Littérature scientifique sur le sujet « Transformation alchimique »

En venant s’immiscer dans l’expérience que le sujet novarinien fait de la langue française dans les deux pièces à l’étude, le gallicisme et le barbarisme activent à dessein une dissolution du sujet dans le but de le faire renaître dans un nouvel ordre linguistique et corporel. Trois topiques assistent à ce conflit langagier : la présence, l’identité et l’affectivité. Véritable processus de discours en acte, le théâtre novarinien est alchimique, mettant en relief la valeur organique des mots et leur pouvoir de transformation.

Au travers de l’étude des traités alchimiques proposant des recettes de transmutation en particulier (xvie-xviiesiècles), la contribution examine les formes lexicales et visuelles pour désigner la transmutation, cette opération de transformation des métaux ou de mélange de métaux qui crée la pierre philosophale ou au moins permet l’aboutissement intellectuel du savant qui le réussit. Le désir de métamorphose est donc signalé par un processus de digression, variation et changement des vocables et des paysages traversés, par un ralentissement du moment de la transformation qui surexpose l’instant du passage vers l’univers où aura lieu la modification.

Les facteurs explicatifs de l’abandon scolaire sont connus. Les éléments constitutifs du raccrochage, c’est-à-dire le retour en formation dans un établissement de remédiation du décrochage scolaire, le sont moins. L’article porte sur les jeunes qui, après une période plus ou moins longue de déscolarisation, décident d’un retour en formation. La question centrale porte sur les vecteurs de la décision de ce retour. Pour répondre, le raccrochage est lié à l’action du processus temporel et au sens donné à l’événement. L’article pose d’abord le cadre politique et sociologique de la lutte contre le décrochage scolaire, puis problématise l’action du processus temporel sur les parcours des jeunes. Il présente enfin un modèle séquentiel du décrochage-raccrochage axé sur la fonction du temps comme incubateur de la volonté de raccrocher et de l’événement comme déclencheur du recours effectif au dispositif. L’article montre que le temps et l’événement sont les ingrédients d’une alchimie de transformation de la volonté en acte. Cette démonstration permet en conclusion d’interroger le temps court des politiques de lutte contre le décrochage, qui s’ajuste mal au temps long des processus de raccrochage.

« L'alchimie de la couleur - éclairer les nanomondes » est un projet de recherche-création imaginé pour mettre à l'épreuve les certitudes de nos perceptions, en exposant des objets d'or et d'argent sculptés à nanoéchelle, invisibles à tout procédé optique, qui a donné lieu à deux installations complémentaires : A Thousand Shades of Green, an Attempt - nanolithographies, une nanogravure sur un disque de verre, et Alchimie de la lumière - nanosculptures. Colorer est un geste artistique, une utilisation sensible de la lumière associée à la perception visuelle humaine. Mais colorer relève aussi de processus physico-chimiques associés à l'interaction entre les photons et la matière moléculaire des pigments et des encres. Les couleurs des nanoparticules procèdent d'une autre interaction lumière-matière. Plus petites que les photons qui les frappent, les nanosculptures métalliques s'électrisent et dévient la course de l'arc-en-ciel. La couleur n'est plus ici une propriété moléculaire d'absorption de la lumière par des pigments ou des colorants, mais une résonance qui rend tangible la forme. Cette résonance photonique de la lumière avec des textures nanométriques appartient à la famille de la coloration structurelle. Elle diffère de cette dernière par les interférences qui se produisent lorsque l'objet est plus grand, d'une fraction de micron, soit environ la moitié de la longueur d'onde du photon. Les pigments classiques absorbent la lumière, comme les plantes : elles apparaissent vertes, car la chlorophylle absorbe le bleu et le rouge du spectre visible. L'un des objectifs anciens de l'alchimie était de transmuter la matière, le plomb en or, le cuivre en argent. Dans le présent projet, les sculptures nanométriques qui interfèrent avec la lumière sont faites d'or et d'argent, et l'alchimie se réfère ici à la transmutation des photons en plasmons. Dans une inversion des rôles, des artefacts invisibles d'or et d'argent effectuent, devant les spectateur.ices, la transformation alchimique de la lumière, produisant de nouvelles couleurs, comme si la lumière et les couleurs étaient de la matière. A Thousand Shades of Green, an Attempt représente l'essai de nanogravure, par lithographie électronique, d'un milliard de cylindres en or de diamètre grandissant - de 50 à 100 nanomètres - sur un disque de verre de 2 cm2. La gravure, d'une surface trop grande par rapport aux techniques actuelles (limitées à 1mm2), se retrouve arrachée par endroits au cours du processus, laissant apparaître un monde d'irisations vertes, orange et bleues. Alchimie de la lumière nanosculptures sont deux installations qui ressemblent à des cabinets de curiosités, créées pour l'exposition « OU\/ERT » à Bourges (2019) et Bourges Contemporain 2021. Les formes en verre, isolées ou créant un paysage, changent de couleur en fonction des transformations de la scène lumineuse. Les formes soufflées contiennent des nanoparticules métalliques, produites par assemblage chimique, qui émettent mille nouvelles nuances de vert selon l'angle de notre regard. La solution aqueuse de nanoparticules apparaît ainsi verte en lumière directe et orange ou bleue en transparence. Les deux installations constituent ainsi une forme moderne de vanités. Dans la peinture classique, les biens terrestres, l'argent, les instruments scientifiques ou encore les symboles de la connaissance étaient représentés éparpillés ou brisés sur le sol, pour évoquer le fait que tout cela reste vain face à une réalité supérieure, inaccessible, transcendante. Ici, la nanogravure du disque est brisée et les parfaites nanosphères d'argent et d'or sont invisibles, et ne révèlent leur présence que dans la transformation de la lumière en de multiples nuances de couleurs qu'elles performent, la dimension sensible prenant le dessus sur la sensibilité du contrôle.

Alchemy of Color: Enlightening Nanoworlds is a research/creation project designed to challenge the certitudes of our perception, by presenting gold and silver objects sculpted at a nanoscale, invisible to all optical processes. The result is two complementary installations: A Thousand Shades of Green, an Attempt – nanolithographies, a nanoengraving on a glass disk, and Alchimie de la lumière – nanosculptures. Coloring is an artistic gesture, a sensitive use of light associated with human visual perception. But coloring is also a physicochemical process associated with the interaction between photons and the molecular matter of pigments and inks. The colors of nanoparticles are a consequence of another light and matter interaction. Smaller than the photons that strike them, the metal nanosculptures are electrified and deflect the rainbow’s path. Here, color is no longer a molecular property of light absorption by pigments or dyes but a resonance that makes form tangible. This photonic resonance of light with nanoscale textures belongs to the family of structural coloration. It differs from the latter through interferences that occurs when the object is larger, a fraction of a micron in size, about half the photon’s wavelength. Classical pigments absorb light, as do plants: they appear green since the chlorophyl absorbs the blue and the red of the visible spectrum. One of alchemy’s ancient goals was to transmute matter, lead into gold, copper into silver. In the present project, the nanoscale sculptures that interfere with light are made of gold and silver and the alchemy refers here to the transmutation of the photons into plasmon. In an inversion of roles, invisible gold and silver objects are performing, in front of the spectator, the alchemical transformation of light, producing new colors, as if light and colors were matter. A Thousand Shades of Green, an Attempt, is a nano engraving test using electronic lithography employing millions of gold cylinders, whose diameters increase from 50 to 100 nanometers, on a 2-square-centimeter glass disk. During the process, some parts of the metal layer deposited through the lithographic mask—too large for current technologies (limited to 1 square millimeter)—are torn away when the mask is peeled off. The damaged areas then reveal a world of iridescence, in green, orange, and blue. The two installations, Alchimie de la lumière – nanosculptures, resemble cabinets of curiosity cabinet; they were created for the exhibition OU\/ERT in Bourges (2019) and Bourges contemporain in 2021. The glass forms, isolated or creating a landscape, change color according to the transformations of the light scene. The blown forms contain metallic nanoparticles, produced by chemical assembly, which emit a thousand new shades of green, depending on the angle that we look at it from. The aqueous nanoparticle solution thus appears green when seen in direct light and orange or blue in transparency. Thus, the two installations constitute a modern form of vanities. In classical painting, earthly goods, money, scientific instruments, or symbols of knowledge were represented scattered or broken on the ground, alluding to their all being in vain with respect to a higher, inaccessible reality, a transcendence. Here, the nano engraving on the disk is broken and the perfect silver and gold nano spheres are invisible and only reveal their presence in the transformation of light into the multiple shades produced, the sensible dimension taking over the sensitive control.

Les informations au niveau atomique sont essentielles pour décrire la structure et la dynamique des complexes biomoléculaires. Les travaux présentés dans cette thèse visent à explorer et à améliorer les techniques informatiques expliquant la formation de complexes, quantifiant les énergies libres de liaison ou décrivant la dynamique de systèmes multi-composants. J'ai d'abord développé un protocole pour calculer l'énergie libre de liaison d'un complexe protéine-ligand. Il s'appuie sur des transformations alchimiques réalisées dans un cadre mécanique statistique rigoureux. Le protocole est distribué au sein du plugin BFEE2, un outil conçu pour aider l'utilisateur à préparer tous les fichiers d'entrée nécessaires et à effectuer le post-traitement des simulations d'estimation d'affinité de liaison. La dynamique moléculaire (MD) et les simulations alchimiques ont été utilisées pour fournir des informations sur la formation de complexes protéiques spécifiques en termes de structure et de dynamique. L'ensemble des protéines Dpr et DIP, qui jouent un rôle clé dans la neuromorphogenèse du système nerveux de Drosophila melanogaster, offre un paradigme riche pour en apprendre davantage sur la reconnaissance protéine-protéine. De nombreux membres de la sous-famille DIP réagissent de manière croisée avec plusieurs membres de la famille Dpr et vice-versa. Bien qu'il existe un total de 231 hétérodimères Dpr-DIP possibles, seules 57 paires « apparentées » ont été détectées par des expériences de résonance plasmonique de surface (SPR), ce qui suggère que les 174 paires restantes ont une affinité de liaison faible ou peu fiable. Ici, j'ai évalué les performances des approches informatiques pour quantifier les affinités de liaison entre les protéines Dpr et DIP et j'ai identifié, au moyen d'une série de mutations ponctuelles, les résidus interfaciaux régissant la spécificité du processus de reconnaissance. En m'appuyant sur les transformations alchimiques, j'ai développé une méthode de simulation hybride dynamique moléculaire hors équilibre - Monte Carlo (neMD/MC) visant à améliorer l'échantillonnage de membranes inhomogènes, en contournant la lente diffusion latérale des différents constituants. Des molécules lipidiques choisies aléatoirement sont échangées pour générer des configurations qui sont ensuite acceptées ou rejetées selon un critère Metropolis basé sur le travail alchimique associé à la tentative d'échange calculé via une trajectoire courte. Les performances de l'algorithme hybride neMD/MC et sa capacité à échantillonner la distribution des lipides à proximité d'une hélice transmembranaire portant une charge nette sont illustrées pour un mélange binaire de lipides chargés et zwitterioniques. Pour maintenir l'équilibre entre un système simulé et un bain environnant infini, une version modifiée de l'algorithme neMD/MC a été développée, dans laquelle un lipide choisi au hasard dans le système simulé est échangée avec un lipide prélevé dans un système séparé faisant office de système thermodynamique. « réservoir » avec la fraction molaire souhaitée pour tous les composants lipidiques. En parallèle de ces simulations, la dynamique des canaux ioniques pentamères ligand-dépendants (pLGIC) est étudiée. Lors de la liaison avec un agoniste, la conformation des protéines change pour contrôler le transport des ions vers et hors des cellules. À l'aide de diverses structures liées à des récepteurs nicotiniques, des simulations MD sont calculées. La conductivité et la stabilité du pore des pLGICs à l'état désensibilisé sont mesurées. Il a également été démontré que les fonctions de ces protéines dépendent de la composition lipidique. En recourant à des simulations alchimiques, la différence d'affinité protéine-lipide est calculée avec des lipides anioniques et zwitterioniques liés à la protéine
Atomic-level information is essential to describe the structure and dynamics of biomolecular assemblies. The work presented in this thesis aims to explore and enhance computational techniques explaining the formation of complexes, quantifying binding free energies or describing the dynamics of multi-components systems. I first developed a protocol to compute the binding free energy of a ligand buried in a membrane protein. It relies on alchemical transformations carried out in a rigorous statistical mechanical framework. The protocol is distributed within the BFEE2 plugin, a tool designed to assist the end user in preparing all the necessary input files and performing the post-treatment of the simulations towards the final estimate of the binding affinity. Molecular Dynamics (MD) and alchemical simulations have been employed to provide insights into the formation of specific protein complexes in terms of structure and dynamics. The set of Dpr and DIP proteins, which play a key role in the neuromorphogenesis in the nervous system of Drosophila melanogaster, offer a rich paradigm to learn about protein-protein recognition. Many members of the DIP subfamily cross-react with several members of the Dpr family and vice-versa. While there exists a total of 231 possible Dpr-DIP heterodimer, only 57 “cognate” pairs have been detected by surface plasmon resonance (SPR) experiments, suggesting that the remaining 174 pairs have low or unreliable binding affinity. Here I assessed the performance of computational approaches to in quantifying the binding affinities between Dpr and DIP proteins and I identified by means of a series of point mutations, the interfacial residues governing the specificity of the recognition process. Building on alchemical transformations, I developed a hybrid nonequilibrium molecular dynamics - Monte Carlo (neMD/MC) simulation method aimed at enhancing the sampling of inhomogeneous membranes, circumventing the slow lateral diffusion of the various constituents. Randomly chosen lipid molecules are swapped to generate configurations that are subsequently accepted or rejected according to a Metropolis criterion based on the alchemical work associated to the attempted swap calculated via a short trajectory. The performance of the hybrid neMD/MC algorithm and its ability to sample the distribution of lipids near a transmembrane helix carrying a net charge are illustrated for a binary mixture of charged and zwitterionic lipids. To enforce equilibrium between a simulated system and an infinite surrounding bath, a modified version of the neMD/MC algorithm was developed, in which a randomly chosen lipid molecule in the simulated system is swapped with a lipid picked in a separate system standing as a thermodynamic “reservoir” with the desired mole fraction for all lipid components. Membrane proteins function has been shown to depend on the lipid organization within the membrane either through averaged bulk effect or specific binding. A well-known class of protein exhibiting such a dependance is the family of pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs). Upon the binding of a neurostransmitter, the conformation of these proteins changes establing a ionic current at the synapse junctions, transforming therby a chemical into an electric signal. Here, we generated several MD trajectories of various agonist-bound structures of nicotonic acethlycholine receptors solved by cryoEM, providing a molecular basis shedding light on the desensitization process. The conductivity and the stability of the pore of the pLGICs in a desensitized state are measured. The functions of these proteins have also been shown to depend on lipid composition. Finally, we employed alchemical tranformations to quantify the relative binding affinities of anionic and zwitterionic lipids at putative pLGIC binding sites, enlightening how lipids modulate the fonction of these proteins

But : comparer le processus de transformation intérieure au cours de la psychothérapie par le Jeu de Sable avec la transformation du néophyte au cours des rites d'initiation chez les Chamans, dans l'Alchimie et dans les cultes à mystères en Egypte et en Grèce. Méthodologie : Analyse de 856 photos des jeux de sable construits par 28 enfants de 4 à 12 ans. Conclusion : Il existe une similitude entre le processus de transformation vécu en psychothérapie et la première des trois étapes de l'initiation vécue par le néophyte. On retrouve dans les jeux de sable des scénarios archétypiques qui peuvent être classés dans des catégories spécifiques associées aux différentes étapes de la transformation intérieure décrites dans les mythes initiatiques.