Tesi: "Barrières au flux de gènes"

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Burban, Ewen. "Approche génomique de la détection des barrières au flux de gènes". Electronic Thesis or Diss., Université de Rennes (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024URENB007.

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Abstract (sommario):

La caractérisation des mécanismes qui sous-tendent l'isolement reproductif entre des lignées divergentes est essentielle pour comprendre le processus de spéciation. Au cours de leur évolution, les populations développent progressivement un isolement reproductif (IR) en passant par des étapes intermédiaires, souvent appelées "zone grise de la spéciation". L'établissement de l'IR se manifeste par l'apparition de régions génomiques qui agissent comme des barrières réduisant le flux de gènes local par rapport au reste du génome. Les approches de génomique des populations impliquent donc l'identification de locus avec des signatures spécifiques, différentes du reste du génome. Cependant, d'autres processus peuvent créer des signatures similaires, ce qui fait de la détection des barrières une tâche difficile. Dans ma thèse, j'ai développé un nouvel outil, RIDGE - Reproductive Isolation Detection using Genomic Polymorphisms – un nouvel outil libre et portable adapté en particulier aux approches comparatives. RIDGE utilise une approche ABC (Approximate Bayesian Computation) et de “model averaging” basée sur des “random forest” pour prendre en compte divers scénarios de divergence entre lignées. Il prend en compte l'hétérogénéité du taux de migration, de la sélection en liaison et de la recombinaison le long du génome, estimant la proportion de barrières et effectuant des tests par locus pour détecter les barrières au flux génique. Des simulations et des analyses de jeux de données publiés sur des paires d'espèces de corbeaux indiquent que RIDGE est efficace pour détecter la migration en cours et identifier les locus barrières, même pour des temps de divergence récents. De plus, la contribution des statistiques résumées varie en fonction du jeux de données, ce qui met en évidence la complexité des signaux génomiques des barrières et l’intérêt de combiner plusieurs statistiques résumées. Par la suite, j'ai appliqué RIDGE à des paires de populations sauvages/domestiques : le maïs (allogame) et le millet (autogame), les deux ayant été domestiquées il y a environ 9 000 ans. Des flux de gènes entre les formes ont été documentés dans ces deux systèmes. Les modèles avec migration continue au cours du temps et hétérogène le long du génome sont clairement ressortis comme dominants. RIDGE a également démontré sa capacité à distinguer les locus barrière des locus de domestication (qui ont subi des balayages sélectifs au sein des formes domestiques). Les perspectives de ce travail comprennent l'application de RIDGE à de multiples paires population/espèce englobant un large spectre de divergence afin de déterminer les bases génomiques de l’IR au cours de la spéciation, de tester la théorie de «l’effet boule de neige” formulée par Orr en 1995 ou de déterminer la nature des gènes de spéciation
Characterizing the mechanisms that underlie reproductive isolation between diverging lineages is central in understanding the speciation process. As populations evolve, they gradually develop reproductive isolation (RI) by passing through intermediate steps, often referred to as the "gray zone of speciation". This isolation is marked by the emergence of genomic regions acting as barriers to local gene flow, distinct from the rest of the genome. Detecting these barrier loci involves identifying outlier loci with specific signatures. However, other processes can create similar patterns, which challenges barrier loci detection. In my thesis, I developed a new tool, RIDGE - Reproductive Isolation Detection using Genomic Polymorphisms, a novel free and portable tool tailored for this purpose in a comparative framework. RIDGE utilizes an Approximate Bayesian Computation model-averaging approach based on a random forest to accommodate diverse scenarios of lineage divergence. It considers heterogeneity in migration rate, linked selection, and recombination, estimates barrier proportion and conducts locus-scale tests for gene flow barriers. Simulations and analyses of published datasets in crow species pairs demonstrate RIDGE's efficacy in detecting ongoing migration and identifying barrier loci, even for recent divergence times. Furthermore, the contribution of summary statistics varies depending on the dataset, highlighting the complexity of gene flow barrier genomic signals and the interest of combining several statistics. Subsequently, I applied RIDGE to wild/domestic pairs in maize (an outcrosser), and foxtail millet (a selfer), both domesticated around 9,000 years ago. Gene flow between forms has been reported in these two systems. Consistently, models with ongoing migration and heterogeneity in migration rate were clearly dominant over other models. RIDGE also demonstrated its ability to distinguish between barrier loci and domestication loci (that experienced selective sweeps within the domestic forms). The perspectives of this work include applying RIDGE to multiple population/species pairs encompassing a large spectrum of divergence to determine the genomic pattern of RI during speciation, to test the snowball theory formulated by Orr in 1995 or to determine the nature of speciation genes

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Latouche-Hallé, Céline. "Flux de gènes et structure génétique de Dicorynia guianensis en forêt tropicale humide". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112003.

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Abstract (sommario):

Dicorynia guianensis est un arbre de la canopée, endémique de la forêt tropicale humide guyanaise. Tous les adultes reproducteurs situés sur un dispositif de 40 ha, ainsi que 375 juvéniles, et 246 graines provenant de 22 arbres reproducteurs ont été récoltés puis génotypés, à l'aide de 6 marqueurs microsatellites nucléaires, et d'une combinaison PCR-RFLP chloroplastique. Comme la majorité des espèces forestières tropicales, la diversité nucléaire intrapopulation est plus faible que celle des arbres des forêts tempérées. Quel que soit le génome considéré, la différentiation génétique est plus prononcée entre les agrégats qu'entre les cohortes. La structure spatiale est plus importante pour le marqueur chloroplastique, suggérant une forte asymétrie entre les flux de pollen et de graines. De plus, Dicorynia montre un niveau élevé de diversité intrapopulation chloroplastique. Un tel maintient de plusieurs haplotypes est attendu si les agrégats sont issus d'une colonisation récente, ou s'ils sont sujets à une dynamique d'extinction/recolonisation. Le taux d'allofécondation moyen de la population est élevé, mais la variation individuelle est importante. Ainsi, un individu a un système de reproduction mixte, ce qui suggère que les barrières d'auto-incompatibilité peuvent être contournées. Le succès reproducteur mâle n'est que peu corrélé à la distance de pollinisation intrapopulation. Par contre, il est corrélé au diamètre du tronc et à l'intensité de floraison. La majorité du pollen (66%) provient de l'extérieur du dispositif. Ces données suggèrent que la structure spatiale de la diversité génétique observée à cette échelle est principalement due à une dispersion limitée des graines, et que les flux de pollen n'ont qu'un impact limité. Le système de reproduction de D. Guianensis est une combinaison d'un flux de pollen à longue distance et d'une tolérance à l'autofécondation
Dicorynia guianensis is a canopy tree, endemic to the tropical rain forest of French Guiana. All adult trees within a continuous area of 40 ha (n=157), 375 saplings, and 246 progenies from 22 mature trees, were sampled and genotyped with 6 microsatellite loci and one PCR-RFLP cpDNA combination. Level of nuclear intrapopulation diversity was lower than temperate forest trees, as other tropical species. For both genomes, genetic differentiation was more pronounced between spatial aggregates than between cohorts. Spatial structure was larger for chloroplast than nuclear markers indicating a strong asymmetry between pollen and seed flow. Moreover, the species was able to maintain high levels of intrapopulation diversity for chloroplast genome. An avoidance of fixation of haplotypes is expected in recently formed aggregates for a colonizing species or in non-equilibrium situations where aggregates are subject to rapid extinction-recolonization dynamics. At the population level, the species was mostly outcrossing but there was marked variation among individuals. One tree exhibited mixed mating confirming that the self-incompatibility barriers could be relaxed. Male mating success was only moderately related to distance between trees within the study area. It was, however, related to the diameter of the stem and to the visual assessment of flowering intensity. The majority (66%) of pollen came from outside the study stand. These data suggest that the fine-scale spatial genetic structure is mainly the consequence of restricted seed dispersal, and that pollen flow has limited impact. The mating behavior of D. Guianensis is a combination of long distance pollen flow and occasional selfing

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Raufaste, Nathalie. "Barrières au flux génique et sélection dans une zone hybride : étude théorique et expérimentale chez la souris domestique". Montpellier 2, 2001. http://www.theses.fr/2001MON20145.

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Cartaud, François. "Modélisation des écoulements dans les interfaces des barrières d'étanchéité composites des installations de stockage de déchets". Paris, ENMP, 2004. http://www.theses.fr/2004ENMP1229.

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Abstract (sommario):

Les dispositifs d'étanchéité en fond d'installation de stockage de déchets sont basés sur l'association, selon la réglementation en vigueur, d'une géomembrane, matériau synthétique et d'une barrière passive d'argiles compactées. La géomembrane présentant des défauts, les lixiviats issus de la percolation d'eau à travers les déchets s'infiltre à l'interface entre les deux composants du dispositif d'étanchéité cité. La thèse a consisté à analyser, quantifier expérimentalement et modéliser les processus de transfert dans l'interface. L'étude expérimentale, réalisée à l'échelle métrique en laboratoire, a permi d'évaluer le rôle de la contrainte mécanique sur le débit d'interface et a aussi abordé le cas où un géotextile est intercalé entre la géomembrane et la couche d'argile compactée. Le modèle développé permet une meilleure prise en compte de la géométrie de l'interface et assure ainsi une quantification des débits de fuite plus précise que par l'utilisation des outils préexistants
Composite liner at the bottom of waste landfill is based, in France, on a geomembrane overlapping a compacted clay liner. Defects exist in geomembranes and leachates, provided by water percolation through the waste, then flow in the interface between the two components of the lining system. The present work consisted in analysis, quantification and modelling of the leakage process in the interface. The experimental study has been carried out on a one-meter scale device in laboratory and allowed to assess the role of normal stress on the flow rate in interface. The case where a geotextile is present beneath the geomembrane has been also studied. The modelling allows to take into account more accurately the geometry of the interface and ensures a better quantification of leachate flow rates than using existing methods

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Chaix, Gilles. "Etude des flux de gènes dans un verger à graines d'Eucalyptus grandis à Madagascar". Phd thesis, Ecole nationale superieure agronomique de montpellier - AGRO M, 2002. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01071377.

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Abstract (sommario):

A Madagascar, un programme de sélection sur les eucalyptus est conduit à l'aide de vergers à graines, en pollinisation libre qui constituent les populations d'amélioration. L'obtention de gains génétiques et le maintien de la diversité génétique sont réalisés si la reproduction tend vers le modèle panmictique. Or, le faible niveau de domestication des essences forestières et les conditions environnementales conduisent à une variabilité phénotypique importante ayant des conséquences probables sur la phénologie. Dans un premier temps, notre approche est basée sur la caractérisation biologique d'un verger de 349 Eucalyptus grandis. Ensuite, il s'agit d'effectuer, sur un échantillon de 724 descendants récoltés sur 30 géniteurs, une analyse de paternité basée sur 6 marqueurs microsatellites. Nous en déduisons les conséquences sur la variabilité génétique et la croissance des descendants. En première approche, les résultats confirment les inquiétudes que nous avions quant à la panmixie et à l'équi-participation des géniteurs. Le taux de pollution pollinique atteint 39% et les contributions des géniteurs au nuage pollinique diffèrent de leur effectif dans le verger. En revanche, plus de 50% d'entre eux y ont participé et nous n'avons pas observé d'effet de voisinage sur la pollinisation. Le taux moyen d'allogamie est de 97% et les croisements entre demi-frères représentent 3,5% des recombinaisons. Seule la croissance des descendants issus d'autofécondation est significativement affectée par les effets de la dépression consanguine. En dépit du taux de contamination, nous pouvons estimer que le brassage génétique, confirmé par le maintien de la variabilité allélique et le faible taux d'autofécondation, correspond à ce qui est attendu sous l'hypothèse de la panmixie. Néanmoins, certaines recommandations sont proposées pour atteindre les objectifs multiples attribués aux vergers à graines et pour limiter la contamination pollinique.

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Chaix, Gilles. "Etudes des flux de gènes dans un verger à graines d'Eucalyptus grandis à Madagascar". Montpellier, ENSA, 2002. http://www.theses.fr/2002ENSA0030.

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Desaint, Stéphane. "Description des populations bactériennes telluriques dégradant le carbofuran : diversité génétique et flux de gènes". Dijon, 2000. http://www.theses.fr/2000DIJOS065.

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Abstract (sommario):

La biodégradation accélérée (bda) des pesticides est l'une des conséquences pratiques majeures de la structure et de l'évolution des populations microbiennes impliquées dans la minéralisation des produits phytosanitaires. L'un des premiers pesticides ayant fait l'objet d'une bda a été le carbofuran, un insecticide de la famille des n-méthylcarbamates. Les objectifs principaux de cette thèse étaient d'une part de caractériser les populations microbiennes telluriques impliquées dans la dégradation du carbofuran et d'autre part de décrire les flux potentiels d'un gène particulier intervenant dans le catabolisme de ce pesticide, le gène mcd (méthylcarbamate dégradation). Au total, plus de 128 micro-organismes dégradant le carbofuran ont été caractérisés génétiquement par analyse de leur adnr 16s, de leur région intergénique 16s-23s et par séquençage partiel. Par ailleurs, les ribotypes 16s de 68 isolats dégradants, provenant de parcelles agronomiques ayant reçu des programmes de traitements différents, ont également été déterminés. Nos résultats confirment que la grande diversité des populations bactériennes dégradant le carbofuran est certainement sous-estimée. Néanmoins, l'impact des concentrations ou des traitements pesticides sur la nature des souches dégradantes et sur la diversité des groupes microbiens impliques n'a pu être établi. Enfin, après avoir vérifié que le gène mcd était transférable in vitro depuis des isolats dégradant le carbofuran vers une souche receveuse (agrobacterium tumefaciens, 9023), des systèmes plus complexes (microcosmes) ont été utilises pour étudier le transfert. Il s'avère que des transferts du gène mcd ont été observes, soit entre les souches introduites dans les échantillons de sol, soit de la population indigène vers la souche receveuse inoculée. Par ailleurs, certains résultats laissent supposer que des transferts ont potentiellement eu lieu depuis les souches donneuses vers la population indigène.

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Vigouroux, Yves. "Betteraves transgéniques et betteraves adventices : étude des flux de gènes et de leurs conséquences". Dijon, 2000. http://www.theses.fr/2000DIJOS087.

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Abstract (sommario):

L'utilisation des plantes génétiquement modifiées suscite de nombreuses questions sur leur impact environnemental, notamment la possibilité de fuite de gènes des plantes cultivées vers des plantes sauvages ou adventices. Dans cette thèse, nous étudions cette éventualité chez une plante allogame : la betterave (Beta vulgaris L. ). Cette thèse établit qu'un flux de gènes récurrent se produit des betteraves transgéniques cultivées vers les betteraves adventices dans un dispositif expérimental pluriannuel au champ. Des modalités de ce flux de gènes ont été étudiées expérimentalement, notamment l'effet de la densité, de la taille des populations adventices et de l'apparentement entre plantes. La densité a un effet important sur la dispersion spatiale du transgène. Avec une taille croissante de la population, la probabilité d'apparition d'hybrides a tendance à augmenter. Enfin, l'apparentement des plantes n'a qu'un effet mineur sur ce flux de gènes. L'introgression du transgène de résistance a un herbicide dans des populations adventices a ensuite été étudiée en serre et au champ. Il n'y a pas de contrecoup sélectif important. Enfin, une étude de la morphologie et de la phénologie de huit populations adventices a été réalisée au champ. La diversité génétique de ces huit populations adventices et de cinq variétés cultivées a aussi été étudiée. Nous avons pu ainsi montrer une forte proximité génétique entre les betteraves cultivées et adventices, et caractériser des origines génétiques diversifiées de ces populations adventices.

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Faure, Matthieu. "Génétique des barrières semi-perméables au flux génique dans la zone d’hybridation des moules Mytilus edulis et M. Galloprovincialis". Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20225.

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Abstract (sommario):

L'impact de régimes de sélection contrastés sur différentes régions du génome résulte en une variabilité forte de l'introgression au travers des zones d'hybridation: les gènes impliqués dans l'isolement des espèces vont tendre a verrouiller les génomes et les locus neutres ou sous sélection positives vont tendre a homogénéiser ceux-ci. Cette étude a pour but de prendre en compte cette variabilité en étudiant l'histoire de 5 locus dans la zone d'hybridation mosaïque entre les moules Mytilus edulis et M. Galloprovincialis. L'étude du polymorphisme de séquences ADN a permis, (i) de montrer l'existence d'une longue période de divergence encore visible malgré les échanges génétiques et la recombinaison, (ii) de mettre en évidence que le polymorphisme partagé par les espèces était dû à l'introgression et que celle-ci pouvait être forte pour certains locus et (iii) d'identifier la signature de différents types de sélection et leurs effets sur la différenciation entre populations

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Ghesquière, Alain. "Diversité génétique de l'espèce sauvage de riz, Oryza longistaminata A. Chev. Et Roehr, et dynamique des flux géniques au sein du groupe Sativa en Afrique". Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA112380.

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Abstract (sommario):

L'évaluation d'une espèce sauvage de riz pérenne, Oryza longistaminata, a été réalisée à partir d'une collection vivante représentative de la variabilité de cette espèce en Afrique. La description du système de reproduction suivant les différents types de populations confirme qu'O. Longistaminata est bien une espèce allogame, cependant des formes partiellement autocompatibles sont observées dans les populations adventices et proviennent vraisemblablement d'introgressions avec les riz cultivés. L'analyse du polymorphisme isozymique sur 20 loci souligne que les introgressions électrophorétiquement détectables sont limitées à des formes particulières sans rhizomes appelées Obake ; ces plantes dérivent d'hybridations avec e groupe de variétés indica d'O. Sativa. Un modèle génétique basé sur la complémentation entre deux gènes létaux a été décrit pour expliquer l'isolement reproductif entre O. Longistaminata et les autres espèces de riz ; cependant, les descendances issues de recroisements ne s'ajustent pas aux ségrégations théoriques et suggèrent des effets de pénétrance des gènes impliqués dans la barrière reproductive. En outre, l'hérédité de la présence de rhizomes suppose une étroite liaison entre la barrière reproductive et l'expression des rhizomes. La mise en évidence par électrophorèse de certains phénomènes indique que les hybridations interspécifiques sont l'objet de remaniements génétiques mettant en jeu des éléments transposables et conduit à un modèle global permettant de rendre compte de l'ensemble des résultats expérimentaux. Les mécanismes de la dynamique des introgressions sont expliqués et l'état Obake est interprété comme un syndrome d'effets délétères. La signification évolutive des relations interspécifiques à l'intérieur du groupe Sativa peut être déduite des conséquences de la migration des riz sauvages en Afrique. Les résultats soulignent l'importance des formes pérennes pour introduire de la variabilité chez les riz cultivés et les bases d'une utilisation des ressources génétiques d'O. Longistaminata en amélioration des plantes sont envisagées
A genetic evaluation of the wild perennial rice Oryza longistaminata was conducted on a living collection representing the ecogeographical variability of this species in Africa. The description of the breeding system according to populations’ types confirmed that 0. Longistaminata was an allogamous species, but partial selfcompatible plants occurring in weedy populations could arise from introgressions with cultivated rices. The analysis of isozyme polymorphism on 20 loci pointed out that electrophoretic evidences of introgressions were restricted to particular and without rhizomes forms called Obake; these plants were supposed to be hybrid derivatives from indica varieties of O. Sativa. A genetic model based on a complementary set of letal genes was previously reported to assume the reproductive isolation between O. Longistaminata and the others rice species but back cross progenies did not fit with theoretical expectations and suggested penetrance effects of genes involved in reproductive barrier; besides, the heredity of rhizomatous habit presumed a close connection between the reproductive barrier and rhizomes expression. Electrophoretically detectable events indicated that interspecific hybridizations were subjected to genetic modifications including transposable elements and led to set up a comprehensive model to assume experimental data as a whole. The mechanisms of introgressions dynamic were cleared up and the Obake state was interpreted as a syndrome of cumulative deleterious effects. The evolutive significance of interspecific relationships within the Sativa group was inferred from the effects of the migration process in Africa of the wild rices; consequently, the results emphasized the major contribution of perennial forms for introducing genetic variability in cultivated rices. The basis of an efficient utilisation in plant breeding of genetic ressources provided by 0. Longistaminata were considered

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Liu, Yongbo. "Conséquences écologiques et évolutives du flux de gènes entre Brassica napus transgénique et ses apparentés sauvages". Phd thesis, Université de Bourgogne, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00584017.

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Abstract (sommario):

Les conséquences des flux de gènes et de l'introgression entre les cultures transgéniques et leurs apparentés sauvages sont encore au cœur des débats associés à la commercialisation des plantes génétiquement modifiées. J'ai développé mon étude sur les conséquences écologiques et évolutives du flux de gènes entre le colza (Brassica napus) et ses apparentés, la moutarde brune sauvage (B. juncea) et la ravenelle (Raphanus raphanistrum), en réalisant une série d'expériences en serre, au jardin et au champ à Beijing et à Dijon. En premier, j'ai présenté une revue synthétique de la littérature publiée sur les flux de gènes et ses effets sur la fitness chez les Brassicées. En second, j'ai cherché à mettre en évidence le rôle de la taille des semences hybrides entre du colza transgénique Bt et la moutarde. La petite taille des semences a réduit les capacités de croissance et de reproduction, mais l'effet sur la fitness était variable en fonction des fonds génétiques ou spécifiques. Les rétrocroisements sur le colza étaient plus faciles et productifs que pour les autres types de descendants. La plupart de ces plantes avait une morphologie de colza. Liée à la résistance à l'herbicide, cette caractéristique pourrait permettre aux descendants de survivre dans les champs et de disséminer les transgènes aux repousses et aux autres colzas, ce qui serait peut être plus gênant que de voir l'introgression réelle dans le génome du parent sauvage. Troisièmement, j'ai simulé le phénomène d'herbivorie chez la moutarde pour étudier la compétition entre des plantes résistantes et des plantes sensibles indépendamment des problèmes de fitness des hybrides interspécifiques. Les plantes résistantes ont un avantage compétitif évident sous la pression d'herbivorie, et cet avantage est exacerbé sous des conditions difficiles telles que de faibles ressources du milieu et l'intensité de l'herbivorie. L'utilisation d'insectes pour attaquer des populations mixtes composées de rétrocroisements sensibles et Bt-résistants aux insectes a confirmé ce résultat et a montré que le transgène n'avait pas de coût en l'absence d'insectes. La productivité totale des populations a augmenté avec la proportion de plantes résistantes. Quatrièmement, des populations de ravenelles ont été échantillonnées dans quatre régions éloignées entre elles, dont une ayant une longue histoire de coexistence avec le colza et donc ayant plus de chance d'avoir été soumise à l'hybridation interspécifique avec le colza. J'ai interprété la divergence des traits et leur polymorphisme dans le cadre d'une hypothèse d'introgression stabilisée en opposition au simple hasard, bien que les différences avec les autres populations n'étaient pas assez marquées pour faire sortir ces populations du domaine de variation décrit pour les ravenelles. Ces études soulignent plusieurs facteurs qui peuvent accroître le risque des flux de transgènes et l'introgression entre les cultures génétiquement modifiées et leurs apparentés sauvages, et cela doit être pris en compte dans les procédures d'évaluation des risques de l'usage de ces plantes. A savoir : la morphologie cultivée qui rend confuse l'identification des introgressants dans le cadre de la bio-surveillance, les petites semences hybrides avec une dormance et une dispersion supérieures, et l'intensité de l'herbivorie et de la compétition qui exacerbe l'avantage adaptatif des plantes transgéniques résistantes aux insectes. Cependant, l'hypothèse de la formation de " super mauvaises herbes " ne semble pas justifiée.

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El, Ayari Tahani. "Barrières au flux génique en Méditerranée Occidentale : étude de la différenciation génétique chez deux mollusques marins, Mytilus galloprovincialis & Stramonita haemastoma". Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS226/document.

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Abstract (sommario):

La génétique des populations a révélé que la diversité génétique des espèces marines était très souvent distribuée de façon discrète dans l’espace, en mosaïque de patchs populationnels génétiquement homogènes délimités par des discontinuités appelées barrière au flux génique. L’objectif de cette thèse était de contribuer à mieux comprendre les processus expliquant l’origine, le maintien et la position des barrières génétiques au niveau de la zone de transition entre l’Atlantique et la Méditerranée. Dans un premier temps a été étudiée la structure génétique de la moule Mytilus galloprovincialis. Contrairement au cline abrupt et étroit reporté en Espagne, nous avons découvert en Algérie une vaste zone hybride mosaïque sur 600 km de côtes à l'Est du front océanique Almeria-Oran. Dans un deuxième temps a été menée une étude de la structure génétique du gastéropode marin Stramonita haemastoma. Nous avons découvert deux lignées cryptiques différentiellement fixées pour des haplogroupes mitochondriaux, et différenciées sur 3 marqueurs microsatellites développés dans cette thèse. La distribution spatiale en mosaïque est étonnante avec un patch de la lignée atlantique enclavé au nord de la Méditerranée occidentale et bordé par une zone hybride au sud dans la région de Valence. Ces deux études mettent en avant l’importance de l’isolement reproductif intrinsèque dans l’explication de la distribution mosaïque de la diversité génétique marine. Bien que les frontières entre patchs correspondent à des barrières physiques à la dispersion ou à des écotones, l’hydrographie et l’environnement n’expliquent sans doute que la position des discontinuités génétiques mais ni leur origine ni leur maintien
Population genetics has revealed the genetic diversity of marine species is often subdivided into a mosaic of discrete patches, within which populations are genetically homogeneous, delineated by discontinuities called barriers to gene flow. The aim of this thesis was to contribute to better understand the processes explaining the origin, maintenance and location of genetic barriers at the Atlantic/Mediterranean transition zone. First, we studied the genetic structure of the mussel Mytilus galloprovincialis. In contrast to the abrupt narrow cline reported in Spain, we discovered along the Algerian coastline a 600 km wide mosaic hybrid zone eastward of the Almeria-Oran oceanic front. Second, we studied the genetic structure of a marine gastropod Stramonita haemastoma. We discovered two cryptic lineages differentially fixed for alternative mitochondrial haplogroups, and differentiated at three microsatellite markers developed in this PhD work. Surprisingly, the spatial distribution proved to be an unusual mosaic with a patch of the Atlantic lineage enclaved in the north of the Western Mediterranean Sea, bordered in the South by a hybrid zone in eastern Spain around Valencia. These two studies highlight the importance of intrinsic reproductive isolation in explaining the mosaic distribution of the marine genetic diversity. Although boundaries between patches coincide with physical barriers to dispersal or ecotones, hydrography and environment mainly explain the position of the genetic discontinuities but neither their origin nor their maintenance

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Fargue, Agnès. "Maîtrise des flux de gènes chez le colza : Etude ex-ante de l'impact de différentes innovations variétales". Phd thesis, INAPG (AgroParisTech), 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00005713.

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Abstract (sommario):

Des contaminations des récoltes de colza peuvent se produire via le pollen, les graines et les repousses. Ces flux peuvent être plus ou moins favorisés par certains caractères variétaux et techniques culturales. Cette étude a pour objectif dévaluer limpact de certains caractères variétaux sur les flux de gènes intraspécifiques.
Pour lévaluer dans diverses situations culturales, le modèle GENESYS-COLZA a été utilisé. Différentes expérimentations ont été mises en place pour mesurer leffet de la compétitivité, du taux dautogamie et de lémission de pollen sur les flux de gènes et mesurer leur gamme de variation. Le modèle a ensuite été utilisé pour estimer leffet des paramètres génotypiques sur les flux de gènes. Les paramètres les plus pertinents semblent être lémission de pollen et lautogamie pour les flux entre parcelles et la hauteur pour la contamination des cultures suivantes.
Dautres simulations ont été effectuées pour répondre à des questions de la filière.

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Fargue, Agnès. "Maîtrise des flux de gènes chez le colza : Etude ex-ante de l'impact de différentes innovations váriétales". Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2002. http://www.theses.fr/2002INAP0049.

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Bierne, Nicolas. "Barrières au flux génique en milieu marin : sélection et dispersion larvaire dans la zone d'hybridation des moules côtières Mytilus edulis et M. galloprovincialis". Montpellier 2, 2001. http://www.theses.fr/2001MON20142.

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Abstract (sommario):

Les zones d'hybridation sont des laboratoires naturels pour l'étude de la spéciation. Le modèle de la zone de tension (équilibre entre migration et contre-sélection des hybrides) a été illustré par de nombreuses études sur des organismes terrestres, mais les espèces marines ont été peu étudiées. Pourtant, les organismes marins possèdent souvent des potentiels de dispersion bien supérieurs à la plupart des organismes terrestres du fait d'une phase larvaire planctonique très dispersive, et ils peuvent illustrer comment une zone hybride se comporte avec de forts taux de migration. Nous avons étudié ici la zone hybride en mosai͏̈que des moules côtières Mytilus edulis et M. Galloprovincialis en Europe en utilisant des marqueurs PCR neutres. La transition entre les populations M. Edulis de Mer du Nord et les M. Galloprovincialis ibériques n'est pas graduelle. La structure géographique de la zone est une mosai͏̈que à double échelle. A grande échelle, trois zones d'hybridation indépendantes se succèdent délimitant deux patchs enclavés en Bretagne (M. Galloprovincialis) et en Charente (M. Edulis), isolés de leur population conspécifique périphérique par le patch de l'autre espèce. A petite échelle, au sein de chacune des trois zones d'hybridation, des populations pures des deux types peuvent alterner rapidement formant une micro-mosai͏̈que. . . /. . .

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Lakis, Ghayas. "Dynamique évolutive de la durée du cycle de mil : effet des flux de gènes et des pratiques paysannes". Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA112166.

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Abstract (sommario):

La domestication du mil (Pennisetum glaucum), dans le Sahel, a engendré une large gamme de variétés, très diversifiées pour de nombreuses caractéristiques agronomiques. En particulier, la diversité de la durée du cycle des variétés locales de mil est une composante essentielle des stratégies mises en œuvre par les agriculteurs pour faire face aux fluctuations des précipitations et assurer une certaine stabilité de la production. Au cours des dernières décennies, des évolutions dans les pratiques agricoles ont été observées, en réponse à des changements écologiques et sociaux. Une des conséquences de ces évolutions pourrait être l’existence de flux de gènes entre variétés à cycle court et variétés à cycle long du fait de l’émergence de situations de parapatrie entre ces deux types de variétés, naguère isolées. Par ailleurs, l’existence de recouvrement des périodes des floraisons de ces deux types variétaux a déjà été préalablement observée. Une telle situation amène donc à s’interroger sur la dynamique évolutive passée et actuelle de la diversité de la longueur du cycle du mil dans le Sahel. Dans la première partie de ma thèse, j’ai évalué les possibilités d’occurrence de flux de gènes entre variétés précoces et tardives de mil dans le Sud-ouest du Niger, en utilisant une approche comparative entre situations contrastées pour la distribution spatiale de ces deux types de variétés. J’ai réalisé : 1) une étude des périodes de floraison de deux variétés de mil (précoce (Haïni Kiré) : 75 à 95 jours entre le semis et la maturité et tardive (Somno) : 105 à 125 jours de durée de cycle) dans plusieurs champs paysans, et dans deux villages. 2) une analyse moléculaire à l’aide de 15 marqueurs microsatellites qui a permis l’estimation des niveaux de différenciation génétique entre populations de mils précoces et tardifs échantillonnés dans 4 villages (incluant les deux villages déjà cités) de la même région.Les résultats ont montré la possibilité effective de flux de pollen et l’existence d’introgressions génétiques entre variétés précoces et tardives. Les mécanismes qui pourraient permettre un maintien sur le long terme d’une différenciation phénologique entre les deux types variétaux malgré l’existence de ces flux de gènes, sont discutés.Dans la deuxième partie, j’ai utilisé une approche « gène candidat » combinée à une démarche de génétique des populations, pour tenter d’identifier des gènes qui auraient pu contribuer à la diversité de la durée de cycle chez le mil. Je me suis focalisé sur trois gènes du contrôle de la transition florale PgHd3a, PgDwarf8 et PgPHYC. Leur implication dans la diversité de la durée de cycle chez plusieurs espèces a déjà été montrée. J’ai estimé les niveaux de différenciation génétique entre les mils domestiques et sauvages, précoces et tardifs pour ces trois gènes J'ai aussi cherché à mettre en évidence, au sein de ces gènes, les empreintes éventuelles d’évènements sélectifs passés. Afin de prendre en compte l’histoire démographique des mils dans les tests de neutralité sélective, j’ai utilisé les données de polymorphisme nucléotidiques de 8 séquences témoins dans le cadre d’une approche Bayésienne.Les résultats obtenus suggèrent fortement que PgHd3a et PgDwarf8 ont été ciblés par la sélection durant la domestication. Cependant, les données ne soutiennent pas l’hypothèse d’un rôle potentiel des trois gènes candidats dans la différenciation de la durée de cycle entre les variétés locales précoces et tardives. L’approc
Domestication of pearl millet (Pennisetum glaucum) in the Sahel of Africa has produced a wide range of diversity in cycle duration of landraces. This diversity allows Sahelian farmers to outface the precipitation fluctuation and to ensure regularity in grain production. Due to ecological and social recent changes, modifications of farmer’s practices could be a factor promoting gene flow between the early and late flowering varieties by increasing the opportunity of neighboring and flowering overlap between them. Such a situation raises questions about the past and current evolutionary dynamics of phenological diversity in this crop.In the first part of my thesis I tried to evaluate the possibility of gene flow between pearl millet varieties in South-West Niger, through a comparative approach among contrasting situations pertaining to the spatial distribution of early and late landraces. Therefore I conducted: 1) a field study where we observed flowering periods, for two types of varieties (early type (Haïni Kiré): 75 to 95 days and late type (Somno): 105 to 125 days of cycle length) in several pearl millet fields, and in two villages 2) a molecular study that allows the assessment of the level of genetic differentiation between late and early flowering populations sampled from four villages (including the two where the field study was conducted) of the same region (Dallol Bosso), using microsatellite markers. I was able to demonstrate the occurrence of pollen flow between the two types of landraces and I also showed evidence of genetic introgression between early and semi-late landraces. Potential mechanisms that would allow for the maintenance of the phenological differentiation between these two varieties and despite the gene flow are discussed.In the second part of this work I used a candidate gene and a population genetics approach, to try to identify genes that may have contributed to the cycle length diversity in pearl millet. I focused on three flowering candidate genes, PgHd3a, PgDwarf8 and PgPHYC which have been shown to be involved in the cycle length genetic diversity in several species, in order to estimate the differentiation between wild and domestic pearl millets and between early and late landraces, on the basis of theses candidate genes. I also tried to track for the fingerprint of eventual past selective events within these candidate genes. To be able to distinguish the effects of selection from the effect of demographic events that occurred during the domestication process, I used 8 neutral STS loci and an Approximate Bayesian Computation approach.My results strongly suggest that PgHd3a and PgDwarf8 were likely targeted by selection during domestication. However, a potential role of any of the three candidate genes in the phenological differentiation between early and late landraces was not supported by our data. The Bayesian approach confirmed the idea, suggested by many authors, that the gene flow from the wild to the domestic genetic pool has contributed significantly to the genetic diversity of the domestic pearl millet

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Mendes, Marianna. "Etude des facteurs qui affectent la performance des géosynthétiques bentonitiques sous flux de gaz et liquides en barrières des installations de stockage de déchets". Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00738413.

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Abstract (sommario):

Géosynthétiques bentonitiques (GCLs) sont matériaux synthétiques composées par un noyau de bentonite sodique ou calcique, en poudre ou en granulats, liés à un ou plus couches de géosynthétiques (geotextiles ou geomembranes en générale). Les GCLs peuvent être aiguillettes, cousus, liés par adhésive, entre autres. Lorsque le GCL est confinée et hydratée, il présente de bonnes propriétés d'étanchéité pour accomplir la fonction de barrière. Sa performance dépend, généralement de la conductivité hydraulique de la bentonite. Grâce à leur faible perméabilité, les GCLs sont souvent installés au fond ou couverture des Installations de Stockage de déchets (ISD) associés avec l'argile compactée (CCL) ou avec la geomembrane (GM). Des études précédentes ont investigué les facteurs qui affectent la fuite de gaz/liquide au travers les GCLs ou les étanchéités composites. Malgré la nature de la bentonite soit si importante pour la perméabilité des GCLs, il n'y a pas dans la littérature concernant l'influence de la nature de la bentonite dans la fuite de gaz au travers les GCL ou la fuite de liquide au travers les étanchéités composites. C'est pour quoi cette étude s'intéresse. On propose d'étudier également l'effet du procès de manufacture du GCL dans l'écoulement de liquide et transmissivité de l'interface GM-GCL. Deux études sont été menés : (i) investigation de la perméabilité aux gaz des GCL ; (ii) investigation du transfert de liquide au travers des étanchéités composites GM-GCL-CCL du a un endommagement dans la GM. Pour la première étude un équipement proposé récemment, basée sur la méthode de chute de pression a été utilisé pour mesurer la perméabilité aux gaz des GCLs. Trois GCLs cousus à base de bentonites de différentes natures (sodique naturelle, calcique naturelle et calcique activée) ont été testés. Les résultats indiquent que la teneur en eau gravimétrique nécessaire pour atteindre une certaine valeur de perméabilité dépend de la bentonite. Concernant la teneur en eau volumique, pratiquement la même relation a été obtenue, indépendamment de la bentonite. D'autres facteurs ont affecté plus significativement la perméabilité au gaz des GCLs : la dessiccation du au flux de gaz peut causer l'augmentation de la perméabilité et compromettre la performance du GCL comme barrière étanche. La deuxième étude s'est concentré dans l'investigation de l'influence des caractéristiques du GCL sur l'écoulement de liquide au travers une étanchéité composite.GM-GCL-CCL. Quatre types de GCLs avec deux procès de manufacture (aiguilleté ou cousu) et deux natures de bentonite (sodique naturelle ou calcique naturelle) ont été testés. Les résultats indiquent que la nature de la bentonite n'affecte le flux que pendant le régime transitoire. Les valeurs de transmissivité de l'interface GM-GCL ont été calculées par une solution analytique qui a également possibilité des prédictions du débit de fuite au travers des étanchéités composites en configurations typiques du fond des ISD. Les résultats indiquent une faible influence de la nature de la bentonite dans l'écoulement de liquide au travers les étanchéités composites. Au même temps on a note une certaine influence des chemins préférentielles de flux, notamment pendant le régime transitoire.

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Mendes, Marianna Jacominy de Amorim. "Etude des facteurs qui affectent la performance des géosynthétiques bentonitiques sous flux de gaz et liquides en barrières des installations de stockage de déchets". Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENU014.

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Abstract (sommario):

Géosynthétiques benthoniques (GCLs) sont matériaux synthétiques composées par un noyau de bentonite sodique ou calcique, en poudre ou en granulats, liés à un ou plus couches de géosynthétiques (géotextiles ou géomembranes en générale). Les GCLs peuvent être aiguillettes, cousus, liés par adhésive, entre autres. Lorsque le GCL est confinée et hydratée, il présente de bonnes propriétés d'étanchéité pour accomplir la fonction de barrière. Sa performance dépend, généralement de la conductivité hydraulique de la bentonite. Grâce à leur faible perméabilité, les GCLs sont souvent installés au fond ou couverture des Installations de Stockage de déchets (ISD) associés avec l'argile compactée (CCL) ou avec la géomembrane (GM). Des études précédentes ont investigué les facteurs qui affectent la fuite de gaz/liquide au travers les GCLs ou les étanchéités composites. Malgré la nature de la bentonite soit si importante pour la perméabilité des GCLs, il n'y a pas dans la littérature concernant l'influence de la nature de la bentonite dans la fuite de gaz au travers les GCL ou la fuite de liquide au travers les étanchéités composites. C'est pour quoi cette étude s'intéresse. On propose d'étudier également l'effet du procès de manufacture du GCL dans l'écoulement de liquide et transmissivité de l'interface GM-GCL. Deux études ont été menés : (i) investigation de la perméabilité aux gaz des GCL ; (ii) investigation du transfert de liquide au travers des étanchéités composites GM-GCL-CCL du a un endommagement dans la GM. Pour la première étude un équipement proposé récemment, basée sur la méthode de chute de pression a été utilisé pour mesurer la perméabilité aux gaz des GCLs. Trois GCLs cousus à base de bentonites de différentes natures (sodique naturelle, calcique naturelle et calcique activée) ont été testés. Les résultats indiquent que la teneur en eau gravimétrique nécessaire pour atteindre une certaine valeur de perméabilité dépend de la bentonite. Concernant la teneur en eau volumique, pratiquement la même relation a été obtenue, indépendamment de la bentonite. D'autres facteurs ont affecté plus significativement la perméabilité au gaz des GCLs : la dessiccation du au flux de gaz peut causer l'augmentation de la perméabilité et compromettre la performance du GCL comme barrière étanche. La deuxième étude s'est concentrée dans l'investigation de l'influence des caractéristiques du GCL sur l'écoulement de liquide au travers une étanchéité composite. GM-GCL-CCL. Quatre types de GCLs avec deux procès de manufacture (aiguilleté ou cousu) et deux natures de bentonite (sodique naturelle ou calcique naturelle) ont été testés. Les résultats indiquent que la nature de la bentonite n'affecte le flux que pendant le régime transitoire. Les valeurs de transmissivité de l'interface GM-GCL ont été calculées par une solution analytique qui a également possibilité des prédictions du débit de fuite au travers des étanchéités composites en configurations typiques du fond des ISD. Les résultats indiquent une faible influence de la nature de la bentonite dans l'écoulement de liquide au travers les étanchéités composites. Au même temps on a noté une certaine influence des chemins préférentielles de flux, notamment pendant le régime transitoire
Geosynthetic Clay Liners (GCLs) are synthetic materials composed by a core of calcium or sodium bentonite, either in powder or granular, bonded to one or more geosynthetic layers (geotextile or geomembrane, in general). These layers are usually bonded by an adhesive, needle-punching, stitch-bonding or sewing. When hydrated and confined, they fulfil functions of liquid or gas barrier with their hydraulic performance depending in most cases on the hydraulic conductivity of the bentonite. Thanks to their low permeability to water and gases, GCLs are often used in municipal solid waste landfill applications, combined to compacted clay liners (CCL) or with geomembranes (GM) as part of both bottom and cover liners. Previous studies were conducted to investigate the most important factors that influence the gas/liquid flow rate through GCLs or composite liners. Although the nature of bentonite is so important in the permeability of the GCLs there is a lack of data in the literature regarding the influence of the nature of the bentonite on the gas flow through GCLs and liquid flow through composite liners involving GCLs. That is what this thesis aims at clarifying. Furthermore, in conjunction with the nature of the bentonite, the impact of the manufacturing process of the GCL on the flow rate and transmissivity at GM-GCL interfaces was also discussed. Two studies were performed: (i) investigation of the GCL permeability to gas simulating the covering conditions of municipal solid waste landfill; (ii) investigation of liquid transfer through composite liners GM-GCL-CCL due to a defect in the geomembrane, simulating typical conditions of bottom liners in landfills. In the first study, an apparatus recently proposed, based on the falling pressure method, was used in tests to verify the GCL permeability to gas. Three stitch bonded GCLs from the same manufacturer differing by the bentonite nature (natural sodium, natural calcium and activated calcium) were tested. The results showed that the gravimetric water content of the GCL necessary to attain a certain permeability value depends on the bentonite nature, which was not observed in terms of volumetric water content. However, other factors showed to be more important than the nature of bentonite in the GCL permeability to gas: the desiccation due to the gas flow can increase significantly the permeability, which compromise the GCL performance as a gas barrier. The second study focused in investigating the influence of the GCL characteristics in the liquid flow through a composite liner under bottom liners solicitations. Four types of GCLs with two different bonding processes (stitch-bonded or needle-punched) and different bentonites (natural sodium or natural calcium) were tested. The results obtained showed no significant differences among flow rate versus time in most of the tests performed, especially after steady-state conditions of flow having been reached. An analytical solution was employed to estimate the transmissivity of the GM-GCL interfaces. This solution also allowed predictions of flow rates and radius of wetted areas for typical configurations of composite liners in the field. The results obtained showed little influence of the nature of the bentonite and the predominance of influence of the presence of preferential flow paths between the geomembrane and the GCL surface on the transmissivity of GM-GCL interfaces and flow rates through composite liners
Geocompostos bentoníticos (GCLs) são materiais sintéticos compostos por um núcleo de bentonita sódica ou cálcica, em pó ou em grânulos, unido a uma ou mais camadas de geossintéticos (geotêxtil ou geomembrana, geralmente). Essas camadas são ligadas por adesivo, agulhagem ou costura. Quando hidratados e confinados, eles cumprem função de barreira de líquidos ou gases com o seu desempenho dependendo, na maioria dos casos, da condutividade hidráulica da bentonita. Graças à baixa permeabilidade aos líquidos e gases, GCLs são comumente usados em aterros sanitários, associados a camada de argila compactada (CCL) e geomembrana (GM) para compor as impermeabilizações de cobertura e fundo dessas instalações. Estudos precedentes investigaram os fatores mais influentes no fluxo de gás/líquidos através de GCLs ou barreiras compostas. Apesar da natureza da bentonita ser tão importante para a permeabilidade dos GCLs, não há dados na literatura a respeito da influência da natureza da bentonita no fluxo de gás através de GCLs ou fluxo de líquidos através de barreiras compostas envolvendo GCLs. Isso é o tema que a presente tese quer esclarecer. Além de estudar a influência da natureza da bentonita, o impacto do processo de manufatura do GCL na vazão e na transmissibilidade na interface GM-GCL também foi discutido. Dois estudos foram conduzidos: (i) investigação da permeabilidade ao gás de GCLs simulando as condições de cobertura de aterros sanitários; (ii) investigação do transporte de líquidos através de barreiras compostas GM-GCL-CCL devido a um dano na geomembrana, sob condições típicas do fundo de aterros sanitários. No primeiro estudo, um equipamento recentemente proposto, cujo funcionamento baseia-se no método da queda de pressão, foi usado em ensaios para verificar a permeabilidade ao gás de GCLs. Três GCLs costurados do mesmo fabricante, diferindo pela natureza da bentonita (sódica natural, cálcica natural e cálcica ativada) foram testados. Os resultados mostram que o teor de umidade gravimétrica necessário para atingir certa permeabilidade depende da natureza da bentonita. O mesmo não foi observado em termos de teor de umidade volumétrica, destacando a importância da estrutura da bentonita na sua permeabilidade. No entanto, outros fatores se mostraram mais importantes do que a natureza da bentonita na permeabilidade ao gás dos GCLs: a dessecação devido ao fluxo de gás pode aumentar significativamente a permeabilidade, o que compromete o desempenho do GCL como barreira. O segundo estudo focou na investigação da influência das características do GCL no transporte de liquido através de uma barreira composta sob condições típicas da base de aterros sanitários. Quatro tipos de GCLs com dois processos de manufatura (costurado ou agulhado) e duas bentonitas diferentes (sódica natural ou cálcica natural) foram ensaiados. Os resultados obtidos mostram que não houve influência significativa de vazão versus tempo para os ensaios conduzidos, especialmente depois de atingido o regime permanente de fluxo. Uma solução analítica foi empregada para estimar a transmissibilidade da interface GM-GCL. Essa solução permitiu também a previsão de vazamento e raio da área molhada em barreiras compostas de dimensões reais. Os resultados obtidos mostram pouca influência da natureza da bentonita na vazão e a predominância de caminhos preferenciais de fluxo na interface transmissível GM-GCL

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Rontein, Denis. "Métabolisme intermédiaire dans des cellules végétales : de l'expression des gènes de la phosphoénolpyruvate carboxylase à la régulation de son flux". Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28811.

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Desplanque, Benoît. "Betteraves mauvaises herbes et rudérales : diversité génétique, traits d'histoire de vie et flux de gènes au sein du complexe d'espèces cultivées-sauvages Beta vulgaris ssp". Lille 1, 1999. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1999/50376-1999-441.pdf.

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Abstract (sommario):

La coexistence en parapatrie de plantes cultivées et de leurs apparentées sauvages est une situation fréquente dans toutes les régions agricoles du globe. A l'échelle française, le complexe Beta vulgaris représente un excellent modèle d'étude pour analyser les effets des introgressions entre compartiments cultivés et sauvages puisqu'au sein de la même espèce coexistent en parapatrie différentes formes inter-fertiles. Les betteraves sucrières, cultivées dans le Nord, sont des variétés hybrides dont les semences sont multipliées dans le Sud-ouest. Des hybridations accidentelles par des betteraves sauvages non littorales peuvent provoquer une contamination de ces semences lors de leur production. Ces hybrides cultivées-sauvages montent à graines parmi les sucrières et génèrent des betteraves mauvaises herbes. La présence de formes sauvages non littorales en dehors de la zone de multiplication n'était pas documentée. Nous avons montré que de telles formes rudérales sont nombreuses dans le Sud de la France, en arrière du littoral mais aussi entre Narbonne et Agen. L'observation des traits de vie et l'utilisation de marqueurs moléculaires a permis de leur attribuer une origine littorale méditerranéenne. Par ailleurs, des fuites de gènes à partir des betteraves sucrières lors de la multiplication des semences se produisent de façon modérée. Des échanges entre betteraves potagères et betteraves rudérales sont aussi probables. Dans les champs de sucrières du Nord, nous avons observé que l'apport d'hybrides cultivées-sauvages par le semis est récurrent. Les mauvaises herbes, dérivant des hybrides, sont caractérisées par une perte du syndrome de domestication. La commercialisation de variétés transgéniques résistantes à un herbicide total est envisagée pour contrôler ces mauvaises herbes. Les différentes modalités de fuite de (trans)gènes depuis les betteraves sucrières vers les formes sauvages ou les mauvaises herbes sont discutées.

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Rivet, Yannick. "Les populations de Culex pipiens (diptera : culicidae) vues au travers des gènes de résistance aux insecticides organophosphorés : étude dans la région Rhône-Alpes". Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1T107.

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Deville, Alexandra. "Suivi de terrain, expérimentations et modélisation : des approches complémentaires pour l'étude de l'impact des populations de colza hors-champ sur les flux de gènes au sein des agro-écosystèmes". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112304.

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Abstract (sommario):

L'estimation des risques associés à la persistance et à la dispersion des (trans)gènes requiert une bonne connaissance des vecteurs de diffusion des transgènes dans l'agro-écosystème. Chez le colza, les populations hors-champ situées sur les bords de routes peuvent agir comme relais dans la dispersion des (trans)gènes. Trois approches complémentaires menées à l’échelle d’une région agricole (Selommes, Loir-et-Cher) ont été développées pour préciser le rôle de ces populations dans la dispersion de gènes. La première approche est un suivi cartographique par GPS depuis 2000 des populations de colza (cultivées, hors-champ, repousses en champ et jachères) de la zone d'étude, complété par des analyses phénotypiques et génotypiques de certains descendants et par des enquêtes auprès des agriculteurs de la région. La seconde approche est une étude démographique basée sur la modélisation et sur un suivi de terrain permettant de déterminer les paramètres clefs du cycle de vie des populations hors-champ et d'étudier l'impact de la gestion (fauche et herbicide). Enfin, la dernière approche, expérimentale, vise à tester l'adaptation des populations hors-champ à leur milieu. Ce études mettent en évidence que les populations de colza hors-champ ont un impact probablement important sur la dispersion de gènes. Elles semblent persister par auto-recrutement ou par la banque de graines, et les hybridations croisées entre les plantes de différentes populations apparaissent relativement fréquentes. A terme, les données spécifiques de ces populations acquises à des échelles de temps et d'espace réalistes permettront d'affiner l'évaluation des risques associés à la dispersion des gènes
Risk assessment of (trans)gene persistence and dispersal in space and time requires a good knowledge of the vehicles spreading (trans)genes in agro-ecosystems. Feral populations of oilseed rape, located in field margins can act as relays in (trans)genes dispersal. Three complementary approaches were carried out at an agricultural-area scale (Selommes, Loir-et-Cher) to specify the role of such populations in gene dispersal. First, a field survey of all oilseed rape populations (cultivated, feral, volunteers and fallows) in the studied area was conducted for 4 years using GPS cartography. This survey was completed with (i) phenotypic and genotypic analysis of seeds from these populations and (ii) farmers surveys. Second, we identified key-parameters of the life-cycle of feral populations and studied the effect of road verges management (mowing and herbicide treatment) using a demographic study based on modelling and field surveys. Third, an experimental study was designed to evaluate the adaptation of feral populations to their environment. We demonstrate that feral populations of oilseed rape have a potentially influential impact on gene dispersal. They seem to persist through time via self-recruitment or soil seed bank In addition, hybridizations between plants of different populations appear relatively frequent. These specific data collected on feral populations of oilseed rape at a realistic space and time scale are required to refine the predictions of models of gene dispersal and improve risk assessment of gene dispersal

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Robert, Thierry. "Dynamique des flux de gènes entre formes sauvages et cultivées du mil (Pennisetum typhoides Stapf et Hubb) : impact des sélections gamétophytiques". Paris 11, 1989. http://www.theses.fr/1989PA112166.

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Abstract (sommario):

L’étude du système reproducteur du mil dans le cadre de confrontations sauvage/cultivé montre l'existence de sélections gamétophytiques intenses lorsque des pollens cultivés et sauvages sont en compétition sur un même stigmate. Ces sélections créent des biais importants à l'équiprobabilité de fécondation des deux types de pollen, et avantagent d'une manière générale le pollen sauvage sur femelle sauvage et le pollen cultivé sur femelle cultivée.

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Coulon, Aurélie. "Etude de l'influence du paysage sur la dispersion du chevreuil (Capreolus capreolus) en milieu fragmenté". Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30144.

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Abstract (sommario):

La dispersion est un trait d’histoire de vie qui joue un rôle déterminant sur le fonctionnement des populations. La plupart des espèces sauvages évoluant dans des paysages hétérogènes, il est important de comprendre comment les différents éléments constitutifs de ces paysages influencent les mouvements de dispersion et déterminent la connectivité entre les différentes taches de ressource. Cette étude s’est attachée à traiter cette problématique sur une population de chevreuils de Haute-Garonne, évoluant dans un paysage agricole hétérogène caractérisé par la fragmentation de l’habitat boisé. La combinaison d’analyses de mouvements de 20 individus équipés de colliers GPS et de l’organisation des flux de gènes au sein d’un échantillon de plus de 1000 individus génotypés sur 11 microsatellites a permis de traiter de façon complémentaire différents aspects de cette question. Il a ainsi été mis en évidence que la dispersion se fait préférentiellement le long des corridors boisés, et que les éléments associés à des dérangements potentiels (habitations, routes) sont évités au cours des déplacements. La présence cumulée de canaux, de l’autoroute A64 et de la Garonne au sein de la zone limite les mouvements de dispersion de part et d’autre et affecte la structure génétique de la population. L’intégration des différents résultats obtenus dans cette étude dans un modèle spatialement explicite individus-centré devrait permettre des applications intéressantes en termes d’analyse de connectivité du paysage et de délimitation d’unités de gestion
Dispersal is a crucial life history trait in population functioning. As most wild species live in heterogeneous landscapes, it is important to understand how the different elements constituting these landscapes influence dispersal movements and determine connectivity between resource patches. It is the goal of this study, realised on a roe deer population inhabiting a rural landscape of Haute-Garonne (south-western France), characterised by its fragmented wooded habitat. The combination of analyses of movements of 20 individuals fitted with GPS collars and of gene flow organisation within a sample of more than 1000 individuals genotyped at 11 microsatellites enabled to study in a complementary way different aspects of the question. We showed that dispersal occurs preferentially along wooded corridors and that elements associated with potential disturbances (buildings, roads) are avoided during movements. The cumulative presence of canals, a highway and the Garonne river limits dispersal movements between the two areas they delimit and affects population genetic structure. Integrating the different results of this study in a spatially-explicit individual-based model should allow interesting applications for landscape connectivity analysis and management units definition

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Muller, Marie-Hélène. "Flux de gènes et domestication : l'histoire évolutive d'un complexe sauvage-cultivé. Approches expérimentale et théorique chez la luzerne pérenne (Medicago sativa L. )". Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20006.

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Juan, Thomas. "Identification de nouveaux gènes essentiels à la mise en place de la latéralité chez le poisson-zèbre". Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4116.

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Abstract (sommario):

La mise en place de l’asymétrie droite/gauche (D/G) est fondamentale au développement normal des organismes bilatériens. Cependant, les mécanismes essentiels à la cassure de symétrie ainsi que leur conservation au cours de l’évolution sont encore mal compris. Chez le poisson-zèbre l’organisateur de l’asymétrie D/G ou vésicule de Kupffer (KV), consiste en une sphère remplie d’un liquide mis en mouvement de façon circulaire antihoraire pas le battement de cils motiles. Nous avons observé dans la lumière de la KV la présence de vésicules positives pour la protéine ESCRT Chmp1b. De plus, une diminution du nombre de ces vésicules est associée à l’apparition de défauts de latéralité, ce qui suggère un rôle potentiel de ces vésicules dans la mise en place de l’asymétrie D/G. Nous montrons que malgré sa forme circulaire, le flux de la KV peut transporter de façon asymétrique des vésicules. Deuxièmement, nous avons également montré que la fonction de la protéine Myo1D, impliquée dans l’asymétrie D/G chez la drosophile, est conservée chez le poisson-zèbre. La perte de Myo1D a un impact sur les signaux les plus précoces d’initialisation de la latéralité. De plus, Myo1D interagit de façon fonctionnelle avec la protéine Vangl2, un composant de la voie PCP contrôlant le positionnement et l’orientation des cils de la KV. Ces découvertes établissent ainsi que le système Myo1D représente une machinerie conservée au cours de l’évolution pour l’établissement d’une latéralité chez les animaux
The proper establishment of Left/Right (L/R) asymmetry is fundamental to normal development in bilaterians. However, the initial mechanisms involved in symmetry breaking and their conservation throughout the course of evolution remain poorly understood. In zebrafish, the L/R organizer region or Kupffer’s vesicle (KV) consists as a fluid filled cavity, whose circular counterclockwise motion is driven by the motion of motile cilia. We have observed the presence of vesicles containing the ESCRT component Chmp1b in the lumen of the KV. Hence, the diminution of their number is associated with laterality defect, suggesting a potential role for those vesicles in L/R asymmetry establishment. We also participate to show that in spite of its overall circular geometry, the KV flow can ensure the directional transport of vesicles in the organ lumen. Secondly, we are also showing that the function of the Myo1D protein, implicated in L/R asymmetry establishment in drosophila, is conserved in zebrafish. The loss of Myo1D leads to an impaired early lateralization. Moreover, Myo1D functionally interact with the protein Vangl2, a component of the PCP pathway, which controls the tilt and positioning of KV cilia. These findings are supportive of a mechanism according to which Myo1D system represents a conserved molecular machinery essential for L/R asymmetry establishment in bilaterians

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Fouchet, Pierre. "Caractérisation de l'hétérogénéité de populations bactériennes par cytométrie en flux : études de paramètres physiologiques et structuraux". Compiègne, 1994. http://www.theses.fr/1994COMPD696.

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Abstract (sommario):

La cytométrie en flux permet une analyse quantitative de la physiologie et la caractérisation de l'hétérogénéité de populations cellulaires. Ce travail montre l'intérêt de cette technique pour l'étude de populations bactériennes et souligne l'influence du microenvironnement sur la physiologie d'une souche sauvage de Rhizobium meliloti (symbiose entre la bactérie et le végétal, culture en batch de cellules libres et immobilisées dans un gel polysaccharidique) et d'une souche recombinée d'Escherichia coli (culture en batch et en continu de cellules libres). L'étude de la physiologie de R. Meliloti M5N1 met en évidence l'hétérogénéité et le pléïomorphisme des cellules dans les nodules végétaux de type indéterminé : cellules sénescentes, cellules en croissance, cellules surproductrices de polyhydroxybutyrate, cellules de taille variable. Ces observations traduiraient la présence de bactéries différenciées symbiotiques, les bacteroïdes, et de bactéries indifférenciées saprophytes dans ces nodules. Le microenvironnement cellulaire joue également un rôle important en fermentation. Ainsi, la production de métabolites formant des corps d'inclusion cellulaire a été analysée par cytométrie en flux dans différents systèmes de culture. On note une modification de paramètres physiologiques et de la production de polyhydroxybutyrate lorsque les cellules de R. Meliloti M5N1 sont cultivées en système libre ou immobilisé. Des problèmes énergétiques liés aux limitations de transfert de masse à travers le gel pourraient expliquer ces observations. Des modifications de la physiologie bactérienne et de l'expression protéique de la souche recombinée d'E. Coli sont également observées en fonction du mode de culture. Enfin, ces travaux soulignent la nécessité d'analyser l'influence du microenvironnement bactérien sur la régulation génique. Une méthode de détection quantitative par cytométrie en flux du gène rapporteur lacZ à donc été développée chez E. Coli.

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Simard, Frédéric. "Variabilité génétique et flux de gènes chez les moustiques anophèles arabiensis et anophèles gambiae, vecteurs du paludisme en Afrique. Apport des loci microsatellites". Nancy 1, 1999. http://www.theses.fr/1999NAN10147.

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Abstract (sommario):

Bien connaitre les systèmes vectoriels responsables de la transmission de pathologies humaines est d'une importance primordiale pour mieux comprendre l'épidémiologie de la maladie et en optimiser les moyens de contrôle. Dans ce but, nous avons étudié la génétique des populations d'anophèles arabiensis et dans une moindre mesure d'anophèles gambiae, deux espèces jumelles de moustiques responsables de la plus grande part de la transmission du paludisme en Afrique. L'outil moléculaire préconisé a été l'utilisation de marqueurs microsatellites récemment isoles chez an. Gambiae. Neuf loci polymorphes ont été sélectionnés. L'analyse de la répartition de la variabilité génétique entre et au sein des populations naturelles d'an. Arabiensis a été conduite (I) dans l'espace et (II) dans le temps. Une forte différenciation génétique a été révélée entre populations prélevées au Sénégal, à Madagascar et sur deux iles de l'archipel des Mascareignes, la réunion et l'ile Maurice, mettant en exergue le rôle majeur de facteurs historiques souvent anthropiques (colonisation, campagnes de lutte anti vectorielle) et des composantes géographiques (barrières à la dispersion) sur la structuration des populations. Au Sénégal, les populations apparaissent peu différenciées géographiquement. De plus, la composition allelique est très stable dans le temps, en dépit des fortes fluctuations saisonnières en densité observées dans les zones sahéliennes. Chez an. Gambiae, une très faible différenciation génétique a été révélée entre les cytotypes Mopti et savane collectés dans une zone de sympatrie en cote d'ivoire, alors que l'isolement reproductif semble important. Le caractère informatif des loci microsatellites et la pertinence des informations qu'ils procurent pour l'étude de la structure génétique des populations au sein de ce systeme vectoriel sont discutés. Une attention particulière est portée sur les implications de ces résultats dans le domaine de la lutte anti vectorielle.

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Menneson, Eric. "TRANSPORT TRANSENDOTHÉLIAL DE GÈNES : ÉTUDES DYNAMIQUES DU PASSAGE SÉLECTIF DE POLYPLEXES AU TRAVERS DE L'ENDOTHÉLIUM VASCULAIRE PULMONAIRE". Phd thesis, Université d'Orléans, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011964.

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Abstract (sommario):

L'administration systémique de gènes représente une voie intéressante pour le traitement par thérapie génique de la mucoviscidose ou des cancers pulmonaires. Dans cette optique, les polyplexes (complexes ADN/polymère cationique) doivent atteindre le poumon et traverser les vaisseaux sanguins pour transfecter les cellules épithéliales mutées ou les cellules cancéreuses. Il existe peu de données sur le passage transendothélial de polyplexes. Afin d'en améliorer les connaissances, nous avons mis au point un modèle d'endothélium microvasculaire pulmonaire et étudié l'influence de la polarisation cellulaire sur les voies d'internalisation de polyplexes formés avec la polylysine histidylée (pLK-His) et la polyéthylènimine (PEI), leur efficacité de transfection, leur capacité à traverser la barrière endothéliale et leur adhésion sur la monocouche de cellules endothéliales en conditions de flux. Les travaux réalisés montrent que la polarisation des cellules endothéliales diminue l'internalisation et l'efficacité de transfection des polyplexes pLK-His mais pas celles des polyplexes PEI. Par contre, la polarisation des cellules épithéliales n'a pas d'influence sur l'efficacité des polyplexes pLK-His. Les polyplexes pLK-His et PEI sont capables de traverser la monocouche de cellules endothéliales et transfecter des cellules épithéliales à la fois par leur côté apical et basolatéral. L'incubation des cellules endothéliales avec des cytokines pro-inflammatoires permet d'augmenter ce passage. Enfin, l'adhésion des polyplexes sur les cellules endothéliales est plus importante dans les conditions de flux des microvaisseaux que dans les conditions de flux des veines. L'adhésion des polyplexes PEI est légèrement supérieure à celle des polyplexes pLK-His. Des polyplexes formés avec une PEI sur laquelle a été greffée des motifs de tétraglucose spécifiques des cellules endothéliales adhèrent trois fois plus que les polyplexes formés avec la PEI ce qui montre un ciblage des cellules endothéliales pulmonaires en conditions de flux. L'ensemble des résultats montre qu'il est indispensable de mieux considérer les effets des conditions physiologiques des cellules (polarisation, effets du flux sanguin, conditions d'inflammation) sur la transfection pour concevoir de nouveaux vecteurs synthétiques afin d'améliorer leur efficacité in vivo.

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Juan, Thomas. "Identification de nouveaux gènes essentiels à la mise en place de la latéralité chez le poisson-zèbre". Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://theses.univ-cotedazur.fr/2017AZUR4116.

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Abstract (sommario):

La mise en place de l’asymétrie droite/gauche (D/G) est fondamentale au développement normal des organismes bilatériens. Cependant, les mécanismes essentiels à la cassure de symétrie ainsi que leur conservation au cours de l’évolution sont encore mal compris. Chez le poisson-zèbre l’organisateur de l’asymétrie D/G ou vésicule de Kupffer (KV), consiste en une sphère remplie d’un liquide mis en mouvement de façon circulaire antihoraire pas le battement de cils motiles. Nous avons observé dans la lumière de la KV la présence de vésicules positives pour la protéine ESCRT Chmp1b. De plus, une diminution du nombre de ces vésicules est associée à l’apparition de défauts de latéralité, ce qui suggère un rôle potentiel de ces vésicules dans la mise en place de l’asymétrie D/G. Nous montrons que malgré sa forme circulaire, le flux de la KV peut transporter de façon asymétrique des vésicules. Deuxièmement, nous avons également montré que la fonction de la protéine Myo1D, impliquée dans l’asymétrie D/G chez la drosophile, est conservée chez le poisson-zèbre. La perte de Myo1D a un impact sur les signaux les plus précoces d’initialisation de la latéralité. De plus, Myo1D interagit de façon fonctionnelle avec la protéine Vangl2, un composant de la voie PCP contrôlant le positionnement et l’orientation des cils de la KV. Ces découvertes établissent ainsi que le système Myo1D représente une machinerie conservée au cours de l’évolution pour l’établissement d’une latéralité chez les animaux
The proper establishment of Left/Right (L/R) asymmetry is fundamental to normal development in bilaterians. However, the initial mechanisms involved in symmetry breaking and their conservation throughout the course of evolution remain poorly understood. In zebrafish, the L/R organizer region or Kupffer’s vesicle (KV) consists as a fluid filled cavity, whose circular counterclockwise motion is driven by the motion of motile cilia. We have observed the presence of vesicles containing the ESCRT component Chmp1b in the lumen of the KV. Hence, the diminution of their number is associated with laterality defect, suggesting a potential role for those vesicles in L/R asymmetry establishment. We also participate to show that in spite of its overall circular geometry, the KV flow can ensure the directional transport of vesicles in the organ lumen. Secondly, we are also showing that the function of the Myo1D protein, implicated in L/R asymmetry establishment in drosophila, is conserved in zebrafish. The loss of Myo1D leads to an impaired early lateralization. Moreover, Myo1D functionally interact with the protein Vangl2, a component of the PCP pathway, which controls the tilt and positioning of KV cilia. These findings are supportive of a mechanism according to which Myo1D system represents a conserved molecular machinery essential for L/R asymmetry establishment in bilaterians

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Cardenas, Leyla. "Dispersal ability and genetic structure in Concholepas concholepas (Bruguiière, 1789) : effects of historical and contemporary events". Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066405.

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Abstract (sommario):

Grâce à l’étude du gastéropode Concholepas concholepas, distribué le long des côtes chiliennes, cette thèse a cherché à contribué au débat concernant l’adéquation entre les structures biogéographiques et phylogéographiques et le rôle de la dispersion contemporaine dans le maintien des structures historiques. Sur un plan historique, les patrons observés, suite à l’analyse d’un fragment de l’ADNmt COI de 14 populations réparties sur 4000 km, témoignent d’un processus d’expansion démographique et géographique très rapide sur l’aire de distribution de l’espèce. Concernant les flux de gènes contemporains, l’étude de 11 microsatellites a permis de montrer que la dispersion efficace ne reflète que partiellement le potentiel de dispersion conféré par une longue phase larvaire pélagique : cette dispersion dépend des contraintes hydro-dynamiques (rétention) et d’habitats (fjords vs. Côte linéaire). Ces données permettront d’affiner les plans de gestion et conservation de C. Concholepas
Based on the study of the marine gastropod Concholepas concholepas, spread along the Chilean coasts, this thesis aimed at examining the correlation between biogeographic and phylogeography patterns and the role played by the present-day dispersal on the maintenance of the historical population structure. On an historical time scale, the analysis of sequences of a mitochondrial DNA gene (COI) on ca. 400 individuals from 14 localities along 4000 km of coastline revealed a rapid demographic and geographic expansion. On a contemporary time scale, the use of 11 microsatellites showed that the effective dispersal represents only a fraction of the potential larval ability previously hypothesized based on the pelagic larval duration: dispersal strongly vary according to hydro-dynamic patterns (retention zone) and habitats (fjords vs. Linear coasts). The results of this thesis have implications on management and conservations policy applied to C. Concholepas

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Johanet, Aurélie. "Flux de gènes inter- et intra-spécifiques chez des espèces de vallées alluviales : cas des tritons palmés et ponctués en vallée de la Loire". Phd thesis, Université d'Angers, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00477761.

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Abstract (sommario):

Les modalités de flux de gènes à différentes échelles taxonomiques et spatiales représentent une des questions-clé en biologie évolutive. En effet, l'analyse des flux géniques entre espèces ou entre populations permet de mieux comprendre la mise en place des barrières intrinsèques mais également environnementales responsables de la divergence ou de la différenciation entre groupes. Nous avons étudié les barrières au flux de gènes à l'échelle macro- et microévolutive chez deux espèces d'amphibiens : le triton palmé Lissotriton helveticus et le triton ponctué L. vulgaris. Les amphibiens sont en effet un objet de choix à la fois pour l'étude des mécanismes de spéciation et de différenciation neutre ou adaptative. Premièrement, nous avons étudié ici l'introgression et le maintien de l'intégrité de ces deux espèces largement sympatriques. Malgré un taux d'hybridation faible, la majorité des populations témoignent d'événements d'introgression. Nous avons mis en évidence un déplacement de caractère reproducteur et démontré que la reconnaissance des partenaires sexuels est sans doute la barrière qui participe le plus à l'isolement reproducteur. Des facteurs exogènes influençant le sex-ratio, le ratio de taille ou la transmission du signal de reconnaissance spécifique pourraient cependant affecter la probabilité de choisir un partenaire hétérospécifique et donc la probabilité d'hybridation. Toutefois, la fréquence des événements d'hybridation ne permet sans doute pas de compenser la perte de gènes hétérospécifiques par dérive génétique d'une population à l'autre. Deuxièmement, à l'échelle intraspécifique, l'étude de la structure des populations du triton palmé a permis de mettre en évidence une différenciation globale faible aux locus microsatellites mais significative sur une région fortement drainée : la vallée de la Loire. Cette structure en métapopulation est façonnée par certains éléments paysagers jouant le rôle de barrière (cours d'eau) ou de corridor de dispersion (vallée alluviale). La structure et la variabilité des populations influencent directement les potentialités d'adaptation locale. Pour étudier les potentialités d'adaptation chez le triton palmé, nous avons étudié le polymorphisme à l'exon 2 d'un gène du CMH classe II. L'analyse du flux de gènes à l'échelle régionale n'a pas permis la détection d'un signal de sélection à ce locus. Cependant, à l'échelle européenne, une sélection positive à ce locus indique fortement que des communautés de pathogènes différentes structurent les populations méridionales, d'une part, et septentrionales, d'autre part, de l'aire de répartition.

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Naino, Jika Abdel Kader. "Flux de gènes et évolution des ressources génétiques du mil (Pennisetum glaucum) dans le Bassin du Lac Tchad : rôle de la diversité socio-culturelle". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS180/document.

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Abstract (sommario):

La résilience des agricultures subsahariennes face aux perturbations environnementales et socio-économiques repose en partie sur le maintien des diversités spécifique, variétale et génétique présentes au sein des agrosystèmes, mais aussi sur la préservation du droit pour les cultivateurs de reproduire et d'échanger librement les semences et les savoirs relatifs aux variétés. Pourtant, peu de données sont réellement disponibles sur la circulation effective des semences et les mécanismes modulant les flux de gènes et les introgressions génétiques entre variétés cultivées dans les agrosystèmes sahéliens. Chez le mil en particulier, il n’existe que des données très parcellaires sur les relations entre la diversité de la plante d’une part et la diversité socio-culturelle des agriculteurs d'autre part. Dans la première partie je me suis intéressé aux interactions entre l’organisation en groupes socio-culturels des agriculteurs et la structure génétique des populations de mil dans le bassin du lac Tchad. Les analyses de la diversité génétique suggèrent l’existence d’une barrière sociale à la diffusion des gènes sur l’ensemble de cette région. Néanmoins ces barrières ne sont pas suffisantes pour empêcher les introgressions génétiques entre populations cultivées par des agriculteurs appartenant à des groupes ethnolinguistiques différents. Dans le deuxième chapitre, je me suis intéressé au rôle des processus d’adaptation locale sur la circulation des gènes. Les résultats m’ont conduit à proposer l’hypothèse selon laquelle les flux de gènes entre types nommés précoces et tardifs sont plus importants dans les régions du nord où la pluviométrie est faible. Enfin dans le troisième chapitre j’ai quantifié la diversité biochimique des grains de mil de plusieurs variétés de mil, dont les usages culinaires varient selon les groupes ethnolinguistiques ou dont les qualités gustatives sont appréciées différemment. J’ai utilisé pour cela une approche combinée de protéomique et de métabolique. Parmi les 1072 spots protéiques quantifiés seulement 7 permettent de distinguer les types nommés photopériodiques des types nommés non ou peu photopériodiques. Les données de métabolomique suggèrent la présence de champignons, qui pourraient être des endophytes, dans certains des échantillons analysés
The resilience of sub-Saharan farming systems to environmental and socioeconomic disturbances is partly based on the maintenance of agro-biodiversity, but also on preserving the right for farmers to reproduce and freely exchange seeds and related knowledge. However, few data are actually available on effective seed flow and on mechanisms modulating gene flow and genetic introgression between landraces grown in Sahelian farming systems. For pearl millet especially, there are only very few data on the relationship between diversity of this crop on the one hand and the socio-cultural diversity of farmers on the other hand. In the first part of my thesis, I was interested in assessing a potential relationship between ethnolinguistic diversity and population genetic structure of pearl millet in the Lake Chad Basin. Analysis of molecular polymorphisms suggests the existence of social barrier to seed flow among ethnolinguistic groups. However, these barriers are not sufficient to prevent genetic introgression between pearl millet populations cultivated by farmers belonging to different ethno-linguistic groups. In the second chapter, I focused on the role of local adaptation on gene flow. The results led me to propose the hypothesis that gene flow between early and late landraces are higher in the northern regions where rainfall is weak. Finally in the third part, I have quantified the biochemical compound of pearl millet seeds belonging to different varieties that show different uses or culinary preferences among farmers belonging to different ethnolingiuistic groups. I used a combined approach of proteomics and metabolics. Among the 1072 protein spots quantified only 7 distinguish the very photoperiodic non photoperiodic landrace. Metabolomics data suggest the presence of fungi, possibly endophytes, in some of the samples analyzed

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Sester, Mathilde. "Modélisation de l'effet des systèmes de cultures sur les flux de gènes entre culture transgénique et adventice apparentée : cas de la betterave sucrière (Beta vulgaris L.)". Phd thesis, Université de Bourgogne, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00080792.

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Abstract (sommario):

L'autorisation de mise en culture de plantes transgéniques en Europe est suspendue à l'étude de ses conséquences et de ses moyens de gestion. C'est le cas pour la betterave sucrière tolérante à un herbicide non sélectif. Il existe en effet un risque de flux des transgènes de la culture vers des mauvaises herbes apparentées, les betteraves adventices, fréquentes dans les champs de betterave sucrière. Ce flux permettrait la transmission de la résistance à l'herbicide aux adventices et donc un retour à la situation actuelle, voire à une situation pire si le transgène confère un avantage à l'adventice dans d'autres cultures de la rotation. Pour déterminer les pratiques agricoles propres à éviter ou limiter l'apparition de betteraves mauvaises herbes transgéniques, il faut identifier les éléments des systèmes de culture qui influencent la démographie et la génétique des populations de betterave dans une région et à long terme.
À cause des dimensions spatiales et temporelles du flux de gène ainsi que de la large gamme de variabilité des systèmes de culture, il est impossible d'étudier le phénomène exclusivement en expérimentation. Par conséquent, nous avons développé un modèle (GENESYS-BETTERAVE) qui quantifie les effets des systèmes de culture sur ce flux de gènes. Il est centré sur le cycle de développement des betteraves cultivées et adventices dans chaque parcelle basé sur une succession de stades clé (plantules, montées, plantes en fleurs, production semencière, stock semencier). Pour chaque stade est calculée la densité d'individus dans la parcelle ainsi que les proportions génotypiques, principalement celles des individus transgéniques. Les relations entre les stades dépendent des cultures en place dans les parcelles, des techniques utilisées pour gérer ces cultures ainsi que du génotype des betteraves. Pendant la floraison, du pollen est échangé entre les parcelles et l'importance de cette dispersion dépend du parcellaire. Une partie des informations nécessaires à la réalisation du modèle, est tirée de la littérature.
Des expérimentations sont ensuite réalisées pour étudier et quantifier les parties encore peu connues du cycle de développement. Elles ont permis de décrire et de modéliser le devenir des semences enfouies de betteraves adventices, en mesurant la mortalité in situ, les capacités de germination des semences et de croissance pré-levée des plantules en fonction des saisons. D'autres essais ont permis de modéliser toutes les étapes clé du développement des betteraves adventices et des traînantes (dynamique et taux de montaison, dynamique de floraison, production de pollen...) dans les cultures les plus fréquentes de la rotation betteravière.
Après avoir été programmé sous forme de logiciel, le modèle est alors utilisé pour des simulations simples qui montrent qu'il prend bien en compte les éléments caractéristiques des systèmes de cultures, en attendant une validation pour vérifier à plus grande échelle le réalisme de la prédiction.

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Soularue, Jean-Paul. "Évolution de la phénologie des arbres à l'échelle d'un paysage forestier". Thesis, Bordeaux 1, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR14724/document.

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Abstract (sommario):

La phénologie du débourrement est un caractère adaptatif majeur, sensible aux variations de température. Prédire l'évolution des forêts naturelles tempérées sous l'influence de changements environnementaux nécessite de pouvoir expliquer l'origine des patrons de différentiation clinaux observés pour ce caractère à l'échelle de paysages. Il a été démontré expérimentalement que le débourrement végétatif se produisait en même temps que la floraison. Cela suggère que les croisements se font préférentiellement entre arbres présentant des phénologies du débourrement similaires ; c'est ce que l'on appelle l'homogamie. Alors que la plupart des interprétations de clines de différenciation génétique soulignent l'influence de la sélection divergente, les spécificités de la phénologie du débourrement et ses conséquences sur le système de reproduction sont rarement considérées. A travers une approche par modélisation nous montrons ici dans un premier temps que la seule interaction entre homogamie et flux de pollen peut générer une différentiation génétique clinale à l'échelle d'un paysage sans aucune pression de sélection. Dans un tel contexte théorique, le filtragedes flux de pollen réalisé par l'homogamie en présence d'un gradient environnemental différencie progressivement et durablement les populations. Dans un second temps, nous montrons que l'homogamie amplifie la réponse adaptative des populations à la sélection co-gradient alors qu'il la contraint dans le cas de sélection contre-gradient. Nous montrons par ailleurs que l'homogamie peut induire une différentiation clinale en cas de sélection uniforme
Timing of bud burst (TBB) is a key adaptive trait affected by temperature variations. Predicting the evolution of natural forests undergoing environmental variations requires to understand the evolutionary dynamics that have resulted in the strong patterns of differentiation characterized for this trait. It has been shown experimentally that the TBB was strongly correlated with the timing off lowering. This suggests that trees having similar TBB tend to mate preferentially, making assortative mating at TBB the default reproduction regime within tree species. Clinal patterns of genetic differentiation have been mostly interpreted as resulting from divergent selection, however, few studies have considered the peculiar features of timing of bud burst. Through a modelling approach based on quantitative genetics models, we first demonstrate here that the sole interaction between assortative mating at TBB and pollen flow can induce a clinal differentiation among populations without any selection pressure. In a such theoretical context, assortative mating filters pollen flow in presence of environmental gradients and progressively shifts the genetic values of populations. Then, we demonstrate that assortative mating amplifies the adaptive response of populations to co-gradient selection, and constrains it in the case of countergradient selection. Finally, we show that assortative mating differentiates populations even in the case of uniform selection

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Dussert, Yann. "Évolution de la durée du cycle et du contrôle de l'architecture lors de la domestication du mil (pennisetum glaucum)". Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066665.

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Abstract (sommario):

Le mil est une céréale cultivée dans la zone soudano-sahélienne en Afrique. A partir d'un jeu de données comprenant 18 marqueurs microsatellites et 8 séquences nucléotidiques pour 45 populations domestiquées et sauvages, j'ai mis à jour une forte différenciation génétique entre deux pools de mils sauvages. Avec une approche de type Approximate Bayesian Computation, j'ai testé différents scénarios de domestication, et montré que le scénario le plus probable est celui d'une domestication unique à partir des mils sauvages de l'est du Sahel.Deux grands groupes de mil domestiqué existent: des variétés précoces et des variétés tardives. Mes résultats montrent une absence de différenciation génétique neutre entre ces deux groupes, suggérant l'existence de flux de gènes récurrents. J'ai également étudié un gène candidat de la famille Hd3a-like, PgHd3a. Aucune trace de sélection n'a été mise en évidence pour ce gène, et il est vraisemblable qu'il ne participe pas à la différence de phénotype entre mils précoces et tardifs. Son rôle lors de la floraison chez le mil est mis en doute par des résultats d'expression. J'ai également isolé un paralogue de PgHd3a, PgHd3a-2.Finalement, j'ai étudié un cline longitudinal de fréquence à l'échelle continentale pour la présence d'un Miniature Inverted-repeat Transposable Element (MITE) situé dans le gène teosinte-branched1, impliqué dans la détermination du nombre de branches basales chez le maïs. L'étude du taux de différenciation pour le MITE et pour 13 microsatellites neutres et du polymorphisme nucléotidique dans la région entourant le MITE montre que le cline est probablement dû à des processus neutres
Pearl millet is a cereal cultivated in the sudano-sahelian area in Africa. Using a data set consisting of 18 microsatellites and 8 nucleotide sequences for 45 domesticated and wild populations, I showed the existence of a high differentiation between two wild genetic pools. Using the model-based Approximate Bayesian Computation (ABC) approach, I tested different domestication scenarios and showed that a single domestication in eastern Sahel is more likely than other models.There are two main types of domesticated pearl millet: early-flowering and late-flowering varieties. My results show a lack of neutral genetic differentiation between these two types, suggesting the existence of recurrent gene flow. I also studied a candidate gene, PgHd3a, belonging to the Hd3a-like family and which could be implicated in the floral transition. No selection footprint has been detected, and it is likely this gene is not involved in the phenotypic difference between early and late-flowering varieties. Expression results casted some doubt about its role during floral transition in pearl millet. I also isolated a new paralog of PgHd3a, PgHd3a-2.Finally, I studied a longitudinal frequency cline at the continental scale for the presence of a Miniature Inverted-repeat Transposable Element (MITE) located in the teosinte branched1 gene, involved in the regulation of the number of tillers in maize. By comparing differentiation levels between the MITE and 13 neutral microsatellites, and by investigating the nucleotide polymorphism in the genomic region surrounding the MITE, I showed the cline was probably caused by neutral processes

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Poilleux-Milhem, Hélène. "Test de validation adaptatif dans un modèle de régression : modélisation et estimation de l'effet d'une discontinuité du couvert végétal sur la dispersion du pollen de colza". Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112297.

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Abstract (sommario):

L'étude de la dissémination de trans-gènes dans l'environnement constitue l'une des parties de la thèse. Plusieurs modélisations paramétriques de la fonction de dispersion de pollen ont déjà été élaborées en milieu homogène (plantes émettant du pollen marqué entourées de plantes identiques non marquées). Afin de prédire la "pollution génétique" dans des dispositifs de cultures variés, il convient de tenir compte de l'effet d'une discontinuité dans une culture ( e. G. Une route traversant un champ) sur la dispersion du pollen. Cet effet est modélisé et estimé pour deux expériences en champ sur le colza. Il correspond alors à une accélération de la dispersion du pollen qui dépend de la largeur de la discontinuité. Des méthodes graphiques de diagnostic ont permis de conclure que la modélisation par des fonctions constantes par morceaux, de la décroissance de la fonction de dispersion individuelle et de l'effet de la discontinuité, est celle ajustant au mieux les données. Avant d'utiliser les modèles paramétriques pour prédire la pollution génétique, il est indispensable de disposer d'outils de validation. Aussi nous proposons un test de validation de modèle paramétrique dans un cadre de régression non linéaire, les observations étant gaussiennes, indépendantes et de même variance. Ce test ne nécessite aucune connaissance a priori sur la fonction de régression et la variance des observations. Il généralise les tests d'hypothèses linéaires élaborés par Baraud et al (Ann. Statist. 2003, Vol. 31) au cadre non linéaire. Il est asymptotiquement de niveau α et asymptotiquement puissant sur une classe de fonctions que nous avons caractérisée. Il atteint la vitesse de séparation optimale au sens adaptatif minimax pour des classes de fonctions höldériennes, isotropes ou anisotropes. La vitesse de séparation pour des alternatives directionnelles est proche de la vitesse paramétrique. Une étude de simulation valide la procédure à distance finie
This thesis framework is the spread of genetically modified organisms in the environment. Several parametric models of the individual pollen dispersal distribution have already been proposed for homogeneous experiments (plants emitting marked pollen surrounded by the same unmarked plants). In order to predict the "genetic pollution" in an agricultural landscape, a discontinuity effect on pollen flows in a cultivated area (e. G. A road crosses a field) has to be taken into account. This effect was modelled and estimated: according to the size of the discontinuity, it may correspond to a significant acceleration of the pollen flow. Graphical diagnosis methods show that the modelling of the individual pollen dispersal distribution and of the discontinuity effect, is best fitting the data when using constant piecewise functions. Prior to using parametric models to predict genetic pollution, goodness-of-fit tools are essential. We therefore propose a goodness-of-fit test in a nonlinear Gaussian regression model, where the errors are independent and identically distributed. This test does not require any knowledge on the regression function and on the variance of the observations. It generalises the linear hypothesis tests proposed by Baraud et al (Ann. Statist. 2003, Vol. 31) to the nonlinear hypothesis. It is asymptotically of level α and a set of functions over which it is asymptotically powerful is characterized. It is rate optimal among adaptive procedures over isotropic and anisotropic Hölder classes of alternatives. It is consistent against directional alternatives that approach the null hypothesis at a rate close to the parametric rate. According to a simulation study, this test is powerful even for fixed sample sizes

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Dussert, Yann. "Évolution de la durée du cycle et du contrôle de l'architecture lors de la domestication du mil (pennisetum glaucum)". Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066665.

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Abstract (sommario):

Le mil est une céréale cultivée dans la zone soudano-sahélienne en Afrique. A partir d'un jeu de données comprenant 18 marqueurs microsatellites et 8 séquences nucléotidiques pour 45 populations domestiquées et sauvages, j'ai mis à jour une forte différenciation génétique entre deux pools de mils sauvages. Avec une approche de type Approximate Bayesian Computation, j'ai testé différents scénarios de domestication, et montré que le scénario le plus probable est celui d'une domestication unique à partir des mils sauvages de l'est du Sahel.Deux grands groupes de mil domestiqué existent: des variétés précoces et des variétés tardives. Mes résultats montrent une absence de différenciation génétique neutre entre ces deux groupes, suggérant l'existence de flux de gènes récurrents. J'ai également étudié un gène candidat de la famille Hd3a-like, PgHd3a. Aucune trace de sélection n'a été mise en évidence pour ce gène, et il est vraisemblable qu'il ne participe pas à la différence de phénotype entre mils précoces et tardifs. Son rôle lors de la floraison chez le mil est mis en doute par des résultats d'expression. J'ai également isolé un paralogue de PgHd3a, PgHd3a-2.Finalement, j'ai étudié un cline longitudinal de fréquence à l'échelle continentale pour la présence d'un Miniature Inverted-repeat Transposable Element (MITE) situé dans le gène teosinte-branched1, impliqué dans la détermination du nombre de branches basales chez le maïs. L'étude du taux de différenciation pour le MITE et pour 13 microsatellites neutres et du polymorphisme nucléotidique dans la région entourant le MITE montre que le cline est probablement dû à des processus neutres
Pearl millet is a cereal cultivated in the sudano-sahelian area in Africa. Using a data set consisting of 18 microsatellites and 8 nucleotide sequences for 45 domesticated and wild populations, I showed the existence of a high differentiation between two wild genetic pools. Using the model-based Approximate Bayesian Computation (ABC) approach, I tested different domestication scenarios and showed that a single domestication in eastern Sahel is more likely than other models.There are two main types of domesticated pearl millet: early-flowering and late-flowering varieties. My results show a lack of neutral genetic differentiation between these two types, suggesting the existence of recurrent gene flow. I also studied a candidate gene, PgHd3a, belonging to the Hd3a-like family and which could be implicated in the floral transition. No selection footprint has been detected, and it is likely this gene is not involved in the phenotypic difference between early and late-flowering varieties. Expression results casted some doubt about its role during floral transition in pearl millet. I also isolated a new paralog of PgHd3a, PgHd3a-2.Finally, I studied a longitudinal frequency cline at the continental scale for the presence of a Miniature Inverted-repeat Transposable Element (MITE) located in the teosinte branched1 gene, involved in the regulation of the number of tillers in maize. By comparing differentiation levels between the MITE and 13 neutral microsatellites, and by investigating the nucleotide polymorphism in the genomic region surrounding the MITE, I showed the cline was probably caused by neutral processes

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De, Cauwer Isabelle. "Importance relative des flux de gènes et de la valeur sélective individuelle dans les variations de sex ratio chez une espèce gynodioïque, Beta vulgaris ssp. maritima". Thesis, Lille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL10048/document.

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Abstract (sommario):

Chez les plantes à fleurs, où une immense variété de stratégies de reproduction est rencontrée, la dispersion des gènes s’opère classiquement via des flux de pollen pour la voie mâle, et via des flux de graines pour la voie femelle. La gynodioécie correspond à un système de reproduction original, caractérisé par la coexistence de plantes femelles et de plantes hermaphrodites au sein de populations naturelles. Ce système de reproduction suscite depuis longtemps un intérêt particulier, du fait d’un paradoxe évolutif apparent : les individus femelles, ayant perdu une voie de transmission de leur information génétique, devraient être désavantagés par rapport aux hermaphrodites, dotés des deux voies de transmission des gènes. L’objet de ce travail thèse était d’expliquer le maintien des femelles et les importantes variations spatiales de sex ratio fréquemment observées dans les populations naturelles de betterave maritime (Beta vulgaris ssp. maritima), chez laquelle le déterminisme du sexe implique des interactions entre des gènes cytoplasmiques induisant la stérilité mâle (CMS) et des allèles nucléaires de restauration de la fonction mâle. En mêlant des approches de biologie et de génétique des populations, trois thématiques ont ainsi été abordées. (i) La valeur sélective des différents types sexuels a été mesurée, en faisant appel à des mesures phénotypiques en conditions contrôlées et à des analyses de paternité en populations naturelles. Ceci a permis de révéler un avantage femelle extrêmement restreint ainsi que des variations importantes du succès reproducteur mâle chez les hermaphrodites, liées notamment au génotype des individus et à l’existence d’un coût de la restauration. (ii) La caractérisation moléculaire de la diversité génétique au sein de plusieurs populations naturelles et entre plusieurs cohortes successives nous a permis de mettre en lumière l’importance relative des effets de la migration, des évènements de fondation et de la dérive génétique sur la structure spatiale des phénotypes sexuels. Les variations observées de sex ratio à très fine échelle semblent ainsi expliquées par des effets de fondation multiples couplés à des flux de pollen et de graines restreints dans l’espace. (iii) Finalement, nous mettons en évidence l’effet important que cette forte structure spatiale des sexes peut avoir, à la fois sur les individus hermaphrodites et sur les individus femelles. L’ensemble de nos résultats montre qu’une structure spatiale à fine échelle, générée par des évènements de fondation et des flux de gènes limités, peut affecter de façon importante la dynamique de la gynodioécie dans la nature
In flowering plants, which exhibit a spectacular diversity of reproductive strategies, gene dispersal generally occurs through two distinct pathways: pollen for the male function, and seed for the female function. Among sexually polymorphic flowering plants, gynodioecy refers to a particular breeding system in which females and hermaphrodites co-occur in natural populations. Since females reproduce only through seeds, they apparently transmit their genes only half as frequently as hermaphrodites, which gain fitness through both seed and pollen production. This apparent evolutionary paradox has attracted the attention of evolutionary biologists as far as the mid-nineteenth century. The aim of this PhD thesis was to understand the successful maintenance of female individuals and the important spatial variations in sex ratio that are often observed in natural populations of gynodioecious Beta vulgaris ssp. maritima, in which sex is determined by interactions between cytoplasmic male sterility (CMS) genes and nuclear restorers of male fertility. Using population biology and population genetics approaches, three distinct themes were considered. (i) First, male and female fitness of the different sexual types were compared, using both measures in controlled conditions and paternity analyses in the wild. While our results only suggest a very restricted female advantage, we detected strong male fitness differences among hermaphrodites that were partially explained by the genotype of individuals and by the occurrence of a cost of restoration. (ii) The study of the distribution of genetic diversity in several natural populations and in several consecutive cohorts allowed us to quantify the relative impact of migration, founder events and genetic drift on the spatial distribution of sexes. Overall, random founder effects with spatially restricted pollen and seed flow appeared to be the primary determinants of sex ratio variations. (iii) Finally, we explore how such sex ratio variation can affect the reproductive output of hermaphrodites and females. Altogether, we show that fine-scale spatial structure, resulting from the joint action of founder events and limited gene flow, can notably modify the dynamics of gynodioecy in natural populations

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Bardonnet, Clara. "Une analyse de la connectivité fonctionnelle du paysage : Etude des déplacements et des flux de gènes chez un mustélidé forestier, la Martre des pins (Martes martes)". Thesis, Reims, 2015. http://www.theses.fr/2015REIMS013/document.

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Abstract (sommario):

Les modifications du paysage engendrées par les activités humaines sont une des causes majeures du déclin de la biodiversité. En générant une perte de la connectivité fonctionnelle du paysage, elles limitent les déplacements des individus et entraînent la rupture des flux de gènes, processus clés dans le maintien et la persistance des populations. Cependant, le lien entre ces processus et la structure du paysage est encore mal compris. Dans ce contexte, nous avons conduit une étude sur la Martre des pins, une espèce a priori forestière, bien que capable de s’installer durablement dans des paysages fragmentés. A partir de l’analyse de la variabilité génétique de groupes échantillonnées sur 13 sites forestiers à l’échelle de la région Champagne-Ardenne, et du suivi des déplacements d’individus à fine échelle, en milieu continu et fragmenté, nous avons estimé la résistance du paysage aux différents déplacements, c’est-à-dire dans quelle mesure ceux-ci sont freinés ou facilités par les éléments du paysage. Nous avons mis en évidence que les déplacements sont freinés, d’une part par la présence d’une large plaine agricole, et d’autre part, par certaines infrastructures de transport. Nous avons également mis en évidence que les déplacements des martres entre les taches d’habitats sont facilités par la présence de haies et que la hauteur du couvert végétal des habitats non boisés pourrait jouer un rôle dans ces déplacements. Cette étude apporte d’importantes connaissances sur l’écologie des déplacements de la Martre des pins et souligne la nécessité de la prise en compte de la réponse des organismes dans l’établissement des futurs réseaux écologiques
Landscape changes, generated by anthropogenic activities, are widely recognised as one of the main causes of global biodiversity decline. Leading to a loss of functional landscape connectivity, they disrupt movements and gene flow which play a primordial role for the persistence of populations. However, the relationship between these processes and landscape structure remains unclear. In this context, we studied landscape connectivity in European pine marten, a forest species present in fragmented landscapes. We evaluated landscape resistance, i.e. how landscape features impede or facilitate movements and gene flow, analysing genetic variability of groups sampled in 13 forest sites of the Champagne-Ardenne regional area, and studying individual fine-scale movements in both continuous and fragmented areas. We showed that intensive agricultural plain and certain linear infrastructures could impede movements. In addition, we showed that hedgerows facilitate movements between forest patches and we suggested that vegetation height of open habitats could play a role for these movements. This study provides important insights on movement ecology of the European pine marten and underlines the need to take into account responses of organisms in the establishment of ecological networks

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Arnaud, J. F. "Importance de la dispersion dans la structuration génétique et l'évolution du système de reproduction chez une espèce gynodioique". Habilitation à diriger des recherches, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00418811.

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Abstract (sommario):

Ce document résume les activités de recherche et d'enseignement que j'ai menées au sein de l'UMR CNRS 8016 de l'Université des Sciences et Technologies de Lille – Lille 1. La première partie du rapport scientifique présente l'étude des relations entre compartiments sauvages et cultivés du complexe d'espèce Beta avec un focus sur la mise en place de flux géniques entre les différentes formes de betteraves sauvages, mauvaises-herbes et cultivées. L'évolution de certains traits d'histoires de vie potentiellement sélectionnables dans le cadre très particulier de l'agrosystème y est également abordée. Il est ainsi montré que la dispersion accidentelle des graines liée aux activités humaines semble le déterminant majeur dans la possibilité d'introgression entre compartiments cultivés et sauvages. Concernant la dynamique d'invasion de facteurs génétiques, l'autofécondation héritée du compartiment cultivé semble contre-sélectionnée au cours du temps, au contraire de la faculté de monter à fleur sans besoin de vernalisation. Dans une seconde partie, l'accent est mis sur l'importance de la dispersion des graines et du pollen en population naturelle sur la dynamique d'un système de reproduction particulier : la gynodioécie. L'étude de la répartition géographique de facteurs cytoplasmiques stérilisants et de leurs niveaux de restauration de la fertilité mâle montre ainsi la nécessité d'une prise en compte des événements de fondation, de la structure spatiale de la diversité génétique nucléo-cytoplasmique, du coût de la restauration et des patrons de flux géniques pour comprendre l'évolution de la gynodioécie. Les perspectives de ce document de synthèse portent sur la nécessité d'une approche complémentaire de Biologie des Populations, d'Écologie et de Génétique des Populations pour la compréhension de l'évolution de ce système de reproduction.

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Gaüzère, Julie. "Effets de la dispersion du pollen à longue distance sur les capacités d'adaptation de populations de Hêtre commun le long d'un gradient altitudinal". Thesis, Montpellier, SupAgro, 2014. http://www.theses.fr/2014NSAM0028/document.

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Abstract (sommario):

La rapidité du changement climatique observé et prédit soulève la question de la vitesse à laquelle les espèces pourront s'adapter au climat futur. Les populations exposées aux changements de conditions environnementales peuvent s'adapter sur place (sans migration) grâce, dans un premier temps, à la réponse plastique des individus, puis, à long terme, par la réponse à la sélection (adaptation génétique). En situation d'environnement variable à la fois dans l'espace et le temps, les flux de gènes peuvent faciliter la diffusion d'allèles bénéfiques entre populations. L'objectif de cette thèse est d'étudier expérimentalement l'interaction entre adaptation et dispersion pollinique à longue distance sur un gradient altitudinal de hêtre commun (Fagus sylvatica). Cette étude a été conduite à partir de trois populations de hêtre sur le versant Nord du Mont-Ventoux (de 900 m à 1400 m d'altitude). Douze traits fonctionnels (phénologiques, physiologiques et morphologiques) potentiellement adaptatifs ont été mesurés sur 60 descendances maternelles issues de ces populations (20 mères/population, 100 individus/mère) et placées en pépinière. Les résultats de cette thèse montrent que (i) les forts taux de pollen immigrant reçus par les populations (m = 56 %) n'empêchent pas l'émergence de patrons de différenciation adaptative, (ii) la sélection érode la variance génétique des traits, (iii) malgré l'existence de variance génétique pour tous les traits, les covariances génétiques entre traits peuvent affecter les taux et directions d'évolution future, et (iv) les flux de pollen contribuent à augmenter la variance génétique totale au sein des populations. Finalement, les populations à moyenne et hautes altitudes pourraient avoir les capacités de s'adapter au climat futur
The rapidity of the climate change observed and predicted raises the issue of how fast species can adapt to future. In face of environmental change, populations can adapt without migrating thanks to their plastic response in a first time, and to their response to selection in the long term (genetic adaptation). In conditions of environment variable both in space and time, gene flow can enhance the spread of beneficial alleles between populations. The objective of this thesis is to experimentally measure the adaptive differentiation and the long-distance pollen dispersal along an elevational gradient of beech populations (Fagus sylvatica). In this study we investigated three beech populations located on the northern side of the Mont-Ventoux (from 900m to 1400m of elevation). Twelve potential adaptive functional traits (phenological, physiological and morphological) have been measured on 60 maternal families collected from these populations (20 mothers/population, 100 offspring/mother) and planted in nursery. The results of this thesis show that that (i) the strong pollen immigrant rate received by the populations (m = 56 %) did not their prevent adaptive differentiation, (ii) the action of natural selection erodes the genetic variance of the traits, (iii) despite significant genetic variance for all the traits, the genetic covariance between traits should affect the rate and direction of evolution in the future, and (iv) gene flow contribute to increase the total genetic variance within the populations. Finally, populations at medium and high elevations may have the potential to adapt to future climate

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Monthe, Kameni Franck Stéphane. "Origine et dynamique de la diversité génétique des arbres Guinéo-Congolais du genre Entandrophragma et implications pour une gestion durable". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2019. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/283779.

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Abstract (sommario):

La diversité génétique des arbres tropicaux exploités pour leur bois est potentiellement menacée. Pourtant les mécanismes à l’origine de la distribution et de l’organisation de cette diversité génétique sont encore mal connus, notamment en Afrique. Parmi les hypothèses évoquées pour expliquer les patrons de diversité actuellement observés, l’hypothèse des refuges forestiers (liée aux changements climatiques du Tertiaire et du Quaternaire) est souvent la plus testée. Cependant, l’histoire commune des espèces forestières n’est pas toujours en accord avec les patrons phylogéographiques observés entre les espèces. Les différences de traits d'histoire de vie entre espèces, notamment leurs capacités de dispersion, pourraient influencer fortement la réponse des espèces aux changements environnementaux. La présente thèse ambitionne ainsi de caractériser le tempo de diversification des arbres des forêts tropicales africaines en relation avec les variations paléo-environnementales et d’évaluer l’impact éventuel de ces variations sur l’organisation de la diversité génétique au sein des populations. Elle ambitionne également de caractériser le système reproducteur et d’évaluer les capacités de dispersion des espèces en relation avec les pressions actuelles que subissent les forêts tropicales africaines.Afin d’atteindre ces objectifs, nous avons utilisé le genre Entandrophragma CDC (Meliaceae) qui compte une dizaine d’espèces distribuées des forêts humides guinéo-congolaises d’Afrique Centrale et de l’Ouest (E. angolense, E. cylindricum, E. candollei, E. utile, E. palustre), aux forêts humides des régions montagneuses d’Afrique de l’Est (E. excelsum), en passant par les forêts sèches des régions zambéziennes (E. bussei, E. caudatum, E. delevoyi, E. spicatum). Morphologiquement bien délimitées à l’exception de E. congoense parfois mis en synonymie avec E. angolense, les espèces forestières de ce genre sont caractérisées par la qualité de leur bois, qualité à l’origine de fortes pressions d’exploitation.Les relations phylogénétiques entre les espèces, basées sur le séquençage du génome chloroplastique complet et du ADN ribosomique confirment taxonomie actuelle (espèces généralement monophylétiques), et les délimitations au sein du genre à partir des caractères morphologiques (fleurs et fruits). Deux périodes majeures de diversification ont été inférées :au début du Miocène pour les sections et de la fin du Miocène au Pléistocène pour les espèces au sein des sections. La phylogénie montre trois transitions entre biomes, deux des forêts humides vers les forêts sèches et une vers les forêts de montagnes. Les phylogénies multi-marqueurs montrent également que E. congoense se distingue bien de E. angolense, ce qui a été confirmé par le génotypage de microsatellites nucléaires, mettant en évidence deux clusters génétiques correspondant aux espèces attendues. Chez les espèces des forêts tropicales humides, l’analyse comparative de l’organisation de la diversité génétique intraspécifique a permis de mettre en évidence le rôle de la trouée du Dahomey et de la ligne volcanique du Cameroun comme principales barrières aux flux de gènes entre l’Afrique de l’Ouest et l’Afrique Centrale. Cependant, nous observons une faible différentiation génétique au sein des forêts d’Afrique Centrale, avec aux plus deux clusters génétiques définis chez E. angolense et E. cylindricum et aucune congruence avec les zones traditionnellement proposées comme candidates de refuges forestiers. Cette faible différentiation serait probablement liée à des flux de gènes à longue distance observés chez ces espèces d’Entandrophragma.L’étude de la dispersion des graines et du pollen par analyses de parenté chez quatre espèces exploitées d’Entandrophragma (E. angolense, E. candollei, E. cylindricum, E. utile) révèle des événements de dispersion à longues distances (> 1000 m), associés à un système de reproduction principalement allogame (taux d’autofécondation < 10 %). Ces traits suggèrent que des arbres relativement isolés suite à l’exploitation sélective d’un peuplement forestier ne devraient pas rencontrer de problèmes de fertilité. Toutefois, l’analyse de la variation du succès reproducteur montre un pic de reproduction pour les arbres dont le diamètre à hauteur de poitrine est élevé et généralement supérieur au diamètre minimum d’exploitation (DME), ce qui peut affecter fortement le potentiel reproducteur d’un peuplement exploité. Ces résultats suggèrent que le DME devrait être augmenté en République du Congo afin d’assurer une gestion durable de la ressource.Cette thèse représente donc une contribution à la compréhension des processus évolutifs à l’origine de la diversité génétique des espèces forestières tropicales africaines. Elle fournit via l’analyse des flux de gènes, une contribution significative pour appréhender le devenir des populations d’arbres exploitées et favoriser une exploitation durable des ressources forestières.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Fulgencio, Jean-Pierre. "Effets d'un biguanide et de deux thiazolidinediones sur le métabolisme du glucose et des acides gras dans des hepatocytes de rat : des flux métaboliques à l'expression de gènes". Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077047.

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François, Donatien. "Connectivité fonctionnelle chez Vipera berus (Linnaeus, 1758), une espèce peu dispersante et aux mœurs discrètes : caractérisation des flux de gènes à fine échelle spatiale au sein d’un paysage contrasté". Thesis, Rennes 1, 2019. http://www.theses.fr/2019REN1B002.

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Abstract (sommario):

Face à l’effet des changements d’utilisations de sol sur la dispersion des espèces, des actions ont récemment été menées au niveau des régions françaises pour favoriser et maintenir la connectivité. L’objectif de cette étude a donc été de quantifier la connectivité chez une espèce modèle menacée en Europe occidentale : la vipère péliade (V. berus). Ses mœurs discrètes ont nécessité pour mesurer sa dispersion d’utiliser une approche indirecte basée sur l’individu et des outils moléculaire. Ainsi, les flux de gènes de V. berus ont été analysés à fine échelle spatiale (10 × 7 km²) sur un site d’étude (A0) constitué de deux secteurs paysagers contrastés (A1/A2), à la fois par l’utilisation des sols et leur stabilité temporelle (instable/stable). La différenciation génétique sur A0 est faible et surtout associée à un fort patron d’isolement par la distance (IBD). La dispersion est donc limitée spatialement chez V. berus (dispersion natale ≤ 500 m) et liée aux mâles à l’âge adulte. De plus, les flux de gènes sont aussi expliqués par l’hétérogénéité du paysage : (i) par les prairies (A0), l’urbanisation (A1) les pelouses et boisements (A2), (ii) particulièrement à 300 m autour des individus parmi les étendues spatiales testées (100-500 m) et (iii) plus par l’agencement spatial que le type et la quantité des taches d’habitats. Ces résultats innovants contribuent à (i) la réflexion sur la stratégie de conservation pour V. berus et (ii) souligner la diversité des facteurs à considérer dans l’étude et le maintien de la connectivité à une plus vaste échelle spatiale (patrons et processus de dispersion, échelles spatio-temporelles)
Face to the impact of land-use changes on species dispersal, decisions were recently conducted at French regional scale to favour and to maintain connectivity. The aim of this work was to quantified connectivity for a model species threatened in Western Europe : the common European adder (V. berus). Its secretive behaviour required to use an indirect and individual-based approach to measure its dispersal thanks to molecular techniques. Thus, V berus gene flow were analysed at fine spatial scale (10 × 7 km²) on a study site (A0) made up of two sub-areas with contrasting landscapes (A1/A2), both by land use and their temporal stability (instable/stable). Genetic differentiation on A0 is weak and mainly associated with a strong isolation-by-distance (IBD) pattern. Dispersal is therefore spatially limited in V. berus (natal dispersal ≤ 500m) and related to males concerning adults. Moreover, gene flow is also influenced by landscape heterogeneity : (i) by meadow (A0), urbanisation (A1) and dry grassland and forests (A2), (ii) particularly at 300m around individuals among spatial extent tested (10-500m) and (iii) more by the spatial configuration than the type and quantity of habitat patches. These innovative results contribute to (i) reflection about conservation strategies for V. Berus et (ii) underly the diversity of factors to consider in studying and maintaining connectivity at a more large spatial scale (dispersal pattern and process, spatio-temporal scales)

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Abadie, Pierre. "Génétique et évolution de l'isolement reproducteur entre chêne sessile (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) et pédonculé (Q. robur L.)". Thesis, Bordeaux 1, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR15270/document.

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Abstract (sommario):

La spéciation peut être définie comme l’ensemble des processus conduisant à l’évolution de l’isolement reproducteur entre groupes d’individus. Ces dernières décennies, de nombreuses études ont souligné l’importance de la sélection naturelle comme processus majeur dans la formation de nouvelles espèces en conditions de sympatrie, notamment dans des modèles de spéciation écologique. Le chêne sessile (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) et le chêne pédonculé (Q. robur L.) sont deux espèces sympatriques qui présentent de fortes divergences morphologiques et écologiques, malgré des taux d’hybridation naturelle estimés relativement importants. Cependant, très peu de données sont connues sur la nature et la force des barrières reproductives chez ces espèces. L’objectif de cette thèse était donc de caractériser ces barrières aux niveaux phénotypique et génétique, pour mieux comprendre leur importance relative, leur rôle dans le processus de divergence et leur évolution au sein de ce complexe d’espèces. Une première approche basée sur la réalisation de croisements contrôlés a montré tout d’abord (i) l’existence de fortes barrières reproductives au niveau pré-zygotique et de barrières significatives bien que plus faibles au niveau de la fitness des descendants hybrides, et (ii) une variabilité importante de ces barrières liée aux génotypes des individus et à leur expression dans des micro-environnements différents. Une deuxième approche de génomique des populations sur 33 gènes candidats à l’isolement reproducteur pré-zygotique a ensuite permis d’identifier des « gènes de spéciation » soumis à de la sélection divergente, liés en particulier à la phénologie de la floraison, et d’apporter des éléments de discussion supplémentaires au modèle de colonisation de ces espèces en peuplements naturels
Speciation can be defined as the range of processes that lead to the evolution of reproductive isolation among groups of individuals. Past decades have witnessed a renewal in the recognition of natural selection as a primary force in the formation of new species, in particular for ecological speciation models in conditions of sympatry. Sessile oak (Quercus petraea (Matt.) Liebl.) and pedunculate oak (Q. robur L.) are two sympatric species which exhibit large morphological and ecological differences, despite relatively high estimated rates of natural hybridization. However, very little is known about the nature and strength of reproductive barriers between those two species. The objective of this thesis was therefore to characterize their isolating barriers at phenotypic and genetic levels, in order to better understand their relative importance, their role in the process of divergence and their evolution in that species complex. A first approach based on controlled crosses has shown (i) the existence of strong barriers at the pre-zygotic level and that of significant although weaker ones at the post-zygotic level, based on observations from fitness of hybrid progenies, and (ii) a large variability for traits linked to barriers phenotypes, across genotypes and also for their expression in different micro-environments. A second approach of population genomics used 33 candidate genes to reproductive isolation and allowed to identify «speciation genes» submitted to divergent selection, the strongest divergence being observed for genes involved in the flowering pathway. The model of colonization of these oak species in natural stands was discussed in the light of these new results

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Duvaux, Ludovic. "Déterminants historiques et sélectifs des échanges génétiques au cours de la spéciation chez la souris domestique : patrons de coalescence et introgression en zone hybride". Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20116/document.

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Abstract (sommario):

Afin de comprendre le processus de spéciation, il est nécessaire d'appréhender les patrons de flux géniques entre espèces naissantes et le rôle de la sélection dans leur détermination. C'est ce que tente d'aborder cette thèse en utilisant comme modèle deux sous-espèces de la souris domestique, Mus musculus. Nous avons reconstitué l'histoire de leur différenciation sur la base du polymorphisme de séquence à 60 locus autosomaux. La simulation du coalescent de ces locus sous plusieurs scenarios historiques nous a permis d'inférer, via une méthode ABC (Approximate Bayesian Computation), une divergence ancienne des sous-espèces (1,5Ma). Elle fut suivie d'une longue phase d'isolement (1,2Ma) précédant une phase d'échanges génétiques débutant bien avant la formation de la zone hybride européenne actuelle. La phase d'isolement a été assez longue pour expliquer une grande partie des incompatibilités génétiques observées actuellement. Les flux génétiques anciens et prolongés pourraient avoir favorisé le renforcement comportemental de l'isolement reproductif. Nous étudions aussi la relation entre le mode d'évolution de 77 régions génomiques autosomales et leur comportement d'introgression à travers une zone hybride. Le taux de recombinaison locale semble déterminer en partie les introgressions symétriques et limitées de certains locus. Toutefois tel n'est pas le cas pour 40% des locus, qui présentent une introgression asymétrique dans l'une ou l'autre direction. Nous proposons que l'introgression coté musculus soit majoritairement contrôlée par la sélection et que l'introgression coté domesticus soit influencée par un déplacement de la zone hybride vers le territoire musculus
Understanding the speciation process requires to appraise patterns of gene flow between incipient speices as well as the role of selection in their determination. This thesis attempts to do so using two subspecies of the house mouse, Mus musculus, as a model. We inferred the history of their differentiation based on sequence polymorphism data at 60 autosomal loci. By simulating the coalescent of these loci under several historical scenarios we were able to infer, using an ABC (Approximate Bayesian Computation) method, an ancient divergence of the subspecies (1.5 MY). This was followed by a long period of isolation (1.2 MY) preceding a phase of genetic exchanges that started well before the formation of the present European hybrid zone. The isolation phase lasted long enough to explain a majority of the present genetic incompatibilities. Ancient and lasting gene flow could have favoured a behavioural reinforcement of reproductive isolation. We a lso studied the relationship between the mode of evolution of 77 autosomal genomic regions and their introgression patterns across a hybrid zone. Local recombination rates variations seem to partly account for the patterns observed at some loci with limited and symmetrical introgression. However such is not the case for 40% of the the loci showing asymmetrical introgression in on direction or the other. domesticus results from a movement of the hybrid zone from domesticus to musculus

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Khimoun, Aurélie. "Histoire évolutive, contexte spatial et écologique de la divergence de deux sous-espèces d'Antirrhinum majus". Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/2280/.

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Abstract (sommario):

Identifier les mécanismes évolutifs impliqués dans la spéciation, i. E. Formation des espèces, est crucial dans une époque de crise de la biodiversité. À ce jour, la classification dichotomique des mécanismes impliqués dans le processus de spéciation (i. E. Allopatrie versus sympatrie, écologique versus non-écologique. . . ) n'intègrent pas l'interaction dynamique qui les régit. Dans cette thèse, nous avons cherché à intégrer au mieux les différentes composantes de la spéciation - isolement spatial, écologique et reproducteur - dans un cadre temporel. Pour cela, nous avons étudié la divergence de deux sous-espèces de plantes à fleurs, Antirrhinum majus pseudomajus et A. M. Striatum aux fleurs respectivement rouges et jaunes. Nous avons intégré durant cette thèse des approches d'écologie (modélisation de niche) de génétique des populations (analyses de structuration génétique, inférence basée sur le coalescent, ajustement de clines) à différentes échelles spatiales, de l'aire de distribution globale à une zone hybride localisée, en pensant par le détail des zones de contact. Nos résultats montrent comment les processus historiques et démographiques agissent conjointement sur la distribution actuelle des populations des deux sous espèces d'A. Majus. L'ensemble de nos résultats soutient l'hypothèse du rôle adaptatif de la couleur des fleurs dans le maintien de l'isolement à l'échelle de l'espèce. De plus, la divergence de niche que nous avons détectée entre les deux sous-espèces pourrait être à l'origine de leur divergence phénotypique. Dans les zones de contact, nous avons mis en évidence des échanges de gènes récurrents entre sous-espèces associés à des gradients d'expansion géographique dans des directions opposées. L'ensemble de nos résultats soulève l'hypothèse d'un maintien de la parapatrie entre sous-espèces assuré par leur exclusion compétitive dans les zones de contact. En conclusion, la divergence des deux sous-espèces semble résulter de la combinaison dans le temps de processus historiques neutres et démographiques actuels avec des processus sélectifs associés à l'écologie des sous espèces qui modèlent non indépendamment leur diversité
This thesis sought at understanding how evolutionary and ecological processes lead to population divergence and ultimately speciation. To this aim, i integrated the different components of speciation - ecological, spatial and matting isolation - ina temporal framework to gain a better understanding of their dynamicinteraction through time. I studied the ongoing divergence of two snapdragon subspecies of Antirrhiunum majus pseudomajus and A. M striatum. I tested the relative role of historical processes of colonasation (post-glacial colonisation scenario), contemporary barriers to gene flow and local adaptation to explain the current patterns of subspecies distribution and the distribution of their genetic diversity. I also investigated the extent of gene flaw between the two subspecies in the contact zones and the role of environmental factors on the direction of gene flow and the maintenance of disjunct distributions despite gene flow. Finally, i studied the relative roles of neutral processesof dispersal and selective processes in the maintenance of a stable hybrid zone between the two subspecies

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Paz, Vinas Ivan. "Distribution de la diversité génétique dans les réseaux dendritiques : patrons, processus et implications pour la conservation de la biodiversité". Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/2575/.

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Abstract (sommario):

L'objectif de cette thèse est de caractériser la distribution de la diversité génétique dans les réseaux dendritiques. Premièrement, nous identifions un patron de diversité génétique dans ces réseaux, ainsi que les effets de l'asymétrie de flux de gènes, les différences de tailles efficaces, et les processus de colonisation sur ces patrons. Deuxièmement, nous caractérisons les patrons de diversité génétique de quatre espèces de poissons (Gobio occitaniae, Squalius cephalus, Barbatula barbatula et Phoxinus phoxinus) dans le bassin de la Garonne, afin d'identifier des zones à protéger. Troisièmement, nous explorons les effets de l'asymétrie de flux de gènes sur l'inférence des histoires démographiques des populations. Finalement, nous combinons des méthodes génétiques et démographiques pour évaluer le statut d'une espèce menacée (Parachondrostoma toxostoma)
The objective of this thesis is to characterize the distribution of genetic diversity in dendritic networks. First, we identify a general spatial pattern of genetic diversity on these ecosystems, as well as the effects of asymmetric gene flow, differential in effective population sizes and colonization processes on this pattern. Second, we characterize patterns of genetic diversity of four freshwater fish species (Gobio occitaniae, Squalius cephalus, Barbatula barbatula and Phoxinus phoxinus) at the Garonne river basin, so as to identify priority areas to protect. Third, we explore the effects of gene flow asymmetry on the inference of populations' demographic histories. Finally, we combine genetic and demographic approaches to evaluate the status of a threathened species (Parachondrostoma toxostoma)

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Mallet, Bertrand. "Rôle des facteurs écologiques dans le processus de spéciation en milieu insulaire. Effet de l'habitat et des pollinisateurs sur la diversification du faham (Jumellea spp., Orchidaceae) aux Mascareignes". Thesis, La Réunion, 2014. http://www.theses.fr/2014LARE0020/document.

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Abstract (sommario):

Les mécanismes à l'origine de la mise en place de l'isolement reproducteur sont relativement peu étudiés dans les radiations adaptatives insulaires. Selon la théorie de la spéciation écologique, l'isolement reproducteur résulte de la sélection divergente agissant sur des populations écologiquement différentes. Par leurs caractéristiques uniques, les îles océaniques constituent des systèmes idéals pour étudier le rôle des facteurs écologiques dans la diversification des lignées endémiques. Le rôle de l'habitat et des pollinisateurs dans la restriction des flux géniques inter et intraspécifique est examiné chez le faham (Jumellea rossii et J. fragrans), une orchidée endémique des Mascareignes. Pour ce faire, les patrons de différenciation phénotypique (traits floraux morphologiques et chimiques), environnementale (habitat, altitude, climat) et génétique (microsatellites nucléaires) ont été confrontés. À l'échelle intraspécifique, les résultats montrent que les flux de gènes sont principalement limités par les différences environnementales entre habitats sans rôle évident des pollinisateurs. A l'échelle interspécifique, outre les variations d'habitat, le changement de pollinisateur semble expliquer l'absence de flux de gènes. Dans le cadre du continuum de spéciation chez le faham, l'isolement reproducteur évoluerait en premier lieu en réponse à l'adaptation aux différents habitats, puis serait renforcé par l'adaptation à différents pollinisateurs. La révision de la taxinomie du clade et les priorités en terme de conservation sont également discutées
Mechanisms responsible for the establishment of reproductive isolation are little studied in island adaptive radiations. According to the theory of ecological speciation, reproductive isolation results from the ecologically-based divergent selection. By their unique characteristics, oceanic islands are ideal systems to study the role of ecological factors in the diversification of endemic lineages. This study focuses on the role of habitat and pollinators in restricting inter and intraspecific gene flow between populations of faham (Jumellea spp.), an orchid endemic to Mascarene Islands. To do this, patterns of phenotypic differentiation (floral traits), environmental differentiation (habitat, altitude, climate) and genetic differentiation (nuclear microsatellites) were compared. At the intraspecific level, the results show that gene flow restriction is mainly due to the colonization of different habitat types with no obvious role of pollinators. At the interspecific level, in addition to the role of habitat, pollinator shift seems to explain effective complete reproductive isolation. By placing these results into the continuum of speciation, it appears that reproductive isolation evolve initially in response to adaptation to different habitats and, in a second phase, would be enhanced by pollinator-driven divergent selection. Operationally, this study reviews the taxonomy of faham and proposes to define management units and priorities in terms of conservation

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Tesi sul tema "Barrières au flux de gènes"

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