Thèses : « Réparation des mésappariement »

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Hernandez-Pigeon, Hélène. « Caractérisation de nouveaux mécanismes de régulation des protéines de la réparation des mésappariements de l'ADN ». Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30191.

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Sangar, Fatiha. « Étude fonctionnelle de SMAP1 : un nouveau gène à la croisée du trafic vésiculaire et de l’oncogenèse ». Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066121.

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Résumé :

La déficience du système de réparation des mésappariements de bases aboutit à une instabilité des séquences répétées ou microsatellites (MSI) qui engendre des mutations au niveau de gènes cibles de l’oncogenèse MSI. L'objectif de ma Thèse consistait à définir les conséquences fonctionnelles des mutations d’un nouveau gène cible de la tumorigenèse colorectale MSI : le gène SMAP1 (Small ArfGAP1) qui code une protéine de la famille ArfGAP (ADP ribosylation factor GTPase Activating Protein) spécifique d’Arf6, protéine impliquée dans de nombreux mécanismes cellulaires. Les mutations de SMAP1 sont spécifiques des tumeurs MSI de différentes origines tissulaires et n’apparaissent qu’au niveau de la répétition (A10). Dans les tumeurs colorectales primaires, la fréquence de mutations de SMAP1 observées diminue au cours de la progression tumorale suggérant que les tumeurs dépourvues de mutations de SMAP1 sont plus invasives. D’un point de vue fonctionnel, les mutations de SMAP1 ont pour conséquences un défaut dans le recyclage rapide du récepteur à la transferrine, une augmentation de la prolifération cellulaire et une diminution du pouvoir invasif en maintenant les jonctions adhérentes. Ainsi, nos observations montrant que les mutations de SMAP1 augmentent le pouvoir prolifératif mais diminuent le pouvoir invasif des lignées cellulaires issues de CCR MSI pourraient expliquer certaines caractéristiques cliniques des CCR MSI, les tumeurs MSI étant en effet des tumeurs volumineuses, ayant un faible pouvoir métastatique
Tumours that are deficient in mismatch repair system accumulate numerous mutations throughout the genome in repeated sequences, called microsatellites. Genes that contain microsatellite in their sequence are target genes of microsatellite instability (MSI). The aim of my thesis was to determine the functional consequences of mutations occurring in a newly identified target gene of the MSI oncogenesis : SMAP1 (Small ArfGAP1), which encodes a protein of the ArfGAP (ADP ribosylation factor GTPase Activating Protein) family specific for Arf6, a protein involved in clathrin-mediated endocytosis and actin remodelling. SMAP1 mutations are specific for MSI tumours of various tissue origins and occur in its coding poly (A)10 microsatellite. SMAP1 mutations are especially frequent in MSI colorectal cancers (CRC), in which its mutation frequency decreases with tumour progression suggesting that tumours devoid of SMAP1 mutations are more invasive. Functional experiments allowed us to show that SMAP1 mutations lead to a defect in the fast recycling step of the transferrin receptor trafficking, to increased cell proliferation and to decreased invasiveness by maintaining the adherent junctions. Interestingly, our observations showing that SMAP1 mutations increase the proliferative potential but reduce the invasiveness of MSI CRC-derived cell lines may explain some of the MSI CRCs clinical features, notably their large size and low metastatic potential

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Monnet, Jordan. « Single-molecule analysis of the mismatch repair initiation and excision steps in Escherichia coli from a mechanical and kinetic standpoint= ». Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077202.

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Résumé :

La réparation post-réplicative des mésappariements dans l'ADN est présente dans presque tous les organismes. Une absence ou un dysfonctionnement dans son mécanisme mène à un phénotype mutant et, chez l'humain, à un prédisposition au cancer. Chez Escherichia coli (E. Coli), ce mécanisme est initié par MutS qui, après avoir reconnu le mésappariement, recrute et s'associe à une ATPase : MutL. L'activation de l'endonucléase MutH permet une coupure de brin non méthylé sur le premier 5'- GATC hémiméthylé trouvé à proximité (jusqu'à lkbp) du mésappariement. Suite cela, une hélicase, UvrD, intervient afin de séparer le brin endommagé du brin matrice pour préparer son excision et sa re-synthèse. Malgré une très bonne compréhension générale du système, de nombreuses questions restent sans réponse. Je propose dans cette thèse une étude détaillée des paramètres mécaniques et cinétiques des étapes d'initiation et d'excision du système de réparation des mésappariements. L'utilisation de pinces magnétiques m'a permis de décrire un système de communication entre le dégât et le site de coupure, et de comprendre le mécanisme de chargement de l'hélicase UvrD avant excision du brin contenant le mésappariement
Postreplicative DNA mismatch repair is present in almost all organisme. Absence or failure of this system leads to mutator phenotype and, in humans, predisposition to cancer. In E. Coli the process is initiated by MutS that recognizes the mismatch and associates with an ATPase : MutL. Activation of the endonuclease MutH leads to nicking of the unmethylated single strand at the first hemymethylated 5'- GATC site (up to lkbp) close to the mismatch. Once the DNA is nicked, an helicase, UvrD, unwinds the DNA to extract and later excise the damaged strand to allow for its re-synthesis. In this PhD I propose a single-molecule analysis of the mismatch repair initiation and excision steps in Escherichia coli from a mechanical and kinetic standpoint. Using a single molecule technique, I have been able to show that a diffusion mechanism of proteins MutS and MutL from mismatch to a GATC site is the most likely, and to deciphe the mechanism by which UvrD is loaded at the nicking site to start the excision process

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Borie, Claire. « Instabilité des microsatellites et cancers : recherche et description de ce phénotype tumoral dans les cancers du patient immunodéprimé ». Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077067.

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Résumé :

Les cancers MSI sont déficients dans le système de réparation des mésappariements de base de l'ADN (système « Mismatch Repair »). L'inactivation de ce système est à l'origine de l'accumulation d'erreurs de réplication non réparées dans le génome de ces tumeurs, en particulier au niveau des séquences répétées, dites microsatellites de l'ADN ; ces tumeurs sont désignées MSI pour « Microsatellites Instables ». Les cancers MSI sont héréditaires, associés au syndrome colorectal familial (syndrome de Lynch ou HNPCC), et représentant également 15-20% des tumeurs sporadiques du côlon, de l'estomac et de l'endomètre. Plus récemment, un phénotype MSI a été rapporté dans d'autres tumeurs de survenue sporadique, notemment du fait de travaux réalisés dans le laboratoire d'acceuil ; ce phénotype a été décrit en particulier dans les lymphomes non hodgkiniens (LNH), mais cela uniquement dans les LNH survenant dans un contexte d'immunodépression (ID-RL), i. E. Chez les patients SIDA ou greffés d'organes et traités par immunosuppresseurs au long cours. Les objectifs de mon travail de thèse ont été dans ce contexte : (i) de préciser l'incidence de MSI dans les ID-RL et les caractéristiques cliniques et biologiques de ces lymphomes comparativement aux autres ID-RL (ID-RL non-MSI) ; (ii) de mettre en évidence une association éventuelle à MSI au sein d'autres types tumoraux fréquents du patient ID, e. G. Dans les cancers spino-cellulaires cutanés (ID-SCC) et les sarcomes de Kaposi (ID-KS). Mes travaux établissent que le phénotype MSI est rarement observé dans les ID-RL, venant représenter 2-5% des LNH du patient SIDA et 10% environ des LNH post-greffe (PTLD). Brièvement, les PTLD MSI se caractérisent par leur survenue tardive après la greffe (médiane > 5 ans), une faible association à l'EBV (< 50%), et une origine lymphocytaire T fréquente (50% des PTLD T sont MSI). MSI est significativement associé dans ces tumeurs à la prise d'Azathioprine (Imurel) par les patients. Par ailleurs, les pertes d'expression de protéines MMR sont panachées dans les ID-RL et affectent aussi bien MLH1, que MSH2 ou MSH6. L'inactivation de l'expression de ces protéines est significativement associée à l'inactivation de la protéine MGMT en raison d'une méthylation fréquente du promoteur du gène dans la tumeur. Enfin, les ID-RL MSI se caractérisent par une relative stabilité sur le plan cytogénétique et la survenue fréquente de mutations de l'oncogène BRAF (Borie et al. , Int. J Cancer 2010). Dans les SCC et les KS, mes travaux n'ont pas permis d'identifier de tumeurs MSI, suggérant la non participation de ce processus oncogénique à la tumorigenèse cutanée chez le patient ID (Borie et al. , Am. J. Transpl. , 2010). Ces études ont généralement porté sur de larges séries de tumeurs ID-RL, SCC et KS, permettant de conclure sur la part de MSI dans l'oncogenèse de ces tumeurs. De manière intéressante, certaines caractéristiques cliniques et moléculaires originales associées aux ID-RL MSI sont maintenant identifiées. En perspective, la nécessité de développer désormais des études visant à mieux identifier les caractéristiques pronostiques et de réponse aux traitements de ces tumeurs par rapport aux autres ID-RL serait d'intérêt, en particulier pour les PTLD-T. A l'instar de ce qui a été rapporté pour d'autres localisations tumorales chez l'homme, MSI pourrait être en effet un facteur à prendre en compte dans la prise en charge de ces lymphomes chez les patients
MSI cancers arise as a consequence of loss of fonction of the DNA Mismatch repair system ("MMR" System). Inactivation of this system results in accumulation of replication errors in the genome of these tumors, in particular in repetitive séquences of the DNA called microsatellites; these tumors are therefore called MSI for " Instable Microsatellite". MSI cancers are inherited diseases associated with familial the colorectal cancer (Lynch syndrom or HNPCC), and represent 15-20 % of sporadic colorectal, gastric and endometrial cancers. Recently, the MSI phenotype was reported in other sporadic cancers. In particular owing to the works realized in our laboratory; this phenotype was described in non Hodgkin lymphomas (NHLs), but only in the NHL arising in an immuno-suppression context ( ID-RL), i. E. HIV-related or after organ transplantation. The objectives of my thesis were in this context: i) to specify the incidence of MSI in the ID-RL and establish the clinical and biological characteristics of these lymphomas compared with the other ID-RL (ID-RL not -MSI); ii) to search for a possible association between MSI and other frequent immuno-supression related tumoral types, e. G. In the squamous cell carcinomas cancers (ID-SCC) and the Kaposi's sarcomas (ID-KS). We established that the MSI phenotype is rarely observed in the ID-RL, representing 2-5 % of HIV-related NHL and approximately 10 % of PTLD. Briefly, MSI PTLD are characterized by their late occurrence after organ transplantation (median > 5 years), rare association with EBV (< 50 %), and frequent T phenotype (50 % of the PTLD T are MSI). MSI is significantly associated in these tumors after Azathioprine (Imurel) treatement. Further, loss of expression of the MMR proteins is heterogeneous in the ID-RL : MLH1, as well MSH2 or MSH6 can be involved. Loss of expression of O6 methyl guanine transferase (MGMT), a repair enzyme whose inactivation helps in selection of MMR deficient clones, was significantly associated with MSI in ID-RL. Finally, ID-RL MSI are characterized by few chromosomal rearangements and frequent mutations of the oncogene BRAF (Borie and al. , Int. J Cancer on 2010). My work involved the study of large series of tumors ID-RL, SCC and KS, to better understand the role of MSI in the oncogenetic process. Interestingly, I contributed to the identification of original clinical and molecular features of ID-RL MSI. Prospectives studies are needed to better define prognostic factors and therapeutic protocols of these tumors as compared with to the other ID-RL. This would be in particular interest, in PTLD-T. Following the example of what has been reported in other tumors, MSI could indeed be a factor to take into account in the treatment of these lymphomas

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Laplante, Pierre. « Effect of MisMatch Repair Deficiency on metastasis occurrence modelized in a syngeneic mouse model ». Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL101.

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Contexte : Le cancer colorectal (CCR) déficient en réparation des mésappariements (MMR-D), hypermuté et aux microsatellites instables (MSI) est moins enclin au développement de métastases, et présente un pronostic défavorable après récidive, par rapport au CCR aux microsatellites stables (MSS). Les mécanismes derrière ces deux phénomènes sont encore inexpliqués, principalement en raison du manque d'un bon modèle in vivo de cancer métastatique MSI.Méthodes : Nous avons inactivé le gène Msh2 dans la lignée cellulaire de cancer du sein 4T1luc+, exprimant la luciférase. Le phénotype MMR-D, marqué par une accumulation de mutations ponctuelles à l'échelle du génome et d'insertion-délétion (indels) aux sites de microsatellites, a été établi par des passages sériels in vitro avant l'injection orthotopique dans le coussinet adipeux mammaire inférieur gauche de souris BALB/c. Le développement métastatique a été suivi par imagerie in vivo de l'activité luciférase. Les tumeurs primaires des souris, ayant développé des métastases ou non, ont été séquencées, et des analyses génomiques et transcriptomiques menées. La caractérisation des cellules CD45+ a été réalisée par cytométrie en flux spectrale sur les tumeurs primaires, les sites secondaires (tissu pulmonaire), la moelle osseuse et le sang, avant et après l'implantation tumorale, afin de mieux comprendre les différents microenvironnements associés.Résultats : Une différence significative dans l'apparition des métastases a été observée entre souris porteuses de tumeurs MSS et MSI (100 % contre 82,3 %, p = 0,0456). De plus, les souris présentant des métastases MSI ont montré un développement métastatique moins prononcé à certains sites par rapport aux souris MSS. Le séquençage de l'exome complet (WXS) a révélé que la charge mutationnelle tumorale (mutations non-synonymes/megabase), les indels, ainsi que le MSIscore (pourcentage de microsatellites instables) étaient plus élevés dans les tumeurs MSI comparées aux MSS, mais ces différences n'expliquent pas l'écart de développement métastatique. Les analyses transcriptomiques ont mis en évidence que les tumeurs MSS expriment des programmes associés à la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT), tandis que les tumeurs primaires MSI et les tumeurs métastatiques MSI étaient respectivement enrichies en signatures prolifératives et immunitaires. Il est à noter que les tumeurs métastatiques MSI étaient spécifiquement enrichies d'une signature hybride EMT, un indicateur d'agressivité tumorale. Par ailleurs, la cytométrie spectrale a permis d'identifier des populations spécifiques de macrophages et de neutrophiles associés aux tumeurs MSI (TAMs-MSI et TANs-MSI) tant dans les tumeurs primaires que sur les sites métastatiques. Enfin, nous avons découvert que l'infiltration de TANs-MSI (mais pas de TAMs-MSI) au niveau des sites secondaires précédait le développement métastatique et pourrait contribuer à la formation d'une niche pré-métastatique spécifique au MSI.Conclusion : Nous avons établi un modèle de cancer métastatique MSI, reproduisant les caractéristiques principales de la maladie, telles qu'une accumulation de mutation et d'indels élévé, ainsi qu'un potentiel métastatique diminué. Nos résultats montrent que la progression métastatique dans ce modèle MSI est associée à une réduction de l'activité immunitaire à la tumeur primaire, et que les tumeurs métastatiques MSI présentent un enrichissement en signatures prolifératives et en signatures hybrides EMT, pouvant ainsi expliquer le mauvais pronostic observé après récidive chez les patients. De plus, ce modèle a mis en lumière des populations myéloïdes spécifiques aux tumeurs MSI ainsi qu'une niche pré-métastatique potentielle liée au MSI. Ce modèle constitue ainsi un outil précieux pour la recherche fondamentale et translationnelle sur le cancer métastatique MSI, tout en apportant de nouvelles perspectives sur les interactions entre le développement métastatique et le phénotype MSI
Background: It is established that mismatch repair deficient (MMR-D), hypermutated and microsatellite instable (MSI) colorectal cancer (CRC) is less prone to metastasis, and has worse prognosis after recurrence, than microsatellite stable (MSS) CRC. The mechanisms behind both these phenomena are still elusive, mainly due to the lack of a good in vivo model of metastatic MSI cancer.Methods: We generated Msh2 knockouts in the luciferase expressing breast cancer cell line 4T1luc+. The MMR-D phenotype, an accumulation of point mutations genome-wide and insertion-deletion (indels) at microsatellite sites, was established by serial passages in vitro before orthotopic injection in the lower left mammary fat pad of BALB/c mice. Metastasis development was assessed through in vivo imaging of luciferase activity. Primary tumors of mice bearing metastasis, or not, were sequenced, and genomic and transcriptomic analysis were performed. Spectral flow cytometry of CD45+ cells was carried out on primary tumors, secondary site (lung tissue), bone marrow and blood before and after tumor engraftment, to characterize the different microenvironments.Results: A significant difference in metastasis occurrence was noted between the MSS and MSI tumor-bearing mice (100% vs 82.3%, p = 0.0456). Moreover, MSI metastatic mice exhibited less site-specific metastatic development compared to their MSS counterparts. Whole exome sequencing (WXS) revealed that tumor mutation burden (TMB, non-synonymous mutations/megabase), indels, and MSIscore (percentage of instable microsatellites) were elevated in the MSI tumors compared to MSS, but did not explain the difference in metastasis occurrence. Transcriptomic analyses demonstrated that MSS tumors express epithelial-mesenchymal transition (EMT) related programs, while MSI metastatic and MSI localized primary tumor were enriched in proliferative and immune related signatures, respectively. Interestingly, MSI metastatic tumor were uniquely enriched with a hybrid EMT signature, a marker of cancer aggressiveness. Furthermore, spectral cytometry uncovered MSI-specific populations of tumor-associated macrophages and neutrophils (MSI-TAMs and MSI-TANs) at the primary tumor and metastatic sites. Finally, we discovered that MSI-TANs (but not MSI-TAMs) infiltration at secondary site predate metastatic development, and may participate in the creation of an MSI-specific pre-metastatic niche.Conclusion: We successfully developed a model of MSI metastatic cancer, recapitulating the hallmarks of the disease, namely elevated TMB, indels and MSIscore, as well as decreased metastatic potential. We have shown that metastatic development in our MSI model is associated with lower immune activity at the primary tumor, and that MSI metastatic tumors are enriched in proliferative and hybrid EMT signatures, that may explain the poor prognosis after recurrence in patients. At last, this model unveiled MSI-specific tumor-associated myeloid populations, and a potential MSI pre-metastatic niche. We provide here a model for fundamental and translational research on MSI metastatic disease, and provide insights on the crosstalk between metastasis development and the MSI phenotype

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Dai, Jingqi. « Mécanisme moléculaire de l'endonucléase Mlh1-Mlh3 dans la voie de réparation des mésappariements de l’ADN et dans les processus de recombinaison en méiose ». Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS302.

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Résumé :

La méiose est un processus de ségrégation des chromosomes essentiel pour la gamétogenèse chez tous les organismes qui présentent une reproduction sexuée. Ce mécanisme nécessite des connections entre chromosomes homologues et des structures intermédiaires d’ADN appelées Jonction de Holliday. Ces jonctions sont résolues principalement par complexe MutLγ (Mlh1-Mlh3). Des mutations sur les gènes impliqués en méiose s’accompagnent chez l’homme de problèmes allant de la stérilité à des réarrangements chromosomiques comme la trisomie. Mlh1-Mlh3 joue aussi un rôle dans la voie de réparation des mésappariements de l’ADN (MisMatch Repair - MMR). Notre laboratoire a révélé la première structure cristalline de la région C-terminale du complexe MutLα (Mlh1-Pms1) qui est l’endonucléase majeure de la voie MMR. Mon projet de thèse s’insère dans le cadre de l’étude des différentes fonctions des MutL eucaryotes et plus particulièrement sur le mécanisme moléculaire de MutLγ (Mlh1-Mlh3). Au cours de ma thèse, nous avons déterminé la structure cristalline du domaine C-terminale du complexe Mlh1-Mlh3 qui contient le site d’endonucléase et caractérisé 3 états du site actif. Nous avons montré le rôle de Mlh1 dans le site endonucléase. Nous avons caractérisé la spécificité de ce domaine pour les Jonctions de Holliday et proposé un modèle du site de fixation de l’ADN sur le complexe entier. Ce modèle a permis de proposer un nouveau mutant de séparation de fonction de Mlh1-Mlh3, appelé KERE, qui a été analysé par gel retard et génétique
Meiosis is key process in sexual reproduction, where chromosomes are segregated. During this process, a parental diploid cell divides into haploid gametes. This mechanism requires connections between homologous chromosomes and intermediate DNA structures called Holliday Junctions. These junctions are mainly resolved by MutLγ (Mlh1-Mlh3) complex. Mutations of genes involved in meiosis are associated with human diseases including sterility and chromosomal rearrangements such as trisomy. Mlh1-Mlh3 plays also a role in DNA mismatch repair (MMR). Our laboratory has characterized the first crystal structure of the C-terminal region of the MutLα complex (Mlh1-Pms1) which is the major endonuclease in MMR. My thesis aims at understanding the molecular mechanism of MutLγ (Mlh1-Mlh3) mainly involved in meiosis and to compare it with Mlh1-Pms1 mainly involved in MMR.We determined the crystal structure of the C-terminal domain of the MutLγ complex which contains the endonuclease site. We characterized the structure of three different states of the active site. We showed how Mlh1 is an integral part of the Mlh3 endonuclease site. We characterized the specificity of this domain for Holliday Junctions and proposed a model of the full-length complex and its DNA binding sites. Finally, we design new separation of function allele of Mlh1-Mlh3, called KERE, which was analyzed by EMSA and genetic experiments

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Fan, Jun. « Single-molecule basis of transcription-coupled DNA repair ». Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC213.

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Résumé :

Les cellules vivantes sont constamment soumises à des agents, endogènes et exogènes, qui peuvent induire des lésions sur l'ADN. Ces agents peuvent menacer l'intégrité du génome, bloquer les processus de réplication, transcription et traduction, ou encore avoir des effets génotoxiques. Les organismes ont alors développé des systèmes de surveillance qui coordonnent la réparation de l'ADN et la progression du cycle cellulaire afin de lutter contre l'accumulation de dommages sur leur ADN. Les mécanismes de réparation de l'ADN, découverts à la fois dans les organismes procaryotes et eucaryotes, ont pour rôle le maintien de l'intégrité du matériel génétique. Ces mécanismes comprennent la réparation par excision de nucléotides (NER), la réparation par excision de bases (BER), la réparation des mésappariements (MMR) et la réparation des cassures double-brin (DSBR). La réparation couplée à la transcription (RCT) est une sous-voie de la réparation par excision de nucléotides qui permet une réparation rapide des lésions uniquement localisées sur le brin transcrit et affectant des gènes en cours de transcription. Elle se différencie de la sous-voie de la réparation du génome global (GGR) qui opère sur l'ensemble du génome sans distinction entre les brins transcrits et non transcrits. L'implication dans la RCT de l'ARN Polymérase (ARNP) et de la protéine Mfd (Mutation Frequency Decline), aussi connue sous le nom TRCF (Transcription Repair Coupling Factor), est ce qui permet la réparation préférentielle du brin transcrit. Le blocage de l'ARNP par une lésion sur le brin transcrit agit comme un senseur de dommage et déclenche la RCT. En effet, l'ARNP bloquée doit être déplacée afin de rendre la lésion accessible aux facteurs de réparation avals. Chez E. Coli c'est la translocase Mfd qui joue ce rôle : elle déplace l'ARNP bloquée et coordonne l'assemblage des facteurs UvrAB(C) au site de la lésion. Des études récentes ont montré que, après s'être lié à l'ARNP et l'avoir déplacée, Mfd reste sur l'ADN sous la forme d'un complexe de translocation stable impliquant l'ARNP même si cette dernière n'est plus directement liée à l'ADN. La technique de nanomanipulation par pince magnétique de molécules uniques d'ADN portant une lésion a été utilisée afin de comprendre comment UvrAB(C) sont recrutés via le complexe Mfd-ARNP. Cette technique a permis d'observer en temps réel jusqu'à l'incision par UvrC la RCT, qui comporte un grand nombre d'étapes et implique de nombreuses protéines. Il a été observé que le recrutement d'UvrA et d'UvrAB par le complexe Mfd-ARNP stoppe la translocation du complexe sur l'ADN et entraine la dissolution du complexe avec un passage de relais moléculaire dans une cinétique lente. La combinaison de la nanomanipulation de molécule-unique avec la fluorescence montre en outre que la dissolution du complexe entraine non seulement la perte de l'ARNP mais aussi celle de Mfd. Ce passage de témoin moléculaire permet d'avoir une réaction d'incision du brin endommagé par UvrC plus rapide par rapport à ce qui se produit lors de la réaction sur une molécule unique dans le cadre de la réparation globale du génome. Un modèle global intégrant les protéines impliquées dans la RCT et la GGR et donnant les caractéristiques cinétiques des différentes réactions se produisant en parallèle dans les deux sous-voies a été proposé
The DNA in living cells is constantly threatened by damages from both endogenous and exogenous agents, which can threaten genomic integrity, block processes of replication, transcription and translation and have also genotoxic effects. In response to the DNA damage challenge, organisms have evolved diverse surveillance mechanisms to coordinate DNA repair and cell-cycle progression. Multiple DNA repair mechanisms, discovered in both prokaryotic and eukaryotic organisms, bear the responsibility of maintaining genomic integrity; these mechanisms include nucleotide excision repair (NER), base excision repair (BER), mismatch repair (MMR) and double strand break repair (DSBR). Transcription-coupled DNA repair (TCR) is a specialized NER subpathway characterized by enhanced repair of the template strand of actively transcribed genes as compared to the classical global genome repair (GGR) subpathway of NER which does not distinguish between template and non-template strands. TCR achieves specialization via the involvement of RNA polymerase (RNAP) and the Mfd (Mutation Frequency Decline) protein, also known as TRCF (transcription repair coupling factor). TCR repair initiates when RNAP stalls at a DNA lesion on the transcribed strand and serves as the da mage sensor. The stalled RNAP must be displaced so as to make the lesion accessible to downstream repair components. E. Coli Mfd translocase participates in this process by displacing stalled RNAP from the lesion and then coordinating assembly of the UvrAB(C) components at th( damage site. Recent studies have shown that after binding to and displacing stalled RNAP, Mfd remains on the DNA in the form of a stable, translocating complex with evicted RNAP. So as to understand how UvrAB(C) are recruited via the Mfd-RNAP complex, magnetic trapping of individual, damaged DNA molecules was employed to observe-in real-time this multi¬component, multi-step reaction, up to and including the DNA incision reaction by UvrC. It was found that the recruitment of UvrA and UvrAB to the Mfd-RNAP complex halts the translocating complex and then causes dissolution of the complex in a molecular "hand-off" with slow kinetics Correlative single-molecule nanomanipulation and fluorescence further show that dissolution of the complex leads to loss of not only RNAP but also Mfd. Hand-off then allows for enhanced incision of damaged DNA by the UvrC component as compared to the equivalent single-moleculE GGR incision reaction. A global model integrating TCR and GGR components in repair was proposed, with the overall timescales for the parallel reactions provided

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Aissi-Ben, Moussa Sana. « Caractérisation moléculaire des mutations germinales et somatiques associées au syndrome de Lynch en Tunisie ». Lille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL2S001.

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Résumé :

Bien que le cancer colorectal (CCR) soit relativement peu fréquent en Tunisie, la proportion de cancers colorectaux développés à un âge précoce est particulièrement élevée, suggérant une susceptibilité génétique. Néanmoins, jusqu'à présent, aucune étude génétique n'a été réalisée dans la population tunisienne. Le syndrome de Lynch ou syndrome HNPCC (cancer colo-rectal héréditaire sans polypose) constitue la cause la plus fréquente de CCR héréditaire. Il est dû à des mutations germinales affectant les gènes MMR de réparation des mésappariements de l'ADN. Notre travail de Thèse a eu pour objectif principal d'étudier les caractéristiques cliniques et génétiques du syndrome de Lynch en Tunisie. L'étude a porté sur 31 familles tunisiennes suspectées de syndrome de Lynch, dont 13 (42%) répondants aux critères d'Amsterdam. Dix mutations différentes, dont 8 nouvelles, ont été identifiées dans 11 familles (35,5%) : 5 dans MSH2 et 5 dans MLH1, dont un réarrangement de grande taille. Ainsi, dans la population tunisienne, au moins 35,5% des cancers développés dans le cadre d'une suspicion de syndrome de Lynch sont liés à des mutations germinales des gènes MMR. Ceci constitue une donnée particulièrement importante à prendre en considération pour la prise en charge des patients et de leur famille. L'identification des patients présentant avec un risque élevé de développer un CCR reste problématique. Celle-ci repose essentiellement sur l'histoire familiale des patients. Néanmoins, la recherche d'instabilité microsatellitaire et l'étude de l'expression des protéines MMR sont d'un intérêt majeur pour le dépistage du syndrome de Lynch. Une partie de notre travail a eu pour objectif de tenter d'identifier de nouveaux marqueurs d'aide au diagnostic de susceptibilité au cancer colorectal. Nous avons étudié le phénotype et les caractéristiques génétiques des tumeurs de 51 patients sélectionnés selon les critères de Bethesda. Comme attendu, la présence d'instabilité microsatellitaire et la perte d'expression des protéines MMR était significativement associées à l'existence chez les patients d'antécédents familiaux de cancers colorectaux (P < 0,001). De plus, la mucine sécrétée MUC5AC qui n'est pas exprimée dans le côlon adulte normal était plus fréquemment exprimée dans les tumeurs des patients présentant une histoire familiale de cancer colorectal (P = 0,039). Bien que préliminaire, ce résultat suggère que l'étude de l'expression de MUC5AC pourrait avoir un intérêt pour l'aide au dépistage des patients à haut risque de développer un cancer colorectal

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Humbert, Odile. « Recombinaison entre séquences partiellement divergentes et réparation des mésappariements chez Streptococcus pneumoniae ». Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30215.

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Résumé :

Le systeme hex assure la reparation generalisee des mesappariements chez streptococcus pneumoniae. Il intervient pour corriger les erreurs de replication et agit en recombinaison homologue entre sequences non-identiques pour eliminer des recombinants potentiels. Des systemes apparentes existent dans tout le monde vivant. Par leur role antirecombinogene, ils pourraient etre impliques dans le controle de la fidelite des echanges genetiques, constituant une barriere a la recombinaison tant intrachromosomique que interespece. Cette hypothese est appuyee par des donnees obtenues pour le systeme mut d'escherichia coli. Mais notre etude sur l'action du systeme hex en recombinaison entre sequences partiellement divergentes (homeologues) remet en cause l'universalite de cette proposition. Les resultats obtenus montrent que le systeme hex se revele incapable d'inhiber la recombinaison entre sequences divergentes de 5%. Cette absence d'action correspond a un blocage complet (saturation) de hex du a l'exces de mesappariements presents sur l'heteroduplex forme entre sequences homeologues. La presence d'un fragment divergent unique suffit a saturer hex. Cette inhibition est egalement retrouvee en recombinaison heterospecifique. La saturation de hex est corrigee par surproduction, dans la cellule, de l'une ou l'autre des proteines du systeme, hexa ou hexb, alors que leur role dans la reparation n'est pas equivalent. Ce resultat paradoxal est explique dans un modele. L'analyse de recombinants obtenus avec de l'adn divergent dans des receptrices hex#+ et hex#- montre que la saturation n'est pas un phenomene du tout ou rien, par lequel la reparation serait soit complete, soit non initiee. En effet, de plus petites sequences sont integrees dans une souche hex#+, ce qui apparait comme le resultat d'une correction par cycles successifs, initiee aux extremites du fragment donneur vers les mesappariements les plus proches. Cette analyse a precise le modele de correction des mesappariements par le systeme hex. Un autre aspect de mon travail m'a amenee a developper, a la fois, une methode de classification des streptocoques exploitant le phenomene de saturation de hex, et un test d'identification du pneumocoque par une sonde nucleique correspondant a une sequence particuliere de cet organisme, l'element box

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Touat, Mahdi. « Mécanismes et implications thérapeutiques de l'hypermutation dans les gliomes Mechanisms and Therapeutic Implications of Hypermutation in Gliomas Mismatch Repair Deficiency in High-Grade Meningioma : A Rare but Recurrent Event Associated With Dramatic Immune Activation and Clinical Response to PD-1 Blockade Buparlisib in Patients With Recurrent Glioblastoma Harboring Phosphatidylinositol 3-Kinase Pathway Activation : An Open-Label, Multicenter, Multi-Arm, Phase II Trial Hyman DM. BRAF Inhibition in BRAFV600-Mutant Gliomas : Results From the VE-BASKET Study Glioblastoma Targeted Therapy : Updated Approaches From Recent Biology Successful Targeting of an ATG7-RAF1 Gene Fusion in Anaplastic Pleomorphic Xanthoastrocytoma With Leptomeningeal Dissemination Ivosidenib in IDH1-Mutated Advanced Glioma ». Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL071.

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Résumé :

Une élévation majeure de la charge mutationnelle (hypermutation) est observée dans certains gliomes. Néanmoins, les mécanismes de ce phénomène et ses implications thérapeutiques notamment concernant la réponse à la chimiothérapie ou à l'immunothérapie sont encore mal connus. Sur le plan du mécanisme, une association entre hypermutation et mutations des gènes de la voie de réparation des mésappariements de l'ADN (MMR) a été rapportée dans les gliomes, cependant la plupart des mutations MMR observées dans ce contexte n'étaient pas fonctionnellement caractérisées, et leur rôle dans le développement d’hypermutation restait de ce fait incertain. De plus, l'impact de l'hypermutation sur l'immunogénicité des cellules gliales et sur leur sensibilité au blocage des points de contrôles immunitaires (par exemple par traitement anti-PD-1) n’est pas connu. Dans cette étude, nous analysons de manière exhaustive les déterminants cliniques et moléculaires de la charge et des signatures mutationnelle dans 10 294 gliomes, dont 558 (5,4%) tumeurs hypermutées. Nous identifions deux principales voies responsables d'hypermutation dans les gliomes : une voie "de novo" associée à des déficits constitutionnels du système MMR et de la polymérase epsilon (POLE), ainsi qu'une voie "post-traitement", plus fréquente, associée à l'acquisition de déficits MMR et de résistance secondaire dans les gliomes récidivant après chimiothérapie par temozolomide. Expérimentalement, la signature mutationnelle des gliomes hypermutés post-traitement (signature COSMIC 11) était reproduite par les dommages induits par le témozolomide dans les cellules MMR déficientes. Alors que le déficit MMR s'associe à l'acquisition de résistance au témozolomide, des données cliniques et expérimentales suggèrent que les cellules MMR déficientes conservent une sensibilité à la nitrosourée lomustine. De façon inattendue, les gliomes MMR déficients présentaient des caractéristiques uniques, notamment l'absence d'infiltrats lymphocytaires T marqués, une hétérogénéité intratumorale importante, une survie diminuée ainsi qu’un faible taux de réponse aux traitements anti-PD-1. De plus, alors que l'instabilité des microsatellites n'etait pas détectée par des analyses en bulk dans les gliomes MMR déficients, le séquençage du génome entier à l'échelle de la cellule unique de gliome hypermuté post-traitement permettait de démontrer la presence de mutations des microsatellites. Collectivement, ces résultats supportent un modèle dans lequel des spécificités dans le profil mutationnel des gliomes hypermutés pourraient expliquer l’absence de reconnaissance par le système immunitaire ainsi que l’absence de réponse aux traitements par anti-PD-1 dans les gliomes MMR déficients. Nos données suggèrent un changement de pratique selon lequel la recherche d’hypermutation par séquençage tumoral lors de la récidive après traitement pourrait informer le pronostic et guider la prise en charge thérapeutique des patients
High tumor mutational burden (hypermutation) is observed in some gliomas; however, the mechanisms by which hypermutation develops and whether it predicts chemotherapy or immunotherapy response are poorly understood. Mechanistically, an association between hypermutation and mutations in the DNA mismatch-repair (MMR) genes has been reported in gliomas, but most MMR mutations observed in this context were not functionally characterized, and their role in causing hypermutation remains unclear. Furthermore, whether hypermutation enhances tumor immunogenicity and renders gliomas responsive to immune checkpoint blockade (e.g. PD-1 blockade) is not known. Here, we comprehensively analyze the clinical and molecular determinants of mutational burden and signatures in 10,294 gliomas, including 558 (5.4%) hypermutated tumors. We delineate two main pathways to hypermutation: a de novo pathway associated with constitutional defects in DNA polymerase and MMR genes, and a more common, post-treatment pathway, associated with acquired resistance driven by MMR defects in chemotherapy-sensitive gliomas recurring after temozolomide. Experimentally, the mutational signature of post-treatment hypermutated gliomas (COSMIC signature 11) was recapitulated by temozolomide-induced damage in MMR-deficient cells. While MMR deficiency was associated with acquired temozolomide resistance in glioma models, clinical and experimental evidence suggest that MMR-deficient cells retain sensitivity to the chloroethylating nitrosourea lomustine. MMR-deficient gliomas exhibited unique features including the lack of prominent T-cell infiltrates, extensive intratumoral heterogeneity, poor survival and low response rate to PD-1 blockade. Moreover, while microsatellite instability in MMR-deficient gliomas was not detected by bulk analyses, single-cell whole-genome sequencing of post-treatment hypermutated glioma cells demonstrated microsatellite mutations. Collectively, these results support a model where differences in the mutation landscape and antigen clonality of MMR-deficient gliomas relative to other MMR-deficient cancers may explain the lack of both immune recognition and response to PD-1 blockade in gliomas. Our data suggest a change in practice whereby tumor re-sequencing at relapse to identify progression and hypermutation could inform prognosis and guide therapeutic management

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Mennecier, Samuel. « Mutagenèse spontanée et mutagenèse induite chez la bactérie radiorésistante Deinococcus radiodurans ». Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112120.

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Résumé :

Deinococcus radiodurans appartient à une famille de bactéries connue pour sa capacité exceptionnelle à surmonter l’effet létal des agents qui endommagent l’ADN tels que les radiations ionisantes, le rayonnement ultraviolet ou la dessiccation. Nous avons montré la présence chez D. Radiodurans d’un système de réparation des mésappariements (MMR) fonctionnel, impliqué tant dans la fidélité de la réplication que la fidélité de la recombinaison. L’inactivation du MMR n’est pas associée à une radio-sensibilisation, suggérant que ce système ne joue qu’un rôle mineur dans la reconstitution d’un génome intact après endommagement de l’ADN. Nous avons mis en évidence l’importance de la transposition dans la mutagenèse spontanée chez D. Radiodurans, 75 % des mutations inactivant un gène rapporteur résultant d’insertions d’ISs (Insertion Sequences). Cinq ISs appartenant à des familles différentes et un MITE de type II (Miniature Inverted repeat Transposable Element) sont actifs pour la transposition. Nous avons enfin démontré l’existence d’une mutagenèse induite chez D. Radiodurans, reposant sur une augmentation de la mutagenèse ponctuelle et sur une induction de la transposition. La transposition de l’ISDra2, appartenant à une famille nouvellement caractérisée d’ISs, est induite respectivement d’un facteur 100 ou 50 après exposition des cellules au rayonnement gamma ou ultraviolet. Bien que les stratégies de réparation fidèle soient prédominantes chez D. Radiodurans, une transposition active et une mutagenèse induite par les dommages de l’ADN engendrent une variabilité génétique qui pourrait favoriser à long terme l’adaptation de cet organisme à ses habitats très divers
Deinococcus radiodurans belongs to a family of bacteria characterized by an exceptional capacity to withstand the lethal effects of DNA-damaging agents, including ionizing radiation, UV light and desiccation. We demonstrated the existence of a functional mismatch repair system (MMR) involved in the fidelity of DNA replication and recombination in D. Radiodurans. Cells devoid of a functional MMR are as resistant to gamma-rays as wild type bacteria, suggesting that the MMR plays only a minor role in the reconstitution of a functional genome after DNA damage. We showed the important role of DNA transposition in spontaneous mutagenesis in D. Radiodurans, as 75 % of the mutations inactivating a reporter gene were due to IS (Insertion Sequence) insertions into its coding region. Five ISs from different families were shown to be transpositionally active. A type II Miniature Inverted-repeat Transposable Element (MITE) was also discovered as an insertion into the reporter gene. Finally, we observed the existence of induced mutagenesis in D. Radiodurans, implying increased point mutagenesis and up-regulation of DNA transposition. Transposition of ISDra2, belonging to a newly characterized IS family, was induced 100-fold after gamma-irradiation and 50-fold after UV-irradiation. Although error-free repair strategies predominate in D. Radiodurans, an up-regulation of DNA transposition, as well as induction of point mutations in cells recovering from DNA damage, can be a source of genetic variability that may have long-term evolutionary consequences on the fitness of this organism in its natural habitat

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Gardès, Pauline. « Implication du système de réparation des mésappariements dans la maturation terminale des anticorps chez l'homme ». Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077229.

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Résumé :

La maturation terminale des anticorps (Ac) entraîne la production d'Ac, d'une part d'isotypes diversifiés, par le mécanisme de commutation de classe (CSR), et d'autre part de forte affinité pour l'antigène, par l'introduction d'hypermutations somatiques (SHM). Ces deux voies reposent sur l'introduction de modifications dans le locus génétique codant les Ac. L'étude de patients présentant des défauts de maturation terminale des anticorps a largement contribué à la compréhension de ces mécanismes. L'analyse de souris invalidées a permis d'impliquer le système de réparation des mésappariements (MMR) dans ces voies, mais très peu de données dont disponibles chez l'Homme à ce sujet. Le but de cette thèse a été d'étudier l'implication du MMR dans les mécanismes de CSR et SHM chez l'Homme. Pour ce faire, nous avons analysé 18 patients portant des mutations homozygotes ou bi-alléliques de gènes codant différents facteurs du MMR : PMS2, MLH1 et MSH6. Nous avons mis en évidence un défaut de CSR in vivo et in vitro chez ces patients, indiquant que les facteurs du MMR sont des acteurs de cette voie. L'étude des différentes étapes du CSR a montré que PMS2 est impliqué dans la génération de cassures double-brin dans l'ADN, alors que MSH6 pourrait avoir un rôle supplémentaire en aval de cette étape. De plus, nos résultats indiquent que MSH6, mais non PMS2 et MLH1, intervient dans le mécanisme d'introduction des SHM. L'étude de mutants naturels humains, bien que complexe, nous a permis de mettre en évidence des rôles des facteurs du MMR dans les mécanismes de maturation terminale des Ac
Antibody (Ab) maturation relies on two mechanisms: Class Switch Recombination (CSR) and Somatic Hypermutations (SHM), both occuring through DNA rearrangements in the gene encoding Ab. The CSR results in the production of different isotypes of Ab and the introduction of SHM leads to the production of Ab with increased affinity for the antigen. The analysis of patients suffering from Ab maturation defects has provided new insights into the mechanisms underlying CSR and SHM. The study of knockout mice suggested that the Mismatch Repair (MMR) machinery is involved in these mechanisms, however very little is known about this in humans. The aim of this work was to study the involvement of MMR factors in the human Ab maturation process. We analysed 18 patients carrying homozygous or biallelic mutations of different MMR genes : PMS2, MLH1 or MSH6. We showed that CSR is defective in these patients in vivo and in vitro, leading to the conclusion that MMR factors are actors of the CSR mechanism. The study of the different steps of CSR showed that PMS2 is responsible for the introduction of DNA breaks, whereas MSH6 could play an additional role downstream of this step. Moreover, our data reveal that MSH6, unlike PMS2 and MLH1, is involved in the introduction of SHM. The study of natural human mutants, though complex, provide evidence that MMR factors play a role in the Ab maturation mechanisms

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Parc, Yann. « Etude des cancers colorectaux liés à une altération de la fonction de réparation des mésappariements de l'ADN ». Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA11TO13.

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Colas, Chrystelle. « Conséquences cliniques et biologiques des déficiences constitutionnelles du système de réparation des mésappariements de l'ADN chez l'homme ». Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066470.

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Résumé :

L’inactivation du système MMR (Mismatch Repair) favorise un processus d’instabilité des séquences répétées microsatellites du génome (MSI Microsatellite Instability). Le processus MSI est mutagène mais son rôle dans le processus de transformation cellulaire n’est pas encore précisément établi. Les individus porteurs de mutations constitutionnelles hétérozygotes des gènes MMR sont prédisposés aux cancers du côlon et de l’endomètre MSI (syndrome de Lynch). Les patients porteurs de mutations constitutionnelles bi-alléliques des gènes MMR sont plus rares (syndrome CMMRD, "Constitutionnal MMR Deficiency") et présentent une prédisposition sévère à la survenue de tumeurs MSI de localisations très diverses dès l’enfance. Il n’existe pas aujourd’hui de méthode de détection de ces patients avant la survenue d’une tumeur chez eux ou leurs apparentés. Mon travail s’est focalisé sur ce syndrome avec l’objectif de décrire de manière inédite les modifications du génome survenant dans des tissus MMR déficients de ces patients, avant leur transformation. Mes résultats permettent d’établir que : (i) l’instabilité de microsatellites codants n’est pas observée dans l’ADN de lymphocytes immortalisés de ces patients (LBLs, Lignées Lymphoblastoïdes), suggérant que ce processus est contemporain de la transformation de ces cellules ; (ii) l’instabilité de microsatellites non codants est fréquente, conduisant à l’apparition de mutations en culture dans les LBLs de ces patients. Ce trait phénotypique peut être d’intérêt pour aider au dépistage des patients CMMRD. Enfin, je présente une revue exhaustive de la littérature concernant ces patients et l’analyse des corrélations génotype-phénotype

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Sedletska, Yuliya. « Signalisation moléculaire par le système de réparation des mésappariements de l'ADN et l'agent anticancéreux cisplatine : étude des intéractions protéine MutS-composé de lésion du cisplatine ». Orléans, 2007. http://www.theses.fr/2007ORLE2013.

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Résumé :

Le système de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR) est impliqué dans la cytotoxicité de l’agent anticancéreux cisplatine en activant une voie apoptotique. La déficience de ce système de réparation est reliée in vivo à une chimiorésistance des cellules cancéreuses au cisplatine. Afin de définir le lien entre la cytotoxicité du cisplatine et le fonctionnement du système MMR, nous avons étudié l’interaction de la protéine MutS du système MMR bactérien avec un composé de lésion du cisplatine (formé lorsqu’une base non complémentaire est incorporée en face de l’une des deux guanines platinées appartenant à l’adduit intrabrin d(GpG)). Mon travail a porté essentiellement sur i) une étude des propriétés biochimiques ATP-dépendantes de MutS en présence d’un composé de lésion du cisplatine ii) une étude d’interaction entre plusieurs composés de lésion du cisplatine et la protéine HMGB1 qui est bien connue comme pouvant inhiber l’accessibilité des lésions majoritaires du cisplatine à des protéines de réparation. Notre étude a été réalisée par des techniques de biologie moléculaire, de biochimie et de spectroscopie (résonance plasmonique de surface). Nous montrons qu’un composé de lésion du cisplatine module les propriétés ATP-dépendantes de MutS, un résultat inattendu étant qu’il inhibe le relargage de MutS de l’ADN. Un composé de lésion pourrait donc jouer un rôle dans la signalisation MMR-dépendante en modulant les stades précoces de l’initiation de la réparation ce qui est en accord avec le modèle dit « de signalisation directe MMR-dépendante ».

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Gueneau, Emeric. « Interactions de la région C-terminale de MLH1 nécessaires à la voie de réparation des mésappariements de l'ADN ». Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00628928.

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Résumé :

La protéine Mlh1 eucaryote est un acteur central de la voie de réparation des mésappariements (MMR). Chez la levure, Mlh1 forme un hétérodimère via sa région C-terminale avec les endonucléases Pms1 et Mlh3. La région C-terminale de Mlh1 est également en interactions avec l'exonucléase Exo1 du MMR et deux protéines Ntg2 et Sgs1 qui sont impliquées dans d'autres voies de réparation. Dans un premier temps, nous avons identifié et caractérisé le site d'interaction de Mlh1 avec les protéines Exo1, Ntg2 et Sgs1, qui utilisent un même motif de 5 acides aminés, (R/K)SK(Y/F)F appelé motif MIP pour Mlh1 Interacting Protein. Nous avons montré que ces 3 protéines interagissent en un même site, appelé site S2. Nous avons identifié 10 positions de Mlh1 impliquées dans le site S2 et caractérisé par microcalorimétrie, une affinité micromolaire entre des peptides contenant le motif MIP et la région C-terminale de Mlh1. Nous avons montré que les protéines EXO1 et BLM humaines qui possèdent également un motif MIP, interagissent spécifiquement avec MLH1 humain par ce motif. Dans un second temps, nous avons résolu la structure cristallographique à 2.6Å de la région C-terminale de l'hétérodimère Mlh1*Pms1. Le site d'hétérodimèrisation présente une surface d'interaction supérieure à celle observée dans les homodimères de MutL bactériens. La structure résolue confirme le rôle des 10 acides aminés de Mlh1 identifiés lors de la caractérisation du site S2. La structure du site endonucléase de Pms1 révèle la présence de deux atomes de zinc chelatés par 5 acides aminés de Pms1 et le dernier acide aminé de la protéine Mlh1, la cystéine C769. Cette première structure d'une région C-terminale d'un complexe Mlh1*Pms1 eucaryote permet d'analyser la position des nombreux mutants ponctuels de MLH1 humain associés à des cancers du côlon HNPCC.

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Jacob, Sandrine. « Impact du système de réparation des mésappariements de bases dans la réponse des cancers colorectaux aux inhibiteurs de topoisomérases ». Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066165.

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Fourrier-Bauchet, Laurence. « Mécanisme d'action de la drogue anticancéreuse cis-dichlorodiammineplatine (II) : étude de l'interaction entre les protéines de réparation des mésappariements et l'ADN platiné ». Phd thesis, Université d'Orléans, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00483029.

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Résumé :

Le système de réparation des mésappariements de l'ADN (MMR) est impliqué dans la cytotoxicité du cisplatine, puissante drogue anticancéreuse qui interagit avec l'ADN. Nous avons étudié in vitro certaines étapes clé des mécanismes moléculaires qui relient le fonctionnement du système de réparation MMR avec la cytotoxicité de cette drogue. Notre étude s'est focalisée sur l'interaction entre l'ADN platiné et la protéine MutS du système MMR impliquée dans les étapes d'initiation de la réparation. Trois points ont été abordés dans cette étude : i) la reconnaissance par MutS des lésions du cisplatin et des composés de lésion du cisplatine (formés lorsqu'une base non complémentaire est incorporée en face de l'une des deux purines pontées par le platine) ii) l'étape d'initiation de la réparation régulée par la fixation d'ATP et d'ADP par la protéine MutS iii) l'étude d'un dérivé du cisplatine (DACH-platine) ne présentant pas de résistance croisée avec le cisplatine. Les principaux résultats ont été obtenus par des techniques électrophorétiques et par résonance plasmonique de surface. Notre étude montre que MutS joue le rôle d'un senseur des lésions du cisplatine et que l'ADN platiné peut jouer le rôle d'un cofacteur dans la régulation biochimique de l'activité de MutS en présence de nucléotides régulateurs. Nos résultats suggèrent que les composés de lésion des adduits majoritaires du cisplatine pourraient être les lésions critiques impliquées dans la cytotoxicité du cisplatine via le système MMR.

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Takahashi, Tomio. « Rôle de la topoisomérase 1 et de la réparation des mésappariements (MMR) dans la mutagénèse associée à la transcription chez Saccharomyces cerevisiae ». Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA112140.

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Résumé :

La mutagenèse spontanée est un phénomène complexe, à la fois dangereux pour la qualité de l’information génétique et moteur pour l’évolution. Nos études ont montré qu’une activation importante de la transcription du gène CAN1 s’accompagne d’une augmentation ciblée de la mutagenèse spontanée à ce locus chez la levure S. Cerevisiae. L’analyse moléculaire des mutations CanR montre que la transcription stimule les substitutions de bases et les insertions/délétions. Les substitutions de bases et les insertions/délétions (-1/+1) dépendent de la DNA polymérase zeta et semblent refléter une stimulation du processus de mutagenèse spontanée observé dans un contexte sauvage. D’autre part les mutations (-2/-3) constituent une signature de la mutagenèse associée à la transcription. Nos résultats suggèrent que la transcription favorise le blocage des topoisomérases 1 sur l’ADN, dont la réparation est à l’origine de ces mutations (-2/-3). Cette étude révèle les conflits inévitables entre Top1 et la transcription, et leur impact sur la stabilité du génome. Par ailleurs, l’inactivation de la voie de réparation des mésappariements induit une forte augmentation de la mutagénèse associée à la transcription. Ces mésappariements semblent refléter une diminution dans la fidélité de la synthèse d’ADN au niveau des gènes transcrits. Le recrutement du MMR sur les régions transcrites observées sur l’ensemble du génome de S. Cerevisiae, indique que la fidélité de la réplication n’est pas uniforme sur le génome et dépend, entre autres, du niveau de transcription
Spontaneous mutagenesis is a complex phenomenon, both dangerous for genome integrity and necessary for evolution. Our study showed that in S. Cerevisiae, CAN1 transcription activation is associated with an increased spontaneous mutagenesis specifically on this locus. The molecular analysis of CanR mutations reveals that transcription stimulates base substitutions and insertions/deletions. Base substitutions and insertions/deletions of 1 nucleotide depend on DNA polymerase zeta and reflect most likely a stimulation of the spontaneous mutagenesis observed under wild type transcription. On the other hand, (-2/-3) mutations represent a signature of transcription associated mutagenesis. Our results suggest that transcription enhances topoisomerase 1 trapping on the DNA, which repair leads to (-2/-3) mutations. This study reveals unavoidable conflicts between Top1 and the transcriptional machinery and their potential impact on genome stability. In addition, mismatch repair inactivation induces a strong increase of transcription associated mutagenesis. These mismatches seem to reflect a decrease of DNA synthesis fidelity on the transcribed gene. The recruitment of MMR on transcribed regions is observed on the whole genome of S. Cerevisiae, indicating that replication fidelity is not uniform and depends partly on the level of transcription

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Fourrier, Laurence. « Mécanisme d'action de la drogue anticancéreuse cis-dichlorodiammineplatine (II) : étude de l'interaction entre les protéines de réparation des mésappariements et l'ADN platiné ». Orléans, 2003. http://www.theses.fr/2003ORLE2018.

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Résumé :

Le système de réparation des mésappariements de l'ADN (MMR) est impliqué dans la cytotoxicité du cisplatine, puissante drogue qui interagit avec l'ADN. La déficience de ce système de réparation est relié in vivo à une chimiorésistance des cellules cancéreuses au cisplatine. Nous avons étudié in vitro certaines étapes clé des mécanismes moléculaires qui relient le fonctionnement du système de réparation MMR avec la cytotoxicité du cisplatine. Notre étude s'est focalisée sur l'interaction de l'ADN platiné avec la protéine MutS, appartenant au système MMR, impliquée dans les étapes d'initiation du fonctionnement du système MMR. Trois points ont été abordés sur : i) la reconnaissance par cette protéine des lésions du cisplatine et des composés de lésion du cisplatine (formés lorsqu'une base non complémentaire est incorporée en face de l'une des deux purines pontées par le platine) ii) l'étape d'initiation de la réparation régulée par la fixation d'ATP et d'ADP par la protéine MutS iii) l'étude d'un dérivé du cisplatine (DACH-platine) ne présentant pas de résistance croisée avec le cisplatine dans des cellules déficientes pour le système MMR. Les principaux résultats obtenus par des techniques électrophorétiques et par résonance plasmonique de surface montrent que certains composés de lésion du cisplatine sont fortement reconnus par MutS. Nos résultats suggèrent que les composés de lésion de l'adduit majoritaire intrabrin 1,2-d(GpG) du cisplatine pourraient être des lésions critiques du cisplatine à l'origine de la cytotoxicité de cette drogue médiée par le système MMR et montrent que l'ADN platiné peut jouer le rôle d'un cofacteur dans la régulation biochimique de l'activité de MutS en présence de nucléotides régulateurs.

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Subissi, Lorenzo. « Biochemical insights into SARS-CoV replication ». Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5002.

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Mon travail de thèse s'est focalisé sur la machinerie enzymatique impliquée dans la réplication du génome ARN du Syndrome Respiratoire Aigu Sévère-Coronavirus (SRAS-CoV). J'ai montré in vitro que l'activité ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) portée par nsp12 nécessite le complexe nsp7/nsp8, qui agit comme facteur de processivité. Grâce à ce complexe polymérase hautement actif, j'ai pu en suite étudier le mécanisme de "proofreading" (correction d'épreuve) associé aux coronavirus, pour lequel seulement des preuves indirectes avaient été assemblées. En effet, les coronavirus codent pour une activité exonucléase 3'-5' (nsp14-ExoN) qui lorsqu'elle est absente, entraine 14-fois plus d'erreurs de réplication en contexte cellulaire. In vitro, nous avons pu montrer que nsp14-ExoN est capable d'exciser l'ARN double brin ainsi qu'un nucléotide mésapparié en 3' de l'ARN en cours d'élongation. J'ai pu apporter pour la première fois une preuve directe de l'existence d'un système de réparation des erreurs au cours de la synthèse, mené par le complexe nsp7/nsp8/nsp12/nsp14. En effet, le complexe nsp7/nsp8/nsp12 ralentit jusqu'à 30-fois quand il rajoute une base mésappariée. Par sequençage, nous avons pu montrer la réparation de cette base mésappariée en presence de nsp14. Enfin, grâce à ce système in vitro nous avons une base pour comprendre l'inefficacité de la ribavirine sur des patients atteints du SRAS. En effet, la ribavirine, incorporée par le complexe polymérase, serait également excisée par nsp14, annihilant tout potentiel effet mutagenique. En conclusion, ce système va permettre de guider le développement d'antiviraux de type nucleoside analogues contre les coronavirus
This work focused on the enzymatic machinery involved in Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus (SARS-CoV) RNA replication and transcription. Firstly, I established a robust in vitro polymerase assay with the canonical SARS-CoV RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) nsp12. I showed that nsp12, in order to engage processive RNA synthesis, needs two viral proteins, i.e. nsp7 and nsp8. This nsp7/nsp8 complex not only activates nsp12-RdRp, but also acts as a processivity factor. Thus, using this processive polymerase complex, I could investigate SARS-CoV proofreading for which only indirect evidences were reported. Indeed, coronaviruses encode for a 3'-5' exonuclease (nsp14-ExoN), putatively involved in a mechanism that proofreads coronavirus RNA during viral replication. We first showed in vitro that nsp14-ExoN, which is stimulated by nsp10, is able to excise specifically dsRNA as well as all primer/templates bearing a 3' mismatch on the primer. Moreover, we could confirm by sequencing that a RNA 3' mismatch was indeed corrected in vitro by the nsp7/nsp8/nsp12/nsp14 complex. We provide for the first time direct evidence that nsp14-ExoN, in coordination with the polymerase complex, is able to proofread RNA. Interestingly, using this in vitro system we found an element that could possibly explain the inefficacy of ribavirin therapeutic treatment on SARS-patients: ribavirin, which is incorporated by the SARS-CoV polymerase complex, would also be excised by nsp14. In conclusion, this system will drive future development of antivirals, particularly of the nucleoside analogue type, against coronaviruses

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Sedletska, Yuliya. « Signalisation moléculaire par le système de réparation des mésappariements de l'ADN et l'agent anticancéreux cisplatine : étude des interactions protéine MutS-composé de lésion du cisplatine ». Phd thesis, Université d'Orléans, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00387491.

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Le système de réparation des mésappariements de l'ADN (MMR) est impliqué dans la cytotoxicité de l'agent anticancéreux cisplatine en activant une voie apoptotique. La déficience de ce système de réparation est reliée in vivo à une chimiorésistance des cellules cancéreuses au cisplatine. Afin de définir le lien entre la cytotoxicité du cisplatine et le fonctionnement du système MMR, nous avons étudié l'interaction de la protéine MutS du système MMR bactérien avec un composé de lésion du cisplatine (formé lorsqu'une base non complémentaire est incorporée en face de l'une des deux guanines platinées appartenant à l'adduit intrabrin d(GpG)). Mon travail a porté essentiellement sur i) une étude des propriétés biochimiques ATP-dépendantes de MutS en présence d'un composé de lésion du cisplatineii) une étude d'interaction entre plusieurs composés de lésion du cisplatine et la protéine HMGB1 qui est bien connue comme pouvant inhiber l'accessibilité des lésions majoritaires du cisplatine à des protéines de réparation. Notre étude a été réalisée par des techniques de biologie moléculaire, de biochimie et de spectroscopie (résonance plasmonique de surface). Nous montrons qu'un composé de lésion du cisplatine module les propriétés ATP-dépendantes de MutS, un résultat inattendu étant qu'il inhibe le relargage de MutS de l'ADN. Un composé de lésion pourrait donc jouer un rôle dans la signalisation MMR-dépendante en modulant les stades précoces de l'initiation de la réparation ce qui est en accord avec le modèle dit « de signalisation directe MMRdépendante».

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Rochette, Patrick. « Cartographie des dimères cyclobutyliques de pyrimidines (DCP) induits par les UVA et étude des effets de certains gènes de réparation des mésappariements et du gène P53 muté sur la réparation par excision de nucléotides des DCP ». Thesis, Université Laval, 2005. http://www.theses.ulaval.ca/2005/22519/22519.pdf.

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Résumé :

Les cancers cutanés sont associés à la formation des dimères cyclobutyliques de pyrimidine (DCP) générés par les ultraviolets (UV) du soleil. Nos résultats indiquent que les transversions T→G retrouvées suite aux UVA sont dues aux DCP formés majoritairement sur les TT. Nous avons également démontré que, contrairement au dogme établi, les protéines réparant les mésappariements n’influencent pas la réparation des DCP. p53 a indéniablement une influence sur la réparation des DCP. Cependant, la lignée SW480, contenant un gène p53 double-muté, est fonctionnelle en réparation par excision de nucléotides des DCP. Normalement, un stress est nécessaire à l’activation des effecteurs de p53. Cependant, la protéine p53 double-mutée des SW480 active constitutivement p21, un effecteur de p53. L’activation des protéines réparant les DCP par p53 se fait probablement de la même façon que p21. L’éclaircissement de ces mécanismes a amené une meilleure compréhension de l’induction des cancers.
Inscrit au Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures

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Zaanan, Aziz. « Impact du système de réparation des mésappariements de bases de l'ADN sur la réponse à la chimiothérapie adjuvante des cancers du côlon de stade III ». Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066428.

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Résumé :

La recherche de facteurs moléculaires pronostiques ou prédictifs de la chimiosensibilité est un objectif majeur dans le traitement du cancer colorectal. L’inactivation du système de réparation des mésappariements de bases (ou MMR pour "Methyl-directed Mismatch Repair") constitue une voie de cancérogenèses colique résultant d’une instabilité génomique affectant les séquences répétées nucléotidiques de l’ADN, appelées microsatellites (MSI pour "MicroSatellite Instable" et MSS pour "MicroSatellite Stable "). Le traitement adjuvant du cancer du côlon de stade III établi dans les années 1990 était le 5-fluorouracile (5FU). En 2004, un nouveau standard thérapeutique voit le jour : une étude montre que l’adjonction d’oxaliplatine au 5FU (FOLFOX) permet une amélioration de la survie des patients ayant un cancer du côlon stade III. Plusieurs travaux ont montré que les patients ayant une tumeur colique MSI ne bénéficiaient pas d’une chimiothérapie adjuvante par 5FU, contrairement à ceux ayant une tumeur MSS. En revanche, aucune donnée concernant l’impact du statut MMR sur la survie des patients traités par FOLFOX n'était disponible. L’objectif de ma Thèse était d’évaluer l’impact prédictif et pronostique du statut MMR sur la survie sans récidive des patients traités par 5FU seul ou associé à l’oxaliplatine après la résection d’un cancer du côlon de stade III. Les résultats de mes travaux de Thèse indiquent que le statut MMR des tumeurs coliques de stade III serait un biomarqueur prédictif et pronostique de réponse à la chimiothérapie par FOLFOX. Ainsi, l’adjonction d’oxaliplatine au 5FU pourrait restaurer le bénéfice de la chimiothérapie adjuvante pour les tumeurs MSI stade III

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Chevalier, Catherine. « Contribution à l'étude de Helicobacter pylori : la gamma-glutamyltranspeptidase(GGT) : les systèmes de réparation de l'ADN ». Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077049.

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Tornier, Carine. « Implication de Msh6, mais pas de Swi4 (Msh3), dans la réparation Msh2-dépendante des mésappariements et des boucles insertionnelles et délétionnelles de l'ADN chez Schizosaccharomyces pombe ». Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR28757.

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Résumé :

Le système de réparation des mésappariements de l'ADN est le système post-réplicatif qui permet de réparer les mésappariements base-base ainsi que les boucles insertionnelles ou délétionnelles qui se produisent le plus souvent au niveau de séquences microsatellites. Chez S. Cerevisiae, la reconnaissance des boucles se fait par les hétérodimères MutSβ (Msh2-Msh3) et partiellement par MutSα (Msh2-Msh6), alors que seul MutSα peut se fixer sur les mésappariements base-base. Chez l'homme, on observe globalement la même spécificité mais le rôle de MutSα est plus important. La compréhension de ce système représente un véritable enjeu car des mutations dans les gènes MSH et MLH sont responsables des cancers du côlon de types HNPCC. Chez S. Pombe, nous avons découvert que l'inactivation de msh6 produit un phénotype mutateur aussi fort que celui des mutants msh2 aussi bien pour la réparation des mésappariements base-base que pour la réparation de boucles d'un seul nucléotide et que dans le cas de petites boucles insertionnelles ou délétionnelles. L'inactivation de swi4 (msh3) conduit à un phénotype mutateur faible (peu différent de celui que l'on observe chez le sauvage) et ce, même dans le cas des réparations des boucles insertionnelles et délétionnelles. En revanche, nous avons mis en évidence que swi4 est impliqué dans la recombinaison ; ceci n'étant pas le cas pour msh6 ni même pour msh2 (MSH3 et MSH2 ayant une incidence sur la recombinaison chez S. Cerevisiae). En conclusion, notre travail montre que la réparation des mésappariements chez S. Pombe fonctionne presque uniquement avec MutS alors que MutS est spécialisé dans d'autres fonctions. Il est intéressant de remarquer que le système de réparation humain semble être un intermédiaire entre celui de S. Pombe et de S. Cerevisiae
The DNA mismatch repair system is a postreplicative system which repairs base-base mismatches as well as insertion/deletion loops which occur mainly on microsatellite sequences. In S. Cerevisiae, loops recognition is operated essentially by the MutSβ (Msh2-Msh3) though also partially by MutSα Msh2-Msh6) heterodimers, while MutSα only is able to recognize base-base mismatches. In the human, the same specificity is globally observed but the role of MutSα is predominant. The challenge to understand this repair system is highlighed by the fact that mutations in MSH and MLH genes are responsible for predisposition to HNPCC colon cancers. In S. Pombe, we observed that the inactivation of msh6 produces a mutator phenotype as strong as that of msh2. Moreover, this was true for the repair of base-base mismatches mononucleotide loops and small insertion/deletion loops. Msh3 (Swi4) inactivation leads to a weak mutator phenotype (hardly higher than that of the wild-type), even in the case of repair of insertion/deletion loops. In contrast, we have shown that Swi4 is implicated in recombination ; this is not true for Msh6 nor Msh2 (Msh3 and Msh2 having however incidence upon recombination by S. Cerevisiae). Altogether, our work shows that mismatch repair in S. Pombe functions almost only with MutSα while MutSβ specialized in other functions. Interestingly, the human repair system seems to be an intermediate between those of S. Pombe and S. Cerevisiae

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Chalastanis, Alexandra. « Etude des facteurs associés à l'instabilité des microsatellites dans l'initiation et la progression des tumeurs déficientes dans le système de réparation des mésappariements de bases de l'ADN ». Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066580.

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Résumé :

L’inactivation du système de réparation des mésappariements de bases (MMR pour "MisMatch Repair") ne constitue pas per se un évènement transformant mais il induit un processus oncogénique d’instabilité génomique affectant les séquences répétées ou microsatellites de l’ADN (tumeurs MSI pour "MicroSatellite Instable"). Au cours de ma thèse, j’ai étudié le rôle de l’azathioprine, un immunosuppresseur fréquemment prescrit chez l’homme, dans l’oncogenèse MSI. J’ai démontré in vivo que cette molécule induisait un processus tumorigénique MSI chez la souris, notamment lorsqu’elle était administrée à des animaux porteurs à l’état hétérozygote d’une mutation constitutionnelle d’un gène MMR (équivalent murin du syndrome de prédisposition familiale aux cancers MSI). Ce travail se situe dans la continuité d’autres études menées au laboratoire auxquelles j’ai contribuées et qui ont permis de rapporter la survenue de lymphomes et cancers digestifs MSI chez des patients fréquemment traités par cet immunosuppresseur. Au total, mes résultats indiquent que l’azathioprine est un facteur iatrogénique favorisant l’émergence de tumeurs MSI. Dans une deuxième partie de mon travail, je me suis intéressée au rôle de l’instabilité chromosomique (CIN) dans l’oncogenèse MSI. J’ai analysé une grande série rétrospective de cancers du côlon et démontré que, contrairement à ce qui est décrit dans la littérature, ces deux types d’instabilité génétique ne sont pas mutuellement exclusifs. Un modèle suggérant un rôle particulier de CIN, complémentaire de MSI au cours de la progression tumorale a été proposé.

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Accaoui, Marie José. « Etude du devenir d'un marqueur génétique à travers la recombinaison homologue et le système de réparation des mésappariements dirigé par la méthylation : application à la thérapie génique ». Paris 5, 1996. http://www.theses.fr/1996PA05P183.

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Bouvet, Delphine. « Syndrome de Lynch : mise au point d'un test diagnostique basé sur la caractérisation fonctionnelle de tolérance à la méthylation des variants des gènes du système de réparation des mésappariements ». Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS527.

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Résumé :

Le syndrome de Lynch (LS) est la 1ère cause de cancer colorectal familial. Il est dû à des mutations germinales mono-alléliques affectant les gènes du système de réparation des mésappariements (MMR, MisMatch Repair), principalement MLH1 et MSH2. Le diagnostic repose sur la détection de mutations MMR pathogènes, ce qui pose le problème de l’interprétation fonctionnelle des variants identifiés, souvent équivoque puisque 30% des altérations MLH1 et MSH2 détectées sont des variants de signification incertaine (VSI). Notre objectif était de développer un test fonctionnel permettant de discriminer ces VSI. L’inactivation du système MMR rend les cellules tolérantes aux lésions de méthylation sur l’ADN et leur permet d’échapper à l’apoptose. Notre stratégie expérimentale repose sur la capacité de variants MLH1 et MSH2 à complémenter la déficience MMR d’une lignée cellulaire en culture. En bref, une restauration de la sensibilité à la méthylation est attendue si le variant transfecté est non pathogène. Nous avons d’abord testé 40 variants MLH1 et MSH2 dont le caractère pathogène ou neutre est connu. La méthode a permis de classer correctement 39/40 variants ce qui a permis de valider notre approche. La technique, qui a ensuite été appliquée à une série de 49 VSI MLH1 et MSH2 à caractériser, a permis de proposer une classification pour 41/49 (83%) des VSI. Les autres données disponibles (cliniques, somatiques, in silico et éventuellement fonctionnelles) confirment nos résultats. À terme, ce test de signalisation des dommages à l’ADN pourrait être disponible en diagnostic de routine pour étudier tous les VSI détectés chez les patients et aider au diagnostic du LS
Lynch syndrome (LS) is the leading cause of familial colorectal cancer. It is due to mono-allelic germ-line mutations affecting the genes of the MisMatch Repair (MMR) system, mainly MLH1 and MSH2. The diagnosis is based on the detection of pathogenic MMR mutations, which raises the issue of the functional interpretation of the identified variants, often equivocal since 30% of the detected MLH1 and MSH2 alterations are variants of uncertain significance (VUS). Our goal was to develop a functional test to discriminate these VUS. Inactivation of the MMR system makes the cells tolerant to DNA methylation lesions and allows them to escape apoptosis. Our experimental strategy relies on the ability of MLH1 and MSH2 variants to complement the MMR deficiency of a cell line. Briefly, a restoration of sensitivity to methylation is expected if the transfected variant is non-pathogenic. We first tested 40 MLH1 and MSH2 variants whose pathogenicity or neutrality was known. The method correctly classified 39/40 variants, which validated our approach. The technique, which was then applied to a series of 49 MLH1 and MSH2 VUS to be characterized, made it possible to propose a classification for 41/49 (83%) of the VUS. The other available data (clinical, somatic, in silico and eventually functional) confirm our screen results. In the future, this DNA damage signaling assay could be available in routine diagnostics to study all the detected VUS in patients and improve the diagnosis of LS

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Beloribi-Djefaflia, Sadia. « Les effets des lipides exosomaux sur les cellules tumorales pancréatiques humaines : entre apoptose et survie ». Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5005.

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Résumé :

Grâce à la production de nanoparticules lipidiques, les SELN (Synthetic Exosomes-Like Nanoparticles), mimant la composition des exosomes produits par les cellules tumorales pancréatiques humaines SOJ-6, nous avons démontré que les effets apoptotiques des exosomes naturels étaient dus aux lipides. En effet, nous avons montré que les SELN dont le rapport rafts/phospholipides est le plus élevé, interagissent avec les cellules SOJ-6 au niveau des rafts et perturbent la voie Notch. Cela conduit à la diminution de l'expression du facteur de survie Hes-1, qui est accentuée par la perte d'activité du complexe PTEN-GSK-3β. Ces dérégulations induisent l'apoptose dépendante de la mitochondrie des cellules SOJ-6, caractérisée par l'augmentation du ratio Bax/Bcl-2, l'activation de la caspase 9 et la dégradation de l'ADN. En revanche, les cellules MiaPaCa-2 résistent aux SELN, ce qui s'explique par leur caractère indifférencié. Ainsi la surexpression de marqueurs de cellules souches tels que l'ALDH et CXCR4 leur confèrent une grande résistance. Elles sont toutefois sensibles à la cyclopamine un inhibiteur de la voie Hedgehog, dont les effets sont atténués si les cellules MiaPaCa-2 sont préincubées avec les SELN, prouvant que ces cellules mettent en place des voies de survie leur permettant d'échapper à l'apoptose. Nos investigations ont montré que dans les cellules MiaPaCa-2, sous l'effet des SELN, l'activation de la voie canonique NF-кB permet d'induire la transcription du gène codant SDF-1α, seul ligand connu du récepteur CXCR4. Le facteur produit et sécrété active de manière auto et paracrine une voie de survie Akt-dépendante
It has been previously reported that exosomes released by the human pancreatic tumoral cell line SOJ-6 could induce their own apoptosis. Thanks to the production of lipid nanoparticles, SELN (Synthetic Exosomes-Like Nanoparticles) mimicking the lipid composition of natural exosomes, we have shown that lipids were responsible for the observed effects. Indeed, we showed that SELN with the higher ratio rafts/phospholipids could interact with SOJ-6 cells at the level of the rafts to perturb the Notch pathway, preferentially localized in these lipid microdomains. This induces a decreased expression of the main target of this pathway, the survival factor Hes-1. This decrease is intensified by the activation of the complex PTEN-GSK-3β. These deregulations drive cells towards the mitochondria-dependent apoptosis as shown by the increase of the ratio Bax/Bcl-2, the caspase 9 activity and the DNA fragmentation. Whereas MiaPaCa-2 cells are resistant to SELN, which is explained by their stem-like cell phenotype, contrarily to the well-differentiated SOJ-6 cell line. Although the over-expression of some stem cell markers, such as ALDH and CXCR4 is responsible for their resistance, they remain sensitive to the cyclopamine, a Hedgehog inhibitor. We found out that MiaPaCa-2 cells pre-incubation with SELN could protect them from the inhibitory effect of the cyclopamine, meaning that upon SELN incubation, a survival pathway is triggered in MiaPaCa-2 cells. So we showed that, upon SELN incubation, the canonical NF-кB pathway is activated in MiaPaCa-2 cells to promote SDF-1α expression. Once released, SDF-1α interacts with its receptor CXCR4 to activate an Akt-dependent survival pathway

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Handra-Luca, Adriana Alina. « Rôle de la signalisation par la voie du TGF-beta et des protéines de réparation des mésappariements de l'ADN dans la prolifération cellulaire et dans la progression tumorale au cours de la cancérogenèse colorectale et de certains modèles de cancérogenèse pancréatique ». Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066543.

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Cohen, Romain. « Caractérisation phénotypique et clinique des cancers colorectaux métastatiques avec instabilité des microsatellites Clinical and molecular characterization of hereditary and sporadic metastatic colorectal cancer harbouring microsatellite instability/DNA mismatch repair deficiency Association of primary resistance to immune checkpoint inhibitors in metastatic colorectal cancer with misdiagnosis of microsatellite instability or mismatch repair deficiency status ». Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS313.

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Résumé :

L’instabilité des microsatellites (MSI) est un phénotype tumoral dû à une déficience héréditaire ou acquise du système de réparation des mésappariements de l’ADN (MMR : mismatch repair). Le phénotype MSI est retrouvé dans 5% des cancers colorectaux métastatiques (CCRm) et est un facteur prédictif positif majeur de l’efficacité des inhibiteurs de checkpoints immunitaires (ICKi). L’objectif de mon travail a été de caractériser sur le plan clinique et moléculaire les CCRm MSI, d’en évaluer les modalités diagnostiques et d’évaluer la réponse aux ICKi. Dans un 1er travail, je montre que l’histoire naturelle clinique des CCRm MSI diffère selon le mécanisme sporadique ou héréditaire de la déficience MMR (Cohen et al., Eur J Cancer 2017). Dans un 2e travail, je montre que près de 10% des CCRm détectés comme MSI/MMR-déficients en vie réelle correspondent à des faux positifs des analyses immunohistochimiques et/ou de PCR, et que ces faux positifs sont responsables de la majorité des cas de résistance primaire aux ICKi observés dans les essais cliniques (Cohen*, Hain* et al., JAMA Oncol. 2018). Après une revue de la littérature concernant le phénotype MSI, son impact dans le cadre du CCR et des ICKi, je présente les résultats des travaux développés durant ce doctorat, avant de proposer différentes perspectives à l’ère de l’immunothérapie des cancers MSI
Microsatellite instability (MSI) is a tumor phenotype linked to somatic or germline inactivating alterations of DNA mismatch repair (MMR) genes. MSI is observed in approximately 5% of metastatic colorectal cancers (mCRC) and has recently emerged as a major positive predictive biomarker for the efficacy of immune checkpoint inhibitors (ICKi) amongst mCRC patients. The objectives of my work was to clinically and molecularly characterize MSI mCRC, to evaluate the accuracy of MSI screening methods and the response to immunotherapy in the context of ICKi clinical trials. Fist, I show that sporadic and inherited MSI mCRC display distinct natural history (Cohen et al., Eur J Cancer 2017). In a second work, I show that MSI testing in routine practice is associated with almost 10% of false positives due to misinterpration of IHC and PCR assays. Moreover, these false-positives are the main cause of mCRC primary resistance to ICKi observed in clinical trials (Cohen*, Hain* et al., JAMA Oncol. 2018). After summarizing the literature concerning MSI, its consequences on CRC and immunotherapy, I present the results of the nosologic and diagnostic works developed during this doctoral thesis. Then I will go on perspectives in the context of MSI cancer

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Grandval, Philippe. « Caractérisation des variations génétiques constitutionnelles de signification inconnue dans le syndrome de Lynch ». Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5004/document.

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Résumé :

Le syndrome de Lynch est une affection héréditaire autosomique dominante due à des mutations constitutionnelles des gènes du système de réparation de l'ADN (MLH1, MSH2 et MSH6). Depuis 20 ans le réseau français des laboratoires impliqués dans le syndrome de Lynch a identifié un total de 6687 variants. Sept cent sept d'entre eux, essentiellement des variants faux sens, restent encore des variants de signification inconnue (VSI), sans utilité pour le conseil génétique. Le but de notre étude était de développer un algorithme permettant de classer les variants de signification inconnue. Les critères utilisés étaient les données des analyses in silico, phénotypiques (ségrégation, critères d'Amsterdam), l'état de la fonction MMR (MisMatch Repair) dans les cellules tumorales, les tests fonctionnels et d'épissage, ainsi que les données publiées. Cet algorithme a été appliqué à l'ensemble des VSI de la base de données française et nous a permis de caractériser 370 variants . Les données ont été intégrées dans la base de données française UMD des gènes MMR afin d'être disponibles pour la communauté scientifique. Grace aux données collectées par le réseau, nous avons également pu caractériser le phénotype du syndrome de Lynch. Nous avons ainsi confirmé que le cancer du sein ne fait pas partie du spectre du syndrome de Lynch et que les formes de ce syndrome associées à une mutation du gène EPCAM n'entrainent qu'un risque très faible de cancers de l'endomètre, permettant ainsi d'adapter les recommandations de suivi dans cette situation.de l'endomètre, permettant ainsi d'adapter les recommandations de suivi dans cette situation
Lynch syndrome is a frequent cancer predisposition with an autosomal dominant mode of inheritance and caused by heterozygous germ line mutations in one of the major DNA mismatch repair (MMR) genes (MLH1, MSH2 and MSH6). For 20 years, the French laboratories network involved in Lynch syndrome identified a total of 6687 variations. Among them, 707, mainly missense variations, remained variants of uncertain significance (VUS), thus could not be used for reliable genetic counseling. The aim of our study was to develop an algorithm able to classify VUS, according to the international consensus (IARC). This algorithm was constructed based on criteria usually required for genetic characterization such as in silico analysis, phenotypical data (segregation, Amsterdam criteria's), MMR status in tumor cells, functional assays, splicing analyses and published data. Data were registered in the French database. As a result of this work, we were able to classify 370 variants of the 707 (52,3%). As part of this work, we also analyzed phenotypical data of patients with Lynch syndrome and showed that breast cancer can definitively be excluded from the spectrum of Lynch-related cancers, and that EPCAM mutations, which may lead to Lynch syndrome, are associated with a very low incidence of endometrial cancer and have probably to be considered as an allelic disease with specific clinical recommendations

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Frouin, Isabelle. « Analyse fonctionnelle des protéines de la réplication de l'ADN et de leur association dynamique avec les complexes Cdk / cycline au cours du cycle cellulaire des cellules humaines : modulation de la réponse apoptotique aux anti-folates dans des cellules humaines, déficientes dans la réparation des mésappariements de nucléotides ("DNA mismatch repair") ». Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077195.

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Thèses sur le sujet « Réparation des mésappariement »

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