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Articles de revues sur le sujet « Y-STR HAPLOTYPES »

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Auteur : Grafiati
Publié le 10 mars 2023

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1

Pardo-Seco, Jacobo, Alberto Gómez-Carballa, Xabier Bello, Federico Martinón-Torres et Antonio Salas. « Biogeographical informativeness of Y-STR haplotypes ». Science Bulletin 64, no 19 (octobre 2019) : 1381–84. http://dx.doi.org/10.1016/j.scib.2019.07.025.

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2

Hallenberg, Charlotte, Karsten Nielsen, Bo Simonsen, Juan Sanchez et Niels Morling. « Y-chromosome STR haplotypes in Danes ». Forensic Science International 155, no 2-3 (décembre 2005) : 205–10. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2004.12.019.

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3

Hallenberg, Charlotte, Bo Simonsen, Juan Sanchez et Niels Morling. « Y-chromosome STR haplotypes in Somalis ». Forensic Science International 151, no 2-3 (juillet 2005) : 317–21. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.01.011.

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4

Holmlund, Gunilla, Helena Nilsson, Andreas Karlsson et Bertil Lindblom. « Y-chromosome STR haplotypes in Sweden ». Forensic Science International 160, no 1 (juin 2006) : 66–79. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.05.008.

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5

Robino, C., S. Inturri, S. Gino, C. Torre, C. Di Gaetano, F. Crobu, V. Romano, G. Matullo et A. Piazza. « Y-chromosomal STR haplotypes in Sicily ». Forensic Science International 159, no 2-3 (juin 2006) : 235–40. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.05.015.

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Kido, Akira, Yuji Dobashi, Rie Susukida, Noboru Fujitani, Masaaki Hara et Masakazu Oya. « Y-Chromosomal STR Haplotypes in Indonesians ». Journal of Forensic Sciences 50, no 4 (2005) : 1–3. http://dx.doi.org/10.1520/jfs2005044.

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Mohyuddin, Aisha, Qasim Ayub, Raheel Qamar, Tatiana Zerjal, Agnar Helgason, S. Qasim Mehdi et Chris Tyler-Smith. « Y-chromosomal STR haplotypes in Pakistani populations ». Forensic Science International 118, no 2-3 (mai 2001) : 141–46. http://dx.doi.org/10.1016/s0379-0738(01)00382-6.

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8

Beleza, S., C. Alves, A. González-Neira, M. Lareu, A. Amorim, A. Carracedo et L. Gusmão. « Extending STR markers in Y chromosome haplotypes ». International Journal of Legal Medicine 117, no 1 (février 2003) : 27–33. http://dx.doi.org/10.1007/s00414-002-0317-8.

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Fondevila, Manuel, Juan Carlos Jaime, Antonio Salas, Marı́a Victoria Lareu et Ángel Carracedo. « Y-chromosome STR haplotypes in Córdoba (Argentina) ». Forensic Science International 137, no 2-3 (novembre 2003) : 217–20. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2003.07.006.

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Hashiyada, Masaki, Toshio Nagashima, Yukio Itakura, Jun Sakai, Yoshimasa Kanawaku, Jun Kanetake, Masayuki Nata et Masato Funayama. « 12 Y-chromosomal STR haplotypes in Japanese ». Forensic Science International 158, no 2-3 (mai 2006) : 204–12. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.04.035.

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Mizuno, Natsuko, Hiroaki Nakahara, Kazumasa Sekiguchi, Kanako Yoshida, Minoru Nakano et Kentaro Kasai. « 16 Y chromosomal STR haplotypes in Japanese ». Forensic Science International 174, no 1 (janvier 2008) : 71–76. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2007.01.032.

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Dobashi, Yuji, Akira Kido, Noboru Fujitani, Rie Susukida, Masaaki Hara et Masakazu Oya. « Y-chromosome STR haplotypes in a Bangladeshi population ». Legal Medicine 7, no 2 (mars 2005) : 122–26. http://dx.doi.org/10.1016/j.legalmed.2004.08.005.

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Hallenberg, Charlotte, Carmen Tomas, Bo Simonsen et Niels Morling. « Y-chromosome STR haplotypes in males from Greenland ». Forensic Science International : Genetics 3, no 4 (septembre 2009) : e145-e146. http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigen.2008.11.012.

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Siriboonpiputtana, T., U. Jomsawat, T. Rinthachai, J. Thanakitgosate, J. Shotivaranon, N. Limsuwanachot, P. Polyorat et B. Rerkamnuaychoke. « Y-chromosomal STR haplotypes in Central Thai population ». Forensic Science International : Genetics 4, no 3 (avril 2010) : e71-e72. http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigen.2009.06.007.

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Gusmão, Leonor, Cı́ntia Alves, Sandra Beleza et António Amorim. « Y-chromosome STR defined haplotypes in North Portugal ». International Congress Series 1239 (janvier 2003) : 349–52. http://dx.doi.org/10.1016/s0531-5131(02)00284-4.

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Holmlund, G. « Y-chromosome STR haplotypes in a Swedish population ». International Congress Series 1239 (janvier 2003) : 343–48. http://dx.doi.org/10.1016/s0531-5131(02)00305-9.

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Spiroski, Mirko, Todor Arsov, Carmen Krüger, Sascha Willuweit et Lutz Roewer. « Y-chromosomal STR haplotypes in Macedonian population samples ». Forensic Science International 148, no 1 (février 2005) : 69–73. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2004.04.067.

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Ballard, D. J., C. Phillips, C. R. Thacker, C. Robson, A. P. Revoir et D. Syndercombe Court. « Y chromosome STR haplotypes in three UK populations ». Forensic Science International 152, no 2-3 (septembre 2005) : 289–305. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2004.10.006.

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Roewer, Lutz, Carmen Krüger, Sascha Willuweit, Marion Nagy, Heike Rodig, Lyudmila Kokshunova, Thomas Rothämel et al. « Y-chromosomal STR haplotypes in Kalmyk population samples ». Forensic Science International 173, no 2-3 (décembre 2007) : 204–9. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2006.11.013.

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Hou, Yiping, Ji Zhang, Dahong Sun, Yinbi Li, Jin Wu, Sizhong Zhang et Mechthild Prinz. « Typing Y Chromosome STR Haplotypes Using Redesigned Primers ». Journal of Forensic Sciences 47, no 1 (1 janvier 2002) : 15229J. http://dx.doi.org/10.1520/jfs15229j.

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Luo, Li, Lilan Yao, Siyu Chai, Hao Zhang, Min Li, Jian Yu, Xijie Hu, Chengtao Li, Yingnan Bian et Pengyu Chen. « Forensic characteristics and population construction of two major minorities from southwest China revealed by a novel 37 Y-STR loci system ». Royal Society Open Science 8, no 7 (juillet 2021) : 210447. http://dx.doi.org/10.1098/rsos.210447.

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Résumé :
Y-chromosome short tandem repeats (Y-STRs) have become important supplementary evidence in forensic science. Nowadays, the Y-chromosome STR haplotype reference database (YHRD) contains abundant Y-STR haplotype data from all over the world, while haplotype data of Guizhou Miao and Tujia are scarce. Hence, genetic polymorphisms of 37 Y-STRs were investigated in 446 unrelated males (206 Miao males and 246 Tujia males) residing in Guizhou Province. A total of 206 and 242 unique haplotypes with the highest diversity value of 0.9665 and 0.9470 were obtained. The heatmap, multidimensional scaling (MDS), the unweighted pair-group method with arithmetic means (UPGMA) tree and principal component analysis (PCA) based on the genetic distance (Rst) value within our studied populations and other 26 populations indicated that population structures follow the boundary of the continent. Guizhou Miao and Guizhou Tujia populations have intimate relationships with East Asian populations, especially the geographically close, similar history and the same language family populations.
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Yin, Caiyong, Kaiyuan Su, Ziwei He, Dian Zhai, Kejian Guo, Xueyun Chen, Li Jin et Shilin Li. « Genetic Reconstruction and Forensic Analysis of Chinese Shandong and Yunnan Han Populations by Co-Analyzing Y Chromosomal STRs and SNPs ». Genes 11, no 7 (3 juillet 2020) : 743. http://dx.doi.org/10.3390/genes11070743.

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Résumé :
Y chromosomal short tandem repeats (Y-STRs) have been widely harnessed for forensic applications, such as pedigree source searching from public security databases and male identification from male–female mixed samples. For various populations, databases composed of Y-STR haplotypes have been built to provide investigating leads for solving difficult or cold cases. Recently, the supplementary application of Y chromosomal haplogroup-determining single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for forensic purposes was under heated debate. This study provides Y-STR haplotypes for 27 markers typed by the Yfiler™ Plus kit and Y-SNP haplogroups defined by 24 loci within the Y-SNP Pedigree Tagging System for Shandong Han (n = 305) and Yunnan Han (n = 565) populations. The genetic backgrounds of these two populations were explicitly characterized by the analysis of molecular variance (AMOVA) and multi-dimensional scaling (MDS) plots based on 27 Y-STRs. Then, population comparisons were conducted by observing Y-SNP allelic frequencies and Y-SNP haplogroups distribution, estimating forensic parameters, and depicting distribution spectrums of Y-STR alleles in sub-haplogroups. The Y-STR variants, including null alleles, intermedia alleles, and copy number variations (CNVs), were co-listed, and a strong correlation between Y-STR allele variants (“DYS518~.2” alleles) and the Y-SNP haplogroup QR-M45 was observed. A network was reconstructed to illustrate the evolutionary pathway and to figure out the ancestral mutation event. Also, a phylogenetic tree on the individual level was constructed to observe the relevance of the Y-STR haplotypes to the Y-SNP haplogroups. This study provides the evidence that basic genetic backgrounds, which were revealed by both Y-STR and Y-SNP loci, would be useful for uncovering detailed population differences and, more importantly, demonstrates the contributing role of Y-SNPs in population differentiation and male pedigree discrimination.
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González-Neira, Annabel, Leonor Gusmão, Marı́a Brión, Marı́a Victoria Lareu, António Amorim et Angel Carracedo. « Distribution of Y-chromosome STR defined haplotypes in Iberia ». Forensic Science International 110, no 2 (mai 2000) : 117–26. http://dx.doi.org/10.1016/s0379-0738(00)00156-0.

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Fernandes, Ana Teresa, António Brehm, Leonor Gusmão et António Amorim. « Y-chromosome STR haplotypes in the Madeira archipelago population ». Forensic Science International 122, no 2-3 (novembre 2001) : 178–80. http://dx.doi.org/10.1016/s0379-0738(01)00495-9.

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Robino, C., S. Gino, U. Ricci, P. Grignani, C. Previdere et C. Torre. « Y-chromosomal STR haplotypes in an Albanian population sample ». Forensic Science International 129, no 2 (septembre 2002) : 128–30. http://dx.doi.org/10.1016/s0379-0738(02)00224-4.

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Gusmão, Leonor, Paula Sánchez-Diz, Cı́ntia Alves, Sandra Beleza, Alexandra Lopes, Angel Carracedo et António Amorim. « Grouping of Y-STR haplotypes discloses European geographic clines ». Forensic Science International 134, no 2-3 (juillet 2003) : 172–79. http://dx.doi.org/10.1016/s0379-0738(03)00160-9.

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Fernandes, Ana, et António Brehm. « Y-chromosome STR haplotypes in the Açores Archipelago (Portugal) ». Forensic Science International 135, no 3 (août 2003) : 239–42. http://dx.doi.org/10.1016/s0379-0738(03)00202-0.

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Barbarii, Ligia Elena, Burkhard Rolf et Dan Dermengiu. « Y-chromosomal STR haplotypes in a Romanian population sample ». International Journal of Legal Medicine 117, no 5 (1 octobre 2003) : 312–15. http://dx.doi.org/10.1007/s00414-003-0397-0.

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Zhu, Bo Feng, Zhen Yuan Wang, Chun Hua Yang, Xiao Song Li, Jun Zhu, Guang Yang, Ping Huang et Yao Liu. « Y-chromosomal STR haplotypes in Chinese Uigur ethnic group ». International Journal of Legal Medicine 119, no 5 (18 juin 2005) : 306–9. http://dx.doi.org/10.1007/s00414-005-0549-5.

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Lacerenza, D., S. Aneli, C. Di Gaetano, R. Critelli, A. Piazza, G. Matullo, C. Culigioni, R. Robledo, C. Robino et C. Calò. « Investigation of extended Y chromosome STR haplotypes in Sardinia ». Forensic Science International : Genetics 27 (mars 2017) : 172–74. http://dx.doi.org/10.1016/j.fsigen.2016.12.009.

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Beleza, S., B. Quintans, A. Salas, A. Amorim, A. Carracedo et L. Gusmão. « Microgeographic substructure of NW Iberian Y chromosome STR haplotypes ». International Congress Series 1261 (avril 2004) : 296–98. http://dx.doi.org/10.1016/s0531-5131(03)01501-2.

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Çakır, A. Hadi, Ayşen Çelebioğlu et Emel Yardımcı. « Y-STR haplotypes in Central Anatolia region of Turkey ». Forensic Science International 144, no 1 (août 2004) : 59–64. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2004.02.008.

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Li, Kang Long, Liu Kai et Ma Yuming. « Y chromosome STR haplotypes of Tibetan Living Tibet Lassa ». Forensic Science International 172, no 1 (octobre 2007) : 79–83. http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2006.08.010.

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Rossi, E., B. Rolf, M. Schürenkamp et B. Brinkmann. « Y-Chromosome STR haplotypes in an Italian population sample ». International Journal of Legal Medicine 112, no 1 (8 décembre 1998) : 78–81. http://dx.doi.org/10.1007/s004140050206.

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Mertens, Gerhard, Els Jehaes, Gitte Leijnen, Steven Rand, Werner Jacobs et Eric Van Marck. « Twelve-Locus Y-STR Haplotypes in the Flemish Population ». Journal of Forensic Sciences 52, no 3 (mai 2007) : 755–57. http://dx.doi.org/10.1111/j.1556-4029.2007.00445.x.

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Alves, C., L. Gusmão, J. Meirinhos et A. Amorim. « Making the most of Y-STR haplotypes : The HapYDive ». International Congress Series 1288 (avril 2006) : 201–3. http://dx.doi.org/10.1016/j.ics.2005.09.034.

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Song, Wenqian, Nan Xiao, Shihang Zhou, Weijian Yu, Ni Wang, Linnan Shao, Ying Duan et al. « Non-invasive prenatal paternity testing by analysis of Y-chromosome mini-STR haplotype using next-generation sequencing ». PLOS ONE 17, no 4 (1 avril 2022) : e0266332. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0266332.

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Résumé :
Objectives To assess the efficacy of Y-chromosome mini-STR-based next-generation sequencing (NGS) for non-invasive prenatal paternity testing (NIPPT). Methods DNA was extracted from the plasma of 24 pregnant women, and cell-free fetal DNA (cffDNA) haplotyping was performed at 12 Y-chromosome mini-STR loci using the Illumina NextSeq 500 system. The cffDNA haplotype was validated by the paternal haplotype. Subsequentlly, the paternity testing parameters were attributed to each case quantitatively. Results The biological relationship between the alleged fathers and infants in all 24 family cases were confirmed by capillary electrophoresis (CE). The Y-chromosome mini-STR haplotypes of all 14 male cffDNA were obtained by NGS without any missing loci. The alleles of cffDNA and paternal genomic DNA were matched in 13 cases, and a mismatched allele was detected at the DYS393 locus in one case and considered as mutation. No allele was detected in the 10 female cffDNA. The combined paternity index (CPI) and probability of paternity calculation was based on 6 loci Y-haplotype distributions of a local population. The probability of paternity was 98.2699–99.8828% for the cases without mutation, and 14.8719% for the case harboring mutation. Conclusions Our proof-of-concept study demonstrated that Y-chromosome mini-STR can be used for NGS-based NIPPT with high accuracy in real cases, and is a promising tool for familial searching, paternity exclusion and sex selection in forensic and medical applications.
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Нилогов, Алексей Сергеевич. « GENETIC AND GENEALOGICAL RESEARCH OF SOME KHAKASS CLANS ». Tomsk Journal of Linguistics and Anthropology, no 2(36) (25 novembre 2022) : 127–48. http://dx.doi.org/10.23951/2307-6119-2022-2-127-148.

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Résumé :
Рассматривается вопрос интерпретации персональных гаплотипов современных этнических хакасов применительно к их частным генеалогиям. В ходе ДНК-тестирования Y-хромосомы хакасов получены разномаркерные панели гаплотипов, которые были использованы для определения гаплогрупп, а главное – для сравнения с персональными устными и архивно-документальными родословными доноров с целью верификации родства. Новизна этого генетико-генеалогического (генетеалогического) исследования заключалась в соотнесении восьми частных хакасских фамилий (Угдыжеков из сеока суғ харғазы, Шульбереков из сеока таяс, Сагатаев из сеока хара пилтiр, Боргояков из сеока хобый, Сандараев из сеока сойыт, Тархановы из сеока шуш, Торосов из сеока пилтiр, Майнагашевы из сеока том) с объективными генетическими маркерами Y-хромосомы, взятыми от десяти доноров. Два 37-маркерных STR-гаплотипа Тархановых, принадлежащие донорам из хакасского субэтноса кызыльцев (Шарыповский район Красноярского края), как и бельтирский 37-маркерный гаплотип Торосовых, публикуются впервые. Полностью атрибутировано (вплоть до ФИО) шесть хакасских гаплотипов. Большинство ДНК-тестов проведено в американской коммерческой компании Family Tree DNA (Хьюстон, Техас, США) для гаплотипов разной длины – от 12 до 111 STR-маркеров. Для всех представленных хакасских гаплотипов необходимо сделать полногеномное секвенирование Y-хромосомы на выявление SNP-мутаций вплоть до определения семейных терминальных снипов. Поскольку родословные бельтиров являются самыми глубокими среди хакасских субэтносов, уходя в XVI в., постольку первостепенно гаплотипировать и снипировать мужских потомков из бельтирских фамилий/сеоков. В перспективе это позволит применять новую методологию расширительно – например, для картирования/идентификации хакасских родов/сеоков в виде филогенетических деревьев (по образцу древа гаплогрупп Y-хромосомы человека YFull YTree). Имеющиеся анонимные популяционно-генетические данные, полученные учеными из лаборатории эволюционной генетики НИИ Медицинской генетики Томского НИМЦ, непригодны для проведения калибровки реконструированных документальных родословных, а потому весь потенциал новой верификационной методологии остается нераскрытым. The article considers the interpretation of personal haplotypes of the modern ethnic Khakass with regard to their private genealogies. During DNA testing of the Khakass’ Y-chromosome, different marker panels of haplotypes were obtained, which were used to determine haplogroups, and most importantly – to compare with personal oral and archival-documentary genealogies of donors in order to verify kinship. The novelty of this genetic-genealogical (genetealogical) study involves correlating eight private Khakass surnames (Ugdyzhekov, Shulberekov, Sagataev, Borgoyakov, Sandaraev, Tarkhanov, Torosov, Mainagashev) with objective genetic markers of the Y-chromosome obtained from ten donors. Two 37-marker STR-haplotypes of the Tarkhanovs belonging to donors from the Khakass subethnos of the Kyzyl people (the Sharypovo District of the Krasnoyarsk Region), as well as the Beltir 37-marker haplotype of the Torosovs, are published for the first time. Six Khakass haplotypes were fully attributed (up to the full name). Most of DNA tests were carried out in the American Commercial Company “Family Tree DNA” (Houston, Texas, USA) for haplotypes of different lengths – from 12 to 111 STR markers. For all the presented Khakass haplotypes, it is necessary to perform genome-wide sequencing of the Y-chromosome to detect SNP mutations up to the definition of familial terminal snips. Since the Beltirs’ genealogies are the deepest among the Khakass subethnoses, going back to the 16th century, it is primary to haplotype and snip male descendants from the Beltir families/seoks. In the future, this will allow us to apply the new methodology extensively – for example, for mapping/identification of Khakass kinships/seoks in the form of phylogenetic trees (modeled on the human Y-chromosome haplogroup tree YFull YTree). The currently available anonymous population-genetic data obtained by scientists from the Laboratory of Evolutionary Genetics of the Research Institute of Medical Genetics of Tomsk National Research Medical Center are unsuitable for calibration of reconstructed documentary genealogies, and therefore the full potential of the new verification methodology remains undiscovered.
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Šehović, Emir, Martin Zieger, Lemana Spahić, Damir Marjanović et Serkan Dogan. « A glance of genetic relations in the Balkan populations utilizing network analysis based on in silico assigned Y-DNA haplogroups ». Anthropological Review 81, no 3 (1 septembre 2018) : 252–68. http://dx.doi.org/10.2478/anre-2018-0021.

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Résumé :
Abstract The aim of this study is to provide an insight into Balkan populations’ genetic relations utilizing in silico analysis of Y-STR haplotypes and performing haplogroup predictions together with network analysis of the same haplotypes for visualization of the relations between chosen haplotypes and Balkan populations in general. The population dataset used in this study was obtained using 23, 17, 12, 9 and 7 Y-STR loci for 13 populations. The 13 populations include: Bosnia and Herzegovina (B&H), Croatia, Macedonia, Slovenia, Greece, Romany (Hungary), Hungary, Serbia, Montenegro, Albania, Kosovo, Romania and Bulgaria. The overall dataset contains a total of 2179 samples with 1878 different haplotypes. I2a was detected as the major haplogroup in four out of thirteen analysed Balkan populations. The four populations (B&H, Croatia, Montenegro and Serbia) which had I2a as the most prevalent haplogroup were all from the former Yugoslavian republic. The remaining two major populations from former Yugoslavia, Macedonia and Slovenia, had E1b1b and R1a haplogroups as the most prevalent, respectively. The populations with E1b1b haplogroup as the most prevalent one are Macedonian, Romanian, as well as Albanian populations from Kosovo and Albania. The I2a haplogroup cluster is more compact when compared to E1b1b and R1b haplogroup clusters, indicating a larger degree of homogeneity within the haplotypes that belong to the I2a haplogroup. Our study demonstrates that a combination of haplogroup prediction and network analysis represents an effective approach to utilize publicly available Y-STR datasets for population genetics.
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Aler, Mercedes, Antonio Salas, Paula Sánchez-Diz, Eduardo Murcia, Angel Carracedo et Marina Gisbert. « Y-chromosome STR haplotypes from a Western Mediterranean population sample ». Forensic Science International 119, no 2 (juin 2001) : 254–57. http://dx.doi.org/10.1016/s0379-0738(00)00432-1.

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