Littérature scientifique sur le sujet « Identification de cibles thérapeutiques »

Contexte. Les systèmes d’aide à la décision médicale (SADM) suscitent un intérêt de santé publique dans l’objectif d’améliorer la qualité, la sécurité et l’efficience des soins. Objectif. Identifier et décrire les caractéristiques des SADM évalués en conditions réelles d’utilisation en soins primaires. Méthodes. Revue systématique des caractéristiques des SADM à partir d’une grille élaborée à cet effet, puis regroupées selon quatre dimensions : informations générales, cibles, base de connaissances et interface. Résultats. Au total, 48 articles décrivant 45 SADM ont été inclus. Ces SADM ont été principalement développés (40 %) et utilisés (38 %) aux États-Unis, dont 35 % ont été commercialisés. Les principaux utilisateurs étaient les médecins généralistes (82 %) puis les infirmiers (49 %). Les SADM visaient des procédures de soins préventives (60 %), thérapeutiques (44 %), de suivi (27 %), ou enfin diagnostiques (18 %). Dans 30 % des cas, le SADM proposait un support à la prise de décision partagée avec le patient, et dans 70 % des cas un lien direct pour accéder aux sources des préconisations. Les SADM étaient le plus souvent au moins partiellement intégrés dans le dossier médical électronique (63 %) et fonctionnaient principalement sur un mode passif (64 %), non interruptif (75 %) et « pull » (98 %). Les informations étaient recueillies durant la consultation avec 96 % des SADM, et une double saisie était nécessaire dans 44 % des cas. Conclusion. Cette revue systématique décrit les caractéristiques des SADM évalués en soins primaires dans une perspective pratique, à travers leurs modalités d’intégration dans le flux de travail du praticien et les procédures ou problèmes de santé ciblés. Elle montre une description insuffisante des caractéristiques de fiabilité des préconisations du SADM, comme la mention de leur niveau de preuve. Le potentiel des SADM à faciliter la décision partagée entre professionnels et patients est peu documenté.

L’insuffisance rénale aiguë est associée à la mortalité à court et long terme chez les patients de réanimation. Elle est également associée à la survenue de complications cardiovasculaires et d’une dégradation progressive de la fonction rénale pouvant aller jusqu’à la maladie rénale chronique terminale. Cette dernière est liée au moins en partie à une dysrégulation des phénomènes de cicatrisation qui interviennent après une insuffisance rénale aiguë. La sévérité et la durée de l’insuffisance rénale aiguë sont les facteurs majeurs associés à sa survenue, mais l’impact des agressions multiples chez le patient de réanimation reste à préciser. Actuellement, aucune thérapeutique spécifique ne permet de cibler ce phénomène, et la prise en charge vise à limiter les facteurs d’agression rénale. Une meilleure identification des patients à risque permettra possiblement dans l’avenir de proposer des thérapeutiques néphroprotectrices précocement

Le rétrécissement aortique calcifie (RAC) est la valvulopathie la plus fréquente dans les pays occidentaux et touche environ 2% des sujets de plus de 65 ans. Initialement considérée comme une dégénérescence passive de la valve aortique liée à l’âge, le RAC est actuellement considéré comme une pathologie complexe et hautement régulée et qui aboutit à un épaississement et à une calcification des feuillets valvulaires aortiques. A ce jour les mécanismes initiateurs et favorisant la progression du RAC ne sont pas complètement élucidés, et d’autre part, aucun traitement ne s’est avéré efficace pour ralentir ou stopper son évolution. Le remplacement valvulaire aortique (chirurgical ou percutané) reste le seul traitement en cas de rétrécissement aortique serré. D’autre part, il n’existe aucun modèle animal fiable et reproductible du RAC permettant de mieux comprendre la physiopathologie de cette valvulopathie et de tester de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans le laboratoire, nous avons fait l’hypothèse que la dysfonction de l’endothélium valvulaire jouait un rôle important dans l’initiation et la progression du RAC, et nous souhaitons utiliser un modèle animal permettant d’évaluer l’effet de nouvelles thérapeutiques. Ce travail porte donc sur l’évaluation du rôle du système endothélinergique dans la sténose aortique calcifiée et le développement d’un nouveau modèle animal murin de RAC. Dans notre première étude, nous nous sommes intéressés au modèle de souris EgfrWa2/Wa2. Ce modèle est induit par la substitution du résidu amine glycine par une valine. Les souris EgfrWa2/Wa2 homozygotes pour la mutation voient leur activité tyrosine kinase diminuée de 90%. Ce modèle induit un épaississement fibreux des feuillets valvulaires avec peu de calcifications. Cependant, l’augmentation du flux transaortique n’est pas liée a un RAC mais a une insuffisance aortique (IA). Nous avons évalué dans ce modèle l’effet d’un régime enrichi en graisse et d’une supplémentation en vitamine D3. Malgré une augmentation des taux sériquesdu cholestérol, de la vitamine D3 et de la calcémie, nous n’avons pas observé d’augmentation de la calcification. Le modèle EgfrWa2/Wa2 reste essentiellement un modèle d’IA avec le développement d’un RAC qui reste rare ou absent. Dans notre seconde étude, nous avons évalué le rôle du système endothélinergique dans des cultures primaires de cellules valvulaires interstitielles (hVICs) et endothéliales (hVECs) humaines, prélevées lors d’un remplacement valvulaire aortique chirurgical chez des patients ayant un RAC serré. Les valves de patients traités par une intervention de Bentall ont été utilisées comme groupe contrôle. Nous avons tout d’abord observé, par RT-PCR quantitative, que les hVECs issues de valves sténosées présentaient une augmentation non significative de l’ARNm codant pour l’endothéline et une augmentation significative de l’ARNm codant pour le récepteur ET-B, ainsi qu’une diminution significative de l’enzyme de conversion de l’endothéline dans les hVECs par rapport aux hVECs issues de valves contrôles. Le récepteur ET-B était également surexprimé dans les hVICs par rapport aux valves contrôles. En revanche, nous n’avons pas retrouvé de variation d’expression du récepteur ET-A dans les hVICs. Nous avons ensuite évalué l’effet de l’endotheline-1 (ET-1) dans les hVICs. Nous avons retrouvé que les hVICs calcifient lorsqu’elles sont en présence d’ET-1. Ces données suggèrent une implication du système endothélinergique dans la calcification valvulaire aortique. Des études complémentaires sont nécessaires pour mieux comprendre son implication, notamment en évaluant l’effet d’antagoniste des récepteurs de l’endothéline dans des cultures de hVICs puis dans un modèle animal fiable mimant cette pathologie
Aortic stenosis (AS) is the most common valvulopathy in Western countries and affects approximately 2% of subjects over 65 years of age. Originally considered a passive age-related degeneration of the aortic valve, AS is currently considered a complex and highly regulated pathology that results in thickening and calcification of aortic valve leaflets. To date the mechanisms initiating and promoting the progression of AS are not completely understood and secondly, no treatment has been effective to slow or stop its evolution. Aortic valve replacement (surgical or percutaneous) remains the only treatment for severe aortic stenosis. On the other hand, there is no reliable and reproducible animal model of AS to better understand the pathophysiology of this valvulopathy and to test new therapeutic targets. In the laboratory, we hypothesized that valvular endothelial dysfunction plays an important role in the initiation and progression of AS and we wish to use an animal model to evaluate the effect of new therapeutics. This work focuses on assessing the role of the endothelinergic system in AS and the development of a novel mouse animal model of AS. First, we used the EgfrWa2/Wa2 mouse model. This model is induced by the substitution of the amino glycine residue by a valine. The EgfrWa2/Wa2 mice homozygous for the mutation have their tyrosine kinase activity decreased by 90%. This model induces fibrous thickening of the leaflets with little calcification, but the increase in transaortic flow is not related to AS but to aortic regurgitation (AR). In this model we evaluated the effect of a fat-enriched diet and vitamin D3 supplementation. Despite increased serum levels of cholesterol, vitamin D3 and serum calcium, we did not observe an increase in calcification. The EgfrWa2/Wa2 model remains essentially a model of AR whereas AS remains rare or absent. Second, we evaluated the role of the endothelinergic system in primary cultures of human interstitial valvular (hVICs) and endothelial (hVECs) cells, obtained from AS patients treated by surgical aortic valve replacement. The valves of patients treated by a Bentall procedure were used as a control group. We first observed, by quantitative RT-PCR, that stenotic valves showed an increase in mRNA encoding endothelin and for its ET-B receptor and a decrease in the endothelin converting enzyme in the hVECs compared to the control valves. The ET-B receptor was also overexpressed in the hVICs compared to the control valves. We did not find any variation in expression of its ET-A receptor in hVICs. We then assessed the effect of endothelin-1 (ET-1) in the hVICs. We found that hVICs calcify when they are in the presence of ET-1. These data suggest involvement of the endothelinergic system in aortic valve calcification. Further studies are needed to better understand its involvement, notably by evaluating the effect of endothelin receptor antagonist in hVICs cultures and then in a reliable animal model mimicking this pathology

Le rétrécissement aortique calcifie (RAC) est la valvulopathie la plus fréquente dans les pays occidentaux et touche environ 2% des sujets de plus de 65 ans. Initialement considérée comme une dégénérescence passive de la valve aortique liée à l’âge, le RAC est actuellement considéré comme une pathologie complexe et hautement régulée et qui aboutit à un épaississement et à une calcification des feuillets valvulaires aortiques. A ce jour les mécanismes initiateurs et favorisant la progression du RAC ne sont pas complètement élucidés, et d’autre part, aucun traitement ne s’est avéré efficace pour ralentir ou stopper son évolution. Le remplacement valvulaire aortique (chirurgical ou percutané) reste le seul traitement en cas de rétrécissement aortique serré. D’autre part, il n’existe aucun modèle animal fiable et reproductible du RAC permettant de mieux comprendre la physiopathologie de cette valvulopathie et de tester de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans le laboratoire, nous avons fait l’hypothèse que la dysfonction de l’endothélium valvulaire jouait un rôle important dans l’initiation et la progression du RAC, et nous souhaitons utiliser un modèle animal permettant d’évaluer l’effet de nouvelles thérapeutiques. Ce travail porte donc sur l’évaluation du rôle du système endothélinergique dans la sténose aortique calcifiée et le développement d’un nouveau modèle animal murin de RAC. Dans notre première étude, nous nous sommes intéressés au modèle de souris EgfrWa2/Wa2. Ce modèle est induit par la substitution du résidu amine glycine par une valine. Les souris EgfrWa2/Wa2 homozygotes pour la mutation voient leur activité tyrosine kinase diminuée de 90%. Ce modèle induit un épaississement fibreux des feuillets valvulaires avec peu de calcifications. Cependant, l’augmentation du flux transaortique n’est pas liée a un RAC mais a une insuffisance aortique (IA). Nous avons évalué dans ce modèle l’effet d’un régime enrichi en graisse et d’une supplémentation en vitamine D3. Malgré une augmentation des taux sériquesdu cholestérol, de la vitamine D3 et de la calcémie, nous n’avons pas observé d’augmentation de la calcification. Le modèle EgfrWa2/Wa2 reste essentiellement un modèle d’IA avec le développement d’un RAC qui reste rare ou absent. Dans notre seconde étude, nous avons évalué le rôle du système endothélinergique dans des cultures primaires de cellules valvulaires interstitielles (hVICs) et endothéliales (hVECs) humaines, prélevées lors d’un remplacement valvulaire aortique chirurgical chez des patients ayant un RAC serré. Les valves de patients traités par une intervention de Bentall ont été utilisées comme groupe contrôle. Nous avons tout d’abord observé, par RT-PCR quantitative, que les hVECs issues de valves sténosées présentaient une augmentation non significative de l’ARNm codant pour l’endothéline et une augmentation significative de l’ARNm codant pour le récepteur ET-B, ainsi qu’une diminution significative de l’enzyme de conversion de l’endothéline dans les hVECs par rapport aux hVECs issues de valves contrôles. Le récepteur ET-B était également surexprimé dans les hVICs par rapport aux valves contrôles. En revanche, nous n’avons pas retrouvé de variation d’expression du récepteur ET-A dans les hVICs. Nous avons ensuite évalué l’effet de l’endotheline-1 (ET-1) dans les hVICs. Nous avons retrouvé que les hVICs calcifient lorsqu’elles sont en présence d’ET-1. Ces données suggèrent une implication du système endothélinergique dans la calcification valvulaire aortique. Des études complémentaires sont nécessaires pour mieux comprendre son implication, notamment en évaluant l’effet d’antagoniste des récepteurs de l’endothéline dans des cultures de hVICs puis dans un modèle animal fiable mimant cette pathologie
Aortic stenosis (AS) is the most common valvulopathy in Western countries and affects approximately 2% of subjects over 65 years of age. Originally considered a passive age-related degeneration of the aortic valve, AS is currently considered a complex and highly regulated pathology that results in thickening and calcification of aortic valve leaflets. To date the mechanisms initiating and promoting the progression of AS are not completely understood and secondly, no treatment has been effective to slow or stop its evolution. Aortic valve replacement (surgical or percutaneous) remains the only treatment for severe aortic stenosis. On the other hand, there is no reliable and reproducible animal model of AS to better understand the pathophysiology of this valvulopathy and to test new therapeutic targets. In the laboratory, we hypothesized that valvular endothelial dysfunction plays an important role in the initiation and progression of AS and we wish to use an animal model to evaluate the effect of new therapeutics. This work focuses on assessing the role of the endothelinergic system in AS and the development of a novel mouse animal model of AS. First, we used the EgfrWa2/Wa2 mouse model. This model is induced by the substitution of the amino glycine residue by a valine. The EgfrWa2/Wa2 mice homozygous for the mutation have their tyrosine kinase activity decreased by 90%. This model induces fibrous thickening of the leaflets with little calcification, but the increase in transaortic flow is not related to AS but to aortic regurgitation (AR). In this model we evaluated the effect of a fat-enriched diet and vitamin D3 supplementation. Despite increased serum levels of cholesterol, vitamin D3 and serum calcium, we did not observe an increase in calcification. The EgfrWa2/Wa2 model remains essentially a model of AR whereas AS remains rare or absent. Second, we evaluated the role of the endothelinergic system in primary cultures of human interstitial valvular (hVICs) and endothelial (hVECs) cells, obtained from AS patients treated by surgical aortic valve replacement. The valves of patients treated by a Bentall procedure were used as a control group. We first observed, by quantitative RT-PCR, that stenotic valves showed an increase in mRNA encoding endothelin and for its ET-B receptor and a decrease in the endothelin converting enzyme in the hVECs compared to the control valves. The ET-B receptor was also overexpressed in the hVICs compared to the control valves. We did not find any variation in expression of its ET-A receptor in hVICs. We then assessed the effect of endothelin-1 (ET-1) in the hVICs. We found that hVICs calcify when they are in the presence of ET-1. These data suggest involvement of the endothelinergic system in aortic valve calcification. Further studies are needed to better understand its involvement, notably by evaluating the effect of endothelin receptor antagonist in hVICs cultures and then in a reliable animal model mimicking this pathology

En France, le cancer de la prostate est le premier cancer par son incidence ainsi que la troisième cause de mortalité pour cette pathologie. La progression de la maladie est dépendante des androgènes. Ainsi l’un des traitements majeurs du cancer de la prostate est la déprivation androgénique : le blocage de la production ou de l’action des androgènes conduit à inhiber la croissance tumorale. La plupart des patients répondent à cette thérapie, cependant l’évolution de la pathologie vers un stade d’insensibilité à la castration est inévitable, ce qui est associé à un mauvais pronostic. Au cours de la progression du cancer de la prostate, la voie de signalisation des androgènes demeure active grâce au récepteur des androgènes. Ce récepteur est une cible idéale afin de traiter et de bloquer la progression tumorale. Une telle inhibition du récepteur des androgènes peut être faite par l’utilisation d’un anti-androgènes de seconde génération : l’Enzalutamide. Cette molécule perturbe l’interaction entre le récepteur des androgènes et son ligand, elle peut bloquer la translocation nucléaire du récepteur activé mais elle empêche aussi son interaction avec l’ADN. Bien que l’utilisation de l’Enzalutamide ait contribué à améliorer la survie des patients, son utilisation conduit à l’émergence d’une résistance à l’Enzalutamide, ce qui constitue un défi thérapeutique considérable.L’objectif principal de mes travaux de thèse est d’identifier de nouvelles protéines afin d’améliorer les effets thérapeutiques de l’Enzalutamide ou de surmonter la résistance à ce médicament. Ainsi dans notre étude, nous avons supposé que le traitement à l’Enzalutamide induit l’activation de voies de signalisation spécifiques, pouvant être impliquées soit dans le mécanisme d’action du médicament ou dans la résistance à ce dernier. Cette hypothèse nous a conduit à l’identification des protéines MAPKs p38, qui sont activées lors d’un traitement avec l’Enzalutamide. Nos résultats démontrent que la combinaison d’Enzalutamide et d’inhibiteur de la MAPK p38 a un effet antitumoral significatif aussi bien in vitro que in vivo. Le mécanisme d’action de cet effet cytotoxique et synergique reste à l’étude. Ces données permettraient d’approfondir la compréhension des mécanismes de résistance lors d’un traitement à l’Enzalutamide et contribuer à la potentialisation de l’effet thérapeutique de cet antiandrogènes
In France, prostate cancer is the most frequently diagnosed male cancer and its progression is tightly associated with the androgen signals. One of the major treatments for prostate cancer is androgen deprivation therapy which is based on blocking the production or action of the androgens to induce a tumor growth inhibition. Most patients respond to this therapy, however they still reach a castration-resistant stage which is associated with a poor prognosis. Since the progression till this late cancer stage is still driven by the androgen signaling pathway, the second-line therapy is focused on targeting the active androgen receptor by using a second-generation anti-androgens: the Enzalutamide. This molecule disrupts the interaction between the androgen receptor and its ligand, it can block the nuclear translocation of the receptor and it also prevents the receptor interaction with DNA. Although Enzalutamide treatment has enhance the patient survival, some drug resistance still arises which is a considerable therapeutic challenge.The main objective of my thesis is to identify new proteins in order to improve the therapeutic effects of Enzalutamide or to overcome resistance to this drug. Thus, in our study, we assumed that Enzalutamide treatment induces the activation of specific signaling pathways which may be involved in the cancer cell response to the treatment. This hypothesis led us to identify the MAPKs p38 proteins, which are activated during treatment with Enzalutamide. Our results show that the combination of Enzalutamide and p38 inhibitor has a significant antitumor effect both in vitro and in vivo. The mechanism of action of this cytotoxic and synergistic effect remains under study. These data would allow a better understanding of the Enzalutamide resistance mechanisms and contribute to the enhancement of the therapeutic effect of this anti-androgen

L'insuffisance cardiaque (IC) à fraction d'éjection préservée (FEP) est la forme majoritaire d'IC. Cette pathologie liée au vieillissement est un problème de santé public majeur pour laquelle il n'existe aucun traitement efficace. L'accès à des biopsies humaines est très difficile, et hélas, les modèles animaux actuellement décrits dans la littérature ne reproduisent que partiellement le phénotype des patients, et ne permettent pas d'en comprendre la physiopathologie complexe. L'équipe dans laquelle a été réalisé ce travail possède un modèle de rat transgénique surexprimant le récepteur ß3-adrénergique (ß3-AR) humain à la membrane des cellules endothéliales. L'objectif du projet de thèse a été de (1) caractériser le phénotype cardiaque de ce modèle, et d'en fixer les modalités d'études (âge des animaux, sexe, statut hormonal), (2) déterminer l'adéquation du modèle au profil des patients, notamment en situation de stress cardiovasculaire, (3) d'identifier de nouvelles pistes de recherche afin d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Nous avons pu mettre en avant chez les rats mâles un profil proche du patient ICFEP, c’est-à- dire la mise en place d'une dysfonction diastolique au cours du vieillissement, sans altération de la fraction d'éjection, associée à une fibrose myocardique et à une inadaptation à des conditions de stress. Parallèlement aux anomalies fonctionnelles, ce rat présente une altération de l'expression des protéines du cycle du calcium, et une abolition de la réponse inotrope négative du ß3-AR endothélial. Notre modèle semble être particulièrement prometteur pour l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques pertinentes pour les patients
Heart failure with preserved ejection fraction is a major health burden, concerning the elderly, yet without any accurate treatment for the patients. This situation is partly due to the lack of patient biopsies and unfortunately, to the lack of used animal models which reproduce even partly the human condition. These limitations do not allow the determination of accurate therapeutic targets for the patients. ln this context, this work focused on a new transgenic animal model developed by the research team: a rat overexpressing the ß3-adrenoceptor (ß3-AR) at the endothelial level. The aim of my thesis was to (1) characterize the phenotype of the model, and determine its study conditions (age, sex and hormonal status of the rats), (2) verify the relevance of the model regarding patient's phenotype in stress condition, (3) identify some innovative research axis in order to discover potential new therapeutic targets. Our results showed that male rats expressed with ageing a phenotype close to the patients' condition: a diastolic dysfunction without any impairment of systolic function, associated with myocardial fibrosis and an impaired response to a cardiovascular stress. Conversely to functional alterations, these rats presented an impaired expression of calcium cycling protein and an abolished negative inotropic response of the endothelial ß3-AR. Our model may be of particular interest to determine nëw and accurate therapeutic targets for the patients

Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquent chez l'homme et il constitue la deuxième cause de mortalité par cancer chez l'homme dans les pays industrialisés. Le traitement systémique de ces cancers repose sur une déprivation androgénique par castration chirurgicale ou pharmacologique. Le cancer de la prostate métastatique résistant à la castration (mCRPC) est traité par des inhibiteurs de la voie des androgènes (ARPI). Cependant, environ un tiers des patients ne sont pas sensibles à ces médicaments et les autres, sensibles initialement, développent malheureusement une résistance secondaire, acquise dans un délai d'environ 1 à 2 ans. Les mécanismes qui expliquent la résistance primaire et secondaire ne sont pas bien connus. Une différenciation neuroendocrine (NE) des constitue l'un de ces mécanismes. En effet, entre 15 et 20% des tumeurs évoluent vers un phénotype neuroendocrine de la prostate (NEPC). Le pronostic de ces patients est très mauvais car les mécanismes moléculaires précis impliqués dans la différenciation neuroendocrine ne sont pas clairement élucidés et il n'existe pas de solution thérapeutique adaptée à ces tumeurs. L'objectif de cette thèse était d'étudier la différenciation neuroendocrine afin d'identifier des nouvelles cibles thérapeutiques. Nous nous sommes appuyés sur l'étude MATCH-R visant à étudier les mécanismes de résistance aux thérapies ciblées (enzalutamide, abiraterone) dans le cancer de la prostate métastatique. Les biopsies de patients ont été caractérisées par des méthodes de séquençage à haut débit et d'immunohistochimie. Dans le cadre de cette étude le laboratoire a aussi développé et caractérisé des modèles précliniques de xénogreffes dérivées de patients (PDX). Nous montrons à partir du WES et RNAseq de biopsies de patients que la différenciation neuroendocrine résulte probablement d'altérations transcriptomiques et épigénétiques. Par ailleurs, nos PDX NEPC maintiennent les caractéristiques génétiques, moléculaires et pharmacologiques par rapport à leurs biopsies d'origine. L'analyse du RNAseq a permis d'identifier une protéine membranaire spécifiquement exprimée par les NEPC. L'expression de cette protéine est corrélée à l'expression de marqueurs NE tels que synaptophysine (SYP) et chromogranine A (CHGA) ainsi qu'à un plus mauvais pronostic. Le traitement de nos PDX NEPC exprimant cette protéine avec une unique injection intraveineuse d' un anticorps conjugué ciblant la protéine résulte en une diminution significative du volume tumoral dans le groupe de souris traitées par rapport au groupe de souris non traitées. Enfin, nous avons identifié un récepteur nucléaire orphelin NR0B2 surexprimé dans les NEPC qui pourrait être impliqué dans la résistance aux inhibiteurs de la voie du RA. Au final, la thèse a permis de confirmer la différenciation neuroendocrine comme mécanisme important de résistance aux thérapies ciblant la voie du récepteur aux androgènes, de développer de nouveaux modèles pertinents (PDX et organoïdes), d'identifier et valider une nouvelle cible thérapeutique et enfin de suggérer le rôle d'un facteur nucléaire orphelin comme acteur moléculaire dans la résistance des cancers neuroendocrines
Prostate cancer is the most common cancer in men and the second leading cause of cancer death in men in industrialized countries. The systemic treatment of these cancers is androgen deprivation therapy (ADT), which can be achieved through surgical or pharmacological castration. Metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC) is treated with androgen receptor inhibitors (ARi). However, approximately one-third of patients are not responsive to these drugs and the others, who are initially responsive, unfortunately develop secondary resistance, which is acquired within approximately 1-2 years. The mechanisms that explain primary and secondary resistance are not well understood. Neuroendocrine differentiation (NE) of mCRPC is one of these mechanisms. In fact, between 15 and 20% of resistant tumors evolve into neuroendocrine prostate cancer (NEPC). The prognosis of these patients is very poor because the precise molecular mechanisms involved in neuroendocrine differentiation are not clearly elucidated and there is no therapeutic solution adapted to these tumors.The objective of this thesis was to study neuroendocrine differentiation in order to identify new therapeutic targets. We relied on the MATCH-R study, which aimed to study the mechanisms of resistance to targeted therapies (enzalutamide, abiraterone). Patient biopsies were characterized using high-throughput sequencing and immunohistochemistry methods. As part of this study, the laboratory also developed and characterized preclinical patient-derived xenograft (PDX) models. We show from WES and RNAseq performed on patient biopsies that neuroendocrine differentiation is likely the result of transcriptomic and epigenetic alterations. Moreover, our PDXs retain the genetic, molecular, and pharmacological characteristics of their original biopsies. RNAseq analysis identified a membrane protein, which is specifically expressed by NEPC. The expression of this protein is correlated with the expression of NE markers such as synaptophysin (SYP) and chromogranin A (CHGA), as well as a worse diagnosis. Treatment of our NEPC PDXs with a single intravenous injection of an antibody-drug conjugate targeting this protein, resulted in a significant decrease in tumor volume in the treated group compared to the untreated group. Finally, we identified an orphan nuclear receptor, NR0B2 that is overexpressed in NEPC and could be involved in resistance to ARi. NEPC are aggressive tumors with few therapeutic options. These tumors result from transcriptomic alterations and require the development of relevant models that recapitulate the complexity of the disease to identify potential targets for new targeted therapies. ADCs are promising therapies, especially in NEPC, and have shown anti-tumor efficacy in preclinical evaluation

Les interactions protéine-protéine (IPP) représentent une source importante de potentielle cibles thérapeutiques car elles jouent un rôle crucial dans de nombreux et divers processus biologiques, notamment dans le développement de pathologies. Bien que les IPP apparaissent comme des cibles thérapeutiques prometteuses, elles demeurent plus difficiles à étudier que les cibles thérapeutiques conventionnelles. En effet, les IPP connues sont caractérisées par des motifs structuraux particuliers qui limitent leur potentiel « druggable » c’est-à-dire leur capacité à lier et être modulées par une petite molécule médicamenteuse. Cependant, le nombre croissant d’identification de petites molécules modulant diverses IPP démontre qu’avec une méthodologie adaptée, elles peuvent représenter une classe de nouvelles cibles thérapeutiques originales et innovantes. L’objectif est donc de développer un protocole in silico aidant à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques impliquant des IPP en rationalisant les éléments clés qui conditionnent la « druggabilité » de leur interaction
Protein-protein interactions (PPIs) constitute a significant source of potential therapeutic targets because they play a crucial role in numerous and diverse biological processes, including the development of pathologies. While PPIs appear as promising therapeutic targets, they are more challenging to study than conventional therapeutic targets. Indeed, known PPIs are characterized by specific structural motifs that limit their ‘druggability’, meaning their ability to bind to and be modulated by a small drug molecule. However, the growing identification of small molecules modulating various PPIs demonstrates that, with an appropriate methodology, they can represent a class of novel and innovative therapeutic targets. The objective is, therefore, to develop an in silico protocol to aid in identifying new therapeutic targets involving PPIs by rationalizing the key elements that determine the ‘druggability’ of the interaction

Le pronostic de l’adénocarcinome œsophagien (ADC) est très sombre, avec un taux de survie à 5 ans inférieur à 10 %, du à sa détection tardive. L’incidence de ce cancer est en constante augmentation depuis une trentaine d’année dans les pays occidentaux. L’ADC se développe sur un œsophage de Barrett, metaplasia induite par une exposition chronique de l’ œsophage au reflux duodéno-gastro-œsophagien. Notre équipe a précédemment montré que certains acides biliaires presents dans ce reflux régulent l’expression des deux mucines membranaires MUC1 et MUC4, ainsi que la PI3K et NFB dans une lignée cellulaire d’adénocarcinome œsophagien humain. But du travail : Déterminer si le reflux duodéno-gastro-œsophagien induit une carcinogenèse œsophagienne dans un modèle in vivo, ainsi qu’identifier de nouvelles proteins associées à cette carcinogenèse. Matériel et méthodes : Un modèle de reflux chronique induit par chirurgie à été réalisé. L’expression des ARN ainsi que des protéines a été étudiée grâce aux techniques de RT-PCR, qRT-PCR, puces à ARN et immunohistochimie. Les propriétés biologiques de cellules issues d’un adénocarcinome œsophagien humain (OE33) ont été étudiées in vitro. Résultats : Tous les rats subissant un reflux montrent une inflammation ainsi qu’une néo-expression de gènes connus pour participer à la progression tumorale, plus particulièrement dans la différenciation, la prolifération, l’adhésion et la formation de métastases. Parmi ces gènes activés on retrouve les deux voies de signalisation PI3K et KFB. De manière intéressante on observe une néoexpression des deux mucines membranaires Muc1 et Muc4 ainsi qu’une surexpression de deux protéines associées à la progression tumorale, S100a4 et Mcm6. Ces différents gènes participent à la régulation des propriétés biologiques des cellules d’adénocarcinome œsophagien. Conclusion : L’ensemble de ces résultats montre qu’une exposition chronique au reflux duodéno-gastro-œsophagien induit la progression vers un adénocarcinome œsophagien dans un modèle in vivo chez le rat. Nous avons mis en évidence des voies de signalisation ainsi que des proteins associées à la carcinogenèse œsophagienne, ces dernières pouvant être considérées comme de potentiels marqueurs ou cibles thérapeutiques dirigées contre l’adénocarcinome œsophagien. Mots clés : Adénocarcinome œsophagien, Œsophage de Barrett, reflux, biomarqueurs, mucines
Œsophageal adenocarcinoma (ADK) has a very poor prognosis with a survival rate at 5 years at 10%, due to its late detection. Its incidence has been increasing for the last 30 years. ADK develops on Barrett œsophagus, a metaplastic lesion induced by chronic exposure of œsophagus to the duodeno-gastro-œsophageal reflux. Moreover we showed previously that bile acids activate MUC1 and MUC4 mucins, PI3K and NFκB signalling pathways in human adenocarcinomatous cells. Aim: To determine whether the reflux induces œsophageal carcinogenesis in an in vivo model, and to identify new tumor-associated proteins. Material and methods: A rat model of chronic reflux induced by surgery was established. Expression of RNA and proteins was studied using RT-PCR, qRT-PCR, micro-arrays and immunohistochemistry. Effects on cell biological properties were carried out in vitro in OE33 œsophageal adenocarcinomatous cells. Results: All rats with reflux showed inflammation and neoexpression of genes involved in tumor progression with alterations of markers involved in differentiation, proliferation, adhesion and metastasis in which key pathways such as PI3K and NFκB were found activated. More importantly, Muc1 and Muc4 mucins were neoexpressed, and two new tumor-associate proteins, S100a4 and Mcm6, were overexpressed in tumors and showed in vitro effects on œsophageal cancer cell biological properties. Conclusion: Altogether, these data indicate that progression toward adenocarcinoma was effective following induction of a chronic reflux in rat œsophagus and that signalling pathways and new tumor-associated proteins were identified that may be new biomarkers and new therapeutic targets in œsophageal adenocarcinoma. Key words: Œsophageal adenocarcinoma, Barrett œsophagus, reflux, biomarkers, mucins

Les Récepteurs Couplés aux Protéines G (RCPGs) sont la plus grande et la plus diversifiée des familles de récepteurs membranaires. Environ un tiers des molécules thérapeutiques actuellement disponibles sur le marché ciblent un nombre très limité des membres de cette famille. Une meilleure connaissance de l'expression des RCPGs dans divers tissus et contextes physiopathologiques devrait permettre d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Les pathologies cardiaques sont la première cause de mortalité dans le monde occidental et sont souvent associées à une dysfonction des muscles squelettiques. L'objectif du travail rapporté dans cette thèse était d'analyser l'expression des endoRCPGs (RCPGs ayant des ligands endogènes) dans le cœur et le muscle squelettique afin d'identifier de « nouveaux » récepteurs, dont la fonction dans ces tissus est inconnue, et évaluer leur potentiel en tant que cibles thérapeutiques. Nous avons tout d'abord établi le répertoire de l'ensemble des endoRCPGs dans les quatre chambres cardiaques de souris adultes et mis en évidence un récepteur atypique, le récepteur métabotropique du glutamate, mGluR1. Des expériences préliminaires suggèrent une implication de mGluR1 dans la cardioprotection lors de l'ischémie/reperfusion. Nous avons aussi établi le répertoire des endoRCPGs du muscle squelettique issu d'un modèle murin d'atrophie réversible. L'analyse de ce répertoire nous a permis d'identifier des nouveaux récepteurs impliqués dans l'atrophie musculaire. Parmi ces récepteurs, nous nous focalisons sur le récepteurs béta2-adrénergique et le récepteur Frizzled 9. Ce dernier a particulièrement attiré notre attention car il est peu exprimée dans le cœur et pourrait ainsi être ciblé sans avoir d'incidence cardiaque
G protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest and most diverse family of membrane receptors. Approximately one third of currently available pharmaceutical drugs target a small number of these receptors. New information on the expression of GPCRs in various tissues and physiopathological contexts should enable the identification of new therapeutic targets. Cardiac pathologies are the leading cause of morbidity in the Western world and are often associated to skeletal muscle dysfunction. The aim of the work described in this thesis was to analyse the expression of all endoGPCRs (GPCRs with endogenous ligands) in heart and skeletal muscle in order to identify “new” receptors, with no known function in these tissues, and evaluate there potential as therapeutic targets. We first established the endoGPCR repertoire of the four cardiac chambers and identified an atypical cardiac receptor, mGluR1. Preliminary results suggest that mGluR1 is involved in cardioprotection in the context of ischemia/reperfusion. We also established the repertoire of endoGPCRs in skeletal muscle using a reversible mouse atrophy model. The analysis of this repertoire enabled us to identify new receptors involved in the development of atrophy. Among these, we focused on the beta2-adrenergic and Frizzled 9 receptors. The latter particularly interests us as it is very lowly expressed in the heart, suggesting that targeting this receptor would have little incidence on cardiac function

Le cancer du rein compte parmi les 10 types de cancers les plus fréquents chez l’Homme. Il n’existe aujourd’hui aucun marqueur biomoléculaire dans ce type de cancer, et dans le cas d’un cancer métastatique, l’arsenal thérapeutique aujourd’hui disponible manque d’efficacité. Les différents processus mis en jeu lors de la progression tumorale sont encore mal connus. La connaissance de ces processus pourrait permettre de mettre en évidence de nouvelles cibles thérapeutiques, ainsi que des marqueurs biomoléculaires pronostiques ou diagnostiques de la maladie. Dans un premier projet, et afin de mieux comprendre les mécanismes de la progression tumorale et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles et de nouveaux marqueurs biomoléculaires dans le cancer du rein, un nouveau modèle innovant a été généré à partir d’une lignée tumorale de RCC murine. Ce modèle de réimplantations successives de cellules tumorales issues de tumeur primaire ou de métastases a permis de générer différentes lignées cellulaires montrant une agressivité accrue au cours des passages. En utilisant une stratégie de biologie des systèmes, ce modèle pourra permettre de mettre en évidence des cibles d’études prometteuses qui pourraient être de nouvelles cibles thérapeutiques ou de nouveaux marqueurs biomoléculaires dans le RCC. L’interleukine-34 est l’exemple d’une cible d’étude d’ores et déjà été sélectionnée, mettant en évidence la puissance du modèle généré. Dans un second projet, les rôles de certains membres de la matrice extracellulaire tumorale ont été évalués en utilisant cette même lignée de RCC murine (collagène de type I, fibronectine, matrigel). Cette étude a permis de mettre en évidence le potentiel pro-invasif et pro-métastatique du dépôt de collagène de type I dans les tumeurs. Des récepteurs activés par le collagène sont proposés comme potentiellement impliqués dans les effets induits par le collagène de type I dans le modèle. Ces deux projets permettent et permettront de mieux comprendre certains mécanismes de la progression tumorale, ainsi que de mettre en évidence des marqueurs biomoléculaires et de nouvelles cibles thérapeutiques
Kidney cancer is one of the 10 commonest human cancers. To date, no biomolecular markers are available in this type of cancer, and in the case of metastatic cancer, the therapeutic arsenal is still inefficient. The different processes involved in cancer progression are still poorly understood. Understanding those processes could highlight new therapeutic targets, and new prognostic or diagnostic biomolecular markers of this disease. For a first project, a new innovative model has been generated from a murine RCC cell line as a tool to understand cancer progression mechanisms and to identify new therapeutic target and new biomolecular markers in kidney cancer. This model of sequential reimplantation of cancer cells isolated from primary tumours or metastases allowed us to generate different cell lines showing increased aggressiveness after passages. Using a systems biology strategy, this model will allow us to identify new potential therapeutic targets and new biomolecular markers in RCC. Interleukin-34 is an example of an already selected target, showing the power of the model generated. For a second project, the role of some members of extracellular matrix (collagen type I, fibronectin, matrigel).was studied using this same murine RCC cell line. This study demonstrated the potential pro-invasive and pro-metastatic roles of collagen type I deposition in tumors. Collagen-activated receptors are proposed as mediators of the effect induced by collagen type I in this model. Those two projects have and will continue to contribute to a better understanding of cancer progression mechanisms, and will bring out new biomolecular markers and new therapeutic targets

Le carcinome rénal représente 5% des tumeurs de l'adulte et se développe au niveau des tubules rénaux. Le sous-type histologique majeur des cancers du rein est le carcinome rénal à cellules claires (cRCC). 90% des cRCC présentent une inactivation biallélique du gène suppresseur de tumeur de Von Hippel Lindau (VHL) induisant une activation constitutive de la voie de l'hypoxie via le facteur de transcription HIF1-α (Hypoxia Inducible Factor) qui contribue à la physiologie des tumeurs. Les cRCC sont des tumeurs à la fois radio- et chimiorésistantes, rendant la prise en charge thérapeutique des patients très difficile.Nos recherches consistaient en l'étude des rôles de la mucine membranaire MUC1, dont la queue cytoplasmique (MUC1 CT) peut interagir avec différentes voies de signalisation et agir en tant que co-activateur transcriptionnel de nombreux gènes impliqués dans la progression tumorale et la diffusion métastatique. Des travaux antérieurs réalisés au laboratoire montraient que la surexpression de MUC1 observée dans les cRCC était associée au statut métastatique des patients et marquait un mauvais pronostic. Cette surexpression de MUC1 est également impliquée dans la voie de l'hypoxie, voie majeure de la carcinogenèse rénale. Le premier objectif de l'étude était donc de déterminer les effets de la surexpression de MUC1 sur les propriétés des cellules de cRCC. Nous montrons ainsi que le domaine extracellulaire de MUC1 ainsi que sa partie cytoplasmique sont impliqués dans l'augmentation des capacités migratoires et de la viabilité des cellules cancéreuses rénales et qu'elle leur confère une résistance à l'anoïkis, programme de mort cellulaire déclenché lorsque la cellule perd ses contacts avec les cellules voisines ou avec la matrice extra-cellulaire et diminuent les propriétés d'agrégation des cellules tumorales. Nous montrons également que MUC1 est impliquée dans la chimiorésistance des cRCC en induisant l'expression de genes de chimiorésistance comme ABCG2 et GSTO2. Nous montrons par ailleurs que les propriétés invasives des cellules de cRCC sont exclusivement liées à MUC1 CT. Le deuxième objectif de l'étude était d'identifier les mécanismes moléculaires à l'origine du clivage de MUC1 CT. En utilisant différentes stratégies (siARN, inhibiteurs pharmacologiques et peptides), nous montrons pour la première fois que deux sheddases, ADAM10 et ADAM17 et la gamma secrétase sont nécessaires au clivage de MUC1 C, permettant ainsi sa délocalisation nucléaire et l'augmentation des propriétés invasives des cellules de cRCC. Enfin, nous montrons que la surexpression de MUC1 augmente l'expression protéique d'ADAM10/17, suggérant une boucle de régulation positive existant en conditions pathologiques.En conclusion, notre étude souligne le rôle de MUC1 dans la progression tumorale rénale et montre que la localisation nucléaire de MUC1-C est à l'origine de l'acquisition d'un phénotype invasif et chimiorésistant via l'action des sheddases ADAM10/17 et de la gamma secrétase. MUC1 apparait alors comme une cible thérapeutique potentielle intéressante dans la prise en charge des cRCC.

Le Population Council a réalisé une étude sur « les itinéraires thérapeutiques des adolescentes pendant la grossesse, l’accouchement et la période post-partum » dans cinq régions du Burkina Faso. Il s’agissait d’une étude qualitative, exploratoire qui a permis d’identifier et de décrire les itinéraires thérapeutiques des adolescentes en grossesse et post-partum en vue de déceler les obstacles liés à la fréquentation des centres de santé dans le suivi de la grossesse, de l’accouchement assisté et des soins aux nouveau-nés. Les résultats de l’étude montrent que, d’une manière générale, les adolescentes mariées ou non ont recours aux soins traditionnels à domicile par l’utilisation de plantes et/ou décoctions et ne se rendent au centre de santé qu’en cas de non satisfaction. De par l’intérêt et l’engouement de la population enquêtée pour le sujet, il apparaît que le contexte social est favorable à la mise en œuvre d’activités sur la santé reproductive en direction des différents groupes cibles. Les besoins à satisfaire sont réels et manifestes sur le terrain et des actions concrètes sont attendues en vue d’améliorer les conditions de vie des adolescentes, des adolescentes en grossesse et des post-partum.

Le Population Council a réalisé une étude sur « les itinéraires thérapeutiques des adolescentes pendant la grossesse, l’accouchement et la période post-partum » dans cinq régions du Burkina Faso. Il s’agissait d’une étude qualitative, exploratoire qui a permis d’identifier et de décrire les itinéraires thérapeutiques des adolescentes en grossesse et post-partum en vue de déceler les obstacles liés à la fréquentation des centres de santé dans le suivi de la grossesse, de l’accouchement assisté et des soins aux nouveau-nés. Les résultats de l’étude montrent que, d’une manière générale, les adolescentes mariées ou non ont recours aux soins traditionnels à domicile par l’utilisation de plantes et/ou décoctions et ne se rendent au centre de santé qu’en cas de non satisfaction. De par l’intérêt et l’engouement de la population enquêtée pour le sujet, il apparaît que le contexte social est favorable à la mise en œuvre d’activités sur la santé reproductive en direction des différents groupes cibles. Les besoins à satisfaire sont réels et manifestes sur le terrain et des actions concrètes sont attendues en vue d’améliorer les conditions de vie des adolescentes, des adolescentes en grossesse et des post-partum.