Tesis: "Visualisation de l'espace chimique"

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Pikalyova, Regina. "Chémoinformatique des chimiothèques à codage ADN : design, génération in silico, gestion, analyse, et comparaison". Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2024. http://www.theses.fr/2024STRAF032.

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Resumen

Cette thèse est dédiée à la génération de l'espace virtuel de 2.5K chimiothèques codées par ADN et à leur analyse chémoinformatique détaillée par structures et propriétés. Des méthodologies basées sur GTM permettant de comparer rapidement et de sélectionner les chimiothèques DEL optimales parmi des milliers de possibilités en fonction de la similarité structurelle ou par propriétés par rapport à une base de données de référence ont été développées. Le problème de l'énumération combinatoire des composés a été abordé en développant un modèle d’apprentissage profond capable de prédire la position d'un composé sur la GTM en se basant uniquement sur les réactifs associés et les réactions, en évitant l'énumération. Des modèles permettant de prédire la réactivité des réactifs et l'activité biologique des composés DEL ont été créés. Ces derniers couplés à la visualisation GTM, ont permis de rationaliser et de faciliter la sélection des réactifs pour la synthèse DEL et la priorisation des hits
This thesis is dedicated to the generation of the virtual space of 2.5K DNA-encoded libraries and its detailed structural and property chemoinformatic analysis. GTM-based methodologies allowing to quickly compare and select optimal DELs out of thousands of possible ones based on the structural or property similarity to a reference database were developed. The problem of combinatorial compound enumeration was addressed by developing a highly performant deep learning model capable of predicting the position of a compound on the GTM based solely on its building blocks and reactions, skipping compound enumeration. Machine learning models allowing to predict the reactivity of building blocks and activity of DEL compounds were created. The latter coupled with GTM visualization, allowed to rationalize and facilitate the reagent selection for DEL synthesis and hit prioritization

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Almeida, Rodrigo Andrade Botelho de. "Contribution aux techniques pour enrichir l'espace moteur et l'espace visuel des dispositifs d'interaction bureautique". Phd thesis, Conservatoire national des arts et metiers - CNAM, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00555505.

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Resumen

De nombreux travaux ont montré que, à l'origine des limitations de l'interaction bureautique, il y a un manque à la fois d'espace moteur et d'espace visuel.Cette thèse explore des moyens pour optimiser l'usage de ces espaces.D'une part, à partir du constat que l'on contrôle la position et l'orientation d'un objet par un geste naturel, cette thèse étudie les bénéfices que peut offrir une souris dotée d'un capteur de rotation. Cette < souris rotative > permet à l'utilisateur de maîtriser avec aisance trois variables continues d'une tâche informatique. Un état de l'art présente des aspects perceptifs et moteurs des actions en question et les particularités ergonomiques et techniques d'un tel dispositif. Deux techniques d'interaction - visant à faciliter des tâches métier récurrentes - sont proposées :le réglage < quasi-intégral > et la < palette satellitaire >. Par ailleurs, une évaluation expérimentale compare la performance d'une souris rotative avec celle d'une souris traditionnelle.D'autre part, ce travail se penche sur les questions de la visualisation de documents dans le contexte des bibliothèques numériques. D'abord, il examine l'apport et la faisabilité technique de l'utilisation d'un dispositif d'affichage immersif pour la navigation dans un catalogue de titres virtuel. Puis, afin de faciliter l'inspection massive d'un lot de pages numérisées, il avance des techniques de visualisation zoomables et multi-focales. Ces dernières permettent, dans une recherche d'anomalies, de saisir vite les caractéristiques visuelles de quelques centaines de pages. Et cela grâce à un va-et-vient entre la vue d'ensemble et la navigation panoramique des détails.

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Gilormini, Pierre-André. "Nouvelles stratégies chimiques pour la visualisation et la compréhension des mécanismes de sialylation". Thesis, Lille 1, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL10150/document.

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Resumen

Les glycannes, présents chez tous les êtres vivants forment une des grandes classes de biomolécules. À l’interface de la chimie organique et de la biologie, la chemobiologie a permis des avancées considérables comme le marquage métabolique des glycannes. Cette stratégie consiste en l’usage d’un monosaccharide modifié qui pourra entrer dans la cellule et emprunter ses voies métaboliques. Après incorporation, le rapporteur chimique est détecté de manière spécifique grâce à des réactions de ligation bioorthogonale entre le groupement incorporé et une sonde portant un groupement complémentaire. Cette thèse a pour but l’étude des acides sialiques selon deux axes : (i) le développement d’une stratégie originale de marquage, utilisant de manière complémentaire deux monosaccharides modifiés, apportant de nouvelles informations sur les modes d’entrée de l’acide sialique exogène, mais aussi de son précurseur, la N-acétylmannosamine. (ii) l’introduction de manière exogène, d’acides sialiques modifiés mais cette fois avec des enzymes (sialyltransférases) qui tranfèrent l’acide sialique préalablement activé sur des glycoprotéines solubles ou membranaires. À l’aide de suivis in situ par RMN 31P, une méthode versatile, simple et robuste a été développée pour la production d’acides sialiques activés utilisables immédiatement par des sialyltransférases recombinantes. Ces outils ont été appliqués à l’étude et à la caractérisation de différentes enzymes. Au-delà du développement d’outils, ces travaux de thèse ont permis l’application de nouvelles méthodes et stratégies à l’étude de mécanismes cellulaires, de réactions enzymatiques ou encore de déficiences de glycosylation
Glycans are essential biomolecules found in every living system. The recent advent of chemical biology paved the way for great advances in glycobiology such as metabolic glycan engineering (MGE). This strategy consists in the use of a modified monosaccharide, the chemical reporter, which can enter the cell and hijack the metabolic pathway. Upon incorporation, the introduced chemical reporter detection is achieved in a specific manner through bioorthogonal ligation. The present work aims to study sialic acids, which are often found at the outermost position of glycan chains:(i) we developed an original MGE-based strategy, using two different chemical reporters, each one being an analog of products from different steps of the biosynthetic pathway. This sequential bioorthogonal dual strategy (SBDS) has provided new insights in the entry mechanisms of both sialic acid and its precursor N-acetylmannosamine. (ii) we introduced chemically modified sialic acids, but, this time in an exo-enzymatic way, with specific glycosyltransferases (sialyltransferases) onto soluble glycoproteins or living cells. Before being transferred, sialic acids need to be activated as CMP-sialic acids which are very unstable and prone to decomposition. 31P NMR was used to optimize the production of ready-to-use CMP-sialic acids providing a versatile, simple and reproducible procedure. Natural and/or unnatural CMP-sialic acids have then proven to be great tools for the study and characterization of different enzymes. More than just a tool-box, this work describes some direct applications of our chemical tools to unravel cellular pathways, enzymatic reactions, or even biosynthesis defects

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Kuenemann, Mélaine. "Etude de l'espace chimique des modulateurs d'interactions protéine-protéine et leurs applications en chimie biologie". Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC215.

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Les interactions protéine-protéine (PPI) sont une grande source de cibles thérapeutiques potentielles. Cependant les cibler avec des composés synthétiques représente un défi majeur. L'objectif de cette thèse était de trouver un moyen de surmonter ces défis en étudiant le profil physico-chimique des inhibiteurs de PPI (i. E leur espace chimique). Pour cela, nous avons manuellement collectés les structures, les données pharmacologiques et physico-chimiques des inhibiteurs de PPI (iPPI) dans une base de données appelée iPPI-DB. Puis, nous avons identifié de nouvelles propriétés iPPI à favoriser et ne faisant pas obstacle au processus de développement d'un médicament. En effet, 4 descripteurs spécifiques des iPPI ont été trouvés ne reposant ni sur l'hydrophobicité ni la taille. Ils représentent soit la forme 3D des composés soit la distribution de leurs régions d'interactions hydrophobes/hydrophiles. Cela ouvre de nouvelles pistes de conception des iPPI. Dans une seconde analyse, nous avons validé ces propriétés sur un plus grand jeu de données et évalué les disparités entre les familles PPI. Nous avons montré qu'il est possible d'identifier des classes comparables de cibles PPI en effectuant soit une analyse centrée sur l'espace des ligands soit centrée sur l'espace des cibles. Cette analyse peut aider à caractériser les propriétés physico-chimiques des futurs iPPI en utilisant les profils spécifiques à chaque classe. Enfin, en utilisant un protocole combinant les approches de criblage virtuel ainsi qu'un test de survie cellulaire, nous avons pu identifier 6 composés inhibant l'interaction entre TRAIL et DR5 impliquée dans le VIH (virus de l'immunodéficience humaine)
Protein-protein interactions (PPI) represent a wealth of potential therapeutic targets. However targeting them with synthetic compounds represent a major challenge. The aim of this thesis was to find a way to overcome these challenges by studying the physicochemical profile of PPI inhibitors (aka chemical space). We firstly manually collected structures, pharmacological and physicochemical profiles of inhibitors of PPI (iPPI) in a database named iPPI-DB. Then, we identified new iPPI properties to favour and that did not preclude further drug development. Indeed, 4 descriptors were found specific to iPPI and that do not rely on the hydrophobicity and on the size. They represent either the 3D shape of the compounds or the distribution of their hydrophobic/hydrophilic interacting regions. This opens new ways to design and select iPPI. In a second analysis, we further validated these properties on larger datasets and address the disparity between PPI families. We could demonstrate that comparable classes of PPI targets can identified using separately their target- or their ligand-space. This analysis may help to prioritize the desired physicochemical properties of iPPI using class-specific profiles. Finally, using a combination virtual screening and cell viability assay, we were able to identify 6 compounds that inhibit the interaction between TRAIL and DR5 implied in HIV (human immunodeficiency virus)

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Ould-Hademine, Elhhousseine. "Etude expérimentale des structures d'écoulement dans l'espace rotor-stator d'un moteur électrique rapide de type ouvert". Poitiers, 1996. http://www.theses.fr/1996POIT2282.

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Notre etude a pour objectif de mieux caracteriser l'ecoulement dans l'entrefer des moteurs electriques rapides de type ouvert. Ceci afin d'ameliorer le refroidissement de ces moteurs en optimisant les echanges thermiques par convection forcee. La connaissance de donnees physiques (conditions aux limites et parametres a priori mal connus), obtenues experimentalement est indispensable au developpement et la mise en uvre de calculs permettant la modelisation de l'ecoulement dans cette geometrie particuliere (entrefer encoche). Nos essais ont consiste en des visualisations et des mesures de vitesses. La methode de mesure utilise l'anemometrie laser tandis que les visualisations s'effectuent par tomographie laser ou par eclairage classique au moyen de spot halogene puissant. Deux series d'essais ont ete effectuees: l'une correspondant a un ecoulement de rotation sans debit axial, permet de faire apparaitre l'influence de la geometrie sur la structure de l'ecoulement. En effet, on s'est attache a indiquer les modifications resultant de la presence des encoches par rapport au probleme analogue de couette-taylor entre cylindres lisses. L'autre avec rotation et debit axial a pour but d'obtenir en premieres approches les principales caracteristiques de l'ecoulement dans des conditions qui se rapprochent de celles d'un moteur reel de type ouvert. Les evolutions des grandeurs instationnaires (vitesses moyennes, fluctuations moyennes) ont ete determinees en diverses sections puis interpretees. Une estimation du debit d'encoche a ete effectuee afin de permettre d'evaluer le role de l'encoche dans le transfert de masse dont dependent les echanges convectifs. Une confrontation de nos resultats avec ceux de la modelisation a permis d'estimer et d'orienter le code de calcul mis au point pour etudier l'ecoulement et les transferts thermiques dans cette generation de moteurs

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Almeida, Rodrigo Andrade Botelho de. "Contribution aux techniques pour enrichir l'espace moteur et l'espace visuel des dispositifs d'interaction bureautique". Phd thesis, Paris, CNAM, 2009. https://theses.hal.science/tel-00555505.

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Resumen

Past research has suggested that among the reasons for the limitations of present deskop interaction style is the lack of both motor and visual space. The goal of this thesis is to optimize the use of such spaces. Based on the fact that one can control an object's position and orientation through a natural movement, the first main contribution of this thesis is to explore the adavantages of enhacing the sensing of the standard mouse through a rotation sensor. This "rotary mouse" allows one to easily control three continuous variables of a computer task. A survey presents the perceptual and motor issues of some rotary manipulations and also the technical and ergonomic requirements of such device. Two interaction techniques, aimed to simplify repetitive tasks, are proposed : the "nearly-integral selection" and the "satellite palette". Furthermore, an experimental evaluation compares the performance of the rotary mouse with that a standard one. The other main contributions of this work is to investigate document visualization issues in the context of digital libraries. First, it analyses the advantages and the technical feasability of integrating an immersive display to an interface aimed to support navigation in a virtual catalog. Second, in order to inspect the quality of a batch of digitized pages, it explores some zoomable and multi-focal vizualization techniques. The overwiew and the panoramic detail browsing enabled by such techniques try to help users, which have to identify the flaws resulted from the digitization process, to quickly grasp the visual characteristics of a large set of pages
De nombreux travaux ont montré que, à l'origine des limitations de l'interaction bureautique, il y a un manque à la fois d'espace moteur et d'espace visuel. Cette thèse explore des moyens pour optimiser l'usage de ces espaces. D'une part, à partir du constat que l'on contrôle la position et l'orientation d'un objet par un geste naturel, cette thèse étudie les bénéfices que peut offrir une souris dotée d'un capteur de rotation. Cette "souris rotative" permet à l'utilisateur de maîtrise avec aisance trois variables continues d'une tâche informatique. Un état de l'art présente des aspects perceptifs et moteurs des actions en question et les particularités ergonomiques et techniques d'un tel dispositif. Deux techniques d'interaction - visant à faciliter des tâches métier récurrentes- sont proposées : le réglage "quasi-intégral" et la "palette satellitaire". Par ailleurs, une évaluation expériemntale compare la performance d'une souris rotative avec celle d'une souris traditionnelle. D'autre part, ce travail se penche sur les questions de la visualisation de documents dans le contexte des bibliothèques numériques. D'abord, il examine l'apport et la faisabilité technique de l'utilisation d'un dispositif d'affichage immersif pour la navigation dans un catalogue de titres virtuel. Puis, afin de faciliter l'inspection massive d'un lot de pages numérisées, il avance des techniques de visualisation zoomables et multifocales. Ces dernières permettent, dans une recherche d'anomalies, de saisir vite les carctéristiques visuelles de quelques centaines de pages. Et cela grâce à un va-et-vient entre la vue d'ensemble et la navigation panoramique des détails

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Couillaud, Julie. "The terpene mini-path : nouvel accès aux terpènes et exploration de l'espace chimique par une cascade enzymatique originale". Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille, 2021. http://www.theses.fr/2021AIXM0188.

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À ce jour, les terpénoïdes constituent la classe de produits naturels la plus abondante et diversifiée avec plus de 80000 composés décrits et dont les propriétés structurales, biologiques (antibiotique, anticancéreux, antipaludique…) et physico-chimiques (arôme, parfum, colorant…) retiennent l’attention de la communauté scientifique. Cependant, leur accès est limité par une faible disponibilité par extraction à partir de sources naturelles ; une synthèse chimique souvent coûteuse et laborieuse; et des voies de biosynthèses longues. En combinant des approches bioinformatiques, statistiques, biochimiques et de biologie moléculaire, nous avons développé la « mini-voie des terpènes », à seulement deux étapes enzymatiques, comme alternative synthétique et biosourçable pour l’accès aux DMAPP et IPP, précurseurs universels des terpènes. Cette nouvelle voie artificielle a permis la synthèse de différents terpénoïdes naturels et également non-naturels tels que des dérivés cyclobutyliques, en l’absence d’ingénierie métabolique et enzymatique. Ainsi, la mini-voie offre un accès facilité à l’ensemble des terpénoïdes et constitue un nouvel outil biosynthétique attractif pour l’exploration de la diversité de l’espace chimique des terpènes
To date, terpenoids form the most abundant and diversified class of natural products with more than 80,000 compounds whose structural, biological (antibiotic, anticancer, antimalarial, etc.) and physicochemical (flavor, fragrance, dye, etc.) properties hold the attention of the scientific community. However, their access is limited because of the low available quantity by extraction from natural sources; an often expensive and laborious chemical synthesis; and long biosynthetic pathways. By combining bioinformatic, statistical, biochemical and molecular biology approaches, we have developed the « Terpene mini-path », with only two enzymatic steps, as a synthetic and potentially bio-sourced alternative to access DMAPP and IPP, universal precursors of terpenes. This new artificial pathway allowed the synthesis of various natural and unnatural terpenoids, such as cyclobutylic derivatives, in the absence of any metabolic and enzymatic engineering. The mini-path provides thus an easy access to all terpenoids and represents an attractive new biosynthetic tool to explore the diversity of the terpene chemical space

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Pondrom, Marc. "Sondage dans l'infrarouge thermique (TIR), l'infrarouge courte longueur d'onde (SWIR), et synergie TIR-SWIR pour l'observation de la composition troposphérique depuis l'espace". Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066335.

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Le sondage dans l’infrarouge thermique (TIR) depuis l’espace commence à montrer toute sa puissance grâce aux sondeurs à haute résolution spectrale de la nouvelle génération, avec par exemple (IMG) = 0. 1 cm-1, (AIRS) = 1 cm-1, (IASI) = 0. 5 cm-1 et (GOSAT) = 0. 4 cm-1. L’avantage du TIR est le fonctionnement jour/nuit qui permet (même en l’absence de photons solaires réfléchis/rétrodiffusés) de déterminer des profils de concentration des constituants troposphériques à l’état de trace avec plus d’un élément d’information dans la troposphère moyenne, à condition qu’une résolution spectrale de l’ordre de 0. 1 cm-1 soit atteinte pour les visées au nadir. Dans l’infrarouge courte longueur d’onde (SWIR), en flux solaire réfléchi/rétrodiffusé, il n’est possible d’obtenir qu’une colonne totale (en se donnant la forme de la distribution verticale). La combinaison TIR-SWIR est donc potentiellement très intéressante puisque le TIR apporte des informations sur la verticale (mais avec une faible sensibilité au voisinage de la surface) et puisque le SWIR fournit une colonne totale intégrée sur la verticale plus précise (en l’absence de nuages et de jour uniquement). Le but de mon travail de thèse a été de quantifier par simulations à l’aide d’un code de calcul de transfert radiatif et d’un modèle d’inversion appropriés, les performances de la combinaison TIR-SWIR pour différentes espèces – le monoxyde de carbone (CO) et le méthane (CH4) – et différentes caractéristiques instrumentales (rapport signal à bruit, résolution spectrale…). Pour ce faire nous avons adopté le formalisme de l’estimation optimale
Thanks to the development of a new generation of instruments such as IMG (spectral resolution of 0. 1 cm-1), AIRS (spectral resolution of 1 cm-1), IASI (spectral resolution of 0. 5 cm-1) and GOSAT (spectral resolution of 0. 4 cm-1), the potential of sounding the tropospheric composition from space in the thermal infrared has improved considerably. In the thermal infrared profiles of tropospheric trace gases can be retrieved day and night (with or without reflected/backscattered solar photons) with more than one piece of information for an instrument with a spectral resolution of about 0. 1 cm-1. When the reflected/backscattered solar flux is measured in the shortwave infrared (SWIR), only a total column can be derived. The TIR-SWIR is thus potentially very interesting as the TIR provides information on the vertical distribution (with a small sensitivity near the surface) and the SWIR provides a precise total column (without clouds and only in the daylight). The goal of this PhD work is to quantify by simulation using a radiative transfer model and an adequate inversion scheme (based on the optimal estimation method) the performances of the TIR-SWIR combination for different species – carbon monoxide (CO) and methane (CH4) – and different instrument characteristics (signal to noise ratio, spectral resolution…)

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Blanquer, Sébastien. "Synthèses et étude de nouveaux copolymères pour la visualisation de dispositifs médicaux en imagerie par résonance magnétique". Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20003/document.

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L'Imagerie par Résonance Magnétique (IRM) est à l'heure actuelle la technique de visualisation préférentiellement choisie par les chirurgiens. Cependant, cette technique ne permet pas de visualiser des prothèses à base de polymères, qu'elles soient dégradables ou non. Afin de mieux évaluer la fixation, l'intégration tissulaire et le devenir de l'implantation de ces prothèses polymères, il serait souhaitable qu'elles soient visibles par IRM. Ce travail présente donc la conception et la synthèse de copolymères biocompatibles visibles par IRM destinés à être introduit dans la composition de prothèses pour applications temporaires ou permanentes. En utilisant la modification chimique en position alpha de fonction ester décrite précédemment par notre laboratoire, nous avons greffé de façon covalente et par une liaison stable un chélate du gadolinium (le DTPA) sur la chaîne de la PCL (dégradable) et du PAM (non dégradable). Le gadolinium a ensuite été complexé par le DTPA greffé préalablement. Ces nouveaux copolymères ont été caractérisés par RMN et CES, et le taux de gadolinium évalué par ICP-MS. Des images d'IRM ont été réalisées in vitro et in vivo sur des appareils contenant des aimants de 7 Teslas (recherche) et 1,5 Teslas (clinique). Ces images montrent qu'un treillis en polypropylène enduit de copolymère greffé par un complexe DTPA-gadolinium est visible par IRM, ce qui laisse entrevoir un large champ d'applications pour ce type de composé
Magnetic Resonance Imaging (MRI) is currently the visualization technique that surgeons preferentially choose. However this technique does not allow the visualization of polymer-based prosthesis, whether they are degradable or not. In order to best assess adhesion, tissue integration and the future of implantation of these polymer prosthesis, it would be advisable to make them visible in IRM. This work presents the conception and the synthesis of biocompatible copolymers visible in IRM meant to be implanted under the form of prosthesis for temporary or permanent applications. Using the chemical modification in alpha position of ester function, previously described by our laboratory, we grafted a gadolinium chelate, in a covalent way and forming a stable bond on PCL (degradable) and PMA (non degradable) backbone. Gadolinium was then complexed by DTPA previously grafted. Those new copolymers were characterized with NMR and SEC, and the rate of gadolinium was assessed by ICP-MS. MRI images were taken in vitro and in vivo on devices containing 7-Teslas (research) and 1,5 Teslas (clinical) magnets. These images show a poly(propylene) mesh coated with grafted copolymer containing complex gadolinium which is visible in MRI. It will consequently improve the prospects of applications for this kind of MRI-visible compound

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Wadi, Hicham. "Géométrie globale du transport dans l'espace des phases (Systèmes à deux degrés de liberté) : application à l'étude de la réactivité chimique". Université Joseph Fourier (Grenoble), 1997. http://www.theses.fr/1997GRE10239.

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Le cadre de cette these est strictement celui des systemes hamiltoniens a deux degres de liberte, invariants par renversement du temps. Notre resultat principal est d'etre parvenus a construire des sections de poincare globalement transverses au flot. A partir de ces sections il devient possible d'analyser d'une maniere globale l'organisation geometrique des trajectoires dans l'espace des phases. Notre construction repose essentiellement sur le concept de pods (periodic orbit dividing surface) ; il s'agit de trajectoires periodiques dont la trace sur l'espace des configurations ne dessine pas de boucles. Nous montrons que ces pods generalisent aux systemes a 2d les idees de puits et de barrieres de potentiel. Bien que de multiples applications soient a priori envisageables, nous nous sommes exclusivement penches sur le cas des reactions chimiques de la forme : ab + c abc a + bc a partir de nos sections globales, nous avons developpe une methode generale pour d'ecrire et analyser la dynamique de ces reactions ; en particulier afin d'obtenir des moyennes d'observables et les probabilites de reaction. Quant au chaos de diffusion, nous avons pu en donner une interpretation totalement nouvelle (le theoreme des enroulements), mais surtout, nous avons montre qu'il n'y a pas lieu de le distinguer du chaos dit borne.

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Alexandre, Stéphane. "Les cycles enzymatiques : leur fonctionnement simultane ou alterne dans l'espace ou dans le temps". Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066012.

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Trois types de fonctionnement alterne ou simultane des cycles enzymatiques, dans le temps ou l'espace ont ete etudies. Le fonctionnement de ces modeles reposant principalement sur le controle par le ph, les ph-dependances d'une serie de deshydrogenases ont ete determinees. En milieu homogene, les cycles ou la regeneration continuelle du substrat permet, en raison de la consommation stoechiometrique ou amplifie du coenzyme (nadh), d'obtenir des methodes de dosage tres sensibles. La formation d'oscillation chimiques temporelles dans un systeme ouvert a l'aide d'un cycle etabli par un couple d'enzymes a comportement michaelien. Les experiences ont ete completees par des simulations numeriques rendant compte de certaines contraintes experimentales. Un transport actif de naoh a travers une membrane porteuse d'alcool deshydrogenase qui catalyse une reaction reversible consommant et produisant ce facteur a ete etabli. Les implications biologiques de ce systeme ont ete decrites

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Kayastha, Shilva. "New methods of multiscale chemical space analysis : visualization of structure-activity relationships and structural pattern extraction". Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAF042/document.

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Cette thèse est dédiée à l’analyse systématique de l’espace chimique, et des relations structure-activité (SAR) en particulier. L’ouvrage présente des nouveaux protocoles d’analyse combinant des méthodes classiques et originales, dans le but d’analyser les SAR à l’échelle globale ainsi que locale. L’analyse globale des espaces chimiques repose sur la recherche des motifs structuraux privilégiés par cartographie topographique générative (GTM), ainsi que par analyse classique des « châssis » moléculaires. La cartographie a été ensuite couplée avec l’analyse de réseaux chimiques (CSN), permettant une transition de la vue globale vers l’analyse locale de SAR. L’optimisation mutiobjectif des propriétés de potentiels médicaments a été adressé par la méthode « star coordinates ». L’analyse locale des SAR inclut des nouvelles stratégies pour prédire les discontinuités dans le paysage structure-activité biologique, et une étude de l’impact de la structure sur l’ionisation des molécules. Des matrices SAR ont servi pour monitorer le progrès dans l’optimisation de nouveaux principes actifs
This thesis presents studies devoted to aid in systematic analysis of chemical spaces, focusing on mining and visualization of structure-activity relationships (SARs). It reports some new analysis protocols, combining both existing and on-purpose developed novel methodology to address both large-scale and local SAR analysis. Large-scale analysis featured both generative topographic mapping (GTM)-based extraction of privileged structural motifs and scaffold analysis. GTM was combined with chemical space network (CSN) to develop a visualization tool providing global-local views of SAR in large data sets. We also introduce star coordinates (STC) to visualize multi-property space and prioritize drug-like subspaces. Local SAR monitoring includes new strategies to predict activity cliffs using support vector machine models and a study of structural modifications on ionization state of compounds. The SAR matrix methodology was applied to objectively evaluate SAR progression during lead optimization

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Sidorov, Pavel. "Analysis of the chemical space of antimalarial compounds by generative topographie mapping". Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAF050/document.

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Cette thèse est consacrée à l’analyse de l’espace chimique des composés antipaludiques. L’analyse est faite à l’aide de la méthode des cartes topographiques génératrices (GTM). Un nouveau concept des cartes universelles est introduit et discuté en détail dans cette thèse : ce sont des cartes qui sont capables d’accommoder plusieurs jeux de données et les propriétés associées simultanément. Trois types des cartes sont construits et analysés : les cartes locales, globales et universelles. Elles sont toutes compétentes à la prédiction des composés actifs contre le parasite, ainsi qu’à l’analyse de l’espace chimique. Elles nous permettent d’étudier le recouvrement des données issues des sources différentes, de détecter des terra incognita de l’espace chimique, identifier des zones correspondantes aux différents mécanismes d’action, et révéler des incohérences d’annotations des données
This thesis is dedicated to the concept of the analysis of chemical space, and the application of thatconcept to antimalarial compounds. The analysis of the chemical space of antimalarial compoundshere is done with the aid of the Generative Topographic Mapping (GTM) method. A concept ofUniversal GTM maps is developed and discussed in detail in this thesis: these are maps that areable to accommodate different datasets and associated properties. Three types of maps are builtand analyzed: local, global, and universal. All these maps perform well in predicting compoundsactive against the parasite, as well as in the analysis of chemical space: they help us to study theoverlap of data coming from different sources, detect terra incognita of the antimalarial space,delineate zones corresponding to various mechanisms of action, as well as highlight theinconsistencies in data annotations

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Bako, Maria. "Utilisation de l'ordinateur pour le développemnt de la vision spatiale". Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30041.

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L'objectif principal de notre travail était de déterminer si l'ordinateur peut effectivement aider au développement de la vision spatiale en géométrie, et, si oui, comment il peut le faire. D'abord nous avons analysé si l'ordinateur peut remplacer l'utilisation des maquettes dans l'enseignement. Le but de la première expérience était de comparer la maquette et l'ordinateur, en cherchant les sections planes du cube. L'expérience a montré que ce n'est pas suffisant d'énuméré les solutions. Pour que les résultats soit durables, les élèves doivent travailler sur le problème. En se basent sur ces résultats, nous avons écrit des logiciels qui utilisent des rétroactions perceptives, pour développer la capacité de visualisation, rotation mentale, relations spatiales et orientation (composantes de la vision spatiale). Les logiciels génèrent des exercices au format HTML dynamique. Dans le cas de la rotation mentale nous avons effectué une expérience qui a montré que les résultats des élèves se sont amélioré au fur et à mesure
The aim of this thesis is to decide that the computer programs can help in improvement of spatial intelligence. At first we examined that the computer programs could replace the models in the education, or not. The aim of the first experiment was to compare the result of tests based on programs and models about plane sections. The result indicates that it is not enough to rattle off the solutions, but students need to work up the computer-generated answers to burn into their mind. To improve the student's spatial abilities we prepared several programs to generate different kinds of spatial problems, and correct their answers. The programs generating the tests were written in Javascript and were embedded in the source of the HTML pages, as well the routines of checking. Our experiments show by using these programs the students' results are getting better and better, so we can improve their spatial intelligence, moreover the students like to use computer programs to study spatial geometry

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Roche, Cloé. "Étude des concentrations et de la composition des PM₁₀ sur le littoral du Nord de la France : Evaluation des contributions maritimes de l'espace Manche-Mer du Nord". Thesis, Littoral, 2016. http://www.theses.fr/2016DUNK0514/document.

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La région Nord-Pas-de-Calais figure parmi les régions françaises les plus concernées par les dépassements de valeurs limites journalières de concentrations de PM₁₀ (50 µg m-³). Sur le littoral, le niveau de fond atmosphérique particulaire demeure parfois élevé, bien que relativement éloigné des sources principales de particules que sont le trafic routier et l'industrie. Alors que de nombreuses études ont été réalisées sur les émissions en milieu industrialo-portuaire, il ressort un manque de connaissances concernant l'impact des émissions issues du secteur maritime, qu'il s'agisse d'apports naturels (sels marins) ou anthropiques (trafic maritime). Dans ce travail, deux campagnes de mesures ont été menées : en 2013 au Cap Gris-Nez et au premier trimestre 2014, simultanément au Cap Gris-Nez et dans le port de Calais. La concentration en PM₁₀ a été suivie et la composition chimique (métaux, ions hydrosolubles, EC, OC, traceurs organiques) en a été déterminée. Sur le site du Cap Gris-Nez en 2013, l'évolution des niveaux de PM₁₀ est similaire à celle observée en région, reflétant la fluctuation du fond atmosphérique. Les espèces majoritairement sont NO₃-, OC, SO₄²-, CI-, Na⁺ et NH₄⁺ et représentent 69% de la masse de PM₁₀. La proportion de ces espèces varie selon la saison et les conditions météorologiques (température, vitesse et direction du vent). Les situations de fortes teneurs de PM₁₀ sont caractérisées par une plus grande proportion de nitrate d'ammonium. Les données recueillies sur le site de Calais ont permis de montrer que les émissions du trafic maritime ont pour effet d'augmenter le nombre de particules ultrafines dans l'atmosphère. Sous cette influence, les concentrations en NOx et SO₂ apparaissent plus élevées, ainsi que celles des espèces V, Ni et Co qui peuvent être proposées comme traceurs du trafic maritime. L'utilisation de la factorisation matricielle nous a permis d'identifier 10 sources de particules et d'en estimer les contributions. Ainsi, en moyenne en 2013 au Cap Gris-Nez, 41% des PM₁₀ sont issus des aérosols inorganiques secondaires, 37% des sels marins et 10% de la combustion de biomasse. Pour cette dernière, la contribution peut atteindre 17% en hiver. Enfin, le trafic maritime (5%) contribue davantage à la concentration de PM₁₀ que le trafic routier (2%)
The Nord-Pas-de-Calais region is one of the most concerned areas in France by exceedance of the PM₁₀ mean daily limit value (50 µg m-³). The particulate atmospheric background level can also be high on the coastal zone, despite the absence of any urban and industrial sources at its vicinity. Numerous studies have been performed regarding those sources, but there is still a lack of knowledge about the impact of emissions resulting from the marine compartment, including natural emissions (sea salts) and anthropogenic emissions (maritime traffic). Two measurement campaigns have been achieved, in 2013 at Cape Gris-Nez and in the first trimester 2014, simultaneously at Cape Gris-Nez and in the harbour of Calais. Concentrations of PM₁₀ were recorded and chemical composition was determined (metals, water soluble ions, Ec, OC, organic tracers). In 2013, the evolutions of PM₁₀ levels at Cape Gris-Nez and in the region similar, reflecting the atmospheric background fluctuation. NO₃-, OC, SO₄²-, CI-, Na⁺ and NH₄⁺ were found as the major species and correspond to 69% of PM₁₀ mass. The proportion of these species evolves depending on the season and the meteorological conditions (temperature, wind speed and direction). High PM₁₀ concentration situations are characterized by high proportion of ammonium nitrate. Data collected in Calais show that maritime traffic emissions increase the number of ultrafine particles in the atmosphere. Under this influence, NOx and SO₂ concentrations are higher, as those of V, Ni and Co, species that could be used as maritime traffic tracers. 10 sources were identified and apportioned by matrix factorization. In average, in 2013 at Cape Gris-Nez, 41% of PM₁₀ come from secondary inorganic aerosols, 37% from sea salts and 10% from biomass combustion. This last contribution can reach 17% in winter. Maritime traffic represents a higher contribution to PM₁₀ than road traffic, 5% against 2%

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Houcine, Imed. "Étude du mélange dans une cuve agitée de taille pilote par conductimétrie et visualisation par nappe laser couplée à un traitement d'images : application à la précipitation de l'oxalate de calcium". Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1995. http://www.theses.fr/1995INPL040N.

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Le but de ce travail est de contrôler le mélange des réactifs dans des cuves de précipitation mécaniquement agitées, qui sont les précipiteurs classiques employés dans l'industrie. Outre la compréhension des interactions entre mélange et précipitation, on cherche à déterminer les géométries de précipiteurs et d'agitateurs ainsi que les conditions de fonctionnement qui conduisent à des cristaux à morphologie et granulométrie contrôlées. En sus de la méthode conductimétrique classique pour la mesure des temps de mélange ou des fluctuations de concentration, une nouvelle technique non intrusive basée sur la visualisation des écoulements par nappe laser et traitement d'images a été élaborée pour étudier les mécanismes du mélange dans des réacteurs de tailles diverses donnant des informations précieuses pour la modélisation des effets de mélange sur la précipitation

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Lewon, Ivan. "Simulation par éléments finis du comportement mécanique d'un échangeur à plaques : conception et validation d'un logiciel métier". Nancy 1, 2000. http://www.theses.fr/2000NAN10134.

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Le premier chapitre introduit la technologie des échangeurs à plaques en aluminium brase et leurs éléments constitutifs. Il fait le point sur les besoins en calculs et les outils actuellement utilisés et situe le contexte des travaux : la complexité et l'hétérogénéité des structures constitutives explique la faible diffusion de la simulation par éléments finis dans ce domaine. La seconde partie détaille les fondements théoriques du logiciel, en exposant le juste nécessaire à la compréhension des liens entre les différents concepts physiques et à la mise en application au travers de la réalisation complète d'un programme de calculs par éléments finis. La troisième partie présente une architecture objet intégrée au sein d'un système Windows 32 bits, avec les différentes structures de données et la gestion de l'interface à réaliser pour un dialogue en temps réel avec l'utilisateur. La modélisation des ondes au moyen d'un matériau orthotrope équivalent est obtenue par homogénéisation, après application de sollicitations élémentaires. La mise en place de l'algorithme de renumérotation des inconnues de sloan est présentée. L'utilisation du moteur directx et des techniques d'animation pour une gestion extrêmement efficace du module de visualisation graphique est rendue possible par l'adaptation du placage de textures à la représentation de champs tridimensionnels. Des illustrations de textures et de champs sont disponibles. Enfin, les différentes méthodes de maillage automatique (structure et par octree) des différents constituants de l'échangeur sont présentées. Le maillage est élaboré à partir d'une carte de taille, initiale ou résultant d'une première itération, et de nombreuses illustrations tirées de l'interface et d'études de cas réels sont fournies.

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Mithalal, Joris. "Déconstruction instrumentale et déconstruction dimensionnelle dans le contexte de la géométrie dynamique tridimensionnelle". Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00590941.

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Ce travail de thèse porte sur le passage, dans l'enseignement secondaire, d'une géométrie du concret à une géométrie portant sur des objets idéaux. Nous montrons que des environnements de géométrie dynamique tridimensionnelle offrent des conditions favorables à ce passage, que nous détaillons. La réflexion théorique s'appuie sur la Théorie des situations didactiques (Brousseau, 1998) pour proposer des hypothèses quant aux conditions et mécanismes d'apprentissage. En outre, notre questionnement initial est interprété à l'aide de deux cadres principaux. Le point de vue épistémologique des paradigmes géométriques (Houdement et Kuzniak, 2006) permet d'identifier la référence à GII comme un objectif fondamental. L'approche cognitive de Duval (2005, 1994) montre qu'à cette fin, l'élève doit abandonner la visualisation iconique et s'appuyer sur déconstruction dimensionnelle pour l'interprétation et la résolution des problèmes de géométrie. La géométrie dynamique dans l'espace est envisagée comme moteur de cette double perspective, et la déconstruction instrumentale y joue un rôle clef. Ce rôle, ainsi que des hypothèses d'émergences de la déconstruction dimensionnelle, sont précisés par un important travail théorique s'appuyant sur le modèle cKc (Balacheff, 1995; Balacheff et Margolinas, 2005), ainsi que la mise en œuvre d'une ingénierie didactique. Celle-ci apporte une validation expérimentale de plusieurs plusieurs résultats, au nombre desquels : - la pertinence d'analyser l'activité géométrique simultanément en termes de visualisations, déconstructions, et paradigmes géométriques ; - l'intérêt de la géométrie dynamique dans l'espace pour déstabiliser la visualisation iconique ; - l'existence de deux déconstructions instrumentales, et leur rôle fondamental pour l'émergence de la déconstruction dimensionnelle ; - les interactions entre les différentes déconstructions, qui n'étaient pas établies dans les travaux antérieurs ; - la possibilité de produire des situations s'appuyant sur la géométrie dynamique dans l'espace favorisant l'émergence de la déconstruction dimensionnelle ; - l'intérêt du modèle cKc pour la modélisation et l'analyse des phénomènes observés.

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Wahl, François. "Un environnement d'aide aux ingénieurs basé sur une architecture en tâches et sur un module de visualisation de courbes. Application à la conception de procédés de raffinage". Phd thesis, Ecole Nationale des Ponts et Chaussées, 1994. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00529958.

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Dans le domaine du génie chimique, les ingénieurs tracent des courbes pour analyser les données recueillies. Une fois validée, cette connaissance est exploitée, en combinaison avec d'autres savoirs, sous forme de tâches. Cette thèse présente une architecture capable d'enchaîner n'importe quel type de tâches et de visualiser des courbes, appliquée à un problème d'aide à la conception de procédé de raffinage. L'architecture proposée repose sur une analyse objets des raisonnements, où figurent les notions de relations (inversibles ou non) et de flux du point de vue statique, de problèmes et de tâches du point de vue dynamique. Le module de visualisation exploite toutes les sortes de relations entre les variables et s'appuie sur des méthodes élaborées de tracé, dont deux sont nouvelles : la première s'inspire d'exemples a priori comme dans le raisonnement à base de cas, la seconde utilise les notions de monotonie et de concavité pour déduire des lignes dans un ensemble de points. L'application est exposée dans le détail et conduit à une analyse des problèmes de conception, et nous avons développé notamment une nouvelle classification de ces systèmes.

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Renault, Olivier. "Oxydes diélectriques en couches minces pour écrans de visualisation à plasma : synthèse sur de grandes surfaces par aérosol-CVD et étude des propriétés microstructurales et physiques". Grenoble INPG, 1998. http://www.theses.fr/1998INPG0149.

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Des couches minces dielectriques polycristallines d'oxyde de magnesium mgo, denses et transparentes, ont ete elaborees a 400 c pour des applications dans les ecrans plasma. Elles ont ete obtenues grace a la realisation et a l'optimisation d'un appareillage de depot utilisant la technique cvd assistee par aerosol et permettant le depot sur de grandes surfaces (400 cm#2) avec un taux d'uniformite en epaisseur d'environ 90%. Le controle de l'orientation preferentielle des couches de mgo a ete realise en utilisant differents systemes solvant-precurseur conduisant a des vitesses de croissance variant a 400 c dans une large gamme et induisant de tres fortes orientations suivant <200> ou <111>. Les caracterisations analytiques (xps, aes, rbs) revelent la presence de defauts electroniques de type o, l'incorporation de carbone dans les couches minces ainsi que leur stoechiometrie en volume. D'autres couches minces dielectriques ont ete elaborees par co-depot de mgo avec de l'aluminium, du calcium ou du cesium. Les proprietes electriques des couches minces de mgo ont ete etudiees par spectroscopie d'impedance complexe sur des heterostructures si/mgo/al en fonction de la temperature (t< 500k) et de recuits post-depot a 400 c sous o#2 et ar/h#2. L'influence de ces parametres sur la resistivite a 300 k (10#1#1. Cm) est coherente avec les mecanismes, observes sur les monocristaux, de conduction controlee par des porteurs o de type p formes par la mise en solution solide de traces d'eau et de carbone lors de l'elaboration. Les differentes couches minces synthetisees ont ete integrees dans des ecrans plasma monochromes et couleurs. Leurs caracteristiques de fonctionnement ont ete correlees avec les proprietes microstructurales et electriques etudiees.

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Gaspar, Héléna Alexandra. "Cartography of chemical space". Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAF030/document.

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Cette thèse est consacrée à la cartographie de l’espace chimique ; son but est d’établir les bases d’un outil donnant une vision d’ensemble d’un jeu de données, comprenant prédiction d’activité, visualisation, et comparaison de grandes librairies. Dans cet ouvrage, nous introduisons des modèles prédictifs QSAR (relations quantitatives structure à activité) avec de nouvelles définitions de domaines d’applicabilité, basés sur la méthode GTM (generative topographic mapping), introduite par C. Bishop et al. Une partie de cette thèse concerne l’étude de grandes librairies de composés chimiques grâce à la méthode GTM incrémentale. Nous introduisons également une nouvelle méthode « Stargate GTM », ou S-GTM, permettant de passer de l’espace des descripteurs chimiques à celui des activités et vice versa, appliquée à la prédiction de profils d’activité ou aux QSAR inverses
This thesis is dedicated to the cartography of chemical space; our goal is to establish the foundations of a tool offering a complete overview of a chemical dataset, including visualization, activity prediction, and comparison of very large datasets. In this work, we introduce new QSAR models (quantitative structure-activity relationship) based on the GTM method (generative topographic mapping), introduced by C. Bishop et al. A part of this thesis is dedicated to the visualization and analysis of large chemical libraries using the incremental version of GTM. We also introduce a new method coined “Stargate GTM” or S-GTM, which allows us to travel from the space of chemical descriptors to activity space and vice versa; this approach was applied to activity profile prediction and inverse QSAR

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Moreno, Villavicencio Maiglid Andreina. "Development of 3D high-resolution imaging of complex devices by the correlation of ToF-SIMS and AFM". Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSEI122.

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La miniaturisation continue et la complexité des dispositifs poussent les techniques existantes de nano-caractérisation à leurs limites. De ce fait, la combinaison de ces techniques apparait être une solution attrayante pour continuer à fournir une caractérisation précise et exacte. Dans le but de dépasser les verrous existants pour l’imagerie chimique 3D haute résolution à l’échelle nanométrique, nous avons concentré nos recherches sur la création d’un protocole combinant la spectrométrie de masse à ions secondaires de temps de vol (ToF-SIMS) avec la microscopie à force atomique (AFM). Ceci permet entre autre de corréler la composition et la visualisation en 3 dimensions avec des cartographies de topographie ou d’autres propriétés locales fournies par l’AFM. Trois principaux résultats sont obtenus grâce à cette méthodologie : la correction d’un ensemble de données ToF-SIMS pour une visualisation 3D sans artefacts, la cartographie du taux de pulvérisation locale permettant de mettre en évidence les effets liés à la rugosité et la présence d’interfaces verticales et la superposition des informations avancées ToF-SIMS et AFM. Quatre applications de la méthodologie combinée ToF-SIMS et AFM sont abordées dans cette thèse. La procédure de correction des données ToF-SIMS en 3D a été appliquée sur une structure hétérogène GaAs / SiO2. Les artefacts liés à la pulvérisation, notamment l’effet d’ombrage, ont été étudiés par le biais des cartographies de taux de pulvérisation sur des échantillons avec nano-motifs structurés et non structuré. Enfin, nous avons exploré la combinaison de l’analyse ToF-SIMS avec trois modes avancées de microscopie AFM : piézoélectrique (PFM), capacité (SCM) et conducteur (SSRM). Une première étude a notamment permis d’observer l’évolution et la modification chimique suite à l’application d’une contrainte électrique sur deux film mince piézoélectriques. Une deuxième étude s’est focalisée sur l’impact de l’implantation Ga lors de la préparation d’échantillons par FIB pour voir comment limiter l’effet de l’amorphisation sur la mesure électrique. Les aspects techniques de la méthodologie seront abordés pour chacune de ces applications et les perspectives de cette combinaison seront discutés
The continuous miniaturization and complexity of devices have pushed existing nano-characterization techniques to their limits. The correlation of techniques has then become an attractive solution to keep providing precise and accurate characterization. With the aim of overcoming the existing barriers for the 3D high-resolution imaging at the nanoscale, we have focused our research on creating a protocol to combine time-of-flight secondary ion mass spectrometry (ToF-SIMS) with atomic force microscopy (AFM). This combination permits the correlation of the composition in 3-dimensions with the maps of topography and other local properties provided by the AFM. Three main results are achieved through this methodology: a topography-corrected 3D ToF-SIMS data set, maps of local sputter rate where the effect of roughness and vertical interfaces are seen and overlays of the ToF-SIMS and AFM advanced information. The application fields of the ToF-SIMS and AFM combined methodology can be larger than expected. Indeed, four different applications are discussed in this thesis. The procedure to obtain the topography-corrected 3D data sets was applied on a GaAs / SiO2 patterned structure whose initial topography and composition with materials of different sputter rates create a distortion in the classical 3D chemical visualization. The protocol to generate sputter rate maps was used on samples with structured and non-structured nano-areas in order to study the possible ToF-SIMS sputtering artefacts, especially the geometric shadowing effect. Finally, we have explored the combination of ToF-SIMS analysis with three AFM advanced modes: piezoresponse force microcopy (PFM), scanning capacitance microscopy (SCM) and scanning spreading resistance microscopy (SSRM). Specifically, two main applications were studied: the chemical modification during electrical stress of a piezoelectic thin film and the recovery of initial electrical characteristics of a sample subjected to Ga implantation during FIB preparation. Technical aspects of the methodology will be discussed for each application and the perspectives of this combination will be given

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Cordeil, Maxime. "Exploration et exploitation de l'espace de conception des transitions animées en visualisation d'information". Phd thesis, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00976672.

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Les visualisations de données permettent de transmettre de l'information aux utilisateurs. Pour explorer et comprendre les données, les utilisateurs sont amenés à interagir avec ces visualisations.Toutefois, l'interaction avec les visualisations modifie le visuel. Pour éviter des changements brusques et garder l'utilisateur focalisé sur les objets graphiques d'intérêt, des transitions visuelles sont nécessaires pour accompagner les modifications de la visualisation. Ces transitions visuelles peuvent être codées sous la forme d'animations, ou de techniques qui permettent de faire des correspondances, ou des liens avec des données représentées sur plusieurs affichages. Le premier objectif de cette thèse était d'étudier les bénéfices et les propriétés des animations pour l'exploration et la compréhension de grandes quantités de données multidimensionnelles. Nous avons établi en conséquence une taxonomie des transitions animées en visualisation d'information basée sur les tâches des utilisateurs. Cette taxonomie a permis de constater qu'il n'existe pas de contrôle utilisateur sur la direction des objets durant l'animation. Nous avons donc proposé des interactions pour le contrôle de la direction des objets graphiques lors d'une transition animée. D'autre part, nous avons étudié une technique de transition animée mettant en jeu une rotation 3D entre visualisations. Nous avons identifié les avantages qu'elle pouvait apporter et en avons proposé une amélioration.Le second objectif était d'étudier les transitions visuelles dans le domaine du Contrôle du Trafic Aérien. En effet, les contrôleurs utilisent de nombreuses visualisations qui comportent des informations étalées et dupliquées sur plusieurs affichages: l'écran Radar, le tableau de strips, des listes spécifiques d'avions (départ, arrivées) etc. Ainsi dans leur activité, les Contrôleurs Aériens réalisent des transitions visuelles en recherchant et en reliant de l'information à travers les différents affichages. Nous avons étudié comment les animations pouvaient être utilisées dans le domaine du contrôle aérien en implémentant un prototype d'image radar regroupant trois visualisations usuelles pour instrumenter l'activité de supervision du trafic aérien.

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Rousseau, Olivier. "Accélération de l'exploration de l'espace chimique du cytochrome P450 BM3 par des méthodes de criblage à haut débit et bio-informatiques". Thèse, 2018. http://hdl.handle.net/1866/21949.

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Malric, Philippe. "Prédiction et visualisation de la réactivité chimique des ARN. Proposition d’un modèle basé sur la réactivité : des cycles minimaux et des sous-structures composées de ces cycles". Thèse, 2018. http://hdl.handle.net/1866/22275.

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Tesis sobre el tema "Visualisation de l'espace chimique"

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