Letteratura scientifica selezionata sul tema "Bovins de boucherie – Environnement"

This paper provides a valuable guide in defining interventions relevant for addressing various actors and determining the expected poverty reducing effects that such interventions can produce in the beef cattle value chain. The objective of this paper was to provide empirical information on the relationship between income generated from beef cattle value chain and poverty status of value chain actors in Nigeria. The study was conducted in Kaduna, Kano and Katsina states,twelve villages were purposively selected (two from each LGA) and one cattle market in each of the six LGAs was randomly selected to give a sample of six cattle markets. A multi-stage sampling technique was employed in the selection of the respondents. A sample size of 300 value chain actors consisting of 120 beef cattle farmers, 60 beef cattle traders, 60 raw beef marketers and 60 processed beef marketers was utilized in thestudy. The study made use of primary data, which were obtained through the use of computeraided personal interview (CAPI) software on tablets. Analysis of the data was done using descriptive statistics, Foster-Greer-Thorbecke's (FGT) weighted poverty index and Pearson correlation analysis. The results of the poverty profile of farmers, traders, raw and processed beef cattle marketers in the study area showed that 55%, 32%, 40% and 38% of the raw and processed beef marketers respectively constituted the share of the population that cannot afford to buy a basic basket of goods (food and non-food) equivalent to the poverty line of N75, 600. The depth of poverty of poor beef cattle traders (0.08) was lower than that of the poor beef cattle farmers (0.17), raw beef marketers (0.10) and processed beef marketers (0.14). The degree of poverty among the poor beef cattle traders given by the estimated severity of poverty (0.03) was equally lower than that of the poor beef cattle farmers (0.08), raw beef marketers (0.04) and processed beef marketers (0.07). Participation in beef cattle value chain activities as given by the income generated is strongly associated to the likelihood of poverty reduction among the value chain actors as indicated by the correlation coefficients of -0.53, -0.66., -0.64 and -0.71 between income generated from beef cattle value chain and poverty status of the cattle farmers, traders, raw beef marketers and processed beef marketers respectively. It is recommended that beef value chain actors should take advantage of the huge potential investment opportunities in beef cattle value chain activities. Ce document fournit un guide précieux pour définir les interventions pertinentes pour s'adresser à divers acteurs et déterminer les effets escomptés de réduction de la pauvreté que de telles interventions peuvent produire dans la chaîne de valeur des bovins de boucherie. L'objectif de cet article était de fournir des informations empiriques sur la relation entre les revenus générés par la chaîne de valeur des bovins de boucherie et le statut de pauvreté des acteurs de la chaîne de valeur au Nigeria. L'étude a été menée dans les États de Kaduna, Kano et Katsina, douze villages ont été choisis à dessein (deux dans chaque LGA) et un marché aux bestiaux dans chacune des six LGA a été sélectionné au hasard pour donner un échantillon de six marchés aux bestiaux. Une technique d'échantillonnage à plusieurs degrés a été utilisée pour la sélection des répondants. Un échantillon de 300 acteurs de la chaîne de valeur comprenant 120 éleveurs de bovins de boucherie, 60 commerçants de bovins de boucherie, 60 commerçants de bœuf cru et 60 commerçants de bœuf transformé a été utilisé dans l'étude. L'étude a utilisé des données primaires, qui ont été obtenues grâce à l'utilisation d'un logiciel d'entretien personnel assisté par ordinateur (EPAO) sur des tablettes. L'analyse des données a été effectuée à l'aide de statistiques descriptives, de l'indice de pauvreté pondéré de Foster-Greer-Thorbecke (FGT) et de l'analyse de corrélation de Pearson. Les résultats du profil de pauvreté des agriculteurs, commerçants, commerçants de bœuf cru et transformé dans la zone d'étude ont montré que 55%, 32%, 40% et 38% des commerçants de bœuf cru et transformé constituaient respectivement la part de la population qui ne peut pas se permettre d'acheter un panier de base de biens (alimentaires et non alimentaires) équivalent au seuil de pauvreté de N75, 600. La profondeur de la pauvreté des commerçants pauvres de bovins de boucherie (0,08) était inférieure à celle des éleveurs pauvres de bovins de boucherie (0,17) , les commerçants de bœuf cru (0,10) et les commerçants de bœuf transformé (0,14). Le degré de pauvreté parmi les commerçants pauvres de bovins de boucherie donné par la gravité estimée de la pauvreté (0,03) était également inférieur à celui des éleveurs pauvres de bovins de boucherie (0,08), des commerçants de bœuf cru (0,04) et des commerçants de bœuf transformé (0,07). La participation aux activités de la chaîne de valeur des bovins de boucherie telle que donnée par les revenus générés est fortement associée à la probabilité de réduction de la pauvreté parmi les acteurs de la chaîne de valeur, comme indiqué par les coefficients de corrélation de -0,53, -0,66., -0,64 et -0,71 entre les revenus générés par chaîne de valeur des bovins de boucherie et statut de pauvreté des éleveurs de bétail, des commerçants, des commerçants de bœuf cru et des commerçants de bœuf transformé respectivement. Il est recommandé que les acteurs de la chaîne de valeur du bœuf tirent parti des énormes opportunités d'investissement potentielles dans les activités de la chaîne de valeur du bœuf

Mycoplasma bovis est une bactérie fréquemment impliquée dans les troubles respiratoires des jeunes bovins. Si elle peut à elle seule conduire à des lésions pulmonaires, elle est souvent considérée comme un agent potentialisateur, favorisant le développement d’autres agents secondaires. Son impact diffère selon les systèmes de production : des études de séroprévalence montrent une importance modérée mais variable en système naisseur, alors que son impact est plus fort dans les ateliers d’engraissement de veaux de boucherie.

La savane guinéenne au centre de la Côte d’Ivoire est une zone propice à l’élevage bovin. Elle est abondante en fourrage durant toute l’année et la présence de la mouche tsé-tsé y favorise l’élevage de cheptel trypanotolérant. Les connaissances de la productivité et de la santé globale des bovins N’Dama dans les conditions d’élevage traditionnel en savane humide de la Côte d’Ivoire sont limitées. Le présent travail a eu pour objectif d’étudier les paramètres de productivité (démographie, poids vif, état de santé général) des bovins N’Dama locaux pour l’établissement d’une base de données sur les paramètres de production et de santé, en incluant les aspects d’ectoparasitisme et d’endoparasitisme, dans les conditions d’élevage traditionnel dans cette zone. Dans une étude longitudinale, trois troupeaux villageois sélectionnés au hasard ont été suivis pendant une période de 20 mois. Le taux moyen de vêlage annuel a été de 52 ± 1 p. 100 (moyenne et écart-type) et le taux de mortalité cumulatif annuel des veaux âgés de moins d’un an a été de 19 ± 6 p. 100. Le poids moyen à la naissance a été de 16,5 ± 0,9 kg pour les mâles et 15,7 ± 1,1 kg pour les femelles. Les femelles adultes ont atteint en moyenne un poids de 198 ± 5 kg. Aucune corrélation significative n’a été établie entre le poids vif de jeunes bovins N’Dama et la charge de tiques et de strongles gastro-intestinaux. Les bovins N’Dama peuvent être productifs dans cet environnement difficile, mais la production locale de lait et viande reste insuffisante par rapport à la demande des consommateurs. Sur la base des données recueillies, les auteurs ont simulé le développement potentiel de l’élevage de bovins N’Dama dans cette zone sur une période de 10 ans, avec en option l’accroissement de la production laitière ou de viande

Les résultats des mesures de production journalière de méthane des principaux types d’herbivores à l’aide de chambres respiratoires ont permis de modéliser les émissions de méthane selon l’espèce, le stade physiologique, la composition du régime et le niveau d’alimentation. Après l’évaluation des quantités annuelles de méthane émises par les bovins en France, présentée dans un article précédent, celles émises par les ovins, les caprins et les équins ont été calculées pour chaque type d’animal à partir des apports alimentaires recommandés en tenant compte de la nature des fourrages et de la composition des régimes ingérés à chaque période de l’année. Les émissions annuelles moyennes de méthane d’une brebis allaitante (16,7 m3) et d’une brebis laitière (17,8 m3) sont voisines de celle d’une chèvre (22,9 m3). Elles représentent respectivement 13 % de celles d’une vache allaitante ou d’une vache laitière. Celles d’une agnelle et d’une chevrette d’élevage (8 m3) sont voisines. Celle d’un agneau de boucherie élevé en bergerie avec un régime riche en aliments concentrés est le tiers de celle (2,9 m3) d’un agneau de boucherie élevé à l’herbe. L’émission de méthane par kg de lait produit est en moyenne de 77 litres pour une brebis, 38 litres pour une chèvre et 30 litres pour une vache laitière. Par kg de carcasse produit, l’émission de méthane est en moyenne de 60 litres pour les agneaux des races laitières sevrés précocement et de 1160 litres pour les agneaux élevés sous la mère, contre 300, 580 et 1 040 litres pour les taurillons des races laitières, des races à viande et les boeufs de 40 mois (y compris la production de méthane de la mère dans le cas des races à viande). Par kg d’aliment consommé, la production de méthane des équins est 3 à 4 fois plus faible que celle des ruminants. C’est pourquoi leurs émissions annuelles de méthane sont en moyenne de 23 à 27 m3 pour les chevaux de sport et de loisir, de 42 m3 pour les juments de trait reproductrices et de 14 à 20 m3 pour les poneys et ponettes. Ainsi, les émissions totales annuelles de méthane par les herbivores s’élèvent à un peu plus de 2 milliards de m3, dont 91 % par les bovins, 7 % par les ovins, 1 % par les caprins et 0,6 % par les équins.

Cette thèse porte sur l’étude des impacts environnementaux de systèmes de production de bovins. Le premier objectif était d’analyser et de comparer les impacts environnementaux de systèmes de production de viande et de lait par analyse de cycle de vie (ACV) attributionnelle. Les effets de pratiques d’atténuation de ces impacts ont été évalués pour les systèmes de production de viande. Le second objectif était un développement méthodologique afin d’explorer les conséquences possibles d’une préférence accrue pour un lait produit à base d’herbe, par ACV conséquentielle. Dans un système de production de viande par le troupeau allaitant, le méthane entérique a été le principal contributeur à l’impact changement climatique, et la production de l’herbe a été la principale contributrice aux autres impacts (demande énergétique cumulée, eutrophisation, acidification, occupation du sol). L’atelier naisseur (vaches allaitantes et leurs veaux, génisses) a contribué de manière majeure aux impacts du système allaitant dans son ensemble. La pratique d’atténuation la plus efficace pour le système a été la diminution de l’âge au vêlage de 3 à 2 ans. L’utilisation de lipides riches en acides gras oméga-3 dans le régime a très peu affecté les impacts du système. L’application simultanée de plusieurs pratiques d’atténuation compatibles entre elles réduit sensiblement les impacts. L’application de pratiques telles que la réduction du gaspillage d’herbe, l’engraissement des génisses non utilisées pour le renouvellement et la diminution de l’âge au vêlage réduisent l’occupation du sol. Un usage alternatif des terres libérées tel que la plantation de forêt pour séquestrer du carbone dans la biomasse semble prometteur. L’étude de systèmes de production de lait a été centrée sur les comparaisons de systèmes à base d’herbe ou d’ensilage de maïs, d’une race spécialisée (Holstein) ou mixte (Normande) et sur l’effet du niveau de production laitière par ACV attributionnelle. Quelle que soit la méthode d’attribution des impacts aux co-produits, les impacts par kg de lait ont été plus faibles pour les systèmes à base d’ensilage de maïs et pour les Holstein, sauf pour l’eutrophisation. L’accroissement de la production de lait par vache grâce à une consommation d’énergie accrue et au vêlage à 2 ans a permis de réduire les impacts du lait et de son co-produit viande. Les conséquences de la conversion d’une exploitation laitière utilisant beaucoup de maïs ensilage vers une exploitation utilisant de l’herbe comme unique source de fourrage pour répondre à une demande de lait produit à base d’herbe en France ont été évaluées par ACV conséquentielle. Cette conversion entraîne des changements notables de l’utilisation des sols en dehors de l’exploitation, et donc un fort accroissement des impacts du système dans son ensemble et du lait produit
This thesis addresses the environmental impacts of cattle production systems. The first objective of this thesis was to analyse and compare the environmental impacts of suckler-beef and dairy production systems using attributional life cycle assessment (ALCA). Subsequently, the effects of mitigation practices for suckler-beef production systems were assessed. The second objective addressed methodology development by exploring possible consequences due to an increase in preference for grass-based milk using consequential LCA (CLCA).For a suckler-beef production system, enteric methane fermentation was the main contributor to the climate change impact, and grassland production contributed most to other impacts (cumulative energy demand, eutrophication, acidification and land occupation). The suckler cow-calf herd substantially contributed to the impacts of the suckler-beef system. The most effective mitigation practice for the suckler-beef production system was decreasing calving age from 3 to 2 years. The use of lipids rich in omega-3 fatty acids in ruminant diets did not substantially affect the impacts of the suckler-beef production system. Simultaneous application of several compatible practices can substantially mitigate the impacts of the suckler-beef production system. The application of certain practices (e.g. reducing ungrazed grass losses, fattening heifers not used for replacement and reducing calving age) reduced land occupation. Alternative uses for the “released land”, e.g. the introduction of forest to sequester C into biomass, seems promising. For dairy production systems, the assessment focused on a grass-based vs. maize-silage-based system, dual-purpose breed (Normande) vs. specialised breed (Holstein) and the effect of increasing milk yield per cow, using the ALCA approach. Independent of co-product handling methods, the impacts per kg of milk were lower with the maize-silage-based system and with Holstein cows (except for eutrophication). Increasing milk yield per cow by increasing feed energy intake and applying more intensive management (first calving at 2 years) decreased the impacts of milk and its beef co-product. The consequences of converting a maize-silage-based to a grass-based dairy farm in France to meet the increased domestic preference for grass-based milk were assessed using the CLCA approach. This farm conversion caused land-use change outside the dairy farm and thus substantially increased the impacts of the whole production system and the milk it produced

Les métapodes de 359 bovins charolais ont été récupérés à l'abattoir. Pour chaque animal, nous avons retenu un métacarpe et un métatarse. Ces métapodes ont été mesures (7 mesures par os) à l'aide d'un pied à coulisse. Le traitement statistique (uni et multivarié) a été mené sur la population toute entière, mais également après mise en classe en fonction de l'éruption des dents incisives adultes (taureaux, taurillons, vaches, génisses et bœufs). La distinction des cinq classes de bovins repose sur la taille, la forme et la longueur de l'os. Les vaches et les génisses sont délicates a discriminer ; les taurillons et les boeufs se mélangent partiellement ; les taureaux et les vaches se différencient de façon nette selon le facteur i de l’ACP (analyse en composantes principales). Les paramètres de largeur, d'épaisseur, le facteur i de l’ACP ou les indices de gracilité du métapode sont les plus variables et également les plus dimorphiques sexuellement, ils sont les mieux corrélés avec le poids de l'animal. Les mesures de longueur de l'os ou le facteur ii de l’ACP sont moins variables et également moins dimorphiques, ils sont corrélés avec la hauteur au garrot. Les rapports calculés entre le métacarpe et le métatarse sont peu variables et pratiquement indépendants du sexe, du poids, de la hauteur au garrot et de l’âge des animaux. Cette étude met en évidence la position originale de la race charolaise (type bovin viande) au sein des races bovines, avec des métapodes de grande taille et surtout très trapus, sans toutefois être parmi les plus longs rencontres. A cote des différences, la variabilité des paramètres mesures dans la race charolaise recoupe celle observée dans les autres races bovines, sélectionnées ou non, et de ce point de vue l'analyse s'affranchit du type morphologique

Ce travail traite de la thermotolerance des bovins en climat tropical humide (guadeloupe). Differents genotypes eleves dans l'ile sont testes au soleil et a l'ombre: taurillons metis (limousins et charolais x creoles) et ffpn en race pure, par rapport aux taurillons locaux (creoles), a l'aide de criteres physiologiques et zootechniques. Differentes methodes d'estimation de l'effet global des parametres climatiques sont presentees. Les croises limousins presentent une bonne thermotolerance. Les croises charolais au soleil ont des problemes d'aplombs. Les taurillons ffpn doivent etre maintenus a l'ombre

La maturation implique des mécanismes physico-chimiques et enzymatiques, et fait intervenir plusieurs systèmes cellulaires parmi lesquels la protéolyse est un point essentiel. Dans les cellules, il existe 3 systèmes protéolytiques majeurs représentés par les cathepsines, les calpaïnes et le protéasome. Les calpaïnes ont été étudiées et leur rôle mis en évidence dans la maturation, contrairement au protéasome. Le but de ce travail était de mettre en évidence le rôle potentiel du protéasome dans la maturation. Nous avons travaillé sur de l'extrait brut pour se rapprocher des conditions cellulaires. Les activités du protéasome ont été mesurées dans des conditions standard de pH et ses activités réelles ont été déterminées pour les différents temps de conservation et au Ph post mortem correspondant. Bien qu'une diminution des activités ChT-L, PGPH et caséinolytique du protéasome au cours du stockage post mortem ait été montrée, les activités restent importantes après 7 jours de stockage : 40, 77, 50 et 61% des activités initiales, respectivement. Nous avons étudié l'influence de facteurs biologiques (race, âge et type musculaire) et technologiques (croissance compensatrice) sur le potentiel protéolytique du protéasome. Les résulats obtenus ne montrent aucun effet significatif de la race, du type musculaire et de la croissance compensatrice (excepté pour l'activité PGPH) alors qu'un effet âge est constaté. La maturation se faisant sur une dizaine de jours, dans le cas du bovin, les calpaïnes ne peuvent, à elles seules, expliquer toutes les modifications de la structure myofibrillaire, du fait de la chute très rapide de leur activité. Nos résultats montrent que la quantité de protéasome est constante et qu'il reste actif sur toute la période de maturation. Cependant, il ne peut agir que sur des protéines partiellement dénaturées. Le protéasome est un facteur nécessaire mais pas limitant

Nous défendons l'hypothèse selon laquelle la construction de la qualité des viandes bovines pampéennes est dépendante de la manière dont les éleveurs intègrent dans leurs stratégies la gestion des risques et des incertitudes liés à la production et à la commercialisation. Pour analyser les déterminants de ces stratégies, nous utilisons les acquis de la sociologie des organisations. Nous analysons ainsi de quelle façon elles contribuent à déterminer la structure de la filière et à établir les "règles du jeu". Nous notons que la structure de la filière et ses règles déterminent les stratégies adoptées. Pour interpréter les modes d'insertion des éleveurs dans les filières, nous faisons appel à l'économie des conventions qui permet de prendre en compte la diversité des situations chez les producteurs et de traiter des aspects liés à la qualité des produits. Considérant les caractéristiques de chaque zone étudiée et la diversité des stratégies des producteurs présents dans chacune d'elles, et compte tenu du diagnostic obtenu, nous proposons différentes possibilités d'évolution. Cette évolution de la qualité des bovins produits résulte des apprentissages organisationnels et collectifs. Concernant la méthodologie de travail, la filière a été analysée à partir d'entretiens semi-directifs conduits avec les acteurs de l'intermédiation dans la vente de bovins sur pied, de l'abattage et de la distribution, et auprès de certains référants. L'information propre aux exploitations agro-pastorales a été recueillie par la réalisation d'enquêtes ayant plusieurs questions ouvertes relatives aux stratégies productives et transactionnelles. Nous concluons que ce sont les incertitudes existantes dans la filière (notamment celle du paiement et celle concernant l'estimation de qualité) et dans le territoire qui déterminent chez les éleveurs l'adoption de conventions dans lesquelles la qualité des produits est faiblement prise en compte
We support the hypothesis according to the dependence of bovine meat quality on how farmers integrate the management of risks and commercial uncertainty into their production strategies. To analyse the determining factors in farmers' strategy we employ the knowledge acquired by the theory of organisations as applied in Crozier and Friedberg's works. In this way, we analyse how the strategies of actors help to determine the channel structure and to define the "game rules". In a reciprocal way, the channel structure and rules determine the range of possible strategies offered to farmers. To asses the mode of insertion of farmers into the channels we appeal to the economy of conventions because it is an approach richer than "standard" economy to take into account the diversity of production situations and to deal with all the aspects linked to the quality of products. Considering the characteristics of every region and the diversity of production strategies in each of them, and according to the previous diagnosis, we propose different ways of evolution. The evolution of the quality of bovine products has been considered as the results of organisational and collective process of learning. Methodology of the work : The channels of commercialisation were analysed from results of partially direct enquiries lead with actors of livestock selling, slaughtering and distribution, as well as to diverse informants. The information proper to agropastoral farms has been obtained from enquiries including open questions about productive and business strategies

Cette these etudie l'evolution contemporaine des relations clients fournisseurs dans la filiere des viandes de boucherie en france. L'analyse est realisee par le biais de la notion de strategie de differenciation des produits. Le cadre theorique de l'economie des conventions se revele approprie car il permet d'etablir un lien entre strategie de differenciation et relations verticales (au sens des relations clients fournisseurs) grace aux concepts de conventions de qualite et de coordination. Ces references theoriques et des enquetes menees sur le terrain ont permis d'obtenir les resultats suivants. Jusque dans les annees 1980, les relations verticales peuvent etre caracterisees par une convention marchande de coordination dans la mesure ou les produits ne font pas l'objet de strategies de differenciation et ou la concurrence porte essentiellement sur les prix. Notons qu'a cote de ce modele marchand, resiste un modele domestique. De nombreuses unites de petite taille travaillent encore suivant des methodes traditionnelles et sont inserees dans des reseaux locaux dans lesquels la confiance et la reputation jouent un role essentiel dans les relations avec les clients et fournisseurs. Depuis le debut des annees 1980, avec la saturation des marches alimentaires, la concurrence se durcit. Des entreprises souhaitent segmenter les marches en differenciant leurs produits. Ce choix necessite un suivi du produit le long de la filiere car il implique que l'incertitude sur la qualite soit reduite. Le partenariat s'avere alors necessaire. Ces situations nouvelles apparaissent analysables au travers de compromis realises entre plusieurs modeles conventionnels. Bien que sources de tensions ces compromis semblent appeles a se developper largement avec la multiplication des actions de differenciation
This thesis studies the contemporay evolution of buyer seller relationships in the trade-butchery meat chain in france. Product differentiation constitutes a way to approach the problem. The concept convention seems to be available to link differentiation strategies and vertical relations with quality convention and coordination convention concepts. These theoritic references - the literature of economic conventions - and the concrete investigations show that, as far as 1980's years are concerned, vertical relations can be characterized by a trade convention. Goods are not differentiated and competition is on prices. But a domestic convention is useful to explain the behaviour of some economic agents. Many small firms, attached to local areas, work using traditional methods. Trust and reputation are the necessary elements in establisching buyer seller relationships. Since 1980, with the saturation of foods markets, competition is reinforced. Firms want to divide the market into segments by differentiating products. This choice involves a follow-up of the product - meat - in the chain because it implies to reduce qualitative uncertainty. Thus cooperative behaviours appear in the chain. These new positions are studied with the notion of compromise. Compromises arise from the mixing of several conventional models. Despite of constituting clashes sources, these compromises seem to spread with the increase in differentiation strategies

L’équilibre entre les masses des tissus musculaire (TM) et adipeux (TA) conditionne le poids de carcasse et son rendement (rapport TM et TA), mais aussi les qualités sensorielle et nutritionnelle des viandes. Comprendre comment contrôler le rapport des masses de muscle relativement à celle des tissus adipeux reste un enjeu majeur pour les filières de production bovine. Les méthodes omiques ont abondamment été utilisées pour comprendre les mécanismes explicatifs de la variabilité du croît ou de la masse des tissus adipeux et musculaire chez le bovin. Cependant, à partir de cette masse de données, il n’est pas toujours aisé d’extraire ou de générer une information biologique synthétique. L’objectif de ma thèse était donc d’agréger et de ré-analyser des données publiques pour proposer des gènes ou protéines marqueurs de l’adiposité corporelle ou musculaire, compléter les connaissances disponibles ou identifier des manques de données. Pour ce faire, des techniques in silico et expérimentale ont été combinées. La majorité des données disponibles dans les bases publiques concernaient le muscle et étaient des données transcriptomiques, rarement protéomiques. Les résultats de 5 publications comparant le protéome musculaire de bovins divergents pour la teneur en lipides intramusculaires ont été agrégés pour identifier 50 protéines avec des abondances divergentes, dont 9 trouvées dans au moins 2 publications. Ces données ayant été obtenues chez des races précoces, nous avons analysé le protéome d’une race plus tardive. Le muscle Longissimus thoracis de bovins, Rouges des Prés divergents par les adiposités musculaire et corporelle ont été analysés par les techniques de shotgun et de 2DE. Sur les 47 protéines liées significativement aux dépôts adipeux dans le muscle ou la carcasse, 21 étaient communes avec les résultats publiés, et 26 n’avaient jamais été identifiées. En particulier, l’abondance d’APOBEC2 était fortement corrélée à l’adiposité de la carcasse et du muscle.Parmi les données issues de puces à ADN accessibles dans les bases de données publiques, 84 et 12 jeux de données relatifs, respectivement à la croissance musculaire et adipeuse, ont été sélectionnés. En raison de manques dans les métadonnées, seulement 33 (32 « TM », 1 « TA ») d’entre eux ont été rendus comparables par la mise à jour des noms de gène sur le génome bovin actuel (UCD1.2 ; collaboration avec Sigenae). Les données des 32 jeux de données « muscle » ont été catégorisées selon l’âge, la race, le sexe ou l’alimentation. Par catégorie, les données ont été regroupées et analysées par combinaison de valeurs p selon la méthode inverse normale (collaboration avec l’UMR Gabi). Pour la catégorie âge, facteur de variation majeur de la teneur en lipides intramusculaires, nous avons identifié 238 gènes (sur les 715 communs à 10 jeux de données) différentiellement exprimés dans le longissimus dorsi de bovins de 5 races. Parmi ces 238 gènes, 97 étaient différentiels dans au moins 2 des jeux de données analysés individuellement et la méta-analyse. Ils confirmaient par exemple la dynamique de régulation des métabolismes glycolytiques et oxydatif en fonction de l’âge des bovins. 17 gènes ont été identifiés comme différentiel selon l’âge exclusivement dans la méta-analyse. Parmi les gènes identifiés certains sont liés au métabolisme des lipides (APOE, LDLR, MXRA8) et d’autres pourraient induire (YBX1) ou réprimer (MAPK14, YWAH, ERBB2), la différenciation de cellules progénitrices musculaires vers le lignage adipeux. L’intégration de données publiques, notamment par la méta-analyse, a donc augmenté les connaissances sur les mécanismes biologiques et biomarqueurs contribuant au rapport TA/TM. Les relations entre les abondances des molécules identifiées et des critères d’adiposité restent à quantifier dans une perspective de validation des biomarqueurs
Producing meat animals with adequate muscular and adipose masses (i.e. lean-to-fat ratio) is an economic challenge for the beef industry. The lean-to-fat ratio influence weight and yield of carcasses as well as the sensorial and nutritional quality of the meat. Omics methods have been widely used to understand mechanisms underlying the variability of the adipose and muscle tissue growth in the bovine. However, it is not always easy to extract or generate a synthetic biological information from this volume of data. The objective of my thesis was to aggregate and analyse public data to propose genes or proteins related to the lean-to-fat, and to identify data to be completed by experiment. To achive this goal, experimental and in silico methods were combined.Majority of available data in public databases were muscle transcriptomic data, and very rarely proteomic data. Data from 5 publications comparing muscle proteome of bovine breeds divergent in their intramuscular lipid content were aggregated and allowed the identification of 50 differently abundant proteins. Of these, 9 were concordant in at least 2 publications. As those data were obtained only in late-maturing breeds, we analysed proteome of “Rouges des Prés” cows which deposit fat in a later stage of development. Longissimus thoracis muscle of bovine “Rouges des prés”, that diverges in their muscular and corporal adiposity were analysed by shotgun and 2DE techniques. Of the 47 proteins significatively associated to adipose depots in muscle or carcass, 21 were common to published data and 26 had never been identified before. Particularly, APOBEC2 abundance was strongly correlated with both carcass and muscle adiposity.Among the microarray data available in the public databases, 84 and 12 datasets relative to muscular and adipose growth were selected, respectively. Because of missing metadata, only 33 (32 “MT” and 1 “AT”) were used and their identifiers updated on the current bovine genome (UCD1.2; collaboration with Sigenae). Data of 32 “muscle” datasets were categorized according to the age, breed, sex or nutrition. Data were regrouped by categories and analysed by p-value combination according to the inverse normal method (collaboration with Gabi UMR). For the age category, a major factor influencing intramuscular lipid content, we identified 238 genes differentially expressed between two ages in longissimus dorsi of bovine of 5 different breeds. Among these 238 genes, 97 were identified in at least 2 datasets analysed individually and in the meta-analysis. The meta-analysis confirmed the dynamic regulation of glycolytic and oxidative metabolisms depending on bovine age. 17 genes were exclusively identified in the meta-analysis as differentially expressed between two ages. Among the identified genes, some are linked to lipid metabolism (APOE, LDLR, MXRA8) and other may induce (YBX1) or repress (MAPK14, YWAH, ERBB2) the differentiation of muscle progenitor cells towards the adipose lineage.Integration of public data, in particular by the meta-analysis, provided a global view of biological mechanisms and biomarkers (genes or proteins) of the lean-to-fat ratio that were the most frequently identified in several breeds. The relationships between the abundances of the identified molecules and adiposity criteria remain to be quantified in a perspective of biomarker validation (prior to animal slaughter/ without the need to slaughter the animal).Integration of public data, in particular by the meta-analysis, allowing to aquire a global view of biological mechanisms and biomarkers (genes or proteins) of the AT to MT ratio. This approach will allow to check and evaluate carcass and muscle AT percentage from gene or protein abundance prior to animal slaughter/ without the need to slaughter the animal

L'objectif de cette recherche est de mettre en évidence et d'évaluer les proximités qui peuvent exister entre les pratiques d'élevage des animaux et la qualité sensorielle des viandes. 99 génisses ont été utilisées. Les propriétés musculaires du rectus abdominis (RA) et du longissimus thoracis ont été déterminées et la qualité sensorielle du RA a été évaluée. 4 classes de pratiques d'élevage ont été différenciées par analyse multidimensionnelle. Un niveau alimentaire élevé durant toute la vie des animaux conduisant à un abattage à un âge limité et permettant un poids de carcasse élevé est à l'origine des viandes les plus tendres, indépendamment du type de finition et du type de fourrage distribué durant cette période. Les propriétés physico-chimiques des muscles, expliquant moins de 23% de la variance des descripteurs sensoriels, ne diffèrent selon les classes de pratiques. Les performances à l'abattage semblent déterminer la majeure partie de la variation de la qualité sensorielle : un risque supérieur d'obtenir des viandes de moindre tendreté apparaît lorsque l'âge à l'abattage des génisses augmente ou que le gain de poids vif sur la vie diminue
The aim of this study was to highlight and to evaluate the relation between breeding practices and meat sensorial quality. 99 heifers were used. Rectus abdominis and longissimus thoracis physicochemical properties were analysed and meat quality of the rectus abdominis muscle was evaluated by sensorial analysis. 4 classes of breeding practices were differentiated by multidimensional analysis. A high feeding level during the animals' entire life permit slaughter at a young age and result in high carcass weight. Such a breeding method is linked to more tender meat, independent of the finishing stage and the forage given to the animals. Only 12% to 23 % of the variability of the sensorial characteristic can be explained by physicochemical properties, which is the likely reason there are only small differences in the muscles of the four classes. Heifer performances at slaughter seems to be more important in the determination of meat quality than breeding practices themselves : there exists a higher risk of less tender meat when age increases or when daily weight decreases, independent of breeding practices