Letteratura scientifica selezionata sul tema "Élevage – Environnement"

La diversité permet de renforcer la résilience des élevages. La résilience est la capacité à faire face aux impacts de chocs (épizootie, variations de prix) et de tendances (changement climatique, augmentation du prix des énergies fossiles). Une exploitation d’élevage présente de multiples sources de diversité : troupeaux, surfaces, ressources alimentaires, produits animaux et végétaux, etc. Ces diversités peuvent être subies ou au contraire construites par l’éleveur. En organisant son élevage, l’éleveur peut le rendre plus robuste pour supporter des aléas, sans avoir à intervenir. La combinaison de plusieurs activités permet de faire face à des variations des cours ou des extrêmes climatiques, qui n’impactent pas les différentes activités de la même façon. L’éleveur peut aussi réaliser des ajustements en réponse à un choc : il peut modifier, d’une année à l’autre, l’équilibre des volumes de produits qu’il vend aux différents opérateurs de l’aval avec qui il travaille régulièrement. Enfin, des sources de diversité peuvent l’aider à transformer son système pour faire face à la répétition de chocs et à des tendances d’évolution de son environnement. Si la diversité est globalement intéressante pour renforcer la résilience, une source de diversité peut permettre de faire face à certains aléas, mais pas à d’autres. Les sources de diversité sont liées entre elles : un élevage doit être pensé comme un système pour assurer un équilibre entre résilience et efficience.

Au regard des objectifs de développement de l’agriculture biologique (AB) affichés au niveau français, l’élevage est potentiellement un contributeur important. Le modèle de polyculture-élevage est un des fondamentaux de l’AB et a fait la preuve de sa robustesse. Mais aujourd’hui, on constate une diversité d’intégrations de l’élevage dans des unités de production, et des exigences nouvelles s’imposent à l’AB en termes de performances, du fait d’évolutions réglementaires ou de la situation des marchés. Quatre thématiques de recherche sont jugées prioritaires : i) concevoir des systèmes d’élevage plus autonomes et économes en intrants, en combinant expérimentations et suivis en ferme ; ii) évaluer l’état sanitaire des troupeaux et les outils thérapeutiques alternatifs, conformément aux attendus réglemen- taires en termes de santé et de bien-être des animaux ; iii) améliorer la maîtrise des qualités nutritionnelles, sensorielles et sanitaires des produits animaux ; iv) renforcer les interactions entre élevage biologique et environnement, en privilégiant ses impacts sur la biodiversité et sur les émissions de gaz à effet de serre, ainsi que les consommations énergétiques et les transferts de fertilité dans ou entre les unités de production. Les enseignements méthodologiques de projets de recherche sont précisés dans une dernière partie, en distinguant évaluation des performances et contributions au développement de l’AB.

Les systèmes de production de l’œuf de consommation ont totalement changé au cours du dernier siècle avec l’émergence d’un système dominant, la cage conventionnelle. Les poules y sont logées à des densités élevées et dans un environnement pauvre, ne leur permettant pas d’exprimer leur répertoire comportemental. Pour pallier cela, la directive (1999/74/CE) qui fixe les caractéristiques et conditions d’élevage des poules a été adoptée en 1999. Les systèmes d’élevage qui devraient être, dès 2012, les seuls autorisés sont les cages aménagées ou des systèmes alternatifs (volière et élevage au sol). Mais le respect de cette réglementation ne suffit pas à garantir systématiquement un meilleur bien-être. Les travaux de recherche conduits depuis l’adoption de cette directive ont pour objet la mise au point de systèmes de production, respectant ce texte, mais garantissant aussi une amélioration effective du bien-être et un maintien de la productivité. Les résultats obtenus sont encourageants, mais si l’évolution des systèmes peut permettre d’améliorer le bien-être, il est crucial de considérer d’autres implications, comme la santé humaine (conditions de travail de l’éleveur, santé du consommateur) ou encore d’autres effets indirects sur le bien-être des poules (cannibalisme).

Le microbiote digestif est un symbionte dont on a démontré l’implication essentielle dans la régulation de la physiologie de l’hôte qui l’héberge pour la digestion, le métabolisme et l’immunité. Ce microbiote a en particulier un rôle majeur, et jusqu’ici sous-estimé, sur la santé de son hôte et participe à son adaptabilité à des environnements changeants. Les technologies de séquençage à haut débit devraient faciliter l’inclusion de cet écosystème complexe dans le phénotypage des animaux d’élevage. Il faut pour ce faire prendre en compte sa composition, sa diversité, sa stabilité au cours du temps et ses variations selon différents facteurs comme le génotype de l’hôte, l’alimentation et les conditions d’élevage. Ces connaissances devraient permettre de définir les propriétés d’un microbiote digestif « normal » associé à une bonne santé, d’en préciser les dysfonctionnements et de comprendre leurs répercussions sur l’état de santé de l’animal. Cela conduira à identifier des marqueurs de diagnostic et de pronostic de ces dysfonctionnements, fournissant des moyens de contrôle nouveaux de la santé en élevage, appréhendée en terme d’optimisation des rendements de production, de résistance aux maladies et de maintien du bien-être. A terme, le contrôle du microbiote digestif par l’alimentation, la génétique ou les pratiques d’élevage permettra de favoriser l’adaptation des animaux à leur environnement d’élevage en améliorant leur robustesse, de limiter l’utilisation d’antibiotiques et de préserver la sécurité sanitaire des aliments en évitant le développement de bactéries pathogènes pour l’Homme. L’ampleur des données à générer et à analyser pour les différentes espèces d’intérêt reste le défi à relever.

La protection des animaux est inscrite dans la réglementation française et européenne. Elle répond à une attente sociétale majeure dans nos pays occidentaux, attente qui part du principe que les animaux que nous utilisons sont des êtres vivants sensibles à qui l’homme doit assurer un minimum de bien-être. La façon dont un animal appréhende son environnement va influencer son état de bien-être et ce, positivement si l’environnement satisfait ses besoins et ses motivations, mais négativement si l’environnement est perçu comme menaçant, désagréable. Le niveau de bien-être d’un animal est apprécié au travers de nombreuses observations portant sur son comportement, l’état d’activation des systèmes physiologiques, et son état général. Les conditions d’élevage, généralement choisies en fonction d’objectifs de production, peuvent également influencer le bien-être d’un animal. En retour, un bien-être dégradé peut entraîner une moindre productivité. Aussi des solutions d’élevage permettant de concilier production et bien-être animal doivent-elles être mises au point. Ce numéro spécial vise à mieux cerner la notion de bien-être animal et rassemble les principaux travaux entrepris par les membres du réseau Agri Bien-être Animal dans les différentes productions. Les résultats des recherches en bien-être animal sont utilisés lors de l’élaboration de réglementations. Ils doivent également servir au conseil en élevage.

Certaines réactions émotionnelles, telles que les réactions de peur, peuvent être inadaptées en élevage, sources d’atteintes au bien-être des animaux. Chez la caille, l’obtention de lignées génétiques divergentes sélectionnées d’une part sur un comportement de peur, d’autre part sur la motivation sociale, a démontré la faisabilité de sélections sur des composantes de la réactivité émotionnelle. Les cailles sélectionnées sur un comportement de peur diffèrent non seulement par leur propension générale à exprimer des comportements de peur, mais aussi en termes de qualité de la viande, de réactivité de l’axe corticotrope, d’activité du système nerveux autonome et au niveau neurobiologique. Une région du génome a été identifiée comme potentiellement impliquée dans les différences observées entre les lignées. Par ailleurs, les cailles sélectionnées pour leur faible motivation sociale se sont montrées plus indifférentes à leur environnement social que les cailles sélectionnées pour leur forte motivation sociale. Ces lignées de cailles se sont révélées comme de puissants modèles d’étude des mécanismes sous-tendant la réactivité émotionnelle chez les oiseaux. Les travaux pluridisciplinaires engagés sur ces cailles ont pour buts d’évaluer les conséquences de ces sélections, non seulement pour le bien-être animal mais aussi en termes de production, et d’identifier des indicateurs de bien-être qui pourront servir à comparer différents systèmes d’élevage des volailles.

L’Agriculture Biologique (AB) se présente comme un mode de production agricole spécifique basé sur le respect d’un certain nombre de principes et de pratiques visant à réduire au maximum les impacts négatifs sur l’environnement. Elle est soumise à des interdictions et/ou des obligations de moyens, par exemple l’interdiction des Organismes Génétiquement Modifiés (OGM), des engrais de synthèse et des pesticides ou l’obligation de rotations pluriannuelles. Dans le cas de l’élevage, les critères portent sur l’origine des animaux, les conditions de logement et d’accès aux parcours, l’alimentation ainsi que la prévention et le traitement des maladies. Ainsi, la prévention des maladies est principalement basée sur l’utilisation de techniques d’élevage stimulant les défenses naturelles des animaux et, en cas de problème sanitaire, le recours à l’homéopathie ou à la phytothérapie ; l’emploi d’autres médicaments vétérinaires n’est pas exclu à condition de respecter des conditions réglementaires strictes1. L’AB s’inscrit dans des filières d’approvisionnement et de commercialisation incluant la transformation et la préparation des aliments, la distribution de gros et/ou de détail et le consommateur final. Dans tous les pays, agriculteurs, conditionneurs et importateurs doivent se conformer à des réglementations pour associer à leurs produits un étiquetage attestant de leur nature biologique. Les produits issus de l’AB sont certifiés et des mécanismes d’inspection assurent le respect des règlements. L’AB mondiale est aujourd’hui encore une activité marginale au regard des terres consacrées (moins de 2%), du nombre d’agriculteurs engagés ou des volumes concernés. Il s’agit toutefois d’une activité en forte croissance avec, par exemple, un triplement des surfaces mondiales dédiées entre 1999 et aujourd’hui. Le marché mondial des produits issus de l’AB était estimé à 25 milliards d’euros en 2006, soit deux fois plus qu’en 2000 (données IFOAM). La consommation est très fortement concentrée, à plus de 95% en Amérique du Nord d’une part, et en Europe de l’Ouest où les principaux marchés sont l’Allemagne, l’Italie, la France et le Royaume-Uni, d’autre part. Sur ces deux continents, les importations sont nécessaires pour pallier le déficit de l’offre domestique au regard de la demande intérieure. Ceci est particulièrement vrai en France. Selon le ministère en charge de l’agriculture (2009), «la demande [française] de produits issus de l’AB croît de 10% par an depuis 1999. Or, l’offre [nationale] de produits issus de l’AB est aujourd’hui insuffisante pour satisfaire cette demande croissante. Les surfaces des 11 970 exploitations agricoles françaises en AB ne représentent que 2% de la surface agricole. Par défaut d’organisation entre les producteurs et à cause de l’éparpillement des productions, une part significative des produits bio n’est pas valorisée». Et simultanément, 25% environ de la consommation française de produits bio est satisfaite par des importations. Cette situation a conduit le Ministre en charge de l’agriculture à proposer, dans le cadre du Grenelle de l’environnement, un plan visant le triplement à l’horizon 2012 des surfaces françaises en AB (6% de la surface agricole utile en 2012). Pour atteindre cet objectif, le plan inclut un soutien budgétaire à la structuration de la filière bio (sous la forme d’un fonds de structuration doté de 15 millions d’euros sur cinq ans), la mobilisation de la recherche (notamment sous la forme de crédits «recherche»), un soutien accru aux exploitations converties en AB (via le déplafonnement des 7 600 €/an/unité des aides agro-environnementales pour les exploitations en conversion vers l’AB et une augmentation de l’enveloppe dédiée, ainsi que la reconduction du crédit d’impôt en 2009, celui-ci étant par ailleurs augmenté) et enfin, l’obligation dès 2012 faite à la restauration collective de proposer dans ses menus 20% de produits issus de l’AB. Enfin, dans le cadre du bilan de santé de la Politique Agricole Commune (PAC) du 23 février 2009, une aide spécifique aux exploitations en AB d’un montant d’un peu moins de 40 millions d’euros a été adoptée. Le plan français en faveur de l’AB, popularisé sous le libellé «AB : objectif 2012», vise donc à développer la production domestique de produits issus de l’AB via la fixation d’un objectif quantitatif en termes de surfaces dédiées en jouant simultanément sur la demande (via une contrainte d’incorporation de produits issus de l’AB dans la restauration collective) et l’offre (via, de façon générale, un soutien augmenté aux exploitations en conversion vers l’AB et déjà converties à l’AB). Dans ce contexte, le comité éditorial de la revue Inra Productions Animales et la direction de l’Inra ont souhaité apporter un éclairage scientifique sur les acquis, les verrous et les perspectives en matière d’élevage AB. Ce numéro a été coordonné par J.M. Perez avec l’aide de nombreux relecteurs : que tous soient ici remerciés. Après une présentation du cahier des charges français et de la réglementation communautaire (Leroux et al), le numéro se décline en trois parties : une série d’articles sur différentes filières animales concernées (avicole, porcine, bovine allaitante, ovine allaitante), un focus sur deux approches à l’échelle des systèmes d’élevage (ovin allaitant et bovin laitier), et enfin des articles centrés sur les problèmes les plus aigus rencontrés dans le domaine de la gestion sanitaire et de la maitrise de la reproduction. L’article conclusif de Bellon et al fait le point sur les principales questions de recherche qui demeurent. En aviculture (Guémené et al), à l’exception de l’œuf, la production bio reste marginale, mais les filières sont bien organisées. Cette situation résulte d’une relative synergie avec les filières label rouge, avec lesquelles elles partagent plusieurs caractéristiques (types génétiques, longue durée d’élevage, parcours). Des difficultés multiples subsistent néanmoins. La production bio est pénalisée par le manque de poussins AB, des difficultés de maintien de l’état environnemental et sanitaire des parcours, la rareté de l’aliment bio et la difficulté d’assurer l’équilibre en acides aminés des rations (pas d’acides aminés de synthèse), élément susceptible d’expliquer la surmortalité constatée en pondeuse (liée à des problèmes comportementaux). Par suite, les performances sont inférieures à celles de l’élevage conventionnel (augmentation de la durée d’élevage et de l’indice de conversion) et l’impact environnemental, bien qu’amélioré quand il est rapporté à l’hectare, est moins favorable quand il est mesuré par unité produite, à l’exception notable de l’utilisation de pesticides. Prunier et al aboutissent aux mêmes conclusions dans le cas de la production de porcs AB. Relativement au conventionnel, les contraintes sont fortes sur le plan alimentaire (rareté de l’aliment AB, problème d’équilibre en acides aminés des rations) et de la conduite d’élevage (interdiction ou limitation des pratiques de convenance, âge des animaux au sevrage de 40 jours, difficultés de synchronisation des chaleurs et des mises bas, limitation des traitements vétérinaires). Ces contraintes et la grande diversité des élevages de porcs AB se traduisent par une forte variabilité des performances en termes de survie, reproduction, composition corporelle ou qualité des produits : autant de critères qu’il conviendra de mieux maîtriser à l’avenir pour assurer la pérennité de l’élevage porcin AB. Les performances zootechniques et économiques de l’élevage bovin allaitant bio sont abordées dans l’article de Veysset et al à partir d’un échantillon limité d’exploitations situées en zones défavorisées. Les caractéristiques des unités AB diffèrent peu de celles de leurs voisines en élevage conventionnel ; avec un chargement à l’hectare plus faible mais une plus grande autonomie alimentaire, les résultats techniques des élevages AB sont proches de ceux des élevages conventionnels et ce, en dépit d’une moindre production de viande vive par unité de bétail, en raison d’un cycle de production en moyenne plus long. Sur le plan économique, les charges plus faibles (pas de traitements antiparasitaires, pas de vaccinations systématiques) ne suffisent pas à compenser un moindre produit à l’hectare. Un verrou majeur est le déficit de gestion collective de la filière verticale (absence totale de débouché en AB pour les animaux maigres, en particulier) qui se traduit par un problème aigu de sous-valorisation puisque dans l’échantillon enquêté 71% des animaux sont vendus sans signe de qualité : nul doute qu’il s’agit là d’une priorité d’action. En élevage ovin (Benoit et Laignel), également sur la base d’un échantillon malheureusement restreint, les différences de performances techniques et économiques des élevages conventionnels versus bio varient sensiblement selon la localisation géographique, plaine ou montagne ; il est de ce fait difficile (et dangereux) de dégager des enseignements généraux valables pour l’élevage bio dans son ensemble. L’étude détaillée des adaptations des systèmes d’élevage aux potentialités agronomiques réalisée sur quatre fermes expérimentales montre néanmoins le rôle clé de la variable «autonomie alimentaire». Par suite, la situation économique des élevages ovins bio est plus difficile en zone de montagne où l’autonomie alimentaire, voire fourragère, est moindre (l’achat des aliments non produits sur l’exploitation représente 41% du prix de vente des agneaux dans l’échantillon enquêté). In fine, cela suggère que la variabilité des performances de l’élevage ovin bio, de plaine et de montagne, dépend plus du coût de l’aliment et de la valorisation des agneaux que de la productivité numérique. L’article de Benoit et al porte également sur l’élevage ovin biologique, plus précisément la comparaison de deux systèmes ovins allaitants AB différant par le rythme de reproduction des animaux. Cela montre que les performances de l’élevage ovin AB ne s’améliorent pas quand le rythme de reproduction est accéléré, le faible avantage de productivité numérique ne permettant pas de compenser l’augmentation des consommations d’aliments concentrés et la moindre qualité des agneaux. Au final, cela illustre la plus grande difficulté à piloter le système AB le plus intensif. L’article de Coquil et al relève aussi d’une approche systémique appliquée cette fois à l’élevage bovin laitier. Il porte sur l’analyse d’un dispositif original de polyculture-élevage mis en place à la Station Inra de Mirecourt reposant sur la valorisation maximale des ressources du milieu naturel et accordant une importance première à l’autonomie en paille et à la culture des légumineuses (protéagineux, luzerne). Le cheptel valorise les produits végétaux (prairies et cultures) et assure la fertilisation des parcelles en retour. L’autonomie alimentaire étant privilégiée, les effectifs animaux sont une variable d’ajustement, situation plutôt inhabituelle par comparaison avec des élevages laitiers conventionnels qui cherchent en premier lieu à maintenir les cheptels et les capacités de production animale. Les premiers retours d’expérience suggèrent une révision du dispositif en maximisant les synergies et les complémentarités plutôt que de considérer que l’une des deux activités, la culture ou l’élevage, est au service de l’autre. Cabaret et al proposent un éclairage sur les problèmes sanitaires en élevage biologique. Sur la base, d’une part, d’une analyse des déclaratifs des acteurs de l’élevage, et, d’autre part, d’évaluations aussi objectivées que possible, les chercheurs montrent qu’il n’y aurait pas de différence notable entre l’AB et le conventionnel sur le plan des maladies infectieuses et parasitaires (nature, fréquence). La gestion de la santé des cheptels AB repose davantage sur l’éleveur que sur les prescripteurs externes auxquels il est moins fait appel, et sur une planification sanitaire préalable privilégiant la prévention et une réflexion de plus long terme sur la santé globale du troupeau, l’ensemble des maladies qui peuvent l’affecter, etc. La planification n’est pas uniquement technique. Elle requiert aussi l’adhésion des éleveurs. De fait, l’enquête analysée dans cet article relative aux élevages ovins allaitants met en lumière l’importance de ces aspects individuels et culturels sur la gestion de la santé en élevage biologique. Les alternatives aux traitements anthelminthiques en élevage ruminant AB font l’objet de nombreux travaux (Hoste et al). Différents moyens de lutte contre les parasitoses sont mis en œuvre : gestion du pâturage de façon à limiter le parasitisme helminthique (rotations, mise au repos, assainissement), augmentation de la résistance de l’hôte (génétique, nutrition, vaccination), et traitements alternatifs des animaux infectés (homéopathie, phytothérapie, aromathérapie). Les protocoles d’évaluation objective de ces traitements alternatifs posent des problèmes méthodologiques non totalement résolus à ce jour. Mais traiter autrement, c’est aussi réduire le nombre de traitements anthelminthiques de synthèse via un emploi plus ciblé (saison, catégories d’animaux). Au total, de par la contrainte du cahier des charges à respecter, l’élevage biologique a recours à l’ensemble des moyens de lutte contre les maladies parasitaires. Dans le cadre de cette approche intégrée de la santé animale, l’élevage biologique peut jouer un rôle de démonstrateur pour l’ensemble des systèmes d’élevage concernés par le problème de la résistance et des alternatives aux anthelminthiques utilisés à grande échelle. Même si la réglementation n’impose pas de conduites de reproduction spécifiques en élevage AB, elle contraint fortement les pratiques, notamment l’utilisation des traitements hormonaux. L’impact de ces contraintes est particulièrement fort en élevage de petits ruminants (où le recours à des hormones de synthèse permet l’induction et la synchronisation des chaleurs et des ovulations) et en production porcine (où la synchronisation des chaleurs et des mises bas est très pratiquée). Néanmoins, Pellicer-Rubio et al rappellent que des solutions utilisées en élevage conventionnel peuvent également être mobilisées en élevage biologique, l’effet mâle et les traitements photopériodiques naturels notamment, et ce dans toutes les filières, en particulier celles fortement consommatrices de traitements hormonaux. De façon générale, les marges de progrès sont encore importantes et les solutions seront inévitablement multiformes, combinant diverses techniques selon une approche intégrée. Ici aussi, l’AB veut être valeur d’exemple, en particulier dans la perspective d’une possible interdiction des hormones exogènes en productions animales. L’article de Bellon et al conclut le numéro. Il met l’accent sur quatre thématiques prioritaires de recherche à développer, à savoir 1) la conception de systèmes d’élevage AB, 2) l’évaluation de l’état sanitaire des troupeaux et le développement d’outils thérapeutiques alternatifs, 3) la maîtrise de la qualité des produits et 4) l’étude des interactions entre élevage AB et environnement. A ces quatre orientations, on ajoutera la nécessité de recherches sur l’organisation des filières, la distribution, les politiques publiques, etc. dans la perspective de différenciation et de valorisation par le consommateur des produits issus de l’élevage biologique. Dans le droit fil de ces conclusions, l’Inra a lancé, ce printemps, un nouvel appel à projets de recherche sur l’AB dans le cadre du programme dit AgriBio3 (programme qui prend la suite de deux premiers programmes également ciblés sur l’AB). Les deux grandes thématiques privilégiées sont, d’une part, les performances techniques de l’AB (évaluation, amélioration, conséquences sur les pratiques), et, d’autre part, le développement économique de l’AB (caractérisation de la demande, ajustement entre l’offre et la demande, stratégie des acteurs et politiques publiques). Ce programme, associé à d’autres initiatives nationales (appel à projets d’innovation et de partenariat CASDAR du ministère en charge de l’agriculture) et européennes (programme européen CORE Organic en cours de montage, suite à un premier programme éponyme), devrait permettre, du moins nous l’espérons, de répondre aux défis de l’AB, plus spécifiquement ici à ceux de l’élevage biologique. Un enjeu important est aussi que les innovations qui émergeront de ces futurs programmes, tout comme des travaux pionniers décrits dans ce numéro, constituent une source d’inspiration pour faire évoluer et asseoirla durabilité d’autres formes d’élevage.

L’activité de reproduction du taureau est fonction de facteurs internes (génétiques, physiologiques) et externes (environnement social, conditions de stimulation), expliquant des variations interindividuelles importantes de l’efficacité sexuelle et de la production spermatique. Au cours de la période de développement, des privations sociales importantes (élevage en boxes individuels, absence de contact hétérosexuel) pendant la période prépubertaire n’ont pas, comme dans d’autres espèces (notamment chez le bélier), de conséquences défavorables sur le comportement sexuel ultérieur du taureau. Chez les taurillons d’engraissement, le comportement homosexuel peut avoir des répercussions économiques négatives non négligeables. A l’âge adulte, les relations socio-sexuelles dans un groupe de taureaux sont principalement influencées par l’âge et la densité de population. L’élevage en groupes peut, en fonction de l’âge à la réunion, influer sur l’agressivité intraspécifique et la stabilité de la hiérarchie, elles-mêmes en relation avec l’efficacité des taureaux en compétition sexuelle, dans le cas d’une utilisation en saillie naturelle. En insémination artificielle, les techniques d’élevage et de stimulation sexuelle lors des collectes de semence sont parfaitement maîtrisées, de même que les risques d’agressivité interspécifiques (relations homme-animal). L’arrêt volontaire et temporaire des collectes de semence (lay-off), pendant l’attente des résultats de testage n’a pas de conséquences défavorables sur le comportement sexuel ultérieur, ni sur la production spermatique. Elle permet des économies substantielles. Les nombreuses études portant sur le comportement sexuel des bovins mâles et ses conséquences permettent une utilisation optimum des reproducteurs, tant en saillie naturelle qu’en insémination artificielle et une adaptation des conditions d’élevage des jeunes mâles destinés à l’engraissement.

La dimension planétaire des problématiques de recherche (développement durable, changement climatique, gestion de la biodiversité, qualité de l’eau, qualité et sécurité de l’alimentation, maladies émergentes, bioénergies), la nécessité d’accroître encore à l’avenir l’offre alimentaire mondiale pour répondre à une démographie galopante, et l’évolution du statut de l’animal replacent les pratiques d’élevage, les animaux et leurs produits au coeur de débats de société. Après un tour d’horizon des grands enjeux auxquels seront confrontés les agronomes de demain, quelques axes de recherche prioritaires sont brièvement esquissés. Ils entrent totalement dans l’objectif d’une recherche agronomique finalisée pour une alimentation adaptée, un environnement préservé et une agriculture compétitive et durable, en lien avec l’ensemble des acteurs publics et privés. Les relations entre l’élevage, ses produits et l’environnement devront être explorées, analysées, modélisées pour faire évoluer nos pratiques et tenter de réconcilier élevage et écologie. L’analyse des grands enjeux qui conditionnent l’évolution de la place des produits animaux dans l’alimentation de l’Homme permettra de revisiter notre dispositif de recherche et d’apporter une dimension intégrative indispensable aux travaux de recherche. Le formidable potentiel de progrès et d’innovation offert par la génomique et la post-génomique devra être exploré. La maîtrise des processus infectieux, émergents ou récurrents, nécessitera la mise oeuvre d’une véritable écologie des maladies, intégrant la dimension environnementale. Pour s’approprier pleinement ces différentes dimensions, les chercheurs en sciences animales devront résolument ouvrir leurs réflexions et leurs projets à d’autres disciplines (écologie, agronomie, nutrition humaine, sociologie, économie de l’élevage et des produits…), et construire leurs questions de recherche en diversifiant leurs partenariats, dans le cadre d’un dialogue renouvelé et constructif avec la société.

Dans un contexte de développement durable, trouver des moyens de réduire l’impact environnemental de la production avicole est d’une grande importance. L’estimation des paramètres génétiques de nombreux caractères de rejets chez les lignées divergentes D+ et D- nous a permis de définir plusieurs critères pertinents à prendre en compte dans les schémas de sélection pour maîtriser l’excrétion des poulets. Nous avons également montré que l’utilisation de ces critères n’aurait pas de conséquences négatives sur les caractéristiques d’importance économique pour l’industrie avicole. Enfin, nous avons pu montrer que la morphologie du tractus gastro-intestinal était très fortement impliquée dans les variations d’excrétion des poulets. En effet, un important développement du proventricule et du gésier et une réduction du développement de l’intestin grêle sont associés aux animaux produisant moins de rejets et présentant une meilleure efficacité digestive
The reduction of the environmental impact of poultry production is crucial to ensure its sustainability. The estimation of genetic parameters of several excretion characteristics in D+ and D- divergent lines allowed us to define pertinent criteria that could be included in selection schemes in view to reduce chicken excretion. We also showed that using these criteria would not have negative consequences on the traits of economic importance for poultry industry. Finally, we showed that the gastro-intestinal tract morphology is highly implied in the variations of excretion between chickens. Indeed, an important development of the proventriculus and gizzard and a reduction of the small intestine development were associated with birds producing less excreta and showing a higher digestive efficiency

Tandis que "sont reputées agricoles toutes les activités correspondant à la maitrise et à l'exploitation d'un cycle biologique de caractère végétal ou animal", l'agriculture s'eloigne chaque jour un peu plus du respect du vivant. Après la seconde guerre mondiale, en France et dans les pays industrialisés, l'agriculture connait une profonde révolution technique, economique et sociale, dont les effets sur le plan de l'environnement n'ont pas été percus tout de suite. Aujourd'hui, pourtant, le droit se saisit de la question des atteintes à l'environnement d'origine agricole. Mais c'est l'ambiguité fondamentale de l'intervention du droit dans son approche des rapports entre l'activité agricole et la protection de l'environnement qu'il convient de souligner. A l'image de ce que l'on peut observer en matière de pollutions industrielles, notre système juridique impose la protection de l'environnement comme s'il s'agissait d'une valeur etrangère, à l'acte de production. Or l'activité agricole ne consiste pas à produire des rasoirs jetables ou des aspirateurs. L'agriculture produit du vivant. C'est dire que la protection de l'environnement ne devrait pouvoir être obtenue que par l'intégration complète de cette valeur à l'acte de production. Or le droit ne permet pas actuellement de rendre compte de la specificite des rapports entre l'acte de production agricole et la question de l'environnement. Ce faisant, il contribue à renforcer le modèle de production intensive sans parvenir à prevenir les risques pour la santé humaine,les ressources naturelles et la qualite de vie dont ce modèle est porteur. Si l'on pouvait penser que la protection de l'environnement et l'activité agricole ont une vocation naturelle à se concilier, l'analyse juridique montre qu'actuellement il n'en est rien
While "all activities dealing with the control and exploitation of a vegetal and animal biological cycle are agricultural", agriculture more every day abandons respect for nature. Since world war ii, agriculture in france and in other industrialised countries has undergone a deep technical, economical and social revolution. Its influence on environment was not immediately perceived. Law is, now concerned with environnmental nuisances due to agricultural activities. However it is the fondamental ambiguity of the law relative to the connection in between environnemental protection and agricultural activity that must, overall be emphasized. Just as it is with industrial pollution, law deals with environmental protection as if it was a value that had nothing to do with production and as if production was not involved in it. But agricultural activity does, obviously, not consist in manufacturing disposable goods. It produces life. This is why environmental protection needs to be integrated in the production process to achieve it goals. But so far, the specificity of the relationship between environmental protection and agricultural production has not been taken into account. Consequently, the intensive production model is reinforced without managing to prevent risks for health, natural ressources and quality of life. One could think that environnemental protection and agricultural activity would naturally combine, but legal analysis shows that we are, at the present day, far from this

La spécialisation des systèmes agricoles et des territoires montre ses limites, principalement d’un point de vue environnemental mais aussi économique si les prix augmentent. La diversification et l’intégration de culture et d’élevage au sein des exploitations apparaît être une solution de production plus durable, mais leur fonctionnement n’est pas totalement appréhendé. Nous émettons les hypothèses qu’il existe des conditions d’intégration sous lesquelles les systèmes de polyculture-élevage (PCE) sont effectivement plus durables que les systèmes spécialisés et que les méthodes de caractérisation et d’évaluation des systèmes de polyculture-élevage ne permettent pas d’identifier ces conditions. Dans l’objectif de vérifier ces hypothèses, nous avons développé le modèle Sheep’n’Crop pour simuler des systèmes de polyculture-élevage ovin allaitant contrastés auxquels deux types d’analyses ont été effectuées : (i) analyses d’indicateurs économiques, de productivité et environnementaux (GES, MJ, bilan N) à l’échelle de l’exploitation agricole et des ateliers de production en vue d’évaluer la durabilité des systèmes, et (ii) analyse d’efficience énergétique à partir de la méthode de frontière de production DEA pour caractériser la complémentarité des ateliers de culture et d’élevage. Ces analyses ont été menées sur trois stratégies de production à possibilités d’interactions décroissantes – systèmes intégrés, non-intégrés, diversifiés fictifs – au sein desquels l’organisation culture-élevage (% culture) et la saisonnalité de la production ovine (printemps ou automne) varient. L’évaluation de la durabilité montre que les interactions culture-élevage et une mise-bas de printemps permettent d’améliorer tous les indicateurs de durabilité, mais un pourcentage de culture élevé réduit les performances pour la consommation d’énergie non-renouvelable et le bilan azoté. La caractérisation de l’intégration des systèmes PCE par leur gain d’efficience énergétique – la complémentarité - montre que les systèmes intégrés et non-intégrés simulés sont plus efficients que les systèmes diversifiés fictifs de +6.4% et +0.4%. Le lien entre l’indicateur de complémentarité et la durabilité des systèmes est néanmoins difficile à établir étant donné l’existence de trade-off. Nous recommandons de compléter ces résultats en améliorant la considération des contextes pédoclimatiques et socio-économique, de l’efficience d’échelle de production, du niveau d’intensification de l’atelier animal et des effets agronomiques et techniques des interactions culture-élevage
Specialization of farming systems and territories are not environmental-friendly, moreover those systems are threatened by the expected higher prices of inputs of production. Diversification and integration of crop and livestock at the farming system scale appears to be a valuable way to enhance farming system sustainability. We posit that they must be conditions of integration that permit mixed crop-livestock systems to be more sustainable than specialized systems and that existing methods of mixed crop-livestock systems characterization do not permit identifying those conditions. To test those hypothesis, we designed a whole-farm model – Sheep’n’Crop – that permits simulating contrasted mixed crop-livestock systems and evaluating (i) their sustainability through economic, productive and environmental (MJ, GHG, N balance) indicators and (ii) their energetic efficiency through a DEA production frontier analysis in order to characterize the complementarity that exists between crop and livestock subsystems. Those analyses were run on three contrasted farming system strategies, distinguished by a decreasing possibility of interactions between crop and livestock subsystems: integrated systems, non-integrated systems and virtual diversified systems. Those systems are also characterized by various crop-livestock organizations (% of crops) and lambing’s periods (spring or autumn). The analysis of sustainability indicates that crop-livestock interactions and spring seasonality permit enhancing each performance of sustainability. However, a high percentage of crops makes decrease the MJ consumption and N balance performances. The characterization of mixed crop-livestock systems through their energetic efficiency gains – the complementarity – show that integrated and non-integrated systems are respectively more efficient than virtual diversified systems by +6.4% and +0.4%. Comparing the complementarity index and indicators of sustainability of farming systems, we highlighted the existence of trade-off. Before analyzing and identifying the best trade-off compromise, we recommend completing our results by testing various pedoclimatic and socio-economic context, the effect of scale efficiencies, the effect of livestock intensification and increasing agronomic and technical effects of crop-livestock interactions

Un paradigme (appauvrissement Vs enrichissement du milieu) sert depuis un demi-siècle à explorer, notamment chez des rongeurs, les modifications engendrées par différentes conditions d'élevage. Il est montré que celles-ci induisent des transformations biologiques comportementales. Néanmoins, de nombreuses lacunes existent, qu'une revue de détail met en exergue tant au plan théorique que méthodologique. Dans le but d'améliorer ce modèle expérimental, les répercussions comportementales d'un enrichissement du milieu par rapport aux conditions standards d'élevage des rats en laboratoire sont étudiés. Pour ce faire, les performances individuelles des individus ont été évaluées à l'aide de tests d'exploration, d'anxiété et d'apprentissage. Les résultats montrent que les rongeurs élevés dans un milieu plus stimulant que la normale sont plus actifs que leurs homologues standards. Cette réactivité comportementale participe d'une meilleure adaptation à la nouveauté, mais témoigne aussi de capacités cognitives accrues. En outre, les rats ont été confrontés à une situation qui induit un phénomène de différenciation sociale, dans laquelle émergent des rôles articulés autour de la propension à acquérir de la nourriture. La confrontation de rats issus d'une même condition d'élevage aboutit à une répartition similaire des rôles. En revanche, la confrontation d'individus issus de conditions d'élevage différentes modifie radicalement la répartition : les rats standards deviennent préférentiellement pourvoyeurs de nourriture, alors que les rats enrichis deviennent plutôt voleurs. Cette ségrégation des rôles semble imputable à la différence d'espace dans les cages d'élevage, et aux interactions qui en découlent. En définitive, il apparaît qu'un séjour en milieu enrichi permet d'accroître les performances individuelles des rats, mais aussi que les interactions sociales se trouvent affectées. Les conséquences du recours à des conditions d'élevage plus stimulantes que la normale sont examinées, et les perspectives d'extrapolation sont discutées
For half a century a model (environmental impoverishment Vs enrichment) has been used to examine, mostly in rodents, the modifications triggered by various rearing conditions. It has been shown that these conditions produce biological as well as behavioral changes. Yet, there are many insufficiences, which are highlighted in a detailed theoritical methodological review. To improve this experimental model, the study focuses on the behavioral influences of an enriched environment compared with standard rearing conditions of laboratory rats. To achieve this, individual performances of the subjects were evaluated with exploration, anxiety and learning tests. Results show that rats reared in a more stimulating environment are more active than their standard counterparts. This behavioral reactivity can be attributed to a better adaptibility to novelty, but it also shows enhanced cognitive abilities. In addition, rats were confronted with a situation of social differentiation, in which emerged roles based around the capacity to get food. The confrontation of rats from the same rearing condition leads to a similar role pattern. Yet, the confrontation of rats from both rearing conditions greatly changes the role differentiation : standard rats tend to become food suppliers whereas enriched rats become mostly stealers. This role segragation may be attributed to the difference in the space available in rearing cages, and to the interactions engendered. In short it is apparent that a period spent in an enriched environment not only enables to improve rats' individual performances, but also that it has an effect on social interactions. The consequences of more stimulating rearing conditions are examined, and extrapolatory perspectives are discussed

L'ecopathologie represente une approche systemique de la pathologie d'elevage. Elle concerne essentiellement les malades d'etiologie multifactorielle. A partir de divers referentiels sanitaires (facteurs de variation temporelle et spatiale), et en fonction de certaines normes de comportement, l'eleveur realise des pratiques qui conduisent a des performances sanitaires. De ce fait, ces pratiques peuvent constituer des facteurs de risque. Cependant, les performances sanitaires dependent aussi des ressources et du milieu environnant. Les performances et l'environnement ainsi que les productions du systeme d'elevage peuvent etre perceptibles a partir d'indicateurs du fonctionnement tel que l'indice de proprete pour l'hygiene. Ces indicateurs sont indispensables pour que l'eleveur opere ses choix techniques et que le veterinaire gere la sante du troupeau

Comment l’évolution des paysages, espaces ressources des systèmes d’élevage extensifs, influence t-elle les pratiques pastorales mises en œuvre par les éleveurs, tout en sachant que ces paysages sont construits par les pratiques agricoles et pastorales passées ou en cours ? La question a été abordée sur deux terrains contrastés présentant des taux d’occupation différentiels : les terroirs de Ouara et de Torokoro, tous deux en zone de savanes sub-humide (900-1000 mm de pluie) du Burkina Faso. Le paysage est analysé à deux échelles spatiales et temporelles. A l’échelle du terroir, l’évolution des paysages a été abordée selon une approche diachronique. Une modélisation des transformations paysagères à trois dates (1956, 1983 et 1998), montre les tendances de reconversion dans les types d’occupation des terres. Ces transformations paysagères ont été ensuite confrontées aux dynamiques socio-économiques pour dégager les facteurs-clés des évolutions paysagères en cours. A l’échelle de la station, l’évolution de la biodiversité végétale dans les paysages est abordée par une approche synchronique qui compare la composition floristique de pâturages soumis à différents degrés de pressions pastorales et ce, sur des végétations naturelles et transformées à travers des études de cas. Le dernier volet de l’étude confronte l’évolution du paysage et la mobilité du cheptel à travers une analyse comparée des modes de conduites au pâturage en fonction des contextes écologiques. Les déterminants de la mobilité pastorale sont proposés aussi bien pour la conduite quotidienne qu’à l’échelle des saisons. Une application a été développée sous SIG pour modéliser le déplacement des troupeaux. Elle permet de calculer la fréquentation des différents faciès de végétation par les troupeaux bovins et d’y quantifier la pression de pâturage
How landscape evolution, resources allocation for extensive livestock production systems, impact the current pastoral practices, taking into consideration that these landscapes are the result of past and current agricultural and pastoral practices. To answer this question, two contrasted territories characterised by different rates of land occupation (Ouara and Torokoro) were studied both located in the sub-wet zone (900-1000 mm precipitation) of the Burkina Faso savannas. Our landscape analysis is based on two spatial and temporal scales. On territories scale, landscape evolution was analysed through a diachronic approach. Landscape transformations modelling processed at three dates (1956, 1983 and 1998), showed the conversion trends in the type of land occupation. These landscape transformations are then matched with socio-economic dynamics to identify and point out the key factors of the landscape evolutions. At the scale of the station the evolution of plant biodiversity is studied through a synchronic approach which compares the floristic composition of pastures subjected to various types of pastoral pressures. The last part of the study compares herd’s mobility according the two different ecological environments. Determinants of pastoral mobility are suggested for daily and seasonal herding. A software application was developed under SIG to model the cattle movement. It is then possible to evaluate and study the herd’s presence on the various vegetation types and quantify the grazing pressure

Identifier des systèmes de productions agricoles capables de produire plus en prélevant moins de ressources et en émettant moins d’externalités négatives apparait comme une nécessité au regard du défi de nourrir 9,6 milliards d’êtres humains en 2050. Dans un programme ANR-EPAD multidisciplinaire, nous avons proposé d’explorer les outils micro-économiques d’analyse de la productivité que sont les frontières d’efficience pour apporter un nouveau regard sur le développement durable des productions animales.Empiriquement, les modèles ont montré que selon les objectifs poursuivis dans la réduction de l’éco-inefficience (réduction des inputs ou de la pollution, augmentation des outputs), les marges de progression variaient notablement. L’exploration des modèles "duaux" a démontré que les méthodes de frontières d’efficience permettent de définir les coûts implicites des externalités non-monétaires. Nos évaluations du prix d’équivalent carbone sont proches des niveaux observés des taxes carbones. Le calcul de coûts négatifs pour les excédents azotés a souligné l’intérêt des débats actuels sur l’intégration des outputs indésirable dans la méthode DEA (Data Envelopment Analysis), mais également la nature ambivalente de cet indicateur (source de pollution pour le sol ou l’air, ou de richesse en tant que fertilisant organique). Enfin, nous avons développé une approche innovante de modélisation des déterminants de l’éco-efficience. En couplant le modèle "whole-farm" GAMEDE à la méthode DEA, nous avons mis en évidence les pistes de réflexion qu’ouvre l’exploration de nouveaux types de modélisation en agronomie comme la "simulation-based optimization" ou l’ "inverse modelling"
The challenge of feeding 9.6 billion people in 2050 requires to identify sustainable livestock production systems that are able to produce more agricultural products while consuming less resources and producing less externalities. As part of a multidisciplinary research program (ANR-EPAD), we explored microeconomic tools for productivity analysis such as efficient frontiers to shed a new light on sustainable development of livestock production. Our models empirically showed that the progress margins can significantly differ depending on the objectives pursued in the context of eco-inefficiency reduction (input and pollution reduction, output augmentation). Exploration of "dual" models also showed that efficient frontier methods were relevant to provide an economic valuation of non-monetary negative externalities. For instance, our results on the economic value of carbon emissions were close to the observed carbon tax levels. The possibility for farmers to consider that nitrogen surpluses can generate some revenue illustrates the current debate on the integration of undesirable outputs in the Data Envelopment analysis (DEA), and the ambivalence of this indicator of environmental impact as well (either considered as a source of pollution to the air or soil as well as a source of income through organic fertilization). We developed an innovative approach to assess the determinants of eco-efficiency in livestock production. By combining GAMEDE (a "whole-farm" model) with a DEA methodology, we highlighted the potential for further questioning raised by the exploration of new types of modelling in agronomy (such as "simulation-based optimization" or "inverse modelling")

La consommation de produits animaux est en augmentation au niveau mondial, mais les impacts environnementaux de l'élevage sont décriés. La recherche est interpellée pour aider à concevoir des systèmes de production à la fois efficaces et plus respectueux de l'environnement. Dans ce contexte, le projet de modélisation MELODIE consiste à simuler sur le long terme et de façon dynamique les flux d'éléments dans les exploitations laitières, en intégrant les processus décisionnels des éleveurs. Les émissions de composés à risque pour l'environnement calculées par le modèle permettent d'évaluer ex ante et en multi-critères les pressions sur l'environnement, en relation avec la variabilité climatique. Au cours de cette thèse, nous avons construit la première version du simulateur à partir d'une analyse orientée objet générique et évolutive. Cette version, qui intègre la gestion du système et les flux de carbone et d'azote, est évolutive et permet d'envisager de nombreux développements (économie, travail,

Ce travail, en s'appuyant sur les théories des représentations sociales, et sur le cas des pâturages dans les Cerrados brésiliens, montre qu'il n'existe pas de définition objective de la dégradation des ressources naturelles : celle-ci ne prend de sens que par rapport aux fonctions attribuées aux ressources considérées, fonctions socialement définies et situées.
Ainsi la définition adoptée par le milieu de la recherche agronomique est marquée par les objectifs de colonisation agricole de la région, d'intensification et de modernisation de l'agriculture qu'il poursuit. Pour le milieu "socio-environnementaliste", elle est marquée par des objectifs de résistance au processus de colonisation de la région et de défense des intérêts des petits producteurs longtemps ignorés des politiques agricoles.
Concernant les producteurs, le sens qu'ils donnent à la dégradation des pâturages est lié à leur relation pratique à cette ressource. Dans un contexte de changement technique, on montre que les agriculteurs construisent de nouvelles représentations et que cette construction est nécessaire pour donner un sens aux innovations et au concept de dégradation introduits par les techniciens.
Résoudre les problèmes de dégradation nécessite d'admettre leur statut de construction sociale et le rôle que les agriculteurs doivent jouer dans la construction d'un concept commun de dégradation.