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Littérature scientifique sur le sujet « Bias Exchange Metadynamics »

Auteur : Grafiati
Publié le 14 mars 2023

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Articles de revues sur le sujet "Bias Exchange Metadynamics"

1

Baftizadeh Baghal, Fahimeh, Xevi Biarnes, Fabio Pietrucci, Alessandro Laio et Fabio Affinito. « Simulation of Amyloid Nucleation with Bias-Exchange Metadynamics ». Biophysical Journal 102, no 3 (janvier 2012) : 242a. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.1336.

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2

Singh, Richa, Rohit Bansal, Anurag Singh Rathore et Gaurav Goel. « Equilibrium Ensembles for Insulin Folding from Bias-Exchange Metadynamics ». Biophysical Journal 112, no 8 (avril 2017) : 1571–85. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2017.03.015.

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3

Bulo, Rosa E., Hans Van Schoot, Daniel Rohr et Carine Michel. « Bias-exchange metadynamics applied to the study of chemical reactivity ». International Journal of Quantum Chemistry 110, no 12 (10 mars 2010) : 2299–307. http://dx.doi.org/10.1002/qua.22554.

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4

Baftizadeh, Fahimeh, Pilar Cossio, Fabio Pietrucci et Alessandro Laio. « Protein Folding and Ligand-Enzyme Binding from Bias-Exchange Metadynamics Simulations ». Current Physical Chemistry 2, no 1 (1 janvier 2012) : 79–91. http://dx.doi.org/10.2174/1877946811202010079.

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5

Baftizadeh, Fahimeh, Pilar Cossio, Fabio Pietrucci et Alessandro Laio. « Protein Folding and Ligand-Enzyme Binding from Bias-Exchange Metadynamics Simulations ». Current Physical Chemistrye 2, no 1 (1 janvier 2012) : 79–91. http://dx.doi.org/10.2174/1877947611202010079.

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6

Cao, Zanxia, Yunqiang Bian, Guodong Hu, Liling Zhao, Zhenzhen Kong, Yuedong Yang, Jihua Wang et Yaoqi Zhou. « Bias-Exchange Metadynamics Simulation of Membrane Permeation of 20 Amino Acids ». International Journal of Molecular Sciences 19, no 3 (16 mars 2018) : 885. http://dx.doi.org/10.3390/ijms19030885.

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7

Todorova, Nevena, Fabrizio Marinelli, Stefano Piana et Irene Yarovsky. « Exploring the Folding Free Energy Landscape of Insulin Using Bias Exchange Metadynamics ». Journal of Physical Chemistry B 113, no 11 (19 mars 2009) : 3556–64. http://dx.doi.org/10.1021/jp809776v.

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8

Furini, Simone, Paolo Barbini et Carmen Domene. « Conduction and Selectivity in Na+ Channels Analyzed by Bias-Exchange Metadynamics Simulations ». Biophysical Journal 108, no 2 (janvier 2015) : 490a. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.2682.

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9

Mehrabian, Hadi, et Bernhardt L. Trout. « In Silico Engineering of Hydrate Anti-agglomerant Molecules Using Bias-Exchange Metadynamics Simulations ». Journal of Physical Chemistry C 124, no 35 (5 août 2020) : 18983–92. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c03251.

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10

Ansari, Samiul M., Andrea Coletta, Katrine Kirkeby Skeby, Jesper Sørensen, Birgit Schiøtt et David S. Palmer. « Allosteric-Activation Mechanism of Bovine Chymosin Revealed by Bias-Exchange Metadynamics and Molecular Dynamics Simulations ». Journal of Physical Chemistry B 120, no 40 (29 septembre 2016) : 10453–62. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b07491.

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Plus de sources

Thèses sur le sujet "Bias Exchange Metadynamics"

1

Bisha, Ina. « Atomistic Study of Structural and Functional Properties of Membrane Proteins ». Doctoral thesis, SISSA, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11767/3893.

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Résumé :
Living cells exploit membrane proteins to carry out crucial functions like transport of nutrients, signal transduction, energy conversion, etc. Recently, the remarkable and continuous improvement of computational algorithms and power allowed simulating and investigating relevant aspects of the mechanisms of this important class of proteins. In this thesis we focused on the study of two membrane proteins: a transporter and an ion channel. Firstly, we investigated the bacterial homologue of Sodium Galactose Transporter (SGLT), which plays an important role in the accumulation of sugars (i.e. glucose or galactose) inside cells, assuring a correct intestinal absorption and renal re-absorption. Using enhanced sampling techniques, we focused in understanding selected aspects of its transport mechanism. First, we identified a stable Na+ ion binding site, which was not solved crystallographically. Second, based on the results of the first study, we investigated the mechanism of the binding/release of both ligands to/from the protein in the inward-facing conformation and their interplay during this process. Finally, we also worked on another membrane protein: the Cyclic Nucleotide-Gated (CNG) channel. Using a chimera, the NaK2CNG mimic, we investigated the structural basis of the linkage among gating and permeation and of the voltage dependence shown by this channel. Large-scale molecular dynamics (MD) simulations, together with electrophysiology and X-ray crystallography, have been used to study the permeation mechanism of this mimic as a model system of CNG in presence of different alkalications.
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