Thèses sur le sujet « L'ARN ribosomique »
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Chicherin, Ivan. « Adressage de l'ARN ribosomique 5S dans les mitochondries humaines et la traduction mitochondriale ». Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ074/document.
Texte intégralRésumé :
L’ARNr 5S est une petite molécule d'ARN codée par le noyau, qui est partiellement adressée dans les mitochondries dans les cellules humaines. Bien que le mécanisme d'importation a été étudié, la fonction de ce phénomène est mal comprise. Les données publiées suggèrent que l’ARNr 5S importé pourrait participer à la synthèse des protéines mitochondriales, éventuellement être associé aux mitoribosomes. Cependant, les études structurelles ne supportent pas ces observations. Pour comprendre le rôle de l’ARNr 5S dans les mitochondries humaines, nous avons exploité plusieurs approches. Nous avons montré que seule une petite fraction de l’ARNr 5S pourrait être associé à mitoribosomes humaines, insuffisante pour former un complexe stoechiométrique 1:1. Nous avons appliqué l’approche de chromatographie d'affinité à l’ARN MS2 pour identifier les partenaires protéiques de l’ARNr 5S importé. Les résultats suggèrent que l’ARNr 5S pourrait être associé à des protéines ribosomales et des facteurs mitochondriaux d'assemblage du ribosome mitochondrial. Cela nous a permis de formuler une hypothèse sur la participation de l'ARNr 5S dans la biogenèse mitoribosomale. Ces données ont été partiellement validées par des expériences de co-immunoprécipitation, bien que plusieurs expériences sont encore nécessaires pour valider la participation ARNr 5S dans cette voie5S rRNA is a small nuclear-encoded RNA molecule, which is partially imported into mitochondria from cytoplasm in human cells. Although the import mechanism was studied in details, the functional significance of this phenomenon is poorly understood. Published data suggest that imported 5S rRNA might participate in mitochondrial protein synthesis, possibly associating with mitoribosomes. However, structural studies do not support these observations. We have exploited several approaches to figure out the function of 5S rRNA in human mitochondria. Our studies showed that only a minor part of 5S rRNA pool could be associated with human mitoribosomes, insufficient to form stoichiometric 1:1 complex. We applied MS2 affinity chromatography approach to identify protein partners of 5S rRNA in human mitochondria. The results suggested that 5S rRNA could associate with mitochondrial ribosomal proteins and mitochondrial ribosome assembly factors. This allowed us to formulate a hypothesis about possible participation of 5S rRNA in mitoribosome biogenesis. The data were partially validated by co-immunoprecipitation experiments, although subsequent studies are required to validate 5S rRNA involvement in this pathway
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Mangeol, Pierre. « Interaction entre la proteine ribosomique L20 et l'ARN 23S : sondage direct par piege optique ». Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00873738.
Texte intégralRésumé :
La thèse présentée est centrée sur des mesures de force appliquées à des ARN seuls ou en interaction avec une protéine. L'un des plus grands défis posé par l'ARN provient de sa structure, notamment parce que les interactions de ses bases ne se limitent pas aux paires de type Watson-Crick et que les interactions tertiaires sont courantes. Les mesures de force donnent des informations complémentaires aux mesures classiques, car elles permettent de sonder directement les interactions complexes de l'ARN et fournissent des paramètres thermodynamiques inaccessibles autrement. L'étude de l'interaction protéine-ARN par mesure de force permet également d'accéder à des caractéristiques que les autres techniques ne peuvent pas offrir. Néanmoins avant d'atteindre les promesses de ce type de mesure, il faut concevoir un montage adapté et optimisé. Une première partie de la thèse a été dédiée à la conception d'une double pince optique permettant l'étude des ARN avec une résolution proche de la paire de base, en implantant notamment des améliorations techniques jusque là absentes de la littérature. La suite de la thèse s'est attachée à des études biologiques. Nous avons commencé par sonder l'interaction de la protéine ribosomique L20 avec son ARN cible dans le ribosome. Nous avons montré que cette protéine très importante dans les premiers stades de la formation du ribosome, stabilise fortement son ARN cible. Nous avons également déterminé son site de fixation à trois bases près. Nous avons ensuite débuté une étude sur des ARN synthétisés pour l'étude d'une hélicase à motif DEAD en caractérisant leurs réponses à une sollicitation mécanique.
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HELLER, REMY. « Detection et identification des bacteries par amplification et sequencage des genes codant l'arn ribosomique 16s ». Strasbourg 1, 1993. http://www.theses.fr/1993STR15059.
Texte intégral
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Jaafar, Mariam. « Fonctions du snoARN snR190 et de l'ARN hélicase Dbp7 dans la compaction de l'ARN de la grande sous-unité ribosomique chez la levure ». Thesis, Toulouse 3, 2021. http://www.theses.fr/2021TOU30278.
Texte intégralRésumé :
La synthèse de sous-unités ribosomiques eucaryotes implique l'assemblage et la maturation de particules précurseurs complexes (particules pré-ribosomiques) contenant des précurseurs de l'ARN ribosomique (ARNr), des protéines ribosomiques (RP ou r-protéines) et une pléthore de facteurs d'assemblage et de maturation (AMF). La première partie de ma thèse à porté sur l'hétérodimère BXDC1-RRS1. BXDC1 et RRS1 sont les homologues humains des facteurs d'assemblage et de maturation de la levure Rpf2 et Rrs1, respectivement. Chez S. cerevisiae, Rpf2 et Rrs1 sont impliqués dans le recrutement de la 5S RNP dans les particules pré-60S. De plus, des études récentes menées dans mon équipe d'accueil à Toulouse ont identifié l'hétérodimère Rpf2-Rrs1 comme un nouveau complexe nucléolaire impliqué dans la régulation de la transcription de Pol I dans les cellules de levure. Dans les cellules humaines, BXDC1 et RRS1 sont également impliqués dans l'incorporation de la 5S RNP dans les pré-ribosomes et jouent en outre un rôle central dans la coordination entre la synthèse des ribosomes et la progression du cycle cellulaire. Ce projet visait à déterminer si, à l'instar de son homologue de levure, le complexe BXDC1 / RRS1 est également impliqué dans la régulation de la transcription de Pol I dans les cellules humaines. Nous avons utilisé des tests d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) pour déterminer si BXDC1 interagit avec l'ADNr. Nous avons également testé si l'absence de BXDC1 affecte l'association de l'ARN Pol I avec l'ADNr. Malheureusement, nous n'avons pas réussi à démontrer une interaction entre BXDC1 et ADNr et en outre, l'interaction Pol I avec l'ADNr n'a pas été affectée lors de la depletion de BXDC1 médiée par l'ARNi. Ces données obtenues ne nous ont pas encouragés à approfondir cette partie de ma thèse. La deuxième partie de ma thèse a consisté à etudier la fonction du snoARN a boîte C/D snR190 et son interaction avec la DEAD-box ATPase Dbp7 chez la levure. SnR190 a longtemps été prédit d'agir comme un guide de méthylation snoRNA ciblant un nucléotide du centre peptidyl transférase (PTC) de l'ARNr 25S, bien que la méthylation cible n'ait jamais été détectée. Ce snoARN interagit préférentiellement avec un module protéique composé de cinq facteurs appelés "complexe Npa1", suggéré de jouer un rôle clé dans la compaction de l'ARNr 25S au sein des particules pré-60S précoces. Nous montrons que snR190 est nécessaire pour une prolifération optimale des levures et une maturation efficace des particules pré-60S précoces. Nous proposons que snR190 fonctionne comme un nouveau snoARN chaperon, qui coopère avec le complexe Npa1 pour favoriser la compaction du pré-ARNr dans les premières particules pré-60S, grâce à deux éléments antisens conservés de manière évolutive. Notre étude a en outre révélé un nouveau lien génétique entre snR190 et l'hélicase ARN Dbp7, qui présente des interactions génétiques avec tous les membres du complexe Npa1. Nous montrons en outre que l'absence de Dbp7 conduit à une rétention aberrante dans les particules pré-60S de snR190 et plusieurs snoARNs guides de modification ciblant la région PTC de l'ARNr 25S. De plus, le knock-out de snR190 dans une souche dépourvue de Dbp7 atténue partiellement son défaut de croissance et restaure dans une certaine mesure la maturation précoce des particules pré-60S. Nous proposons que l'hélicase ARN Dbp7 régule l'appariement de bases dynamique entre snR190 et le pré-ARNr au sein des premières particules pré-60S, participant ainsi à la structuration de la région PTC de la grande sous-unité ribosomiqueSynthesis of eukaryotic ribosomal subunits involves assembly and maturation of complex precursor particles (pre-ribosomal particles) containing ribosomal RNA (rRNA) precursors, ribosomal proteins (RPs or r-proteins) and a plethora of assembly and maturation factors (AMFs). The first part of my thesis focused on the BXDC1-RRS1 heterodimer. BXDC1 and RRS1 are the human homologues of the yeast assembly and maturation factors Rpf2 and Rrs1, respectively. In S. cerevisiae, Rpf2 and Rrs1 are involved in the recruitment of the 5S RNP into pre-60S particles. Moreover, recent studies performed in my host team in Toulouse identified the Rpf2-Rrs1 heterodimer as a novel nucleolar complex involved in the regulation of Pol I transcription in yeast cells. In human cells, BXDC1 and RRS1 are also implicated in the incorporation of the 5S RNP into pre-ribosomes and further plays a central role in the coordination between ribosome synthesis and the cell cycle progression. This project aimed to determine whether, similarly to its yeast counterpart, the BXDC1/RRS1 complex is also involved in the regulation of Pol I transcription in human cells. We used Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) assays to determine whether BXDC1 interacts with rDNA. We also tested if the absence of BXDC1 affects RNA Pol I association with rDNA. Unfortunately, we failed to demonstrate any interaction between BXDC1 and rDNA and furthermore, Pol I interaction with rDNA was not affected upon RNAi-mediated depletion of BXDC1. These obtained data did not encourage us to further explore this part of my thesis. The second part of my thesis consisted in deciphering the function of the box C/D snoRNA snR190 and its interplay with the DEAD-box ATPase Dbp7 in yeast. snR190 has long been predicted to act as a methylation guide snoRNA targeting a nucleotide of the peptidyl transferase center (PTC) of the 25S rRNA, although the target methylation has never been detected. This snoRNA interacts preferentially with a protein module composed of five factors called the "Npa1 complex", suggested to play a key role in the compaction of the 25S rRNA within the earliest pre-60S particles. We show that snR190 is required for optimal yeast proliferation and efficient maturation of early pre-60S particles. We propose that snR190 functions as a novel snoRNA chaperone, which cooperates with the Npa1 complex to promote the compaction of the pre-rRNA in the first pre-60S particles, through two evolutionarily conserved antisense elements. Our study further revealed a novel genetic link between snR190 and the Dbp7 RNA helicase, which displays genetic interactions with all members of the Npa1 complex. We further show that the absence of Dbp7 leads to an aberrant retention within pre-60S particles of snR190 and several modification guide snoRNAs targeting the PTC region of the 25S rRNA. In addition, knockout of snR190 in a strain lacking Dbp7 partially alleviates its growth defect and restores early pre-60S particle maturation to some extent. We propose that the Dbp7 RNA helicase regulates the dynamic base-pairing between snR190 and the pre-rRNA within the earliest pre-60S particles, thereby participating in the structuring of the PTC region of the large ribosomal subunit
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Allmang-Cura, Christine. « Ingenierie et etudes structurales d'arn en solution. Application a trois systemes : le site de fixation de la proteine s8 sur l'arn ribosomique 16s d'escherichia coli. l'arn ribosomique 5s de xenopus laevis et l'arn 3 du virus des nervures jaunes et necrotiques de la betterave ». Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1994. http://www.theses.fr/1994STR13035.
Texte intégralRésumé :
Ce memoire porte sur l'ingenierie et l'etude structurale en solution de trois arn: le site de fixation de la proteine ribosomique s8 d'escherichia coli sur l'arn ribosomique 16s, l'arn 5s de xenopus laevis et l'arn 3 du virus des nervures jaunes et necrotiques de la betterave (ou bnyvv). Le site de fixation de la proteine s8 d'escherichia coli sur l'arn ribosomique 16s est centre sur une region helicoidale irreguliere dont la structure est controversee. La construction de mutants tronques et de petits arn synthetises chimiquement nous a permis de definir le site minimum d'arn reconnu par s8. Par l'association de techniques de mutagenese dirigee, d'analyses conformationnelles en solution, de tests de reconnaissance par s8 et de modelisation graphique, nous avons identifie les nucleotides responsables de la specificite de reconnaissance et construit un modele tridimensionnel de ce site par modelisation graphique. L'arn ribosomique 5s de xenopus laevis possede des boucles possedant une structure intrinseque tres organisee. Nous avons synthetise chimiquement deux motifs structuraux en tige-boucle de cet arn et realise leur etude par resonance magnetique nucleaire. Ces petits arn adoptent la meme structure qu'au sein de l'arn 5s entier. Ces etudes ont revele que la structure de ces petits arn est dynamique: ils presentent une flexibilite intrinseque au niveau de la boucle ou etablissent des interactions inter-moleculaires pour former un duplex. Un modele de structure secondaire precis a ete propose pour les 312 nucleotides de la region 5 non codante de l'arn 3 du virus du bnyvv a l'aide de sondes de structures chimiques et enzymatiques et prediction de structures secondaires par ordinateur. Ces resultats confirment l'existence de trois domaines apparies dans l'arn de polarite positive, suggeres par mutagenese dirigee, importants pour sa replication
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Naima, Afaf. « Étude des régions intergéniques des opérons des ARN ribosomiques, chez les streptocoques, les lactocoques et les entérocoques, séquence de l'ARN ribosomique 23S d'un entérocoque du groupe faecium ». Nancy 1, 1995. http://www.theses.fr/1995NAN10412.
Texte intégralRésumé :
Mon travail a porté sur les bactéries appartenant au genre streptococcus au sens large: lactocoques, streptocoques sensu stricto et entérocoques. Après un travail d'intérêt industriel, visant à caractériser une collection de souches industrielles, j'ai entrepris une étude approfondie des régions intergéniques 16S-23S et 23S-5S des opérons des ARN ribosomiques, chez les streptocoques. L’étude approfondie, menée sur les régions inter géniques 16S-23S et 23S-5S des streptocoques, montre que tous les streptocoques se caractérisent par la présence d'un seul gène d'ARNtala dans la région intergénique 16S-23S. Ce gène ne code pas pour le triplet CCA 3' terminal. Chez L. Lactis et S. Thermophilus, la même région intergénique 16S-23S est retrouvée dans tous les opérons RRN, chez les entérocoques, certains opérons portent une région inter génique 16S-23S dépourvue de gène d'ARNtala. Nous avons établi la séquence des régions inter géniques 16S-23S et 23S-5S pour toutes les espèces du groupe Ent. Faecium et pour Ent. Faecalis, ainsi que la région intergénique 16S-23S de S. Thermophilus. Ceci nous a permis de comparer l'ensemble des séquences inter géniques 16S-23S et 23S-5S connues de streptocoques et de construire pour toutes les espèces étudiées, un modèle de structure secondaire reflétant l'interaction entre ces deux régions intergéniques. Les deux régions intergéniques ont évolué par mutations ponctuelles, et par insertion et délétion de fragments formant des structures tige/boucle. Certaines de ces insertions/délétions correspondent à des remaniements anciens, d'autres à des remaniements récents comme l'insertion de 115 nucléotides, mise en évidence chez certaines souches d'Ent. Faecium
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Lenaers, Guy. « Structure et évolution de l'ARN ribosomique 24-26S des Protistes : application à la phylogénie des Dinoflagellés (Pyrrhophytes) ». Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20076.
Texte intégralRésumé :
L'arn ribosomique 24-28s represente l'un des marqueurs phylogenetiques les plus performant, il est etudie chez les protistes et en particulier chez les dinoflagelles et cilies. Cette molecule presente un cur conserve de quelques 1900 nucleotides dont la structure secondaire semble universelle, entrecoupe de 12 domaines divergents pour lesquels nous avons redefini les modeles de conformation au sein des protistes. La comparaison des 1900 nt du cur conserve chez les protistes et eucaryotes superieurs a permis d'etablir la proximite phylogenetique des dinoflagelles, cilies et levures. Grace a l'utilisation de la methode de sequencage directe de l'arn par la reverse-transcriptase, nous avons determine la sequence des domaines d1 et d8 de l'arnr 24s de 13 especes dinoflagelles. La phylogenie deduite indique que les oxyrrhinales representent la plus ancienne lignee des dinoflagelles actuels. Les peridiniales emergent ensuite et son polyphyletiques. Enfin, l'emergence tardive et la proximite phylogenetique des gymnodiniales et prorocentrales contredit tous les modeles fondes sur les donnees biologiques et paleontologiques. La position non aleatoire d'une coupure observee dans le domaine divergent d2 pour 11 des 13 especes etudiees, confirme cette phylogenie dans ces grandes lignes. L'analyse des correspondances, methode mathematique d'analyse factorielle, a ete testee et s'avere etre un outil puissant de dissection de l'information contenue dans la sequence de macromolecules, a des fins phylogenetiques
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Qu, Liang Hu. « Structuration et evolution de l'arn ribosomique 28s chez les eucaryotes : etude systematique de la region 5' terminale ». Toulouse 3, 1986. http://www.theses.fr/1986TOU30143.
Texte intégral
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LE, HOC LANH VAN. « Evolution de l'arn ribosomique 28s. Utilisation pour l'etude de la phylogenie des vertebres et de l'horloge moleculaire ». Paris 11, 1991. http://www.theses.fr/1991PA112332.
Texte intégralRésumé :
L'evolution d'une partie de la molecule d'arn ribosomique 28s est etudiee chez les vertebres. L'arbre phylogenetique, base sur environ 500 nucleotides, est construit par differentes methodes de distance et de parcimonie. Cet arbre moleculaire contient des branchements bien resolus et des arbres non resolus qui forment trois points de multifurcation. En general, les points resolus confirment la phylogenie morphologique, a deux exceptions pres: lophius se positionne a l'interieur des percomorphes et les ostariophyses associes aux clupeomorphes forment un groupe monophyletique. La multifurcation au niveau de l'emergence des groupes de chondrichthyens, de tetrapodes et d'actinopterygiens, semble refleter une radiation paleontologique. Une approche de calcul pour l'estimation des dates de divergence est proposee et appliquee aux actinopterygiens. A la lumiere des dates de divergence estimees, une nouvelle analyse des points non resolus confirme l'arbre phylogenetique morphologique (sauf dans le cas de l'esturgeon (acipenser) qui emerge avec les polypterides). L'evolution de la structure secondaire de la molecule est etudiee au cours de l'histoire evolutive des vertebres. Cette etude montre que les caracteres de la structure secondaire peuvent etre utilisees a des fins phylogenetiques. Deux constatations emergent de ce travail: 1) l'evolution de la structure primaire est independante de l'evolution de la structure secondaire; et 2) l'appariement g-u est la forme transitoire du changement de a-u vers g-c
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Qu, Liang Hu. « Structuration et évolution de l'ARN ribosomique 28S chez les eucaryotes étude systématique de la région 5' terminale / ». Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376005520.
Texte intégral
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BORTOLIN, MARIE-LINE. « Caracterisation du gene hote du petit arn nucleolaire u19. Implication des snoarn h/aca dans la pseudouridylation de l'arn ribosomique ». Toulouse 3, 1999. http://www.theses.fr/1999TOU30252.
Texte intégralRésumé :
Les differentes etapes de la biogenese des ribosomes font intervenir des facteurs en trans et notamment des petits arn nucleolaires (ou snoarn). Certains d'entre eux sont impliques dans les etapes de clivage du precurseur ribosomique, mais la majorite sont requis pour les modifications post-transcriptionnelles de ce dernier (essentiellement des methylations en 2-o-ribose et des pseudouridylations). Les snoarn sont pour la plupart exprimes a partir d'introns de genes hotes codant pour des proteines ribosomiques ou nucleolaires. Au cours de ma these, j'ai clone le snoarn u19 murin par rt-pcr et participe a l'analyse de sa structure secondaire par utilisation de sondes chimiques et enzymatiques. L'analyse de ce snoarn nous a permis de le classer parmi les membres d'une famille appelee famille de snoarn a boites h/aca. Par criblage de banques nous avons identifie l'adn complementaire correspondant a l'expression du gene hote de u19. L'analyse informatique de cette sequence n'a revele aucun cadre de lecture significatif, bien qu'il soit episse, polyadenyle, nucleaire et metaboliquement stable. C'est donc un arn non codant comme il avait deja ete decrit dans la litterature. Notre equipe a joue un role important dans l'implication de la famille des snoarn h/aca dans la formation des pseudouridines. Par des experiences de transfections transitoires de minigenes ribosomiques j'ai montre qu'il n'existe qu'aucune sequence consensus ni structure secondaire, sur le precurseur ribosomique, capable de recruter directement les enzymes responsables des modifications. Par la suite, notre equipe a etabli un modele impliquant un appariement entre le snoarn et le pre-arnr via des sequences complementaires. En cela, les snoarn jouent un role de guide dans la selection des uridines a convertir en pseudouridines. En combinant une etude de mutagenese systematique sur les snoarn h/aca et une technique specifique nous permettant de cartographier les nucleotides modifies (par modification chimique de l'arnr suivi d'une reverse transcription), j'ai montre que l'integrite de la structure secondaire des snoarn h/aca etait necessaire a la fonctionnalite de ces derniers. Notre equipe vient recemment de demontrer que d'autres types d'arn cellulaires peuvent etre le substrat de snoarn guides tel que le petit arn nucleaire u6 (pour les 2-o-methylations). Ces travaux suggerent que ce dernier pourrait transiter par le nucleole. A ce jour, seules quatre proteines specifiques des snoarn h/aca ont ete caracterisees. Aussi, afin de mieux apprehender les interactions arn-proteines mises en jeu dans ces complexes rnp nous avons adopte une approche d'immunoprecipitation chez s. Cerevisiae en testant systematiquement la capacite de chacune de ces quatre proteines a interagir avec diverses versions de snoarn h/aca mutantes. Ces etudes sont en cours.
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Markowicz, Yves. « Structure et organisation du génome plastidial de l'algue brune Pylaiella littoralis (L. ) kjellm : étude des gènes codant pour l'ARN ribosomique 16S ». Grenoble 1, 1988. http://www.theses.fr/1988GRE10149.
Texte intégral
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Markowicz, Yves. « Structure et organisation du génome plastidial de l'algue brune Pylaiella littoralis (L.) Kjellm étude de gènes codant pour l'ARN ribosomique 16S / ». Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37615724q.
Texte intégral
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Baudin-Baillieu, Agnès. « Contribution a l'etude systematique du genome de la levure saccharomyces cerevisiae et analyse fonctionnelle d'un nouveau gene implique dans la maturation de l'arn ribosomique ». Paris 11, 1997. http://www.theses.fr/1997PA112085.
Texte intégralRésumé :
La levure saccharomyces cerevisiae est le premier organisme eucaryote dont la sequence genomique nucleaire est entierement connue. La determination de cette sequence a ete realisee dans le cadre d'une collaboration internationale. L'une des plus grandes surprises due a ce travail a ete de decouvrir que le tiers seulement des genes de s. Cerevisiae avaient ete caracterises. Cette constatation a ete faite des la publication de la sequence nucleotidique du premier chromosome, chromosome iii. Un projet pilote d'analyse fonctionnelle des phases de lecture ouvertes inconnues a ete mis en place. Dans le cadre de ce projet, nous avons elabore des outils permettant une inactivation rapide et aisee des genes. Basee sur l'amplification par pcr du marqueur de deletion flanque de courtes sequences amont et aval du gene a inactiver, cette methode necessite l'utilisation d'une souche receptrice que nous avons construite, deletee pour le marqueur de selection. Quinze phases de lecture ouvertes du chromosome iii ont ainsi ete inactivees. Quatre genes ont fait l'objet d'une analyse plus approfondie. Pour trois d'entre eux, le role fonctionnel a ete etabli. Nous avons montre que le gene ycr003w code pour une proteine du ribosome mitochondrial et que son inactivation conduit au blocage de la respiration. Nous avons caracterise le gene ycl009c qui code pour la petite sous-unite regulatrice de l'acetolactate synthase et qui n'avait pu etre identifie, jusqu'ici, par des techniques de genetique classique. Enfin, nous avons etabli que le gene ycl031c code pour une proteine essentielle impliquee dans la maturation du precurseur 35s des arn ribosomiques et plus precisement dans la production de l'arn 18s.
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Brunel, Christine, et Bernard Ehresmann. « La conformation en solution de l'arn ribosomique 5s. Mecanisme de regulation traductionnelle de la threonyl-arnt synthetase d'escherichia coli : un exemple de mimetisme moleculaire ». Strasbourg 1, 1992. http://www.theses.fr/1992STR13165.
Texte intégralRésumé :
En 1989, notre laboratoire a propose un modele de structure tridimensionnelle, base sur l'accessibilite des nucleotides a une grande variete de sondes de structure, pour les arn ribosomiques 5s de chloroplaste d'epinard et somatique et d'oocytes de xenopus laevis. Ce modele presente une forme globale en y et n'integre pas d'interactions a longue distance entre les trois domaines de la molecule. Afin de valider et d'affiner ce modele, nous avons etudie de maniere approfondie l'effet de nombreuses mutations localisees dans les boucles sur la conformation de l'arn 5s. Nous avons etendu notre travail a l'arn 5s d'escherichia coli. Il ressort de cette etude realisee sur trois arn 5s provenant d'origines variees que le modele en y que nous proposons est generalisable. De plus, chaque arn presente sa propre signature structurale conferee par la structure intrinseque des boucles. La threonyl-arnt synthetase d'e. Coli (thrrs) regule sa traduction en se fixant sur une region de son arnm (l'operateur traductionnel) localisee immediatement en amont du site de fixation du ribosome. L'etude detaillee, realisee in vivo et in vitro, d'operateurs tronques et mutes de facon ponctuelle demontre l'independance au niveau structural des quatre domaines de l'operateur. Deux sites majeurs, l'un mimant le bras anticodon de l'arnt#t#d#r, l'autre presentant des analogies avec le bras accepteur, peuvent interagir de facon independante avec la thrrs. Le premier est necessaire et suffisant pour assurer le controle, le second le module. La region simple brin reliant ces deux domaines joue le role d'un adaptateur lors de la formation de complexe entre operateur et thrrs et entre operateur et ribosome. Le domaine contenant le site de fixation du ribosome n'intervient pas de facon directe dans la reconnaissance par la thrrs. Par modelisation graphique, nous montrons que l'operateur peut adopter une conformation en pseudo-arnt. Le mecanisme de controle traductionnel de l'expression de la thrrs semble base sur le mimetisme de l'operateur: la thrrs reconnait l'operateur et l'arnt#t#h#r de la meme facon. Le controle s'exerce sous forme d'une competition entre la thrrs et le ribosome de l'operateur. L'arnt#t#h#r joue le role d'antirepresseur
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HU, ROUH-MEI. « Etude de la specificite de l'endoribonuclease regb du bacteriophage t4 : influence de la sequence et de la structure de l'arn : role de la proteine ribosomique s1 ». Paris 11, 1998. http://www.theses.fr/1998PA112320.
Texte intégralRésumé :
L'endoribonuclease regb du bacteriophage t4 coupe au milieu des motifs ggag des arnm. Regb purifiee est tres peu active in vitro. Son activite est stimulee environ 100 fois par la proteine ribosomique s1. In vivo, s1 est responsable de l'inactivation fonctionnelle et chimique des arnm precoces de t4 et egalement de la maturation des longs arnm precoces de t4. In vivo, tous les motifs ggag ne sont pas coupes par regb. Dans cette these, je montre que la sensibilite et la resistance a regb observees apres une infection par t4 peuvent etre reproduites in vivo dans les cellules d'e. Coli non-infectees et in vitro. Cela suggere que les motifs ggag resistants a regb apres l'infection ne sont pas des substrats, quelque soit la periode au cours du cycle ou les arnm sont faits. In vitro, a hautes concentrations, regb seule est capable de couper specifiquement les motifs ggag. L'efficacite de clivage est deja meilleure pour un bon substrat que pour un mauvais substrat. Regb possede donc l'activite enzymatique et discriminatoire. S1 stimule l'activite de regb avec les deux types d'arnm du meme ordre de grandeur. Un mauvais substrat peut etre bien coupe par regb en presence de hautes concentrations de s1, cependant, a une concentration de regb donnee, l'efficacite de coupure par regb dans les mauvais substrats atteint un plateau plus bas que pour les bons substrats. L'analyse des structures secondaires de ces deux types d'arn par sondes chmiques montre que les mauvais substrats ont des structures plus complexes autour du motif ggag que les bons substrats. Regb serait inhibee par ces structures. Dans un petit arn de 30 nucleotides, l'efficacite de coupure par regb dans un motif ggag situe dans une region simple brin est meilleure que celle localisee dans un motif structure (structure predite par calcul). En plus, s1 n'est pas necessaire pour la coupure dans ce motif ggag libre. S1 serait un arn chaperon, modifiant la structure du motif ggag de maniere a ce qu'il soit coupe.
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Raoelijaona, Raivoniaina. « Compréhension des rôles des complexes Nob1/Pno1 et RPS14/Cinap dans la maturation cytoplasmique de la petite sous-unité ribosomique (pré-40S) chez les eucaryotes ». Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0221/document.
Texte intégralRésumé :
Les ribosomes sont des complexes nucléoproétiques responsables de la traduction. Chez les eucaryotes, la biogenèse du ribosome est un processus complexe très régulé qui fait intervenir un nombre important de facteurs d’assemblages (~200). La construction d’un ribosome est initiée dans le nucléole puis continue dans le nucléoplasme et se termine dans le cytoplasme. La maturation cytoplasmique de la petite sous-unité ribosomale implique la dissociation séquentielle des facteurs d’assemblage tardifs et la maturation finale de l’ARNr 18S. Ce processus est catalysé par l’endonucléase Nob1 qui assure la coupure de l’extrémité 3’ du précurseur de l’ARNr 18S (pré-18S) aboutissant à sa forme mature. Ce mécanisme est coordonné par la protéine Pno1 qui est le partenaire de Nob1. Des informations détaillées sur l’architecture des particules pré-ribosomiques nous ont permis de mieux comprendre les différents intermédiaires de la biogenèse. Cependant, certains aspects fonctionnels comme la conformation adoptée par Nob1 pour assurer la coupure du site D du pre-18S reste encore flou. L’objectif de mon travail a été de mieux comprendre les aspects très tardifs de la maturation cytoplasmique du ribosome. Pour ce faire, nous avons redéfini l’organisation modulaire de l’endonucléase Nob1 chez les eucaryotes pour ensuite étudier son mode d’interaction avec son partenaire Pno1. Des tests fonctionnels in vitro ont été effectués pour étudier le rôle de Pno1 dans la régulation de la coupure par Nob1.Nos résultats nous ont permis de montrer que le domaine catalytique de Nob1 adopte une conformation atypique. En effet le domaine PIN est composé de deux fragments (res 1-104 and 230-255) séparé par une boucle interne qui est importante pour la reconnaissance avec son partenaire Pno1. Nos études nous ont également montré que Pno1 inhibe l’activité de Nob1 probablement en reconnaissant directement l’ARNr substrat, masquant ainsi le site de coupure de l’endonucléase. Ces résultats sont complémentaires et cohérents avec les données structurales de cryo-EM de la particule pré-40S humaine récemment publiées. En effet, Nob1 est dans une conformation incapable de couper le pré-ARNr puisque son domaine catalytique se retrouve à une distance d’environ 30Å de son ARN substrat. Ce phénomène implique donc des changements de conformations ou encore la nécessité de protéine accessoire pour déplacer certains facteurs. La protéine Cinap est impliqué dans la maturation de l’ARNr 18S. Nos études d’interaction avec les protéines localisées au niveau de la plateforme (à savoir RPS14, RPS26, le complexe Nob1/Pno1) ont permis de montrer que Cinap pouvait former un complexe tripartite avec l’endonucléase Nob1 et son partenaire Pno1. De plus, Cinap est capable de reconnaitre RPS26 dans un complexe RPS14-dépendant. Il est important de noter que RPS26 est un composant de la petite sous-unité qui remplace Pno1 dans le ribosome mature. De ce fait le recrutement de RPS26 au sein du pré-ribosome nécessite la dissociation de Pno1 et cet échange serait assurée par Cinap. Sur la base des travaux effectués, nous pouvons proposer un modèle de maturation où la formation du complexe Cinap/Pno1 induirait un changement de conformation permettant à Nob1 de reconnaitre son substrat et donc de catalyser la coupure du site D qui aboutit à la maturation de l’ARNr 18S et donc à la production de la sous-unité 40S matureRibosomes are translational machineries universally responsible of protein synthesis. In eukaryote, ribosome assembly is a complex and highly regulated process that requires coordinated action of more than 200 biogenesis factors. Ribosome assembly is initiated in the nucleolus, continues in the nucleoplasm and terminates in the cytoplasm. The cytoplasmic maturation events of the small ribosomal subunit are associated with sequential release of the late assembly factors and concomitant maturation of the pre-rRNA. During final maturation of the small subunit, the pre-18S rRNA is cleaved off by the endonuclease Nob1, which activity is coordinated by its binding partner Pno1. Detailed information on pre-ribosomal particle architectures have been provided by structural snapshots of maturation events. However, key functional aspects such as the architecture required for pre-rRNA cleavage have remained elusive. In order to better understand these late steps of cytoplasmic pre-40S maturation, we first redefine the domain organization of Nob1, then study its binding mode with Pno1 using different tools such as sequence analysis, structure prediction and biochemical experiments and, we then performed functional assay to elucidate the role played by Pno1 during the pre-18S rRNA maturation.Our results have shown that eukaryotic Nob1 adopts an atypical PIN domain conformation: two fragments (res 1-104 and 230-255) separated by an internal loop, which is essential for Pno1 recognition. We also found out that Pno1 inhibits Nob1 activity likely by masking the cleavage site. Our findings further support the recently published cryo-EM structure of the pre-40S, where Nob1 displays an inactive conformation. Moreover, 18S rRNA 3’-end cleavage has to happen and this implies structural rearrangement or requirement of some accessory proteins such as Cinap, an atypical kinase involved in pre-18S processing. Studying the interplay between proteins localized in the pre-40S platform (RPS14, RPS26, Nob1/Pno1 complex) has shown that Cinap is able to form a trimeric complex with Nob1 and its binding partner Pno1. Furthermore, Cinap can recognize RPS26 in a RPS14-dependent manner, which had already been studied with its yeast counterpart. It is important to note that RPS26 is the ribosomal protein replacing Pno1 in the mature ribosome. Our finding clearly suggests a mechanism where RPS26 recruitment to the ribosome requires Pno1 dissociation. This exchange would be carried out by Cinap. Therefore, we can suggest a simplified model as follow: upon binding with Pno1, the newly formed complex (Cinap/Pno1) will trigger a conformational change, which will allow the endonuclease Nob1 to reach its substrate (D-site) and perform its cleavage resulting in mature 18 rRNA generation
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Mougel, Marylène. « Mecanisme de reconnaissance arn-proteine dans le risobome d'escherichia coli : etude des sites de fixation des proteines s8 et s15 sur l'arn 16s ». Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1987. http://www.theses.fr/1987STR13198.
Texte intégral
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Fages, Jérémie. « JMJD6 participe au maintien de l'intégrité de l'ADN ribosomique en réponse au dommage à l'ADN ». Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30169.
Texte intégralRésumé :
L'ADN est continuellement endommagé par des agents exogènes et endogènes générant des dommages à l'ADN. Un défaut dans la prise en charge de ces dommages peut générer des mutations à l'origine de pathologies telle que le cancer. Afin de maintenir l'intégrité du génome, les cellules ont mis en place des mécanismes de réparation qui se déroulent dans un contexte chromatinien. Celui-ci est façonné par de nombreuses modifications post-traductionnelles des histones qui sont régulées en réponse aux dommages à l'ADN pour permettre une réparation efficace. Parmi ces modifications, la méthylation des histones joue un rôle majeur. C'est une modification réversible et dynamique gérée par les histones méthyltransferases et les histones déméthylases. A l'aide d'un crible, nous avons identifié l'histone déméthylase JMJD6 dont la déplétion altère la réponse aux dommages à l'ADN et la survie cellulaire après irradiation. Nous observons que JMJD6 est spécifiquement et rapidement recruté dans le nucléole lorsque les dommages sont produits dans cette structure. De plus, JMJD6 influence la relocalisation de l'ADN ribosomique en réponse aux dommages dans une structure nouvellement formée en périphérie du nucléole, le nucleolar cap, sans affecter l'arrêt de transcription de l'ADNr. La délocalisation dans les nucleolar caps serait impliquée dans la gestion de la réparation des dommages afin d'éviter les réarrangements recombinogènes nuisible pour la cellule. Or, la suppression de l'expression de JMJD6 cause davantage d'instabilité génétique de l'ADNr par perte ou réarrangement des unités de l'ADNr. Afin de comprendre les mécanismes sous-jacents au rôle de JMJD6 dans la réparation de l'ADNr, nous avons créé des lignées cellulaires génétiquement modifiées exprimant une forme étiquetée de JMJD6. Ces dernières nous ont permis d'identifier par des approches protéomiques les partenaires de JMJD6 en absence et en réponse aux dommages. Parmi ceux-ci, la protéine nucléolaire Treacle qui est impliquée dans le recrutement de NBS1, un acteur bien connu de la réponse aux dommages à l'ADN, dans le nucléole en réponse aux dommages. L'ensemble de mes travaux montre un découplage entre l'arrêt de transcription de l'ADNr et la formation du nucleolar cap suggérant l'existence d'évènements les liant auxquels JMJD6 pourrait être impliqué et ainsi favoriser le maintien de la région de l'ADNrDNA is continuously damaged by exogenous and endogenous agents producing DNA damages. A defect in the management of this damage can lead to mutations that cause pathologies such as cancer. In order to maintain the integrity of the genome, the cells have evolved repair mechanisms that take place in a chromatinian context. It is shaped by numerous post-translational histone modifications that are regulated in response to DNA damage to allow effective repair. Among these modifications, histone methylation plays a major role in DNA repair. It is a reversible and dynamic modification managed by methyltransferase histones and demethylase histones. Using a screen, we identified histone demethylase JMJD6 whose depletion alters DNA damage response and cell survival after irradiation. We observe that JMJD6 is specifically and rapidly recruited into the nucleolus upon damage induced in this structure. In addition, JMJD6 influences the relocation of ribosomal DNA in response to damage in a newly formed structure at the periphery of the nucleolus, the nucleolar cap, without affecting the transcription inhibition of rDNA. Relocation in nucleolar caps would be involved in the management of damage repair to avoid harmful recombinogenic rearrangements for the cell (translocation and chromosomal rearrangement). Relevantly, JMJD6 depletion causes more genetic instability of rDNA by loss or rearrangement of rDNA units. In order to understand the mechanisms underlying the role of JMJD6 in rDNA repair, we have created genetically modified cell lines expressing a tagged version of JMJD6. These have allowed us to identify JMJD6 partners through proteomic approaches in absence and in response to the damage. Among these, the nucleolar protein Treacle which is involved in the recruitment of NBS1, a well-known actor in the response to DNA damage, into the nucleolus in response to damage. All my work shows a decoupling between the inhibition of rDNA transcription and the formation of nucleolar cap suggesting the existence of signaling mechanism in which JMJD6 could be involved and thus promote the maintenance of the rDNA region
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Zovine, Mohamed. « Propriétés d'organisation de l'ADN de la protéine ribosomique L24 de Bacillus subtilis ». Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA112365.
Texte intégralRésumé :
Deux polypeptides abondants, thermostables et basiques ayant des caracteristiques de proteines de type histone ont ete identifies dans le nucleoide de b. Subtilis. Il s'agit de la proteine l24 et de la proteine hbsu. L24 est la plus etudiee dans notre laboratoire depuis plusieurs annees. En plus de son association avec le nucleoide, l24 est une proteine ribosomique impliquee dans l'organisation de l'arnr 23s de la grande sous unite 50s du ribosome. Cette proteine a ete surproduite et purifiee. L'etude de son interaction avec l'adn a montre que cette proteine, comme la proteine de type histone hbsu, s'attache preferentiellement a l'adn double brin surenroule et le compacte fortement in vitro. Des etudes de phosphorylation in vitro ont montre que l24 est phosphorylee par un extrait de cellules de b. Subtilis en phase stationnaire. La proteine ainsi phosphorylee ne montre aucune affinite a l'adn in vitro laissant supposer des activitees differentes selon son etat de phosphorylation in vivo. Le gene rplx codant pour l24 est essentiel a la survie des cellules. Faute de pouvoir l'interrompre, il a ete place sous controle d'un promoteur inductible afin de moduler a volonte la concentration intracellulaire en l24. Le manque en proteine l24 dans les cellules de b. Subtilis affecte la croissance, la division et la morphologie des cellules et des nucleoides. Quant a l'effet de la surproduction de l24, il se traduit aussi par une alteration de la morphologie des cellules, conduit a un defaut de segregation des nucleoides et a un arret de la croissance. La localisation subcellulaire de l24 par immunodetection dans les cellules sauvages montre que celle ci se trouve associee aux poles des nucleoides au niveau des origines de replication la ou se trouve de fortes concentrations de ses cibles : l'arnr 23s et l'adn. L'ensemble de ces resultats suggere que l24 joue un role dans l'organisation et l'expression du genome bacterien du a son interaction avec l'adn et l'arn ribosomique.
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Baudin, Florence. « Etude de la conformation de deux arn ribosomiques : l'arn 16s d'escherichia coli et l'arn 5s de xenopus laevis : relations structure-fonction ». Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1989. http://www.theses.fr/1989STR13172.
Texte intégralRésumé :
Ce memoire porte sur l'etude de la conformation de deux arn ribosomiques, l'arn 16s d'escherichia coli et l'arn 5s d'oocyte de xenopus laevis. Une etude systematique a ete realisee sur toute la molecule d'arn 16s isolee, dans la sous-unite 30s et dans le ribosome 70s a l'aide de sondes de structure enzymatiques et chimiques. Ces etudes permettent de definir les regions en contact avec les proteines, celles situees a l'interface des deux sous-unites et celles subissant des ajustements conformationnels. L'etude d'une region possedant un role dans le decodage de l'arnm, en presence de l'arnt fixe aux sites a et p du ribosome nous a permis de degager les regions fonctionnelles impliquees dans la fixation de l'arnt ainsi que les changements conformationnels induits par cette fixation. Dans les oocytes immatures de xenope, l'arn 5s est associe a une proteine, tfiiia qui se fixe egalement au gene de l'arn 5s pour en initier la synthese. Nous avons etudie les elements de l'arn, importants dans l'interaction avec iffiia. La deletion individuelle, par mutagenese dirigee, des nucleotides en bulge de l'arn et des nucleotides correspondants dans l'adn, montre que les elements requis pour la fixation de tfiiia sur l'adn et sur l'arn sont certainement differents. De meme, des mutations ponctuelles introduites a la charniere des 3 domaines helicoidaux de l'arn 5s nous a permis de conforter l'idee du role crucial de celle-ci dans la determination de la structure tertiaire de l'arn 5s, necessaire a la reconnaissance de tfiii. L'etude de la conformation de differents arn mutants par l'utilisation de sondes de structure permet de confirmer le modele de structure tertiaire en y propose pour l'arn 5s. L'utilisation d'un reactif de pontage reversible arn-proteine nous a permis de definir la topographie du complexe arn 5s-tfiiia
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Créancier, Laurent. « Caractérisation de facteurs impliqués dans la régulation de la transcription de l'ADN ribosomique ». Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU30165.
Texte intégralRésumé :
La biogenese des ribosomes se deroule au sein d'une structure transitoire regroupant les genes ribosomiques: le nucleole. L'adn ribosomique (adnr) represente un systeme modele pour l'etude des regulations de la proliferation cellulaire. Nous nous sommes interesses aux effets du fgfb et de la nucleoline sur la transcription de cet adnr. Le facteur de croissance fibroblastique basique ou fgfb exerce in vitro une puissante action stimulatrice de la proliferation cellulaire. Lors de la stimulation par le fgfb, celui-ci est transloque dans le noyau et s'accumule dans le nucleole des cellules abae (adult bovine aortic endothelial). Des etudes in vivo et in vitro ont correle sa localisation nucleolaire avec l'augmentation de la transcription des genes ribosomiques. Differentes experiences ont permis de demontrer que le fgfb interagit avec un fragment situe a 950 paires de bases en amont du promoteur distal de l'adnr. Des cellules eucaryotes transfectees par un plasmide portant un gene rapporteur sous le controle des promoteurs de l'adnr sont stimulees par du fgfb. L'addition de ce fgfb de facon exogene a un effet activateur sur la transcription initiee a partir de ces promoteurs. Le deuxieme facteur polypeptidique qui joue un role primordial dans la regulation de la transcription de l'adnr est la nucleoline. Cette proteine, constituant majeur du nucleole, presente une structure primaire tres conservee ou l'on peut definir deux regions. La moitie carboxy-terminale de la proteine est impliquee dans la fixation de la nucleoline aux acides nucleiques simples brins. La moitie amino-terminale serait impliquee dans l'interaction avec la chromatine. Il a ete montre que la nucleoline interagit in vitro avec l'andr, de preference au niveau de sequences localisees en 5 du promoteur. Par cotransfection dans les cellules cos-7, la nucleoline active le promoteur de l'adnr. La construction de plasmides eucaryotes produisant differentes proteines chimeres entre des domaines de la nucleoline et une proteine rapporteur a permis d'analyser les regions impliquees dans sa localisation. L'etude a ete effectuee par immunocytochimie sur des cellules transfectees de facon transitoire ou permanente. Nous avons ainsi caracteriser le signal de nuclearisation bipartite de la proteine et montrer que sa localisation nucleolaire necessitait la presence d'au moins deux domaines fonctionnels en plus de son domaine de nuclearisation. L'utilisation d'un systeme genetique chez la levure (two-hybrid-system) a montre que la nucleoline se dimerise et ceci meme en l'absence du domaine situe a l'extremite c-terminale de la proteine (gar: glycine arginine riche). Ce systeme permettra de caracteriser et cloner les cibles proteiques putatives de la nucleoline. Nous avons donc mis au point des systemes eucaryotes permettant de caracteriser in vivo les effets du fgfb et de la nucleoline sur la transcription des genes ribosomiques ainsi que leurs interactions avec d'autres proteines cellulaires
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WAKAO, HIROSHI. « Etude de la conformation de l'arnt initiateur et de l'anr ribosomique 16s d'escherichia coli lors de l'initiation de la biosynthese des proteines. Relations structure-fonction ». Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1990. http://www.theses.fr/1990STR13028.
Texte intégralRésumé :
Nous nous sommes interesses a l'etude de la structure fine de l'arnt initiateur et de l'arn 16s de la sous-unite ribosomique 30s pendant les differentes etapes qui ponctuent la fixation de l'arnt initiateur sur la sous-unite ribosomique 30s, dans le systeme procaryotique qui sert de reference, escherichia coli. En ce qui concerne le trna, sa conformation globale est similaire a celle de l'arnphe de levure. L'aminoacylation et la formylation induisent des changements conformationnels discrets dans l'arnt. En presence de if2, des protections dans la region t et le bras accepteur de l'arn ont ete observees. Dans le complexe 30s/aug/if2/gtp/arnt, c'est l'extremite du bras accepteur et l'anticodon qui sont en contact avec la sous-unite 30s et/ou le triplet aug. Les resultats de pontage entre if2 et l'arnt sont en bon accord avec ces experiences de footprint. En ce qui concerne l'arn 16s, la fixation de if2 induit des ajustements conformationnels dans l'arn mais aucun contact direct entre l'arn 16s et if2 n'a ete observe. La fixation supplementaire de l'arnt et de l'aug entraine un nouveau changement conformationnel de l'arn 16s. Ces donnees de pontage if2/arn suggerent que if2 se fixerait sur la face exterieur du 30s et proche de la protuberance laterale de la sous-unite 50s
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Toukifimpa, Rémy. « L'ARNr 5S du chloroplaste d'épinard structure et interaction avec les protéines ribosomiques ». Grenoble : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37593844m.
Texte intégral
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Braun, Frédérique. « Etude des mecanismes de degradation de l'arnm rpso codant la proteine ribosomique s15 d'escherichia coli ». Paris 7, 1997. http://www.theses.fr/1997PA077017.
Texte intégralRésumé :
Le gene rpso d'escherichia coli est transcrit sous forme de messager monocistronic ou discistronique avec le gene pnp localise en aval. La degradation de l'arnm rpso est une des mieux caracterisee. Deux voies de degradation ont ete mises en evidence. La premiere implique une coupure endoribonucleolytique par la rnasee qui rend accessible l'extremite 3' aux exoribonucleases 3'-5': la pnpase et la rnase ii. Cependant, la detection d'intermediaires de degradation dans une souche deficiente en pnpase, mais pas dans une souche deficiente en rnase ii ni meme dans une souche sauvage, indique que la rnase ii est arretee dans sa progression au niveau des extremites 3' de ces fragments d'arnm probablement parce qu'elles forment des structures secondaires. Nous en avons conclu que le transcrit mature par la rnase e au site m2 est degrade exonucleolytiquement et que la pnpase est responsable in vivo de sa degradation rapide. Par ailleurs, la proximite du site rnase e, m2, et du codon de terminaison de la traduction suggere l'existence d'un couplage entre traduction et degradation du a un empechement sterique entre les ribosomes et la rnase e. Nous avons etudie l'influence de la traduction sur la stabilite d'arnm rpso traduits avec des efficacites differentes ou d'arnm dont le site rnase e, m2, a ete espace du codon d'arret de la traduction. Nos resultats montrent clairement que les ribosomes affectent l'efficacite de coupure de la rnasee au site m2 et que la stabilite de l'arnm rpso varie avec l'efficacite de la traduction. La seconde voie de degradation est active en absence de rnase e, pnpase et rnase ii. Les ribonucleases qui participent a cette degradation n'ont pas encore ete identifiees. Nous avons cependant montre que cette degradation implique une polyadenylation de l'arnm rpso et que le gene pcnb codant la poly(a)polymerase i est responsable de la destabilisation de l'arnm dans ces conditions.
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Jeandroz, Sylvain. « Organisation de l'espaceur intergenique de l'adn ribosomique nucleaire du frene commun (fraxinus excelsior). Exploitation du polymorphisme moleculaire en reconnaissance d'especes ». Besançon, 1994. http://www.theses.fr/1994BESA2010.
Texte intégralRésumé :
L'organisation des genes codant pour les arn ribosomiques nucleaires et plus particulierement de l'espaceur intergenique est etudiee chez deux especes du genre fraxinus: f. Excelsior l. Et f. Oxyphylla bieb. Les cartes physiques des deux especes sont construites pour les endonucleases bamhi, ecori, ecorv et saci a l'aide de sondes heterologues. Un type d'unite apparait uniquement chez f. Oxyphylla, il porte un site de restriction ecori supplementaire situe dans l'espaceur intergenique et permet de differencier les deux especes. Chaque type d'unite montre des variations de longueur. La taille de l'unite d'adnr est determine par l'endonuclease ecorv. Elle varie de 11 kb a 14,5 kb. Une region de 6,8 kb (clone pe1g12) correspondant a l'espaceur intergenique (igs) de f. Excelsior a ete isolee et partiellement caracterisee. Nous observons la presence de deux familles de sous unites repetees delimitees par des sites de restriction pour l'enzyme haeiii. Ces sous unites de 33 bp et 40 bp ont ete sous clonees et sequencees. Les deux familles partagent une sequence commune de 23 bp. Elles representent environ 70% de l'igs. Une organisation de l'igs de f. Excelsior est proposee. La combinaison enzyme/sonde, ecori/pe1g12 permet de differencier chaque espece par un profil autoradiographique propre. Nous avons utilise ces profils espece-specifique comme references pour comparer des frenes d'une zone ou les deux especes f. Excelsior et f. Oxyphylla coexistent. Nous revelons des cas d'introgression du genome de f. Oxyphylla chez f. Excelsior qui ne sont pas detectables par l'utilisation des caracteres morphologiques. Les sous unites repetees de l'igs de f. Excelsior sont utilises comme sonde et mettent en evidence des homologies de sequences entre l'igs de f. Excelsior et celui de f. Oxyphylla. Mais non avec ceux de f. Ornus ou f. Americana
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Galopier, Aurélie. « Tar1 : un gène hébergé sur le brin antisens de l'ADN ribosomique de Saccharomyces cerevisiae, code une protéine mitochondriale ». Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA112231.
Texte intégralRésumé :
Mon projet de thèse a porté sur l'étude fonctionnelle du gène TAR1. Ce gène est localisé sur le brin antisens de l'ADNr 25S de Saccharomyces cerevisiae et code un polypeptide (Tar1p), de fonction inconnue, localisé dans les mitochondries. Je me suis intéressée au transcrit TAR1 afin d'en déterminer les extrémités 5' et 3'. Grâce à un système rapporteur que j'ai construit, j'ai étudié l'expression de TAR1 dans différentes conditions de culture. J'ai mis en évidence que Tar1p est localisée dans la membrane interne des mitochondries avec son extrémité amino-terminale localisée du coté matriciel et son extrémité carboxy-terminale dans l'espace intermembranaire. Une séquence clivable, non essentielle pour la localisation de la protéine dans les mitochondries, semble être présente dans les 32 derniers acides aminés. J'ai également détecté Tar1p dans les mitochondries de la levure Kluyveromyces lactis mais pas dans celles de Schizosaccharomyces pombe. Je me suis ensuite intéressée à l'inactivation du gène TAR1. Etant donné que le gène TAR1 est répété un grand nombre de fois dans le génome, une délétion classique par inactivation de l'ORF n'est pas réalisable. J'ai donc entrepris d'inactiver l'expression de la protéine Tar1p dans une souche sauvage de levure par deux techniques différentes. L'une est basée sur l'utilisation de snoARNs à boîtes C/D. L'idée étant de méthyler spécifiquement le transcrit TAR1 dans l'optique d'altérer la traduction de ce gène et donc la production de la protéine dans la cellule. L'autre est réalisée par introduction de codons stop dans la phase ouverte de lecture TAR1 dans une souche de levure contenant une seule unité d'ADNr portée par un plasmideMy PhD project focused on functional study of the TAR1 gene. TAR1 is localized on the antisense strand of the 25S rDNA of yeast Saccharomyces cerevisiae and encodes a polypeptide (Tar1p) of unknown function, which localized into mitochondria. First, I was interested to the TAR1 transcript to identify its 5' and 3' ends. Using a reporter system I set up, I studied the expression of TAR1 in various conditions. Then I have demonstrated that Tar1p is localized in the inner membrane of mitochondria with its amino-terminal end in the matrix and its carboxy-terminal end in the intermembrane space. The last 32 amino acids appear to be cleavable but this sequence is not essential for the protein import into mitochondria. I detected the endogenous Tar1p polypeptide in mitochondria of the yeast Kluyveromyces lactis but not of Schizosaccharomyces pombe. Secondly, I tried to inactivate TAR1. However, due to the high copy number of this gene in the genome, it was not possible to use classical deletion approach. I developed two approaches to inactivate TAR1. The first one is based on the use of C/D snoRNAs. SnoRNAs were constructed to target the methylation of one nucleotide within the TAR1 mRNA. One may expect that this methylation will interfere with mRNA translation. The second one is to introduce stop codons within the open reading frame of TAR1 in a yeast strain containing a single plasmidic unit of rDNA. These stop codons are expected to stop translation, preventing the synthesis of Tar1p
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Dila, Gopal Krishna. « Motifs de codes circulaires dans les gènes codant les protéines et les ARN ribosomaux ». Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2020. http://www.theses.fr/2020STRAD027.
Texte intégralRésumé :
La thèse porte sur les motifs du code circulaire X, un code correcteur d'erreurs trouvé dans les gènes, qui ont la capacité de trouver le cadre de lecture. Nous avons étudié la conservation des motifs X dans les gènes de différentes espèces et identifié des pressions sélectives spécifiques pour les maintenir. Nous avons aussi identifié des motifs X universels dans l'ARN ribosomique, situés dans des régions fonctionnelles importantes du ribosome et suggérant que les codes circulaires ont représenté une étape importante dans l'émergence du code génétique standard (SGC). Ensuite, nous avons étudié le rôle fonctionnel des motifs X dans la traduction moderne et identifié une forte corrélation entre l'enrichissement des motifs X et le niveau de traduction des gènes. Enfin, nous avons comparé l'optimalité du code X avec le SGC et d'autres codes circulaires maximaux, et identifié une nouvelle fonctionnalité de X dans la minimisation des effets des erreurs après un décalage du cadreThe thesis focuses on motifs of the circular code X, an error-correcting code found in protein-coding genes, which have the ability to synchronize the reading frame. We first investigated the evolutionary conservation of X motifs in genes of different species and identified specific selective pressures to maintain them. We also identified a set of universal X motifs in ribosomal RNAs, which are located in important functional regions of the ribosome and suggest that circular codes represented an important step in the emergence of the standard genetic code (SGC). Then, we investigated the functional role of X motifs in modern translation processes and identified a strong correlation between X motif enrichment in genes and translation levels. Finally, we compared the frameshift optimality of the circular code X with the SGC and other maximal circular codes, and identified a new functionality of the code X in minimizing the effects of translation errors after frameshift events
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Henrion, Bénédicte. « Caractérisation et identification de champignons ectomycorhiziens par amplification enzymatique (PCR) de l'ADN ribosomal : application au suivi du basidiomycète laccaria bicolor en pépinière forestière ». Nancy 1, 1993. http://www.theses.fr/1993NAN10329.
Texte intégralRésumé :
Afin d'identifier des champignons mycorhiziens dans les écosystèmes forestiers, à différents niveaux taxonomiques, un diagnostic moléculaire basé sur le polymorphisme de l'ADNr a été mis au point. Le polymorphisme de l'ADN ribosomal, étudie par PCR couplée à la RFLP, des régions codantes et non codantes, permet la caractérisation au niveau du genre, de l'espèce ou de l'isolat d'un grand nombre de champignons ectomycorhiziens. Cette identification est réalisée à partir de mycélium, de carpophores et de mycorhizes. Ce diagnostic moléculaire est utilisé en épidémiologie afin d'étudier la structure et la dynamique des communautés mycorhiziennes. Il a permis d'apprécier la survie et la compétitivité du champignon ectomycorhizien, laccaria bicolor s238, par l'identification de ces ectomycorhizes, dans une expérimentation en pépinière forestière
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PEYROCHE, GERALD. « Initiation de la transcription de l'adn ribosomique chez s. Cerevisiae : role de a43, sous unite specifique de l'adn polymerase i, et du facteur rrn3 ». Paris 6, 2000. http://www.theses.fr/2000PA066372.
Texte intégralRésumé :
Chez tous les eucaryotes, le gene du precurseur des arn ribosomiques (adnr) est transcrit par l'arn polymerase i (pol i). Chez s. Cerevisiae, l'initiation de la transcription de l'adnr necessite la fixation sur son promoteur de deux complexes multimeriques (core factor et upstream activating factor respectivement). L'initiation de la transcription necessite egalement l'association de la pol i avec le facteur monomerique rrn3. Neanmoins, la fonction exacte de rrn3, ainsi que le mecanisme de recrutement de l'enzyme, etaient inconnus. Dans ce travail, nous demontrons que la sous-unite specifique a43 est essentielle pour l'interaction de rrn3 avec la pol i : a43 et rrn3 forment un complexe stable lorsqu'elles sont co-exprimees dans e. Coli, des mutations dans a43 entrainent une dissociation du complexe pol i-rrn3, le surdosage de rrn3 supprime in vivo le phenotype resultant de ces mutations, et les alleles mutants rpa43-6 et rrn3-8 presentent une letalite synthetique. De plus, des etudes d'immunomicroscopie electronique indiquent que a43 et rrn3 sont co-localisees sur l'enveloppe tridimensionnelle de la pol i. Nous avons par ailleurs obtenu des donnees suggerant que rrn3 permet le recrutement de la pol i par le core-factor : rrn3 est essentiel au recrutement de la pol i in vivo, et rrn3 interagit avec un domaine essentiel de rrn6, une des trois sous-unites du core-factor. L'existence d'orthologues de a43 et rrn3 chez les mammiferes suggere que les mecanismes permettant le recrutement de la pol i sont conserves au cours de l'evolution. Nos etudes suggerent egalement que a43 pourrait etre importante pour la stabilisation de abc23, une sous-unite du noyau enzymatique : abc23 n'est plus associee a la pol i lorsque l'enzyme est purifie a partir d'une souche dans laquelle a43 est absente, a43 et abc23 forment un complexe stable lorsqu'elles sont co-exprimees dans e. Coli et sont co-localisees sur l'enveloppe tridimensionnelle de la pol i. Ces donnees suggerent que a43 occupe une position cle au sein de la pol i, a l'interface entre le cur catalytique de l'enzyme et la machinerie des facteurs generaux de la transcription. Elles mettent en evidence l'importance de la connexion a43-rrn3-rrn6 pour le recrutement de la pol i sur le promoteur de l'adnr.
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Paleologue, Anne. « Contribution à l'étude de la localisation et du rôle de l'ARN 5S à l'intérieur des sous-unités ribosomiques 60S de foie de rat et du mode d'action d'une toxine, la ricine, sur ces sous-unités ». Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO10010.
Texte intégral
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Denamur, Erick. « Étude de la diversité génétique de Pseudomonas aeruginosa par le polymorphisme des estérases et de l'ADN ribosomal ». Paris 11, 1991. http://www.theses.fr/1991PA114842.
Texte intégral
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Trontin, Jean-François. « Caractérisation et variation d'une famille multigénique, l'ADN ribosomique 5S nucléaire, chez quatre espèces forestières des genres larix M. (Pinaceae) et Quercus L. (Fagaceae) ». Nancy 1, 2000. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2000_0186_TRONTIN.pdf.
Texte intégralRésumé :
La structure, l'organisation et les variations de la famille de l'adn ribosomique 5s nucleaire (adnr 5s) chez deux arbres forestiers sympatriques (chenes pedoncule et sessile) et chez deux arbres forestiers allopatriques (melezes d'europe et du japon). Comme chez la plupart des plantes superieures, cette famille multigenique est organisee en longues series d'unites repetees en tandem qui sont chacune constituee d'un gene 5s tres conserve entre les especes (120 pb) et d'un espaceur intergenique de taille variable. Une seule classe d'unites ( 350 pb) representee par 1000-2000 copies par genome a ete detectee chez les chenes. En revanche, deux classes d'unites tres divergentes, les unes courtes ( 650 pb) et les autres longues ( 870 pb), comportant chacune 1500-3000 copies par genome, ont ete observees chez les melezes. Ces unites courtes et longues alternent majoritairement au sein de series composites dont l'etablissement est sans doute ancien car le meme type d'organisation a ete retrouve chez 4 autres especes de melezes. L'analyse d'un croisement de chenes pedoncules et d'un croisement de melezes d'europe et du japon a montre que les marqueurs fournis par l'adnr 5s presentent generalement un mode d'heredite mendelien gouverne par un unique locus. Dans le cas du chene pedoncule, le locus a pu etre cartographie sur le groupe de liaison g5 correspondant a la paire de chromosomes n o2. Les unites d'adnr 5s evoluent en longueur par duplication en tandem, insertions et deletions surtout localisees dans la zone centrale des espaceurs. Les estimations de diversite nucleotidique intraspecifique des genes 5s (0,005-0,066), des espaceurs de chenes pedoncule et sessile (0,047-0,057), des espaceurs courts (0,098-0,067) ou longs (0,015-0,037) des melezes d'europe et du japon sont comparables a celles obtenues pour les especes herbacees a cycle court. Chez ces dernieres, le niveau de divergence interspecifique des espaceurs est bien correle au polymorphisme intraspecifique.
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Chillali, Mohamed. « Contribution à l'étude taxonomique des armillaires africaines et européennes par l'analyse du polymorphisme de l'ADN ribosomal ». Nancy 1, 1996. http://www.theses.fr/1996NAN10259.
Texte intégralRésumé :
Le polymorphisme de l'ADN ribosomal a été étudié en vue de caractériser les espèces d'Armillaires africaines et européennes. Le polymorphisme de taille de la région ITS couplé à la RFLP a permis de caractériser les trois espèces africaines et a permis de distinguer un isolat T7 non encore identifié au niveau de son système sexuel, comme appartenant vraisemblablement à A. Hemii hétérothallique. Les techniques PCR/RFLP, en conjonction avec le séquençage de la région ITS ont permis de caractériser sept espèces européennes. D'autre part, il a été établi que A. Cepistipes est très proche de A. Gallica et que A. Borealis est proche de A. Osioyae, Une hétérogénéité a été notée à l'intérieur de A. Cepistipes qui est par conséquent composée de plusieurs types. A. Ectypa, espèce localisée uniquement dans les tourbières est clairement différente des autres espèces. L'approche moléculaire associant PCR/RFLP et au séquençage semble être un outil prometteur pour analyser et identifier dans le milieu naturel un grand nombre d'espècesPolymorphism of ribosomal DNA has been studied in order to characterize the African and European Armillaria species. Size polymorphism of the ITS region coupled with RFLP allowed characterising three African species, as well as the T7 isolate, which very likely belongs to the heterothallic A. Heimii species. PCR/RFLP techniques, used with sequencing of the ITS region allowed discriminating the seven European species. In addition, it has been shown that A. Cepistipes is closely related to A. Gallica and A. Borealis to A. Ostoyea. A. Cepistipes was found to be composed of several types. A. Ectypa which is exclusively found in peat bogs was clearly different from the ether species. Such molecular tools, combining PCR/RFLP and DNA sequencing appear as efficient and reliable to discriminante and identify a large number of Armillaria species in field conditions
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Jagoueix, Sandrine. « Liberobacter africanum et liberobacter asiaticum, les bactéries associées à la maladie du greening des agrumes : caractérisation, phylogénie et détection par l'étude de l'ADN ribosomique 16S ». Bordeaux 2, 1995. http://www.theses.fr/1995BOR28363.
Texte intégral
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Mathieu, Olivier. « Implication de mécanismes épigénétiques dans la régulation de la transcription des gènes d'ARNr 5S chez Arabidopdsis thaliana ». Clermont-Ferrand 2, 2003. http://www.theses.fr/2003CLF22436.
Texte intégralRésumé :
Chez Arabidopsis thaliana, les gènes d'ARNr 5S, transcrits par l'ARN polymérase III, sont présents à environ 1 000 copies regroupées en blocs situés au niveau de l'hétérochromatine péricentronique des chromosomes 3, 4, et 5. Le chromosome 5 porte un locus d'ADNr 5S transcrits. La population d'ARNs 5S est hétérogène chez Arabidopsis et se caractérise par la présence d'un ARNr 5S dit "majoritaire", représentant plus de 90% des transcrits 5S de la cellule, et d'ARNr 5S "minoritaires" différant du transcrit 5S majoritaire par une ou deux substitutions nucléotidiques. Dans le cadre de l'étude de la transcription des gènes d'ARNr 5S chez Arabidopsis, nous avons montré de le taux de méthylation de l'ADN forme un gradient depuis l'euchromatine vers l'hétérochromatine péricentrique. La méthylation des cytosines situées en contexte asymétrique est majoritairement restreinte aux séquences répétées hétérochromatiques incluant l'ADNr 5S. L'analyse du profil de méthylation par modification de l'ADN au bisulfite de sodium a révélé que les loci d'ADNr 5S transcrits et non-transcrits posèdent le même taux important de méthylation de l'ADN. Il existe toutefois des gènes d'ADNr 5S moins méthylés. Au sein des loci transcrits, les gènes 5S identiques ou non à des ARNr 5S présentent le même profil de méthylation. De plus un gène 5S méthylé est transcrit efficacement in vitro, indiquant que la méthylation de l'ADN n(est pas suffisante en elle-même à ma répression de l'expression des gènes d'ARNr 5S. Une partie de l'ADNr 5S forme des boucles euchromatiques qui émanent des chromocentres hétérochromatiques. Ces boucles représentent la fraction transcrite de l'ADNr 5S. Elles contiennent des gènes d'ARNr 5S moins méthylés au niveau ADN et sur la lysine 9 des histones H3. Nous avons montré que le mutant ddm 1, la transcription de gènes d'ARNr 5S minoritaires additionnels s'accompagne d'une méthylation moindre de l'ADNr 5S et de la formation de boucles euchromatiques de taille plus importante. Ceci suggère que la transcription des gènes d'ARNr 5S est contrôlée de manière épigénétique par la formation de structures chromatiques spécifiques. Nous avons aussi mis en évidence que l'hétérochromatine est une structure dynamique durant le développement précoce de la plante qui se met en place entre les jours 2 et 4 après germination de la graine. Enfin, nous avons identifié, cloné et caractérisé le facteur de transcription IIIA d'Arabidopsis, AtTFIIIA. Cette étude rapporte la première caractérisation de TFIIIA chez une plante
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Courcel, Antoine de. « L'exploitation du polymorphisme moléculaire de l'ADN : un nouvel outil pour la sélection des espèces potagères ». Paris 11, 1989. http://www.theses.fr/1989PA112059.
Texte intégralRésumé :
L'intérêt des marqueurs RFLP est aujourd'hui manifeste pour les sélectionneurs. Mais la complexité des techniques nécessaires à leur mise en évidence retarde leur intégration dans les stratégies de sélection. Le premier objectif de ce travail a été de simplifier ces méthodes. Différents systèmes de marquage non-radioactif ont été comparés. L'hybridation sur gel séché ou sur des échantillons déposés directement sur membrane, ainsi que l'analyse des polymorphismes ribosomiques à partir de minigels d'acrylamide ont été étudiés. Le polymorphisme des séquences d'ADN ribosomique (ADNr) a ensuite été analysé chez le chou-chinois, Brassica campestris ssp pekinensis. Le clonage et la cartographie d'une unité de répétition complète a permis de montrer par hybridation moléculaire une grande variabilité entre les génotypes étudiés. L'utilisation de ces diagrammes ribosomiques pour l'identification variétale est décrite. D'importantes variations de taille ont été décelées entre les ADNr de plusieurs lignées de tomate, Lycopersicon esculentum, utilisées dans la production d'hybrides F1. L'origine de ces polymorphismes a été attribuée à un croisement avec Lycopersicon hirsutum, destiné à transférer un gène de résistance. Le clonage d'un fragment ribosomique de type Lycopersicon hirsutum, contenant l'espaceur intergénique, a permis l'identification d'une courte séquence répétée ultra-spécifique. Un test de détection des autofécondations a été mis au point avec cette séquence, dans le cas d'un croisement où seul le parent mâle possède l'ADNr de type Lycopersicon hirsutum. Enfin le polymorphisme cytoplasmique de lignées fertiles et cms d'oignon, Allium cepa, a été analysé. Deux types de cytoplasmes très distincts ont été définis, suggérant la présence de deux espèces à l'origine de l'oignon cultivé.
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LEVESQUE, HERVE. « Caracterisation des genes ribosomiques de l'adn nucleaire de nicotiana sylvestris spegaz. Et comes. Recherche de differences entre plantes haploides-doublees (androgenese) et leur lignee d'origine ». Paris 11, 1991. http://www.theses.fr/1991PA112228.
Texte intégralRésumé :
Une etude genetique et moleculaire des variations induites chez nicotiana sylvestris par la culture in vitro de grains de pollen (androgenese) est presentee. L'analyse genetique montre la stabilite du syndrome hd caracteristique des cycles successifs d'androgenese. Elle confirme cependant que des deviations phenotypiques peuvent apparaitre chez certaines lignees hd. L'hypothese de reversion, proposee pour expliquer cette instabilite genetique, est discutee. L'analyse moleculaire des plantes androgenetiques met en evidence une modification specifique (modification hd) qui affecte une des trois classes d'unites ribosomiques presentes chez cette espece. On observe pour celle-ci une diminution du nombre de copies. Cette modification hd pre-existe dans le grain de pollen: elle est consecutive a une reorganisation post-meiotique dans le noyau vegetatif. Ce resultat confirme la nature vegetative du noyau a l'origine des plantes regenerees. Une seconde modification (modification pr) est observee chez des plantes issues de la culture de protoplastes (plantes pr). Une reduction du nombre de copies affecte specifiquement une seconde classe d'unites ribosomiques. Des hypotheses quant aux mecanismes impliques dans les modifications hd et pr sont proposees ainsi qu'un modele d'organisation des genes ribosomiques nucleaires chez n. Sylvestris. Chacun des trois organisateurs nucleolaires serait occupe par une classe d'unites ribosomiques donnee et il y aurait peu ou pas de melange entre les classes
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Baeza, Laurence. « Identification, caractérisation et purification des protéines chloroplastiques affines pour le promoteur du gène de l'ARNr 16S plastidial de l'épinard ». Grenoble 1, 1993. http://www.theses.fr/1993GRE10204.
Texte intégral
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Caparros-Ruiz, David. « Identification de deux protéines (Nucléoline et ADP ribose polymerase), constitutives de deux complexes de liaison à l'ADN interagissant spécifiquement avec l'espaceur externe transcrit 5' des gènes ribosomiques de crucifères ». Perpignan, 2002. http://www.theses.fr/2002PERP0467.
Texte intégralRésumé :
Chez plusieurs crucifères, deux activités se liant à l'ADNr, NF B et NF D, ont été identifiées interagissant spécifiquement avec une séquence conservée du 5'ETS appelée A123BP. Nous avons caractérisés ces complexes et identifié leurs constituants majeurs. Ainsi, la protéine majeure impliquée dans le complexe constituant NF D correspond à une Nucléoline, tandis qu'une poly(ADP-ribose) polymerase semble être la protéine majeure du complexe correspondant à NF B. La Nucléoline est impliquée dans des nombreux évènements de la biogenèse du ribosome, y compris la régulation de la transcription des gènes ribosomiques. Par contre, aucune implication de la poly(ADP-ribose) polymérase dans la biogenèse du ribosome n'a été décrite jusqu'au présent dans la biogenèse du ribosome. Ainsi donc, nos résultats suggèrent un rôle de NF B et NF D dans la régulation des événements précoces de la biogenèse du ribosome chez les plantes crucifèresIn all studied crucifers, two different rDNA-binding activities, NF B and NF D, have been identified interacting specifically with a conserved cluster of the 5'ETS of rRNA genes, named A123BP. We have characterized these complexes and identified their major proteins. Thus, the major proteins of the complex responsible for the DNA-binding activity of NF D is Nucleolin, whereas a poly(ADP-ribose) polymerase is one of the major proteins of the NF B DNA-binding activity complex. Nucleolin is a well known nucleolar protein involved in several steps of ribosome biogenesis, including regulation of rRNA gene transcription. In contrast, the involvement of a poly(ADP-ribose) polymerase protein in the biogenesis of ribosomes was never described before. Taken together, our results suggest that NF B and NF D are involved in the regulation of the early events of the ribosome biogenesis in crucifer plants
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Cavaillé, Jérôme. « Biosynthèse et fonction dans la méthylation de l'ARNr du petit ARN nucléolaire d'origine intronique U20 : [thèse en partie soutenue sur un ensemble de travaux] ». Toulouse 3, 1997. http://www.theses.fr/1997TOU30082.
Texte intégralRésumé :
La biogenese des ribosomes eucaryotes se deroule dans le nucleole qui contient une population complexe de petits arn (snoarn) interagissant avec l'arn preribosomique (pre-arnr). Chez les vertebres, de nombreux snoarn presentent la particularite d'etre codes dans des introns. Mon projet de these portait sur le snoarn intronique u20 choisi comme modele d'etude de la famille des snoarn antisens, famille dont les membres sont caracterises par des segments de complementarites avec l'arnr. Une approche in vivo par transfection transitoire dans des cellules murines en culture m'a permis d'observer que les signaux en cis requis pour la biosynthese de u20 sont localises dans les regions terminales 5'-3' de la sequence mature du snoarn et sont composes d'une tige bicatenaire 5'-3' terminale associee a deux courts motifs de sequence, les boites c et d retrouvees chez tous les snoarn de cette famille. L'identification d'un nombre important de snoarn antisens apparentes a u20 a revele que leurs complementarites a l'arnr recouvrent systematiquement des sites de methylation 2'-o-ribose dans l'arnr. De plus, dans les duplex snoarn : arnr, la position methylee est toujours appariee au 5#i#e#m#e nucleotide en amont du motif conserve cuga (boite d) suggerant que le snoarn apporte en trans l'information necessaire pour selectionner le nucleotide a modifier. Ce role de guide de methylation a pu etre confirme par une approche in vivo en exprimant des formes modifiees de u20 dans des cellules murines en culture. En effet, j'ai montre que la substitution du segment antisens naturel de u20 par une sequence complementaire a une region arbitrairement choisie de l'arnr suffit a determiner une nouvelle methylation. Cette approche m'a permis de caracteriser certains elements structuraux requis pour la reaction et de montrer que des arn cellulaires autres que l'arn endogene peuvent aussi etre modifies par des snoarn guides artificiels. Ces travaux ouvrent la voie a l'utilisation de la methylation dirigee pour alterer selectivement, au niveau post-transcriptionnel, l'expression des genes in vivo.
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Paleologue, Anne. « Contribution à l'étude de la localisation et du rôle de l'ARN 5S à l'intérieur des sous-unités ribosomiques 60S de foie de rat et du mode d'action d'une toxine, la ricine, sur ces sous-unités ». Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37608602n.
Texte intégral
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Daniel, Laurianne. « Human Ribosomal DNA and RNA Polymerase I Fate during UV-induced DNA Repair ». Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1093/document.
Texte intégralRésumé :
La réparation par excision de nucléotides (NER) garantit l'intégrité du génome lors de l'exposition aux rayons UV. Après irradiation aux UV, un des premiers problèmes rencontrés par la cellule est l'arrêt général de la transcription dû au blocage de l'ARN polymérase II (ARNP2) au niveau des lésions UV. Pour régler ce problème, le NER possède une voie de réparation spécifiquement couplée à la transcription (TCR). Les connaissances concernant le NER ont été obtenu via des études sur la transcription par l'ARNP2. Cependant, dans les cellules à fort métabolisme, plus de 60% de la transcription correspond à la transcription, dans le nucléole, de l'ADN ribosomique (ADNr) par l'ARN polymérase I (ARNP1). De nombreuses protéines sont absence du nucléole, c'est pourquoi certains processus nucléaires ne peuvent avoir lieu dans cette structure. Afin d ‘être répliqué et réparé, l'ADNr se déplace à la périphérie du nucléole. Malgré l'importance de la transcription par l'ARNP1, la réparation de l'ADNr a été peu étudiée chez l'homme. De plus, à notre connaissance, aucune étude ne s'est penchée sur le mécanisme moléculaire du déplacement de l'ADNr à la périphérie du nucléole. Notre étude démontre l'implication de la TCR dans la réparation de l'ADNr après lésions UV induites. De plus, nos recherches ont démontré que l'ARNP1 reste accrochée à l'ADNr et sont tous les deux délocalisés à la périphérie du nucléole après irradiation aux UV. Enfin, nous avons identifié l'actin et la moysine I nucléaires comme facteurs protéiques nécessaire à cette délocalisationNucleotide excision repair (NER) guarantees genome integrity and proper cellular functions against UV-induced DNA damage. After UV irradiation, one of the first burden cells have to cope with is a general transcriptional block caused by the stalling of RNA polymerase II (RNAP2) onto distorting UV lesions. To insure UV lesions repair specifically on transcribed genes, NER is coupled with transcription in an extremely organized pathway known as Transcription-Coupled Repair (TCR). Most of the knowledge about TCR has been gathered from RNAP2 transcription. However, in highly metabolic cells, more than 60% of total cellular transcription results from ribosomal DNA (rDNA) transcription, by the RNA polymerase I (RNAP1), which takes place in the nucleolus. Many nuclear proteins are excluded from the nucleolus and because of this some nucleolar processes cannot occur inside this structure. In order to be replicated and repaired rDNAs need to be displaced at the nucleolar periphery. Despite the importance of RNAP1 transcription, repair of the mammalian transcribed rDNA has been scarcely studied. Moreover, to the best of our knowledge no molecular mechanism has been proposed for rDNA displacement. Our study clearly demonstrated that the full TCR machinery is needed to repair UV-damaged rDNA and restart RNAP1 transcription. Our results show that UV lesions block RNAP1 transcription and that RNAP1 is firmly stalled onto rDNAs without being degraded. Our study also describes the displacement of the RNAP1/rDNA complex to the nucleolar periphery after UV irradiation and identifies both nuclear ß-actin and nuclear myosin I as factors required for this displacement
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PAUMARD, RIGAL SOLANGE. « Etude genetique et biochimique des variations de l'adn ribosomal du chromosome x chez la souche oregon r de drosophila melanogaster ». Paris 7, 1988. http://www.theses.fr/1988PA077135.
Texte intégral
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Bossevain, Clémentine. « Formation des P-bodies et régulations post-transcriptionnelles associées à leurs facteurs d'assemblage dans les cellules humaines ». Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. http://www.theses.fr/2020SORUS019.
Texte intégralRésumé :
Les P-bodies (PB) sont des granules ribonucléoprotéiques concentrant des milliers d’ARNm particulièrement riches en AU, et une centaine de protéines. Parmi celles-ci, 3 répresseurs de la traduction : DDX6, LSM14A et 4E-T sont indispensables à l’assemblage des PB. Dans une 1ère partie, nous nous sommes intéressés au mécanisme d’assemblage des PB. Nous avons identifié par une approche de TAP-tag et de spectrométrie de masse les partenaires de LSM14A, de son paralogue LSM14B et de 4E-T. Le croisement de leurs interactomes avec ceux, déjà connus, de DDX6 et des PB révèle 8 nouveaux candidats d’assemblage des PB. Nous montrons que l’un d’eux, ILF3, contribue au maintien des PB. Nous montrons par ailleurs qu’une fraction de LSM14A est associée au complexe d’initiation de la traduction. La 2nde partie porte sur l’influence du contenu en GC sur les régulations post-transcriptionnelles. Nous avons cherché : si DDX6, LSM14A et 4E-T ont des préférences de liaison à l’ARN expliquant l’accumulation préférentielle d’ARNm riches en AU dans les PB, quelles informations apporte la localisation des cibles des miARN dans/hors des PB sur le mécanisme de régulation des ARNm par les miARN, et quels autres paramètres que le contenu en GC influenceraient la localisation des ARNm aux PB. Nos analyses montrent : que 4E-T est la seule des 3 protéines d’assemblage des PB à manifester une préférence de liaison pour les ARNm riches en AU, que la localisation dans les PB des cibles des miARN est associée à une répression de leur traduction dépendante de DDX6, et que la rétention d’ARNm riches en AU sur les membranes et les ribosomes concurrence leur recrutement aux PBP-bodies (PBs) are ribonucleoprotein granules where thousands of mRNAs especially AU-rich, and hundreds of proteins concentrate. Among these proteins, three repressors of translation: DDX6, LSM14A and 4E-T are required to assemble PBs. In a first part, we looked at PB assembly mechanism. We identified by a TAP-tag approach coupled to mass spectrometry analysis protein partners of LSM14A, its paralog LSM14B and 4E-T. Crossing their interactomes with already known DDX6 and PB interactomes revealed 8 new PB assembly candidates. We demonstrate that one of them, ILF3, contributes to PB maintenance. Concerning LSM14A, we show that a fraction of LSM14A associates to the initiation complex. In a second part, related to the influence of GC content on post-transcriptional regulations, we asked: if DDX6, LSM14A and 4E-T have a RNA-binding preference that could explain accumulation of AU-rich mRNAs in PBs, how global localization of miRNA targets in/out PB is informative in regards to mRNA regulation mechanism by miRNAs, and which other parameters apart from mRNA GC content could influence mRNA localization to PBs. Our analyses show: that out of the 3 PB assembly factors, only 4E-T has a preference for AU-rich mRNAs, that localization to PBs of miRNA targets is correlated to their translational repression by DDX6 and that retention of AU-rich mRNAs on membranes and ribosomes competes with their localization to PBs
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Lapensée, Martin. « Caractérisation biochimique de l'ARN hélicase Dpb4 ». Mémoire, 2008. http://www.archipel.uqam.ca/1679/1/M10650.pdf.
Texte intégralRésumé :
Les mécanismes qui entrent en jeu dans la maturation de l'ARN ribosomique (ARNr) restent toujours obscurs. Dbp4 est une ARN hélicase putative qui fait partie du groupe des hélicases
« DEAD-box ». Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, Dbp4 aurait un rôle à jouer dans la maturation du pré-ARNr 35S. Les ARN hélicases ont généralement une activité ATPasique dépendante de la présence d'ARN. De plus, la plupart des hélicases possèdent des domaines supplémentaires en N-et en C-terminal qui pourraient être nécessaires pour l'activité et/ou pour conférer la spécificité pour un substrat. Nous désirons déterminer les caractéristiques biochimiques de Dbp4. Cette enzyme est pourvue d'un très long domaine C-terminal qui contient un motif de liaison protéique « coiled-coil ». La présence de ce motif suggère que Dbp4 pourrait nécessiter l'assistance de protéine(s) cofacteur(s) pour avoir une activité ATPasique et/ou hélicasique. Des tests d'interaction dans le système double hybride de levure ont permis d'identifier une interaction entre Dbp4 et les protéines Bfr2, Esf1 et Enp2. Les conditions optimales pour l'activité ATPasique sont une incubation à 37 °C dans un tampon HEPES à pH 7.5 avec 10 µg d'ARN total de levure. Dbp4 possède une activité ATPasique qui augmente de quatre à cinq fois en présence d'ARN. La protéine Dbp4 recombinante sans la section C-terminale a été produite et des tests d'activité ATPasique ont été effectués. Selon nos observations, la section C-terminale de Dbp4 joue un rôle important pour l'activité ATPasique. Finalement, la production d'anticorps anti-Dbp4 chez le lapin nous a donné deux anticorps, A et B, capables de détecter Dbp4. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Hélicase, ATPase, ARNr, DEAD-box, Dbp4, Saccharomyces cerevisiae, Double hybride et coloration au vert de malachite.
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Bélanger, François. « Étude des interactions fonctionnelles de la tétraboucle 900 de l'ARN ribosomique 16S dans le ribosome bactérien ». Thèse, 2005. http://hdl.handle.net/1866/15202.
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