Articles de revues sur le sujet « Bactérie pathogène humaine »

La majorité des cas de salmonellose humaine dans les pays industrialisés est liée à la consommation d’oeufs et de viande de volaille mais aussi de charcuteries contaminées. Pour réduire ce risque alimentaire, la stratégie développée à l’INRA, en collaboration avec l’AFSSA, vise principalement à réduire la contamination des matières premières alimentaires d’origine animale, en particulier celles issues des volailles et du porc. Cela implique d’améliorer l’état sanitaire des animaux et de lutter contre le portage asymptomatique de cette bactérie par des animaux qui abritent, voire excrètent de grande quantité de pathogènes sans signe de maladie. Une telle démarche implique une meilleure compréhension des mécanismes qui permettent à la bactérie de coloniser l’animal, mais aussi des réponses immunitaires mises en place par l’hôte pour résister à ce pathogène. Ces études débouchent sur le développement de vaccins ou de moyens thérapeutiques et sur la sélection d’animaux plus résistants à ce portage asymptomatique. Enfin, une approche intégrative complémentaire des études expérimentales et observationnelles de terrain permet de modéliser la contamination des animaux ou des industries agroalimentaires pour analyser les risques de transmission et l’impact des mesures prophylactiques.

Dans le but d’évaluer les risques sanitaires pour l'être humain et l’écosystème urbain (approche One Health ), des recherches, allant du terrain dans la ville de Marseille à un laboratoire doté d’équipements performants (Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection), ont été menées, au fil de ces dernières années, sur plus de 150 rats bruns (Rattus norvegicus ) commensaux, capturés ou ramassés morts. Le bilan provisoire de ces investigations, toujours en cours, concerne 19 agents pathogènes recherchés ou découverts fortuitement (trois virus, bactéries appartenant à quatre genres bactériens, huit parasites internes et quatre externes) dont 15 agents de zoonoses. Douze agents pathogènes ont été mis en évidence (génétiquement caractérisés voire mis en culture) : bactéries appartenant à quatre genres bactériens (Bartonella spp., Leptospira spp., Streptobacillus moniliformis et Rodentibacter rarus ), quatre parasites internes (Calodium hepaticum, Physaloptera sp., Strobilocercus fasciolaris et Rodontolepis nana ) et quatre ectoparasites (Xenopsylla cheopis, Polyplax sp., Echinolaelaps echidninus et Or-nithonyssus bacoti ) dont six agents zoonotiques et deux acariens responsables de nuisances pour lêtre humain. Actuellement, un seul risque pour la santé publique est avéré : la leptospirose.

Il est clairement établi que la résistance des bactéries aux antibiotiques (ou Antibiorésistance), est un phénomène mondial, sans frontières géographiques ni barrières d’espèces, qui représente plus que jamais une menace importante pour la santé humaine, animale et environnementale. Depuis plusieurs années, le développement de la résistance des agents pathogènes bactériens aux antibiotiques a en effet considérablement compliqué le traitement d’infections bactériennes potentiellement mortelles, entraînant parfois des impasses thérapeutiques sans aucune alternative. À la lumière des liens étroits et des interactions complexes entre les humains, les animaux et l’environnement, dont les crises sanitaires récentes sont l’illustration, est né le concept « One Health » ou « Une seule santé ». Cette prise de conscience, qui vise à promouvoir une approche multisectorielle et une recherche pluridisciplinaire, ouvre de nouveaux horizons pour faire face à l’enjeu majeur de santé publique que représente l’Antibiorésistance. Ce numéro fait le point sur la situation et présente la stratégie déployée à l’échelle nationale pour tenter de contrer cette menace à travers le « Programme Prioritaire de Recherche contre l’Antibiorésistance » lancé en 2020.

L’utilisation excessive d’antibiotiques dans les domaines de la santé et de l’agriculture a provoqué l’apparition de microorganismes pathogènes résistants aux traitements généralement utilisés. En 2017, l’Organisation mondiale de la santé a publié sa première liste « d’agents pathogènes prioritaires », énumérant les douze familles de bactéries les plus menaçantes pour la santé humaine. Dans ce contexte, un nouveau modèle d’étude des interactions hôte-pathogène connaît un intérêt croissant : le stade larvaire du papillon de la ruche,Galleria mellonella. Cette larve, parfois considérée comme un nouveau « rat de laboratoire », présente de nombreux avantages pratiques et s’impose comme un hôte de choix dans certaines études de pathogénicité d’agents infectieux et pour l’identification de moyens de traitement plus efficaces. Cette synthèse présente ce modèle alternatif et décrit ses nombreuses possibilités d’utilisation.

Introduction. MAS-moringa, pâte alimentaire, faite de Maïs, d’Arachides, de Sésames, de Moringa, de lait écrémé, du sucre et de l’eau, connait ces derniers temps une grande consommation dans le milieu rural de Kindia, République de Guinée. Elle est utilisée dans la prise en charge de la malnutrition aiguë sans complication médicale. Pour éviter les maladies liées à sa consommation, il était donc opportun de contrôler sa charge microbienne. L’objectif de cette étude était de déterminer sa qualité Microbiologique en termes de germes totaux et pathogènes et savoir si elle est propre à la consommation humaine. Méthodologies : Durant 6 mois, 300 échantillons de MAS-moringa, pasteurisés dont 180 g chacun, ont été prélevés au hasard sur les rations des enfants. Le dénombrement et la détection ont été obtenus à partir des boites d’agar ensemencées et la PCR (Polymerase Chain Reaction en temps réel). Résultat : aucun Salmonella spp, Shigella spp, Candida spp, Campylobacter spp, de staphylococcus aureus et Vibrio cholerae spp trouvé dans les échantillons. Les bactéries indicatrices de contamination notamment la flore totale, les coliformes fécaux, coliformes thermotolérants, les staphylococcus, Bactéries sulfito-réductrices en anaérobiose comptent respectivement 8 ; 7 ; 6 ; 5 ; 5 Unité Formant Colonies (UFC) ou /g de MAS-moringa. Conclusion : MAS-moringa, tel que préparé, est propre à la consommation humaine

Ewingella americana (E. americana), est une bactérie appartenant à la famille des Enterobacteriaceae autrefois rarement associée à des infections humaines. L'objectif était de décrire une souche d'E. americana isolée de selles diarrhéiques à l'Hôpital de l'Amitié Sino-Guinéenne de Kipé/Conakry. L'échantillon de selles diarrhéiques a été prélevé chez un patient de sexe masculin, âgé de 18 ans. La culture a été faite sur différents milieux gélosés pendant 24 heures à 37°C. L'identification bactérienne, l'antibiogramme et la détermination des concentrations minimales inhibitrices ont été faits sur l'automate Vitek2 Compact 15. La souche d'E. Americana identifiée était sensible à la majorité des antibiotiques testés. En revanche, cette souche était résistante à la céfoxitine, l'amikacine, et l'acide nalidixique et présentait une sensibilité intermédiaire à la céfalotine, la gentamicine et la tobramycine. Ce présent travail rapporte à notre connaissance, la première description d'E. americana isolée des selles diarrhéiques avec une multi-résistance à certains antibiotiques.

La présence de bactéries hétérotrophes dans les eaux de consommation (robinet filtrée sur unités domestiques ou embouteillées) constitue un problème difficile à résoudre car on connaît très mal leurs effets sur la santé humaine. Deux points de vue s'affrontent: l'une perçoit ces bactéries comme des bactéries sans aucune importance quel que soit leur nombre, l'autre suppose que certaines d'entre elles sont potentiellement pathogènes et que l'on ne doit pas leur permettre de se multiplier indûment dans l'eau de consommation. Ces bactéries hétérotrophes sont présentes partout et elles trouvent dans l'eau de consommation une niche écologique qui permet parfois leur croissance en grand nombre (e.g., nodules du réseau, tuyauterie des maisons, chauffe-eau, eaux embouteillées, filtre à charbon actif, etc.). Elles ne sont généralement pas d'origine fécale et ne peuvent donc pas servir d'indicateur de pollution fécale. De plus, les indicateurs fécaux tels les coliformes ou Escherichia coli ne peuvent servir à décrire ce groupe de bactéries. Des études réalisées aux États-Unis chez des familles consommant de l'eau filtrée sur filtres à usage domestiques n'ont pas mis en évidence d'effet sur la santé de concentrations élevées de bactéries hétérotrophes. D'autres études ont suggéré qu'une forte croissance de ces bactéries pouvait même être inhibitrice de la croissance des coliformes fécaux et de certaines bactéries pathogènes. Enfin, on a mis en évidence dans certains cas un effet inhibiteur de la présence de grand nombre de ces bactéries lors de l'énumération des bactéries indicatrices par filtration sur membrane. Au contraire, des études canadiennes récentes suggèrent que la présence de bactéries hétérotrophes en grand nombre pourrait avoir des effets sur la santé des consommateurs d'eau. Ces effets ont été observés lors de la prolifération de la flore bactérienne hétérotrophe dans les réservoirs d'unités de filtration par osmose-inversée. Enfin, des bactéries possédant des facteurs de virulence, et pouvant donc initier des maladies, ont été identifiées dans les eaux de consommation et posent le problème sous un angle nouveau. Les indicateurs dont nous disposons pour évaluer les effets sur la santé des eaux de consommation sont de plus en plus remis en question. Les indicateurs de pollution fécale étant inadéquats pour l'évaluation des risques sur la santé il faudra maintenant nous tourner vers d'autres méthodes pour la surveillance des risques associés à la consommation d'eau. n est très difficile avec les informations dont nous disposons maintenant, de définir si l'on doit réglementer le nombre de bactéries hétérotrophes ou si l'on doit tout simplement faire tous les efforts pour éviter les recroissances non-contrôlées.

La résistance aux antibiotiques est devenue une préoccupa­tion de santé publique mondiale car un grand nombre de bactéries résistantes émergent continuellement. Les animaux ont été signalés comme l’une des sources de bactéries résistantes aux antibiotiques qui peuvent être transférées aux humains. Afin d’enrichir les données sur la résistance aux antibiotiques chez les animaux au Rwanda, une étude transversale a été menée dans la province de l’Est et dans la ville de Kigali pour isoler Escherichia coli présent dans des élevages de volailles en plein air et dans des élevages commerciaux. Des échan­tillons de matières fécales ont été prélevés dans 294 fermes avicoles et des souches d’E. coli ont été isolées et identifiées. Au total, 241 isolats d’E. coli ont été soumis à un test de sen­sibilité aux antibiotiques en utilisant cinq antibiotiques (gen­tamicine, streptomycine, rifampicine, doxycycline et érythro­mycine). L’utilisation d’antibiotiques chez les volailles était faible dans les élevages de volaille en plein air (30,9 %) com­parativement aux élevages de poules pondeuses et de pou­lets de chair (100 %). Parmi les 151 éleveurs qui ont déclaré utiliser des antibiotiques chez les volailles, près de la moitié (49,7 %) ont toujours utilisé des antibiotiques sur ordonnance vétérinaire. Sur les 241 isolats d’E. coli, 43,2 % présentaient une résistance multiple à quatre des cinq antibiotiques testés. Presque tous les isolats (98,8 %) étaient résistants à l’érythro­mycine, 78,8 % étaient résistants à la streptomycine, 77,6 % étaient résistants à la doxycycline, 69,3 % étaient résistants à la rifampicine et quelques-uns seulement étaient résistants à la gentamicine (3,7 %). Aucune différence significative statis­tiquement n’a été observée en ce qui concerne la résistance des isolats aux antibiotiques selon le type de système d’éle­vage. Toutefois, la résistance des isolats à la doxycycline a été significativement plus élevée dans les fermes où l’utilisa­tion d’antibiotiques a été signalée (84 %) que dans les fermes où l’utilisation d’antibiotiques n’a pas été signalée (70 %). La résistance aux antibiotiques d’E. coli observée montre l’exis­tence d’une source potentielle de résistance qui peut être transférée aux bactéries pathogènes et avoir un impact sur les humains et les animaux.

The present research focused on the determination of the physical parameters and the biological contamination of water from four wells (MAP1, MAP2 KAN3, KAN4) at the Djadombè sub-watershed irrigating Mandjou and Kano neighbourhoods in the city of Bertoua. The Physical parameters were assessed at the Institute of Geological and Mining Research (IGMR) of Yaoundé, while the Centre Pasteur (CP) of Yaoundé analyzed the bacteriologic status of various water samples. The results showed that water is acidic. Low alkalinity (HCO-3) and low mineralization 35 ≤ EC ≤ 197 were recorded. The values of TDS and TSS did not exceeded WHO (2011) standards (1000 mg/L and 25-40 mg/L). Water is fresh without any salinity. The bacteriological examination revealed a strong bacterial contamination of the water. The microbialcontamination concerns both fecal bacteria (E.coli, Intestinal Enterococci) and sufficiently pathogenic germs (vibrio cholerea, Salmonella ssp). The FS/FC > 2 ratios led to the conclusion that the biological contaminations are human origin. La présente recherche a porté sur la détermination des paramètres physiques et de la contamination biologique de l’eau de quatre puits (MAP1, MAP2, KAN3, KAN4) du sous-bassin versant de Djadombè irriguant les quartiers de Mandjou et de Kano dans la ville de Bertoua. Les paramètres physiques ont été évalués à l’Institut de recherche géologique et minière (IGMR) de Yaoundé, tandis que le Centre Pasteur (CP) de Yaoundé a effectué le statut bactérien de divers échantillons d’eau. Les résultats ont montré que l’eau est acide. Une faible alcalinité (HCO-3) et une faible minéralisation 35 ≤ EC ≤ 197 ont été enregistrées. Les valeurs de TDS et TSS n’ont pas dépassé les normes de l’OMS (2011) dont 1000 mg/L et 25-40 mg/L respectivement. L’eau est douce sans aucune salinité. L’examen bactériologique a révélé une forte contamination bactérienne de l’eau. La contamination microbienne concerne à la fois des bactéries fécales (E.coli, entérocoques intestinaux) et des germes suffisamment pathogènes (vibrio cholerea, Salmonella ssp). Les rapports FS/FC > 2 ont permis de conclure que les contaminations biologiques sont d’origine humaine.

Une revue bibliographique récente montre que les pratiques de protection agroécologique des cultures (PAEC) contre les ravageurs, pathogènes et adventices, réduisent généralement les risques zoonotiques viraux en santé publique et vétérinaire, alors que les pratiques conventionnelles (à base agrochimique) tendent à les augmenter. Nous avons analysé la littérature scientifique pour déterminer si ces conclusions pouvaient être élargies aux infections bactériennes, avec focus sur les agroécosystèmes tropicaux. En santé publique et vétérinaire, les principales infections bactériennes impactées par des pratiques de protection des cultures sont celles ayant pour réservoirs des rongeurs (avec arthropodes vecteurs, comme la peste, ou pas, comme la leptospirose), et les maladies à entérobactéries (e.g., Salmonella) et autres bactéries opportunistes (e.g., Pseudomonas). La problématique d’antibiorésistance en santé publique est peu affectée par les pratiques de protection des cultures conventionnelles. Des pratiques relevant de la substitution aux intrants de synthèse (variétés résistantes aux attaques de rongeurs ou à la colonisation par des entérobactéries ; pesticides minéraux; solarisation) peuvent se traduire par une réduction plus importante du risque sanitaire que certaines pratiques relevant de la reconception des agroécosystèmes (push-pull ; intégration agriculture-élevage). Toutefois, vu ses effets vertueux en termes de réduction des pollutions, conservation de la biodiversité et résilience climatique, la PAEC, basée sur la reconception, contribue, à des échelles spatiotemporelles supérieures, à la réduction du risque sanitaire lié aux infections bactériennes. Les impacts des pratiques de protection des cultures, basées sur l’amélioration de l’efficience des pratiques conventionnelles, sur la substitution ou sur la reconception, sur les risques d’infection bactérienne en santé publique et vétérinaire, sont sensiblement différents de ceux observés avec les risques zoonotiques viraux. Des recherches sont encore nécessaires pour concilier, dans une perspective « Une seule santé », les trois types de pratiques, afin de réduire les risques sanitaires liés aux maladies infectieuses autant à bactéries qu’à virus, parasites (protozoaires et vers) ou champignons.

Compte tenu de l'importance que revêtent les salmonelles comme agent de mortalité et de morbidité, notamment chez l'enfant, il a été décidé d'étudier la prévalence de ces bactéries avec la collaboration des autorités de Guinée-Bissau, par une enquête épidémiologique à l'abattoir de Bissau. Le taux de prévalence sur 117 bovins abattus et reconnus aptes à la consommation humaine a été de 13,7 %, dont 8,5 % dans les prélèvements intestinaux et 5,1 % dans les vésicules biliaires. Les écouvillonnages rectaux, sur 74 autres animaux vivants, n'ont permis qu'un seul isolement : S. stanleyville. En revanche, aucune souche n'a été isolée dans les ganglions lymphatiques hépatiques. Ces souches, dont certains sérotypes sont pathogènes pour l'homme, sont en majorité dites "exotiques" : S. bargny, S. brazzaville, S. virchow, S. rubislaw, S. brazil, S. calabar, S. havana, S. hull, S. marseille, S. shipely, S. uppsala, S. ll4, 12; l,w; e,n,x. Un nouveau sérotype est décrit : S. 28; f,m,t : -. Isolé du contenu intestinal, ce sérotype présentait des fimbres MSHA (++++) et une DL 50 de 7,0 Log 10. La majorité des souches présentaient une antibiorésistance, soit simple, soit multiple. Les isolements ont été plus fréquents en saison humide qu'en saison sèche.

L’infection du cerveau par divers types d’agents pathogènes, et les réponses inflammatoires qui s’en suivent, occupent une place grandissante dans notre compréhension de l’étiologie de la maladie d’Alzheimer (MA). Le fait que, parmi la vingtaine de gènes identifiés comme étant des facteurs à risque, plusieurs soient impliqués dans la modulation de la réponse immunitaire, ainsi que la diversité même des agents infectieux identifiés comme étant des acteurs possibles dans l’évolution de cette maladie, plaident en faveur de l’hypothèse neuro-inflammatoire, tout comme la prise de conscience que la protéine Aβ, l’un des marqueurs les plus importants de la MA, peut agir comme un système de défense antimicrobienne, capable de neutraliser des bactéries et des virus. Différent types de pathogènes, incluant des bactéries, des champignons, des protozoaires et des virus, ont été identifiés dans le cerveau malade, souvent près des lésions caractéristiques de la MA. Parmi eux, les virus herpétiques (surtout, mais pas seulement, HSV-1), qui se caractérisent par l’établissement d’infections latentes dans les neurones, ponctuées par des épisodes de réactivation suite à des stress ou des immunodépressions, apparaissent comme des candidats très solides à un rôle étiologique, ne serait-ce qu’en tant que cofacteurs, de la MA. La présence de génomes HSV-1 latents dans le cerveau, et donc le risque de réactivation, augmentent significativement avec l’âge. Des résultats récents montrent que, dans des neurones humains et de rat, l’infection par HSV-1 augmente l’expression de la β-sécrétase et de la nicastrine, deux enzymes impliquées dans la formation des Aβ selon la voie amyloïdogénique, ainsi que de celle de GSK3β et PKA, deux kinases impliquées dans la phosphorylation des protéines Tau, un autre marqueur essentiel de la MA. Les preuves croissantes obtenues, selon lesquelles les infections chroniques et les mécanismes de défense suscités, y compris les processus inflammatoires, sont au cœur de la MA, justifient de revoir les médicaments antiviraux tels que l’acyclovir, et peut-être aussi la vaccination, comme des voies potentielles de lutte contre la MA.

High usage of antibiotics has led to an increase in bacteria developing antibiotic resistance. A resistant strain of human pathogenic bacteria has been found in the non-curative usage of antibiotics for animal production. Moringa oleifera and Azardiracta indica are phytobiotics which have been proven to be natural, with no residual effect and are thought to be ideal for animal production. An experiment was conducted to determine the growth performance and gut health of broilers fed Moringa oleifera and neem Azardiracta indica as an alternative to antibiotics. Two hundred and ten day-old broiler chicks were randomly allotted to seven dietary treatment groups of three replicates each. Each replicate had 10 birds. The experimental design was Completely Randomized Design (CRD). The diets were T1- (positive control) diet with antibiotics (oxytetracyline); T2 - diet with 600g moringa leaf meal (MLM)/100kg feed; T3- diet with 600g neem leaf meal (NLM)/100kg feed; T4- diet with 50%(300g) MLM and 50% (300g) NLM/100kg feed; T5- diet with 75%(450g) MLM and 25% (150g) NLM/100kg feed; T6- diet with 25%(150g) MLM and 75% (450g) NLM/100kg feed; T7-(negative control) diet without any additive. Routine management and vaccination procedures were followed while fresh feed and water were supplied ad libitum. The experiment lasted for eight weeks. The feed intake, weight gain and feed conversion ratio was determined, also the villus height and the crypth depth was measured. There was no significant difference observed in the weight gain of the birds, also no significant difference was observed in the feed intake. Treatment 3 (diet with 600g neem leaf meal (NLM)/100kg feed) had the lowest feed conversion ratio which was not significantly different from other treatments. Birds on diets supplemented with moringa and neem had an increased villus height and crypth depth, though not significantly different to other diets. The combination of plant extracts at different inclusions improved the villus height and crypth depth of broiler birds. The study showed that moringa and neem had antibiotic effect on growth performance and gut health of broilers. L'utilisation élevée d'antibiotiques a entraîné une augmentation du nombre de bactéries développant une résistance aux antibiotiques. Une souche résistante de bactéries pathogènes humaines a été trouvée dans l'utilisation non curative d'antibiotiques pour la production animale. Moringa oleifera et Azardiracta indica sont des phytobiotiques qui se sont avérés naturels, sans effet résiduel et qui sont considérés comme idéaux pour la production animale. Une expérience a été menée pour déterminer les performances de croissance et la santé intestinale des poulets nourris au Moringa oleifera et au neem Azardiracta indica comme alternative aux antibiotiques. Deux cent dix poussins à griller âgés d'un jour ont été répartis au hasard en sept groupes de traitement alimentaire de trois répétitions chacun. Chaque réplique avait 10 oiseaux. Le plan expérimental était un plan complètement randomisé (PCR). Les régimes étaient un régime T1 (témoin positif) avec des antibiotiques (oxytétracyline); T2 - régime avec 600 g de farine de feuilles de moringa (FFM)/100 kg d'aliment ; T3- régime avec 600 g de farine de feuilles de neem (FFN)/100 kg d'aliment ; T4- régime avec 50 % (300 g) de FFM et 50 % (300 g) de FFN/100 kg d'aliment ; T5- régime avec 75 % (450 g) de FFM et 25 % (150 g) de FFN/100 kg d'aliment ; T6- régime avec 25 % (150 g) de FFM et 75 % (450 g) de FFN/100 kg d'aliment ; Régime T7-(témoin négatif) sans aucun additif. Les procédures de gestion et de vaccination de routine ont été suivies tandis que des aliments frais et de l'eau ont été fournis à volonté. L'expérience a duré huit semaines. La prise alimentaire, le gain de poids et le taux de conversion alimentaire ont été déterminés, ainsi que la hauteur des villosités et la profondeur de la crypte ont été mesurées. Il n'y avait pas de différence significative observée dans le gain de poids des oiseaux, pas plus qu'aucune différence significative n'a été observée dans la prise alimentaire. Le traitement 3 (régime avec 600 g de farine de feuilles de neem (FFN)/100 kg d'aliments) avait le taux de conversion alimentaire le plus bas qui n'était pas significativement différent des autres traitements. Les oiseaux recevant des régimes complétés par du moringa et du neem avaient une hauteur de villosité et une profondeur de crypte accrues, mais pas significativement différentes des autres régimes. La combinaison d'extraits de plantes à différentes inclusions a amélioré la hauteur des villosités et la profondeur de la crypte des poulets à griller. L'étude a montré que le moringa et le neem avaient un effet antibiotique sur les performances de croissance et la santé intestinale des poulets à griller.

Les structures en bois utilisées pour des applications en milieux marins sont exposées à des environnements difficiles dans les zones littorales (Tsinker, 1995). Ces bois sont souvent exposés à de sévères conditions de dégradation causées par d’importantes charges mécaniques (poids, vagues, chocs de débris, etc.), par l’abrasion, mais surtout par de nombreux agents biologiques de dégradation du bois (Treu et al., 2019). Que ce soit en contact avec l’eau salée, saumâtre (estuaires, lagunes) ou douce, et en fonction de leur niveau d’immersion, les bois sont soumis à de nombreuses attaques d’agents pathogènes tels que les bactéries, les champignons, les insectes et les térébrants marins (Oevering et al., 2001 ; Cragg et al., 2007 ; Can et Sivrikaya, 2020). Dans les eaux salées ou saumâtres, les mollusques et les crustacés térébrants sont les principaux agents de dégradation des bois utilisés pour les ouvrages immergés (Fouquet, 2009). Malgré sa biodégradabilité, le bois est un matériau d’intérêts pour la construction marine, notamment en raison de son caractère renouvelable, de sa résilience, de son rapport résistance/poids favorable, de sa capacité à absorber les chocs, mais aussi de sa flexibilité en matière de fabrication, de conception et de réparation (Williams et al., 2005). En ce sens, l’utilisation du bois en milieu marin concurrence d’autres matériaux tels que l’acier ou le béton. Par le passé, des traitements chimiques étaient appliqués au bois afin d’obtenir un produit utilisable en classe d’emploi 5 (EN 335, 2013 ; EN 350, 2016), pour le protéger vis-à-vis des attaques biotiques et ainsi prolonger sa durée de vie en environnement marin (photo 1). Cependant, l’impact négatif de ces types de traitements biocides à base de créosote ou de CCA sur la santé humaine et l’environnement, en raison des risques de lixiviation des produits actifs (Mercer et Frostick, 2012, Martin et al., 2021), a conduit à leur interdiction en Europe et leur forte restriction aux États-Unis d’Amérique depuis 2003[1], [2]. Dès lors, de nombreux travaux de recherche se sont portés sur des solutions de traitements alternatives à base de cuivre alcalin quartenaire (ACQ-based preservative) (Hellkamp, 2012 ; Humar et al., 2013), de 1,3-diméthylol 4,5- dihydroxy éthylène urée (DMDHEU), de résine de mélamine méthylée (MMF), d’anhydride acétique, de résine phénolique à base de formaldéhyde (PF) ou encore d’alcool furfurylique (Klüppel et al., 2014; Westin et al., 2016, Galore et al., 2023). Cependant, les technologies de modification du bois actuellement disponibles concernent essentiellement des produits de niche qui ont un coût important, ce qui limite leur utilisation à des produits de plus grande valeur ajoutée (Treu et al., 2019). À l’heure actuelle, aucun produit de préservation du bois n'est approuvé en Europe pour les applications marines. Les nouvelles méthodes de protection du bois doivent répondre à la fois aux exigences d'efficacité contre les organismes de dégradation du bois, mais aussi à l’absence d'effets secondaires nocifs pour les organismes non ciblés. Certaines essences tropicales sont traditionnellement utilisées dans les travaux portuaires en régions tropicales et/ou tempérées, car considérées comme résistantes aux térébrants marins, couvrant naturellement la classe d’emploi 5 (bois immergés dans l'eau salée, eau de mer ou eau saumâtre, de manière régulière ou permanente) : angelim vermelho, azobé, greenheart, okan, wallaba[3]… Cependant, les marchés de certaines de ces essences les plus couramment utilisées (azobé, okan, greenheart) apparaissent de plus en plus en tension avec une irrégularité des approvisionnements qui incitent les entreprises spécialisées dans les travaux portuaires à se tourner vers de nouvelles essences (photo 2) avec des propriétés au moins équivalentes. Les essences de bois tropicales moins connues sont difficiles à commercialiser en raison du manque de données issues d'essais fiables sur leurs performances, en particulier sur leur durabilité naturelle. Pour ces nouvelles essences, la résistance aux térébrants marins doit être aujourd’hui validée en laboratoire ou par des expérimentations en conditions réelles d’utilisation, dans le but de contribuer positivement à l'utilisation des bois tropicaux dans les structures marines (photo 3). Par ailleurs, on observe une évolution des attaques des térébrants marins sur les bois, celles-ci « migrant » vers le nord en relation avec une tendance au réchauffement des eaux marines et un élargissement de l’aire naturelle de répartition de ces térébrants (lien supposé avec le réchauffement climatique, Zarzyczny et al., 2023) (figure 1). Cette évolution impacte le comportement des bois classiquement utilisés en milieu marin, certaines essences réputées très durables s’avérant moins résistantes que d’autres jusqu’à présent délaissées pour ce type d’usage (Palanti et al., 2015 ; Williams et al., 2018). Les connaissances actuelles sur la résistance des bois aux attaques des agents biologiques de détérioration en milieu marin sont donc partiellement remises en question. Cette résistance naturelle est supposée être liée aux caractéristiques suivantes (Gérard et Groutel, 2020) : (1) grain fin à très fin couplé à une densité élevée ; (2) taux de silice élevé ; (3) présence dans le bois de composés chimiques répulsifs (= métabolites secondaires). En effet, les bois utilisables pour des ouvrages hydrauliques en milieu marin présentent pour la plupart une densité moyenne supérieure à 0,75, cette densité moyenne étant le plus souvent supérieure à 0,85 (figure 2). Il est encore aujourd’hui nécessaire, (i) de mieux comprendre comment et pourquoi les xylophages marins attaquent le bois, et (ii) de se concentrer davantage sur les différentes espèces d'organismes xylophages et sur leur mode d'action en fonction de la nature des différents bois testés. La mise en place de sites d'essais, permanents et temporaires, permettrait de surveiller l'abondance et la répartition des espèces et l'évolution des risques liés pour les matériaux bois. Photo 1. Ponton abrité, réalisé avec des poteaux en pin radiata (Pinus insignis) traités au CCA (Chromated Copper Arsenate), à Nouméa, Nouvelle Calédonie. Photo K. Candelier. Photo 2. Bois tropicaux testés en milieu marin, depuis 1999 et conformément à la norme EN 275 (1992), sur le site de la station de recherche marine de Kristineberg en Suède (Westin et Brelid, 2022). Photo M. Westin et P. L. Brelid. Photo 3. Utilisation de bois tropicaux en ouvrage hydraulique : pose d’une porte d’écluse en Azobé. Photo Entreprise Wijma (Deventer, Pays-Bas), extrait Gérard et Groutel (2020). Figure 1. Zones géographiques où la « tropicalisation » a été identifiée. La flèche rouge vers le haut indique une augmentation des espèces marines tropicales et la flèche bleue vers le bas une réduction des espèces tempérées (Zarzyczny et al., 2023). Figure 2. Répartition des densités des principaux bois commerciaux couvrant naturellement la classe d’emploi 5 (bois immergés dans l’eau salée de manière régulière ou permanente), source : Tropix (Gérard et Groutel, 2020). [1] Journal officiel de l'Union européenne, Directive 2003/2/EC du 6 janvier 2003, Clause (3). [2] Agence américaine pour la protection de l'environnement, https://www.epa.gov/ingredients-used-pesticide-products/chromated-arsenicals-cca, consulté le 2 octobre 2024. [3] Respectivement Dinizia excelsa, Lophira alata, Chlorocardium rodiei, Cylicodiscus gabunensis, Eperua spp.

La biologie moderne est en train de réinterpréter notre corps. Là où ce dernier était autrefois considéré comme un organisme autonome, contrôlé et essentiellement fermé sur lui-même, nous nous envisageons désormais comme des êtres participant à une écologie de micro-organismes commensaux, symbiotiques et pathogènes. On estime que nous sommes habités par 10 à 100 000 milliards de cellules microbiennes (Ursell et al. 2012 ; Yang 2012). Cette reconsidération radicale de notre corps entraîne des conséquences existentielles (Helmreich 2016). Qu'entend-on par être humain ? Comment fonctionne le corps ? Et que signifient la santé et la volonté dans un système d'interaction aussi ouvert ? Imprimer la lumière pose la question suivante : si l'architecture est fondée sur un humanisme, c'est-à-dire sur une certaine compréhension de l'être humain, dans quelle mesure cette nouvelle compréhension de soi peut-elle créer de profondes différences dans la façon dont l'architecture est conçue, façonnée et matérialisée ? Situé à l'intersection des pratiques d'architecture et de design textile, et soutenu par une approche de design probes, le projet examine, d'un point de vue pratique, la fabrication numérique de microarchitectures bioluminescentes imprimées en 3D. Si la bioluminescence est couramment utilisée comme marqueur en biologie et en médecine, elle a principalement été étudiée dans les domaines du design et de l'architecture comme alternative à l'éclairage public et domestique (Estevez 2007 ; Chassard 2015 ; van Dongen 2014, Thomsen 2017). Nous utilisons ici la luminescence bactérienne comme un moyen d'observer l'appropriation des micro-organismes vivants en tant que matérialité architecturale, à la fois d'un point de vue critique et pratique. En termes de fabrication, le projet explore quels peuvent être les nouveaux moyens par lesquels concevoir par et pour la bactérie luminescente Vibrio fischeri grâce à des technologies avancées d'impression 3D robotisées, qui s'appuient sur l'extrusion d'un milieu nutritif à base d'agar-agar créé à cette fin. Le dispositif technologique repose sur un robot collaboratif. Les méthodes utilisées pour soutenir ces expériences ont été décrites plus en détail dans des publications antérieures (Tyse et al. 2022 ; Ramsgaard et al. 2022 ; Ramsgaard et al. 2021). Nous partageons ici une série de material probes sur des microarchitectures bioluminescentes, de fait, vivantes qui explorent l'imprimabilité d'un milieu nutritif pour bactéries bioluminescentes et la façon dont sa résolution formelle (sa hauteur, son épaisseur et sa géométrie) influence et contrôle leur efficacité lumineuse. Nous proposons notamment une comparaison visuelle montrant comment des variations dans la géométrie de ces tours imprimées en 3D affectent l'évolution dans le temps de leur performance lumineuse. Cette structure typologique a été choisie pour sa capacité à canaliser l'eau dans laquelle se développent les bactéries bioluminescentes. Ces microarchitectures s'inscrivent dans une étude plus vaste qui explore la relation entre l'architecture du milieu nutritif imprimé en 3D et la propagation bactérienne dans ce milieu : autrement dit, dans quelle mesure la conception de la topologie de l'écosystème influence le métabolisme émetteur de lumière et la perception de leur luminescence à travers le temps (Thomsen et al. 2021). Elles constituent également un terrain d'expérimentation qui nous permet d'interroger et d'engager une réflexion sur la manière dont l'architecture peut devenir l'hôte d'une écologie d'espèces en coexistence symbiotique.

Background: Antibiotics are significant for improving the health and productivity of chickens, but overuse and misuse of antibiotics have led to the development of antimicrobial resistance (AMR), which has resulted in ineffective treatment of infectious diseases with associated mortality in chicken and potential spread of AMR pathogens to humans. The objective of the study was to evaluate the AMR profiles of Enterobacteriaceae from faecal samples of laying chicken in Ibadan, southwestern Nigeria. Methodology: This was a cross-sectional study of 200 apparently healthy laying hens from 10 selected local government areas of Ibadan, Nigeria, and from which cloacal samples were collected for isolation of Enterobacteriaceae. Samples were first inoculated on tryptone soy broth (TSB) for enrichment and then sub-cultured on MacConkey agar plates. Presumptive Escherichia coli isolates were sub-cultured on Eosin Methylene Blue (EMB) agar and greenish metallic sheen colonies on EMB agar were identified as E. coli by colony morphology and Gram stain microscopy. Commercial API (Analytical Profile Index) kit was used to confirm the identity of the Enterobacteriaceae isolates. Antimicrobial susceptibility testing of the isolates was performed by the disc diffusion technique and result interpreted using the guideline of Clinical and Laboratory Standards Institute. Data were analysed on STATA and p<0.05 was considered statistical significance. Results: The results showed that out of 200 chicken samples, 190 were cultured positive, giving a colonization rate of 95.0%, with 287 Enterobacteriaceae isolates. Escherichia coli (59.6%), Enterobacter spp., (27.9%), and Klebsiella pneumoniae (12.5%) were the bacterial isolates identified. For antibiotic susceptibility, E. coli had sensitivity rate of 78.2% to ciprofloxacin, 73.4% to ofloxacin, 71.8% to sparfloxacin, and 70.9% to pefloxacin, and resistant rates to cotrimoxazole of 73.4%, streptomycin 65.4%, and other antibiotics 63.7%. Klebsiella pneumoniae was sensitive to gentamicin (33.3%), ofloxacin (33.3%), and ciprofloxacin, but resistant to other antibiotics. Enterobacter spp. was sensitive to amoxicillin-clavulanic acid (93.8%), pefloxacin, and streptomycin (70.3%), but resistant to ofloxacin (100.0%), cotrimoxazole (84.5%), chloramphenicol (68.8%), gentamicin (64.1%), amoxicillin (60.9%) and ciprofloxacin (60.9%). A total of 29 resistance patterns were observed in 50 resistant Enterobacteriaceae isolates with 12 MDR patterns observed in 54.0% (n=27) of the isolates. Conclusion: This study reports faecal Enterobacteriaceae colonization rate of 95% of commercial poultry chicken in Ibadan, southwest Nigeria, belonging to three members of the family Enterobacteriaceae, with high MDR patterns. The high AMR rates can lead to ineffective treatment of infectious diseases in chicken, with associated mortality and a potential source for transmission of AMR pathogens to humans. Contexte: Les antibiotiques sont importants pour améliorer la santé et la productivité des poulets, mais leur utilisation excessive et inappropriée a conduit au développement d'une résistance aux antimicrobiens (RAM), qui a entraîné un traitement inefficace des maladies infectieuses avec une mortalité associée chez les poulets et une propagation potentielle de ces maladies. Agents pathogènes de la RAM pour les humains. L'objectif de l'étude était d'évaluer les profils de RAM des Entérobactéries à partir d'échantillons fécaux de poules pondeuses à Ibadan, dans le sud-ouest du Nigeria. Méthodologie: Il s'agissait d'une étude transversale portant sur 200 poules pondeuses apparemment en bonne santé provenant de 10 zones de gouvernement local sélectionnées d'Ibadan, au Nigeria, et à partir desquelles des échantillons cloacaux ont été collectés pour l'isolement des Entérobactéries. Les échantillons ont d'abord été inoculés sur un bouillon tryptone soja (TSB) pour enrichissement, puis repiqués sur des plaques de gélose MacConkey. Des isolats présumés d'Escherichia coli ont été sous-cultivés sur une gélose à l'éosine et au bleu de méthylène (EMB) et des colonies à reflets métalliques verdâtres sur une gélose EMB ont été identifiées comme étant E. coli par la morphologie des colonies et la microscopie à coloration de Gram. Un kit commercial API (Analytical Profile Index) a été utilisé pour confirmer l’identité des isolats d’entérobactéries. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens des isolats ont été réalisés par la technique de diffusion sur disque et les résultats ont été interprétés selon les directives d’Institut des Normes Cliniques et de Laboratoire. Les données ont été analysées sur STATA et p<0,05 a été considéré comme statistiquement significatif. Résultats: Les résultats ont montré que sur 200 échantillons de poulets, 190 étaient cultivés positifs, soit un taux de colonisation de 95,0%, avec 287 isolats d'Entérobactéries. Escherichia coli (59,6%), Enterobacter spp. (27,9%) et Klebsiella pneumoniae (12,5%) étaient les isolats bactériens identifiés. Pour la sensibilité aux antibiotiques, E. coli avait un taux de sensibilité de 78,2% à la ciprofloxacine, de 73,4% à l'ofloxacine, de 71,8% à la sparfloxacine et de 70,9% à la péfloxacine, et des taux de résistance au cotrimoxazole de 73,4%, à la streptomycine de 65,4% et à d'autres antibiotiques de 63,7%. Klebsiella pneumoniae était sensible à la gentamicine (33,3%), à l'ofloxacine (33,3%) et à la ciprofloxacine, mais résistante à d'autres antibiotiques. Enterobacter spp était sensible à l'amoxicilline-acide clavulanique (93,8%), à la péfloxacine et à la streptomycine (70,3%), mais résistant à l'ofloxacine (100,0%), au cotrimoxazole (84,5%), au chloramphénicol (68,8%), à la gentamicine (64,1%), à l'amoxicilline (60,9 %) et ciprofloxacine (60,9%). Au total, 29 profils de résistance ont été observés dans 50 isolats d'Enterobacteriaceae résistants, avec 12 profils MDR observés dans 54,0% (n=27) des isolats. Conclusion: Cette étude rapporte un taux de colonisation fécale des Enterobacteriaceae de 95.0% des volailles commerciales d'Ibadan, dans le sud-ouest du Nigeria, appartenant à trois membres de la famille des Enterobacteriaceae, avec des profils MDR élevés. Les taux élevés de RAM peuvent conduire à un traitement inefficace des maladies infectieuses chez le poulet, avec une mortalité associée et une source potentielle de transmission d'agents pathogènes RAM aux humains.