frequency increase same in both male and female? In Arabidopsis wild type, male has higher recombination than female meiosis. In contrast, in recq4 and recq4 figl1, female recombination was higher than male. This suggests that certain constraints that apply to CO formation in wild type females are relieved in the mutant. By continuing the same genetic screen, a novel anti-CO mutant was identified. The second objective was to identify and functionally characterize the corresponding gene. Genetic mapping and protein interaction studies led to the identification of a factor that directly interacts with FIGL1 and appears to form a conserved complex both in Arabidopsis and humans. Hence, the factor was named FLIP (Fidgetin-like-1 interacting protein). Recombination frequency is increased in flip, confirming that FLIP limit COs. Epistasis studies showed that FLIP and FIGL1 act in same pathway. Further, FIGL1/FLIP proteins of Arabidopsis and humans directly interact with the recombinases RAD51 and DMC1 which catalyze a crucial step of homologous recombination, the inter homolog strand invasion. In addition flip like figl1 modifies dynamics of DMC1. We thus propose a model wherein the FLIP-FIGL1 complex negatively regulates RAD51/DMC1 to limit CO formation. Studying the conserved FIGL1-FLIP complex led to the identification of a novel mode of regulation of recombination, that likely acts at the key step of homologous strand invasion. Further the unprecedented level of CO increase in recq4figl1 in hybrids could be of great interest for crop improvement, allowing the production of novel allele combinations

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De, Bossoreille de Ribou Steve. "Etude fonctionnelle du gène REBELOTE chez Arabidopsis thaliana". Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2011. http://www.theses.fr/2011ENSL0619.

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Abstract (sommario):

Ponts entre les séquences d'acides nucléiques et les protéines, les ribosomes sont des composants essentiels des cellules vivantes. Composé d'ARN et de protéines ribosomiques, ils sont transportés, durant leurs biogenèses, du nucléole au cytoplasme, où ils traduisent les ARN messagers (ARNm) en protéines. Ces dernières années, il a été montré que nombre de protéines ribosomiques étaient impliquées dans le développement d'Arabidopsis en intervenant sur la division et l'élongation cellulaire. L'impact d'un défaut de biogenèse des ribosomes sur le développement pourrait être expliqué par un effet dose, par une spécificité des ribosomes pour leur ARNm cibles ou par la multifonctionnalité de protéines ribosomiques. Les résultats obtenus montrent que REBELOTE (RBL), l'un des deux homologues chez Arabidopsis de la protéine NOC2p de levure, intervient probablement durant la biogenèse des ribosomes. Des mutations dans le gène RBL causent une gamme de phénotype de la létalité embryonnaire aux défauts de croissance (réduction de la taille de la plante, altération de la forme des feuilles...). Afin de mieux comprendre les processus contrôlés par RBL, la fonction ribosomique de RBL a été étudiée et ses interacteurs protéiques recherchés. Nous nous sommes ensuite focalisé sur les effets des mutations rbl sur la division et l'élongation cellulaire. Ce travail montre que les défauts observés aux niveaux moléculaire et cellulaire peuvent expliquer les retards de croissance des mutants rbl
Bridges between nucleic acids sequences and proteins, ribosomes are central components and the “auletes” of living cells. Composed of ribosomal proteins and RNA, they move during their biogenesis from the nucleolus to the cytoplasm, where they translate RNA messengers into proteins. In the past years, some mutants of ribosomal-biogenesis-related proteins have shown the importance of these proteins during cell division and Arabidopsis development. The impact of ribosomal defects on development could be explained by dose effect (which could be important for cell fitness), specificity of ribosomes for some mRNA or multifunctional ribosomal proteins (Mary E. Byrne, 2009). Here I present our work on REBELOTE (RBL), one of the two Arabidopsis homologs of the yeast NOC2 protein, which act during the ribosomal 60S subunit biogenesis. Mutations in REBELOTE gene cause a range of phenotypes, from embryo lethality to growth defects (reduced plant size, altered leaf shape…). To have a better understanding of RBL-controlled processes, we first analyzed the ribosomal function of RBL, and searched for its protein partners. Our results shows that RBL act in two different nucleolar complexes supposed to regulate 60S ribosomal subunit biogenesis. Subsequently, we focused on the effects of rbl mutations on the cell division/elongation processes. Our work shows that defects observed at molecular and cellular levels could explain the slow down of cell divisions and growth delay in rbl mutants

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Prigneau, Odile. "Identification , clonage et caractérisation de gènes différentiellement exprimés par Candida albicans lors de la phagocytose : étude fonctionnelle du gène CAT3 codant pour une carnitine acétyl transférase". Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05P622.

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Abstract (sommario):

Candida albicans est un champignon dimorphique opportuniste responsable d'infections chroniques ou aigue͏̈s chez les patients immunodéprimés. L'aptitude de ce pathogène à infecter son hôte est liée en partie à sa capacité de survie à l'intérieur des macrophages. L'objectif de notre étude a donc été d'identifier des gènes qui permettent à C. Albicans de résister à la phagocytose. Dans un premier temps, sept gènes spécifiquement induits par C. Albicans à différents temps de l'infection macrophagique ont été isolés en utilisant la technique DDRT-PCR. Les gènes identifiés codent pour des protéines impliquées dans la transduction de signaux en réponse aux stimuli nutritionnels environnementaux. Dans un deuxième temps, nous nous sommes intéressés à l'un de ces gènes : CAT3, encore jamais décrit chez C. Albicans, code pour une protéine homologue aux carnitine acétyl transférases (CAT) de champignon. Après l'invalidation de son expression, l'aptitude des mutants Deltacat3 à survivre à l'intérieur des macrophages et l'analyse des phénotypes ont montré une défection partielle de la filamentation, révélant ainsi que le produit du gène CAT3 participait à la transition dimorphique de C. Albicans. Une étude plus approfondie de son expression a montré que CAT3 était induit non seulement au cours du processus de germination, mais aussi en condition de carence nutritionnelle. La recherche d'orthologues a permis de découvrir deux autres gènes de C. Albicans codant pour des CAT, désignés CAT1 et CAT2. L'étude de leur expression a révélé que tous les deux sont induits en condition d'infection macrophagique. Les résultats de ces travaux ont montré que le pathogène est capable de s'adapter rapidement au milieu hostile du phagolysosome, pas seulement grâce à des facteurs de virulence stricts, mais aussi grâce à un ajustement rapide et adéquat de son métabolisme qui lui permettent de filamenter et d'échapper à la phagocytose. Ainsi, une nouvelle famille de protéines métaboliques impliquées dans la résistance de C. Albicans à la phagocytose a été identifiée et caractérisée
Candida albicans is a dimorphic fungal pathogen that causes chronical or acute infections in immunosuppressed patients. The ability of this pathogen to infect a host is in part due to its capacity to survive the intracellular environment of the macrophage. The aim of this study was to identify genes that allows to escape the process of phagocytosis. First, seven genes specifically induced by C. Albicans, at different times of the macrophage infection, were isolated by using the DDRT-PCR technique. The identified cDNAs code for metabolic proteins associated with peroxisomes or membrane proteins involved in signal transduction in response to nutrient environmental cues. In a second step, we focused our work on one of the newly identified genes : CAT3 coding for a protein homologue to fungal carnitine acetyl transferases (CAT). We performed the gene disruption in order to understand the contribution of the gene during the infection process. The ability of the mutants to survive inside macrophages was examined and a phenotype analysis revealed a partial filamentation defect indicating that the gene product was involved in the dimorphic transition of C. Albicans. Moreover, its expression study by Northern blotting showed that CAT3 is induced not only during the germination but also during starvation. Finally, a search for orthologues from Saccharomyces cerevisiae has unable us to identified two additional C. Albicans genes encoding for CAT, named CAT1 and CAT2. Their expression study revealed that both of them are induced during macrophage infection. In overall, the results showed that the pathogen is able to adapt itself rapidely to the hostile envirronment of the phagolysosome not only due to the existence of strict virulence factors but also due to the rapid and adequate ajustment of its metabolism that allows him to escape from macrophage phagocytosis. Consequently, a new protein familly involved in the resistance of C. Albicans to phagocytosis was identified and characterized

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Pierre, Stéphane. "Régulation du gène SOS1 (Son Of Sevenless1) et des gènes de la TEM (Transition épithélio-mésenchymateuse) par le récepteur Ah (Aryl hydrocarbon) et les conséquences fonctionnelles". Paris 5, 2010. http://www.theses.fr/2010PA05P630.

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Abstract (sommario):

La dioxine de Séveso (TCDD) est un polluant environnemental, le ligand qui a la plus forte affinité pour le « Aryl Hydrocarbon Receptor » (AhR). Son of Sevenless 1 (SOS1), un facteur d’échange de GDP/GTP de la protéine Ras, est l’une des cibles de la dioxine dans la lignée HepG2. Certains polluants environnementaux augmentent l’expression de SOS1en activant sa transcription par la liaison directe du AhR au promoteur du gène. La dioxine conduit à une activation de la cible de SOS1, Ras puis à une activation des ERK suivie d’une augmentation de la prolifération cellulaire. L’ensemble de ces effets dépend de l’induction de SOS1 par le AhR montré par des études de siRNA. Notre étude suggère que l’induction de SOS1 par la dioxine conduit à des effets cellulaires similaires à ceux observés en cas de mutations oncogéniques de Ras. Nous avons réalisé une étude chez des souris C57Bl/6. Les souris exposées à la dioxine développent une fibrose hépatique. La dioxine régule des gènes impliqués dans la transition épithélio-mésenchymateuse (TEM) contribuerait à la formation de cette fibrose. L’expression de marqueurs épithéliaux comme l’E-cadhérine et la Claudine 1 est diminuée. De plus, les facteurs de transcription de la famille Snail, sont régulés positivement; ainsi, l’expression des marqueurs mésenchymaux, les MMPs, la vimentine ou la fibronectine est augmentée. Les marqueurs fibrotiques tels que FSP1 ou le collagène de type 1, sont eux aussi surexprimés tout comme certains gènes de l’inflammation, IL1b, TNFa et MCP1. Ces résultats soulèvent des questions importantes quant au rôle des polluants environnementaux dans la régulation de ces mécanismes physiopathologiques
Seveso's dioxin (TCDD) is an environnemental pollutant, ligand which has the highest affinity for Aryl Hydrocarbon Receptor (AhR). Son of Sevenless 1 (SOS1), a GTP/GDP Exchange Factor of Ras Protein, is one target of dioxin in HepG2 cell line. Environnemental pollutant increase SOS1 expression, by transcriptionnal activation, due to a direct binding of AhR on gene promoter. In turn, dioxin activate SOS1 target, Ras, that it activate ERK and cellular proliferation. These effects depend of SOS induction by AhR as we have seen by siRNA studies. Our study suggest that SOS1 induction by dioxin have similar cellular effects compare with oncogenic mutation of Ras. We have also done a study on C57Bl/6 mice. Mice exposed to dioxin develop an hepatic fibrosis. The dioxin regulate genes implicated in Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT) contribute to fibrosis apparition. Epithelial markers (E-cadherin or Claudin 1) expression are decreased. Moreover, transcription factor of Snail family are increased, and mesenchymal markers expression are also increased. Finally, fibrosis markers (FSP1 or collagen 1alpha1) and inflammatory markers (IL1b, TNFa and MCP1) are also positively regulated. These results, ask us some important questions about the role of environnemental pollutant in the regulation of these physio-pathological mecanisms

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Arpin, Corinne. "Contribution au développement d'un vecteur d'expression de gènes chez les spiroplasmes, caractérisation fonctionnelle d'un promoteur et d'un terminateur de transcription, clonage et expression du gène de la chloramphenicol acetyltransferase (gène CAT) dans Spiroplasma Citri". Bordeaux 2, 1992. http://www.theses.fr/1992BOR28169.

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Abstract (sommario):

Les spiroplasmes sont des organismes procaryotes, a morphologie helicoidale et motiles dont certains sont pathogenes de plantes ou d'insectes. Depourvus de paroi, ils appartiennent a la classe des mollicutes. Ils derivent du phylum des bacteries gram+ a faible pourcentage de bases g+c par evolution regressive. Le developpement recent de la biologie moleculaire a permis de caracteriser le genome de ces organismes et d'identifier un certain nombre de genes. Cependant, peu d'informations sont disponibles concernant l'expression des genes et la fonction des proteines pour lesquelles ils codent. Dans ce contexte, nous avons etudie la transcription du virus spv4 de s. Melliferum pour caracteriser des signaux de regulation de la transcription fonctionnels chez les spiroplasmes. L'analyse des produits de transcription par northern blot, hydrolyse a la nuclease s1 et extension d'amorce a montre que ce signaux sont de type eubacterien. Ils sont fonctionnels chez e. Coli et chez s. Melliferum. Par ailleurs, les travaux du laboratoire ont montre que chez les spiroplasmes, le codon uga n'est pas un codon de terminaison de la traduction, mais code pour le tryptophane. De ce fait, les genes de spiroplasmes contenant un ou plusieurs codons tga (uga sur le mrna) ne peuvent etre etudies par clonage et expression dans une bacterie non suppressive. Pour contourner cette difficulte, le developpement d'un vecteur d'expression de genes chez les spiroplasmes a ete envisage. En utilisant la forme replicative du virus spv1 comme vecteur, le gene de la chloramphenicol acetyltransferase (gene cat) a ete clone et exprime dans s. Citri. Spv1 est un virus non lytique. Sa nucleocapside en batonnet contient un dna monocatenaire circulaire d'environ 8 kb dont la sequence nucleotidique a ete determinee. La technique d'electroporation a ete mise en uvre pour transfecter s. Citri avec la rf de spv1. L'efficacite de transfection atteint 10#6 transfectants par g de rf. Les spiroplasmes transfectes produisent des virions dont la presence est revelee par la formation de plages d'inhibition de croissance sur une pelouse de cellules indicatrices. L'insertion du gene cat, dans une region intergenique de la rf n'empeche pas la production de virions. Dans s. Citri, le gene cat est transcrit a partir d'un promoteur de spv1 et il est traduit en une proteine fonctionnelle. Pour demontrer que le systeme s. Citri/rf de spv1 est apte a exprimer des genes renfermant des codons tga, un tel codon a ete introduit dans le gene cat par mutation d'un codon tgg en tga. La mutagenese a ete realisee dans e. Coli et le gene cat, mute, a ete reintroduit dans s. Citri. Les resultats montrent que, dans e. Coli, il n'y a pas d'activite cat lorsque le gene est mute. Au contraire, dans s. Citri, l'activite cat n'est pas affectee par la mutation du codon tgg en tga

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Lallemand, Benjamin. "Carctérisation fonctionnelle de gènes impliqués dans le développement du pollen chez Arabidopsis thaliana". Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00804448.

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Abstract (sommario):

Le polymère de sporopollénine est un constituant majeur de l'exine, la partie externe de la paroi du grain de pollen. Son exceptionnelle résistance permet de les protéger des stress environnementaux de nature mécanique ou chimique. Il constitue une des clefs de la colonisation du milieu terrestre par les plantes. Au cours de ma thèse, j'ai caractérisé deux Polykétide Synthases (PKS-A et PKS-B) et deux Tétrakétide α-Pyrone Réductases (TKPR1 et TKPR2) d'Arabidopsis thaliana. Par immunolocalisation, hybridation in situ et des études de microscopie j'ai montré que ces protéines intervenaient dans la synthèse de la paroi pollinique. In vitro, les deux PKS catalysent la condensation de 2 ou 3 molécules de malonyl-CoA sur différents esters de CoA d'acide gras pour former les tri et tétrakétide α-pyrones correspondants, substrat de TKPR1 et TKPR2. In vitro, celles-ci réduisent la fonction cétone en alcool secondaire formant des composés hydroxylés, précurseurs du polymère de sporopollénine. Dans les cellules du tapétum, la synthèse des monomères de sporopollénine se déroule en quelques heures seulement. Par immunodétection et en fusionnant les protéines à la GFP, j'ai montré que ces enzymes se trouvent à la surface du réticulum endoplasmique à l'exception de TKPR2. Des expériences de HIS-pull-down, de FLIM-FRET et de double hybride nous ont ensuite permis de suggérer que ces protéines forment un métabolon. L'identification de gènes homologues dans de nombreuses espèces végétales y compris une mousse révèle que nous avons identifié une voie métabolique très ancienne conservée au sein des angiospermes.

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Lallemand, Benjamin. "Caractérisation fonctionnelle de gènes impliqués dans le développement du pollen chez Arabidopsis thaliana". Thesis, Strasbourg, 2012. http://www.theses.fr/2012STRAJ076/document.

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Abstract (sommario):

Le polymère de sporopollénine est un constituant majeur de l’exine, la partie externe de la paroi du grain de pollen. Son exceptionnelle résistance permet de les protéger des stress environnementaux de nature mécanique ou chimique. Il constitue une des clefs de la colonisation du milieu terrestre par les plantes. Au cours de ma thèse, j’ai caractérisé deux Polykétide Synthases (PKS-A et PKS-B) et deux Tétrakétide α-Pyrone Réductases (TKPR1 et TKPR2) d’Arabidopsis thaliana. Par immunolocalisation, hybridation in situ et des études de microscopie j’ai montré que ces protéines intervenaient dans la synthèse de la paroi pollinique. In vitro, les deux PKS catalysent la condensation de 2 ou 3 molécules de malonyl-CoA sur différents esters de CoA d’acide gras pour former les tri et tétrakétide α-pyrones correspondants, substrat de TKPR1 et TKPR2. In vitro, celles-ci réduisent la fonction cétone en alcool secondaire formant des composés hydroxylés, précurseurs du polymère de sporopollénine. Dans les cellules du tapétum, la synthèse des monomères de sporopollénine se déroule en quelques heures seulement. Par immunodétection et en fusionnant les protéines à la GFP, j’ai montré que ces enzymes se trouvent à la surface du réticulum endoplasmique à l’exception de TKPR2. Des expériences de HIS-pull-down, de FLIM-FRET et de double hybride nous ont ensuite permis de suggérer que ces protéines forment un métabolon. L’identification de gènes homologues dans de nombreuses espèces végétales y compris une mousse révèle que nous avons identifié une voie métabolique très ancienne conservée au sein des angiospermes
.onferes a high degree of resistance to various mechanical and chemical stresses. During the evolution, this properties enabled the plant to adapat to land conditions. We caracterized two Polyketide Sythases (PKSA and PKSB) and two Tetraketide -pyrone Reductases (TKPR1 and TKPR2). By immunolocalisation, in situ hybridization and microscopy analysis we showed those proteins are involved in the pollen wall synthesis.We investigated the in vitro activity of the recombinant proteins and showed that the two PKS catalyzed the condensation of 2 or 3 malonyl-CoA with various fatty acid CoA esters, producing the corresponding tri and tetraketides. We also demonstrated that the tetraketides produced by PKS were substrates of the TKPR1 and TKPR2. In vitro, they reduced the cetone function of the lateral chain to a secondary alcohol forming hydroxylated compounds involved in the polymerization of sporopollenin.In tapetum cells, the synthesis of sporopollenin monomers is achieved in a few hours. To explain the underlying metabolic rate, I studied the cellular organization of the metabolic pathway. By immunodetection and GFP fusion experiments I localized PKSA, PKSB and TKPR1 to the endoplasmic reticulum while TKPR2 was mainly cytosolic. Then, interaction studies by HIS pull-down, FLIM-FRET and double hybride experiments showed the occurrence of a metabolon localized to the ER. Finally, by phylogenetic analysis, we showed the conservation of the genes involved in sporopollenin biosynthesis pathway, from mosses to higher plants

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Létocart, Émilie. "Étude fonctionnelle de variants rares identifiés dans les gènes HJV, HAMP et SLC40A1". Brest, 2009. http://www.theses.fr/2009BRES3203.

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Abstract (sommario):

Le fer est un composant vital qui s’avère toxique lorsqu’il est en excès dans l’organisme. Le métabolisme du fer est par conséquent finement régulé afin d’éviter l’apparition de situations pathologiques parmi lesquelles figurent les surcharges en fer dominées par l’hémochromatose (FIC). On distingue cinq formes d’HC les types 1, 2A, 2B, 3 et 4, liés respectivement aux gènes HFE, HJV, HAMF, TFR2 et SLC40A1. Des mutations du gène SLC40A1 sont également responsables d’une forme de surcharge en fer appelée maladie de la ferroportine ou « Ferroportin disease ». Les deux pathologies liées au gène SLC40A1 se transmettent selon le mode autosomique dominant et se distinguent par des caractéristiques phénotypiques hétérogènes. L’objectif principal de ma thèse était de mettre au point des outils d’analyse in vitro en vue de déterminer les conséquences fonctionnelles de deux nouvelles mutations identifiées dans le gène SLC40A1 et de corréler ces observations avec les données phénotypiques des patients. Les résultats obtenus ont permis de caractériser le variant p. Y501C comme une nouvelle mutation « gain » de fonction à l’origine de l’HC de type 4. L’étude fonctionnelle initiée sur la nouvelle variation c. 163C>G identifiée dans la partie 5’UTR du gène SLC40A1 n’a par ailleurs pas permis de prouver la causalité de la variation dans le phénotype de surcharge en fer. Mon travail de thèse a également cherché à tester le caractère pathologique de nouveaux variants identifiés dans les gènes HJV et HAMP impliqués dans l’HC juvénile. L’utilisation d’un test fonctionnel in vitro a permis de montrer la faible activité du promoteur de l’hepcidine en réponse aux différentes protéines HJV mutées. Cet effet a également été observé pour certains mutants du promoteur de l’hepcidine, confirmant ainsi la causalité de ces nouveaux variants dans l’établissement de la surcharge en fer
Iron is a vital component which is toxic when in excess in the body. The metabolism of iron is therefore finely regulated to avoid the appearance of pathological situations which include iron overload dominated hemochromatosis (HC). There are five forms of HC types 1, 2A, 2B, 3 and 4, linked to the genes HFE, HJV, HAMP, TFR2 and SLC40A1, respectively. Mutations in the SLC40A1 gene are also responsible for a form of iron overload disease called « Ferroportin disease ». Both diseases linked to the SLC40A1 gene are of autosomal dominant transmission and can be distinguished by diverse phenotypic characteristics. The main objective of this thesis was to develop tools for in vitro analysis to determine the functional consequences of two new mutations identified in the SLC40A1 gene and to correlate these findings with patient phenotypes. The results were used to characterize the variant p. Y501C as a new «gain-of-function» mutation at the origin of HC type 4. A functional study initiated on the new variation c. -163C>G identified in the 5’UTR of the gene SLC40A1 has not proven causation of the variation in the phenotype of iron overload. This thesis work also sought to test the new pathological variants identified in the HJV and HAMP genes involved in the juvenile HC. Using a functional in vitro test bas demonstrated the low activity of the promoter of hepcidin in response to different mutated HJV proteins. This effect was also observed for some mutants of the promoter of hepcidin, thus confirming the causality of these new variants in the development of iron overload

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Rosas, Magallanes Vania Deborah. "Identification, caractérisation fonctionnelle et histoire évolutive de gènes de virulence chez Mycobacterium tuberculosis". Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077001.

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Abstract (sommario):

Mycobacterium tuberculosis (TB) tue environ 1,5 millions de personnes chaque année dans le monde. Une meilleure compréhension des mécanismes de virulence de TB pourrait permettre de proposer de nouvelles stratégies d'intervention, dont de nouveaux antibiotiques ou des candidats vaccins. La virulence mycobactérienne se manifeste d'abord par la capacité du bacille à parasiter les macrophages. Afin d'identifier des facteurs de virulence de M. Tuberculosis impliqués dans ce processus, nous avons utilisé une banque de mutants de M. Tuberculosis générée par la technique de STM (signature-transposon fagged mutagenesis; Camacho et al. , 1999) que nous avons criblée dans des macrophages humains. Nous avons ainsi identifié 24 mutants atténués. En particulier nous avons caractérisé un opéron codant un transporteur ABC impliqué dans l'attachement et l'entrée de M. Tuberculosis dans des cellules eukaryotes. Cet opéron est spécifique du complexe Tuberculosis et des espèces ancestrales de Mycobacterium prototuberculosis. Nous avons montré qu'il a été acquis latéralement par l'ancêtre du complexe M. Tuberculosis à partir de v-protéobactéries de l'environnement
Mycobacterium tuberculosis kills approximately 1,5 million people in the world every year and it is estimated that one third of the world population is carrying the bacillus. A better comprehension of the mechanisms of M. Tuberculosis virulence should make possible to understand thé interactions between the bacillus and the immune System of the infected host, and to develop new vaccine candidates, including attenuated M. Tuberculosis or modified BCG strains. Mycobacterial virulence includes the ability of the bacillus to parasitize host macrophages and to multiply within these cells. In order to identify the mycobacterial virulence factors involved in this process, we have used a library of M. Tuberculosis mutants generated by the STM (signature-transposon tagged mutagenesis; Camacho et al. , 1999) technology and we have screened it in human macrophages. We have identified 24 mutants attenuated in virulence. Among these genes, the ABC transporter-encoding operon Rv0986-8 was further characterized as playing an important role in mycobacterial binding to eukaryotic cells in vitro and in virulence in vivo. Among actinobacteria, this operon is specific to the M. Tuberculosis complex and to ancestral Mycobacterium prototuberculosis species. Study of the evolutionary history of this operon provided strong evidence for a lateral acquisition by the M. Tuberculosis ancestor from a g-proteobacterium donor species

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Vivancos, Julien. "Caractérisation fonctionnelle des gènes Terminal Ear like au sein de la lignée verte". Paris 11, 2009. http://www.theses.fr/2009PA112018.

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Abstract (sommario):

La conquête terrestre par les Plantes s’est accompagnée d’une augmentation importante de leur taille et d’une répartition des fonctions au sein de tissus ou d’organes spécialisés. Cette complexification cellulaire, associée à l’allongement de la phase sporophytique au détriment de la phase gamétophytique, a nécessité le recrutement et l’évolution de nombreux gènes. Afin de mieux comprendre la mise en place de ces mécanismes, nous avons orienté nos travaux vers les gènes TEL codant pour des protéines de liaison aux ARN de type RRM. En effet, ils constituent de bons candidats, n’étant présents que chez les Végétaux Terrestres et régulant la mise en place des organes floraux et foliaires chez les Poacées. Ainsi, nous avons initié la caractérisation fonctionnelle des gènes TEL au sein de la Lignée Verte. L’étude de transformants exprimant des versions tronquées de l’unique gène PpTEL nous a permis de montrer que chez la mousse Physcomitrella patens, ce gène contrôlait négativement la croissance des protonémas et des sporophytes, alors qu’il régule positivement l’initiation et le développement des pieds feuillés. Chez Arabidopsis thaliana, la caractérisation de nombreux mutants a permis de mettre en évidence un rôle-clé pour AtTEL1 et AtTEL2 dans la régulation positive de la croissance végétative et l’induction florale, alors que ces gènes contrôlent négativement la formation des fleurs. En outre, nous avons pu montré que les gènes TEL seraient potentiellement des senseurs métaboliques, capables de réguler la division cellulaire et donc la croissance de la plante, en fonction de « l’énergie » disponible pour celle-ci
The land colonisation by plants was accompanied by an enormous increase in their size and the sharing out of functions within specialised tissues and organs. This cellular complexification, associated with the rise to dominance of the diploid phase (sporophyte) of the life cycle, required the recruitment and the evolution of many genes. In order to better understand the involved mechanisms, we focused our attention on TEL genes which encode RRM-type RNA-binding proteins. Indeed, they appeared as good candidates, since they are only present in land plants and they were shown to regulate the initiation of foliar and floral organs in Poaceae. So, the functional characterisation of TEL genes within the Green Lineage was initiated. The analysis of Physcomitrella patens mutants expressing truncated versions of the unique PpTEL gene allowed us to show that this gene was negatively controlling the growth of the protonema and the sporophytes, whereas it regulates positively the initiation and the development of gametophores. In Arabidopsis thaliana, the characterisation of TEL mutants highlighted a key role for AtTEL1 and AtTEL2 in the positive regulation of vegetative growth and floral transition, whereas they negatively control the development of flowers. Moreover, we could show that TEL genes would act as metabolic sensors, able to regulate cellular division and therefore the plant growth, depending on the available energy for the plant

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Arrighi, Isabelle. "Étude fonctionnelle des souris dont les gènes KCNE1 et TWIK1 ont été invalidés". Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5441.

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Abstract (sommario):

De tous les canaux ioniques, les canaux K+ forment une classe où la diversité structurale et fonctionnelle est certainement la plus importante. Ils interviennent dans un nombre considérable de processus physiologiques. Les canaux K+ sont répartis en trois familles selon leurs propriétés structurales et fonctionnelles, et 67 gènes sont connus à ce jour. Les caractéristiques de la plupart de ces canaux sont bien établies in vitro, mais leur rôle physiologique n'est pas toujours connu. L'invalidation de gènes chez la souris est un outil qui peut permettre de déterminer le rôle d'un gène donné in vitro. Nous avons utlisé cette technique pour étudier la fonction des sous-unités KCNE1 et TWIK1. Les souris kcne1 -/- ont dèjà permis de comprendre la fonction des courants Iks dans l'oreille interne. Ces souris présentent en effet une surdité identique à celle des patients atteints du syndrome de Jervell et Lange-Nielsen. Des mutations de gènes humains kcne1 et kcnq1 ont été associées à ce syndrome cardio-auditif. L'étude de la fonction cardiaque des souris kcne1 -/- a révélé que l'intervalle QT de l'électrocardiogramme n'est pas très différent de celui des souris sauvages. Par contre, la sous-unité KCNE1 permet l'adaptation de l'intervalle QT en fonction des battements du coeur. D'autre part, les souris kcne1 -/- présentent une légère hypokaliémie associée à un hyperaldostéronisme (. . . ). La seconde partie de ce travail concerne l'étude de la sous-unité TWIK1. Ce canal est fortement exprimé dans le système nerveux central et dans de nombreux tissus épithéliaux. (. . . ) L'analyse des électrorétinogrammes montre que les propriétés fonctionnelles de la rétine sont atténuées chez les souris kcne1 -/-.

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Grienenberger, Etienne. "Analyse fonctionnelle de gènes impliqués dans le développement du pollen chez Arabidopsis thaliana". Strasbourg, 2010. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2010/GRIENENBERGER_Etienne_2010.pdf.

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Abstract (sommario):

La paroi et le manteau du pollen des plantes supérieures se caractérisent par le haut degré de résistance qu’ils confèrent au grain de pollen. Ces fonctions reposent largement sur la synthèse de composés spécifiques dérivant du métabolisme secondaire. Au cours de ma thèse, j’ai caractérisé une nouvelle acyltransférase d’Arabidopsis thaliana, la Spermidine Hydroxycinnamoyl Transférase (SHT), impliquée dans la synthèse de phénolamides constitutives du manteau pollinique. Nous avons montré que SHT est spécifiquement exprimée dans les cellules du tapétum de l’anthère, et que son expression est corrélée à l’accumulation d’hydroxycinnamoyl spermidines au niveau du manteau pollinique. Nous avons démontré que la protéine recombinante catalyse in vitro ce type de composé, par le transfert d’acides hydroxycinnamiques sur les fonctions amines de la spermidine. L’analyse du mutant KO sht révèle des malformations du grain de pollen, ce qui montre l’implication du gène dans son développement. Enfin, par l’analyse de lignées silencées et par l’étude de l’activité de la protéine recombinante, nous avons identifié une CCoAOMT-like corégulée avec SHT qui intervient dans le même métabolisme, en méthylant le conjugué de spermidine in planta. Par une analyse de corégulation, nous avons sélectionné deux Polykétide Synthases (PKS-A et PKS-B) et deux Tétrakétide α-Pyrone Réductases (TPR1 et TPR2) d’Arabidopsis thaliana, fortement coexprimées avec des gènes intervenant dans la synthèse de la paroi du pollen. Une expression spécifique du tapétum a été démontrée, et l’activité enzymatique des protéines recombinantes étudiée in vitro. Les deux PKS catalysent la condensation de 2 ou 3 molécules de malonyl-CoA sur différents esters de CoA d’acide gras pour former les tri et tétrakétide α-pyrones correspondants. Nous avons montré que le tétraketide produit par les PKS, pouvait être substrat de TPR-1 et -2, qui réduisaient in vitro la fonction cétone en alcool secondaire. L’analyse des mutants KO pks-a et pks-b a permis de mettre en évidence des réductions importantes des dépôts de l’exine dans la paroi du pollen, alors que le double mutant pks-a/pks-b ne produit plus de pollen. Le mutant tpr1 est également caractérisé par une absence de pollen mature, alors que le mutant tpr2 est fertile et ne présente que de légers défauts de sa paroi pollinique. Enfin, par des analyses phylogénétiques, nous avons montré la conservation de ces gènes chez la majorité des plantes terrestres, y compris la mousse Physcomitrella, révélant ainsi l’ancienneté et la conservation de cette voie métabolique, qui conduit à la synthèse de l sporopollénine
Pollen wall and coat are caracterized by a high degree of resistance to various stress, largely through the synthesis of secondary metabolite precursors. We caracterized the Spermidine Hydroxycinnamoyl Transferase (SHT), a new Arabidopsis BAHD acyltransferase, which is involved in the synthesis of a dihydroxyferuloyl-monosinapoyl spermidine phenolamide. We showed the specific expression of SHT in anther tapetal cells, and we investigated the in vitro activity of the recombinant protein. SHT is able to transfer an hydroxycinnamoyl moiety to each of the 3 amine fonctions of spermidine. The analysis of sht KO mutant revealed irregularities and depressions of the pollen wall, indicating the involvement of SHT gene in pollen development. Finally, a methyltransferase gene which is co-regulated with SHT during flower development, was shown to be involved in the O-methylation of spermidine conjugates by analyzing the consequences of its repression in RNAi plants and by characterizing the methylation activity of the recombinant enzyme. By in silico co-regulation analysis, we selected two Polyketide Sythases (PKS-A and PKS-B) and two Tetraketide α-pyrone Reductases (TPR1 and TPR2) tightly co-expressed with genes involved in pollen wall synthesis. The four genes were shown to be specifically expressed in tapetal cells, and the enzyme activity of each protein was determined in vitro. The two PKS recombinant proteins catalysed the condensation of 2 or 3 malonyl-CoA with various fatty acid CoA ester, producing the corresponding tri and tetraketide. The tetraketides produced by PKS were shown to be substrates of the two TPR, that reduced the cetone function to a secondary alcohol. Analysis of pks-a and pks-b KO mutants revealed severe reduction of exine deposition on their pollen wall, while pks-a/pks-b is unable to produce mature pollen. The tpr1 mutant was also male sterile while tpr2 mutant exhibited subtle changes on its pollen wall. Finally, by phylogenetic analysis, we showed the conservation of the genes involved in the biosynthesis pathway, from mosses to higher plants

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Miltgen, Morgane. "Hétérogénéité génétique et allélique des dystonies, recherche de gènes candidats et validation fonctionnelle". Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5063.

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Abstract (sommario):

La dystonie est une pathologie du contrôle du mouvement caractérisée par des contractions musculaires involontaires. Les causes génétiques de cette pathologie sont multiples. J’ai créé des bases de données locus spécifiques colligeant l’ensemble des diversités alléliques disponible pour 16 gènes de dystonie. L’objectif de ce travail est d’aider au diagnostic de cette pathologie et, à plus long terme et lorsque les données le permettent, d’établir des corrélations génotypes-phénotypes. Cela a été le cas pour le gène THAP1 (définissant la forme DYT6) pour lequel nous avons décrits plusieurs corrélations. J'ai recherché la mutation causale dans plusieurs familles par séquençage d'exome. Cela a permis d’identifier une famille porteuse d’une mutation prédite pathogène dans le gène ANO3 (DYT23). Une autre famille est porteuse d’une mutation dans un site d’épissage du gène ATP1A3 (DYT12) entrainant la rétention totale de l'intron 17. Pour une autres famille, un gène candidat a été identifié : ADD2 qui code l'adducine beta. Plusieurs résultats expérimentaux ont été obtenus. Tout d’abord j'ai observé des différences au niveau du cytosquelette d’actine. En effet la surexpression de la protéine sauvage provoque un comportement anormal de l’actine au niveau des fibres de stress. Par ailleurs des études de d’apprentissage par association dans un modèle C. elegans KO ADD2 ont montré un défaut de mémorisation à long-terme. Mes travaux de thèse ont permis d'approfondir les connaissances quant à la contribution de chaque gène déjà connu dans les dystonies, ainsi que d'élargir l'hétérogénéité génétique caractéristique de cette pathologie par l'identification d'un nouveau gène candidat
Dystonia is a movement control disorder characterized by involuntary muscle contractions. The genetic causes of this disease are multiple. I have created databases " loci-specific " collecting all allelic diversity available in the literature for 16 dystonia genes. The goal of this work is to to assist in the diagnosis of this disease and in the longer term, when there are sufficient data, to establish genotype-phenotype correlations. This was the case for the THAP1 gene (responsible for DYT6 dystonia) for which we have described several correlations.I searched for the disease gene in several families using exome sequencing. I identified a pathogenic mutation in the predicted gene ANO3 (DYT23) carried by one family. Another family carries a mutation in a splice site of ATP1A3 (DYT12) resulting in the total retention of intron 17. In another family a candidate gene was identified: ADD2 gene, coding beta adducin. Several functional results were obtained. First, overexpression of wild type and mutated ADD2 enabled to view differences in the actin cytoskeleton. Indeed the overexpression of the wild type protein causes abnormal behavior of actin at the level of stress fibers and at the plasma membrane. Besides, learning by association studies in a Caenorhabditis elegans model KO for ADD2 gene have shown a long-term default memory compared to the wild type. This confirms the involvement of the protein in neuronal plasticity. My thesis work led to further knowledge about the contribution of each gene already known in dystonia , as well as broaden the genetic heterogeneity characteristic of this disease by identifying a new candidate gene

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Charoin-Bard, Eugénie. "Analyse fonctionnelle de deux gènes impliqués dans le pouvoir pathogène de Colletotrichum lindemuthianum". Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112034.

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Abstract (sommario):

Le champignon hémibiotrophe Colletotrichum lindemuthianum est l’agent responsable de l’anthracnose du haricot commun, Phaseolus vulgaris. Son cycle infectieux commence par une phase de biotrophie suivie d’une phase de nécrotrophie. Des structures spécialisées (appressoria, hyphes primaires et secondaires) sont développées. La formation de l’appressorium, très coûteuse en énergie, se termine par l’acquisition de la fonctionnalité. Le gène clk1 y joue un rôle. Des alignements de séquences ont montré que CLK1 est l’orthologue d’ATG1 de Saccharomyces cerevisae. ATG1 est la protéine-clé de l’autophagie, processus induit par des carences nutritionnelles et qui grâce aux autophagosomes permet le recyclage de composée cellulaires. L’analyse fonctionnelle de clatg8, orthologue d’atg8, gène de levure marqueur de l’autophagie, a été menée. In vitro, cltag8 est induit par des carences azotées. In planta, il est induit pendant la formation appressoriale et pendant la sporulation. Le mutant clatg8- est non pathogène, son phénotype est similaire à celui de clk1-. L’autophagie a donc un rôle prédominant dans la fonctionnalité. La transition biotrophie-nécrotrophie est contrôlée par le gène clta1. Il code pour un facteur de transcription à doigt de zinc à six cystéines, spécifiques des champignons. L’étude de sa régulation a montré que in planta, le gène est induit spécifiquement et transitoirement en fin de phase de biotrophie. Afin de rechercher ses cibles, une expérience d’hybridation soustractive (SSH) a été menée entre la souche mutante clta1- et la souche surexprimant clta1. Un gène cible potentiel a été identifié : il s’agit du gène codant la mannitol 1P déhygrogénase
The hemibiotrophical fungus Colletotrichum lindemuthianum is the causal agent of anthracnose on common bean, Phaseolus vulgaris. Infection process is characterized by succession of two phases (first biotrophy and second necrotrophy) and by development of specialised structures (appressoria, primary and secondary hyphae). Functionality is the final step of appressorial formation. This development is very expensive in energy. Clk1 gene is involved in functionality. Alignment sequences demonstrate that CLK1 and ATG1 from Saccharomyces cerevisae are two orthologues. ATG1 is the key protein of autophagy, process induced by starvation and allowed cellular component recycling through autophagosomes formation. Functional analysis of cltag8, orthologue of gene yeast atg8, autophagy marker, was undertaken. Results reveal that (1) in vitro clatg8 is induced by nitrogen starvation and (2) in planta clatg8 is expressed during appressorium formation and sporulation. Cltag8- mutant phenotype is similar to clk1- mutant phenotype. Autophagy have a crucial role in appressorium functionality. Clta1 gene controls biotrophy-necrotrophy transition. CLTA1 belongs to the specific fungi family of the Zn(II)2Cys6 transcriptional factor. In planta clta1 is specifically and transitory expressed at the end of biotrophic phase. With suppression subtractive hybridization (SSH) between the mutant clta1- ant the mutant surexpressed clta1, CLTA1 targets were searched. One potential target was identified: this is the mpd (mannitol 1P dehygrogenase) gene

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Bruey-Sédano, Nathalie. "Analyse fonctionnelle des séquences régulatrices du gène cuticulaire ACP65A chez la drosophile". Dijon, 2001. http://www.theses.fr/2001DIJOS034.

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Abstract (sommario):

La période d'expression des deux gènes cuticulaires acp65A et acp-1 coi͏̈ncide avec la période de formation de la cuticule chitineuse pré et post exuviale. Acp65A est restreint aux régions épidermiques synthétisant une cuticule souple alors qu'acp-1 est présent dans les zones dures et sclérifées de l'épiderme. L'étude des profils d'expression des facteurs transcriptionnels E74, Dhr3 et ß-Ftz-f1 a permis de mettre en évidence de l'existence lors de la transition pupe-adulte d'une cascade de régulation similaire à celle décrite lors de la transformation larve-pupe. Nous avons étudié le promoteur du gène cuticulaire acp65A de drosophile dans des lignées transgéniques. Cette étude a permis de définir les portions géniques nécessaires à l'expression in vivo d'acp65A. Le domaine d'expression d'une des isoformes du récepteur HR38 concorde spatialement et temporellement avec celui d'acp65A et en font un candidat potentiel dans l'étude de sa régulation. Le taux des transcrits acp65A et acp-1 est fortement diminué chez des mutants HR38-/-, de plus la sur-expression des isoformes HR38 induit une augmentation du taux de transcrit de ces deux gènes cuticulaires. Ces données suggèrent fortement qu'HR38 agit directement sur la régulation de ces gènes. Des expériences in vitro de retard sur gel à partir de séquences 5' flanquante d'acp65A ont mis en évidence l'existence d'un complexe de migration retardé en présence d'extrait de protéines nucléaires enrichi en protéines HR38. Ce complexe semble être composé de l'hétérodimère HR38-USP. Bien qu'HR38 semble réguler positivement acp65A la fonction précise de ce complexe HR38-USP reste à définir.

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Papin, Marine. "Efficiency and impact of recurrent microbial inoculation in soil, a lab to field assessment". Electronic Thesis or Diss., Bourgogne Franche-Comté, 2024. http://www.theses.fr/2024UBFCK051.

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Abstract (sommario):

Face à l'urgence de mettre en place des pratiques plus durables pour protéger l'environnement tout en maintenant la production agricole, les inoculants microbiens suscitent un intérêt croissant en raison de leur potentiel pour réduire la dépendance aux intrants synthétiques. Cependant, malgré des décennies de recherche sur les inoculants microbiens du sol, leurs bénéfices sur les rendements agricoles restent très variables en fonction des sols, des climats, des génotypes végétaux et des souches inoculées, rendant les résultats difficiles à prédire et fragilisant in fine la confiance des agriculteurs. Ce travail explore la pertinence des inoculations récurrentes comme levier pour atténuer la résistance biotique de la communauté microbienne résidente du sol et favoriser l’établissement de l’inoculant. Ce travail étudie également les impacts de ces inoculations sur la communauté microbienne résidente. Dans une première expérience en microcosme, nous avons montré que l'inoculation récurrente pouvait améliorer, de manière transitoire l'abondance de l'inoculant (Pseudomonas fluorescens) avec un impact mineur sur la communauté bactérienne résidente. Une deuxième expérience en serre a mis en évidence le potentiel inattendu de l'inoculation récurrente, réalisée jusqu’au semis, pour favoriser la croissance du maïs avec un moindre impact sur la communauté bactérienne résidente par rapport à l'inoculation récurrente à partir du semis. La troisième expérience, réalisée au champ, a reflété les défis de transférer les bénéfices observés sur la croissance des plantes des conditions contrôlées vers des conditions non contrôlées. Finalement, ce travail suggère que le moment et la fréquence de l'inoculation doivent être ajustés de manière complémentaire. C’est-à-dire que l'inoculation récurrente peut augmenter temporairement l’abondance de l’inoculant lors des stades précoces critiques de la croissance des plantes. Cela peut soit favoriser la colonisation de l’hôte lorsqu’une dose adéquate est appliquée, soit influencer indirectement la communauté microbienne du sol au moment du semis
With the urgent need to adopt more sustainable practices that sustain agricultural production while protecting the environment, microbial inoculants are gaining increasing attention for their potential to reduce reliance on agrochemicals. However, despite decades of research, the benefits of soil microbial inoculants for crop yields remain highly variable across different soils, climates, plant genotypes, and inoculant strains. This variability makes outcomes difficult to predict and may ultimately reduce farmers’ confidence. This work explores the potential of recurrent inoculations as a strategy to overcome the biotic resistance of the resident soil microbial community and promote inoculant establishment. It also examines the effects of these inoculations on the resident microbial community. In a first microcosm experiment, we showed that recurrent inoculation could transiently improve the abundance of the inoculant (Pseudomonas fluorescens) with minimal impact on the resident bacterial community. A second experiment in greenhouse evidenced the unexpected potential of recurrent inoculation carried out until sowing to enhance maize growth while exerting a weaker impact on the bacterial resident community compared to recurrent inoculation starting at sowing. The third experiment conducted under field conditions reflected the challenges of translating the growth benefits observed in controlled environments to uncontrolled field conditions. Overall, this work suggests that both the timing and frequency of inoculation should be adjusted in a complementary way. Specifically, recurrent inoculation may transiently enhance the abundance of the inoculant during the critical early stages of plant growth. This may either promote successful host colonization when an adequate dose is applied, or indirectly influence the soil microbial community at sowing

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Christiaen, Lionel. "Origine ontogénétique et évolutive de l'hypophyse : étude cellulaire et moléculaire du développement du complexe neural de l'ascidie Ciona intestinalis". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112117.

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Abstract (sommario):

J'ai initié une étude comparée du développement hypophysaire chez les Chordés, par l'analyse des aspects cellulaires et moléculaires du développement précoce du complexe neural chez l'ascidie, Ciona intestinalis. La spécification du champ hypophysaire présomptif est intimement liée au développement du stomodæum (ectoderme oral), dont dérive la placode adénohypophysaire. Les gènes de la famille pitx présentent une expression pan-stomodæale et pan-hypophysaire conservée chez les les Vertébrés et les Céphalochordés. Mes résultats montrent que l'expression pan-stomodæale de pitx est aussi conservée chez l'ascidie. Ces observations suggèrent que l'hypophyse des Vertébrés et le complexe neural des ascidies se développent à partir d'un primordium ancestral et conservé. L'analyse d'autres marqueurs hypophysaires et hypothalamiques suggère une diversification des étapes successives de l'organogenèse. L'étude des mécanismes d'activation de Ci-pitx a été entreprise par l'analyse de son système cis-régulateur. Mes observations montrent que la structure génomique et l'usage transcriptionnel des exons de pitx sont majoritairement conservés entre les ascidies et le Vertébrés. L'expression de Ci-pitx dans l'ANB et le stomodæum larvaire est contrôlée par des modules cis-régulateurs distincts dont les patrons spatio-temporels d'activité transcriptionnelle sont complémentaires. L'analyse détaillée du module D1, responsable de l'activation précoce dans la placode stomodæale (i. E. L'ANB), suggère que le code cis-régulateur intégrant une combinaison de signaux acivateurs et répresseurs puisse être conservé chez les chordés
I initiated a comparative study of pituitary development in chordates, by a molecular and cellular analysis of the neural complex development in the ascidian Ciona intestinalis. Pituitary primordium specification is intimately linked to early stomodaeal development (oral ectoderm), from which the adenohypophyseal placode arises. The pituitary homeobox (pitx) gene family constitutes conserved markers of the stomodaeal ectomere in vertebrates and cephalochordates. My data show that pitx genes also display pan-stomodaeal expression in ascidians, suggesting ancestry and homology of the pituitary and neural complex primordia. The analysis of additional pituitary and hypothalamic markers suggest that diversification occurred at later stages of organogenesis. The Ci-pitx cis-regulatory system was studied to investigate the developmental mechanisms that drive pitx expression. My observations show that the overall genomic structure and exon usage of pitx genes are essentially conserved between ascidians and vertebrates. Ci-pitx expression in the anterior neural boundary (ANB) and stomodaeum is driven by distinct cis-regulatory modules, the transcriptional activity of which display complementary spatio-temporal patterns. Detailed analysis of the main ANB/stomodaeal enhancer suggests that the cis-regulatory code that defines its activity is conserved among chordates

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