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Heikema, Astrid P., Deborah Horst-Kreft, Stefan A. Boers, Rick Jansen, Saskia D. Hiltemann, Willem de Koning, Robert Kraaij et al. « Comparison of Illumina versus Nanopore 16S rRNA Gene Sequencing of the Human Nasal Microbiota ». Genes 11, no 9 (21 septembre 2020) : 1105. http://dx.doi.org/10.3390/genes11091105.
Texte intégralLin, Bo, Jianan Hui et Hongju Mao. « Nanopore Technology and Its Applications in Gene Sequencing ». Biosensors 11, no 7 (30 juin 2021) : 214. http://dx.doi.org/10.3390/bios11070214.
Texte intégralLu, Hengyun, Francesca Giordano et Zemin Ning. « Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly ». Genomics, Proteomics & ; Bioinformatics 14, no 5 (octobre 2016) : 265–79. http://dx.doi.org/10.1016/j.gpb.2016.05.004.
Texte intégralEisenstein, Michael. « Oxford Nanopore announcement sets sequencing sector abuzz ». Nature Biotechnology 30, no 4 (avril 2012) : 295–96. http://dx.doi.org/10.1038/nbt0412-295.
Texte intégralSereika, Mantas, Rasmus Hansen Kirkegaard, Søren Michael Karst, Thomas Yssing Michaelsen, Emil Aarre Sørensen, Rasmus Dam Wollenberg et Mads Albertsen. « Oxford Nanopore R10.4 long-read sequencing enables the generation of near-finished bacterial genomes from pure cultures and metagenomes without short-read or reference polishing ». Nature Methods 19, no 7 (juillet 2022) : 823–26. http://dx.doi.org/10.1038/s41592-022-01539-7.
Texte intégralMacKenzie, Morgan, et Christos Argyropoulos. « An Introduction to Nanopore Sequencing : Past, Present, and Future Considerations ». Micromachines 14, no 2 (16 février 2023) : 459. http://dx.doi.org/10.3390/mi14020459.
Texte intégralСалахов, Р. Р., М. В. Голубенко, Е. Н. Павлюкова, А. В. Марков, Н. П. Бабушкина, А. Ф. Канев, Н. Р. Валиахметов et М. С. Назаренко. « Application of monomolecular sequencing technology to the diagnostics of hypertrophic cardiomyopathy ». Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika», no 5(214) (29 mai 2020) : 9–10. http://dx.doi.org/10.25557/2073-7998.2020.05.9-10.
Texte intégralBurns, Adam, David Robert Bruce, Pauline Robbe, Adele Timbs, Basile Stamatopoulos, Ruth Clifford, Maria Lopopolo, Duncan Parkes, Kate E. Ridout et Anna Schuh. « Detection of Clinically Relevant Molecular Alterations in Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) By Nanopore Sequencing ». Blood 132, Supplement 1 (29 novembre 2018) : 1847. http://dx.doi.org/10.1182/blood-2018-99-110948.
Texte intégralDumschott, Kathryn, Maximilian H.-W. Schmidt, Harmeet Singh Chawla, Rod Snowdon et Björn Usadel. « Oxford Nanopore sequencing : new opportunities for plant genomics ? » Journal of Experimental Botany 71, no 18 (27 mai 2020) : 5313–22. http://dx.doi.org/10.1093/jxb/eraa263.
Texte intégralLeger, Adrien, et Tommaso Leonardi. « pycoQC, interactive quality control for Oxford Nanopore Sequencing ». Journal of Open Source Software 4, no 34 (28 février 2019) : 1236. http://dx.doi.org/10.21105/joss.01236.
Texte intégralChen, Weigang, Peng Zhang, Lifu Song, Jinsheng Yang et Changcai Han. « Simulation of Nanopore Sequencing Signals Based on BiGRU ». Sensors 20, no 24 (17 décembre 2020) : 7244. http://dx.doi.org/10.3390/s20247244.
Texte intégralCzmil, Anna, Michal Wronski, Sylwester Czmil, Marta Sochacka-Pietal, Michal Cmil, Jan Gawor, Tomasz Wołkowicz, Dariusz Plewczynski, Dominik Strzalka et Michal Pietal. « NanoForms : an integrated server for processing, analysis and assembly of raw sequencing data of microbial genomes, from Oxford Nanopore technology ». PeerJ 10 (29 mars 2022) : e13056. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.13056.
Texte intégralLamb, Harrison J., Ben J. Hayes, Loan T. Nguyen et Elizabeth M. Ross. « The Future of Livestock Management : A Review of Real-Time Portable Sequencing Applied to Livestock ». Genes 11, no 12 (9 décembre 2020) : 1478. http://dx.doi.org/10.3390/genes11121478.
Texte intégralLoman, Nick, Sarah Goodwin, Hans J. Jansen et Matt Loose. « A disruptive sequencer meets disruptive publishing ». F1000Research 4 (15 octobre 2015) : 1074. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.7229.1.
Texte intégralZhao, Kaishun, Chunlin Tu, Wei Chen, Haiying Liang, Wenjing Zhang, Yilei Wang, Ye Jin et al. « Rapid Identification of Drug-Resistant Tuberculosis Genes Using Direct PCR Amplification and Oxford Nanopore Technology Sequencing ». Canadian Journal of Infectious Diseases and Medical Microbiology 2022 (28 mars 2022) : 1–8. http://dx.doi.org/10.1155/2022/7588033.
Texte intégralTytgat, Olivier, Yannick Gansemans, Jana Weymaere, Kaat Rubben, Dieter Deforce et Filip Van Nieuwerburgh. « Nanopore Sequencing of a Forensic STR Multiplex Reveals Loci Suitable for Single-Contributor STR Profiling ». Genes 11, no 4 (1 avril 2020) : 381. http://dx.doi.org/10.3390/genes11040381.
Texte intégralKinimi, Edson, Mana Mahapatra, Tebogo Kgotlele, Mariam R. Makange, Chandana Tennakoon, Felix Njeumi, Steven Odongo et al. « Complete Genome Sequencing of Field Isolates of Peste des Petits Ruminants Virus from Tanzania Revealed a High Nucleotide Identity with Lineage III PPR Viruses ». Animals 11, no 10 (15 octobre 2021) : 2976. http://dx.doi.org/10.3390/ani11102976.
Texte intégralChen, Zhao, David L. Erickson et Jianghong Meng. « Benchmarking Long-Read Assemblers for Genomic Analyses of Bacterial Pathogens Using Oxford Nanopore Sequencing ». International Journal of Molecular Sciences 21, no 23 (1 décembre 2020) : 9161. http://dx.doi.org/10.3390/ijms21239161.
Texte intégralLiem, Michael, Hans J. Jansen, Ron P. Dirks, Christiaan V. Henkel, G. Paul H. van Heusden, Richard J. L. F. Lemmers, Trifa Omer, Shuai Shao, Peter J. Punt et Herman P. Spaink. « De novo whole-genome assembly of a wild type yeast isolate using nanopore sequencing ». F1000Research 6 (3 août 2018) : 618. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.11146.2.
Texte intégralChalapati, Sachin, Conor A. Crosbie, Dixita Limbachiya et Nimesh Pinnamaneni. « Direct oligonucleotide sequencing with nanopores ». Open Research Europe 1 (24 août 2021) : 47. http://dx.doi.org/10.12688/openreseurope.13578.2.
Texte intégralChalapati, Sachin, Conor A. Crosbie, Dixita Limbachiya et Nimesh Pinnamaneni. « Direct oligonucleotide sequencing with nanopores ». Open Research Europe 1 (12 mai 2021) : 47. http://dx.doi.org/10.12688/openreseurope.13578.1.
Texte intégralDiubo, Yulia V., Artur E. Akhremchuk, Leonid N. Valentovich et Yevgeny A. Nikolaichik. « Restriction-modification systems and DNA methylation profile of Pectobacterium carotovorum 2A ». Journal of the Belarusian State University. Biology, no 3 (4 novembre 2021) : 71–77. http://dx.doi.org/10.33581/2521-1722-2021-3-71-77.
Texte intégralDu, Chenghao. « The Power of Using Novel Nanopore Sequencing Technology for Diagnosis, Genomic and Pathological Studies of Covid-19 ». E3S Web of Conferences 271 (2021) : 04024. http://dx.doi.org/10.1051/e3sconf/202127104024.
Texte intégralDu, Chenghao. « The Power of Using Novel Nanopore Sequencing Technology for Diagnosis, Genomic and Pathological Studies of Covid-19 ». South Florida Journal of Development 2, no 3 (8 juillet 2021) : 4014–28. http://dx.doi.org/10.46932/sfjdv2n3-017.
Texte intégralDeynichenko, K. A., K. G. Ptitsyn, S. P. Radko, L. K. Kurbatov, I. V. Vakhrushev, I. V. Buromski, S. S. Markin, A. I. Archakov, A. V. Lisitsa et E. A. Ponomarenko. « Splice variants of mRNA of cytochrome P450 genes : analysis by the nanopore sequencing method in human liver tissue and HepG2 cell line ». Biomeditsinskaya Khimiya 68, no 2 (2022) : 117–25. http://dx.doi.org/10.18097/pbmc20226802117.
Texte intégralTanaka, Mami, Sayaka Mino, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi et Tomoo Sawabe. « Availability of Nanopore sequences in the genome taxonomy for Vibrionaceae systematics : Rumoiensis clade species as a test case ». PeerJ 6 (18 juin 2018) : e5018. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.5018.
Texte intégralRadko, S. P., L. K. Kurbatov, K. G. Ptitsyn, Y. Y. Kiseleva, E. A. Ponomarenko, A. V. Lisitsa et A. I. Archakov. « Prospects for the use of third generation sequencers for quantitative profiling of transcriptome ». Biomedical Chemistry : Research and Methods 1, no 4 (2018) : e00086. http://dx.doi.org/10.18097/bmcrm00086.
Texte intégralDe Coster, Wouter, Endre Bakken Stovner et Mojca Strazisar. « Methplotlib : analysis of modified nucleotides from nanopore sequencing ». Bioinformatics 36, no 10 (13 février 2020) : 3236–38. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa093.
Texte intégralIl Jun, Kang, Jangsup Moon, Taek Soo Kim, Chang Kyung Kang, Song Mi Moon, Kyoung-Ho Song, Pyoeng Gyun Choe et al. « 238. Direct identification of Bacterial Species with MinION Nanopore Sequencer In Clinical Specimens Suspected of Polybacterial Infection ». Open Forum Infectious Diseases 6, Supplement_2 (octobre 2019) : S136. http://dx.doi.org/10.1093/ofid/ofz360.313.
Texte intégralJansen, Hans J., Ron P. Dirks, Michael Liem, Christiaan V. Henkel, G. Paul H. van Heusden, Richard J. L. F. Lemmers, Trifa Omer, Shuai Shao, Peter J. Punt et Herman P. Spaink. « De novo whole-genome assembly of a wild type yeast isolate using nanopore sequencing ». F1000Research 6 (3 mai 2017) : 618. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.11146.1.
Texte intégralMorsli, Madjid, Quentin Kerharo, Jeremy Delerce, Pierre-Hugues Roche, Lucas Troude et Michel Drancourt. « Haemophilus influenzae Meningitis Direct Diagnosis by Metagenomic Next-Generation Sequencing : A Case Report ». Pathogens 10, no 4 (12 avril 2021) : 461. http://dx.doi.org/10.3390/pathogens10040461.
Texte intégralDavid, Matei, L. J. Dursi, Delia Yao, Paul C. Boutros et Jared T. Simpson. « Nanocall : an open source basecaller for Oxford Nanopore sequencing data ». Bioinformatics 33, no 1 (10 septembre 2016) : 49–55. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw569.
Texte intégralDing, Hongxu, Andrew D. Bailey, Miten Jain, Hugh Olsen et Benedict Paten. « Gaussian mixture model-based unsupervised nucleotide modification number detection using nanopore-sequencing readouts ». Bioinformatics 36, no 19 (29 juin 2020) : 4928–34. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa601.
Texte intégralSalakhov, R. R., M. V. Golubenko, E. N. Pavlukova, A. N. Kucher, N. P. Babushkina, N. R. Valiahmetov, A. V. Markov, E. O. Belyaeva, A. F. Kanev et M. S. Nazarenko. « Experience in genetic testing of hypertrophic cardiomyopathy using nanopore DNA sequencing ». Russian Journal of Cardiology 26, no 10 (22 novembre 2021) : 4673. http://dx.doi.org/10.15829/1560-4071-2021-4673.
Texte intégralFukasawa, Yoshinori, Luca Ermini, Hai Wang, Karen Carty et Min-Sin Cheung. « LongQC : A Quality Control Tool for Third Generation Sequencing Long Read Data ». G3: ; Genes|Genomes|Genetics 10, no 4 (10 février 2020) : 1193–96. http://dx.doi.org/10.1534/g3.119.400864.
Texte intégralNoone, J. Christopher, Karin Helmersen, Truls Michael Leegaard, Inge Skråmm et Hege Vangstein Aamot. « Rapid Diagnostics of Orthopaedic-Implant-Associated Infections Using Nanopore Shotgun Metagenomic Sequencing on Tissue Biopsies ». Microorganisms 9, no 1 (4 janvier 2021) : 97. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms9010097.
Texte intégralChen, Zhiao, et Xianghuo He. « Application of third-generation sequencing in cancer research ». Medical Review 1, no 2 (21 octobre 2021) : 150–71. http://dx.doi.org/10.1515/mr-2021-0013.
Texte intégralIstace, Benjamin, Caroline Belser, Cyril Falentin, Karine Labadie, Franz Boideau, Gwenaëlle Deniot, Loeiz Maillet et al. « Sequencing and Chromosome-Scale Assembly of Plant Genomes, Brassica rapa as a Use Case ». Biology 10, no 8 (30 juillet 2021) : 732. http://dx.doi.org/10.3390/biology10080732.
Texte intégralde Siqueira, Guilherme Marcelino Viana, Felipe Marcelo Pereira-dos-Santos, Rafael Silva-Rocha et María-Eugenia Guazzaroni. « Nanopore Sequencing Provides Rapid and Reliable Insight Into Microbial Profiles of Intensive Care Units ». Frontiers in Public Health 9 (27 août 2021). http://dx.doi.org/10.3389/fpubh.2021.710985.
Texte intégralNeumann, Don, Anireddy S. N. Reddy et Asa Ben-Hur. « RODAN : a fully convolutional architecture for basecalling nanopore RNA sequencing data ». BMC Bioinformatics 23, no 1 (20 avril 2022). http://dx.doi.org/10.1186/s12859-022-04686-y.
Texte intégralSilvestre-Ryan, Jordi, et Ian Holmes. « Pair consensus decoding improves accuracy of neural network basecallers for nanopore sequencing ». Genome Biology 22, no 1 (19 janvier 2021). http://dx.doi.org/10.1186/s13059-020-02255-1.
Texte intégralQi, Weihong, Andrea Colarusso, Miriam Olombrada, Ermenegilda Parrilli, Andrea Patrignani, Maria Luisa Tutino et Macarena Toll-Riera. « New insights on Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 genome organization and benchmarks of genome assembly applications using next and third generation sequencing technologies ». Scientific Reports 9, no 1 (11 novembre 2019). http://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-52832-z.
Texte intégralSun, Kai, Yi Liu, Xin Zhou, Chuanlin Yin, Pengjun Zhang, Qianqian Yang, Lingfeng Mao, Xuping Shentu et Xiaoping Yu. « Nanopore sequencing technology and its application in plant virus diagnostics ». Frontiers in Microbiology 13 (25 juillet 2022). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2022.939666.
Texte intégralLiu, Yang, Wojciech Rosikiewicz, Ziwei Pan, Nathaniel Jillette, Ping Wang, Aziz Taghbalout, Jonathan Foox et al. « DNA methylation-calling tools for Oxford Nanopore sequencing : a survey and human epigenome-wide evaluation ». Genome Biology 22, no 1 (18 octobre 2021). http://dx.doi.org/10.1186/s13059-021-02510-z.
Texte intégralRiaz, Nasir, Preston Leung, Kirston Barton, Martin A. Smith, Shaun Carswell, Rowena Bull, Andrew R. Lloyd et Chaturaka Rodrigo. « Adaptation of Oxford Nanopore technology for hepatitis C whole genome sequencing and identification of within-host viral variants ». BMC Genomics 22, no 1 (2 mars 2021). http://dx.doi.org/10.1186/s12864-021-07460-1.
Texte intégralKerkhof, Lee J. « Is Oxford Nanopore sequencing ready for analyzing complex microbiomes ? » FEMS Microbiology Ecology 97, no 3 (14 janvier 2021). http://dx.doi.org/10.1093/femsec/fiab001.
Texte intégralGoodwin, Sara, Robert Wappel et W. Richard McCombie. « 1D Genome Sequencing on the Oxford Nanopore MinION ». Current Protocols in Human Genetics 94, no 1 (juillet 2017). http://dx.doi.org/10.1002/cphg.39.
Texte intégralJain, Miten, Hugh E. Olsen, Benedict Paten et Mark Akeson. « The Oxford Nanopore MinION : delivery of nanopore sequencing to the genomics community ». Genome Biology 17, no 1 (25 novembre 2016). http://dx.doi.org/10.1186/s13059-016-1103-0.
Texte intégralSultan, Madiha, et Anastassia Kanavarioti. « Nanopore device-based fingerprinting of RNA oligos and microRNAs enhanced with an Osmium tag ». Scientific Reports 9, no 1 (2 octobre 2019). http://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-50459-8.
Texte intégralPrall, Trent M., Emma K. Neumann, Julie A. Karl, Cecilia G. Shortreed, David A. Baker, Hailey E. Bussan, Roger W. Wiseman et David H. O’Connor. « Consistent ultra-long DNA sequencing with automated slow pipetting ». BMC Genomics 22, no 1 (12 mars 2021). http://dx.doi.org/10.1186/s12864-021-07500-w.
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