Tesi sul tema "Bactéries pathogènes – Lutte contre"
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Ben, Abdallah Nour. "Isolement et caractérisation de bactéries à fort potentiel probiotique à partir du tractus gastrointestinal de volaille". Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27659/27659.pdf.
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Bahlaoui, Moulay Abdellah. "Lagunage à haut rendement expérimental : dynamique de différents groupes bactériens et performances épuratrices sanitaires". Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20289.
Abstract (sommario):
Ce travail a pour objectif (1) de decrire l'evolution et la dynamique spatio-temporelle des bacteries heterotrophes aero-anaerobies, des bacteries temoins de contamination fecale et de certaines bacteries pathogenes et pathogenes opportunistes a travers des bassins experimentaux de lagunage a haut rendement, (2) de quantifier et de qualifier les effets (positifs, negatifs, directs et/ou indirects) de certains facteurs environnementaux sur la dynamique de certaines populations et peuplement bacteriens: les coliformes thermotolerants, les aeromonas spp et les bacteries heterotrophes aero-anaerobies et (3) d'evaluer l'efficacite epuratrice sanitaire de ce procede d'epuration et de la comparer a celle d'un lagunage traditionnel. L'analyse des coefficients de direction (path analysis) appliquee aux donnees recueillies in situ a permis de mettre en evidence des modeles de comportement tres differents suivant la variable bacteriologique et l'echelle d'echantillonnage. Des resultats obtenus experimentalement (microcosmes) permettent d'evaluer le temps de survie (exprime par le t#9#0) d'e. Coli, de s. Typhumurium et d'a. Hydrophila dans les eaux des bassins de lagunage a haut rendement et du lagunage traditionnel. Ces resultats montrent notamment une meilleure faculte d'adaptation d'a. Hydrophila a l'ecosysteme qu'est un bassin de lagunage
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Mechmechani, Samah. "Hurdle technology using microencapsulated proteolytic enzymes and microencapsulated carvacrol to fight pathogenic bacterial biofilms". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2022. http://www.theses.fr/2022ULILR023.
Abstract (sommario):
L'environnement opératoire dans les domaines alimentaire et médical permet aux bactéries de se fixer et de se développer sur les surfaces, ce qui entraîne la formation de biofilms bactériens pathogènes et résistants. Ces structures pathogènes sont responsables de nombreuses maladies d'origine alimentaire et d'infections associées aux soins. Par conséquent, pour lutter contre ce fléau de santé publique, plusieurs stratégies ont récemment été proposées, notamment l'élimination chimique et mécanique. Ce travail présente les différents facteurs qui influencent l'adhésion bactérienne et la formation de biofilms sur des surfaces abiotiques, ainsi que la résistance des biofilms aux désinfectants. La microencapsulation par la méthode de séchage par pulvérisation pour la formulation de composants actifs anti-biofilm en vue d'assurer leur stabilité et améliorer leurs activités biologiques est également présentée. Dans ce contexte, une étude a été menée en utilisant le carvacrol, un agent antimicrobien naturel, pour contrôler les biofilms de Pseudomonas aeruginosa et Enterococcus faecalis. En effet, ces deux bactéries sont responsables de nombreuses infections dans le monde en raison de leur persistance sur des surfaces abiotiques dans les hôpitaux et les industries agroalimentaires. Par ailleurs, afin de renforcer l'activité antimicrobienne du carvacrol et de réduire sa volatilité et sa faible solubilité dans l'eau, des émulsions ont été préparées avec du caséinate de sodium et des maltodextrines, puis séchées par atomisation pour obtenir des microcapsules de carvacrol sèches. Les résultats ont montré que le carvacrol exerce une forte activité antimicrobienne contre les deux biofilms bactériens. De plus, nos résultats ont révélé que la microencapsulation par séchage par pulvérisation a augmenté de manière significative l'activité antimicrobienne du carvacrol tout en réduisant les quantités utilisées. En effet, le carvacrol microencapsulé a été capable de réduire le biofilm en dessous de la limite de détection pour Pseudomonas aeruginosa et de 5.5 log CFU mL-1 pour Enterococcus faecalis après 15 min de traitement. L'efficacité de la technologie hurdle pour éliminer les biofilms en utilisant différentes stratégies est discutée dans ce travail. Une des approches de la technologie hurdle est l'utilisation d'enzymes qui peuvent dégrader la matrice et disperser les bactéries intégrées dans les biofilms pour une désinfection plus efficace lorsqu'elles sont combinées avec des agents biocides. En effet, deux enzymes protéolytiques, la pepsine et la trypsine, ciblant les protéines de la matrice, ont été étudiées pour leur potentiel de dégradation des biofilms de Pseudomonas aeruginosa et Enterococcus faecalis et leur effet synergique lorsqu'elles sont combinées au carvacrol. L'analyse directe par microscopie à épifluorescence a permis de visualiser l'activité dispersive des protéases et l'activité létale du carvacrol contre les deux biofilms bactériens. En outre, le traitement combiné avec la pepsine ou la trypsine et le carvacrol a entraîné une réduction plus significative des deux biofilms par rapport au traitement avec le carvacrol seul. De plus, cette réduction était plus importante après un traitement séquentiel avec les deux enzymes suivies du carvacrol. Cependant, l'activité enzymatique est fortement influencée par les facteurs environnementaux et n'est optimale que dans des conditions restreintes. Un autre inconvénient de l'utilisation des enzymes est l'auto-dégradation, qui entraîne leur instabilité. En effet, des microcapsules de protéase contenant de la pepsine ou de la trypsine complexées avec de la pectine et de la maltodextrine ont été préparéesThe ambient operating environments in the food and medical sectors allow bacteria to adhere and develop on the substrates, resulting in the growth of resistant pathogenic bacterial biofilms. These pathogenic structures are responsible for several foodborne diseases and health-care associated infections. Consequently, to combat this public health burden, several strategies have recently been proposed which include chemical and mechanical removal. This work presents the different factors that influence bacterial adhesion and biofilm formation on abiotic surfaces, as well as biofilm resistance to disinfectants. The different strategies for biofilm prevention and eradication are described. Microencapsulation using spray-drying method for the formulation of anti-biofilm active components as a tool to ensure their stability and improves their biological activities are also presented. In this context, a study was conducted using carvacrol, a natural antimicrobial agent, to control biofilms of Pseudomonas aeruginosa and Enterococcus faecalis. Indeed, these two bacteria are responsible for several infections worldwide due to their persistence on abiotic surfaces in hospitals and food processing industries. Furthermore, in order to enhance the antimicrobial activity of carvacrol and reduce its volatility and low solubility in water, feed emulsions were prepared with sodium caseinate and maltodextrins and then spray dried to obtain dry carvacrol microcapsules. The results showed that carvacrol had a strong antimicrobial activity against both bacterial biofilms. Furthermore, our findings revealed that microencapsulation by spray drying significantly increased the antimicrobial activity of carvacrol while reducing the amounts used. Indeed, microencapsulated carvacrol was able to reduce biofilm below the detection limit for Pseudomonas aeruginosa and 5.5 log CFU mL-1 for Enterococcus faecalis after 15 min of treatment. However, the complete removal of biofilms from abiotic surfaces in medical and food sectors has proven difficult with the single use of disinfection strategy due to the high protection of the biofilm cells by the extracellular polymeric matrix. This matrix provides an initial protective barrier for the biofilm cells, and makes biofilms highly resistant to antimicrobial agents. The effectiveness of hurdle technology in removing biofilms using different strategies is discussed in this work. One of the hurdle technology approaches is the use of matrix-degrading enzymes that can disperse bacteria embedded in biofilms for more efficient disinfection when combined with biocide agents. Indeed, two proteolytic enzymes, pepsin and trypsin, targeting matrix proteins, have been studied for their potential to degrade biofilms of Pseudomonas aeruginosa and Enterococcus faecalis and their synergistic effect when combined with carvacrol. The direct analysis using epifluorescence microscopy allowed visualization of the dispersive activity of proteases and the lethal activity of carvacrol against the two bacterial biofilms. In addition, the combined pepsin or trypsin treatment with carvacrol showed more significant reduction of both biofilms compared to carvacrol treatment alone. Moreover, this reduction was more substantial after sequential treatment of both enzymes followed by carvacrol. However, the enzyme activity is highly influenced by environmental factors and is only optimal under restricted conditions. Another disadvantage of using enzymes is self-degradation, leading to instability. Indeed, protease microcapsules containing pepsin or trypsin complexed with pectin and maltodextrin have been prepared
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Selmi, Hela. "Effet de l'ajout de biochar sur la symbiose tripartite Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-luzerne (Medicago sativa L.), sur la production d'inocula bactériens et envers la lutte aux agents pathogènes". Master's thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26598.
Abstract (sommario):
L’agriculture durable repose sur l’utilisation de moins d’intrants chimiques et favorise l’utilisation des produits biologiques comme le biochar. Ce dernier, à certaines doses, peut stimuler la fixation biologique d’azote chez les légumineuses. Notre projet vise à étudier l’effet d’un biochar de copeaux de pin pyrolysés à 700 ºC sur la symbiose tripartite Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-Medicago sativa L., sur la production d’inocula bactériens et envers la lutte contre les agents pathogènes. Une culture de luzerne inoculée avec deux E. meliloti A2 et S14, en présence du Rhizophagus irregularis et dans un sol amendé avec 0, 15 ou 30 % de biochar (v:v) a été réalisée. Une stimulation significative de la mycorhization a été observée en présence de 15 % de biochar, et des souches A2 et S14. Par contre, l’inoculation de la luzerne avec A2 ou S14 n’a pas eu d’effet significatif sur les rendements, indiquant la présence dans le sol de souches efficaces d’E. meliloti. Une étude portant sur la survie des rhizobiums et du Bacillus subtilis MBI 600 menée pendant 120 jours à 4 et 25 °C. Elle a montré que 15 % de biochar favorise significativement la survie des cellules de rhizobiums. Par contre, pour Bacillus subtilis c’est le Pro-mix à 100 % qui supporte mieux la survie des cellules. Ainsi, l’effet de biochar sur la survie des microorganismes dépend de la nature de ces derniers et de la dose utilisée. L’étude de l’effet des trois doses du biochar sur les agents pathogènes a montré qu’à forte dose il pourrait favoriser le développement des pathogènes. Les résultats apportent des pistes pour les modalités d’application de biochar en agriculture. Par contre, notre étude est réalisée avec un seul type de biochar à trois doses. Il sera donc très important de tester d’autres types ainsi que d’autres doses de biochar.Sustainable agriculture is based on the use of less chemical inputs and promotes the use of biological products such as biochar. Many studies clearly indicate that some biochars can stimulate biological nitrogen fixation in legumes. Our project aims to study the effect of a biochar (Pines, 700ºC) on the tripartite symbiosis Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-Medicago sativa L., on the production of bacterial inocula and on the fight against pathogens. A culture of alfalfa inoculated with two strains of E. meliloti A2 or S14, in the presence of Rhizophagus irregularis and in a soil amended with 0, 15 or 30% of biochar (vol:vol) was conducted. A significant stimulation of mycorrhization was observed in the presence of 15% biochar and A2 or S14. However, inoculation of alfalfa with A2 or S14 had no significant effect on yields, indicating the presence in soil of effective strains of E. meliloti. A study on survival of rhizobia and Bacillus subtilis MBI 600 at 4°C and 25°C was conducted for 120 days. It showed that biochar (15%, vol:vol) promotes significantly the survival of rhizobial cells but for Bacillus subtilis it is the Pro-mix without biochar which supports better cell survival. Thus, the biochar effect on survival of microorganisms depends on the dose of biochar used. The effect of biochar amendments on P. ultimum and FORL colonization and infection was also evaluated. The study of the effect of three doses of biochar (0, 15, 30%; vol:vol) on pathogens showed that high doses may offer a good environment for pathogens development. Our study was performed using a single type of biochar with three doses. Therefore, it is very important to test other types and doses of biochar to be able to make recommendations.
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Hernandez-Mendoza, José Luis. "Ecopathologie et dégâts de Spodoptera frugiperda (J. E. Smith) (Lep. Noctuidae) en culture de mai͏̈s au Mexique (Etat de Colima) : possibilité de lutte à l'aide de la bactérie entomopathogène Bacillus thuringiensis". Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20179.
Abstract (sommario):
Une etude ecopathologique a ete realisee sur s. Frugiperda dans l'etat de colima, au mexique. Elle a permis l'observation periodique des phenomenes au sein des populations du mais. Pendant la culture de mais pluvial et de mais irrigue on a etudie sur trois zones ecologiques la population du ravageur, la culture comme plante-hote, l'action des facteurs abiotiques et biotiques de regulation. Les attaques vareient selon la region ecologique et sont surtout liees au stade phenomenologique de la culture. Le mais pluvial a subi les plus fortes infestations. Des protozoaires et des champignons ont ete observes dans les populations larvaires de cet insecte. Des cpv 1 ont egalement ete en quarantaine. Une nematde de la fam des mermithidae (nematoda) est responsable d'une mortalite importante dans la zone nord de l'etat. L'incidence de l'attaque de ce nematode semble etre fortement liee au stade phenomenologique du mais. Des diminutions de rendement ont ete correlees avec le niveau d'attaque. Il parait que l'hybride h-507 utilise pendant l'etude est totalement tolerant a l'attaque de l'insecte, les plantes endommagees presentant une surface foliaire superieure a celle des plantes saines. On a realise une etude de la potentialite d'utilisation de b. Thuringiensis comme technique de lutte biologique contre s. Frugiperda. Elle met en evidence trois souches potentialement utilisables. Dans l'etat de colima une souche du serovar kenyae fut pulverisee sur le mais, on a evalue sa persistance grace a la mortalite des larves neonates de s. Frugiperda
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Sadek, Ali. "Propriétés probiotiques de levures non-Saccharomyces à activités antibactériennes et étude du mycobiote de vaches laitières". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILR085.
Abstract (sommario):
Le premier objectif de cette thèse est d'étudier la composante fongique du microbiote des ruminants, en particulier celui des vaches laitières. Pour cela, le mycobiote intestinal de vaches laitières a été ciblé selon deux régimes alimentaires saisonniers différents, un régime hivernal et un régime estival, permettant de mettre en évidence l'impact de l'alimentation et de la saison sur le mycobiote intestinal. L'analyse de la beta-diversité a montré un mycobiote différent selon le type d'alimentation. En effet, les vaches ont reçu une alimentation estivale en pâturage et une alimentation hivernale qui est composée de foins, d'ensilage de maïs et d'herbe et de concentré de production. Les indices d'alpha-diversité (Simpson inverse, Chao1, uniformité de Simpson) démontrent une plus grande richesse, une diversité et une uniformité du mycobiote avec l'alimentation estivale, et une chute de ces mêmes paramètres lors de l'alimentation hivernale. Dans notre analyse, nous avons remarqué que le genre Geotrichum est présent chez tous les ruminants de cette étude en hiver et compose la majorité du mycobiote (abondance relative moyenne de 65%). Une seconde étude a permis de mettre en évidence un mycobiote composé d'une unité taxonomique opérationnelle (OTU) appartenant à la famille des Dipodascaceae, présente dans tous les compartiments du tractus gastrointestinal (rumen, colon, rectum). L'OTU n'a pas pu être identifiée plus profondément, mais il est à noter que le genre Geotrichum appartient à la famille Dipodascaceae. L'analyse de la beta-diversité de ces mêmes échantillons a été réalisée, après extraction de l'ADN avec 3 kits (MN, ZQ et ZM) et l'analyse des profils mycobiotiques a pu mettre en évidence des différences entre le profil obtenu en utilisant l'ADN extrait avec un kit commercial recommandé pour les analyses des microbiotes (ZM), et les profils obtenus avec les deux autres kits (MN et ZQ). Le deuxième objectif de cette thèse porte sur la recherche de levures non-Saccharomyces comme souches probiotiques pour les ruminants. Le criblage d'une collection de 431 levures non-Saccharomyces pour leurs propriétés inhibitrices contre des bactéries à Gram-positif et à Gram négatif a permis de montrer que 71 souches ont au moins une activité inhibitrice contre une de ces cibles. Toutefois, pour la suite de cette thèse, 6 levures non- Saccharomyces ont été sélectionnées : ICVY060, LAN55, ICVY061, ICVY062, ICVY063 et ICVY064, en raison de leur spectre d'activité in vitro contre des pathogènes du ruminant, en conditions aérobie et anaérobie à 30°C et 39°C. A noter que deux souches ICVY060 et LAN55 ont montré le plus large spectre d'activité contre toutes les bactéries cibles. Enfin, ces 6 souches se sont avérées être non cytotoxiques, non hémolytiques, sensibles aux principaux antifongiques utilisés en clinique et survivent relativement mieux in vitro que le probiotique Saccharomyces cerevisiae CNCM-I-1077 dans des conditions mimant l'abomasum. D'autres tests tels que les propriétés de surface, ou encore leur impact sur l'expression des gènes codant les protéines de jonctions cellulaires intestinales ont été réalisésThe first objective of this thesis was to study the fungal component of ruminant microbiota, particularly in dairy cows. To this end, we targeted the intestinal mycobiota of dairy cows differently fed and considering also the impact of the seasonality. Therefore, the analysis of beta-diversity showed a different mycobiota, depending on the type of feed received. The cows were fed with a summer pasture diet and a winter diet constituted of hay, corn and grass silage and production concentrate. The alpha diversity indices (Simpson inverse, Chao1, Simpson uniformity) unveiled a greater richness, diversity and uniformity of mycobiota with summer feeding, and a noticeable decrease in these parameters with winter feeding. In our analysis, we found that Geotrichum genus was present in all ruminants in this study in winter, leading to the highest relative abundance 65%. A second study revealed a mycobiota composed of an operational taxonomic unit (OTU) belonging to the Dipodascaceae family and present in all compartments of the gastrointestinal tract (rumen, colon, rectum). The OTU could not be further identified, but it should be noted that the Geotrichum genus belongs to the Dipodascaceae family. Analysis of the beta-diversity of these same samples was carried out after DNA extraction using 3 different kits, and analysis of the mycobiotic profiles revealed differences between the profile obtained using DNA extracted with a commercial kit recommended for microbiota analysis (ZM), and the profiles obtained with the other two kits (MN and ZQ). The second objective was to screen and characterize a collection of non-Saccharomyces yeasts for their probiotic trends and design a potential application in the animal production, particularly in ruminants. Following a screening of a collection of 431 non-Saccharomyces yeasts for their inhibitory activity against Gram-positive target bacteria and Gram-negative bacteria, 71 strains showed inhibitory activity against at least one of the target bacteria. Nonetheless, we considered 6 non-Saccharomyces yeasts (ICVY060, LAN55, ICVY061, ICVY062, ICVY063 and ICVY064) due to their spectrum of activity in vitro against ruminant pathogens, under both aerobic and anaerobic conditions and prevailing temperatures of 30°C and 39°C. Two strains, ICVY060 and LAN55, showed the broadest spectrum of activity by inhibiting all targeted bacteria. Of note, these strains were characterized for their resistance to conditions mimicking those prevailing in the animal abomasum and intestine compartments, with better survival rate in the in vitro abomasum conditions. Finally, all these strains resulted to be safe as non-cytotoxic, non-hemolytic activity was registered and were also sensitive to the main antifungal agents of clinical use. Further analyses, such as their surface properties or their impact on membrane integrity by studying the expression of genes encoding cell junction proteins were established
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Ragu-Charrier, Aurélie. "Lutte contre les bactéries multirésistantes". Paris 11, 2003. http://www.theses.fr/2003PA114166.
Abstract (sommario):
Soixante-douze % des infections nosocomiales sont d'origine bactérienne. Parmi cette catégorie, les bactéries multirésistantes jouent un rôle important. Devant la fréquence et la gravité de ces ipfections, il est apparu important d'organiser un programme spécifique de prévention et de lutte contre les bactéries multirésistantes. La mise en place de ce programme, au Centre Chirurgical Marie Lannelongue, ainsi que ses résultats au cours de l'année 2001 sont présentés et analysés.
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Rolain, Jean-Marc. "Bactéries intracellulaires et antibiotiques". Aix-Marseille 2, 2002. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2002AIX20670.pdf.
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Bailleul, Geoffrey. "Les défensines aviaires : nouveau moyen de lutte contre les entérobactéries pathogènes". Thesis, Tours, 2016. http://www.theses.fr/2016TOUR3813.
Abstract (sommario):
L’utilisation intensive des antibiotiques a conduit à l’émergence inquiétante de souches bactériennes multi-résistantes, notamment chez les salmonelles et les colibacilles responsables de maladies infectieuses préoccupantes en santé publique et vétérinaire. Les peptides de défense de l’hôte (HDP) constituent les effecteurs antimicrobiens essentiels de l’immunité innée des animaux. La principale famille d’HDPs chez les oiseaux sont les défensines aviaires, dont deux membres (AvBD2 et AvBD7) isolés de la moelle osseuse du poulet présentent un large spectre antibactérien et constituent ainsi des molécules candidates alternatives aux antibiotiques. Pour démontrer l’intérêt thérapeutique de l’AvBD2 et de l’AvBD7, nous avons (1) prouvé leur efficacité antibactérienne in vitro contre des souches cliniques multirésistantes, (2) montré leur stabilité structurale et fonctionnelle face aux protéases digestives majeures, (3) mis en évidence un nouvel effet antimicrobien dans les macrophages infectés, et finalement (4) prouvé le concept thérapeutique en réduisant la mortalité et la charge bactérienne après injection d’AvBD7 dans un modèle de salmonellose systémique létale chez la sourisLarge-scale use of antibiotics has leaded to the emergence of multi drug resistant bacterial strains, particularly in the genus Salmonella and Escherichia coli responsible for infectious diseases outbreaks. This constitutes a major veterinary and public health concern. Host defense peptides (HDPs) represent major effector molecules of the animal’s innate immune system. In birds, the main family of HDPs is composed of avian defensins whose two members (AvBD2 and AvBD7) isolated from chicken bone marrow exhibit large spectrum antibacterial activity. Thus, they both constitute potential candidate molecules as alternative to antibiotics. To demonstrate the therapeutic interest of AvBD2 and AvBD7, we have (1) proved their antibacterial efficiency in vitro towards clinical and multi drug resistant bacterial strains, (2) shown their functional and structural stability when facing major digestive proteases, (3) identified a novel antibacterial effect in infected macrophages, and finally (4) proved the therapeutic concept by reducing mortality and bacterial load after AvBD7 injection in a murine model of lethal salmonellosis
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Leroy, Céline. "Lutte contre les salissures marines : approche par procédés enzymatiques". Toulouse, INSA, 2006. http://www.theses.fr/2006ISAT0002.
Abstract (sommario):
L'adhésion de salissures marines sur les structures immergées en eau de mer cause de sévères dégâts et problèmes économiques par une accélération de la dégradation des matériaux et une diminution des performances industrielles. Nous avons choisi de tester le potentiel antisalissure de préparations enzymatiques commerciales de type hydrolases (protéases, glycosidases et lipases) sur les premières étapes d'adhésion des salissures marines : le biofilm bactérien. Un test d'évaluation de propriétés antisalissures concernant l'adhésion d'une bactérie marine du genre Pseudoalteromonas sp. D41 en microplaque et en eau de mer naturelle stérile a été mis au point. Ce test est adapté au criblage d'activités de prévention ou de nettoyage d'un biofilm marin et permet de tester la toxicité des préparations enzymatiques sur les cellules non adhérées. Les taux d'inhibition exprimés en fonction du logarithme de la concentration en enzyme consiste en une courbe sigmoïde de type dose-réponse. Des hydrolases testées, les protéases dont la subtilisine sont les plus efficaces. Un mélange d'activités enzymatiques amylases, lipases et protéases a montré une forte synergie d'activité pour inhiber l'adhésion de Pseudoalteromonas sp. D41 en microplaque. L'étude de la composition de substances polymériques produites par Pseudoalteromonas sp. D41 en fermenteur et au sein d'un biofilm a permis de mieux comprendre la nature des molécules organiques cibles impliquées dans l'inhibition de l'adhésionFouling on marine underwater surfaces causes critical and economic problems such as important material biodamages and industrial performances reduction. We chose to test antifouling potential of enzymatic commercial preparations like hydrolases (proteases, glycosidases and lipases) in order to inhibit the first fouling adhesion step: bacterial biofilm formation. An evaluation test of antifouling properties onto marine bacterial adhesion was designed using a mono-incubation of Pseudoalteromonas sp. D41 in microtiter plate and in sterile natural sea water. This test was adapted to screen agents for bacterial adhesion removal or inhibition activities and allowed to test enzymatic preparations toxicity on non adhered bacteria. Inhibition rates according to logarithm of enzymatic preparation concentration exhibits a sigmoid shape like dose-response curves. Among hydrolases, proteases like subtilisin are the most efficient enzymes. The efficiency of amylase, lipase and protease activity mixture was evaluated and showed a high synergistic inhibition on Pseudoalteromonas sp. D41 adhesion in microtiter plate. Studies on polymeric extracellular substances from Pseudoalteromonas sp. D41 in fermentation and in biofilm will be helpful in the understanding of the organic molecules nature involved in the adhesion inhibition
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Hajaij, Myriam. "L' entomophathogène Bacillus thuringiensis : identification d'un nouveau sérovar, persistance des spores et implication des métalloprotéases dans le pouvoir pathogène". Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077219.
Abstract (sommario):
Bacillus thuringiensis est une bactérie sporulante à Grain-positif, phylogénétiquement très proche de Bacillus cereus. Elle doit ses caractères entomopathogènes à la synthèse de nombreuses δ-endotoxines. Dans le cadre de la recherche de nouvelles toxines Cry de B. Thuringiensis, nous avons isolé et caractérisé un nouveau sérovar H»71 de B. Thuringiensis, désigné par B, thuringiensis var, jordanica Nous nous sommes aussi intéressés à Timpact de l'application de la formulation de spores et cristaux de B. Thuringiensis serovar. Israelensis (VectoBac®) dans un biotope à moustiques en Grande Camargue (France). Les gènes codant pour des métalloprotéases putatives de type InhA et Enhancine ont été détectés chez B, cereus par analys de la séquence génomique. Nos travaux ont porté sur la purification et la caractérisation biochimique de ïnhA2, ainsi que sur sa contribution à la virulence de B. Thuringiensis. Nous avons démontré qu'elle dégrade la caséine, le collagène, l'actine et Falbumine parmi d'autres substrats testés. Elle est stable en présence d'ion Ca-HK La protéine InhA2 pure n'a pas d'effet direct sur la mortalité par voie orale. En revanche, elle semble interagir avec le système immunitaire inné de l'insecte : elle provoque la production de nodules mélanisés chez les larves de G. Mellonella, elle dégrade la cécropine, peptide antimicrobien synthétisé par le système immunitaire des larves d'insectes. Nous avons identifié un second gène codant pour une métalloprotéase. Il a été désigné par mpbE (Métalloprotéase Bacillus Enhancin). Nous avons démontré qu'il est est positivement régulé par ractivateuï transcriptionnel pléitrope PleR. MpbE porte la signature HEIAHBacillus muringiensis is a Gram-positive spore-forming bacterium closely related to Bacillus cereus and both are ubiquitous to various environments. The entomopathogenic properties of B. Thuringiensis are mainly due to the δ-endotoxines. In the search for new B. Thuringiensis Cry toxins, we have isolated and characterized the new serovar H-71, named B. Thuringiensis serovar, jordanica. In a second aspect, we studied the possible impact of large scale treatments with a spore/crystal formulation (VectoBac®) of B. Thuringiensis serovar. Israelensis (Bti) in a mosquito breeding site in Grande Camargue (France). Genes encoding two putative zinc-metalloproteases of type InhA and Enhancin were found in a sequenced genome of B. Cereus strain ATCC14579. Then, our work has been based on purification, biochemical charaeterization and contribution of MiA2 in the virulence de B. Thuringiensis. . We show that InhA2 hydrolyses several substrates, like caseine, collagen, actin and albumine. Pure InhA2 dœs not provide direct mortality by oral route; meanwhile, it seems to interact with insect innate immunity. In addition it also dégrades cecropin, an anti-microbial peptide. We also investigated on a second metalloprotéase, encoded by a gene we named mpbE (Metalloprotease Bacillus Enhancin). We demonstrate its positive activation by the transcriptional regulator PlçR. MpbE carry a typical HEIAH signature
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Lamari, Faouzi. "Utilisation de bactéries lactiques probiotiques pour prémunir les poissons d'élevage contre des vibrions pathogènes". Thesis, Brest, 2014. http://www.theses.fr/2014BRES0060/document.
Abstract (sommario):
Les élevages des poissons sont soumis à des épisodes de mortalité anormale. Les bactéries du genre Vibrio sont connues comme des pathogènes opportunistes et ont été associées à ces épisodes de mortalité. Pour faire face à ces problèmes d’épizooties, les pisciculteurs ont le plus souvent recours à l’utilisation des antibiotiques. Néanmoins, des abus dans son utilisation ont malheureusement conduit à l’apparition des souches résistantes et à des fréquents échecs de traitement. Actuellement, les traitements par des bactéries lactiques probiotiques permettent d’améliorer la qualité des alevins produits pour les besoins de l’aquaculture, tout en limitant le recours aux antibiotiques. Pour qu’un micro-organisme soit reconnu comme étant potentiellement probiotique, une évaluation de ce produit basée sur plusieurs critères doit être établie. Dans une première étape, nous avons sélectionné et caractérisé 55 souches de bactéries lactiques isolées en écloserie. Le premier critère de sélection a porté sur l’inhibition de souches de vibrions pathogènes in vitro. Les bactéries lactiques ayant un effet anti Vibrio ont subi des tests de formation de biofilms et des tests de caractérisations phénotypiques, enzymatiques, physiologiques et génétiques, afin de procéder à leur identification. Puis des tests de compétition avec V. aligonlyticus ont été pratiqués in vivo sur des larves d’Artemia. Ce travail nous a permis de sélectionner la souche Lactobacillus casei (X2), car elle présentait la meilleure combinaison de propriétés requises pour un probiotique. Elle possède en effet une bonne activité antagoniste, elle n’est pas hémolytique, elle présente une forte adhérence sur plaque polystyrène et elle offre la meilleure protection contre V. alginolyticus lors du test de challenge avec Artemia. Dans une deuxième étape, la souche retenue (La. casei X2) et une autre déjà commercialisée sous le nom de Bactocell (Pediococcus acidilactici) ont été testées sur des larves de bar, afin d'évaluer les effets sur la qualité des alevins, leur réponse immunitaire et la microflore associée. Nous avons vérifié que les deux probiotiques (La. Casei et P. acidilactici) diminuaient la charge en vibrions et en microflore totale chez les larves de bar. La souche P. acidilactici a également affecté les profils de la communauté bactérienne intestinale des larves de bar. Par contre, La. casei n’a pas affecté la structure de la communauté bactérienne, bien que la souche soit présente chez les larves au jour 40 à une concentration élevée. Ces deux bactéries ont pu améliorer la croissance en longueur des larves aux jours 30 et 45 et la croissance en poids au jour 20. L’étude de l’influence des deux probiotiques sur des marqueurs de la physiologie des larves a montré qu’au jour 41, P. acidilactici était plus efficace que La. casei dans la régulation du stress oxydatif. Néanmoins, P. acidilactici a engendré des effets inflammatoires chez les larves à j20, et elle a induit un retard dans le développement osseux. Bien que La. casei ait accéléré le processus d’ossification chez les larves à j20, l’étude histopathologique a révélé une forte incidence des malformations vertébrales avec les larves à j62. A l’inverse, les larves alimentées avec P. acidilactici ont présenté un taux supérieur d’ossification normale et complèteDiseases cause major production losses in fish farms. Bacteria of the genus Vibrio are known as opportunistic pathogens, and have been associated with mass-mortality episodes. To cope with these disease outbreaks, fish farmers often resort to the use of antibiotics. However, preventive overuse has led to the emergence of resistant strains and frequent treatment failures. Probiotic lactic acid bacteria are increasingly used to improve the quality of seed production in aquaculture, while limiting antibiotic treatments. Microbial strains must fulfil several criteria to be evaluated as potential probiotics.In a first step, we selected and characterized 55 strains of lactic acid bacteria isolated from fish hatchery. The first selection criterion focused on the in-vitro inhibition of pathogenic Vibrio strains. Lactic acid bacteria with antagonistic properties were tested for biofilm formation. The strains were characterised with the phenotypes, based on enzymatic and physiological tests, and identified by genotyping. In-vivo challenges with Vibrio aligonlyticus were then performed on Artemia. Lactobacillus casei X2 was thus selected, due to the best combination of the attributes that are required for probiotics. The strain showed antagonistic activity, adhered strongly to polystyrene plate, and secured Artemia with the best protection against V. alginolyticus. In a second step, La. casei X2 and a commercial strain of probiotics (Bactocell, Pediococcus acidilactici) were tested on European sea bass larvae, with a view to assess the effects on alevin quality, immune response and associated microbiota. Both of the lactic acid bacteria, La. casei and P. acidilactici, decreased the bacterial load and Vibrio in sea bass larvae. P. acidilactici changed significantly the profile of the bacterial community associated with fish larvae, compared to the control group. La. casei did not affect the structure of the bacterial community, although the strain was detected at high concentration in the larvae at 40 day post hatch (dph). Both probiotic treatments increased fish larval growth in body mass at 20 dph, and in length at 30 and 45 dph. Two physiological markers for gene expression suggested that P. acidilactici was more efficient than La. casei for the regulation of oxidative stress in sea bass at 41 dph. P. acidilactici induced some delay in bone development, and inflammatory signs were observed in the larvae at 20 dph. Though La. casei accelerated the early ossification process in the larvae by 20 dph, the histopathological study revealed a high incidence of vertebral malformations at 62 dph. In contrast, the treatment with P. acidilactici produced the highest proportion of fish with normal and complete ossification
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Manasfi, Youssef. "Lutte contre les pathogènes telluriques en contexte horticole : cas du pathosystème Choisya ternata/ Phytophthora spp". Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMR082.
Abstract (sommario):
Choisya ternata est une plante ornementale souvent touchée par la maladie de la pourriture racinaire provoquée par Phytophthora. Cette maladie peut induire de pertes allant jusqu’à 80 %, ce qui implique l’utilisation intensive de produits phytosanitaires. Afin de limiter l’utilisation de ces produits toxiques, une meilleure connaissance des acteurs de la défense des plantes est nécessaire. Pour cela, les objectifs de cette thèse sont I) d’identifier les espèces du genre Phytophthora pathogènes de C. ternata, II) d’étudier des acteurs de défense au niveau racinaire et III) de développer une approche de lutte alternative aux phytosanitaires. L’identification des espèces de Phytophthora par l’amplification et le séquençage de la région ITS, montre la présence de Phytophthora parasitica dans la production de C. ternata en pépinière. Ils mettent aussi en évidence, pour la première fois en France et chez Choisya, la présence de Phytophthora tropicalis. Deux cultivars de C. ternata sont utilisés pour étudier les acteurs de la défense racinaire contre P. parasitica, Aztec pearl (moins sensible à la pourriture racinaire) et Goldfinger (plus sensible). Les arabinogalactane-protéines (AGPs) sont des glycomolécules de la paroi cellulaire qui constitue une barrière physique face aux pathogènes. Des études ont montré le rôle des AGPs dans l’interaction plante-pathogène et plus particulièrement avec les oomycètes. Toutefois, le rôle des AGPs racinaires de Choisya dans l’interaction avec P. parasitica n’est pas étudié. Nos résultats montrent des différences biochimiques au niveau de la composition monosaccharidique des AGPs racinaires d’Aztec pearl en comparaison avec les AGPs de feuilles de ce cultivar et les AGPs de feuilles et de racines de Goldfinger. Contrairement aux autres fractions, ces AGPs n’ont pas augmenté la croissance du mycélium de P. parasitica. Ces résultats suggèrent que l’oomycète n’est pas capable de dégrader cette fraction pour l’utiliser comme une source d’énergie. Pendant l’infection de la plante par P. parasitica, ces AGPs peuvent freiner la pénétration du pathogène, et par conséquent diminuer la sévérité de la maladie. Les plantes ont aussi développé des molécules chimiques nommées métabolites secondaires (MS) capables de les protéger contre leurs agresseurs. Des études ont montré que la partie foliaire de Choisya est riche en MS tels que les alcaloïdes dont plusieurseffets pharmacologiques sont connus. Cependant, leur composition racinaire et leur rôle dans la protection de la plante contre P. parasitica ne sont pas élucidés. Nos résultats montrent que les racines des deux cultivars sont riches en alcaloïdes furoquinoliques. Certains alcaloïdes sont présents en plus grande quantité chez Aztec pearl, mais suite à l’inoculation de zoospores de P. parasitica cette différence n’est plus détectable. De plus, l’extrait contenant les alcaloïdes totaux d’Aztec pearl ont été capables d’inhiber la croissance du mycélium de l’oomycète, contrairement à l’extrait issu de Goldfinger. Ces résultats montrent le rôle potentiel des alcaloïdes furoquinoliques dans la protection de la plante contre cet oomycèteChoisya ternata is an ornamental plant that suffers from root rot disease due to Phytophthora. This disease can lead to severe production losses (up to 80 %), which require intensive use of phytosanitary products. A better understanding of plants defenses in required in order to reduce the use of these products. Therefore, the objectives of this thesis are I) identifying Phytophthora spp. pathogens of C. ternata, II) studying roots defense actors and III) developing an alternative control approach. Phytophthora spp. identification by ITS region amplification and sequencing highlighted the presence of Phytophthora parasitica on Choisya. Furthermore, Phytophthora tropicalis was identified for the first time in France and on Choisya culture. Two C. ternata cultivars were used to study the plants root defense actors against P. parasitica, Aztec pearl (less susceptible to root rot) and Goldfinger (more susceptible to root rot). Arabinogalactan proteins (AGPs) are glycomolecules of the cell wall which constitutes a physical barrier to pathogens. Studies showed the role of AGPs in the plant-pathogen interaction and more specifically in the case of oomycetes. However, Choisya root AGPs role in the interaction with P. parasitica is not studied. Our results showed biochemical differences in the monosaccharide composition of Aztec pearl root AGPs and the other AGPs fractions (Aztec pearl leaves and Goldfinger roots and leaves). Contrary to other fractions Aztec pearl root AGPs did not increase P. parasitica mycelium growth. These results suggest that oomycete was not able to degrade this fraction and use it as energy source. When P. parasitica infects the plant, these AGPs may be able to slow the infection and reduce disease severity. Plants have also developed chemical molecules known as secondary metabolites (SM) capable of protecting them against attackers. Studies showed that C. ternata leaves are rich with SM as alkaloids that have many pharmacological activities. Nevertheless, roots alkaloids composition and role in plant protection are not studied. Our results showed that roots of the two cultivars are riche with furoquinoline alkaloids. Some these alkaloids were more concentrated in Aztec pearl. But after inoculation with P. parasitica zoospores, the difference was not detectable anymore. Moreover, the total alkaloids extract of Aztec pearl inhibited P. parasitica mycelium growth, unlike the extract of Goldfinger. Another strategy of plants protection is the use of beneficial soil microorganisms that limits pathogens development and stimulate plant defenses. These microorganisms are known as biological control agents (BCA) and are sometimes used in horticulture as an alternative control strategy. In our study, treatments of C. ternata by different BCA were evaluated by a developed real time PCR (qPCR) targeting ypt1 and by symptoms annotation. This evaluation showed that combined treatments by Glomus intraradices with Gliocladium catenulatum and G. intraradices with Trichoderma atroviridae (respectively mycorrhizal fungi and filamentous fungi) offer a better protection against P. parasitica
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Riffaud, Christine. "La bactériose du melon : écologie et stratégies de lutte contre Pseudomonas syringae pv. aptata". Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10017.
Abstract (sommario):
La bactériose du melon, causée par Pseudomonas syringae pv. Aptata, est une maladie importante dans le Sud-Ouest de la France, avec des foyers éphémères dans le Sud-Est, entraînant des pertes économiques significatives lorsque les conditions sont favorables. L'optimisation de la lutte implique l'identification des réservoirs d'inoculum, une meilleure connaissance de la survie des bactéries en phase épiphyte et la recherche de sources de résistance au sein de l'espèce Cucumis melo. Cette étude a consisté à la mise au point d'une technique de détection et de son application pour détecter P. Syringae pv. Aptata dans des sources potentielles de contamination dans lesquelles la bactérie est capable de survivre en l'absence de culture de melon. Les résultats ont montré que P. Syringae pv. Aptata est présent naturellement à de faible fréquence dans les lacs collinaires servant à l'irrigation des cultures de melon pendant la période hivernale. De même, une étude en contamination artificielle a permis de montrer que P. Syringae pv. Aptata est capable de survivre dans le sol en association avec des déchets de culture. L'effet de la phase épiphyte sur les modifications phénotypiques des cellulus de P. Syringae pv. Aptata a été étudié. Les résultats montrent que P. Syringae pv. Aptata est capable de s'adapter lors de la colonisation épiphyte, en réduisant sa taille et en augmentant sa résistance à un oxydant, par rapport à une culture sur milieu synthétique. Nous avons également recherché les sources de résistance chez l'espèce Cucumis melo. Un génotype dont les fruits sont résistants à P. Syringae pv. Aptata a été trouvé parmi la collection de C. Melo. En revanche, les parties végétatives de tous les 282 génotypes testés sont sensibles à cet agent pathogène. L'ensemble des résultats obtenus permettra d'orienter les recherches vers des stratégies de contrôle plus efficaces contre cette nouvelle maladie en focalisant dans un premier temps sur les facteurs conduisant à la modification du phénotype de P. Syringae pv. Aptata en phase épiphyte et dans un second temps sur la détermination de l'importance épidémologique des différentes sources d'inoculum.
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Bernatchez, Alex. "Étude des propriétés antibactériennes de composés d'huiles essentielles contre des agents pathogènes d'aquaculture". Master's thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/40301.
Abstract (sommario):
L’aquaculture est à la base de l’alimentation de nombreux pays orientaux où la demande croît constamment. Afin de répondre aux besoins alimentaires de la population, les aquaculteurs doivent souvent élever le poisson dans des conditions extrêmes et stressantes pour l’animal. Conséquemment, le système immunitaire des poissons est diminué et les infections bactériennes deviennent fréquentes. Plusieurs traitements antibactériens sont à la disposition des aquaculteurs, mais ceux-ci sont rarement souhaitables comme ils ont souvent une faible efficacité ou peuvent stresser davantage les individus élevés. Ainsi, l’investigation de nouveaux agents antibactériens potentiels est cruciale. La communauté scientifique s’est éveillée dans les dernières années aux propriétés antibactériennes, antifongiques et antivirales des huiles essentielles et de leurs composantes. Dans la présente étude, neuf composantes retrouvées dans différentes huiles essentielles ont été évaluées face à quatre des agents pathogènes les plus répandus en aquaculture, soit Aeromonas salmonicida, Flavobacterium columnare, Streptococcus iniae et Vibrio parahaemolyticus. La concentration minimale inhibitrice des neuf molécules a été déterminée, démontrant la cinnamaldéhyde comme étant le meilleur agent antibactérien parmi celles-ci. Des combinaisons de molécules ayant inhibé la croissance bactérienne n’ont pas démontré d’effet synergique lorsque combinées ensemble. La microscopie électronique à transmission a été utilisée pour observer les altérations visibles de la membrane bactérienne et des structures extracellulaires chez S. iniae après exposition à la cinnamaldéhyde. Aucune différence visible n’était observable entre les bactéries exposées et non exposées à la cinnamaldéhyde. La capacité de la cinnamaldéhyde à inhiber la formation de biofilm a été évaluée par coloration au cristal violet. Les résultats observés suggèrent que cette molécule peut affecter négativement la formation de biofilm de certaines bactéries à l’étude. À la lumière des résultats de cette étude, la cinnamaldéhyde semble être un agent antibactérien d’intérêt dans le traitement ou la prévention d’infections bactériennes en aquaculture.
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Ramisse, Vincent. "Contribution à l'étude de la diversité bactérienne dans l'environnement atmosphérique dans le cadre d'études de défense contre les armes biologiques". Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10222.
Abstract (sommario):
Les armes biologiques constituent une menace qui est sérieusement prise en compte par les autorités civiles et militaires. Les acteurs dans ce domaine sont confrontés à trois difficultés au moins. Premièrement, bien que la liste des nombreux agents susceptibles de pouvoir être utilisés soit définie, nul ne sait à priori lequel de ces micro-organismes pathogènes serait utilisé lors d'une agression. Deuxièmement, face à un micro-organisme pathogène qui serait identifié dans un contexte de crise, il est impératif, pour des raisons politiques et/ou de santé publique, de fournir en quelques heures seulement les informations susceptibles d'identifier le micro-organisme au niveau de la souche. Enfin, les vecteurs potentiels d'une attaque bio terroriste par exemple, l'eau potable, la chaîne alimentaire, le courrier, l'atmosphère (en enceintes confinées ou non), ne font pas l'objet d'une surveillance microbiologique orientée vers les agents de la menace bio-terroriste. L'eau potable par exemple est l'objet de protocoles spécifiques de surveillance destinés à permettre une identification au niveau de l'espèce des principales bactéries pathogènes du tube digestif. L'environnement atmosphérique est susceptible de véhiculer diverses bactéries pathogènes par voie respiratoire et devrait idéalement pouvoir faire l'objet d'une surveillance par des systèmes ad hoc de détection et d'analyse biologique. Il existe actuellement relativement peu de données sur la composition microbiologique normale de l'atmosphère. Pourtant, la maîtrise des fausses alertes et le choix a priori de méthodes de détection dépendent largement de la connaissance de ce milieu de transit pour de nombreuses bactéries de l'environnement. Dans cette perspective, le premier volet de ce travail a consisté à dénombrer les micro-organismes totaux de quelques milliers d'échantillons issus d'un projet de collecte d'échantillons atmosphériques réalisé en 2001. Dans un deuxième volet, une méthode d'hybridation ADN-ADN inverse sur macroarray a été évaluée en mettant l'accent plus particulièrement sur le genre Burkholderia. Le profil d'hybridation d'un ADN inconnu marqué, observé à partir des différents ADN de référence déposés sur le support, permet une identification au niveau de l'espèce. Enfin, des outils permettant l'identification précise de souches de B. Mallei et B. Pseudomallei ont été mis au point et validés sur une vingtaine de souches. Ces outils sont d'une part une séquence d'insertion (IS) présente à différents endroits du génome de ces deux espèces, et d'autre part le typage de répétitions en tandem.
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Amensag, Kamar. "Les bactéries lactiques isolées d'aliments traditionnels marocains : production de bactériocines et applications potentielles contre des pathogènes multirésistants aux antibiotiques". Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAF024.
Abstract (sommario):
L’antibiothérapie a permis de lutter efficacement contre nombre de maladies infectieuses, mais elle commence à atteindre ses limites avec l’émergence des microorganismes multi-résistants. La recherche de molécules alternatives est devenue une nécessité. Ce travail de thèse explore la possibilité d’utiliser des peptides antibactériens (bactériocines) produits par des bactéries comme moyen de lutter contre des bactéries résistantes. Des souches de bactéries lactiques productrices de bactériocines ont été isolées essentiellement à partir de divers produits alimentaires fermentés marocains. Les bactériocines produites ont été purifiées par des techniques chromatographiques, puis leurs structures ont été élucidées par spectrométrie de masse, par séquençage peptidique et/ou par séquençage nucléotidique. Ceci a permis l’identification d’une ou plusieurs bactériocines par bactérie productrice comme par exemple les entérocines L50A et L50B produites sous des formes modifiées par Enterococcus durans LC2 isolée du lait de chamelle. Parallèlement, une recherche de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques dans des liquides biologiques humains a permis l’isolement de nombreuses bactéries pathogènes Gram+ et Gram- résistantes à une variété d’antibiotiques communément utilisés. Parmi celles-ci, des souches sélectionnées ont ensuite été soumises à l’action des bactériocines purifiées (entérocines L50A et L50B, nisine Z et pédiocine PA-1) seules et en association avec des antibiotiques. Ceci a permis de démontrer l’efficacité des bactériocines contre des pathogènes multi-résistants et par conséquent d’établir leur potentiel comme recours possible en cas d’inefficacité des antibiotiquesAntibiotic therapy has been effective in controlling many infectious diseases, but is slowly reaching its limits with the emergence of multidrug-resistant microorganisms. The search for alternative molecules has become a necessity. This thesis explores the possibility of using antibacterial peptides (bacteriocins) produced by bacteria as a means to fight resistant bacteria. Strains of lactic bacteria producing bacteriocins have been isolated essentially from various fermented Moroccan foods. The bacteriocins produced were purified by chromatographic techniques, and their structures were elucidated by mass spectrometry, peptide sequencing and / or nucleotide sequencing. This allowed the identification of one or more bacteriocins per producing bacterium, e.g. enterocins L50A and L50B produced as modified forms by Enterococcus durans LC2 isolated from camel milk. At the same time, the search for multidrug-resistant bacteria in human body fluids has resulted in the isolation of pathogenic bacteria of both Gram types resistant to a variety of commonly used antibiotics. Among these, selected strains were subjected to the action of purified bacteriocins (enterocins L50A and L50B, nisin Z and pediocin PA-1) alone and in combination with antibiotics. This allowed us to show the efficacy of bacteriocins against multi-resistant pathogens, thereby demonstrating their potential as a possible alternative in case of antibiotic inefficiency
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Corre, Marie-Hélène. "Identification et caractérisation de composés produits par des bactéries environnementales pour la lutte biologique contre Legionella pneumophila". Thesis, Poitiers, 2018. http://www.theses.fr/2018POIT2309/document.
Abstract (sommario):
Les circuits et réseaux d’eau subissent épisodiquement des problèmes de contamination par des microorganismes tels que Legionella pneumophila, conduisant à la dégradation de la qualité microbiologique de l’eau circulante. De nouveaux moyens de traitements doivent être mis en place de façon notamment à limiter l’usage de biocides chimiques. Ce travail de thèse s’inscrit dans cette problématique et a pour objectif d’identifier de nouveaux composés actifs contre L. pneumophila en tenant compte de son comportement et de ses interactions au sein de son microenvironnement. De manière à obtenir des composés produits par des souches bactériennes appartenant à la même niche écologique que L. pneumophila, une campagne de prélèvement d’eau a été réalisée. Un total de 273 isolats environnementaux ont été isolés et testés contre L. pneumophila. Les résultats obtenus indiquent que 178 de ces isolats (65%) présentent une activité anti-Legionella. Quatre souches ont ensuite été sélectionnées (Aeromonas bestiarum SW257, Rahnella aquatilis SW265, Flavobacterium spp. PW52 et Pseudomonas spp PW329) et les composés actifs produits ont été caractérisés. A. bestiarum SW257 produit un peptide anti-Legionella. Flavobacterium sp. PW52 produit un mélange de composés anti-Legionella ayant des propriétés tensioactives, les flavolipides. Pseudomonas sp. PW329 produit des composés organiques volatiles, identifiés par SPME-GC-MS, actifs contre L. pneumophila. Enfin, R. aquatilis SW265 produit un sidérophore à activité anti-LegionellaWater is essential to sustain life and water sources used for human consumption must be biologically safe, to avoid any risk for health. Indeed, the most common and widespread health risk associated with drinking water are infectious diseases caused by pathogenic microorganisms such as Legionella pneumophila. However, more efforts are needed to control disinfection by-products and minimize people exposure to potentially hazardous chemicals while maintaining adequate disinfection to ensure good water quality. Thus, this work aimed to find natural antibacterial compounds to control L. pneumophila growth using bacteria from freshwater environments. Environmental aquatic bacteria were sampled from five freshwater sources to get a large culturable bacterial collection. A total of 273 bacterial isolates were recovered and screened for their ability to produce anti-Legionella compounds. Among those, 178 (65%) were shown to be active against L. pneumophila. Four strains (Aeromonas bestiarum SW257, Rahnella aquatilis SW265, Flavobacterium spp. PW52, and Pseudomonas spp PW329) were next selected for the characterization of their active compounds. A. bestiarum SW257 produces an anti-Legionella peptide, and Flavobacterium spp PW52 produces a mixture of anti-Legionella compounds with surface active properties, named flavolipids. Finally Pseudomonas sp. PW329 delivers many volatile organic compounds, and R. aquatilis SW26 produces a anti-Legionella siderophore
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Pawelec, Anna. "Caractérisation des déterminants génétiques et moléculaires de la résistance à Alternaria dauci chez la carotte". Angers, 2005. http://www.theses.fr/2005ANGE0009.
Abstract (sommario):
La brûlure, due à Alternaria dauci, est la maladie foliaire la plus préjudiciable sur carotte, qu'il s'agisse de production de racines ou de semences. Développer des variétés présentant un niveau de résistance fort et durable est l'un des objectifs principaux des sélectionneurs de l'espèce. Le présent travail a permis d'y contribuer en caractérisant les facteurs de résistance impliqués. Deux familles d'individus en ségrégation pour ce caractère ont fait l'objet, d'une part, d'un phénotypage sur descendances F3 en tunnel (contamination artificielle) et au champ (infestation naturelle) et, d'autre part, d'un génotypage grâce à des marqueurs AFLP, ISSR, APF-RGA. Les deux cartes génétiques obtenues (1367. 6 cM et 1570. 2 cM) ont un espacement moyen des marqueurs de 7. 5 cM. Le logiciel QTLCartographer, a permis de détecter un total de 16 QTL significatifs dont deux expliquent 17 et 24 % de la variation phénotypique totale. Parmi ceux-ci, 10 ont été détectés pour la 1ère date de notation. La phase de l'installation de la maladie pourrait donc être la plus discriminante pour la sélection phénotypique. Au contraire, les QTL détectés pour les 2ème et 3ème dates de notation, généralement avec un R2 plus faible que pour ceux de la 1ère date, pourraient être impliqués dans la limitation de l'invasion de l'hôte par le pathogène ou dans le phénomène de régénération du feuillage. Par ailleurs, une nouvelle procédure d'évaluation de la résistance basée sur un test plante entière est proposée. Enfin, les résultats ont mis en évidence la complémentarité de plusieurs approches moléculaires pour augmenter la saturation de cartes génétiques chez la carotteAlternaria leaf blight is the most important foliar disease on carrot, cultivated for root production as well as seed production. High and sustainable resistance is one of the most important objectives of breeding programs. The present work is a contribution to the characterisation of resistance factors. Two segregating populations were submitted to evaluation following artificial or natural inoculation on one hand, and to genotyping with AFLP, ISSR, APF-RGA markers, on the other hand. Two genetic linkage maps were generated (1367. 6 cM et 1570. 2 cM) with an average spacing of 7. 5 cM between markers. A total of 16 significant QTL were detected using QTLCartographer software. Ten were detected for the first evaluation date, among which two explained 17 and 24% of the total phenotypical variation. Therefore, the host/pathogen recognition could be the most discriminating phase for phenotypical breeding. The QTL detected for the second and third evaluation dates, with a lower R², could be related to invasion control or to foliage regeneration. Moreover, a new procedure for resistance evaluation based on a whole plant test was proposed. Finally, results showed a complementarity between several molecular methods for linkage map saturation within carrot
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Desgranges, Catherine. "Contribution à la lutte contre la pyrale du maïs : optimisation d'un procédé de production par fermentation en milieu solide, d'un champignon entomopathogène, Beauveria bassiana". Compiègne, 1991. http://www.theses.fr/1991COMPD428.
Abstract (sommario):
Cette étude a pour but la mise au point et l'optimisation d'un procédé de production d'un biopesticide à base de Beauveria bassiana dirigé contre la pyrale du maïs. Des traitements à base de formulations liquides ou micro-granulées de propagules isolées ou de mycélium pur s'étant avérées peu efficaces, un biopesticide produit par fermentation en milieu solide, et n'ayant subi aucune étape de formulation particulière, pourrait davantage convenir. Le micro-organisme est cultivé sur un micro-granulé d'argile (Super Clean LVM, Laporte) d'une granulométrie moyenne de 500 m, humidifié à une teneur de 40%, avec une solution nutritive composée de saccharose (34 g/L) et de Non Sucre Résiduel (NSR) (111 g/L). Les cultures sont effectuées, sur une hauteur de couche de 50 cm, en réacteur de 1600 L avec le même succès qu'en réacteur de 50 L. Après 48 h d'incubation et 5 jours de séchage, un gramme de granulé est colonisé par environ 50 g de mycélium, capable de générer environ 10 9 conidies par gramme de matière sèche. 25 kg de biopesticide suffisent alors à traiter efficacement 1 ha.
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Hugot, Karine. "Mécanismes de défense des plantes et acquisition de résistance aux champignons pathogènes : caractérisation d'effecteurs apoplastiques et étude du mode d'action de la RNase NE". Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5480.
Abstract (sommario):
Chez le tabac, la résistance systémique acquise (SAR) peut être induite par une application exogène d'élicitines, une famille d'éliciteurs protéiques sécrétés par les champignons du genre Phytophthora. Dans ces conditions, le tabac est résistant à l'agent du chancre du collet, Phytophthora parasitica. Par ailleurs, durant le développement du tabac, une transition de la sensibilité vers la résistance à l'infection est observée. Les feuilles acquièrent une résistance à Phytophthora parasitica lorsque la plante passe de l'état végétatif à l'état floral. L'apparition de cette résistance n'implique pas une étape d'induction préalable par un stimulus exogène comme dans le cas de la SAR. Nous avons montré que la résistance acquise au cours du développement est corrélée à l'activation de mécanismes de défense. Nous recherchons les effecteurs des mécanismes de défense des plantes en utilisant ces deux modèles, la SAR et la résistance ontogénique. La résistance ontogénique compterait différentes composantes qui contrôlent à la fois l'initiation de l'infection et la colonisation par P. Parasitica. Nous avons mis en évidence une activité cytotoxique contre les zoospores du champignon, présente dans le compartiment extracellulaire. (. . . ) Des résultats antérieurs (. . . ) suggéraient l'implication d'activités RNases dans l'état de résistance associé à la SAR. À l'origine de ces activités, (. . . ) la RNase NE extracellulaire dont le gène est induit en réponse à l'inoculation par P. Parasitica. (. . . )
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Seridan, de Assis Bianca. "Identification de bactéries lactiques isolées de l'écosystème mammaire bovin et caractérisation de leur potentiel inhibiteur contre des pathogènes associés à la mammite". Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2015. http://www.theses.fr/2015NSARB263/document.
Abstract (sommario):
Les mammites ont un impact économique considérable dans les régions productrices de lait de divers pays, dont le Brésil et la France. Elles constituent la première cause de consommation d’antibiotiques dans les élevages laitiers qui doivent répondre à une forte demande sociétale pour une agriculture consommant moins d’intrants et plus respectueuse de l’environnement et du bien-être animal. Il y a donc une réelle nécessité de trouver des outils alternatifs efficaces pour le contrôle des mammites bovines infectieuses. Ce travail de thèse a eu comme objectif la recherche de souches de bactéries lactiques (BL) ayant des capacités inhibitrices de l'infection mammaire, pouvant être utilisées comme probiotiques mammaires. Pour cela, 278 (165 en France et 113 au Brésil) souches bactériennes ont été isolées à partir de lait et de la superficie et du canal du trayon de vaches laitières et 10 souches non-redondantes de BL ont été identifiées et caractérisées en fonction de leurs propriétés deparoi et de production de composés inhibiteurs avant d'évaluer leurs interactions avec des agents pathogènes responsables de mammites et/ou avec les cellules hôtes dans un modèle de cellules épithéliales mammaires bovines (CEMb). Deux souches de Lactobacillus brevis et une de Lactobacillus plantarum ont montré une bonne capacité d’adhésion aux cellules épithéliales ce qui pourrait inhiber l'invasion par Staphylococcus aureus, un pathogène majeur responsable de mammites, et de stimuler la production de cytokines pro- et anti-inflammatoires par les CEMb. D'autres tests d'interaction avec des lignMastitis causes huge economic losses in the dairy sector both in Brazil and France. They also are the first cause of antibiotic consumption in the dairy farms. There is thus a need for new alternatives to antibiotics to control infectious mastitis. In this thesis work, we isolated 278 (165 in France and 113 in Brazil) bacterial strains from bovine milk and teat canal, and identified 10 non-redundant lactic acid bacteria (LAB) strains that were further tested as potential mammary probiotic candidates. LAB strains were tested for their surface properties and production of inhibitory compounds and then evaluated for their interactions with Staphylococcus aureus and Escherichia coli, two major mastitis pathogens, or with bovine mammary epithelial cells (bMEC), in vitro. Some LAB strains (Lactobacillus brevis e Lactobacillus plantarum) presented inhibitory capacity against S. aureus adhesion and internalisation and were shown to stimulate the production of pro- and anti-inflammatory cytokinin bMEC. Other interaction tests with bMEC showed that Lactococcus lactis V7 was able to significantly inhibit bMEC invasion by Escherichia coli and S. aureus. Although the inhibitory mechanism was not elucidated, Lactococcus lactis V7 showed promising capacities in terms of mammary probiotic potential with, notably, the ability to modulate the immune response of E. coli-infected bMEC by modifying the expression of inflammatory cytokine genes. In this work, several LAB strains were identified in the milk and teat canal microbiota. We showed that L. brevis, L. plantarum and Lactococcus lactis
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Godzaridis, Élénie. "Modélisation bio-informatique du mécanisme d'action d'inhibiteurs de la voie de biosynthèse du peptidoglycane". Master's thesis, Université Laval, 2012. http://hdl.handle.net/20.500.11794/23561.
Abstract (sommario):
La résistance développée par les bactéries aux antibiotiques est un problème d'échelle mondiale qui a récemment attiré beaucoup d'intérêt. En effet, particulièrement chez les bactéries à Gram-négatif, on constate une depletion rapide de la quantité d'antibiotiques efficaces. De nos jours, les programmes de recherche de nouveaux antibiotiques commencent souvent par le criblage de cibles cellulaires. Les enzymes Mur, impliquées dans la biosynthèse de la paroi, sont uniques aux cellules bactériennes et nécessaires à leur survie. Le présent mémoire décrit l'utilisation des méthodes de bio-informatique structurale pour mettre en lumière un possible mécanisme d'action pour deux inhibiteurs des Mur ligases précédemment découverts : MurDpl etMurFpl. De plus, les recherches ici présentées ont permis de découvrir une grande similarité entre MurDpl et une famille de peptides antimicrobiens naturels, les tigerinines. Leur capacité à pénétrer les cellules bactériennes et la difficulté pour les bactéries de développer une résistance aux peptides antimicrobiens en général en font des composés de départ prometteurs. Nous suggérons que MurD pourrait être une cible intracellulaire des tigerinines et proposons un mécanisme d'action. De plus, par des moyens informatiques, nous évaluons les possibilités de raffiner MurDpl, MurFpl et les tigerinines de façon à augmenter leur activité.
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Bouchard-Rochette, Mathieu, e Mathieu Bouchard-Rochette. "Bacillus pumilus et Bacillus subtilis pour lutter contre la pourriture grise chez la tomate et le concombre de serre". Master's thesis, Université Laval, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.11794/38128.
Abstract (sommario):
Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche destiné à évaluer le potentiel d’utilisation en horticulture des bactéries Bacillus pumilus souche PTB180 et Bacillus subtilis souche PTB185. Elle avait pour objectifs (1) d’évaluer in vitro l’activité antagoniste contre Botrytis cinerea des souches PTB180 et PTB185, (2) d’estimer leur capacité à survivre sur la phyllosphère de la tomate et du concombre et 3) d’évaluer leur effet sur le développement de la pourriture grise (B. cinerea) sur des plants de tomate et de concombre cultivés en serre. L'activité antagoniste de PTB180 et PTB185 a été évaluée en boîtes de Pétri sur géloses, sur tissus foliaires de tomate et de concombre et sur fruits de tomate. Les deux souches ont inhibé très fortement la croissance mycélienne et la germination des spores de B. cinerea sur géloses. Sur feuilles de tomate et sur disques foliaires de concombre, PTB185 et le mélange (1:1) des deux souches ont réduit significativement (p ≤ 0,01) la croissance mycélienne de B. cinerea comparativement aux témoins. PTB180 a réprimé significativement la croissance mycélienne de B. cinerea sur les fruits de tomate. Afin d'estimer la survie de PTB180 et PTB185 sur la phyllosphère, des plants de tomate et de concombre ont été pulvérisés jusqu'à ruissellement avec une suspension (1×107 unités formatrices de colonies [UFC]/mL) de PTB180, PTB185 ou d'un mélange (1:1) des deux souches. Les populations de chaque souche ont ensuite été suivies au cours du temps sur les feuilles. Les résultats obtenus montrent que les souches survivent au moins 21 jours sur les plants de tomate et de concombre avec un taux de survie variant de 43% à 100%. De plus, pratiquement aucune variation dans les proportions de chaque souche n'a été observée au fil du temps lorsque PTB180 et PTB185 étaient appliquées en mélange. Enfin, l’application foliaire de PTB180, PTB185 et du mélange (1:1) des deux souches a permis une réduction significative de l’incidence et de la sévérité de la pourriture grise chez des plants de tomate et de concombre inoculés avec B. cinerea et cultivés en serre. Les souches PTB180 et PTB185 ont montré au cours de cette étude une forte activité antagoniste envers B. cinerea, la capacité de survivre sur la phyllosphère de plants de tomate et de concombre et de réprimer le développement de la pourriture grise chez ces derniers. Ces souches pourraient éventuellement être utilisées comme agents de lutte biologique contre la pourriture grise du concombre et de la tomate de serre.Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche destiné à évaluer le potentiel d’utilisation en horticulture des bactéries Bacillus pumilus souche PTB180 et Bacillus subtilis souche PTB185. Elle avait pour objectifs (1) d’évaluer in vitro l’activité antagoniste contre Botrytis cinerea des souches PTB180 et PTB185, (2) d’estimer leur capacité à survivre sur la phyllosphère de la tomate et du concombre et 3) d’évaluer leur effet sur le développement de la pourriture grise (B. cinerea) sur des plants de tomate et de concombre cultivés en serre. L'activité antagoniste de PTB180 et PTB185 a été évaluée en boîtes de Pétri sur géloses, sur tissus foliaires de tomate et de concombre et sur fruits de tomate. Les deux souches ont inhibé très fortement la croissance mycélienne et la germination des spores de B. cinerea sur géloses. Sur feuilles de tomate et sur disques foliaires de concombre, PTB185 et le mélange (1:1) des deux souches ont réduit significativement (p ≤ 0,01) la croissance mycélienne de B. cinerea comparativement aux témoins. PTB180 a réprimé significativement la croissance mycélienne de B. cinerea sur les fruits de tomate. Afin d'estimer la survie de PTB180 et PTB185 sur la phyllosphère, des plants de tomate et de concombre ont été pulvérisés jusqu'à ruissellement avec une suspension (1×107 unités formatrices de colonies [UFC]/mL) de PTB180, PTB185 ou d'un mélange (1:1) des deux souches. Les populations de chaque souche ont ensuite été suivies au cours du temps sur les feuilles. Les résultats obtenus montrent que les souches survivent au moins 21 jours sur les plants de tomate et de concombre avec un taux de survie variant de 43% à 100%. De plus, pratiquement aucune variation dans les proportions de chaque souche n'a été observée au fil du temps lorsque PTB180 et PTB185 étaient appliquées en mélange. Enfin, l’application foliaire de PTB180, PTB185 et du mélange (1:1) des deux souches a permis une réduction significative de l’incidence et de la sévérité de la pourriture grise chez des plants de tomate et de concombre inoculés avec B. cinerea et cultivés en serre. Les souches PTB180 et PTB185 ont montré au cours de cette étude une forte activité antagoniste envers B. cinerea, la capacité de survivre sur la phyllosphère de plants de tomate et de concombre et de réprimer le développement de la pourriture grise chez ces derniers. Ces souches pourraient éventuellement être utilisées comme agents de lutte biologique contre la pourriture grise du concombre et de la tomate de serre.
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Scalabrini, Mathieu. "Étude de l'activité anti-bioadhésion de surfaces de verres greffées par des sucres furanosidiques rares". Thesis, Lorient, 2019. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02918228.
Abstract (sommario):
La biocontamination de surface par des microorganismes provoque d’importantes conséquences économiques et sanitaires. Les différents moyens de prévention mis en place de nos jours utilisent des composés biocides nocifs pour l’environnement et participent à la recrudescence de l’antibiorésistance des organismes pathogènes. Ces travaux de recherche étudient une approche alternative non-biocide et non-toxique. Elle consiste à inhiber l’adhésion microbienne en appliquant une couche de monofuranosides sur une surface. La conception des surfaces a débuté par les synthèses glycosidiques des furanosides cibles à partir du D-Glucose, D-Galactose et D- Mannose. Des homologues pyranosidiques, connus pour leur activité antiadhésive, ont été réalisés afin de comparer l’intérêt de la forme cyclique. Ces sucres ont ensuite été greffés par chimie click sur une surface de verre préfonctionnalisée et au travers d’un lien O-glycosidique ou S- glycosidique via un groupe triazole. Les surfaces résultantes ont été caractérisées à l’aide de la goniométrie et de la spectroscopie photoélectron par rayons X. Les études d’adhésion avec Pseudomonas aeruginosa ont révélé une activité anti-biodhésion des surfaces furanosidiques et pyranosidiques. Les interactions spécifiques et non-spécifiques ont été explorées gràce à l’adhésion de mutants déficiants en lectine et d’un modèle thermodynamique. Les résultats ont conclu que l’activité antiadhésive des monosaccharides était davantage liée aux propriétés physicochimiques des sucres plutôt qu’à des interactions biologiquesSurface biocontamination from microorganisms leads to serious economic and health issues. Nowadays, biocide compounds are mostly used as prevention. Nonetheless, they are known to be toxic for environment and to participate in the rise of the antibiotic resistance of pathogens. These research works examine a non-biocide and non-toxic approach. It is based on the inhibition of the microbial adhesion with a monofuranoside-functionalized surface. The development of surfaces was started with the glycosidic synthesis of target furanosides from D-Glucose, D-Galactose and D-Mannose. In order to compare the interest of the cyclic form, pyranosidic homologues, known for their anti-adhesive activity, were also achieved. The modified glycosides were then grafted to a prefunctionalized glass surface linked through an O-glycosidic or S-glycosidic via a triazole group. The resulted surfaces were characterized using goniometry and X-ray photoelectron spectroscopy. The adhesion studies with Pseudomonas aeruginosa have shown an anti-bioadhesion activity with furanosidic and glycosidic surfaces. Specific and non-specific interactions were explored through lectin deficient mutant strains and a thermodynamic approach. The anti-bioadhesive activity was concluded to depent more on the carbohydrate physicochemical properties, rather than the biological interactions
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Cattel, Julien. "Utilisation des bactéries Wolbachia pour lutter contre une espèce invasive et ravageur de cultures, Drosophila suzukii". Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1325/document.
Abstract (sommario):
Depuis sa récente invasion dans les continents européen et américain, la drosophile à aile tachetées, Drosophila suzukii est devenue un ravageur majeur des cultures de fruits rouges. Contrairement aux autres espèces de drosophiles, D. suzukii, est capable de pondre ses œufs dans des fruits sains avant la récolte, à l'aide de son ovipositeur sclérotinisé. Les pertes économiques liées à la présence de D. suzukii s'élèvent annuellement à plusieurs millions de dollars. Le contrôle des populations se fait principalement par l'utilisation de pesticides. Ici, nous avons testé si la bactérie Wolbachia pouvait être efficace pour lutter contre cette espèce. Ce symbiote est présent chez de nombreuses espèces d'insectes et induit souvent de l'incompatibilité cytoplasmique (IC) : les descendants des mâles infectés meurent, exceptés si l'œuf est sauvé par la même infection, héritée de la mère et qui va protéger l'embryon contre cette toxine encore non identifiée. La Technique de l'Insecte Incompatible (TII) repose sur l'utilisation de l'IC pour contrôler les populations d'insecte par des lâchers de mâles infectés. Nous avons montré que D. suzukii est naturellement infecté par une souche de Wolbachia, nommée wSuz, avec des prévalences intermédiaire et qui n'induit pas un taux d'IC élevé. Pour le développement de la TII chez D. suzukii, nous avons réalisé des transferts de souches de Wolbachia entre D. simulans et D. suzukii pour identifier des souches qui peuvent stériliser les femelles D. suzukii, en dépit de la présence de wSuz. Nous avons identifié deux souches de Wolbachia comme candidates pour le développement de la TII. Ces souches induisent des taux d'IC très élevés chez ce ravageur, qui n'est pas atténué par la présence de wSuz chez les femelles. Les mâles stérilisants ont une compétitivité sexuelle similaire comparés à celle des mâles infectés ou non par wSuz, et sont capable d'induire des taux d'IC élevés tout au long de leurs vie. Finalement nous avons montré que, dans de grandes cages à population, la TII pouvait être très efficace pour limiter l'augmentation de la taille des populations de D. suzukii. L'ensemble des résultats confirment que la TII est une approche prometteuse pour contrôler les populations de D. suzukii et mérite de dépasser le stade du laboratoire. Associé à une technique de sexage efficace, la TII peut être un outil puissant, spécifique et respectueux de l'environnementSince its recent invasion of the European and American continents, the spotted wing Drosophila, D. suzukii has become a major burden of the fruit industry. Armed with a highly sclerotized ovipositor, females can lay eggs in a wide variety of ripening and healthy fruits, in contrast to other Drosophila species. Economic losses due to D. suzukii reach millions of dollars annually and methods to control natural populations in the field mainly rely on the use of chemical pesticides. Here we test if Wolbachia bacteria can represent a potential ally to control this pest species. These symbionts are naturally present in many insects and often induce a form of conditional sterility called Cytoplasmic Incompatibility (CI): the offspring of infected males die, unless the eggs are rescued by the same infection inherited from the mother which protects the embryo against a yet unidentified toxin. As long recognized, a strategy called the Incompatible Insect Technique (IIT) makes use of the CI phenotype to control insect populations through the mass release of infected males. D. suzukii is naturally infected by a single Wolbachia strain, named wSuz, which has an intermediate prevalence in field populations and which does not induce a high level of CI. To implement IIT in D. suzukii, we used back and forth Wolbachia transfers between D. suzukii and D. simulans to identify Wolbachia strains that can fully sterilize D. suzukii females despite the presence of wSuz. We identified two potential candidates, both induce a very high level of CI in this pest which is not attenuated by the presence of wSuz in females. The transinfected males showed a similar competitiveness compared naturally infected and uninfected males and are able to induce a high level of CI during all their life. Finally we demonstrated that, in large population cage, the IIT can be very efficient to limit the D. suzukii population size. All the results confirmed that the IIT is a promising approach to control D. suzukii population and merit to go out the laboratory. Associate with a perfect sexing technique, IIT can be a powerful tool to fight against D. suzukii, which is not polluting and species specific
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Pages, Marielle. "Effets et mécanismes d'action de l'ozone utilisé comme moyen de lutte contre des champignons pathogènes du pommier : études in vitro et in vivo". Thesis, Toulouse, INPT, 2015. http://www.theses.fr/2015INPT0102.
Abstract (sommario):
Les pommiers sont la cible de nombreux ravageurs et maladies fongiques, à l’origine de pertes économiques importantes. Les agriculteurs sont dans l’obligation de traiter les micro-organismes responsables des maladies fongiques, notamment à l’aide de pesticides. Les produits phytosanitaires sont aujourd’hui très controversés. Ainsi, les pouvoirs publics, français et européens, contrôlent leur emploi par de nombreuses règlementations. Par conséquent, il apparaît nécessaire de proposer une alternative peu rémanente permettant de contrôler le développement fongique. L’objectif de cette thèse est d’évaluer l’efficacité d’une alternative innovante basée sur l’emploi d’eau chargée en ozone contre quatre espèces fongiques à l’origine des principales maladies du pommier : Venturia inaequalis, Botrytis cinerea, Neofabraea alba et Phytophthora syringae. Dans un premier temps, ce travail de thèse a permis de vérifier l’action anti-fongique de l’ozone sur les suspensions de spores des quatre espèces fongiques ainsi que sur différents stades de développement des spores de V.inaequalis. Il a été mis en évidence une différence de sensibilité selon l’espèce et le stade de développement considérés. Par ailleurs, l’altération de la membrane sous l’action de l’ozone a été observée par plusieurs expérimentations : quantification du degré de peroxydation des phospholipides membranaires, observations des spores au Microscope Electronique à Balayage et au Microscope Optique après colorations. Dans un second temps, l’effet de l’eau chargée en ozone a été évalué sur des jeunes plants de pommiers préalablement contaminés par les spores de V.inaequalis. Cette étude a confirmé l’action anti-fongique de l’eau chargée en ozone. Il a également été observé l’importance des quantités d’eau et d’ozone apportées qui doivent être maîtrisées pour optimiser l’efficacité du traitement. Ces résultats permettent de valider la candidature de l’ozone comme fongicide alternatif à l’emploi de produits phytosanitaires. Les modalités d’application devront faire l’objet de recherches supplémentaires en vue du transfert de la technologie du laboratoire au vergerApple trees are the target of a lot of pests and fungal diseases, responsible for many economic losses. Farmers treat these micro-organisms mainly with pesticides. Plant-protection products are today very controversial. French and European authorities control their use by means of numerous regulations. Therefore, an alternative solution with a low remanence must be found in order to limit fungal diseases. The aim of this thesis is to evaluate the innovative process efficiency based on the use of ozonated water against four fungal species: Venturia inaequalis, Botrytis cinerea, Neofabraea alba and Phytophthora syringae. Firstly, this work of thesis verified the ozone antifungal action on spores suspensions of the four fungal species and on different stages of development of V.inaequalis spores. According to the species and stages of development considered, a difference of sensibility was detected. Moreover, alteration of the membrane, due to ozone action, was observed thanks to several experimentations: quantification of phospholipids peroxidation, spore observations with Scanning Electron Microscopy and with Optical Microscopy after staining. Secondly, the ozonated water effects on seedlings previously contaminated by V.inaequalis spores were evaluated. This study confirmed the anti-fungal action of water containing ozone. It was also observed the importance of the water and of ozone quantities supplied. These quantities must be controlled to optimize the antifungal action of the treatment. These results validated the ozone application as a fungicide alternative of use of pesticides. Additional researches will be made concerning the treatment modalities: the aim is to transfer the technology from the laboratory to the orchard
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Hamdali, Hanane. "Criblage et caractérisation de souches de bactéries Actinomycétales solubilisatrices du phosphate naturel isolées à partir des gisements de phosphate marocains". Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA112069.
Abstract (sommario):
L’objectif de mon travail de thèse était d’explorer la capacité des souches d’Actinomycètes issues des mines de phosphate marocaines (souches MPM) à solubiliser le Phosphate Naturel (PN, hydroxyapatite) et à limiter la croissance de certains champignons phytopathogènes du sol (Pythium ultimum) afin d’utiliser ces souches pour le développement de nouvelles pratiques agricoles moins polluantes que les pratiques actuelles. Ainsi, 55 isolats (18. 3%) parmi les 300 isolats MPM testés se sont avérés capables de croître sur un milieu minimum synthétique (SMM) contenant le PN insoluble comme seule source de phosphate (P). Huit souches dont la croissance était la plus active ont été retenues. La capacité de ces 8 souches à solubiliser le PN a ensuite été suivie par des dosages de P soluble dans le milieu SMM liquide et comparée à celle de deux souches de référence Streptomyces lividans et Streptomyces griseus M1323. Une forte hausse de la concentration en P soluble a été observée dans les surnageants des souches issues des MPM et de S. Griseus M1323, mais pas dans ceux des cultures de S. Lividans. Cette augmentation de la concentration de P dans le surnageant de culture des MPM a été corrélée avec la présence de substances, absorbant à 320 nm et à 430 nm. Ces substances ont été purifiées et il a été confirmé qu’elles sont impliquées dans le mécanisme de solubilisation du PN. Elles ont par ailleurs une forte activité antibiotique et anti-fongique. Ces substances sont des sidérophores de type catécholate (appelé Viridomycin G). Ce sont des chélateurs forts du calcium qui détruisent les liens existant entre le calcium et le phosphate du PN, permettant ainsi la libération du phosphate. Elles sont produites quand la quantité de P soluble présente dans le milieu de culture est très faible. Nous avons par ailleurs montré que les souches MPM avaient une aptitude endophytique et avaient une forte capacité de stockage du glucose et du phosphate sous forme notamment de glycogène et polyphosphate. Ces souches produisaient moins de biomasse que la souche de référence S. Lividans, mais avaient une plus grande capacité de survie que cette dernière dans des conditions de forte limitation en P soluble (SMM + PN). Toutes ces caractéristiques sont importantes pour une survie de la souche à long terme dans le sol. Par ailleurs, certaines de ces souches étaient également capables de limiter, en conditions de laboratoire, la croissance de Pythium ultimum, principal agent de la fonte de semis des céréales. Cette aptitude est vraisemblablement liée à la capacité démontrée de ces souches à produire des substances antifongiques, des chitinases, des sidérophores et de l’Acide Indol Acétique. Par la suite, nous avons testé l’efficacité agronomique de ces souches et démontré que certaines avaient la capacité à stimuler la croissance d’une plante test (le blé dur) dans un modèle rhizosphérique constitué d’un sol riche en PN, d’une souche solubilisatrice du PN et de la plante, dans une expérience sous serre. Il s’est avéré que la seule présence des souches d’Actinomycètes dans le sol utilisé stimulait la croissance de la plante suggérant que ces souches étaient capables de mobiliser, pour la plante, le phosphate naturellement présent sous forme insoluble dans le sol. La présence conjointe dans ce sol des souches d’Actinomycètes et du PN pulvérisé stimulait la croissance de la plante, et en particulier celle de son système racinaire, de façon comparable à l’addition d’engrais phosphaté soluble. De même, ces souches avaient une capacité de protection, contre les effets dévastateurs de Pythium ultimum, comparable à celle du Mycostop®, produit de biocontrôle antifongique commercialisé et constitué de spores de Streptomyces griseoviridis K61. Cette étude a démontré que les Actinomycètes du sol contribuent grandement à la nutrition et donc à la croissance des plantes ainsi qu’à leur santé. Cette étude pourrait conduire à la conception/formulation et mise sur le marché de nouveaux produits ayant une activité de bio-engrais phosphaté et bio-fongicide, constitué des souches d’Actinomycètes add hoc associées ou non à du PN pulvériséThe aim of this work was to explore the abilities of Actinomycetes strains originating from the Moroccan phosphate mines (MPM strains) to solubilize natural phosphate (NP, hydroxyapatite) and to limit the growth of some soil-born phytopathogen fungi (Pythium ultimum) in order to use these strains for the development of novel agricultural practices less polluting than the actual ones. Fifty five isolates (18. 3%) among the 300 MPM isolates tested were able to grow on a minimal synthetic medium (SMM) containing insoluble NP as sole phosphate (P) source, suggesting that they were able to use the P trapped in the NP for their own growth. Eight strains whose growth was the most active were selected. The efficiency of these strains to solubilize NP was assessed by assaying soluble P in the growth medium and was compared to that of two reference strains Streptomyces lividans and Streptomyces griseus M1323. A sharp increase in the concentration of soluble P was observed in the cultures supernatants of the MPM strains and of S. Griseus M1323, but non in those of S. Lividans. This increase in the P concentration correlated with the presence of substances absorbing at 320 nm and 430 nm. These substances were purified and I confirmed that these substances, that had also strong antibiotic and anti-fungi activities, were involved in the NP solubilisation process. They are siderophores of the catecholate family (called Viridomycin G) acting as strong calcium chelators destroying the links between calcium and P in the NP and thus allowing the release of P. They were excreted when the concentration of P in the growth medium was really weak. I have also shown that these strains have the abilities to colonize the plant root system (endophytic property) and have very high glucose and phosphate storage abilities, (accumulating glycogen and polyphosphate) compared to the reference strain S. Lividans. These strains produce less biomass but survive better than the latter in condition of very low soluble P availability (SMM + NP). All together, these characteristics are very important for the long term survival of these bacteria in the soil. Furthermore, some of these strains were also able to limit the development, in laboratory conditions, of Pythium ultimum, the main agent of damping off of cereals. This property is likely to be linked to the demonstrated ability of these strains to excrete anti-fungal substances, chitinases, siderophores and Indol Acetic Acid. Subsequently, I have tested the agronomic efficiency of these strains and demonstrated that they had the ability to stimulate wheat plant growth in a rhizospheric model constituted by a soil rich in insoluble P, a NP solubilising strain and the plant, in greenhouse experiments. I demonstrated that the presence of a MPM Actinomycetes strain, on its own, was stimulating wheat plant growth suggesting that this strain was able to mobilize for the plant good, the insoluble P naturally present in the soil. The joined presence in this soil of the Actinomycetes strain and of the pulverised NP was stimulating wheat plant growth (specially roots growth) at a level comparable (only 10% lower) to that achieved by the addition of soluble phosphate amendment. Furthermore, these strains had the ability to protect the plant against the devastating effects of Pythium ultimum, at a level comparable (only 14% lower) to that achieved by Mycostop®, a commercial antifungal biocontrol product constituted by spores of Streptomyces griseoviridis K61. This study demonstrated that the soil-born filamentous and sporulating Actinomycetes greatly contribute to the feeding and the fitness of the plants and can be of great value for agriculture. This study is expected to lead to the conception/formulation and commercialization of novel bio-phosphate fertilizers and bio-fungicides constituted by the ad hoc Actinomycetes strains associated or not to pulverize NP. The availability of such products could contribute to the development of a sustainable agriculture more respectful of the environment and of human health than the today agriculture
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Bouchard-Rochette, Mathieu. "Bacillus pumilus et Bacillus subtilis pour lutter contre la pourriture grise chez la tomate et le concombre de serre". Master's thesis, Université Laval, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.11794/38128.
Abstract (sommario):
Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche destiné à évaluer le potentiel d’utilisation en horticulture des bactéries Bacillus pumilus souche PTB180 et Bacillus subtilis souche PTB185. Elle avait pour objectifs (1) d’évaluer in vitro l’activité antagoniste contre Botrytis cinerea des souches PTB180 et PTB185, (2) d’estimer leur capacité à survivre sur la phyllosphère de la tomate et du concombre et 3) d’évaluer leur effet sur le développement de la pourriture grise (B. cinerea) sur des plants de tomate et de concombre cultivés en serre. L'activité antagoniste de PTB180 et PTB185 a été évaluée en boîtes de Pétri sur géloses, sur tissus foliaires de tomate et de concombre et sur fruits de tomate. Les deux souches ont inhibé très fortement la croissance mycélienne et la germination des spores de B. cinerea sur géloses. Sur feuilles de tomate et sur disques foliaires de concombre, PTB185 et le mélange (1:1) des deux souches ont réduit significativement (p ≤ 0,01) la croissance mycélienne de B. cinerea comparativement aux témoins. PTB180 a réprimé significativement la croissance mycélienne de B. cinerea sur les fruits de tomate. Afin d'estimer la survie de PTB180 et PTB185 sur la phyllosphère, des plants de tomate et de concombre ont été pulvérisés jusqu'à ruissellement avec une suspension (1×107 unités formatrices de colonies [UFC]/mL) de PTB180, PTB185 ou d'un mélange (1:1) des deux souches. Les populations de chaque souche ont ensuite été suivies au cours du temps sur les feuilles. Les résultats obtenus montrent que les souches survivent au moins 21 jours sur les plants de tomate et de concombre avec un taux de survie variant de 43% à 100%. De plus, pratiquement aucune variation dans les proportions de chaque souche n'a été observée au fil du temps lorsque PTB180 et PTB185 étaient appliquées en mélange. Enfin, l’application foliaire de PTB180, PTB185 et du mélange (1:1) des deux souches a permis une réduction significative de l’incidence et de la sévérité de la pourriture grise chez des plants de tomate et de concombre inoculés avec B. cinerea et cultivés en serre. Les souches PTB180 et PTB185 ont montré au cours de cette étude une forte activité antagoniste envers B. cinerea, la capacité de survivre sur la phyllosphère de plants de tomate et de concombre et de réprimer le développement de la pourriture grise chez ces derniers. Ces souches pourraient éventuellement être utilisées comme agents de lutte biologique contre la pourriture grise du concombre et de la tomate de serre.
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Malnoy, Mickaël. "Transformation génétique du poirier pour la résistance au feu bactérien : recherche d'une stratégie associant un transgène efficace et un promoteur induit spécifiquement par les bactéries". Angers, 2001. http://www.theses.fr/2001ANGE0014.
Abstract (sommario):
Le feu bactérien causé par Erwinia amylovora est la principale maladie du poirier. Les méthodes de lutte actuelles ne permettant pas le contrôle de cette maladie, nous avons entrepris la recherche d'une stratégie de transgenèse efficace et ciblée pour améliorer la résistance du poirier à cette maladie. Pour cela, nous avons étudié l'efficacité de plusieurs transgènes ayant des modes d'actions différents et l'expression hétérologue de trois promoteurs de tabac inductibles par les pathogènes. L'analyse des clones transgéniques met en évidence que :i) le transgène lactoferrine présente une bonne efficacité, face à E. Amylovora, corrélée avec la chélation du fer, ii)les peptides lytiques (attacine E, lysozyme T4) montrent aussi une bonne efficacité mais qui n'est pas toujours liée avec le niveau d'expression du transgène, iii) la dépolymérase est exprimée à un niveau inférieur au seuil nécessaire à son efficacité, iv) les résultats préliminaires obtenus avec le transgène harpine sont prometteurs. Parrallèlement à cette étude, nous avons quantifié les phénomènes de variation somaclonale liés à l'intégration de l'ADN-t dans le génome du poirier. L'étude de l'expression des promoteurs de tabac chez le poirier révèle que le promoteur hsr203J est très faiblement activé lors d'infections par les agents pathogènes. Par contre, les deux autres promoteurs, str246C et sgd24, sont fonctionnels et présentent le même profil d'expression que chez le tabac. Le promoteur sgd24 semble être plus spécifiquement activé lors des interactions plante-pathogène. L'ensemble des résultats acquis permet de proposer plusieurs stratégies pour le contrôle du feu bactérien, en particulier celle qui associe le promoteur sgd24 avec un gène chélateur de fer. A l'avenir, il sera indispensable de vérifier la stabilité d'expression des transgènes au verger. De plus, il faudra s'intéresser au problème d'acceptabilité de ces constructions, et à leurs risques potentiels pour la santé humaine et l'environnement.
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Magnin-Robert, Maryline. "Protection de la vigne contre Botrytis cinerea et stimulation des mécanismes de défense à l’aide de bactéries issues du vignoble champenois". Reims, 2007. http://theses.univ-reims.fr/exl-doc/GED00000725.pdf.
Abstract (sommario):
Le développement de nouvelles alternatives à la lutte chimique contre Botrytis cinerea chez la vigne, notamment par recours à l’utilisation des bactéries issues du vignoble champenois fait l’objet de cette thèse. Ces bactéries, isolées de la rhizosphère et de différents organes de vignes non contaminées, sont deux Acinetobacter lwoffii PTA-113 et PTA-152, une Bacillus subtilis PTA-271, deux Pantoea agglomerans PTA-AF1 et PTA-AF2 ainsi que deux Pseudomonas fluorescens PTA-268 et PTA-CT2. Les expériences réalisées de manière principale en conditions du vignoble, font apparaître que ces bactéries appliquées en souches pures ou en mélanges de souches sont capables d’induire des réactions de défense chez la vigne matérialisées par une stimulation des activités de chitinase et β-1,3-glucanase dans les feuilles et les baies de vigne. Ces réactions typiques de défense sont variables selon la souche, les combinaisons de souches et leur mode d’application, et sont pour la plupart associées à une protection des différents organes de la vigne contre Botrytis cinerea. Les souches les plus actives sont représentées par les A. Lwoffi, P. Fluorescens et P. Agglomerans PTA-AF1 chez les feuilles et P. Agglomerans PTA-AF1 et PTA-AF2 chez les baies. L’association des deux P. Agglomerans (AF1+AF2) ou encore P. Agglomerans en présence de B. Subtilis ou d’A. Lwoffi se traduit aussi par une protection significative contre B. Cinerea, ne dépassant pas celle obtenue en présence des bactéries individuellesThe development of new alternatives to chemicals against Botrytis cinerea in grapevine, especially by using bacteria originated from Champagne vineyard is the objective of this thesis. These bacteria isolated from the rhizosphere and from different healthy grapevine organs, are two Acinetobacter lwoffii PTA-113 and PTA-152, a Bacillus subtilis PTA-271, two Pantoea agglomerans PTA-AF1 and PTA-AF2 and two Pseudomonas fluorescens PTA-268 and PTA-CT2. Experiments performed mainly in vineyard demonstrated that these bacteria applied individually or in combination are able to induce defence reactions in grapevine as evidenced by a stimulation of chitinase and β-1,3-glucanase activities in leaves and berries. The intensity of these defence reactions is dependent on bacterial strain, combination of bacteria and their application method. They are associated to an induced protection of both organs against Botrytis cinerea. The most active strains are A. Lwoffi, P. Fluorescens and P. Agglomerans PTA-AF1 in leaves and P. Agglomerans PTA-AF1 and PTA-AF2 in berries. The combination of two P. Agglomerans (AF1+AF2) or P. Agglomerans with B. Subtilis or with A. Lwoffi also lead to a significant protection against B. Cinerea, which is not higher than that obtained with individual bacteria
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Crépin, Alexandre. "Développement d'une stratégie de lutte globale ciblant la communication impliquée dans la virulence des bactéries macergènes de la pomme de terre". Rouen, 2012. http://www.theses.fr/2012ROUES004.
Abstract (sommario):
La pomme de terre, Solanum tuberosum L. , fait l’objet de nombreuses attaques microbiennes coûteuses, parmi lesquelles celles dues aux bactéries macergènes des genres Dickeya et Pectobacterium. Aujourd’hui, il n’existe aucun moyen de lutte efficace contre ces agents pathogènes dont la diversité est importante. Une nouvelle approche de lutte globale a donc été proposée dans ce mémoire. Cette stratégie de lutte microbiologique vise la communication bactérienne du type quorum sensing utilisée par ces bactéries. Elle repose sur 3 étapes : (i) la caractérisation de l’ensemble des signaux connus comme étant impliqués dans les processus de communication de l’agent pathogène, (ii) la démonstration de l’implication dans la virulence des signaux identifiés, et enfin (iii) l’identification et l’utilisation de la microflore rhizosphérique capable de dégrader ces signaux et donc de nuire à la virulence. Nous avons expérimentalement appliqué les deux premières étapes de ce programme. Nous avons ainsi montré que toutes les bactéries Dickeya et Pectobacterium testées, y compris les isolats récents ou émergents trouvés dans les sols européens, avaient en commun la capacité de produire des autoinducteurs-1 (AI-1), caractérisés comme 3-oxo-hexanoyl- ou 3-oxo-octanoyl-L-homosérine lactones, et une furanone de type autoinducteur-2 (AI-2). Par ailleurs, les souches de Dickeya étudiées produisent toutes de l’acide 3-indole acétique seulement en présence de tryptophane, mais au détriment de la production de l’AI-2. Aucune des bactéries macergènes ne produit de quinolones ni d’acide-!-amino butyrique, des composés souvent synthétisés par les autres g-Protéobactéries. L’implication de l’AI-1 et l’AI-2 dans la virulence a été étudiée par l’introduction dans les bactéries d’une lactonase dégradant les AI-1 et par la construction de mutants ciblant la synthase pour l’étude de l’AI-2, respectivement. Nos résultats nous ont permis de montrer que le signal AI-1 joue un rôle majeur dans la régulation de la virulence pour la grande majorité des bactéries macergènes, alors que le signal AI-2 ne semble pas ou peu impliqué. La communication basée sur la production d’AI-1 semble donc être la meilleure cible pour le développement de la 3e phase de la stratégie de lutte et la sélection/stimulation de microorganismes dégradant ces signaux.
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Simon, Marjolaine. "Lutte contre les biofilms de Pseudomonas aeruginosa dans le contexte de la mucoviscidose". Thesis, Lorient, 2015. http://www.theses.fr/2015LORIS364.
Abstract (sommario):
Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste induisant des infections chroniques chez les patients atteints de mucoviscidose. L'éradication de ces infections est presque impossible à l'âge adulte du fait de la formation de biofilms dans les poumons des patients. Les traitements antibiotiques actuels sont peu efficaces contre les biofilms car ce mode de vie assure d'une part la protection des bactéries contre les agents anti-microbiens par l'intermédiaire de la matrice extracellulaire, et favorise d'autre part l'émergence de mécanismes de résistance. Il est donc essentiel de trouver des alternatives thérapeutiques. La bactérie marine Pseudoalteromonas sp. 3J6 sécrète une molécule à activité anti-biofilm efficace contre la souche de laboratoire P. aeruginosa PA01 et les souches cliniques P. aeruginosa MUC-N1, MUC-N2 et MUC-P4. Ces souches ont été caractérisées aux niveaux de leur formation de biofilms in vitro et de leur virulence . Ceci a montré que ces souches sont très différentes les unes des autres et qu'une seule souche, telle que la souche de laboratoire PA01, ne peut pas être représentative des profils observés. Il est donc nécessaire de mener les études anti-biofilms sur plusieurs souches, telles que celles que nous avons sélectionnées. Le potentiel thérapeutique du surnageant de culture (SNa.Js} de Pseudoalteromonas sp. 3J6 et son extrait (Ea.Js} a été étudié en évaluant leur toxicité, la réponse inflammatoire, leur impact sur la production de facteurs de virulence et leur potentiel thérapeutique . SNa.Js et Ea.Js n'étaient pas toxiques vis-à-vis des modèles testés, n'induisaient pas de réponse inflammatoire dans les poumons de souris et n'augmentaient pas la production par P. aeruginosa des facteurs de virulence quantifiés. De plus, SNa.Js s'est avèré être aussi efficace que l'antibiotique ciprofloxacine pour traiter une infection à P. aeruginosa MUC-N2 in vivo sur modèle murin. Ces résultats sont encourageants quant à un potentiel thérapeutique de la molécule à activité anti-biofilm pour contribuer au traitement des infections à P. aeruginosa chez les patients atteints de mucoviscidosePseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen leading to chronic infections in patients suffering of cystic fibrosis. Eradication of these infections is almost impossible in adults because of biofilm formation in patient's lungs. Current antibiotics treatments are not efficient enough against biofilms because this lifestyle first protects bacteria from antimicrobial agents via the biofilm extracellular matrix and secondly promotes the emergence of antibiotic resistance mechanisms. lt is therefore essential to find therapeutic alternatives . The marine bacterium Pseudoalteromonas sp. 3J6 secretes an anti-biofilm molecule active against the laboratory P. aeruginosa PA01 strain and the P. aeruginosa clinical strains MUC-N1, MUC-N2 and MUC P4. These strains were characterized at the levels of in vitro biofilm formation, and of their virulence. This part of the research work highlighted that these strains are different from one to another and that a single strain, such as the laboratory strain PA01, cannot be representative of the various patterns. Anti-biofilm studies have thus to be performed on several strains, such as the ones we selected. The therapeutic potential of the culture supernatant (SNa.Js} of Pseudoalteromonas sp. 3J6 and its extract Ea.Js was studied by evaluating their toxicity, inflammatory response, impact on virulence factors production, and therapeutic efficiency. SNa.Js and Ea.Js were not taxie against the tested models; did not induce inflammatory response in mice lungs, and did not enhance virulence factor production by clinical P. aerugonisa strains. Moreover, SNa.Js was as efficient as the ciprofloxacin antibiotic to treat an in vivo infection by P. aeruginosa MUC-N2 on mice. These results are encouraging as for a therapeutic potential of the anti-biofilm molecule to contribute at the treatment of P. aeruginosa infections of cystic fibrosis patients
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La, Broise Denis de. "Croissance et sporulation de Fusarium oxysporum en milieux liquides et solides : étude des facteurs limitants et application à la production industrielle de spores pour la protection des cultures". Compiègne, 1988. http://www.theses.fr/1988COMPD131.
Abstract (sommario):
Dans cette étude de la croissance et de la sporulation de Fusarium oxysporum, on tente de définir certains des facteurs limitants impliqués dans le déroulement des cultures en milieu liquide et solide, et on présente le développement de deux procédés de production de spores à l'échelle pilote, l'un en liquide et l'autre en solide. Dans une première partie, grâce à un système original de réacteur continu régulé par la concentration en oxygène dissous, il est montré que les pressions osomotiques inférieures à -24 bars et les concentrations en oxygène dissous inférieures à 5 %, ainsi que l'augmentation de la concentration en biomasse, réduisent le taux de croissance spécifique. La limitation des transferts de gaz réduit également la production des spores, provoquant des baisses de rendement importantes. Ces phénomènes interviennent en particulier dans les cultures non agitées où l'on observe des transferts insuffisants dans un film liquide ou une particule de pulpe végétale d'épaisseur inférieur à 3 mm. Dans la deuxième partie de ce travail, un procédé de culture en milieu liquide permet d'obtenir, en réacteur de 10 m3, un rendement de conversion atteignant 0. 39 g de spores par g de substrat initial. Le conditionnement permet d'obtenir dans certaines conditions un taux de germination proche de 100 %. La production sur milieu solide est réalisée en réacteur de 1,8 m3, le milieu étant constitué d'un substrat à base de pulpe de betteraves broyée enrobant un support inerte. A l'étape de développement présentée, l'approche économique semble donner l'avantage au procédé en milieu liquide.
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Kamecki-Duriez, Luce. "Développement d'un nouveau test de détection par fluorimétrie des bactéries sulfato-réductrices du genre Desulfovibrio : évaluation en laboratoire des moyens de lutte chimique contre l'activité de ces bactéries en biocorrosion". Compiègne, 1989. http://www.theses.fr/1989COMPD184.
Abstract (sommario):
La corrosion des métaux est un important problème économique pour l'industrie pétrolière et peut engendrer de nombreux dommages dans les lignes d'injection, les installations de traitement et de stockage. Par leur activité hydrogénase (dépolarisation cathodique) et sulfite-réductase (production de sulfures), les bactéries sulfato-réductrices (B. S. R. ) interviennent dans les mécanismes de biocorrosion anaérobie des métaux. Une nouvelle méthode de détection de ces bactéries est proposée, elle est spécifique, directe, rapide et sensible. La technique développée à pour principe le dosage d'une enzyme spécifique des B. S. R. Du genre Desulfovibrio (80%), genre représentatif de la famille bactérienne. La désulfoviridine est détectée, en milieu alcalin, par l'émission de fluorescence de son groupement prosthétique. Une relation est obtenue entre l'intensité de fluorescence à 610 nm pour une excitation à 384 nm et la concentration en enzyme. Appliquée à cinq cultures d'espèces différentes de Desulfovibrio, la fluorimétrie a un seuil de détection de 5. 10 3 à 10 4 B. S. R. /ml, sans interférence majeure avec d'autres composés d'origine biologique. En quelques minutes, 10 4 B. S. R. /ml sont détectées dans des eaux de production pétrolière. Après une détection rapide, les B. S. R. Doivent être éliminées. Cinq biocides ont été évalués sur des cultures de Desulfovibrio, l'emploi du glutaraldéhyde à 250 ppm, associé à un dispersant semble le meilleur traitement aux proliférations de B. S. R.
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Rocher, Françoise. "Lutte chimique contre les champignons pathogènes des plantes : évaluation de la systémie phloémienne de nouvelles molécules à effet fongicide et d'activateurs de réactions de défense". Phd thesis, Université de Poitiers, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00138898.
Abstract (sommario):
L'agriculture a besoin de fongicides ayant la propriété d'être transportés par le phloème pour contrôler des pathogènes vasculaires et racinaires. Jusqu'à présent, les tentatives de modulation structurale de fongicides pour les rendre phloème mobiles ont généralement eu comme conséquence une perte d'activité biologique.La première approche de notre travail reprend la stratégie utilisée avec succès pour le développement d'herbicides auxiniques. Nous avons choisi comme molécule modèle le fenpiclonil en raison de la possibilité d'ajouter un groupe acide carboxylique en divers sites de la molécule. L'un de ces dérivés, le N-(1-carboxyéthyl)-3-cyano-4-(2,3-dichlorophényl)pyrrole possède une mobilité phloémienne modérée et montre une activité fongicide contre une souche d'Eutypa lata comparable à celle du fenpiclonil.
La deuxième stratégie a consisté à synthétiser des propesticides mobiles dans le phloème en greffant un acide aminé à divers xénobiontes ou à des composés naturels impliqués dans la défense des plantes. Ces conjugués avec une fonction a-aminoacide sont manipulés par des perméases de la membrane plasmique et sont nettement phloème mobiles. Toutefois, les enzymes qui peuvent libérer le composé initial peuvent être plus spécifiques que le système de transport.
Enfin, la capacité du phloème de ricin à charger l'acide salicylique (AS) a été étudiée pour deux raisons : 1- l'AS est une molécule signal importante impliquée dans la résistance systémique acquise 2- dans les cellules animales, l'AS est manipulé par un système de transport qui manipule aussi des médicaments de taille importante. L'AS s'accumule fortement dans le phloème et est ambimobile. Quelques résultats conduisent à l'hypothèse de l'intervention d'un système de transporteurs dépendant du pH et contribuant au chargement phloémien de l'AS, outre le phénomène de piégeage d'acide.
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Aranzana-Climent, Vincent. "Apport de la modélisation semi-mécanistique dans l'étude pharmacocinétique/pharmacodynamique des antibiotiques seuls et en combinaison dans la lutte contre les bactéries résistantes". Thesis, Poitiers, 2019. http://theses.univ-poitiers.fr/62724/2019-Aranzana-Climent-Vincent-These.
Abstract (sommario):
La lutte contre les bactéries multirésistantes est une priorité majeure définie par l’Organisation Mondiale de la Santé, puisque les dernières prédictions estiment que les infections par des bactéries multirésistantes feront plus de morts que le cancer d’ici 2050. Dans le contexte actuel, avec un faible nombre de nouveaux antibiotiques mis sur le marché pour lutter contre les bactéries multirésistantes, il est important de d’optimiser l’utilisation des antibiotiques à notre disposition. C’est dans ce but que les modèles semi-mécanistiques servant à analyser les résultats d’études de PK/PD des antibiotiques peuvent être développés. Ces outils mathématiques permettent de quantifier les relations concentration-effet, de molécules seules ou de combinaisons de molécules afin d’optimiser leur efficacité, prévenir les résistances et donc prolonger la durée de vie des antibiotiques. Dans ce travail, après une présentation des méthodes d’étude de la PK/PD des antibiotiques seuls et en combinaison, les résultats de deux projets sont présentés :1. Une étude de la PK/PD de la céfoxitine contre une souche de Mycobacterium abscessus. Dans une première partie, il a été montré que l’administration de la céfoxitine par nébulisation permet d’obtenir des concentrations pulmonaires 1000 fois plus importantes qu’après une administration intraveineuse, faisant de la céfoxitine un bon candidat à la nébulisation. Dans la seconde partie un modèle PK/PD semi-mécanistique a été développé à partir de données in vitro, ce qui permet d’identifier la relation concentration-effet pour deux sous-populations bactériennes tout en tenant compte de la dégradation de la molécule.2. Une étude de la PK/PD de l’association polymyxine B et minocycline contre une souche d’Acinetobacter baumannii résistante à la polymyxine B. Cette étude in vitro comprend des données de bactéricidie avec suivi de la densité de bactéries résistantes à la polymyxine B, enrichies d’expériences complémentaires servant à préciser les caractéristiques de cette sous-population résistante. Ces données ont toutes été analysées par modélisation PK/PD semi-mécanistique, ce qui a notamment permis de quantifier l’importance de l’interaction entre les deux molécules et de formuler des hypothèses sur les mécanismes de cette interactionFighting against multidrug-resistant bacteria is a major priority set by World Health Organisation, since it is forecasted that multi-drug-resistant bacteria will be responsible for more deaths than cancer by 2050. In the current context, with only a few new antibiotic drugs active against multidrug-resistant bacteria approved every year, it is of importance to optimize the use of already available antibiotics. It is with this goal in mind, that semi-mechanistic models used to analyse results from PK/PD studies of antibiotics, can be developed. These mathematical tools enable quantification of concentration-effect relationships of drugs, used alone or in combination, in order to optimize their efficacy, prevent bacterial resistance, thus lengthening the period of usability of antibiotics. In this work, after a presentation of the methods used to study PK/PD of antibiotics alone and in combination, results from two projects are presented:1. A study of cefoxitin PK/PD against a Mycobacterium abscessus strain. Firstly, it was shown that after nebulisation of cefoxitin, pulmonary concentrations were 1000-fold higher than after intravenous administration, making cefoxitin a good candidate for nebulisation. In a second part, a semi-mechanistic PK/PD model was developed from in vitro data, enabling identification of concentration-effect relationships for two bacterial sub-populations while taking into account degradation of cefoxitin. 2. A study of the PK/PD of polymyxin B and minocycline association against a polymyxin B resistant Acinetobacter baumannii strain. This in vitro study incorporates data from time-kill experiments with quantification of a bacterial sub-population resistant to polymyxin B, enriched by complementary experiments providing information on the characteristics of this resistant sub-population. This data was analysed by semi-mechanistic PK/PD modelling, which made possible quantification of the strength of interaction between the two drugs and to form hypotheses about the mechanisms of the observed interaction
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Lavigne, Jean-Philippe. "Lutte contre les infections bactériennes : de l'optimisation de l'administration d'antibiotiques à l'étude d'un modèle de virulence (Brucella suis)". Montpellier 1, 2004. http://www.theses.fr/2004MON1T015.
Abstract (sommario):
POUR LUTTER CONTRE LA PROGRESSION DE LA RESISTANCE BACTERIENNE, DIFFERENTES ACTIONS ONT ETE MENEES AU NIVEAU DE CHAQUE CENTRE HOSPITALIER : DES ETUDES SUR L'ECOLOGIE BACTERIENNE LOCALE OU SUR LA TRANSMISSION DES BACTERIES MULTI-RESISTANTES, DES FORMATIONS RENFORCEES DE PERSONNELS INFIRMIERS. . . PAR AILLEURS, LE MINISTERE ENCOURAGE LES PROGRAMMES DE RECHERCHE BASES SUR LA DECOUVERTE DE NOUVEAUX TRAITEMENTS ANTI-BACTERIENS. CETTE THESE S'INSCRIT DANS CES OBJECTIFS. DANS LE BUT D'UNE MEILLEURE UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES, CE TRAVAIL A PERMIS D'OPTIMISER L'ADMINISTRATION DE 2 ANTIBIOTIQUES (CEFTAZIDIME ET SULBACTAM) SUR DES SOUCHES D'ENTEROBACTERIES SECRETRICES DE ß-LACTAMASES A SPECTRE ETENDU. PAR AILLEURS, TROUVER DE NOUVELLES CIBLES NECESSITENT UNE MEILLEURE COMPREHENSION DES STRATEGIES UTILISEES PAR LES BACTERIES POUR PROVOQUER LA MALADIE. L'OBJECTIF N'EST PLUS FORCEMENT DE TUER LA BACTERIE, MAIS PLUTOT DE LA DESARMER. L'ETUDE DES SYSTEMES DE SECRETIONS ET DES PROTEINES EFFECTRICES CONSTITUE UN DES ENJEUX MAJEURS DANS LA COMPREHENSION DE LA VIRULENCE BACTERIENNE. NOUS AVONS UTILISE DANS CE BUT LE MODELE DE VIRULENCE, BRUCELLA SUIS, UN BACILLE A GRAM NEGATIF, QUI SURVIT ET SE MULTIPLIE AU SEIN DES CELLULES INFLAMMATOIRES TELLES QUE LES MACROPHAGES. AU COURS DE NOTRE TRAVAIL, NOUS AVONS MIS AU POINT UNE NOUVELLE STRATEGIE POUR IDENTIFIER LES PROTEINES SECRETEES PAR BRUCELLA DANS LE CYTOPLASME DES CELLULES PHAGOCYTAIRES, BASEE SUR LA SECRETION D'HYBRIDES OBTENUS PAR FUSION DE PROTEINES DE B. SUIS AVEC LA TOXINE YopP DE YERSINIA ENTEROCOLITICA. NOUS AVONS IDENTIFIE UNE NOUVELLE PROTEINE, BvfA (BRUCELLA VIRULENCE FACTOR A), QUI PRESENTE LES PROPRIETES ATTENDUES POUR UN FACTEUR DE VIRULENCE MAJEUR EN RELATION AVEC LE SEUL SYSTEME DE SECRETION CONNU CHEZ BRUCELLA, VirB : I) COMPORTEMENT DE MUTANT KNOCKOUT DE bvfA SIMILAIRE A CELUI DU MUTANT virB DURANT L'INFECTION INTRACELLULAIRE IN VITRO ET IN VIVO, II) CO-REGULATION DE L'EXPRESSION DE bvfA AVEC CELLE DE L'OPERON virB DURANT LA PERIODE D'ACIDIFICATION DU PHAGOSOME. DE PLUS, NOUS AVONS IDENTIFIE UNE NOUVELLE VOIE DE SORTIE DES PROTEINES RECEMMENT DECRITE CHEZ PSEUDOMONAS AERUGINOSA, LE SYSTEME TWIN-ARGININE TRANSLOCATION. DANS L'AVENIR, NOUS POUVONS IMAGINER QUE LE DEVELOPPEMENT DE NOUVELLES MOLECULES ANTIBACTERIENNES AURA POUR BUT DE CIBLER DES SYSTEMES DE SECRETIONS OU DES MOLECULES EFFECTRICES OU D'OPTIMISER L'ADMINISTRATION DES ANTIBIOTIQUES. CES DECOUVERTES AURONT DES RETOMBEES SUR LE TRAITEMENT DE PLUSIEURS BACTERIES PATHOGENES D'IMPORTANCE MAJEURE.
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Jouault, Albane. "Altérocine : une protéine antibiofilm secrétée par la bactérie marine Pseudoalteromonas sp. 3J6". Electronic Thesis or Diss., Lorient, 2019. http://www.theses.fr/2019LORIS588.
Abstract (sommario):
Le biofilm est un mode de vie qui confère aux bactéries une protection contre les agents antimicrobiens et pose un problème de santé publique qui nécessite de trouver une alternative aux traitements actuels. La bactérie marine Pseudoalteromonas sp. 3J6 et ses exoproduits (SN3J6) montrent une activité antibiofilm contre des bactéries marines et terrestres. Une protéine, nommée altérocine, a été extraite du SN3J6. Bien que présente chez plusieurs autres souches de Pseudoalteromonas, son rôle est encore inconnu dans les bases de données. Ce projet a été consacré à l’étude de l’altérocine. Les caractéristiques de cette protéine ainsi que celles de son gène, alt, ont dans un premier temps été étudiées. Le gène alt n’est pas organisé en opéron et plusieurs promoteurs potentiels ont été identifiés. Il est exprimé préférentiellement durant la phase stationnaire. Il code une protéine de 139 résidus incluant un peptide signal prédit, qui permettrait la sécrétion de l’altérocine mature (119 résidus). Aucune homologie de séquence n’a été observée entre l’altérocine et les protéines de fonction connue des bases de données. Afin de détecter plus facilement l’altérocine dans le surnageant de culture, des anticorps anti-altérocine ont été obtenus. Nous avons dans un second temps confirmé l’activité antibiofilm de l’altérocine par une production hétérologue chez une autre souche de Pseudoalteromonas et en comparant les biofilms obtenus en présence des surnageants de culture de cette souche et de sa souche mère. Nous avons montré que l’altérocine est un nouveau type de protéine antibiofilm dont la structure et le mode d’action restent à déterminer pour l’utiliser comme agent antibiofilmThe biofilm lifestyle gives bacteria a protection against antibacterial agents and leads to public health problems that require an alternative to current treatments. The marine bacterium Pseudoalteromonas sp. 3J6 and its exoproducts (SN3J6) display an antibiofilm activity against various bacteria from marine or terrestrial origin. A protein from SN3J6, named alterocin, was partially purified. Although the protein is found in several other Pseudoalteromonas strains, its function remains unknown. In this work, we studied the alterocin. We investigated the protein and gene characteristics at first. The gene alt, coding alterocin, is not part of an operon and several potential promoters were identified. According to our results, its expression seems subject to regulation as it is mainly expressed in stationary phase. It encodes a 139-residue protein with a putative leader peptide, which would allow the secretion of mature alterocin as a 119-residue protein. No sequence homology has been found between alterocin and other proteins of known function in data bases. Anti-alterocin antibodies were produced for an easily detection method. In a second time, we confirmed the antibiofilm activity of alterocin by heterologous production in another Pseudoalteromonas strain and comparing biofilms obtained in the presence of culture supernatants of either this strain or the parental strain. In this work, we showed that the alterocin is a new type of antibiofilm protein whose structure and mechanism of action remain to be elucidated to use it as antibiofilm agent
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Gammoudi, Ibtissem. "Biocapteur à base de bactéries pour le contrôle environnemental". Electronic Thesis or Diss., Bordeaux 1, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR14535.
Abstract (sommario):
Notre projet vise la conception d’un biocapteur ultra-sensible à base de bactéries pour la détection de métaux lourds (contrôle environnemental). Ces travaux concernent le développement de systèmes impédimétriques et à ondes acoustiques de Love, associés à une puce microfluidique et fonctionnalisés par des bactéries Escherichia coli immobilisées sur une multicouche de polyélectrolytes déposés par la méthode « Layer by Layer » . L’ étude fondamentale des interactions physiques-chimiques-biologiques mises en jeu lors des étapes de fonctionnalisation du capteur, et de son application à la détection de cadmium et de mercure, est également abordée, à travers le suivi en temps réel par le capteur acoustique, ainsi que par microscopie à force atomique en milieu sec ou liquide.Des seuils de détection inférieurs à 10-12M en quelques minutes ont été observésOur works aim the study of an ultra-sensitive bacteria-based biosensor for the detection of heavy metals (environmental control). They include the development of impedimetric and of Love acoustic wave devices, both associated with a microfluidic chip and functionalized with Escherichia coli immobilized on a polyelectrolyte multilayer deposited by the method "Layer by Layer." The theoretical study of physico-chemical interactions and biological phenomena involved during the steps of functionalization of the sensor surface, and during its application to the detection of cadmium and mercury, is also addressed through the real-time monitoring by the acoustic sensor and by atomic force microscopy in air or liquid medium. Detection threshold better than10-12M within only a few minutes have been observed
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Le, Barz Mélanie. "Étude des effets des acides gras oméga-3 et de nouvelles bactéries probiotiques pour contrer les désordres associés à l'obésité au niveau métabolique et intestinal". Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2017. http://www.theses.fr/2017IAVF0013.
Abstract (sommario):
L'épidémie d'obésité qui sévit à travers le monde, est liée à une augmentation de la prévalence des maladies métaboliques, telles que le diabète de type 2, les maladies cardiovasculaires ou encore la stéatose hépatique non alcoolique. Au cours des dernières décennies, la recherche s’est tournée vers l’analyse du microbiote intestinal et de nombreuses publications ont démontré un rôle important de la dysbiose microbienne dans le développement des maladies métaboliques. En effet, le tractus gastro-intestinal et le microbiote intestinal représentent une interface importante entre l'alimentation et l'organisme hôte. Dans ce contexte, l'utilisation de traitements d’origine alimentaire afin d’améliorer la santé gastro-intestinale pourrait prévenir le développement des désordres métaboliques liés à l'obésité.Dans une première étude, nous avons tenté de comprendre le rôle du microbiote intestinal dans les effets bénéfiques des acides gras oméga-3 sur la santé métabolique de l'hôte. Pour cela, nous avons réalisé un protocole animal afin de comparer les mécanismes d’action liés à la supplémentation orale d’huile de poisson riche en oméga-3, en contact direct avec le tractus-gastro-intestinal, avec les mécanismes qui ont été induits dans un modèle transgénique de souris capables de convertir les oméga-6 en oméga-3 de manière endogène. Nos résultats démontrent que les souris gavées avec l’huile de poisson, étaient totalement protégées contre le développement de la stéatose hépatique induite par la diète riche en gras. Au contraire, la résistance à l’insuline et l’intolérance au glucose ont été fortement diminuées chez les animaux transgéniques fat-1. Malgré des effets métaboliques différents, les deux modèles ont significativement réduit le taux de cholestérol circulant, ce qui pourrait être associé à l’augmentation importante du genre Allobaculum dans les fèces. Cependant, l’étude plus poussée du microbiote intestinal, ainsi que l’analyse prédictive de ses fonctions, démontrent des modulations bénéfiques plus importantes chez les souris gavées aux oméga-3. Cela suggère un rôle de l’axe-intestin foie dans les effets des oméga-3 contre le développement de la stéatose hépatique, qui pourraient notamment s’expliquer par l’augmentation de la production de propionate au niveau intestinal, pouvant être ensuite transporté jusqu’au foie par la veine porte.La seconde étude présentée en fait partie d’un vaste projet dont le but final est de sélectionner une nouvelle souche bactérienne présentant des propriétés anti-obésité, afin de l’incorporer dans des fromages et des yaourts, qui seront ensuite commercialisés. Les différents résultats obtenus démontrent que les souches Lb102, Bf141 et P35 ont significativement prévenu le gain de poids corporel induit par la diète riche en gras et en sucre, sans altérer la quantité de calories ingérées. Ces traitements ont également engendré une diminution de l’inflammation du tissu adipeux viscéral, de la résistance à l’insuline et/ou une augmentation de la tolérance au glucose. Malgré des effets métaboliques similaires et importants, l’analyse du microbiote intestinal et de l’expression des gènes du colon suggèrent des mécanismes d’action souche-dépendants. Il faut également noter que ces trois souches présentant un fort potentiel probiotique ont induit des effets métaboliques importants en affectant très peu la composition du microbiote intestinal. L’analyse du colon et du statut inflammatoire intestinal suggèrent des modulations de la fonction du microbiote, en particulier pour la souche P35, connue pour ses propriétés anti-inflammatoires, qui a démontré le plus d’améliorations au niveau intestinalThe obesity epidemic reaches alarming rate throughout the world. Obesity development is related to an increase in the prevalence of metabolic diseases, such as type 2 diabetes, cardiovascular diseases and non-alcoholic fatty liver disease. In the past decades, research turns into the analysis of the intestinal microbiota and many papers demonstrated an important role of microbial dysbiosis in the development of metabolic diseases. Indeed, the gastro-intestinal tract and gut microbiota represent a vast interface between diet and host organism. Gut dysbiosis is linked to metabolic inflammation and altered metabolism in obesity. In this context, the use of food-based treatments to improve gastro-intestinal health may help prevent obesity-linked metabolic syndrome.In a first study, we attempted to understand the role of the gut microbiota in the beneficial effects of omega-3 fatty acids in host’s metabolic health. Thus, we performed an in vivo protocol in order to compare the mechanisms related to a long-term oral supplementation of omega-3-rich fish oil, with mechanisms induced in a transgenic model of mice able to convert omega-6 into omega-3, endogenously. Our results demonstrated that mice gavaged with fish oil were totally protected against the development of liver steatosis induced by the high-fat diet. Whereas, insulin resistance and glucose intolerance were decreased in fat-1 transgenic animals. Despite different metabolic effects, both models also significantly reduced cholesterol level in plasma, and based on the literature, it may be associated with a significant increase in proportions of the genus Allobaculum in faeces. However, further investigation of gut microbiota and predictive analysis of its functions, demonstrated that oral omega-3 supplemented mice showed more modulations that fat-1 mice. It suggests a role of the gut-liver axis in the beneficial effects of omega-3 in prevention of hepatic steatosis development. It could be also explained by the increase in the production of propionate in the gut, which can then reach the liver through the portal vein.The second protocol reported in this manuscript, is a part of an important project whose final aim is to select a new bacterial strain presenting anti-obesity properties, in order to be incorporated into dairy products. Results showed that Lb102, Bf141 and P35 significantly prevented the body weight gain induced by the diet high-fat high-sucrose diet, without altering the amount of ingested calories. These treatments also resulted in a decrease of visceral adipose tissue inflammation, insulin resistance and/or an increase of glucose tolerance. Despite similar but important metabolic effects, analysis of the gut microbiota and gene expression in colon, suggest strain-dependent mechanisms. It should also be noted that these three strains demonstrated potent probiotic effects in prevention of obesity and related metabolic disorders without (or slightly) affecting the composition of gut microbiota. However, analysis of tissue and gut inflammatory status suggest modulations of microbial functions, especially for the P35 strain, known for its anti-inflammatory properties, which demonstrated more beneficial effects in the gastro-intestinal tract than other strains
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Miloud, Youssra. "Etude du potentiel bénéfique des souches de Rhizobium pour Medicago truncatula : symbiose, solubilisation du phosphate et lutte contre la verticilliose". Thesis, Toulouse, INPT, 2018. http://www.theses.fr/2018INPT0123/document.
Abstract (sommario):
En raison de leur capacité à former une symbiose avec des bactéries du sol appelées Rhizobium, ces bactéries fixent l’azote atmosphérique et leurs plantes-hôtes n’ont donc pas besoin de fertilisant azoté, les légumineuses jouent un rôle important dans l'agriculture. En outre, certaines souches de Rhizobium ont la capacité de solubiliser le phosphate, fournissant ainsi du phosphore assimilable aux plantes hôtes. Une aptitude à lutter contre certains agents pathogènes a aussi été démontrée dans plusieurs études. La présente étude évalue l’efficacité symbiotique de rhizobiums tunisiens, leur capacité à solubiliser le phosphate, et leur aptitude à lutter contre la verticilliose ainsi que d’autres champignons pathogènes chez Medicago truncatula. Trente-six isolats de rhizobiums prélevés sur des nodules racinaires de M. truncatula provenant de différentes régions de Tunisie ont été obtenus pour ce travail. Environ 60% de ces isolats étaient capables de solubiliser le phosphate in vitro. Dans une seconde étape, trois rhizobiums solubilisant le phosphate et un isolat incapable de solubiliser le phosphate in vitro ont été utilisés pour des essais en phytotron afin de voir l’effet de la présence des rhizobiums sur les paramètres de croissance des plantes en présence de phosphate inorganique sous forme de CaHPO4 et rocheux sous forme brute. Les résultats de l’essai montrent que les plantes de la lignée A17 traitées au CaHPO4, ont tendance à produire plus de nodules et de biomasse aérienne que la lignée F83005.5 et que la forme du phosphate utilisé, soluble ou non soluble, affecte les paramètres étudiés. L'inoculation de quatre lignées de M. truncatula avec 16 isolats de rhizobium sélectionnés auparavant a montré une interaction significative entre les isolats et les lignées pour la symbiose visible par la formation de nodules. Tous les isolats de rhizobium testés ont augmenté la biomasse aérienne des plantes, réduit la biomasse racinaire et entraîné une teneur plus élevée en azote mais l’effet dépendait de l’isolat de rhizobium et de la lignée de M. truncatula utilisés. Enfin, ces isolats ont été testés pour leur capacité à protéger des plantes de M. truncatula contre une maladie racinaire, la verticilliose. Des activités antagonistes in vitro contre divers champignons pathogènes dont Verticillium et Fusarium ont également été recherchées permettant d’identifier un isolat efficace pour la lutte biologique. Les résultats de cette étude suggèrent que des isolats de rhizobium sélectionnés pourraient être utilisés comme biofertilisants dans les sols pauvres pour réduire l'utilisation d'engrais chimiques azotés et phosphorés mais pas pour lutter contre la verticillioseBecause of their ability to form a symbiosis with soil bacteria called Rhizobium, legumes play an important role in agriculture. These bacteria fix atmospheric nitrogen; hence their host plants do not need nitrogen fertilizers. In addition, some strains of Rhizobium have the ability to solubilize phosphate, thus providing phosphorus to host plants. An ability to control certain pathogens has also been demonstrated in several studies. The present study evaluates the symbiotic efficiency of Tunisian rhizobia, their ability to solubilize phosphate, and their ability to control Verticillium wilt and other pathogenic fungi in Medicago truncatula. Thirty-six rhizobial isolates were obtained from root nodules of M. truncatula from different parts of Tunisia were used in this work. About 60% of these isolates were able to solubilize phosphate in vitro. In a second step, three phosphate solubilizing rhizobia and one isolate unable to solubilize phosphate in vitro were used for phytotron assays to see the effect of the presence of rhizobia on plant growth parameters in the presence of soluble and insoluble forms of phosphate. The results of the experiment show that A17 plants treated with CaHPO4, tend to produce more nodules and shoot biomass than F83005.5 and that the phosphate form used, soluble or non-soluble, affects parameters studied. Inoculation of four M. truncatula lines with 16 previously selected rhizobial isolates showed significant interaction between isolates and lines for symbiotic abilities as visualised by nodule formation. All rhizobial isolates tested increased above-ground biomass, reduced root biomass, and increased nitrogen content with strains effects of plant genotype and bacterial isolate. Finallly, these isolates were tested for their ability to protect M. truncatula plants against Verticillium wilt, and to inhibit the growth of pathogenic fungi such as Verticillium and Fusarium in vitro. However, no isolate could be identified as effective for biological control. The results of this study suggest that selected rhizobial isolates could be used as biofertilizers in poor soils to reduce the use of nitrogen and phosphorus fertilizers but not to control Verticillium wilt
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Hage, Mayssane. "Understanding the mechanisms of interactions at interfaces between bacteria and materials : development of anti-adhesion and anti-biofilm surfaces". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2018-2021), 2021. http://www.theses.fr/2021LILUR037.
Abstract (sommario):
L’environnement opératoire dans les domaines alimentaire et médical permet aux bactéries de se fixer et de se développer sur les surfaces, ce qui entraîne la formation de biofilms bactériens pathogènes et résistants. Ces structures pathogènes sont responsables de plusieurs maladies d'origine alimentaire et d'infections nosocomiales. Par conséquent, pour lutter contre ce fléau de santé publique, une approche possible est l'utilisation des technologies plasma froid pour l’élaboration de revêtements sur différents matériaux. Ce travail présente les différents facteurs influençant l'adhésion bactérienne à un substrat. En outre, les stratégies d’élaboration de revêtements passifs visant à prévenir la formation de biofilms par des traitements de surface par plasma froid sont décrites ainsi que les propriétés antiadhésives des surfaces élaborées. Les aspects généraux du revêtement, y compris les modifications physicochimiques de la surface et l'utilisation des technologies par plasma froid, sont également présentés. Dans ce contexte, une étude a été menée dans le but d'inhiber l'adhésion de la bactérie pathogène Salmonella enterica à la surface de l'acier inoxydable, via son traitement par plasma froid. Dans le but de limiter la formation du biofilm de Salmonella enterica, des revêtements organosiliciés à partir du monomère 1,1,3,3-tétraméthyldisiloxane, mélangé ou non à l’oxygène, ont été élaborés par polymérisation par plasma post-décharge micro-ondes d'azote. L'effet des paramètres du plasma froid sur les propriétés du revêtement, sur la topographie de la surface et sur l'adhésion des cellules Salmonella enterica a été étudié. Les résultats ont révélé que la topographie de la surface influençait de façon significative le taux d'adhésion des bactéries. En effet, les surfaces rugueuses n'ont pas inhibé l’adhésion de Salmonella enterica puisque le nombre de cellules adhérant à ces surfaces variait de 30 ± 4 à 65 ± 4 bactéries par champ microscopique. En revanche, un comportement anti-adhésif vis-à-vis de Salmonella enterica a été mis en évidence pour les surfaces plus lisses. En effet, le nombre de cellules attachées était proche de zéro sur ces revêtements. Une approche complémentaire à cette stratégie passive d'élaboration de surfaces anti-adhésives est le développement de surfaces actives. Les technologies émergentes de revêtements antimicrobiens actifs et efficaces permettent de relever le défi de l'élimination des biofilms pathogènes formés sur les matériaux utilisés dans les milieux hospitaliers et agroalimentaires. L'acier inoxydable est un matériau couramment utilisé dans ces domaines, mais il possède malheureusement des propriétés bio-fonctionnelles insuffisantes, ce qui le rend susceptible à l'adhésion bactérienne et au développement de biofilms. Dans ce contexte, cette thèse présente une revue des revêtements développés en employant des biocides et des peptides antimicrobiens (AMPs) greffés sur l'acier inoxydable. De plus, une nouvelle approche active basée sur l'acier inoxydable revêtu de nisine, un AMP commun accepté comme une alternative sûre pour prévenir le développement de biofilms pathogènes, est développée. Dans cette etude, des surfaces en acier inoxydable ont été fonctionnalisées par la nisine qui a été greffée à la surface soit via son groupe carboxylique ou via son groupe amino. En effet, les surfaces revêtues de nisine greffée via son groupe aminé ont montré une puissante activité antibactérienne tandis que la surface greffée avec la nisine liée par son groupe carboxyle n'a montré aucun effet antimicrobien. Les analyses des propriétés de surface ont permis de mieux comprendre les effets antibactériens, les caractéristiques chimiques et topographiques des surfaces traitées ainsi que la configuration et la quantification de la nisineThe operating environment in the food and medical fields allows bacteria to attach and grow on surfaces, resulting in the formation of pathogenic and resistant bacterial biofilms. These pathogenic structures are responsible for several foodborne illnesses and hospital-acquired infections. Therefore, to fight this public health scourge, one possible approach is the use of cold plasma technologies for the development of coatings on different materials. This work presents the different factors influencing bacterial adhesion to a substrate. In addition, strategies for the development of passive coatings to prevent biofilm formation by cold plasma surface treatments are described as well as the anti-adhesive properties of the developed surfaces. General aspects of coating, including physicochemical surface modifications and the use of cold plasma technologies, are also presented. In this context, a study was conducted to inhibit the adhesion of the pathogenic bacterium Salmonella enterica to the surface of stainless steel via cold plasma treatment. In order to limit the formation of Salmonella enterica biofilm, organosilicon coatings based on the monomer 1,1,3,3-tetramethyldisiloxane, mixed or not with oxygen, were elaborated by plasma polymerization with post-microwave nitrogen discharge. The effect of cold plasma parameters on coating properties, surface topography, and Salmonella enterica cell adhesion was studied. The results revealed that the surface topography significantly influenced the adhesion rate of bacteria. Indeed, rough surfaces did not inhibit Salmonella enterica adhesion as the number of cells adhering to these surfaces varied from 30 ± 4 to 65 ± 4 bacteria per microscopic field. On the other hand, an anti-adhesive behaviour towards Salmonella enterica was demonstrated for the smoother surfaces. Indeed, the number of attached cells was close to zero on these coatings. A complementary approach to this passive strategy of anti-adhesive surfaces is the development of active surfaces. Emerging technologies for effective active antimicrobial coatings are addressing the challenge of eliminating pathogenic biofilms formed on materials used in hospital and food processing environments. Stainless steel is a commonly used material in these fields, but unfortunately it has insufficient bio-functional properties, making it susceptible to bacterial adhesion and biofilm development. In this context, this thesis presents a review of coatings developed by employing biocides and antimicrobial peptides (AMPs) grafted onto stainless steel. In addition, a new active approach based on stainless steel coated with nisin, a common AMP accepted as a safe alternative to prevent the development of pathogenic biofilms, is developed. In this study, stainless steel surfaces were functionalized by nisin which was grafted to the surface either via its carboxyl group or via its amino group. Indeed, the surfaces coated with nisin grafted via its amino group showed a potent antibacterial activity while the surface grafted with nisin linked via its carboxyl group showed no antimicrobial effect. Analyses of the surface properties provided insight into the antibacterial effects, chemical and topographical characteristics of the treated surfaces, and the configuration and quantification of nisin
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Ntsogo, Enguene Véronique Yvette. "Nouvelle approche dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques des bactéries colonisant les poumons des patients atteints de mucoviscidose : reconstitution d'une pompe d'efflux de Pseudomonas aeruginosa". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCB146/document.
Abstract (sommario):
Les pompes d'efflux sont des complexes macromoléculaires qui permettent l'efflux des antibiotiques à travers les deux membranes (interne et externe). Ces pompes, spécifiques des bactéries Gram négatif, constituent l'un des acteurs majeurs du phénomène de résistance aux antibiotiques, en contribuant ainsi à la résistance intrinsèque et acquise de ces bactéries à de nombreuses molécules utilisées en antibiothérapie. Chez P. aeruginosa, ces pompes appartiennent pour la plupart à la famille des transporteurs RND. Ce sont des complexes tripartites constitués d'un transporteur de la membrane interne (RND), d'un adaptateur périplasmique (MFP) et d'un canal de la membrane externe (OMF). Ces composants ont été caractérisés individuellement chez de nombreuses bactéries. Cependant, les mécanismes qui régissent l'assemblage et la dissociation de la pompe, essentiels pour son fonctionnement, demeurent mal compris. Nous nous sommes donc intéressés au cours de ce travail aux pompes à efflux de Pseudomonas aeruginosa. Nous avons notamment procédé à la caractérisation structurale du canal OprN de la pompe MexEF-OprN impliquée dans la résistance aux fluoroquinolones et à la caractérisation biophysique du transporteur RND MexY de la pompe MexXY-OprM, spécifique des aminoglycosides. Nous avons étudié en parallèle le mécanisme d'ouverture du canal OprM seul in vitro (aspects structuraux) et in vivo (aspects fonctionnels) au sein de la pompe assemblée. Nos résultats montrent que les OMFs de P. aeruginosa présentent des similitudes avec les OMFs d'autres bactéries Gram négatif, mais également des différences, notamment pour OprN et OprM au niveau de l'interaction avec leurs partenaires ou encore pour OprM concernant l'ouverture du canal. Nous avons par ailleurs participé à l'étude in vitro de l'assemblage et du transport à travers la pompe MexAB-OprM, reconstituée au sein de protéoliposomes, confirmant l'importance de l'acylation de la MFP dans la formation du complexe et montrant l'importance de la force proto-motrice dans l'assemblage de la pompe mais pas dans sa dissociation. En parallèle de l'étude des pompes à efflux, nous nous sommes intéressés à un autre système de résistance, impliqué dans la dégradation des antibiotiques. Nous avons donc réalisé, en collaboration avec le Pr Patrick Plésiat (laboratoire de Bactériologie de Besançon), la modélisation de mutants de la beta-lactamase AmpC de P. aeruginosa, permettant de lier les effets fonctionnels observés à des hypothèses de modifications conformationnellesMultidrug efflux systems are membrane transport proteins that are used to translocate a wide variety of drugs across the inner and the outer membranes of Gram-negative bacteria, leading to natural and acquired antimicrobial resistances.Most of the multidrug transporters of P. aeruginosa belong to the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily.They function as three-component assemblies made of an inner membrane transporter (RND), a periplasmic membrane fusion protein (MFP) and an outer membrane factor channel (OMF). Along with functional studies, many crystal structures of the individual components of the pump have been solved but the interactions underlying the complex assembly and the opening mechanism of the outer channel remain unclear. In this study, we investigated structural and functional insights of P. aeruginosa efflux pumps. We solved the crystal structure of the MexEF-OprN efflux pump outer membrane channel OprN mainly involved in fluoroquinolones resistance. Our new structure highlights the differences between P. aeruginosa and other Gram-negative bacteria OMFs that could explain their specific interaction with the cognate MFP partners. We also purified and characterized the inner membrane transporter MexY from the MexXY-OprM efflux pump, which is the major determinant of aminoglycosides resistance in P. aeruginosa. Besides, we solved the crystal structure of a mutatedform of the outer membrane channel OprM in order to understand its opening mechanism. We also investigated in vivo effect of the OprM mutants in antibiotics resistance by MIC measurements and tried to correlate with the observed structural modifications leading to the open state. Moreover, we set up a new in vitro test allowing the investigation of the assembly of the MexAB-OprM efflux pump. Our results showed the importance of MexA and its lipid anchor in promoting and stabilizing the complex assembly. In addition, as a side project with the group of Pr Plésiat (laboratoire de Bactériologie de Besançon), we built different structural models of AmpC mutants from overproducing clinical isolates,showing the possible conformational changes that lead to the resistance increase
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A, Abdul Malik Shareen. "Defence on surface of Rhodophyta Halymenia floresii : metabolomic profile and interactions with its surface-associated bacteria". Electronic Thesis or Diss., Lorient, 2020. http://www.theses.fr/2020LORIS598.
Abstract (sommario):
Halymenia floresii, une Rhodophycée présente une surface remarquablement exempte d'épiphytes dans les conditions de l'Aquaculture MultiTrophique Intégrée (AMTI). Ce phénomène traduit la présence potentielle en surface de composés actifs allélopathiques. L'objectif de ce travail a été d'explorer les mécanismes de défense développés par H. floresii contre l'épibiose, de détecter et d'identifier les métabolites secondaires produits à la surface de l’algue et d'étudier les relations avec les bactéries épiphytes. Nous avons ainsi pu isoler la communauté épibactérienne de H. floresii cultivée dans des conditions contrôlées (AMTI) et non contrôlées (échantillons collectés in situ). Les épibactéries isolées ont été criblées in vitro pour analyser les signaux de détection de Quorum Sensing (QS). Les extraits produits en surface ont été analysés pour détecter toute interférence avec le Quorum Sensing. Les épibactéries pathogènes et non-pathogènes ont été différenciées par leur capacité à induire une maladie algale, le blanchiment. Vibrio owensii, ainsi que son signal C4-HSL QS, a été identifié comme pathogène opportuniste induisant un blanchiment. Les métabolites extraits de la surface et de cellules entières de H. floresii ont été analysés par LC-MS. Une base de données a été constituée à partir d’une analyse métabolomique non ciblée. Quarante et un métabolites actifs ont été identifiés, parmi lesquels les composés halogénés, des furanones et divers inhibiteurs étaient surreprésentés. Fait intéressant, les deux premières classes sont connues comme de puissants composés interférant avec le QS. La présence relativement élevée de métabolites allélopathiques à la surface de H. floresii soutient fortement l'hypothèse selon laquelle ils doivent être impliqués dans la protection de l'hôte. Des recherches supplémentaires seront nécessaires pour explorer l’ensemble des métabolites secondaires produits par H. floresii et leurs rôles chez l’algueThe surface of Halymenia floresii, a Mexican Rhodophyta, was observed to be remarkably free of epiphytes under Integrated MultiTrophic Aquaculture (IMTA) conditions. This suggests the presence of allelopathic active compounds released by this macroalgae. The aim of this work was to explore the defence mechanisms developed by H. floresii against surface epibiosis, to detect and identify the secondary metabolites produced at the surface of the algae, and to study its relation with surface associated bacteria. For the first time, we isolated the epibacterial community of H. floresii cultivated under controlled conditions (IMTA) and uncontrolled ones (beach-cast material collected in the area). The isolated epibacteria were screened in vitro to analyse Quorum Sensing (QS) signals, and others H. floresii surface extracts were assayed for any QS interference with them. We differentiated the epibacteria significant pathogens from the non- pathogens ones by their ability to induce bleaching, a well-known algal disease. Vibrio owensii was identified as an opportunistic pathogen inducing bleaching in H. floresii which was also associated to the presence of its C4-HSL QS signal. The surface and whole cell metabolites extracts from H. floresii specimens cultivated under controlled conditions were analysed by means of LC/MS. An untargeted metabolomic analysis of H. floresii was performed to provide a global metabolic profile as a first database. We identified ‘41’ active metabolites in H. floresii, among which halogenated compounds, furanones and various inhibitors were overrepresented. Interestingly, the first two classes are well known potent QS interfering compounds. The relatively higher occurrences of allelopathic metabolites at the surface of H. floresii strongly supports the hypothesis that they must be involved in the host protection. Further investigations are needed to explore the secondary metabolites of H. floresii et their role in the seaweed
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Loqman, Souad. "La lutte biologique contre la pourriture grise de la vigne: Isolement, caractérisation de souches de bactéries Actinomycétales antagonistes à partir des sols rhizosphériques de vignes saines sauvages d'origine marocaine". Reims, 2009. http://theses.univ-reims.fr/sciences/2009REIMS037.pdf.
Abstract (sommario):
L’objectif de ce travail de thèse s’inscrit dans la recherche et le criblage des actinomycètes PGPR capables de jouer un rôle important dans la lutte biologique contre Botrytis cinerea agent de la pourriture grise de la vigne, de promouvoir la croissance et/ou d’induire les mécanismes de défenses chez cette dernière. L'isolement des actinomycètes a été réalisé à partir des sols rhizosphériques de la vigne saine sauvage du Maroc (Errachidia, Sahara, Skoura, Tinjdad, Tinghir). Ainsi, 24 isolats (17%) parmi les 142 isolats se sont avérés capables de limiter la croissance de 4 champignons tests et seulement 9 isolats sélectionnés actifs sur les cinq champignons test y compris Botrytis cinerea. Nous avons montré que les 9 souches sélectionnées cultivent bien le milieu à base des exsudats racinaires. Cependant, 5 isolats seulement présentent un pouvoir antagoniste important vis-à-vis B. Cinerea sur ce milieu. Les études microscopiques des hyphes de Botrytis cinerea prélevés au niveau de la zone de confrontation avec les actinomycètes antagonistes montrent une dégradation partielle ou totale. Ceci a été confirmé par des observations réalisées en microscope à fluorescence en utilisant les colorants vitaux tels que le Red Nile et le Calcofluor white. Ces 5 souches montrent des propriétés PGPR, colonisent les surfaces racinaires, puis pénètrent dans les racines jusqu’aux feuilles de vitro plantules de vigne (Vitis vinifera L. ). De plus, en présence de ces souches, les plantes ne présentent pas les symptômes de la pourriture grise. L’identification des isolats sélectionnés par l’étude des caractères morphologiques, biochimiques et moléculaires a été réalisée. L’hybridation ADN/ADN avec les souches apparentées a confirmé que trois souches antagonistes SS38, SS40 et SS10 correspondent bien à des nouvelles espèces appartenants au genre Streptomyces. La souche SS38 a été retenue pour des investigations concernant la détermination de la structure moléculaire des principes actifs élaborés. En effet, nous avons pu purifier et identifier plusieurs molécules à partir de cette souche. .The aim of this study was to isolate PGPR Actinomycetes from wild healthy Vitis vinifera rhizosphere soil collected from several Moroccan regions in order to control Vitis vinifera grey mold agent Botrytis cinerea (Bc). In the course of our screening program for (Bc) antagonistic actinomycetes, we selected 142 isolates from 4 different Moroccan regions (Errachidia, Skoura, Tinjdad, Tinghir). Twenty four isolates were selected for their antifungal activity against Botrytis cinerea. Nine active isolates showing wide activity spectrum were screened for several PGPR capabilities. All 9 active isolates grow on Vitis vinifera root exudates. However, five only showed the antagonistic effect on this medium. They also produce the phytohormone-like compound of the IAA family, chitinases and siderophores making them very promising for plant growth stimulation (PGPB activity). The most powerful strains were then characterized on some physiological aspect (endophytic property, mineral phosphate solubilisation). The sequencing of the ARN 16S of these strains revealed that they are likely belonging to the genus Streptomyces. In the second part of this work, the fine taxonomic status of SS38, SS40 and SS10 strains was established using a polyphasic approach. Phylogenetic analysis based on the almost complete 16S rRNA gene sequence indicated that strain SS10 belongs to the Group I streptomycetes, branching off next to Streptomyces marokkonensis DSM 41918T from the Streptomyces violaceoruber group. DNA-DNA relatedness and phenotypic data distinguished strain SS10T from the phylogenetically closest related type strains. It is therefore proposed that strain SS10T (CCMM b35 T = DSM 41919T) represents the type strain of a novel Streptomyces species, for which the species name Streptomyces thinghirensis is proposed. SS38 strain is retained for the following investigations: extraction, purification and chemical structures identification of its produced compounds. .
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Le, Norcy Tiffany. "Étude et valorisation de composés naturels ou d’analogues de synthèse contrôlant l’adhésion de salissures marines". Electronic Thesis or Diss., Lorient, 2017. http://www.theses.fr/2017LORIS453.
Abstract (sommario):
Le développement de salissures marines (ou biofouling) est à l’origine de nombreux problèmes économiques et écologiques. Ces salissures marines sont constituées de microorganismes (bactéries, microalgues…) formant le microfouling sur lequel va se développer le macrofouling constitué de macroorganismes tels que les algues, coquillages et éponges. La formation de ces salissures va induire un ralentissement des navires provoquant une surconsommation de carburant. De plus, l’utilisation de revêtements antisalissures ou peintures antifouling à base de métaux lourds et de biocides dans le passé a conduit à des problèmes environnementaux. L’objectif de la thèse est de rechercher une alternative aux composés actuellement utilisés (cuivre) en respectant le milieu marin. L’environnement est une source d’inspiration, une approche biomimétique pourrait être une stratégie de lutte efficace contre le biofouling. Dans une première partie, un criblage d’une centaine de composés est réalisé contre des souches bactériennes. Huit composés issus des deux familles : les batatasins et les hemibastadins sont étudiées en vue de comprendre leurs modes d’action. Parmi les composés sélectionnés, la famille des hemibastadins comprenant le DiBromoHemiBastadin-1 (DBHB) a montré des propriétés antifouling prometteuses. En effet, cette molécule est capable d’inhiber 50 % la formation du biofilm avec une IC50= 6,44 µg/mL pour la bactérie Pseudomonas aeruginosa PAO1 et une IC50 = 12,8 µg/mL pour la bactérie marine Paracoccus sp. 4M6. Afin de comprendre le mode d’action de cette molécule, son impact sur la communication bactérienne, le quorum sensing est étudié et le composé DBHB est capable de l’inhiber. Dans une seconde partie, un autre groupe d’organismes participant au microfouling est étudié : les microalgues. Afin d’évaluer l’impact de composés de la famille des hemibastadins et notamment du DBHB, l’adhésion et la formation de biofilm de microalgues sont étudiées. Le DBHB montre des inhibitions de l’adhésion et de la formation du biofilm uniquement envers la diatomée Cylindrotheca closterium. Une dernière partie, s’est intéressée à l’évaluation de revêtements contenant six composés de la famille des batatasins et des hemibastadins sur le microfouling naturel. Une méthode d’immersion de revêtements en conditions contrôlées (photobioréacteur) est mise au point afin de pallier aux contraintes environnementales. L’ensemble de cette étude a permis de mettre en évidence les propriétés antifouling du DBHB et de caractériser son mode d’action. Ce composé offre d’intéressantes voies d’étude dans la lutte contre le biofouling. De plus, l’approfondissement des connaissances sur les procédés d’adhésion et de formation de biofilm de microalgues permet de définir de nouvelles stratégies de lutteBiofouling induces important economic and ecological problems. This phenomenon includes microorganisms (bacteria, microalgae…) giving the microfouling which allows the macrofouling development with algae, invertebrates and sponges. These organisms colonize every immersed surface as boat hull. The colonization induces reduced speed of ships and fuel overconsumption. In the past, the utilization of AF coatings with heavy metals or pesticides caused environmental problems. The purpose of the study is to find an alternative to AF compounds (copper) respecting the marine medium. The marine environment is an inspiration; a biomimetic approach could be an interesting strategy to inhibit biofouling. In a first part, a screening of one hundred compounds is realized against marine and terrestrial bacteria. Eight molecules from two families (batatasins and hemibastadins) are studied to understand the way of action. Among selected compounds, Dibromohemibastadin-1 (DBHB) from hemibastadin family shows promising AF activities. This molecule is able to inhibit the biofilm formation with an IC50 of 6,44 µg/mL against the bacterium Pseudomonas aeruginosa PAO1 and 12,8 µg/mL for the marine bacterium Paracoccus sp. 4M6. To identify the way of action of DBHB, the impact on the bacterial communication named quorum sensing is investigated. The molecule shows an anti-quorum sensing property. In a second part, another group participating at microfouling is studied: microalgae. In order to evaluate the impact of hemibastadin family in particular DBHB, microalgae adhesion and biofilm formation are characterized. DBHB induces inhibition only on the adhesion and the biofilm formation of the diatom Cylindrotheca closterium. The last part presents the formulation of coatings containing six compounds from the batatasin and hemibastadin families. These coatings have been immersed in a harbor to evaluate the impact on natural microfouling. Furthermore, a new method for the evaluation of AF coatings is developed in controlled conditions, in a photobioreactor. This method allows the evaluation of coatings on the formation of a mixed biofilm (bacteria and microalgae). This method has been established to avoid environmental constraints by immersion in natural condition. This study allows the characterization of the AF property of DBHB. This compound provides promising research path to limit biofouling. Moreover, the development of a test allowing adhesion and microalgae biofilm formation in dynamic condition improves the characterization of compounds activities
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Allal-Benfekih, Leila. "Recherches quantitatives sur le criquet migrateur Locusta migratoria (Orth. Oedipodinae) dans le Sahara algérien : perspectives de lutte biologique à l'aide de microorganismes pathogènes et de peptides synthétiques". Limoges, 2006. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/93dcc89f-6d2c-4a15-8fed-2f990c49f7fe/blobholder:0/2006LIMO0026.pdf.
Abstract (sommario):
Locusta migratoria ssp. Cinerascens a manifesté récemment des pullulations dans des périmètres irrigués du Sahara central algérien. Le cycle comprend trois générations. La 1ère se développe sur les céréales d’hiver et se caractérise par une forte variation temporelle de son sexe-ratio et par un stress de développement (asymétrie fluctuante des élytres). Les 2nde et 3ème se rencontrent sur sorgho et dans des maraîchages et ont un sexe-ratio plus équilibré et peu d’asymétrie fluctuante. L’étude des régimes alimentaires révèle l’originalité des L5 par rapport aux L4 et aux adultes. Les expériences de croissance sur le blé, le sorgho et des graminées adventices rendent compte des anomalies de croissance des populations développées sur le blé. Pour lutter contre ce ravageur, nous préconisons sur le terrain un désherbage des champs. En laboratoire, nous avons comparé l’efficacité de trois souches de B. Subtilis sur le TL50 des L5, la croissance et la résorption des ovocytes des adultes. La Cry-toxine Cry1 de B. Thuringiensis a un effet limitant sur la croissance des larves. Enfin, le neuropeptide-F extrait du Doryphore perturbe le fonctionnement ovarienLocusta migratoria ssp. Cinerascens have spread recently in irrigated perimeters in the Central Algerian Sahara. The cycle comprises three generations. The first one is developed on winter cereals and is characterised by a drastic temporal variation of its sex ratio and a development stress evidenced by the fluctuating asymmetry of tegmina. The second and third ones grow on Sorghum vulgare fields and vegetable gardens and show a balanced sex ratio and a low level of fluctuating asymmetry. The diet study revealed the originality of the L5 (fifth instar larvae) from the L4 and adults. The experiments of growth with different species of Poaceae given as food supply shed a light on the growth abnormality of populations developed on T. Durum. To control this insect pest, we recommend at the field level a careful weeding. At the laboratory level, we have tested the efficiency of three strains of B. Subtilis on the LT50 in L5, and on the development and resorption of oocytes in adults. B. Thuringiensis Cry1-toxin shows a limiting effect on larvae growth. Finally, the neuropeptide-F extracted from Potato beetle disturbs ovarian physiology
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Courtade, Anne. "Étude des interactions plante / micro-organismes dans le modèle maïs - Pseudomonas fluorescens M. 3. 1. - Fusarium roseum". Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1997. http://www.theses.fr/1997INPL022N.
Abstract (sommario):
L’étude du modèle maïs (Zea mays l. ) - Pseudomonas fluorescens M. 3. 1. - Fusarium roseum a été réalisée afin d'évaluer la capacité de la bactérie, non seulement à limiter l'effet pathogène du champignon, mais aussi à stimuler la croissance du maïs. Pseudomonas fluorescens M. 3. 1. Produit in vitro de l'acide indole 3-acétique (AIA), des composés solubilisant les phosphates inorganiques, des sidérophores de type pyoverdine, de l'acide cyanhydrique (HCN) et du 2,4-diacetylphloroglucinol (DAPG). Par des cultures sur milieu gélose, nous montrons d'une part que la bactérie limite la croissance mycélienne de Fusarium roseum et d'autre part que la production d'HCN ou la présence de DAPG extrait de surnageant de cultures bactériennes ont aussi un effet inhibiteur sur le champignon. Par ailleurs, des dénombrements bactériens et des marquages au 14C réalisés lors de cultures hydroponiques indiquent que les exsudats racinaires du maïs sont consommés par la bactérie. Nous montrons aussi qu'elle produit du DAPG lors de cultures dans un milieu contenant des exsudats racinaires concentrés. La colonisation racinaire a été évaluée par technique ELISA. Pseudomonas fluorescens M. 3. 1. Colonisé de manière homogène le rhizoplan et l'endorhizosphère de la racine séminale principale et ceci plus intensément qu'une autre souche de Pseudomonas fluorescens isolée de la rhizosphère de la tomate. Lors de la co-inoculation des 2 souches, la colonisation par la souche M. 3. 1. Est stimulée. En présence de la bactérie, l'exsudation racinaire tend à être stimulée. La mesure de la masse de matière sèche des différents organes des plants de maïs âgés de 10 jours fait ressortir un effet variable de l'inoculation. Néanmoins, après 19 jours de culture, les racines sont plus fines quand elles se sont développées en présence de Pseudomonas fluorescens m. 3. 1. Dans ce cas, la co-inoculation avec Fusarium roseum permet de compenser la diminution de ramification due à la présence de l'agent pathogène
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Dutilloy, Emma. "Biocontrôle des maladies du blé et de l'orge à l'aide de bactéries bénéfiques". Electronic Thesis or Diss., Reims, 2023. http://www.theses.fr/2023REIMS070.
Abstract (sommario):
Le blé (Triticum aestivum L.) et l'orge (Hordeum vulgare L.) figurent parmi les principales céréales cultivées dans le monde de par leur importance économique et sociale. Cependant, leurs rendements peuvent chuter de plus de 40% lorsqu'elles sont infectées par l'ascospore Zymoseptoria tritici, provoquant la septoriose du blé, et par Pyrenophora teres responsable de l'helminthosporiose de l'orge. Ainsi, afin de minimiser le recours aux produits phytosanitaires, l'objectif de cette thèse était d'identifier une souche pouvant réduire significativement les symptômes causés par ces deux agents pathogènes. La souche Bacillus velezensis BE2 DSM115797, a ainsi été retenue pour ses propriétés antifongiques, tant in vitro qu'in planta. Une étude approfondie des mécanismes d'action a révélé qu'en étant appliquée au niveau des racines de blé et d'orge, la bactérie réduisait significativement les symptômes foliaires, en induisant une résistance systémique de la plante. Des études transcriptomiques et métabolomiques ont confirmé que la bactérie, une fois appliquée, ne déclenchait pas de réponse de défense dans la plante. Cependant, après une infection pathogène, les plantes inoculées avec la souche BE2 démontraient une activation plus marquée de leurs mécanismes de défense, témoignant d'un effet de potentialisation chez la plante. À l'échelle de la bactérie, un antagonisme direct a également été démontré avec l'identification de métabolites secondaires présentant des effets antifongiques sur les deux champignons. De plus, la production de ces métabolites variait en fonction de la présence des pathogènesWheat (Triticum aestivum L.) and barley (Hordeum vulgare L.) are among the main cereals cultivated worldwide due to their economic and social significance. However, their yield can drop by more than 40% when infected by the ascospore Zymoseptoria tritici, causing wheat septoria, and by Pyrenophora teres, which causes net blotch. Therefore, to reduce the use of pesticides, this project aimed to identify a strain that can significantly reduce the symptoms caused by these two pathogens. The strain Bacillus velezensis BE2 DSM115797 was chosen for its antifungal properties, both in vitro and in planta. An in-depth study of the mechanisms of action revealed that, when applied to the roots of wheat and barley, the bacterium significantly reduced leaf symptoms, inducing systemic resistance in the plant. Transcriptomic and metabolomic studies confirmed that the bacteria, once applied, did not trigger an immediate response in the plant. However, after a pathogenic infection, plants inoculated with the BE2 strain showed a more pronounced activation of their defense mechanisms, leading to a potentiating effect in the plant. At the bacterial level, a direct antagonism was also demonstrated with the identification of secondary metabolites that have antifungal effects on both fungi. Moreover, the production of these metabolites varied based on the presence of the pathogens