Littérature scientifique sur le sujet « Oxford Nanopore sequencing »
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Articles de revues sur le sujet "Oxford Nanopore sequencing"
Heikema, Astrid P., Deborah Horst-Kreft, Stefan A. Boers, Rick Jansen, Saskia D. Hiltemann, Willem de Koning, Robert Kraaij et al. « Comparison of Illumina versus Nanopore 16S rRNA Gene Sequencing of the Human Nasal Microbiota ». Genes 11, no 9 (21 septembre 2020) : 1105. http://dx.doi.org/10.3390/genes11091105.
Texte intégralLin, Bo, Jianan Hui et Hongju Mao. « Nanopore Technology and Its Applications in Gene Sequencing ». Biosensors 11, no 7 (30 juin 2021) : 214. http://dx.doi.org/10.3390/bios11070214.
Texte intégralLu, Hengyun, Francesca Giordano et Zemin Ning. « Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly ». Genomics, Proteomics & ; Bioinformatics 14, no 5 (octobre 2016) : 265–79. http://dx.doi.org/10.1016/j.gpb.2016.05.004.
Texte intégralEisenstein, Michael. « Oxford Nanopore announcement sets sequencing sector abuzz ». Nature Biotechnology 30, no 4 (avril 2012) : 295–96. http://dx.doi.org/10.1038/nbt0412-295.
Texte intégralSereika, Mantas, Rasmus Hansen Kirkegaard, Søren Michael Karst, Thomas Yssing Michaelsen, Emil Aarre Sørensen, Rasmus Dam Wollenberg et Mads Albertsen. « Oxford Nanopore R10.4 long-read sequencing enables the generation of near-finished bacterial genomes from pure cultures and metagenomes without short-read or reference polishing ». Nature Methods 19, no 7 (juillet 2022) : 823–26. http://dx.doi.org/10.1038/s41592-022-01539-7.
Texte intégralMacKenzie, Morgan, et Christos Argyropoulos. « An Introduction to Nanopore Sequencing : Past, Present, and Future Considerations ». Micromachines 14, no 2 (16 février 2023) : 459. http://dx.doi.org/10.3390/mi14020459.
Texte intégralСалахов, Р. Р., М. В. Голубенко, Е. Н. Павлюкова, А. В. Марков, Н. П. Бабушкина, А. Ф. Канев, Н. Р. Валиахметов et М. С. Назаренко. « Application of monomolecular sequencing technology to the diagnostics of hypertrophic cardiomyopathy ». Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika», no 5(214) (29 mai 2020) : 9–10. http://dx.doi.org/10.25557/2073-7998.2020.05.9-10.
Texte intégralBurns, Adam, David Robert Bruce, Pauline Robbe, Adele Timbs, Basile Stamatopoulos, Ruth Clifford, Maria Lopopolo, Duncan Parkes, Kate E. Ridout et Anna Schuh. « Detection of Clinically Relevant Molecular Alterations in Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) By Nanopore Sequencing ». Blood 132, Supplement 1 (29 novembre 2018) : 1847. http://dx.doi.org/10.1182/blood-2018-99-110948.
Texte intégralDumschott, Kathryn, Maximilian H.-W. Schmidt, Harmeet Singh Chawla, Rod Snowdon et Björn Usadel. « Oxford Nanopore sequencing : new opportunities for plant genomics ? » Journal of Experimental Botany 71, no 18 (27 mai 2020) : 5313–22. http://dx.doi.org/10.1093/jxb/eraa263.
Texte intégralLeger, Adrien, et Tommaso Leonardi. « pycoQC, interactive quality control for Oxford Nanopore Sequencing ». Journal of Open Source Software 4, no 34 (28 février 2019) : 1236. http://dx.doi.org/10.21105/joss.01236.
Texte intégralThèses sur le sujet "Oxford Nanopore sequencing"
Shikh, Khaled Saad. « Sequencing the genomic DNA of Anodonta anatina using Oxford nanopore technology ». Thesis, Högskolan i Skövde, Institutionen för biovetenskap, 2020. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:his:diva-18874.
Texte intégralPINZAUTI, DAVID. « Implementation of a flexible Oxford Nanopore sequencing platform for microbial genomics ». Doctoral thesis, Università di Siena, 2021. http://hdl.handle.net/11365/1138520.
Texte intégralMurphy, Trevor. « Expanding the Knowledgebase of Earth’s Microbiome Using Culture Dependent and Independent Methods ». OpenSIUC, 2021. https://opensiuc.lib.siu.edu/theses/2837.
Texte intégralLebó, Marko. « Přímá klasifikace metagenomických signálů ze sekvenace nanopórem ». Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2019. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-400964.
Texte intégralHunt, Spencer Philip. « Whole-Genome Assembly of Atriplex hortensis L. Using OxfordNanopore Technology with Chromatin-Contact Mapping ». BYU ScholarsArchive, 2019. https://scholarsarchive.byu.edu/etd/8580.
Texte intégralCain, Elizabeth. « Targeted STR and SNP in-field sequencing by Oxford Nanopore MinION™ for the identification of an individual in a military scenario ». Thesis, Cain, Elizabeth (2019) Targeted STR and SNP in-field sequencing by Oxford Nanopore MinION™ for the identification of an individual in a military scenario. Masters by Coursework thesis, Murdoch University, 2019. https://researchrepository.murdoch.edu.au/id/eprint/49630/.
Texte intégralHu, Yue. « Microbial DNA Sequencing in Environmental Studies ». Doctoral thesis, KTH, Skolan för bioteknologi (BIO), 2017. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-204897.
Texte intégralYue Hu was supported by a scholarship from the China Scholarship Council (CSC #201206950024)
Yue Hu has been publishing papers under the name "Yue O. O. Hu".
QC 20170403
Tu, Siang-Jyun, et 塗翔鈞. « Allele sequence reconstruction via Oxford Nanopore Technologies and Next Generation Sequencing ». Thesis, 2018. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/439rx7.
Texte intégral國立交通大學
生物資訊及系統生物研究所
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Pharmacogenomics is the research of genetic variants and drug response. It aims to reduce side-effect and increase treatment effect by modifying prescription according to genetic variants of the patient. The developments of polymerase chain reaction, PCR, and next-generation sequencing, NGS, improve researchers understanding about the relation in genetic variants and drug response. Moreover, the long read-length oxford nanopore technologies, ONT, facilitates the reconstruction of an allele of patients and makes identifying haplotype more efficiently. To develop precision medicine in Taiwan, the construction of a Taiwan population-based alleles database (HapTW) is important. The build processes including gene selection, primers design, well experiment practice, storage of sequencing data, full-length allele analysis system, database management system, external resources annotation system, and user-friendly interface. In this study, we implemented and designed a full-length allele reconstruction pipeline: HLA_ONTu, a type annotation system with IPD-IMGT/HLA database, a simulation tool: SimulationTOOLKIT and the database schema of HapTW. We choose three HLA Class I genes as examples to demonstrate this study.
Dippenaar, A., S. N. Goossens, M. Grobbelaar, S. Oostvogels, B. Cuypers, K. Laukens, Conor J. Meehan, R. M. Warren et Rie A. van. « Nanopore sequencing for Mycobacterium tuberculosis : a critical review of the literature, new developments and future opportunities ». 2021. http://hdl.handle.net/10454/18521.
Texte intégralThe next-generation short-read sequencing technologies that generate comprehensive, whole-genome data with single-nucleotide resolution have already advanced tuberculosis diagnosis, treatment, surveillance and source investigation. Their high costs, tedious and lengthy processes, and large equipment remain major hurdles for research use in high tuberculosis burden countries and implementation into routine care. The portable next-generation sequencing devices developed by Oxford Nanopore Technologies (ONT) are attractive alternatives due to their long-read sequence capability, compact low-cost hardware, and continued improvements in accuracy and throughput. A systematic review of the published literature demonstrated limited uptake of ONT sequencing in tuberculosis research and clinical care. Of the 12 eligible articles presenting ONT sequencing data on at least one Mycobacterium tuberculosis sample, four addressed software development for long read ONT sequencing data with potential applications for M. tuberculosis. Only eight studies presented results of ONT sequencing of M. tuberculosis, of which five performed whole-genome and three did targeted sequencing. Based on these findings, we summarize the standard processes, reflect on the current limitations of ONT sequencing technology, and the research needed to overcome the main hurdles. Summary: The low capital cost, portable nature and continued improvement in the performance of ONT sequencing make it an attractive option for sequencing for research and clinical care, but limited data is available on its application in the tuberculosis field. Important research investment is needed to unleash the full potential of ONT sequencing for tuberculosis research and care.
Chapitres de livres sur le sujet "Oxford Nanopore sequencing"
He, Ming, Xu Chi et Jie Ren. « Applications of Oxford Nanopore Sequencing in Schizosaccharomyces pombe ». Dans Methods in Molecular Biology, 97–116. New York, NY : Springer US, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-0868-5_9.
Texte intégralKaramitros, Timokratis, et Gkikas Magiorkinis. « Multiplexed Targeted Sequencing for Oxford Nanopore MinION : A Detailed Library Preparation Procedure ». Dans Methods in Molecular Biology, 43–51. New York, NY : Springer New York, 2017. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-7514-3_4.
Texte intégralLiu, Huanle, Oguzhan Begik et Eva Maria Novoa. « EpiNano : Detection of m6A RNA Modifications Using Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing ». Dans Methods in Molecular Biology, 31–52. New York, NY : Springer US, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1374-0_3.
Texte intégralAl Kadi, Mohamad, et Daisuke Okuzaki. « Unfolding the Bacterial Transcriptome Landscape Using Oxford Nanopore Technology Direct RNA Sequencing ». Dans Methods in Molecular Biology, 269–79. New York, NY : Springer US, 2023. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-2996-3_19.
Texte intégralActes de conférences sur le sujet "Oxford Nanopore sequencing"
Huang, Neng, Fan Nie, Peng Ni, Feng Luo et Jianxin Wang. « An attention-based neural network basecaller for Oxford Nanopore sequencing data ». Dans 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2019. http://dx.doi.org/10.1109/bibm47256.2019.8983231.
Texte intégralGribchenko, E. S. « The study of transcriptomes of symbiotic tissue of pea using the third-generation sequencing technology Oxford Nanopore ». Dans 2nd International Scientific Conference "Plants and Microbes : the Future of Biotechnology". PLAMIC2020 Organizing committee, 2020. http://dx.doi.org/10.28983/plamic2020.093.
Texte intégralКечин, А. А., М. А. Корюков, В. С. Боробова et М. Л. Филипенко. « FEATURES OF MUTATION DETECTION IN LONG-READ WHOLE GENOME SEQUENCING DATA ». Dans Сборник трудов XVIII Российской конференции "РАСПРЕДЕЛЕННЫЕ ИНФОРМАЦИОННО-ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ РЕСУРСЫ". Crossref, 2023. http://dx.doi.org/10.25743/dir.2022.16.63.019.
Texte intégralAmin, Mohammad Ruhul, Steven Skiena et Michael C. Schatz. « NanoBLASTer : Fast alignment and characterization of Oxford Nanopore single molecule sequencing reads ». Dans 2016 IEEE 6th International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS). IEEE, 2016. http://dx.doi.org/10.1109/iccabs.2016.7802776.
Texte intégralBoughattas, Sonia, Dana Al Batesh, Bruno Giraldes, Asmaa Al-Thani et Fatiha Benslimane. « Optimized DNA Extracting Method for Oxford Nanopore- Long reads Sequencing from Marine samples ». Dans Qatar University Annual Research Forum & Exhibition. Qatar University Press, 2020. http://dx.doi.org/10.29117/quarfe.2020.0136.
Texte intégral« Whole genome sequencing and assembly of Saccharomyces cerevisiae genomes using Oxford Nanopore data ». Dans Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/ Systems Biology. institute of cytology and genetics siberian branch of the russian academy of science, Novosibirsk State University, 2020. http://dx.doi.org/10.18699/bgrs/sb-2020-037.
Texte intégral« Applicability of the Oxford Nanopore sequencing technology to the analysis of DNA modifications ». Dans Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) :. Institute of Cytology and Genetics, the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 2022. http://dx.doi.org/10.18699/sbb-2022-118.
Texte intégralHess, A., A. Caulton, R. Clarke, R. Brauning, K. McRae et S. Clarke. « 253. Expanding the genomic toolkit : what does Oxford Nanopore sequencing have to offer ? » Dans World Congress on Genetics Applied to Livestock Production. The Netherlands : Wageningen Academic Publishers, 2022. http://dx.doi.org/10.3920/978-90-8686-940-4_253.
Texte intégralBenslimane, Fatiha M., Hebah Al Khatib, Dana Albatesh, Ola Al-Jamal, Sonia Boughattas, Asmaa A. Althani et Hadi M. Yassine. « Nanopore Sequencing SARS-CoV-2 Genome in Qatar ». Dans Qatar University Annual Research Forum & Exhibition. Qatar University Press, 2020. http://dx.doi.org/10.29117/quarfe.2020.0289.
Texte intégralDe Block, T., I. De Baetselier, S. Abdellati, J. Laumen, S. Manoharan-Basil, C. Kenyon et D. Van den Bossche. « P207 Evaluation of Oxford Nanopore MinION sequencing to predict antimicrobial resistance profiles in clinical N. gonorrhoeae strains ». Dans Abstracts for the STI & HIV World Congress, July 14–17 2021. BMJ Publishing Group Ltd, 2021. http://dx.doi.org/10.1136/sextrans-2021-sti.296.
Texte intégral