Littérature scientifique sur le sujet « Protein sequence alignment »
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Articles de revues sur le sujet "Protein sequence alignment"
Staritzbichler, René, Edoardo Sarti, Emily Yaklich, Antoniya Aleksandrova, Marcus Stamm, Kamil Khafizov et Lucy R. Forrest. « Refining pairwise sequence alignments of membrane proteins by the incorporation of anchors ». PLOS ONE 16, no 4 (30 avril 2021) : e0239881. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0239881.
Texte intégralPervez, Muhammad Tariq, Hayat Ali Shah, Masroor Ellahi Babar, Nasir Naveed et Muhammad Shoaib. « SAliBASE : A Database of Simulated Protein Alignments ». Evolutionary Bioinformatics 15 (janvier 2019) : 117693431882108. http://dx.doi.org/10.1177/1176934318821080.
Texte intégralCavanaugh, David, et Krishnan Chittur. « A hydrophobic proclivity index for protein alignments ». F1000Research 4 (21 octobre 2015) : 1097. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.6348.1.
Texte intégralCavanaugh, David, et Krishnan Chittur. « A hydrophobic proclivity index for protein alignments ». F1000Research 4 (15 octobre 2020) : 1097. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.6348.2.
Texte intégralAadland, Kelsey, et Bryan Kolaczkowski. « Alignment-Integrated Reconstruction of Ancestral Sequences Improves Accuracy ». Genome Biology and Evolution 12, no 9 (12 août 2020) : 1549–65. http://dx.doi.org/10.1093/gbe/evaa164.
Texte intégralBarton, Geoffrey J. « Protein Sequence Alignment Techniques ». Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography 54, no 6 (1 novembre 1998) : 1139–46. http://dx.doi.org/10.1107/s0907444998008324.
Texte intégralKanagarajadurai, Karuppiah, Singaravelu Kalaimathy, Paramasivam Nagarajan et Ramanathan Sowdhamini. « PASS2 ». International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics 2, no 4 (octobre 2011) : 53–66. http://dx.doi.org/10.4018/jkdb.2011100104.
Texte intégralPei, Jimin. « Multiple protein sequence alignment ». Current Opinion in Structural Biology 18, no 3 (juin 2008) : 382–86. http://dx.doi.org/10.1016/j.sbi.2008.03.007.
Texte intégralPAI, TUN-WEN, RUEI-HSIANG CHANG, CHIEN-MING CHEN, PO-HAN SU, LEE-JYI WANG, KUEN-TSAIR LAY et KUO-TORNG LAN. « MULTIPLE STRUCTURE ALIGNMENT BASED ON GEOMETRICAL CORRELATION OF SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS ». New Mathematics and Natural Computation 06, no 01 (mars 2010) : 77–95. http://dx.doi.org/10.1142/s1793005710001621.
Texte intégralHenneke, Christina M., Michael J. Danson, David W. Hough et David J. Osguthorpe. « Sequence alignment of citrate synthase proteins using a multiple sequence alignment algorithm and multiple scoring matrices ». "Protein Engineering, Design and Selection" 2, no 8 (1989) : 597–604. http://dx.doi.org/10.1093/protein/2.8.597.
Texte intégralThèses sur le sujet "Protein sequence alignment"
Abhiman, Saraswathi. « Prediction of function shift in protein families / ». Stockholm, 2006. http://diss.kib.ki.se/2006/91-7140-869-X/.
Texte intégralCarroll, Hyrum D. « Biologically Relevant Multiple Sequence Alignment ». Diss., CLICK HERE for online access, 2008. http://contentdm.lib.byu.edu/ETD/image/etd2623.pdf.
Texte intégralTalbot, Danielle. « Identifying misalignments in sequence alignment for protein modelling ». Thesis, University of Reading, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.445754.
Texte intégralGarriga, Nogales Edgar 1990. « New algorithmic contributions for large scale multiple sequence alignments of protein sequences ». Doctoral thesis, TDX (Tesis Doctorals en Xarxa), 2022. http://hdl.handle.net/10803/673526.
Texte intégralEn aquests dies de profunds canvis i una ràpida evolució de la tecnologia, la quantitat de dataque la ciència ha de treballar ha crescut increïblement ràpid i la grandària dels arxius ha crescutde manera quasi prohibitiva.Els alineaments múltiples de seqüència (MSA) es fan servir endiverses àrees de la biologia, i l'increment de les dades ha produït una degradació delsresultats. És per això, que es proposa una nova estratègia per realitzar els alineaments. Aquestnou paradigma permet alinear milions de seqüències i l'opcio de modularitzar el procés.'Regressive' permet la paral·lelització del procés i la combinació de diferents algoritmesd'agrupacio (guide-tree) amb el mètode de alineament que és desitgi. Dins del camp del'agrupació, s'ha de repensar l'estratègia per crear els guide-tree. Un estudi sobre l'estat actualdels mètodes i les seves virtuts i punts febles ha sigut realitzar per llençar una mica de llum enaquesta àrea. Els 'guide-tree' no poden ser el coll de botella, i haurien de servir per començarde la millor manera possible el procés d'alineament.
Bonneau, Richard A. « Gene annotation using Ab initio protein structure prediction : method development and application to major protein families / ». Thesis, Connect to this title online ; UW restricted, 2001. http://hdl.handle.net/1773/9241.
Texte intégralLassmann, Timo. « Algorithms for building and evaluating multiple sequence alignments / ». Stockholm, 2006. http://diss.kib.ki.se/2006/91-7140-887-8/.
Texte intégralHollich, Volker. « Orthology and protein domain architecture evolution / ». Stockholm, 2006. http://diss.kib.ki.se/2006/91-7140-783-9/.
Texte intégralLi, Yuheng. « Searching for remotely homologous sequences in protein databases with hybrid PSI-blast ». The Ohio State University, 2006. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1164741421.
Texte intégralDeBlasio, Dan, et John Kececioglu. « Core column prediction for protein multiple sequence alignments ». BIOMED CENTRAL LTD, 2017. http://hdl.handle.net/10150/623957.
Texte intégralAniba, Mohamed Radhouane. « Knowledge based expert system development in bioinformatics : applied to multiple sequence alignment of protein sequences ». Strasbourg, 2010. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2010/ANIBA_Mohamed_Radhouane_2010.pdf.
Texte intégralThe objective of this PhD project was the development of an integrated expert system to test, evaluate and optimize all the stages of the construction and the analysis of a multiple sequence alignment. The new system was validated using standard benchmark cases and brings a ncw vision to software development in Bioinformatics: knowledge-guided systems. The architecture used to build the expert system is highly modular and flcxible, allowing AlcxSys to evolve as new algorithms are made available. In the future, AlexSys will he uscd to furthcr optimize each stage of the alignment process, for example by optimizing the input parameters of the different algorithms. The inference engine could also be extended to identify combinations of algorithms that could potentially provide complementary information about the input sequences. For example, well aligned regions from different aligners could be identified and combined into a single consensus alignment. Additional structural and functional information could also be exploited to improve the final alignment accuracy. Finally, a crucial aspect of any bioinformatics tool is its accessibility and usability. Therefore, we are currently developing a web server, and a web services based distributed system. We will also design a novel visualization module that will provide an intuitive, user-friendly interface to all the information retrieved and constructed by AlexSys
Livres sur le sujet "Protein sequence alignment"
Russell, David James. Multiple sequence alignment methods. New York : Humana Press, 2014.
Trouver le texte intégralHomology modeling : Methods and protocols. New York : Humana Press, 2012.
Trouver le texte intégralSheng wu ji suan : Sheng wu xu lie de fen xi fang fa yu ying yong. Beijing : Ke xue chu ban she, 2010.
Trouver le texte intégralChapitres de livres sur le sujet "Protein sequence alignment"
Do, Chuong B., et Kazutaka Katoh. « Protein Multiple Sequence Alignment ». Dans Functional Proteomics, 379–413. Totowa, NJ : Humana Press, 2008. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-59745-398-1_25.
Texte intégralBarton, Geoffrey J., Robert B. Russell et Craig D. Livingstone. « Prediction of Protein Structure from Multiple Sequence Alignment ». Dans Methods in Protein Sequence Analysis, 209–20. Boston, MA : Springer US, 1993. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4899-1603-7_27.
Texte intégralShatsky, Maxim, Ruth Nussinov et Haim J. Wolfson. « Algorithms for Multiple Protein Structure Alignment and Structure-Derived Multiple Sequence Alignment ». Dans Protein Structure Prediction, 125–46. Totowa, NJ : Humana Press, 2008. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-59745-574-9_5.
Texte intégralLiu, Yongchao, et Bertil Schmidt. « Multiple Protein Sequence Alignment with MSAProbs ». Dans Methods in Molecular Biology, 211–18. Totowa, NJ : Humana Press, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-62703-646-7_14.
Texte intégralBarton, Geoffrey J. « The AMPS Package for Multiple Protein Sequence Alignment ». Dans Computer Analysis of Sequence Data, 327–47. Totowa, NJ : Humana Press, 1994. http://dx.doi.org/10.1385/0-89603-276-0:327.
Texte intégralDo, Chuong B., Samuel S. Gross et Serafim Batzoglou. « CONTRAlign : Discriminative Training for Protein Sequence Alignment ». Dans Lecture Notes in Computer Science, 160–74. Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2006. http://dx.doi.org/10.1007/11732990_15.
Texte intégralHiggins, Desmond G. « Clustal V : Multiple Alignment of DNA and Protein Sequences ». Dans Computer Analysis of Sequence Data, 307–18. Totowa, NJ : Humana Press, 1994. http://dx.doi.org/10.1385/0-89603-276-0:307.
Texte intégralKumar, Manish, Ranjeet Kumar et R. Nidhya. « WOAMSA : Whale Optimization Algorithm for Multiple Sequence Alignment of Protein Sequence ». Dans Computational Vision and Bio-Inspired Computing, 131–39. Cham : Springer International Publishing, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-37218-7_15.
Texte intégralManikandan, P., et D. Ramyachitra. « Influence of Parameters in Multiple Sequence Alignment Methods for Protein Sequences ». Dans Advances in Intelligent Systems and Computing, 183–91. Singapore : Springer Singapore, 2018. http://dx.doi.org/10.1007/978-981-10-7871-2_18.
Texte intégralReizer, Aiala, et Jonathan Reizer. « Progressive Multiple Alignment of Protein Sequences and the Construction of Phylogenetic Trees ». Dans Computer Analysis of Sequence Data, 319–25. Totowa, NJ : Humana Press, 1994. http://dx.doi.org/10.1385/0-89603-276-0:319.
Texte intégralActes de conférences sur le sujet "Protein sequence alignment"
Hasan, L., M. Kentie et Z. Al-Ars. « GPU-accelerated protein sequence alignment ». Dans 2011 33rd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE, 2011. http://dx.doi.org/10.1109/iembs.2011.6090679.
Texte intégralMidic, Uros, A. Keith Dunker et Zoran Obradovic. « Protein sequence alignment and structural disorder ». Dans the KDD-09 Workshop. New York, New York, USA : ACM Press, 2009. http://dx.doi.org/10.1145/1562090.1562096.
Texte intégralHung, Che-Lun, Chun-Yuan Lin, Yeh-Ching Chung et Chuan Yi Tang. « Introducing Variable Gap Penalties into Three-Sequence Alignment for Protein Sequences ». Dans 22nd International Conference on Advanced Information Networking and Applications - Workshops (aina workshops 2008). IEEE, 2008. http://dx.doi.org/10.1109/waina.2008.101.
Texte intégralCarvalho, Leonardo Reboucas de, Alba Cristina Alves Melo et Aleteia Araujo. « A Framework for Executing Protein Sequence Alignment in Cloud Computing Services ». Dans Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho. Sociedade Brasileira de Computação, 2021. http://dx.doi.org/10.5753/wscad.2021.18511.
Texte intégralWise, Michael J. « Alignment algorithms revisited : Alignment algorithms for low similarity protein sequence comparisons ». Dans 2003 European Control Conference (ECC). IEEE, 2003. http://dx.doi.org/10.23919/ecc.2003.7086563.
Texte intégralAit, Layal Al, Eduardo Corel et Burkhard Morgenstern. « Using protein-domain information for multiple sequence alignment ». Dans 2012 IEEE 12th International Conference on Bioinformatics & Bioengineering (BIBE). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/bibe.2012.6399667.
Texte intégralNord, Alex, Peter Hornbeck, Kaitlin Carey et Travis Wheeler. « Splice-Aware Multiple Sequence Alignment of Protein Isoforms ». Dans BCB '18 : 9th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics. New York, NY, USA : ACM, 2018. http://dx.doi.org/10.1145/3233547.3233592.
Texte intégral« IMPROVEMENTS TO A MULTIPLE PROTEIN SEQUENCE ALIGNMENT TOOL ». Dans International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. SciTePress - Science and and Technology Publications, 2012. http://dx.doi.org/10.5220/0003789202260233.
Texte intégralIryanto, Syam B., Wisnu A. Kusuma, Rifki Sadikin et I. Wayan A. Swardiana. « GPU-accelerated protein sequence alignment for Jamu prediction ». Dans 2017 International Conference on Computer, Control, Informatics and its Applications (IC3INA). IEEE, 2017. http://dx.doi.org/10.1109/ic3ina.2017.8251754.
Texte intégralQi-wen Dong, Lei Lin, Xiao-Long Wang et Ming-Hui Li. « Contact-based Simulated Annealing Protein Sequence Alignment Method ». Dans 2005 IEEE Engineering in Medicine and Biology 27th Annual Conference. IEEE, 2005. http://dx.doi.org/10.1109/iembs.2005.1617054.
Texte intégralRapports d'organisations sur le sujet "Protein sequence alignment"
Rangwala, Huzefa, et George Karypis. Incremental Window-based Protein Sequence Alignment Algorithms. Fort Belvoir, VA : Defense Technical Information Center, mars 2006. http://dx.doi.org/10.21236/ada444856.
Texte intégralRafaeli, Ada, et Russell Jurenka. Molecular Characterization of PBAN G-protein Coupled Receptors in Moth Pest Species : Design of Antagonists. United States Department of Agriculture, décembre 2012. http://dx.doi.org/10.32747/2012.7593390.bard.
Texte intégralRafaeli, Ada, Russell Jurenka et Chris Sander. Molecular characterisation of PBAN-receptors : a basis for the development and screening of antagonists against Pheromone biosynthesis in moth pest species. United States Department of Agriculture, janvier 2008. http://dx.doi.org/10.32747/2008.7695862.bard.
Texte intégral