Thèses : « Océan Indian Ouest »

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Annasawmy, Pavanee. « Patterns among micronekton communities in relation to the environmental conditions at two shalow seamounts in the south-western Indian Ocean ». Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG087.

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Résumé :

Les monts sous-marins sont des relevés topographiques omniprésents au sein de tous les bassins océaniques. Ils s’élèvent dans la colonne d’eau à partir des profondeurs abyssales. Selon leur taille, leur forme et la profondeur de leur sommet, les monts sous-marins auraient un impact sur les processus physiques susceptibles de favoriser l'agrégation du zooplancton, du micronecton et des prédateurs supérieurs au-dessus ou à proximité immédiate de leur sommet. Le micronecton forme un lien trophique clé entre le zooplancton et les prédateurs marins supérieurs et se compose de quatre grands groupes: plancton gélatineux, crustacés, céphalopodes et poissons mésopélagiques. La distribution verticale et horizontale, les assemblages et les relations trophiques du micronecton ont été étudiés sur deux monts sous-marins peu profonds du sud-ouest de l'océan Indien. Le mont sous-marin La Pérouse est un relevé topographique abrupt qui s'élève à partir d'un fond marin profond situé à 5000 m et dont la profondeur du sommet est d'environ 60 m sous la surface de la mer. Ce mont est situé au nord-ouest de la province oligotrophe "ISSG". Le mont sous-marin MAD-Ridge ("ainsi appelé dans cette étude"), est situé dans un "corridor de tourbillons" au sud de Madagascar dans la province "EAFR". Le Chapitre 4 examine l'influence des tourbillons méso-échelle, du plateau continental de Madagascar et des monts sous-marins peu profonds sur la distribution du micronecton en utilisant une approche acoustique. Il est démontré que les tourbillons méso-échelle et le plateau continental Malgache peuvent présenter des densités acoustiques de micronecton supérieures à celles du mont sous-marin MAD-Ridge. Les densités acoustiques du micronecton sont également plus élevées à MAD-Ridge qu’à La Pérouse, conformément aux différences de productivité existant entre les deux sites. Le Chapitre 5 est consacré aux assemblages de micronecton et aux schémas de migrations nycthémérales des communautés de micronecton. Il est démontré que la couche de diffusion peu profonde (0-200 m) est constituée d'espèces micronectoniques océaniques alors que les sommets et les flancs de La Pérouse et de MAD-Ridge présentent des espèces résidentes ou associées à ces monts sous-marins de jour comme de nuit. Les différentes stratégies de migration du micronecton sont également discutées. Le Chapitre 6 porte sur les interactions trophiques des communautés mésopélagiques de La Pérouse et de MAD-Ridge. Malgré les différences de productivité entre La Pérouse et MAD-Ridge, les organismes gélatineux, les crustacés, les céphalopodes de petite taille et les poissons mésopélagiques montrent des niveaux trophiques allant 2 à 4 aux deux monts sous-marins. Cette thèse met l’accent sur les importantes lacunes dans les connaissances et elle souligne également l'importance des études sur les écosystèmes des monts sous-marins du sud-ouest de l'océan Indien afin de promouvoir des mesures de gestion et de conservation pour une utilisation durable de ces environnements si particuliers
Seamounts are ubiquitous topographic features across all ocean basins. They rise steeply through the water column from abyssal depths. Depending on their size, shape and summit depths, seamounts reportedly have an impact on the physical flow regimes which may promote the aggregation of zooplankton, micronekton, and top predators above or in the immediate vicinity of their summits. Micronekton form a key trophic link between zooplankton and top marine predators and are divided into four broad categories: gelatinous plankton, crustaceans, cephalopods and mesopelagic fishes. The vertical and horizontal distributions, assemblages and trophic relationships of micronekton were investigated at two shallow seamounts of the south-western Indian Ocean. La Pérouse seamount is a steep bathymetric feature rising from a deep seabed located at 5000 m and with a summit depth at ~ 60 m below the sea surface. The seamount is located at the north-western periphery of the oligotrophic Indian South Subtropical Gyre province. MAD-Ridge seamount (“thus called in this study”), is ~ 240 m below the sea surface rising from a base located at ~2400 m. The seamount is located within an “eddy corridor” to the south of Madagascar within the productive East African Coastal Province. Chapter 4 investigates the influence of mesoscale eddies, Madagascar shelf and shallow seamounts on the distribution of micronekton using an acoustic approach. It is demonstrated that mesoscale eddies and the continental shelf may show enhanced acoustic densities of micronekton compared to MAD-Ridge seamount. The micronekton acoustic densities were also greater at MAD-Ridge compared to La Pérouse, in accordance with the difference in productivity between the two sites. Chapter 5 is dedicated to the micronekton assemblages and diel migration patterns of micronekton communities. It is shown that, while the shallow scattering layer (0-200 m) consisted of oceanic micronekton species; the summits and flanks of La Pérouse and MAD-Ridge showed presence of resident or seamount-associated species both during the day and night. I also discussed the different migration strategies of micronekton. Chapter 6 investigates the stable isotope patterns of mesopelagic communities at La Pérouse and MAD-Ridge. Despite the differing productivity at La Pérouse and MAD-Ridge, gelatinous organisms, crustaceans, smaller-sized squids and mesopelagic fishes exhibited trophic levels ranging from 2 to 4 at both seamounts. This thesis highlights important knowledge gaps on seamount ecosystems and ecological patterns associated to shallow seamounts. It also underlines the importance of studying seamount ecosystems of the south-western Indian Ocean in order to promote management and conservation measures for a sustainable use of such specific environments

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Behagle, Nolwenn. « Structuration acoustique du micronecton de l'écosystème océanique du sud-ouest de l'océan Indien ». Thesis, La Rochelle, 2015. http://www.theses.fr/2015LAROS039/document.

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Résumé :

Pour comprendre le fonctionnement d'un écosystème, il est essentiel de comprendre l'organisation du réseau trophique associé. Dans les eaux océaniques du sud-ouest de l'océan Indien (10-60°S, 35-90°E), si la répartition de la production primaire et la distribution des prédateurs supérieurs sont bien connues, un manque de connaissance demeure en ce qui concerne la distribution des différents organismes composant l'échelon trophique intermédiaire et ce, malgré leur importance écologique (pompe biologique et rôle trophique clé) et potentiellement économique (ambitions de pêche dans un futur proche). Pour combler ce manque, ce travail de thèse s'est concentré sur les distributions horizontale et verticale et la composition des organismes micronectoniques de cette région. La distribution du micronecton a donc été étudiée à méso- et large-échelle à partir d'enregistrements acoustiques (38 kHz). En termes de distribution verticale, une structuration en trois couches principales a été mise en évidence ; l'intensité et l'épaisseur de ces couches variant selon la période du jour (migrations nycthémérales) et les conditions océaniques (tourbillons océaniques à méso-échelle et fronts océaniques à large-échelle). En ce qui concerne la distribution horizontale, le sud-ouest de l'océan Indien a été caractérisé par des eaux (10 – 800 m) plus riches aux latitudes subtropicales, en été comme en hiver. Mais chaque type d'organisme ayant ses propres caractéristiques écologiques, il était important de pouvoir décrire les distributions propres à chaque groupe biologique composant ce micronecton. Une approche acoustique bifréquence (38 et 120 kHz) a permis de distinguer les crustacés micronectoniques des petits poissons mésopélagiques contenant une vessie natatoire gazeuse dans les eaux est de Kerguelen. En termes de distribution horizontale et de densité globale estimée, les crustacés micronectoniques dominaient les eaux océaniques à l'est de Kerguelen. Sur la verticale, deux types de structuration ont été mis en évidence : une structure agrégative et une structure en couches. Les crustacés micronectoniques ont été caractérisés par une structuration en couches, de jour comme de nuit, alors que les autres organismes sondés (les poissons ayant une vessie natatoire gazeuse notamment) présentaient une structuration mixte composée d'agrégats et de couches le jour et composée uniquement de couches la nuit. En résumé, l'approche acoustique utilisée dans ce travail a permis de décrire la distribution et la composition des organismes micronectoniques et fournit une base descriptive essentielle sur le micronecton du sud-ouest de l'océan Indien
To understand the functioning of an ecosystem, it is essential to understand the organization of its associated food web. While the distribution of primary production and top predators in the Southwest Indian Ocean's oceanic waters (10-60 ° S, 35-90 ° E) are well known, a lack of knowledge remains regarding the distribution of mid-trophic level organisms, despite their ecological (biological pump and key trophic role) and potentially economic (commercial fisheries in the near future) importance. To fill this gap, this work focused on the horizontal and vertical distribution and composition of micronektonic communities in this region. Micronekton comprises relatively small organisms (1 to 20 cm long) able to swim freely without being unduly affected by currents. Micronekton distributions have been studied at meso- and large-scale using acoustic recordings (38 kHz). A vertical structure in three layers has been identified ; the intensity and thickness of these layers vary depending on the considered time period (diel migration) and ocean conditions (meso-scale oceanic eddies and large-scale oceanic fronts). Horizontaly, the Southwestern Indian Ocean harbours the richest waters (10-800 m) in subtropical latitudes in summer and winter times. Since every organism has its own ecological characteristics, it was important to separatly describe the distribution of biological groups composing micronekton. A bi-frequency acoustic approach (38 and 120 kHz) allowed the distinction of micronektonic crustaceans from small mesopelagic gas-filled swimbladder fish in waters east of Kerguelen where micronektonic crustaceans where dominant in terms of overall acoustic density. Two distinct types of vertical structure were highlighted : an aggregative and a layer structure. Micronektonic crustaceans were characterized by layering, day and night, while other organisms (gas-filled swimbladder fish in particular) exhibited structure mixing aggregates and layers during the day, but only composed of layers during the night. In summary, the acoustic approach used in this work helped to describe the distribution and composition of micronektonic organisms and provides an essential knowledge base on the micronekton of the southwest Indian Ocean

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Jouval, Florian. « Successions écologiques et potentiel de récupération des communautés coralliennes : structure, démographie et recrutement dans le sud-ouest de l'océan Indien ». Thesis, La Réunion, 2019. http://www.theses.fr/2019LARE0019.

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Résumé :

Les récifs coralliens subviennent aux besoins de millions de personnes à travers le monde. Toutefois, les effets du changement climatique et l’accentuation de la fréquence et de l’intensité des perturbations mènent à une accélération de leur dégradation et au déclin des communautés de coraux scléractiniaires. Les préoccupations actuelles portent sur les capacités de résilience de ces écosystèmes vulnérables. Dans ce contexte, il apparait essentiel d’améliorer la compréhension des mécanismes de maintien des communautés coralliennes dans l’optique d’aider à la conservation et à la gestion des récifs. Ce travail de thèse vise à analyser les processus démographiques, y compris le recrutement, et la structure des assemblages coralliens à plusieurs échelles dans différents milieux insulaires de la zone sud-ouest de l’océan Indien. Ces descripteurs ont été abordés au travers de la succession écologique sur les récifs et coulées de lave sous-marines de La Réunion et par l’évaluation du potentiel de récupération des récifs de cinq systèmes insulaires de la zone. Les résultats montrent que le recrutement corallien est faible dans les Mascareignes (La Réunion et Rodrigues) et très variable à toutes les échelles spatiales étudiées, de quelques centimètres à plusieurs centaines de kilomètres. Cette variabilité spatiale est également observée entre sites en termes de recouvrement benthique, de densité, de structure de taille, de mortalité ou encore de potentiel de récupération des communautés coralliennes. Cette variabilité spatiale n’est cependant pas clairement liée aux niveaux de protection des sites ni aux patrons théoriques de la succession écologique (étudiés à La Réunion). Un patron de succession est toutefois mis en évidence, au cours duquel la taille des coraux et la richesse spécifique augmentent avec le temps jusqu'à ce que les interactions interspécifiques (e.g. la compétition pour l'espace) conduisent à leur diminution. De plus, une forte dominance du genre Pocillopora est observée sur tous les sites de coulées de lave, confirmant sa nature pionnière et compétitive. L’indice de récupération (RI) développé suggère que le potentiel de récupération des récifs du canal du Mozambique est supérieur (notamment pour Europa) à celui des récifs des Mascareignes, soumis de manière plus générale aux pressions anthropiques directes. Ces résultats sont cohérents avec les observations passées de la récupération des récifs étudiés suite à des perturbations diverses. L’ajout des taux de recrutement au calcul des RI pour La Réunion et Rodrigues modifie nettement le potentiel de récupération des sites de ces îles : les sites ayant les taux de recrutement les plus forts sont également ceux dont le RI est le plus élevé. Ce projet apporte ainsi des informations essentielles sur les communautés récifales de l’océan Indien qui permettront d’améliorer les plans de gestion pour la conservation des récifs coralliens
Coral reefs support millions of people’s livelihood around the world. However, the effects of climate change and the increase in frequency and intensity of disturbances are leading to their accelerated degradation and to the decline of scleractinian coral communities. Current concerns relate to the resilience of these vulnerable ecosystems. In this context, it is essential to improve our understanding of the mechanisms underlying maintenance of coral communities, which may also improve conservation and management efforts that are urgently needed for these ecosystems. This PhD work aims to analyze demographic processes, including recruitment, and the structure of coral assemblages at several scales in different island environments of the southwestern Indian Ocean region. These descriptors were addressed through ecological succession on reefs and underwater lava flows of Reunion Island, and through the assessment of the reef recovery potential of five island systems in the area. Results show that coral recruitment in the Mascarene Islands (Reunion and Rodrigues) is low and highly variable at all spatial scales, from a few centimeters to several hundreds of kilometers. This spatial variability is also observed between sites in terms of benthic cover, density, size structure, mortality and recovery potential of coral communities. However, this spatial variability is not clearly linked to the protection levels of the sites, nor to the theoretical patterns of ecological succession (studied in Reunion Island). A succession pattern is yet highlighted through the increase in coral size and species richness over time until interspecific interactions (e.g. competition for space) lead to their decline. In addition, a strong dominance of the Pocillopora genus is recorded at all lava flow sites, confirming its pioneering and competitive nature. The recovery index (RI) that we developed suggests that the recovery potential of the reefs of the Mozambique Channel is higher (especially for Europa) than that of the reefs of the Mascarene Islands, which are more subject to direct anthropogenic pressures. These results are consistent with past observations of recovery trajectories of the studied reefs following various disturbances. The addition of recruitment rates to the calculation of RI for Reunion and Rodrigues islands clearly modifies the recovery potential of these islands sites: the sites with the highest recruitment rates are also those with the highest RI. This project thus provides essential information on Indian Ocean reef communities that may improve management strategies for coral reef conservation

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Gay, Noellie. « Homme, animal, environnement : quel est le principal réservoir d’Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu dans le Sud-Ouest de l’océan Indien ? » Thesis, La Réunion, 2019. http://www.theses.fr/2019LARE0024.

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Résumé :

La résistance bactérienne aux antibiotiques impacte la santé humaine, animale et l’agriculture au niveau international. Les Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE), des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques, sont une priorité sanitaire pour le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI), à savoir Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion. L’objectif général de cette thèse était d’identifier, parmi les trois compartiments de l’approche One Health (homme, animal, environnement), le principal réservoir d’EBLSE dans le SOOI. La prévalence d’EBLSE a été estimée pour chaque compartiment pris indépendamment (approche sectorielle) et par une approche holistique les connectant spatialement et temporellement. Ces deux approches ont permis d’identifier les animaux d’élevage comme le probable réservoir principal d’EBLSE dans le SOOI. L’approche holistique suggère une perméabilité des trois compartiments à Madagascar. Si l’hypothèse d’un réservoir majeur d’EBLSE chez les animaux d’élevage est plausible, sa contribution à la colonisation humaine pourrait varier entre les territoires du SOOI. En effet, l’exposition de l’homme à ce réservoir pourrait être limitée pour les territoires à revenu élevé (Seychelles, La Réunion) mais substantielle pour les territoires à revenu faible (Madagascar, Union des Comores), particulièrement en l’absence de sécurité des aliments, de système d’assainissement et d’accès à l’eau potable. Quantifier la contribution relative du compartiment animal d’élevage dans la colonisation par les EBLSE de l’homme en population générale dans les pays à faible revenu constitue un axe de recherche essentiel. De ces connaissances découlera une meilleure adaptation des stratégies de contrôle de l’antibiorésistance dans le SOOI et plus généralement dans les territoires à faible revenu qui pourraient être des amplificateurs de ce phénomène sanitaire
Bacterial antibiotic drug resistance is a worldwide health issue affecting human, animal, and agriculture. Extended-spectrum bêta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-E), mutidrug-resistant bacteria, are a main health priority for the South-western Indian Ocean (SWIO) composed of islands (i.e. Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion). The main objective of this PhD thesis was estimating the ESBL-E prevalence in the three « One Heath approach » compartments (human, animal, environment) in order to identify the main ESBL-E reservoir in IO. This prevalence was independently estimated for each compartment by a sectorial approach and by a holistic approach connecting all compartments spatially and temporally.Both approaches suggest that livestock could be the main ESBL-E reservoir in IO and point out permeability between these three compartments in Madagascar. If the idea of a main reservoir of ESBL-E in livestock seems plausible, its contribution to human colonisation could differ between SWIO territories. Indeed, human direct and/or undirect exposure to this reservoir could be reduced in high-income countries (i.e. Seychelles, La Réunion) but significant for low-income countries (i.e. Madagascar, Union des Comores). In the absence, or reduced application, of food safety, sanitation, and drinking water access, the exposure to ESBL-E from livestock could be substantial in SWIO low-income countries. Consequently, the relative contribution of livestock in human ESBL-E subsequent colonisation could be significant in low-income countries but currently understudied. Research on that topic should strengthen antibiotic drug resistance control measures in low sanitation contexts

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Mathelin, Eric. « Les lacs insulaires du sud-ouest de l'océan indien, un enjeu pour la gestion durable de la ressource en eau ». Phd thesis, Université d'Orléans, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01015792.

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Résumé :

Le lac insulaire constitue un objet géographique tout à fait original par sa structure d'isolat. Il est unevéritable réserve d'eau douce plus ou moins vaste, au sein d'espaces insulaires étroits dominés par unenvironnement maritime. D'origine naturelle ou anthropique, ces lacs s'inscrivent dans la problématiquecomplexe de la ressource en eau de ces territoires étroits soumis à des contraintes grandissantes(démographie, urbanisation, pollutions...). Le sud-ouest de l'océan Indien, composé d'îles trèsdifférentes, constitue un territoire privilégié pour une analyse comparative de ces lacs et de leur place ausein des sociétés insulaires. Ce travail a permis dans un premier temps de recenser et de classifier lesprincipales masses d'eau de la zone. A partir d'un échantillon de lacs, leurs spécificités ont étéobservées pour caractériser leur morphologie (cuvette lacustre et bassins d'alimentation), leurcomportement hydrologique et leurs écosystèmes. Cette analyse a permis de souligner la dimensionmontagneuse, tropicale et le poids de l'endémisme pour ces plans d'eau. La typicité de ces lacs apparaîtpar le croisement de ces composantes qui s'ajoutent au contexte insulaire où le stress hydrique imposedes valorisations spécifiques. L'étude des acteurs, des politiques de gestion et des contextes insulaires apermis de mieux appréhender la place du lac dans les sociétés du sud-ouest de l'océan Indien. En effet,ces plans d'eau, longtemps marginalisés par rapport au littoral, deviennent progressivement un atout etun véritable support au développement de ces territoires. Les contrastes de valorisation d'un lac à l'autreimposent une réflexion à long terme pour que les potentialités de ces masses d'eau soient adaptéesavec les besoins durables des populations insulaires.

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Bovalo, Christophe. « Activité électrique et variations d’intensité des systèmes convectifs tropicaux dans le sud-ouest de l’océan Indien : observations et modélisation ». Thesis, La Réunion, 2013. http://www.theses.fr/2013LARE0001/document.

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Résumé :

Depuis une vingtaine d'années, la qualité de la prévision de la trajectoire des cyclones tropicaux a fortement progressé mais peu d'améliorations ont été apportées à la prévision de l'intensité. Cette thèse s'intéresse aux changements d'intensité des cyclones tropicaux du sud-ouest de l'océan Indien sous l'angle original de l'activité électrique.Une première étude climatologique s'appuyant sur les données du réseau de détection d'éclairs World Wide Lightning Location Network (WWLLN) a permis de valider la qualité de ces données et de montrer que les cyclones tropicaux pouvaient être une source importante de production d'éclairs à l'échelle du bassin. À partir de ce résultat, une étude ciblée a été menée en considérant la spécificité du bassin et trois régions ont été définis (océan ouvert, région à proximité de la côte est de Madagascar et Canal du Mozambique). L'activité électrique des cyclones tropicaux dépend de la région où ils se trouvent ainsi que de leur stade d'intensité. Les éclairs semblent être un marqueur des phases d'intensification et d'affaiblissement dans certains situations. La troisième étape de cette thèse a consisté à simuler de manière idéalisée un cyclone tropical mature et a tenté d'expliquer les processus physiques à l'origine de l'activité électrique. Le modèle reproduit bien le comportement sporadique des éclairs habituellement observé. Des bilans montrent que ce cyclone présente trois phases caractéristiques, chacune associée à un comportement dynamique, microphysique et électrique différent. Enfin, une deuxième étude purement numérique a tenté d'identifier des estimateurs de l'activité électrique. Pourcelà deux approches ont été adoptées : une étude globale et une étude par cellule. Dans les deux cas, les meilleurs estimateurs sont la masse totale de graupel, le volume d'updraft et le produit des flux des masses de glace précipitante et non précipitante
Tropical cyclone track forecast has improved over the past two decades but little improvement have been done in intensity changes forecast. This thesis focuses on the intensity changes of tropical cyclones in the southwest Indian ocean through the original aspect of lightning activity. A climatology of lightning activity in the southwest Indian ocean using data from the World Wide Lightning Location Network (WWLLN) is first proposed. Results showed that the WWLLN was able to locate and capture the lightning activity in the basin and that tropical cyclones can be considered as a major source of lightning flashes in some oceanic parts of this region. From this result, study of lightning activity in tropical cyclones of the southwest Indian ocean has been done considering the basin configuration. Thus, three regions were defined: open ocean, region near the eastern coast of Madagascar and the Mozambique Channel. The location and intensity of lightning activity depend on the region and the intensity stage. Lightning flashes seem to be a proxy of intensification or weakening under some conditions. The third step of this thesis was to simulate in an idealized framework a mature tropical cyclone. The model was first able to reproduce the sporadic behavior of lightning activity as observed. Budgets have shown that the presence of three distinctive phases characterized by different dynamical, microphysical and electrical behaviors. Finally, another purely numerical work tried to identify some proxies of lightning activity according two approaches : a global analysis anda per-cell analysis. In both cases, the best proxies are the total graupel mass, the updraft volume and the product of precipitating and non-precipitating ice mass fluxes

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Alaguarda, Diego. « Effects of global changes on microbioeroding communities living in massive corals from the Western Indian Ocean over long term ». Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS237.

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Résumé :

Les récifs coralliens sont de plus en plus menacés par les changements globaux qui affectent à la fois les processus d’accrétion et d’érosion. Parmi ces processus, la bioérosion récifale est un processus de dégradation naturelle majeur résultant de l’action de divers organismes sur et dans les substrats carbonatés. Depuis peu, une attention particulière est portée sur la meilleure compréhension des rôles joués par les microflores bioérodantes (ou perforantes) comprenant des cyanobactéries, microalgues et fungi, dans le fonctionnement des récifs coralliens, et notamment le bilan carbonaté du fait de leur rôle important dans la dissolution récifale des carbonates morts à court terme (jour, mois, année). La présente thèse avait donc pour objectif principal d’étudier les effets de certains facteurs environnementaux, dont le réchauffement et l’acidification des océans à long terme (décennie) sur à la fois la composition, la distribution et l’abondance de communautés microperforantes récifales. Etant donné que des expériences à long terme avec des coraux morts sont peu envisageables, plusieurs carottes coralliennes issues de deux genres coralliens massifs (Diploastrea sp. et Porites sp.) à croissance lente, ont été collectés le long du Canal du Mozambique et en particulier à Mayotte, permettant de couvrir les dernières décennies (30 à 50 ans). Ces coraux massifs sont connus pour être de véritables bioarchives géologiques largement colonisées par les microflores perforantes qui, en dissolvant le CaCO3, créent des galeries. Pour étudier la dynamique des microflores perforantes dans les deux genres coralliens ciblés, deux méthodes innovantes ont été développées: le machine learning pour analyser rapidement et précisément des milliers d’images de galeries microperforantes prises au Microscope Électronique à Balayage (MEB) le long de trois transects verticaux parallèle à l’axe principal de croissance du corail, et l’étude de biomarqueurs lipidiques le long d’une carotte corallienne (Diploastrea sp.). La méthode du machine learning basée sur un model CNN a d’abord été développée sur le corail Diploastrea sp. avec une précision de 93%, puis adaptée au Porites sp. en modifiant notamment un hyperparamètre (précision de 95%). L’approche géochimique a consisté à tenter d’identifier des marqueurs lipidiques spécifiques de la microalgue Ostreobium sp. et du corail Diploastrea sp. au cours des dernières décennies. Les résultats ont montré que l’abondance des galeries microperforantes est 3 à 4 fois plus importante dans le corail Diploastrea sp. que dans le Porites sp. et qu’elle a diminué quelque soit le genre corallien, au cours des dernières décennies. Chez Diploastrea sp., la diminutation est de 90% en 54 ans et est couplée à un changement très important dans la composition des communautés entre 1985-1986. La densité (bulk) du Diploastrea sp. a également chuté de manière significative les 5 dernières décennies. Des régressions logistiques ont montré que la température, la vitesse des vents, le pH interne du corail, plus ou moins couplés, sont correlés à l’abondance des traces microperforantes. L’approche géochimique a également mis en évidence la diminution importante d’un biomarqueur lipidique, les amides, au cours des dernières décennies. Bien qu’il soit difficile d’attribuer les amides à un taxon ou une espèce en particulier présente dans le squelette corallien, j’émets l’hypothèse que potentiellement ces dernières pourrait refléter la présence de communautés microperforantes. Pour confirmer ou infirmer les tendances observées, il est nécessaire d’étudier un plus large nombre de carottes coralliennes sur un temps plus long. En outre, d’autres facteurs pourraient être étudiés pour mieux comprendre la diminution de l’abondance des communautés microperforantes et son implication dans la santé et la résilience des coraux, tels que les métaux traces ou d’autres variables du système des carbonates
Coral reefs are increasingly threatened by global changes as they affect both accretion and erosion processes. Among these processes, reef bioerosion is a major natural process of degradation resulting from the action of various organisms on and in carbonate substrates. Recently, a particular attention has been given to the roles played by bioeroding (or perforating) microflora, which include cyanobacteria, microalgae, and fungi, in the functioning of coral reefs, especially in the carbonate budget, because of their important role in the dissolution of dead carbonates over short term (day, month, year). The thesis's main objective was thus to study the effects of global change factors such as ocean warming and acidification, on the composition, distribution, and abundance of reef microbioeroding communities over long term. Since long-term experiments with dead corals are difficult to carry out, several coral cores from two slow-growing massive coral genera (Diploastrea sp. and Porites sp.) were collected along the Mozambique Channel, particularly in Mayotte. Those cores covered the last decades (30 to 50 years). Such massive corals are known to be natural geological archives largely colonized by microbioeroding communities which leave traces while dissolving CaCO3. To study the dynamics of microbioeroding communities in the two targeted coral genera, two innovative methods were developed: a machine learning approach to quickly and accurately analyze thousands of Scanning Electron Microscope pictures of microbioeroding traces along three vertical transects parallel to the main coral growth axis, and a lipid biomarkers approach along a coral core of Diploastrea sp.. The machine learning method based on a CNN model was first developed on the coral Diploastrea sp. with an accuracy of 93%. It was then adapted to Porites sp. by modifying a hyperparameter (95% accuracy). The geochemical approach tried identifying specific lipid markers of the boring microalga Ostreobium sp. and the coral Diploastrea sp. during the last decades. The results showed that the abundance of microbioeroding traces is 3 to 4 times higher in the coral Diploastrea sp. than in Porites sp and has decreased in both coral genera over the last decades. In Diploastrea sp., the decrease was 90% over the last 54 years and was coupled with a very important change in community composition between 1985-1986. The density (bulk) of Diploastrea sp. has also dropped significantly over the last 5 decades. Logistic regressions showed that temperature, wind speed, and internal pH of the coral, more or less coupled, are correlated to the abundance of microbioeroding traces. The geochemical approach also highlighted a significant decrease of a lipid biomarker group, the amides, over the last decades. Although it is difficult to attribute amides to a specific taxon or species in the coral skeleton, I hypothesize that they could potentially reflect the presence of microbioeroding communities. To confirm or refute the observed trends, there is a need to study more coral cores, from different areas, and over a longer period. In addition, other factors should be studied to understand better the decrease in the abundance of microbioeroding communities and its implication in coral health and resilience, such as trace metals and other variables of the carbonate system

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Ballorain, Katia. « Écologie trophique de la tortue verte Chelonia mydas dans les herbiers marins et algueraies du sud-ouest de l'océan Indien ». Phd thesis, Université de la Réunion, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00576264.

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Résumé :

Les relations interspécifiques sont un indicateur naturel de l'état de santé d'un écosystème et de son éventuelle évolution. Dans le contexte actuel de changement climatique et d'intensification des activités humaines, nous décrivons, par une approche intégrée, les interactions existant entre les tortues vertes et leurs ressources trophiques, afin de contribuer à la compréhension de la dynamique de la biodiversité marine. La tortue verte est la seule tortue marine herbivore aux stades sub-adulte et adulte. Elle se nourrit principalement sur des herbiers de phanérogames marines et des algueraies en milieu côtier relativement peu profonds et constitue ainsi un modèle privilégié pour étudier l'écologie trophique et fonctionnelle des tortues marines en conditions naturelles. Le travail présenté dans ce manuscrit étudie deux populations de tortues vertes : la première s'alimentant de phanérogames marines sur le site de N'Gouja à Mayotte et la seconde d'algues benthiques sur la côte ouest de l'Ile de La Réunion. A ce stade de l'étude, le système tortues vertes-herbier est le mieux connu. Nous proposons une synthèse des relations existant entre le comportement de plongée et d'alimentation d'individus juvéniles et adultes avec la disponibilité trophique au sein d'un herbier marin plurispécifique. Ceci a été obtenu à partir de systèmes d'acquisition embarqués, d'observation directes de tortues vertes et de relevés phyto-écologiques conventionnels. Par ailleurs, notre étude a permis d'engager le suivi du système tortues vertes - herbier marin de N'Gouja et d'en décrire les premières tendances. En quatre ans, une diminution de près de 80 % de la biomasse végétale du site de N'Gouja accentue la pression d'herbivorie des tortues vertes sur l'herbier. Ce phénomène entraîne l'appauvrissement de la diversité spécifique des phanérogames en faveur des espèces végétales pionnières. La diminution parallèle de l'effectif de la population de tortues vertes du site de N'Gouja suggère un modèle alimentaire basé sur le principe de densité-dépendance. Les conséquences d'une surexploitation de l'herbier par les tortues vertes sont alors en opposition avec celles obtenues suite à la simulation d'une pression d'herbivorie nulle. Nous montrons que sous une pression d'herbivorie modérée, un stade successionel intermédiaire de l'herbier est maintenu et la diversité spécifique est favorisée par la diminution des capacités compétitives des espèces consommées. Il découle ainsi de notre étude des indicateurs du stade phytodynamique d'un herbier plurispécifique et de la pression d'herbivorie exercée par les tortues vertes qui permettent d'envisager les réponses écosystémiques d'un système tel que celui de N'Gouja sous différents scénarios environnementaux. Enfin, dans un cadre plus large, nous posons la question de savoir si l'évolution statutaire de Mayotte peut contribuer à approfondir et pérenniser la protection des tortues marines qui se trouvent sur son territoire. Nous décrivons la départementalisation comme un moyen d'accentuer le processus de clarification du droit applicable à Mayotte et d'assurer des moyens humains, matériels, et financiers nécessaires à la protection de l'environnement. Des recensements aériens réalisés au dessus de la côte ouest de l'île de La Réunion révèlent la présence d'individus sexuellement matures et immatures, dont le nombre augmente depuis 1996. Cette approche nous aura permis d'identifier une fréquentation préférentielle des habitats coralliens et de décrire, à partir d'observations sous-marines parallèles, la côte ouest de l'île comme un site d'alimentation d'individus matures et d'individus en phase de croissance. Ce travail renforce les bases scientifiques nécessaires à la mise en place de stratégies de conservation des tortues marines et de leurs habitats.

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Pauly, Martial. « Acoua, archéologie d’une communauté villageoise de Mayotte (archipel des Comores) : peuplement, islamisation et commerce océanique dans le sud-ouest de l’océan Indien (XIIe-XVIe siècles) ». Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCF035/document.

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Résumé :

Au travers d’une monographie des sites archéologiques d’Acoua, village de parler kibushi kimaore situé au nord-ouest de Grande Terre, cette recherche propose d’étudier la période des XIIe-XVIe siècles à Mayotte. Cette période est caractérisée par d’importants changements culturels, religieux et politiques conduisant à l’instauration progressive d’une société stratifiée et islamisée. Il sera notamment question, au travers des thématiques explorées par notre étude archéologique (pratiques funéraires, évolutions de la culture matérielle, intégration dans les réseaux marchands de l’océan Indien), de déterminer les filiations et processus culturels qui ont contribué à façonner la société ancienne de Mayotte, île dont le peuplement complexe, caractéristique des cultures dites « de franges », selon l’expression popularisée dans cette partie du monde par Paul Ottino, est située à la rencontre de grandes aires culturelles : monde africain bantou, monde malgache et monde arabo-persan, hissant cette île de l’archipel comorien au rang de véritable interface culturelle, commerciale et migratoire entre l’Afrique et Madagascar, « plaque tournante et microcosme de l’océan Indien » pour reprendre l’expression de Claude Allibert
Through this monograph of Acoua’s archaeological sites - a Kibushi kimaore speaking village located in the northwest of Grande Terre - this research proposes to study the XIIth-XVIth centuries period, in Mayotte. This period is characterized by important cultural, religious and political changes leading to the gradual establishment of a stratified and Islamized society. It will be question here, through the themes explored by our archaeological study (funerary practices, evolutions of material culture, integration in the Indian Ocean trading networks), to determine the cultural affiliations and processes that have contributed to shaping Mayotte’s ancient society, an island whose complex settlement, characteristic of cultures known as "fringes" - according to the expression popularized in this part of the world by Ottino - is located at the meeting of meany great cultural areas: African Bantou world, Malagasy world and Arab-Persian world, hoisting this island of the Comorian archipelago to the rank of true cultural, commercial and migratory interface between Africa and Madagascar : a "hub and microcosm of the Indian Ocean", to use the expression of Claude Allibert

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Ali, Ibrahim. « Esclaves, engagés et travailleurs libres à la Grande Comore et au Mozambique pendant le sultanat de Saïd Ali ben Saïd Omar (1883-1910) ». Electronic Thesis or Diss., Paris 4, 2017. http://www.theses.fr/2017PA040028.

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Résumé :

Cette thèse étudie du trafic des esclaves au départ de l’Afrique orientale (Mozambique) vers les Comores où des planteurs étrangers venaient les acheter comme engagés libres. Le sultanat de Saïd Ali né en 1883, a bénéficié de la protection de de la France en 1886. Malgré ce protectorat, l’esclavage n’est aboli qu’en 1904. Pour maintenir la main-d’œuvre coloniale, l’État protecteur a retardé cette abolition. Face aux hésitations, le sultanat est rattaché à Magascar en 1908, le sultan abdique en 1910, avant que la Grande Comore devienne colonie française en 1912
This Thesis studies the slaves trade starting from East Africa to Comoros where foreign growers came to buy them as free Endentured servant. The Sultanat of Saïd Ali born in 1883 benefited of French protection in 1886. Even thought this protectorate, the slavery is abolished in 1904. To maintain the colonialworkforce, The Protecting State has delayed this abolition. In front of theses hesitations, the Sultan is attached to Madagascar in 1908, the sultan abdicated in 1910, before that the Great Comoro become a French colony in 1912

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Pichon, Emmanuel. « Recherche de molécules naturelles bioactives issues de la biodiversité marine de la zone sud-ouest de l'océan Indien ». Thesis, La Réunion, 2016. http://www.theses.fr/2016LARE0018/document.

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Résumé :

Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit portent sur l'étude de quatre éponges marines issues de la zone Sud-Ouest de l'Océan Indien : Plakortis kenyensis, Theonella swinhoei, Haliclona fascigera et Fascaplysinopsis reticulata. Les travaux entrepris comprenaient l'étude chimique de ces éponges incluant l'extraction, l'isolement et l'identification des métabolites secondaires par différentes techniques chromatographiques (CLMP, CLHP...) et spectroscopiques (UV-visible, HRMS, RMN 1D et 2D...). Douze métabolites secondaires ont été isolés de ces éponges dont six de structures nouvelles, à savoir : l'acide 2,5-époxydocosan-6-én-21-ynoïque (HF1), un acide gras atypique isolé de l'éponge Haliclona fascigera ; la 8-oxo-tryptamine (FR2), la 6,6’-bis-(débromo)- gelliusine F (FR3), la 6-bromo-2’-déméthyl-3’-N-méthyl-1’,8-dihydroaplysinopsine (FR6), la 5,6-dibromo-2’- déméthyl-3’-N-méthyl-1’,8-dihydroaplysinopsine (FR7) et la 5,6-dibromo-3’-déimino-2’-déméthyl-3’-oxo-1’,8- dihydroaplysinopsine (FR8), cinq alcaloïdes indoliques isolés de l'éponge Fascaplysinopsis reticulata. La valorisation des molécules isolées a ensuite été envisagée via l'évaluation de leurs activités biologiques. Parmi les douze molécules isolées, sept ont montré une activité antipaludique, trois une activité inhibitrice du quorum sensing de la bactérie bioluminescente Vibrio harveyi et cinq une activité anti-microfouling par inhibition de l'adhésion et/ou de la croissance de souches microbiennes marines
The work described in this manuscript concerns four sponges from the South-West Indian Ocean: Plakortis kenyensis, Theonella swinhoei, Haliclona fascigera and Fascaplysinopsis reticulata. The chemical study of the sponges including extraction, isolation and identification of secondary metabolites was undertaken using various chromatographic (MPLC, HPLC ...) and spectroscopic (UV-visible, HRMS, 1D and 2D NMR ...) techniques. Twelve secondary metabolites including six new molecules were isolated from these sponges. The new molecules are: 2,5-époxydocosan-6-en-21-ynoic acid (HF1) an unusual fatty acid isolated from the sponge Haliclona fascigera; 8-oxo-tryptamine (FR2), 6,6'-bis (debromo)-gelliusine F (FR3), 6-bromo-2'-demethyl-3'-N- methyl-1',8-dihydroaplysinopsine (FR6), 5,6-dibromo-2'-demethyl-3'-N-methyl-1',8-dihydroaplysinopsine (FR7) and 5,6-dibromo-3’-deimino-2’-demethyl-3’-oxo-1’,8-dihydroaplysinopsine (FR8), five indole alkaloids isolated from the sponge Fascaplysinopsis reticulata. The biological activities of the isolated molecules were then evaluated. Among the twelve isolated molecules, seven were active against the malaria parasite Plasmodium falciparum, three were identified as inhibitors of the quorum sensing-regulated bioluminescence in Vibrio harveyi and five, showing marine bacterial adhesion and/or growth inhibition, exhibited potential anti- microfouling activity

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Gélin, Pauline. « Délimitation d'espèces et connectivité chez les coraux du genre Pocillopora dans l'Indo-Pacifique ». Thesis, La Réunion, 2016. http://www.theses.fr/2016LARE0041/document.

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Résumé :

Ce travail de thèse porte sur la connectivité des populations de coraux du genre Pocillopora dans le Sud-Ouest de l'océan Indien et l'océan Pacifique tropical. Ces coraux sont répartis sur toute la frange tropicale des océans Indien et Pacifique. Traditionnellement, les espèces étaient identifiées sur la base critères morphologies [17 espèces décrites dans Veron (2000)]. Différentes études utilisant des données génétiques ont révélé que la délimitation des espèces était parfois floue chez ces coraux. Ainsi, au cours de ce travail, l'utilisation de méthodes de délimitation d'espèces à partir d'ADN mitochondrial (ABGD, GMYC, PTP) et nucléaire (haplowebs) 16 hypothèses primaires d'espèces (PSH) ont été identifiées. Ces PSH ont ensuite été confrontées à des tests d'assignement à partir de marqueurs microsatellites, révélant un minimum de 18 hypothèses d'espèces secondaires (SSH). Une fois que les hypothèses d'espèces sont définies, il est possible de réaliser des études de connectivité. Au cours de ce travail, deux hypothèses d'espèces présentant des écologies différentes ont été choisies pour mener ces analyses. La première, Pocillopora damicornis type β (SSH05) a été échantillonnée dans les lagons et la seconde, Pocillopora eydouxi (SSH09) a, quant à elle, été échantillonnée sur la pente externe. L'estimation de la structure génétique des populations a permis d'estimer les modes de reproduction (sexuée ou asexuée) chez ces deux hypothèses d'espèces et les analyses de connectivité ont révélé des patterns de structuration complexes pour chacune des SSHs
This work focuses on the connectivity among populations of the coral genus Pocillopora in the Southwestern Indian Ocean and the Southwestern Pacific Ocean. These corals are widely distributed throughout the tropical fringe of the Indian and Pacific oceans. Traditionally, species were identified on the basis of morphological criteria [17 species described in Veron (2000)]. Different studies using genetic data revealed that the delimitation of species was sometimes blurred in these corals. Thus, in this work, the use of species delineation methods from mitochondrial (ABGD, GMYC, PTP) and nuclear (haplowebs) DNA, 16 primary species hypotheses (PSH) were identified. These PSHs were then confronted to assignment tests from microsatellite loci, revealing a minimum of 18 secondary species hypotheses (SSH). Once the species hypotheses are defined, it is possible to conduct connectivity studies. In this work, two SSHs with different ecologies were chosen to carry out these analyses. The first, Pocillopora damicornis type β (SSH05) was sampled in the lagoons and the second, Pocillopora eydouxi (SSH09) was sampled on the outer slope. The estimation of the genetic structure of the populations made possible to estimate the reproductive modes (sexual or asexual) in these two SSHs and the connectivity analyzes revealed complex structuring patterns for each of the SSHs

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Li, Peng. « Temporal and Spatial Variability of Surface Solar Radiation over the South-West Indian Ocean and Reunion Island : Regional Climate Modeling ». Thesis, La Réunion, 2015. http://www.theses.fr/2015LARE0021/document.

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Résumé :

Ce travail documente la variabilité spatiale et temporelle du rayonnement solaire à la surface sur le sud-ouest de l'océan Indien (SOOI) et l'île de La Réunion à l'aide de deux modèles régionaux de climat (MRC) : les modèles RegCM et WRF. La première partie de ce travail est dédiée à l'analyse de la variabilité temporelle du rayonnement solaire à l'aide du modèle RegCM sur le SOOI avec une résolution spatiale modérée (50km). S'agissant du premier travail sur la modélisation régionale du climat pour l'étude du rayonnement solaire dans le SOOI, une première série de tests pour illustrer les performances du modèle et sa sensibilité au choix des paramétrisations physiques (transfert radiatif, convection), à la taille du modèle, et à la résolution spatiale, est effectuée. Le schéma radiatif par défaut, le schéma CCM, et le schéma convectif mixte : Grell sur les terres et Emanuel sur les océans, donnent les résultats les plus satisfaisants pour la région, comparés aux autres options disponibles. La variabilité climatique interannuelle, intrasaisonnière et jour-à-jour est ensuite examinée sur la base des indices climatiques. Dans un premier temps, plusieurs paramètres (vent horizontal, température, humidité relative) issus des réanalyses ERA-Interim et utilisés comme paramètres d'entrée pour le modèle RegCM, sont analysés en lien avec ceux correspondant fournis en sortie du modèle, pour vérifier l'aptitude du modèle à maintenir les signaux ENSO (El-Nino Southern Oscillation), IOD (Indian Ocean Dipole), MJO (Madden-Julian Oscillation) et les Talwegs Tropicaux-Tempérés (TTT). Dans un second temps, le rayonnement solaire à la surface simulé par le modèle RegCM est mis en lien avec ces différents modes de variabilité. La seconde partie du travail est consacrée à l'analyse de la variabilité spatiale du rayonnement solaire à la surface à La Réunion à l'aide du modèle WRF à très haute résolution spatiale (750m) pour différentes échelles de temps : interannuelle, intrasaisonnière, jour-à-jour. Une classification est appliquée sur les sorties de rayonnement produites par WRF, et le lien avec la circulation atmosphérique de grande échelle est analysé dans chacune des classes. Les résultats de la modélisation sont validés à l'aide des données d'observations du réseau Météo France et des produits satellite CM SAF. Les résultats indiquent que les MRC ont la capacité de représenter la variabilité temporelle et spatiale du rayonnement solaire à La Réunion
This work documents the temporal and spatial variability of surface solar radiation (SSR) over the southwest Indian Ocean (SWIO) and Reunion Island using two complementary Regional Climate Models (RCMs): RegCM4 and WRF. The first part of the work is dedicated to the analysis of the temporal variability of SSR based on RegCM4 over the SWIO at a moderate spatial resolution (50km). Because RegCM4 is the first RCM that focuses on the solar radiation research over the SWIO region, a first series of test experiments with this model to illustrate the model performance and its sensitivity to the choice of the physical parameterizations (radiation, convection), the domain size, and the spatial resolution, are performed. The default CCM radiative and the mixed convective scheme: Grell scheme over land and Emanuel scheme over ocean, give better performance over the SWIO compared to the other available options. The interannual, intraseasonal and synoptic climate variability is then examined through the climate indices and several ERA-Interim parameters (U, V, T and RH) are firstly analyzed along with the corresponding RegCM4 output data to check whether the RegCM4 model forced by ERA-Interim reanalyses is able to maintain the El-Nino Southern Oscillation (ENSO), the Indian Ocean Dipole (IOD), the Madden-Julian Oscillation (MJO) and the Tropical Temperate Trough (TTT) signals. Secondly, simulated SSR in association with the different modes of variability is examined. In the second part, SSR spatial variability over Reunion Island is analyzed based on WRF simulations at very fine resolution (750m) for seasonal, intraseasonal, and daily time scales. Clustering classification is applied to WRF simulated SSR over Reunion and the effect from the atmospheric circulation is checked together. Météo France observations and CM SAF are used to validate the results of the model. The results indicate that regional climate models have the ability to present the temporal and spatial variability of SSR over Reunion

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Séré, Mathieu. « Identification of a primary pathogen involved in white patch syndrome, a newly-reported disease affecting the massive coral Porites lutea in the Western Indian Ocean ». Thesis, La Réunion, 2014. http://www.theses.fr/2014LARE0024/document.

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Résumé :

Cette étude a pour but d'identifier les principales maladies coralliennes, de quantifier leurs prévalences sur les récifs de la Réunion, d'Afrique du Sud et de Mayotte et de déterminer leurs variations spatiales et saisonnières. Les résultats ont révélé la présence de six grands types de maladies coralliennes. Les prévalences totales moyennes des maladies ont été plus élevées à la Réunion (7.5 ± 2.2%) qu'en Afrique du Sud (3.9 ± 0.8%) et qu'à Mayotte (2.7 ± 0.3%). Les genres coralliens Acropora et Porites ont été les plus vulnérables aux maladies dans les trois régions étudiées. Des variations spatiales et saisonnières ont été détectées pour la maladie de la bande noire (BBD) et les syndromes blancs (WS) à la fois à la Réunion et en Afrique du Sud avec des prévalences plus élevées sur les récifs peu profonds et pendant la saison chaude. Ce travail a également pour but de caractériser deux maladies non décrites à ce jour : le syndrome des patches blancs (PWPS) et le syndrome du patch noir (PBPS) chez Porites. PWPS, observé à fois à la Réunion, en Afrique du Sud et à Mayotte est caractérisé par d'importantes fragmentations tissulaires généralement associées à des corps ovoïdes basophiles ressemblant à des agrégats bactériens. L'analyse bactérienne a révélé une grande variabilité entre les tissus infectés et sains. L'identification des pathogènes responsables de PWPS a également été réalisée en laboratoire. Sur les 14 souches bactériennes sélectionnées et testées, seule la P180R, génétiquement proche de Vibrio tubiashii a généré des signes de PWPS. Pour finir, PBPS, une forme atypique de BBD a été observée sur les récifs de la Réunion. Les suivis réalisés ont montré des variations spatiales et saisonnières avec des prévalences plus élevées sur le platier et pendant l'été. L'histologie a mis en évidence la présence de cyanobactéries et de corps basophiles dans les tissus infectés du corail. L'analyse génétique a révélé la présence d'une plus grande diversité de taxons dans les tissus infectés par PBPS que dans les tissus sains représentés par le genre Vibrio
During the past two decades, the emergence and spread of infectious diseases have caused substantial declines in the biodiversity and abundance of reef-building corals. Despite their increased global prevalence and virulence, little is known about coral diseases on Indian Ocean coral reefs. This study aims to fill this gap in knowledge by identifying the main coral diseases and quantify their prevalence at three localities Reunion, South Africa and Mayotte, determining their spatial distribution and seasonal variation. Principal findings of this study demonstrated the presence of six main coral diseases including black band disease (BBD), white syndromes (WS), pink line syndrome (PLS), growth anomalies (GA), skeleton eroding band (SEB) and Porites white patch syndrome (PWPS). The overall disease prevalence was higher in Reunion (7.5 ± 2.2%; mean ± SE) compared to South Africa (3.9 ± 0.8%; mean ± SE) and Mayotte (2.7 ± 0.3%; mean ± SE). Acropora and Porites were the genera most vulnerable to disease. Spatial variability was detected in both Reunion and South Africa with BBD and WS more prevalent on shallow than deep reefs. There was also evidence of seasonality in two diseases: BBD and WS, their prevalence being higher in summer than winter. Corals exhibiting signs of PWPS revealed extensive tissue fragmentation, generally associated with ovoid basophilic bodies resembling bacterial aggregates within the mesoglea of the body wall. Other organisms, including Cyanobacteria, Nematoda, Ciliata and endophytic algae, were also observed on diseased tissues and were generally associated with the dead epidermis and cell debris. Results of 16S rRNA sequence analysis revealed a high variability between bacterial communities associated with PWPS-infected and healthy tissues in Porites lutea. Several bacterial ribotypes affiliated to potential putative pathogens notably Shimia marina and Vibrio hepatarius were consistently found among the 16S rRNA sequences derived from the PWPS lesions, and absent and/or poorly represented in HT. Primary pathogens involved in the PWPS were also investigated in this study using traditional culturing techniques and laboratory infection trials. Of the 14 isolates selected for the inoculation trials, only the bacterial strain P180R mostly phylogenetically closely related8 to Vibrio tubiashii with its closest known sister taxon, V. hepatarius, was shown to cause signs resembling those of PWPS and satisfied the four Henle-Koch’s postulates. P180R displayed focalised and progressive tissue paling 12 h after inoculation and visible lesions of PWPS were observed 12 h thereafter. Signs of PWPS appeared on 90% of the exposed coral fragments (27 of 30) under controlled environmental conditions. Moreover, the virulence of this marine pathogen was tested and seemed to be strongly dependent on seawater temperature, resulting in significantly higher tissue loss at 30°C than 28°C and 26°C. Finally, a multidisciplinary approach involving field surveys, gross lesion monitoring, histopathology and 454-pyrosequencing was investigated to characterize an atypical form of BBD named PBPS. Histology revealed cyanobacterial penetration of the compromised tissue as well as the presence of basophilic bodies resembling bacterial aggregates in the living tissue, adjacent to the bacterial mat. Bacterial 16S rRNA sequences yielded a broader diversity of bacterial taxa in PBPS-infected tissues than in healthy tissue, represented by the genus Vibrio (24.9%), followed by sulfate-reducers or sulfide-oxidizers such as Desulfovibrio (20%), Clostridium (12.9%) and Arcobacter (9.9%). PBPS appears to be a multi-stage disease triggered by cyanobacterial invasion and resulting in secondary infections by environmental bacteria that grow in mucus-like decomposing tissue

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Trudelle, Laurène. « Distribution et préférences d'habitats des baleines à bosse de l'hémisphère Sud en période de reproduction ». Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS038/document.

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Résumé :

L’étude des déplacements des baleines à bosse (Megaptera novaeangliae) en relation avec les paramètres environnementaux permet d’apporter des informations précieuses sur leur distribution et leurs préférences d’habitats. Grâce à des données d’observations opportunistes collectées dans le canal de Sainte Marie (Nord-Est de Madagascar) et des données de télémétrie collectées pour cette étude (25 baleines équipées de balises Argos), cette thèse a pour objectif l’étude des déplacements et de l’utilisation de l’habitat des baleines à bosse de Madagascar en fonction du sexe et du statut reproducteur. Des variables physiographiques et océanographiques (mesurées par satelllite) ont été extraites sous chaque position. Un schéma général d’utilisation de l’habitat en période de reproduction a également été proposé à partir de données de télémétrie provenant de différentes zones de reproduction de l’Hémisphère Sud: le Brésil (n=82 individus), l’Australie de l’Ouest (n=26) et l’Australie de l’Est (n=11). Dans le canal de Sainte Marie, nos résultats ont montré une ségrégation temporelle d’un mois avec une première partie de saison dominée par les groupes avec baleineaux et une seconde dominée par les groupes sans baleineaux (Chapitre III). La profondeur influence la distribution des groupes sociaux avec une préférence des couples mère-baleineau pour les plus faibles profondeurs (< 20 m). Le long de la côte de Madagascar, les déplacements localisés des femelles sont associés à des habitats plus profonds et plus éloignés de la côte que ce qui avait été supposé (Chapitre IV). En revanche, les mâles ne semblent pas montrer de préférences d’habitats particuliers bien qu’ils diminuent leur vitesse de nage dans les zones peu profondes. En zone océanique, les individus se déplacent de façon plus erratique dans les eaux les moins profondes, de faible courant ou les plus riches en chlorophylle a. La vitesse du courant de surface ne semble pas être un facteur majeur dans le déplacement des baleines à bosse. Cependant, elles semblent suivre la même direction que celui-ci lorsque ce dernier est fort. Notre étude comparative entres les zones de reproduction a montré que la distribution spatiale varie selon la période de la saison, entre les sites étudiés et selon le sexe (Chapitre V). En début et fin de saison, les mâles se déplacent de manière plus directe et exploitent des zones plus au large que les femelles, notamment celles avec baleineau. Au pic de la saison, les mâles et les femelles effectuent des déplacements plus localisés. La prise en compte des différences dans la variabilité spatio-temporelle des mâles et des femelles en zone de reproduction apparait être une nécessité pour mieux comprendre l’écologie des baleines à bosse et contribuer à la conservation de l’espèce
Of key importance for the comprehension of humpback whales’ (Megaptera novaeangliae) distribution patterns and habitat use is to quantify how ecological and environmental factors affect the distribution of animals, which requires knowledge on dispersal movements of individuals. Using an opportunistic sightings dataset collected in the Sainte Marie Channel (Northeast of Madagascar) and satellite telemetry data acquired for this study (25 tagged whales), the aim of this thesis was to study the movements and the habitat use of humpback whales in Madagascar during the breeding season, according to sex and reproductive status. Physiographic and oceanographic variables (measured by satellite) were extracted under each position. A general distribution pattern of habitat use during the breeding season was also proposed based on additional humpback whales tracks from others breeding grounds of the Southern Hemisphere: Brazil (n=82 individuals), the Western Australian coast (n=26), and the Eastern Australian coast (n=11). In the Sainte-Marie Channel, groups without calves dominated the first 30 days of the breeding season, followed by an increase in groups with calves (Chapter III). Water depth influenced the distribution of social groups with mother-calf pairs more frequently found in relatively shallow water (0-20 m). Along the coast of Madagascar, over the shelf, females showed localized behavior in deep water and at large distances from shore suggesting that their breeding habitat extends beyond the shallow coastal waters (Chapter IV). Males’ active swimming speed decreased in shallow waters, but we found no influence of environmental parameters on males’ movements. In oceanic habitats, both males and females showed localized behaviors in shallow waters and high surface chlorophyll-a concentrations. The active swimming speed accounts for a large proportion of the whale observed speed while observed direction of tagged whales tending to be closer to the current direction when the current intensity was high. Our comparative study between breeding areas showed that the spatial distribution varies according to the period of the season, between the studied sites, sex and breeding status (Chapter V). Early and late in the season, males moved more directly and in more offshore areas than females, especially females with calves. At the peak of the season, both males and females performed more localized movements than at the other periods. Accounting for differences in the spatio-temporal variability of the distribution of males and females in the breeding grounds seems a necessity to better understand the humpback whales ecology and contribute to the species conservation

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Leroux, Marie-Dominique. « Intensification rapide des cyclones tropicaux du sud-ouest de l’océan Indien (SWIO) : dynamique interne et influences externes ». Thesis, La Réunion, 2012. http://www.theses.fr/2012LARE0014/document.

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Résumé :

Dans un contexte international, la prévision d'intensité des cyclones tropicaux connaît encore de graves déficiences tandis que la prévision de trajectoire de ces phénomènes météorologiques extrêmes s'est grandement améliorée ces dernières décennies. Une source d'erreur pour la prévision d'intensité est le manque de connaissance des processus physiques qui régissent l'évolution de la structure et de l'intensité des cyclones. Cette thèse, proposée dans le cadre des responsabilités du Centre Météorologique Régional Spécialisé (CMRS) de la Réunion et des axes de recherche du LACy et du CNRM, a pour but d'améliorer la prévision numérique et la compréhension des mécanismes de changement de structure et d'intensité des cyclones dans le sud-ouest de l'océan Indien. On observe statistiquement dans le bassin de fréquents déferlements d'ondes de Rossby qui correspondent à une intrusion des talwegs d'altitude depuis les moyennes latitudes vers les régions où évoluent les cyclones. Ces déferlements advectent dans la troposphère tropicale de l'air d'origine stratosphérique à fort tourbillon potentiel (PV). Le cœur d'un cyclone tropical étant caractérisé par un vortex cyclonique de fort PV, il est donc légitime de se demander si de tels talwegs sont capables de « nourrir » un cyclone en déferlant jusqu'à lui, et l'intensifier par superposition de PV. D'un autre côté, l'approche d'un talweg est associée à d'autres facteurs pouvant jouer en défaveur d'une intensification, comme un fort cisaillement vertical de vent. L'étude de processus est réalisée sur le cyclone Dora (2007) avec le modèle opérationnel du CMRS sur le bassin, Aladin-Réunion. Ce modèle hydrostatique à aire limitée bénéficie d'une résolution horizontale de 8 km et de son propre schéma d'assimilation 3Dvar avec bogus de vent. Un tel bogus permet d'affiner la structure du cyclone à l'instant initial en ajoutant des observations de vent déduites d'un profil analytique et des paramètres de structure du cyclone estimés par les images satellites. Des diagnostiques sur les variables thermodynamiques en sortie de modèle montrent que la phase d'intensification rapide de Dora est bien associée à l'advection de tourbillon potentiel (PV) en provenance du talweg. Bien que fortement cisaillé, le système parvient à s'intensifier grâce à la forte inclinaison du talweg qui advecte du PV au cœur du cyclone en 2 temps et à 2 niveaux (haute et moyenne troposphère). Lorsque le talweg est au plus proche du cyclone, il force un processus dynamique interne appelé « cycle de remplacement du mur de l'œil ». On observe une inclinaison et un renforcement des vitesses verticales à l'extérieur du mur de l'œil principal, associé à une accélération de la circulation cyclonique tangentielle par advection de moment angulaire sur toute l'épaisseur de la troposphère dans cette zone annulaire (mis en évidence par les flux d'Eliassen-Palm). Un second maximum de vent relatif apparaît alors et une deuxième phase d'intensification rapide s'ensuit avec la contraction du mur secondaire. Le forçage de processus internes par une influence externe (un talweg) semble donc être le moteur de l'intensification rapide de Dora dans un environnement cisaillé, et potentiellement celui d'autres cyclones dans le bassin qui sont approchés par des talwegs d'altitude. Les prévisionnistes du CMRS sont invités à surveiller les champs de PV de tels systèmes, en attendant que de plus amples diagnostiques soient réalisés avec l'outil d'inversion du tourbillon potentiel développé sur le modèle global Arpège
Despite significant improvements in Tropical Cyclone (TC) track forecasts over the past few decades, anticipating the sudden intensity changes of TCs remains a major operational issue. The main purpose of this thesis is to analyze TC rapid intensification processes in relation with external forcing induced by upper-level troughs originating from the mid-latitudes. The impact of initial storm structure on storm evolution and prediction is also documented. An objective definition for rapid intensification in the southwest Indian Ocean is first proposed. The location and frequency of TC-trough interactions are identified, as well as TC-trough arrangements conducive to TC intensification. An interesting study case, TC Dora (2007), is chosen to run numerical simulations initialized with synthetic TC observations blended in a global analysis. The simulated TC-trough interaction is intricate with potential vorticity (PV) advection from the trough into the TC core at mid and upper levels. Vortex intensification first occurs inside the eyewall and results from PV superposition. Further intensification is associated with a subsequent secondary eyewall formation triggered by external forcing from the trough. The numerical model is able to reproduce the main features associated with outer eyewall spin-up, inner eyewall spin-down, and their effects on vortex intensity changes. Another numerical study examines typhoons in the northwest Pacific and demonstrates the critical role played by initial vortex structure in TC track and intensity prediction. Upgrading the initial specification of a TC inner-core structure in numerical models is recommended for future TC prediction improvements

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Mablouké, Cécile. « Étude des ratios isotopiques du carbone et de l'azote de la matière organique particulaire et des muscles de poissons d'intérêt commercial d'écosystèmes côtiers tropicaux du sud-ouest de l'océan Indien : contribution à l'étude de leur fonctionnement ». Thesis, La Réunion, 2013. http://www.theses.fr/2013LARE0017/document.

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Résumé :

L'objectif de cette thèse est l'étude du régime alimentaire de poissons côtiers commerciaux et la compréhension de l'utilité des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l'azote (δ15N) dans l'étude des niches trophiques et de l'occupation des habitats côtiers par les poissons dans le sud-ouest de l'océan Indien. Dans la Baie de La Possession, les espèces représentatives des récifs artificiels immergés en 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur et Selar crumenophthalmus) ingèrent surtout des proies pélagiques et partitionnent leurs niches trophiques afin de limiter la compétition. Les valeurs de δ15N sont positivement corrélées avec la taille des poissons, traduisant une contribution croissante des larves de poissons au régime alimentaire. Les isotopes stables de la matière organique particulaire (MOP) ont été analysés à microéchelle (< 10 km) dans la Baie de La Possession, à mésoéchelle (10aines de km) autour de La Réunion et, pour les muscles de poissons à macroéchelle (l00aines de km) le long,du plateau .des Mascareignes.et du cana1 du Mozambique. À microéchelle, le δ15N de la MOP ne varie pas; à mésoechelle, Il existe un enrichissement significatif en 15N dans le sud-ouest de l'île; à macroéchelle, les muscles des poissons s'enrichissent progressivement en 15N vers le nord. À microéchelle, la MOP est enrichie en 13C à faible profondeur; à mésoéchelle, les stations de l'est sont enrichies en 13C ; à macroéchelle, aucune tendance n'est observée. Ainsi, l'utilité des isotopes stables du carbone pour l'étude de l'utilisation des habitats côtiers est limitée à méso- et macroéchelle et les isotopes stables de l'azote constituent un outil plus pertinent à macroéchelle
The aim of this thesis was to study the feeding habits of coastal fish species of commercial interest andto use stable isotopes of carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) to investigate the trophic niches of fish and their use of coastal habitats in the south-west Indian Ocean. In the Bay of La Possession, the species among the most abundant around the artificial reefs immersed in 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur and Selar crumenophthalmus) feed essentially on pelagic prey and partition their trophic niche to limit interspecific competition. There was also a positive correlation between fish size and muscle δ15N values due to fish larvae contributing more to the diet of fish with age. The stable isotopie composition of the particulate organic matter (POM) was measured at the microscale (< 10 km) in the Bay of La Possession, the mesoscale (10's of km) around Reunion Island and, for the fish muscles, at the macroscale 100’s of km) along the Mascarene plateau and the Mozambique channel. At microscale, POM δ15N values do not show any spatial variability; at mesoscale, POM is 15N-enriched in the south-west of Reunion Island; at macroscale, fish muscles are gradually 15N-enriched towards the north. At microscale, POM shows a 13C-enrichment on the shallowest station; at mesoscale, stations on the east coast of the island are 13C-enriched compared to the west; at macroscale, POMδ13C values are not significantly correlated with latitude. Thus, the stable isotopes of carbon do not seem to be appropriate for the study of fish coastal habitat use at the meso- and macroscale, and the stable isotopes of nitrogen represent a better indicator of fish habitat use at the macroscale

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Hamza, Abdou Azali. « Taxonomie et diagnostic des espèces de Xanthomonas associées à la gale bactérienne de la tomate et des Capsicum spp. : situation dans les Îles du Sud Ouest de l'océan Indien ». Phd thesis, Université de la Réunion, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00819814.

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Résumé :

La gale bactérienne des Solanées à graines est une maladie répandue dans la plupart des aires de production de tomate et des Capsicum spp. (piment, poivron) du monde. Elle est très sévère dans les régions tropicales et subtropicales et sa présence est récurrente dans la région Sud-Ouest de l'océan Indien. Cette maladie est complexe car cinq taxons sont actuellement reconnus comme agents causaux, X. vesicatoria , X. perforans , X. gardneri , X. euvesicatoria et X. campestris pv. raphani . Néanmoins certaines études récentes suggèrent des synonymies de certaines de ces espèces entre elles et également avec d'autres Xanthomonas. Les objectifs principaux de la thèse étaient (1) l'analyse de la diversité sur une collection mondiale à l'aide des deux techniques moléculaires à haut débit, AFLP et MLSA, avec un accent particulier sur la diversité génétique et pathologique régionale (2) la description des relations phylogénétiques entre ces taxons et les autres Xanthomonas (3) la mise au point d'un outil d'identification rapide qui tienne compte de la diversité de l'agent pathogène et basé sur des marqueurs SCAR identifiés par AFLP. Une absence de congruence entre les topologies d'arbres dérivées des séquences de 4 gènes de ménage étudiés a été mise en évidence, de même que plusieurs évènements de recombinaison sur trois d'entre eux. Un inventaire des espèces trouvées dans les îles SWIO a pu être dressé, mettant à jour une grande diversité dans cette région. Nos données ont confirmé de fortes similarités génétiques entre X. alfalfae , X. euvesicatoria et X. perforans d'une part et de X. cynarae et X. gardneri d'autre part, qui ont probablement le statut d'espèces-synonyme.

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Venkatachalam, Mekala. « Molécules colorantes naturelles issues de la biodiversité marine fongique de La Réunion : optimisation de la production, extraction et caractérisation des pigments polycétides de Talaromyces albobiverticillius 30548 ». Thesis, La Réunion, 2017. http://www.theses.fr/2017LARE0051.

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Résumé :

La grande majorité des colorants alimentaires naturels, utilisés dans la formulation des aliments et des boissons, proviennent des pigments extraits de matières premières végétales. Plusieurs couleurs dérivées de plantes peuvent entraîner des problèmes de formulation. Des facteurs, comme par exemple, la région, le climat, l'environnement, la variété cultivée, ont un effet de nuances de couleurs, de résistance et surtout de stabilité dans le produit final. Par ailleurs, les champignons filamenteux du genre Monascus, Penicillium et Talaromyces sont connus comme d'excellents producteurs de pigments rouges. Ces pigments intéressent de ce fait les industries car ils sont stables, non-toxiques et peuvent être utilisés comme colorants alimentaires.La recherche présentée dans le cadre de cette thèse de doctorat concerne la description des propriétés du pigment rouge que produit la souche de Talaromyces albobiverticillius isolée du milieu marin tropical autour de l'île de La Réunion. Les plans d’expérience (DOE) et la méthodologie des surfaces de réponses (RSM) ont été utilisés pour optimiser les conditions de culture et la formulation du milieu de fermentation, dans le but d'accroître les teneurs en polykétides colorés. Douze structures différentes ont été identifiées dans des extraits intracellulaires et extracellulaires des cultures fongiques, à l'aide de séparations et d'analyses spectroscopiques (HPLC-PDA-ESI/MS et RMN). Les pigments N-thréonine-monascorubramine, N-glutaryl-rubropunctamine et PP-O figurent ainsi parmi les 12 composants.Avec la demande croissante de composés colorés naturels dans le secteur industriel, les champignons isolés du milieu marin semblent présenter de nombreux intérêts. Des essais ont ainsi été menés afin d'étudier 1) l'amélioration des conditions de fermentation en fioles agitées ou en fermenteur de 2 litres; 2) les effets de la teneur en sel marin sur la synthèse des pigments; 3) des méthodes d'extraction respectueuses de l'environnement. Globalement, ces résultats font ressortir le grand potentiel des champignons marins produisant ce colorant rouge et la possibilité d'obtenir les colorants alimentaires adaptés
It is well known that the vast majority of food colorants used in food and beverage applications comes from the pigments synthesized by plant materials. Besides, stability of many plant-derived colors can create formulation problems. Factors such as the region, the climate, the environment, the cultivar all impact colors shade, strength and overall stability in the final product. As an alternate, fungi of the genus Monascus, Penicillium and Talaromyces are known as excellent producers of red pigments. These red pigments are of industrial interest as they are stable and non-toxic and can be used as food colorants.This present research deals with the selection of high throughput red pigment producing Talaromyces albobiverticillius as a source of polyketide based natural food colorants. Design of Experiments (DoE) and Response Surface Methodology (RSM) have been used to optimize culture conditions and media formulation of fermentation process. Using Box Behnken Design (BBD), the influence of different physical factors on pigment and biomass production was studied using potato dextrose broth as culture media. The best optimal conditions were found to be with initial pH of 6.4, temperature of 24 °C, agitation speed of 164 rpm and fermentation time of 149 h gave 47.93 ± 0.58 mg /L of orange pigment, 196.28 ± 0.76 mg / L of red pigment and 12.58 ± 0.41 g /L of dry biomass. With the application of Plackett- Burman Design (PBD), 16 different media formulations were optimized using various carbon and nitrogen sources. When Sucrose and Yeast extract was used as a basal medium at 24° C, high pigment yield was observed: 695.93 ± 0.29 mg /L of orange pigment, 738.28 ± 0.51 mg / L of red pigment and 6.80 ± 0.37 g /L of dry biomass.Twelve different compounds were detected from the HPLC-PDA-ESI/MS analysis of intracellular and extracellular pigmented extracts. In particular, N-threonine-monascorubramine, N-glutaryl-rubropunctamine and PP-O were tentatively identified among these twelve compounds; further, this work reports for the first time on the PDA, MS and NMR characterization of the here named as N-GABA-monascorubramine derivative (6-[(Z)-2-Carboxyvinyl]-N-GABA-monascorubramine) pigment bearing a cis configuration at the C10-C11 double bond, in Talaromyces albobiverticillius 30548. Attempts were made to study the effects of sea salts on pigment synthesis; sustainable green extraction methods for pigments; upscaling of fermentation from shake flasks to laboratory fermenter. All these experiments with their results were discussed briefly as individual chapters. Overall, these findings bring out the potential of marine-derived red pigment producing fungi and its possibility of obtaining tailor made food colorants

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Bourjea, Jérôme. « Structure et connectivité de la mégafaune marine à l'échelle d’une région océanique : enjeux pour la gestion durable des tortues vertes dans l'océan Indien occidental ». Thesis, La Réunion, 2014. http://www.theses.fr/2014LARE0015/document.

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Résumé :

Ce travail de thèse s'insère dans une démarche globale d'acquisition des connaissances sur la tortue verte (Chelonia mydas) dans l'océan Indien occidental et ce afin de disposer d'éléments scientifiques essentiels à la mise en place d'une gestion cohérente et efficace de cette espèce menacée. Dans un premier temps, appliquant différentes modèles statistiques, ce travail a visé à établir des données de référence sur l'abondance des tortues vertes femelles en reproduction et les tendances sur le long terme des principales populations. Dans un second temps, il a consisté à déterminer la structure génétique et les relations qui existent entre les différentes populations de cette espèce. Enfin, la conservation des tortues marines étant étroitement liée aux pressions extérieures, ce travail a tenté dans un troisième temps de caractériser les pressions anthropiques qu'elles subissent, et notamment celles liées à la pêche. L'ensemble de ces résultats a permis de réaliser des avancées majeures dans la connaissance de la biologie et de l'écologie de la tortue verte et de disposer d'une vision régionale fiable de l'état de conservation de cette espèce dans l'océan Indien occidental. Leur compilation a ainsi permis d'identifier des zones régionales prioritaires de protection mais aussi des sites de vigilance plus spécifiques comme celui d'Europa. Enfin cette synthèse met en lumière les priorités de recherche et les approches scientifiques à favoriser à l'avenir pour améliorer les connaissances et affiner les priorités de conservation non seulement des tortues marines, mais aussi de la mégafaune marine en général
This thesis is a comprehensive work aiming to improve scientific knowledge on the green turtle (Chelonia mydas) in order to provide key scientific evidences needed for the implementation of coherent and effective management measures to protect at the Western Indian Ocean scale this threatened species. In a first step, this work aimed to established baseline data on the abundance of green turtles nesting females and long term trends of some key nesting populations of the region by applying different modelling methods. In a second step, this work determined the regional genetic structure of this species and the relationships that exists between the different populations. Finally, the conservation of marine turtles being closely dependant to external pressures, this work tried to characterize theanthropogenic pressures they face, more specifically those related to fishing activities. All these results allowed unraveling some key gaps on the biology and ecology of the green turtle in the region and led to a global vision of the conservation status of this species in the Western Indian Ocean. The compilation of the results enabled the identification of regional priority areas for protection, but also some more specific threatened sites such as Europa. Finally, this synthesis shedslight on research priorities and scientific approaches to be promote in the future to unlock other keyscientific issues and refine conservation priorities, not only of marine turtles, but also of marine megafauna as a whole

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Dina, Lagnona. « La relation franco-malgache face aux nouveaux enjeux géopolitiques dans le sud-ouest de l'océan indien. La relation d'une présidence à un État (1990-2009) ». Thesis, Lyon, 2020. http://www.theses.fr/2020LYSE3012.

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Résumé :

Le sud-ouest de l’océan Indien se présente comme une des zones d’influences traditionnelles françaises. Le maintien du leadership régional français passe par l’établissement de relations stables et amicales avec les États francophones riverains. L’ambition de la France est, de demeurer le principal partenaire de tous les États insulaires de l’océan Indien occidental. Considérée comme la porte de l’océan Indien, Madagascar figure parmi ces derniers. L’instabilité politique malgache fragilise la relation franco-malgache. Opérant des calculs coûts/avantages qui répondent aux impératifs nationaux, les officiels malgaches réorientent la politique étrangère à chaque nouvelle présidence .A ce titre, l’instabilité est l’une des spécificités de la relation franco-malgache. Remettant en cause la pérennisation de l’influence française à Madagascar, elle peut par conséquent, irradier la zone dite du « lac francophone ». Pour l’Etat français, il est impératif de maintenir Madagascar sous influence française. Cette ambition française répond aux objectifs en matière de politique étrangère post-bipolaire : à savoir la pérennisation de la puissance (moyenne) française dans certaines régions dans un monde oligopolaire. Endiguer, l’influence des nouvelles puissances telles que la Chine ou l’Afrique du sud à Madagascar et dans la région est impossible. Il s’agit pour la France de consolider les relations établies en vue de maintenir le statu quo post-guerre froide
The south western region of the Indian Ocean appears as one of the traditional French influence zones. Upholding the leadership of France in the area requires a solid and amicable relationship with the countries bordering the Indian Ocean. France’s goal is to remain the first main partner of all the French speaking countries in the area. Often described as “the gate to the Indian Ocean”, Madagascar is one of them. The Malagasy political instability jeopardizes the island’s relationship with France. With national imperatives in mind, Malagasy government officials try for a shift in foreign policy with each new presidency. In this regard, instability is one of the main features of French- Malagasy relationship. Putting at risk the perpetuation of the French influence in Madagascar, its consequences can spread all over the “French speaking Lake”. For France, keeping Madagascar under French influence is critical as it meets with France’s post-cold war foreign policy’s objectives such as: the perpetuation of French power (average) over several regions in an oligopolar world. Preventing the influence of other powers like China or South Africa in Madagascar is impossible. Therefore, for France, the challenge consists of strengthening existing relationships for the purpose of upholding post-cold-war status quo

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Ali, Ibrahim. « Esclaves, engagés et travailleurs libres à la Grande Comore et au Mozambique pendant le sultanat de Saïd Ali ben Saïd Omar (1883-1910) ». Thesis, Paris 4, 2017. http://www.theses.fr/2017PA040028.

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Résumé :

Cette thèse étudie du trafic des esclaves au départ de l’Afrique orientale (Mozambique) vers les Comores où des planteurs étrangers venaient les acheter comme engagés libres. Le sultanat de Saïd Ali né en 1883, a bénéficié de la protection de de la France en 1886. Malgré ce protectorat, l’esclavage n’est aboli qu’en 1904. Pour maintenir la main-d’œuvre coloniale, l’État protecteur a retardé cette abolition. Face aux hésitations, le sultanat est rattaché à Magascar en 1908, le sultan abdique en 1910, avant que la Grande Comore devienne colonie française en 1912
This Thesis studies the slaves trade starting from East Africa to Comoros where foreign growers came to buy them as free Endentured servant. The Sultanat of Saïd Ali born in 1883 benefited of French protection in 1886. Even thought this protectorate, the slavery is abolished in 1904. To maintain the colonialworkforce, The Protecting State has delayed this abolition. In front of theses hesitations, the Sultan is attached to Madagascar in 1908, the sultan abdicated in 1910, before that the Great Comoro become a French colony in 1912

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Esnault, Olivier. « Diversité des agents pathogènes de l’abeille dans le Sud-Ouest de l’Océan Indien dans un contexte d’invasion récente de Varroa destructor et mortalités associées ». Thesis, La Réunion, 2018. http://www.theses.fr/2018LARE0044/document.

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Résumé :

L’abeille mellifère (Apis mellifera) est une espèce clé dans son aire d’origine tant pour les services écosystémiques rendus que pour les productions apicoles. Toutefois, ses populations sont soumises à différents facteurs de stress biotiques responsables de mortalités importantes. Dans les îles du Sud- Ouest de l’Océan Indien (SOOI) la sous-espèce d’abeille endémique est A. m. unicolor. Toutefois, aucune étude n’avait été réalisée sur sa pathosphère et ce n’est que depuis 2010 où l’ectoparasite Varroa destructor a envahi certaines de ces îles, menaçant cette sous-espèce, que de premières études ont été conduites. Dans ce travail de thèse, nous avons réalisé un état des lieux général de la santé des cheptels d’abeilles grâce à des enquêtes épidémiologiques descriptives dans la majorité des îles : La Réunion, Maurice, Rodrigues, Madagascar et les Seychelles. Nous avons pu montrer des faciès épidémiologiques assez similaires entre les îles, marqués par une dominance de Nosema ceranae particulièrement dans les petites îles (80-100%) et la présence de 3 virus : BQCV (4-89%), CBPV (2-51% excepté à Rodrigues) et DWV (4-40% excepté à La Réunion). D’autres agents pathogènes n’ont été retrouvés que sur certains territoires comme Aethina tumida, Braula pretoriensis, Acarapis sp. ou Melissococcus plutonius. L’analyse de la diversité génétique réalisée sur les 3 virus a montré une proximité des souches virales au sein du SOOI. Les enquêtes réalisées dans un contexte sans varroa ont montré une bonne santé des colonies avec une absence de signes cliniques. Les mortalités constatées n’ont concernées que les territoires envahis par varroa : Madagascar, Maurice, La Réunion. Varroa semble donc être le principal responsable des mortalités aiguës de colonies dans la zone bien avant les autres agents pathogènes ou les causes environnementales. Son impact sur les populations d’abeilles et in fine sur les écosystèmes indigènes sera à évaluer dans les années futures
The honeybee (Apis mellifera) is a key species in its native range for both ecosystem services offerred and for bee products. However, its populations are subject to various biotic stressors responsible for significant mortalities. In the South-West Indian Ocean region the endemic bee subspecies is A. m.unicolor. However, no studies had been carried out on its pathosphere and it is only since 2010 where the ectoparasite Varroa destructor invaded some of these islands, threatening this subspecies, that first studies were conducted. In this thesis work, we carried out a general inventory of the health of honeybee herds through descriptive epidemiological surveys in the majority of islands: Réunion, Mauritius, Rodrigues, Madagascar and Seychelles. We were able to show quite similar epidemiological facies between islands, characterized by a dominance of Nosema ceranae especially in small islands (80-100%) and the presence of 3 viruses: BQCV (4-89%), CBPV (2- 51% except in Rodrigues) and DWV (4-40% except in Reunion). Other pathogens have only been found in certain territories such as Aethinatumida, Braula pretoriensis, Acarapis sp. or Melissococcus plutonius. The analysis of the genetic diversity carried out on the 3 viruses showed a proximity of viral strains within the SOOI. Surveys conducted in a context without varroa showed good colony health with no clinical signs. The observed mortalities concerned only the territories invaded by varroa: Madagascar, Mauritius, Reunion. Varroa therefore appears to be the main cause of acute colony mortality in the area long before other pathogens or environmental causes. Its impact on bee populations and ultimately on native ecosystems will be evaluated in future years

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Meyzen, Christine. « Pétrogenèse des MORB dans les zones froides du manteau supérieur indien : la ride sud-ouest indienne et la discordance australo-antarctique ». Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2002. http://www.theses.fr/2002INPL019N.

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La ride sud-ouest indienne (SWIR) est une des rides les plus lentes (taux d'expansion : 1. 6 cm. An(-¹)) et les plus profondes du réseau mondial de rides médio-océaniques. La mission EDUL a permis d'échantillonner des verres basaltiques localisés entre 69°E, près du point triple de Rodriguez et de 49°E, à 300 km de la zone de fracture Gallieni. Les compositions géochimiques des verres basaltiques permettent de définir trois grandes provinces magmatiques, séparées par les zones de fracture Malville (ZFM) et Gallieni. A l'est de la ZFM (60°45'E), les verres ont des compositions géochimiques qui diffèrent par leurs Na₈. ₀ élevés et leurs faibles Fe₈. ₀, Ti₈. ₀ et CaO/Al₂O₃ de celles des autres rides médio-océaniques. Les indicateurs de degré de fusion partielle tels que le Na₈. ₀ et le (Sm/Yb)n y sont découplés. Les variations des teneurs en éléments en traces très incompatibles et modérément incompatibles, bien que le Na₈. ₀ élevé et le Fe₈. ₀ bas reflètent la présence d'une température potentielle du manteau faible, ne peuvent être expliquées par de faibles taux de fusion partielle. Quelques unes de ces caractéristiques ont aussi été identifiées sur une autre section " froide ", la discordance australo-antarctique. A l'ouest de la ZFM, les échantillons suivent majoritairement les tendances globales définies par les autres MORB. Les compositions anormales observées dans la section la plus orientale pourraient résulter d'une refusion du manteau, en relation avec la propagation, au cours du temps de la ride vers le nord-est, s'accompagnant d'un épisode de metasomatisme. Cette hypothèse est étayée par les variations de compositions isotoniques du Nd et à un moindre degré du Sr qui semblent indiquer l'échantillonnage durant la fusion partielle de volumes de manteau distincts en composition et aussi d'un stade de métabolisme.

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Kojadinovic, Jessica. « Écologie trophique de grands prédateurs marins de l'océan Indien occidental tropical par l'étude conjointe de la bioaccumulation d'éléments traces et de rapports isotopiques ». La Réunion, 2006. http://elgebar.univ-reunion.fr/login?url=http://thesesenligne.univ.run/06_17_Kojadinovic.pdf.

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La présente étude s'inscrit dans une démarche d'acquisition de connaissances sur différents aspects de l'écologie trophique de prédateurs supérieurs marins peuplant le sud-ouest de l'océan Indien par l'analyse de teneurs en éléments traces et de signatures isotopiques. Trois éléments toxiques (cadmium, mercure et plomb) et cinq éléments essentiels (cuivre, fer, manganèse, sélénium et zinc) ont été dosés dans six espèces d'oiseaux marins (le Pétrel de Barau, le Puffin de Bâillon, le Paille-en-queue à brins blancs, le Noddi Brun, le Noddi à bec grêle et la Sterne Fuligineuse) et cinq espèces de poissons pélagiques (l'Espadon, le Thon Jaune, le Listao, le Thazard Bâtard et la Dorade Coryphène Commune). De grands écarts dans les teneurs en éléments traces ont été observés. Le cuivre est très concentré dans le foie des Thons Jaunes péchés autour de La Réunion, le fer et le zinc le sont dans les reins respectivement des Dorades et des Thons Jaunes collectés dans le Canal du Mozambique, et le mercure dans le foie et les reins des Pétrels de Barau de La Réunion. Un ensemble de facteurs sont à l'origine de cette grande variabilité des teneurs. La bioaccumulation de ces éléments traces est, en effet, influencée par l'organe ou le tissu considéré, la condition nutritionnelle des animaux (dans le cas des éléments essentiels), l'âge (étudié par l'intermédiaire de la taille chez les poissons), le lieu géographique, les processus de détoxication, l'espèce et le régime alimentaire. En revanche, il a peu de cas où l'influence du sexe ou du statut reproducteur est observable
This study focuses on thé acquisition of knowledge of various aspects of thé trophic ecology of marine top predators from thé South-Western Indian Océan through thé analysis of trace élément levels and isotopic signatures. Three toxic éléments (cadmium, mercury and lead) and five essential éléments (copper, iron, manganèse, sélénium and zinc) were analyzed in six seabirds (Barau's Pétrel, Audubon's Shearwa'ter, White-tailed Tropicbird, Brown Noddy, Lesser Noddy and Sooty Tern) and five pelagic fishes (Swordfish, Yellowfin Tuna, Skipjack Tuna, Wahoo, Common Dolphinfish). A large range of trace élément levels were observed. Copper levels were high in thé liver of Yellowfin Tunas collected around Reunion Island, rénal iron and zinc levels were high, respectively, in Dolphinfish and Yellowfins sampled in thé Mozambique Channel, and mercury levels were highest in Barau's Pétrels liver and kidney. The large variations of trace élément levels were attributable to a combination of several factors influencing their bioaccumulation: thé organ or tissue considered, thé animais nutritional condition (for essential éléments), thé âge (determined through thé length for fish), thé geographical area, detoxification processes, thé species and thé diet

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Bickert, Manon. « Modes de localisation des déformations dans les Failles de détachement océaniques : le cas extrême d'une dorsale lente à très faible budget magmatique ». Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. https://theses.md.univ-paris-diderot.fr/BICKERT_Manon_va2.pdf.

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Résumé :

La partie orientale de la dorsale sud-ouest indienne est particulièrement pauvre en apports magmatiques et constitue de ce fait un laboratoire naturel pour étudier l'accrétion océanique dans une configuration extrême, pour laquelle la divergence des plaques est presque complètement accommodée par le jeu de failles normales à grand rejet. Ces failles, également appelées failles de détachement, exhument des péridotites serpentinisées d'origine mantellaire sur le plancher océanique. Les mécanismes de déformation des roches mantelliques au cours de leur exhumation, avant leur passage dans le domaine de circulation de fluides hydrothermaux, sont peu connus. Nous avons étudié les textures de déformation et les mécanismes de localisation, ainsi que les assemblages minéralogiques associés, dans un corpus de presque 400 échantillons de péridotites serpentinisées draguées pendant la campagne SMoothSeafloor (2010). Tous les échantillons présentent à des degrés variables une déformation hétérogène combinant des mécanismes de déformation cassants (fractures, kinks) et plastiques (extinction ondulante, sous-joints, recristallisation dynamique). L’une des manifestations de cette déformation est la recristallisation syntectonique d’olivines et de pyroxènes au sein de kinks et de microfractures. Ces textures résultent de conditions de hautes contraintes et hautes températures en base de lithosphère, dans la zone d’enracinement des détachements. Ces observations microstructurales ont été intégrées dans un modèle thermomécanique 2D du domaine axial des dorsales lentes, qui explore deux mécanismes d'affaiblissement observés dans les échantillons: la serpentinisation (< 350°C) et la réduction de la taille des grains (>800°C). La combinaison de ces deux mécanismes permet la reproduction de failles de détachement dans une lithosphère épaisse (20-25 km), avec un relief et une fréquence qui sont consistantes avec celles observées sur notre zone d'étude
The Southwest Indian Ridge in its eastern part has particularly low magmatic inputs and is therefore a natural laboratory to study oceanic accretion in an extreme configuration for which the divergence of the plates is almost completely accommodated by large offset normal faults, also called detachment faults. These faults exhume mantle-derived peridotites. Very little is known about the deformation mechanisms that operate at the lower levels of the lithosphere, prior to serpentinization.We studied the deformation textures, analyze strain localization mechanisms, as well as mineralogical assemblages associated with these mechanisms from a corpus of almost 400 samples of serpentinized peridotites dredged during the SMoothSeafloor cruise (2010). All samples display heterogeneous deformation combining brittle (fracturation, kinks) and plastic mechanisms (undulose extinction, subgrain boundaries, dynamic recrystallization). For example, microfracturation and kinks are locally accompanied by partial recrystallization of the primary minerals into fine-grained aggregates along orthopyroxene grains. These textures result from high stress and high temperature conditions at the base of the lithosphere, where the root of the active detachment.We use these microstructural observations to constrain a 2D thermomechanical model of lithospheric extension, in which we explore two weakening mechanisms seen in the samples: serpentinization (temperatures < 350°C) and grain size reduction (> 800°C). Combining the two, we develop detachment faults in a thick lithospheric context (20-25 km), with fault topography and offsets that are consistent with geological observations in the eastern SWIR

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Hoarau, Karl. « L'intensité des cyclones tropicaux du sud-ouest de l'océan Indien : les risques et les dégâts à La Réunion ». Paris 4, 1994. http://thesesenligne.univ.run/H/1994pao40169_hoarau_k.pdf.

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Résumé :

L'objectif de cette thèse est d'étudier les cyclones tropicaux du sud-ouest de l'océan Indien en envisageant les risques et les dégâts qu'ils provoquent à la Réunion selon leur intensité et leur trajectoire. La première partie décrit l'activité cyclonique en insistant sur la fréquence, la proportion des ouragans par rapport au nombre de perturbations, et la violence de ceux-ci. Une meilleure correspondance entre la pression atmosphérique au cœur des systèmes tropicaux et la vitesse des vents est aussi recherchée. La seconde partie concerne les facteurs régissant l'intensité des cyclones. Des configurations d'altitude favorables à leur intensification sont proposées ainsi qu'une relation entre la température de l'océan et la pression centrale. Enfin, l'intensité maximale des ouragans pouvant affecter les Mascareignes est estimée. La troisième partie met en évidence les risques cycloniques majeurs par secteurs géographiques à la Réunion, en fonction de facteurs comme le relief, l'intensité des perturbations tropicales, leur fréquence, et leur trajectoire. Les pertes pour l'économie de l'île, celles relevées dans différents secteurs d'activité sont évaluées pour la première fois. Enfin, le cyclone tropical, qui serait le plus destructeur pour la Réunion, est défini. (Doc Thèses)
The aim of this thesis is to study the tropical cyclones of the south western part of the Indian ocean, while considering the risks and damages they present to the reunion island, according their intensity on their following direction way. The first part describes the cyclone activity insisting on the frequency, the proportion of hurricanes compared tio the amount of atmospheric disturbances, in connection of the violence of the latters. For a better correspondence between the atmospheric pressure at heart of the tropical systems and the winds speed is also researched. The second part deals with the factors managinig the cyclones intensity. Some altitude situations which are favourable to their intensification are proposed in the same time of a relationship between the ocean temperature and the central pressure. Finally, the hurricane's maximum intensity who is able to affect the Mascareignes is estimated. The third part puts in evidence the major cyclonic risks for each geographic sector in Reunion Island, in function of various factors, like geographical dispositions, tropical perturbations intensity, their frequency and their destination. The looses of island economy, those getting in different activity sectors are valuated for the first time. Finally, the tropical cyclone, which would be the most devastating for Reunion Island is defined

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Marsac, Francis. « Etude des relations entre l'hydroclimat et la pêche thonière hauturière tropicale dans l'océan Indien occidental ». Brest, 1992. http://www.theses.fr/1992BRES2027.

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Résumé :

Les processus physiques et biologiques agissant sur la repartition et la capturabilite des thons tropicaux sont identifies. L'emploi de modeles lineaires permet d'estimer quantitativement les effets des principaux facteurs de l'environnement oceanique sur les fluctuations d'abondance (en particulier sur le recrutement) et de capturabilite de l'albacore peche a la senne. C'est ainsi que sont mises en evidence des relations fonctionnelles sur des bases ecophysiologiques. La dynamique de la pecherie a la senne est egalement analysee dans le bassin de somalie, en relation avec l'upwelling qui s'y developpe saisonnierement de juin a septembre

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Boulanger, Marine. « Le devenir des liquides au sein de la croûte océanique des dorsales à expansion lente : nouveaux apports de l'étude d'Atlantis Bank (dorsale Sud-Ouest Indienne) ». Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2020. http://www.theses.fr/2020LORR0030.

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Résumé :

Les processus magmatiques qui régissent l'accrétion crustale au niveau des dorsales médio-océaniques à expansion lente restent à l'heure actuelle mal contraints. Parmi les processus potentiellement impliqués dans l'évolution des réservoirs de magma de la croûte inférieure, les réactions associées à des écoulements poreux réactifs au travers de bouillies cristallines - ou mush - tendent à supplanter les processus classiques de cristallisation simple des magmas. La part de ces processus dans la formation des gabbros cumulatifs de base de croûte est dépendante des modes de migration des liquides, qui sont eux-mêmes corrélés à la géométrie des réservoirs considérés. En combinant des études structurales, pétrographiques et géochimiques à haute résolution de sections in situ forées dans un corps complexe océanique de la dorsale Sud-Ouest indienne, j'ai pu apporter de nouvelles contraintes sur les modes de formation et d'évolution des réservoirs magmatiques impliqués lors de l'accrétion crustale. Le modèle de réservoir développé est généralisable, au moins en partie, à d'autres portions de croûte inférieure océanique. Ce modèle, ainsi que les nouvelles contraintes de l'étude expérimentale couplée des processus de cristallisation, ouvre la voie vers de nouvelles quantifications des processus d'interaction liquides-roches dans la différenciation des lithologies gabbroïques, et de manière plus générale dans l'évolution des liquides magmatiques de la croûte océanique. Ces développements vont de pair avec l'évolution au cours des dernières décennies de la vision des systèmes magmatiques crustaux, passant de chambres magmatiques constituées de liquides vers des modèles de réservoirs magmatiques majoritairement constitués de mush cristallins
Magmatic processes that govern crustal accretion at mid-ocean ridges still need to be better constrained. Among the processes potentially involved in the evolution of the lower crust magma reservoirs, reactions associated with reactive porous flow through crystal mushes tend to be considered as one of the predominant processes together with simple crystallization of magmas. The share of these processes during magma differentiation is dependent on the modes of melt migration and is thus correlated to the geometry of the reservoirs considered. By combining high-resolution structural, petrographic and geochemical studies of in situ sections drilled in an oceanic core complex of the Southwest Indian Ridge, I was able to bring new constraints on the formation and evolution of magmatic reservoirs involved in crustal accretion. All or part of the igneous reservoir model developed herein can be applied to other sections of lower oceanic crust. This model, together with additional constraints obtained by the coupled experimental petrology study of crystallization processes, paves the way for new quantifications of the involvement of melt-rock reactions in the differentiation of gabbroic lithologies, and more generally in the evolution of melts within the oceanic crust. Those developments are consistent with the constant evolution in recent decades of the understanding of crustal magmatic systems, which shifted from melt-filled magma chambers to igneous reservoir models mostly composed of crystal mushes

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Héron, Damien. « Effet de la convection sur le contenu en vapeur d’eau de la région de la haute troposphère-basse stratosphère tropicale au-dessus de l’océan Indien ». Thesis, La Réunion, 2020. http://www.theses.fr/2020LARE0026.

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Résumé :

La couche de la tropopause tropicale (TTL, pour Tropical Tropopause Layer), entre 14 et 20 km d’altitude, joue un rôle clé dans la circulation générale puisqu’elle est le lieu d’entrée des masses d’air troposphériques dans la stratosphère (Holton et al., 1995). En raison de la condensation de la vapeur d’eau au niveau du minimum de température de la tropopause tropicale, l’air stratosphérique présente un très faible contenu en vapeur d’eau. Les modèles climatiques prédisent une augmentation de la concentration de vapeur d’eau dans la région de la TTL qui contribuerait à un réchauffement additionnel de 10% en surface (Dessler et al., 2013). Les modèles ont beaucoup de difficultés à modéliser les variations de vapeur d’eau dans la TTL à cause, entre autres, d’une mauvaise représentation de la convection tropicale qui contrôle en bonne partie le transport vertical de vapeur d’eau vers la TTL. La compréhension des effets de la convection tropicale profonde sur le contenu en vapeur d’eau et en ozone de la haute troposphère est approfondie dans cette thèse. Des mesures radiosondages (sondes SHADOZ et Météomodem-M10) entre 2013 et 2016 lâchés depuis l’île de la Réunion montrent qu’environ 20% des profils en été austral de l’île de La Réunion ont une signature distincte de détrainement convectif en haute troposphère (10-13 km). Les rétrotrajectoires du modèle lagrangien FLEXPART calculées pour les masses d’air marquées par la convection (forte humidité et faible ozone) montrent que le nord de Madagascar et du canal du Mozambique joue un rôle prédominant dans l’humidification de la haute troposphère au-dessus de l’île de la Réunion. Le sud-ouest de l’océan Indien, qui a une moyenne proche de 9 cyclones tropicaux par an, est le troisième bassin le plus actif du globe mais demeure sous observé/étudié. Dans cette thèse, le rôle des cyclones tropicaux sur l’humidification de la TTL au-dessus de l’océan Indien est mis en évidence. Des simulations méso-échelle à 2 km de résolution du cyclone Enawo (2017) réalisées avec le modèle Meso-NH ont montré qu’un cyclone tropical pouvait humidifier la basse stratosphère (17-19 km) de 45% (de 3,3 à 4,8 ppmv) sur un rayon de 500 km. L’étude se focalise en particulier sur une intrusion massive de vapeur d’eau lors de la formation de l'œil du cyclone. Le processus principal menant à l’humidification de la TTL vient de la sublimation de la glace injectée directement en TTL par le cyclone
The Tropical Tropopause Layer (TTL), between 14 and 20 km in altitude, plays a key role in the general circulation as a gate to stratosphere for tropospheric air masses (Holton et al., 1995). The condensation of water vapor at the altitude of tropical tropopause temperature minimum causes the stratosphere to have very low water vapour content. Climate models predict an increase in water vapour mixing ratio in the TTL region which could contribute to an additional 10% to the surface warming (Dessler et al., 2013, 2016). The models have great difficulties in modeling water vapor variations in the TTL because of a poor representation of tropical convection, which controls much of the vertical transport of water vapor to the TTL. The impact of the deep convection on the water vapor and ozone content of TTL is addressed in this study. Radiosonde measurements (SHADOZ and Météomodem-M10 sondes) between 2013 and 2016 released from Reunion Island show that 20% of the summertime profiles (between 2013 and 2016) of Reunion Island have a distinct convective detrainment signature in the upper troposphere (10-13km). The lagrangian backtrajectories from FLEXPART model calculated for air masses impacted by convection show that northern Madagascar and the Mozambique Channel play a predominant role in the humidification of the upper troposphere over Reunion Island. With an yearly average of 9 tropical cyclones, the southwestern Indian Ocean is the third most active basin in the world but remains under-observed/studied. In this thesis, the role of tropical cyclones on the TTL moistening over the Indian Ocean is investigated. Mesoscale simulations at 2 km in resolution of cyclone Enawo (2017) carried out with the Meso-NH model showed that a tropical cyclone could humidify the lower stratosphere (17-19 km) by 45% (3.3- 4.8 ppmv) over a 500 km radius. The study focuses in particular on a massive intrusion of water vapor during the eye formation of the cyclone. The main process leading to the TTL humidification is the sublimation of ice transported into TTL by the cyclone. Mesoscale simulations of cyclone Gelena (2019) suggest that the estimation of vertical transport in the TTL car vary significantly between cyclones. According to Meso-NH preliminary résults, cyclone Gelena had humified the TTL by ~1 ppmv between 15 and 18 km in altitude

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Foukali, Hassan El. « Le contrôle paléoclimatique de la sédimentation quaternaire dans le bassin de Somalie (Océan indien du Nord-Ouest) ». Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1995. http://www.theses.fr/1995MNHN0003.

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Les variations de la mousson indienne dans l'océan indien nord-occidental sont reconstruites par l'étude des sédiments prélevés dans le bassin de somalie lors de la mission MD/44 INDUSOM. La mousson indienne se traduit dans le bassin de Somalie par des remontées d'eaux semi-profondes, riches en éléments nutritifs vers 4n (upwelling de Somalie) et vers 10n (upwelling de Socotra). Les fluctuations temporelles de onze enregistrements (%CaCo3, %quartz, %dolomite, %terrigène et les flux de sédimentation correspondants, δ18O, URI, susceptibilité magnétique) ont été étudiées dans dix carottes entre 3°S et 3°N de 744 m à 4875 m de profondeur au large de la Somalie. Sous l'upwelling de Somalie, une colonne sédimentaire épaisse d'environ 14 mètres a été prélevée à une profondeur de 4875 m. La base de la série est datée de 160 ka. La sédimentation pélagique dans ce site est caractérisée par des carbonates très abondants (70 %), composés essentiellement de coccolithophoridés. Les cycles de carbonates sont liés au fonctionnement de l'upwelling dont les périodes de fortes activités se situent vers 10 ka, 40-60 ka, 80 ka et 130 ka. L'analyse spectrale des différents marqueurs étudiés met en évidence des périodicités liées aux variations des paramètres de l'orbite terrestre. Ces périodicités soulignent le contrôle de la sédimentation par les fluctuations climatiques liées à la précession et à l'obliquité, comme en mer d'Arabie. Ces deux périodes orbitales sont celles qui modulent l'insolation et les variations de la mousson indienne qui lui sont liées. A l'équateur, en dehors de l'upwelling, la sédimentation pélagique est perturbée par des apports terrigènes, notamment dans les sites situés en bas de pente. Au large, les sédiments carbonatés sont essentiellement composés de coccolithophoridés et de foraminifères. La réponse de la sédimentation carbonatée aux fréquences orbitale de l'obliquité et de la précession dans ce site enregistre un déphasage avance par rapport a celle du site sous l'upwelling. Le diachronisme de la production carbonatée enregistré à l' équateur et sous l'upwelling de Somalie, montre que l'influence de ce dernier n'est pas ressentie à l'équateur. L'apport en éléments nutritifs est, dans ce cas, assuré par les remontées d'eaux liées à la divergence équatoriale.

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Razafimahefa-Rakotobe. « Coopération régionale et conventions CEE-ACP : cas de la coopération inter-îles dans le sud-ouest de l'océan indien ». Nice, 1990. http://www.theses.fr/1990NICE0018.

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Dès la première convention de Lomé, signée en 1975, la coopération régionale inter-a. C. P. S'est établie comme instrument privilégié de la coopération c. E. E. - a. C. P. Au fil des conventions, les possibilités de coopération entre a. C. P. Et territoires et départements d'outre- mer d'une même région se sont également affirmées. La commission de l'océan indien (c. O. I. ), créée en 1982 et considérée aujourd'hui comme le véritable cadre d'épanouissement de la coopération régionale dans cette partie du monde, regroupe quatre états a. C. P. Que sont les Comores, Madagascar, Maurice et les Seychelles et un département d'outre-mer français qu'est la réunion. C’est dire l'interpénétration entre la coopération régionale inter-iles dans le sud-ouest de l'océan indien et la coopération c. E. E. - a. C. . On ne peut alors s'empêcher de se demander dans quelle mesure la coopération inter-iles dans le sud-ouest de l'océan indien, qui peut être qualifiée de coopération horizontale entre des pays en développement, est-elle véritablement favorisée par les dispositions des conventions c. E. E. - a. C. P. Dont un des principaux objectifs reste tout de même la maitrise des échanges verticaux entre des pays du nord et des pays du sud ?

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Jaquemet, Sebastien. « Rôle des oiseaux marins tropicaux dans les réseaux trophiques hauturiers du sud-ouest de l'océan Indien ». Phd thesis, Université de la Réunion, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00464182.

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L'étude des réseaux trophiques nécessite une compréhension des phénomènes naturels relatifs à la distribution et l'abondance des organismes dans leur environnement. Les oiseaux marins tropicaux ont une distribution hiérarchique qui dépend de la position de leurs colonies vis à vis des structures physiques du milieu favorisant la production biologique, et de la capacité de dispersion des oiseaux, qui est fortement influencée par leur statut (reproducteur, migrateur, ...). A macro-échelle (103km) cette distribution reflète les limites de leurs habitats, à méso-échelle (10²km) la présence de structures qui agrègent les proies et à micro-échelle (101 km), la présence temporaire en surface, de proies rendues accessibles le plus souvent par les bancs de prédateurs en chasse, tels que les thons. Dans le sud-ouest de l'océan Indien, plus de 6 millions d'oiseaux sont présents, dont 99% sont des sternes fuligineuses. Elles se reproduisent de façon saisonnière en hiver austral aux Seychelles et à Europa, en été austral à Juan de Nova. La concentration en chlorophylle plus élevée autour des colonies saisonnières favorise le développement de chaînes alimentaires qui aboutissent aux sternes. La position des Glorieuses semble avoir favorisé une reproduction sub-annuelle,soutenue par la présence de proies autour des colonies toute l'année. Les rélèvements de biomasse effectués par les sternes en reproduction sont estimés à plus de 55 000 tonnes par an, dans le canal du Mozambique. Ces prélèvements concernent des calmars, des poissons pélagiques et des larves de poissons, avec des proportions variables suivant les sites.

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Goyet, Catherine. « Variations saisonnieres de la pression partielle du gaz carbonique dans les eaux de surface du sud ouest de l'ocean indien ». Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066406.

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Dans le sud ouest de l'ocean indien, les parametres du systeme des carbonates ont ete mesures en ete (mars 1985) et en hiver (juillet 1984 et aout 1985) afin d'estimer des flux de gaz carbonique a travers l'interface ocean-atmosphere dans cette region. L'evolution mensuelle de la pression partielle de co dans la zone melangee des zones subtropicale et subantarctique de l'ocean indien a ete estimee a partir d'un modele qui tient compte des echanges avec l'atmosphere et des effets de l'activite biologique

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Meetoo, Cherina. « Étude des conditions de cyclogénèse tropicale sur le sud-ouest de l'océan Indien ». Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/2515/.

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Comprendre les conditions de formation des cyclones tropicaux est un enjeu opérationnel et sociétal majeur. On connaît bien les conditions de grande échelle nécessaires pour la cyclogénèse tropicale, identiques sur tous les bassins tropicaux. En revanche, l'environnement spécifique dans lequel une perturbation tropicale évolue en une tempête tropicale nommée, et ensuite en un cyclone tropical, diffère d'un bassin à l'autre. Cette différence est due en partie aux phénomènes de grande échelle (ENSO, IOD, etc. ) et d'échelle synoptique (MJO et ondes équatoriales). Alors que plusieurs travaux ont porté sur ces processus sur l'hémisphère nord, on connaît moins bien la cyclogénèse dans l'hémisphère sud. Cette thèse vise à préciser les conditions de formation des tempêtes tropicales dans le sud-ouest de l'océan Indien (10% de l'activité cyclonique globale) et d'en étudier les variations intrasaisonnières. On se focalise sur 12 saisons cycloniques de décembre à mars de 1999-2000 à 2010-2011, pour lesquelles les réanalyses ERA-Interim (ECMWF), les images satellitaires de METEOSAT (EUMETSAT) et les données cycloniques IBTrACS sont disponibles. La thèse repose sur le développement et l'utilisation de trois méthodes objectives consistant à : (1) identifier les perturbations tropicales dans les données ERA-Interim, les relier aux tempêtes nommées dans IBTrACS, ce qui permet d'étudier une période plus longue de cyclogénèse pour chaque tempête répertoriée, et expliciter les caractéristiques des tourbillons (cœurs chauds/froids, baroclinicité, forçage de haute altitude), (2) créer un traceur de tourbillons pré-cycloniques en fonction de paramètres environnementaux thermodynamiques et dynamiques qui rend possible l'identification quantitative des précurseurs de la cyclogénèse tropicale, et (3) analyser les liens entre cette cyclogénèse et les ondes équatoriales (Equatorial Rossby, Mixed Rossby-Gravity et Kelvin) et la MJO, par une décomposition spectrale spatio-temporelle du traceur créé et des variables qui le composent. Des simulations du modèle Meso-NH (LA/CNRM-GAME) sont ensuite effectuées sur le cas réel du cyclone tropical Alenga (nov/déc 2011) afin d'étudier son développement à petite échelle (non résolu par ERA-Interim) au sein d'une phase active de la MJO
Mature tropical cyclones around the world form through similar atmospheric and oceanic processes. Whereas the necessary conditions for tropical cyclogenesis to occur are identical over all tropical basins, the specific environments within which pre-existing disturbances evolve into warm-core cyclonic circulations can be fairly different. This is partly due to the influence of large-scale climatic cycles (e. G. , ENSO, IOD, etc. ) and synoptic-scale propagating modes (e. G. , equatorial waves, MJO, etc. ). While many studies have examined the specific situations of the tropical basins in the northern hemisphere, storm formation is much less known in the southern hemisphere. This thesis presents an analysis of cyclogenetic evolution of named storms (tropical storms and cyclones) in the Southwestern Indian Ocean (10% of global cyclone activity) during 12 cyclonic seasons from December to March, from 1999-2000 to 2010-2011, based on ECMWF ERA-Interim reanalyses, METEOSAT satellite images and IBTrACS cyclone data, in connection with ENSO, MJO and equatorial waves (Equatorial Rossby, Mixed Rossby- Gravity and Kelvin waves). First, an objective method is used to detect tropical storms (also identified in the IBTrACS database) in the ERA-Interim reanalyses. The overall characteristics of cyclonic perturbations (warm/cold cores, baroclinicity and upper-level forcing) that evolve into tropical storms and cyclones in the SWIO are also discussed. Then, an objective determination of relevant predictors and their associated weight is presented, followed by the determination of their combination in a linear form to derive an environmental cyclogenesis tracker adapted to the SWIO cyclonic season. The various dynamical and thermodynamical environmental parameters that compose the tracker's formula are analyzed spectrally in space and time. The influence of the different wave modes on cyclogenesis is discussed through their impact on the environmental values that play a significant role in cyclogenesis. Finally, numerical simulations of tropical cyclone Alenga (Nov/Dec 2011) are carried out to study the small-scale processes involved in the storm's formation and development within an MJO active phase

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Abidi, Naïma. « Les kystes de dinoflagellés marqueurs de l'environnement océanique : répartition actuelle dans l' Océan indien occidental et application à deux séquences sédimentaires du Canal de Mozambique ». Paris 6, 1997. http://www.theses.fr/1997PA066190.

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L’analyse des palynomorphes marins (kystes de dinoflagellés) et continentaux (grains de pollen et spores) dans les sédiments superficiels et anciens a permis de mettre en évidence les changements climatiques au nord du canal de Mozambique au cours du dernier cycle climatique. Les concentrations et les assemblages des kystes de dinoflagellés actuels de l'Océan indien occidental, témoignent d'une variabilité spatiale très importante. Leur distribution a été reliée à l'influence probable de la richesse des eaux superficielles en éléments nutritifs (phosphates et nitrates) et à l'oxydation des eaux du fond. Quatre taxons ou groupes de taxons caractérisant des zones plus ou moins productives ont été définis à la fois de manière empirique et statistique. Nous avons ainsi montré qu'il existe une bonne superposition entre les régions eutrophes, mesotrophes, oligotrophes et les assemblages de kystes de dinoflagellés : Nematosphaeropsis labyrinthus caractérise les zones d'upwellings océaniques lorsqu'il prédomine. Spiniferites ramosus marque les zones eutrophes où l'influence de l'upwelling est atténuée. Lorsque les taxons du genre Impagidinium et plus particulièrement Impagidinium aculeatum sont majoritaires, ils reflètent des conditions oligotrophes et des eaux du fond plus oxygénées. Une proportion équivalente de ces taxons caractérise un milieu mesotrophe. De plus, la bonne correspondance entre les zones riches en dinokystes et les zones euphotiques sus-jacentes riches en cellules vegetatives, permet de considérer les kystes de dinoflagellés comme d'excellents indicateurs de la paléoproductivité des eaux superficielles. Les concentrations et les assemblages fossiles de kystes de dinoflagellés, observés dans deux séquences prélevées au nord du canal de Mozambique ont permis de distinguer deux secteurs océanographiques particuliers : Au sud des îles Comores, les paramètres océanographiques déduits des assemblages de kystes de dinoflagellés sont restés stables au cours du dernier cycle climatique. Par ailleurs, à l'est des Iles glorieuses, les données palynologiques reflètent clairement l'influence de la mousson indienne dans cette zone. Les kystes de dinoflagellés enregistrés au cours des 70 derniers millénaires, témoignent de l'intensification de la mousson de sud-ouest au cours des périodes interglaciaires (le stade isotopique 3 et l'Holocène) avec un maximum au début du stade isotopique 3. Une augmentation des apports continentaux déduite des concentrations polliniques, est enregistrée au cours des périodes glaciaires, avec un maximum au cours de la dernière glaciation, probablement lie à l'intensification de la circulation atmosphérique générale lors du Dernier Maximum Glaciaire.

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Postaire, Bautisse. « Connectivité et endémisme d'espèces marines dans le sud-ouest de l'océan Indien : le cas des Aglaopheniidae ». Thesis, La Réunion, 2015. http://www.theses.fr/2015LARE0006/document.

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Résumé :

La conservation et la gestion sur le long terme de la biodiversité nécessitent une connaissance de la répartition des taxons, mais également une estimation précise de leur diversité spécifique ainsi que des processus de spéciation ayant permis leur formation. Cependant, la mesure de la richesse phylétique peut être biaisée par l'utilisation de caractères taxinomiques ne permettant pas de délimiter les espèces de manière appropriée. Ce travail de thèse propose d'explorer la diversité phylétique à plusieurs niveaux taxinomiques (générique, spécifique et intra-spécifique) des Aglaopheniidae, une famille d'hydrozoaires, notamment présente dans le Sud-Ouest de l'océan Indien. Dans un premier temps, en utilisant des phylogénies basées sur plusieurs marqueurs (mitochondriaux et nucléaires), ce travail démontre que la diversité phylétique de cette famille est, au minimum, sous-estimée de moitié : tous les genres de la famille sont polyphyléthiques ou présentent un statut monophylétique restant à confirmer. Dans un deuxième temps, l'utilisation de méthodes de délimitation d'espèces basées sur des données moléculaires met en évidence la diversité cryptique très élevée des morpho-espèces étudiées, révélant l'intérêt potentiel des protocoles de taxinomie intégrative chez les organismes morphologiquement simples. Enfin, l'étude de génétique des populations d'une espèce incubatrice d'Aglaopheniidae révèle l'importance de la structuration des populations et de l'isolement par la distance chez cette espèce à plusieurs échelles géographiques (de quelques kilomètres à plusieurs milliers), impliquant une potentielle diversité cryptique extrêmement importante chez cette famille. L'ensemble des connaissances acquises lors de ce travail de thèse fournit un nouveau regard sur la diversité de la famille des Aglaopheniidae, soulignant le potentiel impact du cycle de reproduction sur la diversité phylétique et les processus de spéciation des hydrozoaires incubateurs. Cette thèse met en évidence l'importance de l'utilisation de plusieurs procédures complémentaires de délimitation d'espèces pour étudier la diversité des organismes morphologiquement simples
Designing biodiversity conservation plans requires knowledge on the biogeographic distribution of taxa but also accurate estimates of species richness and diversification processes. However, measuring the phyletic richness can be biased by the use of inappropriate taxonomical characters, leading to erroneous species delimitation and diversity estimates. This work explores the phyletic richness at several taxonomic levels (generic, specific and intraspecific) of the hydrozoan family Aglaopheniidae (Agassisz, 1862), with a particular focus on the South-Western Indian Ocean. Firstly, using several newly constructed phylogenies based on mitochondrial and nuclear markers, this study reveals that the phyletic diversity of this family is at underestimated by at least 50%: all studied genera are polyphyletic or with doubtful monophyletic status. Then, using several species delimitation methods based on molecular markers, it sheds light on the richness of cryptic diversity of this family, enlightening the potential of using an integrative taxonomic approach on these morphologically simple organisms. Finally, the population genetics of an Aglaopheniidae brooding species shows a high populations structuring with pervasive pattern of isolation by distance at several geographic scales (several to thousands of kilometres), implying a potentially high cryptic diversity existing in this family. The results of this work provide new insights on Aglaopheniidae diversity, underlining the potential influence of reproductive mode on the phyletic diversity and diversification processes of brooding hydrozoan brooders. This thesis further highlights the relevance of using several complementary species delimitation procedures to study the diversity of morphologically simple organisms

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Crochelet, Estelle. « Modélisation de la connectivité larvaire et implications en terme de gestion de l'environnement ». Thesis, La Réunion, 2015. http://www.theses.fr/2015LARE0003/document.

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Résumé :

Intégrer les connaissances sur la connectivité écologique dans la gestion des écosystèmes marins est essentiel, surtout dans un contexte d'appauvrissement des ressources marines et de dégradation des habitats côtiers à l'échelle mondiale. Des outils environnementaux, tels que les Aires Marines Protégées ont été mises en œuvre pour protéger la biodiversité, restaurer les écosystèmes endommagés, soutenir les pêcheries et reconstituer les stocks surexploités. Leur efficacité dépend en partie du maintien de la connectivité entre les populations marines, assurée à travers divers processus écologiques dont la dispersion larvaire. Dans le cadre de ce travail de thèse, un modèle biophysique intégrant des données de courants, issues de mesures d'altimétrie par satellite, a été utilisé pour évaluer la connectivité entre les récifs de l'océan Indien d'une part, et à travers le réseau d'AMP de Méditerranée d'autre part. Différentes méthodes d'analyse ont été utilisées, telles que la théorie des graphes et le clustering. Dans l'océan Indien occidental, l'analyse des connectivités marines montre que le nombre de connexions entre les récifs augmente avec la durée de vie larvaire des poissons. Elle met également en évidence une faible connectivité à l'échelle de la région, mais une forte inter-connectivité au sein de plusieurs sous-régions (Canal du Mozambique, Mascareignes). En Méditerranée, la connectance est globalement faible à l'échelle régionale, bien que plus importante dans le bassin occidental que le bassin oriental. L'analyse des connectivités marines montre également un taux de connectivité élevé à l'échelle d'un même pays. Selon le cas d'étude, une liste de récifs ou de sites prioritaires dans la mise en œuvre des AMP a été proposée. Enfin, les implications de ces résultats en termes de politiques transfrontalières et de coopération régionale sont discutées
Integrating ecological connectivity into marine ecosystem management and planning is important, especially in a global context of severe fish stocks depletion and growing habitat degradation. Environmental tools such as Marine Protected Areas have been proposed to protect biodiversity, restore damaged ecosystems, sustain fisheries, and rebuild overexploited stocks. The effectiveness of marine protected areas depends in part on the maintenance of connectivity between marine populations, linked by ecological processes such as larval dispersal. In this thesis, we applied a biophysical model driven by ocean currents derived from satellite altimetry to evaluate connectivity between Western Indian Ocean reefs and across the current MPA system in the Mediterranean Sea. We applied different methods of analysis such as graph-theoretic and clustering. In the Western Indian Ocean, marine connectivity analyses show that the number of connections between reefs increases with fish pelagic larval duration. It also highlights a low connectivity across the region and a high interconnectivity within several regions (Mozambique Channel, Mascarene archipelago). In the Mediterranean Sea, connectance is globally low at the regional scale. This connectance is more important in Western than Eastern Mediterranean. Moreover, the marine connectivity analyses revealed high domestic connectivity rates. Depending on the study area, priority reefs or sites for MPA implementation are proposed. Finally, implications for transboundary marine policies and regional cooperation are discussed

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Julvez, Jean. « Anthropisation et paludisme : éco-épidémiologie historique du paludisme dans les archipels du sud-ouest de l'Océan Indien ». Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU30257.

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Les archipels de la zone sud-ouest de l'océan Indien datent du tertiaire et du début du quaternaire et n'ont donc pas eu de préhistoire. Le commerce avec les indes permet aux chroniques d'évoquer les contraintes sanitaires, et, en particulier les fièvres. La survenue du paludisme est liée à l'apport extérieur des éléments du complexe homme/parasite/vecteur. L'anophèlisme de cette région est d'origine africaine, mais les vecteurs n'ont pu coloniser toutes les iles; les motifs sont complexes bien que l'isolement géographique semble prépondérant en raison de la biologie des anophèles. L'histoire du paludisme varie d'un archipel à l'autre, en fonction de l'histoire humaine et de l'anthropisation plus ou moins importante des milieux. A une phase initiale généralement épidémique, succède une situation endémo-épidémique, aggravée par des problèmes socio-économiques; ils conditionneront l'évolution contemporaine de la situation. Si cette affection est contrôlée aux Mascareignes, malgré une réintroduction temporaire à Maurice, la transmission reste permanente aux Comores. Les Seychelles, n'ayant jamais importe de vecteur, sont toujours indemnes de cette affection.

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Paquet, Marine. « Pétrogenèse des MORB en contexte de dorsale ultralente : exemple de la dorsale Sud-Ouest Indienne entre 61°-67° ». Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC070.

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La partie orientale de la dorsale Sud-Ouest Indienne (61°-67°E) est un extrême du système mondial des rides océaniques de par son très faible apport magmatique, ce qui en fait un bon laboratoire pour étudier l'effet des interactions magma-manteau sur la composition des basaltes éruptés : pour un volume donné de liquide basaltique érupté, le volume de manteau réagi est potentiellement plus élevé qu'au niveau de dorsales plus magmatiques. Nous avons analysé les compositions en éléments majeurs et traces, et les compositions isotopiques de trois groupes de roches : une suite gabbroïque, composée de roches ultramafiques à plagioclase, de gabbros et gabbros à olivine et de gabbros à oxydes dragués dans des couloirs d'accrétion quasi-amagmatique ; des basaltes provenant d'épanchements volcaniques épars dans ces couloirs (« ultramafic seafloor basalts ») ; et des basaltes provenant des domaines plus volcaniques qui séparent les couloirs d'accrétion quasi-amagmatique (« volcanic seafloor basalts »). Les basaltes de plancher ultramafique ont des teneurs en CaO et A1203 plus faibles à MgO donné que la plupart des basaltes de plancher volcanique. Les basaltes de plancher volcanique et ultramafique ont des compositions isotopiques et en éléments traces similaires, à l'axe de la dorsale ou hors-axe. Ces deux types de basaltes semblent dériver d'un même manteau source, isotopiquement homogène depuis 8. 8 Ma. Nous proposons que ces deux groupes de basaltes soient issus de liquides parents similaires, mais que les basaltes de plancher ultramafique soient plus affectés par les réactions entre ces liquides parents et les roches mantelliques dans la lithosphère sous la dorsale. Nous en déduisons que ces réactions se produisent dans les parois des conduits qui permettent aux liquides agrégés extraits de la zone de fusion du manteau pour traverser la lithosphère axiale et atteindre les sites éruptifs. Le principal effet de ces réactions magma-manteau est d'enrichir les liquides asthénosphériques en MgO par dissolution de l'olivine. Dans les régions plus magmatiques des dorsales lentes, cet effet devrait être moins perceptible, mais pourrait tout de même jouer un rôle dans la pétrogenèse des basaltes. Après un épisode de cristallisation fractionnée modérée qui cristallisent des gabbros, les liquides ayant réagi peuvent êtres soit transportés vers les sites éruptifs sur le plancher océanique, soit restés piégés dans le manteau où ils poursuivent leur évolution par cristallisation de gabbros à oxydes. Les gabbros à oxydes forment des intrusions ou des filons dans la péridotite. La composition des minéraux de ces gabbros à oxydes ne peut pas être reproduite par un modèle de pure cristallisation fractionnée, ce qui suggère l'intervention de processus de réaction, entre magma et roches gabbroïques déjà cristallisées, et entre magma et roches mantelliques encaissantes
The easternmost part of the Southwest Indian Ridge (61°-67°E) is an end-member of the global ridge system in terms of very low magma supply. As such, it is a good laboratory to investigate the effect of melt-mantle interactions on the composition of erupted basalts: for a given volume of erupted basaltic melt, the volume of reacted mantle is potentially greater than at more magmatically robust ridges. We analyzed major, trace element and isotopic compositions in three groups of rocks : plagioclase-bearing ultramafic and gabbroic rocks dredged in nearly amagmatic spreading corridors; basalts from the sparse volcanic cover of these corridors ("ultramafic seafloor basalts"); and basalts dredged from the intervening, more volcanically active domains ("volcanic seafloor basalts"). Ultramafic seafloor basalts have significantly lower CaO and A1203 contents at a given MgO than most volcanic seafloor basalts. We observe no systematic isotopic or trace element variations between ultramafic and volcanic seafloor basalts, on- and off-axis. This suggests that these two types of basalts are derived from the same mantle source, which appears to be isotopically homogeneous for the past 8. 8 Myrs. We propose that both types of basalts are derived from similar parental melts, but that the ultramafic seafloor basalts are more affected by reactions between these parent melts and the mantle rocks in the lithosphere below the ridge. We infer that these reactions occur in the walls of conduits that allow the aggregated melts extracted from the melting mantle to rise through the axial lithosphere and to the eruption sites. The principal effect of these reactions is to enrich the asthenospheric melts in MgO through olivine dissolution. This effect is not expected to be as noticeable, but could still play a role in basait petrogenesis at more magmatic regions of the global slow-spreading MOR system. Alter moderate fractional crystallization that forms gabbros, reacted liquids can rise to the eruption sites, or be trapped in the lithosphere where they fractionate oxide gabbros. Oxide gabbros occur as intrusions or dikes in the peridotites. The minerai compositions of these oxide gabbros cannot be reproduce by a simple fractional crystallization model, suggesting reaction processes between the evolved melt and previously fractionated gabbroic rocks, and between the evolved melt and mantle host rocks

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Bovalo, Christophe. « Activité électrique et changements d'intensité des systèmes convectifs tropicaux dans le sud-ouest de l'océan Indien : Observations et modélisation ». Phd thesis, Université de la Réunion, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00972040.

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Depuis une vingtaine d'années, la qualité de la prévision de la trajectoire des cyclones tropicaux a fortement progressé mais peu d'améliorations ont été apportées à la prévision de l'intensité. Cette thèse s'intéresse aux changements d'intensité des cyclones tropicaux du sud-ouest de l'océan Indien sous l'angle original de l'activité électrique. Une première étude climatologique s'appuyant sur les données du réseau de détection d'éclairs World Wide Lightning Location Network (WWLLN) a permis de valider la qualité de ces données et de montrer que les cyclones tropicaux pouvaient être une source importante de production d'éclairs à l'échelle du bassin. À partir de ce résultat, une étude ciblée a été menée en considérant la spécificité du bassin et trois régions ont été définies (océan ouvert, région à proximité de la côte est de Madagascar et Canal du Mozambique). L'activité électrique des cyclones tropicaux dépend de la région où ils se trouvent ainsi que de leur stade d'intensité. Les éclairs semblent être un marqueur des phases d'intensification et d'affaiblissement dans certains situations. La troisième étape de cette thèse a consisté à simuler de manière idéalisée un cyclone tropical mature et a tenté d'expliquer les processus physiques à l'origine de l'activité électrique. Le modèle reproduit bien le comportement sporadique des éclairs habituellement observé. Des bilans montrent que ce cyclone présente trois phases caractéristiques, chacune associée à un comportement dynamique, microphysique et électrique différent. Enfin, une deuxième étude purement numérique a tenté d'identifier des estimateurs de l'activité électrique. Pour celà deux approches ont été adoptées : une étude globale et une étude par cellule. Dans les deux cas, les meilleurs estimateurs sont la masse totale de graupel, le volume d'updraft et le produit des flux des masses de glace précipitante et non précipitante.

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tessier, emmanuel. « Dynamique des peuplements ichtyologiques associés aux récifs artificiels à l'île de la Réunion (ouest de l'océan Indien) - Implication dans la gestion des pêcheries côtières ». Phd thesis, Université de la Réunion, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00464191.

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Les peuplements ichtyologiques des récifs artificiels sont denses et diversifiés, leur étude nécessite la mise au point d'une méthode adaptée, mettant en oeuvre simultanément des observations visuelles et enregistrements vidéo. L'habitat est un facteur clé dans la structure et l'évolution des peuplements ichtyologiques. La majorité des indicateurs utilisés distinguent les peuplements des récifs artificiels (RA) et des récifs coralliens (RC). La comparaison des trois types de RA montre que la complexité de l'habitat intervient sur l'évolution des peuplements ichtyologiques, et interéagit avec les éléments extérieur (recrutements, cyclones Le rôle des RA dans l'attraction ou la production des espèces exploitées dépend de l'écologie des espèces. Pour les espèces sédentaires, il y a une sélection des biotopes lors du recrutement et le taux de survie semble lié à la disponibilité en microhabitats. Les espèces démersales, plus mobiles, semblent se déplacer au cours de la croissance, soit entre RA d'architectures différentes soit entre RA et RC. La répartition spatiale des espèces pélagiques montre une plus forte association aux RA de jour que de nuit

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Jaquemet, Sébastien. « Rôle des oiseaux marins tropicaux dans les réseaux trophiques hauturiers du Sud-Ouest de l'océan Indien ». La Réunion, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00464182/fr/.

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Les oiseaux marins tropicaux ont une distribution hiérarchique qui dépend de la position de leurs colonies et de leur capacité de dispersion. À macro-échelle elle réflète les limites de leurs habitats, à méso-échelle la présence de structures agrégeant les proies et à micro-échelle, la présence en surface de proies rendues accessibles par les bancs de prédateurs. Dans le Sud-Ouest de l'océan Indien, sur 6,5 millions d'oiseaux, 99% sont des sternes fuligineuses. Elles se reproduisent saisonnièrement en hiver austral aux Seychelles et à Europa, en été austral à Juan de Nova. La forte concentration en chlorophylle autour des colonies favorise le développement de chaînes alimentaires aboutissant aux sternes. La position des Glorieuses semble favoriser une reproduction sub-annuelle, soutenue par la présence continue de proies autour des colonies. Les prélèvements de biomasse effectués par les sternes en reproduction sont estimés à plus de 55000 tonnes par an, dans le canal du Mozambique
Tropical seabirds show a hierarchical distribution depending on the position of their colonies and their dispersion capability. At macro-scale it reflects the boundaries of their habitats, at meso-scale the presence of structures aggregating prey, and at micro-scale the presence at the surface of prey driven by predatory schools. In the South-West Indian Ocean, more than 6 millions of birds are present, of which 99% are sooty terns. They breed seasonally in austral winter in the Seychelles and at Europa, in austral summer at Juan de Nova. The high chlorophyll concentration around colonies favours the development of food web leading to the terns. The location of Glorieuses favours a sub-annual breeding regime, led by the presence of prey around the colony all year round. Biomass removed by terns in the Mozambique Channel is estimated to 55,000 tons, by breeding season

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Jacot, des Combes Hélène. « Reconstruction des variations paléocéanographiques et de la paléoproductivité dans l'océan Indien du nord-ouest durant les 300 000 dernières années : la réponse géochimique comparée à l'enregistrement biologique ». Lille 1, 1998. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1998/50376-1998-413.pdf.

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Résumé :

Les variations de la paleoproductivite et de la paleoceanographie dans l'ocean indien du nw sont reconstruites grace aux variations de l'enregistrement geochimique comparees a celles d'index a radiolaires, qui sont representatifs de la reponse biologique a la productivite de surface. Deux sites du domaine pelagique (ride de madingley et passage des amirantes) et un dans l'upwelling de socotra sont etudies. Les resultats des deux sites pelagiques montrent que l'enregistrement geochimique n'est pas homogene, notamment l'enrichissement du sediment en metaux-traces (ba, p, cu, ni, et zn) n'est pas lie aux memes processus. Les variations des index a radiolaires indiquent que les periodes de forte paleoproductivite n'ont pas ete synchrones aux deux sites. Sur la ride de madingley, une periode de forte productivite en surface est enregistre durant le stade interglaciaire 9, alors que le passage des amirantes enregistre un intervalle de tres faible productivite entre 240 et 20 ka. Dans l'upwelling de socotra, l'enrichissement du sediment en metaux-traces est lie a la productivite de surface. Les index a radiolaires ne sont pas consideres, a ce site, comme des marqueurs fiables pour rendre compte des variations de la paleoproductivite. L'enregistrement geochimique est alors utilise comme marqueur et indique que l'upwelling etait plus intense durant les stades interglaciaires. Ces nouvelles donnees sont comparees a des observations deja publiees afin d'etablir une synthese de l'enregistrement geochimique dans l'ocean indien du nw.

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Grojean, Marie-Christine. « Variations du rapport isotopique ¹⁸O -¹⁶O du carbonate des foraminifères et de la silice des diatomées des sédiments du secteur ouest-indien de l'océan Austral : implications paléoclimatiques ». Paris 11, 1985. http://www.theses.fr/1985PA112307.

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Résumé :

Dans le but de reconstituer l'évolution climatique de l'Océan Austral eu cours des derniers 50 000 ans, les variations du rapport isotopique 180/160 du carbonate des foraminifères benthiques et planctoniques e:de la silice des diatomées ont été étudiées au cours de cette période dans 4 carottes des secteurs Ouest-Indien et Sud-Atlantique de cet océan. L'enregistrement du [formule] des foraminifères benthiques a été soustrait de celui des formes planctoniques pour s'affranchir des variations du [formule] moyen de l'océan (associées aux fluctuations du volume des glaces continentales). Les signaux D180 obtenus sont représentatifs des variations de température et de salinité des couches océaniques les plus superficielles. De même le signal R180, calculé par élimination de la composante thermique, est représentatif des variations relatives du [formule] de l'eau en surface. Ces signaux isotopiques ont été mis en relation avec les variations d'abondance des diatomées associées aux glaces dérivantes et avec les fluctuations de température de la couche superficielle de l'océan (Pichon, 1985). Les résultats obtenus à partir ces corrélations effectuées entre les différents paramètres (isotopiques paléoécologiques et paléothermiques) ont permis de mettre en évidence un important épisode de tonte d'icebergs à proximité de la zone du front polaire durant le dernier maximum glaciaire: épisode qui semble pouvoir être relié à une dynamique de type "down-draw" de la calotte glaciaire australe. Par ailleurs, une phase de réchauffement des masses d'eau australes superficielles semble avoir précédé de 1. 500 à 2. 000 ans la déglaciation générale des continents de l'hémisphère boréal
To reconstitute the Southern Ocean paleoclimatic evolution during the last 50. 000 years, the isotopic ratio 180/160 has been analysed on benthic and planktonic foraminifera carbonate and diatoms silica skeletons extracted from 4 West-Indian and South-Atlantic cores. With the object to remove the average oceanic [formule] variations (which are liked to continental ice volume fluctuations), the benthic foraminifera [formule] record has been subtracted from the planktonic species. In result, D180 records represent the upper layer temperature and salinity changes. R180 record, obtained by elimination of the temperature influence, is representative of [formule] superficial oceanic water changes. Then, these isotopic records have been correlated with epontic and ice-edge diatoms abundances variations end upper oceanic layer paleotemperature changes (Pichon, 1985). Correlations between the three kinds of date (isotopic, paleoecological, paleothermical) show that an important ice-melt event had occurred during the last glacial maximum, near the Antarctic Polar Front zone. This event seems to correspond with a "down-draw" response of the Antarctic ice-sheet. Moreover, the superficial Antarctic water masses seem to have been warmed 1. 500 to 2. 000 years before the general deglaciation of the northern hemisphere

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Liszkowski, Henri Daniel. « Commerce et navigations à Mayotte et dans le sud-ouest de l'océan indien pendant la période classique, XVe-XVIIIe siècle ». Paris, INALCO, 1999. http://www.theses.fr/1999INAL0021.

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Résumé :

L'île de Mayotte, dans l'archipel des Comores, témoigne, par son histoire, des grands courants migratoires et commerciaux qui touchèrent le sud-ouest de l'océan indien, dès le VIIIe siècle. Portés par le rythme des moussons, Africains, Persans, Arabes, Indiens et Indonésiens surent développer une civilisation swahili brillante dont les échelles ou cités-états étaient les moteurs économiques, politiques et culturels. Cette civilisation connut son apogée à Mayotte, entre les XIe et XIIIe siècles, sur le site de Bembeni où les fouilles archéologiques du Professeur Allibert ont mis en évidence l'influence austronésienne et la multiplicité des échanges. Ceux-ci étaient assurés par les "Hahoudas" qui, tels Ibn Madjid, pratiquaient la navigation astronomique leur permettant de relier l'Inde à l'Afrique et l'Arabie aux confins du pays de Sofala. Dès le XIe siècle, apparaissent les premiers signes de l'installation de l'Islam ; la nouvelle doctrine gagne d'abord les Beja et Fani, chefs bantous qui se succèdent selon la filiation matrilinéaire. A partir du XVe siècle, les sultans "chiraziens" musulmans s'immiscent dans les ignées dynastiques et prennent rapidement le contrôle des îles. Lorsque les Portugais pénètrent dans le canal de Mozambique, avec leurs caravelles, ils s'emparent des échelles musulmanes mais boudent les îles du sud-ouest dépourvues d'or et d'épices ; seul le commerce des esclaves expliquera leurs passages réguliers dans l'archipel des Comores. Les Lusitaniens élaborent une nouvelle cartographie, complétée rapidement par les Hollandais et les Anglais. L'arrivée de ces nouveaux concurrents entraîne le développement d'un commerce d'escales important qui enrichit de nouveaux ports, tels Mutsamudu ou Mtsamboro, et lance les sultans batailleurs dans une succession de guerres hégémoniques entre Anjouan et ses rivaux. Les chroniques locales et les vestiges des fortifications nous rapportent ces tensions entre les cités, entre les îles et entre les sultans et les populations de l'arrière-pays.

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Chuk, Hen Shun Nomenjanahary Lalaina. « Le juge face à la convention d’arbitrage dans les pays du Sud de l’océan Indien : Madagascar, Maurice, Comores (OHADA), La Réunion et Mayotte (France) ». Thesis, Paris 10, 2019. http://www.theses.fr/2019PA100135.

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Résumé :

L’arbitrage constitue une voie alternative à la voie judiciaire. De la convention d’arbitrage découle un effet double, d’une part elle soumet le litige à la compétence de l’arbitre et, d’autre part, elle le soustrait à la compétence du juge. Cependant, l’éviction des juridictions nationales connaît des limites rendant l’office du juge étatique nécessaire ou, à tout le moins, utile.L’exercice est délicat. Le juge est invité à intervenir en marge ou au cours d’une procédure qui, par définition, se déroule ailleurs que devant lui. À travers une étude comparée des droits et pratiques de l’arbitrage dans le Sud de l’océan Indien, la thèse trace la ligne de démarcation, parfois ténue, entre intervention opportune et immixtion malvenue. Premièrement, l’étude se penche sur l’approche de l’arbitrage et, plus particulièrement, de la convention d’arbitrage par les législations des pays de la région. Elle analyse l’appréhension du devoir d’abstention et du principe compétence-compétence par les droits du Sud de l’océan Indien, permettant d’apprécier le retrait du juge face à la convention d’arbitrage.Deuxièmement, la thèse porte, d’une part, sur l’assistance du juge dans la phase de constitution du tribunal et, d’autre part, sur son soutien s’agissant de mesures provisoires ou conservatoires avant ou pendant la procédure arbitrale.Les pays de la région disposent chacun d’un droit moderne régissant les rapports du juge avec l’arbitrage. Dans la pratique, des divergences se révèlent notamment en ce qui concerne une méfiance envers l’arbitrage de la part des juges étatiques au sein de certains systèmes juridiques étudiés. Cela pourrait expliquer le retard pris par le développement de l’arbitrage dans les pays concernés
Arbitration is an alternative to judicial proceedings. The arbitration agreement has two effects, first it grants jurisdiction to the arbitral tribunal and, second, it excludes the state judge. However, this eviction of national jurisdictions has limits. Some circumstances require the intervention of the state judge.In such cases, he has a delicate balance to achieve. He intervenes beside or within a procedure that shall in essence be held elsewhere. Through a comparative study of arbitration laws and practices in the Southern Indian Ocean, the thesis draws the wavering line between helpful assistance and obstructing interference.In the first part, the study focuses on arbitration practices in the region, and more particularly on how national laws address arbitration agreement. Then, the analysis deals with the negative effect of competence-competence and the obligation of national courts to refer the parties to arbitration.In the second part, the thesis focuses, firstly, on the judge’s assistance to solve difficulties throughout the constitution phase of the arbitral tribunal and, secondly, on its support for interim measures before or during the arbitral proceedings.In this part of the world, there are modern laws governing interactions between national courts and arbitration. In practice, difficulties arise due to a mistrust that would explain why arbitration does not develop in some of the studied countries

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Afonso, Mendes-Yahiaoui Noura. « Épidémiologie moléculaire du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum, agent du flétrissement bactérien, dans les îles du Sud-Ouest de l’océan Indien ». Thesis, La Réunion, 2018. http://www.theses.fr/2018LARE0014.

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Résumé :

Dans les îles du sud-ouest de l'océan Indien (SOOI) (Comores, Maurice, Mayotte, Réunion, Rodrigues et Seychelles), le flétrissement bactérien causé par le complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) est une phytobactériose considérée comme l'une des plus nuisibles pour les productions vivrières ou d'exportation. Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit avaient pour principal objectif l'exploration du niveau et de la distribution de la diversité génétique du ce Rs et de la structure génétique de ses populations dans le SOOI. Nous avons mené de vastes campagnes d'échantillonnage qui ont permis de constituer une large collection de 1704 isolats, principalement à partir de Solanacées (tomate, pomme de terre, piment, aubergine, poivron) et de géranium rosat. L'assignation phylogénétique des isolats a montré une très forte prévalence du phylotype I (88 %), qui est distribué dans chaque île du SOOI, tandis que les phylotypes II (9 %) et III (3 %) ne sont trouvés qu'à La Réunion. Deux souches de phylotype IV ont par ailleurs été signalées à l'île Maurice, représentant le premier rapport de ce groupe phylogénétique dans le SOOI. Une approche phylogénétique et de génotypage (MLSA/MLST) basée sur l'analyse de séquences de 6 gènes de ménage et 1 gène associé à la virulence (egl) a permis de révéler les relations génétiques entre 145 souches représentatives (diversité géographique + hôte d'isolement) du SOOI et 90 souches mondiales de référence. Le développement et l'application d'un schéma MLVA basé sur 17 séquences répétées en tandem (VNTR) sur près de 1300 souches a permis de révéler que les populations de phylotype I sont organisées en complexes clonaux dans le SOOI et que le niveau de diversité génétique est très contrasté selon les îles, Maurice présentant la plus forte diversité génétique. Un résultat majeur de cette thèse est la mise en évidence du déploiement d’une lignée génétique (sequevar I-31 ; STI-13 ; MT-035), surreprésentée dans les îles du SOOI, qui pourrait avoir été introduite via du matériel végétal contaminé depuis l'Afrique de Sud ou l’Afrique de l'Ouest. Nos études préliminaires montrent que l'haplotype majoritaire MT-035 (i) est le probable haplotype fondateur du complexe clonal le plus prévalent dans le SOOI, (ii) présente un pouvoir pathogène élevé (large gamme d'hôtes comprenant des plantes cultivées et des adventices, et forte agressivité sur Solanacées) et (iii) possède une forte aptitude à la compétition dans l'environnement via la production de bactériocines. Ces travaux permettront in fine de renforcer l'épidémiosurveillance et orienter les stratégies de lutte vis-à-vis de cet agent phytopathogène, notamment via le déploiement de cultivars résistants
In the southwest Indian Ocean (SWIO) islands (Comoros, Mauritius, Mayotte, Réunion, Rodrigues and Seychelles), bacterial wilt caused by the Ralstonia solanacearum species complex (Rssc) is considered one of the most harmful plant disease for food crops or export. The main objective of this work presented in this manuscript was to explore the level and the distribution of the genetic diversity of Rssc and the genetic structure of its populations in SWIO. We conducted extensive sampling campaigns that resulted in a large collection of 1704 isolates, mainly from Solanaceae (tomato, potato, chilli, eggplant, pepper) and geranium rosat. The phylogenetic assignment of the isolates showed a very high prevalence of phylotype I (88 %), which is distributed in each island of the SWIO, while phylotypes II (9 %) and III (3 %) are found only in Réunion. Two phylotype IV strains have also been reported in Mauritius, representing the first report of this phylogenetic group in SWIO. A phylogenetic and genotyping approach (MLSA/MLST) based on sequence analysis of 6 housekeeping genes and 1 gene associated with virulence (egl) revealed the genetic relationships between 145 representative SWIO strains (geographic diversity + host) and 90 global reference strains. The development and application of MLVA scheme based on 17 variable number of tandem repeat sequences (VNTR) on nearly 1300 strains revealed that phylotype I populations are organized into clonal complexes in SWIO and that the level of genetic diversity is highly contrasted according to the islands, with Mauritius having the highest genetic diversity. This work highlights the deployment of a genetic lineage (Sequevar I-31, STI-13, MT-035), overrepresented in SWIO islands, which could have been introduced via contaminated plant material from South Africa or West Africa. Our preliminary studies show that the main haplotype MT-035 (i) is the probable founding haplotype of the most prevalent clonal complex in SWIO, (ii) has high pathogenicity (wide range of hosts including cultivated plants and weeds, and high aggressiveness on Solanaceae) and (iii) has a strong ability to compete in the environment via the production of bacteriocins. This work will ultimately strengthen epidemiosurveillance and guide control strategies of this plant pathogen, including the deployment of resistant cultivars

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Cordonin, Colette. « Virulence et spécificité d’hôte de leptospires pathogènes endémiques de Madagascar et ses îles voisines ». Thesis, La Réunion, 2019. http://www.theses.fr/2019LARE0002.

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Résumé :

La leptospirose est une zoonose d’importance médicale majeure dans les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI) dont certaines enregistrent des incidences parmi les plus élevées au monde. Durant la dernière décennie, les données épidémiologiques moléculaires obtenues avec une approche « One Health » ont mis en évidence une grande diversité de lignées de leptospires ainsi que différentes chaines de transmission sur les différentes îles de la région. Les données moléculaires montrent la présence de leptospires pathogènes et de réservoirs animaux introduits ou endémiques de cette région. La distribution de ces différentes lignées de leptospires est associée à (i) un contraste épidémiologique incluant des différences dans la sévérité des cas humains et (ii) des niveaux de spécificité d’hôtes différents selon les leptospires considérés. Plus particulièrement, les leptospires endémiques du SOOI semblent être moins pathogènes chez les humains et montrent une plus forte affinité pour leur réservoir que les leptospires cosmopolites. Pour compléter nos connaissances sur l’histoire évolutive des leptospires du SOOI, nous avons produit des données provenant de chauves-souris de l’Afrique de l’Est. Ces données confirment la spécificité de certaines lignées de leptospires envers leurs hôtes chiroptères et suggèrent que les chauves-souris d’Afrique ont colonisé Madagascar tout en étant infectées par leurs leptospires. Afin de mieux comprendre le rôle des différents leptospires dans l’épidémiologie régionale de la leptospirose, nous avons mesuré la pathogénicité de trois souches de leptospires retrouvées dans cette région à l’aide d’un modèle hamster. Des souches de Leptospira mayottensis et Leptospira borgpetersenii ont été isolés respectivement de Tenrec ecaudatus (tenrec) et Triaenops menamena (chauve-souris), deux mammifères endémiques du SOOI. Une souche de Leptospira interrogans, dont le génotype est retrouvé dans la majorité des cas humains graves à la Réunion, a été isolée de Rattus rattus (rat). En cohérence avec les données épidémiologiques humaines de Mayotte et de La Réunion, les leptospires endémiques se sont révélées être significativement moins pathogènes que la souche L. interrogans. La spécificité d’hôte des deux souches isolées de mammifères endémiques a été mise à l’épreuve par des infections expérimentales de Rattus norvegicus, connu comme un réservoir important de leptospires. Les rats ont été infectés avec les trois isolats précédemment utilisés. Les rats infectés par les souches endémiques n’ont pas développé d’infection rénale chronique contrairement à la souche cosmopolite. Ces résultats montrent que la spécificité d’hôte des leptospires endémiques observée in natura est probablement due à des facteurs génétiques plutôt qu’à des facteurs écologiques, comme un manque de contacts physiques entre les réservoirs animaux endémiques et introduits. Enfin, le séquençage complet de souches de leptospires du SOOI a été réalisé afin d’identifier des caractéristiques génétiques pouvant être associées à la pathogénicité et la spécificité d’hôte des leptospires pathogènes. Une classification précise de souches de leptospires du SOOI a pu être réalisée sur la base des génomes complets. La comparaison de ces génomes a permis d’identifier des gènes spécifiques à un groupe ou une espèce de leptospires. Cependant des modifications génomiques complexes rendent difficiles l’identification de caractéristiques génomiques responsables d’un phénotype particulier tel que la virulence ou la spécificité d’hôte
Leptospirosis is a zoonosis of main medical concern on several islands of southwestern Indian Ocean (SWIO), some of which recording among the highest human incidence worldwide. Over the last decade, molecular epidemiology investigations carried out under a One Health framework have revealed a wide variety of Leptospira lineages and distinct transmission chains throughout the islands of the region. These islands are home to pathogenic Leptospira lineages and animal reservoirs that are either introduced or endemic to the SWIO region. Interestingly, the regional distribution of Leptospira diversity is associated with (i) a contrasted severity of human cases and (ii) distinct levels of specificity of Leptospira towards their mammalian hosts. Specifically, endemic Leptospira appear less pathogenic in humans and display higher specificity towards their animal reservoirs than their cosmopolitan counterparts. To complete the dataset of Leptospira diversity in the SWIO region, we produced data from bats of eastern Africa. Results support the previously observed pattern of host specificity of Leptospira towards their bats hosts and, overlaid upon the biogeographic history of Malagasy bats, suggest that these volant mammals have colonized Madagascar from continental Africa while hosting pathogenic Leptospira. To better understand the role of distinct Leptospira lineages in the contrasted epidemiology observed in the SWIO, we investigated the pathogenicity of three Leptospira isolates from this region using a hamster model. Leptospira mayottensis and Leptospira borgpetersenii isolates were obtained from Tenrec ecaudatus (tenrec) on Mayotte and Triaenops menamena (bat) in Madagascar, respectively, both mammals endemic to the SWIO region. A Leptospira interrogans strain, which genotype has been reported in the majority of human acute cases on La Réunion, was isolated from the introduced Rattus rattus (rat). In keeping with a distinct severity of the disease on Mayotte and La Réunion, endemic bat-borne and tenrec-borne Leptospira were significantly less pathogenic than the control cosmopolitan rat-borne isolate. The host specificity of the isolates obtained from endemic hosts was addressed using experimental infection of Rattus norvegicus, a known reservoir of pathogenic Leptospira. This animal model was challenged with all three isolates and mostly failed in supporting chronic infection with bat-borne and tenrec-borne Leptospira. Hence, the strong host-specificity of endemic Leptospira toward their hosts observed in the wild likely results from genetic determinants shaped by long-term co-evolutionary processes rather than from ecological constraints such as a lack of physical contact between introduced and endemic animal reservoirs. Finally, we undertook full genome sequencing of regional strains in order to highlight genomic features that may be associated with virulence and host specificity. Whole genome sequencing allowed the accurate classification of Leptospira isolates obtained on SWIO islands. Comparative genomics allowed to identify genes specific to a group or species of Leptospira but complex changes in Leptospira genome make difficult the identification of genomic elements responsible for specific traits such as virulence and host specificity

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Zimmermann, Gabrielle. « Variabilité morphologique et génétique des Macrobrachium (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae) de l'Indo-ouest Pacifique : évolution des peuplements et applications à la gestion ». Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2009. http://www.theses.fr/2009MNHN0041.

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Résumé :

Les eaux douces des milieux insulaires de l'Indo-ouest Pacifique hébergent des organismes amphihalins dont le cycle vital amphidrome est adapté aux conditions de ces milieux. Parmi eux, les crustacés décapodes du genre Macrobrachium comptent plus de 200 espèces réparties dans toute la zone intertropicale. Très sensibles à la qualité des eaux douces et à la surpêche, bon nombre de ces espèces sont aujourd’hui menacées. Rien n’est encore connu quant à leur variabilité morphologique, l’histoire évolutive de leur radiation, la structuration de leurs populations naturelles et leurs modalités de dispersion. Ces étapes constituent pourtant un pré-requis indispensable à la mise en place de mesures de gestion et de protection de ces organismes fragiles. Cette thèse a pour objectif d’explorer ces différents domaines. Dans un premier chapitre, la variabilité morphologique et génétique des populations réunionnaises de Macrobrachium australe est explorée. Une forte relation entre la forme de cette espèce et son environnement est révélée, éventuellement due à un phénomène de plasticité phénotypique. Un second chapitre fait l’objet d’une étude de l’histoire évolutive des espèces de Macrobrachium de l’océan Indien et de l’ouest de l’océan Pacifique. Pour cela, des méthodes de phylogénie moléculaire sont mises en oeuvre, basées sur le marqueur nucléaire 18S et le marqueur mitochondrial COI. Dans un troisième chapitre, la structuration des populations de M. Australe et M. Lar entre certaines îles de l’océan Indien et de l’océan Pacifique est étudiée, afin de mettre en évidence leurs éventuels échanges larvaires. Les modalités de la phase marine sont également considérées ainsi que la dimension spatio-temporelle du retour en rivière des post-larves. Une synthèse des connaissances obtenue dans chacun de ces chapitres est enfin proposée, intégrant leurs applications à la gestion et les perspectives envisagées
Freshwaters of the Indo-west Pacific islands are the home of many amphihalin organisms, whose amphidromous life-cycle has evolved as an adaptation to these habitats. Among them, the decapod crustaceans of the Macrobrachium genus are represented by more than 200 species distributed in the whole inter-tropical area. Very sensitive to changes in freshwater quality and over-fishing, many of these species are endangered. Nothing is known about their morphological variability, the evolutive history of their radiation, the structuration of their populations and their dispersal modalities. Though, such steps are the starting point for setting up management and conservation measures of these fragile organisms. In a first chapter, the morphological and genetic variability of the Macrobrachium australe population from Reunion Island is explored. Within this species, it reveals a strong relationship between the shape and the environment, which may be the result of a phenotypic plasticity phenomenon. A second chapter studies the evolutive history of the Macrobrachium species in the Indian and Pacific oceans. Molecular phylogenetic analysis are used, based on the nuclear 18S fragment and the mitochondrial COI fragment. In a third chapter, the structuration of M. Australe et M. Lar within a set of Indian Ocean and Pacific Ocean islands is considered. Possible larval migrations between the islands are explored. The larval marine cycle modalities are studied, along with the spatio-temporal aspects of postlarval return to freshwaters. A synthesis of the knowledge obtained is proposed, integrating possible applications to management and perspectives

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