Littérature scientifique sur le sujet « Identificazione di specie »

Nel presente lavoro vengono riportate le informazioni essenziali su tassonomia e biologia nonché sugli aspetti ecologici degli adulti dei Culicidi italiani. Attualmente la fauna culicidica italiana comprende 64 specie appartenenti a 2 sottofamiglie e 8 generi. Alla sottofamiglia Anophelinae appartiene soltanto il genere Anopheles, presente con 16 specie raggruppate in due sottogeneri. Alla sottofamiglia Culicinae appartengono i rimanenti 7 generi: Aedes con 6 specie raggruppate in 3 sottogeneri, Coquillettidia con 2 specie, Ochlerotatus con 20 specie raggruppate in 3 sottogeneri, Culex con 12 specie raggruppate in 4 sottogeneri, Culiseta con 6 specie raggruppate in 3 sottogeneri, Orthopodomyia e Uranotaenia con una specie ognuna. In questo contesto vengono fornite le chiavi di identificazione specifica per le zanzare adulte, in italiano e in inglese. Le chiavi sono corredate da un’ampia iconografia (figure 1-75). Alle chiavi fa seguito la diagnosi morfologica dell’adulto di ogni specie con note sulla relativa biologia e distribuzione. Per ulteriori approfondimenti viene riportata la bibliografia completa sulle zanzare della fauna italiana dal 1960 ed i precedenti lavori più autorevoli.

Si rendono note le località italiane di raccolta di Alfieriella naxiana (Reitter, 1884), che figurava già citata per l’Italia, ma senza dati precisi. Con l’occasione si presenta una piccola revisione di tutte e tre le specie del genere rinvenibili lungo le coste del Mediterraneo centro- orientale, illustrando in particolare i caratteri edeagici che permettono una sicura identificazione dei taxa.

Viene riferito il ritrovamento a Pantelleria di <em>Persicaria senegalensis</em>, specie sinora mai segnalata in Italia. Segue una descrizione dettagliata e una chiave di tutte le specie del genere <em>Persicaria</em>, autoctone ed esotiche, presenti in Italia.

<p>Le linee guida comunitarie per monitorare lo stato di conservazione delle specie e degli habitat richiedono che gli Stati membri forniscano un’indicazione del “<em>Favourable</em> <em>Reference</em> <em>Value</em>” (FRV), o “Valore di Riferimento Favorevole”. Il FRV rappresenta un obiettivo di conservazione a lungo termine, tale da rappresentare una situazione indubbiamente favorevole per una data specie, in grado di garantirle ottime possibilità di persistenza nel lungo periodo. La disponibilità di FRV consente una valutazione più oggettiva e trasparente dello stato di conservazione di una specie. Il presente lavoro ha valutato lo stato di conservazione delle specie ornitiche nidificanti in Italia, sviluppando un metodo basato sui requisiti delle direttive comunitarie che integra al suo interno la definizione dei valori di riferimento. Attualmente, è stato proposto un metodo per la definizione dei FRV per popolazione, range e habitat per ciascuna specie, ma è stato possibile procedere ad una identificazione su base quantitativa del solo FRV relativo alla popolazione per le specie di uccelli regolarmente nidificanti in Italia e non attualmente in fase di espansione demografica in seguito a recente colonizzazione (ultimi 30 anni). L’approccio sviluppato per definire il FRV di popolazione ha previsto l’utilizzo di tecniche di <em>Population Viability Analysis</em> o, in alternativa, valutazioni basate sulla densità riproduttiva, secondo le caratteristiche di abbondanza e distribuzione delle specie nidificanti (popolazioni maggiori o minori di 2500 coppie, coloniali o non). Sono state prese in considerazione 250 specie nidificanti in Italia, di cui 88 (che comprendono due sottospecie) incluse nell’Allegato I della Direttiva Uccelli (147/2009CE). Complessivamente, per 46 popolazioni appartenenti a 20 specie inserite nell’Allegato I e per 10 popolazioni di 6 specie non incluse, è stato possibile calcolare un valore di FRV attraverso tecniche di PVA. Per 15 specie inserite nell’Allegato e per 92 specie non inserite è stato formulato un FRV in termini di densità riproduttiva a una o due scale spaziali; per le specie con popolazioni superiori a 2500 coppie esigenze spaziali elevate (territori o <em>home ranges</em> di decine di ettari o più) non è stato formulato il FRV a scala locale. Per valutare lo stato di conservazione è stato utilizzato un adattamento della classificazione a “semaforo” proposta dalla Commissione Europea per la Direttiva Habitat, attribuendo a ciascuna delle tre voci considerate (popolazione, range e habitat), un giudizio sintetico: <br />- favorevole: semaforo VERDE. Tutti favorevoli oppure due favorevoli ed uno sconosciuto;<br />- inadeguato: semaforo GIALLO. Uno o più inadeguato/i ma nessuno cattivo; <br />- cattivo: semaforo ROSSO. Uno o più cattivo/i; <br />- sconosciuto semaforo BIANCO. Tre sconosciuti oppure due sconosciuti ed un favorevole.</p><p>Prima di poter attribuire il giudizio a ciascuna voce, è necessario verificare se vi sono fattori che possono portare almeno uno dei tre valori di riferimento favorevole a non essere raggiunto, mantenuto o raggiungibile nel futuro prossimo (<em>warning</em> <em>lights</em>). Complessivamente, 42 specie incluse nell’Allegato I della Direttiva Uccelli hanno stato di conservazione cattivo, 39 inadeguato, 6 favorevole e 1 sconosciuto; tra le specie non inserite, 35 hanno stato di conservazione cattivo, 44 inadeguato, 67 favorevole e 16 sconosciuto Per alcune specie è stato possibile valutare lo stato di conservazione per singole bioregioni e sono state prodotte classificazioni “a semaforo” per ciascuna bioregione ospitante la specie in oggetto. Per essere in stato di conservazione favorevole, una specie non deve essere semplicemente al riparo dal rischio di estinzione, ma deve avere un ruolo “significativo” nel proprio habitat di riferimento, rinvenendosi con frequenze e densità soddisfacenti e ricoprendo le funzioni ecologiche che le sono proprie. Le forti pressioni cui molte specie e popolazioni sono sottoposte (cambiamenti climatici, continuo degrado ambientale, variazioni ad ampia scala nella dinamica di popolazione), rendono necessario valutare accuratamente le minacce e pressioni cui la specie/popolazione sono soggette o potranno esserlo nel prossimo futuro, anche in caso di popolazioni superiori al FRV. Risulta, infine, evidente come i FRV dovranno essere sottoposti a periodica rivalutazione e aggiornamento, sulla base soprattutto dei nuovi dati che ogni sei anni vengono forniti dal Reporting sull’applicazione della Direttiva Uccelli.</p>

La peritonite fungina rappresenta una grave complicanza infettiva che si manifesta nei pazienti con insufficienza renale cronica in trattamento con dialisi peritoneale. Presenta una mortalità superiore al 25% dei casi (1, 2) ed è responsabile di ‘drop out’ dalla metodica, rimozione del catetere di Tenckhoff ed ospedalizzazione. La diagnosi eziologica viene, spesso, posta tardivamente a causa della aspecificità dei sintomi e segni clinici della FP rispetto alle più frequenti forme batteriche nonché della lenta crescita colturale delle specie fungine. La rimozione del catetere è immediatamente indicata dopo la identificazione microscopica o colturale dei funghi (International Society for Peritoneal Dialysis Guidelines/Recommendation: 2010 update) (4). Per quanto riguarda, invece, la chemioterapia antimicotica, le linee guida internazionali non forniscono chiare indicazioni riguardo la scelta, le dosi e le varie associazioni terapeutiche né per ciò che si riferisce alla durata del trattamento, che talora è necessario proseguire per diverse settimane o mesi. In questo report descriviamo il caso di una signora di 70 anni, in trattamento con APD, che sviluppò una FP da Aspergillus niger. La pronta rimozione del catetere peritoneale e la somministrazione di voriconazolo per via endovenosa portarono a un rapido miglioramento della sintomatologia clinica ed alla completa risoluzione di tale complicanza.

PRAEVOLANTE NESCIO QUA INGENTI HUMANA SPECIE… UNA RICONSIDERAZIONE DEL GENIO ALATO ALLA BASE DELLA COLONNA ANTONINASulla base della colonna eretta in onore di Antonino Pio dopo la sua morte, nel 161 d.C, è scolpita una scena che rappresenta l'apoteosi dell'imperatore defunto e di sua moglie Faustina I, morta venti anni prima. Mentre Roma e il Campo Marzio stanno a guardare e acclamano i nuovi divi la coppia imperiale è trasportata in cielo da una grande figura alata maschile. Tale figura è ora interpretata generalmente come Aion, personificazione del tempo inteso nella sua infinita continuità, nella forma greco-romana piuttosto che in quella mitraica; secondo un'altra opinione si tratterebbe invece del Saeculum Aureum, personificazione della età dell'oro. In questo studio entrambe le interpretazioni sono prese in considerazione dal punto di vista iconografico e particolare attenzione è rivolta al significato dei tre segni zodiacali (dei Pesci, Ariete e Toro) raffigurati sul globo tenuto in mano dal genio alato. Viene respinta l'ipotesi di Turcan, per la quale questi segni zodiacali starebbero a rappresentare l'oroscopo corrispondente alia nascita del mondo, il thema mundi così come presentato da Firmico Materno e viene di conseguenza rigettata l'associazione di questo oroscopo con Aion. Al contrario si cerca qui di dimostrare come i tre simboli rappresentino la stagione primaverile e che insieme ad altri elementi relativi al genio alato essi sono intesi a rappresentare l'idea di un rinnovamento. Pur senza arrivare alia identificazione del giovane alato in se stesso con una stagione, viene però proposta una connessione tra quest'ultimo e le rappresentazioni delle stagioni su sarcofagi romani di età più tarda. L'idea di rinnovamento presente negli attributi della figura è inoltre vista come connessa con le opinioni relative alia vita dopo la morte, espresse dall'imperatore e co-dedicante della Colonna, Marco Aurelio. Questo potrebbe far pensare che un certo grado di influenza da parte imperiale abbia agito sulla committenza ed il contenuto del rilievo.

La revisione del subg. <em>Nepha</em> Motschulsky, 1864 (Carabidae, Bembidiina, gen. <em>Ocydromus</em> Clairville, 1806), basata sullo studio di un ricco materiale (oltre 7000 esemplari delle collezioni di 29 istituzioni pubbliche e di 37 privati) ha implicato numerosi cambiamenti nomenclatoriali e tassonomici. Dei 64 nomi di taxa presi in considerazione, riferiti a <em>Nepha</em>, 23 sono validi a livello specifico (di essi 2 sono ridenominazioni per omonimia), e 12 a livello sottospecifico (di essi 3 sono ridenominazioni per omonimia), mentre i rimanenti 24 sono semplici sinonimi. Nel presente lavoro vengono inoltre descritte 3 nuove specie e 3 nuove sottospecie. Sulla base di questa revisione, <em>Ocydromus</em> (<em>Nepha</em>) comprende 26 specie, di cui 22 monotipiche e 4 politipiche (una con 8 sottospecie, una con tre e due con quattro sottospecie). Vengono forniti sia il catalogo delle specie che una chiave dicotomica di identificazione. Ai fini della ricostruzione filogenetica sono stati studiati numerosi caratteri morfologici e la loro possibile evoluzione: 31 caratteri sono stati presi in considerazione per l’analisi cladistica, utilizzando il software Paup 4.0. Come sister group è stato inviduato il subg. <em>Testediolum</em> Ganglbauer, 1891, rappresentato esclusivamente da specie europee. Le specie asiatiche ad esso attribuite da altri autori, vengono considerate appartenenti al subg. <em>Peryphidium</em> Tschitschérine, 1895, che qui viene rivalutato. Dal punto di vista dell’analisi cladistica, <em>Nepha</em> non risulterebbe monofiletico, in quanto il clado <em>armeniacus-pinkeri</em> viene a porsi come sister group sia di Testediolum che delle altre specie di <em>Nepha</em>, che presentano come unica sinapomorfia l’assenza della stria apicale, con conseguente isolamento della setola apicale. La variabilità di questo carattere e l’analisi dei dati di distribuzione di <em>Nepha</em> e di <em>Testediolum</em> ci permette però di includere anche il clado <em>armeniacus-pinkeri</em> nel sottogenere <em>Nepha</em>. Il gruppo caucasicus è formato dalle specie basali di <em>Nepha</em>, mentre i gruppi <em>callosus</em>, <em>ibericus</em> e <em>tetragrammus</em> risultano essere quelli di origine più recente. L’elaborazione dei modelli di distribuzione di <em>Nepha</em> ci fa ritenere che l’area di origine di questo sottogenere sia rappresentata dal Ponto orientale. Quest’area presenta infatti il maggior numero di specie, con maggiore diversità morfologica ed ecologica, appartenenti sia ai gruppi basali (gr. <em>caucasicus</em>) sia a quelli più specializzati (gr. <em>menetriesii</em> e gr. <em>tetragrammus</em>). È possibile ipotizzare la presenza del progenitore del clado <em>Testediolum</em> + <em>Nepha</em> nell’Egeide (Balcani + Anatolia), tra i 13 ed i 14 Myr, quando l’Egeide non era in contatto con il Caucaso e il suo lembo N-occidentale si prolungava nelle Alpi. La presenza di un maggior numero di taxa nel Ponto orientale, e non nel Caucaso, potrebbe essere un indizio dell’origine e presenza di Nepha nella zolla egeica prima della sua connessione con la catena caucasica, avvenuta soltanto 6-5.5 Myr, nel Miocene superiore. In base alle attuali conoscenze non si può risalire agli eventi causali dell’origine delle specie del gr. caucasicus e di rufimacula e retipennis. I due gruppi composti da <em>Ocydromus menetriesii</em>,<em> O. hauserianus, O. syropalaestinus</em> e <em>O. delia</em>e il primo, ed <em>O. ibericus</em>, <em>O. grisvardi </em>e <em>O. fortunatus </em>il secondo, sarebbero invece il risultato di eventi cladogenetici pleistocenici, verificatisi durante uno o più periodi glaciali, a partire da un comune antenato presente in Anatolia per il primo gruppo e in Europa occidentale per il secondo. I progenitori del gruppo callosus sarebbero stati i primi a colonizzare l’Europa, ed i loro attuali discendenti (<em>O. callosus </em>e <em>O. schmidti</em>) presentano un’ampia distribuzione nell’area mediterranea, comunque fortemente rimodellata dagli eventi pleistocenici. Infine, il gruppo <em>tetragrammus</em> si sarebbe insediato in Europa più recentemente, colonizzandola attraverso due differenti strade; a N del mar Nero con <em>O. genei</em> e lungo le coste del Mediterraneo orientale con <em>O. vseteckai.</em>

Scopo del lavoro è quello di descrivere le caratteristiche morfologiche TC ed RM delle patologie espansive benigne nel soggetto adulto, correlando le alterazioni di densità alla TC e segnale alla RM, alle lesioni anatomo-patologiche presenti. Queste lesioni espansive benigne, infatti, rivestono un particolare interesse non solo perchè sono piuttosto rare, ma soprattutto perchè possono mimare patologia di altra natura, specie neoplastica maligna. Viene pertanto proposto uno schema di interpretazione delle immagini sulla base delle nozioni embriologiche e di sviluppo, allo scopo di effettuare una corretta diagnosi differenziale tra le lesioni congenite e quelle acquisite benigne nei confronti di quelle maligne. Sono stati valutati retrospettivamente i quadri morfologici TC e RM, eseguiti negli ultimi due anni ed effettuati secondo protocollo iniziale standardizzato, di 350 pazienti (174 maschi, 126 femmine, di età compresa tra i 16 e i 77 anni), con patologia espansiva del distretto testa-collo, accertata con esame clinico e/o strumentale endoscopico. Nella nostra casistica abbiamo riscontrato anche nell'adulto un discreto numero di soggetti affetti da patologia espansiva benigna nell'ambito delle regioni sopra- e sottoioidea del distretto testa-collo, confermata con la biopsia e/o dopo intervento chirurgico (47 casi). Abbiamo distinto diverse categorie principali di lesioni: Lesioni cistiche congenite: cisti di Tornwaldt (6), del dotto tireoglosso (5), delle tasche branchiali (5); Lesioni cistiche acquisite: laringoceli (2), laringomucopioceli (3); Lesioni Vascolari: malformazioni vascolari venose (3), linfangiomi (4); Lesioni neoplastiche benigne: paragangliomi (4), lipomi (2), tumori ghiandolari misti (3), neurinomi (2); Pseudotumori: vascolari: giugulare ectasica (2) e dissezione della carotide interna (2); ossei: osteofitosi vertebrale somatica ed interapofisaria (4). Non deve essere allora dimenticato che nel soggetto adulto si possano manifestare patologie espansive benigne, anche congenite, a primitiva localizzazione negli spazi fasciali profondi periviscerali, oppure in quelli sede delle principali stazioni linfoghiandolari del distretto testa-collo, il cui aspetto clinico-semeiologico è nella maggioranza dei casi del tutto aspecifico e pertanto pone seri problemi diagnostico-differenziali se non addirittura erronee diagnosi di natura. Viene quindi suggerito un razionale ricorso alla diagnostica per immagini TC e/o RM, tenuto conto che una corretta diagnosi differenziale di queste lesioni con effetto massa non può prescindere da una precisa identificazione dello spazio fasciale primitivo di origine e dall'analisi degli aspetti morfologici caratteristici, uniti a nozioni embriologiche, che possono aiutare ad escludere la natura maligna ed a formulare infine una corretta caratterizzazione etiologica, con ovvie conseguenze sulla prognosi e sulla pianificazione di un'idonea terapia.

La risonanza magnetica ha consentito un nuovo approccio diagnostico e una piu-approfondita conoscenza dei disordini di sviluppo, funzione e morfologia della regione ipotalamo-ipofisaria. L'intensità di segnale in RM è primariamente dipendente dal rapporto reciproco tra concentrazione di H2O e tessuti «solidi», rappresentati questi ultimi da macromolecole proteiche e lipidiche, fosfolipidi di membrana e glicolipidi. Sia la concentrazione che la struttura macromolecolare dei complessi ormonali presenti nell'ipotalamo e nell'ipofisi, come pure l'assenza o la presenza di sostanze paramagnetiche e ferromagnetiche ne influenzano il segnale in RM consentendo una discriminazione tra stati normali e patologici. L'ipotalamo è un regolatore cruciale di funzioni endocrine e vegetative. Esso contiene nuclei responsabili della sintesi dei «releasing hormones» diretti all'adenoipofisi attraverso il sistema portale, e i nuclei sopraottico e paraventricolare che sintetizzano ossitocina e vasopressina, trasportate lungo i processi assonali dei nuclei alia neuroipofisi. I complessi nucleari ipotalamici non so no chiaramente identificabili con la RM, mentre 1' Anatomia macroscopica dell'ipotalamo, del peduncolo ipofisario e della ghiandola ipofisi, distinta in lobo anteriore e posteriore, è riconoscibile in dettaglio. La chiarezza di dimostrazione di queste strutture è la ragione principale dell'utilità della RM nella diagnosi di patologie di questa regione. L'aspetto unico e peculiare dell'ipofisi alla RM è la drastica differenza di segnale, sulle immagini «pesate» in T1, tra lobo anteriore e posteriore nonostante la loro analoga concentrazione di acqua e macromolecole. In particolare è 1' alta intensità di segnale del lobo posteriore ad essere unica. Benché ancora non si sia giunti ad una accettabile spiegazione per l'alto segnale della neuroipofisi, va sottolineato come esso sia un marker diagnostico importante: esso è assente nel diabete insipido centrale, aiuta nel distinguere il diabete insipido dalla polidipsia primaria e può servire come indicatore di alterazioni disembriogenetiche. Il significato diagnostico dell'assenza dell'alto segnale della neuroipofisi si è modificato dalla prima osservazione di tale reperto nel diabete insipido centrale, reperto che inizialmente si pensava costante e indice sicuro di tale situazione patologica. Successivamente tale assenza e stata riscontrata in alcuni soggetti normali e in altri con diabete insipido nefrogenico. Per contro la sua identificazione in alcuni soggetti con diabete insipido centrale ha portato a concludere che la dimostrazione dell'iperintensita della neuroipofisi non indica necessariamente integrita funzionale dell'asse ipotalamo-ipofisario. Pertanto la RM è, al meglio, un'indagine qualitativa ma non in grado di esplorare la funzionalità ipotalamo-ipofisaria in modo quantitativo. La RM ha contribuito in modo sostanziale alia comprensione delle anomalie morfologiche ipofisarie riscontrabili nel nanismo ipotalamo-ipofisario. Adenoipofisi ipoplasica, peduncolo ipofisario sottile o assente e posizione ectopica della iperintensità della neuroipofisi sono l'insieme di anomalie riscontrabili in soggetti con deficit multiplo di ormoni ipofisari e nel 50% di soggetti con deficit isolato di ormone della crescita. Il rimanente 50% di questi ultimi presenta solo un'adenoipofisi ipoplasica. Molto probabilmente le forme più severe di nanismo ipotalamo-ipofisario sono legate ad un difetto di sviluppo embrionale dell'asse ipotalamo-ipofisario. La posizione ectopica della neuroipofisi sarebbe un indicatore di un errore nell'organogenesi che porta ad una mancata discesa dell'abbozzo neuroipofisario nell'interno della cavità sellare. Da ultimo, un basso segnale dell'adenoipofisi specie sulle immagini «pesate» in T2, dovuto a deposito di ferro, si rileva in pazienti talassemici post-trasfusi che sono spesso affetti da ritardo puberale correlabile all'ipopituitarismo. L'RM, in tal caso, si è dimostrata un utile test qualitativo della funzionalità gonadotropinica in quanto un maggior grado di ipointensità dell'adenoipofisi alla RM sembra correlabile con una scarsa risposta dell'LH al test di stimolazione con GnRH.

According to regulations in force in the hygiene sector (EC norms 178/2002, 852-853-854/2004, 2073/2005, 333/2007 and 1441/2007 ), this study involved the preparation of a traceability/retraceability model covering the many, varied, hygienic and health problems concerning stockfish, a traditionally important and significant product from the Italian fishing industry. This research was rendered more salient partly as a result of the modification of August 5 2005 to Italian Ministerial Decree of January 14 2005, regarding the Italian name for fish species of commercial interest. To receive the official denomination of stockfish species, two Gadids were identified: Gadus morhua (Gm) and Gadus macrocephalus. Study of the philogenesis and morphology of the Gadidae - with philogenetics, physiology, reproduction, type of fishing practised, on-board processing of catch (severing of jugular vein, decapitation, evisceration, removal of tail bone, descaling, washing, refrigeration), natural drying, and final classification of the product according to quality and size criteria -involves examination of how a single stage or a few stages may have a considerable effect, positive or negative, on the quality of the fresh or finished product. These aspects were discussed during two workshops at Tromsø and Høvik, in Norway. Comparisons revealed clearcut experimental guidelines for the primary filière of stockfish, highlighting risk assessment and identifying "Critical Points". Study continued in the field of molecular biology, for definitive identification of the species, both fresh and dried, in a rapid, precise and economical manner. For this purpose, muscle portions from 10 specimens of Gm were sampled, belonging to various populations found off the Norwegian coasts and others belonging to species philogenetically close to Gm, from a similar geographical habitat: Micromesistius poutassou, Melanogrammus aeglefinus, Gadiculus argenteus, Gadus (Merlangius) merlangus, Brosme brosme and Pollachius virens. These species, as regards both their morphological characteristics and their habitat, may enter the production of Norwegian stockfish to replace Gm. After DNA extraction, species identification was ascertained by PCR amplification and determination of nucleotide sequences. The two amplified regions contain a portion of the mitochondrial gene SSU-rRNA16S and one of the mitochondrial gene Cytochrome b, the sequences of which were compared with the GenBank database, allowing correct species identification. This meant that a DNA file could be compiled, useful for preparing a molecular assay for identifying Gm species. For this, a universal marker for use as an internal amplification check also had to be identified. The mitochondrial gene SSU-rRNA16S, which has the highest conserved nucleotide regions among all the Gadid species, turned out to be the most suitable. Initial difficulties were encountered in identifying a species-specific marker on which to design a PCR assay to amplify only Gm-DNA, and the first assay on mitochondrial gene CoxI turned out to be poorly specific, in that it also amplified a few other neighbouring species. An assay on mitochondrial gene ATP6_8 was thus designed, and later checks showed that it was sufficiently specific to identify Gm species correctly. The two assays (16S-universal and GmATP6_8) were carried out in real-time PCR, a tool which allows rapid, precise and lowcost analyses, since the whole post-PCR analytical phase can be eliminated. Then, 437 samples of dried Gadus morhua produced in 2006 and 50 produced in 2007 were procured from Italian fish markets, importers and wholesale distribution chains. Identification of each single sample was carried out by both visual and photographic inspection, and tissues from caudal and ventral fins were sampled. DNA was successfully extracted from 306 samples and analysed by 16S-universal and GmATP6_8 (1st screening phase: analysis of ?Ct with Gm ?Ct < 3). Of these two asays, 35 were then submitted to sequence analysis (2nd screening phase), both to verify if the assay was specific even on dried products (15 samples chosen at random) and in order to recheck any samples that had been considered as dubious during the first screening phase (20 samples: 9 with ?Ct > 3 and 11 with ?Ct > 5). For sequence analysis, a region of gene ATP8_6 was amplified, including the portion used for the real-time PCR assay. Thus, sequencing determined both the correct species and verified the aligned regions of the primers used for the GmATP8_6-assay. The group with ”Ct < 3" that is, definitely identified after the 1st screening phase - contained 278 samples, i.e., 90.85 % of the total. After sequencing of all selected samples, only two of the nine with ?Ct >5 (the threshold identifying Gm), turned out to be non-Gm (Melanogrammus aeglefinus and Pollachius virens, respectively). In parallel, a statistical study was also carried out in support of some characterisation problems encountered in stockfish, and, after identification of some informational variables associated with specificity, it was possible to compare later batches of product with their declared contents and also to compare groups of different batches, to establish if they did or did not belong to the same population. The variables in question were physical (size, weight, volume) and biochemical (concentration of some biochemical species of interest). The main morphometric measurements were collected and filed, and digital software was then used to create a set of descriptive and inferential statistics. Analysis focused in particular on one subgroup of a stockfish batch/, in which each subgroup regarded a particular variety of the product, identified by an established series of criteria concerning the qualitative properties of stockfish. Descriptive statistics: for each morphometric measurement and subgroup of interest, position and variability measurements were carried out and frequency histograms and box-plots were prepared. Inferential statistics: for each morphometric measurement and subgroup of interest, the confidence intervals of the mean populations and standard deviations were made for each population. For each subgroup, the simultaneous confidence interval of the means of the two morphometric measurements for the reference populations and the confidence interval of the correlation between them was made. A comparative study among subgroups - for each morphometric measurement and for each pair of such measurements - is almost completed. After inferential analysis, a map of morphometric characteristics was constructed, showing the following: 1) characterisation of each subpopulation of interest; 2) comparison of the morphometric characteristics of each subpopulation of interest; 3) list of criteria for later implementation of technical control and monitoring statistics for stockfish. With careful attention to "Good Practices in Processing", identification of"Critical Points" during fishing and processing, and the proposed inspection techniques and molecular biology and statistical techniques, it may be stated that a valid model for the traceability/retraceability of a fish product has been prepared, suitable for examining and safeguarding aspects concerning risk assessment, hygiene and health, and marketing, from the sea to the table.

La sperimentazione condotta nel presente lavoro di tesi riguarda la tecnica di micropropagazione e le contaminazioni che possono insorgere durante le fasi di lavorazione degli espianti. La micropropagazione consiste nella propagazione agamica di cellule di piante, tessuti e organi isolati da una pianta madre su un substrato di crescita in condizioni strettamente asettiche. Le contaminazione nelle colture in vitro da parte di funghi, lieviti e batteri costituiscono una problematica comune in grado di comportare perdite economiche per le aziende. L’identificazione degli organismi in grado di provocare le infezioni rappresenta il primo passo importante per definire i metodi di lotta e di prevenzione più adeguati. A partire da tre vasi di micro propagati di nocciolo, carciofo e noce è stato possibile identificare i batteri Kocuria marina, Kocuria kristinae e Acinetobacter radioresistens, i quali si trovano principalmente sui tessuti umani e animali. Il processo di identificazione è avvenuto tramite l’estrazione del DNA, la sua quantificazione e sequenziamento. I risultati ottenuti ci permettono di ipotizzare che le procedure di lavorazione delle operatrici sotto cappa a flusso laminare risultano essere insufficienti a garantire la sterilità del materiale vegetale. In conclusione, per evitare contaminazioni da batteri provenienti dall’epidermide potrebbero essere adottati accorgimenti atti a ridurre il contatto tra l’operatore e le colture sterili, come per esempio utilizzando il sapone chirurgico o spazzole, e indossando guanti e indumenti protettivi.

Le metodologie acustiche sono tecniche molto efficienti per stimare l’abbondanza delle risorse pelagiche. Tuttavia l’identificazione dei target acustici richiede ancora un processo caratterizzato da una certa soggettività perché basato sull’esperienza di chi interpreta gli ecogrammi e sulle informazioni biologiche. In questo lavoro diverse procedure sono state applicate ai dati acquisiti durante i survey acustici condotti nel Canale di Sicilia per identificare le specie più abbondanti, E. encrasicolus, S. pilchardus, e rendere la metodologia più oggettiva. I risultati indicano che una discriminazione tra banchi appartenenti a differenti specie appare possibile utilizzando nei modelli decisionali variabili morfologiche, batimetriche ed energetiche del banco, relative a più frequenze. Il metodo descritto ha consentito inoltre di acquisire informazioni sugli habitat preferenziali delle due principali specie target.
Acoustic techniques are efficient tools for the abundance estimation of many pelagic fish species. However the technique still requires some subjective judgment when allocating the acoustic data, fish-school echotraces, to particular species. This is assisted by trawl data and operator experience in the scrutiny of echograms. In this work different procedures are applied to acoustic data, acquired during survey carried out in the Sicilian Channel, to the aim of identify the most abundant species, E. encrasicolus, S. pilchardus, and create a tool for objective species allocation. The results indicate that a discrimination between the two species seems possible using a set of morphological, bathymetric and energetic school descriptors with a classification tree approach. The method described here was also able to get important information on the preferential habitat of the two main species.

L’isola di Torcello costituisce un fondamentale intermezzo nel passaggio fra i centri emporiali perilagunari e la nascita della Serenissima, ed è divenuta negli ultimi anni oggetto di numerose ricerche. La presente tesi prende in considerazione il materiale ligneo carbonizzato recuperato durante gli scavi archeologici e si pone due obiettivi: - l'identificazione delle specie legnose, condotta sulla base delle caratteristiche anatomiche attraverso l’uso dello stereomicroscopio, del microscopio ottico a luce trasmessa su sezioni sottili e del microscopio a scansione elettronica. Tale indagine ha lo scopo di contribuire alla ricostruzione di quella che fu la vegetazione della Torcello abitata e delle terre circostanti, mettendo in luce le eventuali importazioni di materiale dall'entroterra. - l'indagine del grado di carbonizzazione di campioni selezionati, proponendo a questo scopo la Spettroscopia ATR (Riflettanza Totale Attenuata), la Spettroscopia Raman e la Termogravimetria a scansione differenziale (TG-DSC), con l'intento di correlarlo ad una stima della loro temperatura di carbonizzazione. L'intento di tale studio è di far luce sulla natura del materiale usato per alimentare i focolari studiati, volendo comprendere se si trattasse di legna reperibile sull'isola o di carbone prodotto ad hoc, un ambito di ricerca fino ad ora poco indagato e che trova pochi riscontri bibliografici. La possibilità di ottenere tali informazioni con metodi non invasivi o che richiedano una minima quantità di campione potrebbe in una fase successiva rivelarsi di grande utilità nella ricostruzione delle tecnologie di lavorazione, per esempio, di forni per la cottura di ceramiche o vetro.

Nella presente ricerca sono state affrontate due principali tematiche: lo studio della biodiversità delle macroalghe e la valutazione del loro potenziale sfruttamento. L’impiego del DNA barcoding ha permesso di identificare 28 specie, contribuendo all’ampliamento del BOLD Systems (www.boldsystems.org), tra cui due specie criptiche e tre aliene. È stato altresì valutato il potenziale impiego in ambito biotecnologico di alcune specie. Sono stati estratti polisaccaridi solfonati da alghe brune che hanno mostrato un’attività anticoagulante su eritrociti umani maggiore a quella dell’eparina. Inoltre, è stata valutata l’efficacia della clorofilla-c quale colorante per celle fotovoltaiche (DSSC), mostrando un buon rendimento energetico. Dai risultati ottenuti è possibile suggerire come alcune macroalghe della laguna di Venezia possano trovare impiego nell’industria farmaceutica e nel settore delle energie rinnovabili. Inoltre, lo sfruttamento di specie invasive consentirebbe la conversione di un prodotto di rifiuto in una preziosa risorsa, integrandosi in un processo di sviluppo sostenibile
In the present research, I deal with two major topics: biodiversity of macroalgae and their potential exploitation. The use of DNA barcoding allowed to identify 28 species, among which two cryptic and aliens, improving the BOLD Systems (www.boldsystems.org). Furthermore, the biotechnological potential of some species was evaluated. Brown algal sulphate polysaccharides showed anticoagulant activity on human red blood cells higher than heparin. Moreover, the performance of chlorophyll-c as a dye in photovoltaic cells (DSSC) was tested resulting a good energetic efficiency. Obtained results proved that some macroalgae from Venice lagoon might be used in pharmaceutical industry and in renewable energies. Besides, the exploitation of invasive species would allow the conversion of a waste into a valuable resource in the framework of a sustainable development process.

Le specie aliene invasive possono influenzare negativamente le componenti biotiche e abiotiche delle aree di introduzione, alterare le comunità ecologiche, favorire la diffusione di patogeni e/o malattie determinando gravi danni alla biodiversità, salute ed economia. Capire le dinamiche alla base del processo di invasione, nei suoi aspetti teorici e pratici, è la chiave per prevenire ulteriori invasioni e per migliorare la gestione delle specie introdotte evitando effetti avversi sull’ambiente e sulla biodiversità locale. La cimice marmorizzata bruna, Halyomorpha halys (Hemiptera, Heteroptera) è una specie aliena invasiva nativa dell’Asia orientale. È stata segnalata per la prima volta, al di fuori del suo areale originario, in Nord America e recentemente in Europa, dove si sta rapidamente diffondendo. Oltre ad essere un infestante urbano nelle aree di introduzione, questa cimice sta causando enormi perdite economiche in agricoltura essendo altamente polifaga e presentando due generazioni all’anno. Gli obiettivi di questo studio di Dottorato erano: i. l’applicazione di metodi molecolari per la determinazione delle strategie di introduzione e dispersione delle popolazioni introdotte, ii. l’individuazione precoce dei propaguli di H. halys, iii. l’identificazione dei potenziali predatori autoctoni. Come prima parte del progetto è stata condotta un’analisi esplorativa della struttura genetica delle popolazioni italiane e Greche mediante il metodo del Restriction site associated DNA sequencing (RADseq), al fine di identificare la variabilità genetica, i pattern di introduzione e dispersione degli individui con l’aplotipo mitocondriale più diffuso, secondo uno studio precedente (Cesari et al. 2018). L’analisi ha evidenziato la presenza di due gruppi principali, il primo include solo individui dall’Emilia-Romagna (IT), mentre il secondo include individui dal Nord Italia, Toscana (IT) e Grecia. Un’analisi più dettagliata ha suggerito un’ulteriore suddivisione del secondo gruppo in tre sottogruppi, due includono individui da differenti aree geografiche mentre, uno include solo individui dal Veneto (IT) ed è il gruppo con la maggiore diversità. Tali risultati suggeriscono che le popolazioni analizzate hanno avuto origine da invasioni multiple e la presenza di due gruppi geograficamente misti, ha evidenziato l’elevata mobilità della specie probabilmente avvantaggiata dalle attività umane. Una seconda parte del progetto si è focalizzata sul testare l’efficacia di un protocollo di Real-Time PCR di tipo qualitativo per determinare il potenziale predatorio di diversi animali insettivori, individuando la presenza di DNA di H. halys in campioni di guano di chirotteri e nel contenuto intestinale di artropodi. L’analisi del guano di pipistrelli italiani campionato in Piemonte, Valle d’Aosta e Toscana, ha portato all’identificazione di due generi di pipistrello (Myotis, Nyctalus) che si nutrono di H. halys, come provato da quattro campioni positivi da aree agricole del Piemonte e due campioni positivi da aree naturali della Toscana. Anche con l’analisi del contenuto intestinale di potenziali artropodi predatori, campionati in due parchi urbani in Emilia-Romagna (IT), sono stati ottenuti ventitré campioni positivi, identificando specie predatrici di H. halys tra insetti e aracnidi. Questi dati confermano come, questo saggio di Real-Time PCR specie-specifico, possa essere applicato per diversi quesiti biologici (es. identificazione precoce, tassi di predazione) e operare su substrati molto differenti. Entrambi i metodi validano l’affidabilità degli approcci molecolari per la risoluzione di varie problematiche negli studi di specie invasive, ponendo le basi per lo sviluppo di protocolli facilmente adattabili ai diversi casi studio.
Invasive Alien Species (IAS) can affect negatively the biotic and abiotic components of the areas of introduction, alter ecological communities, enhance the diffusion of pathogens and/or diseases thus, determining severe impacts on biodiversity, healthcare and economy. Understanding the dynamics underlying the invasion process, either in its theoretical and practical aspects, is the key to prevent further invasion and to improve the management of established species avoiding harmful effects on the environment and non-target organisms. The brown marmorated stink bug (BMSB), Halyomorpha halys (Hemiptera, Heteroptera) is an invasive alien species native to eastern Asia. Its presence outside the original area of distribution has been recorded for the first time in North America and, more recently, in Europe, where it is spreading rapidly across all countries. Other than being a household pest all over its introduced range, this stink bug is causing great economic losses in orchards/crops due to its highly polyphagous nature and bivoltinism. The purposes of this doctoral study were: i. the implementation of molecular tools to determine the patterns of introduction and dispersal of established populations, ii. early detect the presence of H. halys propagules, iii. and identify native potential predators. As first part of the project, the explorative analysis of the genomic structure of Italian and Greek populations of H. halys was investigated with the Restriction site associated DNA sequencing (RADseq) method in order to identify the genetic variability, the patterns of introduction and dispersal of the individuals with the most widespread mitochondrial haplotype as evidenced in the previous study (Cesari et al. 2018). The analysis evidenced the presence of two main clusters, the first one included only individuals from Emilia-Romagna region (IT) while the second one gathered those from North Italy, Tuscany (IT) and Greece. A deeper analysis hinted a further subdivision of the second cluster in three subclusters, two included individuals from different geographic regions, while one included only specimens from Veneto region (IT) and was characterized by the highest within-cluster differentiation. These results suggest that analysed populations have originated from multiple invasion events and highlight high mobility of the species, as evidenced by the presence of two geographically mixed clusters, likely enhanced by human activities. The other part of the project was focused on testing the efficacy of a qualitative Real-Time PCR protocol to assess the predatory potential of different insectivorous animals by detecting the presence of H. halys DNA in chiropteran guano samples and arthropod gut-content. Guano analysis from Italian bat species collected in the Italian regions of Piedmont, Aosta Valley and Tuscany led to the identification of two genera of bats (Myotis, Nyctalus) feeding on H. halys, with four positive hits found from agricultural sites in Piedmont and two positive hits in Tuscany natural areas. The gut-contents analysis of potential arthropod predators collected in two urban parks in Emilia-Romagna (IT), also scored twenty-three positive results, identifying ten H. halys predator species among insects and arachnids. Present data prove that the species-specific Real-Time PCR assay can address different biological questions (e.g. early detection of pests, predation rates) and operate on very different substrates. Both methods validate the reliability of molecular approaches to address various problematics in invasive species studies, thus setting the stage for the development of adaptable protocols for different case studies.

I principali obiettivi di questo studio sono stati quelli di valutare le implicazioni della menopausa sulla salute orale, nelle pazienti in trattamento con TOS (terapia ormonale sostitutiva) o meno, con particolare riferimento a modificazioni quali-quantitative dei principali batteri patogeni parodontali, che possono portare ad alterazioni dell equilibrio omeostatico del microbiota a favore di alcune specie più frequentemente coinvolte nell eziopatogenesi delle parodontopatie. A tal fine, sono stati presi in considerazione gli effetti del trattamento ormonale sostitutivo (TOS) usando come termine di paragone il microbiota orale di donne in menopausa non sottoposte a TOS. Sono stati esaminati 64 pazienti di età compresa fra i 45 e gli 80 anni (età media 59 anni) in menopausa clinicamente accertata, che accedevano presso l Istituto di Patologia Ostetrica e Ginecologica dell Azienda Ospedaliero-Universitaria Policlinico-Vittorio Emanuele G. Rodolico di Catania, in 60 dei quali è stata diagnosticata una parodontite cronica. Su tali pazienti sono stati valutati i livelli ormonali, la densità ossea attraverso la MOC e le condizioni di igiene orale mediante la visita e la compilazione di uno specifico questionario anamnestico (ultima visita odontoiatrica effettuata, trattamenti odontoiatrici subiti nel corso degli anni). Per ogni paziente sono stati eseguiti prelievi di placca sottogengivale in 4 siti, in prossimità del 1° e 2° molare, mediante coni di carta sterili o paper point. In sede di visita sono stati raccolti i seguenti parametri clinici mediante l utilizzo di una sonda parodontale: sanguinamento al sondaggio (Bleeding On Probing, BOP), l indice di placca (Plaque Index, PI), la profondità della tasca parodontale (Probing Pocket Depth, PPD), la recessione gengivale (gingival recession, REC), la mobilità degli elementi dentali (MOB) e infine la presenza di essudato, come descritto da Community Periodontal Index of Treatment Needs (CPITN) [Ainamo J, et al. Development of the World Health Organization (WHO) Community periodontal index of treatment need (CPITN). Int Dent J 1982, 32:281-291.] Per quanto concerne i parametri clinici parodontali analizzati, l'aumento dell indice di placca, della profondità della tasca parodontale e quindi delle recessioni gengivali e della mobilità dentale sono stati osservati con maggiore frequenza nei pazienti sottoposti a TOS. La ragione di ciò è dovuta principalmente a una scarsa igiene orale e alle abitudini viziate (fumo, alimentazione errata, mancati controlli dal dentista). Nonostante i programmi di prevenzione dentale e una migliorata igiene orale, da questo lavoro è emerso che, sebbene la parodontite cronica, sembrasse una patologia mantenuta sotto controllo, nel corso degli ultimi anni la frequenza dei pazienti affetti dalla suddetta patologia è in netto aumento. Un dato importante lo si riscontra per l appunto nel soggetto femminile in menopausa, periodo, questo, caratterizzato da cambiamenti fisiologici importanti legati principalmente alla ridotta produzione di estrogeni. I campioni di placca subgengivale sono stati analizzati presso il Dipartimento di Scienze Bio-Mediche (Sez. Microbiologia) dell Università degli Studi di Catania, mediante saggi basati sulla tecnica della PCR, volti alla rilevazione quali-quantitativa della presenza di sequenze conservate della porzione 16S del rRNA di batteri parodontali frequentemente responsabili di parodontopatie tra cui Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Tannerella forsythia, Treponema denticola. Confrontando i risultati ottenuti tra i pazienti sottoposti a TOS con quelli non in terapia, non sono state riscontrate differenze statisticamente significative.