Littérature scientifique sur le sujet « Indicateur de pollution fécale »

Abstract Cet article présente une revue de la cinétique, des modèles de conception et de l’influence des variables du type biotique qui concernent l’abattement des indicateurs de pollution d’origine fécale — en particulier les bactéries coliformes — dans les étangs aérés servant à l’épuration des eaux résiduaires d’origine municipale. L’article synthétise les modèles qui ont été proposés pour la cinétique de disparition des indicateurs fécaux dans les étangs, ainsi que les modèles de prédiction, à l’état permanent, des concentrations d’indicateurs dans l’effluent d’étangs, tant en régime hydraulique des types piston, mélange complet ou mélange intermédiaire. Aussi, les modèles statistiques sont discutés brièvement. L’article identifie les divers rôles que jouent les variables biotiques dans le phénomène d’abattement et dans les propriétés des indicateurs de pollution fécale. Plus spécifiquement, les effets qu’exercent les algues, les prédateurs, les coliphages, les oiseaux, les animaux et autres sur le procédé d’inactivation des entérobactéries, ainsi que le facteur R, sont passés en revue. Globalement, cet article fait l’état des progrès réalisés au niveau de la compréhension du phénomène de disparition naturelle des indicateurs fécaux, et identifie les directions de recherche qui semblent les plus nécessaires en vue d’améliorer les techniques d’analyse et les méthodes de conception des systèmes d’étangs.

L'analyse bactériologique des eaux de surface dans un effluent urbain et en milieu marin côtier montre une contamination saisonnière mais fréquente de ces eaux par les Aeromonas mobiles. L'évolution spatiale et temporelle des abondances de ces bactéries, en relation avec certains facteurs environnementaux, a été étudiée pendant un an dans le rejet final épuré et dans les eaux marines réceptacles de l'effluent. Ces bactéries présentent, dans les eaux lagunaires, des évolutions saisonnières identiques à celles des coliformes fécaux avec des densités élevées en période froide (moyenne : 29·106 UFC/100 mL) et faibles en période chaude (moyenne : 6·106 UFC/100 mL). L'abattement des abondances d'Aeromonas se trouve corrélé à une forte irradiation et à une faible turbidité. Le déversement des eaux de la station d'épuration dans les eaux marines côtières de la région n'induit pas globalement de modifications de la forme de comportement des bactéries témoins de contamination fécale. À l'opposé, l'évolution des abondances des Aeromonas spp. mobiles s'inverse pour devenir maximale en période chaude (moyenne : 56 CFU/100 mL pour S3) et minimale en période froide (moyenne : 5 CFU/100 mL pour S3). La salinité paraît responsable de la déstabilisation des séquences saisonnières des Aeromonas et de leur réduction à des concentrations non détectables dans les volumes d'eaux analysés. La présence de ces bactéries dans les effluents épurés, parfois à des concentrations supérieures à celles des coliformes fécaux, pose un problème d'intérêt sanitaire et montre clairement que les bactéries témoins de contamination fécale ne peuvent pas être prédictives de la présence ou de l'absence d'Aeromonas et, par conséquent, ne peuvent pas être considérées comme un bon indicateur de pollution.

La présence de bactéries hétérotrophes dans les eaux de consommation (robinet filtrée sur unités domestiques ou embouteillées) constitue un problème difficile à résoudre car on connaît très mal leurs effets sur la santé humaine. Deux points de vue s'affrontent: l'une perçoit ces bactéries comme des bactéries sans aucune importance quel que soit leur nombre, l'autre suppose que certaines d'entre elles sont potentiellement pathogènes et que l'on ne doit pas leur permettre de se multiplier indûment dans l'eau de consommation. Ces bactéries hétérotrophes sont présentes partout et elles trouvent dans l'eau de consommation une niche écologique qui permet parfois leur croissance en grand nombre (e.g., nodules du réseau, tuyauterie des maisons, chauffe-eau, eaux embouteillées, filtre à charbon actif, etc.). Elles ne sont généralement pas d'origine fécale et ne peuvent donc pas servir d'indicateur de pollution fécale. De plus, les indicateurs fécaux tels les coliformes ou Escherichia coli ne peuvent servir à décrire ce groupe de bactéries. Des études réalisées aux États-Unis chez des familles consommant de l'eau filtrée sur filtres à usage domestiques n'ont pas mis en évidence d'effet sur la santé de concentrations élevées de bactéries hétérotrophes. D'autres études ont suggéré qu'une forte croissance de ces bactéries pouvait même être inhibitrice de la croissance des coliformes fécaux et de certaines bactéries pathogènes. Enfin, on a mis en évidence dans certains cas un effet inhibiteur de la présence de grand nombre de ces bactéries lors de l'énumération des bactéries indicatrices par filtration sur membrane. Au contraire, des études canadiennes récentes suggèrent que la présence de bactéries hétérotrophes en grand nombre pourrait avoir des effets sur la santé des consommateurs d'eau. Ces effets ont été observés lors de la prolifération de la flore bactérienne hétérotrophe dans les réservoirs d'unités de filtration par osmose-inversée. Enfin, des bactéries possédant des facteurs de virulence, et pouvant donc initier des maladies, ont été identifiées dans les eaux de consommation et posent le problème sous un angle nouveau. Les indicateurs dont nous disposons pour évaluer les effets sur la santé des eaux de consommation sont de plus en plus remis en question. Les indicateurs de pollution fécale étant inadéquats pour l'évaluation des risques sur la santé il faudra maintenant nous tourner vers d'autres méthodes pour la surveillance des risques associés à la consommation d'eau. n est très difficile avec les informations dont nous disposons maintenant, de définir si l'on doit réglementer le nombre de bactéries hétérotrophes ou si l'on doit tout simplement faire tous les efforts pour éviter les recroissances non-contrôlées.

Ces dernières années, le bassin versant de Didagou à Dapaong a été transformé en dépotoir par les populations, occasionnant la pollution du barrage de Kalsom qui approvisionne la ville en eau potable. Cette étude avait pour objectif de faire l’état des lieux de la pollution des ressources en eau du bassin. L’évaluation de la qualité physicochimique et bactériologique a été réalisée sur 26 échantillons en janvier et Octobre 2019 en utilisant les méthodes normalisées de l’Association Française de Normalisation. Les résultats ont révélé qu’en saison pluvieuse, tous les échantillons analysés ont été pollués par au moins un germe indicateur de pollution fécale. Les puits traditionnels étaient plus contaminés (92% de non-conformité). Dans la même saison les concentrations en nitrates, nitrites et phosphores étaient à la hausse. Aussi, les facteurs de concentration des éléments traces métalliques par rapport à la valeur guide OMS dans les échantillons prélevés allaient de 1,6 à 2,5 pour le Mercure ; de 1,13 à 2,3 pour le Cadmium ; de 1,18 à 6 pour le plomb et de 2,3 à 6,7 pour l’Arsenic. La qualité actuelle des ressources en eau dans le bassin de Didagou est non satisfaisante, malheureusement ces eaux sont par ignorance consommées par la population.

En vue d’offrir des éléments de base pour mieux apprécier la qualité des eaux de la rivière Gbecheho, nous avons procédé à une caractérisation physico-chimique et bactériologique des eaux de cette rivière. Pour ce faire, des données ont été collectées pendant la période de Novembre 2017 à Décembre 2018 au niveau de différents sites d’échantillonnage. Sur ces échantillons, les paramètres physico-chimiques classiques ont été déterminés par des méthodes électrochimiques, colorimétriques et l'analyse microbiologique a été réalisée par la technique de filtration membranaire.Les résultats ont montré que les eaux analysées sont faiblement minéralisées et contenaient toutes des germes indicateurs de pollution fécale. La non-conformité de ces eaux était liée à la turbidité, à la température, au fer total, au chlore résiduel, au nitrite et aux germes suivants :E coli, E faecalis, Coliforme totaux, Coliforme Thermo tolérants, Pseudomonas, Anaérobies sulfito-réducteurs. Ainsi, pour minimiser des éventuels risques sanitaires, l’adoption des mesures d’hygiène est à envisager en vue de préserver la santé des populations,.

Groundwater from boreholes, though generally considered as potable water, is vulnerable to both microbial pollution and unsuitable physical characteristics. An assessment of the microbial quality and the physical properties of groundwater from boreholes was accordingly carried out in Buea and Tiko subdivisions to determine these parameters. In particular, the presence of coliform bacteria and an eventual isolation of E. coli and Salmonella spp which are faecal indicator organisms were carried out. A total of 46 samples were collected from 29 randomly selected boreholes and their physical parameters (temperature, pH, EC, TDS and turbidity), and microbial content analyzed. Physical parameters were measured in-situ using portable field devices while total coliform count and isolation of faecal coliforms (E. coli and Salmonella spp) were determined using standard microbiological methods with reagents, Violet Red Bile Agar, Mackonkey Agar and Salmonella Shigella Agar respectively. The results indicated that the physical characteristics of the water (pH range 4.9-8.4; EC range 90µS/cm-233µS/cm; TDS range 61 mg/L-1630 mg/L; Turbidity range 0.44NTU-59.80NTU) were within WHO guidelines for potability except for the turbidity with barely two samples that fell within the acceptable range of 1.5NTU. Total coliform counts ranged from 1x100CFU/ml to 3x103CFU/ml and 72.41% of the samples exceeded the WHO recommended 0.0 CFU/100 ml. E. coli was isolated in 76.47 % while Salmonella spp was isolated in 82.35% of the samples. This pioneer study on groundwater quality from boreholes in the study area reveals that the water is vulnerable to bacteriological pollution and therefore not potable. This necessitates awareness creation of the community on the regular disinfection of groundwater from boreholes. RESUMELes eaux souterraines des forages, bien que généralement considérées comme de l’eau potable, sont vulnérables à la fois à la pollution microbienne et à des caractéristiques physiques inappropriées. Une évaluation de la qualité microbienne et des propriétés physiques des eaux souterraines des forages a donc été réalisée dans les départements de Buea et Tiko pour déterminer ces paramètres. En particulier, la présence de bactéries coliformes et un éventuel isolement d’E. Coli et l’espèce de Salmonella qui sont des organismes indicateurs de contamination fécale ont été réalisés. Au total, 46 échantillons ont été prélevés dans 29 forages sélectionnés au hasard et leurs paramètres physiques (température, pH, CE, TDS et turbidité) et leur contenu microbien ont été analysés. Les paramètres physiques ont été mesurés sur place à l’aide d’appareils de terrain portables, tandis que le nombre total de coliformes et l’isolement des coliformes fécaux (E. coli et Salmonella spp) ont été déterminés à l’aide de méthodes microbiologiques standard avec des réactifs, la gélose violette rouge, la gélose Mackonkey et la gélose Salmonella Shigella respectivement. Les résultats ont indiqué que les caractéristiques physiques de l’eau (plage de pH 4,9- 8,4; plage CE 90µS/cm-2330µS/cm; plage TDS 61 mg/L-1630 mg/L; plage de turbidité 0,44NTU- 59.80NTU) étaient conformes au directives de l’OMS pour la potabilité. Seul, la turbidité avait à peine deux échantillons qui se situaient dans la plage acceptable de 1,5NTU. Le nombre total de coliformes variait de 1x100 CFU/ml à 3x103 CFU/ml et 72,41% des échantillons dépassaient les 0,0 CFU/100 ml recommandés par l’OMS. E. coli a été isolé dans 76,47% tandis que l’espèce Salmonella a été isolée dans 82,35% des échantillons. Cette étude pionnière sur la qualité des eaux souterraines des forages dans la zone d’étude révèle que l’eau est vulnérable à la pollution bactériologique et donc non potable. Cela nécessite une prise de conscience de la communauté sur la désinfection régulière des eaux souterraines des forages.

L’étude menée présente l’état actuel de la vulnérabilité des nappes libres (la nappe du sable du cordon littoral et la nappe du continental terminal) de la ville d’Aného au Togo. Elle s’est basée sur la méthode dite « DRASTIC ». Les résultats ont permis de distinguer deux classes de vulnérabilité pour l’aquifère du continental terminal et de deux classes pour celui du sable du cordon littoral. Les degrés de vulnérabilité obtenue vont de « moyen » à « très élevés » et de « élevés » à « très élevés » pour l’aquifère du continental terminal d’après les classifications d’ALLER et de ENGEL. Ces degrés vont de « élevés » à « très élevés » pour l’aquifère du sable du cordon littoral d’après les classifications d’ALLER et de ENGEL. Afin de confronter les résultats d’évaluation de vulnérabilité, plusieurs sondages et mesures de terrains ont été réalisés. Ainsi, il apparait que les cartes de vulnérabilité obtenues sont valides dans la mesure où, sur le terrain, il existe des facteurs anthropiques qui rendent d’avantage les aquifères plus vulnérables. L’observation de l’environnement immédiat des puits a permis de constater que les puits présents à Aného sont traditionnels, non protégés et vétustes pour la plupart. Les ouvrages d’assainissement (fosses septiques, toilettes à chasse manuelles et puisards à fond perdu) sont à proximité des puits ce qui augmente le risque de pollution. L’eau des nappes et celle de la lagune ont été analysées et les germes indicateurs de contaminations fécales et les principaux polluants physico-chimiques ont été déterminés. Du point de vue bactériologique, les résultats ont montré que tous les échantillons ne sont pas satisfaisants par rapport aux germes recherchés. Un indice de contamination fécale a été calculé, il a permis de constater que les eaux étudiées son fortement polluées. Les résultats d’analyse physico-chimiques ont indiqué une pollution en nitrates, sulfates et en chlorures dans les eaux. This paper focuses on the current status of the vulnerability of the unconfined aquifers (the coastal sand aquifer and the terminal continental aquifer) of the city of Aného in Togo. It was carried out based on the "drastic" method. The results helped to distinguish between the two classes of vulnerability for the terminal continental aquifer and the two classes for the coastal sand aquifer. The degrees of vulnerability obtained range from "medium" to "very high" and from "high" to "very high" for the terminal continental aquifer according to the classification of Aller and Engel. These degrees also ranged from "high" to "very high" for the barrier sand aquifer according to the Aller and Engel classifications. In order to compare the results of the vulnerability assessment, several boreholes and field measurements were carried out. Thus, it appears that the vulnerability maps obtained are valid insofar as, in the field, there are anthropic factors that make the aquifers more vulnerable. Observation of the immediate environment of the wells revealed that the wells in Aného are traditional, unprotected, and mostly obsolete. Sanitation facilities (septic tanks, manual flush toilets and cesspools) are located near the wells, which increases the risk of pollution. Groundwater and lagoon water were analyzed and the indicator germs of fecal contamination and the main physico-chemical pollutants were determined. From a bacteriological point of view, the results show that all the samples were not satisfactory with respect to the germs sought. An index of fecal contamination was calculated, indicating that the studied waters are strongly polluted. The results of physico-chemical analysis also show pollution in nitrate, sulphates, and chloride in the waters.

Le contrôle de la qualité de l’eau joue un rôle important dans la santé publique car celle-ci est susceptible d’engendrer des altérations catastrophiques sur le sol, sur l’organisme humain et en général à la santé de la population. Lors de la pratique d’activités aquatiques les maladies infectieuses se développant par ingestion d'eau contaminée pourraient provoquer, des gastroentérites, des dermatites, des otites externes et des conjonctivites. L’objectif de l’étude, réalisée de juillet à Septembre 2021 était de contribuer à l’évaluation de la qualité microbiologique des eaux de baignade. La méthode de filtration sur membrane utilisée a montré la présence des indicateurs bactériologiques de pollution à l’exception des prélèvements effectués sur les fleuves où les Entérocoques Intestinaux étaient absents. Les Entérocoques Intestinaux et Escherichia coli ont été utilisés comme repère dont les valeurs seuils sont fixées par l’OMS. Au niveau des ruisseaux, sur 20 prélèvements, 2 ont été positifs pour les Entérocoques Intestinaux (330 germes/100ml) et 13 positifs pour Escherichia coli (611 germes/100ml). Des 6 prélèvements des rivières, 1 a été positif pour les Entérocoques Intestinaux (310 germes/100ml) et 4 pour Escherichia coli (500 germes/100ml).La présence des bactéries indicatrices de contamination fécale indique le risque potentiel que représentent ces sources d’eau. The control of water quality plays an important role in public health because it is likely to cause catastrophic alterations on the ground, on the human organism and in general on the health of the population. During the practice of aquatic activities, infectious diseases developing by ingestion of contaminated water could cause gastroenteritis, dermatitis, otitis externa and conjunctivitis. The objective of the study, carried out from July to September 2021, was to contribute to the assessment of the microbiological quality of bathing water. The membrane filtration method used showed the presence of bacteriological indicators of pollution with the exception of samples taken from rivers where intestinal enterococci were absent. Intestinal enterococci and Escherichia coli were used as benchmarks, the threshold values of which are set by the WHO. At the stream level, out of 20 samples, 2 were positive for Intestinal Enterococci (330 germs/100ml) and 13 positive for Escherichia coli (611 germs/100ml). Of the 6 river samples, 1 was positive for Intestinal Enterococci (310 germs/100ml) and 4 for Escherichia coli (500 germs/100ml). The presence of faecal indicator bacteria indicates the potential risk posed by these water sources.

Les résultats de plusieurs études épidémiologiques prospectives récentes portant sur l'ensemble des catégories de baignades (eaux de mer, eaux de lacs, eaux de rivières) s'accordent pour montrer que les risques liés à la baignade dans les eaux polluées par les rejets des collectivités humaines, sont principalement des affections gastro-intestinales dont les taux d'incidence, similaires d'une étude à l'autre, sont toujours bien corrélés avec les niveaux d'abondance des streptocoques fécaux. Ce groupe de germes apparaît donc comme un indicateur de risque sanitaire et devrait à ce titre servir de paramètre de contrôle pour, mettre en évidence tes situations de pollution, suivre l'efficacité des processus épuratoires, et établir la conformité des eaux de baignade, ce qui n'est pas le cas actuellement. A niveau d'indicateur égal les taux d'incidence des affections gastro-intestinales sont différents pour les eaux de mer et les eaux douces, ce qui rend discutable l'adoption de critères de qualité identiques pour les deux catégories de baignades.Certaines études seulement, mettent en évidence un autre risque sanitaire significatif, celui des affections dermatologiques. L'origine en est vraisemblabtement multiple, et ne peut être rattachée à ta seule contamination des eaux de baignade par les eaux usées.

Les virus entériques sont à l’origine de pathologies liées au péril fécal et dans l’état actuel des connaissances, la recherche des indicateurs de pollution fécale conventionnels (i.e. Escherichia coli, entérocoques) peut s’avérer inefficace pour évaluer le danger viral. La définition d’autres indicateurs pour gérer le danger lié à la présence des virus entériques dans les matrices hydriques et alimentaires est aujourd’hui nécessaire. Parmi eux, les bactériophages ARN F-spécifiques (FRNAPH) présentent plusieurs intérêts. Ces virus d’origine entérique sont présents en quantité importante dans les eaux usées. Très proches des virus entériques en termes de structure, ces microorganismes présentent l’avantage d’être facilement cultivables. Ils sont enfin souvent étudiés pour déterminer l’origine d’une pollution fécale (i.e. humaine ou animale). Certaines limites leur sont cependant fréquemment associées, que ce soit en termes de corrélation avec les pathogènes entériques ou concernant leur potentiel pour discriminer l’origine d’une pollution. Dans ce contexte, l’objectif du travail présenté ici était de préciser l’intérêt des FRNAPH en tant qu’indicateurs de pollution fécale mais aussi en tant qu’indicateurs de pollution virale dans l’environnement et les coquillages. Ces travaux ont permis dans un premier temps d’améliorer la capacité des FRNAPH à identifier les contaminations d’origine humaine. Nos résultats soulignent par ailleurs la plus-value apportée par la recherche des FRNAPH en cas de pollution fécale massive, en particulier si on s’intéresse à la contamination des coquillages. En effet, contrairement aux indicateurs bactériens, l’accumulation des FRNAPH ainsi que leur persistance dans ces aliments est très comparable à celles des virus entériques (i.e. norovirus). Enfin, en utilisant des méthodes de détection comparables, une forte corrélation entre la présence des FRNAPH d’origine humaine et celle des norovirus a été observée dans les coquillages. Compte tenu de ces résultats, une méthode de détection assurant la détection sensible des FRNAPH infectieux d’origine humaine dans différents types de matrices hydriques ou alimentaires (e.g. eaux de surface, fruits de mer, fruits rouges, salades) est proposée pour améliorer la gestion du danger viral
Enteric viruses are a leading cause of fecal-oral route transmitted diseases and currently, conventional fecal indicator bacteria (i.e. Escherichia coli, enterococcus) fail to assess this kind of hazard. In this context, the use of more efficient indicators to assess the hazard linked to viruses in water or foodstuff is required. F-specific RNA bacteriophages (FRNAPH) present numerous benefits for this purpose. Of enteric origin, these viruses are found in high concentrations in wastewater. Sharing many structural similarities with pathogenic enteric viruses, FRNAPH are easily cultivable and their potential to track the origin of the pollution is also often investigated. However, some limits are still associated with these indicators, regarding to their ability to track the origin of the pollution or concerning the lack of correlation with pathogens. In this context, the aim of this work was to make clear the potential of FRNAPH as fecal and as viral indicators in environmental waters and shellfish. As a first step, their ability to track human pollution was optimized. In addition, our results underlined the gains bringing by FRNAPH detection, especially when focusing on shellfish microbiological quality management. Indeed, unlike fecal indicator bacteria, the accumulation of FRNAPH and their persistence in shellfish have been found to be close to that of enteric viruses (i.e. norovirus). Furthermore, when using comparable methods for their detection, high correlation was observed between human FRNAPH and norovirus in shellfish. Taking into account these observations, a sensitive method allowing the detection of infectious FRNAPH of human origin was developed to improve viral hazard management in water and food commodities (e.g. environmental waters, shellfish, soft fruits, leaf)

Actuellement le contrôle microbiologique du milieu hydrique repose uniquement sur la recherche d'indicateurs bactériens de contamination fécale tels que les coliformes thermotolérants, E. Coli, les entérocoques et les spores de bactéries anaérobies sulfito-réductrices. Or, ces indicateurs bactériens sont de mauvais indicateurs de la contamination virale. Il est donc nécessaire de définir un ou plusieurs indicateurs qui prennent en compte le risque viral lié au milieu hydrique. Dans ce contexte, certains bactériophages ont été proposés pour jouer ce rôle. Il s'agit des coliphages somatiques des bactériophages F-spécifiques et des phages de Bacteroides fragilis. Notre travail a consisté à comparer les informations apportées d'une part par les indicateurs bactériens classiques et d'autre part par les bactériophages afin de déterminer si ces derniers apportent des informations originales en tant qu'indicateur. Ainsi, six microorganismes (coliformes thermotolérants, entérocoques, spores de bactéries anaérobies sulfito-réductrices, coliphages somatiques, bactériophages F-spécifiques et phages de Bacteroides fragilis) ont été comparés en tant qu'indicateur d'efficacité des traitements d'épuration des eaux usées, en tant qu'indicateur de la contamination fécale des eaux de rivière et des eaux souterraines et enfin, en tant qu'indicateur de la contamination spécifiquement virale des eaux de rivière. Notre travail a montré que, en terme d'efficacité de traitement, les indicateurs phagiques n'apportent pas d'informations supplémentaires par rapport aux indicateurs bactériens lorsqu'un traitement biologique classique est analysé qu'il soit ou non suivi d'un traitement tertiaire de déphosphatation. Par contre, lorsqu'un traitement de désinfection par UV est appliqué après un traitement biologique, des différences importantes au niveau de l'abattement de la charge fécale apparaissent. Les spores sont les plus résistantes suivies des phages de Bacteroides fragilis et des bactériophages F-spécifiques. Les entérocoques présentent une résistance intermédiaire alors que les coliformes thermotolérants et les coliphages somatiques apparaissent comme les plus sensibles au traitement. En ce qui concerne l'estimation de la charge fécale dans les eaux de rivière et les eaux souterraines, nous avons introduit la notion d'abattement de la contamination fécale initiale (ACFI). Ceci nous a permis d'évaluer la qualité d'une eau pour chaque indicateur et de constater que, dans l'eau de rivière, les coliformes thermotolérants sous- estiment le niveau de la charge fécale alors que les coliphages somatiques donnent une estimation plus importante de la pollution fécale dans l'espace et le temps. L'explication de ce phénomène a été en partie donnée par les résultats de l'étude de survie réalisée in vitro à partir d'échantillons d'eau de la rivière Moselle. Ces résultats démontrent en effet que les coliphages somatiques survivent significativement plus longtemps que les coliformes thermotolérants quelles que soient les conditions expérimentales (température et composition de l'eau). Au cours de la dernière partie de notre travail consacrée à la contamination virale proprement dite, seuls les coliphages somatiques et les coliformes thermotolérants ont été pris en compte en tant qu'indicateur. Concernant les virus pathogènes, nous avons recherché les entérovirus par culture cellulaire et RT -PCR qualitative (in situ) ou quantitative (in vitro) ainsi que les Norwalk-like virus par RT-PCR qualitative (in situ). Nos résultats in vitro montrent que, dans l'eau de rivière, le génome viral peut être considéré soit comme un indicateur de contamination fécale spécifiquement viral qui présente la même écologie que les virus pathogènes infectieux, soit comme un indicateur de la pollution virale qui sur-estime légèrement le risque par rapport aux virus infectieux. L'étude in situ dans les eaux de la rivière Moselle, si elle n'a pas permis la mise en évidence d'entérovirus infectieux, a montré que lorsque les concentrations en coliphages somatiques augmentent, la probabilité de détecter du génome viral augmente également ce qui n'est pas le cas avec les coliformes thermotolérants. De plus, nous avons observé que la quasi-totalité des échantillons positifs en génome viral (33/34) est obtenue lorsque la concentration en coliphages somatiques est supérieure à 100 ufp/100mL. Nous proposons donc cette valeur en tant que seuil dans l'évaluation du risque viral dans les eaux de rivière.

La population est de plus en plus sensible à la qualité de son cadre de vie et l'évolution réglementaire s'en est fait écho. L'Union Européenne vient ainsi d'adopter une nouvelle directive concernant la gestion des eaux de baignade en milieu naturel (qui sera transposée en droit français en 2008), en vue de : - renforcer les normes sanitaires, - privilégier une gestion globale des plages par des actions concertées et durables - et informer la population avec clareté et réactivité. D'ici à 2015, tous les Etats membres doivent parvenir à un bon état microbiologique de leurs eaux côtières, à la même échéance que l'atteinte du bon état écologique des masses d'eau prescrit par la directive cadre sur l'eau (2000/60/CE). Les collectivités de Biarritz et Anglet (France, 64) ont anticipé ces dates butoirs et sollicité leur délégataire de service public, Lyonnaise des eaux, pour l'élaboration d'outils de surveillance active de leurs eaux de baignade. L'objectif de ce travail de recherche est donc de proposer à ces collectivités un outil d'aide à la décision qui permettra de gérer de manière rationnelle la fermeture et la réouverture des plages, afin d'assurer un niveau élevé de protection des baigneurs. Il s'agit sonc : - d'anticiper les risques de dégradation de la qualité bactériologique des eaux de baignade liés aux différents rejets dans le milieu marin, à l'aide d'un outil de surveillance suivant des seuils d'alerte déterminés. - et de disposer d'une méthode d'analyse bactériologique adaptée, avec un temps de réponse minimal qui donnera une forte précision pour l'aide à la prise de décision.

Dans cette thèse, nous avons choisi d’étudier la composante virale d’un site lagunaire exposé aux rejets domestiques, agricoles et industriels : la Lagune Ebrié bordée par la ville d’Abidjan, en Côte d’Ivoire. Les objectifs de cette thèse visaient (1) à caractériser les viromes benthiqes et planctoniques dans 7 sites de cette lagune présentant des niveaux d'eutrophisation contrastés, en distinguant les viromes ADN et ARN, et (2) à examiner les stratégies de reproduction virale. Pour cela, une approche métagénomique shotgun combinée à des analyses bioinformatiques a été utilisée. Nous avons montré que la composition des viromes ADN était spécifique à chaque compartiment (plancton/benthos). À l’inverse, la composition des viromes ARN était plus influencée par le niveau d’eutrophisation du milieu. Les viromes des sites les plus eutrophisés présentaient des séquences associées aux pathogènes humains d'origine fécale et aux indicateurs de pollution fécale humaine. L’étude des interactions entre les virus et leurs hôtes bactériens, a permis de montrer que cette lagune tropicale était plus propice aux stratégies lytiques de reproduction virale dans les stations les plus eutrophes. Enfin, en utilisant une approche basée sur la prédiction théorique des hôtes bactériens, nous avons pu montrer la fiabilité de l’approche choisie générant des profils taxonomiques bactériens comparables à ceux obtenus par l’approche classique basée sur le métabarcoding ciblant le gène ARN 16S. Ce travail de thèse a donc permis d’apporter un jeu de données unique, mais aussi de nouvelles connaissances fondamentales sur la composition du virome de sites aquatiques soumis à de forts niveaux de pollution.u
In this thesis, we chose to study the viral community in a tropical lagoon exposed to domestic, agricultural and industrial discharge : the Ébrié Lagoon bordering the city of Abidjan in the Ivory Coast. The objectives of this study were (1) to characterize the benthic and planktonic viromes in seven sites in the lagoon with contrasting levels of eutrophication, distinguishing between DNA and RNA viromes, and (2) to examine the reproductive strategies of viruses. To this end, we used shotgun metagenomic sequencing combined with bioinformatics analysis. The key findings showed that the composition of DNA viromes was specific to each compartment (plankton/benthos). Conversely, the composition of RNA viromes was more influenced by the level of eutrophication than by the compartment. Viromes of the most eutrophicated sites contained sequences associated with human pathogens of faecal origin and with indicators of human faecal pollution. The study of interactions between the viruses and their bacterial hosts showed that the most eutrophic sites in this tropical lagoon were more conducive to lytic viral reproductive strategies, while lysogeny was more common in the most oligotrophic sites. Lastly, the results of an approach based on the theoretical prediction of bacterial hosts via the Prokaryotic virus Host Predictor indicated the reliability of this tool in generating taxonomic profiles of bacterial hosts comparable to those obtained by the classical approach based on metabarcoding targeting the 16S rRNA gene. This study provided not only a unique dataset, but new fundamental knowledge on the composition of the virome of aquatic sites subjected to high levels of pollution

Dans de nombreux pays en développement, la qualité médiocre de l'eau constitue une menace majeure pour la santé humaine. Par ailleurs, le manque d'accès à l'eau potable et à l'assainissement sont un frein majeur au développement. La Fleuve Rouge est le deuxième plus grand fleuve au Vietnam et constitue la principale source d'eau pour la population du Nord-Vietnam. Cette thèse présente les résultats des observations et de la modélisation des bactéries indicatrices de la contamination fécales (BICF) et du carbone organique (CO) dans la Fleuve Rouge. Le modèle Seneque/RIVERSTRAHLER utilisant l’ensemble des données recueillies a permis d'étudier la dynamique et la répartition saisonnière des BICF et du CO dans la Fleuve Rouge et ses affluents. Un scénario, basé sur l’évolution démographique et les changements d’usage des terres prévus à l'horizon 2050, a montré une augmentation limitée des nombres des BICF par rapport à la situation actuelle. Ceci est particulièrement le cas pour la ville d’Hanoi même si la population devrait tripler d'ici 2050. Les apports en CO et la respiration hétérotrophe résultant du CO abouti à un système qui est une forte source en CO2 pour l’atmosphère. Les résultats du modèle reflètent également l'importance des différents usages des terres, le débit et la prédominance des sources diffuses relatifs aux sources ponctuelles sur les BIFC et CO dans le Fleuve Rouge. Cette thèse fournit de nouvelles informations sur les teneurs en BICF et CO dans la Fleuve Rouge ainsi qu’une base de discussion pour les décideurs sur la gestion future des eaux usées rejetés dans ce Fleuve
In many developing countries, poor water quality poses a major threat to human health and the lack of access to clean drinking water and adequate sanitation continues is a major brake on development. The Red River is the second largest river in Vietnam and constitutes the main water source for the population of North Vietnam. This thesis presents the results from observations and modeling of both faecal indicator bacteria (FIB) and organic carbon (OC) in the Red River system, North Vietnam. The objective of this work was to measure FIB numbers and OC concentrations in this system and then to model these parameters in order to investigate scenarios for 2050 when population in the area is estimated to have doubled. The dataset was then modeled using the Seneque/Riverstrahler model in order to investigate the dynamics and seasonal distribution of FIB and OC in the Red River and its upstream tributaries. A scenario, based on the predicted changes in future demographics and land use in the Red River system for the 2050 horizon, showed only a limited increase of FIB numbers compared with the present situation. This was particularly the case in Hanoi even though the population is expected to triple by 2050. The OC inputs and the resulting heterotrophic respiration of this OC resulted in a system that was a strong CO2 source. The model results also reflected the importance of land use, discharge and the dominance of non-point sources over point sources for FIB and OC in the Red River. This thesis provides some new information on FIB in the Red River as well as providing a base for discussion with decision makers on the future management of wastewater in the Red River

Face à l'ampleur des atteintes portées à l'environnement et aux écosystèmes, les législations internationales et européennes donnent de l'importance aux dommages environnementaux dans les processus décisionnels à l'origine des politiques publiques. Ainsi, par exemple, il est fort probable que, d'ici peu, les aménageurs soient amenés à prendre en compte de façon plus rigoureuse l'ensemble des dommages environnementaux associés à leurs projets d'aménagement. Or, lorsque l'on traite d'aménagements en milieux sensibles, les outils économiques existants atteignent des limites qui semblent difficiles à dépasser. Cette thèse a pour objet d’adapter la méthode Habitat Evaluation Procedure (HEP), une méthode d'évaluation par équivalence utilisée aux Etats-Unis, et d’utiliser les mesures de compensation comme indicateur du coût environnemental des projets
Due to the extent of damage caused to the environment and ecosystems, international and European legislation gradually emphasize the integration of environmental damage in decision-making processes. As a consequence, land planners may, for instance, soon have to take more rigorously into account environmental damage resulting from their infrastructure development plans. Environmental economists thus have to assess more accurately the environmental costs of such plans. Yet, when dealing with land planning in complex natural areas, existing valuation methods are reaching their limits. In this thesis, we propose to use the compensatory mitigation process to assess environmental costs by adapting the Habitat Evaluation Procedure (HEP), an equivalence-based valuation method used in the United States

Les bactériophages ARN F-spécifiques sont des virus qui infectent Escherichia coli et possèdent une structure et une taille comparables à celles des principaux virus entériques pathogènes. Ils sont proposés comme indicateurs de pollution fécale du milieu hydrique, comme modèles du comportement des virus pathogènes dans l’environnement et comme outil de discrimination de l’origine de la pollution fécale. En effet, dans les eaux usées, il a été rapporté que les génogroupes II et III avaient principalement une origine humaine alors que les génogroupes I et IV avaient, quant à eux, plutôt une origine animale. Paradoxalement, peu de données existent quant à la répartition des différents génogroupes dans les eaux naturelles. L’objectif de ce travail a, par conséquent, été de préciser les relations existantes entre les différents génogroupes des phages ARN F-spécifiques et la pollution fécale et virale des eaux naturelles. Tout d’abord, nous avons développé les premiers systèmes de RT-PCR en temps réel capables d’identifier les quatre génogroupes dans les eaux environnementales. La sensibilité, la spécificité et la rapidité de détection constituent les avantages majeurs de cette approche. Par rapport aux outils existants, cette méthode permet de s’affranchir de l’étape de culture et donc de minimiser les problèmes engendrés par des taux d’inactivation importants des particules virales infectieuses, en réponse aux stress environnementaux. En effet, les études de persistance, réalisées aussi bien dans l’eau usée que dans l’eau souterraine, démontrent que, selon les conditions expérimentales, le génome phagique est de 3 à 20 fois plus résistant que les phages infectieux. Dans un second temps, l’analyse d’échantillons d’eaux usées urbaines nous a permis de vérifier que, malgré le changement de référentiel de mesure (génome versus particule infectieuse) inhérent à notre méthode de détection, les bactériophages ARN F-spécifiques pouvaient donner des informations intéressantes quant à la caractérisation de la pollution fécale. Dans ce type de milieu, les génogroupes II et III sont majoritairement retrouvés à des concentrations relativement stables au cours du temps. De manière ponctuelle, la présence du génogroupe I a pu, à la fois, être mise en relation avec les précipitations et avec la présence de pathogènes à caractère zoonotique (Cryptosporidium et Giardia), suggérant un apport de pollution animale par des phénomènes de ruissellement. Ceci a conforté l’idée que le génotypage pourrait constituer un outil intéressant de discrimination de l’origine de la pollution fécale. En revanche, la comparaison des résultats de génotypage aux concentrations en virus pathogènes montre que ces phages ne sont pas adaptés à la prédiction de la présence de norovirus et d’entérovirus, en raison d’un caractère saisonnier de ces derniers. Les deux études de cas consacrées aux eaux naturelles constituent l’étape majeure de notre étude. Dans un contexte de pollution principalement anthropique, il est démontré qu’au niveau de l’eau de rivière, le génogroupe II est très majoritairement observé. Les variations de concentration de ce génogroupe ont pu être corrélées positivement avec les indicateurs bactériens (E. coli, entérocoques) et avec les adénovirus humains attestant de son origine fécale humaine. Le génogroupe I est également très souvent représenté mais avec de plus amples variations de concentration. Ce génogroupe n’a été corrélé ni aux indicateurs bactériens, ni au génogroupe II, ni aux adénovirus humains, étayant l’hypothèse d’une autre origine de ce génogroupe. La corrélation positive avec les valeurs de turbidité de l’eau laisse supposer un apport de ces phages suite à des événements de ruissellement. Ainsi, dans l’eau de rivière, les génogroupes I et II semblent apporter des informations intéressantes quant à l’origine de la pollution fécale. Dans ce cadre, nous proposons l’utilisation d’un ratio de concentrations des génogroupes I et II pour caractériser la pollution fécale. A titre d’exemple, pour une concentration en E. coli de 3,6 log10 NPP/100mL, la valeur du log10 (GGII/GGI) peut être aussi bien de 3,8 que de -1,7. Avec la turbidité de l’eau, ce ratio a été le seul paramètre permettant de distinguer une modification dans la nature de la pollution fécale. Le génome des phages ARN F-spécifiques n’a pas été mis en évidence dans les prélèvements d’eaux souterraines protégées de la pollution fécale. Par contre, du génome d’adénovirus humains a été identifié dans 7 échantillons sur 60. Ainsi, des marqueurs plus persistants que le génome des phages ARN F-spécifiques peuvent être détectés. Au cours de l’étude de persistance menée dans ce milieu, aucune dégradation de l’ADN n’a été observée sur les 200 jours de l’expérience, supportant l’idée que l’ADN est un marqueur de pollution fécale extrêmement conservateur. Finalement, les méthodes nouvellement développées au cours de cette thèse ont abouti à une meilleure connaissance de la distribution des différents génogroupes au sein des eaux naturelles. Le génotypage des phages ARN F-spécifiques apporte des informations originales par rapport aux indicateurs bactériens, mais ne constitue pas, à lui seul, l’indicateur universel de pollution fécale ou virale des eaux
F-specific RNA phages, which are non pathogenic viruses with similar size and structure to human enteric viruses, have been proposed like faecal pollution indicators, like models for pathogenic viruses in environment and like tools for microbial source tracking. The key trait on which the F-specific RNA phage approach of source tracking is based is that genogroups I and IV are predominantly isolated from non human faeces, while genogroups II and III are predominantly isolated from human faeces and sewage. Paradoxically, few data are available as for the genogroups distribution in environmental waters. So, the topic of this study was to provide additional information about the relationships between the genogroups of F-specific RNA phages and the level of faecal and viral pollution to environmental waters. First, the methodological work undertaken at the beginning of this project made it possible to develop the first real-time RT-PCR assays able to typing the F-specific RNA phages. The major advantages of this approach are a good sensitivity, a quick detection and a great specificity. Compared with the current tools, this method allows to avoid the phage cultivation and thus to play down the biases associated with the survival characteristics of infectious F-specific RNA phages in the environmental waters. Indeed, survival studies, realized in urban wastewater and also in ground water, have shown that the inactivation rates of infectious particles are always more important that this of viral RNA, whatever the experimental design was. Secondly, the analysis of urban wastewater samples enabled to check that F-specific RNA phages could give interesting information as for the characterization of faecal pollution in spite of the change of reference frame of measurement inherent in our detection method (genome versus infectious particle). In these kinds of samples, the majority of phages isolated belonged to the genogroups II and III, and they exhibited steady concentrations. In several particular samples, the high concentration of genogroup I phages has been associated with rainfall events and with the presence of zoonotic pathogens (Cryptosporidium and Giardia). This observation suggests the presence of an animal pollution after streaming phenomena. All the results obtained with urban wastewaters strengthen the use of F-specific RNA phages like reliable source identification tool. On the other hand, the comparison between the pathogenic virus concentrations and the results of genotyping has shown that phage genogroups are not relevant indicators for the presence of enteric viruses. For instance, norovirus and enterovirus concentrations in wastewater displayed a seasonal distribution while human genogroups exhibited steady concentrations over the time. Thirdly, two particular case studies devoted to natural waters constitute the major aspect of our work. In river water principally influenced by human wastes, genotyping results show that genogroup II is very largely isolated. For the first time, positive correlations between the concentrations of genogroup II phages, bacterial indicators (E. coli, enterococci) and human adenoviruses was observed, which attests the human faecal origin of this genogroup. Genogroup I was also often isolated but it appeared irregularly distributed. The correlation analysis has shown that genogroup I was linked neither with the concentration of genogroup II nor with that of bacterial or viral faecal indicators. The absence of a link between the concentrations of these two genogroups supports the assumption of another faecal origin. Conversely, a relationship was shown between genogroup I and the water turbidity observed at the sampling. This suggests that the origin of this genogroup could be related to streaming phenomena following precipitations. Thus, in river water the genogroup I and II would be the two most interesting genogroups in order to characterize faecal pollution. As a consequence, genogroup II/genogroup I ratio may be an interesting tool for faecal source tracking. Indeed, depending on the sign of the ratio, it seems possible to determine the main source of pollution at a given point. For example, for an E. coli concentration of 3.6log10 MPN/100mL, log-ratio values could as well be 3.8 as -1.7. With the water turbidity, this log-ratio was the only parameter enabled to highlight a change of faecal pollution nature. In ground waters protected from faecal pollution, genome of F-specific RNA phages was not observed while genome of adenoviruses was isolated in 7 samples on the 60 analyzed. This observation suggests that more persistent markers than RNA of phages could be detected in ground waters. More over, in persistence study, no degradation of adenoviral DNA was observed during all the time (200 days) of the experiment. Finally, the typing method newly developed during this study led to a better knowledge of the distribution of different the genogroups within environmental waters. F-specific RNA phage typing provides original information compared to the bacterial indicators, but does not constitute alone the universal indicator of faecal or viral pollution of waters

La zone littorale du plateau continental renferme une grande richesse écologique. Or, cette zone présente une grande fragilité vis-à-vis des xénobiotiques ; la pollution de ce milieu peut porter atteinte à la structure des biocénoses et à la productivité des écosystèmes. Les métaux sont des constituants normaux de l'environnement à l'état de traces, contrairement à de nombreux contaminants, et sont tous toxiques au dessus d'un certain seuil. A la fin des années 1970, plusieurs chercheurs proposent l'utilisation d'organismes pour évaluer la qualité du milieu marin ; c'est dans ce contexte que naît le concept de bio-indicateur. La magnoliophyte marine Posidonia oceanica (L. ) Delile, endémique de Méditerranée, a fait l'objet de plusieurs travaux proposant d'utiliser cette espèce pour déterminer les concentrations métalliques du milieu. Toutefois, un certain nombre d'axes d'étude restait encore à explorer afin de qualifier cette espèce de bio-indicateur. Les résultats de ce travail valident l'utilisation de cette espèce en tant qu'outil fiable pour l'évaluation de la contamination métallique des écosystèmes littoraux. En effet, ce travail a permis : (i) de mieux comprendre les processus d'accumulation des métaux traces par Posidonia oceanica ( influence de l'âge et de la croissance des tissus foliaires dans l'accumulation métallique ) ; (ii) de confirmer la grande sensibilité de cette espèce comme traceur de la contamination métallique (identification des apports métalliques associés à l'ancienne mine d'amiante de Canari et évaluation de l'étendue de l'impact de cette ancienne exploitation) ; (iii) de confirmer sa fiabilité comme bio-indicateur de contamination métallique (mêmes tendances observées chez cette espèce et le bio-indicateur Mytilus galloprovincialis Lamark, 1819 ). Posidonia oceanica apparaît, par conséquent, comme un outil intéressant dans le cadre de la mise en oeuvre de réseaux de surveillance à l'échelle de la Méditerranée. Une technique, consistant à prélever uniquement les limbes des feuilles adultes, est proposée dans la mesure ou elle permettra de réaliser des analyses de métaux traces sans entraîner la mortalité de la plante (espèce protégée dans de nombreux pays méditerranéens) et tout en conservant son intégrité. Des grilles préliminaires d'interprétation de la contamination métallique du milieu ont également été proposées pour le cadmium, le mercure, le nickel et le plomb (substances prioritaires ; Décision N° 2455/2001/EC ; EC, 2001). Enfin, ce travail montre également l'utilisation possible de Posidonia oceanica comme "traceur" de la contamination mercurielle passée grâce à la technique de la lépidochronologie
The coastal zone of the continental shelf contains a high ecological richness. However, this zone is very fragile towards xenobiotics ; the pollution of this environment can be damaging to the structure of the biocenoses and to the productivity of the ecosystems. Metals, contrarily to numerous contaminants, are normal constituents of the environment at a trace level, but are all toxic above a certain threshold. At the end of the 1970s, several researchers proposed the use of organims to evaluate the quality of the marine environment ; it is in this context that the bio-indicator concep arises. The seagrass Posidonia oceanica (L. ) Delile, endemic of the Mediterranean Sea, has been the subject of several work proposing to use this species to determine the metal concentrations of the environment. However, most studies carried out explorative research in order to qualify this species as bio-indicator. The results of this work validate the use of Posidonia oceanica as a reliable tool for the evaluation of metal contamination of coastal ecosystems. Inded, this work allowed : ( i ) to better understand the trace metals accumulation processes by Posidonia oceanica (influence of age and growth of foliar tissues in the metal accumulation ); (ii) to confirm the high sensitivy of this species as a tracer of metal contamination (identification of metal inputs associated to the previous asbestos mine of Canari and evaluation of the extent of the impact of this previous exploitation) ; (iii) to confirm its reliability as bio-indicator of metal contamination (same trends observed for this species and the bio-indicator Mytilus galloprovincialis Lamark,1819). Therefore, Posidonia oceanica appears as an interesting tool in the frame of setting up biomonitoring networks at the scale of the Mediterranean Sea. A technique, which consists in collecting only the blades of the adult leaves is proposed insofar as it will allow to carry out trace metals analyses without inducing the mortality of the plant (protected species in numerous Mediterranean countries) and conserving its integrity. Preliminary scales to interpret the level of metal contamination in the environment have equally been proposed for cadmium, mercury, nickel and lead (priority subtances ; Decision N° 2455/2001/EC ; EC, 2001). Finally, this work shows equally the possible use of Posidonia oceanica as a "tracer" of the past mercurial contamination thanks to the lepidochronology technique

Contribution a la connaissance du comportement et des flux de ces deux metaux dans le systeme cotier du saint laurent. Etude des niveaux de concentration et surveillance de la contamination par optimisation de l'outil de "moule-temoin

Le bassin versant de l’Escaut (20 000 km²) est caractérisé par forte densité de population (plus de 500 habitants par km2) et une activité agro-pastorale intensive. Les rivières de ce bassin sont sévèrement affectées par les rejets d’eaux usées domestiques, les effluents d’élevage et les eaux de ruissellement des sols agricoles. Le but de cette étude est :(i) d’évaluer la qualité microbiologique de ces rivières ;(ii) d'identifier et de quantifier les différentes sources de contamination fécale à l’échelle du bassin de l’Escaut; (iii) d’étudier les processus qui contrôlent le devenir des bactéries fécales en rivière; (iv) de développer des modèles numériques sur la base des travaux expérimentaux permettant de prédire la concentration des bactéries indicatrices dans les rivières du bassin de l’Escaut.

L’évaluation de la qualité microbiologique des principales rivières du bassin est basée sur le dénombrement de deux indicateurs de contamination fécale (Escherichia coli et entérocoques intestinaux). Les abondances des deux indicateurs dans les principales rivières du bassin indiquent très clairement que les eaux et les sédiments de ces rivières sont fortement contaminés par des micro-organismes entériques. Les sources prédominantes de la pollution fécale de ces rivières sont les rejets des effluents des stations d’épuration. Les niveaux de contamination les plus élevés sont observés dans la Senne en aval de Bruxelles et s’expliquent par le faible débit de la Senne comparé aux débits des effluents des deux stations d’épuration de Bruxelles. Les niveaux de contamination atteignent leur maxima à l’aval de Bruxelles par temps de pluie en raison des surverses de réseaux unitaires.

Les connaissances acquises sur les apports des bactéries indicatrices par les sources ponctuelles et les sources diffuses et sur le devenir des bactéries indicatrices ont permis de développer un module décrivant la dynamique des E. coli dans les rivières. Ce module est original par le fait de considérer trois compartiments de bactéries fécales (libres, attachées aux particules dans la colonne d’eau et présentes dans les sédiments) qui sont affectés différemment par les processus de transport et de disparition. Ce module a été couplé à deux modèles décrivant l’hydrodynamique respectivement de l’ensemble des rivières du bassin (SENEQUE-EC) et de la partie fluviale de l’Escaut sous l’influence de la marée et son estuaire (SLIM-EC2). Ces deux modèles permettent de décrire la distribution temporelle et spatiale des E. coli dans les eaux de surfaces et de prévoir les modifications de la qualité microbiologique des eaux suite à des changements de gestion des eaux usées.

Doctorat en Sciences
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