Thèses : « Parasites – Écologie »

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Ibikounle, Moudachirou. « Les Schistosomoses au Bénin : épidémiologie et écologie des interactions hôte-parasite ». Perpignan, 2006. http://www.theses.fr/2006PERP0706.

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Résumé :

Ce travail présente une étude épidémiologique et une étude des interactions hôte-parasite sur les schistosomoses au Bénin. Au plan épidémiologique, une synthèse bibliographique de l'état des travaux réalisés sur les schistosomoses dans l'espace de la Communauté Economique des Etats de l'Afrique de l'Ouest (CEDEAO) a été menée. Au Bénin, nos analyses épidémiologiques ont permis de confirmer l'existence de deux espèces de schistosomes humains : S. Haematobium et S. Mansoni sur les cinq signalées dans l'espace CEDEAO dans lequel le Bénin se situe (S. Haematobium, S. Mansoni, S. Guineensis, S. Bovis et S. Curassoni). La prévalence générale obtenue pour S. Haematobium est de 85% et celle de S. Mansoni est de 30%, avec l'existence de foyers de transmission mixtes. Les prospections malacologiques ont révélé la présence au Bénin d'au moins cinq espèces de mollusques potentiellement vectrices : B. Forskalii, B. Globosus et B. Truncatus, vectrices de S. Haematobium, B. Pfeifferi, vectrice de S. Mansoni et I. Exustus, mollusque exotique au Bénin, connu comme vecteur de S. Indicum, S. Spindale et S. Nasale en Asie du sud-est. Nous signalons la présence de I. Exustus pour la première fois au Bénin où ce mollusque semble être, pour le moment, passif dans la transmission des schistosomoses. Au plan de l'écologie des interactions mollusque-parasite, notre étude a montré que les différentes populations de S. Haematobium sont différemment compatibles avec trois des quatre groupes de mollusques Bulinus : le groupe africanus, le groupe forskalii et le groupe reticulatus alors que les différentes populations de S. Mansoni sont toutes également compatibles avec B. Pfeifferi. L'analyse de six traits d'histoire de vie, période prépatente, prévalence, production cercarienne chez le parasite et croissance, reproduction et survie des mollusques a été abordée avec cinq populations locales de schistosomes dont trois populations de S. Haematobium (Doh, Sô-Tchanhoué et Toho-Todougba) et deux populations de S. Mansoni (Kpinnou et Toho-Todougba) et a révélé que si les populations de S. Haematobium semblent être adaptées à un vecteur local, ce n'est pas le cas chez l'espèce S. Mansoni. Au plan de l'écologie des interactions vertébré-parasite, notre étude a révélé l'existence d'un rythme d'émission cercarienne horaire particulier, de type infradien, à la fois chez S. Haematobium et chez S. Mansoni. L'étude anthropique réalisée au niveau d'un des foyers de transmission (Toho-Todougba) où les deux espèces sont présentes a permis de constater une parfaite synergie entre la chronobiologie cercarienne et la dynamique des activités chez l'Homme : il pourrait s'agir d'une stratégie développée par le parasite pour maintenir ses rendez-vous avec son hôte naturel vertébré
This work presents an epidemiological and an ecological study of schistosomiasis in Benin. A synthesis of the epidemiological knowledge of schistosomiasis in the space of the Economic Community of West Africa States (ECOWAS) was carried out. Furthermore, in Benin, we confirmed the existence of the two human schistosomes : S. Haematobium and S. Mansoni on the five existing in the ECOWAS space in which Benin is located (S. Haematobium, S. Mansoni, S. Guineensis, S. Bovis and S. Curassoni). The prevalence obtained for S. Haematobium was 85% and that for S. Mansoni was 30%, and there was evidence for mixed human infections. We could find in Benin at least five potentially snail vector species : B. Forskalii, B. Globosus and B. Truncatus for S. Haematobium, B. Pfeifferi for S. Mansoni and I. Exustus, an exotic snail known to be the snail vector for S. Indicum, S. Spindale and S. Nasale in South-East Asia. I. Exustus is recorded for the first time in Benin in this work and no evidence of active transmission was made. The study of the snail-schistosome interactions showed that the different S. Haematobium populations were differently compatible with three of the four groups of Bulinus : the africanus group, the forskalii group and the reticulatus group and that the different S. Mansoni populations were equally compatible with B. Pfeifferi. The six life-history traits, parasite prepatent period, prevalence and cercarial production and snail growth, reproduction and survival were analyzed using five schistosome populations from Benin including three populations of S. Haematobium (Doh, Sô-Tchanhoué and Toho-Todougba) and two populations of S. Mansoni (Kpinnou and Toho-Todougba) and revealed that if the S. Haematobium populations seemed to be adapted to a local vector, this was not the case for the S. Mansoni populations. The study of the vertebrate-schistosome interactions revealed the existence of an infradian rhythm in the cercarial emissions of both S. Haematobium and S. Mansoni. The human behaviour, followed in one of the transmission sites (Toho-Todougba) where both schistosome species are present, was perfectly correlated with the schistosome chronobiology. This was interpreted in terms of adaptative strategy favouring the transmission of the parasite to its human host

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Castel, Magda. « Ecologie et évolution théoriques des parasites de plantes annuelles ». Rennes, Agrocampus Ouest, 2013. http://www.theses.fr/2013NSARC112.

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Résumé :

Les écosystèmes agricoles tempérés sont caractérisés par l'absence périodique de plantes hôtes, qui peut avoir un impact sur l’évolution des parasites. Pour être durable, la protection des cultures doit intégrer le potentiel évolutif des parasites. Cela nécessite une vision épidémiologique à long-terme peu accessible à l’expérimentation, et rend le recours aux modèles épidémiologiques pluriannuels particulièrement pertinent. Nous considérons une famille de modèles dits semi-discrets, correspondant à différents cycles de vie, selon le mode de reproduction du parasite et son mode d'infection primaire. Sous l'hypothèse d'un compromis entre multiplication pendant la saison et survie de saison en saison, une analyse de dynamique adaptative montre qu’une différentiation temporelle de niche écologique peut conduire à la diversification et à la coexistence de parasites aériens. Ces résultats sont cependant obtenus sous l'hypothèse d'une reproduction strictement asexuée, ne correspondant pas à la biologie de tous les parasites de plantes. Certains parasites produisent des formes de survie par reproduction sexuée auto-incompatible. Or, si cette dernière est obligatoire, la nécessité de trouver un partenaire sexuel compatible induit de la densité-dépendance positive à faible densité (effet Allee démographique). Sous l'hypothèse d'un compromis entre multiplication asexuée pendant la saison et allocation des ressources dans des formes de survie sexuées, nous montrons que l'évolution peut notamment conduire à la coexistence d'un morphe à reproduction strictement sexuée, et d'un morphe qui se reproduit par parthénogenèse cyclique. Cela nous permet d'émettre une nouvelle hypothèse expliquant le polymorphisme souvent observé en termes d'investissement dans la reproduction asexuée chez les parasites des plantes
Agricultural ecosystems under seasonality are characterized by periodic host plant absence, which may impact parasite evolution. Sustainable crop protection must incorporate parasite evolution. This requires a long-term epidemiological perspective, which is hardly amenable to experimentation, and makes multi-annual plant epidemic models particularly relevant. We consider a family of such models, termed semi-discrete models, which correspond to distinct life cycles, depending on the parasite reproduction mode (sexual or asexual) and its primary infection mode (airborne or soilborne, i. E. With or without negative density-dependence, respectively). Under the assumption of a trade-off between in-season multiplication and season-to-season survival, an adaptive dynamics approach shows that temporal niche differentiation can lead airborne parasites to diversify and coexist. These results assume a strictly asexual parasite life cycle, which does not correspond to all plant parasites. Some parasites produce survival forms by self-incompatible sexual reproduction. When sexual reproduction is mandatory, the need to find a mate induces positive density dependence at low density (demographic Allee effects). Under the assumption of a trade-off between in-season asexual multiplication and resource allocation to sexual survival forms, we show that evolution may lead to the coexistence of a strictly sexual morph with a cyclic parthenogenetic morph. Our findings provide a novel hypothesis (positive density dependance and Allee effects) for the frequent coexistence of sexual and asexual plant parasites

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Ponton, Fleur. « Contribution à l'étude de la manipulation parasitaire : écologie évolutive des hôtes "parasitiquement" modifiés ». Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20179.

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Grégoire, Arnaud. « Démographie et différenciation chez le Merle noir Turdus merula : liens avec l'habitat et les relations hôtes-parasites ». Dijon, 2003. http://www.theses.fr/2003DIJOS039.

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L'incidence de l'anthropisation des habitats sur les populations naturelles est actuellement une préoccupation importante dans les domaines fondamentaux ou appliqués. Historiquement, la réaction des espèces face au milieu neuf et singulier que représentent les zones urbaines a été abordée au niveau communautaire. Cependant, si l'urbanisation a des conséquences au niveau des communautés, les pressions et contraintes s'exercent en premier lieu sur les populations et les individus qui les constituent. Le Merle noir Turdus merula est un oiseau originaire des forêts qui a colonisé les habitats urbanisés au XIXème siècle. Ce travail s'est intéressé à comparer des populations urbaines et forestières du Merle noir afin d'explorer leurs fonctionnements démographiques respectifs en liaison avec d'éventuelles contraintes propres aux différents habitats et en intégrant la dimension individuelle. En relation étroite avec ces préoccupations, la structuration génétique et morphologique a été envisagée
The consequences of human-induced disturbances on wild populations is a stimulating topic raising fundamental as well as applied questions. The effects of urbanization on wild life have been initially studied at the community level. However, even if urbanization influences communities, the selective pressures occur first on populations and individuals. Consequently, it is also crucial to consider the ecological problems at the population level. The Blackbird Turdus merula has colonized urban landscapes in Europe since the middle of the 19th century and provides good opportunities to explore the influence of urbanization on population biology. The aim of this work was to compare urban and forest Blackbird populations in terms of different population characteristics (survival, reproductive success and dispersal) and selective contraints (parasites). Direct (i. E. Capture and census of individuals) and indirect methods (i. E. Genetic) were used in order to assess the dynamics of these populations

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Rossanigo, Carlos Esteban. « Rôle de l'eau et de la température sur les taux de développement des nématodes parasites du tractus digestif des ruminants ». Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20293.

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Les conditions climatiques ont un role preponderant sur la repartition geographique et temporelle des differentes especes de nematodes parasites des ruminants. Sur un exemple tire du parasitisme des bovins du centre-ouest d'argentine, temperature et pluviometrie contribuent a expliquer les niveaux d'infestation par les principaux genres. Un travail plus experimental est developpe en vue d'estimer le role de l'eau a proximite immediate des ufs et jeunes larves des nematodes (dans les feces), avec ou sans celui de la temperature, sur la partie du cycle de developpement allant de l'uf a la larve infestante. Par des depots de feces d'animaux parasites dans des situations climatiques diversifiees, il est montre que la temperature au sein des bouses etait le premier facteur conditionnant le taux de developpement des especes parasitant les bovins et que c'etait l'humidite ponderale des feces dans le cas des parasites d'ovin. Les exigences thermique et surtout hydriques sont definies au laboratoire pour huit especes parasites de bovins, ovins et cervides multipliees sur ovin. L'adaptation aux faibles humidites etait le principal caractere specifique. La taille des larves infestantes s'est averee dependre des conditions de developpement. Par des tests de laboratoire, il est montre que les petites larves developpees a des humidites faibles migraient et se degainaient plus lentement que les normales et semblaient avoir plus de mal a s'etablir chez l'hote. L'adaptation genetique aux conditions seches d'une lignee a ete tentee par une selection pendant 5 generations mais n'a pas revele d'evolution du taux de developpement dans ces conditions

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Barroca, Marco. « Hétérogénéité des relations parasites-oiseaux : importance écologique et rôle évolutif ». Phd thesis, Université de Bourgogne, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00012138.

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Résumé :

Si les parasites sont étudiés depuis très longtemps, la plupart des connaissances concernent des parasites présentant un intérêt médical ou vétérinaire. Ainsi, malgré leur omniprésence au sein du monde vivant, le rôle des infections parasitaires sur les populations naturelles est encore très mal maîtrisé.
Un objectif de ce travail était d'étudier la pathogénicité de deux groupes de parasites (tiques et Haemosporidae) au sein de populations de Merles noirs. Ces deux groupes de parasites se sont révélés associés aux indices de condition corporelle et de réponse immunitaire des individus. Cependant, l'étude d'une population urbaine ne nous a pas permis de confirmer un effet des Haemosporidae sur la survie et la dynamique de la population de Merles.
L'incidence du milieu de vie (structuration spatiale) sur le fonctionnement de la relation hôte-parasite a été également abordée. En effet, le Merle est une espèce ubiquiste. Nous avons montré que les populations de milieu urbanisé présentent des infections parasitaires plus faibles que celles vivant en milieu forestier. Ce résultat pourrait expliquer en partie les fortes densités de Merles en zones urbaines, même si d'autres interprétations restent bien sûr envisageables.
Enfin, divers travaux récents suggèrent le rôle des caroténoïdes comme lien entre l'immunité des mâles et l'intensité de leur signaux colorés. Cependant, ces études utilisent des mesures de l'immunité par challenge immunitaire pour « mimer » les infections parasitaires. Cette démarche a été récemment discutée car les challenges pourraient ne pas toujours refléter la résistance parasitaire. Nos résultats vont dans ce sens. De plus, nos travaux semblent montrer que le contexte social module la relation entre immunité et signaux colorés. Ceci pourrait remettre partiellement en cause l'idée selon laquelle les caroténoïdes constituent un mécanisme universel garant de l'honnêteté des signaux.

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Engone, Obiang Nestor Laurier. « Biologie et écologie des Loranthaceæ parasites au Gabon : impact de Phragmanthera capitata sur la productivité des hévéas ». Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066258.

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Résumé :

Des prospections, réalisées au Gabon, ont montré que 9 espèces de Loranthaceæ parasitent de nombreux ligneux, parmi lesquels l’hévéa. Nos recherches ont porté sur 15 000 hévéas de la plantation industrielle de Mitzic, appartenant à 7 clones différents. Le pourcentage de parasitisme varie de 19 à 91% selon le clone considéré avec une espèce dominante, Phragmanthera capitata (95%). Si aucune réelle résistance des hévéas aux Loranthaceæ n’a été observée parmi les 7 clones étudiés, une échelle de sensibilité aux parasites a toutefois pu être établie avec GT 1, AVROS 2037, PB 217 et PB 235 pour les sensibles et PR 261, RRIM 600 et PB 260 pour les moins sensibles. Par ailleurs, nos recherches ont montré que la structure anatomique ou la richesse en tanins de l’écorce des branches d’hévéas sains n’est pas corrélée à la réaction mise en jeu lors de l’infestation par les Loranthaceæ. En revanche, les arbres appartenant aux clones les moins parasités sont les plus ramifiés. Considérant plusieurs paramètres, il apparaît que le parasite n’a en fait aucun effet significatif sur la production en latex et sur les propriétés physiques du caoutchouc. Ces résultats, discutés en relation avec la biologie des Angiospermes parasites suggèrent qu’une éradication des Loranthaceæ dans les plantations d’hévéa n’a pas lieu d’être proposée pour le moment
Prospections performed in Gabon, showed that 9 species of mistletoes parasitize many woody trees, among which rubber trees. From our study focussed on the biggest industrial rubber tree plantation of Mitzic, performed on more than 15 000 trees belonging to 7 different clones, it turned out that the percentage of parasitism ranges from 19 to 91% according to the clone. Phragmanthera capitata is by far the major species (about 95%). No real resistance to mistletoes was found for any of the 7 clones. However, a scale of susceptibility could be established, ranging from very susceptible clones like GT 1, AVROS 2037, PB 217 and PB 235 to less susceptible ones like PR 261, RRIM 600 and PB 260. No correlation could be established between the anatomy or tanin levels of bark from healthy trees, and the reaction of rubber trees to Loranthaceæ. On the other hand, a morphometric study showed that the less parasitized clones exhibited the most branched trees. Using several parameters, it turned out that parasitism has no significant effect on latex production and on physical properties of rubber. These results, discussed in relation with the biology of mistletoes, suggest that there is no point, for the moment, to eradicate mistletoes in gabonese rubber trees plantations

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Flores, Ferrer Alheli. « Modélisation mathématique des dynamiques hôtes-parasites ; de l’écologie parasitaire à l’écologie du génome ». Thesis, Perpignan, 2019. http://www.theses.fr/2019PERP0010/document.

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Ce document est dédié à la modélisation dynamique des interactions hôtes-parasites. Il porte sur deux modèles biologiques très différents, mais étudiés à l’aide de modèles épidémiologiques standards construits à partir de systèmes dynamiques à compartiments. La première contribution est l’implémentation d’un modèle ‘micro-parasites’ pour étudier la transmission du parasite protozoaire Trypanosoma cruzi, agent étiologique de la trypanosomiase américaine (ou ‘maladie de Chagas’), au sein d’une communauté d’hôtes synanthropiques et domestiques. L’analyse du modèle mathématique montre pour la première fois dans ce système biologique un effet de dilution associé aux hôtes aviaires, ainsi que la possibilité de réduire la transmission à l’homme par modification de la composition de la communauté d’hôtes domestiques. La seconde contribution porte sur la dynamique des ‘parasites génomiques’ que sont les éléments transposables. En utilisant les analogies entre concepts de génomique et d’écologie proposées par l’approche d’ « Écologie du génome », il a été possible d’adapter des modèles développés pour les ‘macro-parasites’ à la dynamique d’éléments transposables de classe 1, les retro-transposons. L’analyse de cesmodèles permet de formuler des hypothèses sur l’importance relative de la démographie des hôtes, de la distribution du nombre de copies entre les individus et des mécanismes moléculaires de silencing de ces éléments, sur leurpersistance au sein de population d’hôtes se reproduisant de façon asexuée
This document is dedicated to the dynamic modeling of host-parasite interactions. It is about two distant biological models, who are studied using standard epidemiological models built from dynamic compartmental models. The first contribution is the implementation of a 'micro-parasites' model to study the transmission of the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, the etiological agent of American trypanosomiasis (or 'Chagas' disease), within a host community of synanthropic and domestic animals. The analysis of the mathematical model shows for the first time in this biological system a dilution effect associated with avian hosts, as well as the possibility of reducing the transmission to humans by modifying the composition of the domestic host communities. The second contribution deals with the dynamics of the "genomic parasites" that are the transposable elements. Using the analogies between genomics and ecology concepts proposed by the "Genome Ecology" approach, it was possible to adapt models developed for 'macro-parasites' to the dynamics of transposable elements of class 1, retro-transposons. The analysis of these models makes it possible toformulate hypotheses on the relative importance of the host demography, the distribution of the number of copies between individuals and the molecular mechanisms of silencing of these elements, on their persistence within the population of hosts reproducing asexually

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Fedna, Jimmy. « Prévalence du parasite Angiostrongylus cantonensis en Haïti chez les rats et gastéropodes ». Electronic Thesis or Diss., Bourgogne Franche-Comté, 2024. http://www.theses.fr/2024UBFCD017.

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Résumé :

Ma recherche examine la prévalence et la répartition du parasite Angiostrongylus cantonensis en Haïti, également connu sous le nom de ver pulmonaire du rat, et qui est la première cause de méningite à éosinophiles chez l’homme dans le monde. Ce parasite a un cycle de vie complexe impliquant à la fois des hôtes définitifs (rats) et des hôtes intermédiaires (escargots et les limaces). J’ai documenté l'écologie du parasite et sa persistance deux décennies après sa découverte initiale dans le pays. Trois objectifs ont été fixés : synthétiser les connaissances sur les dimensions spatiales et écologiques d’A. cantonensis, déterminer sa présence et sa répartition en Haïti parmi les populations de rats et de gastéropodes à l'aide d'analyses moléculaires et morphologiques, et identifier les similitudes génétiques entre les souches haïtiennes et celles provenant d’autres régions du monde. Nous avons ciblé deux contextes écologiques contrastés : la vallée de l'Artibonite (milieu rural) et la zone urbaine de Port-au-Prince. L'échantillonnage a eu lieu pendant la saison des pluies et à la fin de la saison des pluies en raison de l'influence potentielle de la saisonnalité hydrologique sur la prévalence du parasite.Une revue systématique utilisant la méthode PRISMA a synthétisé les connaissances existantes sur la niche écologique du parasite, en mettant l'accent sur les facteurs abiotiques et biotiques affectant sa dynamique. Soixante-dix rats ont été capturés :23 Rattus norvegicus et 47 Rattus rattus. Sous la loupe binoculaire, nous avons récupéré des vers adultes chez seulement cinq rats (7%, 5/70) mais la détection moléculaire a révélé une prévalence d'A. cantonensis dans les poumons de rat de 31,4 %, (22/70), le parasite étant détecté dans quatre des huit sites, dont Port-au-Prince. La prévalence du parasite n’était pas reliée de manière significative aux variables prédictives telles que l'âge, la saison, le sexe et l'espèce de rat. Un seul haplotype COX1, le génotype II-G, a été identifié en Haïti, ce qui suggère une large répartition similaire à celle d'autres régions. La technique qPCR AcanR3990 a permis d'identifier deux échantillons positifs d'espèces de gastéropodes : Subulina octona à Port-au-Prince et une limace de la famille des Veronicellidae dans l’Artibonite, concordant avec la présence du parasite retrouvé chez les rats à ces endroits.C'est la première étude sur A. cantonensis en Haïti portant à la fois sur les hôtes définitifs et intermédiaires. Les diagnostics moléculaires par PCR révèlent une prévalence plus élevée que l'identification morphologique, ce qui est prometteur pour l'étude systématique de la contamination potentielle des espèces hôtes. Les résultats indiquent une endémicité du parasite potentiellement principalement liée à deux espèces de gastéropodes : l'escargot terrestre S. octona et les limaces Veronicellidae, ainsi que les rats R. rattus et R. norvegicus, soulignant les risques importants pour la santé des populations locales
My research examines the prevalence and distribution of the parasite Angiostrongylus cantonensis, also known as the rat lungworm, in Haiti. It is the leading cause of eosinophilic meningitis in humans worldwide. This parasite has a complex life cycle involving definitive hosts (rats) and intermediate hosts (snails and slugs). I documented the parasite's ecology and persistence two decades after its initial discovery in the country. Three objectives were set: synthesizing knowledge on the spatial and ecological dimensions of A. cantonensis’ niche, determining its presence and distribution in Haiti among rat and gastropod populations using molecular and morphological analyses, and identifying genetic similarities between Haitian strains and those from other regions of the world. We targeted two contrasting ecological contexts: the Artibonite Valley (rural environment) and the urban area of Port-au-Prince. Sampling occurred during and at the end of the rainy season due to the potential influence of hydrological seasonality on parasite prevalence. A systematic review using the PRISMA method synthesized existing knowledge on the parasite's ecological niche, focusing on abiotic and biotic factors affecting its dynamics. Seventy rats were captured:23 Rattus norvegicus and 47 Rattus rattus. Under a binocular loupe, we recovered adult worms from only five rats (7%, 5/70), but molecular detection revealed a prevalence of A. cantonensis in rat lungs of 31.4% (22/70), with the parasite detected in four of the eight sites, including Port-au-Prince. Parasite prevalence was not significantly related to predictive variables such as age, season, sex, and rat species. Only one COX1 haplotype, genotype II-G, was identified in Haiti, suggesting a widespread distribution similar to other regions. The qPCR technique AcanR3990 identified two positive samples of gastropod species: Subulina octona in Port-au-Prince and a Veronicellidae slug in the Artibonite, indicating the presence of the parasite found in rats at these locations. This is the first study on A. cantonensis in Haiti addressing both definitive and intermediate hosts. Molecular diagnostics by PCR reveal a higher prevalence than morphological identification, promising for the systematic study of potential host species contamination. Results indicate that endemicity of the parasite may primarily be linked to two gastropod species: the land snail S. octona and Veronicellidae slugs, as well as R. rattus and R. norvegicus rats, highlighting significant health risks for local populations

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De, Meeûs Thierry. « Les systémes hôtes - parasites dans l'étude des mécanismes de spécialisation, de spéciation et du maintien de la biodiversité : analyses théoriques, en populations naturelles et expérimentales chez des Copépodes parasites de Téléostéens ». Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20110.

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L'adaptation des populations a un environnement variable, et le role d'une selection d'habitat genetiquement determinee par epistasie sont envisages d'une maniere theorique. Il est alors montre qu'avec densite dependance, tous les habitats disponibles sont occupes et un polymorphisme est toujours maintenu par la selection d'habitat; cependant, cette derniere ne peut evoluer sans polymorphisme adaptatif initial. A l'inverse, la selection d'habitat evolue facilement en l'absence de densite dependance, mais le polymorphisme n'est jamais maintenu, et seuls certains habitats sont exploites. Ces resultats sont ensuite utilises pour etudier la biologie des populations de deux especes de copepodes caligidae, parasites de teleosteens. Nous montrons alors que ces especes parasites sont essentiellement maintenues sur leurs hotes sympatriques par selection d'habitat. Notre etude permet en outre de discerner l'emergence d'une divergence sympatrique au sein du plus generaliste de ces copepodes. A la lumiere de nos resultats, nous discutons differents themes de la biologie evolutive: coevolution, le maintien de la biodiversite et l'evolution des systemes de reproduction, le concept biologique de l'espece. Nous insistons enfin sur l'interet des systemes hotes-parasites dans l'etude de ces themes

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Sasal, Pierre. « Diversité parasitaire et biologie de la conservation : le modèle parasites de poissons - espaces marins protégés ». Aix-Marseille 1, 1997. http://www.theses.fr/1997AIX11044.

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Nous nous sommes interesses a l'etude des interactions durables dans le cadre de la biologie de la conservation. Nos objectifs sont de decrire et d'expliquer la diversite parasitaire en milieu marin et d'etablir l'importance des parasites en biologie de la conservation. Trois points sont abordes au cours de cette etude : - l'estimation et la determination de la diversite parasitaire. Nous mettons en evidence l'importance a la fois de l'effort d'echantillonnage et de l'histoire de vie des hotes et des parasites pour l'estimation de la diversite parasitaire. Nos resultats concernant les determinants de la diversite parasitaire montrent que la taille de l'hote est le determinant principal de la richesse et de la specificite des monogenes. Nous discutons ces resultats en relation avec la theorie biogeographique des iles et les theories relatives a la specialisation : specialisation sur une ressource libre de competiteurs et predictible, rendez-vous pour les accouplements, - l'evaluation de l'effet des mesures de protections sur les communautes de parasites ainsi que les effets des parasites sur la regulation des populations hotes. Nos resultats montrent qu'il n'y a pas d'effet reserve sur les populations de parasites mais que celles-ci s'averent etre de bons marqueurs. D'autre part, nous mettons en evidence une diminution, induite par un parasite, du pouvoir reproducteur d'un hote. Nous discutons les consequences de ce resultat en relation avec les mesures de protection. - les consequences de l'introduction d'un parasite dans une population naive d'hotes. Nous montrons l'existence d'une adaptation locale dans un systeme hote-parasite et discutons ce resultat a la lumiere des theories relatives a l'evolution de la virulence et a la comptabilite hote-parasite. Au dela de l'interet des parasites comme element regulateur des populations de parasites, nous discutons de leur importance dans le cadre de la biologie de la conservation.

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Hoffman, Gérard. « Contribution à l'étude des phanérogames parasites du Burkina Faso et du Mali : quelques aspects de leur écologie, biologie et techniques de lutte ». Aix-Marseille 3, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX30083.

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Les phanerogames parasites representent une contrainte pour l'agriculture des regions tropicales seches en afrique. Les recherches menees visent a preciser leur importance dans les systemes agraires du burkina faso et du mali. Une premiere partie, consacree a l'inventaire des plantes parasites des regions agricoles du mali, presente les principales caracteristiques de la plupart des taxa connus dans ce pays. La majorite des especes a un impact tres limite sur l'environnement, par contre, un petit nombre d'entre elles occupe de grandes superficies et se montre de redoutables ravageurs pour les cultures vivrieres et les arbres. La seconde partie aborde la repartition des especes parasites herbacees au niveau du terroir villageois. Elle revele leur presence dans tous les types de milieu, qu'ils soient naturels ou cultives, le role capital de la degradation de la vegetation par l'homme et les animaux sur leur proliferation et l'influence importante de l'eau de ruissellement sur leur dissemination. Six especes se rencontrent dans le milieu cultive, parmi lesquelles striga hermonthica est la plus repandue. Les cultures vivrieres sont les plus parasitees, principalement le sorgho. La distribution des plantes parasites et leur densite dans les differentes portions de l'exploitation agricole indiquent que les champs de village et de brousse, cultives collectivement, sont les plus touches. Les paysans ont de ces plantes une connaissance insuffisante pour qu'ils puissent les combattre efficacement. La troisieme partie contribue a preciser l'influence de la temperature et de l'humidite du sol sur les variations inter-annuelles de la levee de striga hermonthica. Il apparait que la temperature du sol pendant la phase de germination est le facteur le plus discriminant et qu'il est probablement possible de prevoir, avant meme le debut de la levee du parasite, le niveau d'infestation en fin de cycle. Enfin, la derniere partie rapporte les resultats de plusieurs annees de lutte contre s. Hermonthica. L'utilisation de techniques de lutte curatives (sarclage et herbicide) et preventives (rotation avec l'arachide) met en evidence une reduction substantielle des pertes de rendement, sans toutefois eradiquer le parasite, et la necessite de combiner plusieurs methodes de lutte pour accroitre l'efficacite de l'intervention. L'objectif de ce memoire est de donner une image aussi precise que possible de la presence des plantes parasites afin d'attirer l'attention sur un fleau qui gagne insidieusement du terrain et qui pourrait devenir, dans un futur assez proche, une catastrophe pour l'agriculture des pays sub-saheliens

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Arancio, Marc. « Etude théorique des interactions entre des dinoflagellés et des parasitoïdes eucaryotes en environnement mélangé : persistance du système et succession phytoplanctonique ». Electronic Thesis or Diss., Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10223.

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Résumé :

De nombreuses espèces de dinoflagellés autotrophiques peuvent être parasitées par de multiples parasitoïdes eucaryotes. Ces parasitoïdes ont un cycle de vie particulier qui abouti à la mort de l’hôte et à la libération de plusieurs centaines de zoospores capables d’infecter un nouvel hôte. Plusieurs études ont démontré leur fort potentiel pour contrôler les populations hôtes en quelques jours ainsi que leur très grande diversité et suggère une dynamique d’infection très complexe dans ce type de milieu. L’objectif de cette thèse consiste à appréhender cette dynamique d’infection parasitoïdes-dinoflagellés dans un estuaire fortement mélangé ainsi qu’une meilleure compréhension des différentes interactions ayant lieu au sein de ce système. Afin de répondre à cette problématique, nous avons utilisé l’approche de la modélisation IBM. Cette approche a notamment permis de montrer que le processus de désenkystement des hôtes, utilisé par les parasites pour passer l’hiver, permet d’expliquer la persistance du système. Elle a également permis de montrer l’influence que peuvent avoir différents types de parasitoïdes sur la dynamique d’infection et la succession des espèces de dinoflagellés, avec une diversité accrue de la population hôte en présence de spécialistes et diminué avec les généralistes. Une amélioration de l’estimation du paramètre utilisé pour calculer le taux de rencontre entre les hôtes et les parasites avec des méthodes expérimentales puis numériques a aussi été tentée. Les résultats ont démontré une modification non négligeable de ce paramètre en fonction des comportements ainsi que le besoin de les prendre en compte pour une meilleure paramétrisation
Many species of autotrophic dinoflagellates can be parasitized by multiple eukaryotic parasitoids. These parasitoids have a specific life cycle resulting in the death of the host and the release of hundreds of zoospores that can infect a new host. Several studies have demonstrated their potential to control the host population in a few days as well as their great diversity and suggests a very complex dynamics of infection in this kind of environment. The objective of this thesis is to understand the parasitoid-dinoflagellates infection dynamics in a highly mixed estuary and a better understanding of the different interactions taking place within this system. To address this problem, we used the modeling approach (IBM). This approach has enabled to show that the hosts excystment process, also used by the parasites to survive the winter, helps to explain the persistence of the system. It has also demonstrated the potential influence of different types of parasitoid on the dynamics infection and succession of dinoflagellates species, with increased diversity of the host population in the presence of specialists and decreased with generalists. The estimation improvement of the parameter used to calculate the rate of encounter between hosts and parasites with experimental and numerical methods was also attempted. The results showed a significant change in this parameter depending on behavior and the need to take it into account for a better parameterization

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Brochet, Anne-Laure. « Conséquences des déplacements des canards pour la dispersion des graines, des invertébrés et des parasites ». Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20150.

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Résumé :

Le rôle des oiseaux d'eau dans la dispersion des organismes aquatiques entre les zones humides est depuis longtemps suspecté. Ces oiseaux sont en effet abondants, largement distribués à travers toutes les zones humides, et très mobiles que ce soit l'échelle locale ou continentale. Nous avons étudié les conséquences des déplacements des canards pour la dispersion des graines, des invertébrés et des parasites à l'échelle d'un quartier d'hiver (la Camargue) et d'un continent (l'Europe) et quantifié ces événements de dispersion. Pour le transport des graines par exemple, nous avons montré qu'en moyenne 27% des graines ingérées par la sarcelle d'hiver (Anas crecca) étaient récupérés encore viables dans les fientes. Sur le terrain, nous avons trouvé que 9 et 6% des sarcelles transportaient de façon interne et externe respectivement, au moins un propagule viable. Bien que la probabilité pour un oiseau de disperser des propagules à un instant donné soit faible, cette probabilité devient potentiellement importante lorsque l'on considère les centaines de milliers de canards qui se déplacent quotidiennement entre les différents plans d'eau. L'ensemble de ces résultats plaide donc en faveur d'un rôle important des canards dans la dispersion de nombreux organismes aquatiques et des parasites. A l'heure de la fragmentation des habitats, des changements climatiques et des espèces introduites envahissantes, la prise en compte de la dispersion est devenue un enjeu d'importance majeure pour la gestion et la conservation des habitats
The role of waterbirds in aquatic organism dispersal between wetlands has long been recognized. These birds are indeed abundant, widely distributed across wetlands and highly mobile at local and continental scales. We studied the consequences of duck movements for seed, invertebrate and parasite dispersal at the scale of a wintering quarter (the Camargue) and of a continent (Europe), and we quantified these dispersal events. For seed transport by teal (Anas crecca), for example, we experimentally showed that an average of 27% of ingested seeds are later collected while still being viable in the faeces. In the field, we observed 9 and 6% of teal to carry at least one viable propagule internally or externally, respectively. Although the likelihood for one bird to disperse one propagule at a given point in time is low, such probabilities potentially get important when considering the hundreds of thousands of ducks which move daily between wetlands. This therefore suggests that ducks do play an important role in the dispersal of many aquatic organisms and parasites. In the current context of habitat fragmentation, climate change and invasive introduced species, taking dispersal into account becomes an issue of great importance for management and habitat conservation

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Sicard, Mathieu. « Modalités écologiques et évolutives des interactions entre les nématodes entomopathogènes Steinernema et leurs symbiotes bactériens Xenorhabdus ». Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20193.

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Thomas, Frédéric. « Conséquences écologiques et évolutives des interactions hôtes-parasites au sein de l'association amphipode (Gammarus) - trématodes ("Microphallus" et "Maritrema") ». Montpellier 2, 1996. http://www.theses.fr/1996MON20177.

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Résumé :

Les parasites sont reconnus aujourd'hui comme un paramètre essentiel de l'écologie et de l'évolution des espèces hôtes. Dans ce cadre, nous avons réalisé nos recherches sur l'association biologique entre crustacés du genre gammarus (amphipodes) et plusieurs espèces de parasites (trématodes microphallidae). Nos résultats ont révélé l'impact de ces parasites sur plusieurs paramètres essentiels de la valeur sélective et des traits de vie des hôtes, en particulier les processus de sélection sexuelle. Nous avons également montré que la régulation différentielle des populations d'amphipodes par le trématode m. Papillorobustus pouvait contribuer au maintien d'une plus grande diversité biologique dans l'écosystème. L'ensemble de ces résultats nous a d'ailleurs conduit à proposer une nouvelle hypothèse concernant le rôle des parasites dans les processus de sélection sexuelle. Nous avons également mis en évidence que le parasite maritrema subdolum favorisait sa transmission en utilisant une stratégie pirate (l'auto-stop), qui consiste à infester préférentiellement des crustacés à comportement suicidaire (i. E. Deja infestes par m. Papillorobustus). Enfin, sur la base de nos résultats et d'une analyse bibliographique, nous avons discuté l'influence des parasites manipulateurs du comportement sur l'équilibre des écosystèmes

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De, Garine-Wichatitsky Michel de. « Ecologie des interactions hôtes/vecteurs : analyse du système tiques/ongulés sauvages et domestiques en zone tropicale ». Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20114.

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Résumé :

Les hotes peuvent-ils eviter les parasites ? dans une perspective ecologique et evolutive, nous avons etudie l'infestation des ongules par des tiques, ainsi que la distribution spatio-temporelle de ces vecteurs et de leurs hotes. Un modele theorique est presente qui relie (1) les niveaux d'infestation des ongules ; a (2) l'utilisation de l'habitat par les ongules ; et (3) l'abondance des tiques dans la vegetation. Les parametres du modele ont ete mesures sur un ranch mixte faune/betail du zimbabwe en fonction des saisons : (1) les niveaux d'infestation sont variables entre les especes d'ongules ; (2) l'utilisation de l'habitat par les ongules differe entre les especes, mais ne semble pas expliquer les variations d'infestation entre especes ou entre individus-hotes ; (3) l'abondance des larves de tiques dans la vegetation revele deux distributions garantissant le contact avec les ongules : une distribution imprevisible dans le temps et l'espace, et donc inevitable ; une distribution previsible, mais inevitable car associee a des ressources indispensables aux hotes (points d'eau et ressources fourrageres). Les strategies eventuelles d'evitement des tiques par les ongules sont abordees en fonction des compromis qu'elles impliquent pour les hotes, de la previsibilite du risque parasitaire, et de l'agregation des parasites a differentes echelles. Les tiques et les maladies a tiques constituent un frein majeur au developpement de l'elevage en zone tropicale. De plus, face a la multiplication des conflits entre la faune et les activites pastorales en afrique (competition pour les paturages et transmission de maladies), les systemes mixtes faune/betail permettent de concilier des objectifs de conservation et de productions animales. Nos resultats sont discutes en relation avec la spatialisation du risque vectoriel, les methodes de lutte contre les tiques, et l'interet d'une etude genetique des vecteurs pour etablir le role de reservoir eventuel de la faune sauvage.

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Arancio, Marc. « Etude théorique des interactions entre des dinoflagellés et des parasitoïdes eucaryotes en environnement mélangé : persistance du système et succession phytoplanctonique ». Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10223/document.

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Résumé :

De nombreuses espèces de dinoflagellés autotrophiques peuvent être parasitées par de multiples parasitoïdes eucaryotes. Ces parasitoïdes ont un cycle de vie particulier qui abouti à la mort de l’hôte et à la libération de plusieurs centaines de zoospores capables d’infecter un nouvel hôte. Plusieurs études ont démontré leur fort potentiel pour contrôler les populations hôtes en quelques jours ainsi que leur très grande diversité et suggère une dynamique d’infection très complexe dans ce type de milieu. L’objectif de cette thèse consiste à appréhender cette dynamique d’infection parasitoïdes-dinoflagellés dans un estuaire fortement mélangé ainsi qu’une meilleure compréhension des différentes interactions ayant lieu au sein de ce système. Afin de répondre à cette problématique, nous avons utilisé l’approche de la modélisation IBM. Cette approche a notamment permis de montrer que le processus de désenkystement des hôtes, utilisé par les parasites pour passer l’hiver, permet d’expliquer la persistance du système. Elle a également permis de montrer l’influence que peuvent avoir différents types de parasitoïdes sur la dynamique d’infection et la succession des espèces de dinoflagellés, avec une diversité accrue de la population hôte en présence de spécialistes et diminué avec les généralistes. Une amélioration de l’estimation du paramètre utilisé pour calculer le taux de rencontre entre les hôtes et les parasites avec des méthodes expérimentales puis numériques a aussi été tentée. Les résultats ont démontré une modification non négligeable de ce paramètre en fonction des comportements ainsi que le besoin de les prendre en compte pour une meilleure paramétrisation
Many species of autotrophic dinoflagellates can be parasitized by multiple eukaryotic parasitoids. These parasitoids have a specific life cycle resulting in the death of the host and the release of hundreds of zoospores that can infect a new host. Several studies have demonstrated their potential to control the host population in a few days as well as their great diversity and suggests a very complex dynamics of infection in this kind of environment. The objective of this thesis is to understand the parasitoid-dinoflagellates infection dynamics in a highly mixed estuary and a better understanding of the different interactions taking place within this system. To address this problem, we used the modeling approach (IBM). This approach has enabled to show that the hosts excystment process, also used by the parasites to survive the winter, helps to explain the persistence of the system. It has also demonstrated the potential influence of different types of parasitoid on the dynamics infection and succession of dinoflagellates species, with increased diversity of the host population in the presence of specialists and decreased with generalists. The estimation improvement of the parameter used to calculate the rate of encounter between hosts and parasites with experimental and numerical methods was also attempted. The results showed a significant change in this parameter depending on behavior and the need to take it into account for a better parameterization

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Mailhot, Payse. « Écologie de la cécidomyie du sapin (Paradiplosis tumifex) : relations avec la cécidomyie inquiline des galles (Dasineura balsamicola) et ses parasitoïdes ». Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23941/23941.pdf.

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Les infestations de la cécidomyie du sapin (Paradiplosis tumifex), un ravageur important du sapin baumier (Abies balsamea), surviennent périodiquement et ont été observées dans les plantations du sud du Québec de 2000 à 2002. Divers ennemis naturels causent probablement les fluctuations cycliques d’abondance, tels que la cécidomyie inquiline des galles (Dasineura balsamicola) et diverses espèces de parasitoïdes. Cette étude réalisée en Estrie, visait à documenter leurs interactions, afin d’évaluer leur rôle dans l’effondrement des populations de P. tumifex survenu en 2003. Cinq espèces de parasitoïdes associés à P. tumifex ont été identifiées. Des données relatives à la présence de plusieurs parasitoïdes dans une même galle (multiparasitisme) suggèrent des interactions négatives (interférence) fréquentes entre les ennemis naturels de P. tumifex. De plus, les forts taux d’inquilinisme et de parasitisme indiquent que ces ennemis naturels sont probablement responsables de l’effondrement des populations de ce ravageur, en 2003 dans les plantations du sud-ouest du Québec.

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Bron, Magali. « Etude écologique et éthologique de Phlebotomus perniciosus (vecteur de leihmaniose canine et humaine) et de Sergentomya minuta dans le Sud Est de la France (région marseillaise) ». Aix-Marseille 3, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX30039.

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Résumé :

Les investigations portent sur les phlebotomes de la banlieue marseillaise. Elle ont permis de recencer deux especes: sergentomyia minuta, herpetophile et p. Perniciosus, vecteur de leishmaniose. Les differences interstationnelles ont permis de degager une typologie basee sur leur mode de fonctionnement. Elles sont en parties regies par des facteurs physiographiques biologiques dont certains ont ete utilises comme descripteurs lors de l'elaboration de la carte ecologique. La dynamique des populations est conditionnee par les facteurs climatiques. L'influence des facteurs biologiques semble se determiner par une concurrence interspecifique exerce entre s. Minuta et p. Perniciosus au detriment de cette derniere. Elle se traduit par des phenomenes adaptatifs tels que la diminution de la taille de p. Perniciosus et la derive du sex ratio en faveur des males de cette espece. L'etude des facteurs lithologiques en laboratoire et sur le terrain montre le role essentiel de la matiere organique dans la regulation des facteurs hygrothermiques et du relargage des infrarouges thermiques. Associee aux sables, la matiere organique intervient dans le degre de fertilite des gites, et dans le choix d'un gite de ponte par les femelles des deux especes

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Dessier, Aurélie. « Analyse du compartiment mésozooplanctonique et écologie alimentaire printanière de la sardine, Sardina pilchardus (Walbaum, 1782), et de l’anchois, Engraulis encrasicolus (Linné, 1758) adultes dans le Golfe de Gascogne ». Thesis, La Rochelle, 2015. http://www.theses.fr/2015LAROS036/document.

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Résumé :

L’étude de l’écologie alimentaire d’une espèce est une clé de la compréhension de sa biologie et de son fonctionnement dans l’écosystème. Ainsi, les interactions proies-prédateurs sont une des voies qui structurent et déterminent les dynamiques des populations et le réseau trophique à l’échelle d’un écosystème. Parmi les sites d’étude d’intérêt majeur, le milieu marin est un espace soumis à des forçages naturels et anthropiques. A l’échelle de l’Océan Atlantique Nord-Est, le Golfe de Gascogne est une vaste baie bordée par l’Espagne au sud et la France à l’est. Ce Golfe est le siège historique d’une intense activité de pêches commerciales pour lesquelles les principales espèces de petits poissons pélagiques ciblés sont la sardine, Sardina pilchardus, et l’anchois, Engraulis encrasicolus. L’objectif de ces travaux est d’analyser l’écologie alimentaire printanière, de ces deux petits poissons pélagiques dans le Golfe de Gascogne. Pour ce faire, le premier volet s’est focalisé sur le compartiment des proies mésozooplanctoniques via deux approches : la caractérisation de leurs dynamiques spatio-temporelles sur la décennie 2003-2013 et la mesure de leur contenu énergétique au printemps. Il apparaît, à cette saison, que tous les types de proies ne se valent pas énergétiquement et que notre site d’étude représente une mosaïque d’habitats alimentaires. De plus, la communauté mésozooplanctonique printanière présente une forte structuration spatiale, une évolution temporelle marquée par un changement majeur d’abondance et un contrôle par la biomasse de microphytoplancton. Le second volet de ces travaux est relatif à une approche méthodologique de l’analyse de l’écologie alimentaire de S. pilchardus et E. encrasicolus. Trois traceurs trophiques distincts ont été utilisés : les ratios isotopiques du carbone et de l’azote, la faune parasitaire et les niveaux de contamination en mercure. Pour perfectionner l’utilisation du premier de ces traceurs, une approche expérimentale a été menée sur S. pilchardus pour déterminer un facteur de discrimination trophique. Finalement, il apparaît que l’utilisation de ces trois traceurs a toujours permis de mettre en évidence une variabilité temporelle relative de l’écologie alimentaire des poissons étudiés. En revanche, aucune dynamique spatiale n’a pu être détectée via ces traceurs
Dietary studies of marine species constitute an important key to improve the understanding of its biology and of its role in the ecosystem. Thus, prey-predator relationships structure and determine population dynamics and the trophic network at the ecosystem scale. Among the major study sites, the marine ecosystem is submitted to natural and anthropogenic constraints. In the North-Eastern part of the Atlantic Ocean, the Bay of Biscay is a large open area surrounded South by Spain and East by France. This bay is an historic place of intense fishery activities for which the main small pelagic species targeted are the pilchard, Sardina pilchardus and the anchovy, Engraulis encrasicolus. The aim of this work is to analyze the trophic ecology of these two small pelagic fish in spring in the Bay of Biscay. To do this, a first section is devoted to their prey composed by the mesozooplanktonic compartment, through a two-fold approach: the characterization of their spatio-temporal dynamics during the decade 2003-2013 and the measurement of their energetic content in spring. For this season, it appears that all prey types are not worth energetically and that the Bay of Biscay represents a mosaic of dietary habitat. Moreover, the spring mesozooplankton community presents a strong spatial structuration, a temporal evolution marked by a major change in abundance and a control by the microphytoplankton biomass. The second section of this work is relative to a methodological approach of the trophic ecology of S. pilchardus and E. encrasicolus. Three different trophic tracers have been used: isotopic ratios of carbon and nitrogen, parasitological fauna and mercury contamination levels. To improve the use of the first of these trophic tracers, an experimental approach has been conducted with S. pilchardus to determine a trophic discrimination factor. Finally, it appears that the use of these three trophic tracers has always been permitted to highlight a temporal variability of the relative trophic ecology of these fish. However, no spatial dynamics could be identified through these three trophic tracers

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Drhimer, Driss. « Etat phytosanitaire des peuplements de chêne-liège de la forêt de la Maamora en fonction des conditions écologiques et de l'anthropisation : études de deux parasites : insectes xylophages, champignons phytopathogènes ». Aix-Marseille 3, 2001. http://www.theses.fr/2001AIX30033.

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Résumé :

Cette étude constitue un Jalon vers une meilleure connaissance des problèmes phytosanitaires de la subéraie de la Maamora. Dans cette étude, on a essayé d'analyser l'impact des facteurs abiotiques, environnementaux et stationnels ainsi que facteurs biotiques relatifs aussi bien à l'activité humaine qu'à l'activité parasitaire Les divers aménagements forestiers ont été un échec. En effet, l'objectif du maintien du chêne-liège n'a pas été atteint. La croissance démographique, les prélèvements de bois, le surpâturage, l'écimage, l'ébranchage, ont contribué à accentuer les pressions, le ramassage des glands a limité la régénération et les aménagements autoroutiers et urbanistiques. Ont fortement fragmenté l'étendue de la subéraie initiale. .
This study constitutes a step to a better understanding of the phytosanitary problems of the cork-oak forest of Maamora. In this study, we have tried to analyze the impact of the abiotic, environmental and stationary factors as wellas the biotic factors related to man activity and parasits activity. The various forest parcelling out dit not succeed : the object of maintaining cork-oak has hot been attained. Increase in population, lire-wood collecting, overgrazing, pollarding, stripping, have contributed to increase thestress, acorn picking limited the regeneration and the motorway and urban developments have greatly breaked up the initial cork-oak forest. The more prevalent and the more common symptoms encountered in this study can be summarized by a transparent crown (71 % of the trees present a crown thinning out), by a fading and a loss of the leaves, by a withering of the shoots which affects more than 50 % of the trees, by a withering of the twigs from the top of the crown due to Diplodia mutila (72 % of the trees show dead boughs, 19 % of which half sapless), by cankers and ozings. The dead boughs let appear a black stroma through the cork cracks. .

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Monjot, Arthur. « Les eucaryotes unicellulaires dans les écosystèmes lacustres : de la diversité fonctionnelle aux interactions hôte-parasites ». Electronic Thesis or Diss., Université Clermont Auvergne (2021-...), 2023. http://www.theses.fr/2023UCFA0109.

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Résumé :

Au cours des dernières décennies, notre compréhension de la diversité microbienne dans l'environnement a beaucoup progressé notamment avec l'avènement des méthodes de séquençage de nouvelle génération et les approches « -omics ». Leur application a notamment permis de s'affranchir des approches de mise en culture ne contribuant qu'à une évaluation partielle et orientée de la diversité microbienne. Le métabarcoding, basé sur l'étude d'un marqueur unique et ubiquiste, est la méthode la plus utilisée pour l'analyse de la diversité car elle permet une évaluation assez exhaustive des espèces présentes dans un écosystème. En milieu aquatique, elle a en effet permis la mise en évidence d'une diversité considérable et insoupçonnée d'eucaryotes unicellulaires. Toutefois cette approche, essentiellement descriptive, ne permet pas de déterminer la physiologie ni de comprendre le rôle de ces microorganismes dans les écosystèmes. D'autres méthodes, telles que la métatranscriptomique, offrent la possibilité d'étudier leur potentiel métabolique et d'en évaluer les variations en fonction de paramètres environnementaux. Néanmoins, ces approches de séquençage haut débit conduisent à la production d'une quantité colossale de séquences environnementales dont la majeure partie reste inconnue. Afin d'étudier le lien diversité-fonction au sein des eucaryotes unicellulaires et ainsi mieux comprendre leur rôle dans les réseaux trophiques lacustres, largement sous-étudiés en comparaison aux écosystèmes marins, plusieurs approches ont été utilisées.Du métabarcoding couplé à une étude de traits morpho-physio-phénotypiques, de la métatranscriptomique ainsi qu'une méthodologie basée sur l'isolement et la caractérisation de couples hôte-parasites (séquençage et hybridation in situ), ont été réalisés à partir d'échantillons lacustres (Pavin, méromictique ; Aydat, dimictique). Ces analyses ont révélé l'importante diversité des photo-osmo-phago-mixotrophes et des parasites tout en mettant en évidence les fortes variations saisonnières qu'ils subissent dans le mixolimnion du lac Pavin. Il semblerait, par exemple, que les périodes de brassage profitant aux communautés hôtes photosynthétiques favorisent le développement et la dissémination de champignons parasites notamment par la surexpression de gènes impliqués dans la phototaxie des zoospores et dans les métabolismes lipidiques. Parmi ces champignons parasites, les microsporidies sont des acteurs nouvellement identifiés dans les réseaux trophiques aquatiques. Nous avons en effet découvert avec une forte prévalence (42,5%) dans le lac d'Aydat, une association hôte-parasites entre une potentielle nouvelle espèce de microsporidie et une espèce de rotifère.Une importante biosphère rare a également été mise en évidence dans le monimolimnion anoxique du lac Pavin, caractérisée par de nombreux saprotrophes surexprimant des gènes liés aux métabolismes du soufre, du nitrate et de dégradation de la matière organique. Les métabolismes caractéristiques d'organismes de différents modes trophiques ont également été étudiés en réalisant une étude basée sur la construction de réseaux de similarité de séquences protéiques. Tout en caractérisant pour la première fois une majorité de séquences inconnues (>40%), nous avons révélé la proximité génétique de protéines entre microorganismes hétérotrophes et photo-osmo-phago-mixotrophes et entre saprotrophes et parasites, ainsi qu'une redondance fonctionnelle relative des métabolismes primaires. En revanche, nous avons identifié près d'un million de protéines caractéristiques d'un seul groupe fonctionnel qui, pour certaines, représentent de réelles perspectives d'étude des voies métaboliques impliquées dans les interactions hôte-parasites
Over the last few decades, our understanding of microbial diversity in the environment has advanced considerably, particularly with the advent of next-generation sequencing methods and -omics approaches. These methods have allowed for a more comprehensive evaluation of microbial diversity compared to traditional culture-based approaches. The most commonly used method for analyzing diversity is metabarcoding, which is based on the study of a unique and ubiquitous marker. This method has revealed a considerable and unsuspected diversity of microbial eukaryotes in aquatic environments. However, this approach is mainly descriptive and does not allow for the determination of the physiology or understanding of the role of these microorganisms in ecosystems. Other methods, such as metatranscriptomics, offer the possibility of studying their metabolic potential in relation to environmental parameters. Nevertheless, these high-throughput sequencing approaches lead to the production of a vast quantity of environmental sequences, most of which remain unknown. To better understand the diversity-function link within microbial eukaryotes and their role in lacustrine trophic networks, several approaches have been used.Metabarcoding coupled with a study of morpho-physio-phenotypic traits, metatranscriptomics and a methodology based on the isolation and characterization of host-parasite pairs (sequencing and in situ hybridization), were carried out on lake samples (Pavin, meromictic; Aydat, dimictic). These analyses revealed the high diversity of photo-osmo-phago-mixotrophs and parasites, while also highlighting the strong seasonal variations they undergo in the mixolimnion of lake Pavin. For example, periods of mixing benefiting photosynthetic host communities favor the development and dissemination of parasitic fungi, notably through the overexpression of genes involved in zoospore phototaxis and lipid metabolism. Among these parasitic fungi, Microsporidia are newly identified players in aquatic food webs. Indeed, we discovered a high prevalence (42.5%) host-parasite association between a potential new species of Microsporidia and a species of rotifer in lake Aydat. An important rare biosphere has also been highlighted in the anoxic monimolimnion of Lake Pavin, characterized by numerous saprotrophs overexpressing genes related to sulfur, nitrate, and organic matter degradation metabolisms. The characteristic metabolisms of organisms of different trophic modes have also been studied by constructing protein sequences similarity networks.While characterizing the majority of unknown sequences for the first time (>40%), we have revealed the genetic proximity of proteins between heterotrophic and photo-osmo-phago- mixotrophic microorganisms and between saprotrophs and parasites, as well as a relative functional redundancy of primary metabolisms. On the other hand, we have identified nearly one million proteins characteristic of a single functional group, which, for some, represent real prospects for studying the metabolic pathways involved in host-parasite interactions

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Alessio, Filipe Martins. « Biodiversité, périurbanisation et santé publique : cas des micromammifères et de leurs parasites des fragments forestiers de la région métropolitaine de Recife, Pernambuco, Brésil ». Aix-Marseille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX11123.

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Résumé :

Les déterminants de la diversité de micromammifères de la Forêt Atlantique du Centre d’Endemisme Pernambuco sont encore très peu connus alors même que la forêt connaît de profondes modifications anthropiques. Or certaines espèces sont les vecteurs de maladies humaines dite réémergentes. Décortiquer la relation santé humaine et environnement peut se décliner sur trois grands axes interdépendants qui concernent la modification des écosystèmes et leurs implications en termes de santé humaine et santé animale. L'approche principale de la présente étude est axée sur l'écologie des micromammifères et de leurs parasites en lien avec les dynamiques environnementales de la fragmentation de la forêt Atlantique au Nord-Est du Brésil et leurs conséquences potentielles sur la santé humaine. Entre janvier 2008 et mars 2009, nous avons échantillonné six fragments de forêt présents en milieux urbains et ruraux de la Région Métropolitaine de Recife. Les micromammifères ont été capturés en 4 sessions de piégeage de cinq nuits consécutives dans chaque fragment. Dans un effort total de 25. 231 pièges/nuits, 431 micromammifères appartenant à 20 espèces (8 marsupiaux, 11 rongeurs et un lagomorphe) ont été capturés. Les individus ont été anesthésiés, puis mesurés et dépouillés de leurs ectoparasites. Des échantillons de sang et des fèces ont été collectés dans l'objectif d'analyser les eucaryotes, bactéries et virus sanguins ou révéler la présence d'helminthes dans les fèces. La communauté de micromammifères a été dominée par les marsupiaux généralistes, particulièrement par les espèces Metachirus nudicaudatus, Didelphis albiventris, Marmosa murina et Micoureus demerarae, qui ont été présentes dans presque tous les sites échantillonnés. Au contraire, les espèces de rongeurs ont présenté des distributions plus restreintes et étaient généralement moins nombreuses. Les proportions de marsupiaux capturés à des hauteurs intermédiaires et au niveau du sol n'ont pas variées significativement dans la plupart des fragments. Les rongeurs ont été majoritairement capturés au sol, et seulement 2,2% des individus ont été capturés à des hauteurs intermédiaires. La fréquentation de ces strates n’a pas varié entre les différents fragments, alors que leur structuration verticale s’est avérée bien différente. Les analyses préliminaires sur le cortège de parasites rencontrés sur les espèces hôtes ont permis l'identification de quatre espèces de tiques, l'une d'elles représentant une espèce relativement rare en Amérique du Sud, attestant que l'écologie des vecteurs de maladies potentiellement graves, comme la fièvre pourprée, en est encore à ses balbutiements dans la région d'étude. Il a été mis en évidence le caractère agrégatif d'une espèce de tique au sein de sa population hôte, confirmant les théories générales de la relation hôte-parasite et ce malgré le caractère très anthropique de ces milieux. Outre les résultats sur les ectoparasites, il a été montré que la bactérie Staphylococcus aureus était à l'origine des symptômes de mammite chez Didelphis albiventris, phénomène assez inhabituel chez les marsupiaux. Ainsi une des espèces les plus abondantes des fragments urbains s'avère être un potentiel réservoir et/ou vecteur d'une bactérie responsable d'infections potentiellement mortelles pour l'espèce humaine. La relation entre les modifications de la matrice paysagère et l'écologie des micromammifères hôtes d'agents étiologiques de maladies comme la leishmaniose, la leptospirose, la toxoplasmose et la sarcocystose, mérite donc d'être largement approfondie afin de comprendre l'émergence et l'écologie de nouvelles maladies humaines et animales
The determinants of the diversity of micromammals in the Atlantic Forest of Pernambuco Endemism Center are still unknown. Dissect the relationship between human health and environment can be explained by three main interrelated axes that concern the modification of ecosystems and their implications for human and animal health. The main approach of this study focuses on the ecology of small mammals and their parasites in relation to the environmental dynamics of the fragmentation of the Atlantic Forest in Northeastern Brazil and their potential impact on human health. Between January 2008 and March 2009, we surveyed six forest fragments present in urban and rural areas of the Metropolitan Region of Recife. The mammals were captured in 4 sessions of five consecutive nights of trapping in each fragment. In a total effort of 25,231 trap / nights, 431 mammals belonging to 20 species (8 marsupials, 11 rodents and one lagomorph) were captured. Individuals were anesthetized, measured, and stripped of their ectoparasites. Blood samples and feces were collected in order to analyze the eukaryotes, bacteria and viruses, blood or reveal the presence of helminths in feces. The community was dominated by generalist marsupial species, particularly by the species Metachirus nudicaudatus, Didelphis albiventris, Micoureus demerarae and Marmosa murina, which were present in almost all sites. Instead, the rodent species showed smaller distributions and were generally less numerous. The proportions of marsupials captured at intermediate heights and at ground level have not varied significantly in most of the fragments. The Rodents were captured mostly on the ground, and only 2. 2% of individuals have been caught at intermediate heights. Attendance at these layers did not vary between the different fragments, so that their vertical structure has been quite different. Preliminary analysis on the set of parasites encountered in host species led to the identification of four species of ticks, one of which represents a relatively rare species in South America, showing that the ecology of vectors of diseases, such as spotted fever, is still in its infancy in the study area. The aggregative character of a tick species in its host population was highlighted, confirming the general theories of host-parasite relationship in spite of the very disturbed nature of these environments. The bacterium Staphylococcus aureus was also shown to be the cause of the symptoms of mastitis in Didelphis albiventris, something quite unusual among marsupials. Thus one of the most abundant species in urban fragments proved to be a potential reservoir and / or vector of a bacterium that causes life-threatening infections for humans. The relationship between changes in the landscape matrix and ecology of micromammals hosts of causative agents of diseases such as leishmaniasis, leptospirosis, toxoplasmosis and Sarcocystosis, deserves to be widely depth to understand the emergence and ecology of new human and animal diseases

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Boissier, Jérôme. « Sexe et schistosome : écologie des interactions hôte-parasite et parasite-parasite ». Perpignan, 2001. http://www.theses.fr/2001PERP0478.

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Résumé :

Le cycle biologique du genre Schistosoma est analysé à travers les interactions hôte-parasite en fonction du sexe de l'infestation et à travers les interactions parasite-parasite sexe-dépendantes. L'analyse des interactions hôte-parasite en fonction du sexe de l'infestation révèle que les mâles schistosomes induisent une plus grande pathogénie que les femelles schistosomes aussi bien chez l'hôte mollusque que chez l'hôte vertébré. Chez l'hôte mollusque, les fonctions de nutrition, de relation et de reproduction sont plus affectées par un parasite mâle que par un parasite femelle. Chez l'hôte vertébré, la pathogénie dépend du sexe de l'hôte et du sexe du parasite. Les souris femelles sont plus affectées que les souris mâles et le parasite mâle stimule plus le système immunitaire de son hôte que le parasite femelle. Cette différence de pathogénie entre le mâle et la femelle révèle des stratégies différentes d'évolution au cours du cycle biologique des schistosomes. Les interactions parasite-parasite sont analysées aussi bien chez l'hôte mollusque que chez l'hôte vertébré. Chez l'hôte mollusque, la présence simultanée des deux sexes du parasite stimule la réussite de développement des larves infestantes émises par ce mollusque. Chez l'hôte vertébré, nous mettons en évidence des interactions intra et intersexes. Les femelles génétiquement différentes entreraient en compétition (interaction intrasexe) et feraient le choix du mâle (interaction intersexe). Ces interactions sont à rapprocher des phénomènes de sélection sexuelle qui pourraient influencer les traits de vie de ces parasites
The life cycle of the genus Schistosoma is analysed both considering the host-parasite interactions as a function of the parasite sex and the parasite-parasite sex-dependant interactions. Studies of the host-parasite interactions according to the sex of infection revealed that male schistosomes are more pathogenic than females both in the mollusc and in the vertebrate host. Concerning the mollusc host, a male-infected mollusc was more affected in its nutrition, relation and reproductive functions than a female-infected mollusc. Concerning the vertebrate host, the pathogeny depended on the sex of the host and on the sex of the parasite. Female mice were less affected than male mice and male parasites had a higher stimulation on the immune system of the host than had female parasites. These differences between male and female pathogeny revealed different sexual strategies along the schistosome life cycle. The parasite-parasite interactions were analysed both in the mollusc and in the vertebrate hosts. Concerning the mollusc host, the simultaneous presence of both sexes, in a mollusc increases the development success of the larvae shed by this mollusc. Concerning the vertebrate host we showed intra and intersexes interactions. Genetically different females would complete each other (intrasexual interaction) and would choose there males (intersexual interaction). These interactions could be linked to sexual phenomena which could influence the life-history traits of these parasites

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Becheikh, Samia. « Recherche sur l'écologie et le développement de "Pachypygus gibber" (Thorell, 1859), copépode Notodelphyidae associé à l'ascidie "Ciona intestinalis" (L. ) ». Montpellier 2, 1996. http://www.theses.fr/1996MON20240.

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Résumé :

Pachypygus gibber (thorell, 1859) est un copepode notodelphyiadae associe en mediterranee a l'ascidie ciona intestinalis (l. ). Cette espece est remarquable par l'existence de deux formes sexuelles males, qualifiees l'une de typique, l'autre d'atypique. L'apparition de l'une ou de l'autre des deux formes depend de facteurs environnementaux. L'analyse de quelques parametres ecologiques de cette association dans l'etang de thau, a montre que cet organisme presente une distribution agregee au sein de la population hote et au sein des individus hotes. Le sex ratio est biaise en faveur des femelles. L'accumulation de ce parasite n'affecte pas de facon significative ni la survie ni la croissance de la cione. Le cout de cette association est assez restreint. Une etude experimentale a permis de determiner la nature des facteurs epigenetiques influencant le dimorphisme male et la differenciation sexuelle chez ce copepode. Il s'agit de la ressource et du conjoint. En effet, le type de developpement de la larve infestante, elevee in vitro, depend de la quantite de nourriture presente dans le milieu. La determination du sexe depend egalement de la ressource mais surtout de la presence dans le milieu d'elevage d'un conjoint adulte ; la larve se developpe alors selon le sexe oppose. L'action du conjoint est limitee a une periode bien determinee du developpement de la larve. Une seconde etude experimentale a permis de mettre en evidence des phenomenes attractifs chez le copepodite 2 et le male atypique de p. Gibber. Si la larve infestante de ce parasite est attiree par la cione, le male atypique est en revanche attire par une femelle hebergee par une grande cione parasitee

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Molbert, Noëlie. « Host-parasites transfer of micropollutants and eco-physiological consequences on a freshwater fish : case study of chub-acanthocephalan model ». Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. http://www.theses.fr/2020SORUS102.

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Résumé :

L'exposition à des mélanges complexes de substances chimiques dans l'environnement peut avoir de graves conséquences pour les animaux sauvages. En milieux naturels, ces organismes sont également affectés par de nombreux autres facteurs de stress, y compris le parasitisme. L'exposition chimique et l'infection parasitaire ont toutes deux été bien étudiées et documentées, mais dans de nombreux cas, elles ont été étudiées indépendamment l'une de l'autre. Cependant, il est crucial d'évaluer simultanément leur effet combiné étant donné que certains parasites peuvent interférer sur le devenir des polluants chez leur hôte grâce à leur capacité de bioaccumulation. Sur la base d'une étude de terrain, complétée par une approche expérimentale, j'ai étudié le devenir et les conséquences de six familles de contaminants organiques, et certains de leurs métabolites, dans un système hôte-parasite composé d'un poisson d'eau douce et de son parasite intestinal, Pomphorhynchussp. issus de la Marne, en France. Plus précisément, j'ai cherché à savoir si ces vers intestinaux étaient capables d'accumuler des substances toxiques et comment leur présence affectait la réponse au stress de leur hôte exposé aux contaminants environnementaux, à différents échelles biologiques à l'aide de biomarqueurs généraux (télomère, lysozyme, peroxydase, antioxydants, dommages oxydatifs, microbiote intestinal, indices de Fulton et hépatosomatique). Nous avons démontré que ces vers intestinaux étaient capables d'accumuler des contaminants organiques, de détoxifier leurs hôtes et que leurs effets sur l’hôte basculaient de négatifs à positifs à mesure que l'exposition aux contaminants organiques augmentait
Exposure to complex mixtures of environmental contaminants may have severe consequences in free-living. Under natural conditions, organisms are also exposed to other stressors, including parasites. Both chemical exposure and parasite infection have been well studied and documented, but have in many cases been investigated independently from one another. However, it is crucial to simultaneously assess their combined effect on wild organisms given that parasites may interfere with the fate of environmental contaminants within their host through their bioaccumulation capacity. Based on a field study, completed by an experimental approach, I investigated the fate and consequences of six families of organic contaminants, and some of their metabolites, in a host-parasite system composed of a freshwater fish, the European chub, Squalius cephalus, and its intestinal parasite, Pomphorhynchus sp. from the Marne River, France. Specifically, I investigated whether intestinal parasites were able to accumulate toxicants and how their presence affected the stress response of their definitive host exposed to environmental contaminants, at different biological levels with the use of general biomarkers (telomere, lysozyme, peroxidase, antioxidants, oxidative damage, gut microbiota, Fulton’s index and hepatosomatic index). Importantly, we demonstrated that intestinal worms were able to accumulate organic contaminants, detoxify their hosts and that their effects on the host shifted from negative to positive as chemical exposure increased

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Arsenieff, Laure. « Parasitisme et contrôle des blooms de diatomées en Manche occidentale ». Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS399.

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Résumé :

Les diatomées constituent un groupe majeur du phytoplancton marin. Ces microalgues peuvent former des blooms saisonniers considérables ayant des implications biogéochimiques importantes notamment sur l’export de carbone. A ce jour, la manière dont le parasitisme structure leur développement reste élusive. L’objectif de cette thèse était d’identifier le(s) parasite(s) associé(s) aux diatomées prédominantes en Manche Occidentale afin de mieux comprendre comment le parasitisme contrôle les blooms de ces microalgues. La première partie de cette thèse visait à décrire le réseau de parasites qui régule les diatomées du genre Guinardia, taxon-clef du microphytoplancton en Nord-Atlantique. Pour cela un travail d’isolement intensif des espèces de Guinardia et des parasites associés a été réalisé entre Août 2015 et Octobre 2016 à la station d’échantillonnage à long terme SOMLIT-Astan. La caractérisation des isolats a permis de mettre en évidence une diversité insoupçonnée de parasites régulant Guinardia delicatula, avec au minimum trois types de parasites appartenant à des lignées distinctes : des virus (Picornavirales, Bacillarnavirus), un parasite eucaryote (Labyrinthulomycetes, Aplanochytrium sp.) et des bactéries algicides (Bacteroidetes, Kordia sp.). Ces nouveaux parasites n’ont jamais été décrits en association avec Guinardia et s’ajoutent donc aux autres parasites connus pour cet hôte. Les parasites isolés à SOMLIT-Astan présentent des stratégies d’infections différentes, suggérant des interactions complexes dans la nature. Dans un second temps, nous avons étendu notre étude à des nanodiatomées appartenant aux genres Minidiscus et Thalassiosira, largement distribuées dans l’océan global mais dont les dynamiques saisonnières et leur contrôle sont quasi-inexplorées. La combinaison d’outils microscopiques et moléculaires a mis en évidence que ces nanodiatomées dominent numériquement la communauté phytoplanctonique à SOMLIT-Astan et qu’elles présentent des patrons saisonniers très marqués. La collection importante de 82 parasites, dont 27 virus, isolés tout au long de l’année à partir de ces deux genres indique pour la première fois un rôle-clé des interactions biotiques dans la régulation des dynamiques des nanodiatomées. Ce projet de thèse révèle une diversité nouvelle et importante de parasites associés aux diatomées au Manche Occidentale. La contribution relative de ces parasites dans la régulation des diatomées, leurs implications biogéochimiques, et évolutives reste à mettre en lumière
Diatoms are one of the most successful phytoplankton groups. They can form considerable seasonal blooms with important biogeochemical implications, especially with respect to carbon export. To date, the role of parasites in the regulation of diatom blooms remains elusive. The main objective of this thesis was to identify the parasites associated to dominant diatom species in the Western English Channel to better understand how parasitism regulates diatom blooms. The first part of the project aimed to identify parasitic network that controls the diatom Guinardia, a major component of microphytoplankton communities in coastal systems of the North Atlantic. Intensive isolation of Guinardia species and associated parasites into laboratory culture was carried out between August 2015 and October 2016 from the SOMLIT-Astan long- term monitoring station. Characterization of these isolates revealed an unsuspected diversity of parasites that infect Guinardia delicatula, with at least three types of parasites belonging to distinct lineages: viruses (Picornavirales, Bacillarnavirus), a eukaryotic parasite (Labyrinthulomycetes, Aplanochytrium sp.) and algicidal bacteria (Bacteroidetes, Kordia sp.). These pathogens have never previously been described in association with Guinardia and therefore add to the list of known parasites reported for this host species. The parasites isolated from SOMLIT-Astan displayed different infection strategies, suggesting complex interplays in nature. In the second part of this thesis, the study was extended to nanoplanktonic diatoms that belong to the genera Minidiscus and Thalassiosira. These minute microalgae are widespread in the global ocean, but their seasonal dynamics are quasi-unexplored. Using a combination of microscope observations and molecular tools, we showed that these nanodiatoms numerically dominated the phytoplankton community at the SOMLIT-Astan station and that they have contrasted seasonal patterns. The large set of 82 parasites, including 27 viruses, isolated from these two genera throughout the sampling period highlights, for the first time, the key role of biotic interactions in the regulation of nanodiatom dynamics. This Ph.D. project has revealed significant novel diversity of pathogens of diatoms in the Western English Channel. The relative contribution of these parasites to regulation of diatom populations and their resulting biogeochemical and evolutionary implications remain to be investigated

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Manguin, Sylvie. « Dynamique des peuplements de Sciomyzidés et de mollusques d'un biotope lénitique méditerranéen et étude expérimentale des préférences de proies de Tetanocera ferruginea (Diptera:Sciomyzidae) ». Montpellier 2, 1987. http://www.theses.fr/1987MON20230.

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Les larves de t. Ferruginea, dont le developpement est conditionne par le pool de proies disponibles, ont un impact predateur important sur le peuplement malacologique, surtout de mai a juillet et de septembre a novembre. Le spectre de proies a ete etabli. L'analyse de la predation montre l'influence de la morphologie, de l'ethologie et de la taille du mollusque. L'augmentation du nombre d'especes proies influence la predation de la larve. La larve manifeste une preference plus ou moins marquee pour certaines especes-proies

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Villette, Petra. « Spatial and temporal characteristics of bacterial parasite communities in outbreaking fossorial water vole (Arvicola terrestris) populations : static uniformity or dynamic heterogeneity ? » Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2018. http://www.theses.fr/2018UBFCD056/document.

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Résumé :

Le campagnol terrestre, Arvicola terrestris, occasionne en France, lors de ses pullulations cycliques interannuelles, d’importants dégâts aux prairies de montagne. Un groupe de travail constitué des équipes de recherche de l’Université de Franche-Comté (UFC), de l’INRA (Centre de Biologie et de Gestion des Populations) et d’organismes agricoles (Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles de Franche-Comté, FREDON), ont privilégié une approche « systémique » dans laquelle les interactions entre les campagnols, leur habitat (paysage, prédateurs) et les pratiques agricoles sont analysées de façon hiérarchisées (spatialement et temporellement). Un des objectifs est de mettre en évidence le plus grand nombre possible de facteurs de contrôle sur lesquels il est possible d’agir, et l'échelle à laquelle ces actions sont pertinentes. Ces études ont permis d’initier une stratégie, expérimentée avec succès, notamment en Franche-Comté et en Auvergne, et qui privilégie la lutte raisonnée. Il subsiste néanmoins des zones d’ombre relatives à la compréhension du cycle, notamment concernant les déterminants de la phase de déclin. Le rôle du cortège de pathogènes (parmi lesquels certains peuvent être transmis à l’homme) reste pour l’instant sujet de débat dans la littérature scientifique. La compréhension des facteurs clés déterminant cette phase devrait permettre aux éleveurs de mieux anticiper les impacts économiques et adopter les stratégies de contrôles des population les plus adéquates. Objectifs de la thèse (1) Tester les hypothèses des pathogènes et de la sénescence pour expliquer le déclin démographique. (2) Rechercher des indicateurs biologiques (diversité des pathogènes et/ou indicateurs immunitaires) qui permettent de prédire les phases de déclin et d’anticiper des mesures agricoles appropriées pour restaurer les prairies. (3) Evaluer le rôle de la transition entre la phase de forte densité et de déclin démographique pour l’émergence de pathogènes circulants par les populations de campagnols et responsables de maladies humaines. Méthodologie générale Des suivis de populations avec des prélèvements réguliers (mensuels) seront réalisés sur plusieurs populations (répliquats) dans la période qui encadre le déclin démographique. Des méthodes fondées sur le séquençage à haut débit (NGS : Next Generation Sequencing) pour l’épidémiologie permettent d’établir des catalogues complets des pathogènes (virus, bactéries, parasites) hébergées par les populations, et d’en mesurer les prévalences
Context In France, during cyclic population surges, water voles, Arvicola terrestri, cause extensive damage to mountain grassland. A working group consisting of researchers from the University of Franche-Comté (UFC), INRA (Centre de Biologie et de Gestion des Populations) agricultural organizations (Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles de Franche-Comté, FREDON) are working on systems approach in which interactions between voles, their habitat (landscape, predators) and agricultural practices are analysed hierarchically (in space and time). One of the objectives is to highlight the largest possible number of control factors on which it is possible to act, and the scale at which these actions are relevant. These studies have helped initiate a strategy, successfully tested in Franche-Comté and in Auvergne, which promotes the integrated control of water vole populations. Nevertheless, there are still grey areas in the understanding of the cycle, particularly on the determinants of the decline phase. The role of pathogen communities (some species may even be transmitted to humans) so far remains the subject of debate in the scientific literature. The understanding of the key factors determining this phase should allow farmers to better anticipate economic impacts and to adopt optimal strategies for vole population control Objectives: (1) To test the pathogens and senescence hypotheses in order to explain the population decline. (2) To look for biological indicators (diversity of pathogens and / or immune indicators) that may predict the decline phase in order to anticipate appropriate measures to restore grasslands. (3) To assess the role of the transition between high population density phase and the decline phase for the emergence of pathogens in vole populations that may cause human diseases.General Methodology Population monitoring with regular (monthly) sampling will be made on several populations (replicates) in the period that brackets the vole population declines. Methods based on Next Generation Sequencing (NGS) makes it possible to establish extensive catalogues of pathogens (viruses, bacteria, other parasites) hosted by vole populations and to measure the prevalence

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Conchou, Lucie. « Les odeurs dans les interactions plantes-insectes au-delà de la communication. Application au modèle Ficus-pollinisateurs-parasites et conséquences pour la compréhension des processus de coévolution ». Thesis, Montpellier 2, 2013. http://www.theses.fr/2013MON20121/document.

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Résumé :

Les odeurs émises par les plantes sont souvent interprétées dans le cadre de leur interaction avec les insectes pollinisateurs, herbivores et ennemis naturels, en tant que signaux de communication dont la fonction est l'attraction ou la répulsion de ces insectes. Pourtant, la communication a une définition précise en biologie évolutive, et le terme « signal » ne doit s'appliquer qu'à des traits de l'émetteur qui ont été sélectionnés dans le cadre de l'interaction avec le récepteur par voie sensorielle. De plus, certaines études démontrent que les Composés organiques volatils (COV) émis par les feuilles participent à la défense des plantes contre divers stress abiotiques (notamment stress oxydant et thermique) et biotiques (pathogènes, induction des défenses). L'idée de cette thèse, c'est d'essayer de faire rentrer l'ensemble de ces contextes et fonctions potentielles dans un cadre commun. En utilisant comme modèle les figuiers, leurs pollinisateur et parasites spécialistes, j'ai choisi comme approche de comparer les variations des odeurs de figue à celles de odeurs de feuille, au cours du développement des figues et au cours d'une journée. Dans les deux cas, les feuilles constituent un témoin permettant de déterminer si les variations observées peuvent être adaptatives vis-à-vis de l'interaction avec les insectes, mais aussi de considérer explicitement les fonctions potentielles des odeurs émises en dehors de la réceptivité. Ainsi, les fonctions de protection contre les stress habituellement attribuées aux odeurs de feuilles sont également pertinentes pour les odeurs de figues. A partir de là, le constat que le concept de communication n'est pas pertinent pour décrire le rôle des odeurs dans les interactions figuier-parasite permet de développer une réflexion sur la manière dont les phytophages et leurs ennemis naturels sont susceptibles d'influer sur l'évolution des odeurs émises par les plantes. Enfin, dans le cas de la communication olfactive figuier-pollinisateur, l'étude du cas de Ficus septica, chez qui deux pollinisateurs écologiquement différenciés coexistent, permet d'imaginer un mécanisme potentiel de co-spéciation écologique dans lequel la divergence des modalités de communication olfactive participerait à la mise en place de l'isolement reproducteur
The scents emitted by plants are often interpreted in the light of their interaction with pollinators, phytophagous insects and their natural ennemies, as communication signals whose function is to attract or repel those insects. However, according to the adaptive definition of communication, a trait can be called “signal” only if it has been selected for the sensory interaction with a receptor. In addition, it has been shown that the volatile organic compounds (VOC) emitted by leaves participate to the defense of the plant against abiotic (especially oxidative/heat stress) and biotic stresses (pathogens, induction of defenses). The idea underlying this thesis it to put all all the contexts of emission and functions together within a common framework. Using the fig-pollinator-parasite model, the approach I choose was to compare the variation of fig scent with that of leaf scent, along their development and daily. In both cases, leaf scent is a control trait that allows to determine if the variations observed in figs are possibly adaptive regarding the interaction with insects, and to explicitely consider the potential functions of the scents emitted out of receptivity. Stress-protective functions that are evidenced in leaf scents are thus also relevant in figs. Then, the fact that communication is not relevant to describe the role of scents in the fig-parasite interaction led me to develop a reflection on the way phytophagous insects and their natural enemies could influence the evolution of plant scents. Finally, in the case of fig-pollinator communication, studying the case of Ficus septica, that is associated to two co-occuring ecologically differenciated pollinators, allows to imagine a potential co-speciation mechanism, where the divergence of communication mode would contribute to the establishment of reproductive isolation

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Prudent, Patrick. « Etude bio-écologique d'Eutinobothrus brasiliensis (HAMBL)(Coleoptera : Curculionidae), foreur de tige du cotonnier au Paraguay ». Toulouse 3, 1988. http://www.theses.fr/1988TOU30252.

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L'auteur fait le bilan de 8 ans de recherche entomologique sur un des ravageurs-cles du cotonnier en amerique du sud, le curculionide eutinobothrus brasiliensis. Apres un expose des conditions de la culture du coton au paraguay et des travaux anterieurs se rapportant a e. Brasiliensis, les caracteristiques biologiques generales de ce foreur de tige sont precisees. Les principales particularites de cet insecte neotropical sont: une large gamme thermique de valence, allant d'un seuil inferieur bas (embryon: 10c, larves: 17 a 18c), a un seuil superieur eleve (37 a 39c) ; la presence occasionnelle de stades surnumeraires (5 a 9 stades larvaires) si la nourriture est constituee d'une malvaceae non-hote ou de coton hivernant ; la possibilite pour le seul hibiscus cannabinus d'etre un hote de substitution dans la nature ; une fecondite tres variable (1 a 250 ufs/femelle) ; la possibilite de differer la ponte jusqu'a plus de 6 mois. Sur le plan ethologique, le choix du site de ponte est complexe. Deux facteurs dominent: le diametre de la tige du cotonnier, et la texture des tissus hotes. A l'echelle des populations, il resulte de cela une distribution agregative des larves dans les cultures. Le complexe parasitaire a ete inventorie en detail, plusieurs especes nouvelles ont ete obtenues. Enfin, l'auteur donne des considerations sur l'estimation des degats, sur les techniques de lutte chimique, varietable et culturale

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Hernandez-Mendoza, José Luis. « Ecopathologie et dégâts de Spodoptera frugiperda (J. E. Smith) (Lep. Noctuidae) en culture de mai͏̈s au Mexique (Etat de Colima) : possibilité de lutte à l'aide de la bactérie entomopathogène Bacillus thuringiensis ». Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20179.

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Une etude ecopathologique a ete realisee sur s. Frugiperda dans l'etat de colima, au mexique. Elle a permis l'observation periodique des phenomenes au sein des populations du mais. Pendant la culture de mais pluvial et de mais irrigue on a etudie sur trois zones ecologiques la population du ravageur, la culture comme plante-hote, l'action des facteurs abiotiques et biotiques de regulation. Les attaques vareient selon la region ecologique et sont surtout liees au stade phenomenologique de la culture. Le mais pluvial a subi les plus fortes infestations. Des protozoaires et des champignons ont ete observes dans les populations larvaires de cet insecte. Des cpv 1 ont egalement ete en quarantaine. Une nematde de la fam des mermithidae (nematoda) est responsable d'une mortalite importante dans la zone nord de l'etat. L'incidence de l'attaque de ce nematode semble etre fortement liee au stade phenomenologique du mais. Des diminutions de rendement ont ete correlees avec le niveau d'attaque. Il parait que l'hybride h-507 utilise pendant l'etude est totalement tolerant a l'attaque de l'insecte, les plantes endommagees presentant une surface foliaire superieure a celle des plantes saines. On a realise une etude de la potentialite d'utilisation de b. Thuringiensis comme technique de lutte biologique contre s. Frugiperda. Elle met en evidence trois souches potentialement utilisables. Dans l'etat de colima une souche du serovar kenyae fut pulverisee sur le mais, on a evalue sa persistance grace a la mortalite des larves neonates de s. Frugiperda

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Portanier, Elodie. « Parasitisme et structuration génétique et spatiale : exemple chez le mouflon méditerranéen, Ovis gmelini musimon x Ovis sp ». Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTG038/document.

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Résumé :

En utilisant comme cas d’étude le mouflon Méditerranéen (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), les objectifs de cette thèse étaient de mieux comprendre comment sont liés diversité génétique, comportement des individus, flux de gènes et dynamique parasitaire. Au travers d’approches de génétique des populations et de génétique du paysage, nous avons pu mettre en évidence que la structure génétique spatiale de la population étudiée était impactée par son histoire d’introduction, sa structure socio-spatiale et le paysage dans lequel elle évolue. Etant donné l’impact de ces divers éléments sur les flux de gènes des mouflons, nous nous attendions à ce qu’ils déterminent également les flux de parasites dans la population. Nos résultats ont, au contraire, révélé que les parasites circulent mieux que les gènes de mouflons dans la population. Enfin, nous avons montré que les capacités de résistance des hôtes face à leurs parasites dépendaient de la diversité génétique neutre et adaptative, notamment de l’hétérozygotie d’un gène lié à l’immunité. Les résultats de ce travail décrivent avec précision la distribution de la variabilité génétique et son lien avec les risques sanitaires dans la population d’étude, apportant ainsi des informations cruciales pour la mise en place de stratégies de gestion et de conservation des populations de mouflons dans le contexte actuel de changements globaux et de réémergences de maladies
Using as a case study the Mediterranean mouflon (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.), we aimed at better understanding how are linked genetic diversity, individual behaviour, gene flows and parasitic dynamic. Using population and landscape genetics approaches, we showed that the spatial genetic structure of the studied population was determined by its introduction history, its socio-spatial structure and the landscape in which it evolves. Given the impact of these elements on mouflon gene flow, we expected them to also determine parasite transmission in the population. Our results nevertheless evidenced that parasite are better dispersed than mouflon genes. Finally, we showed that host resistance to parasites depends on neutral and adaptive genetic diversity, and more specifically on heterozygosity at a immunity-linked locus. Our results precisely describe genetic variability spatial distribution and its link with sanitary risks in the studied population, bringing crucial information for wild sheep population management and conservation in the current context of global changes and disease reemergence

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Leroy, Lise Martine Georges. « Écologie Chimique du Papillon Piqueur de Fruits Eudocima phalonia (Linné) en Nouvelle-Calédonie dans un contexte de lutte intégrée : Relations phytophages/plantes-hôtes, physiologie et comportements impliqués dans la réponse aux odeurs ». Electronic Thesis or Diss., Nouvelle Calédonie, 2021. http://www.theses.fr/2021NCAL0002.

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Résumé :

Dans le contexte actuel de la transition agroécologique, il convient de proposer des solutions innovantes de biocontrôle contre les insectes ravageurs économiques agricoles. Certaines espèces comme Eudocima phalonia Linné, un papillon piqueur de fruit autrefois considéré comme un ravageur occasionnel en Nouvelle-Calédonie est devenu, ces dernières années, un ravageur économique important et récurrent. Les méthodes actuellement disponibles sont inadaptées ou financièrement hors de portée de certains agriculteurs (comme pour les filets) et fait particulièrement défau pendant les épisodes de pullulation. Bien que l’utilisation de filet soit actuellement recommandée, ils ne permettent qu’un contrôle ponctuel et non durabl de cette espèce. Parmi les solutions de demain, l’identification de molécules odorantes telles que les kairomones qui déclenchent un comportement d’attraction chez un insecte cible, donne la perspective d’utiliser ces molécules en tant que pièges olfactifs. C’est le principe de l’Écologie Chimique. Après avoir réalisé un état de l’art complet d’E. phalonia (ainsi que le cortège secondaire qui l’accompagne), une méthode d’élevage a été mise au point pour s’affranchir de la saisonnalité de l’espèce et pour actualiser la biologie du ravageur. Il a aussi permis d’évaluer la réponse antennaire et le comportement du papillon en laboratoire en fonction de plusieurs odeurs : (i) l’odeur capturée in situ pour neuf fruits, (ii) l’odeur de cinquante composé olfactifs testés individuellement selon deux concentrations et (iii) l’odeur de 84 formulations comprenant plusieurs de ces composés. Les résultats ont amené à sélectionner cinq solutions olfactives élaborées en laboratoire pour des tests en condition semi-contrôlées et en plein champ. Une solution « olfacticide » laisse apparaître des perspectives d’utilisation pour la mise en place d’une stratégie de lutte pour laquelle ces travaux doivent être poursuivi et approfondis
In the current context of the agro-ecological transition, innovative biocontrol solutions against agricultural economic insect pests should be proposed. Some species such as Eudocima phalonia Linnaeus, a fruit piercing moth considered an occasional pest in New Caledonia, has become, in th last decades, a currently important and recurrent economic pest. Available methods are inadequate or financially out of reach of some farmers (such as nets) and are particularly lacking during outbreaks. Although the use of nets is currently recommended but they only allow for timely and unsustainable control of this species. Among the future solutions, the identification of odorous molecules such as kairomones that trigger an attractive behavior in a target insect, gives the prospect of using these molecules as olfactory trap. This is the principle of Chemical Ecology. After a complete review of the pe status of E. phalonia (as well as the secondary moths), a rearing method was developed in order to avoid the seasonality of the species and to update the biology of the pest. Then, the antennal response and the moth behaviour were both evaluated in the laboratory and based on several odours: (i) the odou captured in situ for nine fruits, (ii) the odour of fifty olfactory compounds individually tested at two concentrations, and (iii) the odour of 84 formulation consisting of several compounds. The results led to the selection of five olfactory solutions developed in the laboratory for tests in semi-controlled conditions and in open fields. One “olfacticide” solution allows a possible use to implement a biocontrol strategy, but the results need to be examined mor deeply

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Selim, Suryahadi. « Effets de l'irrigation par submersion des pâturages sur l'écologie des strongles gastro-intestinaux et la localisation spatio-temporelle du risque d'infestation des Ovins ». Montpellier 2, 1986. http://www.theses.fr/1986MON20082.

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Henry, Nicolas. « Écologie moléculaire des symbioses eucaryotes des écosystèmes planctoniques de la zone photique des océans ». Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066181/document.

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Résumé :

Les symbioses ont un role majeur dans le fonctionnement et l'equilibre des ecosystemes. Dans les oceans, qui couvrent pres de 70 % de la surface de la planete, vivent une multitude d'organismes incapables de lutter contre les courants et la plupart sont microscopiques, il s'agit du plancton. Les organismes du plancton, comme ceux d'autres ecosystemes, entretiennent des symbioses, mais la nature et l'ampleur de ces interactions sont encore mal connues dans le plancton du fait la petite taille de ces organismes et de la difficulte d'echantillonnage des ecosystemes planctoniques, surtout dans les zones les plus eloignees des cotes. Les principaux objectifs de cette these sont de donner un apercu global de la place occupee par ces symbioses dans le plancton et de proposer des methodes originales permettant leur detection. Les travaux presentes dans ce manuscrit s'appuient sur l'analyse des donnees generees lors de l'expedition Tara Oceans (2009-2013) pendant laquelle 210 stations oceaniques ont ete echantillonnees a travers le monde. Ils concernent plus precisement le jeu de donnees environnemental obtenu grace au sequencage a haut debit (Illumina) de la region hypervariable V9 (130 nucleotides) de la sousunite 18S de l'ADN ribosomique des organismes eucaryotes (metabarcoding). Dans un premier temps, un etat des lieux de la diversite et de la structure des communautes du pico-nano-micro-mesoplancton (0,8-2000 μm) eucaryote de la zone photique des oceans temperes a tropicaux est realise. Il met en evidence la place importante occupee par les symbiotes au sein de ces communautes. Ensuite, l'etude de deux cas de symbiose (Blastodinium- Copepodes et Symbiodinium-Tiarina) montre les difficultes inherentes a la detection de couples symbiotiques a partir d’un jeu de donnees issue d'etudes par metabarcoding du plancton (flexibilite de la specificite des symbioses dans le plancton), mais aussi la possibilite de distinguer les differentes phases de vie des symbiotes (libres et symbiotiques) lorsque les echantillons etudies ont ete fractionnes. Enfin, un ensemble de methodes est propose afin d'ameliorer l'efficacite de la detection de symbioses dans le cadre d'etudes par reseau de cooccurrences des communautes planctoniques. L'analyse de la distribution des metabarcodes le long des fractions de taille (piconano- (0.8-5 μm), nano- (5-20 μm), micro- (20-180 μm), et meso-plancton (180-2000 μm)) permet de differencier ceux provenant d'organismes symbiotiques de ceux d'organismes libres, sans a priori. De plus la comparaison de l'abondance de groupes genetiques definis a differents niveaux de resolution permet de detecter des associations symbiotiques peu specifiques et d'apprecier leur niveau de specificite
The oceans, which cover nearly 70 % of the earth's surface, is host to a myriad of mostly microscopic organisms that drift with the currents and are collectively called plankton. As in other ecosystems, symbioses play a major role in the functioning and equilibrium of the plankton. But the exact nature and strength of those symbiotic interactions are still poorly known, not only due to the small size of most planktonic organisms, but also because of the inherent difficulty of sampling planktonic ecosystems, especially in the high-seas. The main goals of this thesis are to give a global view of the importance of planktonic symbioses and to propose novel methods for their detection. The work presented in this manuscript is based on analyses of data generated during the Tara Oceans expedition (2009-2013), during which sea water was collected and size fractionated by filtration at 210 sampling locations distributed across the world's oceans. The data analyses presented herein mostly focus on an environmental metabarcoding dataset obtained from next-generation sequencing (Illumina) of the V9 hypervariable region (~130 nucleotides long) of the 18S small ribosomal subunit of eukaryotic organisms. We begin by assessing the diversity and structure of pico-, nano-, micro and meso-planktonic eukaryotic communities (0.8-2000 μm) in the photic zone of tropical to temperate sea regions. Then, we present two cases of symbioses (Blastodinium-Copepods and Symbiodinium-Tiarina) to illustrate both the difficulties encountered when trying to detect symbiotic relationships using metabarcoding data due to varying specificities of symbiotic relationships, but also the potential solutions offered by size-fractionated sampling to distinguish between the different stages of the life cycle of symbiotic organisms (free living and symbiotic stages). Finally, we propose a set of methods to improve the detection of symbioses by studying the co-occurrence of organisms in planktonic communities: we use the distribution of metabarcodes along size fractions ((piconano- (0.8-5 μm), nano- (5-20 μm), micro- (20-180 μm), and meso-plancton (180-2000 μm)) to distinguish likely free living organisms from those that have a symbiotic life style, and we compare the abundance of genetic groups constructed by clustering metabarcodes at different resolution levels, which allows us to detect interactions occurring above the species level and to evaluate their level of specificity

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St-Onge, Mylène. « Étude écologique et moléculaire des mermithides parasites de mouches noires (diptera : simuliidae) du Québec ». Thèse, Université du Québec à Trois-Rivières, 2007. http://depot-e.uqtr.ca/1416/1/030014997.pdf.

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Mulero, Stephen. « Développement d’outils d’écologie moléculaire pour un suivi intégratif des maladies transmises par les mollusques d’eau douce dans un contexte d’émergences et de changements globaux A Multiplex Rapid Diagnostic PCR (RD-PCR) approach for xenomonitoring of human and animal schistosomiases in a One Health context Genetic diversity and relationships of the liver fluke Fasciola hepatica (Trematoda) with native and introduced definitive and intermediate hosts Simultaneous genotyping of gastropods and their trematode parasites using Amplicon Sequencing Pre-zygotic isolation mechanisms between Schistosoma haematobium and Schistosoma bovis parasites : from mating interactions to differential gene expression ». Thesis, Perpignan, 2020. http://www.theses.fr/2020PERP0023.

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Résumé :

Les changements globaux, qu’ils soient d’origine climatique ou anthropique ont diverses conséquences en santé humaine et animale, mais aussi sur les écosystèmes mondiaux. L’une des plus importantes est la modification des aires de répartitions géographiques des espèces et de celle des pathogènes qui leurs sont associés. C’est dans ce contexte que nous assistons ces dernières années à une recrudescence des cas d’émergences et de réémergences de maladies infectieuses dans le monde. Alors que les efforts de recherche menés dans ce domaine se focalisent principalement sur les maladies virales, les maladies transmises par les mollusques d’eau douce, qui affectent plus d’un milliard d’individus dans le monde, sont également sujettes à ces évènements d’émergences devenus fréquents. Cependant, l’étude de la dynamique des parasites associés à ces maladies se focalisent essentiellement sur le diagnostic et le traitement des hôtes définitifs, en particulier l’Homme. Toutefois, une telle approche ne permet pas de prévenir de la transmission de ces parasites à l’Homme et encore moins de prévenir d’un évènement d’émergence, et les outils actuels utilisés pour le suivi de ces parasites dans l’environnement sont difficilement applicables à large échelle. Ce travail de thèse se propose donc d’apporter une vision plus environnementale de la dynamique de ces maladies. Avec l’exemple de l’émergence de bilharziose urogénitale en Corse, nous avons analysé cette émergence en intégrant l’étude des traits d’histoire de vie du parasite tropical en cause, notamment sa thermo tolérance, ainsi que le rôle des hôtes intermédiaires mollusques et des hôtes définitifs sauvages et domestiques dans le maintien local du cycle parasitaire. Dans un second temps nous avons développé des outils de diagnostic par ADN environnemental pour la détection de mollusques hôtes dans l’environnement afin d’identifier les zones à risque d’émergence, ainsi que des outils de détection intramolluscal de schistosomes pour identifier les sites de transmission actif, et donc permettre un suivi environnemental des acteurs de ces maladies. Pour compléter ces approches, nous avons développé un outil plus généraliste de metabarcoding environnemental pour caractériser les communautés de mollusques d’eau douce, et initié le développement d’un outil similaire pour la caractérisation des communautés de trématodes, ceci afin d’étudier les interactions entre ces organismes. Enfin nous discutons de l’intégrations de tous ces éléments dans de nouvelles stratégies de contrôle à l’encontre de maladies transmises par les mollusques d’eau douce
Global changes, whether climatic or anthropogenic, have various consequences in human and animal health, as well as for worldwide ecosystems. One of the most important is the modification of geographical ranges of species and those of their associated pathogens. It is in this context that in recent years we have witnessed a resurgence in the emergence and re-emergence of infectious diseases around the world. While research efforts in this field are mainly focused on viral diseases, freshwater snail-borne diseases, that affect more than 1 billion peoples around the world, are also subject to these outbreaks, which have become frequent. However, the study of the dynamics of parasites associated with these diseases focuses primarily on the diagnosis and treatment of the definitive hosts, particularly humans. Such an approach does not prevent the transmission of these parasites to humans and even less prevent an emergence event, and the existing tools used to monitor these parasites in the environment are difficult to apply at large scale. This thesis work, therefore aims to provide a more environmental vision of the dynamics of these diseases. With the example of the emergence of urogenital bilharziasis in Corsica, we analysed this emergence by integrating the study of the life history traits of the tropical parasite in question, particularly its thermo tolerance, as well as the role of mollusc intermediate hosts and wild and domestic definitive hosts in the local maintenance of the parasite lifecycle. In a second step, we have developed environmental DNA diagnostic tools for the detection of molluscs hosts in the environment in order to identify areas at risk of emergence, as well as tools for intramolluscal detection of schistosomes to identify active sites of transmission, and thus allow the environmental monitoring of the actors of these diseases. To complete these approaches, we have developed a more generalised environmental metabarcoding tool to characterise freshwater mollusc communities and initiated the development of a similar tool for the characterisation of trematode communities, in order to study the interactions between these organisms. Lastly, we discuss the integration of all these elements into new control strategies against snail-borne diseases

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Fleury, Frédéric. « Les rythmes circadiens d'activité chez les hyménoptères parasitoïdes de drosophiles : variabilité, déterminisme génétique, signification écologique ». Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO10071.

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Résumé :

L'organisation temporelle des activites a l'echelle du nycthemere est un element important de la structure des communautes mais son role dans le fonctionnement et l'evolution des peuplements d'insectes parasitoides reste mal connu. Son etude a ete abordee sur les complexes parasitaires des drosophiles grace a un dispositif, fonde sur l'analyse d'images video, permettant de mesurer automatiquement les rythmes d'activite des parasitoides. Les differentes especes de parasitoides etudiees montrent des rythmes d'activite locomotrice tres nets dont le determinisme est endogene (persistance des rythmes en obscurite permanente). En ld 12:12, d'importantes variations ont ete mises en evidence entre especes. Dans la region lyonnaise, les femelles de asobara tabida sont tres actives en debut de photophase, alors que les deux especes du genre leptopilina le sont beaucoup moins: l. Heterotoma se deplace uniquement l'apres-midi alors que l. Boulardi montre une activite maximale en debut de nuit. Cette diversite des rythmes d'activite est a relier a la diversite du comportement parasitaire de ces especes. Les femelles d'une meme espece montrent egalement de fortes variations de leurs rythmes. Chez l. Heterotoma, les populations du bassin mediterraneen (tunisie, antibes) ont un profil bimodal avec un pic en debut et fin de photophase alors que les populations plus septentrionales (region lyonnaise, hollande) ne presentent qu'un seul pic d'activite, l'apres-midi. L'analyse de ces variations (croisements reciproques f1 et back cross) a demontre leur determinisme genetique. La variabilite entre individus d'une meme population semble elle aussi etre d'origine genetique. La discussion porte sur les differents facteurs selectifs responsables de ces variations ainsi que de leur maintien. La signification ecologique des rythmes a ete recherchee par l'analyse de trois situations naturelles ou plusieurs especes de parasitoides sont en competition pour les memes especes d'hotes. Dans tous les cas, un tres net dephasage d'activite entre especes sympatriques apparait suggerant un partage des hotes sur la base temporelle circadienne, dont l'avantage selectif pour l'espece la moins competitive a ete demontre. Cette segregation temporelle systematique des activites joue probablement un role dans la diversite des communautes d'insectes parasitoides

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Flores-Mejia, Sandra. « Les effets de la température et des changements climatiques sur la performance relative d'un réseau trophique : plante-herbivore-parasitoïde ». Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27306.

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Résumé :

À l’intérieur d’un réseau trophique, les différents niveaux trophiques réagissent différemment aux changements de la température, car certains organismes sont plus sensibles que d’autres. Dû à l’interdépendance entre les différents niveaux, même le plus petit changement de la température peut déclencher des différences en cascade de la performance de toutes les composantes du réseau. Ceci peut mener à l’effondrement partiel ou total du système. Dans le cadre de mon projet, je me suis intéressée aux effets de la température et des changements climatiques sur la performance relative d’un réseau tritrophique (plante-herbivore-parasitoïde). Les objectifs généraux étaient de déterminer : a) Quel niveau trophique est le plus sensible à l’augmentation de la température? et b) Quels sont les effets des changements climatiques sur l’ensemble du réseau trophique? Afin de pouvoir évaluer l’effet de la température sur l’ensemble du réseau trophique, j’ai développé trois paramètres de la performance relative en utilisant la biomasse comme monnaie commune : la productivité nette générationnelle (NGP), le taux de performance relative d’un réseau bitrophique (φh/p), et le taux de performance relative d’un réseau tritrophique (φ3t). En général, mes résultats suggèrent que la fenêtre thermique de la performance relative de chaque niveau trophique est plus large à la basse du réseau (c.-à-dire pour la plante) et qu’elle est réduite d’environ 4 °C pour chaque niveau trophique subséquent. Aussi, les valeurs de φh/p suggèrent que les pucerons sont plus performants que la plante à basse température, mais ils sont incapables de se reproduire au-delà de 28 °C, ce qui donne un avantage aux plantes. Néanmoins, cet avantage ne peut être maintenu longtemps dû aux effets négatifs des températures élevées sur la biologie de la plante. Les valeurs de φ3t suggèrent que la performance du réseau tritrophique est gouvernée par des cascades trophiques du type « top-down », mais la variation inter et intraspécifique de la plante-hôte joue un rôle majeur dans la productivité relative du système. Les résultats des expériences de régime thermique simulé pour l’horizon 2050 suggèrent que : malgré une fenêtre thermique plus réduite, le parasitoïde a la performance relative la plus grande du système, dans les trois scénarios testés. Ceci suggère, possiblement, une plasticité thermique plus grande que prévue à ce niveau trophique. Néanmoins, en absence du parasitoïde, l’herbivore domine le système. La réponse de la performance relative du réseau tritrophique est la même dans trois scénarios testés, malgré une différence d’environ 4 °C entre eux. Par contre, l’exposition à long terme aux températures élevées a un effet négatif sur l’accumulation de la biomasse sur les trois composantes du réseau au niveau individuel et collectif. Ceci est la première étude à évaluer de façon empirique et exhaustive les effets de la température sur autant d’interactions plante-herbivore-parasitoïde, afin de déterminer la performance relative d’un système tritrophique de façon holistique.
Each trophic level of a food-web reacts differently to changes in temperature, because some species are more sensitive than others. Because of the interdependence between the different trophic levels, even the smallest change in temperature could trigger cascading effects throughout the food-web. This may cause a partial or total collapse of the system. As part of my project, I was interested in the effects of temperature and climate change over the relative performance of a tri-trophic food web system (plant-herbivore-parasitoid). The general objectives were to determine: a) which trophic level is more sensitive to an increase in temperature? and b) What are the effects of climate change on a food-web as a whole? In order to determine the effects of temperature on the whole food-web, I developed three parameters to measure the relative performance, by using biomass as common currency between the three trophic levels. The developed parameters are: net generational productivity (NGP), the bi-trophic food-web ratio (φh/p), and the tri-trophic food web ratio (φ3t). In general, my results suggest that the thermal window of the relative performance of each trophic level has a wider span at the base of the food-web (e.g. the plant) and it is reduced by about 4 °C for each subsequent trophic level. Also, the (φh/p) values obtained, suggest that the aphids have the highest performance at low temperatures, but they are incapable of reproducing beyond 28°C, which gives the plant a competitive advantage. Nonetheless, this advantage cannot be maintained for long, due to the negative effects of temperature on the biology of the plant. The φ3t values suggest that the performance of the food-web is influenced by trophic cascades in a « top-down » fashion; but both the inter- and intra-specific variation of the host plant plays a major role in the productivity of the system. The results of the experiments about climate change suggest that: in all three tested climate change scenarios, the parasitoid has the largest relative performance of the system in spite of having the smallest thermal window. This suggests a greater thermal plasticity than previously thought. Nonetheless, in the absence of parasitoids, the herbivore dominates the system. Although there was a 4 °C difference between the three climate change scenarios that were tested, the the performance of the tri-trophic food-web was not significantly affected. In comparison, under two 2050 climate change scenarios, the long-term exposure to high temperatures has a negative effect on the accumulation of biomass for the three components of the food web, both individually and collectively. This is the first study to evaluate empirically and exhaustively the effects of temperature over a great range of plant-herbivore-parasitoid interactions, in order to determine the relative performance of the system in a holistic way.

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Durieux, Éric. « Écologie du système hôte - parasite, juvéniles GO de sole (Solea solea) - métacercaires de Digènes : dynamique et effets de l'infestation ». La Rochelle, 2007. http://www.theses.fr/2007LAROS193.

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Peu d’attention avait été portée jusqu’alors sur le parasitisme comme facteur pouvant potentiellement affecter les performances biologiques des juvéniles de Pleuronectiformes. Dans cette thèse, la dynamique et les effets de l’infestation par des métacercaires de Digènes ont été étudiés chez les juvéniles G0 de sole commune, Solea solea (Pleuronectiformes, Soleidés), espèce d’intérêt halieutique majeur dans la région de l’Atlantique Nord-Est. Dans les nourriceries côtières, les G0 de sole accumulent localement différents taxons de métacercaires de Digènes, dont la dynamique spatiale est essentiellement contrôlée par les facteurs locaux que sont la présence des premiers hôtes intermédiaires (mollusques) et la capacité de dispersion des cercaires. Les métacercaires de Digènes ont, en outre, pu être utilisées comme marqueurs biologiques de l’utilisation de l’habitat par leur hôte : les G0 de sole sont très sédentaires et leur densité / croissance varient fortement à petite échelle spatiale, reflétant ainsi la variabilité élevée de la qualité de l’habitat à cette échelle. L’infestation par Prosorhynchus crucibulum (Digènes, Bucéphalidés), dont la transmission est favorisée par la mytiliculture sur bouchots (moule = premier hôte intermédiaire), est susceptible d’affecter l’immunité, la condition et le comportement des juvéniles G0 de sole. Ces impacts peuvent être modulés par le développement du parasite, le statut physiologique de l’hôte et les facteurs environnementaux. La prise en compte des parasites semble donc être incontournable dans l’étude du fonctionnement des nourriceries côtières pour les juvéniles de Pleuronectiformes
Little attention has been paid to parasitism as a potential factor of variation in flatfish juveniles biological performances. In this PhD thesis, the dynamics and the effects of the infection by digenean metacercariae have been studied on 0-group juveniles of the common sole Solea solea (Pleuronectiformes, Soleidae), species of primary importance for fisheries for the North East Atlantic region. In coastal nursery grounds, 0-group sole locally accumulate different taxa of digenean metacercariae. The dynamics of the infection is controlled by the major local factors, proximity of the first intermediate hosts (molluscs) and cercariae dispersal capacities. Digenean metacercariae have been used as biological tags of habitat use by their host: 0-group sole juveniles are very sedentary and their density / growth show a high variability at small spatial scale, which reflects the high variability of habitat quality at this scale. Prosorhynchus crucibulum (Digenea, Bucephalidae) infection is enhanced by mussel farming (mussel = first intermediate host). This parasite can have effects on immunity, condition and behaviour of 0-group sole juveniles. These impacts are modulated by the development of the parasite, the physiological status of the host and the environmental factors. From now, parasitism appears essential in the study of the functioning of flatfish coastal nurseries

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Missoh, Claudia. « Division of labor in anti-parasite defense strategies in ant colonies ». Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066450/document.

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La division du travail est une caractéristique clé chez les insectes sociaux et contribue à leur succès écologique. En ce qui concerne les tâches sanitaires, la division du travail au sein d’une colonie peut permettre de réduire la transmission des maladies, de libérer certaines ouvrières pour d’autres tâches, permettant de diminuer les couts associés à l’exécution des tâches sanitaires (sur le plan comportementale et physiologique). Les facteurs externes et internes aux individus déterminant leur participation aux tâches sanitaires ne sont pas bien connus. La plupart des études portent sur l’importance des différences génétiques entre ouvrières. Dans les deux premières études, j’ai examiné le rôle de l’expérience des individus (par exposition répétée à des déchets sanitaires ou à l’exécution d’une tâche) sur la mise en place de différences interindividuelles dans l’exécution d’une tâche sanitaire comportementale. L’exposition à un parasite est une menace fréquente au sein de colonies d’insectes sociaux. En utilisant la fourmi clonale Platythyrea punctata, j’ai voulu savoir si une exposition répétée des individus à des larves portant une faible quantité de conidiospores du champignon Metarhizium robertsii affectait la performance des soins sanitaires portés au couvain. J’ai trouvé que la durée de nettoyage des larves était plus élevée chez des fourmis entrainées, aux larves exposées ou non exposées au champignon, que chez des fourmis inexpérimentées. Un temps de nettoyage plus élevé améliorait l’élimination des conidiospores. Ainsi les fourmis entrainées pourraient être plus efficaces pour éliminer les conidiospores lors d’une attaque parasitaire de la colonie. La décomposition des cadavres représente un risque sanitaire dans les colonies d’insectes sociaux, nécessitant une gestion de cadavres. Dans la deuxième étude, j’ai étudié la possibilité d’une division du travail dans la gestion des cadavres (c'est-à-dire le nettoyage et le transport) chez les ouvrières de la fourmi polygyne et polymorphe Cataglyphis velox. J’ai plus spécifiquement testé si la propensité d’accomplir ces tâches était en rapport avec une récente expérience individuelle ou avec la taille des ouvrières. Nos observations ont montré que la majorité des individus de la colonie n’effectuait que rarement des tâches de gestion de cadavres même si quelques individus pouvaient être impliqués plus fréquemment, au moins sur un laps de temps cours, dans l’exécution de ces tâches. Les résultats suggèrent une faible division du travail dans le nettoyage et le transport des cadavres et une faible modulation de ces tâches par l’exposition répétée des ouvrières à des cadavres
Division of labor is a key characteristic of social insects and contributes to their ecological success. Especially in disease defense, the intra-colony partitioning of sanitary work can reduce disease transmission, keep nestmates available for other tasks and reduce costs associated with sanitary task performance (i.e. at the behavioral and physiological level). Factors internal and external to the individual affecting sanitary task allocation are not well known and most studies investigated genetic differences between workers performing behavioral sanitary work. In the first two studies I addressed whether individual experience (through repeated exposure to a sanitary hazard or performance of the task) can generate interindividual differences in the performance of behavioral sanitary tasks. Repeated parasite exposure is a common threat in colonies of social insects, posing selection pressures on colony members to respond with improved disease-defense performance. In the clonal ant Platythyrea punctata, I tested whether experience gained by repeated tending of low-level fungus-exposed (Metarhizium robertsii) larvae alters the performance of sanitary brood care. I found that ants trained both with sham- and fungus-treated larvae groomed the brood longer than naive ants. Increased grooming of fungus-treated larvae resulted in more effective fungal removal, thus making trained ants better caretakers under parasite attack of the colony. Decomposing cadavers pose a sanitary risk to social insect colonies, necessitating cadaver management. In the second study I investigated whether cadaver management (i.e. cadaver grooming and transports) is divided among workers and task allocation affected by recent individual experience or worker size in the polymorphic and polygynous ant Cataglyphis velox. Many individuals performed cadaver management infrequently and few individuals dominated task performance. Our results suggested low division of labor for cadaver grooming and transport and a reduced modulation of these behaviors by recurrent exposure to nestmate cadavers

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Poirotte, Clémence. « Stratégies d’évitement parasitaire chez une population de primates sociaux en milieu naturel ». Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT166.

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Résumé :

Les pressions de sélection exercées par les parasites ont permis l’évolution de mécanismes complexes de défense chez les espèces hôtes qui limitent la transmission parasitaire. En complément de leur système immunitaire physiologique, les animaux ont développé un « système immunitaire comportemental » comprenant un ensemble sophistiqué de stratégies d’évitement parasitaire représentant une première ligne de défense pour diminuer la probabilité de rencontre avec différents parasites. Cependant, ces stratégies comportementales n’ont été que peu étudiées chez les espèces de mammifères vivant en milieu naturel. Au cours de ma thèse, j’ai donc étudié les stratégies d’évitement parasitaire dans une population sauvage de mandrills (Mandrillus sphinx), un primate de l’Ancien Monde vivant dans les forêts denses équatoriales d’Afrique et soumis à de forces pressions parasitaires. Je me suis en particulier intéressée aux différentes stratégies comportementales qui ont évolué en réponse au risque de contamination par deux types distincts de parasites gastro-intestinaux présentant des traits d’histoire de vie et des modes de transmission contrastés : les nématodes, transmis par l’environnement, et les protozoaires, transmis par contacts sociaux. A partir d’observations récoltées sur le long-terme, de test expérimentaux et d’analyses chimiques, mes études ont mis en évidence deux stratégies comportementales différentes, soulignant le lien étroit entre l’écologie des parasites et la réponse comportementale des hôtes. D’une part, les mandrills évitent les matières fécales lorsqu’ils fourragent et évitent également les habitats précédemment contaminés par des nématodes fécaux émis lors de la dernière visite de ces habitats. D’autre part, les mandrills évitent de toiletter leurs partenaires sociaux parasités par des protozoaires fécaux, particulièrement autour de la zone anale. Cette stratégie comportementale s’avère être efficace puisque les individus parasités présentent des kystes infectieux de protozoaires sur leurs corps, concentrés au niveau de la zone anale, et la richesse en protozoaire des individus augmente lorsqu’ils toilettent des congénères très parasités. De plus, nous avons montré que cet évitement des individus parasités était guidé par un mécanisme olfactif : les protozoaires influencent l’odeur des matières fécales et les individus discriminent et évitent l’odeur des matières fécales provenant d’individus parasités. Cette plasticité comportementale face au risque parasitaire pourrait constituer un des mécanismes majeurs permettant aux espèces sociales de diminuer le risque accru de contamination associé à la vie en groupe. L’ensemble de nos résultats permettent de mieux appréhender les conséquences évolutives des pressions de sélection exercées par les parasites sur différentes caractéristiques socio-écologiques des animaux, tels que l’utilisation de l’espace et les comportements sociaux
Parasite-mediated selection has driven the emergence of complex hosts’ defense mechanisms to limit the spread of parasites. In addition to their physiological immune system, animals have developed a “behavioral immune system” comprising a sophisticated set of parasite avoidance strategies that represents a first line of defense to decrease parasite encounter rates. However, behavioral adaptations to the threat of parasites have been poorly investigated in wild populations of mammals. In an attempt to fill this gap, during my PhD, I studied parasite avoidance strategies in a wild group of mandrills (Mandrillus sphinx), an Old World primate inhabiting dense equatorial rainforests of Africa and facing intensive parasite pressures in its natural habitat. In particular, I investigated the different behavioral strategies of defense that evolved to decrease contamination risk by two different classes of gastro-intestinal parasites exhibiting contrasted life-history traits and modes of transmission: environmentally transmitted nematodes and socially transmitted protozoa. Based on long-term observations, controlled experiments and chemical analyses, my studies document two distinct behavioral strategies emphasizing the close relationship between parasites’ ecology and hosts’ behavioral responses. On the one hand, mandrills exhibit fecal avoidance behavior when foraging and also avoid ranging in habitats previously contaminated with fecal nematodes released during the previous visit. On the other hand, mandrills avoid grooming social partners highly parasitized with fecal protozoa, particularly around the peri-anal area. This behavioral strategy appears to be operational because parasitized individuals harbor infectious protozoan cysts on their body, concentrated on the peri-anal region, and individual’s protozoan richness increases when grooming highly parasitized conspecifics. We further found that avoidance of parasitized individuals is guided by an olfactory mechanism, as protozoa influence the host’s fecal odor and mandrills discriminate and selectively avoid olfactory cues from individuals parasitized with protozoa. Such parasite-induced behavioral plasticity could be one of the major mechanisms allowing social species to cope with the increased risk of parasitism associated with group-living. Altogether, these findings shed light on the evolutionary consequences of parasite-mediated selection on several socioecological characteristics of animals, including space use and social behavior

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Lesage, Célia. « Etude de la protostrongylose dans la population de lièvres européens (Lepus europaeus) dans le sud est de la France : approche épidémiologique et écologique ». Thesis, Reims, 2014. http://www.theses.fr/2014REIMP202/document.

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Résumé :

Depuis 2006, une recrudescence de cas de protostrongylose, parasitose liée à la présence de nématodes au niveau pulmonaire, apparaît dans le Sud-est de la France au sein de la population de lièvres européens (Lepus europaeus). Le cycle de développement de ces parasites nécessite le passage obligatoire par un hôte intermédiaire connu pour être un mollusque gastéropode terrestre. Notre programme a pour objectif l'étude épidémiologique de la maladie et notamment l'identification des acteurs du cycle parasitaire.Basée sur une analyse morphologique et moléculaire, nous identifions : Protostrongylus pulmonalis (Frölich, 1802) fréquemment inventorié en Europe et P. oryctolagi Babos, 1955, décrit à une seule occasion en Hongrie en 1955, comme les agents responsables de la protostrongylose en France. Cette étude a permis de déposer de nouvelles séquences d'ADN de référence, utiles pour l'identification ultérieure de nos espèces parasites, en particulier les stades larvaires et sur lesquelles nous nous sommes basées pour la reconnaissance des hôtes intermédiaires intervenant dans le cycle naturel. Sur 3622 mollusques analysés, nous avons mis en évidence des larves de stade 3 (P. pulmonalis et P. oryctolagi) à partir de 18 individus, appartenant à la famille des Hygromiidae et dont l'identification spécifique repose sur différents marqueurs moléculaires (de loin préférables aux critères morphologiques). Au sein des populations de lièvres, nous identifions l'âge et l'environnement, en lien avec la répartition des hôtes intermédiaires comme les facteurs de risque de la maladie. Le parasitisme, concernant près de 55% des animaux, n'a pas eu d'effet mesurable sur l'état général de l'hôte, mais pourrait être impliquée dans une diminution de la fécondité des hases, suggérant un impact potentiel sur les dynamiques de populations de lièvres
Since 2006, in the South-East of France, we observe an increase in the number of hares (Lepus europaeus) suffering from pulmonary protostrongyliasis, which is a parasitic disease caused by nematodes in the lungs. The development cycle of these parasites requires the obligatory pathway through an intermediate host, terrestrial gastropod mollusk. Our goal was the epidemiological study of the disease, particularly the identification of the parasite cycle.Based on morphological and molecular analysis, we identified two causative agents of pulmonary protostrongyliasis in France: Protostrongylus pulmonalis (Frölich, 1802) frequently inventoried in Europe and P. oryctolagi Babos, 1955 described only once in Hungary in 1955. Thus new reference sequences of DNA are available, which is useful for the subsequent identification of our parasite species and particularly for larvae-stage, allowing the recognition of intermediate hosts involved in their natural cycle. In total 3622 terrestrial mollusks were analyzed. We identified three-stage larvae of P. pulmonalis and P. oryctolagi from 18 individuals belonging to the family of Hygromiidae and belonging to several species identified with different molecular markers. In the hare populations, we identify the age and environment (in association with the distribution of intermediate hosts) as risk factors for the disease. The parasite, with approximately 55% of infected animals, had no measurable effect on the health status of the host, but could be involved in a decrease in the fecundity, suggesting a potential impact on population dynamics of hares

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Jacquot, Maxime. « Biodiversité et fonctionnement écologique des agroécosystèmes à base de manguiers à La Réunion ». Thesis, La Réunion, 2016. http://www.theses.fr/2016LARE0036/document.

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Résumé :

Dans les agroécosystèmes, l'utilisation de la biodiversité pour la régulation naturelle des arthropodes nuisibles vise à proposer une protection agroécologique des cultures, en alternative à la protection agrochimique actuelle. Notre étude a porté sur les agroécosystèmes à base de manguiers à La Réunion, avec l'objectif de comprendre les facteurs qui influencent la biodiversité et la régulation des arthropodes nuisibles. Cet agroécosystème est caractérisé par une importante diversité (797 espèces d'arthropodes et 114 espèces de plantes) et nos résultats ont révélé l'existence de contrôles ascendants et descendants positifs de cette biodiversité au sein des communautés. Nous avons également mis en évidence les services et disservices des espèces dominantes de fourmis envahissantes : deux d'entre elles fournissent un service de prédation et l'une d'elles réduit la diversité des ennemis naturels omnivores, ce qui semble expliquer la relation négative entre la diversité des omnivores et le service de prédation. Enfin, nous avons montré l'effet positif de la diversité des parasitoïdes et de la diversité des prédateurs, respectivement sur l'abondance des populations de la Cochenille des Seychelles et sur le service de prédation. Le seul effet significatif du paysage qui a été décelé est l'effet positif de la proportion des vergers de manguiers sur l'abondance du Thrips Sud-Africain des agrumes. L'ensemble de ces résultats nous permet d'identifier deux leviers pour la protection agroécologique des vergers de manguiers : l'implantation d'enherbements diversifiés dans les vergers ; la gestion collective du paysage en y limitant la proportion des vergers de manguiers
In agroecosystems, the use of biodiversity for natural control of arthropod pests aims to propose an agroecological crop protection, as an alternative to current agrochemical protection. Our study focused on mango agroecosystems in Reunion Island, with the goal of understanding the factors that influence biodiversity and control of arthropod pests. This agroecosystem is characterized by a large diversity (797 arthropod species and 114 plant species) and our results highlight the positive bottom-up and top-down controls of biodiversity in communities. We also highlight the services provided by the dominant species of invasive ants in pest regulation. Two species provide a predation service, and one reduces the diversity of natural enemies of omnivores and appears to explain the negative relationship between omnivore diversity and predation. Finally, we highlight the positive effect of parasitoid diversity and predator diversity on, respectively, the abundance of Seychelles mealybugs and on predation in general. The only significant landscape effect measured in our work is the positive effect of the proportion of mango orchards on the abundance of South African citrus Thrips. These results allow us to identify two factors in the agroecological protection of mango orchards in Reunion: the management of diversified ground cover in orchards; and collective landscape management by limiting the proportion of mango orchards

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Rode, Nicolas. « Microévolution en temps réel : étude quantitative dans les populations naturelles d'Artemia spp ». Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20119/document.

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Résumé :

La compréhension des processus microévolutifs ayant lieu dans la nature nécessite la quantification des principales forces sélectives s'exerçant sur les populations sauvages. Ces 10 dernières années, les études à long terme et l'écologie de la résurrection (qui fait revivre des stades en dormance) ont été les principales approches pour étudier l'évolution des traits d'histoire de vie sur plusieurs générations dans les populations sauvages. Mon travail consiste à comprendre comment des facteurs écologies simples (p. ex. la température) et des interactions interspécifiques ou intraspécifiques plus complexes (p. ex. les interactions antagonistes hôte-parasite ou mâle-femelle) façonnent le processus évolutif des populations sauvages. Dans cette optique, j'ai utilisé l'Artémia comme un organisme modèle, en combinant des études sur le terrain et en laboratoire. Premièrement, j'ai étudié l'évolution de la niche thermique avec une approche d'écologie de la résurrection, en utilisant une série temporelle d'œufs de dormance d'une population d' introduite à partir de marais salants de régions tempérées dans des marais salants tropicaux dans les années 80. Cette étude montre que la survie aux températures élevées (caractéristiques du nouvel environnement) a augmenté linéairement au cours du temps à partir de l'introduction, suggérant un taux d'adaptation constant sur plus de 100 générations. Deuxièmement, j'ai utilisé une approche similaire pour étudier l'adaptation entre males et femelles dans une autre population d'Artémia. Cette étude suggère que les conflits sexuels provoquent une dynamique de coévolution fluctuante dans la nature sur une échelle d'environ 100 générations. Troisièmement, j'ai étudié les impacts respectifs de différents parasites (une espèce de cestode et deux espèces de microsporidie) sur la compétition entre une espèce d'hôte autochtone asexuée et une espèce d'hôte invasive sexuée. Chacun des trois parasites étaient soit spécialiste d'une espèce ou de certains génotypes d'hôte. De plus, l'espèce de cestode dont l'effet castrateur chez l'hôte est bien connu infectait uniquement l'espèce autochtone, suggérant que ce parasite joue un rôle majeur dans la compétition entre les espèces d'hôte autochtones et invasives. Par ailleurs, les trois espèces de parasite semblaient manipuler le comportement d'agrégation de leur hôte, très probablement pour augmenter leur transmission à de nouveaux hôtes. Enfin, j'ai réalisé des études de génétiques des populations d'espèces asexuées diploïdes et polyploïdes d'Artemia et d'espèces sexuées asiatiques proches. Les espèces asexuées diploïdes produisent des mâles rares et il semblerait que ceux-ci permettent une faible fréquence de reproduction sexuée. De plus, l'hybridation d'espèces d'Artémia éloignée phylogénétiquement a donné naissance à au moins trois lignées polyploïdes indépendantes
Getting a comprehensive understanding of microevolution in natural populations requires proper quantification of the important selective forces exerted on these populations. Over the last decade, long-term studies and resurrection-ecology (revival of resting stages) have been the main approaches to study life history trait evolution over many generations in the wild. My work aims at understanding how simple ecological factors (e.g. temperature) and complex interactions between and within species (host-parasite and male-females antagonistic interactions) shape evolutionary processes in natural populations. To this end, I used the brine shrimp Artemia as a model system and combined laboratory and field studies. First, I investigated thermal niche evolution with a resurrection ecology approach, using dormant-egg time series from an Artemia population introduced from temperate to tropical salterns in the mid-80's. This experiment shows that survival at the high temperatures typical of the new environment increased linearly through time after the introduction, suggesting a sustained rate of adaptation over more than 100 generations. Second, I used the same approach to study adaptation between sexes in another Artemia population. I found that sexual conflicts result in fluctuating male-female coevolutionary dynamics in natura, over a time scale of ~100 generations. Third, I studied the relative role of one cestode and two microsporidian parasites in mediating the competition between a native asexual host and an invasive bisexual host. I found that all three parasites were either host- or genotype-specific and that the castrating cestode parasite specifically infected the native species, suggesting that this parasite actually played a major role in the competition between native and invasive hosts. Interestingly, all three parasites manipulated the swarming behavior of their host, most likely to increase their transmission. Fourth, I performed population genetic studies of diploid and polyploid Artemia parthenogenetica and their Asian bisexual close relatives. Diploid asexual Artemia produce rare males and I found indication that these males allow some rare sex in this otherwise parthenogenetic species. In addition, hybridization between divergent Artemia species has led to the origin of at least three independent polyploid lineages

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Toure, Kadidiatou. « Biologie et écologie de Chilo zacconius Blesz : (Lepidoptera, Pyralidae), foreur de tiges de riz au Mali : étude des relations trophiques avec sa plante-hôte cultivée, le riz ». Paris 11, 1989. http://www.theses.fr/1989PA112111.

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Une étude de la biologie et de l'écologie de Chilo zacconius a été menée à la station de Kogoni au Mali. L'évolution saisonnière des populations imaginale et larvaire, du semis à la récolte du riz, révèle deux générations d'adultes et des larves de Chilo zacconius. Pour Mallarpha separatella, nous avons observé deux périodes d'abondance imaginale et une période d'abondance larvaire. La sècheresse favorise la pullulation des deux foreurs. Nous avons testé la résistance de huit variétés de riz à l'attaque des borers de tiges. Parmi les variétés testées, certaines sont plus sensibles à l'attaque des forers que d'autres. La lutte chimique avec I'Oftanol a permis une augmentation de 20% de rendement. Les variétés sensibles sont en générales de grandes tailles avec des grosses tiges, de larges feuilles et elles renferment en outre peu de silice et beaucoup de sucres solubles. Ces variétés assurent un bon développement des chenilles dans un bref délai. Les tiges au stade tallage sont plus favorables au développement des chenilles que les tiges au stade maturation. Les critères morphologiques, biologiques et physiologiques étudiés démontrent une bonne adaptation de Chilo au milieu artificiel. Des trois sucres étudiés (fructose, glucose et saccharose), le glucose présente la plus haute valeur stimulante et il assure un développement rapide, un poids élevé des chenilles et une meilleure fécondité. L'élevage de Chilo sur différents milieux nutritifs a montré que le milieu Delobel est le plus performant. Chez Chilo zacconius, les activités invertasique, maltasique et pectinasique sont les plus actives, mais l'activité amylasique reste faible. Ces différentes activités sont plus importantes lorsque les chenilles sont nourries sur du milieu enrichi en glucose.

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Staszewski, Vincent. « Immuno-écologie et interactions hôte-parasite : cas du système oiseaux de mer-tique Ixodes uriae et agent de la maladie de Lyme (Borrelia burgdorferi sensu lato) ». Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066081.

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Résumé :

Cette thèse souligne la nécessité de considérer le contexte écologique des interactions hôte-parasite lorsque l’on s’intéresse aux compromis entre investissement dans la réponse immunitaire et d’autres traits d’histoire de vie. Les résultats soulignent en particulier l’intérêt du transfert d’Ac de la mère au jeune dans l’étude des réponses induites au parasitisme. Les facteurs écologiques susceptibles d’affecter les risques d’exposition et les réponses au parasitisme vont affecter la dynamique de la biodiversité dans les systèmes d’interactions hôte-parasite. Leur prise en compte est donc essentielle aux mesures de santé publique et à la définition de suivis épidémiologiques appropriés
Taking into account the ecological context of host parasite interactions may be important to consider when examining trade offs between immune responses and the other needs of the organism. Ecological factors likely to affect exposure risk and the response to parasitism will ultimately affect the dynamics of biodiversity in host-parasite systems. Taking these aspects into account is thus necessary in order to define adequate public health policies and epidemiological risk models

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Vazquez, Perera Antonio A. « Interaction hôte – parasite en contexte insulaire : relations entre Fasciola hepatica (Trematoda) et les mollusques Galba cubensis et Pseudosuccinea columella (Gastropoda) sur l’île de Cuba ». Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS084/document.

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Résumé :

Les interactions hôte – parasites sont des systèmes qui affectent probablement la totalité des êtres vivants et constituent un facteur clé dans la compréhension de la dynamique des maladies infectieuses. On a abordé cette problématique en utilisant le système Fasciola hepatica/Lymnaeidae dans sur l'île de Cuba. Cette thèse utilise une approche basée sur différentes disciplines de la biologie comme l’écologie des populations (distribution et abondances de mollusques hôtes intermédiaires), l'écologie parasitaire (données de prévalences naturelles de parasites chez les hôtes), la génétique des populations en utilisant des marqueurs microsatellites (tant pour le parasite que pour les mollusques hôtes), et des études de susceptibilité et compatibilité douve/limnée.En ce qui concerne la diversité génétique du parasite, une très haute diversité et une forte probabilité d’allofécondation ont été observées. En revanche, on n’a pas trouvé de différentiation significatives entre souches. Les taux d’infection chez le bétail sont très élevés.Pour ce qui est de la biologie des populations des limnées hôtes, on a cartographié la distribution des deux espèces présentes à Cuba : Galba cubensis qui est très répandue et Pseudosuccinea columella qui n'est présente que dans la partie centre-occidentale. Nous avons mis en évidence des différences concernant les types d’habitats préférés pour chaque espèce : G. cubensis est plus plastique écologiquement et se retrouve beaucoup plus dans les sites anthropisés.L'étude des compatibilités douve/mollusque a révélé l’existence de populations avec une résistance naturelle à l’infection par F. hepatica chez la limnée P. columella. Ces populations sont génétiquement différenciées des populations sensibles. La plupart des populations sensibles sont monomorphes avec le même haplotype très répandu. Par contre, on a observé une diversité génétique plus importante chez G. cubensis qui suggère un temps évolutif plus ancien à Cuba. L’échantillonnage fait dans une aire de où la fasciolose sévit fortement chez le bétail a révélé un très faible taux d’infection naturel chez les limnées, mais avec de fortes variations d'intensités. Différentes combinaisons douve/limnée sympatriques et allopatriques testées expérimentalement ont montré une compatibilité supérieure de G. cubensis qui suggère une meilleure adaptation aux souches de F. hepatica cubaines.Les résultats obtenus montrent que la compréhension de la dynamique des maladies infectieuses ainsi que leur contrôle doivent s’appuyer sur des connaissances très solides de la biologie, écologie, génétique et évolution des systèmes hôtes – parasites
Host – parasite interactions are biological systems that probably affect every living being. It also constitute a key factor in the understanding of infectious diseases. This subject has been studied using the Fasciola hepatica/Lymnaeidae system in the insular environment of Cuba. This thesis makes a biological multidisciplinary approach through population ecology (distribution and abundance of intermediary hosts snails), infection rates estimations of parasites in their hosts, population genetics using microsatellites markers (for both parasite and snails hosts), and studies of susceptibility and compatibility fluke/snail.The genetic diversity of the parasite is characterized by high values of diversity as well as probability of cross fertilization. However, we failed to detect significant differences between the strains but a highly infection rate is shared in cattle.Regarding the lymnaeid snails, the distribution of the two occurring species is mapped showing that Galba cubensis is widely distributed while Pseudosuccinea columella only exists in central-western Cuba. Both snail species differ in preferred habitat types and G. cubensis displays a higher ecological plasticity commonly observed in heavily human-transformed sites.Differences in host-parasite compatibilities have been revealed. It has been noted the existence of some populations of P. columella with a natural resistance to F. hepatica infection which display a marked differentiation of their population genetic structure compared to susceptible populations. Most susceptible populations are monomorphic with a very common haplotype in Cuba. Conversely, we observed a higher diversity in G. cubensis indicating a larger evolutionary time in Cuba. The sampling conducted in a fasciolosis endemic area revealed very low prevalences in the snail populations. However, strong variation in parasite mean intensity within individuals supports the high infection rates observed in cattle. Different sympatric and allopatric fluke/snail combinations were experimentally tested in which G. cubensis proved to be more compatible and suggest a better adaptation to the circulating F. hepatica in Cuba.Our results show that the understanding of infectious diseases’ dynamics and their effective control must strictly rely in a full knowledge of the biology, ecology, genetics and evolution of host – parasite systems

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Thèses sur le sujet « Parasites – Écologie »

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