Littérature scientifique sur le sujet « Système CRISPR »
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Articles de revues sur le sujet "Système CRISPR"
1
Croteau, Félix R., Geneviève M. Rousseau et Sylvain Moineau. « Le système CRISPR-Cas ». médecine/sciences 34, no 10 (octobre 2018) : 813–19. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2018215.
Texte intégralRésumé :
CRISPR-Cas est un système immunitaire adaptatif utilisé par de nombreux microbes pour se défendre contre l’invasion d’acides nucléiques tels que les génomes viraux et autres éléments génétiques mobiles. Le système microbien utilise son locus CRISPR pour stocker de l’information génétique afin de produire des ARN guides. Ces derniers, de concert avec des endonucléases (Cas), empêchent des invasions futures. Des parties de ce système microbien ont été exploitées pour développer un puissant outil d’édition des génomes dans une panoplie d’organismes. La capacité de CRISPR-Cas9 à couper efficacement et à des endroits très précis de l’ADN pourrait peut-être permettre un jour de guérir certaines maladies génétiques humaines. La malléabilité de cet outil d’édition rend possible une variété d’applications allant de la modulation de l’expression de gènes à des modifications épigénétiques. Les locus CRISPR représentent également une mine d’informations pouvant servir de méthode de typage de souches microbiennes ou encore une façon d’étudier les interactions entre les bactéries et leurs habitats.
2
Ballouhey, Océane, Marc Bartoli et Nicolas Levy. « CRISP(R)ation musculaire ». médecine/sciences 36, no 4 (avril 2020) : 358–66. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020081.
Texte intégralRésumé :
Les dystrophies musculaires sont un ensemble de pathologies musculaires rares, caractérisées par une faiblesse et une dégénérescence progressive du muscle. Ce sont des maladies d’origine génétique causées par la mutation d’un ou de plusieurs gènes impliqués dans les fonctions musculaires. Malgré des progrès significatifs réalisés dans le champ des biothérapies au cours des dernières années, il n’existe pas, à ce jour, de traitement curatif disponible pour ces pathologies. Les études menées depuis la découverte de l’outil d’édition génomique CRISPR-Cas9 ont néanmoins permis des avancées significatives et prometteuses dans le traitement des dystrophies musculaires. Le système CRISPR-Cas9 permet une édition stable et permanente du génome et doit permettre d’éviter les traitements longs et répétitifs. Dans cette revue, nous aborderons les dernières avancées thérapeutiques utilisant le système CRISPR-Cas9 dans le cadre des dystrophies musculaires d’origine génétique.
3
Friot, Adèle, Blanche Dekeyzer, Armelle Guingand, Justine Guguin, Amélie Joly et Sylvia Vuillier. « Du locus CRISPR bactérien, une forme d’immunité adaptative, à un outil général d’édition du génome ». médecine/sciences 34, no 5 (mai 2018) : 395–96. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20183405999.
Texte intégralRésumé :
Les Nouvelles suivantes ont été rédigées par les étudiants de Master 1 de biologie de l’École normale supérieure de Lyon à l’issue de l’UE microbiologie moléculaire et structurale (2017-18). Le Master de biologie de l’ENS de Lyon, cohabilité par l’université Claude Bernard Lyon 1, accueille chaque année environ 50 étudiants en M1 et en M2 et propose une formation de haut niveau à la recherche en biosciences. Chaque étudiant y construit son parcours à la carte en choisissant ses options parmi un large panel de modules, favorisant ainsi une approche pluridisciplinaire des sciences du vivant, et ce en relation étroite avec les laboratoires de recherche du tissu local, national et international. À partir d’articles scientifiques publiés récemment dans le domaine de la microbiologie, les étudiants ont travaillé en binômes ou trinômes, accompagnés par l’équipe pédagogique, pour extraire les principaux messages à retenir de ces articles et les transmettre de façon claire aux lecteurs de médecine/sciences. Le dossier suivant illustre ainsi quelques aspects du système CRISPR/Cas en microbiologie, avec, d’une part, la description de nouveaux systèmes CRISPR/Cas et de leurs fonctions physiologiques chez les bactéries, et, d’autre part, leurs applications en bactériologie pour l’édition de génomes bactériens, mais aussi en virologie pour le criblage pangénomique de facteurs d’hôte pro- ou antiviraux ou pour la génération de modèles animaux.
4
Casane, Didier, et Patrick Laurenti. « Le cas CRISPR, mutations «ready-made» et évolution lamarckienne d’un système immunitaire adaptatif ». médecine/sciences 32, no 6 (juin 2016) : 640–45. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20163206029.
Texte intégral
5
Tremblay, Jacques P. « CRISPR, un système qui permet de corriger ou de modifier l’expression de gènes responsables de maladies héréditaires ». médecine/sciences 31, no 11 (novembre 2015) : 1014–22. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20153111016.
Texte intégral
6
Castino, Garance, Martin Guillemet, Amélie Joly et Anaïs Vignon. « Le système CRISPR/Cas : un outil d’édition des génomes pour le développement de modèles animaux d’infections virales ». médecine/sciences 34, no 5 (mai 2018) : 403–5. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20183405011.
Texte intégral
7
Dekeyzer, Blanche, Marie Hoareau et Gabriel Laghlali. « Utiliser le système CRISPR/Cas9 SAM (synergic activation mediator) pour identifier des facteurs de restriction antiviraux par criblage génomique ». médecine/sciences 34, no 5 (mai 2018) : 401–3. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20183405010.
Texte intégral
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Chaudhry, Ahsen Tahir, et Daud Akhtar. « Gene Therapy and Modification as a Therapeutic Strategy for Cancer ». University of Ottawa Journal of Medicine 6, no 1 (11 mai 2016) : 44–48. http://dx.doi.org/10.18192/uojm.v6i1.1564.
Texte intégralRésumé :
Gene therapy is an exciting new field of personalized medicine, allowing for medical procedures that can target diseases such as cancer in novel ways. Technologies that involve gene transfer treatments allow for the insertion of foreign DNA into tumour cells, resulting in restored protein expression or altered function. Gene therapy can also be used as a form of immunotherapy, either by modifying cancer cells to make them better targeted by the immune system, or by modifying the body’s immune cells to make them more aggressive towards tumours. Additionally, oncolytic virotherapy uses classes of genetically modified viruses that can specifically target and interfere with tumour cells. The ongoing development of the CRISPR/Cas9 gene editing tool may also have promise in future therapeutic applications, with the tool being capable of removing cancer-causing, latent viral infections, such as HPV, from afflicted cells. Nonetheless, there are still many questions of safety, efficacy, and commercial viability which remain to be resolved with many gene therapy procedures. There is also emerging controversy over the ethical, legal, and moral implications that modifying the genetic content of human beings will have on society. These concerns must be confronted and addressed if the benefits promised by gene therapy are to be properly realized. La thérapie génétique est un nouveau domaine d’étude médicale personnalisée qui permet de cibler des maladies spécifiques comme le cancer de façon innovatrice. Cette thérapie utilise le transfert de gènes avec une insertion d’ADN étrangère dans les cellules cancéreuses dans le but de restaurer l’expression des protéines et de retrouver la fonction cellulaire. La thérapie génétique peut aussi être utilisée comme une forme d’immunothérapie, soit en modifiant les cellules cancéreuses pour qu’elles soient mieux ciblées par le système immunitaire ou en modifiant les cellules immunitaires du corps pour les rendre plus agressives envers les tumeurs. De plus, une virothérapie oncolytique utilise des virus génétiquement modifiés qui peuvent cibler spécifiquement et interférer avec des cellules cancéreuses. Le développement du système d’édition génétique CRISPR/Cas9 s’avère prometteur pour les applications thérapeutiques futures. Cet outil est capable d’enlever les infections virales latentes dans les cellules affectées qui peuvent causer le cancer, tel que l’HPV. Malgré ces découvertes, plusieurs questions importantes demeurent quant à la sécurité et à l’efficacité de leur application. Il s’agit d’un domaine controversé avec des implications éthiques, légales, et morales, car le tout implique une modification du contenu génétique humain. Ces inquiétudes doivent être adressées afin de pouvoir continuer à explorer les bienfaits de cette thérapie génétique. En poursuivant la recherche dans ce domaine, il serait possible de valider cette thérapie et optimiser ses bienfaits.
9
Yanik, M., W. Wende et K. Stieger. « Genome Editing Tools und ihr Einsatz in der experimentellen Augenheilkunde ». Klinische Monatsblätter für Augenheilkunde 234, no 03 (23 janvier 2017) : 329–34. http://dx.doi.org/10.1055/s-0042-119205.
Texte intégralRésumé :
ZusammenfassungNeue molekularbiologische Werkzeuge revolutionieren zurzeit die Genomchirurgie (genome editing) mit weitreichendem Einfluss auch auf die experimentelle Augenheilkunde. Neben den bereits etablierten Systemen wie den Zinkfingernukleasen (ZFN) oder Transcription-activator-like-Effector-Nukleasen (TALEN) sind es insbesondere die CRISPR-/Cas-Systeme (CRISPR: clustered regularly interspaced short palindromic repeats; Cas: CRISPR-associated), die überraschend einfach einen gezielten und präzisen Schnitt im Genom lebender Zellen ermöglichen. Dieser DNA-Doppelstrangbruch wird in der Zelle mittels NHEJ (non-homologous end joining) oder HDR (homology directed repair) repariert und kann ausgenutzt werden, um ein defektes Gen zu deaktivieren oder mithilfe einer korrekten Gensequenz zu reparieren. Die Genome-Editing-Technologie eröffnet damit bisher ungeahnte Möglichkeiten in der Grundlagenforschung, Biotechnologie, biomedizinischen Forschung bis hin zu ersten klinischen Anwendungen. Neurodegenerative Erkrankungen der Netzhaut stehen dabei aufgrund der guten Zugänglichkeit und des Immunprivilegs des Auges mit im Fokus des Interesses von Forschern und Firmen.
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Reboud-Ravaux, Michèle. « Dégradation induite des protéines par des molécules PROTAC et stratégies apparentées : développements à visée thérapeutique ». Biologie Aujourd’hui 215, no 1-2 (2021) : 25–43. http://dx.doi.org/10.1051/jbio/2021007.
Texte intégralRésumé :
Alors que, pour la plupart, les médicaments actuels sont de petites molécules inhibant l’action d’une protéine en bloquant un site d’interaction, la dégradation ciblée des protéines, découverte il y a une vingtaine d’années via les petites molécules PROTAC, connaît aujourd’hui un très grand développement, aussi bien au niveau universitaire qu’industriel. Cette dégradation ciblée permet de contrôler la concentration intracellulaire d’une protéine spécifique comme peuvent le faire les techniques basées sur les acides nucléiques (oligonucléotides antisens, ARNsi, CRISPR-Cas9). Les molécules PROTAC sont des chimères hétéro-bifonctionnelles capables de lier simultanément une protéine spécifique devant être dégradée et une E3 ubiquitine ligase. Les PROTAC sont donc capables de provoquer l’ubiquitinylation de la protéine ciblée et sa dégradation par le protéasome 26S. De nature peptidique, puis non peptidique, les PROTAC sont maintenant administrables par voie orale. Ce détournement du système ubiquitine protéasome permet aux molécules PROTAC d’élargir considérablement le champ des applications thérapeutiques puisque l’élimination de protéines dépourvues de poches ou de crevasses bien définies, dites difficiles à cibler, devient possible. Cette technologie versatile a conduit à la dégradation d’une grande variété de protéines comme des facteurs de transcription, des sérine/thréonine/tyrosine kinases, des protéines de structure, des protéines cytosoliques, des lecteurs épigénétiques. Certaines ligases telles que VHL, MDM2, cereblon et IAP sont couramment utilisées pour être recrutées par les PROTAC. Actuellement, le nombre de ligases pouvant être utilisées ainsi que la nature des protéines dégradées sont en constante augmentation. Deux PROTAC sont en étude clinique pour les cancers du sein (ARV471) et de la prostate (ARV110). La dégradation spécifique d’une protéine par le protéasome peut aussi être induite par d’autres types de molécules synthétiques : colles moléculaires, marqueurs hydrophobes, HaloPROTAC, homo-PROTAC. D’autres constituants cellulaires sont aussi éligibles à une dégradation induite : ARN-PROTAC pour les protéines se liant à l’ARN et RIBOTAC pour la dégradation de l’ARN lui-même comme celui du SARS-CoV-2. Des dégradations induites en dehors du protéasome sont aussi connues : LYTAC, pour des chimères détournant la dégradation de protéines extracellulaires vers les lysosomes, et MADTAC, pour des chimères détournant la dégradation par macroautophagie. Plusieurs techniques, en particulier des plates-formes de criblage, la modélisation mathématique et la conception computationnelle sont utilisées pour le développement de nouveaux PROTAC efficaces.
Thèses sur le sujet "Système CRISPR"
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Garneau, Josiane. « Caractérisation du système CRISPR-CAS chez Streptococcus thermophilus ». Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26441/26441.pdf.
Texte intégral
2
Parrot, Camila. « Création d'un système rapporteur pour l'étude de mutations de p53 ». Thesis, Bordeaux, 2016. http://www.theses.fr/2016BORD0198.
Texte intégralRésumé :
Le cancer est responsable de plus de 15% des décès. L’activation d’oncogènes et l’inactivation de gènes suppresseurs de tumeur contribuent à la transformation des cellules. Dans 50% des cas de cancers le gène TP53 est muté. C’est pourquoi comprendre les conséquences de ces mutations est indispensable pour développer des tests permettant de cibler p53 dans le cadre de thérapies. Dans cette étude nous avons utilisé la nouvelle technique de modification de génomes, CRISPR-Cas9. Cette technique a été utilisée dans le but d’introduire des mutations spécifiques de TP53 dans le génome de fibroblastes non tumoraux. Nous avons alors analysé les effets de ces mutations au niveau transcriptionnel et protéomique. Ces analyses aideront à identifier les effets spécifiques de chaque mutation de p53. Ces résultats seront utilisés pour établir des lignées cellulaires permettant de cribler et d’identifier des composés capables de restaurer la fonction sauvage de p53Cancer is responsible for more than 15% of human deaths. Activation of oncogenes and inactivation of tumor suppressor genes contribute to malignant transformation of cells. Mutations of the tumor suppressor gene TP53 are observed in about 50% of human cancers. Therefore, it is of high interest to understand functional consequences of TP53 mutations in order to develop biological tests that allow targeting mutant p53 for oncotherapy. In this study we use CRISPR-Cas9, the latest genome editing technique, for introducing specific TP53 mutations into the genome of a non-tumoral fibroblast cell line. We analyze the effects of p53 mutations at the transcriptomic and proteomic level. These analyses will help identifying gene- and pathway-specific effects of distinct p53 mutations. These results will be used for establishing cell lines that allow high throughput screening, in order to discover new chemical compounds that are able to restore crucial functions of mutant p53 proteins
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Prat, Florence. « Les solutions pour prévenir de la génotoxicité du système CRISPR-Cas9 ». Thesis, Bordeaux, 2020. http://www.theses.fr/2020BORD0322.
Texte intégralRésumé :
Le système CRISPR-Cas9 a révolutionné le monde de la génétique. Il est aujourd’hui utilisé dans de nombreux domaines de recherches comme la médecine, l’agronomie, l’environnement etc. Il commence également à être utilisé en clinique. Cependant, depuis quelques années, de plus en plus d’études soulignent les risques génotoxiques de la nucléase Cas9. Alors que les premières études s’intéressaient au manque de spécificité et aux risques hors cibles du système et que des solutions ont été apportées, les nouvelles constatations pointent du doigt les risques de génotoxicité au locus ciblé. En effet, des risques d’apparition d’insertions/délétions non voulue au locus lors d’expériences d’HDR, d’inversion de séquences, de larges délétions chromosomiques terminales ont été décrits. Le travail de thèse présenté ici a pour but de trouver des solutions contre ces évènements génotoxiques au locus ciblé. Dans un premier temps, nous avons développé des solutions dans les lignées cellulaires, et les cellules souches hématopoïétiques en développant le système nickase, puis nous nous sommes intéressés aux cellules humaines pluripotentes induites avec l’utilisation d’un guide allèle-spécifique. Enfin, nous avons mis au point un système sensible de détection des risques génotoxiques dans des cellules diploïdes immortalisées afin de mieux les caractériser. Bien que très efficace, CRISPR-Cas9 nucléase reste un outil à optimiser. Des contrôles qualités doivent être mis en place pour une utilisation correcte de ce nouvel outil révolutionnaire pour la biologie et ses limites doivent être connues pour mieux les maitriserCRISPR-Cas9 system has revolutionized genetic world. Nowadays, it is used in various research domains as medicine, agronomy, environment… It is also involved in clinic. However, for a few years, more and more studies have underlined the Cas9 genotoxicity risks. As the first studies focused on the system lack of specificity and on its off-target risks, solutions were brought. Now, new ascertainments emphasize the on-target genotoxic risks. Indeed, non-desired insertions / deletions at the locus in HDR experiments, sequence inversions, large chromosomic truncations were described. The thesis work presented here, aims at finding solutions against these on-target genotoxic risks. In a first time, we have developed solutions in cell lines and hematopoietic stem cells with the nickase system development, and then we have focused on human induced pluripotent stem cells with the use of an allele-specific guide. Finally, we have worked out in sensitive detection genotoxic risks system in immortalized diploid cells to characterized them better. Quality controls must be set up to a correct use of this new biologic revolutionary tool and its limits must be known to controlled them better
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Maikova, Anna. « The CRISPR-Cas system of human pathogen Clostridium difficile : function and regulation ». Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. http://www.theses.fr/2019UNIP7091.
Texte intégralRésumé :
Clostridium difficile (nouveau nom Clostridioides difficile) est une bactérie à Gram-positif, sporulante, anaérobie stricte, présente dans le sol et les environnements aquatiques, ainsi que dans le tractus intestinal des mammifères. C. difficile est l’un des principaux clostridies pathogènes. Cette bactérie est devenue un vrai problème de santé publique associé à l'antibiothérapie dans les pays industrialisés. La diarrhée associée à C. difficile est actuellement la diarrhée nosocomiale la plus fréquente en Europe et dans le monde. Depuis la dernière décennie, la proportion de formes d’infections graves a augmentée en raison de l’émergence des souches hypervirulantes et épidémiques comme la souche R20291 de ribotype 027. L’infection à C. difficile provoque la diarrhée, la colite et même la mort. De nombreux aspects de la pathogenèse de C. difficile restent mal compris. En particulier, les mécanismes moléculaires de son adaptation aux conditions changeantes de l'hôte doivent être examinés.Durant le cycle d'infection, C. difficile survit dans des communautés intestinales riches en bactériophages, en utilisant des systèmes qui contrôlent les échanges génétiques favorisés dans ces environnements complexes. Au cours de la dernière décennie, les systèmes CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (associés aux CRISPR) d'immunité adaptative chez les procaryotes contre des éléments génétiques exogènes sont devenus le centre d'intérêt scientifique parmi les divers systèmes de défense bactérienne.Des études antérieures ont révélé la présence d'ARN CRISPR abondants chez C. difficile. Cette bactérie possède un système CRISPR original, caractérisé par la présence d'un grand nombre de cassettes CRISPR (12 dans la souche 630 et 9 dans la souche hypervirulante R20291), de deux ou trois opérons cas conservés dans la majorité des génomes séquencés de C. difficile et la localisation au sein des prophages de plusieurs cassettes CRISPR. Cependant, le rôle de CRISPR-Cas dans la physiologie et le cycle infectieux de cet important pathogène reste obscur.Les objectifs de ce travail sont les suivants:1) étudier le rôle et la fonctionnalité du système CRISPR-Cas de C. difficile dans les interactions avec des éléments d'ADN étrangers (tels que les plasmides), 2) révéler la manière dont le système CRISPR-Cas de C. difficile est régulé et fonctionne dans des conditions de culture bactérienne différentes, incluant la réponse aux stress.Dans la présente thèse, la fonctionnalité du système CRISPR-Cas de C. difficile a été étudiée (chapitre 2). Grâce à des tests d'efficacité de conjugaison, la fonction défensive (en interférence) du système CRISPR-Cas a été démontrée. La corrélation entre les niveaux d'expression des ARN CRISPR et les niveaux d'interférence observés a également été montrée. De plus, grâce à la série d’expériences d’interférence, la fonctionnalité des motifs PAM (protospacer adjacent motifs) a été confirmée en accord avec des prédictions in silico. Le consensus fonctionnel de PAM a été déterminé expérimentalement avec les bibliothèques des plasmides. La fonction adaptative du système CRISPR-Cas de C. difficile a été également démontrée pour la souche de laboratoire. Le rôle de plusieurs opérons cas dans la fonctionnalité du système CRISPR de C. difficile est démontré aussi dans ce chapitre.Le chapitre 3 montre le lien entre le système CRISPR-Cas et un nouveau système toxine-antitoxine de type I, ainsi que leur possible co-régulation dans des conditions de biofilm et de stress. Ce chapitre définit également le rôle possible du c-di-GMP dans la régulation du système CRISPR-Cas de C. difficile. De plus, le chapitre 4 décrit l'utilisation du système CRISPR-Cas endogène comme nouvel outil pour la rédaction du génome de C. difficile.En conclusion, les données obtenues mettent en évidence les caractéristiques originales du système CRISPR-Cas actif de C. difficile et démontrent son potentiel biotechnologiqueClostridium difficile (the novel name – Clostridioides difficile) is a Gram-positive, strictly anaerobic spore forming bacterium, found in soil and aquatic environments as well as in mammalian intestinal tracts. C. difficile is one of the major pathogenic clostridia. This bacterium has become a key public health issue associated with antibiotic therapy in industrialized countries. C. difficile-associated diarrhoea is currently the most frequently occurring nosocomial diarrhoea in Europe and worldwide. Since the last decade the number of severe infection forms has been rising due to emergence of the hypervirulent and epidemic strains as ribotype 027 R20291 strain. C. difficile infection causes diarrhoea, colitis and even death. Many aspects of C. difficile pathogenesis remain poorly understood. Particularly, the molecular mechanisms of its adaptation to changing conditions inside the host are to be scrutinized. During the infection cycle C. difficile survives in bacteriophage-rich gut communities possibly by relying on some special systems that control the genetic exchanges favored within these complex environments. During the last decade, CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems of adaptive prokaryotic immunity against exogenic genetic elements has become the center of interest among various anti-invader bacterial defense systems.Previous studies revealed the presence of abundant and diverse CRISPR RNAs in C. difficile. C. difficile has an original CRISPR system, which is characterized by the presence of an unusually large set of CRISPR arrays (12 arrays in the laboratory 630 strain and 9 ones in the hypervirulent R20291 strain), of two or three sets of cas genes conserved in the majority of sequenced C. difficile genomes and the prophage location of several CRISPR arrays. However, the role CRISPR-Cas plays in the physiology and infectious cycle of this important pathogen remains obscure.The general aims of this work run as follows: 1) to investigate the role and the functionality of C. difficile CRISPR-Cas system in the interactions with foreign DNA elements (such as plasmids), 2) to reveal the way C. difficile CRISPR-Cas system expression is regulated and functions in different states of bacterial culture, including its response to stresses. In the present PhD thesis the functionality of C. difficile CRISPR-Cas system was investigated (Chapter 2). Through conjugation efficiency assays defensive function (in interference) of C. difficile CRISPR-Cas system was demonstrated. The correlation between the previously known levels of expression of CRISPR RNAs and the observed levels of interference has also been shown. Moreover, through the series of interference experiments the functionality of PAMs (protospacer adjacent motifs) was confirmed, which have already been predicted in silico. Additionally, the general functional PAM consensus was determined using PAM libraries experiments. Furthermore, an adaptive function of C. difficile CRISPR-Cas system was shown for laboratory strain. The role of multiple cas operons in C. difficile CRISPR functionality is also demonstrated in this Chapter.In Chapter 3 the link between C. difficile CRISPR-Cas system and a new type I toxin-antitoxin system is demonstrated, as well as a possible co-regulation under biofilm and stress conditions of CRISPR-Cas system and these toxin-antitoxin modules. This Chapter also defines a possible role of c-di-GMP in regulation of C. difficile CRISPR-Cas system. Additionally, Chapter 4 describes the utilization of endogenous C. difficile CRISPR-Cas system as a novel tool for genome editing in C. difficile. Altogether, the obtained data highlight the original features of active C. difficile CRISPR-Cas system and demonstrate its biotechnological potential
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Sollelis, Lauriane. « Dynamique de la réplication de l’ADN et complexe pré-réplicatif chez Leishmania sp.. : apport du système CRISPR/Cas9 ». Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT062/document.
Texte intégralRésumé :
Leishmania est un parasite eucaryote divergent responsable d’un large spectre de maladies à travers le monde. Ce parasite est caractérisé par une aneuploïdie mosaïque, constitutive, c’est-à-dire qu’au sein d’une population chaque cellule comporte une combinaison unique de mono-, di- et trisomies de chacun de ses 36 chromosomes. L’aneuploïdie mosaïque est générée et maintenue chez les générations suivantes grâce à un taux élevé de répartition asymétrique des chromosomes lors de la mitose, entrainant le gain ou la perte de chromosomes entiers. Ceci implique une régulation non-conventionnelle de la réplication, suivie d’une ségrégation permissive des chromosomes.L’objectif général de cette étude était de comprendre la dynamique de la réplication de l’ADN ainsi que de cartographier les sites d’initiation de la réplication chez Leishmania, en utilisant la technique du peignage moléculaire d’une part et celle du ChIP-seq d’une autre part. Nous avons ainsi pu caractériser les différents paramètres de progression de la fourche de réplication. Un des résultats majeurs qui ressort de cette étude est que Leishmania possède les plus grandes distances inter-origines et la plus grande vitesse de réplication parmi les autres eucaryotes déjà étudiés. Nous avons également pu estimer que le génome de Leishmania possède environ 168 origines de réplication. Afin d’étudier les acteurs impliqués dans la réplication de l’ADN chez Leishmania, nous avons développé l’outil génétique CRISPR/Cas9. Pour développer cet outil, nous avons basé notre approche sur une stratégie à deux vecteurs : l’un permet l’expression du single guide (sg)RNA et l’autre celle de l’endonucléase Cas9. La validation de cet outil génétique a été réalisée par le knock-out du locus PFR2 codant une protéine flagellaire. Dans un second temps, nous avons fait évoluer le CRISPR/Cas9 vers un système inductible pour réaliser les knock-out et des étiquetages au locus endogène de protéines d’intérêt. Nous avons utilisé ce nouveau système pour étudier la fonction de deux protéines potentiellement impliquées dans le complexe de reconnaissance des origines de réplication. Malgré une fuite du système, nous avons pu réaliser le KO des gènes Orc1b et Orc1/Cdc6 et suivre la progression du cycle cellulaire. Nous avons pu constater que la perte de ces gènes conduisait à un défaut de croissance ainsi qu’à l’apparition de cellules sans noyau. L’insertion d’une étiquette au locus endogène d’Orc1b nous a parmi de confirmer la localisation que nous avions obtenue avec une construction épisomale et va permettre d’étudier plus précisément le rôle de cette protéine.En conclusion, nous avons mis en évidence des paramètres de réplication originaux et démontré, en utilisant le CRISPR/Cas9, que les protéines Orc1b et Ocr1/Cdc6 étaient impliquées dans la duplication du noyau de Leishmania, ce qui est en accord avec leur rôle putatif dans la réplication de l’ADNLeishmania, a protozoan parasite which causes a large range of diseases worldwide, is characterized by a constitutive 'mosaic aneuploidy', i.e. each cell in a population possesses a unique combination of mono-, di- and trisomies for each of its 36 heterologous chromosomes. Mosaic aneuploidy is generated and maintained via high rates of asymmetric chromosomal allotments during mitosis, leading to the gain or loss of whole chromosomes. This implies an unconventional regulation of the replication, followed by a permissive segregation.The main objective of this study was to unravel DNA replication dynamics and to map the replication initiation sites in Leishmania using DNA combing and ChIP-seq analyses. First, we have characterized DNA replication fork parameters. One of the major findings of this study was that Leishmania exhibits the fastest replication speed and the largest interorigin distances among the eukaryotes tested so far. We have also estimated that the Leishmania major genome possesses 168 origins of replication.To study the actors involved in DNA replication, we first had to develop novel genetic tools. The CRISPR/Cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR associated endonuclease 9) system is a recently discovered powerful technique for genome editing. In order to adapt this system to Leishmania, we have chosen a two-plasmid strategy: one for the expression of the single guide (sg) RNA and a second for the expression of the endonuclease CAS9. The proof of concept has been based on the disruption of the paraflagellar rod-2 (PFR2) loci by the CRISPR-Cas9 system. In a second attempt, we have developed an inducible CRISPR-Cas9 system, both to obtain knock outs and to perform marker-free endogenous gene tagging. We used the system to investigate the function of Origin Recognition Complex proteins. Although the system was leaky, the genome was edited as expected. We thus deleted Orc1b and Orc1/Cdc6 and monitored the cell cycle progression of the parasite. We found that the depletion of these nuclear proteins lead to a growth defect and to the appearance of zoids (anucleated cells). The endogenous tagging of Orc1b confirmed the localization previously obtained using an episomal expression vector, and will allow further investigation on the role of this protein.In total, we have shown the presence of original replication dynamics parameters in Leishmania, and using CRISPR Cas9, we have demonstrated that Orc1b and Orc1/Cdc6 are involved in the nuclear duplication of Leishmania, in agreement with their putative in DNA replication
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Djermoun, Sarah. « Le plasmide RP4 : de son utilisation comme outil antibactérien à l’étude de sa dynamique de transfert au sein de biofilm bactérien ». Electronic Thesis or Diss., Lyon 1, 2023. http://www.theses.fr/2023LYO10080.
Texte intégralRésumé :
L’étude de la dynamique de conjugaison des plasmides conjugatifs chez les bactéries Gram-négatif est la thématique centrale de recherche de notre laboratoire et autour de laquelle s’est articulé mon projet de thèse. Mes travaux de recherche ont eu pour but d’apporter de véritables connaissances sur l’étendue et l’impact de la conjugaison dans les communautés bactériennes. Le biofilm est largement considéré par la communauté scientifique comme un hotspot favorisant le transfert de gènes principalement en raison des contacts cellulaires propices qui existent dans sa structure. Or, les seules études qui ont essayé de démontrer expérimentalement que le biofilm permet d’augmenter les transferts par conjugaison n’apportent aucunes données claires sur la dynamique de ces transferts qui ont lieu dans le biofilm et comment celui-ci impacte ces transferts. L’approche que nous avons utilisée pour étudier la dynamique de conjugaison dans le biofilm repose sur un projet collaboratif entre notre laboratoire et celui du Dr Knut Drescher, basé au Biozentrum de Bâle en Suisse. Cette collaboration a permis de déployer des techniques de microscopie à fluorescence innovantes développées par nos deux laboratoires et jusqu’ici jamais utilisées dans le contexte de l’étude de la conjugaison dans le biofilm.Nous nous sommes centrés sur le plasmide RP4 qui est un plasmide conjugatif de type IncP. Retrouvé au sein de nombreux environnements naturels, il a été le modèle plasmidique principal des études qui se sont intéressées à la conjugaison dans le biofilm, et il a été largement exploité comme outil génétique par la communauté scientifique. Malgré le fait qu’il ait été très utilisé, les mécanismes de transferts du plasmide RP4 sont très peu décrits. Le plasmide RP4 s’est donc révélé comme un modèle d’étude de la conjugaison très pertinent que nous avons utilisé à la fois dans un aspect biotechnologique pour élargir le spectre d’hôte des systèmes antibactériens TAPs et à la fois dans un aspect fondamental pour étudier sa dynamique de conjugaison, que ce soit au sein d’une population E. coli cultivées en 2D et au sein d’une population E. coli structurées en biofilm 3D.Durant mes travaux de thèse, j’ai donc exploité le plasmide RP4 pour véhiculer des systèmes CRISPR antibactériens chez diverses espèces bactériennes phylogénétiquement éloignées. J’ai apporté les premières images en temps réel du transfert du plasmide RP4 en 2D et de nouvelles données très intéressantes sur la chronologie de conversion de l’ADN en double brin dans la receveuse. Enfin, une approche totalement innovante a permis d’étudier la dynamique de conjugaison du plasmide RP4 dans le biofilm. Ces résultats constituent finalement la première étude qui décrit réellement comment la conjugaison a lieu dans le biofilm et qui va au-delà en termes de compréhension sur cette dynamique grâce à l’approche 2D que nous avions mis en place. Nous démontrons que biofilm n’est pas un hotspot pour le transfert du plasmide RP4 et que les facteurs de la matrice EPS qui compose sa structure n’empêchent pas la dissémination du plasmide. Mais qu’il s’agit plutôt du stade de développement du biofilm qui va rendre possible l’accessibilité des donneurs à l’attachement aux zones de contact avec la surface, à proximité des cellules receveusesThe study of conjugation dynamics of conjugative plasmids in Gram-negative bacteria is the central research theme of our laboratory and around which my thesis project was built. The aim of my research was to provide real knowledge on the extent and impact of conjugation in bacterial communities. The biofilm is widely considered by the scientific community as a hotspot for gene transfer mainly because of the favorable cell contacts that exist in its structure. However, the only studies that have attempted to demonstrate experimentally that biofilms increase gene transfer by conjugation do not provide clear data on the dynamics of these transfers that take place in the biofilm and how the biofilm impacts these transfers. The approach we used to study the dynamics of conjugation in biofilm is based on a collaborative project between our laboratory and that of Dr. Knut Drescher, based at the Biozentrum in Basel, Switzerland. This collaboration allowed us to deploy innovative fluorescence microscopy techniques developed by our two laboratories and never used before in the context of the study of conjugation in biofilm.We focused on the RP4 plasmid which is an IncP conjugative plasmid. Found within many natural environments, it has been the primary plasmid model for studies that have focused on conjugation in the biofilm, and has been widely exploited as a genetic tool by the scientific community. Despite the fact that it has been widely used, the transfer mechanisms of the RP4 plasmid are very poorly described. The RP4 plasmid has thus proven to be a very relevant model for studying conjugation that we have used both in a biotechnological aspect to broaden the host spectrum of antibacterial TAPs systems and in a fundamental aspect to study its conjugation dynamics, both within a 2D cultured E. coli population and within a 3D biofilm structured E. coli population.During my thesis work, I therefore exploited the RP4 plasmid to carry antibacterial CRISPR systems in various phylogenetically distant bacterial species. I provided the first real-time images of the RP4 plasmid transfer in 2D and very interesting new data on the timing of DNA double-strand conversion in the recipient. Finally, a totally innovative approach allowed to study the conjugation dynamics of the RP4 plasmid in the biofilm. These results finally constitute the first study that really describes how conjugation takes place in the biofilm and that goes beyond in terms of understanding this dynamic thanks to the 2D approach that we had set up. We demonstrate that biofilm is not a hotspot for the transfer of the RP4 plasmid and that the factors of the EPS matrix that compose its structure do not prevent the dissemination of the plasmid. Rather, it is the stage of biofilm development that makes it possible for the donors to attach to the surface contact areas near the recipient cells
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Renaud, Ariane. « L'utilisation du système CRISPR-Cas9 pour l'étude des protéines non structurales du bactériophage 2972 infectant Streptococcus thermophilus ». Master's thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/67934.
Texte intégralRésumé :
Les bactériophages sont des maîtres manipulateurs, prenant le contrôle complet d'une cellule bactérienne, contournant les systèmes de défense et détournant la machinerie de transcription et de traduction du génome bactérien pour la réplication virale. Les grandes étapes de la multiplication des phages sont connues, pourtant les mécanismes intrinsèques de cette prise de contrôle restent un mystère bien préservé. Malgré la petite taille et la simplicité relative des génomes de phages, seuls les gènes associés à la structure des virions sont amplement caractérisés. Toutefois, les protéines non structurales qui sont susceptibles d'être responsables de la prise de contrôle sont rarement étudiées. C'est effectivement le cas pour le phage modèle 2972, infectant la souche Streptococcus thermophilus DGCC7710 largement utilisée en industrie laitière. Son génome code pour 44 protéines putatives, dont 14 protéines sont classées comme étant non structurales et dont aucune fonction n'est encore associée. Lors de ce projet de maîtrise, le système CRISPR-Cas de type II-A, naturellement présent chez S. thermophilus, a été utilisé à des fins d'édition du génome de ce phage pour étudier le rôle des protéines non structurales. Ce système est idéal pour les manipulations génétiques des phages virulents généralement complexes à modifier. Ainsi, une connaissance approfondie des interactions entre le phage et son hôte sera un outil indispensable pour développer de meilleures méthodes de contrôle des phages en industrie laitière.Bacterial viruses are master manipulators of bacterial cells. They are able to take complete control of a bacterium, bypassing bacterial immune systems, hijacking core transcription and translation machinery, and typically resulting in lysis of the host. Although the major steps of phage replication are well understood, very little is known about the mechanisms of the host-cell takeover. Despite phages having relatively small and 'simple' genomes, generally only the structural proteins have been well characterized. In contrast, non-structural proteins, which include those involved in host cell takeover, tend to be completely uncharacterized. This is certainly the case for the model of Streptococcus thermophilus phages, 2972, which infects the strain DGCC7710 widely used by the dairy industry. Its genome encodes for 44 putative proteins, 14 of which are non-structural and have no known function. In this master thesis, the type II-A CRISPR-Cas system naturally present in S. thermophilus was used for genome engineering purposes to investigate the role of non-structural proteins of phage 2972. This natural bacterial immune system provides an ideal means for genetic manipulation of virulent phages, which are otherwise intractable. This could lead to potentially valuable discoveries allowing us to further fine-tune the bacteria used in various biological processes.
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Di, Donato Vincenzo. « Axonal target specificity in the CRISPR/Cas9 era : a new role for Reelin in vertebrate visual sytem development ». Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066409/document.
Texte intégralRésumé :
Les connexions neuronales du système visuel forment des synapses spatialement distribuées en couches discrètes. Comprendre la base du ciblage spécifique axonale est critique pour déchiffrer la formation des réseaux neuronaux complexes. Dans une première étude, nous avons investigué le rôle de la protéine de la matrice extracellulaire Reelin dans la formation in vivo du circuit rétinotectal chez le poisson zèbre. Ce circuit se compose de cellules ganglionnaires de la rétine (CGRs) transmettant l’information visuelle au cerveau via la projection de leur axone dans les différentes couches du tectum optique. Nous avons démontré que la Reelin secrétée par de neurones inhibiteurs localisés dans les couches supérieures du tectum optique forme un gradient. L’induction de mutations délétères dans la voie de signalisation canonicale de la Reelin à l’aide d’outils génétiques a conduit à des défauts de ciblage des axones de CGRs. Nos résultats démontrent un nouveau rôle de la Reelin lors du développement du système visuel et la décrivent comme signature moléculaire nécessaire au ciblage et au positionnement précis des axones de CGRs.Dans une seconde étude, nous avons utilisé la technique CRISPR/Cas9 pour développer une nouvelle approche de mutagénèse conditionnelle chez le poisson zèbre. Nos résultats démontrent que la perturbation de gènes dans des tissues spécifiques peut être effectué par l’induction de l’expression de la protéine Cas9 via le système Gal4/UAS. Nous avons établis un outil pour induire l’apparition de mutations délétères dans des clones de cellules mais aussi dans des cellules individuelles, tous pouvant être suivit distinctement grâce à un marquage génétiqueNeuronal connections in the visual system are arranged in synaptic laminae. Understanding the basis of lamina-specific axonal targeting is critical to gain deeper insights on how complex neural networks form. In a first study we investigated the role of the ECM protein Reelin during zebrafish retinotectal circuit formation in vivo. Here retinal ganglion cells (RGCs) convey the visual information to the brain by projecting their axons to different layers of the optic tectum. We demonstrated that Reelin secreted by a specific class of tectal superficial inhibitory neurons is spatially distributed in a superficial-to-deep gradient within the tectal neuropil. Induced gene disruption for all the components of the canonical Reelin pathway expressed in the retinotectal system resulted in aberrant layering of RGC axons suggesting a role for Reelin pathway in axonal sublaminar segregation. Altogether our findings elucidate a new role for Reelin in vertebrate visual system development, during which it acts as molecular cue by imparting positional information for ingrowing RGCs.In a second study we took advantage of the CRISPR/Cas9 technology to develop a novel approach for conditional mutagenesis in zebrafish. Our results provide evidence that tissue-specific gene disruption can be achieved by driving Cas9 expression with the Gal4/UAS system. We established a tool to induce loss-of-function mutations in cell clones or single cells that can be followed by genetic labeling, enabling their phenotypic analysis. Our technique has the potential to be applied to a wide-range of model organisms, allowing systematic mutagenesis and labeling on a genome-wide scale
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Guyon, Antoine. « Insertion d’une mutation protectrice pour la maladie d’Alzheimer dans le gène de la protéine précurseur de l’amyloïde via le système CRISPR/Cas9 ». Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/68776.
Texte intégralRésumé :
La maladie d’Alzheimer est la plus commune des formes de démence qui touche presque cinquante millions de personnes dans le monde. Les symptômes les plus fréquents sont la perte de mémoire, la difficulté à planifier des tâches et des confusions temporelles et spatiales. Il n’existe à ce jour aucun traitement pour cette maladie. La protéine précurseur de l’amyloïde (APP) est habituellement coupée par l’enzyme alpha-sécrétase, cependant une coupure anormale par la bêta-sécrétase conduit à la formation de peptides bêta-amyloïdes, qui forment des agrégats s’accumulant sous forme de plaques dans le cerveau des patients Alzheimer. De nombreuses mutations du gène APP sont à l’origine de changements dans la séquence d’acides aminés de la protéine, responsable d’une accumulation accrue de plaques. Ces mutations sont appelées formes familiales de la maladie d’Alzheimer ou FAD (Familial Alzheimer’s disease). Cependant il a été découvert qu’une forme de FAD d’APP (mutation islandaise A673T) présente dans une population d’Europe nordique, différant d’une seule paire de bases du gène normal dans l’exon 16, modifiant une alanine de la protéine en thréonine qui réduit de 40% sa coupure par la bêta-sécrétase. La découverte de la technologie CRISPR/Cas9 ouvre de nouvelles perspectives pour le développement de traitements préventifs ou curatifs des maladies génétiques et dans notre cas Alzheimer. L’endonucléase Cas9 peut couper l’ADN double brin du génome en étant guidée par un ARNg et en reconnaissant une séquence cible « protospacer » suivie d’un PAM (protospacer adjacent motif). Depuis 2016, une optimisation du système CRISPR appelée édition de base permet maintenant de modifier de façon très précise la base cytidine enthymine et les guanines en adénines sur le brin opposé de l’ADN. Le premier article de cette thèse vise à démontrer que l’ajout de la forme FAD A673Ten codominance avec une autre forme pathologique provoque ou non des répercussions bénéfiques sur la sécrétion de peptides amyloïde-beta. Les expériences ont été réalisées avec des plasmides, permettant de visualiser un effet maximum de la mutation A673T. Il était important de déterminer si cette mutation était protectrice en codominance pour assurer une approche thérapeutique la plus polyvalente possible. Nous avons confirmé cet effet bénéfique sur une majorité de formes FAD et en particulier sur la mutation London V717I.Le deuxième article de cette thèse traite de l’introduction de la mutation A673T par un système dérivé de CRISPR/Cas9, l’édition de base. Plusieurs modèles d’éditeurs de base ont été comparés et optimisés dans le but d’obtenir une modification du génome aussi efficace et précise que possible. Un candidat a été sélectionné après des tests sur cellules modèles HEK 293T et neuroblastomes SH-SY5Y.La troisième partie de ce manuscrit présente les résultats obtenus lors de l’insertion de cet éditeur de base dans des vecteurs viraux dans le but d’infecter des modèles de neurones humains et murins présentant des formes FAD. L’ensemble de cette démarche a permis d’ouvrir une nouvelle avenue à une potentielle thérapie pour la maladie d’Alzheimer.Alzheimer’s disease (AD) is the most common form of dementia in the world, withnearly fifty million people affected currently. The most common symptoms of this diseaseare memory loss, difficulties in task management, and temporal and spatial confusions. There is currently no treatment for this disease. The amyloid precursor protein (APP) is usually cut by the alpha-secretase enzyme; however, abnormal cleavage by the beta-site APP cleaving enzyme 1 (BACE1) leads to the formation of beta-amyloid peptides. These peptides in turn forms aggregates, which accumulate as plaques in the brains of Alzheimer patients. Many non-silent APP mutationscause changes to the amino acid composition of the protein and result in increased plaque accumulation. These mutations are called familial forms of Alzheimer’s disease (FAD).However, one of these mutations (Icelandic A673T mutation) has been shown to confer aprotection against the on set and development of AD. This mutation of a single mutation inexon 16 changes an alanine into a threonine and has been shown to reduce the cleavage ofthe APP protein by BACE1 by 40%.This kind of single point mutation is the perfect target for the newly discoveredCRISPR/Cas9 technology, which opens new perspectives for the development of preventiveor curative treatments for genetic diseases and in our case Alzheimer’s. The Cas9endonuclease is a powerful tool for the modification of genetic data. The protein has been shown to cut double-stranded DNA with the help of a guide RNA (gRNA) to target a specified sequence adjacent to a PAM (protospacer adjacent motif). The base CRISPRsystem has been coopted by many different research teams; one of which used the technology to develop a technique they called base editing. This technique allows researchers toexchange cytidine bases for thymine and guanine bases for adenine with a strong accuracy. The first article of this thesis aims to demonstrate that the addition of the A673Tmutation in codominance with another pathological form of AD may have beneficial effectson the reduction of beta-amyloid peptides in patients’ brains. To determine if the mutationwas protective, plasmids carrying the A673T mutation along with another random FADmutation were used. Ultimately, we confirmed the beneficial effect for many forms of FAD,in particular the London V717I mutation demonstrated the greatest reduction in beta amyloidproteins. The second article of this thesis deals with the insertion of the A673T mutation by theCRISPR/Cas9 derived system, base editing. Several base editor complexes were compared and optimized to achieve the most effective and accurate genome modification possible. A candidate was selected after testing on HEK293T cells and SH-SY5Y neuroblastoma. The third part of this manuscript presents the results obtained when using lentiviraland AAV vectors to infect induced human and mouse neurons with a base editor complex and harvested mouse neurons with FAD forms. This whole approach has opened up an avenue for a potential therapy for Alzheimer’sdisease.
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Millet, Jonathan. « Stratégies d'analyse spatio-temporelle de l‟épissage alternatif chez Caenorhabditis elegans ». Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0437/document.
Texte intégralRésumé :
L‟épissage alternatif est un mécanisme de régulation de l‟expression des gènes ayant pris une importance croissante dans l‟étude du vivant. Si des méthodes existent pour déterminer les gènes qui y sont soumis, peu d‟outils sont disponibles pour suivre ces événements d‟épissage in vivo au cours du développement. Pourtant, la caractérisation des régulations sous-jacentes à ces évènements et la détermination des facteurs impliqués sont dépendantes de stratégies fiables pour les visualiser dans des conditions physiologiques.Nous avons développé un système adapté à l‟étude d‟événements d‟épissage basé sur un rapporteur fluorescent bicolore. Nous l‟avons appliqué à cinq gènes de l‟organisme modèle Caenorhabditis elegans et avons suivi leur épissage in vivo.Parmi les différents gènes suivis, deux d‟entre eux suivaient un modèle d‟épissage potentiellement stochastique, un autre une absence d‟épissage alternatif détectable. Les deux derniers gènes présentent un profil d‟épissage spécifique à certain types cellulaires mais ont un effet toxique sur l‟organisme lorsque nous les avons exprimés à partir de concatémères extrachromosomiques. Pour remédier à cela, nous avons choisi de mettre en place une méthode simplifiée d‟insertion en simple copie des rapporteurs utilisant le CRISPR-Cas.Nos résultats indiquent que le système rapporteur fonctionne avec succès. Cependant, il peut encore être amélioré pour se rapprocher des taux physiologiques de transcription grâce à une insertion en simple copie dans le génome de l‟organisme. Nous avons également révélé un événement sous le contrôle de régulations spatiales, temporelles et conditionnelles. De plus, nous avons créé une série de constructions capables de déterminer les éléments en cis impliqués dans la régulation du gène top-1Alternative splicing is a regulatory mechanism of gene expression which is increasingly studied in Life Science. Methods exist to study this mechanism but specific tools to follow each alternative splicing event in a spatio-temporal manner are lacking. Yet, the characterization of the regulation and the elements that determines them depends on valide strategies for visualising them in physiological conditions.We have developped a dual-fluorescent reporter-based system in order to follow alternative splicing event regulation in vivo. It has been applied to five different genes in the model organism Caenorhabditis elegans. Among the genes followed, two follow a potentially stochastic scheme, one show no visible sign of alternative splicing. The last display tissue specific splicing patterns but developed a toxic effect in the animal when expressed from a multicopy extrachromosomal array. To remediate this problem, we decided to develop a method that allows for simpler single copy insertion of fluorescent reporter using CRISPR-Cas.Our results indicates that the dual-fluorescent reporter works well. However, this system can be upgraded by getting close to physiological rates of transcription allowed by single-copy insertion in the genome of C.elegans. We also discovered an alternatiove splicing event which follows a spatial, temporal and conditionnal regulation. Moreover, we constructed a set of different reporter to unravel the regulation observed in the gene top-1
Livres sur le sujet "Système CRISPR"
1
Barrangou, Rodolphe, et John van der Oost, dir. CRISPR-Cas Systems. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-45794-8.
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Barrangou, Rodolphe, et John van der Oost, dir. CRISPR-Cas Systems. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6.
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3
1963-, Elliott Dominic, dir. Key readings in crisis management : Systems and structures for prevention and recovery. New York, NY : Routledge, 2006.
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4
Orléan, André. De l'euphorie à la panique : Penser la crise financière. Paris : Éditions Rue d'Ulm, 2009.
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Orléan, André. De l'euphorie à la panique : Penser la crise financière. Paris : Éditions Rue d'Ulm, 2009.
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Qi, Yiping, dir. Plant Genome Editing with CRISPR Systems. New York, NY : Springer New York, 2019. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-8991-1.
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7
François, L'Yvonnet, dir. Pour une crisologie. Paris : L'Herne, 2016.
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Konzelmann, Suzanne J., et Marc Fovargue-Davies. Banking systems in the crisis : The faces of liberal capitalism. New York : Routledge, 2012.
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9
Faugère, Jean-Pierre. Le système financier français : Crises et mutations. 2e éd. Paris : Nathan, 1994.
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10
Konzelmann, Suzanne J. Banking systems in the crisis : The faces of liberal capitalism. London : Routledge, 2015.
Trouver le texte intégralChapitres de livres sur le sujet "Système CRISPR"
1
Munawar, Nayla, et Aftab Ahmad. « CRISPR/Cas System : An Introduction ». Dans CRISPR Crops, 1–35. Singapore : Springer Singapore, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-981-15-7142-8_1.
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2
Munawar, Nayla, et Aftab Ahmad. « CRISPR/Cas System : An Introduction ». Dans CRISPR Crops, 1–35. Singapore : Springer Singapore, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-981-15-7142-8_1.
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3
Mojica, Francisco J. M., et Roger A. Garrett. « Discovery and Seminal Developments in the CRISPR Field ». Dans CRISPR-Cas Systems, 1–31. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_1.
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4
Amitai, Gil, et Rotem Sorek. « Roles of CRISPR in Regulation of Physiological Processes ». Dans CRISPR-Cas Systems, 251–66. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_10.
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5
Horvath, Philippe, Giedrius Gasiunas, Virginijus Siksnys et Rodolphe Barrangou. « Applications of the Versatile CRISPR-Cas Systems ». Dans CRISPR-Cas Systems, 267–86. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_11.
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6
Banfield, Jillian F. « CRISPRs in the Microbial Community Context ». Dans CRISPR-Cas Systems, 287–91. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_12.
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7
Pourcel, Christine, et Christine Drevet. « Occurrence, Diversity of CRISPR-Cas Systems and Genotyping Implications ». Dans CRISPR-Cas Systems, 33–59. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_2.
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8
Makarova, Kira S., et Eugene V. Koonin. « Evolution and Classification of CRISPR-Cas Systems and Cas Protein Families ». Dans CRISPR-Cas Systems, 61–91. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_3.
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9
Arslan, Zihni, Edze R. Westra, Rolf Wagner et Ümit Pul. « Regulation of CRISPR-Based Immune Responses ». Dans CRISPR-Cas Systems, 93–113. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_4.
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10
Charpentier, Emmanuelle, John van der Oost et Malcolm F. White. « crRNA Biogenesis ». Dans CRISPR-Cas Systems, 115–44. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-34657-6_5.
Texte intégralActes de conférences sur le sujet "Système CRISPR"
1
Hiç, Özlen, et Ayşen Hiç Gencer. « The 1994, 1997-98, 2001 and 2008 Crises and their Impacts on the Turkish Economy ». Dans International Conference on Eurasian Economies. Eurasian Economists Association, 2023. http://dx.doi.org/10.36880/c15.02739.
Texte intégralRésumé :
This article examines the impacts of four major economic and financial crises that significantly affected Turkey’s economic stability and growth: the 1994 crisis, the 1997-98 Asian crisis, the 2001 Turkish crisis, and the 2008 global crisis. The 1994 crisis was triggered by a sudden currency depreciation and resulted in a severe economic contraction. It revealed the vulnerabilities of the Turkish financial system and highlighted the need for structural reforms to improve fiscal discipline and monetary policy. The 1997-98 Asian financial crisis had a ripple effect on Turkey, leading to a sharp decline in exports, capital outflows, and a banking crisis. The Turkish Lira came under intense pressure, and the government had to implement stabilization measures with support from international institutions. The 2001 Turkish economic crisis stemmed from high public debt, banking sector weaknesses, and a loss of investor confidence, which led to a significant depreciation of the Turkish Lira, a banking sector restructuring, and the implementation of economic reforms. The 2008 global financial crisis, originated in the United States. The collapse of Lehman Brothers triggered a sharp decline in global demand, leading to a decline in Turkey's exports. The government implemented stimulus measures to mitigate the impacts of the crisis and prevent a severe recession. Overall, these crises exposed vulnerabilities in Turkey's economy and highlighted the importance of implementing structural reforms, improving financial regulations, and maintaining macroeconomic stability. The Turkish economy has demonstrated resilience in recovering from these crises, but ongoing challenges remain in sustaining long-term economic growth and stability.
2
Grebenyuk, E. A., A. A. Budilov, E. A. Grebenyuk, I. D. Rodionov et N. M. Selyuto. « Econometrics Methods for Predictability of Financial Crises on Example Asian Crisis ». Dans 2018 Eleventh International Conference "Management of large-scale system development" (MLSD 2018). IEEE, 2018. http://dx.doi.org/10.1109/mlsd.2018.8551878.
Texte intégral
3
Shone, Nathan, Qi Shi, Madjid Merabti et Kashif Kifayat. « Misbehaviour monitoring on system-of-systems components ». Dans 2013 International Conference on Risks and Security of Internet and Systems (CRiSIS). IEEE, 2013. http://dx.doi.org/10.1109/crisis.2013.6766347.
Texte intégral
4
Chen, Janice. « The CRISPR platform for diagnostics ». Dans Frontiers in Biological Detection : From Nanosensors to Systems XIII, sous la direction de Benjamin L. Miller, Sharon M. Weiss et Amos Danielli. SPIE, 2021. http://dx.doi.org/10.1117/12.2589026.
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5
Shrot, Tammar, Avi Rosenfeld, Jennifer Golbeck et Sarit Kraus. « CRISP ». Dans CHI '14 : CHI Conference on Human Factors in Computing Systems. New York, NY, USA : ACM, 2014. http://dx.doi.org/10.1145/2556288.2557109.
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6
Potyseva, A. S., A. N. Arseniev, P. A. Selkova, A. A. Vasilieva, A. S. Melnikov, P. Yu Serdobintsev et M. A. Khodorkovskii. « COMPARISON OF COLLATERAL ACTIVITY OF CRISPR CS12A ORTHOLOGS FOR THE DEVELOPMENT OF NOVEL DIAGNOSTIC SYSTEMS ». Dans X Международная конференция молодых ученых : биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов — 2023. Novosibirsk State University, 2023. http://dx.doi.org/10.25205/978-5-4437-1526-1-361.
Texte intégralRésumé :
CRISPR/Cas systems are defense systems for bacteria and archaea. Several classes of these systems have now been characterized. In addition to the main directed nuclease activity, type II class V systems possess specific collateral activity, which formed the basis for a new type of diagnostic systems. In the result of this work we obtained data characterizing the collateral activity of two orthologues of this class and demonstrated that the CRISPR system ScCas12a has greater specificity compared to AsCas12a.
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Zhang, Liuyijia. « CRISPR/Cas system in human genetic diseases ». Dans Third International Conference on Biological Engineering and Medical Science (ICBioMed2023), sous la direction de Alan Wang. SPIE, 2024. http://dx.doi.org/10.1117/12.3012830.
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Jiang, Qiancheng. « CRISPR-Cas9 system applications in cancer models ». Dans International Conference on Biological Engineering and Medical Science (ICBIOMed2022), sous la direction de Gary Royle et Steven M. Lipkin. SPIE, 2023. http://dx.doi.org/10.1117/12.2669382.
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De La Garza, Cecilia, et Nora Oufi. « Health Crisis Management and Resilience Factors : A Comparative Study in Two Sectors ». Dans 13th International Conference on Applied Human Factors and Ergonomics (AHFE 2022). AHFE International, 2022. http://dx.doi.org/10.54941/ahfe1001567.
Texte intégralRésumé :
The objective of this study is to analyze the modalities of health crisis management in two different sectors during the Covid-19 crisis: the hospital and the nuclear industry. The aim is to:- Characterize the health crisis: similarities and differences compared to other known crises - nuclear, natural crisis (storm, earthquake, flood). - Identify elements of similarity between sectors in the modalities of crisis management and particularities related to the specificities of the socio-technical systems.- Identify the resilience factors and difficulties- Make proposals to enhance the robustness of crisis organizations.Study BackgroundBoth the hospital and the nuclear industry (EDF) have had to organize and adapt to continue their activities from the beginning of the crisis in March 2020.On the hospital side, an emergency plan (White Plan) provides a reconfiguration of the hospital in case of health crisis. On the nuclear side, a Business Continuity Plan exists as well as a pandemic emergency plan (support and mobilization plan).It was at La Pitié Salpêtrière Hospital, a reference hospital for infectious diseases, that the first death of Covid19 was recorded. The crisis unit was activated at that time. The hospital then opened its doors to us for human and organizational factors study of crisis management in April 2020. Concerning the nuclear sector, the health crisis management analysis could only be carried out from October 2020 at the national level and the nuclear power plants.Methodological approachWe applied a systemic approach combining ergonomics, cognitive psychology, and sociology to study socio-technical systems safety.The study focused on crisis management via an analysis of organizational resilience to identify the factors of success and difficulty. Given the temporality of this crisis, the study was carried out in three stages at the hospital.1. April and May 2020: i) a series of remote interviews with various hospital staff were conducted; ii) a passive listening follow-up of about 30 phone meetings of the crisis unit; iii) a documentary analysis of the planned crisis organization.2. November and December 2021: i) a second series of interviews in the hospital emergency unit.3. June and July 2021 in the intensive care unit: i) a third round of interviews; ii) field observations in the hospital; iii) a literature review.In the nuclear field we conducted two retrospective studies at different times, focused on the most critical phase of the crisis (from March to May 2020):1. October - November 2021: an analysis of the health crisis’ management at the national level via a series of interviews completed by an analysis of the crisis reference systems.2. August - September 2021: an analysis of the health crisis management in a Nuclear power plant via interviews and an analysis of site-specific documents. ResultsWe observed similarities in the way the crisis was managed, in terms of management, which proved to be factors of success both at the hospital and at EDF, for example,- A crisis management that integrates the business lines and is top-down, but that listens and takes into account proposals from the field.- Experience of crises and emergency situations, which facilitates crisis management and adaptation.- The habit of protocols facilitating the integration of new constraints.- Very strong collective mobilization of personnelHowever, there are linked difficulties in both sectors, for example, to the virus fear, the anxiety of contaminating one's family and friends, especially at the beginning, and then weariness and fatigue linked to the duration of the crisis.Particularities concerning the work activity in the hospital will be discussed especially in relation to the reconfiguration of the services and to the necessary adaptations and improvisations of patients care protocols and procedures, among others.These studies are source of learning, about crisis management and particularly long-term crises that have a lasting impact on socio-technical systems. Proposals in terms of crisis organization and preparedness for this type of crisis will be presented.
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Sakr, N. « CONTROL OF GENE EXPRESSION BY CRISPR-CAS SYSTEMS ». Dans Конференция «Перспективы применения генной терапии и биомедицинского клеточного продукта» с блоком летней школы для молодых ученых. Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 2022. http://dx.doi.org/10.14341/gnct-2022-50.
Texte intégralRapports d'organisations sur le sujet "Système CRISPR"
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Sanford, Jack, et John Weldon. The Biology of Native and Adapted CRISPR-Cas Systems. Journal of Young Investigators, novembre 2018. http://dx.doi.org/10.22186/jyi.35.5.81-91.
Texte intégral
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Morin, S., L. L. Walling, Peter W. Atkinson, J. Li et B. E. Tabashnik. ets for CRISPR/Cas9-mediated gene drive in Bemisia tabaci. Israel : United States-Israel Binational Agricultural Research and Development Fund, 2021. http://dx.doi.org/10.32747/2021.8134170.bard.
Texte intégralRésumé :
The goal of our BARD proposal was to build both the necessary infrastructure and knowledge for using the CRISPR/Cas9-based gene drive system to control the whitefly Bemisia tabaci. Our research focused on achieving three main goals: (1) establishing a CRISPR/Cas9 gene-editing system for producing genetically-edited B. tabaci; (2) generating and testing CRISPR/Cas9-mediated mutations targeting genes that represent two gene drive strategies: population replacement and population suppression; (3) using computer modeling to optimize strategies for applying CRISPR/Cas9 to control B. tabaci populations in the field. CRISPR gene drive is one of the most promising strategies for diminishing the negative impacts of harmful insects. This technique can introduce mutations into wild populations of pests that reduce their ability to cause damage, reduce their population size, or both. In principle, this can be selfsustaining because mutations carried by relatively few insects can increase in frequency and spread quickly throughout wild populations. Because of this sustainability and the potential benefits to society, agricultural gene-drive systems are most likely to be funded by government agencies, foundations, and grower associations; as with sterile insect releases and most biocontrol programs. Although gene drives have received intensive study in Drosophila and mosquito vectors of human disease, we were one of the first teams pursuing this approach for crop pests. Our project was also one of the first to address CRISPR gene drive in the Hemiptera, an insect order that includes hundreds of pest species. We focused on developing and implementing CRISPR gene drive to reduce the massive damage caused by B. tabaci. This haplodiploid insect is one of the world's most devastating crop pests. Whereas extensive work by others explored CRISPR in diploid species, our project pioneered application of this revolutionary technology to haplodiploids, which have a distinct system of inheritance that presents special challenges and opportunities. Our project has achieved several breakthroughs, including publication of the first paper analyzing CRISPR gene drive in haplodiploids (Li et al. 2020, see next section). Our modeling results from this landmark study demonstrate that CRISPR gene drive can work in haplodiploids, especially if fitness costs associated with the driver allele are low or nil. Our paper was the first to provide a conceptual framework for evaluating and optimizing CRISPR gene drive strategies for managing B. tabaci and other haplodiploid pests. Our breakthroughs in the laboratory have created the infrastructure needed to develop CRISPR for controlling B. tabaci. We established a microinjection system enabling us to introduce CRISPR-derived mutations into B. tabaci embryos. We have used this system to generate and track inherited eye-color mutants of B. tabaci. We have identified and cloned germline promoters, and demonstrated their function in transgenic B. tabaci embryos and other hemipteran insects. We have also developed a tool to easily identify B. tabaci harboring CRISPR-mediated mutations by tagging target genes using a transgenic fluorescent marker. The successful completion of our project provides all the knowledge and infrastructure essential for developing a novel genetic approach for B. tabaci control, which can serve as a non-chemical "green" alternative for managing this global pest. We predict that our discoveries will accelerate the development of the CRISPR gene drive technique for reducing the numbers of this pest and the damage it causes. Still, realization of the benefits of gene-drive technology for pest control will require sustained attention to potential environmental and societal impacts, as well as regulatory and implementation challenges. Given the great promise of this technology and the urgent need for better control methods, we expect that guidance documents and regulations will be in place to allow the scientific community to safely move gene drives for pest control from the laboratory to field trials.
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Soloviev, Vladimir, et Andrey Belinskij. Methods of nonlinear dynamics and the construction of cryptocurrency crisis phenomena precursors. [б. в.], 2018. http://dx.doi.org/10.31812/123456789/2851.
Texte intégralRésumé :
This article demonstrates the possibility of constructing indicators of critical and crisis phenomena in the volatile market of cryptocurrency. For this purpose, the methods of the theory of complex systems such as recurrent analysis of dynamic systems and the calculation of permutation entropy are used. It is shown that it is possible to construct dynamic measures of complexity, both recurrent and entropy, which behave in a proper way during actual pre-crisis periods. This fact is used to build predictors of crisis phenomena on the example of the main five crises recorded in the time series of the key cryptocurrency bitcoin, the effectiveness of the proposed indicators-precursors of crises has been identified.
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Slater, Rachel, et Daniel Longhurst. Social Assistance Systems in Crisis Situations : Resilient, Responsive and Sensitive ? Institute of Development Studies (IDS), février 2022. http://dx.doi.org/10.19088/basic.2022.019.
Texte intégralRésumé :
Evidence on what enables social assistance systems to deliver routinely, effectively and efficiently is limited in crisis situations. Shock-responsive social protection (SRSP) and adaptive social protection (ASP) have become popular in global and national development discourses. Yet, their operationalisation in protracted crises is narrow and less well understood. Regarding SRSP, focus has shifted towards how existing social protection programmes might be scaled and flexed in crisis situations. However, the focus seems fixed entirely on what makes social protection and humanitarian assistance responsive – to the detriment of understanding what makes those systems resilient and able to maintain business continuity in protracted crises. Little attention is paid to how to sustain delivery of existing programmes, on which millions of poor and vulnerable households depend.
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Hausmann, Ricardo, et Michael Gavin. The Roots of Banking Crises : The Macroeconomic Context. Inter-American Development Bank, janvier 1996. http://dx.doi.org/10.18235/0011541.
Texte intégralRésumé :
This paper discusses the ways in which macroeconomic developments can put stress on banks, and in extreme cases lead to banking crises. These macroeconomic causes of bank vulnerability and crisis have important implications for regulatory regimes, and for macroeconomic policy itself. Much of the discussion emphasizes the need for monetary policy to be set with an eye on the state of the domestic banking system as an occasionally important consideration. One purpose of this paper is to promote a discussion of how to do a better job of incorporating weak banking systems into macroeconomic policy management.
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Soloviev, Vladimir, Andrii Bielinskyi et Viktoria Solovieva. Entropy Analysis of Crisis Phenomena for DJIA Index. [б. в.], juin 2019. http://dx.doi.org/10.31812/123456789/3179.
Texte intégralRésumé :
The Dow Jones Industrial Average (DJIA) index for the 125-year-old (since 1896) history has experienced many crises of different nature and, reflecting the dynamics of the world stock market, is an ideal model object for the study of quantitative indicators and precursors of crisis phenomena. In this paper, the classification and periodization of crisis events for the DJIA index have been carried out; crashes and critical events have been highlighted. Based on the modern paradigm of the theory of complexity, a spectrum of entropy indicators and precursors of crisis phenomena have been proposed. The entropy of a complex system is not only a measure of uncertainty (like Shannon's entropy) but also a measure of complexity (like the permutation and Tsallis entropy). The complexity of the system in a crisis changes significantly. This fact can be used as an indicator, and in the case of a proactive change as a precursor of a crisis. Complex systems also have the property of scale invariance, which can be taken into account by calculating the Multiscale entropy. The calculations were carried out within the framework of the sliding window algorithm with the subsequent comparison of the entropy measures of complexity with the dynamics of the DJIA index itself. It is shown that Shannon's entropy is an indicator, and the permutation and Tsallis entropy are the precursors of crisis phenomena to the same extent for both crashes and critical events.
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Bagley, Margo. Genome Editing in Latin America : CRISPR Patent and Licensing Policy. Inter-American Development Bank, juillet 2021. http://dx.doi.org/10.18235/0003409.
Texte intégralRésumé :
The power and promise of genome editing, CRISPR specifically, was first realized with the discovery of CRISPR loci in the 1980s.i Since that time, CRISPR-Cas systems have been further developed enabling genome editing in virtually all organisms across the tree of life.i In the last few years, we have seen the development of a diverse set of CRISPR-based technologies that has revolutionized genome manipulation.ii Enabling a more diverse set of actors than has been seen with other emerging technologies to redefine research and development for biotechnology products encompassing food, agriculture, and medicine.ii Currently, the CRISPR community encompasses over 40,000 authors at 20,000 institutions that have documented their research in over 20,000 published and peer-reviewed studies.iii These CRISPR-based genome editing tools have promised tremendous opportunities in agriculture for the breeding of crops and livestock across the food supply chain. Potentially addressing issues associated with a growing global population, sustainability concerns, and possibly help address the effects of climate change.i These promises however, come along-side concerns of environmental and socio-economic risks associated with CRISPR-based genome editing, and concerns that governance systems are not keeping pace with the technological development and are ill-equipped, or not well suited, to evaluate these risks. The Inter-American Development Bank (IDB) launched an initiative in 2020 to understand the complexities of these new tools, their potential impacts on the LAC region, and how IDB may best invest in its potential adoption and governance strategies. This first series of discussion documents: “Genome Editing in Latin America: Regulatory Overview,” and “CRISPR Patent and Licensing Policy” are part of this larger initiative to examine the regulatory and institutional frameworks surrounding gene editing via CRISPR-based technologies in the Latin America and Caribbean (LAC) regions. Focusing on Argentina, Bolivia, Brazil, Colombia, Honduras, Mexico, Paraguay, Peru, and Uruguay, they set the stage for a deeper analysis of the issues they present which will be studied over the course of the next year through expert solicitations in the region, the development of a series of crop-specific case studies, and a final comprehensive regional analysis of the issues discovered.
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Barjum, Daniel. PDIA for Systems Change : Tackling the Learning Crisis in Indonesia. Research on Improving Systems of Education (RISE), septembre 2022. http://dx.doi.org/10.35489/bsg-rise-ri_2022/046.
Texte intégralRésumé :
Indonesia is facing a learning crisis. While schooling has increased dramatically in the last 30 years, the quality of education has remained mediocre (Rosser et al., 2022). Teacher capability is an often cited weakness of the system, along with policies and system governance. Approaches focused primarily on adding resources to education have not yielded expected outcomes of increased quality. “It is a tragedy that in the second decade of the twenty-first century, some children in Indonesia are not completing primary school and are turned out into the workforce as functional illiterates.” (Suryadarma and Jones, 2013; Nihayah et al., 2020). In the early 2000s, Indonesia began a process of decentralising service delivery, including education, to the district level. Many responsibilities were transferred from the central government to districts, but some key authorities, such as hiring of civil service teachers, remained with the central government. The Indonesian system is complex and challenging to manage, with more than 300 ethnic groups and networks of authority spread over more than 500 administrative districts (Suryadarma and Jones, 2013). Niken Rarasati and Daniel Suryadarma researchers at SMERU, an Indonesian think tank and NGO, understood this context well. Their prior experience working in the education sector had shown them that improving the quality of education within the classroom required addressing issues at the systems level (Kleden, 2020). Rarasati noted the difference in knowledge between in-classroom teaching and the systems of education: “There are known-technologies, pedagogical theories, practices, etc. for teaching in the classroom. The context [for systems of education] is different for teacher development, recruitment, and student enrollment. Here, there is less known in the public and education sector.” Looking for ways to bring changes to policy implementation and develop capabilities at the district level, SMERU researchers began to apply a new approach they had learned in a free online course offered by the Building State Capability programme at the Center for International Development at Harvard University titled, “The Practice of PDIA: Building Capability by Delivering Results”. The course offered insights on how to implement public policy in complex settings, focused on using Problem Driven Iterative Adaptation (PDIA). The researchers were interested in putting PDIA into practice and seeing if it could be an effective approach for their colleagues in government. This case study reviews Rarasati and Suryadarma’s journey and showcases how they used PDIA to foster relationships between local government and stakeholders, and bring positive changes to the education sector.
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Spivack, Marla. Applying Systems Thinking to Education : The RISE Systems Framework. Research on Improving Systems of Education (RISE), mai 2021. http://dx.doi.org/10.35489/bsg-rise-ri_2021/028.
Texte intégralRésumé :
Many education systems in low- and middle-income countries are experiencing a learning crisis. Many efforts to address this crisis do not account for the system features of education, meaning that they fail to consider the ways that interactions and feedback loops produce outcomes. Thinking through the feedback relationships that produce the education system can be challenging. The RISE Education Systems Framework, which is sufficiently structured to give boundaries to the analysis but sufficiently flexible to be adapted to multiple scenarios, can be helpful. The RISE Framework identifies four key relationships in an education system: politics, compact, management, and voice and choice; and five features that can be used to describe these relationships: delegation, finance, information, support, and motivation. This Framework can be a useful approach for characterising the key actors and interactions in the education system, thinking through how these interactions produce systems outcomes, and identifying ways to intervene that can shift the system towards better outcomes.
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Rojas-Suárez, Liliana, et Steven R. Weisbrod. Banking Crises in Latin America : Experience and Issues. Inter-American Development Bank, février 1996. http://dx.doi.org/10.18235/0011600.
Texte intégralRésumé :
This paper argues that the experiences with banking crises in Latin America have been different from those in the industrial world because of the peculiarities of Latin American financial systems. Hence, applying the lessons derived from crisis resolution in the industrial world is not sufficient to deal with banking problems in the region. It must be augmented by the unique experiences of Latin American regulators if future crises in the region are to be managed or avoided. Paper prepared for the Inter-American Development Bank/Group of 30 conferences on Banking Crises in Latin America, October 6 and 7, 1995.