Thèses sur le sujet « Limicoli »

2007/2008
Gli uccelli limicoli sono importanti indicatori su scala globale della stato delle zone umide e la perdita di tali habitat è la principale causa del decremento di molte delle loro popolazioni. Questa ricerca analizza le strategie di utilizzo dell’habitat nel Chiurlo (Numenius arquata), nella Pivieressa (Pluvialis squatarola) e nel Piovanello pancianera (Calidris alpina), che assieme rappresentano più del 90% dei limicoli svernanti in Friuli Venezia Giulia. Le popolazioni sono state monitorate mensilmente ai roost da ottobre 2005 a maggio 2008. Nello stesso periodo 17 Chiurli, 19 Pivieresse e 71 Piovanelli pancianera sono stati radiomarcati nel settore orientale dell’area di studio e monitorati per un totale di 1.762 localizzazioni (fix). Emerge una generale stabilità delle popolazioni svernanti. Il calo legato alla migrazione primaverile si verifica prima nel Chiurlo (marzo-aprile) e nel Piovanello pancianera (aprile-maggio), più tardivamente nella Pivieressa (maggio-giugno), mentre la migrazione postriproduttiva copre una finestra temporale più ampia per tutte e tre le specie. La telemetria ha fornito delle conferme agli andamenti fenologici ed evidenzia una bassa mobilità nelle tre specie, data anche l’elevata fedeltà ai siti di roost. I fix, infatti, si concentrano prevalentemente nel settore orientale dell’area di studio, dove è avvenuta la cattura degli individui. Dall’analisi degli home range, la mobilità minore si registra nel Chiurlo, poco superiore è quella della Pivieressa, mentre il Piovanello pancianera presenta gli spostamenti maggiori. La presenza di numerosi roost ed aree di foraggiamento anche nella parte centro-occidentale dell’area di studio ha suggerito come specifici settori siano utilizzati prevalentemente da differenti gruppi di individui, sia per la sosta che per l’alimentazione. Queste “unità funzionali” sono state verificate ed analizzate nel Chiurlo sulla base della risorsa trofica presente, misurata tramite campionamenti bentonici, e del comportamento di foraggiamento degli individui, ottenuto tramite videoriprese. Infine, per la Pivieressa e il Chiurlo si evidenzia una stagionalità nell’utilizzo dell’habitat, anche per singole unità funzionali. L’elevata localizzazione che caratterizza gli individui radiomarcati mette in luce l’importanza delle core area di alimentazione e di sosta. Data l’evidenza delle dinamiche spaziali e temporali legate alle diverse popolazioni e la presenza di differenti unità funzionali, quanto emerso rappresenta uno strumento importante per pianificare al meglio la conservazione di queste popolazioni, in un’ottica adattativa di gestione del territorio.
XXI Ciclo
1977

Ce travail examine les relations existant entre la distribution spatiale des limicoles (aves : charadrii) en recherche de nourriture et des parametres sedimentaires d'une part et le portage parasitaire intestinal d'autre part. Dans le cadre de la theorie de l'optimal foraging, ces deux types de parametres sont censes influences les couts et les gains engendres par la recherche de nourriture. La premiere partie de ce travail s'inscrit dans un contrat europeen de recherche sur les marais sales. Apres avoir decrit les sites d'etude, la baie du mont saint michel et les traicts du croisic (france), elle montre que la repartition spatiale hivernale (etudiee a la fois par la frequentation et la densite d'oiseau) de deux especes de limicoles particulierement bien representees sur les deux sites, le becasseau variable calidris alpina et l'huitrier pie haematopus ostralegus, est influencee par la durete du sediment et sa teneur en matiere organique, ceci en rapport avec les especes de proies prelevees et la disponibilite des proies. Toutefois il apparait egalement, en accord avec de nombreuses autres etudes en france et a l'etranger, que ces caracteristiques sedimentaires n'expliquent qu'imparfaitement les preferences des limicoles pour certains sites. Des caracteres intrinseques pourraient intervenir. La deuxieme partie de ce travail examine cet aspect en s'interessant au portage parasitaire intestinal, l'espece de limicole etudiee etant l'huitrier pie. Il apparait clairement que les parasites ne sont pas distribues au hasard dans la population hote, que ce soit en hiver (etude dans l'estuaire de l'exe, grande bretagne, mer des wadden neerlandaise) ou pendant la saison de reproduction (mer des wadden neerlandaise). Les differences de portage parasitaire semblent liees a des differences de sensibilite individuelles et/ou a une selection passive de certaines proies moins parasitees. Toutefois, les etudes sur l'impact des parasites n'ont pas permis de trancher en faveur d'une des hypotheses et montrent la difficulte d'interpretation de telles etudes sur le terrain.

La description de la sélection des sites d’hivernage et de reproduction, ainsi que l’étude des déterminants et conséquences associés à l’échelle individuelle sont cruciales afin de comprendre et prédire les tendances démographiques populationnelles. Ces problématiques sont d’autant plus importantes chez les espèces limicoles, telle que l’Avocette élégante (Recurvirostra avosetta), inféodées aux zones humides littorales qui sont particulièrement menacées par les changements globaux. Les principales analyses présentées dans ce document se basent sur des histoires de captures individuelles (2099 Avocettes baguées parmi 5 sites natals majeurs du littoral Atlantique français entre 2006 et 2015). Le comportement adopté lors du premier hiver (hivernage au sein du site natal, d’un autre site du littoral Atlantique français ou d’un quartier plus lointain par migration) est influencé par certaines caractéristiques liées à l’éclosion (site et date). Ce comportement est par la suite particulièrement bien conservé sur le long terme. En période de reproduction, les oiseaux étudiés sont considérablement fidèles à leur site natal à travers les années, probablement en réponse à certaines actions de gestion des habitats de nidification dont l’efficacité a été démontrée en parallèle. Enfin, à partir du premier hiver, la survie interannuelle est relativement importante et indépendante du comportement hivernal et du site de reproduction. L’ensemble des résultats obtenus contribue alors à la compréhension de la dynamique de la sous-population étudiée et aux réflexions nécessaires à l’élaboration de plans de conservation pour l’espèce et celles présentant des exigences écologiques similaires
The description of the wintering- and breeding-ground-selection patterns and the study of the associated determinants and consequences at the individual scale are crucial to understand and predict individuals’ distribution and demographic trends at the population scale. These issues are of major importance for Shorebirds, like the Pied avocet (Recurvirostra avosetta), which typically use coastal wetlands that are threatened by global changes. The main analyses from the present document are based on individual encounter histories (2099 Avocets ringed between 2006 and 2015 among 5 of the major breeding sites from the French Atlantic littoral). The results show that natal conditions (site and date) influence the wintering behaviour adopted during the first winter (overwintering in the natal site, in a neighbouring French site, or in a foreign quarter through migration). Birds are particularly faithful to this behaviour in subsequent winters. Furthermore, ringed birds are strongly faithful to their natal site over breeding seasons. This philopatry is likely influenced by the management actions carried out in the nesting habitats of the natal sites, of which the effectiveness was additionally demonstrated. Finally, the interannual survival is relatively high from the first winter and independent of the wintering behaviour and breeding site. Overall, the results contribute to understand the dynamics of the subpopulation studied and to elaborate a management framework for the conservation of the Pied avocet and species with similar ecological requirements

Au cours des premieres etapes de la photosynthese, des pigments antennes transferent l'energie d'excitation lumineuse au donneur primaire d'electrons des centres reactionnels. Une separation de charges se produit et le donneur primaire reduit alors un premier accepteur d'electrons. La paire de charge creee est stabilisee par le transfert de l'electron le long d'une chaine d'oxydoreduction, tandis que le donneur primaire est reduit par une autre chaine de transfert d'electrons. L'etude du centre reactionnel et des transporteurs de la chaine de transfert d'electrons menant a la reduction du donneur primaire du centre reactionnel a ete effectuee chez la bacterie verte sulfureuse photosynthetique chlorobium limicola forma thiosulfatophilum. La mise en evidence, la purification et la caracterisation du cytochrome c#5#5#3 ont ete realisee et ont revele qu'il s'agit d'un cytochrome tetrahemique. La mise en evidence d'un cytochrome tetrahemique a cette position de la chaine est d'un interet considerable car ce genre de cytochrome a ete essentiellement decrit chez les bacteries pourpres ; ce resultat etend donc la similarite entre ces deux types de centres reactionnels du cote donneur d'electrons. Des etudes sur membranes cytoplasmiques et in vivo ont permis de conclure que le cytochrome c#5#5#3 est tres probablement le donneur secondaire d'electrons au donneur primaire et que la chaine des transporteurs d'electrons est composee d'un cytochrome c#5#5#5 et d'un complexe de type bcl. L'analyse, par diffusion raman de resonance, de deux nouvelles preparations de centres reactionnels, qui contiennent un nombre minimum de pigments et de polypeptides, a permis de conclure que l'accepteur primaire d'electrons est un pigment de type chla et que le donneur primaire d'electrons presente une structure dimere qu'il conserve une fois oxyde. D'apres la comparaison de la photoactivite de ces deux preparations, aucune sous-unite provenant des antennes n'est indispensable a la stabilite de la photoactivite

Le réseau trophique des vasières intertidales de l’anse de l’Aiguillon a été étudié par trois approches. La première, quantitative et corrélative, a mis en évidence la dynamique spatiale des paramètres biosédimentaires, des peuplements de mollusques (dominance de Hydrobia ulvae en abondance et de Scrobicularia plana en biomasse) et de leurs prédateurs limicoles (importance internationale du site pour les Bécasseaux variables, Barges à queue noire, Bécasseaux maubèches et Avocettes élégantes) et les corrélations entre ces différents compartiments. Sur les 37,45 km² de l’anse, les stocks de mollusques ont été estimés entre 331 et 367 tonnes de masse sèche sans cendre, la consommation des oiseaux entre 150 et 799 tonnes. An-1 et la production secondaire des bivalves entre 165 et 1026 tonnes. An-1. La capacité d’accueil du site pour les limicoles n’est donc pas limitée par la ressource trophique. La seconde approche, qualitative, a permis de caractériser des flux trophiques possibles par analyse des isotopes stables du carbone et de l’azote et confirmé le régime principalement benthivore des limicoles sur leur aire d’hivernage, comme sur leur site de mue. En troisième approche, de modélisation, l’analyse inverse a été utilisée pour estimer les flux de carbone au sein du système bentho-pélagique. Le modèle est sensible aux variations de la remise en suspension du microphytobenthos ou des détritus et de la productivité des bivalves. Enfin, les indices d’analyse de réseau ont montré un système dominé par l’activité détritique, peu complexe, peu mâture, très productif et exportateur net de qualité via la migration des limicoles dont l’activité est cependant très faible
We have studied the food-web of the Aiguillon cove with three approaches. The first quantitative one underlines the spatial dynamics of the sediment’s characteristics, the molluscs’ communities (dominance of Hydrobia ulvae in number and Scrobicularia plana in biomass) and the waders’ communities (international importance of the Aiguillon cove for Dunlins, Knots, Black tailed godwits and Avocets populations). On the 37. 45 km², we have estimated the molluscs’ stocks from 331 to 367 tons of ash free dry mass, the birds’ consumption from 150 to 799 tons. Y-1 and the secondary production of the bivalves’ populations from 165 et 1026 tons. Y-1. The carrying capacity of the wintering site for waterbirds is not limited by the molluscs’ resources. The second qualitative approach allows trophic fluxes to be characterized by carbon and nitrogen stable isotope analyses. We confirmed that waders are mainly benthivorous both on wintering grounds and moult sites. In the third modelling approach, we used the inverse analyses to estimate the carbon fluxes in the bentho-pelagic system. The model is sensitive to variations of the resuspension of microphytobenthos or detritus and for bivalves’ productivity. Network analysis indices highlight a low complexity and maturity of the system, dominated by detritic activity, but with a high production and a net high quality exportation via waders’ migration. However waders’ activity is very low

L’objectif de cette thèse est de contribuer à étendre les connaissances sur l’écologie alimentaire d’une espèce sensible de limicole côtier, le Bécasseau maubèche Calidris canutus islandica, qui hiverne dans les baies estuariennes de l’Ouest de l’Europe où il se nourrit exclusivement de mollusques. Les modalités de sélections des proies et des sites d’hivernage du Bécasseau ont tout d’abord été étudiées à l’échelle globale de l’aire de distribution de l’espèce en Europe. Ensuite les particularités de principaux sites d’hivernage français du Bécasseau jusqu’alors jamais décrites ont été mises en évidence. Le modèle théorique de sélection des proies sous contrainte digestive est satisfaisant pour prédire le régime alimentaire de l’oiseau sur quatre de ses aires d’hivernage en Europe. Ce modèle validé a permis de tester si la répartition du Bécasseau en Europe pouvait être prédite par la théorie de la distribution libre et idéale d’un prédateur. Une grande partie de cette distribution observée a alors pu être expliquée ainsi que les déviations de prédictions attribuées aux limites imposées par la contrainte digestive et le caractère grégaire de l’espèce. En France, les Bécasseaux maubèches se concentrent sur un nombre de sites d’hivernage très limité en Manche et sur la façade Atlantique. L’étude détaillée de la disponibilité et de la qualité des stocks de proies benthiques nous a permis de mieux appréhender le régime alimentaire de l’espèce à partir d’un échantillonnage ponctuelle de trois baies des côtes de la Manche et d’un suivi inter-annuel réalisé sur deux baies des Pertuis Charentais et Bretons, première aire d’hivernage de l’espèce en France
The aim of this thesis is to contribute to extend the body of knowledge on the feeding ecology of a molluscivore shorebird, the Red Knot Calidris canutus islandica. The species winter on estuarine bays in North Western Europe where it only feed on molluscs. The modalities of prey selection and then of habitat selection have been firstly studied along a large geographical scale of five sites throughout the range of the overwintering Red Knot’s distribution in Europe. Then the particularities of overwintering French sites, never detailed so far, were studied. The establishment of previous model of diet selection under digestive constraint predicted fairly well the observed diet of Red Knot on four of its wintering area across north western Europe. This validated model allowing us to test then if the observed densities of Red Knots were consistent with prediction of the “ideal free distribution” model. We were able to explain most of observed distributions of Knots. Most of the deviations to predictions would then be linked to digestive constraint and attraction towards feeding conspecifics for this social specie. In France, Red Knots are concentrated in a very limited number of wintering sites on Channel or Atlantic coasts. The detailed study of availability of molluscs food stocks compared with diet allowed us to describe the feeding strategy of the species on three study sites on Channel coast. The interannual variation in feeding strategy was studied on two bays located the Pertuis Charentais and Breton where a long-term survey of prey stocks has been carried on each winter since 2004

La structure tridimensionnelle de proteines en solution peut etre determinee par rmn, au prix d'une longue et complexe etape d'interpretation des spectres. Dans ce travail, nous avons concu une panoplie d'outils pour automatiser cette attribution. Pour l'attribution des frequences de resonance aux protons de la molecule a partir de spectres 2d, l'expertise de l'il humain est souvent indispensable et nous proposons une approche semi-automatique, effectuee a l'aide d'un nouveau programme informatique utilisant la technique d'optimisation par recuit simule. Pour les proteines doublement marquees #1#5n/#1#3c, a partir d'experiences heteronucleaires de triple-resonance bien choisies nous avons developpe le programme alps, qui dans des cas favorables rend l'attribution realisable en quelques jours, et offre une grande flexibilite pour le traitement de systemes plus complexes. Enfin nous avons developpe et utilise des outils informatiques pour attribuer et convertir en contraintes de distance entre protons les noe observes dans differentes experiences noesy, en particulier de nouvelles experiences 3d doublement filtrees destinees a l'etude de plus grosses proteines. Les differents programmes ont ete appliques a l'etude de deux cytochromes c, une famille de transporteurs d'electrons solubles participant au metabolisme energetique d'un grand nombre d'organismes. La structure du ferrocytochrome c#5#5#5 de chlorobium limicola f. Thiosulfatophilum a ainsi ete determinee de maniere semi-automatique. Les premieres comparaisons a d'autres petits cytochromes c bacteriens suggerent une forte influence d'une boucle au voisinage de l'heme sur le controle du potentiel redox. Une structure preliminaire a egalement ete calculee a l'aide d'un echantillon enrichi en #1#5n et #1#3c pour le ferrocytochrome c#2 de rhodobacter capsulatus

Les vasières intertidales sont des environnements complexes et changeants, qui abritent des invertébrés enfouis dans le sédiment (la macrofaune benthique) et sont visités de manière saisonnière par de grands migrateurs : les oiseaux limicoles. Ce travail de recherche s’intéresse aux relations proie-prédateur entre les oiseaux limicoles et leur ressource alimentaire : la macrofaune benthique. La thèse est articulée en 8 chapitres qui présentent des études à différentes échelles spatio-temporelles : des saisons à la décennie, et de la baie à la route migratoire. Ces études sont basées sur un échantillonnage régulier des vasières intertidales du Golfe de Gascogne (France) ainsi que d’échantillonnages en mer des Wadden (Pays-Bas) et au Banc d’Arguin (Mauritanie). Les données de macrofaune (qualité, taille, densité, biomasse) sont couplées aux données de comptages de leurs prédateurs ainsi qu’à leur comportement alimentaire (reconstruction du régime alimentaire d’après les isotopes, les fécès, la modélisation ou l’observation de vidéos). Ces huit études apportent un éclairage sur l’écologie de leurs interactions (en intégrant des variables environnementales telles que le temps d’inondation, la granulométrie, la température, la production primaire, ou encore la latitude). Une attention particulière est portée à la variabilité des proies et du comportement alimentaire de leurs prédateurs, dans l’espace et le temps. Des encarts viennent illustrer pour l’un les techniques de reconstruction du régime alimentaire, pour l’autre les défenses développées par les mollusques marins, ou encore la relation entre énergie à disposition et sélection du site pour les limicoles
Intertidal mudflats are complex ecosystems undergoing constant changes, home to infaunal invertebrates (benthic macrofauna), and migratory sites for particular birds : shorebirds. This research focuses on predator-prey interactions between shorebirds and their macrobenthic prey. The present thesis is composed of 8 chapters which illustrate different spatio-temporal scales : from seasons to the decade, and from the bay to the migratory flyway. These studies are based on regular benthic sampling of intertidal flats along the Bay of Biscay (France), as well as sampling data from the Dutch Wadden Sea and the Mauritanian Banc d’Arguin. Macrobenthic data (quality, sizes, densities, biomass) are linked with shorebird counts and data about their feeding behaviour (diet reconstruction from isotopes, faeces, modeling and video observations). These eight studies shed light on particular relationships between some prey and their predators, and the ecology of these interactions (including environmental variables such as inundation time, grain size, temperature, primary production, or even latitude). Particular attention is given to the variability of prey and predator behaviour in time and space. Inserts are included in between chapters to illustrate for instance different diet reconstruction techniques, anti-predation traits in marine molluscs, or relation between energy available and site selection in shorebirds

Les zones intertidales meubles sont reconnues comme des écosystèmes d’interface majeurs, procurant un habitat transitoire et/ou permanent pour la reproduction, l’alimentation et la migration de nombreuses espèces. Cependant, dans le contexte d’une anthropisation croissante des zones littorales, ces zones d’interface sont aujourd’hui menacées. Il apparaît donc primordial d’étudier leur biodiversité et leur fonctionnement écologique afin de mettre en place des mesures de gestion et de conservation efficaces. Pour répondre à cette problématique, les relations entre la macrofaune benthique (proies) et les oiseaux limicoles (parmi leurs principaux prédateurs) ont été étudiées à l’échelle du littoral Nord – Pas-de-Calais. Les principales questions de ce travail étaient : (1) Quelles sont les communautés macrobenthiques présentes dans ces zones intertidales ? (2) Quelles sont leurs relations avec les limicoles hivernants dans un cadre spatial ? (3) De potentiels forçages anthropiques affectent-ils ces deux compartiments (i.e. benthique et/ou avifaune) ? Ce travail de thèse a permis de caractériser la diversité, l’abondance, la biomasse et la distribution spatiale des communautés macrobenthiques des sédiments meubles intertidaux selon la classification d’habitats EUNIS et d’étudier les relations (approche fonctionnelle) entre ces communautés et leurs prédateurs principaux, les limicoles, en période hivernale. Des sites d’importance écologique ont pu être mis en évidence et doivent être ciblés en priorité pour la mise en place de mesures de gestion et de conservation à l’échelle régionale
Soft intertidal areas are recognized as major interface ecosystems providing permanent or transitory habitat for reproduction, feeding and migration of many species. However, in the context of increasing human impact on coastal areas, beaches and estuaries are highly threatened. Studying their biodiversity and ecological functioning is therefore required to implement effective management and conservation strategies. As a contribution to achieve this goal, the relationship between benthic macrofauna (preys) and shorebirds (among their most important predators) were studied at the scale of Northern France. The main questions of this study were: (1) What are the macrobenthic communities found in soft intertidal areas (beaches and estuaries)? (2) What are their relationships with wintering shorebirds in a spatial context? (3) Do human forcings potentially affect these two biological compartments (i.e. benthic communities and shorebirds)? This work enabled, in a first step, the characterization of macrozoobenthic communities located in soft intertidal areas (diversity, abundance, biomass and spatial distribution) according to the EUNIS habitat classification. The relationship (functional approach) between these communities and their major predators (shorebirds) in winter has been investigated in a second step. Ecologically important sites have been identified and should be targeted as a priority for the implementation of management and conservation strategies at the regional scale

La distribution d'espèces benthiques intertidales est contrainte par l'océanographie côtière. On connaît moins les effets sur l'écologie des prédateurs. Les côtes sud de l'Afrique sont caractérisées par des contrastes de production primaire et d'assemblages intertidaux dus aux deux courants majeurs qui les longent. Le prédateur apical de ces côtes est un oiseau limicole endémique, l'huîtrier noir africain (Haematopus moquini), qui présente un polymorphisme favorable à la spécialisation alimentaire. Ces travaux ont étudié l'effet des variations spatiales de structure de communautés benthiques sur l'écologie alimentaire de l'huîtrier à l'aide des isotopes stables. Les oiseaux répondent aux fluctuations qualitative et quantitative des communautés de proies à plusieurs échelles. A large échelle ils montrent de forts contrastes entre les côtes ouest et sud-ouest où le régime alimentaire est dominé par les moules, notamment l'espèce invasive Mytilus galloprovincialis et le sud-est où un mélange de moules et patelles est consommé. Localement les individus montrent des différences faibles d'alimentation liées à l'abondance relative des moules et patelles. Cela s'explique par le caractère généraliste de l'espèce et le relâchement de compétition intra-spécifique pour les ressources. La transition alimentaire d'H. moquini vers une consommation quasi-exclusive à l'ouest d'une moule introduite et la multitude de comportements alimentaires ailleurs indiquent un fort potentiel d'adaptation aux modifications de son habitat d'alimentation. En revanche la dégradation des plages par l'Homme augmente la compétition pour l'espace et affecterait aujourd'hui le succès reproducteur de l'espèce
The distribution of intertidal benthic species is constrained by coastal oceanography. Less is known about the effects on the ecology of predators. Along the southern coasts of Africa the two main currents constraint both the patterns of primary production and the structure of benthic communities. The top predator on these coasts is an endemic shorebird, the African Black Oystercatcher (Haematopus moquini), which exhibits a polymorphism favourable for food specialization. This study investigates the effect of spatial variations in benthic community structure on the feeding ecology of oystercatchers using stable isotopes. Birds respond to changes in quality and quantity of prey at multiple scales. At large scale they show strong contrasts between west and southwest coasts where the diet is dominated by mussels, including the invasive species Mytilus galloprovincialis, and south-east shores where a mixture of mussels and limpets is consumed. Locally individuals show weak dietary differences related to relative abundances of mussels and limpets. This reflects the generalist foraging behaviour of the species and the release of intra-specific competition for resources. The dietary shift of H. moquini on the west coast toward the invasive mussel and the multiplicity of foraging behaviours elsewhere reveal strong capacities to face changes in its foraging habitat. On the other hand the degradation of beaches by humans increases the competition for space and today affects the reproductive success of the species

La distribution d'espèces benthiques intertidales est contrainte par l'océanographie côtière. On connaît moins les effets sur l'écologie des prédateurs. Les côtes sud de l'Afrique sont caractérisées par des contrastes de production primaire et d'assemblages intertidaux dus aux deux courants majeurs qui les longent. Le prédateur apical de ces côtes est un oiseau limicole endémique, l'huîtrier noir africain (Haematopus moquini), qui présente un polymorphisme favorable à la spécialisation alimentaire. Ces travaux ont étudié l'effet des variations spatiales de structure de communautés benthiques sur l'écologie alimentaire de l'huîtrier à l'aide des isotopes stables. Les oiseaux répondent aux fluctuations qualitative et quantitative des communautés de proies à plusieurs échelles. A large échelle ils montrent de forts contrastes entre les côtes ouest et sud-ouest où le régime alimentaire est dominé par les moules, notamment l'espèce invasive Mytilus galloprovincialis et le sud-est où un mélange de moules et patelles est consommé. Localement les individus montrent des différences faibles d'alimentation liées à l'abondance relative des moules et patelles. Cela s'explique par le caractère généraliste de l'espèce et le relâchement de compétition intra-spécifique pour les ressources. La transition alimentaire d'H. moquini vers une consommation quasi-exclusive à l'ouest d'une moule introduite et la multitude de comportements alimentaires ailleurs indiquent un fort potentiel d'adaptation aux modifications de son habitat d'alimentation. En revanche la dégradation des plages par l'Homme augmente la compétition pour l'espace et affecterait aujourd'hui le succès reproducteur de l'espèce.

La Barge à queue noire Limosa limosa est un oiseau limicole communément rencontré tout au long de l’année sur le territoire Français. Les individus présents sur la partie ouest de l’Europe sont représentés par deux sous-espèces : la sous-espèce L. l. limosa, dite barge à queue noire « continentale », est principalement observée pendant les phases de migration et en très faibles effectifs reproducteurs sur les marais ouest Atlantique; la sous-espèce L. l. islandica, dite « islandaise », est quant à elle, exclusivement présente en hivernage le long des côtes atlantiques et de la Manche. L’étude menée au cours de ces travaux de thèse porte principalement sur la barge « islandaise » en dehors de la période de reproduction sur les sites d’hivernage le long de la façade atlantique Française. Contrairement à L. l. limosa, la population de L. l. islandica connaît sur l’ensemble de son aire de répartition, une expansion aussi bien en termes d’effectif qu’en nombre de sites fréquentés. La synthèse des effectifs nationaux hivernants montre que la population hivernante en France suit cette même tendance, avec une progression de 1350 à 27000 individus au cours des vingt dernières années. Actuellement, la France accueille environ 30 % de la population sur un nombre de sites grandissant mais néanmoins restreint, principalement représentés par les Réserves Naturelles littorales abritant des vasières intertidales utilisés comme zone d’alimentation. À partir de données biométriques, génétiques ou encore des historiques de vie des oiseaux équipés de bagues couleurs, les périodes de présence des deux populations sur le territoire Français ont pu être mis à jour. De plus, au sein de la sous-espèce islandaise, plusieurs durées d’hivernage en France ont été avancées, pouvant varier de 2 à 8 mois selon les individus. La phénologie des effectifs étudiée sur chacun des sites suggère une utilisation très variée des sites ainsi que de nombreux échanges entre ces sites au cours d’un même hiver. Couramment utilisée dans la compréhension de la distribution des populations d’oiseaux, la disponibilité de la ressource trophique a également été étudiée au regard du régime alimentaire de la Barge queue noire à partir d’échantillonnages de macrofaune, de collecte de fèces mais aussi d’analyses d’isotopes stables. Au cours de l’hiver, à l’échelle des Pertuis Charentais, les barges montrent deux régimes distincts mais néanmoins monospécifiques. Elles s’alimentent de rhizomes de zostères (Zostera noltii) sur les herbiers des vasières de l’Ile de Ré et de bivalves (Macoma balthica) sur les vasières nues. Au cours de l’hiver, il est supposé que la déplétion de ces ressources conduit à une redistribution des effectifs de barges sur de nouvelles zones d’alimentation voire de nouveaux reposoirs. Les deux régimes alimentaires sont majoritairement retrouvés à l’échelle de la distribution nationale des barges. Néanmoins, leurs distributions au sein des sites français dépend des caractéristiques sédimentaires, des interactions intra et interspécifiques, de la disponibilité de reposoirs de marée haute et des dérangements tels que la chasse. Ce travail a permis d’établir de solides connaissances et aboutit à la collecte de données détaillées et complémentaires qui vont permettre de tester les modèles théoriques de distribution spatiale des organismes à l’échelle d’une région de leur aire de distribution
The Black-tailed godwit Limosa limosa is a shorebird species commonly observed in France throughout the year. Two sub-species are dissociated in West European. The so called “continental” Godwit L. l. limosa is observed in France during migration cycles and some pairs breed in marshes on the Atlantic coast; the so called “Icelandic” Godwit winters exclusively along coast of the Western Europe. This present work mainly investigates the wintering ecology of Icelandic–godwit in coastal mudflats of France. Contrarily to the continental sub-species, the whole Icelandic-godwit L. l. islandica population increased quantitatively as long as the number of sites used. In France, national counts pointed out that wintering population follows this trend and have increased from 1350 to 27000 individuals during the last twenty years. This population represents now around 30% of the whole islandica population but individuals stage in large flocks in a very limited number of sites, mainly included in Nature Reserves. From standard biometrics, molecular analyses and resighting data, phenologies of the both sub-species can then be specified for France. Furthermore, this study allowed to define how long the wintering period lasts in France for Icelandic-Godwits, between 2 and 8 months depending on individuals. Phenology at site scale suggested that godwits used several sites throughout the winter. As currently used for understanding the distribution of bird populations, trophic resource availability was studied in regard to the diet of the Black-tailed godwit from macrofauna sampling, droppings collection and stable isotope analyses. At the Pertuis Charentais scale, two feeding behaviors were clearly distinguished: seagrass grazing (Zostera notlii) or bivalve probing (Macoma balthica). Food depletion along the winter is expected to lead to the decrease of local populations, and to the selection of new feeding area or roost. Considering the distribution of the species at the national level, the diets were recorded depending on the mudflats’ characteristics. Even if food distribution is commonly used to understand at first the bird population distribution, our observations point out that, here at a local level, more parameters may influence the wintering distribution such as sediment characteristics, intra and inter-specific interactions, high tide roosts availability and human disturbances as the hunt. This work allowed to establish a solid knowledge and to collect many complementary data to test the distribution theories on the Black-tailed Godwit population wintering in France

Le réchauffement climatique entraîne des changements dans la dynamique et la distribution des populations. J'ai utilisé une étude de 19 ans, en Bretagne, sur un limicole longévif et migrateur partiel, l'Avocette élégante, pour quantifier et comparer les paramètres démographiques associés aux différentes stratégies de migration. Les taux de survie et les manifestations de la sénescence associées étaient similaires chez les résidents et les migrateurs, mais les migrateurs montraient un âge de recrutement plus tardif que les résidents. L'investissement reproductif était plus élevé et exempt de sénescence chez les individus recrutés à l'âge d'un an, alors que ceux commençant à se reproduire plus tard subissaient de la sénescence reproductive. La fitness des migrateurs était inférieure à celle des résidents, ce qui explique leur déclin pendant la période étudiée, alors que la population résidente est elle restée stable. La faible productivité, due à la prédation, entraîne le déclin de la population bretonne malgré un taux d'immigration important, ce qui doit absolument être pris en compte lors de la définition des politiques locales de conservation
Global warming causes changes in the dynamics and distribution of populations. I used a 19-year study, in Brittany, on a long-lived and partial migrant, the Pied Avocet, to quantify and compare the demographic rates associated with different migration strategies. Survival rates and associated senescence patterns were similar in residents and in migrants, but migrants exhibited a delayed recruitment age. Reproductive investment was higher and senescence was absent in individuals recruited at the age of one year, whereas those who began to reproduce later showed reproductive senescence. The fitness of migrants was lower than the fitness of residents, which explained their decline over the study period, while the resident population remained stable. Low productivity, due to predation, caused the Brittany population to decline despite a high immigration rate, which questions local conservation policies