Littérature scientifique sur le sujet « Suivi médical – Résistance aux antibiotiques »

RÉSUMÉ Objectif : Pour comprendre et établir le profil bactériologique de résistance aux antibiotiques couramment utilisés dans ville province de Kinshasa, la présente étude s’est focalisée sur l’identification des entérobactéries des poules élevées en errance et suivi in vitro de la résistance aux antibiotiques dans la commune de Mont-Ngafula, une des communes périphériques de Kinshasa avec une population très pauvre et dont l’accès aux soins médicaux est encore une énigme. Deux activités principales ont été répertoriées dans cette commune : l’agriculture et l’élevage parcellaire. Méthodologie et résultats : Le test bactériologique conventionnel et la méthode du disque de diffusion ont été respectivement appliqués pour l’identification des Entérobactéries et le test de sensibilité aux différents antibiotiques couramment vendus sans ordonnance. Il s’agit des antibiotiques suivants qui ont fait l’objet de notre étude : Ampicilline, Ceftriaxone, Ciprofloxacine, Méropénème, Gentamycine, Pipéracilline et Tétracycline. Des entérobactéries ont été collectées et identifiées après avoir semé dans les milieux de culture aérobie 107 échantillons d’excréments de poules errant dans différentes zones de santé identifiées dans la périphérie de la commune de Mont Ngafula. Au total 7 espèces d’Entérobactéries ont été identifiées, puis testées aux différents antibiotiques. Il ressort du test de sensibilité que la proportion de bactéries résistantes aux antibiotiques est plus élevée dans la zone de santé Antenne et très faible dans le quartier du Plateau plus éloigné de la périphérie. Le genre Salmonella a montré plus de résistance aux différents antibiotiques que les autres Entérobactéries. Dans l’ensemble, le profil de résistance microbienne aux antibiotiques le plus courant est celui à l’ampicilline et à la tétracycline. 18941 Ekumbo et al., J. Appl. Biosci. Vol: 181, 2023 Profil de l’antibiorésistance du microbiote intestinal des poules (Gallus domesticus) errantes dans la commune de Mont-Ngafula à Kinshasa, RD du Congo. Conclusion : Les résultats obtenus corroborent ceux des études similaires réalisées sur des volailles dans certains pays européens, notamment en France et en Belgique. La résistance croisée pourrait justifier cette ressemblance dans le profil de résistance aux antibiotiques de ces oiseaux commensaux avec celui des humains. La présente étude constitue une base très solide pour comprendre comment le microbiote intestinal est au cœur de la problématique de la multirésistance bactérienne chez les humains en particulier dans la ville province de Kinshasa. En effet, Il faut noter que ces résultats seront utilisés dans les études in silico pour le développement pharmacochimique des antibiotiques auxquels les germes pourraient être sensibles. Mots clés : Oiseaux, Insalubrité, Automédication, Entérobactérie, Résistance, Antibiotique. ABSTRACT Antibiotic resistance profile of the intestinal microbiota of stray Hens (Gallus domesticus) in Mont-Ngafula commune in Kinshasa, DR. of the Congo. Objective: To understand and establish the bacteriological profile of resistance to antibiotics commonly used in Kinshasa city, the present study focused on the identification of Enterobacteriaceae of Chicken raised in wandering and in vitro monitoring of antibiotic resistance in the commune of Mont-Ngafula, one of the peripheral communes of Kinshasa with a very poor population and access to care Medical is still an enigma. Two main activities have been listed in this commune: agriculture and fish farming. Methodology and results: The conventional bacteriological test and the diffusion disc method were applied respectively for the identification of Enterobacteriaceae and the susceptibility test to different antibiotics commonly sold without a prescription. These are the following antibiotics that were the subject of our study: Ampicillin, Ceftriaxone, Ciprofloxacin, Meropenem, Gentamycin, Piperacillin and Tetracycline. Enterobacteriaceae were collected and identified after sowing in aerobic culture media 107 samples of Hens excrement wandering in different health zones identified in the outskirts of the commune of Mont-Ngafula. A total of 7 species of Enterobacteriaceae were identified and tested with different antibiotics. The sensitivity test shows that the proportion of antibiotic-resistant bacteria is higher in the Antenne health zone and very low in the Plateau district further from the periphery. The genus Salmonella showed more resistance to different antibiotics than other Enterobacteriaceae. Overall, the most common pattern of microbial resistance to antibiotics is that of ampicillin and tetracycline. Conclusion: The results obtained corroborate those of similar studies carried out on poultry in some European countries, notably France and Belgium. Cross-resistance could justify this resemblance in the antibiotic resistance profile of these commensal birds with that of humans. The present study provides a very solid basis for understanding how the gut microbiota is at the heart of the problem of bacterial multiresistance in humans, particularly in the Kinshasa city. Indeed, it should be noted that these results will be used in in silico studies for the pharmacochemical development of antibiotics to which germs could be susceptible. Key words: Birds, Unsanitary, Self-medication, Enterobacteria, Resistance, Antibiotic.

L’évolution rapide de la résistance aux antibiotiques, en particulier chez les bactéries à Gram négatif, nécessite des outils fiables pour guider l’antibiothérapie. La détermination de la sensibilité aux antibiotiques est donc une activité centrale des laboratoires de microbiologie clinique. Le but est d’assurer l’adéquation entre le traitement antibiotique et la sensibilité des isolats bactériens, de détecter les résistances acquises, et de fournir des données pour le suivi de l’épidémiologie de la résistance aux antimicrobiens. De nombreuses méthodes d’antibiogramme sont disponibles : microdilution en milieu liquide, méthode automatisées, diffusion en milieu gélosé. Toutes ces techniques offrent des résultats qualitatifs : catégorisation des isolats bactériens en sensible, intermédiaire ou résistant et certaines des résultats quantitatifs (concentration minimale inhibitrice). De plus, l’antibiogramme est un outil essentiel pour la détection de mécanismes de résistance émergents, malgré les progrès de la génomique. Si de nombreux outils permettant la détection rapide des mécanismes de résistance sont aujourd’hui disponibles, il est probable que l’antibiogramme gardera une place importante dans la prise en charge des infections bactériennes dans les prochaines années. Son interprétation, parfois complexe, impose un dialogue entre le microbiologiste et le clinicien.

Le but de cette étude était de déterminer le profil bactériologique et de résistance aux antibiotiques des entérobactéries isolées dans les prélèvements urinaires de l'Hôpital du Mali. Les méthodes conventionnelles d'isolement et d'identification de la bactériologie ont été utilisées. Les milieux et galeries suivants ont été utilisés pour l'identification et l'antibiogramme : Uriselect 4, urée-indole, Muëller Hinton, Api 20E, Api 20NE. Les tests de sensibilité aux antibiotiques et l'interprétation des résultats d'antibiogramme ont été effectués respectivement par la méthode de diff$usion des disques en milieu gélosé (de Kirby-Bauer) et selon les recommandations du Comité Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie. Le sexe ratio H/F était de 0,8. L'âge moyen était de 36 ans. 30,0 % des patients avaient un âge supérieur à 50 ans. La prévalence des prélèvements positifs était de 18,5%. Les patients hospitalisés représentaient 63.2% de la population et provenaient du service de médecine interne (50,2%) et des services de chirurgie (35,1%). Seuls 2,0% des infections urinaires ont été retrouvées dans la tranche d'âge de 0 à 10 ans. Escherichia coli était le germe le plus isolé (42,9%) suivi de Klebsiella pneumoniae (16,3%). 70,0% des entérobactéries identifiées étaient résistantes à l'Amoxicilline + Acide clavulanique et 12,5% étaient productrices de BLSE. Aucune souche n'était résistante aux carbapénèmes. La prédominance des entérobactéries, un taux extrêmement élevé de résistance à l'Amoxicilline + Acide clavulanique et une prédominance des malades hospitalisés ont été constatés. La présente étude a mis en exergue l'évolution croissante des résistances bactériennes aux antibiotiques, qui nécessite des mesures adéquates.

L'utilisation d'antibiotiques a diminué de près de 50 % dans les filières avicoles et porcines françaises en 15 ans. Cependant, cette évolution a été plus ou moins importante selon les élevages, et la mise en place de labels « sans antibiotiques » a pu se traduire dans certains cas par des excès de réduction d’usage des antibiotiques, au détriment de la santé et du bien-être des animaux. Pour avancer dans la rationnalisation du recours aux antibiotiques, une démarche participative a été menée, associant des représentants des vétérinaires praticiens, des interprofessions porcine et avicole, des instituts techniques, du ministère de l’agriculture et des chercheurs. L’article présente les étapes majeures de la démarche et leurs résultats, concernant la vision à long terme partagée par le groupe sur l'utilisation des antibiotiques en élevage, et l’analyse des verrous à lever pour avancer vers l’objectif partagé. Les résultats montrent entre autres l'importance de la standardisation et de la diffusion de dispositifs de suivi, à l’échelle de la ferme, de la santé et du bien-être des animaux, de l'utilisation des antibiotiques et du niveau de résistance aux antibiotiques, afin de permettre aux éleveurs et vétérinaires de piloter avec précision l’usage des antibiotiques. Les deux autres champs d’action du collectif concernent i) le besoin d'une meilleure communication et information des consommateurs sur la question de la santé animale, du bien-être et du bon usage des antibiotiques et ii) la compétitivité économique de la filière et la viabilité économique des exploitations qui veulent investir en prévention.

Background: Inducible antibiotic resistance among Gram-positive cocci is a significant public health challenge that is grossly underreported within Africa, especially Nigeria. Hence, the aim of this study was to determine the prevalence of macrolide-lincosamide-streptogramin-B (MLSB) resistance among clinical isolates of Staphylococcus aureus at University of Ilorin Teaching Hospital, Ilorin, Nigeria. Methodology: Clinical isolates were presumptively identified by Gram’s stain reaction and conventional biochemical tests such as catalase, coagulase, DNase, and mannitol fermentation. Phenotypic MLSB resistance was determined by placing clindamycin and erythromycin discs within 15 mm of each other and observing for a D-zone. Antibiotic sensitivity testing to selected antibiotics including cefoxitin for detection of methicillin resistance, was done using the modified Kirby-Bauer disc diffusion method. Results: Of the total 112 S. aureus isolates tested in the study, 31 (27.7%) were MLSB-resistant. MS phenotype (16.1%) was the most prevalent phenotype followed by constitutive MLSB (cMLSB) resistance (6.2%), and inducible MLSB (iMLSB) resistance (5.4%). All MLSB-resistant and sensitive S. aureus isolates were susceptible to linezolid, rifampin, tigecycline, and mupirocin while resistance rates of the MLSB resistant isolates (n=31) to other antibiotics were; tetracycline (58.1%), ciprofloxacin (48.4%), fusidic acid (41.9%), gentamicin (38.71%), cotrimoxazole (35.5%), fosfomycin (29.0%), and cefoxitin (70.9%). Comparatively, resistance rates of the MLSB-sensitive isolates (n=81) to other antibiotics are; tetracycline (70.4%), ciprofloxacin (39.5%), fusidic acid (22.2%), gentamicin (45.7%), cotrimoxazole (46.9%), fosfomycin (18.5%) and cefoxitin (34.6%). There was no significant difference in the antibiotic resistance rates between MLSB resistant and MLSB sensitive strains to the antibiotics (p>0.05) except to fusidic acid (p=0.0369) and cefoxitin (p<0.0001). There was also no significant difference in antibiotic resistance rates with respect to the three MLSB resistance phenotypes (p>0.05), except for fusidic acid which was significantly higher in cMLSB than other phenotypes (p=0.007). Conclusion: The introduction of MLSB resistance detection among Gram-positive cocci in routine microbiological practice can play an important role in monitoring inducible resistance and thereby preventing therapy failure. French title: Prévalence de la résistance au macrolide-lincosamide-streptogramine-B parmi les isolats cliniques de Staphylo-coccus aureus à l'hôpital Universitaire de l'Université d'Ilorin, Ilorin, Nigeria Contexte: La résistance inductible aux antibiotiques chez les cocci à Gram positif est un défi de santé publique important qui est largement sous-déclaré en Afrique, en particulier au Nigeria. Par conséquent, le but de cette étude était de déterminer la prévalence de la résistance au macrolide-lincosamide-streptogramine-B (MLSB) parmi les isolats cliniques de Staphylococcus aureus à l'hôpital universitaire d'Ilorin, Ilorin, Nigeria. Méthodologie: Les isolats cliniques ont été identifiés par présomption par la réaction de coloration de Gram et des tests biochimiques conventionnels tels que la catalase, la coagulase, la DNase et la fermentation du mannitol. La résistance phénotypique au MLSB a été déterminée en plaçant des disques de clindamycine et d'érythromycine à moins de 15 mm l'un de l'autre et en observant une zone D. Les tests de sensibilité aux antibiotiques pour certains antibiotiques, y compris la céfoxitine, pour la détection de la résistance à la méthicilline, ont été effectués à l'aide de la méthode de diffusion sur disque de Kirby-Bauer modifiée. Résultats: Sur les 112 isolats de S. aureus testés dans l'étude, 31 (27,7%) étaient résistants à la MLSB. Le phénotype MS (16,1%) était le phénotype le plus répandu, suivi de la résistance constitutive au MLSB (cMLSB) (6,2%) et de la résistance inductible au MLSB (iMLSB) (5,4 %). Tous les isolats de S. aureus résistants et sensibles au MLSB étaient sensibles au linézolide, à la rifampicine, à la tigécycline et à la mupirocine, tandis que les taux de résistance des isolats résistants au MLSB (n=31) à d'autres antibiotiques l'étaient; tétracycline (58,1%), ciprofloxacine (48,4%), acide fusidique (41,9%), gentamicine (38,7%), cotrimoxazole (35,5%), fosfomycine (29,0%) et céfoxitine (70,9%). Comparativement, les taux de résistance des isolats sensibles au MLSB (n=81) à d'autres antibiotiques sont; tétracycline (70,4%), ciprofloxacine (39,5%), acide fusidique (22,2%), gentamicine (45,7%), cotrimoxazole (46,9%), fosfomycine (18,5%) et céfoxitine (34,6%). Il n'y avait pas de différence significative dans les taux de résistance aux antibiotiques entre les souches résistantes au MLSB et les souches sensibles au MLSB aux antibiotiques (p>0,05) sauf à l'acide fusidique (p=0,0369) et à la céfoxitine (p<0,0001). Il n'y avait pas non plus de différence significative dans les taux de résistance aux antibiotiques par rapport aux trois phénotypes de résistance MLSB (p> 0, 05), à l'exception de l'acide fusidique qui était significativement plus élevé dans cMLSB que les autres phénotypes (p=0,007). Conclusion: L'introduction de la détection de la résistance MLSB parmi les coques Gram-positifs dans la pratique microbiologique de routine peut jouer un rôle important dans la surveillance de la résistance inductible et ainsi prévenir l'échec du traitement.

La diarrhée est l’une des principales pathologies rencontrées dans les élevages de bovins au Bénin. Les veaux, premiers maillons de la chaîne, en sont les plus atteints. L’objectif de cette étude était d’évaluer la présence des gènes de virulence dans les souches d’Escherichia coli susceptibles de provoquer la diarrhée chez les veaux ainsi que leurs profils de résistance aux antimicrobiens usuels. Pour cela, 106 veaux ont fait objet d’un suivi pendant deux mois après leur naissance dans la commune de Nikki. Au total, 33 échantillons de matières fécales ont été prélevés directement du rectum de 33 veaux atteints de diarrhée et soumis à des analyses bactériologiques. Tous les prélèvements réalisés étaient positifs à E. coli. La caractérisation des souches d’E. coli isolées pour la présence des gènes et facteurs de virulence stx1, stx2, eae, sta, F41 et F5, a révélé la présence du gène stx1 uniquement avec un taux de 63,64 %. La résistance des souches d’E. coli aux antibiotiques les plus utilisés au Bénin a été testée : la doxycycline (taux de résistance de 70 %), l’amoxicilline + acide clavulanique (50 %) et la colistine (50 %). Des études ultérieures sont nécessaires afin de procéder au typage sérologique et au séquençage du génome des souches d’E. coli. Il serait également nécessaire d’étendre l’échantillonnage aux autres régions du Bénin, afin de mieux évaluer le statut des élevages bovins vis-à-vis de ces souches d’E. coli isolées chez les veaux et ainsi identifier un éventuel risque zoonotique.

Background: Staphylococcus aureus is a ubiquitous bacterium present in the environment and one of the leading causes of superficial and deep infections. In the food industry, it is acclaimed to be globally responsible for several food-borne diseases. This study was designed to isolate methicillin-resistant S. aureus (MRSA) and determine the effect of rinsing on MRSA load in frozen meat and fish obtained from open market in Benin City.Methodology: Forty frozen meat samples (15 beef, 10 fish and 15 chickens) were randomly obtained from five markets in Benin City. The samples were analysed before and after rinsing using standard culture-based techniques to determine heterotrophic bacterial count, isolation of S. aureus, MRSA, and antibiotic susceptibility testing. Data were analysed using SPSS version 21 and Microsoft excel 2016, and association between variables were measured using Student’s t-test with a probability level of < 0.05.Results: The natural logarithm (LN) of heterotrophic bacterial count (CFU/g) before rinsing were 11.53±1.25 (beef), 11.16±0.95 (fish) and 11.42±1.58 (chicken), while the counts after rinsing were 2.70±0.45 (beef), 2.68±0.25 (fish) and 2.79±0.49 (chicken) (p<0.05). Sixteen of the 40 (40%) were positive for S. aureus, of which 4 (10%) were MRSA. Amongst the frozen meat evaluated in the study, beef had the highest frequency of S. aureus contamination (46.7%) followed by chicken (40.0%) and fish (30.0%). The profile of antibiotic resistance of S.aureus showed that they were least resistant to ciprofloxacin (6%) but showed high resistance to erythromycin (94%), amoxicillin/clavulanic acid (87.5%) and trimethoprim-sulfamethoxazole (81%). Multiple antibiotic resistance index of S. aureus was calculated to be 0.63.Conclusion: The findings in this study revealed that frozen foods could act as a vehicle for the dissemination of antibiotic-resistant bacteria (ARB) and potential health risks for consumers. Keywords: Staphylococcus aureus; antibiotic-resistant bacteria; MRSA; frozen meat; rinsing French title: Effets du rinçage sur les charge de Staphylococcus aureus dans les viandes congelées et les poissons obtenus sur les marchés ouverts de Benin City, Nigéria Contexte: Staphylococcus aureus est une bactérie ubiquitaire présente dans l'environnement et l'une des principales causes d'infections superficielles et profondes. Dans l'industrie alimentaire, il est reconnu pour être globalement responsable de plusieurs maladies d'origine alimentaire. Cette étude a été conçue pour isoler S. aureus résistant à la méthicilline (SARM) et déterminer l'effet du rinçage sur la charge de SARM dans la viande et le poisson congelés obtenus sur le marché libre de Benin City.Méthodologie: Quarante échantillons de viande congelée (15 bœuf, 10 poissons et 15 poulets) ont été obtenus au hasard sur cinq marchés de Benin City. Les échantillons ont été analysés avant et après le rinçage en utilisant des techniques de culture standard pour déterminer le nombre de bactéries hétérotrophes, l'isolement de S. aureus, le SARM et les tests de sensibilité aux antibiotiques. Les données ont été analysées à l'aide de SPSS version 21 et de Microsoft Excel 2016, et l'association entre les variables a été mesurée à l'aide du test t de Student avec un niveau de probabilité <0,05.Résultats: Le logarithme naturel (LN) du nombre de bactéries hétérotrophes (UFC/g) avant rinçage était de 11,53±1,25 (bœuf), 11,16±0,95 (poisson) et 11,42±1,58 (poulet), tandis que les comptages après rinçage étaient de 2,70±0,45 (bœuf), 2,68±0,25 (poisson) et 2,79±0,49 (poulet) (p<0,05). Seize des 40 (40%) étaient positifs pour S. aureus, dont 4 (10%) étaient SARM. Parmi les viandes congelées évaluées dans l'étude, le bœuf présentait la fréquence la plus élevée de contamination par S. aureus (46,7%), suivi du poulet (40,0%) et du poisson (30,0%). Le profil de résistance aux antibiotiques de S. aureus a montré qu'ils étaient les moins résistants à la ciprofloxacine (6%) mais présentaient une résistance élevée à l'érythromycine (94%), à l'amoxicilline/acide clavulanique (87,5%) et au triméthoprime-sulfaméthoxazole (81%). L'indice de résistance aux antibiotiques multiples de S. aureus a été calculé à 0,63.Conclusion: Les résultats de cette étude ont révélé que les aliments surgelés pourraient servir de vecteur de dissémination de bactéries résistantes aux antibiotiques (ARA) et de risques potentiels pour la santé des consommateurs. Mots clés: Staphylococcus aureus; bactéries résistantes aux antibiotiques; SARM; viande congelée; rinçage

Background: Antimicrobial resistance (AMR) is a major clinical challenge globally. It is mainly a consequence of inappropriate prescribing and use of antibiotics. Antimicrobial stewardship (AMS) ensures that antibiotics are prescribed and used appropriately. This study assessed AMS practice in selected Nigerian hospitals.Methodology: This was a cross sectional survey of 20 Federal, State and Private tertiary hospitals randomly selected from the six geopolitical zones of Nigeria. Using an adapted WHO tool on AMS, data were collected from each hospital as regard the existence of AMS committee, Accountability and Responsibility, AMS actions, Education and Training, Monitoring and Evaluation, Infection Prevention and Control (IPC) practice, facilities to support AMS, and challenges to AMS implementation. Gaps and challenges to the implementation of the AMS among the hospitals were identified.Results: Only 6 (30%) of the 20 hospitals had AMS committees while 2 (10%) had any evidence of leadership commitment to AMS. All the hospitals had laboratory facilities to support culture and sensitivity testing. There were no regular AMS-related education or training, monitoring, evaluation or reporting activities in the hospitals, except in 7 (25%) that had participated in the global point prevalence survey (Global-PPS) of antimicrobial use and resistance being hosted by the University of Antwerp, Belgium. Challenges impeding AMS activities included lack of human and financial resources, prescribers’ opposition, lack of awareness and absence of AMS committees. Most of the gaps and challenges bordered on seeming lack of knowledge and inadequate communication among prescribers and other stakeholders.Conclusion: There is need for intense education and training activities for prescribers and other stakeholders, including but not limited to hospital administrators. Keywords: Survey, Antimicrobial Stewardship, Antimicrobial Resistance; Nigeria French title: Mise en œuvre de la gestion des antimicrobiens dans les hôpitaux Nigérians: lacunes et défis Contexte: La résistance aux antimicrobiens (RAM) est un défi clinique majeur à l'échelle mondiale. C'estprincipalement une conséquence d'une prescription et d'une utilisation inappropriées d'antibiotiques. La gestion des antimicrobiens (AMS) garantit que les antibiotiques sont prescrits et utilisés de manière appropriée. Cette étude a évalué la pratique de l'AMS dans certains hôpitaux Nigérians. Méthodologie: Il s'agissait d'une enquête transversale de 20 hôpitaux tertiaires fédéraux, d'État et privéssélectionnés au hasard dans les six zones géopolitiques du Nigéria. À l'aide d'un outil OMS adapté sur l'AMS, des données ont été collectées auprès de chaque hôpital en ce qui concerne l'existence d'un comité AMS, la responsabilité et la responsabilité, les actions AMS, l'éducation et la formation, le suivi et l'évaluation, la pratique de prévention et de contrôle des infections (IPC), les installations pour soutenir l'AMS. et les défis de la mise en œuvre de l'AMS. Les lacunes et les défis liés à la mise en œuvre de l'AMS parmi les hôpitaux ont été identifiés. Résultats: Seuls 6 (30%) des 20 hôpitaux avaient des comités AMS tandis que 2 (10%) avaient des preuves d'engagement du leadership envers l'AMS. Tous les hôpitaux disposaient d'installations de laboratoire pour soutenir la culture et les tests de sensibilité. Il n'y avait pas d'activités régulières d'éducation ou de formation, de suivi, d'évaluation ou de rapportage liées à la MGS dans les hôpitaux, sauf dans 7 (25%) qui avaient participé à l'enquête mondiale sur la prévalence ponctuelle (Global-PPS) de l'utilisation et de la résistance aux antimicrobiens organisée par l'Université d'Anvers, Belgique. Les défis entravant les activités de l'AMS comprenaient le manque de ressources humaines et financières, l'opposition des prescripteurs, le manque de sensibilisation et l'absence de comités AMS. La plupart des lacunes et des défis se limitaient à un manque apparent de connaissances et à une communication inadéquate entre les prescripteurs et les autres intervenants.Conclusion: Des activités d'éducation et de formation intensives sont nécessaires pour les prescripteurs et autres intervenants, y compris, mais sans s'y limiter, les administrateurs d'hôpitaux. Mots clés: enquête, gestion des antimicrobiens, résistance aux antimicrobiens; Nigeria

Background: Neonatal sepsis is one of the most important causes of morbidity and mortality among neonates, particularly in developing countries. This study aimed to determine the risk factors and in vitro antibiotic susceptibility patterns of bacterial pathogens associated with neonatal sepsis in Federal Medical Centre (FMC) and Turai Umaru Yar’adua Maternal and Children Hospital (TUYMCH), Katsina, Nigeria.Methodology: A total of 60 hospitalized neonates evaluated for neonatal sepsis at the special care baby units (SCBU) of the two healthcare facilities whose parents gave informed consent were enrolled for the study between July and December 2020. Blood samples were aseptically collected from the neonates and cultured on BacT/Alert automated platform (BioMérieux, Mercy-Etoile, France) machine. Bacteria were identified from all positive cultures and in vitro susceptibility test was performed on the isolates to determine their minimum inhibitory concentrations (MICs) to eight selected antibiotics using the Vitek-2 compact system. Data were analyzed by SPSS version 22.0.Results: A total of 60 neonates with clinical features suggestive of sepsis were enrolled. The mean age of the neonates is 1.35±0.48 days while the mean weight is 2.13±0.89 kg. Neonates with early onset sepsis (<3 days) constituted 65% while those with late-onset sepsis (>3 days) constituted 35%. Thirty-one (51.7%) neonates were culture positive while 29 (48.3%) were culture negative for bacterial pathogens. Gram-positive bacteria predominated, constituting 80.6% while Gram-negative bacteria constituted 19.4%. The most frequent Gram-positive bacteria were coagulase-negative staphylococci (51.6%, 16/31), with Staphylococcus haemolyticus 5 (16.1%) predominating, while the most frequent Gram-negative bacteria isolate was Escherichia coli 2 (6.5%). A high degree of antibiotic resistance (>50% rate) was exhibited by the isolates against most of the tested antibiotics including third generation cephalosporins and fluoroquinolones. Gentamicin was the only antibiotic effective, with 65.5% of all isolates sensitive to it; 68.0% Gram-positives and 50.0% Gram-negatives. Vancomycin was also effective against Gram-positive bacteria, with 68.0% of the isolates sensitive to it. Previous premature delivery (64.5%, 20/31) and baby delivery at home were respectively the only maternal and neonatal factors significantly associated with culture-positive neonatal sepsis (OR=2.975, 95% CI=1.040-8.510). There was no significant difference between culture positive and negative neonatal sepsis with respect to clinical manifestations such as refusal of feeds, fever, jaundice, fast breathing, convulsion and body temperature (p>0.05).Conclusion: Neonatal sepsis is a substantial cause of mortality and morbidity among neonates admitted at the FMC and TUYMCH, Katsina, Nigeria. There is a need for regular surveillance of the risk factors, causative organisms, and antibiotic susceptibility patterns of isolated pathogens, to inform the choice of empirical antibiotic treatment pending the results of blood cultures. Contexte: La septicémie néonatale est l'une des causes les plus importantes de morbidité et de mortalité chez les nouveau-nés, en particulier dans les pays en développement. Cette étude visait à déterminer les facteurs de risque et les schémas de sensibilité aux antibiotiques in vitro des agents pathogènes bactériens associés à la septicémie néonatale dans le Centre Médical Fédéral (FMC) et le Turai Umaru Yar'adua Hôpital de la Mère et de l'Enfant (TUYMCH), Katsina, Nigeria.Méthodologie: Un total de 60 nouveau-nés hospitalisés évalués pour une septicémie néonatale dans les unités de soins spéciaux pour bébés (SCBU) des deux établissements de santé dont les parents ont donné leur consentement éclairé ont été inclus dans l'étude entre juillet et décembre 2020. Des échantillons de sang ont été prélevés de manière aseptique sur les nouveau-nés et cultivés sur la plate-forme automatisée BacT/Alert (BioMérieux, Mercy-Etoile, France). Les bactéries ont été identifiées à partir de toutes les cultures positives et un test de sensibilité in vitro a été effectué sur les isolats pour déterminer leurs concentrations minimales inhibitrices (CMI) à huit antibiotiques sélectionnés à l'aide du système compact Vitek-2. Les données ont été analysées par SPSS version 22.0.Résultats: Au total, 60 nouveau-nés présentant des caractéristiques cliniques évoquant une septicémie ont été recrutés. L'âge moyen des nouveau-nés est de 1,35±0,48 jours alors que le poids moyen est de 2,13±0,89 kg. Les nouveau-nés atteints d'un sepsis précoce (<3 jours) représentaient 65% tandis que ceux atteints d'un sepsis tardif (>3 jours) représentaient 35%. Trente et un (51,7%) nouveau-nés étaient positifs à la culture tandis que 29 (48,3%) étaient négatifs à la culture pour les pathogènes bactériens. Les bactéries Gram-positives prédominaient, constituant 80,6% tandis que les bactéries Gram-négatives constituaient 19,4%. Les bactéries à Gram positif les plus fréquentes étaient les staphylocoques à coagulase négative (51,6%, 16/31), Staphylococcus haemolyticus 5 (16,1%) prédominant, tandis que l'isolat de bactéries à Gram négatif le plus fréquent était Escherichia coli 2 (6,5%). Un degré élevé de résistance aux antibiotiques (> 50% de taux) a été présenté par les isolats contre la plupart des antibiotiques testés, y compris les céphalosporines de troisième génération et les fluoroquinolones. La gentamicine était le seul antibiotique efficace, avec 65,5% de tous les isolats qui y étaient sensibles; 68,0% de Gram positifs et 50,0% de Gram négatifs. La vancomycine était également efficace contre les bactéries Gram-positives, 68,0% des isolats y étant sensibles. Un accouchement prématuré antérieur (64,5%, 20/31) et un accouchement à domicile étaient respectivement les seuls facteurs maternels et néonatals significativement associés à une septicémie néonatale à culture positive (OR=2,975, IC 95%=1,040-8,510). Il n'y avait pas de différence significative entre la septicémie néonatale positive et négative à la culture en ce qui concerne les manifestations cliniques telles que le refus de s'alimenter, la fièvre, la jaunisse, la respiration rapide, les convulsions et la température corporelle (p>0,05).Conclusion: La septicémie néonatale est une cause importante de mortalité et de morbidité chez les nouveau-nés admis au FMC et TUYMCH, Katsina, Nigeria. Il est nécessaire de surveiller régulièrement les facteurs de risque, les organismes responsables et les schémas de sensibilité aux antibiotiques des agents pathogènes isolés, afin d'éclairer le choix d'un traitement antibiotique empirique en attendant les résultats des hémocultures.

La résistance des bactéries aux antibiotiques est un défi majeur de santé publique, particulièrement dans les pays à faible revenu. Ces régions sont vulnérables en raison de facteurs favorisant l’émergence de la résistance bactérienne : prévalence élevée des infections, accès restreint aux outils de diagnostic, environnement propice à la transmission bactérienne et accès insuffisant et/ou inapproprié aux antibiotiques. La surveillance est essentielle pour estimer la propagation de la résistance aux antibiotiques, informer et suivre l’impact des stratégies locales, nationales et mondiales, répondant ainsi au second objectif du plan d’action mondial de l’OMS contre la résistance aux antibiotiques. Cependant, les systèmes de surveillance basés uniquement sur des données de laboratoire sont insuffisants en raison de l’absence d’information sur la prescription des antibiotiques. Les systèmes de surveillance clinico-biologique apportent une réelle valeur ajoutée en fournissant des données épidémiologiques pour guider la pratique clinique et les facteurs contributifs de l’antibiorésistance. Parmi ces systèmes, figure le projet TSARA, mis en place dans dix hôpitaux à Madagascar, qui relie les données biologiques aux données cliniques grâce à un design longitudinal. TSARA permet notamment d’étudier dans quelle mesure les cliniciens tiennent compte des résultats des examens bactériologiques. Les résultats ont montré qu’une majorité des antibiothérapies empiriques étaient à large spectre, appartenant à la catégorie Watch de la classification AWaRe de l’OMS. L’association d’au moins trois antibiotiques et la présence de dispositifs invasifs favorisaient l’adaptation du traitement empirique dès réception des résultats bactériologiques. En revanche, la disponibilité de ces résultats, notamment l’antibiogramme, n’encourageait pas le changement de traitement antibiotique empirique, suggérant une sensibilisation insuffisante des cliniciens aux données de laboratoire. Ces résultats concordent avec une étude transversale réalisée au Laos, montrant que moins d’un patient sur 20 disposait d’une documentation microbiologique lors d’une prescription antibiotique. De plus, cette enquête de prévalence ponctuelle a montré que l’usage des antibiotiques s’élevait à 60 % avec une faible conformité aux recommandations locales, soulignant le besoin accru de sensibilisation, d’éducation et de formation des cliniciens aux outils diagnostics, à la juste prescription des antibiotiques ainsi qu’à la prévention des infections. Ainsi, les systèmes de surveillance clinico-biologique sont capitaux pour identifier les profils et les déterminants des prescriptions antibiotiques dans l’objectif de mettre en place des actions de santé publique pour lutter efficacement contre la résistance aux antibiotiques dans les hôpitaux de pays à ressources limitées. La sensibilisation des acteurs locaux, des programmes éducatifs et la révision des guidelines de bon usage des antibiotiques participent à améliorer l’engagement clinique et optimiser les politiques de santé pour un usage plus responsable des antibiotiques. Pour assurer leur efficience et leur pérennité, ces systèmes reposent toutefois sur une collaboration interdisciplinaire, des financements durables et un leadership important
Antibiotic resistance is a major public health challenge, particularly in low-income countries. These regions are vulnerable due to factors promoting the emergence of bacterial resistance: high prevalence of infections, restricted access to diagnostic tools, environments conducive to bacterial transmission, and unregulated and/or inappropriate access to antibiotics, often of limited quality. Surveillance is essential for estimating the spread of antibiotic resistance, informing and monitoring the impact of local, national, and global strategies, thus meeting the second objective of the WHO Global Action Plan on antimicrobial resistance. However, surveillance systems based solely on laboratory data are insufficient due to the lack of information on antibiotic prescriptions. Surveillance systems linking laboratory and clinical data provide significant benefit by offering epidemiological data to guide clinical practice. Among these systems is the TSARA project, implemented in ten hospitals in Madagascar, which links microbiological data to clinical data through a longitudinal design. TSARA estimates the compliance of empirical antibiotic therapy with guidelines of antibiotic use and studies to what extent clinicians consider bacteriological examination results. The results showed that the majority of empirical antibiotic therapies were broad-spectrum, belonging to the Watch category of the WHO AWaRe classification. The combination of at least three antibiotics, and the presence of invasive devices favoured the adaptation of empirical treatment upon receipt of the bacteriological results. However, the availability of these results, particularly the antibiotic susceptibility test results, did not encourage changes in the empiric treatment, suggesting insufficient clinician awareness of laboratory data. These findings are consistent with a cross-sectional study conducted in Laos, showing that less than one in 20 patients had microbiological documentation during an antibiotic prescription. Furthermore, this survey showed that the prevalence of antibiotic use was 60%, with low compliance to local recommendations, highlighting the increased need for clinician awareness, education and training in diagnostic tools, appropriate antibiotic prescription, and infection prevention. Thus, combining microbiological and clinical surveillance is crucial for identifying the patterns and determinants of antibiotic prescriptions and updating guidelines of antibiotic use and improve the clinical engagement. It also helps implement corrective actions to effectively combat antibiotic resistance in hospitals in developing countries. These systems rely on strong leadership, funding and multisectorial collaborations to be sustainable

Les bactéries productrices de β-lactamase à spectre étendu (BLSE) ont été rapportées dans de nombreux pays. Elles sont impliquées non seulement dans les infections nosocomiales mais également dans un nombre croissant d’infections communautaires. Cependant, très peu de données sont disponibles sur la présence de ces bactéries multi-résistantes dans le cadre de l’adoption internationale. Une étude a été menée dans le cadre d’un Projet Hospitalier de Recherche Clinique présenté par les équipes de pédiatrie et de bactériologie du CHRU de Brest. Il avait pour but le suivi bactériologique du portage digestif d’entérobactéries productrices de BLSE (EBLSE) chez tous les enfants adoptés à la pouponnière de Bamako (Mali) arrivant dans notre région et chez tous les membres de leurs familles adoptives. 422 souches d’EBLSE ont été isolées entre 2002 et 2011 chez 58 enfants adoptés et chez 12 membres des familles adoptives (représentant 10 familles). Un enfant est toujours sous surveillance. L’étude de la sensibilité in vitro de ces EBLSE vis-à-vis de 13 antibiotiques de la famille des β-lactamines par la méthode des disques a permis une première discrimination sur la base des différences observées entre les diamètres du céfotaxime et de la ceftazidime. 3 phénotypes se dégageaient avec: les souches dont le diamètre du céfotaxime était supérieur à celui de la ceftazidime, les souches présentant au contraire un diamètre plus grand autour de la ceftazidime et enfin celles dont les diamètres des 2 antibiotiques étaient sensiblement équivalents. Les extraits enzymatiques bruts des souches ont été obtenus par sonication et la détermination des points isoélectriques (pIs) par la technique d’isoélectrofocalisation a montré que les souches produisaient entre une et trois enzymes de type BLSE dont les pis varient de 5,4 à 8,8. Les gènes de résistances vis-à-vis des -lactamines ont été étudiés par PCR suivi du séquençage des produits obtenus. L’analyse des séquences a permis la mise en évidence d’enzymes de type TEM-l, SHV-2a, SHV-1 1, 811V-12, CTX-M-14, CTX-M-15. Notre travail met en avant 2 éléments importants sur le plan épidémiologique : la durée du portage et la transmission intrafamiliale. Ce travail va se poursuivre puisque des enfants sont toujours en surveillance, qu’ils présentent un portage anormalement long d’entérobactéries productrices de BLSE. De plus, le suivi d’une famille (enfant et membres de la famille) va faire l’objet d’un sujet de master
Extended Spectrum β-lactamase producing Enterobacteria (EESBL) have been reported in many countries both as nosocomial infections, but more recently also involved in many conununit-acquired infections. However, the presence of these multi-resistant bacteria (MRB) isn’t well known in the context of international adoption. At Brest University Hospital, a study was conducted as part of a Hospital Clinical Research Project between the Pediatrics and Bacteriology units. It was followed by the goals of stools of children adopted within one month of their arrival and their families Between 2002 and 2011, 422 strains of ESB-producing Enterobacteriaceae were isolated in 58 adopted children and their adoptive families. 12 family member contract EESBL representating 10 adoptive families. One child is still in survey. The study of in vitro susceptibility of MRB to 13 β-lactam antibiotics by the disc method has noted a number of facts with 3 groups of strains: those with a larger diameter around CTX, those with a larger diameter at the level of CAZ, and finally those with comparable diameters between CTX and CAZ. The determination of isoelectric points (PIs) by the technique of isoelectric focusing showed that our strains produced one to three different ESBL with a range of PIs from 5. 4 to 8. 8. The analysis of extracted DNA (chromosomal and plasmid) subjected to PCR, using primers specific genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M showed the presence of different ESBL genes. ESBL-types such as TEM-l, SHV-2a, SHV-l1, SHV-12, CTX-M-14, CTX-M-15 were recover. This analysis of the strains also showed two important events: the duration of the carnage of ESBL and the household transmission. This monitoring also allowed highlighting a transmission within the family for five families; the genetic studies have proven the identity of bacteria isolated in children and in at least one family member

Les maladies infectieuses font partie des préoccupations mondiales en santé publique, en particulier en raison de la résistance aux antimicrobiens chez certaines bactéries pathogènes. L'espèce Klebsiella pneumoniae est identifiée comme l'une des bactéries multirésistantes les plus préoccupantes. Corynebacterium diphtheriae, responsable de la diphtérie, reste largement sensible aux antibiotiques de première intention dont la pénicilline et peut être contrôlée par les vaccins, mais ré-émerge lorsque la couverture vaccinale est insuffisante. Parmi les moyens de contrôle des maladies infectieuses, la détection et l'identification précise de ces agents pathogènes, ainsi que leur suivi épidémiologique, jouent un rôle primordial. La mise en œuvre du séquençage génomique a révolutionné le génotypage bactérien grâce à son haut pouvoir discriminant, qui permet la distinction des agents pathogènes à l'échelle des souches. Le séquençage génomique permet également la détection de variants et de leurs caractéristiques importantes, telles que leur virulence ou leur résistance. Les travaux de recherche de cette thèse s'articulent sur deux axes principaux. Le premier axe apporte des analyses bio-informatiques de la structure populationnelle de la résistance aux antibiotiques chez C. diphtheriae. Une étude d'association génomique (GWAS) a été réalisée pour définir les bases moléculaires de la résistance, ainsi que les associations avec la production de toxine diphtérique et d'autres caractéristiques des souches. Un nouveau gène de résistance à la pénicilline a été découvert sur un élément mobile chez C. diphtheriae. Un outil de génotypage a été développé spécifiquement pour C. diphtheriae, pour laquelle les liens entre génotypes et phénotypes cliniques sont mal connus. Cet outil consolide et facilite la détection et le génotypage des principaux facteurs de virulence et des gènes de résistance, ainsi que l'usage des nomenclatures des souches à partir de génomes assemblés. Il permet également de prédire les biovars et la toxicité des souches. Le second axe est consacré à la taxonomie génomique infra-spécifique. Une nouvelle approche de classification et de nomenclature génomiques est proposée en utilisant comme modèle l'espèce K. pneumoniae. Ces travaux détaillent la conception et l'implémentation d'un système de codes-barres qui combine le regroupement par Single Linkage MultiLevel (MLSL) et les LIN (Life Identification Number) codes, tous deux basés sur le même schéma de typage core-genome MLST (cgMLST). Cette approche taxonomique innovante résulte en une nomenclature infra-spécifique précise et stable, qui est de plus largement déployable chez les autres espèces bactériennes. Une étude de la structure phylogénétique de C. diphtheriae a également été réalisée, avec la mise en œuvre d'un système cgMLST sur la base duquel une taxonomie génomique des souches a été proposée. Sur la base des nouveaux apports et concepts précédemment exposés, plusieurs études de cas ont été réalisées : mise en évidence et caractérisation d'une nouvelle espèce bactérienne (C. rouxii), précédemment confondue avec C. diphtheriae ; et épidémiologie génomique de la diphtérie dans différentes régions du monde, ou à partir de sources cliniques humaines et animales. Ces applications de la taxonomie génomique associée à la détection des gènes de résistance aux antibiotiques illustrent le potentiel des méthodes et des outils développés durant cette thèse afin de contribuer à la recherche et à la surveillance génomique des bactéries pathogènes
Infectious diseases are a global public health concern, particularly due to antimicrobial-resistance in some pathogenic bacteria. Klebsiella pneumoniae is one of the most worrying multiresistant bacteria. Corynebacterium diphtheriae, which causes diphtheria, remains largely susceptible to first-line antibiotics, including penicillin, and can be controlled through vaccination, but re-emerges when vaccination coverage is insufficient. Among the effective infection control measures, the accurate detection and identification of these pathogens, as well as their epidemiological monitoring, play a key role. In the recent years, the implementation of whole-genome sequencing (WGS) has revolutionised bacterial genotyping, by providing discrimination at the strain level. Genomic sequencing also enables the detection of variants and their important characteristics, such as virulence or antimicrobial resistance. The research work of this thesis is structured around two main axes. The first axis provides bioinformatic analyses of the population structure of antimicrobial resistance in C. diphtheriae. A genome-wide association study (GWAS) was performed to determine the genetic basis behind the resistance phenotypes, as well as the associations with diphtheria toxin production and other strain characteristics. A new penicillin resistance gene was discovered on a mobile element in C. diphtheriae. A genotyping tool was developed specifically for C. diphtheriae, for which the links between genotypes and clinical phenotypes are poorly known. This tool consolidates and facilitates the detection and genotyping of the main virulence factors and resistance genes, as well as the use of strain nomenclatures from assembled genomes. It also enables the prediction of biovars and toxicity of strains. The second axis relates to infra-species genomic taxonomy. A new approach of genome-based classification and nomenclature of strains was developed using K. pneumoniae as a model. This work describes the design and implementation of a barcoding system that combines Single Linkage MultiLevel (MLSL) clustering and Life Identification Number (LIN) codes, both based on the same core-genome MLST (cgMLST) typing scheme. This innovative taxonomic approach, widely applicable to other bacterial species, yields precise and stable nomenclatures. A study of the phylogenetic structure of C. diphtheriae was also carried out, with the implementation of a cgMLST scheme on the basis of which a genomic taxonomy of strains was proposed. Based on the contributions and concepts presented above, several case studies were carried out: identification and characterisation of a new species (C. rouxii), previously misidentified as C. diphtheriae; genomic epidemiology of diphtheria in different world regions or clinical sources. These applications of genomic taxonomy in combination with antimicrobial resistance gene detection illustrate the potential of the methods and tools developed during this thesis to support genomic research and surveillance of pathogenic bacteria