Littérature scientifique sur le sujet « Sequence similarity analysis »
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Articles de revues sur le sujet "Sequence similarity analysis"
Wei, Dan, Qingshan Jiang et Sheng Li. « A New Approach for DNA Sequence Similarity Analysis based on Triplets of Nucleic Acid Bases ». International Journal of Nanotechnology and Molecular Computation 2, no 4 (octobre 2010) : 1–11. http://dx.doi.org/10.4018/978-1-60960-064-8.ch006.
Texte intégralLi, Hongliang, et Bin Liu. « BioSeq-Diabolo : Biological sequence similarity analysis using Diabolo ». PLOS Computational Biology 19, no 6 (20 juin 2023) : e1011214. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1011214.
Texte intégralde Oliveira Martins, Leonardo, Alison E. Mather et Andrew J. Page. « Scalable neighbour search and alignment with uvaia ». PeerJ 12 (6 mars 2024) : e16890. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.16890.
Texte intégralVan Reenen, C. A., W. H. Van Zyl et L. M. T. Dicks. « Expression of the Immunity Protein of Plantaricin 423, Produced by Lactobacillus plantarum 423, and Analysis of the Plasmid Encoding the Bacteriocin ». Applied and Environmental Microbiology 72, no 12 (20 octobre 2006) : 7644–51. http://dx.doi.org/10.1128/aem.01428-06.
Texte intégralPacheco, Richard C., Jonas Moraes-Filho, Arlei Marcili, Leonardo J. Richtzenhain, Matias P. J. Szabó, Márcia H. B. Catroxo, Donald H. Bouyer et Marcelo B. Labruna. « Rickettsia monteiroi sp. nov., Infecting the Tick Amblyomma incisum in Brazil ». Applied and Environmental Microbiology 77, no 15 (17 juin 2011) : 5207–11. http://dx.doi.org/10.1128/aem.05166-11.
Texte intégralSmallwood, M., J. N. Keen et D. J. Bowles. « Purification and partial sequence analysis of plant annexins ». Biochemical Journal 270, no 1 (15 août 1990) : 157–61. http://dx.doi.org/10.1042/bj2700157.
Texte intégralGyörgyey, János, Danièle Vaubert, José I. Jiménez-Zurdo, Celine Charon, Liliane Troussard, Ádám Kondorosi et Éva Kondorosi. « Analysis of Medicago truncatula Nodule Expressed Sequence Tags ». Molecular Plant-Microbe Interactions® 13, no 1 (janvier 2000) : 62–71. http://dx.doi.org/10.1094/mpmi.2000.13.1.62.
Texte intégralXu, Fuyu, et Kate Beard. « A Unifying Framework for Analysis of Spatial-Temporal Event Sequence Similarity and Its Applications ». ISPRS International Journal of Geo-Information 10, no 9 (9 septembre 2021) : 594. http://dx.doi.org/10.3390/ijgi10090594.
Texte intégralNikhila, K. S., et Vrinda V. Nair. « Protein Sequence Similarity Analysis Using Computational Techniques ». Materials Today : Proceedings 5, no 1 (2018) : 724–31. http://dx.doi.org/10.1016/j.matpr.2017.11.139.
Texte intégralHark Gan, Hin, Rebecca A. Perlow, Sharmili Roy, Joy Ko, Min Wu, Jing Huang, Shixiang Yan et al. « Analysis of Protein Sequence/Structure Similarity Relationships ». Biophysical Journal 83, no 5 (novembre 2002) : 2781–91. http://dx.doi.org/10.1016/s0006-3495(02)75287-9.
Texte intégralThèses sur le sujet "Sequence similarity analysis"
Joseph, Arokiya Louis Monica. « Sequence Similarity Search portal ». CSUSB ScholarWorks, 2007. https://scholarworks.lib.csusb.edu/etd-project/3124.
Texte intégralChen, Zhuo. « Smart Sequence Similarity Search (S⁴) system ». CSUSB ScholarWorks, 2004. https://scholarworks.lib.csusb.edu/etd-project/2458.
Texte intégralMendoza, Leon Jesus Alexis. « Analysis of DNA sequence similarity within organisms causing New World leishmaniasis ». Thesis, University of Cambridge, 1991. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.386206.
Texte intégralBatra, Sushil Baker Erich J. Lee Myeongwoo. « Identification of phenotypes in Caenorabhditis elegans on the basis of sequence similarity ». Waco, Tex. : Baylor University, 2009. http://hdl.handle.net/2104/5325.
Texte intégralOzturk, Ozgur. « Feature extraction and similarity-based analysis for proteome and genome databases ». The Ohio State University, 2007. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1190138805.
Texte intégralMitas̃iūnaite, Ieva. « Mining string data under similarity and soft-frequency constraints : application to promoter sequence analysis ». Lyon, INSA, 2009. http://theses.insa-lyon.fr/publication/2009ISAL0036/these.pdf.
Texte intégralAn inductive database is a database that contains not only data but also patterns. Inductive databases are designed to support the KDD process. Recent advances in inductive databases research have given rise to a generic solvers capable of solving inductive queries that are arbitrary Boolean combinations of anti-monotonic and monotonic constraints. They are designed to mine different types of pattern (i. E. , patterns from different pattern languages). An instance of such a generic solver exists that is capable of mining string patterns from string data sets. In our main application, promoter sequence analysis, there is a requirement to handle fault-tolerance, as the data intrinsically contains errors, and the phenomenon we are trying to capture is fundamentally degenerate. Our research contribution to fault-tolerant pattern extraction in string data sets is the use of a generic solver, based on a non-trivial formalisation of fault-tolerant pattern extraction as a constraint-based mining task. We identified the stages in the process of the extraction of such patterns where state-of-art strategies can be applied to prune the search space. We then developed a fault-tolerant pattern match function InsDels that generic constraint solving strategies can soundly tackle. We also focused on making local patterns actionable. The bottleneck of most local pattern extraction methods is the burden of spurious patterns. As the analysis of patterns by the application domain experts is time consuming, we cannot afford to present patterns without any objective clue about their relevancy. Therefore we have developed two methods of computing the expected number of patterns extracted in random data sets. If the number of extracted patterns is strongly different from the expected number from random data sets, one can then state that the results exhibits local associations that are a priori relevant because they are unexpected. Among others applications, we have applied our approach to support the discovery of new motifs in gene promoter sequences with promising results
Sacan, Ahmet. « Similarity Search And Analysis Of Protein Sequences And Structures : A Residue Contacts Based Approach ». Phd thesis, METU, 2008. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/12609754/index.pdf.
Texte intégralWessel, Jennifer. « Human genetic-epidemiologic association analysis via allelic composition and DNA sequence similarity methods applications to blood-based gene expression biomarkers of disease / ». Connect to a 24 p. preview or request complete full text in PDF format. Access restricted to UC campuses, 2006. http://wwwlib.umi.com/cr/ucsd/fullcit?p3237548.
Texte intégralTitle from first page of PDF file (viewed December 12, 2006). Available via ProQuest Digital Dissertations. Vita. Includes bibliographical references.
Wang, Danling. « Multifractal characterisation and analysis of complex networks ». Thesis, Queensland University of Technology, 2011. https://eprints.qut.edu.au/48176/1/Danling_Wang_Thesis.pdf.
Texte intégralYan, Yiqing. « Scalable and accurate algorithms for computational genomics and dna-based digital storage ». Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS078.
Texte intégralCost reduction and throughput improvement in sequencing technology have resulted in new advances in applications such as precision medicine and DNA-based storage. However, the sequenced result contains errors. To measure the similarity between the sequenced result and reference, edit distance is preferred in practice over Hamming distance due to the indels. The primitive edit distance calculation is quadratic complex. Therefore, sequence similarity analysis is computationally intensive. In this thesis, we introduce two accurate and scalable sequence similarity analysis algorithms, i) Accel-Align, a fast sequence mapper and aligner based on the seed–embed–extend methodology, and ii) Motif-Search, an efficient structure-aware algorithm to recover the information encoded by the composite motifs from the DNA archive. Then, we use Accel-Align as an efficient tool to study the random access design in DNA-based storage
Livres sur le sujet "Sequence similarity analysis"
Bilański, Piotr. Trypodendron laeve Eggers w Polsce na tle wybranych aspektów morfologicznych i genetycznych drwalników (Trypodendron spp., Coleoptera, Curculionidae, Scolytinae). Publishing House of the University of Agriculture in Krakow, 2019. http://dx.doi.org/10.15576/978-83-66602-38-0.
Texte intégralChapitres de livres sur le sujet "Sequence similarity analysis"
States, David J., et Mark S. Boguski. « Similarity and Homology ». Dans Sequence Analysis Primer, 89–157. London : Palgrave Macmillan UK, 1991. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-349-21355-9_3.
Texte intégralAdjeroh, D. A., I. King et M. C. Lee. « Video sequence similarity matching ». Dans Multimedia Information Analysis and Retrieval, 80–95. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 1998. http://dx.doi.org/10.1007/bfb0016490.
Texte intégralYap, Tieng K., Ophir Frieder et Robert L. Martino. « Multiprocessor Sequence Similarity Searching ». Dans High Performance Computational Methods for Biological Sequence Analysis, 143–57. Boston, MA : Springer US, 1996. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4613-1391-5_6.
Texte intégralRyšavý, Petr, et Filip Železný. « Estimating Sequence Similarity from Contig Sets ». Dans Advances in Intelligent Data Analysis XVI, 272–83. Cham : Springer International Publishing, 2017. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-68765-0_23.
Texte intégralSubbotin, Sergei A. « Phylogenetic analysis of DNA sequence data. » Dans Techniques for work with plant and soil nematodes, 265–82. Wallingford : CABI, 2021. http://dx.doi.org/10.1079/9781786391759.0265.
Texte intégralSubbotin, Sergei A. « Phylogenetic analysis of DNA sequence data. » Dans Techniques for work with plant and soil nematodes, 265–82. Wallingford : CABI, 2021. http://dx.doi.org/10.1079/9781786391759.0015.
Texte intégralUng, Huy Quang, Cuong Tuan Nguyen, Hung Tuan Nguyen et Masaki Nakagawa. « GSSF : A Generative Sequence Similarity Function Based on a Seq2Seq Model for Clustering Online Handwritten Mathematical Answers ». Dans Document Analysis and Recognition – ICDAR 2021, 145–59. Cham : Springer International Publishing, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-86331-9_10.
Texte intégralXie, Bo, et Long Chen. « Automatic Scoring Model of Subjective Questions Based Text Similarity Fusion Model ». Dans Proceeding of 2021 International Conference on Wireless Communications, Networking and Applications, 586–99. Singapore : Springer Nature Singapore, 2022. http://dx.doi.org/10.1007/978-981-19-2456-9_60.
Texte intégralBonnici, Vincenzo, Andrea Cracco et Giuditta Franco. « A k-mer Based Sequence Similarity for Pangenomic Analyses ». Dans Machine Learning, Optimization, and Data Science, 31–44. Cham : Springer International Publishing, 2022. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-95470-3_3.
Texte intégralYang, Wenlu, Xiongjun Pi et Liqing Zhang. « Similarity Analysis of DNA Sequences Based on the Relative Entropy ». Dans Lecture Notes in Computer Science, 1035–38. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2005. http://dx.doi.org/10.1007/11539087_137.
Texte intégralActes de conférences sur le sujet "Sequence similarity analysis"
Yusen Zhang et Xiangtian Yu. « Analysis of protein sequence similarity ». Dans 2010 IEEE Fifth International Conference on Bio-Inspired Computing : Theories and Applications (BIC-TA). IEEE, 2010. http://dx.doi.org/10.1109/bicta.2010.5645085.
Texte intégralKetterlin, Alain, et Pierre Ganarski. « Sequence Similarity and Multi-Date Image Segmentation ». Dans 2007 International Workshop on the Analysis of Multi-temporal Remote Sensing Images. IEEE, 2007. http://dx.doi.org/10.1109/multitemp.2007.4293034.
Texte intégralLei, H., et Venu Govindaraju. « Similarity-driven sequence classification based on support vector machines ». Dans Eighth International Conference on Document Analysis and Recognition (ICDAR'05). IEEE, 2005. http://dx.doi.org/10.1109/icdar.2005.217.
Texte intégralYang, Lina, Yuan Yan Tang, Yulong Wang, Huiwu Luo, Jianjia Pan, Haoliang Yuan, Xianwei Zheng, Chunli Li et Ting Shu. « Similarity analysis based on sparse representation for protein sequence comparison ». Dans 2015 IEEE 2nd International Conference on Cybernetics (CYBCONF). IEEE, 2015. http://dx.doi.org/10.1109/cybconf.2015.7175964.
Texte intégralKong, Fen, Xu-ying Nan, Ping-an He, Qi Dai et Yu-hua Yao. « A sequence-segmented method applied to the similarity analysis of proteins ». Dans 2012 IEEE 6th International Conference on Systems Biology (ISB). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/isb.2012.6314157.
Texte intégralHu, Jun, Hongxia Zhao, Xueyou Liang et Dan Chen. « The analysis of similarity for promoter sequence structures in yeast genes ». Dans 2012 5th International Conference on Biomedical Engineering and Informatics (BMEI). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/bmei.2012.6513091.
Texte intégralDang, Xiaocui, Lina Yang, Yuan Yan Tang, Pu Wei et Hailong Su. « Nd5 Protein Sequence Similarity Analysis Based On Discrete Wavelet Transform And Fractal Dimension ». Dans 2019 International Conference on Wavelet Analysis and Pattern Recognition (ICWAPR). IEEE, 2019. http://dx.doi.org/10.1109/icwapr48189.2019.8946464.
Texte intégralBai, Fenglan, et Jun Xu. « Sequence Similarity Analysis of Buthus Martensii Neurotoxin Genes Based on Structure Matrix ». Dans 2012 Fourth International Conference on Computational and Information Sciences (ICCIS). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/iccis.2012.277.
Texte intégralZhang, Hainan, Yanyan Lan, Jiafeng Guo, Jun Xu et Xueqi Cheng. « Reinforcing Coherence for Sequence to Sequence Model in Dialogue Generation ». Dans Twenty-Seventh International Joint Conference on Artificial Intelligence {IJCAI-18}. California : International Joint Conferences on Artificial Intelligence Organization, 2018. http://dx.doi.org/10.24963/ijcai.2018/635.
Texte intégralGupta, Manoj Kumar, Rajdeep Niyogi et Manoj Misra. « A framework for alignment-free methods to perform similarity analysis of biological sequence ». Dans 2013 Sixth International Conference on Contemporary Computing (IC3). IEEE, 2013. http://dx.doi.org/10.1109/ic3.2013.6612216.
Texte intégralRapports d'organisations sur le sujet "Sequence similarity analysis"
Gelb, Jr., Jack, Yoram Weisman, Brian Ladman et Rosie Meir. Identification of Avian Infectious Brochitis Virus Variant Serotypes and Subtypes by PCR Product Cycle Sequencing for the Rational Selection of Effective Vaccines. United States Department of Agriculture, décembre 2003. http://dx.doi.org/10.32747/2003.7586470.bard.
Texte intégralDickman, Martin B., et Oded Yarden. Role of Phosphorylation in Fungal Spore Germination. United States Department of Agriculture, août 1993. http://dx.doi.org/10.32747/1993.7568761.bard.
Texte intégralCohen, Yuval, Christopher A. Cullis et Uri Lavi. Molecular Analyses of Soma-clonal Variation in Date Palm and Banana for Early Identification and Control of Off-types Generation. United States Department of Agriculture, octobre 2010. http://dx.doi.org/10.32747/2010.7592124.bard.
Texte intégralFridman, Eyal, et Eran Pichersky. Tomato Natural Insecticides : Elucidation of the Complex Pathway of Methylketone Biosynthesis. United States Department of Agriculture, décembre 2009. http://dx.doi.org/10.32747/2009.7696543.bard.
Texte intégralMichelmore, Richard, Eviatar Nevo, Abraham Korol et Tzion Fahima. Genetic Diversity at Resistance Gene Clusters in Wild Populations of Lactuca. United States Department of Agriculture, février 2000. http://dx.doi.org/10.32747/2000.7573075.bard.
Texte intégralUeti, Massaro Wilson, et Monica Leszkowicz Mazuz. Identification, characterization and testing of geographically conserved Babesia bovis vaccine antigen candidates. Israel : United States-Israel Binational Agricultural Research and Development Fund, 2022. http://dx.doi.org/10.32747/2022.8134143.bard.
Texte intégralLevisohn, Sharon, Maricarmen Garcia, David Yogev et Stanley Kleven. Targeted Molecular Typing of Pathogenic Avian Mycoplasmas. United States Department of Agriculture, janvier 2006. http://dx.doi.org/10.32747/2006.7695853.bard.
Texte intégralParan, Ilan, et Allen Van Deynze. Regulation of pepper fruit color, chloroplasts development and their importance in fruit quality. United States Department of Agriculture, janvier 2014. http://dx.doi.org/10.32747/2014.7598173.bard.
Texte intégralOr, Etti, David Galbraith et Anne Fennell. Exploring mechanisms involved in grape bud dormancy : Large-scale analysis of expression reprogramming following controlled dormancy induction and dormancy release. United States Department of Agriculture, décembre 2002. http://dx.doi.org/10.32747/2002.7587232.bard.
Texte intégralRafaeli, Ada, et Russell Jurenka. Molecular Characterization of PBAN G-protein Coupled Receptors in Moth Pest Species : Design of Antagonists. United States Department of Agriculture, décembre 2012. http://dx.doi.org/10.32747/2012.7593390.bard.
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