Littérature scientifique sur le sujet « Maladies bactériennes – Épidémiologie – Europe »

Objectifs : Le projet CoVAPid visait à étudier l'impact de l'infection par SARS-CoV-2 sur l'épidémiologie des infections respiratoires bactériennes et fongiques chez les patients de réanimation sous ventilation mécanique (VM). Trois entités ont été analysées : les infections pulmonaires bactériennes précoces, les infections respiratoires bactériennes acquises sous VM (IAVM) - pneumonies (PAVM) et trachéobronchites (TAVM) - et les aspergilloses pulmonaires invasives (API). Les objectifs principaux étaient de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce entre les patients admis pour COVID-19 et pour grippe, de comparer l'incidence d'IAVM chez les patients admis pour COVID-19, grippe ou un autre motif qu'une pneumonie virale, de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce et l'incidence d'IAVM entre les patients de la 1ère et 2nde vagues pandémiques de COVID-19, de déterminer l'impact de la PAVM sur la mortalité des patients atteints de COVID-19, de déterminer l'impact de la corticothérapie sur l'incidence des PAVM chez les patients atteints de COVID-19, et de comparer l'incidence d'API chez les patients admis pour COVID-19 ou grippe.Méthodes : Cohorte multicentrique européenne observationnelle rétrospective impliquant 36 services de réanimation, incluant consécutivement des patients adultes sous VM pendant plus de 48h, répartis en quatre groupes selon leur motif d'admission: COVID-19 (1ère et 2nde vagues), grippe, et autres.Résultats : Au total, 2172 patients ont été inclus. La prévalence d'infection pulmonaire bactérienne dans les 48 heures suivant l'intubation était significativement inférieure chez les patients COVID-19 (9,7%) par rapport à ceux admis pour grippe (33,6% ; odds ratio (OR) ajusté 0,23 ; intervalle de confiance à 95% 0,16-0,33). L'incidence des IAVM était significativement plus élevée chez les patients COVID-19 (50,5%) comparée à ceux admis pour grippe (30,3% ; sub hazard ratio (sHR) ajusté 1,6 (1,26-2,04)) et sans infection virale (25,3% ; sHR ajusté 1,7 (1,20-2,39)), avec une incidence de PAVM significativement plus élevée dans le groupe COVID-19 par rapport aux deux autres groupes. La prévalence d'infection précoce a significativement augmenté entre la 1ère et la 2nde vague (9,7 vs 14,9%, OR ajusté 1,52 (1,04-2,22)), tout comme l'incidence des PAVM (36 vs 44,8% ; sHR ajusté 1,37 (1,12-1,66). La PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28 chez les patients COVID-19 (HR ajusté 1,65 (1,11-2,46)), ce qui n'était pas observé chez les patients admis pour grippe et sans infection virale. Cependant, aucune différence significative dans l'hétérogénéité de l'association entre PAVM et mortalité n'était constatée entre les trois groupes de l'étude. La relation entre la corticothérapie et l'incidence de PAVM n'était pas statistiquement significative (p=0,082 pour l'effet global), avec un risque de PAVM variant au cours du temps à partir de l'initiation du traitement. Enfin, l'incidence d'API putative (définie par l'algorithme AspICU) était significativement plus faible dans le groupe COVID-19 par rapport au groupe grippe (2,5% vs 6% ; HR cause-spécifique ajusté 3,29 (1,53-7,02). Conclusion : Le projet CoVAPid a mis en évidence une prévalence moindre d'infections pulmonaires bactériennes précoces chez les patients COVID-19 par rapport à ceux atteints de grippe, avec une augmentation significative entre la 1ère et la 2nde vague pandémique. L'incidence de PAVM était plus élevée chez les patients COVID-19, comparativement aux patients admis pour grippe ou sans infection virale à l'admission, et augmentait significativement entre la 1ère et la 2nde vague. Chez les patients COVID-19, la corticothérapie n'avait pas d'effet notable sur l'incidence des PAVM, et la survenue d'une PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28. L'incidence d'API était plus faible au cours de la COVID-19, en comparaison à la grippe
Objectives: The CoVAPid project aimed to study the impact of SARS-CoV-2 infection on the epidemiology of bacterial and fungal respiratory infections in critically ill patients requiring mechanical ventilation (MV). Three entities were analyzed: early bacterial pulmonary infections, bacterial ventilator-associated lower respiratory tract infections (VA-LRTI) including ventilator-associated pneumonia (VAP) and ventilator-associated tracheobronchitis (VAT), and invasive pulmonary aspergillosis (IPA). The main objectives were to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection between patients admitted for COVID-19 and influenza, to compare the incidence of VA-LRTI among patients admitted for COVID-19, influenza, or other reasons than viral pneumonia, to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection and the incidence of VA-LRTI between patients from the 1st and 2nd pandemic waves of COVID-19, to determine the impact of VAP on mortality in patients with COVID-19, to assess the effect of corticosteroid therapy on the incidence of VAP in patients with COVID-19, and to compare the incidence of IPA between patients with COVID-19 and influenza. Methods: This was a retrospective observational multicenter European cohort involving 36 centers. Adult patients under MV for more than 48 hours were consecutively included and divided into four groups according to their ICU admission cause: COVID-19 (1st and 2nd wave, influenza, and others. Results: A total of 2172 patients were included. The prevalence of bacterial pulmonary infections within 48 hours following intubation was significantly lower in COVID-19 patients (9.7%) compared to those admitted for influenza (33.6%, adjusted odds ratio (OR) 0.23, 95% confidence interval 0.16-0.33). The incidence of VA-LRTI was significantly higher in COVID-19 patients (50.5%) compared to those admitted for influenza (30.3%, adjusted sub-hazard ratio (sHR) 1.6 (1.26-2.04)) and those without viral infection (25.3%, sHR 1.7 (1.20-2.39)), with a significantly higher incidence of VAP in the COVID-19 group compared to the other two groups. The prevalence of early infection significantly increased between the 1st and 2nd wave (9.7 vs 14.9%, adjusted OR 1.52 (1.04-2.22)), as did the incidence of VAP (36 vs 44.8%; adjusted sHR 1.37 (1.12-1.66)). VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality in COVID-19 patients (adjusted HR of 1.65 (1.11-2.46)), which was not observed in patients admitted for influenza and without viral infection. However, no significant difference in the heterogeneity of the association between VAP and mortality was observed among the three study groups. The relationship between corticosteroid exposure and the incidence of VAP was not statistically significant (p=0.082 for the overall effect), despite a varying risk of VAP over time since the initiation of treatment. Finally, the incidence of putative IPA (defined by the AspICU algorithm) was significantly lower in the COVID-19 group compared to the influenza group (2.5% vs 6%, cause-specific adjusted HR 3.29 (1.53-7.02)). Conclusion: The CoVAPid project highlighted a lower prevalence of early bacterial pulmonary infections in COVID-19 patients compared to those with influenza, with a significant increase between the 1st and 2nd pandemic wave. The incidence of VAP was higher in COVID-19 patients, compared to patients admitted for influenza or without viral infection at admission, and significantly increased between the 1st and 2nd wave. In COVID-19 patients, corticosteroid therapy had no significant effect on the incidence of VAP, and the occurrence of VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality. The incidence of IPA was lower among patients with COVID-19 than those with influenza

Cette thèse illustre l'apport de la démarche épidémiologique à la transfusion et à l'hémovigilance conçue comme système de surveillance de santé publique. Les lacunes dans les connaissances sur les incidents transfusionnels liés à la contamination bactérienne des produits sanguins labiles (ITCB), la plus fréquente des infections post-transfusionnelles, indiquaient la nécessité d'études. L'étude cas-témoins sur les contaminations bactériennes par les produits sanguins labiles (PSL) au sein du réseau d'hémovigilance (Bacthem) a été basée sur l'inclusion des ITCB parmi toutes les suspicions notifiées en France durant deux ans. Les ITCB étaient d'issue mortelle pour 15 % des 41 cas, tous liés à des bacilles Gram négatifs. La transfusion de plaquettes, et de globules rouges quand le receveur avait une pancytopénie, étaient fortement associées au risque. Le rôle du traitement du receveur par immunosuppresseurs, la durée de conservation des produits et le nombre de dons antérieurs élevé chez le donneur ont été suggérés. L'étude de l'éviction des 15 premiers millilitres du don de sang total suggère que cette procédure réduirait le taux de contamination des dons de 2,2 à 0,6 %. Les déterminants de la contamination étaient l'établissement de transfusion sanguine préleveur, l'âge du donneur supérieur à 35 ans et l'absence de répétition de la phase de nettoyage de l'antisepsie cutanée. Ces résultats ouvrent des perspectives pour la recherche sur la prévention des ITCB. L'éviction des premiers millilitres et l'amélioration des procédures d'antisepsie devraient réduire le risque de contamination des PSL. L'indication préférentielle de PSL à plus faible risque devrait être envisagée. Les progrès qui pourraient résulter de l'intégration de fonctions épidémiologiques dans le système d'hémovigilance sont développés
This thesis illustrates the contribution of the epidemiologic approach to transfusion and haemovigilance, a public health surveillance system. Transfusion-refated bacterial contamination (TRBC) is the first cause of infection related to transfusion. Limitation of knowledge indicated the need for studies. The case-control study on TRBC within the haemovigilance network (Bacthem) was based on the inclusion of TRCB among all suspected cases notified in France during two years. TRBC was letal for 15 % of 41 cases, all related to Gram negative rods. Transfusion of platelet concentrates, and of red cells when the recipient had pancytopenia, were strongly associated with TRBC risk. Suggested determinants were recipient treatment by potent immunosuppressive drugs, LBP shelf-life and numerous previous donations in the donor. The study of diversion of the first 15 mL of whole-blood donation suggests that this collection procedure may reduce donation contamination rates from 2. 2 to 0. 6 %. Contamination determinants were the collecting blood bank, the donor's age above 35 and the lack of repetition of the cleaning stage of antisepsis. Results open avenues for research for preventing TRBC. Excluding the first millilitres and improving the phlebotomy site preparation may reduce donation contamination rates. Indicating low-risk LBP in high risk recipients should be considered. Integrating epidemiology should lead to improvements of the haemovigilance system

Les maladies fébriles y compris les maladies bactériennes sont mal connues en Côte d’Ivoire et en Guinée. Tout d’abord, nous avons recherché par biologie moléculaire des bactéries pathogènes transmises par les tiques en Côte d’Ivoire. Nous avons analysé différentes espèces de tiques prélevées chez des bovins et mis en évidence des bactéries pathogènes responsables de nombreuses maladies infectieuses comme Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (fièvre Q) et aussi vingt nouvelles espèces potentielles.Ensuite, notre objectif était de détecter par biologie moléculaire des micro-organismes pathogènes chez l’homme. Concernant l’étude des plaies et des peaux saines en Guinée, la plupart des patients étaient infectés par Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus et plusieurs espèces d'Acinetobacter.Parmi les patients fébriles et les sujets apyrétiques recrutés en Guinée et en Côte d’Ivoire, Plasmodium falciparum reste le micro-organisme le plus fréquent surtout dans les échantillons de sang des patients fébriles bien que plusieurs bactéries aient été aussi identifiées. En Guinée, il s’agissait de Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Salmonella enterica Non Typhi et Non Paratyphi et R. felis. Ces bactéries ont été également identifiées ainsi que Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei et une nouvelle espèce potentielle de Wolbachia en Côte d’Ivoire. Nos travaux ont permis d’établir le répertoire des bactéries transmises par les tiques en Côte d’Ivoire, celles impliquées dans les bactériémies en Côte d’Ivoire et en Guinée (Conakry)
Febrile illnesses including bacterial diseases are poorly known in Côte d'Ivoire and Guinea.In the first part of our work, we researched by molecular biology bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire. We analyzed different species of ticks collected from cattle and highlighted pathogenic bacteria responsible for many infectious diseases such as Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (Q fever) and twenty potential new species. In the second part, our goal was to detect using molecular biology several microorganisms in humans in Guinea (Conakry) and Côte d'Ivoire. As regards the study of wounds and healthy skin in Guinea, most patients were infected with Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, several species of Acinetobacter.Among the febrile patients and healthy controls afebrile recruited in Guinea and Côte d'Ivoire, Plasmodium falciparum is the most common detected microorganism especially in blood samples from febrile patients although several bacteria were also identified. In Guinea, it was Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, non-typhoidal Salmonella spp., and R. felis. These bacteria were also identified as well as Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei and a potential new species of Wolbachia in Côte d’Ivoire.This work allowed establishing the repertory of bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire, as well as those involved in bacteremia in Côte d’Ivoire and Guinea (Conakry)

Les objectifs de notre étude ont porté tout particulièrement sur les critères anamnestiques d'infection materno-foetale et sur l'intérêt d'un prélèvement bactériologique (liquide gastrique) permettant un diagnostic rapide et évitant une antibiothérapie inutile. Nous avons pu souligner qu'un certain nombre de facteurs anamnestiques était insuffisamment pris en compte au Vietnam (une fièvre maternelle  38°C avant ou début du travail, une rupture prolongée de la poche des eaux de plus de 12 heures, une rupture prématurée des membranes avant 35 semaines gestationnelles, une infection urinaire maternelle, une tachycardie fœtale, une asphyxie néonatale) et que l'examen direct du liquide gastrique avait une bonne valeur prédictive négative. La connaissance de ces résultats devrait permettre une amélioration de la mortalité et de la morbidité néonatale au Vietnam
The aim of our study was to determine the criteria for maternofetal infection and the relevance of bacteriological sampling, i. E. Gastric fluid, in order to make a quick diagnosis and to avoid unappropriate antibiotic therapy. We have underlined the underestimation of some medical history items in Vietnam such as maternal fever > 38°C before or at the onset of labor, membranes rupture duration > 12 hours or membranes rupture occuring before 35 weeks , maternal urine tract infection, fetal tachycardia, neonatal asphyxia. The negative predictive value of gastric fluid direct examination was also emphasized. A better knowledge of such results should lead to a decrease in neonatal mortality and morbidity in Vietnam

L'objectif de ce travail est la mise au point et l'utilisation de critères morphologiques permettant de poser un diagnostic de spondylarthropathie sur des ossements anciens. Dans un premier temps, nous avons fait le point sur les outils diagnostiques disponibles en clinique et en paléopathologie. Dans un deuxième temps, la question est abordée d'un point de vue épidémiologique. A partir de cette revue bibliographique, de notre expérience de rhumatologue et de l'analyse de trois squelettes de Soulièvres dans la Somme, un système de critères diagnostiques est élaboré. Il est ensuite appliqué à trois populations squelettiques, une population Portugaise du début du siècle dernier et deux populations médiévales du sud de la France. La discussion porte sur la pertinence des critères et les facteurs susceptibles d'expliquer les variations de prévalence observées. Le système de critères, mis au point dans ce travail, permet de porter un diagnostic gradué en certain, probable, possible
The aim of this work is to elaborate and to use morphologic criteria allowing to make the diagnosis of Spondylarthropathy on ancient skeletons. At first, we made a point on available diagnosis tools in clinical practice for living people, and in paleopathology. In a second time, the question is approached from an epidemiological point of view, through international publications. From this bibliography review, from our rheumatologist experience, and from the analysis of three skeletons of the Soulièvres Abbey in Somme (France), a set of diagnosis criteria is developed. Then, it is applied to three archaeological series, one Portuguese population from the beginning of the last century, and two medieval populations from the south of France. The discussion analyses the relevance of criteria, and factors likely to explain the variations of prevalence observed. The criteria set developed and tested in this work, allows giving a diagnosis graduated as definite, probable, possible

Bien que considérées comme étant sous contrôle durant la seconde partie du 20ième siècle avec la découverte des antimicrobiens, les maladies infectieuses demeurent une menace bien réelle pour l’humanité. Quelque soit l’état de connaissance que nous avons sur ces maladies, toutes demeurent imprédictibles. Afin de lutter contre ce phénomène, de nombreuses stratégies de surveillance ont été développées amenant à la mise en place de divers outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à détecter et identifier, le plus précocement possible, des événements anormaux. L’objectif initial de notre travail a consisté à mettre en place, au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection et à partir du logiciel Microsoft Excel, deux nouveaux outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à identifier, de façon hebdomadaire et automatisée, des événements anormaux sur la base des données de microbiologie clinique issues du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire Timone à l’Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Une fois cette étape achevée, nous avons par la suite travaillé au développement d’une structure de surveillance complète intégrant l’investigation et la validation des alarmes émises par les systèmes de surveillance créés, l’émission d’alertes à l’Agence Régionale de Santé (ARS) de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA), la valorisation des cas d’événements anormaux confirmés par des publications scientifiques, ainsi que la mise en place de rétro-informations et de bulletins épidémiologiques hebdomadaires visant à informer les acteurs locaux de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses
Although considered under control in the second half of the 20th century with the discovery of antimicrobials, infectious diseases remain a serious threat to humanity. Regardless of the state of knowledge we possess on these diseases, all remained unpredictable. To fight this phenomenon, many monitoring strategies have been developed leading to the implementation of various epidemiological surveillance computer programs to detect and identify, as soon as possible, abnormal events including epidemic phenomena. The initial objective of our work was to implement, within the Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection and based on the Microsoft Excel software, two new automated computer-based programs for the weekly automated epidemiological surveillance of abnormal epidemic events using clinical microbiological data from the Timone teaching hospital of of Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Once completed, we then worked to develop a comprehensive monitoring structure incorporating the investigation and the validation of alarms emitted by the established surveillance systems, the transmission of alerts to the Regional Health Agency (ARS) of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA), the public dissemination of confirmed abnormal events by publishing scientific articles, and the implementation of feedback and weekly epidemiological bulletins to inform local infectious diseases epidemiological surveillance actors

La résistance aux antibiotiques chez les bactéries est un problème majeur mondial du fait de son augmentation. Récemment, la transmission des bactéries résistantes aux humains, aux animaux et à l’environnement sont de plus en plus décrits dans la littérature. Ces dernières années, les voyages internationaux ont augmenté massivement ce qui a permis aux bactéries résistantes de se propager d’un lieu à un autre. Les voyageurs internationaux sont les principaux acteurs de l’acquisition et de la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques. Le plus grand rassemblement annuel de personnes comme le pèlerinage à la Mecque est connu pour être un réservoir pour la transmission des maladies infectieuses telles que la grippe, les épidémies méningococciques ou la tuberculose. Par conséquent, les voyageurs en particulier les pèlerins représentent une source importante de propagation de bactéries multi-résistantes. Les études sur la transmission et l'acquisition de gènes de résistance pendant le Hajj sont rares. Par conséquent, ce projet de thèse a trois objectifs principaux permettant de mieux comprendre la prévalence des gènes de résistance et des bactéries multi-résistantes au cours du Hajj:(i)l’étude de la surveillance épidémiologique des gènes de résistance chez les pèlerins avant et après le Hajj,(ii)l’étude des facteurs de risque d'acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques chez les pèlerins,(iii)les études épidémiologiques moléculaires des bactéries résistantes chez les pèlerins et d'autres sources, tels que les patients, les animaux et l’environnement en utilisant des techniques comme le typage des séquences multi-locus et le séquençage du génome complet
Antibiotic resistance in bacteria is increasing and become a worldwide problem. Newresistance bacteria or mechanisms are emerging and spreading rapidly. Recently, thetransmission of antibiotic-resistant (AR) bacteria among humans, animals, and the variousenvironments are vastly recognized. With the growth of international travels over the pastdecades, this provides opportunities for AR bacteria to be spread rapidly from one geographiclocation to another. During trips, travelers changed diets, lifestyles, and their environmentsresulting in the alteration of AR patterns of bacteria residing in the gut. Thus, internationaltravelers are one of the most important modes for the acquisition and spread of AR genes.The largest annual mass gathering, the Hajj (pilgrimage to Mecca) is well known as a sourcefor infectious diseases transmission such as influenza, meningococcal outbreaks ortuberculosis. Thus, travelers, especially pilgrims, are one of the most significant sources forspreading AR bacteria. However, studies of the transmission and acquisition of AR genesduring Hajj in pilgrims are scarce. Therefore, this research thesis was carried out with threemain objectives to better understanding the prevalence of AR genes and bacteria during Hajj:(i) epidemiological surveillance of AR genes in pilgrims before and after Hajj, (ii) risk factorsanalysis concerning AR genes acquisition in pilgrims, (iii) molecular epidemiological studiesof AR bacteria in pilgrims, including patients, animals, and environment with the use ofmulti-locus sequence typing and whole genome sequencing