Letteratura scientifica selezionata sul tema "Déterminant de virulence"

Cet article interroge les types de manifestations de la monstruosité dans la prose narrative d’Éric Chevillard (Scalps et Démolir Nisard). Questionnant ses lieux (déclaration de la monstruosité de personnages par l’instance narrative) et sa dynamique dans les oeuvres (la violence révélant une performativité déterminante dans l’établissement d’individus monstrueux), il permet de mieux comprendre le déplacement et la subversion associés à la virulence langagière et au dire-monstre dans les récits mis en place par Chevillard.

Ladislav MATEJKA, Université du Michigan, Ann Arbor : «La réponse de Jakobson à Saussure» Il est difficile de trouver un linguiste occidental qui ait joué un rôle aussi important que Saussure dans la formation du cadre conceptuel de Jakobson. L’impact de Saussure sur les linguistes russes dans les années 20 est bien documenté dans l'exposé que fit M. N. Peterson sur la doctrine saussurienne dans la revue Pečat' i Revoljucija en 1923, dans les remarques enthousiastes de R. Šor dans le Jafetičeskij sbornik de N. Marr (1927), et, en particulier, dans le livre de V.N. Vološinov (M. Bakhtine) Le marxisme et la philosophie du langage (1929). Celui-ci écrit : «On peut affirmer que la majorité des penseurs russes dans le domaine de la linguistique sont sous l'influence déterminante des observations saussuriennes sur les signes et leur rôle dans la communication humaine». Pour Jakobson, la contribution linguistique de Saussure a été une source durable d'inspiration, mais aussi une cible continuelle pour ses attaques virulentes et souvent dévastatrices. Tout au long de sa carrière scientifique, Jakobson a mis en question l 'insistance de Saussure à séparer la synchronie et la diachronie, son accent mis sur l'arbitraire du signe verbal, son interprétation des procédures syntagmatiques et paradigmatiques et, tout particulièrement, sa conception du phonème. Dans une certaine mesure, la critique de Jakobson reflète ses années d'études dans le milieu des Néo-grammairiens moscovites conservateurs, qui avaient de la méfiance envers les courants occidentaux modernes. Jakobson continua de combattre Saussure jusqu'aux dernières années de sa vie, comme en témoigne le «Retrospect» du 6ème volume de ses Selected Writings, achevé par Jakobson en février 1982. Si nous nous tournons vers les critiques persistantes que Jakobson adresse aux principes fondamentaux de Saussure, on peut se demander s'il reste quelque chose qui n ' ait pas été invalidé durant toutes ces années d'attaques répétées. Pourtant, il serait erroné de considérer les critiques que fait Jakobson à la doctrine saussurienne comme un rejet absolu. Il semble plus approprié d'envisager le dialogue unilatéral de Jakobson avec Saussure comme une contribution complémentaire au développement de la linguistique du XXème siècle.

Dossier "PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait Avant-propos Le lait est un produit animal complexe à l’origine de multiples valorisations en alimentation humaine : laits de consommation incluant les laits infantiles, fromages, beurres, crèmes, yaourts, desserts et boissons lactées, ingrédient dans une grande diversité de pâtisseries et de plats cuisinés, etc. Il s’agit donc d’un pilier de l’alimentation humaine y compris à l’âge adulte et ce depuis des milliers d’années. Toutefois, les demandes des consommateurs et de la société ont évolué rapidement ces dernières années et les exigences en matière de qualité des produits se sont complexifiées (Le Bihan-Duval et al 2014). Tout d’abord du point de vue du consommateur, en particulier occidental, l’alimentation doit désormais répondre à une diversité d’attentes. A la demande en « quantité » d’après-guerre, se sont en particulier ajoutées des exigences sanitaires, des exigences organoleptiques, de traçabilité du produit, des exigences nutritionnelles, et après une période « nutrition - santé » (Cniel 2011), une exigence croissante de « naturalité ». De plus, du point de vue du citoyen, la qualité intègre l’environnement, le bien-être animal, les conditions de production. Une partie des consommateurs a d’ailleurs évolué vers une stratégie d’achat « responsable » (Cniel 2011). Simultanément, le lait, bien que bénéficiant d’une image traditionnellement et majoritairement favorable à plusieurs titres, est confronté ces dernières années à des remises en causes parfois virulentes (allergies, intolérances, rejet des matières grasses saturées et trans…) qui s’installent probablement durablement dans les rapports des consommateurs avec le lait (Cniel 2011). Malgré ce contexte exigeant et changeant, jusqu’à aujourd’hui, au-delà des quantités totales en matières grasses et protéiques, peu de dispositifs sont disponibles et mis en œuvre pour suivre, qualifier, voire piloter la composition fine du lait « en sortie de ferme ». Le lait a suivi, avec le développement du secteur laitier, un processus de standardisation conformément au principe du « lait apte à toute transformation », devenant une matière première à laquelle l’application de procédés de fabrication variés donne de la valeur. Ce constat est à moduler pour les filières AOP fromagères. La composition fine du lait, en particulier la variabilité des profils en acides gras et en protéines, n’est pas ou peu valorisée, ni au niveau de la production, ni au niveau de la transformation. Dans le contexte actuel, traiter le lait de manière indifférenciée peut être contre-productif, en particulier si l’on reconsidère la richesse intrinsèque de la matière première « lait » et le fait que la composition du produit final reflète largement la composition du lait d’origine (Lucas et al 2006). Le lait « en sortie de ferme » se situe à la charnière entre l’amont et l’aval des filières laitières et, à ce titre, est idéalement placé pour être une source importante de compétitivité et d’adaptabilité des filières laitières dans leur globalité. Le sujet de la composition fine du lait a bien entendu fait l’objet de travaux bien avant que le programme PhénoFinlait ne soit imaginé et mis en œuvre. Ainsi, les liens entre alimentation et profil en acides gras (Chilliard et al 2007, Couvreur et al 2007, Hurtaud et al 2007) ou encore les variants génétiques des lactoprotéines majeures (Grosclaude et al 1987, Grosclaude 1988) ont été étudiés généralement à partir de dispositifs expérimentaux. Ces connaissances ont servi de point de départ et d’assurance sur la faisabilité et l’intérêt d’engager un programme à grande échelle. L’ambition de PhénoFinlait était alors de transposer ces connaissances et hypothèses en élevages privés avec une grande diversité de systèmes d’alimentation et de coupler cela à une analyse conjointe du déterminisme génétique afin d’apporter aux éleveurs et à leurs filières des outils et des réponses globales. De nombreuses nouvelles références étaient bien évidemment à établir, mais l’un des enjeux majeurs portait et porte toujours sur les possibilités de transfert aux filières. Les développements à la fois de la spectrométrie dans l’infra-rouge et de la sélection génomique ont ouvert de nouvelles portes en matière d’accès à la composition fine du lait à coûts réduits et d’analyses de ses déterminants génétiques.Les travaux pionniers de la Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Soyeurt et al 2006) ont ainsi ouvert la voie à l’estimation de nombreux composants fins du lait à partir d’une exploitation plus fine des données d’absorbance de la lumière dans le Moyen Infra-Rouge (MIR) principalement. Le principe est simple : la spectrométrie MIR, utilisée pour estimer les taux de matière grasse et protéique en routine dans les laboratoires d’analyse du lait, peut aussi être utilisée pour quantifier individuellement certains composants fins. Des modèles de prédiction sont développés à partir d’un jeu d’échantillons caractérisés à la fois à l’aide d’une méthode d’ancrage et par un spectre MIR. Ces modèles sont ensuite appliqués aux données spectrales telles que celles produites dans le cadre des analyses laitières habituelles de paiement du lait à la qualité et de contrôle laitier. Plusieurs dizaines d’acides gras et protéines peuvent ainsi être estimés avec une précision satisfaisante et à un coût additionnel modeste par rapport aux analyses déjà réalisées en routine. Parallèlement, les avancées dans le domaine de la génomique permettent d’analyser et d’exploiter plus rapidement et plus finement le déterminisme génétique des caractères. Là encore, le principe est relativement simple : deséquations d’estimation du potentiel génétique des animaux pour les différents caractères sont établies à partir d’une population de référence (animaux génotypés et caractérisés d’un point de vue phénotypique). Cette population peut être de taille beaucoup plus restreinte que celle nécessaire pour mettre en œuvre une évaluation génétique « classique ». Par ailleurs, les équations produites permettent de déterminer le potentiel génétique d’un animal sans pour autant qu’il dispose lui-même (ou ses descendants) de phénotype mesuré (Robert-Granié et al 2011). L’un des enjeux en sélection est alors de concevoir et de mettre en œuvre des programmes de caractérisation phénotypique de populations de référence, ce que l’on a appelé des programmes de « phénotypage » à plus ou moins grande échelle. Le programme PhénoFinlait est l’un des premiers grands programmes de phénotypage à haut débit (Hocquette et al 2011) avec ses caractéristiques : phénotypage fin sur la composition du lait, dans des systèmes d’élevage caractérisés, en particulier, par l’alimentation, préalable à un génotypage à haut débit des animaux suivis. Face à ces enjeux pour la filière laitière et ces nouvelles potentialités techniques et scientifiques, les filières laitières bovine, caprine et ovine, les acteurs de l’élevage (conseil en élevage et laboratoires d’analyse du lait) et de la génétique (entreprises de sélection et de mise en place d’insémination), les instituts de recherche et de développement (Inra, Institut de l’Elevage, Actalia) et APIS-GENE ont décidé de se constituer en consortium afin d’unifier leurs efforts et de partager leurs compétences et réseaux. Le consortium, avec le soutien financier d’APIS-GENE, de l’ANR, du Cniel, du Ministère de l’Agriculture (fond dédié CASDAR et Action Innovante), de France AgriMer, de France Génétique Elevage, du fond IBiSA et de l’Union Européenne, a initié début 2008 un programme pour :- analyser la composition fine du lait en acides gras et en protéines par des méthodes de routine et des méthodes d’ancrage ultra-résolutives (protéines) ;- appliquer ces méthodes à grande échelle sur une diversité de systèmes et de races représentatives de la diversité de la ferme France afin d’identifier des facteurs influençant la composition fine du lait ;- optimiser la valorisation des ressources alimentaires et génétiques par le conseil en élevage ;- initier une sélection génomique. Au-delà de ces objectifs, le programme PhénoFinlait a été envisagé comme un investissement majeur et collectif pour les filières laitières françaises afin de leur permettre de conserver ou de développer des avantages compétitifs par la possibilité de mieux valoriser la composition fine et demain ultrafine (grâce à des méthodes plus fines encore que la spectrométrie MIR) du lait. Les bases de données et d’échantillons ont ainsi vocation à être exploitées et ré-exploitées pendant plusieurs années au fur et à mesure des demandes des filières et de l’avancée des connaissances et des technologies d’analyse du lait. D’autres pays se mobilisent également sur cette problématique : Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Danemark et Suède, Italie, Belgique, etc. Ce dossier de la revue Inra Productions Animales fait état des principales productions issues à ce jour du programme PhénoFinlait. Il n’a pas vocation à couvrir exhaustivement les résultats produits. En particulier, nous ne présenterons pas systématiquement l’ensemble des résultats pour l’ensemble des espèces, races et composants. Néanmoins, nous nous sommes attachés à présenter à travers trois articles de synthèse et un article conclusif les principales avancées permises par ce programme à partir d’exemples pris dans les différentes filières. Gelé et al, débutent ce dossier par une présentation du programme dans ses différents volets, depuis la détermination des élevages et animaux à suivre jusqu’à la collecte et la conservation d’échantillons (de lait et de sang), en passant par l’enregistrement en routine des spectres MIR, des conditions d’alimentation, le prélèvement d’échantillons de sang puis, plus tard, le génotypage sur des puces pangénomiques. Cet article développe plus particulièrement la méthodologie mise en place pour déterminer la composition du lait en acides gras etprotéines à partir de spectres MIR. Enfin, il dresse un bilan des données collectées, permettant d’actualiser les références sur la caractérisation des troupeaux, des femelles laitières, des régimes alimentaires, et du profil des laits produits dans les trois filières laitières françaises. Legarto et al, présentent ensuite les résultats relatifs à l’influence des facteurs physiologiques (stade de lactation...), alimentaires (à travers des typologies de systèmes d’alimentation), raciaux et saisonniers, sur les profilsen acides gras. Ces résultats mettent en évidence de nombreuses sources de variation de la composition du lait qui pourront être exploitées à différentes échelles : animal, troupeau et bassin de collecte. Enfin, Boichard et al, présentent une synthèse de l’analyse du déterminisme génétique des acides gras d’une part et des protéines d’autre part. Cette synthèse aborde les estimations de paramètres génétiques tels que l’héritabilité et les corrélations génétiques entre caractères de composition fine entre eux, et avec les caractères de production. Ces résultats permettent en particulier de définir les potentialités de sélection ainsi que les liaisons génétiques à considérer. Ces analyses ont aussi permis de mesurer l’importance du choix de l’unité d’expression des teneurs (en pourcentage de la matière grasse ou protéique, ou en pourcentage dans le lait). Dans une dernière partie, cet article présente les analyses de détection de QTL avec une analyse des co-localisations entre races, entre composants et avec des gènes majeurs connus. RéférencesBoichard D., Govignon-Gion A., Larroque H., Maroteau C., Palhière I., Tosser-Klopp G., Rupp R., Sanchez M.P., Brochard M., 2014. Déterminisme génétique de la composition en acides gras et protéines du lait des ruminants. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 283-298. Chilliard Y., Glasser F., Ferlay A., Bernard L., Rouel J., Doreau M., 2007. Diet, rumen biohydrogenation, cow and goat milk fat nutritional quality: a review. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 109, 828-855. Cniel, 2011. Lait, produits laitiers et société : France 2025 – Prospective collective. Note de synthèse sur les évolutions probables, juillet 2011. Couvreur S., Hurtaud C., Marnet P.G., Faverdin P., Peyraud J.L., 2007. Composition of milk fat from cows selected for milk fat globule size and offered either fresh pasture or a corn silage-based diet. J. Dairy Sci., 90, 392-403. Gelé M., Minery S., Astruc J.M., Brunschwig P., Ferrand M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarto J., Martin P., Miranda G., Palhière I., Trossat P., Brochard M., 2014. Phénotypage et génotypage à grande échelle de la composition fine des laits dans les filières bovine, ovine et caprine. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 255-268. Grosclaude F., Mahé M.F., Brignon G., Di Stasio L., Jeunet R., 1987. A Mendelian polymorphism underlying quantitative variations of goat αS1-casein. Génét. Sel. Evol., 19, 399-412. Grosclaude F., 1988. Le polymorphisme génétique des principales lactoprotéines bovines. Relations avec la quantité, la composition et les aptitudes fromagères du lait. INRA Prod. Anim., 1, 5-17. Hocquette J.F., Capel C., David V., Guemene D., Bidanel J., Barbezant M., Gastinel P.L., Le Bail P.Y., Monget P., Mormede P., Peyraud J.L., Ponsart C., Guillou F., 2011. Les objectifs et les applications d’un réseau organisé de phénotypage pour les animaux d’élevage. Renc. Rech. Rum., 18, 327-334. Hurtaud C., Peyraud J.L., 2007. Effects of feeding camelina (seeds or meal) on milk fatty acid composition and butter spreadability. J. Dairy Sci., 90, 5134-5145. Le Bihan-Duval E., Talon R., Brochard M., Gautron J., Lefevre F., Larzul C., Baeza E., Hocquette J.F., 2014. Le phénotypage de la qualité des produits : enjeux de société, scientifiques et techniques. In : Phénotypage des animaux d’élevage. Phocas F. (Ed). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 223-234. Legarto L., Gelé M., Ferlay A., Hurtaud C., Lagriffoul G., Palhière I., Peyraud J.L., Rouillé B., Brunschwig P., 2014. Effets des conduites d’élevage sur la composition en acides gras du lait de vache, chèvre et brebis évaluéepar spectrométrie au moyen infrarouge. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds).Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 269-282. Lucas A., Rock E., Chamba J.F., Verdier-Metz I., Brachet P., Coulon J.B., 2006. Respective effects of milk composition and the cheese-making process on cheese compositional variability in components of nutritionalinterest. Lait, 86, 21-41. Robert-Granié C., Legarra A., Ducrocq V., 2011. Principes de base de la sélection génomique. In : Numéro spécial, Amélioration génétique. Mulsant P., Bodin L., Coudurier B., Deretz S., Le Roy P., Quillet E., Perez J.M. (Eds). INRA Prod. Anim., 24, 331-340. Soyeurt H., Dardenne P., Dehareng F., Lognay G., Veselko G., Marlier M., Bertozzi C., Mayeres P., Gengler N., 2006. Estimating fatty acid content in cow milk using mid-infrared spectrometry. J. Dairy Sci., 89, 3690-3695.

Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène de type opportuniste. Elle est surtout responsable de méningites et de septicémies chez l'homme. Chez la femme enceinte, l'infection est responsable d'avortement, d'accouchements précoces ou d'infection du nouveau-né pouvant entraîner d'importantes séquelles neurologiques. La virulence des souches génétiquement manipulées peut être mesurée in vivo dans le modèle animal murin. Dans le cadre de notre étude, pour identifier les promoteurs bactériens qui sont spécifiquement induits pendant l'infection in vivo chez L. Monocytogenes, nous nous sommes intéressés à la stratégie dite IVET (in vivo expression technology). Nous avons utilisé le gène hly comme gène rapporteur. Notre banque de plasmide recombinant a été transférée par électroporation dans une souche de Listeria délétée de son gène hly. Seules les bactéries non-hémolytiques ont été mélangées puis administrées par voie intraveineuse à des souris, de sorte que les souris contenant une bactérie dont le promoteur est actif in vivo a été analysée et séquence. Cette méthode nous a permis d'identifier neuf loci induits in vivo, comprenant des gènes codant pour la phosphatidylinositol phospholipase C, déjà connue pour être inductible in vivo ; et une jV-acetylglucosamine épimerase, impliqué dans la biosynthèse des acides teichoïques. Nous avons pu montrer que cette enzyme UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase permet la synthèse de l'élément de base qui ancre les acides teichoïques au peptidoglycane. Nous avons construit et caractérisé un mutant conditionnel du gène Imo2537. Nos résultats démontrent que Imo2537 est essentiel pour maintenir l'architecture globale de la bactérie et sa viabilité. Une réduction de l'expression de Imo2537 altère la survie et la multiplication intracellulaire de la bactérie, reflétant ainsi l'importance des acides teichoïques dans la pathogénèse de L. Monocytogenes
Listeria monocytogenes is an opportunistic pathogenic bacterium. It is responsible for meningitidi and septicemia in humans. In pregnant women, infection is responsible for abortion, premature de ivrance or infection of the new-born with heavy neurological sequels. Virulence of the genetically modified strains may be measured « in vivo » in a murine model. In our studies, we wanted to identify the bacteria promoters specifically induced during « in vivo « infection by L. Monocytogenes. For that purpose, we used the IVET (in vivo expression technology) strategy. We used the hly gene as reporter gene. Our library of recombinant p asmids was transferred by electroporation in a listeria strain deleted in My Only the non-hemolytic bac ena were mixed and injected intraveneously in mice. Therefore, only mice with an active « in vivo » promoter n bacteria were analyzed and sequenced. This method allowed us to identify nine loci induced « in vivo >>. Among these loci, we found genes coding for phosphatidylinositol phospholipase C, already known o be induced «in vivo » and a JV-acetylglucosamine epimerase involved m teichoic acid synthesis. We could demonstrate that this enzyme allows the synthesis of a pillar element, which untoj teichoic acids to the peptidoglycane. We constructed and characterized a conditional mutant of Imo2537 gene. Our results demonstrate that expression of this gene affects survival and intracellular multiplication of bacteria reflecting importance of teichoic acids in L. Monocytogenes pathogenesis

Les virus influenza sont des virus enveloppés, à ARN négatif segmenté en 8 segments génomiques. Ils sont classés dans la famille des Orthomyxoviridae. Ce sont les agents étiologiques de la grippe, une maladie respiratoire qui touche de nombreuses espèces mammifères et aviaires. La grippe équine est causée par les sous-types H3N8 et H7N7 du virus influenza de type A, ce dernier s'étant éteint depuis les années 1970. Malgré l'existence d'un vaccin, la France a connu plusieurs épidémies de H3N8 depuis les années 2000. Pour réduire l'impact économique important de ces épidémies pour l'industrie équine, il est nécessaire d'établir des tests de diagnostic rapides, robustes et applicables sur le terrain pour limiter au plus la circulation du virus et en identifier les déterminants de virulence et caractériser la dérive antigénique.Nous avons étudié les potentialités de la technique de séquençage dite « long read » développée par Oxford Nanopore Technologies. Nous avons réalisé une caractérisation du génome complet de deux virus H3N8 équins ayant circulé en France en 2009 et 2018 (A/équine/Paris/1/2018 et A/équine/Beuvron-en-Auge/2/2009, deux virus de la clade 1 Florida) ainsi que des deux souches du vaccin couramment utilisé en France.Nos résultats ont démontré la fiabilité de cette technique de séquençage à partir d'amplicons des huit segments génomiques des quatre virus analysés ainsi que la capacité à réaliser des lectures fiables à partir du séquençage direct des ARN viraux (résultats présentés dans une première partie). L'analyse de la séquence en acides aminés de l'hémagglutinine HA des souches circulantes ont mis en évidence une très légère dérive antigénique par rapport aux souches vaccinales avec des substitutions spécifiques comme T161I dans A/equine/Paris/1/2018 and N188T dans les souches post-2015, deux substitutions localisées dans le site antigénique B. Le site antigénique E montre également des modifications dans les souches post-2018, avec la substitution N63D.Le segment génomique 2 code pour une des trois sous-unités de l'ARN-polymérase virale, PB1 ainsi que pour une protéine accessoire, PB1-F2, d'un cadre de lecture alternatif. PB1-F2 est reconnu comme un déterminant de virulence. Alors que la souche A/équine/Paris/1/2018 code pour un variant de 90 acides aminés de long, de nombreuses souches, dont A/équine/Beuvron-en-Auge/2/2009, code pour un variant de seulement 81 résidus. Des essais biologiques et de biochimie ont été réalisés pour caractériser les propriétés de chacune de ces deux formes de PB1-F2. Dans un essai où la forme longue de PB1-F2 est exprimée en cellules eucaryotes sans autre constituant viraux, elle abolit le potentiel membranaire de la mitochondrie cellulaire. Mise en présence de vésicules synthétiques mimant la membrane externe de la mitochondrie, la forme longue de PB1-F2 les perméabilise plus efficacement que la forme courte. Les analyses de séquence en acides aminés des protéines virales (de HA et PB1-F2 essentiellement) sont présentées dans une deuxième partie.Afin de valider l'impact de PB1-F2 sur la virulence en contexte infection, nous avons cherché à établir un système de génétique inverse pour le virus A/équine/Paris/1/2018 (troisième partie). Pour se faire, les 8 segments génomiques ont été clonés dans le plasmide pRF483 permettant d'assurer la synthèse des brins d'ARN génomiques et l'expression des protéines virales. La séquence des inserts de chacun des plasmides a été validée. Pour valider le fonctionnement du complexe réplicatif codé par 4 des 8 segments viraux clonés dans pRF483 (PA, PB1, PB2 et NP), ces plasmides ont été transfectés avec un plasmide codant pour le segment génomique NA dans lequel son cadre de lecture a été substitué par un gène reporter, la luciférase. Dans ces conditions expérimentales, une activité du complexe ARN-polymérase a été détectée. Ces essais seront prolongés pour la production de virus recombinants par transfection des 8 plasmides construits
Influenza viruses are enveloped, their genome being segmented into 8 negative RNA segments. They are classified in the Orthomyxoviridae family. They are the etiological agents of the flu, a respiratory disease that affects many mammalian and avian species. Equine influenza is caused by the H3N8 and H7N7 subtypes of the type A influenza virus, the latter being extinct since the 1970s. Despite the existence of a vaccine, France has experienced several H3N8 epidemics since the 2000s. To reduce the significant economic impact of these epidemics for the equine industry, it is necessary to establish rapid, robust, and on-terrain applicable diagnostic tests to limit the circulation of the virus as much as possible and identify its virulence determinants as well as characterize antigenic drift.We studied the potential of the so-called “long read” sequencing technique developed by Oxford Nanopore Technologies. We carried out a characterization of the complete genome of two equine H3N8 viruses that circulated in France in 2009 and 2018 (A/equine/Paris/1/2018 and A/equine/Beuvron-en-Auge/2/2009, two viruses of clade 1 Florida) as well as the two strains of the vaccine commonly used in France.Our results demonstrated the reliability of this sequencing technique using amplicons of the eight genomic segments of the four viruses analyzed as well as the ability to produce reliable readings from direct sequencing of viral RNA (results presented in the first part). Analysis of the amino acid sequence of hemagglutinin HA of circulating strains demonstrated a very slight antigenic drift compared to vaccine strains with specific substitutions such as T161I in A/equine/Paris/1/2018 and N188T in the post-2015 strains, two substitutions located in the antigenic site B. The antigenic site E also shows modifications in the post-2018 strains, with the N63D substitution.Genomic segment 2 encodes one of the three subunits of the viral RNA polymerase, PB1, as well as an accessory protein, PB1-F2, of an alternative reading frame. PB1-F2 is recognized as a virulence determinant. While the A/equine/Paris/1/2018 strain encodes a variant 90 amino acids long, many strains, including A/equine/Beuvron-en-Auge/2/2009, encode a variant only 81 residues. Biological and biochemical tests were carried out to characterize the properties of each of these two forms of PB1-F2. In an assay where the long form of PB1-F2 is expressed in eukaryotic cells without other viral constituents, it abolishes the membrane potential of the cellular mitochondria. Placed in the presence of synthetic vesicles mimicking the mitochondrial outer membrane, the long form of PB1-F2 permeabilizes them more effectively than the short form. Amino acid sequence analyzes of the viral proteins (mainly HA and PB1-F2) are presented in a second part.In order to validate the impact of PB1-F2 on virulence in an infectious context, we sought to establish a reverse genetics system for the A/equine/Paris/1/2018 virus (third part). To do this, the 8 genomic segments were cloned into the pRF483 plasmid to ensure the synthesis of genomic RNA strands and the expression of viral proteins. The sequence of the inserts of each of the plasmids was validated. To validate the functioning of the replicative complex encoded by 4 of the 8 viral segments cloned in pRF483 (PA, PB1, PB2 and NP), these plasmids were transfected with a plasmid coding for the NA genomic segment in which its reading frame was substituted. by a reporter gene, luciferase. Under these experimental conditions, activity of the RNA-polymerase complex was detected. These tests will be extended for the production of recombinant viruses by transfection of the 8 constructed plasmids

L’objectif de ce travail a été de caractériser la souche MPEC Escherichia coli P4. Une étude phylogénétique a montré qu’elle appartenait au groupe phylogénétique A de l’espèce E. coli et que son génome “core” se rapprochait de celui de la souche commensale non pathogène E. coli K12 MG1655 appartenant également au groupe A. Une recherche au sein de son génome de gènes codant différents facteurs de virulence connus chez les autres pathotypes de l’espèce E. coli a permis de détecter uniquement la présence du gène traT, codant un facteur de résistance au sérum. Un criblage de quinze loci d’ARNt connus pour accueillir fréquemment des îlots génomiques, effectué au sein de son génome, a révélé, pour sept d’entre eux la présence de telles structures. Le séquençage partiel ou complet des régions aval à ces sept loci a montré la présence systématique de séquences nucléotidiques différentes de celles présentes chez E. coli K12 MG1655. Si l’analyse du contenu de ces îlots n’a pas encore permis d’expliquer directement la virulence d’E. coli P4, leur mise en évidence est une première de ce type au sein du pathotype MPEC et laisse envisager la découverte d’autres régions génomiques spécifiques à ce pathotype, pouvant expliquer son tropisme et sa nature. Par ailleurs, afin d’évaluer le rôle d’E. coli P4 dans la caséinolyse élevée du lait observée lors d’une mammite bovine, une sécrétion apparemment constitutive de quatre protéases extracellulaires a été mise en évidence par zymographie caséines. L’activité caséinolytique de ces enzymes ne semble toutefois pas significative, laissant envisager plutôt un rôle dans la virulence de la souche
The objective of this work was to characterize the MPEC Escherichia coli P4 strain. A phylogenetic study showed that it belongs to the phylogenetic group A of the E. coli species and that its core genome is similar to the one of the commensal non-pathogenic E. coli K12 MG1655 strain which also belongs to the group A. A search in its genome of different genes encoding virulence factors known among other pathotypes of the E. coli species was done and only the traT gene, encoding a serum resistance factor, was detected. A screening of fifteen tRNA loci known for frequently hosting genomic islands, made in its genome, revealed for seven of them the presence of such structures. The partial or complete sequencing of the regions downstream from these seven loci showed the systematic presence of nucleotide sequences different from those present in E. coli K12 MG1655. If the content analysis of these islands does not yet explain the virulence of E. coli P4, their highlighting is the first of this kind in the pathotype MPEC and suggests the discovery of other genomic regions specific to this pathotype, which may explain its tropism and its nature. In addition, to assessing the role of E. coli P4 in milk caseinolysis observed during bovine mastitis, a constitutive secretion of four extracellular proteases was highlighted by casein zymography. However, the caseinolytic activity of these enzymes does not seem significant. This fact may suggest a role in virulence of the strain

Le virus West Nile (VWN) est un virus neurotrope principalement transmis par piqûre de moustique et dont le réservoir est constitué par la faune aviaire sauvage. Les souches circulant en Europe appartiennent à 4 lignages génétiques différents à l’origine de nombreuses épidémies d’ampleur modérée à faible et limitées géographiquement, contrairement à ce qui a été observé en Amérique du Nord. En 1998 en Israël, une importante épidémie a a été associée pour la première fois à une forte mortalité de la faune aviaire sauvage. Le virus (souche IS-98-ST1, lignage 1a) a été isolé du cerveau d’une cigogne moribonde. L’objet de cette thèse a été de construire un clone infectieux de la souche IS-98-ST1 afin d’en explorer les propriétés de neuroinvasion et de pouvoir mettre en évidence les déterminants moléculaires de sa virulence.Le virus obtenu à partir de la construction clone infectieux s’est révélé posséder les mêmes propriétés biologiques que le virus parental, que ce soit in vitro sur cellules Vero ou in vivo sur souris sensibles ou résistantes ou encore sur l’embryon de poulet. L’embryon de poulet est présenté ici comme un nouveau modèle d’évaluation de la virulence du VWN. Un modèle cellulaire neuronale (lignée de neuroblastomes humains, SK-N-SH) est aussi évalué dans ce manuscrit. En conclusion, un nouvel outil de génétique inverse a été obtenu pour le VWN. Cet outil permettra de travailler sur l’impact de mutations ponctuelles, ou de modifications plus importantes touchant un ou plusieurs gènes viraux sur la virulence du VWN, spécifiquement dans le contexte européen
West Nile virus (WNV) is a neurotropic virus mainly transmitted through mosquito bites. Wild birds represent the main reservoir hosts. Strains circulating in Europe belong to four lineages and have caused numerous but limited epidemics over the last few years. In 1998, an important outbreak associated to huge bird fatalities caused by a highly neuroinvasive strain (IS-98-ST1) took place in Israel. We aimed at producing a new infectious clone, based on the lineage 1a IS-98-ST1 WNV strain, for the characterization of its neuroinvasion properties as well as the molecular determinants of European WNV virulence. The growth kinetics of recombinant and parental WNV were similar in Vero cells. Moreover, the phenotypes of recombinant and parental WNV were indistinguishable in terms of viremia, viral load in the brain and mortality in susceptible and resistant mice. Finally, the pathobiology of the infectious clone was examined in embryonated chicken eggs, proposed as a new model for the evaluation of WNV virulence. The potential of human neuroblastoma cells (SK-N-SH) to discriminate between highly and mildly virulent WNV strains was assayed. In conclusion: a new molecular tool that is useful for the study of molecular determinants of WNV virulence has been generated. We take advantage of the high genetic stability of our one-piece infectious WNV cDNA clone to produce mutant viruses through the insertion of point mutations or the exchange of genetic fragments between WNV strains into the backbone of the IS-98-ST1 infectious clone

Le système de sécrétion de type III est un des déterminants majeurs de la pathogénicité de Ralstonia pseudosolanacearum qui lui permet d’injecter des effecteurs de type III (les « Rip », « Ralstonia Injected Protein ») directement dans les cellules des plantes hôtes. Les effecteurs RipH1, RipH2 et RipH3 sont des effecteurs de type III conservés dans la plupart des souches séquencées. Au cours de ma thèse, le rôle de ces effecteurs RipH lors de l’infection de différentes plantes a été étudié en prenant comme point d’entrée les protéines de tomates avec lesquelles ces effecteurs interagissent. Un criblage par double hybride dans la levure a permis d’identifier 19 de ces protéines « cibles » de tomate. Des méthodes de génétique inverse ont ensuite été utilisées pour chercher le rôle des orthologues de ces protéines dans différentes plantes modèles lors de l’infection par Ralstonia pseudosolanacearum. Du VIGS chez Nicotiana benthamiana a permis de mettre en évidence l’implication des orthologues de la protéine TOM3 : la multiplication bactérienne est moins importante dans les feuilles lorsque l’expression de ces gènes est diminuée. Dans Arabidopsis thaliana, des mutants d’un gène orthologue de la cible TOM9, décrit comme jouant entre autres un rôle dans la remodélisation de la chromatine, est plus résistant à l’infection par R. pseudosolanacearum. Dans un deuxième chapitre correspondant à un article publié, le rôle de l’effecteur RipAX2 a été étudié dans la résistance des aubergines AG91-25. La présence de cet effecteur dans la souche GMI1000 est nécessaire à l’établissement de la résistance de cette variété dans laquelle le locus de résistance EBWR9 a été mis en évidence. L’ajout de RipAX2 dans la souche PSS4, une souche pathogène de AG91-25 qui ne possède pas cet effecteur naturellement, la rend non pathogène. De plus, le motif protéique putatif « zincbinding » qui est décrit comme nécessaire pour l’induction de réponses de défense chez l’espèce proche de l’aubergine Solanum torvum n’est pas nécessaire pour la résistance de AG91-25. Enfin, la conservation de l’effecteur RipAX2 dans les différentes souches du complexe d’espèces de Ralstonia solanacearum a été étudiée pour évaluer l’efficacité potentielle de cette source de résistance contre différentes souches
One of the major virulence determinants of plant pathogenic Ralstonia species is the type III secretion system that enables it to inject proteins (also called “Ralstonia Injected Proteins” or Rip) into the host cells. The RipH1,2,3 type III effectors are conserved in different strains of the Ralstonia solanacearum species complex. The role of these effectors during infection has been studied, taking as an entry point the tomato proteins they interact with. Using yeast-two-hybrid screenings we have identified 19 tomato targets of these three RipH. Reverse genetics methods have then been used to study the role of orthologous genes of these targets in other model plants. Virus induced gene silencing in Nicotiana benthamiana showed that the orthologous genes of TOM3 were involved in plant response to Ralstonia pseudosolanacearum, as the bacterial multiplication was diminished in plants silenced for these genes. In Arabidopsis thaliana, mutants of the TOM9 orthologous gene which is described as involved in chromatin remodelisation were more tolerant to infection. In a second chapter corresponding to a published article, the role of RipAX2 has been studied. This effector triggers specific resistance in AG9125 eggplant which carry the major resistance locus EBWR9. This eggplant accession AG9125 is resistant to the wild type R. pseudosolanacearum strain GMI1000, while a ripAX2 defective mutant of this strain can cause wilt. The addition of ripAX2 from GMI1000 to the naturally pathogenic strain PSS4 suppresses its pathogenicity, demonstrating that RipAX2 causes AG9125 resistance. Moreover, a zinc binding motif described as necessary to induce defenses on the eggplant wild relative Solanum torvum upon RipAX2 recognition is not necessary for AG91-25 resistance. The conservation of RipAX2 has been studied in the different strains of the bacteria in order to determine the potential of this resistance source against various strains for breeding

Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) représentent un enjeu majeur en santé publique. En effet, ces pathogènes sont responsables chaque année de milliers de cas de toxi-infections alimentaires à travers le monde et peuvent engendrer des complications graves, notamment des atteintes rénales chez les jeunes enfants et cérébrales chez les personnes âgées. Actuellement, le principal problème réside dans le fait que les traitements thérapeutiques disponibles sont limités puisque l’antibiothérapie peut favoriser le développement des complications liées à l’infection. Il est donc primordial et d’actualité de mettre en évidence les facteurs bactériens associés à la virulence des EHEC et de comprendre les interactions entre le pathogène et l’hôte afin de développer des stratégies thérapeutiques visant à éliminer le pathogène et limiter l’apparition des symptômes graves. Ainsi, le premier objectif de cette thèse était d’identifier de nouveaux facteurs bactériens potentiellement impliqués dans le processus infectieux. L’utilisation de la technologie RIVET sur la souche de référence O157:H7 EDL933 en modèle murin, a permis de mettre en évidence 31 gènes dont l’expression est spécifiquement induite lors de l’infection. La caractérisation de ces gènes a démontré que certains codent des facteurs de niche qui pourraient accroître le potentiel des souches d’EHEC à s’adapter à l’environnement intestinal et ainsi participer à la virulence du pathogène. Le second volet de cette thèse avait pour but de caractériser in vivo la réponse des EHEC au monoxyde d’azote (NO), un médiateur de la réponse immunitaire de l’hôte, et ainsi d’évaluer le potentiel rôle protecteur du NO lors d’une infection en modèle murin. En utilisant une souche d’EHEC rapportant la présence de NO, nous avons démontré que le NO est produit dès les premiers stades de l’infection et que celui-ci limite l’adhésion du pathogène à la muqueuse colique. En revanche, nous avons également mis en évidence un effet néfaste du NO pour l’hôte puisqu’il favorise la production des Shigatoxines (Stx), le facteur de virulence majeur des EHEC, conduisant au développement d’un dysfonctionnent rénal. Enfin, nous avons montré l’importance de la NO réductase NorVW dans la virulence de certaines souches d’EHEC. En effet, l’inactivation de l’opéron norVW chez la souche O157:H7 620 réduit la capacité du pathogène à coloniser efficacement le tractus digestif et à produire Stx. Cette observation est toutefois souche dépendante et suggère que la réponse des EHEC au stress nitrosant lors d’une infection est complexe et probablement multifactoriel. L’ensemble de ces travaux contribue à une meilleure compréhension du processus infectieux des EHEC, une étape indispensable au développement de futures stratégies anti-infectieuses
Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are a major public health concern. Indeed, these pathogens are responsible for thousands of food-borne illness cases worldwide every year and can lead to serious complications, including kidney damages in young children and brain damages in the elderly. Currently, the main issue is the limited number of available therapeutic treatments since antibiotic therapy can promote the development of infection-related complications. Therefore, it appears essential and topical to identify bacterial factors associated with EHEC virulence and to understand the interactions occurring between the pathogen and the host, in order to develop new anti-infective strategies. The first objective of this thesis was to identify new bacterial factors potentially involved in the infectious process. Application of the RIVET technology to the reference strain O157:H7 EDL933 revealed 31 genes specifically induced during mouse infection. Characterization of these genes showed that some of them encode niche factors potentially involved in the adaptation of EHEC to the intestinal environment, therefore contributing to virulence. The second aim of this thesis was to characterize in vivo the response of EHEC to nitric oxide (NO), a mediator of the host’s immune response, and thus assess the protective role of NO against EHEC infection in a mouse model. By using a NO-sensing reporter EHEC strain, we demonstrated that NO is produced by the host at the early stages of infection and this NO limits adhesion of the pathogen to the colonic mucosa. On the other hand, we also showed that NO is detrimental to the host since it promotes the production of Shigatoxins (Stx), which is the major EHEC virulence factor, and leads to the development of renal dysfunction. Finally, we showed that the NO reductase NorVW is important for the virulence of some, but not all, EHEC strains. Inactivation of the norVW operon in strain O157:H7 620 reduces the ability of the pathogen to efficiently colonize the digestive tract and to produce Stx. However, this observation is strain-specific and this suggests that EHEC response to nitrosative stress during infection is complex and probably multifactorial. This work contributes to a better understanding of the EHEC infectious process, an essential step for the development of future anti-infective strategies

Avec pour problématique une importante variabilité des lots de production vaccinale contre la diphtérie, une analyse intégrative du métabolisme central, du fer et du transcriptome de Corynebacterium diphtheriae, cultivé en conditions les plus proches de la culture industrielle, ont permis d’élargir les connaissances sur le comportement de la bactérie en conditions de production industrielle, et plus particulièrement sur l’existence de corrélations entre activité métabolique et virulence. L'analyse du métabolisme central et la comparaison de l'expression des gènes de C. diphtheriae, ont permis de mettre en évidence l'importance du maltose dans l'établissement de la virulence. Ce sucre, largement présent dans notre alimentation, est ainsi rencontré par la bactérie lors de son processus de colonisation de l'hôte. La consommation du maltose lors de la phase stationnaire, coïncident avec la production de la toxine, semble ainsi liée aux réactions de maintenance et à la production de métabolites secondaires plutôt qu'à la croissance. Plusieurs gènes liés à la capture et au catabolisme du maltose sont liés à la production de la toxine diphtérique. Cependant, les mécanismes de régulation sont complexes, impliquant plusieurs régulateurs. Une étude sur les besoins en fer de la bactérie et les liens avec la pathogénicité a été réalisée. En effet, le gène de la toxine diphtérique est régulé par DtxR, répresseur activé par Fe2+. Elle a permis d'évaluer la capacité de stockage en fer de la bactérie et la limite de concentration intracellulaire pour obtenir une production de toxine. Un effort a été apporté afin de visualiser les ferritines synthétisées par la bactérie par la technique NanoSIMS. Enfin, l'analyse de l'expression des gènes de C.diphtheriae cultivé en condition de limitation en fer et supplémentée en fer a apporté une quantité d'informations sur les liens entre métabolisme central et du fer, virulence et stress oxydatif. Cette démarche a été mise à profit afin de proposer à l'industriel des pistes d'optimisations du procédé et d’améliorations de la productivité en toxine diphtérique. Via l’ajustement de certains paramètres physico-chimiques (visant l'oxygénation et une meilleure métabolisation du maltose), il est possible d'obtenir un gain de production significatif (titre final en toxine multiplié par 2,5). La productivité spécifique en toxine peut être également multipliée par 2,2 par une astucieuse étape de dilution et recyclage de la biomasse en fin de culture
Faced with an important variability in production yields of vaccines against diphtheria, a dynamic systemic approach, including central and iron metabolism and transcriptome analysis, led to an improved knowledge of Corynebacterium diphtheriae physiology, notably as regards the connection of central metabolism and virulence. Gene expression analysis coupled to metabolic characterization enabled a correlation between maltose consumption and virulence to be established. Because of the typical human diet, maltose is present in the human oropharynx where it may serve as a key nutrient source for C. diphtheriae. Maltose consumption during stationary phase, coupled with toxin production, seems to be linked to maintenance and secondary metabolites rather than growth. Several genes, including uptake and catabolism of maltose, are related to diphtheria toxin production. However, mechanisms of regulation are complex and may involve several transcriptional regulators. Bacterial iron requirements and its relation to pathogenicity were considered. Indeed, diphtheria toxin gene is regulated by Fe2+ activated DtxR. These studies revealed that C. diphtheriae is able to store an important quantity of intracellular iron within ferritin-like proteins visualized by NanoSIMS microscopy and the definition of an intracellular threshold concentration provoking expression of toxin production. Finally, genome-wide gene expression analysis of C.diphtheriae in iron starvation and iron excess conditions provided information on relations between central and iron metabolism, virulence establishment and oxidative stress. The resulting knowledge was exploited to suggest process optimization strategies to enhance toxin production, currently being assessed by the industrial partner. Adjusting some key physico-chemical parameters (targeting oxygenation and better maltose metabolization) enabled significant gains in toxin production (2.5 fold increase). Specific productivity could be increased by 2.2 thanks to a novel biomass dilution and recycling step at the end of the culture

Ce travail montre qu'il est possible d'installer une infection à Y. Enterocolitica chez la souris holoxénique en inoculant les bactéries par voie veineuse, permettant ainsi d'étudier le rôle du terrain immunitaire, primordial dans l'infection humaine. Nous avons observé qu'une immunosuppression expérimentale ou constitutive favorise l'éclosion d'une infection extra-digestive, qui entraine une septico-pyohémie mortelle. Il existe un tropisme de Y. Enterocolitica pour les plaques de Peyer, quelle que soit la voie d'inoculation, qui se traduit par une colonisation et une multiplication préférentielle au niveau de l'iléon. Cette observation est à mettre en parallèle avec la symptomatologie rencontrée en clinique humaine. Ces organes lymphoïdes digestifs se sont montrés très sensibles expérimentalement à l'action cytotoxique et immunosuppressive du Cyclophosphamide, expliquant l'évolution systémique parfois observée chez certains malades subissant un traitement immunosuppresseur. Ce phénomène serait analogue à la "translocation" bactérienne observée chez les malades traités par chimiothérapie anticancéreuse, qui se traduit par l'apparition de septicémies dont les bactéries responsables ont été préalablement retrouvées en flore dominante lors de coprocultures systématiques. Une fois démontrée expérimentalement l'importance du terrain immunitaire, nous montrons que la virulence de Y. Enterocolitica est un caractère thermosensible, comme certains caractères biochimiques de cette bactérie. Cette virulence est favorisée par une température d'incubation in vitro à 25°C, alors qu'au fur et à. Mesure des repiquages à 37°C la capacité à coloniser les tissus de l'hôte et à s'y multiplier est perdue.

Les birnavirus occupent une place particulière parmi les virus icosaédriques non enveloppés. Ils sont à la fois proches des Reoviridae par leur organisation génomique et leur capside T=13 et proches de virus à ARN positif par leurs stratégies réplicatives et de morphogenèse. Ce travail présente la structure de particules subvirales à symétrie icosaédrique T=l de l'IBDV. Ces particules de 260 A de diamètre se composent de 60 sous-unités de la protéine d'attachement du virus, VP2. Celle-ci se replie sous la forme de deux domaines jelly rolls perpendiculaires reposant sur une base riche en hélices α. Le jelly roll radial forme des projections trimériques (domaine P) sur la particule et apparaît comme un domaine priviligié d'interaction virus-hôte: il porte l'ensemble des épitopes de neutralisation ainsi que les déterminants de virulence et de tropisme cellulaire. Le jelly roll tangentiel assure la surface (domaine S) icosaédrique continue de la particule. Enfin, le domaine riche en hélices α tapisse l'intérieur de la particule (domaine B) offrant ainsi une surface d'interaction interne avec d'autres constituants viraux tels que l'ARN ou VP3. En particulier, ce domaine forme un tonneau d'hélices α susceptible de participer à la sortie des ARN viraux par l'axe 5. De plus, la comparaison structurale de VP2 avec d'autres capsides de virus à ARN suggère que les birnavirus pourraient constituer un chaînon évolutif reliant les virus à ARN(+) assez simples aux virus à ARN double brin plus complexes. Enfin, la transposition des résultats obtenus sur VP2 à la particule virale complète montre la présence d'une différence conformationnelle importante. Nous proposons donc un modèle de la morphogenèse virale où le rôle régulateur de VP3 passe par une interaction VP3-VP2 induisant une trans-conformation de VP2
Birnaviruses appear to be atypical among icosahedral RNA viruses. Their genomic and structural organization lead to comparisons with members of the Reoviridae family. However, birnaviruses seem to bear more functional similarities to positive-strand RNA viruses such as Nodaviridae or Picornaviridae. We have determined the structures of T=l icosahedral subviral particles of two birnaviruses. Twenty copies of the attachment protein VP2 trimers make up these 260A-wide particles. VP2 folds as two orthogonal jelly rolls on top of a helical domain. The radial jelly roll is the trimeric spike (domain P) projecting outward of a continuous icosahedral shell formed by the other jelly roll (domain S). Domain P is the major site of virus-host interactions as it bears all the neutralizing epitopes as well as the determinants of viral tropism and virulence. Helical domain B coats the inner surface of the particle providing a domain of interaction to other viral constituents such as RNA or VP3. In particular, this domain forms a helical barrel at five fold axes which might be involved in viral RNA exit. Our structural comparison of VP2 structure to other capsid proteins points to an evolutionary link between RNA(+) (Nodaviridae and Tetraviridae) and double-stranded RNA (Reoviridae) viruses embodied by Birnaviruses. Finally, a fit of VP2 in the viral particle requires a major conformational change. We propose a model for morphogenesis in which VP3 binding to VP2 would act as a molecular switch triggering assembly thereafter driven by VP2 self association capacities

Le virus West Nile (VWN) est un virus neurotrope principalement transmis par piqûre de moustique et dont le réservoir est constitué par la faune aviaire sauvage. Les souches circulant en Europe appartiennent à 4 lignages génétiques différents à l'origine de nombreuses épidémies d'ampleur modérée à faible et limitées géographiquement, contrairement à ce qui a été observé en Amérique du Nord. En 1998 en Israël, une importante épidémie a a été associée pour la première fois à une forte mortalité de la faune aviaire sauvage. Le virus (souche IS-98-ST1, lignage 1a) a été isolé du cerveau d'une cigogne moribonde. L'objet de cette thèse a été de construire un clone infectieux de la souche IS-98-ST1 afin d'en explorer les propriétés de neuroinvasion et de pouvoir mettre en évidence les déterminants moléculaires de sa virulence.Le virus obtenu à partir de la construction clone infectieux s'est révélé posséder les mêmes propriétés biologiques que le virus parental, que ce soit in vitro sur cellules Vero ou in vivo sur souris sensibles ou résistantes ou encore sur l'embryon de poulet. L'embryon de poulet est présenté ici comme un nouveau modèle d'évaluation de la virulence du VWN. Un modèle cellulaire neuronale (lignée de neuroblastomes humains, SK-N-SH) est aussi évalué dans ce manuscrit. En conclusion, un nouvel outil de génétique inverse a été obtenu pour le VWN. Cet outil permettra de travailler sur l'impact de mutations ponctuelles, ou de modifications plus importantes touchant un ou plusieurs gènes viraux sur la virulence du VWN, spécifiquement dans le contexte européen.