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Devloo-Delva, Floriaan, Roger Huerlimann, Gladys Chua, Jordan K. Matley, Michelle R. Heupel, Colin A. Simpfendorfer et Gregory E. Maes. « How does marker choice affect your diet analysis : comparing genetic markers and digestion levels for diet metabarcoding of tropical-reef piscivores ». Marine and Freshwater Research 70, no 1 (2019) : 8. http://dx.doi.org/10.1071/mf17209.
Texte intégralAnsorge, Rebecca, Giovanni Birolo, Stephen A. James et Andrea Telatin. « Dadaist2 : A Toolkit to Automate and Simplify Statistical Analysis and Plotting of Metabarcoding Experiments ». International Journal of Molecular Sciences 22, no 10 (18 mai 2021) : 5309. http://dx.doi.org/10.3390/ijms22105309.
Texte intégralZhang, Ke, Rongnan Lin, Yujun Chang, Qing Zhou et Zhi Zhang. « 16S-FASAS : an integrated pipeline for synthetic full-length 16S rRNA gene sequencing data analysis ». PeerJ 10 (23 septembre 2022) : e14043. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.14043.
Texte intégralLeonard, Caroline, Damien Thiry, Bernard Taminiau, Georges Daube et Jacques Fontaine. « External Ear Canal Evaluation in Dogs with Chronic Suppurative Otitis Externa : Comparison of Direct Cytology, Bacterial Culture and 16S Amplicon Profiling ». Veterinary Sciences 9, no 7 (18 juillet 2022) : 366. http://dx.doi.org/10.3390/vetsci9070366.
Texte intégralYu, Jeong suk, Minhee Kim, Il-Hoon Cho, Yu-Min Sim et Young Sun Hwang. « Evidence Supporting Oral Hygiene Management by Owners through a Genetic Analysis of Dental Plaque Bacteria in Dogs ». Veterinary Sciences 11, no 2 (19 février 2024) : 96. http://dx.doi.org/10.3390/vetsci11020096.
Texte intégralTheil, Sebastien, et Etienne Rifa. « rANOMALY : AmplicoN wOrkflow for Microbial community AnaLYsis ». F1000Research 10 (7 janvier 2021) : 7. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.27268.1.
Texte intégralHjelmsø, Mathis Hjort, Lars Hestbjerg Hansen, Jacob Bælum, Louise Feld, William E. Holben et Carsten Suhr Jacobsen. « High-Resolution Melt Analysis for Rapid Comparison of Bacterial Community Compositions ». Applied and Environmental Microbiology 80, no 12 (7 mars 2014) : 3568–75. http://dx.doi.org/10.1128/aem.03923-13.
Texte intégralÁlvarez Narváez, Sonsiray, Megan S. Beaudry, Connor G. Norris, Paula B. Bartlett, Travis C. Glenn et Susan Sanchez. « Improved Equine Fecal Microbiome Characterization Using Target Enrichment by Hybridization Capture ». Animals 14, no 3 (29 janvier 2024) : 445. http://dx.doi.org/10.3390/ani14030445.
Texte intégralTang, Jianming, John K. Moulton, Kenneth Pruess, Eddie W. Cupp et Thomas R. Unnasch. « Genetic variation in North American black flies in the subgenus Psilopelmia (Simulium : Diptera : Simuliidae) ». Canadian Journal of Zoology 76, no 2 (1 février 1998) : 205–11. http://dx.doi.org/10.1139/z97-190.
Texte intégralNelson, Michael C., Hilary G. Morrison, Jacquelynn Benjamino, Sharon L. Grim et Joerg Graf. « Analysis, Optimization and Verification of Illumina-Generated 16S rRNA Gene Amplicon Surveys ». PLoS ONE 9, no 4 (10 avril 2014) : e94249. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0094249.
Texte intégralPlaný, Matej, Tomáš Kuchta, Katarína Šoltýs, Tomáš Szemes, Domenico Pangallo et Peter Siekel. « Metagenomic Analysis of Slovak Bryndza Cheese Using Next-Generation 16S rDNA Amplicon Sequencing ». Nova Biotechnologica et Chimica 15, no 1 (1 juin 2016) : 23–34. http://dx.doi.org/10.1515/nbec-2016-0003.
Texte intégralda Silva, Cleiziane Bispo, Hellen Ribeiro Martins dos Santos, Phellippe Arthur Santos Marbach, Jorge Teodoro de Souza, Valter Cruz-Magalhães, Ronaldo Costa Argôlo-Filho et Leandro Lopes Loguercio. « First-tier detection of intragenomic 16S rRNA gene variation in culturable endophytic bacteria from cacao seeds ». PeerJ 7 (20 novembre 2019) : e7452. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.7452.
Texte intégralSierra, Maria A., Qianhao Li, Smruti Pushalkar, Bidisha Paul, Tito A. Sandoval, Angela R. Kamer, Patricia Corby et al. « The Influences of Bioinformatics Tools and Reference Databases in Analyzing the Human Oral Microbial Community ». Genes 11, no 8 (3 août 2020) : 878. http://dx.doi.org/10.3390/genes11080878.
Texte intégralYen, Sandi, Jethro Johnson et Nicholas E. Ilott. « Streamlined processing and analysis of 16S rRNA amplicon sequencing data with OCMS_16S and OCMSlooksy ». Wellcome Open Research 7 (23 février 2022) : 68. http://dx.doi.org/10.12688/wellcomeopenres.17632.1.
Texte intégralRanjan, Ravi, Asha Rani, Ahmed Metwally, Halvor S. McGee et David L. Perkins. « Analysis of the microbiome : Advantages of whole genome shotgun versus 16S amplicon sequencing ». Biochemical and Biophysical Research Communications 469, no 4 (janvier 2016) : 967–77. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2015.12.083.
Texte intégralMurovec, Boštjan, Leon Deutsch et Blaž Stres. « General Unified Microbiome Profiling Pipeline (GUMPP) for Large Scale, Streamlined and Reproducible Analysis of Bacterial 16S rRNA Data to Predicted Microbial Metagenomes, Enzymatic Reactions and Metabolic Pathways ». Metabolites 11, no 6 (24 mai 2021) : 336. http://dx.doi.org/10.3390/metabo11060336.
Texte intégralFujimoto, Naoshi, Keigo Mizuno, Tomoki Yokoyama, Akihiro Ohnishi, Masaharu Suzuki, Satoru Watanabe, Kenji Komatsu et al. « Community analysis of picocyanobacteria in an oligotrophic lake by cloning 16S rRNA gene and 16S rRNA gene amplicon sequencing ». Journal of General and Applied Microbiology 61, no 5 (2015) : 171–76. http://dx.doi.org/10.2323/jgam.61.171.
Texte intégralNakajima, Aruto, Keisuke Yoshida, Aina Gotoh, Toshihiko Katoh, Miriam N. Ojima, Mikiyasu Sakanaka, Jin-Zhong Xiao, Toshitaka Odamaki et Takane Katayama. « A simple method that enhances minority species detection in the microbiota : 16S metagenome-DRIP (Deeper Resolution using an Inhibitory Primer) ». Microbiome Research Reports 1, no 3 (2022) : 20. http://dx.doi.org/10.20517/mrr.2022.08.
Texte intégralGuo, Mengmeng, Xi Cao, Ke Zhang, Menghao Pan, Yujiang Wu, Suo Langda, Yuxin Yang, Yulin Chen, Ba Gui et Baohua Ma. « 16S rRNA Gene Sequencing Revealed Changes in Gut Microbiota Composition during Pregnancy and Lactation in Mice Model ». Veterinary Sciences 9, no 4 (1 avril 2022) : 169. http://dx.doi.org/10.3390/vetsci9040169.
Texte intégralTorrell, Helena, Adrià Cereto-Massagué, Polina Kazakova, Lorena García, Héctor Palacios et Núria Canela. « Multiomic Approach to Analyze Infant Gut Microbiota : Experimental and Analytical Method Optimization ». Biomolecules 11, no 7 (7 juillet 2021) : 999. http://dx.doi.org/10.3390/biom11070999.
Texte intégralYaman, Belma Nural. « Metagenomics (16S Amplicon Sequencing) and DGGE Analysis of Bacterial Diversity of Acid Mine Drainage ». Journal of Microbiology, Biotechnology and Food Sciences 9, no 5 (avril 2020) : 932–36. http://dx.doi.org/10.15414/jmbfs.2020.9.5.932-936.
Texte intégralGonzalez, Emmanuel, Frederic E. Pitre et Nicholas J. B. Brereton. « ANCHOR : a 16S rRNA gene amplicon pipeline for microbial analysis of multiple environmental samples ». Environmental Microbiology 21, no 7 (21 mai 2019) : 2440–68. http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.14632.
Texte intégralSibanda, Timothy, Ramganesh Selvarajan et Memory Tekere. « Targeted 16S rRNA amplicon analysis reveals the diversity of bacterial communities in carwash effluents ». International Microbiology 22, no 2 (26 octobre 2018) : 181–89. http://dx.doi.org/10.1007/s10123-018-00038-0.
Texte intégralRamiro-Garcia, Javier, Gerben D. A. Hermes, Christos Giatsis, Detmer Sipkema, Erwin G. Zoetendal, Peter J. Schaap et Hauke Smidt. « NG-Tax, a highly accurate and validated pipeline for analysis of 16S rRNA amplicons from complex biomes ». F1000Research 5 (23 novembre 2018) : 1791. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.9227.2.
Texte intégralChun, Jongsik, Anwarul Huq et Rita R. Colwell. « Analysis of 16S-23S rRNA Intergenic Spacer Regions of Vibrio cholerae and Vibrio mimicus ». Applied and Environmental Microbiology 65, no 5 (1 mai 1999) : 2202–8. http://dx.doi.org/10.1128/aem.65.5.2202-2208.1999.
Texte intégralBarak, Noga, Eduard Fadeev, Vera Brekhman, Dikla Aharonovich, Tamar Lotan et Daniel Sher. « Selecting 16S rRNA Primers for Microbiome Analysis in a Host–Microbe System : The Case of the Jellyfish Rhopilema nomadica ». Microorganisms 11, no 4 (6 avril 2023) : 955. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms11040955.
Texte intégralBergsten, Pauline, Pauline Vannier, Julie Frion, Alan Mougeolle et Viggó Þór Marteinsson. « Culturable Bacterial Diversity from the Basaltic Subsurface of the Young Volcanic Island of Surtsey, Iceland ». Microorganisms 10, no 6 (8 juin 2022) : 1177. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms10061177.
Texte intégralMcAdams, Zachary, Kevin Gustafson et Aaron Ericsson. « The Effect of Common Viral Inactivation Techniques on 16S rRNA Amplicon-Based Analysis of the Gut Microbiota ». Microorganisms 9, no 8 (17 août 2021) : 1755. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms9081755.
Texte intégralForero-Becerra, Elkin, Jignesh Patel, Heidy-C. Martínez-Díaz, Paola Betancourt-Ruiz, Efraín Benavides, Steven Durán, Luz-A. Olaya-Másmela, Eliana Bolaños, Marylin Hidalgo et Jere W. McBride. « Seroprevalence and Genotypic Analysis of Ehrlichia canis Infection in Dogs and Humans in Cauca, Colombia ». American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 104, no 5 (5 mai 2021) : 1771–76. http://dx.doi.org/10.4269/ajtmh.20-0965.
Texte intégralRamiro-Garcia, Javier, Gerben D. A. Hermes, Christos Giatsis, Detmer Sipkema, Erwin G. Zoetendal, Peter J. Schaap et Hauke Smidt. « NG-Tax, a highly accurate and validated pipeline for analysis of 16S rRNA amplicons from complex biomes ». F1000Research 5 (22 juillet 2016) : 1791. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.9227.1.
Texte intégralNAKAYAMA, Jiro, Jiahui JIANG, Koichi WATANABE, Kangting CHEN, Huang NINXIN, Kazunori MATSUDA, Takashi KURAKAWA, Hirokazu TSUJI, Kenji SONOMOTO et Yuan-Kun LEE. « Up to Species-level Community Analysis of Human Gut Microbiota by 16S rRNA Amplicon Pyrosequencing ». Bioscience of Microbiota, Food and Health 32, no 2 (2013) : 69–76. http://dx.doi.org/10.12938/bmfh.32.69.
Texte intégralRoberto, Frank F. « 16S-rRNA gene-targeted amplicon sequence analysis of an enargite-dominant bioleach demonstration in Peru ». Hydrometallurgy 180 (septembre 2018) : 271–76. http://dx.doi.org/10.1016/j.hydromet.2018.08.005.
Texte intégralBarret, Maialen, Nathalie Gagnon, Martin L. Kalmokoff, Edward Topp, Yris Verastegui, Stephen P. J. Brooks, Fernando Matias, Josh D. Neufeld et Guylaine Talbot. « Identification of Methanoculleus spp. as Active Methanogens during Anoxic Incubations of Swine Manure Storage Tank Samples ». Applied and Environmental Microbiology 79, no 2 (26 octobre 2012) : 424–33. http://dx.doi.org/10.1128/aem.02268-12.
Texte intégralMurphy, Robert, et Mikael Lenz Strube. « RibDif2 : Expanding amplicon analysis to full genomes ». Bioinformatics Advances, 21 août 2023. http://dx.doi.org/10.1093/bioadv/vbad111.
Texte intégralIzak, D., A. Gromadka et S. Kaczanowski. « Mothulity Facilitates 16S/ITS Amplicon Diversity Analysis ». Current Protocols in Bioinformatics 69, no 1 (24 février 2020). http://dx.doi.org/10.1002/cpbi.94.
Texte intégralZorz, Jackie, Carmen Li, Anirban Chakraborty, Daniel A. Gittins, Taylor Surcon, Natasha Morrison, Robbie Bennett, Adam MacDonald et Casey R. J. Hubert. « SituSeq : an offline protocol for rapid and remote Nanopore 16S rRNA amplicon sequence analysis ». ISME Communications 3, no 1 (20 avril 2023). http://dx.doi.org/10.1038/s43705-023-00239-3.
Texte intégralStrube, Mikael Lenz. « RibDif : Can individual species be differentiated by 16S sequencing ? » Bioinformatics Advances, 6 septembre 2021. http://dx.doi.org/10.1093/bioadv/vbab020.
Texte intégralZhang, Tianyuan, Hanzhou Li, Silin Ma, Jian Cao, Hao Liao, Qiaoyun Huang et Wenli Chen. « The newest Oxford Nanopore R10.4.1 full-length 16S rRNA sequencing enables the accurate resolution of species-level microbial community profiling ». Applied and Environmental Microbiology, 6 octobre 2023. http://dx.doi.org/10.1128/aem.00605-23.
Texte intégralTremblay, Julien, et Etienne Yergeau. « Systematic processing of ribosomal RNA gene amplicon sequencing data ». GigaScience 8, no 12 (1 décembre 2019). http://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giz146.
Texte intégralKinoshita, Yuta, Hidekazu Niwa, Eri Uchida-Fujii et Toshio Nukada. « Establishment and assessment of an amplicon sequencing method targeting the 16S-ITS-23S rRNA operon for analysis of the equine gut microbiome ». Scientific Reports 11, no 1 (4 juin 2021). http://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-91425-7.
Texte intégralXue, Zhengyao, Mary E. Kable et Maria L. Marco. « Impact of DNA Sequencing and Analysis Methods on 16S rRNA Gene Bacterial Community Analysis of Dairy Products ». mSphere 3, no 5 (17 octobre 2018). http://dx.doi.org/10.1128/msphere.00410-18.
Texte intégralMiura, Hiroto, Masayuki Takeda, Megumi Yamaguchi, Yoshihisa Ohtani, Go Endo, Yasuhisa Masuda, Kaede Ito et al. « Application of MinION Amplicon Sequencing to Buccal Swab Samples for Improving Resolution and Throughput of Rumen Microbiota Analysis ». Frontiers in Microbiology 13 (24 mars 2022). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2022.783058.
Texte intégralZheng, Jun-Jie, Po-Wen Wang, Tzu-Wen Huang, Yao-Jong Yang, Hua-Sheng Chiu, Pavel Sumazin et Ting-Wen Chen. « MOCHI, a comprehensive cross-platform tool for amplicon-based microbiota analysis ». Bioinformatics, 25 juillet 2022. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac494.
Texte intégralUmbach, Alexander K., Champika Fernando, Janet E. Hill et Josh D. Neufeld. « Evaluating cpn60 for high-resolution profiling of the mammalian skin microbiome and detection of phylosymbiosis ». ISME Communications 3, no 1 (7 juillet 2023). http://dx.doi.org/10.1038/s43705-023-00276-y.
Texte intégralOdom, Aubrey R., Tyler Faits, Eduardo Castro-Nallar, Keith A. Crandall et W. Evan Johnson. « Metagenomic profiling pipelines improve taxonomic classification for 16S amplicon sequencing data ». Scientific Reports 13, no 1 (26 août 2023). http://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-40799-x.
Texte intégralMatsuo, Yoshiyuki, Shinnosuke Komiya, Yoshiaki Yasumizu, Yuki Yasuoka, Katsura Mizushima, Tomohisa Takagi, Kirill Kryukov et al. « Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution ». BMC Microbiology 21, no 1 (26 janvier 2021). http://dx.doi.org/10.1186/s12866-021-02094-5.
Texte intégralBeaudry, Megan S., Jincheng Wang, Troy J. Kieran, Jesse Thomas, Natalia J. Bayona-Vásquez, Bei Gao, Alison Devault et al. « Improved Microbial Community Characterization of 16S rRNA via Metagenome Hybridization Capture Enrichment ». Frontiers in Microbiology 12 (27 avril 2021). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2021.644662.
Texte intégralOlivier, Sandra A., Michelle K. Bull, Mikael Lenz Strube, Robert Murphy, Tom Ross, John P. Bowman et Belinda Chapman. « Long-read MinION™ sequencing of 16S and 16S-ITS-23S rRNA genes provides species-level resolution of Lactobacillaceae in mixed communities ». Frontiers in Microbiology 14 (7 décembre 2023). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2023.1290756.
Texte intégralMolano, Leidy-Alejandra G., Sara Vega-Abellaneda et Chaysavanh Manichanh. « GSR-DB : a manually curated and optimized taxonomical database for 16S rRNA amplicon analysis ». mSystems, 8 janvier 2024. http://dx.doi.org/10.1128/msystems.00950-23.
Texte intégralZiesemer, Kirsten A., Allison E. Mann, Krithivasan Sankaranarayanan, Hannes Schroeder, Andrew T. Ozga, Bernd W. Brandt, Egija Zaura et al. « Intrinsic challenges in ancient microbiome reconstruction using 16S rRNA gene amplification ». Scientific Reports 5, no 1 (13 novembre 2015). http://dx.doi.org/10.1038/srep16498.
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