Thèses : « SCIENZE MOLECOLARI »

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Catalano, Carmen. « Correlazioni molecolari fra angiogenesi e neurodegenerazione ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2013. http://hdl.handle.net/10761/1321.

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ALTAMURA, SANDRO. « IDENTIFICAZIONE E CARATTERIZZAZIONE DI PARTNERS MOLECOLARI DELLE PROTEINE HMGA ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2007. http://thesis2.sba.units.it/store/handle/item/12290.

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Nasca, Carla. « Determinanti molecolari dei Disordini dello Spettro Autistico e del Disturbo Depressivo Maggiore ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2013. http://hdl.handle.net/10761/1325.

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Résumé :

La mia attività di Ricerca svolta durante il corso di Studi del Dottorato in Neurobiologia si è incentrata sul possibile meccanismo d azione dell L-acetylcarnitina (LAC) in due modelli animali: i topi CD1 sottoposti al paradigma dell Unpredictable Chronic Stress che, come evidenziato dalla letteratura scientifica, rappresentano un modello animale di depressione indotta da stress ambientale, e i ratti Flinders Sensitive Line, considerato in letteratura un ottimo modello genetico di depressione. Il farmaco mostra una rapida azione antidepressiva già al trattamento subcronico che sembra essere dovuto ad un effetto epigenetico a carico del promotore del gene grm2 che codifica per il recettore metabotropico per il glutammato mGlu2.

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Puglia, Giuseppe. « Meccanismi fisiologico-molecolari di germinazione in specie spontanee ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2014. http://hdl.handle.net/10761/1553.

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Résumé :

Seed dormancy provides a mechanism for plants to delay germination until conditions are optimal for survival of the next generation. Knowledge of dormancy release and dormancy induction requirements is important to increase our understanding about the entire process. Furthermore, to assess the association between gene expression patterns and physiological phase in dormancy is a major goal to allow a positive definition of this condition. In Chrysanthemum coronarium var. concolor and var. discolor, anatomical and germination analyses showed that non-deep physiological dormancy (PD) is the more plausible type of dormancy for both of them. The genetic composition of Chrysanthemum coronarium varieties was characterized using Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) PCR together with a DNA-Barcoding approach. Seed priming treatments were used in a non-dormant species, Leucanthemum vulgare, to induct secondary dormancy at specific temperature range and a long-priming treatment was used for its release. Fluridone and giberellic acid were tested to investigate the metabolic pathway involved in the onset of secondary dormancy and in its maintenance. Five probable housekeeping genes, useful as reference genes for quantitative PCR (qPCR) analysis in seed tissue, were identified in Chrysanthemum coronarium and in Leucanthemum vulgare, isolated and confirmed with comparative analysis with homologous genes in model species. One radicle-protrusion associated gene, EXP (Expansin), was identified in the two species, isolated and confirmed. Three dormancy-associated genes, DOG1 (Delay Of Germination 1), FLC (Flowering Locus C), HUB2 (Histone Mono-Ubiquitination 2) were identified in Chrysanthemum coronarium and in Leucanthemum vulgare.

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CESARATTO, LAURA. « STUDIO DEI MECCANISMI MOLECOLARI NELLA RISPOSTA CELLULARE ALLO STRESS OSSIDATIVO NELL'EPATOCITA ATTRAVERSO APPROCCI DI PROTEOMICA ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2006. http://thesis2.sba.units.it/store/handle/item/12356.

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Calvagno, Giuseppe Stefano. « Nuovi targets molecolari nel trattamento dell'epatocarcinoma. Review della letteratura e nostra esperienza ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2015. http://hdl.handle.net/10761/3772.

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Résumé :

BACKGROUND: Il carcinoma epatocellulare è uno dei tumori maligni più comuni e letali nel mondo . Negli ultimi 15 anni, l'incidenza di carcinoma epatocellulare è più che raddoppiata . A causa della diagnosi tardiva e / o dell avanzato sottostante quadro di cirrosi epatica, sono disponibili solo opzioni di trattamento limitate con beneficio clinico marginale per il 70% dei pazienti . Nel corso degli ultimi decenni , nessuna terapia sistemica citotossica convenzionale era efficace, contribuendo alla prognosi infausta dei pazienti con HCC . Una migliore conoscenza dei fenomeni di epatocarcinogenesi molecolare offre oggi l'opportunità di terapie mirate. MATERIALI E METODI: Una ricerca della letteratura è stata effettuata utilizzando la letteratura cancro , la PubMed , Scopus e Web of Science ( WOS ) database per le seguenti parole chiave: "carcinoma epatocellulare" "epatocarcinogenesi molecolare", "terapia mirata" e "immunoterapia". DISCUSSIONE E CONCLUSIONI: Le decisioni terapeutiche sono complesse e dipendono dalla stadiazione del tumore, dalla presenza di ipertensione portale, e dal grado della disfunzione epatica di base. La conoscenza dei meccanismi molecolari di epatocarcinogenesi ha ampliato l'orizzonte per i pazienti con carcinoma epatocellulare avanzato. Negli ultimi anni, diversi agenti con preciso target molecolare sono stati valutati in studi clinici di carcinoma epatocellulare avanzato. In futuro, nuove opzioni terapeutiche saranno rappresentate da una miscela di vaccini immunoterapia-simili e modulatori delle cellule T, integrate da inibitori mirati di vie di signaling tumorale.

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PAKROO, SHADI. « Valutazione tecnologica e probiotica mediante approcci fisiologici e molecolari di nuovi batteri lattici isolati da alimenti fermentati tradizionali ». Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2022. http://hdl.handle.net/11577/3445850.

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Résumé :

In primo luogo, è stata studiata la diversità microbica e le proprietà nutrizionali della "Yellow Curd" (Kashk zard) un alimento fermentato tradizionale persiano, utilizzando approcci microbiologici classici e analisi del metabarcoding dell'rRNA 16S. L'analisi metagenomica ha rivelato che i batteri lattici, in particolare i generi Lactobacillus, Pediococcus e Streptococcus, erano dominanti in Yellow Curd. Inoltre, sono stati effettuati l'isolamento, la caratterizzazione e l'identificazione di nuovi LAB con potenziale tecnologico e proprietà probiotiche, nonché la preparazione e caratterizzazione di alimenti funzionali. I risultati hanno rivelato che i ceppi di Pediococcus acidilactici IRZ12A e IRZ12B isolati dal cibo fermentato tradizionale persiano erano sicuri e dotati di proprietà probiotiche come la resistenza a condizioni gastrointestinali simulate e l'effetto ipocolesterolemizzante. Il genoma completo di questo promettente ceppo di P. acidilactici IRZ12B con il miglior effetto ipocolesterolemizzante è stato sequenziato e l'analisi in silico ha evidenziato l'assenza di plasmidi, geni di resistenza agli antibiotici trasmissibili e fattori di virulenza. Pertanto, abbiamo cercato di utilizzare P. acidilactici IRZ12B con tre piante officinali, ovvero Malva, Calendula ed Echinacea, per prove di fermentazione e, al fine di verificare la possibile produzione di alimenti funzionali. Le piante fermentate con P. acidilactici IRZ12B sono state utilizzate per studiarne la funzionalità su cellule sane e cancerose. I risultati hanno mostrato che le erbe fermentate con il ceppo probiotico non hanno avuto alcun effetto citotossico sulle cellule intestinali umane sane (Caco-2 differenziato) e potrebbero invece ridurre significativamente la vitalità cellulare sulle cellule del cancro al seno (MCF-7). Successivamente, dato che alcuni ceppi probiotici non hanno tollerato la condizione di conservazione e il passaggio gastrointestinale umano, in questa tesi, per la prima volta, abbiamo valutato l'uso della molecola di 2′-fucosillattosio in microincapsulazione e l'abbiamo confrontata con altre molecole note, come la gelatina e l'inulina. Le microcapsule, ottenute con la tecnica dell'estrusione, sono state valutate in termini di efficienza di incapsulamento, stabilità di conservazione, resistenza alle condizioni gastrointestinali e cinetica di rilascio cellulare. Le microcapsule a base di alginato hanno mostrato caratteristiche interessanti, inclusa la buona capacità di proteggere le cellule batteriche dalle difficili condizioni gastrointestinali simulate. Rispetto ad altre molecole utilizzate in microincapsulazione insieme all'alginato, come la gelatina e l'inulina, il 2'-fucosillattosio ha evidenziato un rilascio estremamente rapido e abbondante di cellule batteriche dalle capsule all'interno di un fluido intestinale simulato. Infine, sono state studiate le proprietà tecnologiche di un LAB isolato da un tradizionale alimento indiano fermentato (Dahi). Si è rilevato che il ceppo Limosilactobacillus fermentum ING8 possiede proprietà tecnologiche molto interessanti, come la capacitò di utilizzo del galattosio, l'attività antimicrobica, la produzione di esopolisaccaridi e la capacità di sopravvivenza alla conservazione a lungo termine a temperatura di refrigerazione. La valutazione completa del genoma di questo promettente ceppo ha confermato l'assenza di possibili elementi deleteri, come geni acquisiti di resistenza agli antibiotici, geni di virulenza o geni correlati all'emolisi, mentre sono stati rilevati tutti i geni strutturali correlati all'operone galattosio e alla produzione di EPS.
Firstly, we have studied the microbial diversity and nutritional properties of “Yellow Curd” (Kashk zard) a traditional Persian fermented food, using classical microbiology approaches and 16S rRNA metabarcoding analysis. The metagenomics analysis revealed that lactic acid bacteria, particularly the genera Lactobacillus, Pediococcus and Streptococcus, were dominant in Yellow Curd. In addition, isolation, characterization and identification of new LAB with technological potential and probiotic properties, as well as functional foods preparation and characterization, have been carried out. The outcomes revealed that Pediococcus acidilactici strains IRZ12A and IRZ12B isolated from traditional Persian fermented food were safe and endowed with probiotic properties such as resistance to simulated gastrointestinal conditions and hypocholesterolemic effect. The complete genome of this promising P. acidilactici IRZ12B strain with the best cholesterol-lowering effect was sequenced, and the in-silico analysis evidenced the absence of plasmids, transmissible antibiotic resistance genes and virulence factors. Therefore, we tried to use P. acidilactici IRZ12B and three officinal plants, namely Malva, Calendula and Echinacea, for fermentation trials and consequently, possible functional food production. The fermented herbs with P. acidilactici IRZ12B were used to study their functionality on healthy and cancer cells. Results showed that fermented herbs with the probiotic strain did not have any cytotoxic effect on healthy human intestinal cells (differentiated Caco-2); however, they could significantly reduce cell viability on breast cancer cells (MCF-7). Secondly, some beneficial strains did not tolerate the storage condition and the human gastrointestinal passage. In this thesis, for the first time, we evaluated the use of 2′-fucosyllactose molecule in microencapsulation, and compared it with other known molecules, such as gelatin and inulin. Microcapsules, obtained by the extrusion technique, were evaluated in terms of encapsulation efficiency, storage stability, gastrointestinal condition resistance, and cell release kinetics. The alginate-based microcapsules showed interesting features, including the good capability to protect bacterial cells from harsh simulated gastrointestinal conditions. Compared to other molecules used in microencapsulation together with alginate, such as gelatin and inulin, 2’-fucosyllactose evidenced an extremely quick and abundant release of bacterial cells from the capsules inside a simulated intestinal fluid. Lastly, we have studied the technological properties of LAB isolated from a traditional fermented Indian food (Dahi). As a result, strain Limosilactobacillus fermentum ING8 was found to possess a safe status with very interesting technological properties, such as galactose utilization, antimicrobial activity, exopolysaccharide production and survivability to long-term storage at refrigeration temperature. The complete genome evaluation of this promising strain confirmed the absence of possible deleterious elements, such as acquired antibiotic resistance genes, virulence genes, or hemolytic-related genes. However, all structural genes related to galactose operon and EPS production have been detected.

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Nicolosi, Maria Luisa. « Identificazione di nuovi target molecolari per la terapia del carcinoma poco differenziato della tiroide : studi in vitro ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2014. http://hdl.handle.net/10761/1578.

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Premessa. I carcinomi poco differenziati della tiroide sono refrattari ai trattamenti convenzionali per cui negli ultimi anni si sono condotti diversi studi finalizzati ad identificare le alterazioni molecolari di più frequente riscontro e che potrebbero essere responsabili della scarsa efficacia delle terapie classiche. Bersagli molecolari interessanti sono: il recettore per l EGF e quello per l IGF-I poiché entrambi iperespressi nel carcinoma tiroideo. Di recente, le case farmaceutiche hanno sintetizzato vari inibitori molecolari rivolti verso entrambi i recettori, per esempio il Gefitinib inibitore di EGFR e l NVP in grado di bloccare IGF-IR. Tuttavia, gli studi preclinici condotti finora hanno dato risultati poco soddisfacenti, in termini di efficacia antitumorale, per la possibile insorgenza di meccanismi di resistenza. Oggetto dello studio. In questo studio, su una serie di linee cellulari di carcinoma tiroideo, abbiamo valutato i meccanismi molecolari di resistenza al blocco farmacologico di EGFR ed IGF-IR, usando come inibitori il Gefitinib e l NVP. Risultati 1 (Inibizione di EGFR): Valutando l espressione di EGFR, mediante western blot, è stato visto che le linee di carcinoma tiroideo analizzate iper-esprimevano tale recettore e che il Gefitinib era in grado di inibire la sua fosforilazione. Contrariamente, questo farmaco si è mostrato scarsamente efficace nella riduzione della proliferazione delle cellule neoplastiche e della fosforilazione di ERK, mediatore a valle di EGFR. Questo dato è stato ottenuto nella maggior parte delle linee cellulari testate, ad eccezione delle linee WRO e Hth-74 che sono risultate sensibili al farmaco. Il Gefitinib non è risultato efficace in tutte quelle linee cellulari recanti mutazioni dei geni che portano all attivazione costitutiva della via di ERK, tra cui BRAF (V600E), HRAS (G12A/Q61R) o riarrangiamento RET/PTC1. Alla luce di ciò, in questo studio abbiamo valutato gli effetti dell inibizione dell oncogene BRAF(V600E) e di RET sulla sensibilità delle cellule di carcinoma tiroideo al Gefitinib. Abbiamo trovato che l inibizione di BRAF, mediante l inibitore selettivo PLX4230, ripristina gli effetti del Gefitinib in tutte le cellule in possesso della mutazione del BRAF. Risultati simili sono stati ottenuti con inibitori di RET. Risultati 2 (Inibizione di IGF-IR): Dopo aver valutato gli effetti antiproliferativi dell NVP-AEW541 in un gruppo di linee cellulari tumorali tiroidee abbiamo selezionato linee sensibili e resistenti. In tutte le linee, sia sensibili che resistenti, l NVP ha inibito la fosforilazione di IGF-IR. Nelle cellule sensibili, l NVP ha esercitato effetti antiproliferativi ed è stato in grado di inibire la via di segnale dipendente da AKT (pAKT) in maniera più efficace rispetto alla via di ERK1/2. Viceversa, nelle linee resistenti si è osservato un aumento di attivazione di ERK1/2 dopo NVP e nessuna inibizione di pAKT. Nelle FF1 aventi un alto rapporto IR:IGF-IR, abbiamo trovato che EGFR viene attivato in seguito al trattamento con NVP. Questo dato non è stato riscontrato nelle C643, le quali esprimono alti livelli di IGF-IR e bassi livelli di IR. Pertanto, abbiamo valutato l efficacia di un trattamento combinato volto ad inibire sia IGF-IR che EGFR o le vie a valle di esso quali MAPK. Abbiamo trovato che l inibizione di IGFIR associata a quella di EGFR o di ERK, è in grado di superare i meccanismi di resistenza all inibizione singola di IGF-IR. Conclusioni. Questi risultati indicano che in alcune linee di carcinoma tiroideo la resistenza al Gefitinib è dovuta principalmente alla mutazione del BRAF(V600E) e che tale resistenza può essere superata utilizzando il Gefitinib in combinazione con inibitori del BRAF. Inoltre, l iperespressione di IR e di EGFR possono entrambi contribuire alla resistenza dell'inibizione di IGF-IR. Una terapia combinata con altri farmaci molecolari mirati, come inibitori di EGFR o MAPK potrebbero superare questi meccanismi di resistenza.

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Bernabini, Carlotta. « Utilizzo di biomarcatori molecolari di consumo alimentare per la validazione dei risultati di strumenti nutrizionali convenzionali ». Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2020. http://amslaurea.unibo.it/21873/.

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Ottenere dati affidabili sul consumo di cibo (in termini di assunzione di energia e nutrienti) è fondamentale per la promozione della salute e per la prevenzione di malattie non trasmissibili. Metodi soggettivi e retrospettivi, quali i questionari e i diari alimentari, impongono di ricordare, descrivere e quantificare con precisione l'assunzione di cibi e bevande. Recentemente è stato messo in luce il potenziale intrinseco dei biomarcatori associati all'assunzione alimentare, acquisiti mediante approcci metabolomici, per validare studi di epidemiologia nutrizionale. Nella presente tesi sono descritti alcuni strumenti innovativi di analisi dei dati, che sono stati applicati a quelli generati dal progetto CHANCE, e inseriti in algoritmi sviluppati ad hoc per la loro validazione automatica. Le informazioni raccolte, mediante diari H24R, su abitudini alimentari nell’ambito del suddetto progetto europeo sono state verificate applicando l’approccio metabolomico, basato su biomarcatori di consumo, noti in letteratura e identificati negli spettri NMR di urine raccolte sulla stessa coorte di soggetti, che sono stati oggetto di studio. I risultati mettono in luce la complessità delle relazioni esistenti tra alimenti e molecole associate al loro consumo, e, soprattutto, offrono uno strumento per assegnare a ciascun soggetto un indice di attendibilità del diario rilasciato. Dallo studio emerge anche che non tutti i biomarcatori sono equivalenti nella precisione con cui riportano il livello di assunzione del cibo corrispondente. Questo doppio errore, cioè quello determinato dalla stima errata del cibo assunto da parte del consumatore, e quello della reale quantità assimilata e metabolizzata delle molecole assunte mediante l’alimento, merita la dovuta attenzione nella decisione di utilizzare l’indice di affidabilità dei report individuali. Lo studio, comunque, rappresenta il preambolo necessario ad attivare ulteriori studi che costituiranno il seguito a questa tesi.

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Caruso, Giuseppe. « Basi Molecolari dei DCP (disoridni conformazionali proteici) a carico del sistema nervoso : condizioni microambientali e interrelazioni cellulari ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2014. http://hdl.handle.net/10761/1532.

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La funzione biologica di una proteina dipende dalla sua struttura tridimensionale, che è determinata dalla sua sequenza aminoacidica durante il processo di folding proteico. Il folding proteico nella cellula è un processo strettamente regolato che coinvolge una serie di proteine, dai chaperon molecolari alle proteasi, che assistono il processo folding e monitorano la qualità del prodotto finale. Molte malattie hanno mostrato di derivare da misfolding e sono raggruppate sotto il nome di disordini conformazionali proteici (DCP) . L'evento distintivo nei PCD è un cambiamento nella struttura secondaria e/o terziaria di una proteina normale senza alterazione della struttura primaria. Il cambiamento conformazionale può promuovere la malattia aumentando l attività tossica o causando la mancanza di funzione biologica della proteina nativa. I DCP comprendono il morbo di Alzheimer (AD) , il morbo di Huntington (HD), la fibrosi cistica, il diabete mellito di tipo II (T2DM), il morbo di Parkinson (PD), e molte altre malattie. Nella maggior parte dei DCP la proteina mal ripiegata è ricca di strutture beta-sheet. Sia T2DM che AD sono caratterizzati da aggregati proteici insolubili con conformazione fibrillare. L aggregazione dell amilina è associata alla perdita delle cellule beta pancreatiche, mentre Abeta e la formazione grovigli neurofibrillari sono associati alla perdita di cellule neuronali. Sono stati mostrati sia condivisi che separati modelli di tossicità per le due molecole amiloidogeniche Amilina e Abeta, che sono in parte mediati da recettori, con i recettori, almeno in una certa misura, condivisi tra le due molecole. Fattori microambientali quali gli ioni metallici sono noti interagire con queste molecole amiloidogeniche, rendendole tossiche per le cellule in coltura. Nel presente studio abbiamo dimostrato come i peptidi amiloidogenici formano spontaneamente aggregati amorfi o fibrillari. In presenza di rame la fibrillogenesi di Abeta25 35 subisce delle modifiche strettamente legate al tempo di incubazione, in particolare nel passaggio da una specie all altra. Questi cambiamenti possono essere correlati al grado di tossicità misurato dopo il trattamento di colture cellulari di neuroblastoma (SH-SY5Y). L aumento della tossicità cellulare, indotta mediante incubazione con rame, può essere spiegata con un rallentamento nell evoluzione verso strutture non tossiche, e con la conseguente stabilizzazione di aggregati oligomerici, notoriamente molto più tossici rispetto alle specie fibrillari. L'incubazione favorisce la formazione di strutture beta-sheet da parte di hA17-29. Lo stato di aggregazione cambia in funzione del tempo di incubazione. La presenza di rame in soluzione rallenta il processo di fibrillogenesi e favorisce la stabilizzazione di specie oligomeriche, mentre altri fattori, quali lo zinco e il ribosio, favoriscono la formazione di grandi aggregati. La vitalità delle cellule di neuroblastoma diminuisce in relazione al tempo di incubazione del frammento peptidico. La pre-incubazione in presenza di rame aumenta ulteriormente la tossicità del peptide. Questa diminuzione della vitalità potrebbe anche dipendere dalla formazione di radicali liberi tossici prodotti come risultato di reazioni di Fenton. L'analisi del medium condizionato da cellule endoteliali ha mostrato il collegamento fra la produzione di alphaB-cristallina e lo stress cellulare. È stato dimostrato che la produzione di alphaB cristallina è direttamente proporzionale alla concentrazione di peptide Abeta25-35 usato per trattare le colture cellulari. Questo è in accordo con i dati di letteratura in cui l aumentata produzione di HSP, necessarie per il corretto ripiegamento delle proteine e per la protezione delle cellule, è collegata ad eventi di stress cellulare.

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Serdoz, Francesca. « Veicolazione di principi attivi in campo zootecnico ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3086.

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2007/2008
Nel settore dell’ acquacoltura, un problema dibattuto è un’ elevata mortalità negli allevamenti durante la fase di crescita con conseguenti perdite economiche da parte degli allevatori. Le strategia comunemente utilizzata negli allevamenti per far fronte a questo problema consiste nell’ utilizzo di antibiotici a largo spettro. Nonostante il vasto numero di farmaci ritenuti potenzialmente idonei per il trattamento delle malattie che interessano le specie ittiche, in realtà è estremamente ristretto il campo di molecole consentite; infatti oltre all’aspetto economico, è sempre più crescente l’attenzione sui possibili rischi che l’uso intensivo del farmaco in acquacoltura potrebbe rappresentare per la salute umana e per l’ ambiente, in particolare per quanto concerne il trasferimento di farmaco resistenze ai patogeni che rivestono morbilità nell’ uomo. La terapia antibatterica nell’ allevamento ittico è legalmente consentita solo con l’ impiego di mangimi medicati, costituiti dal normale alimento di base addizionato del farmaco in quantità tale da permettere l’ assunzione dei dosaggi di principio attivo previsti dalle leggi vigenti. In ragione della scarsa biodisponibilità orale degli antibiotici nelle specie ittiche, che ha come conseguenza problemi di impatto ambientale, di insorgenza di farmacoresistenza e di costi maggiori per l’ allevamento dovuti ad una “sovramedicazione“, si è reso necessario lo studio di nuove tecniche che possano risolvere o quantomeno ridurre questa problematica.
1980

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CAPELLI, ROBERTA. « Analisi dei livelli d’espressione di fattori di natura epigenetica e marcatori molecolari nel processo di epatocarcinogenesi indotta da dieta su modello murino ». Doctoral thesis, Università degli Studi dell'Aquila, 2022. http://hdl.handle.net/11697/192066.

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La steatosi epatica non alcolica (NAFLD) rappresenta una delle patologie epatiche croniche più diffuse. Essa può evolvere da steatosi, condizione in cui si riscontra un accumulo di acidi grassi nel citoplasma degli epatociti, alla più severa steato-epatite (NASH), caratterizzata da infiammazione e danno epatocitario. Inoltre, in un certo numero di casi, la NASH può progredire in fibrosi, cirrosi ed in ultimo in carcinoma epatocellulare (HCC). L’HCC è la tipologia di tumore epatico più comune e costituisce il quinto tumore più frequente al mondo e la terza causa di morte legata al cancro. I microRNA (miRNA, miR) sono dei piccoli RNA non codificanti di circa 18-25 nucleotidi che regolano l’espressione genica a livello post-trascrizionale, esercitando la loro azione sull’RNA messaggero target. Essi sono coinvolti in diversi processi biologici fondamentali sia fisiologici che patologici, ed in particolare, è stato descritto un loro coinvolgimento e ruolo anche nella progressione NAFL/NASH/HCC. Lo scopo di questo lavoro è stato analizzare alcuni microRNA e fattori molecolari coinvolti nel processo di epatocarcinogenesi NAFL-NASH-HCC indotta da dieta, ad alto contenuto di grassi (high fat, HF) o basso contenuto di grassi ed alto di carboidrati (low fat-high carbohydrate, LF-HC), sul modello di NAFLD murino C57BL/6J. Sono stati in particolare identificati e analizzati due miRNA (miR-125a-5p e miR-182), modulati già dopo 3 mesi di dieta nei tessuti epatici murini, e due geni target oncosoppressori (Cyld e FoxO1) che sono risultati ipoespressi nei tessuti tumorali. Gli stessi miRNA sono stati testati su sieri di pazienti affetti da NAFLD a vari stadi di progressione (NASH, cirrosi, HCC) e in soggetti sani di controllo (CTRL), mostrando differenze significative tra alcuni di questi gruppi (miR-125: NASH/cirrosi/HCC vs. CTRL; miR-182: NASH/cirrosi vs. CTRL, HCC vs. CTRL). Per una valutazione più ampia della progressione NAFLD, sui tessuti epatici murini sono stati inoltre analizzati i livelli di espressione di marker di stress ossidativo (SOD, CAT, GST), di citochine pro-infiammatorie (IL-1β, IL-6, TNF-α) e marker di fibrosi (TGF-β, CTGF, LepR), i cui livelli di espressione hanno indicato una progressione del danno epatico più rapida nel gruppo alimentato con dieta HF e una stessa tipologia di danno, più tardivo, nel gruppo LF-HC, evidenziando così che entrambi i tipi di regimi alimentari contribuiscono all’instaurarsi di condizioni coinvolte nel processo di epatocarcinogenesi indotta da dieta. In conclusione, lo studio ha portato all’identificazione di nuovi miRNA e, per la prima volta su modello in vivo, relativi geni target ad attività oncosoppressoria coinvolti nel processo di epatocarcinogenesi indotta da dieta su modello murino. L’analisi di marcatori di stress ossidativo, infiammazione e fibrosi ha inoltre messo in luce che non solo la dieta HF, ma anche quella LF-HC, seppure più tardivamente, è in grado di indurre un danno epatico con progressione ad HCC. Tali risultati aprono a nuovi approfondimenti sui meccanismi molecolari alla base della progressione del danno epatico correlato alla NAFLD. In particolare, dato il ruolo dei microRNA come biomarcatori circolanti non invasivi, lo studio, esteso a casistiche più ampie di pazienti, potrà potenzialmente portare all’identificazione di nuove molecole utili per una più accurata e precoce definizione della diagnosi e prognosi della malattia.

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De, Zorzi Rita. « Structural studies on molecular recognition in protein complexes and supramolecular systems ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3082.

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Résumé :

2007/2008
Il riconoscimento molecolare tra due o più specie chimiche mediante interazioni non covalenti è il principale argomento di studio della chimica supramolecolare. Individuare i fini meccanismi di complementarietà che presiedono il processo di associazione molecolare è di fondamentale importanza sia per la comprensione di come funzionano i sistemi biologici naturali sia per lo sviluppo di nuovi sistemi supramolecolari artificiali. Nel presente lavoro di tesi, l’analisi delle interazioni che governano il riconoscimento molecolare sia in sistemi supramolecolari artificiali che in complessi proteici naturali è stata condotta attraverso la tecnica di diffrazione di raggi X da cristallo singolo, che consente la precisa identificazione delle interazioni coinvolte e dei gruppi funzionali responsabili del riconoscimento molecolare. In particolare, sono state analizzate le differenze tra due forme cristalline del citocromo c da Cuore di Cavallo, ottenute rispettivamente in ambiente ossidante e riducente in presenza di ioni nitrato. Lo ione nitrato è stato utilizzato in questo lavoro biocristallografico come sonda ionica per analizzare le variazioni della superficie elettrostatica connesse con il processo ossidoriduttivo del citocromo e per individuare i principali passaggi del meccanismo di riconoscimento molecolare in cui è coinvolto questo trasportatore di elettroni. Nell’ambito dello studio di sistemi in grado di mimare i sistemi biologici, sono stati analizzati anche complessi supramolecolari artificiali contenenti porfirine. Un nuovo versatile materiale nanoporoso è stato ottenuto attraverso utilizzo di interazioni non covalenti sinergiche tra calixareni e porfirine. Questa struttura supramolecolare che ricorda le zeoliti è stata successivamente funzionalizzata attraverso la diffusione di ioni metallici nei canali della struttura. Il materiale nanoporoso così ottenuto, contenente un pigmento porfirinico assieme ad uno ione metallico, è molto promettente per il successivo sviluppo di sistemi artificiali che coniugano la capacità di raccogliere la radiazione elettromagnetica nel campo del visibile con centri catalitici in grado di immagazzinare tale energia in legami chimici. In questo lavoro di tesi, un complesso, costituito da un nucleo formato da 4 ioni rutenio legati da ponti ossigeno, che ha dimostrato elevate capacità catalitiche nella reazione di produzione di ossigeno a partire dall’acqua in presenza di cerio (IV), è stato caratterizzato strutturalmente. Lo studio cristallografico ha permesso di ottenere dettagli strutturali importanti per la comprensione del meccanismo di reazione di tale complesso. Sensori che si avvalgono delle caratteristiche di reversibilità dell’interazione e di specificità del substrato tipiche della chimica supramolecolare possono essere ottenuti mediante la progettazione razionale di opportuni recettori molecolari. In questa tesi, cristalli isomorfi di un cavitando tetrafosfonato sono stati ottenuti in presenza di diversi alcoli guest, permettendo il confronto delle interazioni che determinano la formazione del complesso. Successivamente, sono stati portati a termine esperimenti di cocristallizzazione in presenza di coppie alcoliche, al fine di studiare la competizione tra queste specie per il sito del cavitando. Molecole a cavità che presentano funzionalità di host possono essere utilizzate anche nella progettazione di polimeri supramolecolari. Questo tipo di sistemi è particolarmente interessante per la possibilità di attivare o disattivare la polimerizzazione in risposta ad uno stimolo esterno. In questa tesi, un approccio di questo tipo è stato applicato alla sintesi di un omopolimero e di un eteropolimero.
Molecular recognition of two or more molecules through non covalent interactions is the field of supramolecular chemistry. The evaluation of the subtle mechanisms of complementarity inducing the molecular association has a fundamental importance in order to both elucidate biological processes and develop new artificial supramolecular systems. In the present thesis, analyses on various, artificial and natural, supramolecular systems, have been carried out using X-ray diffractions techniques on single crystals, that allow the precise determination of interaction geometries of the functional groups involved. In particular, structural differences between two crystal forms of Horse Heart cytochrome c, obtained in presence of nitrate ions, in an oxidizing and in a reducing environment, respectively, have been analysed. In this biocrystallographic work, nitrate ions have been used as ionic probes to analyse variations on the electrostatic surface due to the oxidoreductive processes of cytochrome and to identify the main steps of the molecular recognition mechanism, involving this electron transport protein. In order to develop systems able to mimicking biological processes, supramolecular complexes containing porphyrins have been analysed. A highly flexible nanoporous material has been obtained by synergistic non-covalent interactions of calixarene and porphyrin building blocks. This supramolecular zeolite-like structure has been easily functionalized by diffusion and coordination of metal ions in the large void channels of the crystals. This new nanoporous material, containing a porphyrinic dye together with a metal ion, is very promising for the development of artificial systems combining visible light harvesting properties and catalytic centres, able to store energy in chemical bonds. In this thesis, a complex constituted by a core of four ruthenium atoms bound through oxygen bridges, that demonstrated catalytic properties in oxygen evolving reactions from water oxidation in presence of Ce (IV), has been characterized through X-ray diffraction. The crystallographic analysis has allowed the determination of important structural details in order to understand the reaction mechanism of this complex. Sensing systems, that exploit the characteristics of reversibility of interactions and specificity of the substrate, typical of supramolecular chemistry, can be achieved with a rational design of suitable molecular receptors. In this thesis, isomorphic crystals of a tetraphosphonato cavitand have been obtained in presence of different alcoholic guests, allowing the comparison of interactions responsible for the complex formation. Afterwards, cocrystallizzation experiments in presence of two alcoholic species have been carried out in order to investigate the competition of these molecules for the cavitand site. Hollow molecules with host functionalities can also be exploited in the design of supramolecular polymers. These systems have attracted particular interest for the possibility of switch on/off the polymerisation after an external stimuli. In this thesis, a supramolecular approach has been applied in order to synthesize a homopolymer and a heteropolymer.
1981

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Pirrone, F. « Impatto dell'endotelio sugli eventi molecolari e cellulari coinvolti nella fisiopatologia della flogosi : studi in vivo ed in vitro : dottorato di ricerca in biotecnologie applicate alle scienze veterinarie e zootecniche ». Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano, 2007. http://hdl.handle.net/2434/432229.

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Résumé :

Endothelium is an endocrine organ that is spatially distributed throughout the body. Endothelial dysfunction is a hallmark for vascular diseases. Despite enormous advances in the understanding of endothelial cell biology, many critical questions about its fundamental role in vascular pathophysiology remain largely unanswered. The present thesis describes the in vivo and in vitro studies we carried out in order to investigate the association between endothelial dysfunction and organ-specific inflammatory conditions, such as atherosclerosis, hypoxic pulmonary hypertension and sepsis, as well as the therapeutic potential of endothelial derived substances, such as nitric oxide, and the enormous potential of the endothelium as a therapeutic target.

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IANIRI, GIUSEPPE. « Approcci molecolari per la comprensione dei meccanismi genetici della degradazione della patulina da parte dell’agente di biocontrollo Rhodosporidium kratochvilovae ceppo LS11 e da parte del ceppo IAM 13481 di Sporobolomyces sp ». Doctoral thesis, Università degli studi del Molise, 2011. http://hdl.handle.net/11695/66252.

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Résumé :

La Patulina è una micotossina prodotta dal patogeno postraccolta Penicillium expansum. Contamina frutti di pomacee e prodotti derivati rappresentando un rischio per la salute dei consumatori. L’agente di biocontrollo Rhodosporidium kratochvilovae LS11 (lievito basidiomicete precedentemente classificato come Rhodotorula glutinis) è in grado di prevenire le infezioni di P. expansum e di metabolizzare in vitro, in condizioni di aerobiosi, la patulina. Il processo di degradazione porta alla formazione di acido desossipatulinico (DPA), composto caratterizzato da tossicità molto inferiore a quella della micotossina. Allo scopo di identificare i geni coinvolti nella degradazione della patulina, sono stati prodotti dei putativi mutanti inserzionali di R. kratochvilovae LS11 mediante trasformazione mediata da Agrobacterium tumefaciens (AMT). Tuttavia, le analisi genetico-molecolari condotte dimostrano la mancata trasformazione di questo lievito. Perciò, mediante AMT sono stati prodotti putativi mutanti inserzionali del ceppo di riferimento del genere Sporobolomyces, Sporobolomyces sp. IAM 13481. Questo lievito utilizza lo stesso pathway degradativo di LS11, formando DPA come prodotto finale della degradazione della patulina. La generazione di mutanti inserzionali di Sporobolomyces sp. IAM 13481 è stata condotta utilizzando un sistema di selezione basato sull’auxotrofia per l’uracile sviluppato in questo studio. 3200 trasformanti sono stati esaminati per la loro capacità di degradare la patulina mediante un biosaggio ad alta efficienza basato sulla differente tossicità di patulina e DPA nei confronti di Escherichia coli DH5α. Le successive analisi cromatografiche hanno mostrato che 15 trasformanti degradano la micotossina più lentamente del ceppo wild type Sporobolomyces sp. IAM 13481, e sono perciò stati denominati slower patulin degraders. Il ruolo dei geni disattivati dalle inserzioni di T-DNA nella degradazione della patulina è stato individuato correlando i meccanismi della tossicità della micotossina e la risposta fenotipica dei mutanti inserzionali slower patulin degraders. Il fenotipo slower patulin degrader appare dovuto alla disattivazione di geni coinvolti nella resistenza alla patulina, come nel caso di geni implicati più o meno direttamente nella resistenza allo stress ossidativo e nel mantenimento dell’integrità della membrana plasmatica e/o della parete cellulare (CYB5, YCK2, PAC2, ECM38, gene che codifica per la proteina con ID 28891, CDC24, GYP7, VPS8, SSO1 e MCM1). I dati ottenuti suggeriscono che, oltre ai geni codificanti per enzimi che catalizzano gli step del pathway degradativo della patulina e hanno perciò un ruolo diretto nella sua degradazione, altri geni, come quelli identificati in questo studio, esplicano un ruolo indiretto che permette alle cellule di Sporobolomyces sp. IAM 13481 di resistere inizialmente all’azione tossica della micotossina, presumibilmente propedeutico al processo degradativo. Per confermare il fenotipo ottenuto in seguito all’inattivazione di VPS8 causata dall’inserzione del T-DNA, sono stati creati, mediante mutagenesi mirata (gene replacement), mutanti delezionali di questo gene. Diversamente da quanto atteso, i due mutanti vps8 generati con mutagenesi inserzionale random (AMT) e mutagenesi mirata mostrano una risposta fenotipica differente. Questo potrebbe essere dovuto a riarrangiamenti del T-DNA che interferiscono anche con l’espressione di altri geni. Il pathway di degradazione della patulina è stato recentemente caratterizzato. Il primo step della degradazione consiste nell’idrolisi enzimatica dell’anello lattonico della micotossina. Quindi sono stati condotti esperimenti di gene replacement a carico dei geni DLH e rDLH di Sporobolomyces sp. 13481 che codificano per due diverse diene lattone idrolasi. I dati preliminari ottenuti suggeriscono un diretto coinvolgimento di questi geni nel processo di degradazione.
Penicillium expansum is an aggressive postharvest pathogen of apples and is responsible for patulin contamination in stored pome fruits an derived products. The biocontrol agent Rhodosporidium kratochvilovae LS11 (basidiomycetous yeast previously classified as Rhodotorula glutinis) is able to prevent the attack of P. expansum on apples and to degrade in vitro the mycotoxin patulin under aerobic condition. The final product of patulin degradation is desoxypatulinic acid (DPA) that is much less toxic than patulin. In order to identify the genes responsible for patulin degradation in R. kratochvilovae LS11, putative insertion mutants of LS11 have been randomly generated through Agrobacterium-mediated transformation (AMT). Unfortunately, molecular analyses showed that transformation of this yeast was not successful. The strain Sporobolomyces sp. IAM 13481, whose genome has been sequenced, degrades patulin according to the same pathway of LS11 and forms DPA as the final degradation.Therefore, we used Sporobolomyces sp. IAM 13481 to produce insertion mutants through AMT for identifying the genes involved in patulin degradation. At this aim, a selection system based on the recovery of uracil prototrophy was developed, by using an uracil auxotroph derived from Sporobolomyces sp. IAM. 3200 transformants were tested for their ability to degrade patulin, by using an high throughput bioassay based on the extreme sensitivity of Escherichia coli DH5α to patulin and on its insensitivity to DPA. Chromatographic analyses showed that 15 transformants degrade patulin more slowly than the wild type strain Sporobolomyces sp. IAM 13481, and therefore these insertional mutants were named slower patulin degraders. The role in patulin degradation of genes inactivated by AMT was defined by correlating the mechanisms of patulin toxicity and some phenotype traits of the slower patulin degraders. The slower patulin degrader phenotype is apparently due to inactivation of genes involved in patulin resistance, like genes that are more or less directly involved in resistance to oxidative stress and in preserving the integrity of the plasma membrane and/or the cell wall (CYB5, YCK2, PAC2, ECM38, the gene encoding the protein ID 28891, CDC24, GYP7, VPS8, SSO1 and MCM1). This data suggest that, in addition to genes encoding for enzymes directly involved in patulin degradation, other genes, like those identified in this study, play an indirect role in Sporobolomyces sp. IAM 13481, by enabling the yeast cells to initially resist to patulin toxicity. To confirm the phenotype showed by a T-DNA insertion mutant in VPS8, this gene was targeted for creating a deletion mutant by specific homologous replacement. Unexpected, the two vps8 mutants generated by means of AMT and target gene replacement show a different phenotype. This might be due to T-DNA rearrangements that interfere also with the expression of other genes. The patulin degradation pathway has been recently elucidated. The first degradation step is the enzymatic hydrolysis of the patulin lactone ring. Therefore, the genes DLH and rDLH of Sporobolomyces sp. IAM 13481 encoding different dienelactone hydrolases has been targeted for creating the respective deletion mutants. Preliminary results suggest that these genes might be directly involved in patulin degradation.

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Nardelli, Alessia. « Photoabsorption of gold nanoparticles : a TDDFT analysis by cluster model molecules ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3081.

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2007/2008
The optical properties of gold nanoparticles are the object of study of the present Ph. D. thesis. Different clusters in various conditions have been considered in order to simulate the absorption spectra at theoretical level and to correlate to the electronic structure the information obtained from the interpretation of the spectra. The study of electronic excitations has been carried out within the TDDFT theory implemented in the ADF code. The gold nanoparticles have different and interesting physical and chemical properties and in the scientific community they have attracted great attention at both experimental and theoretical level. The properties for which they have been widely used, are mainly catalysis, absorption and selective oxidation, while those which are now being studied with increasing interest are optical, electronic and magnetic properties. Biology, biophysics and medicine are the applicative fields in which recently the gold nanoparticles have greater impact. In order to contribute to the study of the optical properties of the gold nanoparticles, we have tried to propose theoretical models with the goal to rationalize the experimental findings and to realize a computational model for new nanostructured materials with specific optical properties. We have therefore addressed this issue by handling several aspects. Below it will be described the path followed during the Ph. D. research indicating the chapters of the second part of the thesis in which the various arguments are treated in detail. Starting with both experimental and theoretical data found in literature, we have focused at first on naked gold clusters, to simulate the note SPR absorption band ascribed to the electron collective oscillations. We have tried to push the size of the cluster to the maximum computationally allowed to reproduce the red-shift/size increasing trend, observed in the UV-visible spectra, and to draw as closely as possible to the minimum size of the systems synthesized in the laboratory. Within the limitations due to high density of states in the case of larger clusters, we have tried to rationalize the results in terms of conventional quantum chemistry arguments. (Chapter 4) We have concentrated then on the refining of the computational technique, introducing the spin-orbit coupling in the calculation of valence excitation spectra of small regular icosahedrical bimetallic systems with closed shell. In this context we have discussed the differences between a SR (Scalar relativistic) and a SO (spin-orbit) TDDFT calculation scheme and also those due to different heteroatoms present in the centre of the gold cage. Thus, we have identified a diagonal trend between two elements of Group V B (V and Nb) and two from Group VI B (Mo and W) of the Periodic Table. (Chapters 5 and 6) Finally we have moved to the study of the electronic excitation phenomena from the valence to the core, simulating the XANES spectra of systems functionalized with metilthiolate. The experimental molecular models that we have compared, were similar in size but different in composition (dodecanethiolate) and in structure. Nevertheless, grounded on calculations, we have given a more detailed interpretation of the intense experimental band: it is the result of two unresolved bands which involve both S-Au and S-C antibonding states. Moreover, depending on the structure of the cluster, and then the types of interactions present, we have observed changes in the spectral patterns. (Chapter 7) In the first part of the thesis have been developed some general issues and some theoretical aspects with which deal the above chapters. In particular, in Chapter 1 is considered the wide nanoparticles main theme, in Chapter 2, the electronic spectroscopy and Chapter 3 the theoretical DFT and TDDFT methods with particular emphasis on aspects related to the relativistic formalism.
1979

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Licen, Sabina. « Artificial ion transporters : synthesis, characterization and ionophoric activity on membrane models ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3084.

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2007/2008
Nel corso di alcuni anni il nostro gruppo di ricerca, ispirandosi alla struttura dei composti naturali anfotericina B e squalamina, ha sintetizzato una serie di composti che incorporano gli elementi strutturali fondamentali di questi due ionofori naturali: un’unità idrofobica rigida, una catena idrofilica (modulo di conduzione) e uno o due gruppi terminali polari. L’attività di questi composti nel trasporto di ioni attraverso il doppio strato fosfolipidico è stata investigata utilizzando liposomi come modelli di membrana e metodologie basate sulla spettroscopia NMR e su tecniche spettrofluorimetriche mediante l’utilizzo di probe fluorescenti. Tra i composti sintetizzati, un analogo formato da un ottapeptide di Aib (acido α-amminoisobutirrico) Z-protetto all’ N-terminale (unità idrofobica) e legato tramite il C-terminale ad un gruppo amminico di una diammina derivata dall’esaetilenglicole (modulo di conduzione e gruppo terminale polare), ha mostrato di avere un’attività ionoforica molto elevata nei confronti del trasporto di cationi sodio. La comprensione del motivo di questa alta ed inaspettata attività è stata quindi uno degli scopi principali di questo lavoro di Tesi, in cui sono stati studiati analoghi con catena alchilica a lunghezza variabile al posto del gruppo Z, già precedentemente sintetizzati, per valutare l’effetto idrofobico del sostituente. Dopo aver raccolto una prima serie di dati, per comprendere la rilevanza della presenza dell’anello aromatico sullo ionoforo modello, è stata sintetizzata e studiata una serie di analoghi che portano un diverso gruppo aromatico al posto del gruppo Z. Il secondo e più generale scopo di questo lavoro di Tesi è stato l’inizio di uno studio sull’attività ionoforica di composti strutturalmente diversi al fine di razionalizzare le caratteristiche strutturali necessarie per ottenere composti attivi come trasportatori di ioni. A questo scopo è stata iniziata un’intensa collaborazione con diversi gruppi di ricerca che hanno sintetizzato una serie di possibili ionofori. Il gruppo del Prof. De Riccardis dell’Università di Salerno ha sintetizzato una serie di composti calixarenici sostituiti con catene spermidiniche e una serie di α-ciclopeptoidi formati da un numero variabile di N-benzilossietilglicine. Il gruppo della Prof. Montesarchio dell’Università di Napoli ha preparato degli oligosaccaridi ciclici, legati da legami fosfodiesterei a ponte, chiamati CyPLOS (Cyclic Phosphate-Linked OligoSaccharide macrocycles). Infine il gruppo del Prof. Casnati dell’Università di Parma ha sintetizzato una serie di calixareni sostituiti con un numero variabile di gruppi guanidinio. Tutti questi composti sono stati preparati allo scopo di poter effettuare un ampio studio concernente il rapporto struttura/attività e poter quindi definire i requisiti strutturali minimi per ottenere un composto con attività ionoforica. Accanto ai risultati ottenuti per ogni singola classe di composti, che sono illustrati e discussi in dettaglio nel terzo capitolo della Tesi, la possibilità di studiare un così ampio spettro di composti utilizzando le stesse condizioni sperimentali, ci ha permesso di ottenere delle considerazioni generali sulla natura dell’attività ionoforica ponendo le basi per la progettazione di nuove strutture che possano mostrare maggiore attività e/o selettività. Un altro importante risultato ottenuto durante questo lavoro di Tesi è stato l’acquisizione di esperienza nell’utilizzo di molte tecniche atte ad investigare l’attività ionoforica su liposomi come modelli di membrana. In particolare, è stato approfondita la conoscenza di tecniche comprendenti l’uso di probe fluorescenti che hanno mostrato di essere valide e di facile utilizzo per ottenere dati riguardanti vari aspetti dell’attività ionoforica come ad esempio le sequenze di selettività. Tuttavia, utilizzando esperimenti su liposomi, rimane molto difficile ottenere l’evidenza sperimentale della distinzione tra un meccanismo di trasporto tramite canale e altri tipi di meccanismi (es. carrier). Per questo motivo i dati ottenuti da questo tipo di esperimenti dovrebbero essere integrati da dati ottenuti per via elettrofisiologica e il nostro gruppo di ricerca si sta muovendo proprio in questa direzione.
Taking inspiration from the natural ionophores amphotericin B and squalamine, during the past years our group synthesized a series of compounds that incorporate the fundamental structural elements of these natural ion transporters: a rigid hydrophobic unit, a hydrophilic chain (conduction module) and one or two polar head groups. The ionophoric activity of these artificial ionophores was investigated using liposomes as membrane models, and the measurements have been conducted by NMR spectroscopy and spectrofluorimetric techniques involving the use of fluorimetric probes. Among the compounds synthesized, an analogue having an N-terminus Z-protected α-aminoisobutyric acid (Aib) octapeptide (hydrophobic unit) linked, at the C-terminus, to one aminic moiety of a diamine derived by exa(ethylene)glycol (conduction module and polar head), was found to have an impressive activity in Na+ transport. The understanding of the reasons for such high and unexpected activity was therefore one of the main subjects of this Thesis work in which alkyl (instead of the Z-group) analogues of this compound, already prepared in our group, were studied to evaluate the hydrophobic effect of the substituent. After a first collection of data, a new series of analogues carrying a different aromatic group in place of the Z-group were synthesized and studied in order to asses the relevance of the aromatic substitution in the model ionophore. The second and more general subject of this Thesis work was the beginning of an investigation of structurally different compounds aimed to define common structural requirements for ionophoric activity. In this contest we have collaborated with several research groups which have synthesized the putative ionophore. Prof. De Riccardis and co-workers at Salerno University synthesized a series of spermidine calixarenic compounds as well as a series of cyclic α-peptoids formed by a variable number of N-benzyloxyethylglycines. The group of Prof. Montesarchio at Napoli University prepared novel cyclic oligosaccharide analogues, 4,6-linked through phosphodiester bonds, named CyPLOS (Cyclic Phosphate-Linked OligoSaccharide macrocycles). Finally the group of Prof. Casnati at Parma University synthesized a series of guanidinium calixarene conjugates. All these compounds have been prepared in the framework of a long standing collaboration which has as ultimate objective a broad structure/activity investigation aimed to define the structural requirements for ionophoric activity. Beside the results obtained in the study of each single class of compounds which will be illustrated and discussed in detail in the third chapter of this Thesis work, the possibility to investigate the ionophoric properties of such a broad bunch of compounds under the same set of experimental condition allowed us to draw more general considerations and put the basis for the design of new ionophores with enhanced activity and/or selectivity. A further important result of this Thesis work is the acquisition of expertise in several techniques used for the study of the ionophoric activity in liposomes. In particular we have exploited methodologies based on the use of fluorescent probes which have proved to give valid and user friendly entries to important features such as for example selectivity sequences. Ironically, it is the experimental evidence for the existence of ion channels as such (rather than the presence of alternative modes of transport) that remains most difficult to obtain in vesicles. For this reason this type of measurement should be paralleled with electrophysiological data and we are now moving in this direction.
1980

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Condorelli, Angelo Giuseppe. « Basi molecolari della differente risposta delle cellule alpha e beta del pancreas di mammifero all apoptosi mediata da citochine : implicazioni patogenetiche nel Diabete Mellito ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2015. http://hdl.handle.net/10761/1683.

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L apoptosi è considerata la forma principale di morte delle beta cellule pancreatiche produttrici di insulina nel Diabete mellito di tipo 1 (T1DM) e di tipo 2 (T2DM). Nel T1DM, la forma autoimmune della patologia, l apoptosi è il risultato di una complessa cascata di eventi che inizia con l esposizione delle beta cellule pancreatiche a molecole citotossiche espresse o secrete dalle cellule del sistema immunitario ed infiltranti l isola del Langerhans nel corso dell insulite; tra le citochine pro-infiammatorie l IL-1b, l IFNg ed il TNFa rappresentano i principali effettori degli eventi descritti. E interessante notare come l azione deleteria delle citochine sia specificatamente rivolta alle cellule beta pancreatiche, mentre le cellule alpha risultano più resistenti ai loro effetti citotossici. Sebbene le pathways proapoptotiche innescate dalle citochine nelle beta cellule siano state ampiamente (anche se non completamente descritte), i meccanismi molecolari alla base della risposta differenziale dei due tipi cellulari erano quasi del tutto inesplorati. Mediante un approccio sperimentale di tipo sistemico, per la prima volta abbiamo indagato il profilo di espressione e la funzione biologica di microRNA e geni codificanti per proteine in cellule aTC1-6 e bTC1 trattate con citochine proinfiammatorie, un sistema modello che mima in vitro lo stato infiammatorio cronico del Diabete Mellito. Scopo di questo lavoro è stato: (i) descrivere i meccanismi molecolari responsabili della resistenza delle cellule alpha pancreatiche e della suscettibilità della controparte beta cellulare all apoptosi indotta dalle citochine pro-infiammatorie (IL-1b, IFNg e TNFa); (ii) identificare nuovi marcatori beta cellulari di disfunzione. L analisi dell espressione genica differenziale nelle due linee cellulari in condizioni fisiologiche (steady state) e dopo trattamento con citochine ci ha permesso di caratterizzare il ruolo dei microRNA 296-3p e 298-5p nella resistenza all apoptosi citochino-mediata delle cellule aTC1-6 [Barbagallo D, Piro S, Condorelli AG et al. miR-296-3p, miR-298-5p and their downstream networks are causally involved in the higher resistance of mammalian pancreatic alpha cells to cytokine-induced apoptosis as compared to beta cells. BMC Genomics, 2013] e del fattore trascrizionale C/EBPa nell apoptosi delle cellule bTC1 [Barbagallo D, Condorelli AG, Piro S et al. CEBPA exerts a specific and biologically important proapoptotic role in pancreatic beta cells through its downstream network targets. Mol Biol Cell, 2014].

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Curro', Sergio. « Contributi per il miglioramento genetico del ficodindia (Opuntia ficus indica (L.) Mill.) ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2012. http://hdl.handle.net/10761/1033.

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Il ficodindia (Opuntia ficus indica (L.) Miller) è un arbusto succulento appartenente alla famiglia delle Cactaceae e originario del Messico ma presente in tutto il bacino del Mediterraneo e nelle zone temperate di America, Africa, Asia ed Oceania. In Sicilia la specie ha trovato ottime condizioni pedoclimatiche che le hanno permesso di colonizzare numerosi ambienti diventandone di fatto uno dei principali simboli. Nonostante l ampia diffusione nel nostro territorio, il ficodindia è caratterizzato da un patrimonio varietale limitato, rappresentato quasi esclusivamente dalle cultivar Bianca , Gialla e Rossa e dalle loro varianti trunzare . L obiettivo che ci si è posti nel corso del triennio del Dottorato di Ricerca è stato quello di gettare le basi per l ampliamento del patrimonio varietale del ficodindia. Per raggiungere tale scopo sono state affrontate diverse linee di ricerca. Innanzitutto sono state realizzate delle impollinazioni incrociate tra le cultivar Bianca e Rossa di Opuntia ficus indica e tra Bianca ed Opuntia amyclaea al fine di ottenere ibridi con migliori caratteristiche tra le quali, auspicabilmente, una maggior presenza di semi abortiti, una migliore resistenza alle manipolazioni post-raccolta, per la varietà Bianca , e la diminuzione dell alternanza produttiva che caratterizza la cultivar Rossa . I protocolli utilizzati per le operazioni di impollinazione incrociata e germinazione dei semi hanno dato soddisfacenti risultati permettendo di ottenere 85 ibridi che, dopo una fase di acclimatazione e crescita iniziale in serra, sono stati messi a dimora in un apposito campo dell Azienda Sperimentale della Università di Catania. Tali semenzali saranno in seguito valutati per le caratteristiche dei frutti prodotti. Un altra linea di ricerca ha previsto la realizzazione di un campo collezione attraverso l introduzione di genotipi alloctoni, provenienti da diverse aree del mondo, ed il reperimento nel territorio siciliano di germoplasma autoctono. In totale, sono stati reperiti 62 genotipi appartenenti a 16 specie di Opuntia. Vista la scarsità di informazioni sul livello di diversità genetica esistente nell ambito del germoplasma reperito, è stata condotta un analisi molecolare attraverso marcatori micro satelliti (SSR-simple sequence repeats). L analisi molecolare condotta ha permesso di stimare il livello di diversità esistente tra i genotipi in esame ed ha suddiviso il germoplasma in raggruppamenti che si discostano chiaramente dall attuale classificazione tassonomica basata su parametri morfologici quali la presenza/assenza delle spine. Dall analisi è emerso che il materiale reperito in Sicilia possiede una base genetica molto ristretta e risulta chiaramente distinto dai genotipi alloctoni che mostrano un livello di diversità genetica elevato. Le informazioni emerse da queste analisi potranno essere utilizzate per lo sviluppo di futuri programmi di miglioramento genetico. Infine, per far fronte alla necessità di dover moltiplicare in elevate quantità ed in modo rapido il germoplasma introdotto dall estero ed i genotipi ottenuti in seguito a programmi di incrocio, è stato definito un protocollo di propagazione in vitro per l ottenimento di cloni con patrimonio genetico identico alla pianta madre (true to type). Il protocollo di micropropagazione utilizzato ha permesso di ottenere in un arco di tempo limitato un elevato numero di individui da piante madri di Bianca , Gialla , Rossa ed Opuntia amyclaea. Tali piante sono state sottoposte alla verifica della true to typeness attraverso l uso di marcatori AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). L analisi condotta con 15 coppie di primer ha generato 952 marcatori che non hanno evidenziato variabilità tra i cloni e le piante madri. L assenza di polimorfismi suggerisce che il protocollo si presta all ottenimento di materiale micro propagato con un discreto livello di stabilità genetica.

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Llanes, Palla's Anna. « Nanostructuring of organic materials templated by hydrogen bonding recognition ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3083.

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Résumé :

2007/2008
The central challenge in the construction of molecular based devices is the necessity to develop methods for the controlled fabrication of well-defined organic systems that meet the structural requirements for their nanotechnological applications. The aim of this thesis is to design and synthesise novel molecules, equipped with desired molecular functionalities, which by means of H-bonding interactions can self-assemble and generate complex nanostructures both in solution and on metallic surfaces that ultimately could find applications as optoelectronic devices. Intrinsically, our goal is to obtain a good understanding of the recognition and complexation behaviour of the functional molecules either in solution or on surfaces. Our approach is based on the preparation of a vast “molecular library” of smart molecules, which can self-recognise and organise in a predictable manner. The synthesis of geometrical molecular modules bearing complementary H-bonding sites (2,6-di(acetylamino)pyridine and uracil) for self-assembly studies on metallic surfaces has been described. Such molecules however, showed some solubility limitations in common organic solvents such as CHCl3 or CH2Cl2, which represents a considerable disadvantadge for performing studies in solution. In fact, some of the molecules used in our studies could only be characterised in very polar solvents such as dimethylsulfoxide (DMSO), which are strong hydrogen bonding acceptor solvents, and therefore unsuitable for recognition studies. To solve this problem we synthesised a new generation of modules based on the former ones, which presented an enhanced solubility in common organic solvents and thus more appropriate for recognition studies in solution. The supramolecular complexes were characterised by means of 1H-NMR titrations and Job plots as well as steady-state UV/VIS absorption and emission titration measurements to determine the association strength and the assemblies’ stoichiometry. As expected, the recognition between the uracil and the 2,6-di(acetylamino)pyridine moieties is the driving force for the formation of the supramolecular systems. Self-organisation studies in solution of some supramolecular systems were also performed and the formation of spherical nanostructures resembling vesicles was observed. Finally, the “bottom-up” fabrication of patterned surfaces based on the supramolecular recognition of the pre-programmed complementary modules was performed. The Scanning Tunneling Microscopy studies performed both on the solid-liquid and solid-vacuum interfaces unravelled the potential of the supramolecular approach in the fabrication of addressable molecular devices, which are hardly imaginable using established miniaturising methods such as the lithographic techniques.
1981

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Marega, Riccardo. « Sintesi e caratterizzazioni attraverso spettroscopia NMR di nuovi derivati dei nanotubi di carbonio ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3085.

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Résumé :

2007/2008
I derivati solubili di nanotubi di carbonio (CNTs sono in fase di studio in molteplici settori tecnologici, fra cui quello biomedico. Nel nostro caso, a seguito dell' introduzione di gruppi carbossilici sui CNTs mediante loro ossidazione, sono stati formati legami estere o ammide con derivati dell'acido Ialuronico (HA), in modo da ottenere coniugati solubili in soluzioni acquose. L'HA è uno zucchero fondamentale in molteplici processi biologici e la sua introduzione sui CNTs permette, in linea di principio, di indirizzare i coniugati verso opportune linee cellulari tumorali. Per verificare l'avvenuta coniugazione dell'HA ed i suoi derivati ai CNTs ossidati sono state condotte analisi di spettroscopia NMR basata sulla diffusione (DOSY): in questo modo è stato possibile verificare la ridotta diffusione delle catene di HA a seguito della coniugazione covalente con i CNTs. Per settare i parametri necessari per le analisi DOSY sono stati prodotti ed analizzati derivati di CNTs solubili in solvente organico o in soluzioni acquose che sono stati precedentemente caratterizzati mediante le comuni tecniche analitiche dei CNTs. In questo modo è stata trovata una correlazione fra le informazioni ottenibili mediante spettroscopia NMR, relative alle funzionalità introdotte sui CNTs, e le analisi di microscopia elettronica, necessarie all'identificazione di CNTs solubilizzati a seguito della funzionalizzazione.
1980

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MARZANO, VALERIA. « Indagine di proteomica su linee cellulari polmonari umane stabilmente infettate con gli oncogeni E6 ed E7 di HPV16 ». Doctoral thesis, Università degli Studi di Roma "Tor Vergata", 2008. http://hdl.handle.net/2108/435.

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Negli ultimi anni sono emerse evidenze che supportano un ruolo di HPV nella patogenesi del cancro al polmone ed è stata riscontrata la presenza e l’espressione, attraverso distinte linee di ricerca, degli oncogeni di HPV nei tumori polmonari supportando l’ipotesi che forme oncogeniche del virus possano agire come cofattori nel processo carcinogenico. Per chiarire il ruolo di HPV nello sviluppo del tumore del polmone abbiamo utilizzato la linea cellulare polmonare A549 come modello cellulare e, dopo infezione con costrutti esprimenti gli oncogeni E6, E7 ed E6/E7 di HPV16, con un approccio di tipo proteomico, abbiamo studiato i cambiamenti nel profilo di espressione proteica delle diverse linee cellulari infettate, rispetto alla controparte normale, associate alla presenza degli oncogeni. Dall’analisi dei replicati dei gels bidimensionali tra le cellule non infettate e infettate stabilmente con HPV16E6/E7, si sono trovate 17 proteine differenzialmente espresse di almeno 2 volte, la cui intensità media normalizzata fosse statisticamente significativa (p<0.05). L’identificazione delle proteine è stata effettuata con esperimenti di spettrometria di massa MALDI-TOF-MS e nLC-ESI-Q-TOF-MS/MS. Le possibili relazioni e associazioni funzionali tra le proteine espresse differenzialmente nelle linee infettate con gli oncogeni di HPV16 sono state valutate tramite il programma bioinformatico Ingenuity Pathway Analysis. Il risultato, derivante da tutte e tre le diverse condizioni di infezione, suggerisce un coinvolgimento funzionale di processi di inibizione dell’apoptosi e le proteine Annexin IV, Gp96, Hsp27 e Tumor protein-translationally controlled 1 identificate come regolatori principali della sopravvivenza cellulare e inibizione della morte cellulare programmata.
In recent years data have accumulated implicating the involvement of oncogenic HPVs in bronchial carcinogenesis and the presence and expression of oncogenic HPV transcripts in non-small cell lung cancers have been reported throughout distinct studies. Taken together these data seem to support the hypothesis that oncogenic HPVs could act as co-factor in lung carcinogenesis. To further understand the role of HPV in the development of lung cancer we employed the lung cell line A549 stably infected with HPV16E6, HPV16E7 and HPV16E6/E7 constructs to investigate by a proteomic approach the protein profile changes associated with the expression of these oncogenes. Replicated 2-DE gels from uninfected and stably HPV16E6/E7 infected A549 cells were compared for changes in protein profile. We identified 17 different polypeptides whose average normalized spot intensity was statistically significant (p<0.05) and differed by 2- fold. The protein identification was achieved by peptide mass fingerprinting by MALDI-TOF-MS and nLC-ESI-Q-TOF-MS/MS peptide ladder sequencing Relationships between differentially expressed proteins and the HPV-induced infection mechanism have been clustered by knowledge-base database functional association network analysis. The results, deriving from the networks obtained from all three different infection conditions, suggested the functional involvement of a cell death inhibition pathway with central nodes including Annexin IV, Gp96, Hsp27 and Tumor protein-translationally controlled 1 as major key proteins for cell viability and inhibition of apoptosis pathway.

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Caputo, Emilia. « Analisi molecolare del melanoma ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2012. http://hdl.handle.net/10761/1214.

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We have analyzed the proteomes of two human melanoma cell lines (A375 and 526), and of the human melanocytes, (FOM 78), by two-dimensional electrophoresis (2D-PAGE) and liquid chromatography¿tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Our comparative proteomic analysis revealed that six proteins were overexpressed in both melanoma cell lines as compared with melanocytes: galectin-1, inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2, serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A ¿ isoform, protein DJ-1, cyclophilin A and cofilin-1. We show, for the first time, that only specific isoforms of these molecules are overexpressed in melanoma. Different protein profiles were also found between each individual melanoma cell line and the melanocytes. s-Methyl-5-thioadenosine phosphorylase, ubiquitin and ribosomal protein S27 a precursor, the basic form of protein DJ-1, annexin a1, proliferation associatedvprotein 2g4, isoform alfa-enolase of alfa-enolase, protein disulfide-isomerase precursor and elongation factor 2 werevmore strongly expressed in A375 cells compared with melanocytes. In 526 cells, 60s acidic ribosomal protein p1 and calreticulin precursor were more highly expressed than in melanocytes. These molecular differences may help in better understanding melanoma development and its different responsiveness to therapies. The identified proteins could be exploited as biomarkers or therapeutic targets for melanoma.

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LIBERATOSCIOLI, LAURA. « Biologia molecolare della paraoxonasi ». Doctoral thesis, Università degli Studi di Roma "Tor Vergata", 2008. http://hdl.handle.net/2108/548.

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Human serum paraoxonase (PON1) is an HDL-associated enzyme involved in the protection of lipoproteins from oxidation. Endothelial dysfunction has been documented in subjects with diabetes mellitus and is probably related to increased oxidation of circulating LDL. A genetic polymorphism of the PON1 (Gln192Arg) has been suggested to influence its anti-oxidant capacity, with the Arg allele associated with lesser protection of LDL against the accumulation of lipid peroxides. The first step of the present study was to test a fluorescent 5’ exonuclease assay to detect the point mutation in the paraoxonase gene (Q192R). This assay takes advantage of 5’ exonuclease activity of Taq DNA polymerase to cause the cleavage of two allelic-specific probes, which hybridized to template DNA during the PCR and that determine an increase of reporter fluorescence in solutions. This assay was applied to 120 sample of genomic DNA, extracted from whole blood, and we had a perfect allelic discriminations between sample wild-type, mutant and heterozygote . This results show the complete concordance of Real Time fluorescent 5’ Exonuclease Assay with a standard Polymerase Chain Reaction and restriction analysis and is an assay easy to use, rapid and accurate for the study of single nucleotide polymorphisms that permits to analyse a great number of samples in a short period of time. The second step was to evaluate, in vivo, the contribution of the PON1-192 polymorphism to the protective effect of HDLs. Three hundred and forty seven subjects in the upper and lower decile of sex-specific HDL cholesterol distribution were selected from participants in a cardiovascular disease prevention study. PON1 genotypes were determined by PCR amplification and restriction analysis and, at the same time, by Real Time PCR. Blood pressure, height, weight, smoking and alcohol habits, as well as the presence of familial or personal history of CHD were recorded. Plasma lipids and blood glucose were measured by routine enzymatic methods. As a measure of antiatherogenic HDL effect, carotid atherosclerosis was assessed by ultrasonography. Allele and genotype frequencies did not differ significantly between low and high HDL groups. Similarly, no significant difference was observed among genotypes in all variables studied. Subjects with Gln/Arg or Arg/Arg had more carotid abnormalities than Gln/Gln with an adjusted odds ratio (OR) of 3.27 (95% CI, 1.61-6.64, P=0.001) for abnormal carotid score. Stepwise logistic regression analysis showed that in the whole population age and presence of low-HDL were the only independent predictors for abnormal carotid score. In low-HDL, age was the only independent predictor entered into the model (OR 1.09/year, P<0.0001); in high-HDL, age entered first (OR, 1.07/year, P=0.001), followed by the presence of Gln/Arg or Arg/Arg (OR, 2.94, 95% CI, 1.47-5.91, P=0.002). In conclusion, in subjects with elevated concentration of HDL cholesterol, the presence of carotid atherosclerosis is significantly associated with the arginine variant in position 192 of thePON1 gene. Since there is a relative dearth of data on the association between the genetic polymorphism of PON1 and endothelial function in subjects with diabetes mellitus, we have also investigate the possible association between the PON1 Gln192Arg polymorphism and the brachial artery endothelial function in subjects with diabetes mellitus. Sixty-nine patients with type2 diabetes and 41 sex- and age-matched controls have been enrolled. The clinical and biochemical characteristics and Gln/Arg polymorphism were determined and endothelial function has been evaluated as flow mediated vasodilation (FMD) of the brachial artery after forearm ischemia. In controls no difference was observed in FMD between subjects homozygous for the Gln allele and those carrying the Arg allele. In diabetic patients, FMD was lower among those carrying the Arg allele (1.90±1.65% vs. 3.69±2.40%, p=0.02). This difference became more marked after exclusion of subjects with hypertension (2.01±1.27% vs. 5.72±3.24%, p=0.01). In multiple regression analysis, hypertension and PON1 gene polymorphism were independently and significantly associated with FMD. In conclusion Gln>Arg polymorphism of PON1 influences endothelial dysfunction in diabetic subjects, especially in those with normal blood pressure.

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Flamigni, Anna. « Applicazioni della glicobiologia all'imaging molecolare ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3047.

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Résumé :

2007/2008
I carboidrati sono stati per molto tempo considerati molecole aventi solo funzioni di tipo strutturale e di riserva energetica per la cellula e non sembravano in alcun modo coinvolti nei processi che contribuiscono allo sviluppo di una cellula completamente funzionante. Nuove ed accurate ricerche hanno dimostrato il ruolo svolto dai carboidrati in numerosi processi biologici al punto che attualmente essi sono considerati la terza categoria di macromolecole con caratteristiche bio-informative. I carboidrati sono strutture che possono dare una quantità di informazioni estremamente elevata; l’innumerevole variabilità dei legami con cui le unità monosaccaridiche possono costituire strutture più complesse, permette ai carboidrati di utilizzare un linguaggio estremamente eloquente. Questo linguaggio ha preso il nome di Glicocodice. I decifratori del glicocodice sono tipicamente proteine leganti gli zuccheri chiamate lectine, caratterizzate da un’elevata specificità; lectine in grado di riconoscere in modo specifico unità beta-galattosidiche, chiamate galectine, risultano coinvolte in numerosi processi che regolano l’omeostasi cellulare, tra cui le interazioni cellula-cellula, cellula-matrice, ma anche i sistemi apoptotici ed il differenziamento cellulare. Inoltre esse risultano strettamente correlate con lo sviluppo di numerose patologie tra cui i tumori e le infiammazioni articolari come l’osteartrite e l’artrite reumatoide. In particolare, la galectina-1, molecola regolatrice pro-apoptotica, risulta sovraespressa nei pazienti affetti da artrite reumatoide. Al contrario, l’aumentata espressione della galectina-3 risulta essere un fattore rilevante per lo sviluppo di patologie osteoartritiche. Le convenzionali metodologie di indagine diagnostica per immagine sono purtroppo strumenti deboli per l’analisi di patologie croniche, in particolare risulta difficile la distinzione tra stadio acuto e cronico e l’identificazione di fasi iperacute. E’ per questo motivo che è così complessa la distinzione tra l’artrite reumatoide e le altre patologie osteoarticolari nelle prime fasi della malattia. La messa a punto di metodologie in grado di fornire una diagnosi precoce e precisa è dunque uno dei passi fondamentali nella lotta all’artrite reumatoide. Oggi sono disponibili test di tipo immunologico a livello sierico e tecniche di imaging in grado di dare alcune informazioni importanti sulla natura e sul decorso della malattia. Tuttavia questi risultano essere strumenti ancora carenti per una diagnosi precoce della patologia. Nella moderna era della medicina molecolare, terapie geniche e terapie cellulari potranno essere studiate direttamente e indirettamente tramite l’uso dell’ imaging molecolare. L’utilizzo di tecniche di imaging funzionale e molecolare assieme a strumenti di immagine anatomica, può indubbiamente incrementare la specificità e la sensibilità della diagnosi. Le procedure di indagine molecolare dovrebbero essere dunque considerate importanti strumenti complementari alle tecniche di indagine per immagini utilizzate correntemente in clinica. Nuovi mezzi di contrasto per MRI in grado di interagire a livello molecolare potranno dunque incrementare il potenziale di questa tecnica. Inoltre, l’emergere di nuove tecniche di diagnostica per immagini che utilizzano metodi ottici (fluorescenza e bioluminescenza), che sono attualmente di comune utilizzo in modelli animali in fase pre-clinica, sono in corso di sviluppo per la loro applicazione anche sull’uomo. Il presente progetto di dottorato ha avuto come obiettivo la messa a punto di un sistema diagnostico per immagini che permetta di individuare precocemente e con alta specificità la presenza di patologie artritiche infiammatorie, in modo tale da diagnosticare la malattia artritica nei primi stadi del suo sviluppo, ma anche di discriminarne la tipologia e la prognosi, al fine di poter applicare una corretta e tempestiva strategia terapeutica. Per realizzare tale obiettivo, nel corso del dottorato di ricerca, sono state sviluppate strategie sintetiche di nuovi mezzi di contrasto in grado di individuare markers specifici della patologia artritica, successivamente utilizzati su modelli cellulari e animali. In particolare, come bersaglio per tali mezzi di contrasto sono state individuate le galectine. Per ottenere l’interazione con le galectine i nuovi mezzi di contrasto devono contenere sonde per la diagnostica per immagini coniugate con strutture opportunamente modificate con ramificazioni di galattosio, al fine di permettere il legame selettivo alle galectine ed indicarne la presenza. Il progetto è stato articolato in due parti: Parte A, Analisi delle Patologie Articolari a Livello Molecolare. In questa fase sono stati sintetizzati complessi polimerici che potrebbero aiutare la comprensione dello sviluppo delle patologie articolari a livello molecolare. In particolare è stata effettuata la clusterizzazione di unità galattosidiche, note sonde biologiche per le galectine. La scelta delle strategie sintetiche è stata effettuata a partire dalla conoscenza del biopolimero Chitlac, composto le cui caratteristiche chimico/fisiche erano già ben note nel nostro laboratorio e a cui sono state riconosciute capacità di influenzare la crescita dei condrociti. Per meglio comprendere le interazioni e gli effetti di tale polisaccaride con molecole biologiche e colture cellulari, sono stati effettuati studi a livello molecolare e in vitro. In primo luogo si è quindi determinata la costante di affinità del Chitlac per le galectine-1 e -3, successivamente sono stati condotti studi di internalizzazione del Chitlac da parte di cellule presentanti un elevato numero di recettori per il galattosio (cellule di epatocarcinoma) e di condrociti primari, oggetto principale della nostra ricerca. I risultati ottenuti, hanno permesso di stabilire che il polisaccaride viene internalizzato negli epatociti in misura maggiore e in condrociti, in misura inferiore. Ne è seguito uno studio sull’effetto che il Chiltac svolge sul ciclo cellulare di tali cellule. Il risultato ottenuto ci ha indotti a pensare che il Chitlac sia in grado di interferire con le strutture che regolano il ciclo cellulare presumibilmente interferendo proprio con le galectine, proteine che controllano a monte l’espressione di proteine regolatrici dei checkpoint del ciclo cellulare. Questi risultati potrebbero finanche suggerire l’utilizzo del Chitlac non solo come sonda diagnostica ma anche some possibile agente terapeutico. Parte B, Analisi delle Patologie Artritiche a Livello Tissutale. Unità galattosidiche sono state ancorate a sonde per MRI, tra cui il DTPAGd (Magnevist®) presente in commercio e comunemente utilizzato in clinica, al fine di ottenere sonde maggiormente selettive nei confronti di patologie presentanti alterazioni dell’espressione di lectine. Come atteso, l’aggiunta dei gruppi ossidrilici dello zucchero ha portato ad un aumento dell’indice di relassività rispetto alla sonda commerciale con conseguente miglioramento dell’immagine MRI ottenuta dopo l’iniezione endovenosa del complesso di gadolinio. Infine, il Chitlac è stato utilizzato per evidenziare patologie artritiche in modelli animali tramite l’utilizzo dell’imaging ottico. A tale scopo, il polimero è stato coniugato con la sonda fluorescente Cy5.5. Le iniezioni intra-articolari del polimero hanno evidenziato le sole articolazioni patologiche, mentre il Chitlac è stato rapidamente allontanato dalle articolazioni sane. Una prima prova per via endovenosa ha inoltre permesso di verificare la permanenza nell’articolazione del polimero che dunque appare non subire un significativo sequestro da parte del fegato, come poteva essere ipotizzabile dai risultati ottenuti in vitro. Dagli studi condotti nel corso del presente progetto di tesi, è possibile concludere che la clusterizzazione del galattosio induce un incremento dell’affinità nei confronti delle galectine-1 e -3. Inoltre il polimero Chitlac (chitosano lattosilato) si è dimostrato in grado di interagire a livello cellulare al punto da influenzare il ciclo cellulare. Ulteriori studi potrebbero permettere una migliore comprensione di tali eventi. Infine, la possibilità di studiare condrociti derivanti da tessuti di articolazioni patologiche potrebbe permettere di valutare se in tali condizioni l’alterazione dell’espressione delle galectine possa essere tale da aumentare l’internalizzazione del polimero nelle cellule malate ed i suoi effetti sul ciclo cellulare. Studi preliminari in vivo su modelli di animale artritici, hanno permesso di evidenziare la permanenza del Chitlac nella articolazioni degli animali patologici, diversamente dagli animali sani, suggerendo un potenziale uso del polisaccaride nella discriminazione delle due tipologie di articolazione, effetto non evidenziabile con l’utilizzo di due polisaccaridi di controllo (chitosano e destrano), cioè privi del sostituente galattosio.
XXI Ciclo
1976

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Vezzoli, P. « Analisi immunoistochimica e molecolare dei linfomi cutanei : entità rare : dottorato di ricerca in scienze dermatologiche ». Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano, 2007. http://hdl.handle.net/2434/43179.

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LAZZARETTI, CLARA. « Azione Molecolare E Cellulare Degli Ormoni Della Riproduzione ». Doctoral thesis, Università degli studi di Modena e Reggio Emilia, 2022. http://hdl.handle.net/11380/1278344.

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Résumé :

Classicamente, la segnalazione dipendente dall’attivazione del cAMP mediata dal recettore dell'ormone follicolo-stimolante (FSHR) e dal recettore dell'ormone luteinizzante (LH) (LHCGR) favorisce la crescita del follicolo ovarico umano e la maturazione degli ovociti. Tuttavia, esistono dati in vitro contraddittori che suggeriscono un diverso significato fisiologico della segnalazione di cAMP mediata da FSHR, mostrando allo stesso tempo l'attivazione di eventi steroidogenici e pro-apoptotici. Questi segnali possono essere alterati dagli estrogeni che inducono eventi anti-apoptotici attraverso i loro recettori nucleari e all'azione non genomica di un recettore degli estrogeni accoppiato a proteine G (GPER). Lo scopo del progetto è chiarire il ruolo degli estrogeni/gonadotropine e dei loro recettori di membrana nella regolazione della fisiologia ovarica e nella selezione del follicolo dominante. In questo studio è stato dimostrato che GPER forma dimeri sia con FSHR che con LHCGR sulla superficie cellulare di cellule HEK293 che sovraesprimono i due recettori e di cellule primarie della granulosa luteina umana (hGLC). Gli eteromeri FSHR/GPER riprogrammano i segnali del cAMP e di morte, in stimoli proliferativi fondamentali per sostenere la sopravvivenza degli ovociti. Nelle cellule della granulosa umana, i segnali di sopravvivenza mancano quando è presente un rapporto FSHR:GPER elevato, che influisce negativamente sulla maturazione del follicolo e si correla con l'accoppiamento preferenziale alla proteina Gαs, l’attivazione della via cAMP/PKA e la capacità di risposta ad FSH dei pazienti sottoposti a stimolazione ovarica controllata. Gli eteromeri FSHR/GPER, invece, mediano segnali anti-apoptotici e proliferativi dipendenti da FSH tramite il dimero Gβγ e la compromissione della formazione degli eteromeri o il knockdown GPER aumenta la morte cellulare e la steroidogenesi FSH-dipendenti. Al contrario, il complesso GPER/LHCGR non influenza la produzione di cAMP indotta da LH e hCG e non compromette l'attivazione della via cAMP/PKA. Ciò si evince dalla simile fosforilazione di CREB ed ERK1/2 e dalla stessa produzione di progesterone in hGLC trattate con siRNA contro GPER e quelle trattato con mock. È interessante notare che GPER riduce l’accoppiamento LHCGR/Gαq e di conseguenza impedisce il rilascio intracellulare di Ca2+ e l'accumulo di IP1, dopo stimolazione con LH e hCG, in cellule HEK293 che co-esprimono LHCGR e GPER rispetto alle cellule che esprimono solo LHCGR. Inoltre, è stato dimostrato che in presenza di GPER la cinetica dell'internalizzazione di FSHR attraverso endosomi precoci e tardivi è ridotta, suggerendo la sua capacità di bloccare FSHR a livello intracellulare e riducendo il riciclaggio di FSHR sulla membrana. Infatti, l'internalizzazione di FSHR è necessaria affinché GPER inibisca la risposta del cAMP indotta da FSH. Secondo i nostri risultati, gli estrogeni sono selettivamente coinvolti nella regolazione dei segnali pro e anti-apoptotici, nell'internalizzazione dei recettori attraverso i complessi FSHR/GPER e nella modulazione della cascata di segnali mediata da LHCGR. I nostri risultati indicano come la maturazione degli ovociti dipenda dalla capacità del GPER di modulare i segnali selettivi di FSHR e LHCGR, indicando che gli eteromeri dei recettori delle gonadotropine possono essere un marker della proliferazione cellulare.
Classically, follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) and luteinizing hormone (LH) receptor (LHCGR) -driven cAMP-mediated signaling boosts human ovarian follicle growth and oocyte maturation. However, contradicting in vitro data suggest a different view on physiological significance of FSHR-mediated cAMP signalling, showing at the same time the activation of steroidogenic and pro-apoptotic events. These signals can be impaired by estrogens inducing anti-apoptotic events via nuclear receptors and non-genomic action of a G protein-coupled estrogen receptor (GPER). The aim of the project is to better understand the role of estrogens/gonadotropins and their membrane receptors in regulating ovarian physiology and the selection of the dominant follicle. In this study it was demonstrated that GPER heteromerizes both with FSHR and LHCGR at the cell surface of HEK293 cells overexpressing the two receptors as well as human primary granulosa lutein cells (hGLC). FSHR/GPER heteromers reprogram cAMP/death signals into proliferative stimuli fundamental for sustaining oocyte survival. In human granulosa cells, survival signals are missing at high FSHR:GPER ratio, which negatively impacts follicle maturation and strongly correlates with preferential Gαs protein/cAMP-pathway coupling and FSH responsiveness of patients undergoing controlled ovarian stimulation. In contrast, FSHR/GPER heteromers triggered anti-apoptotic/proliferative FSH signaling delivered via the Gβγ dimer, whereas impairment of heteromer formation or GPER knockdown enhanced the FSH-dependent cell death and steroidogenesis. On the other hand, GPER/LHCGR complex does not affect the LH and hCG-induced cAMP production and do not compromise the activation of the cAMP/PKA pathway, as it is indicated by similar CREB and ERK1/2 phosphorylation and same progesterone production in hGLC treated with siRNA against GPER, and the mock-treated one. Interestingly, GPER displace the LHCGR/Gαq coupling and consequently impedes the intracellular Ca2+ release and IP1 accumulation in LHCGR-GPER co-expressing HEK293 cells upon LH and hCG treatment compared to LHCGR-expressing cells. Also, it was demonstrated that in presence of GPER the kinetic of FSHR internalization through early and late endosomes is reduced, suggesting its ability to blockade FSHR at the intracellular level and reduce FSHR recycling on cell membrane. Indeed, FSHR internalization is necessary for GPER to inhibit FSH-induced cAMP response. According to our results, estrogens are selectively involved in the regulation of pro- and anti-apoptotic signals and receptor internalization through FSHR/GPER complexes and in modulation of LHCGR-mediated signaling cascade. Our findings indicate how oocyte maturation depends on the capability of GPER to shape FSHR and LHCGR selective signals, indicating hormone receptor heteromers may be a marker of cell proliferation.

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La, Rosa Salvatore. « Caratterizzazione molecolare delle delezioni parziali del gene DAZ : come e perchè ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2012. http://hdl.handle.net/10761/969.

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Lo studio delle cause genetiche di infertilità maschile derivanti da alterazioni cromosomiche, geniche e microdelezioni della regione AZF è ben standardizzato e le metodiche attualmente in uso sono sufficienti ad individuarle e caratterizzarle. Per quanto riguarda invece le delezioni parziali dei geni multicopia presenti sul cromosoma Y, e potenziali causa di infertilità, non esiste ancor oggi una tecnica semplice e univoca che ne permetta un¿esatta discriminazione e quantizzazione. Il nostro studio si è incentrato sul cluster DAZ poichè oltre ad essere un gene multi copia, è attualmente uno dei maggiori geni candidati per il fenotipo AZF. Al fine di individuare delezioni parziali del cluster DAZ sono stati utilizzati differenti approcci molecolari: Single Variant Nucleotide (SNV), Real Time PCR, Sequenziamento.

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De, Rocco Daniela, et Rocco Daniela De. « STUDIO CLINICO E MOLECOLARE DELLA SINDROME DI BERNARD-SOULIER ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2015. http://hdl.handle.net/10077/10848.

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Résumé :

2013/2014
2013/2014
La sindrome di Bernard-Soulier (BSS) è una rara piastrinopenia ereditaria causata da alterazioni a livello del complesso glicoproteico GPIb-IX-V, presente sulla membrana piastrinica e responsabile della adesione delle piastrine in seguito a danno vascolare. La BSS si trasmette come malattia autosomica recessiva (BBSA1) e i pazienti affetti presentano piastrine giganti e severi episodi di sanguinamento. Tuttavia in tempi recenti sono state descritte delle famiglie con una forma dominante nota come BSSA2. In questi pazienti la piastrinopenia è moderata e le piastrine presentano un volume leggermente aumentato. Finora sono state individuate solo 5 varianti in eterozigosi nel BSSA2:, 4 nel gene GP1BA e 1 in GP1BB. Fatta eccezione per p.Ala172Val del gene GP1BA che è relativamente frequente nella la popolazione Italiana, le altre 4 sono state descritte in singole famiglie. I pochi casi di cui disponiamo, soprattutto per la forma recessiva non ci permettono di avere informazioni sui meccanismi patogenetici e sulla sua evoluzione nel tempo. Per questo motivo è stato istituito un Consorzio Internazionale per lo studio della BSS grazie al quale è stato possibile raccogliere i dati clinici e molecolari di 132 famiglie. Tutte le informazioni sono state inserite in un database (BSS Consortium database) attualmente gestito dal nostro laboratorio e consultabile dai gruppi di studio che hanno aderito al Consorzio. Inoltre per aumentare le informazioni sulle varianti identificate nel BSSA1 abbiamo incrementato i dati molecolari delle famiglie del Consorzio con i dati di altre 79 famiglie descritte in letteratura, raggiungendo un totale di 211 famiglie. Tutte le mutazioni identificate in queste famiglie sono state poi inserite in un database pubblico disponibile in rete (LOVD: Leiden Open Variation Database). La raccolta e l’elaborazione dei dati ci ha permesso di chiarire alcuni aspetti clinici e molecolari della malattia. Tuttavia data l’eterogeneità genetica e l’elevata espressione fenotipica gli studi genotipo-fenotipo si sono rivelati difficili da eseguire. Nonostante le molte informazioni acquisite, il database risulta ancora incompleto e limitato; per questo motivo è necessario raccogliere nuovi casi e inserire assieme alle varianti anche i relativi studi funzionali che si rivelano indispensabili per poter definire l’effetto delle varianti sul complesso GPIb-IX-V. Nell’ambito invece dello studio e caratterizzazione della forma meno grave di BSS (BSSA2) sono stati selezionati 120 pazienti piastrinopenici senza diagnosi caratterizzati da piastrine grandi. In questi pazienti sono stati analizzati i geni GP1BA, GP1BB e GP9 e sono state identificate 11 diverse varianti: 1 nonsense, 2 mutazioni di framshift, 1 mutazione nel codone di inizio e 5 varianti missense. Gli studi funzionali eseguiti sulle varianti missense per stabilire il loro ruolo patogenetico sono ancora in corso. Tuttavia se gli studi dovessero confermare la loro patogenicità 11 pazienti su 120 risulterebbero BSSA2 e questa forma dovrebbe essere considerata una tra le piastrinopenie ereditarie più frequenti in Italia. In conclusione grazie a questo studio è stato possibile raccogliere la più ampia casistica di pazienti affetti da BSSA1 fin’ora descritta e ottenere numerose informazioni sia sulla clinica che sulle mutazioni coinvolte. Il BSS Consortium database permetterà ai clinici che hanno partecipato allo studio di osservare nel tempo l’andamento della malattia nei pazienti e di ottenere informazioni utili per stabilire un corretto protocollo per la presa in carico dei pazienti. Infine la caratterizzazione di nuove forme di BSSA2 rappresenta il punto di partenza per descrivere al meglio la malattia BSSA2 sia dal punto di vista clinico che molecolare. In futuro sarà quindi indispensabile estendere il BSS Consortium database anche alla forma BSSA2.
XXVII Ciclo
XXVII Ciclo
1979

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Pappalardo, Anna Maria. « DNA barcoding e biodiversità molecolare : casi di studio nel settore ittico ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2012. http://hdl.handle.net/10761/1171.

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Résumé :

A fronte della globalizzazione degli scambi commerciali, dei cambiamenti climatici e degli appelli a tutela della biodiversità, la rapida identificazione delle specie costituisce, a livello mondiale, una necessità. L utilizzo di una breve sequenza di DNA per standardizzare l identificazione degli organismi ha recentemente conosciuto gli allori della cronaca sotto l intrigante termine di DNA barcoding . Un segmento di circa 650bp del gene della citocromo ossidasi I mitocondriale (COI) è stato proposto come miglior potenziale barcode, almeno per il regno animale, dove si è potuta verificarne l efficacia in diversi taxa, e gran parte delle specie studiate (>94%) possiede barcode ben differenziati, con bassa variabilità intraspecifica ed alta divergenza tra taxa strettamente imparentati. L innovativa metodologia proposta potrebbe rivelarsi utile in numerosi settori scientifici, quali la biologia evoluzionistica, l ecologia, la filogeografia e la biologia della conservazione, ed avere numerosi riscontri applicativi, soprattutto nell ambito della sicurezza alimentare. In particolare nel settore ittico, la frequente sostituzione di tranci o filetti di specie ittiche pregiate con carni di esemplari di minor valore o l utilizzo di nomi generici usati per etichettare i prodotti della pesca ha messo in luce la necessità di sviluppare sistemi di tracciabilità molecolare. L impossibilità di ricorrere al riconoscimento morfologico quando il pesce è sottoposto a toelettatura richiede lo sviluppo di nuovi approcci analitici, basati sullo studio del DNA e il DNA barcoding si è rivelato un promettente strumento diagnostico alternativo ai tradizionali metodi di indagine e a quelli basati sull analisi delle proteine. L obiettivo principale di questo studio è stato quello di testare l efficacia e l applicabilità del gene della COI come DNA barcode per l identificazione molecolare di specie nel settore ittico sia in campo applicativo (tracciabilità molecolare), sia nella ricerca di base (tassonomia, identificazione di stock ittici). A tal scopo la prima fase della ricerca ha previsto la compilazione di una biblioteca di riferimento di sequenze di DNA barcode, partendo da esemplari la cui identità fosse già stabilita e un successivo screening su diverse specie ittiche di interesse commerciale, anche come prodotti trasformati, tra le più soggette a rischio di frode (es. pesce spada, pesci piatti). Le sequenze della COI e quelle del dominio ipervariabile della regione di controllo mitocondriale, 5 -dloop, (marker popolazione specifico comunemente utilizzato) di esemplari di Xiphias gladius (pesce spada) provenienti da diverse aree geografiche, sono state analizzate e i dati ottenuti hanno mostrato che il gene della COI non solo è un efficiente marker specie-specifico, ma è anche in grado, relativamente alla specie X. gladius di discriminare diversi stock ittici (per es. lo stock del Mediterraneo da quelli dei bacini oceanici). Il DNA barcoding è stato anche applicato per l identificazione di specie mesopelagiche della famiglia Myctophidae a partire da stadi larvali, fornendo un utile contributo all identificazione tassonomica, soprattutto nei casi in cui il tradizionale approccio morfologico è risultato difficile e ambiguo. Infine, un preliminare contributo allo studio della strutturazione genetica della specie Engraulis encrasicolus (acciuga) è stato fornito attraverso l analisi del 5 dloop di esemplari di larve campionati nell area Mediterraneo, per i quali è stato possibile definire quattro diverse aree di riproduzione. Dai dati ottenuti si evince chiaramente l efficienza del DNA barcoding come strumento di analisi complementare alla tassonomia tradizionale grazie al suo potere diagnostico come marcatore genetico specie-specifico e in qualche caso stock-specifico e la sua utilità per la tracciabilità genetico-molecolare applicata ai prodotti alimentari del settore ittico.

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Bracchitta, Giuseppina. « Reazioni fotoindotte da agenti xenobiotici in sistemi a crescente complessità molecolare ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2012. http://hdl.handle.net/10761/1170.

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Résumé :

Molte biomolecole si modificano in presenza di fotosensibilizzatori. Alcuni framaci, infatti, possono comportarsi da fotosensbilizzatori endogeni determinando alterazioni a livello delle proteine che possono essere coinvolte nella manifestazione di fotoallergie e altri effetti indesiderati indotti dalla luce. Nel caso delle proteine, queste modificazioni possono portare alla perdita della loro funzione biologica come l inattivazione enzimatica. Il Triptofano, per la sua struttura chimica, rappresenta uno degli aminoacidi più suscettibili alle ossidazioni indotte dai fotosensibilizzatori. La fotosensibilizzazione indotta dal Blu di metilene è stata precedentemente studiata ed stato dimostrato che agisce prevalentemente attraverso un meccanismo di tipo II, mediato dall ossigeno singoletto. Lo scopo di questa tesi è stato quello di mettere a confronto il meccanismo di fotosensibilizzazione di questo noto fotosensibilizzatore con quello indotto dal Naprossene, un farmaco appartenente alla classe degli antiinfiammatori di tipo non steroideo. I fotoprodotti del Trp rappresentano dei biomarker per il danno ossidativo e possono essere considerati diagnostici per il meccanismo molecolare della fotoossidazione delle proteine. Infatti, è stata dedicata particolare enfasi alla modificazione dell aminoacido dovuto alla formazione fotoindotta di specie tossiche come le specie reattive dell ossigeno. In questa tesi, quindi sono stati esaminati la fotochimica e i meccanismi di fotosensibilizzazione del Trp indotta dal Naprossene e dal Blu di metilene in sistemi a crescente complessità molecolare, dall aminoacido libero, all albumina, alla cellula. I risultati ottenuti in questi sistemi, sono in accordo tra di loro.

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STORICI, PAOLA. « LE CATELICIDINE, UNA NUOVA FAMIGLIA DI PRECURSORI DI PEPTIDI ANTIMICROBICI DEI NEUTROFILI. CARATTERIZZAZIONE MOLECOLARE E STRUTTURALE ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 1996. http://thesis2.sba.units.it/store/handle/item/12831.

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Passanisi, Roberta Claudia. « Valutazione immunoistochimica e molecolare dei livelli di grelina nello stomaco dei soggetti obesi ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2018. http://hdl.handle.net/10761/3995.

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Résumé :

Background: è stato evidenziato che dopo sleeve gastrectomy la concentrazione della grelina, che può influenzare il peso corporeo modulando l'appetito, diminuisca. Altri lavori hanno esaminato l espressione della grelina nello stomaco, tuttavia lo scopo del presente studio era quello di valutare la distribuzione delle cellule che producono l ormone grelina nel fondo dello stomaco nei pazienti obesi confrontandola con i controlli sani e, in maniera innovativa, studiare inoltre il grado di innervazione in modo tale da avere un quadro completo della condizione dello stomaco in pazienti affetti da obesità severa. Metodi: sono stati candidati allo studio in totale 36 pazienti, di cui 21 pazienti obesi sottoposti a sleeve gastrectomy laparoscopica (LSG) per obesità grave e 15 sani. Il numero di cellule grelina-positive (GPCs) è stato contato mediante immunoistochimica del fondo della mucosa gastrica. È stata misurata anche l'espressione dell mRNA della grelina. Abbiamo analizzato i livelli del trascritto della grelina estraendo l RNA totale dalla mucosa del fondo gastrico. Abbiamo anche studiato la morfologia delle cellule endocrine grelina-positive al microscopio elettronico (TEM). Parallelamente è stato valutato, con tecniche d immunoistochimica, il grado d innervazione dello stomaco dei pazienti obesi e dei controlli sani. Risultati: l espressione della grelina nel fondo gastrico dei pazienti obesi è risultata legata al sesso, con livelli superiori nelle donne rispetto agli uomini (53,4 % vs 44,8 %). Il numero dei GPC non era significativamente maggiore nei pazienti obesi rispetto ai controlli non-obesi (p >0,05). Rispetto ai controlli i livelli di espressione del trascritto grelina sono aumentati in due pazienti diabetici e in tre pazienti normoglicemici, ciò pone le basi per ipotizzare la presenza di più sottotipi di pazienti obesi con espressione variabile di grelina. All analisi al ME in condizioni di obesità non risulta modificata la morfologia della ghiandola endocrina grelina-positiva. Infine, attraverso una valutazione morfometrica e quantitativa delle fibre nervose abbiamo mostrato un aumentata densità di nervi nello stomaco dei pazienti obesi rispetto ai controlli, indipendentemente dai livelli di glicemia. Conclusioni: I risultati che abbiamo ottenuto ci hanno permesso di avere una conoscenza più approfondita della morfologia del fondo gastrico dei soggetti obesi; è stato infatti effettuato uno studio valutando parallelamente i livelli di grelina sia da un punto di vista istologico che molecolare; è stata inoltre analizzata l ultrastruttura della celulla grelina-positiva. Sebbene lo studio abbia diverse limitazioni come la piccola popolazione analizzata e la mancanza di un adeguato periodo di follow-up, i risultati sono interessanti e possono costituire uno spunto per ricerche future con una coorte di campioni più ampia.

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SILVESTRI, GLORIA. « Il fingerprinting molecolare : un potente strumento per la caratterizzazione di alimenti fermentati della tradizione italiana ». Doctoral thesis, Università Politecnica delle Marche, 2008. http://hdl.handle.net/11566/242599.

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Bottega, Roberta. « Sviluppo di una strategia per la diagnosi molecolare dell'anemia di Fanconi ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2014. http://hdl.handle.net/10077/9981.

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Résumé :

2012/2013
L’anemia di Fanconi (FA) è una malattia genetica rara caratterizzata da malformazioni congenite, pancitopenia, predisposizione al cancro e aumentata sensibilità ad agenti, quali diepossibutano e mitomicina C, che formano legami tra i due filamenti di DNA. La FA è causata da almeno 16 geni che costituiscono, insieme ad altri componenti, un pathaway di riparazione del DNA. L’eterogeneità è uno dei principali motivi che complica la diagnosi molecolare della FA. E’ pertanto necessario un processo a più livelli che implica lo screening di molti esoni o, in alternativa, l’allestimento di linee cellulari e l’analisi di complementazione per la caratterizzazione del gene candidato. Gli scopi di questa tesi pertanto sono diretti a: • Ridurre i tempi per l’identificazione del gene mutato sostituendo l’analisi di complementazione con quella di espressione delle proteine FA basandosi sul presupposto che prodotti mutati siano rapidamente degradati; • Caratterizzare dal punto di vista molecolare gli effetti delle varianti identificate dall’analisi di sequenza. Per quanto riguarda il primo obiettivo, ci siamo focalizzati sullo studio della proteina FANCA in 44 linee cellulari linfoblastoidi appartenenti ai diversi gruppi di complementazione. E’ emerso che, fatta eccezione per FA-G, l’espressione di FANCA non è alterata da mutazioni nei geni FANCB, FANCC e FANCD2. Per quanto riguarda i pazienti con mutazioni in FANCA, invece, abbiamo osservato una correlazione tra il tipo di mutazione e il livello di espressione della proteina che può quelli essere paragonabile a quella dei controlli nel caso di mutazioni missenso o ampie delezioni in frame. In accordo con l’ipotesi invece, in presenza di mutazioni nonsenso e frameshift in entrambi gli alleli del gene, non si ha produzione di proteina. Sulla base di questi dati possiamo concludere che l’analisi di FANCA non è soddisfacente per assegnare ai pazienti il corrispondente gruppo di complementazione. Tuttavia, da questo studio è emersa l’ipotesi di un’associazione tra l’espressione stabile delle proteine FANCA mutate e un fenotipo meno grave nei pazienti. I dati preliminari dimostrano che queste proteine non sono traslocate nel nucleo e che quindi un’eventuale attività residua non sia da attribuire al processo di riparazione del DNA. Un potenziale ruolo andrebbe forse indagato a livello citoplasmatico dove, come sta emergendo dalla letteratura, almeno FANCG e FANCC, svolgono una funzione all’interno del mitocondrio tale da giustificare l’elevato grado di stress ossidativo delle cellule FA. Per il secondo obiettivo, lo studio dei casi arruolati nell'ambito dell'AIEOP (Associazione Italiana Ematologia Oncologia Pediatrica) ha consentito l'identificazione delle mutazioni in 100 famiglie. Dall’analisi dei dati emerge che la maggior parte delle mutazioni colpisce il gene FANCA (85%), seguito da FANCG (9%), FANCC (3%), FANCD2 (2%) e FANCB (1%). In assenza del dato di complementazione e/o in presenza di varianti alle quali non è sempre possibile attribuire un chiaro effetto patogenetico, sono state eseguite ulteriori indagini. Si citano a titolo di esempio la caratterizzazione delle ampie delezioni intrageniche mediante MLPA, l’analisi bioinformatica e a livello di RNA delle alterazioni di splicing che, qualora in frame, sono state ulteriormente confermate anche a livello proteico e, infine, lo studio bioinformatico di patogenicità delle sostituzioni aminoacidiche. La formulazione di un algoritmo efficace e rapido per la diagnosi molecolare della FA, nonché la chiara definizione del significato patogenetico delle varianti identificate, è molto importante per corretta presa in carico del paziente e della famiglia sia per l’identificazione dei portatori che per la diagnosi prenatale.
XXVI Ciclo
1984

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Diliberto, Giuseppe. « Impiego di tecniche innovative per la valorizzazione e caratterizzazione molecolare di specie vegetali ornamentali ». Doctoral thesis, Università di Catania, 2015. http://hdl.handle.net/10761/3853.

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Résumé :

L'obiettivo di questo lavoro è stato quello di valutare la capacità dell approccio DNA barcoding per identificare diversi gruppi tassonomici da due collezioni di piante da fiore: taxa commerciali più rilevanti, provenienti dalla produzione in vivaio e piante autoctone mediterranee con atteggiamento ornamentale per nuova introduzione. L analisi del DNA barcoding dei core markers, rbcL e matK, è stato adottato come primo passo per l identificazione di 100 taxa appartenenti a 20 famiglie. Un terzo marcatore, la regione intergenica trnH-psbA, è stato anche testato su 74 taxa, dove i core markers indicati hanno presentato difficoltà. Sequenze di DNA barcode sono state recuperate sulla quasi totalità dei taxa investigati (98%). Le sequenze del gene rbcL sono state quelle più recuperate su 96 taxa e matK su 78. Le sequenze trnH-psbA sono state recuperate su 62 taxa. In questo studio 61 taxa complessivamente (61%) sono stati risolti totalmente a livello specifico o subspecifico, da almeno uno dei tre marcatori. I loci matK e rbcL hanno risolto rispettivamente il 44% e 35% dei taxa sequenziati con successo. I core markers in approccio multilocus hanno portato alla risoluzione del 49% dei taxa, incrementando il numero dei taxa risolti per singolo locus. Il trnH-psbA è stato in grado di discriminare il 52% dei taxa analizzati e risultando determinante nella discriminazione di 14 taxa. Quattro famiglie che includono il maggior numero di taxa (Arecaeae, Fabaceae, Euphorbiaceae, Asteraceae), sono stati valutati in termini di distanza genetica (K2P%). Tra i core markers, matK ha espresso la più alta distanza genetica, da 1,5% a 6,4%, contro un range di 0,7-2,1% di rbcL, confermando il suo superiore livello di risoluzione di specie. Tuttavia, tenendo conto delle alte performance tecniche del marcatore rbcL, l uso dei core markers appare un buon compromesso tra PCR, successo di sequenziamento e risoluzione a livello di specie. I risultati suggeriscono anche l utilizzo di trnH-psbA per incrementare i successi. Un approccio multilocus con ulteriori marcatori necessita di essere affrontato per diversi gruppi tassonomici, mediante la validazione di markers addizionali o le differenti combinazioni di primer, in particolare per matK, par aumentare i successi di identificazione. Nonostante l evidenza di gruppi criptici, i risultati confermano il potenziale dell approccio barcoding per una rapida identificazione di sconosciuti ed eterogenei gruppi di piante. Questo lavoro mette in evidenza anche l importanza di generare un dataset più ampio di riferimento per la flora ornamentale, utile per risolvere le controversie tassonomiche e sostenere la tracciabilità commerciale mediante specifiche schede ottiche associate ad ogni pianta sul mercato.

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Biondi, Roberta <1989&gt. « Evidenziazione sierologica e molecolare di Chlamydia pneumoniae e Simkania negevensis in pazienti affetti da patologia aterosclerotica carotidea ». Doctoral thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2018. http://amsdottorato.unibo.it/8499/1/Tesi%20PhD%20Roberta%20Biondi.pdf.

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Résumé :

L’aterosclerosi è una patologia multifattoriale ed estremamente complessa. Alcuni studi mostrano un possibile coinvolgimento di agenti microbici, ma i risultati sono contrastanti. Questo studio ha valutato la presenza di anticorpi anti-Chlamydia pneumoniae e anti-Simkania negevensis nei sieri di pazienti in attesa di sottoporsi a endoarterectomia carotidea. Inoltre, dopo l’intervento è stato possibile ricercare la presenza del DNA di questi microrganismi all’interno del tessuto patologico rimosso con intervento di routine. Per la valutazione sierologica è stata utilizzata una metodica immunoenzimatica home-made, per quella molecolare una nested PCR. Per questo studio sono stati arruolati 50 pazienti. I risultati ottenuti hanno evidenziato una positività per le IgG anti-S. negevensis del 28% e del 10% per le IgA; per C. pneumoniae le percentuali evidenziate sono del 20% per le IgG e dell’8% per le IgA. I dati molecolari della PCR ottenuti sono 34% di positività per S. negevensis e 26% per C. pneumoniae. I risultati di questo studio avvalorano l’ipotesi che questi microrganismi possano sviluppare uno stato quiescente o persistente di infezione, nel quale però è possibile riscontrare, mediante PCR, il DNA degli stessi all’interno del tessuto patologico.
Atherosclerosis is a multifactorial and complex pathology. Some studies show a possible involvement of microorganisms, but the results are contradictory. The aim of this study is to evaluate the presence of anti- Chlamydia pneumoniae and anti-Simkania negevensis antibodies in sera of patients waiting for carotid endarterectomy (CEA) surgery. In addition, after the surgery it was possible to search DNA of microorganisms into the removed pathological tissue. For the serological evaluation it was used a home-made immunoenzymatic technique, for the molecular evaluation a nested PCR. For this study, 50 patients were enrolled. The obtained results pointed out a positivity of the 28% for IgG anti-Simkania negevensis and of the 10% for IgA; for C. pneumoniae the percentages were of 20% of IgG and 8% for IgA. Molecular data of the PCR obtained were: 34% of positivity for S. negevensis and 26% for C. pneumoniae. The results of this study support the hypothesis that these microorganisms can develop a quiescent or persistent status of the infection, in which it is possible to observe, through technique of PCR, DNA of them into the pathological tissue.

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PALMIERI, Davide. « Ruolo del pH nell'interazione biologica e molecolare tra Fusarium oxysporum f.sp. Lycopersici e rizobatteri su piante di pomodoro ». Doctoral thesis, Università degli studi del Molise, 2016. http://hdl.handle.net/11695/66308.

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Résumé :

La capacità di adattamento ambientale mediante variazione del pH è un aspetto fondamentale per il quale sia eucarioti che procarioti investono molto in termini energici. L’interazione tra F. oxysporum f.sp. lycopersici e Solanum lycopersicum è influenzata dalla reciproca modificazione del pH della rizosfera. Mentre gli essudati radicali tendono ad acidificare l'ambiente extracellulare, la proliferazione di Fol produce l’alcalinizzazione dei siti di infezione. Inoltre, le secrezioni radicali creano condizioni che promuovono la proliferazione di differenti microrganismi che a loro volta alterano il pH della nicchia ecologica. I rizobatteri, tra cui anche Rahnella aquatilis e Pseudomonas fluorescens, condividono gli stessi meccanismi di acidificazione extracellulare, come ad esempio la produzione di acido gluconico grazie all’attività enzimatica della glucosio deidrogenasi (Gcd). In tale ambito, la presente tesi ha avuto lo scopo di valutare il ruolo dell’enzima batterico Gcd, quindi dell’acido gluconico, nel controllo biologico di Fol. Sulla base dei risultati ottenuti è possibile affermare che il gene batterico Gcd ha un ruolo chiave nel controllo biologico di Fol, ma con implicazioni opposte nei due batteri. In P. fluorescens CHA0 la mutazione knockout del gene Gcd aumenta l'efficacia dell’attività antagonistica nei confronti di Fol, dovuta ad una maggiore sintesi di agenti chelanti. Inoltre, analizzando il fenotipo di mutanti knockout, singoli e doppi, per geni codificanti per le vie biosintetiche dei composti antifungini, 2,4-diacetylphloroglucinol (2,4-DAPG) e pyoluteorin (PLT), è possibile affermare che queste molecole non hanno un ruolo cruciale nella inibizione fungina. R. aquatilis ha una forte attività di acidificazione extracellulare, capacità persa dai mutanti Δgcd. Per quest’ultima specie batterica l'acidificazione della rizosfera può essere considerata la principale modalità di azione di controllo biologico di Fol. Infatti, impedendo l'acidificazione della rizosfera, mediante aggiunta di soluzioni tampone oppure per mezzo di mutazioni nel gene Gcd, l’attività antagonistica si riduce drasticamente. Come altro analizzato, la produzione di acido fusarico da parte di Fol, ha permesso di comprendere meglio l'influenza del pH sulla virulenza di questo patogeno. In generale, i risultati ottenuti hanno evidenziato l’esistenza di una reazione tra produzione di acido fusarico e aumento del pH extracellulare e maggiore capacità chelante del brodo colturale del mezzo di crescita fungina. E’ stato visto inoltre, come anche la fonte azotata ha influenza sul pH extracellulare e di conseguenza sulla produzione di acido fusarico da parte di Fol. Nel ceppo wild type di Fol la produzione di acido fusarico è anche risultata alterata da variabili chimiche connesse con la disponibilità di ferro. Infatti, in presenza di agenti chelanti (pioverdina ed EDTA) o pH alcalino tamponato la sintesi di questo metabolita da parte del patogeno aumenta, mentre si riduce drasticamente in presenza di ferro o pH acido tamponato. È stata anche osservata la migliore tolleranza all’acido fusarico da parte del mutante knockout Δgcd (ceppo CHA1196) di P. fluorescens rispetto al wild type (ceppo CHA0), questa tolleranza è stata direttamente proporzionale alla presenza di ferro e / o pioverdina. Infine, analizzando la produzione di acido fusarico in otto ceppi di F. oxysporum f.sp. ciceris, è stato possibile associare la secrezione di questo metabolita secondario all’ingiallimento fogliare di piante sintomatiche di cece affette da fusariosi. Sulla base dei risultati ottenuti è possibile concludere che il pH è, al tempo stesso, sia un fattore importante sia per la virulenza di Fol sia per il biocontrollo dello stesso da parte di batteri antagonisti. L'alcalinizzazione extracellulare innesca meccanismi di competizione per i cationi (ad esempio il ferro), con conseguente aumento della secrezione di siderofori sia da parte di P. fluorescens sia di Fol. Considerato il ruolo critico nella di competizione per i cationi di interesse biologico tra il microbioma e la pianta ospite, l'acido fusarico può essere considerato una molecola chelante con attività simile a quella dei siderofori. In conclusione, il presente studio ha permesso di chiarire il ruolo di alcuni importanti aspetti (pH, siderofori, acido fusarico) coinvolti nei meccanismi di interazione tra patogeno fungino modello e agenti di lotta biologica batterici. I risultati positivi ottenuti aprono la strada a future ricerche volte ad una migliore e più rapida comprensione delle complesse interazioni messe in atto tra microrganismi utili e patogeni fungini ad habitat terricolo, al fine di ottimizzarne il controllo biologico.
The main aspect for microbial and plants adaptation is the ability to change the pH in the microenvironment where they are living and this activity require the involvement of additional energy from eukaryotes and prokaryotes. In the trophic interaction between F. oxysporum f.sp. lycopersici (Fol) and Solanum lycopersicum the influence on the rhizosphere pH is a key factor affecting the results of infection process and disease progress. The root exudates acidify the extracellular environment and, by contrast, Fol proliferation alkalinize the infection sites. Roots secretion produce conditions that promotes microbial proliferation, which in turn alter the pH of this ecological niche. The rhizobacteria Rahnella aquatilis and Pseudomonas fluorescens share the same extracellular acidification mechanisms (i.e. gluconic acid production, glucose dehydrogenase “Gcd” activity). The aim of this PhD thesis was to evaluate the role of the bacterial enzyme Gcd on the biological control of Fol. Basing on obtained results it is possible that the Gcd bacterial gene may have a key role in the biological control of Fol, but with opposite implication in the two tested bacteria. In P. fluorescens strain CHA0 the knockout gene mutation (Gcd) increases the effectiveness in the antagonistic activity against Fol by an increase of chelating agents synthesis. Moreover, analyzing the phenotypes of single and double knockout mutants for the antifungal compounds, 2,4-diacetylphloroglucinol (2,4-DAPG) and pyoluteorin (PLT), it is possible to confirm that these genes don’t exert a crucial role in the fungal inhibition. R. aquatilis has a strong extracellular acidification activity and such ability is loosed in the Δgcd mutants. For this bacterial species the rhizosphere acidification can be considered the main mode of action in its biological control against Fol. Inhibiting the rhizosphere acidification, by using buffer solutions or by Gcd gene disruption, the antagonistic activity is drastically reduced. This finding allowed us to evidence the influence of pH on the virulence of Fol by analyzing the fusaric acid production in the pathogen. Collectively the results of this investigation evidence a clear relationship among fusaric acid production, extracellular pH increasing and increasing of chelating agents in the crude cellular culture broth. We also observed how the extracellular pH, and then Fol fusaric acid production, can be influenced by the nitrogen sources. In the Fol wild type strain the fusaric acid production is influenced by chemical variables linked with the iron availability. Indeed the presence of chelating agents (pyoverdine and EDTA) or alkaline-buffered pH, the pathogen increases the synthesis of this metabolites, while drastically reduces such compounds in the presence of iron or acid-buffered pH. Furthermore, we observed a better tolerance to fusaric acid by both strains of P. fluorescens, CHA0 wild type and CHA1196 Δgcd strain. Finally, analyzing the fusaric acid production in eight strains of F. oxysporum f.sp. ciceris, the production of this secondary metabolite can be associated with the yellowing symptom in chickpea plants affected by fusariosis. These results evidenced a crucial role of pH for both Fol virulence and biological control of antagonistic bacteria. The extracellular alkalinization triggers competition mechanisms for cations (e.g. iron), where P. fluorescens and Fol increases the siderophores secretion. Fusaric acid can work as a siderophore playing a critical role in the cations competition with microbiome and host plant. In conclusion, the present study clearly evidenced the role of some important factors (i.e. pH, siderophores and fusaric acid) involved in the mechanisms of action between the fungal pathogen (Fol, used as a model of study) and two selected antagonistic rhizobacteria. These positive results open the way to future research aimed at a better understanding of the multiple and complex fungal pathogens-bacteria interactions.

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GRIONI, ANDREA. « Application of modern data science to genomics and clinical research ». Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano-Bicocca, 2020. http://hdl.handle.net/10281/279991.

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Résumé :

Dopo che il progetto sul genoma umano è stato completato nell'aprile del 2003, il flusso continuo di nuovi database e dati di sequenziamento ha iniziato a trasformare il campo della genomica in scienza basata sui dati. La bioinformatica analizza i dati sperimentali grezzi con l'obiettivo di ottenere informazioni che descrivono le condizioni biologiche misurate, fornendo così un potente strumento per studiare specifici meccanismi molecolari e genetici. Questa conoscenza deve essere combinata con la genomica per decifrare le interrelazioni tra geni, elementi regolatori, vie metaboliche e interazioni proteiche. L'apprendimento profondo, conosciuto come Deep Learning, e’ una sottodisciplina dell'apprendimento automatico, è stato recentemente applicato al campo della genomica, portando a risultati notevoli. I due obiettivi principali di questo lavoro sono: lo sviluppo e le applicazioni di strumenti bioinformatici che consentano lo studio delle basi genetiche della leucemia linfoblastica acuta e l'uso di tecniche di apprendimento profondo per l'identificazione di piccoli elementi di RNA non codificanti del genoma umano. Questa tesi fornisce al lettore una panoramica completa della recente evoluzione della genomica come campo interdisciplinare di ricerca strettamente connesso con l'informatica e l'analisi dei dati.
After the completion of the human genome project in April 2003, the continuous flow of sequencing data and the development of new databases began to transform the field of genomics into data-driven science. Bioinformatics analyses raw experimental data with the aim to obtain information describing biological processes, thus providing a powerful tool to investigate specific molecular and genetic mechanisms. This domain knowledge in combination with genomics allows to decipher the interrelationships between genes, regulatory elements, metabolic pathways, and protein interactions. Deep learning, a subdiscipline of machine learning, has been recently applied to the field of genomics, leading to remarkable results. The two main objectives of this study were: the development and application of bioinformatic tools for the study of the genetic basis of acute lymphoblastic leukaemia, and the usage of deep learning techniques for the identification of small non-coding RNA elements in the human genome. This dissertation provides a comprehensive overview of the recent evolution of genomics as an interdisciplinary field of research strongly associated with computer science and data analysis.

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Crabu, Stefano. « Dalla molecola al paziente : la ricerca oncologica fra laboratori scientifici e spazi clinici ». Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2014. http://hdl.handle.net/11577/3423543.

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Résumé :

BACKGROUND This PhD dissertation looks at ways to “translate” knowledge and techniques of molecular oncology into novel clinical applications. Using translational research in the field of molecular oncology as a case study, my investigation examines the social interaction between activities in medicine and in research and development and between medical staff and scientists. From a theoretical point of view, my reflection about translational research contrasts with the pipeline representations that social theorists have often adopted, where the trajectory of the translational imperative is shown as both linear and progressive. In this text, I analyse and describe the character of translational research in biomedicine as a new style of practice. This concept points to the complex and heterogeneous set of places and interactions that make up translational research in the molecular oncology domain and the subsequent shaping of new technologies of life and clinical objects, such as new molecular diagnostic tests. My work highlights the fact that translational biomedicine is a complex socio-technical area where research in molecular oncology is performed through heterogeneous practices and various actors are engaged in the construction of new clinical technologies and objects, regulations and cures for disease. The observations I have made over the past year, through ethnographic research in two different settings, have led me to recognize translational research as a complex mixture of the mutual interaction between different disciplines, practices, technologies and forward-looking statements about the future of medicine. AIMS AND OBJECTIVES The main goal of this dissertation is to contribute to the respective sociological literature about medicine, science and society by providing an alternative and empirically based understanding of translational biomedicine in action. In order to do this, I provide descriptive ethnographic material through observing both clinical and research activities in molecular oncology. I then explore the ways in which scientists relate to the clinical practices governing their fields and examine how different actors and practitioners handle communication between scientific laboratories and clinical spaces. RESEARCH METHODS This study draws on empirical data gathered through ethnographic observation in laboratories and clinical trials, and through documentary analysis and interviews with scientists, clinicians, those who coordinate experiments and data managers
PREMESSA Nel corso di questa tesi di dottorato ho rivolto l’attenzione ai processi attraverso i quali le conoscenze biomediche in oncologia molecolare vengono tradotte in nuove applicazioni cliniche. Più precisamente, mi sono focalizzato sulla cosiddetta ricerca traslazionale nel campo dell'oncologia molecolare al fine di indagare le relazioni tra la ricerca scientifica e la medicina, e tra il personale clinico e i ricercatori. Da un punto di vista teorico, la mia riflessione sulla ricerca traslazionale traccia una discontinuità rispetto ai modelli adottati dalle scienze sociali per studiare i rapporti fra scienza, medicina e società, in cui la traiettoria traslazionale di innovazione è stata tradizionalmente concepita come un meccanismo lineare e progressivo. Nel condurre la ricerca ho adottato una prospettiva maturata dal dialogo fra la sociologia della medicina e della salute e gli studi sociali sulla scienza e la tecnologia, che mi ha permesso di costruire una rete di concetti capaci di cogliere le dinamiche che portano comunità biomediche differenti a convergere e dialogare fra loro. Più in particolare, questa prospettiva mi ha consentito di indagare la ricorsività fra le aspettative, le visioni scientifiche, gli oggetti tecnologici e le pratiche tecnoscientifiche attraverso le quali medici e ricercatori cercano di consolidare e materializzare le narrazioni scientifiche sui “futuri clinici” improntati al nuovo paradigma traslazionale. Da questo punto di vista, l'intersezione fra la clinica e il laboratorio definisce e circoscrive uno spazio bioclinico ibrido, rappresentato dalla ricerca traslazionale. Quest'ultima è stata considerata nei termini di un nuovo stile di pratiche, ovvero come l'esito emergente di un lavoro scientifico che ha stimolato il dialogo e la convergenza fra attori umani e dispositivi tecnologici, risorse linguistiche e pratiche discorsive al fine di comprendere in che modo le aspettative e le aspirazioni su possibili futuri clinici possono essere manipolate e gestite entro i contesti laboratoriali dove conoscenza biomedica e nuove indicazioni terapeutiche vengono prodotte e condivise. OBIETTIVI DELLA RICERCA In primo luogo, lo scopo di questa tesi è di contribuire in modo innovativo alla comprensione dei processi di innovazione nella biomedicina contemporanea, cercando di mettere in dialogo diverse prospettive teoriche maturate in seno alla sociologia della medicina e agli studi sociali sulla scienza e la tecnologia. In secondo luogo, nel corso della tesi vengono esplorati in profondità i modi in cui gli scienziati si relazionano alle pratiche e ai problemi clinici che disciplinano il loro campo d'azione, esaminando così in che modo i diversi attori presenti sulla scena della biomedicina traslazionale costruiscono il dialogo tra laboratori scientifici e gli spazi della cura. METODOLOGIA Il disegno dell'indagine, costruito in relazione al quadro teorico e agli obiettivi della ricerca, ha previsto l'analisi documentale e l'osservazione etnografica – della durata complessiva di un anno – condotta all'interno dei laboratori e degli spazi clinici localizzati in due differenti setting biomedici del Nord Italia, nei quali la ricerca e la cura oncologica sono gestite secondo un approccio traslazionale. Inoltre sono state realizzate ventitré interviste etnografiche con scienziati, medici, coordinatori di sperimentazione clinica e infermieri impegnati nei diversi contesti empirici presi in considerazione.

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GRIANTI, PAOLO. « Functional characterization of the role of yeast aspin(s) in mitosis : doctorate in genetic and biomolecular sciences : phd thesis ». Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano, 2010. http://hdl.handle.net/2434/158337.

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Regulation of cell polarity and cell division axis is fundamental for stem cells and is frequently altered in malignant cells. These processes are tightly linked to control of spindle orientation. Haspin is an atypical protein kinase involved in mitosis; however, its precise role in the process is unknown. Here we demonstrate that Haspin regulates mitotic spindle orientation in yeast and human cells. Yeast Haspin mutants fail to elicit a functional spindle positioning checkpoint and divide the nucleus within a single cell body. We provide evidence indicating that Haspin positively regulates the Cdc42 GTPase, while it inhibits Cdc5 Pololike kinase. Depletion of Haspin interferes with the integrin-dependent mechanism that modulates spindle orientation in human epithelial cells, causing a spindle misorientation phenotype. This work establish the first role for yeast Haspin and an unexpected function for human Haspin, providing new insights in the pathway that, controlling spindle orientation, dictates the cell division axis in human cells.

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Albertini, Niccolo'. « New approaches to scientific visualization in virtual immersive environments for science and humanities ». Doctoral thesis, Scuola Normale Superiore, 2018. http://hdl.handle.net/11384/85998.

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Virtual environments and 3D visualization have introduced a new element in the process of data analysis, allowing the researcher to observe and perceive information in a more natural way. The structure of a molecule or even only the 3D representation of a physical quantity are examples of how a graphical representation can help understanding the data itself and the subsequent and eventual communication to the public. The use of scientific data is not only a visual act. The fundamental element is to allow the researcher to understand and manipulate information, testing hypotheses and looking for significant results, and that’s the point where the method of interaction becomes critical; with the use of existing human-computer interface systems it all becomes intuitive, functional and simple, allowing a more natural approach. Virtual Reality provides advanced visualization and data manipulation solutions applicable to multiple disciplines related to each other as chemistry and cultural heritage studies. The advent of new mass technologies from smartphones to the Head Mounted Display has allowed to see and manipulate interactive graphic information even for those who practice field research, providing a valuable help to understand and use the data. This thesis will show the fields in which visualization techniques can be applied, particularly in the field of chemistry and cultural goods, referring to case studies developed in recent years.

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Baiz, Daniele. « New molecular insights about hepatocellular carcinoma behaviour and the control of cell progression ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trieste, 2009. http://hdl.handle.net/10077/3045.

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2007/2008
Studio dei fattori di elongazione eucariotici EEF1A e ruolo nello sviluppo dell'epatocarcinoma. Studio del bortezomib, inibitore del proteasoma, come potenziale farmaco da impiegare per il trattamento dell'epatocarcinoma.
XXI Ciclo
1973

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Campopiano, Rosa. « Sviluppo di un percorso diagnostico mediante tecnologia NGS per la caratterizazione molecolare di pazienti atasso spastici e pazienti con fenotipi neurologici complessi ». Doctoral thesis, Università degli studi del Molise, 2019. http://hdl.handle.net/11695/86513.

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Résumé :

Le malattie neurologiche sono un gruppo eterogeneo di patologie caratterizzate, in molti casi, da una forte eterogeneità clinica e genetica. Ne sono un esempio le atassie e le paraparesi spastiche, in cui la componente genetica risulta in molti casi di difficile inquadramento. Se da un lato in molti di questi pazienti non si riesce ad identificare tale componente, altri invece ricevono una diagnosi clinica nella quale viene identificato il gene responsabile del fenotipo. In tali pazienti, l’analisi genetica deve tener conto dalla penetranza incompleta, e dalla presenza di mutazioni “private” (descritte solamente in alcune famiglie). Oltretutto, la difficoltà nell’eseguire studi multicentrici con pazienti selezionati in modo omogeneo, rende difficile sviluppare dei database specifici in cui siano riportate le varianti geniche, ed il fenotipo clinico ad esse associate. Per quanto riguarda il fenotipo, la diagnostica clinica e molecolare trovano maggiori difficoltà nelle forme più complesse, in cui la spasticità o la atassia sono solamente una componente di quadri clinici ben più complessi. Le tecnologie di Next Generation Sequencing (NGS) hanno risolto la problematica della “poligenicità”, rendendo possibile l’analisi contemporanea di più geni, consentendo anche l’analisi di tutto il genoma. Ad oggi, pannelli accuratamente disegnati e validati sono entrati a far parte della pratica clinica. L’applicazione di queste tecnologie nelle patologie neurologiche è più complessa perché richiede una accurata selezione dei geni da analizzare. Inoltre, considerata l’elevata eterogeneità allelica, risulta difficile stabilire una corretta detection rate (% dei positivi identificati), e quindi sviluppare dei pannelli di facile utilizzo in diagnostica molecolare. Alla luce di queste osservazioni, la tesi ha avuto i seguenti obiettivi: • Disegnare, sviluppare e validare un pannello di geni basato su tecnologia NGS (Pannello NGS target) per la diagnosi di pazienti caratterizzati da atassia e/o spasticità • Valutare l’utilità dell’analisi NGS di tutti i geni codificanti associati a patologie mendeliane (Esoma clinico) per un corretto inquadramento di fenotipi neurologici complessi. Lo studio è stato condotto su 78 pazienti atassici e/o spastici reclutati presso l’IRCCS Neuromed. È stata identificata la componente genetica potenzialmente responsabile del fenotipo clinico nel 21% dei pazienti sottoposti ad analisi mediante Pannello NGS target, e nel 13% dei pazienti sottoposti ad esoma clinico. Lo studio ha dimostrato che pannelli NGS, accuratamente disegnati e validati, possano essere applicati alla diagnosi molecolare di patologie neurologiche caratterizzate da poligenicità e variabilità clinica. La validazione di questi percorsi richiede la selezione accurata ed omogenea della casistica. Questo consente di delinearne il corretto utilizzo diagnostico, aumentando così la detection rate. Risulta inoltre fondamentale l’utilizzo di un iter di interpretazione delle varianti molto stringente e riproducibile. Questo viene confermato nel presente studio, dove l’utilizzo congiunto di analisi di segregazione familiare (ove possibile) ed analisi bioinformatica, è fondamentale per l’identificazione delle varianti patologiche. Per un corretto inquadramento diagnostico dei fenotipi complessi è risultato utile applicare pannelli più estesi, come l’esoma clinico.
Neurological diseases are a heterogeneous group of pathologies characterized, in many cases, by a strong clinical and genetic heterogeneity. Examples of this are spastic paraplegia and ataxia, in which the genetic component is in many cases difficult to frame. While many of these patients fail to identify this component, others receive a clinical diagnosis in which the gene responsible for the phenotype is identified. In such patients, genetic analysis must regard the incomplete penetrance, and the presence of "private" mutations (described only in some families). Moreover, the difficulty in carrying out multicentric studies with homogeneously selected patients makes it difficult to develop specific databases in which the gene variants are reported, and the clinical phenotype associated with them. Regarding the phenotype, the clinical and molecular diagnostics find more difficulties in the most complex forms, in which spasticity or ataxia are only a component of much more complex clinical syndrome. Next Generation Sequencing (NGS) technologies have solved the problem of "polygenicity", making it possible to analyze multiple genes simultaneously, including the analysis of the whole genome. To date, carefully designed and validated panels have become part of clinical practice. The application of these technologies in neurological diseases is more complex because it requires a careful selection of genes to be analyzed. Moreover, considering the high allelic heterogeneity, it is difficult to establish a correct detection rate (% of identified positives), and therefore to develop easy-to-use panels in molecular diagnostics. In light of these observations, the thesis had the following objectives: • Design, develop and validate a panel of genes based on NGS technology (NGS target panel) for the diagnosis of patients characterized by ataxia and / or spasticity • To evaluate the usefulness of the NGS analysis of all the coding genes associated with Mendelian pathologies (clinical exome) for a correct classification of complex neurological phenotypes. The study was conducted on 78 ataxic and / or spastic patients recruited at the IRCCS Neuromed. The genetic component potentially responsible for the clinical phenotype was identified in 21% of the patients analyzed by the target NGS Panel, and in 13% of the patients analyzed by clinical exome. The study showed that NGS panels, carefully designed and validated, can be applied to the molecular diagnosis of neurological pathologies characterized by polygenicity and clinical variability. The validation of these clinical strategies requires the careful and homogeneous selection of the cases. This allows to delineate the correct diagnostic use, thus increasing the detection rate. It is also essential to use a very stringent and reproducible interpretation of the variants. This is confirmed in the present study, where the joint use of family segregation analysis (where possible) and bioinformatics analysis, is fundamental for the identification of pathological variants. For a correct diagnostic classification of the complex phenotypes it was useful to apply larger panels, such as the clinical exome.

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Rabiti, Davide. « Struttura sovra molecolare e autenticità degli alimenti : Applicazione delle curve di rilassamento nucleare 1H al caso delle mozzarelle di bufala campana D.O.P ». Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2020. http://amslaurea.unibo.it/20701/.

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La caratterizzazione della struttura sovra molecolare degli alimenti attraverso lo studio del fenomeno di rilassamento nucleare degli 1H è stata utilizzata come impronta digitale della formulazione e del processo della mozzarella di bufala campana DOP. Questo prodotto è soggetto all’utilizzo fraudolento di cagliata congelata da parte di alcuni produttori, determinando concorrenza sleale e danno di immagine per il marchio del prodotto. In questo lavoro, sulla base delle curve di rilassamento nucleare sono stati costruiti dei modelli predittivi utilizzando i metodi di statistica multivariata PCA e PLS. Tali modelli permettono la classificazione di campioni contenenti diverse quantità di cagliata congelata, con una sensibilità per l’aggiunta di cagliata congelata pari al 15% (m/m). La possibilità di applicare questo approccio anche in altri prodotti agroalimentari apre la via per nuovi metodi per l’autenticazione e tracciabilità dei prodotti alimentari lungo la supply chain.

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Ferroni, Letizia. « Ricostruzione in vitro di 'SOFT AND HARD TISSUE' a partire da cellule staminali adulte : tecniche di ingegneria dei tessuti ed analisi di citogenetica molecolare ». Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2012. http://hdl.handle.net/11577/3422096.

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The aim of this study was the in vitro reconstruction of "soft and hard tissue". Adult Stem Cells were seeded onto three-dimensional scaffolds with appropriate differentiation factors. In particular, the following constructs were prepared: (a) hyaluronic acid or fibrin scaffolds seeded with Skin Precursors Cells (SKPs) and Adipose Derived Stem Cells (ADSCs) for the regeneration of nervous tissue; (b) hydroxyapatite scaffold seeded with ADSCs to regenerate a vascularized bone tissue substitute; (c) hyaluronic acid biomaterial seeded with Dental Pulp Stem Cells (DPSCs) to generate a dental pulp-like tissue. First of all, the differentiation of stem cells was assessed in monolayer cultures by means of immunofluorescence analysis. Subsequently, the same differentiation conditions were applied on three-dimensional cultures. Proliferation test, scanning electron microscopy morphological analysis and gene expression analysis by Real Time PCR were performed at different time points. Furthermore, the genetic stability of the differentiated cells was verified by means of karyotype and CGH array analysis. The overall data showed: (a) the neuronal and glial commitment of SKPs and ADSCs on hyaluronic acid and fibrin scaffolds and the chromosomal stability of these three-dimensional cultures. (b) The concurrent osteogenic and endothelial commitment of ADSCs on hydroxyapatite scaffold and the in vitro generation of a tissue-engineered bone graft with a great osteointegration potential. (c) The concurrent glial, neuronal, and endothelial commitment of DPSCs onto non-woven hyaluronic acid scaffold, defining a possible model to restore the nervous and vascular components of the dental pulp tissue.
In questo lavoro sono stati ricostruiti in vitro 'soft and hard tissue' seminando Cellule Staminali Adulte su supporti tridimensionali in presenza di opportuni fattori differenziativi. In particolare, sono stati preparati i seguenti costrutti: (a) tessuto nervoso a partire da cellule staminali di pelle (SKP) e tessuto adiposo (ADSC) seminate su un supporto a base di acido ialuronico o fibrina; (b) tessuto osseo vascolarizzato utilizzando ADSC seminate su scaffold a base di idrossiapatite e (c) tessuto simil-dentale associando le cellule staminali della polpa dentale (DPSC) a un biomateriale a base di acido ialuronico. Lo studio ha previsto una fase preliminare in monostrato, in cui il differenziamento delle cellule staminali è stato valutato mediante analisi di immunofluorescenza. Stabilita la plasticità delle cellule staminali ai fattori differenziativi, sono stati effettuati gli esperimenti nelle tre dimensioni. A diversi tempi, i costrutti sono stati sottoposti a test di proliferazione, ad analisi morfologica mediante microscopia elettronica a scansione e ad analisi dell'espressione genica mediante Real Time PCR. Inoltre sono state condotte analisi di citogenetica mediante cariotipo e CGH array per verificare la stabilità genetica delle cellule durante il differenziamento. I dati raccolti hanno mostrato: (a) il differenziamento neuronale e gliale delle SKP e delle ADSC su supporti a base di acido ialuronico e fibrina mediante un processo che non altera lâassetto cromosomico delle cellule differenziate. (b) Il co-differenziamento osteogenico ed endoteliale delle ADSC su supporti a base di idrossiapatite e la generazione in vitro di un sostituto osseo bioingegnerizzato privo di alterazioni geniche e dalla promettente osteointegrazione. (c) Un possibile modello per la rigenerazione della polpa dentale che associa le DPSC a un supporto tridimensionale a base di acido ialuronico sottoforma di tessuto non tessuto, dove il co-differenziamento gliale, neuronale ed endoteliale delle DPSC favorisce la rigenerazione della componente nervosa e vascolare del tessuto pulpare.

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Boem, F. « A MATTER OF STYLE.HOW MAP THINKING AND BIO-ONTOLOGIES SHAPE CONTEMPORARY MOLECULAR RESEARCH ». Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano, 2016. http://hdl.handle.net/2434/349513.

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ABSTRACT The aim of this thesis is to provide an epistemic analysis of the transformations occurring in contemporary biological research by considering the relation between molecular biology and computational biology. In particular, I will focus on bio-ontologies, as the tool which incarnates at best the new face of biomedical research. Such a choice is not arbitrary. By appealing to the notion of style of reasoning and way of knowing, I will show that bio-ontologies exemplify the rise and success of map thinking as the signature of a new way of doing molecular biology, while the theoretical tenets, established more than 30 years ago, still maintain their epistemic prominence. This is neither to say that experimentalism will disappear from science, nor that the experiments power will be diminished but rather that experiments will have a new role in the architecture of scientific efforts, precisely because of the increasing importance of classificatory approaches. Therefore, such a transition within biomedical research is indeed radical and profound but it does not involve paradigm shifts but rather a change in the practice. In this sense, it is a matter of style.

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Carlomagno, Cristiano. « Surface Patterned Ceramics Via Breath Figures Method With Potential Application As Implant Coatings ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trento, 2018. https://hdl.handle.net/11572/367765.

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Surface porous silicon based ceramics are a class of materials with excellent mechanical, physical and chemical properties and for this reason they are widely used in different fields of application. The resultant properties of these material are due principally to the combination of the chemical composition (coordination with the Si atom) and the specific geometry of the pattern. These parameters are able to influence phenomena such as the biological activity, the exposed surface area and the thermal, mechanical and chemical resistance. Techniques used nowadays to synthesize these ceramics with a specific patter are usually really complicated, expensive and time-consuming with limitations for the large-scale industrial application. The Breath Figure method is a new fast and highly controllable technique that allows to decorate the surface of polymer films with different porous patterns. A large variety of starting materials can be used to perform this process, obtaining porous films with different characteristics and with a specific control on the entire process. In this work we used a UV cross-linkable polysiloxane as precursor for the Breath Figure process in order to combine the pattern procedure with the polymer derived ceramic method. Initially, the effects of the process variables on the final surface porosity was evaluated, identifying the parameters which most influence the final material. After the patterning, materials with different characteristics were pyrolyzed under different atmospheres in order to induce simultaneously the ceramic conversion and the chemical modification of the silicone structure. Three different porous silicon-based ceramics were obtained using flowing air, nitrogen and ammonia during the heat treatments, respectively: silicon dioxide, silicon oxycarbide and silicon oxynitride. All these material have been proposed as implant coating for different body districts, but recent studies demonstrated the potential application of silicon oxynitrides as bone implant coatings due to the enhanced bioactivity and osteoinductivity of the ceramic. For this reason in the second part of this work we evaluated the potential bioactivity of surface porous silicon oxynitrides in terms of bioactive silicon ions release capability and effects of different porosity degrees on cells behavior. Four different surface pattern were applied on titanium alloy disks and used for an in vitro characterization using human Mesenchymal Stem Cells and compared with uncoated titanium. The results indicated that the silicon ions release from the coating surface leads to an increase of the cellular activity with the porous pattern influencing the hMSC initial adhesion and proliferation.

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MASSA, MARCO. « Formazione di biofilm e resistenza ai biocidi in Listeria ». Doctoral thesis, Università Cattolica del Sacro Cuore, 2011. http://hdl.handle.net/10280/965.

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Résumé :

La presente attività di ricerca ha avuto come oggetto di studio la formazione di biofilm in condizioni dinamiche: per raggiungere tale obiettivo, è stato costruito un idoneo apparato che permettesse di ottenere una valutazione quantitativa sia delle cellule presenti nella soluzione di crescita sia di quelle adese su tre materiali di prova(acciaio inossidabile, PET e rame). Oltre ad esprimere una valutazione dell’adesione batterica alle superfici, si è proceduto ad indagare sui possibili parametri sperimentali che potessero influenzare la formazione di biofilmdi Listeria su superfici abiotiche. Allo stesso tempo l’efficacia battericida di alcuni biocidi è stata valutata sulle cellule planctoniche così come su biofilm batterici sviluppati su superfici abiotiche. Il ruolo del sistema di quorum sensing basato su luxS nella formazione di biofilm batterici: un ceppo di L. innocua con buone capacità adesive è stato confrontato con il suo ceppo deficiente di luxS per la sua suscettibilità ad agenti biocidi così come per la sua capacità di adesione superficiale L’effetto della precendentemente menzionata inattivazione genetica sulla cinetica di crescita batterica e, quindi, sull’efficienza metabolica complessiva è stata esaminate mediante lo strumento BioscreenC. L’effetto inibitorio di due composti polifenolici è stato valutato sul ceppo deficiente di luxS così come sul ceppo originale.
The current research activity was focused on biofilm formation in dynamic conditions. A suitable device was thus constructed, in order to have a quantitative evaluation of the cells freely suspended in the flowing nutrient solution used as well as the sessile cells which adhered on the three tested surfaces (stainless steel, polyethylene therephthalate and copper). During this project, other than of a quantitative assessment of bacterial adhesion, we investigated also on the parameters which could affect significantly the biofilm formation of Listeria on abiotic surfaces. At the same time antimicrobial efficiency of selected biocides was investigated on planktonic cells as well as on bacterial biofilms grown on abiotic surfaces. The role of luxS-based quorum sensing system in the biofilm development process was evaluated: a luxS-null mutant of an adhesive strain of L. innocua was obtained through Campbell-like genetic inactivation and then evaluated for its sensitivity to biocidal agents and adhesion to surfaces, in comparison with its parental strains. Furthermore the effect of genetic inactivation on bacterial growth kinetic and thus on overall bacterial metabolic efficiency was assessed through the apparatus of BioscreenC. Finally two polyphenolic compounds were investigated for their inhibitory effect on Listeria.

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MASSA, MARCO. « Formazione di biofilm e resistenza ai biocidi in Listeria ». Doctoral thesis, Università Cattolica del Sacro Cuore, 2011. http://hdl.handle.net/10280/965.

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Résumé :

La presente attività di ricerca ha avuto come oggetto di studio la formazione di biofilm in condizioni dinamiche: per raggiungere tale obiettivo, è stato costruito un idoneo apparato che permettesse di ottenere una valutazione quantitativa sia delle cellule presenti nella soluzione di crescita sia di quelle adese su tre materiali di prova(acciaio inossidabile, PET e rame). Oltre ad esprimere una valutazione dell’adesione batterica alle superfici, si è proceduto ad indagare sui possibili parametri sperimentali che potessero influenzare la formazione di biofilmdi Listeria su superfici abiotiche. Allo stesso tempo l’efficacia battericida di alcuni biocidi è stata valutata sulle cellule planctoniche così come su biofilm batterici sviluppati su superfici abiotiche. Il ruolo del sistema di quorum sensing basato su luxS nella formazione di biofilm batterici: un ceppo di L. innocua con buone capacità adesive è stato confrontato con il suo ceppo deficiente di luxS per la sua suscettibilità ad agenti biocidi così come per la sua capacità di adesione superficiale L’effetto della precendentemente menzionata inattivazione genetica sulla cinetica di crescita batterica e, quindi, sull’efficienza metabolica complessiva è stata esaminate mediante lo strumento BioscreenC. L’effetto inibitorio di due composti polifenolici è stato valutato sul ceppo deficiente di luxS così come sul ceppo originale.
The current research activity was focused on biofilm formation in dynamic conditions. A suitable device was thus constructed, in order to have a quantitative evaluation of the cells freely suspended in the flowing nutrient solution used as well as the sessile cells which adhered on the three tested surfaces (stainless steel, polyethylene therephthalate and copper). During this project, other than of a quantitative assessment of bacterial adhesion, we investigated also on the parameters which could affect significantly the biofilm formation of Listeria on abiotic surfaces. At the same time antimicrobial efficiency of selected biocides was investigated on planktonic cells as well as on bacterial biofilms grown on abiotic surfaces. The role of luxS-based quorum sensing system in the biofilm development process was evaluated: a luxS-null mutant of an adhesive strain of L. innocua was obtained through Campbell-like genetic inactivation and then evaluated for its sensitivity to biocidal agents and adhesion to surfaces, in comparison with its parental strains. Furthermore the effect of genetic inactivation on bacterial growth kinetic and thus on overall bacterial metabolic efficiency was assessed through the apparatus of BioscreenC. Finally two polyphenolic compounds were investigated for their inhibitory effect on Listeria.

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