Littérature scientifique sur le sujet « Proteins Molecular Dynamics Computational Biophysics »
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Articles de revues sur le sujet "Proteins Molecular Dynamics Computational Biophysics"
Liang, Zhongjie, Gennady M. Verkhivker et Guang Hu. « Integration of network models and evolutionary analysis into high-throughput modeling of protein dynamics and allosteric regulation : theory, tools and applications ». Briefings in Bioinformatics 21, no 3 (21 mars 2019) : 815–35. http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbz029.
Texte intégralYeggoni, Daniel Pushparaju, Aparna Rachamallu et Rajagopal Subramanyam. « A comparative binding mechanism between human serum albumin and α-1-acid glycoprotein with corilagin : biophysical and computational approach ». RSC Advances 6, no 46 (2016) : 40225–37. http://dx.doi.org/10.1039/c6ra06837e.
Texte intégralBardhan, Jaydeep P. « Gradient models in molecular biophysics : progress, challenges, opportunities ». Journal of the Mechanical Behavior of Materials 22, no 5-6 (1 décembre 2013) : 169–84. http://dx.doi.org/10.1515/jmbm-2013-0024.
Texte intégralRen, Pengyu, Jaehun Chun, Dennis G. Thomas, Michael J. Schnieders, Marcelo Marucho, Jiajing Zhang et Nathan A. Baker. « Biomolecular electrostatics and solvation : a computational perspective ». Quarterly Reviews of Biophysics 45, no 4 (novembre 2012) : 427–91. http://dx.doi.org/10.1017/s003358351200011x.
Texte intégralMolinski, Steven V., Zoltán Bozóky, Surtaj H. Iram et Saumel Ahmadi. « Biophysical Approaches Facilitate Computational Drug Discovery for ATP-Binding Cassette Proteins ». International Journal of Medicinal Chemistry 2017 (19 mars 2017) : 1–9. http://dx.doi.org/10.1155/2017/1529402.
Texte intégralMoffett, Alexander S., et Diwakar Shukla. « Using molecular simulation to explore the nanoscale dynamics of the plant kinome ». Biochemical Journal 475, no 5 (9 mars 2018) : 905–21. http://dx.doi.org/10.1042/bcj20170299.
Texte intégralRamos, Javier, Juan Francisco Vega, Victor Cruz, Eduardo Sanchez-Sanchez, Javier Cortes et Javier Martinez-Salazar. « Hydrodynamic and Electrophoretic Properties of Trastuzumab/HER2 Extracellular Domain Complexes as Revealed by Experimental Techniques and Computational Simulations ». International Journal of Molecular Sciences 20, no 5 (1 mars 2019) : 1076. http://dx.doi.org/10.3390/ijms20051076.
Texte intégralOldham, William M., et Heidi E. Hamm. « Structural basis of function in heterotrimeric G proteins ». Quarterly Reviews of Biophysics 39, no 2 (mai 2006) : 117–66. http://dx.doi.org/10.1017/s0033583506004306.
Texte intégralGauthier, Louis, Rémicia Di Franco et Adrian W. R. Serohijos. « SodaPop : a forward simulation suite for the evolutionary dynamics of asexual populations on protein fitness landscapes ». Bioinformatics 35, no 20 (14 mars 2019) : 4053–62. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz175.
Texte intégralTang, Wai Shing, Gabriel Monteiro da Silva, Henry Kirveslahti, Erin Skeens, Bibo Feng, Timothy Sudijono, Kevin K. Yang, Sayan Mukherjee, Brenda Rubenstein et Lorin Crawford. « A topological data analytic approach for discovering biophysical signatures in protein dynamics ». PLOS Computational Biology 18, no 5 (2 mai 2022) : e1010045. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1010045.
Texte intégralThèses sur le sujet "Proteins Molecular Dynamics Computational Biophysics"
Rigoli, Marta. « The structure-dynamics-function relation in proteins : bridging all-atom molecular dynamics, experiments, and simplified models ». Doctoral thesis, Università degli studi di Trento, 2022. https://hdl.handle.net/11572/330870.
Texte intégralParton, Daniel L. « Pushing the boundaries : molecular dynamics simulations of complex biological membranes ». Thesis, University of Oxford, 2011. http://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:7ab91b51-a5ae-46b4-b6dc-3f0dd3f0b477.
Texte intégralHirst-Dunton, Thomas Alexander. « Using molecular simulations to parameterize discrete models of protein movement in the membrane ». Thesis, University of Oxford, 2015. https://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:893568e9-696f-47e7-8495-59ecfb810459.
Texte intégralDutta, Priyanka. « Computational Modeling of Allosteric Stimulation of Nipah Virus Host Binding Protein ». Scholar Commons, 2016. http://scholarcommons.usf.edu/etd/6227.
Texte intégralParra, Katherine Cristina. « Combination of the Computational Methods : Molecular dynamics, Homology Modeling and Docking to Design Novel Inhibitors and study Structural Changes in Target Proteins for Current Diseases ». Scholar Commons, 2014. https://scholarcommons.usf.edu/etd/5093.
Texte intégralGuinto, Ferdiemar Cardenas Jr. « Investigating Secondary Structure Features of YAP1 Protein Fragments Using Molecular Dynamics (MD) and Steered Molecular Dynamics (SMD) Simulations ». Scholarly Commons, 2017. https://scholarlycommons.pacific.edu/uop_etds/2973.
Texte intégralLumb, Craig Nicholas. « Computational studies of signalling at the cell membrane ». Thesis, University of Oxford, 2012. http://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:d5b2db00-1050-4191-8eff-3521a4885a0c.
Texte intégralPavlovicz, Ryan Elliott. « Investigation of Protein/Ligand Interactions Relating Structural Dynamics to Function : Combined Computational and Experimental Approaches ». The Ohio State University, 2014. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1397220613.
Texte intégralCardoch, Sebastian. « Computational study of single protein sensing using nanopores ». Thesis, Uppsala universitet, Materialteori, 2020. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-423441.
Texte intégralZhou, Guangfeng. « STATISTICAL MODELS AND THEIR APPLICATIONS IN STUDYING BIOMOLECULAR CONFORMATIONAL DYNAMICS ». Diss., Temple University Libraries, 2017. http://cdm16002.contentdm.oclc.org/cdm/ref/collection/p245801coll10/id/478773.
Texte intégralPh.D.
It remains a major challenge in biophysics to understand the conformational dynamics of biomolecules. As powerful tools, molecular dynamics (MD) simulations have become increasingly important in studying the full atomic details of conformational dynamics of biomolecules. In addition, many statistical models have been developed to give insight into the big datasets from MD simulations. In this work, I first describe three statistical models used to analyze MD simulation data: Lifson-Roig Helix-Coil theory, Bayesian inference models, and Markov state models. Then I present the applications of each model in analyzing MD simulations and revealing insight into the conformational dynamics of biomolecules. These statistical models allow us to bridge microscopic and macroscopic mechanisms of biological processes and connect simulations with experiments.
Temple University--Theses
Livres sur le sujet "Proteins Molecular Dynamics Computational Biophysics"
Sansom, M. S. P., et Philip Charles Biggin. Molecular simulations and biomembranes : From biophysics to function. Cambridge : Royal Society of Chemistry, 2010.
Trouver le texte intégralM, Becker Oren, dir. Computational biochemistry and biophysics. New York : M. Dekker, 2001.
Trouver le texte intégralDonald, Bruce R. Algorithms in structural molecular biology. Cambridge, Mass : MIT Press, 2011.
Trouver le texte intégralFrishman, Dmitrij. Structural bioinformatics of membrane proteins. Wien : Springer, 2010.
Trouver le texte intégralKostyukov, Viktor. Molecular mechanics of biopolymers. ru : INFRA-M Academic Publishing LLC., 2020. http://dx.doi.org/10.12737/1010677.
Texte intégralFuxreiter, Monika. Computational Approaches to Protein Dynamics. Taylor & Francis Group, 2014.
Trouver le texte intégralFuxreiter, Monika. Computational Approaches to Protein Dynamics : From Quantum to Coarse-Grained Methods. Taylor & Francis Group, 2014.
Trouver le texte intégralFuxreiter, Monika. Computational Approaches to Protein Dynamics : From Quantum to Coarse-Grained Methods. Taylor & Francis Group, 2014.
Trouver le texte intégralComputational Approaches to Protein Dynamics : From Quantum to Coarse-Grained Methods. Taylor & Francis Group, 2018.
Trouver le texte intégralComputational Approaches to Protein Dynamics : From Quantum to Coarse-Grained Methods. Taylor & Francis Group, 2014.
Trouver le texte intégralChapitres de livres sur le sujet "Proteins Molecular Dynamics Computational Biophysics"
Eichinger, Markus, Berthold Heymann, Helmut Heller, Helmut Grubmüller et Paul Tavan. « Conformational Dynamics Simulations of Proteins ». Dans Computational Molecular Dynamics : Challenges, Methods, Ideas, 78–97. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 1999. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-58360-5_4.
Texte intégralHelms, Volkhard, et J. Andrew McCammon. « Conformational Transitions of Proteins from Atomistic Simulations ». Dans Computational Molecular Dynamics : Challenges, Methods, Ideas, 66–77. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 1999. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-58360-5_3.
Texte intégralRodziewicz-Motowidło, Sylwia, Emilia Sikorska et Justyna Iwaszkiewicz. « Molecular Dynamics Studies on Amyloidogenic Proteins ». Dans Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes, 445–81. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2014. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-28554-7_14.
Texte intégralVogel, Alexander, et Daniel Huster. « Combining NMR Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulation to Investigate the Structure and Dynamics of Membrane-Associated Proteins ». Dans Springer Series in Biophysics, 311–50. Cham : Springer International Publishing, 2017. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-66601-3_14.
Texte intégralAntosiewicz, Jan, Elzbieta Błachut-Okrasińska, Tomasz Grycuk, James M. Briggs, Stanisław T. Włodek, Bogdan Lesyng et J. Andrew McCammon. « Prediction of pKas of Titratable Residues in Proteins Using a Poisson-Boltzmann Model of the Solute-Solvent System ». Dans Computational Molecular Dynamics : Challenges, Methods, Ideas, 176–96. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 1999. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-58360-5_10.
Texte intégralZhang, Jiapu. « A Novel Canonical Dual Global Optimization Computational Approach ». Dans Molecular Structures and Structural Dynamics of Prion Proteins and Prions, 219–62. Dordrecht : Springer Netherlands, 2015. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-017-7318-8_13.
Texte intégralBarth, Marie, et Carla Schmidt. « Quantitative Cross-Linking of Proteins and Protein ». Dans Methods in Molecular Biology, 385–400. New York, NY : Springer US, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1024-4_26.
Texte intégralDelemotte, Lucie. « Chapter 7. Bridging the Gap Between Atomistic Molecular Dynamics Simulations and Wet-lab Experimental Techniques : Applications to Membrane Proteins ». Dans Theoretical and Computational Chemistry Series, 247–86. Cambridge : Royal Society of Chemistry, 2020. http://dx.doi.org/10.1039/9781788015882-00247.
Texte intégralSljoka, Adnan. « Structural and Functional Analysis of Proteins Using Rigidity Theory ». Dans Sublinear Computation Paradigm, 337–67. Singapore : Springer Singapore, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-981-16-4095-7_14.
Texte intégralKoch, Christof. « Diffusion, Buffering, and Binding ». Dans Biophysics of Computation. Oxford University Press, 1998. http://dx.doi.org/10.1093/oso/9780195104912.003.0017.
Texte intégralActes de conférences sur le sujet "Proteins Molecular Dynamics Computational Biophysics"
Stacklies, Wolfram, Frauke Gräter, Dong-Qing Wei et Xi-Jun Wang. « Force Distribution in Proteins from Molecular Dynamics Simulations ». Dans THEORY AND APPLICATIONS OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY—2008. AIP, 2009. http://dx.doi.org/10.1063/1.3108379.
Texte intégralTakasu, Masako, Hiromu Sugiyama, Yosuke Hirata, Hironao Yamada, Takeshi Miyakawa et Ryota Morikawa. « Molecular dynamics simulation of coarse grained models of gel and proteins ». Dans INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2015 (ICCMSE 2015). AIP Publishing LLC, 2015. http://dx.doi.org/10.1063/1.4938848.
Texte intégralKitao, Akio, Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara et Duy Phuoc Tran. « Parallel cascade selection molecular dynamics for efficient conformational sampling and free energy calculation of proteins ». Dans INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2016 (ICCMSE 2016). Author(s), 2016. http://dx.doi.org/10.1063/1.4968639.
Texte intégralIshioka, T., H. Yamada, T. Miyakawa, R. Morikawa, S. Akanuma, A. Yamagishi et M. Takasu. « Mutual positional preference of IPMDH proteins for binding studied by coarse-grained molecular dynamics simulation ». Dans INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2016 (ICCMSE 2016). Author(s), 2016. http://dx.doi.org/10.1063/1.4968649.
Texte intégralHarada, Ryuhei, Yasutaka Nishihara, Nobuhiko Wakai et Akio Kitao. « Conformational transition pathway and free energy analyses of proteins by parallel cascade selection molecular dynamics (PaCS-MD) ». Dans INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2014 (ICCMSE 2014). AIP Publishing LLC, 2014. http://dx.doi.org/10.1063/1.4897682.
Texte intégralJewel, Yead, Prashanta Dutta et Jin Liu. « Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations of Sugar Transport Across Lactose Permease ». Dans ASME 2015 International Mechanical Engineering Congress and Exposition. American Society of Mechanical Engineers, 2015. http://dx.doi.org/10.1115/imece2015-52337.
Texte intégralHonarmandi, Peyman, Philip Bransford et Roger D. Kamm. « Mechanical Properties of α-Helices Estimated Using Molecular Dynamics and Finite Element Simulations ». Dans ASME 2008 International Mechanical Engineering Congress and Exposition. ASMEDC, 2008. http://dx.doi.org/10.1115/imece2008-69058.
Texte intégralCortés, Juan, et Ibrahim Al-Bluwi. « A Robotics Approach to Enhance Conformational Sampling of Proteins ». Dans ASME 2012 International Design Engineering Technical Conferences and Computers and Information in Engineering Conference. American Society of Mechanical Engineers, 2012. http://dx.doi.org/10.1115/detc2012-70105.
Texte intégralEzzEldin, Hussein M., et Santiago D. Solares. « Calculation of Isothermal Intrinsic Compressibility and Compression of GvpA Protein in Halobacterium sp. NRC-1 Using Molecular Modeling and Dynamics ». Dans ASME 2009 International Design Engineering Technical Conferences and Computers and Information in Engineering Conference. ASMEDC, 2009. http://dx.doi.org/10.1115/detc2009-86265.
Texte intégralKhan, Imad M., et Kurt S. Anderson. « A Robust Framework for Adaptive Multiscale Modeling of Biopolymers Using Highly Parallelizable Methods ». Dans ASME 2013 2nd Global Congress on NanoEngineering for Medicine and Biology. American Society of Mechanical Engineers, 2013. http://dx.doi.org/10.1115/nemb2013-93099.
Texte intégral