Littérature scientifique sur le sujet « Scambio genetico »

Isono stati introdotti dal Trattato internazionale sulle risorse genetiche vegetali per l'alimentazione e l'agricoltura nel 2001 quale riconoscimento del contributo che gli agricoltori e le comunità rurali hanno dato nella creazione, conservazione, scambio e valorizzazione delle risorse genetiche. Essi sono dei diritti collettivi che appaiono antitetici ai quelli di natura individuale rappresentati dai diritti di proprietà intellettuale che hanno determinato, da parte delle multinazionali farmaceutiche e del seme, la sottrazione dell'uso di dette risorse alle comunità rurali. Nell'attuale fase storica è importante l'affermazione dei "diritti degli agricoltori" sulle risorse genetiche ai fini sia della sicurezza alimentare che della preservazione dell'ambiente e della biodiversità ; contribuiscono, altresì, alla prevenzione del cambiamento climatico e al mantenimento delle conoscenze tradizionali e locali.

Deep sea lobsters are highly valued for seafood and provide the basis of important commercial fisheries in many parts of the world. Despite their economic significance, relatively little is known about their natural diets. Microscopic analyses of foregut content in some species have suffered from low taxonomic resolution, with many of the dietary items difficult to reliably identify as their tissue is easily digested. DNA metabarcoding has the potential to provide greater taxonomic resolution of the diet of the New Zealand scampi (Metanephrops challengeri) through the identification of gut contents, but a number of methodological concerns need to be overcome first to ensure optimum DNA metabarcoding results. In this study, a range of methodological parameters were tested to determine the optimum protocols for DNA metabarcoding, and provide a first view ofM.challengeridiet. Several PCR protocols were tested, using two universal primer pairs targeting the 18S rRNA and COI genes, on DNA extracted from both frozen and ethanol preserved samples for both foregut and hindgut digesta. The selection of appropriate DNA polymerases, buffers and methods for reducing PCR inhibitors (including the use of BSA) were found to be critical. Amplification from frozen or ethanol preserved gut contents appeared similarly dependable. The COI gene was found to be more effective than 18S rRNA gene for identifying large eukaryotic taxa from the digesta; however, it was less successfully amplified. The 18S rRNA gene was more easily amplified, but identified mostly smaller marine organisms such as plankton and parasites. This preliminary analysis of the diet ofM.challengeriidentified a range of species (13,541 reads identified as diet), which included the ghost shark (Hydrolagus novaezealandiae), silver warehou (Seriolella punctata), tall sea pen (Funiculina quadrangularis) and the salp (Ihlea racovitzai), suggesting that they have a varied diet, with a high reliance on scavenging a diverse range of pelagic and benthic species from the seafloor.

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has emerged as a powerful technique to decipher tissue composition at the single-cell level and to inform on disease mechanisms, tumor heterogeneity, and the state of the immune microenvironment. Although multiple methods for the computational analysis of scRNA-seq data exist, their application in a clinical setting demands standardized and reproducible workflows, targeted to extract, condense, and display the clinically relevant information. To this end, we designed scAmpi (Single Cell Analysis mRNA pipeline), a workflow that facilitates scRNA-seq analysis from raw read processing to informing on sample composition, clinically relevant gene and pathway alterations, and in silico identification of personalized candidate drug treatments. We demonstrate the value of this workflow for clinical decision making in a molecular tumor board as part of a clinical study.

AbstractThe emergence of high resolution population genetic techniques, such as genotyping-by-sequencing (GBS), in combination with recent advances in particle modelling of larval dispersal in marine organisms, can deliver powerful new insights to support fisheries conservation and management. In this study, we used this combination to investigate the population connectivity of a commercial deep sea lobster species, the New Zealand scampi, Metanephrops challengeri, which ranges across a vast area of seafloor around New Zealand. This species has limited dispersal capabilities, including larvae with weak swimming abilities and short pelagic duration, while the reptant juvenile/adult stages of the lifecycle are obligate burrow dwellers with limited home ranges. Ninety-one individuals, collected from five scampi fishery management areas around New Zealand, were genotyped using GBS. Using 983 haplotypic genomic loci, three genetically distinct groups were identified: eastern, southern and western. These groups showed significant genetic differentiation with clear source-sink dynamics. The direction of gene flow inferred from the genomic data largely reflected the hydrodynamic particle modelling of ocean current flow around New Zealand. The modelled dispersal during pelagic larval phase highlights the strong connectivity among eastern sampling locations and explains the low genetic differentiation detected among these sampled areas. Our results highlight the value of using a transdisciplinary approach in the inference of connectivity among populations for informing conservation and fishery management.

L’incessante aumento della popolazione mondiale ed il conseguente incremento della richiesta di risorse alimentari ed energetiche, congiuntamente al mutevole scenario climatico, sempre più incline a periodi di siccità prolungata in misura sempre maggiore in alcune zone del pianeta, fa sì che sempre più attenzione sia rivolta allo sviluppo ed all’implementazione di risorse energetiche rinnovabili a bassi input. Il sorgo zuccherino (Sorghum bicolor Moench) è una coltura bioenergetica in grado di fornire cibo, bioetanolo e biogas. Lo studio di tale coltura in risposta al deficit idrico promuove una più approfondita conoscenza dei meccanismi alla base dei processi fotosintetici, e di come, e quanto, questi possano essere influenzati dall’assenza temporanea, o più o meno prolungata, di disponibilità idrica. La produzione di biomassa e la sua composizione chimica sono state valutate per genotipi di nuova costituzione in confronto a quelli già disponibili in commercio, ai fini della produzione di biogas e bioetanolo. Una più approfondita analisi fisio-fenologica e molecolare è stata condotta su sei genotipi di sorgo con lo scopo di combinare in una visione di insieme più integrata la risposta alla siccità in sorgo. Due genotipi (uno sensibile e l’altro tollerante la siccità) sono stati selezionati per l’analisi trascrittomica in risposta allo stress idrico al fine di individuare geni candidati potenzialmente utili ai fini di una selezione assistita da marcatore.
Due to the increasing human population and the consequent surging energy and water demand, it is necessary to implement energy and fuel production from low input renewable sources. Sweet sorghum (Sorghum bicolor Moench) is a low input multipurpose crop that provides food, feed and bioethanol from conversion of sugars accumulated in the stalk and biogas from anaerobic digestion of whole aboveground dry biomass. This multipurpose crop was studied in response to water deficit. In particular, the biomass production and its composition were evaluated in response to drought for new developed and commercial genotypes for biogas and bioethanol production. The physiologic and molecular approaches were combined in order to provide an integrated view on drought tolerance in sorghum enabling to know which are the mechanisms and with which extent they were affected by drought in this bioenergy crop. The transcriptomic analysis was performed on two sorghum genotypes (one sensitive and the other one tolerant to drought) with RNA-Seq technology in order to evaluate the diversity existing in the sorghum transcriptome that could be related to drought tolerance and to identify candidate genes that could be used as potentially marker for the marker assisted selection.

L’incessante aumento della popolazione mondiale ed il conseguente incremento della richiesta di risorse alimentari ed energetiche, congiuntamente al mutevole scenario climatico, sempre più incline a periodi di siccità prolungata in misura sempre maggiore in alcune zone del pianeta, fa sì che sempre più attenzione sia rivolta allo sviluppo ed all’implementazione di risorse energetiche rinnovabili a bassi input. Il sorgo zuccherino (Sorghum bicolor Moench) è una coltura bioenergetica in grado di fornire cibo, bioetanolo e biogas. Lo studio di tale coltura in risposta al deficit idrico promuove una più approfondita conoscenza dei meccanismi alla base dei processi fotosintetici, e di come, e quanto, questi possano essere influenzati dall’assenza temporanea, o più o meno prolungata, di disponibilità idrica. La produzione di biomassa e la sua composizione chimica sono state valutate per genotipi di nuova costituzione in confronto a quelli già disponibili in commercio, ai fini della produzione di biogas e bioetanolo. Una più approfondita analisi fisio-fenologica e molecolare è stata condotta su sei genotipi di sorgo con lo scopo di combinare in una visione di insieme più integrata la risposta alla siccità in sorgo. Due genotipi (uno sensibile e l’altro tollerante la siccità) sono stati selezionati per l’analisi trascrittomica in risposta allo stress idrico al fine di individuare geni candidati potenzialmente utili ai fini di una selezione assistita da marcatore.
Due to the increasing human population and the consequent surging energy and water demand, it is necessary to implement energy and fuel production from low input renewable sources. Sweet sorghum (Sorghum bicolor Moench) is a low input multipurpose crop that provides food, feed and bioethanol from conversion of sugars accumulated in the stalk and biogas from anaerobic digestion of whole aboveground dry biomass. This multipurpose crop was studied in response to water deficit. In particular, the biomass production and its composition were evaluated in response to drought for new developed and commercial genotypes for biogas and bioethanol production. The physiologic and molecular approaches were combined in order to provide an integrated view on drought tolerance in sorghum enabling to know which are the mechanisms and with which extent they were affected by drought in this bioenergy crop. The transcriptomic analysis was performed on two sorghum genotypes (one sensitive and the other one tolerant to drought) with RNA-Seq technology in order to evaluate the diversity existing in the sorghum transcriptome that could be related to drought tolerance and to identify candidate genes that could be used as potentially marker for the marker assisted selection.

Studio sulle interazioni tra il DNA extracellulare ed i minerali argillosi e loro conseguenze sull'efficienza biologica del DNA nei fenomeni di trasformazione. Lo studio ha preso in considerazione anche problematiche metodologiche legate alla determinazione dei valori di adsorbimento del DNA sui minerali argillosi

Il commercio dei prodotti agroalimentari ha assunto oggi una dimensione globale, che pone una serie di questioni su cui è necessario riflettere. Una di queste riguarda la sicurezza alimentare intesa nell'accezione di food safety, ossia come il diritto di ogni individuo a consumare cibo sano e sicuro. La sicurezza alimentare implica l'assenza di elementi estranei che sono riconducibili ai residui dei trattamenti antiparassitari, veterinari, contaminanti ambientali o ancora l'assenza di adulterazioni nel processo di produzione, che possono comportare un rischio per la salute dei consumatori. La tesi analizza le principali dinamiche internazionali relative all'attuale commercio dei prodotti agroalimentari, focalizzando l'attenzione sulla questione della sicurezza alimentare, che da un lato deve garantire senza compromessi la tutela di tutti i consumatori, e dall'altro però, le misure adottate non devono costituire inutili ostacoli commerciali per le imprese alimentari esportatrici. L'analisi inizia dagli accordi nati nell'ambito della WTO, con la firma del Trattato di Marrakech nel 1994, con lo scopo di favorire gli scambi commerciali internazionali attraverso una maggiore armonizzazione delle differenti normative di riferimento. Per quanto riguarda specificamente la sicurezza alimentare si fa riferimento all'Accordo SPS sulle misure sanitarie e fitosanitarie e al Codex Alimentarius, che hanno lo scopo di creare un sistema di norme internazionali valido all'interno dei paesi membri della WTO per tutelare la salute dei consumatori e garantire pratiche eque nel commercio degli alimenti. Dal contesto multilaterale della WTO si procede ad analizzare il ruolo degli accordi bilaterali o regionali, nati in seguito alla crisi del multilateralismo, iniziata con il round di Doha nel 2001e dovuta principalmente all'eterogeneità delle posizioni dei Paesi membri. In particolare nell'ambito degli accordi bilaterali si fa riferimento al partenariato transatlantico sul commercio e gli investimenti (TTIP) recentemente negoziato tra UE e USA, e fermo per ora a tale fase. Si tratta di un accordo di libero scambio volto ad abbattere molte barriere commerciali esistenti tra le due sponde dell'Atlantico, con particolare riferimento a quelle non tariffarie consistenti in divergenze normative che ostacolano le esportazioni, tra cui vanno sicuramente ricomprese le misure sanitarie e fitosanitarie, che si sono rivelate le questioni maggiormente dibattute nel corso delle trattative del TTIP, offrendo lo spunto per analizzare in chiave comparatistica le due diverse tradizioni giuridiche di food safety, delineate attraverso la tematica degli OGM, dove emerge la distanza dell'approccio giuridico tra le due potenze transatlantiche. L'uso delle moderne tecniche di ingegneria genetica in campo alimentare è stato uno dei temi particolarmente discussi nell'ambito delle negoziazioni; gli OGM erano già stati oggetto di una controversia tra Europa e USA nell'ambito della WTO. In ogni caso il TTIP, nonostante il suo fallimento, segna comunque la volontà delle due potenze di trovare una base normativa comune. L'ultima parte della tesi riguarda invece l'evoluzione della sicurezza alimentare in Cina, che grazie alla rapida crescita economica degli ultimi anni, si attesta ad essere una delle potenze protagoniste degli scambi commerciali mondiali, completando in tal modo il quadro internazionale di riferimento. L'introduzione nel 2009 della prima legge sulla sicurezza alimentare, poi modifica nel 2015, rappresenta un primo avvicinamento ai sistemi normativi occidentali. L'analisi delle diverse normative di food safety nel contesto europeo, statunitense e cinese mostra come la globalizzazione economica abbia determinato anche una globalizzazione giuridica o meglio un progressivo allineamento dei diversi sistemi normativi. La necessità di facilitare gli scambi commerciali per competere a livello mondiale ha favorito l'avvicinamento dei vari ordinamenti giuridici. Pertanto si assiste a una sorta di "contaminazione legislativa" estranea alla politica commerciale comune della WTO, ferma da tempo ad una fase di completa stagnazione. In particolare per quanto riguarda il settore alimentare si auspica che il progressivo avvicinamento dei sistemi normativi sul tema della sicurezza alimentare possa favorire la nascita di una food law unitaria a livello globale, che sappia rispondere alle esigenze economiche - commerciali della libera circolazione dei prodotti, e contemporaneamente garantire la tutela di tutti i consumatori, assicurando un elevato livello di qualità e sicurezza.